TW202104274A - 用於治療ｈｉｖ感染之三特異性及／或三價結合蛋白 - Google Patents
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Abstract
本文提供了包含三特異性和/或三價結合蛋白的組合物，其包含四個多肽鏈，該些多肽鏈形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白的三個抗原結合位點，其中形成所述結合蛋白的第一對多肽擁有具有互換位向的雙重可變結構域，並且其中第二對多肽擁有單一可變結構域。本文還提供了製造三特異性和/或三價結合蛋白的方法以及此類結合蛋白用於治療和/或預防HIV/AIDS的用途。
Description
本揭示內容涉及三特異性和/或三價結合蛋白，其包含四條多肽鏈，該些多肽鏈形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白的三個抗原結合位點，其中形成所述結合蛋白的第一對多肽擁有具有互換位向的雙重可變結構域。本揭示內容還涉及製造三特異性和/或三價結合蛋白的方法以及此類結合蛋白用於治療和/或預防HIV/AIDS的用途。
在過去的幾十年中，抗反轉錄病毒療法(ART)一直是HIV/AIDS患者的護理標準。ART藥物通過抑制HIV-1基因組的反轉錄、HIV-1基因組的整合以及生產感染性病毒顆粒所必需的蛋白前體的蛋白水解切割來靶向內部蛋白，例如反轉錄酶(RT)、整合酶(IN)和病毒蛋白酶(PI)。使用ART或不同類別ART的組合的治療導致HIV-1複製的抑制和隨後病毒血症的降低，通常降至不可檢測的水準(非病毒症狀態)。儘管ART極大地幫助了HIV患者控制了他們的疾病的進展並且牽制了全球HIV流行病，但它確實需要患者經常遵循嚴格的治療方案後每天服用藥物。每年約有10%的患者由於藥物毒性、依從性不達標和出現的耐藥性而使治療失敗。隨著更多的HIV患者能夠正常生活(超過80歲)，慢性併發症特別受到關注，如衰老和藥物間相互作用和心血管/腎臟/骨骼毒性。迄今為止，治療HIV/AIDS的經濟負擔尚未減輕。
HIV作為整合到宿主基因組中的前病毒DNA形式潛伏感染了長期靜息記憶CD4+ T細胞和其他細胞。潛伏感染的細胞存活數十年，並且經由體內穩態增殖像幹細胞一樣自我更新，所述細胞被認為是HIV-1儲器(reservoir)。因為HIV-1儲器不表現抗病毒蛋白，所述HIV-1儲器既不受ART影響，也不受宿主免疫系統影響。然而，儲器中的一小部分細胞是通過一種或多種未知機制隨機重新活化的，一旦停止ART，所述未知機制負責病毒血症的復發。
因此，需要開發HIV/AIDS治療以靶向一種或多種HIV-1儲器，並且最終完全消除它們，從而在不進行任何進一步治療的情況下實現HIV的治癒或長期緩解。消除HIV-1儲器的任何治療策略都需要首先活化儲庫，然後消除活化的HIV-1儲器細胞。
本文中引用的所有參考文獻，包括專利申請案、專利出版物和UniProtKB/Swiss-Prot登錄號均通過引用以其整體併入本文，如同每個單獨的參考文獻被具體地且單獨地指出通過引用併入。
為了滿足這些和其他需求，本文提供了形成三個抗原結合位點的多特異性結合蛋白(例如抗體)。在一些實施例中，所述結合蛋白結合一種或多種HIV靶蛋白和CD3多肽。在一些實施例中，所述結合蛋白結合HIV靶蛋白、CD28多肽和CD3多肽。本文所公開的三特異性抗HIV/CD28xCD3 T細胞銜接器(T cell engager,TCE)概念被認為是通過以下方式作為HIV-1儲器的有效消除物：由抗CD3活化、由抗CD28共活化、以及隨後由抗HIV/抗CD28通過銜接活化的CD8 T細胞殺傷活化的HIV-1儲器細胞；這提供了攻擊HIV-1儲器的潛在策略。另外，描述了與人類CD3多肽以高親和力結合的抗CD3結合位點，並且去除了潛在的製造責任(例如，脫醯胺位點)。
在一些實施例中，本文提供了結合蛋白，所述結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含由下式表示的結構：
VL2-L1-VL1-L2-CL [I]
並且第二多肽鏈包含由下式表示的結構：
VH1-L3-VH2-L4-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [II]並且第三多肽鏈包含由下式表示的結構：
VH3-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [III]並且第四多肽鏈包含由下式表示的結構：
VL3-CL [IV]其中：
VL1是第一免疫球蛋白輕鏈可變結構域；
VL2是第二免疫球蛋白輕鏈可變結構域；
VL3是第三免疫球蛋白輕鏈可變結構域；
VH1是第一免疫球蛋白重鏈可變結構域；
VH2是第二免疫球蛋白重鏈可變結構域；
VH3是第三免疫球蛋白重鏈可變結構域；
CL是免疫球蛋白輕鏈恆定結構域；
CH1是免疫球蛋白CH1重鏈恆定結構域；
CH2是免疫球蛋白CH2重鏈恆定結構域；
CH3是免疫球蛋白CH3重鏈恆定結構域；
鉸鏈是連接所述CH1與CH2結構域的免疫球蛋白鉸鏈區；並且
L1、L2、L3和L4是胺基酸連接子；其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對；其中VH1和VL1形成第一抗原結合位點；其中VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，其中所述VH2結構域包含：含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHX1NX2X3TY的胺基酸序列的CDR-L1序列，其中X1是E或Q，X2是A或L並且X3是Q、R或F(SEQ ID NO：293)、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列；並且
其中VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
在一些實施例中，所述第一結合位點結合CD28多肽(例如人類CD28多肽)。在一些實施例中，所述VH1結構域包含：含有GYTFTSYY(SEQ ID NO：31)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IYPGNVNT(SEQ ID NO：32)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有TRSHYGLDWNFDV(SEQ ID NO：33)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且所述VL1結構域包含：含有QNIYVW(SEQ ID NO：34)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KAS(SEQ ID NO：35)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQGQTYPY(SEQ ID NO：36)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH1結構域包含
(SEQ ID NO：59)的胺基酸序列，和/或所述VL1結構域包含
(SEQ ID NO：60)的胺基酸序列。
在一些實施例中，所述VL2結構域的CDR-L1序列包含選自以下群組的胺基酸序列：QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)、QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)、QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)和QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)。在一些實施例中，所述VH2結構域包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，所述抗體重鏈可變結構域包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH2結構域包含：含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有
RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH2結構域包含：含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH2結構域包含：含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH2結構域包含
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列，和/或所述VL2結構域包含選自以下群組的胺基酸序列：
(SEQ ID NO：54)、
(SEQ ID NO：55)、
(SEQ ID NO：56)和
(SEQ ID NO：57)。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：54的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：55的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：56的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：57的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。
在一些實施例中，第三抗原結合位點結合選自醣蛋白120、醣蛋白41和醣蛋白160的HIV靶蛋白。在一些實施例中，所述VH3結構域包含：含有NCPIN(SEQ ID NO：1)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WMKPRHGAVSYARQLQG(SEQ ID NO：2)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKYCTARDYYNWDFEH(SEQ ID NO：3)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且所述VL3結構域包含：含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：4)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：5)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：6)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含：含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)或IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有DRSYGDSSWALDA(SEQ ID NO：10)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且
所述VL3結構域包含：含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含：含有DCTLN(SEQ ID NO：14)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WLKPRWGAVNYARPLQG(SEQ ID NO：15)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKNCDYNWDFEH(SEQ ID NO：16)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且所述VL3結構域包含：含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：17)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：18)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：19)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：43)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：44)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：46)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：47)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：48)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列。在一些實施例中，所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：50)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含LTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK(SEQ ID NO：51)的胺基酸序列。
在可以與本文所述的任何其他實施例組合的一些實施例中，L1、L2、L3或L4中的至少一個獨立地為0個胺基酸的長度。在一些實施例中，L1、L2、L3和L4各自獨立地為零個胺基酸的長度或包含選自以下群組的序列：
GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)。在一些實施例中，L1、L2、L3和L4各自獨立地包含選自以下群組的序列：GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)。在一些實施例中，L1包含序列GQPKAAP(SEQ ID NO：38)，L2包含序列TKGPS(SEQ ID NO：39)，L3包含序列S，並且L4包含序列RT。在一些實施例中，L1、L2、L3或L4中的至少一個獨立地為序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。在一些實施例中，L1、L2、L3和L4包含序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。
在可以與本文所述的任何其他實施例組合的一些實施例中，所述第二和所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234和235的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A和L235A。在一些實施例中，所述第二和所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置233-236的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是E233P、F234V、L235A和在236處的缺失。在一些實施例中，所述第二和所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P和R409K。在一些實施例中，所述第二和所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG1鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234、235和329的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A、L235A和P329A。在一些實施例中，所述第二和所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG1鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置298、299和300的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S298N、T299A和Y300S。在一些實施例中，所述第二
多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置349、366、368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V；並且其中所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W。在一些實施例中，所述第二多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W；並且其中所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置349、366、368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V。
在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：61的胺基酸序列或與SEQ ID NO：61的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：62的胺基酸序列或與SEQ ID NO：62的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：63的胺基酸序列或與SEQ ID NO：63的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：64的胺基酸序列或與SEQ ID NO：64的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：65的胺基酸序列或與SEQ ID NO：65的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：66的胺基酸序列或與SEQ ID NO：66的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：67的胺基酸序列或與SEQ ID NO：67的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：68的胺基酸序列或與SEQ ID NO：68的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：69的胺基酸序列或與SEQ ID NO：69的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：70的胺基酸序列或與SEQ ID NO：70的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：71的胺基酸序列或與SEQ ID NO：71的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：72的胺基酸序列或與SEQ ID NO：72的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：73
的胺基酸序列或與SEQ ID NO：73的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：74的胺基酸序列或與SEQ ID NO：74的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：75的胺基酸序列或與SEQ ID NO：75的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：76的胺基酸序列或與SEQ ID NO：76的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：77的胺基酸序列或與SEQ ID NO：77的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：78的胺基酸序列或與SEQ ID NO：78的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：79的胺基酸序列或與SEQ ID NO：79的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：80的胺基酸序列或與SEQ ID NO：80的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：81的胺基酸序列或與SEQ ID NO：81的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：82的胺基酸序列或與SEQ ID NO：82的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：83的胺基酸序列或與SEQ ID NO：83的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：84的胺基酸序列或與SEQ ID NO：84的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：85的胺基酸序列或與SEQ ID NO：85的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：86的胺基酸序列或與SEQ ID NO：86的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：87的胺基酸序列或與SEQ ID NO：87的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：88的胺基酸序列或與SEQ ID NO：88的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：89的胺基酸序列或與SEQ ID NO：89的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：90的胺基酸序列或與SEQ ID NO：90的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：91的胺基酸序列或與SEQ ID NO：91的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：92的胺基酸序列或與
SEQ ID NO：92的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：93的胺基酸序列或與SEQ ID NO：93的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：94的胺基酸序列或與SEQ ID NO：94的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：95的胺基酸序列或與SEQ ID NO：95的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：96的胺基酸序列或與SEQ ID NO：96的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：97的胺基酸序列或與SEQ ID NO：97的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：98的胺基酸序列或與SEQ ID NO：98的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：99的胺基酸序列或與SEQ ID NO：99的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：100的胺基酸序列或與SEQ ID NO：100的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：101的胺基酸序列或與SEQ ID NO：101的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：102的胺基酸序列或與SEQ ID NO：102的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：103的胺基酸序列或與SEQ ID NO：103的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：104的胺基酸序列或與SEQ ID NO：104的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：105的胺基酸序列或與SEQ ID NO：105的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：106的胺基酸序列或與SEQ ID NO：106的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：107的胺基酸序列或與SEQ ID NO：107的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：108的胺基酸序列或與SEQ ID NO：108的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：109的胺基酸序列或與SEQ ID NO：109的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：110的胺基酸序列或與SEQ ID NO：110的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：111
的胺基酸序列或與SEQ ID NO：111的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：112的胺基酸序列或與SEQ ID NO：112的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：113的胺基酸序列或與SEQ ID NO：113的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：114的胺基酸序列或與SEQ ID NO：114的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：115的胺基酸序列或與SEQ ID NO：115的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：116的胺基酸序列或與SEQ ID NO：116的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：117的胺基酸序列或與SEQ ID NO：117的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：118的胺基酸序列或與SEQ ID NO：118的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：119的胺基酸序列或與SEQ ID NO：119的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：120的胺基酸序列或與SEQ ID NO：120的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：121的胺基酸序列或與SEQ ID NO：121的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：122的胺基酸序列或與SEQ ID NO：122的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：123的胺基酸序列或與SEQ ID NO：123的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：124的胺基酸序列或與SEQ ID NO：124的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：129的胺基酸序列或與SEQ ID NO：129的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：130的胺基酸序列或與SEQ ID NO：130的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：131的胺基酸序列或與SEQ ID NO：131的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：132的胺基酸序列或與SEQ ID NO：132的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：133的胺基酸序列或與SEQ ID NO：133的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第
二多肽鏈包含SEQ ID NO：134的胺基酸序列或與SEQ ID NO：134的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：135的胺基酸序列或與SEQ ID NO：135的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：136的胺基酸序列或與SEQ ID NO：136的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：137的胺基酸序列或與SEQ ID NO：137的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：138的胺基酸序列或與SEQ ID NO：138的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：139的胺基酸序列或與SEQ ID NO：139的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：140的胺基酸序列或與SEQ ID NO：140的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：141的胺基酸序列或與SEQ ID NO：141的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：142的胺基酸序列或與SEQ ID NO：142的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：143的胺基酸序列或與SEQ ID NO：143的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：144的胺基酸序列或與SEQ ID NO：144的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：145的胺基酸序列或與SEQ ID NO：145的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：146的胺基酸序列或與SEQ ID NO：146的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：147的胺基酸序列或與SEQ ID NO：147的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：148的胺基酸序列或與SEQ ID NO：148的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：149的胺基酸序列或與SEQ ID NO：149的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：150的胺基酸序列或與SEQ ID NO：150的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：151的胺基酸序列或與SEQ ID NO：151的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：152的胺基酸序列或與SEQ ID NO：152的胺基酸序列至少95%相同的胺
基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：153的胺基酸序列或與SEQ ID NO：153的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：154的胺基酸序列或與SEQ ID NO：154的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：155的胺基酸序列或與SEQ ID NO：155的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：156的胺基酸序列或與SEQ ID NO：156的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：157的胺基酸序列或與SEQ ID NO：157的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：158的胺基酸序列或與SEQ ID NO：158的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：159的胺基酸序列或與SEQ ID NO：159的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：160的胺基酸序列或與SEQ ID NO：160的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：161的胺基酸序列或與SEQ ID NO：161的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：162的胺基酸序列或與SEQ ID NO：162的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：163的胺基酸序列或與SEQ ID NO：163的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：164的胺基酸序列或與SEQ ID NO：164的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：165的胺基酸序列或與SEQ ID NO：165的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：166的胺基酸序列或與SEQ ID NO：166的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：167的胺基酸序列或與SEQ ID NO：167的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：168的胺基酸序列或與SEQ ID NO：168的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：169的胺基酸序列或與SEQ ID NO：169的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：170的胺基酸序列或與SEQ ID NO：170的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：171的胺基酸序列或與SEQ ID NO：171
的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：172的胺基酸序列或與SEQ ID NO：172的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，第一多肽鏈包含SEQ ID NO：173的胺基酸序列或與SEQ ID NO：173的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：174的胺基酸序列或與SEQ ID NO：174的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：175的胺基酸序列或與SEQ ID NO：175的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：176的胺基酸序列或與SEQ ID NO：176的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文提供了一種分離的核酸分子，其包含編碼根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白的核苷酸序列。在一些實施例中，本文提供了包含根據前述實施例中任一項所述的核酸分子的表現載體。在一些實施例中，本文提供了一種分離的宿主細胞，其包含根據前述實施例中任一項所述的核酸分子或根據前述實施例中任一項所述的表現載體。在一些實施例中，所述宿主細胞是哺乳動物或昆蟲細胞。
在一些實施例中，本文提供了一種醫藥組合物，其包含根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白和醫藥上可接受的載劑。
在一些實施例中，本文提供了一種在患者中預防和/或治療HIV感染的方法，所述方法包括向患者投予治療有效量的至少一種根據上述實施例中任一項所述的結合蛋白或根據前述實施例中任一項所述的醫藥組合物。在一些實施例中，所述結合蛋白與標準抗反轉錄病毒療法共投予。在一些實施例中，至少一種結合蛋白的投予導致患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。在一些實施例中，所述患者是人類。
在一些實施例中，提供了根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白或醫藥組合物，以用於在患者中預防和/或治療HIV感染。在一些實施例中，所述結合蛋白將與標準抗反轉錄病毒療法共投予。在一些實施例中，所述結合蛋白導致患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。在一些實施例中，所述患者是人類。
在一些實施例中，提供了根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白或
醫藥組合物，以用於製造用於在患者中預防和/或治療HIV感染的藥物。在一些實施例中，所述結合蛋白將與標準抗反轉錄病毒療法共投予。在一些實施例中，所述結合蛋白導致患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。在一些實施例中，所述患者是人類。
在一些實施例中，本文提供了一種載體系統，其包含編碼根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白的第一、第二、第三和第四多肽鏈的一種或多種載體。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一多肽鏈的第一載體、編碼結合蛋白的第二多肽鏈的第二載體、編碼結合蛋白的第三多肽鏈的第三載體和編碼結合蛋白的第四多肽鏈的第四載體。
在一些實施例中，本文提供了套组，其包含根據前述實施例中任一項所述的結合蛋白的一條、兩條、三條或四條多肽鏈。在一些實施例中，所述套组還包含根據本文所述的任何方法或用途(例如，同上)使用多肽鏈或結合蛋白的說明。
在一些實施例中，本文提供了套组，其包含根據前述實施例中任一項所述的一種、兩種、三種或四種多核苷酸。在一些實施例中，本文提供了多個多核苷酸套组，其包含一個多核苷酸套组的一種、兩種、三種或四種多核苷酸，所述多核苷酸套组包含：(a)含有SEQ ID NO：177的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：178的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：179的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：180的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(b)含有SEQ ID NO：181的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：182的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：183的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：184的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(c)含有SEQ ID NO：185的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：186的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：187的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：188的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(d)含有SEQ ID NO：189的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：190的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：191的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：192的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(e)含有SEQ ID NO：193的多核苷酸序
列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：194的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：195的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：196的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(f)含有SEQ ID NO：197的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：198的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：199的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：200的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(g)含有SEQ ID NO：201的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：202的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：203的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：204的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(h)含有SEQ ID NO：205的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：206的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：207的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：208的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(i)含有SEQ ID NO：209的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：210的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：211的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：212的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(j)含有SEQ ID NO：213的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：214的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：215的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：216的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(k)含有SEQ ID NO：217的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：218的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：219的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：220的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(l)含有SEQ ID NO：221的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：222的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：223的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：224的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(m)含有SEQ ID NO：225的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：226的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：227的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：228的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(n)含有SEQ ID NO：229的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：230的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：231的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：
232的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(o)含有SEQ ID NO：233的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：234的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：235的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：236的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(p)含有SEQ ID NO：237的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：238的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：239的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：240的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(q)含有SEQ ID NO：241的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：242的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：243的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：244的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(r)含有SEQ ID NO：245的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：246的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：247的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：248的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(s)含有SEQ ID NO：249的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：250的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：251的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：252的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(t)含有SEQ ID NO：253的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：254的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：255的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：256的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(u)含有SEQ ID NO：257的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：258的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：259的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：260的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(v)含有SEQ ID NO：261的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：262的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：263的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：264的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(w)含有SEQ ID NO：265的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：266的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：267的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：268的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(x)含有SEQ ID NO：269的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：270的多核苷酸序列的第二多核苷酸、
含有SEQ ID NO：271的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：272的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(y)含有SEQ ID NO：273的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：274的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：275的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：276的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(z)含有SEQ ID NO：277的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：278的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：279的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：280的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(aa)含有SEQ ID NO：281的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：282的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：283的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：284的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(bb)含有SEQ ID NO：285的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：286的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：287的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：288的多核苷酸序列的第四多核苷酸；或者(cc)含有SEQ ID NO：289的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：290的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：291的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：292的多核苷酸序列的第四多核苷酸。在一些實施例中，所述第一、第二、第三和第四多核苷酸存在於一種或多種表現載體，例如一種、兩種、三種或四種表現載體上。
應當理解，本文中所描述的各種實施例的一種、一些或全部特性都可以組合以形成本發明的其他實施例。本發明的這些和其他方面對於熟習技藝者將變得清楚。
圖1提供了包含四條多肽鏈的三特異性結合蛋白的示意圖，所述四條多肽鏈形成結合以下三種靶蛋白的三個抗原結合位點：CD28、CD3和HIV Env。第一對多肽擁有具有互換位向的雙重可變結構域(VH1-VH2和VL2-VL1)，所述雙重可變結構域形成分別識別CD28和CD3的兩個抗原結合位點(VH1和VL1；VH2和VL2)，並且第二對多肽擁有單一可變結構域(VH3和VL3)，
所述單一可變結構域形成識別HIV Env的單一抗原結合位點。圖1中所示的三特異性結合蛋白使用具有“杵臼結構(knob-into-hole)”突變的恆定區，其中杵位於具有單一可變結構域的第二對多肽上。
圖2示出了使用圖1中所示的抗HIV三特異性結合蛋白以靶向和消除HIV儲器的三特異性T細胞銜接器(TCE)策略的示意圖。
本申請案請求於2019年4月9日提交的美國臨時申請案號62/831,415和2019年10月8日提交的歐洲申請案號EP19306312.0的優先權，其中每個的揭示內容通過引用以其整體併入本文。
將以下提交的ASCII文字檔的內容通過引用以其整體併入本文：序列表的電腦可讀形式(CRF)(檔案名稱：183952031940SEQLIST.TXT，記錄日期：2020年3月25日，大小：580KB)。
本揭示內容提供了三特異性和/或三價結合蛋白，所述三特異性和/或三價結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種人類免疫缺陷病毒(HIV)靶蛋白和/或一種或多種T細胞受體靶蛋白之三個抗原結合位點的四個多肽鏈，其中形成所述結合蛋白的第一對多肽擁有具有互換位向的雙重可變結構域，並且其中第二對多肽擁有單一可變結構域。
以下描述闡述了示例性方法、參數等。然而，應認識到，這樣的描述並不旨在作為對本揭示內容的範圍的限制，而是旨在作為示例性實施例的描述而提供。
除非另有說明，否則如根據本揭示內容所用，以下術語應理解為具有以下含義。除非上下文另有要求，否則單數術語應包括複數，並且複數術
語應包括單數。
應理解的是，本文描述的本揭示內容的方面和實施例包括“包含(comprising)”方面和實施例、“由方面和實施例組成(consisting)”，以及“基本上由方面和實施例組成(consisting essentially of)”。
如本文所用術語“多核苷酸”是指長度為至少10個核苷酸的單鏈或雙鏈核酸聚合物。在某些實施例中，構成多核苷酸的核苷酸可以是核醣核苷酸或去氧核醣核苷酸或者任一類型的核苷酸的修飾形式。此類修飾包括鹼基修飾(如溴尿苷)、核醣修飾(如阿糖胞苷和2',3'-二去氧核醣)以及核苷酸間連接修飾(如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯(phosphoroselenoate)、二硒代磷酸酯、硫代縮苯胺磷酸酯(phosphoroanilothioate)、縮苯胺磷酸酯(phoshoraniladate)和胺基磷酸酯(phosphoroamidate))。術語“多核苷酸”具體地包括單鏈和雙鏈形式的DNA。
“分離的多核苷酸”是基因組、cDNA或合成來源的多核苷酸或其某種組合的多核苷酸，所述分離的多核苷酸：(1)不與在自然界中發現其所在的多核苷酸的全部或一部分結合，(2)與在自然界中其並不連接的多核苷酸連接，或(3)在自然界中不作為更大序列的一部分存在。
“分離的多肽”是如下多肽，其：(1)不含通常與其一起被發現的至少一些其他多肽，(2)基本上不含來自相同來源(例如，來自相同物種)的其他多肽，(3)由來自不同物種的細胞表現，(4)已經從至少約50%的在自然界中與所述分離的多肽結合的多核苷酸、脂質、碳水化合物或其他物質分離，(5)不與在自然界中與所述“分離的多肽”結合的多肽的部分(通過共價或非共價相互作用)結合，(6)與在自然界中不與所述分離的多肽結合的多肽可操作地(通過共價或非共價相互作用)結合，或(7)在自然界中不存在。這種分離的多肽可以由基因組DNA、cDNA、mRNA或具有合成來源的其他RNA或其任何組合來編碼。較佳地，分離的多肽基本上不含在其自然環境中發現的會干擾其應用(治療、診斷、預防、研究或其他應用)的多肽或其他污染物。
天然存在的抗體通常包含四聚體。每種這樣的四聚體通常由兩個相同
的多肽鏈對構成，每一對具有一條全長“輕”鏈(通常具有約25kDa的分子量)和一條全長“重”鏈(通常具有約50-70kDa的分子量)。如本文所用術語“重鏈”和“輕鏈”是指具有足以賦予對靶抗原的特異性的可變結構域序列的任何免疫球蛋白多肽。每條輕鏈和重鏈的胺基末端部分通常包括約100至110或更多個胺基酸的可變結構域，所述可變結構域通常負責抗原識別。每條鏈的羧基末端部分通常定義負責效應子功能的恆定結構域。因此，在天然存在的抗體中，全長重鏈免疫球蛋白多肽包括一個可變結構域(VH)和三個恆定結構域(CH1、CH2和CH3)，其中所述VH結構域位於多肽的胺基末端並且CH3結構域位於羧基末端，並且全長輕鏈免疫球蛋白多肽包括一個可變結構域(VL)和一個恆定結構域(CL)，其中所述VL結構域位於多肽的胺基末端並且所述CL結構域位於羧基末端。
通常將人類輕鏈分類為κ和λ輕鏈，並且通常將人類重鏈分類為μ、δ、γ、α或ε，並將抗體的同種型分別定義為IgM、IgD、IgG、IgA和IgE。IgG具有幾個亞類，包括但不限於IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。IgM具有多個亞類，包括但不限於IgM1和IgM2。IgA被類似地細分為多個亞類，包括但不限於IgA1和IgA2。在全長輕鏈和重鏈內，可變結構域和恆定結構域通常通過約12個或更多個胺基酸的“J”區接合，並且重鏈還包括約10個或更多個胺基酸的“D”區。參見例如，Fundamental Immunology(Paul,W.，編輯，Raven Press，第2版，1989)，所述文獻是出於所有目的通過引用以其整體併入。每個輕/重鏈對的可變區通常形成抗原結合位點。天然存在的抗體的可變結構域通常展現出通過三個高變區(也稱為互補決定區或CDR)接合的相對保守的架構區(FR)的相同總體結構。來自每一對的兩條鏈的CDR通常通過架構區對齊，這可以使得能夠結合至特異性表位。從胺基末端到羧基末端，輕鏈和重鏈可變結構域二者通常均包含結構域FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3和FR4。
術語“CDR集(CDR set)”是指一組存在於能夠結合抗原的單一可變區中的三個CDR。這些CDR的確切邊界已經根據不同系統以不同方式加以定義。Kabat所述的系統(Kabat等人，SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST(美國國立衛生研究院(National Institutes of
Health)，貝塞斯達(Bethesda)，馬里蘭州)(1987)和(1991))不僅提供適用於抗體的任何可變區的明確殘基編號系統，還提供定義三個CDR的準確殘基邊界。這些CDR可以被稱為Kabat CDR。Chothia和同事(Chothia和Lesk,1987,J.Mol.Biol.196：901-17；Chothia等人，1989,Nature 342：877-83)發現，雖然在胺基酸序列水準上具有顯著多樣性，但是Kabat CDR內的某些子部分採用幾乎相同的肽骨架構象。這些子部分被命名為L1、L2和L3或H1、H2和H3，其中“L”和“H”分別指定輕鏈和重鏈區域。這些區域可以被稱為Chothia CDR，它們具有與Kabat CDR重疊的邊界。與Kabat CDR重疊的定義CDR的其他邊界已經描述於以下文獻中：Padlan,1995,FASEB J.9：133-39；MacCallum,1996,J.Mol.Biol.262(5)：732-45；和Lefranc,2003,Dev.Comp.Immunol.27：55-77。仍有其他CDR邊界定義可能不嚴格遵循本文中的一個系統，但仍然會與Kabat CDR重疊，不過鑒於特定殘基或殘基組或甚至整個CDR不顯著影響抗原結合的預測或實驗發現，所述其他CDR邊界可能會被縮短或延長。本文所用的方法可以利用根據這些系統中的任一個系統定義的CDR，但是某些實施例使用Kabat或Chothia定義的CDR。使用胺基酸序列鑒定所預測的CDR是先前技術所熟知的，如在以下文獻中：Martin,A.C.“Protein sequence and structure analysis of antibody variable domains,”In Antibody Engineering，第2卷.Kontermann R.,Dübel S.，編輯Springer-Verlag，柏林，第33-51頁(2010)。還可以通過其他常規方法(例如，通過與其他重鏈和輕鏈可變區的已知胺基酸序列進行比較以確定具有序列超變性的區域)來檢查重鏈和/或輕鏈可變結構域的胺基酸序列以鑒定CDR的序列。可以通過目測，或通過採用比對程式(如CLUSTAL程式套件中的一種)來比對已編號的序列，如以下文獻中所述：Thompson,1994,Nucleic Acids Res.22：4673-80描述。常規地使用分子模型來正確描繪架構和CDR區，並由此校正基於序列的比對。
如本文所用術語“Fc”是指包含得自抗體消化或通過其他手段產生的非抗原結合片段的序列的分子，所述分子呈單體或多聚體形式，並且所述“Fc”可以含有鉸鏈區。雖然較佳系IgG1和IgG2，但是天然Fc的原始免疫球蛋白來源較佳地是人起源的(human origin)，並且可以是任何免疫球蛋白。
Fc分子由可以通過共價(即，二硫鍵)和非共價締合連接成二聚體或多聚體形式的單體多肽組成。取決於類別(例如，IgG、IgA和IgE)或亞類(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgA1和IgGA2)，天然Fc分子的單體亞基之間分子間二硫鍵的數目在1至4範圍內。Fc的一個例子是由IgG的木瓜蛋白酶消化產生的二硫鍵鍵合的二聚體。如本文所用術語“Fc”是單體、二聚體和多聚體形式通用的。
F(ab)片段通常包括一條輕鏈以及一條重鏈的VH和CH1結構域，其中F(ab)片段的VH-CH1重鏈部分無法與另一個重鏈多肽形成二硫鍵。如本文所用，F(ab)片段也可以包括含有被胺基酸連接子隔開的兩個可變結構域的一條輕鏈，以及含有被胺基酸連接子隔開的兩個可變結構域和CH1結構域的一條重鏈。
F(ab')片段通常包括一條輕鏈和含有更多恆定區的一條重鏈的一部分(在CH1與CH2結構域之間)，使得可以在兩條重鏈之間形成鏈間二硫鍵以形成F(ab')2分子。
如本文所用，術語“結合蛋白”是指與至少一種靶抗原特異性地結合的非天然存在的(或重組的或工程化的)分子。除非另有說明，否則本揭示內容的三特異性結合蛋白通常包含形成至少三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈具有由下式表示的結構：
VL2-L1-VL1-L2-CL [I]並且第二多肽鏈具有由下式表示的結構：
VH1-L3-VH2-L4-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [II]並且第三多肽鏈具有由下式表示的結構：
VH3-CH1 [III]並且第四多肽鏈具有由下式表示的結構：
VL3-CL [IV]其中：VL1是第一免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL2是第二免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL3是第三免疫球蛋白輕鏈可變結構域；
VH1是第一免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH2是第二免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH3是第三免疫球蛋白重鏈可變結構域；CL是免疫球蛋白輕鏈恆定結構域；CH1是免疫球蛋白CH1重鏈恆定結構域；並且鉸鏈是連接所述CH1與CH2結構域的免疫球蛋白鉸鏈區；L1、L2、L3和L4是胺基酸連接子；並且其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對。
“重組”分子是已經通過重組手段製備、表現、產生或分離的分子。
本揭示內容的一個實施例提供了對介於一種與三種之間的靶抗原具有生物和免疫特異性的結合蛋白。本揭示內容的另一個實施例提供了包含核苷酸序列的核酸分子，所述核苷酸序列編碼形成此類結合蛋白的多肽鏈。本揭示內容的另一個實施例提供了包含核酸分子的表現載體，所述核酸分子包含編碼形成此類結合蛋白的多肽鏈的核苷酸序列。本揭示內容的又另一個實施例提供了表現此類結合蛋白(即，包含編碼形成此類結合蛋白的多肽鏈的核酸分子或載體)的宿主細胞。
如本文所用術語“可交換性”是指在結合蛋白形式內並且在保持折疊和最終結合親和力的情況下可變結構域的互換性。“完全可交換性”是指在維持結合蛋白的完全功能性(如通過結合親和力的保持所證實)的同時，交換式I的多肽鏈或式II的多肽鏈中的VH1和VH2結構域二者的順序，並且由此交換VL1和VL2結構域的順序(即，顛倒所述順序)的能力。另外，應注意，名稱VH和VL僅是指結構域在呈最終形式的特定蛋白質鏈上的位置。例如，VH1和VH2可以衍生自親代抗體中的VL1和VL2結構域並被置入結合蛋白中的VH1和VH2位置中。同樣，VL1和VL2可以衍生自親代抗體中的VH1和VH2結構域並被置於結合蛋白中的VH1和VH2位置中。因此，VH和VL名稱是指目前的位置而不是在親代抗體中的原始位置。VH和VL結構域因此是“可交換的”。
如本文所用術語“抗原”或“靶抗原”或“抗原靶標”是指分子或分子的一部分，所述分子或分子的一部分能夠被結合蛋白結合，並且另外能
夠被用於動物中以產生能夠與該抗原的表位結合的抗體。靶抗原可具有一個或多個表位。關於由結合蛋白識別的每種靶抗原，結合蛋白能夠與識別所述靶抗原的完整抗體競爭。
如本文所用，術語“HIV”意指人類免疫缺陷病毒。如本文所用，術語“HIV感染”通常涵蓋由反轉錄病毒的人類免疫缺陷病毒(HIV)家族(包括但不限於HIV I、HIV II、HIV III(也稱為HTLV-II、LAV-1、LAV-2))感染宿主，特別是人類宿主。HIV在本文中可用於指HIV家族中的任何毒株、形式、亞型、進化枝和變異體。因此，治療HIV感染將涵蓋攜帶HIV反轉錄病毒家族中的任一種的人或被診斷為患有活動性AIDS的人的治療以及在這樣的人中AIDS相關病症的治療或防治。
如本文所用，術語“AIDS”意指獲得性免疫缺陷症候群。AIDS是由HIV引起的。
術語“CD4bs”或“CD4結合位點”是指CD4(分化簇4)的結合位點，所述CD4是在免疫細胞(如T輔助細胞、單核細胞、巨噬細胞和樹突細胞)表面上發現的醣蛋白。
術語“CD3”是分化因子3多肽簇，並且是通常為T細胞受體(TCR)複合物的一部分的T細胞表面蛋白。
“CD28”是分化28多肽簇，並且是為T細胞活化和存活提供共刺激信號的T細胞表面蛋白。
術語“醣蛋白160”或“gp160蛋白”是指HIV的包膜醣蛋白複合物，並且其是被切割為gp120和gp41亞基的同源三聚體。
術語“MPER”是指醣蛋白41(gp41)的膜近側外部區域，所述醣蛋白41是反轉錄病毒(包括HIV)的包膜蛋白複合物的亞基。
術語“聚醣”是指醣接合物(如醣蛋白、醣脂或蛋白聚醣)的碳水化合物部分。在所公開的結合蛋白中，聚醣是指HIV-1包膜醣蛋白gp120。
術語“T細胞銜接器(engager)”是指標對宿主的免疫系統(更具體地針對T細胞的細胞毒活性)以及針對HIV靶蛋白的結合蛋白。
術語“三聚體頂端”是指HIV-1包膜醣蛋白gp120的頂端。
術語“單特異性結合蛋白”是指與一種抗原靶標特異性地結合的結合
蛋白。
術語“單價結合蛋白”是指具有一個抗原結合位點的結合蛋白。
術語“雙特異性結合蛋白”是指與兩種不同抗原靶標特異性地結合的結合蛋白。
術語“二價結合蛋白”是指具有兩個結合位點的結合蛋白。
術語“三特異性結合蛋白”是指與三種不同抗原靶標特異性地結合的結合蛋白。
術語“三價結合蛋白”是指具有三個結合位點的結合蛋白。在特定實施例中，三價結合蛋白可以與一種抗原靶標結合。在其他實施例中，三價結合蛋白可以與兩種抗原靶標結合。在其他實施例中，三價結合蛋白可以與三種抗原靶標結合。
“分離的”結合蛋白是已經鑒定並且從其天然環境的組分分離和/或回收的結合蛋白。其天然環境的污染物組分是會干擾結合蛋白的診斷或治療應用的物質，並且可能包括酶、激素和其他蛋白質的或非蛋白質的溶質。在一些實施例中，將結合蛋白純化至：(1)如通過勞理法(Lowry method)所確定的抗體重量大於95%，並且最佳重量大於99%，(2)足以獲得通過使用旋杯式序列分析儀所測的至少15個殘基的N末端或內部胺基酸序列的程度，或(3)通過在還原或非還原條件下的SDS-PAGE使用考馬斯藍或較佳系銀染色，達到同質。分離的結合蛋白包括重組細胞內的原位結合蛋白，因為結合蛋白的天然環境中的至少一種組分將不存在。
如本文所用術語“基本上純的”或“基本上純化的”是指作為存在的主要種類(即，以莫耳計，其比組合物中的任何其他單獨種類更豐富)的化合物或種類。在一些實施例中，基本上純化的級分是如下組合物，在所述組合物中所述種類占存在的所有大分子種類的至少約50%(以莫耳計)。在其他實施例中，基本上純的組合物將包含組合物中存在的大於約80%、85%、90%、95%或99%的所有大分子種類。在仍其他實施例中，將所述種類純化至基本同質(通過常規檢測方法不能檢測到組合物中的污染物種類)，其中所述組合物基本上由單一大分子種類組成。
如本文所用，“中和”結合蛋白是指能夠阻斷或基本上降低其結合的
靶抗原的效應子功能的分子。如本文所用，“基本上降低”意指靶抗原的效應子功能降低至少約60%，較佳至少約70%、更佳至少約75%、甚至更佳至少約80%、仍更佳至少約85%、最佳至少約90%。
術語“表位”包括能夠與免疫球蛋白或T細胞受體特異性地結合的任何決定簇、較佳系多肽決定簇。在某些實施例中，表位決定簇包括分子的化學活性表面基團(grouping)，如胺基酸、糖側鏈、磷醯基或磺醯基，並且在某些實施例中，可以具有特定的三維結構特徵和/或特定的電荷特徵。表位是抗原中被抗體或結合蛋白結合的區域。在某些實施例中，當結合蛋白在蛋白質和/或大分子的複雜混合物中優先識別其靶抗原時，稱結合蛋白特異性地結合抗原。在一些實施例中，當平衡解離常數
10-8M時、更佳地在平衡解離常數
10-9M時並且最佳地在解離常數
10-10M時，稱結合蛋白特異性地結合抗原。
結合蛋白的解離常數(KD)可以例如通過表面等離子體共振來確定。通常，表面等離子體共振分析通過表面等離子體共振(SPR)使用BIAcore系統(Pharmacia Biosensor；皮斯卡塔韋，新澤西州)測量配位體(生物感測器基質上的靶抗原)與分析物(溶液中的結合蛋白)之間的即時結合相互作用。表面等離子體分析還可以通過固定分析物(生物感測器基質上的結合蛋白)並呈遞配位體(靶抗原)來進行。如本文所用術語“KD”是指特定結合蛋白與靶抗原之間的相互作用的解離常數。
如本文所用，術語“特異性結合”是指結合蛋白或其抗原結合片段以至少約1 x 10-6M、1 x 10-7M、1 x 10-8M、1 x 10-9M、1 x 10-10M、1 x 10-11M、1 x 10-12M或更大的Kd與含有表位的抗原結合的能力，和/或以比所述結合蛋白或其抗原結合片段對非特異性抗原的親和力大至少兩倍的親和力與表位結合的能力。
如本文所用術語“連接子”是指在免疫球蛋白結構域之間插入的一個或多個胺基酸殘基，它們為輕鏈和重鏈的結構域提供足夠的移動性，以折疊成互換的雙重可變區免疫球蛋白。在序列水準上，連接子分別是在可變結構域之間或可變結構域與恆定結構域之間的過渡處插入。因為免疫球蛋白結構域的大致大小已經被充分理解，所以可以鑒定結構域之間的過渡。
結構域過渡的準確位置可以通過定位沒有形成(如通過實驗資料所顯示或者如通過建模或二級結構預測的技術可以假定的)二級結構元件(如β片層或α螺旋)的肽延伸段來確定。本文所述連接子被稱為L1，其位於VL2結構域的C末端與VL1結構域的N末端之間的輕鏈上；以及L2，其位於VL1結構域的C末端與CL結構域的N末端之間的輕鏈上。重連結頭被稱為L3，其位於VH1結構域的C末端與VH2結構域的N末端之間；以及L4，其位於VH2結構域的C末端與CH1結構域的N末端之間。
如本文所用術語“載體”是指用於將編碼資訊轉移至宿主細胞的任何分子(例如，核酸、質體或病毒)。術語“載體”包括能夠運輸已經與其連接的另一個核酸的核酸分子。一種類型的載體是“質體”，它是指可以將另外的DNA區段插入其中的環狀雙鏈DNA分子。另一種類型的載體是病毒載體，其中可以將另外的DNA區段插入病毒基因組中。某些載體能夠在引入它們的宿主細胞中自主複製(例如，具有細菌複製起點的細菌載體和附加型哺乳動物載體)。其他載體(例如，非附加型哺乳動物載體)可以在被引入宿主細胞中之後整合至宿主細胞的基因組中，並由此與宿主基因組一起複製。另外，某些載體能夠指導與其可操作連接的基因的表現。此類載體在本文中被稱為“重組表現載體”(或者簡單地，“表現載體”)。一般來說，用於重組DNA技術中的表現載體通常呈質體形式。術語“質體”和“載體”在本文中可以互換使用，因為質體是最常用的載體形式。然而，本揭示內容意圖包括發揮同等功能的其他形式的表現載體，如病毒載體(例如，複製缺陷性反轉錄病毒、腺病毒和腺相關病毒)。
如本文所用片語“重組宿主細胞”(或“宿主細胞”)是指已經將重組表現載體引入其中的細胞。重組宿主細胞或宿主細胞意圖不僅是指特定的受試者細胞，而且是指這種細胞的子代。因為後代中可能由於突變或環境影響而發生某些修飾，所以這種子代可能實際上與親代細胞不同，但是此類細胞仍包括在如本文所用術語“宿主細胞”的範圍內。眾多種宿主細胞表現系統可以用於表現結合蛋白，所述表現系統包括細菌、酵母、杆狀病毒和哺乳動物表現系統(以及噬菌體展示表現系統)。合適的細菌表現載體的例子是pUC19。為了重組表現結合蛋白，用攜帶編碼結合蛋白多肽鏈
的DNA片段的一種或多種重組表現載體轉形或轉染宿主細胞，使得在所述宿主細胞中表現所述多肽鏈並且較佳地分泌到培養所述宿主細胞的培養基中，從而可以從所述培養基回收所述結合蛋白。
如本文所用術語“轉形(transformation)”是指細胞的遺傳特徵的變化，並且當細胞被修飾而含有新DNA時，所述細胞已經被轉形。例如，如果細胞從其天然狀態進行遺傳修飾，則所述細胞被轉形。在轉形後，轉形DNA可以通過物理整合至細胞的染色體中與細胞的DNA重組，或者可以在不被複製的情況下短暫維持為附加型元件，或者可以作為質體獨立複製。當DNA隨著細胞分裂進行複製時，認為細胞已經被穩定轉形。如本文所用術語“轉染(trasnfection)”是指細胞攝取外來或外源DNA，並且當已經將外源DNA引入細胞膜內時，細胞已經被“轉染”。多種轉染技術是先前技術熟知的。此類技術可以用於將一種或多種外源DNA分子引入合適的宿主細胞中。
如本文所用並應用於物件的術語“天然存在的”是指以下事實：所述物件可以在自然界中發現並且尚未被人操縱。例如，可以從自然界中的來源分離並且尚未被人有意修飾的存在於生物體(包括病毒)中的多核苷酸或多肽是天然存在的。類似地，如本文所用的“非天然存在的”是指在自然界中沒有發現或者已經被人進行結構修飾或合成的物件。
如本文所用，二十種常規胺基酸及其縮寫遵循常規用法。二十種常規胺基酸的立體異構體(例如，d-胺基酸)；非天然胺基酸和類似物(如α-,α-二取代胺基酸、N-烷基胺基酸、乳酸和其他非常規胺基酸)也可以是結合蛋白多肽鏈的合適組分。非常規胺基酸的例子包括：4-羥脯胺酸、γ-羧基麩胺酸、ε-N,N,N-三甲基離胺酸、ε-N-乙醯基離胺酸、O-磷酸絲胺酸、N-乙醯基絲胺酸、N-甲醯基甲硫胺酸、3-甲基組胺酸、5-羥離胺酸、σ-N-甲基精胺酸以及其他類似胺基酸和亞胺基酸(例如，4-羥脯胺酸)。在本文所用的多肽標記法中，根據標準用法和慣例，左手方向是胺基末端方向並且右手方向是羧基末端方向。
可以基於常見側鏈特性將天然存在的殘基分為多個類別：
(1)疏水性的：Met、Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Trp、Tyr、Pro；
(2)極性親水性的：Arg、Asn、Asp、Gln、Glu、His、Lys、Ser、Thr；
(3)脂肪族的：Ala、Gly、Ile、Leu、Val、Pro；
(4)脂肪族疏水性的：Ala、Ile、Leu、Val、Pro；
(5)中性親水性的：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(6)酸性的：Asp、Glu；
(7)鹼性的：His、Lys、Arg；
(8)影響鏈位向的殘基：Gly、Pro；
(9)芳香族的：His、Trp、Tyr、Phe；以及
(10)芳香族疏水性的：Phe、Trp、Tyr。
保守胺基酸取代可以涉及這些類別中一個類別的成員與同一類別中另一個成員的交換。非保守取代可以涉及這些類別中一個類別的成員與另一個類別的成員的交換。
技術人員將能夠使用熟知的技術確定結合蛋白多肽鏈的合適變異體。例如，熟習技藝者可以通過靶向被認為對活性不重要的區域來鑒定多肽鏈中可以在不破壞活性的情況下改變的合適區域。可替代地，熟習技藝者可以鑒定分子中在相似多肽之間保守的殘基和部分。另外，甚至也可以使可能對生物活性或對結構重要的區域在不破壞生物活性的情況下或在不對多肽結構造成不良影響的情況下經歷保守胺基酸取代。
如本文所用，術語“患者”包括人類和動物受試者。
如本文所用術語“治療”(“treatment”或“treat”)是指治療性治療和預防性的或預防的措施二者。需要治療的那些包括患有障礙的那些以及易患障礙的那些或要預防障礙的那些。在特定的實施例中，結合蛋白可以用於治療患有HIV的人或易受HIV感染的人，或改善感染HIV的人受試者的HIV感染。所述結合蛋白還可用於在人受試者中預防HIV。
應當這樣理解，治療感染HIV的人包括處於HIV感染進展的幾個階段中任何一個的那些受試者，所述HIV感染進展例如包括急性原發性感染症候群(其可以是無症狀的，或與流感樣疾患相關，伴有發燒、乏力、腹瀉和神經系統症狀如頭痛)、無症狀感染(是迴圈CD4+ T細胞數量逐漸減少的長潛伏期)和AIDS(通過更嚴重的AIDS特徵性疾患和/或迴圈CD4細胞計數降低至與有效免疫功能相容的水準之下所定義的)。此外，治療或預防HIV
感染將還涵蓋治療在懷疑自己過去通過以下方式暴露於HIV後的疑似HIV感染：例如接觸受HIV污染的血液、輸血、交換體液，與感染的人“不安全”的性行為、意外針刺、用污染的器械接受紋身或針刺、或者在懷孕、分娩或此後不久將病毒從母親傳播給嬰兒。
如本文所用術語“醫藥組合物”或“治療組合物”是指在適當投予至患者時能夠誘導所需治療效果的化合物或組合物。
如本文所用術語“醫藥上可接受的載劑”或“生理上可接受的載劑”是指適於實現或增強結合蛋白的遞送的一種或多種配製材料。
術語“有效量”和“治療有效量”在關於包含一種或多種結合蛋白的醫藥組合物使用時是指足以產生所需治療結果的量或劑量。更具體地，治療有效量是足以將與所治療病症相關的一種或多種臨床上定義的病理過程抑制一定時間段的結合蛋白的量。有效量可以根據所用的特定結合蛋白而變化，並且還取決於與所治療患者和障礙的嚴重程度相關的多種因素和狀況。例如，如果要在體內投予結合蛋白，則諸如患者的年齡、體重和健康狀況以及在臨床前動物工作中獲得的劑量反應曲線和毒性資料等因素將屬於所考慮的那些因素。給定的醫藥組合物的有效量或治療有效量的確定是熟習技藝者熟練掌握的。
本揭示內容的一個實施例提供包含醫藥上可接受的載劑和治療有效量的結合蛋白的醫藥組合物。
本揭示內容的某些方面涉及三特異性和/或三價結合蛋白。本文所述的任何抗原結合蛋白的任何CDR或可變結構域可以用於本揭示內容的三特異性結合蛋白中。預期了多種形式的三特異性結合蛋白。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白是包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈的三特異性和/或三價結合蛋白，其中第一多肽鏈包含由下式表示的結構：
VL2-L1-VL1-L2-CL [I]並且第二多肽鏈包含由下式表示的結構：
VH1-L3-VH2-L4-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [II]並且第三多肽鏈包含由下式表示的結構：
VH3-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [III]並且第四多肽鏈包含由下式表示的結構：
VL3-CL [IV]其中：VL1是第一免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL2是第二免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL3是第三免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VH1是第一免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH2是第二免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH3是第三免疫球蛋白重鏈可變結構域；CL是免疫球蛋白輕鏈恆定結構域；CH1是免疫球蛋白CH1重鏈恆定結構域；CH2是免疫球蛋白CH2重鏈恆定結構域；CH3是免疫球蛋白CH3重鏈恆定結構域；鉸鏈是連接所述CH1與CH2結構域的免疫球蛋白鉸鏈區；並且L1、L2、L3和L4是胺基酸連接子；並且其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對。
在一些實施例中，第一多肽鏈和第二多肽鏈具有形成兩個不同抗原結合位點的互換位向。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合對並形成第一抗原結合位點。在一些實施例中，VH2和VL2形成結合對並形成第二抗原結合位點。在一些實施例中，第三多肽和第四多肽形成第三抗原結合位點。在一些實施例中，VH3和VL3形成結合對並形成第三抗原結合位點。
在一些實施例中，抗原結合位點中的一個或多個結合HIV靶蛋白。在一些實施例中，VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合T細胞靶蛋白的第一抗原結合位點，VH2和VL2形成結合T細胞靶蛋白的第二抗原結合位點，以及VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合T細胞靶蛋白
的第一抗原結合位點，VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，以及VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合CD28多肽的第一抗原結合位點，VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，以及VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
在一些實施例中，所述結合蛋白特異性結合在T細胞上的一種或多種HIV靶蛋白(例如，如下文所述)和一種或多種靶蛋白，包括T細胞受體複合物。這些T細胞銜接器結合蛋白能夠將T細胞暫態招募到靶細胞，同時活化T細胞的細胞溶解活性。所述T細胞銜接器三特異性抗體可用於活化HIV-1儲器並且重定向/或活化T細胞以裂解潛伏感染的HIV-1+ T細胞。T細胞上的靶蛋白的例子包括但不限於CD3和CD28等。在一些實施例中，三特異性結合蛋白可以通過使兩種或更多種單特異性抗體(親本抗體)的抗原結合結構域組合為一種抗體產生。參見國際公開號WO 2011/038290 A2、WO 2013/086533 A1、WO 2013/070776 A1、WO 2012/154312 A1和WO 2013/163427 A1。本揭示內容的結合蛋白可以使用從任何人類抗體或非人類抗體(包括例如，人抗體、鼠抗體或人源化抗體)獲得或衍生的結構域或序列來製備。
在本揭示內容的一些實施例中，所述三價結合蛋白能夠結合三種不同的抗原靶標。在一個實施例中，所述結合蛋白是三特異性的，並且一個輕鏈-重鏈對能夠結合兩種不同的抗原靶標或表位，並且一個輕鏈-重鏈對能夠結合一個抗原靶標或表位。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白結合一種或多種HIV靶蛋白和一種或多種T細胞靶蛋白。在一些實施例中，所述結合蛋白能夠特異性結合一種HIV靶蛋白和在單一T細胞靶蛋白上的兩種不同表位。在一些實施例中，所述結合蛋白能夠特異性結合一種HIV靶蛋白和兩種不同的T細胞靶蛋白(例如，CD28和CD3)。在一些實施例中，所述結合蛋白的第一和第二多肽鏈形成兩種特異性靶向兩種T細胞靶蛋白的抗原結合位點，並且所述結合蛋白的第三和第四多肽鏈形成特異性結合HIV靶蛋白的抗原結合位點。在一些實施例中，所述一種或多種HIV靶蛋白是醣蛋白120、醣蛋白41和醣蛋白
160中的一種或多種。在一些實施例中，所述一種或多種T細胞靶蛋白是CD3和CD28中的一種或多種。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：61的胺基酸序列或與SEQ ID NO：61的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：62的胺基酸序列或與SEQ ID NO：62的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：63的胺基酸序列或與SEQ ID NO：63的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：64的胺基酸序列或與SEQ ID NO：64的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：65的胺基酸序列或與SEQ ID NO：65的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：66的胺基酸序列或與SEQ ID NO：66的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：67的胺基酸序列或與SEQ ID NO：67的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：68的胺基酸序列或與SEQ ID NO：68的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：69的胺基酸序列或與SEQ ID NO：69的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：70的胺基酸序列或與SEQ ID NO：70的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：71的胺基酸序列或與SEQ ID NO：71的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：72的胺基酸序列或與SEQ ID NO：72的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：73的胺基酸序列或與SEQ ID NO：73的胺基酸序列至少95%相同
的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：74的胺基酸序列或與SEQ ID NO：74的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：75的胺基酸序列或與SEQ ID NO：75的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：76的胺基酸序列或與SEQ ID NO：76的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：77的胺基酸序列或與SEQ ID NO：77的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：78的胺基酸序列或與SEQ ID NO：78的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：79的胺基酸序列或與SEQ ID NO：79的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：80的胺基酸序列或與SEQ ID NO：80的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：81的胺基酸序列或與SEQ ID NO：81的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：82的胺基酸序列或與SEQ ID NO：82的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：83的胺基酸序列或與SEQ ID NO：83的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：84的胺基酸序列或與SEQ ID NO：84的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：85的胺基酸序列或與SEQ ID NO：85的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：86的胺基酸序列或與SEQ ID NO：86的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：87的胺基酸序列或與SEQ ID NO：87的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：88的胺基酸序列或與SEQ ID NO：88的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：89的胺基酸序列或與SEQ ID NO：89的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：90的胺基酸序列或與SEQ ID NO：90的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：91的胺基酸序列或與SEQ ID NO：91的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：92的胺基酸序列或與SEQ ID NO：92的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：93的胺基酸序列或與SEQ ID NO：93的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：94的胺基酸序列或與SEQ ID NO：94的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：95的胺基酸序列或與SEQ ID NO：95的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：96的胺基酸序列或與SEQ ID NO：96的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：97的胺基酸序列或與SEQ ID NO：97的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：98的胺基酸序列或與SEQ ID NO：98的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：99的胺基酸序列或與SEQ ID NO：99的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：100的胺基酸序列或與SEQ ID NO：100的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：101的胺基酸序列或與SEQ ID NO：101的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：102的胺基酸序列或與SEQ ID NO：102的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ
ID NO：103的胺基酸序列或與SEQ ID NO：103的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：104的胺基酸序列或與SEQ ID NO：104的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：105的胺基酸序列或與SEQ ID NO：105的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：106的胺基酸序列或與SEQ ID NO：106的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：107的胺基酸序列或與SEQ ID NO：107的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：108的胺基酸序列或與SEQ ID NO：108的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：109的胺基酸序列或與SEQ ID NO：109的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：110的胺基酸序列或與SEQ ID NO：110的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：111的胺基酸序列或與SEQ ID NO：111的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：112的胺基酸序列或與SEQ ID NO：112的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：113的胺基酸序列或與SEQ ID NO：113的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：114的胺基酸序列或與SEQ ID NO：114的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：115的胺基酸序列或與SEQ ID NO：115的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：116的胺基酸序列或與SEQ ID NO：116的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含
SEQ ID NO：117的胺基酸序列或與SEQ ID NO：117的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：118的胺基酸序列或與SEQ ID NO：118的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：119的胺基酸序列或與SEQ ID NO：119的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：120的胺基酸序列或與SEQ ID NO：120的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：121的胺基酸序列或與SEQ ID NO：121的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：122的胺基酸序列或與SEQ ID NO：122的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：123的胺基酸序列或與SEQ ID NO：123的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：124的胺基酸序列或與SEQ ID NO：124的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：129的胺基酸序列或與SEQ ID NO：129的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：130的胺基酸序列或與SEQ ID NO：130的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：131的胺基酸序列或與SEQ ID NO：131的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：132的胺基酸序列或與SEQ ID NO：132的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：133的胺基酸序列或與SEQ ID NO：133的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：134的胺基酸序列或與SEQ ID NO：134的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：135的胺基酸序列或與SEQ ID NO：135的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：136的胺基酸序列或與SEQ
ID NO：136的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：137的胺基酸序列或與SEQ ID NO：137的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：138的胺基酸序列或與SEQ ID NO：138的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：139的胺基酸序列或與SEQ ID NO：139的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：140的胺基酸序列或與SEQ ID NO：140的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：141的胺基酸序列或與SEQ ID NO：141的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：142的胺基酸序列或與SEQ ID NO：142的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：143的胺基酸序列或與SEQ ID NO：143的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：144的胺基酸序列或與SEQ ID NO：144的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：145的胺基酸序列或與SEQ ID NO：145的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：146的胺基酸序列或與SEQ ID NO：146的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：147的胺基酸序列或與SEQ ID NO：147的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：148的胺基酸序列或與SEQ ID NO：148的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：149的胺基酸序列或與SEQ ID NO：149的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：150的胺基酸序列或與SEQ
ID NO：150的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：151的胺基酸序列或與SEQ ID NO：151的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：152的胺基酸序列或與SEQ ID NO：152的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：153的胺基酸序列或與SEQ ID NO：153的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：154的胺基酸序列或與SEQ ID NO：154的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：155的胺基酸序列或與SEQ ID NO：155的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：156的胺基酸序列或與SEQ ID NO：156的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：157的胺基酸序列或與SEQ ID NO：157的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：158的胺基酸序列或與SEQ ID NO：158的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：159的胺基酸序列或與SEQ ID NO：159的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：160的胺基酸序列或與SEQ ID NO：160的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：161的胺基酸序列或與SEQ ID NO：161的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：162的胺基酸序列或與SEQ ID NO：162的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：163的胺基酸序列或與SEQ ID NO：163的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：164的胺基酸序列或與SEQ ID NO：164的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或
多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：165的胺基酸序列或與SEQ ID NO：165的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：166的胺基酸序列或與SEQ ID NO：166的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：167的胺基酸序列或與SEQ ID NO：167的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：168的胺基酸序列或與SEQ ID NO：168的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：169的胺基酸序列或與SEQ ID NO：169的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：170的胺基酸序列或與SEQ ID NO：170的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：171的胺基酸序列或與SEQ ID NO：171的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：172的胺基酸序列或與SEQ ID NO：172的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白之三個抗原結合位點的四條多肽鏈，其中第一多肽鏈包含SEQ ID NO：173的胺基酸序列或與SEQ ID NO：173的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第二多肽鏈包含SEQ ID NO：174的胺基酸序列或與SEQ ID NO：174的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；第三多肽鏈包含SEQ ID NO：175的胺基酸序列或與SEQ ID NO：175的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且第四多肽鏈包含SEQ ID NO：176的胺基酸序列或與SEQ ID NO：176的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
表4中提供了可以發現用於本文所述的任何三特異性結合蛋白的示例性和非限制性多肽。
本揭示內容的某些方面涉及包含結合HIV靶蛋白或多肽的抗原結合位點的結合蛋白。
在一些實施例中，所述HIV靶蛋白是醣蛋白120、醣蛋白41或醣蛋白160。在一些實施例中，結合蛋白結合醣蛋白120、醣蛋白41和醣蛋白160中的一種或多種。示例性HIV靶蛋白包括但不限於，HIV-1 gp41蛋白的MPER、HIV-1 gp120蛋白的CD4抗原結合位點、HIV-1 gp120蛋白的V3環中的聚醣、或者HIV-1 gp120蛋白或gp160的三聚體頂端。例如，在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含結合HIV-1 gp120蛋白的CD4抗原結合位點的抗原結合位點。預期用於本文所述用途的結合HIV靶蛋白的示例性抗原結合位點包括但不限於，在國際公開號WO 2017/074878中所描述的那些，如來自抗體CD4BS“a”、CD4BS“b”、MPER、MPER_100W、V1/V2“a”、V1/V2“b”或V3的那些。
在一些實施例中，包含結合HIV靶蛋白的抗原結合位點的結合蛋白是單特異性和/或單價、雙特異性和/或雙價、三特異性和/或三價、或多特異性和/或多價的。在一些實施例中，包含結合HIV靶蛋白的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有NCPIN(SEQ ID NO：1)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WMKPRHGAVSYARQLQG(SEQ ID NO：2)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKYCTARDYYNWDFEH(SEQ ID NO：3)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：4)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：5)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：6)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有NCPIN(SEQ ID NO：1)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WMKPRHGAVSYARQLQG(SEQ ID NO：2)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKYCTARDYYNWDFEH(SEQ ID NO：3)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：4)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：5)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF
(SEQ ID NO：6)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)或IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)或IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包
含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有DCTLN(SEQ ID NO：14)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WLKPRWGAVNYARPLQG(SEQ ID NO：15)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKNCDYNWDFEH(SEQ ID NO：16)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：17)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：18)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：19)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有DCTLN(SEQ ID NO：14)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WLKPRWGAVNYARPLQG(SEQ ID NO：15)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKNCDYNWDFEH(SEQ ID NO：16)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：17)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：18)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：19)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含具有VH結構域的抗原結
合位元點，所述VH結構域包含抗體VRC03的延伸的重鏈FR3環，例如如Liu,Q.等人(2019)Nat.Commun.10：721中所述。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：43)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：43的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：45的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：43的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：45的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：44)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、
至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：44的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：45的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：44的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：45的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：46)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：46的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，
和/或含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：46的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：47)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：47的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：47的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：48)的
胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：48的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：48的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：49的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：50)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與LTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK(SEQ ID NO：51)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一
些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：50的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：51的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：50的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：51的胺基酸序列。
在以上實施例中任一項所述的一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白。在一些實施例中，所述三特異性結合蛋白包含結合HIV靶蛋白的抗原結合位點、結合CD28多肽的抗原結合位點和結合CD3多肽的抗原結合位點。在一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白，所述三特異性結合蛋白包含含有三個抗原結合位點的四種多肽，其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對(例如，如本文所述)。在一些實施例中，上述的任何抗CD38抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH3和VL3，並且形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合CD28多肽的第一抗原結合位點，VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，並且上述和/或表1中所述的任何抗HIV抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH3和VL3，並且形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
表1中提供了示例性抗HIV抗原結合位點的序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗HIV抗原結合位點的結合蛋白包含表1中所述的抗HIV抗體的1、2、3、4、5種或所有6種CDR序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗HIV抗原結合位點的結合蛋白包含表1中所述的抗HIV抗體的VH結構域序列和/或VL結構域序列。
本揭示內容的某些方面涉及包含結合CD28多肽的抗原結合位點的結合蛋白。在一些實施例中，CD28多肽是人類CD28多肽，也稱為Tp44。人類CD28多肽是先前技術已知的，並且包括但不限於，由NCBI登錄號XP_011510499.1、XP_011510497.1、XP_011510496.1、NP_001230007.1、NP_001230006.1或NP_006130.1代表的多肽或由NCBI基因ID號940產生的多肽。在一些實施例中，包含結合CD28多肽的抗原結合位點的結合蛋白是單特異性和/或單價、雙特異性和/或雙價、三特異性和/或三價、或多特異性和/或多價的。在一些實施例中，包含結合CD28多肽的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白。在一些實施例中，包含結合CD28多肽的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白，所述三個抗原結合位點中的一個結合CD28多肽，並且其中一個結合CD3多肽。在一些實施例中，包含結合CD28多肽的
抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白，所述三個抗原結合位點中的一個結合CD28多肽，其中一個結合CD3多肽，並且其中一個結合HIV靶蛋白。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTSYY(SEQ ID NO：31)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IYPGNVNT(SEQ ID NO：32)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有TRSHYGLDWNFDV(SEQ ID NO：33)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QNIYVW(SEQ ID NO：34)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KAS(SEQ ID NO：35)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQGQTYPY(SEQ ID NO：36)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GYTFTSYY(SEQ ID NO：31)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IYPGNVNT(SEQ ID NO：32)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有TRSHYGLDWNFDV(SEQ ID NO：33)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QNIYVW(SEQ ID NO：34)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KAS(SEQ ID NO：35)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQGQTYPY(SEQ ID NO：36)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：59)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：60)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：59的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：60的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：59的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：60的胺基酸序列。
在以上實施例中任一項所述的一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白。在一些實施例中，所述三特異性結合蛋白包含結合HIV靶蛋白的抗原結合位點、結合CD28多肽的抗原結合位點和結合CD3多肽的抗原結合位點。在一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白，所述三特異性結合蛋白包含含有三個抗原結合位點的四種多肽，其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對(例如，如本文所述)。在一些實施例中，上述的任何抗CD28抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH1和VL1，並且形成結合CD28多肽的第一抗原結合位點。在一些實施例中，上述的任何抗CD28抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH1和VL1，並且形成結合CD28多肽的第一抗原結合位點，VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，以及VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
表2中提供了示例性抗CD28抗原結合位點的序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗CD28抗原結合位點的結合蛋白包含表2中所述的抗CD28抗體的1、2、3、4、5種或所有6種CDR序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗CD28抗原結合位點的結合蛋白包含表2中所述的抗CD28抗體的VH結構域序列和/或VL結構域序列。
本揭示內容的某些方面涉及包含結合CD3多肽的抗原結合位點的結合蛋白。在一些實施例中，所述CD3多肽是人類CD3多肽，包括CD3-δ(也稱為T3D、IMD19和CD3-δ)、CD3-ε(也稱為T3E、IMD18和TCRE)和CD3-γ(也稱為T3G、IMD17和CD3-γ)。人類CD3多肽是先前技術已知的，並且包括但不限於由NCBI登錄號XP_006510029.1或NP_031674.1代表的多肽或由NCBI基因ID號915、916或917產生的多肽。在一些實施例中，包含結合CD3多肽的抗原結合位點的結合蛋白是單特異性和/或單價、雙特異性和/或雙價、三特異性和/或三價、或多特異性和/或多價的。在一些實施例中，包含結合CD3多肽的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白。在一些實施例中，包含結合CD3多肽的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白，所述三個抗原結合位點中的一個結合CD28多肽，並且其中一個結合CD3多肽。在一些實施例中，包含結合CD3多肽的抗原結合位點的結合蛋白是包含形成三個抗原結合位點的四種多肽的三特異性結合蛋白，所述三個
抗原結合位點中的一個結合CD28多肽、其中一個結合CD3多肽，並且其中一個結合HIV靶蛋白。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHX1NX2X3TY的胺基酸序列的CDR-L1序列，其中X1是E或Q，X2是A或L以及X3是Q、R或F(SEQ ID NO：293)、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，所述VL2結構域的CDR-L1序列包含選自以下群組的胺基酸序列：QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)、QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)、QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)和QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ
ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列
的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其包含含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其包含含有QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與選自以下群組的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、
至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列：
(SEQ ID NO：54)、
(SEQ ID NO：55)、
(SEQ ID NO：56)和
(SEQ ID NO：57)。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有選自以下群組的胺基酸序列：SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56和SEQ ID NO：57。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有選自以下群組的胺基酸序列：SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56和SEQ ID NO：57。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、
至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：54)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：54的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：54的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：55)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合
位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：55的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：55的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：56)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：56的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：56的胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列；和/或抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有與
(SEQ ID NO：57)的胺基酸序列至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%相同的胺基酸序列。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列的抗體重鏈可變(VH)結構域，和/或含有SEQ ID NO：57的胺基酸序列的抗體輕鏈可變(VL)結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含抗原結合位點，所述抗原結合位點包含：抗體重鏈可變(VH)結構域，其含有SEQ ID NO：52的胺基酸序列；和抗體輕鏈可變(VL)結構域，其含有SEQ ID NO：57的胺基酸序列。
有利地，本文描述了與人類CD3多肽以高親和力結合的抗CD3結合位點，並且去除了潛在的製造責任(例如，脫醯胺位點)。
在以上實施例中任一項所述的一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白。在一些實施例中，所述三特異性結合蛋白包含結合HIV靶蛋白的抗原結合位點、結合CD28多肽的抗原結合位點和結合CD3多肽的抗原結合位點。在一些實施例中，所述結合蛋白是三特異性結合蛋白，所述三特異性結合蛋白包含含有三個抗原結合位點的四種多肽，其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對(例如，如本文所述)。在一些實施例中，上述的任何抗CD3抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH2和VL2，並且形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點。在一些實施例中，VH1和VL1形成結合
CD28多肽的第一抗原結合位點、上述和表3中所述的任何抗CD3抗原結合位點的VH和VL結構域代表VH2和VL2，並且形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，以及VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
表3中提供了示例性抗CD3抗原結合位點的序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗CD3抗原結合位點的結合蛋白包含表3中所述的抗CD3抗體的1、2、3、4、5種或所有6種CDR序列。在一些實施例中，包含本揭示內容的抗CD3抗原結合位點的結合蛋白包含表3中所述的抗CD3抗體的VH結構域序列和/或VL結構域序列。
在一些實施例中，連接子L1、L2、L3和L4在無胺基酸(長度=0)至約100個胺基酸的長度的範圍內，或小於100、50、40、30、20或15個胺基酸或更小。連接子還可以是10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個胺基酸的長度。一種結合蛋白中的L1、L2、L3和L4可以都具有相同胺基酸序列或者可以都具有不同胺基酸序列。
合適的連接子的例子包括，例如GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)、GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)
和DKTHT(SEQ ID NO：37)，以及國際公開號WO 2017/074878和WO 2017/180913中所公開的那些。上文列出的例子不意圖以任何方式限制本揭示內容的範圍，並且已經顯示包含選自以下的隨機選擇的胺基酸的連接子在結合蛋白中是合適的：纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、離胺酸、精胺酸、組胺酸、天門冬胺酸、麩胺酸、天門冬醯胺酸、麩醯胺酸、甘胺酸和脯胺酸。
連接子中胺基酸殘基的身份和序列可以根據連接子中需要實現的二級結構元件的類型而變化。例如，甘胺酸、絲胺酸和丙胺酸對於具有最大柔性的連接子是最佳的。如果需要剛性更強且延長的連接子，則可使用甘胺酸、脯胺酸、蘇胺酸和絲胺酸的一些組合。根據所需的特性，必要時可以將任何胺基酸殘基與其他胺基酸殘基的組合視為連接子，以構建較大肽連接子。
在一些實施例中，L1的長度是L3的長度的至少兩倍。在一些實施例中，L2的長度是L4的長度的至少兩倍。在一些實施例中，L1的長度是L3的長度的至少兩倍，並且L2的長度是L4的長度的至少兩倍。在一些實施例中，L1為3至12個胺基酸殘基的長度，L2為3至14個胺基酸殘基的長度，L3為1至8個胺基酸殘基的長度，並且L4為1至3個胺基酸殘基的長度。在一些實施例中，L1為5至10個胺基酸殘基的長度，L2為5至8個胺基酸殘基的長度，L3為1至5個胺基酸殘基的長度，並且L4為1至2個胺基酸殘基的長度。在一些實施例中，L1為7個胺基酸殘基的長度，L2為5個胺基酸殘基的長度，L3為1個胺基酸殘基的長度，並且L4為2個胺基酸殘基的長度。
在一些實施例中，L1、L2、L3和L4各自獨立地為零個胺基酸的長度或包含選自以下群組的序列：GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)。在一些實施例中，L1、L2、L3和L4各自獨立地包含選自以下群組的序列：GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)。在一些實施例中，L1包含序列
GQPKAAP(SEQ ID NO：38)，L2包含序列TKGPS(SEQ ID NO：39)，L3包含序列S，並且L4包含序列RT。
在一些實施例中，L1、L2、L3或L4中的至少一個獨立地為序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。在一些實施例中，L1、L2、L3和L4包含序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含第二多肽鏈，所述第二多肽鏈還包含與CH1連接的Fc區域，所述Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區和CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含第三多肽鏈，所述第三多肽鏈還包含與CH1連接的Fc區域，所述Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區和CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含第二多肽鏈，所述第二多肽鏈還包含與CH1連接的Fc區域，所述Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區和CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，並且所述第三多肽鏈還包含與CH1連接的Fc區域，所述Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區和CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含全長抗體重鏈或含有Fc區域的多肽鏈。在一些實施例中，Fc區域是人類Fc區域，例如，人類IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc區域。在一些實施例中，Fc區域包括抗體鉸鏈、CH1、CH2、CH3以及任選的CH4結構域。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG1 Fc區域。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域。在一些實施例中，Fc區域包括下文所述的一種或多種突變。在一些實施例中，所述Fc區域是表4中所示的結合蛋白的重鏈多肽(例如多肽2或3)之一的Fc區域。在一些實施例中，重鏈恆定區是表4中所示的結合蛋白的重鏈多肽(例如多肽2或3)之一的恆定區。在一些實施例中，所述輕鏈恆定區是表4中所示的結合蛋白的輕鏈多肽(例如多肽1或4)之一的恆定區。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包括一個或兩個Fc變異體。如本文所用術語“Fc變異體”是指從天然Fc修飾但仍包含補救受體FcRn
(新生兒Fc受體)的結合位點的分子或序列。示例性Fc變異體及其與補救受體的相互作用是先前技術已知的。因此，術語“Fc變異體”可以包含從非人天然Fc人源化的分子或序列。此外，天然Fc包含如下區域，所述區域可以被去除，因為其提供本發明的抗體樣結合蛋白不需要的結構特徵或生物活性。因此，術語“Fc變異體”包含缺少一個或多個天然Fc位點或殘基或其中一個或多個Fc位點或殘基已經被修飾的分子或序列，所述位點或殘基影響或涉及：(1)二硫鍵形成，(2)與所選宿主細胞的不相容性，(3)在所選宿主細胞中表現後的N末端異質性，(4)醣基化，(5)與補體的相互作用，(6)與除了補救受體以外的Fc受體的結合，或(7)抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白(例如，三特異性結合蛋白)包含第二多肽鏈上的“杵(knob)”突變和第三多肽鏈上的“臼(hole)”突變。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含第三多肽鏈上的“杵”突變和第二多肽鏈上的“臼”突變。在一些實施例中，“杵”突變包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和/或366的位置處的一個或多個取代。在一些實施例中，胺基酸取代是S354C、T366W、T366Y、S354C和T366W，或S354C和T366Y。在一些實施例中，“杵”突變包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和366的位置處的取代。在一些實施例中，胺基酸取代是S354C和T366W。在一些實施例中，“臼”突變包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置407以及任選的349、366和/或368的位置處的一個或多個取代。在一些實施例中，胺基酸取代是Y407V或Y407T以及任選的Y349C、T366S和/或L368A。在一些實施例中，“臼”突變包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置349、366、368和407的位置處的取代。在一些實施例中，胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置366以及任選的354的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366W或T366Y以及任選的S354C；並且其中所述第三多肽鏈進一
步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置407以及任選的349、366和/或368的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y407V或Y407T以及任選的Y349C、T366S和/或L368A。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置407以及任選的349、366和/或368的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y407V或Y407T以及任選的Y349C、T366S和/或L368A；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置366以及任選的354的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366W或T366Y以及任選的S354C。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366W；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置366、368和/或407的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366S、L368A和/或Y407V。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4位置366、368和/或407的位置處的一個或多個胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366S、L368A和/或Y407V；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與
CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是T366W。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置349、366、368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置349、366、368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4的位置354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W。在一些實施例中，第一和/或第二Fc區域是人類IgG1 Fc區域。在一些實施例中，第一和/或第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、354、366和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、S354C、T366W和R409K；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二
Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、349、366、368、407和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、Y349C、T366S、L368A、Y407V和R409K。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、349、366、368、407和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、Y349C、T366S、L368A、Y407V和R409K；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、354、366和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、S354C、T366W和R409K。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234、235、354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A、L235A、S354C和T366W；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234、235、349、366、368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A、L235A、Y349C、T366S、L368A和Y407V。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234、235、349、366、
368和407的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A、L235A、Y349C、T366S、L368A和Y407V；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234、235、354和366的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A、L235A、S354C和T366W。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含一個或多個突變以降低效應子功能，例如，Fc受體介導的抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)、補體依賴性細胞毒性(CDC)和/或抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；其中所述第一和第二Fc區域是人類IgG1 Fc區域；並且其中所述第一和第二Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234和235的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A和L235A。在一些實施例中，第二和第三多肽鏈的Fc區域是人類IgG1 Fc區域，並且其中所述Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234和235的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A和L235A。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；其中所述第一和第二Fc區域是人類IgG1 Fc區域；並且其中所述第一和第二Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234、235和329的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A、L235A和P329A。在一些實施例中，第二和第三多肽鏈的Fc區域是人類IgG1 Fc區域，並且其中所述Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234、235和329的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A、
L235A和P329A。在一些實施例中，第二和第三多肽鏈的Fc區域是人類IgG4 Fc區域，並且所述Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234和235的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A和L235A。在一些實施例中，結合蛋白包含第二多肽鏈，所述第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；和第三多肽鏈，所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；並且其中所述第一和第二Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234和235的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A和L235A。
在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、234、235、354、366和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、F234A、L235A、S354C、T366W和R409K；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、234、235、349、366、368、407和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、F234A、L235A、Y349C、T366S、L368A、Y407V和R409K。在一些實施例中，第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，其中所述第一Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域，其中所述第一Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、234、235、349、366、368、407和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、F234A、L235A、Y349C、T366S、L368A、Y407V和R409K；並且其中所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，其中所述第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域，所述人類IgG4 Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重
鏈恆定結構域，其中所述第二Fc區域包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、234、235、354、366和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P、F234A、L235A、S354C、T366W和R409K。
在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含降低或消除FcγI和/或FcγII結合的一個或多個突變。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含降低或消除FcγI和/或FcγII結合但不影響FcRn結合的一個或多個突變。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228和/或409的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是S228P和/或R409K。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置234和/或235的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是F234A和/或L235A。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、234、235和/或409的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是S228P、F234A、L235A和/或R409K。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置233-236的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是E233P、F234V、L235A和在236處的缺失。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG4 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228、233-236和/或409的取代處的胺基酸突變。在一些實施例中，胺基酸突變是S228P；E233P、F234V、L235A和在236處的缺失；和/或R409K。
在一些實施例中，Fc區域包含一個或多個突變，所述突變降低或消除Fc區域的Fc受體結合和/或效應子功能(例如，Fc受體介導的抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)、補體依賴性細胞毒性(CDC)和/或抗體依賴性細胞毒性(ADCC))。
在一些實施例中，Fc區域是人類IgG1 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234、235和/或329的位置處的一個或多個胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是L234A、L235A和/或P329A。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG1 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置298、299和/或300的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代
是S298N、T299A和/或Y300S。
在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含一個或多個突變以改善例如IgG4的鉸鏈區和/或二聚體介面的穩定性(參見例如，Spiess,C.等人(2013)J.Biol.Chem.288：26583-26593)。在一些實施例中，突變包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228和409的位置處的取代，其中所述胺基酸取代是S228P和R409K。在一些實施例中，結合蛋白包含第二多肽鏈，所述第二多肽鏈進一步包含與CH1連接的第一Fc區域，所述第一Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；和第三多肽鏈，所述第三多肽鏈進一步包含與CH1連接的第二Fc區域，所述第二Fc區域包含免疫球蛋白鉸鏈區以及CH2和CH3免疫球蛋白重鏈恆定結構域；其中所述第一和第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域；並且其中所述第一和第二Fc區域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4的位置228和409的位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P和R409K。在一些實施例中，本揭示內容的結合蛋白包含杵和臼突變以及用於改善穩定性的一個或多個突變。在一些實施例中，第一和/或第二Fc區域是人類IgG4 Fc區域。
在一些實施例中，Fc區域是人類IgG1 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置234、235和/或329的位置處的一個或多個胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是L234A、L235A和/或P329A。在一些實施例中，Fc區域是人類IgG1 Fc區域，其包含根據EU索引在對應於人類IgG1的位置298、299和/或300的位置處的胺基酸取代。在一些實施例中，胺基酸取代是S298N、T299A和/或Y300S。
本揭示內容的其他方面涉及分離的核酸分子，所述分離的核酸分子包含編碼本文所述的任何結合蛋白的核苷酸序列。表5中提供了示例性和非限制性核酸序列。
本揭示內容的其他方面涉及多核苷酸的套组，所述多核苷酸例如為編碼如本文所述的結合蛋白的一種或多種多肽的多核苷酸。在一些實施例中，本揭示內容的多核苷酸套组包含多核苷酸套组的一種、兩種、三種或四種
多核苷酸，所述多核苷酸套组包含：(a)含有SEQ ID NO：177的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：178的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：179的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：180的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(b)含有SEQ ID NO：181的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：182的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：183的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：184的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(c)含有SEQ ID NO：185的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：186的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：187的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：188的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(d)含有SEQ ID NO：189的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：190的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：191的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：192的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(e)含有SEQ ID NO：193的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：194的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：195的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：196的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(f)含有SEQ ID NO：197的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：198的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：199的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：200的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(g)含有SEQ ID NO：201的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：202的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：203的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：204的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(h)含有SEQ ID NO：205的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：206的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：207的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：208的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(i)含有SEQ ID NO：209的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：210的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：211的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：212的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(j)含有SEQ ID NO：213的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：214的多核苷酸序列的第二多核苷酸、
含有SEQ ID NO：215的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：216的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(k)含有SEQ ID NO：217的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：218的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：219的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：220的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(l)含有SEQ ID NO：221的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：222的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：223的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：224的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(m)含有SEQ ID NO：225的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：226的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：227的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：228的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(n)含有SEQ ID NO：229的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：230的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：231的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：232的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(o)含有SEQ ID NO：233的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：234的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：235的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：236的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(p)含有SEQ ID NO：237的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：238的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：239的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：240的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(q)含有SEQ ID NO：241的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：242的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：243的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：244的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(r)含有SEQ ID NO：245的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：246的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：247的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：248的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(s)含有SEQ ID NO：249的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：250的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：251的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：252的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(t)含有SEQ ID NO：253的多核苷酸序
列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：254的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：255的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：256的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(u)含有SEQ ID NO：257的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：258的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：259的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：260的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(v)含有SEQ ID NO：261的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：262的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：263的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：264的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(w)含有SEQ ID NO：265的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：266的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：267的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：268的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(x)含有SEQ ID NO：269的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：270的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：271的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：272的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(y)含有SEQ ID NO：273的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：274的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：275的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：276的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(z)含有SEQ ID NO：277的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：278的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：279的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：280的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(aa)含有SEQ ID NO：281的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：282的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：283的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：284的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(bb)含有SEQ ID NO：285的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：286的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：287的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：288的多核苷酸序列的第四多核苷酸；或者(cc)含有SEQ ID NO：289的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：290的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：291的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ
ID NO：292的多核苷酸序列的第四多核苷酸。
本揭示內容的其他方面涉及載體系統，所述載體系統包含編碼本文所述的任何結合蛋白的第一、第二、第三和第四多肽鏈的一種或多種載體。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一多肽鏈的第一載體、編碼結合蛋白的第二多肽鏈的第二載體、編碼結合蛋白的第三多肽鏈的第三載體和編碼結合蛋白的第四多肽鏈的第四載體，例如，如表5的多核苷酸中所示。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一和第二多肽鏈的第一載體和編碼結合蛋白的第三和第四多肽鏈的第二載體。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一和第三多肽鏈的第一載體和編碼結合蛋白的第二和第四多肽鏈的第二載體。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一和第四多肽鏈的第一載體和編碼結合蛋白的第二和第三多肽鏈的第二載體。在一些實施例中，載體系統包括編碼結合蛋白的第一、第二、第三和第四多肽鏈的第一載體。載體系統的所述一種或多種載體可以是本文所述的任何載體。在一些實施例中，所述一種或多種載體是表現載體。在一些實施例中，所述第一多核苷酸、所述第二多核苷酸、所述第三多核苷酸和所述第四多核苷酸存在於一種或多種表現載體，例如一種、兩種、三種或四種表現載體上。
使用標準重組DNA方法構建編碼形成結合蛋白的多肽的多核苷酸，將這些多核苷酸摻入重組表現載體中，並且將此類載體引入宿主細胞中。參見例如，Sambrook等人，2001,Molecular Cloning：A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press，第3版)。可以根據製造商的說明書來進行酶反應和純化技術，如先前技術通常所實現的或如本文所述。除非提供具體定義，否則關於本文所述的分析化學、合成有機化學以及醫學和藥物化學使用的術語以及本文所述的分析化學、合成有機化學以及醫學和藥物化學的實驗室程式和技術是先前技術熟知且常用的那些。類似地，常規技術可以用於化學合成、化學分析、藥物製備、配製、遞送和患者的治療。
在一些實施例中，分離的核酸可操作地連接至異源啟動子，以指導編碼結合蛋白的核酸序列的轉錄。啟動子可以是指指導核酸的轉錄的核酸控制序列。在第一核酸序列被放置成與第二核酸序列具有功能關係時，所述
第一核酸序列可操作地連接至所述第二核酸序列。例如，如果啟動子影響編碼序列的轉錄或表現，則所述啟動子可操作地連接至結合蛋白的編碼序列。啟動子的例子可以包括但不限於從病毒(如多瘤病毒、雞痘病毒、腺病毒(如腺病毒2)、牛乳頭瘤病毒、禽肉瘤病毒、巨細胞病毒、反轉錄病毒、乙型肝炎病毒、猿猴病毒40(SV40)等)的基因組獲得的啟動子、異源真核啟動子(如肌動蛋白啟動子、免疫球蛋白啟動子、熱休克啟動子等)、CAG啟動子(Niwa等人，Gene 108(2)：193-9,1991)、磷酸甘油酸激酶(PGK)啟動子、四環素誘導型啟動子(Masui等人，Nucleic Acids Res.33：e43,2005)、lac系統、trp系統、tac系統、trc系統、噬菌體λ的主要操縱子和啟動子區域、3-磷酸甘油酸激酶的啟動子、酵母酸性磷酸酶的啟動子和酵母α交配因子的啟動子。編碼本揭示內容的結合蛋白的多核苷酸可以處於以下啟動子的控制下：組成型啟動子、誘導型啟動子、或本文所述的任何其他合適的啟動子、或熟習技藝者將易於識別的其他合適的啟動子。
在一些實施例中，將分離的核酸摻入載體中。在一些實施例中，所述載體是表現載體。表現載體可以包括與要表現的多核苷酸可操作地連接的一個或多個調節序列。術語“調節序列”包括啟動子、增強子和其他表現控制元件(例如，聚腺苷酸化信號)。合適的增強子的例子可以包括但不限於來自哺乳動物基因的增強子序列(如球蛋白、彈性蛋白酶、白蛋白、甲胎蛋白、胰島素等)、和來自真核細胞病毒的增強子序列(如複製起點的後側上的SV40增強子(bp 100-270)、巨細胞病毒早期啟動子增強子、複製起點的後側上的多瘤增強子、腺病毒增強子等)。合適的載體的例子可以包括例如質體、黏粒、附加體、轉座子和病毒載體(例如，腺病毒、痘苗病毒、辛德畢斯病毒(Sindbis-viral)、麻疹、皰疹病毒、慢病毒、反轉錄病毒、腺相關病毒載體等)。表現載體可以用於轉染宿主細胞，例如細菌細胞、酵母細胞、昆蟲細胞和哺乳動物細胞。能夠在宿主體內表現並複製的生物功能病毒和質體DNA載體是先前技術已知的，並且可以用於轉染感興趣的任何細胞。
本揭示內容的其他方面涉及宿主細胞(例如，分離的宿主細胞)，所述宿主細胞包含本文所述的一種或多種分離的多核苷酸、載體和/或載體系統。在一些實施例中，本揭示內容的分離的宿主細胞是在體外培養的。在一些實施例中，宿主細胞是細菌細胞(例如，大腸桿菌(E.coli)細胞)。在一些實施例中，宿主細胞是酵母細胞(例如，釀酒酵母(S.cerevisiae)細胞)。在一些實施例中，宿主細胞是昆蟲細胞。昆蟲宿主細胞的例子可以包括例如果蠅屬(Drosophila)細胞(例如，S2細胞)、粉紋夜蛾(Trichoplusia ni)細胞(例如，High FiveTM細胞)和草地貪夜蛾(Spodoptera frugiperda)細胞(例如，Sf21或Sf9細胞)。在一些實施例中，宿主細胞是哺乳動物細胞。哺乳動物宿主細胞的例子可以包括例如人類胚腎細胞(例如，293細胞或亞克隆用於在懸浮培養物中生長的293細胞)、Expi293TM細胞、CHO細胞、幼倉鼠腎細胞(例如，BHK，ATCC CCL 10)、小鼠支援細胞(例如，TM4細胞)、猴腎細胞(例如，CV1 ATCC CCL 70)、非洲綠猴腎細胞(例如，VERO-76，ATCC CRL-1587)、人類宮頸癌細胞(例如，HELA，ATCC CCL 2)、犬腎細胞(例如，MDCK，ATCC CCL 34)、布法羅(buffalo)大鼠肝細胞(例如，BRL 3A，ATCC CRL 1442)、人類肺細胞(例如，W138，ATCC CCL 75)、人類肝細胞(例如，Hep G2，HB 8065)、小鼠乳房腫瘤細胞(例如，MMT 060562，ATCC CCL51)、TRI細胞、MRC 5細胞、FS4細胞、人類肝細胞瘤系(例如，Hep G2)和骨髓瘤細胞(例如，NS0和Sp2/0細胞)。
本揭示內容的其他方面涉及產生本文所述的任何結合蛋白的方法。在一些實施例中，所述方法包括：a)在使得宿主細胞表現結合蛋白的條件下培養包含分離的核酸、載體和/或載體系統(例如，本文所述的任何分離的核酸、載體和/或載體系統)的宿主細胞(例如，本文所述的任何宿主細胞)；以及b)從所述宿主細胞分離結合蛋白。在表現蛋白質的條件下培養宿主細胞的方法是一般熟習技藝者所熟知的。從培養的宿主細胞中分離蛋白質的方法是一般熟習技藝者所熟知的，包括例如通過親和層析(例如，兩步驟親和層析，包括蛋白質A親和層析，隨後是粒徑篩析層析)。
包含結合蛋白的治療或醫藥組合物在本揭示內容的範圍內。此類治療或醫藥組合物可以包含與選擇的適合於所述投予方式的醫藥上或生理上可接受的配製劑混合的治療有效量的結合蛋白或結合蛋白-藥物接合物。
可接受的配製材料在所用劑量和濃度下對接受者無毒。
醫藥組合物可以含有用於修飾、維持或保持例如組合物的pH、莫耳滲透壓濃度、黏度、澄清度、顏色、等滲性、氣味、無菌度、穩定性、溶解或釋放速率、吸附或滲透的配製材料。合適的配製材料包括但不限於胺基酸(如甘胺酸、麩醯胺酸、天門冬醯胺酸、精胺酸或離胺酸)、抗微生物劑、抗氧化劑(如抗壞血酸、亞硫酸鈉或亞硫酸氫鈉)、緩衝液(如硼酸鹽、碳酸氫鹽、Tris-HCl、檸檬酸鹽、磷酸鹽或其他有機酸)、膨脹劑(如甘露醇或甘胺酸)、螯合劑(如乙二胺四乙酸(EDTA))、絡合劑(如咖啡因、聚乙烯吡咯烷酮、β-環糊精或羥丙基-β-環糊精)、填充劑、單醣、雙醣和其他碳水化合物(如葡萄糖、甘露糖或糊精)、蛋白質(如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白)、著色劑、調味劑和稀釋劑、乳化劑、親水性聚合物(如聚乙烯吡咯烷酮)、低分子量多肽、成鹽抗衡離子(如鈉)、防腐劑(如苯紮氯銨、苯甲酸、水楊酸、硫柳汞、苯乙醇、對羥基苯甲酸甲酯、對羥基苯甲酸丙酯、氯己定、山梨酸或過氧化氫)、溶劑(如丙三醇、丙二醇或聚乙二醇)、糖醇(如甘露醇或山梨醇)、懸浮劑、表面活性劑或潤濕劑(如普朗尼克(pluronics)；PEG；脫水山梨糖醇酯；聚山梨酯(如聚山梨酯20或聚山梨酯80)；曲通(triton)；氨丁三醇；卵磷脂；膽固醇或泰洛沙泊(tyloxapal))、穩定性增強劑(如蔗糖或山梨醇)、張力增強劑(如鹼金屬鹵化物(例如，氯化鈉或氯化鉀)或甘露醇山梨醇)、遞送媒劑、稀釋劑、賦形劑和/或醫藥佐劑(參見例如，出於任何目的通過引用併入本文的Remington’s Pharmaceutical Sciences(第18版，A.R.Gennaro編輯，Mack Publishing Company 1990)和其後續版本)。
最佳醫藥組合物將由技術人員根據例如計畫的投予途徑、遞送形式和所需劑量來決定。此類組合物可能影響結合蛋白的物理狀態、穩定性、體內釋放速率和體內清除速率。
醫藥組合物中的主要媒劑或載體在性質上可以是水性或非水性的。例如，適合於注射的媒劑或載劑可以是水、生理鹽水溶液或人工腦脊液，可能補充有用於腸胃外投予的組合物中常用的其他材料。中性緩衝鹽水或與血清白蛋白混合的鹽水是另外的示例性媒劑。其他示例性醫藥組合物包含約pH 7.0-8.5的Tris緩衝液或約pH 4.0-5.5的乙酸鹽緩衝液，它們還可以包括山梨醇或合適的取代物。在本揭示內容的一個實施例中，結合蛋白組合物可以通過將具有所需純度的所選組合物與呈冷凍乾燥餅或水溶液形式的任選配製劑混合來製備用於儲存。此外，可以使用諸如蔗糖等適當賦形劑將結合蛋白配製為冷凍乾燥物。
可以選擇本揭示內容的醫藥組合物用於腸胃外遞送或皮下遞送。可替代地，可以選擇組合物用於吸入或用於經消化道遞送，如口服。此類醫藥上可接受的組合物的製備在先前技術技術範圍內。
所述配製組分以投予位點可接受的濃度存在。例如，使用緩衝液將組合物維持在生理pH或略低的pH，通常在約5至約8的pH範圍內。
在考慮腸胃外投予時，所用治療組合物可以呈無熱原的腸胃外可接受的水溶液形式，其包含在醫藥上可接受的媒劑中的所需結合蛋白。用於腸胃外注射的特別合適的媒劑是無菌蒸餾水，在其中將結合蛋白配製為適當保存的無菌等滲溶液。又另一種製備可以涉及用提供產物的受控或持續釋放的試劑(如可注射微球、生物蝕解性顆粒、聚合化合物(如聚乳酸或聚乙醇酸)、珠或脂質體)配製所需分子，然後可以將所述分子經由積存注射來遞送。還可以使用透明質酸，並且這可以具有促進在迴圈中的持久持續時間的作用。用於引入所需分子的其他合適的手段包括可植入的藥物遞送裝置。
在一個實施例中，可以將醫藥組合物配製用於吸入。例如，可以將結合蛋白配製為吸入用乾粉。結合蛋白吸入溶液也可以用用於氣溶膠遞送的推進劑來配製。在又另一個實施例中，可以將溶液霧化。
還考慮到可以將某些配製品口服投予。在本揭示內容的一個實施例中，可以將以這種方式投予的結合蛋白用或不用在固體劑型(如錠劑和膠囊)的混配中通常使用的那些載劑來配製。例如，膠囊可以設計為在胃腸道中
在生物利用度最大化且前系統性降解最小化的情況下釋放配製品的活性部分。可以包括另外的試劑以有利於結合蛋白的吸收。還可以採用稀釋劑、調味劑、低熔點蠟、植物油、潤滑劑、懸浮劑、錠劑崩解劑和黏合劑。
另一種醫藥組合物可以包含在具有適合於製造錠劑的無毒賦形劑的混合物中的有效量的結合蛋白。通過將錠劑溶解於無菌水或另一種適當媒劑中，可以按單位劑量形式製備溶液。合適的賦形劑包括但不限於惰性稀釋劑，如碳酸鈣、碳酸鈉或碳酸氫鈉、乳糖或磷酸鈣；或者結合劑，如澱粉、明膠或阿拉伯膠；或者潤滑劑，如硬脂酸鎂、硬脂酸或滑石。
本揭示內容的另外的醫藥組合物對於熟習技藝者將是明顯的，所述醫藥組合物包括在持續或受控遞送配製品中包含結合蛋白的配製品。用於配製多種其他持續或受控遞送手段(如脂質體載劑、生物蝕解性微粒或多孔珠和積存注射)的技術也是熟習技藝者已知的。持續釋放製劑的另外的例子包括呈成型物品(例如薄膜)或微膠囊形式的半滲透性聚合物基質。持續釋放基質可以包括聚酯、水凝膠、聚丙交酯、L-麩胺酸與γ乙基-L-麩胺酸酯的共聚物、聚(2-羥乙基-甲基丙烯酸酯)、乙烯乙酸乙烯酯或聚D(-)-3-羥丁酸。持續釋放組合物還可以包括脂質體，所述脂質體可以通過先前技術已知的幾種方法中的任何方法來製備。
要用於體內投予的醫藥組合物通常必須是無菌的。這可以通過經無菌濾膜過濾來實現。在將組合物冷凍乾燥的情況下，可以在冷凍乾燥和重構(reconstitution)之前或之後使用這種方法進行滅菌。用於腸胃外投予的組合物可以按冷凍乾燥形式或在溶液中儲存。此外，通常將腸胃外組合物置於具有無菌進入口的容器中，所述容器例如具有可由皮下注射針刺穿的塞子的靜脈內輸液袋或小瓶。
一旦已經配製醫藥組合物，可以將其作為溶液、懸浮液、凝膠、乳液、固體或作為脫水或冷凍乾燥粉末儲存在無菌小瓶中。可以將此類配製品以即用形式或以需要在投予前重構(例如，冷凍乾燥)的形式儲存。
本揭示內容還涵蓋用於產生單一-劑量投予單位的套组。套组可以各自含有具有乾燥蛋白質的第一容器和具有水性配製品的第二容器二者。本揭示內容的範圍內還包括含有單室和多室預填充注射器(例如，液體注射器
和凍乾注射器(lyosyringe))的套组。
將治療性地採用的結合蛋白醫藥組合物的有效量將取決於例如治療背景和目標。熟習技藝者將認識到，治療的適當劑量水準將因此部分根據以下而變：所遞送的分子、結合蛋白所用於的適應證、投予途徑以及患者的大小(體重、體表或器官大小)和狀況(年齡和一般健康狀況)。因此，臨床醫師可以滴定劑量並修改投予途徑以獲得最佳治療效果。
投予頻率將取決於所用配製品中結合蛋白的藥動學參數。通常，臨床醫師將投予組合物直至達到實現所需效果的劑量為止。因此，組合物可以作為單個劑量、作為隨時間的兩個或更多個劑量(它們可以含有或可以不含等量的所需分子)或作為經由植入裝置或導管進行的連續輸注來投予。適當劑量的進一步精細化是由一般熟習技藝者以常規方式進行，並且在一般熟習技藝者常規進行的任務範圍內。適當劑量可以通過使用適當的劑量-反應資料來確定。
醫藥組合物的投予途徑與已知方法一致，例如，口服；通過靜脈內、腹膜內、大腦內(腦實質內)、腦室內、肌內、眼內、動脈內、門靜脈內或病灶內途徑注射；通過持續釋放系統；或者通過植入裝置。在需要的情況下，可以將組合物通過推注注射投予，或者通過輸注連續投予，或者通過植入裝置投予。
還可以將組合物通過已經使所需分子吸附或包封於其上的膜、海綿狀物或其他適當材料的植入局部地投予。在使用植入裝置的情況下，可以將所述裝置植入任何合適的組織或器官中，並且所需分子的遞送可以經由擴散、定時釋放推注或連續投予來進行。
所述醫藥組合物可用於預防和/或治療HIV感染。所述醫藥組合物可用作標準療法或與標準抗反轉錄病毒療法組合。
本揭示內容還涉及包含結合蛋白和可用於檢測生物樣品中的靶抗原水準的其他試劑的套组。此類試劑可以包括可檢測標記、封閉血清、陽性和陰性對照樣品以及檢測試劑。在一些實施例中，套组包含組合物，所述組合物包含本文所述的任何結合蛋白、多核苷酸、載體、載體系統和/或宿主細胞。在一些實施例中，套组包含容器以及在所述容器上或與所述容器相
連的標籤或包裝說明書。合適的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、IV溶液袋等。所述容器可以由諸如玻璃或塑膠的多種材料製成。容器容納有效治療、預防和/或診斷病症(例如，HIV感染)的組合物本身或與另一種組合物組合的所述組合物，並且可以具有無菌進入口(例如，容器可以是靜脈輸液袋或具有可由皮下注射針刺穿的塞子的小瓶)。在一些實施例中，標籤或包裝說明書指示，所述組合物用於預防、診斷和/或治療所選病症。可替代地或另外地，製品或套组還可以包含含有醫藥上可接受的緩衝液(如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液和葡萄糖溶液)的第二(或第三)容器。所述製品或套组可以進一步包括從商業和用戶角度所需的其他材料，包括其他緩衝液、稀釋劑、篩檢程式、針和注射器。
本揭示內容的某些方面涉及使用任何本文所公開的結合蛋白或醫藥組合物，在患者中預防HIV感染、在患者中治療HIV感染、在患者中預防AIDS以及在患者中治療AIDS的方法。可以發現任何本文所公開的結合蛋白或醫藥組合物可用於本揭示內容的方法，例如在患者中預防HIV感染、在患者中治療HIV感染、在患者中預防AIDS和在患者中治療AIDS的方法中。
圖1展示了可用於本文所述的方法和用途的三特異性結合蛋白的示例性和非限制性形式。如圖2所示，提出的圖1所示結合蛋白可導致在患者中消除HIV儲器細胞的機制涉及：(1)經由三特異性結合蛋白的抗CD28和抗CD3臂，活化潛伏感染的CD4+ T細胞；(2)經由抗Env和抗CD3臂，招募CD8+ T細胞以活化潛伏感染的CD4+ T細胞；(3)經由抗CD28和抗CD3臂，活化銜接的CD8+ T細胞；以及(4)通過穿孔素/顆粒酶機制，殺傷潛伏感染的CD4+ T細胞。有利地，認為此機制活化並且隨後殺傷HIV-1儲器細胞，這提供了在患者中攻擊HIV-1儲器的新穎策略。
在一些實施例中，本揭示內容的方法包括向患者投予治療有效量的至少一種本文所述的結合蛋白或醫藥組合物。
在一些實施例中，所述至少一種結合蛋白是與抗反轉錄病毒療法(例如抗HIV療法)組合投予的。在一些實施例中，所述至少一種結合蛋白是在所述抗反轉錄病毒療法之前投予的。在一些實施例中，所述至少一種結合
蛋白是與所述抗反轉錄病毒療法同時投予的。在一些實施例中，所述至少一種結合蛋白是在所述抗反轉錄病毒療法之後投予的。在一些實施例中，所述至少一種結合蛋白是與先前技術已知的任何標準抗反轉錄病毒療法共投予的。
在一些實施例中，至少一種結合蛋白或醫藥組合物的投予導致患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。在一些實施例中，至少一種結合蛋白的投予導致患者中一種或多種HIV病毒粒子的中和，並且導致一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。在一些實施例中，所述患者是人類。
<110> 法商賽諾菲公司(Sanofi) 美國衛生及公共服務部(Department of Health and Human Services The United States of America as Represented by the Secretary)
<120> 用於治療HIV感染之三特異性及/或三價結合蛋白
<130> 18395-20319.40
<140> 尚未分派
<141> 同時隨同提交
<150> EP 19306312.0
<151> 2019-10-08
<150> US 62/831,415
<151> 2019-04-09
<160> 293
<170> 用於Windows 4.0版的FastSEQ
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<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 269
<210> 270
<211> 1731
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 270
<210> 271
<211> 1365
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<220>
<221> 尚未歸類的特徵(misc_feature)
<222> 460
<223> n=A,T,C或G
<400> 271
<210> 272
<211> 630
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 272
<210> 273
<211> 1008
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 273
<210> 274
<211> 1731
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 274
<210> 275
<211> 1365
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<220>
<221> 尚未歸類的特徵(misc_feature)
<222> 460
<223> n=A,T,C或G
<400> 275
<210> 276
<211> 630
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 276
<210> 277
<211> 1008
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 277
<210> 278
<211> 1740
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 278
<210> 279
<211> 1374
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 279
<210> 280
<211> 630
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 280
<210> 281
<211> 1008
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 281
<210> 282
<211> 1740
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 282
<210> 283
<211> 1374
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 283
<210> 284
<211> 630
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 284
<210> 285
<211> 1008
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 285
<210> 286
<211> 1731
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 286
<210> 287
<211> 1362
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<220>
<221> 尚未歸類的特徵(misc_feature)
<222> 457,518,520
<223> n=A,T,C或G
<400> 287
<210> 288
<211> 621
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 288
<210> 289
<211> 1008
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 289
<210> 290
<211> 1731
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 290
<210> 291
<211> 1362
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<220>
<221> 尚未歸類的特徵(misc_feature)
<222> 457,518,520
<223> n=A,T,C或G
<400> 291
<210> 292
<211> 621
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<400> 292
<210> 293
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構建體
<220>
<221> 變異體
<222> 6
<223> Xaa=Glu或Gln
<220>
<221> 變異體
<222> 8
<223> Xaa=Ala或Leu
<220>
<221> 變異體
<222> 9
<223> Xaa=Gln,Arg或Phe
<400> 293
Claims (39)
- 一種結合蛋白，其包含四條多肽鏈，該些多肽鏈形成特異性結合一種或多種HIV靶蛋白的三個抗原結合位點，其中第一多肽鏈包含由下式表示的結構：VL2-L1-VL1-L2-CL [I]並且第二多肽鏈包含由下式表示的結構：VH1-L3-VH2-L4-CH1-鉸鏈-CH2-CH3[II]並且第三多肽鏈包含由下式表示的結構：VH3-CH1-鉸鏈-CH2-CH3 [III]並且第四多肽鏈包含由下式表示的結構：VL3-CL [IV]其中：VL1是第一免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL2是第二免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VL3是第三免疫球蛋白輕鏈可變結構域；VH1是第一免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH2是第二免疫球蛋白重鏈可變結構域；VH3是第三免疫球蛋白重鏈可變結構域；CL是免疫球蛋白輕鏈恆定結構域；CH1是免疫球蛋白CH1重鏈恆定結構域；CH2是免疫球蛋白CH2重鏈恆定結構域；CH3是免疫球蛋白CH3重鏈恆定結構域；鉸鏈是連接所述CH1與CH2結構域的免疫球蛋白鉸鏈區；並且L1、L2、L3和L4是胺基酸連接子；其中式I的多肽和式II的多肽形成互換輕鏈-重鏈對；並且其中VH1和VL1形成第一抗原結合位點；其中VH2和VL2形成結合CD3多肽的第二抗原結合位點，其中所述VH2結構域包含：含有GFTFTKAW(SEQ ID NO：20)的胺基酸序列的 CDR-H1序列、含有IKDKSNSYAT(SEQ ID NO：21)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有RGVYYALSPFDY(SEQ ID NO：22)的胺基酸序列的CDR-H3序列，並且所述VL2結構域包含：含有QSLVHX1NX2X3TY的胺基酸序列的CDR-L1序列，其中X1是E或Q，X2是A或L並且X3是Q、R或F(SEQ ID NO：293)、含有KVS(SEQ ID NO：29)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有GQGTQYPFT(SEQ ID NO：30)的胺基酸序列的CDR-L3序列；並且其中VH3和VL3形成結合HIV靶蛋白的第三抗原結合位點。
- 如請求項1所述的結合蛋白，其中所述第一結合位點結合CD28多肽。
- 如請求項2所述的結合蛋白，其中所述VH1結構域包含：含有GYTFTSYY(SEQ ID NO：31)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IYPGNVNT(SEQ ID NO：32)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有TRSHYGLDWNFDV(SEQ ID NO：33)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL1結構域包含：含有QNIYVW(SEQ ID NO：34)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有KAS(SEQ ID NO：35)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQGQTYPY(SEQ ID NO：36)的胺基酸序列的CDR-L3序列；
- 如請求項3所述的結合蛋白，其中所述VH1結構域包含
(SEQ ID NO：59)的胺基酸序列，和/或所述VL1結構域包含
(SEQ ID NO：60)的胺基酸序列。
- 如請求項1-4中任一項所述的結合蛋白，其中所述VL2結構域的CDR-L1序列包含選自以下群組的胺基酸序列：QSLVHQNAQTY(SEQ ID NO：24)、QSLVHENLQTY(SEQ ID NO：25)、QSLVHENLFTY(SEQ ID NO：26)和QSLVHENLRTY(SEQ ID NO：27)。
- 如請求項5所述的結合蛋白，其中所述VH2結構域包含
(SEQ ID NO：52)的胺基酸序列，和/或所述VL2結構域包含選自以下群組的胺基酸序列：
(SEQ ID NO：54)、
(SEQ ID NO：55)、
(SEQ ID NO：56)和
(SEQ ID NO：57)。
- 如請求項1-6中任一項所述的結合蛋白，其中所述第三抗原結合位點結合選自以下群組的HIV靶蛋白：醣蛋白120、醣蛋白41和醣蛋白160。
- 如請求項7所述的結合蛋白，其中：(a)所述VH3結構域包含：含有NCPIN(SEQ ID NO：1)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WMKPRHGAVSYARQLQG(SEQ ID NO：2)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKYCTARDYYNWDFEH(SEQ ID NO：3)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL3結構域包含：含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：4)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：5)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：6)的胺基酸序列的CDR-L3序列；(b)所述VH3結構域包含：含有GYTFTAHI(SEQ ID NO：7)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有IKPQYGAV(SEQ ID NO：8)或IKPQYGAT(SEQ ID NO：9)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有DRSYGDSSWALDA(SEQ ID NO：10)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL3結構域包含：含有QGVGSD(SEQ ID NO：11)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有HTS(SEQ ID NO：12)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有CQVLQF(SEQ ID NO：13)的胺基酸序列的CDR-L3序列；或者(c)所述VH3結構域包含：含有DCTLN(SEQ ID NO：14)的胺基酸序列的CDR-H1序列、含有WLKPRWGAVNYARPLQG(SEQ ID NO：15)的胺基酸序列的CDR-H2序列和含有GKNCDYNWDFEH(SEQ ID NO：16)的胺基酸序列的CDR-H3序列；並且所述VL3結構域包含：含有RTSQYGSLA(SEQ ID NO：17)的胺基酸序列的CDR-L1序列、含有SGSTRAA(SEQ ID NO：18)的胺基酸序列的CDR-L2序列和含有QQYEF(SEQ ID NO：19)的胺基酸序列的CDR-L3序列。
- 如請求項8所述的結合蛋白，其中：(a)所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：43)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列；
(b)所述VH3結構域包含(SEQ ID NO：44)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：45)的胺基酸序列；
(c)所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：46)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列；
(d)所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：47)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列；
(e)所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：48)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：49)的胺基酸序列；或者
(f)所述VH3結構域包含
(SEQ ID NO：50)的胺基酸序列，和/或所述VL3結構域包含
(SEQ ID NO：51)的胺基酸序列。
- 如請求項1-9中任一項所述的結合蛋白，其中L1、L2、L3或L4中的至少一個獨立地為0個胺基酸的長度。
- 如請求項1-9中任一項所述的結合蛋白，其中(a)L1、L2、L3和L4各自獨立地為零個胺基酸的長度或包含選自以下群組的序列：GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)；或者(b)L1、L2、L3和L4各自獨立地包含選自以下群組的序列：GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：40)、GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO：41)、S、RT、TKGPS(SEQ ID NO：39)、GQPKAAP(SEQ ID NO：38)和GGSGSSGSGG(SEQ ID NO：42)。
- 如請求項1-9中任一項所述的結合蛋白，其中L1包含序列GQPKAAP(SEQ ID NO：38)，L2包含序列TKGPS(SEQ ID NO：39)，L3包含序列S，並且L4包含序列RT。
- 如請求項1-9中任一項所述的結合蛋白，其中L1、L2、L3或L4中的至少一個包含序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。
- 如請求項13所述的結合蛋白，其中L1、L2、L3和L4包含序列DKTHT(SEQ ID NO：37)。
- 如請求項1-14中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二和第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4位置234和235之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是F234A和L235A。
- 如請求項1-14中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二和第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其 中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4位置233-236之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是E233P、F234V、L235A和在236處的缺失。
- 如請求項1-16中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二和第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG4鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG4位置228和409之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S228P和R409K。
- 如請求項1-14中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二和第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG1鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1位置234、235和329之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是L234A、L235A和P329A。
- 如請求項1-14中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二和第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域是人類IgG1鉸鏈-CH2-CH3結構域，並且其中所述鉸鏈-CH2-CH3結構域各自包含根據EU索引在對應於人類IgG1位置298、299和300之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S298N、T299A和Y300S。
- 如請求項1-19中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4位置349、366、368和407之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V；並且其中所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4位置354和366之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W。
- 如請求項1-19中任一項所述的結合蛋白，其中所述第二多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4位置354和366之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是S354C和T366W；並且其中所述第三多肽鏈的鉸鏈-CH2-CH3結構域包含根據EU索引在對應於人類IgG1或IgG4位置349、366、368和407之位置處的胺基酸取代，其中所述胺基酸取代是Y349C、T366S、L368A和Y407V。
- 如請求項1所述的結合蛋白，其中：(a)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：61的胺基酸序列或與SEQ ID NO：61的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：62的胺基酸序列或與SEQ ID NO：62的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：63的胺基酸序列或與SEQ ID NO：63的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：64的胺基酸序列或與SEQ ID NO：64的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(b)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：65的胺基酸序列或與SEQ ID NO：65的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：66的胺基酸序列或與SEQ ID NO：66的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：67的胺基酸序列或與SEQ ID NO：67的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：68的胺基酸序列或與SEQ ID NO：68的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(c)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：69的胺基酸序列或與SEQ ID NO：69的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：70的胺基酸序列或與SEQ ID NO：70的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：71的胺基酸序列或與SEQ ID NO：71的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：72的胺基酸序列或與SEQ ID NO：72的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(d)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：73的胺基酸序列或與SEQ ID NO：73的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：74的胺基酸序列或與SEQ ID NO：74的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：75的胺基酸序列或與SEQ ID NO：75的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：76的胺基酸序列或與SEQ ID NO：76的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(e)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：77的胺基酸序列或與SEQ ID NO：77的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：78的胺基酸序列或與SEQ ID NO：78的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：79的胺基酸序列或與SEQ ID NO：79的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：80的胺基酸序列或與SEQ ID NO：80的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(f)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：81的胺基酸序列或與SEQ ID NO：81的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：82的胺基酸序列或與SEQ ID NO：82的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：83的胺基酸序列或與SEQ ID NO：83的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：84的胺基酸序列或與SEQ ID NO：84的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(g)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：85的胺基酸序列或與SEQ ID NO：85的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：86的胺基酸序列或與SEQ ID NO：86的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：87的胺基酸序列或與SEQ ID NO：87的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：88的胺基酸序列或與SEQ ID NO：88的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(h)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：89的胺基酸序列或與SEQ ID NO：89的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：90的胺基酸序列或與SEQ ID NO：90的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：91的胺基酸序列或與SEQ ID NO：91的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：92的胺基酸序列或與SEQ ID NO：92的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(i)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：93的胺基酸序列或與SEQ ID NO：93的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：94的胺基酸序列或與SEQ ID NO：94的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：95的胺基酸序列或與SEQ ID NO：95的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：96的胺基酸序列或與SEQ ID NO：96的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(j)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：97的胺基酸序列或與SEQ ID NO：97的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：98的胺基酸序列或與SEQ ID NO：98的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：99的胺基酸序列或與SEQ ID NO：99的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：100的胺基酸序列或與SEQ ID NO：100的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(k)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：101的胺基酸序列或與SEQ ID NO：101的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：102的胺基酸序列或與SEQ ID NO：102的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：103的胺基酸序列或與SEQ ID NO：103的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：104的胺基酸序列或與SEQ ID NO：104的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(1)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：105的胺基酸序列或與SEQ ID NO：105的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：106的胺基酸序列或與SEQ ID NO：106的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：107的胺基酸序列或與SEQ ID NO：107的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID 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NO：142的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：143的胺基酸序列或與SEQ ID NO：143的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：144的胺基酸序列或與SEQ ID NO：144的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(u)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：145的胺基酸序列或與SEQ ID NO：145的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：146的胺基酸序列或與SEQ ID NO：146的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：147的胺基酸序列或與SEQ ID NO：147的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：148的胺基酸序列或與SEQ ID NO：148的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(v)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：149的胺基酸序列或與SEQ ID NO：149的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：150的胺基酸序列或與SEQ ID NO：150的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：151的胺基酸序列或與SEQ ID NO：151的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：152的胺基酸序列或與SEQ ID NO：152的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(x)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：153的胺基酸序列或與SEQ ID NO：153的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：154的胺基酸序列或與SEQ ID NO：154的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：155的胺基酸序列或與SEQ ID NO：155的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：156的胺基酸序列或與SEQ ID NO：156的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(y)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：157的胺基酸序列或與SEQ ID NO：157的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：158的胺基酸序列或與SEQ ID NO：158的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：159的胺基酸序列或與SEQ ID NO：159的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：160的胺基酸序列或與SEQ ID NO：160的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(z)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：161的胺基酸序列或與SEQ ID NO：161的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：162的胺基酸序列或與SEQ ID NO：162的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：163的胺基酸序列或與SEQ ID NO：163的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：164的胺基酸序列或與SEQ ID NO：164的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(aa)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：165的胺基酸序列或與SEQ ID NO：165的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：166的胺基酸序列或與SEQ ID NO：166的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：167的胺基酸序列或與SEQ ID NO：167的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：168的胺基酸序列或與SEQ ID NO：168的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；(bb)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：169的胺基酸序列或與SEQ ID NO：169的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：170的胺基酸序列或與SEQ ID NO：170的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：171的胺基酸序列或與SEQ ID NO：171的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：172的胺基酸序列或與SEQ ID NO：172的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；或者(cc)所述第一多肽鏈包含SEQ ID NO：173的胺基酸序列或與SEQ ID NO：173的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第二多肽鏈包含SEQ ID NO：174的胺基酸序列或與SEQ ID NO：174的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；所述第三多肽鏈包含SEQ ID NO：175的胺基酸序列或與SEQ ID NO：175的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列；並且所述第四多肽鏈包含SEQ ID NO：176的胺基酸序列或與SEQ ID NO：176的胺基酸序列至少95%相同的胺基酸序列。
- 一種分離的核酸分子，其包含編碼如請求項1-22中任何一 項所述的結合蛋白的核苷酸序列。
- 一種表現載體，其包含如請求項23所述的核酸分子。
- 一種分離的宿主細胞，其包含如請求項23所述的核酸分子或如請求項24所述的表現載體。
- 如請求項25所述的分離的宿主細胞，其中所述宿主細胞是哺乳動物或昆蟲細胞。
- 一種醫藥組合物，其包含如請求項1-22中任一項所述的結合蛋白和醫藥上可接受的載劑。
- 一種在患者中預防和/或治療HIV感染的方法，所述方法包括向所述患者投予治療有效量的至少一種如請求項1-22中任一項所述的結合蛋白或如請求項27所述的醫藥組合物。
- 如請求項28所述的方法，其中所述結合蛋白與標準抗反轉錄病毒療法共投予。
- 如請求項28或請求項29所述的方法，其中所述至少一種結合蛋白的投予導致所述患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。
- 如請求項28-30中任一項所述的方法，其中所述患者是人類。
- 如請求項1-22中任一項所述的結合蛋白或如請求項27所述的醫藥組合物，其用於預防和/或治療患者的HIV感染。
- 如請求項32所述的用於所述用途的結合蛋白，其中所述結合蛋白將與標準抗反轉錄病毒療法共投予。
- 如請求項32或請求項33所述的用於所述用途的結合蛋白，其中所述結合蛋白導致所述患者中一種或多種潛伏和/或慢性HIV感染的細胞的消除。
- 如請求項32-34中任一項所述的用於所述用途的結合蛋白，其中所述患者是人類。
- 一種載體系統，其包含編碼如請求項1-22中任一項所述結合蛋白之第一、第二、第三和第四多肽鏈的一種或多種載體。
- 如請求項36所述的載體系統，其中所述載體系統包含編碼所述結合蛋白的第一多肽鏈的第一載體、編碼所述結合蛋白的第二多肽鏈的第二載體、編碼所述結合蛋白的第三多肽鏈的第三載體和編碼所述結合蛋白的第四多肽鏈的第四載體。
- 一種多核苷酸套组，其包含：(a)含有SEQ ID NO：177的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：178的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：179的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：180的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(b)含有SEQ ID NO：181的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：182的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：183的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：184的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(c)含有SEQ ID NO：185的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：186的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：187的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：188的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(d)含有SEQ ID NO：189的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：190的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：191的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：192的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(e)含有SEQ ID NO：193的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：194的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：195的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：196的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(f)含有SEQ ID NO：197的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：198的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：199的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：200的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(g)含有SEQ ID NO：201的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：202的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：203的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：204的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(h)含有SEQ ID NO：205的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：206的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：207的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：208的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(i)含有SEQ ID NO：209的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：210的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：211的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：212的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(j)含有SEQ ID NO：213的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：214的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：215的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：216的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(k)含有SEQ ID NO：217的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：218的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：219的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：220的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(l)含有SEQ ID NO：221的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：222的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：223的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：224的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(m)含有SEQ ID NO：225的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：226的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：227的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：228的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(n)含有SEQ ID NO：229的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：230的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：231的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：232的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(o)含有SEQ ID NO：233的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：234的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：235的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：236的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(p)含有SEQ ID NO：237的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：238的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：239的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：240的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(q)含有SEQ ID NO：241的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：242的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：243的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：244的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(r)含有SEQ ID NO：245的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：246的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：247的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：248的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(s)含有SEQ ID NO：249的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：250的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：251的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：252的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(t)含有SEQ ID NO：253的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：254的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：255的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：256的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(u)含有SEQ ID NO：257的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：258的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：259的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：260的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(v)含有SEQ ID NO：261的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：262的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：263的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：264的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(w)含有SEQ ID NO：265的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：266的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：267的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：268的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(x)含有SEQ ID NO：269的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：270的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：271的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：272的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(y)含有SEQ ID NO：273的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：274的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：275的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：276的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(z)含有SEQ ID NO：277的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：278的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：279的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：280的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(aa)含有SEQ ID NO：281的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：282的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：283的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：284的多核苷酸序列的第四多核苷酸；(bb)含有SEQ ID NO：285的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：286的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：287的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：288的多核苷酸序列的第四多核苷酸；或者(cc)含有SEQ ID NO：289的多核苷酸序列的第一多核苷酸、含有SEQ ID NO：290的多核苷酸序列的第二多核苷酸、含有SEQ ID NO：291的多核苷酸序列的第三多核苷酸和含有SEQ ID NO：292的多核苷酸序列的第四多核苷酸。
- 如請求項38所述的套组，其中所述第一、第二、第三和第四多核苷酸存在於一種或多種表現載體上。
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