MXPA04001074A - Ligandos de bisulfuro y tiosulfonato y colecciones que comprenden estos ligandos. - Google Patents

Abstract

La presente invencion proporciona compuestos y colecciones de compuestos que tienen la formula (I), (ver formula) en donde L y n se definen como en las reivindicaciones y A es -S(CH2)pRA1 o S(O)2RA2, con p, RA1 y RA2 como se definen en las reivindicaciones. Las colecciones que comprenden compuestos de la formula (I) son utiles en el proceso de descubrimiento de farmacos.

Description

LIGANDOS DE BISULFURO Y TIOSULFONATO Y COLECCIONES QUE COMPRENDEN ESTOS LIGANDOS.

ANTECEDENTES DE LA INVENCION En general el proceso de descubrimiento de fármacos comienza con la selección de un gran número de compuestos para identificar guías de afinidad modestas (¾ -1 hasta 10 uM) . Una herramienta importante en este proceso, es el uso de colecciones combinatorias. Específicamente, los métodos combinatorios para la generación de colecciones de moléculas pequeñas y la separación por exclusión posterior en masa, se han vuelto tecnologías importantes para identificación de ligandos de moléculas pequeñas a las macromoléculas biológicas (Ver por ejemplo, Thompson et al. Chem. Rev, 1996, 96, 555-600; Balkenhohel et al. Angew. Chem. Int. Ed. Engl . 1996, 35, 2288-2337; Dolle, R.E. Mol. Diversity 1998, 3, 199-233; y Dolle et al. J. Comb . Chem.1999 , 1 , 235-282 ) . Claramente, los ligandos que se identifican usando este proceso, sirven como herramientas poderosas para estudios farmacológicos y para el desarrollo de fármacos. Las colecciones más exitosas a la fecha han sido aquellas basadas en información específica, tal como el conocimiento del mecanismo o la estructura del objetivo biológico, o al basar la colección en compuestos guía que han sido identificados previamente para enlazarse a un objetivo (ver por ejemplo, Refs 153575 y t 'i ' ick et al . Chera.Biol .199 , 4, 297-307; Rockwell et al J.Am Chem.Soc 1996, 118, 10337-10338; Gray et al. Science 1998, 281, 533-538; Yang et al . Proc . Nati. Acad. Sci . USA 1998, 95, 10836-10841; Rohrer et al. Science 1998, 228, 737-740). Desafortunadamente, aunque algunos objetivos están bien adecuados para este proceso de separación por exclusión, la mayoría son problemáticos debido a que las guías moderadas de afinidad son difíciles de obtener. La identificación y posterior optimización de compuestos de enlace más débiles, mejoraría la tasa de éxito, pero esto necesitaría seleccionar a concentraciones superiores y la selección a concentraciones altas es generalmente impráctica, debido a la insolubilidad del compuesto y a los detalles del ensayo. Por otro lado, el proceso típico de separación por exclusión, no se dirige a sitios específicos para el diseño de fármacos, solamente a aquellos sitios para los cuales está disponible un ensayo de alta producción. Finalmente, muchos métodos de separación por exclusión tradicionales se soportan en ensayos de inhibición que a menudo se someten a artefactos provocados por especies o desnaturalizantes químicos reactivos. Erlanson et al., Proc. Nat Acad Sci. USA 2000, 97, 9367-9372, ha reportado recientemente una nueva estrategia denominada - "interacción lateral" , para identificar rápida y confiablemente a fragmentos de fármacos solubles pequeños (-250 DA), que se enlazan con baja afinidad a un sitio específicamente dirigido a una proteína o en otra macromolécula , usando una "interacción lateral" de disulfuro intermediario. De acuerdo con este método, se permite una colección de moléculas que contiene disulfuro para reaccionar con una proteína objetivo que contiene cisteína, bajo condiciones parcialmente reductoras que promueven un intercambio rápido de tioles. Si una molécula tiene todavía una afinidad débil para la proteína objetivo, la ligadura del enlace disulfuro ("interacción objetivo") a la molécula para l proteína objetivo se estabilizará de manera entrópioa. Los fragmentos con interacción lateral con bisulfuro luego se pueden identificar por una diversidad de métojios incluyendo espectrometría de masas ( S) y su afinidad mejorada por métodos tradicionales con la separación del bisulfuro con interacción lateral. Ver también la publicación PCT No. WO 00/00823, publicada el 6 de enero de 2000 y la patente de E.U.A No 6,335,155. Aunque el potencial del método de interacción lateral se puede realizar más completamente, permanece la necesidad de expandir las colecciones de compuestos que sean afines para el uso con este método. Entre otras cosas, la presente invención suministra ales^^ colecciones .

DESCRIPCION DE LAS FIGURAS Las Figuras 1A y IB ilustran esquemáticamente una modalidad del método de interacción lateral. La Figura 2A detalla el espectro de masa en desplegado de la reacción de TS con un acumulado de 10 diferentes candidatos de ligandos con poca ó ninguna afinidad para TS. La Figura 2B detalla el espectro de masas desplegado de la reacción de TS con un acumulado de 10 candidatos a ligandos diferentes en donde uno de los candidatos a ligandos posee una afinidad inherente a la enzima. Las Figuras 3A-3C detallan tres experimentos en donde TS reacciona con la misma colección de acumulados que contiene el compuesto seleccionado de N-tosil D-prolina en presencia de una concentración creciente del agente reductor, 2-mercaptoetanol . La Figura 4 detalla esquemáticamente la manera en que se utiliza la interacción lateral para identificar u determinante de enlace. La Figura 5 detalla esquemáticamente un método en donde dos experimentos separados de interacción lateral se usan para identificar determinantes de enlace que se ligan posteriormente juntos para formar una molécula conjugada que se enlaza a la proteína objetivo. La Figura 6 ilustra una modalidad del método de interacción lateral usando diluyentes.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION Como se describe anteriormente, permanece la necesidad de acelerar el proceso de descubrimiento de fármacos. En general, la presente invención expande el método general de interacción lateral antes descrito, y proporciona compuestos y colecciones de compuestos novedosos, para su uso en este método. Específicamente, los compuestos y colecciones novedosos aquí descritos, proporcionan herramientas poderosas para el desarrollo de guías de fármacos, y son útiles para la identificación de fragmentos que se enlazan débilmente, o con una afinidad de enlace moderada, a un sitio biológico objetivo de interés. 1) Descripción General de Compuestos y Colecciones de la invención Los compuestos de la invención, incluyen compuestos y colecciones de la fórmula general (I) como se definen además a continuación: (i) en donde A es -S(CH2)PRA1 o -S(0)2RA2, en donde p es 1-5, RA1 es -NRA3RA4; 0RA3; SRA3 ; -NHCORA3; -NHCO RA3RA4 ; -NRA3RA4RA5+X en donde X es un halógeno; -COORA3,- CONRA3RA4; -S03R3; -OP03RA3; -S02RA3; y en donde RA2 es una porción alif tica, heteroalif tica, arilo o heteroarilo, y cada que se presenta RA3, RA4, y RA5 es independientemente hidrogeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, arilo o heteroarilo; n es 0-5; L es una porción que tiene una de las estructuras: "^ " ^ A cada que se presenta R1 y R2 es independientemente hidrógeno, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroarilo, o en donde R1 y R2 tomados en conjunto son una porción cicloalifática, heterocicloalifática, arilo o heteroarilo; por lo que cada que una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada, y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroaril es independientemente substituida o no substituida . Se apreciará que paira los compuestos y colecciones como se describe generalmente arriba, ciertas clases de compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos en los cuales L es una de las siguientes estructuras: en donde R1 y R2 son cada uno como se describen generalmente arriba y en las modalidades ejemplares en la presente . En ciertas otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos compuestos y colecciones en donde wn representa una de las estructuras : en donde r es 1 ó 2 ; y t es 0, 1 ó 2. En ciertas otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos compuestos y colecciones en donde »n representa una de las estructuras : en donde r es 1 ó 2 ; y R es una porción alquil, heteroalquil, aril, heteroaril, - (alquil ) aril , (alquil) heteroaril , - (heteroalquil ) aril , o (heteroalquil ) heteroaril . En ciertas modalidades de interés particular para los compuestos descritos directamente arriba, RA2 es metilo o fenilo . Todavía en otras modalidades, ciertas clases de compuestos y colecciones de interés particular, incluyen aquellos compuestos y colecciones en los cuales, R1 o R2 es o en donde R1 y R2 tomados en conjunto forman una porción cíclica que tiene la estructura: en donde B-D, D-E, E-G, G-J, dos o más presencias de J, y J-B, son cada una independientemente unidas por un enlace doble o sencillo como la valencia y estabilidad lo permitan, en donde B es N, CH o C, D es -NRD-, =N-, -0-, -CHRD- , o =CRD-, E es -NRE, =N-, -0-, -CHRE, o =CRE-, G es -NRG-, =N-, -0-, -CHRG-, o =CRG-, cada que se presenta J es independientemente -NRJ-, =N-, -0-,-CHRJ, o =CRJ-, m es 0-4 y p es 0-4, cada que se presenta R3, R4, RD, RE RG y RJ es independientemente hidrógeno, un grupo protector, (CR7R8) qNR5R6, - (CR7R8) qOR5, - (CR7R8) qSR5, - (CR7R8q (C=0) R5, (CR7R8)q(C=0)OR5; - (CR7R8) q (C=0) NR5R6, - (CR7R8) qS (O) 2R5, (CR7R8) qNR5 (C=0) R6, -(CR7R8)qNR5(C=0)OR6,- { CR7R8 ) qS (O) 2NR5R6, - (CR7R8) qNR5S (O) 2R6, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril, - (alifática) heteroaril, -(heteroalifática) aril, o - (heteroalifática) heteroarilo, q es 0-4; y cada que se presenta R5, R6, R7 y R8 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática ) aril, - (alifática ) heteroaril, (heteroalifática) aril, o - (heteroalifática) heteroarilo; por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifátfca, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida . Aún en otras modalidades, ciertas clases de compuestos y colecciones de interés particular, incluyen aquellos compuestos y colecciones en lo que L es y es oR R* . en donde m es 0-4 p es 0-4, D es CHRC o NRD, G es CHRG o NRG y cada que se presenta J es independientemente CHRJ o NRJ en donde cada que se presenta RD, RE, RG RJ, R3, y R4 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, - (CR7R8) qNR5R6 - (CR7R8) qOR5 , - (CR7R8) qSR5, - (CR7R8)q(C=0)R5, - (CRR8) q (C=0) NR5R6, - (CR7R8) qS (O) 2R5 , (CR7R8) qNR5 (C=0) R6 , - (CR7R8) qS (O) 2NR5R6 , - (CR7R8) qNR5S (O) 2R6 , o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril , en donde q es 0-4; y en donde cada que se presenta R5, R6, R7 y R8 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril ; por lo que cada "'una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática , aril o heteroarilo es independientemente substituida o no substituida . Todavía en otras modalidades, ciertas clases de compuestos y colecciones de interés particular, incluyen aquellos compuestos y colecciones en los cuales L es R1 es una de las estructuras: Aún en otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular, incluyen aquellos compuestos y colecciones como se describe generalmente arriba, en los cuales L es y uno o ambos de R y R e R . o en donde R1 y R2 tomados en conjunto con N, forman una estructura cíclica: en donde N-D, D-E, E-G, G-J, dos o más presencias de J, y J-N se unen cada una independientemente por un enlace doble o sencillo como lo permita la estabilidad y la valencia, en donde D es NRD- , =N-, -O-, -CHR-, o =CRD-, E es -NRE, =N- , - O-, -CHRE, o =CRE-, G es -NRG-, =N- , -O-, -CHRG-, o =CRG- , cada que se presenta J es independientemente -NRJ- , =N- , -O-, CHRJ-, o =CRJ-; m es 0-4 y p es 0-4 , cada que se presenta R3, R4, RD RE RG y RJ es , - (CR7R8)q(C=0)OR5; - (CR7R8) q (C=0) NR5R6, -(CR7R8)q; S(0)2R5(CR7R8)qNR5(C=0)R6, - (CR7R8) qNR5 (C=0) OR6, (CR7R8)qS(0)2NR5R6, - (CR7R8) qNR5S (0) 2R6 , o una porción alifática, heteroalifática , aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril , q es 0-4; y cada que se presenta R5, R6, R7 y R8 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroarilo es independientemente substituida o no substituida . Todavía en otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos compuestos y colecciones como se describe generalmente arriba, en los R cuales L es o y uno o ambos de R1 y R2 es una porción que tiene una de las siguientes estructuras, o en donde R1 y R2 tomados en conjunto con N, forman una porción cíclica que tiene una de las siguientes estructuras: Aún en otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos compuestos y colecciones como se describe generalmente arriba, en los cuales L es , y R1 y R2 son cada uno independientemente hidrógeno o una porción cicloalifática, heterocicloalifática, arilo o heteroarilo, opcionalmente substituida con una porción heteroarilo substituida. Aún en otras modalidades, compuestos y colecciones de interés particular incluyen aquellos compuestos y colecciones como se describe generalmente arriba, en los cuales, la porción heteroarilo substituida tiene una de las estructuras: en donde R9 es -COO(R10), -CO(R10), -C0 (NR10R1:L} , -NR10R ,-NR10COR1:L, -OR10, o -SR10, en donde cada que se presenta R10 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática , heterocicloalifática, aril o heteroaril, es independientemente substituida o no substituida. Una cantidad de subclases importantes de cada una de las clases anteriores, merece una mención por separado, estas subclases incluyen subclases de las clases anteriores en las cuales : i) colecciones de compuestos como se describen directamente arriba, en las cuales, la colección comprende al menos 5 miembros; ii) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales la colección comprende al menos 20 miembros; iii) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales la colección comprende al menos 100 miembros; iv) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales la colección comprende al menos 500 miembros; v) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales la colección comprende al menos 1000 miembros; vi) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales cada miembro de la colección tiene un peso molecular diferente; vii) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales cada miembro de la colección tiene una masa que difiere de otro miembro de la colección por al menos 5 unidades de masa atómica; y viii) colecciones de compuestos como se describen generalmente arriba, en las cuales cada miembro de la colección, tiene una masa que difiere de otro miembro de la colección por al menos 10 unidades de masa atómica; ix) compuestos y colecciones de compuestos, como se describen en la presenté, en ciertas modalidades, excluyen compuestos en donde L es lguna de las siguientes estructuras: _ en donde AR es arilo o heteroarilo substituido o no substituido; x) compuestos y colecciones de compuestos, como se describen aquí, en ciertas modalidades excluyen compuestos en donde L es guna de las siguientes estructuras: » en donde AR es arilo o heteroarilo substituido o no substituido, y al menos uno de RD, RE R5 o R6 es -S02- (alquil) o -S02- (aril) ; compuestos y colecciones de compuestos, como se describen en la presente, en ciertas modalidades excluyen compuestos que tienen la estructura: EN donde RA1 es NRA3RA4 o NRA3RA4RA5X- , en donde cada que se presenta RA3, RA4 y RA5 es hidrógeno o un grupo protector, y X es un halógeno; y R1 es uno de los siguientes: Como apreciará el lector, los compuestos de interés particular, incluyen entre otros, aquellos que comparten los atributos de una o más de las subclases anteriores. Algunas de esas subclases, se ilustran por los siguiente grupos de compuestos : I) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) , H descritos arriba en los cuales: L es ov y R1 tiene una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, RD y RG son cada uno independientemente hidrógeno, un grupo protector, - (CR7R8) qS (O) 2R5; o una porción alifática, heteroalifática , aril, heteroaril, - (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , - (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril , y en donde cada que se presenta R5 y Re es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alif tica) aril , (alifática) heteroaril , - (heteroalifática) aril , o (heteroalifática) heteroaril , por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática , aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida.

II) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) descritos arriba en los cuales L es JJ , y R1 tiene una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, RD es hidrógeno, un grupo protector, - (CR7R8) qS (0) 2R5 ; o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroaril , y en donde cada que se presenta R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalif tica, aril, heteroaril, - (alifática) aril , (alifática) heteroaril , - (heteroalifática) aril , o (heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalif tica , aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida .

III) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula , y R tiene una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, RD es un grupo protector, - (CR7R8) qS (0) 2R5; o una porción alifática, heteroalifática , aril, heteroaril, - (alifática) aril , (alifática) heteroaril , - (heteroalifática) aril , o (heteroalifática) heteroarilo, y en donde cada que se presenta R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, Heteroalifática , aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - {heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroaril es independientemente substituida o no substituida .

IV) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) descritos arriba en los cuales L es , y R1 tiene una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, RD es hidrógeno, un grupo protector, - (CR7R8) qS (O) 2R5 ; o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o- (heteroalifática) heteroaril , y en donde cada que se presenta R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalifática, aril, " heteroaril, - (alifática) aril , (alifática) heteroaril, - (heteroalifática) ril, o (heteroalifática ) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida.

Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) > Y R1 tiene una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, cada que se presenta R2, R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril, - (alifática) heteroaril, - (heteroalifática) aril, o - (heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática, es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalif tica, heterocicloalifática, aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida.

VI) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) descritos arriba en los cuales L es es una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, cada que se presenta R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida .

Compuestos y colecciones de compuestos de fór ul R1 I (I) descritos arriba en los cuales L es o una de las siguientes estructuras: En ciertas modalidades de interés particular, cada que se presenta R5 y R6 es independientemente hidrógeno, un grupo protector o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroarilo, por lo que cada una de las porciones anteriores alifática y heteroalifática es substituida o no substituida, cíclica o acíclica, lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifática, heterocicloalifática, aril o heteroarilo, es independientemente substituida o no substituida .

VII) Compuestos y colecciones de compuestos de fórmula (I) descritos arriba en los cuales en donde R1 y R2 representan una de las siguientes estructuras: en donde Rs es COOH o es COÍNR^R11), en donde cada que se presenta R10 y R11 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, aril, heteroaril, - (alifática) aril , - (alifática) heteroaril , (heteroalifática) aril , o - (heteroalifática) heteroarilo, por lo cual, cada una de las porciones anteriores alifáticas y heteroalifáticas que está sustituida ó no sustituida, cíclica o acíclica lineal o ramificada y cada una de las porciones anteriores cicloalifáticas, heterocicloalifáticas , de arilo o de heteroarilo se substituyen ó no sustituyen independientemente. También se apreciará que para cada uno de los subgrupos I-VII antes descritos, son de especial interés una diversidad de otras subclases incluyendo pero no limitado a aquellas clases descritas arriba i)-xi), y clases, subclases y especies de compuestos antes descritos y en los ejemplos en la presente.

Algunos de los compuestos anteriores pueden existir en diversas formas isoméricas, por ejemplo estereoisómeros y/o diastereómeros . Además, ciertos compuestos como se describen en la presente, pueden tener uno o más dobles enlaces que pueden existir como un isómero Z o E a menos que se indique de otra manera. La invención abarca adicionalmente los compuestos como isómeros individuales (por ejemplo el enantiomero R o S) sustancialmente libre de otros isómeros y alternativamente, como mezclas de diversos isómeros, por ejemplo, mezclas racémicas de estereoisómeros. Además de los compuestos antes mencionados per se, esta invención también abarca derivados farmacéuticamente aceptables de estos compuestos y composiciones que comprenden uno o más compuestos de la invención y uno o más excipientes o aditivos farmacéuticamente aceptables. 2) Compuestos y Definiciones Como se discute arriba, esta invención proporciona compuestos y colecciones novedosos de compuestos útiles en el proceso de descubrimiento de fármacos . Los compuestos y colecciones de esta invención, incluyen aquellos específicamente antes establecidos y aquí descritos, y se ilustran en parte por las diversas clases, subgéneros y especies descritos en alguna otra parte en la presente. Se apreciará por alguien de experiencia ordinaria en la técnica, que pueden existir centros asimétricos en los compuestos de la presente?"* invención . Así, los compuestos de la invención y las composiciones f rmacéuticas del mismo pueden estar en forma de un enantiómero individual, diastereómero ó isómero geométrico, o pueden estar en forma de una mezcla de estereoisómero . Adicionalmente , se apreciará que ciertos de los compuestos aquí descritos contienen uno o más dobles enlaces y estos dobles enlaces pueden ser Z o E a menos que se indique de otra manera. En ciertas modalidades, los compuestos de la invención son compuestos enantiopuros . En ciertas otras modalidades se suministra una mezcla de estereoisómeros o diastereómeros . Adicionalmente, la presente invención proporciona derivados farmacéuticamente aceptables de los compuestos de la invención, y métodos de tratamiento de un sujeto utilizando estos compuestos, composiciones farmacéuticamente del mismo, o cualquiera de estos en combinación con uno o más agentes terapéuticos adicionales. La frase "derivado farmacéuticamente aceptable" como se usa en la presente, denota cualquier sal, éster, o sal de tal éster, farmacéuticamente aceptable del tal compuesto, o cualquier otro aducto o derivado el cual al administrarse a un paciente puede suministrar (directa o indirectamente) un compuesto como se describe de otra manera en la presente, o un metabolito o un resi-Suo del mismo. Los derivados farmacéuticamente aceptables incluyen así entre otros, profármacos. Un profárma | es un derivado de un compuesto usualmente con una actividad farmacológica significativamente reducida; que contiene una porción adicional que es susceptible a retirar in vivo, produciendo la molécula precursora como la especie farmacológicamente activa. Un ejemplo de un profármaco es un éster que se desdobla in vivo para producir un compuesto de interés. Los profármacos de una diversidad de compuestos y los materiales y métodos para derivar los compuestos precursores para crear loa profármacos, se conocen y se pueden adaptar a la presente invención . Ciertos compuestos de la presente invención y definiciones de grupos funcionales específicos también se describen en mayor detalle a continuación. Para los propósitos de esta invención, se identifican los elementos químicos de acuerdo con la tabla periódica de los elementos, versión CAS, Handbook of C emistry and Physics, 75*. Ed; cubierta interior, y los grupos funcionales específicos se definen generalmente como se describe aquí. Adicionalmente, los principios generales de química orgánica, así como las porciones funcionales específicas y la reactividad se describen en "Organic Chemistry", Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito : 1999 , los contenidos completos de la cual se incorporan aquí como referencia. Adicionalmente, se apreciará por alguien experto ordinario en la técnica que los métodos sintéticos como se. describen en la presente, utilizan una diversidad de grupos protectores. Mediante el término "grupo protector" como se usa en la presente, significa que una porción funcional en particular por ejemplo 0, S o N, se bloquea temporalmente de manera que una reacción se puede efectuar selectivamente en otro sitio reactivo en un compuesto multifuncional . En modalidades preferidas, un grupo protector reacciona selectivamente con buen rendimiento para dar un sustrato protegido que es estable a las reacciones proyectadas, se debe retirar selectivamente el grupo protector en buen rendimiento por reactivos preferiblemente no tóxicos, fácilmente disponibles, que no atacan a los otros grupos funcionales, el grupo protector forma un derivado fácilmente separable (más preferiblemente sin la generación de nuevos centros estereogénicos) y el grupo protector tiene un mínimo de funcionalidad adicional para evitar sitios adicionales de reacción. Como se detalla en la presente, el oxígeno, azufre, nitrógeno y los grupos protectores de carbono se pueden utilizar. Por ejemplo, en ciertas modalidades como se detalla en la presente, se utilizan ciertos grupos protectores de oxígeno ejemplares. Estos grupos protectores de oxigeno incluyen pero no se limita a éteres de metilo, éteres de metilo sustituidos, (por ejemplo, MOM (éter de metoximétilo) , TM(éter metiltiometilo) , BOM(éter de benciloximetilo) , P BM (p-éter de metoxibenciloximetil ) , po ^ noínbrar unos cuantos ) , éteres de etilo sustituidos, éteres de bencilo sustituidos, éteres de sililo (por ejemplo TMS (éter de trimetils lilo) , TES (éter de trietilsililo) , TIPS (éter de triosipropilsil lo) , TBDMS (t-éter de butildimetilsililo) , éter de tribencilsililo, TBDPS (éter de t-butildifenilsililo) , por nombrar unos cuantos) , ásteres (por ejemplo formiato, acetato, benzoato (Bz) , trifluoroacetato, dicloroacetato, por nombrar unos cuantos) , carbonatos acétales cíclicos y setales En ciertas otras modalidades ejemplares, se utilizan grupos protectores de nitrógeno. Estos grupos protectores de nitrógeno incluyen pero no se limitan a carbamatos (incluyendo metil, etil y carbamatos sustituidos de etilo (por ejemplo Troc) por nombrar unos cuantos) amidas, derivados de imidas cíclicas, N-alquil y N-aril aminas, derivados de i ina y derivados de enamina por nombrar unos cuantos. La frase "tiol protegido" como se usa en la presente se refiere a un tiol que ha reaccionado con un grupo o molécula para formar un enlace covalente que lo hace menos reactivo y que se puede desproteger para regenerar un tiol libre. Se detallan en la presente ciertos otros grupos protectores ejemplares, sin embargo se apreciará que la presente invención no pretende estar limitada a estos grupos protectores, más bien, se pueden identificar fácilmente un diversidad de grupos protectores adicionales equivalentes usando los criterios anteriores y utilizados en la presente invención. Adicionalmente , se describe una variedad de grupos protectores en "Protective Groups in Organic Synthesis" Tercera Ed. Greene, T.W. y Wuts, P.G.,Eds., John Wiley & .Sons, New York: 1999, los contenidos completos de la cual se incorporan aquí como referencia. Se apreciará que los compuestos como se describen en la presente, se pueden sustituir con cualquier número de substituyentes o porciones funcionales. En general, el término "substituido" ya sea que se anteceda por el término "opcionalmente" o no, y los substituyentes contenidos en la fórmulas de esta invención, se refieren al reemplazo de los radicales hidrógeno en una estructura dada con el radical del substituyente específico. Cuando más de una posición en cualquier estructura dada se puede substituir con más de un substituyente seleccionado de un grupo específico, el substituyente puede ser igual o diferente en cualquier posición. Como se usa en la presente, el término "substituido" se contempla que incluya todos los substituyentes permisibles de compuestos orgánicos. En un aspecto amplio, los substituyentes permisibles incluyen substituyentes acíclicos y cíclicos, ramificados y no ramificados, carbocíclicos y heterocíclicos , aromáticos y no aromáticos de compuestos -"orgánicos . Para los propósitos de esta invención, los heteroátomos tales como nitrógeno pueden tener substituyentes de hidrógeno y/o algunos substituyentes permisibles de compuestos orgánicos descritos en la presente que satisfacen las valencias de los heteroátomos. Además, esta invención no se pretende que esté limitada de ninguna manera por los substituyentes permisibles de compuestos orgánicos. Las combinaciones de los substituyentes y las variables vislumbradas por esta invención,. son preferiblemente aquellas que resultan en la formación de compuestos estables útiles en el tratamiento por ejemplo de trastornos mediados por la caspasa como se describe generalmente arriba. El término "estable" como se usa en la presente, se refiere preferiblemente a compuestos que poseen una estabilidad suficiente para permitir la manufactura y que mantienen la integridad del compuesto por un periodo suficiente de tiempo para detectarse, y preferiblemente por un periodo suficiente de tiempo para ser útiles para los propósitos aquí detallados. El término "alifático" como se usa en la presente, incluye hidrocarburos saturados e insaturados de cadena recta (esto es no ramificadas) , ramificados cíclicos o policíclicos , que están opcionalmente substituidos con uno o más grupos funcionales. Como se apreciará por alguien de experiencia ordinaria en la técnica, se pretende que alifático en la presente-" incluya pero no se limite a las porciones alquilo, alquenilo, alquinilo, cicloalquilo, cicloalquenilo , y cicloal¾uinilo . Así como se usa en la presente, el término "alquilo" incluye grupos alquilo cíclicos lineales ramificados. Una convención análoga aplica a otros términos genéricos tales como alquenilo, alquinilo y similares. Adicionalmente como se usa en la presente, los términos "alquilo" , "alquenilo" , "alquinilo" y similares abarcan grupos substituidos y no substituidos. En ciertas modalidades como se usa en la presente, se utiliza "alquilo inferior" para indicar a aquellos grupos alquilo (cíclicos, acíclicos, substituidos, no substituidos ramificados, o no ramificados) que tienen de 1 a 6 átomos de carbono. En ciertas modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención contienen de 1 a 20 átomos de carbono alifáticos. En ciertas otras modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención, contienen de 1 a 10 átomos de carbono alifático. Todavía en otras modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención contienen de 1 a 8 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en esta invención contienen de 1 a 6 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención contienen de 1 a 4 átomos de carbono. Los grupos ajrifáticos ilustrativos incluyen así pero no se limitan a, por ejemplo, porciones n-propilo, isopropilo, ciclopropilo , CH2-ciclopropilo , alilo, n-butilo, sec-butilo, isobutilo, tert-butilo, ciclobutilo, -CH2-ciclobutilo, n-pentilo, sec-pentilo, isopentilo, tert-pentilo, ciclopentilo, -CH2-n-ciclopentilo, hexilo, sec-hexilo, ciclohexilo, -CH2-ciclohexilo , y similares, que nuevamente pueden soportar uno o más substituyentes . Los grupos alquenilo incluyen pero no se limitan a por ejemplo, etenilo, propenilo, butenilo, l-metil-2-buten-l-il , y similares. Los grupos alquinilo representativos incluyen pero no se limitan a, etinilo, 2-propinilo (propargil) , 1-propinilo y similares. El término "alcoxi" (o "alquiloxi" ) , "tioalquilo" como se describe en la presente, se refiere a un grupo alquilo como se define previamente, colocado a la porción molecular precursora a través de un átomo de oxígeno o a través de un átomo de azufre. En ciertas modalidades, el grupo alquilo contiene 1-20 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención contienen de 1 a 8 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, el grupo alquilo contiene de 1 a 6 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, el grupo alquilo contiene de 1 a 4 átomos de carbono alifáticos. Los ejemplos de alcoxi incluyen pero no se limitan a, metoxi, etoxi, propoxi, isopropoxi, n-butoxi, tert-butoxi, neopentoxi y n-hexoxi. Los ejemplos de tioalquilo incluyen pero no se limitan a metiltio, etiltio, propiltio, isopropiltio , n-butiltio, y similares . El término "alquilamino" , se refiere a un grupo que tiene la estructura -NHR' en donde R' es alquilo como se define en la presente. El término "dialquilamino" se refiere a un grupo que tiene la estructura -N(R' )2, en donde R' es alquilo como se define en la presente. El término "aminoalquilo" se refiere a un grupo que tiene la estructura NH2R' en donde R' es alquilo como se define en la presente. En ciertas modalidades, el grupo alquilo contiene de 1 a 20 átomos de carbono alif ticos. En ciertas otras modalidades el grupo alquilo contiene de 1 a 10 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades los grupos alquilo, alquenilo y alquinilo empleados en la invención contienen 1-8 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, el grupo alquilo contiene de 1 a 6 átomos de carbono alifáticos. Todavía en otras modalidades, el grupo alquilo contiene de 1 a 4 átomos de carbono alifáticos. Los ejemplos de alquilamino incluyen pero no se limitan a, metilamino, etilamino, iso-propilamino y similares. Algunos de los ejemplos de substituyentes de las porciones alifáticas antes descritas (y otras) de compuestos de la invención incluyen" pero no se limitan a, alifático,-heteroalif tico ; arilo; heteroarilo; alquilarilo alquilheteroarilo ; alcoxi; ariloxi; heteroalcoxi ; heteroariloxi ; alquiltio ariltio heteroalquiltio; F; Cl ; Br; I; -OH; -N02; -CN; -CF3; -CH2CF3; -CHC12; -CH2OH; -CH2CH2OB; -CH2NH2; -CH2S02CH3; -C(0)R'; -C02 (R' ) ; -CON(R')2; -OC(0)R'; -OC02R'; -OCON(R')2; -N(R')2 -S(0)2R'; - (R' ) S (0) 2R' , S(0)2R'N(R' )2, -NR' (CO)R' en donde cada que se presenta R' independientemente incluye pero no se limita a, alifático, heteroalifático, arilo, heteroarilo, alquilarilo, o alquilheteroarilo en donde cualquiera de los substituyentes alifáticos heteroalifáticos, alquilarilo o alquilheteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir, ramificar o no ramificar, cíclicos o acíclicos, y en donde cualquiera de los substituyentes de arilo o heteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir. Los ejemplos adicionales de substituyentes generalmente aplicables se ilustran por las modalidades específicas que se muestran en los ejemplos que se describen en la presente. En general, los términos "arilo" y "heteroarilo", como se usan en la presente, se refieren a porciones insaturadas estables mono o poli cíclicas, heterocíclicas , policíclicas y poliheterocíclicas , que tienen preferiblemente 3-14 átomos de carbono, cada uno de los cuales puede estar substituido o no substituido. Los substituyentes incluyen pero no se limitan alifáticas o para otras porciones como se describen en la presente, lo que resulta en la formación de un compuesto estable. En ciertas modalidades de la presente invención, "arilo" se refiere a un sistema de anillo carbocíclico , mono o bicíclico que tiene uno o dos anillos aromáticos que incluyen pero no se limitan a, fenilo, naftilo, tetrahidronaftilo , indanilo, indenilo y similares. En ciertas modalidades de la presente invención, el término "heteroarilo" como se usa en la presente, se refiere a un radical aromático cíclico que tiene de 5 a 10 átomos de anillo de los cuales, un átomo de anillo se selecciona de S, 0 y N; cero, uno o dos átomos de anillo son heteroátomos adicionales independientemente seleccionados de S, O y N; y los átomos de anillo restantes son carbono, el radical se une al resto de la molécula por medio de cualquiera de los átomos de anillo tal como por ejemplo, piridilo, pirazinilo, pirimidinilo , pirrolilo, pirazolilo, imidazolilo, tiazolilo, oxazolilo, isoxazolilo, tiadiazolilo, oxzdizolilo, tiofenilo, furanilo, quinolinilo, isoquinolinilo, y similares. Se apreciará que los grupos arilo y heteroarilo (incluyendo grupos arilo bicíclicos] pueden estar substituidos o no substituidos, en donde la substitución incluye el reemplazo de uño o más de los átomos de hidrógeno sobre ellos independientemente con cualquiera o más de las porciones siguientes incitadas pero no limitado a alifático, heteroalif tico, arilo, heteroarilo, alquilarilo, alquilheteroarilo, alcoxi, ariloxi, heteroalcoxi , heteroariloxi , alquiltio, ariltio, heteroalquiltio, heteroariltio, F, Cl, Br, I, -OH, -N02, -CN, -CF3, -CH2CF3, -CHC12, -CH2OH, -CH2CH2OH, -CH2NH2/ -CH2S02CH3, -C(0)R', COa(R'), -CON(R')2, -0C(O)R', -OC02R' , -OCON(R')2, -N(R')2, -S(0)2R', -N (R' ) S (0) 2R' , -S (0)2R'N(R' ) 2 , -NR'(C0)R', en donde cada que se presenta Rx incluye independientemente pero no se limita a, substatuyentes alifáticos, heteroalifáticos , arilo, heteroarilo, alquilarilo, o alquilheteroarilo, en donde cualquiera de los substituyentes alifático, heteroalifático, alquilarilo, o alquilheteroarilo antes descritos y en la presente pueden estar substituidos o no substituidos, ramificados o no ramificados, cíclicos o acíclicos, y en donde cualquiera de los substituyentes arilo o heteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir. Adicionalmente , se apreciará que cualquiera de los dos grupos adyacentes tomados en conjunto pueden representar una porción alifática o heteroalifática substituida o no substituida cíclica de 4, 5, 6, ó 7 miembros. Los ejemplos adicionales de los substituyentes generalmente aplicables se ilustran por las modalidades específicas que se muestran en los ejemplos que se describen en la presente. El término "cicloalgüilo" , como se usa en la presente, se refiere específicamente a grupos que tienen de tres a siete, preferiblemente de tres a diez átomos de carbono. Los cicloalquilos adecuados incluyen pero no se limitan a, ciclopropilo, ciclobutilo, ciclopentilo, ciclohexilo, cicloheptilo y similares, que como en el caso de otras porciones alifáticas, heteroalifáticas o heterocíclicas se pueden substituir opcionalmente con substituyentes que incluyen pero no se limitan a, alifático, heteroalifático, arilo, heteroarilo, alquilarilo, alquilheteroarilo, alcoxi, ariloxi, heteroalcoxi , heteroariloxi , alquiltio, ariltio, heteroalquiltio, heteroariltio, F, Cl, Br, I, -OH, -N02, -CN, -CF3, -CH2CF3, -CHCI2, -CH2OH, -CH2CH2OH, -CH2NH2, -CH2SO2CH3, -C(0)R', -C02(R'), -CON(R')2, -OC(0)R', -OC02R' , -OCON(R')2, -N(R')2, -S(0)2R', -N(R' )S(0)2R' , -S(0)2R'N(R')2, -NR'(CO)R' en donde cada que se presenta R' incluye independientemente pero no se limita a, substituyentes alifáticos, heteroalif ticos, arilo, heteroarilo, alquilarilo, o alquilheteroarilo, en donde cualquiera de los substituyentes alifático, heteroalifático, alquilarilo, o alquilheteroarilo antes descritos y en la presente pueden estar substituidos o no substituidos, ramificados o no ramificados, cíclicos o acíclicos, y en donde cualquiera de los substituyentes arilo o heteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir. Adicionalmente , se apreciará que cualquiera de las porciones cicloaliféticas o heterocicloalifáticas antes descritas y en la presente pueden comprender una porción arilo o heteroarilo fusionada a ella. Los ejemplos adicionales de substituyentes generalmente aplicables se ilustran por las modalidades específicas que se muestran en los ejemplos que se describen en la presente. El término "heteroalifático" , como se usa en la presente, se refiere a porciones alifáticas que contienen uno o más átomos de oxígeno, azufre, nitrógeno, fósforo, o silicio por ejemplo, en lugar de los átomos de carbono. Las porciones heteroalifáticas pueden ser ramificadas, no ramificadas, cíclicas o acíclicas, e incluyen heterociclos saturados e insaturados, tales como morfolino, pirrolidinilo, etc. En ciertas modalidades, las porciones heteroalifáticas están substituidas por el reemplazo independientemente de uno o más de los átomos de hidrógeno sobre ellas, con una o más porciones que incluyen pero no se limitan a, alifático, heteroalifático, arilo, heteroarilo, alquilarilo, alquilheteroarilo, alcoxi, ariloxi, heteroalcoxi , heteroariloxi , alquiltio, ariltio, heteroalquiltio, heteroariltio, F, Cl, Br, I, -OH, -N02, -CN, -CF3, -CH2CF3, -CHC12, -CH2OH, -CH2CH2OH, -CH2 H2, -CH2S02CH3, -C(0)R', C02(R'), -CON(R')2, -OC(0)R'( -OC02R' , -OCON(R')2, -N(R')2, -S(0)2R', -N(R' ) S (0)2R' , -"S (0)2R'N(R' )2, -NR'(CO)R',. en donde cada que se presenta ' incluye independientemente pero no se limita a, substituyentes i lifáticos , heteroalifáticos, arilo, heteroarilo, alquilarilo, o alquilheteroarilo, en donde cualquiera de los substituyentes alifático, heteroalif tico, alquilarilo, o alquilheteroarilo antes descritos y en la presente pueden estar substituidos o no substituidos, ramificados o no ramificados, cíclicos o acíclicos, y en donde cualquiera de los substituyentes arilo o heteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir. Adicionalmente se apreciará que cualquiera de las porciones cicloalifáticas o heterocicloalifáticas antes descritas y en la presente, pueden comprender una porción arilo o heteroarilo fusionada a ella. Los , ejemplos adicionales de substituyentes generalmente aplicables se ilustran por las modalidades especificas que se muestran en los ejemplos que se describen en la presente. Los términos "halo" y "halógeno" como se usan aquí , se refieren a un átomo seleccionado de flúor, cloro, bromo y yodo . El término "haloalquilo" denota un grupo alquilo como se define arriba, que tiene uno, dos o tres átomos de halógeno colocados a ello y se ejemplifica por grupos tales como clorometilo, bromoetilo, trifluorometilo y similares. El término "heterocicloalquilo" o "heterociclo" , como se usa en la presente, se refiere a un grupo de anillo de 5, 6, ó 7 miembros pero no se l anillos fusionados de seis miembros, que tienen entre uno y tres heteroátomos seleccionados independientemente de oxígeno, azufre y nitrógeno, en donde (i) cada anillo de 5 • miembros tiene de 0 a 1 dobles enlaces y cada anillo de 6 miembros tiene de 0 a 2 dobles enlaces, (ii) los heteroátomos de nitrógeno y de azufre se pueden oxidar opcionalmente, (iii) el heteroátomo de nitrógeno se puede cuaternizar opcionalmente y (iv) cualquiera de los anillos heterocíclicos anteriores se puede fusionar a un anillo de arilo o heteroarilo substituido o no substituido. Los heterociclos representativos incluyen pero no se limitan a pirrolidinilo, pirazolinilo , pirazolidinilo, imidazolinilo, imidazolidinilo, piperidinilo , piperazinilo, oxazolidinilo, isoxazolidinilo, morfolinilo, tiazolidinilo, isotiazolidinilo, y tetrahidrofurilo . En ciertas modalidades, un grupo "heterocicloalquilo o heterociclo substituido" , se utiliza y como se usa en la presente, se refiere a un grupo "heterocicloalquilo" o "heterociclo" como se define arriba, substituido por el reemplazo independiente de uno o más de los átomos de hidrógeno sobre él, pero no se limita a, alifático, heteroalifático, arilo, heteroarilo, alquilarilo, alquilheteroarilo, alcoxi, ariloxi, heteroalcox , heteroariloxi , alquiTtio, ariltio, heteroalquiltio, heteroariltio, F, Cl , Br, I, -OH, -N02, -CN, -CF3, -CH2CF3, -CHC12, - CH2OH , - CH2CH20rfi: . - CH2 H2 , -CH SO2CH3, -C(0)R', C02(R'), -CON(R')2, -OC(0)R', -OC02R' , -OCON(R')2, -N{R')2, -S(0)2R', -N(R' ) S (0) 2R' , -S (0) 2R'N(R' )2, -NR'(CO)R' en donde cada que se presenta R' incluye independientemente pero no se limita a, substituyentes alifáticos, heteroalifáticos, arilo, heteroarilo, alquilarilo, o alquilheteroarilo, en donde cualquiera de los substituyentes alifático, heteroalifático, alquilarilo, o alquilheteroarilo antes descritos y en la presente pueden estar substituidos o no substituidos, ramificados o no ramificados, cíclicos o acíclicos, y en donde cualquiera de los substituyentes arilo o heteroarilo antes descritos y en la presente se pueden substituir o no substituir. Los ejemplos adicionales o substituyentes generalmente aplicables se ilustran por las modalidades específicas que se muestran en los ejemplos que se describen en la presente. El término "candidato ligando" , se refiere a un compuesto que posee, o se ha modificado para poseer, un grupo reactivo que puede formar un enlace covalente con un grupo reactivo complementario o compatible en un objetivo. El grupo reactivo en el candidato ligando o el objetivo se puede ocultar por ejemplo un grupo protector. La frase "sitio de interés", se refiere a cualquier sitio en un objetivo sobre el cual se puede unir un ligando.

Como se usa en sirio que esta una proteína. Por ejemplo, si el objetivo es una enzima, un sitio de interés es un sitio que no es el sitio activo, si un objetivo es un receptor, un sitio de interés es un sitio que no es un sitio de enlace del ligando del receptor. Los términos "objetivo", "molécula objetivo" y "TM" , se usan de manera intercambiable y en el sentido más amplio, y se refieren a una entidad química o biológica para la cual el enlace de un ligando tiene un efecto en la función del objetivo. El objetivo puede ser una molécula, una porción de una molécula de un agregado de molécula. El enlace de un ligando puede ser reversible o irreversible. Los ejemplos específicos de moléculas objetivo incluyen polipéptidos o proteínas (por ejemplo, enzimas incluyendo proteasa por ejemplo, cisteína, serina y aspartil proteasas) , receptores, factores de transcripción, ligandos para receptores, factores de crecimiento citocinas, inmunoglobulinas , proteínas nucleares, componentes de transducción de señal (por ejemplo, cinasas y fosfatasas) , reguladores alostéricos de enzimas y similares, polinucleótidos , péptidos, carbohidratos, glucoproteínas , glucolípidos , y otras macromoléculas tales como complejos de proteína y de ácido nucleico, cromatina o ribosomas, estructuras que contienen bicapas de lipidos tales como membranas o estructuras derivadas de membranas tales específicamente moléculas biológicas obet o < "TBM" por sus siglas en inglés) como se definen a continuación. Una "molécula biológica objetivo" o "TBM" como se usa en la presente, se refiere a una molécula biológica sencilla o una pluralidad de moléculas sencillas que pueden formar un complejo biológicamente relevante uno con el otro, para el cual un agonista o antagonista de molécula pequeña tiene un efecto en la función del TBM. En una modalidad preferida, el TBM es una proteína o una porción del mismo o que comprende dos o más aminoácidos y que posee o que se puede modificar para poseer un grupo reactivo que puede formar un enlace covalente con un compuesto que tiene un grupo reactivo complementario. Los ejemplos ilustrativos de TBM incluyen enzimas, receptores, factores de transcripción, ligandos para receptores, factores de crecimiento, inmunoglobulina, proteínas nucleares, componentes de transducción de señal, glucoproteínas, glucolípidos y otras macromoléculas tales como complejo de proteína y ácido nucleico, cromatina o ribosomas, estructuras que contienen bicapas de lipidos tales como membranas o estructuras derivadas de membranas tales como vesículas. El objetivo se puede obtener en una diversidad de formas incluyendo el aislamiento y purificación de la fuente natural, síntesis química, producción recombinante y cualquier combinación de estos y métodos similares . Los objetivos de proteínas incluyen: proteínas del receptor soluble y de superficie celular, tales como receptores de superficie de células de linfocitos, enzimas, proteasas (por ejemplo, aspartilo, cisteína, metalo, y serina) receptores esteroides, proteínas nucleares, enzimas alóstericas, factores de coagulación, cinasas (serina/treonina cinasas y tirosina cinasas) , fosfatasas (serina/treonina, tirosina y fosfatasas de especificidad dual especialmente PTP-1B, TC-PTP y LAR) ; timidilato sintasa, enzimas bacterianas, enzimas fúngales y enzimas vírales (especialmente aquellas asociadas con el VIH, influenza rinovirus y RSV) ; moléculas de transducción de señal, factores de transcripción, proteínas o enzimas asociadas con la síntesis de ADN y/o ARN o la degradación, inmunoglobulinas, hormonas y receptores para diversas citosinas. Los ejemplos ilustrativos de receptores incluyen por ejemplo, eritropoyetina (EPO) , receptor estimulador de la colonia de granulocitos (G-CSF) , receptor estimulador de la colonia de macrófagos granulocitos (GM-CSF) , trombopoyetina (TPO) , interleucinas por ejemplo, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-11, IL-12, hormona del crecimiento, prolactina, lactógeno de placenta humana (LPL) , oncostatina CNTF, insulina, RANTES, MlPb, IL-8 , factor 1 de crecimiento de tipo de insulina (IGF-i) , factor de crecimiento epidermal (EGF) , heregulina-a y heregulina-b, factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF|:, factor de crecimiento de placenta (PLGF) , factores de crecimiento de tejidos (TGF-a y TGF-ß) , y factor de crecimiento de nervios (NGF) . Otros objetivos incluyen diversas neurotrofinas y sus ligandos, otras hormonas y receptores tales como factores morfogénicos de huesos, hormona estimuladora de folículo (FSH) y hormona luteinizante (LH) , ligando CD40, factores 1 y 2 de apoptosis (AP-1 y AP-2) , p53, bax/bcl2, mdm2 , caspasas (1, 3, 8 y 9) , catepsinas, receptor IL-l/IL-1, BACE, integrasa de VIH, PDE IV, helicasa de la hepatitis C, proteasa de la hepatitis C, proteasa del rinovirus, triptasa, cPLA (fosfolipasa citosólica A2) , CDK4 , cinasa de C-jun, adaptadores tales como Grb2, GSK-3, AKT, MEKK-1, PAK-1, raf , TRAF's 1-6, Tie2, ErbB 1 y 2, FGF, PDGF, PARP, CD2 , receptor C5a, CD4 , CD26, CD3 , TGF-alfa, NF-kB, beta IKK, STAT 6, Neurocinina-1 CD45, Cdc25A, SHIP-2, p53 humano, bax/bcl2, IgE/igER, ZAP-70, lck, syk, ITK/BTK, TACE, Catepsina S, K y F, CDlla, LFA/ICAM, VLA-4, CD28/B7, CTL.A4, TNF alfa y beta, (y los receptores p55 y p75 TNF), CD40L, p38 map cinasa, IL-2, IL-4, IL-13, IL-15, Rae 2, PKC teta, IL-8, TAK-1, jnk, IKK2 e IL-18. 3) Síntesis de los Compuestos de la Invención y Colecciones de Compuestos : Como se describe en mayor detalle en la ejemplificación en la presente, se una diversidad de reactivos y colecciones de interacción lateral (cuyos compuestos y colecciones se describen en detalle arriba) . En general, estos reactivos y colecciones de reactivos de interacción lateral, s¾¾.. preparan al derivar los bloques constructivos deseados con un ligador adecuado. Se apreciará que una diversidad de bloques de construcción se pueden utilizar para los reactivos y colecciones de reactivos de interacción lateral. Por ejemplo, se pueden utilizar ácidos de alquilo, ácidos de arilo, aminas de alquilo primarias, aminas de alquilo secundarias, aminas de arilo secundarias, aldehidos y cetonas como se describen en mayor detalle anteriormente y en la presente. Se apreciará que cada uno de estos bloques constructivos se puede adquirir de una fuente comercial o se pueden sintetizar para generar un bloque constructivo de interés particular. Además, los bloques constructivos que se adquieren de una fuente comercial también se pueden derivar para generar diversidad adicional (ver la química "1+nub", y los compuestos de la síntesis dé colecciones del "lado N" y "lado C" como se describe en la ej emplificación de la presente) . Ciertos ligadores ejemplares para su uso en la invención (la síntesis de la cual se describe en la ejemplificación en la presente) incluye pero no se limita a los siguientes ligadores que se muestráñ directamente a continuación: Se apreciará que los ligadores de amina se emplean generalmente para bloques constructivos que soportan un carboxilato, cloruro de sulfonilo o isocianato, mientras que los ligadores de carboxilato se emplean generalmente para la derivación de amina. También se apreciará que la longitud del ligador se puede variar como sea necesario para maestrear la superficie de una proteína dada o más generalmente, de un objetivo de interés. En general, se utilizan condiciones de acoplamiento estándar para acoplar un bloque constructivo deseado y un ligador deseado como se describe en mayor detalle en la presente. También se apreciará que una vez que se coloquen los bloques constructivos deseados a los ligadores adecuados, estos bloques constructivos se pueden derivar además para preparar reactivos a la medida como se describe en mayor detalle en la presente. 3 ) Usos Como se describe anteriormente, la presente invención proporciona compuestos novedosos y colecciones de compuestos que son útiles en el" desarrollo de guías de fármacos novedosos usando el método de interacción lateral El método general dé interacción lateral se soporta en la formación de un enlace covalente entre el ligando potencial y objetivo. El enlace covalente que se forma entre el ligando potencial y el objetivo permite una determinación sencilla de la estequiometría de enlace y de la ubicación del enlace. El método de interacción lateral se describe en la Patente de E.U.A. número 6,335,155, Publicación PCT número WO 00/00823, y Erlanson et al, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 97:9367-9372 (2000) las cuales se incorporan por ello como referencia y se describen brevemente a continuación. En general, los compuestos y colecciones de compuestos son útiles en el método antes descrito. Así en otra modalidad de la invención, un método para el descubrimiento del ligando se suministra, que comprende 1) hacer contacto de un objetivo que comprende un grupo químicamente reactivo en o cerca de un sitio de interés, con un compuesto o colección de compuestos como se describe en la presente, cuyo compuesto o colección de compuestos puede formar un enlace covalente con un grupo químicamente reactivo, 2) formar un enlace covalente entre el objetivo y el compuesto con lo que se forma un conjugado de un compuesto objetivo y 3) identificar el conjugado del compuesto objetivo. La ¦ Figura 1 ilustra esquemáticamente una modalidad del método de interacción lateral. En este caso, el objetivo es una proteína y el enlace covaJÉBjfce es un enlace bisulfuro. Como se muestra, una proteí¾||ffue contiene tiol reacciona con una pluralidad de candidatos a ligandos. Los candidatos a ligandos son ligandos potenciales que han sido modificados para incluir una porción que pueda formar un enlace bisulfuro. Esta porción puede .ser un grupo tiol o un tiol oculto tal como un Bisulfuro de fórmula -SSR" en donde R" es alifático no substituido C1-C10, alifático substituido C1-C10, arilo no substituido o arilo substituido. En ciertas modalidades, R" se selecciona para mejorar la solubilidad de los candidatos al ligando potencial. Los ejemplos ilustrativos de los candidatos al ligando incluyen aquellos como se describen en detalle arriba y en la presente. En ciertas modalidades ejemplares, los candidatos al ligando incluyen pero no se limitan a: en donde r es l ó 2; y t es O, 1 ó 2. También se apreciará que una vez que se identifica un candidato al ligando usando el método de interacción lateral antes descrito, los compuestos de interacción lateral como se describen arriba se pueden caracterizar usando métodos de cristalografía de rayos X. Cuando se usa la cristalografía de rayos X como un método de caracterización (u otros métodos de caracterización) es deseable obtener compuestos homogéneos después de la exposición a condiciones reductoras. Así en ciertas modalidades, los compuestos y colecciones de interés especial, incluyen aquellos compuestos y colecciones en donde representa una de las estructuras que tiene una porción substituida de tiosulfonato, cuya porción al exponerse a condiciones reductoras resulta en compuestos homogéneos: en donde r es 1 ó 2; y RA2 es una porción alquilo, heteroarilo, arilo, heteroarilo, - (alquilo) arilo, (alquilo) heteroarilo, " - (heteroalquilo) arilo, o (heteroalquilo) heteroarilo . En ciertas modalidades de interés especial RA2 es metilo o fenilo. Como se muestra, un candidato al ligando que posee una afinidad de enlace inherente para el objetivo, se identifica y un ligando correspondiente que no incluye la porción bisulfuro se hace que comprende el determinante de enlace identificado (representado por el círculo) . La Figura IB ilustra esquemáticamente la teoría detrás de la interacción lateral. Cuando una proteína que contiene tiol se equilibra con al menos un candidato al ligando que contiene bisulfuro, se establece el equilibrio entre la proteína modificada y no modificada. En modalidades preferidas, la reacción se presenta en presencia de un agente reductor. Si el candidato al ligando no tiene una afinidad de enlace inherente para la proteína objetivo, se gira el equilibrio hacia la proteína modificada. En contraste, si el candidato al ligando tiene una afinidad inherente para la proteína, el equilibrio gira hacia la proteína modificada. Ambas situaciones se ilustran en la Figura IB. En la primera, la porción RA del ligando candidato posee poca o ninguna afinidad de enlace para la proteína. Así, la formación del conjugado ligando proteína es una función de la probabilidad de la función de un enlace bisulfuro dada la concentración de la proteína el ligando candidato y el agente reductor. En el segundo, la porción RB del ligando candidato posee una afinidad de enlace inherente para la proteína. Consecuentemente, una vez que se forma el enlace bisulfuro entre la proteína y el ligando candidato, se estabiliza el conjugado de ligando proteína. Así, se gira el equilibrio hacia la formación del conjugado ligando proteína. Para ilustrar además la interacción lateral, el método ha sido aplicado para timidilato sintasa ("TS"), una enziiha esencial para virtualmente todos los organismos vivientes. La TS, junto con la dihidrofolato reductasa ( "DHFR" ) y la serina hidroximetilasa, forma una unidad funcional bioquímica, el ciclo de la timidilato sintasa que suministra la única trayectoria de novo para la síntesis de la base de ADN de timidina 5 ' -monofosfato ("dTMP") a partir de la base ARN dU P. Ambos TS y DHRF son objetivos para el desarrollo de fármacos anti -cáncer, debido a que el gen TS también se encuentra en muchos virus, también es un objetivo para el desarrollo de agentes antiparásitos, antifungales y antivirales . TS es un objetivo ideal de validación por diversas razones. Primero, se han determinado numerosas estructuras de cristal de alta resolución de diversas enzimas TS de manera que se puede incorporar la información estructural en el diseño del compuesto. Segundo, existe un ensayo simple colorimétrico para determinar si un ligando potencial se enlaza a TS . Este ensayo depende de la conversión de 5, 10-CH2-:¾folato a H2folato en presencia dé dUMP. Un segundo ensayo para el enlace también es espectrofotométrico y se soporta en la competencia con piridoxal-5' -fosfato ( "PLP" ) , * ½on lo cual forma un complejo con TS con una firma espectral única. La TS escogida para los propósitos de ilustración es la TS de E.coli. Como todas las enzimas TS, contiene un residuo de cisteína que se presenta naturalmente en el sitio activo (Cysl46) que se puede utilizar para interacción lateral. El TS de E.coli incluye otras cuatro cisteínas, pero éstas no se conservan entre otras enzimas TS y se ocultan y así no están accesibles. Sin embargo, si una o más de estas cisteínas fueran reactivas hacia los bisulfuros, entonces las versiones mutantes de estas enzimas se pueden usar en donde se muten estas cisteínas a otro aminoácido tal como la alanina. En el primer experimento, el mutante C146S y el TS de tipo silvestre (en donde la cisteína en la posición 146 se a mutado hacia las serina) hacen contacto con la cistamina H2NCH2CH2SSCH2CH2 H2. La enzima TS de tipo silvestre reacciona de manera limpia con un equivalente de cistamina mientras que el mutante TS no reacciona lo que indica que la cistamina reacciona y es selectiva para Cys-146. La TS de tipo silvestre se somete a diversos experimentos de interacción lateral con diversos acumulados de candidatos al ligando. La Figura 2 ilustra dos experimentos representativos de interacción lateral en donde los candidatos al ligando fueron de la fórmula Esta es una modalidad específica del género de candidatos al ligando de la fórmula RSSR" en donde R corresponde a RCC (=0)NHCH2CH2- y R" corresponde a -CH2CH2NH2. Rc es alquilo C1-C10 no substituido, alquilo C1-C10 substituido, arilo no substituido o arilo substituido, y es la porción variable entre este acumulado de miembros de la colección. La Figura 2A es el espectro de masa desplegada de la reacción de TS con un acumulado de diez candidatos al ligando diferentes con poca o ninguna afinidad de enlace para TS . En ausencia de algunas interacciones de enlace, el equilibrio en la reacción del intercambio de bisulfuro entre TS y un candidato al ligando individual es la enzima no modificada, esto se ilustra esquemáticamente por la siguiente ecuación.

Como se espera, el pico que corresponde con la enzima no modificada es uno de los dos picos más prominentes en el espectro. El otro pico prominente es TS en donde el tiol de Cysl46 se ha modificado con la cisteamina. Aunque especie no se miembro individual de efecto acumulativo de las reacciones de equilibrio para cada miembro de la colección del acumulado. Cuando la reacción se opera en presencia de un agente reductor que contiene tiol tal como 2-mercaptoetanol , la cisteína del sitio activo también se puede modificar con el agente reductor. Debido a que la cisteamina y el 2 -mercaptoetanol tienen pesos moleculares similares, sus enzimas respectivas de TS enlazadas al bisulfuro no se diferencian bajo las condiciones usadas en este experimento. Los picos pequeños en la derecha corresponden a miembros discretos en la colección. De manera notable, no son muy prominentes ninguno de estos picos. La Figura 2A es una característica de un espectro en donde ninguno de los candidatos al ligando posee ninguna afinidad de enlace inherente para el objetivo. La Figura 2B es el espectro de masas desplegado de la reacción de TS con un acumulado de 10 candidatos al ligando diferentes, en donde uno de los candidatos al ligando posee una afinidad de enlace diferente a la enzima. Como se puede observar, el pico más prominente es aquel que corresponde al TS en donde el tiol de Cysl46 se a modificado con el compuesto de N-tosil-D-prolina . Este pico hace más pequeño a todos los otros incluyendo aquellos que corresponden a la enzima no modificada y TTS en donde el tiol de Cysl46 se a modificado con la cisteamina. 2B es un ejemplo de espectro de masas en ekmde la interacción lateral ha capturado una porción que posee una afinidad de enlace inherente fuerte para el sitio deseado. Cuando sucede la interaefiiqfii lateral en presencia de un agente reductor, el proceso se vuelve más termodinámicamente impulsado y controlado por el equilibrio. La Figura 3 es una ilustración de este fenómeno y muestra tres experimentos en donde TS reacciona con el mismo acumulado de la colección que contiene el compuesto seleccionado de JV-tosil -D-prolina en presencia de una concentración creciente del agente reductor 2 -mercaptoetanol . La Figura 3A es el espectro de masas desplegado cuando la reacción se efectúa sin 2 -mercaptoetanol . El pico más prominente corresponde a TS que ha sido modificado con cisteamina. Sin embargo, el pico que corresponde a la Artosi1 -D-prolina sin embargo se selecciona moderadamente sobre los otros candidatos al ligando. La Figura 3B es el espectro de masas desplegado cuando la reacción está en presencia de 2 -mercaptoetanol 0.2 mM. En contraste con el espectro de la Figura 3A, el pico que corresponde a -tosil-D-prolina es el pico más prominente y así se selecciona fuertemente sobre los otros candidatos al ligandos. Finalmente, la Figura 3C es el espectro de masas desplegado cuando la reacción está en presencia de 2 -mercaptoetanol 20 mM. De manera no sorprendente, el pico más prominente bajo tales fuertes condiciones reductoras - s la enzima no modificada. Sin embargo, el pico que corresponde a N-tosil-D-prolina todavía se selecciona sobre aquél de a¾$os candidatos al ligando eh el acumulado de la colección. La Figura 3 resalta el hecho de que el grado de modificación de cisteína en una proteína objetivo, por un candidato al ligando en particular que posee una actividad inherente para el objetivo, es en parte una función de la concentración del agente reductor. En general, entre mayor es la afinidad de enlace del candidato al ligando para la proteína objetivo, mayor la concentración del agente reductor que se puede utilizar y todavía obtener una selección fuerte. Como resultado, la concentración del agente reductor utilizado en la separación por exclusión de interacción lateral se puede utilizar como un sustituto para la afinidad de enlace así como para fijar un límite inferior de la afinidad de enlace del candidato al ligando que debe tener para hacer fuertemente seleccionado. Como se estableció previamente, se puede usar el método de interacción lateral con un candidato al ligando sencillo o una pluralidad de candidatos al ligando. En modalidades preferidas, el método de interacción lateral se usa para separar por exclusión una pluralidad de candidatos al ligando (por ejemplo, 5, 20, 100, 500, 1000, y aún >1000) para maximizar la producción y eficiáBcia. Se puede desarrollar|Plma relación de actividad-estructura ("SAR") usando información a partir de un experimento de interacción lateral mucho de la misma manejta en que se desarrolla el SAR U$$@£D ' ensayos tradicionales. Por; ejemplo, los candidatos al ligando con Rs en el lado izquierdo a continuación, se seleccionaron fuertemente contra: la TS de E.coli pero aquellos candidatos al ligando con Rc; del lado derecho no lo hicieron.

Con base en los datos de la selección de aproximadamente 1200 compuestos, se determinó que el grupo de fenil- sulfonamida y el anillo de prolina son esenciales.. Por ejemplo, aunque TS parece ajustar un alto grado de. flexibilidad alrededor del anillo de fenilo en donde el anillo de fenilo puede estar substituido o no substituido con un rango de grupos que incluyen metilo, t -butilo, y halógeno, En otra modalÍM|, el ..-«^ iduo de cisteína que se presenta naturalmente sitio activo, se muta a una serina (C146S) y se introduce otra cisteína (L143C o H147C) . selecciono al análogo de N-tosil-D-prolina sino se seleccionaron diversas otras moléculas, se cree que estos resultados reflejan las diferencias en el ambiente de enlace local que rodea a las restricciones geométricas y de cisteína reactiva del ligador de bisulfuro. Se usa la cristalografía de rayos X para resolver las estructuras tridimensionales de los diversos complejos y enzimas nativas para confirmar que la información obtenida del interacción lateral se puede correlacionar con el enlace productivo al objetivo. La Tabla 1 detalla datos cristalográficos y parámetros de refinamiento. Un complejo fue del ácido libre del N-tosil-D-prolina enlazado a TS (cuarta entrada en la Tabla 1) . Otro complejo fue del derivado de N-tosil-D-prolina interacción lateral a la cisteína del sitio activo (Cys-146) (segunda entrada en la Tabla 1) . Todavía otro complejo fue el derivado de N-tosil-D- prolina interacción lateral al mutante C146S/L143C (tercera entrada en la Tabla 1) .

TABLA 1 Conjunt Grupo Dintensi Reso Reflece Final Rsym l/o Royss Rfree Desviaci Ángulos o de de ones de lucí iones izaci (/) °% u % , % ón rfiis de datos espacio la ón global ón - . de enlace célula y única : í enlace de longitud des¾.ac es iórt'-Xms Nativo 12.3 a = 10- 104,019 96.7( 4.9(3 20.5 19.8 24.4 0.010 2.30 131.17 1.75 36,586 91.6) 3.8) (4.0) N- P63 a = 10- 97,445 98.8( 4.4(2 14.7 19.8 26.8 0.010 2.59 tosil- 126.22 2.00 41,001 94.5) 6.0) (4.1) D- c = prolina 67.12 añadida con C146 N- P63 a = 10- 78,793 96.7 ( 8.1(2 12.8 19.6 26.7 0.014 3.06 tosil- 126.33 2.15 32,045 92.1) 8.2) (4.5) D- c · prolina 67.12 añadida con L143C N- 12.3 = 10- 202,300 100(1 7.4(2 19.7 19.2 23.8 0.011 2.43 tosil- 131.88 1.90 31,422 00) 8.2) (3.8) D- prolina no covalen te Glu-TP P63 a 2.1S 126.14 2.00 40,497 96.9) 1.9) (4.0) c = 66.81 Glu-TP- P63 A = 10- 142,016 95.8 ( 4.0(2 17.1 18.0 21.4 0.007 2.00. ß-Ala 126.03 1.75 58,487 85.2) 2.5) (4.9) C 66.84 Este no es un factor R libre verdadero, debido a qué el modelo de partida fue una estructura completamente refinada. Sin embargo, el conjunto de reflexiones del factor R libre se mantuvo constante para cada uno de los ref namientos anteriores . El cristal 12, 3 contiene un monómero por unidad asimétrica. La forma PG3 contiene el homodímero biológicamente relevante. Los valores en paréntesis son para la bandeja de resolución mayor. sRsym (f) = ?nd/hnt) /?hts/ntl en donde /htl es la intensidad de la reflexión. sRoym = ?nhl//Fobcl - Fobl/lobd, en donde Fobs y Foxs son los factores de estructura observados y calculados respectivamente para los datos utilizados en el refinamiento y sRtree = ?ntdllFobsl - lFoad/Fobsl en donde Fobs y Foxs son los factores de estructura observados y calculados respectivamente para el 10% de los datos omitidos de la refinación.

Significativamente, la ubiéáción de la porción toéil-D-prolina es muy similar1'!5en todos los tres casos (RMSD de 0.55 - 1.88 Á, en comparación a 0.11 - 0.56 Á para todos los carbones Ca en la proteína).;:.;, El hecho de que los substituyentes de iV-tosil -I?-pr¿f¾na se traslapen cercanamente con las interacciones laterales de bisulfuro de alquilo que convergen es esta porción a partir de diferentes residuos de cisteína, soporta la noción de que la porción N-tosil-D-prolina no la interacción lateral, es el determinante de enlace . Como se puede observar, la interacción lateral es un método poderoso que puede identificar ligandos que se enlazan a un sitio de interés en el objetivo. La interacción lateral se puede utilizar sola o en combinación con otros métodos de química medicinal para identificar y optimizar un candidato a fármaco . En un aspecto de la presente invención, la interacció lateral se usa para identificar un determinante de enlace (por ejemplo Rc) y luego se utiliza la química medicinal tradicional para hacer compuestos de afinidad superior que contengan los determinantes identificados de enlace o variaciones de los mismos. En una modalidad, se utiliza el interacción lateral para identificar un determinante de enlace y también se usa para evaluar si los compuestos? contienen variaciones de las determinantes de enlace en donde los ensayos funcionales; Jo están disponibles O son susceptibles a artefactos. Este método se ilustra esquemáticamente en la Figura 4. Como se puede observar, se utiliza el interacción lateral para identificar un determinante de enlace RD. Una vez que se identifica tal determinante de enlace, se utilizan los métodos de química medicinal tradicional para sintetizar variantes de RD en una colección modificada. La colección modificada de los candidatos al ligando incluiría variantes de RD tales como isósteros y homólogos de los mismos. La colección modificada también puede incluir compuestos prolongados que incluyen R° o variaciones de los mismos así como otros determinantes de enlace que pueden aprovechar las regiones de enlace adyacentes. La Figura 4 ilustra un compuesto seleccionado a partir de la colección modificada en donde el determinante · original de enlace RK se modifica a RK1 y el compuesto seleccionado incluye un segundo determinante de enlace R . Una ilustración del método detallado en la Figura 4 es ¿ como sigue en donde los derivados del compuesto seleccionado de N-tosil-D-prolina se hacen y prueban como una serie de candidatos al ligando usando interacción lateral . Con base en la estructura de cristal del jV-tosil-D-prolina unido al TS, el grupo metilo fueíSlíjyStel anillo de fenilo está en una ubicación prometedora ¾HÍÉF su uso como un punto de derivación. Ochenta y ocho derivados tienen seis diferentes longitudes de ¡enlazador se sintetizan y se determinan las constantes de inhibición de las versiones sin añadir de los candidatos al ligando . seleccionado. Dos de los mejores compuestos fueron: El Ki del compuesto 2 se determina que es alrededor de 55 µ? y el K del compuesto 3 se determina que es alrededor de 40 µ?. En otro aspecto de la presente invención, se suministran métodos para identificar dos determinantes de enlace qu se ligan juntas posteriormente. En general, el método comprende;; a) identificar un primer compuesto que se una a una proteína objetivo; b) identificar un segundo compuesto que se una a la, proteína objetivo; y c) ligar el primer compuesto y el segundo compuesto a través de un elemento ligador para formar una molécula de conjugado que se enlaza a la proteína objetivo. En la proteína objetivo en los sitios que no son de traslape. En otra modalidad, se identifica el primer compuesto usando interacción lateral y el segundo compuesto se identifica a través usando un método que no es de interacción lateral . En una modalidad, el método que no es de interacción lateral comprende un diseño racional de fármacos y química C¾H 4 (L-prolina) 83 ± 5µ C¾M 5 (D-prolina) 24 ± 7µ? 12 246 ± 46 µ? Hay una preferencia diferente para el enantiómero de D la prolina (compuesto 5) sobre el enantiómero L (compuesto 4) y el cc-carboxilato del uesiduo de glutamato que es importante debido a que se retiro c¾n¾puesto 12) o cambio a una amida primaria (compuesto 10) se correlaciona con una pérdida importante en la afinidad de En otro aspecto de la presente invención, se suministra una variación en el método de interacción lateral para su uso en la preparación y optimización de compuestos. El método comprende : a) suministrar un objetivo que tenga un nucleófilo reactivo en o cerca de un sitio de interés; y b) hacer contacto del objetivo con un diluyente con ío cual se forma un complejo de diluyente objetivo en donde el diluyente comprende una primera funcionalidad, que reacciona con el nucleófilo en el objetivo para formar un enlace covalente, y una segunda funcionalidad que puede formar : un enlace bisulfuro; c) hacer contacto del complejo diluyente objetivo con un candidato al ligando que pueda formar un enlace bisulfuro; d) formar un enlace bisulfuro entre el complejo diluyente objetivo y el candidato al ligando con lo cual se forma un conjugado de ligando diluyente objetivo, y e) identificar al candidato al ligando presente en el conjugado de ligando diluyente objetivo. Opcionalmente se hace contacto del objetivo con un candidato al ligando en presencia de un agente reductor. !iii) epóxidos aziridinas tales como tiiranos tales como (vi) halometil cetonas/amidas tales como en donde R es Ci-C20 alifático no substituido, Ci-C20 alifático substituido, arilo no substituido y arilo substituido, R' es H, -SR" en donde R" ha sido definido previamente y X es un grupo de partida. Los ejemplos ilustrativos incluyen halógeno, N2, OR, -P(=0)Ar2, -NO{C=0)R, -(C=0)R, -SR y vinil sulfonas. En otra modalidad, la primera funcionalidad es un grupo capaz de someterse a una adición de tipo SN arilo. Los ejemplos ilustrativos de grupos adecuados incluyen" 7-halo-2 , 1 , 3 -benzoxadiazaoles , r halobencenos para orto/nitro substituidos tales como en donde R' y X son como se definen previamente. En otra modalidad, la primera funcionalidad es un grupo capaz de someterse a una adición de tipo Michael . Los ejemplos ilustrativos de grupos adecuados incluyen cualquier porción que incluya un doble o triple enlace adyacente a un sistema de retiro de electrones tal como carbonil, iminas, quininas CN, N02, y -S(=0)-. Los ejemplos ilustrativos de tales diluyentes incluyen: en donde R' es como se define previamente. La Figura 6 ilustra una modalidad del método interacción lateral usando diluyentes. Como se muestra, un objetivo que incluye un nucleófilo reactivo -SH hace contacto con un diluyente que comprende una primera funcionalidad X que puede formar un enlace covalente con el nucleófilo reactivo y una segunda funcionalidad -SR" (en donde R" es igual que R" comQ se define arriba) qu$|¾ij de formar un enlace bisul-furo. U lateral se forma que luego hace contacto con una pluralidad de candidatos al ligando, El diluyente suministra un determinante de enlace (circulo) y el candidato al ligando suministra el segundo determinante de enlace (cuadrado) y los determinantes de enlace resultantes se ligan juntos para formar un compuesto conjugado. Para ilustrar además el método de interacción lateral usando diluyentes, se a aplicado el método a una caspasa 3 objetivo anti-apoptótica, un miembro de la familia dé la cisteína aspartil proteasa. Existen actualmente alrededor de una docena de miembros conocidos de la familia de la caspasa, muchos de los cuales están involucrados en el inicio o propagación de la cascada apoptótica. Las caspasas so objetivos de fármacos potenciales para una diversidad de indicaciones terapéuticas que involucran niveles excesivos o anormales de muerte celular programada tal como apoplejía, lesión traumática al cerebro, lesión a la espina dorsal, enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Huntington, enfermedad de Parkinson, enfermedades cardiovasculares, insuficiencia del hígado y sepsis. Además, la caspasa 3 incluye un residuo de cisteína que se presenta naturalmente en el sitio activo y que a establecido bien caracterizado tanto funcional como cristalográficamente . Un diluyente adecuado para su uso en el sitio activo de covalente con el tiol de la cisteína de sitio activo. Los diluyentes 13 y 14 también incluyen una segund funcionalidad, un -SH oculto en forma de un tioéster que se puede retirar en un momento adecuado. Por ejemplo, se puede convertir el tioéster en un tio libre, al tratar el complejo diluyente objetivo con hidroxilamina . Ambos diluyentes se muestra que modifican selectivamente las caspasas 3, en la cisteína de sitio activo y se tratan con hidroxilamina para generar los siguientes complejos : de diluyente a objetivo: "-í ; que es idéntico al candidato al ligando 15 excepto que carece del grupo hidroxilo no se selecciona por los complejos, objetivo diluyente 13' o 14' . Para evaluar la manera ;én que los diluyentes y los candidatos a ligandos seleccionados se unieron al objetivo, se determinaron dos estructuras de conjugado de ligando de diluyente a objetivo. La primera estructura fue del conjugado que se forma cuando el complejo objetivo diluyente 13' hace contacto con el candidato al ligando 15. La segunda estructura fue del candidato que se forma cuando el complejo diluyente objetivo 14' hace contacto con al candidato a ligando 16. La Tabla 3 resume datos cristalográficos seleccionados para estas estructuras.

TABLA 3 De manera notable, la porción de ácido aspártico de los diluyentes se sobre coloca con el residuo de aspartilo en un substrato tetrapéptido conocido. Con respecto al determinante de enlace del candidato al ligando 15, la sulfonamida de salicilato hace diversos contactos con la prote na incluyendo cuatro enlaces de hidrógeno. La porción de salicilato ocupa la cavidad P4 de la enzima que reconoce preferentemente al ácido aspártico en la caspasa 3. Con respecto a la determinante de enlace del candidato al ligando 16, la sulfona hace algunos de los mismos contactos que el salicilato. Dado que los determinantes de enlace del diluyente y el ligando candidatos se elaboran con contactos productivos con el sitio activo de la caspasa 3, se diseñaron compuestos en donde se reemplazan los bisulfuros con ligaduras más estables. Además, se hicieron derivados para formar sondas del SAR de los determinantes de enlace. Con respecto al conjugado que comprende el diluyente 13 y el candidato al ligando 15, el conjugado ligando diluyente objetivo comprende ·.

A partir de este conjugado, se elabora una clase de inhibidores potentes de la caspasa 3 que comprende la porción V ¾ Como se puede obs¾jf¾Ml se .-t?Qroa un método conservador en donde los dos átomos de azuf afse reemplazan con dos unidades de r : metileno y la arilaciloximetilcetona (primera funcionalidad) se reemplaza con aldehido sencillo lo que resulta en el compuesto 18, un inhibidor potente de la caspasa 3 con una ¡. de 2.8 µ?. La remoción del grupo hidroxilo para producir el compuesto 19 reduce la afinidad por un factor de 5, lo que confirma el SAR observado en la selección de interacción lateral. El retiro del grupo hidroxilo y de la porción acida para producir el compuesto 20 hace ablación completamente en la afinidad de enlace. Los estudios de modelado sugieren que el reemplazo del ligador metileno con una porción rígida de aminobencilo efectivamente haría un puente en la distancia entre el cuerpo aspartilo y el salicilato mientras se reducen los costos entrópicos del ligador. De hecho como se puede observar, el compuesto 21 tiene una Ki que es mayor de 10 veces mejor que el compuesto 18. Similarmente, una clase novedosa de inhibidores de la caspasa-3 resulta del conjugado ligando diluyente objetivo que comprende el diluyente 14 y el candidato a ligando 16, En una den En otra la estructura. en donde Y es CH2, S, SO, S02, y R es arilo sustituido ó arilo no sustituido. En otra modalidad, R12 es un heteroarilo no sustituido o heteroarilo sustituido. Un ejemplo-ilustrativo de un compuesto de este tipo es el compuesto 22 con una ki de 0.33 µ?. Los compuestos de salicilato que contienen sulfonamida de la presente invención son también de importancia. La identificación de sulfonamida de salicilato como un fragmento de enlace adecuado P4 , no se habría presentado usando químic medica tradicional. El uso del compuesto 21 como un ejemplo, la versión de salicilato con menos sulfonamida del compuesto 21 inhibe la caspasa-3 con un a ¾ de aproximadamente 28µ?. L adición de la sulfonamida de salicilato a este fragmento mejora el enlace alrededor de 200 veces y resulta en el compuesto 21 que tiene una ki de aproximadamente 0.16µ?, · Eri. contraste, la afinidad de enlace disminuye si uno utilisa : uií' tripéptido conocido que se enlaza a los sitios P1-P3 de la caspasa-3 tal como el compuesto I como el compuesto de 0.051 µ? is µ Como se puede ver, el compuesto I tiene una Ki de 0.051µ? y la adición de la porción de salicilato sulfonamida a este compuesto produce el compuesto de II que se muestra a un alrededor de una disminución de 300 veces en la afinidad de enlaces. Debido a esta dramática disminución, la exploración del enlace P4 con los tripéptidos no habría resultado en la identificación de la sulfonimida de salicilato como un fragmento de enlace adecuado P4. Todavía los compuestos que tienen este fragmento disponible para su enlace a P4 son inhibidores potentes. Consecuentemente, este ejemplo resalta el poder de la interacción lateral para identificar fragmentos importantes que no se puedan encontrar usand® métodos tradicionales. Como se muestra en el caso de la caspasa-3, estos fragmentos se pueden ligar juntos para formar antagonistas o agonistas poderosos de un objetivo de interés . Otra ilustración del poder de la interacción lateral, es el uso de la interacción lateral para identificar y/u optimizar moduladores de molécula pequeña de interacciones proteína-proteína tales como aquellas que involucran a la. a i la proliferación de linfocitos activados de ayuda T. Los estímulos mitogénicos o la interacción del complejo receptor de las células T o con los complejos antígeno/MHC sobre las células que presentas antígenos, provocan la síntesis y la secreción de IL-2 por las células T actividades seguidas por la expansión clonal de las células específicas de antígeno. Estos efectos se. conocen como efectos autocrinos . Además, IL-2 pueden tener efectos paracrinos en el crecimiento y actividad de las células B y las células exterminadoras naturales (NK) . Estos resultados se inician por la interacción de IL-2 con su receptor en la superficie de las células T. La disrupción de la interacción IL-2/IL-2R puede suprimir la función inmune, que tiene diversas indicaciones clínicas incluyendo la enfermedad de injerto contra hospedador (GVHD) , rechazo de transplantes y trastornos autoinmunes tales como la psoriasis, uveítis, artritis reumatoide y esclerosis múltiple. Se usan diversos métodos para descubrir un compuesto que inhibe la interacción IL-2/IL-2 . Los métodos tradicionales para una optimización adicional no fuero exitosos. Consecuentemente se utilizó la interacción lateral. Una estructura de rayos x de IL-2 unido a un derivado del compuesto 23, reveló una cavidad hidrofóbica potencial que puede suministrar experimentos adicionales de afinidad y d*e interacción lateral que se efectuaron usando mutantes de dos cisteínas de IL-2,Y31C y L72C que se hicieron para explorar este sitio.

Estos experimentos de interacción lateral identificaron diversos fragmentos que se unen a la cavidad hidrofóbica adyacente incluyendo aquellos a continuación: Los determinantes de enlace identificados luego se fusionaron sobre el compuesto 23 que resulta en compuestos con afinidades de en_ü compuesto 24 cuya estrutí que inhibe la interacción IL-2/IL2Rcx con un IC5o de nM y una mejora de más de 45 veces sobre el compuesto 23. Este ejemplo resalta como se puede utilizar interacción lateral para identificar /optimizar compuestos contra objetivos que fueron tradicionalmente no rastreables para selecciones de alta-producción. Como se puede observar en la figura 2, el compuesto::, unido al objetivo se puede detectar e identificar fácilmente por espectrometría de masas ("EM") . La EM detecta moléculas , basadas en una relación de masa a carga (m/z) y puede resolver moléculas con base en sus tamaños (revisado en, Yates, Trends Genet. 16: 5-8

[2000]) . El conjugado compuesto objetivo se puede detectar directamente en la EM o el conjugado de compuestos objetivo se puede fragmentar previo a " la detección. Alternativamente se puede liberar el compuesto , dentro del espectrofotómetro de masas e identif carse, posteriormente. Además, se puede usar en EM solo o en también usar para detect&í el enlace cuando sucede el enlace en un área esencial para la cual se mide el ensayo. Otras técnicas que pueden encontrar uso para identificar l compuesto orgánico unido a la molécula objetivo incluyen por ejemplo resonancia magnética nuclear (RMN) , resonancia de plasmón de superficie (por ejemplo, BIACORE) , electroforesis capilar, cristalografía de rayos X y similares,, todos los cuales serán bien conocidos por aquellos expertos en la técnica. Los métodos aquí descritos suministran técnicas poderosas para la generación de guías de fármacos y permite la identificación de uno o más fragmentos que se unen débilmente o con una afinidad de enlace moderada a úri objetivo en sitios cercanos uno del otro, y la síntesis de diáforas o moléculas mayores que comprenden los fragmentos identificados (monóforos) que se ligan covalentemente uno del-otro para producir compuestos de afinidad superior. Uos monóforos, diáforos o compuestos multiméricos similares que incluyen compuestos de ligando adicionales, son herramientas valiosas en el diseño racional de fármacos que luego se pueden modificar y optimizar además usando métodos de química medicinal y diseño auxiliado por estructuras. Claramente los monóforos o los multíforos identificados de conformidad con la presente invención, y las guías de fármacos modificadas y fármacos diseñados de ellos se pueden usail |jpor ejemplo para regular una diversidad de procesos biológicos in vi tro e ín vivo que requieren o dependen de la interacción especifica del sitio de dos moléculas. Se pueden usar moléculas que se unen a un polinucleótí¾o por ejemplo, para inhibi o evitar la activación de genes al bloquear el acceso de un factor necesario para la activación del gen objetivo, o reprimir la transcripción al estabilizar un ADN dúplex o interferir con la maquinaria de la transcripción.

Equivalentes Los ejemplos representativos que siguen se pretenden para ayudar a ilustrar la invención y no se pretende ni tampoco se deben constituir como limitantes del alcance de la invención. De hecho, varias modificaciones de la invención y diversas modalidades adicionales de las mismas, además de aquellas mostradas y descritas aquí, serán evidentes p©¾ aquellos expertos en la técnica, a partir de los contenidos completos de este documento, que incluyen los ejemplos .que siguen y las referencias a la literatura científica y de patentes citada aquí. Debe apreciarse además, que los contenidos de aquellas referencias citadas, son incorporadas aquí por referencia, para ayudar a ilustrar el estado de la técnica. Los ejemplos siguientes contienen información adicional importante, ejempliflcaij L n y asesoramiento, <¾o¾' pue£ . adaptarse a la práctica de* esta invención en sus diversas modalidades y las equivalentes de las mismas.

EJEMPJ_$ɾCACION Los compuestos de esta invención y su preparación pueden comprenderse además, mediante los ejemplos que ilustran algunos de los procesos mediante los cuales, estos compuestos se preparan o se usan. Sin embargo, se apreciará, que estos ejemplos no limitan la invención. Se considera que las variaciones de la invención, conocidas ahora o mejoradas adicionalmente, caen dentro del alcance de la presente invención, como se describe aquí y como se reivindicaron mas* adelante . 1) Descripción general de la estrategia sintética: Como se describe generalmente arriba, los compuesto de los ejemplos y las colecciones de los compuestos se sintetizaron mediante el acoplamiento de una aminá apropiada, ácido carboxílico, cloruro de sulfonilo, etc., bloques constructivos con ligadores apropiados. Se, describe con más detalle, la síntesis de los ligadores ejemplares, los compuestos ejemplares y las colecciones de los compuestos.

A. Síntesis de los ligadores de ejemplo: 1. Ligador de amina Al dihidroclorhidrato de cistamina (100 g, 444 mmol), se añadió NaOH 5 N (400 mi) , y la suspensión se agitó hast que se formó una solución clara. La solución se extrajo con DCM, (6 x 200 mi) y las capas DCM combinadas se secaron (Na2S04) , se filtraron y se concentraron para dar 64.5 gramos de la base libre deseada (95%) . A una solución de base libre (422 mmol) en THF (258 mi) se añadió por goteo, una solución de di-t- bu i1dicarbonato (0.5 eq, 212 mmol) en THF (212 mi). La reacción se permitió agitar durante toda la noche, después se concentró a un aceite, alojado en NaHS0 1M (500 mi) , y se lavó con acetato de etilo. La capa acuosa se enfrió en un baño de hielo, se trató con NaOH 5 M (200 mi), y la solución resultante se lavó inmediatamente con DCM. Las capas DCM se combinaron, se secaron (Na2S04) , se filtraron y se concentraron para dar 11.4 gramos de mono-Boc cistamina (21%) deseada. 2. Ligador del carboxilato.

Al N- (2 -mercaptoetil) carbamato de tert-butilo (10 gramos, 56 mmol) en DMSO (20 mi) se añadió ácido 3-mercaptopropiónico (6 gramos, 57 mmol) y la solución s calentó a 70°C durante 48 horas. La solución se enfrió, y el sólido ceroso resultante se disolvió en cloroformo (200 mi) se lavó con 5% de NaHC03 acuoso (4 x 50 mi) . Las capas: acuosas se combinaron, se acidificaron cuidadosamente a tornasol con HCl 1N, y se lavaron con CHC13 (4 x 50 mi) . Las capas orgánicas se combinaron, se lavaron con salmuera, se. secaron (Na2S04) , se concentraron y después se purificaron en gel de sílice (9/1 DCM/MeOH) para dar 1.8 gramos de un aceite incoloro (12%) . 3. Síntesis del ligador de alcoxiamina Preparación: BME ción TrtOH H0S HO STit AcOH BF,Et20 Disolver 1 eq. de B-mercaptoetanol 1 eq. en AcOH. Añadir 1 eq. de alcohol de tritilo y calentar hasta disolver. Añadir 1 eq. De BF3ET2O. Después de 10 minutos, apagar la reacción con H20 concentrado in vacuo. Diluir en diclorometano y lavar 3 veces con NaOH 3N, con salmuera, y secar en sulfato de sodio. Rotoevaporar y recristalizar a partir de EtOAc/Hexanos Bajo N2, se combinan 2 eq. de PPh3 y 2 eq. de N-hidroxi ftalamida y disolver en THF. Enfriar en hielo/NaCl/isopropanol a -10°C. Añadir 2 eq. de azodicarboxilato de dietilo vía una jeringa durante 1 minuto. La solución se vuelve de un color oscuro. Esperar 1 minuto. Añadir B-mercaptoetanol protegido con tritilo como una solución en THF. Hacer reaccionar durante 2 horas, después permitir calentar lentamente a la temperatura ambiente. Eliminar el solvente. Disolver en EtOAc mínimo. Eliminar el ppt. vía una filtración. Eliminar el solvente y someterlo á cromatografía: gradiente a 7:1 después retroceder a 3:1 hex : etoac .

?,???, Filtración THF TrtS NHz Disolver ftalamida en THF. Añadir hidracina en exceso (anhidro en THF) . El ppt se forma dentro de 15 minutos. Permitir la agitación adicional de 30 a 40 minutos. Añadir 2 veces un vol . 7:1 Hex: EtOAc . Filtrar a través de lana de vidrio. Disolver R-Vap EN etoac . min. Añadir 7:1 y filtrar nuevamente. Eliminar el solvente y secar bajo vacío. iva Disolver alcoxiamina en THF bajo N2. Añadir 1.5 eg,, de piridina vía una jeringa. Añadir una solución de cloroformato de 9-fluorenilmetilo en THF. Rxn. Ppt. durante la adición. Agitar 20 minutos. Añadir éter (2veces un volumen total de THF) . Lavar dos veces con ácido cítrico al 10%. Lavar una vez con salmuera. Secar en sulfato de sodio, después eliminar el solvente y secar bajo vacío.

Disolver tiol de tritilo en DCM. Añadir trietilsilano seguido por TFA y monitorear por TLC. Cuando se completa, eliminar el solvente y después coevaporar 3 veces con DCM.

FmocH os Disolver tiol en DCM. Añadir 1 eq. de disulfuro activado. Agitar durante 30 minutos. TLC 1:1 Hex:EtOAc. Chrom. :1 a 2:1 a 1:1. ?,?' FmocHN' piperidina Extractiva Disolver alcoxiamina protegida con Fmoc en THF. Añadir piperidina (100 microlitros para 40 mgs . ) . Agitar de 5 a 15; minutos. Eliminar el solvente, después triturar con los hexanos para eliminar el subproducto de fulveno. Secar baj#' vacío y almacenar el producto como una reserva de lOOmM en . metanol. Ver las notas 23 y 41 para protocolos más detallados y la RMN. 4. Síntesis del ligador de Bromoacetamida : BocHN Disolver 1 eq. de ácido bromoacético en una cantidad pequeña de éter. Enfriar en hielo. Añadir 1 eq. de cloroformato de isobutilo y 1 eq. de N-metil morfolino. Eliminar el precipitado de HCl N-metil morfolino mediante una filtración dentro de un frasco congelado a 0° C y lavar con éter. Añadir 1 eq. de cistamina protegida con mono-Boc como una solución 1M en DCM. Monitorear la reacción por TLC, luego de la terminación, eliminar el solvente y someterla a cromatografía con 2:1 hexanos/acetato de etilo. 5. Síntesis de MTSPA Metanosulfinato de sodio (calidad técnica, 85%)Aldric 43,306-3 10 gramos por $50 MW 102 MW 32 MW 134 MTS-Na Azufre (polvo) Aldrich 41,498-0 50 gr por $26 2g de metanosulfinado de sodio (MW 102, 17 mmol basados en 85% de pureza) 0.55 g de azufre (MW 32,17 mmol) (JOC 53 1988 p.401) Combinar el metanosulfinato de sodio y azufre en 60 mi en MeOH (grado reactivo) y calentar a reflujo. Someter a reflujo durante 1 hora, en el 'ffgtiritó en el cual el a?ufre habrá disuelto para producir una solución brumosa, Per&itir enfriar a la temperatura ambiente y filtrar a través dé celita. Eliminar el metanol in vacuo, y recristalizar a partir de aproximadamente 50 mi de EtOH caliente. Para la recristalización, habrá algunos materiales que deberán eliminarse mediante una filtración en caliente a través de celita. Aislar aproximadamente 1.4 gramos, 60% de la¡ pirlmer: cosecha, segunda cosecha si es posible. 1H RMN: únicamente a 3.36 ppm (D20) . Se usó el estándar interno para conformar, que todo el bromuro de sodio ha sido eliminado. MTSPA.HBr MW 134 MW 219 ^ 250 Bromohidrato de 3-bromopropilamina Aldrich B7,98Ó-3 100 g por $86 2.8 g MTS-Na (MW 134,21 mmól) ' 4.6 g de Bromopropilamina-HBr (MW 219,21 mmol Combinar los reactivos en 40 mi de EtOH y calentar-durante 6 horas (es probablemente que se complete mucho: más rápido después de 6 horas). Permitir enfriar, filtra para eliminar el NaBr y lavar con EtOH frió (Precaución:., el producto puede cristalizar fuera con bromuro de sodio). Concentrar el filtrado, recristalizar a partir de EtOH. Aislar aproximadamente el 60% (no óptimo).. 6. Síntesis del ligador de Tiopropilamina N-Boc aminoetanol Fluka 15303 -r 0.5 g de MTSPA-HBr (M 250,2 mol) 0.35 g de NBoc Aminoetanotiol ( W 177,2 mmol) 0.4 mi de DIEA (M 129, 2.2 rnmol) 50 mi de DCM Disolver MTSPA en 40 mi de DCM con 0.4 mi de DIDEA (se disolverá lentamente, ayudará a la sonicación. La solución turbia ligeramente insoluble puede ser una traza de NaBr desde la etapa previa). Disolver el tiol de aminoetano N-Boc en 10 mi de DCM y añadir por goteo durante 5 minutos a la solución agitada de MTSPA. Verificar mediante TLC después de 10 minutos (MeOH al 5% en DCM con una pocas gotas de TEA) para ver una sola mancha, RF 0.3, con una actividad de UV ligera y una respuesta de ninhidrina fuerte. Filtrar la reacción a través de Celita para eliminar lo materiales insolubles. Eliminar el solvente in vacuo y disolver el residuo en 5 mi de NaHS0 1M. Lavar dos veces con 10 mi de EtOAc, después enfriar en porciones acuosas en hielo y elevar el pH a 11 con NaOH. El extracto se lava dos veces con 10 mi de DCM, lavar los orgánicos con 10 mi de salmuera y secar después los orgánicos con Na2S04. Concentrar y secar bajo vacío, aislar aproximadamente el 85% del aceite incoloro producido.

B. Descripción general de la síntesis de las clases : ejemplares de los compuestos y colecciones de los compuestos: 1. onóforos derivados del ácido carboxílico Síntesis del ácido derivado de la colección de, disulfuro: 260 moles de 594 ácidos carboxílicos se acilaron en paralelo con 130 p????e equivalentes de 4-hidroxi - 3 -nitro-benzofenona en poliestireno usando DIC en DMF . Después de 4 horas a la temperatura ambiente, l resina se enjuagó con DMF (2 veces) , DCM (3 veces) , y THP (1 vez) para eliminar el ácido y el DIC no acoplados. Los ácidos se desdoblaron a partir de la resina, vía la formación de amida con 66 ^moles de cistamina protegida con mono-boc en THF. Después de la reacción durante 12 horas a la temperatura ambiente, el solvente se evaporó y 10 µG???ee de 66 cloruros de sulfonilo se acoplaron con 10.5 µp????e de cistamina protegida con mono-boc en THF (diisopropil etil amina al 2%) en presencia de 15 miligramos de poli (cloruro 4-vinilo) . Después de 48 horas, si poli (cloruro 4-vinilo) se eliminó vía filtración y. el solvente se evaporó. El grupo boc se eliminó de la mitad no acoplada de cada disulfuro usando TFA al 50% en DC . 60 Cloruros de sulfonilo (91%) derivados de disulfuros pasados por Q.C. por LCMS.

. Monóforos derivados de aldehido y cetona Síntesis de la cetona y la colección de disulfuro derivada de aldehido: 10 moles de 259 aldehidos y 225 cetonas se acoplaron en paralelo con 10.5 pmoles de HO (CH2) 2SS (CH2) 2ONH2 en metanol : cloroformo 1:1 (AcOH al 2%) durante 12 horas a la temperatura ambiente para dar el producto oxima. 259 disulfuros de aldehido (100%) y 189 (84%) cetonas derivadas de disulfuros pasados por Q.C. mediante LCMS . 5. Monóforos derivados de fenol Síntesis de las colecciones derivadas de fenol: 10 pmoles de cada uno de los 206 fenoles se disolvieron en 0.5 mi de DMF. Una solución acuosa de Cs2C03 0.8 M (12.5 µ?) se añadieron seguido por una solución de 10 µp??? del ligador de bromoacetamida en 12.5 µ? de DMF. Las reacciones se sellaron y se calentaron a 40°C durante 15 horas. Los productos se aislaron diluyendo las reacciones con 2 mi de DCM, se lavaron con 1 mi de NaOH 1M, se lavaron con salmuera y se secaron en sulfato de sodio. El grupo protector Boc se eliminó mediante la adición de HC1 2M en éter y las sales de HCL de las aminas se obtuvieron después de la evaporación de los solventes. 6. Síntesis de los análogos al metiltiosulfonato (MTS MTSEA Disolver metil tiosulfonato etil amina (0.25 mol, 5S mg) (sintetizada de la misma forma que la TSPA, descrita arriba, o adquirida por Toronto Research Chemicals) en mi de diclorometano con 2 equivalentes de diisopropiletil amina. En una redoma por separado, combinar 0.25 mmol de ácido carboxílico, 0.3 mmol de EDC y 0.3 mmol de HOBt . Añadir la solución de MTSEA y DIEA en DCM a la mezcla de ácido carboxílico con EDC y HOBt, y agitar. onitorear por HPLC, la reacción de acoplamiento se termina típicamente dentro de 2 horas. Para aislar el producto, primero se lava la solución orgánica con agua, después con NaHS04 acuoso 1 , después con salmuera. Secar la fase orgánica con sulfato de sodio y eliminar el solvente mediante evaporación rotatoria. Los productos pueden purificarse además, medíante CLAR preparada de fase inversa.

C. Generación de la diversidad de bloques constructivos: Como se discutió arriba, pueden usarse una variedad de bloques constructivos para generar los reactivos de interacción lateral de la invención. Por ejemplo, un número de aminoácidos bifuncionales , comercialmente disponibles, como se muestra directamente abajo, se encuentran disponibles para usarse en la presente invención. Sin embargo, se apreciará, que los bloques constructivos que van a ser usados en la invención no sean limitados por estos reactivos particulares. Adicionalmente , estos reactivos disponibles comerci generar Aunque pueden prepararse una variedad de colecciones y reactivos de interacción lateral, inventivos, usando bloques constructivos disponibles comercialmente, también es posible "hacer a la medida" estos bloques constructivos, o alternativamente, desarrollar bloque constructivos para el desarrollo de reactivos de interacción lateral "hechos a la medida" adicionales. Como un ejemplo para la posibilidad . de diversificación, la adición de incluso, una etapa sintética adicional simple, previa a la instalación del atador o "nudo" ("1 + nudo") puede incrementa dramáticamente, el número de compuestos nuev0$,, · accesibles, de incluso, materiales de inicio simples. Pueden considerarse incluso, síntesis de múltiples etapas, con la condición que el elemento diverso se instale en la penúltima etapa. Ejemplos de tales "1 + nudo", "2 + nudo", etc. La síntesis inicia a partir de la L-prolina, se ilustró en una modalidad, como se muestra directamente abajo: Instalar la interacción Se apreciará que el ejemplo de los aminoácidos restringidos descritos arriba, pueden modificarse adicionalmente (por ejemplo vía las modificaciones en el lado N o C como se describe con mayor detalle aquí} para generar la diversidad adicional en los reactivos interacción lateral y colecciones descritas aquí. Los aminoácidos construidos en ciertas modalidades se utilizan para su precedencia en moléculas biológicamente activas y consideraciones teóricas (menos grados rotacionales de libertad, colapso hidrofóbico resistente, isómeros posicionales y estereoquímicos puede probar diferentes regiones de espacio conformacional , etc.). Un esquema general para la modificación de los lados C y N de un aminoácido restringido se ilustra directamente abajo: Modificación de lado N Modificación de lado C una variedad de cloruros de restringidos variedad de aminas diversas sulfonilo, isocianatos y ácidos car box í lieos diversos Ejemplos de bloques de aminoácidos restringidos,, que incluyen pero que no se limitan a: ft líafc - { J .

Los bloques constructivos trifuncionales también son considerados ventajosos, puesto que desde el punto de modificación adicional, pueden permitir 1) la síntesis del regioisomero adicional, 2) la elaboración combinatoria/refinamiento de un acierto monóforo, y 3) ün sitio potencial para la recombinación con otros aciertos monóforos. El último punto debe tener una utilidad particular con interacción lateral, puesto que los aciertos obtenidos á partir de los mutantes Cys diferentes, tendrán por definición, sus nudos de recombinación, orientados inadecuadamente. Pocos bloques constructivos trifuncionales restringidos se encuentran comercialmente disponibles. Los reactivos trans-hidroxiprolina, y el ácido R- y S-piperazina- 2 -carboxílico están disponibles, y la lista se complementó con el ácido D- y L-2 , 3 -diaminopropionico (DAP) , y los aminoácidos Asn, Gln, y Tyr no restringidos, como se ilustra en la figura de abajo. 1. Modificaciones en el lado N Selección de reactivos para las modificaciones "lado N" . Ambos lados de terminación N y terminación C de un amino ácido restringido pueden emplearse para la incorporación de una diversidad de elementos. Se encuentran disponibles en una cantidad comercialmente razonable, aproximadamente 200 isocianatos y 100 cloruros de sulfonilo, estos conjuntos pueden examinarse fácilmente mediante una inspección simple para, seleccionar los reactivos. Se seleccionaron solamente 250 ácidos carboxíl icos .

Ejemplos de andamiajes de núcleo. Diversos andamiajes de aminoácidos restringidos se convirtieron en intermediarios comunes para colecciones de interacción lateral usando el esquema ilustrado abajo. Muchos de estos, se prepararon en una cantidad de 25 mmoles, que es suficiente para todas las 250 modificaciones en el lado N planeadas.

Esquema de síntesis de Andamiajes Andamiajes sintetizados para las primeras colecciones %¦, + nudo . Lo que se muestra abajo, son ejemplos de andamiajes de núcleo ejemplares, preparados en una cantidad suficiente. pa a» la síntesis de las colecciones. En la mayoría casos, estos productos son purificados para homogeneizarse mediante cromatografía instantánea previo a la síntesis de la colección .

Preparación de la colección: Protocolos de la síntesis . Así como se prepararon cada uno de los andamiajes, se modificarán en la misma forma que el mismo conjunto de bloques constructivos. Existe una eficiencia significativa ganada en este proceso, puesto que los SOPs desarrollados para el primer conjunto de andamiajes "ueden usarse en experimentos subsiguientes modificación. El Tecan se programó en disti configuraciones antes de que se encontrara un . arreglo satisfactorio. Este método ajusta hasta 66 elementos con; una diversidad de lados N y 2 andamiajes de núcleo en el módulo una vez. Existe un cuadrante que no está ocupado por materiales de inicio y es el único punto en donde se añaden los reactivos comunes. Todos los andamiajes de núcleo se modificaron con entradas de diversidad de lados N para preparar bien por arriba de 5,000 nuevos monóforos . Las reacciones se realizaron usando la química EDC/HOBt en 8:1 de DCM/DMF . * Purificación de la colección: Se inventó un procedimiento de extracción 1 íquida - 1 íquida eficiente adecuada para la semi -automatización en un estación de trabajo robótica Tecan. Se desarrolló un programa específico para la química 1 + nudo, el cual se muestra esquemáticamente abajo. En este método, los productos- de la reacción crudos (en DCM/DMF 8/1) se trataron primero con 1 mi. De HC1 0.25 M. Los frascos se agitaron vigorosamente en un agitador de vórtice para intermezclar completamente las capas orgánicas y acuosas. El frasco se permite conservar, y entonces, la capa orgánica (fondo) se transfiere a un frasco nuevo. Esta se trata entonces , con una solución de bicarbonato de sodio acuosa saturada, y el procedimiento de agitación se repite. Una placa de filtrado de 24 pozos bien profundos se carga entonces, con Mg2S0 anhidro y se coloca sobre un anaquel de 24 frascos codificados con barras tarados. La capa orgánica final se distribuye dentro de la placa de filtrado y se permite gotear dentro de los frascos tarados. Un lavado de 1 mi de DCM se añade a la placa de filtrado, y los filtrados combinados son evaporados a sequedad para completar la preparación semi-automatizada . La protección con Boc en el ligador de cistamina se elimina con HCl/dioxano y los frascos se concentran para secarse nuevamente. Todos los miembros de la colección son caracterizados por LCMS ; en algunos casos, aproximadamente el 10% de la colección se analiza también mediante H1 RMN. Con los monóforos hidrofóbicos,, 1 este método elimina la mayoría de los reactivos y los productos insuficientes y permite una buena recuperación del producto deseado. Los monóforos hidrof í lieos y monóforos con una función ionizable pueden requerir de una purificación CLAR como se eliminan a algunos en el proceso de extracción. A pesar de todo, el método de extracción líquida- líquida es adecuado para la mayoría de los compuestos preparados. 2. Colecciones en el †lado C" Modificaciones en el ¾ado C" . Las modificaciones en el lado C consisten de la condensación de un conjüfito altamente diverso de aminas coft' andamiaj es de núcleo con restricción conformacional que producen ácidos carboxílicos libres (ver abajo). Las aminas elegidas, comprenden 293 entradas que son seleccionadas en base a la funcionalidad diversa que exhiben.

Modificaciones del lado N ficaciones del lado C reacción con cloruros R = Fmoc-, H- de sulfonilo, isocianatos y aminoácidos reacción con ácidos carboxílicos aminas diversas restringidos Síntesis de los andamiajes. Se inventó un procedimiento que permite la síntesis de los andamiajes de núcleo en el lado C en ausencia de la química del grupo protector, que elimina tanto como tres etapas sintéticas. Como se muestra en el siguiente esquema, el ligador de interacción lateral del ácido carboxílico se convierte a su cloruro de acilo con el reactivo Vilsmeier, y se añade entonces a una suspensión helada de aminoácido en exceso en DCM/TEA. Este procedimiento se utilizó para la mayoría de los aminoácidos restringidos. 3. Otros andamiajes diversificados: Como s describe arriba, también es posible usar bloques constructivos diversificados adicionales para los reactivos de interacción lateral de la invención. Por ejemplo, los temas que se presentan frecuentemente en una sección transversal de áreas terapéuticas son heterociclos que tienen uno o dos heteroátomos , tales como piridinas, tlazoles, oxazoles, pirimidinas, etc. Otro tema omnipresente fue, las aminas terciarias. - Ejemplos de síntesis para estos fragmentos de interés se describen con más detalle abajo.

Síntesis de los heterociclos Tanto como sea posible, se elige la química que sea flexible tal que, las variaciones simples pueda constructivos. Los comunes para la síntesis de heterociclos y los derivados simples de este grupo funcio¾tkl pueden combinarse con un electrófilo para crear un heterociclo. Esto se muestra esquemáticamente abajo: Heterociclos: Estos heterociclos se preparan como bloques constructivos para una derivación subsiguiente con otros elementos diversos. Alternativamente, la química mostrada de., arriba, puede usarse para hacer diversas variaciones sutiles para cada heterociclo, como se ejemplifica abajo y aquí.

Ha sido empleado un procedimiento Hantzsch modificado en la ¾¡á¾ftesis de varios tiazoles. Los tiazoles son diseñados principalmente en base a la forma ?t ß' común de apariencia de este tema en el MDDR. Los aminoácidos apropiados se convirtieron a tioamidas en dos etapas, seguido por la ciclodehidración con la bromoacetona apropiada: 2) FAA, piridina Se prepararon varios derivados de aminoácidos de tiazol¿.. abarcando una sección transversal de restricción conformacional (ver abajo), estos se usaron para preparar una colección como se describe en los ejemplos de trabajo.

Síntesis de piridonas y pirrolidionas . Usando la química de aza-anulación, se empleó un intermediario común parM la síntesis de dos piperidonas y una pirrolidona con una buena- producción (ver abajo) . Esta química es suficientemente flexible para permitir la síntesis de análogos bicíclicos de estos temas, algunos de los cuales son miméticos reconocidos de giro en beta. Durante la optimización de la química, se encontró que algunas manipulaciones del grupo protector (hidrólisis del éster) conducen a la formación de subproductos significativos derivados del disulfuro del ligador de interacción lateral. La ruta optimizada usada para la protección del O-alilo, que podría ser desprotegído eficazmente en presencia del disulfuro que usa Pd(PPh3). Estos se usaron para preparar colecciones en el "lado C" como se describe previamente.

Piperazinas sustituidas. Las piperazinas son . la parte más común en el CMC y el MDDR, y se han preparado varias colecciones en el lado N nudo + 1 a partir de andamiajes de piperazina. Lo que se muestra abajo, es un intermediario común que puede usarse en la preparación de tres temas dé. piperazina (y sus regioisómeros) , incluyendo las formas que exhibirán últimamente una amina básica (Boc-protegida) , una amina terciaria (N-metilo) y una amida (N-acetilo) . Estas, tres partes representan fragmentos de las formas más comunes de derivación para este andamiaje de núcleo. Cada uno de estos pueden hacerse a partir del intermediario Boc/Fmoc indicado. Después de mucha experimentación, se inventó un. procedimiento eficiente de dos pasos, para la preparación de este intermediario, y 50 gramos fueron generalmente internos. Cada parte de piperazina se preparará y derivará sistemáticamente usando el conjunto de aminas "Go To".

Oxazoles. Los oxazoles son también, una parte común. Una variedad de oxazoles son preparados a partir de aminoácidos y seriña con una conformación restringida y serina que usan la ruta mostrada abajo: Los siguientes andamiajes se sintetizaron: Estos intermediarii · convirtieron a interacción lateral usani una ruta similar prev "lado C" 1 + nudo .

Los ejemplos de arriba involucra elaborar un bloque constructivo inusual o único que podría usarse como un intermediario para la síntesis del monóforo. Los siguientes ejemplos ilustran la qiiímica que lleva o conduce a una variante única del quimiotipo.

Preparación de las aminas terciarias. Una ruta de síntesis de fase sólida se adaptó para la preparación de las aminas terciarias. Brevemente, la inmovilización del ligador de cistamina a la resina BAL proporciona un intermediario común para un número de síntesis diferentes. En el ejemplo presente, el ligador de interacción lateral de resina-enlace se aciló con un aminoácido, el aminoácido se desprotegió entonces y después se aciló con un aldehido apropiado para preparar la amina terciaria deseada. La arilación también es posible usando los métodos establecidos. El procedimiento para la síntesis de la amina terciaria se muestra esquemáticamente abajo: Preparación de los aminotiazoles. Loa aminotiazoles que son preparados y sus síntesis, utilizan el mismo intermediario del ligador resina-enlace empleado para la síntesis de la amina terciaria. Aproximadamente 400 de estos compuestos se han preparado y se purificaron por CLAR previamente, para liberarlos dentro de la colección de los monóforos .

D. Ejemplos de la síntesis de las colecciones '· Ejemplo 1. La colección 000004 consiste de 484 compuestos pejDtidomiméticos conectados al ligador de interacción lateral cistamina-derivada. Esta colección consiste de cuatro aminoácidos restringidos conformacionalmente "andamiajes" que son acilados con 121 ácidos carboxílicos diferentes. La fórmula general para la colección es como sigue: Anda eHI)ciclo- donde R' está definida como para R5 y R6, como se describe generalmente aquí .

Ejemplo 2: La colección 000005 consiste de 453 compuestos peptidomiméticos conectados al ligador de* interacción lateral cistamina-derivada. Esta colección consiste de cuatro aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamiajes" que son acilados con 121 ácidos-carboxílicos diferentes. La fórmula general para la colecciótv es como sigue: Andamiajes Nombre: frans-L-Hyp ácido nicopecótico L-Ala D-A donde R' está definida como para Rs y Rs, como se describe generalmente aquí .

Ejemplo 3: La colección 000006 consiste de 453 compuestos peptidomiméticos conectados al ligador de interacción lateral cistamina-derivada . Esta colección consiste de cuatro aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamiajes" que son acilados con 121 ácidos carboxílieos diferentes. La fórmula general para la colección es como sigue : Andam nociclo- lico donde R' está definida como para R5 y R6, como se describe generalmente aquí .

Ejemplo 4: La colección 000007 consiste de 681 compuestos peptidomiméticos conectados al ligador de interacción lateral cistamina-derivada . Esta colección consiste de seis aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamiajes", que son acilados con 121 ácidos carboxílicos diferentes. La fórmula general para la colección es como sigue : donde R' está definida como para R5 y R6, como se describe generalmente aquí .

Ejemplo 5; La colección 000014 se preparó a partir de cuatro aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamia es", que son usados para acilar 293 diversas aminas secundarias y primarias (1172 reacciones) . Después de eliminar los compuestos que fallan por QC, son liberados 690; compuestos. La fórmula general para la colección es como sigue: alcoholes, ácidos, aminas, etc.

Andamiajes: Ej emplo 6: La colección 000017 se preparó a partir de 10 aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamiajes" que son usados para acilar 220 diversas aminas secundarias y primarias (aproximadamente 2200 reacciones) . Después de eliminar los compuestos que fallan por QC, 833 compuestos son liberados. La fórmula general para la colección es como sigue : Ejemplo 7: La colección 000018 se preparó a partir de 9 aminoácidos conformacionalmente restringidos "andamiajes" que son usados para acilar 220 aminas primarias y secundarias, diversas (aproximadamente 2000 reacciones). Despiés"!' < eliminar los compuestos que fallan por QC, 811 compuestos se liberaron. La fórmula general para la colección es como sigue: E emplo 8 : la colección 000016 se preparó a partir de cinco andamiajes de núcleo de tiazol, que se usaron para acilar 220 aminas secundarias y primarias diversas (1100 reacciones). 750 de estas pasaron por QC y se añadieron a la colección de separación por exclusión.

Identificación de E. Continuando con la interacción lateral a un TBM, los ligandos enlazados al objetivo, pueden detectarse fácilmente e identificarse por tamaño (revisar en Yates, Treft é Genet . 16: 5-8

[2000], Un espectrómetro de masas convierte primero las moléculas en iones de gas-fase, -^^ ués, los iones individuales' S« separan en base a la relación m/z y finalmente, son detectados. Un analizador de masa, el cual tiene una parte integral de un espectrómetro de masa, usa una propiedad física (por ejemplo, campos magnéticos o eléctricos, o un tiempo de vuelo [TOF] para separar los iones de un valor m/z particular que enciende entonces, al detector de iones . Los espectrómetros de masa, son capaces de generar datos rápidamente y por lo tanto, tienen un gran potencial para un análisis de alto rendimiento. La MS ofrece una herramienta muy versátil, que puede usarse para descubrir fármacos. La espectroscopia de masa puede emplearse sola o en combinación con otros medios para detectar o identificar el ligando del compuesto orgánico enlazado al objetivo. Las técnicas que emplean espectroscopia de masa son bien conocidas en la técnica y han sido empleadas para una variedad de aplicaciones (ver, por ejemplo, Fitzgerald and Siuzdak, Chemistry & Biology 3:707-715

[1996]: Chu et al., J. Aw. Chem.Soc. 118:7827-7835

[1996]; giudzak, Proc . Nati. Acad. Sci . USA 91: 11290-11297 [1994 ] ; I Burlingame et al., Anal. Chem. 68: 599R-651R

[1996]; Wu et al; Che istry & Biology 4: 653-657

[1997]; y Loo et al., Am. Reports Med . Chem, 31:319-325

[1996] ) . Otras técnicas a las que se les puede encontrar uso para identificar el compuesto unido a la molécula objetivo incluyen, por ejemplo, la resonancia magnética nuclear (R N) , electrofóresis capilar, cristalografía de rayos X, y similares, todas las cuales serán bien conocidas por aquellos expertos en la técnica. Se hace constar que con relación a esta fecha, él mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (1)

1. hidrógeno o un grupo protector, y X es un halógeno; y R1 es uno de los siguientes: son excluidos. 2. La colección de la reivindicación 1, caracterizada porque L es una de las siguientes estructuras: La colección de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada porque representa una de estructuras: cíclica que tiene la estructura en donde B-D, D-E, E-G, G-J, dos o más presencias de J, y J-B están cada una unidas independientemente por un enlace doble o simple como la valencia y la estabilidad lo permiten, en donde B es N, CH o C, D es -NRD-, =N, -0-, -CHRD-, o =*CRD-, E es -NRE-, =N-, -0-, -CHRE-, o =CRE-, G es —NRG~ , =N-, -0-, -CHRG-, o =CRG-, cada que se presentan, J es independientemente -NRJ-, =N-, -0-, -CHRJ-, o =CRJ-, m es 0 a 4 y p es 0 a 4, cada que se presentan, R3, R4, RD, RE, RG y RJ son, independientemente hidrógeno, un grupo protector, (CR7R8) qNR5R6, - (CRR8) q0R5, - ( CR7R8 ) qSR5 , - (CRR8) „ <C=0) R5, -(CR7R8)q(C=0)OR5; - (CR7R8) q (C=0) NR5R6, - (CR7R8) qS (0) 2 5, (CR7R8) qNR5 (C=0) R6, - (CR7R8) qNR5 (C=0) OR6, - (CR7R8) qS (0) 2NR5R6, - (CR7R8) qNR5S (0) 2R6, o una porción alifática, heteroalifática ,. arilo, heteroarilo, - (alifático) arilo, (alifático) heteroarilo, - (heteroalifático) arilo, o (heteroarifático) heteroarilo, q es 0 a 4 ; y cada que se presenta R5, R6, R7 y R8 son independientemente hidrógeno, un grupo protector, o un alifático, heteroalifático, arilo, heteroarilo, (alifático) arilo, - (alifático) heteroarilo, (heteroalifático) arilo, o - (heteroalifático) heteroarilo; (heteroalifático) eterí¾Bj$.o?;> ' por lo cual, cada j¡s de las porciones alifática y heteroalifática precedentes están no sustituidas o sustituidas, cíclicas o acíclilUs, rectas o ramificadas y cada una de las porciones cicloalifá ico, heterocicloalifático, arilo o heteroarilo precedentes están no sustituidas o sustituidas independientemente. 6. La colección de conformidad con la reivindicación 5, caracterizada porque L es y R1 es una de las estructuras . en donde N-D, D-E, E-G, G-J, dos o más presencias de J, y J-N están cada una unidas independientemente por un enlace doble o simple como la valencia y la estabilidad lo permiten, en donde D es -NRD-, =N, -O-, -CHRD-, o =CRD-, E es -NRE~, =N-, -O-, -CHRE-, o =CRE-, G es -NRG-, =N-, -O-, -CHRG-, o =CRG-, cada que se presentan, J es independientemente -NRJ~, =N-, -O-, -CHRJ-, o =CRJ-, m es 0 a 4 y p es 0-4, cada que se presentan de R3, R4, RD, RE, RG y RJ son independientemente hidrógeno, un grupo protector, (CR7R8) qNR5R6, -(CR7R8)qOR5, - (CR7R8) qSR5, - (CR7R8) q (C=0) R5» - (CR7R8)q(C=0)OR5, -(CR7R8)q(C=0)NR5R6,-(CR7R8)qS(0)2R5, (CR7R8)qNR (C=0)R6, - (CR7R8) qNR5 (C=0) OR6, - (CR R8) qS (O) 2NR5R6, - (CR7R8) qNR5S (O) 2R6/ o una porción alifática, heteroalifática., arilo, heteroarilo, - (alifático) arilo, (alifático) heteroarilo, - (heteroalifático) arilo, o; ¦ (heteroalifático ) heteroarilo, en donde q es 0 a 4; y cada que se presenta e R5, R°, independientemente hidróf no, un grupo p porción alifática, heteroalifática, arilo, heteroarilo, (alifático) arilo, - (alifático) heteroarilo, (heteroalifático) arilo, o - (he^ alifático) heteroarilo; por lo cual, cada una de las porciones alifática y heteroalifática precedentes están no sustituidas o sustituidas, cíclicas o acíclicas, rectas o ramificadas y . cada una de las porciones cicloalifático, heterocicloalifático, arilo o heteroarilo precedentes estén no sustituidas o sustituidas independientemente. 8. La colección de conformidad con la reivindicación 7, carac Y uno ° ambos de R1 o en donde R1 y R2 tomados juntos con N forman una porción, cíclica que tiene una de las siguientes estructuras: 14. La colección de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada porque L es y NR R' tiene uñé ¼ las siguientes estructuras: 15. La colección de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada porque L es R2^ *"^*1" , y NRXR¿ tiene una de O las siguientes estructuras: NLJ R6 Vi R« k- CH, *B - RSA' , N. R5' 16. La colección de conformidad con la reivindicación R1 3, caracterizada porque L es || , y R y R son cada O uno independientemente hidrógeno o una porción-: cicloalifática, heterocicloalifática, arilo o heteroarilo sustituida opcionalmente con una porción heteroarilo sustituida . 17. La colección de conformidad con la reivindicación 16, caracterizada porque la porción de heteroarilo sustituida tiene una de las estructuras: en donde R9 es -C00 (R10) , -C0 (R10) , -C0 (NR10R11) , -NR^R11, -NR10COR11, -OR10, o -SR10, en donde cada que se presenta R10 es independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, arilo, heteroarilo, (alifático) arilo, - (alif tico) heteroarilo; (heteroalifático) arilo, (heteroalifático) heteroarilo, por lo cual, cada una de las porciones heteroalifáticas y alifáticas anteriores están no sustituidas o sustituidas, cíclicas o acíclicas, rectas o ramificadas y cada una de las porciones cicloalifáticas, heterocicloalifáticas , arilo o heteroarilo precedentes están no sustituidas o sustituidas independientemente . 18. La colección de la reivindicación 17, caracterizada porque R1 y R2 representan una de las siguientes estructuras: en donde 9 es -COOH o es CO (NR10R1:L) , en donde cada que se presentan R10 y R11 son independientemente hidrógeno, un grupo protector, o una porción alifática, heteroalifática, arilo, heteroarilo, - (alifático) arilo, (alifático) heteroarilo; - (heteroalifático) arilo, (heteroalifático) heteroarilo, por lo cual, cada una de las porciones heteroalifáticas y alifáticas precedentes están no sustituidas o sustituidas, cíclicas o acíclicas, rectas o ramificadas y cada una de las porciones cicloalifáticas , heterocicloalifáticas , arilo o heteroarilo precedentes están no sustituidas o sustituidas independientemente . 19. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque la colección comprende al menos 5 miembros . 20. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque la colección comprende al menos 20 miembros . 21. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque la colección comprende al menos 100 miembros . 22. La colección de conformidad con la reivindicación 3,. caracterizada porque la colección comprende al menos 500 miembros . 23. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque la colección comprende al menos 1000 miembros . 24. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque cada miembro tiene un peso mole<?$Iar diferente. 25. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque cada miembro tiene una masa que difiere de otro miembro por al menos 5 unidades de masa atómica. 26. La colección de conformidad con la reivindicación 3, caracterizada porque cada miembro tiene una masa que difiere de otro miembro por al menos 10 unidades de masa atómica. 27. Un método para descubrir el ligando caracterizado porque comprende: contactar un objetivo que comprende un grupo, químicamente reactivo en o cerca de un sitio de interés con-un acumulado de una pluralidad de miembros de colección de: la colección de la reivindicación 3, en la cual al menos un miembro de la colección es capaz de formar un enlace covalente con un grupos químicamente reactivos ,- formar un enlace covalente entre el objetivo y al menos un miembro de la colección con lo que forma de este modo al menos un miembro de la colección-objetivo conjugado; e identificar el miembro de la colección objetivo con ugado .