BR112021001214A2

BR112021001214A2 - anticorpo dirigido contra o fator de aglutinação a (clfa) de s. aureus

Info

Publication number: BR112021001214A2
Application number: BR112021001214-1A
Authority: BR
Inventors: Christine Tkaczyk; Bret Sellman; Martin Borrok Iii; Davide Corti; Andrea Minola
Original assignee: Medimmune, Llc; Humabs Biomed Sa
Priority date: 2018-07-24
Filing date: 2019-07-24
Publication date: 2021-04-27
Also published as: KR20210035846A; CN112672788A; US20200048330A1; JP2021530244A; US20220073595A1; AU2019309366A1; US11970527B2; CA3107463A1; US11155606B2; MX2021000889A; WO2020023644A3; TW202019956A; EP3840838A2; WO2020023644A2

Abstract

anticorpo dirigido contra o fator de aglutinação a (clfa) de s. aureus. a presente invenção refere-se a um anticorpo monoclonal, ou seu fragmento de ligação ao antígeno, que se liga especificamente a uma proteína do fator de aglutinação a (clfa) de staphylococcus aureus, bem como composições compreendendo o anticorpo monoclonal. a presente invenção também se refere a métodos de tratamento de uma infecção por staphylococcus aureus pela administração do anticorpo monoclonal anti-clfa isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal que se liga especificamente à proteína alfa toxina (at) de s. aureus a um indivíduo. anticorpos monoclonais biespecíficos que se ligam especificamente a clfa e at e métodos de uso dos mesmos também são fornecidos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para “ANTI- CORPO DIRIGIDO CONTRA O FATOR DE AGLUTINAÇÃO A (CLFA) DE S. AUREUS”.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃO

[0001] As infecções causadas por patógenos bacterianos resisten- tes aos antimicrobianos (AMR) são uma ameaça crescente à saúde pú- blica. A epidemia de AMR em curso foi alimentada, em parte, pela tera- pia empírica com antibióticos de amplo espectro. Isto levou à exploração de métodos específicos de patógenos, incluindo anticorpos monoclo- nais (mAbs), para prevenir ou tratar infecções bacterianas graves. Nu- merosos anticorpos monoclonais estão atualmente em desenvolvimento para a prevenção ou tratamento de infecções bacterianas resistentes a antibióticos (ver, por exemplo, DiGiandomenico, A. e B.R. Sellman, Curr. Opin. Microbiol., 27: 78-85 (2015)). Essas estratégias de imunização passiva fornecem uma resposta de imunoglobulina imediata e potente contra o patógeno alvo. Idealmente, o anticorpo monoclonal ou coquetel de anticorpos monoclonais fornece múltiplos mecanismos de ação para neutralizar os principais mecanismos de virulência bacteriana e aumen- tar a resposta imune inata do hospedeiro, proporcionando assim a me- lhor oportunidade de sucesso clínico.

[0002] Staphylococcus aureus é um patógeno bacteriano que causa uma ampla gama de doenças, incluindo infecções de pele e tecidos mo- les, endocardite, osteomielite, pneumonia e bacteremia (Lowy, F.D., N. Engl. J. Med., 339(8): 520-32 (1998)). Estudos pré-clínicos indicam que abordagens baseadas em anticorpos monoclonais são promissoras para profilaxia e terapia adjuvante contra infecções por S. aureus (ver, por exemplo, Hazenbos et al., PLoS Pathog., 9(10):e1003653. doi:

10.1371/journal.ppat.10036532013 (2013); Rouha, H., MAbs, 7(1): 243- 254 (2015); Foletti et al., J. Mol. Biol., 425(10): 1641-1654 (2013); Ka-

rauzum et al., J Biol Chem., 287(30): 25203-15 (2012); e Hua et al., An- timicrob Agents Chemother., 58(2): 1108-17 (2014)). Uma combinação de anticorpos monoclonais multi-mecanísticos direcionados à toxina alfa (AT) de S. aureus e fator de aglutinação A (ClfA) mostrou aumentar a proteção e melhorar a cobertura da cepa em relação a cada anticorpo monoclonal individual em um modelo de bacteremia letal de S. aureus (Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)); no entanto, o anti- corpo monoclonal ClfA testado exibe afinidade de ligação reduzida e atividade funcional contra a sequência fundadora de ClfA ClfA002 em relação a duas outras sequências fundadoras (ClfA001 e ClfA004).

[0003] Assim, permanece a necessidade de composições e méto- dos para o tratamento de infecções por Staphylococcus aureus, particu- larmente infecções que são resistentes aos antibióticos disponíveis atu- almente. A presente divulgação fornece tais composições e métodos.

BREVE SUMÁRIO DA INVENÇÃO

[0004] São fornecidos aqui anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno que se ligam à proteína do fator de aglutinação A (ClfA) de Staphylococcus aureus (S. aureus). Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus compreende uma região determinante de complementaridade (CDR) 1 da cadeia pesada variável (VH) com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 2, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 3, uma CDR1 da região variável de cadeia leve (VL) compreen- dendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 6, e o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende um domínio constante de cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21). Em certos casos, o anti- corpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno com- preende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.

[0005] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus compreende uma VH, uma VL e um domínio constante da cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21), em que a VH compreende a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 13.

[0006] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus compreende uma VH, uma VL e um domínio constante da cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21), em que a VL compreende a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 14.

[0007] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus compreende a CDR1 da VH, CDR2 da VH, CDR3 da VH, CDR1da VL, CDR2 da VL e CDR3 da VL de SAR114. Em certos casos, as CDRs são as CDRs definidas por Kabat, as CDRs definidas por Chothia ou as CDRs definidas por AbM. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende um domínio constante de cadeia pe- sada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21).

[0008] Em certos casos, o domínio constante de cadeia pesada compreende a sequência de aminoácidos de MHEACSYHLCQKSLSLS

(SEQ ID NO: 23). Em certos casos, o domínio constante de cadeia pe- sada compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 24. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno com- preende uma cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 50. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 26.

[0009] Em certos casos, os IC50 do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 em um ensaio de inibição da ligação de fibrinogênio estão a 2 μg/L entre si. Em certos casos, os IC50 do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 em um ensaio de inibição da ligação de fibrinogênio estão todos entre 1 μg/mL e 5 μg/mL. Em certos casos, as afinidades de ligação (KD) do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 estão todas entre 200 e 350 pM.

[0010] Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno têm uma pureza de monômero que diminui em não mais que 5% após a exposição do anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno a luz branca convencional a 2kLux/h a 23 0C durante 14 dias. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende uma mutação que prolonga a meia-vida em relação ao mesmo anticorpo sem a mutação em camundongos com FcRn humano. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende uma mu- tação que prolonga a meia-vida em relação ao mesmo anticorpo sem a mutação, e em que a mutação não inibe atividade de OPK relativa ao mesmo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno da mutação.

[0011] São fornecidos aqui também anticorpos biespecíficos ou seus fragmentos de ligação ao antígeno que se ligam especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus e proteína alfa toxina (AT) de S. au- reus. Em certos casos, um anticorpo biespecífico ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus e a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus compreende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 2, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 3, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 da VL com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 6. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de liga- ção ao antígeno compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 14. Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma CDR1 da VH com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 15. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compre- ende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 16.

[0012] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus, compreende a CDR1 da VH, CDR2 da VH, CDR3 da VH, CDR1da VL, CDR2 da VL e CDR3 da VL de SAR72, SAR80, SAR113, SAR132, SAR352, SAR372, SAR510, SAR547, SAS1, SAS19 ou SAS203. Em certos casos, as CDRs são as CDRs definidas por Kabat, as CDRs de- finidas por Chothia ou as CDRs definidas por AbM. Em certos, o anti- corpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende sequências de cadeia pesada variável e cadeia leve variável compreendendo a se- quência de aminoácidos apresentada em (a) SEQ ID NO: 17 e 18, res- pectivamente, (b) SEQ ID NOs: 30 e 31, respectivamente, (c) SEQ ID NOs: 32 e 33, respectivamente, (d) SEQ ID NOs: 34 e 35, respectiva- mente, (e) SEQ ID NOs: 36 e 37, respectivamente, (f) SEQ ID NOs: 38 e 39, respectivamente, (g) SEQ ID NOs: 40 e 41, respectivamente, (h) SEQ ID NOs: 42 e 43, respectivamente, (i) SEQ ID NOs: 44 e 45, res- pectivamente, (j) SEQ ID NOs: 46 e 47 respectivamente ou (k) SEQ ID NOs: 48 e 49, respectivamente.

[0013] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus, compreende uma VH e uma VL, em que a VH compreende a se- quência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 17, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46 ou 48.

[0014] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. au- reus, compreende uma VH e uma VL, em que a VL compreende a se- quência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 18, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47 ou 49.

[0015] Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente uma região constante de cadeia pesada. Em certos casos, a região constante da cadeia pesada é sele-

cionada do grupo que consiste nas regiões constantes da cadeia pe- sada IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2 da imunoglobulina humana. Em certos casos, a região constante da cadeia pesada é uma região cons- tante de IgG1 humana. Em certos casos, a região constante da cadeia pesada compreende uma mutação N3, N3E ou N3F. Em certos casos, a região constante da cadeia pesada compreende uma mutação YTE.

[0016] Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente uma região constante de cadeia leve. Em certos casos, a região constante da cadeia leve é selecionada do grupo que consiste em regiões constantes da cadeia leve IgGκ e IgGλ da imunoglobulina humana. Em certos casos, a região constante da cadeia leve é uma região constante de cadeia leve de IgGκ humana.

[0017] Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao an- tígeno é um anticorpo monoclonal ou fragmento de ligação ao antígeno.

[0018] Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao an- tígeno é um anticorpo de comprimento total. Em certos casos, o anti- corpo ou fragmento de ligação ao antígeno é um fragmento de ligação ao antígeno. Em certos casos, o fragmento de ligação ao antígeno com- preende um Fab, Fab', F(ab')2, Fv de cadeia única (scFv), Fv ligado por dissulfeto, intracorpo, IgGΔCH2, minicorpo, F(ab')3, tetracorpo, tria- corpo, diacorpo, DVD-Ig, Fcab, mAb2, (scFv)2, ou scFv-Fc.

[0019] Em certos casos, um anticorpo que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus compreende uma cadeia pesada com- preendendo a sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 50 e uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 26.

[0020] Em certos casos, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente um marcador detectável.

[0021] São fornecidas aqui também composições compreendendo um anticorpo fornecido no presente documento. Em certos casos, uma composição compreende um anticorpo fornecido no presente docu- mento e um transportador farmaceuticamente aceitável.

[0022] Em certos casos, uma composição compreende um anti- corpo fornecido no presente documento e um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus e, opcionalmente, um transportador farmaceuticamente aceitável. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao an- tígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus com- preende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 15. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 16. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia pesada compreendendo a sequência de ami- noácidos de SEQ ID NO: 27. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 28.

[0023] São fornecidos aqui também métodos de uso de um anti- corpo fornecido no presente documento. Em certos casos, um método de tratamento ou prevenção de uma infecção por S. aureus em um in- divíduo compreende a administração ao indivíduo de um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno aqui fornecido ou uma composição aqui fornecida.

[0024] Em certos casos, um método para tratar ou prevenir uma in- fecção por S. aureus em um indivíduo compreende a administração ao indivíduo de um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno aqui for- necido e um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga es- pecificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 15. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO:

16. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 27. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoá- cidos de SEQ ID NO: 28. Em certos casos, o anticorpo anti-ClfA de S. aureus ou fragmento de ligação ao antígeno fornecido no presente do- cumento e o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus são administrados si- multaneamente. Em certos casos, o anticorpo anti-ClfA de S. aureus ou fragmento de ligação ao antígeno fornecido no presente documento e o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especifica- mente a uma proteína AT de S. aureus são administrados sequencial- mente.

[0025] Em certos casos, o tratamento ou prevenção de uma infec- ção por S. aureus em um indivíduo compreende inibir a sépsis associ- ada a S. aureus, inibir a aglutinação de S. aureus, inibir a formação de lesão tromboembólica, neutralização de toxina, induzir opsonofagoci- tose, inibir ligação de fibrinogênio de S. aureus, inibição da aglutinação de S. aureus ou qualquer combinação dos anteriores.

[0026] Em certos casos, o indivíduo tem diabetes. Em determinados casos, o indivíduo é humano.

[0027] São fornecidos aqui também polinucleotídeos. Em certos ca- sos, um polinucleotídeo isolado compreende uma molécula de ácido nu- cleico que codifica a VH ou cadeia pesada de um anticorpo ou frag- mento de ligação ao antígeno fornecido no presente documento. Em certos casos, a molécula de ácido nucleico codifica a VH de SEQ ID NO: 13 ou a cadeia pesada de SEQ ID NO: 25, 50, e 52.

[0028] Em certos casos, um polinucleotídeo isolado compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica a VL ou cadeia leve de um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno fornecido no presente documento. Em certos casos, a molécula de ácido nucleico codifica a VL de SEQ ID NO: 14 ou a cadeia leve de SEQ ID NO: 26.

[0029] Em certos casos, um polinucleotídeo isolado compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica a VH ou cadeia pesada de um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno fornecido no presente documento e a VH ou cadeia leve de um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno.

[0030] Também são fornecidos no presente documento vetores. Em certos casos, um vetor isolado compreende um polinucleotídeo forne- cido no presente documento.

[0031] Também são fornecidas no presente documento células hos- pedeiras. Em certos casos, uma célula hospedeira compreende um po- linucleotídeo fornecido aqui, um vetor fornecido aqui, ou um primeiro vetor um polinucleotídeo fornecido aqui e um segundo vetor compreen- dendo um polinucleotídeo fornecido aqui. Em certos casos, a célula hos- pedeira é selecionada do grupo que consiste em células CHO, NS0, PER-C6, HEK-293 e HeLa. Em certos casos, a célula hospedeira é iso- lada.

[0032] Também são fornecidos no presente documento métodos de produção de anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno. Em cer- tos casos, um método de produção de um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende a cultura de uma célula hospedeira fornecida no presente documento de modo que o anticorpo ou seu fra- gmento de ligação ao antígeno seja produzido.

[0033] Também são fornecidos aqui métodos para detectar S. au- reus ou ClfA de S. aureus. Em certos casos, um método para detectar S. aureus ou ClfA de S. aureus em uma amostra compreende o contato da amostra com um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno fornecido no presente documento. BREVE DESCRIÇAO DAS VÁRIAS VISTAS DO(S) DESENHO(S)

[0034] A Figura 1 é uma série de gráficos que ilustram a inibição da ligação de fibrinogênio aos três genótipos principais de ClfA, conforme medido na presença do mAb anti-ClfA 11H10 (Figura 1A) ou SAR114

(Figura 1B) diluídos em série (de 666 μM a 2,55 μM). Os dados são representativos de três experiências independentes.

[0035] A Figura 2 é um gráfico que ilustra a aglutinação de isolados clínicos de S. aureus na presença de plasma humano e mAbs anti-ClfA. A Figura 2 mostra a concentração mínima dos mAbs 11H10 e SAR114 necessária para inibir a aglutinação bacteriana. Os dados são represen- tativos de duas experiências independentes. A c-IgG foi usada como controle negativo e não mostrou qualquer inibição a 200 μg/mL.

[0036] A Figura 3 é uma série de gráficos que ilustram a atividade de morte opsonofagocítica (OPK) do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114 contra os isolados clínicos ARC635 (ST5) (Figura 3A), SF8300 (ST8) (Figura 3B), NRS383 (ST346) (Figura 3C), NRS382 (ST5) (Figura 3D), NRS384 (ST8) (Figura 3E) e ARC2081 (ST30) (Figura 3F) de S. aureus. As cepas de S. aureus foram incubadas com células HL-60 hu- manas, soro humano e diluições em série de SAR114 (quadrados) ou c-IgC (círculos). Os gráficos representam os valores médios ± desvio padrão (SD) de três experiências independentes.

[0037] A Figura 4 é um gráfico que ilustra a inibição da aglutinação de vários tipos de S. aureus pelo anticorpo monoclonal SAR114. 112 isolados clínicos de S. aureus representando 40 tipos de sequência (ST) diferentes e alguns não encontrados (NF) foram testados conforme des- crito no Exemplo 1.

[0038] A Figura 5 mostra gráficos que ilustram a competição de SAR114 e 11H10 para a ligação ao genótipo ClfA001. O gráfico na Fi- gura 5A mostra os resultados de um ensaio de ligação ELISA de com- petição conforme descrito no Exemplo 1. Os dados representam os va- lores médios ± desvio padrão (SD). O gráfico na Figura 5B mostra os resultados do ensaio de ligação OCTECT® descrito no Exemplo 1.

[0039] A Figura 6 fornece gráficos que mostram o efeito das muta-

ções YTE e N3 em anticorpos antibacterianos na morte opsonofagocí- tica (OPK). Cam004 (painel superior) é um anticorpo anti-pseudomonas e 2F4 (painel inferior) é um anticorpo anti-S. aureus. O anticorpo R347 foi usado como controle negativo. (Ver Exemplo 2.)

[0040] A Figura 7 fornece gráficos que mostram que a mutação N3 não reduz a capacidade de SAR114 em inibir a ligação de ClfA001, ClfA002 ou ClfA1004 ao fibrinogênio. (Ver Exemplo 2.)

[0041] A Figura 8 fornece tabelas que relatam os efeitos das muta- ções N3F e N3Y em SAR114 em ensaios de aglutinação e de potência de fibrinogênio. (Ver Exemplo 3.)

[0042] A Figura 9 fornece gráficos que mostram os efeitos das mu- tações N3 (N3W), N3F e N3Y na farmacocinética (PK) em camundon- gos transgênicos para FcRn humano (painel superior) e OPK (painel in- ferior) de SAR114. (Ver Exemplo 3.)

[0043] As Figuras 10A-M são uma série de gráficos que ilustram que a combinação dos anticorpos monoclonais SAR114 e MEDI4893* for- nece cobertura de cepas em um modelo de camundongo de bacteremia letal, conforme descrito no Exemplo 4. Os diferentes isolados clínicos de S. aureus de diversos tipos de sequência (ST) e genótipos ClfA tes- tados incluíram: NRS123 (ST1, ClfA012), NRS387 (ST5, ClfA002), ARC635 (ST5, ClfA002), 3049043 (ST5, ClfA002), 3049057 (ST8, ClfA001), SF8300 (ST8, Clf A001), 3049088 (ST30, ClfA004), 3049114 (ST30, ClfA004), ARC2784 (ST188, ClfA019), 9043, 9057, 9157 e 2784. Os dados mostrados são representativos de três experiências indepen- dentes. As linhas tracejadas com um círculo no final representam ca- mundongos tratados com um anticorpo de controle IgG. As linhas com um quadrado no final representam camundongos tratados com SAR114 (15 mpk). As linhas com um triângulo para cima no final representam camundongos tratados com MEDI4893* (15 mpk). As linhas com um tri- ângulo para baixo no final representam camundongos tratados com

SAR114 e MEDI4893* (7,5 mpk cada). (Ver Exemplo 4.)

[0044] A Figura 11 é uma série de gráficos que ilustram que a com- binação dos anticorpos monoclonais SAR114 e MEDI4893* protege contra bacteremia letal IV induzida por CA-MRSA SF8300 em camun- dongos diabéticos BKS.Cg-Dock7m +/+ Leprdb/J (db/db). As barras hori- zontais nos dois painéis inferiores representam o CFU médio geomé- trico. Os dados são representativos de três experiências independentes. (Ver Exemplo 5.)

[0045] A Figura 12 fornece imagens que demonstram os efeitos da combinação dos anticorpos monoclonais SAR114 e MEDI4893* em da- nos no fígado em camundongos db/db expostos a bacteremia letal IV induzida por CA-MRSA SF8300, seja por patologia macroscópica (es- querda) ou após coloração com hematoxilina e eosina da seção (direita). (Ver Exemplo 7.)

[0046] A Figura 13 é uma série de gráficos que ilustram que a com- binação dos anticorpos monoclonais SAR114 e MEDI4893* fornece co- bertura de cepas para proteção em um modelo de camundongo db/db diabético de bacteremia letal. (Ver Exemplo 8.)

[0047] A Figura 14 fornece representações esquemáticas de cons- trutos biespecíficos usando mAb anti-ClfA como um molde (Figura 14A) ou scFv do mAb anti-AT MEDI4893* ligado por meio de um ligante de 10 aminoácidos (GGGGx2) ao terminal N da cadeia pesada do anticorpo monoclonal ClfA (Figura 14B) ou terminal C da cadeia pesada (Figura 14C). (Ver Exemplo 9.)

[0048] A Figura 15 é uma série de gráficos que ilustram a caracteri- zação in vitro de anti-ClfA SAR114 ou BiSAbs 11H10 / MEDI4893*, con- forme descrito no Exemplo 9. As Figuras 15A e 15D ilustram as ativida- des de BiS2 e BiS3 em comparação com MEDI4893* em um ensaio he- molítico de RBC de coelho mediado por AT. Diluições em série de Bi- SAbs e MEDI4893* foram incubadas com AT isoladamente (Figura 15A)

ou excesso de 10 M de ClfA001 (Figura 15D) e RBC. A percentagem de inibição da hemólise foi calculada da seguinte forma: 100*(100- (ODAT+mAb) / (ODAT isoladamente)). Os dados são representativos de três ex- periências independentes. As Figuras 15B e 15C ilustram os resultados do ensaio de ligação do fibrinogênio imobilizado descrito no Exemplo 9. Diluições em série de BiSAbs, SAR114 ou 11H10 foram incubadas com ClfA isoladamente (Figura 15B) ou com excesso de 10 M de AT (Figura 15C). Os dados representam o desvio padrão dos valores médios de três experiências separadas. A percentagem de inibição da ligação foi calculada como 100*(100-(ODClfA+mAb) / (ODClfA isoladamente)).

[0049] A Figura 16 é uma série de gráficos que ilustram a inibição da ligação de fibrinogênio aos três genótipos principais de ClfA, con- forme descrito no Exemplo 9. A inibição da ligação de fibrinogênio foi medida na presença de diluições em série dos anticorpos monoclonais 11H10 (Figura 16A), SAR114 (Figura 16B) ou respectivos anticorpos bi- específicos (Figura 16C). Um ensaio semelhante foi conduzido por sa- turação scFv AT na presença de um excesso de 10 M de AT (6,6 mM) (Figuras 16D-F).

[0050] A Figura 17 é uma série de gráficos que ilustram a atividade opsonofagocítica de morte (OPK) de anticorpos biespecíficos (BiS) anti- ClfA/AT. O isolado Newman de S. aureus foi incubado com células HL- 60 humanas, soro humano e diluições em série de anticorpos monoclo- nais originais 11H10 ou moléculas 11H10-BiS (Figura 17A), ou diluições em série de anticorpos monoclonais originais SAR114 ou moléculas SAR114-BiS (Figura 17B). Os gráficos representam os valores médios ± SD de duas experiências independentes. (Ver Exemplo 9)

[0051] A Figura 18 é uma série de gráficos que ilustram a eficácia de anticorpos biespecíficos mAb anti-ClfA/MEDI4893* em um modelo de camundongo de bacteremia. Camundongos Balb/c (n = 10) foram imunizados passivamente IP com SAR114/MEDI4893* BiS2, BiS3 ou uma combinação de SAR114+MEDI4893* nas concentrações indica- das, e infectados IV 24 horas depois com um LD 90 de isolados SF8300 (6e7 cfu) (Figura 18A) ou 3049057 (5e7 cfu) (Figura 18B) de S. aureus. A eficácia protetora para mAbs 11H10/MEDI4893* BiS2, BiS3 ou 11H10+MEDI4893* foi avaliada contra desafio de SF8300 (Figura 18C) ou 30419057 (Figura 18D). A sobrevivência foi monitorada durante 2 semanas. Os resultados foram analisados com um teste de Log Rank (Mantel Cox). A análise estatística versus c-IgG foi considerada estatis- ticamente diferente se p < 0,05 e indicada com um asterisco (*). Os da- dos são representativos de três experiências independentes. (Ver Exemplo 10.)

[0052] A Figura 19 é uma série de gráficos que ilustram que ClfA sequestra BiSAb SAR114/MEDI4893* em um modelo de camundongo com pneumonia letal. Camundongos C57/B6 (n = 10) foram imunizados passivamente IP com BiS2, BiS3, MEDI4893* ou a combinação de mAb SAR114+MEDI4893* nas concentrações indicadas e intranasalmente (IN) infectados 24 horas depois com 1,5e6 cfu de isolados SF8300 (Fi- gura 19A) ou mutante isogênico SF8300 ∆clfA (Figura 19B) de S. au- reus. A sobrevivência foi monitorada por 6 dias. Os resultados foram analisados com um teste de Log Rank (Mantel Cox). A análise estatís- tica versus c-IgG foi considerada estatisticamente diferente se p < 0,05. Os dados são representativos de três experiências independentes. (Ver Exemplo 11.)

[0053] A Figura 20 mostra os níveis de SAR114, SAR114 N3F e SAR114 N3Y em macacos cinomolgos ao longo de um período de 60 dias após a administração de 5 mg/kg dos anticorpos.

[0054] A Figura 21 é um gráfico que ilustra a imunogenicidade das regiões Fc de tipo selvagem e N3Y usando um ensaio de estimulação de PBMC ex vivo.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO

[0055] A presente divulgação fornece anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpos monoclonais e seus fragmentos de ligação ao antígeno) que se ligam à proteína do fator de aglutinação A (ClfA) de Staphylococcus aureus (S. aureus) (e opcional- mente também à proteína alfa toxina (AT) de S. aureus. A presente di- vulgação também fornece composições compreendendo tais anticorpos ou seus fragmentos, bem como métodos de uso de tais anticorpos, seus fragmentos ou composições.

[0056] O termo "anticorpo" significa uma molécula de imunoglobu- lina que reconhece e se liga especificamente a um alvo, tal como uma proteína, polipeptídeo, peptídeo, carboidrato, polinucleotídeo, lipídeo ou combinações dos anteriores através de pelo menos um local de reco- nhecimento do antígeno dentro da região variável da molécula de imu- noglobulina. Como usado aqui, o termo "anticorpo" engloba anticorpos policlonais intatos, anticorpos monoclonais intatos, anticorpos quiméri- cos, anticorpos humanizados, anticorpos humanos, proteínas de fusão compreendendo um anticorpo e qualquer outra molécula de imunoglo- bulina modificada desde que os anticorpos exibam a atividade biológica desejada. Um anticorpo pode ser de qualquer uma das cinco principais classes de imunoglobulinas: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, ou suas subclas- ses (isotipos) (p.ex., IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2), com base na identidade dos seus domínios constantes de cadeia pesada referidos como alfa, delta, épsilon, gama e mu, respectivamente. As diferentes classes de imunoglobulinas têm estruturas de subunidades e configura- ções tridimensionais diferentes e bem conhecidas. Os anticorpos podem ser nus ou conjugados com outras moléculas tais como toxinas, radioi- sótopos, etc.

[0057] O termo “anticorpos monoclonais”, como usado aqui, se re- fere a anticorpos que são produzidos por um clone único de células B e se ligam ao mesmo epitopo. Em contraste, o termo “anticorpos policlo- nais” se refere a uma população de anticorpos que são produzidos por diferentes células B e se ligam a diferentes epitopos do mesmo antí- geno.

[0058] O termo “fragmento de anticorpo” se refere a uma porção de um anticorpo intato. Um "fragmento de ligação ao antígeno", "domínio de ligação ao antígeno" ou "região de ligação ao antígeno", se refere a uma porção de um anticorpo intato que se liga a um antígeno. Um frag- mento de ligação ao antígeno pode conter as regiões determinantes an- tigênicas de um anticorpo intato (por exemplo, as regiões determinantes de complementaridade (CDR)). Exemplos de fragmentos de anticorpos de ligação ao antígeno incluem, mas não estão limitados a, fragmentos Fab, Fab', F(ab')2 e Fv, anticorpos lineares e anticorpos de cadeia sim- ples. Um fragmento de ligação ao antígeno de um anticorpo pode ser derivado de qualquer espécie animal, como roedores (por exemplo, ca- mundongo, rato ou hamster) e seres humanos ou pode ser produzido artificialmente.

[0059] Um anticorpo inteiro consiste tipicamente em quatro polipep- tídeos: duas cópias idênticas de um polipeptídeo de cadeia pesada (H) e duas cópias idênticas de um polipeptídeo de cadeia leve (L). Cada uma das cadeias pesadas contém uma região variável (VH) N-terminal e três regiões constantes (CHI, CH2 e CH3) C-terminais, e cada cadeia leve contém uma região variável (VL) N-terminal e uma região constante (CL) C-terminal. As regiões variáveis de cada par de cadeias leves e pesadas formam o local de ligação ao antígeno de um anticorpo. As regiões VH e VL têm a mesma estrutura geral, com cada região com- preendendo quatro regiões de arcabouço, cujas sequências são relati- vamente conservadas. O termo "região estrutural", tal como aqui utili- zado, se refere às sequências de aminoácidos relativamente conserva-

das dentro da região variável que estão localizadas entre as regiões hi- pervariáveis ou determinantes de complementaridade (CDRs). Existem quatro regiões estruturais em cada domínio variável, que são designa- das FR1, FR2, FR3 e FR4. As regiões estruturais formam as folhas β que fornecem a construção estrutural da região variável (ver, por exem- plo, C.A. Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5ª Ed., Garland Publis- hing, Nova Iorque, NI (2001)). As três CDR, conhecidas como CDR1, CDR2 e CDR3, formam a “região hipervariável” de um anticorpo, que é responsável pela ligação ao antígeno.

[0060] O termo "numeração de Kabat" e termos semelhantes são reconhecidos na técnica e referem-se a um sistema de numeração de resíduos de aminoácidos nas regiões variáveis da cadeia pesada e leve de um anticorpo ou um seu fragmento de ligação ao antígeno. Em certos aspectos, as CDRs podem ser determinados de acordo com o sistema de numeração de Kabat (ver, por exemplo, Kabat EA & Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391 e Kabat EA et al., (1991) “Sequences of Proteins of Immunological Interest”, Quinta Edição, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). Usando o sistema de numeração Kabat, CDRs em uma molécula de cadeia pe- sada do anticorpo estão tipicamente presentes nas posições de amino- ácidos 31 a 35, que podem incluir opcionalmente um ou dois aminoáci- dos adicionais, seguindo 35 (referido no esquema de numeração Kabat como 35A e 35B) (CDR1), posições de aminoácidos 50 a 65 (CDR2) e posições de aminoácidos 95 a 102 (CDR3). Usando o sistema de nu- meração de Kabat, CDRs em uma molécula de cadeia leve de anticorpo estão tipicamente presentes nas posições de aminoácidos 24 a 34 (CDR1), posições de aminoácidos 50 a 56 (CDR2) e posições de ami- noácidos 89 a 97 (CDR3). Em uma modalidade específica, as CDRs dos anticorpos descritos no presente documento foram determinadas de acordo com o esquema de numeração de Kabat.

[0061] Chothia refere-se ao invés à localização de alças estruturais (Chothia e Lesk, J. Mol. Biol. 196: 901-917 (1987)). A extremidade da alça CDR-H1 de Chothia quando numerada usando a convenção de nu- meração de Kabat varia entre H32 e H34 dependendo do comprimento da alça (isto é porque o esquema de numeração de Kabat coloca as inserções em H35A e H35B; se nem 35A nem 35B estiverem presentes, a alça termina em 32; se somente 35A estiver presente, a alça termina em 33; se tanto 35A como 35B estiverem presentes, a alça termina em 34). As regiões hipervariáveis de AbM representam um compromisso entre as CDRs de Kabat e alças estruturais de Chothia e são usadas por software de modelação de anticorpos AbM da Oxford Molecular.

[0062] Em uma modalidade, a composição compreende um pri- meiro anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, um anticorpo monoclonal ou fragmento) que se liga especificamente a uma proteína do fator de aglutinação A (ClfA) de Staphylococcus aureus e um segundo anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo um anticorpo monoclonal ou fragmento) que se liga especifica- mente a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus. Entre as muitas adesinas de superfície de S. aureus, o fator de aglutinação A (ClfA) de- monstrou desempenhar um papel importante em infecções graves da corrente sanguínea (Foster et al., Nat.

Rev.

Microbiol., 12: 49-62 (2014); e Murphy et al., Hum.

Vaccin., 7(Supl): 51-59 (2011)). ClfA se liga ao fibrinogênio e facilita a aderência bacteriana ao fibrinogênio e a agluti- nação bacteriana, sendo que ambos são atributos-chave no desenvol- vimento de uma infecção na corrente sanguínea por S. aureus (Vaudaux et al., Infect.

Immun., 63: 585-590 (1995); McDevitt et al., Mol.

Microbiol., 11: 237-248 (1994); e McDevitt et al., Eur.

J.

Biochem., 247: 416-424 (1997)). ClfA ligado a fibrina ou fibrinogênio em um local de lesão ou revestido em um dispositivo permanente pode facilitar a colonização bacteriana (Foster et al., supra) e aglutinação bacteriana, que se acre- dita aumentar a capacidade de invasão bacteriana (McDevitt et al., Eur.

J.

Biochem., 247: 416-424 (1997); McAdow et al., PLoS Pathog., 7:e1002307 (2011); Flick et al., Blood, 121: 1783-1794 (2013); e Rothfork et al., J.

Immunol., 171: 5389-5395 (2003)). ClfA também foi relatado prejudicar a deposição de complemento necessária para a morte bacteriana opsonofagocítica (OPK) (Hair et al., Infect.

Immun., 78: 1717-1727 (2010)). Consistente com essas observações, os mutantes isogênicos ΔclfA exibiram virulência reduzida em modelos de infecção (McAdow et al., supra; Josefsson et al., PLoS One, 3: e2206 (2008); e Josefsson et al., J Infect.

Dis., 184: 1572-1580 (2001)). Além disso, a imunização passiva com imunoglobulina (Ig) intravenosa (i.v.) enrique- cida com anti-ClfA humano (INH-A21 ou Veronate) ou um anticorpo mo- noclonal (tefibazumab ou Aurexis) melhorou os resultados da doença para pacientes com infecções da corrente sanguínea por S. aureus (Ver- nachio et al., Antimcirob.

Agents Chemother., 47: 3400-3406 (2003); e Vernachio et al., Antimicrob.

Agents Chemother., 50: 511-518 (2006)). No entanto, essas preparações de anticorpos não conseguiram melho- rar os resultados em estudos clínicos de profilaxia ou terapia adjuvante com vancomicina para prevenir ou tratar bacteremia por S. aureus em bebês com extremamente baixo peso ao nascer (DeJonge et al., J. Pe- diatr., 151: 260-265 (2007); Capparelli et al., Antimicrob. Agents Che- mother., 49: 4121-4127 (2005); e Bloom et al., Pediatr. Infect. Dis., 24: 858-866 (2005)). A estrutura e função do ClfA são descritas em deta- lhes, por exemplo, McDevitt et al., Mol. Microbiol., 11: 237-248 (1994)).

[0063] Alfa toxina (AT) é um fator de virulência chave em várias do- enças de S. aureus, incluindo pneumonia, infecções de pele e tecidos moles (SSTI) e bacteremia (Bubeck Wardenburg, J. e O. Schneewind, J. Exp. Med., 205: 287-294 (2008); Inoshima et al., J. Invest. Dermatol., 132: 1513-1516 (2012); e Foletti et al., supra). A imunização passiva com anticorpos monoclonais anti-AT reduziu a gravidade da doença em modelos de pneumonia e dermonecrose (Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58: 1108-1117 (2014); Tkaczyk et al., Clin. Vaccine Immu- nol., 19: 377-385 (2012); e Ragle, B.E. and J. Wardenburg Bubeck, In- fect. Immun., 77: 2712-2718 (2009)), e vacinação com um toxoide de AT contendo uma mutação H35L (ATH35L) protegeu contra a morte em modelos de bacteremia letal e pneumonia em camundongos (Bubeck Wardenburg, supra, Foletti et al., supra, Hua et al., supra, Ragle, supra, Menzies, B.E. e D.S Kernodle, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009); Adhikari et al., PLoS One, 7: e38567 (2012)). A AT contribui para vários aspectos da patogênese de S. aureus durante a bacteremia e sépsis, incluindo a estimulação de uma resposta hiperinflamatória característica da sépsis e a ativação da clivagem mediada por ADAM10 das junções apertadas endoteliais, levando a uma perda na integridade vascular (Po- wers et al., J Infect. Dis., 206: 352-356 (2012); Wilke, G.A. e J. Bubeck Wardenburg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107: 13473-13478 (2010); e Becker et al., J Innate Immun., 6: 619-631 (2014)). A AT também de- monstrou ter como alvo as plaquetas, o que evita a reparação da bar- reira endotelial lesada e promove a disfunção orgânica através da for- mação de agregados de neutrófilos de plaquetas (Powers et al., Cell

Host Microbe, 17: 775-787 (2015)). A estrutura e função da alfa toxina são descritas em detalhe em, por exemplo, Bhakdi, S. e J. Tranum-Jen- sen, Microbiol. Mol. Biol. Rev., 55(4): 733-751 (1991).

[0064] Os anticorpos monoclonais e policlonais que se ligam a ClfA são conhecidos na técnica (ver, por exemplo, Patente US 7,364,738; Hall et al., Infect. Immun., 71(12): 6864-6870 (2003); e Vernachio et al., Antimicrob. Agents Chemother., 47(11): 3400-3406 (2003)) e estão co- mercialmente disponíveis em fontes como, por exemplo, Creative Bio- labs (Shirley, NI). Conforme discutido acima, embora alguns anticorpos monoclonais anti-ClfA (por exemplo, o anticorpo monoclonal 11H10 des- crito em Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)) mostraram eficácia contra infecções por S. aureus em modelos de bacteremia, ve- rificou-se que tais anticorpos exibem afinidade reduzida para ClfA e ini- bição deficiente da ligação de fibrinogênio à sequência fundadora de ClfA (ClfA002) expressa por determinadas cepas de Staphylococcus au- reus resistentes à meticilina (MRSA). Como tal, a presente divulgação fornece um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, um anticorpo monoclonal ou fragmento) que se liga especifi- camente a ClfA com afinidade aumentada em mais de 100 vezes para três variantes de ClfA proeminentes, incluindo ClfA002, e inibição po- tente de aglutinação bacteriana por 112 isolados clínicos diversos. A este respeito, em uma modalidade, o primeiro anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) da composição descrita no presente documento se liga es- pecificamente a ClfA e compreende, consiste essencialmente em, ou consiste em (i) um polipeptídeo de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácidos da região determinante de complementari- dade (CDR) 1 de SEQ ID NO: 1, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 3 e (ii) um polipeptídeo de cadeia leve compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma sequência de amino- ácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 6. Em outra modalidade, o polipeptídeo de cadeia pesada do primeiro anticorpo ou fragmento de ligação ao an- tígeno compreende (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento), consiste essencialmente em ou consiste em uma sequência de amino- ácidos da região variável de SEQ ID NO: 13 e o polipeptídeo de cadeia leve do primeiro anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compre- ende, consiste essencialmente em, ou consiste em, uma sequência de aminoácidos da região variável de SEQ ID NO: 14. Em certos casos, o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) compreende um domínio constante de cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21), MHEACSYHLCQKSLSLS (SEQ ID NO: 23), ou SEQ ID NO:24.

[0065] Os anticorpos monoclonais e policlonais que se ligam a AT também são conhecidos na técnica (ver, por exemplo, Hua et al., Anti- microb. Agents Chemother., 58(2): 1108-1117 (2014); e Oganesyan et al., J. Biol. Chem., 289: 29874-29880 (2014)) e estão comercialmente disponíveis em fontes como, por exemplo, Sigma Aldrich (St. Louis, MO) e AbCam (Cambridge, MA). Em uma modalidade, o segundo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclo- nal ou fragmento) da composição descrita no presente documento se liga especificamente à proteína alfa toxina (AT) de S. aureus e compre- ende, consiste essencialmente em, ou consiste em (i) um polipeptídeo de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácidos da CDR1 de SEQ ID NO: 7, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 8 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 9 e (ii) um polipeptídeo de cadeia leve compreendendo uma se- quência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 10, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 11 e uma sequência de ami- noácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 12. Em outra modalidade, o polipep- tídeo de cadeia pesada do segundo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) compre- ende, consiste essencialmente em ou consiste em uma sequência de aminoácidos da região variável de SEQ ID NO: 15 e/ou o polipeptídeo de cadeia leve do segundo anticorpo monoclonal compreende, consiste essencialmente em, ou consiste em uma sequência de aminoácidos da região variável de SEQ ID NO: 16.

[0066] As sequências de anticorpos anti-ClfA e anti-AT exemplifica- tivas são fornecidas abaixo. Em certos casos, um anticorpo ou seu fra- gmento de ligação ao antígeno descrito no presente documento se liga a ClfA e/ou AT e compreende as seis CDRs de um anticorpo listado nas duas tabelas abaixo (ou seja, as três CDRs da VH do anticorpo listado na primeira tabela e as três CDRs da VL do mesmo anticorpo listado na segunda tabela). O anticorpo anti-AT MEDI4893 é a versão de meia- vida prolongada (YTE) de "LC10" descrito anteriormente nas Publica- ções do Pedido de Patente Internacional WO 2012/109285 e WO 2014/074540 (ambos aqui incorporados por referência em sua totali- dade). MEDI4893* não contém a mutação YTE. Sequências de Aminoácidos da CDR de VH Anticorpo CDR1 da VH CDR2 da VH CDR3 da VH (SEQ ID NO:) (SEQ ID NO:) (SEQ ID NO:)

NSYWS YLYSSGRTNYTPSLKS SAR114 (SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 2) THLGGFHYGGGFWFDP (SEQ ID NO: 3)

SHDMH GIGTAGDTYYPDSVKG DRYSPTGHYYGMDV MEDI4893 e MEDI4893* (SEQ ID NO: 7) (SEQ ID NO: 8) (SEQ ID NO: 9) Sequências de Aminoácidos da CDR de VL CDR1 de VL CDR2 de VL CDR3 de VL Anticorpo (SEQ ID NO:) (SEQ ID NO:) (SEQ ID NO:)

RASQSITSYLN SAR114 ASSSLQS (SEQ ID NO: 5) QESYSTPPT (SEQ ID NO: 6) (SEQ ID NO: 4)

RASQSISSWLA KASSLES KQYADYWT MEDI4893 e MEDI4893* (SEQ ID NO: 10) (SEQ ID NO: 11) (SEQ ID NO: 12)

[0067] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno descrito no presente documento se liga a ClfA e/ou AT e compreende a VH de um anticorpo listado na tabela a seguir, por exem- plo, em combinação com uma VL. Sequências de Aminoácidos de Cadeia Pesada Variável (VH) Anticorpo Sequência de Aminoácidos de VH (SEQ ID NO) QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPS- SAR114 LKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 13) EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYP- MEDI4893 e MEDI4893* DSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO: 15) EVQLVESGGGLVKPGGSLRVSCAASGFSFRNALMSWVRQAPGKGLEWVGRSKTDGG- SAR72 TTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGPGGGPPGDYYYDGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO: 17) EVQLVESGGDLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIRSKTAGG- SAR80 TTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMTSLKIEDTALYYCMTDGLGLLNFGDSDPHHYWGQGTRVTVSS (SEQ ID NO: 30) EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKAXGYXFTSYWIGWVRQVPGKGLEWMGIIYPGDS- SAR113 DTRHSPSFQGQVTISVDKSISTAYLQWSSLKASDSAMYYCARHQSGSHGFDAFEIWGQGTMVTVSS (SEQ ID NO: 32) EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYNFTNYWIAWVRQMPGKGLEWMGIIYSGDS- SAR132 DTRYSPSFLGQVSISVDKSFTTAYLQWRSLKASDTAMYYCARRPGGQKPYDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 34) EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFNNAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSETAGG- SAR352 TTDYAAPVKGRFSISRDDSRNTLYLEMNSLKTEDTAVYYCTTDSYTPLEEPCPNGVCYTYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO: 36) EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIFNRYSMNWVRQAPGKGLEWVSYISSSSSPIY- SAR372 YADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRDEDTAVYYCASRVTLGLEFDFWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 38) QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVGWIRQPPGKALEWLALIEWDDD- SAR510 KYYNTSLKTRLSISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTGTYYCARHSSSSRGFDYWGQGALVTVSS (SEQ ID NO: 40) EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTTYWIAWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDS- SAR547 DTRYSPSFQGQVTISADKSTATAYLQWSSLNASDSAMYYCARQGGSHGYDAFHMWGQGTMVTVSS (SEQ ID NO: 42) EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCTASGFTFSTYALNWVRQAPGKGLEWVAGING- SAS1 TGYNTYYADSVRGRFTISRDNSKNTVTLEMNSLRVEDTATYYCHKVPWWGQGTLVSVSS (SEQ ID NO: 44) QVQLQESGPRLVKPSETLSLTCFVSGGSINNSYWTWIRQPPGQGLEWIGFVFSSGRTNYSPS- SAS19 LKSRVTISVDTSKNLFSLRLTSVTAADTAVYFCARQVHYDFWSGYSLTKTNWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 46) QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCVVSGGSINNSYWTWIRQPPGQGLEWIGFVYSSGRTYYSPS- SAS203 LKSRVTISVDTSKNFFSLRLNSVTAADTAVYFCARQVHYDLWSGYSLTKTNWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 48)

[0068] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno descrito no presente documento se liga a ClfA e/ou AT e compreende a VL de um anticorpo listado na tabela a seguir, por exem- plo, em combinação com uma VH, opcionalmente a VH do mesmo anti- corpo listado na tabela anterior. Sequências de Aminoácidos de Cadeia Leve Variável (VL) Anticorpo Sequência de Aminoácidos de VL (SEQ ID NO) DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSITSYLNWYQQKPGKAPKLLIYASSSLQSGVPS- SAR114 RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQESYSTPPTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 14) DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPS- MEDI4893 e MEDI4893* RFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCKQYADYWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 16) SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAVPKKYAYWYQQKSGQAPVLVIYEDKKRPSGIPER- SAR72 FSGSSSGTMATLTISGAQVEDEADYYCYSTDSSEGVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO: 18) SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKKYAYWYQQKSGQAPVLVIHEDTKRPSGIPER- SAR80 FSGSSSGTMATLTISGAQVEDEADYHCYSTDSSGVVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO: 31) DIVLTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQGVLSRSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRES- SAR113 GVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYNNLRTFGQGTKVEIR (SEQ ID NO: 33) DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQRISNWLAWYQKKPGKAPKLLIYKASTLESEVPS- SAR132 RFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDLATYYCHQYISYYTFGQGTKLEIK (SEQ ID NO: 35) QSVLTQPPSVSAAPGEKVTISCSGSSSNIGANSVSWYQQFPGTAPKLLIYDNDKRPSGVP- SAR352 DRFSGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYCGTWVGILSAGWVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO: 37) EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIP- SAR372 DRFSGSGSGTDFTLTISSLKPEDFAVYYCQLRSNWAYTFGQGTKLEIK (SEQ ID NO: 39)

SYGLTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALAKQYVYWYQQKPGQAPVLVIDKDRERPSGIPER- SAR510 FSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSRTYVFGTGTKVTVL (SEQ ID NO: 41) DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYKVSN- SAR547 RDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHLTWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 43) DIVLTQSPESLAVSLGERATISCKSSQSLFFKSNNKNYLAWYQQKPGQPPKVIIYWASTRES- SAS1 GVPARFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYFCHQYYSTQYSFGQGTKLEIK (SEQ ID NO: 45) DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRTSQSISNFLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS- SAS19 RVNGSTSGTEFTLTLSSLQPEDFATYYCQQSYSTPWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 47) DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRTSQSISNFLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS- SAS203 RFNGSTSGTDFTLTLSSLQPEDFATYYCQQSYSTPWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 49)

[0069] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno descrito no presente documento se liga a ClfA e/ou AT e compreende a cadeia pesada de um anticorpo listado na tabela a seguir, por exemplo, em combinação com uma cadeia leve. Sequências de aminoácidos de cadeia pesada de comprimento total Anticorpo Sequência de Aminoácidos de Cadeia Pesada de Comprimento Total (SEQ ID NO) QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPS-

LKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALG CLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHK- SAR114 PSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPRE EQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPS-

REEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSL SLSPGK (SEQ ID NO: 25) QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPS-

LKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALG CLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHK- N3 SAR114 PSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPRE EQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPS-

REEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEACSWHLCQKSL SLSPGK (SEQ ID NO: 52) QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPS-

LKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALG CLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHK- N3Y SAR114 PSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPRE EQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPS-

REEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEACSYHLCQKSL SLSPGK (SEQ ID NO: 50) EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYP-

DSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAAL GCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICN- MEDI4893 VNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLYITREPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTK PREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTL-

PPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQ KSLSLSPGK (SEQ ID NO: 27) EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYP-

DSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAAL GCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICN- MEDI4893* VNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKT KPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTL-

PPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQ KSLSLSPGK (SEQ ID NO: 51)

[0070] Em certos casos, um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno descrito no presente documento se liga a ClfA e/ou AT e compreende a cadeia leve de um anticorpo listado na tabela a seguir, por exemplo, em combinação com uma cadeia pesada, opcionalmente a cadeia pesada do mesmo anticorpo listado na tabela anterior. Sequências de aminoácidos de cadeia leve de comprimento total Anticorpo Sequência de Aminoácidos de Cadeia Leve de Comprimento Total (SEQ ID NO) DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSITSYLNWYQQKPGKAPKLLIYASSSLQSGVPS- SAR114 RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQESYSTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAK VQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 26) DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPS- MEDI4893 e MEDI4893* RFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCKQYADYWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKV QWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE (SEQ ID NO: 28)

[0071] Em certos aspectos, as CDRs de um anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno podem ser determinadas de acordo com o esquema de numeração de Chothia, que se refere à localização de alças estruturais de imunoglobulina (ver, por exemplo, Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917; Al-Lazikani B et al., (1997) J Mol Biol 273: 927-948; Chothia C et al., (1992) J Mol Biol 227: 799-817; Tra- montano A et al., (1990) J Mol Biol 215 (1): 175-82; e Patente dos E.U.A. No. 7,709,226). Tipicamente, quando se usa a convenção de numera- ção de Kabat, a alça CDR-H1 de Chothia está presente nos aminoáci- dos de cadeia pesada 26 a 32, 33 ou 34, a alça CDR-H2 de Chothia está presente nos aminoácidos de cadeia pesada 52 a 56 e a alça CDR- H3 de Chothia está presente nos aminoácidos de cadeia pesada 95 a 102, enquanto a alça CDR-L1 de Chothia está presente nos aminoáci- dos de cadeia leve 24 a 34, a alça CDR-L2 de Chothia está presente nos aminoácidos de cadeia leve 50 a 56 e a alça CDR-L3 de Chothia está presente nos aminoácidos de cadeia leve 89 a 97. A extremidade da alça CDR-H1 de Chothia quando numerada usando a convenção de numeração de Kabat varia entre H32 e H34 dependendo do compri- mento da alça (isto é porque o esquema de numeração de Kabat coloca as inserções em H35A e H35B; se nem 35A nem 35B estiverem presen- tes, a alça termina em 32; se somente 35A estiver presente, a alça ter- mina em 33; se tanto 35A como 35B estiverem presentes, a alça termina em 34).

[0072] Em certos aspectos, são fornecidos no presente documento anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antígeno que compreendem as CDRs de VH e VL de Chothia dos anticorpos SAR114 e/ou MEDI4893*. Em certas modalidades, os anticorpos ou seus fragmentos de ligação ao antígeno compreendem uma ou mais CDRs, nas quais as CDRs de Chothia e Kabat têm a mesma sequência de aminoácidos. Em certas modalidades, são proporcionados aqui anticorpos e seus frag- mentos de ligação ao antígeno compreendendo combinações de CDRs de Kabat e CDRs de Chothia.

[0073] Em certos aspectos, as CDRs de um anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno podem ser determinadas de acordo com o sistema de numeração de IMGT como descrito em Lefranc M-P, (1999) The Immunologist 7: 132-136 e Lefranc M-P et al., (1999) Nucleic Acids Res 27: 209-212. De acordo com o esquema de numeração de IMGT, VH-CDR1 está nas posições 26 a 35, VH-CDR2 está nas posi- ções 51 a 57, VH-CDR3 está nas posições 93 a 102, VL-CDR1 está nas posições 27 a 32, VL-CDR2 está nas posições 50 a 52 e VL-CDR3 está nas posições 89 a 97. Em uma modalidade particular, são fornecidos no presente documento anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antí- geno que compreendem as CDRs de VH e VL de IMGT dos anticorpos SAR114 e/ou MEDI4893*, por exemplo, conforme descrito em Lefranc M-P (1999) supra e Lefranc M-P et al., (1999) supra).

[0074] Em certos aspectos, as CDRs de um anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno podem ser determinadas de acordo com MacCallum RM et al., (1996) J Mol Biol 262: 732-745. Ver também, por exemplo, Martin A. "Protein Sequence and Structure Analysis of Anti- body Variable Domains," em Antibody Engineering, Kontermann e Dübel, eds., Capítulo 31, pp. 422-439, Springer-Verlag, Berlim (2001). Em uma modalidade particular, são fornecidos no presente documento anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antígeno que compreendem as CDRs de VH e VL dos anticorpos SAR114 e/ou MEDI4893* determi- nados pelo método em MacCallum RM et al.

[0075] Em certos aspectos, as CDRs de um anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno podem ser determinadas de acordo com o esquema de numeração de IMGT, que refere regiões hipervariáveis de AbM que representam um compromisso entre as CDRs de Kabat e alças estruturais de Chothia e são usadas pelo software de modelação de anticorpos AbM da Oxford Molecular (Oxford Molecular Group, Inc.). Em uma modalidade particular, são fornecidos aqui anticorpos ou frag- mentos de ligação ao antígeno que compreendem CDRs de VH e VL dos anticorpos SAR114 e/ou MEDI4893*, conforme determinado pelo esquema de numeração AbM.

[0076] Em outra modalidade, o anticorpo ou seu fragmento de liga- ção ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) aqui descrito pode compreender uma região constante (Fc) de qualquer classe adequada (IgG, IgA, IgD, IgM e IgE) que foi modificada de modo a melhorar as funções efetoras (por exemplo, morte bacteriana opsono- fagocítica (OPK)) ou a meia-vida do primeiro e/ou segundo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) presente na composição. Por exemplo, o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclo- nal ou fragmento) aqui descrito pode compreender uma Fc que compre- ende uma mutação que prolonga a meia-vida em relação ao mesmo anticorpo sem a mutação, e em que a mutação não inibe atividade de OPK relativa ao mesmo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno da mutação. A manipulação da região Fc é amplamente usada na téc- nica para prolongar a meia-vida de anticorpos terapêuticos e proteger da degradação in vivo. Em algumas modalidades, a região Fc de um anticorpo IgG ou fragmento de ligação ao antígeno pode ser modificada de modo a aumentar a afinidade da molécula de IgG para o receptor Fc neonatal (FcRn), que medeia o catabolismo de IgG e protege as molé- culas de IgG da degradação. A região Fc de qualquer um dos anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpos mono- clonais ou fragmentos) descritos no presente documento pode compre- ender uma ou mais substituições ou modificações de aminoácidos que melhoram ou prolongam a meia-vida do anticorpo ou função efetora, tal como aumentando o afinidade de uma molécula de IgG para o FcRn.

Substituições ou modificações adequadas de aminoácidos da região Fc são conhecidas na técnica e incluem, por exemplo, a substituição tripla M252Y/S254T/T256E (referida como "YTE") (ver, por exemplo, Patente US 7,658,921; Publicação de Pedido de Patente US 2014/0302058; e Yu et al., Antimicrob.

Agents Chemother., 61(1): e01020-16 (2017)). Em outra modalidade, a região Fc pode ser derivada da variante N3E-YTE de Fc de ligação a FcRn de alta afinidade (ver, por exemplo, Borrok et al., J.

Biol.

Chem., 290(7): 4282-4290 (2015)), que compreende a muta- ção YTE em resíduos de CH2 e cisteína nas posições 432 e 437. Por exemplo, a variante N3E-YTE pode não ter a mutação YTE (referida como "N3E") ou pode ser substituída no resíduo 432 de Fc (usando a numeração de Kabat) com, por exemplo, a sequência CSWHLC (refe- rida como "N3"; SEQ ID NO:19), CSFHLC (referido como "N3F"; SEQ ID NO:20), ou CSYHLC (referido como "N3Y"; SEQ ID NO:21). As vari- antes de Fc N3, N3F e N3Y, em particular, exibem propriedades farma- cocinéticas (PK) melhoradas (por exemplo, persistência no soro) e fun- ções efetoras (por exemplo, morte bacteriana opsonofagocítica (OPK)) em comparação com as variantes YTE.

Sequências de variantes Fc exemplificativas são fornecidas abaixo.

Variante Fc Sequência (SEQ ID NO) N3 CSWHLC (SEQ ID NO:19) (também referida como N3W) N3F CSFHLC (SEQ ID NO:20) N3Y CSYHLC (SEQ ID NO:21) CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVD- Fc de N3 começando da char- GVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTK neira NQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGN- VFSCSVMHEACSWHLCQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 29) CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVD- Fc de N3Y começando da char- GVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTK neira NQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGN- VFSCSVMHEACSYHLCQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 24)

[0077] A presente divulgação fornece anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antígeno que se ligam a ClfA (por exemplo, anticorpos e fragmentos de ligação ao antígeno compreendendo as sequências de CDR, VH e/ou VL, pesadas e ou leves, ou variantes Fc listadas nas ta- belas acima) e têm IC50 para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 em um ensaio de inibição de ligação de fibrinogênio que estão a 2 μg/mL entre si. Por exemplo, os IC50 do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 podem estar todos entre 1 μg/mL e 5 μg/mL. As afinidades de ligação (KD) do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 podem estar todas entre 200 e 350 pM.

[0078] A presente divulgação fornece anticorpos e seus fragmentos de ligação ao antígeno que se ligam a ClfA (por exemplo, anticorpos e fragmentos de ligação ao antígeno compreendendo as sequências de CDR, VH e/ou VL, pesadas e ou leves, ou variantes Fc listadas nas ta- belas acima) e têm uma pureza monomérica que diminui em não mais do que 5% após a exposição à luz branca convencional a 2kLux/h a 23 °C durante 14 dias.

[0079] A presente divulgação não está limitada a uma composição compreendendo o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno e o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antígeno descrito acima. De fato, a presente divulgação também fornece separadamente um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, um anticorpo monoclonal ou fragmento) compreendendo: (a) um polipeptídeo de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma sequência de amino- ácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 3 e (b) um polipeptídeo de cadeia leve compre- endendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 4,

uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma se- quência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 6.

[0080] A divulgação também fornece um anticorpo biespecífico ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga (por exemplo, simultane- amente) a ClfA e AT. O termo "anticorpo monoclonal biespecífico" (tam- bém referido como um anticorpo monoclonal "duplamente específico") se refere a um anticorpo monoclonal que compreende dois domínios de reconhecimento de antígeno diferentes e, portanto, pode ligar simulta- neamente dois epitopos diferentes. Os anticorpos monoclonais que re- conhecem e se ligam a mais de dois epitopos diferentes são referidos na técnica como "anticorpos monoclonais multiespecíficos". Os primei- ros anticorpos biespecíficos foram gerados por hibridação somática de duas células secretoras de anticorpos, mas produziram baixos rendi- mentos devido à montagem aleatória das cadeias pesadas e leves ori- ginais (Milstein, C. e A.C. Cuello, Immunol. Today, 5: 299-304 (1984)). A descoberta de fragmentos variáveis de cadeia única (scFvs) e avan- ços na manipulação de anticorpos resultaram em novas metodologias para o desenvolvimento de anticorpos biespecíficos (Orcutt et al., Pro- tein Eng. Des. Sel., 23: 221-228 (2010); e Coloma, M.J. e S.L. Morrison, Nat. Biotechnol., 15: 159-163 (1997)). Existem agora pelo menos 50 for- matos de anticorpos biespecíficos diferentes com base nos números de scFv e posições de fusão na estrutura de IgG (Kontermann, R.E., MAbs, 4: 182-197 (2012)). Os anticorpos biespecíficos e multiespecíficos po- dem ser fabricados em vários formatos estruturais diferentes, incluindo, mas não se limitando a, scFv em tandem, diacorpos, diacorpos em tan- dem, anticorpos de domínio variável duplos e heterodimerização usando um motivo como o domínio CH1/Ck ou o motivo Dock e Lock (ver, por exemplo, Chames, P. and D. Baty, Curr. Opin. Drug. Discov. Devel., 12: 276-283 (2009)). Em uma modalidade, a divulgação proporciona um an-

ticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (por exemplo, um anti- corpo monoclonal ou fragmento) que se liga especificamente a uma pro- teína ClfA de Staphylococcus aureus e uma proteína alfa toxina (AT) de Staphylococcus aureus (isto é, um anticorpo biespecífico), que compre- ende: (a) um primeiro polipeptídeo de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma se- quência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 3, (b) um primeiro polipeptídeo de cadeia leve compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 6, (c) um segundo polipeptídeo de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 7, uma se- quência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 8 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 9 e (d) um segundo polipep- tídeo de cadeia leve compreendendo uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 10, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 11 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 12. Em outra modalidade, o primeiro polipeptídeo de cadeia pe- sada e o primeiro polipeptídeo de cadeia leve do anticorpo biespecífico ou fragmento de ligação ao antígeno acima mencionado (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento) compreende sequências de amino- ácidos da região variável de SEQ ID NO: 13 e SEQ ID NO: 14, respec- tivamente, e o segundo polipeptídeo de cadeia pesada e o segundo po- lipeptídeo de cadeia leve do anticorpo biespecífico ou fragmento de li- gação ao antígeno acima mencionado (por exemplo, anticorpo mono- clonal ou fragmento) compreende sequências de aminoácidos da região variável de SEQ ID NO: 15 e SEQ ID NO: 16, respectivamente.

Tais anticorpos biespecíficos (opcionalmente monoclonais) (anticorpos com- preendendo sequências SAR114 e MEDI4893 ou MEDI4893*) podem ter atividade de neutralização de AT diminuída em comparação com a atividade de neutralização de AT de MEDI4893 ou MEDI4893* por exemplo, como resultado da forte ligação de SAR114 a ClfA. Isto está em contraste com outros anticorpos biespecíficos (opcionalmente mo- noclonais) que se ligam a proteínas ClfA e AT de Staphylococcus aureus (por exemplo, anticorpos compreendendo sequências 11H10 e MEDI4893 ou MEDI4893*) que não têm atividade de neutralização de AT significativamente diminuída em comparação com a atividade de neutralização de AT de MEDI4893 ou MEDI4893*. Métodos para gerar anticorpos biespecíficos ou multiespecíficos (opcionalmente monoclo- nais) são conhecidos na técnica e descritos em, por exemplo, Holliger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90(14): 6444-6448 (1993); Brinkmann, U. e R.E. Kontermann, MAbs, 9(2): 182-212 (2017); e Segal, D. M. e Bast, B. J. 2001. “Production of Bispecific Antibodies.” Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1–2.13.16)

[0081] O anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno (por exem- plo, anticorpo monoclonal ou fragmento) descrito no presente docu- mento pode ser, ou pode ser obtido, de um anticorpo humano, um anti- corpo humanizado, um anticorpo não humano ou um anticorpo quimé- rico. Um anticorpo "quimérico" se refere a um anticorpo ou seu frag- mento compreendendo regiões humanas e não humanas. Um anticorpo "humanizado" é um anticorpo que compreende uma estrutura de anti- corpo humano e pelo menos uma CDR obtida ou derivada de um anti- corpo não humano. Os anticorpos não humanos incluem anticorpos iso- lados de qualquer animal não humano, como, por exemplo, um roedor (por exemplo, um camundongo ou rato). Um anticorpo humanizado pode compreender, uma, duas ou três CDRs obtidas ou derivadas de um anticorpo não humano. Um anticorpo totalmente humano não con- tém quaisquer resíduos de aminoácidos obtidos ou derivados de um ani-

mal não humano. Será apreciado que os anticorpos totalmente huma- nos e humanizados carregam um risco menor de induzir respostas imu- nes em humanos do que os anticorpos de camundongo ou quiméricos (ver, por exemplo, Harding et al., mAbs, 2(3): 256-26 (2010)). Em uma modalidade, o anticorpo descrito no presente documento, ou seu frag- mento de ligação ao antígeno, é um anticorpo totalmente humano.

[0082] Um anticorpo humano, um anticorpo não humano, um anti- corpo quimérico ou um anticorpo humanizado pode ser obtido por qual- quer meio, incluindo através de fontes in vitro (por exemplo, um hibri- doma ou uma linha celular que produz um anticorpo de forma recombi- nante) e fontes in vivo (por exemplo, roedores, amígdalas humanas). Métodos para gerar anticorpos são conhecidos na técnica e são descri- tos em, por exemplo, Köhler e Milstein, Eur. J. Immunol., 5: 511-519 (1976); Harlow e Lane (eds.), Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press (1988); e Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5ª Ed., Garland Publishing, Nova Iorque, N.I. (2001)). Em certas modalidades, um anti- corpo humano ou um anticorpo quimérico pode ser gerado usando um animal transgênico (por exemplo, um camundongo) em que um ou mais genes de imunoglobulina endógena são substituídos por um ou mais genes de imunoglobulina humana. Exemplos de camundongos transgê- nicos em que genes de anticorpos endógenos são efetivamente substi- tuídos por genes de anticorpos humanos incluem, mas não estão limita- dos a, o Medarex HUMAB-MOUSE™, o Kirin TC MOUSE™, e o Kyowa Kirin KM-MOUSE™ (ver, por exemplo, Lonberg, Nat. Biotechnol., 23(9): 1117-25 (2005), e Lonberg, Handb. Exp. Pharmacol., 181: 69-97 (2008)). Um anticorpo humanizado pode ser gerado usando qualquer método adequado conhecido na técnica (ver, por exemplo, An, Z. (ed.), Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, N.J. (2009)), incluindo, por exemplo, enxerto de CDRs não humanas em uma estrutura de anticorpo humano (ver, por exemplo, Kashmiri et al., Methods, 36(1): 25-34 (2005); e Hou et al., J. Biochem., 144(1): 115-120 (2008)). Em uma modalidade, um anticorpo humanizado pode ser produzido usando os métodos descritos, por exemplo, na Publicação do Pedido de Patente US 2011/0287485 A1.

[0083] A divulgação também fornece uma ou mais sequências de ácido nucleico isoladas que codificam o anticorpo de ligação a ClfA, o anticorpo de ligação a AT ou o anticorpo que se liga a ClfA e AT como descrito no presente documento, ou um seu fragmento de ligação ao antígeno (opcionalmente, em que o anticorpo ou fragmento é monoclo- nal). O termo "sequência de ácido nucleico" pretende abranger um polí- mero de DNA ou RNA, isto é, um polinucleotídeo, que pode ser de fita simples ou fita dupla e que pode conter nucleotídeos não naturais ou alterados. Os termos "ácido nucleico" e "polinucleotídeo", conforme usa- dos no presente documento, se referem a uma forma polimérica de nu- cleotídeos de qualquer comprimento, ribonucleotídeos (RNA) ou deso- xirribonucleotídeos (DNA). Estes termos se referem à estrutura primária da molécula e, portanto, incluem DNA de fita dupla e simples e RNA de fita dupla e simples. Os termos incluem, como equivalentes, análogos de RNA ou DNA feitos de análogos de nucleotídeos e polinucleotídeos modificados, tais como, embora não se limitando a, polinucleotídeos metilados e/ou com cap. Os ácidos nucleicos são tipicamente ligados por meio de ligações de fosfato para formar sequências de ácido nu- cleico ou polinucleotídeos, embora muitas outras ligações sejam conhe- cidas na técnica (por exemplo, fosforotioatos, boranofosfatos e seme- lhantes).

[0084] A divulgação fornece adicionalmente um ou mais vetores compreendendo uma ou mais sequências de ácido nucleico que codifi- cam o anticorpo de ligação a ClfA, o anticorpo de ligação a AT ou o anticorpo que se liga a ClfA e AT como descrito no presente documento, ou um seu fragmento de ligação ao antígeno (opcionalmente, em que o anticorpo ou fragmento é monoclonal). O vetor pode ser, por exemplo, um plasmídeo, epissoma, cosmídeo, vetor viral (por exemplo, retroviral ou adenoviral) ou fago. Vetores adequados e métodos de preparação de vetores são bem conhecidos na técnica (ver, por exemplo, Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 3ª edição, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.I. (2001), e Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associates and John Wiley & Sons, Nova Iorque, N.I. (1994)).

[0085] Além da sequência de ácido nucleico que codifica o anti- corpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação a antígeno, ou o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga a ClfA e AT como aqui descrito (opcionalmente em que o anticorpo ou fragmento é monoclo- nal), o vetor desejavelmente compreende sequências de controle de ex- pressão, tais como promotores, potenciadores, sinais de poliadenilação, terminadores de transcrição, locais de entrada de ribossomo interno (IRES) e semelhantes, que fornecem a expressão da sequência de co- dificação em uma célula hospedeira. Sequências de controle da expres- são exemplificativas são conhecidas na técnica e descritas em, por exemplo, Goeddel, Gene Expression Technology: Methods in Enzymo- logy, Vol. 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990).

[0086] O(s) vetor(es) compreendendo o(s) ácido(s) nucleico(s) que codificam a(s) sequência(s) de aminoácidos dos anticorpos ou fragmen- tos de ligação ao antígeno aqui descritos (por exemplo, uma sequência de aminoácidos que codifica a cadeia pesada e/ou a cadeia leve de um anticorpo de ligação ClfA) (opcionalmente, um anticorpo monoclonal ou fragmento) pode ser introduzido em uma célula hospedeira que é capaz de expressar os polipeptídeos codificados desse modo, incluindo qual- quer célula procariótica ou eucariótica adequada. Como tal, a presente divulgação fornece uma célula isolada compreendendo o vetor.

As cé- lulas hospedeiras que podem ser usadas incluem aquelas que podem ser facilmente e de forma eficaz cultivadas, têm taxas de crescimento razoavelmente rápidas, têm sistemas de expressão bem caracterizados e podem ser transformadas ou transfectadas de forma fácil e eficiente.

Exemplos de células procarióticas adequadas incluem, mas não estão limitados a, células do gênero Bacillus (como Bacillus subtilis e Bacillus brevis), Escherichia (como E. coli), Pseudomonas, Streptomyces, Sal- monella e Erwinia.

Células procarióticas particularmente úteis incluem as várias cepas de Escherichia coli (por exemplo, K12, HB101 (ATCC No. 33694), DH5a, DH10, MC1061 (ATCC No. 53338) e CC102). As células eucarióticas adequadas são conhecidas na técnica e incluem, por exemplo, células de levedura, células de inseto e células de mamí- fero.

Em uma modalidade, o vetor é expresso em células de mamíferos.

Várias células hospedeiras de mamíferos adequadas são conhecidas na técnica e muitas estão disponíveis na American Type Culture Collec- tion (ATCC, Manassas, VA). Exemplos de células de mamífero adequa- das incluem, mas não estão limitados a, células de ovário de hamster chinês (CHO) (ATCC No.

CCL61), células CHO DHFR (Urlaub et al, Proc.

Natl.

Acad.

Sci.

USA, 97: 4216-4220 (1980)), células de rim em- brionário humano (HEK) 293 ou 293T (ATCC No.

CRL1573) e células 3T3 (ATCC No.

CCL92). Outras linhas de células de mamíferos adequa- das são as linhas de células COS-1 de macaco (ATCC No.

CRL1650) e COS-7 (ATCC No.

CRL1651), bem como a linha de células CV-1 (ATCC No.

CCL70). A célula de mamífero desejavelmente é uma célula hu- mana.

Por exemplo, a célula de mamífero pode ser uma linha celular humana linfoide ou derivada de linfoide, tal como uma linha celular de origem em linfócitos pré-B, uma linha celular PER.C6® (Crucell Holland BV, Holanda) ou células de rim embrionário humano (HEK) 293 ou 293T (ATCC No.

CRL1573).

[0087] Uma sequência de ácido nucleico que codifica aminoácidos de qualquer um dos anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno (opcionalmente anticorpos monoclonais ou fragmentos) descritos no presente documento pode ser introduzida em uma célula por "transfec- ção", "transformação" ou "transdução". "Transfecção", "transformação" ou "transdução", como usado no presente documento, se refere à intro- dução de um ou mais polinucleotídeos exógenos em uma célula hospe- deira usando métodos físicos ou químicos. Muitas técnicas de transfec- ção são conhecidas na técnica e incluem, por exemplo, coprecipitação de DNA de fosfato de cálcio (ver, por exemplo, Murray E.J. (ed.), Me- thods in Molecular Biology, Vol. 7, Gene Transfer and Expression Pro- tocols, Humana Press (1991)); DEAE-dextrano; eletroporação; transfec- ção catiônica mediada por lipossomos; bombardeamento de micropartí- culas facilitado por partículas de tungstênio (Johnston, Nature, 346: 776- 777 (1990)); e coprecipitação de DNA de fosfato de estrôncio (Brash et al, Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)). Os vetores fágicos ou virais podem ser introduzidos em células hospedeiras, após o crescimento de partículas infecciosas em células de empacotamento adequadas, mui- tas das quais estão disponíveis comercialmente.

[0088] A presente divulgação fornece uma composição compreen- dendo uma quantidade eficaz de qualquer um ou combinação dos anti- corpos ou seus fragmentos de ligação ao antígeno descritos no presente documento e um transportador farmaceuticamente aceitável. Em uma modalidade, por exemplo, a composição pode compreender um primeiro anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno (opcionalmente mo- noclonal) que se liga especificamente à proteína ClfA de S. aureus, con- forme descrito acima, e um segundo anticorpo ou seu fragmento de li- gação ao antígeno (opcionalmente monoclonal) que se liga especifica- mente à proteína AT de S. aureus, como descrito acima, e um transpor- tador farmaceuticamente aceitável. Alternativamente, a composição pode compreender um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antí- geno que se liga especificamente à proteína ClfA de S. aureus, ou um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especifi- camente à proteína AT de S. aureus e um transportador farmaceutica- mente aceitável. Em ainda outra modalidade, a composição pode com- preender as sequências de ácido nucleico que codificam o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de liga- ção a AT ou fragmento de ligação ao antígeno e/ou o anticorpo biespe- cífico anti-ClfA/AT ou fragmento de ligação ao antígeno, ou um ou mais vetores compreendendo tais sequências de ácido nucleico. Em uma mo- dalidade, a composição é uma composição farmaceuticamente aceitá- vel (por exemplo, fisiologicamente aceitável), que compreende um transportador, tal como um transportador farmaceuticamente aceitável (por exemplo, fisiologicamente aceitável) e o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT ou fragmento de ligação ao antígeno, sequência(s) de ácido nucleico ou vetor(es). Qualquer transportador adequado pode ser usado no con- texto da divulgação e tais transportadores são bem conhecidos na téc- nica. A escolha de transportador será determinada, em parte, pelo local particular ao qual a composição pode ser administrada e pelo método particular usado para administrar a composição. A composição pode op- cionalmente ser estéril. A composição pode ser congelada ou liofilizada para armazenamento e reconstituída em um transportador estéril ade- quado antes do uso. As composições podem ser geradas de acordo com técnicas convencionais descritas em, por exemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21ª Edição, Lippincott Williams & Wilkins, Filadélfia, PA (2001).

[0089] A composição compreende desejavelmente o anticorpo de ligação a ClfA e/ou o anticorpo de ligação a AT e/ou o anticorpo biespe- cífico anti-ClfA/AT ou seus fragmentos de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpo monoclonal ou fragmento), em uma quantidade que é eficaz para tratar ou prevenir uma infecção por S. aureus.

Assim, a divulgação fornece um método de tratamento ou prevenção de uma in- fecção por Staphylococcus aureus (S. aureus) em um indivíduo (por exemplo, um ser humano), que compreende a administração da com- posição compreendendo qualquer um ou combinação dos anticorpos ou seus fragmentos de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpos mo- noclonais ou fragmentos) descritos no presente documento a um indiví- duo com necessidade dos mesmos, após o que a infecção por S. aureus é tratada ou prevenida no indivíduo.

A divulgação também fornece o uso do anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antígeno e/ou o anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT ou fragmento de ligação ao antígeno aqui descrito, ou a composição compreendendo qualquer um ou combi- nação dos anticorpos ou seus fragmentos aqui descritos, na fabricação de um medicamento para tratar ou prevenir uma infecção por S. aureus.

Conforme discutido no presente documento, o Staphylococcus aureus é um importante patógeno humano que causa uma ampla gama de in- fecções clínicas.

S. aureus é uma das principais causas de bacteremia e endocardite infecciosa, bem como infecções osteoarticulares, de pele e tecidos moles, pleuropulmonares e relacionadas a dispositivos.

Apro- ximadamente 30% da população humana é colonizada com S. aureus (Wertheim et al., Lancet Infect.

Dis., 5: 751-762 (2005)). Os sintomas de infecções cutâneas por S. aureus incluem, por exemplo, furúnculos, ce- lulite e impetigo.

S. aureus também pode causar intoxicação alimentar, envenenamento do sangue (também conhecido como bacteremia), sín- drome do choque tóxico e artrite séptica.

A epidemiologia, fisiopatologia e manifestações clínicas de infecções por S. aureus são descritas em detalhes em, por exemplo, Tong et al., Clin. Microbiol. Rev., 28(3): 603- 661 (2015), e os genomas de várias cepas diferentes de S. aureus foram sequenciados (ver, por exemplo, Nos. de acesso do GenBank/EMBL BX571856, BX571857, BX571858, FN433596, FN433597, FN433598, HE681097, FR821777, FR821778, FR821778 e FR821780). Conforme discutido no presente documento, o indivíduo (por exemplo, indivíduo humano) pode ter diabetes.

[0090] Como usados aqui, os termos “tratamento”, “tratando”, e si- milares, se referem à obtenção de um efeito farmacológico e/ou fisioló- gico desejado. Em uma modalidade, o efeito é terapêutico, isto é, o efeito cura parcialmente ou completamente uma doença e/ou sintoma adverso atribuível à doença. Para este fim, o método divulgado compre- ende a administração de uma "quantidade terapeuticamente eficaz" do anticorpo de ligação a ClfA, o anticorpo de ligação a AT e/ou o anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, ou a composição compreendendo qualquer um ou combinação dos an- ticorpos ou fragmentos acima mencionados (incluindo anticorpos mono- clonais ou fragmentos). Uma "quantidade terapeuticamente eficaz" se refere a uma quantidade eficaz, nas dosagens e durante os períodos de tempo necessários, para alcançar um resultado terapêutico desejado. A quantidade terapeuticamente eficaz pode variar de acordo com fatores tais como o estado de doença, idade, sexo e peso do indivíduo e a ca- pacidade do anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno de provocar uma resposta desejada no indivíduo. Por exemplo, uma quantidade te- rapeuticamente eficaz de um anticorpo de ligação a ClfA ou seu frag- mento de ligação ao antígeno, um anticorpo de ligação a AT ou seu fragmento de ligação ao antígeno, ou um anticorpo biespecífico ClfA/AT ou seu fragmento de ligação ao antígeno é uma quantidade que inibe a sépsis associada a S. aureus, inibe a aglutinação de S. aureus, inibe a formação de lesão tromboembólica, neutraliza a toxina alfa, induz a op- sonofagocitose, inibe a ligação de fibrinogênio de S. aureus, inibe a aglutinação de S. aureus ou qualquer combinação dos anteriores, em um ser humano.

[0091] Alternativamente, o efeito farmacológico e/ou fisiológico pode ser profilático, isto é, o efeito previne completamente ou parcial- mente uma doença ou seu sintoma. A este respeito, o método divulgado compreende a administração de uma "quantidade profilaticamente efi- caz" do anticorpo de ligação a ClfA, o anticorpo de ligação a AT e/ou o anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno (incluindo anticorpos monoclonais ou fragmentos). Uma "quan- tidade profilaticamente eficaz" se refere a uma quantidade eficaz, em dosagens e durante períodos de tempo necessários, para se alcançar um resultado profilático desejado (por exemplo, prevenção da infecção por S. aureus ou início da doença).

[0092] A eficácia terapêutica ou profilática pode ser monitorizada por avaliação periódica de pacientes tratados. Para administrações re- petidas durante vários dias ou mais, dependendo da condição, o trata- mento pode ser repetido até que ocorra a supressão desejada dos sin- tomas da doença. No entanto, outros regimes de dosagem podem ser úteis e estão dentro do escopo da presente divulgação. A dosagem de- sejada pode ser entregue por uma única administração em bolus da composição, por múltiplas administrações em bolus da composição ou por administração por infusão contínua da composição.

[0093] O método de tratamento ou prevenção de uma infecção por S. aureus pode compreender a administração do anticorpo de ligação a ClfA aqui descrito, a ligação a AT aqui descrita, os anticorpos de ligação a ClfA e ligação a AT aqui descritos, ou o anticorpo biespecífico ClfA- AT aqui descrito, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno. Em mo- dalidades onde os anticorpos ou fragmentos de ligação a ClfA e ligação a AT (por exemplo, anticorpos monoclonais ou fragmentos) são admi- nistrados a um indivíduo, cada anticorpo ou fragmento pode estar pre- sente na mesma composição ou em composições separadas. Quando composições separadas são administradas ao indivíduo, cada uma das composições pode ser administrada simultaneamente ou sequencial- mente em qualquer ordem.

[0094] A(s) composição(ões) compreendendo uma quantidade efi- caz de qualquer um ou combinação dos anticorpos aqui descritos, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno, a(s) sequência(s) de ácido nu- cleico que codifica(m) qualquer um dos anteriores, ou o vetor compre- endendo a sequência de ácido nucleico pode ser administrado a um in- divíduo, como um ser humano, usando técnicas de administração pa- drão, incluindo vias de administração intravenosa, intraperitoneal, sub- cutânea e intramuscular. A composição pode ser adequada para admi- nistração parenteral. O termo "parenteral", como aqui usado, inclui ad- ministração intravenosa, intramuscular, subcutânea e intraperitoneal. Em algumas modalidades, a composição é administrada a um indivíduo usando administração sistêmica periférica por injeção intravenosa, in- traperitoneal ou subcutânea.

[0095] O anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antí- geno, e/ou o anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT ou fragmento de ligação ao antígeno, ou composição(ões) compreendendo os mesmos, podem ser administrado isoladamente ou em combinação com outros fármacos (por exemplo, como um adjuvante) convencionalmente usados para tra- tar infecções por S. aureus. A(s) composição(ões) compreendendo o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o an- ticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antígeno ou o anti- corpo biespecífico ClfA-AT ou fragmento de ligação ao antígeno podem ser usados em combinação com, por exemplo, um ou mais antibióticos,

como um antibiótico β-lactâmico resistente à penicilinase (por exemplo, oxacilina ou flucloxacilina). A gentamicina pode ser usada para tratar infecções graves, como endocardite. A maioria das cepas de S. aureus, no entanto, são agora resistentes à penicilina, e duas em cada 100 pes- soas são portadoras de cepas de S. aureus resistentes à meticilina (MRSA). As infecções por MRSA geralmente são tratadas com vanco- micina, e infecções cutâneas menores podem ser tratadas com pomada antibiótica tripla.

[0096] Além de usos terapêuticos, qualquer um ou combinação dos anticorpos aqui descritos pode ser usado em aplicações de diagnóstico ou investigação. A este respeito, o anticorpo de ligação a ClfA ou frag- mento de ligação a antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação a antígeno, ou o anticorpo biespecífico ClfA-AT ou fragmento de ligação a antígeno podem ser usados em um ensaio para monitorar a infecção por S. aureus em um indivíduo. As aplicações de investiga- ção incluem, por exemplo, métodos que utilizam o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação ao antígeno ou o anticorpo biespecífico ClfA- AT ou fragmento de ligação ao antígeno e um marcador para detectar S. aureus em uma amostra, por exemplo, em um fluido corporal humano ou em um extrato celular ou de tecido. O anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação ao antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou frag- mento de ligação ao antígeno ou o anticorpo biespecífico ClfA-AT ou fragmento de ligação ao antígeno podem ser usados com ou sem mo- dificação, tal como marcação covalente ou não covalente com uma fra- ção detectável. Por exemplo, a fração detectável pode ser um radioisó- topo (por exemplo, 3H, 14 C, 32 P, 35 S ou 125 I), um composto fluorescente ou quimioluminescente (por exemplo, isotiocianato de fluoresceína, ro- damina ou luciferina), uma enzima (por exemplo, fosfatase alcalina, beta-galactosidase, ou peroxidase de rábano), ou grupos prostéticos.

Qualquer método conhecido na técnica para conjugar separadamente um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno a uma fração detectável pode ser empregue no contexto da presente divulgação (ver, por exemplo, Hunter et al., Nature, 194: 495-496 (1962); David et al., Biochemistry, 13: 1014-1021 (1974); Pain et al., J. Immunol. Meth., 40: 219-230 (1981); e Nygren, J., Histochem. And Cytochem., 30: 407-412 (1982)).

[0097] Qualquer um ou combinação dos anticorpos descritos no presente documento, ou seus fragmentos de ligação ao antígeno (por exemplo, anticorpos monoclonais ou fragmentos), a(s) sequência(s) de ácidos nucleicos que codifica(m) qualquer um dos anteriores, o(s) ve- tor(es) compreendendo a(s) sequência(s) de ácidos nucleicos, ou a(s) composição(ões) compreendendo qualquer um dos anteriores, podem ser fornecidos em um kit, isto é, uma combinação embalada de reagen- tes em quantidades predeterminadas com instruções para realizar um ensaio de diagnóstico. Se o anticorpo de ligação a ClfA ou fragmento de ligação a antígeno, o anticorpo de ligação a AT ou fragmento de ligação a antígeno, ou o anticorpo biespecífico ClfA-AT ou fragmento de ligação a antígeno é marcado com uma enzima, o kit desejavelmente inclui substratos e cofatores exigidos pela enzima (por exemplo, um precursor do substrato que fornece um cromóforo ou fluoróforo detectável). Além disso, outros aditivos podem ser incluídos no kit, tais como estabilizado- res, tampões (por exemplo, um tampão de bloqueio ou tampão de lise) e semelhantes. As quantidades relativas dos vários reagentes podem ser variadas para fornecer concentrações em solução dos reagentes que otimizam substancialmente a sensibilidade do ensaio. Os reagentes podem ser fornecidos como pós secos (tipicamente liofilizados), inclu- indo excipientes que na dissolução irão fornecer uma solução reagente tendo a concentração apropriada.

[0098] Os seguintes exemplos ilustram adicionalmente a invenção mas, obviamente, não devem ser interpretados como limitando de qual- quer modo seu escopo. EXEMPLO 1

[0099] Este exemplo demonstra a seleção e caracterização de um anticorpo monoclonal que se liga especificamente à proteína ClfA de S. aureus.

[0100] Capacidade de proteção melhorada e cobertura isolada pro- porcionada pela profilaxia com um anticorpo monoclonal (mAb) anti-alfa toxina (AT) de S. aureus (referido como "MEDI4893*" descrito nas Pu- blicações de Pedido de Patente Internacional WO 2012/109285 e WO 2014/074540 como "LC10") em combinação com um mAb anti-ClfA (re- ferido como como "11H10") em relação aos mAbs individuais em um modelo de bacteremia letal de S. aureus foi relatado anteriormente (Tkaczyk et al., MBio., 7(3). pii: e00528-16 (2016)). (Observe que MEDI4893, que contém uma mutação YTE não presente em MEDI4893*, não foi usado em camundongos porque, embora a mutação YTE aumente a meia-vida da IgG em humanos, ela reduz a exposição no soro em camundongos.) Embora 11H10 tenha mostrado atividade anti-ClfA potente, exibiu uma afinidade reduzida superior a 1000 vezes (Kon estava abaixo do limite de detecção, ND na Tabela 1) e um aumento de cerca de 40 vezes no IC50 para a sequência fundadora de ClfA ClfA002 em um ensaio de inibição de ligação de fibrinogênio em relação às outras sequências fundadoras de ClfA ClfA001 e ClfA004, conforme mostrado na Figura 1A e na Tabela 1. ClfA002 é expresso por uma im- portante S. aureus MRSA adquirida em hospital (HA-MRSA; USA100 ou sequência do tipo 5 (ST5)) (Sharma-Kuinkel et al., J. Clin. Microbiol., 53: 227-236 (2015); e Mendes et al., J. Clin. Microbiol., 50: 3694-3702 (2012)). Tabela 1. mAbs anti-ClfA: Correlação entre afinidade e atividade in vitro

Afinidade Ligação de fibrinogênio Kon (M-1s-1) Koff (s-1) Kd CHI2 IC50 (μg/mL) 0,206 SAR114 ClfA001 2,41E+06 6,01E-06 2,493 pM 1,166 0,383 ClfA002 2,13E+06 9,53E-05 44,77 pM 1,161 0,330 ClfA004 5,62E+06 6,46E-06 1,15 pM 1,627 0,214 11H10 ClfA001 1,092E+06 6,80E-03 6,22 nM 0,881 ClfA002 27,6 μM 9,772 ClfA004 8,457E+5 6,390E-3 7,555 nM 0,502 0,662

[0101] Para aumentar a cobertura potencial do isolado clínico, uma biblioteca de células B tonsilares humanas foi analisada para pesquisar mAbs anti-ClfA mais amplamente reativos. Especificamente, as células B de memória foram isoladas de linfócitos criopreservados isolados de amígdalas usando microesferas CD19 marcadas com ficoeritrina (PE)- Cy7 (BD Biosciences, San Jose, CA), seguido por coloração com esfe- ras anti-PE (Miltenyi Biotec, Inc., San Diego, CA), e pela depleção de células portadoras de IgM, IgD e IgA por classificação de células em um FACSAria (BD Biosciences, San Jose, CA). As células foram imortaliza- das sob condição clonal com vírus Epstein Barr (EBV), conforme des- crito em Traggiai et al., Nat. Med., 10: 871-875 (2004). Após duas se- manas, os sobrenadantes da cultura foram analisados para a presença de anticorpos monoclonais específicos de ClfA001 usando um ensaio baseado em ELISA em 384 poços. Resumidamente, diluições em série (1:2 ou 1:600) dos mAbs anti-ClfA foram adicionadas a placas revesti- das com ClfA, seguido pela adição de 11H10 biotinilado (1:600). A per- centagem de competição foi calculada como 100*(ODmAb+11H10biot) / (OD11H10biot)). As culturas positivas foram expandidas em meio RPMI completo e selecionadas para a sua capacidade de se ligarem aos ge- nótipos ClfA 001, 002 e 004 com alta afinidade. As sequências VH e VL foram obtidas por RT-PCR.

[0102] A partir deste esforço, um anticorpo monoclonal foi identifi- cado (referido como "SAR114") que exibiu alta afinidade para ClfA001, 002 e 004 (KD = 1,15 - 44,7 pM, Tabela 1) e inibição potente da ligação de fibrinogênio pelos três fundadores proeminentes de genótipos ClfA (IC50 ~20 μM), conforme mostrado na Figura 1B.

SAR114 também exi- biu atividade de morte opsonofagocítica (OPK) contra vários isolados clínicos de S. aureus, como mostrado nas Figuras 3A-3F (ver, por exem- plo, Tkaczyk et al., supra para métodos de medição de morte OPK) e inibição melhorada de aglutinação bacteriana em plasma humano em comparação com 11H10, conforme mostrado na Figura 2, Figura 4 e Tabela 2, abaixo). A inibição da aglutinação no plasma humano foi me- dida por cultura de 112 isolados clínicos de S. aureus durante a noite em caldo tríptico de soja (TSB), lavagem em PBS e suspensão até um décimo do volume original em PBS gelado.

Os anticorpos monoclonais anti-ClfA foram diluídos em série (duas vezes) em 30 μL de PBS come- çando em 200 μg/mL e misturados com 30 μL de plasma humano citra- tado em uma placa de fundo U de 96 poços (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA). As bactérias foram adicionadas (30 μL) e incubadas du- rante 5 minutos a 37°C.

Cada poço foi avaliado visualmente e a menor concentração de anticorpo monoclonal onde as bactérias aglutinadas foi registrada.

R347, um anticorpo monoclonal anti-gp120 humano foi utili- zado como um controle de isotipo IgG1 humana (c-IgG). O anticorpo monoclonal humano de controle negativo (c-IgG) não mostrou qualquer efeito inibitório até 200 μg/mL.

Tabela 2: Concentração mínima de SAR114 necessária para inibir a aglutinação bacteriana.

Cepa CC μg/mL Cepa CC μg/mL 2784 1 3 NRS383 8 1,5 801 5 3 3691 8 0,7 4211 5 1,5 3406 8 25 ARC634 5 1,5 3691 8 3 ARC635 5 0,7 3527 8 6 ARC797 5 6 ARC2081 30 0,7 NRS382 5 3 NRS383 30 6 9105 5 1,5 UAMS-1 30 1,5 9057 8 6 484 30 0,35 ARC2464 8 3 9048 45 3 BAA1556 8 6 NRS22 45 1,5 NRS384 8 6 9112 45 1,5

[0103] Os dados são representativos de três experiências indepen- dentes com o mesmo doador como fonte de plasma.

[0104] O polipeptídeo de cadeia pesada do anticorpo SAR114 foi determinado como compreendendo uma sequência de aminoácidos de região variável de SEQ ID NO: 13, com uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 1, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 2 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 3. O polipeptídeo de cadeia leve do anticorpo SAR114 foi deter- minado como compreendendo uma sequência de aminoácidos de re- gião variável de SEQ ID NO: 14, com uma sequência de aminoácidos de CDR1 de SEQ ID NO: 4, uma sequência de aminoácidos de CDR2 de SEQ ID NO: 5 e uma sequência de aminoácidos de CDR3 de SEQ ID NO: 6. Verificou-se que 11H10 e SAR114 competem pela ligação a ClfA001 por ELISA e em um ensaio de competição baseado em Octet, como mostrado nas Figuras 5A e 5B. Resumidamente, mAbs diluídos a 5 µg/mL em PBS foram capturados em biossensores de aminopropilsi- lano (APS) durante 7 min. Biossensores revestidos foram movidos para poços contendo tampão de bloqueio (PBS, 1 mg/mL de BSA (Sigma Aldrich, St. Louis, MO)) durante 6 minutos para bloquear locais de liga- ção de sensor livres, incubados durante 7 minutos com 2,5 µg/mL de ClfA001 diluído em tampão de bloqueio e finalmente movidos para po- ços contendo os mAbs competitivos diluídos a 5 µg/mL em tampão de bloqueio. Os dados foram analisados usando o software OCTET® Data Acquisition and Analysis (Pall ForteBio LLC, Fremont, CA). A ausência de associação do mAb competitivo resultou em competição e, portanto, no reconhecimento do mesmo sítio antigênico, enquanto a não compe- tição foi observada quando a associação do segundo mAb foi detectada.

[0105] Os resultados deste exemplo indicam que os anticorpos mo- noclonais anti-ClfA 11H10 e SAR114 se ligam a um epitopo de sobre- posição em ClfA001, o que sugere que sua diferença na atividade contra

ClfA002 pode resultar de diferentes afinidades de ligação. EXEMPLO 2

[0106] Este exemplo descreve a geração do SAR114-N3, que tem uma meia-vida aumentada em comparação com o SAR114.

[0107] É bem conhecido que as regiões Fc dos anticorpos desem- penham um papel em sua meia-vida, e a manipulação de Fc tem sido usada para manipular a meia-vida de produtos biológicos terapêuticos. Por exemplo, uma substituição tripla de aminoácidos M252Y/S254T/T256E (chamada de substituição "YTE"), foi projetada nas regiões Fc dos anticorpos, incluindo o anticorpo anti-MEDI4893 de S. aureus, e pode levar a um aumento de 3 a 4 vezes na meia-vida. No entanto, a mutação YTE também demonstrou resultar na diminuição da ligação a C1q e FcγRs e reduzir as funções efetoras, como a atividade ADCC e CDC. (Monnet C., et al., Front Immunol. 6: 39 (2015).) A muta- ção YTE também reduz a morte opsonofagocítica (OPK) de anticorpos antibacterianos. (Ver a Figura 6 mostrando que a substituição YTE re- duz OPK do anticorpo anti-Cam004 de pseudomonas.) Assim, embora a extensão da meia-vida fosse desejável para um anticorpo anti-ClfA, a mutação YTE não era adequada para SAR114.

[0108] Borrok et al., (J. Biol. Chem., 290(7): 4282-4290 (2015).) es- tudou os efeitos de outras alterações de Fc, incluindo a variante "N3". A variante "N3" contém a sequência CSWHLC (SEQ ID NO:19) no domí- nio CH3 em vez da sequência de tipo selvagem (LHNHYT; SEQ ID NO:22) nas mesmas posições. Esta variante de Fc também aumenta a meia-vida (ver a Figura 9, painel superior), mas conforme mostrado na Figura 6, não reduz a morte OPK dos anticorpos antibacterianos Cam004 (painel superior) ou 2F4 (painel inferior).

[0109] Portanto, o efeito da mutação N3 na ligação de SAR114 foi avaliado. Nestas experiências, a plataforma Biacore foi usada para de-

terminar as constantes de velocidade/afinidade cinética (KD) para a liga- ção de anticorpos original e variante de Fc, SAR-114 e SAR114-N3, res- pectivamente, contra as proteínas CLFA001, CLFA002 e CLFA004. Os resultados são apresentados na Tabela 3 abaixo. Tabela 3. Afinidades de ligação de SAR-114 e SAR114-N3 para os três principais genótipos ClfA Captura Amostra Ka (M-1s-1) Kd (s-1) KD (pM) SAR114-N3 CLFA001 3,383E+6 7,725E-4 228 SAR114-N3 CLFA002 3,921E+6 10,41E-4 265 SAR114-N3 CLFA004 2,387E+6 7,558E-4 316 SAR114 CLFA001 3,911E+6 6,013E-5 15,4 SAR114 CLFA002 3,816E+6 1,821E-4 47,7 SAR114 CLFA004 2,968E+6 6,210E-5 20,9

[0110] O ajuste cinético para um modelo de ligação 1:1 foi ade- quado. SAR114 e SAR114-N3 se ligam a CLFA001, CLFA002 e CLFA004 com afinidades semelhantes. No entanto, a ligação (KD) de SAR114 a todas as proteínas CLFA foi cerca de 10 vezes mais forte do que a de SAR114-N3. A ligação mais fraca do SAR114-N3 é atribuída a velocidades de dissociação mais rápidas.

[0111] A capacidade do SAR114-N3 de inibir a ligação do fibrinogê- nio também foi avaliada. Nestes ensaios, a ligação de ClfA ao fibrinogê- nio foi medida na presença de SAR114, SAR114-N3 diluído em série (200 a 0,5 μg/mL), ou um anticorpo IgG de controle. Os resultados são mostrados na Figura 7 e Tabela 4 abaixo. Tabela 4. Inibição de SAR-114 e SAR114-N3 da ligação de fibrinogênio IC50 (μg/mL) SAR114 SAR114-N3 ClfA001 2,576 2,134 ClfA002 2,910 3,108 ClfA004 1,720 2,516

[0112] Estes dados demonstram que o SAR114-N3 inibe a ligação dos três principais genótipos de ClfA ao fibrinogênio. EXEMPLO 3

[0113] Este exemplo descreve a geração do SAR114-N3Y, que tem estabilidade melhorada em comparação com o SAR114-N3.

[0114] No entanto, a variante "N3" contém um triptofano (W434) que contribui para melhorar a afinidade de FcRn, mas também resultou em sensibilidade à luz de modo que as condições normais de luz resultaram em cerca de 20% de perda de monômero ao longo de uma semana, e condições de luz intensa resultaram em mais de 60% de perda de mo- nômero no mesmo período de tempo. Resíduos hidrofóbicos não oxidá- veis (F, Y, L, I, V, A e S) foram substituídos pelo triptofano (W434) e seu efeito na meia-vida de SAR114, OPK e sensibilidade à luz foram avali- ados. As substituições F e Y foram as mais semelhantes ao SAR114 N3 em termos de ligação, e ambas tinham extensões de meia-vida seme- lhantes à alteração N3 (ver Figura 9, painel superior). Uma avaliação da fotoestabilidade foi conduzida em anticorpos SAR114 com as alterações F ("N3F"; SEQ ID NO:20) e Y ("N3Y; SEQ ID NO:21). Nesta avaliação, os mAbs foram expostos a CWL (luz branca convencional) a 2 kLux/h (medida de intensidade) a 23 0C durante 14 dias e as purezas dos mo- nômeros observadas estão resumidas na Tabela 5 abaixo. Tabela 5. Estabilidade de SAR114-N3F e SAR114-N3Y Clone Pureza do monômero em T0 Pureza do monômero em 7 dias Pureza do monômero em 14 dias N3F 95,9% 91,8% 86,2% N3Y 98,9% 97,6% 95,3%

[0115] Os resultados demonstram que o N3Y tem estabilidade de luz superior. Os ensaios de potência de aglutinação e de fibrinogênio também indicaram que N3Y tinha melhor atividade do que N3F, con- forme mostrado na Figura 8. As medições dos níveis de anticorpos em camundongos demonstraram que N3Y e N3F tinham valores de pK se- melhantes ao mutante N3 (Figura 9, painel superior) e a morte OPK da variante N3Y permaneceu inalterada (Figura 9, painel inferior). EXEMPLO 4

[0116] Este exemplo descreve os efeitos do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114 ou SAR114 N3Y, isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal anti-alfa toxina (AT), em um modelo de bacteremia de murino.

[0117] Grupos de dez camundongos BALB/c fêmeas de 6-8 sema- nas de idade (Envigo, Huntingdon, Cambridgeshire, Reino Unido) foram imunizados passivamente por injeção intraperitoneal (IP) de um controle de isotipo IgG (c-IgG), o anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114 e/ou o anticorpo monoclonal anti-AT MEDI4893*. Os camundongos foram de- safiados 24 horas depois por injeção intravenosa (IV) de um LD90 de isolados clínicos de S. aureus. A sobrevivência foi monitorada durante duas semanas. A análise estatística do antígeno anti-estafilocócico es- pecífico versus c-IgG foi realizada com um teste de Log Rank (Mantel Cox). Os dados foram considerados estatisticamente diferentes se p <0,05.

[0118] A profilaxia SAR114 (15 mg/kg (mpk) resultou em aumento da sobrevivência em comparação com um controle de isotipo IgG (c- IgG) após desafio com isolados de S. aureus representando tipos de sequência (ST) ST8, ST5 ou ST30, que foram confirmados codificar ge- nótipos ClfA ClfA001, 002 e 004 respectivamente, como mostrado na Figura 10. Semelhante à combinação dos anticorpos 11H10 e MEDI4893*, a profilaxia com a combinação de SAR114 e MEDI4893* (7,5 mg/kg (mpk) cada) aumentou significativamente a sobrevivência em relação a c-IgG após o desafio com todas as cepas testadas e forneceu um benefício sobre os anticorpos monoclonais individuais correspon- dentes contra algumas cepas (Tkaczyk et al., supra).

[0119] Os resultados desta experiência demonstram que o anti- corpo monoclonal anti-ClfA SAR114 é funcional in vivo e sugere que a combinação de SAR114 e um anticorpo monoclonal anti-AT fornece uma cobertura de cepas mais ampla para a profilaxia de S. aureus. EXEMPLO 5

[0120] Este exemplo descreve os efeitos do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114, isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal anti-alfa toxina (AT), em um modelo de bacteremia letal de murino diabético.

[0121] Grupos de camundongos machos BKS.Cg-Dock7m +/+ Le- prdb/J diabéticos de 6 semanas de idade foram imunizados por injeção intraperitoneal (IP) de um controle de isotipo IgG (c-IgG), o anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114 e/ou o anticorpo monoclonal anti-AT MEDI4893*. Os camundongos foram desafiados 24 horas depois por injeção intravenosa (IV) de LD90 (5e7CFU) de isolados clínicos SF8300 de S. aureus. A sobrevivência foi monitorada durante duas semanas. Figura 11, painel superior. Dez animais foram sacrificados após 48 ho- ras para contagem bacteriana nos rins (Figura 11, painel do meio) e no fígado (Figura 11, painel inferior). A análise estatística do antígeno anti- estafilocócico específico versus c-IgG foi realizada com um teste de Log Rank (Mantel Cox). Os dados foram considerados estatisticamente di- ferentes se p <0,05.

[0122] A profilaxia SAR114 (15 mg/kg (mpk)) resultou em aumento da sobrevivência em comparação com um controle de isotipo IgG (c- IgG) após o desafio, e a profilaxia com a combinação de SAR114 e MEDI4893* (7,5 mg/kg (mpk) cada) aumentou significativamente a so- brevivência em relação a c-IgG após o desafio. Figura 11, painel supe- rior. A combinação de SAR114 e MEDI4893* (7,5 mg/kg (mpk) cada) também diminuiu significativamente as bactérias nos rins (Figura 11, painel do meio) e fígado (Figura 11, painel inferior).

[0123] Os resultados desta experiência demonstram que o anti- corpo monoclonal anti-ClfA SAR114 é funcional in vivo e sugere que a combinação de SAR114 e um anticorpo monoclonal anti-AT fornece pro- teção contra bacteremia letal induzida por CA-MRSA SF8300 em ca- mundongos db/db diabéticos. EXEMPLO 6

[0124] Este exemplo descreve os efeitos do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114, isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal anti-alfa toxina (AT) nos níveis de citocinas pró-inflamatórias em modelos de bacteremia de murino.

[0125] Grupos de camundongos machos BKS.Cg-Dock7m +/+ Le- prdb/J diabéticos (db) (n = 20) e camundongos machos C57/B6 (B6) não diabéticos (n = 20) de 6 semanas foram imunizados por injeção intrape- ritoneal (IP) de um controle de isotipo IgG (c-IgG), o anticorpo monoclo- nal anti-ClfA SAR114 e/ou o anticorpo monoclonal anti-AT MEDI4893*. Os camundongos foram desafiados 24 horas depois por injeção intrave- nosa (IV) de LD90 de isolados clínicos SF8300 de S. aureus. Dez ani- mais por grupo foram sacrificados após 8 horas ou 24 horas, e o sangue foi coletado de punções cardíacas. As citocinas pró-inflamatórias foram medidas a partir do plasma usando um kit de citocinas pró-inflamatórias Mesoscale Multiplex. As diferenças estatísticas entre os grupos foram analisadas com um teste U de Mann-Whitney e consideradas estatisti- camente diferentes se p < 0,05.

[0126] A combinação de SAR114 e MEDI4893* diminuiu significati- vamente os níveis de IL-6, TNF-α e KC em 24 horas em camundongos db/db diabéticos, conforme mostrado na Tabela 6. Tabela 6: SAR114 e MEDI4893* diminuem citocinas pró-inflamatórias Citocina Tempo Camundongos MEDI4893* SAR114 MEDI4893* e SAR114 IL-6 8h B6 0,004 IL-6 8h db IL-6 24 h B6 0,0156 0,0041 0,008 IL-6 24 h db 0,0034 0,043 0,011 TNF-α 8h B6 0,0017 0,0002 TNF-α 8h db 0,0503 0,076 0,0015 TNF-α 24 h B6 0,028 0,0014 TNF-α 24 h db 0,0055 0,038 KC 8h B6 <0,0001 KC 8h db 0,032 0,0127 0,0008 KC 24 h B6 0,0006 0,0002 KC 24 h db 0,008 0,028 0,014

[0127] Os dados são representativos de três experiências indepen- dentes.

[0128] A combinação também diminuiu significativamente os níveis de IL-6, TNF-α e KC em 24 horas em camundongos C57/B6 não diabé- ticos.

EXEMPLO 7

[0129] Este exemplo descreve os efeitos do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114, isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal anti-alfa toxina (AT), em danos no fígado em um modelo de bacteremia de murino diabético.

[0130] Grupos de camundongos machos BKS.Cg-Dock7m +/+ Le- prdb/J diabéticos de 6 semanas de idade (n = 10) foram imunizados por injeção intraperitoneal (IP) de um controle de isotipo IgG (c-IgG), o anti- corpo monoclonal anti-ClfA SAR114 (15 mg/kg (mpk)), o anticorpo mo- noclonal anti-AT MEDI4893* (15 mpk) ou uma combinação de SAR114+MEDI4893* (15 mpk cada). Os camundongos foram desafia- dos 24 horas depois por injeção intravenosa (IV) de LD90 de isolados clínicos SF8300 de S. aureus. Os ratos foram sacrificados 48 h após a infecção e os fígados recolhidos. A patologia macroscópica foi regis- trada fotograficamente (Figura 12, painel esquerdo), e a seção do fígado corada com hematoxilina/eosina após fixação com formalina a 10% (Fi- gura 12, painel direito). O anticorpo SAR114, o anticorpo MEDI4893* e a combinação de SAR114 +MEDI4893* preveniram danos no fígado em camundongos diabéticos expostos a S. aureus. EXEMPLO 8

[0131] Este exemplo descreve os efeitos do anticorpo monoclonal anti-ClfA SAR114, isoladamente ou em combinação com um anticorpo monoclonal anti-alfa toxina (AT), em um modelo de bacteremia de mu- rino diabético.

[0132] Grupos de camundongos machos BKS.Cg-Dock7m +/+ Le- prdb/J diabéticos de 6 semanas de idade (n = 10) foram imunizados por injeção intraperitoneal (IP) de um controle de isotipo IgG (c-IgG), o anti- corpo monoclonal anti-ClfA SAR114 e/ou o anticorpo monoclonal anti- AT MEDI4893*. Os camundongos foram desafiados 24 horas depois por injeção intravenosa (IV) de um LD90 de isolados clínicos de S. aureus.

A sobrevivência foi monitorada durante duas semanas. Figura 13.

[0133] A combinação de SAR114 e MEDI4893* (7,5 mg/kg (mpk) cada) aumentou a sobrevivência em relação a c-IgG após o desafio com a maioria das cepas testadas e também forneceu um benefício em rela- ção aos anticorpos monoclonais individuais correspondentes na maioria das cepas.

[0134] Os resultados desta experiência demonstram que o anti- corpo monoclonal anti-ClfA SAR114 é funcional in vivo e sugere que a combinação de SAR114 e um anticorpo monoclonal anti-AT fornece uma cobertura de cepas mais ampla para a profilaxia de S. aureus em camundongos diabéticos. EXEMPLO 9

[0135] Este exemplo descreve a geração de um anticorpo monoclo- nal biespecífico que se liga especificamente a ClfA e AT e sua eficácia in vitro.

[0136] Porque a imunização passiva com a combinação de um an- ticorpo monoclonal anti-ClfA e um anticorpo monoclonal anti-AT forne- ceu um benefício para a cobertura de cepas em bacteremia letal e re- teve a capacidade protetora anti-AT em modelos de dermonecrose e pneumonia de murino (Tkaczyk et al., supra), um anticorpo biespecífico (BiSAb) direcionado contra ClfA e AT foi gerado para determinar se tal anticorpo biespecífico forneceu um benefício sobre a combinação dos anticorpos individuais correspondentes. Para este fim, BiSAbs foram projetados conforme descrito anteriormente (ver, por exemplo, Dimasi et al., J. Mol. Biol., 393: 672-692 (2009); e Coloma, M.J. e S.L. Morrison, Nat. Biotechnol., 15: 159-163 (1997)). Resumidamente, os mAbs anti- ClfA 11H10 ou SAR114 foram usados como estrutura de IgG, e MEDI4893* foi enxertado no formato scFv. scFv de MEDI4893* foi sin- tetizado no formato VL-VH com um ligante de 20 aminoácidos

(GGGGSx4) entre os domínios variáveis leve e pesado (GeneArt, Ther- moFisher Scientific, Waltham, MA). Os anticorpos "BiS2" foram constru- ídos por fusão de sequências de scFv de MEDI893* ao terminal N das cadeias pesadas de IgG1 anti-ClfA 11H10 ou SAR114. Os construtos "BiS3" foram gerados anexando o ligante-scFv de MEDI4893* ao termi- nal C da cadeia pesada de 11H10 ou SAR114. Os construtos BiS 2 e BiS3 são ilustrados esquematicamente na Figura 14. As moléculas BiS2 e BiS3 foram expressas por transfecção transiente em células 293, pu- rificadas por cromatografia de afinidade em proteína A e acabadas por cromatografia de exclusão por tamanho. A integridade de cada molécula foi avaliada por espectrofotometria de massa e mapeamento de peptí- deo e massa intata para verificar a formação adequada de ligações de dissulfeto endógenas e projetadas. Os formatos BiS2 e BiS3 foram sele- cionados porque o scFv está localizado em locais distintos na IgG e a única maneira de determinar se um formato tem vantagem sobre outro é testá-los empiricamente quanto às especificidades de anticorpos de interesse.

[0137] Para entender se os BiSAbs retiveram as atividades funcio- nais dos anticorpos monoclonais individuais correspondentes, a capaci- dade de cada BiSAb para inibir a lise de glóbulos vermelhos (RBC) de coelho dependente de AT e inibir a ligação do fibrinogênio a ClfA001, ClfA002 e ClfA004 foi avaliada. O ensaio hemolítico de RBC de coelho foi realizado misturando diluições em série de Abs BiS e MEDI4893* (500 a 1,7 nM) com AT (0,1 μg/mL = 3nM) e incubando com 50 μL de RBC de coelho lavado (Peel Freeze) durante 1 hora a 37 °C. Em alguns ensaios, o scFv anti-AT de BisAb foi saturado com excesso de 10 M de ClfA (5 μM). As placas foram então centrifugadas a 1200 rpm durante 3 minutos, e 50 μL do sobrenadante foram transferidos para novas placas. IgG1 R347 humano não específico foi usado como controle negativo (c- IgG) (ver, por exemplo, Tkaczyk et al., Clin. Vaccine Immunol., 19: 377-

385 (2012)). OD450 nm foi medido com um espectrofotômetro (Molecu- lar Devices, Sunnyvale, CA). A inibição da hemólise foi calculada usando a seguinte equação: 100-(100*[ODAT+mAb]/[ODAT]).

[0138] Para o ensaio de ligação de fibrinogênio, placas NUNC MA- XISORP™ (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA) foram revestidas durante a noite a 4 °C com 2μg//mL de fibrinogênio humano (Sigma Aldrich, St. Louis, MO), lavadas 3 vezes com PBS contendo 0,1% de Tween 20 (tampão de lavagem) e bloqueadas durante 1 hora à tempe- ratura ambiente (TA) com 200 μL/poço de caseína (ThermoFisher Sci- entific, Waltham, MA). Após 3 lavagens, as placas foram incubadas du- rante 1 hora à temperatura ambiente com uma mistura de 50 μL de mar- cado Avi ClfA221-559 (2 μg/mL) e diluições em série de anticorpo mo- noclonal anti-ClfA ou anticorpo BiS em 100 μL de volume final de PBS. Em alguns ensaios, a IgG1 anti-ClfA do BiSAb estava saturada com ex- cesso de 10 M de AT (6,6 mM). Após as lavagens, o ClfA ligado foi de- tectado usando estreptavidina conjugada com peroxidase de rábano (HRP) (1:20000, GE Healthcare, Chicago, IL) e 100 µL de substrato 3,3',5,5′-tetrametilbenzidina (TMB) (KPL). A reação foi interrompida após 10 minutos com 100 μL de H2SO4 a 0,2 M. As placas foram lidas em um espectrofotômetro a OD450 nm. A porcentagem de inibição da ligação de ClfA ao fibrinogênio foi calculada usando a seguinte fórmula: 100-(100*[ODClfA+mAb] / [ODClfA,sem mAb]).

[0139] Os anticorpos 11H10-BiS2 e BiS3 e o anticorpo SAR114-BiS2 exibiram valores de IC50 semelhantes a MEDI4893* em um ensaio he- molítico AT, enquanto SAR114-BiS3 exibiu atividade de neutralização AT reduzida, como mostrado na Figura 15A. O BiSAbs 11H10 e o BiS3Ab SAR114 exibiram valores de IC50 semelhantes à respectiva IgG anti-ClfA original no ensaio de inibição de ligação de fibrinogênio, en- quanto o BiS2Ab SAR114 perdeu alguma atividade contra ClfA002, mas ainda era superior a 11H10, como mostrado na Figura 15B, Figura 16 e Tabela 7. Os BiSAbs também mediaram a morte bacteriana opsonofa- gocítica (OPK) semelhante a IgG original anti-ClfA, como mostrado na Figura 17. É importante notar que a saturação do scFv anti-AT na pre- sença de excesso de AT de 10 M não interferiu com a atividade anti- ClfA no ensaio de ligação de fibrinogênio, como mostrado na Figura 15C. Da mesma forma, a saturação da ligação de ClfA com um excesso de ClfA de 10 M não diminuiu a atividade de neutralização de AT dos BiSAbs no ensaio hemolítico, como mostrado na Figura 15D. Tabela 7. IC50 para moléculas BiS2 e BiS3 SAR114 e 11H10 em ensaio de ligação de fibrinogênio IC50 (nM) SAR114 BiS2 BiS3 ClfA001 19,16 90,31 41,78 ClfA002 14,26 40,48 27,52 ClfA004 8,083 34,69 20,93 IC50 (nM) 11H10 BiS2 BiS3 ClfA001 12,67 124,3 57,75 ClfA002 493,7 3023 1530 ClfA004 3,094 1,504 0,9786

[0140] Os resultados deste exemplo demonstram que as moléculas BiS anti-ClfA/AT retêm a atividade funcional in vitro que na maioria dos casos foi semelhante à IgG original, e esta atividade não foi diminuída na presença de um excesso molar de 10 vezes do outro antígeno reco- nhecido pelo BiSAb. EXEMPLO 10

[0141] Este exemplo descreve os efeitos protetores de um anticorpo biespecífico anti-ClfA/AT em um modelo de bacteremia letal de S. au- reus.

[0142] Os camundongos foram imunizados passivamente com a combinação de anticorpo anti-ClfA SAR114 e anticorpo monoclonal MEDI4893* (7,5 mpk ou 1 mpk cada) ou doses equimolares de BiSAbs (9 ou 1,2 mpk, respectivamente) 24 horas antes da infecção IV com a cepa de S. aureus SF8300 conforme descrito no Exemplo 4, e a sobre- vivência foi monitorada durante 14 dias. Ambos os SAR114-BiSAbs a 9 mpk exibiram proteção reduzida, mas não significativamente diferente (p = 0,234 para BiS2 e p = 0,412 para BiS3) em comparação com a com- binação de anticorpos monoclonais a 7,5 mpk cada, como mostrado na Figura 18A. A combinação de anticorpo monoclonal a 1 mpk (p = 0,0051 vs c-IgG) e SAR114-BiS2 a 1,2 mpk (p = 0,0336 vs c-IgG) aumentou significativamente a sobrevivência em relação a c-IgG. Consistente com a perda observada de atividade de neutralização de AT in vitro (ver Fi- gura 15A), o SAR114-BiS3 não aumentou significativamente a sobrevi- vência quando administrado a 1,2 mpk (p = 0,657, Figura 18A). Quando testado contra a cepa 3049057 de S. aureus (MRSA, ST8), uma cepa onde nenhum monoclonal isoladamente é suficiente para proteção sig- nificativa (ver Figura 10), as moléculas SAR114-BiS a 1,2 mpk não au- mentaram significativamente a sobrevivência em relação a c-IgG (p = 0,4310), enquanto uma concentração equimolar (1 mpk) da combinação de anticorpo monoclonal aumentou a sobrevivência, como mostrado na Figura 18B (p = 0,0348 vs c-IgG). Este resultado sugeriu um defeito no anticorpo SAR114-BiS2 in vivo. Curiosamente, a imunização passiva com o 11H10-BiSAbs resultou em proteção semelhante à combinação monoclonal em ambas as doses testadas (9 mpk e 1,2 mpk) e forneceu um aumento significativo na sobrevivência em relação a c-IgG contra ambas as cepas que expressam ClfA001, SF8300 e 3049057, como mostrado nas Figuras 18C e 18D.

[0143] Os resultados deste exemplo demonstram que o BiSAbs anti-ClfA/AT não fornece um benefício sobre a combinação dos anticor- pos individuais correspondentes. Em vez disso, o anticorpo biespecífico SAR114/MEDI4893* exibiu uma perda de proteção em doses mais bai- xas contra uma cepa em que os anticorpos monoclonais individuais cor- respondentes não eram suficientes para fornecer proteção.

EXEMPLO 11

[0144] Este exemplo descreve experiências que examinam a eficá- cia do anticorpo biespecífico SAR114/MEDI4893* em um modelo de pneumonia letal.

[0145] Uma vez que SAR114 se liga a ClfA001 com afinidade apro- ximadamente 1000 vezes maior do que 11H10 (Tabela 1), foi clocada a hipótese que a ligação de SAR114 a ClfA sequestra o BiSAb SAR114/MEDI4893* na superfície bacteriana, levando a uma captura e neutralização mais pobres de AT à medida que é secretado. A AT é um fator de virulência chave na pneumonia por S. aureus (Bubeck Warden- burg, J. e O. Schneewind, J. Exp. Med., 205: 287-294 (2008)), e a imu- nização passiva com um anticorpo monoclonal anti-AT isoladamente protege camundongos da pneumonia letal por S. aureus (Foletti et al., J. Mol. Biol., 425(10): 1641-1654 (2013); Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58:1108-1117 (2014); e Ragle, B.E., e J. Bubeck Warden- burg, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009)). Além disso, o anticorpo monoclonal anti-ClfA não tem impacto na sobrevivência no modelo de pneumonia e a combinação de anticorpos monoclonais anti-ClfA e anti- AT fornece proteção semelhante a um mAb anti-AT isoladamente (Tkaczyk et al., supra). Portanto, para determinar se a diminuição da proteção observada com o SAR114-BiS2Abs no modelo de bacteremia letal pode ter resultado de neutralização inadequada de AT, camundon- gos C57/B6 fêmeas (Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME) foram injeta- dos IP com MEDI4893* isoladamente ou em combinação com SAR114 ou com as moléculas BiS2 ou BiS3 de SAR114. A pneumonia foi induzida por infecção intranasal com SF8300 (1e8 CFU) como descrito em Hua et al., supra. A sobrevivência dos animais foi monitorada por 6 dias. A análise estatística versus c-IgG foi realizada com um teste de Log Rank (Mantel Cox). Os dados foram considerados estatisticamente diferentes se p <0,05.

[0146] A imunização passiva com MEDI4893* (15 mpk) isolada- mente ou em combinação com SAR114 resultou em 100% de proteção após o desafio com SF8300. No entanto, a imunização passiva com SAR114-BiS2 ou BiS3 resultou em 30% e 0% de sobrevivência, respec- tivamente, como mostrado na Figura 19A. Curiosamente, a imunização passiva com o 11H10BiS2, que tem afinidade reduzida de aproximada- mente 1000 vezes para ClfA (Tabela 1), forneceu 100% de sobrevivên- cia. Estes resultados suportam a conclusão de que a ligação a ClfA na superfície bacteriana sequestra SAR114-BiSAbs, prejudicando assim a neutralização de AT. Para testar ainda mais essa hipótese, os camun- dongos foram imunizados passivamente com as moléculas BiS2 antes da infecção intranasal (IN) com um mutante isogênico ClfA SF8300∆clfa. A profilaxia com SAR114-BiSAb forneceu proteção contra SF8300∆clfa semelhante a MEDI4893*, conforme mostrado na Figura 19B.

[0147] Os resultados deste exemplo fornecem evidências adicionais de que a ligação de SAR114-BiSAb a ClfA localizado na superfície pre- vine a neutralização eficaz de AT solúvel. EXEMPLO 12

[0148] Este exemplo descreve experiências que examinam a farma- cocinética (pK) de anticorpos SAR114 em macacos cinomolgos. Os ma- cacos foram tratados por administração intravenosa (IV) com 5 mg/kg de SAR114, SAR114 N3F ou SAR114 N3Y, e os níveis de anticorpos foram medidos no sangue durante 60 dias. Os resultados são mostrados na Figura 20 e relatados na Tabela 8 abaixo. Tabela 8: Parâmetros de PK de macaco cinomolgo. Construto Sar114 Eliminação (mL/dia/kg) t1/2 fase β (dias) AUCúltimo (μg*dia/mL) Tipo selvagem 5,69±0,27 10,1±1,5 754±21 N3Y 2,14±0,17 23,7±2,4 1900±170 N3F 2,54±0,46 20,3±4,1 1690±254

[0149] Os dados acima demonstram que as versões modificadas do

SAR114, e em particular do SAR114 N3Y, exibem uma meia-vida au- mentada em primatas. Os dados acima são consistentes com o que se- ria previsto a partir dos estudos de extensão de meia-vida em camun- dongos transgênicos para FcRN humano. A extensão efetiva da meia- vida em primatas indica que a meia-vida de SAR114 N3Y será adequa- damente estendida e importante para a administração, tratamento e pre- venção adequados de doenças relacionadas de S. aureus em humanos. EXEMPLO 13

[0150] Este exemplo descreve experiências que examinam a imu- nogenicidade do Fc N3Y.

[0151] A imunogenicidade das proteínas terapêuticas pode causar problemas, incluindo neutralização, eliminação acelerada da terapêutica e/ou eventos adversos. Embora as proteínas humanas, como as regiões estruturais de anticorpos, sejam em sua maioria não imunogênicas, as mutações nas regiões Fc dos anticorpos apresentam um risco potencial de uma resposta imune. Os ensaios de ativação funcional usando célu- las T CD4 humanas são agora considerados uma marca registrada da previsão de imunogenicidade como resultado do papel principal das cé- lulas T auxiliares nas respostas de imunogenicidade. Portanto, o efeito de N3Y na região Fc de IgG1 na ativação de células T foi analisado.

[0152] Nestas experiências, PBMCs foram isoladas de 39 coletas de sangue total humano usando gradientes Ficole. As células CD8 fo- ram então extraídas usando seleção positiva e as células foram enrique- cidas por estimulação com 5 conjuntos de peptídeos diferentes e 10 dias de expansão in vitro com IL-2. As células foram então reestimuladas com uma biblioteca individual de peptídeos em placas ELIspot para CD4. Os resultados mostrados na Figura 21 demonstram que a dose de mutação NY3 não aumenta significativamente a imunogenicidade em comparação com a região Fc de tipo selvagem.

[0153] Todas as referências, incluindo publicações, pedidos de pa- tente e patentes, aqui citadas são deste modo incorporadas como refe- rência na mesma medida como se cada referência fosse individual- mente e especificamente indicada como sendo incorporada por referên- cia e fosse aqui apresentada na sua totalidade.

[0154] O uso dos termos “um” e “uma” e “o/a” e “pelo menos um/uma” e referentes similares no contexto da descrição da invenção (especialmente no contexto das seguintes reivindicações) é para ser in- terpretado como abrangendo tanto o singular como o plural, a não ser que de outro modo indicado aqui ou claramente contradito pelo con- texto. O uso do termo “pelo menos um/uma” seguido por uma lista de um ou mais itens (por exemplo, “pelo menos um de A e B”) é para ser interpretado como significando um item selecionado dos itens listados (A ou B) ou qualquer combinação de dois ou mais dos itens listados (A e B), a não ser que de outro modo indicado aqui ou claramente contra- dito pelo contexto. Os termos “compreendendo”, “tendo”, “incluindo” e “contendo” são para ser interpretados como termos abertos (isto é, sig- nificando “incluindo, mas não se limitando a”) a não ser que de outro modo notado. A recitação de gamas de valores aqui se destina mera- mente a servir como um método abreviado de se referir individualmente a cada valor separado residindo dentro da gama, a não ser que de outro modo indicado aqui, e cada valor separado é incorporado no relatório descritivo como se fosse individualmente recitado aqui. Todos os méto- dos descritos aqui podem ser realizados em qualquer ordem adequada a não ser que de outro modo indicado aqui ou de outro modo claramente contradito pelo contexto. O uso de qualquer um dos e todos os exem- plos, ou linguagem exemplificativa (por exemplo, “tal como”) proporcio- nada aqui, se destina meramente a esclarecer melhor a invenção e não coloca uma limitação no escopo da invenção a não ser que de outro modo reivindicado. Nenhuma linguagem no relatório descritivo deve ser interpretada como indicando qualquer elemento não reivindicado como essencial para a prática da invenção.

[0155] Modalidades preferenciais desta invenção são descritas aqui, incluindo o melhor modo conhecido aos inventores para levar a cabo a invenção. Variações dessas modalidades preferenciais podem se tornar aparentes aos peritos na técnica após leitura da descrição an- terior. Os inventores esperam que os especialistas peritos empreguem tais variações como apropriado, e os inventores pretendem que a inven- ção seja praticada de outro modo do que como especificamente descrito aqui. Consequentemente, esta invenção inclui todas as modificações e equivalentes do assunto recitado nas reivindicações anexadas aqui como permitido pela lei aplicável. Além disso, qualquer combinação dos elementos acima descritos em todas suas variações possíveis é englo- bada pela invenção a não ser que de outro modo indicado aqui ou de outro modo claramente contradito pelo contexto.

Claims

REIVINDICAÇÕES

1. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína do fator de aglutinação A (ClfA) de Staphylococcus aureus (S. Aureus), caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende uma região determinante de complementaridade (CDR) 1 da cadeia pe- sada variável (VH) compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de ami- noácidos de SEQ ID NO: 2, uma CDR3 da VH compreendendo a se- quência de aminoácidos de SEQ ID NO: 3, uma CDR1 da região variável de cadeia leve (VL) compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de ami- noácidos de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 da VL compreendendo a se- quência de aminoácidos de SEQ ID NO: 6, e em que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende um domínio constante de cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21).

2. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compre- endendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13.

3. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.

4. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende (1) uma VH, (2) uma VL e (3) um domínio constante da cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de

CSYHLC (SEQ ID NO: 21); em que a VH compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13.

5. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende (1) uma VH, (2) uma VL e (3) um domínio constante da cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21); em que a VL compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.

6. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende a CDR1 da VH, CDR2 da VH, CDR3 da VH, CDR1 da VL, CDR2 da VL e CDR3 da VL de SAR114.

7. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que as CDRs são as CDRs definidas por Kabat, as CDRs definidas por Chothia ou as CDRs definidas por AbM.

8. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 6 ou 7, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende um domínio constante da cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos de CSYHLC (SEQ ID NO: 21).

9. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizado pelo fato de que o referido domínio constante da cadeia pesada compreende a sequência de aminoácidos de MHEACSYHLCQKSLSLS (SEQ ID NO: 23).

10. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que o referido domínio constante da cadeia pesada compreende a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 24.

11. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno com- preende uma cadeia pesada compreendendo uma sequência de amino- ácidos de SEQ ID NO: 50.

12. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 11, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno com- preende uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 26.

13. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizado pelo fato de que os IC50 para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 em um ensaio de inibição da ligação de fibrinogênio estão a 2 μg/mL entre si.

14. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizado pelo fato de que os IC50 para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 em um ensaio de inibição da ligação de fibrinogênio estão todos entre 1 μg/mL e 5 μg/mL.

15. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 14, caracterizado pelo fato de que as afinidades de ligação (KD) para ClfA001, ClfA002 e ClfA004 estão todas entre 200 e 350 pM.

16. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno possui uma pureza de monômero que diminui em não mais que 5% após a exposi- ção do anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno a luz branca con- vencional a 2kLux/h a 23 oC durante 14 dias.

17. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compre- ende uma mutação que prolonga a meia-vida em relação ao mesmo anticorpo sem a mutação em camundongos com FcRn humano.

18. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compre- ende uma mutação que prolonga a meia-vida em relação ao mesmo anticorpo sem a mutação, e em que a mutação não inibe atividade OPK relativa ao mesmo anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno da mutação.

19. Anticorpo biespecífico ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus e se liga especificamente a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno compreende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 2, uma CDR3 da VH com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 3, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 4, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 5 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoá- cidos de SEQ ID NO: 6.

20. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 19, caracterizado pelo fato de que o anti- corpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 13.

21. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 19 ou 20, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.

22. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 21, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente uma CDR1 da VH compreendendo a se- quência de aminoácidos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compre- endendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12.

23. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 22, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 15.

24. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 19 a 23, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende uma VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 16.

25. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende a CDR1 da VH, CDR2 da VH, CDR3 da VH, CDR1 da VL, CDR2 da VL e CDR3 da VL de SAR72, SAR80, SAR113, SAR132, SAR352, SAR372, SAR510, SAR547, SAS1, SAS19 ou SAS203.

26. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que as CDRs são as CDRs definidas por Kabat, as CDRs definidas por Chothia ou as CDRs definidas por AbM.

27. Anticorpo, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 25 a 26, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou seu frag- mento de ligação ao antígeno compreende sequências de cadeia pe- sada variável e cadeia leve variável compreendendo a sequência de aminoácidos apresentada em (a) SEQ ID NO: 17 e 18, respectivamente, (b) SEQ ID NOs: 30 e 31, respectivamente, (c) SEQ ID NOs: 32 e 33, respectivamente, (d) SEQ ID NOs: 34 e 35, respectivamente, (e) SEQ ID NOs: 36 e 37, respectivamente, (f) SEQ ID NOs: 38 e 39, respectiva- mente, (g) SEQ ID NOs: 40 e 41, respectivamente, (h) SEQ ID NOs: 42 e 43, respectivamente, (i) SEQ ID NOs: 44 e 45, respectivamente, (j) SEQ ID NOs: 46 e 47, respectivamente, ou (k) SEQ ID NOs: 48 e 49, respectivamente.

28. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende uma VH e uma VL, em que a VH compreende a se- quência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 17, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46 ou 48.

29. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que o referido anticorpo ou fragmento de ligação ao antí- geno compreende uma VH e uma VL, em que a VL compreende a se- quência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 18, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47 ou 49.

30. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 6 a 7 e 12 a 29, caracteri- zado pelo fato de que o referido anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente uma região constante da ca- deia pesada.

31. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 30, caracterizado pelo fato de que a região constante da cadeia pesada é selecionada do grupo que consiste nas regiões constantes da cadeia pesada IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2 da imunoglobulina humana.

32. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 31, caracterizado pelo fato de que a região constante da cadeia pesada é uma região constante de IgG1 humana.

33. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 30, caracterizado pelo fato de que a região constante da cadeia pesada compreende uma mutação N3, N3E ou N3F.

34. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, 8 a 10 ou 30, carac- terizado pelo fato de que a região constante da cadeia pesada compre- ende uma mutação YTE.

35. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 11 e 13 a 34, caracte- rizado pelo fato de que o referido anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno compreende adicionalmente uma região constante da ca- deia leve.

36. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 35, caracterizado pelo fato de que a região constante da cadeia leve é selecionada do grupo que consiste em regi- ões constantes da cadeia leve IgGκ e IgGλ da imunoglobulina humana.

37. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a reivindicação 36, caracterizado pelo fato de que a região constante da cadeia leve é uma região constante da cadeia leve IgGκ humana.

38. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 37, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno é um anti- corpo monoclonal ou fragmento de ligação ao antígeno.

39. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 38, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno é um anti- corpo de comprimento total.

40. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 38, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno é um frag- mento de ligação ao antígeno.

41. Fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com a rei- vindicação 40, caracterizado pelo fato de que compreende um Fab, Fab', F(ab')2, Fv de cadeia única (scFv), Fv ligado por dissulfeto, intra- corpo, IgGΔCH2, minicorpo, F(ab')3, tetracorpo, triacorpo, diacorpo, DVD-Ig, Fcab, mAb2, (scFv)2 ou scFv-Fc.

42. Anticorpo que se liga especificamente a uma proteína ClfA de S. aureus, caracterizado pelo fato de que compreende uma ca- deia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 50 e uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos apresentada em SEQ ID NO: 26.

43. Anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 42, caracterizado pelo fato de que compreende adicionalmente um marcador detectável.

44. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o anticorpo monoclonal, como definido em qualquer uma das reivindica- ções 1 a 43, e um transportador farmaceuticamente aceitável.

45. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 43, e um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus e, opcionalmente, um transporta- dor farmaceuticamente aceitável.

46. Composição, de acordo com a reivindicação 45, caracte- rizada pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compre- ende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12.

47. Composição, de acordo com a reivindicação 45 ou 46, caracterizada pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 15.

48. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 45 a 47, caracterizada pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VL compreendendo a sequência de ami- noácidos de SEQ ID NO: 16.

49. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 45 a 48, caracterizada pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia pesada compreendendo a se- quência de aminoácidos de SEQ ID NO: 27.

50. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 45 a 49, caracterizada pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia leve compreendendo a sequên- cia de aminoácidos de SEQ ID NO: 28.

51. Método para tratar ou prevenir uma infecção por Sta- phylococcus aureus (S. Aureus) em um indivíduo, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo do anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 43, ou da composição, como definida em qualquer uma das reivindicações 44 a 50.

52. Método para tratar ou prevenir uma infecção por Sta- phylococcus aureus (S. aureus) em um indivíduo, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo do anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 43, e um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína alfa toxina (AT) de S. aureus.

53. Método, de acordo com a reivindicação 52, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma CDR1 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 7, uma CDR2 da VH compreendendo a sequência de aminoáci- dos de SEQ ID NO: 8, uma CDR3 da VH compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 9, uma CDR1 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 10, uma CDR2 da VL com- preendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 e uma CDR3 da VL compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 12.

54. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 53, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VH compreendendo a sequência de amino- ácidos de SEQ ID NO: 15.

55. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 54, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma VL compreendendo a sequência de amino- ácidos de SEQ ID NO: 16.

56. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 55, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia pesada compreendendo a sequên- cia de aminoácidos de SEQ ID NO: 27.

57. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 56, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus compreende uma cadeia leve compreendendo a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 28.

58. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 57, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 43 e o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus são adminis- trados simultaneamente.

59. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 52 a 57, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 43 e o anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente a uma proteína AT de S. aureus são administra- dos sequencialmente.

60. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 51 a 59, caracterizado pelo fato de que o tratamento ou prevenção de uma infecção por S. aureus em um indivíduo compreende inibir a sépsis associada a S. aureus, inibir a aglutinação de S. aureus, inibir a forma- ção de lesão tromboembólica, neutralização de toxina, induzir opsono- fagocitose, inibir ligação de fibrinogênio de S. aureus, inibir a aglutina- ção de S. aureus ou qualquer combinação dos anteriores.

61. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 51 a 60, caracterizado pelo fato de o indivíduo possui diabetes.

62. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 51 a 61, caracterizado pelo fato de que o indivíduo é ser humano.

63. Polinucleotídeo isolado, caracterizado pelo fato de que compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica a VH ou a cadeia pesada do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 42.

64. Polinucleotídeo, de acordo com a reivindicação 63, ca- racterizado pelo fato de que a molécula de ácido nucleico codifica a VH de SEQ ID NO: 13 ou a cadeia pesada de SEQ ID NO: 25, 50 ou 52.

65. Polinucleotídeo isolado, caracterizado pelo fato de que compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica a VL ou a cadeia leve do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 42.

66. Polinucleotídeo, de acordo com a reivindicação 65, ca- racterizado pelo fato de que a molécula de ácido nucleico codifica a VL de SEQ ID NO: 14 ou a cadeia leve de SEQ ID NO: 26.

67. Polinucleotídeo isolado, caracterizado pelo fato de que compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica (i) a VH ou cadeia pesada do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 42, e (ii) a VL ou cadeia leve do anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno, como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 18 e 25 a 42.

68. Vetor isolado, caracterizado pelo fato de que compre- ende o polinucleotídeo, como definido em qualquer uma das reivindica- ções 63 a 67.

69. Célula hospedeira, caracterizada pelo fato de que com- preende o polinucleotídeo, como definido em qualquer uma das reivin- dicações 63 a 67, o vetor, como definido na reivindicação 68, ou um primeiro vetor compreendendo o polinucleotídeo, como definido em qualquer uma das reivindicações 63 a 64, e um segundo vetor compre- endendo o polinucleotídeo, como definido na reivindicação 65 ou 66.

70. Célula hospedeira, de acordo com a reivindicação 69, ca- racterizada pelo fato de que é selecionada do grupo que consiste em células CHO, NS0, PER-C6, HEK-293 e HeLa.

71. Célula hospedeira, de acordo com qualquer uma das rei- vindicações 69 a 70, caracterizada pelo fato de que a célula hospedeira é isolada.

72. Método de produção de um anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno caracterizado pelo fato de que compreende a cultura da célula hospedeira, conforme definido na reivindicação 69 ou 71, de modo que o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antígeno seja produzido.

73. Método para detectar S. aureus ou ClfA de S. aureus em uma amostra, caracterizado pelo fato de que compreende o contato da referida amostra com o anticorpo ou seu fragmento de ligação ao antí- geno, como definido qualquer uma das reivindicações 1 a 43.