RU2642939C1

RU2642939C1 - Способ прогнозирования риска развития преэклампсии

Info

Publication number: RU2642939C1
Application number: RU2016148251A
Authority: RU
Inventors: Михаил Иванович Чурносов; Вероника Сергеевна Овчарова; Людмила Юрьевна Акулова; Оксана Мирославовна Зарудская; Ирина Сергеевна Добродомова; Алексей Валерьевич Полоников
Priority date: 2016-12-08
Filing date: 2016-12-08
Publication date: 2018-01-29

Abstract

Изобретение относится к медицине и может быть использовано для прогнозирования риска возникновения преэклампсии у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона России. Проводят анализ полиморфизма ММР-1 (rs1799750). Определяют индекс массы тела до беременности. Определяют наличие преэклампсии у родственников. Определяют наличие гинекологической патологии в анамнезе. Выявляют наличие заболеваний, передающихся половым путем. Определяют систолическое и диастолическое артериальное давление до беременности. Риск развития преэклампсии проводят по заявленным формулам с определением y₁ и y₂. Если показатель y₁ больше y₂, то прогнозируют риск развития данной патологии. Способ позволяет эффективно прогнозировать риск возникновения преэклампсии за счет оценки комплекса наиболее значимых показателей. 2 ил., 2 пр.

Description

Изобретение относится к области медицинской диагностики и может быть использовано для прогнозирования риска развития преэклампсии.

Преэклампсия (далее ПЭ) - осложнение беременности, характеризующееся развитием эндотелиальной дисфункции, полиорганной недостаточностью, нарушением свертывающей и противосвертывающей систем, микроциркуляции, обменных процессов, иммунного ответа [Серов, В.Н. Клинические рекомендации. Акушерство и гинекология. - 4-е изд. / В.Н. Серов, Г.Т. Сухих. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2014. - 1024 с.; Eiland, E. Preeclampsia / E. Eiland, C. Nzerue, M. Faulkner // J. Pregnancy, 2012. – P. 586—578].

В основе развития ПЭ могут лежать следующие механизмы: торможение инвазии цитотрофобласта в спиральные артерии матки, дисфункция эндотелия, оксидантный стресс, гиперкоагуляция, нарушения микроциркуляции.

В Российской Федерации частота ПЭ варьирует по разным территориям от 17,8% до 22,2% [Радзинский, В.Е. Иммунохимическая оценка перинатального риска [Текст] / В.Е. Радзинский, С.Г. Морозов, Л.А. Чугунова // Вестник Российского университета дружбы народов. Сер. Медицина. – 2010. – № 5. – С. 7-12].

В настоящее время активно изучаются генетические факторы развития ПЭ. Показаны ассоциации с преэклампсией более 100 полиморфных вариантов генов, связанных с системой гемостаза, функционированием эндотелия, ангиогенезом, метаболизмом клеток, иммунной системой, цитокинами, ренин-ангиотензиновой системой, вазоактивными гормонами и оксидативным стрессом [Генетический паспорт – основа индивидуальной и предиктивной медицины [Текст] / В.С. Баранов, А.С. Глотов, Т.Э. Иващенко [и др.] ; под ред. В.С. Баранова. – Санкт-Петербург : Изд-во Н-Л, 2009. – 527 с.].

Ген, кодирующий ММР-1, локализован на длинном плече 11-й хромосомы (11q22.3). Был исследован полиморфизм, связанный со вставкой нуклеотида G в положении -1673 (-1673 1G/2G ММР-1 (rs1799750)).

С практической точки зрения представляется необходимым выделение критериев индивидуального прогнозирования риска развития преэклампсии на основании исследованных полиморфизмов генов матриксных металлопротеиназ и других возможных факторов риска с целью выявления женщин, предрасположенных к развитию данной патологии беременности.

В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска преэклампсии на основе данных о полиморфизме матриксных металлопротеиназ ММР-1 (rs1799750) в сочетании с другими предикторами развития ПЭ.

Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2016 гг. Анализ документов производился по направлению: способ прогнозирования развития преэклампсии на основе молекулярно-генетических данных в зависимости от полиморфизмов генов матриксных металлопротеиназ.

За аналог выбран патент РФ № 2538661, опубликованный 10.01.2015 по заявке РФ № 2011125546/15, 24.11.2009 «Прогнозирование и предупреждение преэклампсии» (Деннис Р. СТЬЮАРТ (US), Керк П. КОНРАД (US), Арундхати ДЖЕЯБАЛАН (US). Способ включает определение концентрации Н2-релаксина в биологическом образце, полученном из организма беременной женщины до проявления симптома преэклампсии. Считают, что беременная женщина имеет повышенный риск развития преэклампсии, если концентрация Н2-релаксина меньше предельного значения нижнего квартиля концентрации, характерной для беременной женщины. Дополнительно измеряют концентрацию С-реактивного белка (CRP) в биологическом образце и определяют, что беременная женщина имеет повышенный риск развития преэклампсии, если концентрация CRP больше чем примерно 13,5 мкг/мл, даже если концентрация Н2-релаксина больше чем примерно 500 пг/мл. Недостаток метода заключается в сложности анализа и дороговизне его проведения.

Прототипом является патент №2578425 по заявке РФ №2014118506/15, 07.05.2014 «Способ прогнозирования риска развития преэклампсии» (Чурносов М.И. (RU), Елыкова А.В. (RU), Рудых Н.А. (RU), Добродомова И.С. (RU), Полоников А.В. (RU), Верзилина И.Н. (RU)). Сущность способа состоит в том, что осуществляют забор венозной крови, выделение геномной ДНК, проведение полимеразной цепной реакции синтеза ДНК и исследование гена по локусу -344С/Т CYР11 В2 и прогнозируют риск развития преэклампсии по результатам уравнения Р=е^y/(1+е^y), где е - математическая константа, равная 2,72, а y находят из уравнения бинарной логистической регрессии следующего вида: y=16,462+0,820*x1+0,680*x2-2,470*х3-2,444*х4-0,132*х5, где x₁ - генетический вариант по локусу - 344С/Т CYР11 В2, где СС или ТС - 1, ТТ - 0; х₂ - курение: да - 0, нет - 1; х₃ - наличие ПЭ у родственников: да - 0, нет - 1; х₄ - наличие патологии со стороны сердечно-сосудистой системы: да - 0, нет - 1; х₅ - САД до беременности, мм рт.ст. Использование заявленного способа позволяет эффективно спрогнозировать вероятность риска возникновения преэклампсии у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона России.

Задачей настоящего исследования является расширение арсенала способов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития по данным о генетическом полиморфизме ММР-1 (rs1799750) в сочетании с другими предикторами развития данного осложнения беременности.

Технический результат использования изобретения – получение критериев оценки риска развития преэклампсии по данным о генетическом полиморфизме ММР-1 (rs1799750) в сочетании с другими предикторами развития данного осложнения беременности у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона России.

В соответствии с поставленной задачей был разработан способ прогнозирования преэклампсии, включающий:

- забор венозной крови;

- выделение геномной ДНК из периферической венозной крови;

- проведение полимеразной цепной реакции синтеза ДНК;

- анализ полиморфизмов генов ММР-1 (rs1799750);

- прогнозирование риска развития преэклампсии у женщин в зависимости от выявленных генетических вариантов по локусу ММР-1 (rs1799750) в сочетании с другими предикторами развития данной патологии беременности по уравнениям линейной дискриминантной функции

y₁=-61,329+0,434×x₁+2,534×x₂+3,433×x₃+2,841×x₄+0,874×x₅-0,033×x₆+2,062×x₇;

y₂=-55,473+0,339×x₁+1,528×x₂-1,679×x₃++7,717×x₄+0,769×x₅+0,066×x₆+1,666×x₇,

где x₁ – индекс массы тела до беременности, кг/м², x₂- наличие преэклампсии у родственников - (1 - да; 0 - нет), x₃ – наличие гинекологической патологии в анамнезе - (1 - да; 0 - нет), x₄- наличие заболеваний, передающихся половым путем (далее ЗППП) - (1 - да; 0 - нет), x₅- систолическое артериальное давление (далее САД) до беременности (мм рт.ст.), x₆ - диастолическое артериальное давление (далее ДАД) до беременности (мм рт.ст.), x₇ - генетический вариант по локусу MMP-1 (rs1799750) - (1 1G/1G или 1G/2G; 02 - G/2G). Если при расчете показателей y₁ больше y₂, то есть риск развития данной патологии. При условии, что y₂ больше y₁, риска развития преэклампсии нет.

Новизна и изобретательский уровень заключается в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза риска развития преэклампсии у женщин по наличию генетического варианта локуса ММР-1 (rs1799750) в сочетании с предикторами развития данной патологии беременности.

Способ осуществляют следующим образом.

ДНК выделяют из образцов периферической венозной крови беременных в 2 этапа. На первом этапе к 4 мл крови добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320 мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl₂, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4ºС, 4000 об/мин в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.

На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. Сформированную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде.

Измерение концентрации ДНК осуществляли на спектрофотометре NanoDrop 2000. Концентрацию и чистоту выделенной ДНК оценивали при измерении оптической плотности (ОП) полученного раствора. Далее готовили «рабочие» концентрации образцов ДНК (10-20 нг в мкл) путем разведения «стоковой» ДНК деионизированной водой. Полученные «рабочие образцы» ДНК хранили при -80°С.

Последовательность праймеров и зондов для полиморфизма гена матриксных металлопротеиназ ММР-1 (rs1799750) взяты из литературного источника [Association of MMP-1 -1607 1G/2G (rs1799750) polymorphism with primary knee osteoarthritis in the Greek population [Text] / P. Lepetsos, A. Pampanos, E. Kanavakis [et al.] // J. Orthop. Res. – 2014. – Vol. 32, № 9. – P. 1155-1160].

Для исследования локуса ММР-1 (rs1799750) использовали наборы 2,5х реакционной смеси для проведения ПЦР-РВ в объеме 25 мкл на 1 образец, включавших 2,5х реакционную смесь (2,5х ПЦР буфер: (KСl, ТрисHСl (рH 8,8), 6,25 мМ MgСl₂), SynTаq ДНК-полимеразу, дезоксинуклеозидтрифосфаты, глицерол, Twееn 20) в объеме 10 мкл, 25 мМ MgСl₂ в объеме 1,5 мкл, ddH₂О (деионизированная вода), по 10 пкмоль каждого праймера и по 5 пкмоль. Все наборы для проведения ПЦР, олигонуклеотидные праймеры и зонды синтезированы фирмой «Синтол».

Изобретение характеризуется:

Фиг.1. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин УОФ (уровень относительной флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 (Bio-Rad) c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма ММР-1 (rs1799750), где

- гомозиготы 1G,

- гомозиготы 2G,

- гетерозиготы 1G/2G,

- отрицательный контроль.

Фиг.2. В таблице представлены показатели линейной дискриминантной функции (далее ЛДФ) для женщин с преэклампсией и без преэклампсии с учетом предикторов развития данного осложнения беременности и генетических факторов.

Возможность использования предложенного способа для оценки риска развития преэклампсии подтверждает анализ результатов обследования 1045 женщин: 468 женщин с диагнозом преэклампсия и 577 женщин с физиологическим течением беременности (контрольная группа). В исследуемые выборки включались индивидуумы русской национальности, являющиеся уроженками Центрально-Черноземного региона России и не имеющие родства между собой. Возраст в группе беременных с ПЭ варьировал от 17 до 45 лет (в среднем 27,74±5,4 лет), а в контрольной группе от 15 до 49 лет (в среднем 27,80±6,5 лет) (р>0,05). Таким образом, группа контроля не отличалась от основной группы по возрасту, полу, национальности и месту рождения.

Диагностику преэклампсии осуществляли сотрудники Перинатального центра областной клинической больницы Святителя Иоасафа г. Белгорода в соответствии с Международной классификацией болезней 10-го пересмотра. Степень тяжести преэклампсии оценивалась по критериям Федеральных клинических рекомендаций «Гипертензивные расстройства во время беременности, в родах и послеродовом периоде. Преэклампсия. Эклампсия» [18. Гипертензия во время беременности. Преэклампсия. Эклампсия: клинич. протокол [Электронный ресурс] / Науч. центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. В.И. Кулакова Минздравсоцразвития России ; Ин-т Здоровья семьи ; Проект «Мать и Дитя» ; рук. авт. кол.: Г.Т. Сухих, Н.В. Вартапетова. – Москва, 2012. – 51 с. – Режим доступа: http://www.volgmed.ru/uploads/files/2013-4/18295]. Типирование молекулярно-генетических маркеров осуществляли в лаборатории «Молекулярной генетики человека» медицинского факультета Белгородского государственного национального исследовательского университета. Формирование базы данных и статистические расчеты осуществляли с использованием программы «STATISTICA 6.0». Прогнозирование риска развития ПЭ осуществляли с использованием дискриминантного анализа [Реброва, О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA [Текст] / О.Ю. Реброва. – [3-е изд.]. – Москва : Медиа Сфера, 2006. – 305 с. : ил.; Боровиков, В.П. Statistica: искусство анализа данных на компьютере [Текст] / В.П. Боровиков. – 2-е изд. – Санкт-Петербург: Питер, 2003. – 688 с.].

На первом этапе данного исследования методом дискриминантного анализа построена статистическая модель прогнозирования риска развития преэклампсии с учетом предикторов развития ПЭ, характеризующих медико-биологический статус женщин до беременности: возраст возникновения беременности, показатели артериального давления, наличие заболеваний, передающихся половым путем (далее ЗППП), семейный анамнез и т.д., а также генетические характеристики по вышеуказанным локусам матриксных металлопротеиназ. Полученная итоговая модель включает семь признаков: индекс массы тела до беременности, наличие ПЭ у родственников, наличие гинекологических заболеваний в анамнезе, наличие заболеваний, передающихся половым путем, уровень САД до беременности, уровень ДАД до беременности, генетический вариант по локусу MMР-1 (rs1799750), которые при проведении дискриминантного анализа получили значение критерия Уилкса 0,389 при F (7,814)=247,25 и р<0,00001. Параметры дискриминантного анализа представлены в таблице на фиг.2.

Полученные данные позволяют сделать вывод, что изучаемые нами группы беременных с преэклампсией и без преэклампсии по набору из всех исследованных признаков показывают неслучайную межгрупповую дисперсию. Анализ показателей F-критериев и вероятности статистической ошибки 1-го рода (р) по каждому из признаков указывает на то, что по исследуемым показателям р<0,05. Это свидетельствует о возможности их включения в дискриминантный анализ.

Зарегистрированные значения толерантности по исследуемым показателям (Т=0,21-0,98) значительно выше критического уровня Т<0,10. Таким образом, можно утверждать об отсутствии высоких взаимных корреляций этих признаков. Точность определения пациентов, относящихся к группе женщин с преэклампсией составляет 96,36%, а без преэклампсии -96,89%.

Усредненный процент дискриминаций в группах женщин с ПЭ и с физиологическим течением беременности составляет 96,59%.

Уравнения линейной дискриминантной функции с учетом выявленных предикторов развития данной патологии беременности имеют следующий вид:

y₂=-55,473+0,339×x₁+1,528×x₂-1,679×x₃+7,717×x₄+0,769×x₅+0,066×x₆+1,666×x₇,

где x₁ – индекс массы тела до беременности, кг/м²), x₂ - наличие преэклампсии у родственников - (1 - да; 0 - нет), x₃– наличие гинекологической патологии в анамнезе - (1 - да; 0 - нет), x₄ - наличие заболеваний передающихся половым путем - (1 - да; 0 - нет), x₅ - САД до беременности (мм рт.ст.), x₆ - ДАД до беременности (мм рт.ст.), x₇ - генетический вариант по локусу MMP-1 (rs1799750) - (1 - 1G/1G или 1G/2G); 0 - 2G/2G). Если при расчете показателей y₁>y₂, то есть риск развития данной патологии. В случае, если y₂>y₁-риска развития преэклампсии нет.

С целью проверки работоспособности заявленного изобретения были дополнительно обследованы две пациентки.

Пример 1.

У беременной П. определены следующие показатели: индекс массы тела до беременности – 41,913 кг/м², наличие преэклампсии у родственников - да, наличие гинекологических заболеваний в анамнезе - да, наличие заболеваний, передающихся половым путем - да, значение САД до беременности – 120 мм рт.ст., значение ДАД до беременности – 80 мм рт.ст., полиморфный вариант по локусу MMР-1 (rs1799750) - 1G/1G.

По уравнениям ЛДФ вычисляем значения y₁ и y₂:

y₁=-61,329+0,434×41,913+2,534×1+3,433×1+2,841×1+0,874×120-0,033×80+2,062×1=69,971;

y₂=-5,473+0,339×41,913+1,528×11,679×1+7,717×1+0,769×120+0,066×80+1,666×1=65,528.

Выявлено, что y₁>y_2. Это позволяет отнести данную беременную к группе женщин с высоким риском развития ПЭ. Прогноз был подтвержден при проведении последующего клинико–лабораторного обследования беременной - у беременной П. была диагностирована преэклампсия.

Пример 2.

Для беременной Л. были определены следующие показатели: индекс массы тела до беременности – 31,399 кг/м², наличие преэклампсии у родственников - нет, наличие гинекологических заболеваний в анамнезе - нет, наличие заболеваний, передающихся половым путем, - да, значение САД до беременности – 120 мм рт.ст., значение ДАД до беременности – 80 мм рт.ст., полиморфный вариант по локусу MMР-1 (rs1799750) - 2G/2G.

y₁=-61,329+0,434×31,399+2,534×0+3,433×0+2,841×1+0,874*120-0,033*80+2,062*0=57,38;

y₂=-5,473+0,339×31,399+1,528×01,679*0+7,717×1+0,769×120+0,066×80+1,666×0=62,335.

Выявлено, что y₁<y₂. Это позволяет отнести данную беременную к группе женщин с минимальным риском развития ПЭ. Дальнейшее обследование подтвердило прогноз.

Таким образом, можно заключить, что предложенный способ прогнозирования на основе сочетания локуса MMР-1 (rs1799750) с предикторами развития ПЭ работоспособен. Используемая линейная дискриминантная функция с учетом вышеуказанных предикторов позволяет эффективно прогнозировать риск развития преэклампсии при планировании беременности и на ранних сроках беременности у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона России, что будет способствовать более эффективному осуществлению лечебно-профилактических мероприятий по предупреждению данной патологии беременности.

Claims

Способ прогнозирования риска возникновения преэклампсии у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрально-Черноземного региона России, включающий выделение геномной ДНК, проведение полимеразной цепной реакции синтеза ДНК, исследование гена и прогнозирование риска развития преэклампсии с учетом уровня систолического артериального давления (САД) до беременности, отличающийся тем, что риск развития преэклампсии прогнозируют по результатам анализа полиморфизма ММР-1 (rs1799750) по уравнениям линейной дискриминантной функции:
y₁=-61,329+0,434x₁+2,534х₂+3,433х₃+2,841x₄+0,874х₅-0,033x₆+2,062х₇;
y₂=-55,473+0,339x₁+1,528х₂-1,679х₃+7,717x₄+0,769х₅+0,066x₆+1,666x₇,
где x₁ - индекс массы тела до беременности, кг/м², х₂ - наличие преэклампсии у родственников: 1 - да, 0 - нет; х₃ - наличие гинекологической патологии в анамнезе: 1 - да, 0 - нет; x₄ - наличие заболеваний, передающихся половым путем: 1 - да, 0 - нет; x₅ - САД до беременности (мм рт.ст.); x₆ - ДАД до беременности (мм рт.ст.); x₇ - генетический вариант по локусу ММР-1 (rs1799750): 1 - 1G/1G или 1G/2G; 0 - 2G/2G, при этом, если показатель y₁ больше y₂, то прогнозируют риск развития данной патологии.