TW202112803A

TW202112803A - Hiv疫苗以及製造及使用方法

Info

Publication number: TW202112803A
Application number: TW109124087A
Authority: TW
Inventors: 劉心岸; 亞盧瑞Ｔ馬卡內吉; 史蒂芬Ｒ馬丁; 希沙姆謝哈塔; 葉夫根尼婭史瓦羅斯卡雅
Original assignee: 美商基利科學股份有限公司
Priority date: 2019-07-16
Filing date: 2020-07-16
Publication date: 2021-04-01
Also published as: JP2022540493A; AU2020315598A1; WO2021011544A1; TWI767275B; KR20220047277A; US11795210B2; TW202237625A; US20240117017A1; JP7454645B2; EP3999107A1; CA3145791A1; TWI845955B; US20210017255A1; CN114761041A; JP2023171680A; KR20240137107A

Abstract

本發明提供用於引發針對HIV-1之免疫反應的HIV-1融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸、表現此類融合多肽之載體；包含此類融合多肽、聚核苷酸或載體之醫藥組合物及免疫原性組合物以及套組，以及用於治療及/或預防HIV-1之方法。本發明進一步提供用於設計抗病毒疫苗之方法，該等抗病毒疫苗包括引發針對HIV-1之免疫反應的疫苗。

Description

HIV疫苗以及製造及使用方法

1型人類免疫缺陷病毒(HIV-1)感染係一種危及生命的嚴重疾病且一直為全世界發病及死亡之主導原因之一，其中全球有約3690萬人感染且在美國(US)就有110萬人感染(National Center for HIV/AIDS Viral Hepatitis STD & TB Prevention: Division of HIV/AIDS Prevention, HIV in the United States and Dependent Areas. 2019年1月；UNAIDS, 2017 Global HIV Statistics. Fact Sheet - 2018年7月)。用於HIV-1感染之組合抗逆轉錄病毒療法(cART)藉由抑制病毒複製，保持免疫功能及避免進展至AIDS，使得發病率及死亡率顯著改善。然而，儘管存在cART，HIV-1感染仍導致慢性免疫活化以及非AIDS相關發病及死亡之風險增加。

在感染早期，HIV-1整合至記憶簇決定子4(CD4)T細胞之基因組中，其中一小組形成感染HIV-1之細胞的長期儲庫，儘管用抗逆轉錄病毒療法(ART)治療，仍保持存活(Siliciano等人,Nature Medicine (2003) 9(6):727-728)。病毒儲庫之根除係任何HIV治癒策略之一個組成部分。基於免疫之療法可為用於HIV治癒或無ART之病毒緩解的組合方法之另一個組成部分，且可包括T細胞及基於抗體之疫苗、被動投與抗體及免疫調節劑。

HIV T細胞特異性疫苗之開發主要聚焦於設計免疫原，該等免疫原藉由解決全球HIV病毒多樣性來提供普遍覆蓋。HIV-1係由4個群(M、N、O及P群)定義。M群內之亞型或分枝系(標記A-K)及若干跨分支重組形式引起絕大多數的人類疾病。設計解決龐大全球病毒序列多樣性之疫苗的策略包括經計算機設計之多價馬賽克免疫原(mosaic immunogen)，該等免疫原捕捉潛在T細胞抗原決定基內之常見抗原決定基變異體(Fischer等人, Nat Med , (2007) 13(1):100-6)。此等免疫原可自具有高度序列保守性之區域表現為全長人工蛋白質或人工重組蛋白形式(Ondondo等人,Mol Ther , (2016) 24(4):832-42；Barouch等人,Cell , (2013) 155(3):531-9)。隨後計算機設計演算法之數次迭代使得開發出在計算上較快的基於圖式之方法，稱為上圖(epigraph)(Theiler等人,Sci Rep , (2016) 6:33987)。此等設計方法可用於開發單一全球疫苗或經定製用於在某一群體及地理內循環之分枝系。然而，此等方法僅僅聚焦於病毒多樣性，且並未考慮驅動抗原呈現及T細胞識別之宿主遺傳多樣性，及隨後出現的免疫驅動之逃避變異體。

抗原特異性CD4+及CD8+ T細胞與急性感染期間病毒血症之控制相關聯，且與在無ART存在下維持低病毒負荷之個體(精英控制者(elite controller))之疾病進展減慢及病毒血症控制相關聯。抗原特異性T細胞識別I類及II類MHC分子上呈現之病毒抗原決定基。人白血球抗原(HLA) I類對偶基因在全基因體關聯研究(GWAS)中已與HIV控制相關聯(Fellay等人,Science , 2007. 317(5840):944-7；International, H.I.V.C.S.等人,Science , (2010) 330(6010):1551-7)。此等蛋白質自序列呈現抗原肽以誘導效應性及記憶性T細胞。當前產生用於HIV-1之候選疫苗的方法聚焦於病毒序列多樣性，而未對一系列宿主HLA對偶基因中抗原決定基之產生過程建立適當模型。此複雜的抗原呈現及T細胞激活過程包括蛋白酶體裂解、TAP轉運、交叉呈現、MHC結合及肽-MHC複合體穩定性，以及最終的TCR識別(Yewdell等人,Nat Rev Immunol , (2003) 3(12):952-61)。因此，現有的產生T細胞疫苗之方法成效有限，例如在一些情況下，平均每名患者僅誘導4次反應(參見例如Priddy等人,Clin Infect Dis (2008) 46(11):1769-81；Sekaly等人,J Exp Med . (2008) 205(1): 7-12；及Iaccino等人, Retrovirology. (2008) 5:56)。

此外，高度變異之病毒，諸如HIV-1，因高水準序列多樣性及驅動該序列多樣性中之一部分的宿主免疫反應而提供獨特挑戰。適應性免疫反應在驅動HIV-1之多樣性方面的作用已得到充分描述，且隨時間引起病毒序列之變化(Goulder等人,Nature , (2001) 412(6844):334-8；Kelleher等人,J Exp Med , (2001) 193(3):375-86；Schneidewind等人,J Virol , (2007) 81(22):12382-93；Kawashima等人,Nature , (2009) 458(7238):641-5；Leslie等人,Nat Med , (2004) 10(3):282-9；Phillips等人,Nature , (1991) 354(6353):453-9)。該多樣性中之相當大一部分係由識別I類MHC對偶基因上呈現之肽抗原決定基的細胞毒性T淋巴球驅動。在慢性感染期間由此等T細胞反應施加之選擇壓力導致HIV序列適應。此序列進化驅動個體內及整個群體中之HIV-1多樣性(Kawashima等人, 同上文；Phillips等人, 同上文)。此外，病毒序列亦經歷突變，使其能夠隱藏起來，避開宿主防禦。此等序列可類似自身肽或誘導中樞或外周耐受性之肽序列。標準疫苗設計方法可能無法顧及病毒序列變異體，且可能因包括可能誘導與自身抗原交叉反應之反應的序列而導致疫苗容量之使用效率低下。

疫苗對人類健康之影響不可誇大。然而，大部分疫苗係預防性疫苗，且有效地誘導通常針對感染性疾病目標之中和抗體。治療性疫苗之開發在很大程度上推進了癌症免疫治療劑之開發，在此情況下，關注焦點在於產生抗原特異性T細胞之疫苗的開發。許多腫瘤相關或腫瘤特異性抗原係自身抗原且需要設計出能克服免疫耐受性之疫苗。近期在源自癌症特異性突變之新抗原之鑑別及預測方面的創新提供了可能不經歷中樞或外周耐受機制之潛在目標。已建立各種資訊策略來支持新抗原之鑑別及預測其引發強T細胞反應之能力(參見例如Bulik-Sullivan等人, Nature Biotech (2019) 37:55-63)。在針對HIV之治療性疫苗的開發中，抗原目標係由病毒確定。預測該等病毒序列有效地呈現並刺激免疫反應之能力的工具尚未得到充分確定。此在HIV之情形內係很重要的，在HIV之情況下，高突變率加上宿主免疫介導之選擇壓力導致產生變化極大之準種。因此，已開發出資訊學工具，該等工具允許鑑別基於群體之共同序列中的保守病毒序列或藉由分離株之個別深度定序來鑑別保守病毒序列，且可預測可用於設計HIV疫苗免疫原之呈現、T細胞激活及HLA驅動之逃避路徑。

本文提供至少以下實施例。額外實施例描述於本文中詳述之實施例及實例中。融合多肽

實施例1：一種融合多肽，其包含由一或多個選自以下之HIV基因編碼的一或多種人類免疫缺陷病毒-1(HIV-1)蛋白質的複數個多肽區段：Gag、Nef、Env、Pol、Rev、Tat、Rev、Vif、Vpr及Vpu。

實施例2：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Env、Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例3：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例4：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Gag及Nef編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Pol、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例5：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Pol及Nef編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Gag、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例6：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Pol及Env編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Gag、Nef、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例7：如實施例1之融合多肽，其中該複數個多肽區段僅包含由HIV-1 Pol基因編碼之多肽區段、或僅由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Gag、Nef、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。

實施例8：如實施例1至7中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不含由HIV Tat、Rev、Vif、Vpr及Vpu基因中之一個、兩個、三個或四個編碼之區段。

實施例9：如實施例1至8中任一項之融合多肽，其中該等多肽區段源於一組病毒蛋白質組序列中之保守區。

實施例10：如實施例9之融合多肽，其中該等保守區在患者間群體中之HIV-1物種間有超過80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%保守性。

實施例11：如實施例9至10中任一項之融合多肽，其中該等保守區在HIV-1分枝系A-K中之一或多個，例如分枝系A、B、C、D及G中之一或多個、或HIV-1分枝系A-K中之一或多個的重組形式，以及其組合間保守。

實施例12：如實施例1至11中任一項之融合多肽，其包含至少5個且至多40個多肽區段，例如5個多肽區段且至多6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個多肽區段。

實施例13：如實施例1至12中任一項之融合多肽，其中每個多肽區段係至少8個胺基酸長度，且至多約30個，例如至多約50個，例如至多約100個，例如至多約250個胺基酸長度，例如至少8個胺基酸長度至9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240或250個胺基酸長度。

實施例14：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長包含至少約350個胺基酸且至多約1000個胺基酸，例如至少約350個胺基酸且至多約360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000個胺基酸。

實施例15：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長包含至少約500個胺基酸且至多約1000個胺基酸，例如至少約500個胺基酸且至多約550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000個胺基酸。

實施例16：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約700個胺基酸且至多約800個胺基酸，例如至少約700個胺基酸且至多約710、720、730、740、750、760、770、780、790或800個胺基酸長度(例如SEQ ID NO:345-350、422-423係例示性融合多肽)。

實施例17：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Gag及Nef編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約340個胺基酸且至多約500個胺基酸，例如至少約340個胺基酸且至多約350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490或500個胺基酸長度，包括可選的N末端信號肽在內(例如SEQ ID NO:351-356、430係例示性融合多肽)。

實施例18：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Pol及Env編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約335個胺基酸且至多約970個胺基酸，例如至少約335個胺基酸且至多約340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960或970個胺基酸長度，包括可選的N末端信號肽在內(例如SEQ ID NO:357-366係例示性融合多肽)。

實施例19：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約645個胺基酸且至多約675個胺基酸，例如至少約645個胺基酸且至多約650、655、660、670、675或680個胺基酸長度(例如SEQ ID NO:407-410係例示性融合多肽)。

實施例20：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Env、Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約360個胺基酸且至多約510個胺基酸，例如至少約360個胺基酸且至多約370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500或510個胺基酸長度，包括可選N末端信號肽在內(例如SEQ ID NO: 367-371、424、431-435係例示性融合多肽)。

實施例21：如實施例1至13中任一項之融合多肽，其中該融合多肽之全長僅包含由HIV-1基因Env、Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段、或僅由其組成，且為至少約760個胺基酸且至多約955個胺基酸，例如至少約760個胺基酸且至多約770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、955個胺基酸長度，包括可選N末端信號肽在內(例如SEQ ID NO:373-377、411係例示性融合多肽)。

實施例22：如實施例1至14中任一項之融合多肽，該融合多肽之全長不超過800個胺基酸，例如不超過795、790、785、780、775、770、765、760、755、750、745、740、735、730、725、720、715、710、705或700個胺基酸。

實施例23：如實施例1至22中任一項之融合多肽，其中每個多肽區段包含一或多個預測之T細胞抗原決定基、或由一或多個預測之T細胞抗原決定基組成。

實施例24：如實施例1至23中任一項之融合多肽，其包含一或多個多肽區段，該一或多個多肽區段結合至例如單一個體內或多名患者中之一或多個人類I類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)，或由該一或多個人類I類HLA對偶基因呈現。

實施例25：如實施例1至24中任一項之融合多肽，其包含一或多個多肽區段，該一或多個多肽區段結合到至少一個人類I類HLA分子，例如人類I類A*0201 HLA分子，或由該至少一個人類I類HLA分子呈現。

實施例26：如實施例1至25中任一項之融合多肽，其包含一或多個8聚體、9聚體及/或10聚體多肽區段，該等多肽區段係由例如單一個體內之一或多個人類I類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)呈現。

實施例27：如實施例1至25中任一項之融合多肽，其包含一或多個25聚體多肽區段，每個25聚體多肽區段包含一或多個8聚體、9聚體及/或10聚體多肽區段，該等多肽區段係由例如單一個體內之一或多個人類I類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)呈現。

實施例28：如實施例1至27中任一項之融合多肽，其包含一或多個多肽區段，該一或多個多肽區段經細胞內加工且由例如單一個體內之一或多個人類II類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)呈現。

實施例29：如實施例1至28中任一項之融合多肽，其中該等多肽區段中之一或多個與鄰近區段對接或融合。

實施例30：如實施例1至28中任一項之融合多肽，其中該等多肽區段中之一或多個藉由一或多個肽連接子接合至鄰近區段。

實施例31：如實施例30之融合多肽，其中該一或多個肽連接子選自以下中之一或多個：聚丙胺酸連接子、聚甘胺酸連接子、可裂解連接子、可撓性連接子、剛性連接子、Nef連接序列以及其組合。

實施例32：如實施例31之融合多肽，其中該聚丙胺酸連接子包含2個或3個連續丙胺酸殘基，例如AA、AAA (SEQ ID NO: 378)、AAY (SEQ ID NO: 379)或AAX (SEQ ID NO: 380)，或由其組成，其中X係任何胺基酸(例如A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、Y)。

實施例33：如實施例31之融合多肽，其中該可撓性連接子或聚甘胺酸聚甘胺酸連接子包含GG、GGS(SEQ ID NO:419)、GSG(SEQ ID NO:420)或GGGS(SEQ ID NO:421)，或由其組成。

實施例34：如實施例31之融合多肽，其中該可裂解連接子選自2A可裂解肽(例如口蹄疫病毒(F2A)、馬鼻炎A病毒(E2A)、豬捷申病毒-1(P2A)及明脈扁刺蛾病毒(T2A))、弗林蛋白酶識別/裂解序列(例如REKR(SEQ ID NO:382)、RRKR(SEQ ID NO:383)、RAKR(SEQ ID NO:381))、Nef連接序列及其組合、衍生物或變異體。

實施例35：如實施例34之融合多肽，其中該可裂解連接子包含選自由以下組成之群的弗林蛋白酶識別/裂解位點或由其組成：RAKR (SEQ ID NO: 381)、REKR (SEQ ID NO: 382)及RRKR (SEQ ID NO: 383)。

實施例36：如實施例34至35中任一項之融合多肽，其中該可裂解連接子包含與ATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO: 384)、APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 385)、RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 386)、QCTNYALLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 387)、或EGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 388)至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或至少99%一致之胺基酸序列或由其組成，或包含胺基酸序列ATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO: 384)、APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 385)、RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 386)、QCTNYALLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 387)、或EGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 388)，或由其組成。

實施例37：如實施例31之融合多肽，其中該Nef連接序列包含與VHAGPIA (SEQ ID NO: 389)、VHAGPVA (SEQ ID NO: 390)、或GALDI (SEQ ID NO:391)至少95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列或由其組成，或包含選自VHAGPIA (SEQ ID NO: 389)、VHAGPVA (SEQ ID NO: 390)及GALDI (SEQ ID NO: 391)之胺基酸序列或由其組成。

實施例38：如實施例1至37中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含選自SEQ ID NO:1-344之至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個多肽區段。

實施例39：如實施例1至38中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含一或多種由該HIV-1 Gag基因編碼之病毒蛋白、或其片段或子序列之一或多個片段。

實施例40：如實施例39之融合多肽，其中該一或多種由該HIV-1 Gag基因編碼之病毒蛋白選自p7、p17及p24，且其中該融合多肽不包含任何p6蛋白質。

實施例41：如實施例39至40中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成之至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 68-146及339-342； • SEQ ID NO: 68、69、72、73、74、75、76、77、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、92、93、101、102、103、104、109、110、115、116、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、139、140、141、142、143、144、145及146； • SEQ ID NO: 76、77、86、87及92-124； • SEQ ID NO: 76、77、86、87、94及95； • SEQ ID NO: 76、86及94； • SEQ ID NO: 77、87及95； • SEQ ID NO: 68-79及92-124； • SEQ ID NO: 70-71、76-77及94-95； • SEQ ID NO: 78、79、96、99、100、107、108、113、114、121、122、123、124、137及138； • SEQ ID NO: 78、99、107、113、121、123及137； • SEQ ID NO: 78、79、90、91、97、98、99、100、105、106、107、108、111、112、113、114、117、118、119、120、121、122、123、124、137及138； • SEQ ID NO: 78、90、97、105、111、117、119及137；以及 • SEQ ID NO: 78及137。

實施例42：如實施例39至41中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置的HIV-1 Gag胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個或更多個區段：31-53、37-51、142-166、175-199、183-191、257-282、257-290、265-282、288-313、288-321、296-313、333-357、337-361、341-349、345-353及429-444，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:404。

實施例43：如實施例39至42中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Gag胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：1-30、54-127、138-146、370-428及445-500，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:404。

實施例44：如實施例39至43中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含以下或由以下組成的1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:444-448中任一個之HIV-1 Gag胺基酸序列，或與SEQ ID NO:444-448中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列或其子序列。

實施例45：如實施例1至44中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含由該HIV-1 Nef基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段。

實施例46：如實施例45之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少一個多肽區段，例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個或更多個區段： • SEQ ID NO: 147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171及172； • SEQ ID NO: 147、148、149、150、155、156、157、158、159、160、166、167、168、169、170及171； • SEQ ID NO: 149-152； • SEQ ID NO: 151及152； • SEQ ID NO: 149、150、151、152、159、160、161、162、163、164、166、167、168、169、170、171、172、173及174； • SEQ ID NO: 151、152、161及162； • SEQ ID NO: 151及152； • SEQ ID NO: 153、154、172及173； • SEQ ID NO: 153及172； • SEQ ID NO: 153、154、155、156、157、158、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172及173； • SEQ ID NO: 153及165；以及 • SEQ ID NO: 153。

實施例47：如實施例45至46中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Nef胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15個或更多個區段：64-102、81-102、88-97、91-99、130-148、130-154、134-142、134-148、136-148、137-145、137-145及117-154，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:405。

實施例48：如實施例45至47中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Nef胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3個或更多個多肽區段：1-63、103-116及155-206，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:405。

實施例49：如實施例45至48中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含以下或由以下組成的1、2、3個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:449-451中任一個之HIV-1 Nef胺基酸序列、或與SEQ ID NO:449-451中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列。

實施例50：如實施例1至49中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含由該HIV-1 Gag及Nef基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段、或由其組成。

實施例51：如實施例50之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列、或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 68-79及92-124、149、150、151、152、159、160、161、162、163、164、166、167、168、169、170、171、172、173及174； • SEQ ID NO: 70、71、76、77、94、95、151、152、161及162； • SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；以及 • SEQ ID NO: 71、77、95、152及162。

實施例52：如實施例1至4及8至51中任一項之融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段、或由其組成： • SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或 • SEQ ID NO: 71、77、95、152及162。

實施例53：如實施例1至52中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例54：如實施例1、2、6及9至53中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含一或多種由該HIV-1 Env基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段、或由其組成。

實施例55：如實施例54之融合多肽，其中該一或多種由該HIV-1 Env基因編碼之病毒蛋白選自gp120及gp41。

實施例56：如實施例54至55中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 1-67及338； • SEQ ID NO: 2、3、8、9、13、14、17、18、23、24、25、26、28、29、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、58、59、62、63、64、65、66及67； • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61及338； • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41及42； • SEQ ID NO: 28、29、30及41-56； • SEQ ID NO: 28、29、41及42； • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、37及38； • SEQ ID NO: 4、5、11、12、37及38； • SEQ ID NO: 6、7、15、16、21、22、30、60及61； • SEQ ID NO: 6、15、21、30及60； • SEQ ID NO: 1、2、3、4、5、6、7、10、11、12、13、14、15、16、19、20、27、55、56、57、58、59、60、61及338； • SEQ ID NO: 1、10、19、27、55、56及57；以及 • SEQ ID NO: 6、15及60。

實施例57：如實施例54至56中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Env胺基酸序列、或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14個或更多個區段：28-52、34-48、34-47、36-44、59-83、64-83、66-83、67-75、113-137、235-259、586-594、586-610、589-606及594-602，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:403。

實施例58：如實施例54至57中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Env胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5、6個或更多個多肽區段：1-27、53-58、84-112、138-234、269-474、490-501、611-856，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:403。

實施例59：如實施例54至57中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含以下或由以下組成的1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:437-443中任一個之HIV-1 Env胺基酸序列、或與SEQ ID NO:437-443中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列。

實施例60：如實施例1至58中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含一或多種由該HIV-1 Pol基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段、或由其組成。

實施例61：如實施例60之融合多肽，其中該一或多種由該HIV-1 Pol基因編碼之病毒蛋白選自蛋白酶(PR)、逆轉錄酶(RT)及整合酶(INT)中之一或多種。

實施例62：如實施例60至61中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 174-337及343-344； • SEQ ID NO: 174、175、178、179、180、181、182、183、184、185、193、194、195、196、197、198、199、200、203、204、205、206、207、208、213、214、221、222、236、237、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、263、264、266、267、268、269、270、271、272、273、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、305、306、307、308、309、310、313、314、315、316、317、318、321及322； • SEQ ID NO: 180、181、182、183、184、185、186、187、190、191、192、193、194、195、196、221、222、294、295、296、297、298、299、300、301、305、306、307、308、311、312、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337； • SEQ ID NO: 180、181、186、187、221、222、294、295、307、308、321及322； • SEQ ID NO: 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、294、295、296、297、298、299、300、301、302、305、306、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337； • SEQ ID NO: 176、177、188、189、213、214、223、224、259、260、282、283、294、295、305、306、319及320； • SEQ ID NO: 180、181、186、187、221、222、294、295、321及322； • SEQ ID NO: 182-202、292-302、305及306； • SEQ ID NO: 188、189、294、295、305及306； • SEQ ID NO: 176、177、178、179、180、181、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337； • SEQ ID NO: 176、177、213、214、223、224、259、260、282、283、319及320； • SEQ ID NO: 192、201、202、215、216、217、218、219、220、229、230、231、240、241、242、243、244、265、276、277、298、299、302、311、312、327、328、331、332、333、336及337； • SEQ ID NO: 192、201、215、217、219、229、230、240、241、243、265、276、298、302、311、327、331、333及336； • SEQ ID NO: 190、191、192、197、198、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、238、239、261、262、274、275、276、277、296、297、298、299、300、301、302、303、304、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、343、344、375及376； • SEQ ID NO: 190、197、209、210、211、225、227、234、238、261、296、300、303、323、325、329及334；以及 • SEQ ID NO: 192、215、217、219、229、230、276、298、302、327、331、333及336。

實施例63：如實施例54至62中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、294、295、296、297、298、299、300、301、302、305、306、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337及338； • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、176、177、188、189、213、214、223、224、259、260、282、283、294、295、305、306、319及320； • SEQ ID NO: 28、29、30、41-56、182-202、292-302、305及306； • SEQ ID NO: 28、29、41、42、188、189、294、295、305及306； • SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、37、38、176、177、178、179、180、181、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337；以及 • SEQ ID NO: 4、5、11、12、37、38、176、177、213、214、223、224、259、260、282、283、319及320。

實施例64：如實施例1、6、9至38及54至63中任一項之融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段、或由其組成： • SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 188、305、28、41及294； • SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 189、306、29、42及295； • SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188； • SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189； • SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282； • SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283； • SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188； • SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189； • SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或 • SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

實施例65：如實施例60至64中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Pol胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、39、30個或更多個區段：144-168、152-160、291-315、326-350、328-352、330-354、333-354、334-342、336-344、338-346、374-398、380-404、382-390、388-396、399-423、400-424、406-430、553-577、642-666、650-658、759-783、767-775、768-792、776-784、834-858、940-964、947-971、948-956、948-972、955-963、956-964、980-1003及988-996，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:406。

實施例66：如實施例60至65中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Pol胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個或更多個多肽區段：1-55、118-128、321-325、355-366、432-541、607-641、667-682、709-746、828-833、921-930，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:406。

實施例67：如實施例60至66中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段不包括含以下或由以下組成的1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:452-461中任一個之HIV-1 Pol胺基酸序列、或與SEQ ID NO:452-461中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列。

實施例68：如實施例1、6至38及54至67中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例69：如實施例1、3及8至68中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含由Gag、Nef及Pol基因編碼之病毒蛋白之區段、或由其組成。

實施例70：如實施例69之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 76、77、86、87、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、149、150、151、152、180、181、182、183、184、185、186、187、190、191、192、193、194、195、196、221、222、294、295、296、297、298、299、300、301、305、306、307、308、311、312、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、339、340、341及342；以及 • SEQ ID NO: 76、77、86、87、94、95、151、152、181、182、186、187、221、222、294、195、307、308、321、322。

實施例71：如實施例69至70中任一項之融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段、或由其組成： • SEQ ID NO: 76、86、94、180、186、221、294、307、321及151；或 • SEQ ID NO: 77、87、95、181、187、222、295、308、322及152。

實施例72：如實施例69至71中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:345-350、表1中之序列及SEQ ID NO:422-424中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:345-350、表1中之序列及SEQ ID NO:422-424中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例73：如實施例1至72中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含由Gag、Pol、Env及Nef基因編碼之病毒蛋白的區段、或由其組成，其中該複數個多肽區段各自可結合至人類HLA對偶基因A*0201或由人類HLA對偶基因呈現。

實施例74：如實施例73之融合多肽，其中該複數個多肽區段各自係8-35個胺基酸長度，例如9-34個胺基酸長度，例如9-25個胺基酸長度。

實施例75：如實施例73至74中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段： • SEQ ID NO: 6、7、15、16、21、22、30、60、61、78、79、96、99、100、107、108、113、114、121、122、123、124、137、138、153、154、172、173、192、201、202、215、216、217、218、219、220、229、230、231、240、241、242、243、244、265、276、277、298、299、302、311、312、327、328、331、332、333、336及337； • SEQ ID NO: 6、15、21、30、60、78、99、107、113、121、123、137、153、172、192、201、215、217、219、229、230、240、241、243、265、276、298、302、311、327、331、333及336； • SEQ ID NO: 1、2、3、4、5、6、7、10、11、12、13、14、15、16、19、20、27、55、56、57、58、59、60、61、78、79、90、91、97、98、99、100、105、106、107、108、111、112、113、114、117、118、119、120、121、122、123、124、137、138、153、154、155、156、157、158、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、190、191、192、197、198、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、238、239、261、262、274、275、276、277、296、297、298、299、300、301、302、303、304、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、343及344； • SEQ ID NO: 1、10、19、27、55、56、57、78、90、97、105、111、117、119、137、153、165、190、197、209、210、211、225、227、234、238、261、296、300、303、323、325、329及334。

實施例76：如實施例73至75中任一項之融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段、或由其組成： • SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215； • SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或 • SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

實施例77：如實施例73至76中任一項之融合多肽，其中該複數個多肽區段包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:367-377、411、431-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 367-377、411、431-435中之任一個80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例78：如請求項1至77中任一項之融合多肽，其中該融合多肽不包含胺基酸序列YMDD(SEQ ID NO:462)或YVDD(SEQ ID NO:463)。

實施例79：如實施例78之融合多肽，其中該融合多肽不包含選自以下之一或多個胺基酸序列：SEQ ID NO: 215、216、217、218、219及220。

實施例80：如實施例78至79中任一項之融合多肽，其中該融合多肽不包含選自以下之一或多個胺基酸序列：SEQ ID NO: 209、210、211、212、213、214、343及344。

實施例81：一種融合多肽，其包含SEQ ID NO: 345-352、357-362、367、373、407-411或422-424之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-352、357-362、367、373、407-411、422-424及431-435中之任一個至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例82：如實施例1至81中任一項之融合多肽，其包含N末端信號肽或前導序列。

實施例83：如實施例82之融合多肽，其中該信號肽或前導序列係來自選自以下之源蛋白質：血清蛋白、細胞介素、趨化因子、伴隨蛋白、不變蛋白質及將蛋白質引導至溶酶體隔室之蛋白質。

實施例84：如實施例82至83中任一項之融合多肽，其中該信號肽或前導序列係來自選自由以下組成之群的源蛋白質：群落刺激因子2 (CSF2、GM-CSF)、組織型纖維蛋白溶酶原活化因子(PLAT、t-PA)、C-C模體趨化因子配體7(CCL7、MCP-3)、C-X-C模體趨化因子配體10(CXCL10、IP-10)、連環蛋白β1(CTNNB1)、CD74(p33；DHLAG；HLADG；Ia-GAMMA、不變鏈)、血清白蛋白(ALB)、聚泛素B/C(UBB/UBC)、鈣網蛋白(CALR)、水皰性口炎病毒G蛋白(VSV-G)、溶酶體相關膜蛋白1(LAMP-1)及溶酶體相關膜蛋白2(LAMP-2)。

實施例85：如實施例82至84中任一項之融合多肽，其中該信號肽或前導序列選自SEQ ID NO:393-402及412-413中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:393-402及412-413中之任一個至少95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例86：如實施例1至85中任一項之融合多肽，其中該融合多肽係以重組方式製造或以化學方式合成。

實施例87：如實施例1至86中任一項之融合多肽，其中該融合多肽能夠誘導、促進或刺激人體內之免疫反應。

實施例88：如實施例1至87中任一項之融合多肽，其中該融合多肽能夠誘導、促進或刺激針對人體內之HIV-1的免疫反應。

實施例89：如實施例1至88中任一項之融合多肽，其中該融合多肽能夠誘導、促進或刺激選自單核球源性樹突狀細胞(DC)、CD8+ T細胞及CD4+ T細胞之一或多種細胞類型的增殖及/或活化。聚核苷酸、脂複合體、表現卡匣、載體、宿主細胞

實施例90：一種聚核苷酸，其編碼一或多種如實施例1至89中任一項之融合多肽。

實施例91：如實施例90之聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含cDNA、mRNA、自我擴增型RNA(SAM)、自我複製型RNA、或自我擴增型複製子RNA(RepRNA)，或呈cDNA、mRNA、自我擴增型RNA(SAM)、自我複製型RNA、或自我擴增型複製子RNA(RepRNA)之形式。

實施例92：如實施例91之聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含自我複製型或自我擴增型α病毒複製子中之一或多種。

實施例93：如實施例90至92中任一項之聚核苷酸，其包含SEQ ID NO:414-418中任一個之核酸序列，或與SEQ ID NO:414-418中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核酸序列。

實施例94：一種脂複合體，例如脂質奈米粒子(LNP)，其包含如實施例90至93中任一項之聚核苷酸。

實施例95：一種表現卡匣，其包含可操作地連接至一或多個調控序列的如實施例90至93中任一項之聚核苷酸。

實施例96：如實施例95之表現卡匣，其中該聚核苷酸可操作地連接至組成型啟動子且處於該組成型啟動子之控制下。

實施例97：如實施例95至96中任一項之表現卡匣，其中該啟動子選自CMV啟動子、CAG啟動子及EF1a啟動子。

實施例98：一載體，其包含一或多個如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或如實施例95至97中任一項之表現卡匣。

實施例99：如實施例98之載體，其中該載體係質體載體、細菌載體或病毒載體。

實施例100：如實施例98至99中任一項之載體，其中該載體係病毒載體或病毒表現載體。

實施例101：如實施例98至100中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係來自DNA病毒或RNA病毒。

實施例102：如實施例98至101中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係來自選自由以下組成之群的病毒：腺病毒、腺相關病毒、沙狀病毒、α病毒、痘病毒、巨細胞病毒、棒狀病毒、水皰性口炎病毒、黃病毒、馬拉巴病毒及牛痘病毒。

實施例103：如實施例98至102中任一項之載體，其中該病毒載體或該病毒表現載體係來自選自以下之分類科的病毒：腺病毒科(Adenoviridae)、沙狀病毒科(Arenaviridae)、疱疹病毒科(Herpesviridae)(例如巨細胞病毒)、痘病毒科(Poxviridae)(例如牛痘病毒，例如改良型安卡拉痘苗病毒(MVA))、副黏液病毒科(Paramyxoviridae)(例如麻疹病毒)、黃病毒科(Flaviviridae)(例如黃熱病病毒)、棒狀病毒科(Rhabdoviridae)(例如水皰病毒，例如馬拉巴水皰病毒)、披膜病毒科(Togaviridae)(例如α病毒)。

實施例104：如實施例98至103中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係選自以下之沙狀病毒載體：淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)、科利哺乳動物沙狀病毒(Cali mammarenavirus)(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒(Pichinde mammarenavirus)或皮欽德沙狀病毒)、瓜納里托病毒(Guanarito virus，GTOV)、胡寧病毒(Junin virus，JUNV)、賴薩病毒(Lassa virus，LASV)、盧約病毒(Lujo virus，LUJV)、馬丘波病毒(Machupo virus，MACV)、薩比亞病毒(Sabia virus，SABV)、及懷特沃特阿羅約病毒(Whitewater Arroyo virus，WWAV)。

實施例105：如實施例104之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係選自以下之沙狀病毒載體：淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)或科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒或皮欽德沙狀病毒)。

實施例106：如實施例98至103中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係人類腺病毒或猴腺病毒(例如黑猩猩腺病毒、大猩猩腺病毒或恆河猴腺病毒)。

實施例107：如實施例106之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係選自以下之腺病毒載體：腺病毒血清型5(Ad5)、腺病毒血清型26(Ad26)、腺病毒血清型34(Ad34)、腺病毒血清型35(Ad35)、腺病毒血清型48(Ad48)、黑猩猩腺病毒(例如ChAd3 (AdC3)、ChAd5 (AdC5)、ChAd6 (AdC6)、ChAd7 (AdC7)、ChAd8 (AdC8)、ChAd9 (AdC9)、ChAd10 (AdC10)、ChAd11 (AdC11)、ChAd17 (AdC17)、ChAd16 (AdC16)、ChAd19 (AdC19)、ChAd20 (AdC20)、ChAd22 (AdC22)、ChAd24 (AdC24)、ChAdY25、ChAd26 (AdC26)、ChAd28 (AdC28)、ChAd30 (AdC30)、ChAd31 (AdC31)、ChAd37 (AdC37)、ChAd38 (AdC38)、ChAd43 (AdC43)、ChAd44 (AdC44)、ChAd55 (AdC55)、ChAd63 (AdC63)、ChAdV63、ChAd68 (AdC68)、ChAd73 (AdC73)、ChAd82 (AdC82)、ChAd83 (AdC83)、ChAd143 (AdC143)、ChAd144 (AdC144)、ChAd145 (AdC145)、ChAd147 (AdC147))、大猩猩腺病毒(例如GC44、GC45、GC46)及恆河猴腺病毒(例如RhAd51、RhAd52、RhAd53、RhAd54、RhAd55、RhAd56、RhAd57、RhAd58、RhAd59、RhAd60、RhAd61、RhAd62、RhAd63、RhAd64、RhAd65、RhAd66)。

實施例108：如實施例98至107中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係複製缺陷型、複製缺失型、複製衰減型或可複製型的。

實施例109：如實施例98至108中任一項之載體，其中該病毒載體或病毒表現載體係包含一或多個聚核苷酸之腺病毒載體，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO:345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。

實施例110：如實施例98至109中任一項之載體，其中該載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

實施例111：一種宿主細胞，其包含一或多個如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或一或多個如實施例98至110中任一項之載體。

實施例112：如實施例111之宿主細胞，其中該一或多個聚核苷酸不整合至該宿主細胞基因組中，例如為游離型。

實施例113：如實施例111之宿主細胞，其中該一或多個聚核苷酸整合至該宿主細胞基因組中。

實施例114：如實施例111至113中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係哺乳動物細胞，例如人類細胞，例如選自以下之細胞株：BHK-21、A549、Vero、HEK293 (例如HEK293E、HEK293F、HEK293H、HEK293T、Expi293™)細胞、MDCK、Caco-2及Calu-3。

實施例115：如實施例111至114中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係在活體外。

實施例116：如實施例111至114中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係在活體內。組合物

實施例117：一種免疫原性組合物，其包含一或多種如實施例1至89中任一項之融合多肽、或一或多個如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或一或多個如實施例98至110中任一項之載體，及醫藥學上可接受之載劑。

實施例118：如實施例117之免疫原性組合物，其包含兩種或兩種以上如實施例1至89中任一項之融合多肽、或兩個或兩個以上如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或兩個或兩個以上如實施例98至110中任一項之載體。

實施例119：如實施例117至118中任一項之免疫原性組合物，其中該一或多個聚核苷酸包含DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA，或呈DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA形式。

實施例120：如實施例117至118中任一項之免疫原性組合物，其包含： 1) 一或多種融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結的以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或 • SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及 2) 一或多種融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結的以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 188、305、28、41及294； • SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 189、306、29、42及295； • SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188； • SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189； • SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282； • SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283； • SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188； • SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189； • SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或 • SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

實施例121：如實施例117至120中任一項之免疫原性組合物，其包含一或多個腺病毒載體，每一個腺病毒載體包含一或多個聚核苷酸，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO:345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。

實施例122：如實施例117至121中任一項之免疫原性組合物，其包含一或多個病毒載體，每一個病毒載體包含一或多個聚核苷酸，該一或多個聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

實施例123：如實施例117至122中任一項之免疫原性組合物，其包含： 1) 一或多種融合多肽，其包含SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) 一或多種融合多肽，其包含SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例124：一種醫藥組合物，其包含一或多種如實施例1至89中任一項之融合多肽、或一或多個如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或一或多個如實施例98至110中任一項之載體，及醫藥學上可接受之載劑。

實施例125：如實施例124之醫藥組合物，其包含兩種或兩種以上融合多肽、兩個或兩個以上聚核苷酸或兩個或兩個以上載體。

實施例126：如實施例124至125中任一項之醫藥組合物，其進一步包含以下一或多種：佐劑、免疫刺激劑、清潔劑、微胞形成劑及油。

實施例127：如實施例126之醫藥組合物，其中該免疫調節劑選自鐸樣受體(TLR)促效劑、細胞介素(例如IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG以及其組合及功能變異體)、非編碼免疫刺激性聚核苷酸(例如病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102))、抑制性免疫檢查點蛋白之抑制劑或刺激性免疫檢查點蛋白之刺激劑。

實施例128：如實施例124至127中任一項之醫藥組合物，其係調配用於經由選自由以下組成之群之途徑投與：靜脈內、肌肉內、皮內、皮下及黏膜(例如經頰、鼻內、直腸內、陰道內)。

實施例129：如實施例124至128中任一項之醫藥組合物，其係調配為液體形式。

實施例130：如實施例124至128中任一項之醫藥組合物，其中該組合物係凍乾的。套組

實施例131：一種套組，其包含一或多個單位劑量的一或多種如實施例1至89中任一項之融合多肽、或一或多個如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或一或多個如實施例98至110中任一項之載體、或一或多種如實施例117至121中任一項之免疫原性組合物、或一或多種如實施例124至130中任一項之醫藥組合物。

實施例132：如實施例131之套組，其中該一或多個單位劑量係在單一容器中。

實施例133：如實施例131之套組，其中該一或多個單位劑量係在兩個或兩個以上獨立容器中。

實施例134：如實施例131至133中任一項之套組，其包含一或多個選自由以下組成之群的容器：小瓶、安瓿及預裝載之注射器。

實施例135：如實施例131至134中任一項之套組，其包含一或多個容器，該一或多個容器包含在水溶液中之該一或多種融合多肽、一或多個聚核苷酸或一或多個載體。

實施例136：如實施例131至135中任一項之套組，其中該一或多個單位劑量係相同的。

實施例137：如實施例131至135中任一項之套組，其中該一或多個單位劑量係不同的。

實施例138：如實施例131至137中任一項之套組，其包含一或多個單位劑量的一或多個如實施例98至110中任一項之病毒載體，其中該等單位劑量的範圍係約10³ 至約10¹⁵ 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。

實施例139：如實施例131至138中任一項之套組，其包含兩種或兩種以上如實施例1至89中任一項之融合多肽、或兩個或兩個以上如實施例90至93中任一項之聚核苷酸、或兩個或兩個以上如實施例98至110中任一項之載體。

實施例140：如實施例139之套組，其包含編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或表現該等融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含： 1) 一或多種融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結的以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或 • SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及 2) 一或多種融合多肽，其自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結的以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 188、305、28、41及294； • SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 189、306、29、42及295； • SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188； • SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189； • SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282； • SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283； • SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188； • SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189； • SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或 • SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

實施例141：如實施例139之套組，其包含編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或表現該等融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含： 1) 一或多種融合多肽，其包含編碼以下之一或多個聚核苷酸或能夠表現以下之一或多個載體：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) 一或多種融合多肽，其包含編碼以下之一或多個聚核苷酸或能夠表現以下之一或多個載體：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例142：如實施例131至141中任一項之套組，其包含編碼該等融合多肽之一或多個聚核苷酸或表現該等融合多肽之一或多個載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215； • SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或 • SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

實施例143：如實施例131至142中任一項之套組，其包含編碼該等融合多肽之一或多個聚核苷酸或表現該等融合多肽之一或多個載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 345-377、411、422-424及430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、411、422-424及430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例144：如實施例131至143中任一項之套組，其包含一或多個腺病毒載體，每一個腺病毒載體包含一或多個聚核苷酸，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。

實施例145：如實施例131至144中任一項之套組，其包含一或多個病毒載體，其中每一個病毒載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

實施例146：如實施例131至145中任一項之套組，其進一步包含一或多個單位劑量之一或多種額外治療劑。

實施例147：如實施例146之套組，其包含一或多種活化潛伏性HIV之藥劑，例如一或多種潛伏期逆轉劑(LRA)。

實施例148：如實施例146至147中任一項之套組，其包含一或多種選自由以下組成之群的LRA：一或多種鐸樣受體(TLR)之促效劑或活化劑、組蛋白脫乙醯基酶(HDAC)抑制劑、蛋白酶體抑制劑、蛋白激酶C(PKC)活化劑、Smyd2抑制劑、BET-布羅莫域4(BRD4)抑制劑、離子黴素、凋亡抑制蛋白(IAP)拮抗劑及第二粒線體源性凋亡蛋白酶活化物(SMAC)模擬劑。

實施例149：如實施例146至148中任一項之套組，其包含一或多種鐸樣受體(TLR)之一或多種促效劑或活化劑。

實施例150：如實施例149之套組，其中該TLR促效劑或活化劑選自由以下組成之群：TLR2促效劑、TLR3促效劑、TLR4促效劑、TLR5促效劑、TLR7促效劑、TLR8促效劑及TLR9促效劑。

實施例151：如實施例149至150中任一項之套組，其中該TLR7促效劑選自由以下組成之群：GS-9620(維沙莫特(vesatolimod))、R848(雷西莫特(Resiquimod))、DS-0509、LHC-165及TMX-101(咪喹莫特(imiquimod))，及/或其中該TLR8促效劑選自由以下組成之群：GS-9688、R848(雷西莫特)、CV8102(雙重TLR7/TLR8促效劑)及NKTR-262(雙重TLR7/TLR8促效劑)。

實施例152：如實施例149至151中任一項之套組，其中該TLR9促效劑選自由以下組成之群：AST-008、庫比莫德(cobitolimod)、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、利尼莫德(litenimod)、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿托莫特(agatolimod)、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、勒托莫特(lefitolimod) (MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德(tilsotolimod)及PUL-042。

實施例153：如實施例146至152中任一項之套組，其包含選自以下之介白素的一或多種介白素受體促效劑：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF及FLT3LG。

實施例154：如實施例153之套組，其包含選自由以下組成之群之一或多種細胞介素：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。

實施例155：如實施例146至154中任一項之套組，其包含一或多種先天性免疫活化劑。

實施例156：如實施例155之套組，其中該一或多種先天性免疫活化劑包含非編碼免疫刺激性聚核苷酸(例如病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102))、選自由以下組成之群之受體的促效劑：fms相關酪胺酸激酶3(FLT3)、干擾素基因刺激蛋白(STING)受體、DExD/H盒解螺旋酶58(DDX58；亦稱為RIG-I)、含核苷酸結合寡聚化域蛋白2 (NOD2)。

實施例157：如實施例146至156中任一項之套組，其包含抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑、及/或刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種活化劑或促效劑。

實施例158：如實施例157之套組，其中該一或多種免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；CD47、CD48(SLAMF2)、含跨膜域及免疫球蛋白域蛋白2(TMIGD2、CD28H)、CD84(LY9B、SLAMF5)、CD96、CD160、MS4A1(CD20)、CD244(SLAMF4)；CD276(B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制蛋白1(VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11(IGSF11、VSIG3)；自然殺手細胞細胞毒性受體3配體1(NCR3LG1、B7H6)；HERV-H LTR相關蛋白2(HHLA2、B7H7)；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4(TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4(TNFSF4、OX40L)；TNFRSF8 (CD30)、TNFSF8 (CD30L)；TNFRSF10A (CD261、DR4、TRAILR1)、TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF10B (CD262、DR5、TRAILR2)、TNFRSF10 (TRAIL)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；TNFRSF17 (BCMA、CD269)、TNFSF13B (BAFF)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；I類MHC相關序列A (MICA)；I類MHC多肽相關序列B (MICB)；CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；含T細胞免疫球蛋白及黏蛋白域蛋白4 (TIMD4；TIM4)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；信號傳導淋巴球性活化分子家族成員1 (SLAMF1、SLAM、CD150)；淋巴球抗原9 (LY9、CD229、SLAMF3)；SLAM家族成員6 (SLAMF6、CD352)；SLAM家族成員7 (SLAMF7、CD319)；UL16結合蛋白1 (ULBP1)；UL16結合蛋白2 (ULBP2)；UL16結合蛋白3 (ULBP3)；視黃酸早期轉錄物1E (RAET1E；ULBP4)；視黃酸早期轉錄物1G (RAET1G；ULBP5)；視黃酸早期轉錄物1L (RAET1L；ULBP6)；淋巴球活化蛋白3 (CD223)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)；殺手細胞凝集素樣受體K1 (KLRK1、NKG2D、CD314)；殺手細胞凝集素樣受體C2 (KLRC2、CD159c、NKG2C)；殺手細胞凝集素樣受體C3 (KLRC3、NKG2E)；殺手細胞凝集素樣受體C4 (KLRC4、NKG2F)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1)；及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。

實施例159：如實施例157至158中任一項之套組，其包含一或多種T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。

實施例160：如實施例159之套組，其中該等T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set結構域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白結構域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。

實施例161：如實施例157至160中任一項之套組，其包含一或多種T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。

實施例162：如實施例161之套組，其中該等T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。

實施例163：如實施例157至162中任一項之套組，其包含一或多種NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。

實施例164：如實施例163之套組，其中該等NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)；及殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1、CD94)。

實施例165：如實施例157至164中任一項之套組，其包含一或多種NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。

實施例166：如實施例165之套組，其中該等NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自CD16、CD226(DNAM-1)；殺手細胞凝集素樣受體K1(KLRK1、NKG2D、CD314)；以及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。

實施例167：如實施例157至166中任一項之套組，其中該一或多種免疫檢查點抑制劑包含PD-L1(CD274)、PD-1(PDCD1)或CTLA4之蛋白質抑制劑。

實施例168：如實施例167之套組，其中該CTLA4之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：伊匹單抗(ipilimumab)、曲美木單抗(tremelimumab)、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884(紮弗利單抗(zalifrelimab))、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)及AK-104 (CTLA4/PD-1)。

實施例169：如實施例167之套組，其中該PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：派姆單抗(pembrolizumab)、納武單抗(nivolumab)、西米單抗(cemiplimab)、皮立珠單抗(pidilizumab)、AB122(賽帕利單抗(zimberelimab))、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗(spartalizumab)、阿特珠單抗(atezolizumab)、阿維魯單抗(avelumab)、德瓦魯單抗(durvalumab)、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗(tislelizumab))、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗(balstilimab))、JS-001 (特瑞普利單抗(toripalimab))、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(genolimzumab) (CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗(camrelizumab))、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗(dostarlimab))、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗(sintilimab))、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)及INBRX-105 (4-1BB/PDL1)。

實施例170：如實施例157至169中任一項之套組，其中該一或多種免疫檢查點抑制劑包含CD274(PDL1、PD-L1)、計劃性細胞死亡蛋白1(PDCD1、PD1、PD-1)或CTLA4之小分子抑制劑。

實施例171：如實施例170之套組，其中該CD274或PDCD1之小分子抑制劑選自由以下組成之群：GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。

實施例172：如實施例170之套組，其中該CTLA4之小分子抑制劑包含BPI-002。

實施例173：如實施例146至172中任一項之套組，其進一步包含一或多種抗病毒劑。

實施例174：如實施例173之套組，其中該一或多種抗病毒劑選自由以下組成之群：HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑及衣殼抑制劑。治療或預防 HIV 之方法

實施例175：一種用於引發有需要之個體中針對人類免疫缺陷病毒(HIV)之免疫反應的方法，其包含向該個體投與如實施例124至130中任一項之醫藥組合物、或如實施例117至121中任一項之免疫原性組合物。

實施例176：一種治療或預防有需要之個體之人類免疫缺陷病毒(HIV)的方法，其包含向該個體投與如實施例124至130中任一項之醫藥組合物、如實施例117至121中任一項之免疫原性組合物。

實施例177：如實施例175至176中任一項之方法，其包含投與單一融合多肽、或編碼該融合多肽之聚核苷酸或病毒表現載體，其中該融合多肽包含兩個或兩個以上多價多肽區段，例如二價多肽區段。

實施例178：如實施例175至176中任一項之方法，其中兩種或兩種以上融合多肽、或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上病毒表現載體係同時或並行地投與該個體。

實施例179：如實施例175至178中任一項之方法，其中兩種或兩種以上融合多肽、或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或兩個或兩個以上病毒表現載體呈二價抗原組合物形式。

實施例180：如實施例175至179中任一項之方法，其包含向該個體投與： 1) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或 • SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及 2) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 188、305、28、41及294； • SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37； • SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 189、306、29、42及295； • SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38； • SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188； • SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189； • SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282； • SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283； • SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188； • SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189； • SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或 • SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

實施例181：如實施例175至180中任一項之方法，其包含向該個體投與： 1) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例182：如實施例175至178中任一項之方法，其包含向該個體投與一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成： • SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215； • SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或 • SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

實施例183：如實施例175至182中任一項之方法，其包含向該個體投與一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

實施例184：如實施例175至183中任一項之方法，其包含向該個體投與一或多個腺病毒載體，每一腺病毒載體包含一或多個聚核苷酸，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。

實施例185：如實施例175至183中任一項之方法，其包含向該個體投與一或多個病毒載體，其中每一病毒載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

實施例186：如實施例175至185中任一項之方法，其中該個體感染HIV-1、疑似感染HIV-1、或有感染HIV-1之風險。

實施例187：如實施例175至186中任一項之方法，其中該個體經HIV-1慢性感染。

實施例188：如實施例175至187中任一項之方法，其中該個體經HIV-1急性感染。

實施例189：如實施例175至188中任一項之方法，其中該個體患有Fiebig IV期或更早期，例如Fiebig III期、Fiebig II期或Fiebig I期之HIV-1感染。

實施例190：如實施例175至189中任一項之方法，其中該組合物係經由選自以下之途徑投與：靜脈內、肌肉內、皮內皮下及黏膜(例如經頰、鼻內、直腸內、陰道內)。

實施例191：如實施例175至190中任一項之方法，其包含每次投藥投與約10³ 至約10¹⁵ 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。

實施例192：如實施例175至191中任一項之方法，其包含初打-加打方案，該方案包含： (i) 在第一時間點投與初打組合物及在一或多個後續時間點投與一或多種加打組合物(例如初打-加打-加打-加打等)；或 (ii) 在第一時間點投與初打組合物及在第二時間點投與加打組合物的一或多次重複(例如初打-加打-初打-加打等)。

實施例193：如實施例192之方法，其中該初打組合物及該一或多種加打組合物之投與間隔至少1週、2週、3週或1個月，例如相隔至少2、3、4、5或6個月。

實施例194：如實施例192至193中任一項之方法，其中該初打組合物及該加打組合物包含相同免疫原性組合物。

實施例195：如實施例192至193中任一項之方法，其中該初打組合物及該加打組合物包含不同免疫原性組合物。

實施例196：如實施例192至193中任一項之方法，其中該初打組合物及該加打組合物包含相同的一或多種融合多肽及相同的聚核苷酸或病毒表現載體。

實施例197：如實施例192至193中任一項之方法，其中該初打組合物及加打組合物包含不同的融合多肽及/或不同的聚核苷酸病毒表現載體。

實施例198：如實施例197之方法，其包含初打第一聚核苷酸或病毒表現載體，及加打第二聚核苷酸或病毒表現載體。

實施例199：如實施例192至198中任一項之方法，其中該初打-加打方案包含： a) 用病毒表現載體進行初打及用聚核苷酸進行加打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA； b) 用聚核苷酸進行初打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA，及用病毒表現載體進行加打； c) 用第一病毒表現載體進行初打及用第二病毒表現載體進行加打，其中該第一病毒表現載體及該第二病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； d) 用第一複製缺失型病毒表現載體進行初打及用第二複製缺失型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製缺失型病毒表現載體及該第二複製缺失型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； e) 用第一複製衰減型病毒表現載體進行初打及用第二複製衰減型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製衰減型病毒表現載體及該第二複製衰減型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； f) 用複製缺失型病毒表現載體進行初打及用複製衰減型病毒表現載體進行加打； g) 用複製衰減型病毒表現載體進行初打及用複製缺失型病毒表現載體進行加打； h) 用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行初打及用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行加打； i) 用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行加打； j) 用沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用腺病毒型病毒表現載體進行加打；或 k) 用腺病毒型病毒表現載體進行初打及用沙狀病毒型病毒表現載體進行加打。

實施例200：如實施例175至199中任一項之方法，其中該個體未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)，或ART在投與該一或多種組合物之前中止。

實施例201：如實施例175至200中任一項之方法，其中ART在一或多次投與該等組合物之後中止。

實施例202：如實施例175至201中任一項之方法，其進一步包含向該個體投與一或多種額外治療劑，例如兩種、三種、四種或更多種額外治療劑。

實施例203：如實施例202之方法，其包含共投與一或多種活化潛伏性HIV之藥劑，例如一或多種潛伏期逆轉劑(LRA)。

實施例204：如實施例202至203中任一項之方法，其中該一或多種LRA選自由以下組成之群：一或多種鐸樣受體(TLR)之促效劑或活化劑、組蛋白脫乙醯基酶(HDAC)抑制劑、蛋白酶體抑制劑、蛋白激酶C(PKC)活化劑、Smyd2抑制劑、BET-布羅莫域4(BRD4)抑制劑、離子黴素、凋亡抑制蛋白(IAP)拮抗劑及第二粒線體源性凋亡蛋白酶活化物(SMAC)模擬劑。

實施例205：如實施例202至204中任一項之方法，其包含共投與一或多種鐸樣受體(TLR)之一或多種促效劑或活化劑。

實施例206：如實施例205之方法，其中該TLR促效劑或活化劑選自由以下組成之群：TLR2促效劑、TLR3促效劑、TLR4促效劑、TLR5促效劑、TLR7促效劑、TLR8促效劑及TLR9促效劑。

實施例207：如實施例205至206中任一項之方法，其中該TLR7促效劑選自由以下組成之群：GS 9620(維沙莫特)、R848(雷西莫特)、DS-0509、LHC-165及TMX-101(咪喹莫特)，及/或其中該TLR8促效劑選自由以下組成之群：GS-9688、R848(雷西莫特)、CV8102(雙重TLR7/TLR8促效劑)及NKTR-262(雙重TLR7/TLR8促效劑)。

實施例208：如實施例202至207中任一項之方法，其包含共投與選自以下之介白素的一或多種介白素受體促效劑：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF及FLT3LG。

實施例209：如實施例208之方法，其包含共投與選自由以下組成之群之一或多種細胞介素：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。

實施例210：如實施例202至209中任一項之方法，其包含共投與一或多種先天性免疫活化劑。

實施例211：如實施例210之方法，其中該一或多種先天性免疫活化劑包含非編碼免疫刺激性聚核苷酸(例如病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102))、選自由以下組成之群之受體的促效劑：fms相關酪胺酸激酶3(FLT3)、干擾素基因刺激蛋白(STING)受體、DExD/H盒解螺旋酶58(DDX58；亦稱為RIG-I)、含核苷酸結合寡聚化域蛋白2 (NOD2)。

實施例212：如實施例202至211中任一項之方法，其包含共投與抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種拮抗劑或抑制劑、及/或刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種活化劑或促效劑。

實施例213：如實施例212之方法，其中該一或多種免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；CD47、CD48(SLAMF2)、含跨膜域及免疫球蛋白域蛋白2(TMIGD2、CD28H)、CD84(LY9B、SLAMF5)、CD96、CD160、 MS4A1(CD20)、CD244(SLAMF4)；CD276(B7H3)；含V-set域T細胞活化抑制蛋白1(VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11(IGSF11、VSIG3)；自然殺手細胞細胞毒性受體3配體1(NCR3LG1、B7H6)；HERV-H LTR相關蛋白2(HHLA2、B7H7)；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4(TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4(TNFSF4、OX40L)；TNFRSF8 (CD30)、TNFSF8 (CD30L)；TNFRSF10A (CD261、DR4、TRAILR1)、TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF10B (CD262、DR5、TRAILR2)、TNFRSF10 (TRAIL)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；TNFRSF17 (BCMA、CD269)、TNFSF13B (BAFF)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；I類MHC相關序列A (MICA)；I類MHC多肽相關序列B (MICB)；CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；含T細胞免疫球蛋白及黏蛋白域蛋白4 (TIMD4；TIM4)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；信號傳導淋巴球性活化分子家族成員1 (SLAMF1、SLAM、CD150)；淋巴球抗原9 (LY9、CD229、SLAMF3)；SLAM家族成員6 (SLAMF6、CD352)；SLAM家族成員7 (SLAMF7、CD319)；UL16結合蛋白1 (ULBP1)；UL16結合蛋白2 (ULBP2)；UL16結合蛋白3 (ULBP3)；視黃酸早期轉錄物1E (RAET1E；ULBP4)；視黃酸早期轉錄物1G (RAET1G；ULBP5)；視黃酸早期轉錄物1L (RAET1L；ULBP6)；淋巴球活化蛋白3 (CD223)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)；殺手細胞凝集素樣受體K1 (KLRK1、NKG2D、CD314)；殺手細胞凝集素樣受體C2 (KLRC2、CD159c、NKG2C)；殺手細胞凝集素樣受體C3 (KLRC3、NKG2E)；殺手細胞凝集素樣受體C4 (KLRC4、NKG2F)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1)；及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。

實施例214：如實施例212至213中任一項之方法，其包含共投與一或多種T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。

實施例215：如實施例214之方法，其中該T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set結構域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白結構域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。

實施例216：如實施例212至213中任一項之方法，其包含共投與一或多種T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。

實施例217：如實施例216之方法，其中該等T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。

實施例218：如實施例212至213中任一項之方法，其包含共投與一或多種NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。

實施例219：如實施例218之方法，其中該等NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)；及殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1、CD94)。

實施例220：如實施例212至213中任一項之方法，其包含共投與一或多種NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。

實施例221：如實施例220之方法，其中該等NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自CD16、CD226(DNAM-1)；殺手細胞凝集素樣受體K1(KLRK1、NKG2D、CD314)；以及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。

實施例222：如實施例212至215中任一項之方法，其中該一或多種免疫檢查點抑制劑包含PD-L1(CD274)、PD-1(PDCD1)或CTLA4之蛋白質抑制劑。

實施例223：如實施例222之方法，其中該CTLA4之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：伊匹單抗、曲美木單抗、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884(紮弗利單抗)、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)及AK-104 (CTLA4/PD-1)。

實施例224：如實施例222之方法，其中該PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：派姆單抗、納武單抗、西米單抗、皮立珠單抗、AB122(賽帕利單抗)、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗、阿特珠單抗、阿維魯單抗、德瓦魯單抗、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗)、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗)、JS-001 (特瑞普利單抗)、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗)、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗)、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗)、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)及INBRX-105 (4-1BB/PDL1)。

實施例225：如實施例212至215中任一項之方法，其中該一或多種免疫檢查點抑制劑包含CD274(PDL1、PD-L1)、計劃性細胞死亡蛋白1(PDCD1、PD1、PD-1)或CTLA4之小分子抑制劑。

實施例226：如實施例225之方法，其中該CD274或PDCD1之小分子抑制劑選自由以下組成之群：GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。

實施例227：如實施例225之方法，其中該CTLA4之小分子抑制劑包含BPI-002。

實施例228：如實施例202至227中任一項之方法，其進一步包含向該個體投與一或多種抗病毒劑。

實施例229：如實施例228之方法，其中該一或多種抗病毒劑選自由以下組成之群：HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑及衣殼抑制劑。

實施例230：如實施例202至229中任一項之方法，其進一步包含向該個體投與一或多種抗HIV抗體或其抗原結合片段。

實施例231：如實施例230之方法，其中該一或多種抗HIV抗體或其抗原結合片段結合至HIV gp120。

實施例232：如實施例230至231中任一項之方法，其中該抗HIV抗體或其抗原結合片段包含廣泛中和抗體。

實施例233：如實施例230至232中任一項之方法，其中結合、抑制及/或中和HIV之一或多種抗HIV抗體或其抗原結合片段與針對HIV之廣泛中和抗體(bNAb)競爭，或包含針對HIV之廣泛中和抗體(bNAb)的VH及VL可變域。

實施例234：如實施例230至233中任一項之方法，其中結合、抑制及/或中和HIV之一或多種抗HIV抗體或其抗原結合片段結合至選自由以下組成之群的gp120之抗原決定基或區域： i. 第三可變環(V3)及/或包含N332寡甘露糖聚醣之高甘露糖片段(patch)； ii. CD4結合位點(CD4bs)； iii. 第二可變環(V2)及/或Env三聚體頂點； iv. gp120/gp41界面；或 v. gp120沉默面。

實施例235：如實施例230至234中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至該第三可變環(V3)及/或包含N332寡甘露糖聚醣之高甘露糖片段中gp120之抗原決定基或區域，並與選自由以下組成之群之抗體競爭或包含選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區：GS-9722、PGT-121、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1及VRC29.03。

實施例236：如實施例230至235中任一項之方法，其中該抗體或其抗原結合片段結合至該CD4結合位點(CD4bs)中gp120之抗原決定基或區域，並與選自由以下組成之群之抗體競爭或包含選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01 VRC08、VRC0801、NIH45-46、GS-9723、3BNC117、3BNC60、VRC-PG04、PGV04; CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235及CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9及N60P25。

實施例237：如實施例230至236中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至該第二可變環(V2)及/或Env三聚體頂點中gp120之抗原決定基或區域，並與選自由以下組成之群之抗體競爭或包含選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E及VRC38.01。

實施例238：如實施例230至237中任一項之方法，其中該抗體或其抗原結合片段結合至該gp120/gp41界面中gp120之抗原決定基或區域，並與選自由以下組成之群之抗體競爭或包含選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34及VRC34.01。

實施例239：如實施例230至238中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至該gp120沉默面中之抗原決定基或區域，並與選自由VRC-PG05及SF12組成之群之抗體競爭或包含選自由VRC-PG05及SF12組成之群之抗體的VH及VL區。

實施例240：如實施例230至239中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至近膜區域(MPER)中gp41之抗原決定基或區域。

實施例241：如實施例230至240中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至該近膜區域(MPER)中gp41之抗原決定基或區域，並與選自由以下組成之群之抗體競爭或包含選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2及LN01。

實施例242：如實施例230至241中任一項之方法，其中該結合、抑制及/或中和HIV之抗體或其抗原結合片段結合至gp41融合肽之抗原決定基或區域，並與選自由VRC34及ACS202組成之群之抗體競爭或包含選自由VRC34及ACS202組成之群之抗體的VH及VL區。

實施例243：如實施例175至242中任一項之方法，其中在一或多次投與該等組合物中之一或多種，視情況與一或多種額外治療劑之組合之後，該個體不展現在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下HIV或AIDS之症狀，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。

實施例244：如實施例175至243中任一項之方法，其中在一或多次投與該等組合物中之一或多種，視情況一或多種額外治療劑之組合之後，該個體在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下每毫升血液中具有小於500，例如小於400、小於300、小於200、小於100、小於50個病毒負荷複本，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。免疫原設計方法

實施例245：一種設計能夠引發針對一或多種病毒目標抗原之免疫反應之融合多肽的方法，該方法包含： a) 經計算機鑑別由病毒基因編碼之多肽序列群體中的一或多個序列保守區，該群體來自患者間病毒群體；以及 b) 經計算機鑑別出在步驟a)中所鑑別之該一或多個保守區中的兩個最普遍之多肽序列，並由該等保守區產生多價多肽區段。

實施例246：如實施例245之方法，其中該等多價多肽區段係二價多肽區段。

實施例247：如實施例245至246中任一項之方法，其進一步包含步驟c)：將該等多肽區段佈置成一或多個連續融合多肽，由此使連結該等多肽區段之接合點減少或避免產生能夠結合人類I類MHC或人類II類MHC分子，例如具有小於約1000 nM之預測結合親和力IC50值，或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級的抗原決定基。

實施例248：如實施例245至247中任一項之方法，其進一步包含以下步驟：在預測會產生能夠結合人類I類MHC或人類II類MHC分子之抗原決定基的多肽區段接合點之間插入連接子。

實施例249：如實施例245至248中任一項之方法，其在步驟b)之後且在步驟c)之前包含以下步驟： d) 在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區內，經計算機鑑別出預測結合至人類I類MHC分子之多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級；以及 e) 產生包含在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區且預測結合至人類I類MHC分子的多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級。

實施例250：如實施例245至249中任一項之方法，其在步驟b)之後且在步驟c)之前進一步包含以下步驟：減少或消除與人類蛋白質具有至少55%(9個胺基酸殘基中之5個)，例如至少65%(9個胺基酸殘基中之6個)，例如至少75%(9個胺基酸殘基中之7個)，例如至少85%(9個胺基酸殘基中之8個)胺基酸序列一致性的病毒多肽9聚體。

實施例251：如實施例245至250中任一項之方法，其在步驟b)之後且在步驟c)之前進一步包含以下步驟：提供已知或預測結合至人類II類MHC分子，例如具有小於約1000 nM之預測結合親和力IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級的一或多個多肽區段。

實施例252：如實施例245至251中任一項之方法，其在步驟b)之後且在步驟c)之前進一步包含以下步驟：鑑別出在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區內由該病毒基因編碼之多肽序列之第二群體中的序列變化，該第二群體來自患者內病毒群體。

實施例253：如實施例252之方法，其中相對於該患者內病毒群體之序列變化係藉由深度定序或下一代定序確定。

實施例254：一種設計能夠引發針對一或多種病毒目標抗原之免疫反應之融合多肽的方法，該方法包含： a) 經計算機鑑別由病毒基因編碼之多肽序列之第一群體中的一或多個序列保守區，該第一群體來自患者間病毒群體； b) 經計算機鑑別出在步驟a)中所鑑別之該一或多個保守區中的兩個最普遍之多肽序列； c) 在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區內，經計算機鑑別出預測結合至人類I類MHC分子之多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級； d) 產生包含在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區且預測結合至人類I類MHC分子的多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級； e) 移除在步驟d)中產生的確定與人類蛋白質具有至少55%(9個胺基酸殘基中之5個)，例如至少65%(9個胺基酸殘基中之6個)，例如至少75%(9個胺基酸殘基中之7個)，例如至少85%(9個胺基酸殘基中之8個)胺基酸序列一致性的病毒多肽9聚體區段，得到保留之病毒多肽區段；以及 f) 將該等保留之多肽區段佈置成一或多個連續融合多肽，由此使連結該等多肽區段之接合點避免或減少產生能夠結合人類I類MHC或人類II類MHC分子，例如具有小於約1000 nM之預測結合親和力IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級的抗原決定基。

實施例255：一種設計能夠引發針對一或多種病毒目標抗原之免疫反應之融合多肽的方法，該方法包含： a) 經計算機鑑別由病毒基因編碼之多肽序列之第一群體中的一或多個序列保守區，該第一群體來自患者間病毒群體； b) 視情況，經計算機鑑別出在步驟a)中所鑑別之該一或多個保守區中的兩個最普遍之多肽序列； c) 在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區內，鑑別出由該病毒基因編碼之多肽序列之第二群體中的序列變化，該第二群體來自患者間病毒群體； d) 在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區內，經計算機鑑別出預測結合至人類I類MHC分子之多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級； e) 產生包含在步驟a)中所鑑別之該一或多個序列保守區且預測結合至人類I類MHC分子的多肽區段，該等多肽區段具有小於約1000 nM之IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級； f) 移除在步驟e)中產生的確定與人類蛋白質具有至少55%(9個胺基酸殘基中之5個)，例如至少65%(9個胺基酸殘基中之6個)，例如至少75%(9個胺基酸殘基中之7個)，例如至少85%(9個胺基酸殘基中之8個)胺基酸序列一致性的病毒多肽9聚體區段，得到保留之病毒多肽區段；以及 g) 將該等保留之多肽區段佈置成一或多個連續融合多肽，由此使連結該等多肽區段之接合點避免或減少產生能夠結合人類I類MHC或人類II類MHC分子，例如具有小於約1000 nM之預測結合親和力IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級的抗原決定基。

實施例256：如實施例255之方法，其中相對於該患者內病毒群體之序列變化係藉由深度定序或下一代定序確定。

實施例257：如實施例254至256中任一項之方法，其進一步包含以下步驟：併入已知或預測結合至人類II類MHC分子，例如具有小於約1000 nM之預測結合親和力IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級的一或多個多肽區段。

實施例258：如實施例254至257中任一項之方法，其進一步包含以下步驟：在多肽區段之間預測會產生能夠結合人類I類MHC或人類II類MHC分子之抗原決定基的接合點處插入連接子。

實施例259：一種用於製造多價抗原之方法，該方法包含在病毒蛋白質體序列群體之結構保守區內經計算機構築一組多價胺基酸序列，該構築係藉由包含以下之方法進行： (a) 比對該病毒蛋白質體序列群體； (b) 對於該比對中之每一序列，自N末端胺基酸開始，產生一組含9個胺基酸之子序列(「9聚體」)，每個子序列與前一子序列有八個胺基酸重疊，使得該比對中長度l之每個序列含有(l-8)個9聚體； (c) 在該比對之每個序列中，自位置i處開始，計算每一獨特9聚體之頻率，並鑑別出在每個位置處的兩個或兩個以上最常見的獨特9聚體；(c)(1)其中頻率係以該獨特9聚體在該比對中之位置i處出現之次數除以該比對中之序列總數計算； (d) 藉由對該比對中含有該兩個或兩個以上最常見的獨特9聚體中之任一個的序列之比例求和來計算各位置之多價保守性； (e) 藉由提取該比對中多價保守性超過80%或超過90%之序列，產生保守區之比對； (f) 確定在該保守區之比對中每個位置處每對獨特9聚體之頻率； (g) 連結該保守區之比對的相鄰位置中共有八個胺基酸之重疊的9聚體對； (h) 產生有向非循環圖，在該圖中，每個9聚體對係一個節點且相鄰節點之間的邊緣係由該等相鄰位置中連結之9聚體對形成，其中每個邊緣之權重等於下游9聚體對之頻率， • 添加源節點並將其與第一個位置中之所有節點連結， • 添加彙聚節點並將其與最後一個位置中之所有節點連結，以及 • 否定所有該等權重； (i) 發現該有向非循環圖中自該源節點至該彙聚節點之最佳路徑，其中最佳路徑係根據該有向非循環圖中所有9聚體對之頻率總和來界定； (j) 藉由以下方式構建多價抗原：若該最佳多價9聚體路徑內相鄰位置中之兩個或兩個以上9聚體共有八個胺基酸之重疊，則藉由連結該兩個或兩個以上9聚體，由此產生含連結之9聚體的兩個或兩個以上序列，該兩個或兩個以上序列一起形成多價抗原；以及 (k) 視情況，重新佈置該等多肽區段以減少或避免在多肽區段之間之接合點處產生有害抗原決定基。

實施例260：如實施例259之方法，其中該多價保守性係二價保守性且其中該多價抗原係二價抗原。

實施例261：如實施例259至260中任一項之方法，其中在步驟(a)中，該等保守區係藉由執行以下步驟中之一或多個進一步確定： (i) 移除長度小於35個胺基酸，例如長度為9個胺基酸至10、15、20、25、30或35個胺基酸的區段； (ii) 移除確定具有低於90%多價(例如二價)保守性之區段； (iii) 移除確定具有弱免疫原性或非免疫原性之區段，例如在活體外或活體內展示；及/或 (iv) 包括確定具有免疫原性之額外區段，例如在活體外或活體內展示。

實施例262：如實施例259至261中任一項之方法，其中該重新佈置該等肽區段以減少或避免產生有害抗原決定基之步驟係藉由包含計算機HLA結合分析及人類蛋白質體交叉識別分析中之一或多種的方法執行。

實施例263：如實施例259至262中任一項之方法，其進一步包含在一或多個相鄰區段之間插入連接子序列。

實施例264：如實施例259至263中任一項之方法，其中該方法進一步包含藉由移除結合至特定HLA對偶基因的接合性9聚體，改良步驟(h)中所製造之多價(例如二價)抗原，該等接合性9聚體具有小於約1000 nM之預測IC50值或具有在多肽區段群體中前5%內之百分等級。

實施例265：如實施例259至264中任一項之方法，其中該方法進一步包含藉由移除與人類肽具有至少55%(9個胺基酸殘基中之5個)，例如至少65%(9個胺基酸殘基中之6個)，例如至少75%(9個胺基酸殘基中之7個)，例如至少85%(9個胺基酸殘基中之8個)胺基酸序列一致性，或與人類蛋白質具有相同T細胞受體(TCR)面向殘基的9聚體，改良步驟(h)中所製造之多價(例如二價)抗原。

實施例266：如實施例259至265中任一項之方法，其進一步包含改良步驟(h)中所製造之多價(例如二價)抗原以產生足夠T細胞抗原決定基以覆蓋患者內病毒多樣性，該方法進一步包含以下步驟： a) 鑑別自個體獲得的生物樣品內之病毒準種變異體；以及 b) 確定步驟(h)中所製造之多價(例如二價)抗原之序列中的患者內胺基酸變異體，該確定係藉由包含以下之方法進行： (i) 確定在該多價(例如二價)抗原中之每個9聚體位置處來自完全覆蓋該位置之複數個定序讀段之對應9聚體子序列； (ii) 提取9聚體子序列；以及 (iii) 將提取之9聚體子序列與該多價(例如二價)抗原之序列相比對，並確定任何錯配之存在。

實施例267：如實施例266之方法，其中該病毒準種係藉由包含以下之方法鑑別：對病毒DNA定序，組裝複數個定序讀段以產生個體共同序列；將該複數個讀段中之每個讀段與該個體共同序列相比對；將該個體之比對讀段定位於參考序列以獲得序列座標。

實施例268：如實施例266至267中任一項之方法，其中該生物樣品係選自血液、外周血液單核細胞(PBMC)、血清、血漿、精液或淋巴結。

實施例269：如實施例266至268中任一項之方法，其中該個體經HIV-1急性感染。

實施例270：如實施例266至269中任一項之方法，其中該個體患有Fiebig IV期或更早期，例如Fiebig III期、Fiebig II期或Fiebig I期之HIV-1感染。

實施例271：如實施例266至268中任一項之方法，其中該個體經HIV-1慢性感染。

實施例272：如實施例266至271中任一項之方法，其中該個體曾接受抗逆轉錄病毒療法(ART)。

實施例273：如實施例266至271中任一項之方法，其中該個體尚未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)。

實施例274：如實施例266至273中任一項之方法，其進一步包含排除具有預先存在之逃避變異體的序列。

實施例275：如實施例259至274中任一項之方法，其進一步包含重新佈置該等多肽區段以減少或避免在多肽區段之間的接合點處產生有害抗原決定基。

實施例276：如實施例275之方法，其中該重新佈置該等肽區段以減少或避免產生有害抗原決定基之步驟係藉由包含計算機HLA結合分析及人類蛋白質體交叉識別分析中之一或多種的方法執行。

實施例277：如實施例245至276中任一項之方法，其中該一或多種病毒目標抗原係來自哺乳動物病毒，例如人類病毒。

實施例278：如實施例245至277中任一項之方法，其中該一或多種病毒目標抗原係來自選自由以下組成之群之病毒：人類免疫缺陷病毒(HIV)、B型肝炎病毒(HBV)、人乳頭瘤病毒(HPV)、單純疱疹病毒(HSV)、埃博拉病毒(Ebola virus)、茲卡病毒(Zika virus)及屈公病毒(Chikungunya virus)。

實施例279：如實施例245至278中任一項之方法，其中該患者間病毒群體係來自未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)之患者群體。

實施例280：如實施例245至278中任一項之方法，其中該患者間病毒群體係來自曾接受抗逆轉錄病毒療法(ART)之患者群體。

實施例281：如實施例252至280中任一項之方法，其中該患者內病毒群體係來自未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)之患者。

實施例282：如實施例252至280中任一項之方法，其中該患者內病毒群體係來自曾接受抗逆轉錄病毒療法(ART)之患者。

實施例283：一種根據實施例245至282中任一項之方法製備之融合多肽，其中該融合多肽在哺乳動物體內，例如人體內引發針對病毒之免疫反應。

相關申請案之交叉引用

本申請案依據35 U.S.C. § 119(e)主張2019年7月16日申請的美國臨時專利申請案第62/874,712號之權益，該案以全文引用的方式併入本文中用於所有目的。序列表

本申請案含有序列表，該序列表已以ASCII格式以電子方式提交且以全文引用的方式併入本文中。該ASCII複本於2020年6月30日創建，命名為1314_PF_SL.txt且大小係449,156個位元組。1. 引言

本文提供包含複數個多肽或肽區段之融合多肽及相關組合物，包括免疫原性組合物及醫藥組合物，以及用於製備該等融合多肽之方法及使用該等融合多肽在有需要之個體中引發針對人類免疫缺陷病毒(HIV-1)之免疫原性反應的方法。如本文所使用，「免疫原」係引發免疫反應或能夠引發免疫反應之物質，諸如抗原。亦提供編碼本文所描述之融合多肽的聚核苷酸，以及包含該等聚核苷酸之載體。

本文提供設計用於誘導抗病毒免疫反應之融合多肽。本文所描述之疫苗構築體係設計成使用病毒蛋白質體序列源集合內保守性最高的預測抗原決定基提供以數學方法確定的預測T細胞抗原決定基(「PTE」)之覆蓋改良。作為設計抗病毒免疫原之方法的範例，使用由HIV-1 Gag、Pol、Env及Nef基因中之一、二、三或四個編碼的融合多肽。本文所描述之方法保持該序列源集合內PTE之位置資訊並構築序列之二價集合以改良保守PTE之覆蓋。由此得到初始二價疫苗構築體，歸因於保持之位置資訊，其有利地改良或增加患者群體中及個別患者內最有可能與病毒物種所表現之蛋白質中天然存在序列中之保守抗原決定基高度相似的高保守性PTE。此外，由於在患者間及患者內群體中HIV-1物種間保守性較高之PTE序列比較可能提供病毒結構及功能，故僅使用該等保守性較高之序列降低逃避突變體之可能性。

進一步提供用於設計高變異性病毒，諸如HIV-1之抗病毒疫苗免疫原的計算方法。抗病毒疫苗免疫原設計方法併入來自具有可變序列之個別患者樣品的深度定序資料並分析在宿主HLA多樣性情況下的序列多樣性以開發用於治療性及預防性用途之抗病毒疫苗。抗病毒免疫原可經設計成提供具有確定之HLA對偶基因集合之一組個體在個體層面上之覆蓋，或提供廣義群體覆蓋。在本文所描述之疫苗免疫原設計方法中，吾人定義使用例如來自公共資料庫及內部開發之資料庫的整體群體序列靶向疫苗序列內之保守區的計算方法。此外，使用個別患者深度序列資料，吾人確定保守區內各潛在T細胞抗原決定基之序列變異性。此外，基於由個別宿主之HLA對偶基因集合呈現之可能性，吾人鑑別出可充當實際抗原決定基的區域。使用結合至由公開可得之資料庫及內部開發之資料庫確定之宿主HLA的可能性開發深度學習模型，該等學習模型模擬每個對偶基因的肽結合。此可與計算機模擬、公開及/或實驗性活體外T細胞激活資料相結合，由此可確定抗原變異體在調節TCR識別或鑑別作為逃避變異體之肽中的潛在影響。此等資料被用於設計含有該等抗原決定基及相關抗原決定基變異體之一組肽免疫原。抗原決定基序列藉由直接融合或經連接子序列連接而串接或串聯連結成單一融合多肽。肽區段自N末端至C末端以計算方式確定之依序次序接合，由此減少或消除接合抗原決定基之產生，該等接合抗原決定基可模擬人類自身抗原且具有不合需要之影響(例如引發自身免疫反應或致耐受性反應)。

不同於類似的基於圖式之疫苗設計方法，本文所描述之方法僅使用在天然序列中亦相鄰的相鄰PTE構建含連結之PTE的片段。此外，本發明方法先構建由兩個多肽組成之二價構築體，該兩個多肽相配以改良或增加病毒蛋白質體中各PTE位置處之覆蓋。二價構築體本身可用作疫苗，如以下實例1及2中所述之構築體；或其可充當另一構築體之基礎，諸如實例3中所述之HLA限制性構築體、或以下實例4及5中所述之個性化構築體。藉由分析基於群體之序列(例如患者間多樣性)設計的二價構築體鑑別出基於群體之保守序列，該等保守序列可促成病毒結構及功能且可充當用於確定患者內序列中之保守性的模板，該資訊可應用於構建個性化疫苗構築體。

本文所描述之方法可使用在本文中稱為「保守性分析」或「保守性演算法」之方法鑑別保守區二價序列開始。該等方法可進一步包含以下步驟：使用本文中稱為「保守步行演算法」或「CWA」之方法構建具有最大抗原決定基覆蓋，同時保持來自天然序列之PTE之位置資訊的二價疫苗構築體。

易於評價基於T細胞反應誘導之治療性疫苗且其在癌症疫苗之情形中顯示出功效。此等疫苗通常基於抗原決定基，且可針對個體之HLA對偶基因以及其特異性腫瘤抗原進行定製(參見例如Tran等人,Science , (2014) 344(6184):641-5)。吾人已開發出疫苗序列，該等疫苗序列可基於某些HLA對偶基因之群體普遍性靶向亞群，或可針對個體之HLA對偶基因範圍專門地定製。2. 可用於促進針對人類免疫缺陷病毒 - 1 ( HIV - 1 ) 之免疫反應的融合多肽

本文提供包含由一或多個HIV-1基因編碼之複數個多肽或肽區段的融合多肽。本文所描述之融合多肽的『區段』係參照參考序列，例如參照本文分別以SEQ ID NO:403-406提供的Env、Gag、Nef及Pol多肽之HIV-1 HXB2參考序列的含至少8個胺基酸之連續序列。本文所描述之多肽係『融合』多肽，意味著其係由連結或串接兩種或兩種以上HIV-1蛋白質之多肽或肽區段組裝而成。參照HIV-1蛋白質參考序列，多肽或肽片段可對應於相同HIV-1蛋白質或不同HIV-1蛋白質之不連續序列。一般而言，該等融合多肽係非天然存在的，且可為合成或以重組方式製造的。a. 多肽區段

關於編碼用於組裝本文所描述之融合多肽之多肽區段的HIV-1基因，在各種實施例中，該等融合多肽包含由選自Gag、Nef、Env、Pol、Vpu、Vpr及Vif之一或多個，例如兩個或兩個以上、三個或三個以上、四個或四個以上HIV-1基因，例如選自Gag、Nef、Env、Pol及Vif之兩個或兩個以上、三個或三個以上、四個或四個以上HIV-1基因編碼之一或多種人類免疫缺陷病毒-1(HIV-1)蛋白質的複數個多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Env、Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Gag、Nef及Pol編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Env、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Gag及Nef編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Env、Pol、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Pol及Nef編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Env、Gag、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Pol及Env編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Gag、Nef、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段僅包含由HIV-1基因Pol編碼之多肽區段，例如不包含由HIV-1 Env、Gag、Nef、Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。在各種實施例中，該複數個多肽區段不含由HIV Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因中之一、二、三或四個編碼的區段。

關於組裝、連結、連接或串接成單一融合多肽的多肽區段之數量，在各種實施例中，該等融合多肽包含至少5個且至多40個多肽區段，例如5個多肽區段且至多6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39或40個多肽區段。適當時，該等多肽區段可按與天然存在之蛋白質中相同之次序或根據不同次序佈置。

關於選擇作為包括在融合多肽中之多肽區段的由HIV-1基因編碼之多肽區域，在各種實施例中，該等多肽區段源於病毒蛋白質體序列群體中之保守區。在一些實施例中，該等保守區在HIV-1物種間有超過80%，例如超過81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%保守性，此係例如在患者間及/或患者內群體中確定。如本文所使用，由HIV-1基因編碼之多肽中的保守區係指序列群體中含有與預定胺基酸區段或子序列位置中最普遍之胺基酸區段或子序列位置一致之胺基酸區段或子序列，例如(9個胺基酸長度之區段或9聚體)的序列百分比，其中胺基酸區段或子序列位置係參照參考序列，例如HIV-1 HXB2多肽序列，例如SEQ ID NO:403-406確定。在各種實施例中，保守區在M群內之一或多個HIV-1分枝系中，例如在HIV-1分枝系A-K中之一或多個中，例如在分枝系A、B、C、D及G中之一或多個中，例如在HIV-1 M群分枝系B及其重組形式，例如CRF01_AE中保守。在一些實施例中，該複數個多肽區段包含選自SEQ ID NO:1-344之至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個多肽區段，例如表B中標識之多肽區段。在一些實施例中，該複數個多肽區段包含選自以下之至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個多肽區段：SEQ ID NO: 2、3、8、9、13、14、17、18、23、24、25、26、28、29、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、58、59、62、63、64、65、66、67、68、69、72、73、74、75、76、77、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、92、93、101、102、103、104、109、110、115、116、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、155、156、157、158、159、160、166、167、168、169、170、171、174、175、178、179、180、181、182、183、184、185、193、194、195、196、197、198、199、200、203、204、205、206、207、208、213、214、221、222、236、237、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、263、264、266、267、268、269、270、271、272、273、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、305、306、307、308、309、310、313、314、315、316、317、318、321及322，例如表C中標識之多肽區段。起始及終止位置係參照本文中以SEQ ID NO:403-406提供且在表A中標識之HIV-1 HXB2參考多肽，GenBank寄存編號K03455(ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K03455)。

表A -HIV -1 HXB2 參考序列
SEQ ID NO:	基因	序列
403	Env	MRVKEKYQHLWRWGWRWGTMLLGMLMICSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVSLKCTDLKNDTNTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTSYKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTKAKRRVVQREKRAVGIGALFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWSNKSLEQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITNWLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHLPTPRGPDRPEGIEEEGGERDRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVELLGRRGWEALKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRVIEVVQGACRAIRHIPRRIRQGLERILL
404	Gag	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIEIKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGHSNQVSQNYPIVQNIQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSATIMMQRGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSYKGRPGNFLQSRPEPTAPPEESFRSGVETTTPPQKQEPIDKELYPLTSLRSLFGNDPSSQ
405	Nef	MGGKWSKSSVIGWPTVRERMRRAEPAADRVGAASRDLEKHGAITSSNTAATNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKIEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC
406	Pol	FFREDLAFLQGKAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSPSEAGADRQGTVSFNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVLFLDGIDKAQDEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED

表B - 所有多肽區段
SEQ ID NO	基因	起點	終點	序列
1	Env	28	52	CSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTL
2	Env	34	48	LWVTVYYGVPVWKEA
3	Env	34	48	LWVTIYYGVPVWKDA
4	Env	34	47	LWVTVYYGVPVWKE
5	Env	34	47	LWVTIYYGVPVWKD
6	Env	36	44	VTVYYGVPV
7	Env	36	44	VTIYYGVPV
8	Env	48	61	ATTTLFCASDAKAY
9	Env	48	61	ANTTLFCASDAKGY
10	Env	59	83	KAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQE
11	Env	64	83	AHNVWATHACVPTDPNPQE
12	Env	64	83	VHNIWATHACVPTDPSPQE
13	Env	65	83	HNVWATHACVPTDPNPQE
14	Env	65	83	HNIWATHACVPTDPSPQE
15	Env	67	75	NVWATHACV
16	Env	67	75	NIWATHACV
17	Env	107	129	DIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTL
18	Env	107	129	DIISLWDESLKPCVKLTPICVTL
19	Env	113	137	DQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNT
20	Env	113	137	DESLKPCVKLTPICVTLNCTDLRNT
21	Env	121	129	KLTPLCVTL
22	Env	121	129	KLTPICVTL
23	Env	209	226	SFEPIPIHYCAPAGFAIL
24	Env	209	226	TFEPIPIHYCTPAGFAIL
25	Env	220	228	PAGFAILKC
26	Env	220	228	PAGFALLKC
27	Env	235	259	GTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQL
28	Env	241	268	NVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEE
29	Env	241	268	NISTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEK
30	Env	243	251	STVQCTHGI
31	Env	376	386	FNCGGEFFYCN
32	Env	376	386	FNCRGEFFYCN
33	Env	430	439	VGKAMYAPPI
34	Env	430	439	VGRAMYAPPI
35	Env	472	481	GGDMRDNWRS
36	Env	472	481	GGNMKDNWRS
37	Env	475	489	MRDNWRSELYKYKVV
38	Env	475	489	MKDNWRSELYRYKVV
39	Env	501	511	AKRRVVQREKR
40	Env	501	511	ARRRVVQREKR
41	Env	502	606	KRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTT
42	Env	502	606	RRRVVQREKRAIGLGAVFLGFLGTAGSTMGAASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTT
43	Env	519	534	FLGFLGAAGSTMGAAS
44	Env	519	534	FLGFLGTAGSTMGAAA
45	Env	533	606	ASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTT
46	Env	533	606	ASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTT
47	Env	536	556	TLTVQARQLLSGIVQQQNNLL
48	Env	536	556	TLTVQARLLLSGIVQQQSNLL
49	Env	554	564	NLLRAIEAQQH
50	Env	554	564	NLLKAIEAQQH
51	Env	558	584	AIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVE
52	Env	558	584	AIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVE
53	Env	584	592	ERYLKDQQL
54	Env	584	592	ERYLRDQQL
55	Env	586	594	YLKDQQLLG
56	Env	586	594	YLRDQQLLG
57	Env	586	610	YLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPW
338	Env	586	610	YLRDQQLLGLWGCSGKLICPTAVPW
58	Env	589	606	DQQLLGIWGCSGKLICTT
59	Env	589	606	DQQLLGLWGCSGKLICPT
60	Env	594	602	GIWGCSGKL
61	Env	594	602	GLWGCSGKL
62	Env	678	688	WLWYIKIFIMI
63	Env	678	688	WLWYIRIFIMI
64	Env	684	697	IFIMIVGGLIGLRI
65	Env	684	697	LFIMIVGGLVGLRI
66	Env	705	719	VNRVRQGYSPLSFQT
67	Env	705	719	VNRVRKGYSPLSFQI
68	Gag	1	11	MGARASVLSGG
69	Gag	1	11	MGARASILSGG
70	Gag	1	53	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLET
71	Gag	1	53	MGARASILSGGKLDKWEKIRLRPGGRKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLET
72	Gag	13	25	LDRWEKIRLRPGG
73	Gag	13	25	LDKWEKIRLRPMG
74	Gag	19	27	IRLRPGGKK
75	Gag	19	27	IRLRPGGRK
76	Gag	31	53	LKHIVWASRELERFAVNPGLLET
77	Gag	31	53	LKHLVWASRELERFALNPGLLET
78	Gag	37	51	ASRELERFAVNPGLL
79	Gag	37	51	ASRELERFALNPGLL
80	Gag	70	78	TGSEELKSL
81	Gag	70	78	TGSEELRSL
82	Gag	96	104	DTKEALDKI
83	Gag	96	104	DTKEALEKI
84	Gag	99	107	EALDKIEEE
85	Gag	99	107	EALEKIEEE
86	Gag	128	137	VSQNYPIVQN
87	Gag	128	137	VSQNFPIVQN
88	Gag	133	363	PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL
89	Gag	133	363	PIVQNIQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVL
90	Gag	142	166	MVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSP
91	Gag	142	166	MVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSP
92	Gag	147	217	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHP
93	Gag	147	217	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHP
94	Gag	147	369	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
95	Gag	147	369	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
96	Gag	150	158	RTLNAWVKV
97	Gag	175	199	LSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQ
98	Gag	175	199	LSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQ
99	Gag	183	191	DLNTMLNTV
100	Gag	183	191	DLNTMLNTI
101	Gag	225	251	PGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMT
102	Gag	225	251	PGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMT
103	Gag	253	285	NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDI
104	Gag	253	285	NPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDI
339	Gag	257	282	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI
340	Gag	257	282	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI
105	Gag	257	290	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPK
106	Gag	257	290	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPK
107	Gag	265	282	WIILGLNKIVRMYSPTSI
108	Gag	265	282	WIIMGLNKIVRMYSPVSI
109	Gag	281	314	SILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVK
110	Gag	281	314	SILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVK
341	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEV
342	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDV
111	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETL
112	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETL
113	Gag	296	313	YVDRFYKTLRAEQASQEV
114	Gag	296	313	YVDRFYRTLRAEQASQDV
115	Gag	311	369	QEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
116	Gag	311	369	QDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
117	Gag	333	357	ILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG
118	Gag	333	357	ILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPS
119	Gag	337	361	LGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKAR
120	Gag	337	361	LGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKAR
121	Gag	341	349	ATLEEMMTA
122	Gag	341	349	ATLEEMMSA
123	Gag	345	353	EMMTACQGV
124	Gag	345	353	EMMSACQGV
125	Gag	391	400	KCFNCGKEGH
126	Gag	391	400	KCFNCGREGH
127	Gag	402	410	ARNCRAPRK
128	Gag	402	410	AKNCRAPRK
129	Gag	402	440	ARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPS
130	Gag	402	440	AKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKVWPS
131	Gag	404	417	NCRAPRKKGCWKCG
132	Gag	404	417	NCRAPRKRGCWKCG
133	Gag	412	430	GCWKCGKEGHQMKDCTERQ
134	Gag	412	430	GCWKCGREGHQMKDCNERQ
135	Gag	424	440	KDCTERQANFLGKIWPS
136	Gag	424	440	KDCNERQANFLGKVWPS
137	Gag	429	444	RQANFLGKIWPSHKGR
138	Gag	429	444	RQANFLGKVWPSHNGR
139	Gag	442	453	KGRPGNFLQSRP
140	Gag	442	453	NGRPGNFLQNRP
141	Gag	488	497	SLRSLFGNDP
142	Gag	488	497	SLKSLFGNDP
143	Gag	491	499	SLFGNDPSS
144	Gag	491	499	SLFGNDPLS
145	Gag			LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQN
146	Gag			LKHLVWASRELERFALNPGLLETVSQNFPIVQN
147	Nef	29	37	GVGAVSRDL
148	Nef	29	37	GVGAASRDL
149	Nef	64	82	EEVGFPVRPQVPLRPMTYK
150	Nef	64	82	EEVGFPVKPQVPLRPMTFK
151	Nef	64	99	EEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
152	Nef	64	99	EEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
153	Nef	81	102	YKAAVDLSHFLREKGGLEGAAY
154	Nef	81	102	YKGALDLSHFLKEKGGLEGAAY
155	Nef	88	97	SHFLKEKGGL
156	Nef	88	97	SHFLREKGGL
157	Nef	91	99	LKEKGGLEG
158	Nef	91	99	LREKGGLEG
159	Nef	117	132	TQGYFPDWQNYTPGPG
160	Nef	117	132	TQGFFPDWQNYTPEPG
161	Nef	117	148	TQGFFPDWQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
162	Nef	117	148	TQGYFPDWQNYTPGPGTRYPLTFGWCFKLVPV
163	Nef	130	148	EPGIRFPLTFGWCFKLVPL
164	Nef	130	148	GPGTRYPLTFGWCFKLVPV
165	Nef	130	154	GPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVE
166	Nef	134	142	RYPLTFGWC
167	Nef	134	142	RFPLTFGWC
168	Nef	134	148	RYPLTFGWCFKLVPV
169	Nef	134	148	RFPLTFGWCFKLVPL
170	Nef	136	148	PLTFGWCFKLVPV
171	Nef	136	148	PLCFGWCFKLVPL
172	Nef	137	145	LTFGWCFKL
173	Nef	137	145	LCFGWCFKL
174	Pol	56	67	FPQITLWQRPLV
175	Pol	56	67	LPQITLWQRPIV
176	Pol	56	117	FPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
177	Pol	56	117	LPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
178	Pol	72	91	GGQLKEALLDTGADDTVLEE
179	Pol	72	91	GGQIKEALLDTGADDTVLED
180	Pol	94	117	LPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
181	Pol	94	117	LPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
182	Pol	129	260	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKS
183	Pol	129	260	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKS
184	Pol	129	277	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
185	Pol	129	277	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTILDVGDAYFSIPLDK
186	Pol	129	289	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPS
187	Pol	129	289	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPS
188	Pol	129	320	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
189	Pol	129	320	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMT
190	Pol	144	168	NLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLK
191	Pol	144	168	NLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLK
192	Pol	152	160	TLNFPISPI
193	Pol	254	277	GLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
194	Pol	254	277	GLKKNKSVTVLDVGDAYFSIPLDK
195	Pol	278	289	DFRKYTAFTIPS
196	Pol	278	289	EFRKYTAFTVPS
197	Pol	291	315	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF
198	Pol	291	315	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIF
199	Pol	291	320	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
200	Pol	291	320	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMT
201	Pol	299	307	YQYNVLPQG
202	Pol	299	307	YQYNVLPMG
203	Pol	315	323	FQSSMTKIL
204	Pol	315	323	FQCSMTKIL
205	Pol	318	327	SMTKILEPFR
206	Pol	318	327	SMTKILDPFR
207	Pol	322	330	ILEPFRKQN
208	Pol	322	330	ILDPFRKQN
209	Pol	326	350	FRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEI
343	Pol	326	350	FRKQNPDIVIYQYVDDLYVGSDLEI
210	Pol	328	352	KQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQ
344	Pol	328	352	KQNPDIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQ
211	Pol	330	354	NPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
212	Pol	330	354	NPDIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
213	Pol	333	354	IVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
214	Pol	333	354	IVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
215	Pol	334	342	VIYQYMDDL
216	Pol	334	342	VIYQYVDDL
217	Pol	336	344	YQYMDDLYV
218	Pol	336	344	YQYVDDLYV
219	Pol	338	346	YMDDLYVGS
220	Pol	338	346	YVDDLYVGS
221	Pol	367	399	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI
222	Pol	367	399	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPI
223	Pol	367	431	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKV
224	Pol	367	431	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKV
225	Pol	374	398	KKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQP
226	Pol	374	398	KKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQP
227	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEK
228	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEK
229	Pol	382	390	FLWMGYELH
230	Pol	388	396	ELHPDKWTV
231	Pol	388	396	ELHPDRWTV
232	Pol	399	423	IVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWAS
233	Pol	399	423	IELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWAS
234	Pol	400	424	VLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQ
235	Pol	400	424	ELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQ
236	Pol	401	431	LPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKV
237	Pol	401	431	LPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKV
238	Pol	406	430	SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIK
239	Pol	406	430	SWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIK
240	Pol	407	415	WTVNDIQKL
241	Pol	408	416	TVNDIQKLV
242	Pol	408	416	TVNDIQKLI
243	Pol	414	422	KLVGKLNWA
244	Pol	414	422	KLIGKLNWA
245	Pol	434	442	LCKLLRGTK
246	Pol	434	442	LCKLLRGAK
247	Pol	453	471	EAELELAENREILKEPVHG
248	Pol	453	471	EAEIELAENREILREPVHG
249	Pol	467	478	EPVHGVYYDPSK
250	Pol	467	478	EPVHGAYYDPSK
251	Pol	490	511	GQWTYQIYQEPFKNLKTGKYAR
252	Pol	490	511	GQWSYQIYQEPYKNLKTGKYAK
253	Pol	515	530	AHTNDVKQLTEAVQKI
254	Pol	515	530	AHTNDVRQLTEAVQKV
255	Pol	535	544	IVIWGKTPKF
256	Pol	535	544	IVIWGKIPKF
257	Pol	542	554	PKFKLPIQKETWE
258	Pol	542	554	PKFRLPIQKETWD
259	Pol	542	606	PKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETK
260	Pol	542	606	PKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETK
261	Pol	553	577	WETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPL
262	Pol	553	577	WDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPL
263	Pol	559	589	EYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPI
264	Pol	559	589	DYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPI
265	Pol	561	569	WQATWIPEW
266	Pol	591	606	GAETFYVDGAANRETK
267	Pol	591	606	GVETFYVDGASNRETK
268	Pol	625	637	TDTTNQKTELQAI
269	Pol	625	637	ADTTNQKTELHAI
270	Pol	636	644	AIHLALQDS
271	Pol	636	644	AIYLALQDS
272	Pol	639	671	LALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESE
273	Pol	639	671	LALQDSGSEVNIVTDSQYAIGIIQAQPDRSESE
274	Pol	642	666	QDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPD
275	Pol	642	666	QDSGSEVNIVTDSQYAIGIIQAQPD
276	Pol	650	658	IVTDSQYAL
277	Pol	650	658	IVTDSQYAI
278	Pol	673	681	VSQIIEQLI
279	Pol	673	681	VNQIIEQLI
280	Pol	675	684	QIIEQLIKKE
281	Pol	675	684	QIIEQLINKE
282	Pol	683	708	KEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS
283	Pol	683	708	KEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVS
284	Pol	710	725	GIRKVLFLDGIDKAQE
285	Pol	710	725	GIRRVLFLDGIEKAQD
286	Pol	727	735	HEKYHSNWR
287	Pol	727	735	HEKYHNNWR
288	Pol	737	745	MASDFNLPP
289	Pol	737	745	MASDFNIPP
290	Pol	741	753	FNLPPVVAKEIVA
291	Pol	741	753	FNLPPIVAKEIVA
292	Pol	741	827	FNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
293	Pol	741	827	FNLPPIVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEIIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
294	Pol	747	827	VAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
295	Pol	747	827	VAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
296	Pol	759	783	QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHL
297	Pol	759	783	QLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHL
298	Pol	767	775	GQVDCSPGI
299	Pol	767	775	GQVDCSPGV
300	Pol	768	792	QVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
301	Pol	768	792	QVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAV
302	Pol	776	784	WQLDCTHLE
303	Pol	834	858	SNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPY
304	Pol	834	858	SNFTSTAVKAACWWAGVKQEFGIPY
305	Pol	840	919	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDII
306	Pol	840	919	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDII
307	Pol	840	920	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIA
308	Pol	840	920	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIA
309	Pol	840	1003	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
310	Pol	840	1003	AVKAACWWAGVKQEFGIPYNTQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEHLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIATDIQTRELQKQITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
311	Pol	842	850	KAACWWAGI
312	Pol	842	850	KAACWWAGV
313	Pol	917	925	DIIATDIQT
314	Pol	917	925	DIIASDIQT
315	Pol	922	930	DIQTKELQK
316	Pol	922	930	DIQTRELQK
317	Pol	924	932	QTKELQKQI
318	Pol	924	932	QTRELQKQI
319	Pol	931	1003	AITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
320	Pol	931	1003	AITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
321	Pol	932	1003	ITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
322	Pol	932	1003	ITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
323	Pol	940	964	VYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAV
324	Pol	940	964	VYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAV
325	Pol	947	971	DPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSD
326	Pol	947	971	DPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSE
327	Pol	948	956	PLWKGPAKL
328	Pol	948	956	PLWKGPARL
329	Pol	948	972	PLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDI
330	Pol	948	972	PLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEI
331	Pol	955	963	KLLWKGEGA
332	Pol	955	963	RLLWKGEGA
333	Pol	956	964	LLWKGEGAV
334	Pol	980	1003	AKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
335	Pol	980	1003	VKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
336	Pol	988	996	KQMAGDDCV
337	Pol	988	996	KRMAGDDCV

表C -HIV -1 蛋白質保守區中之多肽區段
SEQ ID NO:	基因	起點	終點	長度	序列
2	Env	34	48	15	LWVTVYYGVPVWKEA
3	Env	34	48	15	LWVTIYYGVPVWKDA
8	Env	48	61	14	ATTTLFCASDAKAY
9	Env	48	61	14	ANTTLFCASDAKGY
13	Env	66	83	18	HNVWATHACVPTDPNPQE
14	Env	66	83	18	HNIWATHACVPTDPSPQE
17	Env	107	129	23	DIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTL
18	Env	107	129	23	DIISLWDESLKPCVKLTPICVTL
23	Env	209	226	18	SFEPIPIHYCAPAGFAIL
24	Env	209	226	18	TFEPIPIHYCTPAGFAIL
25	Env	220	228	9	PAGFAILKC
26	Env	220	228	9	PAGFALLKC
28	Env	241	268	28	NVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEE
29	Env	241	268	28	NISTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEK
31	Env	376	386	11	FNCGGEFFYCN
32	Env	376	386	11	FNCRGEFFYCN
33	Env	430	439	10	VGKAMYAPPI
34	Env	430	439	10	VGRAMYAPPI
35	Env	472	481	10	GGDMRDNWRS
36	Env	472	481	10	GGNMKDNWRS
37	Env	475	489	15	MRDNWRSELYKYKVV
38	Env	475	489	15	MKDNWRSELYRYKVV
39	Env	501	511	11	AKRRVVQREKR
40	Env	501	511	11	ARRRVVQREKR
43	Env	519	534	16	FLGFLGAAGSTMGAAS
44	Env	519	534	16	FLGFLGTAGSTMGAAA
45	Env	533	606	74	ASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTT
46	Env	533	606	74	ASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTT
47	Env	536	556	21	TLTVQARQLLSGIVQQQNNLL
48	Env	536	556	21	TLTVQARLLLSGIVQQQSNLL
49	Env	554	564	11	NLLRAIEAQQH
50	Env	554	564	11	NLLKAIEAQQH
51	Env	558	584	27	AIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVE
52	Env	558	584	27	AIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVE
53	Env	584	592	9	ERYLKDQQL
54	Env	584	592	9	ERYLRDQQL
55	Env	586	594	9	YLKDQQLLG
56	Env	586	594	9	YLRDQQLLG
58	Env	589	606	18	DQQLLGIWGCSGKLICTT
59	Env	589	606	18	DQQLLGLWGCSGKLICPT
62	Env	678	688	11	WLWYIKIFIMI
63	Env	678	688	11	WLWYIRIFIMI
64	Env	684	697	14	IFIMIVGGLIGLRI
65	Env	684	697	14	LFIMIVGGLVGLRI
66	Env	705	719	15	VNRVRQGYSPLSFQT
67	Env	705	719	15	VNRVRKGYSPLSFQI
68	Gag	1	11	11	MGARASVLSGG
69	Gag	1	11	11	MGARASILSGG
72	Gag	13	25	13	LDRWEKIRLRPGG
73	Gag	13	25	13	LDKWEKIRLRPMG
74	Gag	19	27	9	IRLRPGGKK
75	Gag	19	27	9	IRLRPGGRK
76	Gag	31	53	23	LKHIVWASRELERFAVNPGLLET
77	Gag	31	53	23	LKHLVWASRELERFALNPGLLET
80	Gag	70	78	9	TGSEELKSL
81	Gag	70	78	9	TGSEELRSL
82	Gag	96	104	9	DTKEALDKI
83	Gag	96	104	9	DTKEALEKI
84	Gag	99	107	9	EALDKIEEE
85	Gag	99	107	9	EALEKIEEE
86	Gag	128	137	10	VSQNYPIVQN
87	Gag	128	137	10	VSQNFPIVQN
88	Gag	133	363	231	PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL
89	Gag	133	363	231	PIVQNIQGQMVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGTTSNLQEQIGWMTSNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVL
92	Gag	147	217	71	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHP
93	Gag	147	217	71	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHP
101	Gag	225	251	27	PGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMT
102	Gag	225	251	27	PGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMT
103	Gag	253	285	33	NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDI
104	Gag	253	285	33	NPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDI
109	Gag	281	314	34	SILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVK
110	Gag	281	314	34	SILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVK
115	Gag	311	369	59	QEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
116	Gag	311	369	59	QDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
125	Gag	391	400	10	KCFNCGKEGH
126	Gag	391	400	10	KCFNCGREGH
127	Gag	402	410	9	ARNCRAPRK
128	Gag	402	410	9	AKNCRAPRK
129	Gag	402	440	39	ARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPS
130	Gag	402	440	39	AKNCRAPRKRGCWKCGREGHQMKDCNERQANFLGKVWPS
131	Gag	404	417	14	NCRAPRKKGCWKCG
132	Gag	404	417	14	NCRAPRKRGCWKCG
133	Gag	412	430	19	GCWKCGKEGHQMKDCTERQ
134	Gag	412	430	19	GCWKCGREGHQMKDCNERQ
135	Gag	424	440	17	KDCTERQANFLGKIWPS
136	Gag	424	440	17	KDCNERQANFLGKVWPS
139	Gag	442	453	12	KGRPGNFLQSRP
140	Gag	442	453	12	NGRPGNFLQNRP
141	Gag	488	497	10	SLRSLFGNDP
142	Gag	488	497	10	SLKSLFGNDP
143	Gag	491	499	9	SLFGNDPSS
144	Gag	491	499	9	SLFGNDPLS
145	Gag				LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQN
146	Gag				LKHLVWASRELERFALNPGLLETVSQNFPIVQN
147	Nef	29	37	9	GVGAVSRDL
148	Nef	29	37	9	GVGAASRDL
149	Nef	64	82	19	EEVGFPVRPQVPLRPMTYK
150	Nef	64	82	19	EEVGFPVKPQVPLRPMTFK
155	Nef	88	97	10	SHFLKEKGGL
156	Nef	88	97	10	SHFLREKGGL
157	Nef	91	99	9	LKEKGGLEG
158	Nef	91	99	9	LREKGGLEG
159	Nef	117	132	16	TQGYFPDWQNYTPGPG
160	Nef	117	132	16	TQGFFPDWQNYTPEPG
166	Nef	134	142	9	RYPLTFGWC
167	Nef	134	142	9	RFPLTFGWC
168	Nef	134	148	15	RYPLTFGWCFKLVPV
169	Nef	134	148	15	RFPLTFGWCFKLVPL
170	Nef	136	148	13	PLTFGWCFKLVPV
171	Nef	136	148	13	PLCFGWCFKLVPL
174	Pol	56	67	12	FPQITLWQRPLV
175	Pol	56	67	12	LPQITLWQRPIV
178	Pol	72	91	20	GGQLKEALLDTGADDTVLEE
179	Pol	72	91	20	GGQIKEALLDTGADDTVLED
180	Pol	94	117	24	LPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
181	Pol	94	117	24	LPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
182	Pol	129	260	132	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKS
183	Pol	129	260	132	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKS
184	Pol	129	277	149	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
185	Pol	129	277	149	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTILDVGDAYFSIPLDK
193	Pol	254	277	24	GLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
194	Pol	254	277	24	GLKKNKSVTVLDVGDAYFSIPLDK
195	Pol	278	289	12	DFRKYTAFTIPS
196	Pol	278	289	12	EFRKYTAFTVPS
197	Pol	291	315	25	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF
198	Pol	291	315	25	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIF
199	Pol	291	320	30	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
200	Pol	291	320	30	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMT
203	Pol	315	323	9	FQSSMTKIL
204	Pol	315	323	9	FQCSMTKIL
205	Pol	318	327	10	SMTKILEPFR
206	Pol	318	327	10	SMTKILDPFR
207	Pol	322	330	9	ILEPFRKQN
208	Pol	322	330	9	ILDPFRKQN
213	Pol	333	354	22	IVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
214	Pol	333	354	22	IVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
221	Pol	367	399	33	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI
222	Pol	367	399	33	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPI
236	Pol	401	431	31	LPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKV
237	Pol	401	431	31	LPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKV
245	Pol	434	442	9	LCKLLRGTK
246	Pol	434	442	9	LCKLLRGAK
247	Pol	453	471	19	EAELELAENREILKEPVHG
248	Pol	453	471	19	EAEIELAENREILREPVHG
249	Pol	467	478	12	EPVHGVYYDPSK
250	Pol	467	478	12	EPVHGAYYDPSK
251	Pol	490	511	22	GQWTYQIYQEPFKNLKTGKYAR
252	Pol	490	511	22	GQWSYQIYQEPYKNLKTGKYAK
253	Pol	515	530	16	AHTNDVKQLTEAVQKI
254	Pol	515	530	16	AHTNDVRQLTEAVQKV
255	Pol	535	544	10	IVIWGKTPKF
256	Pol	535	544	10	IVIWGKIPKF
257	Pol	542	554	13	PKFKLPIQKETWE
258	Pol	542	554	13	PKFRLPIQKETWD
263	Pol	559	589	31	EYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPI
264	Pol	559	589	31	DYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPI
266	Pol	591	606	16	GAETFYVDGAANRETK
267	Pol	591	606	16	GVETFYVDGASNRETK
268	Pol	625	637	13	TDTTNQKTELQAI
269	Pol	625	637	13	ADTTNQKTELHAI
270	Pol	636	644	9	AIHLALQDS
271	Pol	636	644	9	AIYLALQDS
272	Pol	639	671	33	LALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESE
273	Pol	639	671	33	LALQDSGSEVNIVTDSQYAIGIIQAQPDRSESE
278	Pol	673	681	9	VSQIIEQLI
279	Pol	673	681	9	VNQIIEQLI
280	Pol	675	684	10	QIIEQLIKKE
281	Pol	675	684	10	QIIEQLINKE
282	Pol	683	708	26	KEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS
283	Pol	683	708	26	KEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVS
284	Pol	710	725	16	GIRKVLFLDGIDKAQE
285	Pol	710	725	16	GIRRVLFLDGIEKAQD
286	Pol	727	735	9	HEKYHSNWR
287	Pol	727	735	9	HEKYHNNWR
288	Pol	737	745	9	MASDFNLPP
289	Pol	737	745	9	MASDFNIPP
290	Pol	741	753	13	FNLPPVVAKEIVA
291	Pol	741	753	13	FNLPPIVAKEIVA
292	Pol	741	827	87	FNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
293	Pol	741	827	87	FNLPPIVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEIIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
294	Pol	747	827	81	VAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
295	Pol	747	827	81	VAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
305	Pol	840	919	80	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDII
306	Pol	840	919	80	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDII
307	Pol	840	920	81	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIA
308	Pol	840	920	81	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIA
309	Pol	840	1003	164	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
310	Pol	840	1003	164	AVKAACWWAGVKQEFGIPYNTQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEHLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIATDIQTRELQKQITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
313	Pol	917	925	9	DIIATDIQT
314	Pol	917	925	9	DIIASDIQT
315	Pol	922	930	9	DIQTKELQK
316	Pol	922	930	9	DIQTRELQK
317	Pol	924	932	9	QTKELQKQI
318	Pol	924	932	9	QTRELQKQI
321	Pol	932	1003	72	ITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
322	Pol	932	1003	72	ITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED

關於個別多肽或肽區段之長度範圍，在各種實施例中，每個多肽區段係至少8個胺基酸長度，且至多約250個胺基酸長度，例如至少8個胺基酸長度至9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240或250個胺基酸長度。在各種實施例中，每個多肽區段係至少8個胺基酸長度，且至多約35個胺基酸長度，例如至少8個胺基酸長度至9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34或35個胺基酸長度。在各種實施例中，每個多肽區段係至少15個胺基酸長度，且至多約30個胺基酸長度，例如至少15個胺基酸長度至16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個胺基酸長度。

關於全長融合多肽之長度，在各種實施例中，融合多肽之全長包含至少約350個胺基酸且至多約1000個胺基酸，例如至少約350個胺基酸且至多約360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000個胺基酸。關於全長融合多肽之長度，在各種實施例中，融合多肽之全長包含至少約350個胺基酸且至多約800個胺基酸，例如至少約350個胺基酸且至多約360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790或800個胺基酸。在一些實施例中，融合多肽之全長不超過800個胺基酸，例如不超過795、790、785、780、775、770、765、760、755、750、745、740、735、730、725、720、715、710、705或700個胺基酸。

一般而言，融合多肽具有免疫原性，因為其能夠在人體中引發例如針對HIV-1之免疫反應。在一些實施例中，該等融合多肽，視情況與例如本文所描述之一或多種額外治療劑之組合能夠在人體中引發針對HIV-1之預防或治療有效之免疫反應，例如能夠預防未感染個體之HIV-1感染，或在治療情況下，能夠在感染個體中引發足以誘導免疫介導之HIV-1控制或根除HIV-1之免疫反應。如本文所描述，融合多肽之免疫原性可在活體外及活體內分析中評價及展示。舉例而言，融合多肽之免疫原性可藉由活體外分析法，包括CD4+及/或CD8+ T細胞活化(例如包括細胞介素表現及目標殺滅分析法)或增殖分析法展示。T細胞可藉由暴露於經編碼融合多肽之聚核苷酸轉染的抗原呈現細胞(APC)(諸如樹突狀細胞，例如單核球源性樹突狀細胞)而活化。此類分析法係此項技術中已知的且在本文中有描述。融合多肽之免疫原性亦可在活體內動物模型中展示，例如藉由向小鼠，例如針對一或多個人類HLA分子轉殖基因之小鼠(購自Jackson Laboratories或Taconic)或非人類靈長類動物投與融合多肽，並評價CD4+及/或CD8+ T細胞活化(例如包括血清細胞介素含量)或增殖情況來展示。在各種實施例中，各多肽區段中之一個、兩個、三個或更多個包含一或多個預測T細胞抗原決定基，例如以計算方式或以實驗方式確定的一或多個預測T細胞抗原決定基，或由其組成。在一些實施例中，融合多肽包含一或多個結合至例如單一個體內或多名個體中的一或多個人類I類及/或II類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)或由其呈現的多肽區段。在一些實施例中，融合多肽包含一或多個結合到至少人類A*0201 I類HLA分子或由其呈現之多肽區段。在一些實施例中，融合多肽包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個8聚體、9聚體及/或10聚體多肽區段，該等多肽區段結合至例如單一個體內之一或多個人類I類及/或II類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因，或由其呈現。在一些實施例中，融合多肽包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個多肽區段，各自為15-30個胺基酸長度，該等多肽區段經細胞內加工並在例如單一個體內由一或多個人類I類及/或II類HLA對偶基因(例如1、2、3、4、5或6個對偶基因)呈現。串接多肽區段

適當時，該等多肽區段中之一或多個可與相鄰區段直接對接或融合，或可經一或多個肽連接子接合、連結或連接至相鄰區段。在各種實施例中，該一或多個肽連接子例如在連接子內或在一融合多肽內選自以下中之一或多個：聚丙胺酸連接子、聚甘胺酸連接子、可裂解連接子、可撓性連接子、剛性連接子、Nef連接序列以及其組合。可用於本發明融合多肽中連結一或多個多肽區段之例示性融合蛋白連接子描述於例如Chen等人,Adv Drug Deliv Rev . (2013) 65(10): 1357-1369中。在一些實施例中，聚丙胺酸連接子包含2個或3個連續丙胺酸殘基、或由其組成，例如AA、AAA(SEQ ID NO:378)、AAY(SEQ ID NO:379)或AAX，其中X係任何胺基酸(例如A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、Y) (SEQ ID NO: 380)。在一些實施例中，使用聚甘胺酸連接子，例如GGS(SEQ ID NO:419)、GSG(SEQ ID NO:420)或GGGS(SEQ ID NO:421)。

在一些實施例中，可裂解連接子選自2A可裂解肽。可用於本發明融合多肽中連結一或多個多肽區段之例示性2A可裂解肽描述於例如Donnelly等人,J. Gen. Virol (2001), 82, 1027-1041及Chng等人, mAbs (2015) 7:2, 403-412中。可用於連接一或多個多肽區段之例示性可裂解肽包括(但不限於)2A裂解序列(例如口蹄疫病毒(F2A)、馬鼻炎A病毒(E2A)、豬捷申病毒-1(P2A)及明脈扁刺蛾病毒(T2A))及弗林蛋白酶識別/裂解序列(例如REKR(SEQ ID NO:382)、RRKR(SEQ ID NO:383)、RAKR(SEQ ID NO:381))。在某些實施例中，弗林蛋白酶識別/裂解序列(例如REKR(SEQ ID NO:382)、RRKR(SEQ ID NO:383)、RAKR(SEQ ID NO:381))與2A可裂解肽(例如口蹄疫病毒(F2A)、馬鼻炎A病毒(E2A)、豬捷申病毒-1(P2A)及明脈扁刺蛾病毒(T2A))在單一連接子中組合或融合。參見例如Chng等人, mAbs (2015) 7:2, 403-412。在各種實施例中，該2A可裂解連接子包含與ATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO: 384)、APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 385)、RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 386)、QCTNYALLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 387)、或EGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 388)至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或至少99%一致之胺基酸序列或由其組成，或包含胺基酸序列ATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO: 384)、APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 385)、RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 386)、QCTNYALLKLAGDVESNPGP (SEQ ID NO: 387)、或EGRGSLLTCGDVEENPGP (SEQ ID NO: 388)，或由其組成。適當時，在某些實施例中，弗林蛋白酶識別/裂解序列可定位於2A連接子之N末端或C末端。在一些實施例中，該可裂解連接子包含選自由以下組成之群的弗林蛋白酶識別/裂解位點或由其組成：RAKR (SEQ ID NO: 381)、REKR (SEQ ID NO: 382)及RRKR (SEQ ID NO: 383)。REKR(SEQ ID NO:382)係HIV及SIV包膜糖蛋白前驅體中的天然存在之可裂解連接子(Bahbouhi等人,Biochem. J . (2002) 366, 863-872)。在一些實施例中，融合多肽包含一或多個Nef連接序列，該Nef連接序列包含與VHAGPIA (SEQ ID NO: 389)、VHAGPVA (SEQ ID NO: 390)、或GALDI (SEQ ID NO:391)至少95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列或由其組成，或包含選自VHAGPIA (SEQ ID NO: 389)、VHAGPVA (SEQ ID NO: 390)及GALDI (SEQ ID NO: 391)之胺基酸序列或由其組成。可用於連接或連結融合多肽中之一或多個多肽區段的例示性連接子提供於表D中。

表D - 用於連結多肽區段之例示性連接子
SEQ ID NO:	名稱	序列
	聚丙胺酸(2)	AA
378	聚丙胺酸(3)	AAA
379	聚丙胺酸-Tyr	AAY
380	聚丙胺酸-XXX	AAX (X=任何胺基酸)
381	弗林蛋白酶識別位點	RAKR
382	弗林蛋白酶識別位點	REKR
383	弗林蛋白酶識別位點	RRKR
384	P2A	ATNFSLLKQAGDVEENPGP
385	F2A	APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP
386	F2A+弗林蛋白酶識別位點	RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP
387	E2A	QCTNYALLKLAGDVESNPGP
388	T2A	EGRGSLLTCGDVEENPGP
389	Nef天然序列連接子	VHAGPIA
390	Nef天然序列連接子	VHAGPVA
391	Nef天然序列連接子	GALDI
392	Nef天然序列連接子	GALDL
419	聚甘胺酸	GGS
420	聚甘胺酸	GSG
421	Gly3Ser	GGGS

由 HIV - 1 Gag 基因編碼之多肽區段

在各種實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Gag基因編碼之一或多種病毒蛋白的一或多個片段，或其片段或子序列。在一些實施例中，該由HIV-1 Gag基因編碼之一或多種病毒蛋白選自p17(N末端基質)、p24(衣殼)、p7(核衣殼)及p6(C末端)。在一些實施例中，該由HIV-1 Gag基因編碼之一或多種病毒蛋白不包含任何p6組分。在一些實施例中，該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 68-146及339-342；SEQ ID NO: 68、69、72、73、74、75、76、77、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、92、93、101、102、103、104、109、110、115、116、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、139、140、141、142、143、144、145及146；SEQ ID NO: 76、77、86、87及92-124；SEQ ID NO: 76、77、86、87、94及95；SEQ ID NO: 76、86及94；SEQ ID NO: 77、87及95；SEQ ID NO: 68-79及92-124；SEQ ID NO: 70-71、76-77及94-95；SEQ ID NO: 78、79、96、99、100、107、108、113、114、121、122、123、124、137及138；SEQ ID NO: 78、99、107、113、121、123及137；SEQ ID NO: 78、79、90、91、97、98、99、100、105、106、107、108、111、112、113、114、117、118、119、120、121、122、123、124、137及138；SEQ ID NO: 78、90、97、105、111、117、119及137；以及SEQ ID NO: 78及137。

在一些實施例中，融合多肽包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Gag胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個或更多個區段：31-53、37-51、142-166、175-199、183-191、257-282、257-290、265-282、288-313、288-321、296-313、333-357、337-361、341-349、345-353及429-444，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:404。在某些實施例中，融合多肽不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Gag胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：1-30、54-127、138-146、370-428及445-500，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:404。在一些實施例中，該複數個多肽區段不包含，或本文所描述之融合蛋白不包含1、2、3、4、5個或更多個多肽區段，該等多肽區段包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:444-448中任一個之HIV-1 Gag胺基酸序列，或與SEQ ID NO:444-448中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列(表K)。由HIV-1 Gag基因編碼且併入本文所描述之融合多肽中之例示性多肽區段(例如經確定來自保守區，預測結合至人類HLA A*0201及/或已知具有免疫原性)係以與圖18中之HIV-1 HXB2 Gag參考多肽比對進行描繪。如本文所使用，當任何給定聚合物組分(例如胺基酸、核苷酸，一般亦稱為「殘基」)之位置係參照所選胺基酸或核酸聚合物中相同或等效位置(例如基於最佳比對或共同序列)而非給定聚合物中組分之實際數字位置指定時，給定胺基酸聚合物或核酸聚合物之編號與所選或參考胺基酸聚合物或核酸聚合物之編號「對應」或「相關」。由 HIV - 1 Nef 基因編碼之多肽區段

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Nef基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段。在一些實施例中，該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少一個多肽區段，例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個或更多個區段：SEQ ID NO: 147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171及172；SEQ ID NO: 147、148、149、150、155、156、157、158、159、160、166、167、168、169、170及171；SEQ ID NO: 149-152；SEQ ID NO: 151-152；SEQ ID NO: 149、150、151、152、159、160、161、162、163、164、166、167、168、169、170、171、172、173及174；SEQ ID NO: 151、152、161及162；SEQ ID NO: 151及152；SEQ ID NO: 153、154、172及173；SEQ ID NO: 153及172；SEQ ID NO: 153、154、155、156、157、158、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172及173；SEQ ID NO: 153及165；以及SEQ ID NO: 153。

在一些實施例中，融合多肽包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Nef胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15個或更多個區段：64-102、81-102、88-97、91-99、130-148、130-154、134-142、134-148、136-148、137-145、137-145及117-154，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:405。在某些實施例中，融合多肽不包括含對應於選自1-63、103-116及155-206之胺基酸殘基位置之HIV-1 Nef胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3個或更多個多肽區段，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:405。在一些實施例中，該複數個多肽區段、或本文所描述之融合蛋白不包括含以下或由以下組成之1、2、3個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:449-451中任一個之HIV-1 Nef胺基酸序列、或與SEQ ID NO:449-451中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列(表K)。由HIV-1 Nef基因編碼且併入本文所描述之融合多肽中之例示性多肽區段(例如經確定來自保守區，預測結合至人類HLA A*0201及/或已知具有免疫原性)係以與圖19中之HIV-1 HXB2 Nef參考多肽比對進行描繪。具有由 HIV - 1 Gag 及 Nef 基因編碼之多肽區段的融合多肽

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Gag及Nef基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段，或由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Pol、Tat、Rev、Vif、Vpr或Vpu基因編碼之一或多個多肽區段。在一些實施例中，融合多肽包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 68-79及92-124、149、150、151、152、159、160、161、162、163、164、166、167、168、169、170、171、172、173及174；SEQ ID NO: 70、71、76、77、94、95、151、152、161及162；SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；以及SEQ ID NO: 71、77、95、152及162。具有由HIV-1 Gag及Nef基因編碼之多肽區段之融合多肽中所包括的多肽區段列於表E中。

表E -GagNef 融合多肽中之多肽區段 ( 例如SEQ ID NO :353 -356 )
SEQ ID NO:	基因	起點	終點	序列
68	Gag	1	11	MGARASVLSGG
69	Gag	1	11	MGARASILSGG
70	Gag	1	53	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLET
71	Gag	1	53	MGARASILSGGKLDKWEKIRLRPGGRKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLET
72	Gag	13	25	LDRWEKIRLRPGG
73	Gag	13	25	LDKWEKIRLRPMG
74	Gag	19	27	IRLRPGGKK
75	Gag	19	27	IRLRPGGRK
76	Gag	31	53	LKHIVWASRELERFAVNPGLLET
77	Gag	31	53	LKHLVWASRELERFALNPGLLET
78	Gag	37	51	ASRELERFAVNPGLL
79	Gag	37	51	ASRELERFALNPGLL
92	Gag	147	217	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHP
93	Gag	147	217	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHP
94	Gag	147	369	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
95	Gag	147	369	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
96	Gag	150	158	RTLNAWVKV
97	Gag	175	199	LSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQ
98	Gag	175	199	LSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQ
99	Gag	183	191	DLNTMLNTV
100	Gag	183	191	DLNTMLNTI
101	Gag	225	251	PGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMT
102	Gag	225	251	PGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMT
103	Gag	253	285	NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDI
104	Gag	253	285	NPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDI
339	Gag	257	282	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI
340	Gag	257	282	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI
105	Gag	257	290	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPK
106	Gag	257	290	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPK
107	Gag	265	282	WIILGLNKIVRMYSPTSI
108	Gag	265	282	WIIMGLNKIVRMYSPVSI
109	Gag	281	314	SILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVK
110	Gag	281	314	SILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVK
341	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEV
342	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDV
111	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETL
112	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETL
113	Gag	296	313	YVDRFYKTLRAEQASQEV
114	Gag	296	313	YVDRFYRTLRAEQASQDV
115	Gag	311	369	QEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
116	Gag	311	369	QDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
117	Gag	333	357	ILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG
118	Gag	333	357	ILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPS
119	Gag	337	361	LGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKAR
120	Gag	337	361	LGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKAR
121	Gag	341	349	ATLEEMMTA
122	Gag	341	349	ATLEEMMSA
123	Gag	345	353	EMMTACQGV
124	Gag	345	353	EMMSACQGV
149	Nef	64	82	EEVGFPVRPQVPLRPMTYK
150	Nef	64	82	EEVGFPVKPQVPLRPMTFK
151	Nef	64	99	EEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
152	Nef	64	99	EEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
159	Nef	117	132	TQGYFPDWQNYTPGPG
160	Nef	117	132	TQGFFPDWQNYTPEPG
161	Nef	117	148	TQGFFPDWQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
162	Nef	117	148	TQGYFPDWQNYTPGPGTRYPLTFGWCFKLVPV
163	Nef	130	148	EPGIRFPLTFGWCFKLVPL
164	Nef	130	148	GPGTRYPLTFGWCFKLVPV
166	Nef	134	142	RYPLTFGWC
167	Nef	134	142	RFPLTFGWC
168	Nef	134	148	RYPLTFGWCFKLVPV
169	Nef	134	148	RFPLTFGWCFKLVPL
170	Nef	136	148	PLTFGWCFKLVPV
171	Nef	136	148	PLCFGWCFKLVPL
172	Nef	137	145	LTFGWCFKL
173	Nef	137	145	LCFGWCFKL

在一些實施例中，融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或SEQ ID NO: 71、77、95、152及162。

在一些實施例中，融合多肽包含以下或由其組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

可對本文所描述之融合多肽及編碼此類融合多肽之聚核苷酸的結構進行修飾，且仍獲得具有所希望(例如免疫原性)特徵的編碼變異體或衍生物多肽之功能分子。當希望改變多肽之胺基酸序列以產生本文所描述之融合多肽的等效、或甚至改良之變異體或部分時，熟習此項技術者通常將變化編碼DNA序列之一或多個密碼子。

舉例而言，在蛋白質結構中，某些胺基酸可用其他胺基酸取代而不會顯著損失其結合其他多肽(例如抗原)或細胞之能力。由於蛋白質之結合能力及性質限定蛋白質之生物功能活性，故可在蛋白質序列且當然在其基礎DNA編碼序列中進行某些胺基酸序列取代，但仍獲得具有類似特性之蛋白質。因此，經考慮，可在所揭示融合多肽之多肽序列或編碼該等融合多肽之相應DNA序列中進行各種變化，而不會顯著損失其生物學效用或活性。

在許多情況下，多肽變異體將含有一或多個保守取代。「保守取代」係一個胺基酸經具有類似特性之另一個胺基酸取代，由此使熟習肽化學技術者將預期多肽之二級結構及親水性質實質上不變的一種取代。

當比較聚核苷酸及多肽序列時，若如下所述在對準兩個序列達到最大對應性時，該兩個序列中之核苷酸或胺基酸序列相同，則認為該兩個序列「一致」。兩個序列之間的比較通常係藉由在比較窗內比較該等序列以鑑別並比較局部區域之序列相似性來執行。如本文所使用，「比較窗」係指具有至少約20個、通常30至約75個、或40至約50個連續位置之區段，其中在最佳地對準兩個序列之後，一個序列可與連續位置數量相同之參考序列相比較。

用於比較之最佳序列比對可使用生物資訊軟體之Lasergene套件中之Megalign程式(DNASTAR, Inc., Madison, WI)，使用預設參數進行。此程式體現以下參考文獻中所述之若干比對方案：Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. In Dayhoff, M.O. (編) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC第5卷, 增刊3, 第345-358頁；Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes第626-645頁, Methods in Enzymology第183卷, Academic Press, Inc., San Diego, CA；Higgins, D.G.及Sharp, P.M. (1989) CABIOS 5: 151-153；Myers, E.W.及Muller W. (1988) CABIOS 4:11-17；Robinson, E.D. (1971) Comb. Theor 77: 105; Santou, N. Nes, M. (1987) Mol. Biol. Evol. 4:406-425；Sneath, P.H.A.及Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxonomy - the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA；Wilbur, W.J. and Lipman, D.J. (1983) Proc. Natl. Acad., Sci. USA 80:726-730。

或者，用於比較之最佳序列比對可藉由如下方法進行：Smith及Waterman (1981) Add. APL. Math 2:482之局部一致性演算法；Needleman及Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443之一致性比對演算法；Pearson及Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444之類似性方法搜索；此等演算法之電腦化實施(Wisconsin Genetics套裝軟體中之GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA及TFASTA；Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, WI)；或檢查。

適合於確定序列一致性及序列相似性百分比之演算法的一個實例係BLAST及BLAST 2.0演算法，其分別描述於Altschul等人(1977) Nucl. Acids Res. 25:3389-3402；及Altschul等人(1990) J. Mol. Biol. 215:403-410中。可使用BLAST及BLAST 2.0，例如用本文所述之參數，確定本文所述之聚核苷酸及多肽的序列一致性百分比。執行BLAST分析之軟體可經由國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information)公開獲得(blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)。

在一個示例性實例中，對於核苷酸序列，可使用參數M (對於匹配殘基對之獎勵分值；總是＞0)及N (對於錯配殘基之罰分；總是＜0)計算累積分值。當出現以下情況時，字命中者沿各方向之延伸停止：累積比對分值自其達成之最大值降低數量X；累積分值由於一或多個負分殘基比對之累加而變成零或以下；或達到任一序列之末端。BLAST演算法參數W、T及X確定比對之靈敏度及速度。BLASTN程式(對於核苷酸序列)使用字長(W) 11及期望值(E) 10作為預設值，且BLOSUM62計分矩陣(參見Henikoff及Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915)比對使用如下參數作為預設值：(B) 50，期望值(E) 10，M=5，N=-4及兩股比較。

對於胺基酸序列，可使用計分矩陣計算累積分值。當出現以下情況時，字命中者沿各方向之延伸停止：累積比對分值自其達成之最大值降低數量X；累積分值由於一或多個負分殘基比對之累加而變成零或以下；或達到任一序列之末端。BLAST演算法參數W、T及X確定比對之靈敏度及速度。

在一種方法中，「序列一致性百分比」係藉由在至少20個位置之比較窗內比較兩個最佳對準之序列確定，其中聚核苷酸或多肽序列在比較窗中之部分相較於用於兩個序列之最佳比對的參考序列(其不包含添加或缺失)可包含20%或更低，通常5%至15%，或10%至12%之添加或缺失(亦即，空位)。該百分比藉由如下方法計算：確定兩個序列中一致核酸鹼基或胺基酸殘基存在之位置數以得到匹配位置數，將匹配位置數除以參考序列中之位置總數(亦即，窗大小)並將結果乘以100，得到序列一致性之百分比。

如本文所使用，術語「多肽變異體」係這樣一種多肽，該多肽與本文具體揭示之多肽的不同之處通常為一或多個取代、缺失、添加及/或插入。該等變異體可為天然存在的或可以合成方式產生，例如藉由修飾本文所描述之一或多個以上多肽序列並評估如本文所述之多肽的一或多種生物活性及/或使用此項技術中熟知之多種技術中之任一種產生。術語「變異體」亦可指包含一或多個核苷酸或胺基酸突變之任何天然存在或經工程改造之分子。由 HIV - 1 Env 基因編碼之多肽區段

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Env基因編碼之一或多種病毒蛋白的一或多個片段。在某些實施例中，該由HIV-1 Env基因編碼之一或多種病毒蛋白選自gp120及gp41。

在各種實施例中融合多肽包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 1-67及338；SEQ ID NO: 2、3、8、9、13、14、17、18、23、24、25、26、28、29、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、58、59、62、63、64、65、66及67；SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61及338；SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41及42；SEQ ID NO: 28、29、30及41-56；SEQ ID NO: 28、29、41及42；SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、37及38；SEQ ID NO: 4、5、11、12、37及38；SEQ ID NO: 6、7、15、16、21、22、30、60及61；SEQ ID NO: 6、15、21、30及60；SEQ ID NO: 1、2、3、4、5、6、7、10、11、12、13、14、15、16、19、20、27、55、56、57、58、59、60、61及338；SEQ ID NO: 1、10、19、27、55、56及57；以及SEQ ID NO: 6、15及60。

在各種實施例中，融合多肽包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Env胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14個或更多個區段：28-52、34-48、34-47、36-44、59-83、64-83、66-83、67-75、113-137、235-259、586-594、586-610、589-606及594-602，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:403。在某些實施例中，融合多肽不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Env胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5、6個或更多個多肽區段：1-27、53-58、84-112、138-234、269-474、490-501、611-856，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:403。在一些實施例中，該複數個多肽區段或本文所描述之融合蛋白不包括含以下或由以下組成之1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:437-443中任一個之HIV-1 Env胺基酸序列、或與SEQ ID NO:437-443中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列(表K)。由HIV-1 Env基因編碼且併入本文所描述之融合多肽中之例示性多肽區段(例如經確定來自保守區，預測結合至人類HLA A*0201及/或已知具有免疫原性)係以與圖17中之HIV-1 HXB2 Env參考多肽比對進行描繪。由 HIV - 1 Pol 基因編碼之多肽區段

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Pol基因編碼之一或多種病毒蛋白的一或多個片段。在各種實施例中，該由HIV-1 Pol基因編碼之一或多種病毒蛋白選自蛋白酶(PR)、逆轉錄酶(RT)及整合酶(INT)中之一或多種。

在一些實施例中，該複數個多肽區段包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 174-337及343-344；SEQ ID NO: 174、175、178、179、180、181、182、183、184、185、193、194、195、196、197、198、199、200、203、204、205、206、207、208、213、214、221、222、236、237、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、263、264、266、267、268、269、270、271、272、273、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、305、306、307、308、309、310、313、314、315、316、317、318、321及322；SEQ ID NO: 180、181、182、183、184、185、186、187、190、191、192、193、194、195、196、221、222、294、295、296、297、298、299、300、301、305、306、307、308、311、312、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337；SEQ ID NO: 180、181、186、187、221、222、294、295、307、308、321及322；SEQ ID NO: 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、294、295、296、297、298、299、300、301、302、305、306、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337；SEQ ID NO: 176、177、188、189、213、214、223、224、259、260、282、283、294、295、305、306、319及320；SEQ ID NO: 180、181、186、187、221、222、294、295、321及322；SEQ ID NO: 182-202、292-302、305、306；SEQ ID NO: 188、189、294、295、305、306；SEQ ID NO: 176、177、178、179、180、181、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337；SEQ ID NO: 176、177、213、214、223、224、259、260、282、283、319及320；SEQ ID NO: 192、201、202、215、216、217、218、219、220、229、230、231、240、241、242、243、244、265、276、277、298、299、302、311、312、327、328、331、332、333、336及337；SEQ ID NO: 192、201、215、217、219、229、230、240、241、243、265、276、298、302、311、327、331、333及336；SEQ ID NO: 190、191、192、197、198、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、238、239、261、262、274、275、276、277、296、297、298、299、300、301、302、303、304、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、343、344、375及376；SEQ ID NO: 190、197、209、210、211、225、227、234、238、261、296、300、303、323、325、329、334；以及SEQ ID NO: 192、215、217、219、229、230、276、298、302、327、331、333及336。

在一些實施例中，融合多肽包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Pol胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個或更多個區段：144-168、152-160、291-315、326-350、328-352、330-354、333-354、334-342、336-344、338-346、374-398、380-404、382-390、388-396、399-423、400-424、406-430、553-577、642-666、650-658、759-783、767-775、768-792、776-784、834-858、940-964、947-971、948-956、948-972、955-963、956-964、980-1003及988-996，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:406。在某些實施例中，融合多肽不包括含對應於選自以下之胺基酸殘基位置之HIV-1 Pol胺基酸序列或其子序列，或由其組成的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個或更多個多肽區段：1-55、118-128、321-325、355-366、432-541、607-641、667-682、709-746、828-833、921-930，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:406。在一些實施例中，該複數個多肽區段、或本文所描述之融合蛋白不包括含以下或由以下組成之1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:452-461中任一個之HIV-1 Pol胺基酸序列、或SEQ ID NO:452-461中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列(表K)。由HIV-1 Pol基因編碼且併入本文所描述之融合多肽中之例示性多肽區段(例如經確定來自保守區，預測結合至人類HLA A*0201及/或已知具有免疫原性)係以與圖20A-C中之HIV-1 HXB2 Pol參考多肽比對進行描繪。

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Pol基因編碼之多肽區段，不包含胺基酸序列或模體YMDD(SEQ ID NO:462)或YVDD(SEQ ID NO:463)。在一些實施例中，融合多肽不包含選自SEQ ID NO:215、216、217、218、219及220之一或多個胺基酸序列。在一些實施例中，融合多肽不包含選自SEQ ID NO: 209、210、211、212、213、214、343及344之一或多個胺基酸序列。具有由 HIV - 1 Env 及 Pol 基因編碼之多肽區段的融合多肽

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Env及Pol基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段，或由其組成，例如不包含由HIV-1 Gag、Nef、Tat、Rev、Vif、Vpr或Vpu基因編碼之一或多個多肽區段。

在一些實施例中，融合多肽包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、294、295、296、297、298、299、300、301、302、305、306、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337及338；SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、28、29、30、37、38、41、42、176、177、188、189、213、214、223、224、259、260、282、283、294、295、305、306、319及320；SEQ ID NO: 28、29、30、41-56、182-202、292-302、305及306；SEQ ID NO: 28、29、41、42、188、189、294、295、305及306；SEQ ID NO: 4、5、6、7、11、12、13、14、15、16、37、38、176、177、178、179、180、181、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、282、283、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336及337；以及SEQ ID NO: 4、5、11、12、37、38、176、177、213、214、223、224、259、260、282、283、319及320。具有由HIV-1 Env及Pol基因編碼之多肽區段之融合多肽中所包括的多肽區段列於表F中。

在一些實施例中，融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段：SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 188、305、28、41及294；SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 189、306、29、42及295；SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188；SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189；SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282；SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283；SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188；SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189；SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

在一些實施例中，融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。具有由 HIV - 1 Gag 、 Nef 及 Pol 基因編碼之多肽區段的融合多肽

在一些實施例中，融合多肽包含由HIV-1 Gag、Nef及Pol基因編碼之病毒蛋白的一或多個片段，或由其組成，例如不包含由HIV-1 Env、Tat、Rev、Vif、Vpr或Vpu基因編碼之一或多個多肽區段。

在一些實施例中，融合多肽包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 76、77、86、87、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、149、150、151、152、180、181、182、183、184、185、186、187、190、191、192、193、194、195、196、221、222、294、295、296、297、298、299、300、301、305、306、307、308、311、312、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、339、340、341及342；以及SEQ ID NO: 76、77、86、87、94、95、151、152、181、182、186、187、221、222、294、195、307、308、321、322。具有由HIV-1 Gag、Nef及Pol基因編碼之多肽區段之融合多肽中所包括的多肽區段列於表G中。

在一些實施例中，融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段：SEQ ID NO: 76、86、94、180、186、221、294、307、321及151；或SEQ ID NO: 77、87、95、181、187、222、295、308、322及152。

在一些實施例中，融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:345-350、表1中之序列、及SEQ ID NO:422-424中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:345-350、表1中之序列及SEQ ID NO:422-424中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

表F -Pol /PolEnv 融合多肽中之多肽區段 ( 例如SEQ ID NO :357 -366 、407 -410 )
SEQ ID NO:	基因	起點	終點	序列
4	Env	34	47	LWVTVYYGVPVWKE
5	Env	34	47	LWVTIYYGVPVWKD
6	Env	36	44	VTVYYGVPV
7	Env	36	44	VTIYYGVPV
11	Env	65	83	AHNVWATHACVPTDPNPQE
12	Env	65	83	VHNIWATHACVPTDPSPQE
13	Env	66	83	HNVWATHACVPTDPNPQE
14	Env	66	83	HNIWATHACVPTDPSPQE
15	Env	67	75	NVWATHACV
16	Env	67	75	NIWATHACV
28	Env	241	268	NVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEE
29	Env	241	268	NISTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEK
30	Env	243	251	STVQCTHGI
37	Env	475	489	MRDNWRSELYKYKVV
38	Env	475	489	MKDNWRSELYRYKVV
41	Env	502	606	KRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTT
42	Env	502	606	RRRVVQREKRAIGLGAVFLGFLGTAGSTMGAASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTT
43	Env	519	534	FLGFLGAAGSTMGAAS
44	Env	519	534	FLGFLGTAGSTMGAAA
45	Env	533	606	ASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTT
46	Env	533	606	ASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTT
47	Env	536	556	TLTVQARQLLSGIVQQQNNLL
48	Env	536	556	TLTVQARLLLSGIVQQQSNLL
49	Env	554	564	NLLRAIEAQQH
50	Env	554	564	NLLKAIEAQQH
51	Env	558	584	AIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVE
52	Env	558	584	AIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVE
53	Env	584	592	ERYLKDQQL
54	Env	584	592	ERYLRDQQL
55	Env	586	594	YLKDQQLLG
56	Env	586	594	YLRDQQLLG
57	Env	586	610	YLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPW
338	Env	586	610	YLRDQQLLGLWGCSGKLICPTAVPW
58	Env	589	606	DQQLLGIWGCSGKLICTT
59	Env	589	606	DQQLLGLWGCSGKLICPT
60	Env	594	602	GIWGCSGKL
61	Env	594	602	GLWGCSGKL
176	Pol	56	117	FPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
177	Pol	56	117	LPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
178	Pol	72	91	GGQLKEALLDTGADDTVLEE
179	Pol	72	91	GGQIKEALLDTGADDTVLED
180	Pol	94	117	LPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
181	Pol	94	117	LPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
182	Pol	129	260	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKS
183	Pol	129	260	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKS
184	Pol	129	277	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
185	Pol	129	277	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTILDVGDAYFSIPLDK
186	Pol	129	289	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPS
187	Pol	129	289	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPS
188	Pol	129	320	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
189	Pol	129	320	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMT
190	Pol	144	168	NLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLK
191	Pol	144	168	NLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLK
192	Pol	152	160	TLNFPISPI
193	Pol	254	277	GLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
194	Pol	254	277	GLKKNKSVTVLDVGDAYFSIPLDK
195	Pol	278	289	DFRKYTAFTIPS
196	Pol	278	289	EFRKYTAFTVPS
197	Pol	291	315	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF
198	Pol	291	315	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIF
199	Pol	291	320	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
200	Pol	291	320	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMT
201	Pol	299	307	YQYNVLPQG
202	Pol	299	307	YQYNVLPMG
213	Pol	333	354	IVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
214	Pol	333	354	IVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
215	Pol	334	342	VIYQYMDDL
216	Pol	334	342	VIYQYVDDL
217	Pol	336	344	YQYMDDLYV
218	Pol	336	344	YQYVDDLYV
219	Pol	338	346	YMDDLYVGS
220	Pol	338	346	YVDDLYVGS
221	Pol	367	399	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI
222	Pol	367	399	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPI
223	Pol	367	431	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKV
224	Pol	367	431	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKV
225	Pol	374	398	KKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQP
226	Pol	374	398	KKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQP
227	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEK
228	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEK
229	Pol	382	390	FLWMGYELH
230	Pol	388	396	ELHPDKWTV
231	Pol	388	396	ELHPDRWTV
232	Pol	399	423	IVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWAS
233	Pol	399	423	IELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWAS
234	Pol	400	424	VLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQ
235	Pol	400	424	ELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQ
236	Pol	401	431	LPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKV
237	Pol	401	431	LPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKV
238	Pol	406	430	SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIK
239	Pol	406	430	SWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIK
240	Pol	407	415	WTVNDIQKL
241	Pol	408	416	TVNDIQKLV
242	Pol	408	416	TVNDIQKLI
243	Pol	414	422	KLVGKLNWA
244	Pol	414	422	KLIGKLNWA
257	Pol	542	554	PKFKLPIQKETWE
258	Pol	542	554	PKFRLPIQKETWD
259	Pol	542	606	PKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETK
260	Pol	542	606	PKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETK
261	Pol	553	577	WETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPL
262	Pol	553	577	WDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPL
263	Pol	559	589	EYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPI
264	Pol	559	589	DYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPI
265	Pol	561	569	WQATWIPEW
266	Pol	591	606	GAETFYVDGAANRETK
267	Pol	591	606	GVETFYVDGASNRETK
282	Pol	683	708	KEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS
283	Pol	683	708	KEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVS
294	Pol	747	827	VAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
295	Pol	747	827	VAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
296	Pol	759	783	QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHL
297	Pol	759	783	QLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHL
298	Pol	767	775	GQVDCSPGI
299	Pol	767	775	GQVDCSPGV
300	Pol	768	792	QVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
301	Pol	768	792	QVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAV
302	Pol	776	784	WQLDCTHLE
305	Pol	840	919	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDII
306	Pol	840	919	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDII
319	Pol	931	1003	AITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
320	Pol	931	1003	AITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
321	Pol	932	1003	ITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
322	Pol	932	1003	ITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
323	Pol	940	964	VYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAV
324	Pol	940	964	VYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAV
325	Pol	947	971	DPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSD
326	Pol	947	971	DPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSE
327	Pol	948	956	PLWKGPAKL
328	Pol	948	956	PLWKGPARL
329	Pol	948	972	PLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDI
330	Pol	948	972	PLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEI
331	Pol	955	963	KLLWKGEGA
332	Pol	955	963	RLLWKGEGA
333	Pol	956	964	LLWKGEGAV
334	Pol	980	1003	AKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
335	Pol	980	1003	VKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
336	Pol	988	996	KQMAGDDCV
337	Pol	988	996	KRMAGDDCV

表G - 第一迭代融合多肽中之多肽區段 ( 例如SEQ ID NO :345 -350 )
SEQ ID NO:	基因	起點	終點	序列
76	Gag	31	53	LKHIVWASRELERFAVNPGLLET
77	Gag	31	53	LKHLVWASRELERFALNPGLLET
86	Gag	128	137	VSQNYPIVQN
87	Gag	128	137	VSQNFPIVQN
92	Gag	147	217	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHP
93	Gag	147	217	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHP
94	Gag	147	369	ISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
95	Gag	147	369	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
96	Gag	150	158	RTLNAWVKV
97	Gag	175	199	LSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQ
98	Gag	175	199	LSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQ
99	Gag	183	191	DLNTMLNTV
100	Gag	183	191	DLNTMLNTI
101	Gag	225	251	PGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMT
102	Gag	225	251	PGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMT
103	Gag	253	285	NPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDI
104	Gag	253	285	NPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDI
339	Gag	257	282	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI
340	Gag	257	282	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI
105	Gag	257	290	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPK
106	Gag	257	290	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPK
107	Gag	265	282	WIILGLNKIVRMYSPTSI
108	Gag	265	282	WIIMGLNKIVRMYSPVSI
109	Gag	281	314	SILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVK
110	Gag	281	314	SILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVK
341	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEV
342	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDV
111	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETL
112	Gag	288	321	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETL
113	Gag	296	313	YVDRFYKTLRAEQASQEV
114	Gag	296	313	YVDRFYRTLRAEQASQDV
115	Gag	311	369	QEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
116	Gag	311	369	QDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQ
117	Gag	333	357	ILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG
118	Gag	333	357	ILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPS
119	Gag	337	361	LGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKAR
120	Gag	337	361	LGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKAR
121	Gag	341	349	ATLEEMMTA
122	Gag	341	349	ATLEEMMSA
123	Gag	345	353	EMMTACQGV
124	Gag	345	353	EMMSACQGV
149	Nef	64	82	EEVGFPVRPQVPLRPMTYK
150	Nef	64	82	EEVGFPVKPQVPLRPMTFK
151	Nef	64	99	EEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
152	Nef	64	99	EEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
180	Pol	94	117	LPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQ
181	Pol	94	117	LPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQ
182	Pol	129	260	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKS
183	Pol	129	260	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKS
184	Pol	129	277	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
185	Pol	129	277	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTILDVGDAYFSIPLDK
186	Pol	129	289	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPS
187	Pol	129	289	GTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPS
190	Pol	144	168	NLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLK
191	Pol	144	168	NLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLK
192	Pol	152	160	TLNFPISPI
193	Pol	254	277	GLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDK
194	Pol	254	277	GLKKNKSVTVLDVGDAYFSIPLDK
195	Pol	278	289	DFRKYTAFTIPS
196	Pol	278	289	EFRKYTAFTVPS
221	Pol	367	399	WGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI
222	Pol	367	399	WGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPI
294	Pol	747	827	VAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
295	Pol	747	827	VAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTT
296	Pol	759	783	QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHL
297	Pol	759	783	QLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHL
298	Pol	767	775	GQVDCSPGI
299	Pol	767	775	GQVDCSPGV
300	Pol	768	792	QVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
301	Pol	768	792	QVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAV
305	Pol	840	919	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDII
306	Pol	840	919	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDII
307	Pol	840	920	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIA
308	Pol	840	920	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIA
311	Pol	842	850	KAACWWAGI
312	Pol	842	850	KAACWWAGV
321	Pol	932	1003	ITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
322	Pol	932	1003	ITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
323	Pol	940	964	VYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAV
324	Pol	940	964	VYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAV
325	Pol	947	971	DPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSD
326	Pol	947	971	DPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSE
327	Pol	948	956	PLWKGPAKL
328	Pol	948	956	PLWKGPARL
329	Pol	948	972	PLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDI
330	Pol	948	972	PLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEI
331	Pol	955	963	KLLWKGEGA
332	Pol	955	963	RLLWKGEGA
333	Pol	956	964	LLWKGEGAV
334	Pol	980	1003	AKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
335	Pol	980	1003	VKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
336	Pol	988	996	KQMAGDDCV
337	Pol	988	996	KRMAGDDCV

具有由 HIV - 1 Env 、 Gag 、 Nef 及 Pol 編碼且預測結合至人類 HLA A * 0201 分子或由人類 HLA A * 0201 分子呈現之多肽區段的融合多肽

如本文所描述，已設計出具有複數個多肽區段之融合多肽，該複數個多肽區段經計算方式預測可結合至人類HLA A*0201分子或由人類HLA A*0201分子呈現。一般而言，此類融合多肽中選擇或包括的多肽區段包含由HIV-1 Env、Gag、Nef及Pol基因編碼之多肽區段(例如不包含由HIV-1 Tat、Rev、Vif、Vpr或Vpu基因編碼之一或多個多肽區段)，且預測該等區段以小於約1,000 nM之IC50值結合至人類HLA A*0201分子。在某些實施例中，此類融合多肽中選擇或包括的多肽區段包含由HIV-1 Env、Gag、Nef及Pol基因編碼之多肽區段(例如不包含由HIV-1 Tat、Rev、Vif、Vpr或Vpu基因編碼之一或多個多肽區段)，且預測該等區段結合至人類HLA A*0201分子且其在多肽區段群體中之百分等級在前5%內。在一些實施例中，融合多肽包含由Gag、Pol、Env及Nef基因編碼之病毒蛋白的區段，或由其組成，其中該複數個多肽區段各自可結合至人類HLA對偶基因A*0201或由人類HLA對偶基因A*0201呈現。

在一些實施例中，該複數個多肽區段各自為8-35個胺基酸長度，例如9-34個胺基酸長度，例如9-25個胺基酸長度。

在一些實施例中，融合多肽包括含選自以下之胺基酸序列或由其組成的至少2個多肽區段，例如至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、34、35、36、37、38、39、40個或更多個區段：SEQ ID NO: 6、7、15、16、21、22、30、60、61、78、79、96、99、100、107、108、113、114、121、122、123、124、137、138、153、154、172、173、192、201、202、215、216、217、218、219、220、229、230、231、240、241、242、243、244、265、276、277、298、299、302、311、312、327、328、331、332、333、336及337；SEQ ID NO: 6、15、21、30、60、78、99、107、113、121、123、137、153、172、192、201、215、217、219、229、230、240、241、243、265、276、298、302、311、327、331、333及336；SEQ ID NO: 1、2、3、4、5、6、7、10、11、12、13、14、15、16、19、20、27、55、56、57、58、59、60、61、78、79、90、91、97、98、99、100、105、106、107、108、111、112、113、114、117、118、119、120、121、122、123、124、137、138、153、154、155、156、157、158、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、190、191、192、197、198、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、238、239、261、262、274、275、276、277、296、297、298、299、300、301、302、303、304、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、343及344；SEQ ID NO: 1、10、19、27、55、56、57、78、90、97、105、111、117、119、137、153、165、190、197、209、210、211、225、227、234、238、261、296、300、303、323、325、329及334。具有由HIV-1 Env、Gag、Nef及Pol基因編碼且預測結合至人類HLA A*0201分子或由人類HLA A*0201分子呈現之多肽區段的融合多肽中所包括之多肽區段列於表H中。

表H -A 0201 結合融合多肽中之多肽區段* ( 例如SEQ ID NO :367 -377 、411 )
SEQ ID NO:	基因	起點	終點	序列
1	Env	28	52	CSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTL
2	Env	34	48	LWVTVYYGVPVWKEA
3	Env	34	48	LWVTIYYGVPVWKDA
4	Env	34	47	LWVTVYYGVPVWKE
5	Env	34	47	LWVTIYYGVPVWKD
6	Env	36	44	VTVYYGVPV
7	Env	36	44	VTIYYGVPV
10	Env	59	83	KAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQE
11	Env	64	83	AHNVWATHACVPTDPNPQE
12	Env	64	83	VHNIWATHACVPTDPSPQE
13	Env	66	83	HNVWATHACVPTDPNPQE
14	Env	66	83	HNIWATHACVPTDPSPQE
15	Env	67	75	NVWATHACV
16	Env	67	75	NIWATHACV
19	Env	113	137	DQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNT
20	Env	113	137	DESLKPCVKLTPICVTLNCTDLRNT
27	Env	235	259	GTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQL
55	Env	586	594	YLKDQQLLG
56	Env	586	594	YLRDQQLLG
57	Env	586	610	YLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPW
338	Env	586	610	YLRDQQLLGLWGCSGKLICPTAVPW
58	Env	589	606	DQQLLGIWGCSGKLICTT
59	Env	589	606	DQQLLGLWGCSGKLICPT
60	Env	594	602	GIWGCSGKL
61	Env	594	602	GLWGCSGKL
78	Gag	37	51	ASRELERFAVNPGLL
79	Gag	37	51	ASRELERFALNPGLL
90	Gag	142	166	MVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSP
91	Gag	142	166	MVHQPISPRTLNAWVKVIEEKAFSP
97	Gag	175	199	LSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQ
98	Gag	175	199	LSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQ
99	Gag	183	191	DLNTMLNTV
100	Gag	183	191	DLNTMLNTI
339	Gag	257	282	PVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSI
340	Gag	257	282	PVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSI
107	Gag	265	282	WIILGLNKIVRMYSPTSI
108	Gag	265	282	WIIMGLNKIVRMYSPVSI
341	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEV
342	Gag	288	313	GPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDV
113	Gag	296	313	YVDRFYKTLRAEQASQEV
114	Gag	296	313	YVDRFYRTLRAEQASQDV
117	Gag	333	357	ILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPG
118	Gag	333	357	ILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPS
119	Gag	337	361	LGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKAR
120	Gag	337	361	LGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKAR
121	Gag	341	349	ATLEEMMTA
122	Gag	341	349	ATLEEMMSA
123	Gag	345	353	EMMTACQGV
124	Gag	345	353	EMMSACQGV
137	Gag	429	444	RQANFLGKIWPSHKGR
138	Gag	429	444	RQANFLGKVWPSHNGR
153	Nef	81	102	YKAAVDLSHFLREKGGLEGAAY
154	Nef	81	102	YKGALDLSHFLKEKGGLEGAAY
155	Nef	88	97	SHFLKEKGGL
156	Nef	88	97	SHFLREKGGL
157	Nef	91	99	LKEKGGLEG
158	Nef	91	99	LREKGGLEG
163	Nef	130	148	EPGIRFPLTFGWCFKLVPL
164	Nef	130	148	GPGTRYPLTFGWCFKLVPV
165	Nef	130	154	GPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVE
166	Nef	134	142	RYPLTFGWC
167	Nef	134	142	RFPLTFGWC
168	Nef	134	148	RYPLTFGWCFKLVPV
169	Nef	134	148	RFPLTFGWCFKLVPL
170	Nef	136	148	PLTFGWCFKLVPV
171	Nef	136	148	PLCFGWCFKLVPL
172	Nef	137	145	LTFGWCFKL
173	Nef	137	145	LCFGWCFKL
190	Pol	144	168	NLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLK
191	Pol	144	168	NLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLK
192	Pol	152	160	TLNFPISPI
197	Pol	291	315	NNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF
198	Pol	291	315	NNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIF
209	Pol	326	350	FRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEI
343	Pol	326	350	FRKQNPDIVIYQYVDDLYVGSDLEI
210	Pol	328	352	KQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQ
344	Pol	328	352	KQNPDIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQ
211	Pol	330	354	NPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
212	Pol	330	354	NPDIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
213	Pol	333	354	IVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHR
214	Pol	333	354	IVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHR
215	Pol	334	342	VIYQYMDDL
216	Pol	334	342	VIYQYVDDL
217	Pol	336	344	YQYMDDLYV
218	Pol	336	344	YQYVDDLYV
219	Pol	338	346	YMDDLYVGS
220	Pol	338	346	YVDDLYVGS
225	Pol	374	398	KKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQP
226	Pol	374	398	KKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQP
227	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEK
228	Pol	380	404	PPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEK
229	Pol	382	390	FLWMGYELH
230	Pol	388	396	ELHPDKWTV
231	Pol	388	396	ELHPDRWTV
232	Pol	399	423	IVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWAS
233	Pol	399	423	IELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWAS
234	Pol	400	424	VLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQ
235	Pol	400	424	ELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQ
238	Pol	406	430	SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIK
239	Pol	406	430	SWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIK
261	Pol	553	577	WETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPL
262	Pol	553	577	WDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPL
274	Pol	642	666	QDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPD
275	Pol	642	666	QDSGSEVNIVTDSQYAIGIIQAQPD
276	Pol	650	658	IVTDSQYAL
277	Pol	650	658	IVTDSQYAI
296	Pol	759	783	QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHL
297	Pol	759	783	QLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHL
298	Pol	767	775	GQVDCSPGI
299	Pol	767	775	GQVDCSPGV
300	Pol	768	792	QVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
301	Pol	768	792	QVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAV
302	Pol	776	784	WQLDCTHLE
303	Pol	834	858	SNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPY
304	Pol	834	858	SNFTSTAVKAACWWAGVKQEFGIPY
323	Pol	940	964	VYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAV
324	Pol	940	964	VYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAV
325	Pol	947	971	DPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSD
326	Pol	947	971	DPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSE
327	Pol	948	956	PLWKGPAKL
328	Pol	948	956	PLWKGPARL
329	Pol	948	972	PLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDI
330	Pol	948	972	PLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEI
331	Pol	955	963	KLLWKGEGA
332	Pol	955	963	RLLWKGEGA
333	Pol	956	964	LLWKGEGAV
334	Pol	980	1003	AKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
335	Pol	980	1003	VKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDED
336	Pol	988	996	KQMAGDDCV
337	Pol	988	996	KRMAGDDCV

在一些實施例中，融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段：SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215；SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

在一些實施例中，融合多肽包含SEQ ID NO:367-377及411中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:367-377及411中之任一個80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。信號或前導序列

在各種實施例中，融合多肽包含信號序列或信號肽，例如用於將融合多肽之細胞內運輸引導至蛋白酶體或溶酶體隔室。在各種實施例中，融合多肽在N末端及/或C末端包含信號序列。在一些實施例中，融合多肽包含N末端信號肽或前導序列。在各種實施例中，該信號肽或前導序列係來自選自以下之源蛋白質：血清蛋白、細胞介素、趨化因子、伴隨蛋白、不變蛋白質及將蛋白質引導至溶酶體隔室之蛋白質。在一些實施例中，該信號肽或前導序列係來自選自由以下組成之群的源蛋白質：群落刺激因子2 (CSF2、GM-CSF)、組織型纖維蛋白溶酶原活化因子(PLAT、t-PA)、C-C模體趨化因子配體7(CCL7、MCP-3)、C-X-C模體趨化因子配體10(CXCL10、IP-10)、連環蛋白β1(CTNNB1)、CD74(p33；DHLAG；HLADG；Ia-GAMMA、不變鏈)、血清白蛋白(ALB)、聚泛素B/C(UBB/UBC)、鈣網蛋白(CALR)、水皰性口炎病毒G蛋白(VSV-G)、溶酶體相關膜蛋白1(LAMP-1)及溶酶體相關膜蛋白2(LAMP-2)。在某些實施例中，融合多肽包含來自LAMP-1之N末端及C末端信號序列，例如分別為SEQ ID NO:399及412。在各種實施例中，信號肽或前導序列選自SEQ ID NO:393-402及412-413中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:393-402及412-413中之任一個至少95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。可用於本發明融合多肽中之例示性信號序列提供於表I中。

表 I – 信號序列
SEQ ID NO:	源蛋白名稱	序列
393	CSF2、GM-CSF	MWLQSLLLLGTVACSISV
394	PLAT、t-PA	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSAR
395	CD74	MHRRRSRSCREDQKPV
396	白蛋白	KWVTFISLLFLFSSAYS
397	β-連環蛋白	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLS
398	CCL7、MCP-3	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGA
399	LAMP-1 N末端	MAPRSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGPKNMTLDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTlLPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSLEDI
412	LAMP-1 C末端	GSEFTLIPIAVGGALAGLVIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
400	泛素	MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
401	鈣網蛋白	MLLSVPLLLGLLGLAVA
402	VSV-G	MKCLLYLAFLFIGVNC
413	CXCL10、 IP-10	MNQTAILICCLIFLTLSGIQG

根據本文所描述之方法設計及組裝的含及不含信號序列之例示性融合多肽提供於表J中。

在各種實施例中，本文所描述之融合多肽不包括含以下或由以下組成之1、2、3、4、5個或更多個、或任何或所有多肽區段：SEQ ID NO:437-461之HIV-1胺基酸序列、或與SEQ ID NO:437-461之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列。在某些實施例中，可排除在本文所描述之融合多肽外(亦即，不包括在本文所描述之融合多肽中)之胺基酸序列提供於表K中。

進一步提供用於製備融合多肽、包含該融合多肽之醫藥組合物、免疫原性組合物或疫苗組合物的方法。在一些實施方案中，該等方法包含使用肽合成法構築融合多肽。在一些實施方案中，該等方法包含使用合成或重組DNA技術，由表現載體構築編碼二價抗原中之每一多肽且表現該等多肽之聚核苷酸。在一些實施方案中，該等方法可進一步包含將該等聚核苷酸插入一或多個載體中並在細胞中表現所編碼之多肽。

表J - 包含HIV -1 多肽區段之免疫原性融合多肽 ( 「AAA 」係SEQ ID NO :378 ，「AAY 」係SEQ ID NO :379 ，「YMDD 」係SEQ ID NO :462 及「REKR 」係SEQ ID NO :382 )
SEQ ID NO:	連接子 / 信號肽	HIV-1 基因	序列
345	AAA/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAAVSQNYPIVQNAAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQAAALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSAAAWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIAAAVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTAAATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAAAAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDAAAEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
346	AAA/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHLVWASRELERFALNPGLLETAAAVSQNFPIVQNAAALSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQAAALPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQAAAGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSAAAWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIAAAVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTAAAAVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIAAAAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDAAAEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
347	F2A/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQNISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
348	F2A/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHLVWASRELERFALNPGLLETVSQNFPIVQNLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTAVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
349	融合物/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQNISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
350	融合物/ 無	Gag、 Pol、 Nef	LKHLVWASRELERFALNPGLLETVSQNFPIVQNLSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTAVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEG
351	AA/ 無	Gag、 Nef	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDWQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
430	AA/ 無	Gag、 Nef	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
352	AA/ 無	Gag、 Nef	LSPRTLNAWVKVIEEKAFSPEVIPMFTALSEGATPHDLNTMLNTIGGHQAAMQMLKDTINEEAAEWDRVHPVHAGPVAPGQMRDPRGSDIAGSTSTLQEQIAWMTNNPPIPVGDIYKRWIIMGLNKIVRMYSPVSILDIKQGPKEPFRDYVDRFYRTLRAEQASQDVKNWMTETLLVQNSNPDCKTILKALGPGATLEEMMSACQGVGGPSHKARVLAEAMCQMGARASILSGGKLDKWEKIRLRPGGRKKYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGTQGYFPDWQNYTPGPGTRYPLTFGWCFKLVPV
353	AA/ GM-CSF	Gag、 Nef	MWLQSLLLLGTVACSISVMGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
354	AA/ t-PA	Gag、 Nef	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSARMGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
355	AA/ MCP-3	Gag、 Nef	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGAMGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
356	AA/ β-連環蛋白	Gag、 Nef	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSMGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYRLKHIVWASRELERFAVNPGLLETLKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEGTQGFFPDQNYTPEPGIRFPLTFGWCFKLVPL
357	AA/ 無	Pol、 Env	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTLWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
358	AA/ 無	Pol、 Env	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIRRRVVQREKRAIGLGAVFLGFLGTAGSTMGAASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTTVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTNISTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEKWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKVIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHRPKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETKLPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQAALWVTIYYGVPVWKDVHNIWATHACVPTDPSPQEAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMTKEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVSMKDNWRSELYRYKVV
359	AA/ 無	Pol、 Env	GTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKT
360	AA/ 無	Pol、 Env	LWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
361	AA/ 無	Pol、 Env	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIRRRVVQREKRAIGLGAVFLGFLGTAGSTMGAASMTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHMLQLTVWGIKQLQARILAVERYLRDQQLLGIWGCSGRLICTTVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTNISTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEKWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKVIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHRPKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETKLPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQAA
362	AA/ 無	Pol、 Env	LWVTIYYGVPVWKDVHNIWATHACVPTDPSPQEAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMTKEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVSMKDNWRSELYRYKVV
363	AA/ GM-CSF	Pol、 Env	MWLQSLLLLGTVACSISVGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTLWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
364	AA/ t-PA	Pol、 Env	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSARGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTLWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
365	AA/ MCP-3	Pol、 Env	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGAGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTLWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
366	AA/ β-連環蛋白	Pol、 Env	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIINVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEKRRVVQREKRAVGIGAMFLGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTLWVTVYYGVPVWKEAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAAHNVWATHACVPTDPNPQEAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRMRDNWRSELYKYKVV
407	AA/ 無	Pol	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
408	AA、AAY/ 無	Pol	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKVIVIYQYVDDLYVGSDLEIEQHRLPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQPKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETKAAYAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMTKEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVS
409	AA/ 無	Pol/ 無YMDD	TVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKAAKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVAAFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMT
410	AA、AAY/ 無	Pol	AVKAACWWAGVKQEFGIPYHPQSQGVVESMNNELKKIIGQIRDQAEQLKTAVQMAVLIHNFKRKGGIGEYSAGERIIDIIWGLTTPDKKHQKDPPFLWMGYELHPDRWTVQPIELPEKESWTVNDIQKLIGKLNWASQIYAGIKVAAYVAKEIVACCDKCQLKGEAIHGQVDCSPGVWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYMEAEVIPTETGQETAYFILKLAGRWPVTTLPQITLWQRPIVTIKIGGQIKEALLDTGADDTVLEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQPKFRLPIQKETWDTWWTDYWQATWIPEWEFTNTPPLVKLWYQLETEPIAGVETFYVDGASNRETKAAYAITKLQNFRVYYRDNRDPLWKGPARLLWKGEGAVVIQDNSEIKVVPRRKVKIIRDYGKRMAGDDCVAGRQDEDGTVLIGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIDTVPVKLKPGMDGPRVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDGTKWRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPSGLKKKKSVTVLDIGDAYFSVPLDKEFRKYTAFTVPSTNNETPGVRYQYNVLPMGWKGSPAIFQCSMTKEKIYLAWVPAHKGIGGNEQIDKLVS
367	AA、AAA/ 無	Gag、 Pol、 Nef、 Env	YQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDL
431	AA、AAA/ 無	Gag、 Pol、 Nef、 Env	YQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDLWIILGLNKI
368	AA、AAA/ GM-CSF	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MWLQSLLLLGTVACSISVYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDL
432	AA、AAA/ GM-CSF	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MWLQSLLLLGTVACSISVYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDLWIILGLNKI
369	AA、AAA/ t-PA	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSARYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDL
433	AA、AAA/ t-PA	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSARYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDLWIILGLNKI
370	AA、AAA/ MCP-3	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGAYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDL
434	AA、AAA/ MCP-3	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGAYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDLWIILGLNKI
371	AA, AAA/ β-連環蛋白	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDL
435	AA, AAA/ β-連環蛋白	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSYQYNVLPQGASRELERFAVNPGLLWIILGLNKIVRMYSPTSIAARTLNAWVKVFLWMGYELHLTFGWCFKLPLWKGPAKLVTVYYGVPVAALLWKGEGAVAAAKLVGKLNWAKLLWKGEGATLNFPISPIWQATWIPEWKAACWWAGIRQANFLGKIWPSHKGRNVWATHACVAAEMMTACQGVSTVQCTHGIAAKQMAGDDCVAAWQLDCTHLEYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYYMDDLYVGSGQVDCSPGIATLEEMMTAELHPDKWTVWTVNDIQKLGIWGCSGKLTVNDIQKLVIVTDSQYALYVDRFYKTLYVDRFYKTLRAEQASQEVDLNTMLNTVKLTPLCVTLYQYMDDLYVVIYQYMDDLWIILGLNKI
424	REKR/ 無	Env、 Gag、 Nef、 Pol	IRTLNAWVKVREKRDLNTMLNTVREKRWIILGLNKIREKRYVDRFYKTLREKRATLEEMMTAREKREMMTACQGVREKRTLNFPISPIREKRYQYNVLPQGREKRVIYQYMDDLREKRYQYMDDLYVREKRYMDDLYVGSREKRFLWMGYELHREKRELHPDKWTVREKRWTVNDIQKLREKRTVNDIQKLVREKRKLVGKLNWAREKRWQATWIPEWREKRIVTDSQYALREKRGQVDCSPGIREKRWQLDCTHLEREKRKAACWWAGIREKRPLWKGPAKLREKRKLLWKGEGAREKRLLWKGEGAVREKRKQMAGDDCVREKRVTVYYGVPVREKRNVWATHACVREKRKLTPLCVTLREKRSTVQCTHGIREKRGIWGCSGKLREKRLTFGWCFKLREKRASRELERFAVNPGLLREKRWIILGLNKIVRMYSPTSIREKRYVDRFYKTLRAEQASQEVREKRRQANFLGKIWPSHKGRREKRYKAAVDLSHFLREKGGLEG
372	REKR/ LAMP-1 N末端及C末端信號序列	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MAPRSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGPKNMTLDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTlLPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSLEDIRTLNAWVKVREKRDLNTMLNTVREKRWIILGLNKIREKRYVDRFYKTLREKRATLEEMMTAREKREMMTACQGVREKRTLNFPISPIREKRYQYNVLPQGREKRVIYQYMDDLREKRYQYMDDLYVREKRYMDDLYVGSREKRFLWMGYELHREKRELHPDKWTVREKRWTVNDIQKLREKRTVNDIQKLVREKRKLVGKLNWAREKRWQATWIPEWREKRIVTDSQYALREKRGQVDCSPGIREKRWQLDCTHLEREKRKAACWWAGIREKRPLWKGPAKLREKRKLLWKGEGAREKRLLWKGEGAVREKRKQMAGDDCVREKRVTVYYGVPVREKRNVWATHACVREKRKLTPLCVTLREKRSTVQCTHGIREKRGIWGCSGKLREKRLTFGWCFKLREKRASRELERFAVNPGLLREKRWIILGLNKIVRMYSPTSIREKRYVDRFYKTLRAEQASQEVREKRRQANFLGKIWPSHKGRREKRYKAAVDLSHFLREKGGLEGGSEFTLIPIAVGGALAGLVIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
373	AA、AAA/ 無	Env、 Gag、 Nef、 Pol	ASRELERFAVNPGLLQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFAAPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAAIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPAAWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEINLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
411	AA、AAA/ 無	Env、 Gag、 Nef、 Pol	QLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLASRELERFAVNPGLLNNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSIAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAASNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
374	AA、AAA/ GM-CSF	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MWLQSLLLLGTVACSISVASRELERFAVNPGLLQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFAAPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAAIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPAAWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEINLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
375	AA、AAA/ t-PA	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSARASRELERFAVNPGLLQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFAAPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAAIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPAAWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEINLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
376	AA、AAA/ MCP-3	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGAASRELERFAVNPGLLQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFAAPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAAIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPAAWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEINLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
377	AA、AAA/ β-連環蛋白	Env、 Gag、 Nef、 Pol	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLSASRELERFAVNPGLLQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLCSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFAAPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIAAIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPAAWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRAADPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDRQANFLGKIWPSHKGRAAPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEINLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWAAAKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQLGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNTGPGIRYPLLTFGWCFKLPVEPEKVEAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGYKAAVDLSHFLREKGGLEGAAYAAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEAAALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAV
422	AA、AAY/ 無	Gag、 Nef、 Pol	ICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAAAYSDIAGTTSTLQEQITWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSATLNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSAYFSVPLDKEFRKYTAFTIPSINNEDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQISKIGPENPYNTPIFAIKKKDSTKWAAGKKKYRLKHLVWVSRELERFAVNPGGKKKYRLKHLVWASRELERFAVNPGAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGAAGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALAEGATPQDLNTMLNTVGGHQARWIILGLNKTVRMYSPVSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSATQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGR
423	AA/ 無	Gag、 Nef、 Pol	SNFTSTTVKVACWWAGIKQEFGIPYAASNFTSTTVKAACWWAGVKQEFGIPYAASNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGPLRPMTYKAAVDLSFFLKEKGGLEGPLRPMTYKGAFDLSFFLKEKGGLEGPLRPMTYKAAFDLSFFLKEKGGLEGPLRPMTYKAAFDLSHFLKEKGGLEGPLRPMTYKGALDLSHFLKEKGGLEGQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEEKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIDPLWKGPAKLLWKGEGVVVIQDNSDIMVHQAISPRTLNALVKVVEEKAFSPICGHKAIGTVLVGSTPVNIIGRNLL

表K - 可排除在本發明之融合蛋白外的HIV -1 序列區段
SEQ ID NO:	HIV-1 基因	起點	終點	序列
437	Env	1	27	MRVKEKYQHLWRWGWRWGTMLLGMLMI
438	Env	53	58	FCASDA
439	Env	84	112	VVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLW
440	Env	138	234	NTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTSYKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFN
441	Env	269	474	EVVIRSVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGD
442	Env	490	501	KIEPLGVAPTKA
443	Env	611	856	NASWSNKSLEQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITNWLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHLPTPRGPDRPEGIEEEGGERDRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVELLGRRGWEALKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRVIEVVQGACRAIRHIPRRIRQGLERILL
444	Gag	1	30	MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYK
445	Gag	54	127	SEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIEIKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGHSNQ
446	Gag	138	146	IQGQMVHQA
447	Gag	370	428	VTNSATIMMQRGNFRNQRKIVKCFNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTE
448	Gag	445	500	PGNFLQSRPEPTAPPEESFRSGVETTTPPQKQEPIDKELYPLTSLRSLFGNDPSSQ
449	Nef	1	63	MGGKWSKSSVIGWPTVRERMRRAEPAADRVGAASRDLEKHGAITSSNTAATNAACAWLEAQEE
450	Nef	103	116	LIHSQRRQDILDLWIYH
451	Nef	155	206	PGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKIEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC
452	Pol	1	55	FFREDLAFLQGKAREFSSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSPSEAGADRQGTVSFN
453	Pol	118	128	ILIEICGHKAI
454	Pol	321	325	KILEP
455	Pol	355	366	TKIEELRQHLLR
456	Pol	432	541	QLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKT
457	Pol	607	641	LGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLAL
458	Pol	667	682	QSESELVNQIIEQLIK
459	Pol	709	746	GIRKVLFLDGIDKAQDEHEKYHSNWRAMASDFNLPPV
460	Pol	828	833	IHTDNG
461	Pol	921	930	TDIQTKELQK

3. 編碼融合多肽之聚核苷酸

提供編碼本文所描述之融合多肽的聚核苷酸、包含該等聚核苷酸之載體及包含該等聚核苷酸或表現載體之宿主細胞(例如人類細胞、哺乳動物細胞、酵母細胞、植物細胞、昆蟲細胞、細菌細胞，例如大腸桿菌細胞)。本文提供包含編碼本文所提供之融合多肽中之任一種的核苷酸序列之聚核苷酸，以及包含該等聚核苷酸序列之表現卡匣及載體，例如使其在宿主細胞，例如哺乳動物細胞中高效表現之表現載體。在各種實施例中，聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA、自我擴增型RNA(SAM)、自我複製型RNA或自我擴增型複製子RNA(RepRNA)。在一些實施例中，聚核苷酸包含α病毒自我複製型或自我擴增型複製子RNA(RepRNA)。作為疫苗遞送模式之自我複製型RNA及自我擴增型複製子RNA描述於例如Tews等人,Methods Mol Biol . (2017) 1499:15-35；Démoulins等人,Methods Mol Biol . (2017) 1499:37-75；Englezou等人,Mol Ther Nucleic Acids . (2018) 12:118-134；McCollough等人,Vaccines (Basel). (2014) 2(4):735-54；及McCollough等人,Mol Ther Nucleic Acids . (2014) 3:e173中。

術語「聚核苷酸」與「核酸分子」可互換地指聚合形式之核苷酸且包括RNA、cDNA、基因體DNA以及上述合成形式及混合聚合物的有義股與反義股。如本文所使用，術語核酸分子可與術語聚核苷酸互換。在一些實施例中，核苷酸係指核糖核苷酸、脫氧核苷酸或任一類型核苷酸之經修飾形式，及其組合。該等術語亦包括(但不限於)單股及雙股形式之DNA。另外，聚核苷酸，例如cDNA或mRNA，可包括藉由天然存在及/或非天然存在之核苷酸鍵聯連接在一起的天然存在之核苷酸及經修飾之核苷酸中之任一種或兩種。熟習此項技術者應易於瞭解，核酸分子可以化學方式或生物化學方式修飾，或可含有非天然或衍生化之核苷酸鹼基。此類修飾包括例如標記；甲基化；用類似物取代一或多個天然存在之核苷酸；核苷酸間修飾，諸如不帶電鍵聯(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、胺基磷酸酯、胺基甲酸酯等)、帶電鍵聯(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)；側接部分(例如多肽)；嵌入劑(例如吖啶、補骨脂素等)；螯合劑；烷基化劑；及經修飾之鍵聯(例如α變旋異構核酸等)。以上術語亦意欲包括任何拓樸構形，包括單股、雙股、部分雙螺旋、三螺旋、髮夾、環形及鎖式構形。除非另外指定，否則提及的核酸序列涵蓋其互補序列。因此，提及具有特定序列之核酸分子應理解為涵蓋具有其互補序列的其互補股。該術語亦包括用於改良所希望之病毒表現載體或宿主細胞中之表現的有密碼子偏好之聚核苷酸。

如本文所使用，「取代」表示一或多個胺基酸或核苷酸分別經不同胺基酸或核苷酸置換。

「經分離」之核酸係指已與其天然環境之組分分離之核酸分子。經分離之核酸包括在通常含有核酸分子之細胞中所包含的核酸分子，但該核酸分子存在於染色體外或存在於不同於其天然染色體位置之染色體位置處。「編碼多肽區段或編碼融合多肽的經分離之核酸」係指編碼該等多肽區段或融合多肽之一或多個核酸分子，包括在單一載體或獨立載體中之該等核酸分子，及存在於宿主細胞中一或多個位置處之該等核酸分子。

如本文所使用之術語「聚核苷酸變異體」係這樣一種聚核苷酸，該聚核苷酸與本文具體揭示之聚核苷酸的不同之處通常在於一或多個取代、缺失、添加及/或插入。該等變異體可為天然存在的或可以合成方式產生，例如藉由修飾本文所述之一或多個聚核苷酸序列並評估如本文所述之編碼多肽的一或多種生物活性，及/或使用此項技術中熟知之多種技術中之任一種產生。

在一些實施例中，核酸分子有密碼子偏好，以增強在所希望之宿主細胞中，例如在人類細胞、哺乳動物細胞、酵母細胞、植物細胞、昆蟲細胞或細菌細胞，例如大腸桿菌細胞中之表現。因此，提供編碼本文所描述之融合多肽的聚核苷酸，其中該等聚核苷酸有密碼子偏好，包含替代異源信號序列，及/或已消除mRNA不穩定性元件。用於產生有密碼子偏好之核酸的方法可藉由採用以下中所描述之方法進行：例如美國專利第5,965,726號、第6,174,666號、第6,291,664號、第6,414,132號及第6,794,498號。自所希望之病毒表現載體及/或在所希望之宿主細胞中表現包含HIV-1多肽區段之融合多肽的較佳密碼子使用提供於例如kazusa.or.jp/codon/；及genscript.com/tools/codon-frequency-table。

在一些實施例中，編碼如本文所描述之融合多肽的聚核苷酸與選自由SEQ ID NO:414-418組成之群之核酸序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%一致性或100%一致性，如表L中所提供。

適當時，在某些實施例中，編碼本文所描述之融合多肽的聚核苷酸之3ʹ端包含一或多個串聯終止密碼子，例如兩個或兩個以上串聯TAG(「琥珀型」)、TAA(「赭石型」)或TGA(「蛋白石型」或「棕土型」)終止密碼子。多種串聯終止密碼子可相同或不同。

進一步提供表現卡匣，其包含可操作地連接至一或多個調控序列的編碼如本文所描述之融合多肽的聚核苷酸。在一些實施例中，該聚核苷酸可操作地連接至組成型啟動子並處於組成型啟動子之控制下。在一些實施例中，該啟動子選自巨細胞病毒主要立即早期(CMV)啟動子、與雞β-肌動蛋白啟動子(CAG)融合之CMV強化子、人類延伸因子-1α(HEF-1α)、小鼠巨細胞病毒(小鼠CMV)、中國倉鼠延伸因子-1α(CHEF-1α)及磷酸甘油酸激酶(PGK)。

表 L-編碼融合多肽之聚核苷酸 (「 REKR 」係 SEQ ID NO : 382 )
SEQ ID NO:	HIV-1 基因 / 特徵	序列
414	Gag、Nef	ATGGGAGCTAGAGCTAGCGTGCTGAGCGGAGGAGAACTCGATCGCTGGGAAAAGATCAGACTGAGACCAGGAGGCAAGAAGAAGTACAGACTGAAGCACATCGTCTGGGCTTCTAGAGAACTGGAAAGATTCGCCGTGAATCCAGGACTGCTGGAAACACTGAAGCACATTGTCTGGGCTAGCAGAGAACTGGAGAGATTTGCCGTGAATCCAGGACTGCTGGAAACAGCAGCTATCTCTCCTAGAACACTGAACGCTTGGGTGAAAGTGGTGGAGGAAAAGGCCTTTAGCCCAGAAGTGATCCCTATGTTTAGCGCCCTGTCAGAAGGAGCTACACCTCAGGATCTGAACACCATGCTGAACACAGTGGGAGGACATCAGGCAGCTATGCAGATGCTGAAGGAGACAATTAACGAAGAAGCCGCCGAGTGGGATAGACTGCATCCAGTGCACGCAGGACCTATTGCTCCAGGACAGATGAGAGAGCCTAGAGGAAGCGATATCGCAGGAACAACATCTACACTGCAGGAGCAGATCGGTTGGATGACCAATAATCCTCCTATCCCAGTGGGCGAAATCTATAAGCGCTGGATCATCCTGGGACTGAACAAGATCGTGAGGATGTACAGCCCTACCAGCATCCTGGATATCAGACAGGGACCTAAGGAGCCTTTCAGAGATTACGTGGACAGGTTCTACAAGACACTGAGAGCCGAACAGGCTTCTCAGGAGGTGAAGAATTGGATGACCGAGACACTGCTGGTGCAGAACGCTAATCCAGATTGCAAGACAATTCTGAAAGCTCTGGGACCAGCCGCTACACTGGAAGAGATGATGACCGCTTGTCAGGGAGTGGGAGGACCAGGACATAAAGCTAGAGTGCTGGCAGAAGCCATGTCTCAGGAAGAAGTGGGATTCCCAGTGAAACCTCAGGTGCCTCTGAGACCTATGACCTTTAAGGGAGCTCTGGACCTGTCTCACTTCCTGAGAGAAAAGGGAGGACTGGAAGGAACACAGGGATTTTTCCCAGATCAGAATTACACACCAGAGCCAGGAATCAGATTCCCTCTGACATTCGGTTGGTGCTTCAAACTGGTGCCTCTG
415	PolEnv	GGAACAGTGCTGGTGGGACCTACTCCAGTGAATATCATCGGAAGGAACCTGCTGACACAGATTGGTTGTACCCTGAACTTCCCTATCTCTCCTATCGAGACAGTGCCAGTGAAACTGAAGCCAGGAATGGATGGACCTAAAGTCAAGCAGTGGCCTCTGACAGAAGAGAAGATCAAAGCCCTGGTGGAGATTTGCACCGAGATGGAGAAGGAGGGAAAGATCAGCAAGATCGGCCCAGAGAATCCTTACAACACCCCAGTGTTCGCCATCAAGAAGAAGGATAGCACCAAGTGGAGAAAGCTGGTGGATTTCAGGGAGCTGAACAAGAGAACCCAGGATTTTTGGGAGGTGCAGCTGGGTATTCCACATCCTGCCGGACTGAAAAAGAAGAAAAGCGTGACAGTGCTGGACGTGGGAGACGCTTATTTCAGCGTGCCTCTGGATAAGGACTTCAGAAAGTACACCGCCTTCACCATCCCTTCTATCAACAACGAGACCCCAGGAATCAGATACCAGTACAACGTGCTGCCTCAAGGTTGGAAAGGATCTCCAGCCATCTTTCAGAGCAGCATGACAACAGTGAAGGCAGCTTGTTGGTGGGCAGGAATTAAGCAGGAGTTCGGCATCCCTTACAATCCTCAGTCTCAGGGAGTGGTGGAATCTATGAACAAGGAGCTGAAGAAGATCATCGGACAGGTGAGAGATCAGGCCGAACATCTGAAGACAGCAGTGCAAATGGCCGTGTTCATCCACAACTTCAAGAGAAAGGGCGGCATTGGAGGCTATTCTGCCGGAGAGAGAATTGTGGACATCATCAACGTGTCAACAGTCCAGTGTACACACGGAATCAGACCAGTCGTGTCTACACAACTGCTGCTGAACGGATCTCTGGCCGAAGAGAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAGAAAAGAGCAGTGGGAATCGGAGCTATGTTTCTGGGATTTCTGGGCGCAGCAGGATCTACAATGGGAGCAGCTTCTATCACACTGACAGTGCAGGCTAGACAACTGCTGAGCGGAATTGTGCAGCAGCAGAATAACCTGCTGAGAGCTATCGAAGCTCAGCAACATCTGCTGCAACTCACCGTCTGGGGAATTAAGCAACTGCAAGCTAGAGTGCTGGCAGTGGAAAGATACCTGAAGGATCAGCAACTGCTGGGAATTTGGGGTTGCTCAGGCAAGCTGATTTGCACAACCGTGGCCAAAGAGATTGTGGCTTCTTGCGACAAGTGTCAGCTGAAAGGAGAAGCTATGCACGGACAAGTGGATTGTTCTCCAGGAATTTGGCAGCTGGATTGTACACACCTGGAGGGAAAGATTATTCTGGTGGCAGTGCACGTGGCCAGCGGATATATTGAAGCCGAGGTGATTCCAGCAGAAACAGGACAGGAAACAGCCTATTTTCTCCTGAAACTGGCAGGTAGGTGGCCAGTGAAAACCCTCTGGGTGACAGTGTACTACGGAGTCCCAGTCTGGAAAGAAGCAGCTTTCCCTCAGATTACTCTCTGGCAGAGACCTCTGGTGACAATCAAGATCGGCGGACAGCTGAAAGAAGCTCTGCTGGATACAGGAGCAGACGATACAGTGCTGGAAGAAATGAACCTGCCAGGTAGATGGAAGCCTAAGATGATCGGAGGCATCGGAGGATTCATCAAGGTGAGACAGTACGACCAAGCAGCAGCAGCTCATAACGTCTGGGCTACACACGCTTGCGTGCCTACAGATCCTAATCCTCAGGAAGCCATCACCAAGATCCAGAATTTCAGGGTGTACTACAGGGACAGCAGAGATCCTCTCTGGAAAGGACCAGCTAAACTGCTGTGGAAAGGAGAAGGAGCAGTGGTGATCCAGGATAACAGCGACATCAAGGTGGTGCCTAGAAGAAAGGCCAAGATCATCAGGGACTACGGAAAGCAAATGGCAGGAGACGATTGCGTGGCTTCTAGACAGGACGAGGATCCCAAGTTCAAGCTGCCTATTCAGAAGGAGACTTGGGAGACTTGGTGGACAGAGTATTGGCAAGCAACTTGGATCCCCGAGTGGGAATTTGTGAATACCCCTCCTCTGGTCAAGCTCTGGTATCAGCTGGAAAAGGAGCCTATCGTGGGAGCCGAAACATTTTACGTGGACGGAGCAGCTAATAGAGAGACAAAAGCCGCCAAGGAGAAAGTGTATCTGGCTTGGGTGCCAGCTCATAAAGGAATCGGAGGAAACGAGCAGGTGGATAAACTGGTGTCTTGGGGCTTTACCACACCAGATAAGAAGCACCAGAAGGAGCCACCATTTCTCTGGATGGGATACGAACTGCACCCAGATAAGTGGACAGTCCAGCCTATTGTGCTGCCAGAAAAGGACTCTTGGACAGTGAACGACATCCAGAAACTGGTGGGAAAGCTGAATTGGGCCTCTCAGATCTACCCAGGCATCAAGGTGATCGTGATCTACCAGTACATGGACGATCTGTACGTGGGATCAGATCTGGAGATCGGACAGCACAGAATGAGGGACAATTGGAGAAGCGAGCTGTACAAGTACAAGGTGGTG
416	Env、 Gag、 Nef、 Pol	TACCAGTATAACGTGCTGCCTCAGGGAGCTTCTAGAGAACTGGAGAGATTCGCAGTGAACCCAGGACTCCTCTGGATTATCCTGGGACTGAACAAGATCGTGAGGATGTACTCTCCTACCTCTATTGCCGCTAGAACACTGAACGCTTGGGTGAAGGTCTTCCTCTGGATGGGATACGAACTGCATCTGACCTTTGGTTGGTGCTTTAAGCTCCCTCTCTGGAAAGGACCAGCTAAGCTGGTGACAGTGTATTACGGAGTGCCAGTGGCAGCTCTCCTCTGGAAAGGAGAAGGAGCAGTGGCAGCAGCTAAACTGGTGGGAAAGCTGAATTGGGCCAAACTCCTCTGGAAGGGAGAAGGAGCCACCCTGAATTTTCCTATCAGCCCTATTTGGCAGGCTACTTGGATTCCAGAGTGGAAAGCAGCTTGTTGGTGGGCAGGAATCAGACAGGCCAACTTCCTGGGCAAGATTTGGCCTTCTCACAAAGGAAGAAACGTCTGGGCTACACACGCTTGCGTGGCAGCAGAAATGATGACAGCTTGTCAGGGAGTGTCTACAGTCCAGTGTACACACGGAATCGCAGCTAAACAGATGGCAGGAGACGATTGCGTGGCAGCTTGGCAGCTGGATTGTACACACCTGGAGTACAAGGCAGCAGTGGATCTGTCTCACTTTCTGAGAGAAAAAGGAGGACTGGAAGGAGCAGCTTACTACATGGACGATCTGTACGTGGGATCAGGACAGGTGGATTGTTCACCAGGAATCGCTACACTGGAGGAAATGATGACCGCAGAACTGCATCCAGATAAGTGGACCGTCTGGACAGTGAACGATATCCAGAAGCTGGGCATTTGGGGTTGTAGCGGAAAACTGACCGTGAACGATATCCAGAAGCTGGTGATCGTGACCGATTCTCAGTACGCTCTGTACGTGGACAGATTCTACAAGACCCTGTACGTGGACAGGTTCTACAAGACACTGAGAGCCGAACAGGCTTCTCAGGAAGTGGATCTGAACACCATGCTGAACACCGTGAAACTGACACCTCTCTGCGTGACACTGTATCAGTACATGGACGACCTGTACGTGGTGATCTACCAGTACATGGACGATCTCTGGATCATCCTGGGACTGAACAAGATCG
417	Env、 Gag、 Nef、 Pol / REKR連接子	AGAACACTGAACGCTTGGGTGAAGGTGAGAGAGAAGAGAGACCTGAACACCATGCTGAACACCGTGAGAGAAAAGAGGTGGATCATCCTGGGACTGAACAAGATCAGGGAGAAGAGGTACGTGGACAGGTTCTACAAGACACTGAGAGAGAAGAGAGCCACACTGGAAGAGATGATGACCGCTAGAGAGAAGAGAGAGATGATGACCGCTTGTCAGGGAGTGAGAGAGAAGAGAACCCTGAACTTCCCCATCTCTCCTATCAGGGAGAAGAGGTACCAGTACAACGTGCTGCCTCAGGGAAGAGAAAAGAGAGTGATCTACCAGTACATGGACGACCTGAGAGAGAAGAGGTACCAGTACATGGACGATCTGTACGTGAGGGAGAAGAGATACATGGACGACCTGTACGTGGGATCAAGAGAGAAGAGATTCCTCTGGATGGGCTACGAGCTGCATAGAGAGAAGAGAGAGCTGCACCCAGATAAGTGGACAGTGAGAGAAAAGCGCTGGACAGTGAACGACATCCAGAAGCTGAGAGAGAAGAGGACAGTGAACGACATCCAGAAGCTGGTGAGAGAGAAGAGGAAGCTGGTGGGAAAACTGAATTGGGCTAGGGAAAAAAGGTGGCAGGCTACTTGGATTCCAGAGTGGAGAGAGAAGAGGATCGTGACAGATAGCCAGTACGCTCTGAGAGAGAAAAGAGGACAGGTGGATTGCTCTCCAGGAATCAGAGAGAAGAGATGGCAGCTGGATTGTACACACCTGGAGAGAGAGAAGAGGAAAGCAGCTTGTTGGTGGGCAGGAATTCGGGAAAAAAGACCTCTCTGGAAAGGACCAGCCAAGCTGAGAGAGAAGAGAAAACTCCTCTGGAAGGGCGAAGGAGCTAGAGAAAAGAGACTCCTCTGGAAAGGAGAAGGCGCAGTGAGAGAGAAGAGAAAACAGATGGCCGGAGACGATTGCGTGAGAGAAAAGAGAGTGACCGTGTATTACGGAGTGCCAGTGAGAGAAAAGAGAAACGTCTGGGCTACACACGCTTGCGTGAGAGAGAAGAGAAAGCTGACACCTCTGTGCGTGACACTGAGAGAAAAGAGAAGCACCGTGCAGTGTACACACGGAATTAGGGAGAAGAGAGGCATTTGGGGTTGTTCAGGAAAGCTGAGAGAGAAGAGGCTGACATTCGGTTGGTGTTTCAAGCTGAGGGAGAAGAGAGCCTCTAGAGAACTGGAGAGATTCGCAGTGAATCCAGGACTGCTGAGAGAAAAGCGCTGGATTATCCTGGGACTGAACAAGATCGTGAGGATGTACAGCCCTACAAGCATCAGAGAGAAGAGGTACGTGGACAGATTCTACAAGACCCTGAGAGCCGAACAGGCATCTCAGGAAGTGAGAGAGAAGAGAAGGCAGGCTAACTTCCTGGGAAAGATTTGGCCTAGCCACAAGGGAAGAAGAGAGAAGAGATACAAGGCCGCAGTGGATCTGTCTCACTTTCTGAGAGAGAAAGGAGGACTGGAAGGAGGA
418	Env、 Gag、 Nef、 Pol / REKR連接子；LAMP-1 N末端及C-末端信號序列	ATGGCTCCTAGAAGCGCTAGAAGACCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGGGACTGATGCATTGCGCTTCAGCAGCTATGTTCATGGTGAAGAACGGCAACGGAACAGCTTGTATCATGGCCAATTTCAGCGCCGCTTTTAGCGTGAATTACGACACCAAGAGCGGACCTAAGAACATGACACTGGATCTGCCTTCAGACGCTACAGTGGTGCTGAATAGAAGCTCTTGCGGAAAGGAGAATACCTCCGATCCTTCTCTGGTGATCGCTTTTGGCAGAGGACACACACTGACACTGAACTTCACCAGAAACGCCACCAGATACTCAGTGCAGCTGATGAGCTTCGTGTACAACCTGAGCGATACCCATCTGTTTCCTAACGCTAGCAGCAAGGAGATCAAGACAGTGGAGTCTATCACCGACATCAGAGCCGATATCGACAAGAAATACCGCTGCGTGTCAGGAACACAGGTGCACATGAACAACGTGACAGTGACACTGCACGACGCCACAATTCAGGCCTATCTGAGCAATAGCAGCTTTAGCAGAGGCGAAACTAGGTGTGAGCAGGATAGACCTTCTCCTACAACAGCTCCTCCAGCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCAGTGCCTAAATCTCCTAGCGTGGATAAGTACAACGTGAGCGGAACAAACGGCACTTGTCTGCTGGCTTCTATGGGACTGCAGCTGAATCTGACATACGAGAGGAAGGACAACACCACAGTGACAAGACTGCTGAACATCAACCCCAACAAAACAAGCGCTAGCGGATCTTGCGGAGCTCATCTGGTGACACTGGAACTGCATTCAGAGGGAACAACAGTGCTGCTGTTTCAGTTCGGAATGAACGCCTCTAGCAGCAGATTCTTCCTGCAGGGTATTCAGCTGAATACACTGCTGCCAGATGCTAGAGATCCAGCCTTTAAAGCCGCTAATGGATCTCTGAGAGCTCTGCAGGCTACAGTGGGAAATAGCTACAAGTGCAACGCCGAAGAACACGTGAGAGTGACAAAAGCCTTCAGCGTGAACATCTTTAAGGTCTGGGTGCAGGCATTTAAAGTGGAGGGAGGCCAGTTTGGAAGCGTCGAAGAGTGTCTGCTGGACGAAAATAGCCTGGAAGACATCAGAACACTGAACGCTTGGGTGAAGGTGAGAGAGAAGAGAGACCTGAACACCATGCTGAACACCGTGAGAGAAAAGAGGTGGATCATCCTGGGACTGAACAAGATCAGGGAGAAGAGGTACGTGGACAGGTTCTACAAGACACTGAGAGAGAAGAGAGCCACACTGGAAGAGATGATGACCGCTAGAGAGAAGAGAGAGATGATGACCGCTTGTCAGGGAGTGAGAGAGAAGAGAACCCTGAACTTCCCCATCTCTCCTATCAGGGAGAAGAGGTACCAGTACAACGTGCTGCCTCAGGGAAGAGAAAAGAGAGTGATCTACCAGTACATGGACGACCTGAGAGAGAAGAGGTACCAGTACATGGACGATCTGTACGTGAGGGAGAAGAGATACATGGACGACCTGTACGTGGGATCAAGAGAGAAGAGATTCCTCTGGATGGGCTACGAGCTGCATAGAGAGAAGAGAGAGCTGCACCCAGATAAGTGGACAGTGAGAGAAAAGCGCTGGACAGTGAACGACATCCAGAAGCTGAGAGAGAAGAGGACAGTGAACGACATCCAGAAGCTGGTGAGAGAGAAGAGGAAGCTGGTGGGAAAACTGAATTGGGCTAGGGAAAAAAGGTGGCAGGCTACTTGGATTCCAGAGTGGAGAGAGAAGAGGATCGTGACAGATAGCCAGTACGCTCTGAGAGAGAAAAGAGGACAGGTGGATTGCTCTCCAGGAATCAGAGAGAAGAGATGGCAGCTGGATTGTACACACCTGGAGAGAGAGAAGAGGAAAGCAGCTTGTTGGTGGGCAGGAATTCGGGAAAAAAGACCTCTCTGGAAAGGACCAGCCAAGCTGAGAGAGAAGAGAAAACTCCTCTGGAAGGGCGAAGGAGCTAGAGAAAAGAGACTCCTCTGGAAAGGAGAAGGCGCAGTGAGAGAGAAGAGAAAACAGATGGCCGGAGACGATTGCGTGAGAGAAAAGAGAGTGACCGTGTATTACGGAGTGCCAGTGAGAGAAAAGAGAAACGTCTGGGCTACACACGCTTGCGTGAGAGAGAAGAGAAAGCTGACACCTCTGTGCGTGACACTGAGAGAAAAGAGAAGCACCGTGCAGTGTACACACGGAATTAGGGAGAAGAGAGGCATTTGGGGTTGTTCAGGAAAGCTGAGAGAGAAGAGGCTGACATTCGGTTGGTGTTTCAAGCTGAGGGAGAAGAGAGCCTCTAGAGAACTGGAGAGATTCGCAGTGAATCCAGGACTGCTGAGAGAAAAGCGCTGGATTATCCTGGGACTGAACAAGATCGTGAGGATGTACAGCCCTACAAGCATCAGAGAGAAGAGGTACGTGGACAGATTCTACAAGACCCTGAGAGCCGAACAGGCATCTCAGGAAGTGAGAGAGAAGAGAAGGCAGGCTAACTTCCTGGGAAAGATTTGGCCTAGCCACAAGGGAAGAAGAGAGAAGAGATACAAGGCCGCAGTGGATCTGTCTCACTTTCTGAGAGAGAAAGGAGGACTGGAAGGAGGAAGCGAGTTTACCCTGATTCCAATTGCCGTGGGAGGAGCTCTGGCAGGACTGGTGATTGTGCTGATCGCATACCTGGTGGGAAGAAAGAGATCTCACGCCGGATATCAGACCATC

4. 載體及宿主細胞

進一步提供包含編碼本文所描述之一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸的載體，或包含此類聚核苷酸之表現卡匣。載體可為任何類型，例如重組載體，諸如表現載體。載體包括(但不限於)質體、黏質體、細菌人工染色體(BAC)及酵母人工染色體(YAC)，及源於噬菌體或植物或動物(包括人類)病毒之載體。載體可包含由所提出之宿主細胞識別之複製起點，且在表現載體之情況下，包含由宿主細胞識別之啟動子及其他調控區。在另外的實施例中，載體包含可操作地連接至啟動子及視情況額外調控元件的編碼本發明之一或多種融合多肽的一或多個聚核苷酸。某些載體能夠在引入該等載體之宿主中自主複製(例如具有細菌複製起點之載體可在細菌中複製)。其他載體可在引入宿主中後整合至宿主基因組中，並由此與宿主基因組一起複製。載體包括(但不限於)適於重組產生本文所揭示之融合多肽的載體。

如本文所使用，術語「載體」係指這樣一種核酸分子，該核酸分子能夠傳播其所連接之另一核酸分子。該術語包括呈自我複製型核酸結構之載體以及併入引入其之宿主細胞之基因組中的載體。一些載體適於遞送本申請案核酸分子或聚核苷酸。某些載體能夠引導與其可操作地連接之核酸的表現。此類載體在本文中稱為表現載體。

術語「可操作地連接」係指兩個或兩個以上核酸序列元件通常以物理方式連接且彼此呈功能關係。舉例而言，若啟動子能夠引發或調控編碼序列之轉錄或表現，則該啟動子可操作地連接至編碼序列，在此情況下，該編碼序列應理解為「處於啟動子之控制下」。

載體之選擇取決於所遵循之重組程序及所使用之宿主。如本文所描述，宿主細胞中載體之引入可尤其藉由磷酸鈣轉染、DEAE-聚葡萄糖介導之轉染、脂染胺轉染、電穿孔、病毒感染或經由投與個體實現。載體可自主複製或可與整合該等載體之染色體一起複製。在某些實施例中，載體含有一或多個選擇標記物。標記物之選擇可取決於所選宿主細胞。該等標記物包括(但不限於)卡那黴素(kanamycin)、新黴素(neomycin)、嘌呤黴素(puromycin)、潮黴素(hygromycin)、吉歐黴素(zeocin)、來自單純疱疹病毒之胸苷激酶基因(HSV-TK)及來自小鼠之二氫葉酸還原酶基因(dhfr)。本發明亦涵蓋載體，該等載體包含可操作地連接至編碼可用於分離融合多肽之蛋白質或肽(「純化標籤」)之一或多個核酸分子的編碼本文所描述之融合多肽的一或多個核酸分子。此等蛋白質或肽包括(但不限於)FLAG標籤(DYKDDDDKL；SEQ ID NO:436)、麩胱甘肽-S-轉移酶、麥芽糖結合蛋白、金屬結合聚組胺酸、綠色螢光蛋白、螢光素酶及β-半乳糖苷酶。

在其他實施例中，所用載體係pcDNA™3.1+ (ThermoFisher, MA)。

在一些實施例中，該載體係病毒載體。適當時，病毒載體可為DNA病毒或RNA病毒，包括自我複製型RNA病毒。自我複製型RNA病毒包括α病毒，且描述於例如Lundstrom,Molecules . (2018) 23(12). pii: E3310 (PMID: 30551668)；及Ljungberg等人,Expert Rev Vaccines . (2015) 14(2):177-94)中。在各種實施例中，該病毒載體係來自選自由以下組成之群的病毒：腺病毒、腺相關病毒、沙狀病毒、α病毒、自我複製型α病毒、痘病毒、巨細胞病毒、棒狀病毒、水皰性口炎病毒、黃病毒、馬拉巴病毒及牛痘病毒。在一些實施例中，病毒載體係來自選自由以下組成之群之病毒科：腺病毒科(例如腺病毒、腺相關病毒)、沙狀病毒科(例如淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒、科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒)、疱疹病毒科(例如巨細胞病毒、疱疹病毒，例如HSV-1)、細小病毒科(例如細小病毒H1)、痘病毒科(例如牛痘病毒，例如改良型安卡拉痘苗病毒(MVA))、副黏液病毒科(例如麻疹病毒)、黃病毒科(例如黃熱病病毒)、呼腸孤病毒科(例如呼腸孤病毒)、小RNA病毒科(例如柯薩奇病毒、塞內加穀病毒(Seneca Valley Virus)、脊髓灰白質炎病毒)、副黏液病毒科(例如麻疹病毒、新城疫病毒(NDV))、棒狀病毒科(例如水皰病毒，包括馬拉巴水皰病毒及水皰性口炎病毒(VSV))、披膜病毒科(例如α病毒，例如自我複製型α病毒；辛得比斯病毒(Sindbis virus))、腸病毒科(例如埃可病毒(Echovirus))。用於表現本發明之融合多肽的例示性經修飾之牛痘病毒載體描述於例如WO 2019/134049中。

在一些實施例中，病毒表現載體係選自以下之沙狀病毒載體：淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)(NCBI: txid11623)、科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒或皮欽德沙狀病毒)(NCBI: txid2169993)、瓜納里托病毒(Guanarito virus，GTOV)(NCBI: txid45219)、阿根廷哺乳動物沙狀病毒(Argentinian mammarenavirus)(亦稱為胡寧病毒(Junin virus，JUNV))(NCBI: txid2169991)、賴薩病毒(Lassa virus，LASV)(NCBI: txid11620)、盧約病毒(Lujo virus，LUJV)(NCBI: txid649188)、馬丘波病毒(Machupo virus，MACV)(NCBI: txid11628)、巴西哺乳動物沙狀病毒(亦稱為薩比亞病毒(Sabia virus，SABV))(NCBI: txid2169992)、及懷特沃特阿羅約病毒(Whitewater Arroyo virus，WWAV)(NCBI: txid46919)。在一些實施例中，該病毒表現載體係選自淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)或科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒或皮欽德沙狀病毒)之沙狀病毒載體。可用作本文所描述之融合多肽之遞送及表現媒劑的例示性沙狀病毒載體描述於例如WO 2009/083210；WO 2015/183895；WO 2016/075250；WO 2017/198726；及美國專利第9,943,585號中。

在一些實施例中，病毒表現載體係腺病毒載體，例如來自人類腺病毒或猴腺病毒(例如黑猩猩腺病毒、大猩猩腺病毒或恆河猴腺病毒)之腺病毒載體。在各種實施例中，腺病毒載體係選自腺病毒血清型5(Ad5)、腺病毒血清型26(Ad26)、腺病毒血清型34(Ad34)、腺病毒血清型35(Ad35)、腺病毒血清型48(Ad48)、黑猩猩腺病毒(例如ChAd3 (AdC3)、ChAd5 (AdC5)、ChAd6 (AdC6)、ChAd7 (AdC7)、ChAd8 (AdC8)、ChAd9 (AdC9)、ChAd10 (AdC10)、ChAd11 (AdC11)、ChAd17 (AdC17)、ChAd16 (AdC16)、ChAd19 (AdC19)、ChAd20 (AdC20)、ChAd22 (AdC22)、ChAd24 (AdC24)、ChAdY25、ChAd26 (AdC26)、ChAd28 (AdC28)、ChAd30 (AdC30)、ChAd31 (AdC31)、ChAd37 (AdC37)、ChAd38 (AdC38)、ChAd43 (AdC43)、ChAd44 (AdC44)、ChAd55 (AdC55)、ChAd63 (AdC63)、ChAdV63、ChAd68 (AdC68)、ChAd73 (AdC73)、ChAd82 (AdC82)、ChAd83 (AdC83)、ChAd143 (AdC143)、ChAd144 (AdC144)、ChAd145 (AdC145)、ChAd147 (AdC147))、大猩猩腺病毒(例如GC44、GC45、GC46)及恆河猴腺病毒(例如RhAd51、RhAd52、RhAd53、RhAd54、RhAd55、RhAd56、RhAd57、RhAd58、RhAd59、RhAd60、RhAd61、RhAd62、RhAd63、RhAd64、RhAd65、RhAd66)。可用作本文所描述之融合多肽之遞送及表現媒劑的例示性黑猩猩、大猩猩及恆河猴腺病毒載體描述於例如WO 2019/076880；WO 2019/076877；Andrabi等人(2019)Cell Reports 27:2426-2441；Guo等人,Hum Vaccin Immunother . (2018) 14(7):1679-1685；Abbink等人,J Virol . (2015) 89(3):1512-22；及Abbink等人,J Virol . (2018) 92(6). pii: e01924-17中。

在各種實施例中，病毒表現載體不能複製(亦即，複製缺陷型或複製缺失型)；具有減小或減弱之複製能力，例如相較於野生型病毒載體(亦即，複製衰減型)；或為可複製型的。

在各種實施例中，病毒載體或病毒表現載體係包含一或多個聚核苷酸之腺病毒載體，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。

在各種實施例中，病毒載體或病毒表現載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

在一些實施例中，該載體進一步包含編碼細胞介素或其功能變異體之聚核苷酸，或非編碼免疫刺激性聚核苷酸。在一些實施例中，該載體進一步包含編碼選自由以下組成之群之細胞介素的聚核苷酸：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、群落刺激因子2(CSF2；亦稱為GM-CSF)、fms相關受體酪胺酸激酶3配體(FLT3LG)，以及其組合及功能變異體。細胞介素與疫苗之共表現及/或共投與描述於例如Elizaga等人(2018)PLoS One 13(9): e0202753 (IL-12)；Buchbinder等人(2017)PLoS One 12(7):e0179597 (GM-CSF)；Abaitua等人,Virus Res (2006) 116(1-2):11-20 (IL12 + IFN-γ)；Oudard等人,Cancer Immunol Immunother (2011) 2月;60(2):261-71 (IL-2 + IFN-α)中。在一些實施例中，載體進一步包含選自以下之非編碼免疫刺激性聚核苷酸：病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA)。例示性isRNA包括CV8102(CureVac)及例如WO2016170176中描述之其他isRNA。

進一步提供宿主細胞，其包含編碼一或多種如本文所描述之融合多肽的一或多個聚核苷酸、或表現該等融合多肽之一或多個載體。可使用多種宿主細胞中之任一種。在一個實施例中，宿主細胞係原核細胞，例如大腸桿菌。在另一個實施例中，宿主細胞係真核細胞，例如酵母細胞、植物細胞、昆蟲細胞、哺乳動物細胞，諸如基於中國倉鼠卵巢(CHO)或CHO源性細胞株(例如CHO-S、CHO DG44、ExpiCHO^TM 、CHOZN® ZFN-經修飾之GS-/- CHO細胞株、CHO-K1、CHO-K1a)、COS細胞、BHK細胞、NSO細胞或鮑斯黑素瘤細胞(Bowes melanoma cells)。人類宿主細胞之實例尤其係HeLa、911、AT1080、A549及HEK293(例如HEK293E、HEK293F、HEK293H、HEK293T、Expi293™)。此外，融合多肽亦可在酵母細胞，諸如畢赤酵母(參見例如Powers等人,J Immunol Methods .251:123-35(2001))、漢遜氏酵母(Hanseula )或酵母(Saccharomyces )中表現。

術語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指引入了外源核酸之細胞，包括此類細胞之後代。宿主細胞包括「轉型體」及「轉型細胞」，其包括原代轉型細胞及由其得到的後代，不考慮繼代次數。後代之核酸含量與母細胞可能不完全相同，但可能含有突變。本文包括與針對最初轉型細胞所篩選或選擇具有相同功能或生物活性之突變型後代。

適當時，宿主細胞可用編碼一或多種如本文所描述之融合多肽的一或多個聚核苷酸穩定地或短暫地轉染。適當時，宿主細胞可用表現一或多種如本文所描述之融合多肽的一或多個載體感染。在一些實施例中，宿主細胞能夠用表現一或多種如本文所描述之融合多肽的一或多個複製衰減型或可複製型載體感染並繁殖。可用於病毒載體感染及/或繁殖之例示性細胞包括(不限於)BHK-21、A549、Vero及HEK293(例如HEK293E、HEK293F、HEK293H、HEK293T、Expi293™)細胞。在某些實施例中，宿主細胞表現柯薩奇病毒及腺病毒受體(CAR)，例如MDCK、Caco-2或Calu-3宿主細胞。在某些實施例中，聚核苷酸整合至宿主細胞之基因組中。5. 醫藥組合物 / 免疫原性組合物

提供醫藥組合物或免疫原性組合物，其包含一或多種如本文所述之融合多肽、或編碼一或多種如本文所述之融合多肽的聚核苷酸，或包含此類聚核苷酸中之一或多個的病毒表現載體，及醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑或賦形劑。一般而言，本文所述之醫藥組合物具有免疫原性。在某些實施例中，醫藥組合物包含治療有效量的該一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽中之一或多種的一或多個聚核苷酸、或含有編碼該等融合多肽中之一或多種之聚核苷酸中之一或多個的一或多個病毒表現載體。

熟習此項技術者依據本發明已知各種醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑及賦形劑，及醫藥組合物之製備及使用技術。例示性醫藥組合物及醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑及賦形劑亦描述於例如Loyd V. Allen Jr (編輯), 「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」, 第22版, 2012, Pharmaceutical Press；Brunton, Knollman及Hilal-Dandan, 「Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics」, 第13版, 2017, McGraw-Hill Education / Medical；McNally及Hastedt (編輯), 「Protein Formulation and Delivery」, 第2版, 2007, CRC Press；Banga, 「Therapeutic Peptides and Proteins: Formulation, Processing, and Delivery Systems」, 第3版, 2015, CRC Press；Lars Hovgaard, Frokjaer及van de Weert (編輯), 「Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins」, 第2版, 2012, CRC Press；Carpenter及Manning (編輯), 「Rational Design of Stable Protein Formulations: Theory and Practice」, 2002, Springer (Pharmaceutical Biotechnology (Book 13))；Meyer (編輯), 「Therapeutic Protein Drug Products: Practical Approaches to Formulation in the Laboratory, Manufacturing, and the Clinic」, 2012, Woodhead Publishing。

在某些實施例中，聚核苷酸或載體係調配於脂質奈米粒子中。舉例而言，在由自我複製型或自我擴增型RNA分子表現融合多肽之一些實施例中，該自我複製型或自我擴增型RNA可調配於脂複合體，諸如脂質奈米粒子(LNP)中。如本文所使用，「脂複合體」係指陽離子性脂質體，該等脂質體係DNA之非病毒(合成)脂質載劑。如本文中所使用，術語「脂質奈米粒子」係指平均直徑在約10至約1000奈米之間的一或多個球形奈米粒子，且其包含可溶解親脂性分子之固體脂質核心基質。在某些實施例中，脂質核心係藉由界面活性劑(例如乳化劑)穩定，且可包含以下一或多種：三酸甘油酯(例如三硬脂酸甘油酯)、二酸甘油酯(例如巴赫酸甘油酯(glycerol bahenate))、單酸甘油酯(例如甘油單硬脂酸酯)、脂肪酸(例如硬脂酸)、類固醇(例如膽固醇)及蠟(例如棕櫚酸十六酯)，包括其組合。脂質奈米粒子描述於例如Petrilli等人, Curr Pharm Biotechnol. 15:847-55, 2014；及美國專利第6,217,912號、第6,881,421號、第7,402,573號、第7,404,969號、第7,550,441號、第7,727,969號、第8,003,621號、第8,691,750號、第8,871,509號、第9,017,726號、第9,173,853號、第9,220,779號、第9,227,917號及第9,278,130號，其各自以全文引用的方式併入本文中。在一個實施例中，編碼一或多種本文所描述之融合多肽的自我複製型或自我擴增型RNA分子係調配或凝集於聚伸乙亞胺(PEI)-聚合複合體遞送媒劑中，例如Démoulins等人,Nanomedicine . (2016) 4月;12(3):711-722及Démoulins等人,J Control Release . (2017) 11月28日; 266:256-271中所述，該等遞送媒劑可為奈米顆粒。

在自病毒表現載體表現融合多肽之實施例中，該病毒表現載體可調配成用於所希望之投與途徑，例如調配成等張醫藥學上可接受之水溶液形式以供靜脈內、肌肉內、皮下或皮內投與。在一些實施例中，病毒表現載體可調配成用於黏膜，例如經頰、鼻內或直腸內遞送。適於可用於本文所描述之醫藥組合物及方法中之病毒表現載體的例示性調配物描述於例如Manfredsson及Benskey編輯, 「Viral Vectors for Gene Therapy: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology)」, 2019, Book 1937 in Methods in Molecular Biology Series, Humana Press；WO 2017/013169 (在無定形糖及低鹽濃度存在下腺病毒載體於水性混合物或冷凍乾燥之組合物中的調配物)；及Kumru等人,J Pharm Sci . (2018) 11月;107(11):2764-2774 (在Tris中緩衝且含有脯胺酸、乳糖及甘露糖醇作為穩定添加劑的水性調配物)。沙狀病毒載體之調配物描述於例如WO 2009/083210、WO 2016/075250及WO 2017/198726中。在某些實施例中，病毒表現載體係經由微針介導之遞送法進行遞送，例如Zaric等人,Expert Opin Drug Deliv .(2017)10月;14(10):1177-1187中所描述。藉由將病毒粒子投與鼻孔進行之鼻內病毒疫苗接種描述於例如Dorta-Estremera等人,PLoS One . 2017年12月8日;12(12):e0188807中。藉由將病毒粒子投與直腸進行之直腸內病毒疫苗接種描述於例如Patterson等人,Clin Vaccine Immunol . (2012) 5月;19(5):629-37中。

在一些實施例中，各載劑、稀釋劑或賦形劑在與醫藥組合物之其他成分相容且對個體無害之意義上為「可接受」的。通常，醫藥學上可接受之載劑係水性pH緩衝溶液。可充當醫藥學上可接受之載劑、稀釋劑或賦形劑之材料的一些實例包括：水；緩衝劑，例如pKa在約6.0至約8.0範圍內之緩衝劑，例如生理上可接受之緩衝劑，例如選自磷酸鹽、碳酸鹽、碳酸氫鹽、檸檬酸鹽、順丁烯二酸鹽、甘胺酸-甘胺酸、HEPES、HEPPSO、HEPPS、咪唑、BICINE、TRICINE、Tris及BIS-Tris；糖，諸如乳糖、海藻糖、葡萄糖及蔗糖；澱粉，諸如玉米澱粉及馬鈴薯澱粉；纖維素及其衍生物，諸如羧甲基纖維素鈉、乙基纖維素及乙酸纖維素；粉末狀黃蓍膠；麥芽；明膠；滑石；賦形劑，諸如可可脂及栓劑蠟；油，諸如花生油、棉籽油、紅花油、芝麻油、橄欖油、玉米油及大豆油；二醇，諸如丙二醇；多元醇，諸如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇及聚乙二醇；酯，諸如油酸乙酯及月桂酸乙酯；瓊脂；緩衝劑，諸如氫氧化鎂及氫氧化鋁；海藻酸；無熱原質水；等滲生理食鹽水；漢克氏溶液(Hank's solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)；乙醇；磷酸鹽緩衝溶液；胺基酸(例如帶電胺基酸，包括(但不限於)天冬胺酸、天冬醯胺、麩胺酸、麩醯胺酸、組胺酸、精胺酸、離胺酸)；以及醫藥調配物中採用的其他無毒相容性物質。潤濕劑、乳化劑及潤滑劑，諸如月桂基硫酸鈉及硬脂酸鎂，以及著色劑、脫模劑、包覆劑、甜味劑、調味劑及芳香劑、防腐劑及抗氧化劑亦可存在於組合物中。可用於陰道內或直腸內(例如呈糖衣錠、子宮托栓劑形式)遞送病毒表現載體、病毒顆粒或病毒樣粒子(VLP)之固體及半固體調配物描述於例如Brown等人,PLoS One . 2017年8月17日;12(8):e0183510；Brown等人,PLoS One . 2016年3月10日;11(3):e0151184；及Amacker等人,npj Vaccines 5, 41 (2020)中。

在一種特定調配物中，本文所描述之沙狀病毒載體(例如LCMV或皮欽德哺乳動物沙狀病毒載體))係在等張水溶液中調配，該水溶液包含在中性或接近中性pH值下具有在約6.0至約8.0範圍內之pKa的生物相容性緩衝液(例如HEPES及NaCl)及非離子界面活性劑(例如PLURONIC® F68(亦稱為泊洛沙姆188))。在一種特定調配物中，本文所描述之沙狀病毒載體(例如LCMV或皮欽德哺乳動物沙狀病毒載體)係在包含pH 7.4之HEPES緩衝劑、NaCl及PLURONIC® F68(亦稱為泊洛沙姆188)之等張水溶液中調配。Schleiss等人(Clin Vaccine Immunol . 2017年1月5日;24(1):e00300-16)描述LCMV於含25 mM HEPES、150 mM NaCl、0.01% PLURONIC® F68；pH 7.4之稀釋劑中調配之LCMV載體，其可用於調配本文所描述之沙狀病毒載體。在低於-60℃下冷凍之前，添加10%最終濃度之山梨糖醇。

醫藥組合物之調配及遞送方法一般根據待治療之部位及疾病調適。示例性調配物包括(但不限於)適合於非經腸投與，例如靜脈內、動脈內、肌肉內或皮下投與之調配物，包括包封於微胞、脂質體或藥物釋放膠囊中之調配物(併入經設計用於緩慢釋放之生物相容性塗層內之活性劑)；可攝取調配物；供表面使用之調配物，諸如乳膏、軟膏及凝膠；及其他調配物，諸如吸入劑、氣霧劑及噴霧劑。在一些實施例中，醫藥組合物係調配成用於非經腸，例如靜脈內、皮下或經口投與。在一些實施例中，醫藥組合物係調配成用於黏膜，例如經頰、鼻內、直腸內及/或陰道內投與。

在某些實施例中，醫藥組合物係無菌的。在某些實施例中，醫藥組合物之pH值在4.5至8.5、4.5至6.5、6.5至8.5範圍內，或pH值係約5.0、約5.5、約6.0、約6.5、約7.0、約7.5、約8.0或約8.5。在一個實施例中，醫藥組合物之容積滲透濃度在240-260或250-330 mOsmol/L範圍內。在某些實施例中，醫藥組合物係等張或接近等張的。

在一些實施例中，醫藥組合物係液體或固體。在一些實施例中，醫藥組合物包含水溶液。在一些實施例中，醫藥組合物經凍乾或為冷凍液體。

在一些實施例中，醫藥組合物進一步包含用於組合療法的如本文所描述之一或多種額外治療劑，例如第二治療劑、或第二及第三治療劑。

在某些實施例中，醫藥組合物進一步包含佐劑。可與本文所描述之融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸及表現此類融合多肽之載體共調配或共投與的例示性佐劑包括(但不限於)細胞介素、趨化因子、免疫共刺激分子、鐸樣受體促效劑或免疫抑制路徑抑制劑，如本文及Li等人,Curr Issues Mol Biol .(2017)22:17-40中所描述。可與本文所描述之融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸及表現此類融合多肽之載體共調配或共投與的其他佐劑包括(但不限於)礦物質鹽(例如鋁鹽(例如礬)、磷酸鈣、不完全弗氏佐劑(incomplete Freunds's adjuvant))、脂質粒子(例如MF59、脂質卷、病毒樣粒子)、微米粒子(例如病毒顆粒、聚乳酸(PLA)、聚[丙交酯-共乙交酯](PLG))、免疫增強劑(例如dsRNA:聚(I:C)、聚IC:LC、單磷醯基脂質A(MPL)、LPS、鞭毛蛋白、咪唑并喹啉：咪喹莫特(R837)、雷西莫特(848)、CpG寡脫氧核苷酸(ODN)、胞壁醯二肽(MDP)、皂苷(QS-21))及黏膜佐劑(例如霍亂毒素(CT)、不耐熱腸毒素(LTK3及LTR72)、殼聚糖)。可與本文所描述之融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸及表現此類融合多肽之載體共調配或共投與的佐劑概述於Apostólico等人,J Immunol Res . (2016) 2016:1459394中。

在某些實施例中，醫藥組合物進一步包含免疫調節劑。可與本文所描述之融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸及表現此類融合多肽之載體共調配或共投與的例示性免疫調節劑包括(但不限於)鐸樣受體促效劑及小分子免疫檢查點抑制劑。可與本文所描述之融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸及表現此類融合多肽之載體共調配或共投與的示例TLR7促效劑包括(但不限於)AL-034、DSP-0509、GS-9620 (維沙莫特)、LHC-165、TMX-101 (咪喹莫特)、GSK-2245035、雷西莫特、DSR-6434、DSP-3025、IMO-4200、MCT-465、MEDI-9197、3M-051、SB-9922、3M-052、林托普(Limtop)、TMX-30X、TMX-202、RG-7863、RG-7854及RG-7795。可共調配或共投與之例示性TLR7/TLR8促效劑包括CV8102、NKTR-262、特拉莫德(telratolimod)及BDB-001。可共調配或共投與之示例TLR8促效劑包括(但不限於)E-6887、IMO-4200、IMO-8400、IMO-9200、MCT-465、MEDI-9197、莫托莫特(motolimod)、雷西莫特(resiquimod)、GS-9688、VTX-1463、VTX-763、3M-051、3M-052。可共調配或共投與之示例TLR9促效劑包括(但不限於)AST-008、庫比莫德、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、利尼莫德、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿托莫特、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、勒托莫特(MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德及PUL-042。可共調配或共投與之CD274或PDCD1之小分子抑制劑的實例包括(但不限於)GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。可共調配或共投與之CTLA4的示例小分子抑制劑包括BPI-002。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體的混合物。舉例而言，在某些實施例中，該等混合物包含如本文所描述之融合多肽的二價對。在一些實施例中，醫藥組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；以及SEQ ID NO: 71、77、95、152及162。在一些實施例中，醫藥組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽自N末端至C末端包含按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 188、305、28、41及294；SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 189、306、29、42及295；SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188；SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189；SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282；SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283；SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188；SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189；SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；以及SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。在一些實施例中，醫藥組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽自N末端至C末端包含按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 76、86、94、180、186、221、294、307、321及151；以及SEQ ID NO: 77、87、95、181、187、222、295、308、322及152。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含兩種或兩種以上融合多肽、編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:345-350、表1中之序列及SEQ ID NO:422-424中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:345-350、表1中之序列及SEQ ID NO:422-424中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含第一融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體，該融合多肽包含由HIV-1 Gag及Nef基因編碼之一或多個多肽區段；以及第二融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之病毒表現載體，該融合多肽包含由HIV-1 Pol或Pol及Env基因編碼之一或多個多肽區段。在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含(1)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或表現此類融合多肽之一或多個載體，該融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽，或由其組成：SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及(2)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或表現此類融合多肽之一或多個載體，該融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 188、305、28、41及294；SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 189、306、29、42及295；SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188；SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189；SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282；SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283；SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188；SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189；SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含(1)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或表現此類融合多肽之一或多個載體，該融合多肽包含SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及(2)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或表現此類融合多肽之一或多個載體，該融合多肽包含SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含一或多個病毒載體，每個病毒載體包含一或多個聚核苷酸，該一或多個聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含融合多肽、編碼此類多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體，該融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215；SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。在一些實施例中，醫藥組合物或免疫原性組合物包含融合多肽、編碼此類多肽之聚核苷酸或表現此類融合多肽之載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中之任一個80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。6. 治療方法

進一步提供用於治療或預防有需要之個體(例如人類個體)之HIV感染或相關疾病或病症的方法，該等方法包含向有需要之個體提供有效量的一或多種如本文所描述之融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體。如本文所使用，術語「個體」係指哺乳動物。哺乳動物可為任何哺乳動物，例如人類、非人類靈長類動物(例如獼猴)、嚙齒動物(例如小鼠、大鼠、豚鼠)、犬、貓或家養動物，諸如牛、馬、山羊、駱駝、綿羊或豬。術語「患者」係指人類個體。如本文所使用，在向個體投與療法之情形下，術語「有效量」係指達成所希望之預防或治療作用之療法的量。聚核苷酸可存在於如本文所描述之載體，例如病毒載體中。在一些實施例中，該相關疾病或病症係由HIV感染引起。在其他實施例中，其係後天性免疫不全症候群(AIDS)。在某些實施例中，個體係經病毒學抑制的感染HIV之哺乳動物，而在其他實施例中，個體係未經治療的感染HIV之哺乳動物或經治療且未經病毒學抑制的感染HIV之個體。在某些實施例中，未經治療之個體具有在＜50個複本/毫升與10⁸ 個複本/毫升之間的病毒負荷。在某些實施例中，經病毒學抑制之個體具有＜50個複本/毫升的病毒負荷。在另一實施例中，個體係哺乳動物，例如人類。在某些實施例中，個體已診斷患有HIV感染，例如HIV-1或HIV-2感染，或相關疾病或病症，例如AIDS，或被認為有發展HIV感染，例如發展HIV-1或HIV-2感染，或相關疾病或病症，例如AIDS之風險。有患HIV相關疾病或病症之風險的個體包括與受感染個人接觸或曾以某種其他方式暴露於HIV的患者。投與預防劑可在表現出HIV相關疾病或病症特有症狀之前進行，由此使疾病或病症得以預防，或替代地，使其進展延遲。

在一些實施例中，該個體經HIV-1慢性感染。在一些實施例中，個體經HIV-1急性感染，例如患有Fiebig IV期或更早期，例如Fiebig III期、Fiebig II期或Fiebig I期之HIV-1感染。在一些實施例中，該個體未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)，或ART係在投與一或多種組合物之前中止。在一些實施例中，ART係在一或多次投與該等組合物之後中止。在一些實施例中，ART之投與係與如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體的投與並行地進行。

亦提供用於預防或抑制個體(例如人類個體)體內之HIV病毒效價、病毒複製、病毒增殖或HIV病毒DNA、HIV前病毒DNA或HIV病毒蛋白之量增加的方法。在一個實施例中，該方法包含向有需要之個體提供某量之如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體，該量有效地預防HIV效價、病毒複製、或該個體體內一或多個HIV病毒株或分離株之HIV蛋白質的量增加。在某些實施例中，該方法進一步包含在一或多個時間點，例如在向該個體提供如本文所描述的一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體前後，量測HIV病毒或前病毒DNA或蛋白質之量。用於確定個體體內HIV病毒或前病毒DNA或蛋白質之量的方法及生物標記物係已知的及此項技術中可用的，且描述於例如Siliciano, J.D.等人, Curr Opin. HIV AIDS, 5(6):491-7 (2010)；及Rouzioux, C.等人, Curr Opin HIV AIDS, 8(3):170-5 (2013)。

在一些實施例中，如本文所描述的一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體可用於例如以下方法中：抑制本文所描述之某些病毒，諸如HIV分離株；預防性抑制或預防本文所描述之某些病毒，諸如HIV分離株之感染；偵測樣品中本文所描述之某些病毒，諸如HIV分離株；抑制本文所描述之某些病毒，諸如HIV分離株；或診斷本文所描述之某些病毒，諸如HIV分離株。

對於哺乳動物個體，例如人類之活體內治療，可向該個體投與或提供醫藥組合物，該醫藥組合物包含如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體。當用於活體內療法中時，該如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體通常以治療有效量(亦即，消除或減小患者之病毒負荷及/或病毒儲庫之量)投與或提供給患者。該如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體係根據已知方法投與或提供給哺乳動物個體，例如人類，該等已知方法諸如但不限於靜脈內投與，例如快速注射，或經一段時間連續輸注、藉由肌肉內、腹膜內、腦脊髓內、皮下、關節內、滑膜內、鞘內、經口、經表面或經吸入途徑。該如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體可非經腸投與，可能時，投與目標細胞部位，或靜脈內投與。在一些實施例中，該如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體係經由靜脈內途徑投與個體。在另一個實施例中，該如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體係經由皮下途徑投與個體。在另外的實施例中，本發明之醫藥組合物係全身性、非經腸或經局部(例如經黏膜，包括經頰、直腸內及/或陰道內途徑)投與個體。

在某些實施例中，本發明提供一種用於治療HIV感染之方法，其包含向有需要之人類個體投與治療有效量的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體。在一些實施例中，本發明提供一種用於預防HIV感染之方法，其包含向有需要之人類個體投與治療有效量的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體。

在各種實施例中，該等方法包含投與單一融合多肽、或編碼該融合多肽之聚核苷酸或病毒表現載體，其中該融合多肽包含兩個或兩個以上多價多肽區段，例如二價多肽區段。在一些實施例中，兩種或兩種以上融合多肽、或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上病毒表現載體係同時或並行地投與個體。在一些實施例中，該兩種或兩種以上融合多肽、或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或兩個或兩個以上病毒表現載體係呈二價抗原組合物形式。

在一些實施例中，該等方法需要向該個體投與：(1)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽，或由其組成：SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及(2)一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 188、305、28、41及294；SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 189、306、29、42及295；SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188；SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189；SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282；SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283；SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188；SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189；SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

在一些實施例中，該等方法需要向該個體投與：(1)一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及(2)一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，該方法包含向該個體投與一或多個病毒載體，其中每個病毒載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

在一些實施例中，該等方法需要向該個體投與一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215；SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

在一些實施例中，該等方法需要向該個體投與一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，該等方法需要投與表現該等融合多肽中之一或多種的一或多個病毒表現載體。在各種實施例中，該等方法需要每次投藥投與約10³ 至約10¹² 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。

在各種實施例中，該等方法實施初打-加打方案。在各種實施例中，該初打-加打方案包含在第一時間點投與初打組合物，及在一或多個後續時間點投與一或多種加打組合物(例如初打-加打-加打-加打等)。在各種實施例中，該初打-加打方案包含在第一時間點投與初打組合物及在第二時間點投與加打組合物之一或多次重複(例如初打-加打-初打-加打等)。實施包含在第一時間點投與初打組合物及在第二時間點投與加打組合物之一或多次重複的初打-加打方案(例如初打-加打-初打-加打等)可促進主要聚焦於融合多肽或針對融合多肽訓練之免疫反應，並減少或避免對聚焦於載體主鏈及/或載體特異性蛋白質、或針對載體主鏈及/或載體特異性蛋白質訓練之免疫反應的誘導。在一些實施例中，初打組合物與一或多種加打組合物之投與間隔至少1週、2週、3週或1個月，例如相隔至少2、3、4、5或6個月。在一些實施例中，初打組合物與加打組合物包含相同免疫原性組合物。在一些實施例中，初打組合物與加打組合物包含不同免疫原性組合物。在一些實施例中，該初打組合物與該加打組合物包含相同的一或多種融合多肽及相同的聚核苷酸或病毒表現載體。在一些實施例中，初打組合物與加打組合物包含不同的融合多肽及相同的聚核苷酸或病毒表現載體。在一些實施例中，初打組合物與加打組合物包含相同的融合多肽及不同的聚核苷酸或病毒表現載體。在一些實施例中，該等方法需要初打第一聚核苷酸或病毒表現載體，及加打第二聚核苷酸或病毒表現載體。

在各種實施例中，該初打-加打方案包含： a) 用病毒表現載體進行初打及用聚核苷酸進行加打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA； b) 用聚核苷酸進行初打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA，及用病毒表現載體進行加打； c) 用第一病毒表現載體進行初打及用第二病毒表現載體進行加打，其中該第一病毒表現載體及該第二病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； d) 用第一複製缺失型病毒表現載體進行初打及用第二複製缺失型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製缺失型病毒表現載體及該第二複製缺失型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； e) 用第一複製衰減型病毒表現載體進行初打及用第二複製衰減型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製衰減型病毒表現載體及該第二複製衰減型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； f) 用複製缺失型病毒表現載體進行初打及用複製衰減型病毒表現載體進行加打； g) 用複製衰減型病毒表現載體進行初打及用複製缺失型病毒表現載體進行加打； h) 用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行初打及用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行加打； i) 用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行加打； j) 用沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用腺病毒型病毒表現載體進行加打；或 k) 用腺病毒型病毒表現載體進行初打及用沙狀病毒型病毒表現載體進行加打。

在一些實施例中，在一或多次投與如本文所描述的一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼一或多種融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現一或多種融合多肽之一或多個載體，以及視情況選用的本文所描述之一或多種額外治療劑之後，個體在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下不展現HIV或AIDS症狀，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。在一些實施例中，在一或多次投與結合分子之後，個體在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下具有每毫升血液小於500，例如小於400、小於300、小於200、小於100、小於50個複本之病毒負荷，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。7. 組合療法

在某些實施例中，提供一種用於治療或預防感染HIV或有感染HIV風險之人類之感染的方法，其包含向人類投與治療有效量的如本文所揭示之一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體，以及治療有效量的一或多種(例如一種、兩種、三種、一種或兩種、或一至三種)額外治療劑。在一個實施例中，提供一種用於治療感染HIV或有感染HBV風險之人類之感染的方法，其包含向該人類投與治療有效量的本文所揭示之化合物或其醫藥學上可接受之鹽，以及治療有效量的一或多種(例如一種、兩種、三種、一種或兩種、或一至三種)額外治療劑。

在各種實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一或多種(例如一種、兩種、三種、一種或兩種、或一至三種)額外治療劑組合投與。

在某些實施例中，提供用於治療HIV感染之方法，其包含向有需要之患者投與治療有效量的本文所揭示之化合物、或其醫藥學上可接受之鹽，以及治療有效量的一或多種(例如一種、兩種、三種、一種或兩種、或一至三種)適於治療HIV感染之額外治療劑。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一種、兩種、三種、四種或更多種額外治療劑及醫藥學上可接受之載劑共調配。在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與兩種額外治療劑組合。適當時，該一種、兩種、三種、四種或更多種額外治療劑可為選自相同種類治療劑之不同治療劑，及/或其可選自不同種類之治療劑。HIV 組合療法之投與

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一或多種額外治療劑一起投與。本文所揭示之化合物與一或多種額外治療劑之共投與一般係指本文所揭示之化合物與一或多種額外治療劑之同時或並行、或依序投與，由此使治療有效量的本文所揭示之化合物及一或多種額外治療劑皆存在於患者體內。當依序投與時，該組合可分兩次或兩次以上投藥來投與。

共投與包括在投與單位劑量之一或多種額外治療劑之前或之後，投與單位劑量的本文所揭示之化合物。舉例而言，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體可在投與該一或多種額外治療劑之數秒、數分鐘或數小時內投與。在一些實施例中，先投與單位劑量的本文所揭示之一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體，隨後，在數秒或數分鐘內投與單位劑量的一或多種額外治療劑。或者，先投與單位劑量的一或多種額外治療劑，隨後在數秒或數分鐘內投與單位劑量的本文所揭示之一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體。在其他實施例中，先投與單位劑量的本文所揭示之一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體，隨後，在數小時(例如1-12小時)時間之後，投與單位劑量的一或多種額外治療劑。在又其他實施例中，先投與單位劑量的一或多種額外治療劑，隨後，在數小時(例如1-12小時)時間之後，投與單位劑量的本文所揭示之一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體。

在某些實施例中，將本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體與一或多種額外治療劑組合於單位劑型中以同時或並行地投與患者，例如以水性調配物形式用於靜脈內、肌肉內、皮內或皮下投與。在某些實施例中，將本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體與一或多種額外治療劑組合於單位劑型中以同時或並行地投與患者，例如呈直腸內栓劑形式。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體可與一或多種可用於治療HIV之額外化合物共調配或共投與。在某些實施例中，該共調配或共投與可包含用於治療HIV之另一種活性劑，諸如抗HIV抗體、鐸樣受體(TLR)促效劑、免疫檢查點抑制劑、HIV蛋白酶抑制劑、HIV非核苷或非核苷酸逆轉錄酶抑制劑、HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、藥物動力學增強劑以及其組合。

在某些實施例中，適當時，該一或多種活性劑適於每日一次給予、每週給予、每月給予、每3個月給予、每四個月給予、每兩年給予或每年給予。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體及一或多種額外治療劑可為抗HIV劑。在一些情況下，額外治療劑額外治療劑可為HIV蛋白酶抑制劑、HIV非核苷或非核苷酸逆轉錄酶抑制劑、HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入抑制劑、HIV成熟抑制劑、HIV衣殼抑制劑、HIV Tat或Rev抑制劑、免疫調節劑、免疫治療劑、抗體-藥物結合物、基因修飾劑、基因編輯劑(諸如CRISPR/Cas9、鋅指核酸酶、歸巢核酸酶、合成核酸酶、TALEN)、細胞療法(諸如嵌合抗原受體T細胞、CAR-T及工程改造之T細胞受體、TCR-T、自體T細胞療法、工程改造之B細胞)、潛伏期逆轉劑、基於免疫之療法、磷脂醯肌醇3-激酶(PI3K)抑制劑、HIV抗體、雙特異性抗體及「抗體樣」治療蛋白、HIV p17基質蛋白抑制劑、IL-13拮抗劑、肽基-脯胺醯基順-反異構酶A調節劑、蛋白質二硫鍵異構酶抑制劑、補體C5a受體拮抗劑、DNA甲基轉移酶抑制劑、HIV vif基因調節劑、Vif二聚化拮抗劑、HIV-1病毒感染因子抑制劑、HIV-1 Nef調節劑、Hck酪胺酸激酶調節劑、混合譜系激酶-3(MLK-3)抑制劑、HIV-1剪接抑制劑、整合素拮抗劑、核蛋白抑制劑、剪接因子調節劑、含COMM域蛋白質1調節劑、HIV核糖核酸酶H抑制劑、逆細胞週期素調節劑、CDK-9抑制劑、樹突狀ICAM-3結合非整合素1抑制劑、HIV GAG蛋白質抑制劑、HIV POL蛋白質抑制劑、補體因子H調節劑、泛素連接酶抑制劑、脫氧胞苷激酶抑制劑、細胞週期素依賴性激酶抑制劑、前蛋白轉化酶PC9刺激劑、ATP依賴性RNA解螺旋酶DDX3X抑制劑、逆轉錄酶激發複合體抑制劑、G6PD及NADH-氧化酶抑制劑、藥物動力學增強劑、HIV基因療法、HIV疫苗，以及其組合。

在一些實施例中，該額外治療劑係選自由以下組成之群：用於HIV之組合藥物、用於治療HIV之其他藥物、HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑、潛伏期逆轉劑、衣殼抑制劑、基於免疫之療法、PI3K抑制劑、HIV抗體，及雙特異性抗體，及「抗體樣」治療蛋白，以及其組合。組合藥物

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV組合藥物組合或共投與。可與本發明至藥劑一起使用的組合藥物之實例包括ATRIPLA®(依法韋侖(efavirenz)、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯(tenofovir disoproxil fumarate)及恩曲他濱(emtricitabine))；COMPLERA® (EVIPLERA®；利匹韋林(rilpivirine)、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱)；STRIBILD® (埃替格韋(elvitegravir)、考比西他(cobicistat)、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱)；TRUVADA®(反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱；TDF+FTC)；DESCOVY® (替諾福韋艾拉酚胺(tenofovir alafenamide)及恩曲他濱)；ODEFSEY® (替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱及利匹韋林)；GENVOYA® (替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱、考比西他及埃替格韋)；地瑞那韋(darunavir)、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱及考比西他；依法韋侖、拉米夫定(lamivudine)及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；拉米夫定及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；替諾福韋及拉米夫定；替諾福韋艾拉酚胺及恩曲他濱；半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺及恩曲他濱；半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱及利匹韋林；半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱、考比西他及埃替格韋；COMBIVIR®(齊多夫定(zidovudine)及拉米夫定；AZT+3TC)；EPZICOM®(LIVEXA®；硫酸阿巴卡韋(abacavir sulfate)及拉米夫定；ABC+3TC)；KALETRA® (ALUVIA®；洛匹那韋(lopinavir)及利托那韋(ritonavir))；TRIUMEQ® (都魯拉韋(dolutegravir)、阿巴卡韋(abacavir)及拉米夫定)；BIKTARVY(比特雷韋(bictegravir)+恩曲他濱+替諾福韋艾拉酚胺)、DOVATO、TRIZIVIR®(硫酸阿巴卡韋、齊多夫定及拉米夫定；ABC+AZT+3TC)；阿紮那韋(atazanavir)及考比西他；硫酸阿紮那韋及考比西他；硫酸阿紮那韋及利托那韋；地瑞那韋及考比西他；都魯拉韋及利匹韋林；都魯拉韋及鹽酸利匹韋林；都魯拉韋、硫酸阿巴卡韋及拉米夫定；拉米夫定、奈韋拉平(nevirapine)及齊多夫定；勞特雷韋(raltegravir)及拉米夫定；多拉韋林(doravirine)、拉米夫定及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；多拉韋林、拉米夫定及替諾福韋二吡呋酯；都魯拉韋+拉米夫定、拉米夫定+阿巴卡韋+齊多夫定、拉米夫定+阿巴卡韋、拉米夫定+反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、拉米夫定+齊多夫定+奈韋拉平、洛匹那韋+利托那韋；洛匹那韋+利托那韋+阿巴卡韋+拉米夫定、洛匹那韋+利托那韋+齊多夫定+拉米夫定、替諾福韋+拉米夫定；及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯+恩曲他濱+鹽酸利匹韋林；洛匹那韋、利托那韋、齊多夫定及拉米夫定；卡伯格韋(cabotegravir)+利匹韋林；爾必達(elpida)(艾法韋林(elsulfavirine)；VM-1500；VM-1500A)。

可與本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體組合的用於治療HIV之其他藥物的實例包括醋孟南(acemannan)、阿拉泊韋(alisporivir)、BanLec、去鐵酮(deferiprone)、格瑪木因(Gamimune)、米特法林(metenkefalin)、納曲酮(naltrexone)、普拉斯汀(Prolastin)、REP 9、RPI-MN、VSSP、H1viral、SB-728-T、1,5-二咖啡醯奎寧酸、rHIV7-shl-TAR-CCR5RZ、AAV-eCD4-Ig基因療法、MazF基因療法、BlockAide、ABX-464、AG-1105、APH-0812、BIT-225、CYT-107、HGTV-43、HPH-116、HS-10234、IMO-3100、IND-02、MK-1376、MK-2048、MK-4250、MK-8507、MK-8591、NOV-205、PA-1050040 (PA-040)、PGN-007、SCY-635、SB-9200、SCB-719、TR-452、TEV-90110、TEV-90112、TEV-90111、TEV-90113、RN-18、Immuglo及VIR-576。HIV 蛋白酶抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV蛋白酶抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV蛋白酶抑制劑之實例包括安普那韋(amprenavir)、阿紮那韋、貝卡那韋(brecanavir)、地瑞那韋、夫沙那韋(fosamprenavir)、夫沙那韋鈣、茚地那韋(indinavir)、硫酸茚地那韋、洛匹那韋、奈非那韋(nelfinavir)、甲磺酸奈非那韋、利托那韋、沙奎那韋(saquinavir)、甲磺酸沙喹那韋、替拉那韋(tipranavir)、DG-17、TMB-657 (PPL-100)、T-169、BL-008、MK-8122、TMB-607及TMC-310911。HIV 逆轉錄酶抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與非核苷或非核苷酸抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV非核苷或非核苷酸逆轉錄酶抑制劑之實例包括達匹韋林(dapivirine)、地拉韋定(delavirdine)、甲磺酸地拉韋定、多拉韋林、依法韋侖、依曲韋林(etravirine)、磨菇多糖、奈韋拉平、利匹韋林、ACC-007、AIC-292、KM-023、PC-1005及艾法韋林(VM-1500)。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV核苷或核苷酸抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑之實例包括阿德福韋(adefovir)、阿德福韋雙匹酯(adefovir dipivoxil)、阿茲夫定(azvudine)、恩曲他濱、替諾福韋、替諾福韋艾拉酚胺、反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、替諾福韋二吡呋酯、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、半反丁烯二酸替諾福韋雙索酯、VIDEX®及VIDEX EC® (地達諾新(didanosine)，ddl)、阿巴卡韋、硫酸阿巴卡韋、阿洛夫定(alovudine)、阿立他濱(apricitabine)、森沙戊定(censavudine)、地達諾新、艾夫他賓(elvucitabine)、非替那韋(festinavir)、氟沙定替酯(fosalvudine tidoxil)、CMX-157、達匹韋林、多拉韋林、依曲韋林、OCR-5753、乳清酸替諾福韋二吡呋酯、福齊夫定替酯(fozivudine tidoxil)、拉米夫定、福斯非茲(phosphazid)、司他夫定(stavudine)、紮西他賓(zalcitabine)、齊多夫定、羅法福韋艾拉酚胺(rovafovir etalafenamide) (GS-9131)、GS-9148、MK-8504、MK-8591、MK-858、VM-2500及KP-1461。HIV 整合酶抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV整合酶抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV整合酶抑制劑之實例包括埃替格韋、薑黃素、薑黃素之衍生物、菊苣酸、菊苣酸之衍生物、3,5-二咖啡醯奎寧酸、3,5-二咖啡醯奎寧酸之衍生物、金黃三羧酸、金黃三羧酸之衍生物、咖啡酸苯乙酯、咖啡酸苯乙酯之衍生物、酪胺酸磷酸化抑制劑、酪胺酸磷酸化抑制劑之衍生物、槲皮素、槲皮素之衍生物、勞特雷韋、都魯拉韋、JTK-351、比特雷韋(bictegravir)、AVX-15567、卡伯格韋(cabotegravir) (長效注射液)、二酮喹啉-4-1衍生物、整合酶-LEDGF抑制劑、萊德金(ledgins)、M-522、M-532、NSC-310217、NSC-371056、NSC-48240、NSC-642710、NSC-699171、NSC-699172、NSC-699173、NSC-699174、芪二磺酸、T 169、VM-3500及卡伯格韋。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV非催化位點或異位整合酶抑制劑(NCINI)組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV非催化位點或異位整合酶抑制劑(NCINI)之實例包括CX-05045、CX-05168及CX-14442。HIV 進入抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV進入抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV進入(融合)抑制劑之實例包括森尼韋若(cenicriviroc)、CCR5抑制劑、gp41抑制劑、CD4連接抑制劑、gp120抑制劑及CXCR4抑制劑。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與CCR5抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的CCR5抑制劑之實例包括阿普維若(aplaviroc)、維克維若(vicriviroc)、馬拉維若(maraviroc)、森尼維若、勒羅利姆單抗(leronlimab) (PRO-140)、艾達他韋(adaptavir) (RAP-101)、尼非維若(nifeviroc) (TD-0232)、抗GP120/CD4或CCR5雙特異性抗體、B-07、MB-66、多肽C25P、TD-0680及vMIP (海米普(Haimipu))。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與gp41抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的gp41抑制劑之實例包括艾博韋他(albuvirtide)、恩夫韋地(enfuvirtide)、BMS-986197、恩夫韋地改良型生物藥品、恩夫韋地生物類似物、HIV-1融合抑制劑(P26-Bapc)、ITV-1、ITV-2、ITV-3、ITV-4、、PIE-12三聚體及西夫韋他(sifuvirtide)。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與CD4連接抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的CD4連接抑制劑之實例包括伊巴珠單抗(ibalizumab)及CADA類似物。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與gp120抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的gp120抑制劑之實例包括Radha-108(瑞西普托(receptol))3B3-PE38、BanLec、基於膨潤土之奈米藥物、福斯薩維緩血酸胺(fostemsavir tromethamine)、IQP-0831及BMS-663068。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與CXCR4抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的CXCR4抑制劑之實例包括普樂沙福(plerixafor)、ALT-1188、N15肽及vMIP(海米普)。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV成熟抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的HIV成熟抑制劑之實例包括BMS-955176、GSK-3640254及GSK-2838232。潛伏期逆轉劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與潛伏期逆轉劑(LRA)組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的潛伏期逆轉劑之實例包括鐸樣受體(TLR)促效劑(包括TLR7促效劑，例如GS-9620)、組蛋白脫乙醯基酶(HDAC)抑制劑、蛋白酶體抑制劑(諸如萬珂(velcade))、蛋白激酶C(PKC)活化劑、Smyd2抑制劑、BET-布羅莫域4 (BRD4)抑制劑、離子黴素、IAP拮抗劑(細胞凋亡蛋白質之抑制劑，諸如APG-1387、LBW-242)、第二粒線體源性凋亡蛋白酶活化物(SMAC；NCBI基因ID: 56616)模擬劑(包括西帕韋(ciapavir)、BI-891065、TL32711、LCL161、GDC-0917、HGS1029、AT-406)、PMA、SAHA (辛二醯苯胺異羥肟酸、或辛二醯基、醯苯胺及異羥肟酸)、NIZ-985、IL-15調節抗體(包括IL-15、IL-15融合蛋白及IL-15受體促效劑)、JQ1、二硫龍(disulfiram)、兩性黴素B(amphotericin B)，及泛素抑制劑，諸如拉格唑拉類似物(largazole analog)、APH-0812及GSK-343。PKC活化劑之實例包括吲哚拉坦(indolactam)、普羅斯坦(prostratin)、巨大戟醇B，及DAG-內酯。組蛋白脫乙醯基酶 (HDAC) 抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與組蛋白脫乙醯基酶，例如組蛋白脫乙醯基酶9(HDAC9、HD7、HD7b、HD9、HDAC、HDAC7、HDAC7B、HDAC9B、HDAC9FL、HDRP、MITR；基因ID: 9734)之抑制劑組合或共投與。HDAC抑制劑之實例包括(但不限於)阿貝司他(abexinostat)、ACY-241、AR-42、BEBT-908、貝林司他(belinostat)、CKD-581、CS-055 (HBI-8000)、CUDC-907(非米司他(fimepinostat))、恩替諾特(entinostat)、吉韋諾他(givinostat)、莫塞諾他(mocetinostat)、帕比諾他(panobinostat)、普拉諾他(pracinostat)、奎西諾他(quisinostat) (JNJ-26481585)、雷米諾他(resminostat)、瑞科諾他(ricolinostat)、羅米地辛(romidepsin)、SHP-141、丙戊酸(VAL-001)、伏立諾他(vorinostat)、替諾斯汀(tinostamustine)、雷米諾他(remetinostat)、恩替諾他(entinostat)。衣殼抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與衣殼抑制劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的衣殼抑制劑之實例包括衣殼聚合抑制劑或衣殼破壞化合物、HIV核衣殼p7 (NCp7)抑制劑(諸如偶氮二甲醯胺)、HIV p24衣殼蛋白抑制劑、GS-6207 (利那卡帕韋(lenacapavir))、GS-CA1、AVI-621、AVI-101、AVI-201、AVI-301及AVI-CAN1-15系列、及該專利(GSK WO2019/087016)中所描述之化合物。免疫檢查點調節劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一或多阻斷劑、抑制性免疫檢查點蛋白或受體之拮抗劑抑制劑及/或與一或多種刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種刺激劑、活化劑或促效劑組合或共投與。抑制性免疫檢查點之阻斷或抑制可積極地調控T細胞或NK細胞活化，並防止受感染細胞之免疫逃避。刺激性免疫檢查點之活化或刺激可加強免疫檢查點抑制劑在感染性治療劑中之作用。在各種實施例中，免疫檢查點蛋白或受體調控T細胞反應(例如評述於Xu等人, J Exp Clin Cancer Res. (2018) 37:110中)。在各種實施例中，免疫檢查點蛋白或受體調控NK細胞反應(例如評述於Davis等人, Semin Immunol. (2017) 31:64-75及Chiossone等人, Nat Rev Immunol. (2018) 18(11):671-688中)。

免疫檢查點蛋白或受體之實例包括(但不限於) CD27(NCBI基因ID: 939)、CD70(NCBI基因ID: 970)、CD40(NCBI基因ID: 958)、CD40LG (NCBI基因ID: 959)、CD47(NCBI基因ID: 961)、CD48 (SLAMF2；NCBI基因ID: 962)、含跨膜域及免疫球蛋白域蛋白2 (TMIGD2、CD28H；NCBI基因ID: 126259)、CD84 (LY9B、SLAMF5；NCBI Gene ID: 8832)、CD96 (NCBI Gene ID: 10225)、CD160 (NCBI Gene ID: 11126)、MS4A1 (CD20；NCBI Gene ID: 931)、CD244 (SLAMF4；NCBI基因ID: 51744)；CD276 (B7H3；NCBI基因ID: 80381)；含V-set域之T細胞活化抑制劑1 (VTCN1、B7H4；NCBI基因ID: 79679)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA；NCBI基因ID: 64115)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3；NCBI基因ID: 152404)；自然殺手細胞細胞毒性受體3配體1 (NCR3LG1、B7H6；NCBI基因ID: 374383)；HERV-H LTR相關蛋白2 (HHLA2、B7H7；NCBI基因ID: 11148)；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278；NCBI基因ID: 29851)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2；NCBI基因ID: 23308)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40；NCBI基因ID: 7293)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L；NCBI基因ID: 7292)；TNFRSF8 (CD30；NCBI基因ID: 943)、TNFSF8 (CD30L；NCBI基因ID: 944)；TNFRSF10A (CD261、DR4、TRAILR1；NCBI基因ID: 8797)、TNFRSF9 (CD137；NCBI基因ID: 3604)、TNFSF9 (CD137L；NCBI基因ID: 8744)；TNFRSF10B (CD262、DR5、TRAILR2；NCBI基因ID: 8795)、TNFRSF10 (TRAIL；NCBI基因ID: 8743)；TNFRSF14 (HVEM、CD270；NCBI基因ID: 8764)、TNFSF14 (HVEML；NCBI基因ID: 8740)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA)；NCBI基因ID: 151888)；TNFRSF17 (BCMA、CD269；NCBI基因ID: 608)、TNFSF13B (BAFF；NCBI基因ID: 10673)；TNFRSF18 (GITR；NCBI基因ID: 8784)、TNFSF18 (GITRL；NCBI基因ID: 8995)；I類MHC多肽相關序列A (MICA；NCBI基因ID: 100507436)；I類MHC多肽相關序列B (MICB；NCBI基因ID: 4277)；CD274 (CD274、PDL1、PD-L1；NCBI基因ID: 29126)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1；CD279；NCBI基因ID: 5133)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152；NCBI基因ID: 1493)；CD80 (B7-1；NCBI基因ID: 941)、CD28 (NCBI基因ID: 940)；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112；NCBI基因ID: 5819)；CD226 (DNAM-1；NCBI基因ID: 10666)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155；NCBI基因ID: 5817)；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R；NCBI基因ID: 79037)；含Ig域及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT；NCBI基因ID: 201633)；含免疫球蛋白免疫球蛋白及黏蛋白域蛋白4 (TIMD4；TIM4；NCBI基因ID: 91937)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3；NCBI基因ID: 84868)；半乳糖凝集素9 (LGALS9；NCBI基因ID: 3965)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223；NCBI基因ID: 3902)；信號傳導淋巴球性活化分子家族成員1 (SLAMF1、SLAM、CD150；NCBI基因ID: 6504)；淋巴球抗原9 (LY9、CD229、SLAMF3；NCBI基因ID: 4063)；SLAM家族成員6 (SLAMF6、CD352；NCBI基因ID: 114836)；SLAM家族成員7 (SLAMF7、CD319；NCBI基因ID: 57823)；UL16結合蛋白1 (ULBP1；NCBI基因ID: 80329)；UL16結合蛋白2 (ULBP2；NCBI基因ID: 80328)；UL16結合蛋白3 (ULBP3；NCBI基因ID: 79465)；視黃酸早期轉錄物1E (RAET1E；ULBP4；NCBI基因ID: 135250)；視黃酸早期轉錄物1G (RAET1G；ULBP5；NCBI基因ID: 353091)；視黃酸早期轉錄物1L (RAET1L；ULBP6；NCBI基因ID: 154064)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A；NCBI基因ID: 3821)；殺手細胞凝集素樣受體K1 (KLRK1、NKG2D、CD314；NCBI基因ID: 22914)；殺手細胞凝集素樣受體C2 (KLRC2、CD159c、NKG2C；NCBI基因ID: 3822)；殺手細胞凝集素樣受體C3 (KLRC3、NKG2E；NCBI基因ID: 3823)；殺手細胞凝集素樣受體C4 (KLRC4、NKG2F；NCBI基因ID: 8302)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1；NCBI基因ID: 3802)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2；NCBI基因ID: 3803)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3；NCBI基因ID: 3804)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1、KIR、CD158E1；NCBI基因ID: 3811) (例如利瑞路單抗(Lirilumab) (IPH2102/BMS-986015)、IPH-4102)；以及殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1；NCBI基因ID: 3824)。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一或多種T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑組合或共投與。例示性T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體包括(但不限於)CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。利瑞路單抗係結合至並阻斷KIR2DL1/2L3受體之例示性抗體。在各種實施例中，本文所描述之融合多肽、聚核苷酸、載體、LNP、免疫原性組合物及/或醫藥組合物係與一或多種T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑組合。例示性T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體包括(但不限於)CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；CD244 (2B4、SLAMF4)、脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。參見例如Xu等人, J Exp Clin Cancer Res. (2018) 37:110。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與一或多種NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑組合或共投與。例示性NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體包括(但不限於)殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體，雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)，例蒙利珠單抗(monalizumab)(IPH2201)；及殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1、CD94)。在各種實施例中，本文所描述之藥劑係與一或多種NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑組合。例示性NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體包括(但不限於)CD16、CD226 (DNAM-1)；CD244 (2B4、SLAMF4)；殺手細胞凝集素樣受體K1 (KLRK1、NKG2D、CD314)；SLAM家族成員7 (SLAMF7)。參見例如Davis等人, Semin Immunol. (2017) 31:64-75；Fang等人, Semin Immunol. (2017) 31:37-54；及Chiossone等人, Nat Rev Immunol. (2018) 18(11):671-688。

在一些實施例中，該一或多種免疫檢查點抑制劑包含PD-L1 (CD274)、PD-1 (PDCD1)或CTLA4之蛋白質(例如抗體或其片段、或抗體模擬物)抑制劑。在一些實施例中，該一或多種免疫檢查點抑制劑包含PD-L1 (CD274)、PD-1 (PDCD1)或CTLA4之小有機分子抑制劑。在一些實施例中，CD274或PDCD1之小分子抑制劑選自由以下組成之群：GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。在一些實施例中，CTLA4之小分子抑制劑包含BPI-002。

可共投與的CTLA4之抑制劑之實例包括(但不限於)伊匹單抗、曲美木單抗、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884(紮弗利單抗)、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、BPI-002以及多特異性抑制劑FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)及AK-104 (CTLA4/PD-1)。

可共投與的PD-L1 (CD274)或PD-1 (PDCD1)之抑制劑的實例包括(但不限於)派姆單抗、納武單抗、西米單抗、皮立珠單抗、AB122(賽帕利單抗)、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗、阿特珠單抗、阿維魯單抗、德瓦魯單抗、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗)、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗)、JS-001 (特瑞普利單抗)、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗)、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗)、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗)、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、GS-4224、GS-4416、INCB086550、MAX10181，以及多特異性抑制劑FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)及INBRX-105 (4-1BB/PDL1)。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與抗TIGIT抗體，諸如厄提吉利單抗(etigilimab)、BMS-986207、替拉格魯單抗(tiragolumab)(亦稱為MTIG-7192A；RG-6058；RO 7092284)、AGEN1307、AGEN1327、AGEN1777、COM-902、IBI-939、AB154、MG1131及EOS884448(EOS-448)組合或共投與。TNF 受體超家族 (TNFRSF) 成員促效劑或活化劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體與一或多個TNF受體超家族(TNFRSF)成員之一或多種促效劑，例如以下中之一或多種的促效劑組合或共投與：TNFRSF1A (NCBI基因ID: 7132)、TNFRSF1B (NCBI基因ID: 7133)、TNFRSF4 (OX40、CD134；NCBI基因ID: 7293)、TNFRSF5 (CD40；NCBI基因ID: 958)、TNFRSF6 (FAS，NCBI基因ID: 355)、TNFRSF7 (CD27，NCBI基因ID: 939)、TNFRSF8 (CD30，NCBI基因ID: 943)、TNFRSF9 (4-1BB、CD137，NCBI基因ID: 3604)、TNFRSF10A (CD261、DR4、TRAILR1，NCBI基因ID: 8797)、TNFRSF10B (CD262、DR5、TRAILR2，NCBI基因ID: 8795)、TNFRSF10C (CD263、TRAILR3，NCBI基因ID: 8794)、TNFRSF10D (CD264、TRAILR4，NCBI基因ID: 8793)、TNFRSF11A (CD265、RANK，NCBI基因ID: 8792)、TNFRSF11B (NCBI基因ID: 4982)、TNFRSF12A (CD266，NCBI基因ID: 51330)、TNFRSF13B (CD267，NCBI基因ID: 23495)、TNFRSF13C (CD268，NCBI基因ID: 115650)、TNFRSF16 (NGFR、CD271，NCBI基因ID: 4804)、TNFRSF17 (BCMA、CD269，NCBI基因ID: 608)、TNFRSF18 (GITR、CD357，NCBI基因ID: 8784)、TNFRSF19 (NCBI基因ID: 55504)、TNFRSF21 (CD358、DR6，NCBI基因ID: 27242)及TNFRSF25 (DR3，NCBI基因ID: 8718)。

可共投與之示例抗TNFRSF4 (OX40)抗體包括(但不限於)MEDI6469、MEDI6383、MEDI0562 (塔沃西單抗(tavolixizumab))、MOXR0916、PF-04518600、RG-7888、GSK-3174998、INCAGN1949、BMS-986178、GBR-8383、ABBV-368，以及WO2016179517、WO2017096179、WO2017096182、WO2017096281及WO2018089628中所述之抗體。

可共投與之示例抗TNFRSF5 (CD40)抗體包括(但不限於)RG7876、SEA-CD40、APX-005M及ABBV-428。

在一些實施例中，抗TNFRSF7 (CD27)抗體瓦里木單抗(varlilumab) (CDX-1127)係共投與。

可共投與之示例抗TNFRSF9 (4-1BB、CD137)抗體包括(但不限於)烏瑞魯單抗(urelumab)、烏圖木單抗(utomilumab) (PF-05082566)、AGEN2373及ADG-106。

可共投與之示例抗TNFRSF18 (GITR)抗體包括(但不限於)MEDI1873、FPA-154、INCAGN-1876、TRX-518、BMS-986156、MK-1248、GWN-323，以及WO2017096179、WO2017096276、WO2017096189及WO2018089628中所述之抗體。在一些實施例中，共靶向TNFRSF4 (OX40)及TNFRSF18 (GITR)之抗體或其片段係共投與。該等抗體描述於例如WO2017096179及WO2018089628中。雙特異性及三特異性自然殺手 (NK) 細胞接合子

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與針對NK細胞活化受體之雙特異性NK細胞接合子(BiKE)或三特異性NK細胞接合子(TriKE)(例如不具有Fc)或雙特異性抗體(例如具有Fc)組合或共投與，該NK細胞活化受體例如CD16A、C型凝集素受體(CD94/NKG2C、NKG2D、NKG2E/H及NKG2F)、天然細胞毒性受體(NKp30、NKp44及NKp46)、殺手細胞C型凝集素樣受體(NKp65、NKp80)、Fc受體FcγR(其介導抗體依賴性細胞毒性)、SLAM家族受體(例如2B4、SLAM6及SLAM7)、殺手細胞免疫球蛋白樣受體(KIR)(KIR-2DS及KIR-3DS)、DNAM-1及CD137(41BBA，適當時，該等抗CD16結合雙特異性分子可具有或可不具有Fc。可共投與之例示性雙特異性NK細胞接合子靶向CD16及如本文所描述之一或多種HIV相關抗原。BiKE及TriKE描述於例如Felices等人, Methods Mol Biol. (2016) 1441:333-346；Fang等人, Semin Immunol. (2017) 31:37-54。三特異性NK細胞接合子(TRiKE)之實例包括OXS-3550及CD16-IL-15-B7H3 TriKe。吲哚胺 - 吡咯 - 2 , 3 - 雙加氧酶 ( IDO1 ) 抑制劑

在各種實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與吲哚胺2,3-雙加氧酶1(IDO1；NCBI基因ID: 3620)之抑制劑組合。IDO1抑制劑之實例包括(但不限於)BLV-0801、艾卡哚司他(epacadostat)、F-001287、GBV-1012、GBV-1028、GDC-0919、因多莫得(indoximod)、NKTR-218、基於NLG-919之疫苗、PF-06840003、哌喃並萘醌衍生物(SN-35837)、雷米諾他(resminostat)、SBLK-200802、BMS-986205及shIDO-ST、EOS-200271、KHK-2455、LY-3381916。鐸樣受體 (TLR) 促效劑

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸或表現此類融合多肽之載體係與鐸樣受體(TLR)之促效劑組合或共投與，該促效劑例如TLR1 (NCBI基因ID: 7096)、TLR2 (NCBI基因ID: 7097)、TLR3 (NCBI基因ID: 7098)、TLR4 (NCBI基因ID: 7099)、TLR5 (NCBI基因ID: 7100)、TLR6 (NCBI基因ID: 10333)、TLR7 (NCBI基因ID: 51284)、TLR8 (NCBI基因ID: 51311)、TLR9 (NCBI基因ID: 54106)及/或TLR10 (NCBI基因ID: 81793)之促效劑。可共投與之示例TLR7促效劑包括(但不限於)AL-034、DSP-0509、GS-9620 (維沙莫特)、LHC-165、TMX-101 (咪喹莫特)、GSK-2245035、雷西莫特、DSR-6434、DSP-3025、IMO-4200、MCT-465、MEDI-9197、3M-051、SB-9922、3M-052、林托普、TMX-30X、TMX-202、RG-7863、RG-7854、RG-7795，以及以下中所揭示之化合物：US20100143301 (Gilead Sciences)、US20110098248 (Gilead Sciences)及US20090047249 (Gilead Sciences)、US20140045849 (Janssen)、US20140073642 (Janssen)、WO2014/056953 (Janssen)、WO2014/076221 (Janssen)、WO2014/128189 (Janssen)、US20140350031 (Janssen)、WO2014/023813 (Janssen)、US20080234251 (Array Biopharma)、US20080306050 (Array Biopharma)、US20100029585 (Ventirx Pharma)、US20110092485 (Ventirx Pharma)、US20110118235 (Ventirx Pharma)、US20120082658 (Ventirx Pharma)、US20120219615 (Ventirx Pharma)、US20140066432 (Ventirx Pharma)、US20140088085 (Ventirx Pharma)、US20140275167 (Novira Therapeutics)及US20130251673 (Novira Therapeutics)。可共投與之例示性雙重TLR7/TLR8促效劑包括CV8102、NKTR-262、特拉莫德及BDB-001。可共投與之示例TLR8促效劑包括(但不限於) E-6887、IMO-4200、IMO-8400、IMO-9200、MCT-465、MEDI-9197、莫托莫特、雷西莫特、GS-9688、VTX-1463、VTX-763、3M-051、3M-052，以及以下中所揭示之化合物：US20140045849 (Janssen)、US20140073642 (Janssen)、WO2014/056953 (Janssen)、WO2014/076221 (Janssen)、WO2014/128189 (Janssen)、US20140350031 (Janssen)、WO2014/023813 (Janssen)、US20080234251 (Array Biopharma)、US20080306050 (Array Biopharma)、US20100029585 (Ventirx Pharma)、US20110092485 (Ventirx Pharma)、US20110118235 (Ventirx Pharma)、US20120082658 (Ventirx Pharma)、US20120219615 (Ventirx Pharma)、US20140066432 (Ventirx Pharma)、US20140088085 (Ventirx Pharma)、US20140275167 (Novira Therapeutics)及US20130251673 (Novira Therapeutics)。可共投與之示例TLR9促效劑包括(但不限於)AST-008、庫比莫德、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、利尼莫德、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿托莫特、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、勒托莫特(MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德及PUL-042。TLR3促效劑之實例包括瑞他立德(rintatolimod)、聚ICLC、RIBOXXON®、阿伯辛(Apoxxim)、RIBOXXIM®、IPH-33、MCT-465、MCT-475及ND-1.1。TLR4促效劑之實例包括G-100及GSK-1795091。在一些實施例中，TLR促效劑係選自以下之非編碼免疫刺激性聚核苷酸：病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102)。STING 促效劑、 RIG - I 及 NOD2 調節劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與干擾素基因刺激蛋白(STING)受體(亦稱為干擾素反應刺激因子cGAMP相互作用因子1(STING1)；跨膜蛋白173(TMEM173)；NCBI基因ID: 340061)促效劑組合或共投與。在一些實施例中，STING受體促效劑或活化劑選自由以下組成之群：ADU-S100 (MIW-815)、SB-11285、MK-1454、SR-8291、AdVCA0848、GSK-532、SYN-STING、MSA-1、SR-8291、5,6-二甲基二苯并哌喃酮-4-乙酸(DMXAA)、環狀GAMP (cGAMP)及環狀二-AMP。

在一些實施例中，該額外治療劑係DExD/H盒解螺旋酶58(DDX58；亦稱為RIG-I、RIG1、RIGI、RLR-1、SGMRT2；NCBI基因ID: 23586)之促效劑。例示性RIG-I促效劑包括索那吉韋(inarigivir soproxil)(SB-9200；GS-9992)；Hemann等人,J Immunol , 2016年5月1日, 196(增刊1) 76.1所描述的SB-40、SB-44、CV8102、ORI-7246、ORI-9350、ORI-7537、ORI-9020、ORI-9198、ORI-7170、RGT-100及KIN1148。額外RIG-I促效劑描述於例如Elion等人,Cancer Res . (2018) 78(21):6183-6195；及Liu等人,J Virol . (2016) 90(20):9406-19。RIG-I促效劑係可商購的，例如可購自Invivogen (invivogen.com)。在一些實施例中，本文所描述之藥劑係與含核苷酸結合寡聚化域蛋白2 (NOD2；NCBI基因: 64127)促效劑，諸如索那吉韋(SB-9200；GS-9992)及IR-103組合。LAG-3 及 TIM-3 抑制劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與抗TIM-3(A型肝炎病毒細胞受體2；HAVCR2；CD366、HAVcr-2、KIM-3、SPTCL、TIM3、TIMD-3、TIMD3、Tim-3；NCBI基因ID: 84868)，諸如TSR-022、LY-3321367、MBG-453、INCAGN-2390抗體組合或共投與。

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與抗LAG-3(淋巴球活化蛋白3；LAG3；CD223；NCBI基因ID: 3902)抗體，諸如瑞拉單抗(relatlimab)(ONO-4482)、LAG-525、MK-4280、REGN-3767、INCAGN2385組合或共投與。介白素或細胞介素受體促效劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與細胞介素(例如介白素)受體促效劑，諸如IL-2、IL-7、IL-15、IL-10、IL-12、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、fms相關受體酪胺酸激酶3(FLT3)受體促效劑以及其組合一起組合或共投與。可共同投與之IL-2受體促效劑之實例包括原介白素(阿地介白素、IL-2)；聚乙二醇化IL-2(例如NKTR-214)；IL-2之經修飾變異體(例如THOR-707)、本培阿地介白素(bempegaldesleukin)、AIC-284、ALKS-4230、CUI-101、Neo-2/15。可共投與之IL-15受體促效劑之實例包括ALT-803(諾加噴德α(nogapendekin alfa))、NKTR-255及hetIL-15、介白素-15/Fc融合蛋白、AM-0015、NIZ-985、SO-C101、IL-15辛奧林(Synthorin)(聚乙二醇化Il-15)、P-22339及IL-15-PD-1融合蛋白N-809。可共投與之IL-7受體促效劑之實例包括CYT-107。

可與本發明之藥劑組合的額外基於免疫之療法的實例包括干擾素α；干擾素α-2b；干擾素α-n3；聚乙二醇化干擾素α；干擾素γ；fms相關酪胺酸激酶3(FLT3)促效劑(例如GS-3583、CDX-301)；吉朋(gepon)；諾姆福隆(normferon)、聚乙二醇化干擾素α-2a、聚乙二醇化干擾素α-2b、RPI-MN。磷脂醯肌醇 3 - 激酶 ( PI3K ) 抑制劑

在一些實施例中，本文所描述的免疫原性多肽、編碼此類多肽之聚核苷酸、包含此類多肽或聚核苷酸之載體、LNP及免疫原性組合物係與磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化次單元，例如磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化次單元α(PIK3CA、CLAPO、CLOVE、CWS5、MCAP、MCM、MCMTC、PI3K、PI3K-α、p110-α；NCBI基因ID: 5290)；磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化次單元β(PIK3CB、P110BETA、PI3K、PI3KBETA、PIK3C1；NCBI基因ID: 5291)；磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化次單元γ(PIK3CG、PI3CG、PI3K、PI3Kγ、PIK3、p110γ、p120-PI3K；基因ID: 5494)；及/或磷脂醯肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化次單元δ(PIK3CD、APDS、IMD14、P110DELTA、PI3K、p110D，NCBI基因ID: 5293)之抑制劑組合或共投與。在一些實施例中，PI3K抑制劑係泛PI3K抑制劑。PI3K抑制劑之實例包括(但不限於)ACP-319、AEZA-129、AMG-319、AS252424、AZD8186、BAY 1082439、BEZ235、必米昔布(bimiralisib) (PQR309)、布帕昔布(BKM120)、BYL719 (艾培昔布(alpelisib))、羧胺三唑乳清酸(CTO)、CH5132799、CLR-457、CLR-1401、考班昔布(copanlisib) (BAY 80-6946)、DS-7423、杜維昔布(duvelisib) (IPI-145)、(非米斯他fimepinostat) (CUDC-907)、吉達昔布(gedatolisib) (PF-05212384)、GDC-0032、GDC-0084 (RG7666)、GDC-0077、皮克昔布(pictilisib) (GDC-0941)、GDC-0980、GSK2636771、GSK2269577、艾德昔布(idelalisib) (Zydelig®)、INCB040093、INCB50465、IPI-443、IPI-549、KAR4141、LY294002、LY3023414、NERLYNX® (奈拉替尼(neratinib))、奈米昔布(nemiralisib) (GSK2269557)、奧米昔布(omipalisib) (GSK2126458、GSK458)、OXY111A、帕努昔布(panulisib) (P7170、AK151761)、PA799、哌立福新(perifosine) (KRX-0401)、皮拉昔布(Pilaralisib) (SAR245408；XL147)、甲磺酸普喹替尼(puquitinib mesylate) (XC-302)、SAR260301、塞來昔布(seletalisib) (UCB-5857)、賽拉昔布(serabelisib) (INK-1117、MLN-1117、TAK-117)、SF1126、索諾昔布(sonolisib) (PX-866)、RG7604、瑞戈替布鈉(rigosertib sodium) (ON-01910 sodium)、RP5090、特納昔布(tenalisib) (RP6530)、RV-1729、SRX3177、泰尼昔布(taselisib)、TG100115、溫布昔布(umbralisib) (TGR-1202)、TGX221、沃塔昔布(voxtalisib) (SAR245409)、VS-5584、WX-037、X-339、X-414、XL499、XL756、渥曼青黴素(wortmannin)、ZSTK474，以及以下中所描述之化合物：WO 2005/113556 (ICOS)、WO 2013/052699 (Gilead Calistoga)、WO 2013/116562 (Gilead Calistoga)、WO 2014/100765 (Gilead Calistoga)、WO 2014/100767 (Gilead Calistoga)及WO 2014/201409 (Gilead Sciences)。α - 4 / β - 7 拮抗劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與α-4/β-7拮抗劑組合或共投與。可與本發明之藥劑組合的整合素α-4/β-7拮抗劑之實例包括PTG-100、TRK-170、阿布里單抗(abrilumab)、艾托珠單抗(etrolizumab)、卡洛斯特甲基(carotegrast methyl)及維多珠單抗(vedolizumab)。CD47 抑制劑

在各種實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與CD47(IAP、MER6、OA3；NCBI基因ID: 961；UniProt Q08722)之抑制劑或破壞CD47與SIRPα之結合的藥劑組合或共投與。CD47抑制劑之實例包括(但不限於)抗CD47 mAb (Vx-1004)、抗人類CD47 mAb (CNTO-7108)、CC-90002、CC-90002-ST-001、人類化抗CD47抗體(Hu5F9-G4；馬格利單抗(magrolimab))、NI-1701、NI-1801、RCT-1938、ALX-148、TTI-621、RRx-001、DSP-107、VT-1021、TTI-621、TTI-622、IMM-02及SGN-CD47M，以及以下國際專利公開案中所述之CD47靶向劑：第WO199727873號、第WO199940940號、第WO2002092784號、第WO2005044857號、第WO2009046541號、第WO2010070047號、第WO2011143624號、第WO2012170250號、第WO2013109752號、第WO2013119714號、第WO2014087248號、第WO2015191861號、第WO2016022971號、第WO2016023040號、第WO2016024021號、第WO2016081423號、第WO2016109415號、第WO2016141328號、第WO2016188449號、第WO2017027422號、第WO2017049251號、第WO2017053423號、第WO2017121771號、第WO2017194634號、第WO2017196793號、第WO2017215585號、第WO2018075857號、第WO2018075960號、第WO2018089508號、第WO2018095428號、第WO2018137705號、第WO2018233575號、第WO2019027903號、第WO2019034895號、第WO2019042119號、第WO2019042285號、第WO2019042470號、第WO2019086573號、第WO2019108733號、第WO2019138367號、第WO2019144895號、第WO2019157843號、第WO2019179366號、第WO2019184912號、第WO2019185717號、第WO2019201236號、第WO2019238012號、第WO2019241732號、第WO2020019135號、第WO2020036977號、第WO2020043188號及第WO2020009725號。

可組合或共投與的靶向CD47之示例雙特異性抗體包括(但不限於)IBI-322 (CD47/PD-L1)、IMM-0306 (CD47/CD20)、TJ-L1C4 (CD47/PD-L1)、HX-009 (CD47/PD-1)、PMC-122 (CD47/PD-L1)、PT-217、(CD47/DLL3)、IMM-26011 (CD47/FLT3)、IMM-0207 (CD47/VEGF)、IMM-2902 (CD47/HER2)、BH29xx (CD47/PD-L1)、IMM-03 (CD47/CD20)、IMM-2502 (CD47/PD-L1)、HMBD-004B (CD47/BCMA)、HMBD-004A (CD47/CD33)。抗CD47抗體之實例諸如IBI-188、TJC-4、SHR-1603、HLX-24、LQ-001、IMC-002、ZL-1201、IMM-01、B6H12、GenSci-059、TAY-018、PT-240、1F8-GMCSF、SY-102、KD-015。靶向 HIV 之抗體

可與本發明之藥劑組合的HIV抗體、雙特異性抗體及「抗體樣」治療蛋白之實例包括DARTs®、DUOBODIES®、BITES®、XmAbs®、TandAbs®、Fab衍生物、bNAb(廣泛中和HIV-1抗體)、TMB-360、及靶向HIV gp120或gp41之抗體、靶向HIV之抗體募集分子、抗CD63單株抗體、抗GB病毒C抗體、抗GP120/CD4、CCR5雙特異性抗體、抗Nef單域抗體、抗Rev抗體、駱駝源性抗CD18抗體、駱駝源性抗ICAM-1抗體、DCVax-001、靶向gp140之抗體、基於gp41之HIV治療性抗體、人類重組型mAb (PGT-121)、伊巴珠單抗(ibalizumab)、Immuglo、MB-66。

在某些實施例中，共投與之抗體或其抗原結合片段、或抗原結合分子係或源自於靶向HIV-1之人類中和抗體(例如單株抗體)。「中和抗體」係可在活體外中和HIV在宿主中及/或在目標細胞中引發及/或維持感染之能力的抗體。本發明提供中和性單株人類抗體，其中該抗體識別來自HIV之抗原，例如gp120多肽。在某些實施例中，「中和抗體」可抑制HIV-1病毒，例如SF162及/或JR-CSF之進入，且中和指數＞ 1.5或＞ 2.0 (Kostrikis LG等人, J. Virol.,70(1): 445-458 (1996))。

在一些實施例中，共投與之抗體或其抗原結合片段、或抗原結合分子係或源自於靶向HIV-1之人類廣泛中和抗體(例如單株抗體)。「廣泛中和抗體」意謂在中和分析法中，中和多於一種HIV-1病毒物種(來自不同分枝系及分枝系內之不同病毒株)之抗體。廣泛中和抗體可中和HIV-1之至少2、3、4、5、6、7、8、9種或更多種不同病毒株，該等病毒株屬於相同或不同分枝系。可在組合療法中作為額外治療劑共投與之例示性廣泛中和抗體(bNAb)描述於例如8,673,307；9,493,549；9,783,594；及WO 2012/154312；WO2012/158948；WO 2013/086533；WO 2013/142324；WO2014/063059；WO 2014/089152, WO 2015/048462；WO 2015/103549；WO 2015/117008；WO2016/014484；WO 2016/154003；WO 2016/196975；WO 2016/149710；WO2017/096221；WO 2017/133639；WO 2017/133640，前述各案特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。可共投與之例示性bNAb包括(但不限於)12A12、12A21、NIH45-46、bANC131、8ANC134、IB2530、INC9、8ANC195. 8ANC196、10-259、10-303、10-410、10- 847、10-996、10-1074、10-1121、10-1130、10-1146、10-1341、10-1369及10-1074GM。額外實例包括描述於以下中者：Sajadi, et al., Cell. (2018) 173(7):1783-1795; Sajadi等人, J Infect Dis. (2016) 213(1):156-64；Klein等人, Nature, 492(7427): 118-22 (2012)；Horwitz等人, Proc Natl Acad Sci U S A, 110(41): 16538-43 (2013)；Scheid等人, Science, 333 : 1633-1637 (2011)；Scheid等人, Nature, 458:636-640 (2009)；Eroshkin等人, Nucleic Acids Res., 42 (Database issue):Dl 133-9 (2014)；Mascola等人, Immunol Rev., 254(l):225-44 (2013)，諸如2F5、4E10、M66.6、CAP206-CH12、10E81 (皆結合gp41之MPER)；PG9、PG16、CH01-04 (皆結合V1V2-聚醣)、2G12 (皆結合至外域聚醣)；b12、HJ16、CH103-106、VRC01-03、VRC-PG04、04b、VRC-CH30-34、3BNC62、3BNC89、3BNC91、3BNC95、3BNC104、3BNC176及8ANC131 (皆結合至CD4結合位點)，各文獻特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與結合至選自由以下組成之群之gp120之抗原決定基或區域的廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與：(i)第三可變環(V3)及/或包含N332寡甘露糖聚醣之高甘露糖片段；(ii)第二可變環(V2)及/或Env三聚體頂點；(iii) CD4結合位點(CD4bs)；(iv) gp120/gp41界面；或(v)gp120沉默面。廣泛中和抗體所結合的前述gp120之抗原決定基或區域描述於例如McCoy,Retrovirology (2018) 15:70；Sok及Burton,Nat Immunol . 2018 19(11):1179-1188；Possas等人,Expert Opin Ther Pat . 2018年7月;28(7):551-560；以及Stephenson及Barouch,Curr HIV/AIDS Rep (2016) 13:31-37中，各文獻特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至第三可變環(V3)及/或包含N332寡甘露糖聚醣之高甘露糖片段中的gp120之抗原決定基或區域並與來自選自由以下組成之群的抗體之VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區：GS-9722、PGT-121.60、PGT-121.66、PGT-121、PGT-122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-128、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、10-1074、VRC24、2G12、BG18、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、DH270.1、DH270.6、PGDM12、VRC41.01、PGDM21、PCDN-33A、BF520.1及VRC29.03。結合至第三可變環(V3)及/或包含N332寡甘露糖聚醣之高甘露糖片段中之gp120且可用作第二抗體或其抗原結合片段的額外廣泛中和抗體描述於例如WO 2012/030904；WO 2014/063059；WO 2016/149698；WO 2017/106346；WO 2018/075564、WO 2018/125813及WO 2018/237148中，各文獻特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至CD4結合位點(CD4bs)中的gp120之抗原決定基或區域並與來自選自由以下組成之群之抗體的CDR及/或VH及VL區競爭或包含該抗體之CDR及/或VH及VL區：b12、F105、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC03、VRC06、VRC06b01 VRC08、VRC0801、NIH45-46、GS-9723、3BNC117、3BNC60、VRC-PG04、PGV04；CH103、44-VRC13.01、1NC9、12A12、N6、N49-P7、NC-Cow1、IOMA、CH235及CH235.12、N49P6、N49P7、N49P11、N49P9及N60P25。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至第二可變環(V2)及/或Env三聚體頂點中的gp120之抗原決定基或區域並與來自選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區：PG9、PG16、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGT-145、CH01、CH59、PGDM1400、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E及VRC38.01。結合至第二可變環(V2)及/或Env三聚體頂點中之gp120且可用作第二抗體或其抗原結合片段之額外廣泛中和抗體描述於例如WO 2010/107939；WO 2012/030904；WO 2018/075564；及WO 2018/125813中，各案特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至gp120/gp41界面中的gp120之抗原決定基或區域並與來自選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區：PGT-151、CAP248-2B、35O22、8ANC195、ACS202、VRC34及VRC34.01。結合至gp120/gp41界面中之gp120且可用作第二抗體或其抗原結合片段之額外廣泛中和抗體描述於例如WO 2011/038290、WO 2012/030904及WO2017/079479中，各案特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至gp120沉默面中之抗原決定基或區域並與來自選自由VRC-PG05及SF12組成之群之抗體的VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區。參見例如Schoofs等人, 「Broad and Potent Neutralizing Antibodies Recognize the Silent Face of the HIV Envelope」,Immunity (2019) 5月14日. pii: S1074-7613(19)30194-3 (PMID 31126879)。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與結合至近膜區域(MPER)中gp41之抗原決定基或區域的廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與。結合至MPER中之gp41且可用作第二抗體或其抗原結合片段之額外廣泛中和抗體描述於例如WO 2011/034582、WO 2011/038290、WO 2011/046623及WO 2013/070776中，各案特此以全文引用之方式併入本文中用於所有目的。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至近膜區域(MPER)中的gp41之抗原決定基或區域並與來自選自由以下組成之群之抗體的VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區：10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2及LN01。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現融合多肽之載體係與廣泛中和抗體(bNAb)組合或共投與，該廣泛中和抗體結合至gp41融合肽之抗原決定基或區域並與來自選自由VRC34及ACS202組成之群之抗體的VH及VL區競爭或包含該抗體之VH及VL區。

可共投與之額外抗體的實例包括巴維昔單抗(bavituximab)、UB-421、BF520.1、CH01、CH59、C2F5、C4E10、C2F5+C2G12+C4E10、3BNC117、3BNC117-LS、3BNC60、DH270.1、DH270.6、D1D2、10-1074-LS、GS-9722、DH411-2、BG18、PGT145、PGT121、PGT-121.60、PGT-121.66、PGT122、PGT-123、PGT-124、PGT-125、PGT-126、PGT-151、PGT-130、PGT-133、PGT-134、PGT-135、PGT-128、PGT-136、PGT-137、PGT-138、PGT-139、MDX010 (伊匹單抗)、DH511、DH511-2、N6、N6LS、 N49P6、N49P7、N49P7.1、N49P9、N49P11、N60P1.1、N60P25.1、N60P2.1、N60P31.1、N60P22、NIH 45-46、、PGC14、PGG14、PGT-142、PGT-143、PGT-144、PGDM1400、PGDM12、PGDM21、PCDN-33A、2Dm2m、4Dm2m、6Dm2m、PGDM1400、MDX010 (伊匹單抗)、VRC01、VRC-01-LS、A32、7B2、10E8、VRC-07-523、VRC07-523LS、VRC24、VRC41.01、10E8VLS、3810109、10E8v4、IMC-HIV、iMabm36、eCD4-Ig、IOMA、CAP256-VRC26.25、DRVIA7、VRC-HIVMAB080-00-AB、VRC-HIVMAB060-00-AB、P2G12、VRC07、354BG8、354BG18、354BG42、354BG33、354BG129、354BG188、354BG411、354BG426、VRC29.03、CAP256、CAP256-VRC26.08、CAP256-VRC26.09、CAP256-VRC26.25、PCT64-24E及VRC38.01、PGT-151、CAP248-2B、35O22、ACS202、VRC34及VRC34.01、10E8、10E8v4、10E8-5R-100cF、4E10、DH511.11P、2F5、7b2及LN01。

HIV雙特異性及三特異性抗體之實例包括MGD014、B12BiTe、TMB雙特異性抗體、SAR-441236、VRC-01/PGDM-1400/10E8v4、10E8.4/iMab、10E8v4/PGT121-VRC01。

在一些實施例中，bNAb可在患者中活體內表現。活體內遞送之bNAb之實例包括AAV8-VRC07；編碼抗HIV抗體VRC01之mRNA；以及編碼3BNC117的經工程改造之B細胞(Hartweger等人, J. Exp. Med. 2019, 1301)。藥物動力學增強劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與藥物動力學增強劑組合。可與本發明之藥劑組合的藥物動力學增強劑之實例包括考比西他及利托那韋。額外治療劑

可與本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體組合的額外治療劑之實例包括以下中所揭示之化合物：WO 2004/096286 (Gilead Sciences)、WO 2006/015261 (Gilead Sciences)、WO 2006/110157 (Gilead Sciences)、WO 2012/003497 (Gilead Sciences)、WO 2012/003498 (Gilead Sciences)、WO 2012/145728 (Gilead Sciences)、WO 2013/006738 (Gilead Sciences)、WO 2013/159064 (Gilead Sciences)、WO 2014/100323 (Gilead Sciences)、US 2013/0165489 (University of Pennsylvania)、US 2014/0221378 (Japan Tobacco)、US 2014/0221380 (Japan Tobacco)、WO 2009/062285 (Boehringer Ingelheim)、WO 2010/130034 (Boehringer Ingelheim)、WO 2013/006792 (Pharma Resources)、US 20140221356 (Gilead Sciences)、US 20100143301 (Gilead Sciences)及WO 2013/091096 (Boehringer Ingelheim)。HIV 疫苗

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與HIV疫苗組合。可與本發明之藥劑組合的HIV疫苗之實例包括肽疫苗、重組次單元蛋白質疫苗、活載體疫苗、DNA疫苗、CD4源性肽疫苗、疫苗組合、腺病毒載體疫苗(腺病毒載體，諸如Ad5、Ad26或Ad35)、猴腺病毒(黑猩猩、大猩猩、恆河猴，亦即rhAd)、腺相關病毒載體疫苗、黑猩猩腺病毒疫苗(例如ChAdOX1、ChAd68、ChAd3、ChAd63、ChAd83、ChAd155、ChAd157、Pan5、Pan6、Pan7、Pan9)、基於柯沙奇病毒之疫苗、基於腸溶性病毒之疫苗、大猩猩腺病毒疫苗、基於慢病毒載體之疫苗、沙狀病毒疫苗(諸如LCMV、皮欽德)、基於雙段式或三段式沙狀病毒之疫苗、基於麻疹病毒之疫苗、基於黃病毒載體之疫苗、基於菸草嵌紋病毒載體之疫苗、基於水痘帶狀疱疹病毒之疫苗、基於人類副流行性感冒病毒3 (PIV3)之疫苗、基於痘病毒之疫苗(改良型安卡拉痘苗病毒(MVA)、正痘病毒源性NYVAC及禽痘病毒源性ALVAC (金絲雀痘病毒(canarypox virus))病毒株)；基於鳥痘病毒之疫苗、基於棒狀病毒(rhabdovirus)之疫苗，諸如VSV及馬拉巴病毒(marabavirus)；基於重組人類CMV (rhCMV)之疫苗、基於α病毒之疫苗(諸如勝利基森林病毒、委內瑞拉馬腦炎病毒(venezuelan equine encephalitis virus)及辛得比斯病毒(參見Lauer等人, Clinical and Vaccine Immunology, 2017, DOI: 10.1128/CVI.00298-16)；基於LNP調配之mRNA之治療性疫苗；及LNP調配之自我複製型RNA/自我擴增型RNA疫苗。

可共投與之HIV疫苗之實例包括：rgp120 (AIDSVAX)、ALVAC HIV (vCP1521)/AIDSVAX B/E (gp120) (RV144)、單體gp120 HIV-1亞型C疫苗、Remune、ITV-1、Contre Vir、Ad5-ENVA-48、DCVax-001 (CDX-2401)、Vacc-4x、Vacc-C5、VAC-3S、多分枝系DNA重組腺病毒5 (rAd5)、rAd5 gag-pol env A/B/C疫苗、Pennvax-G、Pennvax-GP、Pennvax-G/MVA-CMDR、HIV-TriMix-mRNA疫苗、HIV-LAMP-vax、Ad35、Ad35-GRIN、NAcGM3/VSSP ISA-51、含聚ICLC佐劑之疫苗、TatImmune、GTU-multiHIV (FIT-06)、gp140[δ]V2.TV1+MF-59、rVSVIN HIV-1 gag疫苗、SeV-Gag疫苗、AT-20、DNK-4、ad35-Grin/ENV、TBC-M4、HIVAX、HIVAX-2、NYVAC-HIV-PT1、NYVAC-HIV-PT4、DNA-HIV-PT123、rAAV1-PG9DP、GOVX-B11、GOVX-B21、TVI-HIV-1、Ad-4 (Ad4-env Clade C+Ad4-mGag)、Paxvax、 EN41-UGR7C、EN41-FPA2、PreVaxTat、AE-H、MYM-V101、CombiHIVvac、ADVAX、MYM-V201、MVA-CMDR、DNA-Ad5 gag/pol/nef/nev (HVTN505)、MVATG-17401、ETV-01、CDX-1401、rcAD26.MOS1.HIV-Env、Ad26.Mod.HIV疫苗、Ad26.Mod.HIV + MVA馬賽克疫苗+ gp140、AGS-004、AVX-101、AVX-201、PEP-6409、SAV-001、ThV-01、TL-01、TUTI-16、VGX-3300、IHV-001，及病毒樣粒子疫苗，諸如假病毒粒子疫苗、CombiVICHvac、LFn-p24 B/C融合疫苗、基於GTU之DNA疫苗、HIV gag/pol/nef/env DNA疫苗、抗TAT HIV疫苗、結合物多肽疫苗、樹突狀細胞疫苗(諸如DermaVir)、基於gag之DNA疫苗、GI-2010、gp41 HIV-1疫苗、HIV疫苗(PIKA佐劑)、i-key/II類MHC抗原決定基混合肽疫苗、ITV-2、ITV-3、ITV-4、LIPO-5、多分枝系Env疫苗、MVA疫苗、Pennvax-GP、pp71缺失型HCMV載體HIV gag疫苗、rgp160 HIV疫苗、RNA活性HIV疫苗、SCB-703、Tat Oyi疫苗、TBC-M4、UBI HIV gp120、Vacc-4x + 羅米地辛、變異體gp120多肽疫苗、rAd5 gag-pol env A/B/C疫苗、DNA.HTI及MVA.HTI、VRC-HIVDNA016-00-VP + VRC-HIVADV014-00-VP、INO-6145、JNJ-9220、gp145 C.6980；基於eOD-GT8 60聚體之疫苗、PD-201401、env (A、B、C、A/E)/gag (C) DNA疫苗、gp120 (A、B、C、A/E)蛋白質疫苗、PDPHV-201401、Ad4-EnvCN54、EnvSeq-1 Envs HIV-1疫苗(含GLA-SE佐劑)、HIV p24gag初打-加打質體DNA疫苗、基於沙狀病毒載體之疫苗(例如描述於WO 2009/083210；WO 2015/183895；WO 2016/075250；WO 2017/198726；及美國專利第9,943,585號中)、MVA-BN HIV-1疫苗方案、UBI HIV gp120、基於mRNA之預防性疫苗及TBL-1203HI。節育 ( 避孕 ) 組合療法

在某些實施例中，本文所描述之藥劑係與節育或避孕方案的組合。可與本發明之藥劑組合的用於節育(避孕)之治療劑包括乙酸環丙孕酮(cyproterone acetate)、脫氧孕烯(desogestrel)、地諾孕素(dienogest)、屈螺酮(drospirenone)、戊酸雌二醇(estradiol valerate)、乙炔基雌二醇(ethinyl Estradiol)、炔諾醇(ethynodiol)、依託孕烯(etonogestrel)、甲基四氫葉酸(levomefolate)、左炔諾孕酮(levonorgestrel)、利奈孕酮(lynestrenol)、乙酸甲羥助孕酮(medroxyprogesterone acetate)、雌醇甲醚(mestranol)、米非司酮(mifepristone)、迷索前列醇(misoprostol)、乙酸諾美孕酮(nomegestrol acetate)、諾孕曲明(norelgestromin)、炔諾酮(norethindrone)、異炔諾酮(noretynodrel)、諾孕酯(norgestimate)、奧美昔芬(ormeloxifene)、乙酸塞孕酮(segestersone acetate)、乙酸烏利司他(ulipristal acetate)及其任何組合。

在一個實施例中，本文所揭示之藥劑或其醫藥學上可接受之鹽與一種、兩種、三種、四種或更多種選自以下之額外治療劑組合：ATRIPLA®(依法韋侖、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱)；COMPLERA®(EVIPLERA®；利匹韋林、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱)；STRIBILD®(埃替格韋、考比西他、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱)；TRUVADA®(反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯及恩曲他濱；TDF +FTC)；DESCOVY® (替諾福韋艾拉酚胺及恩曲他濱)；ODEFSEY® (替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱及利匹韋林)；GENVOYA® (替諾福韋艾拉酚胺、恩曲他濱、考比西他及埃替格韋)；BIKTARVY(比特雷韋+恩曲他濱+替諾福韋艾拉酚胺)；阿德福韋；阿德福韋酯；考比西他；恩曲他濱；替諾福韋；替諾福韋二吡呋酯；反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；替諾福韋艾拉酚胺；半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺；TRIUMEQ®(都魯拉韋、阿巴卡韋及拉米夫定)；都魯拉韋、硫酸阿巴卡韋及拉米夫定；勞特雷韋；勞特雷韋及拉米夫定；馬拉維若；恩夫韋地；ALUVIA® (KALETRA®；洛匹那韋及利托那韋)；COMBIVIR®(齊多夫定及拉米夫定；AZT+3TC)；EPZICOM®(LIVEXA®；硫酸阿巴卡韋及拉米夫定；ABC+3TC)；TRIZIVIR® (硫酸阿巴卡韋、齊多夫定及拉米夫定；ABC+AZT+3TC)；利匹韋林；鹽酸利匹韋林；硫酸阿紮那韋及考比西他；阿紮那韋及考比西他；地瑞那韋及考比西他；阿紮那韋；硫酸阿紮那韋；都魯拉韋；埃替格韋；利托那韋；硫酸阿紮那韋及利托那韋；地瑞那韋；拉米夫定；普拉斯汀；夫沙那韋；夫沙那韋鈣依法韋侖；依曲韋林；奈非那韋；甲磺酸奈非那韋；干擾素；地達諾新；司他夫定；茚地那韋；硫酸茚地那韋；替諾福韋及拉米夫定；齊多夫定；奈韋拉平；沙奎那韋；甲磺酸沙喹那韋；阿地白介素；紮西他濱；替拉那韋；安普那韋；地拉韋定；甲磺酸地拉韋定；Radha-108(瑞西普托)；拉米夫定及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；依法韋侖；拉米夫定及反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯；福斯非茲；拉米夫定；奈韋拉平及齊多夫定；阿巴卡韋；以及硫酸阿巴卡韋。

在一些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體、與HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑及HIV非核苷逆轉錄酶抑制劑組合。在另一個特定實施例中，本文所揭示之藥劑、或其醫藥組合物係與HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑及HIV蛋白酶抑制化合物組合。在另一個實施例中，本文所揭示之藥劑或其醫藥組合物係與HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑、HIV非核苷逆轉錄酶抑制劑及藥物動力學增強劑組合。在某些實施例中，本文所揭示之藥劑或其醫藥組合物係與至少一種HIV核苷逆轉錄酶抑制劑、整合酶抑制劑及藥物動力學增強劑組合。在另一個實施例中，本文所揭示之藥劑或其醫藥組合物係與兩種HIV核苷或核苷酸逆轉錄酶抑制劑組合。

在某一實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與硫酸阿巴卡韋、替諾福韋、替諾福韋二吡呋酯、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、半反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、替諾福韋艾拉酚胺或半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺組合。

在另一個實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與替諾福韋、替諾福韋二吡呋酯、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、替諾福韋艾拉酚胺或半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺組合。

在又另一個實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與第一額外治療劑及第二額外治療劑組合，該第一額外治療劑選自由以下組成之群：硫酸阿巴卡韋、替諾福韋、替諾福韋二吡呋酯、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、替諾福韋艾拉酚胺及半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺，且該第二額外治療劑選自由恩曲他濱及拉米夫定組成之群。

在另一個實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與第一額外治療劑及第二額外治療劑組合，該第一額外治療劑選自由以下組成之群：替諾福韋、替諾福韋二吡呋酯、反丁烯二酸替諾福韋二吡呋酯、替諾福韋艾拉酚胺及半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺，且其中該第二額外治療劑係恩曲他濱。

本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽載體係與選自由以下組成之群之第一額外治療劑(避孕劑)組合：乙酸環丙孕酮、脫氧孕烯、地諾孕素、屈螺酮、戊酸雌二醇、乙炔基雌二醇、炔諾醇、依託孕烯、甲基四氫葉酸、左炔諾孕酮、利奈孕酮、乙酸甲羥助孕酮、雌醇甲醚、米非司酮、迷索前列醇、乙酸諾美孕酮、諾孕曲明、炔諾酮、異炔諾酮、諾孕酯、奧美昔芬、乙酸塞孕酮、乙酸烏利司他及其任何組合。基因療法及細胞療法

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係基因或細胞療法方案組合。基因療法及細胞療法包括(但不限於)使基因沉默之基因修飾；直接殺滅受感染細胞之遺傳方法；設計成置換大部分患者自身免疫系統以增強針對受感染細胞之免疫反應，活化活化患者自身免疫系統以殺滅受感染細胞、或發現並殺滅受感染細胞的免疫細胞之輸注；改變細胞活性以進一步改變針對感染之改變免疫反應性的遺傳方法。樹突狀細胞療法之實例包括AGS-004。CCR5基因編輯劑包括SB-728T。CCR5基因抑制劑包括Cal-1。在一些實施例中，表現C34-CCR5/C34-CXCR4之CD4陽性T細胞係與一或多種融合多肽共投與。在一些實施例中，本文所描述之藥劑係與AGT-103轉導之自體T細胞療法或AAV-eCD4-Ig基因療法共投與。基因編輯劑

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與基因編輯劑，例如靶向HIV之基因編輯劑組合。在各種實施例中，基因體編輯系統可選自由以下組成之群：CRISPR/Cas9複合體、鋅指核酸酶複合體、TALEN複合體、歸巢核酸內切酶複合體及巨核酸酶複合體。例示性靶向HIV之CRISPR/Cas9系統包括(但不限於)EBT-101。CAR-T 細胞療法

在一些實施例中，本文所描述之藥劑可與工程改造成表現嵌合抗原受體(CAR)之免疫效應細胞群共投與，其中該CAR包含HIV抗原結合域。HIV抗原包括HIV包膜蛋白或其部分、gp120或其部分、gp120上之CD4結合位點、gp120上CD4誘導之結合位點、gp120上之N聚醣、gp120之V2、gp41上之近膜區域。免疫效應細胞係T細胞或NK細胞。在一些實施例中，T細胞係CD4+ T細胞、CD8+ T細胞或其組合。細胞可為自體或同種異體的。HIV CAR-T之實例包括VC-CAR-T、CMV-N6-CART、抗CD4 CART細胞療法、CD4 CAR+C34-CXCR4+CCR5 ZFN T細胞、經基因工程改造成表現CD4 CAR之自體造血幹細胞及C46肽。TCR-T 細胞療法

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與TCR-T細胞群組合。TCR-T細胞經工程改造成靶向存在於感染病毒之細胞之表面上的HIV源性肽，例如ImmTAV。B 細胞療法

在某些實施例中，本文所揭示的一或多種融合多肽、或編碼此類融合多肽之聚核苷酸、或表現此類融合多肽之載體係與基因修飾成表現廣泛中和抗體，諸如3BNC117的B細胞群組合(Hartweger等人, J. Exp. Med. 2019, 1301；Moffett等人, Sci. Immunol. 4, eaax0644 (2019) 2019年5月17日)。8. 套組

進一步提供套組，其包含一或多個單位劑量的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現此類融合多肽之一或多個載體。在一些實施例中，該套組包含兩個或兩個以上單位劑量的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼此類融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸、或如本文所描述的表現此類融合多肽之兩個或兩個以上載體。在一些實施例中，該一或多個單位劑量係在單一容器中。在一些實施例中，該一或多個單位劑量係在兩個或兩個以上獨立容器中。在某些實施例中，該等單位劑量可相同或不同，例如可包含相同或不同的單位劑量，例如可包含多肽、聚核苷酸、載體或其組合。

在各種實施例中，該套組包含一或多個醫藥包裝或一或多個容器(例如小瓶、安瓿、預裝載注射器)，其含有本文所描述之醫藥組合物的一或多種成分，諸如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現此類融合多肽之一或多個載體。在各種實施例中，該套組包一或多個容器，該一或多個容器包含呈水溶液形式的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現此類融合多肽之一或多個載體。在各種實施例中，該套組包含一或多個容器，該一或多個容器包含呈凍乾形式的如本文所描述之一或多種融合多肽、或如本文所描述的編碼此類融合多肽之一或多個聚核苷酸、或如本文所描述的表現此類融合多肽之一或多個載體。

在一些實施例中，該套組包含一或多個單位劑量的一或多個能夠表現融合多肽之病毒載體。在一些實施例中，該一或多個病毒載體之單位劑量的範圍係每次投與約10³ 至約10¹² 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。

在一些實施例中，該套組包含編碼融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或表現融合多肽之兩個或兩個以上病毒載體，該等融合多肽包含：(1)自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成的一或多種融合多肽：SEQ ID NO: 70、76、94、151及161；或SEQ ID NO: 71、77、95、152及162；以及(2)自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成的一或多種融合多肽：SEQ ID NO: 188、305、28、41、294、4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 188、305、28、41及294；SEQ ID NO: 4、176、11、319、259、282、223、213及37；SEQ ID NO: 189、306、29、42、295、5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 189、306、29、42及295；SEQ ID NO: 5、177、12、320、260、283、224、214及38；SEQ ID NO: 305、319、259、282、223、213、294、176及188；SEQ ID NO: 306、320、260、283、224、214、295、177及189；SEQ ID NO: 305、294、223、213、176、259、319、188及282；SEQ ID NO: 306、295、224、214、177、260、320、189及283；SEQ ID NO: 305、294、319、259、282、223、176及188；SEQ ID NO: 306、295、320、260、283、224、177及189；SEQ ID NO: 305、223、294、176、259、319、188及282；或SEQ ID NO: 306、224、295、177、260、320、189及283。

在一些實施例中，該套組包含編碼融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或表現融合多肽之兩個或兩個以上病毒載體，該等融合多肽包含：(1)包含以下之一或多種融合多肽：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列、或SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及(2)包含以下之一或多種融合多肽：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，該套組包含一或多個病毒載體，其中每個病毒載體包含兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩個或兩個以上聚核苷酸編碼兩種或兩種以上融合蛋白，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致：SEQ ID NO: 345及346；SEQ ID NO: 347及348；SEQ ID NO: 349及350；SEQ ID NO: 351及352；SEQ ID NO: 430及352；SEQ ID NO: 357及358；SEQ ID NO: 360及362；SEQ ID NO: 359及361；SEQ ID NO: 351及357；SEQ ID NO: 351及358；SEQ ID NO: 351及359；SEQ ID NO: 351及360；SEQ ID NO: 351及361；SEQ ID NO: 351及362；SEQ ID NO: 351及407；SEQ ID NO: 351及408；SEQ ID NO: 351及409；SEQ ID NO: 351及410；SEQ ID NO: 352及357；SEQ ID NO: 352及358；SEQ ID NO: 352及359；SEQ ID NO: 352及360；SEQ ID NO: 352及361；SEQ ID NO: 352及362；SEQ ID NO: 352及407；SEQ ID NO: 352及408；SEQ ID NO: 352及409；SEQ ID NO: 352及410；SEQ ID NO: 430及357；SEQ ID NO: 430及358；SEQ ID NO: 430及359；SEQ ID NO: 430及360；SEQ ID NO: 430及361；SEQ ID NO: 430及362；SEQ ID NO: 407及409；SEQ ID NO: 407及408；SEQ ID NO: 408及410；或SEQ ID NO: 409及410。

在一些實施例中，該套組包含編碼融合多肽之一或多個聚核苷酸或表現融合多肽之一或多個病毒載體，該等融合多肽自N末端至C末端按依序次序包含視情況經一或多個連接子接合或連結之以下多肽區段，或由其組成：SEQ ID NO: 201、78、107、96、229、172、327、6、333、243、331、192、265、311、137、15、123、30、336、302、153、219、298、121、230、240、60、241、276、113、99、21、217及215；SEQ ID NO: 78、296、1、339、197、329、232、323、303、234、90、261、274、238、211、325、137、227、209、190、341、57、225、27、210、119、19、165、334、117、153、10、97及300；或SEQ ID NO: 296、1、78、197、339、227、261、274、238、325、137、329、303、234、90、232、27、57、225、323、190、341、119、19、165、334、117、153、10、97及300。

在一些實施例中，該套組包含編碼融合多肽之一或多個聚核苷酸或表現融合多肽之一或多個病毒載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 367-377、411、422-424及431-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。

在一些實施例中，該套組進一步包含一或多個單位劑量之一或多種額外治療劑。舉例而言，在一些實施例中，該套組包含一或多種鐸樣受體(TLR)之一或多種促效劑或活化劑。在一些實施例中，該TLR促效劑或活化劑選自由以下組成之群：TLR2促效劑、TLR3促效劑、TLR4促效劑、TLR5促效劑、TLR7促效劑、TLR8促效劑及TLR9促效劑。在一些實施例中，該TLR7促效劑選自由以下組成之群：GS 9620(維沙莫特)、R848(雷西莫特)、DS-0509、LHC-165及TMX-101(咪喹莫特)，及/或其中該TLR8促效劑選自由以下組成之群：GS-9688、R848(雷西莫特)、CV8102(雙重TLR7/TLR8促效劑)及NKTR-262(雙重TLR7/TLR8促效劑)。在一些實施例中，該TLR9促效劑選自由以下組成之群：AST-008、庫比莫德、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、利尼莫德、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿托莫特、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、勒托莫特(MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德及PUL-042。在一些實施例中，TLR促效劑係選自以下之非編碼免疫刺激性聚核苷酸：病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102)。

在一些實施例中，該套組包含選自以下之介白素的一或多種介白素受體促效劑：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN γ、群落刺激因子2 (CSF2；亦稱為GM-CSF)及FLT3LG，例如選自由以下組成之群之一或多種細胞介素：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。

在一些實施例中，該套組包含抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種拮抗劑或抑制劑及/或刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種活化劑或促效劑。在一些實施例中，該一或多種免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；CD47、CD48(SLAMF2)、含跨膜域及免疫球蛋白域蛋白2(TMIGD2、CD28H)、CD84(LY9B、SLAMF5)、CD96、CD160、 MS4A1(CD20)、CD244(SLAMF4)；CD276(B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制蛋白1(VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11(IGSF11、VSIG3)；自然殺手細胞細胞毒性受體3配體1(NCR3LG1、B7H6)；HERV-H LTR相關蛋白2(HHLA2、B7H7)；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4(TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4(TNFSF4、OX40L)；TNFRSF8 (CD30)、TNFSF8 (CD30L)；TNFRSF10A (CD261、DR4、TRAILR1)、TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF10B (CD262、DR5、TRAILR2)、TNFRSF10 (TRAIL)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；TNFRSF17 (BCMA、CD269)、TNFSF13B (BAFF)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；I類MHC相關序列A (MICA)；I類MHC多肽相關序列B (MICB)；CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；含T細胞免疫球蛋白及黏蛋白域蛋白4 (TIMD4；TIM4)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；信號傳導淋巴球性活化分子家族成員1 (SLAMF1、SLAM、CD150)；淋巴球抗原9 (LY9、CD229、SLAMF3)；SLAM家族成員6 (SLAMF6、CD352)；SLAM家族成員7 (SLAMF7、CD319)；UL16結合蛋白1 (ULBP1)；UL16結合蛋白2 (ULBP2)；UL16結合蛋白3 (ULBP3)；視黃酸早期轉錄物1E (RAET1E；ULBP4)；視黃酸早期轉錄物1G (RAET1G；ULBP5)；視黃酸早期轉錄物1L (RAET1L；ULBP6)；淋巴球活化蛋白3 (CD223)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)；殺手細胞凝集素樣受體K1 (KLRK1、NKG2D、CD314)；殺手細胞凝集素樣受體C2 (KLRC2、CD159c、NKG2C)；殺手細胞凝集素樣受體C3 (KLRC3、NKG2E)；殺手細胞凝集素樣受體C4 (KLRC4、NKG2F)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1)；及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。在一些實施例中，該套組包含一或多種T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。在一些實施例中，該T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。利瑞路單抗係結合至並阻斷KIR2DL1/2L3受體之例示性抗體。在一些實施例中，該套組包含一或多種T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。在一些實施例中，該等T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。在一些實施例中，該套組包含一或多種NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種阻斷劑、拮抗劑或抑制劑。在一些實施例中，該等NK細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體選自由以下組成之群：殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)；殺手細胞凝集素樣受體C1 (KLRC1、NKG2A、CD159A)，例如莫納珠單抗(IPH2201)；及殺手細胞凝集素樣受體D1 (KLRD1、CD94)。在一些實施例中，該套組包含一或多種NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體之一或多種促效劑或活化劑。在一些實施例中，該等NK細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體選自CD16、CD226(DNAM-1)；殺手細胞凝集素樣受體K1(KLRK1、NKG2D、CD314)；以及SLAM家族成員7 (SLAMF7)。在一些實施例中，該一或多種免疫檢查點抑制劑包含PD-L1 (CD274)、PD-1 (PDCD1)或CTLA4之蛋白質抑制劑。在一些實施例中，CTLA4之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：伊匹單抗、曲美木單抗、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884 (紮弗利單抗)、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)及AK-104 (CTLA4/PD-1)。在一些實施例中，PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)之蛋白質抑制劑選自由以下組成之群：派姆單抗、納武單抗、西米單抗、皮立珠單抗、AB122(賽帕利單抗)、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗、阿特珠單抗、阿維魯單抗、德瓦魯單抗、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗)、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗)、JS-001 (特瑞普利單抗)、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗)、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗)、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗)、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)及INBRX-105(4-1BB/PDL1)。在一些實施例中，該一或多種免疫檢查點抑制劑包含CD274(PDL1、PD-L1)、計劃性細胞死亡蛋白1(PDCD1、PD1、PD-1)或CTLA4之小分子抑制劑。在一些實施例中，CD274或PDCD1之小分子抑制劑選自由以下組成之群：GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。在一些實施例中，CTLA4之小分子抑制劑包含BPI-002。

在一些實施例中，該套組包含一或多種抗病毒劑。在一些實施例中，該一或多種抗病毒劑選自由以下組成之群：HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑、潛伏期逆轉劑及衣殼抑制劑。

視情況與此類容器相關聯的可為由管理醫藥或生物產品之製造、使用或銷售之政府機構所規定形式之通知，該通知反映該製造、使用或銷售機構批准用於人類投與。9. 設計可用於促進抗病毒免疫反應之融合多肽的方法

提供用於設計能夠在人體中引發針對一或多種病毒抗原之免疫反應之疫苗構築體或免疫原的方法。免疫原性融合多肽係採用計算、經驗及人工步驟之組合設計，且可用於引發針對高變異性病毒之免疫反應。設計方法可適用於產生能夠在人體中誘導針對所希望目標病毒之一或多種病毒抗原之免疫反應的免疫原，該目標病毒包括(但不限於)人類免疫缺陷病毒(HIV)、B型肝炎病毒(HBV)、人乳頭瘤病毒(HPV)、單純疱疹病毒(HSV)、埃博拉病毒、茲卡病毒及屈公病毒。在不同實施方案中，該等方法提供一種疫苗構築體，其係設計用於(1)獲得廣泛群體之最大抗原決定基覆蓋，在本文中稱為「群體」構築體或抗原；(2)獲得共有一組確定之HLA對偶基因之一組個體的最大抗原決定基覆蓋，在本文中稱為「HLA限制性」構築體或抗原；或(3)藉由考慮患者內病毒變異性，包括個體的病毒『準種』之獨特補體，獲得受感染個體之病毒的最大抗原決定基覆蓋，在本文中稱為「個性化」構築體或抗原。較佳地，構成各構築體之區段表示一或多個I類MHC及/或II類MHC T細胞抗原決定基。因此，該等區段在本文中可稱為群體、HLA限制性或個性化抗原決定基，其可組合並組裝成免疫原性融合多肽。

大多數步驟可經計算機執行，但一些步驟可手動執行(例如包括及/或排除某些多肽序列之選擇；一或多個連接子之選擇)且可併入基於實驗資料之資訊(例如以實驗方式確定之II類MHC抗原決定基)。輸入資訊係病毒序列資料集(例如對於HIV，內部及公開可得的HIV群體資料集)。如圖1之流程圖及下表M中所概述，疫苗設計方法涉及以下步驟中之至少2個，例如至少3、4、5、6、7或8個：1. 鑑別保守區。天然存在之病毒序列中的所有含9個胺基酸之片段(9聚體)均被視為潛在T細胞抗原決定基。在患者間病毒群中具有至少80%保守性之9聚體的位置被鑑別為保守區且包括在內用於進一步分析。2.自保守區構建二價序列。此可藉由採用基於圖式之演算法進行。自保守區組裝9聚體以包括最大數量的天然存在之9聚體。3. 鑑別保守區內之患者內多樣性。此可使用深度定序資料進行。4. 預測經鑑別多肽區段與人類MHC對偶基因之結合。5. 產生較長肽區段(例如15至26個胺基酸長度)，該等較長肽區段包括預測結合至人類I類MHC分子之多肽區段。6. 包括預測或顯示結合至II類MHC之多肽區段。7. 評價及消除與(例如交叉識別)宿主(例如人類、犬、貓、馬)蛋白質具有高序列一致性之多肽區段。8. 佈置多肽區段以減少或避免在接合點產生人類可識別之新抗原決定基。此可藉由評價接合點周圍9聚體與宿主(例如人類、犬、貓、馬)蛋白質之I類MHC結合及交叉識別進行。

表 M - 不同免疫原設計方法
步驟	步驟描述	無深度定序資料分析	深度定序資料分析
實例 1	實例 2	實例 3 單個 / 多個對偶基因	實例 5	實例 4
基於群體	基於群體	短肽 (9 聚體 ) 法	長肽 (15-30 聚體 ) 法	單個 / 多個對偶基因長肽	個體
1	鑑別保守區	Y*	Y	Y	Y	Y	Y
2	構建二價序列	Y	Y	Y	Y	Y	Y
3	患者內多樣性	N	N	N	N	Y	Y
4	I類MHC結合預測	N	N	Y	Y	Y	Y
5	用於改良呈現之長肽	N	N	N	Y	Y	Y
6	添加II類抗原決定基	N	N	Y	Y	Y	Y
7	交叉識別分析	N	N	Y	Y	Y	Y
8	接合點反應分析	N	Y	Y	Y	Y	Y

*Y：是，包括在方法變化中；N：否，不包括在方法變化中

除改良抗原決定基覆蓋外，本文所描述之方法進一步提供自經鑑別用於併入最終疫苗構築體中之群體、HLA限制性或個性化抗原決定基中選出免疫原性最強的抗原決定基。在一個態樣中，此等方法包含針對MHC肽結合親和力篩選群體、HLA限制性或個性化構築體之候選多肽區段。MHC結合親和力可使用一或多種演算法預測。示例性預測演算法包括NetMHC(Vita等人, Nucleic Acids Res 2015 43:D405-D412)、NetMHCpan(Andreatta及Nielsen, Bioinformatics 2016 32:511-517)及MHCflurry(O'Donnell等人, Cell Syst 2018 7:12-132)。其他T細胞抗原決定基預測工具係公開可得的且描述於例如Sanchez-Trincado等人, J. Immunology Res. 2017 Article ID 2680160。用於鑑別MHC結合肽之額外方法包括採用機器學習工具之方法，例如US 10,055,540、WO 2019/104203中所描述之工具，及Bulik-Sullivan等人, Nature Biotechnology 2019 37:55中所描述之「EDGE」工具。

在一些實施方案中，本發明提供用於製造二價群體或HLA限制性構築體之方法，該二價群體或HLA限制性構築體係設計成藉由提供以數學方式確定且覆蓋改良的所有潛在T細胞抗原決定基來捕捉病毒蛋白質體(例如HIV蛋白質體)之獨特多樣性，並例如藉由保持與天然存在之病毒蛋白質體中所見相同之多肽區段次序，確保所構築之多肽對之每一多肽中的抗原決定基保持原始輸入病毒序列之位置資訊。因此，所得多肽對之抗原決定基將更緊密地類似於天然存在之病毒序列的抗原決定基，由此增加其引發相關T細胞反應之可能性。

在一些實施方案中，本發明提供用於製造二價HLA限制性構築體之方法，該二價HLA限制性構築體係設計成藉由對一系列宿主HLA對偶基因內抗原決定基之產生建立模型來捕捉驅動抗原加工及T細胞識別之宿主遺傳多樣性。

一般而言，此處所描述之方法包含針對在病毒蛋白質體序列群體中所有PTE之覆蓋，使用基於圖式之方法，最初提供一組以數學方式確定且改良之潛在T細胞抗原決定基(「PTE」)。不同於類似的基於圖式之疫苗設計方法，本文所描述之方法僅使用在天然序列中亦相鄰的相鄰PTE構建經連結PTE之片段。由此提供序列源集合內保持PTE之位置資訊的構築體。另外，不同於其他基於圖式之方法，本文所描述之方法同時還構建二價構築體以提供對群體中保守性最高之PTE的最大覆蓋。由此得到有利地使最可能與天然序列中之保守抗原決定基高度類似的高度保守之PTE達到最大的初始二價疫苗構築體。另外，有利地是，由於該等高度保守之序列比較可能為病毒功能必不可少的，故僅使用保守性最高之PTE就能降低出現逃避突變體之可能性。

藉由此等方法製造的初始二價構築體本身可用作疫苗，或其可充當如下文更詳細地描述之另一構築體，諸如HLA限制性構築體或個性化構築體之基礎。

本文所描述之方法一般使用在本文中稱為「保守性分析」或「保守性演算法」之方法鑑別保守區二價序列開始。該等方法一般進一步包含以下步驟：使用本文中稱為「保守步行演算法」或「CWA」之方法構建具有最大抗原決定基覆蓋，同時保持來自天然序列之PTE之位置資訊的二價疫苗構築體。因此，在一些實施方案中，該方法中之初始步驟係針對選擇的一組病毒基因，鑑別出病毒蛋白質體中所有保守區之集合。在用於設計引發針對HIV-1之免疫反應之融合多肽的實施方案中，該組HIV-1病毒基因選自Gag、Pol、Env及Nef中之兩個或兩個以上。在一些實施方案中，該組病毒基因由Gag、Pol、Env及Nef組成。在一些實施方案中，該組病毒基因由Gag、Pol及Nef組成。在一些實施方案中，該組病毒基因由Gag及Nef、或Pol及Env、或單獨Pol組成。

根據此處所描述之方法，先將病毒蛋白質體序列群與參考序列，例如由GenBank寄存編號K03455標識之HIV參考序列HXB2比對。由Env、Gag、Nef及Pol基因編碼之多肽的參考序列在本文中分別以SEQ ID NO: 403-406提供。病毒蛋白質體序列之初始輸入或『源』群體由獲自天然存在之病毒的序列組成。此類序列係公開可得的，例如可得自洛斯阿拉莫斯國家實驗室(Los Alamos National Laboratory)、美國衛生與公眾服務部(U.S. Dept. of Health and Human Services)及國立衛生研究院(National Institutes of Health)所維護之HIV資料庫。在本文所描述之方法的一些實施方案中，源病毒序列可由對應於特定病毒群及/或分枝系之序列組成。在一些實施方案中，為了改良對保守區及序列之鑑別，輸入病毒序列可侷限於單一病毒分枝系及/或病毒群。在一些實施方案中，輸入病毒序列侷限於M群分枝系B序列。

源病毒序列與參考序列之比對可使用多序列比對演算法，例如快速傅立葉變換演算法MAFFT實現。Katoh等人, 2002 Nucleic Acids Res.30(14):3059-66。基礎MAFFT軟體係公開可得的且例如在Berkeley Software Distribution (BSD)許可下發行。

接下來，對比對序列應用保守性演算法。對於比對中之每一序列，自第一個胺基酸位置開始，該方法一次移位一個胺基酸位置並產生長度為9個胺基酸之所有可能胺基酸區段，在本文中稱為「9聚體」。因此，對於比對中之每一序列，該演算法自N末端胺基酸開始產生一組含9個胺基酸之子序列(「9聚體」)，每個子序列與前一子序列有八個胺基酸重疊，使得比對中長度l之每個序列含有(l-8)個9聚體。

接下來，對於每個9聚體位置，該方法鑑別該組比對之源病毒蛋白質體序列中兩個最常見的獨特9聚體及其普遍性。換言之，自位置i開始，基於頻率鑑別出在每個位置處的兩個最常見的獨特9聚體，該頻率係以該獨特9聚體在該比對中位置i處出現之次數除以該比對中之序列總數計算。

計算上，長度l之每個序列含有l - 8個9聚體。將自位置i 開始的所有9聚體定義為s _ij 且頻率定義為f _ij ，j =1,2,3,…m。總體而言，在位置i 處存在m 個獨特9聚體。每兩個獨特的9聚體(s _iu _, s _iv )可構成一個9聚體對且其頻率係f _iu + f _iv 。而且，每個9聚體本身可構成一個9聚體對，如(s _iu _, s _iu )，且其頻率係f _iu 。因此，總體而言，在每個位置處存在m +(m-1)+(m-2)+…+2+1=m*(m+1)/2個9聚體對。

該方法接著藉由對含有該兩個最常見9聚體中之任一個的該組比對之源病毒蛋白質體序列的比例求和，來計算每個9聚體位置的二價保守性。為了做到這一點，藉由對該比對中含有該兩個最常見獨特9聚體中之任一個之序列的比例求和來計算每個位置之「二價保守性」。如本文所使用，「二價保守性」係指剛好含有相同9個胺基酸區段(9聚體)之序列佔9聚體位置中該兩個最常見單體中之任一個的百分比。

接下來，藉由提取該比對中具有所希望之二價保守性例如超過80%或超過90%之二價保守性的序列，建立保守區之新比對，意味著在位置i處的該兩個最常見的9聚體在保守區之新比對中佔該位置處之9聚體的超過80%或超過90%。換言之，該方法將新比對中之保守區鑑別為每個位置處該兩個最常見的9聚體之頻率總和超過某一截止值，例如超過80%或超過90%的保守區。因此，該方法亦計算出在保守區之新比對中每個位置處每對獨特9聚體之頻率。

在一些實施方案中，可對保守區應用其他選擇標準，諸如侷限於具有超過90%保守性之區域及移除小於35個胺基酸之短區段。

使用此經修飾之保守區集合，該方法之某些實施方案應用CWA構建二價序列構築體。CWA連結在保守區比對之相鄰位置中共有八個胺基酸之重疊的9聚體對。計算上，每個9聚體s 含有9個胺基酸，撰寫s[x:y]表示自位置x至y之胺基酸子序列，總計y-x+1個胺基酸： s _iu [2:9] == s _i+1p [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1q [1:8] 或 s _iu [2:9] == s _i+1q [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1p [1:8]。

接下來，該演算法構建有向非循環圖，其中每個9聚體對係一個節點，且相鄰節點之間的邊緣係由相鄰位置中連結之9聚體對形成，其中每個邊緣之權重等於下游9聚體對之頻率。此有向非循環圖係定位德布魯因圖(positional De Brujin graph)。此類圖式已結合下一代定序資料之集合描述，例如Ronen等人,Bioinformatics 2012 28: 188-196中所描述。該方法進一步添加一個源節點，將其與第一個位置中之所有節點連結；及一個彙聚節點，將其與最後一個位置中之所有節點連結。接著，否定該等權重並發現自源節點至彙聚節點之最佳路徑，其中最佳路徑定義為在自源節點至彙聚節點之所有路徑中所有9聚體對之頻率總和最大的路徑。發現最佳路徑之任務係例如使用貝爾曼-福特演算法(Bellman-Ford algorithm)執行。一般而言，貝爾曼-福特演算法計算加權有向圖中自單一源頂點至所有其他頂點之最短路徑，該加權有向圖係由經邊緣連結之一組頂點構成，其中邊緣具有與該等頂點相關聯的方向。計算步驟可概述如下： • (4-1)將每個9聚體對視為一個節點，並在步驟3中在相鄰節點之間構建邊緣； • (4-2)添加一個源節點並將其與在第1個位置處之所有節點連結； • (4-3)添加一個彙聚節點並將其與在最後一個位置處之所有節點連結； • (4-4)每個邊緣之權重等於下游9聚體對之頻率； • (4-5)否定所有權重並使用貝爾曼-福特演算法發現最佳路徑。

該方法之另一個步驟係基於最佳的二價9聚體對路徑構建二價疫苗序列且在該最佳的二價9聚體對路徑內相鄰位置中的兩個9聚體共有8個胺基酸之重疊時，連結該兩個9聚體。藉由以下方式構建二價構築體：在該最佳的二價9聚體路徑內相鄰位置中的兩個9聚體共有八個胺基酸之重疊時，連結該兩個9聚體，由此產生含連結之9聚體的兩個序列，該兩個序列一起形成該二價構築體。該等連結之相鄰9聚體對均具有8個胺基酸之重疊，因此其將組裝成兩個序列。舉例而言，一個9聚體對(AIIIIIIIS(SEQ ID NO:464)、MIIIIIIII(SEQ ID NO:465))可與另一個9聚體對(IIIIIIISK(SEQ ID NO:466)、IIIIIIIIR(SEQ ID NO:467))連結並產生兩個序列(二價序列)：AIIIIIIISK(SEQ ID NO:468)及MIIIIIIIIR(SEQ ID NO:469)。

計算上，該方法可描述為基於定位德布魯因圖之二價疫苗序列設計演算法，該演算法包含以下5個基本步驟：

步驟1：比對所有群體序列。

步驟2：對於每個9聚體位置，拉出所有獨特的9聚體及其頻率，並構建具有頻率之9聚體對集合。長度l 之每個序列含有l -8個9聚體。將自位置i 開始的所有9聚體定義為s _ij 且頻率定義為f _ij ，j =1,2,3,…m。總體而言，在位置i 處存在m 個獨特9聚體。每兩個獨特的9聚體(s _iu _, s _iv )可構成一個9聚體對且其頻率係f _iu +f _iv 。而且，每個9聚體本身可構成一個9聚體對，如(s _iu _, s _iu )，且其頻率係f _iu 。因此，總體而言，在每個位置處存在m +(m-1)+(m-2)+…+2+1=m*(m+1)/2個9聚體對。

步驟3：若相鄰位置中之9聚體對不具有任何衝突胺基酸，則連結該等9聚體對。如本文所使用，「衝突胺基酸殘基」係指在兩個9聚體之間之重疊位置處的不同胺基酸殘基。每個9聚體s 含有9個胺基酸，撰寫s[x:y]表示自位置x至y之胺基酸子序列，總計y-x+1個胺基酸： s _iu [2:9] == s _i+1p [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1q [1:8] 或 s _iu [2:9] == s _i+1q [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1p [1:8]

步驟4：對於自第1個9聚體位置至最後一個位置之路徑內所有9聚體之頻率總和，發現最佳路徑。基本想法係將最大覆蓋二價疫苗構築問題模型化為典型圖形理論問題，其中解決方案係發現有向非循環圖中之最短路徑。

步驟5：基於最佳的二價9聚體對路徑構建二價疫苗序列且在該最佳的二價9聚體對路徑內相鄰位置中的兩個9聚體共有8個胺基酸之重疊時，連結該兩個9聚體。考慮例如以下情形：

情形1：若s _iu [2:9] = s _i+1p [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1q [1:8]，則將s _iu 與s _i+1p 連結並將s _iv 與s _i+1q 連結；

情形2：若s _iu [2:9] = s _i+1q [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1p [1:8]，則將s _iu 與s _i+1q 連結並將s _iv 與s _i+1p 連結；

情形3：若s _iu [2:9] = s _i+1p [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1q [1:8]及s _iu [2:9] = s _i+1q [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1p [1:8]，連結之選擇係基於天然序列中兩個連結之普遍性：

輸入序列中s _ix 及s _i ₊ _1y 共存之普遍性表示為C_ixy ；

若C_iup + C_ivq ＞ C_iuq + C_ivp ，則將s _iu 與s _i+1p 連結且將s _iv 與s _i+1q 連結；

若C_iuq + C_ivp ＞ C_iup + C_ivq ，則將s _iu 與s _i+1q 連結且將s _iv 與s _i+1p 連結；

若C_iup + C_ivq = C_iuq + C_ivp ，則回溯並組合在位置i - 1 及i 中9聚體對共存之普遍性，直至第1個位置。若在兩個不同連結之間不存在差異，則隨機揀選一個連結。HLA 限制性構築體

在一些實施方案中，疫苗構築體(例如單價、二價或多價)可設計成增加結合至特定HLA對偶基因或HLA對偶基因集合或由其呈現之機率。根據此實施方案，多價(例如二價)多肽中每個9聚體之MHC結合親和力可使用諸如NetMHC或MHC之類工具預測，且不可以高親和力結合至所關注之特定HLA對偶基因之9聚體可排除在外。此等工具係公開可得的且描述於例如Lundegarrd等人, Nucleic Acids Res. 2008年7月1日;36(Web Server issue):W509-12及O'Donnell等人, Cell Systems 2018 7:129-132中。額外公開可得的T細胞抗原決定基預測工具亦可用於本文所描述之病毒疫苗設計方法中並描述於例如Sanchez-Trincado等人,J Immunol Res (2017) 2017:2680160 (PMID: 29445754)中。用於鑑別I類MHC結合抗原決定基之預測工具包括例如MAPPP、PEPVAC、EPISOPT、BIMAS、Propred-1、EpiJen、IEDB-MHCI、Net MHC、NetMHCpan、nHLApred、NetCTL及WAPP。用於鑑別II類MHC結合抗原決定基之預測工具包括例如EpiDOCK、PREDIVAC、EpiTOP、TEPITOPE、Propred、IEDB-MHCII、IL4pred、MHC2PRED、NetMHCII及NetMHCIIpan。用於鑑別I類MHC及/或II類MHC結合抗原決定基之預測工具包括例如MotifScan、Rankpep、SYFPEITHI、Vaxign、MHCPred、MULTIPRED2、SVMHC及SVRMHC。

在一些實施方案中，藉由執行人類蛋白質體交叉識別分析，例如藉由包含以下之方法進一步改良構築體：在人類蛋白質體資料庫，諸如UniProt中搜索該構築體之9聚體以鑑別與人類肽，例如至少5個殘基具有一定胺基酸序列一致性，或與人類蛋白質共有T細胞受體(TCR)面向殘基之任何9聚體。接著，可自該構築體排除任何此類9聚體。接著，將所有剩餘9聚體組合，例如使用「串珠」法，將多個抗原決定基連接成單一連續融合多肽。參見例如Negahdaripour等人,Infect Genet Evol . (2018) 58:96-109；Schubert等人,Genome Med . 2016年1月26日;8(1):9；Bounds等人,Hum Vaccin Immunother . 2017年12月2日;13(12):2824-2836；Toes等人,Proc Natl Acad Sci U S A . (1997) 94(26):14660-5；及Whitton等人,J Virol . 1993年1月;67(1):348-52。在一個替代性實施方案中，剩餘9聚體各自在上游及下游側接最保守的8個胺基酸區段，產生25個胺基酸長的肽，且所有該等25聚體例如使用「串珠」方法組合。

在一些實施方案中，多肽區段可視情況參照接合區段重新佈置以減少或避免有害接合點反應，例如藉由執行HLA結合分析、人類蛋白質體交叉識別分析或兩者減少或避免有害接合點反應。在設計抗癌疫苗之情況下，用於減少新抗原之接合點抗原決定基呈現的例示性方法描述於WO 2019/104203中。

在一些實施方案中，保守區係藉由經計算機執行以下步驟中之一或多個進一步界定：(i)移除短多肽區段，例如35個或更短胺基酸長度，例如9-35個胺基酸長度之多肽區段；(ii)移除在人體中具有弱免疫原性或無免疫原性之區段；(iii)移除預定序列群體中保守性小於90%，在某些情況下保守性小於80%之區段；(iv)包括來自HIV-1蛋白質，例如Env、Gag、Nef及Pol的已知在人體中具有免疫原性之額外區段(參見例如epitope maps at hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html；Fischer等人,Nat Med . (2007) 13(1):100-6；及Addo等人,J Virol , (2003) 77(3):2081-92)。

在一些實施方案中，相鄰多肽區段可視情況經如上文所描述之連接子序列隔開。在一些實施方案中，一或多個連接子序列包含可裂解連接子，視情況進一步包含位於該可裂解連接子附近之額外連接子序列。該額外連接子可為另一個可裂解連接子、聚丙胺酸連接子、聚甘胺酸連接子、可撓性連接子或剛性連接子，如上文所描述。在一些實施例中，弗林蛋白酶識別位點在2A可裂解連接子之前或定位於2A可裂解連接子之N末端。在連接子序列包含口蹄疫病毒(FMDV)可裂解肽、FMDV 2A或其衍生物之特定實施方案中，額外連接子序列可為REKR序列(SEQ ID NO: 382)或其衍生物。在一些實施方案中，連接子選自短聚丙胺酸肽，例如由2至4個丙胺酸殘基組成(SEQ ID NO:470)、或具有序列AAY(SEQ ID NO:379)或AAX(SEQ ID NO:380)之肽，其中X係任何胺基酸殘基。

在一些實施方案中，連接子係插入二價多肽之每個相鄰保守區之間。在一些實施方案中，例如當產生無害接合抗原決定基時，在該多肽中相同蛋白質之相鄰區段之間不插入連接子。連接子可插入不同蛋白質之相鄰區段之間。個性化構築體

在一些實施方案中，本發明進一步提供用於製造個性化構築體之方法。一般而言，個性化構築體以基於群體之疫苗構築體開始，該疫苗構築體界定保守區並考慮個體自身病毒分離株之序列多樣性(DNA或RNA)以便修飾參考群體之區段，從而產生足夠T細胞抗原決定基以覆蓋患者內病毒多樣性。因此，該等方法提供一種最終疫苗構築體，其多肽序列考慮感染特定患者之病毒的病毒多樣性。為了做到這一點，該等方法包含分析個別患者之深度定序資料以界定由使用上述方法獲得的二價疫苗構築體所覆蓋的保守區之每個位置內的患者內病毒序列變化。本質上，該方法包含鑑別個體內存在之病毒準種變異體，並修飾初始二價疫苗構築體以反映此多樣性且進一步降低逃避突變體之風險，同時改良個體之HLA對偶基因的呈現。

在一個初始步驟中，組裝深度定序讀段以產生映射至諸如HXB2之類參考序列的個體特異性共同序列。在由參考構築體，亦即根據上述方法製備之群體構築體中相應序列所覆蓋之保守區內的每個9聚體位置處，自完全覆蓋該位置之複數個定序讀段提取相應子序列並轉化成9個胺基酸之序列(9聚體)。接下來，提取該等位置中由足夠大數量之定序讀段，例如至少約1000個讀段所覆蓋之9聚體，只要其以至少一定臨限比例之經覆蓋定序讀段，例如至少約1%存在即可。將提取之9聚體子序列與參考二價構築體之序列比對，並確定錯配。

在一些實施方案中，該方法進一步包含基於由個別宿主之HLA對偶基因集合呈現之可能性，鑑別可充當實際抗原決定基之區域。結合至宿主HLA之可能性可使用預測性演算法確定。此類演算法係例如使用公開可得的資料庫設計以產生模擬每個對偶基因之肽結合的深度學習模型。此可與計算機模擬、公開及/或實驗活體外T細胞激活資料相結合，由此可確定抗原變異體在調節T細胞受體(TCR)識別或將肽鑑別為逃避變異體方面之潛在影響。

在一些實施方案中，該方法進一步包含排除具有預先存在之逃避變異體之序列。舉例而言，在使用諸如NetMHC、NetMHCpan、MHCflurry之類工具或如上文所論述之其他類似工具確定，已知或已以實驗方式定義為逃避變異體之患者內9聚體變異體亦預測結合MHC的情況下，可排除該逃避變異體。此外，鑑別出未包括在二價疫苗構築體中，但映射至由該構築體覆蓋之位置的任何9聚體變異體，且若預測該9聚體變異體與個體之HLA對偶基因具有低結合親和力，則可能需要自二價疫苗構築體移除該9聚體位置以避免逃避。擬排除之可能逃避變異體亦可例如使用現有的逃避變異體知識、肽預測模型、免疫肽體分析及活體外T細胞識別資料確定。

如上文所論述，該方法包含分析自感染個體獲得的病毒蛋白質體序列。在一些實施方案中，該方法可視情況進一步包含自個體獲得病毒RNA或DNA之樣品的步驟。該樣品可為血漿樣品或血液樣品，例如含有或富集外周血液單核細胞(PBMC)或淋巴組織之樣品。該樣品可自抗逆轉錄病毒療法之前(「ART前」)或ART之後的個體獲得。該樣品可包含血漿病毒RNA、前病毒DNA、完整前病毒之病毒DNA及儲庫過度生長病毒中之一或多種。在一些實施方案中，樣品係自感染HIV之未治療個體獲得。在一些實施方案中，該樣品係自ART之後的個體獲得。

在一些實施方案中，該方法可進一步包含自獲自個體之生物樣品，例如血清樣品分離病毒RNA或DNA，並對病毒DNA進行定序。

定序步驟可進一步包含組裝複數個定序讀段以產生個體共同序列；將該複數個讀段中之每個讀取該個體共同序列比對；以及將該個體之經比對讀段映射至參考序列以獲得序列座標。參考序列可例如為由GenBank寄存編號K03455標識之HIV參考序列HXB2。HXB2參考蛋白質Env、Gag、Nef及Pol之多肽序列在本文中以SEQ ID NO:403-406提供。實例

提供以下實例以說明而非限制所主張之發明。實例1 保守性分析及保守步行分析(CWA)用於產生二價疫苗構築體之例示性實施方案

本實例描述基於群體之二價多肽構築體之設計，藉由保守性分析及CWA之具體實施方案，基於由HIV-1 Env、Gag、Nef及/或Pol基因編碼之保守蛋白質區產生二價疫苗構築體。

首先，該方法鑑別一組所選病毒基因之病毒蛋白質體中的所有保守區集合。在本實例中，該組病毒基因由HIV-1 Gag、Pol及Nef組成。

計算上，保守性演算法與CWA之組合可描述為基於定位德布魯因圖之二價疫苗序列設計演算法，該演算法包含以下5個基本步驟，如圖3中所示：步驟 1 ： 將一組源病毒蛋白質體序列與參考序列比對 .

在步驟1中，將病毒蛋白質體序列之源群體與參考序列比對。在本實例中，所用參考序列係由GenBank寄存編號K03455標識之HIV-1 HXB2。HXB2參考多肽Env、Gag、Nef及Pol之胺基酸序列在本文中分別以SEQ ID NO:403、404、405及406提供。病毒蛋白質體序列之源群體由獲自天然存在之病毒的序列組成。此類序列係公開可得的，例如可得自洛斯阿拉莫斯國家實驗室、美國衛生與公眾服務部及國立衛生研究院所維護之HIV資料庫(hiv.lanl.gov)，該資料庫係用於本實例中序列源群體的資料庫。出於說明之目的，吾人將分析集中於病毒序列之子集，此處為M群分枝系B之序列。比對係使用多序列比對演算法，特別是快速傅立葉變換演算法MAFFT執行。Katoh等人(2002)Nucleic Acids Res . 30 (14):3059-66。基礎MAFFT軟體係公開可得的且例如在伯克利軟體套件(Berkeley Software Distribution，BSD)許可下發行。步驟 2 ： 對於每個 9 聚體位置 ， 拉出所有獨特的 9 聚體及其頻率 ， 並構建具有頻率之 9 聚體對集合。

在步驟2中，將保守性演算法應用於該組比對序列。對於比對中之每個序列，自N末端第一個胺基酸開始，該演算法一次移位一個胺基酸位置，產生長度為9個胺基酸之所有可能胺基酸區段的集合，在本文中稱為「9聚體」。因此，對於比對中之每一序列，該演算法自N末端胺基酸開始產生一組含9個胺基酸之子序列(「9聚體」)，每個子序列與前一子序列有八個胺基酸重疊，使得比對中長度l 之每個序列含有(l -8)個9聚體。

接下來，對於每個9聚體位置，該方法鑑別該組比對之源病毒蛋白質體序列中兩個最常見的獨特9聚體及其普遍性。換言之，自位置i 開始，基於頻率鑑別出在每個位置處的兩個最常見的獨特9聚體，該頻率以該獨特9聚體在該比對中位置i 處出現之次數除以該比對中之序列總數計算。

計算上，長度l 之每個序列含有l -8個9聚體。將自位置i 開始的所有9聚體定義為s _ij 且頻率定義為f _ij ，j =1,2,3,…m。總體而言，在位置i 處存在m個獨特9聚體。每兩個獨特的9聚體(s _iu , s _iv )可構成一個9聚體對且其頻率係f _iu +f _iv 。而且，每個9聚體本身可構成一個9聚體對，如(s _iu , s _iu )，且其頻率係f _iu 。因此，總體而言，在每個位置處存在m* (m+1)/2個9聚體對。

該方法接著藉由對含有該兩個最常見9聚體中之任一個的該組比對之源病毒蛋白質體序列的比例求和，來計算每個9聚體位置的二價保守性。為了做到這一點，藉由對該比對中含有該兩個最常見的獨特9聚體中之任一個之序列的比例求和來計算每個位置之「二價保守性」。

接下來，藉由提取該比對中具有所希望之二價保守性的序列，產生保守區之新比對。在本實例中，使用超過80%或超過90%之二價保守性，意味著在位置i處之兩個最常見9聚體佔保守區之新比對中該位置處之9聚體的超過80%或超過90%。換言之，該方法將新比對中之保守區鑑別為每個位置處該兩個最常見的9聚體之頻率總和超過某一截止值，例如超過80%或超過90%的保守區。因此，該方法亦計算出在保守區之新比對中每個位置處每對獨特9聚體之頻率。

此以圖形方式示於圖4A中。圖4A顯示一組假設的10個輸入天然序列，其各自在第一個9聚體內具有單一胺基酸變化。在該組10個序列中，在第三個胺基酸位置處具有「L」之9聚體出現6次，在該位置處具有「I」之9聚體出現3次，且在該位置處具有「I」但在第一個位置中具有不同胺基酸之9聚體出現一次。因此，保守性演算法選出兩個最普遍之9聚體，該等9聚體一起佔比對序列群體中該位置處可能之9聚體的90%。

使用此分析，可確定在該群體中所有蛋白質序列內各位置處高度保守之9聚體的分佈。此以圖形方式示於圖4B中。圖中顯示在自洛斯阿拉莫斯HIV序列資料庫獲得的9,846個M群分枝系B輸入序列中由Gag基因p24蛋白質編碼之蛋白質的保守性分佈。y軸顯示二價保守性且x軸顯示該9聚體相對於參考序列，即來自HXB2之Gag p24的位置。在該圖之整個頂部，水平條柱將保守區描繪為使用在每個位置處的兩個最普遍之9聚體確定具有至少80%二價保守性的保守區。帶正方形之深灰色線繪製使用該兩個最普遍之9聚體確定的在每個位置處之二價保守性，而帶菱形之淺灰色線顯示僅使用在每個位置處最普遍之9聚體確定的保守性。本分析展示，使用兩個最普遍之9聚體會改良輸入群體中結構上保守之序列的鑑別。

接下來，應用其他選擇標準來定義保守區，包括侷限於具有超過90%二價保守性之區域並移除少於35個胺基酸之短區段，例如長度為9-35個胺基酸之區段。

亦包括來自具有至少80%二價保守性且已知具有高免疫原性之某些區域，特定言之，對應於參考序列HXB2_K03455之胺基酸64-99的Nef之區域的一些額外區段(參見例如抗原決定基圖譜見於hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html；Fischer等人,Nat Med . (2007) 13(1):100-6；及Addo等人,J Virol , (2003) 77(3):2081-92)。步驟 3 ： 若相鄰位置中之 9 聚體對不具有任何衝突胺基酸 ， 則連結該等 9 聚體對。

使用此經修飾之保守區集合，應用CWA構建二價序列構築體。CWA連結在保守區比對之相鄰位置中共有八個胺基酸之重疊的9聚體對。

計算上，每個9聚體s 含有9個胺基酸，撰寫s[x:y]表示自位置x至y之胺基酸子序列，總計y-x+1個胺基酸： s _iu [2:9] == s _i+1p [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1q [1:8] 或 s _iu [2:9] == s _i+1q [1:8]及s _iv [2:9] == s _i+1p [1:8]。步驟 4 ： 對於自第 一個 9 聚體位置至最後一個位置之路徑內所有 9 聚體之頻率總和 ， 發現最佳路徑。

在步驟4中，該演算法構建有向非循環圖，在該圖中，每個9聚體對係一個節點，且相鄰節點之間的邊緣係由相鄰位置中連結之9聚體對形成，其中每個邊緣之權重等於下游9聚體對之頻率。此有向非循環圖係定位德布魯因圖。此類圖式已結合下一代定序資料之集合描述，例如Ronen等人,Bioinformatics (2012) 28:188-196中所描述。

在本實例中，添加一個源節點且將其與第一個位置中之所有節點連結；且添加一個彙聚節點並將其與最後一個位置中之所有節點連結。在有向圖中，源節點係僅具有流出之節點且彙聚節點係僅具有流入之節點。此處，源節點係連結至第一個位置中之所有9聚體對節點的虛設節點，且彙聚節點係連結至最後一個位置中之所有9聚體對節點的虛設節點。

接著，否定所有權重並發現自源節點至彙聚節點之最佳路徑，其中最佳路徑係依據所有9聚體對之頻率總和界定。發現最佳路徑之任務係例如使用貝爾曼-福特演算法執行。一般而言，貝爾曼-福特演算法計算加權有向圖中自單一源頂點至所有其他頂點之最短路徑。有向圖係由一組經邊緣連結之頂點製成的圖，其中該等邊緣具有與其相關聯之方向。

計算上，基本想法係將最大覆蓋二價疫苗構築問題模型化為典型圖形理論問題，其中解決方案係發現有向非循環圖中之最短路徑。計算步驟可概述如下： • (4-1)將每個9聚體對視為一個節點，並在步驟3中在相鄰節點之間構建邊緣； • (4-2)添加一個源節點並將其與在第1個位置處之所有節點連結； • (4-3)添加一個彙聚節點並將其與在最後一個位置處之所有節點連結； • (4-4)每個邊緣之權重等於下游9聚體對之頻率；以及 • (4-5)否定所有權重並使用貝爾曼-福特演算法發現最佳路徑。步驟 5 ： 基於最佳的二價 9 聚體對路徑構建二價疫苗序列且在該最佳的二價 9 聚體對路徑內相鄰位置中的兩個 9 聚體共有 8 個 胺基酸之重疊時 ，連結 該兩個 9 聚體。

在步驟5中，二價構築體係藉由以下方式構建：在該最佳的二價9聚體路徑內相鄰位置中之兩個9聚體共有八個胺基酸之重疊時，連結該兩個9聚體，由此產生含連結之9聚體的兩個序列，該兩個序列一起形成二價構築體。該等連結之相鄰9聚體對均具有8個胺基酸之重疊，因此其將組裝成兩個序列。舉例而言，一個9聚體對(AIIIIIIIS(SEQ ID NO:464)、MIIIIIIII(SEQ ID NO:465))可與另一個9聚體對(IIIIIIISK(SEQ ID NO:466)、IIIIIIIIR(SEQ ID NO:467))連結並產生兩個序列(二價序列)：AIIIIIIISK(SEQ ID NO:468)及MIIIIIIIIR(SEQ ID NO:469)。

此方法以圖形方式示於圖5A-5C中。圖5A顯示假設的9個源病毒序列之集合，其在第一個位置處具有2個獨特的9聚體且在第二個相鄰位置處具有3個獨特的9聚體。每個序列之頻率在序列右側以『次數』指示，例如「×5」意謂序列在源集合中出現5次。圖5B描繪定位德布魯因圖之構造，其中每一節點係一個二價9聚體對。在相鄰位置中之兩個二價9聚體對共有八個胺基酸之重疊時，其經連結以構建一個邊緣。以此方式，產生有向非循環圖。圖5C示出最佳路徑之發現。如上所述，最佳路徑係針對所有9聚體對之頻率總和界定。此係藉由參照輸入序列發現相鄰9聚體之間提供最高保守性之連結實現。因此，在圖5C中，如頂部四個對之集合中所示，連結兩個9聚體對提供以下二價序列， GIIIIIIIIK (SEQ ID NO: 471) x0 AIIIIIIIIH (SEQ ID NO: 472) x0。

此等序列均不存在於圖5A中所示之源序列中。

相比之下，如圖5C中底部四個對之集合中所示，連結兩個9聚體對提供以下二價序列， GIIIIIIIIH (SEQ ID NO: 473) x3 AIIIIIIIIK (SEQ ID NO: 474) x4。

此等序列各自分別在圖5A中所示之源序列中出現3次或4次。因此，藉由演算法選出此等第二對二價序列，因為其使相對於源序列之保守性達到最大。

計算上，此可由以下示例性情形說明：

情形1：若s _iu [2:9] = s _i+1p [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1q [1:8]，則將s _iu 與s _i+1p 連結且將s _iv 與s _i+1q 連結；

情形2：若s _iu [2:9] = s _i+1q [1:8]且s _iv [2:9] = s _i+1p [1:8]，則將s _iu 與s _i+1q 連結且將s _iv 與s _i+1p 連結；

輸入序列中s _ix 及s _i ₊ _1y 共存之普遍性表示為C_ixy ；

若C_iup + C_ivq = C_iuq + C_ivp ，回溯並組合在位置i - 1 及i 中9聚體對共存之普遍性，直至第一個位置。若在兩個不同連結之間不存在差異，則隨機揀選一個連結。

此回溯及共存普遍性方法考慮長度超過9個胺基酸之肽的普遍性並進一步區分本發明之演算法與其他基於圖式之方法。

接下來，使用以下三種不同連接子策略之一組合自天然序列中彼此不相鄰之區域，亦即，因缺乏8個胺基酸之重疊而無法根據如上文所描述之CWA接合之區域構築之序列：1.直接融合，無需任何連接子；2.在每兩個保守區之間插入『AAA』連接子(SEQ ID NO:378)；3.相同蛋白質內之各區段直接融合，無需任何連接子，以及在來自不同蛋白質之區段之間插入F2A連接子。

保守步行分析(CWA)方法之概述顯示於圖1及2中。SEQ ID NO:345-350之融合多肽及表1中之序列係根據此方法設計之示例性免疫原性融合多肽序列，其具有由HIV-1 Gag、Nef及Pol基因編碼之多肽區段。實例 2 應用於由 HIV - 1 基因編碼之蛋白質之保守性分析及保守步行分析 ( CWA ) 的例示性 實施方案

本實例描述基於(i) Gag及Nef(「GagNef」)、(ii) Pol或(iii) Pol及Env(「PolEnv」)之保守HIV-1區的類似實施方案。

在以上實例1中，應用保守性演算法來鑑別目標基因Gag、Nef、Env及Pol之蛋白質編碼區中的所有候選保守區集合。在本實例中，利用(1) Gag及Nef、(2) Pol或(3) Pol及Env之蛋白質編碼區分別產生三個不同二價構築體，即「GagNef」、「Pol」及「PolEnv」。與以上實例1之步驟1-2中相同，先比對源序列，且接著應用保守性演算法鑑別目標基因之蛋白質編碼區中的所有候選保守區集合，該等目標基因係Gag及Nef、Pol、或Pol及Env。如上所述，接著，應用基於保守性及已知免疫原性之其他選擇標準(參見例如抗原決定基圖譜見於hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html；及Fischer等人,Nat Med . (2007) 13(1):100-6)。在包括由Pol基因編碼之多肽區段的某些序列中，排除包括逆轉錄酶中之「YMDD」模體(SEQ ID NO:462)及蛋白酶中之「DTG」模體中之一個或兩個的序列區段，因為該等模體可能影響維持酶活性之表現。

與實例1中之步驟3-5中相同，使用此經修飾之保守區集合，應用CWA構建二價序列構築體。

一些多肽區段係藉由聚丙胺酸連接子(例如AA、AAA (SEQ ID NO:378)或AAY (SEQ ID NO:379))連結，該連接子係出於證實目的選擇，因為其係小可撓性連接子，不太可能對蛋白質結構具有顯著影響。若確定有可能融合多肽片段而不會產生有害或不合需要之接合抗原決定基，例如可刺激能與自身抗原交叉反應之T細胞的抗原決定基，則使用融合方法。若確定會產生有害或不合需要之接合抗原決定基，則在多肽片段之間插入可撓性連接子。

對於本實例，對可能呈現有害抗原決定基之接合區應用進一步分析並佈置該等片段以減少或避免產生此類接合抗原決定基。

肽區段之不同佈置產生可誘導不同接合點反應之不同接合點9聚體。吾人開發出多肽片段佈置工具以檢查各佈置中所有接合點9聚體之MHC結合親和力及與人類肽之交叉識別。吾人在內部開發之多肽片段佈置工具搜索不同肽佈置且基於對9聚體之接合點應用以下描述之兩個分析((1)計算機HLA結合分析及(2)人類蛋白質體分析，用於鑑別可激活能識別自身抗原之T細胞的抗原決定基)的計算機預測結果，確定具有最小接合點反應之最佳佈置。藉由預測對目標HLA對偶基因具有高結合親和力之接合點9聚體的數量與預測具有肽或T細胞識別模體及任何接合點9聚體之人類蛋白質的數量之總和確定每兩個相鄰區段之間的接合點反應分數。藉由每個區段佈置中所有接合區之接合點反應分數的總和確定每個區段佈置之分數。 1) 當存在不到15個肽區段時，吾人在內部開發之多肽區段佈置工具搜索所有可能之佈置並確定具有最低接合點反應(最低區段佈置分數)之最佳佈置 2) 當存在至少15個肽區段時，吾人在內部開發之多肽區段佈置工具使用『貪婪(greedy)』策略。該策略先產生所有接合點，且接著自關於預測之接合點反應而言之最佳接合點開始。接下來，其反覆地搜索下一相容的最佳接合點且組裝所有肽區段。

計算機 I 類 MHC ( 人類 HLA ) 結合分析 ：抗原加工、呈現及T細胞受體識別係複雜的過程，尚未得到完全理解。細胞內及細胞外抗原係在核內體隔室內加工，且細胞質經蛋白酶體加工並運輸至核內體隔室，諸如ER中，在其中其肽片段與MHC分子相互作用。穩定肽-MHC複合體被運輸至細胞表面，在此處，其可經表現TCR且具有適當特異性之T細胞識別。抗原加工及呈現中的一個最具選擇性之步驟係HLA結合。HLA結合親和力可使用各種工具，諸如NetMHC或MHCflurry，或源於免疫肽體分析並藉由實驗結合資料證實之大型內部資料集，以及由患者樣品確定之抗原決定基預測。此等工具係公開可得的且描述於例如Lundegarrd等人, Nucleic Acids Res . 2008年7月1日;36(Web Server issue):W509-12；及O'Donnell等人,Cell Systems 2018 7:129-132。在本實例中，使用NetMHC。使用NetMHC中所有參數之預設設置，以及肽序列及HLA對偶基因之輸入資訊。IC50值小於1,000 nM之預測結合親和力視為低結合親和力。

人類蛋白質體交叉識別分析 ：與人類肽類似之抗原決定基可誘導致耐受性反應或可與自身抗原交叉反應之反應。針對公共人類蛋白質資料庫(例如Uniprot，NCBI)搜索疫苗中之所有9聚體。若HIV肽9聚體與人類肽9聚體具有至少5個殘基之胺基酸序列一致性，且預測該兩種9聚體與相同對偶基因具有高結合親和力，則將其視為交叉保守性9聚體。吾人自UniProt資料庫下載所有人類蛋白質序列且構建一種支持對具有至多4個錯配(至少5個匹配)之所有人類蛋白質9聚體中之給定9聚體進行高效搜索的工具。

圖8示出人類蛋白質體交叉識別分析之結果。在本實例中，吾人搜索人類蛋白質資料庫內之HIV-1肽9聚體，並鑑別共有一定數量胺基酸(試驗性地，至少5個)的所有人類蛋白質9聚體，且基於本文所述之計算機I類MHC分析，預測其與相同對偶基因具有高結合親和力(例如IC50小於約1000 nM或在多肽區段群體中之百分等級在前5%內)。排除與人類蛋白質之肽區段具有高序列一致性(例如具有至少55%(9個胺基酸殘基中之5個)，例如至少65%(9個胺基酸殘基中之6個)，例如至少75%(9個胺基酸殘基中之7個)，例如至少85%(9個胺基酸殘基中之8個))且具有高預測I類MHC結合親和力的該等HIV 9聚體，因為該等9聚體可能誘導致耐受性反應或可與人類自身抗原(本文定義為「有害抗原決定基」)交叉反應之反應。

圖9示出多肽區段佈置分析如何能減小或消除接合區中可能出現的有害或不合需要之抗原決定基。在所說明之預設佈置中，預測在Seg 2與Seg3之間及在Seg 3與Seg 4之間之接合點9聚體可產生能在人體中誘導致耐受性或自身反應性反應(例如基於計算機HLA結合分析確定具有高MHC結合親和力，或基於人類蛋白質體交叉識別分析確定與人類蛋白質交叉識別)的接合序列。吾人應用搜索不同佈置並確定使預測之接合序列減少或消除之佈置的演算法，該等預測之接合序列可在人體中誘導致耐受性或自身反應性反應。

SEQ ID NO:351-366及407-410之融合多肽係根據此方法設計的示例性免疫原性融合多肽序列。實例 3 I 類 MHC 限制性融合多肽

改良T細胞疫苗之抗原設計的一個組成部分係確定能容易地由宿主T細胞呈現並激活T細胞反應的一組所希望之抗原。對源於病毒抗原之短胺基酸片段(8-30aa長)進行加工並呈現於主要組織相容複合體(MHC)內確定之宿主人類白血球抗原(HLA)對偶基因上。若此等對偶基因呈現由CD8+ T細胞上之T細胞受體(TCR)識別之肽，則將其定義為I類MHC，且若該肽及MHC複合體係由CD4+ T細胞上之TCR識別，則將其定義為II類MHC。

本實例描述這樣一種方法，在該方法中，自二價構築體選出一組I類MHC限制性9聚體並組合形成I類MHC限制性疫苗構築體。此方法係藉由設計具有預測結合至人類HLA-A*0201對偶基因之多個抗原決定基的免疫原性融合多肽來說明。吾人選擇人類HLA-A*0201對偶基因來展示該方法，因為該對偶基因在美國係極為常見的對偶基因。

有兩種方法被用於產生HLA-A*0201限制性序列，即「短肽」法及「長肽」法。對於短肽法，應用實例2中描述之計算機I類MHC結合分析來鑑別二價序列中預測與HLA-A*0201具有低結合親和力之任何9聚體。自該等構築體移除低親和力9聚體(例如具有小於1,000 nM之預測I類MHC結合IC50值的9聚體)。

接下來，如實例2中所描述，對二價構築體中之所有9聚體執行人類蛋白質體交叉識別分析。鑑別出與人類肽序列共有至少5個殘基之任何9聚體並將其自構築體移除。

隨後，應用實例2中所描述的在內部開發之多肽區段佈置工具並將兩個二價序列之所有剩餘9聚體組合成單一序列，按減少或避免不合需要之接合點的次序佈置。吾人將此稱為「串珠」法。在基於單一或多個I類MHC對偶基因結合特異性之疫苗構築體中，可藉由包括II類MHC抗原決定基實現輔助CD4+ T細胞反應之誘導。此等抗原決定基可為文獻中定義且已知作為大部分群體之目標的II類抗原決定基，或可針對個體自身II類MHC對偶基因進行定製(Ranasinghe,J Virol , (2012) 86(1):277-83；及Kaufmann等人,J Virol . (2004) 78(9):4463-77)。

對於「長肽」法，執行與上文所描述相同的步驟來獲得「短肽」序列，但在移除低親和力I類MHC(此處為人類HLA-A*0201)結合9聚體之後，使剩餘9聚體各自在上游及下游側接最保守的8個胺基酸區段以產生25個胺基酸長的肽。接著，與短肽法相同，使用「串珠」法將所有25聚體組合成單一序列，按減少或避免不合需要之接合點的次序佈置。

圖10A-B提供流程圖，分別示出「短肽」法及「長肽」法之基礎方法。SEQ ID NO:367-377及411之融合多肽係根據此方法設計的示例性免疫原性融合多肽序列。實例 4 併入深度定序資料分析之個性化構築體

本實例描述這樣一種方法，在該方法中，包括深度定序資料分析以形成個性化疫苗構築體。在本實例中，與以上實例1之步驟1-2中相同，先比對源序列，且接著，應用保守性演算法鑑別目標基因之蛋白質編碼區中的所有候選保守區集合。在本實例中，該等目標基因係Gag、Nef及Pol。與實例1之步驟3-5中相同，應用CWA在該等區域中構建二價序列。

除源於下載之群體序列的9聚體外，亦分析目標個體之深度定序資料以鑑別在該等保守區內之患者內多樣性。為了使用深度定序資料鑑別患者內9聚體變異體，組裝深度定序讀段以產生個體特異性共同序列。將深度定序讀段與個體特異性共同序列比對，且接著，基於個體特異性共同序列與HXB2參考序列之比對，將比對映射至HXB2位置座標。在保守區內的每個9聚體位置處，自完全覆蓋該位置之所有定序讀段提取相應子序列，轉化成9個胺基酸之序列。僅包括普遍性超出分析背景的9聚體變異體。

對於保守區內之所有9聚體位置，執行計算機HLA預測分析且接著，將所有位置分為四個類別(圖6)。若所有患者內9聚體均匹配二價序列且其中至少一個具有高預測結合親和力，則將位置歸類為第I類(在圖12A中由

表示)。若所有患者內9聚體均匹配二價序列且其中至少一個具有低預測結合親和力，則將位置歸類為第II類(在圖12A中由

表示)。若至少一個患者內9聚體匹配二價序列且所有該等9聚體均具有高預測結合親和力，則將位置歸類為第III類(在圖12A中由

表示)。若至少一個患者內9聚體匹配二價序列且其中至少一個具有低預測結合親和力，則將位置歸類為第IV類(在圖12A中由

表示)。

接著，基於保守區位置分類結果，移除第IV類位置中之所有9聚體變異體且僅保留與其他位置中之患者HLA對偶基因具有高結合親和力的9聚體(例如具有超過1,000 nM之預測I類MHC結合IC50值的9聚體)。將基於外部公共HIV資料庫(hiv.lanl.gov)或內部實驗資料已知為逃避變異體(亦即，逃避T細胞識別之序列變異體)的任何抗原決定基。如實例2中所述，對所有剩餘9聚體執行人類蛋白質體交叉識別分析並移除與人類肽序列共有至少5個殘基之任何9聚體。接著，如實例3中之「長肽」法中所述，該等剩餘9聚體各自在上游及下游側接最保守的8個胺基酸之區段以產生25個胺基酸長的肽(25聚體)。在最後一個步驟中，應用實例2中所描述的在內部開發之多肽區段佈置工具並將所有25聚體組合成單一序列(「串珠」法)。

圖13提供流程圖，示出個性化構築體方法之基礎方法。SEQ ID NO:422提供根據此方法設計的示例性免疫原性融合多肽序列。其為例示性個性化構築體，被設計成併入深度定序資料分析；使用來自具有HLA對偶基因之患者的深度定序資料產生：A*02:01、A*23:01、B*07:02、B*44:03、C*04:01及C*07:02。實例 5 經深度定序資料分析改良之 HLA 限制性構築體

本實例描述這樣一種方法，在該方法中包括深度定序資料及患者HLA資料分析以進一步改良實例3中所述之HLA限制性疫苗構築體。在本實例中，與以上實例1之步驟1-2中相同，先比對源序列，且接著，應用保守性演算法鑑別目標基因之蛋白質編碼區中的所有候選保守區集合。在本實例中，該等目標基因係Gag、Pol及Nef。與實例1之步驟3-5中相同，應用CWA在該等區域中構建二價序列。

除源於下載之群體序列的9聚體外，亦分析具有相同HLA對偶基因(HLA-A*0201)之四名個體的深度定序資料以鑑別在該等保守區內之患者內多樣性。

如以上實例4中所描述，對於每名個體，分析深度定序資料並將所有保守區位置分成四個類別。

對於保守區中每個位置，若對於至少一名患者，該位置係在第IV類中，則移除所有9聚體變異體，因為此指示該對偶基因之逃避路徑已確定。而在所有其他位置中，僅保留與目標HLA對偶基因(在本實例中為HLA-A*0201)具有高結合親和力之9聚體。如實例2中所述，對所有剩餘9聚體執行人類蛋白質體交叉識別分析並移除與人類肽序列共有至少5個殘基之任何9聚體。接著，如實例3中之「長肽」法中所述，該等剩餘9聚體各自在上游及下游側接最保守的8個胺基酸之區段以產生25個胺基酸長的肽(25聚體)(參見Assadipour等人,Clin Cancer Res . (2017) 23(15):4347-4353；Zhang等人,J Biol Chem , (2009) 284(14):9184-91)。在最後一個步驟中，應用實例2中所描述的在內部開發之多肽區段佈置工具並將所有25聚體組合成單一序列(「串珠」法)。

圖14提供流程圖，示出併入深度定序資料分析之HLA限制性構築體(例如HLA-A*0201序列)方法的基礎方法。SEQ ID NO:423提供根據此方法設計的示例性免疫原性融合多肽序列。其為經深度定序資料分析改良之例示性HLA限制性構築體；使用來自四名HLA-A*02:01患者之深度定序資料產生。實例 6 含有免疫原性融合多肽之病毒表現載體

在本實例中，產生編碼計算上確定之多肽區段的病毒表現載體，該等多肽區段含有由作為轉殖基因之Gag、Nef及Pol基因編碼之HIV-1之保守區，並證實該轉殖基因在哺乳動物細胞中表現。藉由多種方法，包括直接融合、經由添加蛋白水解裂解位點序列或在各區域之間添加可撓性連接子連接各區域，串接或連結含有保守區之多肽區段。出於展示之目的，使用聚丙胺酸(AAA)可撓性連接子(SEQ ID NO: 378)及源於口蹄疫病毒(FMDV)2A區之聚合蛋白(F2A)的蛋白水解裂解位點(Ryan等人,J Gen Virol , (1991) 72(11): 2727-32)。方法

含有編碼融合多肽變異體之轉殖基因之病毒表現載體的構築 。使用標準方法，藉由活體外重組(Vector Biolabs)產生Ad5/35載體，該等載體表現經各種方法連接保守HIV-1序列的計算上確定之HIV-1疫苗免疫原。藉由PCR，使用針對改良之人類表現有密碼子偏好之合成寡核苷酸(GeneArt, ThermoFisher Scientific)產生表現卡匣，並使用標準基因選殖技術置放於CMV啟動子之控制下。開發用於此評價之構築體列於表1中且示意性地描繪於圖20中。

表1 - 自腺病毒載體表現之融合多肽 ( 「AAA 」係SEQ ID NO :378 )
SEQ ID NO:	HIV-1 融合多肽	胺基酸序列
349	p17-p24-Pr-RT-Int-RNAseH-nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQNISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
345	p17-p24-AAA-Pr-RT-AAA-Int-RNAseH-AAA-nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETAAAVSQNYPIVQNAAAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQAAALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQAAAGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSAAAWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIAAAVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTAAATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAAAAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDAAAEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
347	p17-p24-F2A-Pr-RT-F2A-Int-RNAseH-F2A-nef	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQNISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIAITKIQNFRVYYRDSRDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDEDRAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGPEEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG
428	p17-p24	LKHIVWASRELERFAVNPGLLETVSQNYPIVQNISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQ
429	Pr-RT	LPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAFTIPSWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPI
151	Nef	EEVGFPVKPQVPLRPMTFKGALDLSHFLREKGGLEG

在活體外評價目標基因表現及 F2A 裂解。為了改良編碼疫苗表現卡匣之病毒載體的組裝，將該等基因選殖至含有用於選殖目標基因之限制性位點及GFP標記物的載體質體(ThermoFisher Scientific)中。遵循製造商之方案，將DNA轉型至OneShot™ TOP10勝任細胞(Invitrogen, Carlsbad, CA)中並將其塗鋪至補充有100 µg/ml安比西林(ampicillin)之LB瓊脂盤上。在37℃下培育該盤隔夜。自該盤揀取單一群落並接種至10ml液體LB+安比西林培養物中，且在埃彭道夫桌上型振盪器(Eppendorf bench top shaker)中，在37℃下以250rpm振盪隔夜。遵循製造商之方案，使用QIAprep Spin miniprep套組(Qiagen, Germantown, MD)加工細菌沈澱以獲得質體DNA。藉由使用NanoDrop™2000(Thermo Scientific)讀取在280nm下之吸光度來確定核酸濃度。為評價活體外表現，根據製造商之方案，使用ExpiFectamine™(Invitrogen, Carlsbad, CA)將表現載體轉染至Expi293™細胞中。在轉染後第2天，當細胞活力仍＞80%時，藉由流動式細胞測量術評價該等細胞中之GFP表現，或使其沈澱。藉由ELISA評價細胞溶解產物中之HIV-1 gag p24表現，或藉由西方墨點法，用能夠偵測在C末端處含有Nef序列之全長轉譯產物的抗Nef抗體進行免疫沈澱來確定蛋白質表現。結果

圖21A-21C中所描繪之資料展示，將保守區多肽區段串接或連結成融合多肽的全部三種方法引起由轉殖基因編碼之多肽的高效轉染及表現。評價轉譯產物表明，包括F2A蛋白水解裂解序列引起該多肽之適當裂解(圖21C)。接著，測試在各種病毒載體系統中此等構築體在活體外及活體內激活T細胞反應之效率。實例 7 展示由融合多肽誘導之人類 T 細胞活化的活體外分析

在本實例中，建立一種測試表現載體中之疫苗構築體在人體中激活T細胞之功效的活體外方法。類似方法描述於例如WO 2015/110397中。在疫苗學中應用此方法允許評價轉殖基因卡匣在人體中之抗原加工、呈現及T細胞激活，以及研究可能改變激活功效之免疫參數，包括佐劑及免疫調節劑。方法

單核球純化及單核球源性樹突狀細胞 ( moDC ) 之成熟。 在基於moDC之T細胞刺激分析中使用新鮮分離或低溫保藏之PBMC。使用EasySep人類抗CD14陽性選擇抗體套組(StemCell Technologies)，自來自患有或未患有HIV且未經歷ART或經歷ART之個體的PBMC純化出CD14+單核球。在產生培養物之前，使用流動式細胞測量術證實經分離CD14+單核球之純度＞90%。為了產生不成熟moDC，在6孔培養盤中，在3 mL moDC分化培養基，亦即含有10%熱滅活胎牛血清、1%青黴素鏈黴素/mL、0.5 mM HEPES、800U/mL GM-CSF(Miltenyi Biotec)及1000 U IL-4(Miltenyi Biotec)之完全RPMI 1640中培養2×10⁶ 個經純化之CD14+單核球。在37℃及5% CO₂ 下培育該等盤6天並每天監測以確保單核球黏附。為產生成熟moDC，在第6天向黏附之不成熟moDC培養物補充重組可溶性CD40L(0.5 µg/ml)、IFN-γ(1,000U/ml)、PGE2(5µM)、TNF-α(10 ng/ml)、IL-6(100 ng/ml)及IL-1β(10 ng/ml)及額外的3 ml moDC分化培養基並在37℃及5% CO₂ 下再培育48小時。

在第8天，使用冰冷的PBS及細胞清除器手動地分離成熟moDC，將黏附之moDC分離。遵循此程序，使用moDC分化培養基洗滌未附著之細胞並轉移至50ml Falcon管中。在室溫下，以1500 rpm離心所得細胞混合物5分鐘。接下來，丟棄上清液並使細胞沈澱再懸浮於5ml之moDC分化培養基中。分離出一部分成熟moDC並用抗CD11c+、抗HLA-DR+、抗CD14-、抗CD40+、抗DCSIGN+、抗CD83、抗CD86及抗OX40L抗體染色以表徵moDC之分化表型。結果顯示於圖22中。

用病毒載體 ， 例如腺病毒 ( Ad ) 5 / 35 載體轉導 moDC 。收集純化之moDC，在無血清培養基中洗滌兩次，並使其以10⁷ 個/毫升再懸浮於X-Vivo 15(BioWhittaker, Walkersville, MD)中。轉導之前，使細胞在37℃水浴中平衡20-30分鐘。將Ad5/35儲備液在冰上解凍並以指定感染倍率(MOI)添加至moDC懸浮液中。輕緩地混合細胞並立即置放於37℃恆溫箱中。2小時之後，添加含有GM-CSF及IL-4之溫熱moDC分化培養基以將moDC稀釋至最終濃度為10⁵ 個/毫升。將0.5ml經轉導之moDC轉移至48孔盤中並在37℃下於5% CO₂ 中再維持24小時，隨後添加PBMC或純化之CD8+ T細胞。結果顯示於圖23中。

純化自體 CD8 或 CD4 T 細胞及與 moDC 共培養 。在需要刺激CD8+ T細胞之實驗中，使用人類CD8+ T細胞富集套組(EasySep，StemCell Technologies)由自體PBMC富集CD8+部分。將純化之CD8+ T細胞與疫苗載體轉導之自體moDC共培養7天(第一輪)且接著，將非黏附細胞轉移至新鮮轉導之自體moDC的另一培養物中，再保持7天(第14天第二輪)。在需要刺激CD4+ T細胞之實驗中，使用人類CD4+ T細胞富集套組(EasySep，StemCell Technologies)由自體PBMC富集CD4+部分。藉由流動式細胞測量術確定細胞具有＞90%純度。在15 ml Falcon管中，使經分離細胞以1-5 ×10⁶ 個/毫升細胞再懸浮於1.0毫升(最大體積)含有0.1% FBS之PBS中，並遵循製造商之方案(Biolegend)，用cell trace紫標記(將其標記為紫色)。接著，對Cell-trace紫(CTV)標記之CD8+ T細胞、CD4+ T細胞或PBMC計數並使其以2×10⁶ 個/毫升再懸浮。接著，將1×10⁶ 個純化之CD8+ T細胞、CD4+ T細胞或PBMC以1:20之moDC:T細胞/PBMC比率接種至48孔培養盤中含有5×10⁴ 個moDC的每個孔中。

ELISpot 分析法 . 在所有ELISpot分析中使用經預先塗佈之條形ELISpot盤(Cellular Technologies Limited)。簡言之，將來自第10天moDC-CD8+ T細胞/PBMC培養物之5×10⁴ 個細胞接種至各孔中。將由整個HIV保守區內重疊11個胺基酸之15聚體肽組成的肽池組裝成矩陣，且每個池中具有8-12個aa，並用於IFN-γ ELISpot分析中評價疫苗免疫原性。對於陽性對照，添加50 ng/ml PMA(Sigma)。在37℃下，在5% CO₂ 中培育各盤24小時。在24小時刺激之後，自該等盤移除細胞並在PBS中洗滌孔三次，隨後用含有0.05%吐溫(tween)之PBS洗滌三次。接著，在室溫下，將生物素化之抗IFN-γ偵測抗體添加至該等盤中，保持2小時。接著，用含有0.05%吐溫之PBS洗滌該等盤三次，隨後添加抗生蛋白鏈菌素結合之鹼性磷酸酶(AP)。接著，用0.05%吐溫-PBS洗滌各孔兩次且接著用蒸餾水洗滌兩次，隨後添加藍色顯影劑溶液。接著，在室溫下培育該等盤15分鐘，隨後使用自來水停止反應。接著，乾燥該等孔隔夜並在Immunospot ELISpot讀取器上對斑點形成單位(SFU)計數。所有盤之設置皆相同且計數係以每10⁶ 個PBMC之SFU表示。結果顯示於圖24A-B中。

活體外肽刺激及細胞內細胞介素染色 。在37℃下，將淋巴球與2 µg/ml相應HIV肽池以及抗CD107a一起培育5小時，並在最後一次4小時再刺激期間，添加GolgiPlug(BD)(1 µl/ml)及莫能菌素(monensin)(1×)。之後進行表面及細胞內染色以確定細胞介素產生情況。使用Foxp3固定/透性化濃縮及稀釋劑套組(Thermo Fisher Scientific)進行細胞內細胞介素染色。簡言之，在用0.5mg/ml人類IgG(BD)阻斷Fc受體之後，將1×10⁶ 個細胞與螢光結合之抗人類抗體混合物一起在4℃下培育30分鐘。使用FACS緩衝液(PBS、2% FCS、0.1% NaN₃ )洗滌經染色細胞兩次，用LSR II流式細胞儀，使用FACSDiva軟體(BD)獲取，並使用FlowJo軟體10.2版(TreeStar)分析。抗人類抗體係獲自BioLegend或BD biosciences，抗PD-1 BV421或BV605純系EH12.2H7、抗CD27 BV711純系O323、抗CD4 BV605純系OKT4、抗CCR7 BV785純系G043H7、抗CD45RA PE-Cy7純系H100、抗CD3 BV650純系SK7、抗CD8αBV650 BV605 RPA-T8。在表面染色之後，將經染色細胞與100 µl固定/透性化b 667緩衝液一起培育1小時。隨後，用Perm 77jhy gt緩衝液洗滌細胞兩次，每次100 µl，且接著，將其與在每1×10⁶ 個細胞100 µl透性化緩衝液中稀釋之抗體混合液一起培育。將含有抗IL-2 PE純系MQ1-17H12、抗TNF-αPercPcy5.5純系MAB11及抗IFN-γPE-CF594純系B27的螢光團結合之抗人類抗體混合液添加至細胞中並染色，保持一小時。對於小鼠實驗，採用抗IFN-γPE純系XMG1.2、抗IL-2 APC-cy7純系JES6-5H4及抗TNF-αBV650純系MP6-XT22。接著，用100 µl透性化緩衝液洗滌透性化細胞兩次並立即在Fortessa流式細胞儀上進行分析。結果顯示於圖25A-B中。結果

在細胞介素(GM-CSF、IL-4、CD40L、IFN-γ、PGE2、TNF-α、IL-6及IL-1β)存在下成熟且用含有疫苗轉殖基因之病毒載體轉導的單核球源性DC能夠在活體外激活自體疫苗抗原特異性T細胞。此等反應具有高量值及廣度。觀察患者間moDC轉導效率之變化且此可反映受體表現之變化，由此有助於病毒載體之吸收，正如在異質人類群體中所預期的。該分析可有助於在起始大規模疫苗試驗之前，在大量人類供體內對疫苗構築體進行臨床前評價。

對激活起反應而產生新生反應的人類供體產生類似量值之反應，不管用於組合保守區之融合方法如何。具有高量值反應之供體始終識別較大數量的池，不管用於激活T細胞反應之病毒載體構築體如何。

該方法激活CD4+及CD8+ T細胞反應。免疫顯性CD8+反應以p24 Gag及Nef為目標，而免疫顯性CD4+反應主要集中於p24 Gag。該反應之量值或基於用於在疫苗構築體之設計中組合保守區之方法所靶向的目標區域無顯著差異。激活之T細胞主要為單功能的，其中IFN-γ係在若干供體內具有相當大比例之多功能T細胞反應的主要細胞介素。此可能反映所用病毒載體(例如腺病毒)以及活體外培養技術。

結果展示疫苗免疫原對初代人類PBMC中CD8+及CD4+ T細胞反應之較強誘導作用。保守區融合引起之反應與由具有F2A蛋白水解裂解序列或AAA連接子(SEQ ID NO:378)之免疫原所誘導之反應具有類似的量值。此資料支持使用此等方法中之任一種進行保守區融合。為了確定對給定的一組序列或病毒載體使用何種方法，要考慮多種因素，諸如疫苗載體之包裝限值、或減少或避免產生接合點反應。

該資料符合以下結論：不論所用串接方法如何，來自暴露於兩輪moDC刺激之無病毒血症及病毒血症患者之CD8+ T細胞均具有增強之IFN-γ量值(圖26A-26B)。

結果進一步展示，活體外moDC-T細胞激活分析誘導新生原初反應以及激活預先存在之記憶反應，且產IFN-γ細胞高水準表現PD-1及CTLA-4，表明反應細胞耗竭，如圖30A-30B中所示。實例 8 活體內 T 細胞活化 分析

在本實例中，評價小鼠模型中疫苗構築體之活體內T細胞激活功效並確定融合疫苗構築體內保守區之最佳方法。為了做到這一點，用表現具有不同連接策略的在計算上確定之保守區疫苗免疫原序列之Ad5/35載體對各組小鼠進行免疫接種。評價該等反應之量值及功能表型以確定保守區融合之最佳方法。方法 免疫原性之活體內評價

免疫接種 . 藉由在兩個後腿肌肉中肌肉內(i.m.)注射1×10⁸ 或1×10⁹ PFU表現HIV免疫原之Ad5/35載體，對六或七週齡之C57BL/6及Balb/c小鼠進行免疫接種。以100 µl磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)注射液(每個四頭肌50 µl)投與疫苗載體。將小鼠用異氟醚麻醉，隨後進行疫苗免疫接種。將動物圈養於Charles River Laboratories動物機構(North Carolina)並根據批准之IACUC方案執行實驗。

同種初打 - 加打方案 . 藉由在兩個後腿肌肉中肌肉內(i.m.)注射1×10⁸ 或1×10⁹ PFU表現HIV免疫原之Ad5/35載體，對小鼠進行初打並停藥28天，隨後用表現相同抗原之載體進行同種加打。藉由在各種時間點，用如先前所描述(Miyahira等人, J Immunol Methods , (1995)181(1):45-54)之ELISpot分析、ICS或四聚體染色分析脾細胞來評價免疫原性及細胞表型。方案及結果之示意圖顯示於圖28A-28C中。

流式細胞量測術 . 使用血球計確定所製備之單細胞懸浮液的細胞計數。用1:100抗CD16+CD32(Biolegend)(對於小鼠細胞)或0.5 mg/ml人類IgG(BD)(對於人類細胞)阻斷Fc受體之後，將1×10⁶ 個來自單細胞懸浮液之細胞與螢光結合之抗小鼠或抗人類抗體混合物一起在4℃下培育30分鐘。使用FACS緩衝液(PBS、2% FCS、0.1% NaN₃ )洗滌經染色細胞兩次，用LSR II流式細胞儀，使用FACSDiva軟體(BD)獲取，並使用FlowJo軟體10.2版(TreeStar)分析。抗小鼠抗體係獲自Biolegend或BD Biosciences，CD8 AF700純系53-6.7、CD4 BV605純系RM4-5、TCR-βPECF594純系H57-597、CD27 BV711純系LG.3A10、CD43 PE-cy7純系1B11、KLRG1 PercpCy5.5純系2F1及CD127 BV421純系SB/199用於表面染色。表面染色之後，使細胞在用於細胞內細胞介素染色之製劑中固定並透性化。使用Foxp3固定/透性化濃縮及稀釋劑套組(Thermo Fisher Scientific)進行細胞內細胞介素染色。簡言之，將1×10⁶ 個經表面抗體染色之細胞與100 µl固定/透性化緩衝液一起培育1小時。隨後，用透性化緩衝液洗滌細胞兩次，每次100 µl，且接著，將其與在每1×10⁶ 個細胞100 µl透性化緩衝液中稀釋之抗體混合液一起培育。使用螢光團結合之抗小鼠抗IFN-γPE純系XMG1.2、抗IL-2 APC-cy7純系JES6-5H4及抗TNF-αBV650純系MP6-XT22之混合液進行細胞內細胞介素染色。接著，用100 µl透性化緩衝液洗滌透性化細胞兩次並立即在Fortessa流式細胞儀上進行分析。

抗小鼠抗體係獲自Biolegend或BD Biosciences，CD8 AF700純系53-6.7、CD4 BV605純系RM4-5、TCR-βPECF594純系H57-597、CD27 BV711純系LG.3A10、CD43 PE-cy7純系1B11、KLRG1 PercpCy5.5純系2F1及CD127 BV421純系SB/199用於表面染色。表面染色之後，使細胞在用於細胞內細胞介素染色之製劑中固定並透性化。使用Foxp3固定/透性化濃縮及稀釋劑套組(Thermo Fisher Scientific)進行細胞內細胞介素染色。簡言之，將1×10⁶ 個經表面抗體染色之細胞與100 µl固定/透性化緩衝液一起培育1小時。隨後，用透性化緩衝液洗滌細胞兩次，每次100 µl，且接著，將其與在每1×10⁶ 個細胞100 µl透性化緩衝液中稀釋之抗體混合液一起培育。使用螢光團結合之抗小鼠抗IFN-γPE純系XMG1.2、抗IL-2 APC-cy7純系JES6-5H4及抗TNF-αBV650純系MP6-XT22之混合液進行細胞內細胞介素染色。接著，用100 µl透性化緩衝液洗滌透性化細胞兩次並立即在Fortessa流式細胞儀上進行分析。結果

當在Ad5/35載體中表現時，以融合多肽形式表現HIV-1蛋白質保守區之病毒載體能夠在初打及加打之後引發高量值反應。未針對F2A序列產生反應。反應之量值具有肽池特異性。Gag p24反應具有最大量值，其中觀察到針對Pol(PR/RT)及Int之較弱反應且幾乎未觀察到Nef特異性反應(圖27B)。此反映Gag p24內小鼠HLA呈現之免疫顯性抗原決定基的存在(Im等人,PLoS Pathog , (2011) 7(5):e1002041)。在用融合構築體及F2A構築體免疫接種之小鼠中p24反應之量值最大。反應程度在同種加打之後改變，其中針對p24之反應作為主要反應出現(圖28C)。在用所有構築體進行疫苗接種之動物中，反應具有類似量值。在用載體進行疫苗接種之小鼠中，未觀察到反應量值之顯著差異，在該載體中，保守區之串接係藉由融合、F2A或AAA連接子(SEQ ID NO:378)實現。用C57/Bl6小鼠進行類似研究。IFN-γ反應之總體量值較低，不過，在初打及加打之後，不同疫苗構築體誘導之反應量值無顯著差異。

產生細胞介素之能力係效應性及記憶性CD8+ T細胞之功能量度。評價在免疫接種之後產生的CD8+ T細胞反應之表型及功能特徵。觀察到在Ad5/35免疫接種之後，產生具有單功能特徵之T細胞。所鑑別之主要單功能反應係CD107a表現之存在，在單一細胞介素中，IFN-γ係最常產生的。基於用於設計載體轉殖基因之融合方法，在各組間未觀察到功能差異。

資料與保守區序列具有免疫原性之結論一致。基於融合保守區之轉殖基因序列插入方法，活體內小鼠免疫原性不存在顯著差異。實例 9 評價前導序列增強融合多肽之免疫原性的能力

在本實例中，主要目標係確定前導序列或信號序列是否能增強HIV-1疫苗免疫原之免疫原性。為了做到這一點，設計出具有各種信號序列之疫苗構築體並使其在病毒載體，例如腺病毒或沙狀病毒載體中表現。

病毒載體可經工程改造成表現蛋白質序列，該等蛋白質序列可增強I類及II類MHC路徑中之抗原加工或呈現。此等前導序列係熟知的。此等序列通常係具有疏水性域之短多肽，其結合至信號識別粒子並將延長之蛋白質引導至膜結合結構，例如內質網或溶酶體。此等分泌信號序列可包括來自組織纖維蛋白溶酶原活化因子(tPA)、GM-CSF信號肽(SPCore)或來自趨化因子，諸如單核球趨化蛋白3(MCP3)或C-X-C模體趨化因子配體10(CXCL10；亦稱為IP-10)的分泌多肽。此等序列通常置放於疫苗免疫原表現卡匣之N末端。其他信號傳導序列可包括來自溶酶體相關膜蛋白1或2(LAMP-1或LAMP-2)之N末端及C末端序列，其將蛋白質引導至溶酶體隔室。來自分泌趨化因子，諸如來自MCP-3及IP-10之分泌多肽可融合並工程改造至疫苗免疫原之N末端上。先前已描述添加可促進泛素化且因此靶向降解序列之不穩定序列並將其用於免疫接種HIV或SIV免疫原之情形(Tobery等人,J Exp Med , (1997) 185(5):909-20；Townsend等人,J Exp Med , (1988) 168(4):1211-24)。N末端β-連環蛋白信號序列可促進N末端泛素化，由此促進26S蛋白酶體引起之降解(Rosati等人,Proc Natl Acad Sci USA , (2009) 106(37):15831-6)。

表現人類HLA分子之轉殖基因小鼠表示用於評價人類免疫系統功能之獨特活體內實驗模型。此等模型已被用於研究人類I類或II類限制性T細胞譜系在自身免疫性疾病、感染性疾病及疫苗開發中之作用。此等小鼠充當經由抗原決定基鑑別評價疫苗設計策略以及研究受HLA分子限制之T細胞反應的工具，研究受HLA分子限制之T細胞反應可促進以特定種族/地區群體以及廣泛群體為目標之疫苗的開發。HLA轉殖基因小鼠模型一般採用保守抗原加工及抗原呈現來產生適當的『人類』8-10聚體CTL抗原決定基、鼠類抗原呈現細胞中由人類1類分子進行之生理肽選擇及能夠對『人類』抗原決定基-HLA I類複合體進行陽性選擇的含有T細胞受體(TCR)之適當CD8+ T細胞譜系。

確定信號序列是否能在對C57/BL6、Balb/c或A*0201轉殖基因小鼠免疫接種具有相應前導/信號序列的表現HIV免疫原之腺病毒或沙狀病毒載體之後增加CD8+及CD4+ T細胞反應。評價該等反應之表型、量值及功能特徵。

具有各種前導序列的表現疫苗轉殖基因之病毒載體的構築。產生表現在計算上確定之HIV保守區序列(例如SEQ ID NO:353-356、363-366及358-372)且具有各種前導序列之腺病毒(Ad5/35或Ad5)或沙狀病毒載體。表現質體及病毒載體係如先前所描述合成。測試構築體中使用的例示性前導序列概述於下表中。表 2 免疫原性融合多肽一起表現之信號序列

SEQ ID NO:	源蛋白	信號序列
393	CSF2、GM-CSF	MWLQSLLLLGTVACSISV
394	PLAT、t-PA	MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSAR
398	CCL7、MCP-3	MNPSAAVIFCLILLGLSGTQGILDMAQPVGINTSTTCCYRFINKKIPKQRLESYRRTTSSHCPREAVIFKTKLDKEICADPTQKWVQDFMKHLDKKTQTPKLASAGA
397	β-連環蛋白	MRKAAVSHWQQQSYLDSGIHSGATTTAPSLS
399	溶酶體相關膜蛋白1 (LAMP-1) (N末端)	MAPRSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGPKNMTLDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTlLPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSLEDI
412	LAMP-1 - C末端	GSEFTLIPIAVGGALAGLVIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI

方法 免疫原性之活體內評價

免疫接種 . 藉由在兩個後腿肌肉中肌肉內(i.m.)注射1×10⁹ PFU Ad5/35載體，或對於表現HIV免疫原之複製缺陷型LCMV載體，藉由靜脈內(i.v.)注射1×10⁶ RCV FFU，對六或七週齡之Balb/c小鼠進行免疫接種。以100 µl磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)注射液(每個四頭肌50 µl)投與Ad5/35疫苗載體。投與在緩衝液(10mM Hepes、150mM NaCl、20mM甘胺酸，pH 7.4(±0.2)中調配的200µl體積之LCMV疫苗載體。為了穩定，添加10%山梨糖醇。將小鼠用異氟醚麻醉，隨後進行疫苗免疫接種。將動物圈養於Charles River Laboratories動物機構(North Carolina)並根據批准之IACUC方案執行實驗。

ELISpot 分析 . 在所有ELISpot分析中使用經預先塗佈之條形ELISpot盤(Cellular Technologies Limited)。簡言之，將2×10⁵ 個來自經免疫接種動物之脾細胞接種至各孔中。在IFN-γELISpot分析中使用肽池評價疫苗免疫原性，該等肽池由整個HIV或A*0201保守區序列中重疊11個胺基酸之15聚體肽組成。對於陽性對照，添加50 ng/ml PMA(Sigma)。在37℃下，在5% CO₂ 中培育各盤24小時。在24小時刺激之後，自該等盤移除細胞並在PBS中洗滌孔三次，隨後用含有0.05%吐溫(tween)之PBS洗滌三次。接著，在室溫下，將生物素化之抗IFN-γ偵測抗體添加至該等盤中，保持2小時。接著，用含有0.05%吐溫之PBS洗滌該等盤三次，隨後添加抗生蛋白鏈菌素結合之鹼性磷酸酶(AP)。接著，用0.05%吐溫-PBS洗滌各孔兩次且接著用蒸餾水洗滌兩次，隨後添加藍色顯影劑溶液。接著，在室溫下培育該等盤15分鐘，隨後使用自來水停止反應。接著，乾燥該等孔隔夜並在Immunospot ELISpot讀取器上對斑點形成細胞(SFC)計數。所有盤之設置皆相同且計數係以每10⁶ 個脾細胞之SFU表示。結果

前導序列使Ad5/35載體中之疫苗免疫原在免疫接種疫苗構築體之A*0201轉殖基因小鼠中之免疫原性增強，該疫苗構築體由吾人之演算法設計且預測結合至HLA-A*0201之HIV-1序列組成。相對於不含前導序列之構築體，添加信號序列GM-CSF、tPA、MCP-3、β-連環蛋白及LAMP使構築體之免疫原性明顯增強。在利用A*0201轉殖基因小鼠之模型中，MCP-3之免疫原性明顯高於表現GM-CSF之載體(p＜0.01)。參見圖31A。

此外，具有GM-CSF前導序列之全長保守區構築體在A*0201小鼠中具有免疫原性(圖31B)，且在HIV-1 Gag p24內觀察到免疫顯性反應。

資料符合以下結論：信號序列可在初打及加打免疫接種之後，增強利用LCMV可複製型載體之Gag p24抗原決定基之免疫原性。資料亦與GM-CSF信號序列增強諸如Pol之類亞優勢抗原之免疫原性的結論一致(圖32C-32E)。

使用針對人類白血球抗原(HLA)A*0201抗原結合域轉殖基因之C57/BL6小鼠評價疫苗之免疫原性，該等疫苗由在含及不含GM-CSF前導序列之LCMV不可複製型載體格式中來自HIV保守區序列的確定之HLA A*0201限制性細胞毒性T淋巴球(CTL)抗原決定基構成。在初打之後第7天以及在加打疫苗接種之後的第5天，評價IFN-γ反應之量值。資料符合以下結論：呈「串珠」形式的來自HIV保守序列之A*0201抗原決定基的免疫原性較弱。在同種加打後，在GM-CSF前導序列存在下反應略有增強，但不明顯。用HIV保守序列疫苗接種之小鼠的Gag特異性反應顯示出相較於A*0201肽特異性反應增強之反應。加打及GM-CSF前導序列進一步增強由初打引起之反應且無前導序列反應，但無明顯不同。資料指示，A*0201轉殖基因小鼠中之反應可能由C57/BL6背景驅動且HLA A*0201對偶基因上A*0201特異性抗原決定基之內源性加工及呈現並非最佳。資料亦符合以下結論：信號序列可在初打及加打免疫接種之後，增強利用LCMV不可複製型載體之A*0201及Gag p24抗原決定基之免疫原性(圖34A-34D)。

使用針對人類白血球抗原(HLA)A*0201抗原結合域轉殖基因之C57/BL6小鼠評價疫苗之免疫原性，該等疫苗由在含及不含各種前導序列之Ad5/35載體格式中來自HIV保守區序列的確定之HLA A*0201限制性細胞毒性T淋巴球(CTL)抗原決定基構成。在初打疫苗接種之後第16天，評價IFN-γ反應之量值。資料符合以下結論：呈「串珠」形式的來自HIV保守序列之A*0201抗原決定基的免疫原性較弱。在包括GM-CSF、TPA、MCP-3、β-連環蛋白及LAMP-1在內之前導序列存在下，反應明顯增強，不過，反應之量值較小。資料符合以下結論：信號序列可在初打免疫接種之後，增強利用Ad5/35載體之A*0201抗原決定基之免疫原性。針對用HIV保守序列疫苗接種之小鼠中Gag P24及諸如Pol-1及Pol-2之類亞優勢抗原的反應整體顯示出相較於A*0201肽特異性反應增強之反應。在以Ad5/35主鏈載體進行初打之小鼠中觀察到極少且甚至觀察不到針對特定肽刺激之反應，指示在經抗原疫苗接種之小鼠中反應的特異性。資料指示，A*0201轉殖基因小鼠中之反應可能由C57/BL6背景驅動且HLA A*0201對偶基因上A*0201特異性抗原決定基之內源性加工及呈現並非最佳(圖35A-35D)。實例 10 用沙狀病毒載體誘導 T 細胞反應

在本實例中，評價在用沙狀病毒載體免疫接種後誘導T細胞反應之方法。為了做到這一點，評價在小鼠及非人類靈長類動物中病毒載體之免疫原性且描述由免疫接種引發之抗原特異性反應的量值及表型特徵。

表現 SIV 抗原之沙狀病毒病毒載體的構築。 設計出表現最佳地確定之SIV全長蛋白質之腺病毒(Ad5/35或Ad5)或沙狀病毒載體。使用來自SIV sme543 Gag病毒株(SIV SME543；GenBank序列ID: U72748)之序列開發出針對哺乳動物密碼子有密碼子偏好之構築體。藉由引入以下失活突變開發出SIVsme543 Pol構築體：蛋白酶中DTG模體之缺失、逆轉錄酶中之YMDD序列(SEQ ID NO: 462)、核糖核酸酶H中之473E，以及整合酶中之D64、D113及E150 (參見例如Hansen等人,Nature , 2011. 473(7348):523-7；Kulkarni等人,Vaccine , 2011. 29(39):6742-54；Loeb等人,Nature , 1989. 340(6232):397-400；Larder等人,Nature , 1987. 327(6124):716-7；Schatz等人,FEBS Lett , 1989. 257(2):311-4；及Leavitt等人,J Biol Chem , 1993. 268(3):2113-9)。由於沙狀病毒中之包裝插入片段限制，將Pol載體分成兩個區段：Pol-1(蛋白酶及逆轉錄酶)及Pol-2(核糖核酸酶H及整合酶)。SIV env序列包括截短之gp41。表現質體及病毒載體係如先前所描述合成；在三段式複製衰減型或兩段式複製缺陷型沙狀病毒平台中產生具有淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型或科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒或皮欽德沙狀病毒)(PICV)型載體主鏈的14種載體。所用複製缺陷型沙狀病毒載體描述於WO 2009/083210中。所用複製衰減型沙狀病毒載體描述於WO 2016075250(LCMV)及WO 2017/198726(皮欽德)中。

免疫接種 . 藉由靜脈內(i.v.)注射每種表現SIV免疫原之LCMV或PICV載體中的抗原1×10⁵ RCV FFU(對於複製衰減型載體)或1×10⁶ RCV FFU (對於複製缺陷型載體)，對十週齡C57BL/6小鼠進行免疫接種。投與在緩衝液(10mM Hepes、150mM NaCl、20mM甘胺酸，pH 7.4(±0.2)中調配的200µl體積之疫苗載體。為了穩定，添加10%山梨糖醇。將小鼠用異氟醚麻醉，隨後進行疫苗免疫接種。將動物圈養於WuXi AppTec(Shanghai, China)並根據實驗動物評估及認可委員會(Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care, AAALAC)之法規執行實驗。

同種初打加打 . 藉由在尾靜脈中靜脈內(i.v.)注射1×10⁵ RCV FFU(對於複製衰減型沙狀病毒載體)及1×10⁶ FFU (對於複製缺陷型沙狀病毒載體)，對小鼠進行初打，並停藥21天，隨後用表現相同抗原之載體進行同種加打，該等沙狀病毒載體係表現SIV免疫原之LCMV或PICV。藉由在各種時間點，通常在初打後第7天或在加打後第26天，利用如先前所描述(Miyahira等人, J Immunol Methods , 1995.181(1):45-54)之ELISpot分析、細胞內細胞介素染色(ICS)或四聚體染色分析脾細胞，評價免疫原性及細胞表型。

異種初打加打 . 藉由在尾靜脈中靜脈內(i.v.)注射1×10⁵ RCV FFU(對於複製衰減型沙狀病毒載體)及1×10⁶ FFU (對於複製缺陷型沙狀病毒載體)，對小鼠進行初打，並停藥21天，隨後用表現相同抗原之載體進行異種加打，該等沙狀病毒載體係表現SIV免疫原之LCMV或PICV。若初始初打係LCMV，則異種加打係PICV，且反之亦然。藉由在各種時間點，通常在初打後第7天或在加打後第26天，用如先前所描述(Miyahira等人, 前述)之ELISpot分析、ICS或四聚體染色分析脾細胞，評價免疫原性及細胞表型。結果

在具有高免疫原性抗原之單一載體初打(SIV gp-140)中，觀察到在相同三段式複製衰減型平台中用LCMV進行初打相較於用PICV進行之初打增強(例如WO 2016075250(LCMV)及WO 2017/198726(皮欽德)中所述)。在初打-加打免疫接種時程中，觀察到異種初打-加打明顯增強免疫原性。此情形在利用低免疫原性抗原，諸如Pol-1及Pol-2之情況下最為明顯。利用表現gp-140之載體未觀察到顯著差異，然而，此可反映IFN-γELISpot分析之飽和。在比較用複製衰減型沙狀病毒載體與用複製缺陷型沙狀病毒載體進行之免疫接種的異種初打-加打中，觀察到相較於用複製缺陷型沙狀病毒載體進行多載體免疫接種，在用複製衰減型沙狀病毒載體進行多載體免疫接種之後免疫原性顯著增強。

亦證實在對非人類靈長類動物進行免疫接種之後，在異種初打加打之後免疫原性增強。此等資料符合以下結論：表現SIV/HIV抗原之沙狀病毒載體的異種初打加打使免疫原性增強。結果顯示於圖36A-36E中。實例 11 定位疫苗特異性抗原決定基反應

在本實例中，使用活體外T細胞激活分析來解碼針對疫苗免疫原之CD8+ T細胞反應。吾人聚焦於確定誘導抗原特異性T細胞反應之保守區疫苗內的抗原決定基並評價預先存在之反應對誘導新生反應(初始抗原sin)之影響。另外，亦確定免疫原修飾，例如添加信號序列，是否會改變所產生之T細胞反應的廣度。在本分析中使用SEQ ID NO:353、354、355、356、357、363、364、365、366及429之融合蛋白(圖37A)。方法

ELISpot 分析 . 用捕捉抗體塗佈384 ELISpot盤(Cellular Technologies Limited)並用於所有抗原決定基定位實驗。簡言之，將來自第10天moDC-CD8+ T細胞/PBMC培養物之3×10⁴ 個細胞接種至各孔中。將整個HIV保守區中重疊11個胺基酸之各個15聚體肽池添加至各孔中並用於IFN-γ ELISpot分析中以評價疫苗免疫原性。對於陽性對照，添加50 ng/ml PMA(Sigma)。在37℃下，在5% CO₂ 中培育各盤24小時。在24小時刺激之後，自該等盤移除細胞並在PBS中洗滌孔三次，隨後用含有0.05%吐溫之PBS洗滌三次。接著，在室溫下，將生物素化之抗IFN-γ偵測抗體添加至該等盤中，保持2小時。接著，用含有0.05%吐溫之PBS洗滌該等盤三次，隨後添加抗生蛋白鏈菌素結合之鹼性磷酸酶(AP)。接著，用0.05%吐溫-PBS洗滌各孔兩次且接著用蒸餾水洗滌兩次，隨後添加藍色顯影劑溶液。接著，在室溫下培育該等盤15分鐘，隨後使用自來水停止反應。接著，乾燥該等孔隔夜並在Immunospot ELISpot讀取器上對斑點形成單位(SFU)計數。所有盤之設置皆相同且計數係以每10⁶ 個PBMC之SFU表示。結果顯示於圖37A-37F中。

為了確定保守區疫苗內誘導抗原特異性反應之抗原決定基，採用了在每孔中利用個別15聚體而非肽池之384孔ELISpot分析(圖37B)並針對具有不同HLA譜之10份患者樣品完成此分析(表3)。表 3 針對具有不同 HLA 譜之十份患者樣品的分析

	HLA
	A 第 1 個對偶基因	A 第 2 個對偶基因	B 第 1 個對偶基因	B 第 2 個對偶基因	C 第 1 個對偶基因	C 第 2 個對偶基因	病毒負荷	性別
LP1408	A*0101	A*0201	B*0702	B*4101	Cw*0702	Cw*1700
LP210							60
LP 009-001	A*25:01	A*26:01	B*27:EKN	B*44:AMUT	C*01:02	C*05:01	＜50	M
LP-014-001	A02:ANGA	A*03:01	B*27:EKN	B*44:AMUT	C*01:02	C*05:01	＜50	M
LP267	A*03:01	A*24:02	B*18:01	B*41:01	C*07:01	C*17:01
LP2253	A*0101	A*0301	B*3501	B*5201	Cw*0401	Cw*1202
LP237	A*0201/02:01L		B*15:01		C*03:04		92
LP270	A*03:01	A*33:01	B*07:02/61/161N	B*44:03	C*02:02	C*07:02
LP300	A*24:01:01	A*11:01:01	B*07:02	B*08:01	C*07:01	C*07:02	＜50	M
LP301	A*03:01	A*32:01	B*07	B*40:01	C*03:04	C*07:02	＜50	M

EKN= 05/13；AMUT= 44:02、44:02S、44:19N；ANGA=02:01/02:01L

資料符合以下結論：表現Gag-Nef及Pol-Env之保守區疫苗構築體可激活主要針對Pol抗原決定基之新生反應(圖37C-37D)。資料亦指示，信號序列之存在不會明顯增強反應之量值或廣度。然而，MCP-3之存在可能增加反應者之數量(定義為根據由STEP試驗得到之資料識別之抗原決定基≥3個；參見Janes等人,J Infect Dis (2013) 208(8):1231-1239；ClinicalTrials.gov identifier: NCT00095576)。結果呈現於圖37E-37F中。

應理解，本文中所描述之實例及實施例僅用於說明之目的，且根據其之各種修改或變化將由熟習此項技術者提出且包括在本申請案之精神及範圍內及所附申請專利範圍之範圍內。本文所引用之所有出版物、專利及專利申請案均以全文引用的方式併入本文中用於所有目的。

圖1示出用於設計引發抗病毒反應之融合多肽的8個步驟之工作流程。

圖2示出基於群體之疫苗構築體方法之代表性方法。

圖3示出如本文所描述之保守步行分析(conserved walking analysis，CWA)演算法的步驟。

圖4A-4B. 圖4A示出如何基於在群體中所有視為病毒序列間的兩個最常見9聚體之普遍性確定「二價保守性」。圖4A在上圖中按出現之次序分別揭示SEQ ID NOS 475-476、476-477、476、476、478-479及479-480。圖4A亦在下圖中揭示「QNLQGQMVH」為SEQ ID NO:481、「QNIQGQMVH」為SEQ ID NO:482及「PNIQGQMVH」為SEQ ID NO:483。圖4B示出如何基於「二價保守性」在所有9聚體位置間之分佈來鑑別保守區。HIV-1 Gag p24用作代表性蛋白質。

圖5A-5C. 圖5A示出由比對天然序列提取之獨特9聚體。圖5B示出基於9聚體對節點及其連結而構建之有向非循環圖。圖5C示出連結之9聚體對中各9聚體之連結方式。當有兩種可用於連結之選擇時，最終連結係由天然存在之序列中每個連結之普遍性決定。圖5A-5C揭示「IIIIIIIIR」作為SEQ ID NO:467、「GIIIIIIIIH」作為SEQ ID NO:473、「AIIIIIIIIK」作為SEQ ID NO:474、「GIIIIIIIIR」作為SEQ ID NO:484、「GIIIIIIII」作為SEQ ID NO:485、「AIIIIIIII」作為SEQ ID NO:486、「IIIIIIIIK」作為SEQ ID NO:487及「IIIIIIIIH」作為SEQ ID NO:488。

圖6示出患者間及患者內多樣性病毒序列分析。圖6在第一欄中揭示SEQ ID NO. 475-476、476-477、476、476、478-479、479-480及489，且在第二欄中揭示SEQ ID NO. 475、490、490、490、490、475、475、475、475、475、475、489及491，全部分別按出現之次序揭示。

圖7示出HIV-1蛋白質之患者內多樣性分析。二價疫苗序列在高度保守區之21-48%位置處與準種錯配。

圖8示出人類蛋白質體交叉識別分析之結果。圖8按出現之次序分別揭示「HIV肽序列」作為SEQ ID NO:492且揭示「人類蛋白質9聚體」序列作為SEQ ID NO 493-498及493。

圖9示出多肽區段佈置分析如何能減小或消除接合區中可能呈現的有害或不合需要之抗原決定基。

圖10A-10B示出一種方法，在該方法中，自二價構築體選出一組HLA限制性9聚體並組合形成HLA限制性疫苗構築體。圖10A示出實例3中所描述之「短肽」法之基礎方法。圖10B示出實例3中所描述之「長肽」法之基礎方法。

圖11示出併入所鑑別之保守病毒蛋白質區與I類MHC分子之結合的考慮因素，包括泛對偶基因(例如HLA超型：A01、A02、A03、A24、B07、B08、B27、B44、B58、B62)及特定對偶基因(例如作為代表性人類I類MHC對偶基因之A*0201)分析。

圖12A-12B. 圖12A示出將保守區位置分成四個類別之方法。抗病毒疫苗設計方法可藉由併入深度定序分析及I類MHC結合資料來改良。圖12A按出現之次序分別揭示SEQ ID NO. 499-501、121、502-505、499-501、121及502-510。圖12B示出藉由在患者內序列分析中併入深度定序分析及I類MHC結合資料來改良當前抗病毒疫苗設計方法的方法。

圖13示出包括深度定序資料及患者HLA資料分析形成個性化疫苗構築體的方法。

圖14示出包括深度定序資料分析以進一步改良實例3中所描述之HLA限制性疫苗構築體的方法。

圖15示出合理的抗病毒免疫原設計方法，該方法考慮患者間及患者內病毒序列多樣性以及宿主I類及II類MHC分子結合、及T細胞識別。該方法及由此得到的免疫原在本文中以引發針對HIV-1之人類免疫反應的免疫原為例說明。

圖16示出由本文所描述之融合多肽構築體中使用的HIV-1 Env基因所編碼之多肽區段。Env HIV-1 HXB2參考多肽(SEQ ID NO:403)序列加下劃線。圖16亦按出現之次序分別揭示SEQ ID NO. 1、10、4、15、6、19、21、27-28、30、37、511、512及60。

圖17示出由本文所描述之融合多肽構築體中使用的HIV-1 Gag基因所編碼之多肽區段。Gag HIV-1 HXB2參考多肽(SEQ ID NO:404)序列加下劃線。圖17亦按出現之次序分別揭示SEQ ID NO. 70、76、78、87、94、96-97、99、339、107、341、117、113、119、121、123及137。

圖18示出由本文所描述之融合多肽構築體中使用的HIV-1 Nef基因所編碼之多肽區段。在124位具有色胺酸(W)之Nef HIV-1 HXB2參考多肽(SEQ ID NO: 405)序列加下劃線。圖18亦按出現之次序分別揭示SEQ ID NO. 151、513、153、514、165、515及172。

圖19A-19C示出由本文所描述之融合多肽構築體中使用的HIV-1 Pol基因所編碼之多肽區段。Pol HIV-1 HXB2參考多肽(SEQ ID NO:406)序列加下劃線。圖19A-19C亦按出現之次序分別揭示SEQ ID NO. 176、188、181、190、192、516、209、517、197、210、201、211、213、518、217、219、223、222、225、227、229-230、232、234、236、238、240-241、243、259、261、265、274、282、276、294、296、300、298、302-303、305、519、311、319、322-323、334、325、336、329、327、331及333。

圖20示出在此實例中，在CMV啟動子控制下以腺病毒表現載體表現融合多肽的改良型疫苗表現卡匣。為了確定組合保守區之方法，構築用於表現含計算上確定之保守區之多肽區段的候選病毒載體疫苗，且各區域組合為：(A)融合多肽構築體(SEQ ID NO:345/346)；(B)具有含F2A蛋白水解裂解位點之加工間隔子之融合多肽(SEQ ID NO:349/350)；(C)含可撓性連接子(例如AAA(SEQ ID NO:378))之融合多肽(SEQ ID NO:347/348)；(D)僅具有p17及p24保守區之融合多肽；(E)僅具有蛋白酶、RT、整合酶保守區之融合多肽；以及(F)僅Nef構築體(SEQ ID NO:151/152)。

圖21A-21C. (A)將質體DNA轉染至Expi293™細胞中，該等質體DNA含有各自表示不同連接策略(融合、F2A裂解位點、AAA連接子(SEQ ID NO:378))或融合區段(例如Pol PR-RT)之疫苗免疫原。轉染效率係藉由用流動式細胞測量術評價經轉染Expi293F細胞之GFP表現量百分比來確定。所示結果代表若干獨立實驗。(B)所有質體DNA均在表現卡匣中含有p24。表現效率係藉由p24 ELISA評估。(C)疫苗轉殖基因構築體之轉譯產物。轉譯多肽之屬性係藉由用抗Nef抗體(2 µg/mL，0.5秒暴露)進行之西方墨點免疫沈澱確定。最上部的條帶對應於融合構築體及含有AAA連接子(SEQ ID NO:378)之構築體中的預期全長轉譯產物(88kDa)。藉由抗Nef抗體未偵測到含有F2A之轉譯產物，因不存在全長構築體而指示Nef產物裂解。為控制相等裝載量，用針對抗α微管蛋白之抗體探測膜。

圖22示出不成熟樹突狀細胞與成熟的單核球源性樹突狀細胞(mMoDC)之分化表型的比較。使單核球源性DC(MoDC)在細胞介素存在下成熟，保持8天，並藉由流動式細胞測量術分析CD11c、HLA-DR、CD14、CD430、DCSIGN、CD83、CD86及OX40L之表現。

圖23示出轉染後第3天，在八名人類供體中使用在1000PFU感染倍率(MOI)下表現GFP之Ad5/35病毒載體的代表性moDC轉導效率。藉由流動式細胞測量術測定的表現GFP之細胞的比例顯示於y軸上。x軸表示由僅p17-p24中之保守區(SEQ ID NO:428)組成之疫苗免疫原構築體，以及用3種融合方法(F2A(SEQ ID NO:347)、融合(SEQ ID NO:349)及AAA連接子(SEQ ID NO:345)(「AAA」係作為SEQ ID NO:378揭示)中之每一種設計的全長Gag-Nef免疫原。胺基酸序列提供於表1中。

圖24A-24B示出藉由表現經融合、F2A蛋白水解裂解序列或AAA連接子(SEQ ID NO:378)串接或連結的HIV-1之保守區的疫苗構築體激活抗原特異性T細胞。(A)在PBMC與疫苗載體轉導之自體moDC共培養之後第10天，藉由IFN-γ ELISpot分析法評估所激發之反應的量值。PBMC源於在基線時預先存在HIV特異性反應的感染HIV之供體。(B)反應之廣度定義為新生經識別肽池之數量(排除預先存在之基線反應)。在此分析中各不同組間未觀察到統計顯著性。

圖25A-25B示出來自感染HIV之供體之抗原特異性T細胞的活體外激活。代表性流動式細胞測量圖顯示在PBMC與疫苗載體轉導之自體moDC共培養之後第10天，藉由細胞內細胞介素染色(ICS)測定之IFN-γ產生情況。x軸指示用於活體外激活之疫苗構築體。每個條柱分別表示用來自Gag p17、gag p24、整合酶、Pol(蛋白酶/RT)及Nef之肽池進行的刺激。指示(A) CD8+ T細胞反應、(B)CD4+ T細胞的IFN-γ+ T細胞之百分比。(●) Gag p17；(■) Gag p24；(▲) INT；(▼) Pol；(♦) Nef。在此分析中各不同組間未觀察到統計顯著性。圖25A-25B揭示「AAA」作為SEQ ID NO:378。

圖26A-26B示出來自感染無病毒血症及病毒血症HIV-1之供體之抗原特異性T細胞的活體外激活。代表圖顯示在無病毒血症(A)及病毒血症(B)供體中，將PBMC與經腺病毒載體轉導之自體moDC共培養之後第7天(第一輪)及第14天(第二輪)，藉由細胞內細胞介素染色(ICS)測定之IFN-γ產生情況，該腺病毒載體包含根據三種融合方法(F2A(SEQ ID NO:347)、融合(SEQ ID NO:349)及AAA連接子(SEQ ID NO:345；揭示「AAA」作為SEQ ID NO:378)之一設計的Gag-Nef免疫原。x軸指示用於活體外激活之疫苗構築體。每個條柱分別表示用來自Gag p17、Gag p24、整合酶、Pol(蛋白酶/RT)及Nef之肽池進行的刺激。指示(A) CD8+ T細胞反應、(B)CD4+ T細胞的IFN-γ+ T細胞之百分比。(●) Gag p17；(■) Gag p24；(▲) INT；(▼) Pol；(♦) Nef。

圖27示出使用經含有免疫原表現卡匣之載體轉導之moDC激活的抗原特異性CD8+及CD4+ T細胞之抗原的功能特徵之型態分析，該等免疫原表現卡匣具有藉由融合、F2A蛋白水解裂解序列或AAA連接子(SEQ ID NO:378)串接之保守區。餅圖描繪經激活之CD8+或CD4+ T細胞的經調整多功能性(減去背景反應)特徵(一至四種功能-CD107a、IFN-γ、TNF-α及IL-2)。

圖28A-28C示出在免疫接種之後，表現HIV-1抗原之病毒載體引發高量值CD8+ T細胞反應。(A)免疫接種及取樣時程。各組Balb/c小鼠用Ad5/35載體免疫接種，該等載體表現經融合、F2A蛋白水解裂解序列或可撓性AAA連接子(SEQ ID NO:378)串接之HIV-1保守區序列。在同種初打-加打時程中，小鼠在第1天及第29天免疫接種，並在第16天(初打)或第36天(初打-加打)分析各組。免疫接種之後(B)第16天、(C)第36天之免疫原性係藉由使用IFN-γ ELISPOT分析法偵測產IFN-γ細胞評價離體肽特異性脾細胞之頻率來確定。合成一組重疊11個胺基酸且匹配疫苗構築體內之序列的15聚體肽以及F2A肽並在ELISpot及ICS分析法中將其用於刺激脾細胞。

圖29A-29B示出Balb/c動物(A)及C57 BL/6動物(B)中疫苗誘導之CD8+ T細胞反應的功能型態。分析能夠介導脫粒(CD107a)、IFN-γ、IL-2及TNF-α產生之CD8+ T細胞的流動式細胞測量圖，並顯示每一疫苗接種組中引起各動物之反應的功能性組合物。如方法中所描述，用相關肽池(此處顯示為p24)刺激脾細胞6小時並染色。餅圖概述資料，其中該餅圖之每個圖塊對應於總CD8+ T細胞群體內具有給定數量之功能的CD8+ T細胞之百分率。所有可能的反應組合顯示於x軸上，且總群體內功能獨特之CD8+ T細胞的百分比顯示於y軸上。顯示平均值及SD。圖29A-29B揭示「AAA」作為SEQ ID NO:378。

圖30A-30B示出產IFN-γ細胞之記憶表型。(A)流動式細胞測量圖示出閘控策略，該策略基於用2 µg/ml Gag p24肽池再刺激後IFN-γ+ CD8+ T細胞上CCR7、CD45RA、CD27、PD-1及CTLA-4之表現量確定記憶亞群及耗竭表型。(B)用2 µg/ml Gag p24肽池再刺激後IFN-γ+ CD8+及IFN-γ+ CD4+ T細胞內原初細胞(CCR7+ CD45RA+)、效應記憶性細胞(CCR7- CD45RA-)及中心記憶性細胞(CCR7+ CD45RA-)的比例。

圖31A-31B. 圖31A示出，信號序列有差異地增強疫苗免疫原之免疫原性(SEQ ID NO:369、370、371、368、367)。圖31B示出，具有GM-CSF信號序列(SEQ ID NO:353、363)之HIV-1保守區序列具有免疫原性。

圖32A-32E. 圖32A示出免疫接種及取樣時程。圖32B示出用於免疫接種各組Balb/c小鼠的表現來自Gag-Nef融合蛋白序列之HIV-1保守區序列的LCMV載體，該等保守區序列不含信號序列(SEQ ID NO:357、430)以及含來自GM-CSF(SEQ ID NO:353、363)、t-PA(SEQ ID NO:354)、MCP-3(SEQ ID NO:355)、β-連環蛋白(SEQ ID NO:356)之信號序列。圖32C-32D示出利用在MCP-3、tPA、β-連環蛋白及GM-CSF信號序列存在或不存在下表現保守Gag-Nef之LCMV不可複製型載體，在第7天初打免疫接種(圖32C)及在第27天加打(圖32D)之後藉由IFN-γ ELISpot測定的具有不同信號序列之疫苗免疫原針對Gag p24的免疫原性。圖32E表示在免疫接種後第7天，雌性Balb/c中在GMCSF信號序列存在或不存在下表現保守Pol之Ad5/35載體的免疫原性。每個點表示一隻個別小鼠。顯示平均值及SD。在此分析中各不同組間未觀察到統計顯著性。

圖33A-33D. 圖32A示出免疫接種及取樣時程。各組Balb/c小鼠用Ad5/35載體免疫接種。圖33B示出用於免疫接種各組Balb/c小鼠的表現來自Gag-Nef及Pol融合蛋白序列之HIV-1保守區的Ad5/35載體，該等保守區不含信號序列(SEQ ID NO:357、430)以及含來自GM-CSF(SEQ ID NO:353、363)、t-PA(SEQ ID NO:354)、MCP-3(SEQ ID NO:355)、β-連環蛋白(SEQ ID NO:356)之信號序列。融合蛋白序列提供於表J中。圖33C-33D示出在第16天初打免疫接種之後藉由IFN-γ ELISpot測定的具有不同信號序列之疫苗免疫原的免疫原性(圖33C)及藉由流動式細胞測量分析測定之細胞內IFN-γ+ CD8+ T細胞(圖33D)。每個點表示一隻個別小鼠。顯示平均值及SD。使用非參數曼-惠特尼檢驗(Mann-Whitney test)確定各組之間的統計顯著性。*P≤0.05，**P≤0.001。

圖34A-34D示出在A*0201-C57/BL6轉殖基因小鼠中，在前導序列存在及不存在下含有保守HIV序列之LCMV載體的免疫原性。圖34A表示免疫接種及取樣時程，描繪初打及加打疫苗接種之時間點及藉由IFN-γ ELISpot進行之反應評估。圖34B表示用於疫苗接種之免疫原構築體，其中LCMV載體在GM-CSF信號序列不存在(SEQ ID NO:367、431)或存在(SEQ ID NO:368、432)下表現A*0201序列。小鼠亦用LCMV載體免疫接種，該等LCMV載體在GM-CSF信號序列不存在(SEQ ID NO:430 + SEQ ID NO:357)或存在(SEQ ID NO:353 + SEQ ID NO:363)下表現Gag-Nef及Pol融合蛋白序列。融合蛋白序列提供於表J中。A*0201序列包含來自保守HIV序列的針對A*0201對偶基因之特異性抗原決定基序列並以串珠式佈置放入載體中。圖34C表示來自經初打及初打/加打疫苗接種之動物的針對A*0201肽池之IFN-γ反應的量值。圖34D表示來自經初打及初打/加打疫苗接種之動物的針對Gag肽池之IFN-γ反應的量值。在圖34C-34D中：Y軸表示針對特定肽池刺激物之IFN-γ反應的量值，以每10⁶ 個脾細胞的斑點形成單位(SFU)之數量表示。肽特異性值係藉由減去無肽刺激對照以排除非特異性反應獲得。X軸指示針對所研究之肽特異性反應的用於活體內初打及加打之各個疫苗構築體。在此分析中各不同組間未觀察到統計顯著性。

圖35A-35D示出在A*0201-C57/BL6轉殖基因小鼠中，在前導序列存在及不存在下含有保守HIV序列之Ad5/35載體的免疫原性。圖35A表示免疫接種及取樣時程，描繪初打疫苗接種之時間點及藉由IFN-γ ELISpot進行之反應評估。圖35B表示用於疫苗接種之免疫原構築體，其中不含信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:367、431)，含GM-CSF信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:368、432)，含tPA信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:369、433)，含MCP-3信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:370、434)，含β-連環蛋白信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:371、435)，含LAMP-1 N末端及C末端信號序列之A*0201序列係(SEQ ID NO:372)；以及各自分別表現GM-CSF Gag-Nef及GM-CSF Pol融合蛋白序列(SEQ ID NO:353+SEQ ID NO:363)之載體。融合蛋白序列提供於表J中。載體中之A*0201序列包含來自保守HIV序列的針對A*0201對偶基因之特異性抗原決定基序列並以串珠式(bead on a string)佈置選殖於Ad5/35載體中。圖35C表示來自經初打疫苗接種之動物的針對A*0201肽池之IFN-γ反應的量值。Y軸表示針對A*0201肽池刺激物之IFN-γ反應的量值，以每10⁶ 個脾細胞的斑點形成細胞(SFC)之數量表示。肽特異性值係藉由減去無肽刺激對照以排除非特異性反應獲得。X軸指示用於活體內激發之各個疫苗構築體。圖35D表示在經GM-CSF-Gag/Nef+GM-CSF-Pol疫苗接種之動物中針對Gag、Nef、Pol-1及Pol-2肽池之IFN-γ反應的量值。載體序列含有整個保守序列；而不僅僅是A*0201抗原決定基特異性序列。Y軸表示在經GM-CSF-Gag/Nef+ GM-CSCF-Pol疫苗激發之動物中IFN-γ反應之量值且X軸表示用於刺激之特定肽池。每個條柱表示用來自Gag p24、Gag p17、Nef、Pol-1(蛋白酶/RT)及Pol-2(整合酶)反應之肽池進行的刺激。反應以每10⁶ 個脾細胞的斑點形成單位(SFU)表示。肽特異性值係藉由減去無肽刺激對照以排除非特異性反應獲得。使用非參數曼-惠特尼檢驗確定各組之間的統計顯著性。*P≤0.05，**P≤0.001。

圖36A-36E示出使用沙狀病毒LCMV及皮欽德(PICV)沙狀病毒載體之各種初打及初打-加打方案。(A) C57Bl/6小鼠藉由用三段式複製衰減型LCMV(TT1)、三段式複製衰減型PICV(TT2)、複製缺陷型PICV(VV2)及表現SIVsme543 gp140之腺病毒載體單次初打進行免疫接種。(B)利用表現Gag、Pol-1/Pol-2及Env(gp140)之三段式複製衰減型LCMV(TT1)或三段式複製衰減型PICV(TT2)載體之同種及異種初打加打方案。(C)異種初打-加打之比較，先用三段式複製衰減型PICV(TT2)或複製缺陷型PICV(VV2)進行初打且接著用複製缺陷型LCMV(VV1)及表現SIV抗原之三段式複製衰減型LCMV(TT1)載體進行加打。小鼠在各時間點接受由三種(三段式複製衰減型)或1:1:1:1比率混合之四種(複製缺失型)沙狀病毒載體組成的單次免疫接種。(D)用表現SIVsme543 Gag之複製衰減型沙狀病毒載體作為同種LCMV或PICV以及異種PICV初打及LCMV加打進行之恆河猴免疫接種。在第1天、第29天、第85天及第113天投與四次靜脈內免疫接種。(E)在用表現SIVsme543 Gag之複製衰減型沙狀病毒載體作為同種LCMV或PICV以及異種PICV初打及LCMV加打進行免疫接種之恆河猴中藉由IFN-γ ELISpot測定的縱向隨訪免疫反應之概述。(E)中觀察到的反應係(D)中觀察到的反應之擴展。

圖37A-37F. (A)示出所確定的moDC-T細胞激活分析，隨後使用384孔ELISPOT分析法測定之個別抗原決定基的方案。(B)表示當前可用於完成本分析之10名無病毒血症HIV-1患者供體的性別、病毒負荷及HLA多樣性特徵。(C)表示在無信號序列存在下的病毒載體序列，用以評價疫苗接種是否增強(D)中所評價之反應的廣度。(D)用在Gag-Nef及Pol-Env內表現保守區之Ad5/35載體轉導的moDC進行初打後所誘導之反應的廣度(獨立抗原決定基之數量)的比較。(E)用空載體(疫苗接種前)及具有不同信號序列(SEQ ID NO.353、363、354、355、356、429及357)之保守區疫苗引起的靶向不同HIV-1抗原之免疫反應之廣度的表徵。(F)以新生經識別肽池之數量(排除預先存在之基線反應)及在PBMC與疫苗載體轉導的表現具有不同信號序列之保守區構築體之自體moDC共培養之後第10天，藉由IFN-γ ELISpot分析法評估之反應的量值。每個點表示一名供體。顯示平均值及SD。

Claims

一種融合多肽，其包含SEQ ID NO:345-352、357-362、367、373、407-411或422-424中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:345-352、357-362、367、373、407-411、422-424及431-435中之任一個至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
如請求項1之融合多肽，其中該融合蛋白不包含由HIV-1 Tat、Rev、Vif、Vpr及/或Vpu基因編碼之多肽區段。
如請求項1至2中任一項之融合多肽，其中該融合蛋白不包括含以下或由以下組成之1、2、3、4、5個或更多個多肽區段： (i) 對應於選自1-30、54-127、138-146、370-428及445-500之胺基酸殘基位置的HIV-1 Gag胺基酸序列，或其子序列，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:404； (ii) 對應於選自1-63、103-116及155-206之胺基酸殘基位置的HIV-1 Nef胺基酸序列，或其子序列，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:405； (iii) 對應於選自1-27、53-58、84-112、138-234、269-474、490-501、611-856之胺基酸殘基位置的HIV-1 Env胺基酸序列，或其子序列，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:403；及/或 (iv) 對應於選自1-55、118-128、321-325、355-366、432-541、607-641、667-682、709-746、828-833、921-930之胺基酸殘基位置的HIV-1 Pol胺基酸序列，或其子序列，其中該等胺基酸位置係參照SEQ ID NO:406。
如請求項1至2中任一項之融合多肽，其中該融合蛋白不包括含以下或由以下組成之1、2、3、4、5個或更多個多肽區段：SEQ ID NO:437-461之HIV-1胺基酸序列、或與SEQ ID NO:437-461之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列，或其子序列。
如請求項1至2中任一項之融合多肽，其中該融合多肽不包括含胺基酸序列YMDD(SEQ ID NO:462)或YVDD(SEQ ID NO:463)之HIV-1 Pol多肽區段。
如請求項5之融合多肽，其中該融合多肽不包含選自SEQ ID NO: 215、216、217、218、219及220之一或多個胺基酸序列。
如請求項5之融合多肽，其中該融合多肽不包含選自SEQ ID NO: 209、210、211、212、213、214、343及344之一或多個胺基酸序列。
如請求項1至2中任一項之融合多肽，其包含N末端信號肽或前導序列。
如請求項8之融合多肽，其中該信號肽或前導序列係來自選自由以下組成之群的源蛋白質：群落刺激因子2 (CSF2、GM-CSF)、組織型纖維蛋白溶酶原活化因子(PLAT、t-PA)、C-C模體趨化因子配體7(CCL7、MCP-3)、C-X-C模體趨化因子配體10(CXCL10、IP-10)、連環蛋白β1(CTNNB1)、CD74(p33；DHLAG；HLADG；Ia-GAMMA、不變鏈)、血清白蛋白(ALB)、聚泛素B/C(UBB/UBC)、鈣網蛋白(CALR)、水皰性口炎病毒G蛋白(VSV-G)、溶酶體相關膜蛋白1(LAMP-1)及溶酶體相關膜蛋白2(LAMP-2)。
一種聚核苷酸，其編碼一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽。
如請求項10之聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含cDNA、mRNA、自我擴增型RNA(SAM)、自我複製型RNA、或自我擴增型複製子RNA(RepRNA)。
如請求項11之聚核苷酸，其中該聚核苷酸包含自我複製型或自我擴增型α病毒複製子。
如請求項10至12中任一項之聚核苷酸，其包含SEQ ID NO:414-418中任一個之核酸序列，或與SEQ ID NO:414-418中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核酸序列。
一種脂質奈米粒子(LNP)，其包含如請求項10至13中任一項之聚核苷酸。
一種表現卡匣，其包含可操作地連接至一或多個調控序列的如請求項10至13中任一項之聚核苷酸。
如請求項15之表現卡匣，其中該聚核苷酸可操作地連接至組成型啟動子且處於組成型啟動子之控制下。
如請求項15至16中任一項之表現卡匣，其中該啟動子選自CMV啟動子、CAG啟動子及EF1a啟動子。
一種載體，其包含一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸，或如請求項15至17中任一項之表現卡匣。
如請求項18之載體，其中該載體係質體載體、細菌載體或病毒載體。
如請求項18之載體，其中該載體係病毒載體。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係來自DNA病毒或RNA病毒。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係來自選自由以下組成之群的病毒：腺病毒、腺相關病毒、沙狀病毒、α病毒、痘病毒、巨細胞病毒、棒狀病毒、水皰性口炎病毒、黃病毒、馬拉巴病毒(maraba virus)及牛痘病毒。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係來自選自以下之分類科的病毒：腺病毒科(Adenoviridae)、沙狀病毒科(Arenaviridae)、疱疹病毒科(Herpesviridae)(例如巨細胞病毒)、痘病毒科(Poxviridae)(例如牛痘病毒，例如改良型安卡拉痘苗病毒(MVA))、副黏液病毒科(Paramyxoviridae)(例如麻疹病毒)、黃病毒科(Flaviviridae)(例如黃熱病病毒)、棒狀病毒科(Rhabdoviridae)(例如水皰病毒，例如馬拉巴水皰病毒)、披膜病毒科(Togaviridae)(例如α病毒)。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係選自以下之沙狀病毒載體：淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)、科利哺乳動物沙狀病毒(Cali mammarenavirus)(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒(Pichinde mammarenavirus)或皮欽德沙狀病毒)、瓜納里托病毒(Guanarito virus，GTOV)、胡寧病毒(Junin virus，JUNV)、賴薩病毒(Lassa virus，LASV)、盧約病毒(Lujo virus，LUJV)、馬丘波病毒(Machupo virus，MACV)、薩比亞病毒(Sabia virus，SABV)，及懷特沃特阿羅約病毒(Whitewater Arroyo virus，WWAV)。
如請求項24之載體，其中該病毒載體係選自以下之沙狀病毒載體：淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)或科利哺乳動物沙狀病毒(亦稱為皮欽德哺乳動物沙狀病毒或皮欽德沙狀病毒)。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係人類腺病毒或猴腺病毒(例如黑猩猩腺病毒、大猩猩腺病毒或恆河猴腺病毒)。
如請求項26之載體，其中該病毒載體係選自以下之腺病毒載體：腺病毒血清型5(Ad5)、腺病毒血清型26(Ad26)、腺病毒血清型34(Ad34)、腺病毒血清型35(Ad35)、腺病毒血清型48(Ad48)、黑猩猩腺病毒(例如ChAd3 (AdC3)、ChAd5 (AdC5)、ChAd6 (AdC6)、ChAd7 (AdC7)、ChAd8 (AdC8)、ChAd9 (AdC9)、ChAd10 (AdC10)、ChAd11 (AdC11)、ChAd17 (AdC17)、ChAd16 (AdC16)、ChAd19 (AdC19)、ChAd20 (AdC20)、ChAd22 (AdC22)、ChAd24 (AdC24)、ChAdY25、ChAd26 (AdC26)、ChAd28 (AdC28)、ChAd30 (AdC30)、ChAd31 (AdC31)、ChAd37 (AdC37)、ChAd38 (AdC38)、ChAd43 (AdC43)、ChAd44 (AdC44)、ChAd55 (AdC55)、ChAd63 (AdC63)、ChAdV63、ChAd68 (AdC68)、ChAd73 (AdC73)、ChAd82 (AdC82)、ChAd83 (AdC83)、ChAd143 (AdC143)、ChAd144 (AdC144)、ChAd145 (AdC145)、ChAd147 (AdC147))、大猩猩腺病毒(例如GC44、GC45、GC46)及恆河猴腺病毒(例如RhAd51、RhAd52、RhAd53、RhAd54、RhAd55、RhAd56、RhAd57、RhAd58、RhAd59、RhAd60、RhAd61、RhAd62、RhAd63、RhAd64、RhAd65、RhAd66)。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係複製缺陷型、複製缺失型、複製衰減型或可複製型的。
如請求項20之載體，其中該病毒載體係包含一或多個聚核苷酸之腺病毒載體，該一或多個聚核苷酸編碼一或多種融合蛋白，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO:345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。
如請求項18至29中任一項之載體，其中該載體包含編碼兩種或兩種以上融合蛋白之兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致： SEQ ID NO: 345及346； SEQ ID NO: 347及348； SEQ ID NO: 349及350； SEQ ID NO: 351及352； SEQ ID NO: 430及352； SEQ ID NO: 357及358； SEQ ID NO: 360及362； SEQ ID NO: 359及361； SEQ ID NO: 351及357； SEQ ID NO: 351及358； SEQ ID NO: 351及359； SEQ ID NO: 351及360； SEQ ID NO: 351及361； SEQ ID NO: 351及362； SEQ ID NO: 351及407； SEQ ID NO: 351及408； SEQ ID NO: 351及409； SEQ ID NO: 351及410； SEQ ID NO: 352及357； SEQ ID NO: 352及358； SEQ ID NO: 352及359； SEQ ID NO: 352及360； SEQ ID NO: 352及361； SEQ ID NO: 352及362； SEQ ID NO: 352及407； SEQ ID NO: 352及408； SEQ ID NO: 352及409； SEQ ID NO: 352及410； SEQ ID NO: 430及357； SEQ ID NO: 430及358； SEQ ID NO: 430及359； SEQ ID NO: 430及360； SEQ ID NO: 430及361； SEQ ID NO: 430及362； SEQ ID NO: 407及409； SEQ ID NO: 407及408； SEQ ID NO: 408及410；或 SEQ ID NO: 409及410。
如請求項18至29中任一項之載體，其進一步包含編碼細胞介素或其功能變異體之聚核苷酸，或非編碼免疫刺激性聚核苷酸。
如請求項31之載體，其包含編碼選自由以下組成之群之細胞介素的聚核苷酸：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、fms相關受體酪胺酸激酶3配體(FLT3LG)，以及其組合及功能變異體。
如請求項31之載體，其包含選自以下之非編碼免疫刺激性聚核苷酸：病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102)。
一種宿主細胞，其包含一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸或一或多個如請求項18至33中任一項之載體。
如請求項34之宿主細胞，其中該一或多個聚核苷酸不整合至該宿主細胞的基因組中，例如為游離型。
如請求項34之宿主細胞，其中該一或多個聚核苷酸整合至該宿主細胞的基因組中。
如請求項34至36中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係哺乳動物細胞，例如人類細胞。
如請求項34至36中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係在活體外。
如請求項34至36中任一項之宿主細胞，其中該宿主細胞係在活體內。
一種免疫原性組合物，其包含一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽、或一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸、或一或多個如請求項18至33中任一項之載體，及醫藥學上可接受之載劑。
如請求項40之免疫原性組合物，其包含兩種或兩種以上如請求項1至9中任一項之融合多肽、或兩個或兩個以上如請求項10至13中任一項之聚核苷酸，或兩個或兩個以上如請求項18至33中任一項之載體。
如請求項40至41中任一項之免疫原性組合物，其中該一或多個聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA。
如請求項40至41中任一項之免疫原性組合物，其包含一或多個腺病毒載體，每個腺病毒載體包含編碼一或多種融合蛋白之一或多個聚核苷酸，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。
如請求項40至41中任一項之免疫原性組合物，其包含一或多個病毒載體，每個病毒載體包含編碼兩種或兩種以上融合蛋白之一或多個聚核苷酸，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致： SEQ ID NO: 345及346； SEQ ID NO: 347及348； SEQ ID NO: 349及350； SEQ ID NO: 351及352； SEQ ID NO: 430及352； SEQ ID NO: 357及358； SEQ ID NO: 360及362； SEQ ID NO: 359及361； SEQ ID NO: 351及357； SEQ ID NO: 351及358； SEQ ID NO: 351及359； SEQ ID NO: 351及360； SEQ ID NO: 351及361； SEQ ID NO: 351及362； SEQ ID NO: 351及407； SEQ ID NO: 351及408； SEQ ID NO: 351及409； SEQ ID NO: 351及410； SEQ ID NO: 352及357； SEQ ID NO: 352及358； SEQ ID NO: 352及359； SEQ ID NO: 352及360； SEQ ID NO: 352及361； SEQ ID NO: 352及362； SEQ ID NO: 352及407； SEQ ID NO: 352及408； SEQ ID NO: 352及409； SEQ ID NO: 352及410； SEQ ID NO: 430及357； SEQ ID NO: 430及358； SEQ ID NO: 430及359； SEQ ID NO: 430及360； SEQ ID NO: 430及361； SEQ ID NO: 430及362； SEQ ID NO: 407及409； SEQ ID NO: 407及408； SEQ ID NO: 408及410；或 SEQ ID NO: 409及410。
如請求項40至41中任一項之免疫原性組合物，其包含： 1) 一或多種融合多肽，其包含編碼以下之一或多個聚核苷酸或能夠表現以下之一或多個載體：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) 一或多種融合多肽，其包含編碼以下之一或多個聚核苷酸或能夠表現以下之一或多個載體：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
一種醫藥組合物，其包含一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽、或一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸、或一或多個如請求項18至33中任一項之載體，及醫藥學上可接受之載劑。
如請求項46之醫藥組合物，其包含兩種或兩種以上融合多肽、兩個或兩個以上聚核苷酸或兩個或兩個以上載體。
如請求項46至47中任一項之醫藥組合物，其進一步包含以下一或多種：佐劑、免疫刺激劑、清潔劑、微胞形成劑及油。
如請求項48之醫藥組合物，其中該免疫刺激劑選自鐸樣受體(TLR)促效劑、細胞介素、非編碼免疫刺激性聚核苷酸、抑制性免疫檢查點蛋白之抑制劑或刺激性免疫檢查點蛋白之刺激劑。
如請求項49之醫藥組合物，其包含編碼選自由以下組成之群之細胞介素的聚核苷酸：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。
如請求項49之醫藥組合物，其包含選自以下之非編碼免疫刺激性聚核苷酸：病原體活化分子模式(PAMP)、胞嘧啶磷酸-鳥苷(CpG)寡脫氧核苷酸及免疫刺激性RNA(isRNA，例如CV8102)。
如請求項46至47中任一項之醫藥組合物，其係調配用於經由選自由以下組成之群之途徑投與：靜脈內、肌肉內、皮內、皮下及黏膜(例如經頰、鼻內、直腸內、陰道內)。
如請求項46至47中任一項之醫藥組合物，其係調配為液體形式。
如請求項46至47中任一項之醫藥組合物，其中該組合物係凍乾的。
一種套組，其包含一或多個單位劑量的一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽、或一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸、或一或多個如請求項18至33中任一項之載體、或一或多種如請求項40至45中任一項之免疫原性組合物，或一或多種如請求項46至54中任一項之醫藥組合物。
如請求項55之套組，其中該一或多個單位劑量係在單一容器中。
如請求項55之套組，其中該一或多個單位劑量係在兩個或兩個以上獨立容器中。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含一或多個選自由以下組成之群的容器：小瓶、安瓿及預裝載之注射器。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含一或多個容器，該一或多個容器包含在水溶液中之該一或多種融合多肽、一或多個聚核苷酸或一或多個載體。
如請求項55至57中任一項之套組，其中該一或多個單位劑量係相同的。
如請求項55至57中任一項之套組，其中該一或多個單位劑量係不同的。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含一或多個單位劑量的一或多個如請求項18至33中任一項之病毒載體，其中該等單位劑量的範圍係約10³ 至約10¹⁵ 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含兩種或兩種以上如請求項1至9中任一項之融合多肽、或兩個或兩個以上如請求項10至13中任一項之聚核苷酸，或兩個或兩個以上如請求項18至33中任一項之載體。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含編碼該等融合多肽之一或多個聚核苷酸或表現該等融合多肽之一或多個載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 345-377、411、422-424及430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、411、422-424及430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含一或多個腺病毒載體，每個腺病毒載體包含編碼一或多種融合蛋白之一或多個聚核苷酸，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。
如請求項55至57中任一項之套組，其包含一或多個病毒載體，其中每個病毒載體包含編碼兩種或兩種以上融合蛋白之兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致、或100%一致： SEQ ID NO: 345及346； SEQ ID NO: 347及348； SEQ ID NO: 349及350； SEQ ID NO: 351及352； SEQ ID NO: 430及352； SEQ ID NO: 357及358； SEQ ID NO: 360及362； SEQ ID NO: 359及361； SEQ ID NO: 351及357； SEQ ID NO: 351及358； SEQ ID NO: 351及359； SEQ ID NO: 351及360； SEQ ID NO: 351及361； SEQ ID NO: 351及362； SEQ ID NO: 351及407； SEQ ID NO: 351及408； SEQ ID NO: 351及409； SEQ ID NO: 351及410； SEQ ID NO: 352及357； SEQ ID NO: 352及358； SEQ ID NO: 352及359； SEQ ID NO: 352及360； SEQ ID NO: 352及361； SEQ ID NO: 352及362； SEQ ID NO: 352及407； SEQ ID NO: 352及408； SEQ ID NO: 352及409； SEQ ID NO: 352及410； SEQ ID NO: 430及357； SEQ ID NO: 430及358； SEQ ID NO: 430及359； SEQ ID NO: 430及360； SEQ ID NO: 430及361； SEQ ID NO: 430及362； SEQ ID NO: 407及409； SEQ ID NO: 407及408； SEQ ID NO: 408及410；或 SEQ ID NO: 409及410。
如請求項63之套組，其包含編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或表現該等融合多肽之兩個或兩個以上載體，該等融合多肽包含： 1) SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
如請求項55至57中任一項之套組，其進一步包含一或多個單位劑量之一或多種額外治療劑。
如請求項68之套組，其包含一或多種活化潛伏性HIV之藥劑，例如一或多種潛伏期逆轉劑(LRA)。
如請求項68之套組，其包含一或多種選自由以下組成之群的LRA：一或多種鐸樣受體(TLR)之促效劑或活化劑、組蛋白脫乙醯基酶(HDAC)抑制劑、蛋白酶體抑制劑、蛋白激酶C(PKC)活化劑、Smyd2抑制劑、BET-布羅莫域4(BRD4)抑制劑、離子黴素、凋亡抑制蛋白(IAP)拮抗劑及第二粒線體源性凋亡蛋白酶活化物(SMAC)模擬劑。
如請求項68之套組，其包含一或多種鐸樣受體(TLR)之一或多種促效劑或活化劑。
如請求項71之套組，其中該TLR促效劑或活化劑選自由以下組成之群：TLR2促效劑、TLR3促效劑、TLR4促效劑、TLR5促效劑、TLR7促效劑、TLR8促效劑及TLR9促效劑。
如請求項72之套組，其中該TLR7促效劑選自由以下組成之群：GS 9620(維沙莫特(vesatolimod))、R848(雷西莫特(Resiquimod))、DS-0509、LHC-165及TMX-101(咪喹莫特(imiquimod))，及/或其中該TLR8促效劑選自由以下組成之群：GS-9688、R848(雷西莫特)、CV8102(雙重TLR7/TLR8促效劑)及NKTR-262(雙重TLR7/TLR8促效劑)。
如請求項72之套組，其中該TLR9促效劑選自由以下組成之群：AST-008、庫比莫德(cobitolimod)、CMP-001、IMO-2055、IMO-2125、利尼莫德(litenimod)、MGN-1601、BB-001、BB-006、IMO-3100、IMO-8400、IR-103、IMO-9200、阿托莫特(agatolimod)、DIMS-9054、DV-1079、DV-1179、AZD-1419、勒托莫特(lefitolimod) (MGN-1703)、CYT-003、CYT-003-QbG10、替索莫德(tilsotolimod)及PUL-042。
如請求項68之套組，其包含選自以下之介白素的一或多種介白素受體促效劑：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG。
如請求項75之套組，其包含選自由以下組成之群之一或多種細胞介素：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。
如請求項68之套組，其包含選自由以下組成之群之受體的促效劑：fms相關酪胺酸激酶3(FLT3)、干擾素基因刺激蛋白(STING)受體、DExD/H盒解螺旋酶58(DDX58；亦稱為RIG-I)、含核苷酸結合寡聚化域蛋白2(NOD2)。
如請求項68之套組，其包含選自由以下組成之群之T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體的抑制劑：CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。
如請求項68之套組，其包含選自由以下組成之群之T細胞刺激免疫檢查點蛋白或受體的促效劑、活化劑或刺激劑：CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。
如請求項78之套組，其中CTLA4之抑制劑選自由以下組成之群：伊匹單抗(ipilimumab)、曲美木單抗(tremelimumab)、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884 (紮弗利單抗(zalifrelimab))、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)及BPI-002。
如請求項78之套組，其中PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)之抑制劑選自由以下組成之群：派姆單抗(pembrolizumab)、納武單抗(nivolumab)、西米單抗(cemiplimab)、皮立珠單抗(pidilizumab)、AB122(賽帕利單抗(zimberelimab))、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗(spartalizumab)、阿特珠單抗(atezolizumab)、阿維魯單抗(avelumab)、德瓦魯單抗(durvalumab)、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗(tislelizumab))、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗(balstilimab))、JS-001 (特瑞普利單抗(toripalimab))、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(genolimzumab) (CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗(camrelizumab))、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗(dostarlimab))、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗(sintilimab))、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)、INBRX-105(4-1BB/PDL1)、GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。
如請求項68之套組，其進一步包含CD47抑制劑。
如請求項68之套組，其進一步包含一或多種抗病毒劑。
如請求項83之套組，其中該一或多種抗病毒劑選自由以下組成之群：HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑及衣殼抑制劑。
一種一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽、或一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸、或一或多個如請求項18至33中任一項之載體、或一或多種如請求項40至45中任一項之免疫原性組合物、或一或多種如請求項46至54中任一項之醫藥組合物在製造用於引發個體的針對人類免疫缺陷病毒(HIV)之免疫反應之藥劑中的用途。
一種一或多種如請求項1至9中任一項之融合多肽中、或一或多個如請求項10至13中任一項之聚核苷酸、或一或多個如請求項18至33中任一項之載體、或一或多種如請求項40至45中任一項之免疫原性組合物、或一或多種如請求項46至54中任一項之醫藥組合物在製造用於治療或預防個體之人類免疫缺陷病毒(HIV)之藥劑中的用途。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於投與單一融合多肽，或編碼該融合多肽之聚核苷酸或病毒表現載體，其中該融合多肽包含兩個或兩個以上多價多肽區段，例如二價多肽區段。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於同時或並行地投與兩種或兩種以上融合多肽，或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上病毒表現載體。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於投與兩種或兩種以上融合多肽、或編碼該等融合多肽之兩個或兩個以上聚核苷酸或兩個或兩個以上病毒表現載體，且呈二價抗原組合物形式。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於向該個體投與一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於向該個體投與一或多種腺病毒載體，每個腺病毒載體包含編碼一或多種融合蛋白之一或多個聚核苷酸，該一或多種融合蛋白包含SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 345-377、407-411、422-424、430-435中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於向該個體投與一或多個病毒載體，其中每個病毒載體包含編碼兩種或兩種以上融合蛋白之兩個或兩個以上聚核苷酸，該兩種或兩種以上融合蛋白與以下胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%一致或100%一致： SEQ ID NO: 345及346； SEQ ID NO: 347及348； SEQ ID NO: 349及350； SEQ ID NO: 351及352； SEQ ID NO: 430及352； SEQ ID NO: 357及358； SEQ ID NO: 360及362； SEQ ID NO: 359及361； SEQ ID NO: 351及357； SEQ ID NO: 351及358； SEQ ID NO: 351及359； SEQ ID NO: 351及360； SEQ ID NO: 351及361； SEQ ID NO: 351及362； SEQ ID NO: 351及407； SEQ ID NO: 351及408； SEQ ID NO: 351及409； SEQ ID NO: 351及410； SEQ ID NO: 352及357； SEQ ID NO: 352及358； SEQ ID NO: 352及359； SEQ ID NO: 352及360； SEQ ID NO: 352及361； SEQ ID NO: 352及362； SEQ ID NO: 352及407； SEQ ID NO: 352及408； SEQ ID NO: 352及409； SEQ ID NO: 352及410； SEQ ID NO: 430及357； SEQ ID NO: 430及358； SEQ ID NO: 430及359； SEQ ID NO: 430及360； SEQ ID NO: 430及361； SEQ ID NO: 430及362； SEQ ID NO: 407及409； SEQ ID NO: 407及408； SEQ ID NO: 408及410；或 SEQ ID NO: 409及410。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於向該個體投與： 1) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:351-356及430中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:351-356及430中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列；以及 2) 一或多種融合多肽、或編碼該等融合多肽之聚核苷酸、或表現該等融合多肽之病毒表現載體，該等融合多肽包含以下或由以下組成：SEQ ID NO:357-366及407-410中任一個之胺基酸序列，或與SEQ ID NO:357-366及407-410中之任一個至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之序列。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該個體感染HIV-1、疑似感染HIV-1，或有感染HIV-1之風險。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該個體經HIV-1慢性感染。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該個體經HIV-1急性感染。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該個體患有Fiebig IV期或更早期，例如Fiebig III期、Fiebig II期或Fiebig I期之HIV-1感染。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係經由選自以下之途徑投與：靜脈內、肌肉內、皮內、皮下及黏膜(例如經頰、鼻內、直腸內、陰道內)。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於每次投藥投與約10³ 至約10¹⁵ 個病毒灶形成單位(FFU)或空斑形成單位(PFU)或感染單位(IU)或病毒粒子(vp)，例如約10⁴ 至約10⁷ 個病毒FFU或PFU或IU或vp，例如約10³ 至約10⁴ 、10⁵ 、10⁶ 、10⁷ 、10⁸ 、10⁹ 、10¹⁰ 、10¹¹ 、10¹² 、10¹³ 、10¹⁴ 或10¹⁵ 個病毒FFU或PFU或IU或vp。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑係用於初打-加打方案，該方案包含： (i) 在第一時間點投與初打組合物及在一或多個後續時間點投與一或多種加打組合物(例如初打-加打-加打-加打等)；或 (ii) 在第一時間點投與初打組合物及在第二時間點投與加打組合物的一或多次重複(例如初打-加打-初打-加打等)。
如請求項100之用途，其中該初打組合物及該一或多種加打組合物之投與間隔至少1週、2週、3週或1個月，例如相隔至少2、3、4、5或6個月。
如請求項100之用途，其中該初打組合物及該加打組合物包含相同免疫原性組合物。
如請求項100之用途，其中該初打組合物及該加打組合物包含不同免疫原性組合物。
請求項100之用途，其中該初打組合物及該加打組合物包含相同的一或多種融合多肽及相同的聚核苷酸或病毒表現載體。
如請求項100之用途，其中該初打組合物及加打組合物包含不同的融合多肽及/或不同的聚核苷酸或病毒表現載體。
如請求項105之用途，其包含用第一聚核苷酸或病毒表現載體進行初打，及用第二聚核苷酸或病毒表現載體進行加打。
如請求項100之用途，其中該初打-加打方案包含： a) 用病毒表現載體進行初打及用聚核苷酸進行加打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA； b) 用聚核苷酸進行初打，其中該聚核苷酸係DNA、cDNA、mRNA或自我複製型RNA，及用病毒表現載體進行加打； c) 用第一病毒表現載體進行初打及用第二病毒表現載體進行加打，其中該第一病毒表現載體及該第二病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； d) 用第一複製缺失型病毒表現載體進行初打及用第二複製缺失型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製缺失型病毒表現載體及該第二複製缺失型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； e) 用第一複製衰減型病毒表現載體進行初打及用第二複製衰減型病毒表現載體進行加打，其中該第一複製衰減型病毒表現載體及該第二複製衰減型病毒表現載體係來自相同、相關或不相關之分類科； f) 用複製缺失型病毒表現載體進行初打及用複製衰減型病毒表現載體進行加打； g) 用複製衰減型病毒表現載體進行初打及用複製缺失型病毒表現載體進行加打； h) 用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行初打及用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行加打； i) 用皮欽德哺乳動物沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用淋巴球性脈絡叢腦膜炎哺乳動物沙狀病毒(LCMV)型病毒表現載體進行加打； j) 用沙狀病毒型病毒表現載體進行初打及用腺病毒型病毒表現載體進行加打；或 k) 用腺病毒型病毒表現載體進行初打及用沙狀病毒型病毒表現載體進行加打。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該個體未接受抗逆轉錄病毒療法(ART)，或ART在投與該一或多種組合物之前中止。
如請求項108之用途，其中ART在一或多次投與該等組合物之後中止。
如請求項85至86中任一項之用途，其中該藥劑進一步包含一或多種額外治療劑，例如兩種、三種、四種或更多種額外治療劑，或與其組合使用。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含一或多種活化潛伏性HIV之藥劑，例如一或多種潛伏期逆轉劑(LRA)，或與其組合使用。
如請求項111之用途，其中該一或多種LRA選自由以下組成之群：一或多種鐸樣受體(TLR)之促效劑或活化劑、組蛋白脫乙醯基酶(HDAC)抑制劑、蛋白酶體抑制劑、蛋白激酶C(PKC)活化劑、Smyd2抑制劑、BET-布羅莫域4(BRD4)抑制劑、離子黴素、凋亡抑制蛋白(IAP)拮抗劑及第二粒線體源性凋亡蛋白酶活化物(SMAC)模擬劑。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含一或多種鐸樣受體(TLR)之一或多種促效劑或活化劑，或與其組合使用。
如請求項113之用途，其中該TLR促效劑或活化劑選自由以下組成之群：TLR2促效劑、TLR3促效劑、TLR4促效劑、TLR5促效劑、TLR7促效劑、TLR8促效劑及TLR9促效劑。
如請求項114之用途，其中該TLR7促效劑選自由以下組成之群：GS 9620(維沙莫特)、R848(雷西莫特)、DS-0509、LHC-165及TMX-101(咪喹莫特)，及/或其中該TLR8促效劑選自由以下組成之群：GS-9688、R848(雷西莫特)、CV8102(雙重TLR7/TLR8促效劑)及NKTR-262(雙重TLR7/TLR8促效劑)。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含選自以下之介白素的一或多種介白素受體促效劑，或與其組合使用：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF及FLT3LG。
如請求項116之用途，其中該藥劑進一步包含選自由以下組成之群之一或多種細胞介素，或與其組合使用：IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-18、IL-21、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、FLT3LG，以及其組合及功能變異體。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含選自由以下組成之群之受體的促效劑，或與其組合使用：fms相關酪胺酸激酶3(FLT3)、干擾素基因刺激蛋白(STING)受體、DExD/H盒解螺旋酶58 (DDX58；亦稱為RIG-I)、含核苷酸結合寡聚化域蛋白2(NOD2)。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含選自由以下組成之群之T細胞抑制性免疫檢查點蛋白或受體的抑制劑，或與其組合使用：CD274 (CD274、PDL1、PD-L1)；計劃性細胞死亡蛋白1配體2 (PDCD1LG2、PD-L2、CD273)；計劃性細胞死亡蛋白1 (PDCD1、PD1、PD-1)；細胞毒性T淋巴球相關蛋白4 (CTLA4、CD152)；CD276 (B7H3)；含V-set域之T細胞活化抑制因子1 (VTCN1、B7H4)；V-set免疫調節受體(VSIR、B7H5、VISTA)；免疫球蛋白超家族成員11 (IGSF11、VSIG3)；TNFRSF14 (HVEM、CD270)、TNFSF14 (HVEML)；CD272 (B及T淋巴球相關蛋白(BTLA))；含PVR相關免疫球蛋白域蛋白(PVRIG、CD112R)；具有Ig及ITIM域之T細胞免疫受體(TIGIT)；淋巴球活化蛋白3 (LAG3、CD223)；A型肝炎病毒細胞受體2 (HAVCR2、TIMD3、TIM3)；半乳糖凝集素9 (LGALS9)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR、CD158E1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾1 (KIR2DL1)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾2 (KIR2DL2)；殺手細胞免疫球蛋白樣受體、雙Ig域及長細胞質尾3 (KIR2DL3)；及殺手細胞免疫球蛋白樣受體、三個Ig域及長細胞質尾1 (KIR3DL1)。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含選自由以下組成之群之T細胞刺激性免疫檢查點蛋白或受體的促效劑、活化劑或刺激劑，或與其組合使用：CD27、CD70；CD40、CD40LG；誘導性T細胞共刺激因子(ICOS、CD278)；誘導性T細胞共刺激因子配體(ICOSLG、B7H2)；TNF受體超家族成員4 (TNFRSF4、OX40)；TNF超家族成員4 (TNFSF4、OX40L)；TNFRSF9 (CD137)、TNFSF9 (CD137L)；TNFRSF18 (GITR)、TNFSF18 (GITRL)；CD80 (B7-1)、CD28；結合蛋白細胞黏附分子2 (NECTIN2、CD112)；CD226 (DNAM-1)；脊髓灰白質炎病毒受體(PVR)細胞黏附分子(PVR、CD155)。
如請求項119之用途，其中CTLA4之抑制劑選自由以下組成之群：伊匹單抗、曲美木單抗、BMS-986218、AGEN1181、AGEN1884 (紮弗利單抗)、BMS-986249、MK-1308、REGN-4659、ADU-1604、CS-1002、BCD-145、APL-509、JS-007、BA-3071、ONC-392、AGEN-2041、JHL-1155、KN-044、CG-0161、ATOR-1144、PBI-5D3H5、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)及BPI-002。
如請求項119之用途，其中PD-L1(CD274)或PD-1(PDCD1)之抑制劑選自由以下組成之群：派姆單抗、納武單抗、西米單抗、皮立珠單抗、AB122(賽帕利單抗)、AMP-224、MEDI0680(AMP-514)、斯巴達珠單抗、阿特珠單抗、阿維魯單抗、德瓦魯單抗、BMS-936559、CK-301、PF-06801591、BGB-A317 (替雷利珠單抗)、GLS-010 (WBP-3055)、AK-103 (HX-008)、AK-105、CS-1003、HLX-10、MGA-012、BI-754091、AGEN-2034 (巴提利單抗(balstilimab))、JS-001 (特瑞普利單抗)、JNJ-63723283、傑諾珠單抗(CBT-501)、LZM-009、BCD-100、LY-3300054、SHR-1201、SHR-1210 (坎立珠單抗)、Sym-021、ABBV-181、PD1-PIK、BAT-1306、(MSB0010718C)、CX-072、CBT-502、TSR-042 (多斯利單抗)、MSB-2311、JTX-4014、BGB-A333、SHR-1316、CS-1001 (WBP-3155)、KN-035、IBI-308 (斯迪利單抗)、HLX-20、KL-A167、STI-A1014、STI-A1015 (IMC-001)、BCD-135、FAZ-053、TQB-2450、MDX1105-01、FPT-155 (CTLA4/PD-L1/CD28)、PF-06936308 (PD-1/ CTLA4)、MGD-013 (PD-1/LAG-3)、FS-118 (LAG-3/PD-L1) MGD-019 (PD-1/CTLA4)、KN-046 (PD-1/CTLA4)、MEDI-5752 (CTLA4/PD-1)、RO-7121661 (PD-1/TIM-3)、XmAb-20717 (PD-1/CTLA4)、AK-104 (CTLA4/PD-1)、M7824 (PD-L1/TGFβ-EC域)、CA-170 (PD-L1/VISTA)、CDX-527 (CD27/PD-L1)、LY-3415244 (TIM3/PDL1)、INBRX-105(4-1BB/PDL1)、GS-4224、GS-4416、INCB086550及MAX10181。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含CD47抑制劑或與其組合使用。
如請求項110之用途，其中該藥劑進一步包含一或多種抗病毒劑或與其組合使用。
如請求項124之用途，其中該一或多種抗病毒劑選自由以下組成之群：HIV蛋白酶抑制劑、HIV逆轉錄酶抑制劑、HIV整合酶抑制劑、HIV非催化位點(或異位)整合酶抑制劑、HIV進入(融合)抑制劑、HIV成熟抑制劑及衣殼抑制劑。
如請求項85至86中任一項之用途，其中在一或多次投與該等組合物中之一或多種，視情況與一或多種額外治療劑之組合之後，該個體不展現在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下HIV或AIDS之症狀，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。
如請求項85至86中任一項之用途，其中在一或多次投與該等組合物中之一或多種，視情況與一或多種額外治療劑之組合之後，該個體具有在無抗逆轉錄病毒治療(ART)存在下每毫升血液中小於500，例如小於400、小於300、小於200、小於100、小於50個病毒負荷複本，保持至少6個月、至少1年、至少2年、至少3年或更長時間。