RU2015137824A - Обработка нуклеотидных последовательностей - Google Patents
Обработка нуклеотидных последовательностей Download PDFInfo
- Publication number
- RU2015137824A RU2015137824A RU2015137824A RU2015137824A RU2015137824A RU 2015137824 A RU2015137824 A RU 2015137824A RU 2015137824 A RU2015137824 A RU 2015137824A RU 2015137824 A RU2015137824 A RU 2015137824A RU 2015137824 A RU2015137824 A RU 2015137824A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- electrodes
- nanoball
- array
- electrode
- nanoballs
- Prior art date
Links
Classifications
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B82—NANOTECHNOLOGY
- B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
- B82Y15/00—Nanotechnology for interacting, sensing or actuating, e.g. quantum dots as markers in protein assays or molecular motors
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/28—Electrolytic cell components
- G01N27/30—Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
- G01N27/327—Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
- G01N27/3275—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/28—Electrolytic cell components
- G01N27/30—Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
- G01N27/327—Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
- G01N27/3275—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction
- G01N27/3278—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction involving nanosized elements, e.g. nanogaps or nanoparticles
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00608—DNA chips
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00653—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to electrodes embedded in or on the solid supports
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
- B01J2219/00722—Nucleotides
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
- G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
- G01N27/28—Electrolytic cell components
- G01N27/30—Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
- G01N27/327—Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
- G01N27/3275—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction
- G01N27/3276—Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction being a hybridisation with immobilised receptors
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Nanotechnology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Electrochemistry (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
Claims (19)
1. Аппарат (100) для обработки нуклеотидных последовательностей, включающий:
- массив электродов (120a, 120b,...); и
- по меньшей мере один наношарик (NB), содержащий повторения представляющей интерес нуклеотидной последовательности (1, 2), причем упомянутый наношарик (NB) прикреплен к электроду, к которому может быть прикреплен не более чем один наношарик (NB) такого размера,
при этом к электродам (120a, 120b,...) массива избирательно приложимы электрические потенциалы для привлечения и/или отталкивания наношариков (NB) и/или других компонентов (X).
2. Способ обработки нуклеотидных последовательностей,
при котором по меньшей мере один наношарик (NB), содержащий повторения представляющей интерес нуклеотидной последовательности (1, 2), прикрепляют к тому электроду массива электродов (120a, 120b,...), к которому может быть прикреплен не более чем один наношарик (NB) такого размера,
при этом к электродам (120a, 120b,...) массива избирательно прикладывают электрические потенциалы для привлечения и/или отталкивания наношариков (NB) и/или других компонентов (X).
3. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что внутренний диаметр (d) наношарика (NB) больше, чем примерно 40% внутреннего диаметра (w) соответствующего электрода (120a, 120b,...).
4. Аппарат (100) по п. 1, отличающийся тем, что он содержит контейнер (110) с реакционной камерой (111), в которой расположен массив электродов (120a, 120b,...), причем упомянутый контейнер имеет вход (112), к которому могут быть избирательно подключены по меньшей мере два различных резервуара (141, 142, 143, 144) с реагентами.
5. Аппарат (100) по п. 4, отличающийся тем, что резервуары (141, 142, 143, 144) с реагентами содержат растворы (A, T, G, C) с различными диэлектрическими характеристиками.
6. Аппарат (100) по п. 1, отличающийся тем, что он содержит схему (130) обработки, которая обеспечивает избирательное приложение электрических потенциалов к электродам (120a, 120b,...).
7. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что электроды (120a, 120b,...) массива подвергаются воздействию множества наношариков (NB), содержащих повторения представляющих интерес нуклеотидных последовательностей (1, 2), причем упомянутые наношарики (NB) имеют такие размеры, что практически только один из них может быть прикреплен к одному электроду в одно и то же время.
8. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что электроды (120a, 120b,...) массива подвергаются воздействию множества наношариков (NB), содержащих повторения представляющих интерес нуклеотидных последовательностей (1, 2), при этом упомянутые электроды могут быть адресованы по отдельности или совокупностями, чтобы специфично привлечь упомянутые наношарики из раствора супернатанта.
9. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что наношарик (NB) получен путем амплификации по типу катящегося кольца.
10. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что измеряется или может быть измерена электрическая емкость электродов (120a, 120b,...).
11. Аппарат (100) или способ по п. 10, отличающийся тем, что по соответствующему изменению электрической емкости на упомянутом электроде обнаруживается или может быть обнаружено связывание наношарика (NB) с электродом (120a, 120b,...).
12. Аппарат (100) или способ по п. 10, отличающийся тем, что по соответствующему изменению электрической емкости на упомянутом электроде обнаруживаются или могут быть обнаружены добавления нуклеотидов и/или олигонуклеотидов к наношарику (NB), прикрепленному к электроду (120a, 120b,...).
13. Аппарат (100) по п. 1 или способ по п. 2, отличающийся тем, что массив электродов (120a, 120b,...) последовательно подвергается воздействию различных растворов (A, T, G, C) моно- или олигонуклеотидов.
14. Применение аппарата (100) по п. 1 для секвенирования нуклеиновых кислот, молекулярной диагностики, анализа биологического образца, анализа химического образца, анализа пищевых продуктов и/или судебно-медицинского анализа.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201361761827P | 2013-02-07 | 2013-02-07 | |
| US61/761,827 | 2013-02-07 | ||
| PCT/IB2014/058480 WO2014122548A2 (en) | 2013-02-07 | 2014-01-23 | Processing of nucleotide sequences |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2015137824A true RU2015137824A (ru) | 2017-03-14 |
| RU2661784C2 RU2661784C2 (ru) | 2018-07-19 |
Family
ID=50239695
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2015137824A RU2661784C2 (ru) | 2013-02-07 | 2014-01-23 | Обработка нуклеотидных последовательностей |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20150369772A1 (ru) |
| EP (1) | EP2954315A2 (ru) |
| JP (1) | JP6430406B2 (ru) |
| KR (1) | KR20150115013A (ru) |
| CN (1) | CN104969065A (ru) |
| BR (1) | BR112015018674A2 (ru) |
| RU (1) | RU2661784C2 (ru) |
| WO (1) | WO2014122548A2 (ru) |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| ES2929367T3 (es) | 2016-05-18 | 2022-11-28 | Hoffmann La Roche | Amplificación por PCR ultrarrápida cuantitativa usando un dispositivo basado en electrohumectación |
| WO2019092269A1 (en) | 2017-11-13 | 2019-05-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Devices for sample analysis using epitachophoresis |
| US20210382002A1 (en) | 2018-10-12 | 2021-12-09 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Detection methods for epitachophoresis workflow automation |
| MX2020014066A (es) | 2018-12-17 | 2021-05-27 | Illumina Inc | Celdas de flujo y kits de secuenciacion. |
| WO2020229437A1 (en) | 2019-05-14 | 2020-11-19 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Devices and methods for sample analysis |
| WO2022194764A1 (en) | 2021-03-15 | 2022-09-22 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Targeted next-generation sequencing via anchored primer extension |
| WO2023096674A1 (en) * | 2021-11-23 | 2023-06-01 | Pleno, Inc. | Encoded assays |
Family Cites Families (20)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5632957A (en) * | 1993-11-01 | 1997-05-27 | Nanogen | Molecular biological diagnostic systems including electrodes |
| US6051380A (en) * | 1993-11-01 | 2000-04-18 | Nanogen, Inc. | Methods and procedures for molecular biological analysis and diagnostics |
| WO2002031482A2 (de) * | 2000-10-10 | 2002-04-18 | Nanogen, Inc. | Vorrichtung und verfahren zur elektrisch beschleunigten immobilisierung von molekülen |
| US7022287B2 (en) * | 2002-05-08 | 2006-04-04 | Sandia National Laboratories | Single particle electrochemical sensors and methods of utilization |
| US20030019063A1 (en) * | 2002-09-26 | 2003-01-30 | Homedics, Inc. | Picture display toothbrush |
| US7390622B2 (en) * | 2003-10-16 | 2008-06-24 | Hai Kang Life Corporation Limited | Apparatus and methods for detecting nucleic acid in biological samples |
| WO2005078425A1 (en) * | 2004-02-04 | 2005-08-25 | The Johns Hopkins University | Methods and systems for producing arrays of particles |
| US7222370B2 (en) * | 2004-12-22 | 2007-05-29 | Rawlings Sporting Goods Company, Inc. | Protective eyewear with metal lenses |
| DK1907583T4 (da) * | 2005-06-15 | 2020-01-27 | Complete Genomics Inc | Enkeltmolekyle-arrays til genetisk og kemisk analyse |
| US7818326B2 (en) * | 2005-08-31 | 2010-10-19 | Mcafee, Inc. | System and method for word indexing in a capture system and querying thereof |
| US8509750B2 (en) * | 2005-11-05 | 2013-08-13 | Jumptap, Inc. | System for targeting advertising content to a plurality of mobile communication facilities |
| WO2009006445A2 (en) * | 2007-06-29 | 2009-01-08 | Applied Biosystems | Systems and methods for electronic detection with nanofets |
| US9551026B2 (en) * | 2007-12-03 | 2017-01-24 | Complete Genomincs, Inc. | Method for nucleic acid detection using voltage enhancement |
| US8921072B2 (en) * | 2008-09-02 | 2014-12-30 | General Electric Compnay | Methods to generate DNA mini-circles |
| CN103884760A (zh) * | 2008-10-22 | 2014-06-25 | 生命技术公司 | 单芯片化学测定装置和单芯片核酸测定装置 |
| MX340704B (es) * | 2008-11-24 | 2016-07-22 | Nemak Dillingen Gmbh | Procedimiento y dispositivo para colar una pieza colada a partir de un fundido metalico. |
| US20120261274A1 (en) * | 2009-05-29 | 2012-10-18 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes |
| US8715932B2 (en) * | 2010-08-20 | 2014-05-06 | Intel Corporation | Nucleic acid sequencing |
| WO2012042399A1 (en) | 2010-09-30 | 2012-04-05 | Nxp B.V. | Biosensor device and method |
| EP2633470B1 (en) * | 2010-10-27 | 2016-10-26 | Life Technologies Corporation | Predictive model for use in sequencing-by-synthesis |
-
2014
- 2014-01-23 BR BR112015018674A patent/BR112015018674A2/pt active Search and Examination
- 2014-01-23 CN CN201480008066.3A patent/CN104969065A/zh active Pending
- 2014-01-23 EP EP14708942.9A patent/EP2954315A2/en not_active Withdrawn
- 2014-01-23 RU RU2015137824A patent/RU2661784C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2014-01-23 JP JP2015556590A patent/JP6430406B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2014-01-23 KR KR1020157024205A patent/KR20150115013A/ko not_active Application Discontinuation
- 2014-01-23 US US14/764,601 patent/US20150369772A1/en not_active Abandoned
- 2014-01-23 WO PCT/IB2014/058480 patent/WO2014122548A2/en active Application Filing
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20150369772A1 (en) | 2015-12-24 |
| BR112015018674A2 (pt) | 2017-07-18 |
| EP2954315A2 (en) | 2015-12-16 |
| WO2014122548A2 (en) | 2014-08-14 |
| CN104969065A (zh) | 2015-10-07 |
| RU2661784C2 (ru) | 2018-07-19 |
| JP2016508371A (ja) | 2016-03-22 |
| JP6430406B2 (ja) | 2018-11-28 |
| WO2014122548A3 (en) | 2014-11-20 |
| KR20150115013A (ko) | 2015-10-13 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2015137824A (ru) | Обработка нуклеотидных последовательностей | |
| Tu et al. | GeoChip 4: a functional gene‐array‐based high‐throughput environmental technology for microbial community analysis | |
| Carvalhais et al. | Application of metatranscriptomics to soil environments | |
| MX2015016968A (es) | Composiciones y metodos para procesamiento de muestras. | |
| CN105651850B (zh) | 一种卡那霉素残留的检测方法 | |
| GB2513793A (en) | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation | |
| Adam et al. | Easy to use and rapid isolation and detection of a viral nucleic acid by using paramagnetic microparticles and carbon nanotubes-based screen-printed electrodes | |
| WO2007002567A3 (en) | Selective isolation and concentration of nucleic acids from complex samples | |
| Stralis-Pavese et al. | Analysis of methanotroph community composition using a pmoA-based microbial diagnostic microarray | |
| US20140057256A1 (en) | Hairpin-type probe for detecting target material and method for detecting target material using the same | |
| WO2015151071A3 (en) | Small molecular probes, processes and use thereof | |
| CN107075585A8 (zh) | 具有锁核酸的序列转换和信号扩增dna以及使用其的检测方法 | |
| WO2019136202A3 (en) | System and methods for electrokinetic loading of sub-micron-scale reaction chambers | |
| JP2015533503A5 (ru) | ||
| Mindubaev et al. | Genotoxicity and cytogenetic effects of white phosphorus | |
| Khurana et al. | Plant biotechnology: Progress in Genomic era | |
| Sheikh et al. | DNA array decoding from nonlinear measurements by belief propagation | |
| WO2013022203A3 (ko) | 인터컬레이터가 컨쥬게이트된 금속 나노입자를 이용한 핵산의 검출방법 | |
| Chen et al. | Diatom taxa identification based on single-cell isolation and rDNA sequencing | |
| Safavieh et al. | High throughput low cost electrochemical device for S. aureus bacteria detection | |
| APA et al. | DNA integrity as molecular biomarker of genotoxic effect of endosulfan in Oreochromis mossambicus (Peters) | |
| Li et al. | Integrated Three-Dimensional Microdevice with a Modified Surface for Enhanced DNA Separation from Biological Samples | |
| RU2020124798A (ru) | Способ быстрого обнаружения присутствия целевых молекул нуклеиновой кислоты | |
| WO2018218250A3 (en) | PHOTOACTIVE COMPOUNDS AND METHODS FOR DETECTING AND SEQUENCING BIOMOLECULES | |
| AR109017A1 (es) | Métodos para utilizar polinucleótidos largos de adn simple cadena como cebadores (primers) en ensayos de pcr |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20210124 |