RU2761481C1 - Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией - Google Patents

Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией Download PDF

Info

Publication number
RU2761481C1
RU2761481C1 RU2021126293A RU2021126293A RU2761481C1 RU 2761481 C1 RU2761481 C1 RU 2761481C1 RU 2021126293 A RU2021126293 A RU 2021126293A RU 2021126293 A RU2021126293 A RU 2021126293A RU 2761481 C1 RU2761481 C1 RU 2761481C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
influenza
cov
sars
virus
influenza virus
Prior art date
Application number
RU2021126293A
Other languages
English (en)
Inventor
Тамила Даировна Мусаева
Мария Максимовна Тимофеева
Никита Дмитриевич Елшин
Артём Викторович Фадеев
Андрей Борисович Комиссаров
Дмитрий Анатольевич Лиознов
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева» Министерства здравоохранения Российской Федерации filed Critical Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Priority to RU2021126293A priority Critical patent/RU2761481C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2761481C1 publication Critical patent/RU2761481C1/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области молекулярной биологии, вирусологии и биотехнологии. Описана тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A и Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией. Тест-система включает олигонуклеотидные праймеры и флуоресцентные зонды со следующей структурой: прямой праймер вируса гриппа В ATTCTTCAATgAAgAAggAAC; обратный праймер вируса гриппа В CTCCCAACACggTAgATA; флуоресцентный зонд вируса гриппа В (R6G)-TCCCATCATCATyCCAgg-(BHQ-1); прямой праймер вируса гриппа А CACCAAAyCATgArggAATA; обратный праймер вируса гриппа А gCTCATgTTgATTCCCAC; флуоресцентный зонд вируса гриппа А (ROX)-TgCAggTCCTrTAgAATCTrTCCACTC-(BHQ-2); прямой праймер SARS-CoV-2 AgAgCTATgAATTgCAgAC; обратный праймер SARS-CoV-2 gggAAATACAAAATTTggACA; флуоресцентный зонд SARS-CoV-2 (FAM)-AATTggCAAAgAAATTTgACACCTTCA-(BHQ-1). Технический результат состоит в реализации возможности эффективного мультиплексного анализа для диагностики гриппа и COVID-19 методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией. 2 з.п. ф-лы, 3 ил., 3 табл., 1 пр.

Description

Область изобретения
Изобретение относится к области молекулярной биологии, вирусологии и биотехнологии, в частности, к диагностике инфекционных заболеваний, а именно к тест-системе для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (далее по тексту - «ОТ-ПЦР»).
Предшествующий уровень техники
Пандемия COVID-19, вызванная новым коронавирусом SARS-CoV-2, продолжает оказывать серьезное влияние на общественное здравоохранение и социальные системы во всем мире. Поскольку клинические проявления и основные эпидемиологические признаки COVID-19 схожи с гриппом, важно обеспечить раннее выявление и соответствующее лечение обоих респираторных заболеваний, так как в будущем есть вероятность их совместного распространения. Система здравоохранения и общество в целом должны быть готовы к одновременным эпидемиям COVID-19 и гриппа. В частности, необходимо обеспечить наличие эффективного эпидемиологического надзора и диагностического потенциала для мониторинга данных инфекций, поскольку это будет лежать в основе решений о надлежащем клиническом лечении.
Таким образом, разработка мультиплекса грипп-ковид является актуальной проблемой современного здравоохранения.
Целью создания предлагаемого набора является расширение арсенала средств, используемых для диагностики гриппа и COVID-19, повышение эффективности такой диагностики, а также упрощение процесса диагностики, путем создания мультиплексной системы.
На сегодняшний день известны различные тест-системы для выявления нового коронавируса SARS-CoV-2 методом иммуноферментного анализа (далее по тексту - «ИФА») [1-5], а также ИФА тест-системы для одновременного обнаружения SARS-CoV-2 и вирусов гриппа[6-9]. При этом для обеспечения раннего выявления заболевания следует рассматривать способы и тест-системы, основанные на полимеразной цепной реакции (далее по тексту - «ПЦР), так как ИФА позволяет определить наличие антител (IgM и IgG) к SARS-CoV-2 и такой анализ может обнаружить наличие заболевания только через 1-2 недели после заражения. Использование ОТ-ПЦР для детекции РНК вируса SARS-CoV-2 позволяет обнаруживать патоген в наиболее значимый период времени - тогда, когда человек распространяет вирус: как до заражения (2-3 дня), так и после (5-8 дней). Также ОТ-ПЦР эффективен с точки зрения раннего выявления заболевания благодаря высокой чувствительности - возможности обнаружения малого количества молекул РНК SARS-CoV-2
Так, известен набор олигонуклеотидных праймеров и меченного флуоресцентным красителем олигонуклеотидного зонда для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 [10], характеризующийся следующей структурой: прямой праймер SARS-CoV-2_up: 5’-TTGAAGTTTAATCCACCTGCT-3’; обратный праймер SARS-CoV-2_low: 5’-ACCGTTCAAGACTCTTTTGC-3’; меченный флуоресцентным красителем олигонуклеотидный зонд: 5’-(R6G)-CTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAG-(RTQ2)-3’. Также изобретение раскрывает набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР, содержащий обратную транскриптазу (MMLV-ревертазу), Таq-полимеразу, эквимолярную смесь четырех дезоксинуклеотидтрифосфатов, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченый олигонуклеотидный зонд, положительный контрольный образец, в качестве которого используется синтетическая РНК, последовательность которой соответствует области гибридизации олигонуклеотидных праймеров, при этом олигонуклеотидные праймеры и зонд используют в лиофильно высушенном состоянии.
Кроме того, известен набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавируса человека 2019-nCoV методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени [11], содержащий одну пару олигонуклеотидов, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в полимеразной цепной реакции, а также флуоресцентно-меченый ДНК-зонд, имеющие следующую первичную последовательность: прямой (F) 5'-TAGACATCATGCTAATGAGTACAGAT-3' 26; обратный (R) 5'-TGAAGTCTTGTAAAAGTGTTCCAG-3' 24; флуоресцентно-меченый ДНК-зонд (Z): 5'-ROX-GCTTATAACATGATGATCTCAGCTGGC-BHQ1-3' 27.
Также известен набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого ДНК-зонда для идентификации коронавирусов человека SARS и 2019-nCoV методом ОТ-ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией [12], содержащий одну пару олигонуклеотидов, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в полимеразной цепной реакции, а также флуоресцентно-меченый ДНК-зонд, имеющие следующую первичную последовательность: прямой (F4) и обратный (R5) праймеры F4: 5'-GTTGCAACTGAGGGAGCCTTG-3' 21 и R5: 5'-GAGAAGAGGCTTGACTGCCG-3' 20; флуоресцентно-меченый ДНК-зонд (Pb1) Pb1: 5'-FAM-TACACCAAAAGATCACATTGGCACCCG-BHQ1-3' 27.
Также известен лиофилизированный реагент для ПЦР в отношении COVID-19, FluA и FluB [13], со следующей структурой: последовательность прямого праймера для COVID-19: 5’-AGAATGGAGAACGCAGTGGG-3 ’; последовательность обратного праймера для COVID-19: 5’-TGAGAGCGGTGAACCAAGAC-3 ’; TaqMan зонд для COVID-19: 5’-FAM-CGCGATCAAAACAACGTCGGCC-BHQ13’, последовательность прямого праймера для FluA: 5’-5’-GTTGGTRATGAAACGRAAACGGG-3’; последовательность обратного праймера для FluA: 5’-CCGAATYCTTTTGGTCGCTGT-3’; TaqMan зонд для FluA: 5’-VIC-CTCTAGCATACTTACTGACAGC-MGB-3’, последовательность прямого праймера для FluB: 5’-CACAAATGCAACCAGACCTGC-3’; последовательность обратного праймера для FluB: 5’-GGGGAGAGAAAATTCTCCTGCAT-3’; TaqMan зонд для FluB: 5’-Cy5-TTAGACAGRATAGCTGCTGGCA-MGB-3’, последовательность прямого праймера для GAPDH: 5’-ACTTAGAGAAGGGGTGGGCT-3’; последовательность обратного праймера для GAPDH: 5’-ACGCTTGTACACTCAGCATCA-3’; TaqMan зонд для GAPDH: 5’-ROX-ccctgtccagttaatttctgacctttactcctgC-BHQ2-3’.
Также известен набор для ОТ-ПЦР и способ обнаружения вируса гриппа A, вируса гриппа B и коронавируса SARS-CoV-2 [14], включающий набор лиофилизированных реагентов и специфических праймеров для обнаружения вируса гриппа А, вируса гриппа В и коронавируса SARS-CoV-2, а также соответствующие зонды.
Таким образом, известно несколько типов тест-систем для обнаружения вируса гриппа А, В и коронавируса SARS-CoV-2.
Описание фигур
Фиг. 1 приведены результаты мультиплексного анализа вируса Гриппа A.
Фиг. 2 приведены результаты мультиплексного анализа вируса Гриппа В.
Фиг. 3 приведены результаты мультиплексного анализа вируса SARS-CoV-2.
Описание изобретения
Технической проблемой является необходимость расширения арсенала средств мультиплексного анализа для диагностики гриппа и COVID-19.
Технический результат состоит в реализации возможности эффективного мультиплексного анализа для диагностики гриппа и COVID-19 методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией.
Технический результат достигается тем, что тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией включает набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов со следующей структурой:
прямой праймер вируса гриппа В ATTCTTCAATgAAgAAggAAC (SEQ ID NO: 1)
обратный праймер вируса гриппа В CTCCCAACACggTAgATA (SEQ ID NO: 2)
флуоресцентный зонд вируса гриппа В (R6G)-TCCCATCATCATyCCAgg-(BHQ-1) (SEQ ID NO: 3)
прямой праймер вируса гриппа А CACCAAAyCATgArggAATA (SEQ ID NO: 4)
обратный праймер вируса гриппа А gCTCATgTTgATTCCCAC (SEQ ID NO: 5)
флуоресцентный зонд вируса гриппа А (ROX)-TgCAggTCCTrTAgAATCTrTCCACTC-(BHQ-2) (SEQ ID NO: 6)
прямой праймер SARS-CoV-2 AgAgCTATgAATTgCAgAC (SEQ ID NO: 7)
обратный праймер SARS-CoV-2 gggAAATACAAAATTTggACA (SEQ ID NO: 8)
флуоресцентный зонд SARS-CoV-2 (FAM)-AATTggCAAAgAAATTTgACACCTTCA-(BHQ-1) (SEQ ID NO: 9)
Сущность изобретения состоит в том, что с помощью вышеприведенных праймеров и зондов определяют присутствие в пробе РНК вирусов гриппа В, гриппа А и SARS-CoV-2. Этот процесс включает выделение РНК исследуемой пробы, проведение обратной транскрипции и ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени, согласно изобретению.
Заявляемая тест-система была получена путем конструирования диагностических праймеров и флуоресцентно-меченного зонда на консервативный участок гена ORF1 в случае SARS-CoV-2 и гена PB1 в случае гриппа А и гриппа В; оптимизации концентраций компонентов реакционной смеси и условий проведения ПЦР; проверки специфичности.
На начальном этапе были подобраны и синтезированы по 3 пары специфических олигонуклеотидных праймеров и зондов для гибридизационно-флуоресцентной детекции продуктов ПЦР для SARS-CoV-2 и Influenza virus A, и 2 пары для Influenza virus B. Для этого в базе данных GISAID (https://www.gisaid.org) был выбран наиболее консервативный участок генома SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B. Подбор и анализ свойств олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентного зонда проводился с использованием программного обеспечения Beacon designer. Анализ специфичности проводили в BLAST (Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query (nih.gov) Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query (nih.gov). Были проанализированы все имеющиеся в базе данных последовательности. Далее, после ряда экспериментов по проверке на чувствительность, были отобраны лучшие пары праймеров для каждого патогена (таблица 1).
Таблица 1. Перечень последовательностей праймеров и зондов для мультиплекса SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B.
Праймер/зонд Последовательность 5′-3′ Метка зонда 5′-3′
1-B-PB1-F ATTCTTCAATgAAgAAggAAC
1-B-PB1-R CTCCCAACACggTAgATA
1-B-PB1-P TCCCATCATCATyCCAgg R6G - BHQ-1
1-A-PB1-F CACCAAAyCATgArggAATA
1-A-PB1-R gCTCATgTTgATTCCCAC
1-A-PB1-P TgCAggTCCTrTAgAATCTrTCCACTC ROX - BHQ-2
2-SARS-CoV-2-ORF-1-F AgAgCTATgAATTgCAgAC
2-SARS-CoV-2 -ORF-1-R gggAAATACAAAATTTggACA
2-SARS-CoV-2-ORF-1-P AATTggCAAAgAAATTTgACACCTTCA FAM - BHQ-1
Для оптимизации работы тест-системы была проведена серия экспериментов по подбору рабочей концентрации праймеров и поставлен эксперимент с градиентом температуры отжига праймеров для подбора оптимального значения в условиях мультиплексной реакции. По результатам экспериментов оптимальная концентрация праймеров и зондов составила
600 нМ, оптимальная температура отжига 58°С.
Анализ результатов был произведён с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени. Результаты интерпретировали на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией, что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла Ct, причем результат считали положительным в случае, если кривая накопления флуоресценции для соответствующего образца имела характерную сигмовидную форму и пересекала пороговую линию.
Аналитическую специфичность набора оценивали с помощью панели нуклеиновых кислот 12 респираторных вирусов (таблица 2) из собственной коллекции. В результате исследования перекрестных реакций не зафиксировано.
Таблица 2. Панель нуклеиновых кислот респираторных вирусов
Наименование патогена Результат
Аденовирус РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Бокавирус РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Респираторно-синцитиальный вирус РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Риновирус РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Метапневмовирус РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Коронавирус OC43 РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Коронавирус 229E РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Коронавирус NL63 РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Парагрипп 1 типа РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Парагрипп 2 типа РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Парагрипп 3 типа РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Парагрипп 4 типа РНК SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B не обнаружена
Таким образом, в результате проведенных исследований был разработан и апробирован набор для выявления РНК коронавируса вида SARS-CoV-2, а также РНК вирусов гриппа A и гриппа B.
Заявляемое изобретение поясняется примером.
Пример 1
Диагностика проводилась согласно МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». Материалом для исследования служили клинические и биологические образцы. Экстракция производилась согласно инструкции производителя набора для выделения.
После экстракции РНК приступали к постановке одношаговой ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Был использован набор «БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ (Х2)» фирмы Biolabmix (Новосибирск). Для этого готовился ПЦР-микс, состоящий из смеси праймеров и зондов, буферного раствора, дистиллированной стерильной воды и фермента. Пропись реакции на один образец: 12,5 мкл 2х буфера; по 0,15 мкл праймеров и зондов (рабочая концентрация 100 пикомоль/мкл); 1 мкл фермента 25х БиоМастер-микс; 5,15 мкл дистиллированной стерильной воды; 5 мкл РНК. Конечный объем реакционной смеси составлял 25 мкл. Для контроля замешивания реакционной смеси и прохождения ПЦР дополнительно ставили положительный и отрицательный контроли.
Микропробирки, плашку или стрипы переносили в программируемый амплификатор с функцией амплификации в режиме реального времени с наличием 3 каналов детекции флуоресценции (FAM/Green, HEX/Yellow, ROX/Orange). По каналу FAM/Green детектировался SARS-CoV-2, по каналу HEX/Yellow детектировался грипп В, по каналу ROX/Orange детектировался грипп А. Режим амплификации представлен в таблице 3.
Таблица 3. Режим амплификации для мультиплексной системы
Температура,°С Время Кол-во циклов
45 30 мин 1
95 5 мин 1
95 15 с 39
58 15 с детекция по каналам FAM/ HEX/ ROX
72 30 с
Также результаты мультиплексного анализа показаны на фигурах, в частности на фиг. 1 показаны результаты анализа вируса Гриппа A, на фиг. 2 - гриппа B, на фиг. 3 - SARS-CoV-2.
Таким образом было показано, что заявляемый набор позволяет достоверно выявлять РНК коронавируса вида SARS-CoV-2, Influenza virus A и Influenza virus B в клинических пробах.
После проведения необходимых экспериментов авторы заявляют набор, с помощью которого возможен анализ РНК, выделенной из биологических образцов (кровь и ее производные, мазок из носоглотки, мазок из ротоглотки, мокрота), методом одношаговой ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Данный метод подходит для выявления целевых фрагментов РНК генома коронавируса вида SARS-CoV-2, а также вирусов гриппа А и гриппа B, с использованием набора олигонуклеотидных праймеров и соответствующих флуоресцентно-меченных зондов, комплементарных участку гена ORF1 SARS-CoV-2 и гена PB1 гриппа А и В.
Список литературы
1. Способ использования рекомбинантных белков SARS-COV-2 в составе тест-системы для иммуноферментного анализа с определением уровней антител классов IgM, IgG, IgA В сыворотке/плазме крови больных COVID-19: патент RU2730897, Российская Федерация, заявка RU2020121770, заявл. 01.07.2020, опубл. 26.08.2020.
2. Набор для выявления вируса SARS-CoV методом ОТ-ПЦР в реальном времени: патент RU2744198, Российская Федерация, заявка RU2020118246, заявл. 25.05.2020, опубл. 03.03.2021.
3. Тест-система и способ для выявления РНК коронавируса SARS-COV-2, вируса-возбудителя коронавирусного заболевания 2019 COVID-19, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Варианты): патент RU2731390, Российская Федерация, заявка RU2020113326, заявл. 12.04.2020, опубл. 02.09.2020.
4. Диагностический маркер и его применение в диагностике COVID-19 и выявлении предшествующей инфекции: заявка CN111999508, Китайская Народная Республика, 25.09.2020, опубл. 27.11.2020.
5. Набор для диагностики и обнаружения коронавируса нового типа: заявка TR202006563, Турецкая Республика, заявл. 27.04.2020, опубл. 21.09.2020.
6. Тест-полоска для комбинированного выявления гриппа и COVID-19: заявка CN111537727, Китайская Народная Республика, заявл. 04.06.2020, опубл. 14.08.2020.
7. Набор реагентов для обнаружения новых коронавирусов и вирусов гриппа: патент CN111254228, Китайская Народная Республика, заявка CN202010370223, заявл. 06.05.2020, опубл. 09.06.2020.
8. Набор «три в одном» для обнаружения нового коронавируса, антигена вируса гриппа A и антигена вируса гриппа B, а также методы их приготовления и использования: заявка CN112557655, Китайская Народная Республика, заявл. 06.01.2021, опубл. 26.03.2021.
9. Набор для тестирования лиофилизированных новых коронавирусов, вирусов гриппа и вирусов гепатита и метод обнаружения: заявка CN111778362, Китайская Народная Республика, заявл. 10.08.2020, опубл. 16.10.2020.
10. Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени: патент RU2732608, Российская Федерация, заявка RU2020114301, заявл. 09.04.2020, опубл. 21.09.2020.
11. Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавируса человека 2019-nCoV методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени: патент RU2734300, Российская Федерация, заявка RU2020120618, заявл. 16.06.2020, опубл. 14.10.2020.
12. Набор олигодезоксирибонуклетидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавирусов человека SARS и 2019-nCoV методом ОТ-ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени: патент RU2733665, Российская Федерация, заявка RU2020120619, заявл. 16.06.2020, опубл. 06.10.2020.
13. Лиофилизированный реагент для ПЦР (полимеразной цепной реакции) для обнаружения вирусов COVID-19, FluA и FluB и способ его получения: заявка CN111647688, Китайская Народная Республика, заявл. 18.06.2020 , опубл. 11.09.2020.
14. Флуоресцентный реагент ОТ-ПЦР и метод обнаружения вируса гриппа A, вируса гриппа B и коронавируса SARS-CoV-2: заявка CN112410469, Китайская Народная Республика, заявл. 23.11.2020, опубл. 26.02.2020.

Claims (4)

1. Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A и Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией, включающая набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов со следующей структурой:
прямой праймер вируса гриппа В ATTCTTCAATgAAgAAggAAC обратный праймер вируса гриппа В CTCCCAACACggTAgATA флуоресцентный зонд вируса гриппа В (R6G)-TCCCATCATCATyCCAgg-(BHQ-1) прямой праймер вируса гриппа А CACCAAAyCATgArggAATA обратный праймер вируса гриппа А gCTCATgTTgATTCCCAC флуоресцентный зонд вируса гриппа А (ROX)-TgCAggTCCTrTAgAATCTrTCCACTC-(BHQ-2) прямой праймер SARS-CoV-2 AgAgCTATgAATTgCAgAC обратный праймер SARS-CoV-2 gggAAATACAAAATTTggACA флуоресцентный зонд SARS-CoV-2 (FAM)-AATTggCAAAgAAATTTgACACCTTCA-(BHQ-1)
2. Тест-система по п. 1, отличающаяся тем, что оптимальная концентрация праймеров и зондов составляет 600 нМ.
3. Тест-система по п. 1, отличающаяся тем, что оптимальная температура отжига составляет 58°С.
RU2021126293A 2021-09-07 2021-09-07 Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией RU2761481C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2021126293A RU2761481C1 (ru) 2021-09-07 2021-09-07 Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2021126293A RU2761481C1 (ru) 2021-09-07 2021-09-07 Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2761481C1 true RU2761481C1 (ru) 2021-12-08

Family

ID=79174513

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2021126293A RU2761481C1 (ru) 2021-09-07 2021-09-07 Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2761481C1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU218447U1 (ru) * 2022-12-12 2023-05-25 Федеральное государственное учреждение "Федеральный исследовательский центр "Фундаментальные основы биотехнологии" Российской академии наук" Мультипараметрическая тест-система для одновременного определения антигенов вирусов SARS-CoV-2, гриппа типа А и В методом иммунохроматографии

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111593142A (zh) * 2020-05-28 2020-08-28 山东艾克韦生物技术有限公司 一种同时检测包括SARS-CoV-2的九种呼吸道病毒的检测试剂盒
RU2731390C1 (ru) * 2020-04-12 2020-09-02 Общество с ограниченной ответственностью «Система-БиоТех» Тест-система и способ для выявления РНК коронавируса SARS-COV-2, вируса-возбудителя коронавирусного заболевания 2019 COVID-19, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Варианты)
US20210040571A1 (en) * 2018-07-25 2021-02-11 Sense Biodetection Limited Nucleic acid detection method

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20210040571A1 (en) * 2018-07-25 2021-02-11 Sense Biodetection Limited Nucleic acid detection method
RU2731390C1 (ru) * 2020-04-12 2020-09-02 Общество с ограниченной ответственностью «Система-БиоТех» Тест-система и способ для выявления РНК коронавируса SARS-COV-2, вируса-возбудителя коронавирусного заболевания 2019 COVID-19, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Варианты)
CN111593142A (zh) * 2020-05-28 2020-08-28 山东艾克韦生物技术有限公司 一种同时检测包括SARS-CoV-2的九种呼吸道病毒的检测试剂盒

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Ученые создали комбинированную тест-систему для коронавируса и гриппа, 27 октября 2020 [Найдено в интернет 01.10.2021] https://www.interfax.ru/russia/734387. *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU218447U1 (ru) * 2022-12-12 2023-05-25 Федеральное государственное учреждение "Федеральный исследовательский центр "Фундаментальные основы биотехнологии" Российской академии наук" Мультипараметрическая тест-система для одновременного определения антигенов вирусов SARS-CoV-2, гриппа типа А и В методом иммунохроматографии
RU2808765C2 (ru) * 2023-01-19 2023-12-04 Закрытое Акционерное Общество (ЗАО) "ЭКОлаб" Набор для выявления антител классов M и G к нуклеокапсиду (Nc) и рецепторсвязывающему домену спайк белка коронавируса SARS-CoV-2
RU2821993C1 (ru) * 2023-06-19 2024-06-28 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии гена Российской академии наук (ИБГ РАН) Тест-система для детекции целевой ДНК или РНК с использованием короткого белка-аргонавта в комплексе с нуклеазой и флуоресцентного репортера

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6329370B2 (ja) 呼吸器系ウイルスによる疾患の同時診断キット
Belák Molecular diagnosis of viral diseases, present trends and future aspects: A view from the OIE Collaborating Centre for the Application of Polymerase Chain Reaction Methods for Diagnosis of Viral Diseases in Veterinary Medicine
Freymuth et al. Detection of respiratory syncytial virus by reverse transcription-PCR and hybridization with a DNA enzyme immunoassay
Wacharapluesadee et al. Comparative detection of rabies RNA by NASBA, real-time PCR and conventional PCR
CN101696454B (zh) 用于可视化检测猪瘟病毒野毒株的rt-lamp引物
KR102245849B1 (ko) 코로나바이러스 검출용 조성물 및 이의 검출용 키트
CN111286559B (zh) 检测非洲猪瘟病毒的引物、探针及试剂盒
US20170268074A1 (en) HEV Assay
CN105936946A (zh) 一步法反转录pcr检测和分型寨卡病毒的试剂盒及其检测方法
CN111500788B (zh) 用于人类疱疹病毒感染检测的试剂盒及其检测方法
US20180265936A1 (en) Compositions and methods for detection and discrimination of influenza viruses
Günther et al. Detection of feline Coronavirus in effusions of cats with and without feline infectious peritonitis using loop-mediated isothermal amplification
US7582740B2 (en) Methods and kits for detecting SARS-associated coronavirus
US10329630B2 (en) Compositions and methods for detection and discrimination of emerging influenza virus subtypes
RU2422536C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ДНК В КРОВИ И ДРУГИХ БИОМАТЕРИАЛАХ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЛАТЕНТНОЙ ВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ - ВИРУСА Torque teno virus СЕМЕЙСТВА Circoviridae МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ
JP2023536962A (ja) 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ｓａｒｓ－２）、インフルエンザａ及びインフルエンザｂの検出のための組成物及び方法
CN114958975A (zh) 重组酶介导的等温核酸扩增组合产品
CN102876813B (zh) 一种检测禽流感病毒的实时荧光rt-hda试剂盒及引物
RU2761481C1 (ru) Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией
Orlowska et al. Comparison of real-time PCR and heminested RT-PCR methods in the detection of rabies virus infection in bats and terrestrial animals
CN115852056A (zh) 呼吸道病毒检测的荧光pcr试剂盒及检测方法
CN111647690B (zh) 用于检测covid-19病毒的rt-raa引物对和诊断试剂盒
EP3933052A1 (en) Rapid detection kit for human pathogenic coronaviruses : betacoronavirus group b/c and sars-cov-2
EP3885455A1 (en) Method and kit for the detection of sars-cov-2 virus in a sample based on reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (rt-lamp)
JP2007514440A (ja) Ｓａｒｓコロナウイルスを検出するための高感度かつ特異的な検査