TWI817159B - 重組牛痘病毒 - Google Patents

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Abstract

本發明提供人類IL-2變體、包含該IL-2變體之重組溶瘤病毒、包含該IL-2變體或重組溶瘤病毒之組合物，及該等IL-2變體、重組溶瘤病毒或組合物用於治療個體(individual)之癌症之用途。

Description

重組牛痘病毒
介白素-2 (IL-2)係對哺乳動物免疫系統之多種功能諸如刺激T細胞及自然殺手細胞生長很重要之細胞介素且已批准作為用於癌症之免疫治療劑。然而，各種因素(例如狹窄治療範圍；潛在嚴重副作用)已限制其臨床用途。使用IL-2作為抗癌劑之局限性之一在於儘管其可刺激並擴增效應T細胞及NK細胞(其等具有抗腫瘤活性)，其亦可擴增抑制免疫反應之調節T細胞(Treg)。
透過IL-2受體(IL-2R)介導IL-2傳訊，該IL-2受體以不同形式存在於不同細胞類型中。高親和力IL-2受體含有三個多肽鏈，稱為IL-2R α (「IL-2Rα」；亦稱為CD25)、IL-2R β (「IL-2Rβ」；亦稱為CD122)及IL-2R γ (「IL-2Rγ」；亦稱為CD132)。該高親和力IL-2R係持續性表現於Treg上並瞬時表現於活化T細胞及NK細胞上。中等親和力IL-2R含有IL-2Rβ及IL-2Rγ多肽鏈，並表現(例如)於靜止CD4+及CD8+ T細胞及自然殺手(NK)細胞上。低親和力IL-2R含有IL-2Rα多肽鏈。
由於IL-2經由高親和力IL-2R活化Treg細胞並經由中等親和力IL-2R活化靜止CD4+及CD8+ T細胞及自然殺手(NK)細胞，因此用於選擇性活化CD4+ T細胞、CD8+ T細胞及NK細胞而不活化Treg之一種可能方法係使IL-2選擇性靶向中等親和力IL-2R。鑒於高親和力IL-2受體與低親和力IL-2受體間之差異在於高親和力IL-2受體中存在IL-2Rα多肽鏈，藉由阻斷或削弱IL-2與IL-2Rα多肽鏈之間的相互作用，IL-2可潛在選擇性靶向該中等親和力IL-2R。
溶瘤病毒(OV)係選擇性或優先感染並殺死癌細胞之病毒。已在各種人類癌症之臨床試驗中測試活複製OV。OV可誘導抗腫瘤免疫反應，並直接裂解腫瘤細胞。OV可天然發生或可藉由修飾其他病毒構築。常見OV包括彼等基於以下減毒毒株構築者：單純疱疹病毒(HSV)、腺病毒(Ad)、麻疹病毒(MV)、柯薩奇病毒(CV)、水泡性口炎病毒(VSV)及牛痘病毒(VV)。
牛痘病毒(VV)係痘病毒科正痘病毒屬之成員。該病毒具有長約190 kb之線性雙股DNA基因體，其編碼約200個基因。牛痘病毒在宿主細胞之細胞質中複製。大牛痘病毒基因體編碼用於病毒DNA複製之各種酶及蛋白質。在複製期間，牛痘病毒產生數種感染性形式，該等形式之外膜不同：細胞內成熟病毒體(IMV)、細胞內被膜病毒體(IEV)、細胞相關被膜病毒體(CEV)及細胞外被膜病毒體(EEV)。IMV係最豐富之感染性形式且認為負責在宿主之間傳播；咸信該CEV在細胞間傳播(cell-to-cell spread)中發揮作用；且認為該EEV對宿主有機體內遠距離播散很重要。EEV特異性蛋白係由基因A33R、A34R、A36R、A56R、B5R及F13 L編碼。A34 (由A34R基因編碼之II型跨膜醣蛋白)參與誘導肌動蛋白尾、自感染細胞表面釋放被膜病毒，及在配體結合後在病毒進入前破壞病毒被膜。
在一些態樣中，本發明提供人類介白素2 (IL-2)變體，及相關融合蛋白、組合物、方法及用途。該等IL-2變體保留結合至中等親和力二聚體IL-2受體複合物(含有IL-2Rβ + IL-2Rγ)之能力，但具有相較於野生型人類IL-2多肽經減小的結合至或不結合至IL-2受體α (「IL-2Rα」 / CD25)，或具有相較於野生型人類IL-2多肽經減小的結合至或不結合至高親和力三聚體IL-2受體複合物(含有IL-2Rα + IL-2Rβ + IL-2Rγ)。
本文提供之IL-2變體具有相較於野生型人類IL-2胺基酸序列的一或多個胺基酸取代。在一些實施例中，該等IL-2變體中之胺基酸取代導致IL-2變體蛋白中之一或多個工程化N-醣苷基化位點。
在一些實施例中，經分離人類介白素2 (IL-2)變體包含相較於野生型人類IL-2的至少一個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列及IL-2變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的一或多個取代：a) K35，b) R38及L40兩者，c) T41及K43兩者，d) K43及Y45兩者，e) E62及K64兩者，及f) L72及Q74兩者。視需要，該變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的一或多個取代：a) K35，其中該K35取代係K35N，b) R38及L40兩者，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T，c) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T，d) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T，e) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，及f) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T。視需要，該IL-2變體包含位置K35的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代：a) R38及L40兩者，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T，b) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T，c) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T，d) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，e) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及f) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。視需要，該IL-2變體包含位置R38及L40的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代：a) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T，b) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T，c) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，d) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及e) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。視需要，該IL-2變體包含位置T41及K43的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代：a) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，b) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及c) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。視需要，該IL-2變體包含位置K43及Y45的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代：a) E62及K64，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，b) L72及Q74，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及c) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。視需要，該IL-2變體包含位置E62及K64的取代，且其中該IL-2變體另外包含位置L72及Q74的取代，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T。
在一些實施例中，本文提供之經分離人類介白素2 (IL-2)變體包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的取代：a) R38、L40、K43及Y45中之各者；或b) K43、Y45、L72及Q74中之各者。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該R38取代係R38N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該L40取代係L40T。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該K43取代係K43N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該Y45取代係Y45T。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該R38取代係R38N及該K43取代係K43N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且該等胺基酸取代係R38N、L40T、K43N及Y45T。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該K43取代係K43N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該Y45取代係Y45T。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該L72取代係L72N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該Q74取代係Q74T。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該K43取代係K43N及該L72取代係L72N。視需要，該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且該等胺基酸取代係K43N、Y45T、L72N及Q74T。視需要，該IL-2變體包含如SEQ ID NO: 31或SEQ ID NO: 35中顯示之胺基酸序列。
在一些實施例中，本文提供包含相較於野生型人類IL-2的至少一個胺基酸取代之經分離人類介白素2 (IL-2)變體，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含位置E62的胺基酸取代。視需要，該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
在一些實施例中，本文提供包含如SEQ ID NO: 31或35中顯示之胺基酸序列之經分離人類介白素2 (IL-2)變體。
在一些實施例中，本文提供包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代之經分離人類介白素2 (IL-2)變體，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含四個胺基酸取代R38N、L40T、K43N及Y45T。
在一些實施例中，本文提供包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代之經分離人類介白素2 (IL-2)變體，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含四個胺基酸取代K43N、Y45T、L72N及Q74T。
在一些實施例中，本文提供之經分離人類介白素2 (IL-2)變體具有相較於野生型人類IL-2經減小的結合至人類IL-2受體α (IL-2Rα)。
在一些實施例中，本文提供之經分離人類介白素2 (IL-2)變體係於經引入之天冬醯胺酸(N)殘基取代上經醣苷基化。
在一些實施例中，本文提供之經分離人類介白素2 (IL-2)變體另外包含位置T3及C125中之一或兩者的取代。視需要，位置T3及C125的取代係T3A或T3G及C125A或C125S。
在一些實施例中，本文提供包含以下之經分離融合蛋白：a)本文提供之IL-2變體；及b)人類抗體之Fc區，其中該IL-2變體係共價連接至該Fc區。
在一些實施例中，本文提供包含以下之異二聚體蛋白：a)本文提供之經分離融合蛋白，其中人類抗體之Fc區係第一Fc區；及b)人類抗體之第二Fc區，其中該第一Fc區及該第二Fc區係由至少一個二硫鍵共價連接。視需要，該第一Fc區包含相較於野生型人類IgG Fc區的至少一個胺基酸修飾以形成杵或臼，其中該第二Fc區包含相較於野生型人類IgG Fc區的至少一個胺基酸修飾以形成杵或臼，且其中該第一及第二Fc區中之一者含有杵及該第一及第二Fc區中之一者含有臼。視需要，包含杵之Fc區包含突變Y349C及T366W，且其中包含臼之Fc區包含突變S354C、T366S、L368A及Y407V。
在一些實施例中，本文提供包含以下之經分離融合蛋白：a)本文提供之IL-2變體；及b)包含Fc域之抗體，其中該Fc域包含第一Fc區及第二Fc區，其中該IL-2變體係共價連接至該抗體之Fc區。視需要，該Fc域具有相較於野生型Fc域經減小的或不具有抗體依賴性細胞毒性(ADCC)活性。在一些實施例中，本文提供包含以下之經分離融合蛋白：a)本文提供之IL-2變體；及b)包含Fc域之抗體，其中該抗體包含第一輕鏈及第二輕鏈，其中該IL-2變體係共價連接至該抗體之輕鏈。視需要，該Fc域具有相較於野生型Fc域經減小的或不具有ADCC活性。視需要，該抗體結合至腫瘤或免疫細胞。視需要，該抗體係選自由以下組成之群：抗B7H4抗體、抗CTLA-4抗體、抗CD3抗體、抗B7H4/抗CD3雙特異性抗體、抗CD28抗體、抗B7H4/抗CD28雙特異性抗體、抗EDB1抗體、抗ULBP2抗體、抗CD4抗體、抗CD8抗體、抗4-1BB抗體、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗TIM3抗體、抗LAG3抗體、抗TIGIT抗體、抗OX40抗體、抗IL-8抗體、抗IL-7Rα (CD127)抗體、抗IL15抗體、抗HVEM抗體、抗BTLA抗體、抗CD40抗體、抗CD40L抗體、抗CD47抗體、抗CSF1R抗體、抗CSF1抗體、抗MARCO抗體、抗CXCR4抗體、抗VEGFR1抗體、抗VEGFR2抗體、抗TNFR1抗體、抗TNFR2抗體、抗CD3雙特異性抗體、抗CD19抗體、抗CD20、抗Her2抗體、抗EGFR抗體、抗ICOS抗體、抗CD22抗體、抗CD52抗體、抗CCR4抗體、抗CCR8抗體、抗CD200R抗體、抗VISG4抗體、抗CCR2抗體、抗LILRb2抗體、抗CXCR4抗體、抗CD206抗體、抗CD163抗體、抗KLRG1抗體、抗FLT3抗體、抗B7H3抗體、KLRG1抗體及抗GITR抗體。視需要，該IL-2變體係藉由多肽連接子及/或多肽標籤分別共價連接至Fc區或輕鏈。
在一些實施例中，本文提供編碼本文描述之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白之經分離核酸。例如，在一實施例中，本文提供編碼含有取代R38N、L40T、K43N及Y45T之IL-2變體之多核苷酸，其中該多核苷酸包含如SEQ ID NO: 32中顯示之核苷酸序列。
在一些實施例中，本文提供包含編碼本文描述之IL-2變體之核酸之重組表現載體。
在一些實施例中，本文提供包含如本文描述之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白，及醫藥上可接受之載劑之醫藥組合物。
在一些實施例中，本文提供一種用於治療有需要受試者(subject)之疾病(諸如癌症)之方法，該方法包括對該受試者投與有效量之本文描述之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，使得該受試者中與該疾病相關聯之一或多種症狀減輕。視需要，該方法另外包括投與有效量之第二治療劑，視需要其中該投與係分開、循序或同時。
在一些實施例中，本文提供一種刺激有需要受試者之免疫系統之方法，該方法包括對該受試者投與有效量之本文描述之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，使得刺激該受試者之免疫系統。
在一些實施例中，本文提供本文描述之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，其用以製造治療有需要個體(individual)之疾病之藥劑。
在一些實施例中，本文提供一種製備參考蛋白之變體之方法，其中該參考蛋白結合至結合配偶體蛋白，且其中該參考蛋白中之結合域與該結合配偶體蛋白相互作用，該方法包括：將醣苷基化位點引入該參考蛋白之結合域中，其中該醣苷基化位點包含胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中引入該醣苷基化位點包括將至少一個胺基酸取代引入該參考蛋白之結合域之胺基酸序列中以產生胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中x係除脯胺酸外之任何胺基酸，且其中該N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N序列中之N、S或T殘基中之至少一者係胺基酸取代，以產生該參考蛋白之醣變體，其中該變體具有相較於該參考蛋白經減小的結合至該結合配偶體蛋白。視需要，該方法包括將至少兩個胺基酸取代引入該參考蛋白之結合域中，其中引入該醣苷基化位點包括將至少兩個胺基酸取代引入該參考蛋白之結合域之胺基酸序列中，以產生胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中該N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N序列中之N、S或T殘基係胺基酸取代。
在一些其他態樣中，本發明提供包含編碼本文提供之IL-2變體之核苷酸序列之重組溶瘤病毒、包含該等IL-2變體或溶瘤病毒之組合物，及與該等溶瘤病毒相關之方法及用途。在一些實施例中，該重組溶瘤病毒包含編碼包含SEQ ID NO: 29之胺基酸序列之人類IL-2變體之核苷酸序列。
在一些實施例中，重組溶瘤病毒另外包含編碼異源性胸苷激酶(TK)多肽之核苷酸序列。在一特定實施例中，異源性TK多肽係包含SEQ ID NO: 28之胺基酸序列之HSV-TK變體。
在一些實施例中，重組溶瘤病毒另外包含呈現病毒胸苷激酶缺陷之修飾。在一特定實施例中，該修飾係缺失病毒J2R基因之至少部分。
在一些其他實施例中，由本發明提供之重組溶瘤病毒另外包含增強子代病毒體之傳播之修飾。在一特定實施例中，該修飾導致病毒A34R基因產物中之K151E取代。
在一些實施例中，重組溶瘤病毒係重組牛痘病毒。在一特定實施例中，本發明提供包含以下之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒：a)編碼SEQ ID NO: 29之IL-2變體之核苷酸序列；b)編碼包含SEQ ID NO: 28之胺基酸序列之HSV-TK變體之核苷酸序列；c)編碼包含相對於野生型A34R基因產物之K151E取代之A34蛋白之A34R基因；及d)缺失病毒J2R基因之至少部分，其中該重組溶瘤牛痘病毒係毒株哥本哈根(Copenhagen)。在一特定實施例中，由病毒之A34R基因編碼之A34蛋白包含SEQ ID NO: 38之胺基酸序列。在另一特定實施例中，該病毒之A34R基因包含SEQ ID NO；39之核苷酸序列。
在一些其他態樣中，本發明提供包含重組溶瘤病毒之組合物，及使用該溶瘤病毒或組合物在患有腫瘤或癌症之個體中誘導溶瘤作用或治療癌症之方法。
在一些其他實施例中，本發明提供一種控制具有複製潛能之重組溶瘤病毒在已投與病毒之個體體內之複製之方法，其包括對該個體投與有效量之2’-去氧-鳥苷之合成類似物諸如更昔洛韋(ganciclovir)。
下文詳細描述其他態樣及實施例之實例。
相關申請案之參考
本申請案主張2020年7月14日申請之美國臨時專利申請案號63/051,628及2020年7月14日申請之美國臨時專利申請案號63/051,890之權益。該等臨時申請案中之各者之內容係以全文引用之方式併入本文中。
A.     定義 術語「抗體」係指能夠特異性結合至靶抗原諸如碳水化合物、多核苷酸、脂質、多肽等之免疫球蛋白分子。存在五種主要類別之免疫球蛋白：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且此等中之數種可另外分為子類(同型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。對應於不同類別之免疫球蛋白之重鏈恆定區分別稱為α、δ、ε、γ及μ。熟知不同類別之免疫球蛋白之子單元結構及三維構型。全IgG抗體分子含有兩個相同重鏈及兩個相同輕鏈。各重鏈及輕鏈含有可變區及恆定區。該重鏈及輕鏈之可變區各由三個互補決定區(CDR)連接四個框架區(FR)構成，該等互補決定區亦稱為高變區，且有助於形成抗體之抗原結合位點。如本文使用，術語「抗體」不僅包含全多株或單株抗體，除非另有規定，否則亦包含其與完整抗體競爭特異性結合之任何抗原結合部分，包含抗原結合部分之融合蛋白，及包含抗原識別位點之免疫球蛋白分子之任何其他經修飾構型。抗原結合部分包括(例如) Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、Fv、域抗體(dAb，例如，鯊魚及駱駝科抗體)、包括互補決定區(CDR)之片段、單鏈可變片段抗體(scFv)、巨型抗體、微型抗體、內抗體、雙功能抗體、三功能抗體、四功能抗體、v-NAR及雙scFv，及含有免疫球蛋白之至少一部分(該部分足以賦予該多肽特異性抗原結合)之多肽。
術語「簡併變體」係指相對於參考核酸序列具有鹼基取代但編碼與該參考核酸序列相同之胺基酸序列之核酸序列。
術語「有效量」係指對哺乳動物投與足以在該哺乳動物中引起所需效應之量。
術語「Fc區」或「Fc鏈」係指免疫球蛋白重鏈之C端區。該「Fc區」可為天然序列Fc區或變體Fc區。儘管免疫球蛋白重鏈之Fc區之邊界可變化，但人類IgG重鏈Fc區通常定義為自位置Cys226之胺基酸殘基或自Pro230延伸至其羧基端。該Fc區中之殘基之編號係與Kabat中相同之EU索引。Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，Public Health Service，National Institutes of Health，Bethesda，Md.，1991。免疫球蛋白之Fc區一般包含兩個恆定域，CH2及CH3。如此項技術中已知，Fc區可以二聚體或單體形式存在。
術語「Fc域」係指抗體之包含兩個Fc區/Fc鏈之區域。例如，在標準IgG形式中，抗體具有兩個重鏈，其等兩者均具有Fc區/Fc鏈。該等兩個Fc區/Fc鏈在本文中統稱為「Fc域」。
術語「宿主細胞」係指個別細胞或細胞培養物，其可為或已為用於併入多核苷酸插入物之載體之受體。宿主細胞包括單一宿主細胞之子代，且該子代由於天然、偶然或故意突變而可能未必與原始親代細胞完全相同(在形態學或基因體DNA互補體中)。宿主細胞包括用本發明之多核苷酸活體內轉染之細胞。
術語「免疫效應細胞增強劑」或「IEC增強劑」係指能夠增加或增強哺乳動物之一或多種類型之免疫效應細胞之數量、品質或功能之物質。免疫效應細胞之實例包括溶細胞CD8 T細胞、CD4 T細胞、NK細胞及B細胞。
術語「免疫抑制細胞抑制劑」或「ISC抑制劑」係指能夠減少或抑制哺乳動物之免疫抑制細胞之數量或功能之物質。免疫抑制細胞之實例包括調節T細胞(「Treg」)、髓源性抑制細胞及腫瘤相關巨噬細胞。
術語「免疫調節劑」係指能夠改變(例如，抑制、降低、增加、增強或刺激)宿主哺乳動物之先天、體液或細胞免疫系統之任何組分之免疫反應(如本文定義)或工作之物質。因此，術語「免疫調節劑」包含如本文定義之「免疫效應細胞增強劑」及如本文定義之「免疫抑制細胞抑制劑」，及影響哺乳動物之免疫系統之其他組分之物質。
術語「免疫反應」係指宿主哺乳動物之免疫系統對特定物質(諸如抗原或免疫原)之任何可偵測反應，諸如先天免疫反應(例如，鐸受體傳訊級聯之活化)、細胞介導之免疫反應(例如，由T細胞(諸如免疫系統之抗原特異性T細胞及非特異性細胞介導之反應))，及體液免疫反應(例如，由B細胞介導之反應，諸如抗體產生及分泌至血漿、淋巴液及/或組織液內)。
在本文中可互換使用的術語「個體(individual)」、「受試者(subject)」、「宿主」及「病患」係指哺乳動物，包括(但不限於)鼠類動物(例如，大鼠、小鼠)、兔類動物(例如，兔)、非人類靈長類動物、人類、犬科動物、貓科動物、有蹄類動物(例如，馬科動物、牛科動物、綿羊、豬、山羊)。
術語「腫瘤性疾患」係指細胞以異常高且不受控制之速率增殖之病症，該速率超過周圍正常組織之速率且與其不協調。其通常導致稱為「腫瘤」之實體病灶或腫塊。此術語包含良性及惡性腫瘤性疾患。在本發明中可與術語「癌症」互換使用之術語「惡性腫瘤性疾患」係指由腫瘤細胞擴散至體內其他位置之能力(稱為「轉移」)表徵之腫瘤性疾患。術語「良性腫瘤性疾患」係指腫瘤細胞缺乏轉移能力之腫瘤性疾患。
術語「溶瘤」病毒係指相較於正常(非癌性)細胞，優先感染並殺死癌細胞之病毒。
在本文中可互換使用之術語「多核苷酸」及「核酸」係指任何長度之核苷酸之聚合形式，核糖核苷酸或去氧核糖核苷酸。因此，此術語包括(但不限於)單股、雙股或多股DNA或RNA、基因體DNA、cDNA、DNA-RNA雜合體，或包含嘌呤及嘧啶鹼基或其他天然、經化學或生化修飾、非天然或衍生之核苷酸鹼基之聚合物。
術語「預防(preventing/prevent)」係指(a)防止疾患發生或(b)延遲疾患之發作或疾患之症狀之發作。
術語「複製潛能」病毒係指能夠感染特定宿主細胞並於其內複製之病毒。
術語「重組」病毒係指已活體外操作(例如，使用重組核酸技術)，以對病毒基因體引入變化及/或以對病毒蛋白引入變化之病毒。例如，重組病毒可包括野生型內源性核酸序列及突變體及/或外源性核酸序列。重組病毒亦可包括經修飾蛋白質組分。「重組牛痘病毒」係指基於牛痘病毒基因體主鏈修飾或構築之重組病毒。
術語「治療(treatment/treating)」及類似物係指獲得所需藥理學及/或生理學效應，諸如抑制疾患(即，阻止其發展)、緩解疾患(即，引起該疾患之消退、降低該疾患之嚴重程度或降低疾患症狀之發生頻率。
術語「治療有效量」或「有效量」係指當對受試者投與用於治療疾病時足以引起預期效應(諸如治療該疾病)之一種藥劑(例如，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒)之量或兩種或更多種藥劑(例如，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒及第二治療劑)之組合量。該「治療有效量」將取決於藥劑、疾病及其嚴重程度及待治療之受試者之年齡、體重等而變化。
術語「介白素-2」或「IL-2」係指任何哺乳動物物種(諸如人類、犬、貓、馬及牛)之野生型介白素-2蛋白。一種例示性野生型人類IL-2發現為Uniprot寄存編號P60568。全長野生型人類IL-2之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 21中。全長野生型人類IL-2含有在IL-2蛋白成熟期間移除之信號肽(前20個胺基酸)。不含有信號肽之人類IL-2之成熟活性形式之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 1中(APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)。除非另有說明，否則本文對人類IL-2序列中之特定胺基酸之所有提及均係指根據成熟IL-2蛋白之胺基酸序列(即SEQ ID NO: 1)編號之胺基酸。例如，IL-2 R38殘基係指如SEQ ID NO: 1顯示之胺基酸序列中之第38個殘基(R)。應瞭解，SEQ ID NO: 1之胺基酸序列中之R38殘基對應於SEQ ID NO: 21之胺基酸中之R58。
除非另有說明，否則術語「變體IL-2」、「IL-2變體」或「IL-2v」均係指含有相對於野生型IL-2蛋白之胺基酸序列之一或多個胺基酸取代並保留該野生型IL-2蛋白活性之至少部分之多肽。
術語「IL-2受體α」係指IL-2受體之α多肽鏈。「IL-2受體α」亦稱為且在本文中稱為「IL-2Ra」、「IL-2R α」、「IL-2Ra」及「CD25」。一種例示性野生型人類IL-2R α胺基酸序列發現為Uniprot寄存編號P01589。
術語「IL-2受體β」係指IL-2受體之β多肽鏈。「IL-2受體β」亦稱為且在本文中稱為「IL-2Rb」、「IL-2R β」、「IL-2Rb」及「CD122」。一種例示性野生型人類IL-2R β胺基酸序列發現為Uniprot寄存編號P14784。
術語「IL-2受體γ」係指IL-2受體之γ多肽鏈。「IL-2受體γ」亦稱為且在本文中稱為「IL-2Rγ」、「IL-2R γ」、「IL-2Rg」及「CD132」。一種例示性野生型人類IL-2R γ胺基酸序列發現為Uniprot寄存編號P31785。
術語「多肽」、「寡肽」、「肽」及「蛋白質」在本文中可互換使用以係指任何長度之胺基酸鏈。該鏈可為直鏈或分支鏈，其可包含經修飾胺基酸，及/或可間插非胺基酸。該術語亦包含已經天然或干預修飾之胺基酸鏈；例如，二硫鍵形成、醣苷基化、脂化、乙醯化、磷酸化，或任何其他操作或修飾，諸如與標記組分結合。該定義內亦包括(例如)含有一或多種胺基酸類似物(包括(例如)非天然胺基酸等)，及此項技術中已知的其他修飾之多肽。應瞭解，該等多肽可作為單鏈或相關鏈出現。
在提供值範圍之情況下，應瞭解，該範圍之上限值與下限值之間的各中介值(除非內文另有明確規定，否則精確至下限單位之十分之一)及該規定範圍中之任何其他規定值或中介值均包含於本發明內。此等較小範圍之上限值及下限值可獨立地包括於該較小範圍內，且亦包含於本發明內，受規定範圍內任何明確排除之限值限制。在該規定範圍包括該等限值中之一或兩者之情況下，排除彼等包括之限值中之一或兩者之範圍亦包括於本發明中。
除非另有定義，否則本文使用之所有技術及科學術語具有與本發明所屬領域中之一般技術者通常瞭解之含義相同之含義。儘管與彼等本文描述者類似或等同之任何方法及材料亦可用於本發明之實務及測試中，但現描述較佳方法及材料。本文提及之所有公開案均以引用之方式併入本文中以揭示及描述與引用之公開案相關之方法及/或材料。
如本文及隨附申請專利範圍中使用，除非內文另有明確規定，否則單數形式「一」、「一個」及「該」包括複數個參考物。因此，例如，對「牛痘病毒」之提及包括複數個此等牛痘病毒及對「變體IL-2多肽」之提及包括對熟習此項技術者已知的一或多種變體IL-2多肽及其等同物之提及等等。應另外注意，可擬定申請專利範圍以排除任何可選要素。因此，本聲明意欲用作在使用與敘述申請專利範圍要素相關的諸如「唯一地」、「僅」等排他性術語或使用「否定」限制之前置基礎。
應知曉為清楚起見而在各別實施例之內文中描述之本發明之某些特徵亦可與單一實施例組合提供。相反，為簡潔起見而在單一實施例之內文中描述之本發明之各種特徵亦可單獨或以任何合適之子組合提供。關於本發明之實施例之所有組合由本發明明確包含且經本文揭示，該揭示之程度就如同個別且明確地揭示每一個組合。另外，各種實施例及其要素之所有子組合亦由本發明明確包含且經本文揭示，該揭示之程度就如同個別且明確地揭示每一個此子組合。
本文討論之公開案係經提供僅用於在本申請案之申請日期前揭示。本文中之任何內容均不應視為承認本發明無權憑藉先前發明而先於此公開案。另外，所提供之公開案之日期可不同於可需獨立證實之實際公開案日期。
B.     IL-2變體及相關態樣 B-1.  IL-2變體 在一些第一態樣中，本發明提供具有相較於野生型人類IL-2胺基酸序列的一或多個胺基酸取代之IL-2變體(例如，人類IL-2變體)。在一些實施例中，相對於成熟人類野生型IL-2蛋白序列(SEQ ID NO: 1)，該IL-2變體包含下列胺基酸位置中之一或多者的一或多個取代：T3、K35、R38、L40、T41、K43、Y45、E62、K64、L72、Q74及C125。
在一些實施例中，IL-2變體包含在下列一或多組位置的胺基酸取代：R38及L40；T41及K43；K43及Y45；E62及K64；L72及Q74；R38、L40、K43及Y45；K43、Y45、L72及Q74；T3、R38、L40、K43及Y45；T3、K43、Y45、L72及Q74；R38、L40、K43、Y45及C125；K43、Y45、L72、Q74及C125；T3、R38、L40、K43、Y45及C125；T3、K43、Y45、L72、Q74及C125。
在一些實施例中，IL-2變體包含相對於成熟人類野生型IL-2蛋白的下列胺基酸取代中之一或多者：T3A、K35N、R38N、L40S、L40T、T41N、K43S、K43T、K43N、Y45S、Y45T、E62N、E62A、E62K、E62R、K64S、K64T、L72N、Q74S、Q74T、C125A、C125S。在一些特定實施例中，該IL-2變體包含相對於成熟人類IL-2蛋白的下列胺基酸取代中之一或多者：K35N、R38N、K43N、E62N或L72N。
在一些其他實施例中，本文提供之IL-2變體具有相較於野生型人類IL-2多肽經減小的、可忽略或不結合至IL-2Rα。本發明之IL-2變體另外具有相較於野生型人類IL-2多肽經減小的結合至或不結合至高親和力IL-2受體三級複合物(含有IL-2Rα + IL-2Rβ + IL-2Rγ)。本發明之IL-2變體保留結合至中等親和力二聚體IL-2受體複合物(含有IL-2Rβ + IL-2Rγ)之能力。
在一些實施例中，本文提供之IL-2變體中之胺基酸取代導致IL-2變體蛋白中之工程化N-醣苷基化位點。N-醣苷基化之共有序列係三個胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中N係天冬醯胺酸，x係除脯胺酸外之任何胺基酸，S係絲胺酸，及T係蘇胺酸。為在IL-2胺基酸序列中產生工程化N-醣苷基化位點，在一項實施例中，將天冬醯胺酸(N)取代引入該IL-2胺基酸序列內的與野生型絲胺酸(S)或蘇胺酸(T)殘基相隔一個胺基酸之位置處。在此情況下，該IL-2變體中產生胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中該N為胺基酸取代，且該T或該S為野生型胺基酸。在另一實施例中，將S或T取代引入該IL-2胺基酸序列內的與野生型N殘基相隔一個胺基酸之位置處。在此情況下，該IL-2變體中產生胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中該T或該S為胺基酸取代，且該N為野生型胺基酸。在另一實施例中，將N取代及S或T取代引入該IL-2胺基酸殘基內的彼此相隔一個胺基酸之位置處。在此情況下，該IL-2變體中產生胺基酸序列N-x-S、N-x-T、S-x-N或T-x-N，其中該T或該S為胺基酸取代，且該N亦為胺基酸取代。在一些實施例中，本文提供之IL-2變體可具有相較於野生型IL-2的多個取代，以於IL-2變體胺基酸序列中產生1、2、3、4或5個工程化N-醣苷基化位點/共有序列。
將一或多個工程化N-醣苷基化位點引入IL-2胺基酸序列內產生可於工程化N-醣苷基化位點經醣苷基化之IL-2變體。醣苷基化將寡醣部分連接至N (天冬醯胺酸)殘基；此寡醣亦稱為「聚醣」。在一些實施例中，基於引入該IL-2變體內之工程化N-醣苷基化位點之數量，本文提供之IL-2變體稱為「單聚醣」或「雙聚醣」等。例如，如本文使用，「單聚醣」 IL-2變體係指具有一個工程化醣苷基化位點之IL-2變體及「雙聚醣」 IL-2變體係指具有兩個工程化醣苷基化位點之IL-2變體。
在一些實施例中，工程化醣苷基化位點中之N殘基之醣苷基化抑制IL-2變體與IL-2Rα之相互作用。因此，在一些實施例中，本文提供含有一或多個胺基酸取代之IL-2變體，該等取代導致IL-2序列中之一或多個工程化N-醣苷基化位點，該等變體於工程化醣苷基化位點處經醣苷基化，且其等具有相較於野生型IL-2經減小的對IL-2Rα之親和力。不受理論束縛，咸信工程化N-醣苷基化位點上添加之聚醣基團藉由在空間上阻斷IL-2與IL-2Rα之間的相互作用來干預IL-2與IL-2Rα之間的結合。因此，例如，當藉由引入取代R38N及L40T (藉此產生序列N-x-T)將工程化N-醣苷基化位點引入本文提供之IL-2變體內時，位置38之N殘基可經醣苷基化。咸信於位置38添加至工程化N殘基之聚醣基團空間上干預IL-2與IL-2Rα之間的相互作用。
受關注分子(例如IL-2變體)與第二分子(例如IL-2Rα)之間的結合強度/結合親和力可藉由此項技術中已知的方法(例如等溫滴定量熱法(ITC)或表面電漿子共振(SPR))測定。通常，結合親和力報告為「KD 」值(平衡解離常數)。如本文使用，受關注分子/分析物(例如IL-2變體)與配體(例如IL-2Rα)之間的相較於參考分子/分析物(例如野生型IL-2)「經減小的結合」係指其中受關注分子以比該參考分子與該配體之間的結合親和力更低之親和力結合至該配體之情況。對於KD 值，較小數字表示較強結合親和力(例如1 nM之KD 係比5 nM之KD 更強之結合親和力)。當在相同結合條件下，IL-2變體與IL-2Rα之間的相互作用之KD 值係比野生型IL-2與IL-2Rα之間的相互作用之KD 值更大之數字時，IL-2變體具有相較於野生型IL-2經減小的結合至IL-2Rα。在一些實施例中，具有相較於野生型IL-2經減小的結合至IL-2Rα之IL-2變體具有在相同結合條件下比野生型IL-2與IL-2Rα之間的相互作用之KD 值大至少1.5、2、3、5、10、15、20、50、100、200或500倍之KD 值。在IL-2變體具有相較於野生型IL-2經減小的結合至IL-2Rα之情況中，在一些實施例中， a)野生型IL-2 - IL-2Rα相互作用之KD 值與b) IL-2變體- IL-2Rα相互作用之KD 值之比率[即(野生型IL-2 - IL-2Rα相互作用之KD 值) / (IL-2變體- IL-2Rα相互作用之KD 值)]係等於或小於約0.5、0.25、0.1、0.05、0.025、0.01、0.005、0.0025或0.001。在一些實施例中，具有相較於野生型IL-2經減小的結合至IL-2Rα之IL-2變體具有不可偵測的IL-2Rα結合，而野生型IL-2在相同結合條件下具有可偵測/可量測的IL-2Rα結合。
在一些實施例中，IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代K35N而產生。K35N取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號35至37之胺基酸序列係：N35-L36-T37。因此，考慮到N35取代及野生型T37胺基酸殘基之組合，藉由K35N取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T)。
在一些實施例中，IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代R38N及L40S或L40T而產生。R38N及L40S或L40T取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號38至40之胺基酸序列係：N38-M39-S40或N38-M39-T40。因此，藉由R38N及L40S或L40T取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T或N-x-S)。
在一些實施例中，IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代T41N及K43S或K43T而產生。T41N及K43S或K43T取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號41至43之胺基酸序列係：N41-F42-S43或N41-F42-T43。因此，藉由T41N及K43S或K43T取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T或N-x-S)。
在一些實施例中，IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代K43N及Y45S或Y45T而產生。K43N及Y45S或Y45T取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號43至45之胺基酸序列係：N43-F44-S45或N43-F44-T45。因此，藉由K43N及Y45S或Y45T取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T或N-x-S)。
在一些實施例中， IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代E62N及K64S或K64T而產生。E62N及K64S或K64T取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號62至64之胺基酸序列係：N62-L63-S64或N62-L63-T64。因此，藉由E62N及K64S或K64T取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T或N-x-S)。
在一些實施例中，IL-2變體中之工程化N-醣苷基化位點係藉由胺基酸取代L72N及Q74S或Q74T而產生。L72N及Q74S或Q74T取代後，工程化IL-2變體之胺基酸編號72至74之胺基酸序列係：N72-A73-S74或N72-A73-T74。因此，藉由L72N及Q74S或Q74T取代產生共有N-醣苷基化位點(N-x-T或N-x-S)。
在一些實施例中，本文提供之胺基酸取代不為工程化共有N-醣苷基化位點之部分，但該取代亦減小IL-2與IL-2Rα之間的結合親和力。例如，取代E62A、E62K及E62R減小IL-2與IL-2Rα之間的結合親和力但不為共有N-醣苷基化位點之部分。在另一實例中，可引入取代E62N而同時不在位置K64引入取代(即使得引入E62N取代而不產生工程化共有N-醣苷基化位點)。此等取代可例如與在IL-2變體中產生一或多個工程化共有N-醣苷基化位點之本文提供之其他胺基酸取代組合。
在一些實施例中，本文提供之胺基酸取代增加IL-2變體之同質性。例如，位置T3或C125之取代(例如，T3A、T3G、C125A或C125S)可增加IL-2蛋白之同質性，且可例如與在IL-2變體中產生一或多個工程化共有N-醣苷基化位點及/或減小IL-2與IL-2Rα之間的結合親和力之本文提供之其他胺基酸取代組合。
B-2.   包含IL-2變體之融合分子
在一些實施例中，本文提供IL-2融合蛋白，其包含由本發明提供之IL-2變體連接至另一蛋白質(諸如抗體或抗體之Fc區)。在一些其他實施例中，本文提供IL-2異二聚體蛋白，其包含由本發明提供之IL-2變體及兩個抗體Fc區，其中該IL-2變體係連接至該等Fc區中之一者且其中該等兩個Fc區係藉由二硫鍵共價連接。該IL-2融合蛋白及異二聚體蛋白統稱為IL-2 「融合分子」。此等IL-2融合分子可具有相較於單獨IL-2變體蛋白經改善的或另外性質，諸如增加之穩定性或活體內半衰期。在另一實例中，IL-2融合分子包含本文提供之IL-2變體共價連接至抗體之Fc區、重鏈或輕鏈。此等IL-2變體-抗體融合蛋白可靶向含有由該抗體識別之抗原之特異性細胞類型或組織(例如腫瘤細胞)。因此，此等IL-2變體-抗體融合蛋白可將IL-2變體遞送至所需細胞類型或組織類型，同時最小化該IL-2變體之脫靶/外周曝露及因此IL-2相關毒性。
在一些實施例中，IL-2融合蛋白包含多肽連接子(例如，異源性或同源性序列)於抗體與IL-2變體之間。該多肽連接子可連接或結合於該抗體之胺基端、羧基端或胺基及羧基兩端。在一些實施例中，該多肽連接子係甘胺酸-絲胺酸(GS)-連接子。
適用於本文提供之IL-2融合蛋白中之抗體可為單株抗體、多株抗體、抗體片段(例如，Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、Fc等)、嵌合抗體、雙特異性抗體、雜結合抗體、單鏈(ScFv)、其突變體、包含抗體部分(例如，域抗體)之融合蛋白、人類化抗體，及包含具有所需特異性之抗原識別位點之免疫球蛋白分子之任何其他經修飾構型，包括抗體之醣苷基化變體、抗體之胺基酸序列變體，及經共價修飾之抗體。該等抗體可為鼠類動物、大鼠、人類，或任何其他來源(包括嵌合或人類化抗體)。
在一些實施例中，抗體具有選自由以下組成之群之同型：IgG1 、IgG2 、IgG2Δa 、IgG4 、IgG4Δb 、IgG4Δc 、IgG4 S228P、IgG4Δb S228P及IgG4Δc S228P。在一些實施例中，如本文描述之IL-2融合蛋白之抗體包含Fc域，諸如該Fc域可為人類IgG1、IgG2或IgG4。
在一些實施例中，抗體於鉸鏈區中之位置223，視需要225，及228 (例如，(C223E或C223R)、(E225R)及(P228E或P228R))及於人類IgG2之CH3區中之位置409或368 (例如，K409R或L368E (EU編號方案))包含胺基酸修飾。在一些其他實施例中，該等抗體於鉸鏈區中之位置221及228 (例如，(D221R或D221E)及(P228R或P228E))及於人類IgG1之CH3區中之位置409或368 (例如，K409R或L368E (EU編號方案))包含胺基酸修飾。在又其他實施例中，該等抗體於人類IgG1之CH3區中之位置349、354、366、368及/或407 (EU編號方案)包含胺基酸修飾，例如，Y349C、S354C、T366W、T366S、L368A及/或Y407V。在一些其他實施例中，該等抗體於鉸鏈區中之位置228 (例如，(S228D、S228E、S228R或S228K))及於人類IgG4之CH3區中之位置409或368 (例如，R409K、R409或L368E (EU編號方案))包含胺基酸修飾。在一些其他實施例中，該等抗體於人類IgG2之位置265 (例如，D265A)、330 (例如，A330S)及331 (例如，P331S)中之一或多者；或人類IgG1之一或多個位置234 (例如，L234A)、235 (例如，L235A)及237 (例如，G237A)包含胺基酸修飾。在一些其他實施例中，該等抗體包含人類IgG4之胺基酸修飾E233P / F234V / L235A (IgG4Δc )。在又另一實施例中，該等胺基酸修飾係缺失人類IgG4 之G236 (IgG4Δb )之E233P / F234V / L235A。
在一些實施例中，本文提供之IL-2融合蛋白中之抗體包含經修飾恆定區，該恆定區具有增加之或減小之對人類Fc γ受體之結合親和力，係免疫惰性或部分惰性，例如，不觸發補體介導之溶解、不刺激抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)或不活化小神經膠質細胞；或在下列之任一者或多者中具有降低之活性(相較於未經修飾抗體)：觸發補體介導之溶解、刺激ADCC或活化小神經膠質細胞。該恆定區之不同修飾可用以達成效應功能之最佳化濃度及/或組合。參見例如Morgan等人，Immunology 86:319-324，1995；Lund等人，J. Immunology 157:4963-9 157:4963-4969，1996；Idusogie等人，J. Immunology 164:4178-4184，2000；Tao等人，J. Immunology 143：2595-2601，1989；及Jefferis等人，Immunological Reviews 163:59-76，1998。在一些實施例中，該恆定區係如Eur. J. Immunol.，1999，29:2613-2624；PCT公開案號WO99/058572中描述般修飾。
在一些實施例中，可修飾抗體恆定區以避免與Fc γ受體及補體及免疫系統相互作用。用於製備此等抗體之技術描述於WO 99/58572中。例如，若該抗體用於人類之臨床試驗及治療中，則可工程化該恆定區以更類似人類恆定區來避免免疫反應。參見例如美國專利第5,997,867及5,866,692號。
在又其他實施例中，抗體恆定區之N連接之醣苷基化係經去醣苷基化。在一些實施例中，該恆定區之N連接之醣化係藉由使寡醣附著殘基及/或為該恆定區中之N-醣苷基化識別序列部分之側翼殘基突變而經去醣苷基化。例如，N-醣苷基化位點N297可突變為(例如) A、Q、K或H。參見Tao等人，J. Immunology 143：2595-2601，1989；及Jefferis等人，Immunological Reviews 163:59-76，1998。在一些實施例中，該恆定區之N連接之醣苷基化係經去醣苷基化。該恆定區之N連接之醣苷基化可以酶催化(諸如由酶PNGase移除碳水化合物)，或藉由在缺乏醣苷基化之宿主細胞中表現而經去醣苷基化。
用於本文提供之IL-2融合蛋白中之其他抗體之實例包括抗CTLA-4抗體、抗CD3抗體、抗CD4抗體、抗CD8抗體、抗4-1BB抗體、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗TIM3抗體、抗LAG3抗體、抗TIGIT抗體、抗OX40抗體、抗IL-7Rα (CD127)抗體、抗IL-8抗體、抗IL-15抗體、抗HVEM抗體、抗BTLA抗體、抗CD40抗體、抗CD40L抗體、抗CD47抗體、抗CSF1R抗體、抗CSF1抗體、抗MARCO抗體、抗CXCR4抗體、抗VEGFR1抗體、抗VEGFR2抗體、抗TNFR1抗體、抗TNFR2抗體、抗CD3雙特異性抗體、抗CD19抗體、抗CD20、抗Her2抗體、抗EGFR抗體、抗ICOS抗體、抗CD22抗體、抗CD52抗體、抗CCR4抗體、抗CCR8抗體、抗CD200R抗體、抗VISG4抗體、抗CCR2抗體、抗LILRb2抗體、抗CXCR4抗體、抗CD206抗體、抗CD163抗體、抗KLRG1抗體、抗FLT3抗體、抗B7-H4抗體、抗B7-H3抗體、KLRG1抗體、抗BTN1A1抗體、抗UL16結合蛋白2 (ULBP2)抗體及抗GITR抗體。
本文提供之IL-2變體及融合分子可連接至標記劑諸如螢光分子、放射性分子或此項技術中已知的任何其他標記。此項技術中已知一般提供(直接或間接)信號之標記。
本文提供之IL-2變體及融合分子可藉由此項技術中已知的方法(例如，合成或重組)構築。通常，本發明之融合蛋白係藉由使用本文描述之重組方法製備並表現編碼其等之多核苷酸而製得，然而其等亦可藉由此項技術中已知的其他方式(包括例如化學合成)製備。
B-3.  多核苷酸、載體及宿主細胞 本發明亦提供編碼如本文描述之IL-2變體蛋白、IL-2變體融合蛋白及其他多肽中之任一者之多核苷酸。在一特定實施例中，本文提供編碼含有取代R38N、L40T、K43N及Y45T之IL-2變體之多核苷酸，其中該多核苷酸包含以下核苷酸序列：GCCCCTACCAGCTCCTCCACCAAGAAGACCCAGCTGCAGCTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTAAACGGCATCAACAACTACAAGAACCCCAAGCTGACTAATATGACCACCTTCAACTTCACTATGCCCAAGAAGGCCACCGAGCTGAAGCACCTCCAGTGTTTAGAGGAGGAGCTGAAGCCTTTAGAGGAGGTGCTGAATTTAGCCCAGAGCAAGAATTTCCATTTAAGGCCTCGTGATTTAATCAGCAACATCAACGTGATCGTGCTGGAGCTGAAAGGCTCCGAGACCACCTTCATGTGCGAGTACGCCGACGAGACCGCCACCATCGTGGAGTTTTTAAATCGTTGGATCACCTTCTGCCAGAGCATCATCAGCACTTTAACC (SEQ ID NO: 32)。
本發明亦包含與任何此等序列互補之多核苷酸。多核苷酸可為單股(編碼或反義)或雙股，且可為DNA (基因體、cDNA或合成)或RNA分子。RNA分子包括HnRNA分子(其等含有內含子且以一對一的方式對應於DNA分子)及mRNA分子(其等不含內含子)。另外編碼或非編碼序列可(但不必)存在於本發明之多核苷酸內，且多核苷酸可(但不必)連接至其他分子及/或撐體材料。一般技術者應知曉，由於遺傳密碼簡併性，因此存在許多編碼如本文描述之多肽之核苷酸序列。編碼相同多肽序列之不同核苷酸序列亦稱為「簡併變體」。
在一些其他實施例中，本發明提供載體(諸如表現載體)，其包含編碼本文提供之IL-2變體之核苷酸序列。表現載體之實例包括質體、病毒載體(諸如來源於腺病毒、腺相關病毒、反轉錄病毒之載體)、黏接質體，及PCT公開案號WO 87/04462中揭示之表現載體。載體組分一般包括下列組分中之一或多者：信號序列；複製起源；一或多種標識基因；合適之轉錄控制元件(諸如啟動子、強化子及終止子)。對於表現(即，轉譯)，通常亦需一或多種轉譯控制元件，諸如核糖體結合位點、轉譯起始位點及終止密碼子。表現載體可用以在受試者中直接表現IL-2變體或IL-變體融合蛋白。熟習此項技術者熟悉投與表現載體以獲得活體內外源性蛋白之表現。參見例如美國專利第6,436,908；6,413,942；及6,376,471號。表現載體之投與包括局部或全身投與，包括注射、經口投與、粒子槍或導管投與及局部投與。在另一實施例中，表現載體係對交感神經幹或神經節直接投與，或投與至冠狀動脈、心房、心室或心包內。
本發明亦提供包含本文描述之多核苷酸或載體中之任一者之宿主細胞。出於分離編碼受關注之抗體、多肽或蛋白質之基因之目的，可使用能夠過表現異源性DNA之任何宿主細胞。哺乳動物宿主細胞之非限制性實例包括(但不限於) COS、HeLa及CHO細胞。亦參見PCT公開案號WO 87/04462。合適之非哺乳動物宿主細胞包括原核生物(諸如大腸桿菌(E. coli )或枯草芽孢桿菌(B. subtillis ))及酵母菌(諸如釀酒酵母(S. cerevisae )、裂殖酵母(S. pombe )；或乳酸克魯維斯酵母(K. lactis ))。
B-4.  預防或治療病症之組合物及方法 在另一態樣中，本發明提供包含有效量之如本文描述之IL-2變體或IL-2變體融合分子之醫藥組合物。在一些實施例中，該組合物包括包含抗ULBP2抗體及人類IL-2變體之IL-2變體融合蛋白，其中該人類IL-2變體係共價連接至該抗體之Fc域。在一些實施例中，該醫藥組合物另外包含醫藥上可接受之載劑。適用於包含IL-2變體或融合分子之醫藥組合物中之醫藥上可接受之載劑之實例包括彼等適用於包含如本文下文描述之重組溶瘤病毒之醫藥組合物者。
在另一態樣中，本發明提供治療癌症或腫瘤之方法、抑制腫瘤生長或進展之方法，或抑制受試者中癌細胞轉移之方法，其包括對有需要受試者投與有效量之包含如本文描述之IL-2變體或IL-2變體融合分子之組合物(例如，醫藥組合物)。
癌症可為液體癌症或實體癌症。液體癌症之實例包括多發性骨髓瘤、霍奇金氏(Hodgkin’s)淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、急性骨髓性白血病及其他造血細胞相關癌症。可用本文提供之方法治療之其他腫瘤或癌症之實例包括彼等可用由如下文描述之本發明提供之重組溶瘤病毒治療者。
如本文描述之IL-2變體或IL-2變體融合分子可經由任何合適途徑諸如靜脈內、肌內、腹膜內、腦脊髓內、透皮、皮下、關節內、舌下、滑膜內，經由吹氣、鞘內、經口、吸入或局部途徑而對受試者投與。
在一些實施例中，IL-2變體或IL-2變體融合分子係與一或多種另外治療劑組合投與。另外治療劑之實例包括生物治療劑、化學治療劑、疫苗、基於CAR-T細胞之療法、放射療法、另一細胞介素療法(例如，免疫刺激細胞介素，包括各種刺激免疫反應之傳訊蛋白，諸如干擾素、介白素及造血生長因子)、其他免疫抑制途徑之抑制劑、血管生成抑制劑、T細胞活化劑、代謝途徑之抑制劑、mTOR (雷帕黴素(rapamycin)之機械標靶)抑制劑(例如，雷帕黴素、雷帕黴素衍生物、西羅莫司(sirolimus)、替西羅莫司(temsirolimus)、依維莫司(everolimus)及去福莫司(deforolimus))、腺苷途徑之抑制劑、酪胺酸激酶抑制劑(諸如英利達(inlyta))、ALK (間變性淋巴瘤激酶)抑制劑(例如，克唑替尼(crizotinib)、色瑞替尼(ceritinib)、艾樂替尼(alectinib)及舒尼替尼(sunitinib))、BRAF抑制劑(例如，威羅非尼(vemurafenib)及達拉非尼(dabrafenib))、表觀遺傳修飾劑、Treg細胞及/或髓源性抑制細胞之抑制劑或耗竭劑、JAK (Janus激酶)抑制劑(例如，魯索替尼(ruxolitinib)及托法替尼(tofacitinb)、巴瑞替尼(varicitinib)、非戈替尼(filgotinib)、甘多替尼(gandotinib)、來他替尼(lestaurtinib)、莫羅替尼(momelotinib)、派克替尼(pacritinib)及烏帕替尼(upadacitinib))、STAT (信號轉導物及轉錄活化物)抑制劑(例如，STAT1、STAT3及STAT5抑制劑(諸如氟達拉濱(fludarabine)))、細胞週期蛋白依賴性激酶抑制劑、免疫原性劑(例如，減毒癌細胞、腫瘤抗原、抗原呈遞細胞(諸如用腫瘤衍生之抗原或核酸脈衝之樹突細胞)、MEK抑制劑(例如，曲美替尼(trametinib)、考比替尼(cobimetinib)、比美替尼(binimetinib)及司美替尼(selumetinib))、GLS1抑制劑、PAP抑制劑、溶瘤病毒、IDO (吲哚胺-吡咯2,3-二氧酶)抑制劑、PRR (樣式辨識受體)促效劑，及用編碼免疫刺激細胞介素(諸如(但不限於) GM-CSF))之基因轉染之細胞。
在一些實施例中，IL-2變體或IL-2變體融合分子係聯合例如以下使用：抗PD-L1拮抗劑抗體；抗PD-1拮抗劑抗體，諸如納武單抗(nivolumab) (OPDIVO®)、派姆單抗(pembrolizumab) (KEYTRUDA®)及薩桑利單抗(sasanlimab)；抗CTLA-4拮抗劑抗體，諸如，例如伊匹單抗(ipilimumab) (YERVOY®)；抗LAG-3拮抗劑抗體，諸如BMS-986016及IMP701；抗TIM-3拮抗劑抗體；抗B7-H3拮抗劑抗體，諸如，例如MGA271；抗VISTA拮抗劑抗體；抗TIGIT拮抗劑抗體；抗CD28拮抗劑抗體；抗CD80抗體；抗CD86抗體；抗B7-H4拮抗劑抗體；抗ICOS促效劑抗體；抗CD28促效劑抗體；先天免疫反應調節劑(例如，TLR、KIR、NKG2A)；IDO抑制劑；4-1BB (CD137)促效劑，諸如PF-05082566或烏瑞蘆單抗(urelumab) (BMS-663513)；OX40促效劑(諸如抗OX-40促效劑抗體)；GITR促效劑(諸如TRX518)；及細胞介素(聚乙二醇化或非聚乙二醇化)療法(諸如IL-10、IL-12、IL-7、IL-15、IL-21、IL-33、CSF-1、MCSF-1等)。
B-5.  本發明之非限制性實施例之實例 下文條項中描述關於由本發明提供之IL-2變體之本發明之其他實施例之實例。
條項1. 一種經分離人類介白素2 (IL-2)變體，該變體包含相較於野生型人類IL-2的至少一個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的一或多個取代： a) K35， b) R38及L40兩者， c) T41及K43兩者， d) K43及Y45兩者， e) E62及K64兩者，及 f) L72及Q74兩者。
條項2. 如條項1之IL-2變體，其中該變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的一或多個取代： a) K35，其中該K35取代係K35N， b) R38及L40兩者，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T， c) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T， d) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T， e) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，及 f) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T。
條項3. 如條項1或2之IL-2變體，其中該IL-2變體包含位置K35的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) R38及L40兩者，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T， b) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T， c) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T， d) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， e) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 f) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
條項4. 如條項1或2之IL-2變體，其中該IL-2變體包含位置R38及L40的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) T41及K43兩者，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T， b) K43及Y45兩者，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T， c) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， d) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 e) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
條項5. 如條項1或2之IL-2變體，其中該IL-2變體包含位置T41及K43的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， b) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 c) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
條項6. 如條項1或2之IL-2變體，其中該IL-2變體包含位置K43及Y45的取代，且其中該IL-2變體另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) E62及K64兩者，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， b) L72及Q74兩者，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 c) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
條項7. 如條項1或2之IL-2變體，其中該IL-2變體包含位置E62及K64的取代，且其中該IL-2變體另外包含位置L72及Q74的取代，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T。
條項8. 一種經分離人類介白素2 (IL-2)變體，該變體包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含選自由以下組成之群之胺基酸位置的取代： a) R38、L40、K43及Y45中之各者；或 b) K43、Y45、L72及Q74中之各者。
條項9. 如條項8之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且其中該R38取代係R38N。
條項10. 如條項8或9中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸位置R38、L40、K43及Y45的取代，且其中該L40取代係L40T。
條項11. 如條項8至10中任一項之IL-2變體，其中該K43取代係K43N。
條項12. 如條項8至11中任一項之IL-2變體，其中該Y45取代係Y45T。
條項13. 如條項8之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74之取代，且其中該L72取代係L72N。
條項14. 如條項8或13中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸位置K43、Y45、L72及Q74的取代，且其中該Q74取代係Q74T。
條項15. 如條項8至12中任一項之IL-2變體，其中該R38取代係R38N及該K43取代係K43N。
條項16. 如條項8或11至14中任一項之IL-2變體，其中該K43取代係K43N及該L72取代係L72N。
條項17. 如條項8至12中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸取代R38N、L40T、K43N及Y45T。
條項18. 如條項17之IL-2變體，其中該IL-2變體包含如SEQ ID NO: 31中顯示之胺基酸序列。
條項19. 如條項8、11至14或16中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體包含胺基酸取代K43N、Y45T、L72N及Q74T。
條項20. 如條項19之IL-2變體，其中該IL-2變體包含如SEQ ID NO: 35中顯示之胺基酸序列。
條項21. 一種經分離人類介白素2 (IL-2)變體，其包含如SEQ ID NO: 31或35中顯示之胺基酸序列。
條項22. 一種經分離人類介白素2 (IL-2)變體，該變體包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含四個胺基酸取代R38N、L40T、K43N及Y45T。
條項23. 一種經分離人類介白素2 (IL-2)變體，該變體包含相較於野生型人類IL-2的至少四個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含四個胺基酸取代K43N、Y45T、L72N及Q74T。
條項24. 如條項1至23中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體具有相較於野生型人類IL-2經減小的結合至人類IL-2受體α (IL-2Rα)。
條項25. 如條項1至24中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體係於經引入之天冬醯胺酸(N)殘基取代上經醣苷基化。
條項26. 如條項1至25中任一項之IL-2變體，其中該IL-2變體另外包含位置T3及C125中之一或兩者的取代。
條項27. 如條項26之IL-2變體，其中該T3及C125取代係選自由以下組成之群：T3A、T3G、C125A及C125S。
條項28. 一種經分離融合蛋白，其包含：a)如條項1至27中任一項之IL-2變體；及b)人類抗體之Fc區，其中該IL-2變體係共價連接至該Fc區。
條項29. 一種異二聚體蛋白，其包含：a)如條項28之經分離融合蛋白，其中該人類抗體之Fc區係第一Fc區；及b)人類抗體之第二Fc區，其中該第一Fc區及該第二Fc區係由至少一個二硫鍵共價連接。
條項30. 如條項29之異二聚體蛋白，其中該第一Fc區包含相較於野生型人類IgG Fc區的至少一個胺基酸修飾以形成杵或臼，其中該第二Fc區包含相較於野生型人類IgG Fc區的至少一個胺基酸修飾以形成杵或臼，且其中該第一及第二Fc區中之一者含有杵及該第一及第二Fc區中之一者含有臼。
條項31. 如條項30之異二聚體蛋白，其中包含杵之Fc區包含突變Y349C及T366W，且其中包含臼之Fc區包含突變S354C、T366S、L368A及Y407V。
條項32. 一種經分離融合蛋白，其包含：a)如條項1至27中任一項之IL-2變體；及b)包含Fc域之抗體，其中該Fc域包含第一Fc區及第二Fc區，其中該IL-2變體係共價連接至該抗體之Fc區。
條項33. 如條項32之經分離融合蛋白，其中該Fc域具有相較於野生型Fc域經減小的或不具有抗體依賴性細胞毒性(ADCC)活性。
條項34. 一種經分離融合蛋白，其包含：a)如條項1至27中任一項之IL-2變體；及b)包含Fc域之抗體，其中該抗體包含第一輕鏈及第二輕鏈，其中該IL-2變體係共價連接至該抗體之輕鏈。
條項35. 如條項34之經分離融合蛋白，其中該Fc域具有相較於野生型Fc域經減小的或不具有抗體依賴性細胞毒性(ADCC)活性。
條項36. 如條項32至35中任一項之融合蛋白，其中該抗體結合至腫瘤或免疫細胞。
條項37. 如條項32至36中任一項之融合蛋白，其中該抗體係選自由以下組成之群：抗B7H4抗體、抗CTLA-4抗體、抗CD3抗體、抗B7H4/抗CD3雙特異性抗體、抗CD28抗體、抗B7H4 /抗CD28雙特異性抗體、抗EDB1抗體、抗ULBP2抗體、抗CD4抗體、抗CD8抗體、抗4-1BB抗體、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗TIM3抗體、抗LAG3抗體、抗TIGIT抗體、抗OX40抗體、抗IL-8抗體、抗IL-7Rα (CD127)抗體、抗IL15抗體、抗HVEM抗體、抗BTLA抗體、抗CD40抗體、抗CD40L抗體、抗CD47抗體、抗CSF1R抗體、抗CSF1抗體、抗MARCO抗體、抗CXCR4抗體、抗VEGFR1抗體、抗VEGFR2抗體、抗TNFR1抗體、抗TNFR2抗體、抗CD3雙特異性抗體、抗CD19抗體、抗CD20、抗Her2抗體、抗EGFR抗體、抗ICOS抗體、抗CD22抗體、抗CD52抗體、抗CCR4抗體、抗CCR8抗體、抗CD200R抗體、抗VISG4抗體、抗CCR2抗體、抗LILRb2抗體、抗CXCR4抗體、抗CD206抗體、抗CD163抗體、抗KLRG1抗體、抗FLT3抗體、抗B7H3抗體、KLRG1抗體及抗GITR抗體。
條項38. 如條項22至37中任一項之經分離融合蛋白或異二聚體蛋白，其中該IL-2變體係藉由多肽連接子及/或多肽標籤分別共價連接至Fc區或輕鏈。
條項39. 一種細胞系，其產生如條項1至38中任一項之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白。
條項40. 一種經分離核酸，其編碼如條項1至38中任一項之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白。
條項41. 一種重組表現載體，其包含如條項40之核酸。
條項42. 一種宿主細胞，其包含如條項40之經分離核酸或如條項41之表現載體。
條項43. 一種產生如條項1至38中任一項之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白之方法，該方法包括在適用於表現該IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白之條件下培養如條項42之宿主細胞。
條項44. 一種IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白，其係根據如條項43之方法產生。
條項45. 一種醫藥組合物，其包含如條項1至38中任一項之IL-2變體、融合蛋白或異二聚體蛋白，及醫藥上可接受之載劑。
條項46. 一種用於治療癌症之套組，其包含如條項45之醫藥組合物，及用於對有需要受試者投與該組合物之使用說明。
條項47. 一種用於治療有需要受試者之疾病之方法，該方法包括對該受試者投與有效量之如條項1至38或45中任一項之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，使得該受試者中與該疾病相關聯之一或多種症狀減輕。
條項48. 如條項47之方法，其中該疾病係癌症。
條項49. 如條項48之方法，其中該疾病係實體癌症。
條項50. 如條項48之方法，其中該疾病係液體癌症。
條項51. 如條項47至50中任一項之方法，其中該癌症係復發性、難治性或轉移性。
條項52. 如條項47至51中任一項之方法，其中該方法另外包括投與有效量之第二治療劑，視需要其中該投與係分開、循序或同時。
條項53. 如條項52之方法，其中該第二治療劑係選自由以下組成之群之抗體：抗CTLA-4抗體、抗CD3抗體、抗CD4抗體、抗CD8抗體、抗4-1BB抗體、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗TIM3抗體、抗LAG3抗體、抗TIGIT抗體、抗OX40抗體、抗IL-7Rα (CD127)抗體、抗IL-8抗體、抗IL-15抗體、抗HVEM抗體、抗BTLA抗體、抗CD40抗體、抗CD40L抗體、抗CD47抗體、抗CSF1R抗體、抗CSF1抗體、抗IL-7R抗體、抗MARCO抗體、抗CXCR4抗體、抗VEGF抗體、抗VEGFR1抗體、抗VEGFR2抗體、抗TNFR1抗體、抗TNFR2抗體、抗CD3雙特異性抗體、抗CD19抗體、抗CD20、抗Her2抗體、抗EGFR抗體、抗ICOS抗體、抗CD22抗體、抗CD 52抗體、抗CCR4抗體、抗CCR8抗體、抗CD200R抗體、抗VISG4抗體、抗CCR2抗體、抗LILRb2抗體、抗CXCR4抗體、抗CD206抗體、抗CD163抗體、抗KLRG1抗體、抗FLT3抗體、抗B7-H4抗體、抗B7-H3抗體、KLRG1抗體、BTN1A1抗體及抗GITR抗體。
條項54. 一種刺激有需要受試者之免疫系統之方法，該方法包括對該受試者投與有效量之如條項1至38或45中任一項之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，使得刺激該受試者之免疫系統。
條項55. 如條項1至38或45中任一項之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，其用以治療有需要個體之疾病。
條項56. 如條項55使用之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，其中該疾病係癌症，視需要其中該癌症係實體癌症或液體癌症及/或該癌症係復發性、難治性或轉移性。
條項57. 如條項55或56中任一項使用之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，其中該用途係與第二治療劑組合，視需要其中該組合係同時、一起或同時投與。
條項58. 如條項1至38或45中任一項之IL-2變體、融合蛋白、異二聚體蛋白或醫藥組合物，其用以製造治療有需要個體之疾病之藥劑。
C.     重組溶瘤病毒及相關態樣 C-1.  重組溶瘤病毒 在一些其他態樣中，本發明提供包含編碼本文上文描述之IL-2變體(諸如人類IL-2變體IL-2gv1或IL-2gv2)之經插入核苷酸序列(轉基因)之重組溶瘤病毒。該病毒可由此項技術中已知的各種溶瘤病毒構築，包括腺病毒、1型單純疱疹病毒、2型單純疱疹病毒、痘病毒、反轉錄病毒、棒狀病毒、副黏液病毒或里奧病毒、水泡性口炎病毒、新城病病毒、牛痘病毒，及此等較大群體內之任何物種或毒株。在一些實施例中，該重組溶瘤病毒具有複製潛能。在一些實施例中，該重組溶瘤病毒係無複製潛能。在一些實施例中，該重組溶瘤病毒係牛痘病毒。在一特定實施例中，該重組溶瘤病毒係重組牛痘病毒哥本哈根毒株。
在一些實施例中，包含編碼IL-2變體之經插入核苷酸序列之重組溶瘤病毒另外包含對該病毒之病毒基因體、蛋白質或其他組分之一或多種修飾或突變，其增加或增強該病毒之一或多種所需抗腫瘤性質，諸如增加或改善之腫瘤選擇性、增強之細胞外被膜病毒(EEV)產生、增強之子代病毒體傳播、經改善之安全性及PET-CT成像或增強之抗腫瘤免疫反應。
本文下文詳細描述對病毒基因體之特定修飾或突變之實例。
C-1A.     IL-2變體 如上文描述，由本發明提供之重組OV (諸如重組VV)包含編碼本文上文描述之IL-2變體之經插入核苷酸序列。
在一些實施例中，重組OV包含編碼野生型IL-2多肽(諸如人類IL-2多肽或鼠類動物IL-2多肽，或其變體)之核苷酸序列。野生型人類IL-2 (hIL-2)多肽之成熟形式之胺基酸序列係闡述於SEQ ID NO: 1中。野生型hIL-2多肽之全長前體形式之胺基酸序列係闡述於SEQ ID NO: 21中。該野生型hIL-2多肽之前體形式包括信號肽(例如，MYRMQLLSCIALSLALVTNS (SEQ ID NO: 22))。野生型小鼠IL-2 (mIL-2)多肽之成熟形式之胺基酸序列係闡述於SEQ ID NO: 23中。小鼠野生型IL-2多肽之前體形式之胺基酸序列係闡述於SEQ ID NO: 24中。
在一些實施例中，變體介白素-2 (IL-2v)多肽具有相較於野生型人類IL-2多肽經減小的結合至IL-2受體α (「IL-2Ra」 / CD25)，或經減小的結合至高親和力三聚體IL-2受體複合物(含有IL-2Ra + IL-2Rb + IL-2Rg)，但保留結合至中等親和力二聚體IL-2受體複合物(含有IL-2Rb + IL-2Rg)之能力。
在一些其他實施例中，當在投與重組OV之受試者中表現時，IL-2v多肽具有經減小毒性、經減小免疫抑制T調節細胞(T-reg細胞)刺激，或另外經減小免疫抑制活性。
IL-2v多肽之編碼核苷酸序列存在於重組OV之基因體中且可稱為「轉基因」。該IL-2v多肽之編碼核苷酸序列非天然存在於野生型牛痘病毒中且因此與野生型牛痘病毒異源。因此，該IL-2v多肽之編碼核苷酸序列可稱為編碼變體IL-2多肽之「異源性核苷酸序列」或「經插入核苷酸序列」。
在一些情況下，由本發明之重組OV編碼之IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2經減小的非所需生物活性。在一些情況下，該經減小非所需生物活性係藉由量測相較於野生型IL-2在CD25+ CD4+ Treg細胞中誘導增加之pSTAT5濃度上之效力來測定。在一些情況下，IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2在CD25+ CD4+ Treg細胞中誘導增加之pSTAT5濃度上，經減小的濃度效力。在一些情況下，IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2在CD25+ CD4+ Treg細胞中誘導增加之pSTAT5濃度上經減小至少1、至少2或至少3 log的濃度效力。在一些情況下，IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2在CD25+ CD4+ Treg細胞中誘導增加之pSTAT5濃度上經減小約1、約2或約3 log的濃度效力。在一些情況下，該經減小非所需生物活性係藉由量測相較於野生型IL-2的在用由重組牛痘病毒編碼之IL-2v多肽治療後之促發炎細胞介素濃度測定，如實例9中揭示。在一些情況下，IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2(例如使用實例9中揭示之測試)經減小的促發炎細胞介素濃度。在一些情況下，IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2經減小至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少100%的促發炎細胞介素濃度。
在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列，該IL-2v多肽包括信號肽(例如，MYRMQLLSCIALSLALVTNS (SEQ ID NO: 22)。因此，例如，在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列，該IL-2v多肽具有與SEQ ID NO: 21 (MYRMQLLSCIALSLALVTNSAPTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)中描述之IL-2胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性，且基於SEQ ID NO: 21中描述之胺基酸序列之胺基酸編號，包含該IL-2之F62、Y65及L92中之一或多者之取代。應知曉，SEQ ID NO: 21中描述之IL-2胺基酸序列之F62、Y65及L92對應於SEQ ID NO: 1中描述之胺基酸序列之F42、Y45及L72。
其他合適之IL-2v多肽包括(例如)包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性之胺基酸序列且包含F76A、Y79A及L106G取代(即，包含Ala-76、Ala-79及Gly-106)之小鼠IL-2v多肽。編碼SEQ ID NO: 3之IL-2v多肽之核苷酸序列係闡述於SEQ ID NO: 2中。
在一些情況下，編碼小鼠IL-2v多肽之核苷酸序列係經密碼子最佳化以用於牛痘病毒。編碼經密碼子最佳化以用於牛痘病毒之小鼠IL-2v多肽之核苷酸序列的實例係闡述於SEQ ID NO: 19中。
其他合適之IL-2v多肽包括(例如)包含與SEQ ID NO: 14之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性之胺基酸序列且包含F62A、Y65A及L92G取代(即，包含Ala-62、Ala-65及Gly-92)之人類IL-2v多肽。
編碼IL-2v多肽之合適核苷酸序列之實例包括(例如)編碼人類IL-2v多肽且與SEQ ID NO: 12之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列，其中該經編碼IL-2v多肽包含F62A、Y65A及L92G取代(即，包含Ala-62、Ala-65及Gly-92)。編碼IL-2v多肽之合適核苷酸序列之其他實例包括(例如)編碼人類IL-2v多肽且與SEQ ID NO: 13之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列，其中該經編碼IL-2v多肽包含F62A、Y65A及L92G取代(即，包含Ala-62、Ala-65及Gly-92)。
其他合適之IL-2v多肽包括(例如)包含與SEQ ID NO: 9之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性之胺基酸序列且包含F42A、Y45A及L72G取代(即，包含Ala-42、Ala-45及Gly-72)之人類IL-2v多肽。
編碼IL-2v多肽之合適核苷酸序列之實例包括(例如)編碼人類IL-2v多肽且與SEQ ID NO: 10之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列，其中該經編碼IL-2v多肽包含F42A、Y45A及L72G取代(即，包含Ala-42、Ala-45及Gly-72)。編碼IL-2v多肽之合適核苷酸序列之其他實例包括(例如)編碼人類IL-2v多肽且與SEQ ID NO: 11之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列，其中該經編碼IL-2v多肽包含F42A、Y45A及L72G取代(即，包含Ala-42、Ala-45及Gly-72)。
在一些實施例中，本發明之重組OV包含編碼人類成熟形式IL-2v多肽之經插入核苷酸序列，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，該人類IL-2v多肽包含選自由以下組成之群之一或多個胺基酸取代：K35、R38、L40、T41、F42、K43、Y45、Y45、E62、K64、L72及Q74。
在一些實施例中，由本發明提供之重組OV包含編碼人類IL-2v多肽之經插入核苷酸序列，該人類IL-2v多肽包含相對於SEQ ID NO: 1之人類IL-2蛋白序列的下列位置的一或多個胺基酸取代：T3、K35、R38、L40、T41、F42、K43、Y45、E62、K64、Y65、L72、Q74及C125。在一些其他實施例中，該IL-2v包含在下列一或多組位置的胺基酸取代：R38及L40；T41及K43；K43及Y45；E62及K64；L72及Q74；R38、L40、K43及Y45；K43、Y45、L72及Q74；T3、R38、L40、K43及Y45；T3、K43、Y45、L72及Q74；R38、L40、K43、Y45及C125；K43、Y45、L72、Q74及C125；T3、R38、L40、K43、Y45及C125；T3、K43、Y45、L72、Q74及C125。在指定胺基酸位置的取代之實例包括T3A、K35N、R38N、L40S、L40T、T41N、K43S、K43T、K43N、Y45S、Y45T、E62N、E62A、E62K、E62R、K64S、K64T、L72N、Q74S、Q74T、C125A及C125S。
在一些特定實施例中，由重組OV編碼之IL-2v多肽包含相較於野生型人類IL-2的至少一個胺基酸取代，其中野生型人類IL-2具有如SEQ ID NO: 1中顯示之胺基酸序列且該IL-2變體包含選自由以下組成之群之取代： a) K35，其中該K35取代係K35N， b) R38及L40，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T， c) T41及K43，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T， d) K43及Y45，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T， e) E62及K64，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T，及 f) L72及Q74，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T， 其中該編號係基於SEQ ID NO: 1之胺基酸序列。
在一些其他特定實施例中，IL-2v包含位置K35的取代，及另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) R38及L40，其中該R38取代係R38N及該L40取代係L40S或L40T， b) T41及K43，其中該T41取代係T41N及該K43取代係K43S或K43T， c) K43及Y45，其中該K43取代係K43N及該Y45取代係Y45S或Y45T， d) E62及K64，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， e) L72及Q74，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 f) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
在又其他特定實施例中，IL-2變體包含位置T41及K43的取代，及另外包含選自由以下組成之群之位置的取代： a) E62及K64，其中該E62取代係E62N及該K64取代係K64S或K64T， b) L72及Q74，其中該L72取代係L72N及該Q74取代係Q74S或Q74T，及 c) E62，其中該E62取代係E62N、E62A、E62K或E62R。
在一些其他特定實施例中，IL-2變體包含K43N及Y45T，及另外包含選自由以下組成之群之取代： a) E62N及K64S或K64T， b) L72N及Q74S或Q74T， c) E62N、E62A、E62K或E62R； e) R38N及L40T；及 f) L72N及Q74T。
在一些特定實施例中，重組OV包含編碼IL-2v多肽之經插入核苷酸序列，該IL-2v多肽包含選自由以下組成之群之胺基酸序列： a)與SEQ ID NO: 29 (MYRMQLLSCIALSLALVTNSAPTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTNMTTFNFTMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性且包含取代R58N、L60T、K63N及Y65T之胺基酸序列；及 b)與SEQ ID NO: 31 (APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTNMTTFNFTMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性且包含取代R38N、L40T、K43N及Y45T之胺基酸序列。
在一特定實施例中，經插入核苷酸序列編碼包含SEQ ID NO: 29或SEQ ID NO: 31之胺基酸序列之IL-2v多肽。
在一些其他特定實施例中，重組OV包含經插入核苷酸序列，其編碼包含選自由以下組成之群之胺基酸序列之IL-2v多肽： a)與SEQ ID NO: 33 (MYRMQLLSCIALSLALVTNSAPTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFNFTMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNNATSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性且包含取代K63N，Y65T，L92N，及Q94T之胺基酸序列；及 b)與SEQ ID NO: 35 (APTSSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFNFTMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNNATSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT)之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)胺基酸序列一致性且包含取代K43N、Y45T、L72N及Q74T之胺基酸序列。
在一特定實施例中，編碼IL-2v多肽之經插入核酸包含SEQ ID NO: 30 (ATGTATCGTATGCAGCTGCTGAGCTGCATCGCTTTATCTTTAGCTTTAGTGACCAACAGCGCCCCTACCAGCTCCTCCACCAAGAAGACCCAGCTGCAGCTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTAAACGGCATCAACAACTACAAGAACCCCAAGCTGACTAATATGACCACCTTCAACTTCACTATGCCCAAGAAGGCCACCGAGCTGAAGCACCTCCAGTGTTTAGAGGAGGAGCTGAAGCCTTTAGAGGAGGTGCTGAATTTAGCCCAGAGCAAGAATTTCCATTTAAGGCCTCGTGATTTAATCAGCAACATCAACGTGATCGTGCTGGAGCTGAAAGGCTCCGAGACCACCTTCATGTGCGAGTACGCCGACGAGACCGCCACCATCGTGGAGTTTTTAAATCGTTGGATCACCTTCTGCCAGAGCATCATCAGCACTTTAACC)或SEQ ID NO: 32 (GCCCCTACCAGCTCCTCCACCAAGAAGACCCAGCTGCAGCTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTAAACGGCATCAACAACTACAAGAACCCCAAGCTGACTAATATGACCACCTTCAACTTCACTATGCCCAAGAAGGCCACCGAGCTGAAGCACCTCCAGTGTTTAGAGGAGGAGCTGAAGCCTTTAGAGGAGGTGCTGAATTTAGCCCAGAGCAAGAATTTCCATTTAAGGCCTCGTGATTTAATCAGCAACATCAACGTGATCGTGCTGGAGCTGAAAGGCTCCGAGACCACCTTCATGTGCGAGTACGCCGACGAGACCGCCACCATCGTGGAGTTTTTAAATCGTTGGATCACCTTCTGCCAGAGCATCATCAGCACTTTAACC)之核苷酸序列，或SEQ ID NO: 30或SEQ ID NO: 32之核苷酸序列之簡併變體。
在另一特定實施例中，編碼IL-2v多肽之經插入核酸包含SEQ ID NO: 34 (ATGTATCGTATGCAGCTGCTGAGCTGCATCGCTTTATCTTTAGCTTTAGTGACCAACAGCGCCCCTACCAGCTCCTCCACCAAGAAGACCCAGCTGCAGCTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTAAACGGCATCAACAACTACAAGAACCCCAAGCTGACTCGTATGCTGACCTTCAACTTCACTATGCCCAAGAAGGCCACCGAGCTGAAGCACCTCCAGTGTTTAGAGGAGGAGCTGAAGCCTTTAGAGGAGGTGCTGAATAACGCCACCAGCAAGAATTTCCATTTAAGGCCTCGTGATTTAATCAGCAACATCAACGTGATCGTGCTGGAGCTGAAAGGCTCCGAGACCACCTTCATGTGCGAGTACGCCGACGAGACCGCCACCATCGTGGAGTTTTTAAATCGTTGGATCACCTTCTGCCAGAGCATCATCAGCACTTTAACC)或SEQ ID NO: 36 (GCCCCTACCAGCTCCTCCACCAAGAAGACCCAGCTGCAGCTGGAGCATTTACTGCTGGATTTACAGATGATTTTAAACGGCATCAACAACTACAAGAACCCCAAGCTGACTCGTATGCTGACCTTCAACTTCACTATGCCCAAGAAGGCCACCGAGCTGAAGCACCTCCAGTGTTTAGAGGAGGAGCTGAAGCCTTTAGAGGAGGTGCTGAATAACGCCACCAGCAAGAATTTCCATTTAAGGCCTCGTGATTTAATCAGCAACATCAACGTGATCGTGCTGGAGCTGAAAGGCTCCGAGACCACCTTCATGTGCGAGTACGCCGACGAGACCGCCACCATCGTGGAGTTTTTAAATCGTTGGATCACCTTCTGCCAGAGCATCATCAGCACTTTAACC)之核苷酸序列，或SEQ ID NO: 34或SEQ ID NO: 36之核苷酸序列之簡併變體。
在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含編碼IL-2v多肽之同源性重組供體片段，其中該同源性重組供體片段包含與SEQ ID NO: 4 (VV27/VV38同源性重組供體片段)、SEQ ID NO: 5 (VV39同源性重組供體片段)、SEQ ID NO: 15 (含有hIL-2v (經人類密碼子最佳化)之VV75同源性重組供體片段)、SEQ ID NO: 16 (含有hIL-2v (經人類密碼子最佳化)之哥本哈根J2R同源性重組質體)、SEQ ID NO: 17 (含有hIL-2v (經牛痘病毒密碼子最佳化)之同源性重組供體片段)、SEQ ID NO: 18 (含有hIL-2v (經牛痘病毒密碼子最佳化)之哥本哈根J2R同源性重組質體)及SEQ ID NO: 20 (小鼠IL-2變體(經牛痘病毒密碼子最佳化)同源性重組供體片段)中任一者闡述之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列。
在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含與SEQ ID NO: 6 (哥本哈根J2R同源性重組質體)中闡述之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列且包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列。
在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含與SEQ ID NO: 7 (含有小鼠IL-2變體(mIL-2v)多肽之哥本哈根J2R同源性重組質體)中闡述之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤牛痘病毒包含與SEQ ID NO: 8 (含有mIL-2v之西儲(Western Reserve)J2R同源性重組質體)中闡述之核苷酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%核苷酸序列一致性之核苷酸序列。
在一些特定情況下，本發明之重組VV係VV27 (含有A34R-K151E及mIL-2v轉基因之哥本哈根牛痘)。在一些情況下，如上文描述，重組VV包含替代mIL-2v多肽之人類IL-2變體(hIL-2v)多肽。
在一些特定情況下，本發明之重組OV係VV38 (含有mIL-2v轉基因之哥本哈根牛痘)。在一些情況下，如上文描述，重組VV包含替代mIL-2v多肽之人類IL-2變體(hIL-2v)多肽。
在一些特定情況下，本發明之重組OV係VV39 (含有mIL-2v轉基因之西儲牛痘)。在一些情況下，如上文描述，重組VV包含替代mIL-2v多肽之人類IL-2變體(hIL-2v)多肽。
在一些其他特定實施例中，本發明之重組OV係如實例中描述之VV97、VV98、VV110或VV117。
C-1B.     異源性胸苷激酶(TK)多肽 在一些實施例中，包含編碼如本文上文描述之IL-2變體之經插入核苷酸序列之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒另外包含編碼異源性胸苷激酶(TK)多肽之經插入核苷酸序列。在一些實施例中，異源性TK多肽係單純疱疹病毒TK (HSV-TK)多肽之變體。野生型HSV-TK之變體在本文中亦稱為「HSV-TKv」。在一些情況下，該HSV-TKv係I型TK多肽，即，可分別催化去氧鳥苷(dG)之磷酸化以產生dG單磷酸之TK多肽。
在一些情況下，編碼異源性TK之核苷酸序列(諸如編碼HSV-TKv之核苷酸序列)替代編碼牛痘病毒TK之核苷酸序列之所有或部分。在野生型牛痘病毒中，J2R區編碼牛痘病毒TK。例如，在一些情況下，編碼異源性TK多肽之核苷酸序列替代牛痘病毒之J2R區之至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少75%或100%。在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含修飾使得內源性(經牛痘病毒編碼) TK編碼基因之轉錄減少或消除。例如，在一些情況下，相較於無修飾之內源性(經牛痘病毒編碼) TK編碼基因之轉錄，內源性(經牛痘病毒編碼) TK編碼基因之轉錄減少至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或大於90%。
在一些情況下，具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒係經更昔洛韋以低於抑制編碼野生型HSV-TK多肽之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之濃度之濃度抑制。例如，編碼野生型HSV-TK之變體之本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之複製經抑制最大值之50% (IC50)時的更昔洛韋抑制濃度係比抑制編碼野生型HSV-TK多肽之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之更昔洛韋IC50低至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%或至少80%。
在一些實施例中，由具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒中存在之核苷酸序列編碼之異源性TK多肽係野生型HSV-TK之變體，其中該TKv多肽包含相對於野生型HSV-TK (SEQ ID NO: 25)的一或多個胺基酸取代。在一些實施例中，由本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒中存在之核苷酸序列編碼之HSV-TKv多肽包含相對於野生型HSV-TK的1至40個胺基酸取代。例如，由本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒中存在之核苷酸序列編碼之TKv多肽包含相對於野生型HSV-TK (SEQ ID NO: 25)的1至5、5至10、10至15、15至20、20至25、25至30、30至35或35至40個胺基酸取代。
在一些特定實施例中，本發明之重組牛痘病毒中存在之異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25 (MASYPGHQHASAFDQAARSRGHSNRRTALRPRRQQEATEVRPEQKMPTLLRVYIDGPHGMGKTTTTQLLVALGSRDDIVYVPEPMTYWRVLGASETIANIYTTQHRLDQGEISAGDAAVVMTSAQITMGMPYAVTDAVLAPHIGGEAGSSHAPPPALT LIF DRHPIA AL LCYPAARYLMGSMTPQAVLAFVALIPPTLPGTNIVLGALPEDRHIDRLAKRQRPGERLDLAMLAAIRRVYGLLANTVRYLQGGGSWREDWGQLSGTAVPPQGAEPQSNAGPRPHIGDTLFTLFRAPELLAPNGDLYNVFAWALDVLAKRLRPMHVFILDYDQSPAGCRDALLQLTSGMIQTHVTTPGSIPTICDLARTFAREMGEAN)之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性且包含相對於SEQ ID NO: 25的一或多個胺基酸取代之胺基酸序列。
在一些情況下，異源性TK多肽包含相對於SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列的一或多個胺基酸取代。例如，在一些情況下，該異源性TK多肽包含L159、I160、F161、A168及L169中之一或多者之取代。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，但於L159處具有取代(即，胺基酸159不為Leu)。例如，胺基酸159係Gly、Ala、Val、Ile、Pro、Phe、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，該取代係L159I取代。在一些情況下，該取代係L159A取代。在一些情況下，該取代係L159V取代。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，但於I160處具有取代(即，胺基酸160不為Ile)。例如，胺基酸160係Gly、Ala、Val、Leu、Pro、Phe、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，該取代係I160L取代。在一些情況下，該取代係I160V取代。在一些情況下，該取代係I160A取代。在一些情況下，該取代係I160F取代。在一些情況下，該取代係I160Y取代。在一些情況下，該取代係I160W取代。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，但於F161處具有取代(即，胺基酸161不為Phe)。例如，胺基酸161係Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，該取代係F161A取代。在一些情況下，該取代係F161L取代。在一些情況下，該取代係F161V取代。在一些情況下，該取代係F161I取代。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，但於A168處具有取代(即，胺基酸168不為Ala)。例如，胺基酸168係Gly、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，該取代係A168H。在一些情況下，該取代係A168R。在一些情況下，該取代係A168K。在一些情況下，該取代係A168Y。在一些情況下，該取代係A168F。在一些情況下，該取代係A168W。在一些情況下，該TKv多肽不包括除A168取代外之任何其他取代。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，但於L169處具有取代(即，胺基酸169不為Leu)。例如，胺基酸169係Gly、Ala、Val、Ile、Pro、Phe、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，該取代係L169F。在一些情況下，該取代係L169M。在一些情況下，該取代係L169Y。在一些情況下，該取代係L169W。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，其中：i)胺基酸159不為Leu；ii)胺基酸160不為Ile；iii)胺基酸161不為Phe；iv)胺基酸168不為Ala；及v)胺基酸169不為Leu。在一些情況下，該異源性TK多肽包含與下列胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列： MASYPGHQHASAFDQAARSRGHSNRRTALRPRRQQEATEVRPEQKMPTLLRVYIDGPHGMGKTTTTQLLVALGSRDDIVYVPEPMTYWRVLGASETIANIYTTQHRLDQGEISAGDAAVVMTSAQITMGMPYAVTDAVLAPHIGGEAGSSHVPPPALT ILA DRHPIA YF LCYPAARYLMGSMTPQAVLAFVALIPPTLPGTNIVLGALPEDRHIDRLAKRQRPGERLDLAMLAAIRRVYGLLANTVRYLQGGGSWREDWGQLSGTAVPPQGAEPQSNAGPRPHIGDTLFTLFRAPELLAPNGDLYNVFAWALDVLAKRLRPMHVFILDYDQSPAGCRDALLQLTSGMIQTHVTTPGSIPTICDLARTFAREMGEAN (「dm30」；SEQ ID NO: 26)， 其中胺基酸159係Ile，胺基酸160係Leu，胺基酸161係Ala，胺基酸168係Tyr，及胺基酸169係Phe。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，其中：i)胺基酸159不為Leu；ii)胺基酸160不為Ile；iii)胺基酸161不為Phe；iv)胺基酸168不為Ala；及v)胺基酸169不為Leu。在一些情況下，該異源性TK多肽包含與下列胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列： MASYPGHQHASAFDQAARSRGHSNRRTALRPRRQQEATEVRPEQKMPTLLRVYIDGPHGMGKTTTTQLLVALGSRDDIVYVPEPMTYWRVLGASETIANIYTTQHRLDQGEISAGDAAVVMTSAQITMGMPYAVTDAVLAPHIGGEAGSSHAPPPALT IFL DRHPIA FM LCYPAARYLMGSMTPQAVLAFVALIPPTLPGTNIVLGALPEDRHIDRLAKRQRPGERLDLAMLAAIRRVYGLLANTVRYLQGGGSWREDWGQLSGTAVPPQGAEPQSNAGPRPHIGDTLFTLFRAPELLAPNGDLYNVFAWALDVLAKRLRPMHVFILDYDQSPAGCRDALLQLTSGMIQTHVTTPGSIPTICDLARTFAREMGEAN (「SR39」；SEQ ID NO: 27)，其中胺基酸159係Ile，胺基酸160係Phe，胺基酸161係Leu，胺基酸168係Phe，及胺基酸169係Met。
在一些情況下，異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 25中闡述之野生型HSV-TK胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%胺基酸序列一致性之胺基酸序列，其中胺基酸168不為Ala，例如，其中胺基酸168係Gly、Val、Ile、Leu、Pro、Phe、Tyr、Trp、Ser、Thr、Cys、Met、Gln、Asn、Lys、Arg、His、Asp或Glu。在一些情況下，胺基酸168係His。在一些情況下，胺基酸168係Arg。在一些情況下，胺基酸168係Lys。在一些情況下，該異源性TK多肽包含與下列胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列： MASYPGHQHASAFDQAARSRGHSNRRTALRPRRQQEATEVRPEQKMPTLLRVYIDGPHGMGKTTTTQLLVALGSRDDIVYVPEPMTYWRVLGASETIANIYTTQHRLDQGEISAGDAAVVMTSAQITMGMPYAVTDAVLAPHIGGEAGSSHAPPPALTLIFDRHPIA H LLCYPAARYLMGSMTPQAVLAFVALIPPTLPGTNIVLGALPEDRHIDRLAKRQRPGERLDLAMLAAIRRVYGLLANTVRYLQGGGSWREDWGQLSGTAVPPQGAEPQSNAGPRPHIGDTLFTLFRAPELLAPNGDLYNVFAWALDVLAKRLRPMHVFILDYDQSPAGCRDALLQLTSGMIQTHVTTPGSIPTICDLARTFAREMGEAN (「TK.007」；SEQ ID NO: 28)，其中胺基酸168係His。
其中胺基酸168係His之SEQ ID NO: 28之異源性TK多肽在本發明中亦稱為「TK.007」或「HSV-TK.007」。
C-1C.     其他插入、缺失或突變 除如本文上文描述之編碼IL-2v多肽之經插入核苷酸序列及編碼異源性TK之經插入核苷酸序列外，由本發明提供之重組牛痘病毒亦可包含增加或增強其作為溶瘤病毒之所需性質之其他修飾，諸如致使缺乏特異性蛋白質之功能、抑制或增強特異性基因或蛋白質之表現或表現外源性蛋白質之修飾。
在一些實施例中，由本發明提供之重組牛痘病毒另外包含增加溶瘤牛痘病毒之腫瘤選擇性之一或多種修飾。如本文使用，「腫瘤選擇性」意謂對腫瘤細胞(例如，溶瘤)之毒性高於對正常細胞(例如，非腫瘤細胞)之毒性。此等修飾之實例包括：(1)致使病毒缺乏牛痘生長因子(VGF)功能之修飾(McCart等人，(2001) Cancer Research 61:8751)；(2)對牛痘病毒TK基因、血球凝集素(HA)基因或F3基因或中斷之F3基因座之修飾(WO 2005/047458)；(3)致使牛痘病毒缺乏VGF及O1L功能之修飾(WO 2015/076422)；(4)將癌細胞中表現減少之微RNA插入B5R基因之3'非編碼區內(WO 2011/125469)；(5)致使牛痘病毒缺乏以下功能之修飾：B18R (Kirn等人，(2007) PLoS Medicine 4:e353)、核糖核苷酸還原酶(Gammon等人，(2010) PLoS Pathogens 6:e1000984)、絲胺酸蛋白酶抑制劑(例如，SPI-1、SPI-2) (Guo等人，(2005) Cancer Research 65:9991)、SPI-1及SPI-2 (Yang等人，(2007) Gene Therapy 14:638)、核糖核苷酸還原酶基因F4L或I4L (Child等人，(1990) Virology 174:625；Potts等人，(2017) EMBO Mol. Med. 9:638)、B18R (哥本哈根毒株中之B19R) (Symons等人，(1995) Cell 81:551)、A48R (Hughes等人，(1991) J. Biol. Chem. 266:20103)；B8R (Verardi等人，(2001) J. Virol. 75:11)、B15R (哥本哈根毒株中之B16R) (Spriggs等人，(1992) Cell 71:145)、A41R (Ng等人，(2001) Journal of General Virology 82:2095)、A52R (Bowie等人，(2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:10162)、F1L (Gerlic等人，(2013) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110:7808)、E3L (Chang等人，(1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:4825)、A44R-A46R (Bowie等人，(2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:10162)、K1L (Bravo Cruz等人，(2017) Journal of Virology 91:e00524)、A48R、B18R、C11R及TK (Mejías-Pérez等人，(2017) Molecular Therapy: Oncolytics 8:27)、E3L及K3L區(WO 2005/007824)或O1L (Schweneker等人，(2012) J. Virol. 86:2323)。此外，重組牛痘病毒可包含致使牛痘病毒缺乏B5R之細胞外區(Bell等人，(2004) Virology 325:425)、缺乏A34R區 (Thirunavukarasu等人，(2013) Molecular Therapy 21:1024)或缺乏介白素-1µ (IL-1µ)受體之修飾(WO 2005/030971)。此外，具有此等基因修飾中之兩者或更多者之組合之牛痘病毒可用於本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒中。可(例如)藉由已知同源性重組或定點誘變作出此外源基因插入或牛痘病毒基因體上基因之缺失或突變。
如本文使用，術語「缺乏(deficient)」或「不足(deficiency)」意謂由此術語指定之基因區或蛋白質具有經減小之功能或不具有功能。包含修飾致使重組溶瘤牛痘病毒「缺乏」給定牛痘病毒基因之本發明之重組溶瘤牛痘病毒顯示基因產物(例如，mRNA基因產物；多肽基因產物)經減小之產生及/或活性；例如，該基因產物之量及/或活性係由野生型牛痘病毒，或由不包含基因改變之對照牛痘病毒產生之相同基因產物之量及/或活性之小於75%、小於60%、小於50%、小於40%、小於30%、小於25%、小於20%、小於15%、小於10%、小於5%或小於1%。
可致使基因或蛋白質缺陷之修飾包括(但不限於)：i)由此術語指定之基因區之突變(例如，取代、倒位等)及/或截斷及/或缺失；ii) 控制基因區之表現之啟動子區之突變及/或截斷及/或缺失；及iii)多腺苷酸化序列之突變及/或截斷及/或缺失使得由該基因區編碼之多肽之轉譯減少或消除。此等修飾之實例包括：由指定基因區構成之區之缺失或包含該指定基因區之相鄰基因區之缺失；減少基因區轉錄之啟動子區之突變及/或截斷及/或缺失可導致缺陷；併入轉錄終止元件使得由該基因區編碼之多肽之轉譯減少或消除；通過使用基因編輯酶或基因編輯複合物(例如，與引導RNA複合之CRISPR/Cas效應多肽)來減少或消除該基因區之轉錄；通過使用競爭性反向啟動子/聚合酶佔用來減少或消除該基因區之轉錄；及將核酸插入該基因區內，藉此剔除該基因區。
在一些特定實施例中，本發明之重組病毒(諸如牛痘病毒)包含編碼本文上文提供之IL-2v多肽之經插入核苷酸序列，其中該病毒缺乏病毒之內源性胸苷激酶(TK)活性。如本文使用，術語「內源性」係指天然存在或天然表現於有機體(諸如病毒或其細胞)內之任何材料，諸如多核苷酸、多肽或蛋白質。該牛痘病毒TK係由牛痘病毒基因體上之TK基因及開放閱讀框(ORF) J2R編碼。缺乏內源性TK活性之病毒可稱為「胸苷激酶缺陷」或「TK缺陷」。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒包含缺失牛痘病毒TK編碼區之所有或部分，使得該牛痘病毒係TK缺陷。例如，在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含J2R缺失。參見例如Mejía-Perez等人，(2018) Mol. Ther. Oncolytics 8:27。在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒包含J2R區內之插入，藉此導致經減小或無牛痘病毒TK活性。在一些其他實施例中，該重組溶瘤病毒係病毒TK基因缺陷及B16R基因缺陷。
在一些其他實施例中，由本發明提供之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒另外包含增強子代病毒體傳播之修飾。在一特定實施例中，本發明提供包含編碼本文上文提供之IL-2v多肽之經插入核苷酸序列之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒，其中該病毒之A34R基因包含K151E取代(即，包含在經編碼之多肽中提供K151E取代之修飾)。參見例如Blasco等人，(1993) J. Virol. 67 (6):3319-3325；及Thirunavukarasu等人，(2013) Mol. Ther. 21:1024。該A34R基因編碼牛痘病毒gp22-24 (亦稱為蛋白A34)。該A34R基因編碼病毒外殼蛋白(A34蛋白)。牛痘病毒株哥本哈根之A34蛋白之胺基酸序列可在UniProt (UniProtKB-P21057 (Q34_VACCC))獲得，其由168個胺基酸構成。包含K151E取代之A34蛋白之胺基酸序列係闡述於SEQ ID NO: 38 (MKSLNRQTVSMFKKLSVPAAIMMILSTIISGIGTFLHYKEELMPSACANGWIQYDKHCYLDTNIKMSTDNAVYQCRKLRARLPRPDTRHLRVLFSIFYKDYWVSLKKTNNKWLDINNDKDIDISKLTNFKQLNSTTDAEACYIYKSGKLVETVCKSTQSVLCVKKFYK)中。編碼包含K151E突變之A34蛋白之A34R基因之核苷酸序列係闡述於SEQ ID NO: 39 (ATGAAATCGCTTAATAGACAAACTGTAAGTATGTTTAAGAAGTTGTCGGTGCCGGCCGCTATAATGATGATACTCTCAACCATTATTAGTGGCATAGGAACATTTCTGCATTACAAAGAAGAACTGATGCCTAGTGCTTGCGCCAATGGATGGATACAATACGATAAACATTGTTATCTAGATACCAACATTAAAATGTCCACAGATAATGCGGTTTATCAGTGTCGTAAATTACGAGCTAGATTGCCTAGACCTGATACTAGACATCTGAGAGTATTGTTTAGTATTTTTTATAAAGATTATTGGGTAAGTTTAAAAAAGACCAATAATAAATGGTTAGATATTAATAATGATAAAGATATAGATATTAGTAAATTAACAAATTTTAAACAACTAAACAGTACGACGGATGCTGAAGCGTGTTATATATACAAGTCTGGAAAACTGGTTGAAACAGTATGTAAAAGTACTCAATCTGTACTATGTGTTAAAAAATTCTACAAGTGA) (其相對於野生型基因序列含有A415G突變)中。
在一些其他實施例中，由本發明提供之重組溶瘤牛痘病毒包含：(1)編碼IL-2v多肽之經插入核苷酸序列；(2)編碼異源性TK多肽之經插入核苷酸序列；及(3) A34R基因中之K151E取代，其中該重組牛痘病毒係TK缺陷。在一些特定實施例中，由該重組牛痘病毒編碼之IL-2v多肽包含與SEQ ID NO: 29中之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)一致性之胺基酸序列且包含胺基酸取代R58N、L60T、K63N及Y65T，其中該胺基酸編號係基於SEQ ID NO: 29之胺基酸序列。在一些其他特定實施例中，該異源性TK多肽包含與SEQ ID NO: 28之胺基酸序列具有至少95% (例如，至少95%、至少98%、至少99%或100%)一致性之胺基酸序列，其中胺基酸168係His。在一特定實施例中，由本發明提供之重組牛痘病毒包含：(1)編碼IL-2v多肽之經插入核苷酸序列；(2)編碼異源性TK多肽之經插入核苷酸序列；及(3) A34R基因中之K151E取代，其中該重組牛痘病毒係毒株哥本哈根且係TK缺陷，其中該IL-2v多肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 29，且其中該異源性TK多肽包含SEQ ID NO: 28之胺基酸序列。
C-2.  重組溶瘤病毒之構築 由本發明提供之具有複製潛能之重組溶瘤病毒可藉由此項技術中已知的方法構築。具體言之，本發明之溶瘤牛痘病毒可自現在已知或將來發現之牛痘病毒之各種毒株中之任一者構築。適合使用之牛痘病毒之毒株包括(但不限於)李斯特(Lister)毒株、紐約市衛生局(NYBH)毒株、惠氏(Wyeth)毒株、哥本哈根毒株、西儲(WR)毒株、經修飾牛痘安卡拉(MVA)毒株、EM63毒株、池田市(Ikeda)毒株、大連(Dalian)毒株、LIVP毒株、天壇(Tian Tan)毒株、IHD-J毒株、塔什幹(Tashkent)毒株、伯爾尼(Bern)毒株、巴黎毒株、大連(Dairen)毒株，及衍生物、類似物。在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒係哥本哈根毒株牛痘病毒。在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒係WR毒株牛痘病毒。
各種毒株之牛痘病毒之基因體的核苷酸序列係此項技術中已知。參見例如Goebel等人，(1990) Virology 179:247；Goebel等人，(1990) Virology 179:517。已知哥本哈根毒株牛痘病毒之核苷酸序列；參見例如基因庫寄存編號M35027。已知WR毒株牛痘病毒之核苷酸序列；參見例如基因庫寄存編號AY243312；及基因庫寄存編號NC_006998。牛痘病毒之WR毒株可自美國典型培養物保藏中心(ATCC)；TCC VR-1354獲得。
本發明之具有複製潛能之重組溶瘤病毒(諸如牛痘病毒)顯示溶瘤活性。病毒之溶瘤活性可藉由此項技術中已知的任何合適方法評估。用於評估給定病毒是否顯示溶瘤活性之方法之實例包括藉由添加該病毒評估癌細胞存活率降低之活體外方法。可使用的癌細胞或細胞系之實例包括惡性黑色素瘤細胞RPMI-7951 (例如，ATCC HTB-66)、肺腺癌HCC4006 (例如，ATCC CRL-2871)、肺癌A549 (例如，ATCC CCL-185)、肺癌HOP-62 (例如，DCTD腫瘤庫)、肺癌EKVX (例如，DCTD腫瘤庫)、小細胞肺癌細胞DMS 53 (例如，ATCC CRL-2062)、肺鱗狀細胞癌NCI-H226 (例如，ATCC CRL-5826)、腎癌細胞Caki-1 (例如，ATCC HTB-46)、膀胱癌細胞647-V (例如，DSMZ ACC 414)、頭頸癌細胞底特律562 (例如，ATCC CCL-138)、乳癌細胞JIMT-1 (例如，DSMZ ACC 589)、乳癌細胞MDA-MB-231 (例如，ATCC HTB-26)、乳癌細胞MCF7 (例如，ATCC HTB-22)、乳癌HS-578T (例如，ATCC HTB-126)、乳導管癌T-47D (例如，ATCC HTB-133)、食道癌細胞OE33 (例如，ECACC 96070808)、神經膠質母細胞瘤U-87MG (例如，ECACC 89081402)、神經母細胞瘤GOTO (例如，JCRB JCRB0612)、骨髓瘤RPMI 8226 (例如，ATCC CCL-155)、卵巢癌細胞SK-OV-3 (例如，ATCC HTB-77)、卵巢癌細胞OVMANA (例如，JCRB JCRB1045)、宮頸癌HeLa (例如，ATCC CCL-2)、結腸癌細胞RKO (例如，ATCC CRL-2577)、結腸癌細胞HT-29 (例如，ATCC HTB-38)、結腸癌Colo 205 (例如，ATCC CCL-222)、結腸癌SW620 (例如，ATCC CCL-227)、結直腸癌HCT 116 (例如，ATCC CCL-247)、胰臟癌細胞BxPC-3 (例如，ATCC CRL-1687)、骨骨肉瘤U-2 OS (例如，ATCC HTB-96)、前列腺癌細胞LNCaP純系FGC (例如，ATCC CRL-1740)、肝細胞癌JHH-4 (例如，JCRB JCRB0435)、間皮瘤NCI-H28 (例如，ATCC CRL-5820)、宮頸癌細胞SiHa (例如，ATCC HTB-35)，及胃癌細胞Kato III (例如，RIKEN BRC RCB2088)。
可使用既定技術(包括使用輔助病毒再活化及同源性重組)將包含編碼IL-2變體多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列之核酸引入牛痘病毒內。例如，可產生其中插入包含編碼IL-2變體多肽之核苷酸序列之核酸的質體(亦稱為轉移載體質體DNA)，產生重組轉移載體；可將該重組轉移載體引入感染牛痘病毒之細胞內。然後經由同源性重組將包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列之核酸引入來自重組轉移載體之牛痘病毒內。
同樣地，可產生其中插入編碼異源性TK多肽之核苷酸序列之質體(亦稱為轉移載體質體DNA)，產生重組轉移載體；可將重組轉移載體引入用來自牛痘病毒之經消化基因體DNA轉染並用輔助病毒感染之細胞內。然後經由同源性重組將編碼TKv多肽之核苷酸序列引入來自重組轉移載體之牛痘病毒內。其中引入編碼TKv多肽之核苷酸序列的區可為內源性牛痘病毒TK編碼基因(例如，J2R)。編碼TKv多肽之核酸可替代牛痘病毒J2R中之所有或部分。
在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至轉錄控制元件(例如，啟動子)。在一些情況下，該啟動子提供多肽於腫瘤細胞中之表現。合適之啟動子包括(但不限於) pSEL啟動子、PSFJ1-10啟動子、PSFJ2-16啟動子、pHyb啟動子、晚期-早期最佳化啟動子、p7.5K啟動子、p11K啟動子、T7.10啟動子、CPX啟動子、經修飾H5啟動子、H4啟動子、HF啟動子、H6啟動子及T7雜合啟動子。
在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至可調節啟動子。在一些情況下，該可調節啟動子係可逆啟動子。在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至經四環素調節之啟動子(例如，啟動子系統諸如TetActivator、TetON、TetOFF、Tet-On Advanced、Tet-On 3G等)。在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至可抑制啟動子。在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至四環素可抑制之啟動子，例如，在四環素或四環素類似物或衍生物之存在下抑制該啟動子。在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至TetOFF啟動子系統。Bujard及Gossen (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:5547。例如，在四環素(或合適之類似物或衍生物，諸如去氧羥四環素)之存在下抑制(不活化) TetOFF啟動子系統；一經移除四環素，該啟動子即活化並驅動多肽之表現。在一些情況下，編碼IL-2v多肽或異源性TK多肽之核苷酸序列係可操作地連接至四環素可活化之啟動子，例如，在四環素或四環素類似物或衍生物之存在下活化該啟動子。
其中引入包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列之核酸的區可為對牛痘病毒之生命週期而言無關緊要之基因區。例如，其中引入包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列之核酸的區可為缺乏VGF功能之牛痘病毒之VGF基因內之區、缺乏O1L功能之牛痘病毒之O1L基因內之區，或缺乏VGF及O1L功能之牛痘病毒之VGF及O1L基因之一或兩者內之一或多個區。在上文中，可引入外源基因以便於在與VGF及O1L基因相同或相對之方向上轉錄。作為另一實例，其中引入包含編碼IL-2v多肽之核苷酸序列之核酸的區可為缺乏B18 (B19)功能之牛痘病毒之B18基因(哥本哈根中之B19)內之區。在一特定實施例中，編碼IL-2變體多肽之經插入核苷酸序列係位於內源性牛痘病毒TK編碼基因(例如，J2R)之區中。編碼IL-2變體多肽之核苷酸序列可替代病毒J2R基因之全部或部分。在另一特定實施例中，編碼異源性tk (諸如HSV-tk.007多肽)之經插入核苷酸序列係位於病毒B16R基因(其在其他牛痘病毒株(諸如西儲)中稱為B15R基因)之區中且可替代B16R基因之全部或部分。
C-3.  包含重組溶瘤病毒之組合物 在另一態樣中，本發明提供包含由本發明提供之重組溶瘤病毒(諸如牛痘病毒)之組合物。該組合物可呈任何適用於包括之特定活性成分之形式(諸如溶液或懸浮液)。在一些情況下，該組合物係適用於對人類投與之醫藥組合物。
在一些實施例中，醫藥組合物另外包含醫藥上可接受之載劑。如本文使用，術語「藥理上可接受之載劑」係指當與活性成分組合時容許該活性成分保留生物活性且當對受試者投與時無顯著之長期或永久性有害效應之任何物質或材料，且包含諸如藥理上可接受之「媒介物」、「穩定劑」、「稀釋劑」、「輔助劑」或「賦形劑」之術語。此載劑一般與活性成分(例如，本發明之IL-2變體或融合分子或重組溶瘤牛痘病毒)混合且可為固體、半固體或液體藥劑。可使用各種醫藥上可接受之載劑中之任一者，包括(但不限於)緩衝液、防腐劑、張力調節劑、鹽、抗氧化劑、增積劑、乳化劑、潤濕劑，及類似物。用於調節pH之各種緩衝液及方式可用以製備本說明書中揭示之醫藥組合物，條件係所得製劑係醫藥上可接受。此等緩衝液包括(但不限於)乙酸鹽緩衝液、檸檬酸鹽緩衝液、磷酸鹽緩衝液、中性緩衝鹽水、磷酸鹽緩衝鹽水及硼酸鹽緩衝液。應瞭解，酸或鹼可視需要用以調節組合物之pH。醫藥上可接受之抗氧化劑包括(但不限於)偏二亞硫酸鈉、硫代硫酸鈉、乙醯半胱胺酸、丁基羥基甲氧苯及二丁羥基甲苯。有用防腐劑包括(但不限於)殺藻胺、氯丁醇、乙汞硫柳酸鈉、乙酸苯汞、硝酸苯汞及穩定氧氯組合物(例如，PURITE™)。適合包括於標的醫藥組合物中之張力調節劑包括(但不限於)鹽，諸如，例如，氯化鈉、氯化鉀、甘露醇或甘油及其他醫藥上可接受之張力調節劑。應瞭解，藥理學領域中已知的此等及其他物質可包括於標的醫藥組合物中。
包含本發明之重組溶瘤病毒之醫藥組合物可包含的病毒的量為約102 空斑形成單位(pfu) /ml (pfu/ml)至約104 pfu/ml、約104 pfu/ml至約105 pfu/ml、約105 pfu/ml至約106 pfu/ml、約106 pfu/ml至約107 pfu/ml、約107 pfu/ml至約108 pfu/ml、約108 pfu/ml至約109 pfu/ml、約109 pfu/ml至約1010 pfu/ml、約1010 pfu/ml至約1011 pfu/ml或約1011 pfu/ml至約1012 pfu/ml。
C-4.  重組溶瘤病毒之用途 C-4A.     用途及投與 在另一態樣中，本發明提供重組溶瘤病毒及包含該重組溶瘤病毒之組合物之用途及使用方法。該等用途或方法包括彼等用於在患有腫瘤之個體中誘導溶瘤作用或治療癌症者，該方法包括對有需要個體投與有效量之本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒或本發明之組合物。投與本發明之病毒在本文中亦稱為「病毒療法」。
在一些情況下，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，減少該個體中之癌細胞或腫瘤塊數量之量。例如，在一些情況下，具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，該個體中之癌細胞數量相較於投與重組病毒前或不投與重組牛痘病毒情況下的該個體中之癌細胞之數量減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%之量。在一些情況下，重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，該個體中之癌細胞數量減少至不可偵測濃度之量。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，減少該個體中之腫瘤塊之量。例如，在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，該個體中之腫瘤塊相較於投與重組病毒前或不投與具有複製潛能之重組溶瘤病毒情況下的該個體中之腫瘤塊減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%之量。
在一些情況下，本發明之重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，增加該個體存活時間之量。例如，在一些情況下，本發明之重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，該個體之存活時間相較於在不投與重組溶瘤病毒之情況下的該個體之預期存活時間增加至少1個月、至少2個月、至少3個月、3個月至6個月、6個月至1年、1年至2年、2年至5年、5年至10年，或大於10年之量。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供產生IFN-γ之T細胞之數量增加之量。例如，在一些情況下，本發明之重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供該個體中之產生IFN-γ之T細胞之數量相較於投與具有複製潛能之重組溶瘤病毒前或不投與具有複製潛能之重組溶瘤病毒之情況下的該個體中之產生IFN-γ之T細胞之數量增加至少10%、至少25%、至少50%、至少2倍、至少5倍或至少10倍之量。
在一些情況下，本發明之重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供該個體中之IL-2或IL-2v循環濃度增加之量。例如，在一些情況下，重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供該個體中之IL-2或IL-2v循環濃度相較於投與溶瘤病毒前或不投與溶瘤牛痘病毒情況下的該個體中之IL-2或IL-2v之循環濃度增加至少10%、至少25%、至少50%、至少2倍、至少5倍或至少10倍之量。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供該個體中之IL-2v多肽之循環濃度增加之量。例如，在一些情況下，本發明之重組病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供該個體中之IL-2v多肽之循環濃度相較於投與溶瘤牛痘病毒前或不投與溶瘤牛痘病毒情況下的該個體中之IL-2v多肽之循環濃度增加至少10%、至少25%、至少50%、至少2倍、至少5倍或至少10倍之量。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供CD8+ 腫瘤浸潤性淋巴細胞(TIL)數量之增加。例如，在一些情況下，病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，提供CD8+ TIL數量相較於投與病毒前或不投與病毒情況下的該個體中之CD8+ TIL之數量增加至少10%、至少25%、至少50%、至少2倍、至少5倍或至少10倍之量。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒之「有效量」係當以一或多個劑量對有需要個體投與時，誘導持久之抗腫瘤免疫反應之量，例如，提供腫瘤細胞數量及/或腫瘤塊及/或腫瘤生長減少持續至少1個月，至少2個月，至少6個月或至少1年之抗腫瘤免疫反應。
合適劑量可由主治醫師或其他合格的醫務人員基於各種臨床因素確定。如醫學領域中眾所周知，用於任何一個病患之劑量取決於許多因素，包括該病患之體型、體表面積、年齡、腫瘤負荷及其他相關因素。
本發明之重組病毒可以每劑量約102 空斑形成單位(pfu)至約104 pfu、約104 pfu至約105 pfu、約105 pfu至約106 pfu、約106 pfu至約107 pfu、約107 pfu至約108 pfu、約108 pfu至約109 pfu、約109 pfu至約1010 pfu或約1010 pfu至約1011 pfu之量投與。
在一些情況下，本發明之重組病毒係以約1 x 109 pfu至5 x 1011 pfu之總量投與。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係以約1 x 109 pfu至約5 x 109 pfu、約5 x 109 pfu至約1010 pfu、約1010 pfu至約5 x 1010 pfu、約5 x 1010 pfu至約1011 pfu或約1011 pfu至約5 x 1011 pfu之總量投與。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係以約2 x 1010 pfu之總量投與。
在一些情況下，本發明之重組病毒係以約1 x 108 pfu/kg病患體重至約5 x 109 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係以約1 x 108 pfu/kg病患體重至約5 x 108 pfu/kg病患體重、約5 x 108 pfu/kg病患體重至約109 pfu/kg病患體重或約109 pfu/kg病患體重至約5 x 109 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組病毒係以1 x 108 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係以2 x 108 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係以3 x 108 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組病毒係以4 x 108 pfu/kg病患體重之量投與。在一些情況下，本發明之重組病毒係以5 x 108 pfu/kg病患體重之量投與。
在一些情況下，投與多個劑量之本發明之重組病毒。本發明之重組病毒之投與頻率可取決於各種因素(例如，症狀之嚴重程度等)中之任一者而變化。例如，在一些實施例中，本發明之重組牛痘病毒係每月一次、每月兩次、每月三次、每隔一週(qow)、每週一次(qw)、每週兩次(biw)、每週三次(tiw)、每週四次、每週五次、每週六次、每隔一天(qod)、每天(qd)、一天兩次(bid)或一天三次(tid)投與。
本發明之重組病毒之投與持續時間可取決於各種因素(例如，病患反應等)中之任一者而變化。例如，本發明之重組病毒可投與介於約一天至約一週、約兩週至約四週、約一個月至約兩個月、約兩個月至約四個月、約四個月至約六個月、約六個月至約八個月、約八個月至約1年、約1年至約2年、或約2年至約4年或更多之範圍內之時間期。
使用適用於藥物遞送之任何可用方法及途徑對個體投與本發明之重組溶瘤病毒，包括活體內及離體方法，及全身及局部投與途徑。
習知且醫藥上可接受之投與途徑包括瘤內、瘤周、肌內、氣管內、鞘內、顱內、皮下、皮內、局部施用、靜脈內、動脈內、腹膜內、膀胱內、直腸、經鼻、經口，及其他經腸及非經腸投與途徑。投與途徑可視需要經組合，或取決於重組牛痘病毒及/或所需效應加以調整。本發明之重組牛痘病毒可以單一劑量或以多個劑量投與。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒係靜脈內、肌內、局部、瘤內、瘤周、顱內、皮下、動脈內、腹膜內、經由膀胱內投與途徑或鞘內投與。
C-4B.     組合 在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒係與另一療法或藥劑組合投與。例如，該重組病毒可作為標準癌症療法之輔助療法投與、與另一癌症療法組合投與，或與增強該重組牛痘病毒之抗腫瘤效應之藥劑組合投與。標準癌症療法包括手術(例如，手術切除癌組織)、放射療法、骨髓移植、化學治療劑治療、抗體治療、生物反應調節劑治療、免疫療法治療，及前述之某些組合。因此，在一實施例中，本發明提供治療個體之癌症之方法，其包括對有需要個體投與：a)本發明之重組牛痘病毒或包含其之組合物；及b)第二癌症療法。在一些情況下，該第二癌症療法係選自化學療法、生物療法(諸如使用抗體之療法)、放射療法、免疫療法、激素療法、抗血管療法、冷凍療法、毒素療法、溶瘤病毒療法(例如，除本發明之重組牛痘病毒外之溶瘤病毒)、細胞療法及手術。
放射療法包括(但不限於)自外部施加源(諸如光束)或藉由植入小放射源遞送之x射線或γ射線。
適用於癌症治療之抗體之實例包括曲妥珠單抗(trastuzumab) (賀癌平(Herceptin))、貝伐單抗(bevacizumab) (Avastin™)、西妥昔單抗(cetuximab) (Erbitux™)、帕尼單抗(panitumumab) (Vectibix™)、伊匹單抗(Yervoy™)、利妥昔單抗(rituximab) (美羅華(Rituxan))、阿崙單抗(alemtuzumab) (Lemtrada™)、奧法木單抗(Ofatumumab) (Arzerra™)、奧瑞戈單抗(Oregovomab) (OvaRex™)、蘭博利珠單抗(Lambrolizumab) (MK-3475)、帕妥珠單抗(pertuzumab) (Perjeta™)、蘭尼單抗(ranibizumab) (Lucentis™)等，及結合抗體，例如，吉妥珠單抗奧佐米星(gemtuzumab ozogamicin) (Mylortarg™)、維布妥昔單抗(Brentuximab vedotin) (Adcetris™)、90 Y標記之替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan) (Zevalin™)、131 I標記之托西莫單抗(tositumoma) (Bexxar™)等。適用於癌症治療之抗體包括(但不限於)，例如，靶向CTLA-4之伊匹單抗(用以治療黑色素瘤、前列腺腫瘤、RCC)；靶向CTLA-4之曲美木單抗(Tremelimumab) (用以治療CRC、胃腫瘤、黑色素瘤、NSCLC)；靶向PD-1之納武單抗(用以治療黑色素瘤、NSCLC、RCC)；靶向PD-1之MK-3475 (用以治療黑色素瘤)；靶向PD-1之匹地珠單抗(Pidilizumab) (用以治療血液系統惡性腫瘤)；靶向PD-L1之BMS-936559 (用以治療黑色素瘤、NSCLC、卵巢腫瘤、RCC)；靶向PD-L1之MEDI4736；靶向PD-L1之MPDL33280A (用以治療黑色素瘤)；靶向CD20之利妥昔單抗(用以治療非霍奇金氏淋巴瘤)；替伊莫單抗及托西莫單抗(用以治療淋巴瘤)；靶向CD30之維布妥昔單抗(用以治療霍奇金氏淋巴瘤)；靶向CD33之吉妥珠單抗奧佐米星(用以治療急性骨髓性白血病)；靶向CD52之阿崙單抗(用以治療慢性淋巴球性白血病)；靶向EpCAM之IGN101及阿德卡木單抗(adecatumumab) (用以治療上皮腫瘤(乳腫瘤、結腸腫瘤及肺腫瘤))；靶向CEA之拉貝珠單抗(Labetuzumab) (用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤及肺腫瘤)；靶向gpA33之huA33 (用以治療結直腸腫瘤)；靶向黏蛋白之培馬單抗(Pemtumomab)及奧瑞戈單抗(用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤、肺腫瘤及卵巢腫瘤)；靶向TAG-72之CC49 (明妥莫單抗(minretumomab)) (用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤及肺腫瘤)；靶向CAIX之cG250 (用以治療腎細胞癌)；靶向PSMA之J591 (用以治療前列腺癌)；靶向葉酸結合蛋白之MOv18及MORAb-003 (法雷妥珠單抗(farletuzumab)) (用以治療卵巢腫瘤)；靶向神經節苷脂之3F8、ch14.18及KW-2871 (諸如GD2、GD3及GM2) (用以治療神經外胚層腫瘤及一些上皮腫瘤)；靶向Le y之hu3S193及IgN311 (用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤、肺癌及前列腺腫瘤)；靶向VEGF之貝伐單抗(用以治療腫瘤脈管系統)；靶向VEGFR之IM-2C6及CDP791 (用以治療上皮源性實體瘤)；靶向整合素_V_3之依他珠單抗(Etaracizumab) (用以治療腫瘤脈管系統)；靶向整合素_5_1之伏洛昔單抗(Volociximab) (用以治療腫瘤脈管系統)；靶向EGFR之西妥昔單抗、帕尼單抗、尼妥珠單抗(nimotuzumab)及806 (用以治療神經膠質瘤、肺腫瘤、乳腫瘤、結腸腫瘤及頭頸腫瘤)；靶向ERBB2之曲妥珠單抗及帕妥珠單抗(用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤、肺腫瘤、卵巢腫瘤及前列腺腫瘤)；靶向ERBB3之MM-121 (用以治療乳腫瘤、結腸腫瘤、肺腫瘤、卵巢腫瘤及前列腺腫瘤)；靶向MET之AMG 102、METMAB及SCH 900105 (用以治療乳腫瘤、卵巢腫瘤及肺腫瘤)；靶向IGF1R之AVE1642、IMC-A12、MK-0646、R1507及CP 751871 (用以治療神經膠質瘤、肺腫瘤、乳腫瘤、頭頸腫瘤、前列腺及甲狀腺癌)；靶向EPHA3之KB004及IIIA4 (用以治療肺腫瘤、腎腫瘤及結腸腫瘤、黑色素瘤、神經膠質瘤及血液系統惡性腫瘤)；靶向TRAILR1之馬圖木單抗(Mapatumumab) (HGS-ETR1) (用以治療結腸腫瘤、肺腫瘤及胰臟腫瘤及血液系統惡性腫瘤)；靶向TRAILR2之HGS-ETR2及CS-1008；靶向RANKL之地諾單抗(Denosumab) (用以治療前列腺癌及骨轉移)；靶向FAP之西布妥珠單抗(Sibrotuzumab)及F19 (用以治療結腸腫瘤、乳腫瘤、肺腫瘤、胰臟腫瘤及頭頸腫瘤)；靶向肌腱蛋白之81C6 (用以治療神經膠質瘤、乳腫瘤及前列腺腫瘤)；靶向CD3之博納吐單抗(Blinatumomab) (Blincyto；Amgen) (用以治療ALL)；用於癌症免疫療法中之靶向PD-1之派姆單抗；靶向c-Myc之9E10抗體；及類似物。
在一些情況下，本發明之方法包括投與：a)有效量之本發明之重組溶瘤病毒，諸如牛痘病毒；及b)抗PD-1抗體。在一些情況下，本發明之方法包括投與：a)有效量之本發明之重組溶瘤病毒；及b)抗PD-L1抗體。合適之抗PD-1抗體包括(但不限於)派姆單抗(Keytruda®；MK-3475)、納武單抗(Opdivo®；BMS-926558；MDX1106)、匹地珠單抗(CT-011)、AMP-224、AMP-514 (MEDI-0680)、PDR001及PF-06801591。合適之抗PD-L1抗體包括(但不限於) BMS-936559 (MDX1105)、德瓦魯單抗(durvalumab) (MEDI4736；Imfinzi)、阿特珠單抗(Atezolizumab) (MPDL33280A；Tecentriq)。參見例如Sunshine及Taube (2015) Curr. Opin. Pharmacol. 23:32；及Heery等人，(2017) The Lancet Oncology 18:587；Iwai等人，(2017) J. Biomed. Sci. 24:26；Hu-Lieskovan等人，(2017) Annals of Oncology 28：發行增刊5，mdx376.048；及美國專利公開案號2016/0159905。
在一些情況下，合適抗體係雙特異性抗體，例如，雙特異性單株抗體。卡妥昔單抗(Catumaxomab)、博納吐單抗、索利單抗(solitomab)、帕索妥昔單抗(pasotuxizumab)及氟替珠單抗(flotetuzumab)係適用於癌症療法中之雙特異性抗體之非限制性實例。參見例如Chames及Baty (2009) MAbs 1:539；及Sedykh等人，(2018) Drug Des. Devel. Ther. 12:195。
適用於結合本發明方法一起使用之生物反應調節劑包括(但不限於) (1)酪胺酸激酶(RTK)活性抑制劑；(2)絲胺酸/蘇胺酸激酶活性抑制劑；(3)腫瘤相關抗原拮抗劑，諸如特異性結合至腫瘤抗原之抗體；(4)細胞凋亡受體促效劑；(5)介白素-2；(6)干擾素-α.；(7)干擾素-γ；(8)群落刺激因子；(9)血管生成抑制劑；及(10)腫瘤壞死因子拮抗劑。
化學治療劑係減少癌細胞增殖之非肽(即，非蛋白質)化合物且包含細胞毒性劑及細胞抑制劑。化學治療劑之非限制性實例包括烷化劑、亞硝基脲、抗代謝物、抗腫瘤抗生素、植物(長春花)生物鹼及類固醇激素。
用以減少細胞增殖之藥劑係此項技術中已知且廣泛使用。此等藥劑包括烷化劑(諸如氮芥、亞硝基脲、伸乙亞胺衍生物、烷基磺酸酯及三氮烯，包括(但不限於)甲基二(氯乙基)胺(mechlorethamine)、環磷醯胺 (Cytoxan™)、美法侖(melphalan) (L-溶肉瘤素)、卡莫司汀(carmustine) (BCNU)、洛莫司汀(lomustine) (CCNU)、蘇莫司汀(semustine) (甲基-CCNU)、鏈脲佐菌素(streptozocin)、氯脲佐菌素(chlorozotocin)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)、氮芥(chlormethine)、依弗醯胺(ifosfamide)、氯芥苯丁酸(chlorambucil)、哌泊溴烷(pipobroman)、曲他胺(triethylenemelamine)、噻替哌(triethylenethiophosphoramine)、白消安(busulfan)、達卡巴嗪(dacarbazine)及替莫唑胺(temozolomide)。
抗代謝劑包括葉酸類似物、嘧啶類似物、嘌呤類似物，及腺苷去胺酶抑制劑，包括(但不限於) 阿糖胞苷(cytarabine) (CYTOSAR-U)、胞嘧啶阿拉伯糖苷(cytosine arabinoside)、氟尿嘧啶(fluorouracil) (5-FU)、氟尿苷(floxuridine) (FudR)、6-硫鳥嘌呤(6-thioguanine)、6-巰基嘌呤(6-MP)、噴司他丁(pentostatin)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、胺甲喋呤、10-炔丙基-5,8-二去氮葉酸(PDDF、CB3717)、5,8-二去四氫葉酸(DDATHF)、菊白葉酸(leucovorin)、磷酸氟達拉濱、噴司他丁(pentostatine)及吉西他濱(gemcitabine)。
合適之天然產品及其等衍生物(例如，長春花生物鹼、抗腫瘤抗生素、酶、淋巴因子及表鬼臼毒素)包括(但不限於) Ara-C、紫杉醇(paclitaxe) (Taxol®)、多西他賽(docetaxel) (Taxotere®)、去氧助間型黴素(deoxycoformycin)、絲裂黴素-C、L-天冬醯胺酸酶、硫唑嘌呤(azathioprine)；布喹那(brequinar)；生物鹼(alkaloid)，例如長春新鹼(vincristine)、長春花鹼(vinblastine)、長春瑞濱(vinorelbine)、長春地辛(vindesine)等；鬼臼毒素(podophyllotoxin)，例如依託泊苷(etoposide)、替尼泊苷(teniposide)等；抗生素，例如蒽環黴素(anthracycline)、鹽酸柔紅黴素(daunorubicin hydrochloride) (道諾黴素(daunomycin)、紅比黴素(rubidomycin)、柔毛黴素(cerubidine))、伊達比星(idarubicin)、阿黴素(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)及嗎啉基衍生物等；吩噁唑雙環肽，例如放線菌素D(dactinomycin)；鹼性醣肽，例如博來黴素(bleomycin)；蒽醌糖苷，例如普卡黴素(plicamycin) (光神黴素(mithramycin))；蒽二酮類，例如米托蒽醌(mitoxantrone)；氮丙啶吡咯并吲哚二酮，例如絲裂黴素；大環免疫抑制劑，例如環孢素(cyclosporine)、FK-506 (他克莫司(tacrolimus)、普樂可複(prograf))、雷帕黴素等；及類似物。
其他抗增殖細胞毒性劑係諾維本(navelbene)、CPT-11、阿那曲唑(anastrazole)、來曲唑(letrazole)、卡培他濱(capecitabine)、雷洛沙芬(reloxafine)、環磷醯胺、異環磷醯胺(ifosamide)及屈洛沙芬(droloxafine)。
具有抗增殖活性之微管影響劑亦適合使用且包括(但不限於) 別秋水仙鹼(allocolchicine) (NSC 406042)、軟海綿素B (Halichondrin B) (NSC 609395)、秋水仙鹼(colchicine) (NSC 757)、秋水仙鹼衍生物(例如、NSC 33410)、多司他丁10 (dolstatin 10) (NSC 376128)、美登素(maytansine) (NSC 153858)、根瘤菌素(rhizoxin) (NSC 332598)、紫杉醇(Taxol®)、Taxol®衍生物、多西他賽(Taxotere®)、硫代秋水仙鹼(NSC 361792)、三苯甲基半胱胺酸(trityl cysterin)、硫酸長春花鹼、硫酸長春新鹼、天然及合成埃博黴素(epothilone)，包括(但不限於)埃博黴素A、埃博黴素B、圓皮海綿內酯(discodermolide)；雌莫司汀(estramustine)、諾考達唑(nocodazole)，及類似物。
適合使用之激素調節劑及類固醇(包括合成類似物)包括(但不限於)腎上腺皮質類固醇，例如強的松(prednisone)、地塞米松(dexamethasone)等；雌激素及孕激素，例如己酸羥助孕酮(hydroxyprogesterone caproate)、乙酸甲羥助孕酮(medroxyprogesterone acetate)、乙酸甲地孕酮(megestrol acetate)、雌二醇(estradiol)、克羅米芬(clomiphene)、他莫昔芬(tamoxifen)等；及腎上腺皮質抑制劑，例如胺麩精(aminoglutethimide)；17α-炔雌醇；己烯雌酚(diethylstilbestrol)、睾酮(testosterone)、氟甲睾酮(fluoxymesterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、睾酮內酯(testolactone)、甲普賴蘇穠(methylprednisolone)、甲基-睾酮、普賴蘇穠 (prednisolone)、特安皮質醇(triamcinolone)、三對甲氧苯氯乙烯(chlorotrianisene)、羥助孕酮、胺麩精、雌莫司汀、乙酸甲羥助孕酮、亮丙瑞林(leuprolide)、氟他胺(Flutamide) (屈洛尼尔(Drogenil))、托瑞米芬(Toremifene) (法樂通(Fareston))及Zoladex®。雌激素刺激增殖及分化，因此使用結合至雌激素受體之化合物以阻斷其活性。皮質類固醇可抑制T細胞增殖。
其他化學治療劑包括金屬錯合物，例如順鉑 (順式DDP)、卡鉑等；脲類，例如羥基脲(hydroxyurea)；及肼類，例如N-甲基肼；表鬼臼毒素(epidophyllotoxin)；拓撲異構酶抑制劑；丙卡巴肼(procarbazine)；米托蒽醌；菊白葉酸；替加氟(tegafur)等。其他受關注抗增殖劑包括免疫抑制劑，例如黴酚酸(mycophenolic acid)、沙利度胺(thalidomide)、去氧精胍(desoxyspergualin)、氮雜孢菌素(azasporine)、來氟米特(leflunomide)、咪唑立濱(mizoribine)、氮雜螺烷(azaspirane) (SKF 105685)；Iressa® (ZD 1839、4-(3-氯-4-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-(4-嗎啉基)丙氧基)喹唑啉)等。
「紫杉烷類」包括紫杉醇，及任何活性紫杉烷衍生物或前藥。「紫杉醇」 (本文中應瞭解其包括類似物、調配物及衍生物，諸如，例如，多西他賽、TAXOLµ、TAXOTEREµ (多西他賽之調配物)、紫杉醇之10-去乙醯基類似物及紫杉醇之3'N-去苯甲醯基-3'N-第三丁氧基羰基類似物)可利用熟習此項技術者已知的技術容易製備(亦參見WO 94/07882、WO 94/07881、WO 94/07880、WO 94/07876、WO 93/23555、WO 93/10076；美國專利第5,294,637；5,283,253；5,279,949；5,274,137；5,202,448；5,200,534；5,229,529號；及EP 590,267)，或獲自各種商業來源，包括(例如) Sigma Chemical Co., St. Louis, Mo. (來自短葉紫杉(Taxus brevifolia )之T7402；或來自雲南紅豆杉(Taxus yannanensis )之T-1912)。
應瞭解紫杉醇不僅係指紫杉醇之常見化學有效形式，亦係指類似物及衍生物(例如，如上文指示，泰素帝多西他賽(Taxotereµ docetaxel))及紫杉醇結合物(例如，紫杉醇-PEG、紫杉醇-聚葡糖或紫杉醇-木糖)。
細胞療法包括嵌合抗原受體(CAR) T細胞療法(CAR-T療法)；自然殺手(NK)細胞療法；樹突細胞(DC)療法(例如，基於DC之疫苗)；基於T細胞受體(TCR)工程化T細胞之療法；及類似物。
C-4C.     癌症及腫瘤 可由本發明之方法及組合物治療之癌細胞包括來自任何器官或組織或於其中之癌細胞，諸如膀胱、血液、骨、骨髓、腦、乳房、結腸、食管、胃腸道、牙齦、頭、腎、肝、肺、鼻咽、頸、卵巢、前列腺、皮膚、胃、脊髓、睾丸、舌或子宮。另外，該癌症可為任何組織學類型，例如：贅生物，惡性；癌；癌，未分化；巨細胞及梭形細胞癌；小細胞癌；乳頭狀癌；鱗狀細胞癌；淋巴上皮癌；基底細胞癌；毛髮基質癌；移行細胞癌；乳頭狀移行細胞癌；腺癌；胃泌素瘤，惡性；膽管癌；肝細胞癌；混合型肝細胞癌及膽管癌；小梁腺癌；腺樣囊性癌；腺性息肉中之腺癌；腺癌，家族性結腸息肉病；實體癌；類癌瘤，惡性；細支氣管肺泡腺癌；乳頭狀腺癌；嫌色細胞癌；嗜酸細胞癌；嗜氧腺癌；嗜鹼細胞癌；透明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾泡性腺癌；乳頭狀及濾泡性腺癌；非包膜硬化性癌；腎上腺皮質癌；子宮內膜樣癌；皮膚附器癌；頂泌腺癌；皮脂腺癌；耵聹腺癌；黏液表皮樣癌；囊腺癌；乳頭狀囊腺癌；乳頭狀漿液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；印戒細胞癌；浸潤性導管癌；髓質癌；小葉癌；發炎癌；佩吉特氏症(Paget’s disease)，乳房；腺泡細胞癌；腺鱗癌；腺癌伴鱗狀上皮化生；胸腺瘤，惡性；卵巢間質瘤，惡性；泡膜細胞瘤，惡性；顆粒細胞腫瘤，惡性；雄胚瘤，惡性；塞氏細胞癌；萊氏細胞腫瘤(Leydig cell tumor)，惡性；脂質細胞腫瘤，惡性；副神經節瘤，惡性；乳房外副神經節瘤，惡性；嗜鉻細胞瘤；腎血管肉瘤；惡性黑色素瘤；無色素性黑色素瘤；淺表擴散性黑色素瘤；巨大色素痣中之惡性黑色素瘤；上皮樣細胞黑色素瘤；藍痣，惡性；肉瘤；纖維肉瘤；纖維組織細胞瘤，惡性；黏液肉瘤；脂肪肉瘤；平滑肌肉瘤；橫紋肌肉瘤；胚胎性橫紋肌肉瘤；肺泡橫紋肌肉瘤；間質肉瘤；混合型腫瘤，惡性；苗勒氏混合型腫瘤；腎母細胞瘤；肝母細胞瘤；癌肉瘤；間葉瘤，惡性；布蓮約瘤(brenner tumor)，惡性；葉狀腫瘤，惡性；滑膜肉瘤；間皮瘤，惡性；無性細胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，惡性；卵巢甲狀腺腫，惡性；絨毛膜癌；中腎瘤，惡性；血管肉瘤；血管內皮瘤，惡性；卡波西肉瘤(Kaposi’s sarcoma)；血管外皮細胞瘤，惡性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮質骨肉瘤；軟骨肉瘤；軟骨母細胞瘤，惡性；間葉性軟骨肉瘤；骨巨細胞瘤；尤因氏肉瘤(Ewing’s sarcoma)；牙源性腫瘤，惡性；成釉細胞性牙肉瘤；成釉細胞瘤，惡性；成釉細胞性纖維肉瘤；松果體瘤，惡性；脊索瘤；神經膠質瘤，惡性；室管膜瘤；星形細胞瘤；原生質性星形細胞瘤；纖維狀星形細胞瘤；星形母細胞瘤；神經膠質母細胞瘤；寡樹突神經膠質瘤；寡樹突膠質母細胞瘤；原始神經外胚層；小腦肉瘤；神經節神經母細胞瘤；神經母細胞瘤；視網膜母細胞瘤；嗅神經源性腫瘤；腦膜瘤，惡性；神經纖維肉瘤；神經鞘瘤，惡性；顆粒細胞腫瘤，惡性；惡性淋巴瘤；霍奇金氏病(Hodgkin’s disease)；霍奇金氏；類肉芽腫；惡性淋巴瘤，小淋巴細胞性；惡性淋巴瘤，大細胞，瀰漫；惡性淋巴瘤，濾泡性；蕈樣黴菌病；其他特定非霍奇金氏淋巴瘤；惡性組織細胞增生症；多發性骨髓瘤；肥大細胞肉瘤；免疫增殖性小腸病；白血病；淋巴細胞白血病；漿細胞白血病；紅細胞白血病；淋巴肉瘤細胞白血病；骨髓性白血病；嗜鹼性白血病；嗜酸性白血病；單核細胞白血病；肥大細胞白血病；巨核細胞白血病；骨髓性肉瘤；胰臟癌；直腸癌；及毛細胞白血病。
可使用本發明之方法治療之腫瘤包括(例如)腦癌腫瘤、頭頸癌腫瘤、食道癌腫瘤、皮膚癌腫瘤、肺癌腫瘤、胸腺癌腫瘤、胃癌腫瘤、結腸癌腫瘤、肝癌腫瘤、卵巢癌腫瘤、子宮癌腫瘤、膀胱癌腫瘤、睾丸癌腫瘤、直腸癌腫瘤、乳癌腫瘤或胰臟癌腫瘤。
在一些情況下，腫瘤係結直腸腺癌。在一些情況下，該腫瘤係非小細胞肺癌。在一些情況下，該腫瘤係三陰性乳癌。在一些情況下，該腫瘤係實體腫瘤。在一些情況下，該腫瘤係液體腫瘤。在一些情況下，該腫瘤係復發性。在一些情況下，該腫瘤係原發性腫瘤。在一些情況下，該腫瘤係轉移性。
各種受試者適用於用治療癌症之標的方法治療。合適受試者包括患有癌症、已診斷患有癌症、處於發展癌症之風險下、已患有癌症及處於復發該癌症風險下、已使用除用於癌症之本發明之溶瘤牛痘病毒外之藥劑治療及對此治療無法產生反應，或已使用除用於癌症之本發明之溶瘤牛痘病毒外之藥劑治療但在對此治療初始反應後復發的任何個體(例如，人類或非人類動物)。
C-5.  溶瘤病毒免疫原性組合物 在另一態樣中，由本發明提供之重組溶瘤病毒於其基因體內另外包含編碼癌症抗原(諸如腫瘤相關抗原及新抗原)之核苷酸序列。術語「癌症相關抗原」 (亦稱為腫瘤相關抗原)係癌細胞比正常細胞表現更多之蛋白質。術語「新抗原」係指表現於癌細胞而非正常細胞中之蛋白質。在一些實施例中，該重組牛痘病毒於其基因體內包含：i)編碼本文上文描述之IL-2v多肽之核苷酸序列；ii)編碼異源性TK多肽之核苷酸序列；及iii)編碼癌症抗原之核苷酸序列。當對有需要個體(例如，患有癌症之個體)投與時，此等重組牛痘病毒可誘導或增強該個體對經編碼癌症抗原之免疫反應。該免疫反應可減少該個體中之癌細胞數量。合適之IL-2v多肽及異源性TK多肽係如上文描述。
癌症相關抗原之實例包括α-葉酸受體；碳酸酐酶IX (CAIX)；CD19；CD20；CD22；CD30；CD33；CD44v7/8；癌胚抗原(CEA)；上皮醣蛋白-2 (EGP-2)；上皮醣蛋白-40 (EGP-40)；葉酸結合蛋白(FBP)；胎兒乙醯膽鹼受體；神經節苷脂抗原GD2；Her2/neu；IL-13R-a2；κ輕鏈；LeY；L1細胞黏著分子；黑色素瘤相關抗原(MAGE)；MAGE-A1；間皮素；MUC1；NKG2D配體；癌胎抗原(h5T4)；前列腺幹細胞抗原(PSCA)；前列腺特異性膜抗原(PSMA)；腫瘤相關醣蛋白-72 (TAG-72)；血管內皮生長因子受體-2 (VEGF-R2) (參見例如Vigneron等人，(2013) Cancer Immunity 13:15；及Vigneron (2015) BioMed Res. Int’l Article ID 948501；及表皮生長因子受體(EGFR) vIII多肽(參見例如Wong等人，(1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:2965；及Miao等人，(2014) PLoSOne 9:e94281)；MUC1多肽；人類乳頭狀瘤病毒(HPV) E6多肽；LMP2多肽；HPV E7多肽；表皮生長因子受體(EGFR) vIII多肽；HER-2/neu多肽；黑色素瘤抗原家族A，3 (MAGE A3)多肽；p53多肽；突變體p53多肽；NY-ESO-1多肽；葉酸水解酶(前列腺特異性膜抗原；PSMA)多肽；癌胚抗原(CEA)多肽；由T細胞識別之黑色素瘤抗原(melanA/MART1)多肽；Ras多肽；gp100多肽；蛋白酶3 (PR1)多肽；bcr-abl多肽；酪胺酸酶多肽；生存素多肽；前列腺特異性抗原(PSA)多肽；hTERT多肽；肉瘤易位斷點多肽；滑膜肉瘤X (SSX)斷點多肽；EphA2多肽；前列腺酸性磷酸酶(PAP)多肽；細胞凋亡(ML-IAP)多肽之黑色素瘤抑制劑；α-甲胎蛋白(AFP)多肽；上皮細胞黏著分子(EpCAM)多肽；ERG (TMPRSS2 ETS融合)多肽；NA17多肽，配對盒3 (PAX3)多肽；間變性淋巴瘤激酶(ALK)多肽；雄激素受體多肽；細胞週期蛋白B1多肽；N-myc原癌基因(MYCN)多肽；Ras同源物基因家族成員C (RhoC)多肽；酪胺酸酶相關蛋白-2 (TRP-2)多肽；間皮素多肽；前列腺幹細胞抗原(PSCA)多肽；黑色素瘤相關抗原-1 (MAGE A1)多肽；細胞色素P450 1B1 (CYP1B1)多肽；胎盤特異性蛋白1 (PLAC1)多肽；BORIS多肽(亦稱為CCCTC結合因子或CTCF)；ETV6-AML多肽；乳癌抗原NY-BR-1多肽(亦稱為含錨蛋白重複域蛋白30A)；G蛋白傳訊調節因子(RGS5)多肽；由T細胞識別之鱗狀細胞癌抗原(SART3)多肽；碳酸酐酶IX多肽；配對盒5 (PAX5)多肽；OY-TES1 (睾丸抗原；亦稱為頂體素結合蛋白)多肽；精子蛋白17多肽；淋巴細胞特異性蛋白-酪胺酸激酶(LCK)多肽；高分子量黑色素瘤相關抗原(HMW-MAA)；A-激酶錨定蛋白-4 (AKAP-4)；滑膜肉瘤X斷點2 (SSX2)多肽；X抗原家族成員1 (XAGE1)多肽；B7同源物3 (B7H3；亦稱為CD276)多肽；豆蛋白酶多肽(LGMN1；亦稱為天冬醯胺內肽酶)；具有Ig及EGF同源域-2之酪胺酸激酶(Tie-2；亦稱為血管生成素-1受體)多肽；P抗原家族成員4 (PAGE4)多肽；血管內皮生長因子受體2 (VEGF2)多肽；MAD-CT-1多肽；成纖維細胞活化蛋白(FAP)多肽；血小板源性生長因子受體β (PDGFβ)多肽；MAD-CT-2多肽；Fos相關抗原-1 (FOSL)多肽；及威爾姆斯瘤-1 (WT-1)多肽。
癌症相關抗原之胺基酸序列係此項技術中已知；參見例如MUC1 (基因庫CAA56734)；LMP2 (基因庫CAA47024)；HPV E6 (基因庫AAD33252)；HPV E7 (基因庫AHG99480)；EGFRvIII (基因庫NP_001333870)；HER-2/neu (基因庫AAI67147)；MAGE-A3 (基因庫AAH11744)；p53 (基因庫BAC16799)；NY-ESO-1 (基因庫CAA05908)；PSMA (基因庫AAH25672)；CEA (基因庫AAA51967)；melan/MART1 (基因庫NP_005502)；Ras (基因庫NP_001123914)；gp100 (基因庫AAC60634)；bcr-abl (基因庫AAB60388)；酪胺酸酶(基因庫AAB60319)；生存素(基因庫AAC51660)；PSA (基因庫CAD54617)；hTERT (基因庫BAC11010)；SSX (基因庫NP_001265620)；Eph2A (基因庫NP_004422)；PAP (基因庫AAH16344)；ML-IAP (基因庫AAH14475)；FP (基因庫NP_001125)；EpCAM (基因庫NP_002345)；ERG (TMPRSS2 ETS融合) (基因庫ACA81385)；PAX3 (基因庫AAI01301)；LK (基因庫NP_004295)；雄激素受體(基因庫NP_000035)；細胞週期蛋白B1 (基因庫CAO99273)；MYCN (基因庫NP_001280157)；RhoC (基因庫AAH52808)；TRP-2 (基因庫AAC60627)；間皮素(基因庫AAH09272)；PSCA (基因庫AAH65183)；MAGE A1 (基因庫NP_004979)；CYP1B1 (基因庫AAM50512)；PLAC1 (基因庫AAG22596)；BORIS (基因庫NP_001255969)；ETV6 (基因庫NP_001978)；NY-BR1 (基因庫NP_443723)；SART3 (基因庫NP_055521)；碳酸酐酶IX (基因庫EAW58359)；PAX5 (基因庫NP_057953)；OY-TES1 (基因庫NP_115878)；精子蛋白17 (基因庫AAK20878)；LCK (基因庫NP_001036236)；HMW-MAA (基因庫NP_001888)；KAP-4 (基因庫NP_003877)；SSX2 (基因庫CAA60111)；XAGE1 (基因庫NP_001091073；XP_001125834；XP_001125856；及XP_001125872)；B7H3 (基因庫NP_001019907；XP_947368；XP_950958；XP_950960；XP_950962；XP_950963；XP_950965；及XP_950967)；LGMN1 (基因庫NP_001008530)；TIE-2 (基因庫NP_000450)；PAGE4 (基因庫NP_001305806)；VEGFR2 (基因庫NP_002244)；MAD-CT-1 (基因庫NP_005893 NP_056215)；FAP (基因庫NP_004451)；PDGFβ (基因庫NP_002600)；MAD-CT-2 (基因庫NP_001138574)；FOSL (基因庫NP_005429)；及WT-1 (基因庫NP_000369)。此等多肽亦論述於例如Cheever等人，(2009) Clin. Cancer Res. 15:5323，及其中引用之參考文獻；Wagner等人，(2003) J. Cell. Sci. 116:1653；Matsui等人，(1990) Oncogene 5:249；及Zhang等人，(1996) Nature 383:168中。
在一些情況下，本發明之重組溶瘤病毒(諸如牛痘病毒)係無複製潛能。在一些情況下，該重組病毒包含導致該病毒無法複製之病毒基因之修飾。可修飾一或多種編碼複製所需基因產物之病毒基因，使得該病毒無法複製。例如，可修飾重組病毒以降低中間轉錄因子(例如，A8R及/或23R) (參見例如Wyatt等人，(2017) mBio 8:e00790；及Warren等人，(2012) J. Virol. 86:9514)及/或晚期轉錄因子(例如，G8R、A1L及A2L中之一或多者) (參見例如Yang等人，(2013) Virology 447:213)之濃度及/或活性。降低中介轉錄因子及/或晚期轉錄因子之濃度及/或活性可產生可表現由核苷酸序列編碼之多肽之經修飾牛痘病毒，該核苷酸序列係可操作地連接至早期病毒啟動子；然而，該病毒將無法複製。修飾包括(例如)缺失該基因之所有或部分；插入該基因內；及類似物。例如，可缺失A8R基因之所有或部分。作為另一實例，可缺失A23R基因之所有或部分。作為另一實例，可缺失G8R基因之所有或部分。作為另一實例，可缺失A1L基因之所有或部分。作為另一實例，可缺失A2L基因之所有或部分。
如上文提及，在一些情況下，本發明之重組牛痘病毒係非溶瘤的。
C-6.  2’-去氧鳥苷類似物之投與 在另一態樣中，本發明提供重組溶瘤病毒之投與，該重組溶瘤病毒包含本文描述之異源性TK多肽與2’-去氧鳥苷之合成類似物之組合。
溶瘤病毒可在接受病毒投與之受試者中引起不良副作用。副作用之實例包括皮膚病灶，諸如水泡狀病灶或「水泡疹」。在一些實施例中，本發明提供治療個體癌症之方法，其包括對該個體投與：b)有效量之本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒；及b)有效量之2’-去氧-鳥苷之合成類似物，其中該溶瘤牛痘病毒包含異源性TK多肽。在一些其他實施例中，本發明提供治療、減小或控制本發明之重組溶瘤牛痘病毒之副作用之方法，其包括對已接受該重組溶瘤牛痘病毒投與之受試者投與有效量之2’-去氧-鳥苷之合成類似物，其中該溶瘤牛痘病毒包含異源性TK多肽。
2’-去氧-鳥苷之合成類似物之「有效量」係有效減少由投與之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒引起之不良副作用之量。例如，當該不良副作用係皮膚病灶時，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之有效量係當以一或多個劑量對個體投與時，有效減少該個體之牛痘病毒誘導之皮膚病灶之數量及/或嚴重程度及/或持續時間之量。例如，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之有效量可為當以一或多個劑量對個體投與時，該個體之牛痘病毒誘導之皮膚病灶之數量及/或嚴重程度及/或持續時間相較於投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物前或不投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物情況下的該個體之牛痘病毒誘導之皮膚病灶之數量及/或嚴重程度及/或持續時間有效減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少75%或大於75%之量。在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之有效量係當以一或多個劑量對個體投與時，有效減少病毒自牛痘病毒誘導之皮膚病灶脫落之量。例如，在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之有效量係當以一或多個劑量對個體投與時，病毒自牛痘病毒誘導之皮膚病灶脫落相較於投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物前或不投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物情況下的該個體中的病毒自牛痘病毒誘導之皮膚病灶脫落之濃度或程度有效減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少75%或大於75%之量。當不良副作用係皮膚病灶時，在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物可藉由任何便利之投與途徑(例如，局部、經口、靜脈內等)投與。例如，當該不良副作用係皮膚病灶時，在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物可局部投與。為減少皮膚病灶，2’-去氧-鳥苷之合成類似物係通常局部投與，例如，藉由將該2’-去氧-鳥苷之類似物施用至皮膚之病灶區域。
2’-去氧-鳥苷之合成類似物之投與減少包含異源性TK多肽之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之複製。可需本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之此複製之減小，例如，以控制具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒在個體中之濃度、控制具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之效應，及類似物。因此，在一些其他實施例中，本發明提供方法治療個體癌症之方法，其包括：a)投與有效量之本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒；及b)投與有效量之2’-去氧-鳥苷之合成類似物。在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之有效量係當以一或多個劑量對個體投與時，本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒在該個體中之複製相較於具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒在投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物前或不投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物情況下的該個體中之複製濃度有效減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少75%或大於75%之量。
可在投與本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒後投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物。例如，可在投與具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒1天至7天、7天至2週、2週至1個月、1個月至3個月或大於3個月後投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物。
在一些情況下，對已投與本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之個體投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物在該個體中誘導快速、全身性腫瘤溶解(癌細胞溶解)。例如，一旦已發生溶瘤牛痘病毒誘導之腫瘤生長減緩及/或一旦病毒複製達成或剛好達成其峰值及/或一旦抗牛痘病毒蛋白之循環抗體達成或剛好達成其峰值，即可對個體投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物。在投與本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒後，可使用各種既定方法中之任一者量測腫瘤生長及/或癌細胞數量確定腫瘤生長減緩是否已發生。可藉由偵測及/或量測個體中之TKv多肽濃度(如本文描述，其中合適方法之非限制性實例係PET)確定本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒於該個體中之複製是否達成或剛好達成其峰值。可使用量測抗體濃度之標準方法(其中此等方法包括(例如)酶聯免疫吸附分析(ELISA)、放射免疫分析(RIA)及類似物)量測抗本發明之具有複製潛能之重組溶瘤牛痘病毒之循環抗體是否達成或剛好達成其峰值。
作為一實例，本發明之方法可包括：a)對有需要個體投與有效量之本發明之重組溶瘤病毒；b)量測：i)該個體之腫瘤尺寸及/或癌細胞數量；及/或ii)該個體中之TKv多肽濃度；及/或iii)該個體中的抗重組溶瘤病毒抗體之濃度；及c)其中該量測步驟指示：i)相較於投與重組溶瘤病毒前之腫瘤生長及/或癌細胞數量，腫瘤生長已經減緩及/或癌細胞數量已經減少；及/或ii)該個體中之TKv多肽濃度達成或剛好達成其峰值；及/或iii)該個體中之抗重組溶瘤病毒之循環抗體之濃度達成或剛好達成其峰值，投與2’-去氧-鳥苷之合成類似物。例如，本發明之方法可包括：a)對有需要個體投與有效量之本發明之具有複製潛能之重組溶瘤病毒；及b)對該個體投與有效量之2’-去氧-鳥苷之合成類似物，其中該投與步驟(b)係在步驟(a)後5天至20天(例如，5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天或20天)進行。
合適之2’-去氧-鳥苷之合成類似物包括(例如)阿昔洛韋(無環鳥苷(acycloguanosine))、5’-碘去氧尿苷(亦稱為「碘苷」)、更昔洛韋、纈更昔洛韋、泛昔洛韋、伐昔洛韋、2'-氟-2'-去氧-5-碘-1-β-d-阿拉伯呋喃糖基尿嘧啶(FIAU)，及類似物。下文顯示一些合適之2’-去氧-鳥苷之合成類似物之結構。 更昔洛韋： 纈更昔洛韋： 伐昔洛韋： 泛昔洛韋：。
在一些特定實施例中，2’-去氧-鳥苷之合成類似物係更昔洛韋或阿昔洛韋。
2’-去氧-鳥苷之合成類似物可以小於4000 mg/天之劑量經口投與。在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之合適經口劑量係在約50 mg/天至約2500 mg/天之範圍內，例如，約50 mg/天至約100 mg/天、約100 mg/天至約200 mg/天、約200 mg/天至約300 mg/天、約300 mg/天至約400 mg/天、約400 mg/天至約500 mg/天、約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1250 mg/天、約1250 mg/天至約1500 mg/天、約1500 mg/天至約1750 mg/天、約1750 mg/天至約2000 mg/天、約2000 mg/天至約2250 mg/天、或約2250 mg/天至約2500 mg/天。在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之合適經口劑量係在約2500 mg/天至約3000 mg/天、約3000 mg/天至約3500 mg/天、或約3500 mg/天至約4000 mg/天之範圍內。
作為一項非限制性實例，更昔洛韋可以1000 mg 3次/天之劑量投與，總每天劑量為3000 mg。更昔洛韋可以小於3000 mg (例如，約50 mg/天至約2500 mg/天，例如，約50 mg/天至約100 mg/天、約100 mg/天至約200 mg/天、約200 mg/天至約300 mg/天、約300 mg/天至約400 mg/天、約400 mg/天至約500 mg/天、約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1250 mg/天、約1250 mg/天至約1500 mg/天、約1500 mg/天至約1750 mg/天、約1750 mg/天至約2000 mg/天、約2000 mg/天至約2250 mg/天、或約2250 mg/天至約2500 mg/天)之總每天劑量投與。在一些情況下，更昔洛韋係經由經口投與進行投與。
作為另一非限制性實例，阿昔洛韋可以1000 mg至4000 mg之總每天劑量投與。阿昔洛韋可以小於4000 mg (例如，約50 mg/天至約2500 mg/天，例如，約50 mg/天至約100 mg/天、約100 mg/天至約200 mg/天、約200 mg/天至約300 mg/天、約300 mg/天至約400 mg/天、約400 mg/天至約500 mg/天、約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1250 mg/天、約1250 mg/天至約1500 mg/天、約1500 mg/天至約1750 mg/天、約1750 mg/天至約2000 mg/天、約2000 mg/天至約2250 mg/天、或約2250 mg/天至約2500 mg/天)之總每天劑量投與。在一些情況下，阿昔洛韋係經由經口投與進行投與。
作為另一實例，纈更昔洛韋係以約900 mg至約1800 mg之總每天劑量投與。纈更昔洛韋可以小於1800 mg (例如，約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1200 mg/天、約1200 mg/天至約1400 mg/天、或約1400 mg/天至約1600 mg/天)之總每天劑量投與。在一些情況下，纈更昔洛韋係經由經口投與進行投與。
作為另一實例，泛昔洛韋係以約2000 mg/天至約4000 mg/天之總每天劑量投與。泛昔洛韋可以小於4000 mg (例如，約50 mg/天至約2500 mg/天，例如，約50 mg/天至約100 mg/天、約100 mg/天至約200 mg/天、約200 mg/天至約300 mg/天、約300 mg/天至約400 mg/天、約400 mg/天至約500 mg/天、約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1250 mg/天、約1250 mg/天至約1500 mg/天、約1500 mg/天至約1750 mg/天、約1750 mg/天至約2000 mg/天、約2000 mg/天至約2250 mg/天、或約2250 mg/天至約2500 mg/天)之總每天劑量投與。在一些情況下，泛昔洛韋係經由經口投與進行投與。
作為另一實例，伐昔洛韋係以約2000 mg至約4000 mg之總每天劑量投與。伐昔洛韋可以小於4000 mg (例如，約50 mg/天至約2500 mg/天，例如，約50 mg/天至約100 mg/天、約100 mg/天至約200 mg/天、約200 mg/天至約300 mg/天、約300 mg/天至約400 mg/天、約400 mg/天至約500 mg/天、約500 mg/天至約600 mg/天、約600 mg/天至約700 mg/天、約700 mg/天至約800 mg/天、約800 mg/天至約900 mg/天、約900 mg/天至約1000 mg/天、約1000 mg/天至約1250 mg/天、約1250 mg/天至約1500 mg/天、約1500 mg/天至約1750 mg/天、約1750 mg/天至約2000 mg/天、約2000 mg/天至約2250 mg/天、或約2250 mg/天至約2500 mg/天)之總每天劑量投與。在一些情況下，伐昔洛韋係經由經口投與進行投與。
作為另一實例，更昔洛韋係以約10 mg/kg之總每天劑量投與。更昔洛韋可以小於10 mg/kg (例如，約1 mg/kg至約2 mg/kg、約2 mg/kg至約3 mg/kg、約3 mg/kg至約4 mg/kg、約4 mg/kg至約5 mg/kg、約5 mg/kg至約6 mg/kg、約6 mg/kg至約7 mg/kg、約7 mg/kg至約8 mg/kg、或約8 mg/kg至約9 mg/kg)之總每天劑量投與。在一些情況下，更昔洛韋係經由注射(例如，肌內注射、靜脈內注射或皮下注射)投與。
作為另一實例，阿昔洛韋係以約15 mg/kg至約30 mg/kg、或約30 mg/kg至約45 mg/kg之總每天劑量投與。阿昔洛韋可以小於45 mg/kg (例如，約5 mg/kg至約7.5 mg/kg、約7.5 mg/kg至約10 mg/kg、約10 mg/kg至約12.5 mg/kg、約12.5 mg/kg至約15 mg/kg、約15 mg/kg至約20 mg/kg、約20 mg/kg至約25 mg/kg、約25 mg/kg至約30 mg/kg、或約30 mg/kg至約35 mg/kg)之總每天劑量投與。在一些情況下，阿昔洛韋係經由注射(例如，肌內注射、靜脈內注射或皮下注射)投與。
作為另一實例，纈更昔洛韋係以約10 mg/kg之總每天劑量投與。纈更昔洛韋可以小於10 mg/kg (例如，約1 mg/kg至約2 mg/kg、約2 mg/kg至約3 mg/kg、約3 mg/kg至約4 mg/kg、約4 mg/kg至約5 mg/kg、約5 mg/kg至約6 mg/kg、約6 mg/kg至約7 mg/kg、約7 mg/kg至約8 mg/kg、或約8 mg/kg至約9 mg/kg)之總每天劑量投與。在一些情況下，纈更昔洛韋係經由注射(例如，肌內注射、靜脈內注射或皮下注射)投與。
在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物係局部投與。適用於局部投與之調配物包括(例如)皮膚調配物(例如，液體、乳膏、凝膠及類似物)及眼科調配物(例如，乳膏、液體、凝膠及類似物)。更昔洛韋之局部劑量可為(例如) 1滴0.15%調配物，每天5次，例如，用於眼科適應症。阿昔洛韋之局部劑量可為(例如)以足夠覆蓋皮膚病灶之量施用5%調配物，每天6次。碘苷之局部劑量可為(例如)每4小時施用1滴0.5%軟膏或0.1%乳膏。
在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物係以小於10 mg/kg體重之劑量靜脈內投與。在一些情況下，2’-去氧-鳥苷之合成類似物之合適靜脈內劑量係在約1 mg/kg體重至約2.5 mg/kg體重、約2.5 mg/kg體重至約5 mg/kg體重、約5 mg/kg體重至約7.5 mg/kg體重、或約7.5 mg/kg體重至約10 mg/kg體重之範圍內。
C-7.  本發明之非限制性態樣之實例 上文描述之溶瘤病毒相關標的之態樣(包括實施例)單獨或與一或多種其他態樣或實施例之組合可為有利的。不限制前述說明書，下文提供本發明之某些非限制性態樣。如熟習此項技術者在閱讀本發明後即將知曉，個別編號態樣中之各者可使用或與先前或下列個別編號態樣中之任一者組合。此意欲為態樣之所有此等組合提供支援且不限於下文明確提供之態樣之組合：
態樣1：一種重組溶瘤病毒(OV) ，該OV於其基因體內包含：(1) 編碼變體介白素-2 (IL-2)多肽之核苷酸序列，其中該變體IL-2多肽具有相較於野生型IL-2經經減少之非所需性質；及(2)編碼異源性胸苷激酶(TK)多肽之核苷酸序列。
態樣2：如態樣1之OV，其中該OV另外包含呈現牛痘胸苷激酶缺陷之修飾。
態樣3：如態樣2之OV，其中該修飾導致缺乏J2R表現及/或功能。
態樣4：如態樣1至3中任一項之OV，其中該病毒係哥本哈根毒株牛痘病毒。
態樣5：如態樣1至3中任一項之OV，其中該病毒係WR毒株牛痘病毒。
態樣6：如態樣1至5中任一項之OV，其中該病毒包括包含K151E取代之A34R基因。
態樣7：如態樣1至6中任一項之OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，該變體IL-2多肽包含F42、Y45及L72中之一或多者之取代。
態樣8：如態樣1至7中任一項之OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，IL-2v多肽包含F42L、F42A、F42G、F42S、F42T、F42Q、F42E、F42D、F42R或F42K取代。
態樣9：如態樣1至8中任一項之OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，IL-2v多肽包含Y45A、Y45G、Y45S、Y45T、Y45Q、Y45E、Y45N、Y45D、Y45R或Y45K取代。
態樣10：如態樣1至9中任一項之OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，IL-2v多肽包含L72G、L72A、L72S、L72T、L72Q、L72E、L72N、L72R或L72K取代。
態樣11：如態樣1至10中任一項之OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，該IL-2v多肽包含F42A、Y45A及L72G取代。
態樣12：如態樣1至11中任一項之OV，其中該IL-2v多肽之編碼核苷酸序列係可操作地連接至可調節啟動子。
態樣13：如態樣12之OV，其中該可調節啟動子係由四環素或四環素類似物或衍生物調節。
態樣14：一種組合物，其包含：a)如態樣1至13中任一項之OV；及b)醫藥上可接受之賦形劑。
態樣15：一種在患有腫瘤之個體中誘導溶瘤作用之方法，該方法包括對該個體投與有效量之如態樣1至13中任一項之OV，或如態樣14之組合物。
態樣16：如態樣15之方法，其中該投與包括投與單一劑量之該病毒或該組合物。
態樣17：如態樣16之方法，其中該單一劑量包含至少106 空斑形成單位(pfu)之該病毒。
態樣18：如態樣16之方法，其中該單一劑量包含109 至1012 pfu之該病毒。
態樣19：如態樣15之方法，其中該投與包括投與多個劑量之該病毒或該組合物。
態樣20：如態樣19之方法，其中該病毒或該組合物係每隔一天投與。
態樣21：如態樣15至20中任一項之方法，其中該病毒或該組合物係每週一次投與。
態樣22：如態樣15至20中任一項之方法，其中該病毒或該組合物係每隔一週投與。
態樣23：如態樣15至21中任一項之方法，其中該腫瘤係腦癌腫瘤、頭頸癌腫瘤、食道癌腫瘤、皮膚癌腫瘤、肺癌腫瘤、胸腺癌腫瘤、胃癌腫瘤、結腸癌腫瘤、肝癌腫瘤、卵巢癌腫瘤、子宮癌腫瘤、膀胱癌腫瘤、睾丸癌腫瘤、直腸癌腫瘤、乳癌腫瘤或胰臟癌腫瘤。
態樣24：如態樣15至22中任一項之方法，其中該腫瘤係結直腸腺癌。
態樣25：如態樣15至22中任一項之方法，其中該腫瘤係非小細胞肺癌。
態樣26：如態樣15至22中任一項之方法，其中該腫瘤係三陰性乳癌。
態樣27：如態樣15至22中任一項之方法，其中該腫瘤係實體腫瘤。
態樣28：如態樣15至22中任一項之方法，其中該腫瘤係液體腫瘤。
態樣29：如態樣15至28中任一項之方法，其中該腫瘤係復發性。
態樣30：如態樣15至28中任一項之方法，其中該腫瘤係原發性腫瘤。
態樣31：如態樣15至28中任一項之方法，其中該腫瘤係轉移性。
態樣32：如態樣15至31中任一項之方法，其另外包括對該個體投與第二癌症療法。
態樣33：如態樣32之方法，其中該第二癌症療法係選自化學療法、生物療法、放射療法、免疫療法、激素療法、抗血管療法、冷凍療法、毒素療法、溶瘤病毒療法、細胞療法及手術。
態樣34：如態樣32之方法，其中該第二癌症療法包含抗PD1抗體或抗PD-L1抗體。
態樣35：如態樣15至34中任一項之方法，其中該個體係免疫功能不全。
態樣36：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經瘤內。
態樣37：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經瘤周。
態樣38：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經靜脈內。
態樣39：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經動脈內。
態樣40：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經膀胱內。
態樣41：如態樣15至35中任一項之方法，其中該牛痘病毒或該組合物之投與係經鞘內。
態樣42：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包含編碼變體介白素-2 (IL-2v)多肽之核苷酸序列，其中該IL-2v多肽包含一或多個胺基酸取代，其提供比野生型IL-2減小的與CD25之結合性。
態樣43：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包含：編碼包含SEQ ID NO: 9之變體介白素-2 (IL-2v)多肽之核苷酸序列，其中該牛痘病毒係哥本哈根毒株牛痘病毒，係牛痘胸苷激酶缺陷，且包括包含K151E取代之A34R基因。
態樣44：如態樣43之病毒，其另外包含信號肽。
態樣45：如態樣44之病毒，其中該信號肽包含SEQ ID NO: 22。
態樣46：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包括包含SEQ ID NO: 10之變體介白素-2 (IL-2v)核苷酸序列，其中該牛痘病毒係哥本哈根毒株牛痘病毒，係牛痘胸苷激酶缺陷，且包括包含K151E取代之A34R基因。
態樣47：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包括包含SEQ ID NO: 12之變體介白素-2 (IL-2v)核苷酸序列，其中該牛痘病毒係哥本哈根毒株牛痘病毒，係牛痘胸苷激酶缺陷，且包括包含K151E取代之A34R基因。
態樣48：一種組合物，其包含：(i)如態樣42至47中任一項之病毒及(ii)醫藥上可接受之載劑。
態樣49：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包含編碼變體介白素-2 (IL-2v)多肽之核苷酸序列，其中該IL-2v多肽提供相較於野生型IL-2經減小的非所需生物活性。
態樣50：一種重組OV，該重組OV於其基因體內包含編碼人類變體IL-2之核苷酸序列，其中該變體IL-2包含相對於SEQ ID NO: 1之人類IL-2蛋白序列的選自以下位置之一或多個取代：T3、R38、L40、K43、Y45、E62、Y65、L72、Q74及C125。
態樣51：如態樣50之重組OV，其中該變體IL-2於下列一或多組位置包含胺基酸取代：R38及L40；T41及K43；K43及Y45；E62及K64；L72及Q74；R38、L40、K43及Y45；K43、Y45、L72及Q74；T3、R38、L40、K43及Y45；T3、K43、Y45、L72及Q74；R38、L40、K43、Y45及C125；K43、Y45、L72、Q74及C125；T3、R38、L40、K43、Y45及C125；T3、K43、Y45、L72、Q74及C125。
態樣52：如態樣50之重組OV，其中該變體IL-2包含一或多個選自由以下組成之群之胺基酸取代：T3A、K35N、R38N、L40S、L40T、T41N、K43S、K43T、K43N、Y45S、Y45T、E62N、E62A、E62K、E62R、K64S、K64T、L72N、Q74S、Q74T、C125A及C125S。
態樣53：如態樣50之重組OV，其中基於SEQ ID NO: 1中描述之IL-2胺基酸序列之胺基酸編號，該變體IL-2多肽包含R38N、L40T、K43N及Y45T取代。
態樣54：如態樣1至53中任一項之重組OV，其係重組溶瘤牛痘病毒。
D.     本申請案中揭示之序列之描述
SEQ ID NO 描述 (AA：胺基酸序列；NT：核苷酸序列)
1 AA-人類成熟形式野生型IL-2 (無信號肽)
2 NT–編碼包含F76A、Y79A及L106G之小鼠IL-2變體(SEQ ID NO: 3)
3 AA-包含F76A、Y79A及L106G之小鼠IL-2變體多肽(mIL-2v)
4 NT-VV27/VV38同源性重組供體片段
5 NT-VV39同源性重組供體片段
6 NT-哥本哈根J2R同源性重組質體
7 NT-含有小鼠IL-2變體(mIL-2v)多肽之哥本哈根J2R同源性重組質體
8 NT-含有mIL-2v之西儲J2R同源性重組質體
9 AA-包含F42A、Y45A及L72G之人類IL-2變體(無信號肽)
10 NT–編碼包含F42A、Y45A及L72G之人類IL-2變體(經密碼子最佳化?)
11 NT–經密碼子最佳化，編碼包含F42A、Y45A及L72G之人類IL-2變體
12 NT-編碼包含F62A、Y65A及L92G之人類前體形式IL-2變體(SEQ ID NO: 14)
13 NT–經密碼子最佳化，編碼包含F62A、Y65A及L92G之人類前體形式IL-2變體(SEQ ID NO: 14?)
14 AA-包含F62A、Y65A，及L92G之人類前體形式IL-2變體(具有信號肽)
15 NT-含有hIL-2v (經人類密碼子最佳化)之VV75同源性重組供體片段
16 NT-含有hIL-2v (經人類密碼子最佳化)之哥本哈根J2R同源性重組質體
17 NT-含有hIL-2v (經牛痘病毒密碼子最佳化)之同源性重組供體片段
18 含有hIL-2v (經牛痘病毒密碼子最佳化)之哥本哈根J2R同源性重組質體
19 NT-經密碼子最佳化，編碼SEQ ID NO: 3之小鼠IL-2變體
20 小鼠IL-2變體(經牛痘病毒密碼子最佳化)同源性重組供體片段)
21 AA-人類前體形式(全長)野生型IL-2多肽(hIL-2)
22 AA-人類IL-2之信號肽
23 AA-小鼠成熟形式野生型IL-2多肽(mIL-2)
24 AA-小鼠前體形式野生型IL-2多肽
25 AA-野生型HSV-TK
26 AA–包含159Ile、160 Leu、161Ala、168 Tyr及169 Phe之HSV-TK變體
27 AA–包含159Ile、160Phe、161Leu、168Phe及169 Met之HSV-TK變體
28 AA–包含168H之HSV-TK變體(即，HSV-TK.007)
29 AA–包含R58N/L60T/K63N/ Y65T (IL-2gv1；具有信號肽)之人類IL-2變體
30 NT–編碼SEQ ID NO: 29之人類IL-2 gv1 (具有信號肽)
31 AA–人類IL-2 gv1無 信號肽(包含R38N/ L40T/ K43N/ Y45T)
32 NT–編碼SEQ ID NO: 31之人類IL-2 gv1 (無信號肽)
33 AA–包含K63N/Y65T/L92N/Q94T (IL-2 gv2；具有信號肽)之人類IL-2變體
34 NT–編碼SEQ ID NO: 33之人類IL-2 gv2 (K63N/Y65T/L92N/Q94T；具有信號肽)
35 AA–人類IL-2 gv2 (包含K43N/ Y45T/ L72N/ Q74T；無信號肽)
36 NT–編碼SEQ ID NO: 35之人類IL-2 gv2 (包含K43N/ Y45T/ L72N/ Q74T；無信號肽)
37 AA–連接子肽
38 AA–包含K151E取代之A34蛋白
39 NT–編碼SEQ ID NO: 38之胺基酸序列之A34R基因(包含K151E之A34蛋白)
E.     實例 提出下列實例以便於為一般技術者提供如何作出並使用本發明之完整揭示內容及描述，且無意限制發明人視為其發明之範圍，亦無意表示下文實驗係所有或唯一進行之實驗。已努力確保關於所用數字(例如量、溫度等)之準確性，但應考慮一些實驗誤差及偏差。除非另有指示，否則份數為重量份數，分子量為重量平均分子量，溫度為攝氏度，及壓力係為大氣壓或接近大氣壓。可使用標準縮寫，例如，pl，皮升；s或sec，秒；min，分鐘；h或hr，小時；aa，胺基酸；kb，千鹼基；bp，鹼基對；nt，核苷酸；i.m.，肌內；i.p.，腹膜內；s.c.，皮下；i.v.，靜脈內；i.t.，瘤內；及類似物。為清楚起見，表1提供實例中參考之某些轉基因之描述： 表1：實例中參考之某些轉基因之描述
轉基因 描述 SEQ ID NO
hIL-2 人類全長野生型IL-2多肽 21
hIL-2v 包含F62A/ Y65A/L92G之人類全長IL-2變體 14
hIL-2gv或hIL-2gv1 包含R58N/L60T/K63N/ Y65T之人類全長IL-2變體 29
hIL-2gv2 包含K63N/Y65T/L92N/Q94T之人類全長IL-2變體 33
mIL-2v 包含F76A、Y79A及L106G之小鼠全長IL-2變體 3
HSV-TK.007 包含168H之HSV TK變體 28
實例1：重組牛痘病毒構築體之產生 下表2中匯總結合下文提供之實例產生之例示性重組牛痘病毒構築體之某些特徵。除VV10及VV18外，表2中之各病毒缺失J2R基因，VV10及VV18具有該J2R基因之插入失活。VV27、VV79、VV91-VV96及IGV-121具有編碼小鼠IL-2變體(具有F76A、Y79A、L106G取代；SEQ ID NO: 3)之基因，該基因係經密碼子最佳化以用於在小鼠細胞中之表現。VV75及VV100-VV103具有編碼人類IL-2變體(具有F62A、Y65A及L92G取代；SEQ ID NO: 14)之基因，該基因係經密碼子最佳化以用於在人類細胞中之表現。VV97、VV110及VV117具有編碼人類IL-2醣變體(亦稱為「IL-2gv」或「IL-2gv1」；具有R58N、L60T、K63N及Y65T取代；SEQ ID NO: 29)之基因，該基因係經密碼子最佳化以用於在人類細胞中之表現。VV98具有編碼人類IL-2醣變體2 (亦稱為「IL-2gv2」；具有K63N、Y65T、L92N及Q94T取代；SEQ ID NO: 33)之基因，該基因係經密碼子最佳化以用於在人類細胞中之表現。VV99具有編碼人類IL-2 (野生型)之基因，該基因係經密碼子最佳化以用於在人類細胞中之表現。 表2：重組牛痘病毒構築體之特徵
病毒構築體ID# 描述
毒株 轉基因1 轉基因1 位置/方向 轉基因2 轉基因2 位置/方向 A34R
VV7 Cop Luc-GFP J2R /正向     WT
VV10 Cop mGM-CSF J2R /反向 LacZ J2R /正向 WT
VV16 Cop Luc-GFP J2R /正向     K151E
VV18 Cop mGM-CSF J2R /反向 LacZ J2R /正向 K151E
VV27 Cop mIL-2v J2R /正向     K151E
VV75 Cop hIL-2v J2R /正向     K151E
VV90 Cop         K151E
VV91 Cop mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R部分/正向 K151E
VV92 Cop mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R部分/反向 K151E
VV93 Cop mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 J2R /反向 K151E
VV95 Cop mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R /正向 K151E
VV96 Cop mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R /反向 K151E
VV101 Cop hIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 J2R /反向 K151E
VV102 Cop hIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R部分/正向 K151E
VV103 Cop hIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B16R /反向 K151E
VV110 Cop hIL-2gv J2R /正向 HSVTK.007 B16R部分/正向 K151E
             
VV3 WR Luc-GFP J2R /正向     WT
VV17 WR Luc-GFP J2R /正向     K151E
VV79 WR mIL-2v J2R /正向     K151E
VV94 WR mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 J2R /反向 K151E
VV97 WR hIL-2gv J2R /正向       WT
VV98 WR hIL-2gv2 J2R /正向       WT
VV99 WR hIL-2 J2R /正向       WT
VV100 WR hIL-2v J2R /正向       WT
VV117 WR hIL-2gv J2R /正向 HSVTK.007 B15R-B17L /正向 K151E
IGV-121 WR mIL-2v J2R /正向 HSVTK.007 B15R-B17L /正向 K151E
VV27構築 該病毒係基於牛痘哥本哈根毒株並攜載在合成早期晚期啟動子及操作子控制下編碼小鼠IL-2變體之基因。藉由將K151E取代併入A34R基因內工程化該病毒用於增強細胞外被膜病毒(EEV)產生。使用輔助病毒介導、限制酶引導之同源性重組修復及救援技術構築VV27。首先，編碼小鼠IL-2v (F76A、Y79A、L106G)之基因係經密碼子最佳化以用於在小鼠細胞中之表現並由GeneWiz (South Plainfield，NJ)合成。用BglII/AsiSI消化DNA並將其插入亦用BglII/AsiSI消化之哥本哈根J2R同源性重組質體內。藉由PCR擴增小鼠IL-2v基因及左右側翼牛痘同源區以產生同源性重組供體片段。用舒普(Shope)纖維瘤病毒(SFV) (輔助病毒)將BSC-40細胞感染一小時並接著用供體擴增子及J2R區內的先前經限制消化之經純化牛痘基因體DNA之混合物轉染。親代基因體DNA來源於哥本哈根毒株牛痘病毒，其攜載螢火蟲螢光素酶及GFP替代天然J2R基因且於A34R基因內具有K151E突變(取代)用於增強EEV產生。培養經轉染之細胞，直至觀測到顯著細胞病變效應，並藉由3輪冷凍/解凍及音波處理獲得總細胞溶解產物。將溶解產物連續稀釋，鋪於BSC-40單層上，並由瓊脂覆層覆蓋。在總計三輪空斑純化過程中，在螢光顯微鏡下分離GFP陰性空斑。選擇一個空斑(KR144)以在T225瓶中於BSC-40細胞內進行中間擴增，接著在20層細胞工廠中於HeLa細胞內進行大規模擴增。藉由蔗糖梯度超離心純化該病毒並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中徹底表徵。
VV38構築 該病毒係基於牛痘哥本哈根毒株並攜載在合成早期晚期啟動子及操作子控制下編碼小鼠IL-2變體之基因。該病毒係與VV27相同，只是該病毒攜載野生型A34R基因且未經工程化用於增強EEV產生。使用輔助病毒介導、限制酶引導之同源性重組修復及救援技術構築VV38。用SFV輔助病毒將BSC-40細胞感染1至2小時並接著用供體擴增子及J2R區中的先前經AsiSI消化之經純化牛痘基因體DNA之混合物轉染。親代基因體DNA來源於哥本哈根毒株牛痘病毒，其攜載螢火蟲螢光素酶及GFP替代天然J2R基因。培養經轉染之細胞，直至觀測到顯著細胞病變效應，並藉由3輪冷凍/解凍及音波處理獲得總細胞溶解產物。將溶解產物連續稀釋，鋪於BSC-40單層上，並由瓊脂覆層覆蓋。在總計三輪空斑純化過程中，在螢光顯微鏡下分離GFP陰性空斑。選擇一個空斑(LW226)以在T225瓶中於BSC-40細胞內進行中間擴增，接著在20層細胞工廠中於HeLa細胞內進行大規模擴增。藉由蔗糖梯度超離心純化該病毒並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中徹底表徵。
VV39構築 該病毒係基於牛痘西儲(WR)毒株並攜載在合成早期晚期啟動子及操作子控制下編碼小鼠IL-2變體之基因。使用輔助病毒介導、限制酶引導之同源性重組修復及救援技術構築VV39。用SFV輔助病毒將BSC-40細胞感染1至2小時並接著用供體擴增子及J2R區中的先前經AsiSI消化之經純化牛痘基因體DNA之混合物轉染。親代基因體DNA來源於WR毒株牛痘病毒，該病毒攜載螢光素酶-2A-GFP報告基因匣替代天然J2R基因，及野生型A34R，其未工程化用於增強EEV產生。培養經轉染之細胞，直至觀測到顯著細胞病變效應，並藉由3輪冷凍/解凍及音波處理獲得總細胞溶解產物。將溶解產物連續稀釋，鋪於BSC-40單層上，並由瓊脂覆層覆蓋。在總計三輪空斑純化過程中，在螢光顯微鏡下分離GFP陰性空斑。選擇一個空斑(LW228)以在T225燒瓶中於BSC-40細胞內進行中間擴增，接著在20層細胞工廠中於HeLa細胞內進行大規模擴增。藉由蔗糖梯度超離心純化該病毒(批號180330)並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中徹底表徵。
VV79構築 VV79 (等同於哥本哈根VV27之WR毒株)係與VV39相同，只是添加A34R K151E取代。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術以將K151E突變插入VV39親代病毒主鏈內來構築該VV79。
VV101構築 VV101係基於牛痘病毒哥本哈根(Cop)毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV101與親代哥本哈根天花疫苗毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R (胸苷激酶)基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之人類IL-2變體(hIL-2v)表現匣，3)於J2R基因座內在與hIL-2v匣相反之方向上插入由F17啟動子控制之單純疱疹病毒(HSV)胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，及4)病毒A34R基因內之突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV101。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向牛痘哥本哈根之J2R區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV27提取牛痘核酸並連同HSV TK.007 / J2R同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍及解凍獲得溶解產物。病毒進行4輪空斑純化並藉由PCR針對HSV-TK.007之存在進行篩選。病毒(標記為VV93)在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。最後，使用如上文描述之輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術，藉由用編碼hIL-2v之基因(經最佳化以用於在人類中之表現)替代編碼小鼠IL-2變體(mIL-2v)之基因而自VV93構築VV101。重組，空斑純化及篩選後，VV101在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
VV102構築 VV102係基於牛痘病毒哥本哈根毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV102與親代哥本哈根天花疫苗毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之hIL-2v表現匣，3)於B16R基因座內插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(HSV TK.007；SEQ ID NO: 28)表現匣，替代天然B16R基因之157個鹼基，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV102。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向牛痘哥本哈根之B16R區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV27提取牛痘核酸(IGNT-001中描述)並連同HSV TK.007 / B16同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍及解凍獲得溶解產物。病毒進行4輪空斑純化並藉由PCR針對HSV TK.007之存在進行篩選。病毒(標記為VV91)在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。最後，使用如上文描述之輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術，藉由用編碼hIL-2v之基因(經最佳化以用於在人類中之表現)替代編碼mIL-2v之基因而自VV91構築VV102。重組，空斑純化及篩選後，VV102在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
VV103構築 VV103係基於牛痘病毒哥本哈根毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV103與親代哥本哈根天花疫苗毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之hIL-2v表現匣，3)於B16R基因座內插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，替代整個天然B16R基因，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV103。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向牛痘哥本哈根之B16R區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV27提取牛痘核酸(IGNT-001中描述)並連同HSV TK.007 / B16同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍及解凍獲得溶解產物。病毒進行4輪空斑純化並藉由PCR針對HSV TK.007之存在進行篩選。病毒(標記為VV96)在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。最後，使用如上文描述之輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術，藉由用編碼hIL-2v之基因(經最佳化以用於在人類中之表現)替代編碼mIL-2v之基因而自VV96構築VV103。重組，空斑純化及篩選後，VV103在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
VV94構築 VV94係基於牛痘病毒小鼠適應性西儲(WR)毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV94與親代WR毒株之不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內在正向方向上插入由合成早期晚期啟動子控制之mIL-2v表現匣，3)於J2R基因座內在反向方向上插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV94。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向WR J2R區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV79提取牛痘核酸並連同HSVTK.007 / J2R同源性重組擴增子一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍及解凍獲得溶解產物。病毒進行4輪空斑純化並藉由PCR針對HSV-TK.007之存在進行篩選。病毒(標記為VV94)首先在BSC-40細胞中擴增，然後在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
VV110構築 VV110係基於牛痘病毒哥本哈根毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV110與親代哥本哈根天花疫苗毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之人類IL-2醣變體(R58N、L60T、K63N及Y65T；SEQ ID NO: 29)表現匣，3)於B16R基因座內插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，替代天然B16R基因之157個鹼基，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV110。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向牛痘哥本哈根之B16R區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV27提取牛痘核酸(IGNT-001中描述)並連同HSV TK.007 / B16同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍及解凍獲得溶解產物。病毒進行4輪空斑純化並藉由PCR針對HSV TK.007之存在進行篩選。病毒(標記為VV91)在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。最後，使用如上文描述之輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術，藉由用編碼人類IL-2醣變體之基因(經最佳化以用於在人類中之表現)替代編碼小鼠IL-2v之基因而自VV91構築VV110。重組，空斑純化及篩選後，VV110在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
IGV-121構築 IGV-121係基於牛痘病毒小鼠適應性WR毒株之經接枝溶瘤病毒。該IGV-121與親代WR毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之mIL-2v變體表現匣，3)在B15R (亦稱為WR197)與B17L (WR198)之間的基因間區內插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築IGV-121。首先，編碼HSV TK.007之基因係經密碼子最佳化以供牛痘病毒表現並由Genscript合成。將該基因選殖至靶向牛痘WR毒株B15R與B17L之間的基因間區之同源性重組載體中的F17啟動子(PF17 )的下游。其次，自經純化VV79 (具有J2R經小鼠IL-2v替代及A34R K151E突變之WR毒株)提取牛痘核酸並連同HSV TK.007 / B15R-B17L同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之Vero-B4細胞內。培養2天後，藉由反復冷凍，解凍，及音波處理獲得溶解產物。病毒進行3輪對BSC-40細胞之空斑純化。病毒(標記為IGV-121)在HeLa S3細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
VV117構築 VV117係基於牛痘病毒小鼠適應性WR毒株之經接枝溶瘤病毒。該VV117與親代WR毒株的不同之處在於四個基因修飾，包括1)缺失天然牛痘J2R基因，2)於J2R基因座內插入由合成早期晚期啟動子控制之人類IL-2醣變體(R58N、L60T、K63N及Y65T；SEQ ID NO: 29)表現匣，3)在B15R (亦稱為WR197)與B17L (WR198)之間的基因間區中插入由F17啟動子控制之HSV胸苷激酶變體(TK.007)表現匣，及4)於病毒A34R基因內突變，該突變於A34蛋白之位置151引入離胺酸至麩胺酸取代(K151E)。使用先前描述之輔助病毒介導之同源性重組修復及救援技術構築VV117。自經純化IGV-121 (具有J2R經小鼠IL-2v替代、A34R K151E突變及插入B15R與B17R之間的基因間區中之HSV TK.007之WR毒株)提取牛痘核酸並連同人類IL-2醣變體同源性重組質體一起轉染至舒普纖維瘤病毒感染之BSC-40細胞內。培養3天後，藉由反復冷凍，解凍，及音波處理獲得溶解產物。病毒進行3輪對BSC-40細胞之空斑純化。病毒(標記為VV117)在HeLa細胞中擴增，藉由蔗糖梯度離心純化，並在品質控制分析(包括全基因體下一代測序)中表徵。
圖1係VV91、VV93及VV96之全基因體之示意圖。
圖2係VV94及IGV-121之全基因體之示意圖。
圖3係VV101-VV103之全基因體之示意圖。
圖26係VV97-100之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；IL-2gv =人類介白素-2醣變體(R58N:L60T、K63N:Y65T)；IL-2gv2 =人類介白素-2醣變體2 (K63N:Y65T、L92N:Q94T)；IL-2 =人類介白素-2 (野生型)；IL-2v =人類介白素-2變體(F62A、Y65A、L92G)。
圖27係VV110之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；IL-2gv =人類介白素-2醣變體；* =編碼A34蛋白之位置151的離胺酸取代為麩胺酸之突變；PF17 =來自F17R基因之啟動子；HSV TK.007 =具有編碼位置168的丙胺酸取代為組胺酸之突變之單純疱疹病毒胸苷激酶基因。
圖28係VV117之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；IL2gv =人類介白素-2醣變體；* =編碼A34蛋白之位置151的離胺酸取代為麩胺酸之突變；PF17 =來自F17R基因之啟動子；HSV TK.007 =具有編碼位置168的丙胺酸取代為組胺酸之突變之單純疱疹病毒胸苷激酶基因。
實例2：藉由西方墨點法偵測自重組牛痘病毒在病毒感染之細胞中之IL-2v表現 將HeLa細胞以6e5個細胞/孔接種於6孔盤之2 mL培養基中，及在培養約24小時後，用病毒以MOI = 3將HeLa細胞感染24小時。接著獲得各孔之細胞並將該等細胞於200 µL萊姆利(Laemmli)緩衝液中溶解，然後用milliQ水1:1稀釋。製備12 µL樣本，並在含有還原劑及1x NuPage LDS樣本緩衝液之Tris緩衝鹽水(TBS)中達成20 µL最終體積，然後在95℃下培養5 min並裝載於NuPage 4至12% Bis-Tris凝膠上。使用1xMES電泳緩衝液在200 V下進行凝膠電泳30 min。使用iBlot裝置將蛋白質轉移至PVDF膜並使用iBlot裝置進行西方墨點法。為偵測mIL-2v，使用下列抗體：1:2000稀釋之抗IL-2一級抗體(Abcam，ab11510)、1:1000稀釋之山羊抗大鼠IgG-HRP二級抗體(Invitrogen，#629526)。為偵測hIL-2v，使用下列抗體：1:500稀釋之抗IL-2一級抗體(Novus Biologicals，NBP2-16948)、1:2000稀釋之小鼠抗兔IgG-HRP二級抗體(Pierce，#31460)。接著將TMB受質添加至該膜以使條帶可視化。膜用水沖洗，乾燥並掃描。結果顯示於圖4 (用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之mIL-2v表現分析)及圖5 (用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之hIL-2v表現分析)中。
實例3：藉由RT-qPCR分析自重組牛痘病毒在病毒感染之細胞中之HSV TK.007表現。 將HeLa細胞以7e4個細胞/孔接種於6孔盤之2 mL培養基中，及在培養約72小時後，用病毒以MOI = 3將HeLa細胞感染18小時。接著獲得各孔之細胞並使用Rneasy PLUS通用迷你套組(Qiagen，#73404)處理該等細胞以用於RNA提取。使用高容量cDNA反向轉錄套組(applied Biosystems，#4368814)反向轉錄500 ng總RNA。1:10稀釋cDNA，然後用於qPCR中以使用對重組病毒中編碼之HSV TK.007轉基因具特異性之引子及探針及PrimeTime基因表現主混和液(IDT，#1055772)分析HSV TK.007 mRNA表現濃度。在ViiA7儀器(applied Biosystems)上進行PCR。使用含有HSV TK.007 cDNA序列之質體DNA作為標準及自標準曲線測定各測試樣本中之拷貝數/µL。結果顯示於圖6 (用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之HSV TK.007表現分析)中。
實例4：攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現mIL-2v之Cop病毒) 對雌性C57BL/6小鼠(8至10週齡)在右上後側腹皮下(SC)植入5e5個MC38腫瘤細胞。MC38係鼠類動物結腸腺癌細胞系。參見例如Cancer Research (1975)，第35卷，第2434至2439頁。植入腫瘤細胞後十一天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=18隻/組)。植入後第12天，對腫瘤直接注射60 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH 8.0)或60 μL含有5e7空斑形成單位(pfu)之重組哥本哈根(Cop)牛痘病毒變體之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，或iii)健康狀況嚴重惡化。如下治療小鼠組： 組i)僅媒介物； 組ii) VV16：攜載A34R-K151E突變(胺基酸取代)並接枝螢光素酶及綠色螢光蛋白(Luc-2A-GFP)雙報告子匣之Cop牛痘病毒； 組iii) VV27：攜載A34R-K151E取代並接枝mIL-2v轉基因之Cop牛痘病毒； 組iv) VV91：攜載A34R-K151E取代，接枝mIL-2v轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組v) VV93：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (J2R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒；或 組vi) VV96：攜載A34R-K151E取代，接枝mIL-2v轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒。
組(i)至(vi)之腫瘤生長概況之間之比較(圖7)揭示，所有測試病毒在連續多日內對腫瘤生長產生統計學上顯著之抑制效應，所有接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒(VV27、VV91、VV93及VV96)相較於對照病毒(VV16)在連續多日內對腫瘤生長產生統計學上顯著之抑制效應(圖8，ANCOVA結果)，且當比較VV27 (僅mIL-2v)與VV91、VV93或VV96 (各具有mIL-2v及HSV TK.007)時，未觀測到統計學上顯著之差異。
圖7A至7G顯示SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。顯示經僅媒介物(A)或含有A34R K151E突變之接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP.A34R-K151E；VV16)(B)；僅mIL-2v (Cop.mGM-CSF.A34R-K151E；VV27) (C)；mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV93) (E)；或mIL-2v及在B16R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_反向)；VV96) (F)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 ) ± 95%置信區間顯示至腫瘤植入後第28天(G)，其係各組中所有動物仍存活之最後腫瘤量測時間點。
圖8顯示病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析媒介物/病毒治療(腫瘤植入後第14天至第27天)後之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中p ≤ 0.05。
亦評估各治療組(N=18隻/組)中的動物在至腫瘤植入後第41天之存活(圖9)。相較於媒介物對照，未接枝牛痘對照(VV16)不顯著改善存活(對數秩/曼特-考克斯測試，p=0.133)。然而，用經接枝牛痘病毒變體VV27、VV91、VV93及VV96治療之小鼠相較於接枝報告轉基因之牛痘對照(VV16)治療組顯示統計學顯著之平均存活優勢(對數秩/曼特-考克斯測試，p=分別0.009、0.006、＜0.0001及0.013)。
圖9顯示植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠在植入後第12天用媒介物或病毒治療後之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。
除監測腫瘤生長抑制及存活外，在注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時及48小時，自攜載腫瘤之小鼠收集血清以評估循環IL-2濃度。藉由ELISA定量在接受瘤內注射後24小時及48小時自各治療組收集之血清中之循環IL-2濃度(圖10)。在來自用接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒變體(VV27、VV91、VV93及VV96)治療之大多數動物之血清中偵測到可量測濃度的IL-2，而在來自媒介物或其他Cop牛痘病毒(VV16)組之任何動物中可觀測到背景濃度的IL-2。此後一結果指示，，瘤內注射至少在測試劑量濃度下的缺乏mIL-2v轉基因之Cop牛痘病毒係不足以在經治療之動物之血清中誘導增加的循環IL-2濃度。因此，在用接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒治療之小鼠之血清中觀測到之高濃度應指示瘤內注射後轉基因介導之表現。
圖10顯示在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時及48小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度之結果。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=9隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
實例5：在攜載路易士(Lewis)肺癌(LLC)腫瘤之C57BL/6小鼠中之接枝mIL-2v之牛痘病毒活性(表現mIL-2v之Cop病毒) 對雌性C57BL/6小鼠(8至10週齡)在左上後側腹皮下(SC)植入1e5個LLC腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十二天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=20隻/組)。在植入後第13天，對腫瘤直接注射60 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH 8.0)或60 μL含有5e7空斑形成單位(pfu)之重組哥本哈根(Cop)牛痘病毒變體之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，或iii)健康狀況嚴重惡化。如下治療小鼠組： 組i)僅媒介物； 組ii) VV16：攜載A34R-K151E突變(胺基酸取代)並接枝螢光素酶及綠色螢光蛋白(Luc-2A-GFP)雙報告子匣之Cop牛痘病毒； 組iii) VV27：攜載A34R-K151E取代並接枝mIL-2v轉基因之Cop牛痘病毒； 組iv) VV91：攜載A34R-K151E取代，接枝mIL-2v轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組v) VV93：攜載A34R-K151E取代，接枝mIL-2v轉基因，並編碼HSV TK.007 (J2R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒；或 組vi) VV96：攜載A34R-K151E取代，接枝mIL-2v轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒。
組(i)至(vi)之腫瘤生長概況之間之比較(圖11)揭示，所有測試病毒對腫瘤生長產生抑制效應，其中接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒(VV27、VV91、VV93及VV96)對腫瘤生長產生相較於對照病毒(VV16)更顯著之抑制效應。人道處死研究中之許多動物，因為腫瘤潰瘍及相關惡化之健康狀況限制與不同病毒變體相關之腫瘤生長抑制之統計分析。然而，個別動物之分析證實在分別用VV91、VV93或VV96治療後，7/20、2/20及1/20腫瘤在植入後第30天＜50 mm3 或完全消退，在其他治療組中未觀測到小腫瘤或完全消退。
圖11A至11F顯示SC植入LLC腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。顯示經僅媒介物(A)或含有A34R K151E突變且接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP.A34R-K151E；VV16)(B)；僅mIL-2v (Cop.IL-2v.A34R-K151E；VV27) (C)；mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV93) (E)；mIL-2v及在B16R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_反向)；VV96) (F)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
除監測腫瘤生長抑制及存活外，在注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24、48及72小時，自攜載腫瘤之小鼠收集血清以評估循環IL-2濃度。藉由ELISA定量在接受瘤內注射後的此等時間點下自各治療組收集之血清中之循環IL-2濃度(圖12)。在來自用接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒變體(VV27、VV91、VV93及VV96)治療之大多數動物之血清中偵測到可量測濃度之IL-2，而在來自媒介物或其他Cop牛痘病毒(VV16)組之任何動物中觀測到背景濃度之IL-2。此後一結果指示瘤內注射至少在測試劑量濃度下的缺乏mIL-2v轉基因之Cop牛痘病毒係不足以在經治療之動物之血清中誘導增加的循環IL-2濃度。因此，在用接枝mIL-2v之Cop牛痘病毒治療之小鼠之血清中觀測到之高濃度應指示瘤內注射後轉基因介導之表現。
圖12顯示在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24、48及72小時，在自攜載LLC腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度之結果。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=5隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
實例6：在攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中使用重組溶瘤牛痘病毒之單一IV病毒療法(表現mIL-2v之WR病毒) 對C57BL/6雌性小鼠在左側腹SC植入5e5個MC38腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=15隻/組)。在腫瘤細胞植入後第11天，對小鼠IV注射100 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH8.0)或100 μL含有5e7 pfu重組WR牛痘病毒之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化或iv)研究終止。
顯示為各測試病毒之組平均值(圖13A)或各測試組內之個別小鼠(圖13B至13F)之腫瘤生長概況分析揭示一重要發現。相較於媒介物及接枝報告轉基因之WR病毒(VV17)治療，IV投與接枝mIL-2v轉基因之WR病毒(編碼僅mIL-2v或與HSV TK.007一起)導致統計學顯著之MC38腫瘤生長抑制。在由VV79及IGV-121誘導之腫瘤生長抑制之間不存在統計學顯著差異，然而在VV79與VV94之間偵測到存在統計學顯著差異(圖14，ANCOVA結果)。
相同測試病毒之存活結果顯示與彼等上文針對腫瘤生長抑制報告者非常相似之結果。此包括相較於對應的接枝Luc-GFP報告基因之WR病毒，存在或缺乏HSV TK.007之接枝mIL-2v轉基因之WR病毒具有統計學優異組存活(圖15)。總體而言，證明IV遞送接枝mIL-2v轉基因之WR病毒變體係MC38 SC腫瘤模型中之有效抗腫瘤療法，且證實單一治療投與病毒之效力。
在IV病毒劑量後72小時 (第14天)亦自各測試組中的攜載MC38腫瘤之小鼠收集血清以評估循環IL-2濃度。與其中測試接枝mIL-2v轉基因之病毒之其他研究一致，在其中投與接枝mIL-2v轉基因之WR病毒之所有測試組中偵測到高且統計學顯著血清濃度之IL-2 (圖16)。
圖13A至13F顯示SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠的使用單一(第11天) IV病毒遞送的病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第32天直至處死時間(A)或針對各組中之個別小鼠直至處死時間或研究終止時間時間(B至F)之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括含有A34R K151E突變且接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP.A34R-K151E；VV17) (C)；僅mIL-2v (WR.mIL-2v.A34R-K151E；VV79) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007 (WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV94) (E)；及mIL-2v及在B15R/B17R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；IGV-121) (F)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖14：皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖15顯示在SC腫瘤植入後第11天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
圖16顯示在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時 (第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度之結果。各符號表示在個別小鼠中所偵測之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值N=10隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
實例7：在攜載LLC腫瘤之C57BL/6小鼠中使用重組溶瘤牛痘病毒之單一IV病毒療法(表現mIL-2v之WR病毒) 在此組實驗中，對C57BL/6雌性小鼠在右側腹SC植入1e5個LLC腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十二天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=20隻/組)。在第14天，對小鼠IV注射100 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH8.0)或100 μL含有5e7 pfu重組WR牛痘病毒變體之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過2000 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化或iv)研究終止。
顯示為各測試病毒之組平均值(圖17A)或各測試組內之個別小鼠(圖17B至17D)之腫瘤生長概況分析證實，相較於接枝報告轉基因之WR病毒治療，IV投與編碼HSV TK.007及A34R-K151E突變之接枝mIL-2v轉基因之WR病毒(IGV-121)導致統計學顯著之LLC腫瘤生長抑制(圖18，ANCOVA結果)。
相同測試病毒之存活結果顯示與彼等上文針對腫瘤生長抑制報告者非常相似之結果。此包括相較於對應的接枝Luc-GFP報告基因之WR病毒，接枝mIL-2v及HSV TK.007轉基因之WR病毒具有統計學優異組存活(圖19)。總體而言，證明IV遞送接枝mIL-2v轉基因之WR病毒變體係LLC SC腫瘤模型中之有效抗腫瘤療法，且證實單一治療投與病毒之效力。
圖17A至17D顯示SC植入LLC腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第14天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第27天直至處死時間(A)或針對各組中之個別小鼠直至處死時間或研究終止時間(B至D)之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP；VV3) (C)，或mIL-2v及在B15R/B17R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007且含有A34R K151E突變(WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；IGV-121)) (D)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖18顯示皮下LLC腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖19顯示在SC腫瘤植入後第14天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載LLC腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 2000 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
實例8：攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現mIL-2v或hIL-2v之Cop病毒) 對雌性C57BL/6小鼠(8至10週齡)在右上後側腹皮下(SC)植入5e5個MC38腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=20隻/組)。在植入後第11天，對腫瘤直接注射60 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH 8.0)或60 μL含有5e7或2e8空斑形成單位(pfu)之重組哥本哈根(Cop)牛痘病毒變體之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，或iii)健康狀況嚴重惡化。如下治療小鼠組： 組i)僅媒介物； 組ii)在2e8 pfu劑量下之VV7：接枝螢光素酶及綠色螢光蛋白(Luc-2A-GFP)雙報告子匣之Cop牛痘病毒； 組iii)在5e7 pfu劑量下之VV91：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組iv)在2e8 pfu劑量下之VV91：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組v)在5e7 pfu劑量下之VV102：攜載A34R-K151E取代，接枝人類介白素2變體(hIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組vi)在2e8 pfu劑量下之VV102：攜載A34R-K151E取代，接枝人類介白素2變體(hIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組vii)在5e7 pfu劑量下之VV10：接枝小鼠GM-CSF及LacZ報告轉基因之Cop牛痘病毒；或 組viii)在2e8 pfu劑量下之VV10：接枝小鼠GM-CSF及LacZ報告轉基因之Cop牛痘病毒； 組(i)至(viii)之腫瘤生長概況之間之比較(圖20)揭示所有測試病毒在連續多日內對腫瘤生長產生統計學上顯著之抑制效應，及相較於接枝小鼠GM-CSF之Cop牛痘病毒(VV10)，接枝小鼠及人類IL-2v之Cop牛痘病毒(分別VV91及VV102)在連續多日內對腫瘤生長產生統計學上顯著之抑制效應(圖21，ANCOVA結果)。當比較由VV91 (mIL-2v及HSV TK.007)與VV102 (hIL-2v及HSV TK.007)誘導之腫瘤生長抑制效應時，未觀測到統計學上顯著差異。
圖20A至20I顯示SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。顯示經僅媒介物(A)、接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91)) ，5e7 pfu (B) ；hIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.hIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV102))，5e7 pfu (C)；mGM-CSF及LacZ報告轉基因 (Cop.mGM-CSF/LacZ；(VV10) ，5e7 pfu (D) ；螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP；VV7)，2e8 pfu (E)； mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91)) ，2e8 pfu (F) ；hIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.hIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV102)) ，2e8 pfu (G) ；及mGM-CSF及LacZ報告轉基因(Cop.mGM-CSF/LacZ；(VV10) ，2e8 pfu (H)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 )顯示至腫瘤植入後第28天(I)。
圖21顯示病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析媒介物/病毒治療(腫瘤植入後第14天至第28天)後之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中p ≤ 0.05。
亦評估各治療組(N=20隻/組)中的動物在至腫瘤植入後第42天之存活(圖22)。在此情況下，相較於媒介物、VV7及VV10治療組，用VV91及VV102治療之小鼠均顯示統計學顯著之平均存活優勢(參見圖22的表中的來自對數秩/曼特-考克斯測試之P值)。
圖22A至22B顯示在植入後第11天用媒介物或病毒治療後，植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。(A)顯示以5e7 pfu病毒給藥之組。(B)顯示以2e8 pfu給藥病毒之組。
除監測腫瘤生長抑制及存活外，在注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時，自攜載腫瘤之小鼠收集血清以評估循環IL-2濃度。藉由ELISA定量在接受瘤內注射後24小時自各治療組收集之血清中之循環小鼠IL-2及人類IL-2濃度(分別圖23及圖24)。在來自用接枝IL-2v之Cop牛痘病毒變體(VV91及VV102)治療之大多數動物之血清中偵測到可量測濃度之IL-2，而在來自媒介物或其他Cop牛痘病毒(VV7及VV10)組之任何動物中觀測到背景濃度之IL-2。尤其，僅在接受表現mIL-2v之病毒(VV91)之小鼠之血清中偵測到顯著升高濃度之小鼠IL-2且僅在接受表現hIL-2v之病毒(VV102)之小鼠之血清中偵測到顯著升高濃度之人類IL-2。因此，在用接枝IL-2v之Cop牛痘病毒治療之小鼠之血清中所觀測之高濃度應指示瘤內注射後轉基因介導之表現。
圖23顯示在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之小鼠IL-2濃度之結果。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=10隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖24顯示在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之人類IL-2濃度之結果。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=9隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
實例9：攜載HCT-116腫瘤之裸小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現hIL-2v之Cop病毒) 對裸雌性小鼠在右側腹SC植入5e6個HCT-116腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後八天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~50 mm3 ；N=20隻/組)。在腫瘤細胞植入後第9天，對小鼠IV注射100 μL僅媒介物或含有次最佳劑量(3e5 pfu)之重組溶瘤Cop牛痘病毒之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化，或iv)研究終止。如下治療小鼠組： 組i)僅媒介物； 組ii) VV90：攜載A34R-K151E突變(胺基酸取代)且無轉基因插入缺失J2R基因區內之Cop牛痘病毒； 組iii) VV27：攜載A34R-K151E取代並接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因之Cop牛痘病毒(VV27)； 組iv) VV91：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，正向方向)之Cop牛痘病毒； 組v) VV93：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (J2R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒；或 組vi) VV96：攜載A34R-K151E取代，接枝鼠類動物介白素2變體(mIL-2v)轉基因，並編碼HSV TK.007 (B16R插入，反向方向)之Cop牛痘病毒。
組(i)至(vi)之腫瘤生長概況之間之比較(圖25)揭示在人類異體移植腫瘤中所有測試病毒在連續多日內對腫瘤生長產生統計學上顯著之抑制效應。
圖25顯示SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 )顯示至腫瘤植入後第40天。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
實例10：自感染接枝轉基因之WR牛痘病毒之細胞產生之hIL-2gv及hIL-2v蛋白之功能評估 IL-2結合至IL-2受體複合物導致傳訊分子STAT5之磷酸化。因此，STAT5之磷酸化可用以量測IL-2受體傳訊。為收集由牛痘病毒產生之轉基因，在T-150瓶中用指示病毒以MOI=3將HeLa細胞感染24小時。在培養後，收集上清液並濃縮，及藉由MSD分析測定濃縮上清液中之IL-2濃度並在pSTAT5分析中標準化。為評估IL2轉基因生物活性，自幼稚C57BL/6雌性小鼠分離脾細胞，以1e6個細胞/孔接種於圓底96孔盤中，並用病毒分離之IL-2、IL-2醣變體或IL-2變體培養15分鐘。將該等細胞固定並透化，用抗CD3、抗CD4、抗CD8、抗CD25、抗Foxp3、抗NKp46及抗pSTAT5抗體染色並在LSR Fortessa流式細胞儀上獲取。使用FlowJo軟體分析特定細胞群體中之pSTAT5之中值螢光強度。由重組牛痘病毒編碼之IL-2醣變體(即，IL-2gv1及IL-2gv2)顯示相較於野生型IL-2經降低的對Treg細胞(CD3+CD4+CD25+ Foxp3+)的活性，如在誘導pSTAT5上經減小之的濃度效力指示。相比之下，IL-2變體(IL-2v)及IL-2醣變體證實在CD8+ T細胞及NK細胞中均與野生型IL-2相似之傳訊濃度效力。總之，此等資料與人類細胞中產生之hIL-2醣變體及hIL-2變體在刺激表現中等親和力IL-2R之細胞中堪比野生型hIL-2，但對表現高親和力IL-2Rα (亦稱CD25)之細胞僅具有弱活性之預期能力一致。
圖29A至29C顯示在用由重組WR牛痘病毒表現之IL-2變體轉基因培養之鼠類動物脾細胞中之STAT5磷酸化之評估結果。在用hIL-2、hIL-2變體或hIL-2醣變體培養之鼠類動物脾細胞子組中比較pSTAT5誘導。使用細胞內pSTAT5濃度之量測值作為IL-2R介導之傳訊之讀數來評估IL-2功能性。脾細胞另外用抗細胞表面標識(CD3、CD4、CD8、CD25及NKp46)及細胞內蛋白(FoxP3)之抗體染色，以描繪表現不同IL2R複合物之鼠類動物淋巴細胞之各種子組。圖顯示應指示病毒分泌之hIL-2、hIL-2變體或hIL-2醣變體蛋白之遞增治療濃度(x軸)而反應之細胞內pSTAT5染色中值螢光強度(MFI)值變化(y軸)。縮寫：pSTAT5=磷酸化信號轉導物及轉錄活化物5；MFI=中值螢光強度；Treg= CD3+CD4+CD25+Foxp3+ T調節細胞。
實例11：IV投與後攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現hIL-2、hIL-2v、hIL-2gv1、hIL-2gv2之WR病毒) 對C57BL/6雌性小鼠在左側腹SC植入5e5個MC38腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~60 mm3 ；N=20隻/組)。在腫瘤細胞植入後第11天，小鼠IV注射100 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH8.0)或100 μL含有5e7 pfu重組WR牛痘病毒之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化或iv)研究終止。
體重分析指示接枝野生型IL-2轉基因之WR病毒具有相較於接受任何其他變體之動物更大之體重損失(圖30)。
圖30顯示在植入後第11天用媒介物或病毒治療後，植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之體重結果。基於開始治療時之個體體重，體重以%顯示。各治療顯示為至腫瘤植入後第24天之組幾何平均值± 95%置信區間。出於人道原因將與初始體重相比體重損失大於20%之動物安樂死。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP (VV3))、WT IL-2、IL-2v、IL-2gv1或IL-2gv2。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。圖上之水平線表示代表各小鼠之初始體重之100%體重基線。
在IV病毒劑量後72小時 (腫瘤植入後第14天)亦自各測試組中的攜載MC38腫瘤之小鼠收集血清用於評估循環IL-2及發炎細胞介素濃度。與其中測試接枝IL-2轉基因之病毒之其他研究一致，在其中投與接枝IL-2轉基因之WR病毒之所有測試組中偵測到高且統計學顯著之血清濃度之IL-2 (圖31)。此外，相較於接受接枝野生型hIL-2之溶瘤病毒之動物，接受接枝hIL-2gv之溶瘤病毒之小鼠具有統計學顯著升高之血清濃度之IL-2。發炎細胞介素之分析揭示IV投與hIL-2，而非接枝hIL-2gv轉基因之WR牛痘病毒，在數種促發炎發炎細胞介素(包括IFNγ、IL-12p70、IL-1β、TNFα、IL-4、IL-5及IL-10)中引起顯著升高(圖32表3)。
圖31顯示在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時 (第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度之結果。各符號表示在個別小鼠中所偵測之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值N=10隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。使用單因素Anova測試及圖基事後多組比較測試進行相較於VV99之統計，其中*=p＜0.05；**=p＜0.01及*** =p＜0.001。
圖32 (表3)顯示在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時 (第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之發炎細胞介素濃度之結果。靜脈內投與後72小時，在攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中量測血清細胞介素濃度。使用單因素ANOVA及圖基事後多組比較測試進行相較於經VV99治療之動物之經偵測細胞介素濃度之間之統計學比較。各行顯示指定細胞介素之幾何平均細胞介素濃度(N=10隻/測試組)。*=p＜0.05；**=p，0.01；+=p＜0.001；^=p＜0.0001。
顯示為各測試病毒之組平均值之腫瘤生長概況分析(圖33)揭示一重要發現。相較於媒介物及接枝報告轉基因之WR病毒(VV3)治療，IV投與所有接枝IL-2轉基因之WR病毒均導致統計學顯著之MC38腫瘤生長抑制。相較於媒介物對照或VV3，所有變體顯著減小腫瘤生長。一些時間點亦揭示含有IL-2變體與醣變體之病毒之間相較於野生型IL-2存在統計學顯著差異，然而最驚人發現在於，含有任何形式IL-2之所有病毒變體均導致轉基因介導之腫瘤生長減小。(表4，ANCOVA結果)。
圖33顯示SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(在第11天投與) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療之腫瘤生長曲線顯示為直至腫瘤植入後第49天(即終止研究時)之組幾何平均值± 95%置信區間。一經由於腫瘤負荷達成1400 mm3將15%動物安樂死，該組即不再報告幾何平均值資料。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP (VV3))、WT IL-2、IL-2v、IL-2gv1或IL-2gv2。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖34 (表4)顯示皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示在特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
相同測試病毒之存活結果顯示，WT IL-2具有比變體更低之耐受性臨限值，因為較大數量之動物由於與腫瘤負荷無關之發病而死亡且經歷相較於攜載IL-2變體或醣變體之變體更短之中值存活(圖35)。此包括相較於對應的接枝Luc-GFP報告基因之WR病毒，接枝IL-2v/gv轉基因之WR病毒具有統計學優異組存活(圖36，表5)。總體而言，證明IV遞送接枝IL-2v或IL-2gv轉基因之WR病毒變體係MC38 SC腫瘤模型中之有效抗腫瘤療法，且證實單一治療投與病毒之效力及比野生型IL-2更小之毒性。
圖35顯示在SC腫瘤植入後第11天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。每天監測小鼠及一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 即指定為死亡，若動物損失＞20%體重即指定為死亡，或基於臨床觀測確定為垂死。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。
圖36 (表5)顯示皮下MC38腫瘤模型研究中之病毒療法後之存活之統計學比較結果。藉由對數秩測試(曼特-考克斯)分析來自圖35之存活資料。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
實例12：攜載HCT-116腫瘤之裸小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現hIL-2gv、hIL-2v之Cop病毒及表現hGM-CSF/LacZ之惠氏病毒) 對裸雌性小鼠在右側腹SC植入5e6個HCT-116腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十二天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~150 mm3 ；N=16/組)。在腫瘤細胞植入後第13天，對小鼠IV注射100 μL僅媒介物或含有3e6 pfu重組溶瘤Cop牛痘病毒之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化，或iv)研究終止。如下治療小鼠組：組i)僅媒介物；組ii) VV7：攜載luc-2A-GFP轉基因插入缺失J2R基因區內之Cop牛痘病毒；組iii) VV102：攜載hIL2v轉基因插入缺失J2R基因區內，具有K151E突變及HSV-TK.007之Cop牛痘病毒；組iv) VV75：攜載hIL2v轉基因插入缺失J2R基因區內，具有K151E突變之Cop牛痘病毒；組v) VV08：攜載luc-2A-GFP轉基因插入缺失J2R基因區內之惠氏牛痘病毒；組vi) VV12：攜載hGM-CSF轉基因插入缺失J2R基因區內之惠氏牛痘病毒；或組vii) VV110：攜載hIL2gv轉基因插入缺失J2R基因區內，具有K151E突變及HSV-TK.007之Cop牛痘病毒。
組(i)至(vii)之腫瘤生長概況之間之比較(圖37)揭示在HCT-116人類異體移植模型中，所有測試病毒在連續多日內已對腫瘤生長產生抑制效應。如圖38表6中所示，針對不同比較達成統計學顯著性。
圖37顯示SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 )顯示至腫瘤植入後第43天。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射媒介物或病毒之時間點。圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖38 (表6)顯示裸小鼠中皮下HCT-116腫瘤之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
監測攜載HCT-116腫瘤並用如上文描述之病毒IV治療之裸小鼠之存活。將達成2000 mm3 之腫瘤定義為安樂死標準並每天監測動物，歷時45天。
圖39顯示SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之存活之評估結果。腫瘤一經達成2000 mm3，即進行安樂死。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射媒介物或病毒(3E6 PFU)之時間點。圖上之水平虛線表示50%存活，或中值存活。
圖40 (表7)顯示SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠中之病毒療法誘導之存活之統計比較結果。監測存活及然後藉由對數秩測試(曼特-考克斯)對其分析。針對各組比較列舉P值。
實例13：IV投與後攜載MC38腫瘤之C57BL/6小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒(表現hIL-2v、hIL-2gv1、mIL-2v之WR病毒)活性 對C57BL/6雌性小鼠在左側腹SC植入5e5個MC38腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十五天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~100 mm3 ；N=20隻/組)。在腫瘤細胞植入後第16天，對小鼠IV注射100 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH8.0)或100 μL含有5e7 pfu重組WR牛痘病毒之媒介物。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化或iv)研究終止。
顯示為各測試病毒之組平均值之腫瘤生長概況分析(圖41)揭示一重要發現。相較於媒介物及接枝報告轉基因之WR病毒(VV3)治療，IV投與所有接枝IL-2轉基因之WR病毒均導致統計學顯著之MC38腫瘤生長抑制。添加K151E突變及HSV TK.007轉基因另外改善腫瘤生長抑制。在由VV117及IGV-121誘導之腫瘤生長抑制之間不存在統計學顯著差異，然而在VV117與VV100之間及在IGV-121與VV39之間偵測到存在統計學顯著差異(圖42，表8，ANCOVA結果)。
圖41顯示SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第16天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第55天直至處死時間之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP (VV3))、hIL-2gv1 (WR.hIL-2gv1.HSV TK.007.A34K151E (VV117，IGV-121))、hIL-2v (VV100)或mIL-2v (VV3)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖42 (表8)顯示皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
相同測試病毒之存活結果顯示與彼等上文針對腫瘤生長抑制報告者非常相似之結果(圖43)。此包括相較於對應的接枝Luc-GFP報告基因之WR病毒，接枝IL-2v/gv轉基因之WR病毒具有統計學優異組存活(圖44，表9)。總體而言，證明IV遞送接枝IL-2v轉基因之WR病毒變體係MC38 SC腫瘤模型中之有效抗腫瘤療法，且證實單一治療投與病毒之效力。
圖43顯示SC腫瘤植入後第16天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
圖44 (表9)顯示病毒療法誘導之存活之統計學比較結果。監測存活及然後藉由對數秩測試(曼特-考克斯)對其分析。針對各組比較列舉P值。
實例14：IV投與後攜載B16腫瘤之C57BL/6小鼠中之重組溶瘤牛痘病毒活性(表現hIL-2gv1之WR病毒)。 對C57BL/6雌性小鼠在右側腹SC植入2.5e5個B16F10腫瘤細胞。腫瘤細胞植入後十七天，基於腫瘤體積將小鼠隨機分為各別治療組(每組平均腫瘤體積~100 mm3 ；N=20隻/組)。在腫瘤細胞植入後第18天，對小鼠IV注射100 μL媒介物(30 mM Tris、10%蔗糖，pH8.0)或100 μL含有5e7 pfu重組WR牛痘病毒之媒介物。在腫瘤細胞植入後第21、24、27、31、34及38天，對小鼠SC注射100 uL抗體調配物(2 mg/mL，抗PD-1或IgG1同型)。每天觀測攜載腫瘤之小鼠，且隔週量測腫瘤體積及體重，直至由於以下其中一者而人道處死小鼠：i)腫瘤體積超過1400 mm3 ，ii) ≥ 20%體重損失，iii)健康狀況嚴重惡化或iv)研究終止。
顯示為各測試病毒之組平均值之腫瘤生長概況分析(圖45)揭示一重要發現。相較於媒介物及接枝報告轉基因之WR病毒(VV3)治療，IV投與接枝IL-2gv轉基因之WR病毒導致統計學顯著之MC38腫瘤生長抑制。由抗PD-1或IgG1同型抗體治療誘導之腫瘤生長抑制與媒介物治療之腫瘤之間不存在統計學顯著差異。然而針對VV3及VV117，在抗PD-1或IgG1同型抗體治療之間偵測到存在統計學顯著差異。(圖46，表10，ANCOVA結果)。
圖45顯示SC植入B16F10腫瘤細胞與抗PD-1抗體治療之組合之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第18天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估結果。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第35天直至處死時間之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子 (WR.Luc-GFP (VV3))、hIL-2gv1 (WR.hIL-2gv1.HSV TK.007.A34K151E (VV117)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射病毒之時間點。灰色方塊指示隔週SC抗PD1抗體治療之時間窗口(第21天至第38天)。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖46 (表10)顯示皮下B16F10腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較結果。藉由ANCOVA分析治療後多天之各組中個別小鼠之腫瘤體積以確定各種治療組之間的統計學顯著之腫瘤生長抑制效應。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
相同測試病毒之存活結果顯示與彼等上文針對腫瘤生長抑制報告者非常相似之結果。此包括相較於對應的接枝Luc-GFP報告基因之WR病毒，接枝IL-2gv轉基因之WR病毒具有統計學優異組存活(圖47)。針對經抗PD-1抗體治療之用媒介物治療之腫瘤相較於用同型治療之腫瘤未觀測到存活益處。然而針對VV3及VV117，在抗PD-1與IgG1同型抗體治療之間偵測到存在統計學顯著差異(圖48，表11)。總體而言，證明IV遞送接枝IL-2gv轉基因之WR病毒變體係B16F10 SC腫瘤模型中之有效抗腫瘤療法，且證實單一治療投與病毒之效力。
圖47顯示在SC腫瘤植入後第18天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載B16F10腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活結果。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3 ，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。
圖48 (表11)顯示B16F10腫瘤模型中之病毒療法誘導之存活之統計學比較結果。監測存活及然後藉由對數秩測試(曼特-考克斯)對其分析。針對各組比較列舉P值。
實例15： 在此實例中，表現各種潛在單聚醣及雙聚醣人類IL-2變體，並分析其引入之潛在醣苷基化位點之醣苷基化。
IL-2變體中之各者表現為融合蛋白，其中該IL-2變體係經由具有以下胺基酸序列之連接子共價連接至人類IgG1 Fc域：GGGGSGGGGS (SEQ ID NO: 37)。該Fc域含有第一Fc鏈及第二Fc鏈，其中該第一Fc鏈含有「杵」胺基酸取代及該第二Fc鏈含有「臼」胺基酸取代，以促進在該等Fc鏈間形成異二聚體。該IL-2變體之N端係經由連接子共價連接至該第一Fc鏈之C端。圖49中繪示Fc-IL-2分子之示意圖。
為製備編碼融合蛋白之基因，使用與人類IgG1 Fc之C端(可結晶片段UniProtKB：P01857)融合之人類IL-2之內源性密碼子(Refseq：NM_000586.3，CCDS：CCDS3726.1，UniProtKB：P60568)進行基因合成。Fc片段起始於上鉸鏈殘基D221 (位置221至447 EU編號)且包括效應功能不活性化突變L234A、L235A及G237A。利用杵臼重鏈對以使用GGGGSGGGGS連接子(SEQ ID NO: 37)將單一IL-2變體融合至杵鏈之C端。於Y349C及T366W作出杵鏈配對突變，及於S354C、T366S、L368A及Y407V處作出臼鏈突變。恆定區亦含有自G1m變為nG1m1之D356E及L358M異型突變。由ATUM (Newark，CA)將基因子選殖至哺乳動物表現載體pCEP4 (Invitrogen)內。
使用Expi293或ExpiCHO表現系統(ThermoFisher Scientific)遵循供應商之說明藉由瞬時轉染表現融合蛋白。藉由串接蛋白A親和力層析術使用5 mL HiTrap MabSelect SuRe管柱(GE Heathcare)及尺寸排阻層析術使用HiLoad 16/600 Superdex 200 pg管柱(GE Healthcare)在AKTA Avant 25層析系統(GE Healthcare)上純化Fc-IL2融合蛋白。無菌過濾經純化融合蛋白並在使用前儲存在-80℃下。
藉由分析尺寸排阻層析術以Agilent 1260 HPLC在TSKgel SuperSW mAb HR管柱(Tosoh Bioscience)，使用LabChip GXII Touch (PerkinElmer)之微流體電泳分離，及質譜術評估Fc-IL2融合蛋白之純度及同質性。藉由耦合至Acquity UPLC Protein BEH C4 300 Å 1.7 µm管柱(Agilent)之Xevo G2-XS QTof四極桿飛行時間質譜術(Waters)確認經純化融合蛋白之完整質量。
經純化Fc-IL2變體分子經受PNGase F處理以偵測該分子是否經醣苷基化，且若是，是否於一或兩個(若適用)引入之潛在醣苷基化位點處經醣苷基化。具體言之，Fc-IL2融合蛋白首先在非還原及還原條件下使用快速PNGase F酶(New England Biolabs，P0710S及P0711S)去醣苷基化以測定完整蛋白質(非還原)及還原蛋白質之質量。使用「GlycoWorksTM RapiFluor-MSTM N-Glycan套組」 (Waters)遵循供應商之方案進行自Fc-IL2-融合蛋白表徵N連接之聚醣。用RapiGest溶液處理蛋白質並使其等變性。添加快速PNGase F以使N連接之聚醣作為醣苷胺釋放。在消化後，經釋放之醣苷胺之胺基用RFMS標記根據製造商之說明標記。使用Waters親水性相互作用液相層析術(HILIC) μElution盤於甲酸銨及乙腈溶液中純化經標記之N-聚醣，然後藉由LC-MS (Waters)直接分析。
表A列舉經表現並針對醣苷基化進行分析之潛在單聚醣及雙聚醣IL-2變體分子。作為一對照，Fc-IL2 (野生型)分子亦經表現及測試。在下文列舉之IL-2蛋白中，「位點1」係蛋白質名稱中首先列舉之潛在醣苷基化位點，及「位點2」係蛋白質名稱(若適用)中第二列舉之潛在醣苷基化位點。例如，在蛋白質「Fc-IL2-R38N:L40T-T41N:K43T」中，位點1係R38N:L40T及位點2係T41N:K43T。另外，亦藉由質譜術通過在PNGase F處理後偵測天冬胺酸形成來證實醣苷基化。顯示聚醣修飾之總數，包括Fc域上之Asn297位點及彼等明確歸因於經融合IL-2細胞介素者。(各分子具有2個Asn297聚醣，因此各分子具有至少2個總N-聚醣)。 表A：經表現並針對醣苷基化進行分析之潛在單聚醣及雙聚醣IL-2變體分子
蛋白質 微流體電泳 質譜術
位點1 (%) 位點2 (%)1 總N-聚醣 IL-2 N-聚醣
Fc-IL2 ▬ ▬ 2 0
Fc-IL2-K35N 31 ▬ 2或3 0或1
Fc-IL2-R38N:K40T ＞99 ▬ 3 1
Fc-IL2-T41N:K43T ＞99 ▬ 3 1
Fc-IL2-F42N:F44T 0 ▬ 2 0
Fc-IL2-K43N:Y45T ＞99 ▬ 3 1
Fc-IL2-E62N:K64T 0 ▬ 2 0
Fc-IL2-E68N:L70T 0 ▬ 2 0
Fc-IL2-L72N:Q74T 94 ▬ 3 1
Fc-IL2-K35N-T41N:K43T 38 ＞99 3或4 1或2
Fc-IL2-R38N:L40T-T41N:K43T ＞99 ▬ 3 1
Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T ＞99 ＞99 4 2
Fc-IL2-R38N:L40T-E62N:K64T ＞99 0 3 1
Fc-IL2-R38N:L40T-L72N:Q74T ＞99 ＞99 4 2
Fc-IL2-T41N:K43T-E62N:K64T ＞99 0 3 1
Fc-IL2-T41N:K43T-L72N:Q74T ＞99 ＞99 4 2
Fc-IL2-K43N:Y45T-E62N:K64T ＞99 0 3 1
Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T ＞99 ＞99 4 2
1 基於單一位點佔用結果分配雙聚醣IL-2變體之部分佔用率。在缺乏肽圖譜分析之情況下任意分配Fc-IL2-R38N:L40T-T41N:K43T之佔用率。
如表A中顯示，引入之醣苷基化位點R38N:K40T、T41N:K43T、K43N:Y45T及L72N:Q74T在相關天冬醯胺酸上均經高度醣苷基化(超過90%分子大多數超過＞99%)。針對潛在醣苷基化位點K35N觀測到部分醣苷基化，其中引入之天冬醯胺酸係經中度醣苷基化(約三分之一分子)。相比之下，引入之潛在醣苷基化位點F42N:F44T、E62N:K64T及E68N:L70T未經醣苷基化。
實例16： 在此實例中，分析上文描述之各種雙聚醣IL-2變體對人類IL-2Rα及人類IL-2Rβ之結合親和力。
所有實驗均在基於Biacore 8K表面電漿子共振之生物感測器(GE Healthcare)上進行。使用胺偶聯套組(GE Healthcare，產品編號BR100050)遵循製造商之建議將經純化可溶性配體共價偶合至CM5感測晶片上。以20 µL/min歷時7分鐘將濃度變化之HBS-EP+電泳緩衝液(10 mM HEPES pH 7.4、0.15 M NaCl、3 mM EDTA、0.005% P-20)注射至所有流動細胞上。CD25及CD122分別被捕獲至~20及~500 RU之表面密度。使用非衍生化流動細胞作為參考表面。以10 µL/min歷時7分鐘用200 mM硼酸鹽緩衝液pH 8.5中之100 mM乙二胺阻斷所有流動細胞。
使用HBS-EP+ (pH 7.4)在25℃下於各斑點上進行蛋白質相互作用實驗。在捕獲抗原後，以50 µL/min之流動速率歷時50秒將分析物(1.23、3.7、11.1、33.3、100、300及900 nM濃度之IL-2變體)注射至所有流動細胞內。每次分析物注射後，監測解離5分鐘，然後以20秒注射10 mM甘胺酸(pH 2.1)再生所有流動細胞。出於雙重參考(如Myszka, D.G.，Improving biosensor analysis. J. Mol. Recognit. 12, 279-284 (1999)中描述之雙重參考)之目的收集各樣本之緩衝週期。對於動力學分析，使用Biacore 8K評估軟體1.1.1.7442版將雙重參考之感測圖全域擬合至簡單1:1朗繆爾及質量傳輸結合模型。對於穩態親和力分析，使用Biacore 8K評估軟體1.1.1.7442版將雙重參考之平衡結合反應與1:1朗繆爾穩態模型擬合。
經測試IL-2變體之動力學及親和力參數顯示於下表B中： 表B：經測試IL-2變體之動力學及親和力參數
   hIL2Rα (CD25)動力學 hILR2β (CD122)動力學
分子 ka (1/Ms) kd (1/s) KD (nM) ka (1/Ms) kd (1/s) KD (nM)
Fc-IL2 (wt) 2.27E+06 8.59E-02 37.85 ± 0.08 1.31E+05 2.79E-01 2123.02 ± 66.87
Fc-IL2- R38N:L40T- K43N:Y45T 不可偵測之結合 不可偵測之結合 N/A 8.26E+04       2.92E-01 3542.87 ± 110.64
Fc-IL2- K43N:Y45T- L72N:Q74T 不可偵測之結合 不可偵測之結合 N/A 8.99E+04 2.35E-01 2615.05 ± 55.23
如表B中顯示，Fc-IL2-R38N:L40T- K43N:Y45T及Fc-IL2- K43N:Y45T- L72N:Q74T變體保留與野生型IL-2 Fc融合相似之對人類IL-2Rβ之結合親和力。野生型Fc-IL-2融合證實對IL-2Rβ之結合親和力比對IL-2Rα之結合親和力高得多。相比之下，Fc-IL2-R38N:L40T- K43N:Y45T及Fc-IL2- K43N:Y45T- L72N:Q74T變體對IL-2Rα不具有可量測之結合。
實例17： 在此實例中，分析上文描述之各種單聚醣及雙聚醣IL-2變體對含有IL-2 CD122 / CD132 (β/γ)受體複合物(HH細胞)或IL-2 CD25/CD122/CD132 (α/β/γ)受體複合物(誘導之Treg (或「iTreg」))之淋巴細胞之活化。
測試如實例15中描述之各種Fc連接之單聚醣及雙聚醣IL-2變體。經測試變體係：Fc-IL2-R38N:L40T；Fc-IL2-T41N:K43T；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-E62N:K64T；Fc-IL2-L72N:Q74T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-E62N:K64T；及Fc-IL2-K43N:Y45T- L72N:Q74T。另外，亦測試Fc連接之野生型人類IL-2 (「Fc-IL2」)及Fc連接之IL2v (「Fc-IL2v」)。「IL2v」係人類IL-2之變體，該變體具有突變以消除IL-2Rα結合(Klein, C等人，Oncoimmunology，第6卷，第3期，2017)。IL2v具有下列突變以消除IL-2與IL-2Rα之間的相互作用：F42A、Y45A及L72G。另外，IL2v具有突變T3A及C125A。
藉由監測應IL-2變體治療細胞而反應的磷酸化STAT5 (pSTAT5)相對變化來量測該等IL-2變體活化HH細胞及iTreg之能力。已知pSTAT5係IL-2傳訊之下游結果。HH T細胞(ATCC CRL-2105)係缺乏IL-2受體複合物之α鏈，但含有IL-2受體複合物之β及γ鏈之T細胞系。由獲自STEMCELL Technologies之Fresh Leuko Paks (目錄號70500.1，供體編號D001003551)製備iTreg細胞。
對於IL-2活化，將HH細胞及iTreg細胞以2*10e6個細胞/孔接種於50 ul無血清RPMI 1640介質(Gibco)中，並容許在37℃下靜置。靜置後，用上文列舉之IL-2分子處理細胞，及然後藉由離心沈澱細胞。
在用IL-2分子處理後，藉由InstantOne ELISA pSTAT5偵測套組(Invitrogen)評估細胞誘導狀態。
圖50A及50B繪示各種濃度之所列舉IL-2變體分別對HH細胞及iTreg之活化之影響，如由pSTAT5誘導之增加來衡量。如圖50A中顯示，所有經測試IL-2變體對活化HH細胞具有相似有效性。具體言之，針對各測試濃度之Fc-IL2-R38N:L40T；Fc-IL2-T41N:K43T；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-E62N:K64T；Fc-IL2-L72N:Q74T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-E62N:K64T；及Fc-IL2-K43N:Y45T- L72N:Q74T蛋白，此等分子在HH細胞中導致與藉由用對應濃度之Fc-IL2 (野生型)治療細胞所產生者相似之pSTAT5光學密度(OD)增加。相比之下，如圖50B中顯示，經測試IL-2變體中之各者具有相較於野生型IL-2經減小的iTreg細胞活化。
基於如圖50A至50B中顯示之資料，藉由使用GraphaPad Prism 8計算導致最大值之pSTAT5濃度50%之各別Fc-IL-2變體之濃度而計算經測試Fc-IL-2分子中之各者之EC50值。不同Fc-IL-2分子及細胞類型之EC50值提供於下表C中。 表C：不同Fc-IL-2分子及細胞類型之EC50值
蛋白質 HH T細胞(nM) iTreg細胞(nM) 選擇性HH/iTreg
Fc-IL2 (野生型) 16.9 ＜2 x 10-4 ＜1.18 x 10-5
Fc-IL2v 24.9 0.31 1.24 x 10-2
Fc-IL2-R38N:L40T 163 0.11 6.75 x 10-4
Fc-IL2-T41N:K43T 37.2 0.01 2.69 x 10-4
Fc-IL2-K43N:Y45T 166 0.64 3.86 x 10-3
Fc-IL2-E62N:K64T 52.1 0.02 3.84 x 10-4
Fc-IL2-L72N:Q74T 47.6 0.04 8.4 x 10-4
Fc-IL2-R38N:L40T- K43N:Y45T 218 14.1 6.47 x 10-2
Fc-IL2- K43N:Y45T- E62N:K64T 66.2 3.07 4.64 x 10-2
Fc-IL2- K43N:Y45T- L72N:Q74T 65.2 4.49 6.89 x 10-2
如圖50A、50B及表C中顯示，不同IL-2變體融合中之大多數在活化HH細胞上具有與野生型IL-2融合相似之效用(即於10x /一個數量級內) (圖50A及表C)。相比之下，該等IL-2變體在活化iTreg上具有相較於野生型IL-2經顯著減小之效用(即減小大於100倍/ 2個數量級) (圖50B及表C)。表C亦提供確定各分子活化HH細胞相比於iTreg細胞(EC50 HH細胞/ EC50 iTreg細胞)之選擇性，其中較高值指示對HH細胞相比於iTreg細胞更大之相對選擇性。如表C中顯示，該等IL-2變體Fc-IL2-R38N:L40T- K43N:Y45T，Fc-IL2- K43N:Y45T- E62N:K64T及Fc-IL2- K43N:Y45T- L72N:Q74T具有經測試分子對HH細胞相比於iTreg細胞最大之相對選擇性。
實例18： 在此實例中，測試上文描述之各種單聚醣及雙聚醣IL-2變體對STAT5傳訊在人類外周血單核細胞(hPBMC)之CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞中之活化。
IL-2變體，單聚醣變體 在此實驗中，藉由監測應IL-2變體治療細胞而反應之pSTAT5相對變化來量測IL-2變體活化CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之能力。此實驗中所測試之IL-2變體各融合至人類IgG Fc域，如實例15中描述。經測試變體係：Fc-IL2-K35N；Fc-IL2-R38N:L40T；Fc-IL2-T41N:K43T；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-E62N:K64T；Fc-IL2-L72N:Q74T。另外，亦測試如實例3中描述之Fc連接之野生型人類IL-2 (「Fc-IL2」)及Fc連接之IL2v (「Fc-IL2v」)。
抽取健康志願者之血液並使用菲可派克(ficoll-paque) (GE Healthcare)梯度分離hPBMC，用PBS清洗以移除血小板，及使用ACK溶解緩衝液(Gibco)清除紅血球。然後將細胞以1*10e6個細胞/孔接種於90 uL無血清RPMI 1640介質(Gibco)中並容許在37℃下靜置2至4小時。靜置後，在指示濃度下在37℃下用上文列舉之IL-2分子(10 uL)將細胞處理20分鐘，及立即溫和移液添加25 uL 20% PFA。然後藉由離心沈澱細胞並吸出(400 RCF，7分鐘)。
添加Phosflow Perm緩衝液III (BD Biosciences) (200 uL)，並藉由上下移液一次輕輕混合細胞以防止凝集。然後用200 uL FACS緩衝液將細胞清洗兩次，接著藉由離心(400 RCF，7分鐘)沈澱。將細胞重懸浮於200 uL FACS緩衝液中並用表D及表E中之抗體根據標準程序培養，然後懸浮於200 uL FACS緩衝液中用於FACS分析。使用FlowJo v10軟體分析資料。 表D：
人類CD4組1
標識 螢光 純系 供應商 目錄號
CD3 AF488 UCHT1 BioLegend 300415
CD4 Bv605 RPA-T4 BioLegend 300556
CD25 Bv421 2A3 BD 564033
FoxP3 PE 236A/E7 Invitrogen 12-477
pSTAT5 AF647 47/Stat5 pY694 BD 562076
CD8 APC-Cy7 RPA-T8 BD 557760
CD56 BV711 HCD56 BioLegend 318336
表E：
人類CD4組2            
標識 螢光 純系 供應商 目錄號
CD3 BV711 UCHT1 BioLegend 300415
CD4 Bv605 RPA-T4 BioLegend 300556
CD25 Bv421 2A3 BD 564033
FoxP3 PE 259D/C7 BD 560046
pSTAT5 AF647 47/Stat5 pY694 BD 562076
CD8 APC-Cy7 RPA-T8 BD 557760
CD56 FITC HCD56 BioLegend 318336
圖51A、51B及51C繪示各種濃度之所列舉IL-2變體分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化之影響，如由細胞中之pSTAT5增加來衡量。如圖51A及51B中顯示，所有經測試IL-2變體在活化CD8 T細胞及NK細胞上具有相似有效性。具體言之，對於各測試濃度之Fc-IL2-K35N；Fc-IL2-R38N:L40T；Fc-IL2-T41N:K43T；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-E62N:K64T；及Fc-IL2-L72N:Q74T分子，此等分子在CD8 T細胞及NK細胞中導致與藉由用對應濃度之Fc-IL2 (野生型)處理細胞所產生者相似之pSTAT5平均螢光強度(MFI)增加。相比之下，如圖51C中顯示，經測試Fc-IL-2變體中之各者具有相較於野生型Fc-IL-2經減小之Treg細胞活化。
基於如圖51A至51C中顯示之資料，計算如上文描述之經測試Fc-IL-2分子中之各者之EC50值。該等EC50值提供於下表F中。 表F：
蛋白質 CD8 T細胞(nM) NK細胞(nM) Treg細胞(nM) 選擇性CD8/Treg 選擇性NK/Treg
Fc-IL2 (野生型) 15.7 2.52 0.01 0.000637 0.004
Fc-IL2v 11.3 1.53 5.88 0.52 3.84
Fc-IL2-K35N 24.6 2.54 0.07 0.00284 0.0276
Fc-IL2-R38N:L40T 26.5 3.06 7.89 0.3 2.58
Fc-IL2-T41N:K43T 31.2 3.05 2.13 0.07 0.7
Fc-IL2-K43N:Y45T 57.6 6.37 24.2 0.42 3.8
Fc-IL2-E62N:K64T 25.5 3.65 2.26 0.09 0.62
Fc-IL2-L72N:Q74T 22.1 2.33 2.29 0.1 0.98
表F中亦提供各別IL-2變體對CD8 T細胞相比於Treg細胞或NK細胞相比於Treg細胞之選擇性的值，其中較大數字指示對CD8 T細胞或NK細胞比對Treg細胞之選擇性更大。如表F中顯示，各種IL-2變體以與Fc-IL2 (野生型)相似之EC50活化CD8 T細胞及NK細胞，但活化Treg細胞遠小於野生型融合蛋白。同樣地，相較於Fc-IL2 (野生型)，Fc-IL2變體對CD8 T細胞及NK細胞相比於Treg細胞具有更大選擇性。
IL-2變體，雙聚醣變體 接著，測試各種雙聚醣IL-2變體。此實驗中所測試之IL-2變體各共價連接至人類IgG Fc域，如實例15中描述。經測試雙聚醣IL-2變體分子係：Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-E62N:K64T；Fc-IL2-R38N:L40T-L72N:Q74T；Fc-IL2-T41N:K43T-E62N:K64T；Fc-IL2-T41N:K43T-L72N:Q74T；Fc-IL2-K43N:Y45T- E62N:K64T；及Fc-IL2-K43N:Y45T- L72N:Q74T。另外，亦測試單聚醣IL-2變體分子Fc-IL2-R38N:L40T；Fc-IL2-T41N:K43T；及Fc-IL2-K43N:Y45T，及Fc-IL2 (野生型)及Fc-IL2v用於比較。
如上文針對單聚醣變體製備hPBMC。然後用上文剛列舉之IL-2雙聚醣變體及相關對照IL-2分子處理細胞，及然後如上文針對單聚醣變體描述般準備用於流式細胞術。
圖52A、52B及52C繪示各種濃度之含有R38N:L40T之雙聚醣IL-2變體分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化之影響，如由細胞中之pSTAT5增加來衡量。如圖52A及52B中顯示，所有經測試IL-2變體在活化CD8 T細胞及NK細胞上具有相似有效性。相比之下，如圖52C中顯示，經測試之含有R38N:L40T之雙聚醣IL-2變體中之各者具有相較於野生型IL-2分子大體上經減小之Treg細胞活化，及相較於R38N:L40T單聚醣IL-2變體分子亦經減小之Treg細胞活化。
圖53A、53B及53C繪示各種濃度之含有T41N:K43T之雙聚醣IL-2變體分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化之影響，如由細胞中之pSTAT5增加來衡量。如圖53A及53B中顯示，所有經測試IL-2變體在活化CD8 T細胞及NK細胞上具有相似有效性。相比之下，如圖53C中顯示，經測試之含有T41N:K43T之雙聚醣IL-2變體中之各者具有相較於野生型IL-2分子大體上經減小之Treg細胞活化，及相較於T41N:K43T單聚醣IL-2變體分子亦經減小之Treg細胞活化。
圖54A、54B及54C繪示各種濃度之含有K43N-Y45T之雙聚醣IL-2變體分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化之影響，如由細胞中之pSTAT5增加來衡量。如圖54A及54B中顯示，所有經測試IL-2變體在活化CD8 T細胞及NK細胞上具有相似有效性。相比之下，如圖54C中顯示，經測試之含有K43N-Y45T之雙聚醣IL-2變體中之各者具有相較於野生型IL-2分子大體上經減小之Treg細胞活化。
實例19： 在此實例中，測試含有單一引入之醣苷基化位點(R38N:L40T)及胺基酸位置62之取代之各種IL-2變體對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化。經測試變體係：Fc-IL2-R38N:L40T-E62A；Fc-IL2-R38N:L40T-E62N；Fc-IL2-R38N:L40T-E62K；及Fc-IL2-R38N:L40T-E62R。另外，作為對照，亦測試雙聚醣變體Fc-IL2-R38N:L40T- E62N:K64T、Fc連接之野生型人類IL-2 (「Fc-IL2」)及Fc連接之IL2v (「Fc-IL2v」)。藉由監測應IL-2變體治療細胞而反應之磷酸化STAT5 (pSTAT5)相對變化來量測IL-2變體活化CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之能力。如實例18中描述般進行細胞活化/ pSTAT5分析。
圖55A、55B及55C繪示各種濃度之IL-2變體融合蛋白分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活化之影響，如由細胞中之pSTAT5增加來衡量。如圖55A及55B中顯示，所有經測試IL-2變體在活化CD8 T細胞及NK細胞上具有相似有效性。相比之下，如圖55C中顯示，經測試IL-2變體中之各者具有相較於野生型IL-2分子大體上經減小之Treg細胞活化。
實例20： 在此實例中，測試上文描述之各種單聚醣及雙聚醣IL-2變體對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之活體內擴增之影響。經測試變體係：Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。另外，作為對照，亦測試Fc連接之野生型人類IL-2 (「Fc-IL2」)及Fc連接之IL2v (「Fc-IL2v」)。
將小鼠隨機分組以接受上文列舉分子中之一者或PBS對照。治療組如下：PBS；Fc-IL2；Fc-IL2v；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。連續4天每天藉由皮下注射給藥0.5、1或2 mg/kg的Fc-IL2融合分子，其中各別對照或IL-2變體以其分配組所對應的其濃度。在首次治療(第0天)後第3天藉由自各組收集脾臟進行免疫表型分型。
圖56A、56B及56C繪示各種濃度之列舉單聚醣及雙聚醣IL-2變體分別對CD8 T細胞、NK細胞及Treg細胞之擴增之影響，如由細胞之倍數擴增來衡量。在野生型Fc-IL2組中，1 mg/kg組中2/3小鼠及2 mg/kg組中1/3小鼠未在治療中存活。如圖56A及56B中顯示，Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；及Fc-IL2-K43N:Y45T- L72N:Q74T中之各者均促進CD8 T細胞及NK細胞之擴增，及較大濃度之此等分子增加CD8 T細胞及NK細胞之擴增。相比之下，Fc-IL2及Fc-IL2v不增加CD8 T細胞及NK細胞之擴增；實際上，遞增濃度之此等分子由於全身毒性而減小CD8 T細胞及NK細胞之擴增。如圖56C中顯示，遞增濃度之Fc-IL2；Fc-IL2v；Fc-IL2-K43N:Y45T各證實Treg增殖的適度增加，及反向劑量反應，而Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T在所有劑量下對Treg細胞之增殖均具有最小影響。
實例21： 在此實例中，測試上文描述之各種單聚醣及雙聚醣IL-2變體在小鼠中之耐受性及腫瘤生長抑制。經測試變體係：Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。另外，作為對照，亦測試Fc連接之野生型人類IL-2 (「Fc-IL2」)及Fc連接之IL2v (「Fc-IL2v」)。
在實驗之第0天，將約500,000個B16F10細胞皮下植入雌性C57/BL6小鼠之大腿上部，該等細胞已自單一、低傳代小瓶(具有1*10^7個細胞)新鮮解凍並培養建立足夠細胞用於植入所需之最短時間。
在實驗之第5天，將小鼠隨機分組以接受上文列舉分子中之一者或對照。治療組如下：PBS；Fc-IL2；Fc-IL2v；Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。在第5、6、7及8天藉由皮下注射給藥1 mg/kg的Fc-IL2融合分子，其中各別對照或變體Fc-IL2融合分子以其分配組所對應的其濃度。維持15隻動物組以評估1 mg/kg劑量之耐受性及腫瘤生長抑制。在整個實驗過程中追蹤腫瘤體積、體重及動物存活。腫瘤一經達成約2000 mm^3或治療後2週，即將動物安樂死。
對於治療組，在自起始劑量的約2週內監測存活及腫瘤生長抑制，如圖57A及57B中顯示。耐受性與如其他實例中觀測到之IL-Ra結合之減弱程度相關。Fc-IL2及Fc-IL2v對照分子組同樣耐受，及至第8天為止無存活(圖57A)。Fc-IL2-K43N:Y45T具有7/15小鼠的中等存活。在首次治療後第12天，用雙聚醣變體Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T治療之組具有11/15及14/15存活小鼠。針對來自相較於PBS對照更佳耐受之Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T組之存活小鼠評估腫瘤生長抑制。如圖57B中顯示，針對用Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T治療之小鼠觀測到顯著腫瘤生長抑制。
此等實驗顯示Fc-IL2-K43N:Y45T；Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T蛋白在小鼠中比Fc-IL2及Fc-IL2v更佳耐受，及Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T及Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T具有腫瘤生長抑制活性。
實例22：VV110於一組人類腫瘤細胞系中之活體外效力 在細胞毒性分析中在一組來自NSCLC、黑色素瘤、RCC、CRC及HCC適應症之人類腫瘤細胞系中測試VV110及VV12 (JX-594模擬物)。將細胞在其等對應的完全培養基中培養。在分析前24小時將細胞以細胞類型特異性接種密度接種於96孔盤中以在分析當天形成融合之單層。將測試病毒自30之起始MOI連續稀釋(1:5)於含有2.5% FBS之細胞系特異性介質中。在吸出介質後，使細胞感染病毒(自30之MOI至1.54 x 10-5 )。然後在37℃、5% CO2 培養器中將盤培養48、72或96小時。在培養結束時，將CCK-8試劑添加至各孔並使用SpectraMax i3X讀取450 nm下之吸光度。將資料標準化至僅細胞(100%存活率)及僅溶解細胞對照(0%存活率)。使用4參數對數擬合計算EC50 。報告各時間點的EC50 及最大殺死%。
所有測試細胞系均對由VV110及VV12誘導之活體外感染及溶瘤作用敏感，並在感染後第2至4天(取決於細胞系)觀測到≥90%殺死 (圖58)。VV110之效力介於自最敏感之測試細胞系(769‑P)之2.52 x 10-4 PFU/細胞之EC50 至最不敏感之測試細胞系(SK-MEL-5)之7.08 x 10-1 PFU/細胞，且沒有腫瘤適應症對VV110始終比對其他藥物更敏感或更具抗性(圖59)。所有測試細胞系亦對VV12 (JX-594模擬物)敏感。計算VV12與VV110之EC50 比率，且在15個腫瘤細胞系之13個中，VV110證實相較於VV12更高之活體外效力(圖60)。
圖58：感染後第48、72及96小時之最大人類腫瘤細胞殺死百分比。VV110或VV12 (JX-594)感染人類腫瘤細胞系48、72或96小時，在該等時間點下測定細胞存活率。資料表示為平均值± SD。
圖59：VV110及VV12在感染後48、72及96小時於人類腫瘤細胞系中之效力。VV110或VV12 (JX-594)感染人類腫瘤細胞系72小時，在該時間點下測定細胞存活率並使用4-PL邏輯擬合計算EC50 (pfu/細胞)。資料表示為平均值± SD。
圖60：VV110及VV12在人類腫瘤細胞系中之相對效力(EC50比率)。VV110或VV12 (JX-594)感染人類腫瘤細胞系72小時，在該時間點下測定細胞存活率並使用4-PL邏輯擬合計算EC50 (pfu/細胞)。計算VV12與VV110之EC50比率。資料表示為平均值± SD。
實例23：在食蟹猴中IV投與VV110後發生之自發性皮膚病灶之局部阿昔洛韋治療。
食蟹猴在研究第1天經由IV投與接受5x107 PFU VV110。動物在研究第5天發展自發性皮膚病灶，此時鑑定含有3個病灶之區域用於檢查沒有(組1)或有(組2)使用局部阿昔洛韋(Zovirax)治療病灶之病灶進展及病毒脫落。接受治療之動物每天4次(間隔2小時)在該區域局部施用阿昔洛韋，歷時11天。照相記錄病灶進展。在第5、7及9天評估自病灶之病毒脫落。在U2OS空斑分析中分析感染性病毒效價之前，收集個別病灶之拭子並儲存在-80℃下。簡而言之，在效價分析前約24 h將U-2OS細胞接種於6孔盤中。將1 mL PBS添加至拭子並音波處理樣本。自細胞移除介質並添加700 µL經連續稀釋之病毒/拭子樣本。在37℃培養器中培養2 h後，移除接種物並將2 mL 1.5 % CMC、10% FBS、0.5x麥考伊(McCoy’s)覆層添加至各孔。在37℃培養器中將盤培養48 h。在此培養期結束時，將該等盤在DPBS中清洗一次及將細胞固定並用結晶紫染色1 h，然後用水清洗。使用Immunospot S6 MACRO分析器獲取影像。使用CTL ImmunoSpot軟體計數空斑並測定效價(PFU/mL)。
未接受局部阿昔洛韋治療之第1組動物之病灶在約第15至17天消退。經局部阿昔洛韋治療之第2組動物之病灶在約第11至13天更快消退。在第1組中，病灶拭子效價在第5天介於71至1060 PFU/mL至第7天介於＜3至73,000 PFU/mL之範圍內，而在第2組動物中，來自用ACV治療之病灶之病灶拭子效價在第5天介於14至9,710 PFU/mL至第7天介於3至54 PFU之範圍內。在第9天及第11天，病灶拭子中無一者具有任何可偵測感染性效價。平均而言，來自用ACV治療之病灶(第2組)之拭子之感染性病毒效價比自未經治療之病灶(第1組)所偵測者在更短持續時間內在量上降低(圖61)。
圖61：在有或沒有局部阿昔洛韋治療之情況下，在對食蟹猴IV投與VV110後發生之自發性皮膚病灶之感染性病毒效價。在沒有(組1)或有(組2)局部阿昔洛韋投與之情況下，自接受5x107 PFU VV110 IV之動物上之個別皮膚病灶收集拭子。
此等資料支援以下概念：VV110中包括之HSV TK.007安全「開關」賦予局部抗病毒藥物對病毒之敏感性並提供一種潛在方式來降低自VV治療後一些癌症病患中可發生之自發性皮膚病灶脫落之病毒之嚴重程度、持續時間及濃度。
圖1：重組溶瘤病毒VV91、VV93及VV96之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；mIL2v =小鼠介白素-2變體；* =編碼A34蛋白之位置151的離胺酸取代為麩胺酸之突變；PF17 =來自F17R基因之啟動子；HSV TK.007 =具有編碼位置168的丙胺酸取代為組胺酸之突變之單純疱疹病毒胸苷激酶基因。
圖2：重組溶瘤病毒VV94及IGV-121之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；mIL2v =小鼠介白素-2變體；* =編碼A34蛋白之位置151的離胺酸取代為麩胺酸之突變；PF17 =來自F17R基因之啟動子；HSV TK.007 =具有編碼位置168的丙胺酸取代為組胺酸之突變之單純疱疹病毒胸苷激酶基因。
圖3：重組溶瘤病毒VV101-VV103之全基因體之示意圖。縮寫：LITR =左反向末端重複；RITR =右反向末端重複；A - O =歷史上由HindIII消化片段定義之病毒基因區；PSEL =合成早期晚期啟動子；hIL2v =人類介白素-2變體；* =編碼A34蛋白之位置151的離胺酸取代為麩胺酸之突變；PF17 =來自F17R基因之啟動子；HSV TK.007 =具有編碼位置168的丙胺酸取代為組胺酸之突變之單純疱疹病毒胸苷激酶基因。
圖4：用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之mIL-2v表現分析。
圖5：用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之hIL-2v表現分析。
圖6：用重組溶瘤牛痘病毒感染細胞後之HSV TK.007表現分析。
圖7A至7G：SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。顯示經僅媒介物(A)或含有A34R K151E突變之接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP.A34R-K151E；VV16) (B)；僅mIL-2v (Cop.mGM-CSF.A34R-K151E；VV27) (C)；mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV93) (E)；或mIL-2v及在B16R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007(Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_反向)；VV96) (F)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 ) ± 95%置信區間顯示至腫瘤植入後第28天(G)，其係各組中所有動物仍存活之最後腫瘤量測時間點。
圖8：病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中p ≤ 0.05。
圖9：在植入後第12天用媒介物或病毒治療後，植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。
圖10：在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時 (hr)及48小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=9隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖11A至11F：SC植入LLC腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。顯示經僅媒介物(A)或含有A34R K151E突變且接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP.A34R-K151E；VV16) (B)；僅mIL-2v (Cop.IL-2v.A34R-K151E；VV27) (C)；mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV93) (E)；mIL-2v及在B16R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_反向)；VV96) (F)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之濃度虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖12：在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24、48及72小時，在自攜載LLC腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=5隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖13A至13F：SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第11天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第32天直至處死時間(A)或針對各組中之個別小鼠直至處死時間或研究終止時間(B至F)之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括含有A34R K151E突變且接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP.A34R-K151E；VV17) (C)；僅mIL-2v (WR.mIL-2v.A34R-K151E；VV79) (D)；mIL-2v及在J2R基因座中在反向方向上接枝HSV TK.007 (WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (J2R_反向)；VV94) (E)；及mIL-2v及在B15R/B17R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；IGV-121) (F)。
圖14：皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖15：在SC腫瘤植入後第11天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯(Mantel-Cox))比較之統計學結果。
圖16：在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時(第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度。各符號表示在個別小鼠中所偵測之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值N=10隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖17A至17D：SC植入LLC腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第14天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。各治療之腫瘤生長軌跡顯示為至腫瘤植入後第27天直至處死時間(A)或針對各組中之個別小鼠直至處死時間或研究終止時間(B至D)之組平均值± 95%置信區間。測試病毒包括接枝以下其中一者之WR牛痘病毒：螢光素酶-2A-GFP報告子(WR.Luc-GFP；VV3) (C) ；或mIL-2v及在B15R/B17R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007且含有A34R K151E突變(WR.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；IGV-121)) (D)。
圖18：皮下LLC腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖19：在SC腫瘤植入後第14天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載LLC腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
圖20A至20I：SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。顯示經僅媒介物(A)、接枝以下其中一者之哥本哈根牛痘病毒治療之組中之個別小鼠之腫瘤生長軌跡：mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91))，5e7 pfu (B)；hIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.hIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV102))，5e7 pfu (C)；接枝mGM-CSF及LacZ報告轉基因(Cop.mGM-CSF/LacZ；(VV10)，5e7 pfu (D)；螢光素酶-2A-GFP報告子(Cop.Luc-GFP；VV7)，2e8 pfu (E)；mIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.mIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV91))，2e8 pfu(F)；hIL-2v及在B16R基因座中在正向方向上接枝HSV TK.007 (Cop.hIL-2v.A34R-K151E.HSV TK.007 (B16R_正向)；VV102))，2e8 pfu (G)；及mGM-CSF及LacZ報告轉基因(Cop.mGM-CSF/LacZ；(VV10)，2e8 pfu (H)。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之水平虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 )顯示至腫瘤植入後第28天(I)。
圖21：病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。行顯示特定治療組對之間之比較之統計學結果(p值)。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中p ≤ 0.05。
圖22A至B：在植入後第11天用媒介物或病毒治療後，植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。一經達成腫瘤體積≥ 1400 mm3，即每天將小鼠指定為死亡。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。(A)顯示以5e7 pfu病毒給藥之組。(B)顯示以2e8 pfu給藥病毒之組。
圖23：在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之小鼠IL-2濃度。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=10隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖24：在瘤內注射媒介物或重組Cop牛痘病毒後24小時，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之人類IL-2濃度。各符號表示針對個別小鼠計算之IL-2血清濃度，而條柱表示組幾何平均值(N=9隻/組)。誤差槓表示95%置信區間。
圖25：SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。各治療組之平均腫瘤體積(mm3 )顯示至腫瘤植入後第40天。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受瘤內注射媒介物或病毒之時間點。各圖上之濃度虛線表示腫瘤體積臨限值，其用作自研究移除動物之標準。
圖26：VV97-100之全基因體之示意圖。
圖27：VV110之全基因體之示意圖。
圖28：VV117之全基因體之示意圖。
圖29A至C：用由重組WR牛痘病毒表現之IL-2變體轉基因培養之鼠類動物脾細胞中之STAT5磷酸化之評估。在用hIL-2、hIL-2變體或hIL-2醣變體培養之鼠類動物脾細胞子組中比較pSTAT5誘導。使用細胞內pSTAT5濃度之量測值作為IL-2R介導之傳訊之讀數來評估IL-2功能性。脾細胞另外用抗細胞表面標識(CD3、CD4、CD8、CD25及NKp46)及細胞內蛋白(FoxP3)之抗體染色，以描繪表現不同IL2R複合物之鼠類動物淋巴細胞之各種子組。圖顯示應指示病毒分泌之hIL-2、hIL-2變體或hIL-2醣變體蛋白之遞增治療濃度(x軸)而反應之細胞內pSTAT5染色中值螢光強度(MFI)值變化(y軸)。縮寫：pSTAT5=磷酸化信號轉導物及轉錄活化物5；MFI=中值螢光強度；Treg= CD3+CD4+CD25+Foxp3+ T調節細胞。
圖30：在植入後第11天，在用媒介物或病毒治療後，植入MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之體重。
圖31：在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時(第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之IL-2濃度。使用單因素Anova測試及圖基事後多組比較測試(Tukey’s post-hoc multiple group comparison test)進行相較於VV99之統計，其中*=p＜0.05；**=p＜0.01及*** =p＜0.001。
圖32，表3：在IV注射5e7 pfu重組WR牛痘病毒後72小時 (第14天)，在自攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠收集之血清中所偵測之發炎細胞介素濃度。各行顯示指定細胞介素之幾何平均細胞介素濃度(N=10隻/測試組)。*=p＜0.05；**=p，0.01；+=p＜0.001；^=p＜0.0001。
圖33：SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(在第11天投與) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。
圖34，表4：皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖35：在SC腫瘤植入後第11天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。各組曲線與水平虛線之間的交叉點指示組之中值(50%)存活臨限值。
圖36，表5：皮下MC38腫瘤模型研究中之病毒療法後之存活之統計學比較。藉由對數秩測試(曼特-考克斯)分析來自圖35之存活資料。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
圖37：SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。各治療組之平均腫瘤體積(mm3)顯示至腫瘤植入後第43天。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射媒介物或病毒之時間點。
圖38，表6：裸小鼠中皮下HCT-116腫瘤之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖39：SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠之病毒療法誘導之存活之評估。腫瘤一經達成2000 mm3，即進行安樂死。各圖上之垂直虛線表示小鼠接受IV注射媒介物或病毒(3E6 PFU)之時間點。圖上之水平虛線表示50%存活，或中值存活。
圖40，表7：SC植入HCT-116腫瘤細胞之裸雌性小鼠中之病毒療法誘導之存活之統計學比較。針對各組比較列舉P值。
圖41：SC植入MC38腫瘤細胞之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第16天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。
圖42，表8：皮下MC38腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖43：在SC腫瘤植入後第16天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載MC38腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。P值表示所選病毒組之間之對數秩測試(曼特-考克斯)比較之統計學結果。
圖44，表9：病毒療法誘導之存活之統計學比較。監測存活及然後藉由對數秩測試(曼特-考克斯)對其分析。針對各組比較列舉P值。
圖45：SC植入B16F10腫瘤細胞與抗PD-1抗體治療之組合之C57BL/6雌性小鼠之使用單一(第18天) IV病毒遞送之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之評估。
圖46，表10：皮下B16F10腫瘤模型研究之病毒療法誘導之腫瘤生長抑制之使用ANCOVA之統計學比較。粗體值表示比較ANCOVA結果，其中觀測到p值≤ 0.05。
圖47：在SC腫瘤植入後第18天用重組溶瘤牛痘病毒IV治療後，攜載B16F10腫瘤之C57BL/6雌性小鼠之存活。
圖48，表11：B16F10腫瘤模型中之病毒療法誘導之存活之統計學比較。監測存活及然後藉由對數秩測試(曼特-考克斯)對其分析。針對各組比較列舉P值。
圖49繪示描述包含共價連接至Fc域之IL-2變體之IL-2變體融合蛋白的示意圖。該Fc域含有第一Fc鏈及第二Fc鏈，其中該第一Fc鏈含有「杵」胺基酸取代及該第二Fc鏈含有「臼」胺基酸取代。該IL-2變體之N端係經由連接子共價連接至該第一Fc鏈之C端。
圖50A至50B繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對HH細胞(圖50A)及iTreg細胞(圖50B)中之pSTAT5濃度(如藉由ELISA測定)之影響的圖。圖50B中列舉圖50A及50B兩者之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5光學密度(OD)。
圖51A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖51A)、NK細胞(圖51B)及Treg細胞(圖51C)中之pSTAT5濃度(如藉由流式細胞術測定)之影響的圖。圖51C中列舉圖51A、51B及51C之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5平均螢光強度(MFI)。
圖52A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖52A)、NK細胞(圖52B)及Treg細胞(圖52C)中之pSTAT5濃度(如藉由流式細胞術測定)之影響的圖。圖52C中列舉圖52A、52B及52C之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5平均螢光強度(MFI)。
圖53A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖53A)、NK細胞(圖53B)及Treg細胞(圖53C)中之pSTAT5濃度(如藉由流式細胞術測定)之影響的圖。圖53C中列舉圖53A、53B及53C之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5平均螢光強度(MFI)。
圖54A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖54A)、NK細胞(圖54B)及Treg細胞(圖54C)中之pSTAT5濃度(如藉由流式細胞術測定)之影響的圖。圖54C中列舉圖54A、54B及54C之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5平均螢光強度(MFI)。
圖55A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖55A)、NK細胞(圖55B)及Treg細胞(圖55C)中之pSTAT5濃度(如藉由流式細胞術測定)之影響的圖。圖55C中列舉圖55A、55B及55C之IL-2變體融合蛋白。X軸顯示IL-2融合蛋白濃度(nM)及Y軸顯示pSTAT5平均螢光強度(MFI)。
圖56A至C繪示匯總各種濃度之不同IL-2融合蛋白對CD8 T細胞(圖56A)、NK細胞(圖56B)及Treg細胞(圖56C)之擴增之影響的圖。X軸顯示IL-2融合蛋白(各在3種不同濃度下)及Y軸顯示該等細胞之倍數擴增。
圖57A至B顯示不同IL-2融合蛋白在小鼠中之耐受性(圖57A)及腫瘤生長抑制活性(圖57B)。在圖57A中，X軸顯示治療後天數，及Y軸顯示小鼠之存活百分比。用下列符號注釋之線條繪示不同蛋白質之存活資料：實心圓：PBS (無蛋白質)；空心圓：Fc-IL2；實心三角形：Fc-IL2v；空心三角形：Fc-IL2-K43N:Y45T；實心正方形：Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；空心正方形：Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。在圖57B中，X軸顯示治療後天數，及Y軸顯示腫瘤體積(mm3 )。用下列符號注釋之線條繪示不同蛋白質之資料：星號：PBS (無蛋白質)；「X」：Fc-IL2-R38N:L40T-K43N:Y45T；「O」：Fc-IL2-K43N:Y45T-L72N:Q74T。
圖58：VV110或VV12 (JX-594)在感染後第48、72及96小時誘導之最大人類腫瘤細胞殺死。資料表示為平均值± SD。
圖59：VV110及VV12在感染後第48、72及96小時在人類腫瘤細胞系中之由VV110或VV12 (JX-594)誘導之效力。資料表示為平均值± SD。
圖60：VV110及VV12在人類腫瘤細胞系中之相對效力(EC50比率)。資料表示為平均值± SD。
圖61：在有或沒有局部阿昔洛韋(acyclovir)治療之情況下，在對食蟹猴IV投與VV110後發生之自發性皮膚病灶之感染性病毒效價。在沒有(組1)或有(組2)局部阿昔洛韋投與之情況下，自接受5x107 PFU VV110 IV之動物上之個別皮膚病灶收集拭子。
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Claims (24)

  1. 一種經分離之人類介白素2變體(IL-2v)多肽，其包含SEQ ID NO：29之胺基酸序列。
  2. 一種經分離融合蛋白，其包含：a)如請求項1之IL-2v多肽；及b)人類抗體之Fc區，其中該IL-2v多肽係共價連接至該Fc區。
  3. 一種經分離核酸，其編碼如請求項1之IL-2v多肽。
  4. 一種宿主細胞，其包含如請求項3之經分離核酸。
  5. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1之IL-2v多肽。
  6. 一種如請求項5之醫藥組合物之用途，其係用於製備治療受試者(subject)之癌症之藥劑。
  7. 一種重組溶瘤病毒(OV)，其包含編碼如請求項1之IL-2v多肽之核苷酸序列。
  8. 如請求項7之OV，其另外包含編碼異源性胸苷激酶(TK)多肽之核苷酸序列。
  9. 如請求項8之OV，其中異源性TK多肽能夠催化去氧鳥苷之磷酸化。
  10. 如請求項8之OV，其中該異源性TK多肽係變體單純疱疹病毒(HSV)TK多肽。
  11. 如請求項10之OV，其中該變體HSV TK多肽包含SEQ ID NO：26、27或28之胺基酸序列。
  12. 如請求項7之OV，其中該病毒包括包含K151E取代之A34R基因。
  13. 如請求項7之OV，其中該病毒包含呈現牛痘胸苷激酶缺陷之修飾。
  14. 如請求項13之OV，其中該呈現牛痘胸苷激酶缺陷之修飾係缺失J2R基因之所有或部分。
  15. 如請求項7之OV，其中該病毒係牛痘病毒。
  16. 如請求項15之OV，其中該牛痘病毒係哥本哈根病毒株。
  17. 如請求項15之OV，其中該牛痘病毒係西儲(Western Reserve)病毒株。
  18. 一種重組溶瘤牛痘病毒(OV)，其於其基因體內包含：(1)編碼包含 SEQ ID NO：29之胺基酸序列之變體介白素-2(IL-2v)多肽之核苷酸序列；(2)編碼包含SEQ ID NO：28之胺基酸序列之異源性胸苷激酶(TK)多肽之核苷酸序列；及(3)A34R基因中之K151E取代，其中該病毒係哥本哈根病毒株牛痘病毒，且係牛痘胸苷激酶缺陷。
  19. 一種組合物，其包含：a)如請求項7至18中任一項之OV；及b)醫藥上可接受之載劑。
  20. 一種如請求項19之組合物之用途，其係用於製備治療患有癌症之個體(individual)之藥劑。
  21. 如請求項20之用途，其中該癌症係腦癌、頭頸癌、食道癌、皮膚癌、肺癌、胸腺癌、胃癌、結腸癌、肝癌、卵巢癌、子宮癌、膀胱癌、睾丸癌、直腸癌、乳癌或胰臟癌。
  22. 如請求項20之用途，其中該癌症係結直腸腺癌、非小細胞肺癌或三陰性乳癌。
  23. 如請求項20之用途，其中該藥劑係用於與2’-去氧-鳥苷之合成類似物組合使用。
  24. 如請求項23之用途，其中該2’-去氧-鳥苷之合成類似物係選自由以下組成之群：阿昔洛韋(acyclovir)、泛昔洛韋(famciclovir)、更昔洛韋(ganciclovir)、伐昔洛韋(valaciclovir)及纈更昔洛韋(valganciclovir)。
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