KR20190023828A - 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도 - Google Patents

안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR20190023828A
KR20190023828A KR1020170110154A KR20170110154A KR20190023828A KR 20190023828 A KR20190023828 A KR 20190023828A KR 1020170110154 A KR1020170110154 A KR 1020170110154A KR 20170110154 A KR20170110154 A KR 20170110154A KR 20190023828 A KR20190023828 A KR 20190023828A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
base
single nucleotide
dry eye
polynucleotide
eye syndrome
Prior art date
Application number
KR1020170110154A
Other languages
English (en)
Other versions
KR102266291B1 (ko
Inventor
반주연
조경진
강상욱
오충훈
Original Assignee
단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단 filed Critical 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단
Priority to KR1020170110154A priority Critical patent/KR102266291B1/ko
Publication of KR20190023828A publication Critical patent/KR20190023828A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102266291B1 publication Critical patent/KR102266291B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 안구 건조증 발병과 유의한 상관관계를 갖는 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)를 선별하고, 이를 마커로 이용하여 안구 건조증의 발병 위험성을 예측하는 기술에 관련된 것이다. 보다 구체적으로는, 인간 10번 염색체 상의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위인 rs2274223, rs3765524, rs6583937, rs3781264 또는 rs11187837을 포함하는 안구 건조증 진단용 조성물, 키트, 마이크로어레이에 관한 것이고, 단일염기다형성 부위의 염기를 확인하여 안구 건조증 발병 위험성을 예측하는 방법에 관한 것이다.

Description

안구 건조증 진단용 PLCE1 유전자의 SNP 마커 및 이의 용도{SNP MARKERS DERIVED FROM PLCE1 GENE FOR DIAGNOSING DRY EYE SYNDROME AND USE THEREOF}
본 발명은 안구 건조증을 진단할 수 있는 인간 10번 염색체상의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위를 포함하는 조성물 또는 마이크로어레이, 상기 조성물을 포함하는 키트, 또는 상기 단일염기다형성 부위를 이용한 안구 건조증 발병 위험도 예측 방법에 관한 것이다.
안구 건조증 (dry eye syndrome, DES)이란 건성안 증후군 또는 눈 마름 증후군이라도 불리는 질환으로, 눈물을 분비하는데 관여하는 눈 구조물(각막, 결막, 배상 세포, 눈물샘 등)에 염증, 외상 등의 손상이 생겨 눈물층의 양이 감소하거나 그 성분에 변화가 생기는 상태를 말한다. 최근에는 다양한 원인에 의한 눈물 및 안구표면의 질환으로서 안구표면 손상을 수반하여 불쾌감, 시력장애, 눈물막의 불안정화 등을 야기하고 또한 눈물막의 삼투압 증가와 안구표면의 염증을 동반하는 질환으로 정의 내리고 있다. 안구 건조증의 대표적인 증상으로는 안구의 건조감, 눈시림, 눈의 피로감, 이물감, 작열감, 흐려 보임 등이 있다.
이러한 안구 건조증의 주요한 병인은 눈물샘 폐색과 같은 눈물샘 기능장애, 눈물막 안정성 및 구성의 변화, 안구표면의 염증과 세포사멸이라 할 수 있다. 전신적인 요인으로는 연령, 성별, 호르몬 변화, 자가면역질환, 콘택트렌즈의 착용 등이 있으며, 환경적인 요인으로는 건조한 생활 환경, 연기나 먼지 자극, 미세먼지, 컴퓨터, 비디오, 독서, 휴대기기 사용 등이 있다. 안구건조증은 나이가 들수록 유병율이 증가하며, 남성보다는 여성의 발병율이 높은 질환이다.
안구건조증에 대한 치료법으로는 눈물을 인공적으로 보충하기 위한 인공누액 점안, 염증반응을 억제시키기 위한 스테로이드 점안, 치료용 콘택트 렌즈 착용, 눈물이 빠져나가는 것을 억제하여 눈물을 오래 머물게 하기 위한 눈물점 폐쇄 시술 등이 있다. 그러나, 인공누액은 그 효과가 일시적이기 때문에 수시로 사용해야 하며 각막손상에 대한 보호 효과가 없고, 스테로이드 제제는 장기간 사용할 경우 녹내장 및 백내장과 같은 치명적인 부작용을 유발할 우려가 있다. 또한, 치료용 콘택트 렌즈는 사용하기 불편하며 오히려 감염의 원인을 제공할 수 있고, 눈물점 폐쇄 시술은 수술이라는 거부감과 함께 눈물흘림 등과 같은 부작용이 발생할 경우 원상회복이 어렵다는 단점이 있다. 위와 같은 치료법들의 가장 큰 단점은 근본적인 원인 해결이 아닌 대증요법이라는 점이다.
안구건조증의 원인을 찾거나, 발병을 예측하기 위해 유전자 수준에서의 연구가 활발히 이루어지고 있으나, 아직 확실한 원인 유전자는 발견되지 않았으며, 따라서 안구건조증의 진단 또는 예측할 수 있는 유전자 변이에 대한 연구가 요구되고 있는 실정이다.
본 발명은 전술한 종래기술의 문제점을 해결하기 위한 것으로, 본 발명의 목적은 인간 10번 염색체상의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위를 포함하는 안구 건조증 진단용 조성물 또는 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 안구 건조증 진단용 조성물을 포함하는 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 인간 10번 염색체상의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기를 확인하는 단계를 포함하는 안구 건조증의 발병 위험도 예측 방법을 제공하는 것이다.
그러나, 본 발명이 해결하고자 하는 과제는 이상에서 언급한 과제로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 해당 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs2274223 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물이 제공된다.
본 발명의 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96058298번째 염기가 C 또는 T인 PLCE1 유전자 내 rs3765524 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물이 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96083452번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs6583937 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물이 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96070375번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs3781264 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물이 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96035980번째 염기가 T 또는 C인 PLCE1 유전자 내 rs11187837단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물이 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 안구 건조증과 유의한 상관관계를 갖는 상기 단일염기다형성 부위와 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 상기 단일염기다형성 부위를 증폭할 수 있는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 상기 본 발명의 일 실시예에 따른 조성물을 포함하는 안구 건조증 진단용 키트가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs2274223 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96058298번째 염기가 C 또는 T인 PLCE1 유전자 내 rs3765524 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96083452번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs6583937 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96070375번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs3781264 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 인간 10번 염색체상의 96035980번째 염기가 T 또는 C인 PLCE1 유전자 내 rs11187837단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이가 제공된다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 1) 피검체로부터 분리한 시료로부터 DNA를 수득하는 단계; 2) 상기 단계 1)에서 수득된 DNA로부터 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기를 확인하는 단계; 및 3) PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기로부터 안구 건조증 발병 위험도를 판정하는 단계; 를 포함하는, 안구 건조증 발병 위험도 예측 방법이 제공된다.
일 측에 따르면, 상기 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위는, 인간 10번째 염색체의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 rs2274223, 96058298번째 염기가 C 또는 T인 rs3765524, 96083452번째 염기가 A 또는 G인 rs6583937, 96070375번째 염기가 A 또는 G인 rs3781264 및 96035980번째 염기가 T 또는 C인 rs11187837 중 어느 하나 이상인 것일 수 있다.
본 발명의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위는 안구 건조증과 유의한 상관관계가 있으며, 단일염기다형성 부위를 분석하여 안구 건조증의 발병 위험도 예측 방법, 진단용 조성물, 마이크로어레이 및 키트로 제공되어 안구 건조증을 발병 본 발명의 효과는 상기한 효과로 한정되는 것은 아니며, 본 발명의 상세한 설명 또는 청구범위에 기재된 발명의 구성으로부터 추론 가능한 모든 효과를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
도 1은 PLCE1 내 각 단일염기다형성 부위 간 연관성을 나타내는 연관 비형평 블록(Linkage Disequilibrium Block)의 형성을 나타낸 것이다.
이하에서, 첨부된 도면을 참조하여 실시예들을 상세하게 설명한다. 각 도면에 제시된 동일한 참조 부호는 동일한 부재를 나타낸다.
아래 설명하는 실시예들에는 다양한 변경이 가해질 수 있다. 아래 설명하는 실시예들은 실시 형태에 대해 한정하려는 것이 아니며, 이들에 대한 모든 변경, 균등물 내지 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
실시예에서 사용한 용어는 단지 특정한 실시예를 설명하기 위해 사용된 것으로, 실시예를 한정하려는 의도가 아니다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서 상에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성 요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성 요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 실시예가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가지고 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥 상 가지는 의미와 일치하는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
또한, 첨부 도면을 참조하여 설명함에 있어, 도면 부호에 관계없이 동일한 구성 요소는 동일한 참조 부호를 부여하고 이에 대한 중복되는 설명은 생략하기로 한다. 실시예를 설명함에 있어서 관련된 공지 기술에 대한 구체적인 설명이 실시예의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우 그 상세한 설명을 생략한다.
본 명세서에서 사용된 용어, "다형성(polymorphism)"이란 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자 (allele)가 존재하는 경우를 말하며 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP)이라 한다. 단일염기다형성은 인간 게놈 상에서 약 1000개의 뉴클레오티드 중 1개의 빈도로 나타나며, 동일한 종의 개체 사이의 단일뉴클레오티드 변이의 형태를 취한다. 이러한 단일염기다형이 나타내는 유전학에서의 의미는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 가져오는데, 단백질을 암호화하는 위치에 존재할 경우 단백질의 구조에 영향을 미칠 수 있게 되어 단백질 기능이 달라지고 질병에 연관될 수도 있다. 또한, 단일염기다형이 단백질을 암호화하지 않는 위치에 존재하는 경우, 즉, 프로모터 또는 인트론에 존재하는 경우 각각에 대해 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 변성적인 인트론 제거 과정을 통해 단백질이 비정상적으로 발현될 수도 있다. 바람직한 단일염기다형성 마커는 선택된 집단에서 1%이상, 보다 바람직하게는 10% 또는 20% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "대립유전자(allele)"란 상동염색체 사이의 동일한 유전좌좌위(locus)에 존재하는 특정 유전자의 둘 또는 그 이상의 서로 다른 형태의 DNA 서열을 말한다.
본 발명에서 용어, "rs_id"란 1998년부터 SNP 정보를 축적하기 시작한 NCBI가 초기에 등록되는 모든 SNP에 대하여 부여한 독립된 표지자인 rs-ID를 의미한다. 본 명세서에 기재된 rs_id는 본 발명의 단일염기다형성 부위를 나타낸다.
본 발명에서는 안구 건조증 진단에 특이적이고 유의적인 상관관계를 갖는 단일염기다형성 부위를 인간 10번 염색체상의 PLCE1 유전자로부터 선별하였다. 선별된 단일염기다형성 부위는 인간 10번째 염색체의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 rs2274223, 96058298번째 염기가 C 또는 T인 rs3765524, 96083452번째 염기가 A 또는 G인 rs6583937 및 96035980번째 염기가 T 또는 C인 rs11187837이며, 본 발명은 단일염기다형성 부위들 중에서 선택된 하나 이상을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물을 제공한다.
보다 바람직하게, 본 발명의 안구 건조증 진단용 조성물은 인간 10번째 염색체의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 rs2274223 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 96058298번째 염기가 C 또는 T인 rs3765524 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 96083452번째 염기가 A 또는 G인 rs6583937 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 96070375번째 염기가 A또는 G인 rs3781264 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 96035980번째 염기가 T 또는 C인 rs11187837단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드; 로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 발명의 안구 건조증 진단용 조성물은, 상기 단일염기다형성 부위와 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 상기 단일염기다형성 부위를 증폭할 수 있는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 일 실시예에 따르면, 상기 안구 건조증 진단용 조성물을 포함하는 안구 건조증 진단용 키트가 제공된다. 상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트일 수 있다.
본 발명의 키트는 상기 단일염기다형성 부위의 증폭을 통해 확인하거나, 단일염기다형성 부위의 mRNA 발현 수준을 확인하는 것으로 안구 건조증을 진단할 수 있다. 보다 구체적으로, 상기 단일염기다형성 부위의 mRNA 발현 수준을 확인하기 위한 키트는, RT-PCR에 필요한 PCR 튜브, 버퍼, Taq-폴리머라아제 및 역전사효소 등의 효소, DEPC-water, DNase, RNAse 억제제, 디옥시뉴클레오티드(dNTPs), RNase-free water 등을 포함하는 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 평평한 고체 지지판, 예를 들어 유리 지지판에 단일 가닥 DNA 조각들(탐침 DNA)을 정해진 위치에 부착한 것으로, 분석하고자 하는 cDNA를 형광 표지한 뒤 DNA 칩에 반응시키면 핵산들 간에 다중 혼성화 반응으로 인해 탐침 DNA에 결합한 부위에서 형광이 나타나게 되어 대량으로 병렬 분석이 가능하다.
상기 키트는, Cy3, Cy5, FITC(poly L-lysine-fluorescein isothiocyanate),
RITC(rhodamine-B-isothiocyanate) 및 로다민(rhodamine)으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 형광물질을 포함할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 일 실시예에 따르면, 상기 인간 10번 염색체상의 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 안구 건조증 진단용 마이크로어레이를 제공한다.
상기 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다. 마이크로 어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드를 기판 위에 고정하여 제조하는 것으로, 프로브 폴리 뉴클레오티드는 검출하고자 하는 핵산에 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자에 특이적인 프로브이므로, 같은 종의 다른 구성원으로부터 유래한 핵산 시료 중에 다형성 부위가 존재하여 한 구성원으로부터 유래한 DNA 시료에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 DNA 시료에는 혼성화하지 않는다.
본 발명의 또 다른 일 실시예에 따르면, 1) 피검체로부터 분리한 시료로부터 DNA를 수득하는 단계; 및2) 상기 단계 1)에서 수득된 DNA로부터 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기를 확인하는 단계로서, 상기 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위는, 인간 10번째 염색체의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 rs2274223, 96058298번째 염기가 C 또는 T인 rs3765524, 96083452번째 염기가 A 또는 G인 rs6583937, 96070375번째 염기가 A 또는 G인 rs3781264 및 96035980번째 염기가 T 또는 C인 rs11187837 중 어느 하나 이상인 것인, 단계; 를 포함하는, 안구 건조증 발병 위험도 예측 방법이 제공된다.
상기 피검체로부터 분리한 시료는, 피검체의 머리카락, 소변, 혈액, 각종 체액, 분리된 조직, 분리된 세포, 객담 또는 타액 중 하나 이상을 선택할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다. 피검체로부터 분리된 시료로부터 DNA를 수득하는 방법은 당 업계에서 알려진 방법을 사용할 수 있다.
상기 단계 2)에서 단일염기다형성 부위의 확인을 위해 단계 1)에서 수득한 DNA로부터 단일염기다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화 하는 방법을 이용할 수 있다. 예를 들어, 표적 핵산을 PCR로 증폭하고 정제하거나, 리가아제 연쇄반응, 전사증폭 등을 이용할 수 있다. 상기 단일염기다형성 부위의 염기를 결정하는 방법은, 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium분석법)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 단일염기다형성 부위에서 하나 이상의 대립유전자가 확인될 수 있다. 보다 바람직하게는, SNP 칩을 통해 단일염기다형성 부위의 염기를 결정할 수 있다. SNP 칩은 여러 SNP의 각 염기를 한번에 확인할 수 있는 DNA 마이크로어레이의 한 종류를 의미한다.
상기 단계 2)에서 확인된 rs2274223 부위의 유전자형이 A/G인 경우; rs3765524부위의 유전자형이 C/T인 경우; rs6583937부위의 유전자형이 A/G인 경우; rs3781264부위의 유전자형이 A/G인 경우; 또는 rs11187837부위의 유전자형이 C/T인 경우, 안구 건조증 발병 위험도가 높은 것으로 판정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세히 설명하기로 한다. 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 목적으로 기술된 것으로서, 본 발명의 범위가 이에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 연구 대상
정상인 31명과 안구건조증 환자 133명을 대상으로 유전자형 분석 및 통계학적 분석을 수행하였다. 구체적으로, 실험에 참여한 연구 대상자는 2016 년 6 월부터 천안 단국 대학교 병원 안과를 방문한 환자들이었으며 임상적 진단은 임상 특징에 근거하였다. 안구의 작열감, 자극, 이물감, 통증, 건조감, 쓰림 또는 눈의 불편함, 빛 민감증 등의 증상을 호소하거나, 비 마취 Schirmer test의 값이 5분당 10mm이하, 각막 염색에 양성반응을 보이거나, 눈물막 파괴 시간이 10초 미만인 환자군이 안구 건조증 환자군으로 분류되었다. 백내장이나 검진 등 다른 주소로 내원한 환자군은 정상군으로 분류하였다. 이전에 각막 또는 안구 수술을 받았거나, 눈에 영향을 미치는 것으로 알려진 전신 질환이 있는 경우 제외되었다.
실시예 2: 유전자형 분석
genomic DNA는 피험자의 구강 협측 세포로부터 genomic DNA를 추출되었다. 환자의 구강 내에서 세포를 채취하기 전에 물로 입 안을 씻어 내고 다른 오류를 유발할 수 있는 물질이 없다는 것을 확인한 후, 멸균 된 면봉을 사용하여 협측 부위에서 상피 세포를 수집했다. DNA 추출 키트 (Roche, Mannheim, Germany)의 프로토콜에 따라 게놈 DNA를 추출 하였고, 피험자의 PLCE1유전자의 유전자형은 직접 염기 서열 분석을 통하여 결정되었다.
실시예 3: 유전자형 분석을 이용한 안구 건조증 다형성 조사 및 유의한 SNP 선별
집단내의 유전학적 분포 여부를 판단하기 위하여 SNPStats을 사용하였고, Hardy-Weinberg equilibrium (HWE)을 평가하였으며, 0.05의 유의 수준을 적용하였다. 안구 건조증 환자군과 대조군 사이의 유전자형 빈도의 차이가 유의한지를 결정하기 위해 유전자형 모델 (우성, 열성 및 로그부가 모델)을 적용하였다. 유의 수준은 0.05로 설정하였으며, 교차비 (OR), 95 % 신뢰 구간 (95 % CI) 및 P 값을 평가하기 위해 로지스틱 회귀 분석을 실시하였다. 또한, SNPStats 및 SPSS 18.0 (SPSS, Inc., Chicago, IL, USA)가 통계 분석에 사용되었다. 단일염기다형들 간의 비평형블록과 반수체형은 Haploview 4.2 버전을 사용하여 분석하였으며, 유의 수준은 0.05로 설정되었다.
그 결과, rs11187837을 포함하여 5개의 SNP가 안구 건조증에 높은 유의성을 보이는 것을 확인하였다. 이와 같이 안구 건조증에 특이적으로 유의한 SNP 부위를 하기 표 1에 나타내었다.
Figure pat00001
아울러, 본 발명의 PLCE1 유전자 내 SNP 부위의 안구 건조증과의 연관성 분석을 실시하였다. 그 결과, 표 2에 나타낸 바와 같이 rs2274223 단일염기다형성 부위에서 A/G 또는 G/G 유전자형을 가지는 경우 A/A 유전자형을 가지는 경우보다 안구 건조증 발병 위험성이 약 6배 (OR = 6.16, 95%CI = 1.91-19.86, P value = 0.0006), rs3765524 단일염기다형성 부위에서 C/T 또는 T/T유전자형을 가지는 경우 C/C 유전자형을 가지는 경우보다 발병 위험성이 약 6배 (OR = 5.77, 95%CI = 1.79-18.58, P value = 0.001), rs6583937 단일염기다형성 부위에서 A/G 또는 G/G유전자형을 가지는 경우 A/A 유전자형을 가지는 경우보다 발병 위험성이 약 5배 (OR = 4.75, 95%CI = 1.61-14.01, P value = 0.0008), rs3781264 단일염기다형성 부위에서 A/G 또는 G/G유전자형을 가지는 경우 A/A 유전자형을 가지는 경우보다 발병 위험성이 약 7배 (OR = 7.15, 95%CI = 1.95-26.23, P value = 0.0005), rs11187837 단일염기다형성 부위에서 C/T 또는 T/T유전자형을 가지는 경우 C/C 유전자형을 가지는 경우보다 발병 위험성이 약 5배 (OR = 4.96, 95%CI = 1.54-16.00, P value = 0.0029) 높게 나타났다. 즉, PLCE1내 단일염기다형성 부위들을 이용한 안구 건조증 질병 감수성과의 연관 분석을 수행한 결과를 통해 rs2274223, rs3765524, rs6583937, rs3781264 및 rs11187837 이 질병 위험 증가와 관련성이 있음을 확인하였다.
Figure pat00002
실시예 4: 단일염기다형성 부위 간 연관성
도 1은 PLCE1 내 각 단일염기다형성 부위 간 연관성을 나타내는 연관 비형평 블록(Linkage Disequilibrium Block)의 형성을 나타낸 것이다. 실시예 3에서 선별된 단일염기다형성 부위인 rs2274223, rs3765524, rs6583937, rs3781264, rs11187837가 연관 비평형 블록을 형성하였다.
하기의 표 3은 상기 연관 비평형 블록에서 안구 건조증 환자군에 특이적으로 많이 나타나는 반수체형과 대조군에서 특이적으로 많이 나타나는 반수체형을 관찰한 것으로, 표 3을 통해 반수체형들의 빈도수가 안구 건조증 환자군과 대조군 사이에서 나타나는 빈도에 유의적인 차이가 있음을 확인할 수 있다.
Figure pat00003
표 3의 결과는 안구 건조증 환자군과 대조군 간 association study 를 수행한 결과이다. Chi-square test 를 이용해 분석을 하였으며, 분석 결과 TCAAA와 CTGGG의 2가지 반수체형에서 통계적으로 유의한 것을 보여주고 있다.
이상과 같이 실시예들이 비록 한정된 실시예와 도면에 의해 설명되었으나, 해당 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 상기의 기재로부터 다양한 수정 및 변형이 가능하다. 예를 들어, 설명된 기술들이 설명된 방법과 다른 순서로 수행되거나, 및/또는 설명된 구성요소들이 설명된 방법과 다른 형태로 결합 또는 조합되거나, 다른 구성요소 또는 균등물에 의하여 대치되거나 치환되더라도 적절한 결과가 달성될 수 있다.
그러므로, 다른 구현들, 다른 실시예들 및 청구범위와 균등한 것들도 후술하는 청구범위의 범위에 속한다.

Claims (14)

  1. 인간 10번 염색체상의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs2274223 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  2. 인간 10번 염색체상의 96058298번째 염기가 C 또는 T인 PLCE1 유전자 내 rs3765524 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  3. 인간 10번 염색체상의 96083452번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs6583937 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  4. 인간 10번 염색체상의 96070375번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs3781264 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  5. 인간 10번 염색체상의 96035980번째 염기가 T 또는 C인 PLCE1 유전자 내 rs11187837단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 안구 건조증과 유의한 상관관계를 갖는 상기 단일염기다형성 부위와 상보적인 서열을 갖는 프로브 또는 상기 단일염기다형성 부위를 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 안구 건조증 진단용 조성물.
  7. 제6항의 조성물을 포함하는 안구 건조증 진단용 키트.
  8. 인간 10번 염색체상의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs2274223 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이.
  9. 인간 10번 염색체상의 96058298번째 염기가 C 또는 T인 PLCE1 유전자 내 rs3765524 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이.
  10. 인간 10번 염색체상의 96083452번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs6583937 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이.
  11. 인간 10번 염색체상의 96070375번째 염기가 A 또는 G인 PLCE1 유전자 내 rs3781264 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이.
  12. 인간 10번 염색체상의 96035980번째 염기가 T 또는 C인 PLCE1 유전자 내 rs11187837단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 안구 건조증 진단용 마이크로어레이.
  13. 1) 피검체로부터 분리한 시료로부터 DNA를 수득하는 단계;
    2) 상기 단계 1)에서 수득된 DNA로부터 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기를 확인하는 단계; 및
    3) PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위의 염기로부터 안구 건조증 발병 위험도를 판정하는 단계;
    를 포함하는, 안구 건조증 발병 위험도 예측 방법.
  14. 제13항에 있어서,
    상기 PLCE1 유전자 내 단일염기다형성 부위는,
    인간 10번째 염색체의 96066341번째 염기가 A 또는 G인 rs2274223, 96058298번째 염기가 C 또는 T인 rs3765524, 96083452번째 염기가 A 또는 G인 rs6583937, 96070375번째 염기가 A 또는 G인 rs3781264 및 96035980번째 염기가 T 또는 C인 rs11187837 중 어느 하나 이상인 것인, 안구 건조증 발병 위험도 예측 방법.
KR1020170110154A 2017-08-30 2017-08-30 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도 KR102266291B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170110154A KR102266291B1 (ko) 2017-08-30 2017-08-30 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020170110154A KR102266291B1 (ko) 2017-08-30 2017-08-30 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20190023828A true KR20190023828A (ko) 2019-03-08
KR102266291B1 KR102266291B1 (ko) 2021-06-17

Family

ID=65800828

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020170110154A KR102266291B1 (ko) 2017-08-30 2017-08-30 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR102266291B1 (ko)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20160024580A1 (en) * 2013-03-15 2016-01-28 Trustees Of Boston University Polymorphism of thrombospondin-1 as a biomarker for susceptabiltiy to dry eye

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20160024580A1 (en) * 2013-03-15 2016-01-28 Trustees Of Boston University Polymorphism of thrombospondin-1 as a biomarker for susceptabiltiy to dry eye

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Carcinogenesis. 2017, 38(7), 671-679. *
Nature Genetics. volume 43, pages1139-1141 (2011) *
PLoS One. 2015,10(2), e0117576. *

Also Published As

Publication number Publication date
KR102266291B1 (ko) 2021-06-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009147281A (ru) Способы и композиции для диагностики и лечения волчанки
US20210180129A1 (en) Methods of predicting the development of amd based on chromosome 1 and chromosome10
CN111560428B (zh) 检测线粒体DNA rs3937033单核苷酸多态性的物质的用途
CN111676283B (zh) 与高原肺水肿发生相关的线粒体dna单核苷酸多态性的应用
JP5721150B2 (ja) 加齢黄斑変性症の発症リスクの予測方法
KR101761801B1 (ko) 코 표현형 판단용 조성물
JP6053681B2 (ja) イヌの緑内障を診断する方法及びキット
JP5226256B2 (ja) 加齢黄斑変性症の発症リスクの予測方法
KR102266291B1 (ko) 안구 건조증 진단용 plce1 유전자의 snp 마커 및 이의 용도
WO2009045172A1 (en) Method and/or kit for determining response to muscarinic receptor antagonist treatment
US20110104154A1 (en) Single nucleotide polymorphisms and genes associated with age-related macular degeneration
KR20190029172A (ko) 안구 건조증 진단용 muc16 유전자의 snp 마커 및 이의 용도
KR20170142461A (ko) 치주질환 위험도 평가용 유전자 마커
US20190316199A1 (en) Test method for evaluating the risk of anti-thyroid drug-induced agranulocytosis, and evaluation kit
JP2008000096A (ja) 尿路結石症の発症リスク判定方法、及び発症リスク判定用キット
KR101883657B1 (ko) 단일염기다형성에 의한 심방세동의 예측 또는 진단에 관한 정보 제공 방법
KR102333953B1 (ko) 신규한 황반변성 진단용 유전자 마커
JP2019033738A (ja) 遺伝子多型に基づく食品アレルギーのリスク予測方法及び検査用キット
JP4444576B2 (ja) ２型糖尿病関連遺伝子
EP3922733A1 (en) Single nucleotide polymorphism marker for precocious puberty diagnosis or treatment prognosis prediction, and use thereof
JP5594655B2 (ja) 網膜色素線条症の原因変異を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド
US20070117095A1 (en) Diagnostic method for neonatal or infantile epilepsy syndromes
KR20230036504A (ko) 근감소증 진단용 마커 및 이의 용도
JP4653434B2 (ja) ＩＦＮ−γ低産生関連ＩＬ−１２Ｒβ２遺伝子プロモーター領域の多型とその検出方法
KR100985984B1 (ko) Ｃｏｌ4ａ3 유전자를 이용한 만성 폐기능 장애 감수성 진단용 조성물 및 이를 이용한 만성 폐기능 장애 감수성 예측 및 판단 방법

Legal Events

Date Code Title Description
E701 Decision to grant or registration of patent right