KR20210035846A - 에스. 아우레우스 클럼핑 인자 A(ClFA)에 지향되는 항체 - Google Patents
에스. 아우레우스 클럼핑 인자 A(ClFA)에 지향되는 항체 Download PDFInfo
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Abstract
본 개시내용은 스타필로코쿠스 아우레우스 클럼핑 인자 A 단백질(ClfA)에 특이적으로 결합하는 단클론성 항체 또는 이의 항원-결합 단편뿐만 아니라 상기 단클론성 항체를 포함하는 조성물에 관한 것이다. 본 개시내용은 또한 대상체에게 항-ClfA 단클론성 항체를 단독으로 또는 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 단클론성 항체와 조합하여 투여함으로써, 스타필로코쿠스 아우레우스 감염을 치료하는 방법에 관한 것이다. ClfA 및 AT 둘 다에 특이적으로 결합하는 이중특이적 단클론성 항체 및 이를 사용하는 방법이 또한 제공된다.
Description
항미생물제 내성(antimicrobial resistant: AMR) 박테리아 병원체로 인한 감염은 공공 건강을 점점 더 위협하고 있다. 진행 중인 AMR 전염병은 부분적으로 경험적인 넓은 스펙트럼의 항생제 요법에 의해 촉진되었다. 이것은 심각한 박테리아 감염을 예방하거나 치료하기 위해서, 단클론성 항체(monoclonal antibody: mAb)를 포함한, 병원체 특이적 방법의 탐색으로 이어졌다. 항생제 내성 박테리아 감염의 예방 또는 치료를 위해 현재 다수의 단클론성 항체가 개발 중이다(예를 들어, 문헌[DiGiandomenico, A., and B.R. Sellman, Curr. Opin. Microbiol., 27: 78-85 (2015)] 참고). 이러한 수동적 면역화 전략은 표적 병원체에 대해 즉각적이고 강력한 면역글로불린 반응을 제공한다. 이상적으로, 단클론성 항체 또는 단클론성 항체 칵테일은 주요 박테리아 독력(virulence) 기전을 중화시키고, 숙주의 타고난 면역 반응을 증강시키는 다수의 작용 기전을 제공하여 임상 성공을 위한 가장 큰 기회를 제공한다.
스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus)는 피부 및 연조직 감염, 심내막염, 골수염, 폐렴 및 균혈증을 비롯한 다양한 질환을 일으키는 박테리아 병원체이다(문헌[Lowy, F.D., N. Engl. J. Med., 339(8): 520-32 (1998)] 참고). 전임상 연구는, 단클론성 항체 기반 접근법이 에스. 아우레우스(S. aureus) 감염에 대한 예방 및 보조 요법에 대한 가능성이 있음을 나타낸다(예를 들어, 문헌[Hazenbos et al., PLoS Pathog., 9(10):e1003653. doi: 10.1371/journal.ppat.10036532013 (2013); Rouha, H., MAbs, 7(1): 243-254 (2015); Foletti et al., J. Mol. Biol., 425(10): 1641-1654 (2013); Karauzum et al., J Biol Chem., 287(30): 25203-15 (2012); 및 Hua et al., Antimicrob Agents Chemother., 58(2): 1108-17 (2014)] 참고). 에스. 아우레우스 알파 독소(alpha toxin: AT) 및 클럼핑 인자 A(clumping factor A protein: ClfA)를 표적으로 하는 다중-기전적 단클론성 항체 조합물은 에스. 아우레우스 치사 균혈증 모델에서 각각의 개별 단클론성 항체에 비해 보호를 강화하고, 균주 적용 범위(strain coverage)를 개선시키는 것으로 밝혀져 있지만(문헌[Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)]); 시험된 ClfA 단클론성 항체는 2개의 파운더(founder) 서열(ClfA001 및 ClfA004)에 비해서 ClfA 파운더 서열 ClfA002에 대해서 감소된 결합 친화도 및 기능성 활성을 나타낸다.
따라서, 스타필로코쿠스 아우레우스 감염, 특히 현재 사용 가능한 항생제에 내성인 감염을 치료하기 위한 조성물 및 방법이 필요하다. 본 개시내용은 이러한 조성물 및 방법을 제공한다.
본 명세서에는 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 클럼핑 인자 A(ClfA) 단백질에 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편이 제공된다. 특정 예에서, 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 클럼핑 인자 A(clumping factor A: ClfA) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하는 가변 중쇄(variable heavy chain: VH) 상보성 결정 영역(complementarity determining region: CDR) 1, 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR1, 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함하고, 이러한 항체 또는 항원-결합 단편은 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 VH, VL 및 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하며, 여기서 VH는 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 VH, VL 및 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하며, 여기서 VL은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 SAR114의 VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 및 VL CDR3을 포함한다. 특정 예에서, CDR은 카바트-정의된 CDR, 코티아-정의된 CDR 또는 AbM-정의된 CDR이다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함한다.
특정 예에서, 중쇄 불변 도메인은 MHEACSYHLCQKSLSLS(서열번호 23)의 아미노산 서열을 포함한다. 특정 예에서, 중쇄 불변 도메인은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
특정 예에서, 피브리노겐 결합 저해 검정에서 ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 IC50은 서로의 2 ㎍/㎖ 이내이다. 특정 예에서, 피브리노겐 결합 저해 검정에서 ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 IC50은 모두 1 ㎍/㎖ 내지 5 ㎍/㎖이다. 특정 예에서, ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 결합 친화도(KD)는 모두 200 내지 350 pM이다.
특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 23℃에서 14일 동안 2 kLux/시간에서 종래의 백색광에 상기 항체 또는 항원-결합 단편을 노출시킨 후 5% 이하만큼 감소한 단량체 순도를 갖는다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 인간 FcRn 마우스에서 돌연변이가 없는 동일한 항체에 비해서 반감기를 연장시키는 돌연변이를 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 돌연변이가 없는 동일한 항체에 비해서 반감기를 연장시키는 돌연변이를 포함하며, 여기서 돌연변이는 돌연변이가 없는 동일한 항체 또는 항원-결합 단편에 비해서 OPK 활성을 저해하지 않는다.
본 명세서에는 또한 에스. 아우레우스 ClfA 단백질 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 이중특이적 항체 및 이의 항원-결합 단편이 제공된다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 더 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 SAR72, SAR80, SAR113, SAR132, SAR352, SAR372, SAR510, SAR547, SAS1, SAS19 또는 SAS203의 VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 및 VL CDR3을 포함한다. 특정 예에서, CDR은 카바트-정의된 CDR, 코티아-정의된 CDR 또는 AbM-정의된 CDR이다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 (a) 각각 서열번호 17 및 18, (b) 각각 서열번호 30 및 31, (c) 각각 서열번호 32 및 33, (d) 각각 서열번호 34 및 35, (e) 각각 서열번호 36 및 37, (f) 각각 서열번호 38 및 39, (g) 각각 서열번호 40 및 41, (h) 각각 서열번호 42 및 43, (i) 각각 서열번호 44 및 45, (j) 각각 서열번호 46 및 47 또는 (k) 각각 서열번호 48 및 49에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 가변 중쇄 및 가변 경쇄 서열을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 VH 및 VL을 포함하며, VH는 서열번호 17, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46 또는 48에 제시된 아미노산 서열을 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 VH 및 VL을 포함하며, VL은 서열번호 18, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47 또는 49에 제시된 아미노산 서열을 포함한다.
특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 중쇄 불변 영역을 더 포함한다. 특정 예에서, 중쇄 불변 영역은 인간 면역글로불린 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2 중쇄 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 예에서, 중쇄 불변 영역은 인간 IgG1 불변 영역이다. 특정 예에서, 중쇄 불변 영역은 N3, N3E 또는 N3F 돌연변이를 포함한다. 특정 예에서, 중쇄 불변 영역은 YTE 돌연변이를 포함한다.
특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 경쇄 불변 영역을 더 포함한다. 특정 예에서, 경쇄 불변 영역은 인간 면역글로불린 IgGκ 및 IgGλ 경쇄 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 예에서, 경쇄 불변 영역은 인간 IgGκ 경쇄 불변 영역이다.
특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 단클론성 항체 또는 항원-결합 단편이다.
특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편은 전장 항체이다. 일부 실시형태에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 항원 결합 단편이다. 특정 예에서, 항원-결합 단편은 Fab, Fab', F(ab')2, 단일 쇄 Fv(scFv), 다이설파이드 연결된 Fv, 인트라바디, IgGΔCH2, 미니바디, F(ab')3, 테트라바디, 트라이아바디, 다이아바디, DVD-Ig, Fcab, mAb2, (scFv)2 또는 scFv-Fc를 포함한다.
특정 예에서, 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체는 서열번호 50에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 26에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 검출 가능한 표지를 더 포함한다.
본 명세서에는 또한 본 명세서에 제공된 항체를 포함하는 조성물이 제공된다. 특정 예에서, 조성물은 본 명세서에 제공된 항체 및 약제학적으로-허용 가능한 담체를 포함한다.
특정 예에서, 조성물은 본 명세서에 제공된 항체 및 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편 및 선택적으로 약제학적으로-허용 가능한 담체를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
본 명세서에는 본 명세서에 제공된 항체를 사용하는 방법이 제공된다. 특정 예에서, 대상체에서 에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는 방법은 대상체에게 본 명세서에 제공된 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 명세서에 제공된 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
특정 예에서, 대상체에서 에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는 방법은 대상체에게 본 명세서에 제공된 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 특정 예에서, 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 특정 예에서, 본 명세서에 제공된 항-에스. 아우레우스 ClfA 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 동시에 투여된다. 특정 예에서, 본 명세서에 제공된 항-에스. 아우레우스 ClfA 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 순차적으로 투여된다.
특정 예에서, 대상체에서 에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는 방법은 에스. 아우레우스-연관 패혈증을 저해하는 것, 에스. 아우레우스 응집반응을 저해하는 것, 혈전색전성 병변 형성을 저해하는 것, 독소 중화, 옵소닌식세포작용(opsonophagocytosis)을 유도하는 것, 에스. 아우레우스 피브리노겐 결합을 저해하는 것, 에스. 아우레우스 응집반응을 저해하는 것 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
특정 예에서, 대상체는 당뇨병을 갖는다. 특정 예에서, 대상체는 인간이다.
본 명세서에는 또한 폴리뉴클레오타이드가 제공된다. 특정 예에서, 단리된 폴리뉴클레오타이드는 본 명세서에 제공된 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VH 또는 중쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함한다. 특정 예에서, 핵산 분자는 서열번호 13의 VH 또는 서열번호 25, 50 또는 52의 중쇄를 암호화한다.
특정 예에서, 단리된 폴리뉴클레오타이드는 본 명세서에 제공된 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VL 또는 경쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함한다. 특정 예에서, 핵산 분자는 서열번호 14의 VL 또는 서열번호 26의 경쇄를 암호화한다.
특정 예에서, 단리된 폴리뉴클레오타이드는 본 명세서에 제공된 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VH 또는 중쇄 및 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VH 또는 경쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함한다.
또한 본 명세서에는 벡터가 제공된다. 특정 예에서, 단리된 벡터는 본 명세서에 제공된 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
또한 본 명세서에는 숙주 세포가 제공된다. 특정 예에서, 숙주 세포는 본 명세서에 제공된 폴리뉴클레오타이드, 본 명세서에 제공된 벡터 또는 본 명세서에 제공된 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 제1 벡터 및 본 명세서에 제공된 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 제2 벡터를 포함한다. 특정 예에서, 숙주 세포는 CHO, NS0, PER-C6, HEK-293 및 HeLa 세포로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 예에서, 숙주 세포는 단리된다.
또한 본 명세서에는 항체 또는 항원-결합 단편을 생산하는 방법이 제공된다. 특정 예에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 생산하는 방법은 본 명세서에 제공된 숙주 세포를 배양하여 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 생산하는 단계를 포함한다.
또한 본 명세서에는 에스. 아우레우스 또는 에스. 아우레우스 ClfA를 검출하는 방법이 제공된다. 특정 예에서, 샘플에서 에스. 아우레우스 또는 에스. 아우레우스 ClfA를 검출하는 방법은 샘플을 본 명세서에 제공된 항체 또는 이의 항원-결합 단편에 접촉시키는 단계를 포함한다.
도 1은 연속 희석된(666 μM 내지 2.55 μM) 항-ClfA mAb 11H10(도 1A) 또는 SAR114(도 1B)의 존재 하에서 측정되는 바와 같은 3종의 주요 ClfA 유전자형에 대한 피브리노겐 결합의 저해를 도시한 일련의 그래프이다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다.
도 2는 인간 혈장 및 항-ClfA mAb의 존재 하에서 에스. 아우레우스 임상 단리물의 응집반응을 도시한 그래프이다. 도 2는 박테리아 응집반응을 저해하는데 요구되는 11H10 및 SAR114 mAb의 최소 농도를 도시한다. 데이터는 2개의 독립적인 실험을 대표한다. c-IgG를 음성 대조군으로 사용하였고, 200 ㎍/㎖에서 어떠한 저해도 나타내지 않았다.
도 3은 에스. 아우레우스 임상 단리물 ARC635(ST5)(도 3A), SF8300(ST8)(도 3B), NRS383(ST346)(도 3C), NRS382(ST5)(도 3D), NRS384(ST8)(도 3E) 및 ARC2081(ST30)(도 3F)에 대한 항-ClfA 단클론성 항체 SAR114의 옵소닌식세포작용 사멸(opsonophagocytic killing: OPK) 활성을 도시한 일련의 그래프이다. 에스. 아우레우스 균주를 인간 HL-60 세포, 인간 혈청 및 SAR114(사각형) 또는 c-IgC(원)의 연속 희석물과 함께 인큐베이션시켰다. 그래프는 3개의 독립적인 실험의 평균 값 ± 표준 편차(SD)를 나타낸다.
도 4는 SAR114 단클론성 항체에 의한 다수의 에스. 아우레우스 유형의 응집반응 저해를 도시한 그래프이다. 40개의 상이한 서열 유형(ST) 및 발견되지 않은 일부(NF)를 나타내는 112개의 에스. 아우레우스 임상 단리물을 실시예 1에 기재된 바와 같이 시험하였다.
도 5는 ClfA001 유전자형에 대한 결합에 대한 SAR114 및 11H10의 경쟁을 도시한 그래프를 나타낸다. 도 5A의 그래프는 실시예 1에 기재된 바와 같은 ELISA 경쟁 결합 검정을 도시한다. 데이터는 평균 값 ± 표준 편차(SD)를 나타낸다. 도 5B의 그래프는 실시예 1에 기재된 OCTECT® 결합 검정의 결과를 나타낸다.
도 6은 옵소닌식세포작용 사멸(OPK)에 대한 항-박테리아 항체에서의 YTE 및 N3 돌연변이의 효과를 도시한 그래프를 제공한다. Cam004(상단 패널)는 항-슈도모나스(pseudomonas) 항체 및 2F4(하단 패널)는 항-에스. 아우레우스 항체이다. R347 항체를 음성 대조군 항체로 사용하였다(실시예 2 참고).
도 7은 N3 돌연변이가 피브리노겐에 대한 ClfA001, ClfA002 또는 ClfA1004 결합을 저해하는 SAR114의 능력을 감소시키지 않는다는 것을 나타낸 그래프를 제공한다(실시예 2 참고).
도 8은 응집반응 및 피브리노겐 역가 검정(fibrinogen potency assay)에서 SAR114에 대한 N3F 및 N3Y 돌연변이의 효과를 기록한 표를 제공한다(실시예 3 참고).
도 9는 SAR114의 인간 FcRn(상단 패널) 및 OPK(하단 패널)에 대해서 트랜스제닉인 마우스에서 약동학(PK)에 대한 N3 (N3W), N3F 및 N3Y 돌연변이의 효과를 도시한 그래프를 제공한다(실시예 3 참고).
도 10A 내지 도 10M은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 실시예 4에 기재된 바와 같은 치사 균혈증 마우스 모델에서 균주 적용 범위를 제공한다는 것을 도시한 일련의 그래프이다. 시험된 다양한 서열 유형(ST) 및 ClfA 유전자형으로부터의 상이한 에스. 아우레우스 임상 단리물은 하기를 포함하였다: NRS123(ST1, ClfA012), NRS387(ST5, ClfA002), ARC635(ST5, ClfA002), 3049043(ST5, ClfA002), 3049057(ST8, ClfA001), SF8300(ST8, Clf A001), 3049088(ST30, ClfA004), 3049114(ST30, ClfA004), ARC2784(ST188, ClfA019), 9043, 9057, 9157 및 2784. 나타낸 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다. 끝에 원이 있는 파선은 IgG 대조군 항체로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 사각형이 있는 선은 SAR114(15 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 상향 삼각형이 있는 선은 MEDI4893*(15 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 역삼각형이 있는 선은 SAR114 및 MEDI4893*(각각 7.5 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다(실시예 4 참고).
도 11은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 당뇨병 마우스(db/db)에서 CA-MRSA SF8300-유도된 IV 치사 균혈증에 대해서 보호한다는 것을 나타낸 일련의 그래프이다. 하단의 2개의 패널의 수평 막대는 기하 평균 CFU를 나타낸다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 5 참고).
도 12는 총 병리학(좌측)에 의한 또는 단편의 헤마톡실린 및 에오신 염색 후(우측)의 CA-MRSA SF8300-유도된 IV 치사 균혈증에 노출된 db/db 마우스의 간 손상에 대한 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물의 효과를 나타낸 이미지를 제공한다(실시예 7 참고).
도 13은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 치사 균혈증 당뇨병 db/db 마우스 모델에서 보호에 균주 적용 범위를 제공한다는 것을 도시한 일련의 그래프이다(실시예 8 참고).
도 14는 스캐폴드로서 항-ClfA mAb를 사용한 이중특이적 작제물(도 14A) 또는 10-아미노산 링커(GGGGx2)를 통해서 ClfA 단클론성 항체 중쇄 N 말단(도 14B) 또는 중쇄 C 말단(도 14C)에 연결된 항-AT mAb MEDI4893*의 scFv 개략도를 제공한다(실시예 9 참고).
도 15는 실시예 9에 기재된 바와 같은 항-ClfA SAR114 또는 11H10 / MEDI4893* BiSAb의 시험관내 특징규명을 도시한 일련의 그래프이다. 도 15A 및 도 15D는 AT-매개된 토끼 RBC 용혈 검정에서 MEDI4893*와 비교한 BiS2 및 BiS3 활성도를 도시한다. BiSAb 및 MEDI4893*의 연속 희석물을 AT 단독(도 15A) 또는 10M 과량의 ClfA001(도 15D) 및 RBC와 함께 인큐베이션시켰다. 용혈 저해 백분율을 하기와 같이 계산하였다: 100*(100-(ODAT+mAb) / (ODAT 단독)). 데이터는 3개의 독립적인 실험을 나타낸다. 도 15B 및 도 15C는 실시예 9에 기재된 고정된 피브리노겐 결합 검정의 결과를 나타낸다. BiSAb, SAR114 또는 11H10의 연속 희석물을 ClfA 단독(도 15B) 또는 10 M 과량의 AT(도 15C)와 인큐베이션시켰다. 데이터는 3개의 별개의 실험의 평균 값 표준 편차를 나타낸다. 저해 결합 백분율을 100*(100-(ODClfA+mAb) / (ODClfA 단독))으로서 계산하였다.
도 16은 실시예 9에 기재된 바와 같은 3개의 주요 ClfA 유전자형에 대한 피브리노겐 결합의 저해를 나타낸 일련의 그래프이다. 피브리노겐 결합의 저해를 단클론성 항체 11H10(도 16A), SAR114(도 16B) 또는 각각의 이중특이적 항체(도 16C)의 연속 희석물의 존재 하에서 측정하였다. 10 M 과량의 AT(6.6 mM)의 존재 하에서 AT scFv를 포화시킴으로써 유사한 검정을 수행하였다(도 16D 내지 16F).
도 17은 항-ClfA/AT 이중특이적 항체(BiS)의 옵소닌식세포작용 사멸(OPK) 활성을 도시한 일련의 그래프이다. 에스. 아우레우스 뉴먼(Newman) 단리물을 인간 HL-60 세포, 인간 혈청 및 11H10 모체 단클론성 항체의 연속 희석물 또는 11H10-BiS 분자(도 17A) 또는 SAR114 모체 단클론성 항체의 연속 희석물 또는 SAR114-BiS 분자(도 17B)와 함께 인큐베이션시켰다. 그래프는 2개의 독립적인 실험의 평균 값 ± SD를 나타낸다(실시예 9 참고).
도 18은 균혈증 마우스 모델에서 항-ClfA mAb/MEDI4893* 이중특이적 항체의 효능을 도시한 일련의 그래프이다. Balb/c 마우스(n=10)를 제시된 농도의 SAR114/MEDI4893* BiS2, BiS3 또는 SAR114+MEDI4893*의 조합물로 IP로 수동적으로 면역화시키고, 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스 단리물 SF8300(6e7 cfu)(도 18A) 또는 3049057(5e7 cfu)(도 18B)로 IV로 감염시켰다. 11H10/MEDI4893* BiS2, BiS3 또는 11H10+MEDI4893* mAb에 대한 보호 효능을 SF8300(도 18C) 또는 30419057(도 18D) 시험감염에 대해서 평가하였다. 생존을 2주 동안 모니터링하였다. 결과를 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 분석하였다. p가 0.05 미만인 경우 c-IgG 대비 통계학적 분석을 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였고, 별표(*)로 나타내었다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 10 참고).
도 19는 ClfA가 치사 폐렴 마우스 모델에서 SAR114/MEDI4893* BiSAb를 격리시킨다는 것을 도시한 일련의 그래프이다. C57/B6 마우스(n=10)를 제시된 농도의 BiS2, BiS3, MEDI4893* 또는 SAR114+MEDI4893* mAb 조합물로 IP로 수동적으로 면역화시키고, 24시간 후 1.5e6 cfu의 에스. 아우레우스 단리물 SF8300(도 19A) 또는 SF8300 ΔclfA 동질유전자 돌연변이체(도 19B)로 비강내로(IN) 감염시켰다. 생존을 6일 동안 모니터링하였다. 결과를 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 분석하였다. p가 0.05 미만인 경우 c-IgG 대비 통계학적 분석을 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 11 참고).
도 20은 5 ㎎/㎏의 항체를 투여한 후 60일의 기간에 걸쳐서 시노몰거스 원숭이에서 SAR114, SAR114 N3F 및 SAR114 N3Y의 수준을 도시한다.
도 21은 생체외 PBMC 자극 검정을 사용하여 야생형 및 N3Y Fc 영역의 면역원성을 도시한 그래프이다.
도 2는 인간 혈장 및 항-ClfA mAb의 존재 하에서 에스. 아우레우스 임상 단리물의 응집반응을 도시한 그래프이다. 도 2는 박테리아 응집반응을 저해하는데 요구되는 11H10 및 SAR114 mAb의 최소 농도를 도시한다. 데이터는 2개의 독립적인 실험을 대표한다. c-IgG를 음성 대조군으로 사용하였고, 200 ㎍/㎖에서 어떠한 저해도 나타내지 않았다.
도 3은 에스. 아우레우스 임상 단리물 ARC635(ST5)(도 3A), SF8300(ST8)(도 3B), NRS383(ST346)(도 3C), NRS382(ST5)(도 3D), NRS384(ST8)(도 3E) 및 ARC2081(ST30)(도 3F)에 대한 항-ClfA 단클론성 항체 SAR114의 옵소닌식세포작용 사멸(opsonophagocytic killing: OPK) 활성을 도시한 일련의 그래프이다. 에스. 아우레우스 균주를 인간 HL-60 세포, 인간 혈청 및 SAR114(사각형) 또는 c-IgC(원)의 연속 희석물과 함께 인큐베이션시켰다. 그래프는 3개의 독립적인 실험의 평균 값 ± 표준 편차(SD)를 나타낸다.
도 4는 SAR114 단클론성 항체에 의한 다수의 에스. 아우레우스 유형의 응집반응 저해를 도시한 그래프이다. 40개의 상이한 서열 유형(ST) 및 발견되지 않은 일부(NF)를 나타내는 112개의 에스. 아우레우스 임상 단리물을 실시예 1에 기재된 바와 같이 시험하였다.
도 5는 ClfA001 유전자형에 대한 결합에 대한 SAR114 및 11H10의 경쟁을 도시한 그래프를 나타낸다. 도 5A의 그래프는 실시예 1에 기재된 바와 같은 ELISA 경쟁 결합 검정을 도시한다. 데이터는 평균 값 ± 표준 편차(SD)를 나타낸다. 도 5B의 그래프는 실시예 1에 기재된 OCTECT® 결합 검정의 결과를 나타낸다.
도 6은 옵소닌식세포작용 사멸(OPK)에 대한 항-박테리아 항체에서의 YTE 및 N3 돌연변이의 효과를 도시한 그래프를 제공한다. Cam004(상단 패널)는 항-슈도모나스(pseudomonas) 항체 및 2F4(하단 패널)는 항-에스. 아우레우스 항체이다. R347 항체를 음성 대조군 항체로 사용하였다(실시예 2 참고).
도 7은 N3 돌연변이가 피브리노겐에 대한 ClfA001, ClfA002 또는 ClfA1004 결합을 저해하는 SAR114의 능력을 감소시키지 않는다는 것을 나타낸 그래프를 제공한다(실시예 2 참고).
도 8은 응집반응 및 피브리노겐 역가 검정(fibrinogen potency assay)에서 SAR114에 대한 N3F 및 N3Y 돌연변이의 효과를 기록한 표를 제공한다(실시예 3 참고).
도 9는 SAR114의 인간 FcRn(상단 패널) 및 OPK(하단 패널)에 대해서 트랜스제닉인 마우스에서 약동학(PK)에 대한 N3 (N3W), N3F 및 N3Y 돌연변이의 효과를 도시한 그래프를 제공한다(실시예 3 참고).
도 10A 내지 도 10M은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 실시예 4에 기재된 바와 같은 치사 균혈증 마우스 모델에서 균주 적용 범위를 제공한다는 것을 도시한 일련의 그래프이다. 시험된 다양한 서열 유형(ST) 및 ClfA 유전자형으로부터의 상이한 에스. 아우레우스 임상 단리물은 하기를 포함하였다: NRS123(ST1, ClfA012), NRS387(ST5, ClfA002), ARC635(ST5, ClfA002), 3049043(ST5, ClfA002), 3049057(ST8, ClfA001), SF8300(ST8, Clf A001), 3049088(ST30, ClfA004), 3049114(ST30, ClfA004), ARC2784(ST188, ClfA019), 9043, 9057, 9157 및 2784. 나타낸 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다. 끝에 원이 있는 파선은 IgG 대조군 항체로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 사각형이 있는 선은 SAR114(15 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 상향 삼각형이 있는 선은 MEDI4893*(15 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다. 끝에 역삼각형이 있는 선은 SAR114 및 MEDI4893*(각각 7.5 mpk)로 처리된 마우스를 나타낸다(실시예 4 참고).
도 11은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 당뇨병 마우스(db/db)에서 CA-MRSA SF8300-유도된 IV 치사 균혈증에 대해서 보호한다는 것을 나타낸 일련의 그래프이다. 하단의 2개의 패널의 수평 막대는 기하 평균 CFU를 나타낸다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 5 참고).
도 12는 총 병리학(좌측)에 의한 또는 단편의 헤마톡실린 및 에오신 염색 후(우측)의 CA-MRSA SF8300-유도된 IV 치사 균혈증에 노출된 db/db 마우스의 간 손상에 대한 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물의 효과를 나타낸 이미지를 제공한다(실시예 7 참고).
도 13은 SAR114와 MEDI4893* 단클론성 항체의 조합물이 치사 균혈증 당뇨병 db/db 마우스 모델에서 보호에 균주 적용 범위를 제공한다는 것을 도시한 일련의 그래프이다(실시예 8 참고).
도 14는 스캐폴드로서 항-ClfA mAb를 사용한 이중특이적 작제물(도 14A) 또는 10-아미노산 링커(GGGGx2)를 통해서 ClfA 단클론성 항체 중쇄 N 말단(도 14B) 또는 중쇄 C 말단(도 14C)에 연결된 항-AT mAb MEDI4893*의 scFv 개략도를 제공한다(실시예 9 참고).
도 15는 실시예 9에 기재된 바와 같은 항-ClfA SAR114 또는 11H10 / MEDI4893* BiSAb의 시험관내 특징규명을 도시한 일련의 그래프이다. 도 15A 및 도 15D는 AT-매개된 토끼 RBC 용혈 검정에서 MEDI4893*와 비교한 BiS2 및 BiS3 활성도를 도시한다. BiSAb 및 MEDI4893*의 연속 희석물을 AT 단독(도 15A) 또는 10M 과량의 ClfA001(도 15D) 및 RBC와 함께 인큐베이션시켰다. 용혈 저해 백분율을 하기와 같이 계산하였다: 100*(100-(ODAT+mAb) / (ODAT 단독)). 데이터는 3개의 독립적인 실험을 나타낸다. 도 15B 및 도 15C는 실시예 9에 기재된 고정된 피브리노겐 결합 검정의 결과를 나타낸다. BiSAb, SAR114 또는 11H10의 연속 희석물을 ClfA 단독(도 15B) 또는 10 M 과량의 AT(도 15C)와 인큐베이션시켰다. 데이터는 3개의 별개의 실험의 평균 값 표준 편차를 나타낸다. 저해 결합 백분율을 100*(100-(ODClfA+mAb) / (ODClfA 단독))으로서 계산하였다.
도 16은 실시예 9에 기재된 바와 같은 3개의 주요 ClfA 유전자형에 대한 피브리노겐 결합의 저해를 나타낸 일련의 그래프이다. 피브리노겐 결합의 저해를 단클론성 항체 11H10(도 16A), SAR114(도 16B) 또는 각각의 이중특이적 항체(도 16C)의 연속 희석물의 존재 하에서 측정하였다. 10 M 과량의 AT(6.6 mM)의 존재 하에서 AT scFv를 포화시킴으로써 유사한 검정을 수행하였다(도 16D 내지 16F).
도 17은 항-ClfA/AT 이중특이적 항체(BiS)의 옵소닌식세포작용 사멸(OPK) 활성을 도시한 일련의 그래프이다. 에스. 아우레우스 뉴먼(Newman) 단리물을 인간 HL-60 세포, 인간 혈청 및 11H10 모체 단클론성 항체의 연속 희석물 또는 11H10-BiS 분자(도 17A) 또는 SAR114 모체 단클론성 항체의 연속 희석물 또는 SAR114-BiS 분자(도 17B)와 함께 인큐베이션시켰다. 그래프는 2개의 독립적인 실험의 평균 값 ± SD를 나타낸다(실시예 9 참고).
도 18은 균혈증 마우스 모델에서 항-ClfA mAb/MEDI4893* 이중특이적 항체의 효능을 도시한 일련의 그래프이다. Balb/c 마우스(n=10)를 제시된 농도의 SAR114/MEDI4893* BiS2, BiS3 또는 SAR114+MEDI4893*의 조합물로 IP로 수동적으로 면역화시키고, 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스 단리물 SF8300(6e7 cfu)(도 18A) 또는 3049057(5e7 cfu)(도 18B)로 IV로 감염시켰다. 11H10/MEDI4893* BiS2, BiS3 또는 11H10+MEDI4893* mAb에 대한 보호 효능을 SF8300(도 18C) 또는 30419057(도 18D) 시험감염에 대해서 평가하였다. 생존을 2주 동안 모니터링하였다. 결과를 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 분석하였다. p가 0.05 미만인 경우 c-IgG 대비 통계학적 분석을 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였고, 별표(*)로 나타내었다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 10 참고).
도 19는 ClfA가 치사 폐렴 마우스 모델에서 SAR114/MEDI4893* BiSAb를 격리시킨다는 것을 도시한 일련의 그래프이다. C57/B6 마우스(n=10)를 제시된 농도의 BiS2, BiS3, MEDI4893* 또는 SAR114+MEDI4893* mAb 조합물로 IP로 수동적으로 면역화시키고, 24시간 후 1.5e6 cfu의 에스. 아우레우스 단리물 SF8300(도 19A) 또는 SF8300 ΔclfA 동질유전자 돌연변이체(도 19B)로 비강내로(IN) 감염시켰다. 생존을 6일 동안 모니터링하였다. 결과를 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 분석하였다. p가 0.05 미만인 경우 c-IgG 대비 통계학적 분석을 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다. 데이터는 3개의 독립적인 실험을 대표한다(실시예 11 참고).
도 20은 5 ㎎/㎏의 항체를 투여한 후 60일의 기간에 걸쳐서 시노몰거스 원숭이에서 SAR114, SAR114 N3F 및 SAR114 N3Y의 수준을 도시한다.
도 21은 생체외 PBMC 자극 검정을 사용하여 야생형 및 N3Y Fc 영역의 면역원성을 도시한 그래프이다.
본 개시내용은 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 클럼핑 인자 A(ClfA) 단백질 (및 선택적으로 또한 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질)에 결합하는 항체 및 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 및 이의 항원-결합 단편)을 제공한다. 본 개시내용은 또한 이러한 항체 또는 이의 단편을 포함하는 조성물뿐만 아니라 이러한 항체, 이의 단편 또는 조성물을 사용하는 방법을 제공한다.
용어 "항체"는 면역글로불린 분자의 가변 영역 내의 적어도 하나의 항원 인식 부위를 통해 표적, 예를 들어, 단백질, 폴리펩타이드, 펩타이드, 탄수화물, 폴리뉴클레오타이드, 지질, 또는 전술한 것들의 조합물을 인식하고, 이에 특이적으로 결합하는 면역글로불린 분자를 의미한다. 본 명세서에 사용되는 바와 같이, 용어 "항체"는 항체가 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한, 온전한 다클론성 항체, 온전한 단클론성 항체, 키메라 항체, 인간화된 항체, 인간 항체, 항체를 포함하는 융합 단백질 및 임의의 다른 변형된 면역글로불린 분자를 포함한다. 항체는 그의 중쇄 불변 도메인의 동일성에 기초하여 각각 알파, 델타, 엡실론, 감마 및 뮤로 지칭되는 면역글로불린의 5종 주요 부류: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM, 또는 이의 하위부류(아이소타입)(예컨대, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2) 중 임의의 것일 수 있다. 상이한 부류의 면역글로불린은 상이하고 널리 공지되어 있는 소단위 구조와 3차원 배위를 갖는다. 항체는 네이키드 항체이거나, 독소, 방사성 동위원소 등과 같은 다른 분자에 접합될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같은 용어 "단클론성 항체"는 B-세포의 단일 클론에 의해 생산되며 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 지칭한다. 대조적으로, 용어 "다클론성 항체"는 상이한 B-세포에 의해 생산되며, 동일한 항원의 상이한 에피토프에 결합하는 항체 집단을 지칭한다.
용어 "항체 단편"은 온전한 항체의 일부를 지칭한다. "항원-결합 단편", "항원-결합 도메인" 또는 "항원-결합 영역"은 항원에 결합하는 온전한 항체의 일부를 지칭한다. 항원-결합 단편은 온전한 항체의 항원 결정 영역(예를 들어, 상보성 결정 영역(CDR))을 함유할 수 있다. 항체의 항원-결합 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편, 선형 항체 및 단쇄 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 항체의 항원-결합 단편은 임의의 동물 종, 예컨대, 설치류(예를 들어, 마우스, 래트 또는 햄스터) 및 인간으로부터 유래될 수 있거나 또는 인공적으로 생산될 수 있다.
전체 항체는 전형적으로 4개의 폴리펩타이드: 중(H)쇄 폴리펩타이드의 두 개의 동일한 카피 및 경(L)쇄 폴리펩타이드의 두 개의 동일한 카피로 이루어진다. 중쇄의 각각은 하나의 N-말단 가변(VH) 영역 및 3개의 C-말단 불변(CH1, CH2 및 CH3) 영역을 함유하며, 각각의 경쇄는 하나의 N-말단 가변(VL) 영역 및 하나의 C-말단 불변(CL) 영역을 함유한다. 경쇄 및 중쇄의 각 쌍의 가변 영역은 항체의 항원 결합 부위를 형성한다. VH 및 VL 영역은 동일한 일반 구조를 가지며, 각 영역은 4개의 골격 영역을 포함하며, 그 서열은 상대적으로 보존된다. 본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "프레임워크 영역"은 초가변 또는 상보성 결정 영역(CDR)들 사이에 위치된 가변 영역 내의 비교적 보존된 아미노산 서열을 지칭한다. 각각의 가변 도메인 내에는 4개의 프레임워크 영역이 존재하며, 이것은 FR1, FR2, FR3 및 FR4로 지정된다. 프레임워크 영역은 가변 영역의 구조적 프레임워크를 제공하는 β 시트를 형성한다(문헌[C.A. Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5th Ed., Garland Publishing, New York, NY (2001)] 참고). CDR1, CDR2, 및 CDR3으로 알려진 3개의 CDR은 항원 결합을 책임지는, 항체의 "초가변 영역"을 형성한다.
용어 "카바트 넘버링" 및 유사한 용어는 당업계에서 인지되고, 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역에서 아미노산 잔기를 넘버링하는 시스템을 지칭한다. 특정 양상에서, CDR은 카바트 넘버링 시스템에 따라서 결정될 수 있다(예를 들어, 문헌[Kabat EA & Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391 및 Kabat EA et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242] 참고). 카바트 넘버링 시스템을 사용하면, 항체 중쇄 분자 내의 CDR은 전형적으로 35번 이후에 1개 또는 2개의 추가 아미노산(카바트 넘버링 체계로 35A 및 35B라고 지칭됨)을 선택적으로 포함할 수 있는 31 내지 35번 아미노산 위치(CDR1), 50 내지 65번 아미노산 위치(CDR2) 및 95 내지 102번 아미노산 위치(CDR3)에 존재한다. 카바트 넘버링 시스템을 사용하면, 항체 경쇄 분자 내의 CDR은 전형적으로 24 내지 34번 아미노산 위치(CDR1), 50 내지 56번 아미노산 위치(CDR2) 및 89 내지 97번 아미노산 위치(CDR3)에 존재한다. 구체적인 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 항체의 CDR은 카바트 넘버링 규칙에 따라서 결정되었다.
코티아(Chothia)는 대신에 구조적 루프의 위치를 지칭한다(문헌[Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)]). 카바트 넘버링 관례를 사용하여 넘버링했을 때 코티아 CDR-H1 루프의 말단은 루프의 길이에 따라 H32와 H34 사이로 달라진다(이는 카바트 넘버링 체계가 H35A와 H35B에 삽입부를 위치시키기 때문이며; 35A와 35B가 존재하지 않는다면, 이러한 루프는 32에서 끝나고; 35A만 존재한다면, 이러한 루프는 33에서 끝나고; 35A와 35B 모두가 존재할 경우, 이러한 루프는 34에서 끝난다). AbM 초가변 영역은 카바트 CDR과 코티아 구조적 루프 사이의 절충을 나타내며, 옥스포드 몰레큘러(Oxford Molecular)의 AbM 항체 모델링 소프트웨어에 의해 사용된다.
일 실시형태에서, 조성물은 스타필로코쿠스 아우레우스 클럼핑 인자 A 단백질(ClfA)에 특이적으로 결합하는 제1 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편) 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 제2 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어 단클론성 항체 또는 단편)을 포함한다. 다수의 에스. 아우레우스 표면 부착소(adhesin) 중에서, 클럼핑 인자 A(ClfA)가 심각한 혈류 감염에서 중요한 역할을 하는 것으로 입증되어 있다(문헌[Foster et al., Nat. Rev. Microbiol., 12: 49-62 (2014); 및 Murphy et al., Hum. Vaccin., 7(Suppl): 51-59 (2011)]). ClfA는 피브리노겐에 결합하고, 피브리노겐 및 박테리아 클럼핑에 대한 박테리아 부착 둘 다를 촉진시키는데, 이들 둘 다는 에스. 아우레우스 혈류 감염의 발달에서의 주요 속성이다(문헌[Vaudaux et al., Infect. Immun., 63: 585-590 (1995); McDevitt et al., Mol. Microbiol., 11: 237-248 (1994); 및 McDevitt et al., Eur. J. Biochem., 247: 416-424 (1997)]). 손상 부위에서 피브린 및 피브리노겐에 결합하거나 인드웰링 디바이스(indwelling device) 상에 코팅된 ClfA는 박테리아 집락화(상기 Foster 등의 문헌) 및 박테리아 클럼핑을 용이하게 하는데, 이것은 박테리아 침입성을 향상시킨다고 생각된다(문헌[McDevitt et al., Eur. J. Biochem., 247: 416-424 (1997); McAdow et al., PLoS Pathog., 7:e1002307 (2011); Flick et al., Blood, 121: 1783-1794 (2013); 및 Rothfork et al., J. Immunol., 171: 5389-5395 (2003)]). ClfA는 또한 옵소닌식세포작용 박테리아 사멸(OPK)에 요구되는 보체 침전(complement deposition)을 손상시킨다고 보고되어 있다(문헌[Hair et al., Infect. Immun., 78: 1717-1727 (2010)] 참고). 이러한 발견과 일관되게, 동질유전자 ΔclfA 돌연변이체는 감염 모델에서 감소된 독력을 나타내었다(상기 McAdow 등의 문헌; 문헌[Josefsson et al., PLoS One, 3: e2206 (2008); 및 Josefsson et al., J Infect. Dis., 184: 1572-1580 (2001)] 참고). 또한, 인간 항-ClfA-풍부 정맥내(i.v.) 면역글로불린(Ig)(INH-A21 또는 Veronate) 또는 단클론성 항체(테피바주맙(tefibazumab) 또는 Aurexis)로의 수동적 면역화는 에스. 아우레우스 혈류 감염을 가진 환자에서 질환 결과를 개선시켰다(Vernachio et al., Antimcirob. Agents Chemother., 47: 3400-3406 (2003); 및 Vernachio et al., Antimicrob. Agents Chemother., 50: 511-518 (2006)). 그러나, 이러한 항체 제제는 조산아(very-low-birth-weight infant)에서 에스. 아우레우스 균혈증을 예방 또는 치료하기 위한 반코마이신을 사용한 예방법 또는 보조 요법의 임상 연구에서 결과를 개선시키지 못했다(DeJonge et al., J. Pediatr., 151: 260-265 (2007); Capparelli et al., Antimicrob. Agents Chemother., 49: 4121-4127 (2005); 및 Bloom et al., Pediatr. Infect. Dis., 24: 858-866 (2005)). ClfA 구조 및 기능은 예를 들어, 문헌[McDevitt et al., Mol. Microbiol., 11: 237-248 (1994)]에 상세하게 기재되어 있다.
알파 독소(AT)는 폐렴, 피부 및 연조직 감염(skin and soft tissue infection: SSTI) 및 균혈증을 비롯한 몇몇 에스. 아우레우스 질환에서 주요 독력 인자이다(문헌[Bubeck Wardenburg, J. and O. Schneewind, J. Exp. Med., 205: 287-294 (2008); Inoshima et al., J. Invest. Dermatol., 132: 1513-1516 (2012)]; 및 상기 Foletti 등의 문헌). 항-AT 단클론성 항체를 사용한 수동적 면역화는 폐렴 및 피부괴사(dermonecrosis) 모델에서 질환 중증도를 감소시켰고(문헌[Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58: 1108-1117 (2014); Tkaczyk et al., Clin. Vaccine Immunol., 19: 377-385 (2012); 및 Ragle, B.E. and J. Wardenburg Bubeck, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009)]), H35L 돌연변이를 함유하는 AT 톡소이드(ATH35L)로의 백신화는 마우스 치사 균혈증 및 폐렴 모델에서 사망에 대해서 보호하였다(상기 Bubeck Wardenburg의 문헌, 상기 Foletti 등의 문헌, 상기 Hua 등의 문헌, 상기 Ragle의 문헌, 문헌[Menzies, B.E. and D.S Kernodle, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009); 및 Adhikari et al., PLoS One, 7: e38567 (2012)]). AT는 패혈증의 과염증 반응 특징을 자극하고, 내피 밀착 연접부(endothelial tight junction)의 ADAM10-매개 절단을 활성화시키는 것을 포함한, 균혈증 및 패혈증 동안 에스. 아우레우스 발병기전의 여러 양상에 기여하는데, 이것은 맥관 온전성의 손실로 이어진다(문헌[Powers et al., J Infect. Dis., 206: 352-356 (2012); Wilke, G.A. and J. Bubeck Wardenburg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107: 13473-13478 (2010); 및 Becker et al., J Innate Immun., 6: 619-631 (2014)]). AT는 또한 손상된 내피 장벽의 수선을 방지하고, 혈소판-호중구 응집체 형성을 통해서 기관 이상기능을 촉진시키는 혈소판을 표적으로 하는 것으로 입증되어 있다(문헌[Powers et al., Cell Host Microbe, 17: 775-787 (2015)]). 알파 독소 구조 및 기능은 예를 들어, 문헌[Bhakdi, S. and J. Tranum-Jensen, Microbiol. Mol. Biol. Rev., 55(4): 733-751 (1991)]에 상세히 기재되어 있다.
ClfA에 결합하는 단클론성 항체 및 다클론성 항체는 당업계에 공지되어 있고(예를 들어, 미국 특허 제7,364,738호; 문헌[Hall et al., Infect. Immun., 71(12): 6864-6870 (2003); 및 Vernachio et al., Antimicrob. Agents Chemother., 47(11): 3400-3406 (2003)]), 공급원, 예를 들어, 크레이티브 바이오랩스(Creative Biolabs)(미국 뉴욕주 셜리 소재)로부터 상업적으로 입수 가능하다. 상기에 논의된 바와 같이, 일부 항-ClfA 단클론성 항체(예를 들어, 문헌[Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)]에 기재된 바와 같은 11H10 단클론성 항체)는 균혈증 모델에서 에스. 아우레우스 감염에 대해서 효능을 나타내었고, 이러한 항체는 ClfA에 대한 감소된 친화도 및 메티실린-내성 스타필로코쿠스 아우레우스(methicillin-resistant Staphylococcus aureus: MRSA)의 특정 균주에 의해서 발현되는 ClfA 파운더 서열(ClfA002)에 대한 피브리노겐 결합의 손상된 저해를 나타낸다는 것이 밝혀져 있다. 이와 같이, 본 개시내용은 ClfA002를 포함하는 3종의 주요 ClfA 변이체에 대해서 100배를 초과하는 증가된 친화도로 ClfA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편) 및 112종의 광범위한 임상 단리물에 의한 박테리아 응집반응의 강력한 저해를 제공한다. 이와 관련하여, 일 실시형태에서 본 명세서에 기재된 조성물의 제1 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 ClfA에 특이적으로 결합하고, (i) 서열번호 1의 상보성 결정 영역 1(CDR) 아미노산 서열, 서열번호 2의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 3의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 폴리펩타이드, 및 (ii) 서열번호 4의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 5의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 6의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 폴리펩타이드를 포함하거나, 이들로 본질적으로 이루어지거나, 이들로 이루어진다. 또 다른 실시형태에서, 제1 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)의 중쇄 폴리펩타이드는 서열번호 13의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하거나, 이것으로 본질적으로 이루어지거나, 이것으로 이루어지고, 제1 항체 또는 항원-결합 단편의 경쇄 폴리펩타이드는 서열번호 14의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하거나, 이것으로 본질적으로 이루어지거나, 이것으로 이루어진다. 특정 예에서, 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 CSYHLC(서열번호 21), MHEACSYHLCQKSLSLS(서열번호 23) 또는 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함한다.
AT에 결합하는 단클론성 항체 및 다클론성 항체가 또한 당업계에 공지되어 있고(예를 들어, 문헌[Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58(2): 1108-1117 (2014); 및 Oganesyan et al., J. Biol. Chem., 289: 29874-29880 (2014)] 참고), 공급원, 예를 들어, 시그마 알드리치(Sigma Aldrich)(미국 미주리주 세인트 루이스 소재) 및 압캠(AbCam)(미국 매사추세츠주 캠브리지 소재)으로부터 상업적으로 입수 가능하다. 일 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조성물의 제2 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하고, (i) 서열번호 7의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 8의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 9의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 폴리펩타이드, 및 (ii) 서열번호 10의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 11의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 12의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 폴리펩타이드를 포함하거나, 이들로 본질적으로 이루어지거나, 이들로 이루어진다. 또 다른 실시형태에서, 제2 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)의 중쇄 폴리펩타이드는 서열번호 15의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하거나, 이것으로 본질적으로 이루어지거나, 이것으로 이루어지고/지거나 제2 단클론성 항체의 경쇄 폴리펩타이드는 서열번호 16의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하거나, 이것으로 본질적으로 이루어지거나, 이것으로 이루어진다.
예시적인 항-ClfA 및 항-AT 항체의 서열을 하기에 제공한다. 특정 예에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 ClfA 및/또는 AT에 결합하고, 하기 2개의 표에 열거된 항체의 6개의 CDR을 포함한다(즉, 첫 번째 표에 열거된 항체의 3개의 VH CDR 및 두 번째 표에 열거된 동일한 항체의 3개의 VL CDR). 항-AT 항체 MEDI4893은 국제 특허 출원 공개 제WO 2012/109285호 및 제WO 2014/074540호(이들 둘 다 이들의 전문이 본 명세서에 참조에 의해 포함됨)에 이미 기재된 "LC10"의 반감기 연장된(YTE) 버전이다. MEDI4893*는 YTE 돌연변이를 함유하지 않는다.
특정 예에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 ClfA 및/또는 AT에 결합하고, 예를 들어, VL과 조합하여, 하기 표에 열거된 항체의 VH를 포함한다.
특정 예에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 ClfA 및/또는 AT에 결합하고, 예를 들어, VH, 선택적으로 상기 표에 열거된 동일한 항체의 VH와 조합하여, 하기 표에 열거된 항체의 VL을 포함한다.
특정 예에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 ClfA 및/또는 AT에 결합하고, 예를 들어, 경쇄와 조합하여, 하기 표에 열거된 항체의 중쇄를 포함한다.
특정 예에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 ClfA 및/또는 AT에 결합하고, 예를 들어, 중쇄, 선택적으로 상기 표에 열거된 동일한 항체의 중쇄와 조합하여, 하기 표에 열거된 항체의 경쇄를 포함한다.
특정 양상에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 CDR은 면역글로불린 구조 루프의 위치를 지칭하는 코티아 넘버링 체계에 따라서 결정될 수 있다(예를 들어, 문헌[Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917; Al-Lazikani B et al., (1997) J Mol Biol 273: 927-948; Chothia C et al., (1992) J Mol Biol 227: 799-817; Tramontano A et al., (1990) J Mol Biol 215(1): 175-82]; 및 미국 특허 제7,709,226호 참고). 전형적으로, 카바트 넘버링 관례를 사용하는 경우, 코티아 CDR-H1 루프는 중쇄 아미노산 26 내지 32, 33 또는 34에 존재하고, 코티아 CDR-H2 루프는 중쇄 아미노산 52 내지 56에 존재하고, 코티아 CDR-H3 루프는 중쇄 아미노산 95 내지 102에 존재하는 반면, 코티아 CDR-L1 루프는 경쇄 아미노산 24 내지 34에 존재하고, 코티아 CDR-L2 루프는 경쇄 아미노산 50 내지 56에 존재하고, 코티아 CDR-L3 루프는 경쇄 아미노산 89 내지 97에 존재한다. 카바트 넘버링 관례를 사용하여 넘버링했을 때 코티아 CDR-H1 루프의 단부는 루프의 길이에 따라 H32와 H34 사이로 달라진다(이는 카바트 넘버링 체계가 H35A와 H35B에 삽입부를 위치시키기 때문이며; 35A와 35B가 존재하지 않는다면, 이러한 루프는 32에서 끝나고; 35A만 존재한다면, 이러한 루프는 33에서 끝나고; 35A와 35B 모두가 존재할 경우, 이러한 루프는 34에서 끝난다).
특정 양상에서, 본 명세서에는 SAR114 및/또는 MEDI4893* 항체의 코티아 VH 및 VL CDR을 포함하는 항체 및 이의 항원-결합 단편이 제공된다. 특정 실시형태에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 코티아 CDR 및 카바트 CDR이 동일한 아미노산 서열을 갖는, 하나 이상의 CDR을 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 명세서에는 카바트 CDR과 코티아 CDR의 조합을 포함하는 항체 및 이의 항원-결합 단편이 제공된다.
특정 양상에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 CDR은 문헌[Lefranc M-P, (1999) The Immunologist 7: 132-136 및 Lefranc M-P et al., (1999) Nucleic Acids Res 27: 209-212]에 기재된 바와 같은 IMGT 넘버링 시스템에 따라서 결정될 수 있다. IMGT 넘버링 체계에 따르면, VH-CDR1은 26번 위치 내지 35번 위치에 존재하고, VH-CDR2는 51번 위치 내지 57번 위치에 존재하고, VH-CDR3은 93번 위치 내지 102번 위치에 존재하고, VL-CDR1은 27번 위치 내지 32번 위치에 존재하고, VL-CDR2는 50번 위치 내지 52번 위치에 존재하고, VL-CDR3은 89번 위치 내지 97번 위치에 존재한다. 특정 양상에서, 본 명세서에는 예를 들어, 상기 문헌[Lefranc M-P (1999)] 및 상기 문헌[Lefranc M-P et al., (1999)]에 기재된 바와 같은 SAR114 및/또는 MEDI4893* 항체의 IMGT VH 및 VL CDR을 포함하는 항체 및 이의 항원-결합 단편이 제공된다.
특정 양상에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 CDR은 문헌[MacCallum RM et al., (1996) J Mol Biol 262: 732-745]에 따라서 결정될 수 있다. 또한 예를 들어, 문헌[Martin A. "Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains," in Antibody Engineering, Kontermann and Duebel, eds., Chapter 31, pp. 422-439, Springer-Verlag, Berlin (2001)]을 참고하기 바란다. 특정 양상에서, 본 명세서에는 상기 MacCallum RM 등의 문헌의 방법에 의해서 결정된 SAR114 및/또는 MEDI4893* 항체의 VH 및 VL CDR을 포함하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편이 제공된다.
특정 양상에서, 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 CDR은 카바트 CDR과 코티아 구조적 루프 사이의 절충을 나타내며, 옥스포드 몰레큘러(Oxford Molecular)의 AbM 항체 모델링 소프트웨어(옥스포드 몰레큘러 그룹, 인크.(Oxford Molecular Group, Inc.))에 의해 사용되는 AbM 초가변 영역을 지칭하는 AbM 넘버링 체계에 따라서 결정될 수 있다. 특정 실시형태에서, 본 명세서에는 AbM 넘버링 규칙에 의해서 결정된 바와 같은 SAR114 및/또는 MEDI4893* 항체의 VH 및 VL CDR을 포함하는 항체 또는 항원-결합 단편이 제공된다.
또 다른 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 조성물에 존재하는 제1 및/또는 제2 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)의 효과기 기능(예를 들어, 옵소닌식세포작용 박테리아 사멸 (OPK)) 또는 반감기를 개선시키기 위해서 변형된 임의의 적합한 부류(IgG, IgA, IgD, IgM 및 IgE)의 불변 영역(Fc)을 포함할 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 돌연변이가 없는 동일한 항체에 비해서 반감기를 연장시키는 돌연변이를 포함하는 Fc를 포함할 수 있고, 여기서 돌연변이는 돌연변이가 없는 동일한 항체 또는 항원-결합 단편에 비해서 OPK 활성을 저해하지 않는다. Fc 영역 조작은 치료용 항체의 반감기를 연장시키고, 생체내에서 분해를 방지하기 위해서 당업계에서 널리 사용된다. 일부 실시형태에서, IgG 항체 또는 항원-결합 단편의 Fc 영역은 IgG 이화작용을 매개하고, IgG 분자가 분해되는 것을 방지하는 Fc 수용체-신생아(Fc Receptor-neonate: FcRn)에 대한 IgG 분자의 친화도를 증가시키기 위해서 변형될 수 있다. 본 명세서에 기재된 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편) 중 임의의 것의 Fc 영역은, 예컨대, FcRn에 대한 IgG 분자의 친화도를 증가시킴으로써, 항체 반감기 또는 효과기 기능을 개선시키거나 연장시키는 하나 이상의 아미노산 치환 또는 변형을 포함할 수 있다. 적합한 Fc 영역 아미노산 치환 또는 변형은 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 삼중 치환 M252Y/S254T/T256E("YTE"라고 지칭됨)를 포함한다(예를 들어, 미국 특허 제7,658,921호; 미국 특허 출원 공개 제2014/0302058호; 및 문헌[Yu et al., Antimicrob. Agents Chemother., 61(1): e01020-16 (2017)] 참고). 또 다른 실시형태에서, Fc 영역은 고 친화도 FcRn-결합 Fc 변이체 N3E-YTE로부터 유래될 수 있고(예를 들어, 문헌[Borrok et al., J. Biol. Chem., 290(7): 4282-4290 (2015)] 참고), 이것은 CH2에서의 YTE 돌연변이 및 432 및 437번 위치에 시스테인 잔기를 포함한다. 예를 들어, N3E-YTE 변이체는 YTE 돌연변이("N3E"라고 지칭됨)가 결핍될 수 있거나, Fc 잔기 432(카바트 넘버링 사용)에서, 예를 들어, 서열 CSWHLC("N3"이라고 지칭됨; 서열번호 19), CSFHLC("N3F"라고 지칭됨; 서열번호 20) 또는 CSYHLC("N3Y"라고 지칭됨; 서열번호 21)로 치환될 수 있다. N3, N3F 및 N3Y Fc 변이체는 특히, YTE 변이체에 비해서 향상된 약동학(PK) 특성(예를 들어, 혈청 잔류(serum persistence)) 및 효과기 기능(예를 들어, 옵소닌식세포작용 박테리아 사멸(OPK))을 나타낸다.
예시적인 Fc 변이체의 서열을 하기에 제공한다.
본 개시내용은 ClfA에 결합하고, 서로의 2 ㎍/㎖ 이내인 피브리노겐 결합 저해 검정에서의 ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 IC50을 갖는 항체 및 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 상기 표에 열거된 CDR, VH 및/또는 VL, 중쇄 및/또는 경쇄 또는 Fc 변이체 서열을 포함하는 항체 및 항원-결합 단편)을 제공한다. 예를 들어, ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 IC50은 모두 1 ㎍/㎖ 내지 5 ㎍/㎖일 수 있다. ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 결합 친화도(KD)는 모두 200 내지 350 pM일 수 있다.
본 개시내용은 ClfA에 결합하고, 23℃에서 14일 동안 2 kLux/시간에서 종래의 백색광에 노출시킨 후 5% 이하만큼 감소한 단량체 순도를 갖는 항체 및 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 상기 표에 열거된 CDR, VH 및/또는 VL, 중쇄 및/또는 경쇄 또는 Fc 변이체 서열을 포함하는 항체 및 항원-결합 단편)을 제공한다.
본 개시내용은 상기에 기재된 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편 및 AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 둘 다를 포함하는 조성물에 제한되지 않는다. 사실, 본 개시내용은 또한 (a) 서열번호 1의 CDR 1 아미노산 서열, 서열번호 2의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 3의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 폴리펩타이드, 및 (b) 서열번호 4의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 5의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 6의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 폴리펩타이드를 포함하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)을 별개로 제공한다.
본 개시내용은 또한 ClfA 및 AT 둘 다에 (예를 들어, 동시에) 결합하는 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편을 제공한다. 용어 "이중특이적 단클론성 항체"("듀얼-특이적" 단클론성 항체라고도 지칭됨)는 2개의 상이한 항원-인식 도메인을 포함하고, 따라서 2개의 상이한 에피토프에 동시에 결합할 수 있는 단클론성 항체를 지칭한다. 2개 초과의 상이한 에피토프를 인식하고, 이에 결합하는 단클론성 항체를 당업계에서 "다중-특이적 단클론성 항체"로서 지칭한다. 제1 이중특이적 항체는 2개의 항체-분비 세포의 체세포 혼성화에 의해 생성되었지만, 모체 중쇄 및 경쇄의 무작위 조립으로 인해 수율이 불량하였다(문헌[Milstein, C. and A.C. Cuello, Immunol. Today, 5: 299-304 (1984)]). 단일 쇄 가변 단편(scFv)의 발견 및 항체 조작의 발전은 이중특이적 항체의 개발에 새로운 방법론을 야기하였다(문헌[Orcutt et al., Protein Eng. Des. Sel., 23: 221-228 (2010); 및 Coloma, M.J. and S.L. Morrison, Nat. Biotechnol., 15: 159-163 (1997)]). 현재 IgG 스캐폴드의 scFv 수 및 융합 위치에 기초하여 적어도 50개의 상이한 이중특이적 항체 포맷이 존재한다(문헌[Kontermann, R.E., MAbs, 4: 182-197 (2012)]). 이중특이적 항체 및 다중특이적 항체는 탠덤 scFv, 다이아바디, 탠덤 다이아바디, 듀얼 가변 도메인 항체 및 모티프, 예컨대, CH1/Ck 도메인 또는 Dock 및 Lock 모티프를 사용한 이종이량체화를 포함하지만 이에 제한되지 않는 몇몇 상이한 구조 포맷으로 제조될 수 있다(예를 들어, 문헌[Chames, P. and D. Baty, Curr. Opin. Drug. Discov. Devel., 12: 276-283 (2009)] 참고). 일 실시형태에서, 본 개시내용은 스타필로코쿠스 아우레우스 ClfA 단백질 및 스타필로코쿠스 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)(즉, 이중특이적 항체)를 제공하며, 이것은 (a) 서열번호 1의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 2의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 3의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 제1 중쇄 폴리펩타이드, (b) 서열번호 4의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 5의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 6의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 제1 경쇄 폴리펩타이드, (c) 서열번호 7의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 8의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 9의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 제2 중쇄 폴리펩타이드 및 (d) 서열번호 10의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 11의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 12의 CDR3 아미노산 서열을 포함하는 제2 경쇄 폴리펩타이드를 포함한다. 또 다른 실시형태에서, 상기에 언급된 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)의 제1 중쇄 폴리펩타이드 및 제1 경쇄 폴리펩타이드는 각각 서열번호 13 및 서열번호 14의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하고, 상기에 언급된 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)의 제2 중쇄 폴리펩타이드 및 제2 경쇄 폴리펩타이드는 각각 서열번호 15 및 서열번호 16의 가변 영역 아미노산 서열을 포함한다. 이러한 이중특이적(선택적으로 단클론성) 항체(SAR114 및 MEDI4893 또는 MEDI4893* 서열을 포함하는 항체)는 예를 들어, ClfA에 대한 SAR114의 강한 결합의 결과로서, MEDI4893 또는 MEDI4893*의 AT-중화 활성과 비교할 때 감소된 AT-중화 활성을 가질 수 있다. 이는 MEDI4893 또는 MEDI4893*의 AT-중화 활성과 비교할 때 상당히 감소된 AT-중화 활성을 갖지 않는 스타필로코쿠스 아우레우스 ClfA 및 AT 단백질에 결합하는 다른 이중특이적(선택적으로 단클론성) 항체(예를 들어, 11H10 및 MEDI4893 또는 MEDI4893* 서열을 포함하는 항체)와 상반된다. 이중특이적 또는 다중-특이적(선택적으로 단클론성) 항체를 생성시키는 방법은 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌[Holliger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90(14): 6444-6448 (1993); Brinkmann, U. and R.E. Kontermann, MAbs, 9(2): 182-212 (2017); 및 Segal, D. M. and Bast, B. J. 2001. Production of Bispecific Antibodies. Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1-2.13.16]에 기재되어 있다.
본 명세서에 기재된 항체 또는 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)은 인간 항체, 인간화된 항체, 비-인간 항체 또는 키메라 항체일 수 있거나 또는 이들로부터 얻어질 수 있다. "키메라" 항체는 인간 영역 및 비-인간 영역 둘 다를 포함하는 항체 또는 이의 단편을 지칭한다. "인간화된" 항체는 인간 항체 스캐폴드 및 비-인간 항체로부터 얻어지거나 유래된 적어도 하나의 CDR을 포함하는 항체이다. 비-인간 항체는 임의의 비-인간 동물, 예를 들어, 설치류(예를 들어, 마우스 또는 래트)로부터 단리된 항체를 포함한다. 인간화된 항체는 비-인간 항체로부터 얻어지거나 유래된 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함할 수 있다. 완전 인간 항체는 비-인간 동물로부터 얻어지거나 유래된 어떠한 아미노산 잔기도 함유하지 않는다. 완전 인간 및 인간화된 항체는 마우스 또는 키메라 항체보다 인간에서 면역 반응을 유도하는 데 있어서 더 낮은 위험을 갖는다고 인식될 것이다(예를 들어, 문헌[Harding et al., mAbs, 2(3): 256-26 (2010)] 참고). 일 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 완전 인간 항체이다.
인간 항체, 비-인간 항체, 키메라 항체 또는 인간화된 항체는 시험관내 공급원(예를 들어, 항체를 재조합 방식으로 생산하는 하이브리도마 또는 세포주)을 통해서 그리고 생체내 공급원(예를 들어, 설치류, 인간 편도)을 포함하는, 임의의 수단에 의해서 얻어질 수 있다. 항체의 생성 방법은 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌[Koehler and Milstein, Eur. J. Immunol., 5: 511-519 (1976); Harlow and Lane (eds.), Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press (1988); 및 Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5th Ed., Garland Publishing, New York, N.Y. (2001)]에 기재되어 있다. 특정 실시형태에서, 인간 항체 또는 키메라 항체는 트랜스제닉 동물(예를 들어, 마우스)를 사용하여 생성될 수 있고, 여기서 하나 이상의 내인성 면역글로불린 유전자는 하나 이상의 인간 면역글로불린 유전자로 대체된다. 내인성 항체 유전자가 인간 항체 유전자로 효과적으로 대체되는 트랜스제닉 마우스의 예는 Medarex HUMAB-MOUSETM, Kirin TC MOUSETM, 및 Kyowa Kirin KM-MOUSETM를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다(예를 들어, 문헌[Lonberg, Nat. Biotechnol., 23(9): 1117-25 (2005), 및 Lonberg, Handb. Exp. Pharmacol., 181: 69-97 (2008)] 참고). 인간화된 항체는 예를 들어, 인간 항체 스캐폴드 상의 비-인간 CDR의 그래프팅(예를 들어, 문헌[Kashmiri et al., Methods, 36(1): 25-34 (2005); 및 Hou et al., J. Biochem., 144(1): 115-120 (2008)])을 포함한 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 생성될 수 있다(예를 들어, 문헌[An, Z. (ed.), Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, N.J. (2009)] 참고). 일 실시형태에서, 인간화된 항체는 예를 들어, 미국 특허 출원 공개 제2011/0287485 A1호에 기재된 방법을 사용하여 생산될 수 있다.
본 개시내용은 또한 ClfA-결합 항체, AT-결합 항체 또는 본 명세서에 제공된 바와 같은 ClfA 및 AT 둘 다에 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편(선택적으로 여기서 항체 또는 단편은 단클론성임)을 암호화하는 하나 이상의 단리된 핵산 서열을 제공한다. 용어 "핵산 서열"은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있고, 비-자연 또는 변경된 뉴클레오타이드를 함유할 수 있는, DNA 또는 RNA의 중합체, 즉, 폴리뉴클레오타이드를 포함하도록 의도된다. 본 명세서에 사용된 바와 같은 용어 "핵산" 및 "폴리뉴클레오타이드"는 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체 형태인 리보뉴클레오타이드(RNA) 또는 데옥시리보뉴클레오타이드(DNA)를 지칭한다. 이러한 용어는 분자의 1차 구조를 지칭하고, 따라서 이중 가닥 DNA 및 단일 가닥 DNA 및 이중 가닥 RNA 및 단일 가닥 RNA를 포함한다. 이 용어는 등가물로서, 뉴클레오타이드 유사체 및 변형된 폴리뉴클레오타이드, 예컨대, 비제한적으로 메틸화된 및/또는 캡핑된 폴리뉴클레오타이드로부터 제조된 RNA 또는 DNA의 유사체를 포함한다. 핵산은 전형적으로 포스페이트 결합을 통해서 연결되어 핵산 서열 또는 폴리뉴클레오타이드를 형성하지만, 다수의 다른 링키지가 당업계에 공지되어 있다(예를 들어, 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 등).
본 개시내용은 본 명세서에 제공된 바와 같은 ClfA-결합 항체, AT-결합 항체 또는 ClfA 및 AT 둘 다에 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편(선택적으로 여기서 항체 또는 단편은 단클론성임)을 암호화하는 하나 이상의 핵산 서열을 포함하는 하나 이상의 벡터를 추가로 제공한다. 벡터는 예를 들어, 플라스미드, 에피솜, 코스미드, 바이러스 벡터(예를 들어, 레트로바이러스 또는 아데노바이러스) 또는 파지일 수 있다. 적합한 벡터 및 벡터 제조 방법은 당업계에 널리 공지되어 있다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 3rd edition, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2001) 및 Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associates and John Wiley & Sons, New York, N.Y. (1994)] 참고).
본 명세서에 기재된 바와 같은 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA 및 AT 둘 다에 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편(선택적으로 여기서 항체 또는 단편은 단클론성임)을 암호화하는 핵산 서열에 더하여, 벡터는 바람직하게는, 숙주 세포에서 암호 서열의 발현을 제공하는 발현 제어 서열, 예컨대, 프로모터, 인핸서, 폴리아데닐화 신호, 전사 종결인자, 내부 리보솜 도입 부위(internal ribosome entry site: IRES) 등을 포함한다. 예시적인 발현 제어 서열은 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌[Goeddel, Gene Expression Technology: Methods in Enzymology, Vol. 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)]에 기재되어 있다.
본 명세서에 기재된 항체 또는 항원-결합 단편(선택적으로 단클론성 항체 또는 단편)의 아미노산 서열(들)(예를 들어, ClfA-결합 항체의 중쇄 및/또는 경쇄를 암호화하는 아미노산 서열)을 암호화하는 핵산(들)을 포함하는 벡터(들)는 임의의 적합한 원핵생물 세포 또는 진핵생물 세포를 포함하는, 이에 의해서 암호화된 폴리펩타이드를 발현할 수 있는 숙주 세포 내에 도입될 수 있다. 이와 같이, 본 개시내용은 벡터를 포함하는 단리된 세포를 제공한다. 사용될 수 있는 숙주 세포는 쉽고 안정적으로 성장할 수 있고, 상당히 빠른 성장 속도를 갖고, 양호하게 특징규명된 발현 시스템을 갖고, 쉽고 효율적으로 형질전환 또는 형질 감염될 수 있는 세포를 포함한다. 적합한 원핵생물 세포의 예는 바실루스(Bacillus) 속(예컨대, 바실루스 섭틸리스(Bacillus subtilis) 및 바실루스 브레비스(Bacillus brevis)), 에쉐리키아(Escherichia)(예컨대, 이. 콜라이(E. coli)), 슈도모나스, 스트렙토마이세스(Streptomyces), 살모넬라(Salmonella) 및 에르위니아(Erwinia)로부터의 세포를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 특히 유용한 원핵생물 세포는 에쉐리키아 콜라이의 다양한 균주(예를 들어, K12, HB101(ATCC No. 33694), DH5a, DH10, MC1061(ATCC No. 53338) 및 CC102)를 포함한다. 적합한 진핵생물 세포는 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 효모 세포, 곤충 세포 및 포유동물 세포를 포함한다. 일 실시형태에서, 벡터는 포유동물 세포에서 발현된다. 다수의 적합한 포유동물 숙주 세포가 당업계에 공지되어 있고, 다수는 어메리칸 타입 컬쳐 컬렉션(American Type Culture Collection: ATCC, 미국 버지니아주 매나서스 소재)으로부터 입수 가능하다. 적합한 포유동물 세포의 예는 중국 햄스터 난소 세포(CHO)(ATCC No. CCL61), CHO DHFR-세포(문헌[Urlaub et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97: 4216-4220 (1980)]), 인간 태아 신장(human embryonic kidney: HEK) 293 또는 293T 세포(ATCC No. CRL1573) 및 3T3 세포(ATCC No. CCL92)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 다른 적합한 포유동물 세포주는 원숭이 COS-1(ATCC No. CRL1650) 및 COS-7 세포주(ATCC No. CRL1651), 뿐만 아니라 CV-1 세포주(ATCC No. CCL70)이다. 포유동물 세포는 바람직하게는 인간 세포이다. 예를 들어, 포유동물 세포는 인간 림프구 또는 림프구 유래 세포주, 예컨대, 프리(pre)-B 림프구 유래의 세포주, PER.C6® 세포주(크루셀 홀랜드 비.브이.(Crucell Holland B.V.), 네덜란드 소재) 또는 인간 태아 신장(HEK) 293 또는 293T 세포(ATCC No. CRL1573)일 수 있다.
본 명세서에 기재된 항체 또는 항원-결합 단편(선택적으로 단클론성 항체 또는 단편) 중 임의의 것의 아미노산을 암호화하는 핵산 서열은 "형질주입", "형질전환" 또는 "형질도입"에 의해서 세포에 도입될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "형질주입", "형질전환" 또는 "형질도입"은 물리적 또는 화학적 방법에 의해서 하나 이상의 외인성 폴리뉴클레오타이드를 숙주 세포에 도입하는 것을 지칭한다. 다수의 형질주입 기술이 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 인산칼슘 DNA 공침전(예를 들어, 문헌[Murray E.J. (ed.), Methods in Molecular Biology, Vol. 7, Gene Transfer and Expression Protocols, Humana Press (1991)] 참고); DEAE-덱스트란; 전기천공; 양이온성 리포솜-매개된 형질주입; 텅스텐 입자-촉진 마이크로입자 충격(tungsten particle-facilitated microparticle bombardment)(문헌[Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)]); 및 스트론튬 포스페이트 DNA 공침전(문헌[Brash et al, Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)])을 포함한다. 파지 또는 바이러스 벡터는 적합한 패키징 세포 내의 감염성 입자의 성장 이후에 숙주 세포에 도입될 수 있고, 이들 중 다수는 상업적으로 입수 가능하다.
본 개시내용은 유효량의 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편 중 임의의 하나 또는 조합물 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다. 일 실시형태에서, 예를 들어, 조성물은 상기에 기재된 바와 같은 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 제1 항체 또는 이의 항원-결합 단편(선택적으로 단클론성) 및 상기에 기재된 바와 같은 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 제2 항체 또는 이의 항원-결합 단편(선택적으로 단클론성) 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함할 수 있다. 대안적으로, 조성물은 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편 또는 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함할 수 있다. 추가의 또 다른 실시형태에서, 조성물은 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편을 암호화하는 핵산 서열 또는 이러한 핵산 서열을 포함하는 1종 이상의 벡터를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 조성물은 약제학적으로 허용 가능한(예를 들어, 생리학적으로 허용 가능한) 조성물이며, 이것은 담체, 예컨대, 약제학적으로 허용 가능한(예를 들어, 생리학적으로 허용 가능한) 담체 및 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편, 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편, 핵산 서열(들) 또는 벡터(들)를 포함한다. 임의의 적합한 담체가 본 개시내용의 맥락에서 사용될 수 있고, 이러한 담체는 당업계에 널리 공지되어 있다. 담체의 선택은 부분적으로, 조성물이 투여될 수 있는 구체적 부위 및 조성물을 투여하기 위해 사용되는 구체적 방법에 의해 결정될 것이다. 조성물은 선택적으로 멸균될 수 있다. 조성물은 저장을 위해서 냉동 또는 동결건조될 수 있고, 사용 전에 적합한 멸균 담체에 재구성될 수 있다. 조성물은 예를 들어, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Edition, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA (2001)]에 기재된 종래의 기술에 따라서 생성될 수 있다.
조성물은 바람직하게는 에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는데 효과적인 양의 ClfA-결합 항체 및/또는 AT-결합 항체 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편)을 포함한다. 따라서, 본 개시내용은 대상체(예를 들어, 인간)에서 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 감염을 치료 또는 예방하는 방법을 제공하며, 이 방법은 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어 단클론성 항체 또는 단편) 중 임의의 하나 또는 조합물을 포함하는 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하여, 에스. 아우레우스 감염을 대상체에서 치료 또는 예방하는 단계를 포함한다. 본 개시내용은 또한 에스. 아우레우스 감염의 치료 또는 예방을 위한 의약의 제조에서의, 본 명세서에 기재된 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편 또는 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 단편 중 임의의 하나 또는 조합물을 포함하는 조성물의 용도를 제공한다. 본 명세서에 논의된 바와 같이, 스타필로코쿠스 아우레우스는 광범위한 임상 감염을 유발하는 주요 인간 병원체이다. 에스. 아우레우스는 균혈증 및 감염성 심내막염뿐만 아니라 골관절(osteoarticular), 피부 및 연조직, 흉막폐(pleuropulmonary) 및 디바이스-관련 감염의 주요 원인이다. 인간 인구의 대략 30%는 에스. 아우레우스가 집락화되어 있다(문헌[Wertheim et al., Lancet Infect. Dis., 5: 751-762 (2005)] 참고). 에스. 아우레우스 피부 감염의 증상은 예를 들어, 종기, 봉와직염 및 농가진을 포함한다. 에스. 아우레우스는 또한 식중독, 혈액 중독(균혈증이라고도 공지됨), 독성 쇼크 증후군 및 패혈성 관절염을 유발할 수 있다. 에스. 아우레우스 감염의 역학, 병리생리학 및 임상 증상은 예를 들어, 문헌[Tong et al., Clin. Microbiol. Rev., 28(3): 603-661 (2015)]에 상세하게 기재되어 있고, 몇몇 상이한 에스. 아우레우스 균주의 게놈은 서열분석되어 있다(예를 들어, GenBank/EMBL 수탁 번호 BX571856, BX571857, BX571858, FN433596, FN433597, FN433598, HE681097, FR821777, FR821778, FR821779 및 FR821780 참고). 본 명세서에 논의된 바와 같이, 대상체(예를 들어, 인간 대상체)는 당뇨병을 가질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료", "치료하는" 등은 목적하는 약리학적 및/또는 생리학적 효과를 얻는 것을 지칭한다. 바람직하게는, 효과는 치료적이며, 즉, 효과는 질환 및/또는 질환으로 인한 부정적인 증상을 부분적으로 또는 완전히 치유한다. 이를 위해, 개시된 방법은 ClfA-결합 항체, AT-결합 항체 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편 또는 상기에 언급된 항체 또는 단편(단클론성 항체 또는 단편 포함) 중 임의의 하나 또는 조합물을 포함하는 조성물의 "치료적 유효량"을 투여하는 것을 포함한다. "치료적 유효량"은 목적하는 치료 결과를 달성하기 위해서, 필요한 투여량 및 필요한 기간 동안, 효과적인 양을 지칭한다. 치료적 유효량은 개체의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중과 같은 인자 및 개체에서 원하는 반응을 유발하는 항체 또는 항체-결합 단편의 능력에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, ClfA-결합 항체 또는 이의 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 이의 항원-결합 단편 또는 ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 치료적 유효량은 인간에서 에스. 아우레우스-연관 패혈증을 저해하거나, 에스. 아우레우스 응집반응을 저해하거나, 혈전색전성 병변 형성을 저해하거나, 알파 독소를 중화시키거나, 옵소닌식세포작용을 유도하거나, 에스. 아우레우스 피브리노겐 결합을 저해하거나, 에스. 아우레우스 응집반응을 저해하거나 또는 이들 중 임의의 조합을 달성하는 양이다.
대안적으로, 약리학적 및/또는 생리학적 효과는 예방적일 수 있으며, 즉, 효과는 질환 또는 그의 증상을 완전히 또는 부분적으로 예방한다. 이와 관련하여, 개시된 방법은 ClfA-결합 항체, AT-결합 항체 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편(단클론성 항체 또는 단편 포함)의 "예방적 유효량"을 투여하는 것을 포함한다. "예방적 유효량"은 목적하는 예방 결과(예를 들어, 에스, 아우레우스 감염 또는 질환 개시의 방지)를 달성하기 위해서, 필요한 투여량 및 필요한 시간 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다.
치료 또는 예방 효능은 치료된 환자의 주기적인 평가에 의해 모니터링될 수 있다. 수 일 또는 그 이상에 걸쳐서 반복 투여하는 경우, 병태에 따라 목적하는 질환 증상이 억제될 때까지 치료를 반복할 수 있다. 그러나, 다른 투여 요법이 유용할 수 있고, 이것은 본 개시내용의 범위 내에 있다. 목적하는 투여량은 조성물의 단일 볼러스(bolus) 투여에 의해서, 조성물의 다중 볼러스 투여에 의해서 또는 조성물의 연속 주입 투여에 의해 전달될 수 있다.
에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는 방법은 본 명세서에 기재된 ClfA-결합 항체, 본 명세서에 기재된 AT-결합 항체, 본 명세서에 기재된 ClfA-결합 항체 및 AT-결합 항체 둘 다 또는 본 명세서에 기재된 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 투여하는 단계를 포함할 수 있다. ClfA-결합 항체 및 AT-결합 항체 또는 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편) 둘 다가 대상체에게 투여되는 실시형태에서, 각각의 항체 또는 단편은 동일한 조성물로 또는 개별 조성물로 존재할 수 있다. 개별 조성물이 대상체에게 투여되는 경우, 조성물 각각은 동시에 또는 임의의 순서로 순차적으로 투여될 수 있다.
유효량의 본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편, 상기 중 임의의 것을 암호화하는 핵산 서열(들) 또는 핵산 서열을 포함하는 벡터 중 임의의 하나 또는 조합물을 포함하는 조성물(들)은, 정맥내, 복강내, 피하 및 근육내 투여 경로를 포함하는 표준 투여 기술을 사용하여 대상체, 예컨대, 인간에게 투여될 수 있다. 조성물은 비경구 투여에 적합할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 용어 "비경구"는 정맥내, 근육내, 피하 및 복강내 투여를 포함한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 정맥내, 복강내 또는 피하 주사에 의해서 말초 전신 전달을 사용하여 대상체에게 투여된다.
ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 및/또는 항-ClfA/AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편 또는 이를 포함하는 조성물(들)은 단독으로 또는 에스. 아우레우스 감염을 치료하는데 통상적으로 사용되는 다른 약물(예를 들어, 아주반트)과 조합하여 투여될 수 있다. ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편을 포함하는 조성물(들)은 예를 들어, 1종 이상의 항생제, 예컨대, 페니실리나제-내성 β-락탐 항생제(예를 들어, 옥사실린 또는 플루클록사실린)과 조합하여 사용될 수 있다. 젠타마이신을 사용하여 심각한 감염, 예컨대, 심내막염을 치료할 수 있다. 그러나, 에스. 아우레우스의 대부분의 균주는 현재 페니실린에 내성이 있고, 100명의 사람 중 2명은 에스. 아우레우스의 메티실린-내성 균주(MRSA)를 보유한다. MRSA 감염은 전형적으로 반코마이신으로 치료되고, 미미한 피부 감염은 삼중 항생제 연고(triple antibiotic ointment)로 치료될 수 있다.
치료 용도에 더하여, 본 명세서에 기재된 항체 중 임의의 하나 또는 조합물은 진단 또는 연구 응용에 사용될 수 있다. 이와 관련하여 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편은 대상체에서 에스. 아우레우스 감염을 모니터링하기 위한 검정에서 사용될 수 있다. 연구 응용은 예를 들어, 샘플에서, 예를 들어, 인간 체액에서 또는 세포 또는 조직 추출물에서 에스. 아우레우스를 검출하기 위해서 ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편 및 표지를 사용하는 방법을 포함한다. ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편은 검출 가능한 모이어티를 사용한 공유 또는 비공유 표지와 같은 변형과 함께 또는 변형 없이 사용될 수 있다. 예를 들어, 검출 가능한 모이어티는 방사성 동위원소(예를 들어, 3H, 14C, 32P, 35S 또는 125I), 형광 또는 발광 화합물(예를 들어, 플루오레세인 아이소티오사이아네이트, 로다민 또는 루시페린), 효소(예를 들어, 알칼리 포스파타제, 베타-갈락토시다제 또는 호스래디쉬 퍼옥시다제) 또는 보결기(prosthetic group)일 수 있다. 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 검출 가능한 모이어티에 별개로 접합시키기 위한 당업계에 공지된 임의의 방법이 본 개시내용의 맥락에서 사용될 수 있다(예를 들어, 문헌[Hunter et al., Nature, 194: 495-496 (1962); David et al., Biochemistry, 13: 1014-1021 (1974); Pain et al., J. Immunol. Meth., 40: 219-230 (1981); 및 Nygren, J., Histochem. And Cytochem., 30: 407-412 (1982)] 참고).
본 명세서에 기재된 항체 또는 이의 항원-결합 단편(예를 들어, 단클론성 항체 또는 단편) 중 임의의 하나 또는 조합물, 상기 중 임의의 것을 암호화하는 핵산 서열(들), 핵산 서열(들)을 포함하는 벡터(들) 또는 상기 중 임의의 것을 포함하는 조성물(들)은 키트, 즉, 진단 검정을 수행하기 위한 설명서와 함께 미리 결정된 양의 시약의 패키징된 조합물로 제공될 수 있다. ClfA-결합 항체 또는 항원-결합 단편, AT-결합 항체 또는 항원-결합 단편 또는 ClfA-AT 이중특이적 항체 또는 항원-결합 단편이 효소로 표지되는 경우, 키트는 바람직하게는 효소가 필요로 하는 기질 및 보조인자(예를 들어, 검출 가능한 발색단 및 형광단을 제공하는 기질 전구체)를 포함한다. 또한, 다른 첨가제, 예컨대, 안정화제, 완충제(예를 들어, 차단 완충제 또는 용해 완충제) 등이 키트에 포함될 수 있다. 다양한 시약의 상대적인 양은 검정의 감도를 실질적으로 최적화하는 시약의 용액 중의 농도를 제공하도록 달라질 수 있다. 시약은 용해 시 적절한 농도를 갖는 시약 농도를 제공할 부형제를 포함하는, (전형적으로 동결건조된) 건조 분말로서 제공될 수 있다.
하기 실시예는 본 발명을 추가로 설명하지만, 물론 그 범위를 어떤 방식으로도 제한하는 것으로 이해되어서는 안 된다.
실시예 1
본 실시예는 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 단클론성 항체의 선택 및 특징규명을 설명한다.
에스. 아우레우스 치사 균혈증 모델에서 개별 mAb에 비해서 항-ClfA mAb("11H10"이라고 지칭됨)와 조합된 항-에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단클론성 항체(mAb)(국제 특허 출원 공개 제WO 2012/109285호에서 "MEDI4893*"라고 지칭됨 및 제WO 2014/074540호에서 "LC10"라고 지칭됨)를 사용한 예방법에 의해서 제공된 향상된 보호 능력 및 단리물 적용 범위는 이미 보고되어 있다(문헌[Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)]). (MEDI4893*에 존재하지 않는 YTE 돌연변이를 함유하는 MEDI4893은 마우스에서 사용되지 않았는데, 그 이유는 YTE 돌연변이가 인간에서 IgG 반감기를 증가시키긴 하지만, 그것이 마우스에서 혈청 노출을 감소시키기 때문이라는 것을 주목하기 바란다). 11H10은 강력한 항-ClfA 활성을 나타내었지만, 그것은 도 1A 및 표 1에 나타낸 바와 같이, 다른 ClfA 파운더 서열 ClfA001 및 ClfA004에 비해서 피브리노겐 결합 저해 검정에서 ClfA 파운더 서열 ClfA002에 대해서 1000배 초과의 감소된 친화도(Kon은 검출 하한 미만이었음, 표 1에서 ND) 및 약 40배의 IC50 증가를 나타내었다. ClfA002는 주요 에스. 아우레우스 병원 감염 MRSA(hospital acquired MRSA: HA-MRSA; USA100 또는 서열 타입 5(ST5))에 의해서 발현된다(문헌[Sharma-Kuinkel et al., J. Clin. Microbiol., 53: 227-236 (2015); 및 Mendes et al., J. Clin. Microbiol., 50: 3694-3702 (2012)]).
잠재적인 임상 단리물 적용 범위를 증가시키기 위해, 인간 편도 B 세포 라이브러리를 스크리닝하여 보다 광범위하게 반응성 항-ClfA mAb를 탐색하였다. 구체적으로, 기억 B 세포를 피코에리트린(PE)-Cy7-표지된 CD19 마이크로비드(비디 바이오사이언시스(BD Biosciences), 미국 캘리포니아주 산 호세 소재)를 사용하여 편도선으로부터 단리된 냉동 보존된 림프구로부터 단리시키고, 그 다음 항-PE-비드(밀테니이 바이오테크, 인크.(Miltenyi Biotec, Inc.), 미국 캘리포니아주 산 디에고 소재)로 염색하고, FACSAria(비디 바이오사이언시스, 미국 캘리포니아주 산 호세 소재)에서 세포 분류에 의해서 IgM, IgD 및 IgA를 보유하는 세포를 고갈시켰다. 세포는 문헌[Traggiai et al., Nat. Med., 10: 871-875 (2004)]에 기재된 바와 같이 엡스타인 바 바이러스(Epstein Barr Virus: EBV)로 클론 조건 하에서 불멸화시켰다. 2주 후, 384-웰 기반 ELISA 검정을 사용하여 ClfA001-특이적 단클론성 항체의 존재에 대해 배양 상청액을 스크리닝하였다. 간략하면, 항-ClfA mAb의 연속 희석물(1:2 또는 1:600)을 ClfA 코팅된 플레이트에 첨가하고, 그 다음 바이오티닐화된 11H10(1:600)을 첨가하였다. 경쟁 백분율을 100*(ODmAb+11H10biot) / (OD11H10biot))로 계산하였다. 양성 배양물을 완전 RPMI 배지에서 확장시키고, 높은 친화도로 ClfA 유전자형 001, 002 및 004에 결합하는 능력에 대해서 선택하였다. VH 및 VL 서열을 RT-PCR에 의해 검색하였다.
이러한 노력으로부터, 도 1B에 나타낸 바와 같이, ClfA001, 002 및 004(KD = 1.15~44.7 pM, 표 1)에 대해 높은 친화도를 나타내고, 3종의 주요 파운더 ClfA 유전자형(IC50 약 20 μM)에 의한 피브리노겐 결합의 강력한 저해를 나타낸 단클론성 항체("SAR114"라고 지칭됨)가 식별되었다. SAR114는 또한 도 3A~도 3F에 도시된 바와 같이 몇몇 에스. 아우레우스 임상 단리물에 대해 옵소닌식세포작용 사멸(OPK) 활성을 나타냈으며(예를 들어, OPK 사멸 측정 방법에 대해서는 상기 Tkaczyk 등의 문헌 참고), 도 2, 도 4 및 하기 표 2에 제시된 바와 같이 11H10에 비해서 인간 혈장에서 박테리아 응집반응의 저해를 개선시켰다. 인간 혈장에서의 응집반응 저해는 트립신 콩 브로스(tryptic soy broth: TSB)에서 밤새 112개의 에스. 아우레우스 임상 단리물을 배양하고, PBS에서 세척하고, 얼음 냉각된 PBS에서 본래 부피의 1/10로 현탁시킴으로써 측정하였다. 항-ClfA 단클론성 항체를 200 ㎍/㎖에서 시작하여 30 ㎕의 PBS에서 연속 희석(2배)시키고, 96-웰 U 바닥 플레이트(써모피셔 사이언티픽(ThermoFisher Scientific), 미국 매사추세츠주 월섬 소재)에서 30 ㎕의 시트레이트 인간 혈장과 혼합하였다. 박테리아를 첨가하고(30 ㎕), 37℃에서 5분 동안 인큐베이션시켰다. 각각의 웰을 시각적으로 평가하고, 박테리아가 응집된 최저 단클론성 항체 농도를 기록하였다. 인간 항-gp120 단클론성 항체인 R347을 아이소타입 대조군 인간 IgG1(c-IgG)으로 사용하였다. 인간 음성 대조군 단클론성 항체(c-IgG)는 200 ㎍/㎖까지 어떠한 저해 효과도 나타내지 않았다.
서열번호 1의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 2의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 3의 CDR3 아미노산 서열과 함께, 서열번호 13의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하도록 SAR114 항체의 중쇄 폴리펩타이드를 결정하였다. 서열번호 4의 CDR1 아미노산 서열, 서열번호 5의 CDR2 아미노산 서열 및 서열번호 6의 CDR3 아미노산 서열과 함께, 서열번호 14의 가변 영역 아미노산 서열을 포함하도록 SAR114 항체의 경쇄 폴리펩타이드를 결정하였다. 11H10 및 SAR114는 도 5A 및 도 5B에 도시된 바와 같이 ELISA에 의해서 그리고 Octet-기반 경쟁 검정에서 ClfA001에 대한 결합에 대해서 경쟁하는 것을 발견하였다. 간략하면, PBS에 5 ㎍/㎖로 희석된 mAb를 7분 동안 아미노프로필실란(APS) 바이오센서에서 포획하였다. 코팅된 바이오센서를 6분 동안 차단 완충제-함유 웰(PBS, 1 ㎎/㎖ BSA(시그마 알드리치, 미국 미주리주 세인트 루이스 소재))로 이동시켜 자유 센서 결합 부위를 차단시켰고, 차단 완충제로 희석된 2.5 ㎍/㎖ ClfA001과 함께 7분 동안 인큐베이션시키고, 마지막으로 차단 완충제에 5 ㎍/㎖로 희석된 경쟁 mAb를 함유하는 웰로 이동시켰다. OCTET® Data Acquisition and Analysis Software(폴 포르테바이오 엘엘씨(Pall ForteBio LLC), 미국 캘리포니아주 프리몬테 소재)를 사용하여 데이터를 분석하였다. 경쟁 mAb의 회합의 부재는 경쟁을 초래하기 때문에, 동일한 항원 부위가 인식되는 반면, 제2 mAb의 회합이 검출되는 경우 비-경쟁이 관찰되었다.
본 실시예의 결과는, 항-ClfA 단클론성 항체 11H10 및 SAR114가 ClfA001 상의 중첩 에피토프에 결합함을 나타내는데, 이는 ClfA002에 대한 활성도의 차이가 상이한 결합 친화도로부터 기인할 수 있음을 시사한다.
실시예 2
본 실시예는 SAR114와 비교할 때 증가된 반감기를 갖는 SAR114-N3의 생성을 설명한다.
항체의 Fc 영역이 반감기에 역할을 한다는 것은 널리 공지되어 있고, Fc 조작을 사용하여 치료용 생물의약품(biologics)의 반감기를 조작하였다. 예를 들어, 삼중 아미노산 치환 M252Y/S254T/T256E("YTE" 치환이라고 불림)를 항-에스. 아우레우스 MEDI4893 항체를 포함하여, 항체의 Fc 영역 내에서 조작하였는데, 이것은 반감기를 3~4배 증가시킬 수 있다. 그러나, YTE 돌연변이는 또한 C1q 및 FcγR에 대한 결합을 감소시키고, 효과기 기능, 예컨대, ADCC 및 CDC 활성을 감소시키는 것으로 밝혀져 있다(문헌[Monnet C., et al., Front Immunol. 6: 39 (2015)]). YTE 돌연변이는 또한 항-박테리아 항체의 옵소닌식세포작용 사멸(OPK)을 감소시킨다(YTE 치환이 항-슈도모나스 항체 Cam004의 OPK를 감소시킨다는 것을 도시한 도 6 참고). 따라서, 반감기 연장은 항-ClfA 항체에 바람직하지만, YTE 돌연변이는 SAR114에 적합하지 않았다.
Borrok 등(문헌[J. Biol. Chem., 290(7): 4282-4290 (2015)])은 "N3" 변이체를 포함한, 다른 Fc 변경의 효과를 연구하였다. "N3" 변이체는 동일한 위치에서 야생형 서열(LHNHYT; 서열번호 22) 대신에 CH3 도메인 내에 서열 CSWHLC(서열번호 19)를 함유한다. 이러한 Fc 변이체는 또한 반감기를 증가시키지만(도 9, 상단 패널 참고), 도 6에 도시된 바와 같이, 항-박테리아 항체 Cam004(상단 패널) 또는 2F4(하단 패널)의 OPK 사멸을 감소시키지 않는다.
따라서, SAR114의 결합에 대한 N3 돌연변이의 효과를 평가하였다. 이들 실험에서, Biacore 플랫폼을 사용하여 CLFA001, CLFA002 및 CLFA004 단백질에 대항하는 모체 항체 및 Fc-변이체 항체, 각각 SAR-114 및 SAR114-N3의 결합에 대한 동적 속도(kinetic rate)/친화도(KD) 상수를 결정하였다. 결과를 하기 표 3에 나타낸다.
1:1 결합 모델에 대한 동적 적합성은 적절하였다. SAR114 및 SAR114-N3 둘 다는 유사한 친화도로 CLFA001, CLFA002 및 CLFA004에 결합한다. 그러나, 모든 CLFA 단백질에 대한 SAR114의 결합(KD)은 SAR114-N3의 결합보다 약 10배 더 강력하였다. SAR114-N3의 더 약한 결합은 더 빠른 오프-레이트로 인한 것이다.
피브리노겐 결합을 저해하는 SAR114-N3의 능력을 또한 평가하였다. 이러한 검정에서, 피브리노겐에 대한 ClfA 결합을 SAR114, SAR114-N3 또는 대조군 IgG 항체의 연속 희석물(200~0.5 ㎍/㎖)의 존재 하에서 측정하였다. 결과를 하기 도 7 및 표 4에 나타낸다.
이들 데이터는, SAR114-N3이 피브리노겐에 대한 3개의 주요 ClfA 유전자형의 결합을 저해한다는 것을 입증한다.
실시예 3
본 실시예는 SAR114-N3과 비교할 때 개선된 안정성을 갖는 SAR114-N3Y의 생성을 설명한다.
그러나, "N3"변이체는 향상된 FcRn 친화도에 기여하지만, 광 민감성을 또한 초래하여 정상적인 광 조건이 1주의 기간에 걸쳐서 약 20%의 단량체 손실을 초래하고, 강력한 광 조건은 동일한 시간 기간 동안 60% 초과의 단량체 손실을 초래하는 트립토판(W434)을 함유한다. 비-산화성 소수성 잔기(F, Y, L, I, V, A 및 S)를 트립토판(W434) 대신 치환시키고, SAR114 반감기, OPK 및 광 민감성에 대한 효과를 평가하였다. F 및 Y 치환은 결합 측면에서 SAR114 N3과 가장 유사했으며, 둘 다 N3 변경과 유사한 반감기 연장을 가졌다(도 9, 상단 패널 참고). F("N3F"; 서열번호 20) 및 Y("N3Y; 서열번호 21) 변경을 갖는 SAR114 항체에 대해 광안정성 평가를 수행하였다. 이 평가에서 mAb를 23℃에서 14일 동안 2 kLux/시간(강도 측정)으로 CWL(종래의 백색광)에 노출시켰고, 관찰된 단량체 순도를 하기 표 5에 요약한다.
결과는 N3Y이 탁월한 광 안정성을 갖는다는 것을 입증한다. 응집반응 및 피브리노겐 역가 분석은 또한 N3Y가 도 8에 도시된 바와 같이 N3F보다 더 우수한 활성을 가짐을 나타낸다. 마우스에서 항체 수준의 측정은, N3Y 및 N3F 둘 다가 N3 돌연변이체(도 9, 상단 패널)와 유사한 pK 값을 갖고, N3Y 변이체의 OPK 사멸은 변화되지 않았다는 것을 입증하였다(도 9, 하단 패널).
실시예 4
본 실시예는 뮤린 균혈증 모델에서 SAR114 또는 SAR114 N3Y 항-ClfA 단클론성 항체 단독 또는 항-알파 독소(AT) 단클론성 항체와 조합된 것의 효과를 설명한다.
10마리의 6~8주령의 암컷 BALB/c 마우스(엔비고(Envigo), 영국 캠브리지쇼어 헌팅던 소재)의 군을 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG), SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 및/또는 MEDI4893* 항-AT 단클론성 항체의 복강내(IP) 주사에 의해 수동적으로 면역화시켰다. 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스의 임상 단리물을 정맥내(IV) 주사하여 마우스를 시험감염시켰다. 생존을 2주에 걸쳐 모니터링하였다. 특정 항-스타필로코쿠스 항원 대 c-IgG의 통계 분석을 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 수행하였다. p가 0.05 미만인 경우 데이터를 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다.
SAR114(15 ㎎/㎏(mpk)) 예방법은 도 10에 도시된 바와 같이 각각 ClfA 유전자형 ClfA001, 002 및 004를 암호화하는 것으로 확인된 서열 유형(ST) ST8, ST5 또는 ST30을 나타내는 에스. 아우레우스 단리물을 사용한 시험감염 후 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG)에 비해 증가된 생존을 초래하였다. 11H10 항체와 MEDI4893* 항체의 조합물과 유사하게, SAR114와 MEDI4893*의 조합물(각각 7.5㎎/㎏(mpk))을 사용한 예방법은, 시험된 모든 균주로의 시험감염 후 c-IgG에 비해 생존율을 크게 증가시켰고, 일부 균주에 대해서는 상응하는 개별 단클론성 항체에 비해 이점을 제공하였다(상기 Tkaczyk 등의 문헌).
본 실험의 결과는, 항-ClfA SAR114 단클론성 항체가 생체내에서 기능성이며, SAR114와 항-AT 단클론성 항체의 조합물이 에스. 아우레우스 예방을 위한 더 넓은 균주 적용 범위를 제공함을 시사한다.
실시예 5
본 실시예는 당뇨병 뮤린 치사 균혈증 모델에서 SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 단독 또는 항-알파 독소(AT) 단클론성 항체와 조합된 것의 효과를 설명한다.
6주령의 당뇨병 BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 수컷 마우스의 군을 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG), SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 및/또는 MEDI4893* 항-AT 단클론성 항체의 복강내(IP) 주사에 의해 면역화시켰다. 24시간 후 LD90(5e7CFU)의 에스. 아우레우스의 임상 단리물 SF8300을 정맥내(IV) 주사하여 마우스를 시험감염시켰다. 생존을 2주에 걸쳐 모니터링하였다. 도 11, 상단 패널. 신장(도 11, 중간 패널) 및 간(도 11, 하단 패널)에서 박테리아 계수를 위해 48시간 후에 10 마리의 동물을 안락사시켰다. 특정 항-스타필로코쿠스 항원 대 c-IgG의 통계 분석을 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 수행하였다. p가 0.05 미만인 경우 데이터를 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다.
SAR114(15 ㎎/㎏(mpk)) 예방법은 시험감염 후 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG)에 비해서 생존율을 증가시켰고, SAR114와 MEDI4893*(각각 7.5 ㎎/㎏(mpk))의 조합물로의 예방법은 시험감염 후 c-IgG에 비해서 생존율을 상당히 증가시켰다. 도 11, 상단 패널. SAR114와 MEDI4893*(각각 7.5 ㎎/㎏(mpk))의 조합물은 또한 장(도 11, 중간 패널)과 간(도 11, 하단 패널)에서 박테리아를 상당히 감소시켰다.
본 실험의 결과는, 항-ClfA SAR114 단클론성 항체가 생체내에서 기능성이며, SAR114와 항-AT 단클론성 항체의 조합물이 당뇨병 db/db 마우스에서 CA-MRSA SF8300 유도된 치사 균열증에 대한 보호를 제공한다는 것을 시사한다.
실시예 6
본 실시예는 뮤린 균혈증 모델에서 전염증성 사이토카인 수준에 대한 SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 단독 또는 항-알파 독소(AT) 단클론성 항체와 조합된 것의 효과를 설명한다.
6주령의 당뇨병(db) BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 수컷 마우스(n=20) 및 비-당뇨병 C57/B6(B6) 수컷 마우스(n=20)의 군을 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG), SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 및/또는 MEDI4893* 항-AT 단클론성 항체의 복강내(IP) 주사에 의해 면역화시켰다. 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스의 임상 단리물 SF8300을 정맥내(IV) 주사하여 마우스를 시험감염시켰다. 군당 10 마리의 동물을 8시간 또는 24시간 후에 안락사시키고, 심장 천자로부터 혈액을 수집하였다. 전염증성 사이토카인을 Mesoscale Multiplex 전염증성 사이토카인 키트를 사용하여 혈장에서 측정하였다. 군 간의 통계학적 차이를 Mann-Whitney U 검정으로 분석하였고, p가 0.05 미만인 경우 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다.
SAR114와 MEDI4893*의 조합물은 표 6에 나타낸 바와 같이 당뇨병 db/db 마우스에서 24시간에 IL-6, TNF-α 및 KC 수준을 상당히 감소시켰다.
조합물은 또한 비-당뇨병 C57/B6 마우스에서 24시간에 IL-6, TNF-α 및 KC 수준을 상당히 감소시켰다.
실시예 7
본 실시예는 당뇨병 뮤린 균혈증 모델에서 간 손상에 대한 SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 단독 또는 항-알파 독소(AT) 단클론성 항체와 조합된 것의 효과를 설명한다.
6주령의 당뇨병 BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 수컷 마우스(n=10)의 군을 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG), SAR114 항-ClfA 단클론성 항체(15 ㎎/㎏(mpk)), MEDI4893* 항-AT 단클론성 항체(15 mpk) 또는 SAR114 +MEDI4893*의 조합물(각각 15 mpk)의 복강내(IP) 주사에 의해 면역화시켰다. 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스의 임상 단리물 SF8300을 정맥내(IV) 주사하여 마우스를 시험감염시켰다. 마우스를 감염 48시간 후에 안락사시키고, 간을 수거하였다. 총 병리를 사진으로 기록하고(도 12, 좌측 패널), 간 절편을 10% 포르말린으로 고정시킨 후 헤마톡실린/에오신으로 염색하였다(도 12, 우측 패널). SAR114 항체, MEDI4893* 항체 및 SAR114 + MEDI4893*의 조합물은 모두 에스. 아우레우스에 노출된 당뇨병 마우스의 간 손상을 예방하였다.
실시예 8
본 실시예는 뮤린 당뇨병 균혈증 모델에서 SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 단독 또는 항-알파 독소(AT) 단클론성 항체와 조합된 것의 효과를 설명한다.
6주령의 당뇨병 BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J 수컷 마우스(n=10)의 군을 아이소타입 대조군 IgG(c-IgG), SAR114 항-ClfA 단클론성 항체 및/또는 MEDI4893* 항-AT 단클론성 항체의 복강내(IP) 주사에 의해 면역화시켰다. 24시간 후 LD90의 에스. 아우레우스의 임상 단리물을 정맥내(IV) 주사하여 마우스를 시험감염시켰다. 생존을 2주에 걸쳐 모니터링하였다. 도 13.
SAR114와 MEDI4893*의 조합물(각각 7.5㎎/㎏(mpk))은 시험된 대부분의 균주로의 시험감염 후 c-IgG에 비해 생존율을 크게 증가시켰고, 또한 대부분의 균주에서 상응하는 개별 단클론성 항체에 비해 이점을 제공하였다.
본 실험의 결과는, 항-ClfA SAR114 단클론성 항체가 생체내에서 기능성이며, SAR114와 항-AT 단클론성 항체의 조합물이 당뇨병 마우스에서 에스. 아우레우스 예방을 위한 더 넓은 균주 적용 범위를 제공함을 시사한다.
실시예 9
본 실시예는 ClfA 및 AT 둘 다에 특이적으로 결합하는 이중특이적 단클론성 항체의 생성 및 시험관내 효능을 설명한다.
항-ClfA 단클론성 항체와 항-AT 단클론성 항체의 조합물을 사용한 수동적 면역화는 치사 균혈증에서 균주 적용 범위에 이점을 제공하였고, 뮤린 피부괴사 및 폐렴 모델에서 항-AT 보호 능력을 유지하였기 때문에(상기 Tkaczyk 등의 문헌), ClfA 및 AT에 대해 지향되는 이중특이적 항체(BiSAb)를 생성시켜 이러한 이중특이적 항체가 상응하는 개별 항체의 조합물에 비해 이점을 제공하는지의 여부를 결정하였다. 이를 위해서, BiSAb를 이미 기재된 바와 같이 조작하였다(예를 들어, 문헌[Dimasi et al., J. Mol. Biol., 393: 672-692 (2009); 및 Coloma, M.J. and S.L. Morrison, Nat. Biotechnol., 15: 159-163 (1997)] 참고). 간략하면, 항-ClfA mAbs 11H10 또는 SAR114를 IgG 스캐폴드로서 사용하였고, MEDI4893*를 scFv 포맷으로 그래프팅하였다. 경쇄 가변 도메인과 중쇄 가변 도메인 사이에 20-아미노산(GGGGSx4) 링커를 사용하여 VL-VH 포맷으로 MEDI4893* scFv를 합성하였다(젠아트(GeneArt), 써모피셔 사이언티픽, 미국 매사추세츠주 월섬 소재). MEDI893* scFv 서열을 11H10 또는 SAR114 항-ClfA IgG1의 중쇄의 N-말단에 융합시켜 "BiS2" 항체를 작제하였다. MEDI4893*의 링커-scFv를 11H10 또는 SAR114의 중쇄의 C 말단에 추가함으로써 "BiS3" 작제물을 생성시켰다. BiS2 및 BiS3 작제물을 도 14에 개략적으로 도시한다. 293개의 세포에서 일시적 형질주입에 의해서 BiS2 및 BiS3 분자를 발현시키고, 단백질 A 친화도 크로마토그래피로 정제시키고, 크기 배제 크로마토그래피로 폴리싱(polishing)시켰다. 각각의 분자의 온전성을 질량 분광광도계 및 온전한 질량 및 펩타이드 매핑으로 평가하여 조작된 내인성 다이설파이드 결합의 적절한 형성을 확인하였다. scFv가 IgG 상의 서로 다른 위치에 배치되기 때문에, BiS2 및 BiS3 포맷을 선택하였고, 하나의 포맷이 다른 포맷보다 이점이 있는지를 결정하는 유일한 방식은 포맷을 관심대상 항체 특이성에 대해서 경험적으로 시험하는 것이다.
BiSAb가 상응하는 개별 단클론성 항체의 기능적 활성을 유지하는지를 이해하기 위해서, AT-의존적 토끼 적혈구(rabbit red blood cell: RBC) 용해를 저해하고, ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 피브리노겐 결합을 저해하는 각각의 BiSAb의 능력을 평가하였다. BiS Ab 및 MEDI4893*(500 내지 1.7 nM)의 연속 희석물을 AT(0.1 ㎍/㎖=3 nM)와 혼합하고, 50 ㎕의 세척된 토끼 RBC(Peel Freeze)와 함께 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션시켜 토끼 RBC 용혈 검정을 수행하였다. 일부 검정에서 BisAb의 항-AT scFv를 10 M 과량의 ClfA(5 μM)로 포화시켰다. 이어서 플레이트를 1200 rpm에서 3분 동안 원심분리시키고, 50 ㎕의 상청액을 새 플레이트로 옮겼다. 비-특이적 인간 IgG1 R347을 음성 대조군(c-IgG)으로 사용하였다(예를 들어, 문헌[Tkaczyk et al., Clin. Vaccine Immunol., 19: 377-385 (2012)] 참고). OD450 nm를 분광광도계(몰레큘러 디바이시즈(Molecular Devices), 미국 캘리포니아주 서니밸 소재)로 측정하였다. 용혈의 저해를 하기 수학식을 사용하여 계산하였다:
100-(100*[ODAT+mAb]/[ODAT]).
피브리노겐-결합 검정을 위해서, NUNC MAXISORPTM 플레이트(써모피셔 사이언티픽, 미국 매사추세츠주 월섬 소재)를 2 ㎍/㎖의 인간 피브리노겐(시그마 알드리치, 미국 미주리주 세인트 루이스 소재)으로 4℃에서 밤새 코팅하고, 0.1% Tween 20을 함유하는 PBS(세척 완충액)로 3회 세척하고, 200 ㎕/웰 카세인(써모피셔 사이언티픽, 미국 매사추세츠주 월섬 소재)으로 실온(RT)에서 1시간 동안 차단시켰다. 3회 세척 후, 플레이트를 50 ㎕의 Avi-태그 ClfA221-559(2 ㎍/㎖) 및 100 ㎕ 최종 부피 PBS의 항-ClfA 단클론성 항체 또는 BiS 항체의 연속 희석물의 혼합물과 함께 RT에서 1시간 동안 인큐베이션시켰다. 일부 검정에서, BiSAb의 항-ClfA IgG1을 10 M 과량의 AT(6.6 mM)로 포화시켰다. 세척 후, 호스래디쉬 퍼옥시다제(HRP)-접합된 스트렙타비딘(1:20000, 지이 헬쓰케어(GE Healthcare), 미국 일리노이주 시카고 소재) 및 100 ㎕의 3,3',5,5'-테트라메틸벤지딘(TMB) 기질(KPL)을 사용하여 결합된 ClfA를 검출하였다. 반응을 10분 후 100 ㎕의 0.2 M H2S04를 사용하여 중단시켰다. 플레이트를 OD450 nm에서 분광광도계로 판독하였다. 피브리노겐에 결합하는 ClfA의 저해 백분율을 하기 수학식을 사용하여 계산하였다: 100-(100*[ODClfA+mAb] / [ODClfA, mAb 없음]).
11H10-BiS2 및 BiS3 항체 및 SAR114-BiS2 항체는 AT 용혈 검정에서 MEDI4893*와 유사한 IC50 값을 나타낸 반면, SAR114-BiS3는 도 15A에 나타낸 바와 같이 감소된 AT 중화 활성을 나타내었다. 11H10 BiSAb 및 SAR114 BiS3Ab는 모두 피브리노겐 결합 저해 검정에서 각각의 모체 항-ClfA IgG와 유사한 IC50 값을 나타낸 반면, SAR114 BiS2Ab는 ClfA002에 대해 일부 활성을 잃었지만, 도 15B, 도 16 및 표 7에 나타낸 바와 같이, 여전히 11H10보다 우수하였다. BiSAb는 또한 도 17에 나타낸 바와 같이 모체 항-ClfA IgG와 유사한 옵소닌식세포작용 박테리아 사멸(OPK)을 매개하였다. 중요하게는, 10 M 과량의 AT의 존재 하에서 항-AT scFv의 포화는 도 15C에 나타낸 바와 같이, 피브리노겐 결합 검정에서 항-ClfA 활성을 방해하지 않았다. 유사하게, 10 M ClfA 과량을 갖는 ClfA 결합의 포화는 도 15D에 나타낸 바와 같이 용혈 검정에서 BiSAb의 AT 중화 활성을 감소시키지 않았다.
본 실시예의 결과는, 항-ClfA/AT BiS 분자가 대부분의 경우 모체 IgG와 유사한 시험관내 기능적 활성을 유지하고, 이 활성은 10배 몰 과량의 BiSAb에 의해 인식되는 다른 항원의 존재 하에서 감소되지 않는다는 것을 입증한다.
실시예 10
본 실시예는 에스. 아우레우스 치사 균혈증 모델에서 항-ClfA/AT 이중특이적 항체의 보호 효과를 설명한다.
마우스를 항-ClfA SAR114 항체와 MEDI4893* 단클론성 항체 조합물(각각 7.5 mpk 또는 1 mpk) 또는 동일몰 용량의 BiSAb(각각 9 또는 1.2 mpk)로 수동적으로 면역화시킨 후, 24시간 후에 실시예 4에 기재된 바와 같이 에스. 아우레우스 균주 SF8300으로 IV 감염시키고, 생존을 14일 동안 모니터링하였다. 9 mpk에서 두 SAR114-BiSAb 모두는 도 18A에 나타낸 바와 같이 각각 7.5 mpk의 단클론성 항체 조합물에 비해, 감소되었지만 크게 상이하지 않은 보호를 나타내었다(BiS2의 경우 p = 0.234 및 BiS3의 경우 p = 0.412). 1 mpk의 단클론성 항체 조합물(c-IgG에 대해서 p = 0.0051) 및 1.2 mpk의 SAR114-BiS2(c-IgG에 대해서 p=0.0336)는 c-IgG에 비해 생존율을 상당히 증가시켰다. 시험관내에서 AT 중화 활성의 관찰된 손실과 일관되게(도 15A 참고), SAR114-BiS3은 1.2 mpk로 투여되는 경우 생존율을 상당히 증가시키지는 않았다(p=0.657, 도 18A). 단클론성 단독으로는 상당한 보호에 충분하지 않은 균주인 에스. 아우레우스 균주 3049057(MRSA, ST8)에 대해 시험하는 경우(도 10 참고), 1.2 mpk의 SAR114-BiS 분자는 c-IgG에 비해 생존율을 상당히 증가시키지는 않은 반면(p = 0.4310), 동일몰 농도(1 mpk)의 단클론성 항체 조합물은 도 18B에 나타낸 바와 같이 생존율을 증가시켰다(c-IgG에 대해서 p = 0.0348). 이 결과는 생체내 SAR114-BiS2 항체의 결함을 시사하였다. 흥미롭게도, 11H10-BiSAb를 사용한 수동적 면역화는 시험된 두 용량(9 mpk 및 1.2 mpk)에서 단클론성 조합물과 유사한 보호를 야기하였고, 도 18C 및 도 18D에 도시된 바와 같이 ClfA001 발현 균주 SF8300 및 3049057 둘 다에 대해 c-IgG에 비해 생존율이 상당히 증가하였다.
본 실시예의 결과는 항-ClfA/AT BiSAb가 상응하는 개별 항체의 조합물에 비해 이점을 제공하지 않음을 입증한다. 오히려, SAR114/MEDI4893* 이중특이적 항체는 상응하는 개별 단클론성 항체가 보호를 제공하기에 충분하지 않은 균주에 대해 더 낮은 용량에서 보호 손실을 나타냈다.
실시예 11
본 실시예는 치사 폐렴 모델에서 SAR114/MEDI4893* 이중특이적 항체의 효능을 조사하는 실험을 설명한다.
SAR114는 11H10보다 약 1000배 더 큰 친화도로 ClfA001에 결합하기 때문에(표 1), ClfA에 결합하는 SAR114가 박테리아 표면에서 SAR114/MEDI4893* BiSAb를 격리하여, AT가 분비될 때 AT의 불량한 포획 및 중화를 초래한다는 가설을 세웠다. AT는 에스. 아우레우스 폐렴에서 주요 독력 인자이며(문헌[Bubeck Wardenburg, J. and O. Schneewind, J. Exp. Med., 205: 287-294 (2008)]), 항-AT 단클론성 항체 단독으로의 수동적 면역화는 치사 에스. 아우레우스 폐렴으로부터 마우스를 보호한다(문헌[Foletti et al., J. Mol. Biol., 425(10): 1641-1654 (2013); Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58:1108-1117 (2014); 및 Ragle, B.E., and J. Bubeck Wardenburg, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009)]). 더욱이, 항-ClfA 단클론성 항체는 폐렴 모델에서 생존율에 영향을 미치지 않으며, 항-ClfA 단클론성 항체와 항-AT 단클론성 항체의 조합물은 항-AT mAb 단독과 유사한 보호를 제공한다(상기 Tkaczyk 등의 문헌)). 따라서, 치사 균혈증 모델에서 SAR114-BiS2를 사용하여 관찰된 보호 감소가 부적절한 AT 중화로 인한 것일 수 있는지를 결정하기 위해서, 암컷 C57/B6 마우스(잭슨 래버러토리(Jackson Laboratory), 미국 메인주 바 하버 소재)에게 MEDI4893* 단독, 또는 SAR114와의 조합물 또는 SAR114 BiS2 또는 BiS3와의 조합물을 IP로 주사하였다. 상기 Hua 등의 문헌에 기재된 바와 같이 SF8300(1e8 CFU)에 의한 비강내 감염에 의해 폐렴을 유도하였다. 동물 생존은 6일 동안 모니터링하였다. c-IgG에 대한 통계 분석을 Log Rank(Mantel Cox) 시험으로 수행하였다. p가 0.05 미만인 경우 데이터를 통계학적으로 상이한 것으로 간주하였다.
MEDI4893*(15 mpk) 단독으로 또는 SAR114와의 조합물로의 수동적 면역화는 SF8300으로 시험감염 후 100% 보호를 초래하였다. 그러나, SAR114-BiS2 또는 BiS3를 사용한 수동적 면역화는 도 19A에 나타낸 바와 같이 각각 30% 및 0% 생존율을 초래하였다. 흥미롭게도, ClfA에 대해 대략 1000배 감소된 친화도를 갖는 11H10BiS2를 사용한 수동적 면역화(표 1)는 100% 생존율을 제공하였다. 이러한 결과는 박테리아 표면 상의 ClfA에 대한 결합이 SAR114-BiSAb를 격리시켜, AT 중화를 손상시킨다는 결론을 뒷받침한다. 이러한 가설을 추가로 시험하기 위해서, 마우스를 BiS2 분자로 수동적으로 면역화시킨 후, ClfA 동질유전자 돌연변이체 SF8300Δclfa를 사용하여 비강내(IN) 감염시켰다. SAR114-BiSAb를 사용한 예방법은 도 19B에 나타낸 바와 같이 MEDI4893*와 유사한 SF8300Δclfa에 대한 보호를 제공하였다.
본 실시예의 결과는, 표면-국지화된 ClfA에 대한 SAR114-BiSAb 결합이 가용성 AT의 효과적인 중화를 예방한다는 추가 증거를 제공한다.
실시예 12
본 실시예는 시노몰거스 원숭이에서 SAR114 항체의 약동학(pK)을 조사하는 실험을 설명한다. 5 ㎎/㎏의 SAR114, SAR114 N3F 또는 SAR114 N3Y를 정맥내(IV) 투여함으로써 원숭이를 처리하였고, 60일에 걸쳐서 혈액에서 항체 수준을 측정하였다. 결과를 도 20에 나타내고, 하기 표 8에 기록한다.
상기 데이터는, SAR114의 변형된 버전 및 특히 SAR114 N3Y가 영장류에서 반감기 증가를 나타낸다는 것을 입증한다. 상기 데이터는 인간 FcRN에 대해서 트렌스제닉인 마우스에서 반감기 연장 연구로부터 예측된 것과 일치한다. 영장류에서 반감기의 효과적인 연장은, SAR114 N3Y의 반감기가 적절하게 연장될 것이며, 인간에서 에스. 아우레우스-관련 질환의 적절한 투여, 치료 및 예방에 중요하다는 것을 나타낸다.
실시예 13
본 실시예는 N3Y Fc의 면역원성을 조사하는 실험을 설명한다.
치료용 단백질의 면역원성은 중화, 치료제의 가속화된 청소율 및/또는 부작용을 포함하는 문제를 일으킬 수 있다. 항체 프레임워크 영역과 같은 인간 단백질은 대부분 비-면역원성이지만, 항체의 Fc 영역에 내의 돌연변이는 면역 반응의 잠재적 위험을 제공한다. 인간 CD4 T-세포를 사용한 기능성 활성화 검정은 현재 면역원성 반응에서 헬퍼 T 세포의 주요 역할의 결과로서 면역원성 예측의 특질로 간주된다. 따라서, T 세포 활성화에 대한 IgG1의 Fc 영역 내의 N3Y의 효과를 분석하였다.
이들 실험에서, PMBC를 Ficole 구배를 사용하여 39개의 인간 전혈 수집물로부터 단리시켰다. 이어서, CD8 세포를 양성 선택을 사용하여 추출하고, 5개의 다른 펩타이드 풀로 자극시키고, IL-2로 10일 시험관내 확장시킴으로써 세포를 풍부하게 하였다. 이어서 세포를 CD4용 ELIspot 플레이트에서 개별 펩타이드 라이브러리로 재자극시켰다. 도 21에 나타낸 결과는 NY3 돌연변이 부가가 야생형 Fc 영역과 비교할 때 면역원성을 상당히 증가시키지는 않음을 입증한다.
본 명세서에 인용된 간행물, 특허 출원 및 특허를 포함한 모든 참고 문헌은 각각의 참고 문헌이 개별적으로 그리고 구체적으로 참조에 의해 포함되는 것으로 지시되고 본 명세서에 그 전문이 제시된 것과 동일한 정도로 본 명세서에 참조에 의해 포함된다.
본 발명을 설명하는 맥락에서 (특히 다음 청구범위의 맥락에서) 용어 단수 표현 및 "적어도 하나" 및 유사한 지시어의 사용은 본 명세서에서 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 단수 및 복수를 모두 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 용어 "적어도 하나"와 함께 하나 이상의 항목의 목록을 사용하는 것(예를 들어, "A와 B 중 적어도 하나")은 본 명세서에서 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 열거된 항목에서 선택된 하나의 항목(A 또는 B) 또는 열거된 항목 중 둘 이상의 조합(A 및 B)을 의미하는 것으로 해석된다. 용어 "포함하는", "갖는", "구비한" 및 "함유하는"은 달리 언급되지 않는 한 개방형 용어(즉, "포함하지만 이들로 제한되지 않는"의 의미)로 해석되어야 한다. 본 명세서에서 값의 범위의 언급은 본 명세서에서 다르게 지시되지 않는 한, 범위 내에 속하는 각각의 개별 값을 개별적으로 지칭하는 약칭으로서 작용하도록 의도되며, 각각의 개별 값은 마치 본 명세서에서 개별적으로 언급된 것처럼 명세서에 통합된다. 본 명세서에 개시된 모든 방법은 본 명세서에서 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 임의의 적합한 순서로 수행될 수 있다. 본 명세서에 제공된 임의의 모든 예 또는 예시적인 언어(예를 들어, "예컨대")의 사용은 단지 본 발명을 더 잘 설명하기 위한 것이며 달리 청구되지 않는 한 본 발명의 범위를 제한하지 않는다. 본 명세서의 어떤 언어도 임의의 청구되지 않은 요소가 본 발명의 실시에 필수적인 것으로 나타내는 것으로 해석되어서는 안 된다.
본 발명을 수행하기 위해 본 발명자들에게 공지된 최상의 모드를 포함하여 본 발명의 바람직한 실시형태가 본 명세서에 개시된다. 상기 바람직한 실시형태의 변형은 상기 설명을 읽으면 당업자에게 명백해질 수 있다. 본 발명자들은 당업자가 이러한 변형을 적절히 채택할 것을 기대하며, 본 발명자들은 본 명세서에서 구체적으로 개시된 것과 달리 본 발명이 실시되는 것을 의도한다. 따라서, 본 발명은 적용 가능한 법률에 의해 허용되는 바와 같이 여기에 첨부된 청구범위에 언급된 주제의 모든 변형 및 등가물을 포함한다. 또한, 본 명세서에서 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 모든 가능한 변형에서 상기 기재된 요소의 임의의 조합이 본 발명에 포함된다.
SEQUENCE LISTING
<110> MEDIMMUNE LLC
HUMABS BIOMED SA
<120> ANTIBODY DIRECTED AGAINST S. AUREUS CLUMPING FACTOR A (ClfA)
<130> 2943.100PC01/EKS/CLD/MKK
<150> US 62/702,762
<151> 2018-07-24
<160> 52
<170> PatentIn version 3.5
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<211> 5
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Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp Pro
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Ser His Asp Met His
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Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly
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Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val
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Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp Leu Ala
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Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser
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Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr
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<223> SAR114 Variable Heavy Chain
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Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser
20 25 30
Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu
65 70 75 80
Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp
100 105 110
Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<223> SAR114 Variable Light Chain
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Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Thr Ser Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ser Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Glu Ser Tyr Ser Thr Pro Pro
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
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<213> Artificial Sequence
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<223> MEDI4893 and MEDI4893* Variable Heavy Chain
<400> 15
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His
20 25 30
Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MEDI4893 and MEDI4893* Variable Light Chain
<400> 16
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Asp Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr
85 90 95
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
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<211> 126
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR72 Variable Heavy Chain
<400> 17
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Val Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ser Phe Arg Asn Ala
20 25 30
Leu Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ser Lys Thr Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala Pro Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Thr Thr Gly Pro Gly Gly Gly Pro Pro Gly Asp Tyr Tyr Tyr Asp Gly
100 105 110
Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
<210> 18
<211> 106
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR72 Variable Light Chain
<400> 18
Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Val Pro Lys Lys Tyr Ala
20 25 30
Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr
35 40 45
Glu Asp Lys Lys Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Ser Ser Gly Thr Met Ala Thr Leu Thr Ile Ser Gly Ala Gln Val Glu
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Tyr Ser Thr Asp Ser Ser Glu Gly Val
85 90 95
Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105
<210> 19
<211> 6
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> N3 Fc Variant
<400> 19
Cys Ser Trp His Leu Cys
1 5
<210> 20
<211> 6
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> N3F Fc Variant
<400> 20
Cys Ser Phe His Leu Cys
1 5
<210> 21
<211> 6
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> N3Y Fc Variant
<400> 21
Cys Ser Tyr His Leu Cys
1 5
<210> 22
<211> 6
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Wild-type Fc CH3
<400> 22
Leu His Asn His Tyr Thr
1 5
<210> 23
<211> 17
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> heavy chain constant domain
<400> 23
Met His Glu Ala Cys Ser Tyr His Leu Cys Gln Lys Ser Leu Ser Leu
1 5 10 15
Ser
<210> 24
<211> 222
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> N3Y Fc starting from hinge
<400> 24
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val
130 135 140
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Cys Ser
195 200 205
Tyr His Leu Cys Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 25
<211> 454
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR114 Full-Length Heavy Chain
<400> 25
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser
20 25 30
Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu
65 70 75 80
Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp
100 105 110
Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120 125
Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly
130 135 140
Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro
145 150 155 160
Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr
165 170 175
Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val
180 185 190
Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn
195 200 205
Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro
210 215 220
Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu
225 230 235 240
Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp
245 250 255
Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp
260 265 270
Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly
275 280 285
Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn
290 295 300
Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp
305 310 315 320
Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro
325 330 335
Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu
340 345 350
Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn
355 360 365
Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile
370 375 380
Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr
385 390 395 400
Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys
405 410 415
Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys
420 425 430
Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu
435 440 445
Ser Leu Ser Pro Gly Lys
450
<210> 26
<211> 214
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR114 Full-Length Light Chain
<400> 26
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Thr Ser Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ala Ser Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Glu Ser Tyr Ser Thr Pro Pro
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 27
<211> 452
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MEDI4893 Full-Length Heavy Chain
<400> 27
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His
20 25 30
Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro
115 120 125
Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr
130 135 140
Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr
145 150 155 160
Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro
165 170 175
Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr
180 185 190
Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn
195 200 205
His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser
210 215 220
Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu
225 230 235 240
Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu
245 250 255
Tyr Ile Thr Arg Glu Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser
260 265 270
His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu
275 280 285
Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr
290 295 300
Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn
305 310 315 320
Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro
325 330 335
Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln
340 345 350
Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val
355 360 365
Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val
370 375 380
Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro
385 390 395 400
Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr
405 410 415
Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val
420 425 430
Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu
435 440 445
Ser Pro Gly Lys
450
<210> 28
<211> 212
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MEDI4893 and MEDI4893* Full-Length Light Chain
<400> 28
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Asp Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr
85 90 95
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro
100 105 110
Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr
115 120 125
Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys
130 135 140
Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu
145 150 155 160
Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser
165 170 175
Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala
180 185 190
Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe
195 200 205
Asn Arg Gly Glu
210
<210> 29
<211> 222
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> N3 Fc starting from hinge
<400> 29
Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe
1 5 10 15
Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro
20 25 30
Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val
35 40 45
Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr
50 55 60
Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val
65 70 75 80
Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys
85 90 95
Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser
100 105 110
Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro
115 120 125
Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val
130 135 140
Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly
145 150 155 160
Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp
165 170 175
Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp
180 185 190
Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Cys Ser
195 200 205
Trp His Leu Cys Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
210 215 220
<210> 30
<211> 127
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR80 Variable Heavy Chain
<400> 30
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ala
20 25 30
Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Gly Arg Ile Arg Ser Lys Thr Ala Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Gln Met Thr Ser Leu Lys Ile Glu Asp Thr Ala Leu Tyr
85 90 95
Tyr Cys Met Thr Asp Gly Leu Gly Leu Leu Asn Phe Gly Asp Ser Asp
100 105 110
Pro His His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Arg Val Thr Val Ser Ser
115 120 125
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR80 Variable Light Chain
<400> 31
Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Leu Pro Lys Lys Tyr Ala
20 25 30
Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile His
35 40 45
Glu Asp Thr Lys Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Ser Ser Gly Thr Met Ala Thr Leu Thr Ile Ser Gly Ala Gln Val Glu
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr His Cys Tyr Ser Thr Asp Ser Ser Gly Val Val
85 90 95
Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR113 Variable Heavy Chain
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(25)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<220>
<221> misc_feature
<222> (28)..(28)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 32
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Ala Xaa Gly Tyr Xaa Phe Thr Ser Tyr
20 25 30
Trp Ile Gly Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
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Gly Ile Ile Tyr Pro Gly Asp Ser Asp Thr Arg His Ser Pro Ser Phe
50 55 60
Gln Gly Gln Val Thr Ile Ser Val Asp Lys Ser Ile Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Ser Ala Met Tyr Tyr Cys
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Ala Arg His Gln Ser Gly Ser His Gly Phe Asp Ala Phe Glu Ile Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR113 Variable Light Chain
<400> 33
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Gly Val Leu Ser Arg
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln
85 90 95
Tyr Tyr Asn Asn Leu Arg Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile
100 105 110
Arg
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR132 Variable Heavy Chain
<400> 34
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Asn Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Trp Ile Ala Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Ile Ile Tyr Ser Gly Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Ser Pro Ser Phe
50 55 60
Leu Gly Gln Val Ser Ile Ser Val Asp Lys Ser Phe Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Arg Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Pro Gly Gly Gln Lys Pro Tyr Asp Tyr Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 35
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1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Arg Ile Ser Asn Trp
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Lys Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Lys Ala Ser Thr Leu Glu Ser Glu Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Asp Asp Leu Ala Thr Tyr Tyr Cys His Gln Tyr Ile Ser Tyr Tyr Thr
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100 105
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 36
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1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Asn Ala
20 25 30
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35 40 45
Gly Arg Ile Lys Ser Glu Thr Ala Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala
50 55 60
Pro Val Lys Gly Arg Phe Ser Ile Ser Arg Asp Asp Ser Arg Asn Thr
65 70 75 80
Leu Tyr Leu Glu Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr
85 90 95
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100 105 110
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Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
130 135
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 37
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Lys Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Asn
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Ser Val Ser Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
Ser Ala Gly Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Phe Asn Arg Tyr
20 25 30
Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Ser Ser Pro Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Asp Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Arg Val Thr Leu Gly Leu Glu Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly
100 105 110
Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115
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<211> 107
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR372 Variable Light Chain
<400> 39
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Asn
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Lys Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Leu Arg Ser Asn Trp Ala Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys
100 105
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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Gln Val Thr Leu Arg Glu Ser Gly Pro Ala Leu Val Lys Pro Thr Gln
1 5 10 15
Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Ser
20 25 30
Gly Met Cys Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu
35 40 45
Trp Leu Ala Leu Ile Glu Trp Asp Asp Asp Lys Tyr Tyr Asn Thr Ser
50 55 60
Leu Lys Thr Arg Leu Ser Ile Ser Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Met Thr Asn Met Asp Pro Val Asp Thr Gly Thr Tyr Tyr
85 90 95
Cys Ala Arg His Ser Ser Ser Ser Arg Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 41
<211> 107
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR510 Variable Light Chain
<400> 41
Ser Tyr Gly Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln
1 5 10 15
Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Leu Ala Lys Gln Tyr Val
20 25 30
Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Asp
35 40 45
Lys Asp Arg Glu Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Ser Ser Gly Thr Thr Val Thr Leu Thr Ile Ser Gly Val Gln Ala Glu
65 70 75 80
Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg Thr Tyr
85 90 95
Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu
100 105
<210> 42
<211> 121
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 42
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Tyr
20 25 30
Trp Ile Ala Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Ile Ile Tyr Pro Gly Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Ser Pro Ser Phe
50 55 60
Gln Gly Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Thr Ala Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Trp Ser Ser Leu Asn Ala Ser Asp Ser Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gln Gly Gly Ser His Gly Tyr Asp Ala Phe His Met Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser
115 120
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<211> 112
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR547 Variable Light Chain
<400> 43
Asp Val Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Leu Gly
1 5 10 15
Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser
20 25 30
Asp Gly Asn Thr Tyr Leu Asn Trp Phe Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Arg Arg Leu Ile Tyr Lys Val Ser Asn Arg Asp Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
85 90 95
Thr His Leu Thr Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS1 Variable Heavy Chain
<400> 44
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Ala Leu Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Gly Ile Asn Gly Thr Gly Tyr Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Thr
65 70 75 80
Leu Glu Met Asn Ser Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr Cys
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100 105 110
<210> 45
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS1 Variable Light Chain
<400> 45
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Glu Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Phe Phe Lys
20 25 30
Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln
35 40 45
Pro Pro Lys Val Ile Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val
50 55 60
Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
65 70 75 80
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100 105 110
Lys
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS19 Variable Heavy Chain
<400> 46
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Arg Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Phe Val Ser Gly Gly Ser Ile Asn Asn Ser
20 25 30
Tyr Trp Thr Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
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Gly Phe Val Phe Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Ser Pro Ser Leu Lys
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Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Leu Phe Ser Leu
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Arg Leu Thr Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala
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100 105 110
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS19 Variable Light Chain
<400> 47
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Thr Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Gln Ser Ile Ser Asn Phe
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Val Asn Gly
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Ser Thr Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Leu Ser Ser Leu Gln Pro
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Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Trp
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Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
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<211> 128
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS203 Variable Heavy Chain
<400> 48
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Val Val Ser Gly Gly Ser Ile Asn Asn Ser
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Tyr Trp Thr Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
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Gly Phe Val Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Tyr Tyr Ser Pro Ser Leu Lys
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Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Phe Phe Ser Leu
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<210> 49
<211> 107
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAS203 Variable Light Chain
<400> 49
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Thr Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Gln Ser Ile Ser Asn Phe
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
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Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
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<210> 50
<211> 454
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR114 N3Y Full-Length Heavy Chain
<400> 50
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser
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Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile
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Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys
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Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu
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85 90 95
Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp
100 105 110
Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120 125
Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly
130 135 140
Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro
145 150 155 160
Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr
165 170 175
Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val
180 185 190
Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn
195 200 205
Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro
210 215 220
Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu
225 230 235 240
Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp
245 250 255
Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp
260 265 270
Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly
275 280 285
Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn
290 295 300
Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp
305 310 315 320
Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro
325 330 335
Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu
340 345 350
Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn
355 360 365
Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile
370 375 380
Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr
385 390 395 400
Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys
405 410 415
Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys
420 425 430
Ser Val Met His Glu Ala Cys Ser Tyr His Leu Cys Gln Lys Ser Leu
435 440 445
Ser Leu Ser Pro Gly Lys
450
<210> 51
<211> 452
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MEDI4893* Full-Length Heavy Chain
<400> 51
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His
20 25 30
Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys
50 55 60
Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu
65 70 75 80
Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro
115 120 125
Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr
130 135 140
Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr
145 150 155 160
Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro
165 170 175
Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr
180 185 190
Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn
195 200 205
His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser
210 215 220
Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu
225 230 235 240
Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu
245 250 255
Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser
260 265 270
His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu
275 280 285
Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr
290 295 300
Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn
305 310 315 320
Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro
325 330 335
Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln
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Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro
385 390 395 400
Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr
405 410 415
Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val
420 425 430
Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu
435 440 445
Ser Pro Gly Lys
450
<210> 52
<211> 454
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SAR114 N3 Full-Length Heavy Chain
<400> 52
Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu
1 5 10 15
Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser
20 25 30
Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu
65 70 75 80
Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp
100 105 110
Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120 125
Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly
130 135 140
Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro
145 150 155 160
Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr
165 170 175
Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val
180 185 190
Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn
195 200 205
Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro
210 215 220
Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu
225 230 235 240
Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp
245 250 255
Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp
260 265 270
Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly
275 280 285
Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn
290 295 300
Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp
305 310 315 320
Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro
325 330 335
Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu
340 345 350
Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn
355 360 365
Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile
370 375 380
Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr
385 390 395 400
Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys
405 410 415
Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys
420 425 430
Ser Val Met His Glu Ala Cys Ser Trp His Leu Cys Gln Lys Ser Leu
435 440 445
Ser Leu Ser Pro Gly Lys
450
Claims (73)
- 스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus)(에스. 아우레우스)(S. aureus) 클럼핑 인자 A(clumping factor A: ClfA) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하는 가변 중쇄(variable heavy chain: VH) 상보성 결정 영역(complementarity determining region: CDR) 1, 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR1, 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함하되, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 (1) VH, (2) VL 및 (3) CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하되; 상기 VH는 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 (1) VH, (2) VL 및 (3) CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하되; 상기 VL은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 SAR114의 VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 및 VL CDR3을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제6항에 있어서, 상기 CDR은 카바트-정의된 CDR, 코티아-정의된 CDR 또는 AbM-정의된 CDR인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 CSYHLC(서열번호 21)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 불변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 중쇄 불변 도메인은 MHEACSYHLCQKSLSLS(서열번호 23)의 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 중쇄 불변 도메인은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 피브리노겐 결합 저해 검정에서 ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 IC50은 서로의 2 ㎍/㎖ 이내인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 피브리노겐 결합 저해 검정에서 ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 상기 IC50은 모두 1 ㎍/㎖ 내지 5 ㎍/㎖인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, ClfA001, ClfA002 및 ClfA004에 대한 상기 결합 친화도(KD)는 모두 200 내지 350 pM인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 23℃에서 14일 동안 2 kLux/시간에서 종래의 백색광에 상기 항체 또는 항원-결합 단편을 노출시킨 후 5% 이하만큼 감소한 단량체 순도를 갖는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 인간 FcRn 마우스에서 돌연변이가 없는 동일한 항체에 비해서 반감기를 연장시키는 돌연변이를 포함하는, 항체 또는 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 돌연변이가 없는 동일한 항체에 비해서 반감기를 연장시키는 돌연변이를 포함하되, 상기 돌연변이는 상기 돌연변이가 없는 동일한 항체 또는 항원-결합 단편에 비해서 OPK 활성을 저해하지 않는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하고, 에스. 아우레우스 알파 독소(alpha toxin: AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 이중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제19항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제19항 또는 제20항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제19항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 더 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제19항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제19항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 SAR72, SAR80, SAR113, SAR132, SAR352, SAR372, SAR510, SAR547, SAS1, SAS19 또는 SAS203의 상기 VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 및 VL CDR3을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제25항에 있어서, 상기 CDR은 카바트-정의된 CDR, 코티아-정의된 CDR 또는 AbM-정의된 CDR인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제25항 또는 제26항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 (a) 각각 서열번호 17 및 18, (b) 각각 서열번호 30 및 31, (c) 각각 서열번호 32 및 33, (d) 각각 서열번호 34 및 35, (e) 각각 서열번호 36 및 37, (f) 각각 서열번호 38 및 39, (g) 각각 서열번호 40 및 41, (h) 각각 서열번호 42 및 43, (i) 각각 서열번호 44 및 45, (j) 각각 서열번호 46 및 47 또는 (k) 각각 서열번호 48 및 49에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 가변 중쇄 및 가변 경쇄 서열을 포함하는, 항체.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 VH 및 VL을 포함하되, 상기 VH는 서열번호 17, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46 또는 48에 제시된 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원-결합 단편으로서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 VH 및 VL을 포함하되, 상기 VL은 서열번호 18, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47 또는 49에 제시된 아미노산 서열을 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제6항, 제7항 및 제12항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 중쇄 불변 영역을 더 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제30항에 있어서, 상기 중쇄 불변 영역은 인간 면역글로불린 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2 중쇄 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제31항에 있어서, 중쇄 불변 영역은 인간 IgG1 불변 영역인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제30항에 있어서, 상기 중쇄 불변 영역은 N3, N3E 또는 N3F 돌연변이를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제5항, 제8항 내지 제10항 또는 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 중쇄 불변 영역은 YTE 돌연변이를 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제11항 및 제13항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 경쇄 불변 영역을 더 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제35항에 있어서, 상기 경쇄 불변 영역은 인간 면역글로불린 IgGκ 및 IgGλ 경쇄 불변 영역으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제36항에 있어서, 상기 경쇄 불변 영역은 인간 IgGκ 경쇄 불변 영역인, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 단클론성 항체 또는 항원-결합 단편인, 항체 또는 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 전장 항체인, 항체 또는 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 항원-결합 단편은 항원-결합 단편인, 항체 또는 항원-결합 단편.
- 제40항에 있어서, 상기 항원-결합 단편은 Fab, Fab', F(ab')2, 단일 쇄 Fv(scFv), 다이설파이드 연결된 Fv, 인트라바디, IgGΔCH2, 미니바디, F(ab')3, 테트라바디, 트라이아바디, 다이아바디, DVD-Ig, Fcab, mAb2, (scFv)2 또는 scFv-Fc를 포함하는, 항원-결합 단편.
- 에스. 아우레우스 ClfA 단백질에 특이적으로 결합하는 항체로서, 서열번호 50에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열번호 26에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 항체.
- 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 검출 가능한 표지를 더 포함하는, 항체 또는 이의 항원-결합 단편.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 단클론성 항체 및 약제학적으로-허용 가능한 담체를 포함하는, 조성물.
- 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편 및 선택적으로 약제학적으로-허용 가능한 담체를 포함하는, 조성물.
- 제45항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함하는, 조성물.
- 제45항 또는 제46항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함하는, 조성물.
- 제45항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 조성물.
- 제45항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는, 조성물.
- 제45항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 조성물.
- 대상체에서 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 감염을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 상기 대상체에게 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원-결합 단편 또는 제44항 내지 제50항 중 어느 한 항의 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 대상체에서 스타필로코쿠스 아우레우스(에스. 아우레우스) 감염을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 상기 대상체에게 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 알파 독소(AT) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제52항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR1, 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR2, 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하는 VH CDR3, 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR1, 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR2 및 서열번호 12의 아미노산 서열을 포함하는 VL CDR3을 포함하는, 방법.
- 제52항 또는 제53항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함하는, 방법.
- 제52항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 방법.
- 제52항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 27의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함하는, 방법.
- 제52항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편은 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
- 제52항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편이 동시에 투여되는, 방법.
- 제52항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원-결합 단편 및 에스. 아우레우스 AT 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원-결합 단편이 순차적으로 투여되는, 방법.
- 제51항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에서 에스. 아우레우스 감염을 치료 또는 예방하는 방법은 에스. 아우레우스-연관 패혈증을 저해하는 것, 에스. 아우레우스 응집반응(agglutination)을 저해하는 것, 혈전색전성 병변 형성을 저해하는 것, 독소 중화, 옵소닌식세포작용(opsonophagocytosis)을 유도하는 것, 에스. 아우레우스 피브리노겐 결합을 저해하는 것, 에스. 아우레우스 응집반응을 저해하는 것 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
- 제51항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 당뇨병을 갖는, 방법.
- 제51항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 인간인, 방법.
- 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제42항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VH 또는 중쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 단리된 폴리뉴클레오타이드.
- 제63항에 있어서, 상기 핵산 분자는 서열번호 13의 VH 또는 서열번호 25, 50 또는 52의 중쇄를 암호화하는, 폴리뉴클레오타이드.
- 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제42항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VL 또는 경쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 단리된 폴리뉴클레오타이드.
- 제65항에 있어서, 상기 핵산 분자는 서열번호 14의 VL 또는 서열번호 26의 경쇄를 암호화하는, 폴리뉴클레오타이드.
- (i) 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제42항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VH 또는 중쇄 및 (ii) 제1항 내지 제18항 및 제25항 내지 제42항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 VL 또는 경쇄를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는, 단리된 폴리뉴클레오타이드.
- 제63항 내지 제67항 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 단리된 벡터.
- 제63항 내지 제67항 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드, 제68항의 벡터 또는 제63항 또는 제64항의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 제1 벡터 및 제65항 또는 제66항의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 제2 벡터를 포함하는 숙주 세포.
- 제69항에 있어서, 상기 숙주 세포는 CHO, NS0, PER-C6, HEK-293 및 HeLa 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는, 숙주 세포.
- 제69항 또는 제70항에 있어서, 상기 숙주 세포는 단리된, 숙주 세포.
- 항체 또는 이의 항원-결합 단편의 생산 방법으로서, 제69항 내지 제71항 중 어느 한 항의 숙주 세포를 배양하여 상기 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 생산하는 단계를 포함하는, 방법.
- 샘플에서 에스. 아우레우스 또는 에스. 아우레우스 ClfA를 검출하는 방법으로서, 상기 샘플을 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원-결합 단편과 접촉시키는 단계를 포함하는, 방법.
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