CN111971299A - HIV-1 Env的中和抗体及其用途 - Google Patents

HIV-1 Env的中和抗体及其用途 Download PDF

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Abstract

本文公开了特异性结合HIV‑1 Env并中和HIV‑1的抗体和抗原结合片段。还提供编码这些抗体的核酸、载体和宿主细胞。公开了使用这些抗体检测HIV‑1的方法。另外，公开了这些抗体、抗原结合片段、核酸和载体预防和/或治疗HIV‑1感染的用途。

Description

HIV-1 Env的中和抗体及其用途
相关申请的交叉引用
本申请要求于2018年2月21日提交的美国临时申请第62/633,517号和于2018年12月5日提交的美国临时申请第62/775,754号的优先权，每个临时专利申请均通过引用全部内容并入本说明书中。
技术领域
本发明涉及特异性结合HIV-1 Env的单克隆抗体和抗原结合片段，及其在例如治疗患有HIV-1感染的对象的方法中的用途。
背景技术
尽管大力研发抗HIV-1治疗剂，但1型人免疫缺陷病毒(HIV-1)感染及由此产生的获得性免疫缺陷综合症(AIDS)仍威胁着全球公共健康。
有包膜的病毒HIV-1躲避各种保护机制后的体液识别。主要HIV-1包膜蛋白(HIV-1Env)为大约160kD的糖蛋白(gp160)。感染期间，宿主细胞的蛋白酶将gp160切割为gp120和gp41。gp120和gp41一起组成HIV-1包膜刺突，其与宿主细胞受体CD-4相互作用以促进病毒感染，并且作为中和抗体的靶。
除了HIV-1 Env的gp120外部结构域(“CD4-BS1结构域”)上的“经典”CD4结合位点之外，CD4还与邻近的原聚体残基结合，包括来自gp120内部结构域“CD4-BS2”的α-1螺旋残基(例如E62，E64，H66)和β3-β4环残基(例如K207)。CD4与CD4-BS2的相互作用促进CD4-HIV-1 Env相互作用的稳定性，触发了HIV-1 Env构象变化，从而使共受体结合并促进了融合过程。
已经鉴定了与HIV-1 Env结合的中和抗体，包括VRC01，VRC01是“VRC01类”抗体的典型成员，这些抗体与HIV-1 Env的CD-4结合位点特异性结合并中和高百分比HIV-1毒株。VRC01类抗体的非限制性实例包括VRC01、N6、VRC07、VRC07-523和VRC-PG04。
然而，仍需要研发额外的可商业化生产的针对具有不同识别和中和谱的HIV-1中和抗体。
发明内容
本文公开了通过与HIV-1 Env三聚体的多个原聚体的四元相互作用与HIV-1 Env的CD4结合位点特异性结合的VRC01类抗体的修饰形式。出人意料的是，对VRC01类抗体的重链可变区框架区(HFR)3的单个修饰促进了四级相互作用，并在本文中显示出可改善VRC01类抗体的HIV-1 Env结合和HIV-1中和。
在一些实施方案中，提供一种单克隆抗体，其包括：重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，所述VH包含亲本VRC01类抗体的重链互补决定区(HCDR)1、HCDR2和HCDR3，所述VL包含亲本VRC01类抗体的轻链互补决定区(LCDR)1、LCDR2和LCDR3。与亲本VRC01类抗体的相应HFR3相比，所述单克隆抗体的HFR3包括修饰，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代亲本VRC01类抗体的Kabat位置72-76的氨基酸。与IGHV1-2*02种系序列相比，所述亲本VRC01类抗体在Kabat位置75/76之间不包含氨基酸插入。如实施例中所示，与相应的亲本VRC01类抗体相比，用SEQ ID NO:36置换VRC01类抗体Kabat位置72-76(在该位置缺少插入)产生了出人意料的经修饰的VRC01类抗体对HIV-1中和的改善。在一些实施方案中，所述亲本VRC01类抗体是N6、VRC01、VRC07、VRC07-523和VRC-PG04中的任一个。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体在VH的Kabat位置54进一步包含色氨酸或苯丙氨酸取代。在一些实施方案中，所述单克隆抗体在VH的Kabat位置54进一步包含酪氨酸取代。在一些实施方案中，所述单克隆抗体进一步包含在VL的N末端的两个或三个氨基酸缺失。在一些实施方案中，所述单克隆抗体进一步包含在VH的Kabat位置54的色氨酸取代以及在VL的N末端的三个氨基酸缺失。在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:26、65、28、29、30和31所示的氨基酸序列(VRC01.23 CDR)。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:72、120、74、75、76、77所示的氨基酸序列(N49P7.v2和.v3 CDR)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ ID NO:105和106至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ IDNO:72、120、74、75、76、77所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:105和107至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:72、120、74、75、76、77所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、121、34、29、30、31所示的氨基酸序列(VRC07-523.v1CDR)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ ID NO:102和103至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、121、34、29、30、31所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、121、34、123、30、31所示的氨基酸序列(VRC07-523.v2 CDR)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ ID NO:102和104至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ IDNO:32、121、34、123、30、31所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、122、34、29、30、31所示的氨基酸序列(VRC07-523.v3 CDR)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ ID NO:101和103至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、122、34、29、30、31所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、122、34、123、30、31所示的氨基酸序列(VRC07-523.v4 CDR)。在一些实施方案中，所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ ID NO:101和104至少90％相同的氨基酸序列，并且所述单克隆抗体的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ IDNO:32、122、34、123、30、31所示的氨基酸序列，并且HFR3包含Kabat位置72-76取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。
在另一个实施方案中，提供所述单克隆抗体的抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL，所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:16和2所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL，所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:17和4所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL，所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:18和4所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL，所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:19和7所示的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述单克隆抗体的所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:84和85所示的氨基酸序列。
还公开了包括所述抗体和抗原结合片段的组合物、以及相关核酸分子和表达载体。
所公开的抗体和抗原结合片段有效地中和了可接受的体外HIV-1感染模型中的HIV-1。因此，公开了一种用于抑制对象中HIV-1感染的方法，该方法包括给处于HIV-1感染风险中或有HIV-1感染的对象施用治疗有效量的所公开的抗体、抗原结合片段、核酸分子、载体或组合物的一种或多种。
本文所公开的抗体、抗原结合片段、核酸分子、载体和组合物可用于各种额外目的，如用于检测对象中的HIV-1感染或诊断对象中的HIV-1感染，或检测样品中的HIV-1。
从参考附图对若干实施方案进行的以下详细描述可知，本发明的上述及其他特征和优点将变得更加明显。
附图说明
图1A-1F：某些VRC01类抗体的框架3(FR3)中延伸70s的环预计会与HIV-1 Env的相邻原聚体相互作用。(1A)结构对比显示，VRC03(绿色)和VRC06(橙色)的HFR3环比N6(红色)和VRC01(粉红色)更长。环到达相邻原聚体中的第二个CD4结合位点(CD4BS2)。(1B)来自VRC03和VRC06的HFR3环的长度在VRC01类抗体中是独特的。通过用短GPG接头置换HFR3环，从这两种抗体设计了环缺失变体VRC03del和VRC06del。显示了其他突变，其中来自VRC03或VRC06的环序列被VRC01、N6、VRC07或VRC07-523的Kabat残基72-76取代。示出IGHV1-2*02(SEQ ID NO：14)、N6(SEQ ID NO：1)、VRC01(SEQ ID NO：3)、VRC07(SEQ ID NO：5)、VRC07-523(SEQ ID NO：6)、3BNC117(SEQ ID NO：8)、VRC-PG04(SEQ ID NO：56)、N49P7(SEQ ID NO：116)、VRC08(SEQ ID NO：117)、VRC03(SEQ ID NO：12)和VRC06(SEQ ID NO：10)的VH序列。(1C)“突变”表显示以下序列：SQDPDDPD(SEQ ID NO：12，残基74-81)，SQDLYYPDR(SEQ IDNO：10，残基74-82)，DVYSD(SEQ ID NO：3，残基72-76)，DVYRE(SEQ ID NO：1，残基72-76)，DMYSE(SEQ ID NO：5，残基72-76)，HASWDFDTF(SEQ ID NO：8，残基72-80)，DRDLF(SEQ IDNO：56，残基75-79)，DTSIE(SEQ ID NO：116，残基72-76)，DVYRD(SEQ ID NO：117，残基72-76)，LFSQDLYYPDRG(SEQ ID NO：10，残基72-83)，QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO：12，残基72-83)。(1D)VRC01类抗体的轻链可变区序列。示出IGKV1-33*01(SEQ ID NO：15)、N6(SEQ IDNO：2)、VRC01(SEQ ID NO：4)、VRC07(SEQ ID NO：4)、VRC07-523(SEQ ID NO：7)、3BNC117(SEQ ID NO：9)、VRC-PG04(SEQ ID NO：57)、N49P7(SEQ ID NO：88)、VRC08(SEQ ID NO：90)、VRC03(SEQ ID NO：13)、VRC06(SEQ ID NO：11)的VL序列。(1E)通过ELISA检测，环缺失变体(红色显示)与BG505 SOSIP664的结合受损。(1F)环缺失变体的中和能力相对于亲本抗体显著降低，表明HFR3环在与HIV-1 Env相互作用中的关键作用。
图2A和2B：将HFR3环引入VRC01：设计和提高中和效能。VRC01的HFR3较短，不允许抗体如VRC03和VRC06那样与Env三聚体的邻近原聚体接触。为了引入VRC01和HIV Env之间的四级相互作用，将VRC03和VRC06中的长FR3环分别移植到VRC01，产生两种嵌合抗体，VRC01 70-03和VRC01 70-06(见图1B)。(2A-2B)通过TZM-bI中和试验测试了针对几种HIV-1分离株的嵌合抗体。VRC01 70-03显示出更高的中和效力，而70-06嵌合体与野生型(WT)形式相似。该测定表明，嫁接HFR3环可以提高某些VRC01类抗体的中和效力，并且VRC03相比VRC06的HFR3环是更好的选择。
图3A和3B：将VRC03 HFR3环引入更多VRC01类抗体中。为了测试其他VRC01类抗体是否也可以从HFR3的延伸中受益，选择了N6、VRC07和3BNC117抗体(IgG形式)进行修饰。N6、VRC07和3BNC117是有效的VRC01类抗体。使用上面讨论的用于VRC01的相同取代策略，将VRC03的HFR3环(红色)移植到N6、VRC07和3BNC117的Kabat位置72-76，产生3个嵌合70-03抗体(见图1B)。(3A)使用一个小样本组的HIV-1分离株来评估嵌合抗体的中和能力。VRC0770-03的效力显著提高，与未修饰的VRC07相比，在11种分离物中针对9种具有更好的中和作用。整个组中近60％对N6 70-03变得更加敏感，考虑到WT N6已经非常强大，这一点令人震惊。对于VRC01，嵌合形式对70％以上的测试分离株具有更好的中和能力。当N6 70-03和VRC01 70-03嵌合体也针对较大组的HIV-1假病毒进行测试时，获得了相似的结果(图3B)。相反，将VRC03 HFR3环引入3BNC117导致针对测试组中大多数分离物的抗体中和减少。有趣的是，相对于HFR3环中Kabat位置75和76之间的种系序列，N6、VRC01、VRC07和VRC-PG04没有任何氨基酸插入，而3BNC117确实包含该环中的插入。因此，似乎可以用VRC03序列对HFR3环进行修饰，以改善VRC01类抗体，该抗体相对于Kabat 75和76位之间的HFR3环中的种系序列缺少任何插入。
图4A和4B：具有70-03修饰的VRC01类抗体对可溶性HIV-1 Env三聚体具有更高的结合亲和力。(4A)为了研究嵌合抗体与HIV-1 Env的相互作用，通过ELISA测试了它们与可溶性Env三聚体的结合。与相应未修饰形式相比，BG505 Env-假病毒对嵌合N6 70-03和VRC01 70-03更敏感。一致地，源自BG505的SOSIP三聚体以更高的亲和力结合嵌合形式。对于JRFL，WT和嵌合抗体同等地与可溶性SOSIP.664结合良好，并且它们对JRFL的中和作用也是相当的(参见图3B)。(4B)针对N6 70-03Fab和VRC01 70-03Fab与BG505 SOSIP.664的结合进行了SPR动力学测定。在这两种情况下，这些抗体的70-03嵌合形式对BG505 SOSIP.664的结合亲和力均高于未修饰形式。结合速率几乎不变，而70-03嵌合形式的解离速率则低得多。两者合计，结果表明，引入的HFR3环稳定了嵌合抗体与HIV-1Env三聚体之间的相互作用，从而转化为更好的中和效力。
图5：与BG505 SOSIP.664络合的N6 70-03的晶体结构。嵌合N6中伸长的HFR3环在晶体结构中清晰可见。环延伸到相邻原聚体中的V3碱基和CD4BS2的一部分。残基K207、R304和Y318参与与FR3环的接触。
图6A和6B：诱变结合界面的作图。(6A)WT VRC01和WT N6与HIV-1 Env的结合不因HIV Env三聚体CD4BS2上的突变而改变。但是，嵌合抗体对CD4BS2突变体K207E的结合亲和力降低，表明该残基在与FR3环接触中的重要作用。其他位点的突变影响很小或没有影响。368R是主要CD4结合位点的对照突变。(B)Env中304和318处的突变几乎不引起假颗粒对WTVRC01和WT N6的中和敏感性的变化。但是对于N6 70-03和VRC01 70-03抗体，携带突变Env的假病毒(尤其是在位点304)变得不那么敏感。这些数据表明，Env三聚体中的关键残基导致与移植的FR3环的相互作用。
图7A和7B：将VRC-CH31的20s环(EDDDY，SEQ ID NO：46)引入VRC01。(7A)VRC-CH31在CDRH1区域比VRC01包含更长的20s环。这个20s环的一部分已通过各种长度的接头移植到了VRC01中。如图7A所示，被置换的VRC01的序列是GYEF(SEQ ID NO：3的残基26-29)。所有设计都在下图中列出。(7B)与WT VRC01相比，所有20s环嵌合体对BG505和BaL分离株的效力均较低。
图8A和8B：嵌合VRC01中的HFR3环进一步优化不成功。VRC01 70-03中HFR3环的长度(8A)或组成(8B)有所变化，但所有环修饰的突变体的效力均不及原始VRC01 70-03设计。图8A显示以下序列：DVYSD(SEQ ID NO：3，残基73-77)，QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO：12，残基73-84)，GQLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO：52)，GSGQLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO：53)，GQLSQDPDDPDWGWGS(SEQ ID NO：54)和QLSQDPDDPDWGWGD(SEQ ID NO：55)。
图9A和9B显示了中和一小组12种HIV-1假病毒的几种不同VRC01变体的测定结果。
图10A-10C显示了中和一大组208种HIV-1假病毒的几种不同VRC01变体的测定结果。
图11A和11B显示了体外自身反应性测定的结果。在HEp-2细胞染色测定中评估了几种不同的VRC01变体的自身反应性。对于以25μg/ml抗体(图11A)和50μg/ml抗体(图11B)完成的测定，显示了参考抗体以及VRC01变体的染色评分(0-4级)。
图12显示了一组图，说明VRC01.23LS、VRC01LS、VRC07-523LS 70-03和VRC07-523LS抗体在具有人源化新生儿Fc受体(FcRn)的小鼠和猕猴中的体内半衰期。
图13A-13H显示了几种不同VRC01类变体中和一小组HIV-1假病毒的测定结果。图13A-13D示出了IC 50(μg/ml)值，图13E-13H显示了IC 80(μg/ml)值。
图14示出了VRC07-523LS.v1抗体中和一大组140种HIV-1假病毒的测定结果。
图15A-15C显示了体外自身反应性测定的结果。在HEp-2细胞染色测定中评估了几种不同的VRC01类变体的自身反应性。对于以25μg/ml抗体和50μg/ml抗体完成的测定，显示了参考抗体以及VRC01类变体的染色评分(0-4级)。
图16A-16B显示了针对心磷脂的所示单克隆抗体的ELISA结合测定的结果。抗心磷脂测定是用于指示抗体是否是自身反应性的体外测定。
序列
通过采用按照37C.F.R.1.822定义的核苷酸碱基标准字母缩写以及氨基酸的3字母编码来显示本文所列出的核酸及氨基酸序列。每个核酸序列仅显示了一条链，但应理解对显示的链的任何引用也包含了互补链。序列表以文件名为“Sequence.txt”(～132kb)形式的ASCII文本文件提交，该文本文件于2019年2月20日创建并通过引用并入本文。随附的序列表如下：
SEQ ID NO:1是N6 VH的氨基酸序列。
RAHLVQSGTAMKKPGASVRVSCQTSGYTFTAHILFWFRQAPGRGLEWVGWIKPQYGAVNFGGGFRDRVTLTRDVYREIAYMDIRGLKPDDTAVYYCARDRSYGDSSWALDAWGQGTTVVVSA
SEQ ID NO:2是N6 VL的氨基酸序列。
YIHVTQSPSSLSVSIGDRVTINCQTSQGVGSDLHWYQHKPGRAPKLLIHHTSSVEDGVPSRFSGSGFHTSFNLTISDLQADDIATYYCQVLQFFGRGSRLHIK
SEQ ID NO:3是VRC01 VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRGGAVNYARPLQGRVTMTRDVYSDTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSS
SEQ ID NO:4是VRC01 VL的氨基酸序列。
EIVLTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIKR
SEQ ID NO:5是VRC07 VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRGGAVSYARQLQGRVTMTRDMYSETAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:6是VRC07-523 VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRHGAVSYARQLQGRVTMTRDMYSETAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:7是VRC07-523 VL的氨基酸序列。
SLTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK
SEQ ID NO:8是3BNC117 VH的氨基酸序列。
QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDTFSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSS
SEQ ID NO:9是3BNC117 VL的氨基酸序列。
DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIATYFCQVYEFVVPGTRLDLK
SEQ ID NO:10是VRC06 VH的氨基酸序列。
EVQLVESGPVMRKPGSSMKISCATSGYNFRDFSIHWVRFNRRYGFEWIGWIKPMWGAVNYARQLQGRVSMSRLFSQDLYYPDRGTAYLEFSGLTSADTADYFCVRRGSSCPHCGDFHFEHWGQGTAVVVSA
SEQ ID NO:11是VRC06 VL的氨基酸序列。
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQGGNSLNWYQKRRGQTPRLLIYDTSRRASDIPEKFVGSGSGTDFSLTITKVGPEDFAVYYCQQFEFFGLGTTLEIN
SEQ ID NO:12是VRC03 VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGAVIKTPGSSVKISCRASGYNFRDYSIHWVRLIPDKGFEWIGWIKPLWGAVSYARQLQGRVSMTRQLSQDPDDPDWGVAYMEFSGLTSADTAEYFCVRRGSCDYCGDFPWQYWGQGTWVVSSA
SEQ ID NO:13是VRC03 VL的氨基酸序列。
EIVLTQSPGILSLSPGETATLFCKASQGGNAMTWYQKRRGQVPRLLIYDTSRRASGVPDRFVGSGSGTDFFLTINKLDREDFAVYYCQQFEFFGLGSELEVH
SEQ ID NO:14是IGHV1-2*02的氨基酸序列。
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARAYCGGDCYNWFDS
SEQ ID NO:15是IGKV1-33*01的氨基酸序列。
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYDNLPIT
SEQ ID NO:16是N6 70-03VH的氨基酸序列。
RAHLVQSGTAMKKPGASVRVSCQTSGYTFTAHILFWFRQAPGRGLEWVGWIKPQYGAVNFGGGFRDRVTLTRQLSQDPDDPDWGIAYMDIRGLKPDDTAVYYCARDRSYGDSSWALDAWGQGTTVVVSA
SEQ ID NO:17是VRC01 70-03VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRGGAVNYARPLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSS
SEQ ID NO:18是VRC07 70-03VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRGGAVSYARQLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:19是VRC07-523 70-03VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRHGAVSYARQLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:20-35是CDR序列。
SEQ ID NO:36是70-03插入的氨基酸序列。
QLSQDPDDPDWG
SEQ ID NO:37是来自HIV-1的HXB2毒株的HIV-1 Env的氨基酸序列。
SEQ ID NO:38是编码N6 70-03VH的示例性核酸序列。
Cgagcgcacctggtacaatcagggactgcgatgaagaaaccgggggcctcagtaagagtctcctgccagacctctggatacacctttaccgcccacatattattttggttccgacaggcccccgggcgaggacttgagtgggtggggtggatcaagccacaatatggggccgtgaattttggtggtggttttcgggacagggtcacattgactcgacaattatctcaagacccagacgacccggactggggcattgcgtacatggacatcagaggccttaaacctgacgacacggccgtctattactgtgcgagagaccgttcctatggcgactcctcttgggccttagatgcctggggacagggaacgacggtcgtcgtctccgcg
SEQ ID NO:39是编码N6 VL的示例性核酸序列。
Tacatccacgtgacccagtctccgtcctccctgtctgtgtctattggagacagagtcaccatcaattgccagacgagtcagggtgttggcagtgacctacattggtatcaacacaaaccggggagagcccctaaactcttgatccaccatacctcttctgtggaagacggtgtcccctcaagattcagcggctctggatttcacacatcttttaatctgaccatcagcgacctacaggctgacgacattgccacatattactgtcaagttttacaatttttcggccgagggagtcgactccatattaaa
SEQ ID NO:40是编码VRC01 70-03VH的示例性核酸序列。
Caggtgcagctggtgcagtctggaggtcagatgaagaagcctggcgagtcgatgagaatttcttgtcgggcttctggatatgaatttattgattgtacgctaaattggattcgtctggcccccggaaaaaggcctgagtggatgggatggctgaagcctcgggggggggccgtcaactacgcacgtccacttcagggcagagtgaccatgactcgacaattatctcaagacccagacgacccggactggggcacagcctttttggagctgcgctcgttgacagtagacgacacggccgtctacttttgtactaggggaaaaaactgtgattacaattgggacttcgaacactggggccggggcaccccggtcatcgtctcatca
SEQ ID NO:41是编码VRC01 VL的示例性核酸序列。
Gaaattgtgttgacacagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggaaacagccatcatctcttgtcggaccagtcagtatggttccttagcctggtatcaacagaggcccggccaggcccccaggctcgtcatctattcgggctctactcgggccgctggcatcccagacaggttcagcggcagtcggtgggggccagactacaatctcaccatcagcaacctggagtcgggagattttggtgtttattattgccagcagtatgaattttttggccaggggaccaaggtccaggtcgacattaaa
SEQ ID NO:42是编码VRC07 70-03VH的示例性核酸序列。
caggtgcgactgtcgcagtctggaggtcagatgaagaagcctggcgactcgatgagaatttcttgtcgggcttcgggatacgaatttattaattgtccaataaattggattcggctggcccccggaaaaaggcctgagtggatgggatggatgaagcctaggggtggggccgtcagttacgcacgtcaacttcagggcagagtgaccatgactcgacaattatctcaagacccagacgacccggactggggcacagcctttttggagctccgttccttgacatccgacgacacggccgtctatttttgtactcggggaaaatattgcactgcgcgcgactattataattgggacttcgaacactggggccagggcaccccggtcaccgtctcgtca
SEQ ID NO:43是编码VRC07 VL的示例性核酸序列。
Gaaattgtgttgacacagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggaaacagccatcatctcttgtcggaccagtcagtatggttccttagcctggtatcaacagaggcccggccaggcccccaggctcgtcatctattcgggctctactcgggccgctggcatcccagacaggttcagcggcagtcggtgggggccagactacaatctcaccatcagcaacctggagtcgggagattttggtgtttattattgccagcagtatgaattttttggccaggggaccaaggtccaggtcgacattaaa
SEQ ID NO:44是编码VRC07-523 70-03VH的示例性核酸序列。
caggtgcgactgtcgcagtctggaggtcagatgaagaagcctggcgactcgatgagaatttcttgtcgggcttcgggatacgaatttattaattgtccaataaattggattcggctggcccccggaaaaaggcctgagtggatgggatggatgaagcctaggcatggggccgtcagttacgcacgtcaacttcagggcagagtgaccatgactcgacaattatctcaagacccagacgacccggactggggcacagcctttttggagctccgttccttgacatccgacgacacggccgtctatttttgtactcggggaaaatattgcactgcgcgcgactattataattgggacttcgaacactggggccagggcaccccggtcaccgtctcgtca
SEQ ID NO:45是编码VRC07-523 VL的示例性核酸序列。
AtgggatggtcatgtatcatcctttttctagtagcaactgcaaccggtgtacattcatctttgacacagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggaaacagccatcatctcttgtcggaccagtcagtatggttccttagcctggtatcaacagaggcccggccaggcccccaggctcgtcatctattcgggctctactcgggccgctggcatcccagacaggttcagcggcagtcggtgggggccagactacaatctcaccatcagcaacctggagtcgggagattttggtgtttattattgccagcagtatgaattttttggccaggggaccaaggtccaggtcgacattaaaSEQ ID NO:46-51是图7A所示的肽插入序列。
SEQ ID NO:52-55是图8A所示的肽插入序列。
SEQ ID NO:56是VRC-PG04 VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGSGVKKPGASVRVSCWTSEDIFERTELIHWVRQAPGQGLEWIGWVKTVTGAVNFGSPDFRQRVSLTRDRDLFTAHMDIRGLTQGDTATYFCARQKFYTGGQGWYFDLWGRGTLIVVSS
SEQ ID NO:57是VRC-PG04mAb VL的氨基酸序列。
EIVLTQSPGTLSLSPGETASLSCTAASYGHMTWYQKKPGQPPKLLIFATSKRASGIPDRFSGSQFGKQYTLTITRMEPEDFARYYCQQLEFFGQGTRLEIRRTV
SEQ ID NO:58是VRC-PG04 70-03VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGSGVKKPGASVRVSCWTSEDIFERTELIHWVRQAPGQGLEWIGWVKTVTGAVNFGSPDFRQRVSLTRQLSQDPDDPDWGTAHMDIRGLTQGDTATYFCARQKFYTGGQGWYFDLWGRGTLIVVSS
SEQ ID NO:59-83是CDR序列。
SEQ ID NO:84是VRC01.23 VH的氨基酸序列。
QVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRWGAVNYARPLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSS
SEQ ID NO:85是VRC01.23 VL的氨基酸序列。
LTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK
SEQ ID NO:86是3BNC117 70-03VH的氨基酸序列。
QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKTGQPNNPRQFQGRVSLTRQLSQDPDDPDWGSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSS
SEQ ID NO:87是N49P7 70-03VH的氨基酸序列。
ADLVQSGAVVKKPGDSVRISCEAQGYRFPDYIIHWIRRAPGQGPEWMGWMNPMGGQVNIPWKFQGRVSMTRQLSQDPDDPDWGTAFLDLRGLKSDDTAVYYCVRDRSNGSGKRFESSNWFLDLWGRGTAVTIQS
SEQ ID NO:88是N49P7 VL的氨基酸序列。
QSALTQPRSVSASPGQSVTISCTGTHNLVSWCQHQPGRAPKLLIYDFNKRPSGVPDRFSGSGSGGTASLTITGLQDDDDAEYFCWAYEAFGGGTKLTVLGQPK
SEQ ID NO:89是VRC08 70-03VH的氨基酸序列。
EVQLVQSGTQMKEPGASVTISCVTSGYEFVEILINWVRQVPGRGLEWMGWMNPRGGGVNYARQFQGKVTMTRQLSQDPDDPDWGTAYLTLSGLTSGDTAKYFCVRGRSCCGGRRHCNGADCFNWDFQHWGQGTLVIVSP
SEQ ID NO:90是VRC08 VL的氨基酸序列。
YIGVTQSPAILSVSLGERVTLSCKTSQAITPRHLVWHRQKGGQAPSLVMTGTSERASGIPDRFIGSGSGTDFTLTITRLEAEDFAVYYCQCLEAFGQGTKLEIK
SEQ ID NO:91是包含VRC01.23 VH和具有“LS”突变的恒定区的抗体重链的示例性氨基酸序列。
QVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRWGAVNYARPLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSSPSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO:92是包含VRC01.23 VL的抗体轻链的示例性氨基酸序列。
LTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SEQ ID NO:93是编码包含VRC01.23 VH的抗体重链的示例性核酸序列。
atgggatggtcatgtatcatcctttttctagtagcaactgcaaccggtgtacattcccaggtgcagctggtgcagtctggaggtcagatgaagaagcctggcgagtcgatgagaatttcttgtcgggcttctggatatgaatttattgattgtacgctaaattggattcgtctggcccccggaaaaaggcctgagtggatgggatggctgaagcctcggtggggggccgtcaactacgcacgtccacttcagggcagagtgaccatgactcgacagctgagccaggaccctgacgatcccgattggggcacagcctttttggagctgcgctcgttgacagtagacgacacggccgtctacttttgtactaggggaaaaaactgtgattacaattgggacttcgaacactggggccggggcaccccggtcatcgtctcatcaccgtcgaccaagggcccatcggtcttccccctggcaccctcctccaagagcacctctgggggcacagcggccctgggctgcctggtcaaggactacttccccgaaccggtgacggtgtcgtggaactcaggcgccctgaccagcggcgtgcacaccttcccggctgtcctacagtcctcaggactctactccctcagcagcgtggtgaccgtgccctccagcagcttgggcacccagacctacatctgcaacgtgaatcacaagcccagcaacaccaaggtggacaagaaagttgagcccaaatcttgtgacaaaactcacacatgcccaccgtgcccagcacctgaactcctggggggaccgtcagtcttcctcttccccccaaaacccaaggacaccctcatgatctcccggacccctgaggtcacatgcgtggtggtggacgtgagccacgaagaccctgaggtcaagttcaactggtacgtggacggcgtggaggtgcataatgccaagacaaagccgcgggaggagcagtacaacagcacgtaccgtgtggtcagcgtcctcaccgtcctgcaccaggactggctgaatggcaaggagtacaagtgcaaggtctccaacaaagccctcccagcccccatcgagaaaaccatctccaaagccaaagggcagccccgagaaccacaggtgtacaccctgcccccatcccgggatgagctgaccaagaaccaggtcagcctgacctgcctggtcaaaggcttctatcccagcgacatcgccgtggagtgggagagcaatgggcagccggagaacaactacaagaccacgcctcccgtgctggactccgacggctccttcttcctctacagcaagctcaccgtggacaagagcaggtggcagcaggggaacgtcttctcatgctccgtgctgcatgaggctctgcacagccactacacgcagaagagcctctccctgtctccgggtaaa
SEQ ID NO:94是编码包含VRC01.23 VL的抗体轻链的示例性核酸序列。
atgggatggtcatgtatcatcctttttctagtagcaactgcaaccggtgtacattcattgacacagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggaaacagccatcatctcttgtcggaccagtcagtatggttccttagcctggtatcaacagaggcccggccaggcccccaggctcgtcatctattcgggctctactcgggccgctggcatcccagacaggttcagcggcagtcggtgggggccagactacaatctcaccatcagcaacctggagtcgggagattttggtgtttattattgccagcagtatgaattttttggccaggggaccaaggtccaggtcgacattaaacgtacggtggctgcaccatctgtcttcatcttcccgccatctgatgagcagttgaaatctggaactgcctctgttgtgtgcctgctgaataacttctaccccagagaagccaaagtgcagtggaaggtggacaacgccctgcagagcggaaacagccaggaaagcgtgacagagcaggattccaaggattccacatacagcctgagcagcacactgacactgtccaaggccgactacgagaagcacaaggtgtacgcctgcgaagtgacacaccagggactgtcctcccctgtgacaaagagcttcaacagaggagaatgc
SEQ ID NO:95是N6 70-03Y54W VH的氨基酸序列。
RAHLVQSGTAMKKPGASVRVSCQTSGYTFTAHILFWFRQAPGRGLEWVGWIKPQWGAVNFGGGFRDRVTLTRQLSQDPDDPDWGIAYMDIRGLKPDDTAVYYCARDRSYGDSSWALDAWGQGTTVVVSA
SEQ ID NO:96是N6 70-03Y98S VH的氨基酸序列。
RAHLVQSGTAMKKPGASVRVSCQTSGYTFTAHILFWFRQAPGRGLEWVGWIKPQYGAVNFGGGFRDRVTLTRQLSQDPDDPDWGIAYMDIRGLKPDDTAVYYCARDRSSGDSSWALDAWGQGTTVVVSA
SEQ ID NO:97是具有2-氨基酸N端缺失的N6 VL的氨基酸序列。
HVTQSPSSLSVSIGDRVTINCQTSQGVGSDLHWYQHKPGRAPKLLIHHTSSVEDGVPSRFSGSGFHTSFNLTISDLQADDIATYYCQVLQFFGRGSRLHIK
SEQ ID NO:98是具有3-氨基酸N端缺失的N6 VL的氨基酸序列。
VTQSPSSLSVSIGDRVTINCQTSQGVGSDLHWYQHKPGRAPKLLIHHTSSVEDGVPSRFSGSGFHTSFNLTISDLQADDIATYYCQVLQFFGRGSRLHIK
SEQ ID NO:99是包含N6 70-03VH和具有“LS”突变的恒定区的抗体重链的示例性氨基酸序列。
RAHLVQSGTAMKKPGASVRVSCQTSGYTFTAHILFWFRQAPGRGLEWVGWIKPQYGAVNFGGGFRDRVTLTRQLSQDPDDPDWGIAYMDIRGLKPDDTAVYYCARDRSYGDSSWALDAWGQGTTVVVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHALHSHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO:100是包含N6 VL的抗体轻链的示例性氨基酸序列。
YIHVTQSPSSLSVSIGDRVTINCQTSQGVGSDLHWYQHKPGRAPKLLIHHTSSVEDGVPSRFSGSGFHTSFNLTISDLQADDIATYYCQVLQFFGRGSRLHIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SEQ ID NO:101是VRC07-523 70-03H54W VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRWGAVSYARQLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:102是VRC07-523 70-03H54F VH的氨基酸序列。
QVRLSQSGGQMKKPGDSMRISCRASGYEFINCPINWIRLAPGKRPEWMGWMKPRFGAVSYARQLQGRVTMTRQLSQDPDDPDWGTAFLELRSLTSDDTAVYFCTRGKYCTARDYYNWDFEHWGQGTPVTVSS
SEQ ID NO:103是相对于VRC01 VL具有3-氨基酸N端缺失的VRC07-523 VL的氨基酸序列。
LTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK
SEQ ID NO:104是相对于VRC01 VL具有3-氨基酸N端缺失以及R24D和N72Q取代的VRC07-523 VL的氨基酸序列。
LTQSPGTLSLSPGETAIISCDTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYQLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIK
SEQ ID NO:105是N49P7 70-03G54W VH的氨基酸序列。
ADLVQSGAVVKKPGDSVRISCEAQGYRFPDYIIHWIRRAPGQGPEWMGWMNPMWGQVNIPWKFQGRVSMTRQLSQDPDDPDWGTAFLDLRGLKSDDTAVYYCVRDRSNGSGKRFESSNWFLDLWGRGTAVTIQS
SEQ ID NO:106是具有2-氨基酸N端缺失的N49P7 VL的氨基酸序列。
ALTQPRSVSASPGQSVTISCTGTHNLVSWCQHQPGRAPKLLIYDFNKRPSGVPDRFSGSGSGGTASLTITGLQDDDDAEYFCWAYEAFGGGTKLTVLGQPK
SEQ ID NO:107是具有3-氨基酸N端缺失的N49P7 VL的氨基酸序列。
LTQPRSVSASPGQSVTISCTGTHNLVSWCQHQPGRAPKLLIYDFNKRPSGVPDRFSGSGSGGTASLTITGLQDDDDAEYFCWAYEAFGGGTKLTVLGQPK
SEQ ID NO:108是VRC08 70-03G54W VH的氨基酸序列。
EVQLVQSGTQMKEPGASVTISCVTSGYEFVEILINWVRQVPGRGLEWMGWMNPRWGGVNYARQFQGKVTMTRQLSQDPDDPDWGTAYLTLSGLTSGDTAKYFCVRGRSCCGGRRHCNGADCFNWDFQHWGQGTLVIVSP
SEQ ID NO:109是具有2-氨基酸N端缺失的VRC08 VL的氨基酸序列。
GVTQSPAILSVSLGERVTLSCKTSQAITPRHLVWHRQKGGQAPSLVMTGTSERASGIPDRFIGSGSGTDFTLTITRLEAEDFAVYYCQCLEAFGQGTKLEIK
SEQ ID NO:110是具有3-氨基酸N端缺失的VRC08 VL的氨基酸序列。
VTQSPAILSVSLGERVTLSCKTSQAITPRHLVWHRQKGGQAPSLVMTGTSERASGIPDRFIGSGSGTDFTLTITRLEAEDFAVYYCQCLEAFGQGTKLEIK
SEQ ID NO:111是3BNC117 T54W VH的氨基酸序列。
QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKWGQPNNPRQFQGRVSLTRHASWDFDTYSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSS
SEQ ID NO:112是3BNC117 70-03T54W VH的氨基酸序列。
QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKWGQPNNPRQFQGRVSLTRQLSQDPDDPDWGSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSS
SEQ ID NO:113是具有2-氨基酸N端缺失的3BNC117 VL的氨基酸序列。
QMTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIATYFCQVYEFVVPGTRLDLK
SEQ ID NO:114是具有3-氨基酸N端缺失的3BNC117 VL的氨基酸序列。
MTQSPSSLSASVGDTVTITCQANGYLNWYQQRRGKAPKLLIYDGSKLERGVPSRFSGRRWGQEYNLTINNLQPEDIATYFCQVYEFVVPGTRLDLK
SEQ ID NO:115是3BNC117 70-03G54F VH的氨基酸序列。
QVQLLQSGAAVTKPGASVRVSCEASGYNIRDYFIHWWRQAPGQGLQWVGWINPKFGQPNNPRQFQGRVSLTRQLSQDPDDPDWGSFYMDLKALRSDDTAVYFCARQRSDYWDFDVWGSGTQVTVSS
SEQ ID NO:116是N49P7 VH的氨基酸序列。
ADLVQSGAVVKKPGDSVRISCEAQGYRFPDYIIHWIRRAPGQGPEWMGWMNPMGGQVNIPWKFQGRVSMTRDTSIETAFLDLRGLKSDDTAVYYCVRDRSNGSGKRFESSNWFLDLWGRGTAVTIQS
SEQ ID NO:117是VRC08 VH的氨基酸序列。
EVQLVQSGTQMKEPGASVTISCVTSGYEFVEILINWVRQVPGRGLEWMGWMNPRGGGVNYARQFQGKVTMTRDVYRDTAYLTLSGLTSGDTAKYFCVRGRSCCGGRRHCNGADCFNWDFQHWGQGTLVIVSP
SEQ ID NO:118是具有“LS”突变的重链IgG1恒定区的氨基酸序列。
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHALHSHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO:119是轻链恒定区的氨基酸序列。
RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
发明详述
I.术语总结
除非另有说明，按照常规用法使用技术术语。分子生物学中的许多常见术语的定义可在以下文献中找到：Krebs等人(编),Lewin’s genes XII,Jones&Bartlett Learning出版,2017。如本文所用，除非上下文另外明确指出，否则单数形式“一个/一种”和“所述”既是指单数又是指复数。例如，术语“一个抗原”包括单个或多个抗原并且可以认为等价于短语“至少一个抗原”。如本文所用，术语“包含”意指“包括”。还应理解的是，除非另有说明，核酸或多肽的任意及所有碱基大小或氨基酸大小，以及所有分子量或分子质量值都是近似的，且都是出于描述性目的而提供的。尽管可以使用多种与本文所述相似或等价的方法和材料，但是本文描述的都是特别合适的方法和材料。如果有冲突，将以本说明书(包括术语的解释)为准。此外，所述材料、方法和实例都仅仅是说明性的而不是限制性的。为了便于评述各个实施方案，下面提供了术语的释义：
施用：通过选择的途径将组合物引入对象中。施用可以是局部的或全身的。例如，如果选择的途径是静脉内途径，组合物通过将组合物引入到对象的静脉中来施用。施用的示例性途径包括但不限于口服、注射(如皮下、肌内、真皮内、腹膜内和静脉内)、舌下、直肠、经皮(例如表面)、鼻内、阴道以及吸入途径。
抗体和抗原结合片段：一种免疫球蛋白、抗原结合片段或其衍生物，其特异性结合并识别分析物(抗原)如HIV-1 gp120。本文采用最广泛意义上的术语“抗体”，涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性和三特异性抗体)以及抗原结合片段，只要它们体现出所需的抗原结合活性即可。
抗体的非限制性示例包括例如完整免疫球蛋白及其本领域已知的保留抗原结合亲和力的变体和片段。抗原结合片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。抗原结合片段包括通过修饰完整抗体生成的抗原结合片段或者采用重组DNA方法(参见Kontermann and Dubel(编),Antibody Engineering,Vols.1-2,2nd Ed.,Springer Press,2010)重新合成的那些。
抗体还包括基因工程形式如嵌合抗体(如人源化鼠抗体)和异源缀合抗体(如双特异性抗体)。
抗体可具有一个或多个结合位点。如果有多于一个的结合位点，那么结合位点可彼此相同或不同。例如，天然存在的免疫球蛋白具有两个相同的结合位点，单链抗体或Fab片段具有一个结合位点，而双特异性或双功能抗体具有两个不同的结合位点。
通常，天然存在的免疫球蛋白具有由二硫键互连的重(H)链和轻(L)链。免疫球蛋白基因包括κ、λ、α、γ、δ、ε和μ恒定区基因，以及大量的免疫球蛋白可变结构域基因。有两种类型的轻链，lambda(λ)和kappa(κ)。有五个主要重链类别(或同种型)，其决定了抗体分子IgM、IgD、IgG、IgA和IgE的功能活性。
每个重链和轻链都含有恒定区(或恒定结构域)和可变区(或可变结构域)。重链和轻链可变区组合以特异性结合抗原。
提及“VH”或“VH”是指抗体重链包括抗原结合片段如Fv、scFv、dsFv或Fab的可变区。提及“VL”或“VL”是指抗体轻链包括Fv、scFv、dsFv或Fab的可变结构域。
VH和VL含有被3个高变区、也称为“互补决定区”或“CDR”间断的“框架”区(参见例如Kabat等,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed.,NIHPublication No.91-3242,Public Health Service,National Institutes of Health,U.S.Department of Health and Human Services,1991)。在物种内，不同轻链或重链的框架区的序列是相对保守的。抗体的框架区，即组成型轻链和重链的组合框架区，用于在三维空间定位和比对CDR。
CDR主要负责与抗原的表位结合。采用任何诸多众所周知的方案，包括由Kabat等(Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed.,NIH PublicationNo.91-3242,Public Health Service,National Institutes of Health,U.S.Departmentof Health and Human Services,1991；“Kabat”编号方案)、Al-Lazikani等(“Standardconformations for the canonical structures of immunoglobulins,”J.Mol.Bio.,273(4):927-948,1997；“Chothia”编号方案)和Lefranc等(“IMGT unique numbering forimmunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-likedomains,”Dev.Comp.Immunol.,27(1):55-77,2003；“IMGT”编号方案)描述的方案，可以容易地确定出给定CDR的氨基酸序列边界。每条链的CDR通常被称为CDR1、CDR2和CDR3(从N端到C端)，并且通常通过特定CDR所在的链来鉴别。因此，VH CDR3是来自其被发现的抗体的VH的CDR3，而VL CDR1是来自其被发现的抗体的VL的CDR1。轻链CDR有时也称为LCDR1、LCDR2和LCDR3。重链CDR有时也称为HCDR1、HCDR2和HCDR3。
在一些实施方案中，公开的抗体包括异源恒定结构域。例如，抗体包括不同于天然恒定结构域的恒定结构域，例如包含一或多个修饰(例如“LS”突变)以增加半衰期的恒定结构域。
“单克隆抗体”是得自基本均质抗体群的抗体，也就是说，除了例如含有天然存在的突变或单克隆抗体制剂的生产过程中产生的可能的变体抗体(这些变体一般以较少数量存在)之外，包含于该群体的各个抗体是相同的和/或结合相同的表位。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂的每个单克隆抗体都针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”表示得自基本均质抗体群的抗体的特征，并且不应解释为需要通过任何特定方法来生成抗体。例如，单克隆抗体可由多种技术制得，包括但不限于杂交瘤法、重组DNA法、噬菌体展示法以及利用含有全部或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文描述了这些方法和制备单克隆抗体的其他示例性方法。在一些示例中，单克隆抗体分离自对象。单克隆抗体可具有对抗原结合或其它免疫球蛋白功能基本无影响的保守氨基酸取代。(参见例如Greenfield(Ed.),Antibodies:ALaboratory Manual,2nd ed.New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2014)。
“人源化”抗体或抗原结合片段包括人框架区和来自非人(如小鼠、大鼠或合成的)抗体或抗原结合片段的一或多个CDR。提供CDR的非人抗体或抗原结合片段称为“供体”，提供框架的人抗体或抗原结合片段称为“受体”。在一个实施方案中，所有CDR都来自人源化免疫球蛋白中的供体免疫球蛋白。不需要存在恒定区，但如果存在恒定区，则它们与人免疫球蛋白恒定区基本上相同，如至少大约85-90％、如大约95％或以上相同。因此，除了可能存在的CDR，人源化抗体或抗原结合片段的所有部分与天然人抗体序列的相应部分基本上相同。
“嵌合抗体”是一种包括衍生自通常属于不同物种的两个不同抗体的序列的抗体。在一些示例中，嵌合抗体包括来自一个人抗体的一或多个CDR和/或框架区以及来自另一人抗体的CDR和/或框架区。
“完全人抗体”或“人抗体”是一种包括来自(或衍生自)人基因组的序列但不包括来自另一物种的序列的抗体。在一些实施方案中，人抗体包括来自(或衍生自)人基因组的CDR、框架区和Fc区(如果存在)。基于衍生自人基因组的序列，采用制造抗体的技术，例如通过噬菌体展示或用转基因动物，来鉴定和分离人抗体(参见例如Barbas等Phage display:ALaboratory Manuel.1st Ed.New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2004；Lonberg,Nat.Biotechnol.,23(9):1117-1125,2005；Lonberg,Curr.Opin.Immunol.,20(4):450-459,2008)。
“双特异性抗体”是一种由两个不同抗原结合结构域构成从而结合两个不同抗原表位的重组分子。双特异性抗体包括两个抗原结合结构域的化学上或遗传学上连接的分子。可用接头连接抗原结合结构域。抗原结合结构域可以是单克隆抗体、抗原结合片段(例如Fab、scFv)或其组合。双特异性抗体可包括一或多个恒定结构域，但并不必须包括恒定结构域。
“亲本”抗体是指提及不是亲本抗体的另一抗体时用作参考或比较的抗体。例如，具有与特定亲本抗体相同的CDR的测试抗体具有与亲本抗体的CDR相同的CDR，但是测试抗体的其余部分可以不同于亲本抗体。
中和HIV-1的抗体或抗原结合片段：以抑制与HIV-1 Env相关的生物学功能(如与其靶受体的结合)的方式与HIV-1 Env特异性结合(例如结合gp120)的抗体或抗原结合片段。在若干实施方案中，中和HIV-1的抗体或抗原结合片段降低了HIV-1的感染效价。
HIV-1的广谱中和抗体与其他HIV-1的抗体的区别在于它们在循环中中和高百分比的多种类型的HIV-1。在一些实施方案中，HIV-1的广谱中和抗体与其他HIV-1的抗体的区别在于它们在循环中中和高百分比(如至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％，至少99％)的多种类型的HIV-1。HIV-1广谱中和抗体的非限制性示例包括N6、2G12、PGT122、VRC01、35O22、VRC07、VRC07-523和VRC-PG04。
生物学样品：一种得自对象的样品。生物学样品包括所有可用于检测对象疾病或感染(例如HIV-1感染)的临床样品，包括但不限于细胞、组织和体液(如血液、血液的衍生物和成分(如血清)、脑脊液)；以及活组织检查或手术摘除的组织，例如未固定、冷冻或固定于福尔马林或石蜡中的组织。在一个具体实例中，生物学样品得自患有或疑似有HIV-1感染的对象。
CD4：分化簇因子4多肽；介导与MHC II类分子的相互作用的T细胞表面蛋白。CD4还可作为HIV-1感染期间HIV-1在T细胞上的主要受体位点。已知CD4与HIV-1的gp120结合。CD4前体的已知序列具有疏水性信号肽、大约370个氨基酸的胞外区、与MHC II类beta链的跨膜结构域有显著相同性的高度疏水性区段、以及40个残基的高带电荷胞内序列(Maddon,Cell42:93,1985)。
足以形成免疫复合物的条件：允许抗体或抗原结合片段与其同源表位结合在可检测地程度上比与基本上所有其它表位结合更大，和/或基本上不与基本所有其它表位结合的条件。足以形成免疫复合物的条件取决于结合反应的形式并且通常是在免疫测定方案采用的或体内遇到的条件。参见Greenfield(Ed.),Antibodies:A Laboratory Manual,2nded.New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2014就免疫测定形式和条件的描述。所述方法中采用的条件是“生理条件”，其包括在活的哺乳动物或哺乳动物细胞内的典型条件(例如温度、渗透性、pH)。虽然应认识到某些器官经受极端条件，但是生物体内及胞内环境一般接近pH7(例如从pH6.0到pH8.0，更典型pH6.5到7.5)，含有水作为主要溶剂，并存在0℃以上且50℃以下的温度。渗透性在可支持细胞存活和增殖的范围内。
通过常规方法例如免疫组织化学(IHC)、免疫沉淀(IP)、流式细胞术、免疫荧光显微术、ELISA、免疫印迹(例如Western印迹)、磁共振成像(MRI)、计算机体层摄影(CT)扫描、放射摄影术以及亲和色谱法检测免疫复合物的形成。所选择抗体的免疫学结合特性可采用已知方法来定量。
缀合物：连接在一起的两个分子的复合物，例如通过共价键连接在一起。在一个实施方案中，抗体与效应分子连接；例如，与HIV-1 Env特异性结合的抗体与效应分子共价连接。连接可以通过化学或重组手段进行。在一个实施方案中，连接是化学连接，其中抗体部分与效应分子之间的反应产生了在所述两个分子间形成的共价键以形成一个分子。抗体和效应分子之间可任选地包括肽接头(短肽序列)。由于缀合物可由两个具有不同功能性的分子(如抗体和效应分子)制得，所以其有时也称为“嵌合分子”。
保守氨基酸取代：“保守”氨基酸取代是基本上不影响蛋白功能(如蛋白与靶蛋白相互作用的能力)的那些取代。
在一些实施方案中，HIV Env特异性抗体中的保守氨基酸取代是与缺少所述保守氨基酸取代的相应抗体与HIV Env的结合相比，使得所述抗体与HIV Env的结合降低不超过10％(如不超过5％)的取代。在一些实施方案中，与参考抗体序列相比，HIV Env特异性抗体包括不超过10个(例如不超过5个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)的保守取代，并且保留了对HIV Env的特异性结合活性和/或HIV-1中和活性。
通常，在编码的序列中改变、添加或缺失单个氨基酸或小百分比的氨基酸(例如少于5％，在一些实施方案中少于1％)的个别取代、缺失或添加是保守性变化，其中变化导致氨基酸被化学上相似的氨基酸取代。以下6组为被认为是彼此保守取代的氨基酸的示例：
1)丙氨酸(A)、丝氨酸(S)、苏氨酸(T)；
2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)；
3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；
4)精氨酸(R)、赖氨酸(K)；
5)异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、缬氨酸(V)；以及
6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)。
接触：直接物理关联的放置；既包括以固体形式也包括以液体形式，可发生在体内或体外。接触包括一个分子与另一个分子之间的接触，例如，一个多肽(如抗原)的表面上的氨基酸接触另一个多肽(如抗体)。接触还可包括接触细胞，例如通过将抗体置于与细胞的直接物理关联。
对照：参照标准。在一些实施方案中，对照是阴性对照，如得自未感染HIV-1的健康患者的样品。在另一些实施方案中，对照是阳性对照，如得自诊断有HIV-1感染的患者的组织样品。在再另一些实施方案中，对照是历史对照或标准参照值或值的范围(如先前测试过的对照样品，如一组具有已知预后或后果的HIV-1患者、或一组代表基线值或正常值的样品)。
测试样品与对照之间的差异可增加，或反之可减少。该差异可以是定性差异或定量差异，例如统计学显著差异。在一些实例中，相对于对照，差异是增加或减少至少大约5％，如至少大约10％、至少大约20％、至少大约30％、至少大约40％、至少大约50％、至少大约60％、至少大约70％、至少大约80％、至少大约90％、至少大约100％、至少大约150％、至少大约200％、至少大约250％、至少大约300％、至少大约350％、至少大约400％、或至少大约500％。
可检测标记：可检测分子(也称为标记)，其直接或间接地与第二分子如抗体缀合，以便于检测所述第二分子。例如，可检测标记能够通过ELISA、分光光度法、流式细胞术、显微术或诊断成像技术(如CT扫描、MRI、超声、光纤维检查以及腹腔镜检查)检测。可检测标记的具体的非限制性示例包括荧光团、化学发光剂、酶连接、放射性同位素以及重金属或化合物(例如经MRI检测的超顺磁性氧化铁纳米晶体)。例如，在Green and Sambrook等(Molecular Cloning:A Laboratory Manual,4th ed.,New York:Cold Spring HarborLaboratory Press,2012)和Ausubel等(编)(Current Protocols in Molecular Biology,New York:John Wiley and Sons,including supplements,2017)中讨论了使用可检测标记和指导如何选择适用于各种目的的可检测标记的方法。
检测：鉴定某物的存在、出现或事实。
效应分子：旨在具有或产生期望作用的分子；例如，对效应分子所靶向的细胞的期望作用。效应分子可包括例如多肽和小分子。在一个非限制性实例中，效应分子是毒素。一些效应分子可具有或产生多于一种的期望作用。
表位：抗原决定簇。这些是抗原性(即诱发特异性免疫应答)分子上的特定化学基团或肽序列。抗体特异性结合多肽上的特定抗原性表位。在一些实例中，所公开的抗体特异性结合gp120上的表位。
表达：核酸序列的转录或翻译。例如，编码核酸序列(如基因)可在其DNA转录为RNA或RNA片段时表达，在一些实施例中，RNA或RNA片段被加工为mRNA。编码核酸序列(如基因)也可在其mRNA翻译为氨基酸序列如蛋白或蛋白片段时表达。在特定实例中，异源基因在其转录为RNA时表达。在另一实例中，异源基因在其RNA翻译为氨基酸序列时表达。表达的调控可包括对转录、翻译、RNA转运和加工、中间分子如mRNA的降解的控制，或在特异性蛋白分子生成之后通过激活、失活、区室化或降解的控制。
表达控制序列：调控其可操作地连接的异源核酸序列的表达的核酸序列。当表达控制序列控制并调控核酸序列的转录和(合适时)翻译时，表达控制序列可操作地与核酸序列连接。因此，表达控制序列可包括合适的启动子、增强子、转录终止子、蛋白编码基因前的起始密码子(ATG)、用于内含子的剪接信号、保持基因的正确阅读框以允许mRNA的适当翻译、以及终止密码子。术语“控制序列”旨在最低限度地包括其存在可影响表达的成分，还可包括其存在是有利的额外成分，例如，前导序列和融合伴侣序列。表达控制序列可包括启动子。
表达载体：包括重组多核苷酸的载体，该重组多核苷酸包含与待表达的核苷酸序列可操作连接的表达控制序列。表达载体包括足够的用于表达的顺式作用元件；用于表达的其他元件可由宿主细胞或在体外表达系统中提供。表达载体包括所有本领域已知的载体，如粘粒、质粒(例如裸露的或脂质体中包含的)和掺入重组多核苷酸的病毒(例如慢病毒、逆转录病毒、腺病毒和腺伴随病毒)。
多核苷酸可插入到表达载体中，该表达载体含有促进宿主中插入的遗传序列有效转录的启动子序列。表达载体通常含有复制起点、启动子以及允许对转化的细胞进行表型选择的特异性核酸序列。
HIV-1包膜蛋白(Env)：HIV-1包膜蛋白初始被合成为大小为845-870个氨基酸的前体蛋白，称为gp160。单个gp160多肽形成同源三聚体并在高尔基体内进行糖基化及加工以去除信号肽，并在大约位置511/512之间被细胞蛋白酶切割以生成分开的gp120和gp41多肽链，所述多肽链仍结合作为gp120/gp41原聚体存在于同源三聚体内。HIV-1Env三聚体的胞外结构域(即细胞外部分)经过若干结构重排，从躲避抗体识别的融合前成熟(切割)封闭构象，经由结合受体CD4和共受体(CCR5或CXCR4)的中间构象，到融合后构象。
所公开的HIV-1 Env蛋白及其片段中使用的编号是相对于全文并入本文参考的Numbering Positions in HIV Relative to HXB2CG Bette Korber et al.,HumanRetroviruses and AIDS 1998:A Compilation and Analysis of Nucleic Acid andAmino Acid Sequences.Korber et al.,Eds.Theoretical Biology and BiophysicsGroup,Los Alamos National Laboratory,Los Alamos,NM中显示的HXB2编号方案而言的。
HIV-1 gp120：一种多肽，其是HIV-1 Env蛋白的一部分。成熟gp120包括大约HIV-1Env残基31-511，含有大部分的HIV-1 Env三聚体的外部的表面暴露的结构域，并且它是既结合细胞CD4受体又结合细胞趋化因子受体(如CCR5)的gp120。成熟gp120多肽是胞外多肽，其与gp41胞外结构域相互作用形成HIV-1 Env原聚体，所述HIV-1 Env原聚体三聚体化形成HIV-1 Env三聚体。
HIV-1 gp41：一种是HIV-1 Env蛋白的一部分的多肽。成熟gp41大约包括HIV-1Env残基512-860，并且包括胞质、跨膜和胞外结构域。gp41胞外结构域(大约包括HIV-1 Env残基512-644)与gp120相互作用形成HIV-1 Env原聚体，其三聚体化形成HIV-1 Env三聚体。
1型人免疫缺陷病毒(HIV-1)：一种逆转录病毒，其可在人中产生免疫抑制(HIV-1病)，导致已知为获得性免疫缺陷综合症(AIDS)的疾病综合征。“HIV-1病”是指感染HIV-1病毒的人中充分认识的征候和症状的群集(包括机会性感染的发展)，由抗体或Western印迹研究确定。与该病相关的实验室发现包括T细胞进行性衰退。用作动物模型的相关病毒包括猴免疫缺陷病毒(SIV)和猫免疫缺陷病毒(FIV)。使用HAART治疗HIV-1已有效地减少了受感染个体中的病毒负荷并改善了HIV-1感染的影响。
HXB2编号系统：一种用于HIV-1蛋白和核酸序列的参考编号系统，其将HIV-1HXB2毒株序列作为所有其它HIV-1毒株序列的参考。本领普通技术人员熟悉HXB2编号系统，并且在如下文献中描述了该系统：“Numbering Positions in HIV Relative to HXB2CG,”Bette Korber et al.,Human Retroviruses and AIDS 1998:A Compilation andAnalysis of Nucleic Acid and Amino Acid Sequences.Korber B,Kuiken CL,Foley B,Hahn B,McCutchan F,Mellors JW,and Sodroski J,Eds.Theoretical Biology andBiophysics Group,Los Alamos National Laboratory,Los Alamos,NM，其全文并入本文参考。HXB2也称为：HXBc2，表示HXB克隆2；HXB2R，在Los Alamos HIV数据库，其中R表示修订，因为它相对于原始HXB2序列略有修订；以及GENBANKTM中的HXB2XCG，表示HXB2完整基因组。在本文所公开的gp120多肽中使用的编号是相对HXB2编号方案而言的。为参考，下面列出了HXB2的HIV-1 Env的氨基酸序列：
MRVKEKYQHLWRWGWRWGTMLLGMLMICSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVSLKCTDLKNDTNTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTSYKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTKAKRRVVQREKRAVGIGALFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWSNKSLEQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITNWLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHLPTPRGPDRPEGIEEEGGERDRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVELLGRRGWEALKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRVIEVVQGACRAIRHIPRRIRQGLERILL(SEQ ID NO:37；
Figure BDA0002723828330000171
登记号K03455)。
IgA：一种多肽，属于基本上被已确认的免疫球蛋白α基因编码的抗体类别。在人类中，该类别或同种型包括IgA1和IgA2。IgA抗体可以作为单体、以二聚体形式为主的多聚体(称为pIgA)和分泌型IgA存在。野生型IgA的恒定链在其称为尾端(tp)的C末端含有18-氨基酸延伸。多聚IgA由浆细胞分泌，具有称为J链的15-kDa肽，J链通过尾端内的保守半胱氨酸残基连接两个IgA单体。
IgG:一种多肽，属于基本上被已确认的免疫球蛋白γ基因编码的抗体类别或同种型。在人类中，该类别包括IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。
免疫复合物：抗体或抗原结合片段(如scFv)与可溶抗原结合形成免疫复合物。免疫复合物的形成可通过常规方法例如免疫组织化学、免疫沉淀、流式细胞术、免疫荧光显微术、ELISA、免疫印迹(例如Western印迹)、磁共振成像、CT扫描、放射摄影术以及亲和层析检测。
抑制疾病或状况：减少对象的疾病或状况的全面发展，例如减少已被HIV-1感染的对象的AIDS的发展或减少与HIV-1感染相关的症状。这包括中和、拮抗、禁止、预防、抑制、减慢、破坏、停止或逆转疾病或状况的进展或严重性。
抑制疾病或状况包括在疾病或状况开始发展之前施用的预防性干预(例如，在有感染HIV-1风险但未感染HIV-1的对象中开始的治疗)，这会减少随后的疾病或状况发展以及改善疾病或状况在发展后的一或多种体征或症状。另外，抑制疾病或状况包括在疾病或状况开始发展后施用的治疗性干预(例如，在对象诊断出患有HIV-1感染后施用的治疗)，其可以改善对象疾病或状况的一或多种体征和症状。针对抑制疾病或状况，术语“改善”是指任何可观察的旨在抑制疾病或状况的有益的干预效果。例如，通过易感对象中疾病或状况的临床症状的延迟发作、疾病或状况的一些或所有临床症状的严重性的降低、疾病或状况的减慢进展、对象总体健康的改善、感染减少或者特异于特定疾病或状况的其他参数来证实有益效果。
分离的：一种生物学组分(如核酸、肽、蛋白质或蛋白复合物，例如抗体)，其与在所述组分天然存在的生物体细胞中的其他生物学组分(即其他染色体和染色体外DNA和RNA以及蛋白质)基本上已分开、分离产生或纯化。因此，分离的核酸、肽和蛋白质包括由标准纯化方法纯化的核酸和蛋白质。该术语还包含通过在宿主细胞中重组表达制备的核酸、肽和蛋白质以及化学合成的核酸。分离的核酸、肽或蛋白质例如抗体可是至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％纯。
Kabat位置：氨基酸序列中残基的位置，其遵循Kabat等人描述的编号约定(Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed.,NIH PublicationNo.91-3242,Public Health Service,National Institutes of Health,U.S.Departmentof Health and Human Services,1991)。
接头：一种双功能分子，其可用于将两个分子连接为一个连续分子，例如用于将效应分子与抗体连接。肽接头的非限制性实例包括甘氨酸-丝氨酸接头。
术语“缀合”、“联接”、“键合”或“连接”可指使两个分子成为一个连续分子；例如，将两个多肽连接为一个连续多肽，或将一个效应分子或可检测标记放射性核素或其他分子共价附着到多肽如scFv上。连接可以通过化学手段或重组手段进行。“化学手段”是指抗体部分与效应分子之间的反应，使得两分子之间形成共价键以形成一个分子。
核酸(分子或序列)：脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸聚合物或其组合，包括但不限于cDNA，mRNA，基因组DNA和合成的(例如化学合成的)DNA或RNA。核酸可以是双链(ds)或单链(ss)。在单链的情况下，核酸可以是有义链或反义链。核酸可以包括天然核苷酸(例如A，T/U，C和G)，并且可以包括天然核苷酸的类似物，例如标记的核苷酸。
“cDNA”是指单链或双链形式的与mRNA互补或相同的DNA。
“编码”是指多核苷酸如基因、cDNA或mRNA中特定核苷酸序列的固有特性，其用作生物学过程中其它聚合物和大分子合成的模板，其它聚合物和大分子具有确定的核苷酸序列(即rRNA,tRNA和mRNA)或确定的氨基酸序列以及由此产生的生物学特性。因此，如果由基因产生的mRNA的转录和翻译在细胞或其他生物学系统中产生蛋白质，那么该基因就编码蛋白质。两条编码链的核苷酸序列与mRNA序列相同且一般提供在序列列表中，而且用作转录模板的基因或cDNA的非编码链都可称为编码该基因或cDNA的蛋白质或者其他产物。除非另有规定，“编码氨基酸序列的核苷酸序列”包括互为简并形式且编码相同氨基酸序列的所有核苷酸序列。编码蛋白质和RNA的核苷酸序列可包括内含子。
可操作地连接：当第一核酸序列与第二序列处于功能性关系时，第一核酸序列与第二核酸序列可操作地连接。例如，如果启动子如CMV启动子影响编码序列的转录或表达，那么启动子与编码序列可操作地连接。一般地，可操作连接的DNA序列是连续的，并且必要时，将两个蛋白质编码区联接在同一阅读框中。
药学上可接受的载体：所用的药学上可接受的载体是常规的。Remington:TheScience and Practice of Pharmacy,22nd ed.,London,UK:Pharmaceutical Press,2013描述了适用于所公开物质的药物递送的组合物和制剂。
一般地，载体的性质将取决于采用的特定施用方式。例如，胃肠外制剂通常包括可注射液体，所述可注射液体包括作为运载体的药学上和生理学上可接受的液体，如水、生理盐水、平衡盐溶液、葡萄糖水溶液、甘油等。对于固体组合物(例如粉剂、丸剂、片剂或胶囊形式)，常规无毒固体载体可包括例如药用级别的甘露醇、乳糖、淀粉或硬脂酸镁。除了生物学上的中性载体之外，待施用的药物组合物可含有少量无毒辅料，如润湿剂或乳化剂、添加的防腐剂(如非天然防腐剂)、pH缓冲剂等，例如乙酸钠或脱水山梨醇单月桂酸酯。在特定实例中，药学上可接受的载体是无菌的并且适用于给对象胃肠外施用，例如通过注射。在一些实施方案中，以单位剂型如丸剂或者以小瓶以选定的量来提供活性剂和药学上可接受的载体。单位剂型可包括一剂量或多剂量(例如以小瓶，其中可选择性地分配计量的物质剂量)。
多肽：一种聚合物，其中单体是通过酰胺键联接在一起的氨基酸残基。当氨基酸为α氨基酸时，可以使用L光学异构体或D光学异构体，优选L异构体。本文使用的术语“多肽”或“蛋白质”旨在涵盖任何氨基酸序列并且包括修饰的序列如糖蛋白。多肽既包括天然存在的蛋白质也包括重组或合成生成的蛋白质。多肽具有氨基末端(N-末端)和羧基末端(C-末端)。在一些实施方案中，多肽为公开的抗体或其片段。
纯化的：术语“纯化的”不需要绝对的纯度；相反，它旨在作为一个相对术语。因此，例如，纯化的肽制备物是其中肽或蛋白质(例如抗体)比在其细胞天然环境中的肽或蛋白质更富集的制备物。在一个实施方案中，纯化制备物，使得蛋白质或肽占制备物的总肽或蛋白质含量的至少50％。
重组：重组核酸是具有非天然存在的序列或具有由人工组合两个另外的分离的序列区段制得的序列的核酸。该人工组合可通过化学合成或更通常地通过对分离的核酸区段的人工操作例如通过遗传工程技术来完成。重组蛋白是具有非天然存在的序列或具有由人工组合两个另外的分离的序列区段制得的序列的蛋白质。在若干实施方案中，重组蛋白由已被引入到诸如细菌或真核细胞的宿主细胞中的异源(例如重组)核酸编码。核酸可被引入到例如具有能够表达由所引入的核酸编码的蛋白质的信号的表达载体上，或核酸可整合到宿主细胞染色体中。
序列相同性：根据序列之间的相同性来表示两个或更多个核酸序列、两个或更多个氨基酸序列之间的相同性。序列相同性可以根据相同性百分比来度量；百分比越高，序列越相同。特异性结合靶抗原的抗体的VL或VH的同源物和变体特征通常在于经与感兴趣的氨基酸序列的全长比对计算，具有至少大约75％的序列相同性，例如至少大约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列相同性。
用于比较序列的比对方法在本领域是公知的。在下列文献中描述了各种程序和比对算法：Smith and Waterman,Adv.Appl.Math.2(4):482-489,1981；Needleman andWunsch,J.Mol.Biol.48(3):443-453,1970；Pearson and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85(8):2444-2448,1988；Higgins and Sharp,Gene,73(1):237-244,1988；Higgins and Sharp,Bioinformatics,5(2):151-3,1989；Corpet,NucleicAcids Res.16(22):10881-10890,1988；Huang et al.Bioinformatics,8(2):155-165,1992；和Pearson,Methods Mol.Biol.24:307-331,1994.Altschul et al.,J.Mol.Biol.215(3):403-410,1990，提出了序列比对方法和同源性计算的详细考虑。NCBIBasic Local Alignment Search Tool(BLAST)(Altschul et al.,J.Mol.Biol.215(3):403-410,1990)可从数个来源获得，包括National Center for Biological Information和互联网，其用于与序列分程序blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx结合使用。Blastn用于比较核酸序列，而blastp用于比较氨基酸序列。额外信息可见于NCBI网站。
通常，一旦比对两个序列，则通过计数两个序列中存在的相同核苷酸或氨基酸残基的位置的数目来确定匹配数目。两个序列之间的百分比序列相同性通过将匹配数除以已鉴定序列中列出的序列长度或分节的长度(articulated length)(例如鉴定序列所示序列的100个连续核苷酸或氨基酸残基)然后将结果值乘以100来确定。
特异性结合：当提及抗体或抗原结合片段时，是指在蛋白质和其他生物质的异质群体存在时，确定靶蛋白质的存在的结合反应。因此，在指定条件下，抗体优先结合特定的靶蛋白质、肽或多糖(如病原体的表面存在的抗原，例如HIV-1 Env)并且不以显著量结合样品或对象中存在的其他蛋白质。抗体(例如特异性结合HIV-1 Env的抗体)和非靶(例如不表达HIV-1 Env的细胞)之间可以发生有限程度的非特异性相互作用。可以通过本领域已知方法确定特异性结合。参见Greenfield(Ed.),Antibodies:A Laboratory Manual,2nd ed.NewYork:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2014，描述了可用于确定特异性免疫反应性的免疫测定形式和条件。
对于抗体-抗原复合物，抗原和抗体的特异性结合具有小于约10-7M、如小于约10- 8M、10-9或甚至小于约10-10M的Kd。Kd是指给定相互作用如多肽-配体相互作用或抗体-抗原相互作用的解离常数。例如，对于抗体或抗原结合片段与抗原的双分子相互作用，它是双分子相互作用的个体组分的浓度除以复合物的浓度。
对象：活的多细胞脊椎动物生物体，一种包括人和非人哺乳动物的类别。在一个实例中，对象是人。在特定实例中，对象是新生儿。在另外实例中，选择需要抑制HIV-1感染的对象。例如，对象是未感染的及处于HIV-1感染风险中。
治疗有效量：足以在被治疗的对象中实现期望效果的特异性物质的量。例如，可以是防止、治疗(包括预防)、减少和/或改善失调或疾病如HIV-1感染的症状或潜在原因所需的量。在一些实施方案中，治疗有效量足以减少或消除HIV-1感染如AIDS的症状。例如，它可以是抑制或防止HIV-1复制或可测量地改变HIV-1感染的外部症状所需的量。理想地，治疗有效量提供治疗效果，但不在对象中引起实质细胞毒性作用。
在一些实施方案中，与合适的对照相比，施用治疗有效量的结合HIV-1 Env的所公开的抗体或抗原结合片段可减少或抑制HIV-1感染(例如通过感染的细胞、或通过被HIV-1感染的对象的数量或百分比、或通过被感染对象的存活时间的增加来测量)所希望的量，例如至少10％、至少20％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少98％或甚至至少100％(消除或防止可检测的HIV-1感染)。
向对象施用的特异性结合gp120的抗体或抗原结合片段的治疗有效量依据与该对象相关的多个因素如对象的总体健康和/或体重而变化。可以通过改变剂量以及测量由此产生的治疗反应如病毒滴度的降低来确定治疗有效量。也可通过各种体外、体内或原位免疫测定来确定治疗有效量。
治疗有效量涵盖分次剂量，所述分次剂量与之前或之后的施用结合来促成达到治疗反应。例如，以单剂或多剂(例如持续几天或几周的疗程期间的每日)来施用治疗有效量的药剂。然而，治疗有效量取决于正在治疗的对象、正在治疗的状况的严重性和类型以及施用方式。治疗量的或数倍治疗量的药剂可包装成单位剂型，例如在小瓶(例如带有可刺穿的盖)或含有无菌组分的注射器中。
转化：转化的细胞是通过分子生物学技术将核酸分子引入其内的细胞。如本文所用，术语转化及类似术语(例如转化，转染，转导等)涵盖所有可将核酸分子引入到此细胞中的技术，包括用病毒载体转导、用质粒载体转化以及通过电穿孔、脂质转染和粒子枪加速将DNA引入。
载体：包含带有启动子的核酸分子(例如DNA或RNA分子)的实体，该启动子可操作地连接至感兴趣蛋白质的编码序列并可以表达该编码序列。非限制性实例包括裸露的或包装的(脂质和/或蛋白质)DNA，裸露的或包装的RNA，病毒或细菌或其他可能不具有复制能力的微生物的亚成分，或病毒或细菌或其他可能具有复制能力的微生物的亚成分。载体有时被称为构建体。重组DNA载体是具有重组DNA的载体。载体可包括允许其在宿主细胞内复制的核酸序列，如复制起点。载体还可包括一或多个可选择标记基因和其他本领域已知的遗传元件。病毒载体是具有衍生自一或多个病毒的至少一些核酸序列的重组核酸载体。在一些实施方案中，提供了包括编码特异性结合HIV-1 gp120并中和HIV-1的公开的抗体或抗原结合片段的核酸分子的病毒载体。在一些实施方案中，病毒载体可以是腺伴随病毒(AAV)载体。
VRC01类抗体、重链或轻链：一类结合gp120上的CD4结合位点并可中和HIV-1的抗体及其重链和轻链。VRC01类抗体的原型成员VRC01可中和超过90％的流行HIV-1分离株，平均50％抑制浓度(IC50)为～0.3μg/ml。尽管VRC01类抗体之间存在整体序列差异，但是抗体-gp120共晶结构揭示了gp120的VRC01类识别在整个类别中是一致的。的确，在具有来自多个供体的不同VRC01类抗体的复合物中源自不同HIV-1进化枝的HIV-1 gp120的三维结构分析表明VRC01类抗体的物理结构具有惊人的相似性，并揭示了有助于gp120结合和HIV-1中和的若干抗体特征。VRC01类抗体的主要结构和个体发生特征允许通过查询抗体序列来识别该类别的成员。
例如，VRC01类抗体的VH具有VH1-2种系来源，其中VRC01类VH编码序列20％到35％(如25-30％)不同于相应种系基因序列。VRC01类VH包括Kabat位置50处的色氨酸残基(VHTrp50)、Kabat位置58处的丝氨酸或天冬酰胺残基(VH Asn58)以及Kabat位置71处的精氨酸残基(VH Arg71)，和位置100B处的色氨酸或苯丙氨酸。这些残基与gp120上的氨基酸形成特异性相互作用，有助于VRC01类特异性和中和特性。当VRC01类抗体与gp120结合时，VH Trp50与gp120 Asn280形成氢键，VH Asp58与gp120 Arg456和Gly458形成氢键，VH Arg71与gp120 Asp368形成盐桥，并且VH Trp 100B与gp120 Asn279形成氢键。
进一步地，VRC01类抗体的VL具有IGKV1-33、IGKV3-11、IGKV3-15、IGKV3-20或IGLV2-14种系来源，其中VRC01类VL编码序列15％到35％(如25-30％)不同于相应种系基因序列。VRC01类VL包括具有2-6氨基酸缺失的LCDR1(Kabat定位)或者在Kabat位置28-30中至少两处具有甘氨酸残基的LCDR1。甘氨酸残基的缺失或存在提供了使LCDR1在抗体与CD4结合位点结合时避免与gp120的D环发生结构冲突的柔性。进一步地，VRC01类VL包括(根据Kabat定位)长度为5个氨基酸的LCDR3并且包括在Kabat位置91处的疏水性残基(如亮氨酸或酪氨酸)、Kabat位置92-95的缺失以及Kabat位置96处的谷氨酸或谷氨酰胺残基。位置91处的疏水性残基针对gp120 D环的主链填充，Kabat位置96处的谷氨酸或谷氨酰胺残基在gp120 V5结构域的基础上与保守的正电性区相互作用。
属于VRC01类的抗体的非限制性示例包括N6、VRC01、VRC03、VRC07、VRC07-523、VRC13、3BCN117、12A12、12A21、VRC-PG04、NIH45-46、VRC23、VRC-CH30、VRC-CH31和VRC-PG20抗体。本领技术人员可获取并熟悉这些抗体以及VRC01类抗体的描述、特征和生成(参见例如Diskin et al.,Science,334(6060):1289-93,2011；Kwong and Mascola,Immunity,37,412-425,2012；Li et al.,J.Virol.,85,8954-8967,2011；Rudicell et al.,J.Virol.,88,12669-12682,2012；Scheid et al.,Science,333(6049):1633-1637,2011；West etal.,PNAS,109:E2083-2090,2012；Wu et al.,Science,329(5993):856-861,2010；Wu etal.,Science,333(6049):1593-1602,2011；Zhou et al.,Immunity,39:245-258,2013；Georgiev et al.,Science,340:751-756,2013；Zhu et al.,PNAS,110,E4088-E4097,2013；及WIPO公开号WO 2012/158948,WO2011038290,WO2012154312,WO2013142324和WO2013016468，均以全文并入本文参考)。
II.若干实施方案的描述
提供了特异性结合HIV-1 Env上CD4结合位点的分离的单克隆抗体和抗原结合片段。在一些实施方案中，所述抗体和抗原结合片段完全是人的。在若干实施方案中，使用所述抗体和抗原结合片段来中和HIV-1。本文还公开了包括所述抗体和抗原结合片段和药学上可接受的载体的组合物。也提供了编码所述抗体或抗原结合片段的核酸和包括这些核酸的表达载体(如腺伴随病毒(AAV)病毒载体)。
所述抗体、抗原结合片段、核酸分子和组合物可用于研究、诊断和治疗目的。例如，可使用所述单克隆抗体和抗原结合片段来诊断或治疗具有HIV-1感染的对象，或可预防性地施用以预防对象中的HIV-1感染。在一些实施方案中，可使用所述抗体来确定对象中的HIV-1滴度。
A.抗体和抗原结合片段
除了gp120外部结构域上的“经典”CD4结合位点(“CD4-BS1结构域”)外，CD4还与相邻原聚体的残基结合，包括α-1螺旋的残基(例如E62，T63，E64，H66)和来自gp120内部结构域“CD4-BS2”的β3-β4环的残基(例如K207)。CD4与CD4-BS2的相互作用促进了CD4-gp120相互作用的稳定性，gp120构象变化的触发(使共受体结合)以及融合过程的进行。根据HIV-1Env三聚体上完整CD4结合位点(包括CD4-BS1和CD4-BS2)，将靶向CD4-BS1的抗体修饰为还与CD4-BS2和HIV-1 Env三聚体上的相邻残基结合。如本文所示，与相应未修饰的CD4-BS1特异性亲本抗体相比，此类抗体的实施方案提供了改善的HIV-1 Env结合和HIV-1中和。
在一些实施方案中，提供一种单克隆抗体，包括：VH和VL，所述VH包含亲本VRC01类抗体的HCDR1、HCDR2和HCDR3，所述VL包含亲本VRC01类抗体的LCDR1、LCDR2和LCDR3。与亲本VRC01类抗体的相应HFR3相比，所述单克隆抗体的HFR3包括修饰，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代亲本VRC01类抗体的Kabat位置72-76的氨基酸。与IGHV1-2*02种系序列相比，所述亲本VRC01类抗体在Kabat位置75和76之间不包含氨基酸插入。SEQ ID NO：36是VRC03抗体的Kabat位置72-76的70s环序列。如实施例中所示，用VRC03的SEQ ID NO：36(其包含70s环插入)置换缺少70s环插入的VRC01类抗体的Kabat位置72-76为修饰的VRC01类抗体赋予了HIV-1 Env结合和HIV-1中和的令人惊讶的改善。在本公开中，将缺少70s环插入的VRC01类抗体的Kabat位置72-76置换为SEQ ID NO：36也称为“70-03插入”。
在一些实施方案中，与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。在一些实施方案中，与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计包含不超过10个氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。
在一些实施方案中，亲本VRC01类抗体是N6、VRC01、VRC07、VRC07-523、VRC-PG04、3BNC117、N49P7或VRC08中的任一个。这些VRC01类抗体的CDR和可变区序列如下所示。
表1.包含70-03插入的重组VRC01类抗体的Kabat CDR
Figure BDA0002723828330000221
Figure BDA0002723828330000231
Figure BDA0002723828330000241
Figure BDA0002723828330000251
N6 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于N6抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与N6 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：20、21、22、23、24和25所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代N6 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与N6抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：20、21、22、23、24和25所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)所示的序列取代N6 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的N6序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的N6序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:16和2所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：20、21、22、23、24和25所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:16和2或分别包含SEQ ID NO:16和97或分别包含SEQ ID NO:16和98所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于N6抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如Y54F取代或Y54W取代)和/或在Kabat位置98的丝氨酸取代(例如Y98S取代)，和/或基于N6抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段进一步包含在VL的N末端的两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的YI或YIH残基的缺失。在一些实施方案中，基于N6抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含Y54W取代(Kabat编号)并且基于N6抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的YIH残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:16和2所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：20、21、22、23、24和25所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:21)进一步包含Y54W或Y54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，以及所述VL的N末端相对于N6 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQ IDNO:95和97、分别包含SEQ ID NO:95和98、分别包含SEQ ID NO:96和2、分别包含SEQ ID NO:96和97或分别包含SEQ ID NO:96和98所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
VRC01 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于VRC01抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC01 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：26、27、28、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC01 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC01抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：26、27、28、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQID NO:36)所示的序列取代VRC01 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC01序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的VRC01序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:17和4所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：26、27、28、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:17和4所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于VRC01抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如G54F取代或G54W取代)和/或基于VRC01抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的EI或EIV残基的缺失。在一些实施方案中，基于VRC01抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含G54W取代(Kabat编号)并且基于VRC01抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的EIV残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:17和4所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：26、27、28、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:27)进一步包含G54W或G54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，以及所述VL的N末端相对于VRC01 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:84和85所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：26、65、28、28、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)，以及所述VL的N末端相对于VRC01 VL进一步包含三氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述亲本VRC01类抗体是VRC01，并且所述轻链可变区包含根据Kabat定位的R24D取代、N72Q取代或R24D取代和N72Q取代。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQ IDNO:84和85所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
VRC07 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于VRC07抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC07 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、33、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC07 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC07抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、33、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQID NO:36)所示的序列取代VRC07 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC07序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的VRC07序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:18和4所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、33、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:18和4所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于VRC07抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如G54F取代或G54W取代)和/或基于VRC07抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的EI或EIV残基的缺失。在一些实施方案中，基于VRC07抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含G54W取代(Kabat编号)并且基于VRC07抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的EIV残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:18和4所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、33、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:33)进一步包含G54W或G54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于VRC07 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
VRC07-523 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于VRC07-523抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC07-523 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、35、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC07-523 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC07-523抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、35、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC07-523HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC07-523序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的VRC07-523序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:18和4所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、35、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:18和4所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于VRC07-523抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如H54F取代或H54W取代)和/或基于VRC07-523抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含一个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的S残基的缺失。在一些实施方案中，基于VRC07-523抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含H54W取代(Kabat编号)并且基于VRC07-523抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的S残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:19和7所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、35、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:35)进一步包含H54W或H54F取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于VRC07-523 VL进一步包含一个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:102和103所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、121、34、29、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列为QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:102和104所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、121、34、123、30、31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列为QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:101和103所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、122、34、29、30、31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列为QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:101和104所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：32、122、34、123、30和31所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且所述轻链可变区包含根据Kabat定位的R24D取代、N72Q取代或R24D取代和N72Q取代。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQ IDNO:101和7、分别包含SEQ ID NO:101和103、分别包含SEQ ID NO:101和104、分别包含SEQID NO:102和7、分别包含SEQ ID NO:102和103或者分别包含SEQ ID NO:102和104所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
VRC-PG04 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于VRC-PG04抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC-PG04 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：59、60、61、62、63和64所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC-PG04 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC-PG04抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：59、60、61、62、63和64所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC-PG04HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC-PG04序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的VRC-PG04序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:58和57所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：59、60、61、62、63和64所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:58和57所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于VRC-PG04抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如T54F取代或T54W取代)和/或基于VRC-PG04抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的EI或EIV残基的缺失。在一些实施方案中，基于VRC-PG04抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含T54W取代(Kabat编号)并且基于VRC-PG04抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的EIV残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:58和57所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：59、60、61、62、63和64所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:60)进一步包含T54W或T54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于VRC-PG04 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
N49P7 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于N49P7抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与N49P7 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、73、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代N49P7 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与N49P7抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、73、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQID NO:36)所示的序列取代N49P7 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的N49P7序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的N49P7序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:87和88所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、73、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:87和88所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于N49P7抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如G54F取代或G54W取代)和/或基于N49P7抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的QS或QSA残基的缺失。在一些实施方案中，基于N49P7抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含G54W取代(Kabat编号)并且基于N49P7抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的QSA残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:87和88所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、73、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:73)进一步包含G54W或G54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于N49P7 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:105和106所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、120、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列是QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:105和107所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：72、120、74、75、76和77所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，并且HFR3 Kabat位置72-76的序列是QLSQDPDDPDWG(SEQ IDNO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:105和88、分别包含SEQ ID NO:105和106或者分别包含SEQ ID NO:105和107所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
VRC08 70-03
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于VRC08抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC08 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：78、79、80、81、82和83所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代VRC08 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与VRC08抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：78、79、80、81、82和83所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQID NO:36)所示的序列取代VRC08 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC08序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的VRC08序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:89和90所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：78、79、80、81、82和83所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:89和90所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于VRC08抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如G54F取代或G54W取代)和/或基于VRC08抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的YI或YIG残基的缺失。在一些实施方案中，基于VRC08抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含G54W取代(Kabat编号)并且基于VRC08抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的YIG残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:89和90所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：78、79、80、81、82和83所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:73)进一步包含G54W或G54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于VRC08 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQ IDNO:108和90、分别包含SEQ ID NO:108和109或者分别包含SEQ ID NO:108和110所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
3BNC117
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段基于3BNC117抗体或抗原结合片段。例如，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与3BNC117 HFR3相比的HFR3修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：66、67、68、69、70和71所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代3BNC117HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段包含VH和VL以及与3BNC117抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：66、67、68、69、70和71所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQID NO:36)所示的序列取代3BNC117 HFR3的Kabat位置72-76的氨基酸，并且其中与相应的VRC08序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代，并且与相应的3BNC117序列相比，所述单克隆抗体的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个(例如不超过5个，不超过4个，不超过3个，不超过2个，或不超过1个)氨基酸取代(例如保守氨基酸取代)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:86和9所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：66、67、68、69、70和71所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3以及HFR3修饰，所述修饰是Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:86和9所示氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
在一些实施方案中，基于3BNC117抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含在Kabat位置54的苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸取代(例如苯丙氨酸或色氨酸取代)(例如T54F取代或T54W取代)和/或基于3BNC117抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失，例如在VL的N末端的DI或DIG残基的缺失。在一些实施方案中，基于3BNC117抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH进一步包含T54W取代(Kabat编号)并且基于3BNC117抗体的所述单克隆抗体或抗原结合片段的VL的N末端进一步包含在VL的N末端的DIQ残基的缺失。
在一些实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:86和9所示氨基酸序列至少90％(例如至少95％，至少98％或至少99％)相同的氨基酸序列，其中所述VH和VL包含分别如SEQ ID NO：66、67、68、69、70和71所示的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3，所述HCDR2(SEQ ID NO:67)进一步包含T54W或T54H取代，HFR3包含Kabat位置72-76被取代为QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)，并且所述VL的N末端相对于3BNC117 VL进一步包含两或三个氨基酸缺失。所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
在进一步的实施方案中，所述单克隆抗体或抗原结合片段的VH和VL分别包含SEQID NO:111和9、分别包含SEQ ID NO:111和113、分别包含SEQ ID NO:111和114、分别包含SEQ ID NO:112和9、分别包含SEQ ID NO:112和113、分别包含SEQ ID NO:112和114、分别包含SEQ ID NO:115和9、分别包含SEQ ID NO:115和113或者分别包含SEQ ID NO:115和114所示的氨基酸序列，并且特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
1.抗体和抗原结合片段的额外描述
所述抗体或抗原结合片段可以是人抗体或其片段。也提供了嵌合抗体。所述抗体或抗原结合片段可包括任何合适的框架区，如(但不限于)人框架区。人框架区和在人抗体框架区可以进行的突变在本领域是已知的(参见例如美国专利号5,585,089，其通过引用并入本文)。或者，在抗体的重链或轻链中也可包括异源框架区，例如但不限于鼠或猴框架区(参见例如Jones et al.,Nature,321(6069):522-525,1986；Riechmann et al.,Nature,332(6162):323-327,1988；Verhoeyen et al.,Science 239(4847):1534-1536,1988；Carter et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.89(10):4285-4289,1992；Sandhu,Crit.Rev.Biotechnol.12(5-6):437-462,1992；和Singer et al.,J.Immunol.150(7):2844-2857,1993)。
抗体可以是任何同种型。抗体可以是例如IgM或IgG抗体，如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4。特异性结合HIV-1 Env的抗体的类别可与另一种类别转换。在一方面，采用本领域熟知方法分离编码VL或VH的核酸分子，以使其不包括任何分别编码轻链或重链的恒定区的核酸序列。然后，编码VL或VH的核酸分子可操作地连接编码来自不同类免疫球蛋白分子的CL或CH的核酸序列。这可通过采用本领域已知的包括CL或CH链的载体或核酸分子来实现。例如，特异性结合HIV-1 Env的初始为IgG的抗体可类别转换为IgM。类别转换可用于将一个IgG子类转换为另一个，如从IgG1转换为IgG2、IgG3或IgG4。
在一些示例中，所公开的抗体为抗体的寡聚体，如二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体、七聚体、八聚体等。
所述抗体或抗原结合片段可被衍生化或连接另一分子(如另一肽或蛋白质)。一般地，所述抗体或抗原结合片段被衍生以使与HIV-1 Env的结合不会受到衍生或标记的不利影响。例如，所述抗体或抗原结合片段可功能化地(通过化学偶联、基因融合、非共价缔合或其它)与一或多个其他分子实体连接，如另一抗体(例如双特异性抗体或双抗体)、可检测标记、效应分子或能介导抗体或抗体部分与另一分子(如链霉抗生物素蛋白核心区或多组氨酸标签)的缔合的蛋白或肽。
(a)结合亲和力
在若干实施方案中，所述抗体或抗原结合片段特异性结合HIV-1 Env，亲和力(例如由KD度量)不大于1.0x10-8M、不大于5.0x10-8M、不大于1.0x10-9M、不大于5.0x10-9M、不大于1.0x10-10M、不大于5.0x10-10M或不大于1.0x10-11M。KD可例如通过利用已知的方法用感兴趣抗体的Fab形式及其抗原进行的放射标记抗原结合测定(RIA)来测量。在一种测定中，针对抗原的Fab的溶液结合亲和力通过在一系列滴定的未标记的抗原的存在下用最小浓度的125I标记的抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被的板捕获结合的抗原来测量(参见例如Chen等,J.Mol.Biol.293(4):865-881,1999)。为创建测定条件，用溶于50mM碳酸钠(pH9.6)的5μg/ml捕获抗Fab抗体(Cappel Labs)包被
Figure BDA0002723828330000353
多孔板(Thermo Scientific)过夜，随后在室温(大约23℃)用于PBS的2％(w/v)牛血清白蛋白封闭2到5小时。在非吸附板(NuncTMCatalog#269620)中，100μM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57(20):4593-4599,1997中的抗VEGF抗体Fab-12的评估一致)混合。然后，过夜孵育感兴趣Fab；然而，孵育可持续更长时间(例如大约65小时)以确保达到平衡。此后，在室温将混合物转移到用于孵育的捕获板中(例如1小时)。之后，去除溶液，并用于PBS的0.1％聚山梨醇酯20
Figure BDA0002723828330000352
洗涤板八次。当板已干燥，添加150μl/孔的闪烁体(MicroScintTM-20；PerkinEmler)，并在TOPCOUNTTMgamma计数器(PerkinEmler)上对板计数10分钟。选择每个Fab的可给出小于或等于20％最大结合的浓度用于竞争性结合测定。
(b)中和
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段也可由中和宽度来区分。在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段中和包含在HIV-1假病毒标准化组(例如在图3B中所示的组)中的至少80％(如至少85％、至少90％或至少95％)的HIV-1分离株，IC50小于50μg/ml。示例性的假病毒中和测定和HIV-1假病毒组在例如Li等,J Virol 79,10108-10125,2005中有描述，该文献通过引用并入本文。本领域普通技术人员熟悉测量中和宽度和效价的方法，例如这些方法包括TZM-bl细胞的单轮HIV-1 Env假病毒感染(参见例如Li等,J Virol 79,10108-10125,2005，通过引用并入本文；还参见PCT公开号WO2011/038290，通过引用并入本文)。
测定中和活性的额外方法包括如Martin等(2003)Nature Biotechnology 21:71-76中描述的单循环感染测定。在该测定中，病毒活性水平经由可选择的标记来测定，所述可选择的标记的活性是样品中活病毒的量的反映，并确定了IC50。在其他测定中，在PM1细胞系或在原代细胞(正常PBMC)中监控急性感染。在该测定中，通过用ELISA确定p24浓度来监测病毒活性水平。参见例如Martin等(2003)Nature Biotechnology 21:71-76。
(c)多特异性抗体
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段包括在多特异性抗体如双特异性抗体或三特异性抗体中。此种多特异性抗体可由已知方法生产，如将两个或更多个抗体、相同类型或不同类型的抗原结合片段(如scFv)交联。制备多特异性抗体的示例性方法包括PCT公开号WO2013/163427中描述的那些方法，该文献通过引用全文并入本文。合适的交联剂包括具有两个被适当间隔物(如m-马来酰亚胺苯甲酰基-N-羟基琥珀酰亚胺酯)隔开的不同反应基团的异型双功能交联剂或者同型双功能交联剂(例如辛二酸二琥珀酰亚胺酯)。例如可从Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA和MilliporeSigma Corporation,St.Louis,MO商购此种交联剂。
在一些实施方案中，提供了三特异性抗体，其包括至少一个本文公开的抗体或抗原结合片段(例如，包含含有本文所述的70-03插入的修饰的重链可变区)。例如，所述三特异性抗体含有抗体或抗原结合片段，该抗体或抗原结合片段包括分别如SEQ ID NO：16和2(N6 70-03)所示或分别如SEQ ID NO：84和85(VRC01.23)所示的重链和轻链可变区。在一些实施方案中，包含本文公开的抗原结合片段的三特异性抗体包含靶向HIV-1 Env的三种不同的抗原结合片段，例如Xu et al.,“Trispecific broadly neutralizing HIVantibodies mediate potent SHIV protection in macaques,”Science,358(6359):85-90,2017中描述的三特异性抗体形式，其通过引用全文并入本文。
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段包括在特异性结合HIV-1 Env且进一步特异性结合CD3的双特异性抗体中。可以包括在双特异性抗体或抗原结合片段中的CD3结合结构域的示例是已知的并且包括PCT公开号WO2013/163427(该文献通过引全文并入本文)中所公开的那些。
各种类型的多特异性抗体是已知的。双特异性单链抗体可由单个核酸分子编码。双特异性单链抗体的示例以及构建此种抗体的方法在本领域是已知的(参见例如美国专利号8,076,459、8,017,748、8,007,796、7,919,089、7,820,166、7,635,472、7,575,923、7,435,549、7,332,168、7,323,440、7,235,641、7,229,760、7,112,324、6,723,538，通过引用并入本文)。双特异性单链抗体的额外示例可见于PCT申请号WO 99/54440；Mack et al.,J.Immunol.,158(8):3965-3970,1997；Mack et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,92(15):7021-7025,1995；Kufer et al.,Cancer Immunol.Immunother.,45(3-4):193-197,1997；
Figure BDA0002723828330000362
et al.,Blood,95(6):2098-2103,2000；和Brühlet al.,J.Immunol.,166(4):2420-2426,2001。例如，在Schoonjans et al.(J.Immunol.,165(12):7050-7057,2000)和Willems et al.(J.Chromatogr.B Analyt.Technol.Biomed Life Sci.786(1-2):161-176,2003)中描述了双特异性Fab-scFv(“双抗体(bibody)”)分子的产生。对于双抗体，scFv分子可融合至VL-CL(L)或VH-CH1链之一，例如一个scFv融合至Fab链的C末端产生双抗体。
(d)片段
本公开涵盖抗原结合片段，如Fab、F(ab’)2和Fv，其包括重链和VL并特异性结合HIV-1 Env。这些抗体片段保留了选择性结合抗原的能力并且为“抗原结合”片段。此种片段的非限制性示例包括：
(1)Fab，含有抗体分子的单价抗原结合片段的片段，可通过用木瓜蛋白酶消化完整抗体以获得完整轻链和一条重链的一部分来生产；
(2)Fab’，抗体分子的片段，可通过用胃蛋白酶处理完整抗体、然后还原以产生完整轻链和重链的一部分来获得；
(3)(Fab')2，抗体的片段，其可通过用胃蛋白酶处理完整抗体来获得，不需要之后的还原；(Fab')2是通过两个二硫键保持在一起的两个Fab'片段的二聚体；
(4)Fv，遗传工程片段，含有表达为两条链的VH和VL；以及
(5)单链抗体(如scFv)，定义为遗传工程分子，含有被合适多肽接头连接作为遗传融合单链分子的VH和VL(参见例如Ahmad等,Clin.Dev.Immunol.,2012,doi:10.1155/2012/980250；Marbry and Snavely,IDrugs,13(8):543-549,2010)。VH-结构域和VL-结构域在scFv中的分子内定向对提供的抗体(例如对于提供的多特异性抗体)来说并不是决定性的。因此，可使用具有两种可能排列(VH-结构域-接头结构域-VL-结构域；VL-结构域-接头结构域-VH-结构域)的scFv。
(6)单链抗体的二聚体(scFV2)，定义为scFV的二聚体。这也被称为“微型抗体”。
制备这些片段的方法在本领域是已知的(参见例如Greenfield(Ed.),Antibodies:A Laboratory Manual,2nd ed.New York:Cold Spring Harbor LaboratoryPress,2014)。
抗原结合片段可通过抗体的蛋白酶水解或通过编码该片段的DNA在宿主细胞(如大肠杆菌细胞)中表达来制备。抗原结合片段也可通过常规方法通过完整抗体的胃蛋白酶或木瓜蛋白酶消化来获得。例如，可通过用胃蛋白酶对抗体的酶解来产生抗原结合片段以提供表示为F(ab’)2的5S片段。用硫醇还原剂，以及任选地用对于由二硫键裂解导致的巯基的封闭基团进一步裂解该片段以产生3.5S Fab’单价片段。
也可采用其他切割抗体的方法，如分离重链以形成单价轻-重链片段，进一步切割片段，或者其他酶学、化学或遗传技术，只要片段结合被完整抗体识别的抗原即可。在一些实例中，抗体重链可包括工程化的蛋白酶切割位点(例如HRV3C蛋白酶切割位点)，以代替典型的木瓜蛋白酶切割位点，或在典型的木瓜蛋白酶切割位点以外新增，以促进被除木瓜蛋白酶以外的蛋白酶切割。
(e)抗体变体的另外描述
在一些实施方案中，提供了本文所提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，希望改善抗体的结合亲和力和/或其他生物学特性。抗体的氨基酸序列变体可通过将合适的修饰引入到编码抗体的核苷酸序列或者通过肽合成来制备。此种修饰包括例如抗体的氨基酸序列内的残基的缺失、和/或插入和/或取代。可进行缺失、插入和取代的任何组合以获得最终构建体，只要最终构建体具有所需特征，例如抗原结合。
在一些实施方案中，提供了具有一或多个氨基酸取代的抗体变体。在非限制性实例中，用于取代诱变的感兴趣位点包括框架区。可将氨基酸取代引入到感兴趣抗体和针对所需活性(例如保留/改善的抗原结合、增加的HIV-1中和宽度或效价、降低的免疫原性或改善的抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC))筛选产物。
变体通常保留了正确折叠及VH和VL区之间稳定所需的氨基酸残基并保留了所述残基的电荷特征以保存分子的低pI和低毒性。可在VH和VL区进行氨基酸取代以增加产量。
在一些实施方案中，与分别如SEQ ID NO：16和2所示、分别如SEQ ID NO：17和4所示、分别如SEQ ID NO：18和4所示、分别如SEQ ID NO：19和7所示、分别如SEQ ID NO：84和85所示、分别如SEQ ID NO：86和9所示、分别如SEQ ID NO：87和88所示或分别如SEQ ID NO：89和90所示的氨基酸序列相比，抗体的VH和VL每个包括最多10个(如最多1个、最多2个、最多3个、最多4个、最多5个、最多6个、最多7个、最多8个或最多9个)氨基酸取代(如保守氨基酸取代)。
在一些实施方案中，与分别如SEQ ID NO：16和2所示、分别如SEQ ID NO：17和4所示、分别如SEQ ID NO：18和4所示、分别如SEQ ID NO：19和7所示、分别如SEQ ID NO：84和85所示、分别如SEQ ID NO：86和9所示、分别如SEQ ID NO：87和88所示或分别如SEQ ID NO：89和90所示的氨基酸序列相比，抗体的VH和VL的框架区每个包括最多10个(如最多1个、最多2个、最多3个、最多4个、最多5个、最多6个、最多7个、最多8个或最多9个)氨基酸取代(如保守氨基酸取代)。
在一些实施方案中，抗体或抗原结合片段被改变以增加或降低该抗体或抗原结合片段糖基化的程度。通过改变氨基酸序列来方便地实现糖基化位点的添加或缺失，从而生成或移除一或多个糖基化位点。
在抗体包括Fc区时，可改变附着其上的碳水化合物。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包括支链的二天线型寡糖，其一般通过N-键附着到Fc区的CH2结构域的Asn297。参见例如Wright等Trends Biotechnol.15(1):26-32,1997。寡糖可包括各种碳水化合物，例如甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸以及附着在二天线型寡糖结构的“主干”的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可对抗体中的寡糖进行修饰以产生具有某些改善特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了具有缺少(直接或间接)附着在Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。例如，此种抗体中岩藻糖的量可从1％至80％、从1％至65％、从5％至65％或从20％至40％。例如WO 2008/077546所述，通过计算通过MALDI-TOF质谱分析法测得的Asn297处糖链内岩藻糖相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如复合、杂种和高甘露糖结构)总和的平均量来确定岩藻糖的量。Asn297是指位于Fc区内大约位置297处的天冬酰胺残基；然而，由于抗体内微小序列变化，Asn297也可位于位置297上游或下游的大约±3个氨基酸，即在位置294与300之间。此种岩藻糖基化变体可具有改善的ADCC功能。参见例如美国专利申请号US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。与“去岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体有关的公开示例包括US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki et al.,J.Mol.Biol.,336(5):1239-1249,2004；Yamane-Ohnuki etal.,Biotechnol.Bioeng.87(5):614-622,2004。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的示例包括Lec 13CHO蛋白质岩藻糖基化缺陷细胞(Ripka et al.,Arch.Biochem.Biophys.249(2):533-545,1986；美国专利申请号US 2003/0157108和WO 2004/056312，特别是实施例11)和敲除细胞系，如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(参见例如Yamane-Ohnuki et al.,Biotechnol.Bioeng.,87(5):614-622,2004；Kanda et al.,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688,2006；以及WO2003/085107)。
抗体变体进一步地具有平分的寡糖，例如其中附着于抗体的Fc区的二天线型寡糖被GlcNAc平分。此种抗体变体可具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。例如，在WO2003/011878(Jean-Mairet等)、美国专利号6,602,684(Umana等)和US 2005/0123546(Umana等)中描述了此种抗体变体的示例。还提供了在附着于Fc区的寡糖内具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此种抗体变体可具有改善的CDC功能。例如，在WO 1997/30087、WO1998/58964和WO 1999/22764中描述了此种抗体变体。
在若干实施方案中，抗体的恒定区包括一或多个氨基酸取代以优化抗体的体内半衰期。由新生儿Fc受体(FcRn)调节IgG Ab的血清半衰期。因此，在若干实施方案中，抗体包括增加与FcRn结合的氨基酸取代。若干此种取代是已知的，如在IgG恒定区的取代T250Q和M428L(参见例如Hinton等,J Immunol.,176(1):346-356,2006)、M428L和N434S(“LS”突变,参见例如Zalevsky等.,Nature Biotechnol,28(2):157-159,2010)、N434A(参见例如Petkova等,Int.Immunol.,18(12):1759-1769,2006))、T307A、E380A和N434A(参见例如Petkova等,Int.Immunol.,18:1759-1769,2006)以及M252Y、S254T和T256E(参见例如Dall’Acqua等,J.Biol.Chem.,281(33):23514-23524,2006)。所公开的抗体和抗原结合片段可与包括上述列出的任意取代的Fc多肽连接或包含该Fc多肽，例如所述Fc多肽可包括M428L和N434S取代。SEQ ID NO：118提供了包含M428L和N434S取代的IgG1恒定区的示例性序列。该重链恒定区可以与如本文提供的合适的轻链恒定区(例如SEQ ID NO：119)、以及合适的VH和VL区配对产生单克隆抗体。在非限制性实例中，所述单克隆抗体包含重链和轻链，所述重链和轻链包含分别如SEQ ID NO：91和92所示或分别如SEQ ID NO：99和100所示的氨基酸序列。如本文所用，提及具有“LS”取代(或类似语言)的抗体表示该抗体重链是具有M428L和N434S取代的IgG。
在一些实施方案中，抗体的恒定区包括一或多个氨基酸取代以优化ADCC。ADCC主要由一组密切相关的Fcγ受体介导。在一些实施方案中，抗体包括增加与FcγRIIIa结合的一或多个氨基酸取代。若干此种取代是已知的，如在IgG恒定区的取代S239D和I332E(参见例如Lazar等.,Proc.Natl.,Acad.Sci.U.S.A.,103(11):4005-4010,2006))以及S239D、A330L和I332E(参见例如Lazar等.,Proc.Natl.,Acad.Sci.U.S.A.,103(11):4005-4010,2006)。
还包括上述取代的组合以产生与FcRn和FcγRIIIa的结合增加的IgG恒定区。这些组合增加了抗体半衰期和ADCC。例如，此种组合包括在Fc区内具有以下氨基酸取代的抗体：(1)S239D/I332E和T250Q/M428L；(2)S239D/I332E和M428L/N434S；(3)S239D/I332E和N434A；(4)S239D/I332E和T307A/E380A/N434A；(5)S239D/I332E和M252Y/S254T/T256E；(6)S239D/A330L/I332E和250Q/M428L；(7)S239D/A330L/I332E和M428L/N434S；(8)S239D/A330L/I332E和N434A；(9)S239D/A330L/I332E和T307A/E380A/N434A；或(10)S239D/A330L/I332E和M252Y/S254T/T256E。在一些实例中，修饰抗体或其抗原结合片段以使其对感染的细胞有直接的细胞毒性，或者使用天然防御如补体、ADCC或巨噬细胞的吞噬作用。
在一些实施方案中，本文提供的抗体可被进一步修饰以含有本领域已知且易获得的额外的非蛋白部分。适用于抗体衍生的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性示例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊烷、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/顺丁烯二酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)以及葡聚糖或聚(n-乙烯基吡咯烷酮)聚乙二醇、聚丙二醇均聚物、聚氧化丙烯/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性而在制造方面有优势。聚合物可具有任意分子量，并且可以是支链的或非支链的。附着于抗体的聚合物的数目可变化，并且如果附着多于一个的聚合物，则它们可以是相同或不同的分子。一般，用于衍生的聚合物的数目和/或类型可以根据某些考虑来确定，包括但不限于待改善的抗体的特定性质或功能，抗体衍生物是否会在限定条件的情况下用于应用等。
(f)抗体和相关方法的额外描述
1.一种单克隆抗体，包括：
重链可变区(VH)，其包含亲本VRC01类抗体的重链互补决定区(HCDR)1、HCDR2和HCDR3；
轻链可变区(VL)，其包含亲本VRC01类抗体的轻链互补决定区(LCDR)1、LCDR2和LCDR3；
与亲本VRC01类抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代亲本VRC01类抗体的Kabat位置72-76的氨基酸；
其中，与IGHV1-2*02种系序列相比，所述亲本VRC01类抗体在Kabat位置75和76之间不包含氨基酸插入；以及
其中所述抗体特异性结合HIV-1 Env并中和HIV-1。
2.条款1的单克隆抗体，其中
与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个氨基酸取代；以及
与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，所述单克隆抗体的轻链框架区(LFR)1、LFR2、LFR3和LFR4总计包含不超过10个氨基酸取代。
3.条款2的单克隆抗体，其中所述氨基酸取代是保守氨基酸取代。
4.前述条款任一项的单克隆抗体，其中所述亲本VRC01类抗体是N6、VRC01、VRC07、VRC07-523或VRC-PG04中的任一个。
5.前述条款任一项的单克隆抗体，其中
所述亲本VRC01类抗体是N6，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:20、21、22、23、24和25所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC01，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:26、27、28、29、30和31所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、33、34、29、30和31所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、35、34、29、30和31所示的氨基酸序列；或者
所述亲本VRC01类抗体是VRC-PG04，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:59、60、61、62、63和64所示的氨基酸序列。
6.前述条款任一项的单克隆抗体，其中
所述亲本VRC01类抗体是N6，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:16和2至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC01，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:17和4至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:18和4至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:19和7至少90％相同；或者
所述亲本VRC01类抗体是VRC-PG04，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:58和57至少90％相同。
7.条款1的单克隆抗体，其中
VH和VL分别包含SEQ ID NO:16和2所示的氨基酸序列(N6 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:17和4所示的氨基酸序列(VRC01 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:18和4所示的氨基酸序列(VRC07 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:19和7所示的氨基酸序列(VRC07-523 70-03)；或者
VH和VL分别包含SEQ ID NO:58和57所示的氨基酸序列(VRC-PG04 70-03)。
8.前述条款任一项的单克隆抗体，其在Kabat位置54进一步包含色氨酸、酪氨酸或苯丙氨酸取代。
9.条款8的单克隆抗体，其在Kabat位置54包含色氨酸取代。
10.前述条款任一项的单克隆抗体，其在VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失。
11.条款10的单克隆抗体，其在VL的N末端包含三个氨基酸缺失。
12.前述条款任一项的单克隆抗体，其中亲本VRC01类抗体是VRC01、VRC07或VRC07-523的任一个，并且所述单克隆抗体的VL进一步包含根据Kabat编号系统的R24D取代。
13.前述条款任一项的单克隆抗体，其中亲本VRC01类抗体是N6、VRC01、VRC07或VRC07-523的任一个，并且所述单克隆抗体的VL进一步包含根据Kabat编号系统的N72Q取代。
14.前述条款任一项的单克隆抗体，其中亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且所述单克隆抗体在VL的N末端进一步包含一个氨基酸缺失。
15.条款8-13任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:26、65、28、29、30和31所示的氨基酸序列(VRC01.23 CDR)。
16.条款8-13或15任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:84和85至少90％相同的氨基酸序列(VRC01.23 VH和VL)。
17.条款16的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:84和85所示的氨基酸序列(VRC01.23 VH和VL)。
18.条款8-11任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:72、120、74、75、76、77所示的氨基酸序列(N49P7.v2和.v3 CDR)。
19.条款8-11或18任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:105和106(N49P7.v2 VH和VL)或SEQ ID NO:105和107(N49P7.v3 VH和VL)至少90％相同的氨基酸序列。
20.条款19的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:105和106(N49P7.v2 VH和VL)或SEQ ID NO:105和107(N49P7.v3 VH和VL)所示的氨基酸序列。
21.条款8-14任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含：
SEQ ID NO:32、121、34、29、30、31(VRC07-523.v1 CDR)
SEQ ID NO:32、121、34、123、30、31(VRC07-523.v2 CDR)
SEQ ID NO:32、122、34、29、30、31(VRC07-523.v3 CDR)或
SEQ ID NO:32、122、34、123、30、31(VRC07-523.v4 CDR)
所示的氨基酸序列。
22.条款8-14或21任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL包含分别与SEQ IDNO:102和103(VRC07-523v.1VH和VL)、分别与SEQ ID NO:102和104(VRC07-523v.2VH和VL)、分别与SEQ ID NO:101和103(VRC07-523v.3VH和VL)或分别与SEQ ID NO:101和104(VRC07-523v.4VH和VL)至少90％相同的氨基酸序列。
23.条款22的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:102和103(VRC07-523v.1VH和VL)、分别包含SEQ ID NO:102和104(VRC07-523v.2VH和VL)、分别包含SEQ IDNO:101和103(VRC07-523v.3VH和VL)或分别包含SEQ ID NO:101和104(VRC07-523v.4VH和VL)所示的氨基酸序列。
24.前述条款任一项的单克隆抗体，其中所述抗体是IgG、IgM或IgA。
25.前述条款任一项的单克隆抗体，其包括重组恒定结构域，所述重组恒定结构域包含增加与新生儿Fc受体结合的修饰。
26.条款25的单克隆抗体，其中所述重组恒定结构域是包含M428L和N434S突变的IgG1恒定结构域。
27.条款26的单克隆抗体，其中所述抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:91和92所示的氨基酸序列(VRC01.23-LS)。
28.前述条款任一项的单克隆抗体的抗原结合片段。
29.条款28的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段是FV、Fab、F(ab’)2、scFV或scFV2片段。
30.前述条款任一项的单克隆抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段以低于0.4μg/ml的IC50中和HIV-1 Env。
31.一种多特异性抗体，其包含前述条款任一项的分离的单克隆抗体或抗原结合片段。
32.条款31的多特异性抗体，其中所述多特异性抗体是双特异性抗体或三特异性抗体。
33.前述条款任一项的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体，其与效应分子或可检测标记连接。
34.条款33的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体，其中所述可检测标记为荧光标记、酶标记或放射性标记。
35.一种分离的核酸分子，其编码条款1-34任一项的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体。
36.一种分离的核酸分子，其编码条款1-34任一项的单克隆抗体或抗原结合片段的VH和/或VL。
37.条款35或36任一项的分离的核酸分子，其可操作地连接启动子。
38.一种表达载体，包含条款35-37任一项的核酸分子。
39.条款38的表达载体，其中所述表达载体为病毒载体。
40.一种药物组合物，包含：
治疗有效量的前述条款任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子或表达载体；以及
药学上可接受的载体。
41.一种生产特异性结合HIV-1 Env的抗体的方法，包括:
在宿主细胞中表达条款35-39任一项的核酸分子或表达载体以在所述宿主细胞中生产所述抗体；以及
纯化所述抗体。
42.一种检测对象中HIV-1感染的方法，包括：
在足以形成免疫复合物的条件下将来自对象的生物学样品与条款1-34任一项的抗体或抗原结合片段接触；以及
检测所述样品中所述免疫复合物的存在，其中所述样品中存在所述免疫复合物表明所述对象有HIV-1感染。
43.一种抑制对象中HIV-1感染的方法，包括向所述对象施用治疗有效量的条款1-40任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子、表达载体或药物组合物，从而预防或治疗HIV-1感染。
44.条款43的方法，其中所述对象处于HIV-1感染的风险中或有HIV-1感染。
45.条款1-40任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子、表达载体、宿主细胞或药物组合物抑制对象中HIV-1感染的用途。
B.缀合物
特异性结合gp120上的表位的抗体和抗原结合片段可与物质如效应分子或可检测标记缀合。可以使用共价和非共价附着方式。各种效应分子和可检测标记可以与抗体或抗原结合片段缀合，包括(但不限于)毒素和放射性物质如125I、32P、14C、3H和35S以及其它标记、靶部分和配体等。特定的效应分子或可检测标记的选择取决于特定的靶分子或细胞以及所需的生物学效应。
特定的效应分子或可检测标记的选择取决于特定的靶分子或细胞以及所需的生物学效应。因此，例如，效应分子可以是用于使特定靶细胞(如HIV-1感染细胞)死亡的细胞毒素。在其他实施方案中，效应分子可以是细胞因子，如IL-15；例如可用包括细胞因子的缀合物来局部刺激免疫细胞。
将效应分子或可检测标记附着于抗体或抗原结合片段的过程根据效应分子的化学结构而变化。多肽通常包含多种官能团，如羧基(COOH)、游离胺(-NH2)或巯基(-SH)，它们可用于与多肽上合适的官能团反应以使效应分子或可检测标记结合。或者，抗体或抗原结合片段被衍生以暴露或附着另外的反应性官能团。衍生可包括附着许多已知接头分子如从Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA和MilliporeSigma Corporation,St.Louis,MO中获得的那些的任一个。接头能够与抗体或抗原结合片段以及与效益分子或可检测标记形成共价键。合适的接头包括但不限于直链或支链碳接头、杂环碳接头或肽接头。如果抗体或抗原结合片段以及效应分子或可检测标记为多肽，接头则可通过其侧链(如通过二硫键连接至半胱氨酸)或α碳或通过末端氨基酸的氨基和/或羧基连接组成氨基酸。
鉴于已经报道的用于将各种放射性诊断化合物、放射性治疗化合物、标记(如酶或荧光分子)、毒素以其他物质附着于抗体的众多方法，能够确定用于将给定物质附着于抗体或抗原结合片段或其他多肽的合适方法。
在一些实施方案中，抗体或抗原结合片段可与效应分子缀合，如小分子量药物，如Monomethyl Auristatin E(MMAE)、Monomethyl Auristatin F(MMAF)、美坦辛、美坦辛衍生物，包括称为DM1的美坦辛的衍生物(也称为mertansine)，或其他形成抗体药物缀合物(ADC)的物质。在若干实施方案中，提供了抗体或抗原结合片段与一或多个小分子毒素如卡奇霉素、maytansinoids、多拉司他汀类、auristatins、单端孢霉烯类和CC1065以及这些毒素的具有毒素活性的衍生物的缀合物。
抗体或抗原结合片段可与可检测标记缀合；例如，能够被ELISA、分光光度法、流式细胞术、显微镜检查或诊断成像技术(如CT、计算机轴向断层成像(CAT)扫描、MRI、磁共振断层成像(MTR)、超声、光纤检查和腹腔镜检查)检测的可检测标记。可检测标记的具体非限制性示例包括荧光团、化学发光剂、酶连接、放射性同位素和重金属或化合物(例如用于MRI检测的超顺磁氧化铁纳米晶体)。例如，有用的可检测标记包括荧光化合物，包括荧光素、异硫氰酸荧光素、罗丹明、5-二甲胺-1-萘磺酰氯、藻红蛋白、镧系磷光体等。可也使用生物发光标记，如萤光素酶、绿色荧光蛋白(GFP)和黄色荧光蛋白(YFP)。抗体或抗原结合片段也可与用于检测的酶缀合，如辣根过氧化酶、β-半乳糖苷酶、萤光素酶、碱性磷酸酶、葡糖氧化酶等。当抗体或抗原结合片段与可检测酶缀合时，其可通过添加另外的试剂来检测，酶使用该试剂产生可被识别的反应产物。例如，当存在辣根过氧化物酶时，添加过氧化氢和二氨基联苯胺会导致视觉上可检测的有色反应产物生成。抗体或抗原结合片段也可与生物素缀合，并通过抗生物素蛋白或链霉抗生物素蛋白结合的间接测量来检测。应注意的是抗生物素蛋白本身可与酶或荧光标记缀合。
抗体或抗原结合片段可与顺磁物质如钆缀合。顺磁物质如超顺磁氧化铁可用作标记。抗体也可与镧系元素(如铕和镝)和锰缀合。抗体或抗原结合片段也可用由次级报道分子(如亮氨酸拉链对序列、二抗的结合位点、金属结合结构域、表位标签)识别的预定多肽表位标记。
抗体或抗原结合片段可与放射性标记的氨基酸缀合，例如用于诊断目的。例如，可用放射性标记通过放射照相术、发射光谱或其他诊断技术来检测gp120和表达gp120的细胞。用于多肽的标记的示例包括但不限于以下放射性同位素：3H、14C、35S、90Y、99mTc、111In、125I、131I。可用例如摄影胶片或闪烁记数器来检测放射性标记，可用光电探测器来检测荧光标记以检测发射的照射。酶标记通常通过向酶提供底物并检测酶在底物上作用产生的反应产物来检测，而比色标记则通过简单地目测有色标记来检测。
缀合物中每抗体或抗原结合片段的效应分子或可检测标记部分的平均数目的范围例如是每抗体或抗原结合片段1至20个部分。在一些实施方案中，缀合物中每抗体或抗原结合片段的效应分子或可检测标记部分的平均数目的范围是大约1至大约2、大约1至大约3、大约1至大约8；大约2至大约6；大约3至大约5；或大约3至大约4。缀合物的荷载(例如效应分子/抗体比例)可以用不同的方式控制，例如通过(i)限制效应分子-接头中间体或接头试剂相对于抗体的摩尔过量，(ii)限制缀合反应时间或温度，(iii)部分或限制半胱氨酸硫醇修饰的还原条件，(iv)用重组技术工程化抗体的氨基酸序列从而修饰半胱氨酸残基的数目和位置以控制接头-效应分子附着的数目或位置。
C.多核苷酸和表达
提供了编码特异性结合HIV-1 Env的抗体、抗原结合片段和缀合物的氨基酸序列的核酸分子(例如cDNA或RNA分子)。采用本文提供的氨基酸序列(如CDR序列和VH和VL序列)、本领域可得的序列(如框架区或恒定区序列)和遗传密码可容易地生产编码这些分子的核酸。在若干实施方案中，核酸分子可编码所公开的抗体或抗原结合片段的VH、VL、或VH和VL二者(例如在双顺反子表达载体中)。在若干实施方案中，核酸分子可在宿主细胞(如哺乳动物细胞)中表达以产生所公开的抗体或抗原结合片段。
可使用遗传密码来构建各种功能上等价的核酸序列，如序列不同但编码相同抗体序列或编码包括抗体的VL和/或VH的缀合物或融合蛋白的核酸。
编码特异性结合HIV-1 Env的抗体、抗原结合片段和缀合物的核酸分子可通过任何合适方法制得，包括例如克隆适当的序列或通过标准方法直接化学合成。化学合成产生单链寡核苷酸。单链寡核苷酸可通过与互补序列的杂交或通过以单链为模板用DNA聚合酶聚合转化为双链DNA。
示例性的核酸可通过克隆技术制得。适当克隆和测序技术的示例可见于例如Green and Sambrook(Molecular Cloning:A Laboratory Manual,4th ed.,New York:ColdSpring Harbor Laboratory Press,2012)以及Ausubel et al.(Eds.)(CurrentProtocols in Molecular Biology,New York:John Wiley and Sons,includingsupplements,2017)。
核酸还可通过扩增方法来制得。扩增方法包括聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、基于转录的扩增系统(TAS)、和自我持续序列复制系统(3SR)。
核酸分子可在重组工程化细胞内表达，如细菌、植物、酵母、昆虫和哺乳动物细胞。抗体、抗原结合片段和缀合物可表达为包含VH和/或VL的单个蛋白(根据需要与效应分子或可检测标记连接)，或可表达为融合蛋白。表达和纯化抗体和抗原结合片段的方法是已知的并且进一步在本文中描述(参见例如Al-Rubeai(ed),Antibody Expression andProduction,Dordrecht；New York:Springer,2011)。免疫粘附素也可被表达。因此，在一些示例中，提供了编码VH和VL和免疫粘附素的核酸。核酸序列可任选地编码前导序列。
为生成scFv，编码VH和VL的DNA片段可与编码柔性接头例如编码氨基酸序列(Gly4-Ser)3的另一片段可操作地连接，以使VH和VL序列可表达为连续单链蛋白，具有通过柔性接头连接的VL和VH结构域(参见例如Bird et al.,Science,242(4877):423-426,1988；Hustonet al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,85(16):5879-5883,1988；McCafferty et al.,Nature,348:552-554,1990；Kontermann and Dübel(Eds.),Antibody Engineering,Vols.1-2,2nd ed.,Springer-Verlag,2010；Greenfield(Ed.),Antibodies:A LaboratoryManual,2nd ed.New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,2014)。任选地，切割位点如弗林蛋白酶切割位点可包括在接头中。
如果只使用单一VH和VL，则单链抗体可以是单价的，如果使用两个VH和VL，则是二价的，或如果使用两个以上的VH和VL，则是多价的。可生成特异性结合gp120和另一抗原(例如但不限于CD3)的双特异性或多价抗体。编码的VH和VL在VH和VL结构域之间任选地可包括弗林蛋白酶切割位点。
可通过DNA转移至合适宿主细胞对编码抗体、抗原结合片段或缀合物的一或多个DNA序列进行体外表达。所述细胞可以是原核或真核细胞。可用于表达蛋白质的多种表达系统，包括大肠杆菌，其他细菌宿主，酵母和各种高等真核细胞例如COS，CHO，HeLa和骨髓瘤细胞系，可用于表达所公开的抗体和抗原结合片段。稳定转移即将外源DNA连续保持在宿主中的方法是本领域已知的。本发明还涵盖了表达感兴趣抗体的杂交瘤。
可通过可操作地将DNA或cDNA与启动子(其是组成型或诱导型)连接，然后掺入表达盒中来实现对编码本文所述的抗体和抗原结合片段的核酸的表达。启动子可以是任意感兴趣的启动子，包括巨细胞病毒启动子和人T细胞亲淋巴病毒启动子(HTLV)-1。任选地，增强子如巨细胞病毒增强子包括在构建体内。表达盒适用于在原核生物或真核生物中复制和整合。典型的表达盒包含用于调节编码蛋白的DNA的表达的特异序列。例如，表达盒可包括合适的启动子、增强子、转录和翻译终止子、起始序列、蛋白编码基因前的起始密码子(即ATG)、内含子的剪接信号、维持基因的正确读框以允许mRNA正确翻译的序列和终止密码子。载体可编码可选择标记，如编码药物抗性(例如氨苄青霉素或四环素抗性)的标记。
为获得克隆基因的高水平表达，需要构建表达盒，所述表达盒例如包含指导转录的强启动子、用于翻译起始的核糖体结合位点(例如内部核糖体结合序列)和转录/翻译终止子。对于大肠杆菌，其可包括启动子如T7、trp、lac或λ启动子，核糖体结合位点以及优选地包含转录终止信号。对于真核细胞，控制序列可包括衍生自例如免疫球蛋白基因、HTLV、SV40或巨细胞病毒的启动子和/或增强子以及聚腺苷酸化序列，并且可进一步包括剪接供体和/或受体序列(例如CMV和/或HTLV剪接受体和供体序列)。通过众所周知的方法如大肠杆菌转化或电穿孔和磷酸钙处理、哺乳动物细胞电穿孔或脂质转染可将表达盒转移至选择的宿主细胞中。根据由表达盒内包含的基因如amp、GPt、neo和hyp基因所赋予的抗生素抗性来选择被表达盒转化的细胞。
可对编码本文所述多肽的核酸进行修饰，但不降低其生物学活性。可进行一些修饰以便于克隆、表达或将靶分子掺入融合蛋白。此种修饰包括例如终止密码子、产生位置便利的限制位点的序列，以及在氨基末端添加甲硫氨酸以提供起始位点的序列，或辅助纯化步骤的额外氨基酸(如聚His)。
一旦表达，就可根据包括硫酸铵沉淀、亲和柱、柱层析等本领域标准程序来纯化抗体、抗原结合片段和缀合物(一般参见Simpson等(Eds.),Basic methods in ProteinPurification and Analysis:A Laboratory Manual,New York:Cold Spring HarborLaboratory Press,2009)。抗体、抗原结合片段和缀合物不需要是100％纯。一旦纯化，部分或至所需的均质，如果用于预防性使用，多肽应基本上无内毒素。
已经描述了从哺乳动物细胞和细菌如大肠杆菌表达抗体、抗原结合片段和缀合物、和/或再折叠至适当活性形式的方法，所述方法适用于本文所公开的抗体。参见例如Greenfield(Ed.),Antibodies:A Laboratory Manual,2nd ed.New York:Cold SpringHarbor Laboratory Press,2014,Simpson et al.(Eds.),Basic methods in ProteinPurification and Analysis:A Laboratory Manual,New York:Cold Spring HarborLaboratory Press,2009，以及Ward et al.,Nature 341(6242):544-546,1989。
D.方法和组合物
1.治疗方法
本文公开了抑制对象中HIV-1感染的方法。所述方法包括向有HIV-1感染或存在HIV-1感染风险的对象施用有效量(即有效抑制对象中HIV-1感染的量)的所公开的抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这种抗体、抗原结合片段或缀合物的核酸。可在暴露前(例如以预防HIV-1感染)、暴露后预防或HIV-1感染患者治疗中使用所述方法。
在一些实例中，可使用所述抗体、抗原结合片段、缀合物或核酸分子以清除或减少对象中HIV-1病毒储库(viral reservoir)。
有效方法不需要完全抑制HIV-1感染。例如，与未经治疗的HIV-1感染相比，所述方法可使HIV-1感染降低至少10％、至少20％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少98％、或甚至至少100％(清除可检测的HIV-1感染细胞)。在一些实施方案中，所述方法导致对象中HIV-1复制减少。有效方法不需要完全清除HIV-1复制。例如，与未经治疗的HIV-1复制相比，所述方法可使HIV-1复制降低至少10％、至少20％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少98％、或甚至至少100％(清除可检测的HIV-1复制)。
在一些实施方案中，施用有效量的所公开的抗体、抗原结合片段、缀合物或核酸分子在对象中抑制HIV-1感染的建立和/或随后的HIV-1进展，这可以涵盖任何统计学上的对象的HIV-1活性或HIV-1感染症状的明显降低。
在一个实施方案中，施用所公开的抗体、抗原结合片段、缀合物或核酸分子导致减少对象中的HIV-1感染和/或减缓对象中随后的HIV-1疾病发展。HIV-1感染的减少和/或随后的HIV-1疾病发展的减缓包含任何统计学上HIV-1活性的显著降低。在一些实施方案中，公开了用于治疗患有HIV-1感染的对象的方法。这些方法包括向对象施用有效量的所公开的抗体、抗原结合片段、缀合物或核酸分子，以预防或治疗HIV-1感染。
研究已显示在向妊娠和分娩期间的HIV-1感染女性和出生后的后代施用齐多夫定时，HIV-1母婴传播率显著降低(Connor等,1994Pediatr Infect Dis J 14:536-541)。本发明提供了用于降低HIV母婴传播的抗体、抗原结合片段、缀合物和核酸分子。在一些实例中，给怀孕对象施用有效量的HIV-1 Env特异性抗体或其抗原结合片段或编码此抗体或抗体抗原结合片段的核酸以预防HIV-1母婴传播或降低HIV-1母婴传播的风险。在一些实例中，向母亲和/或刚出生的孩子施用有效量的所述抗体或抗原结合片段或编码此抗体或抗原结合片段的核酸。在其他实例中，在母乳喂养前，向母亲和/或婴儿施用有效量的所述抗体、抗原结合片段或编码所述抗体或抗原结合片段的核酸以防止病毒传播至婴儿或降低病毒传播至婴儿的风险。
对于任何应用，所述抗体、抗原结合片段、缀合物或核酸分子可与抗逆转录病毒疗法组合。抗逆转录病毒药物根据所述药物抑制的逆转录病毒生命周期的阶段而广谱分类。所公开的抗体可与核苷类似物逆转录酶抑制剂(如齐多夫定、去羟肌苷、扎西他滨、司他夫定、拉米夫定、阿巴卡韦、恩曲他滨、恩替卡韦和阿普瑞西他滨(apricitabine))、核苷酸逆转酶抑制剂(如替诺福韦(tenofovir)和阿德福韦)、非核苷逆转录酶抑制剂(如依法韦伦、奈韦拉平、地拉韦定、依曲韦林(etravirine)和利匹韦林(rilpivirine))、蛋白酶抑制剂(如沙奎那韦、利托那韦、茚地那韦、奈非那韦、氨普那韦、洛匹那韦、呋山那韦、阿扎那韦、替拉那韦和地瑞那韦(darunavir))、进入或融合抑制剂(如马拉维若(maraviroc)和恩夫韦肽)、成熟抑制剂(如bevirimat和vivecon)、或广谱抑制剂如天然抗病毒药联合施用。在一些实例中，公开的抗体或其活性片段或编码其的核酸与IL-15联合施用或与IL-15缀合。
研究已表明靶向gp120不同表位的HIV-1中和抗体的混合物可治疗长期感染SHIV的猕猴(Shingai et al.,Nature,503,277-280,2013；和Barouch等,Nature,503,224-228,2013)。因此，在一些实例中，向对象进一步施用结合HIV-1 Env(例如结合gp120或gp41)并可以中和HIV-1的一或多种额外抗体。可在施用本文公开的新型抗体之前、期间或之后施用所述额外抗体。在一些实施方案中，所述额外抗体可以是特异性结合如下上的表位的抗体：HIV-1 Env，如近膜端外区(例如10E8抗体)、V1/V2结构域(例如PG9抗体、CAP256-VRC26)或V3环(例如10-1074、PGT 121或PGT128抗体)、或结合gp120和gp41亚基二者的抗体(例如35O22、PGT151或8ANC195)。特异性结合这些区域并中和HIV-1感染的抗体对本领域普通技术人员来说是已知的。非限制性示例可见于例如PCT公开号WO 2011/038290、WO/2013/086533、WO/2013/090644、WO/2012/158948，这些文献通过引用全文并入本文。
抗体及其抗原结合片段通常通过静脉内输注施用。抗体或抗原结合片段的剂量变化，但是通常范围在约0.5mg/kg至约50mg/kg，例如约1mg/kg，约5mg/kg，约10mg/kg，约20mg/kg，约30mg/kg，约40mg/kg或约50mg/kg的剂量。在一些实施方案中，抗体或抗原结合片段的剂量可以为约0.5mg/kg至约5mg/kg，例如约1mg/kg，约2mg/kg，约3mg/kg，约4mg/kg或约5mg/kg的剂量。抗体或抗原结合片段根据医生确定的给药方案来施用。在一些实例中，抗体或抗原结合片段每周、每两周、每三周或每四周施用。
在一些示例中，向对象施用编码公开的抗体的DNA或RNA以提供体内抗体生成，例如采用对象的细胞机制。核酸构建体的施用在本领域是已知的并且在例如美国专利号5,643,578、美国专利号5,593,972和美国专利号5,817,637中教导。美国专利号5,880,103描述了几种输送编码蛋白的核酸至生物体的方法。一种施用核酸的方法是直接施用质粒DNA，如用哺乳动物表达质粒。编码所公开的抗体或其抗原结合片段的核苷酸序列可置于启动子的控制下以提高表达。该方法包括核酸的脂质体递送。此种方法可应用于抗体或其抗原结合片段的生产。在一些实施方案中，采用pVRC8400载体在对象中表达公开的抗体或抗原结合片段(描述于Barouch等,J.Virol.,79(14),8828-8834,2005，其通过引用并入本文)。
在若干实施方案中，可以向对象(如处于埃博拉病毒感染风险中的人对象)施用治疗有效量的包括编码公开的抗体或抗原结合片段的一或多种核酸分子的AAV病毒载体。AAV病毒载体是针对表达编码公开的抗体或抗原结合片段的核酸分子而设计的，向对象施用有效量的AAV病毒载体导致在对象中表达有效量的所述抗体或抗原结合片段。用于在对象中表达公开的抗体或抗原结合片段的AAV病毒载体的非限制性示例包括以下文献提供的那些：Johnson等(Nat.Med.,15(8):901-906,2009)和Gardner等(Nature,519(7541):87-91,2015)，每篇文献通过引用全文并入本文。
在一个实施方案中，将编码公开的抗体或其抗原结合片段的核酸直接引入组织中。例如，核酸通过标准方法加载至金微球上并通过如Bio-Rad的HELIOSTMGene Gun的设备引入皮肤。核酸可以是“裸”的，并由在强启动子控制下的质粒组成。
通常，将DNA注射入肌肉中，尽管它也可直接注射入其他部位。注射的剂量一般为大约0.5μg/kg至大约50mg/kg，并且通常为大约0.005mg/kg至大约5mg/kg(参见例如美国专利号5,589,466)。
可以依据患者所需和耐受的剂量和频率来单次或多次施用包括公开的HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子的组合物。剂量可以施用一次，但也可周期性地施用直到达到期望的结果或直到副作用使得治疗终止。通常，剂量足以抑制埃博拉病毒感染，但不产生对患者不可接受的毒性。
可使用得自细胞培养测定和动物研究的数据来制定用于人类的剂量范围。剂量通常处于包括ED50的几乎无毒性或最小毒性的循环浓度的范围内。剂量可依据采用的剂型和利用的施用途径在该范围内变化。可以由细胞培养测定和动物研究确定有效剂量。
可以以多种方式向对象施用(包括局部和全身施用)HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物，例如通过皮下注射、静脉注射、动脉注射、腹腔内注射、肌肉注射、皮内注射或鞘内注射。在一个实施方案中，所述抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物通过每天一次单一皮下、静脉、动脉、腹腔内、肌肉、皮内或鞘内注射施用。所述抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物也可通过直接注射在病灶处或病灶附近施用。另一施用方法是通过渗透泵(如Alzet泵)或迷你泵(如Alzet迷你渗透泵)，其允许所述抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物在预定时间段内可控连续和/或缓释递送。渗透泵或迷你泵可皮下植入或在靶点附近植入。
2.组合物
提供了于载体中包括本文公开的HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子中的一或多种的组合物。所述组合物用于例如抑制或检测HIV-1感染。所述组合物可以用于施用给对象的单位剂型制备。施用的量和时间以施用医生的判断为准从而达到期望的目的。可配制HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子以用于全身或局部施用。在一个实例中，配制HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子以用于肠胃外施用，如静脉内施用。
在一些实施方案中，组合物中的抗体、其抗原结合片段或缀合物为至少70％(如至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％)纯。在一些实施方案中，所述组合物含有少于10％(如少于5％、少于4％、少于3％、少于2％、少于1％、少于0.5％，或甚至更少)的大分子杂质，如其他哺乳动物(例如人)蛋白。
用于施用的组合物可包括溶解在药学上可接受的载体如水性载体中的HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子的溶液。可使用多种水性载体，例如缓冲盐水等。这些溶液是无菌的且一般不含不需要的物质。这些组合物可通过常规熟知灭菌技术进行灭菌。所述组合物可含有近似生理条件所需的药学上可接受的辅助物质，如pH调节和缓冲剂、毒性调节剂等，例如乙酸钠、氯化钠、氯化钾、氯化钙、乳酸钙等。这些制剂中的抗体浓度可广泛变化，并且根据选择的特定施用模式和对象的需求主要基于液体体积、粘度、体重等选择。
静脉内施用的典型组合物包括每对象每天大约0.01至大约30mg/kg的抗体或抗原结合片段或缀合物(或包括抗体或抗原结合片段的缀合物的相应剂量)。制备可施用组合物的实际方法是已知的并且在出版物如Remington:The Science and Practice ofPharmacy,22nd ed.,London,UK:Pharmaceutical Press,2013中详细描述。在一些实施方案中，组合物可以是包括一或多种抗体、抗原结合片段(如特异性结合HIV-1 Env的抗体或抗原结合片段)的液体制剂，浓度范围为大约0.1mg/ml至大约20mg/ml，或大约0.5mg/ml至大约20mg/ml、或大约1mg/ml至大约20mg/ml，或0.1mg/ml至大约10mg/ml，或大约0.5mg/ml至10mg/ml，或大约1mg/ml至大约10mg/ml。
抗体或其抗原结合片段或缀合物或编码这些分子的核酸可以以冻干形式提供并且在施用前用无菌水再水化，尽管它们也可以以已知浓度的无菌溶液形式提供。抗体溶液或抗原结合片段或编码这些抗体或抗原结合片段的核酸可添加到含有0.9％氯化钠(USP)的输液袋中，并且通常以0.5至15mg/kg体重的剂量施用。自1997年利妥昔单抗获得批准以来已经在美国销售的抗体药物的施用的重要经验可在本领域中获得。抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸可通过缓慢灌注而非静脉推注或丸剂来施用。在一个实例中，施用较高负荷剂量，随后再施用较低水平的维持剂量。例如，在90分钟的时间内输入4mg/kg的初始负荷剂量，如果可很好地耐受之前的剂量，那么之后在30分钟时间内灌注2mg/kg的周维持剂量持续4-8周。
控释肠胃外制剂可制成植入物、含油注射液或颗粒体系。对于蛋白递送系统的概述，参见Banga,Therapeutic Peptides and Proteins:Formulation,Processing,andDelivery Systems,Lancaster,PA:Technomic Publishing Company,Inc.,1995。颗粒体系包括微球、微粒、微囊、纳米胶囊、纳米球和纳米颗粒。微囊含有作为中心核的活性蛋白物质如细胞毒素或药物。在微球中，活性蛋白物质分散在整个颗粒中。小于约1μm的颗粒、微球和微囊一般分别称为纳米颗粒、纳米球和纳米胶囊。毛细血管具有约5μm的直径，使得只有纳米颗粒可以静脉内施用。微粒直径通常是大约100μm，可以皮下或肌肉施用。参见例如Kreuter,Colloidal Drug Delivery Systems,J.Kreuter(Ed.),New York,NY:MarcelDekker,Inc.,pp.219-342,1994；以及Tice and Tabibi,Treatise on Controlled DrugDelivery:Fundamentals,Optimization,Applications,A.Kydonieus(Ed.),New York,NY:Marcel Dekker,Inc.,pp.315-339,1992。
聚合物可用于本文公开的抗体组合物的离子控释。用于受控药物递送的多种可降解和不可降解聚合基质在本领域是已知的(Langer,Acc.Chem.Res.26(10):537-542,1993)。例如，嵌段共聚物泊洛沙姆407在低温以粘稠但流动液体形式存在，但在体温形成为半固体凝胶。已表明其是重组白介素-2和尿素酶配制和持续递送的有效载体(Johnston etal.,Pharm.Res.,9(3):425-434,1992；和Pec et al.,J.Parent.Sci.Tech.,44(2):58-65,1990)。或者，羟磷灰石已经用作蛋白控释的微载体((Ijntema et al.,Int.J.Pharm.112(3):215-224,1994)。在另一个方面，脂质体用于脂质微囊包裹的药物的控释及药物靶向(Betageri et al.,Liposome Drug Delivery Systems,Lancaster,PA:TechnomicPublishing Co.,Inc.,1993)。用于活性蛋白物质的受控递送的许多额外体系是已知的(参见美国专利号5,055,303；美国专利号5,188,837；美国专利号4,235,871；美国专利号4,501,728；美国专利号4,837,028；美国专利号4,957,735；美国专利号5,019,369；美国专利号5,055,303；美国专利号5,514,670；美国专利号5,413,797；美国专利号5,268,164；美国专利号5,004,697；美国专利号4,902,505；美国专利号5,506,206；美国专利号5,271,961；美国专利号5,254,342和美国专利号5,534,496)。
3.检测和诊断方法
还提供了用于体内或体外检测HIV-1 Env存在的方法。在一个实例中，在来自对象生物学样品中检测HIV-1 Env的存在，并且可用于鉴定具有HIV-1感染的对象。所述样品可以是任何样品，包括但不限于来自活检组织、尸体解剖和病理样本。生物学样品还包括组织切片，例如用于组织学目的的冷冻切片。生物学样品进一步包括体液，如血液、血清、血浆、唾液、脊髓液或尿液。检测方法可包括在足以形成免疫复合物的条件下将细胞或样品与特异性结合HIV-1 Env的抗体或抗原结合片段或其缀合物(例如包括可检测标记的缀合物)接触，并检测免疫复合物(例如通过检测与所述抗体或抗原结合片段缀合的可检测标记)。
在一个实施方案中，抗体或抗原结合片段直接用可检测标记标记。在另一个实施方案中，结合HIV-1 Env的抗体(一抗)未被标记并且利用可结合一抗的第二抗体或其他分子来进行检测。选择能够特异性结合第一抗体的特异种和类别的第二抗体。例如，如果第一抗体是人IgG，那么第二抗体可以是抗人IgG。其他可与抗体结合的分子包括但不限于蛋白A和蛋白G，二者都是商业上可获得的。用于抗体、抗原结合片段或第二抗体的合适标记是已知的并如上所述，并且包括各种酶、辅基、荧光材料、发光材料、磁性物质和放射性材料。
在一些实施方案中，使用所公开的抗体或其抗原结合片段来测试疫苗。例如，测试包括HIV-1 Env或其片段的疫苗组合物是否具有包括公开的抗体的表位的构象。因此，本文提供了一种测试疫苗的方法，其中所述方法包括在足以形成免疫复合物的条件下将含有所述疫苗如HIV-1 Env免疫原的样品与公开的抗体或抗原结合片段接触，并检测所述免疫复合物，以检测样品中的所述疫苗，例如包括所述表位的HIV-1 Env免疫原。在一个实例中，样品中免疫复合物的检测表明疫苗组分如HIV-1 Env免疫原具有能够结合所述抗体或抗原结合片段的构象。
F.试剂盒
还提供了试剂盒。例如，治疗患有HIV-1感染的对象的试剂盒、或检测样品或对象中HIV-1 Env的试剂盒。试剂盒通常包括公开的HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物。试剂盒中可包括多于一种的所公开的HIV-1 Env特异性抗体、抗原结合片段、缀合物或编码这些分子的核酸分子或包括这些分子的组合物。
在一个实施方案中，试剂盒是诊断试剂盒并且包括免疫测定。尽管免疫测定的细节可随着采用的具体形式而变化，但是检测生物学样品中HIV-1 Env的方法一般包括以下步骤：在足以形成免疫复合物的条件下将生物学样品和与HIV-1 Env特异性反应的抗体接触。允许所述抗体在免疫反应性条件下特异性结合以形成免疫复合物，并且直接或间接地检测免疫复合物(结合的抗体)的存在。
试剂盒可包括容器和所述容器上或与所述容器相关的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、小瓶、注射器等。容器可由各种材料如玻璃或塑料形成。容器通常容纳包括公开的抗体、抗原结合片段、缀合物、核酸分子或组合物中的一或多种的组合物。在若干实施方案中，容器可具有无菌接入口(例如容器可以是静脉内溶液包或具有可被皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。标签或包装插页表明组合物用于治疗或检测特定状况，并且通常进一步包括用于包含在试剂盒中的抗体、抗原结合片段、缀合物、核酸分子或组合物的说明书。
试剂盒还可包括额外成分以方便试剂盒设计的特定应用。因此，例如，试剂盒可另外包含检测标记的手段(如用于酶标记的酶底物、检测荧光标记的滤光片组、适当的第二标记如二抗等)。试剂盒可另外包括常规用于实践特定方法的缓冲剂和其他试剂。
III.实施例
提供了以下实施例以说明某些实施方案的特定特征，但是权利要求书的范围不应限制于那些示例的特征。
实施例1
通过植入四级接触HFR3残基来改善HIV-1广泛中和抗体
广泛中和抗体(bNAb)是用于预防和治疗HIV感染的抗逆转录病毒药物的有希望的替代品。已从天然HIV-1感染个体中分离出许多bNAb，包括VRC01类抗体，其以该类的原型成员(VRC01)命名并因其高效力和广度而在该领域引起了特别兴趣。此实施例描述了基于结构的工程设计，通过扩展重链的框架3环(HFR3)来修饰VRC01类抗体，从而使抗体能够与HIVEnv三聚体刺突中的相邻gp120原聚体建立四级接触。延伸是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO：36)所示的序列(其是来自VRC03的Kabat位置72-76(包含70s环插入))置换VRC01类抗体的Kabat位置72-76。此插入称为“70-03插入”。四分之三的工程化VRC01类抗体显示针对大多数测试的HIV-1毒株的中和能力增强。与成功的工程化抗体不同，与IGHV1-2*02种系序列相比，没有被70-03插入改善的工程化VRC01类抗体已经在Kabat位置75/76之间包含氨基酸插入。
此外，解决了一种工程抗体N6 70-03与BG505 SOSIP.664三聚体复合的晶体结构。已显示N6 70-03的HFR3环与相邻gp120原聚体中的V3碱基和CD4结合位点2(CD4BS2)相互作用。四级接触通过减缓它们的解离速率来稳定修饰的抗体和Env三聚体之间的相互作用。具有增强的效力，所公开的修饰的VRC01类抗体是用于HIV-1治疗和预防的潜在候选物。
介绍
成熟病毒体表面上的天然HIV-1-包膜(Env)刺突是介导病毒附着和进入的唯一功能形式，因此代表了中和抗体的主要靶标和疫苗开发的中心焦点。天然刺突是gp120-gp41异二聚体的三聚体，被限制为亚稳态结构，可通过多种机制逃避免疫控制，包括抗原性变异、N-连接糖基化和保守受体结合位点的构象掩蔽。与初级细胞受体CD4结合后，外部gp120Env糖蛋白会经历主要构象变化，转变为可与共受体CCR5或CXCR4相互作用的状态。gp120的CD4结合位点(CD4-BS)是广谱中和抗体的关键靶标，已通过诱变和与可溶性CD4(sCD4)复合共结晶而精细作图。但是，大多数研究都使用单体gp120亚基进行，因此阻碍了对可能参与初始CD4相互作用的融合前三聚体结构中组装的四级元件的作用的评估。先前分别通过针对CD4超级位点(supersite)的两种单克隆抗体(mAb)VRC-PG04和VRC01的低温电子显微镜术(cryo-EM)和晶体学已记录了与相邻gp120原聚体的四级相互作用。此外，计算机对接模拟额外的抗CD4-BS mAb和sCD4本身的四级三聚体相互作用预测VRC01和sCD4与相邻原聚体的α0螺旋的有限表面的接触，以及C2和V3环中具有碱性残基的其他mAb的更广泛的接触；但是，尚未研究这些相互作用的功能意义。
在阐明HIV-1 Env刺突的分子解剖学方面取得了显著进展，尤其是稳定化为近乎天然构型的可溶性截短三聚体(SOSIP.664)的设计和结晶以及天然膜结合的Env刺突的cryo-EM成像的不断增加的分辨率。然而，获得关于CD4与融合前三聚体的初始接触的结构信息仍然是一项艰巨的努力，这主要是由于在CD4相互作用时三聚体向开放构型的快速转变。使用结构建模、定向诱变和cryo-EM的组合，最新证据表明，功能性HIV-1 Env三聚体通过由gp120外结构域中先前定义的CD4接触区与相邻gp120原聚体的内部结构域中的第二结合位点(CD4-BS2)接合形成的四级表面与CD4相互作用(参见Liu等人，“Quaternarycontact in the initial interaction of CD4 with the HIV-envelope trimer,”Nat.Struct.Mol.Biol.,24(4)370-378,2017)。发现破坏各种HIV-1 Env中的CD4-BS2会降低CD4-三聚体相互作用的稳定性并通过阻止获得共受体结合能力来完全消除HIV-1感染性。在与CD4-BS2相互作用的CD4残基突变后，HIV-1感染性相应降低。与可溶性CD4复合的稳定的三聚体(DS-SOSIP)的
Figure BDA0002723828330000501
cryoEM结构证实了四级接触。与CD4相似，还发现针对CD4抗原超级位点的中和性人抗体，最显著的是VRC03、VRC06和VRC-CH31，与和CD4-BS2部分重叠的四级表面相互作用，从而提供了该区域在体内具有免疫原性的证据(参见Liu等人，“Quaternary contact in the initial interaction of CD4 with the HIV-envelopetrimer,”Nat.Struct.Mol.Biol.,24(4)370-378,2017)。
在该实施例中，通过植入VRC03的延伸的重链构架3(HFR3)环，使用基于结构的合理工程化修饰一些针对源自慢性HIV-1感染个体的CD4超级位点最有效的VRC01类抗体。植入成功并使所得的嵌合抗体能够与HIV Env三聚体刺突中的第二gp120原聚体建立四级接触。嵌合抗体对封闭的Env三聚体显示出增强的结合亲和力，对不同进化枝的大多数主要HIV-1分离株的中和效力增强。这些结果对开发越来越有效的HIV-1治疗和预防策略具有重要意义。
针对CD4抗原性超级位点选择的广泛中和性抗体通过延伸的HFR3环与四级表面相互作用
通过使抗体结合的单体gp120与三聚体的一个gp120原聚体比对，将CD4BS抗体对接至Env三聚体结构(PDB ID：4TVP)(参见图1A)。经典CD4BS上的抗体结合表面大部分重叠。但是，一些抗体如VRC03和VRC06似乎也与Env三聚体的邻近原聚体建立接触。序列比对显示VRC03和VRC06的重链包含延伸的FR3环，这与其他CD4BS抗体不同(图1B)。这个长FR3环类似于最近报道的接触CD4-BS2的CD4区域，该区域位于相邻gp120原聚体的内部结构域。CD4-BS2上的突变减少了Env三聚体与这些抗体的结合。为了进一步研究FR3环的功能作用，通过用GPG(甘氨酸-脯氨酸-甘氨酸)接头取代FR3环，创建了VRC03和VRC06的FR3-缺失突变体(图1C)，并评估了与HIV-1 Env的结合和HIV-1假病毒的中和。
对于结合测定，2μg/ml的BG505 SOSIP.664Env胞外域三聚体于4℃在96孔板上涂覆过夜。室温下将板用BLOTTO缓冲液(PBS、1％FBS、5％脱脂奶)封闭1小时，之后用在裂解缓冲液(PBS、5％FBS、2％BSA、1％Tween-20)连续稀释的抗体室温下孵育1小时。室温下加入以1：10,000稀释的辣根过氧化物酶(HRP)缀合的山羊抗人IgG抗体1小时。每个步骤之间用0.2％Tween-20 PBS洗涤板。用3,3′,5,5′-四甲基联苯胺(TMB)(Sigma-Aldrich)显色板并在450nm读数。
如先前所述(Li et al.,J.Virol.,79,10108-10125,2005)，使用TZM-bl细胞的单轮HIV-1 Env-假病毒感染评估单克隆抗体的中和活性。将热灭活的患者血清或单克隆抗体(mAb)用Dulbecco's改良的Eagle培养基10％FCS(Gibco)连续5倍稀释并将10μl血清或mAb与40μl假病毒在96孔板中于37℃孵育30分钟。然后加入TZM-b1细胞并将板孵育48小时。然后用萤光素酶测定系统(Promega，Finnboda
Figure BDA0002723828330000511
瑞典)进行测定，并在发光计(PerkinElmer)上读取相对光单位(RLU)。
如图1E和1F所示，缺失突变体丧失了与BG505 SOSIP.664结合的能力，并且如所示，它们对两个HIV-1分离株的中和能力被削弱(图1E和1F)。这些结果表明，使CD4-BS2接触的长FR3环在这些mAb的功能中起着至关重要的作用。
将延伸的四级接触HFR3环植入VRC01
假设VRC03和VRC06的FR3环可以被移植到其他CD4-BS抗体如VRC01上，并使它们能够与Env三聚体建立四级接触并潜在地提高它们的效力(参见图1C中的序列)。为了验证该假设，将VRC03和VRC06的FR3环(12aa：72-83)分别引入VRC01中，产生两种嵌合抗体，称为VRC01 70-03和VRC01 70-06。抗体在哺乳动物细胞中产生并通过亲和层析纯化。使用上述假病毒测定评估中和。当针对来自不同HIV-1进化枝的5种HIV分离株测试这些嵌合体时，VRC01 70-03的中和能力明显增加，但VRC01 70-06却没有(图2)。5个分离株的3个对嵌合VRC01 70-03的敏感性比对WT VRC01的敏感性高。其他两个分离株BaL和C1080的中和不受影响或略有降低。基于这些结果，可以得出结论，可以通过延长VRC03的FR3环而不是VRC06的FR3环来改善VRC01。
将VRC03 HFR3环植入多种VRC01类抗体中提高针对大多数主要HIV-1毒株的中和效力
接下来，测试了是否可以将FR3植入应用于其他CD4BS抗体，特别是具有非常高效力和广度的那些(图3)。使用相同策略，产生了基于N6、VRC07和3BNC117的嵌合抗体。由12个HIV-1分离株组成的一个全部小组用于评估嵌合抗体的中和能力。对于VRC07，80％的分离株对嵌合抗体比对WT形式更敏感。大多数分离株对VRC01、VRC07和N6的嵌合形式更敏感。抗体3BNC117是一个例外，对一半测试的分离株的中和作用降低。值得注意的是，3BNC117包含比N6、VRC01和VRC07更长的FR3，其可能与来自相邻gp120原聚体的V3接触。结果，FR3的进一步延伸可能不会增强、但会破坏这种自然接触。
HFR3环的植入增强了对融合前Env三聚体的结合亲和力
通过ELISA检查了嵌合抗体对可溶性Env三聚体的结合亲和力(图4)。嵌合N6 70-03与WT形式相比，对BG505 SOSIP.664的结合亲和力更高。VRC01 70-03的结合也略有增加。对于JRFL SOSIP.664，与它们的WT形式相比，两种嵌合抗体具有相似的结合水平。这些结果与观察到的嵌合体中和作用对BG505有所改善而对JRFL没有改善相对应。还通过表面等离子共振(SPR)进行了与嵌合抗体的Fab的结合测定。mAb 2G12用于捕获BG505 SOSIP.664三聚体和在流动相中使用的嵌合抗体。通过SPR测量证实了两种嵌合体与Env三聚体的结合增加。FR3环的植入对嵌合体的结合速率影响有限，但显著减慢解离速率。这些结果表明，植入的FR3稳定了抗体与Env三聚体的相互作用。
与BG505 SOSIP-664三聚体复合的VRC03环嵌合N6抗体的晶体结构
为了获得嵌合抗体与HIV Env三聚体的相互作用的结构信息，解析了与BG505SOSIP.664三聚体复合的嵌合抗体N6 70-03的晶体结构(图5)。延伸的FR3环被很好地定义并显示出类似于VRC03结构中FR3环的构象。除了与CD4BS2(主要与残基K207)接触外，FR3环似乎还与相邻gp120原聚体V3碱基中的残基接触，尤其是两个具有长侧链的氨基酸R304和Y318。结构比对表明，N6 70-03的总体取向与WT形式接近。看起来延伸的FR3环只是引起额外的相互作用，而不会影响“经典”结合。通过稳定这种四级接触，FR3环赋予了嵌合体改善的结合能力。
嵌合抗体相互作用表面的图谱显示相邻gp120原聚体V3环区域内的四级接触
为了通过实验验证FR3环与相邻原聚体之间的四级相互作用，对基于晶体结构鉴定的关键结合残基进行突变并评估所得的HIV-1 Env与具有70-03修饰的抗体的结合(图6)。产生携带突变的Env的假病毒，并测试其对WT和嵌合抗体的中和敏感性。如果Env的突变位点参与了与植入的FR3的第四级接触，那么与WT病毒相比，相应的假病毒对嵌合抗体的敏感性应降低。位点66和318的突变没有作用，而K207的突变有中等程度的影响，降低了对嵌合抗体的敏感性。用R304E突变体观察到最明显的变化，与WT病毒(IC50：0.007μg/ml)相比，N6 70-03中和敏感性降低了约8倍(IC50：0.053μg/ml)。嵌合VRC01 70-03观察到相同的趋势。这些结果证实了嵌合抗体与Env三聚体之间的四级相互作用的功能作用，并证实Env三聚体上的FR3接触区涉及两个关键残基K207和R304。也可能涉及其他残基，如Y318，但它们的作用似乎不太明显。
VRC01 20’s环的修饰
与VRC01相比，VRC-CH31在HCDR1区域包含更长的20s环。这个20s环的一部分已通过各种长度的接头移植到VRC01中，以确定所述修饰是否可以增加HIV-1 Env结合或HIV-1中和。修饰的序列在图7A中示出。如上所述，通过假病毒中和测定评估HIV-1中和。如图7B所示，与WT VRC01相比，所有20s环嵌合体对BG505和BaL HIV-1分离株的中和效力均较弱。
VRC01 HFR3环的进一步修饰
嵌合VRC01中70-03修饰的进一步优化没有成功(图8)。VRC01 70-03中HFR3环的长度(8A)或组成(8B)有所变化，但与原始VRC01 70-03设计相比，所有环修饰的突变体对HIV-1中和的效力均较低。
实施例2
修饰的VRC01-类抗体
此实施例说明了其他修饰的VRC01类抗体，包括VRC01.23抗体，该抗体在208个病毒组中中和了96％的HIV-1假病毒，中位数IC50为0.042μg/ml。
如上所述，相对于亲本VRC01抗体，用70-03突变修饰的VRC01抗体提供了与HIV-1Env的改善的结合以及增加的HIV-1中和。评估了其他VRC01变体的矩阵，以确定其他修饰是否可以进一步改善VRC01的特性。矩阵中的修饰包括在重链可变区中的G54W取代(例如如在Diskin等人，Science,334(6060):1289-1293,2011中NIH45-46 G54W抗体的上下文中所述)，本文所述的70-03取代，HCDR3中ARDY四氨基酸插入(如VRC07 HCDR3中所示)，轻链可变区N端的2个氨基酸缺失联合在轻链可变区第三个位置的丝氨酸取代(2aa_del_V3S；例如如在Rudicell et al.,J.Virol.,88(21):12669-12682,2014中VRC07抗体的上下文中所述)，和在轻链可变区的N末端处的3氨基酸缺失(3aa_del；例如如在Rudicell et al.,J.Virol.,88(21):12669-12682,2014中VRC07抗体的上下文中所述)。修饰的VRC01抗体矩阵包括如下：
Figure BDA0002723828330000531
所述抗体在哺乳动物细胞中以IgG1产生并通过亲和层析纯化，基本上如Rudicell等人所述(J.Virol.88(21):12669-12682,2014)。重链是包含“LS”突变以增加血清半衰期的IgG1。
如先前所述(Li et al.,J.Virol.,79,10108-10125,2005)，使用TZM-bl细胞的单轮HIV-1 Env假病毒感染评估单克隆抗体的中和活性。将热灭活的患者血清或单克隆抗体(mAb)用Dulbecco's改良的Eagle培养基10％FCS(Gibco)连续5倍稀释，并将10μl血清或mAb与40μl假病毒在96孔板中于37℃孵育30分钟。然后加入TZM-b1细胞并将板孵育48小时。然后用萤光素酶测定系统(Promega，Finnboda
Figure BDA0002723828330000532
瑞典)进行测定并在发光计(PerkinElmer)上读取相对光单位(RLU)。
初步评估包括对一小组不同HIV-1 Env假病毒的HIV-1中和作用。如图9A和9B所示，基于组中的假病毒，VRC01.23显示出令人惊讶的中和效力改善。
VRC01.23 VH和VL的序列分别为SEQ ID NO：84和85。完整重链和轻链序列分别为SEQ ID NO：91和92。
为了确认VRC01.23的效力提高，在208种不同HIV-1 Env假病毒组中评估了该抗体以及其他几种VRC01类抗体(包括几种具有70-03修饰的几种)的中和作用。该测定基本上如先前所述进行(参见Kwon et al.,Cell Reports,22,1798-1809,2018)。如图10A-10C所示，相对于在中和组中评估的其他抗体，VRC01.23显示出令人惊讶的中和效力改善。相信VRC01.23是迄今为止鉴定出的最有效的CD4结合位点抗体之一。
VRC01变体对HIV-1阴性人上皮细胞(HEp-2)的反应性通过玻片上的间接免疫荧光法确定，使用依文思蓝作为复染剂和FITC缀合的山羊抗人IgG根据先前描述的方法进行(Haynes et al.,Science,308,1906-1908,2005)。对于以25μg/ml和50μg/ml抗体完成的测定，显示了参考抗体以及VRC01变体的染色评分(0-4级)(图11)。70-03修饰的引入显著降低了自身反应性。
在具有人源化新生儿Fc受体(FcRn)的小鼠和猕猴中评估了VRC01.23LS抗体的体内半衰期(图12)。如图所示，在具有人源化FcRn的小鼠和恒河猴中，相对于VRC01LS，在轻链中引入G54W、70-03和3-氨基酸缺失不会改变VRC01.23LS的体内半衰期。另外，在具有人源化新生儿Fc受体(FcRn)的小鼠和猕猴中评估了VRC07-523LS 70-03抗体的体内半衰期(图12)。如图所示，在这些动物模型中，相对于VRC07-523LS，引入70-03突变会略微增加VRC07-523LS 70-03的体内半衰期。
实施例3
修饰的VRC01类抗体
如实施例2所述，VRC01的修饰包括在HCDR2中的G54W取代、在重链FR3中的70-03取代以及轻链可变区的前三个氨基酸的缺失(EIV)，产生具有中和HIV-1的强大效力的VRC01类抗体(VRC01.23)。
为了进一步评估这些修饰以及一些其他修饰(包括重链Kabat位置54的苯丙氨酸取代，轻链N末端的两氨基酸缺失以及N6轻链中的Y98S)对VRC01类抗体的影响，对VRC01类变体的另一个矩阵进行评估。抗体矩阵包括：
Figure BDA0002723828330000541
如上所述，产生具有“LS”突变的IgG1抗体以增加血清半衰期。
如先前所述(Li et al.,J.Virol.,79,10108-10125,2005)，使用TZM-bl细胞的单轮HIV-1 Env-假病毒感染评估单克隆抗体的中和活性。将热灭活的患者血清或单克隆抗体(mAb)用Dulbecco's改良的Eagle培养基10％FCS(Gibco)连续5倍稀释，并将10μl血清或mAb与40μl假病毒在96孔板中于37℃孵育30分钟。然后加入TZM-b1细胞并将板孵育48小时。然后用萤光素酶测定系统(Promega，Finnboda
Figure BDA0002723828330000542
瑞典)进行测定，并在发光计(PerkinElmer)上读取相对光单位(RLU)。对于几何平均值和中位数计算，>50’s被视为50。
评估包括对一小组不同的HIV-1 Env假病毒的HIV-1中和作用；确定了IC50和IC80值(图13A-13H)。N49P7.v2和.v3以及VRC07-523LS.v1-v4在12个病毒组中和测定中显示出改善的效力。
在上述208种不同的HIV-1 Env假病毒组中评估了其中一种抗体(VRC07-523LS.v3)的中和作用。如图10A-10C所示，在该中和筛选中，发现VRC07-523LS.v3比VRC01.23更有效。如上所述，另一种抗体(VRC07-523LS.v1)在稍小的一组140种不同的HIV-1 Env假病毒上评估了中和作用。如图14所示，在该中和筛选中，VRC07-523LS.v1也比VRC01.23更有效(比较图14与图10)。
进行了ANA HEp-2染色分析和抗心磷脂ELISA以测试VRC01类变体的自身反应性。如上所述进行HEp-2染色测定。如Asokan等人(J.Virol.,doi:10.1128/JVI.02097-15,2015)所述进行抗心磷脂ELISA。对于HEp-2染色分析，显示了在25μg/ml和50μg/ml抗体完成的检测中，参考抗体以及VRC01类变体的染色评分(等级为0-4)(图15A-15C)。根据以下各项分配HEp-2染色评分：
HEp-2评分 反应性 染色强度表象
0 无反应 无反应
0/1 温和反应 VRC01-LS和4E10之间
1 反应 类似4E10
1/2 反应 4E10和VRC07-523-LS之间
2 反应 VRC07-523-LS
2/3 反应 VRC07-523-LS和VRC07-G54W之间
3 反应 类似VRC07-G54W或更强
在重链上引入70-03和G54修饰或在轻链中引入两或三个氨基酸缺失导致自身反应性降低。抗心磷脂ELISA的结果示于图16A和16B。根据检测到的GPL单位对结果进行评分(阴性：<20GPL单位；中：20-80GPL单位；高阳性：>80GPL单位)。
实施例4
用HIV-1 Env特异性抗体治疗HIV-1
本实施例描述了一种可用于通过施用公开的HIV-1 Env特异性抗体来治疗人类对象中HIV-1感染的特定方法。尽管提供了特定施用方法、剂量和模式，但是本领域技术人员将理解可以进行不实质性影响治疗的改变。
基于本文公开的教导，可通过施用治疗有效量的本文所述的一或多种中和性mAb来治疗HIV-1感染，从而降低或消除HIV-1感染。
筛选对象
在特定实施例中，首先筛选对象来确定他们是否有HIV-1感染。用于筛查HIV-1感染的方法的实例包括将测量对象的CD4+T细胞计数与HIV-1病毒在血液血清中的水平的组合。采用本文所述的HIV-1 Env特异性抗体的额外方法也可用于筛查HIV-1感染。
在一些实例中，HIV-1测试包括用酶联免疫测定(ELISA)进行初始筛选以检测针对HIV-1的抗体。除非有新暴露于感染的伙伴或未知HIV-1状态的伙伴的情况发生，否则将具有来自初始ELISA的未反应结果的样本视为HIV-1阴性。对具有反应性ELSA结果的样本重复再测试。如任一重复测试的结果是反应性的，那么报告样本是反复反应性的并用更特异的补充试验(例如Western印迹或免疫荧光测定(IFA))进行证实测试。经ELSA测定是反复反应性的且经IFA测定是阳性的或者经Western印迹测定是反应性的样本被视为HIV-1阳性并标明有HIV-1感染。反复ELSA反应性的样本有时也提供了中间Western印迹结果，该结果可以是应答受感染人中的HIV-1的不完全抗体，或未受感染人中的非特异性反应。IFA可用于证实这些模棱两可的情况中是否存在感染。在一些情况中，一个多月之后收集第二样本并针对具有不确定Western印迹结果的对象再测试。在另外的实例中，核酸测试(例如病毒RNA或前病毒DNA扩增法)在某些情形下也有助于诊断。
在对象血液中检测HIV-1表明对象受HIV-1感染，是接受本文公开的治疗组合物的候选者。此外，检测每微升CD4+T细胞计数低于350如每微升200个细胞也可表明对象可能有HIV-1感染。
在施用本文公开的治疗组合物之前不要求预筛选。
对象的预治疗
在特定实例中，在施用包括本领域技术人员已知的一或多种抗逆转录病毒疗法的治疗剂之前，对对象进行治疗。然而，此种预治疗并不总是要求进行，并可经熟练的临床医生决定。
治疗组合物的施用
选择对象之后，将治疗有效剂量的本文描述的HIV-1 Env特异性抗体(如N6 70-03、VRC01 70-03、VRC07 70-03、VRC07-523 70-03或VRC-PG04 70-03抗体)施用于对象(如处于感染HIV-1风险或已知感染HIV-1的成年人或新生婴儿)。可将另外物质如抗病毒剂在施用所公开的物质同时或之前或之后施用于对象。通过本领域已知的任何方法如口服施用、吸入、静脉、肌肉、腹膜内或皮下来实现施用。
为预防、降低、抑制和/或治疗HIV-1或与此有关的状况而施用的组合物的量取决于被治疗的对象、病症的严重程度和治疗组合物的施用方式。理想地，药剂的治疗有效量是足以预防、降低、和/或抑制、和/或治疗对象的状况(例如HIV-1)而不引起对象中实质性细胞毒性效应的量。有效量可容易地由本领域技术人员例如用建立剂量应答曲线的常规试验来确定。同样地，这些组合物可用惰性稀释剂或药学上可接受的载体配制。
在一个具体实例中，以每两周5mg每kg或每两周10mg每kg施用抗体。在另一实例中，以50μg每kg施用抗体或抗体片段，每周两次，持续2-3周。
治疗组合物可长期施用(例如持续几个月或几年时间)。
评价
施用一或多种疗法之后，监控具有HIV-1的对象HIV-1水平的降低、对象CD4+T细胞计数的增加，或与HIV-1疾病相关的一或多种临床症状的减少。在特定实例中，治疗7天后开始，对对象进行一或多次分析。采用本领域已知的任何方法监控对象。例如，可获得来自对象的生物学样品包括血液并对HIV-1或CD4+T细胞水平的变化进行评估。
额外治疗
在特定实例中，如果对象稳定或对治疗有少量的、混合的或部分的应答，可在用他们之前接受了期望时间的相同方案和物质制剂进行再评估(包括对象寿命)之后，对他们进行再治疗。部分应答是HIV-1感染、HIV-1复制或其组合有降低，如降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或至少70％。部分应答也可以是CD4+T细胞计数增加，如至少350个T细胞每微升。
明显的是，在不偏离描述的实施方案的精神的条件下，可改变或修改所述方法或组合物的细节。我们请求保护落入以下权利要求书的范围和精神内的所有这种修改和变化。
序列表
<110> 美国政府（由卫生和人类服务部的部长所代表）
<120> HIV-1 Env的中和抗体及其用途
<130> 4239-100010-03
<150> US 62/633,517
<151> 2018-02-21
<150> US 62/775,754
<151> 2018-12-05
<160> 123
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 122
<212> PRT
<213> 智人
<400> 1
Arg Ala His Leu Val Gln Ser Gly Thr Ala Met Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Gln Thr Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ala His
20 25 30
Ile Leu Phe Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Lys Pro Gln Tyr Gly Ala Val Asn Phe Gly Gly Gly Phe
50 55 60
Arg Asp Arg Val Thr Leu Thr Arg Asp Val Tyr Arg Glu Ile Ala Tyr
65 70 75 80
Met Asp Ile Arg Gly Leu Lys Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Arg Ser Tyr Gly Asp Ser Ser Trp Ala Leu Asp Ala Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Val Val Ser Ala
115 120
<210> 2
<211> 103
<212> PRT
<213> 智人
<400> 2
Tyr Ile His Val Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Val Ser Ile Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Asn Cys Gln Thr Ser Gln Gly Val Gly Ser Asp
20 25 30
Leu His Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
His His Thr Ser Ser Val Glu Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Phe His Thr Ser Phe Asn Leu Thr Ile Ser Asp Leu Gln Ala
65 70 75 80
Asp Asp Ile Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Val Leu Gln Phe Phe Gly Arg
85 90 95
Gly Ser Arg Leu His Ile Lys
100
<210> 3
<211> 121
<212> PRT
<213> 智人
<400> 3
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asp Cys
20 25 30
Thr Leu Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Leu Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Val Tyr Ser Asp Thr Ala Phe
65 70 75 80
Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Val Asp Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Thr Arg Gly Lys Asn Cys Asp Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His Trp Gly
100 105 110
Arg Gly Thr Pro Val Ile Val Ser Ser
115 120
<210> 4
<211> 104
<212> PRT
<213> 智人
<400> 4
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Thr Ala Ile Ile Ser Cys Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala
20 25 30
Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser
35 40 45
Gly Ser Thr Arg Ala Ala Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg
50 55 60
Trp Gly Pro Asp Tyr Asn Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Ser Gly Asp
65 70 75 80
Phe Gly Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr
85 90 95
Lys Val Gln Val Asp Ile Lys Arg
100
<210> 5
<211> 125
<212> PRT
<213> 智人
<400> 5
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
Pro Ile Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Met Tyr Ser Glu Thr Ala Phe
65 70 75 80
Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Thr Arg Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe
100 105 110
Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val Thr Val Ser Ser
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<210> 6
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 6
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
Pro Ile Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Lys Pro Arg His Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Met Tyr Ser Glu Thr Ala Phe
65 70 75 80
Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Thr Arg Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe
100 105 110
Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 7
<211> 101
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 7
Ser Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Thr
1 5 10 15
Ala Ile Ile Ser Cys Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala Trp Tyr
20 25 30
Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser Gly Ser
35 40 45
Thr Arg Ala Ala Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg Trp Gly
50 55 60
Pro Asp Tyr Asn Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Ser Gly Asp Phe Gly
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Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val
85 90 95
Gln Val Asp Ile Lys
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<212> PRT
<213> 智人
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Gln Val Gln Leu Leu Gln Ser Gly Ala Ala Val Thr Lys Pro Gly Ala
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Ser Val Arg Val Ser Cys Glu Ala Ser Gly Tyr Asn Ile Arg Asp Tyr
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Phe Ile His Trp Trp Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Lys Thr Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe
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65 70 75 80
Phe Ser Phe Tyr Met Asp Leu Lys Ala Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala
85 90 95
Val Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp Phe Asp Val
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<211> 99
<212> PRT
<213> 智人
<400> 9
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Thr Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Asn Gly Tyr Leu Asn Trp Tyr
20 25 30
Gln Gln Arg Arg Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Gly Ser
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Lys Leu Glu Arg Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Arg Arg Trp Gly
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Gln Glu Tyr Asn Leu Thr Ile Asn Asn Leu Gln Pro Glu Asp Ile Ala
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Thr Tyr Phe Cys Gln Val Tyr Glu Phe Val Val Pro Gly Thr Arg Leu
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Asp Leu Lys
<210> 10
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<212> PRT
<213> 智人
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Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Pro Val Met Arg Lys Pro Gly Ser
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Ser Met Lys Ile Ser Cys Ala Thr Ser Gly Tyr Asn Phe Arg Asp Phe
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Ser Ile His Trp Val Arg Phe Asn Arg Arg Tyr Gly Phe Glu Trp Ile
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Gly Trp Ile Lys Pro Met Trp Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Gln Leu
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Gln Gly Arg Val Ser Met Ser Arg Leu Phe Ser Gln Asp Leu Tyr Tyr
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Pro Asp Arg Gly Thr Ala Tyr Leu Glu Phe Ser Gly Leu Thr Ser Ala
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Asp Thr Ala Asp Tyr Phe Cys Val Arg Arg Gly Ser Ser Cys Pro His
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Cys Gly Asp Phe His Phe Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Ala Val Val
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Val Ser Ala
130
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<211> 102
<212> PRT
<213> 智人
<400> 11
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Gly Gly Asn Ser Leu
20 25 30
Asn Trp Tyr Gln Lys Arg Arg Gly Gln Thr Pro Arg Leu Leu Ile Tyr
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Asp Thr Ser Arg Arg Ala Ser Asp Ile Pro Glu Lys Phe Val Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Thr Asp Phe Ser Leu Thr Ile Thr Lys Val Gly Pro Glu
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Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Phe Glu Phe Phe Gly Leu Gly
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Thr Thr Leu Glu Ile Asn
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<212> PRT
<213> 智人
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Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Val Ile Lys Thr Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Asn Phe Arg Asp Tyr
20 25 30
Ser Ile His Trp Val Arg Leu Ile Pro Asp Lys Gly Phe Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Trp Ile Lys Pro Leu Trp Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Ser Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Val Ala Tyr Met Glu Phe Ser Gly Leu Thr Ser Ala
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Asp Thr Ala Glu Tyr Phe Cys Val Arg Arg Gly Ser Cys Asp Tyr Cys
100 105 110
Gly Asp Phe Pro Trp Gln Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Trp Val Val Ser
115 120 125
Ser Ala
130
<210> 13
<211> 102
<212> PRT
<213> 智人
<400> 13
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Ile Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Thr Ala Thr Leu Phe Cys Lys Ala Ser Gln Gly Gly Asn Ala Met
20 25 30
Thr Trp Tyr Gln Lys Arg Arg Gly Gln Val Pro Arg Leu Leu Ile Tyr
35 40 45
Asp Thr Ser Arg Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Val Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Thr Asp Phe Phe Leu Thr Ile Asn Lys Leu Asp Arg Glu
65 70 75 80
Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Phe Glu Phe Phe Gly Leu Gly
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Ser Glu Leu Glu Val His
100
<210> 14
<211> 111
<212> PRT
<213> 智人
<400> 14
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Gly Tyr
20 25 30
Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Asn Ser Gly Gly Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Ser Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
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Ala Arg Ala Tyr Cys Gly Gly Asp Cys Tyr Asn Trp Phe Asp Ser
100 105 110
<210> 15
<211> 97
<212> PRT
<213> 智人
<400> 15
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Ser Gln Asp Ile Ser Asn Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Leu Glu Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Asn Leu Pro Ile
85 90 95
Thr
<210> 16
<211> 129
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 16
Arg Ala His Leu Val Gln Ser Gly Thr Ala Met Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Gln Thr Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ala His
20 25 30
Ile Leu Phe Trp Phe Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Lys Pro Gln Tyr Gly Ala Val Asn Phe Gly Gly Gly Phe
50 55 60
Arg Asp Arg Val Thr Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
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Pro Asp Trp Gly Ile Ala Tyr Met Asp Ile Arg Gly Leu Lys Pro Asp
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Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Arg Ser Tyr Gly Asp Ser
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115 120 125
Ala
<210> 17
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 17
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asp Cys
20 25 30
Thr Leu Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Leu Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Val Asp
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Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Asn Cys Asp Tyr Asn
100 105 110
Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Arg Gly Thr Pro Val Ile Val Ser Ser
115 120 125
<210> 18
<211> 132
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 18
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
Pro Ile Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Ser Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg
100 105 110
Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val
115 120 125
Thr Val Ser Ser
130
<210> 19
<211> 132
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 19
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
Pro Ile Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Lys Pro Arg His Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Ser Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg
100 105 110
Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val
115 120 125
Thr Val Ser Ser
130
<210> 20
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 20
Ala His Ile Leu Phe
1 5
<210> 21
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 21
Trp Ile Lys Pro Gln Tyr Gly Ala Val Asn Phe Gly Gly Gly Phe Arg
1 5 10 15
Asp
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 22
Asp Arg Ser Tyr Gly Asp Ser Ser Trp Ala Leu Asp Ala
1 5 10
<210> 23
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 23
Gln Thr Ser Gln Gly Val Gly Ser Asp Leu His
1 5 10
<210> 24
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 24
His Thr Ser Ser Val Glu Asp
1 5
<210> 25
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 25
Gln Val Leu Gln Phe
1 5
<210> 26
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 26
Asp Cys Thr Leu Asn
1 5
<210> 27
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 27
Trp Leu Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 28
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 28
Gly Lys Asn Cys Asp Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His
1 5 10
<210> 29
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 29
Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala
1 5
<210> 30
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 30
Ser Gly Ser Thr Arg Ala Ala
1 5
<210> 31
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 31
Gln Gln Tyr Glu Phe
1 5
<210> 32
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 32
Asn Cys Pro Ile Asn
1 5
<210> 33
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 33
Trp Met Lys Pro Arg Gly Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 34
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 34
Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His
1 5 10 15
<210> 35
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 35
Trp Met Lys Pro Arg His Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 36
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 36
Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro Asp Trp Gly
1 5 10
<210> 37
<211> 856
<212> PRT
<213> 人免疫缺陷病毒
<400> 37
Met Arg Val Lys Glu Lys Tyr Gln His Leu Trp Arg Trp Gly Trp Arg
1 5 10 15
Trp Gly Thr Met Leu Leu Gly Met Leu Met Ile Cys Ser Ala Thr Glu
20 25 30
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Leu Lys Cys Thr Asp Leu Lys Asn Asp Thr Asn Thr Asn Ser Ser Ser
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Cys Gly Gly Thr Gly Gly Gly Gly Gly Cys Cys Ala Gly Ala Cys Thr
245 250 255
Ala Cys Ala Ala Thr Cys Thr Cys Ala Cys Cys Ala Thr Cys Ala Gly
260 265 270
Cys Ala Ala Cys Cys Thr Gly Gly Ala Gly Thr Cys Gly Gly Gly Ala
275 280 285
Gly Ala Thr Thr Thr Thr Gly Gly Thr Gly Thr Thr Thr Ala Thr Thr
290 295 300
Ala Thr Thr Gly Cys Cys Ala Gly Cys Ala Gly Thr Ala Thr Gly Ala
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<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 49
Glu Asp Asp Asp Tyr Gly
1 5
<210> 50
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 50
Gly Glu Asp Asp Asp Tyr Gly
1 5
<210> 51
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 51
Gly Ser Gly Glu Asp Asp Asp Tyr Gly
1 5
<210> 52
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 52
Gly Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro Asp Trp Gly
1 5 10
<210> 53
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 53
Gly Ser Gly Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro Asp Trp Gly
1 5 10 15
<210> 54
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 54
Gly Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro Asp Trp Gly Ser
1 5 10
<210> 55
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 55
Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro Asp Trp Gly Asp
1 5 10
<210> 56
<211> 125
<212> PRT
<213> 智人
<400> 56
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ser Gly Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Trp Thr Ser Glu Asp Ile Phe Glu Arg Thr
20 25 30
Glu Leu Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Gly Trp Val Lys Thr Val Thr Gly Ala Val Asn Phe Gly Ser Pro
50 55 60
Asp Phe Arg Gln Arg Val Ser Leu Thr Arg Asp Arg Asp Leu Phe Thr
65 70 75 80
Ala His Met Asp Ile Arg Gly Leu Thr Gln Gly Asp Thr Ala Thr Tyr
85 90 95
Phe Cys Ala Arg Gln Lys Phe Tyr Thr Gly Gly Gln Gly Trp Tyr Phe
100 105 110
Asp Leu Trp Gly Arg Gly Thr Leu Ile Val Val Ser Ser
115 120 125
<210> 57
<211> 104
<212> PRT
<213> 智人
<400> 57
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Thr Ala Ser Leu Ser Cys Thr Ala Ala Ser Tyr Gly His Met Thr
20 25 30
Trp Tyr Gln Lys Lys Pro Gly Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Phe Ala
35 40 45
Thr Ser Lys Arg Ala Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gln
50 55 60
Phe Gly Lys Gln Tyr Thr Leu Thr Ile Thr Arg Met Glu Pro Glu Asp
65 70 75 80
Phe Ala Arg Tyr Tyr Cys Gln Gln Leu Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr
85 90 95
Arg Leu Glu Ile Arg Arg Thr Val
100
<210> 58
<211> 132
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 58
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ser Gly Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Trp Thr Ser Glu Asp Ile Phe Glu Arg Thr
20 25 30
Glu Leu Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp
35 40 45
Ile Gly Trp Val Lys Thr Val Thr Gly Ala Val Asn Phe Gly Ser Pro
50 55 60
Asp Phe Arg Gln Arg Val Ser Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro
65 70 75 80
Asp Asp Pro Asp Trp Gly Thr Ala His Met Asp Ile Arg Gly Leu Thr
85 90 95
Gln Gly Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Lys Phe Tyr Thr
100 105 110
Gly Gly Gln Gly Trp Tyr Phe Asp Leu Trp Gly Arg Gly Thr Leu Ile
115 120 125
Val Val Ser Ser
130
<210> 59
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 59
Thr Glu Leu Ile His
1 5
<210> 60
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 60
Trp Val Lys Thr Val Thr Gly Ala Val Asn Phe Gly Ser Pro Asp Phe
1 5 10 15
Arg Gln
<210> 61
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 61
Gln Lys Phe Tyr Thr Gly Gly Gln Gly Trp Tyr Phe Asp Leu
1 5 10
<210> 62
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 62
Thr Ala Ala Ser Tyr Gly His Met Thr
1 5
<210> 63
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 63
Ala Thr Ser Lys Arg Ala Ser
1 5
<210> 64
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 64
Gln Gln Leu Glu Phe
1 5
<210> 65
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 65
Trp Leu Lys Pro Arg Trp Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 66
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 66
Asp Tyr Phe Ile His
1 5
<210> 67
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 67
Trp Ile Asn Pro Lys Thr Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 68
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 68
Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp Phe Asp Val
1 5 10
<210> 69
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 69
Gln Ala Asn Gly Tyr Leu Asn
1 5
<210> 70
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 70
Asp Gly Ser Lys Leu Glu Arg
1 5
<210> 71
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 71
Gln Val Tyr Glu Phe
1 5
<210> 72
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 72
Asp Tyr Ile Ile His
1 5
<210> 73
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 73
Trp Met Asn Pro Met Gly Gly Gln Val Asn Ile Pro Trp Lys Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 74
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 74
Asp Arg Ser Asn Gly Ser Gly Lys Arg Phe Glu Ser Ser Asn Trp Phe
1 5 10 15
Leu Asp Leu
<210> 75
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 75
Thr Gly Thr His Asn Leu Val Ser
1 5
<210> 76
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 76
Asp Phe Asn Lys Arg Pro Ser
1 5
<210> 77
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 77
Trp Ala Tyr Glu Ala
1 5
<210> 78
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 78
Glu Ile Leu Ile Asn
1 5
<210> 79
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 79
Trp Met Asn Pro Arg Gly Gly Gly Val Asn Tyr Ala Arg Gln Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 80
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 80
Gly Arg Ser Cys Cys Gly Gly Arg Arg His Cys Asn Gly Ala Asp Cys
1 5 10 15
Phe Asn
<210> 81
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 81
Lys Thr Ser Gln Ala Ile Thr Pro Arg His Leu Val
1 5 10
<210> 82
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 82
Gly Thr Ser Glu Arg Ala Ser
1 5
<210> 83
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 83
Gln Cys Leu Glu Ala
1 5
<210> 84
<211> 128
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 84
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asp Cys
20 25 30
Thr Leu Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Leu Lys Pro Arg Trp Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Val Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Asn Cys Asp Tyr Asn
100 105 110
Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Arg Gly Thr Pro Val Ile Val Ser Ser
115 120 125
<210> 85
<211> 100
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 85
Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Thr Ala
1 5 10 15
Ile Ile Ser Cys Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala Trp Tyr Gln
20 25 30
Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser Gly Ser Thr
35 40 45
Arg Ala Ala Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg Trp Gly Pro
50 55 60
Asp Tyr Asn Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Ser Gly Asp Phe Gly Val
65 70 75 80
Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Gln
85 90 95
Val Asp Ile Lys
100
<210> 86
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 86
Gln Val Gln Leu Leu Gln Ser Gly Ala Ala Val Thr Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Glu Ala Ser Gly Tyr Asn Ile Arg Asp Tyr
20 25 30
Phe Ile His Trp Trp Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Lys Thr Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Ser Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Ser Phe Tyr Met Asp Leu Lys Ala Leu Arg Ser Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp
100 105 110
Phe Asp Val Trp Gly Ser Gly Thr Gln Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 87
<211> 134
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 87
Ala Asp Leu Val Gln Ser Gly Ala Val Val Lys Lys Pro Gly Asp Ser
1 5 10 15
Val Arg Ile Ser Cys Glu Ala Gln Gly Tyr Arg Phe Pro Asp Tyr Ile
20 25 30
Ile His Trp Ile Arg Arg Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Met Gly
35 40 45
Trp Met Asn Pro Met Gly Gly Gln Val Asn Ile Pro Trp Lys Phe Gln
50 55 60
Gly Arg Val Ser Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro
65 70 75 80
Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Asp Leu Arg Gly Leu Lys Ser Asp Asp
85 90 95
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg Asp Arg Ser Asn Gly Ser Gly Lys
100 105 110
Arg Phe Glu Ser Ser Asn Trp Phe Leu Asp Leu Trp Gly Arg Gly Thr
115 120 125
Ala Val Thr Ile Gln Ser
130
<210> 88
<211> 103
<212> PRT
<213> 智人
<400> 88
Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Arg Ser Val Ser Ala Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Ser Val Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr His Asn Leu Val Ser Trp Cys
20 25 30
Gln His Gln Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Phe Asn
35 40 45
Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly
50 55 60
Gly Thr Ala Ser Leu Thr Ile Thr Gly Leu Gln Asp Asp Asp Asp Ala
65 70 75 80
Glu Tyr Phe Cys Trp Ala Tyr Glu Ala Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu
85 90 95
Thr Val Leu Gly Gln Pro Lys
100
<210> 89
<211> 139
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 89
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Thr Gln Met Lys Glu Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Thr Ile Ser Cys Val Thr Ser Gly Tyr Glu Phe Val Glu Ile
20 25 30
Leu Ile Asn Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Asn Pro Arg Gly Gly Gly Val Asn Tyr Ala Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Lys Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Tyr Leu Thr Leu Ser Gly Leu Thr Ser Gly
85 90 95
Asp Thr Ala Lys Tyr Phe Cys Val Arg Gly Arg Ser Cys Cys Gly Gly
100 105 110
Arg Arg His Cys Asn Gly Ala Asp Cys Phe Asn Trp Asp Phe Gln His
115 120 125
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Ile Val Ser Pro
130 135
<210> 90
<211> 104
<212> PRT
<213> 智人
<400> 90
Tyr Ile Gly Val Thr Gln Ser Pro Ala Ile Leu Ser Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Val Thr Leu Ser Cys Lys Thr Ser Gln Ala Ile Thr Pro Arg
20 25 30
His Leu Val Trp His Arg Gln Lys Gly Gly Gln Ala Pro Ser Leu Val
35 40 45
Met Thr Gly Thr Ser Glu Arg Ala Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ile
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Arg Leu Glu
65 70 75 80
Ala Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Cys Leu Glu Ala Phe Gly
85 90 95
Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100
<210> 91
<211> 458
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 91
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asp Cys
20 25 30
Thr Leu Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Leu Lys Pro Arg Trp Gly Ala Val Asn Tyr Ala Arg Pro Leu
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Val Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Asn Cys Asp Tyr Asn
100 105 110
Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Arg Gly Thr Pro Val Ile Val Ser Ser
115 120 125
Pro Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
130 135 140
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
145 150 155 160
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
165 170 175
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
180 185 190
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
195 200 205
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
210 215 220
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
225 230 235 240
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
245 250 255
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
260 265 270
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
275 280 285
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
290 295 300
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
305 310 315 320
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
325 330 335
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
340 345 350
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
355 360 365
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
370 375 380
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
385 390 395 400
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
405 410 415
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
420 425 430
Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr
435 440 445
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
450 455
<210> 92
<211> 207
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 92
Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Thr Ala
1 5 10 15
Ile Ile Ser Cys Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala Trp Tyr Gln
20 25 30
Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser Gly Ser Thr
35 40 45
Arg Ala Ala Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg Trp Gly Pro
50 55 60
Asp Tyr Asn Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Ser Gly Asp Phe Gly Val
65 70 75 80
Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Gln
85 90 95
Val Asp Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro
100 105 110
Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu
115 120 125
Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp
130 135 140
Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp
145 150 155 160
Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys
165 170 175
Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln
180 185 190
Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
195 200 205
<210> 93
<211> 1431
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 93
Ala Thr Gly Gly Gly Ala Thr Gly Gly Thr Cys Ala Thr Gly Thr Ala
1 5 10 15
Thr Cys Ala Thr Cys Cys Thr Thr Thr Thr Thr Cys Thr Ala Gly Thr
20 25 30
Ala Gly Cys Ala Ala Cys Thr Gly Cys Ala Ala Cys Cys Gly Gly Thr
35 40 45
Gly Thr Ala Cys Ala Thr Thr Cys Cys Cys Ala Gly Gly Thr Gly Cys
50 55 60
Ala Gly Cys Thr Gly Gly Thr Gly Cys Ala Gly Thr Cys Thr Gly Gly
65 70 75 80
Ala Gly Gly Thr Cys Ala Gly Ala Thr Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly
85 90 95
Cys Cys Thr Gly Gly Cys Gly Ala Gly Thr Cys Gly Ala Thr Gly Ala
100 105 110
Gly Ala Ala Thr Thr Thr Cys Thr Thr Gly Thr Cys Gly Gly Gly Cys
115 120 125
Thr Thr Cys Thr Gly Gly Ala Thr Ala Thr Gly Ala Ala Thr Thr Thr
130 135 140
Ala Thr Thr Gly Ala Thr Thr Gly Thr Ala Cys Gly Cys Thr Ala Ala
145 150 155 160
Ala Thr Thr Gly Gly Ala Thr Thr Cys Gly Thr Cys Thr Gly Gly Cys
165 170 175
Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Ala Ala Ala Ala Gly Gly Cys Cys Thr
180 185 190
Gly Ala Gly Thr Gly Gly Ala Thr Gly Gly Gly Ala Thr Gly Gly Cys
195 200 205
Thr Gly Ala Ala Gly Cys Cys Thr Cys Gly Gly Thr Gly Gly Gly Gly
210 215 220
Gly Gly Cys Cys Gly Thr Cys Ala Ala Cys Thr Ala Cys Gly Cys Ala
225 230 235 240
Cys Gly Thr Cys Cys Ala Cys Thr Thr Cys Ala Gly Gly Gly Cys Ala
245 250 255
Gly Ala Gly Thr Gly Ala Cys Cys Ala Thr Gly Ala Cys Thr Cys Gly
260 265 270
Ala Cys Ala Gly Cys Thr Gly Ala Gly Cys Cys Ala Gly Gly Ala Cys
275 280 285
Cys Cys Thr Gly Ala Cys Gly Ala Thr Cys Cys Cys Gly Ala Thr Thr
290 295 300
Gly Gly Gly Gly Cys Ala Cys Ala Gly Cys Cys Thr Thr Thr Thr Thr
305 310 315 320
Gly Gly Ala Gly Cys Thr Gly Cys Gly Cys Thr Cys Gly Thr Thr Gly
325 330 335
Ala Cys Ala Gly Thr Ala Gly Ala Cys Gly Ala Cys Ala Cys Gly Gly
340 345 350
Cys Cys Gly Thr Cys Thr Ala Cys Thr Thr Thr Thr Gly Thr Ala Cys
355 360 365
Thr Ala Gly Gly Gly Gly Ala Ala Ala Ala Ala Ala Cys Thr Gly Thr
370 375 380
Gly Ala Thr Thr Ala Cys Ala Ala Thr Thr Gly Gly Gly Ala Cys Thr
385 390 395 400
Thr Cys Gly Ala Ala Cys Ala Cys Thr Gly Gly Gly Gly Cys Cys Gly
405 410 415
Gly Gly Gly Cys Ala Cys Cys Cys Cys Gly Gly Thr Cys Ala Thr Cys
420 425 430
Gly Thr Cys Thr Cys Ala Thr Cys Ala Cys Cys Gly Thr Cys Gly Ala
435 440 445
Cys Cys Ala Ala Gly Gly Gly Cys Cys Cys Ala Thr Cys Gly Gly Thr
450 455 460
Cys Thr Thr Cys Cys Cys Cys Cys Thr Gly Gly Cys Ala Cys Cys Cys
465 470 475 480
Thr Cys Cys Thr Cys Cys Ala Ala Gly Ala Gly Cys Ala Cys Cys Thr
485 490 495
Cys Thr Gly Gly Gly Gly Gly Cys Ala Cys Ala Gly Cys Gly Gly Cys
500 505 510
Cys Cys Thr Gly Gly Gly Cys Thr Gly Cys Cys Thr Gly Gly Thr Cys
515 520 525
Ala Ala Gly Gly Ala Cys Thr Ala Cys Thr Thr Cys Cys Cys Cys Gly
530 535 540
Ala Ala Cys Cys Gly Gly Thr Gly Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys
545 550 555 560
Gly Thr Gly Gly Ala Ala Cys Thr Cys Ala Gly Gly Cys Gly Cys Cys
565 570 575
Cys Thr Gly Ala Cys Cys Ala Gly Cys Gly Gly Cys Gly Thr Gly Cys
580 585 590
Ala Cys Ala Cys Cys Thr Thr Cys Cys Cys Gly Gly Cys Thr Gly Thr
595 600 605
Cys Cys Thr Ala Cys Ala Gly Thr Cys Cys Thr Cys Ala Gly Gly Ala
610 615 620
Cys Thr Cys Thr Ala Cys Thr Cys Cys Cys Thr Cys Ala Gly Cys Ala
625 630 635 640
Gly Cys Gly Thr Gly Gly Thr Gly Ala Cys Cys Gly Thr Gly Cys Cys
645 650 655
Cys Thr Cys Cys Ala Gly Cys Ala Gly Cys Thr Thr Gly Gly Gly Cys
660 665 670
Ala Cys Cys Cys Ala Gly Ala Cys Cys Thr Ala Cys Ala Thr Cys Thr
675 680 685
Gly Cys Ala Ala Cys Gly Thr Gly Ala Ala Thr Cys Ala Cys Ala Ala
690 695 700
Gly Cys Cys Cys Ala Gly Cys Ala Ala Cys Ala Cys Cys Ala Ala Gly
705 710 715 720
Gly Thr Gly Gly Ala Cys Ala Ala Gly Ala Ala Ala Gly Thr Thr Gly
725 730 735
Ala Gly Cys Cys Cys Ala Ala Ala Thr Cys Thr Thr Gly Thr Gly Ala
740 745 750
Cys Ala Ala Ala Ala Cys Thr Cys Ala Cys Ala Cys Ala Thr Gly Cys
755 760 765
Cys Cys Ala Cys Cys Gly Thr Gly Cys Cys Cys Ala Gly Cys Ala Cys
770 775 780
Cys Thr Gly Ala Ala Cys Thr Cys Cys Thr Gly Gly Gly Gly Gly Gly
785 790 795 800
Ala Cys Cys Gly Thr Cys Ala Gly Thr Cys Thr Thr Cys Cys Thr Cys
805 810 815
Thr Thr Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Ala Ala Ala Cys Cys Cys Ala
820 825 830
Ala Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Cys Thr Cys Ala Thr Gly Ala Thr
835 840 845
Cys Thr Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Cys Cys Cys Thr Gly Ala Gly
850 855 860
Gly Thr Cys Ala Cys Ala Thr Gly Cys Gly Thr Gly Gly Thr Gly Gly
865 870 875 880
Thr Gly Gly Ala Cys Gly Thr Gly Ala Gly Cys Cys Ala Cys Gly Ala
885 890 895
Ala Gly Ala Cys Cys Cys Thr Gly Ala Gly Gly Thr Cys Ala Ala Gly
900 905 910
Thr Thr Cys Ala Ala Cys Thr Gly Gly Thr Ala Cys Gly Thr Gly Gly
915 920 925
Ala Cys Gly Gly Cys Gly Thr Gly Gly Ala Gly Gly Thr Gly Cys Ala
930 935 940
Thr Ala Ala Thr Gly Cys Cys Ala Ala Gly Ala Cys Ala Ala Ala Gly
945 950 955 960
Cys Cys Gly Cys Gly Gly Gly Ala Gly Gly Ala Gly Cys Ala Gly Thr
965 970 975
Ala Cys Ala Ala Cys Ala Gly Cys Ala Cys Gly Thr Ala Cys Cys Gly
980 985 990
Thr Gly Thr Gly Gly Thr Cys Ala Gly Cys Gly Thr Cys Cys Thr Cys
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Ala Cys Cys Gly Thr Cys Cys Thr Gly Cys Ala Cys Cys Ala Gly
1010 1015 1020
Gly Ala Cys Thr Gly Gly Cys Thr Gly Ala Ala Thr Gly Gly Cys
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Ala Ala Gly Gly Ala Gly Thr Ala Cys Ala Ala Gly Thr Gly Cys
1040 1045 1050
Ala Ala Gly Gly Thr Cys Thr Cys Cys Ala Ala Cys Ala Ala Ala
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Gly Cys Cys Cys Thr Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Cys Cys
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Ala Thr Cys Gly Ala Gly Ala Ala Ala Ala Cys Cys Ala Thr Cys
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Thr Cys Cys Ala Ala Ala Gly Cys Cys Ala Ala Ala Gly Gly Gly
1100 1105 1110
Cys Ala Gly Cys Cys Cys Cys Gly Ala Gly Ala Ala Cys Cys Ala
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Cys Ala Gly Gly Thr Gly Thr Ala Cys Ala Cys Cys Cys Thr Gly
1130 1135 1140
Cys Cys Cys Cys Cys Ala Thr Cys Cys Cys Gly Gly Gly Ala Thr
1145 1150 1155
Gly Ala Gly Cys Thr Gly Ala Cys Cys Ala Ala Gly Ala Ala Cys
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Cys Ala Gly Gly Thr Cys Ala Gly Cys Cys Thr Gly Ala Cys Cys
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Thr Gly Cys Cys Thr Gly Gly Thr Cys Ala Ala Ala Gly Gly Cys
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Thr Thr Cys Thr Ala Thr Cys Cys Cys Ala Gly Cys Gly Ala Cys
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Ala Thr Cys Gly Cys Cys Gly Thr Gly Gly Ala Gly Thr Gly Gly
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Gly Ala Gly Ala Gly Cys Ala Ala Thr Gly Gly Gly Cys Ala Gly
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Cys Cys Gly Gly Ala Gly Ala Ala Cys Ala Ala Cys Thr Ala Cys
1250 1255 1260
Ala Ala Gly Ala Cys Cys Ala Cys Gly Cys Cys Thr Cys Cys Cys
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Gly Thr Gly Cys Thr Gly Gly Ala Cys Thr Cys Cys Gly Ala Cys
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Gly Gly Cys Thr Cys Cys Thr Thr Cys Thr Thr Cys Cys Thr Cys
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Thr Ala Cys Ala Gly Cys Ala Ala Gly Cys Thr Cys Ala Cys Cys
1310 1315 1320
Gly Thr Gly Gly Ala Cys Ala Ala Gly Ala Gly Cys Ala Gly Gly
1325 1330 1335
Thr Gly Gly Cys Ala Gly Cys Ala Gly Gly Gly Gly Ala Ala Cys
1340 1345 1350
Gly Thr Cys Thr Thr Cys Thr Cys Ala Thr Gly Cys Thr Cys Cys
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Gly Thr Gly Cys Thr Gly Cys Ala Thr Gly Ala Gly Gly Cys Thr
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Cys Thr Gly Cys Ala Cys Ala Gly Cys Cys Ala Cys Thr Ala Cys
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Ala Ala Ala
1430
<210> 94
<211> 678
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 94
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1 5 10 15
Thr Cys Ala Thr Cys Cys Thr Thr Thr Thr Thr Cys Thr Ala Gly Thr
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Ala Gly Cys Ala Ala Cys Thr Gly Cys Ala Ala Cys Cys Gly Gly Thr
35 40 45
Gly Thr Ala Cys Ala Thr Thr Cys Ala Thr Thr Gly Ala Cys Ala Cys
50 55 60
Ala Gly Thr Cys Thr Cys Cys Ala Gly Gly Cys Ala Cys Cys Cys Thr
65 70 75 80
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Gly Ala Ala Ala Cys Ala Gly Cys Cys Ala Thr Cys Ala Thr Cys Thr
100 105 110
Cys Thr Thr Gly Thr Cys Gly Gly Ala Cys Cys Ala Gly Thr Cys Ala
115 120 125
Gly Thr Ala Thr Gly Gly Thr Thr Cys Cys Thr Thr Ala Gly Cys Cys
130 135 140
Thr Gly Gly Thr Ala Thr Cys Ala Ala Cys Ala Gly Ala Gly Gly Cys
145 150 155 160
Cys Cys Gly Gly Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly
165 170 175
Gly Cys Thr Cys Gly Thr Cys Ala Thr Cys Thr Ala Thr Thr Cys Gly
180 185 190
Gly Gly Cys Thr Cys Thr Ala Cys Thr Cys Gly Gly Gly Cys Cys Gly
195 200 205
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Gly Thr Thr Cys Ala Gly Cys Gly Gly Cys Ala Gly Thr Cys Gly Gly
225 230 235 240
Thr Gly Gly Gly Gly Gly Cys Cys Ala Gly Ala Cys Thr Ala Cys Ala
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Thr Thr Thr Gly Gly Thr Gly Thr Thr Thr Ala Thr Thr Ala Thr Thr
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Gly Cys Cys Ala Gly Cys Ala Gly Thr Ala Thr Gly Ala Ala Thr Thr
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Thr Thr Thr Thr Gly Gly Cys Cys Ala Gly Gly Gly Gly Ala Cys Cys
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Ala Gly Cys Cys Ala Ala Ala Gly Thr Gly Cys Ala Gly Thr Gly Gly
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Ala Ala Gly Gly Thr Gly Gly Ala Cys Ala Ala Cys Gly Cys Cys Cys
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Gly Ala Gly Cys Ala Gly Gly Ala Thr Thr Cys Cys Ala Ala Gly Gly
530 535 540
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545 550 555 560
Gly Ala Gly Cys Ala Gly Cys Ala Cys Ala Cys Thr Gly Ala Cys Ala
565 570 575
Cys Thr Gly Thr Cys Cys Ala Ala Gly Gly Cys Cys Gly Ala Cys Thr
580 585 590
Ala Cys Gly Ala Gly Ala Ala Gly Cys Ala Cys Ala Ala Gly Gly Thr
595 600 605
Gly Thr Ala Cys Gly Cys Cys Thr Gly Cys Gly Ala Ala Gly Thr Gly
610 615 620
Ala Cys Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Gly Ala Cys Thr Gly Thr
625 630 635 640
Cys Cys Thr Cys Cys Cys Cys Thr Gly Thr Gly Ala Cys Ala Ala Ala
645 650 655
Gly Ala Gly Cys Thr Thr Cys Ala Ala Cys Ala Gly Ala Gly Gly Ala
660 665 670
Gly Ala Ala Thr Gly Cys
675
<210> 95
<211> 129
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 95
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Ser Trp Ala Leu Asp Ala Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Val Val Ser
115 120 125
Ala
<210> 96
<211> 129
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 96
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1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Gln Thr Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ala His
20 25 30
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35 40 45
Gly Trp Ile Lys Pro Gln Tyr Gly Ala Val Asn Phe Gly Gly Gly Phe
50 55 60
Arg Asp Arg Val Thr Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Ile Ala Tyr Met Asp Ile Arg Gly Leu Lys Pro Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Arg Ser Ser Gly Asp Ser
100 105 110
Ser Trp Ala Leu Asp Ala Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Val Val Ser
115 120 125
Ala
<210> 97
<211> 101
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 97
His Val Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Val Ser Ile Gly Asp Arg
1 5 10 15
Val Thr Ile Asn Cys Gln Thr Ser Gln Gly Val Gly Ser Asp Leu His
20 25 30
Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile His His
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100
<210> 98
<211> 100
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 98
Val Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Val Ser Ile Gly Asp Arg Val
1 5 10 15
Thr Ile Asn Cys Gln Thr Ser Gln Gly Val Gly Ser Asp Leu His Trp
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
His Thr Ser Phe Asn Leu Thr Ile Ser Asp Leu Gln Ala Asp Asp Ile
65 70 75 80
Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Val Leu Gln Phe Phe Gly Arg Gly Ser Arg
85 90 95
Leu His Ile Lys
100
<210> 99
<211> 458
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 99
Arg Ala His Leu Val Gln Ser Gly Thr Ala Met Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Gln Thr Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ala His
20 25 30
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35 40 45
Gly Trp Ile Lys Pro Gln Tyr Gly Ala Val Asn Phe Gly Gly Gly Phe
50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
Ser Trp Ala Leu Asp Ala Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Val Val Ser
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130 135 140
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165 170 175
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Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln
195 200 205
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Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro
245 250 255
Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr
260 265 270
Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn
275 280 285
Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg
290 295 300
Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val
305 310 315 320
Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser
325 330 335
Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys
340 345 350
Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp
355 360 365
Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe
370 375 380
Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu
385 390 395 400
Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe
405 410 415
Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly
420 425 430
Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Ala Leu His Ser His Tyr Thr
435 440 445
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
450 455
<210> 100
<211> 210
<212> PRT
<213> 智人
<400> 100
Tyr Ile His Val Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Val Ser Ile Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Asn Cys Gln Thr Ser Gln Gly Val Gly Ser Asp
20 25 30
Leu His Trp Tyr Gln His Lys Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
His His Thr Ser Ser Val Glu Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Phe His Thr Ser Phe Asn Leu Thr Ile Ser Asp Leu Gln Ala
65 70 75 80
Asp Asp Ile Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Val Leu Gln Phe Phe Gly Arg
85 90 95
Gly Ser Arg Leu His Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe
100 105 110
Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val
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Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr
145 150 155 160
Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr
165 170 175
Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val
180 185 190
Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly
195 200 205
Glu Cys
210
<210> 101
<211> 132
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 101
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
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115 120 125
Thr Val Ser Ser
130
<210> 102
<211> 132
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 102
Gln Val Arg Leu Ser Gln Ser Gly Gly Gln Met Lys Lys Pro Gly Asp
1 5 10 15
Ser Met Arg Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gly Tyr Glu Phe Ile Asn Cys
20 25 30
Pro Ile Asn Trp Ile Arg Leu Ala Pro Gly Lys Arg Pro Glu Trp Met
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Gly Trp Met Lys Pro Arg Phe Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu
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Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Glu Leu Arg Ser Leu Thr Ser Asp
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Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Thr Arg Gly Lys Tyr Cys Thr Ala Arg
100 105 110
Asp Tyr Tyr Asn Trp Asp Phe Glu His Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val
115 120 125
Thr Val Ser Ser
130
<210> 103
<211> 100
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 103
Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Thr Ala
1 5 10 15
Ile Ile Ser Cys Arg Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala Trp Tyr Gln
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Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser Gly Ser Thr
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100
<210> 104
<211> 100
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 104
Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Thr Ala
1 5 10 15
Ile Ile Ser Cys Asp Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala Trp Tyr Gln
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Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Val Ile Tyr Ser Gly Ser Thr
35 40 45
Arg Ala Ala Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Arg Trp Gly Pro
50 55 60
Asp Tyr Gln Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Ser Gly Asp Phe Gly Val
65 70 75 80
Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Glu Phe Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Gln
85 90 95
Val Asp Ile Lys
100
<210> 105
<211> 134
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 105
Ala Asp Leu Val Gln Ser Gly Ala Val Val Lys Lys Pro Gly Asp Ser
1 5 10 15
Val Arg Ile Ser Cys Glu Ala Gln Gly Tyr Arg Phe Pro Asp Tyr Ile
20 25 30
Ile His Trp Ile Arg Arg Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Met Gly
35 40 45
Trp Met Asn Pro Met Trp Gly Gln Val Asn Ile Pro Trp Lys Phe Gln
50 55 60
Gly Arg Val Ser Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp Pro
65 70 75 80
Asp Trp Gly Thr Ala Phe Leu Asp Leu Arg Gly Leu Lys Ser Asp Asp
85 90 95
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg Asp Arg Ser Asn Gly Ser Gly Lys
100 105 110
Arg Phe Glu Ser Ser Asn Trp Phe Leu Asp Leu Trp Gly Arg Gly Thr
115 120 125
Ala Val Thr Ile Gln Ser
130
<210> 106
<211> 101
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 106
Ala Leu Thr Gln Pro Arg Ser Val Ser Ala Ser Pro Gly Gln Ser Val
1 5 10 15
Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr His Asn Leu Val Ser Trp Cys Gln His
20 25 30
Gln Pro Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Phe Asn Lys Arg
35 40 45
Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Gly Thr
50 55 60
Ala Ser Leu Thr Ile Thr Gly Leu Gln Asp Asp Asp Asp Ala Glu Tyr
65 70 75 80
Phe Cys Trp Ala Tyr Glu Ala Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val
85 90 95
Leu Gly Gln Pro Lys
100
<210> 107
<211> 100
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 107
Leu Thr Gln Pro Arg Ser Val Ser Ala Ser Pro Gly Gln Ser Val Thr
1 5 10 15
Ile Ser Cys Thr Gly Thr His Asn Leu Val Ser Trp Cys Gln His Gln
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Gly Gln Pro Lys
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<210> 108
<211> 139
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 108
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Thr Gln Met Lys Glu Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Thr Ile Ser Cys Val Thr Ser Gly Tyr Glu Phe Val Glu Ile
20 25 30
Leu Ile Asn Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Asn Pro Arg Trp Gly Gly Val Asn Tyr Ala Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Lys Val Thr Met Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Thr Ala Tyr Leu Thr Leu Ser Gly Leu Thr Ser Gly
85 90 95
Asp Thr Ala Lys Tyr Phe Cys Val Arg Gly Arg Ser Cys Cys Gly Gly
100 105 110
Arg Arg His Cys Asn Gly Ala Asp Cys Phe Asn Trp Asp Phe Gln His
115 120 125
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Ile Val Ser Pro
130 135
<210> 109
<211> 102
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 109
Gly Val Thr Gln Ser Pro Ala Ile Leu Ser Val Ser Leu Gly Glu Arg
1 5 10 15
Val Thr Leu Ser Cys Lys Thr Ser Gln Ala Ile Thr Pro Arg His Leu
20 25 30
Val Trp His Arg Gln Lys Gly Gly Gln Ala Pro Ser Leu Val Met Thr
35 40 45
Gly Thr Ser Glu Arg Ala Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ile Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Arg Leu Glu Ala Glu
65 70 75 80
Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Cys Leu Glu Ala Phe Gly Gln Gly
85 90 95
Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100
<210> 110
<211> 101
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 110
Val Thr Gln Ser Pro Ala Ile Leu Ser Val Ser Leu Gly Glu Arg Val
1 5 10 15
Thr Leu Ser Cys Lys Thr Ser Gln Ala Ile Thr Pro Arg His Leu Val
20 25 30
Trp His Arg Gln Lys Gly Gly Gln Ala Pro Ser Leu Val Met Thr Gly
35 40 45
Thr Ser Glu Arg Ala Ser Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ile Gly Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Arg Leu Glu Ala Glu Asp
65 70 75 80
Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Cys Leu Glu Ala Phe Gly Gln Gly Thr
85 90 95
Lys Leu Glu Ile Lys
100
<210> 111
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 111
Gln Val Gln Leu Leu Gln Ser Gly Ala Ala Val Thr Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Glu Ala Ser Gly Tyr Asn Ile Arg Asp Tyr
20 25 30
Phe Ile His Trp Trp Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Lys Trp Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Ser Leu Thr Arg His Ala Ser Trp Asp Phe Asp Thr
65 70 75 80
Tyr Ser Phe Tyr Met Asp Leu Lys Ala Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala
85 90 95
Val Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp Phe Asp Val
100 105 110
Trp Gly Ser Gly Thr Gln Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 112
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 112
Gln Val Gln Leu Leu Gln Ser Gly Ala Ala Val Thr Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Glu Ala Ser Gly Tyr Asn Ile Arg Asp Tyr
20 25 30
Phe Ile His Trp Trp Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Lys Trp Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Ser Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Ser Phe Tyr Met Asp Leu Lys Ala Leu Arg Ser Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp
100 105 110
Phe Asp Val Trp Gly Ser Gly Thr Gln Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 113
<211> 97
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 113
Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Thr
1 5 10 15
Val Thr Ile Thr Cys Gln Ala Asn Gly Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln
20 25 30
Arg Arg Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Gly Ser Lys Leu
35 40 45
Glu Arg Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Arg Arg Trp Gly Gln Glu
50 55 60
Tyr Asn Leu Thr Ile Asn Asn Leu Gln Pro Glu Asp Ile Ala Thr Tyr
65 70 75 80
Phe Cys Gln Val Tyr Glu Phe Val Val Pro Gly Thr Arg Leu Asp Leu
85 90 95
Lys
<210> 114
<211> 96
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 114
Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Thr Val
1 5 10 15
Thr Ile Thr Cys Gln Ala Asn Gly Tyr Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Arg
20 25 30
Arg Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Asp Gly Ser Lys Leu Glu
35 40 45
Arg Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Arg Arg Trp Gly Gln Glu Tyr
50 55 60
Asn Leu Thr Ile Asn Asn Leu Gln Pro Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe
65 70 75 80
Cys Gln Val Tyr Glu Phe Val Val Pro Gly Thr Arg Leu Asp Leu Lys
85 90 95
<210> 115
<211> 126
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 115
Gln Val Gln Leu Leu Gln Ser Gly Ala Ala Val Thr Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Arg Val Ser Cys Glu Ala Ser Gly Tyr Asn Ile Arg Asp Tyr
20 25 30
Phe Ile His Trp Trp Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Val
35 40 45
Gly Trp Ile Asn Pro Lys Phe Gly Gln Pro Asn Asn Pro Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Ser Leu Thr Arg Gln Leu Ser Gln Asp Pro Asp Asp
65 70 75 80
Pro Asp Trp Gly Ser Phe Tyr Met Asp Leu Lys Ala Leu Arg Ser Asp
85 90 95
Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala Arg Gln Arg Ser Asp Tyr Trp Asp
100 105 110
Phe Asp Val Trp Gly Ser Gly Thr Gln Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 116
<211> 127
<212> PRT
<213> 智人
<400> 116
Ala Asp Leu Val Gln Ser Gly Ala Val Val Lys Lys Pro Gly Asp Ser
1 5 10 15
Val Arg Ile Ser Cys Glu Ala Gln Gly Tyr Arg Phe Pro Asp Tyr Ile
20 25 30
Ile His Trp Ile Arg Arg Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Met Gly
35 40 45
Trp Met Asn Pro Met Gly Gly Gln Val Asn Ile Pro Trp Lys Phe Gln
50 55 60
Gly Arg Val Ser Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Glu Thr Ala Phe Leu
65 70 75 80
Asp Leu Arg Gly Leu Lys Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val
85 90 95
Arg Asp Arg Ser Asn Gly Ser Gly Lys Arg Phe Glu Ser Ser Asn Trp
100 105 110
Phe Leu Asp Leu Trp Gly Arg Gly Thr Ala Val Thr Ile Gln Ser
115 120 125
<210> 117
<211> 132
<212> PRT
<213> 智人
<400> 117
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Thr Gln Met Lys Glu Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Thr Ile Ser Cys Val Thr Ser Gly Tyr Glu Phe Val Glu Ile
20 25 30
Leu Ile Asn Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Met Asn Pro Arg Gly Gly Gly Val Asn Tyr Ala Arg Gln Phe
50 55 60
Gln Gly Lys Val Thr Met Thr Arg Asp Val Tyr Arg Asp Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Thr Leu Ser Gly Leu Thr Ser Gly Asp Thr Ala Lys Tyr Phe Cys
85 90 95
Val Arg Gly Arg Ser Cys Cys Gly Gly Arg Arg His Cys Asn Gly Ala
100 105 110
Asp Cys Phe Asn Trp Asp Phe Gln His Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val
115 120 125
Ile Val Ser Pro
130
<210> 118
<211> 329
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 118
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
100 105 110
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
115 120 125
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
130 135 140
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
145 150 155 160
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
165 170 175
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
180 185 190
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
195 200 205
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
210 215 220
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
225 230 235 240
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
245 250 255
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
275 280 285
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
290 295 300
Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Ala Leu His Ser His Tyr Thr Gln
305 310 315 320
Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325
<210> 119
<211> 107
<212> PRT
<213> 智人
<400> 119
Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu
1 5 10 15
Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe
20 25 30
Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln
35 40 45
Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser
50 55 60
Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu
65 70 75 80
Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser
85 90 95
Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
100 105
<210> 120
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 120
Trp Met Asn Pro Met Trp Gly Gln Val Asn Ile Pro Trp Lys Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 121
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 121
Trp Met Lys Pro Arg Phe Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 122
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 122
Trp Met Lys Pro Arg Trp Gly Ala Val Ser Tyr Ala Arg Gln Leu Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 123
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 重组抗体序列
<400> 123
Asp Thr Ser Gln Tyr Gly Ser Leu Ala
1 5

Claims (43)

1.一种单克隆抗体，其包含：
重链可变区(VH)，其包含亲本VRC01类抗体的重链互补决定区(HCDR)1、HCDR2和HCDR3；
轻链可变区(VL)，其包含亲本VRC01类抗体的轻链互补决定区(LCDR)1、LCDR2和LCDR3；
与亲本VRC01类抗体相比的重链框架区(HFR)3的修饰，其中所述修饰是用QLSQDPDDPDWG(SEQ ID NO:36)所示的序列取代亲本VRC01类抗体的Kabat位置72-76的氨基酸；
其中，与IGHV1-2*02种系序列相比，所述亲本VRC01类抗体在Kabat位置75和76之间不包含氨基酸插入；以及
其中，所述抗体特异性结合HIV-1Env并中和HIV-1。
2.权利要求1的单克隆抗体，其中
与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，所述单克隆抗体的HFR1、HFR2、HFR3和HFR4总计且不包括所述修饰在内，包含不超过10个氨基酸取代；以及
与亲本VRC01类抗体的相应序列相比，所述单克隆抗体的轻链框架区(LFR)1、LFR2、LFR3和LFR4总计包含不超过10个氨基酸取代。
3.权利要求2的单克隆抗体，其中所述氨基酸取代是保守氨基酸取代。
4.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其中所述亲本VRC01类抗体是N6、VRC01、VRC07、VRC07-523、N49P7或VRC-PG04中的任一个。
5.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其中
所述亲本VRC01类抗体是N6，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:20、21、22、23、24和25所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC01，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:26、27、28、29、30和31所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、33、34、29、30和31所示的氨基酸序列；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、35、34、29、30和31所示的氨基酸序列；或者
所述亲本VRC01类抗体是VRC-PG04，并且HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:59、60、61、62、63和64所示的氨基酸序列。
6.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其中
所述亲本VRC01类抗体是N6，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:16和2至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC01，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:17和4至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:18和4至少90％相同；
所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:19和7至少90％相同；或者
所述亲本VRC01类抗体是VRC-PG04，并且VH和VL的氨基酸序列分别与SEQ ID NO:58和57至少90％相同。
7.权利要求1的单克隆抗体，其中
VH和VL分别包含SEQ ID NO:16和2所示的氨基酸序列(N6 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:17和4所示的氨基酸序列(VRC01 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:18和4所示的氨基酸序列(VRC07 70-03)；
VH和VL分别包含SEQ ID NO:19和7所示的氨基酸序列(VRC07-523 70-03)；或者
VH和VL分别包含SEQ ID NO:58和57所示的氨基酸序列(VRC-PG04 70-03)。
8.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其在Kabat位置54进一步包含色氨酸、酪氨酸或苯丙氨酸取代。
9.权利要求8的单克隆抗体，其在Kabat位置54包含色氨酸取代。
10.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其在VL的N末端进一步包含两或三个氨基酸缺失。
11.权利要求10的单克隆抗体，其在VL的N末端包含三个氨基酸缺失。
12.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其中所述亲本VRC01类抗体是VRC07-523，并且所述单克隆抗体在VL的N末端进一步包含一个氨基酸缺失。
13.权利要求8-11任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:26、65、28、29、30和31所示的氨基酸序列(VRC01.23 CDR)。
14.权利要求8-11或13任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:84和85(VRC01.23 VH和VL)至少90％相同的氨基酸序列。
15.权利要求14的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:84和85所示的氨基酸序列(VRC01.23 VH和VL)。
16.权利要求8-11任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:72、120、74、75、76、77所示的氨基酸序列(N49P7.v2和.v3 CDR)。
17.权利要求8-11或16任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:105和106(N49P7.v2 VH和VL)或SEQ ID NO:105和107(N49P7.v3 VH和VL)至少90％相同的氨基酸序列。
18.权利要求17的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:105和106(N49P7.v2 VH和VL)或SEQ ID NO:105和107(N49P7.v3 VH和VL)所示的氨基酸序列。
19.权利要求8-12任一项的单克隆抗体，其中HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3分别包含SEQ ID NO:32、121、34、29、30、31(VRC07-523.v1 CDR)所示的氨基酸序列或分别包含SEQ ID NO:32、122、34、29、30、31(VRC07-523.v3 CDRs)所示的氨基酸序列。
20.权利要求8-12或19任一项的单克隆抗体，其中所述抗体的VH和VL分别包含与SEQ IDNO:102和103(VRC07-523v.1VH和VL)或SEQ ID NO:101和103(VRC07-523v.3VH和VL)至少90％相同的氨基酸序列。
21.权利要求20的单克隆抗体，其中所述VH和VL分别包含SEQ ID NO:102和103(VRC07-523v.1VH和VL)或SEQ ID NO:101和103(VRC07-523v.3VH和VL)所示的氨基酸序列。
22.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其中所述抗体是IgG、IgM或IgA。
23.前述权利要求任一项的单克隆抗体，其包含重组恒定结构域，所述重组恒定结构域包含增加与新生儿Fc受体结合的修饰。
24.权利要求23的单克隆抗体，其中所述重组恒定结构域是包含M428L和N434S突变的IgG1恒定结构域。
25.权利要求24的单克隆抗体，其中所述抗体的重链和轻链分别包含SEQ ID NO:91和92所示的氨基酸序列(VRC01.23-LS)。
26.前述权利要求任一项的单克隆抗体的抗原结合片段。
27.权利要求26的抗原结合片段，其中所述抗原结合片段是FV、Fab、F(ab’)2、scFV或scFV2片段。
28.前述权利要求任一项的单克隆抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段以低于0.4μg/ml的IC50值中和HIV-1Env。
29.一种多特异性抗体，其包含前述权利要求任一项的分离的单克隆抗体或抗原结合片段。
30.权利要求29的多特异性抗体，其中所述多特异性抗体是双特异性抗体或三特异性抗体。
31.前述权利要求任一项的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体，其与效应分子或可检测标记连接。
32.权利要求31的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体，其中所述可检测标记为荧光标记、酶标记或放射性标记。
33.一种分离的核酸分子，其编码权利要求1-32任一项的单克隆抗体或抗原结合片段或多特异性抗体。
34.一种分离的核酸分子，其编码权利要求1-32任一项的单克隆抗体或抗原结合片段的VH和/或VL。
35.权利要求33或34任一项的分离的核酸分子，其可操作地连接启动子。
36.一种表达载体，其包含权利要求33-35任一项的核酸分子。
37.权利要求36的表达载体，其中所述表达载体为病毒载体。
38.一种药物组合物，其包含：
治疗有效量的前述权利要求任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子或表达载体；以及
药学上可接受的载体。
39.一种生产特异性结合HIV-1Env的抗体的方法，包括:
在宿主细胞中表达权利要求33-37任一项的核酸分子或表达载体以在所述宿主细胞中生产所述抗体；以及
纯化所述抗体。
40.一种检测对象中HIV-1感染的方法，包括：
在足以形成免疫复合物的条件下将来自对象的生物学样品与权利要求1-32任一项的抗体或抗原结合片段接触；以及
检测所述样品中所述免疫复合物的存在，其中所述样品中存在所述免疫复合物表明所述对象有HIV-1感染。
41.一种抑制对象中HIV-1感染的方法，包括向所述对象施用治疗有效量的权利要求1-32任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子、表达载体或药物组合物，从而预防或治疗HIV-1感染。
42.权利要求41的方法，其中所述对象处于HIV-1感染的风险中或有HIV-1感染。
43.权利要求1-38任一项的抗体、抗原结合片段、核酸分子、表达载体、宿主细胞或药物组合物抑制对象中HIV-1感染的用途。
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