KR20210045755A - 고구마 품종 판별용 snp 마커 및 이를 이용한 품종 판별 방법 - Google Patents

고구마 품종 판별용 snp 마커 및 이를 이용한 품종 판별 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명에 따른, 고구마 품종 판별용 SNP 마커를 이용하여 상용되고 있는 고구마의 원산지에 따른 품종 판별 및 순도 검정과 더불어, 품종 보호와 종자 관리체계 확립을 위한 품종의 구별성(distinctness), 균일성(uniformity) 및 안정성(stability) 검정에 유용하게 활용될 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 고구마 품종 판별용 SNP 마커는 수입 개방화 시대에 우리나라 육성 품종에 대한 지적재산권 확보 및 향후 고구마 품종 등록 시 품종 보증의 표지 인자로 활용 가능하다.

Description

고구마 품종 판별용 SNP 마커 및 이를 이용한 품종 판별 방법{SNP marker for discriminating cultivars of sweet potatoes and method for discriminating cultivars using the marker}
본 발명은 고구마 품종 판별용 SNP 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
육종에 이용되고 있는 대부분의 작물에서 해마다 많은 양의 유전자원이 수집되고 있으며, 수집된 유전자원의 종내 혹은 아종내 자원구분은 정확한 유전자원의 관리를 위하여 필요하며 출원되는 품종의 신속한 판별은 신품종 보호를 위하여 매우 중요하다.
또한, 국제 식물 신품종 보호동맹(International Union for the Protection of New Varieties of Plants, UPOV)에 우리나라가 가입하고 종자산업법이 발효되면서 육종가의 권리 보호 및 농가소득 증대를 위하여 과학적인 국내외 농산물 품종 구분 필요성이 대두 되었으며, 영양번식작물인 고구마의 경우에도 품종과 자원에 대한 변별력이 있는 식별시스템이 필요한 실정이다.
현재 품종 구별은 전통적인 멘델의 법칙을 적용한 표현형 위주의 형태학적 형질 및 효소나 단백질 변이와 같은 생화학적 특성에 의해 이루어지고 있다. 그러나, 이와 같은 방식은 변이의 빈도가 낮고 모든 작물에 대한 적용에 한계가 있으며, 생산자의 재배 조건에 따라 다른 결과를 초래할 수 있어서 정확한 품종 판별이 곤란하기 때문에 분자 수준에서의 품종 구별 방법이 활발하게 연구되고 있다. 예를 들면, 네덜란드에서는 장미 및 토마토에 대해 각 품종별 DNA 프로파일을 데이터베이스화하였고, 일본은 벼 등의 작물에 대한 품종 식별용 분자마커를 개발하여 품종 보호에 활용하고 있다.
분자마커는 DNA 염기서열의 차이를 대상으로 모든 조직에서 탐지할 수 있으며, 환경적인 영향과 유전자 간의 다면 발현에 의한 영향을 받지 않는다는 장점을 가지고 있다. 현재 주요 작물에 대한 게놈 유전자 지도 작성이 활발하게 진행되고 있고, 분자표지는 육종의 선발 과정에 실제로 활용되고 있다. 식물의 육종 연구에 이용할 수 있는 분자마커가 다양하게 개발되어 왔으며 개발된 분자마커를 대량으로 검증하고 판별할 수 있는 기술과 실험 기자재도 매우 빠르게 개발되고 있다. 시간이 많이 소요되는 기술보다는 PCR을 이용한 RAPD(Random Amplified polymorphic DNA), AFLP(Amplified fragment length polymorphism), SSR(Simple Sequence Repeat) 및 SNP(Single nucleotide polymorphism) 분석 등 다양한 분자마커 기술이 폭넓게 이용되고 있다. 분자마커 중 공우성 표지(codominant marker)를 이용하면 유전자의 동형접합(homozygous) 여부를 판별할 수 있으며, 형질이 발현되기 전에 조사가 가능하여 품종 육성에 있어서 빠른 판별이 가능하다는 장점이 있다.
SNP(Single nucleotide polymorphism)는 개체 간의 DNA에 나타나는 하나의 염기 차이로, 매우 다양한 종의 게놈에 걸쳐서 존재한다. 식물체 게놈에 나타나는 빈번한 SNP는 유전자 지도제작(mapping), 분자마커 보조 육종(marker assisted breeding) 및 유전자지도 기반 클로닝(map-based cloning)을 가능하게 한다. SNP는 게놈 유전자 표지 중 가장 많으며, 이러한 SNP를 검출하기 위해서 실험의 용이성 및 비용을 고려한 다양한 SNP 검출 방법과 실험장비가 개발되고 있다.
고구마의 경우 특허권 및 로열티 문제로 고구마 품종에 대한 변별력 요구가 급증하고 있으나, 고구마는 동일 품종 내에서도 형태적 구분이 어려워 판별에 어려움을 겪고 있다. 더욱이, 현재 고구마 재배 시 단일 품종화가 이루어지지 않고 있으며 혼재되어 존재하여 상품의 단일화나 규격화가 힘든 상태이다.
특히 재배종 고구마의 경우 다배수체(6배체)로 고구마 품종 판별에 어려움이 있었다. 현재까지 개발된 고구마 품종 판별 마커로는 SSR(Simple Sequence Repeat) 마커, RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 마커 등이 있으나 재현성이 낮아 품종 판별에 어려움이 있다. 최근 2배체 야생종 고구마 유전체 정보 기반 SNP(Single Nnucleotide Polymorphism, Fluidigm 플랫폼 이용) 마커 등이 개발되었으나 재배종 6배체 고구마의 정확한 품종 판별에는 어려움이 있다.
이에, 고구마의 산업적 이용도 증대 및 새로운 시장개척 등을 위한 고구마 품종 판별 마커의 개발이 필요한 실정이다.
이러한 배경하에서, 본 발명자들은 고구마 품종 판별 분자 마커를 개발하기 위하여, 고구마 유전체 염기서열 비교분석 및 다형성 확인을 통하여 신규 SNP 분자 마커를 도출하고, 이를 토대로 다양한 원산지의 고구마 품종간의 SNP 분자 마커 증폭용 프라이머 세트를 개발함으로써, 본 발명을 완성하게 되었다.
대한민국 등록특허 제10-1448964호
본 발명의 해결하고자 하는 과제는 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 76번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 및 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 고구마 품종 판별용 SNP 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 과제는 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 고구마 품종 판별용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 과제는 상기 조성물을 포함하는 고구마 품종 판별용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 과제는 고구마 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계, 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 고구마 품종 판별용 조성물을 이용하여 PCR을 수행하는 단계 및 상기 PCR을 수행하는 단계에서 증폭된 PCR 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 고구마 품종 판별 방법을 제공하는 것이다.
상기 과제를 해결하기 위해 본 발명은 하나의 양태로 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 76번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 및 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 고구마 품종 판별용 SNP 마커를 제공한다.
본 발명에서 “고구마”의 학명은 이포모에아 바타타스(Ipomoea batatas)이고 메꽃과의 한해살이 뿌리채소로, 주로 전분이 많고 단 맛이 나는 혹줄기를 가진 재배용 작물이다.
본 발명에서 “고구마 품종”은 일본 고구마 품종 또는 국내 고구마 품종이며, 상기 일본 고구마 품종은 안노베니 또는 베니하루카거나, 상기 국내 고구마 품종은 전미, 증미, 주황미, 신건미, 신자미, 예스미 및 율미로 이루어진 군에서 선택되는 것일 수 있다.
본 발명에서 용어 "판별"은 고구마 품종 시료로부터, 본 발명의 프라이머 세트에 의해 품종의 다양성을 판단하여 구별하는 것을 의미하며, '구별'과 혼용하여 사용할 수 있다.
본 발명의 용어 "SNP(Single Nucleotide Polymorphism)"란, 단일염기다형성으로, 게놈에서 단일염기(A, T, C, 또는 G)가 종의 멤버들간 또는 한 개체의 쌍 염색체 간에 다른 경우에 발생하는 DNA 서열의 다양성을 의미한다.
본 발명의 용어 "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립유전자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다. SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 벼 키다리병 저항성과 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.
본 발명의 용어 "다형성(polymorphism)"이란, 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 의미하며 다형성 부위 중에서, 개체에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일 염기 다형성이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 5% 또는 10% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.
본 발명의 용어 "대립유전자(allele)"란, 상동염색체의 동일한 유전자좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.
본 발명의 실시예에서 일본 고구마 품종 2종(안노베니 및 베니하루카)과 상기 국내 고구마 품종 7종(전미, 증미, 주황미, 신건미, 신자미, 예스미 및 율미)에서 유전자를 분리하고, 재배종 표준 고구마 품종에 대해 SNP를 분석한 결과 CDS 영역의 119개의 high quality SNP를 분리하였다.
분리된 SNP 영역의 전후 200bp의 염기서열을 추출하고 1.8 Gb 재배종 고구마 표준유전체 영역에 2개 이상의 중복 SNP 영역을 나타내는 것을 제외하고 1개의 SNP 영역만을 나타내는 30개의 SNP를 선발하였으며, 최종적으로 16개의 SNP 마커(서열번호1 내지 16)를 선발하였다.
구체적으로 서열번호1 내지 3의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 안노베니 품종에서는 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호1 및 2의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 안노베니 품종에서는 T로 특이적이고, 그 외 품종에서 C임을 확인하였으며, 서열번호3의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 안노베니 품종에서는 G로 특이적이고, 그 외 품종에서 A임을 확인하였다.
서열번호4 내지 6의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 베니하루카 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호4의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 베니하루카 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였고, 서열번호5의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 베니하루카 품종에서 C로 특이적이며, 그 외 품종에서 T임을 확인하였고, 서열번호6의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 베니하루카 품종에서는 T로 특이적이고, 그 외 품종에서 A임을 확인하였다.
서열번호7 및 8의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 전미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호7로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 전미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였고, 서열번호8의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 전미 품종에서는 T로 특이적이고, 그 외 품종에서 C임을 확인하였다.
서열번호9의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 증미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호9의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 증미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였다.
서열번호10 및 11의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 주황미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호10의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 주황미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였고, 서열번호11의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 전미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였다.
서열번호12 및 13의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 신건미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호12의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 신건미 품종에서는 G로 특이적이고, 그 외 품종에서 A임을 확인하였고, 서열번호13의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 신건미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였다.
서열번호14의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 신자미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호14의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 신자미 품종에서는 G로 특이적이고, 그 외 품종에서 A임을 확인하였다.
서열번호15의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 76번째 염기가 예스미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호15의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 76번째 염기가 예스미 품종에서는 A로 특이적이고, 그 외 품종에서 G임을 확인하였다.
서열번호16의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 율미 품종에서 특이적임을 확인하였고, 구체적으로 서열번호16의 염기서열로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 율미 품종에서는 T로 특이적이고, 그 외 품종에서 C임을 확인하였다.
따라서 서열번호1 내지 14 및 서열번호16으로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드, 및 서열번호15로 구성된 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드를 SNP 마커로 이용하여 일본 고구마 품종 2종(안노베니 및 베니하루카) 또는 국내 고구마 품종 7종(전미, 증미, 주황미, 신건미, 신자미, 예스미 및 율미)를 판별할 수 있다.
구체적으로, 상기 고구마 품종이 안노베리인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호1, 2 또는 3의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 베니하루카인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호4, 5 또는 6의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 전미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호7 또는 8의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 증미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호9의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 주황미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호10 또는 11의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 신건미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호12 또는 13의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 신자미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호14의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 예스미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호15의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
상기 고구마 품종이 율미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호16의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명의 다른 양태로 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 고구마 품종 판별용 조성물을 제공한다.
본 발명에서 SNP 마커, 고구마 품종, 판별에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명에서 SNP 마커를 증폭 또는 검출할 수 있는 제제는, 상기 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머, 또는 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 검출하는 프로브를 포함한다.
본 발명의 실시예에서 SNP 마커 16종(서열번호1 내지 16)에 검출하기 위해 표 19(서열번호17 내지 50)의 염기서열로 표시되는 프라이머 세트 및 표 20(서열변호51 내지 82)의 염기서열로 표시되는 프로브 세트를 제조하여, dual-labeled DNA probe 기반의 SNP genotyping assay kit를 제조하였다.
구체적으로 일본 고구마 품종인 안노베리 품종 특이적인 SNP(서열번호1 내지 3)를 검출하고자, 서열번호17 및 18로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호51 및 52로 표시되는 프로브 세트; 서열번호19 및 20으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호53 및 54로 표시되는 프로브 세트; 및 서열번호21 및 22로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호55 및 56으로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 베니하루카 품종 특이적인 SNP(서열번호4 내지 6)를 검출하고자, 서열번호23 및 24로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호57 및 58로 표시되는 프로브 세트; 서열번호25 및 26으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호59 및 서열번호60으로 표시되는 프로브 세트; 및 서열번호27 및 28으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호61 및 서열번호62로 표시되는 프로브 세트를 제조하였다.
또한 국내 고구마 품종인 전미 품종 특이적인 SNP(서열번호7 및 8)을 검출하고자, 서열번호29 및 30로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호63 및 64로 표시되는 프로브 세트 및 서열번호31 및 32로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호65 및 66으로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 증미 품종 특이적인 SNP(서열번호9)를 검출하고자, 서열번호33 및 34로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호67 및 68로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 주황미 품종 특이적인 SNP(서열번호10 및 11)를 검출하고자, 서열번호35 및 36으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호69 및 70으로 표시되는 프로브 세트; 및 서열번호37 및 38로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호71 및 72로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 신건미 품종 특이적인 SNP(서열번호12 및 13)를 검출하고자, 서열번호39, 40 및 41로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호73 및 74로 표시되는 프로브 세트; 및 서열번호42 및 43로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호75 및 76으로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 신자미 품종 특이적인 SNP(서열번호14)를 검출하고자, 서열번호44 및 45로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호77 및 78로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 예스미 품종 특이적인 SNP(서열번호15)를 검출하고자, 서열번호46, 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호79 및 80로 표시되는 프로브 세트를 제조하였고, 율미 품종이 특이적인 SNP(서열번호16)을 검출하고자, 서열번호49 및 50으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호81 및 82로 표시되는 프로브 세트를 제조하였다.
각 품종 특이적인 상기 프라이머 세트 및 프로브 세트를 포함하는 SNP genotyping assay kit를 이용하여 11개의 고구마 품종(베니하루카, 풍원미, 안노베니, 주황미, 전미, 예스미, 증미, 신자미, 신건미, 호감미 및 율미)에서 RT-PCR을 수행한 결과, 각 SNP에 대해 품종에 특이적으로 반응함을 확인하였다.
따라서 본 발명에서 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 서열번호17 및 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호19 및 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호21 및 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호23 및 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호25 및 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호27 및 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호29 및 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호31 및 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호33 및 34로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호35 및 36으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호37 및 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호39, 40 및 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호42 및 43으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호44 및 45로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호46, 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호49 및 50으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함할 수 있다.
본 발명에서 용어 "프라이머(primer)"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로 작용한다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 하며, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 발명에서 상기 프라이머는 DNA 삽입(intercalating) 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질을 더 포함할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
상기 표지 물질은 FAM 또는 HEX일 수 있다. 표적 서열의 증폭 시 대립유전자(allele) 특이적인 프라이머의 5'-말단에 FAM 또는 HEX를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다.
본 발명에서 용어 "프라이머 세트"는 복수의 프라이머를 의미한다. 또한, 프라이머 세트는 프라이머를 수용하기 위한 컨테이너를 더 포함할 수 있다. 프라이머는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 염기 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약과 4가지 뉴클레오사이트 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 프라이머는 올리고뉴클레오티드일 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들어, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 헥산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 삽입물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다. 프라이머는 포스포르아미다이트법, 포스포디 에스테르법, 디에틸포스모르아미다이트법 등을 이용하는 화학 합성법을 통하여 제조될 수 있다. 또한, 프라이머 염기서열은 당해 분야에 공지된 수단에 의해 변형될 수 있다.
또한, 본 발명에서 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 서열번호51 및 52로 표시되는 프로브 세트, 서열번호53 및 54로 표시되는 프로브 세트, 서열번호55 및 56으로 표시되는 프로브 세트, 서열번호57 및 58로 표시되는 프로브 세트, 서열번호59 및 60으로 표시되는 프로브 세트, 서열번호61 및 62로 표시되는 프로브 세트, 서열번호63 및 64로 표시되는 프로브 세트, 서열번호65 및 66으로 표시되는 프로브 세트, 서열번호67 및 68로 표시되는 프로브 세트. 서열번호69 및 70으로 표시되는 프로브 세트, 서열번호71 및 72로 표시되는 프로브 세트, 서열번호73 및 74로 표시되는 프로브 세트, 서열번호75 및 76으로 표시되는 프로브 세트, 서열번호77 및 78로 표시되는 프로브 세트, 서열번호79 및 80으로 표시되는 프로브 세트 및 서열번호81 및 82로 표시되는 프로브 세트로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 프로브 세트를 포함할 수 있다.
본 발명에서 용어 "프로브"란 상보적인 단일가닥 표적 서열과 혼성화하여 이중가닥 분자 (혼성체)를 형성하는 단일가닥 핵산 서열을 말한다. 본 발명에서 용어 "프로브 세트"는 복수의 프로브를 의미한다.
본 발명에서 프로브로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleicacid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 프로브는 서열번호1 내지 16의 염기서열에 포함된 품종 특이적 SNP 위치 염기서열에 대해 상보적으로 결합하는 것을 특징으로 한다.
본 발명의 실시예에서 프로브는 5’ 말단에 리포터 염료(6-FAM 또는 SFC-V)를 포함하여 3’ 말단에 quencher MGB 복합체를 포함한다. 따라서 상기 프로브는 5’ 말단에 리포터 염료를 포함하여 3’ 말단에 quencher 분자를 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 다른 양태로 상기 조성물을 포함하는 고구마 품종 판별용 키트를 제공한다.
본 발명에서 상기 고구마 품종, 판별에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명의 키트에서, 상기 조성물 이외에 상기 증폭반응을 수행하기 위한 시약을 포함한다. 상기 증폭반응을 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼(buffer)를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 또 다른 양태로, 고구마 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계, 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 고구마 품종 판별용 조성물을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및 상기 PCR을 수행하는 단계에서 증폭된 PCR 산물을 검출하는 단계를 포함하는 고구마 품종 판별 방법을 제공한다.
본 발명에서 고구마 품종, 판별에 관한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명에서 DNA 분리는 당업계에 공지된 통상적인 방법에 의해 수행할 수 있다. 예컨대, CRAB 방법, 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법 등을 이용하거나 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 사용할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
상기 분리된 고구마 시료의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일실시예에 따른 하나 이상의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다.
이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용 가능한 키트를 이용할 수도 있다. PCR은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 고구마 시료에서 추출된 게놈 DNA와 본 발명에서 제공되는 프라이머 세트 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl2, KCl 등을 포함한다.
본 발명에서 PCR 산물의 검출은 DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABi Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 가장 바람직하게는, 6% 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5, Cy-3 또는 6-FAM을 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행 시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다
본 발명에 따른, 고구마 품종 판별용 SNP 마커를 이용하여 상용되고 있는 고구마의 원산지에 따른 품종 판별 및 순도 검정과 더불어, 품종 보호와 종자 관리체계 확립을 위한 품종의 구별성(distinctness), 균일성(uniformity) 및 안정성(stability) 검정에 유용하게 활용될 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 고구마 품종 판별용 SNP 마커는 수입 개방화 시대에 우리나라 육성 품종에 대한 지적재산권 확보 및 향후 고구마 품종 등록 시 품종 보증의 표지 인자로 활용 가능하다.
도 1은 고구마 유전체 비교분석하여 SNP를 발굴하는 과정을 나타낸 것이다.
도 2는 Dual-labeled DNA Probe를 이용한 SNP genotyping의 작동을 나타낸 모식도이다.
도 3은 고구마 품종 판별을 위한 SNP genotyping 실험 과정을 나타낸 것이다.
도 4는 고구마 품종판별을 위한 RT-PCR 조건을 나타낸 것이다.
도 5 내지 20은 본 발명의 실시예에서 따른 SNP 마커 증폭용 프라이머 16종을 이용하여 11개 고구마 품종(베니하루카, 풍원미, 안노베니, 주황미, 전미, 예스미, 증미, 신자미, 신건미, 호감미, 율미)의 RT-PCR 분석결과이다. 구체적으로 도 5는 안노베니-01 프라이머, 도 6은 안노베니-03, 도 7은 안노베니-05 프라이머, 도 8은 베니하루카-03 프라이머, 도 9는 베니하루카-05, 도 10은 베니하루카-07, 프라이머, 도 11은 전미-08 프라이머, 도 12은 전미-10 프라이머, 도 13은 증미-02 프라이머, 도 14는 주황미-02 프라이머, 도 15는 주황미-17 프라이머, 도 16은 신건미-02 프라이머, 도 17은 신건미-03 프라이머, 도 18은 신자미-15 프라이머, 도 19는 예스미-09 프라이머, 도 20은 율미-08 프라이머를 이용한 것이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명의 구성 및 효과를 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
<실시예1> 고구마 재료의 준비 및 DNA 분리
고구마 품종 판별용 SNP 마커 개발을 위해, 국립식량과학원 바이오에너지연구소에서 제공한 9개의 고구마 품종을 이용하였다(표 1).
1㎝ 이하의 고구마 잎을 채취하고, QIAGEN 플랜트 DNA 프렙 키트를 이용하여 DNA를 분리하였다. 나노드랍(nanodrop)으로 DNA 함량을 측정하였으며, 260/280에서 OD 값이 1.8 이상인 고구마 DNA를 NGS (Illuminar, Hiseq 4000)를 이용한 재염기서열분석 및 SNP genotyping을 위한 RT-PCR 분석에 사용하였다.
번호 고구마 품종명 원산지
1 안노베니 일본
2 베니하루카 일본
3 전미 한국
4 증미 한국
5 주황미 한국
6 신건미 한국
7 신자미 한국
8 예스미 한국
9 율미 한국
<실시예2> 고구마 표준유전체 정보 및 재분석
고구마 9개 품종의 재염기서열분석을 위하여 Illuminar Hiseq 4000을 이용하여 고구마 품종별로 100Gb 전후의 염기서열을 분석하였다.
PacBio 방법으로 상기에서 분석한 재배종 품종의 1.8 Gb 유전체서열과 91,450개 유전자 정보를 고구마 유전체 비교 분석에 이용하였다. 차세대염기서열분석법(NGS)으로 유전체 재분석(whole genome resequencing)을 수행하였다. 우선 NGS로 분석된 염기서열을 표준유전체(reference genome)상에 매핑한 후에 SNP및 InDel과 같은 변이서열을 분석하였다.
고구마 품종별 유전체 비교 분석을 통한 SNP를 분석하기 위하여 trimmomatic, BWA, Samtools, Picard, GATK, SnpEff 등의 프로그램을 이용하였다 (도 1).
국내외 고구마 9품종 유전체 resequencing 정보 분석
고구마 유전체 비교분석 연구를 위하여 앞서 분석된 고구마 유전체 정보와 더불어 국내외 품종의 resequencing을 실시하였다(표 2).
고구마 표준유전체 1.8 Gb의 유전체 서열에 국내외 9개 품종의 raw data를 매핑하였다(표 3).
Figure pat00001
Figure pat00002
국내외 9 품종의 재배종 표준 고구마 품종에 대한 SNP 분석을 실시한 결과, 단백질 코딩 유전자(CDS) 영역에서 14,425 내지 19,1991개의 변이(SNP)를 나타냈다(표 4).
Figure pat00003
다음으로 국내외 고구마 품종의 resequence 정보를 이용하여 재배종 고구마의 1.8Gb 표준유전체에 대한 consensus genome 서열을 제작하였다(표 5).
Figure pat00004
<실시예3> 국내외 고구마 9품종 유전체 비교분석을 통한 품종특이 SNP 분석
앞서 분석된 국내외 고구마 9개 품종들의 consensus genome 서열을 이용하여 품종 특이 SNP 분석을 실시하였다. 각 품종별 특이 유전자 지역(CDS) 및 intron 영역에서 변이 중 high quality 변이만을 선발하였다. High quality SNP 선발조건은 모든 품종에서 Depth >= 10, SNP ratio = 1로 선발하였다. 그 결과 CDS 영역의 119개, intron 영역의 768개로 총 전체 885개의 high quality SNP를 분리하였다(표 6).
Figure pat00005
<실시예4> 고구마 품종별 SNP 분석 및 판별 마커 개발
○ 국내외 고구마 품종 형질 연관 SNP 영역 분석
실시예3에서 고구마 9개 품종 특이 유전자 영역(CDS)에서 품종 간 차이를 나타내는 119개 SNP를 분리하였다. 다배수체 작물의 경우 품종 간 SNP를 나타내는 영역이 있어도 다른 배수성의 염색체 영역에서는 SNP를 나타내지 않을 수 있다.
따라서 상기 119개 SNP에 대한 genotyping 마커 개발을 위하여 각각의 SNP 영역 전후 200bp의 염기서열을 추출하였다(도 7).
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Annobeni SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Annobeni 1 IBPAC000205 994976 C C T Synonymous IBPAC000205CG0310 K Annobeni_1_IBPAC000205_994976_Syn CCTTTAGCGTCCCATCCTTTATGAACACGAAAGGACAGTACCACTTCCCTACAACAACAGCTTCTGAGCCTGATGGAGGGATATTTAACTCTGGAAGGCG(C/T)TTTCGCAAGGAAACATTGAGGCCTAAAGCTTCTTCCAATCTGTAGTTTTTAGAAGTTTTGGCTTCAATTCCCCAACCTTTCCTCCTCAGAAAGTAAGGAG
Annobeni 3 IBPAC000205 995086 C C T Non_synonymous IBPAC000205CG0310 D N Annobeni_3_IBPAC000205_995086_Non_Syn GAAACATTGAGGCCTAAAGCTTCTTCCAATCTGTAGTTTTTAGAAGTTTTGGCTTCAATTCCCCAACCTTTCCTCCTCAGAAAGTAAGGAGGGAAACCAT(C/T)AGGTGCCATGGACTTGGCATCAAAGCTACCTTTGTTATTGCAACATGATAGGTGAAGGGAAATCTCAAACTGCTGATAGATGTTGTGTGGATCCAATGGT
Annobeni 5 IBPAC000205 996315 A A G Non_synonymous IBPAC000205CG0310 L P Annobeni_5_IBPAC000205_996315_Non_Syn CATGTCTTGAAGATCACTTCTTTTGCAGAGCCCAAAGCAGGTGTACCTTTCAGATTCCTCATCTTGAAGAACTAAGAACCCTGATTTTGGACCCTCAGGT(A/G)GCACAGCTAGAGACTCAGGAGATTTCTGGTAGTGAGATAGAGCCCTTGTCACATACATGATTGATAATATCTATACAAGTTTCTTTCTTTGCTTTTTTTC
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Beniharuka SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Beniharuka 3 IBPAC000382 821957 G G A Non_synonymous IBPAC000382CG0340 G R Beniharuka_3_IBPAC000382_821957_Non_Syn TGTTACAAGACTTGAGCTTAGAGAACCTTAAAAACAAGGGATGGCCAGAGTGCTAGCTGGTGGAGTTCTTAGCGTGGAGCCTCATGATAGGAATGGAGCT(G/A)GACTTCTATACGAGGTTGTTGTGTTCAAATGAGGGGATAACTCCGGGAGTTTGGGGAAATAGATTATAGGATAAAACATGTAAATTATCGATGGTGAACT
Beniharuka 5 IBPAC000980 54142 T T C Non_synonymous IBPAC000980CG0100 I V Beniharuka_5_IBPAC000980_54142_Non_Syn ATATATACTACATTGCAGTTACGTTGTCAGGACTTAATCTTATGTCCTTACACACAATTTAACATTCAGGAACCAACTGAATTGCTGTTGGCCAGCTATA(T/C)GTTTAGAATCCTTGTAATAGGACTGGGTGTAGAAGAAGGGTAGGTGGCTACAACCTGGTGACTTTCTTTTGGTGACACTCTCATCATCACAGCTTTCACA
Beniharuka 7 IBPAC001001 374425 A A T Non_synonymous IBPAC001001CG0060 I F Beniharuka_7_IBPAC001001_374425_Non_Syn TCTCATCAAGTGTATGAAGGAGGATATGGTATTATCTAAGAAGATGCAACAAGAGAGGCATGTCCAGCAAGTCAAGCTAATTCAATCGCAAGAGACTCGG(A/T)TCAACAAAATGGAAAATGAACTAGCGTAGTGGCGGTCGTAGTGGCAGTGGTGGAGACACTCAATTAAATCTGCCTAAATTTTTAGCAATAAGACCGCAAG
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Jeonmi_3 SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Jeonmi_3 8 IBPAC002034 61708 G G A Non_synonymous IBPAC002034CG0010 P L Jeonmi_8_IBPAC002034_61708_Non_Syn ATAGCTCCTATTGTTTGCCCACTGATTTCCTTGTCTGTTTCCCCAACCCTGTGAGGCATTGCCTCCATTATTCCCTACATTCACATTTTTCCCCCACCCA(G/A)GAGCAGTGCCACTGTCTCCTAATTGCTTCCCCATCTTTTGATTTCCAGGATGTGCAACATTTGGCACTCCTTTAGTTCCAGGATCCACTCCATTATTCTT
Jeonmi_3 10 IBPAC005651 4055 C C T Non_synonymous IBPAC005651CG0010 R C Jeonmi_10_IBPAC005651_4055_Non_Syn TTGGGAAGCCATAGACGTCGGAGCTTTGTCACCACGTCTTTGCCGTTGGAGAAATAGAGGAGGTCTCCGGAGGCACCGTCTCTGCCACGGCCCAGTTCGT(C/T)GCCGAAAACGAAGACTGTGGATGTTGCATGCTTCTTGCACCGGACGGGGGAAGGAGCTCATCGCTGCTACCCGCCGCGATTACCGCTGCACCTCTGCTGT
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Jeungmi SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Jeungmi 2 IBPAC000886 214275 G G A Non_synonymous IBPAC000886CG0140 P S Jeungmi_2_IBPAC000886_214275_Non_Syn TTACCAGCAGAACCCTTGGGATAACGATACAGAGTGAGCACTCCATCAAAGTTTAGAGTCACTCTCAGATAATTTTCCGTAACTGATGATACAGACTGTG(G/A)AGTAAGCTCTTGTGTTGCGTTGTTTCTTTTTAGTATAGAAACTGAGCCCTTCTCACTAAATATCACTTTATAGCCAGAATTTGTCGAATTTGAAGGATCA
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Juhwangmi_3 SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Juhwangmi_3 2 IBPAC000146 694143 G G A Synonymous IBPAC000146CG0430 D Juhwangmi_3_2_IBPAC000146_694143_Syn GAATGTAGAGTTCCTCCACGGATAATTTTCTGGTCTTTTCAGCTTCTTGTTTATACTTGTCGTAGTCTGATCCAAAGTAATGTTTTGCAGCTCGTGTCAA(G/A)TCTCCCATGCTTATAGCTTCCTGCAAATACTACATAAAATATAGTATATATATTTCCAGGATTATTATGAGTAATAAATAAAGGATTAAAGGAAGAAGAC
Juhwangmi_3 17 IBPAC001689 371307 G G A Non_synonymous IBPAC001689CG0050 S L Juhwangmi_3_17_IBPAC001689_371307_Non_Syn GTGTCTCCGCCGTCGAAGCTGCGACGACGATTCGGGTGAAGAAGGTGAAGGGAAAAGAAGGCCGTCGTCCATGGTGACAAATACAGGGTATTGGTACAGT(G/A)ATGCTGAATAAATACTCAGATTAGAGTGGTCATATGGTGAGTCAACTCCAAAGCTTTGAACCCAACCCGGATATCTACAATTTCACCAGCGATGTTTTGC
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Shingeonmi SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Shingeonmi 2 IBPAC001880 71798 A A G Synonymous IBPAC001880CG0020 S Shingeonmi_2_IBPAC001880_71798_Syn TATCCACGAAAAGAGCAAGGTCCAACAGTGTTTGAGGCAAGCCATTCCATATTGGCTTGCTCCACCCAAAATCAACTTCAAAAACAGGAAGGTTACACAA(A/G)CTACTTATATTTAAAACTTTAGTCTCACCTTTACTGTGATCTATTGATCGTCGGGCTAATATGGACCTGAGAAACCCGCCCTCCGTGTGCATTTCCCTCA
Shingeonmi 3 IBPAC004951 42347 G G A Non_synonymous IBPAC004951CG0030 A V Shingeonmi_3_IBPAC004951_42347_Non_Syn GACTAAGCAGCCAACAACAACAACAAAGGAGGACCCCGGCAAAGAGCTCCCACCCTTCTCTCCCCTCCTTCATCCATTGCTCCCTTTCTTCTCCATCTCG(G/A)CTGTAAGAAGGTGGCTGGGCAGAGCATCCGGTCGGCGGTAGCGTGAAACAGTGATGGTGGCGGTGACGACTCTCGGCGGTGAAGGCAGCACCGTGATCAA
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Shinjami SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Shinjami 15 IBPAC000294 263460 A A G Non_synonymous IBPAC000294CG0200 T A Shinjami_15_IBPAC000294_263460_Non_Syn CATCTTGAAAGACAGGGTGTTGGACTTAGCTCTTCAGGTCTCTGCCCACATCTACTCTCAAATGGATGCTAGAGAAGAAGGGTTACAGGTCCAGGAAGCA(A/G)CCCCCGGCGGTGCTCGCTGCAAAACCATATTACTCATCAAGAAATGCTTTGCCACAGTGTTGGGTAAATTCATGCACACCCTATGCTCCGAGTCTGAGGA
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Yesmi SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Yesmi 9 IBPAC001787 128665 T T C Synonymous IBPAC001787CG0100 K Yesmi_9_IBPAC001787_128665_Syn GCTGTTCGCGTTGAGGTCTGGATGACAAATCACATACTGAACCCGTTACTTTGTATCCTTTATTCTTCCATTCTAGAAAGCATTTATCGAGGTCTTCTTG(T/C)TTACGCGAACACGTGTAAACCGTCGCCCCAAAACTTGCCAATTCCTCTACTATAGCATACCTAAATTGTGCACAAAAATTAAATTAGGAAAACCTCCAAA
Cultivar Serial no. Chr Pos Ref SNP Other cultivars SNP Yulmi SNP Status Gene ID AA AA SNP+-100bp 추출 서열이름 Seq
Yulmi 8 IBPAC002340 233341 T C T Synonymous IBPAC002340CG0110 K Yulmi_8_IBPAC002340_233341_Syn AATGGATCATAATCTATTATCATGACCTATGATATAATAATTAGTATATACCGTGCATGGGCCCAAAGATTCCGAATGTATTGTCTGTTATATCAAGCTC(C/T)TTCAAATTGGTGAAATCATTTATACCTGCCCAAATAATTTTGCATTAGACATTTGATATACAATCAAGCACTAGCTTCTCGAGGAATTAAATTAAACTTG
품종 특이적 119개의 SNP 주변 유전자 영역 200bp 염기서열을 이용하여 재배종 고구마 표준유전체 서열에 대하여 blast 검색을 실시하였다. 그 결과 1.8 Gb 재배종 고구마 표준유전체 영역에 2개 이상의 중복 SNP 영역을 나타내는 것을 제외하고 1개의 SNP 영역만을 나타내는 30개의 SNP를 선발하였다(표 8).
고구마 품종 특이 single SNP 분석 정보
번호 품종(마커명) Ref SNP Other cultivars SNP cultivar specific SNP
1 안노베니 1 C C T
2 안노베니 3 C C T
3 안노베니 4 C C G
4 안노베니 5 A A G
5 베니하루카 5 T T C
6 베니하루카 6 C C T
7 베니하루카 7 A A T
8 베니하루카 3 G G A
9 전미 4 C C T
10 전미 8 G G A
11 전미 10 C C T
12 증미 1 G G T
13 증미 2 G G A
14 증미 3 G G A
15 주황미 2 G G A
16 주황미 17 G G A
17 주황미 22 T T C
18 풍원미 1 T T G
19 신건미 1 C C A
20 신건미 2 A A G
21 신건미 3 G G A
22 신자미 3 C C T
23 신자미 9 T T C
24 신자미 15 A A G
25 예스미 6 A C A
26 율미 9 T T C
27 율미 3 T T C
28 율미 7 A T A
29 율미 8 T C T
30 율미 11 G C G
○ 고구마 품종 판별 SNP 마커 개발
앞서 분석된 9개 고구마 품종 특이적인 30개의 SNP 정보를 기반으로 최종적으로 SNP genotyping 마커 16개를 제조하였다(표 9 내지 19). 구체적으로 고구마 품종 판별용 분자마커 개발을 위하여 dual-labeled DNA probe 기반의 고구마 품종 특이적 SNP genotyping assay kit를 제조하였다(도 2 및 도 3).
표 9 내지 17은 각 품종 특이적 SNP 마커를 나타낸 것이며, 표 18은 고구마 Dual-labeled DNA Probe를 이용한 SNP genotyping 프라이머 염기서열을 나타낸 것이고 표 19는 고구마 Dual-labeled DNA Probe를 이용한 SNP genotyping 프로브 염기서열을 나타낸 것이다.
SNP 마커 Other cultivars 안노베니 Sequence
안노베니-01
서열번호1		 C T CCTTTAGCGTCCCATCCTTTATGAACACGAAAGGACAGTACCACTTCCCTACAACAACAGCTTCTGAGCCTGATGGAGGGATATTTAACTCTGGAAGGCG(C/T)TTTCGCAAGGAAACATTGAGGCCTAAAGCTTCTTCCAATCTGTAGTTTTTAGAAGTTTTGGCTTCAATTCCCCAACCTTTCCTCCTCAGAAAGTAAGGAG
안노베니-03
서열번호2		 C T GAAACATTGAGGCCTAAAGCTTCTTCCAATCTGTAGTTTTTAGAAGTTTTGGCTTCAATTCCCCAACCTTTCCTCCTCAGAAAGTAAGGAGGGAAACCAT(C/T)AGGTGCCATGGACTTGGCATCAAAGCTACCTTTGTTATTGCAACATGATAGGTGAAGGGAAATCTCAAACTGCTGATAGATGTTGTGTGGATCCAATGGT
안노베니-05
서열번호3		 A G CATGTCTTGAAGATCACTTCTTTTGCAGAGCCCAAAGCAGGTGTACCTTTCAGATTCCTCATCTTGAAGAACTAAGAACCCTGATTTTGGACCCTCAGGT(A/G)GCACAGCTAGAGACTCAGGAGATTTCTGGTAGTGAGATAGAGCCCTTGTCACATACATGATTGATAATATCTATACAAGTTTCTTTCTTTGCTTTTTTTC
SNP 마커 Other cultivars 베니하루카 Sequence
베니하루카-03
서열번호4		 G A TGTTACAAGACTTGAGCTTAGAGAACCTTAAAAACAAGGGATGGCCAGAGTGCTAGCTGGTGGAGTTCTTAGCGTGGAGCCTCATGATAGGAATGGAGCT(G/A)GACTTCTATACGAGGTTGTTGTGTTCAAATGAGGGGATAACTCCGGGAGTTTGGGGAAATAGATTATAGGATAAAACATGTAAATTATCGATGGTGAACT
베니하루카-05
서열번호5		 T C ATATATACTACATTGCAGTTACGTTGTCAGGACTTAATCTTATGTCCTTACACACAATTTAACATTCAGGAACCAACTGAATTGCTGTTGGCCAGCTATA(T/C)GTTTAGAATCCTTGTAATAGGACTGGGTGTAGAAGAAGGGTAGGTGGCTACAACCTGGTGACTTTCTTTTGGTGACACTCTCATCATCACAGCTTTCACA
베니하루카-07
서열번호6		 A T TCTCATCAAGTGTATGAAGGAGGATATGGTATTATCTAAGAAGATGCAACAAGAGAGGCATGTCCAGCAAGTCAAGCTAATTCAATCGCAAGAGACTCGG(A/T)TCAACAAAATGGAAAATGAACTAGCGTAGTGGCGGTCGTAGTGGCAGTGGTGGAGACACTCAATTAAATCTGCCTAAATTTTTAGCAATAAGACCGCAAG
SNP 마커 Other cultivars 전미 Sequence
전미-08
서열번호7		 G A ATAGCTCCTATTGTTTGCCCACTGATTTCCTTGTCTGTTTCCCCAACCCTGTGAGGCATTGCCTCCATTATTCCCTACATTCACATTTTTCCCCCACCCA(G/A)GAGCAGTGCCACTGTCTCCTAATTGCTTCCCCATCTTTTGATTTCCAGGATGTGCAACATTTGGCACTCCTTTAGTTCCAGGATCCACTCCATTATTCTT
전미-10
서열번호8		 C T TTGGGAAGCCATAGACGTCGGAGCTTTGTCACCACGTCTTTGCCGTTGGAGAAATAGAGGAGGTCTCCGGAGGCACCGTCTCTGCCACGGCCCAGTTCGT(C/T)GCCGAAAACGAAGACTGTGGATGTTGCATGCTTCTTGCACCGGACGGGGGAAGGAGCTCATCGCTGCTACCCGCCGCGATTACCGCTGCACCTCTGCTGT
SNP 마커 Other cultivars 증미 Sequence
증미-02
서열번호9		 G A TTACCAGCAGAACCCTTGGGATAACGATACAGAGTGAGCACTCCATCAAAGTTTAGAGTCACTCTCAGATAATTTTCCGTAACTGATGATACAGACTGTG(G/A)AGTAAGCTCTTGTGTTGCGTTGTTTCTTTTTAGTATAGAAACTGAGCCCTTCTCACTAAATATCACTTTATAGCCAGAATTTGTCGAATTTGAAGGATCA
SNP 마커 Other cultivars 주황미 Sequence
주황미-02
서열번호10		 G A GAATGTAGAGTTCCTCCACGGATAATTTTCTGGTCTTTTCAGCTTCTTGTTTATACTTGTCGTAGTCTGATCCAAAGTAATGTTTTGCAGCTCGTGTCAA(G/A)TCTCCCATGCTTATAGCTTCCTGCAAATACTACATAAAATATAGTATATATATTTCCAGGATTATTATGAGTAATAAATAAAGGATTAAAGGAAGAAGAC
주황미-17
서열번호11		 G A GTGTCTCCGCCGTCGAAGCTGCGACGACGATTCGGGTGAAGAAGGTGAAGGGAAAAGAAGGCCGTCGTCCATGGTGACAAATACAGGGTATTGGTACAGT(G/A)ATGCTGAATAAATACTCAGATTAGAGTGGTCATATGGTGAGTCAACTCCAAAGCTTTGAACCCAACCCGGATATCTACAATTTCACCAGCGATGTTTTGC
SNP 마커 Other cultivars Shingeonmi Sequence
신건미-02
서열번호12		 A G TATCCACGAAAAGAGCAAGGTCCAACAGTGTTTGAGGCAAGCCATTCCATATTGGCTTGCTCCACCCAAAATCAACTTCAAAAACAGGAAGGTTACACAA(A/G)CTACTTATATTTAAAACTTTAGTCTCACCTTTACTGTGATCTATTGATCGTCGGGCTAATATGGACCTGAGAAACCCGCCCTCCGTGTGCATTTCCCTCA
신건미-03
서열번호13		 G A GACTAAGCAGCCAACAACAACAACAAAGGAGGACCCCGGCAAAGAGCTCCCACCCTTCTCTCCCCTCCTTCATCCATTGCTCCCTTTCTTCTCCATCTCG(G/A)CTGTAAGAAGGTGGCTGGGCAGAGCATCCGGTCGGCGGTAGCGTGAAACAGTGATGGTGGCGGTGACGACTCTCGGCGGTGAAGGCAGCACCGTGATCAA
SNP 마커 Other cultivars Shinjami Sequence
신자미-15
서열번호14		 A G CATCTTGAAAGACAGGGTGTTGGACTTAGCTCTTCAGGTCTCTGCCCACATCTACTCTCAAATGGATGCTAGAGAAGAAGGGTTACAGGTCCAGGAAGCA(A/G)CCCCCGGCGGTGCTCGCTGCAAAACCATATTACTCATCAAGAAATGCTTTGCCACAGTGTTGGGTAAATTCATGCACACCCTATGCTCCGAGTCTGAGGA
SNP 마커 Other cultivars 예스미 Sequence
예스미-09
서열번호15		 G A GCTGTTCGCGTTGAGGTCTGGATGACAAATCACATACTGAACCCGTTACTTTGTATCCTTTATTCTTCCATTCTA(G/A)AAAGCATTTATCGAGGTC(T/C)TCTTG(T/C)TTACG(C/T)GAACACGTGTAAACCGTCGCCCCAAAACTTGCCAATTCCTCTACTATAGCATACCTAAATTGTGCACAAAAATTAAATTAGGAAAACCTCCAAA
SNP 마커 Other cultivars 율미 Sequence
율미-08
서열번호16		 C T AATGGATCATAATCTATTATCATGACCTATGATATAATAATTAGTATATACCGTGCATGGGCCCAAAGATTCCGAATGTATTGTCTGTTATATCAAGCTC(C/T)TTCAAATTGGTGAAATCATTTATACCTGCCCAAATAATTTTGCATTAGACATTTGATATACAATCAAGCACTAGCTTCTCGAGGAATTAAATTAAACTTG
Figure pat00006
Figure pat00007
○ 고구마 품종 특이 SNP 마커를 이용한 품종판별 분석
고구마 품종 판별용 dual-labeled DNA probe 기반의 고구마 품종 특이 SNP genotyping primer를 이용하여 국내외 고구마 11종에 대하여 BioRad CFX96기기를 이용하여 RT-PCR을 실시하였다. PCR을 위한 시료조제는 PCR tube에 DNA 10 내지 50ng, Assay mixture 1㎕, 2x SFC genotyping 마스터 믹스 10㎕를 넣고 3차 증류수로 20㎕를 채웠다.
RT-PCR 조건은 95℃ 3분, 95℃ 5초, 56℃ 30초, 49 사이클(cycle)조건으로 PCR을 실시하였다(도 4).
SNP 마커: 안노베니-01
안노베니-01 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 안노베니 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 20, 그림 5)
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A11 Water No Call -0.7 -0.9
B10 베니하루카 Allele 1 1,181.0 296.0
B11 풍원미 Allele 1 1,156.0 291.0
C10 안노베니 Allele 2 -13.4 2,763.0
C11 주황미 Allele 1 1,189.0 286.0
D10 전미 Allele 1 1,147.0 283.0
D11 예스미 Allele 1 1,215.0 298.0
E10 증미 Allele 1 1,177.0 285.0
E11 신자미 Allele 1 1,238.0 307.0
F10 신건미 Allele 1 1,172.0 284.0
F11 호감미 Allele 1 1,181.0 283.0
G10 율미 Allele 1 1,135.0 276.0
SNP 마커: 안노베니-03
안노베니-03 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 안노베니 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 21, 도 6)
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A05 Water No Call -1.6 -2.2
B04 베니하루카 Allele 1 1,594.0 278.0
B05 풍원미 Allele 1 1,535.0 264.0
C04 안노베니 Allele 2 0.2 1,513.0
C05 주황미 Allele 1 1,384.0 199.0
D04 전미 Allele 1 1,540.0 226.0
D05 예스미 Allele 1 1,539.0 259.0
E04 증미 Allele 1 1,621.0 283.0
E05 신자미 Allele 1 1,539.0 230.0
F04 신건미 Allele 1 1,633.0 298.0
F05 호감미 Allele 1 1,443.0 212.0
G04 율미 Allele 1 1,709.0 267.0
SNP 마커: 안노베니-05
안노베니-05 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 안노베니 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 22, 도 7).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A02 Water No Call -3.4 0.5
B01 베니하루카 Allele 1 2,374.0 3.6
B02 풍원미 Allele 1 2,440.0 113.0
C01 안노베니 Allele 2 -4.9 2,416.0
C02 주황미 Allele 1 2,525.0 101.0
D01 전미 Allele 1 2,405.0 37.3
D02 예스미 Allele 1 2,484.0 29.6
E01 증미 Allele 1 2,409.0 8.8
E02 신자미 Allele 1 2,514.0 21.5
F01 신건미 Allele 1 2,457.0 5.3
F02 호감미 Allele 1 2,459.0 40.0
G01 율미 Allele 1 2,384.0 14.8
SNP 마커: 베니하루카-03
베니하루카-03 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 베니하루카 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 23, 도 8).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A02 Water No Call -3.6 -2.7
B01 베니하루카 Allele 2 39.7 2,140.0
B02 풍원미 Allele 1 1,884.0 7.6
C01 안노베니 Allele 1 1,813.0 7.0
C02 주황미 Allele 1 1,956.0 85.9
D01 전미 Allele 1 1,892.0 6.3
D02 예스미 Allele 1 1,943.0 5.3
E01 증미 Allele 1 1,843.0 5.8
E02 신자미 Allele 1 1,976.0 5.7
F01 신건미 Allele 1 1,912.0 8.1
F02 호감미 Allele 1 1,928.0 5.7
G01 율미 Allele 1 1,862.0 8.9
SNP 마커: 베니하루카-05
베니하루카-05 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 베니하루카 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 24, 도 9).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A05 Water No Call -5.2 0.0
B04 베니하루카 Allele 2 11.2 1,612.0
B05 풍원미 Allele 1 857.0 4.2
C04 안노베니 Allele 1 646.0 4.5
C05 주황미 Allele 1 800.0 6.9
D04 전미 Allele 1 336.0 1.5
D05 예스미 Allele 1 540.0 6.2
E04 증미 Allele 1 677.0 4.6
E05 신자미 Allele 1 443.0 5.3
F04 신건미 Allele 1 721.0 8.4
F05 호감미 Allele 1 425.0 2.3
G04 율미 Allele 1 647.0 5.0
SNP 마커: 베니하루카-07
베니하루카-07 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 베니하루카 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 25, 도 10).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A08 Water No Call -2.5 -0.2
B07 베니하루카 Heterozygote 1,206.0 2,627.0
B08 풍원미 Allele 1 1,665.0 102.0
C07 안노베니 Allele 1 1,261.0 68.2
C08 주황미 Allele 1 1,635.0 99.6
D07 전미 Allele 1 1,280.0 71.6
D08 예스미 Allele 1 1,205.0 124.0
E07 증미 No Call 3.1 0.9
E08 신자미 No Call 0.9 -6.1
F07 신건미 No Call -1.7 2.3
F08 호감미 No Call 5.1 -1.5
G07 율미 Allele 1 981.0 27.9
SNP 마커: 전미-08
전미-08 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 전미 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 26, 도 11).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A05 Water No Call -1.7 -4.5
B04 베니하루카 Allele 1 1,566.0 131.0
B05 풍원미 Allele 1 1,581.0 124.0
C04 안노베니 Allele 1 1,659.0 133.0
C05 주황미 Allele 1 1,540.0 126.0
D04 전미 Allele 2 8.6 1,783.0
D05 예스미 Allele 1 1,585.0 126.0
E04 증미 Allele 1 1,632.0 123.0
E05 신자미 Allele 1 1,560.0 120.0
F04 신건미 Allele 1 1,628.0 124.0
F05 호감미 Allele 1 1,564.0 118.0
G04 율미 Allele 1 1,745.0 136.0
SNP 마커: 전미-10
전미-10 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 전미 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 27, 그림 12)
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A08 Water No Call -1.8 -2.0
B07 베니하루카 Allele 1 2,416.0 947.0
B08 풍원미 Allele 1 2,425.0 832.0
C07 안노베니 Allele 1 2,326.0 832.0
C08 주황미 Allele 1 2,399.0 846.0
D07 전미 Allele 2 32.5 2,829.0
D08 예스미 Allele 1 2,506.0 898.0
E07 증미 Allele 1 2,426.0 907.0
E08 신자미 Allele 1 2,543.0 1,028.0
F07 신건미 Allele 1 2,445.0 853.0
F08 호감미 Allele 1 2,444.0 775.0
G07 율미 Allele 1 2,420.0 802.0
SNP 마커: 증미-02
증미-02 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 증미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 28, 도 13).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A11 Water No Call -1.4 -3.2
B10 베니하루카 Allele 1 644.0 59.7
B11 풍원미 Allele 1 891.0 107.0
C10 안노베니 Allele 1 827.0 66.0
C11 주황미 Allele 1 692.0 106.0
D10 전미 Allele 1 489.0 38.8
D11 예스미 Allele 1 886.0 82.3
E10 증미 Allele 2 1.8 597.0
E11 신자미 Allele 1 912.0 124.0
F10 신건미 Allele 1 718.0 66.6
F11 호감미 Allele 1 983.0 109.0
G10 율미 Allele 1 437.0 96.8
SNP 마커: 주황미-02
주황미-02 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 주황미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 29, 도 14).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A08 Water No Call -3.4 -1.6
B07 베니하루카 Allele 1 1,850.0 11.1
B08 풍원미 Allele 1 1,800.0 8.2
C07 안노베니 Allele 1 1,785.0 3.9
C08 주황미 Allele 2 -10.4 3,679.0
D07 전미 Allele 1 1,733.0 2.9
D08 예스미 Allele 1 1,792.0 13.8
E07 증미 Allele 1 1,799.0 6.5
E08 신자미 Allele 1 1,909.0 7.1
F07 신건미 Allele 1 1,842.0 4.3
F08 호감미 Allele 1 1,825.0 17.4
G07 율미 Allele 1 1,836.0 2.9
SNP 마커: 주황미-17
주황미-17 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 주황미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 30, 도 15).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A11 Water No Call -6.5 -2.4
B10 베니하루카 Allele 1 1,794.0 15.9
B11 풍원미 Allele 1 2,454.0 31.6
C10 안노베니 Allele 1 2,130.0 24.2
C11 주황미 Heterozygote 1,059.0 1,443.0
D10 전미 Allele 1 2,460.0 137.0
D11 예스미 Allele 1 2,014.0 25.2
E10 증미 Allele 1 2,521.0 151.0
E11 신자미 Allele 1 2,133.0 10.7
F10 신건미 Allele 1 2,216.0 26.1
F11 호감미 Allele 1 2,677.0 162.0
G10 율미 Allele 1 2,682.0 174.0
SNP 마커: 신건미-02
신건미-02 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 신건미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 31, 도 16).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A05 Water No Call 12.0 13.4
B04 베니하루카 Allele 1 1,608.0 27.5
B05 풍원미 Allele 1 1,688.0 37.4
C04 안노베니 Allele 1 1,352.0 41.4
C05 주황미 Allele 1 1,322.0 33.6
D04 전미 Allele 1 1,479.0 189.0
D05 예스미 Allele 1 1,509.0 52.8
E04 증미 Allele 1 1,494.0 33.0
E05 신자미 Allele 1 1,603.0 25.9
F04 신건미 Allele 2 32.1 1,804.0
F05 호감미 Allele 1 1,361.0 54.7
G04 율미 Allele 1 1,526.0 38.6
SNP 마커: 신건미-03
신건미-03 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 신건미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 32, 도 17).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A02 Water No Call -4.0 -1.6
B01 베니하루카 Allele 1 2,047.0 148.0
B02 풍원미 Allele 1 2,103.0 166.0
C01 안노베니 Allele 1 2,020.0 143.0
C02 주황미 Allele 1 2,173.0 164.0
D01 전미 Allele 1 2,097.0 159.0
D02 예스미 Allele 1 2,165.0 176.0
E01 증미 Allele 1 2,067.0 162.0
E02 신자미 Allele 1 2,198.0 167.0
F01 신건미 Allele 2 212.0 3,154.0
F02 호감미 Allele 1 2,149.0 167.0
G01 율미 Allele 1 2,033.0 141.0
SNP 마커: 신자미-15
신자미-15 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 신자미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 33, 도 18).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A08 Water No Call -3.6 0.4
B07 베니하루카 Allele 1 2,050.0 173.0
B08 풍원미 Allele 1 1,996.0 166.0
C07 안노베니 Allele 1 1,914.0 155.0
C08 주황미 Allele 1 2,006.0 166.0
D07 전미 Allele 1 1,940.0 158.0
D08 예스미 Allele 1 2,006.0 167.0
E07 증미 Allele 1 1,964.0 154.0
E08 신자미 Allele 2 -4.3 2,002.0
F07 신건미 Allele 1 1,985.0 154.0
F08 호감미 Allele 1 1,998.0 164.0
G07 율미 Allele 1 2,001.0 168.0
SNP 마커: 예스미-09
예스미-09 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 예스미 특이적으로 반응함을 확인하였다(표 34, 도 19).
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A11 Water No Call 0.7 -2.2
B10 베니하루카 Allele 1 2,037.0 2.3
B11 풍원미 Allele 1 2,105.0 5.8
C10 안노베니 Allele 1 2,059.0 2.5
C11 주황미 Allele 1 2,423.0 5.2
D10 전미 Allele 1 2,092.0 -0.2
D11 예스미 Allele 2 -7.5 1,961.0
E10 증미 Allele 1 1,678.0 -0.6
E11 신자미 Allele 1 1,866.0 -1.5
F10 신건미 Allele 1 1,630.0 3.6
F11 호감미 Allele 1 2,191.0 -1.0
G10 율미 Allele 1 2,166.0 0.6
SNP 마커: 율미-08
율미-08 프라이머를 이용하여 11개 고구마 품종에 대하여 RT-PCR을 한 결과 율미 특이적으로 반응함을 확인하였다 (표 35, 도 20)
Well # Sample Call 6-FAM SFC-V
A05 Water No Call -6.4 -1.6
B04 베니하루카 Allele 1 1,529.0 14.5
B05 풍원미 Allele 1 1,528.0 16.1
C04 안노베니 Allele 1 1,578.0 17.1
C05 주황미 Allele 1 1,439.0 19.0
D04 전미 Allele 1 1,564.0 18.4
D05 예스미 Allele 1 1,598.0 15.3
E04 증미 Allele 1 1,550.0 15.3
E05 신자미 Allele 1 1,516.0 11.2
F04 신건미 Allele 1 1,599.0 13.8
F05 호감미 Allele 1 1,459.0 17.3
G04 율미 Allele 2 17.3 1,983.0
상기 분석결과에서 품종 특이성을 나타내는 16개 SNP를 분리하여 SNP genotyping 마커(dual-labeled DNA probe 기반) 제조하였으며, RT-PCR을 통해 16종의 마커가 일본 고구마 품종 2종(안노베니, 베니하루카)과 국내 고구마 품종 7종(전미, 증미, 주황미, 신건미, 신자미, 예스미, 율미)에 대해 특이적으로 반응함을 확인하였다.
본 발명에서 개발된 15개의 SNP 마커가 각 고구마 품종을 특이적으로 판단함을 확인하였는바, 본 발명의 마커를 이용하면 고구마 품종의 간단히 분석이 가능하며 신속성과 정확도, 균일성, 안정성을 가질 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> SNP marker for discriminating cultivars of sweet potatoes and method for discriminating cultivars using the marker <130> DP20190240 <160> 82 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni 01 SNP marker <400> 1 cctttagcgt cccatccttt atgaacacga aaggacagta ccacttccct acaacaacag 60 cttctgagcc tgatggaggg atatttaact ctggaaggcg ytttcgcaag gaaacattga 120 ggcctaaagc ttcttccaat ctgtagtttt tagaagtttt ggcttcaatt ccccaacctt 180 tcctcctcag aaagtaagga g 201 <210> 2 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni 03 SNP marker <400> 2 gaaacattga ggcctaaagc ttcttccaat ctgtagtttt tagaagtttt ggcttcaatt 60 ccccaacctt tcctcctcag aaagtaagga gggaaaccat yaggtgccat ggacttggca 120 tcaaagctac ctttgttatt gcaacatgat aggtgaaggg aaatctcaaa ctgctgatag 180 atgttgtgtg gatccaatgg t 201 <210> 3 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni 05 SNP marker <400> 3 catgtcttga agatcacttc ttttgcagag cccaaagcag gtgtaccttt cagattcctc 60 atcttgaaga actaagaacc ctgattttgg accctcaggt rgcacagcta gagactcagg 120 agatttctgg tagtgagata gagcccttgt cacatacatg attgataata tctatacaag 180 tttctttctt tgcttttttt c 201 <210> 4 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka 03 SNP marker <400> 4 tgttacaaga cttgagctta gagaacctta aaaacaaggg atggccagag tgctagctgg 60 tggagttctt agcgtggagc ctcatgatag gaatggagct rgacttctat acgaggttgt 120 tgtgttcaaa tgaggggata actccgggag tttggggaaa tagattatag gataaaacat 180 gtaaattatc gatggtgaac t 201 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka 05 SNP marker <400> 5 atatatacta cattgcagtt acgttgtcag gacttaatct tatgtcctta cacacaattt 60 aacattcagg aaccaactga attgctgttg gccagctata ygtttagaat ccttgtaata 120 ggactgggtg tagaagaagg gtaggtggct acaacctggt gactttcttt tggtgacact 180 ctcatcatca cagctttcac a 201 <210> 6 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka 07 SNP marker <400> 6 tctcatcaag tgtatgaagg aggatatggt attatctaag aagatgcaac aagagaggca 60 tgtccagcaa gtcaagctaa ttcaatcgca agagactcgg wtcaacaaaa tggaaaatga 120 actagcgtag tggcggtcgt agtggcagtg gtggagacac tcaattaaat ctgcctaaat 180 ttttagcaat aagaccgcaa g 201 <210> 7 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi 08 SNP marker <400> 7 atagctccta ttgtttgccc actgatttcc ttgtctgttt ccccaaccct gtgaggcatt 60 gcctccatta ttccctacat tcacattttt cccccaccca rgagcagtgc cactgtctcc 120 taattgcttc cccatctttt gatttccagg atgtgcaaca tttggcactc ctttagttcc 180 aggatccact ccattattct t 201 <210> 8 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi 10 SNP marker <400> 8 ttgggaagcc atagacgtcg gagctttgtc accacgtctt tgccgttgga gaaatagagg 60 aggtctccgg aggcaccgtc tctgccacgg cccagttcgt ygccgaaaac gaagactgtg 120 gatgttgcat gcttcttgca ccggacgggg gaaggagctc atcgctgcta cccgccgcga 180 ttaccgctgc acctctgctg t 201 <210> 9 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeungmi 02 SNP marker <400> 9 ttaccagcag aacccttggg ataacgatac agagtgagca ctccatcaaa gtttagagtc 60 actctcagat aattttccgt aactgatgat acagactgtg ragtaagctc ttgtgttgcg 120 ttgtttcttt ttagtataga aactgagccc ttctcactaa atatcacttt atagccagaa 180 tttgtcgaat ttgaaggatc a 201 <210> 10 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi 02 SNP marker <400> 10 gaatgtagag ttcctccacg gataattttc tggtcttttc agcttcttgt ttatacttgt 60 cgtagtctga tccaaagtaa tgttttgcag ctcgtgtcaa rtctcccatg cttatagctt 120 cctgcaaata ctacataaaa tatagtatat atatttccag gattattatg agtaataaat 180 aaaggattaa aggaagaaga c 201 <210> 11 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi 17 SNP marker <400> 11 gtgtctccgc cgtcgaagct gcgacgacga ttcgggtgaa gaaggtgaag ggaaaagaag 60 gccgtcgtcc atggtgacaa atacagggta ttggtacagt ratgctgaat aaatactcag 120 attagagtgg tcatatggtg agtcaactcc aaagctttga acccaacccg gatatctaca 180 atttcaccag cgatgttttg c 201 <210> 12 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi 02 SNP marker <400> 12 tatccacgaa aagagcaagg tccaacagtg tttgaggcaa gccattccat attggcttgc 60 tccacccaaa atcaacttca aaaacaggaa ggttacacaa rctacttata tttaaaactt 120 tagtctcacc tttactgtga tctattgatc gtcgggctaa tatggacctg agaaacccgc 180 cctccgtgtg catttccctc a 201 <210> 13 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi 03 SNP marker <400> 13 gactaagcag ccaacaacaa caacaaagga ggaccccggc aaagagctcc cacccttctc 60 tcccctcctt catccattgc tccctttctt ctccatctcg rctgtaagaa ggtggctggg 120 cagagcatcc ggtcggcggt agcgtgaaac agtgatggtg gcggtgacga ctctcggcgg 180 tgaaggcagc accgtgatca a 201 <210> 14 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinjami 15 SNP marker <400> 14 catcttgaaa gacagggtgt tggacttagc tcttcaggtc tctgcccaca tctactctca 60 aatggatgct agagaagaag ggttacaggt ccaggaagca rcccccggcg gtgctcgctg 120 caaaaccata ttactcatca agaaatgctt tgccacagtg ttgggtaaat tcatgcacac 180 cctatgctcc gagtctgagg a 201 <210> 15 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeulmi 09 SNP marker <400> 15 gctgttcgcg ttgaggtctg gatgacaaat cacatactga acccgttact ttgtatcctt 60 tattcttcca ttctaraaag catttatcga ggtcytcttg yttacgygaa cacgtgtaaa 120 ccgtcgcccc aaaacttgcc aattcctcta ctatagcata cctaaattgt gcacaaaaat 180 taaattagga aaacctccaa a 201 <210> 16 <211> 201 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yulmi 08 SNP marker <400> 16 aatggatcat aatctattat catgacctat gatataataa ttagtatata ccgtgcatgg 60 gcccaaagat tccgaatgta ttgtctgtta tatcaagctc yttcaaattg gtgaaatcat 120 ttatacctgc ccaaataatt ttgcattaga catttgatat acaatcaagc actagcttct 180 cgaggaatta aattaaactt g 201 <210> 17 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-01 forward primer <400> 17 gagcctgatg gagggatatt taa 23 <210> 18 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-01 reverse primer <400> 18 gctttaggcc tcaatgtttc ct 22 <210> 19 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-03 forward primer <400> 19 cccarccttt cctcctcar 19 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-03 reverse primer <400> 20 aaaggtagct ttgatgccaa g 21 <210> 21 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-05 forward primer <400> 21 gaactaagaa ccctgatttt gga 23 <210> 22 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-05 reverse primer <400> 22 tcactaccag aaatctcctg agtc 24 <210> 23 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-03 forward primer <400> 23 ttagcgtgga gcctcatga 19 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-03 reverse primer <400> 24 catttgaaca caacaacctc gta 23 <210> 25 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-05 forward primer <400> 25 acaatttaac attcaggaac caact 25 <210> 26 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-05 reverse primer <400> 26 tcttctacac ccagtcctat tacaag 26 <210> 27 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-07 forward primer <400> 27 ccagcaagtc aagctaattc aa 22 <210> 28 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-07 reverse primer <400> 28 actacgctag ttcattttcc attttg 26 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-08 forward primer <400> 29 gcaattagga gacagtggca 20 <210> 30 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-08 reverse primer <400> 30 cattattccc tacattcaca tttttc 26 <210> 31 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-10 forward primer <400> 31 ccggaggcac cgtctct 17 <210> 32 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-10 reverse primer <400> 32 tgcaacatcc acagtcttcg t 21 <210> 33 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeungmi-02 forward primer <400> 33 gagtcactct cagataattt tccg 24 <210> 34 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeungmi-02 reverse primer <400> 34 aagaaacaac gcaacacaag ag 22 <210> 35 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-02 forward primer <400> 35 acttgtcgta gtctgatcca aagta 25 <210> 36 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-02 reverse primer <400> 36 gtatttgcag gaagctataa gcat 24 <210> 37 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-17 forward primer <400> 37 cgtcgtccat ggtgacaaa 19 <210> 38 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-17 reverse primer <400> 38 ccatatgacc actctaatct gagtatt 27 <210> 39 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi-02 forward primer <400> 39 cccaaaatca acttcaaaaa cag 23 <210> 40 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi-02 reverse primer <400> 40 atcaatagat cacagtaaag gtgagact 28 <210> 41 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SGM-02 reverse primer <400> 41 tcaatagatc agagtaaagg tagtgagac 29 <210> 42 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Singeonmi-03 forward primer <400> 42 ccttcatcca ttgctccctt t 21 <210> 43 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Singeonmi-03 reverse primer <400> 43 gctctgccca gccacctt 18 <210> 44 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinjami-15 forward primer <400> 44 agaagaaggg ttacaggtcc ag 22 <210> 45 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinjami-15 reverse primer <400> 45 atggttttgc agcgagcac 19 <210> 46 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeseumi-09 forward primer <400> 46 aacccgttac tttgtatcct ttattc 26 <210> 47 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeseumi-09 A reverse primer <400> 47 cgtaagcaag aggacctcga t 21 <210> 48 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeseumi-09 B reverse primer <400> 48 cacgtaaaca agaagacctc gat 23 <210> 49 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yulmi-08 forward primer <400> 49 aaagattccg aatgtattgt ctgtt 25 <210> 50 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yulmi-08 reverse primer <400> 50 tgggcaggta taaatgattt cac 23 <210> 51 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-01-PCF probe <400> 51 tctggaaggc gctt 14 <210> 52 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-01-PTV probe <400> 52 aggcgttttc gca 13 <210> 53 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-03-PCF probe <400> 53 accatcaggt gcca 14 <210> 54 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-03-PTV probe <400> 54 aaccattagg tgccatg 17 <210> 55 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-05-PAF probe <400> 55 cctcaggtag cacag 15 <210> 56 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Annobeni-05-PGV probe <400> 56 cctcaggtgg caca 14 <210> 57 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-03-PGF probe <400> 57 aggaatggag ctgga 15 <210> 58 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-03-PAV probe <400> 58 atggagctag actt 14 <210> 59 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-05-PTF probe <400> 59 ccagctatat gtttaga 17 <210> 60 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-05-PCV probe <400> 60 ccagctatac gtttagaa 18 <210> 61 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-07-PAF probe <400> 61 caagagactc ggatca 16 <210> 62 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beniharuka-07-PTV probe <400> 62 caagagactc ggttca 16 <210> 63 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-08-PCF probe <400> 63 tgctcctggg tggg 14 <210> 64 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-08-PTV probe <400> 64 tgctcttggg tggg 14 <210> 65 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-10-PCF probe <400> 65 ccagttcgtc gcc 13 <210> 66 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeonmi-10-PTV probe <400> 66 cccagttcgt tgcc 14 <210> 67 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeungmi-02-PGF probe <400> 67 atgatacaga ctgtggag 18 <210> 68 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Jeungmi-02-PAV probe <400> 68 atgatacaga ctgtgaag 18 <210> 69 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-02-PGF probe <400> 69 tcgtgtcaag tct 13 <210> 70 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-02-PAV probe <400> 70 ctcgtgtcaa atct 14 <210> 71 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-17-PGF probe <400> 71 tattggtaca gtgatgc 17 <210> 72 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Juhwangmi-17-PAV probe <400> 72 tattggtaca gtaatgct 18 <210> 73 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi-02-PAF probe <400> 73 aaggttacac aaacta 16 <210> 74 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Shingeonmi-02-PGV probe <400> 74 ttacacaagc tacttata 18 <210> 75 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Singeonmi-03-PGF probe <400> 75 ctccatctcg gctgt 15 <210> 76 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Singeonmi-03-PAV probe <400> 76 ctccatctcg actgtaa 17 <210> 77 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinjami-15-PAF probe <400> 77 aagcaacccc cggc 14 <210> 78 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinjami-15-PGV probe <400> 78 aagcagcccc cgg 13 <210> 79 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeseumi-09-PGF probe <400> 79 ccattctaga aagca 15 <210> 80 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yeseumi-09-PAV probe <400> 80 ccattctaaa aagca 15 <210> 81 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yulmi-08-PCF probe <400> 81 tatcaagctc cttcaa 16 <210> 82 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Yulmi-08-PTV probe <400> 82 atcaagctct ttcaaa 16

Claims (19)

  1. 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드;
    서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 76번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드; 및
    서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 101번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는,
    고구마 품종 판별용 SNP 마커.
  2. 제 1항에서
    상기 고구마 품종은 일본 고구마 품종 또는 국내 고구마 품종인 것인, 마커 .
  3. 제 2항에서
    상기 일본 고구마 품종은 안노베니 또는 베니하루카이거나,
    상기 국내 고구마 품종은 전미, 증미, 주황미, 신건미, 신자미, 예스미 및 율미로 이루어진 군에서 선택되는 것인 마커.
  4. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 안노베리인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호1, 2 또는 3의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  5. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 베니하루카인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호4, 5 또는 6의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  6. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 전미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호7 또는 8의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  7. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 증미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호9의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  8. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 주황미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호10 또는 11의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  9. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 신건미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호12 또는 13의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  10. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 신자미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호14의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  11. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 예스미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호15의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  12. 제 3항에서
    상기 고구마 품종이 율미인 경우, 상기 폴리뉴클레오티드는 서열번호16의 염기서열로 구성된 폴리뉴클글레오티드 또는 이에 상보적인 뉴클레오티드인 마커.
  13. 제1항의 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 고구마 품종 판별용 조성물.
  14. 제13항에서
    상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 서열번호17 및 18로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호19 및 20으로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호21 및 22로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호23 및 24로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호25 및 26으로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호27 및 28로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호29 및 30으로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호31 및 32로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호33 및 34로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호35 및 36으로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호37 및 38로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호39, 40 및 41로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호42 및 43으로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호44 및 45로 표시되는 프라이머 세트;
    서열번호46, 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트; 및
    서열번호49 및 50으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는, 고구마 품종 판별용 조성물.
  15. 제4항에서
    상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 서열번호51 및 52로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호53 및 54로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호55 및 56으로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호57 및 58로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호59 및 60으로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호61 및 62로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호63 및 64로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호65 및 66으로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호67 및 68로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호69 및 70으로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호71 및 72로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호73 및 74로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호75 및 76으로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호77 및 78로 표시되는 프로브 세트;
    서열번호79 및 80으로 표시되는 프로브 세트; 및
    서열번호81 및 82로 표시되는 프로브 세트로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 프로브 세트를 포함하는, 고구마 품종 판별용 조성물.
  16. 제13항의 조성물을 포함하는 고구마 품종 판별용 키트.
  17. 제16항에서, 상기 증폭반응을 위한 시약을 더 포함하는 키트.
  18. 제17항에서, 상기 증폭반응을 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼(buffer)를 포함하는 것인, 키트.
  19. 고구마 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
    상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제 13항의 고구마 품종 판별용 조성물을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
    상기 PCR을 수행하는 단계에서 증폭된 PCR 산물을 검출하는 단계를 포함하는,
    고구마 품종 판별 방법.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114622032A (zh) * 2022-03-23 2022-06-14 中国科学院华南植物园 甘薯小象甲抗性位点spwr1、spwr2、分子标记及其应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011024466A (ja) * 2009-07-23 2011-02-10 Institute Of Physical & Chemical Research キク品種「新神２」の識別方法
KR20110108809A (ko) * 2010-03-29 2011-10-06 고려대학교 산학협력단 고구마 유래 ＳＲＤ１ 유전자 ｃＤＮＡ 및 이를 이용한 다수성 형질전환 식물체
KR20130075986A (ko) * 2011-12-28 2013-07-08 대한민국(관리부서:농촌진흥청장) 고구마의 품종판별을 위한 ｓｓｒ 프라이머 및 이를 이용한 고구마의 품종 판별 방법
KR101448964B1 (ko) 2012-10-23 2014-10-13 강원대학교산학협력단 유채 품종 특이적 마커, 프라이머 및 이의 용도
KR101961653B1 (ko) * 2017-11-08 2019-03-26 대한민국 고구마 품종 판별용 ｓｎｐ 분자 마커 및 이의 용도

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011024466A (ja) * 2009-07-23 2011-02-10 Institute Of Physical & Chemical Research キク品種「新神２」の識別方法
KR20110108809A (ko) * 2010-03-29 2011-10-06 고려대학교 산학협력단 고구마 유래 ＳＲＤ１ 유전자 ｃＤＮＡ 및 이를 이용한 다수성 형질전환 식물체
KR20130075986A (ko) * 2011-12-28 2013-07-08 대한민국(관리부서:농촌진흥청장) 고구마의 품종판별을 위한 ｓｓｒ 프라이머 및 이를 이용한 고구마의 품종 판별 방법
KR101448964B1 (ko) 2012-10-23 2014-10-13 강원대학교산학협력단 유채 품종 특이적 마커, 프라이머 및 이의 용도
KR101961653B1 (ko) * 2017-11-08 2019-03-26 대한민국 고구마 품종 판별용 ｓｎｐ 분자 마커 및 이의 용도

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Kou Meng et al., Journal of Integrative Agriculture, 16(2), pp.464-470, 2017. *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114622032A (zh) * 2022-03-23 2022-06-14 中国科学院华南植物园 甘薯小象甲抗性位点spwr1、spwr2、分子标记及其应用

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