RU2009146054A - Способы скрининга нуклеиновых кислот для выявления одиночных нуклеотидных вариаций - Google Patents

Способы скрининга нуклеиновых кислот для выявления одиночных нуклеотидных вариаций Download PDF

Info

Publication number
RU2009146054A
RU2009146054A RU2009146054/10A RU2009146054A RU2009146054A RU 2009146054 A RU2009146054 A RU 2009146054A RU 2009146054/10 A RU2009146054/10 A RU 2009146054/10A RU 2009146054 A RU2009146054 A RU 2009146054A RU 2009146054 A RU2009146054 A RU 2009146054A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
extension products
nucleotides
nucleotide
contain
Prior art date
Application number
RU2009146054/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Эрик Б. ДАЛЬХАУЗЕР (US)
Эрик Б. ДАЛЬХАУЗЕР
Original Assignee
Инсайт Дженетикс, Инк. (Us)
Инсайт Дженетикс, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инсайт Дженетикс, Инк. (Us), Инсайт Дженетикс, Инк. filed Critical Инсайт Дженетикс, Инк. (Us)
Publication of RU2009146054A publication Critical patent/RU2009146054A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ выявления нуклеотидной вариации внутри представляющей интерес нуклеиновой кислоты, включающий: ! (a) стадию, включающую генерирование набора продуктов удлинения из первой нуклеиновой кислоты и обеспечение присутствия модифицированных нуклеотидов в продуктах удлинения, где модифицированные нуклеотиды содержат один тип основания; ! (b) стадию, включающую гибридизацию продуктов удлинения со второй нуклеиновой кислотой; !(c) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с одним или несколькими агентами, которые совместно удаляют модифицированные нуклеотиды; ! (d) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с первым ферментом, который удлиняет продукты удлинения в присутствии трех типов устойчивых к нуклеазе нуклеотидов, но не в присутствии нуклеотидов, которые содержат тот же тип основания, что и модифицированные нуклеотиды, где каждый из трех типов устойчивых к нуклеазе нуклеотидов содержит другой тип основания; ! (e) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт со вторым ферментом, который удаляет нуклеотиды с 3'-конца продуктов удлинения, где второй фермент не удаляет устойчивые к нуклеазе нуклеотиды; ! (f) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с третьим ферментом, который удлиняет продукты удлинения в присутствии нуклеотидов; ! (g) стадию, включающую различение тех продуктов удлинения, которые содержат устойчивые к нуклеазе нуклеотиды, и тех продуктов удлинения, которые не содержат устойчивые к нуклеазе нуклеотиды, где первая нуклеиновая кислота является

Claims (46)

1. Способ выявления нуклеотидной вариации внутри представляющей интерес нуклеиновой кислоты, включающий:
(a) стадию, включающую генерирование набора продуктов удлинения из первой нуклеиновой кислоты и обеспечение присутствия модифицированных нуклеотидов в продуктах удлинения, где модифицированные нуклеотиды содержат один тип основания;
(b) стадию, включающую гибридизацию продуктов удлинения со второй нуклеиновой кислотой;
(c) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с одним или несколькими агентами, которые совместно удаляют модифицированные нуклеотиды;
(d) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с первым ферментом, который удлиняет продукты удлинения в присутствии трех типов устойчивых к нуклеазе нуклеотидов, но не в присутствии нуклеотидов, которые содержат тот же тип основания, что и модифицированные нуклеотиды, где каждый из трех типов устойчивых к нуклеазе нуклеотидов содержит другой тип основания;
(e) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт со вторым ферментом, который удаляет нуклеотиды с 3'-конца продуктов удлинения, где второй фермент не удаляет устойчивые к нуклеазе нуклеотиды;
(f) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с третьим ферментом, который удлиняет продукты удлинения в присутствии нуклеотидов;
(g) стадию, включающую различение тех продуктов удлинения, которые содержат устойчивые к нуклеазе нуклеотиды, и тех продуктов удлинения, которые не содержат устойчивые к нуклеазе нуклеотиды, где первая нуклеиновая кислота является эталонной нуклеиновой кислотой, а вторая нуклеиновая кислота является представляющей интерес нуклеиновой кислотой, или где первая нуклеиновая кислота является представляющей интерес нуклеиновой кислотой, а вторая нуклеиновая кислота является эталонной нуклеиновой кислотой, посредством чего выявляют нуклеотидную вариацию в представляющей интерес нуклеиновой кислоте.
2. Способ по п.1, где эталонная нуклеиновая кислота содержит последовательность дикого типа.
3. Способ по п.2, где представляющая интерес нуклеиновая кислота содержит последовательность, которая соответствует последовательности дикого типа эталонной нуклеиновой кислоты.
4. Способ по любому из пп.1-3, где на стадии (g) по существу нет продуктов удлинения, не содержащих устойчивый к нуклеазе нуклеотид, где различение тех продуктов удлинения, которые содержат устойчивый к нуклеазе нуклеотид, и тех продуктов удлинения, которые не содержат устойчивый к нуклеазе нуклеотид, включает выявление присутствия продуктов удлинения.
5. Способ по п.1, где продукты удлинения присутствуют на стадии (g), только если устойчивый к нуклеазе нуклеотид был включен в продукт удлинения на стадии (d).
6. Способ по п.1, где устойчивый к нуклеазе нуклеотид включен в продукт удлинения на стадии (d), только если нуклеотидная вариация присутствовала в представляющей интерес нуклеиновой кислоте.
7. Способ по п.1, где устойчивый к нуклеазе нуклеотид включен в продукт удлинения на стадии (d), по существу только если нуклеотидная вариация присутствовала в представляющей интерес нуклеиновой кислоте.
8. Способ по п.1, где нуклеотидная вариация присутствовала в представляющей интерес нуклеиновой кислоте в месте, соответствующем положению модифицированного нуклеотида в продуктах удлинения.
9. Способ по п.1, где нуклеотиды с 5'-стороны устойчивого к нуклеазе нуклеотида в продуктах удлинения защищены от удаления вторым ферментом.
10. Способ по п.1, где продукты удлинения, в которых не присутствует устойчивый к нуклеазе нуклеотид, перевариваются вторым ферментом.
11. Способ по п.1, где первая нуклеиновая кислота содержит последовательность праймера, где по меньшей мере некоторые из продуктов удлинения, в которых присутствует устойчивый к нуклеазе нуклеотид, удлиняются на стадии (f) по меньшей мере до последовательности праймера в первой нуклеиновой кислоте.
12. Способ по п.1, где модифицированный нуклеотид представляет собой 7,8-дигидро-8-оксогуанин (8-оксогуанин), 8-оксоаденин, фапи-гуанин, мети-фапи-гуанин, фапи-аденин, афлатоксин B1-фапи-гуанин, 5-гидроксицитозин, 5-гидроксиурацил, аддукты N-7 гуанина с открытым кольцом (7-метилгуанин), рибозу, урацил или их комбинацию.
13. Способ по п.1, где стадии (с) и (d) выполняют одновременно.
14. Способ по п.1, где один или более агентов удаляют основание из модифицированных нуклеотидов.
15. Способ по п.1, где один или более агентов содержат эндонуклеазу.
16. Способ по п.1, где один или более агентов содержат эндонуклеазу IV.
17. Способ по п.1, где один или более агентов содержат формамидопиримидин-ДНК-гликозилазу (FPG).
18. Способ по п.1, где первый фермент заменяет модифицированный нуклеотид меченым нуклеотидом.
19. Способ по п.1, где первый фермент содержит полимеразу.
20. Способ по п.1, где первый фермент представляет собой ДНК-полимеразу.
21. Способ по п.1, где первый фермент представляет собой термоустойчивую полимеразу.
22. Способ по п.1, где устойчивые к нуклеазе нуклеотиды содержат тио-модифицированные дезоксинуклеотиды.
23. Способ по п.1, где устойчивые к нуклеазе нуклеотиды содержат борано-модифицированные нуклеотиды.
24. Способ по п.1, где второй фермент содержит экзонуклеазу.
25. Способ по п.1, где второй фермент содержит экзонуклеазу III.
26. Способ по п.1, где продукты удлинения различаются ПЦР в реальном времени (rtPCR).
27. Способ по п.26, где ПЦР опосредуется двумя или более праймерами, где один или более праймеров содержат флуоресцентную метку.
28. Способ по п.27, где один или более праймеров содержат праймер изменения флуоресценции.
29. Способ по п.1, где удлинение продуктов удлинения на стадии (f) включает один или более меченых нуклеотидов в продукты удлинения.
30. Способ по п.29, где один или более меченых нуклеотидов содержат биотин.
31. Способ по п.30, где продукты удлинения различают путем выявления меченых нуклеотидов.
32. Способ по п.1, где продукты удлинения различают посредством гибридизации зонда, удлинения праймера или их комбинации.
33. Способ по п.1, где продукты удлинения различают посредством ассоциации продуктов удлинения с твердой подложкой.
34. Способ по п.1, дополнительно включающий выполнение стадий (а)-(g) один или более дополнительных раз, каждый раз с использованием другого типа модифицированного нуклеотида, содержащего другой тип основания.
35. Способ по п.1, где стадии (а)-(g) выполняют по меньшей мере однократно с использованием каждого из четырех различных модифицированных нуклеотидов, где каждый из четырех различных модифицированных нуклеотидов содержит другой один из четырех типов основания.
36. Способ по п.1, дополнительно включающий секвенирование продуктов удлинения с нуклеотидной вариацией и сравнение этой последовательности с эталонной последовательностью, посредством чего специфически идентифицируют нуклеотидную вариацию в первой нуклеиновой кислоте.
37. Способ по п.1, где нуклеотидная вариация представляет собой одиночную нуклеотидную вариацию.
38. Способ по п.1, где выявленная нуклеотидная вариация представляет собой вариацию в одном нуклеотиде.
39. Способ по п.1, где продукты удлинения мечены обнаруживаемой меткой, и стадия различения (g) включает выполнение гель-электрофореза реакционной смеси со стадии (f), где электрофорез имеет достаточное разрешение для различения меченого продукта удлинения, который дополнительно не удлинен, и нуклеиновой кислоты полной длины.
40. Способ по п.1, где присутствие модифицированных нуклеотидов в продуктах удлинения вызвано генерированием продуктов удлинения в присутствии модифицированных нуклеотидов, содержащих один тип основания, где продукты удлинения включают модифицированные нуклеотиды.
41. Способ по п.1, где присутствие модифицированных нуклеотидов в продуктах удлинения вызвано модификацией нуклеотидов в продуктах удлинения для получения модифицированных нуклеотидов.
42. Способ по п.41, где нуклеотиды модифицируют в продуктах удлинения селективно.
43. Способ по п.41, где нуклеотиды модифицируют в продуктах удлинения ограниченным образом.
44. Способ по п.41, где нуклеотиды модифицируют в продуктах удлинения посредством химической модификации.
45. Способ по п.41, где нуклеотиды модифицируют в продуктах удлинения посредством ферментативной модификации.
46. Способ выявления нуклеотидной вариации внутри первой нуклеиновой кислоты, включающий:
(a) стадию, включающую генерирование набора продуктов удлинения из эталонной нуклеиновой кислоты в присутствии модифицированных нуклеотидов, содержащих один тип основания, где продукты удлинения включают модифицированные нуклеотиды;
(b) стадию, включающую гибридизацию продуктов удлинения с первой нуклеиновой кислотой;
(c) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с одним или более агентами, которые совместно удаляют модифицированные нуклеотиды;
(d) стадию, включающую приведение гибридизирующейся нуклеиновой кислоты в контакт с первым ферментом, который удлиняет продукты удлинения в присутствии трех типов меченых нуклеотидов, но не в присутствии нуклеотидов, которые содержат тот же тип основания, что и модифицированные нуклеотиды, где каждый из трех типов меченых нуклеотидов содержит другой тип основания;
(е) стадию, включающую различение тех продуктов удлинения, которые содержат меченый нуклеотид, и тех продуктов удлинения, которые не содержат меченый нуклеотид, посредством чего выявляют нуклеотидную вариацию в первой нуклеиновой кислоте.
RU2009146054/10A 2007-05-14 2008-05-14 Способы скрининга нуклеиновых кислот для выявления одиночных нуклеотидных вариаций RU2009146054A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US91776307P 2007-05-14 2007-05-14
US60/917,763 2007-05-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2009146054A true RU2009146054A (ru) 2011-06-20

Family

ID=39831679

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009146054/10A RU2009146054A (ru) 2007-05-14 2008-05-14 Способы скрининга нуклеиновых кислот для выявления одиночных нуклеотидных вариаций

Country Status (8)

Country Link
US (1) US7906287B2 (ru)
EP (1) EP2152915A2 (ru)
JP (1) JP2010527241A (ru)
CN (1) CN101743326A (ru)
AU (1) AU2008254986A1 (ru)
CA (1) CA2687218A1 (ru)
RU (1) RU2009146054A (ru)
WO (1) WO2008143903A2 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7906287B2 (en) 2007-05-14 2011-03-15 Insight Genetics, Inc. Methods of screening nucleic acids for single nucleotide variations

Families Citing this family (20)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2395113A1 (en) * 2007-06-29 2011-12-14 Population Genetics Technologies Ltd. Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants
US20110287947A1 (en) * 2010-05-18 2011-11-24 University Of Southern California Tethered Conformation Capture
ES2464598T3 (es) 2011-07-22 2014-06-03 Université Joseph Fourier Nuevos derivados bis-indólicos, procedimiento para su preparación, y sus utilizaciones como fármaco
CN102384978A (zh) * 2011-08-30 2012-03-21 南京邮电大学 一种检测脱氧核糖核酸结合蛋白的荧光检测方法
GB2528205B (en) * 2013-03-15 2020-06-03 Guardant Health Inc Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
CN105874460B (zh) * 2013-11-01 2018-10-02 精赛恩公司 识别靶序列的至少一个碱基的方法、可读介质及设备
EP3174980A4 (en) 2014-08-01 2018-01-17 Dovetail Genomics, LLC Tagging nucleic acids for sequence assembly
WO2016134034A1 (en) 2015-02-17 2016-08-25 Dovetail Genomics Llc Nucleic acid sequence assembly
US11807896B2 (en) 2015-03-26 2023-11-07 Dovetail Genomics, Llc Physical linkage preservation in DNA storage
WO2017070123A1 (en) 2015-10-19 2017-04-27 Dovetail Genomics, Llc Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection
CA3014911A1 (en) 2016-02-23 2017-08-31 Dovetail Genomics, Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
EP3954771A1 (en) 2016-05-13 2022-02-16 Dovetail Genomics, LLC Recovering long-range linkage information from preserved samples
US10947599B2 (en) 2017-06-13 2021-03-16 Genetics Research, Llc Tumor mutation burden
US10081829B1 (en) 2017-06-13 2018-09-25 Genetics Research, Llc Detection of targeted sequence regions
US10527608B2 (en) 2017-06-13 2020-01-07 Genetics Research, Llc Methods for rare event detection
CA3222176A1 (en) * 2017-06-13 2018-12-20 Genetics Research, Llc, D/B/A Zs Genetics, Inc. Isolation of target nucleic acids
US11180796B2 (en) 2018-06-13 2021-11-23 International Business Machines Corporation Detection of mutations regarding one or more deoxyribonucleic acid sequences using deterministic lateral displacement arrays
US11149298B2 (en) 2018-06-13 2021-10-19 International Business Machines Corporation Detection of nucleic acid sequences using deterministic lateral displacement arrays
CN109444105B (zh) * 2018-12-28 2021-03-30 济南大学 一种检测dna糖基化酶udg的荧光生物传感器及其制备方法
CN109680044B (zh) * 2019-01-21 2021-04-30 北京大学 一种基于选择性消除野生链背景干扰的基因突变检测方法

Family Cites Families (38)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5202231A (en) * 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US5002867A (en) * 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes
WO1990012115A1 (en) * 1989-03-21 1990-10-18 Collaborative Research, Inc. A dna diagnostic test using an exonuclease activity
US5459039A (en) * 1989-05-12 1995-10-17 Duke University Methods for mapping genetic mutations
US5556750A (en) * 1989-05-12 1996-09-17 Duke University Methods and kits for fractionating a population of DNA molecules based on the presence or absence of a base-pair mismatch utilizing mismatch repair systems
FR2650840B1 (fr) * 1989-08-11 1991-11-29 Bertin & Cie Procede rapide de detection et/ou d'identification d'une seule base sur une sequence d'acide nucleique, et ses applications
US5354656A (en) * 1989-10-02 1994-10-11 Stratagene Method of DNA sequencing
US5710028A (en) * 1992-07-02 1998-01-20 Eyal; Nurit Method of quick screening and identification of specific DNA sequences by single nucleotide primer extension and kits therefor
US5795714A (en) * 1992-11-06 1998-08-18 Trustees Of Boston University Method for replicating an array of nucleic acid probes
US5744306A (en) * 1993-04-19 1998-04-28 Emory University Methods for nucleic acid detection, sequencing, and cloning using exonuclease
SE501439C2 (sv) * 1993-06-22 1995-02-13 Pharmacia Lkb Biotech Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser
WO1995029251A1 (en) * 1994-04-25 1995-11-02 Applied Technology Genetics Corporation Detection of mutation by resolvase cleavage
WO1996030545A1 (en) * 1995-03-24 1996-10-03 Mitokor Mutation detection by differential primer extension of mutant and wildtype target sequences
US5922539A (en) * 1995-12-15 1999-07-13 Duke University Methods for use of mismatch repair systems for the detection and removal of mutant sequences that arise during enzymatic amplification
WO1997035033A1 (en) * 1996-03-19 1997-09-25 Molecular Tool, Inc. Method for determining the nucleotide sequence of a polynucleotide
US5869245A (en) * 1996-06-05 1999-02-09 Fox Chase Cancer Center Mismatch endonuclease and its use in identifying mutations in targeted polynucleotide strands
US5736373A (en) * 1996-09-23 1998-04-07 Becton, Dickinson And Company Thermostable DNA polymerase from Bacillus pallidus
US6297018B1 (en) * 1998-04-17 2001-10-02 Ljl Biosystems, Inc. Methods and apparatus for detecting nucleic acid polymorphisms
US7175982B1 (en) * 1998-04-22 2007-02-13 Enterprise Ireland (T/A BioResearch Ireland) Method for the characterization of nucleic acid molecules involving generation of extendible upstream DNA fragments resulting from the cleavage of nucleic acid at an abasic site
US6150105A (en) * 1998-08-20 2000-11-21 Genetic Assays, Inc. Methods of screening nucleic acids for nucleotide variations
US6361947B1 (en) * 1998-10-27 2002-03-26 Affymetrix, Inc. Complexity management and analysis of genomic DNA
FR2805826B1 (fr) * 2000-03-01 2002-09-20 Nucleica Nouvelles puces a adn
US6936467B2 (en) * 2000-03-27 2005-08-30 University Of Delaware Targeted chromosomal genomic alterations with modified single stranded oligonucleotides
US6475736B1 (en) * 2000-05-23 2002-11-05 Variagenics, Inc. Methods for genetic analysis of DNA using biased amplification of polymorphic sites
DE10029914A1 (de) * 2000-06-19 2002-01-03 Epigenomics Ag Verfahren zur hochparallelen Analyse von Polymorphismen
JP3638516B2 (ja) * 2000-09-28 2005-04-13 株式会社日立製作所 核酸検出方法および核酸検出キット
AU785425B2 (en) * 2001-03-30 2007-05-17 Genetic Technologies Limited Methods of genomic analysis
US20020197632A1 (en) * 2001-05-03 2002-12-26 Genomed, Llc Method to find disease-associated SNPs and genes
US20020187477A1 (en) * 2001-06-06 2002-12-12 Hong Xue Method for detecting single nucleotide polymorphisms (SNPs) and point mutations
US6632611B2 (en) * 2001-07-20 2003-10-14 Affymetrix, Inc. Method of target enrichment and amplification
US6872529B2 (en) * 2001-07-25 2005-03-29 Affymetrix, Inc. Complexity management of genomic DNA
US7108976B2 (en) * 2002-06-17 2006-09-19 Affymetrix, Inc. Complexity management of genomic DNA by locus specific amplification
DE602004026338D1 (de) * 2003-11-04 2010-05-12 Applied Biosystems Llc Konkatamere ligationsprodukte: zusammensetzungen, verfahren und kits dafür
AU2005233598B2 (en) * 2004-04-09 2010-09-30 Trustees Of Boston University Method for De novo detection of sequences in nucleic acids:target sequencing by fragmentation
GB0622060D0 (en) 2006-11-06 2006-12-13 Hexcel Composites Ltd Improved composite materials
EP2152915A2 (en) 2007-05-14 2010-02-17 Insight Genetics, Inc. Methods of screening nucleic acids for single nucleotide variations
US7579155B2 (en) * 2007-09-12 2009-08-25 Transgenomic, Inc. Method for identifying the sequence of one or more variant nucleotides in a nucleic acid molecule
JP5015864B2 (ja) 2008-06-09 2012-08-29 ホーチキ株式会社 消火栓装置

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7906287B2 (en) 2007-05-14 2011-03-15 Insight Genetics, Inc. Methods of screening nucleic acids for single nucleotide variations

Also Published As

Publication number Publication date
JP2010527241A (ja) 2010-08-12
CA2687218A1 (en) 2008-11-27
WO2008143903A2 (en) 2008-11-27
CN101743326A (zh) 2010-06-16
EP2152915A2 (en) 2010-02-17
AU2008254986A1 (en) 2008-11-27
US7906287B2 (en) 2011-03-15
US20090053715A1 (en) 2009-02-26
WO2008143903A3 (en) 2009-01-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009146054A (ru) Способы скрининга нуклеиновых кислот для выявления одиночных нуклеотидных вариаций
US20200232016A1 (en) Methods and Compositions for the Analysis of Biological Molecules
EP2929048B1 (en) Restriction enzyme-free target enrichment
US7169561B2 (en) Methods, compositions, and kits for forming self-complementary polynucleotides
EP2341151B1 (en) Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
JP5160433B2 (ja) 迅速並行核酸分析
JP3863189B2 (ja) Ｄｎａへの特徴付け
EP1453978B9 (en) Analysis and detection of multiple target sequences using circular probes
US20150132763A1 (en) Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
EP1877576A2 (en) Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
NZ506333A (en) An assay for detecting and quantifying the presence of particular nucleic acid (DNA or RNA) sequences
JP2002532104A5 (ru)
EP2722401B1 (en) Addition of an adaptor by invasive cleavage
DE60335116D1 (de) Verfahren zum nachweis von sequenzunterschieden
PT1171633E (pt) Métodos para marcar materiais
US7749708B2 (en) Method for identifying the sequence of one or more variant nucleotides in a nucleic acid molecule
US6083701A (en) Method for determining tandem repeat sequence length
JP4920201B2 (ja) 核酸中の特定塩基を測定する方法
US20140242577A1 (en) C-probe libraries for dna target enrichment
EP1619258A4 (en) PROCESS FOR QUANTITATIVE DETECTION OR DETERMINATION OF MITOCHONDRIAL DNA MUTATION IN POSITION 3243, AND KIT USED THEREFOR
US20160273036A1 (en) Photoinduced electron transfer (pet) primer for nucleic acid amplification
Zhussupova PCR–diagnostics
CN105063190A (zh) 微小rna的固相芯片恒温检测方法
EP4363613A1 (en) Detecting methylcytosine using a modified base opposite to the methylcytosine
Noh et al. Method for the differentiation of nine species of Sebastes with fluorescence melting curve analysis and dual-labeled probes