KR101341943B1 - Ｓｔｒ 검출용 키트 및 이를 이용한 ｓｔｒ 검출 방법 - Google Patents
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Abstract
개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 짧은 연쇄 반복 염기 서열(STR) 좌위를 검출하기 위한 키트 및 이를 이용한 STR 검출 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 STR 좌위를 검출하기 위한 키트 및 이를 이용한 STR 검출 방법에 의하면, 변성된 DNA 시료에 대한 개인 식별, 친자 확인 및 혈족 확인 등의 검사를 효과적으로 수행할 수 있다.
Description
개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 짧은 연쇄 반복 염기 서열(STR) 좌위를 검출하기 위한 키트 및 이를 이용한 STR 검출 방법에 관한 것이다.
STR(Short Tandem Repeat) 좌위는 고변이성(hypervariable)이며, 게놈 전체에 걸쳐 넓게 흩어져 있고, 이들 좌위는 공우성(co-domonant) 유전과 몇개의 뉴클레오티드가 반복된 다중 대립유전자(multi-alleles)를 나타내며, 높은 민감도(sensitivity)와 재현성(reproducibility)을 갖는 장점이 있다기 때문에, 개인 식별을 위한 강력한 마커로 알려져 있다.
Applied Biosystems사의 AmpFlSTR Identifiler와 Promega사의 PowerPlex 16이 가장 대표적인 STR을 이용한 개인 식별용 유전자 분석 키트이다. 이들은 개인식별, 친자확인, 혈족확인 등의 각종 법과학적 목적을 위해 23쌍의 상염색체에 존재하는 16개 STR 유전자좌를 동시에 증폭하여 유전자 프로필을 분석할 수 있다. 이들 키트에서 증폭되는 유전자는 약 100 내지 450 bp의 범위에서 증폭되는 것으로 알려져 있다. 그러나 고인골 또는 범죄 현장의 시료 등 법의학 분야에서 흔히 이용되는 DNA 시료는 외부 환경에 오랜 시간 노출되어 DNA가 심하게 변성되어 있다. 따라서 기존 기술을 이용해서 변성된 DNA를 증폭할 경우에는 PCR 증폭 산물의 넓은 범위로 인해 일부 또는 전체 유전자가 누락된 유전자 프로필을 생산할 수 있다. 그러므로, 심하게 변성된 DNA는 이러한 방법으로 분석하기 어렵다는 단점이 있다.
따라서, 종래 기술에 의하더라도, 더욱 효과적으로 개인 식별 마커로서 STR 좌위를 검출하기 위한 키트의 개발 필요성이 요구된다.
개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 짧은 연쇄 반복 염기 서열(STR) 좌위를 검출하기 위한 키트 및 이를 이용한 STR 검출 방법을 제공하는 것이다.
일 양상은 (a) 서열번호 1의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 2의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D18S51(GenBank Accession No. AP001534.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(b) 서열번호 3의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 4의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D8S1179(GenBank Accession No. AF216671.7)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(c) 서열번호 5의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 6의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 FGA(GenBank Accession No. M64982.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(d) 서열번호 7의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 8의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D21S11(GenBank Accession No. AP000433.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(e) 서열번호 9의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 10의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 vWA(GenBank Accession No. M25858.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(f) 서열번호 11의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 12의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D16S539(GenBank Accession No. AC024591.4)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(g) 서열번호 13의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 14의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D3S1358(GenBank Accession No. NT_005997.8)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(h) 서열번호 15의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 16의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 THO1(GenBank Accession No. D00269.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(i) 서열번호 17의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 18의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 TPOX(GenBank Accession No. M68651.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트; 및
(j) 서열번호 19의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 20의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 AMEL(GenBank Accession No. M55419.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2 이상의 프라이머 세트를 포함하는, 개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 짧은 연쇄 반복 염기 서열(short tandem repeat, STR) 좌위를 검출하기 위한 키트를 제공한다.
용어 “프라이머(primer)”는 적합한 온도에서 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합 반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 인자, 예를 들어, 온도와 프라이머의 용도에 따라 차이가 있지만 전형적으로 15 내지 30개의 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머는 주형과 충분히 안정된 혼성화 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구할 수 있다. 용어 "전방향 프라이머(forward primer)" 및 "역방향 프라이머(reverse primer)"는 중합 효소 연쇄 반응에 의해 증폭되는 주형의 일정한 부위의 3' 말단 및 5' 말단에 각각 결합하는 프라이머를 의미한다. 프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서, 일 구체예에 따른 프라이머 세트는 주형인 뉴클레오티드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분한 것으로 해석된다. 이러한 프라이머의 디자인은 주형이 되는 폴리뉴클레오티드의 염기 서열을 참조하여 당업자에 의해 용이하게 실시할 수 있으며, 예를 들어, 프라이머 디자인용 프로그램(예를 들어, PRIMER 3, VectorNTI 프로그램)을 이용하여 할 수 있다.
한편, 일 구체예에 따른 프라이머는 주형의 한 부위에 혼성화 또는 어닐링되어, 이중쇄 구조를 형성한다. 이러한 이중쇄 구조를 형성하는 데 적합한 핵산 혼성화의 조건은 Joseph Sambrook, et al., Molecular Cloning , A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(2001) 및 Haymes, B. D., 등, Nucleic Acid Hybridization , A Practical Approach, IRL Press, Washington, D.C.(1985)에 개시되어 있다. 예를 들면, 상기 프라이머는 상기 서열 번호 1 내지 서열 번호 20 중 어느 하나의 염기 서열 내의 10개 이상 또는 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 상기 프라이머는 상기 서열 번호 1 내지 서열 번호 20 중 어느 하나의 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
상기 프라이머 세트는 특히, 변성된 DNA 시료의 효과적인 분석을 위해서, STR 반복 부위에 가능한 가깝도록 제작하였다. 그 결과, PCR 증폭 산물의 크기는 약 50 내지 300 bp가 되도록 하여, 종래의 기술에 비해 증폭 산물의 크기를 100 bp 이상 감소시켰다.
일 구체예에 따르면, 상기 프라이머는 말단에 부착된 검출 가능한 표지를 더 포함하는 것일 수 있다. 용어 "검출 가능한 표지(detectable label)"는 표지가 없는 동일한 종류의 분자들 중에서 표지를 포함하는 분자의 특이적으로 검출하도록 하는 원자 또는 분자로, 상기 검출 가능한 표지는 예를 들어, 발색 물질, 형광 물질 또는 인광 물질일 수 있으나, 이에 한정하지는 않는다. 상기 검출 가능한 표지는 형광 물질인 것이 가장 바람직하며, 상기 형광 물질은 예를 들어, 6-FAM, VIC, NED, PET, ROX, HEX, dR110, dR6G, dTAMRA 및 dROX로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있으나, 이에 한정하지는 않는다.
일 구체예에 따르면, 상기 키트는 반응 완충액, DNA 중합 효소, dNTP(dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP를 포함하는 혼합물)를 더 포함할 수 있다. 상기 DNA 중합 효소는 예를 들어, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus (Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합 효소일 수 있다. 또한, 반응 완충액은 증폭 반응의 pH를 조절함으로써 증폭 반응의 하나 이상의 구성 요소의 안정성, 활성, 및/또는 수명을 변형시키는 증폭 반응에 첨가되는 화합물로서, 이러한 완충 용액들은 당업계에 잘 알려져 있으며, 예를 들어, Tris, Tricine, MOPS, 또는 HEPES일 수 있으나 이에 한정하지는 않는다. 이 외에도, 상기 키트는 필요에 따라, DNA 중합 효소 조인자를 더 포함할 수 있다.
다른 양상은 생물학적 시료를 상기 키트에 첨가하여 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 수행하는 단계; 및
상기 PCR 결과로부터 상기 생물학적 시료 중의 STR 좌위의 존재 여부를 확인하는 단계를 포함하는, 개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 STR 좌위를 검출하는 방법을 제공한다.
일 구체예에 따르면, 상기 생물학적 시료는 사람의 조직 또는 세포로부터 추출한 DNA일 수 있다. 예를 들어, 상기 DNA는 범죄 현장에서 발견된 사람의 체모 또는 체액과 같은 사람의 세포 일부로부터 추출한 것일 수 있으며, 시신 발굴 등을 통해 수득한 고인골 등으로부터 추출한 것일 수 있다. 사람의 세포로부터 DNA의 추출은 당업계에 잘 알려진 DNA 추출 키트를 사용하여 수행될 수 있다. 위와 같이, 상기 생물학적 시료로부터 DNA를 별도로 추출하는 방법을 수행할 수 있으나, PCR 과정 중 발생하는 높은 온도에 의해 사람 세포의 세포막이 파괴되고 그로 인해 세포 내의 DNA가 외부로 노출될 수 있으므로, 상기 생물학적 시료 자체를 PCR 반응에 바로 사용할 수도 있다.
일 구체예에 따르면, 상기 중합효소 연쇄반응은 다중 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR)일 수 있다. 즉, PCR 반응액에 상기 키트 내에 포함된 2 이상의 프라이머 세트를 동시에 넣고, 한번의 PCR 반응으로부터 여러 종류의 STR 좌위를 검출할 수 있다. 일 구체예에 따르면, 상기 STR 좌위는 D18S51, D8S1179, FGA, D21S11, vWA, D16S539, D3S1358, THO1, TPOX 및 AMEL로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자좌인 것일 수 있으며, 가장 바람직하게는 상기 방법은 다중 중합효소 연쇄반응으로부터 상기 10개의 유전자좌의 존재 여부를 한번에 동시에 확인하는 것일 수 있다.
일 구체예에 따른 STR의 검출 방법에 있어서, PCR 반응은 당업계에 알려진 통상적인 조건을 변형하여 실시할 수 있으며, 예를 들어, 초기 변성(initial denaturation)을 95℃에서 10분 및 96℃에서 1분 동안 수행한 후, 변성(denaturation)을 94℃에서 30초, 프라이머의 어닐링(annealing)을 56℃에서 30초, 및 신장(elongation)을 70℃에서 45초 동안 총 10회 실시하고, 다시, 변성을 90℃에서 30초, 프라이머의 어닐링을 56℃에서 30초 및 신장(elongation)을 70℃에서 45초 동안 총 18 내지 22회 실시하는 조건으로 수행할 수 있다.
본 발명에 따른 STR 좌위를 검출하기 위한 키트 및 이를 이용한 STR 검출 방법에 의하면, 변성된 DNA 시료에 대한 개인 식별, 친자 확인 및 혈족 확인 등의 검사를 효과적으로 수행할 수 있다.
도 1은 본 발명에 따른 STR 좌위 검출용 키트를 위한 각 마커들의 PCR 산물 크기 및 형광 표지 물질을 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명에 따른 키트를 사용하여 STR 좌위를 검출하는 경우의 PCR 수행 조건을 나타낸 것이다.
도 3a 및 도 3b는 Powerplex 16 키트 및 본 발명에 따른 키트를 사용하여 STR 좌위를 검출하는 PCR 수행 결과를 나타낸 전기영동도(electropherogram)를 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명에 따른 키트를 사용하여 STR 좌위를 검출하는 경우의 PCR 수행 조건을 나타낸 것이다.
도 3a 및 도 3b는 Powerplex 16 키트 및 본 발명에 따른 키트를 사용하여 STR 좌위를 검출하는 PCR 수행 결과를 나타낸 전기영동도(electropherogram)를 나타낸 것이다.
이하 하나 이상의 구체예를 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나 이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: STR 좌위 검출용 키트를 위한 마커의 선정 및 프라이머의 제작
국제적으로 통용되고 있는 FBI의 표준 STR 유전자좌인 13개 CODIS(Combined DNA Index System) 중에서, discrimination 또는 heterozygosity가 높은 마커 및 증폭 산물의 크기를 줄이기 위한 대립 인자의 범위를 고려하여, 한국인 집단에 다양성이 높아 개인 식별, 친자 확인, 혈족 확인 등의 분석에 적합한 10개의 STR 유전자좌를 선별하였다(Jin et al., 2007; Forensic Genetic Analysis for the PowerPlex-16 system in the Korean Population; Korean J Genetics 29:498-496). 이후, 상기 10개의 STR 유전자좌를 증폭할 수 있는 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머를 Applied Biosystems에 의뢰하여 제작하였다. 하기 표 1 및 표 2는 각각 STR 유전자좌 및 프라이머에 대한 정보를 나타내었다. 또한, 도 1에서 본 발명에 따른 STR 좌위 검출용 키트를 위한 각 마커들의 PCR 산물 크기 및 형광 표지 물질을 나타내었다. 하기 표 2의 dye는 프라이머의 5' 말단에 결합하도록 제작 의뢰하였다.
| 마커 | 염색체상 위치 |
Ref. Allele |
산물의 크기(bp) | Allele 범위 |
최소 크기 | 최대 크기 |
| D18S51 | 18q21.33 | 18 | 174 | 7~27 | 130 | 210 |
| D8S1179 | 8q24.13 | 13 | 116 | 7~20 | 90 | 142 |
| FGA | 4q28 | 21 | 200 | 12.2~51.2 | 166 | 322 |
| D21S11 | 21q21.1 | 29 | 185 | 12, 24~41.2 | 117, 165 | 235 |
| vWA | 12p13.31 | 18 | 143 | 10~25 | 111 | 171 |
| D16S539 | 16q24.1 | 11 | 215 | 4~16 | 187 | 235 |
| D3S1358 | 3p21.31 | 18 | 106 | 8~20 | 66 | 114 |
| THO1 | 11p15.5 | 9 | 76 | 3~14 | 52 | 96 |
| TPOX | 2p25.3 | 11 | 84 | 4~16 | 56 | 104 |
| AMEL | X,Y | 0 | 81 | -3~0 | 78 | 81 |
| Marker | Dye | Forward primer | Reverse primer | Conc. |
GenBank
Accession |
| D18S51 | VIC | CTGAGTGACAAATTGAGACCT(서열번호 1) | ACTTCTCTGGTGTGTGGAGA(서열번호 2) | 4pM | AP001534.2 |
| D8S1179 | PET | GGCCTGGCAACTTATATGTAT(서열번호 3) | ATTTTCACTGTGGGGAATAG(서열번호 4) | 10pM | AF216671.7 |
| FGA | PET | CCATAGGTTTTGAACTCACAG(서열번호 5) | AGCTGCTGAGTGATTTGTCT(서열번호 6) | 9pM | M64982.1 |
| D21S11 | 6FAM | TGAGTCAATTCCCCAAGTGAA(서열번호 7) | AATAGGAGGTAGATAGACTGGA(서열번호 8) | 10pM | AP000433.2 |
| vWA | NED | AGCCCTAGTGGATGATAAGA(서열번호 9) | AAATACATAGGATGGATGGAT(서열번호 10) | 7pM | M25858.1 |
| D16S539 | NED | GCAGAAAAGCACTGAAAGAA(서열번호 11) | GTGTGCATCTGTAAGCATGT(서열번호 12) | 4pM | AC024591.4 |
| D3S1358 | VIC | AGCAAGACCCTGTCTCATAG(서열번호 13) | GCAACAGAGGCTTGCATGTAT(서열번호 14) | 3pM | NT_005997.8 |
| THO1 | NED | TTGGCCTGTTCCTCCCTTAT(서열번호 15) | AACACAGACTCCATGGTGAA(서열번호 16) | 3pM | D00269.2 |
| TPOX | 6FAM | AGAACAGGCACTTAGGGAAC(서열번호 17) | GCGTTTATTTGCCCAAACATT(서열번호 18) | 3pM | M68651.1 |
| AMEL | PET | CCCTTTGAAGTGGTACCAGAG(서열번호 19) | ATGCCTAATATTTTCAGGGAA(서열번호 20) | 7pM | M55419.1 |
실시예
2:
STR
좌위
검출용
키트를
통한
STR
좌위의
검출 방법
상기 실시예 1에서 선별한 마커를 대상으로 다중 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR)을 수행하였다. 20 ㎕ PCR 반응 용액(2 ㎕의 10× 버퍼, 2 mM MgCl2, 1mM dNTPs, 프라이머(농도는 표 2 참조), 1 ng의 주형 DNA(9947A, 9948, K562 standard DNA), 3 U의 AmpliTaq Gold DNA 중합효소(Applied Biosystems 사, USA)를 0.2 ㎖ PCR 반응 튜브에 넣은 후, GeneAmp PCR 9700 (Applied Biosystems 사, USA)를 사용하여 다음과 같은 조건으로 PCR을 수행하였다: 95℃ 10분; 96℃ 1분; 94℃ 30초, 56℃ 30초, 70℃ 45초로 10 싸이클; 90℃ 30초, 56℃ 30초, 70℃ 45초로 18 내지 22 싸이클; 60℃ 45분; 4℃에서 냉각(도 2 참조).
한편, 표 3에 기존에 알려진 상용 키트인 PowerPlex 16과 본 발명의 키트의 유전자 증폭 범위를 비교한 결과를 나타내었다. 표 3에서 보는 바와 같이, 본 발명의 키트는 기존의 PowerPlex 16 및 Identifiler에 비해 더욱 작은 크기의 PCR 산물을 얻을 수 있으며, 이는 STR이 심하게 변성된 DNA 시료의 분석에 매우 효과적일 수 있다.
| 마커 | 본 발명의 키트 | PowerPlex 16 | Identifiler | |||
| 크기(Allele) | 크기(Allele) | 크기(Allele) | ||||
| Min | Max | Min | Max | Min | Max | |
| D3S1358 | 66 (8) | 114 (20) | 108 (11) | 148 (21) | 110 (11) | 146 (20) |
| TPOX | 56 (4) | 104 (16) | 257 (5) | 293 (14) | 221 (5) | 257 (14) |
| D18S51 | 130 (7) | 210 (27) | 285 (8) | 361 (27) | 265 (7) | 345 (27) |
| THO1 | 52 (3) | 96 (14) | 154 (4) | 193 (13.3) | 161 (3) | 204 (13.3) |
| vWA | 111 (10) | 171 (25) | 122 (10) | 170 (22) | 153 (10) | 213 (25) |
| D16S539 | 187 (4) | 235 (16) | 263 (5) | 303 (15) | 257 (5) | 301 (16) |
| D8S1179 | 90 (7) | 142 (20) | 202 (7) | 250 (19) | 124 (7) | 176 (20) |
| FGA | 164 (12) | 302 (46.2) | 320 (16) | 447 (47.2) | 211 (16) | 353 (51.2) |
| D21S11 | 117 (12) | 221 (38) | 198 (23.2) | 260 (39) | 185 (23.2) | 247 (39) |
| AMEL | 78 (-3) | 81 (0) | 104 | 110 | 107 | 113 |
상기 PCR 산물을 ABI 310 Genetic Analyzer(Applied Biosystems 사)를 이용하여 모세관 전기영동한 후, GeneMapper 4.3 (Applied Biosystems 사)를 이용하여 분석하였다.
도 3a는 본 발명에 따른 키트를 사용하여 K562 standard DNA를 분석한 결과이며, 도 3b는 PowerPlex 16을 사용하여 K562 standard DNA를 분석한 결과이다. 또한, 도 3a 및 도 3b에서 파란색은 6-FAM, 초록색은 VIC, 노란색(검정색 피크)는 NED, 붉은색은 PET dye를 나타내며, 각 피크는 증폭 산물의 존재 여부를 나타내고, 가로는 증폭 산물의 크기(bp)이며, 세로는 증폭 산물의 양(즉, 형광의 양)을 의미한다. 도 3a 및 도 3b에서, 증폭 산물은 각 dye 별로 구분되어 있는데, 그래프 위쪽의 회색 박스는 증폭의 표적이 되는 유전자 명칭을 나타내고, 그래프의 아래에 표시된 숫자는 해당되는 유전자의 대립 인자를 나타낸다.
| Marker | 9947A ( control ) | Profile of test sample | ||||
| This system | Profile | This system | Powerplex 16 | |||
| FGA | 23, 24 | 23, 24 | 23, 24 | 23, 24 | ||
| THO1 | 8, 9.3 | 8, 9.3 | 9, 9 | 9, 9 | ||
| TPOX | 8, 8 | 8, 8 | 8, 11 | 8, 11 | ||
| vWA | 17, 18 | 17, 18 | 17, 18 | 17, 18 | ||
| D3S1358 | 14, 15 | 14, 15 | 15, 15 | 15, 15 | ||
| D8S1179 | 13, 13 | 13, 13 | 14, 15 | 14, 15 | ||
| D16S539 | 11, 12 | 11, 12 | 11, 12 | 11, 12 | ||
| D18S51 | 15, 19 | 15, 19 | 13, 13 | 13, 13 | ||
| D21S11 | 30, 30 | 30, 30 | 29, 31 | 29, 31 | ||
| AMEL | X, X | X, X | Y | X, Y | ||
또한, 상기 실험 과정에서 주형 DNA(9947A, 9948, K562 standard DNA)에 0.01 U의 DNase를 처리하여, 부분적으로 손상된 DNA를 대상으로 상기 실시예와 동일한 방법에 의해 PowerPlex 16 키트의 결과와 본 발명의 키트의 결과를 비교한 결과, 본 발명의 키트는 DNase를 처리하더라도, PCR 산물이 생성되는 것에 비해, 기존의 PowerPlex 16 키트는 PCR 산물이 생성되지 않음을 확인할 수 있었다.
이러한 결과로부터, 본 발명의 키트는 범죄 현장에서 발견된 사람의 체모 또는 체액과 같은 사람의 세포 일부로부터 추출하거나, 시신 발굴 등을 통해 수득한 고인골 등으로부터 추출한 DNA와 같이, 손상된 DNA를 대상으로 하여 인간의 염색체 상에 존재하는 STR 좌위를 검출할 수 있으므로, 기존의 키트에 비해 개인 식별을 더욱 효과적으로 할 수 있다.
서열목록 전자파일 첨부
Claims (8)
- (a) 서열번호 1의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 2의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D18S51(GenBank Accession No. AP001534.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(b) 서열번호 3의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 4의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D8S1179(GenBank Accession No. AF216671.7)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(c) 서열번호 5의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 6의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 FGA(GenBank Accession No. M64982.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(d) 서열번호 7의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 8의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D21S11(GenBank Accession No. AP000433.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(e) 서열번호 9의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 10의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 vWA(GenBank Accession No. M25858.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(f) 서열번호 11의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 12의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D16S539(GenBank Accession No. AC024591.4)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(g) 서열번호 13의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 14의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 D3S1358(GenBank Accession No. NT_005997.8)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(h) 서열번호 15의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 16의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 THO1(GenBank Accession No. D00269.2)를 검출하기 위한 프라이머 세트;
(i) 서열번호 17의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 18의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 TPOX(GenBank Accession No. M68651.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트; 및
(j) 서열번호 19의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머 및 서열번호 20의 염기 서열 중 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드를 포함하는 프라이머로 이루어진 인간 염색체 상의 AMEL(GenBank Accession No. M55419.1)를 검출하기 위한 프라이머 세트를 모두 포함하는, 개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 짧은 연쇄 반복 염기 서열(short tandem repeat, STR) 좌위를 검출하기 위한 키트. - 제1항에 있어서, 상기 프라이머는 말단에 부착된 검출 가능한 표지를 더 포함하는 것인 키트.
- 제2항에 있어서, 상기 검출 가능한 표지는 발색 물질, 형광 물질 및 인광 물질로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 키트.
- 제1항에 있어서, 상기 키트는 반응 완충액, DNA 중합 효소, dNTP를 더 포함하는 것인 키트.
- 생물학적 시료를 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 키트에 첨가하여 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 수행하는 단계; 및
상기 PCR 결과로부터 상기 생물학적 시료 중의 STR 좌위의 존재 여부를 확인하는 단계를 포함하는, 개인 식별 마커로서 인간의 염색체 상에 존재하는 STR 좌위를 검출하는 방법. - 제5항에 있어서, 상기 STR 좌위는 D18S51, D8S1179, FGA, D21S11, vWA, D16S539, D3S1358, THO1, TPOX 및 AMEL로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자좌인 것인 방법,
- 제5항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 고인골로부터 추출한 DNA인 것인 방법,
- 제5항에 있어서, 상기 중합효소 연쇄반응은 다중 중합효소 연쇄반응(multiplex PCR)인 것인 방법.
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| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020110059159A KR101341943B1 (ko) | 2011-06-17 | 2011-06-17 | Ｓｔｒ 검출용 키트 및 이를 이용한 ｓｔｒ 검출 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020110059159A KR101341943B1 (ko) | 2011-06-17 | 2011-06-17 | Ｓｔｒ 검출용 키트 및 이를 이용한 ｓｔｒ 검출 방법 |
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| KR20120139377A KR20120139377A (ko) | 2012-12-27 |
| KR101341943B1 true KR101341943B1 (ko) | 2013-12-16 |
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Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102446162B1 (ko) * | 2020-07-21 | 2022-09-22 | 대한민국 | 새로운 미니 ｓｔｒ 조합을 이용한 인간 유전자 감식에 사용되는 멀티플렉스 ｐｃｒ 키트 및 이를 이용한 인간 유전자 감식방법 |
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- 2011-06-17 KR KR1020110059159A patent/KR101341943B1/ko active IP Right Grant
Non-Patent Citations (2)
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|---|
| International Congress Series, Vol.1239, pp.231-234(2003.)* |
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