RU2819776C1 - Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования - Google Patents
Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования Download PDFInfo
- Publication number
- RU2819776C1 RU2819776C1 RU2023127500A RU2023127500A RU2819776C1 RU 2819776 C1 RU2819776 C1 RU 2819776C1 RU 2023127500 A RU2023127500 A RU 2023127500A RU 2023127500 A RU2023127500 A RU 2023127500A RU 2819776 C1 RU2819776 C1 RU 2819776C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- abo
- risk
- pylori
- developing
- ulcer
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 28
- 208000000718 duodenal ulcer Diseases 0.000 title claims abstract description 22
- 208000007107 Stomach Ulcer Diseases 0.000 title claims abstract description 20
- 238000012360 testing method Methods 0.000 title claims abstract description 16
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 title abstract description 4
- 201000005917 gastric ulcer Diseases 0.000 title abstract description 4
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 title abstract description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 16
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 16
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims abstract description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims abstract description 7
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 6
- 238000005070 sampling Methods 0.000 claims abstract 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 claims description 18
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims description 3
- 208000008469 Peptic Ulcer Diseases 0.000 abstract description 21
- 208000011906 peptic ulcer disease Diseases 0.000 abstract description 20
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 12
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 10
- 238000011161 development Methods 0.000 description 8
- 210000004051 gastric juice Anatomy 0.000 description 8
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 8
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 6
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 5
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 5
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 101150099178 abo gene Proteins 0.000 description 4
- 210000001156 gastric mucosa Anatomy 0.000 description 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 4
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 3
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 3
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 3
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 3
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710112752 Cytotoxin Proteins 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 2
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 2
- 239000002619 cytotoxin Substances 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 230000003511 endothelial effect Effects 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 210000003736 gastrointestinal content Anatomy 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- -1 hydrogen ions Chemical class 0.000 description 2
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 2
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 2
- 238000011328 necessary treatment Methods 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000016289 Cell Adhesion Molecules Human genes 0.000 description 1
- 108010067225 Cell Adhesion Molecules Proteins 0.000 description 1
- 101710098119 Chaperonin GroEL 2 Proteins 0.000 description 1
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 102000015689 E-Selectin Human genes 0.000 description 1
- 108010024212 E-Selectin Proteins 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000051366 Glycosyltransferases Human genes 0.000 description 1
- 108700023372 Glycosyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 108010003272 Hyaluronate lyase Proteins 0.000 description 1
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 1
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 208000004756 Respiratory Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 101000588258 Taenia solium Paramyosin Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010046334 Urease Proteins 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000016571 aggressive behavior Effects 0.000 description 1
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 229940124350 antibacterial drug Drugs 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006020 chronic inflammation Effects 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 238000002848 electrochemical method Methods 0.000 description 1
- 210000003038 endothelium Anatomy 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000005713 exacerbation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 210000003495 flagella Anatomy 0.000 description 1
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 244000005706 microflora Species 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 201000004193 respiratory failure Diseases 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 1
- 230000002477 vacuolizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002792 vascular Effects 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности способу прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Способ предназначен для прогнозирования риска у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ и основан на молекулярно-генетическом тестировании. Способ включает забор периферической венозной крови и выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови. При этом анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs649129 АBO/RF00019 прогнозирует высокий риск развития H. pylori-позитивной язвенной болезни при выявлении комбинации полиморфных локусов rs505922 (АВО) СС, rs8176720 (АВО) СС, rs649129 (АBO/RF00019) СС. Настоящее изобретение обеспечивает получение критериев оценки риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у индивидуумов русской национальности, являющихся уроженцами Центрально-Черноземного региона РФ, на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС × rs649129 (АВО/RF00019) СС. 3 ил.
Description
Изобретение относится к области медицинской диагностики и может быть использовано для прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования.
Язвенная болезнь (ЯБ) желудка и двенадцатиперстной кишки - хроническое рецидивирующее заболевание, характерным признаком которого в период обострения является образование язв слизистой оболочки желудка и/или двенадцатиперстной кишки (Моисеев В.С. и др., 2018).
Главным фактором агрессии является спиралевидная бактерия Helicobacter pylori (H. pylori), открытая Б. Маршаллом и Р. Уорреном в 1983 году. Изначально H. pylori являлись комменсалами, т.е. представителями условно-патогенной микрофлоры. А в результате бесконтрольного приема антибактериальных препаратов произошла селекция резистентных штаммов и появление у них генов цитотоксичности таких, как cytotoxin-associated gene A (CagA) и vacuolating-associated cytotoxin A (VacA) (Циммерман Я.С., 2012, Крылов А.А. и др., 2013; Nejati S. et al., 2018; Ansari S. et al., 2019; Reshetnyak V.I. et al., 2021). H. pylori располагаются в слое надэпителиальной слизи, затем с помощью жгутиков достигают эпителиоцитов слизистой оболочки желудка, доступ к которым обеспечивает фермент муциназа (протеаза) путем разрушения гликопротеинов желудочной слизи. А посредством фермента уреазы H. pylori разлагает мочевину до аммиака, который в виде облака защищает микроорганизмы от действия желудочного сока (Циммерман Я.С., 2012, 2018; Clyne M. et al., 2007; Costa A.C. et al., 2009; Dhar P. et al., 2016; Camio V. et al., 2017; Gu H., 2017; Chmiela M. et al., 2019; Sharndama H.C. et al., 2022). Также углеводные компоненты H. pylori взаимодействуют с лейкоцитарными и эндотелиальными молекулами адгезии, способствуя развитию хронического воспалительного процесса (Galustian C. et al., 2003)
По данным полногеномного исследования, проведенного в Японии, полиморфный локус rs505922 гена АВО играет роль в развитии ЯБ ДПК (аллель Т, OR=1,32, p=1,15×10-10) (Tanikawa C. et al., 2012). Ген АВО кодирует гликозилтрансферазу, которая катализирует перенос углеводов на антиген Н. При переносе N-ацетилгалактозамина на антиген Н образуется антиген А (II группа крови), при переносе галактозы - антиген В (III группа крови). У лиц с группой крови О (I группа крови) происходит сдвиг рамки считывания за счет делеции гуанина в положении 258, что приводит к трансляции совершенно другого белка и отсутствию продукции антигенов А и В (https://www.genecards.org, https://www.omim.org).
Полиморфный локус rs8176720 гена АВО влияет на уровень Е-селектина (p=6×10-13), который играет роль в снижении скорости движения лейкоцитов в кровеносных сосудах для последующего прикрепления к эндотелию и миграции к очагу воспаления (Жерносеков Д.Д., 2007; Болдырева О.Н., 2012; Гилязова Г.И. и др., 2012; Galustian C. et al., 2003; Barbalic M. et al., 2010).
Barbalic M. et al. (2010) при полногеномном исследовании европейцев обнаружили связь rs649129 с уровнем sICAM-1 (р=1,22×10-15). Данные молекулы клеточной адгезии способствуют прочному прикреплению лейкоцитов эндотелия для дальнейшей миграции через сосудистую стенку к очагу воспаления. Следовательно, sICAM-1 играют важную роль в процессе воспаления, в частности при ЯБ (Galustian C. et al., 2003).
Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2021 гг. Источник информации: сайт Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ и не являющихся родственниками между собой на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС× rs649129 (АВО/RF00019) СС.
Известен способ прогнозирования риска развития и прогрессирования язвенной болезни по патенту РФ № 2231794 (опубликован 27.06.2004), включающий исследования желудочных проб, основанный на измерении скорости диффузии ионов водорода через слой слизи, покрывающей слизистой оболочки желудка, путем введения в желудок тестового 0,1 H раствора соляной кислоты и исследования динамики проникновения ионов водорода в слизистой оболочки путем эвакуации содержимого желудка, тем самым определяют риск развития язвенной болезни. Недостатком этого способа является трудоемкость выполнения, которая заключается в многократной эвакуации содержимого желудка и введении в желудок большого количества соляной кислоты, сложность подсчетов, и кроме того не учитывается роль генетических полиморфных локусов.
Патент РФ № 2318217 (опубликован 27.02.2008), в котором описан способ и устройство для прогнозирования риска развития язвенной болезни. Сущность способа заключается в том, что электрохимическим методом измеряют диффузионный (жидкостной) или мембранный потенциал между желудочным соком и тестовой жидкостью, и при величине потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, прогнозируют риск развития язвенной болезни. в качестве тестовой жидкости можно использовать воду. В этом случае пороговый уровень составляет 10 мв. одновременно с измерением диффузионного или мембранного потенциала может быть измерен рН желудочного сока, при этом риск развития язвенной болезни прогнозируют при величине диффузионного или мембранного потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, и рН менее 1,5. Устройство для осуществления способа при исследовании желудочного сока in vitro состоит из двух емкостей, разделенных диафрагмой: с желудочным соком и с тестовой жидкостью. В них опущены электроды сравнения, напряжение между которыми равно диффузионному потенциалу. Устройство для исследования желудочного сока in vivo содержит камеру с тестовой жидкостью, через диафрагму, контактирующую с желудочным соком, и два электрода сравнения, один из которых контактирует с желудочным соком, а другой - с тестовой жидкостью. Напряжение между электродами равно диффузионному потенциалу. Использование способа позволяет своевременно начать профилактическое лечение язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является его трудоемкость, он не учитывает роль генетических полиморфных локусов.
Патент РФ № 2281037 (опубликован 10.08.2006), в котором описан способ прогнозирования развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Сущность способа заключается в том, что осуществляют определение календарного возраста пациента, биологического возраста, соотношение биологического и календарного возрастов, рост, массу тела, показатели качества жизни. Затем рассчитывают вероятность развития язвенной болезни по формуле:
где е - экспонента, число оснований натурального логарифма, равное - 2,71, D1 - сумма показателей, умноженных на коэффициент В дискриминантных функций для больных, D2 - сумма показателей, умноженных на коэффициент А дискриминантных функций для здоровых, при этом значения коэффициентов А и В выбирают из таблицы «Коэффициенты дискриминантных функций» и при P1>Р2 прогнозируют риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является то, что он не учитывает роль генетических полиморфных локусов.
За прототип выбран патент РФ № 2563828 от 20.09.2015 «Способ оценки риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у хакасов на основе генетического анализа». Патент характеризуется тем, что устанавливают факторы риска - определяют полиморфные локусы интерлейкина IL-8 методом рестрикционного анализа при выделении ДНК из лимфоцитов венозной крови, а также определяют генотип Helicobacter pylori методом ПЦР при выделении ДНК из биоптатов слизистой оболочки желудка у пациентов, относящихся к коренным жителям Республики Хакасия. Факторам риска присваивают числовые значения и затем определяют прогностические коэффициенты P1, Р2. При Р1>Р2 прогнозируют низкий риск, а при Р1<Р2 прогнозируют высокий риск развития язвенной болезни. Недостатком данного метод является трудоемкость подсчета и применим только для коренных жителей Республики Хакасия.
Задачей заявленного способа является расширение арсенала методов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстный кишки на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС× rs649129 (АВО/RF00019) СС.
Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС× rs649129 (АВО/RF00019) СС, включающий:
- забор периферической венозной крови;
- выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови;
- анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs649129 ABO/RF00019;
- прогнозирование высокого риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС× rs649129 (АВО/RF00019) СС.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогнозирования развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки с учетом молекулярно-генетического тестирования у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 СС (АВО) × rs8176720 (АВО) СС× rs649129 (АВО/RF00019) СС.
Выделение геномной ДНК из периферической венозной крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Mathew, 1984) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об/мин в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при температуре -20°С. Выделенную ДНК используют для проведения полимеразной цепной реакции синтеза ДНК.
Анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО и rs649129 ABO/RF00019 осуществляют методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System («Bio-Rad», США) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Тест - Ген» (Ульяновск). Амплификацию геномной ДНК производят в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР - 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл. Генотипирование исследуемых образцов осуществляют с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ). Для полиморфного локуса rs505922 гена АВО зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю C, зонд с красителем FAM - аллелю T (фиг. 1), для rs8176720 гена ABO зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю С, зонд с красителем FAM - аллелю Т (фиг. 2), для rs649129 гена ABO/RF00019 зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю С, зонд с красителем FAM - аллелю T (фиг. 3).
Изобретение характеризуется фигурами.
Фиг. 1. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфного локуса АВО (rs505922): -СС, -TT, -TC, ♦-отрицательный контроль.
Фиг. 2. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфного локуса ABO (rs8176720): -CC, -ТТ, -СТ, ♦-отрицательный контроль.
Фиг. 3. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфного локуса ABO/RF00019 (rs649129): -CC, -TT, -CT, ♦-отрицательный контроль.
Возможность использования предложенного способа для оценки риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ подтверждает анализ результатов наблюдений 549 обследуемых: 202 больных H. pylori-позитивной язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки и 347 здоровых (контрольная группа). Критерием включения в группу больных послужило наличие установленного диагноза H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, в группу контроля вошли H. pylori-негативные индивидуумы, не страдающие язвенной болезнью. Диагноз ставился на основании характерных жалоб, данных анамнеза, клинических проявлений и течения патологии, а также лабораторных и инструментальных методов исследования (ИФА крови и микроскопия биоптатов слизистой оболочки желудка для определения инфицированности H. pylori) (Клинические рекомендации. Язвенная болезнь, 2019). Обследование проводилось врачами-гастроэнтерологами ОГБУЗ «Белгородская областная клиническая больница Святителя Иоасафа». Критериями исключения явились нерусская национальность, место рождения вне Центрального Черноземья, возраст до 18 лет, тяжелые хронические заболевания (хроническая почечная, сердечная, дыхательная недостаточность, тяжелая аутоиммунная патология), а также отказ от исследования.
Всем пациентам, находящимся под наблюдением, проведено молекулярно-генетическое исследование полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs649129 ABO/RF00019. Изучение SNP×SNP взаимодействий, ассоциированных с развитием язвенной болезни, было проведено с помощью модификации метода снижения размерности MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) - Model-Based-MDR (MB-MDR).
В ходе проведенного анализа установлено, что комбинация полиморфных локусов rs505922 (АВО) СС, rs8176720 (АВО) СС, rs649129 (ABO/RF00019) СС повышает риск развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки (beta=1,41, p=0,042).
Применение данного способа позволит прогнозировать риск развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ, при выявлении комбинации полиморфных локусов rs505922 (АВО) СС, rs8176720 (АВО) СС, rs649129 (ABO/RF00019) СС формировать группы риска по развитию H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки и реализовывать в данных группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование русских пациентов, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ: проведено генетическое исследование по полиморфным локусам rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs649129 ABO/RF00019.
У пациента И. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 (АВО) СС, rs8176720 (АВО) СС, rs649129 (ABO/RF00019) СС, что позволило отнести пациента в группу больных с высоким риском развития H. pylori-позитивной язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз H. pylori-позитивной язвенной болезни.
У пациентки О. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 (АВО) ТС, rs8176720 (АВО) ТТ, rs649129 (ABO/RF00019) СС, что позволило отнести пациентку в группу индивидуумов с низким риском развития H. pylori-позитивной язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз H. pylori-позитивной язвенной болезни у пациентки.
У пациента А. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 (АВО) ТС, rs8176720 (АВО) ТС, rs649129 (ABO/RF00019) СС, что позволило отнести пациента в группу индивидуумов с низким риском развития H. pylori-позитивной язвенной блезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз H. pylori-позитивной язвенной болезни у пациента.
У пациентки Ж. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 (АВО) СС, rs8176720 (АВО) ТТ, rs649129 (ABO/RF00019) СТ, что позволило отнести пациентку в группу индивидуумов с низким риском развития H. pylori-позитивной язвенной болезни. При дальнейшем наблюдение диагноз H. pylori-позитивной язвенной болезни у пациентки не подтвердился.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди пациентов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки.
Claims (1)
- Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ на основе молекулярно-генетического тестирования, включающий забор периферической венозной крови, выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови, отличающийся тем, что анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs649129 АBO/RF00019 прогнозирует высокий риск развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки при выявлении комбинации полиморфных локусов rs505922 (АВО) СС × rs8176720 (АВО) СС × rs649129 (АBO/RF00019) СС у индивидуумов русской национальности, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ.
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2819776C1 true RU2819776C1 (ru) | 2024-05-24 |
Family
ID=
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2542459C1 (ru) * | 2013-09-30 | 2015-02-20 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО "ХГУ им. Н.Ф. Катанова") | Способ ранней диагностики язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у европеоидов хакасии на основе молекулярно-генетического тестирования |
RU2782496C1 (ru) * | 2022-02-16 | 2022-10-28 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки с использованием данных о полиморфизме гена ММР-9 |
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2542459C1 (ru) * | 2013-09-30 | 2015-02-20 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО "ХГУ им. Н.Ф. Катанова") | Способ ранней диагностики язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у европеоидов хакасии на основе молекулярно-генетического тестирования |
RU2782496C1 (ru) * | 2022-02-16 | 2022-10-28 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки с использованием данных о полиморфизме гена ММР-9 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
PERNG CL ET AL., Genotypes of Helicobacter pylori in patients with peptic ulcer bleeding, World Journal of Gastroenterology, 2004, vol. 10 (4), pp. 602-605. МАНУЙЛОВ В. А. и др. Распространенность различных генотипов и субтипов HBs-антигена вируса гепатита в группах коренного населения Сибири, Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, 2015, N1, стр. 28-35. * |
РАШИНА О.В. и др. Вклад межгенных взаимодействий полиморфных вариантов генов-кандидатов в развитие язвенной болезни желудка, Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология, 2022, 207 (11), стр. 102-109. * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN106661765A (zh) | 用于脓毒症的诊断 | |
US10793911B2 (en) | Host DNA as a biomarker of Crohn's disease | |
RU2819776C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2819282C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2821471C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-негативной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки | |
RU2811577C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2642939C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития преэклампсии | |
RU2816519C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2816514C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2780505C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка на основе генетического анализа | |
RU2786314C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни у женщин по генетическим данным | |
RU2809912C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни у мужчин по результатам генетического тестирования | |
RU2782304C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
RU2780525C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка | |
RU2809798C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития артериальной гипертензии у женщин с использованием молекулярно-генетических данных | |
RU2809911C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни на основе данных о межгенных взаимодействиях | |
RU2782496C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки с использованием данных о полиморфизме гена ММР-9 | |
RU2688208C1 (ru) | Способ прогнозирования развития сахарного диабета 2 типа у населения башкортостана | |
RU2498313C1 (ru) | Способ прогнозирования общей выживаемости больных хроническим лимфолейкозом | |
RU2798666C1 (ru) | Способ прогнозирования низкого риска развития рака молочной железы у женщин с высокопенетратными мутациями в генах BRCA1 и CHEK2 | |
RU2795720C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития люминального подтипа рака молочной железы | |
RU2795897C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных | |
RU2753274C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития хронической истинной экземы у женщин с учетом генетических факторов | |
EP3359682B1 (en) | Method for diagnosing hepatic fibrosis based on bacterial profile and diversity | |
RU2678970C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития сочетания миомы матки и гиперпластических процессов эндометрия |