RU2011144853A - Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile - Google Patents

Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile Download PDF

Info

Publication number
RU2011144853A
RU2011144853A RU2011144853/10A RU2011144853A RU2011144853A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A RU 2011144853/10 A RU2011144853/10 A RU 2011144853/10A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleotide
deletion
seq
gene
sample
Prior art date
Application number
RU2011144853/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2612789C2 (ru
Inventor
ДЕН БОГААРД Патрик Т. К. ВАН
Астрид Е. ВИССЕР
Original Assignee
Конинклейке Филипс Электроникс Н.В.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=42224104&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2011144853(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. filed Critical Конинклейке Филипс Электроникс Н.В.
Publication of RU2011144853A publication Critical patent/RU2011144853A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2612789C2 publication Critical patent/RU2612789C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
    • C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
    • C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales
    • C12R2001/145—Clostridium

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

1. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма Clostridium difficile в пробе, в котором выполняют следующие стадии:а. предоставляют пробу;b. в мультиплексном ПЦР-анализеi) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия гена tcdB цитотоксина;ii) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия одной или нескольких из следующих делеций в гене tcdC,a) делеций 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347;b) делеций 36 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 301 до нуклеотида 336;c) делеций 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370;d) делеций 54 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 313 до нуклеотида 366;e) делеций единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,где мультиплексная ПЦР-амплификация является количественной ПЦР реального времени.2. Способ по п.1, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия делеций 1,8 т.п.н. гена tcdA энтеротоксина.3. Способ по п.1 или 2, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия cdtA и/или cdtB бинарного токсина.4. Способ по п.1 или 2, где эту пробу анализируют наа. присутствие или отсутствие всех из следующих делеций:b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA иf. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина.5. Способ по п.3, где эту пробу анализируют наа. присутствие или отсутствие всех из следующих делеции:b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклео�

Claims (18)

1. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма Clostridium difficile в пробе, в котором выполняют следующие стадии:
а. предоставляют пробу;
b. в мультиплексном ПЦР-анализе
i) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия гена tcdB цитотоксина;
ii) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия одной или нескольких из следующих делеций в гене tcdC,
a) делеций 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347;
b) делеций 36 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 301 до нуклеотида 336;
c) делеций 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370;
d) делеций 54 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 313 до нуклеотида 366;
e) делеций единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
где мультиплексная ПЦР-амплификация является количественной ПЦР реального времени.
2. Способ по п.1, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия делеций 1,8 т.п.н. гена tcdA энтеротоксина.
3. Способ по п.1 или 2, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия cdtA и/или cdtB бинарного токсина.
4. Способ по п.1 или 2, где эту пробу анализируют на
а. присутствие или отсутствие всех из следующих делеций:
b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,
с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,
е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA и
f. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина.
5. Способ по п.3, где эту пробу анализируют на
а. присутствие или отсутствие всех из следующих делеции:
b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,
с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,
е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA и
f. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина
6. Способ по любому из пп.1, 2 и 5, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
7. Способ по п.3, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
8. Способ по п.4, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни деления единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
9. Способ по любому из пп.1, 2, 5, 7 и 8, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
10. Способ по п.3, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
11. Способ по п.4, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
12. Способ по п.6, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
13. Способ по п.9, где эта замкнутая система дает оптические выходные данные для пользователя, указывающие оценивание пробы как штамм риботипа 027 Clostridium difficile, штамм риботипа 017 Clostridium difficile или штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
14. Способ по любому из пп.10-12, где эта замкнутая система дает оптические выходные данные для пользователя, указывающие оценивание пробы как штамм риботипа 027 Clostridium difficile, штамм риботипа 017 Clostridium difficile или штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
15. Способ по п.1, где продукты амплификации в мультиплексном ПЦР-анализе имеют размер от 60 до 200 п.н.
16. Способ по п.1, где эта проба является фекалиями человека или животного.
17. Картридж замкнутой системы амплификации, содержащий один или несколько каналов или камер, содержащих праймеры и/или зонды, для амплификации и/или детектирования (i) гена tcdB цитотоксина, (ii) делеции 1,8 т.п.н. в гене tcdA, (iii) делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347 гена tcdC, (iv) делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370 гена tcdC, (v) делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1 и праймеры и/или зонды для детектирования гена cdtA/B бинарного токсина.
18. Набор для выполнения способа по любому из предыдущих пунктов, содержащий праймеры и/или зонды для амплификации и/или детектирования (i) гена tcdB цитотоксина, (ii) делеции 1,8 т.п.н. в гене tcdA, (iii) делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347 гена tcdC, (iv) делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370 гена tcdC, (v) делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1 и праймеры и/или зонды для (vi) детектирования гена cdtA/B бинарного токсина.
RU2011144853A 2009-04-04 2010-03-31 Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile RU2612789C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP09157547.2 2009-04-04
EP09157547 2009-04-07
PCT/IB2010/051396 WO2010116290A1 (en) 2009-04-07 2010-03-31 Method for the detection and characterization of a toxinogenic clostridium difficile strain

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2011144853A true RU2011144853A (ru) 2013-05-20
RU2612789C2 RU2612789C2 (ru) 2017-03-13

Family

ID=42224104

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011144853A RU2612789C2 (ru) 2009-04-04 2010-03-31 Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile

Country Status (8)

Country Link
US (2) US20120028819A1 (ru)
EP (1) EP2419527B1 (ru)
JP (1) JP5859424B2 (ru)
KR (1) KR101798211B1 (ru)
CN (1) CN102378817B (ru)
BR (1) BRPI1006757A2 (ru)
RU (1) RU2612789C2 (ru)
WO (1) WO2010116290A1 (ru)

Families Citing this family (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BRPI1006757A2 (pt) 2009-04-07 2020-03-10 Koninklijke Philips Electronics N. V. Método para detecção e caracterização de uma cepa de clostridium difficile toxinogênica em uma amostra, cartucho de amplificação de sistema fechado, e kit para execução dos métodos
WO2012087135A1 (en) 2010-12-22 2012-06-28 Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc Genetic markers specific for clostridium difficile ribotypes 027 (nap01/b1; rt 027) and 078 (nap7/8; rt 078) and their use
GB201110712D0 (en) 2011-06-23 2011-08-10 Univ Ulster Diagnostic methods
BR112014000138B1 (pt) * 2011-07-06 2021-11-16 Quest Diagnostics Investments Incorporation Método para identificar a presença ou ausência de um ácido nucleico alvo
GB201207998D0 (en) * 2012-05-08 2012-06-20 Univ Cardiff A screening method for the detection of clostridium difficle
US9133527B2 (en) * 2012-05-11 2015-09-15 Techlab, Inc. Cell wall protein CwpV (CD0514) as a diagnostic marker for Clostridium difficile ribotype 027
KR101955329B1 (ko) 2012-06-08 2019-03-07 삼성전자주식회사 클로스트리디움 디피실리 균주 검출용 조성물과 키트 및 이를 이용한 검출 방법
CN102952886A (zh) * 2012-11-28 2013-03-06 中华人民共和国张家港出入境检验检疫局 艰难梭菌肠毒素a、b双重荧光定量pcr检测方法及检测用试剂盒
US20140274770A1 (en) 2013-03-13 2014-09-18 Quidel Corporation Pcr assays and reagents for molecular detection of infectious agents
TWI504751B (zh) * 2013-09-25 2015-10-21 Univ Nat Cheng Kung 檢測困難梭狀桿菌核醣分型027之序列、技術平台及其方法
FI126289B (en) * 2014-12-19 2016-09-15 Mobidiag Ltd Method for detecting the presence of a hypervirulent Clostridium difficile strain
US20190211377A1 (en) * 2016-12-22 2019-07-11 Roche Molecular Systems, Inc. Cobra probes to detect a marker for epidemic ribotypes of clostridium difficile
WO2019118735A1 (en) * 2017-12-15 2019-06-20 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting toxigenic clostridium difficile
EP3822370A1 (en) 2019-11-15 2021-05-19 Curiosity Diagnostics Sp. z o.o. Method of determining the presence of a hyper-virulent clostridioides difficile strain of the b1/nap1/027 group in a sample
CN111705150B (zh) * 2020-08-19 2020-12-25 中南大学湘雅医院 用于检测艰难梭菌核糖体027型毒力调节基因tcdC的方法、引物和试剂盒

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5298421A (en) 1990-04-26 1994-03-29 Calgene, Inc. Plant medium-chain-preferring acyl-ACP thioesterases and related methods
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
NZ502323A (en) 1996-06-04 2001-09-28 Univ Utah Res Found Monitoring a fluorescence energy transfer pair during hybridization of first probe labelled with fluorescein to second probe labelled with Cy5 or Cy5.5
FR2812306B1 (fr) * 2000-07-28 2005-01-14 Gabriel Festoc Systeme d'amplification en chaine par polymerse de sequences nucleiques cibles
CN103060444B (zh) * 2004-10-27 2016-01-13 塞弗德公司 多阶段核酸扩增反应
US20070026426A1 (en) * 2005-04-26 2007-02-01 Applera Corporation System for genetic surveillance and analysis
RU2348695C2 (ru) 2006-05-23 2009-03-10 Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа
JP5596893B2 (ja) * 2006-11-10 2014-09-24 キヤノン株式会社 プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法
US7687084B2 (en) 2007-08-06 2010-03-30 Tien Linsheng W Cool-pet system
US9096638B2 (en) 2007-09-06 2015-08-04 Geneohm Sciences Canada, Inc. Detection of toxigenic strains of Clostridium difficile
EP2252702B1 (en) * 2008-02-08 2014-01-29 Mayo Foundation for Medical Education and Research Detection of clostridium difficile
BRPI1006757A2 (pt) 2009-04-07 2020-03-10 Koninklijke Philips Electronics N. V. Método para detecção e caracterização de uma cepa de clostridium difficile toxinogênica em uma amostra, cartucho de amplificação de sistema fechado, e kit para execução dos métodos

Also Published As

Publication number Publication date
JP2012528567A (ja) 2012-11-15
CN102378817A (zh) 2012-03-14
KR101798211B1 (ko) 2017-11-15
US10876174B2 (en) 2020-12-29
US20120028819A1 (en) 2012-02-02
BRPI1006757A2 (pt) 2020-03-10
EP2419527B1 (en) 2013-06-26
US20180237827A1 (en) 2018-08-23
RU2612789C2 (ru) 2017-03-13
KR20120005019A (ko) 2012-01-13
JP5859424B2 (ja) 2016-02-10
WO2010116290A1 (en) 2010-10-14
EP2419527A1 (en) 2012-02-22
CN102378817B (zh) 2015-09-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2011144853A (ru) Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile
JP2012528567A5 (ru)
AR119062A2 (es) Evento de maíz mon 87411
Perini et al. New approach using the real-time PCR method for estimation of the toxic marine dinoflagellate Ostreopsis cf. ovata in marine environment
IS8314A (is) Ákvörðun fjölkirnisraðar
MX2007009809A (es) Amplificacion de sonda por seleccion.
GB2487341A (en) Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence selection and amplification
CN108060257B (zh) 一种基于环介导等温扩增技术检测强雄腐霉的引物组合物及其检测方法
Vasylyeva Identification of Bordetella bronchiseptica bacteria with the help of polymerase chain reaction in monoand multyplex format
Krutova et al. C. difficile ribotype 027 or 176?
MX2010000031A (es) Deteccion mejorada de microorganismos.
ZA202205645B (en) Identification and analysis of microbial samples by rapid incubation and nucleic acid enrichment
WO2011148269A3 (en) Differentiation of species within the mycobacterium tuberculosis complex
CN101586160A (zh) 马尾松病死木中松材线虫的特异性检测引物、检测方法及其应用
RU2014102106A (ru) Композиции, способы и наборы для гибридизации нуклеиновой кислоты
Ouahid et al. Typing of toxinogenic Microcystis from environmental samples by multiplex PCR
Huynh et al. Genetic variants of dental plaque Methanobrevibacter oralis
Chen et al. Diatom taxa identification based on single-cell isolation and rDNA sequencing
DE502006005183D1 (de) Verfahren zur untersuchung von cytosin-methylierungen in dna
Law et al. A metagenomic study of bacterial communities associated with the saxitoxin producing dinoflagellate, Pyrodinium bahamense var. compressum.
Somily et al. The Laboratory Diagnosis of Clostridioides difficile Infection: An update of current laboratory practice
Nafea et al. Application of next-generation sequencing to identify different pathogens
Li et al. Detection of microcystin-producing cyanobacteria in a reservoir by whole cell quantitative PCR
WO2011001449A3 (en) Pcr primers and methods of detection of salmonella
Zheng et al. Cultivation and characterization of a novel clade of deep-sea Chloroflexi: providing a glimpse of the phylum Chloroflexi involved in sulfur cycling