RU2012116604A - Способы и устройства, подходящие для полного геномногоанализа на уровне отдельных молекул - Google Patents
Способы и устройства, подходящие для полного геномногоанализа на уровне отдельных молекул Download PDFInfo
- Publication number
- RU2012116604A RU2012116604A RU2012116604/10A RU2012116604A RU2012116604A RU 2012116604 A RU2012116604 A RU 2012116604A RU 2012116604/10 A RU2012116604/10 A RU 2012116604/10A RU 2012116604 A RU2012116604 A RU 2012116604A RU 2012116604 A RU2012116604 A RU 2012116604A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- double
- stranded dna
- stranded
- dna sample
- strand
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract 41
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract 53
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims abstract 41
- 230000005783 single-strand break Effects 0.000 claims abstract 10
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims abstract 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims abstract 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract 2
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 claims abstract 2
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 claims abstract 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 45
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 8
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 claims 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 6
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 4
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims 2
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 claims 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 claims 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 claims 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 claims 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 claims 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 claims 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 238000012576 optical tweezer Methods 0.000 claims 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 claims 1
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 claims 1
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 claims 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 claims 1
- 101710147059 Nicking endonuclease Proteins 0.000 abstract 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6486—Measuring fluorescence of biological material, e.g. DNA, RNA, cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
- C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
1. Способ осуществления анализа образца двунитевой ДНК, включающий:обработку образца двунитевой ДНК таким образом, чтобы получить свободный однонитевой конец первой нити образца двунитевой ДНК, отделенный от указанного образца двунитевой ДНК, при этом указанный свободный конец имеет длину от приблизительно 1 до приблизительно 1000 оснований, причем образование свободного конца приводит к образованию просвета (гэпа) в указанной первой нити двунитевого образца ДНК, соответствующего свободному концу;включение одного или более оснований в двунитевую ДНК для заполнения по меньшей мере части указанного гэпа;мечение по меньшей мере части обработанной двунитевой ДНК одной или более метками; исопоставление положения указанных одной или более меток со структурными свойствами образца ДНК.2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная обработка включает введение однонитевого разрыва в первую нить двунитевой ДНК.3. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют в одно или более последовательность-специфичных положений на двунитевой ДНК.4. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют в одно или более неспецифичных положений на двунитевой ДНК.5. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют путем воздействия на указанный двунитевой образец ДНК никирующей эндонуклеазой, ферментом, вводящим однонитевой разрыв, электромагнитным излучением, свободным радикалом или любой комбинацией перечисленных воздействий.6. Способ по п.1, отличающийся тем, что включение одного или более замещающих оснований в первую нить двунитевой Д
Claims (39)
1. Способ осуществления анализа образца двунитевой ДНК, включающий:
обработку образца двунитевой ДНК таким образом, чтобы получить свободный однонитевой конец первой нити образца двунитевой ДНК, отделенный от указанного образца двунитевой ДНК, при этом указанный свободный конец имеет длину от приблизительно 1 до приблизительно 1000 оснований, причем образование свободного конца приводит к образованию просвета (гэпа) в указанной первой нити двунитевого образца ДНК, соответствующего свободному концу;
включение одного или более оснований в двунитевую ДНК для заполнения по меньшей мере части указанного гэпа;
мечение по меньшей мере части обработанной двунитевой ДНК одной или более метками; и
сопоставление положения указанных одной или более меток со структурными свойствами образца ДНК.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная обработка включает введение однонитевого разрыва в первую нить двунитевой ДНК.
3. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют в одно или более последовательность-специфичных положений на двунитевой ДНК.
4. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют в одно или более неспецифичных положений на двунитевой ДНК.
5. Способ по п.2, отличающийся тем, что введение однонитевого разрыва осуществляют путем воздействия на указанный двунитевой образец ДНК никирующей эндонуклеазой, ферментом, вводящим однонитевой разрыв, электромагнитным излучением, свободным радикалом или любой комбинацией перечисленных воздействий.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что включение одного или более замещающих оснований в первую нить двунитевой ДНК включает приведение в контакт указанной первой нити двунитевой ДНК с полимеразой, одним или более нуклеотидами, лигазой или любой комбинацией перечисленного.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что получение свободного однонитевого конца регулируют с помощью удлинения полимеразой, включения одного или более нуклеотидов, времени реакции, присутствия терминатора реакции или с помощью любой комбинации перечисленных воздействий.
8. Способ по п.6, отличающийся тем, что полимераза обладает 5'-3' замещающей активностью.
9. Способ по п.8, отличающийся тем, что полимераза включает экзополимеразу Vent.
10. Способ по п.7, отличающийся тем, что один или более нуклеотидов включает dATP, dCTP, dTTP, dGTP или любую комбинацию перечисленных нуклеотидов.
11. Способ по п.7, отличающийся тем, что терминатор реакции включает ddNTP, ацил-dNTP или любую их комбинацию.
12. Способ по п.1, отличающийся тем, что мечение осуществляют путем осуществления связывания по меньшей мере одного комплементарного меченого зонда с частью свободного однонитевого конца, с частью первой нити ДНК, с частью второй нити ДНК или любой комбинации перечисленного.
13. Способ по п.1, дополнительно включающий осуществление гибридизации двух или более комплементарных зондов с указанным образцом ДНК и лигирование указанных зондов друг с другом.
14. Способ по п.1, дополнительно включающий гибридизацию двух или более комплементарных зондов с образцом ДНК с гэпом в одно или более оснований между указанными зондами.
15. Способ по п.14, дополнительно включающий заполнение по меньшей мере части указанного гэпа одним или более нуклеотидами.
16. Способ по п.14, дополнительно включающий заполнение по меньшей мере части гэпа одним или более мечеными нуклеотидами.
17. Способ по п.15, отличающийся тем, что один или более нуклеотидов лигированы друг с другом.
18. Способ по п.16, отличающийся тем, что один или более меченых нуклеотидов лигированы друг с другом.
19. Способ по п.1, дополнительно включающий удаление свободного однонитевого конца с помощью никирующей эндонуклеазы.
20. Способ по п.1, дополнительно включающий вытягивание по меньшей мере части двунитевого образца ДНК.
21. Способ по п.1, дополнительно включающий присоединение одного или более свободных однонитевых концов к субстрату.
22. Способ получения структурной информации о ДНК, включающий:
мечение, на первом образце двунитевой ДНК, одного или более последовательность-специфичных положений в указанном первом образце;
мечение, на втором образце двунитевой ДНК, соответствующих одного или более последовательность-специфичных положений в указанном втором образце двунитевой ДНК;
вытягивание по меньшей мере части указанного первого образца двунитевой ДНК;
вытягивание по меньшей мере части указанного второго образца двунитевой ДНК; и
сравнение интенсивности, положения или как интенсивности, так и положения сигнала по меньшей мере одной метки на первом растянутом образце двунитевой ДНК с интенсивностью, положением или как с интенсивностью, так и с положением сигнала по меньшей мере одной метки на втором растянутом образце двунитевой ДНК.
23. Способ по п.22, отличающийся тем, что мечение осуществляют путем введения однонитевого разрыва в первую нить указанного образца двунитевой ДНК таким образом, чтобы получить (а) свободный однонитевой конец первой нити, отделенный от образца двунитевой ДНК, и (b) гэп в первой нити двунитевого образца ДНК, соответствующий свободному однонитевому концу, причем полученный гэп определяется сайтом введения однонитевого разрыва и сайтом соединения свободного однонитевого конца с первой нитью двунитевого образца ДНК.
24. Способ по п.22, дополнительно включающий гибридизацию одного или более зондов с по меньшей мере одним из указанных образцов двунитевой ДНК.
25. Способ по п.22, отличающийся тем, что один или более зондов связывается с одной или более консервативными последовательностями свободных однонитевых концов таким образом, что указанные один или более зондов способны гибридизоваться с по меньшей мере двумя участками указанного образца.
26. Способ получения структурной информации о ДНК, включающий:
мечение двумя или более зондами двух или более участков на свободном однонитевом конце одной ДНК-нити образца двунитевой ДНК и сопоставление положений зондов с пространственным взаимным расположением двух или более участков, со структурой, последовательностью или как структурой, так и последовательностью одного или более из указанных участков.
27. Способ по п.26, отличающийся тем, что два или более зондов отличаются друг от друга.
28. Способ по п.26, отличающийся тем, что один или более зондов являются последовательность-специфичными.
29. Способ идентификации патогенного генетического материала, включающий:
связывание одного или более меченых зондов с одним или более участками образца ДНК;
определение положения одного или более зондов на основании сигнала, уникального для участка, с которым связались один или более зондов; и
сравнение положения, цвета или как положения, так и цвета одного или более зондов, связанных с образцом ДНК, с соответствующим сигналом от участка ДНК, про который известно, что он соответствует одному или более патогенным состояниям.
30. Способ по п.29, дополнительно включающий получение одного или более свободных однонитевых концов на ДНК.
31. Способ по п.30, дополнительно включающий разделение образца ДНК на два или более фрагментов.
32. Способ по п.29, отличающийся тем, что один или более зондов комплементарен двум или более участкам в образце ДНК.
33. Способ по п.29, дополнительно включающий связывание одного или более свободных однонитевых концов с субстратом.
34. Способ по п.33, отличающийся тем, что связывание осуществляют с помощью взаимодействия биотин-авидин.
35. Система анализа, включающая:
один или более участков для введения однонитевого разрыва и мечения одно- или двунитевых биополимеров нуклеиновых кислот;
один или более участков, приспособленных для вытягивания биополимеров нуклеиновых кислот; и
устройство визуализации, пригодное для сбора визуальной информации с меченого биополимера нуклеиновых кислот.
36. Система анализа по п.35, дополнительно включающая один или более источников излучения, пригодных для возбуждения флуоресцентной метки, расположенной на биополимере нуклеиновых кислот.
37. Система анализа по п.35, отличающаяся тем, что устройство формирования изображения включает CCD-устройство.
38. Система анализа по п.37, дополнительно включающая компьютер, пригодный для сравнения изображения, полученного для меченого биополимера нуклеиновых кислот, с контрольным изображением.
39. Система анализа по п.35, отличающаяся тем, что участок, пригодный для вытягивания биополимеров нуклеиновых кислот, включает наноканал, оптические пинцеты, проточный канал или любую комбинацию перечисленного.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US25363909P | 2009-10-21 | 2009-10-21 | |
| US61/253,639 | 2009-10-21 | ||
| PCT/US2010/053513 WO2011050147A1 (en) | 2009-10-21 | 2010-10-21 | Methods and related devices for single molecule whole genome analysis |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2012116604A true RU2012116604A (ru) | 2013-11-27 |
Family
ID=43466835
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2012116604/10A RU2012116604A (ru) | 2009-10-21 | 2010-10-21 | Способы и устройства, подходящие для полного геномногоанализа на уровне отдельных молекул |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US20120237936A1 (ru) |
| EP (1) | EP2491138A1 (ru) |
| JP (1) | JP2013507964A (ru) |
| KR (1) | KR20120084313A (ru) |
| CN (1) | CN103502468A (ru) |
| AU (1) | AU2010310638A1 (ru) |
| CA (1) | CA2778338A1 (ru) |
| RU (1) | RU2012116604A (ru) |
| WO (1) | WO2011050147A1 (ru) |
Families Citing this family (53)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9061901B2 (en) | 2006-07-19 | 2015-06-23 | Bionano Genomics, Inc. | Nanonozzle device arrays: their preparation and use for macromolecular analysis |
| WO2008121828A2 (en) | 2007-03-28 | 2008-10-09 | Bionanomatrix, Inc. | Methods of macromolecular analysis using nanochannel arrays |
| US9121843B2 (en) | 2007-05-08 | 2015-09-01 | Trustees Of Boston University | Chemical functionalization of solid-state nanopores and nanopore arrays and applications thereof |
| CA2729159C (en) | 2008-06-30 | 2020-01-14 | Bionanomatrix, Inc. | Methods and devices for single-molecule whole genome analysis |
| US9181578B2 (en) | 2008-11-18 | 2015-11-10 | Bionano Genomics, Inc. | Polynucleotide mapping and sequencing |
| CA2808576A1 (en) | 2009-09-30 | 2011-04-07 | Quantapore, Inc. | Ultrafast sequencing of biological polymers using a labeled nanopore |
| US20140235474A1 (en) | 2011-06-24 | 2014-08-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non invasive assessment of a genetic variation |
| US20130072386A1 (en) * | 2011-09-08 | 2013-03-21 | Bionano Genomics, Inc. | Physical map construction of whole genome and pooled clone mapping in nanochannel array |
| EP2764458B1 (en) | 2011-10-06 | 2021-04-07 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US9984198B2 (en) | 2011-10-06 | 2018-05-29 | Sequenom, Inc. | Reducing sequence read count error in assessment of complex genetic variations |
| US9367663B2 (en) | 2011-10-06 | 2016-06-14 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US10196681B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-02-05 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US10424394B2 (en) | 2011-10-06 | 2019-09-24 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US8688388B2 (en) | 2011-10-11 | 2014-04-01 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| LT2805280T (lt) | 2012-01-20 | 2022-12-27 | Sequenom, Inc. | Diagnostikos būdai, kurie atsižvelgia į eksperimentines sąlygas |
| US10504613B2 (en) | 2012-12-20 | 2019-12-10 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US9920361B2 (en) | 2012-05-21 | 2018-03-20 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for analyzing nucleic acid |
| US10497461B2 (en) | 2012-06-22 | 2019-12-03 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US10482994B2 (en) | 2012-10-04 | 2019-11-19 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US9651539B2 (en) | 2012-10-28 | 2017-05-16 | Quantapore, Inc. | Reducing background fluorescence in MEMS materials by low energy ion beam treatment |
| US20130309666A1 (en) | 2013-01-25 | 2013-11-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| US20140221218A1 (en) * | 2013-02-05 | 2014-08-07 | Bionano Genomics, Inc. | Methods for single-molecule analysis |
| AU2014219001A1 (en) | 2013-02-20 | 2015-10-08 | Bionano Genomics, Inc. | Characterization of molecules in nanofluidics |
| US10844424B2 (en) | 2013-02-20 | 2020-11-24 | Bionano Genomics, Inc. | Reduction of bias in genomic coverage measurements |
| WO2015130696A1 (en) | 2014-02-25 | 2015-09-03 | Bionano Genomics, Inc. | Reduction of bias in genomic coverage measurements |
| WO2014150938A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods for generating nucleic acid molecule fragments having a customized size distribution |
| HUE061261T2 (hu) | 2013-04-03 | 2023-05-28 | Sequenom Inc | Eljárások és folyamatok genetikai variánsok nem invazív értékelésére |
| GB201306444D0 (en) * | 2013-04-09 | 2013-05-22 | Base4 Innovation Ltd | Single nucleotide detection method |
| AU2014268322B2 (en) | 2013-05-24 | 2019-01-24 | Quantapore, Inc. | Nanopore-based nucleic acid analysis with mixed FRET detection |
| EP3004383B1 (en) | 2013-05-24 | 2019-04-24 | Sequenom, Inc. | Methods for non-invasive assessment of genetic variations using area-under-curve (auc) analysis |
| EP3008216A4 (en) * | 2013-06-10 | 2017-02-22 | Bionano Genomics, Inc. | Analysis of polynucleotides |
| KR20220133309A (ko) | 2013-06-21 | 2022-10-04 | 시쿼넘, 인코포레이티드 | 유전적 변이의 비침습 평가를 위한 방법 및 프로세스 |
| US10697005B2 (en) * | 2013-06-26 | 2020-06-30 | Ramesh Vallabhaneni | Method and system for tracking specific in situ hybridizations in biological samples using molecular barcodes |
| US20150037787A1 (en) * | 2013-07-31 | 2015-02-05 | International Business Machines Corporation | Polynucleotide configuration for reliable electrical and optical sensing |
| US10964409B2 (en) | 2013-10-04 | 2021-03-30 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| EP3851539A1 (en) | 2013-10-07 | 2021-07-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of chromosome alterations |
| CN106029909B (zh) | 2014-02-18 | 2021-02-02 | 生物纳米基因公司 | 测定核酸结构信息的改进方法 |
| WO2015134785A1 (en) | 2014-03-07 | 2015-09-11 | Bionano Genomics, Inc. | Processing of polynucleotides |
| US9758780B2 (en) | 2014-06-02 | 2017-09-12 | Drexel University | Whole genome mapping by DNA sequencing with linked-paired-end library |
| WO2016019042A1 (en) | 2014-07-30 | 2016-02-04 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
| WO2016057829A1 (en) | 2014-10-10 | 2016-04-14 | Quantapore, Inc. | Nanopore-based polymer analysis with mutually-quenching fluorescent labels |
| AU2015335616B2 (en) | 2014-10-24 | 2019-09-12 | Quantapore, Inc. | Efficient optical analysis of polymers using arrays of nanostructures |
| WO2018009346A1 (en) | 2016-07-05 | 2018-01-11 | Quantapore, Inc. | Optically based nanopore sequencing |
| WO2018022890A1 (en) | 2016-07-27 | 2018-02-01 | Sequenom, Inc. | Genetic copy number alteration classifications |
| EP3885448B1 (en) * | 2016-09-02 | 2023-03-22 | New England Biolabs, Inc. | Analysis of chromatin using a nicking enzyme |
| CN109863503B (zh) * | 2016-09-02 | 2023-05-23 | 英维特公司 | 用于单分子定量的系统和方法 |
| EP3299472A1 (en) * | 2016-09-27 | 2018-03-28 | Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des Öffentlichen Rechts | Method for labeling oligonucleotide probes |
| US10640810B2 (en) | 2016-10-19 | 2020-05-05 | Drexel University | Methods of specifically labeling nucleic acids using CRISPR/Cas |
| EP3574424A1 (en) | 2017-01-24 | 2019-12-04 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for assessment of genetic variations |
| CN111584011B (zh) * | 2020-04-10 | 2023-08-29 | 中国科学院计算技术研究所 | 面向基因比对的细粒度并行负载特征抽取分析方法及系统 |
| WO2022136532A1 (en) | 2020-12-22 | 2022-06-30 | Perseus Biomics Bv | Genomic analysis method |
| EP4174189A1 (en) | 2021-10-28 | 2023-05-03 | Volker, Leen | Enzyme directed biomolecule labeling |
| BE1030246B1 (nl) | 2022-02-04 | 2023-09-04 | Leen Volker | Polymeer geassisteerde biomolecule analyse |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6197557B1 (en) * | 1997-03-05 | 2001-03-06 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for analysis of nucleic acids |
| US6117634A (en) * | 1997-03-05 | 2000-09-12 | The Reagents Of The University Of Michigan | Nucleic acid sequencing and mapping |
| US7344627B2 (en) * | 1999-06-08 | 2008-03-18 | Broadley-James Corporation | Reference electrode having a flowing liquid junction and filter members |
| US6696022B1 (en) | 1999-08-13 | 2004-02-24 | U.S. Genomics, Inc. | Methods and apparatuses for stretching polymers |
| US20040110208A1 (en) * | 2002-03-26 | 2004-06-10 | Selena Chan | Methods and device for DNA sequencing using surface enhanced Raman scattering (SERS) |
| US7312033B2 (en) * | 2002-11-14 | 2007-12-25 | Third Wave Technologies, Inc. | CFTR allele detection assays |
| US20050250117A1 (en) * | 2003-10-07 | 2005-11-10 | Xing Su | Isolation of single polymeric molecules |
| GB0324456D0 (en) * | 2003-10-20 | 2003-11-19 | Isis Innovation | Parallel DNA sequencing methods |
| US20060199202A1 (en) * | 2005-02-09 | 2006-09-07 | Third Wave Technologies, Inc. | Detection of allelic expression imbalance |
| US7761671B2 (en) | 2007-08-14 | 2010-07-20 | Zi San Electronics Corp. | Data displacement bypass system |
| CA2729159C (en) * | 2008-06-30 | 2020-01-14 | Bionanomatrix, Inc. | Methods and devices for single-molecule whole genome analysis |
-
2010
- 2010-10-21 CN CN201080056871.5A patent/CN103502468A/zh active Pending
- 2010-10-21 WO PCT/US2010/053513 patent/WO2011050147A1/en active Application Filing
- 2010-10-21 KR KR1020127013063A patent/KR20120084313A/ko not_active Application Discontinuation
- 2010-10-21 EP EP10777146A patent/EP2491138A1/en not_active Withdrawn
- 2010-10-21 AU AU2010310638A patent/AU2010310638A1/en not_active Abandoned
- 2010-10-21 US US13/503,307 patent/US20120237936A1/en not_active Abandoned
- 2010-10-21 CA CA2778338A patent/CA2778338A1/en not_active Abandoned
- 2010-10-21 JP JP2012535362A patent/JP2013507964A/ja not_active Withdrawn
- 2010-10-21 RU RU2012116604/10A patent/RU2012116604A/ru not_active Application Discontinuation
-
2012
- 2012-12-10 US US13/710,180 patent/US20130177902A1/en not_active Abandoned
-
2015
- 2015-10-13 US US14/881,556 patent/US20160168621A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN103502468A (zh) | 2014-01-08 |
| US20120237936A1 (en) | 2012-09-20 |
| EP2491138A1 (en) | 2012-08-29 |
| JP2013507964A (ja) | 2013-03-07 |
| US20160168621A1 (en) | 2016-06-16 |
| US20130177902A1 (en) | 2013-07-11 |
| WO2011050147A1 (en) | 2011-04-28 |
| CA2778338A1 (en) | 2011-04-28 |
| KR20120084313A (ko) | 2012-07-27 |
| AU2010310638A1 (en) | 2012-05-03 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2012116604A (ru) | Способы и устройства, подходящие для полного геномногоанализа на уровне отдельных молекул | |
| JP7091400B2 (ja) | 核酸の多重検出 | |
| CN1896284B (zh) | 一种鉴别等位基因类型的方法 | |
| US9765394B2 (en) | Method of DNA sequencing by hybridisation | |
| CN1882703B (zh) | 通过断裂双链脱氧核糖核酸进行多元核酸分析 | |
| CN104254617B (zh) | 通过单分子杂交和操作进行的dna检测和定量的方法 | |
| CN106191214B (zh) | 一种多色荧光熔解曲线pcr检测方法 | |
| US9845495B2 (en) | Method and kit for detecting target nucleic acid | |
| KR20150028063A (ko) | 리포터 및 소광자가 결합된 프로브를 이용한 액상형 어레이 및 이를 이용한 표적핵산 또는 돌연변이 검출방법 | |
| CN106399577B (zh) | 一种用于单通道双靶点核酸检测的实时荧光pcr检测方法 | |
| JP3829690B2 (ja) | 核酸配列の検査方法 | |
| CN105256048A (zh) | 一种基于熔解曲线分析的口腔致病菌多重pcr检测方法 | |
| CN110088296A (zh) | 改进的多重和多步扩增反应及其试剂 | |
| CN108642208A (zh) | 一种樟属及其近缘属植物通用ssr分子标记及其开发方法和应用 | |
| CN107557355A (zh) | 建构环状模板和检测dna分子的方法 | |
| CN107893120B (zh) | 检测运动基因snp的引物组及其应用和产品以及检测运动基因snp的检测方法及应用 | |
| JP2008104443A (ja) | Ｄｎａメチル化測定方法 | |
| AU2005250250A1 (en) | Exhaustive gene expression profiling analysis using microsample | |
| CN105296473A (zh) | 一种分子量内标及其应用 | |
| CN105779570B (zh) | 一种检测snp位点的方法 | |
| AU2008215531A1 (en) | Method for determination of DNA methylation | |
| CN114686567A (zh) | 一种检测snp的基因芯片及其使用方法 | |
| Lazareva et al. | DNA authentication technologies for product quality monitoring in the wine industry | |
| CN111909990A (zh) | 单管同时检测基因的缺失突变和点突变的荧光pcr检测方法 | |
| Nakano et al. | Selective visual detection of multiplex PCR amplicon using magnetic microbeads |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20150507 |