KR20210000662A - 상염색체 str 좌위를 포함한 ngs 패널 및 다중증폭 시스템 - Google Patents

상염색체 str 좌위를 포함한 ngs 패널 및 다중증폭 시스템 Download PDF

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KR20210000662A
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Abstract

본 발명은 상염색체 STR 좌위를 포함한 NGS(Next generation sequencing) 패널 및 다중증폭 시스템에 관한 것으로서, SE33 마커를 포함하는 25개의 STR 마커를 선별하여 25개 마커의 프라이머를 포함하는 multiplex mixture를 제조하고, 이를 적용할 수 있는 새로운 NGS 패널을 제공한다.

Description

상염색체 STR 좌위를 포함한 NGS 패널 및 다중증폭 시스템 {Autosomal Short Tandem Repeats gene locus containing Next Generation Sequencing panel and multiplex Polymerase Chain Reaction system}
본 발명은 상염색체 STR 좌위를 포함한 NGS 패널 및 다중증폭 시스템에 관한 것이다. 보다 자세하게는 본 발명에서는 NGS 패널을 위한 25개의 STR 마커로서 아멜로제닌(Amelogenin); D1S1656; TPOX(Human thyroid peroxidase gene); D2S441; D2S1338; D3S1358; FGA(Human fibrinogen alpha chain); CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene); D7S820; D8S1179; D5S818; D10S1248; SE33; TH01; vWA(von Willebrand factor A); D12S391; D13S317; Penta E; D16S539; D18S51; D19S433; D21S11; D22S1045; Penta D 및 DYS391를 선별하여 상기 25개 마커의 프라이머를 포함하는 multiplex mixture를 제조하고, 이를 적용할 수 있는 새로운 NGS 패널에 관한 것이다.
일반적으로 DNA는 시간, 자외선, 미생물 등 환경 요인에 의해 변성이 된다. 이러한 환경에 노출된 불상 변사자 신원확인을 위해 DNA를 추출하면, DNA가 변성되었을 확률이 매우 높다. 이 때 기존의 모세관전기영동(Capillary Electrophoresis, CE) 방법을 통해 STR(Short Tandem Repeats)을 수행하면 증폭 산물의 크기가 큰 마커에서 결과를 얻을 수 없다. 이런 단점을 극복하기 위해 본 발명자들은 표적 차세대염기서열 분석(targeted Next Generation Sequencing, NGS) 기법을 이용하여 증폭 산물의 크기를 줄여 변성된 DNA 시료에서 분석이 가능한 STR 다중 증폭 시스템을 구축하고자 하는 연구를 시도하고자 하였다.
STR 대립 유전자는 각 개인마다 다른 특징을 갖고 있고, NGS 기법을 이용한 STR 다중 증폭 시스템은 증폭 산물의 크기가 작을 뿐만 아니라 증폭 산물이 포함하는 정보를 제공하기 때문에 미세변이(microvariant)나 core repeat에 특이 염기서열을 포함하는 변사자의 경우 신원확인을 위한 추가 정보를 제공할 수 있다는 장점이 있다.
이에, 본 발명에서는 법과학적 감정을 목적으로 기존의 STR 분석에 사용되고 있는 SE33 마커를 포함하는 25개의 마커를 선별하여 독자적인 NGS 패널과 다중증폭 PCR 시스템을 구축하여 정확성을 높이고, 변성된 DNA에 효율적으로 적용시켜 불상변사자 신원확인에 효과적인 방법을 제공하고자 한다.
대한민국 등록특허 제10-1533792호 (발명의 명칭 : NGS 기반 인간 객체의 상염색체 분석방법, 출원인 : 대한민국, 등록일 : 2015년06월29일)
본 발명의 목적은 상염색체 STR 좌위를 포함한 NGS 패널 및 다중증폭 시스템을 제공하는 데에 있다. 보다 자세하게는 본 발명에서는 NGS 패널을 위한 25개의 STR 마커를 선별하여 상기 25개의 STR 마커의 프라이머를 포함하는 multiplex mixture를 제조하고, 이를 적용할 수 있는 새로운 NGS 패널을 제공한다.
본 발명은 인간 객체 DNA 시료의 아멜로제닌(Amelogenin); D1S1656; TPOX(Human thyroid peroxidase gene); D2S441; D2S1338; D3S1358; FGA(Human fibrinogen alpha chain); CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene); D7S820; D8S1179; D5S818; D10S1248; SE33; TH01; vWA(von Willebrand factor A); D12S391; D13S317; Penta E; D16S539; D18S51; D19S433; D21S11; D22S1045; Penta D 및 DYS391 유전좌위에 상보적으로 결합하는 각각의 프라이머 25세트를 포함하는 NGS(Next generation sequencing) 기반의 상염색체 STR(Short Tandem Repeats) 좌위 검출용 멀티플렉스 유전자 증폭 키트에 관한 것일 수 있다.
상기 멀티플렉스 유전자 증폭 키트에는 하기의 프라이머 25세트가 포함될 수 있다. 바람직하게는,
아멜로제닌 증폭용 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머;
D1S1656 증폭용 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머;
TPOX(Human thyroid peroxidase gene) 증폭용 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머;
D2S441 증폭용 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머;
D2S1338 증폭용 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머;
D3S1358 증폭용 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머;
FGA(Human fibrinogen alpha chain) 증폭용 서열번호 13 및 서열번호 14의 프라이머;
CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene) 증폭용 서열번호 15 및 서열번호 16의 프라이머;
D7S820 증폭용 서열번호 17 및 서열번호 18의 프라이머;
D8S1179 증폭용 서열번호 19 및 서열번호 20의 프라이머;
D5S818 증폭용 서열번호 21 및 서열번호 22의 프라이머;
D10S1248 증폭용 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머;
SE33 증폭용 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머;
TH01 증폭용 서열번호 27 및 서열번호 28의 프라이머;
vWA(von Willebrand factor A) 증폭용 서열번호 29 및 서열번호 30의 프라이머;
D12S391 증폭용 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머;
D13S317 증폭용 서열번호 33 및 서열번호 34의 프라이머;
Penta E 증폭용 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머;
D16S539 증폭용 서열번호 37 및 서열번호 38의 프라이머;
D18S51 증폭용 서열번호 39 및 서열번호 40의 프라이머;
D19S433 증폭용 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머;
D21S11 증폭용 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머;
D22S1045 증폭용 서열번호 45 및 서열번호 46의 프라이머;
Penta D 증폭용 서열번호 47 및 서열번호 48의 프라이머;
DYS391 증폭용 서열번호 49 및 서열번호 50의 프라이머;를 포함할 수 있다.
상기 키트에는 DNA 폴리머라아제(Polymerase)가 포함될 수 있다. 상기 키트에는 인간 DNA 표준 시료가 포함될 수 있다.
이에 본 발명은 상기 키트를 이용하여 멀티플렉스 유전자 증폭을 실시하는 NGS 기반(next generation sequencing-based) 인간 객체 DNA 시료의 상염색체 분석방법을 제공한다.
상기 DNA 시료는 혈액, 정액, 질 세포, 모발, 타액, 소변, 구강세포, 태반세포 또는 태아세포를 포함하는 양수 및 이의 혼합물을 포함하는 군으로부터 선택되는 조직으로부터 분리된 DNA 시료인 것을 특징으로 한다. 상기 DNA 시료는 DNA를 포함하는 생물학적 시료(biological sample)이거나 분절된(degraded) DNA일 수도 있다.
상기 멀티플렉스 유전자 증폭은 멀티플렉스 PCR(Polymerase Chain Reaction) 증폭 또는 직접 (direct) 멀티플렉스 PCR 증폭을 통해 수행되는 것을 특징으로 한다.
상기 방법에서 멀티플렉스 증폭 산물을 이용하여 상기 유전좌위의 대립유전자형을 결정하여, 상기 인간 객체를 유전자로 감식하는 감식 단계가 추가될 수 있다.
이 때, 멀티플렉스 유전자 감식 단계 이 후, 최종 결과를 동일 증폭 산물을 이용하여 모세관전기영동(Capillary Electrophoresis, CE) 결과와 비교하는 과정이 추가될 수 있다.
상기 멀티플렉스 유전자 증폭시 사용하는 각 프라이머의 농도는 0.05 내지 1 μM인 것이 바람직하다.
보다 상세하게 상기 NGS 기반(next generation sequencing-based) 인간 객체(human subject)의 상염색체 분석방법은 (a) 각각의 프라이머 혼합물을 이용하여 멀티플렉스 증폭을 실시하는 단계; 및 (b) 상기 (a)단계의 멀티플렉스 증폭 산물의 NGS 데이터를 이용하여 상기 유전좌위의 STR (short tandem repeat) 대립유전자형을 결정하여, 상기 인간 객체를 유전자로 감식하는 단계를 포함할 수 있다. (a)단계의 PCR 증폭은 93~97℃에서 7~15분간 변성시키고 93~97℃에서 15~30초, 55~61℃에서 40~70초, 70~75℃에서 30~50초의 조건으로 25~35회 중합반응 후 최종적으로 70~75℃에서 3~7분간 반응시켜 수행할 수 있다. 이 과정을 마친 후 인덱싱 과정이 수행되는 것이 바람직하다.
본 발명은 상염색체 STR 좌위를 포함한 NGS(Next generation sequencing) 패널 및 다중증폭 시스템에 관한 것으로서, SE33 마커와 CODIS 20좌위 등을 포함하는 25개의 STR 마커를 선별하여 25개 마커의 프라이머를 포함하는 multiplex mixture를 제조하고, 이를 적용할 수 있는 새로운 NGS 패널을 제공한다. 상기 마커 중 SE33 마커는 특성상 allele range가 커서 해당 좌위의 식별력이 높다는 장점이 있고 기존 STR 확인 키트에도 포함되기도 하였지만, 같은 이유로 amplicon 사이즈를 최대한 작게 제작하는 NGS 패널에는 포함시키기 어려운 단점이 있어 아직까지는 SE33 마커가 포함된 NGS 패널이 개발되지 않고 있다는 점에서 본 발명을 통해 기존보다 유전자 식별력이 높은 NGS 패널을 제공한다는 점에서 본 발명의 이점이 있다.
도 1은 본 발명의 방법으로 NGS를 수행하는 과정을 나타낸다.
이하 본 발명의 바람직한 실시예를 상세히 설명하기로 한다. 그러나, 본 발명은 여기서 설명되는 실시예에 한정되지 않고 다른 형태로 구체화될 수도 있다. 오히려, 여기서 소개되는 내용이 철저하고 완전해지도록, 당업자에게 본 발명의 사상을 충분히 전달하기 위해 제공하는 것이다.
<실시예 1. DNA 시료의 준비>
혈연관계가 없는 한국인 100명을 표본으로 무작위로 선정하고, 이들로부터 멸균된 면봉으로 구강 내 상피세포를 채취하였다. 실험에 사용할 DNA 시료는 QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen)을 이용하여 제조사의 실험 방법에 따라 추출하였다.
추출된 DNA 시료의 정량은 QuantifilerTM Trio DNA Quantification Kit (Thermo Fisher Scientific)를 이용하여 7500 Real-Time PCR (Thermo Fisher Scientific)을 실행하였다. 각 DNA의 최종농도는 정량 측정하여 1 ng/㎕가 되도록 하여 준비하였다.
<실시예 2. 분석대상 STR 마커 선별>
상염색체 STR(A-STR)로 NGS 패널 구축을 위한 마커 선별은 STRBase database를 참고하였다. 20개의 CODIS(Combind DNA Index System) 확장 마커들을 기본적으로 포함시켰고, 호환성 유지를 위해 국립과학수사연구원에서 개인 식별에 사용하고 있는 Thermo Fisher의 Globalfiler multiplex kit와 Promega의 Powerplex fusion multiplex kit에 포함된 마커들도 포함하였다. 또한 성별을 확인할 수 있는 Amelogenin(AMEL)을 포함하여 총 25개의 마커가 선별되었다.
이렇게 선별된 25개의 좌위는 다음과 같다.
아멜로제닌(Amelogenin); D1S1656; TPOX(Human thyroid peroxidase gene); D2S441; D2S1338; D3S1358; FGA(Human fibrinogen alpha chain); CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene); D7S820; D8S1179; D5S818; D10S1248; SE33; TH01; vWA(von Willebrand factor A); D12S391; D13S317; Penta E; D16S539; D18S51; D19S433; D21S11; D22S1045; Penta D 및 DYS391
<실시예 3. NGS 분석을 위한 멀티플렉스 PCR용 프라이머 제조, 멀티플렉스 PCR 수행, 라이브러리 정제, NGS run, 결과 분석 및 CE (Capillary Electrophoresis) data 일치 확인>
선별된 마커들은 각각 기존에 보고된 프라이머와 상이하게 새롭게 표 1에 개시된 염기서열로 디자인하였다.
프라이머 디자인은 NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)에 등록되어 있는 DNA 서열을 참고하여 Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm)를 이용하였고 NGS 프라이머의 특징상 최대한 작은 사이즈(약 300bp미만)로 만들었다. 만들어진 프라이머들은 단일 증폭 과정을 통해 DNA 증폭이 잘 수행됨을 확인하였고, 이후 25개 마커의 프라이머를 모두 혼합하여 multiplex 상태로 조합하였다.
이 때 사용된 각 프라이머의 최종 농도는 표 1에 나타내었으며, 이 프라이머들을 이용하여 증폭되는 DNA의 amplicon size도 같이 표기하였다. Amplicon size는 NCBI의 GeneBank에 등록된 DNA 서열들은 기준으로 표시되었다.
실험을 위한 주형 DNA 시료로 사용된 표준 DNA로는 2800M DNA(PROMEGA)를 사용하였다.
Marker 프라이머
Name		 서열번호 Sequence Amplicon size 농도
(μM)
Amelogenin
(X, Y)		 Amelogenin-F (X) 서열번호 1 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGGGCTCTGTAAAGAATAGTG 105/
99		 0.23
Amelogenin-R (Y) 서열번호 2 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAGAGCTTAAACTGGGAAGC
D1S1656 D1S1656-F 서열번호 3 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCTGTGTTGCTCAAGGGTCAA 151 0.15
D1S1656-R 서열번호 4 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAGAGAAATAGAATCACTAGGGAACCA
TPOX TPOX-F 서열번호 5 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGACAGAACAGGCACTTAGGGAAC 100 0.1
TPOX-R 서열번호 6 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTCCTTGTCAGCGTTTATTTGC
D2S441 D2S441-F 서열번호 7 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCAGGAACTGTGGCTCATCTAT 104 0.12
D2S441-R 서열번호 8 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGAGCTAAGTGGCTGTGGTGTT
D2S1338 D2S1338-F 서열번호 9 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTTGGAAACAGAAATGGCTTG 116 0.3
D2S1338-R 서열번호 10 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGCAGTAAGTTAAAGGATTGCAGGAG
D3S1358 D3S1358-F 서열번호 11 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGAGTCCAATCTGGGTGACAGAG 124 0.13
D3S1358-R 서열번호 12 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGAAATCAACAGAGGCTTGCAT
FGA FGA-F 서열번호 13 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGACTGTAACCAAAATAAAATTAGGCA 172 0.28
FGA-R 서열번호 14 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGCTGCTGAGTGATTTGTCTGT
CSF1PO CSF1PO-F 서열번호 15 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCTGCCTTCATAGATAGAAGAT 111 0.8
CSF1PO-R 서열번호 16 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTTCCTGTGTCAGACCCTGTT
D7S820 D7S820-F 서열번호 17 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGAGAACACTTGTCATAGTTTAGAA 165 0.6
D7S820-R 서열번호 18 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTCATTGACAGAATTGCACCA
D8S1179 D8S1179-F 서열번호 19 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTGGCAACTTATATGTATTTTTG 125 0.4
D8S1179-R 서열번호 20 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTCCTGTAGATTATTTTCACTGTGG
D5S818 D5S818-F 서열번호 21 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGTGATTTTCCTCTTTGGTATCCT 122 0.3
D5S818-R 서열번호 22 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGCAACATTTGTATCTTTATCTGTATCC
D10S1248 D10S1248-F 서열번호 23 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTTAATGAATTGAACAAATGAGTGAG 133 0.4
D10S1248-F 서열번호 24 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGCTCTTTTTCCCTTGTCTTGTTATT
SE33 SE33-F 서열번호 25 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTAATGAATTGAACAAATGAGTGAGT 248 1.2
SE33-R 서열번호 26 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAACTCTGGTTGTATTGTCTTCAT
THO1 THO1-F 서열번호 27 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTGGCCTGTTCCTCCCTTATTT 94 0.1
THO1-R 서열번호 28 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTCACAGGGAACACAGACTCC
vWA vWA-F 서열번호 29 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGAGAATAATCAGTATGTGACTTGGAT 135 0.27
vWA-R 서열번호 30 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAGATGATAAATACATAGGATGGATG
D12S391 D12S391-F 서열번호 31 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGAAAGAATCAACAGGATCAATGG 136 0.25
D12S391-R 서열번호 32 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAATTCCTCTAATAAATCCCCTCTC
D13S317 D13S317-F 서열번호 33 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTCTGGACTCTGACCCATCTAA 133 0.25
D13S317-R 서열번호 34 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGCCCAAAAAGACAGACAGAAAGAT
Penta E Penta E-F 서열번호 35 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGGCGACTGAGCAAGACTCA 81 0.35
Penta E-R 서열번호 36 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGGGTTATTAATTGAGAAAACTCCTT
D16S539 D16S539-F 서열번호 37 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTCCCAAGCTCTTCCTCTTCC 133 0.18
D16S539-R 서열번호 38 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGCATGTATCTATCATCCATCTCTG
D18S51 D18S51-F 서열번호 39 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCAGTTGCTACTATTTCTTTTCTTTTTC 145 0.35
D18S51-R 서열번호 40 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTGAGTGACAAATTGAGACCTTGT
D19S433 D19S433-F 서열번호 41 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTATTTTGGTGCACCCATTACCC 145 0.42
D19S433-R 서열번호 42 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGCCTGGGCAACAGAATAAGATT
D21S11 D21S11-F 서열번호 43 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGTGAGTCAATTCCCCAAGTGAA 184 0.5
D21S11-R 서열번호 44 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGGAGGTAGATAGACTGGATAG
D22S1045 D22S1045-F 서열번호 45 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGGCTAGATTTTCCCCGATGA 117 0.48
D22S1045-R 서열번호 46 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGATCACGCGAATGTATGATTGG
Penta D Penta D-F 서열번호 47 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGAGCAAGACACCATCTCAAGAA 126 0.25
Penta D-R 서열번호 48 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTGATTCTCTTTTTTTCCCCTTC
DYS391 DYS391-F 서열번호 49 TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGTTCATTCAATCATACACCCATATC 97 0.35
DYS391-R 서열번호 50 GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGAGGTAGGCAGGCAGATAGGC
2800M
Marker Allele Size
(bases)		 서열번호 Sequence Read
Amelogenin X 60 서열번호 51 TGTTGATTCTTTATCCCAGATGTTTCTCAAGTGGTCCTGATTTTACAGTTCCTACCACCA 3188
Amelogenin Y 66 서열번호 52 GGTGGATTCTTCATCCCAAATAAAGTGGTTTCTCAAGTGGTCCCAATTTTACAGTTCCTACCATCA 2461
D1S1656 13 94 서열번호 53 AATATATATACATACAATTAAACACACACACATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACATCACACAG 4781
D1S1656 12 90 서열번호 54 AATATATATACATACAATTAAACACACACACACCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACATCACACAG 3972
TPOX 11 57 서열번호 55 CCTCACTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGTTTGG 2105
D2S441 10 53 서열번호 56 GAAAACTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATATCAT 5510
D2S441 14 69 서열번호 57 GAAAACTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTTATCTATCTATATCAT 4915
D2S1338 22 92 서열번호 58 GGAAGGAAGGACGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAAGGC 3412
D2S1338 25 104 서열번호 59 GGAAGGAAGGACGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAAGGC 2854
D3S1358 17 86 서열번호 60 GTATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAGACAGGGTCTTG 3260
D3S1358 18 90 서열번호 61 GTATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAGACAGGGTCTTG 2418
FGA 20 122 서열번호 62 AATTGCCAGCAAAAAAGAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAAAAAAGAAAGAAAGAAACTAGCTTGTAAATA 5570
FGA 23 134 서열번호 63 AATTGCCAGCAAAAAAGAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAAAAAAGAAAGAAAGAAACTAGCTTGTAAATA 4823
CSF1PO 12 70 서열번호 64 CTAAGTACTTCCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAATCTATCT 7793
D7S820 8 106 서열번호 65 AATATTGGTAATTAAATGTTTACTATAGACTATTTAGTGAGATAAAAAAAAACTATCAATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGTTAGTTCG 5301
D7S820 11 118 서열번호 66 AATATTGGTAATTAAATGTTTACTATAGACTATTTAGTGAGATAAAAAAAAACTATCAATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGTTAGTTCG 4009
D8S1179 15 85 서열번호 67 TATTTCATGTGTACATTCGTATCTATCTATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTCC 7187
D8S1179 14 81 서열번호 68 TATTTCATGTGTACATTCGTATCTATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTCC 5891
D5S818 12 77 서열번호 69 TTATTTATACCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCAAAATATTACGTA 5350
D5S818 12 77 서열번호 70 TTATTTATACCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCAAAATATTACATA 3957
D10S1248 13 84 서열번호 71 TGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAATGAAGACAATACAACCAGAGTTGTTCCTTT 3388
D10S1248 15 92 서열번호 72 TGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAATGAAGACAATACAACCAGAGTTGTTCCTTT 2563
SE33 15 154 서열번호 73 AAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAAGAAAGAAAGAG 4246
SE33 16 158 서열번호 74 AAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAAGAAAGAAAGAG 3033
TH01 9.3 49 서열번호 75 ATGGTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGATGAATGAATGAATGAGGG 2220
TH01 6 34 서열번호 76 ATGGTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAGGG 1841
vWA 16 77 서열번호 77 GATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGATAGATCA 3148
vWA 19 89 서열번호 78 GATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGATAGATCA 2199
D12S391 23 102 서열번호 79 ATGCATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAC 4149
D12S391 18 82 서열번호 80 ATGCATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAT 4117
D13S317 11 85 서열번호 81 CGCCTATCTGTATTTACAAATACATTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAATCATCTATCT 4289
D13S317 9 77 서열번호 82 CGCCTATCTGTATTTACAAATACATTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAATCAATCATCTATCT 3406
Penta E 7 47 서열번호 83 ACAATTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTGAGAC 5877
Penta E 14 82 서열번호 84 ACAATTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTGAGAC 4963
D16S539 13 97 서열번호 85 CTAGATCAATACAGACAGACAGACAGGTGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATCATTGAAAGACAAAA 2327
D16S539 9 81 서열번호 86 CTAGATCAATACAGACAGACAGACAGGTGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATCATTGAAAGACAAAC 2304
D18S51 18 95 서열번호 87 TCTTTCTTTCCTCTCTCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTGAG 3913
D18S51 16 87 서열번호 88 TCTTTCTTTCCTCTCTCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTGAG 3204
D19S433 13 97 서열번호 89 GAATAAAAATCTTCTCTCTTTCTTCCTCTCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTACCTTCTTTCCTTCAACAG 4162
D19S433 14 101 서열번호 90 GAATAAAAATCTTCTCTCTTTCTTCCTCTCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTACCTTCTTTCCTTCAACAG 3503
D21S11 29 141 서열번호 91 TTGCCTTCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATATCTATCTATCTATCATCTATCTATCCATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGTCTAT 5370
D21S11 31.2 151 서열번호 92 TTGCCTTCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATATCTATCTATCTATCATCTATCTATCCATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATATCTATCGTCTAT 3814
D22S1045 16 73 서열번호 93 TAGTAGTCTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTGTTATAAAAATATTG 11621
Penta D 13 82 서열번호 94 AGAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAC 4679
Penta D 12 77 서열번호 95 AGAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAC 4049
DYS391 10 53 서열번호 96 TGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT 7271
Marker NGS CE Concordance
Amelogenin X-Y X-Y C
D1S1656 12-13 12-13 C
TPOX 11 11 C
D2S441 10-14 10-14 C
D2S1338 22-25 22-25 C
D3S1358 17-18 17-18 C
FGA 20-23 20-23 C
CSF1PO 12 12 C
D7S820 8-11 8-11 C
D8S1179 14-15 14-15 C
D5S818 12-12 12 C
D10S1248 13-15 13-15 C
SE33 15-16 15-16 C
TH01 6-9.3 6-9.3 C
vWA 16-19 16-19 C
D12S391 18-23 18-23 C
D13S317 9-11 9-11 C
PentaE 7-14 7-14 C
D16S539 9-13 9-13 C
D18S51 16-18 16-18 C
D19S433 13-14 13-14 C
D21S11 29-31.2 29-31.2 C
PentaD 12-13 12-13 C
D22S1045 16 16 C
DYS391 10 10 C
이 때, 표 2를 살펴보면, 대립 유전자형을 비롯하여 각각의 sequence 값을 확인할 수 있으며, 마지막 항목의 Read 값은 얼마나 많은 반복 수로 sequencing이 실행되었는지를 알 수 있다. 이 값은 각각의 sequence에 따라서 결과를 볼 수 있기 때문에 대립유전자형이 동형접합(Homozygosity)인 경우에도 sequence의 서열이 다를 경우(Iso-sequence)와 분리되어 그 결과가 나온다.
예를 들어 2800M 표준 DNA의 경우 D5S818의 좌위의 대립유전자형은 NGS와 CE 결과 값에서 각각 12-12와 12를 얻게 된다. CE 결과값에서는 대립유전자형을 동형 접합성으로 12 하나만을 얻은 것이고, NGS 결과 값에서는 동형 접합성이라 할지라도 sequence의 서열이 달라지면 이것을 각각의 대립유전자형이라고 인식하여 12-12로 표시된 것이다. 이를 통해 NGS의 결과값이 CE 결과 값보다 높은 유전적 다양성을 지니는 것으로 볼 수 있다.
<실시예 4. 100명 시료의 NGS 및 CE 분석 결과 비교>
표준 DNA를 통하여 NGS와 CE 값이 일치하는지 확인 후, 다음으로는 다양한 시료에서 이 패널이 정확하게 분석되는지를 알아보기 위하여 같은 방법으로 한국인 100명을 NGS 분석하였다.
그 결과, 100명 시료의 NGS data를 CE 분석법과 대립유전자형을 비교한 바, 도 2 및 도 3에서와 같이 100개의 시료 모두 일치함(C : Concordance)을 확인할 수 있었다. 이러한 결과로 인해 새롭게 구축한 상염색체 NGS 패널에서 각 좌위의 대립 유전자형이 바르게 분석됨을 증명할 수 있다.
<110> Republic of Korea (National Forensic Service) <120> Autosomal Short Tandem Repeats gene locus containing Next Generation Sequencing panel and multiplex Polymerase Chain Reaction system <130> 231 <150> KR 10-2019-0075406 <151> 2019-06-25 <160> 96 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga caggggctct gtaaagaata gtg 53 <210> 2 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagagagct taaactggga agc 53 <210> 3 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagctgtgtt gctcaagggt caa 53 <210> 4 <211> 60 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagagagaa atagaatcac tagggaacca 60 60 <210> 5 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagacagaac aggcacttag ggaac 55 <210> 6 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 6 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtccttg tcagcgttta tttgc 55 <210> 7 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagccaggaa ctgtggctca tctat 55 <210> 8 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggagcta agtggctgtg gtgtt 55 <210> 9 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagttggaaa cagaaatggc ttg 53 <210> 10 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 10 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagcagtaa gttaaaggat tgcaggag 58 <210> 11 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 11 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagagtccaa tctgggtgac agag 54 <210> 12 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 12 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggaaatc aacagaggct tgcat 55 <210> 13 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 13 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagactgtaa ccaaaataaa attaggca 58 <210> 14 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 14 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggctgct gagtgatttg tctgt 55 <210> 15 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 15 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagctgcctt catagataga agat 54 <210> 16 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 16 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagttcctg tgtcagaccc tgtt 54 <210> 17 <211> 56 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 17 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagagaacac ttgtcatagt ttagaa 56 <210> 18 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 18 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtcattg acagaattgc acca 54 <210> 19 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 19 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagcctggca acttatatgt atttttg 57 <210> 20 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 20 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtcctgt agattatttt cactgtgg 58 <210> 21 <211> 56 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 21 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga caggtgattt tcctctttgg tatcct 56 <210> 22 <211> 60 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 22 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagcaacat ttgtatcttt atctgtatcc 60 60 <210> 23 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 23 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagttaatga attgaacaaa tgagtgag 58 <210> 24 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 24 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagctcttt ttcccttgtc ttgttatt 58 <210> 25 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 25 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagtaatgaa ttgaacaaat gagtgagt 58 <210> 26 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 26 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagaactct ggttgtattg tcttcat 57 <210> 27 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 27 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagtggcctg ttcctccctt attt 54 <210> 28 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 28 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtcacag ggaacacaga ctcc 54 <210> 29 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 29 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagagaataa tcagtatgtg acttggat 58 <210> 30 <211> 59 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 30 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagagatga taaatacata ggatggatg 59 <210> 31 <211> 56 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 31 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga caggaaagaa tcaacaggat caatgg 56 <210> 32 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 32 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagaattcc tctaataaat cccctctc 58 <210> 33 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 33 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagtctggac tctgacccat ctaa 54 <210> 34 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 34 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagcccaaa aagacagaca gaaagat 57 <210> 35 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 35 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagggcgact gagcaagact ca 52 <210> 36 <211> 59 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 36 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggggtta ttaattgaga aaactcctt 59 <210> 37 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 37 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagtcccaag ctcttcctct tcc 53 <210> 38 <211> 58 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 38 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggcatgt atctatcatc catctctg 58 <210> 39 <211> 60 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 39 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagcagttgc tactatttct tttctttttc 60 60 <210> 40 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 40 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtgagtg acaaattgag accttgt 57 <210> 41 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 41 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagtattttg gtgcacccat taccc 55 <210> 42 <211> 56 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 42 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acaggcctgg gcaacagaat aagatt 56 <210> 43 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 43 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga caggtgagtc aattccccaa gtgaa 55 <210> 44 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 44 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagggaggt agatagactg gatag 55 <210> 45 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 45 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagggctaga ttttccccga tga 53 <210> 46 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 46 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagatcacg cgaatgtatg attgg 55 <210> 47 <211> 55 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 47 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga caggagcaag acaccatctc aagaa 55 <210> 48 <211> 56 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 48 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagtgattc tctttttttc cccttc 56 <210> 49 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 49 tcgtcggcag cgtcagatgt gtataagaga cagttcattc aatcatacac ccatatc 57 <210> 50 <211> 54 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 50 gtctcgtggg ctcggagatg tgtataagag acagaggtag gcaggcagat aggc 54 <210> 51 <211> 60 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 51 tgttgattct ttatcccaga tgtttctcaa gtggtcctga ttttacagtt cctaccacca 60 60 <210> 52 <211> 66 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 52 ggtggattct tcatcccaaa taaagtggtt tctcaagtgg tcccaatttt acagttccta 60 ccatca 66 <210> 53 <211> 94 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 53 aatatatata catacaatta aacacacaca catctatcta tctatctatc tatctatcta 60 tctatctatc tatctatcta tctacatcac acag 94 <210> 54 <211> 90 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 54 aatatatata catacaatta aacacacaca cacctatcta tctatctatc tatctatcta 60 tctatctatc tatctatcta catcacacag 90 <210> 55 <211> 57 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 55 cctcactgaa tgaatgaatg 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sapiens <400> 62 aattgccagc aaaaaagaaa ggaagaaagg aaggaaggag aaagaaagaa agaaagaaag 60 aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagag aaaaaagaaa gaaagaaact agcttgtaaa 120 ta 122 <210> 63 <211> 134 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 63 aattgccagc aaaaaagaaa ggaagaaagg aaggaaggag aaagaaagaa agaaagaaag 60 aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagaa agaaagaaag agaaaaaaga aagaaagaaa 120 ctagcttgta aata 134 <210> 64 <211> 70 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 64 ctaagtactt cctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctatcta tctatctatc 60 taatctatct 70 <210> 65 <211> 106 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 65 aatattggta attaaatgtt tactatagac tatttagtga gataaaaaaa aactatcaat 60 ctgtctatct atctatctat ctatctatct atctatcgtt agttcg 106 <210> 66 <211> 118 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 66 aatattggta attaaatgtt tactatagac tatttagtga gataaaaaaa aactatcaat 60 ctgtctatct atctatctat ctatctatct atctatctat ctatctatcg ttagttcg 118 <210> 67 <211> 85 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 67 tatttcatgt gtacattcgt atctatctat ctgtctatct atctatctat ctatctatct 60 atctatctat ctatctatct attcc 85 <210> 68 <211> 81 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 68 tatttcatgt gtacattcgt atctatctgt ctatctatct atctatctat ctatctatct 60 atctatctat ctatctattc c 81 <210> 69 <211> 77 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 69 ttatttatac ctctatctat ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat 60 cttcaaaata ttacgta 77 <210> 70 <211> 77 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 70 ttatttatac ctctatctat ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat 60 cttcaaaata ttacata 77 <210> 71 <211> 84 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 71 tggaaggaag gaaggaagga aggaaggaag gaaggaagga aggaaggaag gaaatgaaga 60 caatacaacc agagttgttc cttt 84 <210> 72 <211> 92 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 72 tggaaggaag gaaggaagga aggaaggaag gaaggaagga aggaaggaag gaaggaagga 60 aatgaagaca atacaaccag agttgttcct tt 92 <210> 73 <211> 154 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 73 aagaaagaaa gagagagaga gagaaaggaa ggaaggaaga aaaagaaaga aaaagaaaga 60 aagagaaaga aagaaagaga aagaaagaaa gaaagaaaga 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102 <210> 80 <211> 82 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 80 atgcataggt agatagatag atagatagat agatagatag atagatagat agatagacag 60 acagacagac agacagacag at 82 <210> 81 <211> 85 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 81 cgcctatctg tatttacaaa tacattatct atctatctat ctatctatct atctatctat 60 ctatctatct atcaatcatc tatct 85 <210> 82 <211> 77 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 82 cgcctatctg tatttacaaa tacattatct atctatctat ctatctatct atctatctat 60 caatcaatca tctatct 77 <210> 83 <211> 47 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 83 acaattttct tttcttttct tttcttttct tttcttttct ttgagac 47 <210> 84 <211> 82 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 84 acaattttct tttcttttct tttcttttct tttcttttct tttcttttct tttcttttct 60 tttcttttct tttctttgag ac 82 <210> 85 <211> 97 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 85 ctagatcaat acagacagac agacaggtgg atagatagat agatagatag atagatagat 60 agatagatag atagatagat atcattgaaa gacaaaa 97 <210> 86 <211> 81 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 86 ctagatcaat acagacagac agacaggtgg atagatagat 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92 ttgccttcta tctatctatc tatctatctg tctgtctgtc tgtctgtctg tctatctatc 60 tatatctatc tatctatcat ctatctatcc atatctatct atctatctat ctatctatct 120 atctatctat ctatctatat ctatcgtcta t 151 <210> 93 <211> 73 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 93 tagtagtctc attattatta ttattattat tattattatt attattatta ctattattgt 60 tataaaaata ttg 73 <210> 94 <211> 82 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 94 agaaaaaaaa gaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag 60 aaaagaaaag aaaagaaaaa ac 82 <210> 95 <211> 77 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 95 agaaaaaaaa gaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag aaaagaaaag 60 aaaagaaaag aaaaaac 77 <210> 96 <211> 53 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 96 tgtctgtctg tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctatcta tct 53

Claims (5)

  1. 인간 객체 DNA 시료의 아멜로제닌(Amelogenin); D1S1656; TPOX(Human thyroid peroxidase gene); D2S441; D2S1338; D3S1358; FGA(Human fibrinogen alpha chain); CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene); D7S820; D8S1179; D5S818; D10S1248; SE33; TH01; vWA(von Willebrand factor A); D12S391; D13S317; Penta E; D16S539; D18S51; D19S433; D21S11; D22S1045; Penta D 및 DYS391 유전좌위에 상보적으로 결합하는 각각의 프라이머 25세트를 포함하는 NGS(Next generation sequencing) 기반의 상염색체 STR(Short Tandem Repeats) 좌위 검출용 멀티플렉스 유전자 증폭 키트.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 멀티플렉스 유전자 증폭 키트에 하기의 프라이머 25세트가 포함되는 것을 특징으로 하는 NGS 기반의 상염색체 STR 좌위 검출용 멀티플렉스 유전자 증폭 키트.
    아멜로제닌 증폭용 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머;
    D1S1656 증폭용 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머;
    TPOX(Human thyroid peroxidase gene) 증폭용 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머;
    D2S441 증폭용 서열번호 7 및 서열번호 8의 프라이머;
    D2S1338 증폭용 서열번호 9 및 서열번호 10의 프라이머;
    D3S1358 증폭용 서열번호 11 및 서열번호 12의 프라이머;
    FGA(Human fibrinogen alpha chain) 증폭용 서열번호 13 및 서열번호 14의 프라이머;
    CSF1PO(Human c-fms proto-oncogene for CSF-1 receptor gene) 증폭용 서열번호 15 및 서열번호 16의 프라이머;
    D7S820 증폭용 서열번호 17 및 서열번호 18의 프라이머;
    D8S1179 증폭용 서열번호 19 및 서열번호 20의 프라이머;
    D5S818 증폭용 서열번호 21 및 서열번호 22의 프라이머;
    D10S1248 증폭용 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머;
    SE33 증폭용 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머;
    TH01 증폭용 서열번호 27 및 서열번호 28의 프라이머;
    vWA(von Willebrand factor A) 증폭용 서열번호 29 및 서열번호 30의 프라이머;
    D12S391 증폭용 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머;
    D13S317 증폭용 서열번호 33 및 서열번호 34의 프라이머;
    Penta E 증폭용 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머;
    D16S539 증폭용 서열번호 37 및 서열번호 38의 프라이머;
    D18S51 증폭용 서열번호 39 및 서열번호 40의 프라이머;
    D19S433 증폭용 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머;
    D21S11 증폭용 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머;
    D22S1045 증폭용 서열번호 45 및 서열번호 46의 프라이머;
    Penta D 증폭용 서열번호 47 및 서열번호 48의 프라이머;
    DYS391 증폭용 서열번호 49 및 서열번호 50의 프라이머.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 키트에는 DNA 폴리머라아제(Polymerase)가 포함되는 것을 특징으로 하는 NGS 기반의 상염색체 STR 좌위 검출용 멀티플렉스 유전자 증폭 키트.
  4. 제4항에 있어서,
    상기 키트에는 인간 DNA 표준 시료가 포함되는 것을 특징으로 하는 NGS 기반의 상염색체 STR 좌위 검출용 멀티플렉스 유전자 증폭 키트.
  5. 제1항의 키트를 이용하여 멀티플렉스 유전자 증폭을 실시하는 NGS 기반(next generation sequencing-based) 인간 객체 DNA 시료의 상염색체 분석방법.
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