TW202134272A - 標靶ＴＧＦ－β路徑之拮抗劑 - Google Patents

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Abstract

本文係揭露特異地結合至免疫檢查點調節子、血管新生路徑調節子及／或TGF路徑調節子之抗腫瘤拮抗劑。本文亦揭露使用如本文所述之抗腫瘤拮抗劑於治療增生性失調、感染、及免疫失調的方法。

Description

標靶TGF-β路徑之拮抗劑
本發明概括而言係關於癌症治療，尤其是關於能夠調節與腫瘤新生、腫瘤免疫及血管新生相關路徑之雙特異性抑制劑（bispecific inhibitor）。
對於宿主無力消除癌細胞仍為一主要問題。雖然已有越來越多的治療性單株抗體被認為可用於治療各種癌症，但因為癌症生長及轉移進程的許多不同分子路徑，故經常觀察到對該些抗體出現抗藥性。免疫系統雖為癌症預防的主要機制，但癌細胞會抵抗免疫監視（immunosurveillance）。限制T細胞活化以避免因過度之T細胞活性所產生之附屬傷害的自然控制機制已被確認。腫瘤細胞係利用此過程來躲避免疫反應。恢復免疫效應細胞（特別是T細胞）的能力以辨識且消滅癌症係免疫治療之主要目的。
對療效增進之結合拮抗劑或抗體、以及使用該等試劑以治療癌症與慢性病毒感染之方法係存在著需求。
發明人發現，帶有TGFβ1 RII ECD區域之拮抗劑係展現出隨時間推移之不能接受之程度的蛋白質降解或截斷（clipping）。本發明之一方面係關於含有特異性結合TGFβ1之第一標靶區域及特異性結合PD-1或PD-L1之第二標靶區域的抗腫瘤拮抗劑，其中該第一標靶區域係含有突變之TGF-β1 RII細胞外區域，該突變ECD係顯著地降低抗腫瘤拮抗劑之蛋白質裂解。
本發明之另一方面係關於含有包含TGFβ路徑抑制劑之第一標靶區域及特異地結合至VEGF之第二標靶區域的抗腫瘤拮抗劑。
本發明之另一方面係關於治療個體中之細胞增生性失調（proliferative disorder）的方法。該方法係包含對一有需要該些治療之個體投予一有效量之本發明的抗腫瘤拮抗劑。
定義
除非有額外定義，否則本文中所使用之全部的技術及科學術語係具有與所揭露方法及組成物之所屬領域技術人員通常理解的相同含義。需注意，除非上下文有明確地額外指出，否則本文及後附申請專利範圍中所使用單數形式之「一（a、an）」及「該（the）」係包括複數形式。因此，舉例言之「一胜肽（a peptide）」係包括「一或多個」胜肽或「複數個」該些胜肽。關於本文的教導，於本文中描述之任何核准專利或專利申請公開本係透過引用明確地併入本文。
如本文中所使用，術語「PD-1」係指PD-1及其變異體之任何形式，其中該變異體係保留至少部分之PD-1活性。除非有不同說明（例如所指特定為人類PD-1），否則PD-1係包括全部哺乳類（例如人、狗、貓、馬及牛）天然序列的PD-1。
如本文中所使用，術語「PD-L1」係指PD-L1及其變異體之任何形式，其中該變異體係保留至少部分之PD-L1活性。除非有不同說明（例如特定提及為人類PD-L1），否則PD-L1係包括全部哺乳類（例如人、狗、貓、馬及牛）天然序列的PD-L1。
術語「致效劑（agonist）」係指促進（即，誘導、導致、提升、或增加）其他分子之生物活性或效果的物質。術語致效劑係包含結合受體之物質（例如抗體）、以及在未結合受體的情形下促進受體功能（例如透過活化相關蛋白質）之物質。
術語「拮抗劑」或「抑制劑」係指避免、阻擋、抑制、中和、或減少其他分子之生物活性或效果的物質，例如受體或配體。
如本文中所使用，術語「抗體」係指透過一或多個免疫球蛋白可變區特異地辨認及結合至抗原的多肽或多肽複合物。抗體可為完整抗體、抗原結合片段、或前述之單鏈。術語「抗體」包含可生化辨別之各種廣泛的多肽種類。本領域技術人員係理解，重鏈分類為α（alpha）、δ（delta）、ε（epsilon）、γ（gamma）及µ（mu）、以及其中部分子類（例如γ1-γ 4）。此鏈的性質決定了抗體「類別」為IgG、IgM、IgA、IgD、或IgE。該免疫球蛋白子類（同型；例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4等）已充分確定特性且已知具有專門的功能。鑑於本說明書，該些類別各自的修飾形式對於本領域技術人員而言係容易辨別的，並且是在本說明書的範圍內。全部免疫球蛋白的類別都在本說明書的範圍內，以下討論係概括地針對免疫球蛋白分子的IgG類別。
本發明之抗體或抗體拮抗劑可包括但不限於，多株、單株、多特異性、雙特異性、三特異性（trispecific）、人類、人源化（humanized）、靈長類化（primatized）、嵌合、及單鏈抗體。本文中所揭露之抗體可來自任何動物源，包括鳥類及哺乳類。較佳地，所述抗體為人類、小鼠、大鼠、驢、兔子、山羊、天竺鼠、駱駝、駱馬、馬、或雞抗體。在部分實施態樣中，所述可變區可為軟骨類動物（condricthoid）來源（例如來自鯊魚）。
術語「抗體片段」或「抗原結合片段」係用於指抗體的一部分，例如F(ab')2、F(ab)2、Fab'、Fab、Fv、單鏈Fvs（scFv）、單鏈抗體、雙硫鍵聯的Fvs（sdFv）、包含VL或VH區域的片段、透過Fab表現庫（expression library）產生的片段、及抗特應（anti-Id）抗體。無論結構如何，抗體片段係與完整抗體所辨別之相同抗原結合。術語「抗體片段」係包括DARTs及雙鏈抗體（diabody）。術語「抗體片段」亦包括任何合成或經基因工程改造之蛋白質，所述蛋白質係包含如抗體透過結合至特定抗原來形成複合物般作用的免疫球蛋白可變區。「單鏈片段可變的（single-chain fragment variable或scFv）」係指免疫球蛋白的重鏈可變區（VH）或輕鏈可變區（VL）的融合蛋白。在某些方面中，所述可變區係與10至約25個胺基酸之短胜肽連接子進行連結。所述連接子可富含甘胺酸以提升靈活性、亦可富含絲胺酸或蘇胺酸以提升溶解度，並且可將VH的N端與VL的C端連結、或者反之亦然。儘管移除了衡定區且引入了連接子，此蛋白質仍保留原始免疫球蛋白之特異性。關於IgG，一標準免疫球蛋白分子係包含二個相同之分子量約為23,000道爾頓（Dalton）的輕鏈多肽、以及二個相同之分子量為53,000-70,000之重鏈多肽。該四條多肽鏈通常係透過雙硫鍵以「Y」字型結合，其中輕鏈係圍住（bracket）重鏈，而重鏈起始於「Y」的開口處並持續延伸至可變區。
輕鏈及重鏈二者皆分為結構及功能同源區。功能上使用「恆定（constant）」及「可變（variable）」等詞。於此，可理解為輕鏈可變區（VL）及重鏈可變區（VH）此二部分決定了抗原辨識及特異性。相反地，輕鏈恆定區（CL）及重鏈恆定區（CH1, CH2 或 CH3）係賦予重要的生物學特性，例如分泌、穿過胎盤（transplacental mobility）、Fc受體結合、補體結合等。依照慣例，在常見抗體中，當恆定區區域更加遠離抗原結合位或抗體的胺基終端，該恆定區區域的編號增加。在常見抗體中，N端部分為可變區，而C端部分為恆定區；CH3及CL實際上分別包含重鏈及輕鏈的羧基終端。
如上說明，可變區使抗體選擇性辨識及特異性結合抗原表位。此即，抗體之VL區域及VH區域、或互補決定區（CDR）的子集係結合形成定義三維抗原結合位的可變區。此四級抗體結構形成存在於Y之各臂末端的抗原結合位。更特定地，該抗原結合位係透過在VH及VL上各自之三個CDR（即，HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3）來定義。在部分例子中，例如某些免疫球蛋白係衍生自駱駝科物種或基於駱駝科免疫球蛋白而設計的。或者，免疫球蛋白分子可僅由重鏈組成而無輕鏈、或者可僅由輕鏈組成而無重鏈。
在天然存在的抗體中，存在於各抗原結合區域的六個CDR係短的、非連續的胺基酸，且當抗體在水性環境中呈現其三維結構時，所述CDR係以特定位置形成抗原結合區域。在抗原結合區域中稱為「框架（framework）」區的其餘胺基酸係展現較少的分子間變異性。該框架區大部分採用β-摺疊（β-sheet）結構，且該CDR形成環而連結該β-摺疊結構，並且該環在部分情形下係形成β-摺疊結構的一部分。因此，框架區係形成支架的作用，透過鏈間的非共價交互作用將CDR定位在正確的方向上。透過定位CDR形成的抗原結合區域定義出一與免疫反應抗原表位互補的表面。此互補表面係促進抗體與其同源表位的非共價結合。因其已被精準定義，本領域通常技術人員可容易地鑑定任何重鏈或輕鏈可變區之分別包含CDR及框架區的胺基酸。
如本文中所使用，「VH1」及「VH2」係指對應於二個不同結合特異性的免疫球蛋白重鏈可變區。同樣地，「VL1」及「VL2」係指對應於二個不同結合特異性的免疫球蛋白輕鏈可變區。應當理解，當其一起使用時，VH1及VL1區係定義共同的結合特異性、以及VH2及VL2係定義第二結合特異性。
本文中所使用之術語「框架區（FR）」係指CDR殘基以外的其他可變區殘基。各個可變區通常具有在相應之CDRs側面的四個FRs。舉例言之，VH區域通常具有在三個HCDRs側面的四個HFRs：HFR1、HFR2、HFR3及HFR4，其構型為HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4。相似地，LH區域通常具有在三個LCDRs側面的四個LFRs，且其構型為LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4。可用於本文所描述之拮抗劑的例示性FRs係統整於圖 53 。
輕鏈係被分類為K（kappa）或λ（lambda）。各類重鏈可與一K或λ輕鏈綁定。一般而言，當融合瘤細胞、B細胞、或經基因工程之宿主細胞生成免疫球蛋白時，輕鏈及重鏈彼此係以共價鍵結合，且二個重鏈的「Fc」部分係透過共價雙硫鍵或非共價鍵結彼此鍵結。在重鏈中，胺基酸序列係自Y構型分岔末端的N端延伸至各鏈底部的C端。
如本文中所使用，術語「輕鏈恆定區」或「CL」於本文中係相互交換使用且為衍生自抗體輕鏈的胺基酸序列。較佳地，該輕鏈恆定區係包含至少一恆定K區域或恆定λ區域。
如本文中所使用，術語「重鏈恆定區」係包括衍生自免疫球蛋白重鏈的胺基酸序列。包含重鏈恆定區的多肽係包含至少一CH1區域、鉸鏈（例如上、中、及／或下鉸鏈區）區域、CH2區域、CH3區域、或其變異體或片段。舉例言之，用於本說明書的抗原結合多肽可包含以下：包含CH1區域的多肽鏈；包含CH1區域、至少一部分鉸鏈區、及CH2區域的多肽鏈；包含CH1區域及CH3區域的多肽鏈；包含CH1區域、至少一部分鉸鏈區、及CH3區域的多肽鏈；或包含CH1區域、至少一部分鉸鏈區、CH2區域、及CH3區域的多肽鏈。在部分實施態樣中，本說明書的多肽係包含一含有CH3區域的多肽鏈。進一步地，用於本發明的抗體可缺乏至少一部分的CH2區域（例如全部或部分的CH2區域）。應當理解，重鏈恆定區可經修飾，以使其胺基酸序列與天然存在的免疫球蛋白分子不同。
舉例言之，如以下本文揭露內容所反映，申請人發現CH3區域可耐受或適應在CH3區域之Fc環中的大量插入（例如大於100個胺基酸）（參見例如圖5B之Bi-PB-2、Bi-PLB-2）。因此，在本發明中，可以類似將TGFβ1 RII ECD區域插入如SEQ ID NOs: 151-154 所列之重鏈序列中Fc環的方式將所揭露之任何抑制劑區域插入Fc環。
本文所揭露之抗體的重鏈恆定區可衍生自不同的免疫球蛋白分子。舉例言之，多肽的重鏈恆定區可包含衍生自IgG1分子的CH1區域以及衍生自IgG3分子的鉸鏈區。在另一例子中，重鏈恆定區可包含部分衍生自IgG1分子、部分衍生自IgG3分子的鉸鏈區。在另一例子中，重鏈恆定區可包含部分衍生自IgG1分子、部分衍生自IgG4分子的嵌合鉸鏈區。
「輕鏈-重鏈對（light chain-heavy chain pair）」係指可透過在輕鏈CL區域及重鏈CH1區域間之雙硫鍵形成二聚體的輕鏈及重鏈集合。
已知各種免疫球蛋白分類之恆定區的次單元結構及三維構型。如本文中所使用，術語「VH區域」係包括免疫球蛋白重鏈的胺基終端可變區，且術語「CH1區域」係包括免疫球蛋白重鏈之第一（最胺基端）恆定區區域。該CH1區域係與VH區域相鄰且為免疫球蛋白重鏈分子之鉸鏈區的胺基終端。
如本文中所使用，術語「CH2區域」係包括重鏈分子部分，其係例如自使用常規編號方案之抗體的約殘基244延伸至殘基360的重鏈分子部分（殘基244至360，Kabat編號系統；殘基231-340，EU編號系統）。CH2區域的特點在於其係未與其他區域緊密地配對。而是在完整IgG分子之二個CH2區域間插入二個N-連接的分支醣鏈。CH3區域係自CH2區域延伸至IgG分子之C端，且包含約108個殘基。
如本文中所使用，術語「鉸鏈區（hinge region）」係包括結合CH1區域與CH2區域的重鏈分子部分。此鉸鏈區係包含約25個殘基且具有靈活性，因此允許二個N端抗原結合區獨立地移動。鉸鏈區可細分為三個不同區域：上鉸鏈區、中鉸鏈區、及下鉸鏈區。
如本文中所使用，術語「雙硫鍵」係包括在二個硫原子之間形成的共價鍵。胺基酸半胱胺酸係包含硫醇基團，其可形成雙硫鍵或與第二個硫醇基團橋接。在大部分天然存在的IgG分子中，CH1及CL區係透過雙硫鍵進行連接，二個重鏈係於使用Kabat編號系統在對應於239及242的位置（即，分別為使用EU編號系統的226及229位置）透過二個雙硫鍵進行連接。
如本文中所使用，抗體、抗體片段或抗體區域的「變異體」係指如以下的抗體、抗體片段或抗體區域：(1)與原始抗體、抗體片段或抗體區域具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性；以及，(2)特異地結合至與原始抗體、抗體片段或抗體區域特異地結合之相同標靶。應當理解，當序列一致性之測量係以詞組「至少x%一致的」或「至少x%一致性」表示時，該等實施態樣係包括任何及所有等於或大於該下限值的整數百分比。進一步地，應當理解，存在於本文中的胺基酸序列應被解釋為另外揭露或包含與該胺基酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98% 或至少99%一致性的胺基酸序列。
應當理解，當本文中存在序列同源性範圍時（例如詞組「約80%至約100%」），該實施態樣包括任何及所有在其範圍內的次範圍，其中該下限值可為任何介於80至100之間的整數。
如本文中所使用，詞組「人源化抗體（humanized antibody）」係指衍生自非人類抗體的抗體，通常為小鼠單株抗體。替代地，人源化抗體可衍生自保留或實質上保留親本非人類抗體之抗原結合特性的嵌合抗體，但當其投予至人類時係展現與親本抗體相比較為減弱的免疫原性。
如本文中所使用，詞組「嵌合抗體（chimeric antibody）」係指免疫活性區或部位係獲得或衍生自第一物種、而恆定區（根據本說明書可為完整的、部分的或經修飾的）係獲得自第二物種之抗體。在某些實施態樣中，該標靶結合區或部位係來自非人類來源（例如小鼠或靈長類）、而恆定區係來自人類。
本發明之多特異性抗體的範圍包括各種組合物及方法，包括：非對稱之類IgG抗體（例如triomab/quadroma，Trion Pharma/Fresenius Biotech）；knobs-into-holes抗體（Genentech）；Cross MAbs（Roche）；靜電配對抗體（AMGEN）；LUZ-Y（Genentech）；鏈交換結構域（strand exchange engineered domain，SEED）抗體（EMD Serono；Biolonic，Merus）；Fab-交換抗體（Genmab），對稱之類IgG抗體（例如雙標靶（DT）-Ig（GSK/Domantis）；二合一抗體（Genentech）；交聯MAbs（Karmanos Cancer Center）， mAb2（F-star）； Cov X-body（Cov X/Pfizer）；雙變異區（DVD）-Ig融合抗體（Abbott）；類IgG雙特異性抗體（Eli Lilly）；Ts2Ab（Medimmune/AZ）；BsAb（ZymoGenetics）；HERCULES（Biogen Idec，TvAb，Roche）；scFv/Fc融合抗體；SCORPION（Emergent BioSolutions/Trubion，ZymoGenetics/BMS）；雙親合力重定位技術（dual affinity retargeting technology，Fc-DART），MacroGenics；雙（scFv)2-Fabs（抗體藥物國家研究中心）；F(ab)2融合抗體（Medarex/AMGEN）；雙作用或Bis-Fab（Genentech）；Dock-and-Lock（DNL，ImmunoMedics）；Fab-Fv（UCB-Celltech）；scFv-及雙鏈抗體（diabody）基底抗體（例如雙特異性T細胞銜接抗體（BiTEs，Micromet）；tandem雙鏈抗體（Tandab，Affimed）；DARTs（MacroGenics）；單鏈抗體（single-chain diabodies）；類TCR抗體（AIT，Receptor Logics）；人類血清白蛋白scFv融合抗體（Merrimack）；COMBODIES（Epigen Biotech）；以及IgG／非IgG融合抗體（例如免疫細胞激素（EMDSerono，Philogen，ImmunGene，ImmunoMedics）。
透過「特異地結合」或「對…具有特異性」，通常表示抗體係藉由其抗原結合區域結合至表位，並且意味著在抗體結合區域及表位之間的部分互補性。根據此定義，當抗體透過抗原結合區域結合至一表位較結合至隨機、無關的表位更加容易時，其係被描述為「特異地結合」至該表位。術語「特異性」於本文中係用於限定某種抗體與某種表位結合的相對親合力。舉例言之，可視為抗體「A」對於特定表位具有比抗體「B」更高的特異性、或者可描述為抗體「A」與表位「C」結合具有與相關表位「D」結合更高的特異性。在部分實施態樣中，若抗體或抗體片段與抗原形成具有10-6 M或更少、10-7 M或更少、10-8 M或更少、10-9 M或更少、10-10 M或更少之解離常數（Kd）的複合物，則抗體或抗體片段與係「對抗原具有特異性」。
詞組「免疫檢查點調節子（immune checkpoint regulator）」係指一功能性類別的用劑，其係透過免疫檢查點來抑制或刺激訊號。「免疫檢查點調節子」係包括細胞表面受體及其相關配體，其係共同提供抑制或刺激T細胞活化相關訊號路徑的手段。細胞表面受體的免疫檢查點調節子通常係可誘導檢查點訊號路徑以抑制免疫反應之TNF受體或B7超家族（B7 superfamily），包括與負共刺激分子（negative costimulatory molecule）結合的用劑，包括但不限於，PD-1、TIGIT、LAG-3、TIM-3、BTLA、VISTA、CTLA-4、及其各自的配體。
詞組「免疫檢查點調節子拮抗劑」、「免疫檢查點結合拮抗劑」及「免疫檢查點拮抗劑」係於本文中係相互交換使用且為干擾（或抑制）免疫檢查點調節子活性的一類用劑，於此，與檢查點調節子或其配體結合的結果是，阻擋或抑制了經由檢查點調節子受體的訊號。透過抑制此訊號，可逆轉免疫抑制以使對抗癌細胞之T細胞免疫作用可重新建立或增強。例示性的免疫檢查點拮抗劑包括但不限於，PD-1及其配體、PD-L1及PD-L2；TIGIT及其CD155配體、PVR；LAG-3及其配體，包括肝竇內皮細胞凝集素（LSECtin）及半乳糖凝集素-3；CTLA-4 及其配體、B7-1及B7-2；TIM-3及其配體、半乳糖凝集素-9；CD122及其CD122R 配體；CD70、B7H3、B及T淋巴細胞衰減因子（BTLA）、及VISTA。免疫檢查點調節子拮抗劑可包括抗體片段、胜肽抑制劑、顯性負胜肽及小分子藥物，其可為分離形式或作為融合蛋白或複合物的一部分。
詞組「免疫檢查點結合致效劑」及「免疫檢查點致效劑」於本文中係相互交換使用且為刺激免疫檢查點調節子的一類用劑，於此，與檢查點調節子或其配體結合的結果是，刺激了經由檢查點調節子受體的訊號。透過刺激此訊號，對抗癌細胞之T細胞免疫作用可重新建立或增強。例示性的免疫檢查點調節子致效劑包括但不限於腫瘤壞死因子（TNF）受體超家族的成員，例如CD27、CD40、OX40（CD 134）、糖皮質素誘導之TNFR家族相關蛋白（GITR）、及4-1BB（CD137）、及其配體。其他的檢查點調節子致效劑屬於B7-CD28超家族，包括CD28及ICOS。免疫檢查點調節子可包括抗體片段、胜肽抑制劑、顯性負胜肽及小分子藥物，其可為分離形式或作為融合蛋白或複合物的一部分。
術語「拮抗劑抗體」係指與標靶結合且避免或減少該標靶生物學作用的抗體。在某些實施態樣中，該術語可表示避免與其結合之標靶（例如PD-1）進行生物學功能的抗體。
如本文中所使用，「抗PD-1拮抗劑抗體」係指能夠抑制PD-1生物活性及／或透過PD-1介導之下游任務的抗體。抗PD-1拮抗劑抗體係包含阻擋、對抗、抑制或減少（至包括顯著地任何程度）PD-1生物活性，包括透過PD-1介導之下游任務，例如PD-1結合及下游訊號、抑制T細胞增殖、抑制T細胞活化、抑制IFN分泌、抑制IL-2分泌、抑制TNF分泌、誘導IL-10、及抑制抗腫瘤免疫反應。為了本發明之目的，係明確地理解，術語「抗PD-1拮抗劑抗體」（可交換為術語「拮抗劑PD-1抗體」、「拮抗劑抗PD-1抗體」、或「PD-1拮抗劑抗體」）係包含全部的前述確認之術語、標題、及功能狀態與特性，進而在任何有意義的程度上實質消除、降低或抵消PD-1本身、PD-1生物活性、或該生物活性的結果。在某些實施態樣中，抗PD-1拮抗劑抗體係結合PD-1且對抗腫瘤免疫反應進行正調節。
如本文中所使用，「抗PD-L1拮抗劑抗體」係指能夠抑制PD-1生物活性及／或透過PD-L1介導之下游任務的抗體。抗PD-L1拮抗劑抗體係包含阻擋、對抗、抑制或減少（至包括顯著地任何程度）PD-L1生物活性，包括透過PD-L1介導之下游任務，例如PD-L1結合及下游訊號、抑制T細胞增殖、抑制T細胞活化、抑制IFN分泌、抑制IL-2分泌、抑制TNF分泌、誘導IL-10、及抑制抗腫瘤免疫反應。為了本發明之目的，係明確地理解，術語「抗PD-L1拮抗劑抗體」（可交換為術語「拮抗劑PD-L1抗體」、「拮抗劑抗PD-L1抗體」、或「PD-L1拮抗劑抗體」）係包含全部的前述確認之術語、標題、及功能狀態與特性，進而在任何有意義的程度上實質消除、降低或抵消PD-L1本身、PD-L1生物活性、或該生物活性的結果。該抗PD-L1拮抗劑抗體係經設計以結合PD-L1且對抗腫瘤免疫反應進行正調節。
詞組「顯性負蛋白（dominant-negative protein）」或「顯性負胜肽（dominant-negative peptide）」係指衍生自野生型蛋白質之通常已透過突變及／或刪除進行修飾的蛋白質或胜肽，於此，該經修飾之蛋白質或胜肽會干擾其所衍生的內源性野生型蛋白質的功能。
詞組「VEGF結合拮抗劑」係指與VEGF-A或其受體、VEGFR-2結合的功能性類別用劑，於此，在結合後，阻擋或抑制了透過VEGF-A之VEGFR-2活化。如本文中所使用，術語「VEGF結合拮抗劑」係包括抗體片段、胜肽抑制劑、顯性負胜肽及小分子藥物，其可為分離形式或作為融合蛋白或複合物的一部分。
詞組「Tie2酪胺酸激酶受體結合拮抗劑」係指與Tie2酪胺酸激酶受體或其配體之一者結合的功能性類別用劑，於此，在結合後，阻擋或抑制了透過其一或多個配體（即，Ang1、Ang2、Ang3及Ang4）的Tie2酪胺酸激酶受體活化。如本文中所使用，術語「Tie2酪胺酸激酶受體結合拮抗劑」包括抗體片段、胜肽抑制劑、顯性負胜肽及小分子藥物，其可為分離形式或作為融合蛋白或複合物的一部分。
詞組「其中一或多個突變係減少抗腫瘤拮抗劑的蛋白質裂解」應被解釋為與其他含有野生型ECD之相同拮抗劑相關。
詞組「小分子藥物」係指通常為有機或有機金屬、且非聚合物的分子實體，其係具有藥物活性且具有小於約2 kDa、小於約1 kDa、小於約900 Da、小於約800 Da或小於約700 Da的分子量。雖然小胜肽或核酸類似物可被認為是小分子藥物，但該詞組係包含蛋白質或核酸以外之大部分被稱為「藥物」的藥用化合物。例子包括化療抗癌藥物及酵素抑制劑。小分子藥物可由合成、半合成（即，來自天然存在的前驅物）或生物獲得。
當描述在各個區域間（例如CH2-CH3）以連字號排列的多肽區域時，應理解為所列區域順序係由胺基終端至羧基終端。
術語「免疫複合物（immunoconjugate）」係指透過共價連結與抑制性胜肽或小分子藥物融合的抗體。該胜肽或小分子藥物可連接至恆定重鏈的C端或可變輕鏈及／或重鏈的N端。
「連接子（linker）」可用於將胜肽或小分子藥物（例如maytansinoid）以穩定、共價的方式連接至抗腫瘤拮抗劑。在化合物或抗體維持活化的條件下，連接子可容易受以下影響或實質上不受以下影響：酸誘導裂解、光誘導裂解、胜肽酶誘導裂解、酯酶誘導裂解、及雙硫鍵裂解。合適的連接子為本領域已知，且包括例如：雙硫基團、硫醚基團、酸不穩定基團、光不穩定基團、胜肽酶不穩定基團及酯酶不穩定基團。如本文中所描述且如本領域所知，連接子亦包括GGGGS、帶電連接子、及其親水形式。該免疫複合物可進一步包括在抗腫瘤拮抗劑與胜肽及／或小分子藥物之間的撓性3-15胺基酸胜肽（或間隔物）。在部分實施態樣中，連接子係包含3、4、5、6、7或8個重覆的GGGGS。在部分實施態樣中，連接子係由3或4個重覆的GGGGS所組成。
如本文中所使用，術語「支架」係指展現拮抗劑之支持功能所需特性的任何胺基酸聚合物，包括增加抗體特異性、增強抗體功能或支持抗體結構及穩定性。支架可與供體多肽的結合區域進行接枝，以將供體多肽的結合特異性賦予給該支架。
如本文中所使用，詞組「多特異性抑制劑」係指包含至少二個具有不同結合特異性之標靶區域的分子。在部分實施態樣中，該多特異性抑制劑係包含支架及二或多個標靶不同抗原或表位之免疫球蛋白抗原結合區域的多肽。在某些實施態樣中，該多特異性抑制劑係雙特異性抗體或拮抗劑。在其他實施態樣中，該多特異性抑制劑係三特異性抗體或拮抗劑。
如本文中所使用，詞組「雙特異性」係指包含至少二個具有不同結合特異性之標靶區域的分子。各個標靶區域能夠與標靶分子特異地結合，並在結合至標靶分子後抑制該標靶分子的生物學功能。在部分實施態樣中，該雙特異性檢查點調節子拮抗劑係具有二或多個胜肽的聚合分子。在部分實施態樣中，該標靶區域係包含抗體的抗原結合區域或CDR。在部分實施態樣中，該雙特異性抑制劑係雙特異性抗體。
術語「雙特異性抗體」及「雙特異性拮抗劑」於本文中係相互交換使用，且為可特異地結合二個不同抗原（或表位）的抗體。在部分實施態樣中，該雙特異性抗體為如以下的全長抗體：在其二個結合臂其中一者（一對HC/LC）上結合一抗原（或表位）、且在其第二個結合臂（不同對HC/LC）上結合不同的抗原（或表位）。在該些實施態樣上，該雙特異性抗體具有二個（在特異性及CDR序列兩方面）不同的抗原結合臂且其所連接的各個抗原均為單價。
在其他的實施態樣中，該雙特異性抗體係可在其各個結合臂（二對HC/LC）上結合二個不同抗原（或表位）的全長抗體。在該些實施態樣中，該雙特異性抗體具有二個相同抗原結合臂（具有相同特異性與相同的CDR序列），且與其所連接的各個抗原均為二價。
例示性的雙特異性抗體可包括非對稱類IgG抗體（例如triomab/quadroma，Trion Pharma/Fresenius Biotech）；knobs-into-holes抗體（Genentech）；Cross MAbs（Roche）；靜電配對抗體（AMGEN）；LUZ-Y（Genentech）；鏈交換結構域（SEED）抗體（EMD Serono，biolonic，Merus）；Fab-交換抗體（Genmab）；對稱類IgG抗體（例如雙標靶（DT）-Ig（GSK/Domantis）；二合一抗體（Genentech）；交聯MAbs（Karmanos Cancer Center）， mAb2 （F-star）；Cov X-body（Cov X/Pfizer）；雙可變區域（DVD）-Ig融合抗體（Abbott）；類IgG雙特異性抗體（Eli Lilly）；Ts2Ab（Medimmune/AZ）；BsAb（ZymoGenetics）；HERCULES（Biogen Idec，TvAb，Roche）；scFv/Fc融合抗體；SCORPION（Emergent BioSolutions/Trubion，ZymoGenetics/BMS）；雙親合力重定位技術（Fc-DART），MacroGenics；雙（scFv）2 -Fabs（抗體藥物國家研究中心）；F(ab)2 融合抗體（Medarex/AMGEN）；雙作用或Bis-Fab（Genentech）；Dock-and-Lock（DNL，ImmunoMedics）；Fab-Fv（UCB-Celltech）；scFv- 及二鏈抗體-基底抗體（例如雙特異性T細胞銜接抗體（BiTEs，Micromet）；tandem二鏈抗體（Tandab，Affimed）；DARTs（MacroGenics）；單鏈抗體；類TCR抗體（AIT，Receptor Logics）；人類血清白蛋白scFv融合抗體（Merrimack）；COMBODIES（Epigen Biotech）；及IgG／非IgG融合抗體（例如免疫細胞激素（EMDSerono，Philogen，ImmunGene，ImmunoMedics）。
術語「治療（treat及treatment）」係指減緩一或多個細胞增生性失調相關的症狀；預防或延遲一或多個細胞增生性失調症狀的發病；及／或減輕一或多個細胞增生性失調症狀的嚴重程度或頻率。
詞組「至有需要之病患（to a patient in need thereof）」、「至有治療需要之病患（to a patient in need of treatment）」、或「有治療需要之個體（a subject in need of treatment）」係包括受益於本說明書之抗腫瘤拮抗劑之投予以治療細胞增生性失調的個體（例如哺乳類個體）。
術語「治療有效量」、「藥理上有效量」、及「生理上有效量」係相互交換使用，以表示在血流中或在標靶組織中提供活性拮抗劑閾值程度所需的抗腫瘤拮抗劑含量。確切含量係取決於眾多因素（例如特殊的活性劑、組成物的成分及物理特性、預期的病患族群、病患的注意事項等），且基於本文提供的資訊或相關文獻的其他可用信息，本領域技藝人士可容易地確定該確切含量。
此內文中所使用之術語「改善」、「增加」或「減少」係指相對於基準測量的數值或參數，例如在開始本文所述治療之前對同一個體進行測量、或在沒有本文所述治療的情形下對一個對照個體（或多個對照個體）進行測量。
「對照個體（control individual）」為與治療個體患有相同細胞增生性失調的個體，其與治療個體約為相同年齡（為確認治療個體與對照個體之疾病階段具有可比性）。該治療個體（亦可稱為「病患」或「受試者」）可為罹患細胞增生性失調的胎兒、嬰兒、小孩、青少年、或成人。
術語「細胞增生性失調（cell proliferative disorder）」係指以細胞異常增殖為特徵的失調症。增生性失調並非暗示任何與細胞生長速度相關的限制，而僅表示喪失了影響生長及細胞分裂的正常控制。因此，在部分實施態樣中，增生性失調的細胞可具有如正常細胞般地相同細胞分裂速度，但未產生限制此等生長的訊號。贅生物（neoplasm）、癌症（cancer）或腫瘤（tumor）係在「細胞增生性失調」的範圍內。
術語「癌症」或「腫瘤」係指以細胞增殖為特徵的各種惡性贅生物的任一者，其特徵在於具有入侵周遭組織及／或轉移至新的拓殖部位（colonization site）的能力，且包括白血病、淋巴瘤、惡性腫瘤（carcinoma）、黑色素瘤、肉瘤、生殖細胞瘤及母細胞瘤。本說明書方法所治療之例示性癌症包括腦癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、頭頸癌、腎臟癌、肺癌、非小細胞肺癌、間皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、胃癌及子宮癌、白血病、及髓母細胞瘤。
術語「白血病」係指造血器官的進行性惡性疾病，且通常係以血液及骨髓中之白細胞及其前驅物的增殖與發育畸變為特徵。例示性的白血病包括例如：急性非淋巴性白血病、慢性淋巴性白血病、急性顆粒細胞性白血病、慢性顆粒細胞性白血病、急性前骨髓細胞白血病、成年型T細胞白血病、白血球性白血病、非白血球性白血病、嗜鹼性球白血病、芽細胞性白血病（blast cell leukemia）、牛白血病、慢性骨髓細胞性白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性球白血病、葛氏白血病（Gross' leukemia）、毛細胞性白血病、成血性白血病、成血細胞性白血病、組織細胞性白血病、幹細胞性白血病、急性單核細胞性白血病、白血球減少性白血病、淋巴細胞性白血病（lymphatic leukemia）、淋巴母細胞性白血病、淋巴细胞性白血病（lymphocytic leukemia）、成淋巴性白血病（lymphogenous leukemia）、淋巴樣白血病（lymphoid leukemia）、淋巴肉瘤細胞性白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞性白血病、小骨髓母細胞性白血病、單核球白血病、骨髓母細胞性白血病（myeloblastic leukemia）、骨髓性白血病、骨髓樣顆粒細胞性白血病（myeloid granulocytic leukemia）、骨髓單核細胞性白血病、Naegeli白血病、漿細胞性白血病（plasma cell leukemia）、漿細胞性白血病（plasmacytic leukemia）、前骨髓細胞白血病、Rieder氏細胞白血病、Schilling氏細胞白血病、亞白血性白血病（subleukemic leukemia）、及未分化細胞性白血病。
術語「惡性腫瘤（carcinoma）」係指趨於浸潤周遭組織且發生轉移之上皮細胞的惡性生長。例示性的惡性腫瘤包括例如：腺泡癌（acinar carcinoma）、腺泡癌（acinous carcinoma）、腺囊性癌（adenocystic carcinoma）、腺樣囊性癌（adenoid cystic carcinoma）、腺癌（carcinoma adenomatosum）、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌（basal cell carcinoma）、基底細胞癌（carcinoma basocellulare）、基底細胞樣癌（basaloid carcinoma）、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌（bronchioalveolar carcinoma）、支氣管癌、支氣管源性癌、腦樣癌（cerebriform carcinoma）、肝內膽管細胞癌（cholangiocellular carcinoma）、絨毛膜癌（chorionic carcinoma）、膠樣癌（colloid carcinoma）、粉刺癌（comedo carcinoma）、子宮體癌（corpus carcinoma）、篩狀癌（cribriform carcinoma）、胸廓癌（carcinoma encuirasse）、皮膚癌、柱狀細胞癌（cylindrical carcinoma）、柱狀細胞癌（cylindrical cell carcinoma）、導管癌、硬癌（carcinoma durum）、胚胎性癌（embryonal carcinoma）、髓樣癌（encephaloid carcinoma）、epiennoid癌、腺樣上皮癌（carcinoma epitheliale adenoides）、外植癌（exophytic carcinoma）、潰瘍性癌（carcinoma ex ulcere）、硬癌（carcinoma fibrosum）、膠狀癌（gelatiniform carcinoma）、膠樣癌（gelatinous carcinoma）、巨大細胞癌、巨細胞癌（carcinoma gigantocellulare）、腺癌（glandular carcinoma）、顆粒細胞癌（granulosa cell carcinoma）、毛母質癌（hair-matrix carcinoma）、多血癌（hematoid carcinoma）、肝細胞癌、大嗜酸細胞癌（Hurthle cell carcinoma）、透明質癌（hyaline carcinoma）、hypemephroid癌、幼稚型胚胎性癌（infantile embryonal carcinoma）、原位癌、表皮內癌（intraepidermal carcinoma）、上皮內癌（intraepithelial carcinoma）、Krompecher癌、Kulchitzky細胞癌、大細胞癌（large-cell carcinoma）、豆狀癌（lenticular carcinoma）、柱狀癌（carcinoma lenticulare）、脂瘤癌（lipomatous carcinoma）、淋巴上皮癌（lymphoepithelial carcinoma）、髓樣癌（carcinoma medullare）、髓樣癌（medullary carcinoma）、黑色素癌（melanotic carcinoma）、軟癌（carcinoma molle）、黏液癌（mucinous carcinoma）、黏液癌（carcinoma muciparum）、黏液細胞癌（carcinoma mucocellulare）、黏液表皮樣癌（mucoepidermoid carcinoma）、黏液癌（carcinoma mucosum）、黏液癌（mucous carcinoma）、黏液瘤樣癌（carcinoma myxomatodes）、鼻咽癌（naspharyngeal carcinoma）、燕麥細胞癌（oat cell carcinoma）、骨化性癌（carcinoma ossificans）、類骨質癌（osteoid carcinoma）、乳頭狀癌（papillary carcinoma）、門脈周癌（periportal carcinoma）、原位癌（preinvasive carcinoma）、棘細胞癌（prickle cell carcinoma）、糜爛性癌（pultaceous carcinoma）、腎臟腎細胞癌、儲備細胞癌（reserve cell carcinoma）、肉瘤樣癌（carcinoma sarcomatodes）、schneiderian癌、硬癌（scirrhous carcinoma）、陰囊癌（carcinoma scroti）、印戒細胞癌（signet-ring cell carcinoma）、單純癌（carcinoma simplex）、小細胞癌、馬鈴薯狀癌（solanoid carcinoma）、球狀細胞癌、梭形細胞癌、髓樣癌（carcinoma spongiosum）、鱗癌（squamous carcinoma）、鱗狀細胞癌、繩捆癌（string carcinoma）、血管擴張性癌（carcinoma telangiectaticum）、血管擴張性癌（carcinoma telangiectodes）、移形細胞癌（transitional cell carcinoma）、塊狀癌（carcinoma tuberosum）、結節性皮癌（tuberous carcinoma）、疣狀癌（verrucous carcinoma）、及絨毛狀癌（carcinoma villosum）。
術語「肉瘤（sarcoma）」係指由類似於胚胎結締組織之物質所構成的腫瘤，且通常由嵌在纖維或同質物質中緊密包覆的細胞組成。例示性的肉瘤包括例如：軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、Abemethy肉瘤、脂肪肉瘤（adipose sarcoma）、脂肪肉瘤（liposarcoma）、肺泡狀軟組織肉瘤（alveolar soft part sarcoma）、成釉細胞肉瘤、葡萄狀肉瘤、綠色瘤肉瘤（chloroma sarcoma）、絨毛膜癌、胚胎性肉瘤（embryonal sarcoma）、Wilns腫瘤肉瘤、子宮內膜肉瘤（endometrial sarcoma）、間質肉瘤（stromal sarcoma）、Ewing肉瘤、筋膜肉瘤（fascial sarcoma）、纖維母細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、顆粒細胞肉瘤、Hodgkin肉瘤、特發性多發性色素沉著出血性肉瘤（idiopathic multiple pigmented hemorrhagic sarcoma）、B細胞免疫母細胞肉瘤（immunoblastic sarcoma of B cells）、淋巴瘤（例如非Hodgkin淋巴瘤）、T細胞免疫母細胞肉瘤（immunoblastic sarcoma of T-cells）、Jensen肉瘤、Kaposi肉瘤、肝巨噬細胞肉瘤（Kupffer cell sarcoma）、血管肉瘤（angiosarcoma）、白血病性瘤（leukosarcoma）、惡性間皮瘤肉瘤（malignant mesenchymoma sarcoma）、骨膜外肉瘤（parosteal sarcoma）、網織紅細胞肉瘤（reticulocytic sarcoma）、Rous肉瘤、漿液囊性肉瘤（serocystic sarcoma）、滑膜肉瘤及毛細血管擴張性肉瘤（telangiectaltic sarcoma）。
術語「黑色素瘤（melanoma）」係指由皮膚或其他器官之黑色素細胞系統引起的腫瘤。黑色素瘤包括例如：肢端雀斑樣痣黑色素瘤（acral-lentiginous melanoma）、無黑色性黑色素瘤（amelanotic melanoma）、良性幼年黑色素瘤（benign juvenile melanoma）、Cloudman黑色素瘤、S91黑色素瘤、Harding-Passey黑色素瘤、幼年黑色素瘤（juvenile melanoma）、惡性雀斑樣痣黑色素瘤（lentigo maligna melanoma）、惡性黑色素瘤、結節性黑色素瘤（nodular melanoma）、甲下黑色素瘤（subungal melanoma）及淺表擴散性黑色素瘤（superficial spreading melanoma）。
其他癌症包括例如：Hodgkin症、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟胰島素瘤、惡性類癌、惡變前皮膚病變、睾丸癌、甲狀腺癌、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、子宮頸癌、子宮內膜癌及腎上腺皮質癌。 I. 標靶 TGF-β 路徑的 雙特異性拮抗劑
TGF-β被認為是透過誘導及維持T調節細胞且直接抑制先天與後天免疫細胞（例如NK、DC及T細胞）來介導免疫抑制的主要細胞激素。TGF-β亦作用於血管新生及穩定腫瘤血管，並且直接透過上皮細胞間質轉化影響腫瘤而導致細胞遷徙（migration）及侵襲（invasion）。作為血管生成的有效誘導劑，TGF-β1係對固態腫瘤提供關鍵的支持系統，並在腫瘤細胞的傳播中扮演重要的角色。故，TGF-β狀態對於各種癌症而言，是抗PD1／PD-L1耐藥性及總體存活率的有力預測指標。
許多細胞合成TGF-β及其幾乎全部的細胞都對該些胜肽具有特定受體。TGF-β1、TGF-β2、及TGF-β3全部的功能係經由相同的受體訊號系統。TGF-β的活性形式為二聚體，其係經由膜聯異型四聚體的形成發出訊號，該異四聚體係分別由絲胺酸蘇胺酸第1型及第2型受體、TGF-β RI及TGFβ RII所組成。近年來，已開發出TGF-β路徑的抑制劑，其係以例如直接對抗TGF-β1或TGF-β1 RII之抗體或結合片段的形式，例如含有TGF-β1 RII之細胞外區域（ECD）的顯性負融合蛋白片段。
然而，在開發該些結合試劑的過程中，發明人發現帶有TGFβ1 RII ECD區域之拮抗劑展現出隨時間推移之不能接受之程度的蛋白質降解或截斷。為了解決這個問題，已發展TGF-β1 RII ECD突變的變異體，以使在此區域內的截斷減少。如本文之進一步說明，將TGFβ1 RII ECDs進一步與其他標靶其他檢查點調節子路徑或血管新生路徑的結合劑進行合併，以產生隨時間推移之蛋白質降解或截斷程度顯著減少的雙特異性拮抗劑。
在一方面，本發明係提供一雙特異性拮抗劑，其係抑制TGFβ路徑及PD-1／PD-L1檢查點調節子路徑。
在另一方面，本發明係提供一雙特異性拮抗劑，其係抑制TGFβ路徑，以及抑制血管內皮生長因子（vascular endothelial growth factor，VEGF）路徑、血管內皮生長因子受體（VEFGR）、或前述二者。A. 標靶 TGF-β 及 PD-1 ／ PD-L1 路徑的雙特異性拮抗劑
在部分實施態樣中，該雙特異性拮抗劑係包括特異地抑制TGF-β路徑的第一標靶區域以及特異地結合PD-1或PD-L1的第二標靶區域。在部分實施態樣中，該第一標靶區域係包含TGF-β路徑抑制劑。 TGF-β 路徑抑制劑
TGF-β路徑係涉及在許多細胞類型中控制細胞增殖及分化、遷徙及貼附、細胞外基質修飾（包括腫瘤基質及免疫抑制）、血管新生及結締組織增生、細胞凋亡、及其他功能的多功能胜肽組。TGF-β被認為是透過誘導及維持T調節細胞、及直接抑制先天與後天免疫細胞（例如NK、DC及T細胞）來介導免疫抑制的主要細胞激素。TGF-β亦作用於血管新生及穩定腫瘤血管，並且直接透過上皮細胞間質轉化影響腫瘤而導致細胞遷徙及侵襲。作為血管生成的有效誘導劑，TGF-β1係對固態腫瘤提供關鍵的支持系統，並在腫瘤細胞的傳播中扮演重要的角色。
TGF-β狀態對於各種癌症而言，是抗PD1／PD-L1耐藥性及總體存活率的有力預測指標。舉例言之，高的TGF-β1程度係與轉移性尿路上皮癌病患之PD1／PD-L1抑制的不良反應有關（Nature (2018) 554(7693):544-548），以及高TGFβ的特徵係與33種不同癌症類型的預後不良相關（Immunity (2018) 48:812-830）。使用抗PD／PD-L1抑制TGFβ可進一步釋出CD8效應細胞，以殺死腫瘤細胞，並刺激其他細胞類型以增加腫瘤殺傷能力。
許多細胞合成TGF-β及其幾乎全部的細胞都對該些胜肽具有特定受體。TGF-β1、TGF-β2、及TGF-β3全部的功能係經由相同的受體訊號系統。TGF-β的活性形式為二聚體，其係經由膜聯異型四聚體的形成發出訊號，該異四聚體係分別由絲胺酸蘇胺酸第1型及第2型受體、TGF-β RI及TGFβ RII所組成。
如本文中所使用，TGF-β路徑抑制劑可為以例如直接對抗TGF-β1或TGF-β1 RII之抗體或結合片段的形式，例如含有TGF-β1 RII之細胞外區域（ECD）的顯性負融合蛋白片段。 TGF-β1 RII ECD 及變異體
在部分實施態樣中，該TGF-β路徑抑制劑係包含TGF-β1 RII ECD。例示性的人類TGF-β1 RII ECD（野生型）係具有如SEQ ID NO: 89 所列之胺基酸序列。發明人發現帶有TGFβ1 RII ECD區域的拮抗劑在儲存時展現出隨時間推移之不能接受之程度的蛋白質降解或截斷，例如實施例9。因此，在部分實施態樣中，本發明之TGF-β路徑抑制劑係包含人類TGF-β1 RII ECD的變異體（下稱「TGFBR變異體」），其係含有一或多個會減少蛋白質降解或截斷的修飾。在部分實施態樣中，該修飾包含取代胺基酸殘基、刪除胺基酸殘基、插入胺基酸殘基、或前述的組合。在部分實施態樣中，該TGFBR變異體係在SEQ ID NO: 89 的位置6、7、13、16、17、20、22、及／或23包含一或多個取代突變。在部分實施態樣中，該一或多個取代突變係使用極性或疏水性胺基酸殘基取代非極性胺基酸殘基。
在部分實施態樣中，該TGFBR變異體相較於野生型人類TGF-β1 RII ECD序列係包含一或多個胺基酸的刪除。在部分實施態樣中，該一或多個刪除係指包含SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基1-20的區域，且可包括其中任何殘基。在更特定的實施態樣中，該一或多個刪除係包括SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基1-7、1-12、1-13、1-15、1-20、7-12、7-13、7-15、7-20、8-20、9-20、10-20、11-20、12-20、13-20、14-20、15-20、16-20及／或17-20的刪除。在更特定的實施態樣中，該一或多個刪除係包括SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基6、7、12、13、15、16、17、或20。
在部分實施態樣中，該TGFBR變異體係包含：(1)SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基1-20區域中的一或多個刪除；以及 (2)SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基6、7、13、16、17、20、22、及／或23的一或多個取代。在部分實施態樣中，該TGFBR變異體係包含：(1)SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基1-7的刪除；以及 (2)SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基13、16、17、20、22、及23的胺基酸取代，或者SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基16及17的二個胺基酸取代。在部分實施態樣中，SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基6、7、13、16、17、20、22及／或23的一或多個係使用一或多個極性胺基酸殘基取代。在部分實施態樣中，SEQ ID NO: 89 之胺基酸殘基6、7、13、16、17、20、22及／或23的一或多個係使用一或多個疏水性胺基酸殘基取代。
在部分實施態樣中，該TGFBR變異體係包含選自由SEQ ID NOs: 114-123 及251-270 （圖 41A-41C ）組成之群組的胺基酸序列。
在部分實施態樣中，該TGFBR變異體係包含免疫球蛋白重鏈，該免疫球蛋白重鏈係包含選自由SEQ ID NOs: 124-133 、 148 、 150 、及271-290 （圖 42A-42H 、 44A ） 組成之群組的胺基酸序列。
在其他實施態樣中，該TGFBR變異體係包含免疫球蛋白重鏈，該免疫球蛋白重鏈係包含SEQ ID NO: 145 、 SEQ ID NO: 147 、或SEQ ID NO: 303 （圖 43 ） 之胺基酸序列。
在其他實施態樣中，該TGFBR變異體係包含免疫球蛋白重鏈，該免疫球蛋白重鏈係包含SEQ ID NO: 148 、 SEQ ID NO: 150 、或SEQ ID NOs: 291-302 （圖 44A-44D ） 之胺基酸序列。
應當理解，無論本文所載之TGFBR變異體係包含免疫球蛋白重鏈，且該免疫球蛋白重鏈係包含選自由SEQ ID NOs: 124-133 、 145 、 147 、 148 、 150 及 271-303 （本文中的「特定胺基酸序列」）組成之群組的胺基酸序列，該實施態樣應進一步被解釋為表示以自其衍生之全部重鏈序列組合的其他重鏈實施態樣，其中，一或多個現成的抗PD-1胺基酸序列（包括如圖 1 所列之HCDR1、HCDR2及HCDR3）、或者一或多個現成的抗PD-L1胺基酸序列（包括如圖 3 所列之HCDR1、HCDR2及HCDR3）係替代存在於「特定胺基酸序列」中的現成抗PD1 CDR序列或抗PD-L1 CDR序列。
相似地，關於前述段落，被描述為與前述SEQ ID NOs: 124-133 、 145 、 147 、 148 、 150 及 271-303 所示之重鏈配對的任何免疫球蛋白輕鏈應進一步被解釋為表示以自其衍生之全部輕鏈序列組合的其他輕鏈實施態樣，其中，一或多個現成的抗PD-1胺基酸序列（包括如圖 1 所列之LCDR1、LCDR2及LCDR3）、或者一或多個現成的抗PD-L1胺基酸序列（包括如圖 3 所列之LCDR1、LCDR2及LCDR3）係替代存在於「特定胺基酸序列」中的現成抗PD1 CDR序列或抗PD-L1 CDR序列。
同樣地，應當理解，無論本文所載之TGFBR變異體係包含免疫球蛋白重鏈，且該免疫球蛋白重鏈係包含選自由SEQ ID NOs: 124-133 、 145 、 147 、 148 、 150 及 271-303 （本文中的「特定胺基酸序列」）組成之群組的胺基酸序列，該實施態樣應進一步被解釋為表示包括以自其衍生之全部輕鏈序列組合的其他重鏈實施態樣，其中在該「特定胺基酸序列」中之現成的抗PD1重鏈可變區（HCVR）胺基酸序列係替代不同的抗PD1 HCVR，該抗PD1 HCVR係選自由如圖 2A-2B 所示之SEQ ID NOs: 29 、 31 、 33 、 35 、 37 及 39 組成之群組，或者其中在該「特定胺基酸序列」中之現成的抗PD-L1 HCVR胺基酸序列係替代不同的抗PD-L1 HCVR，該抗PD-L1 HCVR係選自由如圖 4A-4C 所示之SEQ ID NOs: 72 、 74 、 76 、 78 、 80 、 82 、 84 及 86 組成之群組。
相似地，關於前述段落，被描述為與在「特定胺基酸序列」中之前述重鏈配對的任何免疫球蛋白輕鏈應進一步被解釋為表示包括以自其衍生之全部輕鏈序列組合的其他輕鏈實施態樣，其中在「特定胺基酸序列」中之現成的抗PD1輕鏈可變區（LCVR）胺基酸序列係替代不同的抗PD1 LCVR，該抗PD1 LCVR係選自由圖 2A-2B 所示之SEQ ID NOs: 30 、 32 、 34 、 36 、 38 及 40 組成的群組，或者其中在「特定胺基酸序列」中之現成的抗PD-L1 LCVR胺基酸序列係替代不同的抗PD-L1 LCVR，該抗PD-L1 LCVR係選自由圖 4A-4C 所示之SEQ ID NOs: 73 、 75 、 77 、 79 、 81 、 83 、 85 及 87 組成的群組。
在部分實施態樣中，TGF-β路徑抑制劑係與在雙特異性抗腫瘤拮抗劑中之IgG的羧基終端進行融合，如例如圖 5A-5B 、8A-8C 及20A-20B 所描繪。替代地，TGF-β1 RII ECD可與在雙特異性抗腫瘤拮抗劑中之IgG的胺基終端進行融合。在又一實施態樣中，將TGF-β1 RII ECD插入IgG之IgG Fc受體（即，CH2或CH3區域）內，如圖 5B 所描繪。
在部分實施態樣中，抗TGF-β1、抗TGF-β1 RII或其可變區片段可用於替代TGF-β1 RII ECD。例示性的抗TGF-β1抗體係如第7,067,637、7,494,651、7,527,791、及7,619,069號美國專利所述。例示性的抗TGF-β1 RII抗體係如第7,579,186號美國專利所述。替代地，TGF-β1 RII ECD可使用一或多個抗TGF-β1及／或抗TGF-β1 RII胜肽抑制劑進行取代。例示性的TGF-β1胜肽抑制劑為KRIWFIPRSSWYERA（SEQ ID NO: 155 ）。 抗 PD-1 抗體及抗 PD-1 抗體片段
在部分實施態樣中，雙特異性TGFβ路徑拮抗劑係包括抗PD-1抗體或抗體片段。在一實施態樣中，用於本發明之PD-1抑制劑為抗體、或其抗原結合部分，其係包含：選自由SEQ ID NOs: 1 、 4 、 7 、 9 、及 12 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈互補決定區1（complementarily determining region 1，CDR1）序列；選自由SEQ ID NOs: 2 、 5 、 10 、及 13 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR2序列；選自由SEQ ID NOs: 3 、 6 、 8 、 11 、及 14 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR3序列；選自由SEQ ID NOs: 15 、 18 、 21-23 、及 26 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 16 、 19 、 24 、及 27 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR2序列；或者，選自由SEQ ID NOs: 17 、 20 、 25 、及 28 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR3序列。
在另一實施態樣中，用於本發明之PD-1抑制劑（例如第二標靶區域）為抗體、或其抗原結合部分，其係包含：選自由SEQ ID NOs: 1 、 4 、 7 、 9 、及 12 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 2 、 5 、 10 、及 13 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR2序列；選自由SEQ ID NOs: 3 、 6 、 8 、 11 、及 14 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR3序列；選自由SEQ ID NOs: 15 、 18 、 21-23 、及 26 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 16 、 19 、 24 、及 27 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR2序列；或者，選自由SEQ ID NOs: 17 、 20 、 25 、及 28 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR3序列。
在另一實施態樣中，用於本發明之PD-1抑制劑係包括：一免疫球蛋白重鏈可變區（HCVR），其與選自由SEQ ID NOs: 29 、 31 、 33 、 35 、 37 、及 39 組成之群組的HCVR胺基酸序列係具有至少80%、85%、90%、95%、或99%的一致性；一免疫球蛋白輕鏈可變區（LCVR），其與選自由SEQ ID NOs: 30 、 32 、 34 、 36 、 38 、及 40 組成之群組的LCVR胺基酸序列係具有至少80%、85%、90%、95%、或99%的一致性；或前述二者。
在另一實施態樣中，用於本發明之PD-1抑制劑係包括：選自由SEQ ID NOs: 29 、 31 、 33 、 35 、 37 、及 39 組成之群組的HCVR胺基酸序列；選自由SEQ ID NOs: 30 、 32 、 34 、 36 、 38 、及 40 組成之群組的LCVR胺基酸序列；或前述二者。
在一實施態樣中，PD-1抑制劑係包括：與SEQ ID NO: 39 之HCVR胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的HCVR；與SEQ ID NO: 40 之LCVR胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的LCVR；或前述二者。
在另一實施態樣中，PD-1抑制劑具有免疫球蛋白重鏈可變區，其係包含：(1)SEQ ID NO: 12 之HCDR1；SEQ ID NO: 13 之HCDR2；以及SEQ ID NO: 14 之HCDR3，(2) 與SEQ ID NO: 196 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的HFR1；與SEQ ID NO: 190 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的HFR2；與SEQ ID NO: 201 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的HFR3；與SEQ ID NO: 187 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的HFR4，以及具有免疫球蛋白輕鏈可變區，其係包含：(1)SEQ ID NO: 26 之LCDR1；SEQ ID NO: 27 之LCDR2；以及SEQ ID NO: 28 之LCDR3，(2) 與SEQ ID NO: 202 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的LFR1；與SEQ ID NO: 203 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的LFR2；與SEQ ID NO: 204 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的LFR3；與SEQ ID NO: 205 之胺基酸序列具有至少80%、85%或90%一致性的LFR4。
在另一實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-1抑制劑，其包含：與SEQ ID NO: 92 或SEQ ID NO: 113 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白重鏈；與SEQ ID NO: 93 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-1抑制劑，其包含：具有SEQ ID NO: 92 或SEQ ID NO: 113 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈；具有SEQ ID NO: 93 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。
在另一實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包含PD-1抑制劑，其包含：與SEQ ID NO: 94 或SEQ ID NO: 172 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白重鏈；與SEQ ID NO: 95 的LCVR胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-1抑制劑，其包含：具有SEQ ID NO: 94 或 SEQ ID NO: 172 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈；具有SEQ ID NO: 95 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。在另一實施態樣中，PD-1/TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括如圖 5B 所描繪之在CH3環內插入的TGF-β1 RII ECD。
在一實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-1抑制劑，其包含：與SEQ ID NO: 151 之胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的重鏈；與SEQ ID NO: 152 之胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的輕鏈；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-1抑制劑，其包含：具有SEQ ID NO: 151 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈；具有SEQ ID NO: 152 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。
其他PD-1標靶之拮抗劑係包括抗PD-1抗體，例如nivolumab（BMS-936558，MDX-1106，OPDIVO™）、人類免疫球蛋白G4（IgG4） mAb（Bristol-Myers Squibb）；pembrolizumab（MK-3475，lambrolizumab，Keytruda™），人源化之免疫球蛋白G4（IgG4）mAb（Merck）；pidilizumab（CT-011）（Medivation）；及AMP-224（Merck）。抗PD-1抗體係可市售購得，例如來自ABCAM（AB137132）、BIOLEGEND™（EH12.2H7，RMP1-14）及AFFYMETRIX EBIOSCIENCE （J105，J116，MIH4）。抗PD-1標靶抗腫瘤拮抗劑可包括衍生自任何本文所述之抗PD-1抗體的任何HCVRs、LCVRs、及／或CDRs，包括圖 1-2 所描繪者。 抗 PD-L1 抗體及抗 PD-L1 抗體片段
在部分實施態樣中，雙特異性TGF-β1路徑拮抗劑係進一步包括抗PD-L1抗體或抗體片段。在一實施態樣中，用於本發明之PD-L1抑制劑為抗體、或其抗原結合部分，其係包含：選自由SEQ ID NOs: 41 、 44 、 50 、及 53 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 42 、 45 、 47 、 49 、 51 、及 54 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR2序列；選自由SEQ ID NOs: 43 、 46 、 48 、 52 、及 55 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR3序列；選自由SEQ ID NOs: 56 、 59 、 63 、 66 、及 69 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 57 、 60 、 64 、 67 、及 70 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR2序列；或者，選自由SEQ ID NOs: 58 、 61 、 62 、 65 、 68 、及 71 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR3序列。
在另一實施態樣中，用於本發明之PD-L1抑制劑（例如第二標靶區域）為抗體、或其抗原結合部分，其係包含：選自由SEQ ID NOs: 41 、 44 、 50 、及 53 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 42 、 45 、 47 、 49 、 51 、及 54 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR2序列；選自由SEQ ID NOs: 43 、 46 、 48 、 52 、及 55 所組成之群組的免疫球蛋白重鏈CDR3序列；選自由SEQ ID NOs: 56 、 59 、 63 、 66 、及 69 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR1序列；選自由SEQ ID NOs: 57 、 60 、 64 、 67 、及 70 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR2序列；或者，選自由SEQ ID NOs: 58 、 61 、 62 、 65 、 68 、及 71 所組成之群組的免疫球蛋白輕鏈CDR3序列。
在另一實施態樣中，用於本發明之PD-L1抑制劑係包括：免疫球蛋白HCVR，其與選自由SEQ ID NOs: 72 、 74 、 76 、 78 、 80 、 82 、 84 、及 86 組成之群組的HCVR胺基酸序列係具有至少80%、85%、90%、95%、或99%的一致性；免疫球蛋白LCVR，其與選自由SEQ ID NOs: 73 、 75 、 77 、 79 、 81 、 83 、 85 、及 87 組成之群組的LCVR胺基酸序列係具有至少80%、85%、90%、95%、或99%的一致性；或前述二者。在另一實施態樣中，用於本發明之PD-L1抑制劑係包括：選自由SEQ ID NOs: 72 、 74 、 76 、 78 、 80 、 82 、 84 、及 86 組成之群組的HCVR胺基酸序列；選自由SEQ ID NOs: 73 、 75 、 77 、 79 、 81 、 83 、 85 、及 87 組成之群組的LCVR胺基酸序列；或前述二者。
在一實施態樣中，PD-L1抑制劑係包括：與SEQ ID NO: 86 之HCVR胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的HCVR；與SEQ ID NO: 87 之LCVR胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的LCVR；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，PD-L1抑制劑係包括：具有SEQ ID NO: 86 之胺基酸序列的HCVR；具有SEQ ID NO: 87 之胺基酸序列的LCVR；或前述二者。
在另一實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-L1抑制劑，其係包含：與SEQ ID NO: 94 或SEQ ID NO: 172 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白重鏈；與SEQ ID NO: 95 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-L1抑制劑，其係包含：具有SEQ ID NO: 94 或 SEQ ID NO: 172 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈；具有SEQ ID NO: 95 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。
在另一實施態樣中，PD-L1/TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括如圖 5B 所描繪之在CH3環內插入的TGF-β1 RII ECD。
在一特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包含PD-L1抑制劑，其係包含：與SEQ ID NO: 153 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白重鏈；與SEQ ID NO: 154 的胺基酸序列具有至少80%、85%、90%、95%、或99%一致性的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。在一更特定的實施態樣中，TGF-β1抗腫瘤拮抗劑係包括PD-L1抑制劑，其係包含：具有SEQ ID NO: 153 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈；具有SEQ ID NO: 154 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈；或前述二者。
其他抗PD-L1標靶之拮抗劑係包括抗PD-L1抗體，例如atezolizumab（MPDL3280A，RG7446，Tecentriq）；完整人源化IgG1 mAb（Genentech/Roche）；BMS-936559（MDX-1105）；完整人類IgG4 mAb（Bristol-Myers Squibb）；durvalumab（MEDI4736，Imfinzi）；人類IgG1抗體（Medimmune/AstraZeneca）；及avelumab（MSB0010718C，Bavencio），完整人類IgG4單株抗體（Merck，EMD Serono）。抗PD-L1標靶抗腫瘤拮抗劑可包括衍生自任何本文所述之抗PD-L1抗體的任何HCVRs、LCVRs、及／或CDRs，包括圖 3-4所述 者。 B. 標靶 TGF-β1 及血管新生路徑的雙特異性拮抗劑
在另一方面，本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑係包括特異地結合TGFβ1或TGFβ1 RII的第一標靶區域、以及特異地結合VEGF-A、VEGFR、Ang1、Ang2、Tie2R、或前述組合的第二標靶區域。在該些實施態樣中，上述任何之TGFβ1-或TGFβ1 RII結合片段可與該第二標靶區域合併使用。 血管新生路徑
血管新生（自現有的血管發展出新的血管）對於腫瘤生長及遷徙為必需的。抑制血管新生對於治療疾病（例如癌症）係具有潛在價值的策略，其中病程（例如轉移）係取決於新血管形成。抑制血管新生係導致腫瘤細胞死亡，其可將腫瘤抗原供給至宿主的抗原呈現路徑。血管新生路徑抑制劑可為例如抗體、可變區片段、或顯性負融合蛋白片段的形式。 1. VEGF/VEGFR 路徑
主要的VEGF路徑係透過跨膜的酪胺酸激酶VEGF R2來介導。VEGF的各種異構型（特別是VEGF-A）係與VEGF-R2結合，使其透過各種下游酪胺酸激酶的磷酸化作用來進行二聚化及活化。
在部分實施態樣中，本發明之拮抗劑係包括與VEGF-A或其受體VEGFR-2結合的VEGF路徑拮抗劑，於此，在結合後，阻擋或抑制了透過VEGF-A進行的VEGFR-2活化。
在一實施態樣中，TGFβ路徑拮抗劑係進一步包括VEGF路徑拮抗劑，其係呈顯性負VEGFR拮抗劑的形式，對應於人類VEGF受體1或2之細胞外區域（ECD）。在一特定的實施態樣中，TGFβ路徑拮抗劑係包括柔癌捕（亦稱為Zaltrap）、含有VEGF-A結合蛋白的重組融合蛋白，該重組融合蛋白為人類VEGF受體1及2之細胞外區域與人類IgG1 Fc部分進行融合。VEGFR ECDs（例如柔癌捕）係作為VEGF-A之可溶性受體誘餌。
在一實施態樣中，雙特異性抗腫瘤拮抗劑係包括含有TGFβ路徑抑制劑的第一標靶區域、以及特異地結合VEGF-A的第二標靶區域，其中該第二標靶區域係包含柔癌捕。柔癌捕的合適來源包含如SEQ ID NO: 88 所列之胺基酸序列。在部分實施態樣中，雙特異性抗腫瘤拮抗劑係包括經修飾之免疫球蛋白重鏈，該經修飾之免疫球蛋白重鏈係包含如圖 8C 所示之藉由IgG1或IgG4 Fc受體（Bi-ZB-1）將胺基終端之柔癌捕區域連結至羧基終端的TGF-β1 RII ECD或TGF-β1 RII ECD變異體。在一實施態樣中，經修飾之免疫球蛋白重鏈具有SEQ ID NO: 105 之胺基酸序列。替代地，TGF-β1 RII ECD或TGF-β1 RII ECD變異體可被定位在胺基終端，且柔癌捕區域可被定位在羧基終端。
在另一實施態樣中，TGFβ路徑拮抗劑係進一步包含VEGF路徑拮抗劑，該VEGF路徑拮抗劑含有抗VEGFA或抗VEGFR2可變區序列，例如該些衍生自貝伐單抗（bevacizumab）者。貝伐單抗（AVASTIN™）為人源化抗體，包含人類IgG1框架區（FRs）及來自小鼠抗hVEGF單株抗體A.4.6.1的抗原結合互補決定區，其係阻擋人類VEGF-A與VEGFR1及VEGFR-2的結合。大約93%之貝伐單抗胺基酸序列（包括大部分的框架區）係衍生自人類IgG1，且約7%的序列係衍生自小鼠抗體A4.6.1。貝伐單抗具有約149,000道爾頓之分子質量且係經醣基化。在一實施態樣中，用於本發明之貝伐單抗HCVR具有如SEQ ID NO: 90 所列之胺基酸序列，且貝伐單抗LCVR具有如SEQ ID NO: 91 所列之胺基酸序列。
在部分實施態樣中，胺基酸取代可包括如第7,575,893號美國專利所述之貝伐單抗／癌思停抗體或其片段。例示性的胺基酸取代包括但不限於，E1Q、E6Q、L11V、Q13K、L18V、R19K、A23K、或前述組合。在一實施態樣中，用於本發明之貝伐單抗的突變HCVR係具有如SEQ ID NO: 96 所列之胺基酸序列，其可用以與SEQ ID NO: 91 之LCVR進行複合。
在一實施態樣中，雙特異性抗腫瘤拮抗劑係包括特異地結合TGFβ1的第一標靶區域，例如TGFβ1 RII ECD（或含有抗TGFβ1或抗TGFβ1 RII可變區），且包括特異地結合VEGFA或VEGFR2的第二標靶區域，例如貝伐單抗或任何其他抗VEGF或抗VEGFR2抗體、其可變區片段、或其功能活性突變片段。
在一特定實施態樣中，雙特異性抗腫瘤TGF-β/VEGF-VEGFR2拮抗劑係包括具有SEQ ID NO: 102 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈、具有SEQ ID NO: 103 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈、或前述二者，例如Bi-AB-1（圖 8A ），其係含有野生型貝伐單抗可變區序列。
在另一實施態樣中，雙特異性抗腫瘤TGF-β拮抗劑係進一步包括具有SEQ ID NO: 104 之胺基酸序列的免疫球蛋白重鏈、具有SEQ ID NO: 103 之胺基酸序列的免疫球蛋白輕鏈、或前述二者，例如Bi-A1B-1（圖 8B ），其係含有突變的貝伐單抗可變區序列。
其他抗VEGF或抗VEGFR抗體或其片段可基於雷尼單抗（ranibizumab，商標名為Lucentis™）、衍生自如貝伐單抗之相同親代小鼠抗體的單株抗體片段；描述於第2006/0280747、2007/0141065、及／或2007/0020267號美國專利公開本的G6或B20系列抗體（例如G6-23、G6-31、B20-4.1），以及描述於第7,297,334、7,060,269、6,884,879、6,582,959、6,703,020、6,054,297號美國專利、及第2007/059312、2006/009360、2005/0186208、2003/0206899、2003/0190317及2003/0203409號美國專利公開本的抗體。
例示性的抗VEGFR-2抗體拮抗劑係與VEGFR-2的細胞外區域結合之人源化IgG1單株抗體（雷尼單抗），其從而阻擋其與VEGF-A的交互作用。其他的抗VEGFR-2抗體係描述於第7,498,414、6,448,077、及6,365,157號美國專利。
在部分實施態樣中，抗腫瘤拮抗劑可進一步包括一或多個VEGF路徑的小分子拮抗劑，例如VEGFR-2的多激酶抑制劑，包括紓癌特（sunitinib）、蕾莎瓦（sorafenib）、西地尼布（cediranib）、福退癌（pazonpanib）及抑肺纖（nintedanib）。 2. Ang-Tie2R 路徑
在部分實施態樣中，雙特異性拮抗劑係包含一含有至少一個Tie2受體結合拮抗劑的標靶區域。Tie2酪胺酸激酶受體結合拮抗劑係結合至Tie2酪胺酸激酶受體或其配體之一（即，Ang1、Ang2、Ang3及Ang4），於此，在結合後，阻擋或抑制了透過一或多個配體之Tie2酪胺酸激酶受體的活化。如同VEGF，血管生成素-2（Ang2）係腫瘤血管新生中的關鍵角色。ANG2及VEGF亦一起作用以防止樹突細胞及巨噬細胞的抗原呈現作用、提升Treg聚集、及抑制Teff聚集。先前已顯示抑制VEGF及Ang2係改善小鼠乳癌模型的存活率，Tg MMTV-PyMT。而且，抗PD-1的加入可進一步改善反應。
用於本發明之Tie2酪胺酸激酶受體結合拮抗劑可包括抗體片段、胜肽抑制劑、顯性負胜肽及小分子藥物，為分離形式或作為融合蛋白或複合物的一部分。在一實施態樣中，Tie2受體結合拮抗劑係來自trebananib、TBN-P的抑制性胜肽。在一特定實施態樣中，該抑制性胜肽係包含以下胺基酸序列：AQQEECEWDPWTCEHMGSGSATGGSGSTASSGSGSATHQEECEWDPWTCEHMLE（SEQ ID NO: 157 ）。在另一實施態樣中，結合拮抗劑之Tie2受體係包含SEQ ID NO: 158 （TBN-P-IgG）。
用於本發明之其他抑制Tie2活化的胜肽抑制劑（包括Ang-2抑制劑）係包括A-11（Compugen），其係包含以下胺基酸序列：ETFLSTNKLENQ（SEQ ID NO: 167 ）；CVX-060胜肽：QK(Ac)YQPLDEK(Ac)DK(0P)TLYDQFMLQQG（SEQ ID NO: 168 ，Pfizer）；CVX-037胜肽：(DFB)TNFMPMDDLEK(0P)RLYEQFILQQG（SEQ ID NO: 169 ，Pfizer）；以及CGEN-25017（Compugen）。其他抑制Tie2活化的胜肽抑制劑係描述於第7,138,370號美國專利。
用於本發明之抑制Tie2活化的抗體抑制劑係包括AMG-780（Amgen）、MEDI-3617（MedImmune/AstraZeneca）、DX-2240（Dyax/Sanofi-Aventis）、REGN-910（Sanofi/Regeneron）、RG7594（Roche）、LC06（Roche）、TAvi6（Roche）、AT-006（Roche/Affitech）。其他Tie2受體結合抗體拮抗劑及其抗體結合序列係描述於第7,521,053、7,658,924及8,030,025號美國專利、以及第2013/0078248、2013/0259859及2015/0197578號美國專利公開本。
用於本發明之Tie2結合拮抗劑可進一步包括小分子抑制劑：CGI-1842（CGI Pharmaceuticals）、LP-590（Locus Pharmaceuticals）、ACTB-1003（Act Biotech/Bayer AG）、CEP-11981（Cephalon/Teva）、MGCD265（Methylgene）、Regorafenib（Bayer）、Cabozantinib/XL-184/BMS-907351（Exelixis）、Foretnib（Exelixis）、MGCD-265（MethylGene Inc.）。
在某些特定實施態樣中，雙特異性檢查點調節子拮抗劑為全長抗體，其係在其二個結合臂（一對HC/LC）之一上結合人類PD-1或PD-L1、並且在其第二個結合臂（不同對的HC/LC）上結合不同的抗原（或表位）。在該些實施態樣中，雙特異性抗體具有二種不同的抗原結合臂（皆具有特異性及CDR序列）且其所連接的各個抗原均為單價。
在部分實施態樣中，該雙特異性檢查點調節子拮抗劑係可在其二個結合臂（一對HC/LC）各自結合人類PD-1及／或PD-L1的全長抗體。在該些實施態樣中，該雙特異性檢查點調節子拮抗劑具有二個相同抗原結合臂（具有相同特異性與相同的CDR序列），且其所連接的各個抗原均為二價。 免疫球蛋白及非免疫球蛋白支架
本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可使用如本文所描述之免疫球蛋白骨架或非免疫球蛋白支架進行構建。在部分實施態樣中，本發明之雙特異性拮抗劑係使用免疫球蛋白支架進行構建，例如包含CH1、CH2及／或CH3區域的IgG1、IgG2或IgG4支架。當標靶係存在於可介導抗體依賴的細胞介導的細胞毒性作用（ADCC）之抗原呈現細胞時，較佳於癌症治療使用IgG1骨架。當抗原單獨結合足以產生所欲之治療效益時，IgG4骨架的使用係可標靶抗原。IgG4基底拮抗劑係排除與例如IgG1抗體相關之不良效應功能，包括FcγR結合及補體活化。
較佳地，第一及第二標靶區域係存在於人源化IgG1或IgG4支架。並且，該第二標靶區域可與IgG1或IgG4支架之羧基終端進行融合。此外，IgG1或IgG4支架可具有N297A或K447A的胺基酸取代。在部分實施態樣中，該第一標靶區域可包含一或多個框架區，該框架區係包含一或多個選自由以下組成之群組的胺基酸取代：E1Q、E6Q、L11V、Q13K、L18V、R19K、A23K、或其任意組合。在其他實施態樣中，IgG1或IgG4支架中的一或多個胺基酸殘基係經去醣基化或突變以產生無醣基的變異體。用於本文所述之雙特異性分子的例示性免疫球蛋白支架可選自由SEQ ID NOs: 159-166 及173-175 組成的群組。
該抗體或拮抗劑的任一者可以單株抗體、嵌合抗體、人源化抗體、scFv、或多特異性抗體的形式進行構建。此外，本文所述之任何抗體拮抗劑可包括多種結合特異性，其係標靶PD-1、PD-L1、VEGF、VEGFR、血管新生素及／或Tie2R。而且，任何抗體拮抗劑可經設計以在特定目標中標靶多種表位。以及，在部分實施態樣中，該檢查點拮抗劑及／或血管新生特異性可包括在顯性負融合蛋白的形式中，例如對應於受體的細胞外區域（ECD）。
本文所述之HCVRs及LCVRs可連結至天然存在的Fc區域、或非天然存在或經突變的Fc區域，例如無效應（IgG1 N297A/G）或大部分無效應（例如人類IgG2或IgG4），或者替代地，增強結合至一或多個活化Fc受體（FcγRI、FcγRIIa或FcγRIIIa）的Fc，以在腫瘤環境中提升Treg消耗。因此，在某些實施態樣中，通常為了改變抗體的一或多個功能特性（例如血清半衰期、補體固定、Fc受體結合、及／或抗原依賴的細胞胞毒作用），本文所述之抗PD-1、抗PD-L1、及／或抗VEGF的HCVRs及LCVRs可連結至包含一或多個修飾的Fc。而且，本文所述抗體可經化學修飾（例如抗體可與一或多個化學部分連結）或經修飾以改變其醣基化，以改變抗體的一或多個功能特性。更特定地，在某些實施態樣中，本發明之抗體可包括Fc區域的修飾，以產生具有以下的Fc變異體：(a) 提升或下降之抗體依賴之細胞介導的細胞毒性作用（ADCC）；(b) 提升或下降之補體介導細胞毒性（CDC）；(c) 提升或下降之C1q親合力；及／或(d) 相對於親代Fc，提升或下降之Fc親合力。該些Fc區域變異體係通常在Fc區域中包含至少一胺基酸修飾。合併胺基酸修飾係被特別期望的。舉例言之，變異體Fc區域可包括例如本文確定之特定Fc區域部位的二個、三個、四個、五個等取代。
對於要完全避免之效應功能的用途，例如，當抗原單獨結合足以產生所欲治療效益、且效應功能僅導致（或提升風險）非期望的副作用，可使用IgG4抗體、或者可設計缺少Fc區域的抗體或片段或其基本部分、或者Fc可經突變以完全消除醣基化（例如N297A）。替代地，可產生人類IgG2（CH1區域及鉸鏈區）及人類IgG4（CH2及CH3區域）的混合構造體，其係缺乏效應功能，缺少結合FcγRs（如IgG2）及活化補體（如IgG4）的能力。當使用IgG4恆定區時，較佳通常包括S228P取代，其係模擬IgG1的鉸鏈序列，從而穩定IgG4分子，減少在治療病患中治療抗體與內源性IgG4之間的Fab臂交換。
在某些實施態樣中，抗PD-1、抗PD-L1、抗VEGF、抗血管新生素、及／或抗Tie2R抗體或其片段可經修飾以提升其生物半衰期。可使用各種不同的方法，包括例如針對FcRn提升Fc區域的結合親合力。在一實施態樣中，係改變抗體的CH1或CL區域以含有取自IgG之Fc區域CH2區域的二個環的補救受體（salvage receptor）結合表位，其係如第5,869,046及6,121,022號美國專利所述。在Fc區域中的殘基編碼為EU索引的編號。本文揭露之序列變異體係透過參考殘基編號提供，在編號後的是取代天然存在胺基酸之胺基酸，視需要地在該位置之前顯示天然存在的殘基。當多種胺基酸可存在一特定位置時，例如，若序列在自然存在的同型間有所不同、或若該位置可被多種突變替換，則透過斜槓將其分隔（例如「X/Y/Z」）。
提升結合至FcRn及／或改善藥物動力特性的例示性Fc變異體係包括在位置259、308、及434的取代，包括例如259I、308F、428L、428M、434S、434H、434F、434Y、及434M。提升Fc結合至FcRn的其他變異體係包括：250E、250Q、428L、428F、250Q/428L（Hinton et al., 2004, J. Biol. Chem. 279(8): 6213-6216, Hinton et al. 2006 Journal of Immunology 176:346-356）、256A、272A、305A、307A、311A、312A、378Q、380A、382A、434A（Shields et al. (2001) J. Biol. Chem., 276(9):6591-6604）、252F、252Y、252W、254T、256Q、256E、256D、433R、434F、434Y、252Y/254T/256E、433K/434F/436H（Dall’Acqua et al. (2002) J. Immunol., 169:5171-5180, Dall’Acqua et al. (2006) J. Biol. Chem., 281:23514-23524；以及第8,367,805號美國專利）。
在IgG Fc（1253、H310、Q311、H433、N434）中之某些保守殘基的修飾，例如N434A變異體（Yeung et al. (2009) J. Immunol. 182:7663），已被提出作為提升FcRn親合力以提升抗體在循環中之半衰期的方法（WO 98/023289）。包含M428L及N434S的組合Fc變異體已顯示提升FcRn結合及提升血清半衰期高達五倍（Zalevsky et al. (2010) Nat. Biotechnol. 28:157）。包含T307A、E380A及N434A修飾的組合Fc變異體也延長了IgG1抗體的半衰期（Petkova et al. (2006) Int. Immunol. 18:1759）。此外，包含M252Y-M428L、M428L-N434H、M428L-N434F、M428L-N434Y、M428L-N434A、M428L-N434M、及M428L-N434S的組合Fc變異體也顯示可延長半衰期（第2006/173170號美國專利公開本）。並且，包含M252Y、S254T及T256E的組合Fc變異體亦被報導可提升半衰期將近四倍（Dall’Acqua et al. (2006) J. Biol. Chem. 281:23514）。 同質二聚體及異質二聚體
有效製造雙特異性抗體製備的挑戰之一係關於不同結合特異性之共表現鏈的輕鏈及重鏈的錯配。表 1 係列舉用於克服在不同結合特異性之重鏈錯配的數個胺基酸取代選項，其係“執行（enforce）”或優先促進在所欲重鏈間的正確結合。可使用任何預防或減少在重鏈之間錯配的方法於製造根據本說明書之雙特異性抗腫瘤拮抗劑。
在大部分的交互作用發生時，「knobs-into-hole（KiH）」方法係取決於在二個CH3區域介面的修飾。一般而言，將龐大的殘基引入一個抗體重鏈CH3區域中的作用與鑰匙類似。在其他重鏈中形成了「孔」，該孔能夠容納類似於鎖的龐大殘基。所獲之異質二聚體Fc部分可進一步透過人工雙硫鍵來穩定。
替代方法係基於具有離子交換作用或空間互補之帶電殘基。此係包括改變該CH3介面的電荷極性，於此，靜電配對之Fc區域的共表達係在保留疏水性核心的同時支持有利的吸引交互作用及異質二聚體形成，然而不利的排斥電荷交互作用係抑制同質二聚體化。參見表 1 。表 1 中的胺基酸編碼係依Kabat編號方案，且可應用於本文所述抗體的重鏈胺基酸序列。
在另一方法中，本發明之雙特異性分子可使用含有白胺酸拉鏈（leucine zipper，LZ）區域的非免疫球蛋白進行構建。白胺酸拉鍊係蛋白質中常見的三維結構部分，通常作為各種轉錄因子中DNA結合區域的一部分。單一LZ大約每隔7個殘基含有4-5個白胺酸殘基，形成具有沿著一側之疏水性區域的兩親性α螺旋。在一特定的實施態樣中，異質二聚體蛋白支架係包含來自c-jun轉錄因子的LZ與來自c-fos轉錄因子的LZ。雖然已知c-jun係形成jun-jun同質二聚體且c-fos無法形成同質二聚體，但jun-fos異質二聚體的形成係相較於jun-jun同質二聚體更為有利。
白胺酸拉鍊區域可取代蛋白質支架中的CH2-CH3序列，或者可置於雙特異性抗腫瘤拮抗劑中二條重鏈的羧基終端。在後者的情況下，可在白胺酸拉鏈之CH3羧基終端及胺基終端之間引入furin剪切位。當在合適的哺乳類細胞表達系統中共表現雙特異性抗腫瘤拮抗劑的重鍊及輕鏈時，此可促進在異質二聚體化步驟後之furin介導的白胺酸拉鍊剪切（參見Wranik et al., J. Biol. Chem., 287(5):43331-43339, 2012）。表 1
類型 HC1 HC2
Knobs-into-holes Y349C, T366S, L368A, Y407V S354C, T366W
離子、靜電 S183E, E356K, E357K, D399K S183K, K370E, K409D, K439E
離子、靜電 K392D, K409D E356K, D399K
HA-TF取代 S364H, F405A Y349T, T394F
HF-TA取代 S364H, T394F Y349T, F405A
白胺酸拉鏈異質二聚體 人類c-Jun白胺酸拉鏈 人類c-fos白胺酸拉鏈
表 1 中的胺基酸編碼係依Kabat編號方案，且可應用於本文所述抗體的重鏈胺基酸序列。表1中所述之突變可應用至任何免疫球蛋白IgG1重鏈及其他免疫球蛋白分類與其次分類（或同型）的序列（不論公開或否）。
當共表現雙特異性抗體的重鏈及輕鏈時，具有一種結合特異性的輕鏈也可與不同結合特異性的重鏈進行錯配。因此，在某些實施態樣中，重鏈部分、輕鏈部分或二部分可相對於其來源之「野生型」抗體鏈進行修飾，以預防或減少重鏈恆定區彼此之間的錯配、及輕鏈恆定區對其對應重鏈的錯配。
輕鏈錯配的問題可以數種方法解決。在部分實施態樣中，可將空間互補的突變及／或雙硫鍵引入二個VL/VH接合部中。在其他實施態樣中，可透過離子或靜電作用引入突變。在部分實施態樣中，可透過使用具有在重鏈CH1區域之S183E突變及輕鏈CL區域之S176K突變的第一臂來預防或減少輕鏈錯配。第二臂可包括在重鏈CH1區域之S183K突變及輕鏈CL區域之S176E突變。在其他實施態樣中，係使用“CrossMab”方法，其中雙特異性抗腫瘤拮抗劑（例如Fab）的一個臂保持不變，但在含有其他結合特異性的另一臂中，輕鏈的一或多個區域係與重鏈：輕鏈接合部之重鏈中的一或多個區域進行交換。
免疫球蛋白序列（包括特定突變）預防上述揭露之重鏈及輕鏈錯配的方法係進一步描述於第2014/0243505及2013/0022601號美國專利公開本中。 複合物
在某些實施態樣中，本發明之抗腫瘤拮抗劑係與一或多個胜肽及／或小分子藥物進行化學複合。該胜肽或小分子藥物可為相同或不同的。該胜肽或小分子藥物可與例如還原SH基團及／或醣側鏈連接。用於製造胜肽或小分子藥物與抗體之共價或非共價複合物的方法為本領域已知，且可使用任何該些已知方法。
在部分實施態樣中，胜肽或小分子藥物係透過形成雙硫鍵與還原抗體成分的鉸鏈區進行連接。或者，可使用異雙功能交聯劑，例如N-琥珀醯基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯（SPDP）連接該些藥劑。此等複合的一般技術為本領域已知。在部分實施態樣中，胜肽或小分子藥物係透過抗體Fc區域的醣類部分進行複合。該醣類基團可用於提升與硫醇基團結合之相同試劑的負載，或者醣類基團可用於結合不同的治療劑或診斷劑。透過抗體醣類部分將胜肽抑制劑或小分子藥物進行複合的方法為本領域技術人員所知。舉例言之，在一實施態樣中，該方法係包含將具有氧化醣類部分的抗體成分與具有至少一個游離胺功能的載體聚合物進行反應。此反應係導致起始Schiff鹼（亞胺）聯結，可透過還原至二級胺穩定以形成最終複合物。將小分子藥物及胜肽與抗體進行複合之例示性的方法係描述於第2014/0356385號美國專利公開本。
較佳地，本說明書中的抗腫瘤拮抗劑係保留抗體的某些所欲特性及藥物動力特性，包括所欲之體外及體內穩定性（例如長的半衰期及保質期穩定性）、有效遞送至所欲標靶細胞、提升與結合物的親合力、提升所欲抗體依賴之細胞所介導的細胞毒性及補體依賴細胞毒性、以及減少腎臟的清除率或排除率。因此，在抗腫瘤拮抗劑的設計中可考量對尺寸的注意及特定恆定區效應功能的需要。
本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可具有以下範圍的尺寸：50 kD至300 kD、50 kD至250 kD、60 kD至250 kD、80 kDa至250 kD、100 kD至250 kD、125 kD至250 kD、150 kD至250 kD、60 kD至225 kD、75 kD至225 kD、100 kD至225 kD、125 kD至225 kD、150 kD至225 kD、60 kD至200 kD、75 kD至200 kD、100 kD至125 kD至200 kD、150 kD至200 kD、60 kD至150 kD、75 kD至150 kD、100 kD至150 kD、60 kD至125 kD、75 kD至125 kD、75 kD至100 kD、或包含在上述所載範圍中所列整數之任意組合的任何範圍，或特指在上述所載範圍中整數之任意組合的任何範圍。 套組
本發明進一步提供包含本發明之檢查點調節子拮抗劑或抗腫瘤拮抗劑的套組。在部分實施態樣中，該套組係包含一或多個雙特異性免疫檢查點調節子，該雙特異性免疫檢查點調節子含有至少一個TGFβ路徑抑制區域。在部分實施態樣中，該套組係進一步含有其他試劑，包括用於檢測的二抗、及本文所述之其他人類抗體（例如具有補體活性的人類抗體，其係與相同抗原的不同表位結合）。套組通常包括具有指示套組內容物之預期用途說明的標籤。所謂標籤係包括隨套組提供或隨套組附帶的任何文字或記錄材料。II. 使用抗腫瘤拮抗劑的方法
本發明之抗腫瘤拮抗劑具有許多體外和體內效用，包括例如增強免疫反應及癌症、傳染病或自體免疫疾病的治療。
本發明之抗腫瘤拮抗劑可由體外（in vitro ）或離體（ex vivo ）投予至培養中的細胞、或由例如體內（in vivo ）投予至人類個體，以增強各種疾病的免疫作用。因此，本文係提供修飾個體中免疫反應的方法，包含將如本文所述之抗體或抗原結合片段投予至個體，以增強、刺激或上調該個體中的免疫反應。較佳，該個體係包括欲增強免應反應的人類病患。該方法特別合適於治療患有可透過增強免應反應（例如T細胞介導之免疫反應）而治療之疾病的病患。此方法特別適用於體內（in vivo ）之癌症或慢性感染的治療。舉例言之，為增強抗體特異性免疫作用，抗腫瘤拮抗劑可與所欲的抗原、或已存在於欲治療個體（例如帶有腫瘤或帶有病毒的個體）中之抗原一起投予。當抗腫瘤拮抗劑與其他用劑一起投予時，該二者可分別或同時投予。
在部分實施態樣中，上述方法中的檢查點調節子拮抗劑係抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、VEGF抗體、VEGFR抗體、或其任何具有TGFβRII ECD、a VEGFR ECD或前述二者的片段。
在本文所述之任何抗體實施態樣中，該抗體較佳為人類或人源化的抗體。
本發明的範圍亦涵蓋檢測及／或測量樣品中標靶分子存在的方法，包含將樣品及對照樣品與本發明之抗體、抗體片段或雙特異性拮抗劑接觸，而該抗體、抗體片段或雙特異性拮抗劑在允許拮抗劑與標靶分子間形成複合物的條件下，特異地結合至標靶分子。其後，對該複合物的形成進行檢測，其中與樣品形成複合物以及與對照樣品形成複合物之間的差異係表示該樣品中存在標靶分子。
鑑於本發明之抗腫瘤拮抗劑具有阻斷抑制或共抑制T細胞反應（例如抗原特異性T細胞反應）的能力，本文提供使用本文所述抗體的體外及體內方法，以刺激、增強或上調抗原特異性T細胞反應（例如抗腫瘤T細胞反應）。在某些實施態樣中，也提供CD3刺激（例如透過與表現膜上CD3之細胞共培養），可在與檢查點調節子拮抗劑治療之相同、之前或之後的時間提供刺激。舉例言之，本文係提供增強抗原特異性T細胞反應的方法，包含將所述T細胞與本文所述之檢查點調節子拮抗劑（以及視需要地與CD3）進行接觸，從而增強抗原特異性T細胞反應（例如透過排除檢查點調節子所介導之抑制反應）。可使用任何適宜之抗原特異性T細胞反應指示劑以測量抗原特異性T細胞反應。該等適宜之指示劑的非限制性例子包括在抗體存在下提升T細胞增殖及／或在抗體存在下提升細胞激素製造。在一較佳的實施態樣中，抗原特異T細胞所製造之介白素-2及／或干擾素-γ係增加。
本發明係進一步涵蓋在個體中增強免疫反應（例如抗原特異性T細胞反應）的方法，該方法係透過將本文所述雙特異性抗腫瘤拮抗劑投予至個體，以增強免疫反應（例如抗原特異性T細胞反應）。在一較佳的實施態樣中，該個體為帶有腫瘤的個體，且增強了對腫瘤之免疫反應。腫瘤可為固態腫瘤或液態腫瘤（例如血液系統的惡性腫瘤）。在某些實施態樣中，腫瘤為免疫原性腫瘤。在某些實施態樣中，腫瘤為非免疫原性腫瘤。在一些實施態樣中，腫瘤為PD-L1陽性。在其他實施態樣中，腫瘤為PD-L1陰性。該個體也可是帶有病毒的個體，其在投予如本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑後增強了對病毒的免疫反應。
在一實施態樣中，在一個體中抑制腫瘤細胞生長的方法係包含對該個體投予本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑，以在個體中抑制腫瘤生長。亦提供了在一個體中治療慢性病毒感染的方法，包含對該個體投予如本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑，以在個體中治療慢性病毒感染。
用於消耗來自具有腫瘤（例如癌性腫瘤）個體之腫瘤微環境之Treg 細胞的方法也包含在本文中，其係包含對個體投予治療有效量之本文所述雙特異性抗腫瘤拮抗劑，該雙特異性抗腫瘤拮抗劑係包含刺激腫瘤微環境中Treg 細胞消耗的Fc。Fc可例如為具有效應功能或增強效應功能（例如帶有或具有增強結合至一或多個活化Fc受體）的Fc。
在一較佳的實施態樣中，Treg 耗竭（depletion）係在腫瘤微環境中Teff 無顯著耗竭或抑制且腫瘤微環境外沒有顯著之Teff 細胞及Treg 細胞耗竭或抑制的情況下發生。在某些實施態樣中，該個體在例如腫瘤微環境中係具有較Teff 細胞為高的Treg 細胞檢查點調節子程度。在某些實施態樣中，雙特異性拮抗劑可消耗在腫瘤中的Treg 及／或在腫瘤浸潤淋巴細胞中（TILs）的Treg 。舉例言之，在CT26腫瘤模型中發現了，如小鼠IgG2a（其係展現效應功能）規格之抗小鼠TIGIT抗體係部分消耗了Treg及CD8+ T細胞，但未消耗CD4+ T細胞。如小鼠IgG1 D265A規格之無效應對應物的抗體或拮抗劑並未消耗T細胞。
在某些實施態樣中，本文所述雙特異性抗腫瘤拮抗劑係供給至個體作為輔助療法。使用根據本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑的癌症病患治療可產生相對於現有標準照護的長期持久反應；至少1、2、3、4、5、10或更多年的長期存活率，至少1、2、3、4、5、10或更多年的無復發存活率。在某些實施態樣中，使用雙特異性抗腫瘤拮抗劑之癌症病患的治療係預防癌症復發或延緩癌症復發至少1、2、3、4、5、10或更多年。因此，使用該些拮抗劑的治療可用作主要或次要治療。
在某些較佳的實施態樣中，個體係具有細胞增生性疾病或癌症。本文係提供治療具有癌症之個體的方法，包含對該個體投予本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑，以治療該個體（例如抑制或減少癌性腫瘤的生長及／或使腫瘤消退）。本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可單獨用於抑制癌性腫瘤生長。或者，任何該些抗腫瘤拮抗劑可與其他用劑一起使用，例如下述之其他抗癌標靶、免疫原性劑、標準癌症治療、或其他抗體。
因此，本文係提供在個體中治療癌症（例如抑制腫瘤細胞生長）的方法，包含對該個體投予一治療有效量之本文所述的雙特異性抗腫瘤拮抗劑。較佳地，該抗體係含有人類或人源化的免疫球蛋白序列。
可使用本發明抗體抑制其生長的癌症係包括對免疫治療有反應的癌症。用於治療之癌症的非限制性例子包括鱗狀細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、鱗狀非小細胞肺癌（NSCLC）、非NSCLC、神經膠瘤、腸胃癌、腎癌（例如亮細胞癌）、卵巢癌、肝癌、大腸直腸癌、子宮內膜癌、腎臟癌（例如腎細胞癌（RCC））、前列腺癌（例如激素難治性前列腺癌）、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、胰臟癌、神經膠母細胞瘤（多形性膠質母細胞瘤）、子宮頸癌、胃癌、膀胱癌、肝瘤、乳癌、結腸癌、及頭頸癌（或癌瘤）、胃癌、生殖細胞腫瘤、兒科肉瘤、鼻腔鼻竇自然殺手、黑色素瘤（例如轉移性惡性黑色素瘤，諸如皮膚或眼內惡性黑色素瘤）、骨癌、皮膚癌、子宮癌、肛門區癌、睪丸癌、輸卵管癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、陰道癌、外陰癌、食道癌、小腸癌、內分泌系統癌、副甲狀腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、兒童實體腫瘤、尿管癌、腎盂癌、中樞神經系統（CNS）贅瘤、原發性CNS淋巴瘤、腫瘤血管生成、脊椎軸腫瘤、腦幹神經膠瘤、垂體腺瘤、Kaposi肉瘤、表皮樣癌、鱗狀細胞癌、T細胞淋巴瘤、環境誘發之癌症（包括藉由石綿誘發之癌症）、病毒相關癌症（例如人類乳突病毒（HPV）相關腫瘤）及源自於二種主要血細胞譜系中之任一者（亦即產生顆粒細胞、紅血球、凝血細胞、巨噬細胞及肥大細胞的骨髓細胞株、或產生B、T、NK及將細胞的淋巴性細胞株）的血液科惡性疾病，例如全部類型的白血病、淋巴瘤及骨髓瘤，例如急性、慢性、淋巴細胞性及／或骨髓性白血病（例如急性白血病（ALL）、急性骨髓性白血病（AML）、慢性淋巴細胞性白血病（CLL）及慢性骨髓性白血病（CML）、未分化AML（M0）、骨髓母細胞白血病（M1）、骨髓母細胞白血病（M2；細胞成熟）、前髓細胞性白血病（M3或M3變異體[M3V]）、骨髓單核細胞性白血病（M4或嗜伊紅血球增多之M4變異體[M4E]）、單核細胞性白血病（M5）、紅白血病（M6）、巨核母細胞白血病（M7）、孤立性顆粒球性肉瘤及綠色瘤；淋巴瘤，例如Hodgkin淋巴瘤（HL）、非Hodgkin淋巴瘤（NHL）、B細胞淋巴瘤、T細胞淋巴瘤、淋巴漿細胞樣淋巴瘤、單核細胞樣B細胞淋巴瘤、黏膜相關淋巴組織（MALT）淋巴瘤、多形性（例如Ki 1+）大細胞淋巴瘤、成人T細胞淋巴瘤／白血病、套細胞淋巴瘤、血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤、血管中心性淋巴瘤、腸T細胞淋巴瘤、原發性縱隔B細胞淋巴瘤、前驅T-淋巴母細胞性淋巴瘤、T-淋巴母細胞性；以及淋巴瘤／白血病（T-Lbly/T-ALL）、周圍T細胞淋巴瘤、淋巴母細胞性淋巴瘤、移植後淋巴組織增生病症、真組織細胞淋巴瘤、原發性中樞神經系統淋巴瘤、原發性滲出性淋巴瘤、淋巴母細胞性淋巴瘤（LBL）、淋巴性譜系之造血腫瘤、急性淋巴母細胞白血病、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、Burkitt淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性組織細胞淋巴瘤（DHL）、免疫母細胞大細胞淋巴瘤、前驅B-淋巴母細胞性淋巴瘤、皮膚T細胞淋巴瘤（CTLC）（亦稱作蕈樣真菌病或Sezary症候群）及具有Waldenstrom氏巨球蛋白血症之淋巴漿細胞樣淋巴瘤（LPL）；骨髓瘤，例如IgG骨髓瘤、輕鏈骨髓瘤、非分泌型骨髓瘤、鬱積型骨髓瘤（亦稱作惰性骨髓瘤）、孤立性漿細胞瘤及多發性骨髓瘤、慢性淋巴細胞性白血病（CLL）、毛狀細胞淋巴瘤；骨髓譜系之造血腫瘤、間質來源腫瘤（包括纖維肉瘤及橫紋肌肉瘤）；精原細胞瘤、畸胎癌、中樞及周圍神經腫瘤（包括星型細胞瘤）、神經鞘瘤；間質來源腫瘤，包括纖維肉瘤、橫紋肌肉瘤及骨肉瘤；以及其他腫瘤，包括黑色素瘤、著色性乾皮病、角化棘皮瘤、精原細胞瘤、甲狀腺濾泡癌及畸胎癌、淋巴譜系之造血腫瘤，例如T細胞及B細胞腫瘤，包括但不限於：T細胞病症，例如T-前淋巴細胞性白血病（T-PLL），包括小細胞及腦狀細胞類型；大顆粒狀淋巴細胞白血病（LGL），較佳為T細胞類型；及T-NHL肝脾淋巴瘤；周圍／胸腺後T細胞淋巴瘤（多形性及免疫母細胞亞型）；血管中心性（經鼻）T細胞淋巴瘤；頭或頸癌、腎癌、直腸癌、甲狀腺癌；急性骨髓淋巴瘤以及該等癌症之任何組合。本文所述方法亦可用於治療轉移性癌症、難治性癌症（例如先前免疫療法、例如用阻擋CTLA-4或PD-1抗體難治之癌症）及復發性癌症。
本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可單獨投予、與其他抗腫瘤拮抗劑合併投予、或與其他抗腫瘤拮抗劑同時投予。或者，在癌症疫苗策略中，該雙特異性抗腫瘤拮抗劑也可與免疫原性劑（例如癌性細胞、腫瘤疫苗、經純化之腫瘤抗原（包括重組蛋白、胜肽、及醣類分子）、轉染編碼免疫刺激細胞激素基因的細胞（He et al. (2004) J. Immunol. 173:4919-28）、或溶瘤病毒合併投予或同時投予。
已設計了許多抗癌疫苗的實驗策略。在該些策略的其中之一，疫苗係使用自源性或異源性腫瘤細胞。當腫瘤細胞被轉導表達GM-CSF時，部分該些細胞疫苗已被證明是最有效的。GM-CSF已被證實為可用於癌症疫苗接種之抗原呈現潛在的活化劑（Dranoff et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90: 3539-43）。癌症疫苗已顯示出在臨床前模型中增加了浸潤至腫瘤中的效應T細胞。癌症疫苗的主要型態包括胜肽疫苗、載體基底之抗原特異性疫苗、完整細胞疫苗、及樹突細胞疫苗。所有以疫苗為基礎的療法係經設計以將單一或多個抗原表位或來自完整細胞的抗原遞送至病患，並誘導腫瘤特異性之效應T細胞。因此，以疫苗為基礎的療法可為誘導T細胞浸潤至腫瘤最有效的方法。
在各種腫瘤中，基因表現及大規模基因表現模式的研究造就所謂腫瘤特異性抗原的定義（Rosenberg, S A (1999) Immunity 10: 281-7）。在許多案例中，該些腫瘤特異性抗原係表現在腫瘤中及產生腫瘤之細胞中的分化抗原，例如黑色素細胞抗原gp100、MAGE抗原、及Trp-2。更重要地，許多該些抗原可作為在宿主中發現之腫瘤特異性T細胞的標靶。
檢查點調節子路徑、TGF-β路徑、及／或血管新生路徑的抑制可與表現於腫瘤之重組蛋白及／或胜肽的集合一起使用，以對該些蛋白產生免疫反應。該些蛋白可被免疫系統視為自體抗原，從而對其有耐受性。腫瘤抗原可包括端粒酶蛋白質，其為染色體端粒合成所需、在超過85%人類癌症中且僅在有限數量的體細胞中表現（Kim et al. (1994) Science 266: 2011-2013）。腫瘤抗原也可以是表現在癌細胞中的「新抗原（neo-antigen）」，因為體細胞突變會在二個不相關序列（即，在Philadelphia染色體中的bcr-abl）或來自B細胞腫瘤之個體遺傳型（idiotype）間交換蛋白質序列或創造融合蛋白。
腫瘤疫苗的非限制性例子包括sipuleucel-T（Provenge®）、用於轉移前列腺癌之FDA批准的腫瘤疫苗；轉染以表現細胞激素顆粒球-巨噬細胞集落刺激因子（GM-CSF）的腫瘤細胞，例如分泌全細胞GM-CSF輻射同種異體的胰臟癌疫苗（GVAX；Johns Hopkins）；由衍生自乳癌抗原、legumain、及β-鏈蛋白之免疫原性胜肽所組成的多胜肽疫苗，當其與抗PD-1抗體合併投予時，可延長帶有乳腫瘤之小鼠的疫苗誘導的無病程存活率（Karyampudi L. et al. (2014) Cancer Res 74:2974-2985）；黑色素瘤抗原胜肽，例如gp100、MAGE抗原、Trp-2、MARTI及／或酪胺酸。其他腫瘤疫苗包括來自與人類癌症有關的病毒蛋白質，例如人類乳突病毒（HPV）（例如Gardasil®、Gardasil 9®、及Cervarix®）；B型肝炎病毒（例如Engerix-B及Recombivax HB）；C型肝炎病毒（HCV）、卡波氏肉瘤相關疱疹病毒（KSHV）。可與TIGIT抑制一起使用之腫瘤特異性抗體的其他形式為經純化之熱休克蛋白（HSP），其係分離自腫瘤組織本身。該些熱休克蛋白含有來自腫瘤細胞之蛋白質片段及該些HSPs在遞送至抗原呈現細胞以引發腫瘤免疫作用上非常有效。Talimogene laherparepvec（T-VEC或Imlygic®）為FDA批准之用於部分轉移黑色素瘤病患的溶瘤病毒，該轉移黑色素瘤無法經由手術移除。
樹突細胞（DC）為有效的抗原呈現細胞，可用於引發抗原特異性反應。DC可離體製造，並與各種蛋白質、胜肽、以及腫瘤細胞萃取物一起裝載（Nestle et al. (1998) Nature Medicine 4: 328-332）。DC也可透過基因手段進行轉導以表現該些腫瘤抗原。為了免疫作用之目的，DC也可直接與腫瘤細胞進行融合（Kugler et al. (2000) Nature Medicine 6:332-336）。作為接種疫苗（vaccination）的方法，DC免疫作用可有效地與檢查點調節子阻擋結合，以活化（釋放）更有效的抗腫瘤反應。
檢查點調節子路徑、TGF-β路徑、及／或血管新生路徑的抑制也可與標準癌症治療結合（例如手術、放射治療、及化療）。尤其，檢查點調節子抑制劑可有效地與化療方案結合。在此情形下，可能可以減少所投予之化療試劑的劑量（Mokyr et al. (1998) Cancer Research 58: 5301-5304）。該等結合的例子為併用抗腫瘤拮抗劑與達卡巴仁（decarbazine）以治療黑色素瘤。另一結合例子係併用檢查點調節子拮抗劑或抗腫瘤拮抗劑與介白素-2（IL-2）以治療黑色素瘤。舉例言之，結合使用檢查點調節子抑制、TGF-β1/TGF-β1 RII抑制、及／或血管新生抑制與化療的科學原理可促進大部分化療化合物之胞毒作用所導致的細胞死亡，進而使在抗原呈現路徑中的腫瘤抗原程度提升。可與檢查點調節子抑制、TGF-β1/TGF-β1 RII抑制、及／或透過細胞死亡抑制血管新生產生協同作用的其他結合治療為放射治療、手術、及荷爾蒙去除治療（androgen-deprivation）。該些方案係各自在宿主中創造腫瘤抗原的來源。
也可構建本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑，以使Fcα或Fcγ受體表現效應細胞標靶至腫瘤細胞（參見例如第5,922,845及5,837,243號美國專利）。舉例言之，抗Fc受體／抗腫瘤抗原（例如Her-2/neu）雙特異性抗體已用於使巨噬細胞標靶至腫瘤部位。此種標靶類型可適於本發明之實施態樣，以更有效地活化腫瘤特異性反應。該些反應的T細胞臂可透過一或多種本文中所述之檢查點調節子拮抗劑的抑制來增強。或者，可透過雙特異性抗體的使用將抗原直接遞送至DCs，該雙特異性抗體係與腫瘤抗原及樹突細胞之特定的細胞表面標記結合。
腫瘤係透過各種機制來逃脫宿主的免疫監視。許多該些機制可透過免疫抑制蛋白質的失活而克服。該些免疫抑制蛋白質包括TGF-β、IL-10、及Fas配體。各自針對該些實體的抗體可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑合併使用，以抵銷免疫抑制劑的影響及增進宿主的腫瘤免疫反應。
其他活化宿主免疫反應的抗體可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑合併使用。宿主免疫反應蛋白包括在樹突細胞表面上而活化DC功能及抗原呈現的分子。抗CD40抗體能夠有效地取代輔助T細胞活性（Ridge et al. (1998) Nature 393: 474-478）並可與本文所述之雙特異性拮抗劑合併使用。活化針對T細胞共刺激分子的抗體，例如OX-40（Weinberg et al. (2000) Immunol 164: 2160-2169）、CD137/4-1BB（Melero et al. (1997) Nature Medicine 3: 682-685 (1997）、及ICOS（Hutloff et al. (1999) Nature 397: 262-266），亦可使T細胞活化程度提升。此外，其他免疫檢查點調節子的抑制劑也可與本文所述之其他抗腫瘤拮抗劑合併使用，如以下進一步描述。
骨髓移植目前被用來治療各種造血起源的腫瘤。雖然此治療會導致移植物對抗宿主疾病，但檢查點調節子抑制可用於透過減少移植物對抗腫瘤的反應，來提升供體輸入之腫瘤特異性T細胞的有效性。
在某些實施態樣中，可對一罹患感染性疾病（特別是慢性感染）的病患投予本文所述之抗腫瘤拮抗劑。在此情況下，相似於其對癌症的應用，抗體介導之檢查點調節子抑制可單獨使用，或者作為佐劑，與疫苗合併使用，以增強對病原體、毒素及自體抗原的免疫反應。可用於此治療方法的例示性病原體包括但不限於，HIV、肝癌病毒（A、B、及C）、流感病毒、皰疹病毒、梨形鞭毛蟲、瘧疾、利什曼原蟲、金黃色葡萄球菌、及綠膿桿菌。檢查點調節子抑制、TGF-β1/TGF-β1 RII抑制、及／或血管新生抑制對於抗病原體所造成的感染（例如在感染進程中存在新穎或經改變之抗原的HIV）尤其有效。施用雙特異性抗腫瘤拮抗劑可使這些抗原被視為外來物從而引起適當之T細胞反應。
造成可透過本文所述方法而治療之感染的其他病原性病毒包括HIV、肝癌病毒（A、B、或C）、皰疹病毒感染（例如VZV、HSV-1、HAV-6、HSV-II、及CMV、第四型人類皰疹病毒），以及透過以下造成的感染：腺病毒、流感病毒、黃病毒、伊科病毒（echovirus）、鼻病毒、柯薩奇病毒（coxsackie virus）、冠狀病毒、呼吸道融合病毒（respiratory syncytial virus）、腮腺炎病毒、輪狀病毒、麻疹病毒、德國麻疹病毒、細小病毒、痘瘡病毒、HTLV病毒，登革熱病毒、乳突病毒、軟疣病毒（molluscum virus）、脊髓灰質炎病毒、狂犬病病毒、JC病毒、蟲媒病毒性腦炎病毒（arboviral encephalitis virus）、或前述的組合。
造成可透過本文所述之方法而治療的例示性病原性細菌或疾病包括披衣菌、立克次體、分枝桿菌、葡萄球菌、鏈球菌、肺炎球菌、腦膜炎球菌及淋球菌、克雷伯菌、變形桿菌、沙雷氏菌、假單胞菌、退伍軍人菌、白喉、沙門氏菌、桿菌、霍亂、鉤端螺旋體破傷風、肉毒桿菌中毒、炭疽、鼠疫及萊姆病。
造成可透過本文所述之方法而治療之感染的例示性病原性真菌包括念珠菌屬（例如白色念珠菌、克魯斯念珠菌、光滑念珠菌、熱帶念珠菌等）、新型隱球菌、麴黴菌屬（例如薰煙色麴菌、黑麴菌等）、毛黴菌目（例如毛黴菌目、犁頭菌屬、根黴菌屬）、申克孢子絲菌（Sporothrix schenkii ）、皮炎芽生菌（Blastomyces dermatitidis ）、巴西芽生菌（Paracoccidioides brasiliensis ）、球孢子菌（Coccidioides immitis ）及莢膜組織胞漿菌（Histoplasma capsulatum ）。
造成可透過本文所述之方法而治療的例示性病原性寄生蟲包括溶組織內阿米巴（Entamoeba histolytica ）、結腸腸袋蟲（Balantidium coli ）、福氏耐格里原蟲（Naegleriafowleri ）、棘阿米巴（Acanthamoeba sp.）、贊比亞賈第邊毛蟲（Giardia Zambia ）、隱孢子蟲（Cryptosporidium sp.）、卡式肺囊蟲（Pneumocystis carinii ）、間日瘧原蟲（Plasmodium vivax ）、微型巴氏錐蟲（Babesia microti ）、布氏錐蟲（Trypanosoma brucei ）、克氏錐蟲（Trypanosoma cruzi ）、杜氏利什曼原蟲（Leishmania donovani ）、鼠弓形蟲（Toxoplasma gondii ）、及巴西鉤蟲（Nippostrongylus brasiliensis ）。
在上述所有方法中，檢查點調節子抑制、TGF-β1/TGF-β1 RII抑制、及／或血管新生抑制可與其他形式的免疫療法（例如細胞激素（例如干擾素、GM-CSF、G-CSF、IL-2）治療）、或與使用二個不同結合特異性之雙特異性抗體療法合併使用，以提供增強的腫瘤抗原呈現。
本文所述之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可透過與一或多種任意抗體以及所欲抗原（例如疫苗）之共投予來增強抗原特異性免疫反應。因此，本文係提供在個體中增強對抗原之免疫反應的方法，包含對該個體投予：(i) 抗原；(ii) 雙特異性抗腫瘤拮抗劑，於此增強了在個體中對抗原的免疫反應。該抗原可為例如腫瘤抗原、病毒抗原、細菌抗原、或來自病原體的抗原。該等抗原的非限制性例子包括在上述章節所描述者，例如以上討論之腫瘤抗原（或腫瘤疫苗）、或來自病毒、細菌或上述其他病原體的抗原。
在某些實施態樣中，包含雙特異性抗腫瘤拮抗劑之結合表位的胜肽或融合蛋白可作為取代抗腫瘤拮抗劑、或除了抗腫瘤拮抗劑外的疫苗。
由體內及體外投予本文所述之抗體組成物（例如人類單株抗體、多特異性抗體、或免疫複合物）的合適途徑為本領域所周知且可為本領域技術人員所選用。舉例言之，該抗體組成物可透過注射（靜脈內或皮下）投予。所用分子的合適劑量係取決於該個體的年齡及體重、以及該抗體組成物的濃度及／或配方。 結合療法（ Combination therapies ）
在另一方面，本發明係提供用於在個體中增強抗原特異性T細胞反應的結合療法。在一實施態樣中，該方法包括使T細胞與雙特異性抗腫瘤拮抗劑和二抗、抗體片段、拮抗劑、或藥物合併接觸，以便增強抗原特異性T細胞反應或細胞凋亡路徑。舉例言之，在部分實施態樣中，第一雙特異性抗腫瘤拮抗劑係特異地結合至第一檢查點調節子，例如PD-1或PD-L1，且第二雙特異性抗腫瘤拮抗劑係特異地結合至不同之檢查點調節子或不同表位。在部分實施態樣中，該二抗或抗體片段係包含一或多個來自PD-1及／或PD-L1之不同的HCVRs、LCVR、或CDR(s)。
在一相關方面，在有需要之腫瘤個體中減少或消耗調節T細胞的方法係包括將有效量之抗體或抗體片段與二抗、抗體片段、拮抗劑或藥物合併投予，以便減少該個體中的調節T細胞數量。
在部分實施態樣中，該個體具有如本文所述之細胞增生性疾病或癌症。
在其他實施態樣中，該個體具有如本文所述之慢性病毒感染、發炎性疾病或自體免疫疾病。
就休眠T淋巴細胞（resting T lymphocytes）之淋巴細胞活化而言，對T細胞提供二種不同訊號係一廣泛被接受的模型。此模型進一步提供自我與非自我的辨識、及免疫耐受性。初始訊號或抗原特異性訊號在辨識存在主要組織相容性複合體（MHC）背景中的外來抗原胜肽後，係透過T細胞受體（TCR）轉導。次級或共刺激訊號係透過抗原呈現細胞（APCs）上所表現之共刺激分子而傳送至T細胞。此誘導T細胞促進株落增殖（clonal expansion）、細胞激素分泌及效應功能。在缺乏共刺激的情況下，T細胞對抗原刺激可能變得難以控制，導致對外源或內源抗原的耐受性反應。
在該雙訊號模型（two-signal model）中，T細胞接受正共刺激訊號及負共抑制訊號。調節這些正及負訊號對於最大化宿主的保護性免疫反應至關重要，同時保持免疫耐受性及預防自體免疫。負訊號對於誘導T細胞耐受性似乎是必須的，而正訊號會促進T細胞活化。共刺激訊號及共抑制訊號均提供給抗原暴露的T細胞，並且共刺激訊號及共抑制訊號之間的相互作用對於控制免疫反應的幅度是必不可少的。而且，當感染或免疫激發被清除、惡化或持續存在時，提供給T細胞的訊號發生變化，這些變化強烈地影響了反應的T細胞且重新塑造了免疫反應。
共刺激的機制具有治療意義，因為共刺激訊號的操作已顯示提供了增強或終止基於細胞之免疫反應的手段。近年來，發現T細胞功能障礙或無反應性可與經誘導且持續之免疫檢查點調節子（例如程序性死亡多肽（PD-1）及其配體PD-L1與PD-L2）表現同時發生。PD-L1在許多癌症中過度表達，且經常與不良的預後相關（Thompson R H et al., Cancer Res 2006, 66(7):3381）。而且，與正常組織及周邊血T淋巴細胞中的T淋巴細胞相比，大多數的腫瘤浸潤T淋巴細胞係主要表現PD-1，這表示在腫瘤反應性T細胞上的PD-1上調可導致抗腫瘤免疫反應受損（Blood 2009 114(8):1537）。這可能是由於表現PD-L1的腫瘤細胞與表現PD-1的T細胞之相互作用所介導的PD-L1訊號傳導的利用，導致T細胞活化的減弱及免疫監視的逃脫。PD-L1／PD-1相互作用的抑制提供了增強T細胞免疫性的手段，包括CD8+ T細胞所介導之對癌細胞及腫瘤的殺傷作用。透過抑制PD-1與結合伴侶（binding partner）B7-1的結合，已觀察到類似的T細胞免疫增強。因此，PD-1及其他免疫檢查點調節子的治療標靶是一個令人關注的領域。
TGF-β1訊號、檢查點調節子訊號、及／或血管新生訊號與其他在腫瘤細胞中下調之訊號路徑的結合抑制可提供增強治療效益的手段。近年來，已確認多個以受體及其配體形式的免疫檢查點調節子。結合至共刺激或共抑制受體之膜結合配體的一個重要家族為B7家族，其係包括CTLA-4及其配體、B7-1及B7-2；PD-1及其配體、PD-L1（B7-H1）及PD-L2（B7-DC）；B7-H2（ICOS-L）、B7-H3、B7-H4、B7-H5（VISTA）、及B7-H6。其他免疫檢查點調節子拮抗劑包括但不限於，TIM-3及其配體、半乳糖凝集素-9；LAG-3及其配體，包括肝竇內皮細胞凝集素（LSECtin）及半乳糖凝集素-3；CD122及其CD122R配體；CD70、B7H3、B及T淋巴細胞衰減劑（BTLA）、及VISTA（Le Mercier et al. (2015) Front. Immunol., (6), Article 418）。此外，已確定多個檢查點調節子拮抗劑並在各種臨床及臨床前模型中進行測試及／或獲得FDA批准（Kyi et al., FEBS Letters, 588:368-376 (2014)）。抑制性受體阻斷的概念亦稱為免疫檢查點阻斷，已透過例如FDA批准的PD-1抑制劑、nivolumab及pembrolizumab、以及抗CTLA-4抗體、ipilimumab用於轉移性黑色素瘤的功效而證實。
免疫檢查點拮抗劑調節或干擾免疫檢查點調節子的活性，從而因為與檢查點調節子或其配體結合而阻擋或抑制了透過檢查點調節子受體的訊號傳導。透過抑制此訊號傳導可逆轉免疫抑制，從而可重新建立或增強對抗癌細胞的T細胞免疫。反之，免疫檢查點致效劑（例如共刺激分子）刺激免疫檢查點調節子的活性，從而因為與檢查點調節子或其配體結合而刺激透過檢查點調節子受體的訊號傳導。透過刺激這種訊號傳導，可重新建立或增強對抗癌細胞的T細胞免疫。
因此，在一實施態樣中，用於刺激一個體之免疫反應的方法係包含對該個體投予如本文所述之抗雙特異性抗腫瘤拮抗劑與上述其他免疫檢查點調節子，從而刺激該個體中的免疫反應，例如抑制腫瘤生長或刺激抗病毒反應。尤其，雙特異性抗腫瘤拮抗劑可作為分開的拮抗劑或作為包含多個產物之結合異性的多特異性拮抗劑而進行投予。
在部分實施態樣中，可將本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑與以下結合，以刺激免疫反應：(i) 抑制T細胞活化之IgSF家族蛋白質、B7家族或TNF家族的拮抗劑、或抑制T細胞活化之細胞激素（例如IL-6、IL-10、TGF-β、VEGF或其他免疫抑制細胞激素）的拮抗劑、及／或(ii) IgSF家族、B7家族或TNF家族之刺激性受體的致效劑、或刺激T細胞活化之細胞激素的致效劑，以用於刺激免疫反應。在其他實施態樣中，係將雙特異性抗腫瘤拮抗劑與抗CTLA-4抗體或CTLA-4拮抗劑合併投予至該個體。根據本發明所使用之例示性CTLA-4抗體包括ipilimumab、trevilizumab及tremelimumab。
在部分實施態樣中，可對患有高度表現免疫檢查點調節子配體之癌症的個體投予標靶不同檢查點調節子拮抗劑的雙特異性拮抗劑。舉例言之，在一實施態樣中，可選擇展現PVR（CD155）及／或Nectin-2（CD112）高表現及／或PD-1低表現的癌症個體，以單獨使用抗TIGIT或抗LAG-3抗體或其片段進行單藥療法、或使用PD-1拮抗劑或其他免疫檢查點調節子拮抗劑進行結合療法。本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可與其他用劑（例如抗體、拮抗劑或藥物）以刺激免疫反應及／或細胞凋亡的有效量進行共投予，以進一步增強、刺激或上調個體的免疫反應及／或細胞凋亡。
在部分實施態樣中，雙特異性抗腫瘤拮抗劑係在不同的抗腫瘤拮抗劑治療後進行投予。舉例言之，在部分實施態樣中，本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑可僅在單特異性抗腫瘤拮抗劑已失效、已造成不完全治療反應、或已產生腫瘤再現或復發（例如「PD-1失敗」）後進行投予。在部分實施態樣中，可用例如PVR及／或Nectin-2篩選展現此等失敗的癌症，且僅有該些具有高程度表現者使用本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑進行治療。
在某些實施態樣中，該抗腫瘤拮抗劑係包括免疫檢查點調節子的顯性負蛋白區域。在特定的實施態樣中，該顯性負蛋白係包含衍生自選自由以下成員所組成之群組的細胞外區域：PD-L1、PD-L2、PD-1、B7-1、B7-2、B7H3、CTLA-4、LAG-3、TIM-3、TIGIT、BTLA、VISTA、CD70、及前述的組合。在某些特定的實施態樣中，該些細胞外區域係與本文所述抗體的免疫球蛋白恆定區或Fc受體進行融合。此等突變可結合至內源性受體，以形成訊號傳遞不足的複合體。在某些實施態樣中，該細胞外區域係與免疫球蛋白恆定區或Fc受體進行融合、或與寡蛋白複合物的單體進行融合。
在某些實施態樣中，顯性負PD-L1拮抗劑係包含PD-L1、PD-L2、或PD-1的細胞外區域。在另一實施態樣中，係使用具有突變而不再能夠與PD-L1結合的顯性負PD-1拮抗劑。例示性的顯性負蛋白為AMP-224（Glaxo Smith Kline及Amplimmune共開發）、包含PD-L2及人類IgG之Fc區的細胞外區域的重組融合蛋白。
例示性免疫檢查點調節子致效劑包括但不限於，腫瘤壞死因子（TNF）受體超家族成員（例如CD27、CD40、OX40、GITR and 4-1BB（CD137））及其配體、或B7-CD28超家族成員（包括CD28及ICOS（CD278））。其他檢查點調節子致效劑包括CD2、CDS、ICAM-1、LFA-1 (CD11a/CD18)、CD30、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3、CD83配體。免疫檢查點致效劑可包括包含一或多個共刺激區域的抗體或可溶性融合蛋白致效劑。致效劑抗體包括但不限於，抗CD40 mAbs，例如CP-870,893、lucatumumab、及dacetuzumab；抗CD137 mAbs，例如BMS-663513 urelumab、及PF-05082566；抗OX40 mAbs；抗GITR mAbs，例如TRX518；抗CD27 mAbs，例如CDX-1127；及抗ICOS mAbs。
例示性之GITR致效劑包括例如GITR融合蛋白及抗GITR抗體（例如二價抗GITR抗體），例如：以下所述之GITR融合蛋白：第6,111,090及8,586,023號美國專利、第090505B1號歐洲專利、公開號為WO 2010/003118及WO 2011/090754之國際專利申請案。抗GITE抗體係例如以下所描述者：第7,025,962、7,618,632、7,812,135、8,388,967、及8,591,886號美國專利、第1947183B1及1866339號歐洲專利；公開號為WO 2011/028683、WO 2013/039954、WO2005/007190、WO 2007/133822、WO 2005/055808、WO 99/40196、WO 2001/03720、WO 99/20758、WO 2006/083289、WO 2005/115451、WO 2011/051726之國際專利申請案。例示性的抗GITR抗體為TRX518。
其他結合至共刺激或共抑制受體之膜結合配體的家族為與同源TNF受體家族成員結合之TNF家族分子，包括CD40及CD40L、OX-40、OX-40L、CD70、CD27L、CD30、CD30L、4-1BBL、CD137/4-1BB、TRAIL/Apo2-L、TRAILR1/DR4、TRAILR2/DR5、TRAILR3、TRAILR4、OPG、RANK、RANKL、TWEAKR/Fn14、TWEAK、BAFFR、EDAR、XEDAR、TACI、APRIL、BCMA、LTβR、LIGHT、DcR3、HVEM、VEGI/TL1A、TRAMP/DR3、EDAR、EDA1、XEDAR、EDA2、TNFR1、淋巴毒素 α/TNF γ、TNFR2、TNFα、LTβR、淋巴毒素α 1(32、FAS、FASL、RELT、DR6、TROY、NGFR（參見例如Tansey, M.G. et al. (2009) Drug Discovery Today, 14(23-24):1082-1088）。
免疫檢查點致效劑或共刺激分子係包括抗原受體或其配體以外的細胞表面分子，其為有效的免疫反應所需，包括但不限於，第I型MHC分子、第II型MHC分子、TNF受體蛋白、類免疫球蛋白的蛋白質、細胞激素受體、整合蛋白、訊號淋巴細胞活化分子（SLAM蛋白）、活化NK 細胞受體、BTLA、鐸配體受體（Toll ligand receptor）、OX40、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CDS、ICAM-1、LFA-1（CD11a/CD18）、4-1BB（CD137）、B7-H3、CDS、ICAM-1、ICOS（CD278）、GITR、BAFFR、LIGHT、HVEM（LIGHTR）、KIRDS2、SLAMF7、NKp80（KLRF1）、NKp44、NKp30、NKp46、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2R β、IL2R γ、IL7R α、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1 （CD226）、SLAMF4（CD244、2B4）、CD84、CD96（Tactile）、CEACAM1、CRTAM、Ly9（CD229）、CD160（BY55）、PSGL1、CD100（SEMA4D）、CD69、SLAMF6 （NTB-A、Ly108）、SLAM（SLAMF1、CD150、IPO-3）、BLAME（SLAMF8）、SELPLG（CD162）、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、CD19a、及特異地結合至CD83的配體。
在一方面中，T細胞反應可透過本發明之抗PD-1或抗PD-L1 mAbs與以下一或多者的結合進行刺激：(i) 抑制T細胞活化之蛋白質的拮抗劑（例如免疫檢查點抑制劑），例如CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、TIM-3、半乳糖凝集素9、CEACAM-1、BTLA、CD69、半乳糖凝集素-1、CD113、GPR56、VISTA、2B4、CD48、GARP、PD-1H、LAIR1、TIM-1、CD96及TIM-4，以及(ii) 刺激T細胞活化之蛋白質的致效劑，例如B7-1、B7-2、CD28、4-1BB（CD137）、4-1BBL、ICOS、CD40、ICOS-L、OX40、OX40L、GITR、GITRL、CD70、CD27、CD40、DR3及CD28H。
調節上述蛋白之一者的例示性用劑可與本發明之抗PD-1抗體或抗PD-L1抗體併用於治療癌症。該些例示性用劑包括例如YERVOY™/ipilimumab或tremelimumab （針對CTLA-4）、galiximab（針對B7.1）、OPDIVO™/nivolumab/BMS-936558 （針對PD-1）、pidilizumab/CT-011（針對PD-1）、KEYTRUDA™/pembrolizumab/MK-3475（針對PD-1）、AMP224（針對 B7-DC/PD-L2）、BMS-936559（針對B7-H1）、MPDL3280A（針對B7-H1）、MEDI-570（針對ICOS）、AMG557（針對B7H2）、MGA271（針對B7H3）、IMP321（針對LAG-3）、urelumab/BMS-663513及PF-05082566（針對CD137/4-1BB）、CDX-1127（針對CD27）、MEDI-6383及MEDI-6469（針對OX40）、RG-7888（針對OX40L）、Atacicept（針對TACI）、CP-870893（針對CD40）、lucatumumab（針對CD40）、dacetuzumab（針對CD40）、and muromonab-CD3（針對CD3）。
其他可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑併用於癌症治療的分子包括NK細胞上之抑制性受體的拮抗劑、或NK細胞上之活化性受體的致效劑。舉例言之，拮抗劑抗PD-1及／或抗PD-L1抗體可與KIR（例如lirilumab）、CSF-1R拮抗劑（例如RG7155）拮抗劑併用。
腫瘤係透過各種機制逃脫宿主的免疫監視。許多該些機制可透過腫瘤表現之免疫抑制蛋白的失活而克服。該些免疫抑制蛋白質包括TGF-β、IL-10及Fas配體。各自針對該些實體的抗體可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑合併使用，以抵銷免疫抑制劑的影響及增進宿主的腫瘤免疫反應。
其他活化宿主免疫反應的抗體可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑合併使用。宿主免疫反應蛋白包括在樹突細胞表面上而活化DC功能及抗原呈現的分子。抗CD40抗體能夠有效地取代輔助T細胞活性並可與本文所述之抗腫瘤拮抗劑合併使用。活化針對T細胞共刺激分子的抗體，例如OX-40、CD137/4-1BB、及ICOS，亦可使T細胞活化程度提升。
在某些實施態樣中，本文描述之抗腫瘤拮抗劑可與一或多個其他治療劑合併投予，例如抗癌劑、放射毒劑、或免疫抑制劑。此等共投予可解決抗藥性造成的問題、會導致拮抗劑失去反應力之腫瘤抗原性改變、以及毒性（透過投予低劑量之一或多個用劑）。
本文所述之抗腫瘤拮抗劑可與該用劑連接（作為免疫複合物）、或與該用劑分開投予。在後者的情況下（分開投予），抗體可在該用劑之前、之後或同時投予，或者可與其他已知療法一起施用，例如抗癌療法（例如放射治療）。本文所述之抗腫瘤拮抗劑可與一或多種抗癌劑共同投予，以提供透過不同機制協同操作的二種抗癌劑在人類癌細胞中產生胞毒效應。
本文所述之抗腫瘤拮抗劑可與抗癌劑結合，例如烷化劑、蔥環類抗生素、抗代謝物、解毒劑、干擾素、多克隆或單克隆抗體、EGFR抑制劑、HER2抑制劑、組蛋白脫乙醯酶抑制劑、荷爾蒙、有絲分裂抑制劑、磷脂醯基醇-3-激酶（PI3K）抑制劑、Akt抑制劑、哺乳動物雷帕霉素靶標（mTOR）抑制劑、蛋白酶體抑制劑、聚（ADP-核糖）聚合酶（PARP）抑制劑、Ras/MAPK路徑抑制劑、中心體去簇劑、多激酶抑制劑、絲胺酸/蘇胺酸激酶抑制劑、酪胺酸激酶抑制劑、VEGF/VEGFR抑制劑、紫杉烷或紫杉烷衍生物、芳香酶抑制劑、蔥環黴素、微管標靶藥物、拓撲異構酶毒物藥物、分子標靶或酶抑制劑（例如激酶或蛋白質賈姬轉移酶）、胞苷類似物或其組合。
例示性烷化劑包括但不限於，環磷醯胺（Cytoxan；Neosar）；苯丁酸氮芥（Leukeran）；美法侖（Alkeran）；卡莫司汀（BiCNU）；白消安（Busulfex）；洛莫司汀（CeeNU）；達卡巴嗪（DTIC-Dome）；奧沙利鉑（Eloxatin）；卡莫司汀（Gliadel）；異環磷醯胺（Ifex）；雙氯乙基甲胺（Mustargen）；白消安（Myleran）；卡鉑（Paraplatin）；順鉑（CDDP；Platinol）；替莫唑胺（Temodar）；噻替哌（Thioplex）；苯達莫司汀（Treanda）；或鏈唑黴素（Zanosar）。
例示性的蔥環類抗生素包括但不限於，多柔比星（Adriamycin）；多柔比星脂質體（Doxil）；米托蔥醌（Novantrone）；博來黴素（Blenoxane）；柔紅黴素（Cerubidine）；柔紅黴素脂質體（DaunoXome）；放線菌素（Cosmegen）；表柔比星（Ellence）；伊達比星（伊達黴素）；普卡黴素（Mithracin）；絲列黴素（Mutamycin）；噴司他丁（Nipent）；或戊柔比星（Valstar）
例示性的抗代謝物包括但不限於，氟尿嘧啶（Adrucil）；氟尿嘧啶卡培他濱（希羅達）；羥基脲（Hydrea）；巰嘌呤（嘌呤醇）；培美曲塞（Alimta）；氟達拉濱（Fludara）；奈拉濱（Arranon）；克拉曲濱（Cladribine Novaplus）；氯法拉濱（Clolar）；阿糖胞苷（Cytosar-U）；地西他濱（Dacogen）；阿糖胞苷脂質體（DepoCyt）；羥基脲（Droxia）；普拉曲沙（Folotyn）；氟尿苷（FUDR）；吉西他濱（Gemzar）；克拉曲濱（Leustatin）；氟達拉濱（Oforta）；甲胺蝶呤（MTX；Rheumatrex）；甲胺蝶呤（Trexall）；硫鳥嘌呤（Tabloid）；TS-1或阿糖胞苷（Tarabine PFS）。
例示性的解毒劑包括但不限於，阿米斯丁（Ethyol）或美司鈉（Mesnex）。
例示性的干擾素包括但不限於，干擾素α-2b（Intron A）或干擾素α-2a（Roferon-A）。
例示性的多克隆或單克隆抗體包括但不限於，曲妥珠單抗（賀癌平）；奧法木單抗（Arzerra）；貝伐單抗（癌思停）；利妥昔單抗（Rituxan）；西妥昔單抗（Erbitux）；帕尼單抗（Vectibix）；托西莫單抗／碘131托西莫單抗（Bexxar）；阿侖單抗（Campath）；ibritumomab（Zevalin；In-111；Y-90 Zevalin）；吉妥單抗（Mylotarg）；依庫珠單抗（Soliris） ordenosumab。
例示性的EGFR抑制劑包括但不限於，吉非替尼（Iressa）；拉帕替尼（Tykerb）；西妥昔單抗（Erbitux）；埃羅替尼（Tarceva）；帕尼單抗（Vectibix）；PKI-166；卡紐替尼（CI-1033）；馬妥珠單抗（Emd7200）或EKB-569。
例示性的HER2抑制劑包括但不限於，曲妥珠單抗（賀癌平）；拉帕替尼（Tykerb）或AC-480。
例示性的組蛋白脫乙醯酶抑制劑包括但不限於，伏立諾他（Zolinza）、丙戊酸、羅米地辛、恩替司他、abexinostat、格維諾司他、及莫西汀司他。
例示性的荷爾蒙包括但不限於，他莫昔芬（Soltamox；Nolvadex）；雷洛昔芬（Evista）；甲地孕酮（Megace）；亮丙瑞林（Lupron；Lupron Depot；Eligard；Viadur）；氟維司群（Faslodex）；來曲唑（Femara）；曲普瑞林（Trelstar LA；Trelstar Depot）；依西美坦（Aromasin）；戈舍瑞林（Zoladex）；比卡魯胺（Casodex）；阿那曲唑（Arimidex）；氟甲睪酮（Androxy；Halotestin）；甲羥孕酮（Provera；Depo-Provera）；雌莫司汀（Emcyt）；氟他胺（Eulexin）；托瑞米芬（Fareston）；地加瑞克（Firmagon）；尼魯米特（Nilandron）；阿布雷里克斯（Plenaxis）；或睪內酯（Teslac）。
例示性的有絲分裂抑制劑包括但不限於，紫杉醇（Taxol；Onxol；Abraxane）；多西他賽（Taxotere）；長春新鹼（Oncovin；Vincasar PFS）；長春鹼（Velban）；依托泊苷（Toposar；Etopophos；VePesid）；替尼泊苷（Vumon）；伊沙匹隆（Ixempra）；諾考達唑；埃博黴素；長春瑞濱（Navelbine）；喜樹鹼（CPT）；伊立替康（Camptosar）；托泊替康（Hycamtin）；安吖啶或lamellarin D（LAM-D）。
例示性的磷脂醯肌醇-3-激酶（PI3K）抑制劑包括但不限於，不可逆的PI3K抑制劑渥曼青黴素、渥曼青黴素衍生物去甲氧基吡啶LY294002、可逆的PI3K抑制劑；BKM120（Buparlisib）；Idelalisib（一種PI3Kδ抑制劑）；duvelisib（IPI-145，PI3K δ及γ抑制劑）；alpelisib（BYL719），一種α-特異性PI3K抑制劑；TGR 1202（以前稱為RP5264），一種口服PI3K δ抑制劑；以及copanlisib（BAY 80-6946），一種主要為PI3Kα,δ同型抑制劑。
例示性的Akt抑制劑包括但不限於，米替福斯、AZD5363、GDC-0068、MK2206、哌立福、RX-0201、PBI-05204、GSK2141795、及SR13668。
例示性的MTOR抑制劑包括但不限於，依維莫司（Afinitor）或替西羅莫司（Torisel)；雷帕鳴（rapamune）、地磷莫斯（ ridaforolimus）；地磷莫斯（deforolimus）（AP23573)、AZD8055（AstraZeneca)、OSI-027（OSI）、INK-128、BEZ235、PI-103、Torin1、PP242、PP30、Ku-0063794、WAY-600、WYE-687、WYE-354、及CC-223。
例示性的蛋白酶體抑制劑包括但不限於，硼替佐米（PS-341）、ixazomib（MLN 2238）、MLN 9708、delanzomib（CEP-18770）、卡非佐米（carfilzomib）（PR-171）、YU101、oprozomib（ONX-0912）、marizomib（NPI-0052）、及戒酒硫（disufiram）。
例示性的PARP抑制劑包括但不限於，奧拉帕尼、伊帕利布、velaparib、BMN-673、BSI-201、AG014699、ABT-888、GPI21016、MK4827、INO-1001、CEP-9722、PJ-34、Tiq-A、Phen、PF-01367338及前述的組合。
例示性的Ras/MAPK抑制劑包括但不限於，trametinib、司美替尼（selumetinib）、cobimetinib、CI-1040、PD0325901、AS703026、RO4987655、RO5068760、AZD6244、GSK1120212、TAK-733、U0126、MEK162、及GDC-0973。
例示性的中心體去簇劑包括但不限於，灰黃黴素；諾斯卡品（noscapine）、諾斯卡品衍生物，例如溴化諾斯卡品（例如9-溴苯斯卡平（9-bromonoscapine））、還原溴代諾斯卡品（RBN）、N-(3-溴芐基)諾斯卡品、胺諾斯卡品及其水溶性衍生物；CW069；菲衍生的聚(ADP-核糖)聚合酶抑制劑、PJ-34；N2-(3-吡啶基甲基)-5-硝基-2-糠醯胺、N2-(2-噻吩基甲基)-5-硝基-2-糠醯胺、及N2-芐基-5-硝基-2-糠醯胺。
例示性的多激酶抑制劑包括但不限於，瑞格非尼；索拉非尼（Nexavar）；舒尼替尼（Sutent）；BIBW 2992；E7080；Zd6474；PKC-412；莫特塞尼；或AP24534。
例示性的絲胺酸／蘇胺酸激酶抑制劑包括但不限於，蘆布妥林（ruboxistaurin）；依立盧（eril）／easudil鹽酸鹽；黃酮類抗腫瘤藥；塞利西利（seliciclib）(CYC202；Roscovitrine)；SNS-032（BMS-387032）；Pkc412；苔蘚蟲素；KAI-9803；SF1126；VX-680；Azd1152；Arry-142886（AZD-6244）；SCIO-469；GW681323；CC-401；CEP-1707或PD 332991。
例示性的酪胺酸激酶抑制劑包括但不限於，埃羅替尼（Tarceva）；吉非替尼（Iressa）；伊馬替尼（Gleevec）；索拉非尼（Nexavar）；舒尼替尼（Sutent）；曲妥珠單抗（賀癌平）；貝伐單抗（癌思停）；利妥昔單抗（Rituxan）；拉帕替尼（Tykerb）；西妥昔單抗（Erbitux）；帕尼單抗（Vectibix）；依維莫司（Afinitor）；阿侖單抗（Campath）；吉姆單抗（Mylotarg）；坦西莫司（Torisel）；帕唑帕尼（Votrient）；達沙替尼（Sprycel）；尼羅替尼（Tasigna）；vatalanib（Ptk787；ZK222584）；CEP-701；SU5614；MLN518；XL999；VX-322；Azd0530；BMS-354825；SKI-606 CP-690；AG-490；WHI-P154；WHI-P131；AC-220；或AMG888。
例示性的VEGF/VEGFR抑制劑包括但不限於，貝伐單抗（癌思停）；索拉非尼（Nexavar）；舒尼替尼（Sutent）；蘭尼單抗；哌加他尼；或vandetinib。
例示性的微管標靶藥物包括但不限於，紫杉醇、多西他賽、長春新鹼（vincristin）、長春鹼（vinblastin）、諾考達唑、埃博黴素及諾維本。
例示性的拓撲異構酶毒物藥物包括但不限於，替尼泊苷、依托泊苷、阿黴素、喜樹鹼、柔紅黴素、放線菌素D、米托蔥醌、安吖啶、表柔比星及伊達比星。
例示性的紫杉烷或紫杉烷衍生物包括但不限於紫杉醇及多西他賽。
例示性的一般化療劑、抗腫瘤劑、抗增殖劑包括但不限於，六甲蜜胺（Hexalen）；異維甲酸（Accutane；Amnesteem；Claravis；Sotret）；維甲酸（Vesanoid）；阿扎胞苷（Vidaza）；硼替佐米（Velcade）天冬醯胺酶（Elspar）；左旋咪唑（Ergamisol）；米托坦（Lysodren）；丙卡巴胼（Matulane）；培門冬酶（Oncaspar）；地尼白介素-毒素連接物（Ontak）；卟菲爾（Photofrin）；阿地白介素（Proleukin）；來鈉度胺（Revlimid）；貝沙羅汀（Targretin）；沙利度胺（Thalomid）；temsirolimus（Torisel）；三氧化二砷（Trisenox）；維替泊芬（Visudyne）；mimosine（Leucenol）；（1M替加氟-0.4 M 5-氯-2,4-二羥基嘧啶-1 M嗪酸鉀）或洛伐他汀。
在某些實施態樣中，本文所述抗腫瘤拮抗劑係以亞治療劑量投予，其他抗免疫檢查點調節子抗體或拮抗劑係以亞治療劑量投予，血管新生拮抗劑係以亞治療劑量投予，或者任何與其合併之拮抗劑係各自以亞治療劑量投予。
在某些實施態樣中，TGFβ/TGFβ RII、檢查點調節子、及／或血管新生路徑的抑制可根據常見的化療方案與標準癌症治療（例如手術、放射治療、及化療）結合。在該些情況下，可能可以降低所投予之化療試劑的劑量。此等結合的例子為將本申請之檢查點調節子拮抗劑與達卡巴仁合併於黑色素瘤的治療。此等結合的其他例子為本申請之檢查點調節子拮抗劑與介白素-2（IL-2）合併於黑色素瘤的治療。咸信檢查點調節子抑制與化療的合併使用可增強胞毒免疫作用之細胞凋亡及增加腫瘤抗原呈現。其他協同結合治療係包括當其與放射治療、手術或荷爾蒙去除治療合併時經由細胞死亡之檢查點調節子抑制。此等方案各自在宿主中創造腫瘤抗原的來源。
在某些實施態樣中，本文所述之檢查點調節子拮抗劑可用於多特異性拮抗劑、或與將表現Fcα或Fcγ受體之效應細胞靶向癌細胞的雙特異性抗體合併使用（參見例如第5,922,845及5,837,243號美國專利）。雙特異性抗體可用於標靶二個獨立的抗原。舉例言之，抗Fc受體／抗腫瘤抗原（例如Her-2/neu）雙特異性抗體已被用於將巨噬細胞靶向癌細胞或腫瘤。此標靶可更加有效地活化腫瘤特異性反應。該些反應的T細胞臂可透過檢查點調節子的抑制來增強。或者，可透過雙特異性抗體的使用將抗原直接遞送至DCs，該雙特異性抗體係與腫瘤抗原及樹突細胞之特定的細胞表面標記結合。 III. 用於表現抗腫瘤拮抗劑的核酸及宿主細胞
在另一方面，本發明係提供編碼本發明之抗腫瘤拮抗劑的核酸，包括重鏈及輕鏈、以及包含該些核酸的表現載體。尤其是，該核酸係編碼對應於任何本文所述之抗體、拮抗劑或片段的一或多個HCDRs、LCDRs、HCVRs及／或LCVRs。
於此，在一方面，本發明係提供一或多個編碼任何本文所述之抗腫瘤拮抗劑、抗體或其抗原結合部分的核酸。
在另一方面，本發明係提供一或多個表現載體，其係包含一或多個編碼任何本文所述之抗腫瘤拮抗劑、抗體或其抗原結合部分的核酸。
在另一方面，本發明係提供使用該一或多個轉染有表現載體之宿主細胞，該表現載體係包含一或多個編碼任何本文所述之抗腫瘤拮抗劑、抗體或其抗原結合部分的核酸。
可使用常見流程（例如使用能與編碼單株抗體重鏈及輕鏈之基因特異地結合的寡核苷酸探針）自雜交瘤細胞所製造之單株抗體分離及定序抗原結合位的DNA(s)。或者，可透過直接的蛋白質定序來確定來自關注之免疫球蛋白的胺基酸序列，且可根據通用密碼子表來設計合適的編碼核苷酸序列。在其他情形下，可自本領域已知的公開來源獲得抗原結合位或其他免疫球蛋白序列的核苷酸及胺基酸序列（包括恆定區、鉸鏈區等）。
在一方面，本發明之任何結合拮抗劑片段可包括使用對應於例如抗體可變區等之密碼子優化的合成DNA片段。舉例言之，可優化編碼免疫球蛋白VH、VL、HC、LC、CH1、CH2、CH3及／或框架區之cDNA序列之密碼子，以在各種人類、靈長類或哺乳類細胞（例如HEK或CHO細胞）中表現。本發明亦以包含一或二個核苷酸序列的核酸分子為特徵，該核苷酸序列係編碼本文所述之抗PD-L1抗體分子的重鏈及輕鏈可變區、CDRs、高變異環（hypervariable loop）、框架區。
編碼特定雙特異性抗腫瘤拮抗劑的表現載體可用以在體外培養細胞中合成本文之抗腫瘤拮抗劑，或其可直接投予至病患以在體內或離體表現抗腫瘤拮抗劑。如本文所使用，「表現載體（expression vector）」係指病毒或非病毒的載體，其包含編碼對應於本文之雙特異性抗腫瘤拮抗劑的一或多個多肽鏈的多核苷酸，且係以適合表現宿主多核苷酸以用於抗體製備目的或用於作為治療劑直接投予的形式呈現。
當一核酸序列與另一核酸序列處於功能關係時，前者與後者「可操作地連接（operably linked）」。舉例言之，若前序列或訊號胜肽的DNA表達為參與多肽分泌的前蛋白，則該前序列或訊號胜肽的DNA可操作地連接至多肽的DNA；若啟動子或增強子影響序列的轉錄，則該啟動子或增強子可操作地連接至編碼序列；或者，若核糖體結合位置被定位以便於轉譯，則該核糖體結合位點可操作地連接至編碼序列。一般而言，「可操作地連接」係指被連接的DNA序列是連續的，且在訊號胜肽的例子中為連續的並處於閱讀相。但是增強子不必是連續的。連接係透過在方便的限制性位點進行連接來完成。若此位點不存在，則可根據常規操作使用合成的寡核苷酸銜接子或連接子。
用於表達檢查點調節子拮抗劑的核酸序列通常包括自成熟蛋白質中移除的胺基終端訊號胜肽序列。由於訊號胜肽序列可影響表達程度，所以多核苷酸可編碼多種不同N端訊號胜肽序列中的任一者。本領域技術人員能理解，表達載體的設計可取決於例如待轉染之宿主細胞的選擇、所欲蛋白質表達程度等因素。
上述「調控序列（regulatory sequence）」係指在一或多種宿主生物中表達可操作連接的編碼序列所必須的DNA序列。術語「調控序列」旨在包括啟動子、增強子、及其他表達調控元件（例如聚腺苷酸化訊號）。調控序列包括該些在許多類型的宿主細胞中引導核苷酸序列的組成表現、或者僅在某些宿主細胞（例如組織特異性調控序列）中引導核苷酸序列表現。表現載體通常包含用於轉錄終止的序列，且可另外包含一或多個正向影響mRNA穩定性的元件。
表現載體係含有一或多種轉錄調控元件，包括啟動子及／或增強子，用於引導抗腫瘤拮抗劑的表現。啟動子包含從相對於固定位置之轉錄起始位點初始轉錄功能的DNA序列。啟動子包含RNA聚合酶及轉錄因子基本相互作用所需要的核心元件，且可與其他上游元件及反應元件一起操作。
本文所使用之術語「啟動子（promoter）」應為其最廣泛的含意，且包括來自基因組基因或來自其嵌合TRE的轉錄調控元件（TRE），包括用於精確轉錄起始的TATA盒或起始子元件，帶有或沒有另外的TRE（即，上游活化序列、轉錄因子結合位點、增強子及沉默子），其回應發展及／或外部刺激，調節可與其操作地連接的基因的活化或抑制，以及反式作用調節蛋白或核酸。啟動子可包含基因組片段、或其可含有一或多個TRE組合在一起的嵌合體。
較佳的啟動子係能在標靶細胞中引導高程度表現的啟動子。啟動子可包括組成型啟動子（例如HCMV、 SV4、延伸因子-1α（EF-1α））或該些在特定標靶細胞類型中呈現出較佳表現的啟動子。增強子通常是指遠離轉錄起始位點起作用的DNA序列，且可為轉錄單位的5’或3’。而且，增強子可在內含子中及在編碼序列內。其通常在10至300bp之間的長度，且係以順式作用。增強子的功能是增加及／或調控附近啟動子的轉錄。較佳的增強子為引導抗體產生細胞中高程度表現的增強子。可將細胞或組織特異性轉錄調控元件（TRE）引入表現載體中，以將表現限制為所欲細胞類型。Pol III啟動子（H1或U6）特別適用於可表現siRNA的shRNA。表現載體可設計為促進抗腫瘤拮抗劑在一或多種細胞類型中的表現。
在某些實施態樣中，一或多個表現載體可設計為表現抗腫瘤拮抗劑與一或多個靶向Tie2路徑、VEGF路徑或免疫檢查點調節子的siRNA。
siRNA係雙股RNA，其可設計為誘導mRNA序列特異性轉錄後基因沉默。合成產生的siRNA在結構上模擬在細胞中透過Dicer酶正常加工的siRNA類型。當由表現載體進行表現時，係設計表現載體以轉錄被加工為靶向細胞中siRNA的短雙股髮夾樣RNA（shRNA）。可使用習知的算法設計合成之siRNA及shRNA，並使用常見的DNA/RNA合成器進行合成。
為了共表現（co-express）抗腫瘤拮抗劑的各別鏈，可引入合適的剪接供體及剪接受體序列，以表現二個產物。或者，可使用內部核糖體結合序列（IRES）或2A胜肽序列來表現來自一個啟動子的多個產物。IRES提供了核糖體可結合而無須在mRNA之5’末端進行結合的結構。因此，其可引導核糖體在mRNA第二個起始密碼子處啟動轉譯，使單個mRNA產生多於一個的多肽。2A胜肽包含介導自2A位點上游及下游胜肽的共轉譯自我切割短序列，其使得在單個轉錄物中產生二種等莫耳量之不同的蛋白質。CHYSEL是2A胜肽的一個非限制性例子，其係引起真核生物正在轉譯的核糖體釋放正在增長的多肽鏈而不會自mRNA解離。核糖體連續進行轉譯，從而產生第二多肽。
表現載體可包括病毒載體或非病毒載體。病毒載體可來自腺相關病毒（AAV）、腺病毒、皰疹病毒、痘苗病毒、脊髓灰質炎病毒、痘病毒、逆轉錄病毒（包括慢病毒，例如HIV-1及HIV-2）、Sindbis及其他RNA病毒、α病毒、星狀病毒、冠狀病毒、正黏病毒、乳多泡病毒、副黏病毒、細小病毒、小核醣核酸病毒、批衣病毒（togavirus）等。非病毒載體僅為未與病毒衍生組分（例如衣殼及／或包膜）一起包裝的「裸」表現載體。
在某些情況下，可通過使用病毒載體固有的標靶特徵或經設計至病毒載體，將這些載體設計以標靶某些疾病或細胞群。特定細胞可「經標靶（targeted）」以用於遞送並表現多核苷酸。因此，在此情況下，術語「標靶（targeting）」可基於使用遞送至特定細胞之衣殼、包膜蛋白、抗體形式的內源或異源結合劑、限制表現細胞特定子集之組織特異性調控元件、或前述二者。
在部分實施態樣中，抗體鏈的表現處於調控元件例如組織特異性或普遍存在之啟動子的控制之下。在部分實施態樣中，普遍存在的啟動子（例如CMV啟動子、CMV-雞β-肌動蛋白混合體（CAG）啟動子、組織特異性或腫瘤特異性啟動子）係控制其來源之特定抗體重鏈、或輕鏈、或單鏈衍生物的表現。
非病毒表現載體可用於非病毒基因轉移，可透過直接注射裸DNA或透過將編碼抗腫瘤拮抗劑的多核苷酸包封在脂質體、微粒、微膠囊、病毒樣顆粒或紅細胞血影（erythrocyte ghost）中。該些組成物可透過化學複合進一步與標靶區域連接，以促進標向遞送及／或將核酸進入所欲目的細胞。此外，可將質粒載體與合成的基因轉移分子如聚合DNA結合陽離子（例如聚賴胺酸、魚精蛋白及白蛋白）一起培養，並與細胞標靶配體（例如非唾液血清類黏蛋白、胰島素、半乳糖、乳糖或轉鐵蛋白）進行連接。
或者，可使用裸DNA。可透過壓實（compaction）或透過使用生物可降解的乳膠珠來改善裸DNA的攝取效率。可透過處理小珠以增加疏水性從而促進胞內體（endosome）的破壞並將DNA釋放到細胞質中來進一步改善該些遞送。 IV. 製造雙特異性拮抗劑的方法
在另一方面，本發明提供轉染有核酸或表現載體的宿主細胞，該核酸或表現載體係編碼本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑。該宿主細胞可為任何可表現本發明雙特異性抗腫瘤拮抗劑（包括其免疫球蛋白重鏈或輕鏈）之真核或原核細胞。
在另一方面，製造抗腫瘤拮抗劑的方法係包含在允許製造及純化合適於細胞中表現之拮抗劑、抗體或其片段的條件下，培養轉染有一或多個編碼本發明之雙特異性抗腫瘤拮抗劑之核酸或表現載體的宿主細胞，該核酸或表現載體係。
在另一方面，本發明係提供製造抗體的方法，包含培養瞬時或穩定表現一或多個在抗體中編碼一或多個多肽鏈之結構的細胞；以及自該培養的細胞純化出抗體。可使用任何能夠製造功能抗體的細胞。在一較佳的實施態樣中，該抗體表現細胞為真核或哺乳類生物者（較佳為人類細胞）。可使用來自各種組織細胞型態的細胞來表現抗體。在另一實施態樣中，該細胞為酵母菌細胞、昆蟲細胞或細菌細胞。較佳地，該抗體製造細胞係穩定地轉染有抗體表現載體。
可透過任何常見方法，例如透過裸DNA技術、陽離子脂質介導轉染、聚合物介導轉染、胜肽介導轉染、病毒介導感染、物理劑或化學劑或處理、電穿孔等，將一或多個編碼抗體重鏈及輕鏈的表現載體引入細胞中。此外，可以一或多個表現載體及選擇性標記轉染細胞，以利表現抗體之穩定轉染選殖株的選擇。可根據本領域已知技術例如透過離心、色層分析等，純化及／或收集細胞所製造的抗體。
適用於哺乳動物細胞之選擇性標記的例子包括：二氫葉酸還原酶（DHFR）、胸苷激酶、新黴素、新黴素類似物G418、海可黴素及嘌呤黴素。當選擇性標記被成功轉移到哺乳動物宿主細胞中，若置於選擇壓力下，轉化的哺乳動物宿主細胞可以存活。有二種廣泛使用之不同類別的選擇性制度。第一類為基於細胞代謝、及使用獨立於補充培養基缺乏生長能力的突變細胞株。二個例子為CHO DHFR-細胞及小鼠LTK-細胞。該些細胞在不添加胸苷或次黃嘌呤等營養素的情況下，缺乏生長能力。該些細胞缺乏完整的核苷酸合成路徑所必需的某些基因，所以除非在補充的培養基中提供缺失的核苷酸，其無法存活。將完整的DHFR或TK基因引入缺乏相應基因的細胞中進而改變其生長需求，係補充培養基的替代方案。未用DHFR或TK基因轉化的個體細胞在非補充培養基中將無法存活。
第二類是顯性選擇，其係指在任何細胞類型中使用的選擇方案，且不需要使用突變細胞株。該些方案通常使用藥物來阻擋宿主細胞的生長。該些具有新基因的細胞會表現表達耐藥性的蛋白質，且能在選擇中存活下來。此顯性選擇的例子為使用藥物新黴素、黴酚酸或潮黴素。此三個例子在真核細胞控制下使用細菌基因分別表達對合適藥物G418或新黴素（遺傳黴素）、xgpt（黴酚酸）或潮黴素的耐受性。其他係包括新黴素類似物G418及嘌呤黴素。
抗體表現細胞的例子包括人類Jurkat、人類胚胎腎臟（HEK）293、中國倉鼠卵巢（CHO）細胞、小鼠WEHI纖維肉瘤細胞、及單細胞原生動物物種，例如利什曼原蟲。另外，可使用c-myc或其他永生化試劑來永生化原代細胞而生產穩定轉化的產生抗體的細胞株。
在一實施態樣中，該細胞株係包含穩定轉化之利什曼原蟲細胞株，例如利什曼原蟲（Leishmania tarentolae ）。已知利什曼原蟲為強大、快速增長的單細胞宿主，其可高程度表現哺乳類動物型醣基化模式的真核蛋白質。可使用市售的利什曼原蟲表達套組（Jena Bioscience GmbH, Jena, Germany）。
在部分實施態樣中，該細胞株係表現每公升培養基至少1毫克、至少2毫克、至少5毫克、至少10毫克、至少20毫克、至少50毫克、至少100毫克、至少200毫克、至少300毫克、至少400毫克、或至少500毫克的抗體。
本發明之抗體可在任何合適之培養基（例如RPMI、DMEM、及AIM V® ）中進行培養及維持後，自抗體表現細胞中分離。可使用常見蛋白純化方法（例如親合力純化、色層分析等）純化抗體，包括使用蛋白質A或蛋白質G的免疫親合力純化。在部分實施態樣中，抗體係設計為分泌至所分離之培養上清液中。 V. 醫藥組成物及治療方法
本發明之另一方面係關於醫藥組成物及治療細胞增生性失調（例如癌症、慢性感染、或免疫受損的疾病狀態）的方法。在一實施態樣中，該醫藥組成物係包含一或多種本發明之抗腫瘤拮抗劑。在部分實施態樣中，該抗腫瘤拮抗劑係包含一或多種TGF-β1抑制劑或TGF-β1 RII抑制劑，與以下之結合：(1) PD-1抑制劑或PD-L1抑制劑；或者，(2) 一或多個血管新生抑制劑，例如VEGF抑制劑、VEGFR2抑制劑、血管生成素-1/2抑制劑、及Tie2R抑制劑。該拮抗劑係與醫藥上可接受載劑一起調配。本發明之醫藥組成物可包括本文所述之一或多種不同的抗體、一或多種多特異性抗體、一或多種免疫複合物、或前述的組合。
如上述，使用如本文所述之醫藥組成物的方法係包含對一有需要之個體投予有效量之根據本說明書的醫藥組成物。
可採用任何合適的投予途徑或方式來為病患提供治療或預防有效量之抗體或拮抗劑。例示性的投予途徑或模式係包括腸胃外（例如靜脈內、動脈內、肌內、皮下、瘤內）、口服、局部（鼻腔、透皮、皮內或眼內）、黏膜（例如鼻腔、舌下、口腔、直腸、陰道）吸入、淋巴管內、脊柱內、顱內、腹膜內、氣管內、膀胱內、鞘內、腸內、肺內、淋巴內、血管內、眶內、囊內及經尿道、以及透過導管或支架局部遞送。
根據本說明書之包含抗體或拮抗劑的醫藥組成物可以任何醫藥上可接受的載劑或賦形劑進行調配。如本文所使用，術語「醫藥上可接受載劑」包括生理上相容的任何及全部溶劑、分散介質、包衣、抗菌劑、及抗真菌劑、等滲劑、及吸收延遲劑等。醫藥組成物可包括合適的固體或凝膠相載劑或賦形劑。例示性的載劑或賦形劑包括但不限於，碳酸鈣、磷酸鈣、各種醣、澱粉、纖維素衍生物、明膠、及如聚乙二醇之聚合物。例示性的醫藥上可接受載劑包括水、鹽水、磷酸鹽緩衝鹽水、右旋醣、甘油、乙醇等中的一或多者、以及前述的組合。在許多情況下，在組成物中較佳係包含等滲劑，例如糖、如甘露醇、山梨糖醇的多元醇、或氯化鈉。醫藥上可接受載劑可進一步包括少量輔助物質，例如潤濕劑或乳化劑、防腐劑或緩衝劑，其係增加了治療劑的保質期或效力。
可於適於胃腸外投予之醫藥組合物中併入檢查點調節子拮抗劑。合適的緩衝劑包括但不限於，琥珀酸鈉、檸檬酸鈉、磷酸鈉、或磷酸鉀。可使用氯化鈉來改變濃度為0-300毫莫耳濃度（mM）的溶液毒性（對於液體劑型最佳為150毫莫耳濃度）。冷凍保護劑可包含在用於凍乾劑型，主要為0-10%蔗糖（最佳為0.5-1.0%）。其他合適的冷凍保護劑包括海藻糖及乳糖。凍乾劑型可包含填充劑，主要是1-10%甘露醇（最佳為2-4%）。液體及凍乾劑型可使用穩定劑，主要是1-50毫莫耳濃度的L-甲硫胺酸（最佳為5-10毫莫耳濃度）。其他合適的填充劑包括甘胺酸、精胺酸，可以0-0.05%聚山梨酯-80（最佳為0.005-0.01%）的形式包含在內。另外的表面活性劑包括但不限於聚山梨酸酯20及BRIJ表面活性劑。
可將治療性抗腫瘤拮抗劑製劑凍乾並作為無菌粉末儲存，較佳地在真空下儲存，然後在注射前於抑菌水（包含例如苯甲醇防腐劑）或在無菌水中重構。醫藥組成物可經調配用於透過注射進行腸胃外投予，例如透過單次快速注射或連續輸注。
醫藥組成物中的治療劑可以「治療有效量」或「預防有效量」進行調配。「治療有效量」係指在必須的劑量及時間段內有效達到所欲之治療結果的量。重組載體的治療有效量可根據治療的病症、病症的嚴重程度及過程、投予模式、抗體或藥劑是為了預防還是治療目的投予、特定試劑的生物利用度、抗腫瘤拮抗劑在個體中引起所欲反應的能力、先前的療法、病患的年齡、體重及性別、病患的臨床病史及對抗體的反應、所用之抗腫瘤拮抗劑類型、主治醫師的考量等。治療有效量也是其中重組載體的任何毒性或有害作用超過治療有益效果的量。「預防有效量」係指在必要的劑量及時間段內有效達到所欲之預防結果的量。
較佳地，抗腫瘤拮抗劑中的多肽區域來自將投予之相同宿主，以減少對投予之治療劑的發炎反應。
抗腫瘤拮抗劑係適於一次或透過一系列治療投予至病患，且可在從診斷開始的任何時間對病患進行投予。抗腫瘤拮抗劑可作為單一治療或與其他用於治療所述疾病的藥物或療法結合投予。
作為一般建議，無論是透過一次或是多次投予，抗腫瘤拮抗劑的治療有效量或預防有效量將以約1奈克（ng）/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天的範圍投予。在一特定實施態樣中，各個抗腫瘤拮抗劑係如以下範圍投予：約1奈克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約100微克（μg/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約10微克/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約1微克/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約100奈克/公斤體重/天、約1奈克/公斤體重/天至約10奈克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約100微克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約10微克/公斤體重/天、約10奈克/公斤體重/天至約1微克/公斤體重/天、10奈克/公斤體重/天至約100奈克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約毫克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約100微克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約10微克/公斤體重/天、約100奈克/公斤體重/天至約1微克/公斤體重/天、約1微克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約1微克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約1微克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約1微克/公斤體重/天至約100微克/公斤體重/天、約1微克/公斤體重/天至約10微克/公斤體重/天、約10微克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約10微克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約10微克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約10微克/公斤體重/天至約100微克/公斤體重/天、約100微克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約100微克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約100微克/公斤體重/天至約1毫克/公斤體重/天、約1毫克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天、約1毫克/公斤體重/天至約10毫克/公斤體重/天、約10毫克/公斤體重/天至約100毫克/公斤體重/天。
在其他實施態樣中，抗腫瘤拮抗劑係以每三天500微克至20克、或每三天2毫克/公斤體重的劑量投予。
在其他實施態樣中，各個抗腫瘤拮抗劑係以如下範圍投予：每次單獨投予約10奈克至約100奈克、每次單獨投予約10奈克至約1微克、每次單獨投予約10奈克至約10微克、每次單獨投予約10奈克至約100微克、每次單獨投予約10奈克至約1毫克、每次單獨投予約10奈克至約10毫克、每次單獨投予約10奈克至約100毫克、每次注射約10奈克至約1000毫克、每次單獨投予約10奈克至約10,000毫克、每次單獨投予約100奈克至約1微克、每次單獨投予約100奈克至約10微克、每次單獨投予約100奈克至約100微克、每次單獨投予約100奈克至約1毫克、每次單獨投予約100奈克至約10毫克、每次單獨投予約100奈克至約100毫克、每次注射約100奈克至約1000毫克、每次單獨投予約100奈克至約10,000毫克、每次單獨投予約1微克至約10微克、每次單獨投予約1微克至約100微克、每次單獨投予約1微克至約1毫克、每次單獨投予約1微克至約10毫克、每次單獨投予約1微克至約100毫克、每次注射約1微克至約1000毫克、每次單獨投予約1微克至約10,000毫克、每次單獨投予約10微克至約100微克、每次單獨投予約10微克至約1毫克、每次單獨投予約10微克至約10毫克、每次單獨投予約10微克至約100毫克、每次注射約10微克至約1000毫克、每次單獨投予約10微克至約10,000毫克、每次單獨投予約100微克至約1毫克、每次單獨投予約100微克至約10毫克、每次單獨投予約100微克至約100毫克、每次注射約100微克至約1000毫克、每次單獨投予約100微克至約10,000毫克、每次單獨投予約1毫克至約10毫克、每次單獨投予約1毫克至約100毫克、每次注射約1毫克至約1000毫克、每次單獨投予約1毫克至約10,000毫克、每次單獨投予約10毫克至約100毫克、每次注射約10毫克至約1000毫克、每次單獨投予約10毫克至約10,000毫克、每次注射約100毫克至約1000毫克、每次單獨投予約100毫克至約10,000毫克及每次單獨投予約1000毫克至約10,000毫克。抗腫瘤拮抗劑可每日、每2、3、4、5、6或7天、或每1、2、3或4週投予。
在其他特定實施態樣中，抗腫瘤拮抗劑可以如下劑量投予：約0.0006毫克/天、0.001毫克/天、0.003毫克/天、0.006毫克/天、0.01毫克/天、0.03毫克/天、0.06毫克/天、0.1毫克/天、0.3毫克/天、0.6毫克/天、1毫克/天、3毫克/天、6毫克/天、10毫克/天、30毫克/天、60毫克/天、100毫克/天、300毫克/天、600毫克/天、1000毫克/天、2000毫克/天、5000毫克/天或10,000毫克/天。如預期般地，劑量將取決於病患的病症、大小、年齡及狀況。
在某些實施態樣中，係將編碼抗腫瘤拮抗劑的序列導入合適的表現載體（例如病毒或非病毒載體）中，以於罹患細胞增生性失調的病患中表現有效量的抗腫瘤拮抗劑。在包含投予例如一或多種重組AAV（rAAV）病毒的某些實施態樣中，所述醫藥組成物可包括rAAV，其量為每千克包含至少1010 、至少1011 、至少1012 、至少1013 、或至少1014 個基因組拷貝（genome copies）（GC）或重組病毒顆粒、或其任何範圍。在某些實施態樣中，所述醫藥組成物包括有效量的重組病毒（如rAAV），其量為每個個體包含至少1010 、至少1011 、至少1012 、至少1013 、至少1014 、至少1015 個基因組拷貝或重組病毒顆粒基因組拷貝、或其任何範圍。
可在適用於任何特定細胞增生性失調之數種領域所接受的動物模型中進行測試劑量。
遞送方法還可包括使用連接或不連接至死病毒之聚陽離子縮合DNA、配體連接的DNA、脂質體、真核細胞遞送載體細胞、光聚合水凝膠材料的沉積、使用手持基因轉移顆粒槍、電離輻射、核電荷中和或與細胞膜融合、顆粒介導的基因轉移等。
本發明係透過以下實施例進一步說明，其不應被解釋為限制性的。本文全文引用的全部參考文獻、專利及公開的專利申請、以及附圖與表格內容係透過引用併入本文。實施例 實施例 1 ：單株抗體的產生
使用本領域已知的技術產生本發明之單株抗體（mAbs）並進行篩選，參見例如：Harlow and Lane (1988)Antibodies, A Laboratory Manual , Cold Spring Harbor Publications, New York。使用本領域已知的技術選殖、定序及設計抗原特異性融合瘤單株抗體，參見例如：Lo. B.K.C Methods in Molecular Biology™. Volume 248 2004. Antibody Engineering。實施例 2 ：雙特異性抗腫瘤拮抗劑的設計
圖 5A 及5B 係分別顯示二種雙特異性抗腫瘤拮抗劑，Bi-PB-1（或Bi-PLB-1）及Bi-PB-1（或Bi-PLB-2）。該些拮抗劑細胞含檢查點調節子抗體骨架（抗PD-1或抗PD-L1）與TGF-β RII細胞外區域（TGF-β-RII ECD）：(i) 與二個重鏈各自之CH3區的羧基終端融合（圖 5A ）或(ii) 插入在Fc環的CH3區內（圖 5B ）。
在圖 5A 及5B 所描繪之實施態樣中，該雙特異性抗體可具有IgG1或IgG4骨架。而且，任何一或多個抗體特異性可使用任何其他檢查點調節子拮抗劑特異性及／或任何腫瘤標靶抗體特異性（例如CD20、EGFR等）進行替代。
圖 6 係顯示對應於圖 5A 及5B 雙特異性抗體之例示性功能區域序列。
圖 7A-7B 係顯示對應於圖 5A 及5B 雙特異性抗體之例示性重鏈（HC）及輕鏈（LC）。實施例 3 ：其他雙特異性拮抗劑的設計
圖8A-8C係分別顯示三個不同雙特異性拮抗劑的設計：Bi-AB-1、Bi-A1B-1及Bi-ZB-1，其係各自在突變IgG1（K447A）支架中包含羧基終端TGF-β1 RII細胞外區域（ECD）。Bi-AB-1及Bi-A1B-1均含有來自癌思停／貝伐單抗之胺基終端抗VEGF可變區（VH1、VL1）；Bi-A1B-1在VH區中包括二個胺基酸取代（E6Q、L11V）。Bi-ZB-1包含IgG1 Fc（K447A）區之胺基終端aflibercept區域上游。在其他實施態樣中，取代突變IgG1（K447A）支架地，雙特異性拮抗劑係包含野生型IgG1支架、不同突變IgG1支架、IgG2支架、突變IgG2支架、IgG4支架、或突變IgG4支架。
圖 9A 及9B 係顯示存在於圖 8A-8C 描繪之雙特異性拮抗劑中的各種功能區域序列。
圖 10 係顯示對應於圖 8A-8C 描繪之雙特異性拮抗劑的重鏈（HC）及輕鏈（LC）胺基酸序列。
圖 11 統整了圖 8A-8C 描繪之雙特異性拮抗劑的功能區域排列。實施例 4 ：圖 10-11 中之拮抗劑的表現及純化
圖 12 為經Coomassie blue染色之聚丙醯胺膠體，其係顯示含有wt VEGF-A、或E6Q及L11V突變的拮抗劑（即，分別為Bi-AB-1及Bi-A1B-1）的表現程度增進，該突變係瞬時轉染至HEK293細胞且透過非還原性聚丙醯胺膠體電泳（PAGE）確定。圖12描繪之效價係透過使用POROS A管柱（Applied Biosystems）定量細胞上清液來確定。此分析結果係顯示相較於Bi-AB-1，Bi-A1B-1表現程度提升了167%。
圖 13A 係說明粒徑排阻層析（SEC）圖，其係顯示自蛋白質A純化之Bi-AB-1及Bi-A1B-1所獲之高分子量（HMW）、低分子量（LMW）種、及二聚體的相對程度。圖 13B 係顯示二聚體百分比（對Bi-AB-1為98.6%；對Bi-A1B-1為98.7%）遠大於HMW（1%）及LMW（0.4%）種，其係使用Tosoh TSKgel UP-G3000SWXL管柱透過SE-UPLC進行確定純化。該些結果係顯示TGF-β1 RII細胞外區域（ECD）融合至Bi-AB-1及Bi-A1B-1並無造成高分子量（HMW）或低分子量（LMW）種的明顯程度。
圖 14A-14B 係分別說明在Bi-ZB-1瞬時轉染後所獲之上清液於非還原及還原條件下經Coomassie blue染色的PAGE分析。此分析結果係證實了在體外細胞生長8天後，Bi-ZB-1具有良好的瞬時表現程度（220微克/毫升）。
圖 15 係說明粒徑排阻層析（SEC）圖，其係顯示經蛋白質A純化之Bi-ZB-1相較於二聚體（96.1%），具有低程度的高分子量（HMW，3.4%）及低分子量（LMW，0.5%）種。實施例 5 ：圖 8A-8C 中抗腫瘤拮抗劑的功能特性
為了評估抗-VEGF拮抗劑（Bi-A1B-1）在拮抗VEGF所介導之VEGFR2（即，同源受體）活化的能力，係進行了細胞螢光素酶試驗（cell-based luciferase assay）。在此實驗中顯示，在抗VEGF拮抗劑（Bi-A1B-1）序列稀釋下，使用huVEGF165對在NFAT反應元素控制下之表現人類VEGFR2與螢火蟲螢光素酶的重組HEK-293進行刺激。此試驗的結果係顯示於圖 16 。如預期地，濃度提升之抗VEGF拮抗劑逐漸中和了VEGF165在活化VEGFR2與誘導NFAT所介導之螢光素酶活性的能力。
為了評估雙特異性拮抗劑（Bi-A1B-1）對於同時結合TGF-β1及VEGF165的能力，進行了三明治ELISA試驗。在此實驗中，huTGF-β1係塗覆於96孔盤上，並使用5%BSA進行阻斷，接著加入Bi-A1B-1序列稀釋樣品且進行培養，然後再加入生物素化的hu VEGF165。使用TMB基質透過鏈親合素-HRP檢測結合分子。在圖 17 中的分析結果係顯示雙特異性拮抗劑（Bi-A1B-1）可同時結合TGF-β1及VEGF165。
為了評估TGF-β1 RII ECD在拮抗TGF-β1所介導之人類TGF-β1 RII（即，同源受體）活化的能力，係進行了細胞螢光素酶試驗。在此實驗中顯示，在融合至TGF-β1 RII ECD（Bi-A1B-1、Bi-ZB-1）之抗體的序列稀釋下，使用huTGF-β1對在SMAD反應元素控制下之表現人類TGF-β1 RII受體與螢火蟲螢光素酶的重組HEK-293細胞進行刺激。此試驗的結果係顯示於圖 18 。如預期地，濃度提升之含有TGF-β1 RII ECD的抗體逐漸中和了TGF-β1在活化人類TGF-β1 RII及誘導SMAD介導之螢光素酶活性的能力。在此形況下，Bi-A1B-1及Bi-ZB-1展現相似的拮抗能力，如以下所反映：Bi-A1B-1之IC50為0.32奈莫耳濃度（nM）及Bi-ZB-1之IC50為0.31奈莫耳濃度。該些IC50係與對照TGFBR2融合產物之IC50相當（IC50 = 0.20 nM）。
為了評估Bi-A1B-1在體內的藥物動力特性，產生了藥物動力學圖。簡言之，將10毫克/公斤之各拮抗劑靜脈注射至6-10週齡之雌性CD1小鼠的尾靜脈（各分子之小鼠n=2）。在注射後3分鐘、3小時、1天、3天、7天及10天時收集血清。為檢測血清中的抗體，使用5微克/公斤之山羊抗人類IgG F(ab’)2片段塗覆96孔盤，然後使用5%牛奶（以PBS調配）進行阻斷。將序列稀釋於5%牛奶中的小鼠血清、以及序列稀釋之純化標準蛋白質分子加入96孔盤中。在與過氧化酶共價小鼠抗人類IgG進行培養且進一步清洗後，雙特異性拮抗劑Bi-A1B-1（圖 19 ）抗體係在與TMB-ELISA基質培養後進行檢測。此分析的結果顯示雙特異性拮抗劑Bi-A1B-1的半衰期（T1/2 ）為7.4-16天。實施例 6 ：使用 TGF-β1 ECDs 之雙特異性 PD-1/PD-L1 拮抗劑 的設計
圖 20A-20B 係描繪二個雙特異性抗腫瘤拮抗劑，Bi-PB-1.2（圖 20A ）及Bi-PLB-1.2（圖 20B ），各自含有抗體骨架（(IgG4 K447A或IgG1 K447A）以及分別來自抗PD-1及抗PD-L1的可變區，且另外包括融合至各個重鏈CH3區之羧基終端的TGF-β-RII ECD。額外包括融合至各個重鏈CH3區之羧基終端的TGF-β-RII ECD
圖 21 係顯示存在於圖 20A 及20B 中之雙特異性抗體的功能區域序列。圖 22 係顯示對應於圖 20A 及20B 描繪之雙特異性拮抗劑的重鏈（HC）及輕鏈（LC）胺基酸序列。圖 23 統整了圖 20A 及20B 描繪之雙特異性拮抗劑的功能區域排列。實施例 7 ：圖 20A-20B 中之雙特異性拮抗劑的表現及純化
圖 24A 係描繪非變性聚丙醯胺膠體（PAGE）分析，其係顯示相較於1微克的純化親本對照抗體（2P17），在瞬時表現系統中的Bi-PB-1.2及Bi-PLB-1.2表現。圖 24B 係描述粒徑排阻色層分析（SEC）圖，顯示來自瞬時轉染HEK293細胞之蛋白質A純化的Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及抗PDL1 TGF-β1 RII ECD融合抗體（基準）相較於經二聚化之分子（「二聚體」）係具有低程度的高分子量（HMW）及低分子量（LMW）種，如圖 24C 所示。圖25A-25B係顯示Bi-PB-1.2及Bi-PLB-1.2之二聚體、HMW及LMW形式在4º C下展現良好的穩定性至少4週實施例 8 ：圖 20A-20B 中之 Bi-PB-1.2 及 Bi-PLB-1.2 拮抗劑 的功能特性 1. 透過生物膜干涉儀（ bio-layer interferometry ）之 Bi-PB-1.2 對於 PD-1 及 TGF-β1 的結合
使用Octet RED96系統（ForteBio Octet RED96系統）進行生物光干涉技術（Bio-light interferometry），以確定抗體對於His標記之人類PD-1蛋白或His標記之TGF-β1的結合動力學特性。將20奈莫耳濃度（nM）之抗體置入抗人類IgG捕獲生物感測器中。透過將感測器置於含有2或3倍分析物序列稀釋（最高濃度為72奈莫耳濃度）之孔槽中歷時5分鐘來觀察分析物（His標記之人類PD-1或His標記之TGF-β1蛋白）的結合。在將生物感測器單獨轉移至動力學緩衝液並監測干涉儀訊號歷時10分鐘後，測量解離。使用包含至少5個測試濃度的1：1結合整體擬合模型（binding global fit model）擬合觀察到的起始及結束速度（Ka和Kd），然後計算平衡結合常數KD 。
圖 26A-26E 係顯示PD-1及TGF-β1結合至Bi-PB-1.2（分別為圖 26A 、26B ）及結合至對應的抗PD-1抗體及基準（購自Merck KGA之M7824）（分別為圖 26C 、26D ）的結果，以及它們所產生之結合親合力常數（圖 26E ）。該結果係顯示Bi-PB-1.2對於PD-1及TGF-β1的結合親合力係較抗PD-1基準（benchmark）及M7824基準為佳。2. 透過生物膜干涉儀之 Bi-PLB-1.2 對於 PD-L1 及 TGF-β1 的結合
如上Bi-PB-1.2所述般地進行透過生物膜干涉儀之Bi-PLB-1.2對於PD-L1及TGF-β1的結合。圖 27A-27E 係顯示PD-L1及TGF-β1結合至Bi-PLB-1.2（分別為圖 27A 、27B ）、以及結合至對應的抗PD-L1及抗TGF-β-RII ECD融合抗體（TGF-β1基準）（分別為圖 27C 、27D ）的結果，以及它們所產生之結合親合力常數（圖 27E ）。該結果係顯示Bi-PLB-1.2對於TGF-β1的結合親合力係較TGF-β1 ECD基準為佳，且Bi-PLB-1.2對於PD-L1的結合親合力係與抗PD-L1基準相當。3. 透過 Bi-PB-1.2 及 Bi-PLB-1.2 同時結合至 PD-1/PD-L1
圖 28A 係顯示透過Bi-PB-1.2同時結合TGF-β1及PD-1的ELISA試驗，其中經huTGF-β1塗覆之96孔盤係與Bi-PB-1.2之序列稀釋樣品、接著與His標記之huPD-1進行培養，從而使用TMB基質透過抗His標記之HRP檢測結合分子。圖 28B 係顯示透過Bi-PLB-1.2同時結合TGF-β1及PD-L1的ELISA試驗，其中經huTGF-β1塗覆之96孔盤係與Bi-PLB-1.2之序列稀釋樣品、接著與His標記之huPD-L1進行培養，從而使用TMB基質透過抗His標記之HRP檢測結合分子。EC50 數值係反映半最大效應濃度，其係在分別關於結合人類PD-1或PD-L1之基線及最大反應的反應中途產生。4. Bi-PB-1.2 有效阻擋 PD-L1 和 TGF-β1 與其受體的結合
在圖 29A 中，進行阻擋試驗以計算相較於抗PD-1基準抗體，對應於Bi-PB-1.2阻擋PD-1與PD-L1結合能力的IC50數值。簡言之，係製備Bi-PB-1.2或基準抗PD-1抗體（最高Ab濃度為：128奈莫耳濃度；各mAb為三重覆）的2倍序列稀釋。使用FACS緩衝液（含有0.5%BSA及2mM EDTA的PBS）清洗轉染有人類PD-1之CHO-K1細胞，且以106 個細胞/毫升之濃度重新懸浮。將經FITC標記之人類PD-L1-Fc蛋白以7微克/毫升之最終濃度添加至該轉染有人類PD-1之CHO-K1細胞，並均勻混合。在無培養的情況下，將在20微升（µl）之FACS緩衝液中的2,000個CHO-K1細胞（與PD-L1蛋白）立即添加至96孔圓底盤中，並將20微升或2倍序列稀釋抗體立即添加至細胞中且在4°C下培養30分鐘。然後以7AAD溶液清洗細胞，並重新懸浮於30微升之7AAD溶液中；接著在使用iQue intellicyt系統進行分析前，添加35微升之10%中性緩衝福馬林溶液，並培養15分鐘。如預期地，圖29A之分析結果顯示濃度提升的Bi-PB-1.2逐漸阻擋了PD-L1結合至其受體的能力。而且發現，經計算之Bi-PB-1.2對PD-L1的IC50係與抗PD-1基準對PD-L1的IC50相當。
為了評估TGF-β1 RII ECD在拮抗TGF-β1所介導之人類TGF-β1 RII（即，同源受體）活化的能力，係進行了細胞螢光素酶試驗。在此實驗中顯示，在TGF-β1 RII ECD之Bi-PB-1.2的序列稀釋下，使用huTGF-β1刺激在SMAD反應元素控制下之表現人類TGF-β1 RII受體與螢火蟲螢光素酶的重組HEK-293細胞。透過量測螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。此試驗的結果係顯示於圖 29B 。如預期地，濃度提升之Bi-PB-1.2及基準抗PD-L1 TGF-β1 RII ECD逐漸中和了TGF-β1在活化人類TGF-β1 RII及誘導SMAD介導之螢光素酶活性的能力。而且發現，經計算之Bi-PB-1.2對於TGF-β1的IC50係與抗PD-L1 TGF-β1 RII ECD基準對於TGF-β1之IC50相當。5. Bi-PB-1.2 與人類及食蟹猴 PD-1 結合具有相似活性
為了評估Bi-PB-1.2在結合人類及cyno PD-1的能力，將序列稀釋之Bi-PB-1.2添加至過度表現人類或cyno PD-1之CHO-K1細胞（20,000個細胞/孔）。該混合物係在4°C下培養20分鐘、清洗三次、並使用二抗（PE標記之F(ab’)2-山羊抗人類IgG Fc；Thermo H10104）在4°C下進行染色20分鐘。以7AAD溶清洗細胞並重新懸浮於7AAD溶液中，以及在使用iQue Intellicyt系統進行分析前以10%中性緩衝福馬林溶液固定15分鐘。圖 30A-30B 係顯示Bi-PB-1.2結合至人類PD-1（圖 30A ）及cyno PD-1（圖 30B ）二者。如預期地，發現抗人類PD-1基準抗體結合至人類PD-1（圖 30A ）與食蟹猴PD-1（圖 30B ）的能力相似。也確定了反應半最大效應濃度（EC50 ）的EC50 數值，其係在分別關於結合人類PD-1及cyno PD-L1之基線及最大反應的反應中途產生。在此情況下，EC50 係顯示Bi-PB-1.2與基準抗體的相似結合特性。6. Bi-PLB-1.2 有效阻擋 PD-1 和 TGF-β1 與其受體的結合
進行阻擋試驗以計算，相較於抗PD-L1基準抗體，對應於Bi-PLB-1.2及PD-L1間之結合的IC50數值，如上實施例8之章節4所描述。圖 31A 係顯示Bi-PLB-1.2或抗PD-L1基準抗體的濃度提升逐漸阻擋了PD-1結合至PD-L1。如所獲之IC50所反映，該雙特異性抗體係與抗PD-L1基準相當。
為了計算對應於Bi-PLB-1.2及TGF-β1間之結合的IC50數值（其係相較於抗TGF-β1基準抗體），係進行如實施例8之章節4所描述之細胞試驗。圖31B係顯示經序列稀釋之Bi-PLB-1.2及抗PDL1-TGF-β1 RII ECD基準於以下之能力：在SMAD反應元件控制下阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。如所獲之IC50所反映，該雙特異性抗體係展現與抗PDL1-TGF-β1 RII ECD基準相似的結合特性。7. Bi-PLB-1.2 與人類及食蟹猴 PD-1 結合具有相似活性
為了評估Bi-PLB-1.2對於結合人類及cyno PD-1的能力，係如實施例9之章節5所描述般地，將經序列稀釋之Bi-PLB-1.2添加至過度表現人類或cyno PD-1之CHO-K1細胞（20,000個細胞/孔）。圖 32A-32B 係顯示Bi-PLB-1.2與人類PD-L1（圖 32A ）及cyno PD-L1（圖 32B ）結合。所獲EC50 數值反映了半最大效應濃度（EC50 ），其係在分別關於結合人類PD-1及cyno PD-L1之基線及最大反應的反應中途產生。8. Bi-PB-1.2 增強 T 細胞活化
進行人類T細胞試驗以顯示Bi-PB-1.2抗體的功效性。簡言之，自捐贈者1及2收集之正常健康的人類PBMC係各自與SEB進行活化（Toxin Technology，Cat#: BT202）。為了IFN-γ製造試驗，在96孔盤中使用0.5微克/毫升之SEB刺激100,000個細胞。加入25,000個腫瘤抑制、SHP77細胞，以提供抑制訊號。添加66奈莫耳濃度（nM）之Bi-PB-1.2 mAbs或同型對照Ab。5天後，透過ELISA檢查上清液中的IFN-γ及IL-2。圖 33A-33D 係顯示相較於陰性對照治療，隨Bi-PB-1.2提升之IFN-γ（捐贈者1，圖 33A ；捐贈者2，圖 33B ）及IL-2（捐贈者1，圖 33C ；捐贈者2，圖 33D ）。9. Bi-PLB-1.2 相較於親本抗 PD-L1 抗體更好地增強 T 細胞活化並克服腫瘤細胞的 T 細胞抑制
圖 34A-34B 係顯示相較於陰性對照治療及親本抗PD-L1抗體，隨Bi-PLB-1.2提升之來自人類PBMCs的IFN-γ分泌（捐贈者8，圖 34A ；捐贈者9，圖 34B ）。圖34C-34D係顯示相較於陰性對照治療及親本抗PD-L1抗體，隨Bi-PLB-1.2提升之來自人類PBMCs的IL-2分泌（捐贈者8，圖 34C ；捐贈者9，圖 34D ）。該些結果係與Bi-PLB-1.2較親本抗PD-L1抗體更好地克服腫瘤細胞之T細胞抑制的概念相同。10. 相較於基準抗體， Bi-PB-1.2 及 Bi-PLB-1.2 具有改善的小鼠藥物動力學圖
為了評估Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及基準抗體在體內的藥物動力特性，產生了藥物動力學圖。簡言之，將10毫克/公斤之各個拮抗劑靜脈注射至6-10週齡雌性CD1小鼠的尾靜脈（每個分子的小鼠n=2）。在注射後3分鐘、3小時、1天、3天、7天及10天時收集血清。為檢測血清中的抗體，使用5微克/公斤之山羊抗人類IgG F(ab’)2片段塗覆96孔ELISA盤，然後使用5%牛奶（以PBS配製）進行阻斷。將序列稀釋於5%牛奶中的小鼠血清、及作為標準品之序列稀釋的純化蛋白分子加入盤中。
在與過氧化酶共價之小鼠抗人類IgG培養並進一步清洗後，加入TMB-ELISA基質培養並檢測了Bi-PB-1.2（圖 35A ）、Bi-PLB-1.2（圖 35C ）、及抗PDL1-TGF-β1 RII ECD 基準（M8724）（圖 35E ）。也透過抗人類Fc西方墨點法分析在小鼠血清中之經注射抗體Bi-PB-1.2（圖 35B ）、Bi-PLB-1.2（圖 35D ）及基準（圖 35F ）的完整性及截斷。此分析結果係顯示，Bi-PB-1.2及Bi-PLB-1.2相較於基準抗體之，改善的小鼠藥物動力學圖。實施例 9 ：探討 TGFβ1 RII ECD 區域的蛋白質截斷
發明人意外發現，帶有TGFβ1 RII ECD區域的拮抗劑當其透過穩定轉染之CHO細胞製造時，於儲存後係展現出隨時間推移之不能接受之程度的蛋白質降解或截斷。此係於圖36中闡明，其係顯示Bi-PB-1.2（(PD1/TGFβ1 RII ECD;參見圖20A）之低分子量（LMW）種的百分比係隨儲存在4º C下的時間而提升，但二聚體種之百分比係隨時間推移而減少，其係使用Tosoh TSKgel UP-G3000SWXL管柱透過SE-UPLC來確定。
因為透過瞬時轉染HEK293細胞製造PD1/PDL1-TGFB RII ECD分子時未看見LMW形式，係進行SEC分析以比較來自2種不同CHO轉染池（transfection pool）之穩定CHO產生的基準和Bi-PB-1.2與HEK293細胞（圖 37 ）所產生的Bi-PB-1.2。如圖 37 所示，該SEC圖係說明了接近主波峰的肩部，以及透過CHO細胞但未透過HEK293細胞所製造分子之較小的第二波峰，其係與CHO製造分子之蛋白質剪切（或截斷）提升一致。
為了進一步檢驗剪切的具體性質，在CHO-K1細胞中表現Bi-PB-1.2拮抗劑並對其進行陽離子交換管柱層析（CEX），以產生進一步透過液相層析-質譜（LC-MS）分析的餾分，進而確定與截斷相關的部分（圖 38 ）。對Bi-A1B-1進行相同分析（數據未顯示）。為了LC-MS分析，使用PNGase F對樣品進行酵素測定去醣基化。然後，使用TSKgel Phenyl-5PW透過逆向超高效液相層析（RP-UPLC）分離出還原之完整蛋白。移動相A（MPA）及移動相B（MPB）分別為0.05%之甲酸水溶液、及0.05%之甲酸乙腈溶液。管柱流出液係直接經由在線UV檢測儀，然後進入ESI-TOF（飛行時間）質譜儀的ESI來源。數據係使用Waters Masslynx軟體進行解卷積（deconvolute）。為了確認序列的準確性，將還原的去醣基化分子的實驗質量與根據一級胺基酸序列所計算的理論質量進行比較。
來自LC-MS的結果（數據未顯示）鑑定出幾個蛋白質剪切片段（圖 39 ）。更特異地，該些分析結果顯示Bi-PB-1.2及Bi-AB-1在其各自的重鏈中具有相似的剪切位，如圖 40A 及40B 分別進一步顯示。實施例 10 ：截斷減少之 TGFβ1 RII ECD 突變的特性
為了開發展現截斷減少之含有TGFβ1 RII ECD的變異體分子，係設計了如圖 41A-41C 所示之各種ECD突變。該突變係經設計以靶向擬定之截斷位。圖 42A-42H 、 43 及 44A-44D 係分別顯示Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2、及Bi-A1B-1之重鏈序列的產生及表達，其係含有如圖 41A-41C 所述之不同ECD突變。圖 45 係凸顯出在沒有額外取代的情形下靶向擬定之截斷位之特定胺基酸刪除突變（變異體Δ7、Δ12、Δ13）、及在有額外取代的情形下的特定胺基酸刪除突變（變異體B、C、I-B1）、以及在全長分子中的取代突變（變異體D-H）。
於CHO細胞瞬時表現所獲之分子以及親合力純化蛋白質A。在圖 46A-46C 中，圖 42A-42H 之表現產物的還原PAGE分析係顯示在變異體分子中截斷的減少。與該結果一致，圖 47A 及47B 所示之表現產物的SEC圖未伴隨著見於Bi-PB-1.2或如圖 37 所觀察之「肩部」及第二波峰。在圖 48 中，係對SEC圖的波峰進行定量並顯示變異體展現出相較於親本分子為低的高分子形式百分比。實施例 11 ： TGFβ1 RII ECD 突變的功能活性
為了確認在變異體中減少的截斷沒有消耗功能活性，進行了細胞試驗以評估ECD變異體的功能活性（圖 49 ）。簡言之，將HEK293製造之Bi-PB-1.2及各種TGFβ1 RII ECD變異體的序列稀釋並進行測試（與陰性對照抗體一同進行），以觀察拮抗劑在SMAD反應元件控制的條件下是否可如上述般地阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。透過量測螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。此分析之IC50結果係統整於圖 50 中，並顯示除了Bi-A1B-1W、Bi-PB-1.2Δ15及Bi-PB-1.2Δ20之外，全部的變異體皆保留相似於親本Bi-PB-1.2及Bi-A1B-1的生物活性。實施例 12 ： Bi-PB-1C 及 Bi-PB-1D 的藥物動力學
為了評估相對於Bi-PB-1.2（wt）之Bi-PB-1.2C及Bi-PB-1.2D在體內的藥物動力特性，產生了藥物動力學圖。簡言之，10毫克/公斤之各拮抗劑係靜脈注射至6-10週齡雌性CD1小鼠的尾靜脈（每個分子之小鼠n=2）。在注射後3分鐘、3小時、1天、3天、7天及10天時收集血清。為了檢測血清中的抗體，以5微克/毫升之山羊抗人類IgG F(ab’)2片段（Sigma，#SAB3701274）塗覆96孔ELISA盤，然後使用5%牛奶（以PBS配製）進行阻斷。將序列稀釋於5%牛奶中的小鼠血清、及序列稀釋之純化標準蛋白質分子加入盤中。在與Peroxidase AffiniPure Mouse Anti-Human IgG, Fcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch，#209-035-098）培養並進一步清洗後，將Bi-PB-1.2（圖 51A ）、Bi-PB-1.2C（圖 51B ）、及Bi-PB-1.2D（圖 51C ）拮抗劑在與TMB-ELISA基質溶液培養後進行檢測，並使用Perkin Elmer多功能盤檢測儀透過OD650訊號進行定量。此分析結果顯示Bi-PB-1.2C及Bi-PB-1.2D之小鼠藥物動力學圖與Bi-PB-1.2相當，其係展現出在體內約5-8天的半衰期（T1/2 ）。實施例 13 ：由穩定 CHO 細胞池製造
自CHO-K1穩定細胞池製造對應於親本Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1、及Bi-A1B-1分子的C變異體分子、以及Bi-PB-1.2及Bi-A1B-1分子之U變異體，且將其截斷程度與其野生型對應物及／或具有C變異體的對應物進行比較。該CHO-K1穩定細胞池係在饋料-批式（fed-batch）條件下生長14天，並透過蛋白質A層析進行純化。截斷係透過經純化之突變與變異體蛋白質的還原PAGE分析來確定。此分析結果顯示相較於親本野生型分子，具有C及U變異體之分子顯著地減少截斷（圖 52A-52B ）。
本申請係主張於2019年12月6日申請之美國第16/706,187號申請案的優先權。出於全部目的，前述申請案之全文係通過引用明確地併於本文。
以上描述係為了教導本領域具有通常知識者如何實施本發明，而不是為了詳述描述全部的這些顯而易見的修改及變化，這些修改及變化對於本領域技術人員而言將在閱讀說明書時變得顯而易見。但是，全部的這些明顯的修改及變化都應包括在本發明的範圍內，本發明的範圍由後附申請專利範圍進行定義。除非上下文有特別指出相反的意思，否則申請專利範圍旨在以有效實現所期望之目的的任何順序來涵蓋所請組件及步驟。
圖 1 係顯示某些抗PD-1單株抗體（anti-PD-1 mAbs）的互補決定區（CDR）序列。該相對的框架區（FR）序列係列載於圖 53 之SEQ ID NOs: 176-205 。
圖 2A-2B 係顯示抗PD-1抗體可變區序列的數個實施態樣。
圖 3 係顯示某些抗PD-L1單株抗體的CDR序列。該相對的FR序列係列載於圖 53 之SEQ ID NOs: 206-228 。
圖 4A-4C 係顯示抗PD-L1抗體可變區序列的數個實施態樣。
圖 5A-5B 係顯示四個不同之雙特異性抗腫瘤拮抗劑的組態：Bi-PB-1、Bi-PLB-1、Bi-PB-2及Bi-PLB-2，其係各自包含(1) 抗PD-1或抗PD-L1可變區、及(2) TGF-β RII ECD區域。
圖 6 係顯示對應於圖 5 之雙特異性抗體的例示性功能區域序列。
圖 7 係顯示對應於圖 5 所選之雙特異性抗體的例示性重鏈（HC）及輕鏈（LC）序列。
圖 8A-8C 係分別描繪三個不同之雙特異性拮抗劑：Bi-AB-1、Bi-A1B-1及Bi-ZB-1，其係各自在突變之IgG1（K447A）支架中各自包含一羧基終端的TGF-β1 RII細胞外區域（ECD）。Bi-AB-1及Bi-A1B-1皆包含來自癌思停（Avastin/bevacizumab）之胺基終端的抗VEGF可變區（VH1，VL1）；Bi-A1B-1係在VH區中包括二個胺基酸取代（E6Q，L11V）。Bi-ZB-1係在IgG1 Fc（K447A）區之上游含有胺基終端的柔癌捕（aflibercept）區域。
圖 9A 及9B 係顯示存在圖 8 所描繪之雙特異性拮抗劑中之各式不同的功能區域序列。
圖 10 係顯示對應於圖 8 所描繪之雙特異性拮抗劑的重鏈（HC）及輕鏈（LC）胺基酸序列。
圖 11 係統整在圖 8 所描繪之雙特異性拮抗劑中的功能區域排列。
圖 12 為經Coomassie blue染色之聚丙醯胺膠體，其係顯示雙特異性抗體拮抗劑Bi-AB-1及Bi-A1B-1的表現程度增進，其中該Bi-AB-1及Bi-A1B-1係含有E6Q及L11V突變，而該突變係瞬時轉染至HEK293細胞且透過非還原性聚丙醯胺膠體電泳（PAGE）確定。
圖 13A 係顯示Bi-AB-1及Bi-A1B-1之粒徑排阻層析（SEC）圖。圖 13B 係顯示與二聚體相比（分別為98.6%、98.7%），蛋白質A純化之Bi-AB-1及Bi-A1B-1具有低程度的高分子量（分別為1%、1%）及低分子量（分別為0.4%、0.4%）種。
圖 14A 及14B 係顯示在非還原（圖 14A ）及還原（圖 14B ）條件下瞬時表現之Bi-ZB-1的PAGE膠體。
圖 15 係顯示粒徑排阻色層分析（SEC）圖，其係顯示相較於二聚體（96.1%），蛋白質A純化之Bi-ZB-1具有較低程度之高分子量（HMW，3.4%）及低分子量（LMW，0.5%）種。
圖 16 係顯示細胞試驗（cell-based assay）之結果，其中，係在二個抗VEGF拮抗劑（Bi-A1B-1及抗體A）序列稀釋下使用huVEGF165對在NFAT反應元素控制下之表現人類VEGFR2與螢火蟲螢光素酶（firefly luciferase）的重組HEK-293細胞進行刺激。透過量測螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。
圖 17 為說明透過Bi-A1B-1同時結合TGF-β1及VEGF165的ELISA分析，其中，經huTGF-β1塗覆之96孔盤係與序列稀釋之樣品Bi-A1B-1、接著是生物素化之huVEGF165進行培養，從而使用TMB基質透過鏈親合素-HRP（Streptavidin-HRP）檢測結合分子。
圖 18 係顯示細胞試驗之結果，其中，在SMAD反應元素控制下表現人類TGF-β1 RII受體及螢火蟲螢光素酶之重組HEK-293細胞係在Bi-A1B-1、Bi-ZB-1、及控制組之序列稀釋下使用huTGF-β1進行刺激，該Bi-A1B-1、Bi-ZB-1、及控制組係各自含有TGF-β1 RII細胞外區域（ECD）融合。透過螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。
圖 19 為藥物動力學圖，顯示雙特異性拮抗劑Bi-A1B-1在尾靜脈注射至6-10週齡雌性CD1小鼠後之體內半衰期（T1/2 ）。於注射後的幾個時間點取血清中的Bi-A1B-1拮抗劑，並透過ELISA進行分析。
圖 20A-20B 係描繪二個雙特異性抗腫瘤拮抗劑Bi-PB-1.2（圖 20A ）及Bi-PLB-1.2（圖 20B ），其係各自包含分別來自PD-1及PD-L1之可變區區域的抗體主鏈（IgG4 K447A或IgG1 K447A），且另外包括融合至各個重鏈CH3區之羧基終端的TGF-β-RII ECD。
圖 21 係顯示存在於圖 20A 及20B 之雙特異性抗體的功能區域序列。
圖 22 係顯示對應於圖 20A 及20B 所描繪之雙特異性拮抗劑的重鏈（HC）及輕鏈（LC）胺基酸序列。
圖 23 係統整在圖 20A 及20B 所描繪之雙特異性拮抗劑中的功能區域排列。
圖 24A 係顯示非變性聚丙醯胺膠體（PAGE）分析，其係顯示相較於1微克（µg）的親本對照抗體（parental control antibody，2P17），在瞬時表現系統中的Bi-PB-1.2及Bi-PLB-1.2表現。圖 24B 係描繪粒徑排阻色層分析（SEC）圖，其係顯示蛋白質A純化之Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及抗PDL1- TGF-β1 RII ECD基準分子。圖 24C 係顯示Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及抗PDL1- TGF-β1 RII ECD基準分子相較於二聚體具有低程度的高分子量（HMW）及低分子量（LMW）種。
圖 25A-25B 係顯示Bi-PB-1.2（圖 25A ）及Bi-PLB-1.2（圖 25B ）之二聚體、HMW及LMW形式在4ºC下展現良好的穩定性至少4週。
圖 26A-26E 係顯示PD-1及TGF-β1結合至Bi-PB-1.2（分別為26A 、26B ）、及結合至與其相應之抗PD-1及抗PDL1- TGF-β1 RII ECD基準分子（分別為26C 、26D ）的結果、以及它們所產生之結合親合力常數（26E ）。
圖 27A-27E 係顯示PD-L1及TGF-β1結合至Bi-PLB-1.2（分別為27A 、27B ）、及結合至與之相應之抗PDL1及抗TGF-β1 RII ECD基準分子（27C 、27D ）的結果、以及它們所產生之結合親合力常數（27E ）。
圖 28A 係顯示透過Bi-PB-1.2同時結合TGF-β1及PD-1的ELISA分析，其中，經huTGF-β1塗覆之96孔盤係與Bi-PB-1.2之序列稀釋樣品、接著是生物素化之hu PD-1進行培養，從而使用TMB基質透過鏈親合素-HRP檢測結合分子。圖 28B 係顯示透過Bi-PLB-1.2同時結合TGF-β1及PD-L1的ELISA分析，其中，經huTGF-β1塗覆之96孔盤係與Bi-PLB-1.2之序列稀釋樣品、接著是生物素化之hu PD-L1進行培養，從而使用TMB基質透過鏈親合素-HRP檢測結合分子。
圖 29A 係顯示Bi-PB-1.2及抗PD-1基準抗體於阻擋PD-1結合至PD-L1的能力。圖 29B 係顯示細胞試驗的結果，顯示出Bi-PB-1.2及抗PDL1-TGF-β1 RII ECD基準分子之序列稀釋在SMAD反應元素控制下阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。透過螢光素酶介導之冷光量減少來確定生物活性。
圖 30A-30B 係顯示Bi-PB-1.2及抗人類PD-1與抗食蟹猴PD-1二者之基準抗體結合至人類PD-1（圖 30A ）與食蟹猴PD-1（圖 30B ），以及與其相應之EC50 值，該EC50 值係對於結合人類PD-1和食蟹猴PD-1分別反映在基準線和最大反應之間產生一半反應的半最大有效濃度（EC50 ）。
圖 31A 係顯示Bi-PLB-1.2及抗PD-L1基準抗體對於阻擋PD-L1結合至PD-1的能力。圖 31B 係顯示細胞試驗的結果，顯示出Bi-PLB-1.2及抗PDL1- TGF-β1 RII ECD基準分子之序列稀釋在SMAD反應元素控制下阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。透過螢光素酶介導之冷光量減少來確定生物活性。
圖 32A-32B 係顯示Bi-PLB-1.2及抗人類PD-L1與抗食蟹猴PD-L1二者之基準抗體結合至人類PD-L1（圖 32A ）與食蟹猴PD-L1（圖 32B ），以及與其相應之EC50 值，該EC50 值係對於結合人類PD-L1和食蟹猴PD-L1分別反映在基準線和最大反應之間產生一半反應的半最大有效濃度（EC50 ）。
圖 33A-33B 係顯示相較於陰性對照組治療，使用Bi-PB-1.2係提升人類PBMCs（捐贈者1，圖 33A ；捐贈者2，圖 33B ）的IFN-γ分泌。圖 33C-33D 係顯示相較於陰性對照組治療，使用Bi-PB-1.2係提升人類PBMCs（捐贈者1，圖 33C ；捐贈者2，圖 33D ）的IL-2分泌。
圖 34A-34B 係顯示相較於親本抗PD-L1抗體及陰性對照組治療，使用Bi-PLB-1.2係提升人類PBMCs（捐贈者8，圖 34A ；捐贈者9，圖 34B ）的IFN-γ分泌。圖 34C-34D 係顯示相較於親本抗PD-L1抗體及陰性對照組治療，使用Bi-PLB-1.2係提升人類PBMCs（捐贈者8，圖 34C ；捐贈者9，圖 34D ）的IL-2分泌。
圖 35A-35F 係顯示在尾靜脈注射至6-10週齡雌性CD1小鼠後，Bi-PB-1.2及Bi-PLB-1.2相較於基準抗體係展現改善的藥物動力學圖。於注射後的幾個時間點取血清中的Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及基準抗體拮抗劑，並透過ELISA（分別為圖 35A 、 35C 、 35E ）及西方墨點法（分別為圖 35B 、 35D 、 35F ）進行分析。
圖 36 係顯示透過穩定轉染之CHO細胞所製造的Bi-PB-1.2儲存於4º C，其低分子量（LMW）種百分比係隨著時間提升，二聚體種百分比則隨著時間下降，此與透過粒徑排阻超高效液相層析（SE-UHPLC）所測得之提升的截斷（clipping）一致。
圖 37 係顯示在穩定轉染之CHO細胞中表現之雙特異性拮抗劑（Bi-PB-1.2（PD1-TGF-β1 RII ECD）及PLB-1基準（benchmark，BM）抗體的粒徑排阻層析（SEC）圖，描繪的是相較於透過HEK293瞬時轉染細胞所製造之Bi-PB-1.2，該主波峰的肩部係與提升的截斷一致。
圖 38 係顯示透過陽離子交換層析（CEX）獲得之Bi-PB-1.2餾分的SEC圖。
圖 39 係確認透過質譜儀確定之片段及經截斷之片段，其係顯示Bi-A1B-1及Bi-PB-1.2具有相似之截斷部位。
圖 40A 及 40B 係顯示基於質譜儀，於Bi-A1B-1及Bi-PB-1.2各自之重鏈胺基酸序列的截斷部位。
圖 41A-41C 係顯示用於探討野生型TGF-β1 RII ECD截斷之不同的突變TGF-β1 RII ECD序列。
圖 42A-42H 係顯示含有圖 41A-41C 之突變TGF-β1 RII ECD序列的Bi-PB-1.2重鏈序列。該些突變的分析係如以下圖 46-52 所示。
圖 43 係顯示含有圖 41A 及41C 所選之突變TGF-β1 RII ECD序列的Bi-PLB-1.2重鏈序列。該些突變的分析係如以下圖 52 所示。
圖 44A-44D 係顯示含有以下圖 49 、 50 及 52 所選之突變TGF-β1 RII ECD序列的Bi-A1B-1重鏈序列。
圖 45 係顯示在圖 41A-41C 所示突變TGF-β1 RII ECD序列中所標靶之胺基酸。
圖 46A-46C 係描述還原性聚丙醯胺膠體（PAGE）分析，其係顯示在蛋白質A-親合性純化來自穩定之中國倉鼠卵巢細胞（CHO）轉形株之分子以後，Bi-PB-1.2 TGFβ1 ECD突變具有與親本野生型Bi-PB-1.2相似之表現程度及產率。
圖 47A 係顯示對應於Bi-PB-1.2及突變（Bi-PB-1.2-Δ7、Bi-PB-1.2B至Bi-PB-1.2H）之SEC圖，其係顯示相較於Bi-PB-1.2，該突變之截斷（無肩部）減少。圖 47B 係顯示對應於Bi-PB-1.2及突變（Bi-PB-1.2-Δ15、及Bi-PB-1.2-Δ20）之SEC圖，其係顯示相較於Bi-PB-1.2，該突變之截斷（無肩部）減少。
圖 48 係顯示反映於圖 47A-47B 之SEC圖之高分子量（HMW）種、二聚體、及低分子量（LMW）種的百分比。
圖 49 係顯示細胞試驗的結果，其係顯示序列稀釋之透過HEK293瞬時轉染產生的Bi-PB-1.2及Bi-A1B-1變異體及控制組（即，親本Bi-PB-1.2、Bi-A1B-1及PLB-BM（基準）及陰性對照組抗體）在SMAD反應元素控制下阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。透過螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。
圖 50 係顯示Bi-PB-1.2及Bi-A1B-1變異體與親本控制組的IC50 ，反映出它們在SMAD反應元素控制下阻擋TGF-β1活化螢光素酶表現的能力。透過螢光素酶介導之冷光量下降來確定生物活性。
圖 51A-51C 係顯示Bi-PB-1.2（圖 51A ）、Bi-PB-1.2C （圖 51B ）及Bi-PB-1.2D（圖 51C ）在成對小鼠中具有相似的藥物動力，其特徵為具有約5-8天的T1/2 。
圖 52 係顯示圖 52A&52B 還原性聚丙醯胺膠體（PAGE）分析，其係顯示相較於親本野生型之Bi-PB-1.2、Bi-PLB-1.2及Bi-A1B-1，來自C變異體之截斷片段程度減少。
圖 53 係顯示對應於圖 1 及3 之抗PD-1 CDR（SEQ ID NOs: 176-205）及抗PD-L1 CDR（SEQ ID NOs: 206-228）的框架區（FR）。
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Claims (20)

  1. 一種抗腫瘤拮抗劑，包含： 一第一標靶區域，其係包含突變之TGF-β1 RII細胞外區域（突變ECD）；以及 一免疫球蛋白支架，其係具有胺基終端及羧基終端， 且其中該突變ECD係包含選自由SEQ ID NOs: 114-123 及251-270 組成之群組的胺基酸序列。
  2. 如請求項1之抗腫瘤拮抗劑，其中該第一標靶區域係透過胜肽連接子（peptide linker）連接至該免疫球蛋白支架。
  3. 如請求項1之抗腫瘤拮抗劑，其進一步包含一第二標靶區域，該第二標靶區域係包含免疫檢查點調節子（immune checkpoint regulator）拮抗劑、VEGF結合拮抗劑、或Tie2酪胺酸激酶受體拮抗劑。
  4. 如請求項3之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域係包含免疫檢查點調節子拮抗劑。
  5. 如請求項4之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域特異地結合至PD-1且包含： (1)   一免疫球蛋白重鏈可變區（HCVR），其係包含三個互補決定區（HCDRs）：HCDR1、HCDR2、及HCDR3， 其中該HCDR1係包含選自由SEQ ID NOs: 1 、 4 、 7 、 9 及 12 組成之群組的胺基酸序列， 其中該HCDR2係包含選自由SEQ ID NOs: 2 、 5 、 10 及 13 組成之群組的胺基酸序列，以及 其中該HCDR3係包含選自由SEQ ID NOs: 3 、 6 、 8 、 11 及 14 組成之群組的胺基酸序列；以及 (2)   一免疫球蛋白輕鏈可變區（LCVR），其係包含三個互補決定區（LCDRs）：LCDR1、LCDR2及LCDR3， 其中該LCDR1係包含選自由SEQ ID NOs: 15 、 18 、 21-23 及 26 組成之群組的胺基酸序列， 其中該LCDR2係包含選自由SEQ ID NOs: 16 、 19 、 24 及 27 組成之群組的胺基酸序列， 其中該LCDR3係包含選自由SEQ ID NOs: 17 、 20 、 25 及 28 組成之群組的胺基酸序列。
  6. 如請求項5之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域係包含： 一與選自由SEQ ID NOs: 29 、 31 、 33 、 35 、 37 及 39 組成之群組的胺基酸序列具有至少90%一致性（identity）的HCVR；及／或 一與選自由SEQ ID NOs: 30 、 32 、 34 、 36 、 38 及 40 組成之群組的胺基酸序列具有至少90%一致性的LCVR。
  7. 如請求項6之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： 一具有選自由SEQ ID NOs: 29 、 31 、 33 、 35 、 37 及 39 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白HCVR；及／或 一具有選自由SEQ ID NOs: 30 、 32 、 34 、 36 、 38 及 40 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白LCVR。
  8. 如請求項7之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： 一與SEQ ID NO: 39 之胺基酸序列具有至少90%一致性的免疫球蛋白HCVR；及／或 一與SEQ ID NO: 40 之胺基酸序列具有至少90%一致性的免疫球蛋白LCVR。
  9. 如請求項8之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： 一具有SEQ ID NO: 39 之胺基酸序列的免疫球蛋白HCVR；及／或 一具有SEQ ID NO: 40 之胺基酸序列的免疫球蛋白LCVR。
  10. 如請求項4之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域特異地結合至PD-1且包含： (1)   一免疫球蛋白HCVR，其係包含三個互補決定區（HCDRs）：HCDR1、HCDR2及HCDR3， 其中該HCDR1係包含選自由SEQ ID NOs: 41 、 44 、 50 及 53 組成之群組的胺基酸序列， 其中該HCDR2係包含選自由SEQ ID NOs: 42 、 45 、 47 、 49 、 51 及 54 組成之群組的胺基酸序列，以及 其中該HCDR3係包含選自由SEQ ID NOs: 43 、 46 、 48 、 52 及 55 組成之群組的胺基酸序列；以及 (2)   一免疫球蛋白LCVR，其係包含三個互補決定區（LCDRs）：LCDR1、LCDR2及LCDR3， 其中該LCDR1係包含選自由SEQ ID NOs: 56 、 59 、 63 、 66 及 69 組成之群組的胺基酸序列， 其中該LCDR2係包含選自由SEQ ID NOs: 57 、 60 、 64 、 67 及 70 組成之群組的胺基酸序列，以及 其中該LCDR3係包含選自由SEQ ID NOs: 58 、 61 、 62 、 65 、 68 及 71 組成之群組的胺基酸序列。
  11. 如請求項10之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域係包含： 一與選自由SEQ ID NOs: 72 、 74 、 76 、 78 、 80 、 82 、 84 及 86 組成之群組的胺基酸序列具有至少90%一致性的HCVR；及／或 一與選自由SEQ ID NOs: 73 、 75 、 77 、 79 、 81 、 83 、 85 及 87 組成之群組的胺基酸序列具有至少90%一致性的LCVR。
  12. 如請求項11之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： 一具有選自由SEQ ID NOs: 72 、 74 、 76 、 78 、 80 、 82 、 84 及 86 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白HCVR；及／或 一具有選自由SEQ ID NOs: 73 、 75 、 77 、 79 、 81 、 83 、 85 及 87 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白LCVR。
  13. 如請求項12之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： 一具有選自由SEQ ID NO: 86 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白HCVR；及／或 一具有選自由SEQ ID NO: 87 組成之群組的胺基酸序列的免疫球蛋白LCVR。
  14. 如請求項3之抗腫瘤拮抗劑，其中該第二標靶區域係包含VEGF結合拮抗劑，該VEGF結合拮抗劑係包含以下胺基酸序列：(1)SEQ ID NO: 88 ；(2)SEQ ID NOs: 90 及 91 ；或 (3)SEQ ID NOs: 96 及 91 。
  15. 如請求項1之抗腫瘤拮抗劑，其中該免疫球蛋白支架為IgG1、IgG2或IgG4支架。
  16. 如請求項15之抗腫瘤拮抗劑，其中該免疫球蛋白支架係含有N297A突變、K447A突變、或前述二者。
  17. 如請求項15之抗腫瘤拮抗劑，其中該免疫球蛋白支架係包含選自由SEQ ID NOs: 100 、 159-166 及 173-175 組成之群組的胺基酸序列。
  18. 如請求項1之抗腫瘤拮抗劑，其係包含選自由SEQ ID NOs: 124-133 、 145 、 147 、 148 、 150 及 271-303 組成之群組的重鏈胺基酸序列。
  19. 如請求項1之抗腫瘤拮抗劑，其係包含： (1)SEQ ID NO: 126 或 SEQ ID NO: 283 的重鏈胺基酸序列，其係與SEQ ID NO: 93 的輕鏈胺基酸序列配對； (2)SEQ ID NO: 145 或 SEQ ID NO: 303 的重鏈胺基酸序列，其係與SEQ ID NO: 95 的輕鏈胺基酸序列配對；或者 (3)SEQ ID NO: 148 或 SEQ ID NO: 295 的重鏈胺基酸序列，其係與SEQ ID NO: 103 的輕鏈胺基酸序列配對。
  20. 一種治療一個體中之細胞增生性失調（proliferative disorder）的方法，包含： 對一有需要之個體投予一有效量之如請求項1的抗腫瘤拮抗劑。
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