TW202122418A - 具改良藥物動力學之經酸鹼度依賴性抗原結合活性工程化之抗人類免疫缺乏病毒抗體 - Google Patents
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Abstract
本發明涉及一種在依巴珠單抗(Ibalizumab)重鏈的殘基Y53a、D58、K96、D97、N98,或T100a處,以及在依巴珠單抗輕鏈的殘基S26、L30、L33、Q89、Y92、S93,或Y94處具有一個或多個組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體。此外,本發明還涉及兩個具有雙組胺酸突變的變體,分別為一個在依巴珠單抗重鏈的殘基Y53a及Y94處突變,另一個在依巴珠單抗輕鏈的殘基D58及L30處突變。
Description
本發明總體上涉及用於人類免疫缺乏病毒(human immunodeficiency virus,HIV)預防及治療的改良的抗人類免疫缺乏病毒抗體。本發明還通常涉及抗人類免疫缺乏病毒抗體的組胺酸突變。具體而言,本發明涉及用於人類免疫缺乏病毒預防及治療的組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體。
人類免疫缺乏病毒1型(HIV-1)進入是由病毒包膜(envelope,Env)醣蛋白gp120與T細胞受體CD4的結構域1(domain 1,D1)相互作用觸發的。依巴珠單抗(Ibalizumab,iMab)為一種有效且廣泛中和人類免疫缺乏病毒1型的抗體(Jacobson等人,Antimicrob. Agents Chemother.
53:450-457, 2009年;Kuritzkes等人,J. Infect. Dis.
189:286-291, 2004年),透過主要結合於宿主T細胞上CD4受體的結構域2(domain 2,D2)來中和人類免疫缺乏病毒,進而阻止人類免疫缺乏病毒利用這些CD4受體進入T細胞並產生感染的能力(Burkly等人,J. Immunol.
149:1779-178, 1992年)。在最近測試的大量初代分離株(118種Env假型病毒)中,以50%抑制感染率定義,依巴珠單抗中和了92%的病毒,且以90%抑制感染率定義,依巴珠單抗中和了47.4%的病毒。儘管依巴珠單抗可有效抑制多種人類免疫缺乏病毒分離株,但仍有很大一部分的人類免疫缺乏病毒變體可逃脫依巴珠單抗的抑制活性。最近的報導指出,人類免疫缺乏病毒1型的包膜可變區5中天門冬醯胺連接的醣基化位點的丟失與對依巴珠單抗的抗藥性有關(Toma等人,J. Virology
85(8): 3872-2880, 2011年;Pace等人,J. Acquir. Immune Defic. Syndr.
Epub,2012年9月前印刷)。
抗體在其恆定區的保守位置被醣基化,且連接至該恆定區的醣基的存在及結構會影響抗體活性(參見Wright與Morrison的回顧文獻,TIBTECH
15: 26-32, 1997年)。
據報導,在重鏈而非輕鏈中引入N-連接的醣基可提高溶解度(Pepinsky等人,Protein Sci 19
, 954-966, 2010年;Wu等人,Protein Eng Des Sel 23
, 643-651, 2010年)。在Pepinsky的文獻中,修飾位於恆定區域而非可變區域。但是,先前的研究皆未提供將聚醣策略性地置於抗體可變區中的作用。
據報導,在人類免疫缺乏病毒1型的包膜可變區5中,天門冬醯胺連接的醣基化位點的丟失與對依巴珠單抗的抗藥性有關(Toma等人,J. Virology
85(8): 3872-2880, 2011年;Pace等人,J. Acquir. Immune Defic. Syndr
. Epub,2012年9月前印刷)。此外,在美國專利第9,790,276 B2號以及第9,587,022 B2號中已公開了聚醣修飾的抗CD4單株抗體透過在抗CD4抗體的可變區中的聚醣修飾提供增強的活性。在這些專利中,聚醣修飾的抗CD4抗體為抗CD4抗體的修飾形式,其可變區具有一工程化的N-連接的醣基化位點。於一些特定具體實施例中,該工程化的N-連接的醣基化位點位於依巴珠單抗的輕鏈的一胺基酸位置,該位置係選自由殘基30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、60Asp、65Ser、67Ser,以及76Ser所組成之群組。於一特定實施例中,該醣基化位點為30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、65Ser、67Ser及其組合之一,其提供改良的人類免疫缺乏病毒預防及治療的活性。
開發用於人類免疫缺乏病毒預防及治療的進一步改良的抗人類免疫缺乏病毒抗體仍有其需要。
本發明提供一種新穎的增強一抗人類免疫缺乏病毒抗體的活性之方法,係透過在該抗體的輕鏈或重鏈可變區中的組胺酸突變來達成。
於一方面,本發明提供一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其在該抗體的重鏈的的殘基上具有一個或多個突變,其中該殘基係選自由Y53a、D58、K96、D97、N98、T100a及其組合所組成之群組,其中該抗人類免疫缺乏病毒抗體為一聚醣修飾的抗CD4單株抗體,如美國專利第9,790,276 B2號以及第9,587,022 B2號所揭露者,該專利係透過引用整體併入本文。
於另一方面,本發明提供一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其在該抗體的輕鏈的殘基上具有一個或多個突變,其中該殘基係選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94及其組合所組成之群組。
於另一方面,本發明提供一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在該抗體的重鏈的上述殘基之一的突變,以及在該抗體的輕鏈的上述殘基之一的突變之組合。
於又一方面,本發明提供一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在該抗體的重鏈的殘基Y53a的突變,及在該抗體的輕鏈的上述殘基之一的突變的組合。
於另一方面,本發明提供一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在該抗體的重鏈的殘基D58的突變,及在該抗體的輕鏈的上述殘基之一的突變的組合。
於本發明之一具體實施例中,該抗人類免疫缺乏病毒抗體為一抗CD4抗體,具體而言是如美國專利第9,790,276 B2號及第9,587,022 B2號中公開的具有聚醣修飾的依巴珠單抗。
於一實施例中,本發明提供一種工程化變體,其為在依巴珠單抗的重鏈的殘基Y53a以及輕鏈的殘基Y94分別具有兩個組胺酸突變的變體(稱為 「HC Y53a/LC Y94」或「Y53a/Y94」或「Y94/Y53a」)。該變體HC Y53a/LC Y94在不同pH值下具有所需的抗體-抗原結合特性,具有與野生型依巴珠單抗(「wt」)等效的體外人類免疫缺乏病毒1型的中和活性,表示這些突變不會干擾正常的依巴珠單抗的功能。變體HC Y53a/LC Y94的半衰期比獼猴中的野生型依巴珠單抗長2.1倍(P = 0.008),造成CD4受體佔有率延長50%。若在人類中觀察到半衰期及受體佔有率有類似的改善,則相較於野生型依巴珠單抗,變體HC Y53a/LC Y94所需的施用頻率較低。
於另一實施例中,本發明提供一種工程化變體,其為分別在依巴珠單抗的重鏈D58處以及輕鏈L30處具有兩個組胺酸突變的變體(稱為「HC D58/LC L30」或「F58/L30」或「L30/D58」)。
透過參考以下之描述,本發明之上述及其他特徵以及獲得及使用它們的方式將變得更加明顯,並且將得到最好的理解。
除非本文其他定義,否則本文所用之科學及技術術語具有本領域普通技術人員通常理解之含義。
本發明首次證明,可透過抗人類免疫缺乏病毒抗體的可變區中的聚醣修飾以及重鏈中的組胺酸修飾來改良單株抗體的功能。
據此,本發明提供一種組胺酸修飾的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其在該抗體的重鏈的殘基上具有一個或多個突變,該殘基選自由Y53a、D58、K96、D97、N98、T100a及其組合所組成之群組;其中該抗人類免疫缺乏病毒抗體為一聚醣修飾的抗CD4單株抗體,如美國專利第9,790,276 B2號及第9,587,022 B2號中所公開的。
此外,本發明提供一種組胺酸修飾的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其在該抗體的輕鏈的殘基上具有一個或多個突變,該殘基選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94,及其組合所組成之群組。
本發明還提供一種組胺酸修飾的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在該抗體的重鏈的上述殘基之一處的突變以及在該抗體的輕鏈的上述殘基之一處的突變之組合。
於一實施例中,本發明提供一種組胺酸修飾的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在該抗體的重鏈的殘基Y53a或D58處的突變以及該抗體的輕鏈的上述殘基處的突變之組合。
於一特定的實施例中,本發明提供一種工程化變體HC Y53a/LC Y94以及HC D58/LC L30,其在不同pH值下顯示出所需的抗體-抗原結合特性,且具有與野生型相當的體外人類免疫缺乏病毒1型的中和活性,表示這些突變不會干擾正常的依巴珠單抗之功能。
定義
一「抗原」係指含有一個或多個抗原決定位且能夠引起免疫反應的分子。在一般意義上,「抗原分子」亦用於指作為本文公開之聚醣修飾的蛋白質的結合靶標的分子。
一「抗原決定位」,亦稱為抗原決定簇,為被免疫系統,亦即B細胞、T細胞或抗體,識別的一個或多個抗原分子的部分。一抗原決定位可為一構象抗原決定位或一線性抗原決定位。一構象抗原決定位係由抗原性分子的不連續部分所形成,或由多個分子所形成。在抗原為一蛋白質的情況下,一構象抗原決定位可由相同的蛋白質分子的不連續胺基酸殘基所形成,或由該蛋白質不同分子上的胺基酸殘基形成(例如,由該蛋白質的多元體形成的四級抗原決定位)。一線性抗原決定位由一抗原的連續部分,例如,一蛋白抗原的一胺基酸連續序列所形成。
「抗體」乙詞在本文中廣泛使用,包括完整的抗體分子,包括完整的多株、單株、單特異性、多特異性、嵌合、人源化、人類的、靈長類化、單鏈、單域、合成,或重組抗體,以及具有一所需活性或功能的抗體片段。
如本文所用,「抗體片段」乙詞尤其包括一完整抗體的抗原結合片段。抗原結合片段的實例包括,但不限於:Fab片段(由VL、VH、CL,以及CH1結構域所組成)、Fab’片段(與Fab片段的區別在於,在該CH1結構域的C端有幾個額外的殘基,包括一個或多個來自抗體鉸鏈區的半胱胺酸)、(Fab’)2
片段(透過由在鉸鏈區的二硫鍵連接的兩個Fab’片段所形成)、Fd片段(由VH以及CH1結構域所組成)、Fv片段(係指緊密、非共價結合的一重鏈及一輕鏈可變結構域的二元體,包含完整的抗原識別及結合位點)、dAb片段(由一VH結構域所組成)、單域片段(VH結構域、VL結構域、VHH結構域,或VNAR結構域),分離的CDR區、scFv(或「單鏈Fv」,係指VL及VH結構域的融合,經由一連接子連接在一起),以及其他保留抗原結合功能的抗體片段。
「可變區」乙詞係指一抗體的抗原結合區,其在不同抗體分子之間變化很大。抗體不變化相同的方式且通常參與免疫系統的效應子功能的區域稱為「恆定區」。一免疫球蛋白鏈(成熟形式)的大約前110個胺基酸構成其可變結構域。重鏈的兩個可變結構域(VH)以及輕鏈的兩個可變結構域(VL)組成了一抗體的可變區。重鏈的六個恆定結構域(CH1
、CH2
,以及CH3
)以及輕鏈的兩個恆定結構域(CL)構成抗體的恆定區。
「CDR」或「互補決定區」等詞係指一抗體可變結構域內的高度變異區。在每個重鏈及輕鏈可變結構域中有3個CDRs,由負責抗原結合的胺基酸殘基所組成。「框架區」或「FR」等詞係指該可變結構域的更保守的部分,且由除了高度變異區殘基以外的殘基所組成。
一抗體的「抗原結合位點」乙詞係指由一抗原結合的該抗體的胺基酸所形成的構象及/或構型。例如,每個VH及VL結構域的三個CDRs相互作用以在VH-VL二元體的表面上定義一個抗原結合位點。該六個CDRs一起賦予抗體抗原結合特異性。然而,應當注意的是,單個可變結構域(亦即,VH或VL)也可識別並結合抗原,儘管通常不如具有全部六個CDRs的整個結合位點有效。
「嵌合抗體」乙詞係指含有來自不同來源,例如,不同物種或不同抗體類別或亞類別的多胜肽的抗體。嵌合抗體的實施例包括與人類免疫球蛋白的Fc片段融合的鼠單株抗體的抗原結合部分。製備嵌合抗體之方法為本領域已知的;例如,在Boss等人的美國專利第4,816,397號以及Cabilly等人的美國專利第4,816,567號。
「人源化抗體」乙詞係指在人類免疫球蛋白骨架或框架中包含非人類序列元件的抗體。通常,人源化抗體為人類免疫球蛋白(受體抗體),其中受體的高度變異區(CDRs)的殘基被具有所需特異性、親和力,以及能力的非人類物種,如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類動物的高度變異區的殘基替代(供體抗體)。於一些情況下,人類免疫球蛋白的框架區(FR)殘基也被非人類殘基替代。於某些情況下,人源化抗體還可包含在受體抗體或供體抗體中均未發現並被引入以進一步改善抗體性能的殘基。通常,人源化抗體包含至少一個可變結構域的基本上全部且通常包含兩個可變結構域,其中所有或基本上所有的高度變異區對應於非人類免疫球蛋白的可變區,且所有或基本上所有的框架區為人類免疫球蛋白序列的那些。人源化抗體任選還包含至少一部分免疫球蛋白恆定區(Fc),通常為人類免疫球蛋白的恆定區。製備人源化抗體之方法已記錄在本領域中;參見,例如, Winter的美國專利第5,225,539號以及Boss等人的美國專利第4,816,397號。
「非人類靈長類抗體」乙詞係指在非人類靈長類免疫球蛋白骨架或框架中包含人類序列元件或非靈長類序列元件的抗體。例如,非人類靈長類化抗體可由非人類靈長類免疫球蛋白(受體抗體)製成,方法是將受體抗體的高度變異區(CDRs)中的殘基替換為具有所需特異性、親和力和能力的來自人類或一非靈長類物種,例如小鼠、大鼠,或兔的一供體抗體的高度變異區中的殘基。或者,透過使用具有人類或非靈長類序列或來自不同靈長類物種的序列的受體免疫球蛋白,並將來自所需的靈長類動物的Fc片段及/或殘基,包括特別是框架區的殘基引入受體免疫球蛋白中,而可使非人類靈長類抗體適於施用至所需的靈長類物種。非人類靈長類抗體的實例包括本文實施例部分中公開的「猴化」抗體。
「單特異性抗體」乙詞係指識別並結合一個抗原決定位的抗體。
「多特異性抗體」乙詞係指由至少兩種分離的抗體形成並結合多個(亦即,兩個或更多個)分離的抗原決定位的抗體。
「中和抗體」乙詞係指抑制、減少或完全預防人類免疫缺乏病毒1型感染的抗體。一抗體是否為中和抗體可透過以下實施例部分中所述之體外測定來確定。
「有效中和抗體」乙詞係指當以低濃度使用時可將人類免疫缺乏病毒1型感染減少至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或更高的抗體。低於50 μg/ml,介於1至50 μg/ml,或甚至低於1 μg/ml的濃度被認為是「低濃度」。於一些具體實施例中,低濃度為微微摩爾(picomolar)範圍內的濃度,例如10-900 ng/ml,且包括該範圍內的任何濃度,例如800、700、600、500、400、300、200、100、75,50、25、10 ng/ml,甚至小於10 ng/ml。
「廣泛中和抗體」乙詞係指一抑制人類免疫缺乏病毒1型感染的抗體,如體外抑制50%感染所定義的,抑制超過50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或更高的一大批(大於100種)人類免疫缺乏病毒1型包膜假型病毒及病毒分離株;例如,一大批分離株表現出因地理、演化枝、向性,以及感染階段而產生的包膜多樣性。
如本文所用,「片段」乙詞係指一生物分子的一級結構的物理上連續的部分。對於蛋白質,一片段可由一蛋白質胺基酸序列的連續部分定義,且可至少為3-5個胺基酸、至少6-10個胺基酸、至少11-15個胺基酸、至少16-24個胺基酸、至少25-30個胺基酸、至少30-45個胺基酸,直到該蛋白質的全長減去幾個胺基酸。在多核苷酸的情況下,一片段由多核苷酸的核酸序列的連續部分定義,且可為至少9-15個核苷酸、至少15-30個核苷酸、至少31-45個核苷酸、至少46-74個核苷酸、至少75-90個核苷酸,以及至少90-130個核苷酸。於某些具體實施例中,生物分子的片段為免疫原性片段。
一「胜肽」係透過醯胺(胜肽)鍵連接兩個或多個胺基酸而形成的任何化合物,通常為α-胺基酸的聚合物,其中每個胺基酸殘基(NH2端除外)的α-胺基與直鏈中下一個殘基的α-羧基連接。「胜肽」、「多胜肽」,以及「聚胺基酸」等詞在本文中同義使用,係指這類化合物,沒有大小限制,除非指示相反。具有大尺寸的此類成員也稱為蛋白質,包括抗體。
於本發明之一個特定實施例中,證實一種變體HC Y53a/LC Y94在不同pH值下具有所需的抗體-抗原結合特性(圖4),其體外人類免疫缺乏病毒1型中和活性與野生型依巴珠單抗相當,表示這些突變不會干擾正常的依巴珠單抗功能(圖5)。變體Y53a/LC Y94的半衰期比恆河獼猴中的野生型依巴珠單抗長2.1倍(P = 0.008;圖6A),造成CD4受體佔有率延長了50%(圖6B)。若在人類中觀察到半衰期及受體佔有率有類似的改善,則HC Y53a/LC Y94所需的施用頻率應低於野生型依巴珠單抗。
抗人類免疫缺乏病毒抗體已經在本領域中進行描述,且由於CD4受體的蛋白序列對於本領域技術人員而言是可用的,因此亦可容易地產生。CD4具有四個免疫球蛋白結構域(D1至D4),位於細胞的細胞外表面,並使用其D1結構域與第II類MHC分子的β2結構域相互作用。於某些具體實施例中,抗人類免疫缺乏病毒抗體可為與D1、D1-D2連接、D2、D2的BC或FG環,或其任何組合中的一個或多個結合的一種抗CD4抗體。於特定的具體實施例中,本發明中使用的抗CD4抗體主要針對CD4受體的第二免疫球蛋白樣結構域(D2)(胺基酸位置98-180)。針對CD4的D2結構域的抗體具有阻止人類免疫缺乏病毒感染而不干擾CD4與第II類主要組織相容性複合物(major histocompatibility complex,MHC)分子相互作用調節的免疫功能的理想特性。於其他具體實施例中,用於本發明之抗CD4抗體結合位於該CD4受體的D1-D2連接附近的D2的BC環中的抗原決定位(胺基酸121-127)。於其他具體實施例中,抗CD4抗體結合D2的FG環(胺基酸163-165)以及D1的一部分(胺基酸77-96)。胺基酸編號對應於CD4受體成熟形式的位置,不包括訊息胜肽。人類CD4受體的胺基酸序列如SEQ ID NO: 1所示,其中胺基酸1-25代表訊息胜肽,胺基酸26-122構成D1,胺基酸123-205構成D2。
於一特定的具體實施例中,該抗人類免疫缺乏病毒抗體為一CD4單株抗體,其可為該人源化抗體,依巴珠單抗或「iMab」(先前稱為TNX-355或hu5A8)。依巴珠單抗有效阻斷多種人類免疫缺乏病毒1型分離物的感染,並以CD4受體D1-D2連接附近D2的BC環中的抗原決定位為目標,而不會干擾CD4與第II類主要組織相容性複合物(MHC)分子相互作用調節的免疫功能。該抗CD4抗體的一實例為美國專利號第5,871,732號,其透過引用整體併入本文。
於另一具體實施例中,該抗CD4抗體或其片段為一具有改良穩定性的依巴珠單抗的突變體。一實例為在鉸鏈區具有一個或多個取代基的抗CD4抗體,該取代基可防止鉸鏈內二硫鍵形成,進而導致抗體分子具有出乎意料的改善的二價穩定性,例如於2007年4月27日公開的PCT專利公開第WO 2008134046 (A1)號中提供的抗體,其透過引用併入本文。
根據本發明之具體實施例,該抗CD4抗體可由IgG 4或IgG 1產生。於本發明之一實施例中,製備對CD4具有結合親和力的抗CD4 IgG 1抗體,稱為MV1。MV1在位置234上的白胺酸改變為苯丙胺酸,在位置235上的白胺酸改變為麩胺酸,在IgG1恆定區的位置331上的脯胺酸改變為絲胺酸。MV1具有分別如SEQ ID NOS: 2-3所示的重鏈及輕鏈的胺基酸序列。
於本發明之一些實施例中,該抗CD4抗體可在重鏈的Fc區或FcRn區中包含一個或多個修飾,以改善抗CD4抗體的回收。一特定的實例為抗CD4抗體包含如SEQ ID NO: 5所示的重鏈的胺基酸序列。
於一特定實施例中,該抗CD4抗體為在選自由位置30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、60Asp、65Ser、67Ser,以及76Ser所組成之群組的胺基酸位置上透過醣基化修飾的依巴珠單抗,如美國專利第9,790,276 B2號以及第9,587,022B2號所公開。於一較佳實施例中,於位置30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、65Ser,或67Ser上的醣基化位點提供改善的活性。於本發明之一更佳的實施例中,該醣基化位點在位置52Ser。
基於本發明之發現,顯示組胺酸突變方法可適於增強其抗人類免疫缺乏病毒抗體的功能活性。利用結構活性關係(structural-activity relationship,SAR),可想像增加抗體關鍵位置上的體積可導致活性提高,進而產生優質的抗體產物。
醫藥組合物
可透過將抗體與一種或多種任選的醫藥上可接受的載體混合以製備包含本文公開的工程化抗體的醫藥組合物。醫藥上可接受的載體包括溶劑、分散介質、等滲劑等。載體可為液體、半固體,例如糊狀,或固體載體。載體的實例包括水、鹽溶液,或其他緩衝液(例如,磷酸鹽、檸檬酸鹽緩衝液)、油、酒精、蛋白質(例如,血清白蛋白、明膠)、醣類(例如,單醣、雙醣,以及其他醣類,包括葡萄糖、蔗糖、海藻糖、甘露糖、甘露醇、山梨糖醇,或糊精)、凝膠、脂質、脂質體、樹脂、多孔基質、黏合劑、填料、塗料、穩定劑、防腐劑、抗氧化劑,包括,抗壞血酸以及甲硫胺酸、螯合劑,例如,EDTA;形成鹽的抗衡離子,例如鈉;非離子表面活性劑,例如TWEENTM
、PLURONICSTM
或聚乙二醇(polyethylene glycol,PEG),或其組合。
該醫藥組合物可包含一種以上的活性化合物,例如,一種或多種抗體,以及一種或多種用於抑制、預防及治療人類免疫缺乏病毒感染的有益化合物。
該活性成分可以任何方便及實用的方式與載體結合,例如,透過混合、溶液、懸浮、乳化、包封、吸收等,並可製成片劑、膠囊劑、粉(包括凍乾粉)、糖漿、適合注射的懸浮液、攝取、輸注等。亦可製備緩釋製劑。
預防及治療之方法
於另一方面,本文公開之組胺酸突變的抗體,任選地以醫藥上可接受的載體提供,用於治療及預防一個體中的人類免疫缺乏病毒感染,以及預防人類免疫缺乏病毒傳播。
人類免疫缺乏病毒感染的「治療」乙詞係指有效抑制人類免疫缺乏病毒感染,以延遲其發作、減緩其進展、降低病毒載量,及/或減輕由人類免疫缺乏病毒感染引起的症狀。
「預防人類免疫缺乏病毒感染」乙詞係指人類免疫缺乏病毒感染的發作被延遲,及/或人類免疫缺乏病毒感染的發生率或可能性被降低或消除。
「預防人類免疫缺乏病毒傳播」乙詞係指減少或消除人類免疫缺乏病毒從一人類傳播到另一人類(例如,在懷孕、分娩或生產,或母乳喂養期間從人類免疫缺乏病毒陽性的婦女傳播至嬰孩;或自人類免疫缺乏病毒陽性伴侶傳播至人類免疫缺乏病毒陰性伴侶)的發生率或可能性。
「個體」乙詞係指任何靈長類個體,包括人類及非人類個體(例如,獼猴個體)。
為了抑制、治療及/或預防人類免疫缺乏病毒感染,將一治療有效量的本文所公開之組胺酸突變的抗體施用於一有需要的個體。
「治療有效量」乙詞係指實現抑制人類免疫缺乏病毒感染以治療及/或預防人類免疫缺乏病毒感染所需的劑量。抗體的劑量取決於疾病狀態及其他臨床因素,例如個體的體重及狀況、個體對療法的反應、製劑的類型,以及給藥途徑。治療有效及無害的精確劑量可由本領域技術人員確定。通常,用於腸胃外施用給成人的抗體的合適劑量在約0.1至20 mg/kg患者體重的範圍內 ,每天一次、每週一次、甚至每個月一次,通常使用的初始範圍約為2至10 mg/kg。由於抗體最終將從血液中清除,因此可能需要重新給藥。或者,可採用植入或注射存在於控制釋放的基質中的抗體。
可透過標準途徑,包括口服、透皮,或腸胃外(例如,靜脈內、腹膜內、皮內、皮下,或肌肉內)將抗體施用至該個體。此外,可透過注射或透過外科手術植入或附接將抗體引入體內,使得大量所需抗體能夠以控制釋放的方式進入血流。
透過以下實施例進一步說明本發明,其不應被解釋為進一步限制。
實施例
實施例
1
鑑定能夠調節
pH
依賴性
CD4
結合活性的依巴珠單抗
CDR
殘基
為了鑑定pH依賴性抗原結合依巴珠單抗變體,我們系統性地將依巴珠單抗的VH及VL基因的每個CDR殘基突變為組胺酸,表現並純化每個變體,並使用HRP標記的野生型依巴珠單抗透過競爭型ELISA評估相對於野生型在pH 7.4、6.0,以及5.0下的每個變體的CD4結合活性。目的為鑑定出相對於在pH 7.4下的CD4結合(pH 6.0/pH 7.4)在pH 6.0下具有最大的CD4結合損失,並且在pH 7.4下具有最小的CD4結合活性損失的依巴珠單抗組胺酸變體。雖然尚不清楚體內pH依賴性CD4結合活性在pH 5.0下的相關性,但我們進行pH 5.0評估,以改良調節pH依賴性CD4結合的組胺酸變體的鑑定,尤其是在評估單個殘基的貢獻時,預期它們對結合親和力的影響很小。
對於被認為是pH依賴性的殘基,在依巴珠單抗突變為組胺酸後,評估在測試的整個pH值下,其與野生型(wt)依巴珠單抗競爭能力始終表現為pH依賴性的喪失,親和力與野生型的關係應為pH 5.0 > 6.0 > 7.4。針對重鏈,圖1A提供在pH 5.0、6.0,及7.4下具有不同殘基突變(「HCDR組胺酸變體」的CD4結合活性的變化,當突變為組胺酸後,發現10個HCDR組胺酸變體在相較於pH 7.4下,在pH 5.0時CD4結合活性降低了≥ 50%(pH 5.0/pH 7.4 ≥ 1.5)。如圖1B所示,在這10個HCDR組胺酸變體中,只有6個變體在殘基上具有組胺酸突變:Y53a、D58、K96、D97、N98,或T100a,其在pH 7.4下仍保持較野生型依巴珠單抗 ≤ 3.0倍的CD4結合活性。
針對輕鏈,圖2A給出在pH 5.0、6.0以及7.4下具有不同殘基突變(「LCDR 組胺酸變體」)的CD4結合活性的變化,當突變為組胺酸後,發現10個LCDR殘基在相較於pH 7.4下,在pH 5.0時CD4結合活性降低了≥ 50%(pH 5.0/pH 7.4 ≥ 1.5)。如圖2B所示,在這些LCDR組胺酸變體中,只有7個變體在殘基上具有組胺酸突變:S26、L30、L33、Q89、Y92、S93,或Y94,其在pH 7.4下仍保持較野生型依巴珠單抗 ≤ 3.0倍的CD4結合活性。
明顯發現在突變為組胺酸後調節pH依賴性結合的CDR殘基側接殘基對高親和力抗原結合相當重要(P = x)。針對重鏈可變區(VH),Y53a、D58,以及T100a立即側接突變為組胺酸的殘基,這些殘基在最大測試濃度(3 µg/mL)下沒有可檢測到的競爭,表示親和力損失 > 32倍。此外,pH依賴的K96/D97/N98基序位於E95與Y99的側面,當突變為組胺酸時,它們分別導致親和力損失7.5倍以及 > 32倍。類似地,針對輕鏈可變區(VL),當突變為組胺酸時,緊鄰S26、L30(兩側)以及L33的殘基導致親和力損失 > 32倍。Q90,位於Q89的側面,導致CD4結合減少21倍;Y91及R95,位於Y92/S93/Y94基序的側面,在pH 7.4下導致CD4結合減少22倍及9倍。
實施例
2
鑑定確定調節
pH
依賴性
CD4
結合活性的最佳組胺酸組合
為了確定重鏈中Y53a、D58、K96、D97、N98,或T100a殘基處的組胺酸突變以及重鏈中的E61及K64的組合是否會改善pH依賴性CD4結合,我們使用產生最大的pH依賴性CD4結合活性(L30、Y92、S93,以及Y94)的4個輕鏈突變,評估在單個構築體中組合多達4個輕鏈突變的效果。如圖3所示,分別產生pH 5.0/pH 7.4差異為1.5的S93與Y94的組合導致pH 5.0/pH 7.4差異為3.0。對S93/Y94雙重突變體中添加單獨產生pH 5.0/pH 7.4差異為1.7的Y92,將pH 5.0/pH 7.4差異提高至3.4,同樣地,添加L30突變,單獨產生的pH 5.0/pH 7.4差異為1.4,且三聯Y92H/S93H/Y94H變體進一步將pH 5.0/pH 7.4差異提高至5.7。因此,將單獨調節pH依賴性CD4結合活性的組胺酸突變結合到單個分子中,可調節更大的pH依賴性。然而不幸的是,組合多個組胺酸突變對pH 7.4下的CD4結合活性具有有害作用。實際上,組合變體的結合親和力的損失明顯大於單個變體的總和。基於單個突變的乘積效應(P = 0.0008)與累加效應(P = 0.06),觀察到的組合變體結合親和力喪失的線性回歸更適合預期的結合喪失(見圖3)。因此,為了在pH 7.4下保持足夠的CD4結合親和力,我們著重於確定單個重鏈可變區(VH)以及單個輕鏈可變區(VL)的組胺酸突變的最佳組合。
為了確定單個重鏈可變區(VH)以及單個輕鏈可變區(VL)組胺酸突變的最佳組合,我們以成對組合共表現每個重鏈可變區(VH)及輕鏈可變區(VL)pH依賴性抗原結合突變,並透過競爭型ELISA確定其pH依賴性。由於組合的組胺酸變體在pH 7.4下對CD4的親和力損失更大,而且我們希望盡可能在pH 7.4下保持CD4結合親和力,我們省略了輕鏈可變區(VL)突變體S26、S28、Q89,以及Y92,因為它們即使在pH 5.0(pH 5.0/pH 7.4 ≤ 2.6)時,其pH依賴性也小於其在pH 7.4時的親和力損失(相對於野生型 ≥ 2.6倍)。我們還包括重鏈可變區(VH)組胺酸突變體E61及K64,它們在pH 7.4時嚴格保持CD4親和力(分別為野生型的1.4倍及0.9倍),並顯示出較小的pH依賴性(pH 5.0/pH 7.4 = 1.6)作為對照。如圖3A所示,Y94H的HC/LC組合變體(pH6.0/pH 7.4 = 2.4 ± 0.7)顯示出較S93的HC/LC組合變體(pH 6.0/pH 7.4 = 1.7 ± 0.3,P = 0.04)更大的pH依賴性,而L30的HC/LC組合變體調節中等的pH依賴性(pH 6.0/pH 7.4 = 2.0 ± 0.4),與先前結果中的排名順序一致。此外,E61與K64的6個對照HC/LC組合變體的pH依賴性(pH 5.0/pH7.4)在倒數第7位,也與以前的結果一致。
HC Y53a/LC Y94組合變體表現出最大的pH依賴性,相較於野生型,在pH 5.0及pH 6.0時親和力分別降低40倍及9倍。而在pH 7.4時僅表現出比野生型低2.4倍的親和力,導致pH 5.0/pH 7.4以及pH 6.0/pH7.4的差異分別為14.1及3.2。重要的是,HC Y53a/LC Y94組合變體在較生理相關的pH 6.0(pH 6.0/pH 7.4 = 3.2)下表現出明顯的pH依賴性。如圖3B所示,這在單個Y53a(pH 6.0/pH 7.4 = 1.3)或Y94(pH 6.0/pH 7.4 = 1.1)變體中均不明顯,僅在pH 5.0(pH 5.0/pH 7.4分別為2.3及3.0)觀察到pH依賴性,驗證了在篩選單個組胺酸突變體的pH依賴性結合過程中使用pH 5.0改善敏感性之方法。實際上,雙突變體在pH 6.0(pH 6.0/pH 7.4 = 3.2)下顯示的pH依賴性結合略大於在pH 5.0(pH 5.0/pH 7.4 = 2.3及3.0)下的任一突變體。
實施例
3
透過表面電漿共振確認
pH
依賴性
CD4
結合活性
以BIACORE T3000光學生物感應器(GE Healthcare公司,皮斯卡特維,紐澤西州,美國)進行結合親和力分析。依巴珠單抗及其所有變體的固定均按照標準程序進行。
簡言之,透過以5 μL/分鐘的流速注入35 μL的包含0.2 M N-(3-二甲基胺基丙基)-N-乙基碳二亞胺以及0.05 M N-羥基琥珀醯亞胺的溶液以活化感應器晶片表面上的羧基。接下來,以濃度為2 μg/mL的依巴珠單抗或其突變體在10 mM乙酸鈉緩衝液(pH 4.5)中以10 μL/分鐘的速率流過晶片表面,直至獲得所需的反應單位含量的反應蛋白(150-200 RU)。沖洗掉未反應的蛋白質後,透過以5 μL/分鐘的流速注入35 μL1 M乙醇胺(pH 8.0)來封蓋感應器表面上多餘的活性酯基。作為校正儀器背景及緩衝人造物,在相同條件下省略蛋白質配體而產生參考。結合實驗於25°C的HBS-EP緩衝液(0.01 M HEPES、0.15M NaCl、3 mM EDTA、0.005%(體積/體積)界面活性劑P20(GE Healthcare公司))中進行。透過使各種濃度的分析物(人類CD4蛋白)以30 μL/分鐘的流速流過晶片表面3分鐘以測量結合動力學。在洗滌表面10分鐘的同時監測結合的分析物的解離。兩次30秒注入10 mM甘胺酸HCl(pH 2.0),以50 μL/分鐘的流速去除殘留的分析物。針對動力學數據分析,透過使用BlAevaluation 4.1軟體對1:1 Langmuir結合模型局部擬合疊加的感應圖來確定動力學參數。
我們使用表面電漿共振(Biacore公司)檢查從競爭型ELISA篩選測定中鑑定的前導組胺酸變體Y53aH/Y94H的結合動力學。作為對照,我們含括了野生型LC S56H變體,該變體不顯示pH依賴性(pH 5.0/pH 7.4 = 0.8),且在pH 7.4(相對於野生型的1.3倍)及HC D97/LC S93上保持親和力,Y94變體表現出pH依賴性的CD4結合活性,但在pH 7.4時失去實質結合。
如圖5所示,野生型依巴珠單抗(MV1-LALA)的體外人類免疫缺乏病毒1型中和活性類似於HC Y53a/LC Y94變體,包括Y94/Y53a-LALA以及Y94/Y53a-LALA FcRn ,其中包含同型對照(h4G7)。
實施例
4
藥物動力學分析
野生型依巴珠單抗(野生型,藍線)及變體HC Y53a/LC Y94(His,綠線以及His FcRn,紅線)在恆河獼猴中的藥物動力學示於圖6A。如圖6B所示,以0.75 mg/kg野生型依巴珠單抗(Wt,藍線)以及變體HC Y53a/LC Y94(以綠線表示「His」以及以紅線表示「His FcRn」的標記)施用於恆河獼猴中的佔據CD4的持續時間。每行表示在單隻恆河獼猴中觀察到的CD4佔有。
實施例
6
向下調節分析
如圖7所示,相較於野生型依巴珠單抗,組胺酸突變的依巴珠單抗變體誘導的CD4受體下調程度更低。
儘管已經透過較佳具體實施方式公開本發明,但並非意圖限制本發明。在不脫離本發明之精神及範圍的情況下,本領域的普通技術人員可被允許進行修改及修飾。因此,本發明之保護範圍應由所附申請專利範圍所限定。
序列表
SEQ ID NO: 1:人類CD4受體的胺基酸序列(代表訊息胜肽的第1-25個胺基酸,構成D1的第26-122個胺基酸,以及構成D2的第123-205個胺基酸):
SEQ ID NO: 2: MV1重鏈的胺基酸序列(471個胺基酸,包括構成前導序列的前19個胺基酸殘基):
SEQ ID NO: 3: MV1輕鏈的胺基酸序列(238個胺基酸,包括構成前導序列的前19個胺基酸):
SEQ ID NO: 4: LM52輕鏈的胺基酸序列:
MNRGVPFRHLLLLVLQLALLPAATQGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKS |
IQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIK |
NLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESP |
PGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEF |
KIDIVVLAFQKASSIVYKKEGEQVEFSFPLAFTVEKLTGSGELWWQAER |
ASSSKSWITFDLKNKEVSVKRVTQDPKLQMGKKLPLHLTLPQALPQYAG |
SGNLTLALEAKTGKLHQEVNLVVMRATQLQKNLTCEVWGPTSPKLMLSL |
KLENKEAKVSKREKAVWVLNPEAGMWQCLLSDSGQVLLESNIKVLPTWS |
TPVQPMALIVLGGVAGLLLFIGLGIFFCVRCRHRRRQAERMSQIKRLLS |
EKKTCQCPHRFQKTCSPI |
MEWSGVFMFLLSVTAGVHSQVQLQQSGPEVVKPGASVKMSCKASGYTFT |
SYVIHWVRQKPGQGLDWIGYINPYNDGTDYDEKFKGKATLTSDTSTSTA |
YMELSSLRSEDTAVYYCAREKDNYATGAWFAYWGQGTLVTVSSASTKGP |
SVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPA |
VLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD |
KTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHED |
PEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEY |
KCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCL |
VKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRW |
QQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK* |
MEWSGVFIFL LSVTAGVHSD IVMTQSPDSL AVSLGERVTM | |
NCKSSQSLLY STNQKNYLAW YQQKPGQSPK LLIYWASTRE | |
SGVPDRFSGS GSGTDFTLTI SSVQAEDVAV YYCQQYYSYR | |
TFGGGTKLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL | |
NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS | |
STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
DIVMTQSPDSLAVSLGERVTMNCKSSQSLLYSTNQKNYLAWYQQKPGQS |
PKLLIYWANSTESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSVQAEDVAVYYCQQYY |
SYRTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPR |
EAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKV |
YACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC |
無
圖1A提供透過競爭型ELISA,相對於在pH 7.4、6.0,以及5.0下的野生型,在重鏈的每個不同CDR殘基中具有組胺酸突變的依巴珠單抗的每個變體的CD4結合活性。
圖1B所示為六種在依巴珠單抗重鏈的Y53a、D58、K96、D97、N98,或T100a殘基處具有一組胺酸突變的變體,在pH 7.4下仍保持較野生型依巴珠單抗 ≤ 3.0倍的CD4結合活性。
圖2A提供透過競爭型ELISA,相對於在pH 7.4、6.0,以及5.0下的野生型,在輕鏈的每個不同CDR殘基中具有組胺酸突變的依巴珠單抗的每個變體的CD4結合活性。
圖2B所示為七種在依巴珠單抗輕鏈的S26、L30、L33、Q89、Y92、S93,或Y94殘基處具有一組胺酸突變的變體,在pH 7.4下仍保持較野生型依巴珠單抗 ≤ 3.0倍的CD4結合活性。
圖3A所示為在依巴珠單抗重鏈的殘基D58、E61、K64、K96、D97、N98或T100a處的一組胺酸突變與在依巴珠單抗輕鏈的殘基L30、Y92、S93或Y94處的任何突變組合的CD4結合活性,證明依巴珠單抗在殘基Y53a及Y94處的組胺酸突變組合(「Y53a/Y94」)或在殘基D58及L30處的組胺酸突變組合(「D58/L30」)在pH 7.4下仍保持較野生型依巴珠單抗 ≤ 3.0倍的CD4結合活性。
圖3B所示為相較於在依巴珠單抗的輕鏈中具有Y53a或Y94的單個突變的變體,組合變體HC Y53a/LC Y94的CD4結合活性。
圖4提供透過表面電漿共振分析在pH 7.4、pH 6.0,以及pH 5.0下野生型依巴珠單抗(wt)與變體HC Y53a/LC Y94的抗原結合動力學之比較。
圖5提供變體HC Y53a/LC Y94,包括Y94/Y53a-LALA以及Y94/Y53a-LALA FcRn,的體外人類免疫缺乏病毒1型的中和活性與野生型依巴珠單抗(MV1-LALA)相似。
圖6A所示為以0.75 mg/kg野生型依巴珠單抗(Wt,藍線)以及變體HC Y53a/LC Y94(以綠線表示「His」以及以紅線表示「His FcRn」的標記)施用於恆河獼猴中的藥物動力學。每行表示在單隻恆河獼猴中觀察到的抗體濃度。虛線表示分析的定量下限(lower limit of quantification,LLQ)。
圖6B提供以0.75 mg/kg野生型依巴珠單抗(Wt,藍線)以及變體HC Y53a/LC Y94(以綠線表示「His」以及以紅線表示「His FcRn」的標記)施用於恆河獼猴中CD4佔有的持續時間。每行表示在單隻恆河獼猴中觀察到的CD4佔有。
圖7所示為組胺酸變體誘導的CD4受體下調程度低於野生型依巴珠單抗。
無
Claims (15)
- 一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,在依巴珠單抗的重鏈殘基處具有一個或多個突變,其中該殘基係選自由Y53a、D58、K96、D97、N98、T100a及其組合所組成之群組,或該殘基係選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94及其組合所組成之群組;其中該依巴珠單抗在選自由位置30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、60Asp、65Ser、67Ser,以及76Ser所組成之群組的胺基酸位置處透過醣基化修飾。
- 如請求項1所述之組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其在依巴珠單抗的重鏈及輕鏈的殘基處分別具有一突變的組合,其中該殘基係選自由Y53a、D58、K96、D97、N98、T100a及其組合所組成之群組,以及在該抗體的輕鏈殘基上之一的突變係選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94及其組合所組成之群組。
- 如請求項1所述之組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在依巴珠單抗重鏈的殘基Y53a的突變,及在依巴珠單抗輕鏈的選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94及其組合所組成之群組的殘基之一的突變之組合。
- 如請求項1所述之組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其具有在依巴珠單抗重鏈的殘基D58的突變,及在依巴珠單抗輕鏈的選自由S26、L30、L33、Q89、Y92、S93、Y94及其組合所組成之群組的殘基之一的突變之組合。
- 一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其係一分別在依巴珠單抗重鏈的殘基Y53a處以及輕鏈的Y94處具有兩個組胺酸突變的變體,且其中該依巴珠單抗在選自由位置30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、60Asp、65Ser、67Ser,以及76Ser所組成之群組的胺基酸位置處透過醣基化修飾。
- 一種組胺酸突變的抗人類免疫缺乏病毒抗體,其係一分別在依巴珠單抗重鏈的殘基D58處以及輕鏈的L30處具有兩個組胺酸突變的變體;且其中該依巴珠單抗在選自由位置30E Gln、52Ser、53Thr、54Arg、60Asp、65Ser、67Ser,以及76Ser所組成之群組的胺基酸位置處透過醣基化修飾。
- 一種醫藥組合物,包含如請求項1所述之抗體以及至少一種醫藥上可接受的載體。
- 一種治療被人類免疫缺乏病毒感染的個體之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項1所述之抗體。
- 一種在一有此需要的個體中預防人類免疫缺乏病毒感染之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項1所述之抗體。
- 一種醫藥組合物,包含如請求項5所述之抗體以及至少一種醫藥上可接受的載體。
- 一種治療被人類免疫缺乏病毒感染的個體之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項5所述之抗體。
- 一種在一有此需要的個體中預防人類免疫缺乏病毒感染之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項5所述之抗體。
- 一種醫藥組合物,包含如請求項6所述之抗體以及至少一種醫藥上可接受的載體。
- 一種治療被人類免疫缺乏病毒感染的個體之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項6所述之抗體。
- 一種在一有此需要的個體中預防人類免疫缺乏病毒感染之方法,包含對該個體施用一治療有效量的如請求項6所述之抗體。
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