WO2013069645A1 - エタノールアミンリン酸の測定方法 - Google Patents

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拓史 大賀
由明 大橋
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    • C12Q1/26Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase
    • C12Q1/32Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase involving dehydrogenase

Definitions

  • the present invention relates to a method for measuring ethanolamine phosphate present in a sample.
  • Depression is a kind of mood disorder, and its main symptoms are "depressed mood” and "loss of interest / joy". According to a survey of medical institutions in Japan, the number of patients with depression in 2008 is estimated to be over 700,000. However, diagnosis of depression largely depends on the subjectivity of doctors and psychologists about the patient's mental aspect, or the subjectivity and reporting of the patient itself, and it is difficult to say that an objective judgment is made. Thus, in order to objectively diagnose depression, attempts have been made in recent years to use components in body fluids of patients as a standard for diagnosing depression.
  • Patent Documents 1 and 2 it has been reported that tryptophan or its degradation product in body fluid, the expression level of a specific gene, etc. are used as predictive markers for depression (Patent Documents 1 and 2). It was found that ethanolamine phosphate is useful as a biomarker for diagnosing depression (Patent Document 3).
  • Ethanolamine phosphate is highly reliable and excellent as a biomarker for depression, but its measurement was limited to a measurement method using a CE-TOFMS (capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry) apparatus.
  • CE-TOFMS capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry
  • the measurement with CE-TOFMS takes a long time (30 to 40 minutes), and the equipment is expensive and precise analytical instruments, so it is only owned by a limited number of universities and analytical institutions. In clinics and the like, there is a demand for a shorter and simpler measurement method for using ethanolamine phosphate as a biomarker for depression.
  • an object of the present invention is to provide a method for simply measuring ethanolamine phosphate in a sample, and a reagent, kit, program, and the like used in the method.
  • the present invention adds the enzyme that can catalyze the reaction for generating acetaldehyde from ethanolamine phosphate to the measurement sample, and performs the first enzymatic reaction for generating acetaldehyde, phosphoric acid, and ammonia. And a second step of determining the amount of ethanolamine phosphate in the measurement sample by quantifying at least one of the generated acetaldehyde, phosphoric acid, and ammonia, and measuring ethanolamine phosphate Provide a method.
  • the enzyme is preferably an enzyme having a GabT domain.
  • a method for simply measuring ethanolamine phosphate in a sample, a reagent used in the method, and a diagnostic agent that can easily diagnose depression are provided.
  • the graph which shows the ethanolamine phosphoric acid (EAP) degradation activity of Pan crushing liquid The graph (lower) which shows the analysis result by the anion chromatography of a Pan crushed liquid, and the SDS-PAGE result (upper) of each fraction.
  • ethanolamine phosphate (CAS registration number: 1071-23-4) is hydrolyzed in the first step to produce acetaldehyde, phosphoric acid and ammonia by the following formula (1 ) (Hereinafter, also referred to as “first enzyme reaction”) that catalyzes the reaction (hereinafter also referred to as “first enzyme”).
  • the enzyme that catalyzes the one-step reaction of the formula (1) has not been identified.
  • the present inventors have isolated an enzyme having catalytic activity of the above reaction from a strain of Pantoea ananatis, The enzyme was identified to be ⁇ -aminobutylaminotransferase (GabT).
  • the amount of ethanolamine phosphate in the sample is determined by quantifying at least one of acetaldehyde, phosphoric acid and ammonia produced by the enzyme reaction.
  • One type of target may be determined, but measurement error can be reduced by determining two or more types.
  • acetaldehyde When acetaldehyde is quantified in the second step, it can be quantified with high sensitivity by utilizing the property that reduced nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) absorbs ultraviolet light having a wavelength of 340 nm.
  • NADH reduced nicotinamide adenine dinucleotide
  • a method comprising the following two sub-steps can be mentioned.
  • acetaldehyde dehydrogenase (ALDH) and oxidized nicotinamide dehydrogenase (NAD + ) are added to the measurement sample after the first step, and acetaldehyde in the sample is oxidized to acetic acid (formula ( 2)).
  • the first sample is measured by measuring the absorbance at 340 nm of the measurement sample after the reaction.
  • the amount of acetaldehyde produced in the measurement sample after the process can be quantified, and the amount of ethanolamine phosphate in the measurement sample can be determined from this value.
  • acetaldehyde is quantified in the second step, a commercially available acetaldehyde quantification kit (for example, Roche F-kit acetaldehyde) can be used.
  • a coenzyme in order to further increase the efficiency of the enzyme reaction, and a preferred coenzyme is pyridoxal phosphate.
  • the enzyme used in the first step is an enzyme that can catalyze the reaction of the formula (1) that hydrolyzes ethanolamine phosphate to produce acetaldehyde, phosphoric acid, and ammonia in a one-step reaction.
  • the enzyme which has a GabT domain can be mentioned as an example of the enzyme which has the said enzyme activity.
  • the GabT domain is GXXXBADEBQXGFZRXG (where X means any amino acid, B means any branched chain amino acid selected from the group consisting of I, L and V, and Z means G or A).
  • an enzyme having an enzyme activity that catalyzes the reaction of the formula (1) and having a GabT domain a protein having a GabT domain derived from Pantoea ananatis identified by the present inventors (Sequence in Sequence Listing) No. 1) and a protein (SEQ ID NO: 2) having a GabT domain derived from E. coli.
  • one or several amino acids among the amino acid sequences represented by SEQ ID NO: 1 or 2 as long as they have an activity of catalyzing the reaction of the formula (1) It may be a protein consisting of an amino acid sequence in which one amino acid is deleted, substituted or added, or a protein consisting of an amino acid sequence having 90% or more homology with the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 1 or 2. May be.
  • the enzyme may not be purified, and may be a crude product or a cell disruption solution containing the enzyme as long as it has the enzyme activity.
  • the cell lysate a supernatant obtained by centrifuging a cell lysate of Pantoea ananatis can be mentioned.
  • the measuring method of ethanolamine phosphate of the present invention has a very simple procedure and can be incorporated into an existing biochemical inspection apparatus. Specifically, the measurement sample is set in a measurement device, the first enzyme is added to the measurement sample, acetaldehyde, phosphoric acid and ammonia are generated, and then at least one of the acetaldehyde, phosphoric acid and ammonia is quantified. . Since this method does not depend on human subjectivity, it is suitable for routine processing by a measuring apparatus and can measure a large amount of samples quickly and easily.
  • a program for causing the measurement device to execute the first step of adding an enzyme to the measurement sample and the second step of quantifying at least one of acetaldehyde, phosphoric acid and ammonia is incorporated in the measurement device. It can also be performed by reading it into a computer.
  • the step of determining whether the subject who provided the measurement sample is a depressed patient and the obtained determination result are output to the program It is possible to determine whether or not the subject who provided the sample is depressed by further adding the step of performing.
  • the program may be recorded on a computer-readable recording medium, or may be recorded on a computer recording medium attached to the measuring apparatus.
  • the recording medium is not particularly limited, such as a hard disk, a CD, a DVD, a USB memory, and a floppy (registered trademark) disk.
  • a reagent for measuring ethanolamine phosphate containing an enzyme capable of catalyzing a reaction for producing acetaldehyde from ethanolamine phosphate.
  • the enzyme capable of catalyzing the reaction for producing acetaldehyde from ethanolamine phosphate the same enzyme as that used in the first step of the method for measuring ethanolamine phosphate can be used.
  • a protein consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2.
  • the ethanolamine phosphate measurement reagent preferably further contains a coenzyme of the enzyme, and specific examples of the coenzyme include pyridoxal phosphate.
  • the enzyme is not particularly limited as long as it is an enzyme that can catalyze the reaction of the formula (1) that hydrolyzes ethanolamine phosphate to produce acetaldehyde, phosphoric acid, and ammonia in a one-step reaction.
  • an enzyme having an enzyme activity an enzyme having a GabT domain can be mentioned. Further, it may be a protein having an amino acid sequence region having a homology with the GabT domain of 90% or more.
  • the reagent for measuring ethanolamine phosphate can be used as a diagnostic agent for depression.
  • an ethanolamine phosphate measurement kit including a container that individually contains enzymes capable of catalyzing a reaction for producing acetaldehyde from ethanolamine phosphate.
  • the ethanolamine phosphate measurement kit preferably further includes a container that individually accommodates the enzyme coenzyme, and examples of the coenzyme include pyridoxal phosphate.
  • the enzyme is not particularly limited as long as it is an enzyme that can catalyze the reaction of the formula (1) that hydrolyzes ethanolamine phosphate to produce acetaldehyde, phosphoric acid, and ammonia in a one-step reaction.
  • Examples of the enzyme having the enzyme activity include an enzyme having a GabT domain. Further, it may be a protein having an amino acid sequence region having a homology with the GabT domain of 90% or more.
  • Pantoea ananatis was cultured in a large amount in a liquid medium under the same medium and conditions as in the above ⁇ 1>.
  • the obtained cells are suspended in Buffer B (Tris-HCl buffer (final concentration 20 mM), pH 7.5) containing magnesium chloride (final concentration 10 mM), disrupted by sonication, centrifuged, and centrifuged.
  • Buffer B Tris-HCl buffer (final concentration 20 mM), pH 7.5) containing magnesium chloride (final concentration 10 mM), disrupted by sonication, centrifuged, and centrifuged.
  • a clear fraction was obtained.
  • This fraction was first fractionated by anion chromatography (DE Healthcare Japan DE-52) under a gradient of 100 to 500 mM sodium chloride, and each fraction was subjected to SDS-PAGE.
  • each fraction is adjusted to a final volume ratio of 30% in Tris-HCl buffer (final concentration 20 mM; pH 7.5) containing ethanolamine phosphate (final concentration 1 mM) and pyridoxal phosphate (final concentration 1 mM).
  • each was reacted at 30 ° C., and then each sample after the reaction was subjected to acetaldehyde dehydrogenase (ALDH) and oxidized nicotinamide dehydrogenase (NAD + ) according to the manual of a commercially available acetaldehyde quantification kit (Roche F-kit acetaldehyde). Then, after the reaction of the formula (2), the absorbance at 340 nm was measured.
  • ADH acetaldehyde dehydrogenase
  • NAD + oxidized nicotinamide dehydrogenase
  • the acetaldehyde in the sample after the reaction of the above formula (1) was quantified from this absorbance, and the ethanolamine phosphate degrading enzyme activity in the sample before the reaction of the formula (1) was measured.
  • the results of SDS-PAGE are shown on the upper side of FIG. 2, the measurement results of ethanolamine phosphate degrading enzyme activity are shown on the lower side of FIG. 2, and the fractions in both figures are shown in the same column.
  • the number on the bottom line is the collection fraction number.
  • ft is a flow-through
  • w is a washing solution with Buffer B (Buffer C-1) containing 100 mM sodium chloride
  • wo is a washing solution with Buffer (Buffer C-2) containing 500 mM sodium chloride.
  • GabT ⁇ -aminobutyric acid
  • GabT has been reported to have transamination (deamination) activity against a relatively wide range of substrates other than GABA, and 3-amino acid having a structure similar to that of ethanolamine phosphate in E. coli-derived GabT.
  • the transamination activity of propyl (methyl) phosphinic acid has been reported. Since the ethanolamine phosphate decomposition reaction of formula (1) involves a dephosphorylate group, it differs from the known reaction mode of GabT, but considering the above similarities, GabT catalyzes the reaction of formula (1). It was judged that there is a high possibility.
  • E. coli E. coli in which the presence of the gabT gene has been confirmed in the genome.
  • the genome was extracted from E. coli (wt), and a band corresponding to the gabT gene was obtained by a well-known cloning method, which was ligated to pUC18 and amplified. As a result of DNA sequence analysis, it was confirmed that the target gabT gene was obtained.
  • the obtained E.I. The amino acid sequence of GabT derived from E. coli is represented by SEQ ID NO: 2 in the attached sequence listing.
  • the base sequence of the E. coli-derived gabT gene is shown as SEQ ID NO: 3.
  • a lysis buffer containing pyridoxal phosphate (10 mM pyridoxal phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 100 mM potassium chloride, 1 mM dithiothreitol. And suspended in 50 mM Tris-HCl, pH 7.5) and disrupted by sonication.
  • the cell disruption solution is centrifuged to collect a supernatant fraction, and each of the cell disruption solution (abbreviated as total) and the supernatant fraction (abbreviated as sup) before centrifugation is separated from ethanolamine phosphate (abbreviated as sup). (Final concentration 1 mM) and pyridoxal phosphate (final concentration 1 mM) containing Tris-HCl buffer solution (final concentration 20 mM; pH 7.5) to a final volume ratio of 30% and reacting at 30 ° C.
  • Acetaldehyde dehydrogenase (ALDH) and oxidized nicotinamide dehydrogenase (NAD + ) were added to each sample after the reaction according to the manual of the acetaldehyde determination kit (Roche F-kit acetaldehyde), and the reaction of formula (2) was performed. Thereafter, the absorbance at 340 nm was measured. The acetaldehyde in the sample after the reaction of the above formula (1) was quantified from this absorbance, and the ethanolamine phosphate degrading enzyme activity in the sample before the reaction of the formula (1) was measured. The results are indicated by P- in FIG. In the figure, the vertical axis represents the absorbance at 340 nm, and the error bar represents the standard deviation obtained from three repeated measurements.
  • the GabT domain has the following amino acid sequence: GXXXBADEBQXGFZRXG (Wherein X means any amino acid, B means any branched chain amino acid selected from the group consisting of I, L and V, and Z means G or A). It is.
  • Table 1 shows the GabT domain sequences of each species. In the sequences of Table 1, the bases different from the GabT domain are indicated by underlining.

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Abstract

 サンプル中のエタノールアミンリン酸を簡便に測定するための方法、及びその方法に用いる試薬、キット、プログラム等を提供すること。 測定サンプルに、エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を添加し、アセトアルデヒド、リン酸、及びアンモニアを生成させる第1の酵素反応を行う第1の工程と、生成した前記アセトアルデヒド、前記リン酸、及び前記アンモニアの少なくともいずれかを定量して、前記測定サンプル中のエタノールアミンリン酸量を決定する第2の工程と、を含むエタノールアミンリン酸の測定方法。

Description

エタノールアミンリン酸の測定方法
 本発明は、サンプル中に存在するエタノールアミンリン酸の測定方法に関する。
 うつ病は気分障害の一種であり、「抑うつ気分」と「興味・喜びの喪失」を主な症状とする。日本の医療機関に対する調査によると、2008年のうつ病の患者数は70万人以上とされている。しかし、うつ病の診断は、患者の精神面についての医師や心理士の主観、または患者自身の主観や申告に依存する面が大きく、客観的な判断がなされているとは言い難い。そこで、うつ病を客観的に診断するために、近年、患者の体液中の成分をうつ病の診断の目安として用いる試みがなされている。
 従来、うつ病の予測マーカーとして、体液中のトリプトファンまたはその分解物、特定の遺伝子の発現量などを用いることが報告されていたが(特許文献1、2)、本発明者らは血液中のエタノールアミンリン酸がうつ病を診断するためのバイオマーカーとして有用であることを見出した(特許文献3)。
国際公開第2006/105907号 特開2008-253258号公報 国際公開第2011/019072号
 エタノールアミンリン酸はうつ病のバイオマーカーとして信頼性が高く優れているが、その測定は、CE-TOFMS(キャピラリー電気泳動時間飛行型質量分析)装置を用いる測定方法に限られていた。しかし、CE-TOFMSでの測定は長時間(30~40分)かかり、また装置が高価で精密な分析機器のため限られた大学や分析機関などが所有するにとどまっており、地方の病院や診療所などでも、エタノールアミンリン酸をうつ病のバイオマーカーとして利用するためのより短時間かつ簡便な測定方法が求められている。
 従って、本発明の目的は、サンプル中のエタノールアミンリン酸を簡便に測定するための方法、及びその方法に用いる試薬、キット、プログラム等を提供することにある。
 前記目的は、以下の本発明によって達成される。すなわち、本発明は、測定サンプルに、エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を添加し、アセトアルデヒド、リン酸、及びアンモニアを生成させる第1の酵素反応を行う第1の工程と、生成した前記アセトアルデヒド、前記リン酸、及び前記アンモニアの少なくともいずれかを定量して、前記測定サンプル中のエタノールアミンリン酸量を決定する第2の工程と、を含むエタノールアミンリン酸の測定方法を提供する。
 前記酵素は、GabTドメインを有する酵素であることが好ましい。
 本発明によれば、サンプル中のエタノールアミンリン酸を簡便に測定するための方法、及びその方法に用いる試薬、うつ病を簡便に診断できる診断薬が提供される。
Pan破砕液のエタノールアミンリン酸(EAP)分解活性を示すグラフ。 Pan破砕液の陰イオンクロマトグラフィーによる分析結果を示すグラフ(下)と各画分のSDS-PAGE結果(上)。 Pan破砕液の疎水クロマトグラフィーによる分析結果を示すグラフ(下)と各画分のSDS-PAGE結果(上)。 Pan破砕液のハイドロキシアパタイトカラムによる分析結果を示すグラフ(下)と各画分のSDS-PAGE結果(上)。 GabT発現系に対するエタノールアミンリン酸分解酵素活性の測定結果を示すグラフ。 GabTのアライメント結果を示す図。
 本発明のエタノールアミンリン酸の測定方法では、第1の工程においてエタノールアミンリン酸(CAS登録番号:1071-23-4)を加水分解してアセトアルデヒド、リン酸およびアンモニアを生成させる下記式(1)で示される反応(以下、「第1の酵素反応」と呼ぶことがある)を触媒する酵素(以下、「第1酵素」と呼ぶことがある)を使用する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
 これまで、式(1)の一段階反応を触媒する酵素は同定されていなかったが、本発明者らは上記反応の触媒活性を有する酵素をパントエア・アナナティス(Pantoea ananatis)菌株から単離し、この酵素がγ-アミノブチルアミノ基転移酵素(GabT)であることを同定した。
 本発明の測定方法では、第2工程において、前記酵素反応により生成したアセトアルデヒド、リン酸及びアンモニアの少なくともいずれかを定量することにより、前記サンプル中のエタノールアミンリン酸量を決定する。定量の対象は1種類でもよいが、2種以上を定量することにより、測定誤差を低減することができる。
 前記第2工程でアセトアルデヒドを定量する場合、還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NADH)が波長340nmの紫外線をよく吸収する性質を利用することにより、感度よく定量することができる。具体的には、下記の2つの副工程からなる方法が挙げられる。
 最初の副工程として、前記第1の工程後の測定サンプルに、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と酸化型ニコチンアミドデヒドロゲナーゼ(NAD+)を添加し、サンプル中のアセトアルデヒドを酸化して酢酸とする(式(2)参照)。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
 この反応でNAD+は還元されてNADHとなるが、NADHのみが340nmの紫外線を強く吸収するため、次の副工程として前記反応後の測定サンプルの340nmにおける吸光度を測定することにより、前記第1工程後の測定サンプルのアセトアルデヒド生成量を定量でき、この値から測定サンプル中のエタノールアミンリン酸量を決定することができる。第2工程でアセトアルデヒドを定量する場合、市販のアセトアルデヒド定量キット(例えば、Roche社製F-キット アセトアルデヒド)を利用することができる。
 前記第1の工程においては、酵素反応の効率をいっそう高めるために補酵素を併用することが好ましく、好ましい補酵素としてピリドキサールリン酸が挙げられる。
 上記第1の工程に用いる酵素は、エタノールアミンリン酸を加水分解して、1段階の反応でアセトアルデヒド、リン酸およびアンモニアを生成する前記式(1)の反応を触媒しうる酵素であれば、特に制限はないが、当該酵素活性を持つ酵素の例としてGabTドメインを有する酵素を挙げることができる。GabTドメインとはGXXXBADEBQXGFZRXG(ここで、Xは任意のアミノ酸を意味し、BはI、LおよびVからなる群より選ばれるいずれかの分岐鎖アミノ酸を意味し、ZはGまたはAを意味する。)で定義されるアミノ酸配列領域である。
 後述の実施例で明らかにするとおり、本発明者らは古細菌、原核生物並びに植物、動物等の真核生物を含む幅広い生物種で、γ-アミノブチルアミノ基転移酵素のGabTドメインが90%以上の高い相同性を有していることを見出した。このため、前記式(1)の反応を触媒する酵素活性を有し、上記第1の工程に好適に用いることのできる酵素の例として、GabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質を挙げることができる。
 また、前記式(1)の反応を触媒する酵素活性を有し、GabTドメインを有する酵素の具体例として、本発明者らが同定したパントエア・アナナティス由来のGabTドメインを有するタンパク質(配列表の配列番号1)や大腸菌由来のGabTドメインを有するタンパク質(配列番号2)が挙げられる。本発明に係る測定方法の第1の工程に用いる場合、前記式(1)の反応を触媒する活性を有していれば、配列番号1又は2で表されるアミノ酸配列のうち、1又は数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよく、配列番号1又は2で表されるアミノ酸配列との相同性が90%以上のアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよい。上記酵素は精製されたものでなくてもよく、上記酵素活性を有していれば、粗精製物や上記酵素を含む細胞破砕液であっても利用できる。細胞破砕液の例としては、パントエア・アナナティスの細胞破砕液を遠心分離して得られる上清が挙げられる。
 本発明のエタノールアミンリン酸の測定方法は、手順が非常にシンプルであり、既存の生化学検査装置に組み込むことが可能である。具体的には、測定サンプルを測定装置にセットし、測定サンプルに第1酵素を添加し、アセトアルデヒド、リン酸及びアンモニアを生成させた後、前記アセトアルデヒド、リン酸及びアンモニアの少なくともいずれかを定量する。この方法は人の主観に依存する面がないので、測定装置によるルーチン処理に適し、迅速かつ簡便に、大量のサンプルを測定することができる。このような処理は、測定サンプルに酵素を添加する前記第1の工程とアセトアルデヒド、リン酸及びアンモニアの少なくともいずれかを定量する前記第2の工程を測定装置に実行させるプログラムを、測定装置に内蔵されたコンピュータに読み込ませることにより行うこともできる。
 前記の通り、血漿中のエタノールアミンリン酸の濃度とうつ病との間には有意な相関がある(特許文献3参照)。このため、前記プログラムに、測定サンプル中のエタノールアミンリン酸の測定値に基づいて、測定サンプルを提供した被験者がうつ病患者であるか否かを判定する工程と、得られた判定結果を出力する工程をさらに追加することにより、サンプルを提供した被験者がうつ病であるか否かを判定することが可能となる。
 上記プログラムはコンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録させてもよく、測定装置に付属するコンピュータの記録媒体に記録してもよい。記録媒体は,ハードディスク、CD、DVD、USBメモリ、フロッピー(登録商標)ディスクなど、特に限定されない。
 また、本発明によれば、エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を含むエタノールアミンリン酸測定用試薬が提供される。エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素は上記エタノールアミンリン酸の測定方法の第1の工程で用いられる酵素と同様のものを用いることができ、具体的には、配列表の配列番号1及び配列番号2に記載のアミノ酸配列からなるタンパク質が挙げられる。
 前記エタノールアミンリン酸測定用試薬は、前記酵素の反応効率をいっそう向上させるため、当該酵素の補酵素をさらに含むことが好ましく、補酵素の具体例としてピリドキサールリン酸を挙げることができる。前記酵素は、エタノールアミンリン酸を加水分解して、1段階の反応でアセトアルデヒド、リン酸およびアンモニアを生成する前記式(1)の反応を触媒しうる酵素であれば、特に制限はなく、当該酵素活性を持つ酵素の例としてGabTドメインを有する酵素を挙げることができる。また、上記GabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質であってもよい。
 また、上記した通り、血漿中のエタノールアミンリン酸の濃度とうつ病との間には有意な相関があることから、前記エタノールアミンリン酸測定用試薬はうつ病診断薬として用いることができる。
 また、本発明によれば、エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を個別に収納した容器を含むエタノールアミンリン酸測定用キットが提供される。上記の通り、血漿中のエタノールアミンリン酸濃度からうつ病の罹患を判定できるため、本発明のエタノールアミンリン酸測定用キットを用いることにより、健康診断や社内検診において受診者の中からうつ病患者のスクリーニングを行う、または専門医以外の医師がうつ病の疑いがある患者の診断を行う、または専門医が問診と併せて診断を行う、治療効果を判定する、治療方針を決定することが可能になる。
 前記エタノールアミンリン酸測定用キットは、前記酵素の補酵素を個別に収容した容器をさらに含むことが好ましく、補酵素の例としてピリドキサールリン酸を挙げることができる。また、前記酵素は、エタノールアミンリン酸を加水分解して、1段階の反応でアセトアルデヒド、リン酸およびアンモニアを生成する前記式(1)の反応を触媒しうる酵素であれば、特に制限はなく、当該酵素活性を持つ酵素の例としてGabTドメインを有する酵素を挙げることができる。また、上記GabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質であってもよい。
<1. エタノールアミンリン酸分解酵素を含む細胞破砕液の調製>
 エタノールアミンリン酸リアーゼ活性を持つ菌株として、エルウィニア3株(エルウィニア・カルトボーラ(Erwinia carotovora)、パントエア・アナナティス(Pantoea ananatis)LMG 20103株およびエルウィニア・ミレチアエ(Erwinia milletiae))を選定し、独立行政法人農業生物資源研究所より購入した。前記3株を、単一窒素源としてエタノールアミンを含む貧栄養合成培地中で液体培養し、得られたコロニーをLBプレートに塗布して30℃で一晩培養し、それぞれのプレートでコロニーを得た。
 各プレートについて2~3個のコロニーを採取し、それを2~5mLの液体培地に懸濁し、30℃、170rpmで培養した。上記3株のうちパントエア・アナナティスのみで顕著な増殖が見られたので、この菌株をOD600=1.0となるまで培養し、培養後遠心分離をして集菌した。
 得られた菌株をBuffer A(2-メルカプトエタノール(終濃度1mM)を含むトリス塩酸緩衝液(終濃度50mM)、pH7.5)に懸濁し、ソニケーションによる菌体破砕を行い、遠心分離後に上清を回収し、破砕液(以下、Pan破砕液と略す。)を調製した。
<2. Pan破砕液のエタノールアミンリン酸分解酵素活性の測定>
[参考例1]
 反応基質としてのエタノールアミンリン酸(終濃度2mM)と補酵素としてのピリドキサールリン酸(終濃度2mM)を含む反応液1mLにPan破砕液を加えて(終容量比5%)30℃にて静置した。1時間後サンプル200μLをフィルトレーション(Microcon(登録商標) Mw:5k)により除タンパクし、反応を停止した後、四重極型質量分析計(Agilent製Quadropole LC/MS 6140)を用いて濾液中のエタノールアミンリン酸の濃度を測定した。同様に実験開始から4時間後、20時間後のサンプルについても同様の測定を行った。結果を図1に黒丸(●)で示す。
[参考例2]
 Pan破砕液に代えて、Pan破砕液をBuffer Aで10倍に希釈したものを用いたこと以外は参考例1と同様にして測定を行った。結果を図1に黒三角(▲)で示す。
[参考例3]
 Pan破砕液に代えて、Pan破砕液をBuffer Aで100倍に希釈したものを用いたこと以外は参考例1と同様にして測定を行った。結果を図1に黒ひし形(◆)で示す。
[参考例4]
 ネガティブコントロールとして、Pan破砕液に代えて、Buffer Aを用いたこと以外は参考例1と同様にして測定を行った。結果を図1に黒四角(■)で示す。
 図1に示す結果から、測定サンプル中のエタノールアミンリン酸が、Pan破砕液中の酵素により時間の経過とともに分解され、減少することが明らかである。すなわち、Pan破砕液中にエタノールアミンリン酸分解酵素が含まれることが示された。
<3. パントエア・アナナティス由来エタノールアミンリン酸リアーゼの単離>
 上記<1>と同じ培地・条件にてパントエア・アナナティスを液体培地で大量培養した。得られた菌体をBuffer B(塩化マグネシウム(終濃度10mM)を含むトリス塩酸緩衝液(終濃度20mM)、pH7.5)に懸濁し、ソニケーションによる菌体破砕を行い、遠心分離して上清画分を得た。この画分をまず陰イオンクロマトグラフィー(GEヘルスケア・ジャパン株式会社製DE-52)により、100~500mM塩化ナトリウムのグラジェント下で溶出分画し、各フラクションについてSDS-PAGEを行った。また、上記各フラクションを、エタノールアミンリン酸(終濃度1mM)とピリドキサールリン酸(終濃度1mM)を含むトリス塩酸緩衝液(終濃度20mM;pH7.5)に終容量比30%となるように加えてそれぞれ30℃で反応させた後、市販のアセトアルデヒド定量キット(Roche社製F-キット アセトアルデヒド)のマニュアルに従って、反応後の各サンプルにアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と酸化型ニコチンアミドデヒドロゲナーゼ(NAD+)を添加し、式(2)の反応をさせてから340nmの吸光度を測定した。この吸光度から上記式(1)の反応後のサンプル中のアセトアルデヒドを定量し、式(1)の反応前のサンプル中のエタノールアミンリン酸分解酵素活性を測定した。SDS-PAGEの結果を図2の上側に、エタノールアミンリン酸分解酵素活性の測定結果を図2の下側に、両方の図のフラクションが同じ列となるように示す。最下行の数字が回収フラクション番号である。ftはフロースルー、wは100mM塩化ナトリウムを含むBuffer B(Buffer C-1)による洗浄液、woは500mM塩化ナトリウムを含むBuffer(Buffer C-2)による洗浄液を示す。図2に示されるとおり、番号12から18の回収フラクションで強いエタノールアミンリン酸分解酵素活性が確認された。また、SDS-PAGEの結果から、75kDa、45kDa及び40kDa付近のバンドがエタノールアミンリン酸分解酵素である可能性が高いと考えられた。
 次に、上記番号12から18のフラクションを回収し、それを疎水クロマトグラフィー(東ソー株式会社製Ether-650)により、1~0M硫酸アンモニウム下での溶出分画に供した。溶離液としては、Buffer Bと1M硫酸アンモニウムを含むBuffer B(Buffer D-1)を使用した。上記陰イオンクロマトグラフィーと同様に各フラクションについてSDS-PAGEとアセトアルデヒド定量キットを用いた吸光度測定を行った。結果を図3に示す。図3に示されるとおり、番号7から10の回収フラクションで強いエタノールアミンリン酸分解酵素活性が確認された。また、SDS-PAGEの結果から、75kDa、45kDa及び25kDa付近のバンドがエタノールアミンリン酸分解酵素である可能性が高いと考えられた。
 上記疎水クロマトグラフィーの番号7から10のフラクションを回収し、それをハイドロキシアパタイトカラム(バイオ・ラッド ラボラトリーズ株式会社製HT-Gel)を用いた分画に供した。溶離液としては、10mMリン酸カリウム溶液(pH9.0)(Buffer E-1)と300mMリン酸カリウム溶液(pH9.0)(Buffer E-2)を使用した。上記陰イオンクロマトグラフィーと同様に各フラクションについてSDS-PAGEとアセトアルデヒド定量キットを用いた吸光度測定を行った。結果を図4に示す。図4から明らかなとおり、番号wおよび1の回収フラクションで強いエタノールアミンリン酸分解酵素活性が確認された。また、SDS-PAGEの結果から、45kDa及び25kDa付近のバンドがエタノールアミンリン酸分解酵素である可能性が高いと考えられた。
 上記3種のクロマトグラフィーによる分画の結果から、エタノールアミンリン酸分解酵素の候補として、75kDa、45kDaおよび25kDaの3つのバンドを選出した。
 また、上記の実験では、エタノールアミンリン酸を含む溶液にパントエア・アナナティスの細胞破砕液を添加することによりアセトアルデヒドが発生したことから、上記エタノールアミンリン酸分解酵素が式(1)の反応を触媒する酵素であることが確認された。
<4. パントエア・アナナティス由来エタノールアミンリン酸リアーゼの同定>
 上記<3>で選出した3つのバンドをSDS-PAGEゲルから回収し、アミノ酸シークエンスの解析を業者(北海道システムサイエンス株式会社)に委託した。その結果、それぞれのバンドは以下のタンパク質との高い相同性が認められ、分子量やN末端アミノ酸配列からも以下のタンパク質と一致する可能性が高いことを確認した。
75kDa:フェニルアラニル-tRNA合成酵素、βサブユニット[パントエア・バガンス(Pantoea vagans)C9-1]
45kDa:GabT(パントエア・アナナティスLMG20103)
25kDa:WrbA(パントエア・アナナティスLMG20103)
 上記タンパク質のうち、フェニルアラニル-tRNA合成酵素とWrbAは、脱アミノ基、脱リン酸基とは異なる反応を触媒することが報告されているため、エタノールアミンリン酸分解酵素の候補から除外した。
 残るGabTの遺伝子は、比較的少数種の微生物、及び、植物やヒトを含む動物のゲノムに存在することが確認されており、動物では脳での発現が報告されている。GabTの機能としては、γ-アミノブチル酸(GABA)を基質として有機酸との間でピリドキサールリン酸依存的にアミノ基を交換することが知られている。
 また、GabTは、GABA以外の比較的幅広い基質に対してもアミノ基転移(脱アミノ基)活性を持つことが報告されており、大腸菌由来GabTではエタノールアミンリン酸と構造が類似する3-アミノプロピル(メチル)ホスフィン酸のアミノ基転移活性が報告されている。式(1)のエタノールアミンリン酸分解反応は脱リン酸基を伴うため、GabTの既知反応様式とは違いがあるものの、上記類似点を考慮するとGabTが式(1)の反応を触媒する酵素である可能性が高いと判断した。
<5. パントエア・アナナティスgabT遺伝子及び大腸菌gabT遺伝子のクローニング>
 パントエア・アナナティスのゲノムからPCRによる周知のクローニング方法によりgabT遺伝子に一致するバンドを得、これをpUC18にライゲーションして増幅した。業者(北海道システムサイエンス株式会社)によるDNAシークエンス解析を委託し、目的のgabT遺伝子が得られたことを確認した。得られたパントエア・アナナティス由来GabTのアミノ酸配列を添付の配列表に配列番号1として示す。
 同様に、ゲノム中にgabT遺伝子の存在が確認されている大腸菌E.coli(wt)からゲノムを抽出し、周知のクローニング方法によりgabT遺伝子に一致するバンドを得、これをpUC18にライゲーションして増幅した。DNAシークエンス解析の結果、目的のgabT遺伝子が得られたことを確認した。得られたE.coli由来GabTのアミノ酸配列を添付の配列表に配列番号2として、E.coli由来gabT遺伝子の塩基配列を配列番号3として示す。
<6. GabT発現系の構築と酵素活性の確認>
[参考例5]
 パントエア・アナナティス由来gabT遺伝子(発現産物をP-GabTと略す)を発現ベクターpET23aに組み込み、大腸菌BL21(DE3)株を形質転換した。形質転換した大腸菌をLB培地で培養し、前定常期にIPTGを添加しP-GabTの発現を誘導した。誘導から5時間後に遠心分離して集菌し、得られた菌体を、ピリドキサールリン酸を含む溶菌バッファー(10mMピリドキサールリン酸、100mM塩化カリウム、1mMエチレンジアミン4酢酸、100mM塩化カリウム、1mMジチオトレイトール、50mMトリス塩酸、pH7.5)に懸濁し、ソニケーションによる菌体破砕を行った。
 この菌体破砕液を遠心分離して上清画分を回収し、遠心分離前の菌体破砕液(totalと略す)と上清画分(supと略す)のそれぞれを、エタノールアミンリン酸(終濃度1mM)とピリドキサールリン酸(終濃度1mM)を含むトリス塩酸緩衝液(終濃度20mM;pH7.5)に終容量比30%となるように加えてそれぞれ30℃で反応させた後、市販のアセトアルデヒド定量キット(Roche社製F-キット アセトアルデヒド)のマニュアルに従って、反応後の各サンプルにアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と酸化型ニコチンアミドデヒドロゲナーゼ(NAD+)を添加し、式(2)の反応をさせてから340nmの吸光度を測定した。この吸光度から上記式(1)の反応後のサンプル中のアセトアルデヒドを定量し、式(1)の反応前のサンプル中のエタノールアミンリン酸分解酵素活性を測定した。結果を図5中にP-で示す。図中、縦軸は340nmの吸光度、エラーバーは3回の繰り返し測定から得られた標準偏差を示す。
[参考例6]
 パントエア・アナナティス由来gabT遺伝子に代えて、大腸菌E.coli由来gabT遺伝子(発現産物をE-GabTと略す)を用いたこと以外は参考例5と同様の方法・手順にて実験を行い、菌体破砕液と上清画分を得、それぞれについてエタノールアミンリン酸分解酵素活性を測定した。結果を図5中にE-で示す。
[参考例7]
 ネガティブコントロールとしてpET23aのみで形質転換を行ったこと以外は参考例5と同様の方法・手順にて実験を行い、菌体破砕液と上清画分のそれぞれについてエタノールアミンリン酸分解酵素活性を測定した。結果を図5中にNCで示す。
 参考例5~7の結果から、図5左側の菌体破砕液では、P-GabTとE-GabTの両方とも、ネガティブコントロールと比較して高いエタノールアミンリン酸分解酵素活性を確認できた。一方、図5右側の上清画分では、P-GabTとE-GabTの両方とも、酵素活性はネガティブコントロールと同程度であった。また、SDS-PAGEでも、菌体破砕液ではP-GabT、E-GabTともに45kDaに濃いバンドが確認されたが、上清画分ではコントロールと同程度であった(不図示)。以上の結果から、P-GabTとE-GabTはともに、封入体として沈殿画分に存在すると考えられる。
<7. GabTドメイン配列の決定>
[参考例8]
 参考例5~7で使用したパントエア・アナナティス及び大腸菌に加え、古細菌のスルホロバス(スルホロバス・トコダイイ種7;配列番号4)、哺乳類のヒト(ホモ・サピエンス;配列番号5)及びマウス(Mus musculus;配列番号6)並びに植物のシロイヌナズナ(アラビドプシス・タリアナ;配列番号7)由来のGabT(哺乳類ではアミノ酪酸アミノトランスフェラーゼ)のアミノ酸配列を市販のプログラム(CLCバイオ社製CLC Sequence Viewer)を用いてアライメントした。結果を図6に示す。図6中、太線で囲った301番目から317番目のアミノ酸を含む領域を保存性が高い領域として抽出した。なお、図中“consensus”の行に示されたアミノ酸は、60%以上保存された残基である。
[参考例9]
 前記6種の生物のGabT配列に加えて、サルモネラ菌(サルモネラ・エンテリカ 亜種enterica serovar Typhi CT18株)、クロストリジウム(クロストリジウム・アセトブチリクムATCC 824)、シュードモナス(シュードモナス・プチダKT2440)、ロドコッカス(ロドコッカス・エクイ103S)、アシネトバクター(アシネトバクター・バウマニACICU)、マイコバクター(マイコバクテリウム・アビウム亜種paratuberculosis K-10)、ウシ(ボス・タウラス)、ホヤ(Oikopleura dioica)、トウモロコシ(ゼア・マイス)及びトウガラシ(Capsicum annuum)についても、参考例8で特定したドメイン領域の保存性を検証した。上記301番目から317番目のアミノ酸配列は上記16種の生物種において90%以上の相同性が保たれていたため、この領域をGabTドメインと定義した。
 GabTドメインは、以下のアミノ酸配列:
GXXXBADEBQXGFZRXG
(ただし、Xは任意のアミノ酸を意味し、BはI、LおよびVからなる群より選ばれるいずれかの分岐鎖アミノ酸を意味し、ZはGまたはAを意味する。)からなるアミノ酸配列領域である。各生物種のGabTドメイン配列を表1に示す。表1の配列中、GabTドメインと異なる塩基に下線を付して示した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000003

Claims (18)

  1.  測定サンプルに、エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を添加し、アセトアルデヒド、リン酸、及びアンモニアを生成させる第1の酵素反応を行う第1の工程と、
     生成した前記アセトアルデヒド、前記リン酸、及び前記アンモニアの少なくともいずれかを定量して、前記測定サンプル中のエタノールアミンリン酸量を決定する第2の工程と、を含むエタノールアミンリン酸の測定方法。
  2.  前記第2の工程が、前記第1の酵素反応後の測定サンプルに、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)及び酸化型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD+)を添加し、還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NADH)を生成させる第2の酵素反応を行う副工程と、
     生成した前記還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NADH)を分光化学的に定量して、前記第1の酵素反応後の測定サンプル中の前記アセトアルデヒドを定量する副工程と、を含む請求項1に記載の測定方法。
  3.  前記第1の工程において、前記測定サンプルに補酵素をさらに添加する請求項1又は2に記載の測定方法。
  4.  前記補酵素がピリドキサールリン酸である請求項3に記載の測定方法。
  5.  前記第1の工程に用いる酵素が、下記のアミノ酸配列からなるGabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質である請求項1~4のいずれか1項に記載の測定方法。
    GXXXBADEBQXGFZRXG
    (ただし、Xは任意のアミノ酸を意味し、BはI、LおよびVからなる群より選ばれるいずれかの分岐鎖アミノ酸を意味し、ZはGまたはAを意味する。)
  6.  前記第1の工程に用いる酵素が、
    (1)配列番号1若しくは2で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
    (2)配列番号1若しくは2で表されるアミノ酸配列のうち、1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質、又は、
    (3)配列番号1若しくは2で表されるアミノ酸配列との相同性が90%以上のアミノ酸配列からなるタンパク質である請求項1~4のいずれか1項に記載の測定方法。
  7.  コンピュータに、請求項1~6のいずれか1項に記載のエタノールアミンリン酸の測定方法を実行させるためのプログラム。
  8.  前記測定サンプル中のエタノールアミンリン酸の測定値に基づいて、前記測定サンプルを提供した被験者がうつ病患者であるか否かを判定する工程、および、
    得られた判定結果を出力する工程をさらに含む請求項7に記載のプログラム。
  9.  請求項7又は8に記載のプログラムを保存したコンピュータで読み取り可能な記録媒体。
  10.  請求項7又は8に記載のプログラムが組み込まれた測定装置。
  11.  エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を含むエタノールアミンリン酸測定用試薬。
  12.  前記酵素の補酵素をさらに含む請求項11に記載のエタノールアミンリン酸測定用試薬。
  13.  前記補酵素がピリドキサールリン酸である請求項12に記載のエタノールアミンリン酸測定用試薬。
  14.  前記酵素が、下記のアミノ酸配列からなるGabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質である請求項11~13のいずれか1項に記載のエタノールアミンリン酸測定用試薬。
    GXXXBADEBQXGFZRXG
    (ただし、Xは任意のアミノ酸を意味し、BはI、LおよびVからなる群より選ばれるいずれかの分岐鎖アミノ酸を意味し、ZはGまたはAを意味する。)
  15.  請求項11~14のいずれか1項に記載のエタノールアミンリン酸測定用試薬を含有するうつ病診断薬。
  16.  エタノールアミンリン酸からアセトアルデヒドを生成する反応を触媒しうる酵素を個別に収納した容器を含むエタノールアミンリン酸測定用キット。
  17.  前記酵素の補酵素を個別に収容した容器をさらに含む請求項16に記載のエタノールアミンリン酸測定用キット。
  18.  前記酵素が、下記のアミノ酸配列からなるGabTドメインとの相同性が90%以上のアミノ酸配列領域を有するタンパク質である請求項16又は17に記載のエタノールアミンリン酸測定用キット。
    GXXXBADEBQXGFZRXG
    (ただし、Xは任意のアミノ酸を意味し、BはI、LおよびVからなる群より選ばれるいずれかの分岐鎖アミノ酸を意味し、ZはGまたはAを意味する。)
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