RU2819282C1 - Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования - Google Patents
Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования Download PDFInfo
- Publication number
- RU2819282C1 RU2819282C1 RU2023131265A RU2023131265A RU2819282C1 RU 2819282 C1 RU2819282 C1 RU 2819282C1 RU 2023131265 A RU2023131265 A RU 2023131265A RU 2023131265 A RU2023131265 A RU 2023131265A RU 2819282 C1 RU2819282 C1 RU 2819282C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- abo
- risk
- selp
- developing
- polymorphic loci
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 27
- 208000000718 duodenal ulcer Diseases 0.000 title claims abstract description 22
- 208000007107 Stomach Ulcer Diseases 0.000 title claims abstract description 19
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 title claims description 17
- 238000012360 testing method Methods 0.000 title claims description 15
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims description 7
- 201000005917 gastric ulcer Diseases 0.000 title abstract 4
- 102210052891 rs505922 Human genes 0.000 claims abstract description 23
- 102210034494 rs8176720 Human genes 0.000 claims abstract description 23
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 7
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 5
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims abstract description 3
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 claims description 2
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 claims 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 208000008469 Peptic Ulcer Diseases 0.000 description 23
- 208000011906 peptic ulcer disease Diseases 0.000 description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 14
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 11
- 238000011161 development Methods 0.000 description 11
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 11
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 10
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 8
- 210000004051 gastric juice Anatomy 0.000 description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 6
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 5
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 5
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 4
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 4
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 3
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 3
- 102100023472 P-selectin Human genes 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 3
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 3
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100035833 Histo-blood group ABO system transferase Human genes 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- MWUXSHHQAYIFBG-UHFFFAOYSA-N Nitric oxide Chemical compound O=[N] MWUXSHHQAYIFBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010035766 P-Selectin Proteins 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 2
- 229940011871 estrogen Drugs 0.000 description 2
- 239000000262 estrogen Substances 0.000 description 2
- 210000001156 gastric mucosa Anatomy 0.000 description 2
- 210000003736 gastrointestinal content Anatomy 0.000 description 2
- 239000003163 gonadal steroid hormone Substances 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 2
- -1 hydrogen ions Chemical class 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M Bicarbonate Chemical class OC([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010067225 Cell Adhesion Molecules Proteins 0.000 description 1
- 102000016289 Cell Adhesion Molecules Human genes 0.000 description 1
- 101710098119 Chaperonin GroEL 2 Proteins 0.000 description 1
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 108010024212 E-Selectin Proteins 0.000 description 1
- 102100023471 E-selectin Human genes 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 206010048554 Endothelial dysfunction Diseases 0.000 description 1
- 108700023372 Glycosyltransferases Proteins 0.000 description 1
- 102000051366 Glycosyltransferases Human genes 0.000 description 1
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 1
- 101000622137 Homo sapiens P-selectin Proteins 0.000 description 1
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 1
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000004756 Respiratory Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 101150082969 SELP gene Proteins 0.000 description 1
- 101000873420 Simian virus 40 SV40 early leader protein Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 101000588258 Taenia solium Paramyosin Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 101150099178 abo gene Proteins 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 230000001363 autoimmune Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 1
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000002848 electrochemical method Methods 0.000 description 1
- 230000008694 endothelial dysfunction Effects 0.000 description 1
- 210000003038 endothelium Anatomy 0.000 description 1
- 230000005713 exacerbation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 1
- 230000004727 humoral immunity Effects 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000009245 menopause Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 1
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011328 necessary treatment Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 201000004193 respiratory failure Diseases 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- 230000036269 ulceration Effects 0.000 description 1
- 210000004269 weibel-palade body Anatomy 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к медицине, а именно к медицинской диагностике, и может быть использовано для прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности. Из лейкоцитов периферической венозной крови выделяют ДНК. Проводят анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 ABO и rs6136 SELP. При выявлении комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС прогнозируют высокий риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Способ обеспечивает получение новых критериев оценки риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС. 3 ил., 4 пр.
Description
Изобретение относится к области медицинской диагностики и может быть использовано для прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования.
Язвенная болезнь (ЯБ) желудка и двенадцатиперстной кишки - хроническое рецидивирующее заболевание, характерным признаком которого в период обострения является образование язв слизистой оболочки желудка и/или двенадцатиперстной кишки (Моисеев В.С. и др., 2018). Мужчины страдают ЯБ в 2-7 раз чаще, чем мужчины (Ивашкин В.Т. и др., 2016, 2020). Такое различие, вероятно, связано с уровнем половых гормонов, значимых во всех процессах, происходящих в организме, в том числе в процессах, имеющих важное патогенетические значение для развития ЯБ (воспаление, иммунный ответ и др.) (Липатова Т.Е. и др., 2020). Эстроген оказывает протективное действие в отношении слизистой оболочки желудка и ДПК, благодаря чему мужчины более подвержены развитию заболевания, чем женщины, однако с наступлением у женщин менопаузы эти различия нивелируются. Недостаток эстрогенов также подавляет гуморальный иммунитет, что облегчает внедрение H. pylori и запуск язвообразования. В то же время половые гормоны могут иметь отношение к развитию эндотелиальной дисфункции за счет изменения уровня и биодоступности оксида азота, а также участию в продукции бикарбонатов и в общих адаптационных и приспособительных реакциях организма (Липатова Т.Е. и др., 2020; Radulovic P. et al., 2012).
По данным полногеномного исследования, проведенного в Японии, полиморфный локус rs505922 АВО играет роль в развитии ЯБ ДПК (аллель Т, OR=1,32, p=1,15×10-10) (Tanikawa C. et al., 2012). Ген АВО кодирует гликозилтрансферазу, которая катализирует перенос углеводов на антиген Н. При переносе N-ацетилгалактозамина на антиген Н образуется антиген А (II группа крови), при переносе галактозы - антиген В (III группа крови). У лиц с группой крови О (I группа крови) происходит сдвиг рамки считывания за счет делеции гуанина в положении 258, что приводит к трансляции совершенно другого белка и отсутствию продукции антигенов А и В (https://www.genecards.org, https://www.omim.org).
Полиморфный локус rs8176720 АВО влияет на уровень Е-селектина (p=6×10-13), который играет роль в снижении скорости движения лейкоцитов в кровеносных сосудах для последующего прикрепления к эндотелию и миграции к очагу воспаления (Жерносеков Д.Д., 2007; Болдырева О.Н., 2012; Гилязова Г.И. и др., 2012; Galustian C. et al., 2003; Barbalic M. et al., 2010). .
По данным GWAS, полиморфный локус rs6136 SELP ассоциирован с уровнем Р-селектина (Barbalic M. et al., 2010; Suhre K. et al., 2017; Sun B.B. et al., 2018), который участвует в развитии воспалительного процесса. Белковый продукт гена SELP (Р-селектин) относится к молекулам клеточной адгезии, находится в альфа-гранулах тромбоцитов и тельцах Вейбеля-Паладе эндотелиальных клеток, является кальций-зависимым рецептором миелоидных клеток, опосредует взаимодействие активированных эндотелиальных клеток или тромбоцитов с лейкоцитами, участвует в развитии воспаления (https://www.genecards.org, https://www.omim.org).
Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2021 гг. Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности, на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
Известен способ прогнозирования риска развития и прогрессирования язвенной болезни по патенту РФ №2231794 (опубликован 27.06.2004). включающий исследования желудочных проб, основанный на измерении скорости диффузии ионов водорода через слой слизи, покрывающей слизистой оболочки желудка, путем введения в желудок тестового 0,1 H раствора соляной кислоты и исследования динамики проникновения ионов водорода в слизистой оболочки путем эвакуации содержимого желудка, тем самым определяют риск развития язвенной болезни. Недостатком этого способа является трудоемкость выполнения, которая заключается в многократной эвакуации содержимого желудка и введении в желудок большого количества соляной кислоты, сложность подсчетов, и кроме того не учитывается роль генетических полиморфизмов.
Патент РФ №2318217 (опубликован 27.02.2008), в котором описан способ и устройство для прогнозирования риска развития язвенной болезни. Сущность способа заключается в том, что электрохимическим методом измеряют диффузионный (жидкостной) или мембранный потенциал между желудочным соком и тестовой жидкостью, и при величине потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, прогнозируют риск развития язвенной болезни. в качестве тестовой жидкости можно использовать воду. В этом случае пороговый уровень составляет 10 мв. одновременно с измерением диффузионного или мембранного потенциала может быть измерен рн желудочного сока, при этом риск развития язвенной болезни прогнозируют при величине диффузионного или мембранного потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, и рн менее 1,5. Устройство для осуществления способа при исследовании желудочного сока in vitro состоит из двух емкостей, разделенных диафрагмой: с желудочным соком и с тестовой жидкостью. В них опущены электроды сравнения, напряжение между которыми равно диффузионному потенциалу. устройство для исследования желудочного сока in vivo содержит камеру с тестовой жидкостью, через диафрагму, контактирующую с желудочным соком, и два электрода сравнения, один из которых контактирует с желудочным соком, а другой - с тестовой жидкостью. Напряжение между электродами равно диффузионному потенциалу. использование способа позволяет своевременно начать профилактическое лечение язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является его трудоемкость, он не учитывает роль генетических полиморфизмов.
Патент РФ №2281037 (опубликован 10.08.2006), в котором описан способ прогнозирования развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Сущность способа заключается в том, что осуществляют определение календарного возраста пациента, биологического возраста, соотношение биологического и календарного возрастов, рост, массу тела, показатели качества жизни. Затем рассчитывают вероятность развития язвенной болезни по формуле:
где е - экспонента, число оснований натурального логарифма, равное - 2,71, D1 - сумма показателей, умноженных на коэффициент В дискриминантных функций для больных, D2 - сумма показателей, умноженных на коэффициент А дискриминантных функций для здоровых, при этом значения коэффициентов А и В выбирают из таблицы «Коэффициенты дискриминантных функций» и при P1>Р2 прогнозируют риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является то, что он не учитывает роль генетических полиморфизмов.
За прототип выбран патент РФ №2563828 от 20.09.2015 «Способ оценки риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у хакасов на основе генетического анализа». Патент характеризуется тем, что устанавливают факторы риска - определяют полиморфизм интерлейкина IL-8 методом рестрикционного анализа при выделении ДНК из лимфоцитов венозной крови, а также определяют генотип Helicobacter pylori методом ПЦР при выделении ДНК из биоптатов слизистой оболочки желудка у пациентов, относящихся к коренным жителям Республики Хакасия. Факторам риска присваивают числовые значения и затем определяют прогностические коэффициенты P1, Р2. При Р1>Р2 прогнозируют низкий риск, а при Р1<Р2 прогнозируют высокий риск развития язвенной болезни. Недостатком данного метод является трудоемкость подсчета и применим только для коренных жителей Республики Хакасия.
Задачей настоящего исследования является расширение арсенала методов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития язвенной болезни у мужчин на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности, на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС, включающий:
- выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови мужчин;
- анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО, rs6136 SELP;
- прогнозирование высокого риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин с учетом молекулярно-генетического тестирования у индивидуумов русской национальности на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Mathew, 1984) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об./мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин. в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при температуре -20°С. Выделенную ДНК используют для проведения полимеразной цепной реакции синтеза ДНК.
Анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 АВО и rs6136 SELP осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System («Bio-Rad», США) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Тест - Ген» (Ульяновск). Амплификация геномной ДНК производилась в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР - 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл. Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ). Для полиморфного локуса rs505922 АВО зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю C, зонд с красителем FAM - аллелю T (фиг. 1), для rs8176720 ABO зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю С, зонд с красителем FAM - аллелю Т (фиг. 2), для rs6136 SELP зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю С, зонд с красителем FAM - аллелю А (фиг. 3).
Изобретение характеризуется фигурами.
Фиг. 1. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфные локусы АВО (rs505922): -СС, -TT, -ТС, ♦-отрицательный контроль.
Фиг. 2. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфные локусы ABO (rs8176720): -CC, -ТТ, -СТ, ♦-отрицательный контроль.
Фиг. 3. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфные локусы SELP (rs6136): -CC, -AA, -AC, ♦-отрицательный контроль.
Возможность использования предложенного способа для оценки риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования индивидуумов русской национальности подтверждает анализ результатов наблюдений 305 мужчин: 188 больных язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки и 117 здоровых (контрольная группа). Критерием включения в группу больных послужило наличие установленного диагноза ЯБЖ и/ или ДПК, в группу контроля вошли индивидуумы, не страдающие язвенной болезнью. Диагноз ставился на основании характерных жалоб, данных анамнеза, клинических проявлений и течения патологии, а также лабораторных и инструментальных методов исследования (Клинические рекомендации. Язвенная болезнь, 2019). Обследование проводилось врачами-гастроэнтерологами ОГБУЗ «Белгородская областная клиническая больница Святителя Иоасафа». Критериями исключения явились нерусская национальность, место рождения вне Центрального Черноземья, возраст до 18 лет, тяжелые хронические заболевания (хроническая почечная, сердечная, дыхательная недостаточность, тяжелая аутоиммунная патология), а также отказ от исследования.
Всем пациентам, находящимся под наблюдением, проведено молекулярно-генетическое исследование полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС. Изучение SNP×SNP взаимодействий, ассоциированных с развитием язвенной болезни, было проведено с помощью модификации метода снижения размерности MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) - Model-Based-MDR (MB-MDR).
В ходе проведенного анализа установлено, что полиморфные локусы rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС повышают риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин (beta=1,57, p=0,047).
Применение данного способа позволит прогнозировать риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности, при выявлении полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС формировать группы риска по развитию язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки и реализовывать в данных группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование русских пациентов, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ и не являющихся родственниками между собой: проведено генетическое исследование по полиморфным локусам rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
У пациента Б. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС, что позволило отнести пациента в группу больных с высоким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз язвенной болезни.
У пациента К. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО ТС × rs6136 SELP АС, что позволило отнести пациента в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз язвенной болезни у пациента.
У пациента А. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО ТТ × rs6136 SELP АС, что позволило отнести пациента в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз язвенной болезни у пациентки.
У пациента Х. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО ТТ × rs6136 SELP АА, что позволило отнести пациента в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. При дальнейшем наблюдение диагноз язвенной болезни у пациента не подтвердился.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди пациентов группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития язвенной болезни у мужчин.
Claims (1)
- Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин русской национальности на основе молекулярно-генетического тестирования, включающий выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови и анализ полиморфных локусов rs505922 АВО, rs8176720 ABO и rs6136 SELP, высокий риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки прогнозируют при выявлении комбинации полиморфных локусов rs505922 АВО ТС × rs8176720 АВО СС × rs6136 SELP АС.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2819282C1 true RU2819282C1 (ru) | 2024-05-16 |
Family
ID=
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2563828C1 (ru) * | 2014-10-01 | 2015-09-20 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО ХГУ им. Н.Ф. Катанова) | Способ оценки риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у хакасов на основе генетического анализа |
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2563828C1 (ru) * | 2014-10-01 | 2015-09-20 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО ХГУ им. Н.Ф. Катанова) | Способ оценки риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у хакасов на основе генетического анализа |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| РАШИНА О.В. и др. Генетические факторы риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка. Доказательная гастроэнтерология. 2023; 12(1): 14-20. Принята к печати 18.01.2023. РАШИНА О.В. и др. Вклад межгенных взаимодействий полиморфных вариантов генов-кандидатов в развитие язвенной болезни желудка. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2022; 207 (11): 102-109. TANIKAWA C. et al. Impact of PSCA variation on gastric ulcer susceptibility. PLoS One. 2013 May 21; 8 (5): e63698. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2819282C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| RU2819776C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-позитивной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| RU2811577C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| RU2821471C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития Н. pylori-негативной язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки | |
| RU2642939C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития преэклампсии | |
| RU2816514C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| RU2816519C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| JP2008538893A (ja) | 脂質代謝不全の検出方法、及びそれに使用する検査薬 | |
| RU2480763C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития доброкачественной дисплазии молочной железы у женщин с генитальным эндометриозом | |
| RU2780505C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка на основе генетического анализа | |
| RU2786314C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни у женщин по генетическим данным | |
| RU2809912C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни у мужчин по результатам генетического тестирования | |
| RU2557944C1 (ru) | Способ прогнозирования уровня артериального давления у женщин в конце беременности | |
| RU2782304C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| RU2828525C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития рака молочной железы у женщин без ожирения по результатам генетического тестирования | |
| RU2809798C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития артериальной гипертензии у женщин с использованием молекулярно-генетических данных | |
| RU2809911C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни на основе данных о межгенных взаимодействиях | |
| RU2688208C1 (ru) | Способ прогнозирования развития сахарного диабета 2 типа у населения башкортостана | |
| RU2828523C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития люминального подтипа рака молочной железы у женщин | |
| RU2780525C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни желудка | |
| RU2798666C1 (ru) | Способ прогнозирования низкого риска развития рака молочной железы у женщин с высокопенетратными мутациями в генах BRCA1 и CHEK2 | |
| JP5641281B2 (ja) | 重症患者の転帰予測のための炎症反応メディエーター関連遺伝的多型に関わる多変量解析 | |
| RU2782496C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития H. pylori-позитивной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки с использованием данных о полиморфизме гена ММР-9 | |
| RU2507519C1 (ru) | Способ прогнозирования течения острого панкреатита | |
| RU2616246C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития миоматозных узлов больших размеров у пациенток с миомой матки |