KR101940424B1 - 세균 메타게놈 분석을 통한 신부전 진단방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 세균 메타게놈 분석을 통해 신부전을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 피검체 유래 샘플을 이용해 세균 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 신부전을 진단하는 방법에 관한 것이다.
환경에 존재하는 세균, 고세균 등의 미생물에서 분비되는 세포밖 소포는 체내에 흡수되어 신장기능에 직접적인 영향을 미칠 수 있으며, 신부전은 증상이 나타나기 전 조기진단이 어려워 효율적인 치료가 어려운 실정이므로, 본 발명에 따른 인체 유래 샘플을 이용한 세균 유래 세포밖　소포의 메타게놈 분석을 통해 신부전 발병의 위험도를 미리 예측함으로써 신부전의 위험군을 조기에 진단 및 예측하여 적절한 관리를 통해 발병 시기를 늦추거나 발병을 예방할 수 있으며, 발병 후에도 조기진단 할 수 있어 신부전의 발병률을 낮추고 치료효과를 높일 수 있다.

Description

세균 메타게놈 분석을 통한 신부전 진단방법{Method for diagnosis of renal failure using analysis of bacteria metagenome}
본 발명은 세균 메타게놈 분석을 통해 신부전을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 피검체 유래 샘플을 이용해 세균 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 신부전을 진단하는 방법에 관한 것이다.
신부전은 신장 (콩팥) 기능이 상실되는 경우를 말하고, 발생 시점에 따라 급성 신부전과 만성 신부전으로 분류한다. 급성 신부전은 신우신염, 신장염 등 세균성 감염증이나, 외부 약품섭취, 독극물에 의한 신장피해, 혈액량 부족 등의 이유로 발생한다. 만성 신부전은 고혈압, 당뇨병 등의 만성질환의 합병증으로 신장 기능이 손실되는 경우가 흔하고, 3-12개월의 기간을 두고 서서히 진행된다.
신부전인 경우 요독을 배출하지 못해 전신적인 병증이 나타나는데, 기억력과 집중력 저하, 수면장애, 두통, 의식장애, 지남력 상실, 착란, 경련, 혼수 등의 중추신경계 증상, 불안다리 증후군, 딸꾹질, 시지 저림, 자작 이상 등의 말초신경계 증상, 현기증, 기립성 저혈압, 탐과 타액의 감소, 체온조절 이상 등의 자율신경계 증상, 부종, 코칼률혈증, 대사성산증 등의 체액 및 전해질 이상 등이 발생한다.
신부전의 진단은 혈액검사와 같은 건강 상태 검사를 통해서 이루어진다. 그러나 대부분 신부전은 질환이 이미 진행된 경우에 치료가 상당히 어려운 바, 신부전의 발생 및 원인인자를 미리 예측하여, 고위험군에서 신부전 발생을 예방하는 방법을 제공하는 것이 효율적인 방법이다.
한편, 인체에 공생하는 미생물은 100조에 이르러 인간 세포보다 10배 많으며, 미생물의 유전자수는 인간 유전자수의 100배가 넘는 것으로 알려지고 있다. 미생물총(microbiota 혹은 microbiome)은 주어진 거주지에 존재하는 세균(bacteria), 고세균(archaea), 진핵생물(eukarya)을 포함한 미생물 군집(microbial community)을 말하고, 장내 미생물총은 사람의 생리현상에 중요한 역할을 하며, 인체 세포와 상호작용을 통해 인간의 건강과 질병에 큰 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 우리 몸에 공생하는 세균은 다른 세포로의 유전자, 단백질 등의 정보를 교환하기 위하여 나노미터 크기의 소포(vesicle)를 분비한다. 점막은 200 나노미터(nm) 크기 이상의 입자는 통과할 수 없는 물리적인 방어막을 형성하여 점막에 공생하는 세균인 경우에는 점막을 통과하지 못하지만, 세균 유래 소포는 크기가 대개 100 나노미터 크기 이하라서 비교적 자유롭게 점막을 통화하여 우리 몸에 흡수된다.
환경 유전체학이라고도 불리는 메타게놈학은 환경에서 채취한 샘플에서 얻은 메타게놈 자료에 대한 분석학이라고 할 수 있다(국내공개특허 제2011-0073049호). 최근 16s 리보솜 RNA(16s rRNA) 염기서열을 기반으로 한 방법으로 인간의 미생물총의 세균 구성을 목록화하는 것이 가능해졌으며, 16s 리보솜 RNA의 유전자인 16s rDNA 염기서열을 차세대 염기서열분석 (next generation sequencing, NGS) platform을 이용하여 분석한다. 그러나 신부전 발병에 있어서, 혈액, 대변 또는 소변 등의 인체 유래물에서 세균 유래 소포에 존재하는 메타게놈 분석을 통해 신부전의 원인인자를 동정하고 신부전을 진단하는 방법에 대해서는 보고된 바가 없다.
본 발명자들은 신부전의 원인인자 및 발병 위험도를 미리 진단하기 위하여, 피검체 유래 샘플인 혈액에 존재하는 세균 유래 세포밖 소포로부터 유전자를 추출하고 이에 대하여 메타게놈 분석을 수행하였으며, 그 결과 신부전의 원인인자로 작용할 수 있는 세균 유래 세포밖 소포를 동정하였는바, 이에 기초하여 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 세균 유래 세포밖 소포에 대한 메타게놈 분석을 통해 신부전을 진단하기 위한 정보제공방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 신부전 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다:
(a) 피검체 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및/또는 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
또한, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 신부전 진단방법을 제공한다:
(a) 피검체 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및/또는 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
또한, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 신부전 발병 위험도 예측방법을 제공한다:
(a) 피검체 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및/또는 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
본 발명의 구현예로, 상기 (c) 단계에서 니트로스피라에(Nitrospirae), 클로로플렉시(Chloroflexi), 부유균문(Planctomycetes), 겜마티모나스균문(Gemmatimonadetes), 아시도박테리아(Acidobacteria), WPS-2, AD3, 클라미디아에(Chlamydiae), 엘루시미크로비아(Elusimicrobia), OD1, 및 TM6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 혈액에서 비교하여 신부전을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 탈철간균(Deferribacteres), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 에리시펠로트릭치(Erysipelotrichi), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria), 클로스트리디아(Clostridia), 방선균류(Actinobacteria), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 사이토파지아(Cytophagia), 써모레필리아(Thermoleophilia), 클로라시도박테리아(Chloracidobacteria), 메틸아시디필레(Methylacidiphilae), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia), 사프로스피라에(Saprospirae), 아나이로릴네아(Anaerolineae), 엘린6529(Ellin6529), 플란토마이세티아(Planctomycetia), 입실론프로테오박테리아(Epsilonproteobacteria), 스파르토박테리아(Spartobacteria), 아시디마이트로비아(Acidimicrobiia), 클라미디아(Chlamydiia), 아시도박테리아-6(Acidobacteria-6), 피치스페레(Phycisphaerae), TM1, 겜마티모나스균강(Gemmatimonadetes), DA052, 크테도노박테리아(Ktedonobacteria), 페도스페라에(Pedosphaerae), 아시도박테리아(Acidobacteriia), 솔리박테레스(Solibacteres), ABS-6, 엘루시마이크로비아(Elusimicrobia), TK10, 크토노모나데테스(Chthonomonadetes), 및 TM7-1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 혈액에서 비교하여 신부전을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 코리박테리아레스(Coriobacteriales), 비피도박테리아레스(Bifidobacteriales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 슈도모나다레스(Pseudomonadales), 리조비아레스(Rhizobiales), 아시디마이크로비아레스(Acidimicrobiales), 잔토모나다레스(Xanthomonadales), 믹소코카레스(Myxococcales), 로도사이클러스(Rhodocyclales), 솔리루브로박테라레스(Solirubrobacterales), 피렐루라레스(Pirellulales), 스핑고박테리아레스(Sphingobacteriales), 로도스피릴라레스(Rhodospirillales), 써모겜마티스포라레스(Thermogemmatisporales), 겜마타레스(Gemmatales), 사프로스피라레스(Saprospirales), 크토니오박테라레스(Chthoniobacterales), 신트로포박테라레스(Syntrophobacterales), 아시도박테리아레스(Acidobacteriales), 솔리박테라레스(Solibacterales), 페도스페라레스(Pedosphaerales), 사이토파가레스(Cytophagales), 클라미디아레스(Chlamydiales), 레지오넬라레스(Legionellales), 크테도노박테라레스(Ktedonobacterales), 및 크토노모나다레스(Chthonomonadales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 혈액에서 비교하여 신부전을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 투리시박테라시에(Turicibacteraceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 코리오박테라시에(Coriobacteriaceae), 락토바실라시에(Lactobacillaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 에리시펠로트차시에(Erysipelotrichaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 클로스트리이아시에(Clostridiaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 프레보텔라시에(Prevotellaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 카울로박테라시에(Caulobacteraceae), 브라디리조바시에(Bradyrhizobiaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 스트렙토코카시에(Streptococcaceae), 잔토모나아시에(Xanthomonadaceae), 키티노파가시에(Chitinophagaceae), 미토박테리아시에(Mycobacteriaceae), 마이크로박테리아시에(Microbacteriaceae), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae), 사이토파가시에(Cytophagaceae), 파이렐루라시에(Pirellulaceae), 아세토박데라시에(Acetobacteraceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 크토니오박테라시에(Chthoniobacteraceae), 이소스페라시에(Isosphaeraceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 젬마타시에(Gemmataceae), 시노박테라시에(Sinobacteraceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 히포마이크로비아시에(Hyphomicrobiaceae), 크테도노박테라시에(Ktedonobacteraceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae), 믹소코카시에(Myxococcaceae), 써모겜마티스포라시에(Thermogemmatisporaceae), 아시도박데리아시에(Acidobacteriaceae), 신트로포박테라시에(Syntrophobacteraceae), 가이엘라시에(Gaiellaceae), 코넥시박테라시에(Conexibacteraceae), 파라믈라미디아시에(Parachlamydiaceae), 코리박데라시에(Koribacteraceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 베이제린키아시에(Beijerinckiaceae), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae), 페니바실라시에(Paenibacillaceae), 페도스페라시에(Pedosphaeraceae), 솔리박테라시에(Solibacteraceae), 콕시엘라시에(Coxiellaceae), 고르도니아시에(Gordoniaceae), 메틸로시스타시에(Methylocystaceae), 마이크로모노스포라시에(Micromonosporaceae), 브델로비브리오나시에(Bdellovibrionaceae), 할리안지아시에(Haliangiaceae), 크토노모나다시에(Chthonomonadaceae), 및 야니엘라시에(Yaniellaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 혈액에서 비교하여 신부전을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 모르가넬라(Morganella), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 투리시박터(Turicibacter), 유박테리움(Eubacterium), 카데니박테리움(Catenibacterium), 콜린셀라(Collinsella), 엔테로코커스(Enterococcus), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 프로테우스(Proteus), 에세리키아(Escherichia), 오스실로스피라(Oscillospira), 슈도모나스(Pseudomonas), 요트갈리코커스(Jeotgalicoccus), 락토바실러스(Lactobacillus), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 루미노코커스(Ruminococcus), 코프로코커스(Coprococcus), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 박테로이데스(Bacteroides), 아시네토박터(Acinetobacter), 프레보텔라(Prevotella), 푸소박테리움(Fusobacterium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 겜마타(Gemmata), 페도마이크로비움(Pedomicrobium), 미코박테리움(Mycobacterium), 스트렙토코커스(Streptococcus), 오피투투스(Opitutus), 카이스토박터(Kaistobacter), 스와넬라(Shewanella), 칸디다투스 시피네마토박터(Candidatus Xiphinematobacter), 플라보막테리움(Flavobacterium), 프로피로모나스(Porphyromonas), 펩토스트렙토코커스(Peptostreptococcus), 랄스토니아(Ralstonia), 로도프라네스(Rhodoplanes), 알로이오코커스(Alloiococcus), 헤모필루스(Haemophilus), 칸디다투스 코리박터(Candidatus Koribacter), 페니바실러스(Paenibacillus), 펩토니필러스(Peptoniphilus), 살리니스포라(Salinispora), 아나에로코커스(Anaerococcus), 칸디다투스 솔리박터(Candidatus Solibacter), 부르크홀데리아(Burkholderia), 캄필로박터(Campylobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 고르도니아(Gordonia), 팔비모나스(Parvimonas), 스테노트로포모나스(Stenotrophomonas), 아크로모박터(Achromobacter), 페도스페라(Pedosphaera), 및 브델로비브리오(Bdellovibrio)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 혈액에서 비교하여 신부전을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 혈액은 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구일 수 있다.
환경에 존재하는 세균, 고세균 등의 미생물에서 분비되는 세포밖 소포는 체내에 흡수되어 암 발생에 직접적인 영향을 미칠 수 있으며, 신부전은 증상이 나타나기 전 조기진단이 어려워 효율적인 치료가 어려운 실정이므로, 본 발명에 따른 인체 유래 샘플을 이용한 세균 유래 세포밖　소포의 메타게놈 분석을 통해 신부전 발병의 위험도를 미리 진단함으로써 신부전의 위험군을 조기에 진단 및 예측하여 적절한 관리를 통해 발병 시기를 늦추거나 발병을 예방할 수 있으며, 발병 후에도 조기진단 할 수 있어 신부전의 발병률을 낮추고 치료효과를 높일 수 있다. 또한, 신부전으로 진단받은 환자에서 메타게놈 분석을 통해 원인인자 노출을 피함으로써 암의 경과를 좋게 하거나, 재발을 막을 수 있다.
도 1a은, 마우스에 장내 세균과 세균유래 소포 (EV)를 구강으로 투여한 후, 시간별로 세균과 소포의 분포양상을 촬영한 사진이고, 도 1b는 구강으로 투여한 후 12시간째에, 혈액 및 여러 장기를 적출하여, 세균과 소포의 체내 분포양상을 평가한 그림이다.
도 2는 신부전환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 문(phylum) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 3은 신부전환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 강(class) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 4는 신부전환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 목(order) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 5는 신부전환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 과(family) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 6은 신부전환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 속(genus) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
본 발명은 세균 메타게놈 분석을 통해 신부전을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 본 발명자들은 피검체 유래 샘플을 이용해 세균 유래 세포밖 소포로부터 유전자를 추출하고 이에 대하여 메타게놈 분석을 수행하였으며, 신부전의 원인인자로 작용할 수 있는 세균 유래 세포밖 소포를 동정하였다.
이에, 본 발명은 (a) 피검체 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계를 포함하는 신부전을 진단하기 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명에서 사용되는 용어, "신부전 진단" 이란 환자에 대하여 신부전이 발병할 가능성이 있는지, 신부전이 발병할 가능성이 상대적으로 높은지, 또는 신부전이 이미 발병하였는지 여부를 판별하는 것을 의미한다. 본 발명의 방법은 임의의 특정 환자에 대한 신부전 발병 위험도가 높은 환자로써 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하는데 사용할 수 있다. 또한, 본 발명의 방법은 신부전을 조기에 진단하여 가장 적절한 치료방식을 선택함으로써 치료를 결정하기 위해 임상적으로 사용될 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어, "메타게놈(metagenome)"이란 "군유전체"라고도 하며, 흙, 동물의 장 등 고립된 지역 내의 모든 바이러스, 세균, 곰팡이 등을 포함하는 유전체의 총합을 의미하는 것으로, 주로 배양이 되지 않는 미생물을 분석하기 위해서 서열분석기를 사용하여 한꺼번에 많은 미생물을 동정하는 것을 설명하는 유전체의 개념으로 쓰인다. 특히, 메타게놈은 한 종의 게놈 또는 유전체를 말하는 것이 아니라, 한 환경단위의 모든 종의 유전체로서 일종의 혼합유전체를 말한다. 이는 오믹스적으로 생물학이 발전하는 과정에서 한 종을 정의할 때 기능적으로 기존의 한 종뿐만 아니라, 다양한 종이 서로 상호작용하여 완전한 종을 만든다는 관점에서 나온 용어이다. 기술적으로는 빠른 서열분석법을 이용해서, 종에 관계없이 모든 DNA, RNA를 분석하여, 한 환경 내에서의 모든 종을 동정하고, 상호작용, 대사작용을 규명하는 기법의 대상이다. 본 발명에서는 바람직하게 혈청에서 분리한 세균 유래 세포밖　소포를 이용하여 메타게놈 분석을 실시하였다.
본 발명에 있어서, 상기 피검체 샘플은 혈액일 수 있고, 상기 혈액은 바람직하게 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구일 수 있으나, 이것으로 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 실시예에서는 상기 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포에 대한 메타게놈 분석을 실시하였으며, 문(phylum), 강(class), 목(order), 과(family), 및 속(genus) 수준에서 각각 분석하여 실제로 신부전 발생의 원인으로 작용할 수 있는 세균 유래 소포를 동정하였다.
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 문 수준에서 분석한 결과, Nitrospirae, Chloroflexi, Planctomycetes, Gemmatimonadetes, Acidobacteria, WPS-2, AD3, Chlamydiae, Elusimicrobia, OD1, 및 TM6 문 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 신부전환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 강 수준에서 분석한 결과, Deferribacteres, Coriobacteriia, Erysipelotrichi, Gammaproteobacteria, Clostridia, Actinobacteria, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Cytophagia, Thermoleophilia, Chloracidobacteria, Methylacidiphilae, Sphingobacteriia, Saprospirae, Anaerolineae, Ellin6529, Planctomycetia, Epsilonproteobacteria, Spartobacteria, Acidimicrobiia, Chlamydiia, Acidobacteria-6, Phycisphaerae, TM1, Gemmatimonadetes, DA052, Ktedonobacteria, Pedosphaerae, Acidobacteriia, Solibacteres, ABS-6, Elusimicrobia, TK10, Chthonomonadetes, 및 TM7-1 강 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 신부전환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 목 수준에서 분석한 결과, Coriobacteriales, Bifidobacteriales, Enterobacteriales, Pseudomonadales, Rhizobiales, Acidimicrobiales, Xanthomonadales, Myxococcales, Rhodocyclales, Solirubrobacterales, Pirellulales, Sphingobacteriales, Rhodospirillales, Thermogemmatisporales, Gemmatales, Saprospirales, Chthoniobacterales, Syntrophobacterales, Acidobacteriales, Solibacterales, Pedosphaerales, Cytophagales, Chlamydiales, Legionellales, Ktedonobacterales, 및 Chthonomonadales 목 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 신부전환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 과 수준에서 분석한 결과, Turicibacteraceae, Enterococcaceae, Coriobacteriaceae, Lactobacillaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Pseudomonadaceae, Lachnospiraceae, Bifidobacteriaceae, Enterobacteriaceae, Clostridiaceae, Bacteroidaceae, Oxalobacteraceae, Moraxellaceae, Prevotellaceae, Sphingomonadaceae, Caulobacteraceae, Bradyrhizobiaceae, Corynebacteriaceae, Intrasporangiaceae, Streptococcaceae, Xanthomonadaceae, Chitinophagaceae, Mycobacteriaceae, Microbacteriaceae, Phyllobacteriaceae, Cytophagaceae, Pirellulaceae, Acetobacteraceae, Comamonadaceae, Chthoniobacteraceae, Isosphaeraceae, Shewanellaceae, Gemmataceae, Sinobacteraceae, Campylobacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Ktedonobacteraceae, Pasteurellaceae, Rhodospirillaceae, Myxococcaceae, Thermogemmatisporaceae, Acidobacteriaceae, Syntrophobacteraceae, Gaiellaceae, Conexibacteraceae, Parachlamydiaceae, Koribacteraceae, Tissierellaceae, Beijerinckiaceae, Burkholderiaceae, Paenibacillaceae, Pedosphaeraceae, Solibacteraceae, Coxiellaceae, Gordoniaceae, Methylocystaceae, Micromonosporaceae, Bdellovibrionaceae, Haliangiaceae, Chthonomonadaceae, 및 Yaniellaceae 과 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 신부전환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 속 수준에서 분석한 결과, Morganella, Adlercreutzia, Turicibacter, Eubacterium, Catenibacterium, Collinsella, Enterococcus, Cupriavidus, Proteus, Escherichia, Oscillospira, Pseudomonas, Jeotgalicoccus, Lactobacillus, Enhydrobacter, Ruminococcus, Coprococcus, Bifidobacterium, Bacteroides, Acinetobacter, Prevotella, Fusobacterium, Corynebacterium, Rothia, Gemmata, Pedomicrobium, Mycobacterium, Streptococcus, Opitutus, Kaistobacter, Shewanella, Candidatus Xiphinematobacter, Flavobacterium, Porphyromonas, Peptostreptococcus, Ralstonia, Rhodoplanes, Alloiococcus, Haemophilus, Candidatus Koribacter, Paenibacillus, Peptoniphilus, Salinispora, Anaerococcus, Candidatus Solibacter, Burkholderia, Campylobacter, Klebsiella, Gordonia, Parvimonas, Stenotrophomonas, Achromobacter, Pedosphaera, 및 Bdellovibrio 속 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 신부전환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
상기 실시예 결과를 통해 상기 동정된 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 분포 변수가 신부전 발생 예측에 유용하게 이용될 수 있음을 확인하였다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실시예 1. 장내 세균 및 세균 유래 소포의 체내 흡수, 분포, 및 배설 양상 분석
장내 세균과 세균 유래 소포가 위장관을 통해 전신적으로 흡수되는 지를 평가하기 위하여 다음과 같은 방법으로 실험을 수행하였다. 마우스의 위장에 형광으로 표지한 장내세균과 장내 세균 유래 소포를 각각 50 μg의 용량으로 위장관으로 투여하고 0분, 5분, 3시간, 6시간, 12시간 후에 형광을 측정하였다. 마우스 전체 이미지를 관찰한 결과, 도 1a에 나타낸 바와 같이, 상기 세균(Bacteria)인 경우에는 전신적으로 흡수되지 않았지만, 세균 유래 소포(EV)인 경우에는, 투여 후 5분에 전신적으로 흡수되었고, 투여 3시간 후에는 방광에 형광이 진하게 관찰되어, 소포가 비뇨기계로 배설됨을 알 수 있었다. 또한, 소포는 투여 12시간까지 체내에 존재함을 알 수 있었다.
장내세균과 장내 세균유래 소포가 전신적으로 흡수된 후, 여러 장기로 침윤된 양상을 평가하기 위하여, 형광으로 표지한 50 μg의 세균과 세균유래 소포를 상기의 방법과 같이 투여한 다음 12시간째에 마우스로부터 혈액(Blood), 심장(Heart), 폐(Lung), 간(Liver), 신장(Kidney), 비장(Spleen), 지방조직(Adipose tissue), 및 근육(Muscle)을 적출하였다. 상기 적출한 조직들에서 형광을 관찰한 결과, 도1b에 나타낸 바와 같이, 상기 장내 세균(Bacteria)은 각 장기에 흡수되지 않은 반면, 상기 장내 세균 유래 세포밖 소포(EV)는 혈액, 심장, 폐, 간, 신장, 비장, 지방조직, 및 근육에 분포하는 것을 확인하였다.
실시예 2. 혈액으로부터 소포 분리 및 DNA 추출
혈액으로부터 소포를 분리하고 DNA를 추출하기 위해, 먼저 10 ㎖ 튜브에 혈액을 넣고 원심분리(3,500 x g, 10min, 4℃)를 실시하여 부유물을 가라앉혀 상등액만을 회수한 후 새로운 10 ㎖ 튜브에 옮겼다. 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 상기 회수한 상등액으로부터 세균 및 이물질을 제거한 후, 센트리프랩튜브(centripreigugal filters 50 kD)에 옮기고 1500 x g, 4℃에서 15분간 원심분리하여 50 kD 보다 작은 물질은 버리고 10 ㎖까지 농축 시켰다. 다시 한 번 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 박테리아 및 이물질을 제거한 후, Type 90ti 로터로 150,000 x g, 4℃에서 3시간 동안 초고속원심분리방법을 사용하여 상등액을 버리고 덩어리진 pellet을 생리식염수(PBS)로 녹여 소포를 수득하였다.
상기 방법에 따라 혈액으로부터 분리한 소포 100 ㎕를 100℃에서 끓여서 내부의 DNA를 지질 밖으로 나오게 한 후 얼음에 5분 동안 식혔다. 다음으로 남은 부유물을 제거하기 위하여 10,000 x g, 4℃에서 30분간 원심분리하고 상등액 만을 모은 후 Nanodrop을 이용하여 DNA 양을 정량하였다. 이후 상기 추출된 DNA에 세균 유래 DNA가 존재하는지 확인하기 위하여 하기 표 1에 나타낸 16s rDNA primer로 PCR을 수행하여 상기 추출된 유전자에 세균 유래 유전자가 존재하는 것을 확인하였다.
primer 서열 서열번호
16S rDNA 16S_V3_F 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG-3' 1
16S_V4_R 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC-3 2
실시예 3. 혈액에서 추출한 DNA를 이용한 메타게놈 분석
상기 실시예 2의 방법으로 유전자를 추출한 후, 상기 표1에 나타낸 16S rDNA 프라이머를 사용하여 PCR을 실시하여 유전자를 증폭시키고 시퀀싱(Illumina MiSeq sequencer)을 수행하였다. 결과를 Standard Flowgram Format(SFF) 파일로 출력하고 GS FLX software(v2.9)를 이용하여 SFF 파일을 sequence 파일(.fasta)과 nucleotide quality score 파일로 변환한 다음 리드의 신용도 평가를 확인하고, window(20 bps) 평균 base call accuracy가 99% 미만(Phred score <20)인 부분을 제거하였다. 질이 낮은 부분을 제거한 후, 리드의 길이가 300 bps 이상인 것만 이용하였으며(Sickle version 1.33), 결과 분석을 위해 Operational Taxonomy Unit(OTU)은 UCLUST와 USEARCH를 이용하여 시퀀스 유사도에 따라 클러스터링을 수행하였다. 구체적으로 속(genus)은 94%, 과(family)는 90%, 목(order)은 85%, 강(class)은 80%, 문(phylum)은 75% 시퀀스 유사도를 기준으로 클러스터링을 하고 각 OTU의 문, 강, 목, 과, 속 레벨의 분류를 수행하고, BLASTN와 GreenGenes의 16S DNA 시퀀스 데이터베이스(108,453 시퀀스)를 이용하여 97% 이상의 시퀀스 유사도 갖는 박테리아를 분석하였다(QIIME).
실시예 4. 혈액에서 분리한 세균유래 소포 메타게놈 분석 기반 신부전 진단모형
상기 실시예 3의 방법으로, 신부전환자 21명과 나이와 성별을 매칭한 정상인 19명의 혈액에서 소포를 분리한 후 메타게놈 시퀀싱을 수행하였다. 진단모형 개발은 먼저 t-test에서 두 군 사이의 p값이 0.05 이하이고, 두 군 사이에 2배 이상 차이가 나는 균주를 선정하고 난 후, logistic regression analysis 방법으로 진단적 성능 지표인 AUC(area under curve), 민감도, 및 특이도를 산출하였다.
혈액 내 세균유래 소포를 문(phylum) 수준에서 분석한 결과, Nitrospirae, Chloroflexi, Planctomycetes, Gemmatimonadetes, Acidobacteria, WPS-2, AD3, Chlamydiae, Elusimicrobia, OD1, 및 TM6 문 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 신부전에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 2 및 도 2 참조).
대조군 신부전 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC sensitivity specificity
p__Nitrospirae 0.0003 0.0012 0.0019 0.0017 0.0020 6.88 0.87 0.68 0.81
p__Chloroflexi 0.0009 0.0030 0.0151 0.0106 0.0000 16.24 0.96 0.95 0.86
p__Planctomycetes 0.0008 0.0020 0.0225 0.0172 0.0000 27.60 0.97 0.89 0.90
p__Gemmatimonadetes 0.0001 0.0002 0.0032 0.0026 0.0000 59.61 0.94 0.95 0.76
p__Acidobacteria 0.0007 0.0016 0.1093 0.0821 0.0000 145.81 1.00 1.00 1.00
p__WPS-2 0.0000 0.0000 0.0047 0.0035 0.0000 1.00 1.00 1.00
p__AD3 0.0000 0.0000 0.0031 0.0032 0.0002 0.99 0.95 0.90
p__Chlamydiae 0.0000 0.0000 0.0019 0.0015 0.0000 0.98 0.89 0.86
p__Elusimicrobia 0.0000 0.0000 0.0011 0.0011 0.0001 0.93 1.00 0.81
p__OD1 0.0000 0.0000 0.0009 0.0008 0.0001 0.90 1.00 0.71
p__TM6 0.0000 0.0000 0.0005 0.0006 0.0005 0.86 0.84 0.71
혈액 내 세균유래 소포를 강(class) 수준에서 분석한 결과, Deferribacteres, Coriobacteriia, Erysipelotrichi, Gammaproteobacteria, Clostridia, Actinobacteria, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Cytophagia, Thermoleophilia, Chloracidobacteria, Methylacidiphilae, Sphingobacteriia, Saprospirae, Anaerolineae, Ellin6529, Planctomycetia, Epsilonproteobacteria, Spartobacteria, Acidimicrobiia, Chlamydiia, Acidobacteria-6, Phycisphaerae, TM1, Gemmatimonadetes, DA052, Ktedonobacteria, Pedosphaerae, Acidobacteriia, Solibacteres, ABS-6, Elusimicrobia, TK10, Chthonomonadetes, 및 TM7-1 강 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 신부전에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 3 및 도 3 참조).
대조군 신부전 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC sensitivity specificity
c__Deferribacteres 0.0009 0.0016 0.0000 0.0000 0.0156 0.00 0.89 0.89 0.76
c__Coriobacteriia 0.0107 0.0093 0.0003 0.0005 0.0001 0.03 0.98 0.89 1.00
c__Erysipelotrichi 0.0052 0.0050 0.0005 0.0021 0.0008 0.10 0.92 0.79 0.86
c__Gammaproteobacteria 0.4901 0.1255 0.1726 0.0611 0.0000 0.35 1.00 1.00 1.00
c__Clostridia 0.0906 0.0349 0.0447 0.0261 0.0000 0.49 0.91 0.89 0.81
c__Actinobacteria 0.0589 0.0254 0.1178 0.0430 0.0000 2.00 0.92 0.84 0.90
c__Alphaproteobacteria 0.0418 0.0294 0.0987 0.0575 0.0005 2.36 0.88 0.89 0.67
c__Betaproteobacteria 0.0251 0.0133 0.0736 0.0258 0.0000 2.94 0.99 0.89 0.95
c__Cytophagia 0.0006 0.0012 0.0030 0.0035 0.0085 4.85 0.88 0.63 0.90
c__Thermoleophilia 0.0012 0.0027 0.0066 0.0050 0.0002 5.35 0.94 0.95 0.86
c__[Chloracidobacteria] 0.0004 0.0012 0.0022 0.0018 0.0008 5.53 0.93 0.79 0.76
c__[Methylacidiphilae] 0.0001 0.0005 0.0007 0.0007 0.0096 5.71 0.87 1.00 0.67
c__Sphingobacteriia 0.0005 0.0008 0.0032 0.0032 0.0016 5.88 0.88 0.84 0.86
c__[Saprospirae] 0.0011 0.0021 0.0064 0.0054 0.0003 5.88 0.93 0.95 0.81
c__Anaerolineae 0.0002 0.0006 0.0010 0.0009 0.0019 6.28 0.86 0.68 0.86
c__Ellin6529 0.0002 0.0007 0.0011 0.0011 0.0034 6.65 0.93 1.00 0.76
c__Planctomycetia 0.0023 0.0078 0.0161 0.0138 0.0005 6.95 0.98 0.89 0.95
c__Epsilonproteobacteria 0.0019 0.0038 0.0140 0.0111 0.0001 7.26 0.96 0.84 0.90
c__[Spartobacteria] 0.0013 0.0059 0.0104 0.0096 0.0011 7.71 1.00 1.00 1.00
c__Acidimicrobiia 0.0008 0.0025 0.0067 0.0047 0.0000 8.23 0.98 1.00 0.90
c__Chlamydiia 0.0002 0.0009 0.0017 0.0015 0.0005 8.37 0.98 0.89 0.86
c__Acidobacteria-6 0.0007 0.0028 0.0065 0.0051 0.0001 9.85 1.00 1.00 1.00
c__Phycisphaerae 0.0003 0.0007 0.0042 0.0039 0.0003 12.63 0.88 0.84 0.81
c__TM1 0.0001 0.0004 0.0011 0.0011 0.0005 12.88 0.90 1.00 0.71
c__Gemmatimonadetes 0.0002 0.0007 0.0021 0.0018 0.0001 13.80 0.96 1.00 0.81
c__DA052 0.0021 0.0092 0.0292 0.0247 0.0001 13.84 1.00 1.00 1.00
c__Ktedonobacteria 0.0006 0.0027 0.0090 0.0074 0.0001 14.30 1.00 1.00 1.00
c__[Pedosphaerae] 0.0006 0.0027 0.0093 0.0088 0.0003 14.79 1.00 1.00 1.00
c__Acidobacteriia 0.0025 0.0110 0.0377 0.0311 0.0001 14.98 1.00 1.00 1.00
c__Solibacteres 0.0012 0.0047 0.0231 0.0205 0.0001 19.52 1.00 1.00 1.00
c__ABS-6 0.0001 0.0003 0.0019 0.0021 0.0011 25.56 0.97 0.95 0.86
c__Elusimicrobia 0.0000 0.0001 0.0011 0.0011 0.0003 56.06 0.93 1.00 0.81
c__TK10 0.0000 0.0000 0.0010 0.0012 0.0011 191.54 0.95 0.89 0.86
c__Chthonomonadetes 0.0000 0.0000 0.0006 0.0006 0.0003 225.87 0.92 1.00 0.76
c__TM7-1 0.0000 0.0000 0.0014 0.0014 0.0003 255.39 0.89 0.95 0.67
혈액 내 세균유래 소포를 목(order) 수준에서 분석한 결과, Coriobacteriales, Bifidobacteriales, Enterobacteriales, Pseudomonadales, Rhizobiales, Acidimicrobiales, Xanthomonadales, Myxococcales, Rhodocyclales, Solirubrobacterales, Pirellulales, Sphingobacteriales, Rhodospirillales, Thermogemmatisporales, Gemmatales, Saprospirales, Chthoniobacterales, Syntrophobacterales, Acidobacteriales, Solibacterales, Pedosphaerales, Cytophagales, Chlamydiales, Legionellales, Ktedonobacterales, 및 Chthonomonadales 목 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 신부전에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 4 및 도 4 참조).
대조군 신부전 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC sensitivity specificity
o__Coriobacteriales 0.0082 0.0095 0.0006 0.0015 0.0026 0.07 0.95 0.84 0.81
o__Bifidobacteriales 0.0109 0.0128 0.0014 0.0038 0.0051 0.13 0.89 0.79 0.81
o__Enterobacteriales 0.1157 0.0800 0.0322 0.0373 0.0003 0.28 0.95 0.95 0.90
o__Pseudomonadales 0.2081 0.1511 0.0818 0.0678 0.0025 0.39 0.93 0.89 0.86
o__Rhizobiales 0.0210 0.0204 0.0505 0.0312 0.0013 2.40 0.86 0.84 0.71
o__Acidimicrobiales 0.0028 0.0044 0.0068 0.0042 0.0054 2.48 0.87 0.89 0.76
o__Xanthomonadales 0.0084 0.0124 0.0216 0.0131 0.0026 2.57 0.88 0.89 0.81
o__Myxococcales 0.0029 0.0047 0.0076 0.0057 0.0079 2.65 0.85 0.79 0.76
o__Rhodocyclales 0.0003 0.0005 0.0008 0.0007 0.0071 2.71 0.89 0.84 0.86
o__Solirubrobacterales 0.0017 0.0025 0.0048 0.0031 0.0018 2.81 0.88 0.89 0.81
o__Pirellulales 0.0005 0.0010 0.0018 0.0014 0.0036 3.35 0.86 0.74 0.76
o__Sphingobacteriales 0.0010 0.0017 0.0033 0.0030 0.0051 3.42 0.85 0.68 0.81
o__Rhodospirillales 0.0086 0.0149 0.0298 0.0223 0.0013 3.46 0.87 0.89 0.76
o__Thermogemmatisporales 0.0012 0.0028 0.0042 0.0033 0.0043 3.48 0.88 0.79 0.81
o__Gemmatales 0.0037 0.0087 0.0132 0.0104 0.0035 3.61 0.88 0.79 0.71
o__[Saprospirales] 0.0019 0.0033 0.0069 0.0053 0.0011 3.62 0.89 0.79 0.71
o__[Chthoniobacterales] 0.0031 0.0073 0.0111 0.0098 0.0058 3.65 0.87 0.79 0.71
o__Syntrophobacterales 0.0007 0.0015 0.0026 0.0023 0.0039 3.75 0.88 0.79 0.81
o__Acidobacteriales 0.0101 0.0213 0.0386 0.0290 0.0012 3.82 0.87 0.84 0.81
o__Solibacterales 0.0059 0.0141 0.0226 0.0184 0.0030 3.83 0.86 0.79 0.81
o__[Pedosphaerales] 0.0024 0.0056 0.0093 0.0082 0.0041 3.87 0.86 0.79 0.71
o__Cytophagales 0.0007 0.0012 0.0030 0.0034 0.0096 4.32 0.90 0.74 0.86
o__Chlamydiales 0.0004 0.0011 0.0017 0.0014 0.0017 4.53 0.90 0.89 0.81
o__Legionellales 0.0004 0.0012 0.0020 0.0016 0.0010 4.55 0.87 0.79 0.76
o__Ktedonobacterales 0.0005 0.0012 0.0023 0.0024 0.0042 4.82 0.86 0.79 0.71
o__Chthonomonadales 0.0000 0.0001 0.0007 0.0006 0.0003 20.42 0.91 0.79 0.76
혈액 내 세균유래 소포를 과(family) 수준에서 분석한 결과, Turicibacteraceae, Enterococcaceae, Coriobacteriaceae, Lactobacillaceae, Ruminococcaceae, Erysipelotrichaceae, Pseudomonadaceae, Lachnospiraceae, Bifidobacteriaceae, Enterobacteriaceae, Clostridiaceae, Bacteroidaceae, Oxalobacteraceae, Moraxellaceae, Prevotellaceae, Sphingomonadaceae, Caulobacteraceae, Bradyrhizobiaceae, Corynebacteriaceae, Intrasporangiaceae, Streptococcaceae, Xanthomonadaceae, Chitinophagaceae, Mycobacteriaceae, Microbacteriaceae, Phyllobacteriaceae, Cytophagaceae, Pirellulaceae, Acetobacteraceae, Comamonadaceae, Chthoniobacteraceae, Isosphaeraceae, Shewanellaceae, Gemmataceae, Sinobacteraceae, Campylobacteraceae, Hyphomicrobiaceae, Ktedonobacteraceae, Pasteurellaceae, Rhodospirillaceae, Myxococcaceae, Thermogemmatisporaceae, Acidobacteriaceae, Syntrophobacteraceae, Gaiellaceae, Conexibacteraceae, Parachlamydiaceae, Koribacteraceae, Tissierellaceae, Beijerinckiaceae, Burkholderiaceae, Paenibacillaceae, Pedosphaeraceae, Solibacteraceae, Coxiellaceae, Gordoniaceae, Methylocystaceae, Micromonosporaceae, Bdellovibrionaceae, Haliangiaceae, Chthonomonadaceae, 및 Yaniellaceae 과 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 신부전에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 5 및 도 5 참조).
대조군 신부전 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC sensitivity specificity
f__Turicibacteraceae 0.0030 0.0030 0.0000 0.0000 0.0001 0.00 0.97 0.84 0.90
f__Enterococcaceae 0.0080 0.0070 0.0001 0.0003 0.0001 0.01 1.00 1.00 1.00
f__Coriobacteriaceae 0.0107 0.0093 0.0003 0.0005 0.0001 0.03 0.98 0.89 1.00
f__Lactobacillaceae 0.0556 0.0266 0.0039 0.0153 0.0000 0.07 1.00 1.00 1.00
f__Ruminococcaceae 0.0192 0.0081 0.0017 0.0024 0.0000 0.09 1.00 1.00 1.00
f__Erysipelotrichaceae 0.0052 0.0050 0.0005 0.0021 0.0008 0.10 0.92 0.79 0.86
f__Pseudomonadaceae 0.1266 0.0766 0.0136 0.0122 0.0000 0.11 1.00 0.95 1.00
f__Lachnospiraceae 0.0181 0.0119 0.0020 0.0054 0.0000 0.11 0.96 0.84 0.95
f__Bifidobacteriaceae 0.0149 0.0115 0.0017 0.0042 0.0001 0.12 0.95 0.79 0.90
f__Enterobacteriaceae 0.1910 0.0827 0.0276 0.0191 0.0000 0.14 1.00 1.00 1.00
f__Clostridiaceae 0.0058 0.0062 0.0008 0.0007 0.0027 0.15 0.93 0.79 0.81
f__Bacteroidaceae 0.0190 0.0188 0.0028 0.0024 0.0014 0.15 0.92 0.79 0.95
f__Oxalobacteraceae 0.0138 0.0091 0.0036 0.0021 0.0001 0.26 0.93 0.84 0.86
f__Moraxellaceae 0.1585 0.0980 0.0494 0.0362 0.0001 0.31 0.94 0.89 0.95
f__Prevotellaceae 0.0059 0.0041 0.0024 0.0022 0.0031 0.41 0.90 0.79 0.81
f__Sphingomonadaceae 0.0118 0.0102 0.0049 0.0035 0.0100 0.42 0.83 0.63 0.76
f__Caulobacteraceae 0.0015 0.0019 0.0033 0.0014 0.0017 2.19 0.85 0.74 0.81
f__Bradyrhizobiaceae 0.0026 0.0042 0.0084 0.0061 0.0014 3.19 0.90 0.84 0.76
f__Corynebacteriaceae 0.0109 0.0072 0.0367 0.0212 0.0000 3.36 0.95 0.84 0.95
f__Intrasporangiaceae 0.0008 0.0014 0.0037 0.0026 0.0002 4.50 0.93 0.89 0.81
f__Streptococcaceae 0.0208 0.0128 0.1015 0.0786 0.0002 4.89 0.95 0.84 0.86
f__Xanthomonadaceae 0.0009 0.0017 0.0047 0.0026 0.0000 5.15 0.97 0.95 0.95
f__Chitinophagaceae 0.0011 0.0021 0.0059 0.0049 0.0004 5.44 0.93 0.95 0.81
f__Mycobacteriaceae 0.0009 0.0022 0.0053 0.0043 0.0004 5.63 0.91 0.84 0.86
f__Microbacteriaceae 0.0007 0.0014 0.0042 0.0035 0.0003 5.86 0.96 0.89 0.90
f__Phyllobacteriaceae 0.0001 0.0002 0.0004 0.0004 0.0020 6.37 0.90 0.68 0.86
f__Cytophagaceae 0.0004 0.0010 0.0029 0.0035 0.0052 6.63 0.88 0.74 0.90
f__Pirellulaceae 0.0003 0.0008 0.0017 0.0015 0.0006 6.79 0.86 0.79 0.76
f__Acetobacteraceae 0.0010 0.0023 0.0070 0.0055 0.0001 6.89 0.91 0.79 0.81
f__Comamonadaceae 0.0020 0.0024 0.0150 0.0123 0.0001 7.47 0.99 0.95 0.95
f__[Chthoniobacteraceae] 0.0013 0.0059 0.0104 0.0096 0.0011 7.71 1.00 1.00 1.00
f__Isosphaeraceae 0.0006 0.0024 0.0043 0.0039 0.0010 7.72 0.99 0.89 0.95
f__Shewanellaceae 0.0008 0.0023 0.0063 0.0058 0.0006 7.97 0.97 0.89 0.90
f__Gemmataceae 0.0009 0.0039 0.0087 0.0074 0.0002 9.63 1.00 1.00 1.00
f__Sinobacteraceae 0.0017 0.0068 0.0173 0.0142 0.0001 9.97 1.00 1.00 1.00
f__Campylobacteraceae 0.0013 0.0030 0.0135 0.0109 0.0001 10.41 0.98 0.95 0.95
f__Hyphomicrobiaceae 0.0024 0.0092 0.0265 0.0217 0.0001 10.91 1.00 0.95 0.95
f__Ktedonobacteraceae 0.0002 0.0008 0.0021 0.0023 0.0013 12.15 0.89 1.00 0.71
f__Pasteurellaceae 0.0018 0.0031 0.0230 0.0166 0.0000 12.48 1.00 0.95 0.95
f__Rhodospirillaceae 0.0017 0.0066 0.0216 0.0175 0.0001 12.97 0.99 0.95 0.95
f__Myxococcaceae 0.0000 0.0002 0.0005 0.0005 0.0007 12.99 0.91 1.00 0.71
f__Thermogemmatisporaceae 0.0003 0.0013 0.0042 0.0037 0.0002 13.56 0.99 1.00 0.90
f__Acidobacteriaceae 0.0008 0.0036 0.0114 0.0099 0.0001 13.70 1.00 1.00 1.00
f__Syntrophobacteraceae 0.0002 0.0008 0.0025 0.0023 0.0003 13.92 0.97 1.00 0.90
f__Gaiellaceae 0.0001 0.0005 0.0017 0.0017 0.0004 14.19 0.99 1.00 0.90
f__Conexibacteraceae 0.0001 0.0004 0.0013 0.0010 0.0000 15.22 0.95 1.00 0.81
f__Parachlamydiaceae 0.0001 0.0002 0.0008 0.0011 0.0071 15.22 0.89 1.00 0.67
f__Koribacteraceae 0.0017 0.0073 0.0262 0.0213 0.0001 15.58 1.00 1.00 1.00
f__[Tissierellaceae] 0.0018 0.0034 0.0280 0.0195 0.0000 15.59 1.00 1.00 1.00
f__Beijerinckiaceae 0.0000 0.0002 0.0007 0.0010 0.0051 15.79 0.93 0.89 0.86
f__Burkholderiaceae 0.0022 0.0066 0.0402 0.0260 0.0000 18.65 1.00 1.00 1.00
f__Paenibacillaceae 0.0000 0.0001 0.0006 0.0006 0.0006 18.84 0.86 0.74 0.71
f__[Pedosphaeraceae] 0.0001 0.0003 0.0012 0.0012 0.0004 19.75 0.95 0.89 0.86
f__Solibacteraceae 0.0006 0.0026 0.0129 0.0112 0.0001 21.77 1.00 1.00 1.00
f__Coxiellaceae 0.0001 0.0002 0.0013 0.0014 0.0005 24.53 0.92 0.95 0.76
f__Gordoniaceae 0.0000 0.0002 0.0019 0.0019 0.0003 37.84 1.00 1.00 0.95
f__Methylocystaceae 0.0001 0.0004 0.0050 0.0043 0.0001 55.86 1.00 1.00 1.00
f__Micromonosporaceae 0.0000 0.0000 0.0009 0.0009 0.0001 247.23 0.94 0.95 0.76
f__Bdellovibrionaceae 0.0000 0.0000 0.0009 0.0009 0.0000 0.93 0.84 0.71
f__Haliangiaceae 0.0000 0.0000 0.0006 0.0006 0.0006 0.91 0.74 0.90
f__Chthonomonadaceae 0.0000 0.0000 0.0005 0.0006 0.0004 0.87 0.74 0.86
f__Yaniellaceae 0.0000 0.0000 0.0005 0.0008 0.0045 0.86 0.74 0.86
혈액 내 세균유래 소포를 속(genus) 수준에서 분석한 결과, Morganella, Adlercreutzia, Turicibacter, Eubacterium, Catenibacterium, Collinsella, Enterococcus, Cupriavidus, Proteus, Escherichia, Oscillospira, Pseudomonas, Jeotgalicoccus, Lactobacillus, Enhydrobacter, Ruminococcus, Coprococcus, Bifidobacterium, Bacteroides, Acinetobacter, Prevotella, Fusobacterium, Corynebacterium, Rothia, Gemmata, Pedomicrobium, Mycobacterium, Streptococcus, Opitutus, Kaistobacter, Shewanella, Candidatus Xiphinematobacter, Flavobacterium, Porphyromonas, Peptostreptococcus, Ralstonia, Rhodoplanes, Alloiococcus, Haemophilus, Candidatus Koribacter, Paenibacillus, Peptoniphilus, Salinispora, Anaerococcus, Candidatus Solibacter, Burkholderia, Campylobacter, Klebsiella, Gordonia, Parvimonas, Stenotrophomonas, Achromobacter, Pedosphaera, 및 Bdellovibrio 속 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 신부전에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 6 및 도 6 참조).
대조군 신부전 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC sensitivity specificity
g__Morganella 0.0034 0.0048 0.0000 0.0000 0.0034 0.00 1.00 1.00 1.00
g__Adlercreutzia 0.0022 0.0034 0.0000 0.0000 0.0074 0.00 0.98 0.84 0.90
g__Turicibacter 0.0030 0.0030 0.0000 0.0000 0.0001 0.00 0.97 0.84 0.90
g__[Eubacterium] 0.0009 0.0013 0.0000 0.0000 0.0049 0.00 0.95 1.00 0.81
g__Catenibacterium 0.0027 0.0042 0.0000 0.0000 0.0060 0.00 0.92 0.74 0.95
g__Collinsella 0.0071 0.0086 0.0000 0.0000 0.0018 0.00 0.98 0.89 0.95
g__Enterococcus 0.0056 0.0046 0.0000 0.0001 0.0000 0.01 1.00 1.00 1.00
g__Cupriavidus 0.0084 0.0073 0.0001 0.0002 0.0001 0.01 1.00 1.00 1.00
g__Proteus 0.0599 0.0323 0.0007 0.0031 0.0000 0.01 1.00 1.00 1.00
g__Escherichia 0.0234 0.0133 0.0005 0.0021 0.0000 0.02 1.00 1.00 1.00
g__Oscillospira 0.0034 0.0021 0.0001 0.0003 0.0000 0.03 0.95 0.84 0.95
g__Pseudomonas 0.1224 0.0760 0.0043 0.0115 0.0000 0.03 1.00 1.00 1.00
g__Jeotgalicoccus 0.0024 0.0029 0.0001 0.0003 0.0031 0.04 0.89 0.79 0.90
g__Lactobacillus 0.0552 0.0268 0.0034 0.0133 0.0000 0.06 1.00 1.00 1.00
g__Enhydrobacter 0.0100 0.0096 0.0008 0.0012 0.0005 0.08 0.91 0.74 0.95
g__Ruminococcus 0.0021 0.0024 0.0002 0.0004 0.0025 0.09 0.90 0.84 0.86
g__Coprococcus 0.0032 0.0032 0.0003 0.0014 0.0013 0.10 0.89 0.84 0.81
g__Bifidobacterium 0.0135 0.0114 0.0017 0.0042 0.0003 0.13 0.94 0.79 0.86
g__Bacteroides 0.0190 0.0188 0.0028 0.0024 0.0014 0.15 0.92 0.79 0.95
g__Acinetobacter 0.1476 0.0975 0.0357 0.0315 0.0001 0.24 0.95 0.89 0.95
g__Prevotella 0.0059 0.0041 0.0024 0.0022 0.0031 0.41 0.90 0.79 0.81
g__Fusobacterium 0.0020 0.0036 0.0065 0.0061 0.0083 3.21 0.88 0.84 0.90
g__Corynebacterium 0.0109 0.0072 0.0367 0.0212 0.0000 3.36 0.95 0.84 0.95
g__Rothia 0.0020 0.0028 0.0088 0.0081 0.0017 4.34 0.91 0.89 0.90
g__Gemmata 0.0002 0.0009 0.0011 0.0009 0.0038 5.25 0.98 0.95 0.90
g__Pedomicrobium 0.0002 0.0009 0.0011 0.0011 0.0054 5.57 0.96 1.00 0.81
g__Mycobacterium 0.0009 0.0022 0.0053 0.0043 0.0004 5.63 0.91 0.84 0.86
g__Streptococcus 0.0155 0.0121 0.1014 0.0785 0.0001 6.53 0.97 0.89 1.00
g__Opitutus 0.0001 0.0003 0.0005 0.0006 0.0066 6.88 0.87 1.00 0.67
g__Kaistobacter 0.0001 0.0003 0.0009 0.0006 0.0001 7.79 0.97 0.95 0.90
g__Shewanella 0.0008 0.0023 0.0063 0.0058 0.0005 8.01 0.97 0.89 0.90
g__Candidatus Xiphinematobacter 0.0005 0.0021 0.0042 0.0041 0.0010 8.81 1.00 1.00 1.00
g__Flavobacterium 0.0001 0.0003 0.0007 0.0007 0.0019 9.41 0.92 0.84 0.81
g__Porphyromonas 0.0019 0.0036 0.0184 0.0154 0.0001 9.75 0.97 0.89 0.90
g__Peptostreptococcus 0.0001 0.0004 0.0009 0.0012 0.0065 10.88 0.99 1.00 0.90
g__Ralstonia 0.0001 0.0004 0.0017 0.0023 0.0073 12.01 0.93 0.95 0.81
g__Rhodoplanes 0.0019 0.0081 0.0232 0.0190 0.0001 12.42 1.00 1.00 1.00
g__Alloiococcus 0.0003 0.0011 0.0048 0.0042 0.0001 14.04 1.00 1.00 1.00
g__Haemophilus 0.0015 0.0029 0.0219 0.0169 0.0000 14.34 1.00 1.00 1.00
g__Candidatus Koribacter 0.0003 0.0013 0.0047 0.0041 0.0002 15.35 1.00 1.00 1.00
g__Paenibacillus 0.0000 0.0001 0.0005 0.0006 0.0026 15.73 0.86 0.74 0.71
g__Peptoniphilus 0.0008 0.0023 0.0141 0.0099 0.0000 18.37 1.00 1.00 1.00
g__Salinispora 0.0000 0.0001 0.0005 0.0006 0.0009 19.41 0.93 1.00 0.76
g__Anaerococcus 0.0003 0.0009 0.0070 0.0048 0.0000 20.10 1.00 1.00 1.00
g__Candidatus Solibacter 0.0006 0.0026 0.0122 0.0107 0.0001 20.63 1.00 1.00 1.00
g__Burkholderia 0.0015 0.0060 0.0386 0.0259 0.0000 26.07 1.00 1.00 1.00
g__Campylobacter 0.0005 0.0022 0.0132 0.0109 0.0000 26.24 1.00 1.00 1.00
g__Klebsiella 0.0001 0.0003 0.0026 0.0030 0.0012 34.86 1.00 1.00 1.00
g__Gordonia 0.0000 0.0002 0.0019 0.0019 0.0003 37.84 1.00 1.00 0.95
g__Parvimonas 0.0000 0.0002 0.0047 0.0047 0.0003 108.25 1.00 1.00 1.00
g__Stenotrophomonas 0.0000 0.0000 0.0018 0.0021 0.0012 390.52 0.96 0.95 0.90
g__Achromobacter 0.0000 0.0000 0.0012 0.0019 0.0094 1236.15 0.99 0.89 0.90
g__Pedosphaera 0.0000 0.0000 0.0010 0.0010 0.0001 0.94 0.89 0.90
g__Bdellovibrio 0.0000 0.0000 0.0009 0.0009 0.0000 0.93 0.84 0.71
상기 진술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.
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Claims (4)

  1. (a) 피검체 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
    (b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
    (c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계를 포함하고,
    상기 피검체 샘플은 혈액이고,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여
    아나에로코커스(Anaerococcus) 및 부르크홀데리아(Burkholderia) 속(genus) 세균 유래 소포의 함량이 증가되어 있고,
    아시네토박터(Acinetobacter) 및 박테로이데스(Bacteroides) 속 (genus) 세균 유래 소포의 함량이 감소되어 있는 경우 신부전으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 신부전 진단을 위한 정보제공방법.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여
    아나에로코커스(Anaerococcus) 및 부르크홀데리아(Burkholderia) 속(genus) 세균 유래 소포의 함량이 증가되어 있고,
    아시네토박터(Acinetobacter) 및 박테로이데스(Bacteroides) 속 (genus) 세균 유래 소포의 함량이 감소되어 있으며 ;

    니트로스피라에(Nitrospirae), 클로로플렉시(Chloroflexi), 부유균문(Planctomycetes), 겜마티모나스균문(Gemmatimonadetes), 아시도박테리아(Acidobacteria), 클라미디아에(Chlamydiae), 및 엘루시미크로비아(Elusimicrobia)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    방선균류(Actinobacteria), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 사이토파지아(Cytophagia), 써모레필리아(Thermoleophilia), 클로라시도박테리아(Chloracidobacteria), 메틸아시디필레(Methylacidiphilae), 스핑고박테리아(Sphingobacteriia), 사프로스피라에(Saprospirae), 아나이로릴네아(Anaerolineae), 엘린6529(Ellin6529), 플란토마이세티아(Planctomycetia), 입실론프로테오박테리아(Epsilonproteobacteria), 스파르토박테리아(Spartobacteria), 아시디마이트로비아(Acidimicrobiia), 클라미디아(Chlamydiia), 아시도박테리아-6(Acidobacteria-6), 피치스페레(Phycisphaerae), 겜마티모나스균강(Gemmatimonadetes), 크테도노박테리아(Ktedonobacteria), 페도스페라에(Pedosphaerae), 아시도박테리아(Acidobacteriia), 솔리박테레스(Solibacteres), 엘루시마이크로비아(Elusimicrobia), 및 크토노모나데테스(Chthonomonadetes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    리조비아레스(Rhizobiales), 아시디마이크로비아레스(Acidimicrobiales), 잔토모나다레스(Xanthomonadales), 믹소코카레스(Myxococcales), 로도사이클러스(Rhodocyclales), 솔리루브로박테라레스(Solirubrobacterales), 피렐루라레스(Pirellulales), 스핑고박테리아레스(Sphingobacteriales), 로도스피릴라레스(Rhodospirillales), 써모겜마티스포라레스(Thermogemmatisporales), 겜마타레스(Gemmatales), 사프로스피라레스(Saprospirales), 크토니오박테라레스(Chthoniobacterales), 신트로포박테라레스(Syntrophobacterales), 아시도박테리아레스(Acidobacteriales), 솔리박테라레스(Solibacterales), 페도스페라레스(Pedosphaerales), 사이토파가레스(Cytophagales), 클라미디아레스(Chlamydiales), 레지오넬라레스(Legionellales), 크테도노박테라레스(Ktedonobacterales), 및 크토노모나다레스(Chthonomonadales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    카울로박테라시에(Caulobacteraceae), 브라디리조바시에(Bradyrhizobiaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 스트렙토코카시에(Streptococcaceae), 잔토모나아시에(Xanthomonadaceae), 키티노파가시에(Chitinophagaceae), 미토박테리아시에(Mycobacteriaceae), 마이크로박테리아시에(Microbacteriaceae), 필로박테리아시에(Phyllobacteriaceae), 사이토파가시에(Cytophagaceae), 파이렐루라시에(Pirellulaceae), 아세토박데라시에(Acetobacteraceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 크토니오박테라시에(Chthoniobacteraceae), 이소스페라시에(Isosphaeraceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 젬마타시에(Gemmataceae), 시노박테라시에(Sinobacteraceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 히포마이크로비아시 에(Hyphomicrobiaceae), 크테도노박테라시에(Ktedonobacteraceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 로도스피릴라시에(Rhodospirillaceae), 믹소코카시에(Myxococcaceae), 써모겜마티스포라시에(Thermogemmatisporaceae), 아시도박데리아시에(Acidobacteriaceae), 신트로포박테라시에(Syntrophobacteraceae), 가이엘라시에(Gaiellaceae), 코넥시박테라시에(Conexibacteraceae), 파라믈라미디아시에(Parachlamydiaceae), 코리박데라시에(Koribacteraceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 베이제린키아시에(Beijerinckiaceae), 버크홀데리아시에(Burkholderiaceae), 페니바실라시에(Paenibacillaceae), 페도스페라시에(Pedosphaeraceae), 솔리박테라시에(Solibacteraceae), 콕시엘라시에(Coxiellaceae), 고르도니아시에(Gordoniaceae), 메틸로시스타시에(Methylocystaceae), 마이크로모노스포라시에(Micromonosporaceae), 브델로비브리오나시에(Bdellovibrionaceae), 할리안지아시에(Haliangiaceae), 크토노모나다시에(Chthonomonadaceae), 및 야니엘라시에(Yaniellaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    푸소박테리움(Fusobacterium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 겜마타(Gemmata), 페도마이크로비움(Pedomicrobium), 미코박테리움(Mycobacterium), 스트렙토코커스(Streptococcus), 오피투투스(Opitutus), 카이스토박터(Kaistobacter), 스와넬라(Shewanella), 칸디다투스 시피네마토박터(Candidatus Xiphinematobacter), 플라보막테리움(Flavobacterium), 프로피로모나스(Porphyromonas), 펩토스트렙토코커스(Peptostreptococcus), 랄스토니아(Ralstonia), 로도프라네스(Rhodoplanes), 알로이오코커스(Alloiococcus), 헤모필루스(Haemophilus), 칸디다투스 코리박터(Candidatus Koribacter), 페니바실러스(Paenibacillus), 펩토니필러스(Peptoniphilus), 살리니스포라(Salinispora), 칸디다투스 솔리박터(Candidatus Solibacter), 캄필로박터(Campylobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 고르도니아(Gordonia), 팔비모나스(Parvimonas), 스테노트로포모나스(Stenotrophomonas), 아크로모박터(Achromobacter), 페도스페라(Pedosphaera), 및 브델로비브리오(Bdellovibrio)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 증가되어 있는 경우
    신부전으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 신부전 진단을 위한 정보제공방법.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여
    아나에로코커스(Anaerococcus) 및 부르크홀데리아(Burkholderia) 속(genus) 세균 유래 소포의 함량이 증가되어 있고,
    아시네토박터(Acinetobacter) 및 박테로이데스(Bacteroides) 속 (genus) 세균 유래 소포의 함량이 감소되어 있으며 ;

    탈철간균(Deferribacteres), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 에리시펠로트릭치(Erysipelotrichi), 감마프로테오박테리아(Gammaproteobacteria), 및 클로스트리디아(Clostridia) 로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    코리박테리아레스(Coriobacteriales), 비피도박테리아레스(Bifidobacteriales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 및 슈도모나다레스(Pseudomonadales) 로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    투리시박테라시에(Turicibacteraceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 코리오박테라시에(Coriobacteriaceae), 락토바실라시에(Lactobacillaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 에리시펠로트차시에(Erysipelotrichaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 비피도박테리아시에(Bifidobacteriaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 클로스트리이아시에(Clostridiaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 프레보텔라시에(Prevotellaceae), 및 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae) 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    모르가넬라(Morganella), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 투리시박터(Turicibacter), 유박테리움(Eubacterium), 카데니박테리움(Catenibacterium), 콜린셀라(Collinsella), 엔테로코커스(Enterococcus), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 프로테우스(Proteus), 에세리키아(Escherichia), 오스실로스피라(Oscillospira), 슈도모나스(Pseudomonas), 요트갈리코커스(Jeotgalicoccus), 락토바실러스(Lactobacillus), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 루미노코커 스(Ruminococcus), 코프로코커스(Coprococcus), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 및 프레보텔라(Prevotella) 로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 감소되어 있는 경우
    신부전으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 신부전 진단을 위한 정보제공방법.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 혈액은 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구인 것을 특징으로 하는, 신부전 진단을 위한 정보제공방법.
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