RU2016152429A - Меченый антиген е гепаднавируса и его применение в скрининге противовирусных веществ - Google Patents
Меченый антиген е гепаднавируса и его применение в скрининге противовирусных веществ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2016152429A RU2016152429A RU2016152429A RU2016152429A RU2016152429A RU 2016152429 A RU2016152429 A RU 2016152429A RU 2016152429 A RU2016152429 A RU 2016152429A RU 2016152429 A RU2016152429 A RU 2016152429A RU 2016152429 A RU2016152429 A RU 2016152429A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- hepatadavirus
- tag
- sequence encoding
- labeled
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/576—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for hepatitis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
- C07K2319/42—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a HA(hemagglutinin)-tag
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2730/00—Reverse transcribing DNA viruses
- C12N2730/00011—Details
- C12N2730/10011—Hepadnaviridae
- C12N2730/10111—Orthohepadnavirus, e.g. hepatitis B virus
- C12N2730/10122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2730/00—Reverse transcribing DNA viruses
- C12N2730/00011—Details
- C12N2730/10011—Hepadnaviridae
- C12N2730/10111—Orthohepadnavirus, e.g. hepatitis B virus
- C12N2730/10151—Methods of production or purification of viral material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/001—Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination
- C12N2830/005—Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination repressible enhancer/promoter combination, e.g. KRAB
- C12N2830/006—Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination repressible enhancer/promoter combination, e.g. KRAB tet repressible
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/01—DNA viruses
- G01N2333/02—Hepadnaviridae, e.g. hepatitis B virus
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Virology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Claims (41)
1. Способ оценки способности молекулы-кандидата ингибировать ковалентно замкнутую кольцевую (кзк) ДНК гепаднавируса, включающий стадии:
(а) приведения в контакт клетки, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую нуклеотидную последовательность, кодирующую меченый антиген Е гепаднавируса, с указанной молекулой-кандидатом, где молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность, кодирующую один или несколько тагов, где последовательность встроена в эпсилон-структуру, кодируемую геномом гепаднавируса,
где указанная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая последовательность, кодирующую один или несколько тагов, встроена между нуклеотидами, соответствующими позиции С1902 и позиции А1903 генома HBV,
где указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит в направлении 5' от последовательности, кодирующей один или несколько тагов, последовательность, способную образовывать пары с основаниями нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, и где последовательность, способная образовывать пары с основаниями указанного нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, способна образовывать пары с нуклеотидами, соответствующими позициям от Т1849 до А1854 генома HBV;
(б) оценки уровня меченого антигена Е гепаднавируса и
(в) отбора молекулы-кандидата, если уровень меченого антигена Е гепаднавируса снижается по сравнению с контролем.
2. Способ по п. 1, где указанный гепаднавирус представляет собой вирус гепатита В (HBV) и указанный антиген Е гепаднавируса представляет собой антиген Е вируса гепатита В (HBeAg).
3. Способ по п. 1, где указанный меченый антиген Е гепаднавируса содержит только один таг или где указанный меченый антиген Е гепаднавируса содержит два или более тагов.
4. Способ по п. 3, где указанный таг выбран из группы, состоящей из гемагглютининового (НА) тага, His-тага, Flag-тага (такого как 1×Flag-таг или 3×Flag-таг), с-myc-тага, V5-тага и/или С9-тага.
5. Способ по п. 4,
где нуклеотидная последовательность, кодирующая НА таг, приведена в SEQ ID NO: 1; где нуклеотидная последовательность, кодирующая His-таг, приведена в SEQ ID NO: 2;
где нуклеотидная последовательность, кодирующая 1×Flag-таг, приведена в SEQ ID NO: 3; где нуклеотидная последовательность, кодирующая 3×Flag-таг, приведена в SEQ ID NO: 7; где нуклеотидная последовательность, кодирующая c-myc-таг, приведена в SEQ ID NO: 4; где нуклеотидная последовательность, кодирующая V5-таг, приведена в SEQ ID NO: 5; и/или где нуклеотидная последовательность, кодирующая С9-таг, приведена в SEQ ID NO: 6;
или
где аминокислотная последовательность НА тага приведена в SEQ ID NO: 8; где аминокислотная последовательность His-тага приведена в SEQ ID NO: 9; где аминокислотная последовательность 1×Flag-тага приведена в SEQ ID NO: 10; где аминокислотная последовательность 3×Flag-тага приведена в SEQ ID NO: 14; где аминокислотная последовательность c-myc-тага приведена в SEQ ID NO: 11; где аминокислотная последовательность V5-тага приведена в SEQ ID NO: 12; и/или где аминокислотная последовательность С9-тага приведена в SEQ ID NO: 13.
6. Способ по п. 1, где молекула нуклеиновой кислоты содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую прекоровый белок гепаднавируса.
7. Способ по п. 6, где нуклеотидная последовательность, кодирующая прекоровый белок гепаднавируса, представляет собой нуклеотидную последовательность прекорового белка вируса гепатита В, приведенную в SEQ ID NO: 15; или
где аминокислотная последовательность прекорового белка гепаднавируса представляет собой аминокислотную последовательность прекорового белка вируса гепатита В, приведенную в SEQ ID NO: 17.
8. Способ по п. 6 или 7, где указанная нуклеотидная последовательность, кодирующая один или несколько тагов, находится в направлении 3' по ходу транскрипции относительно нуклеотидной последовательности, кодирующей 29 N-концевых аминокислот прекорового белка вируса гепатита В.
9. Способ по п. 1, где молекула нуклеиновой кислоты содержит геном гепаднавируса, такой как геном вируса гепатита В (HBV), приведенный в любой из SEQ ID NO: 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 или 34.
10. Способ по п. 9, где указанный геном HBV представляет собой геном HBV подтипа ayw.
11. Способ по п. 1, где эпсилон-структура, кодируемая геномом гепаднавируса, представляет собой эпсилон-структуру, кодируемую геномом HBV, приведенную в SEQ ID NO: 25.
12. Способ по п. 1, где последовательность, способная образовывать пары с основаниями нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, состоит из последовательности, приведенной в SEQ ID No. 26; или где последовательность, способная образовывать пары с основаниями нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, кодирует полипептид, приведенный в SEQ ID NO. 40.
13. Способ по п. 1, где молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую меченый антиген Е гепаднавируса, содержит нуклеотидную последовательность, приведенную в SEQ ID NO. 41; или
где молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую меченый антиген Е гепаднавируса, содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO. 42.
14. Способ по п. 2,
где нуклеотидная последовательность, кодирующая меченый HBeAg, приведена в SEQ ID NO: 20; или где аминокислотная последовательность меченого HBeAg приведена в SEQ ID NO: 22.
15. Способ по п. 6, где нуклеотидная последовательность, кодирующая меченый прекоровый белок HBV, приведена в SEQ ID NO: 19; или где аминокислотная последовательность меченого прекорового белка HBV приведена в SEQ ID NO: 21.
16. Способ по п. 1, в котором указанная стадия (а) дополнительно включает стадию (аа), которая включает культивирование клетки, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую нуклеотидную последовательность, кодирующую меченый антиген Е гепаднавируса, в условиях, обеспечивающих
(i) синтез прегеномной (пг) РНК гепаднавируса;
(ii) обратную транскрипцию указанной синтезированной пгРНК в минус-цепь ДНК;
(iii) синтез второй плюс-цепи ДНК, чтобы указанная минус-цепь ДНК и указанная плюс-цепь ДНК образовывали двуцепочечную релаксированную кольцевую ДНК;
(iv) образование кзкДНК из указанной релаксированной кольцевой двуцепочечной ДНК;
(v) возможно, восстановление условий, обеспечивающих трансляцию меченого антигена Е гепаднавируса;
(vi) транскрипцию мРНК, кодирующей меченый антиген Е гепаднавируса;
(vii) трансляцию меченого антигена Е гепаднавируса,
где восстановление условий, обеспечивающих трансляцию меченого антигена Е гепаднавируса, представляет собой восстановление стартового кодона.
17. Способ по п. 1, в котором оценку уровня меченого антигена Е гепаднавируса согласно стадии (б) осуществляют с помощью ELISA, CLIA или AlphaLISA.
18. Способ по п. 1, в котором оценка уровня меченого антигена Е гепаднавируса согласно стадии (б) включает применение антитела, специфически распознающего указанный антиген Е гепаднавируса, и одного или нескольких антител, специфически распознающих один или несколько тагов.
19. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую меченый антиген Е гепаднавируса, где молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность, кодирующую один или несколько тагов, где последовательность встроена в эпсилон-структуру, кодируемую геномом гепаднавируса,
где указанная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая последовательность, кодирующую один или несколько тагов, встроена между нуклеотидами, соответствующими позиции С1902 и позиции А1903 генома HBV,
где указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит в направлении 5' от последовательности, кодирующей один или несколько тагов, последовательность, способную образовывать пары с основаниями нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, и где последовательность, способная образовывать пары с основаниями указанного нижнего стебля эпсилон-структуры, кодируемой геномом гепаднавируса, способна образовывать пары с нуклеотидами, соответствующими позициям от Т1849 до А1854 генома HBV.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201462014996P | 2014-06-20 | 2014-06-20 | |
US62/014,996 | 2014-06-20 | ||
PCT/EP2015/063838 WO2015193484A1 (en) | 2014-06-20 | 2015-06-19 | Tagged hepadnavirus e antigen and its use in screening antiviral substances |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2016152429A true RU2016152429A (ru) | 2018-07-23 |
RU2016152429A3 RU2016152429A3 (ru) | 2019-02-27 |
RU2711750C2 RU2711750C2 (ru) | 2020-01-21 |
Family
ID=53498969
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2016152429A RU2711750C2 (ru) | 2014-06-20 | 2015-06-19 | Меченый антиген е гепаднавируса и его применение в скрининге противовирусных веществ |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US10072047B2 (ru) |
EP (2) | EP3157944B1 (ru) |
JP (1) | JP6543338B2 (ru) |
KR (1) | KR102309355B1 (ru) |
CN (1) | CN106716128B (ru) |
BR (1) | BR112016024458A2 (ru) |
CA (1) | CA2943047C (ru) |
MX (1) | MX2016014359A (ru) |
RU (1) | RU2711750C2 (ru) |
WO (1) | WO2015193484A1 (ru) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108611395A (zh) * | 2016-12-12 | 2018-10-02 | 中山大学 | 一种抗人乙肝病毒药物的筛选方法 |
CN107022543A (zh) * | 2017-05-25 | 2017-08-08 | 郑州市第六人民医院 | 一种提取乙型肝炎病毒核酸用磁珠、提取试剂、提取方法、定量检测用试剂盒 |
WO2020072207A1 (en) * | 2018-10-04 | 2020-04-09 | The Rockefeller University | Rna-based methods to launch hepatitis b virus infection |
JP2022546402A (ja) * | 2019-08-29 | 2022-11-04 | ジー・テック・バイオ・エルエルシー | ウイルス感染症を処置するための組成物及び方法 |
CN113293179A (zh) * | 2021-05-10 | 2021-08-24 | 武汉科技大学 | 一种靶向敲除HBx蛋白的质粒及其构建方法和应用 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5491084A (en) | 1993-09-10 | 1996-02-13 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Uses of green-fluorescent protein |
CN101104867A (zh) * | 2006-07-10 | 2008-01-16 | 中国人民解放军第四军医大学 | 检测乙型肝炎病毒cccDNA的巢式-实时定量PCR方法 |
JP6431478B2 (ja) | 2012-06-01 | 2018-11-28 | ドレクセル ユニバーシティ | B型肝炎ウイルスのcccdnaの転写の調節 |
-
2015
- 2015-06-19 RU RU2016152429A patent/RU2711750C2/ru active
- 2015-06-19 MX MX2016014359A patent/MX2016014359A/es active IP Right Grant
- 2015-06-19 WO PCT/EP2015/063838 patent/WO2015193484A1/en active Application Filing
- 2015-06-19 EP EP15733379.0A patent/EP3157944B1/en active Active
- 2015-06-19 JP JP2017518599A patent/JP6543338B2/ja active Active
- 2015-06-19 CN CN201580032914.9A patent/CN106716128B/zh active Active
- 2015-06-19 BR BR112016024458A patent/BR112016024458A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2015-06-19 KR KR1020167035519A patent/KR102309355B1/ko active IP Right Grant
- 2015-06-19 US US15/309,680 patent/US10072047B2/en active Active
- 2015-06-19 CA CA2943047A patent/CA2943047C/en active Active
- 2015-06-19 EP EP19158753.4A patent/EP3521303A1/en active Pending
-
2018
- 2018-05-16 US US15/981,316 patent/US10214567B2/en active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2017518081A (ja) | 2017-07-06 |
US10072047B2 (en) | 2018-09-11 |
US20180312546A1 (en) | 2018-11-01 |
US20170240600A1 (en) | 2017-08-24 |
RU2016152429A3 (ru) | 2019-02-27 |
EP3157944A1 (en) | 2017-04-26 |
WO2015193484A1 (en) | 2015-12-23 |
CA2943047C (en) | 2023-03-14 |
EP3521303A1 (en) | 2019-08-07 |
KR20170068411A (ko) | 2017-06-19 |
KR102309355B1 (ko) | 2021-10-06 |
US10214567B2 (en) | 2019-02-26 |
CN106716128A (zh) | 2017-05-24 |
EP3157944B1 (en) | 2019-10-09 |
BR112016024458A2 (pt) | 2017-10-10 |
RU2711750C2 (ru) | 2020-01-21 |
CN106716128B (zh) | 2020-06-23 |
JP6543338B2 (ja) | 2019-07-10 |
CA2943047A1 (en) | 2015-12-23 |
MX2016014359A (es) | 2017-06-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2016152429A (ru) | Меченый антиген е гепаднавируса и его применение в скрининге противовирусных веществ | |
Rajendran et al. | Characterization of the RNA-binding domains in the replicase proteins of tomato bushy stunt virus | |
JP2010273685A5 (ru) | ||
JP5825673B2 (ja) | ペプチドを認識するアプタマー | |
KR101319202B1 (ko) | pLDH에 특이적으로 결합하는 DNA 압타머 | |
RU2013128896A (ru) | Сконструированные белки повторов, которые связываются с сывороточным альбумином | |
RU2007141683A (ru) | Вариантная форма урат-оксидазы и ее использование | |
EA201300054A1 (ru) | Полипептид, обладающий активностью бета-глюкозидазы, и его применение | |
JP2017513479A5 (ru) | ||
RU2017134456A (ru) | Рекомбинантные связывающие белки и их применение | |
EA201201126A1 (ru) | Полипептид, обладающий активностью целлобиогидролазы, и его применение | |
UA110599C2 (uk) | Пептид для імунотерапії пухлин, включаючи нейрональні пухлини та пухлини мозку | |
JP2007197439A5 (ru) | ||
JP2012115275A5 (ru) | ||
JP2009136300A5 (ru) | ||
JP2013078329A5 (ru) | ||
EA201300056A1 (ru) | Полипептид с активностью ацетилксиланэстеразы и его применения | |
RU2017102986A (ru) | Новые люциферазы и способы их использования | |
EA201300057A1 (ru) | Полипептид, обладающий углеводдеградирующей активностью, и его применения | |
DE602005017034D1 (de) | Signalpeptid zur herstellung eines polypeptids | |
EA201300059A1 (ru) | Полипептид, обладающий активностью сволленина, и его применение | |
JP5804520B2 (ja) | 核酸構築物、それを用いた複合体の製造方法およびスクリーニング方法 | |
RU2013118454A (ru) | Антитело к эфрину в2 и его применение | |
KR101351647B1 (ko) | 인간 심근 트로포닌 ⅰ에 특이적으로 결합하는 dna 압타머 | |
JP2017525368A5 (ru) |