KR20180033235A - Crth2 수용체 길항제에 대한 반응과 연관된 유전자 마커 - Google Patents

Crth2 수용체 길항제에 대한 반응과 연관된 유전자 마커 Download PDF

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그레고리 제이. 옵티텍
페기 에이치. 웡
조슈아 매켈위
데반 브이. 메로트라
스티븐 그린버그
쯔팡 궈
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Abstract

본 발명은 CRTH2 수용체 길항제에 대한 유익한 반응과 연관된 인간 염색체 1 상의 유전자 마커를 제공한다. 이들 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커는, 특히, CRTH2 수용체 길항제 조성물 및 약물 제품을 사용하는 치료로부터 이익을 얻을 가능성이 가장 큰 환자를 확인하는 데, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환을 갖는 환자를 치료하는 방법에, 및 이러한 환자를 위한 가장 적절한 요법을 선택하는 방법에 유용하다.

Description

CRTH2 수용체 길항제에 대한 반응과 연관된 유전자 마커
본 발명은 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 요법에 대한 유익한 반응을 예측하는 인간 염색체 1 상의 유전자 마커에 관한 것이다.
이 섹션 또는 본 출원의 임의의 섹션에서의 임의의 공개의 확인은 이러한 공개가 본 발명에 대한 선행 기술이라는 것을 인정하는 것은 아니다.
천식은 상당한 이환율 및 사망률과 연관되고, 높은 직접 및 간접적인 건강관리 비용을 차지하는 매우 보편적인 질환이다. 세계 보건 기구 (WHO) 데이터는 현재 천식의 유병률이 전세계적으로 3억명의 개체일 것으로 추정하며, 이 수는 2025년까지 4억명으로 증가할 것으로 예상된다. 대략 1500만의 장애 보정 수명이 천식으로 인해 상실되고, 250명의 사망 중 하나가 천식으로 인한 것으로 추정된다. 문헌 [Masoli M, et al., for the Global Initiative for Asthma (GINA) Program, Allergy 2004;59:469-78]. 이 높은 질환 부담은 부분적으로 표준 요법에서 잘 제어되지 않는 환자로 인한 것이다. 문헌 [Bateman ED, et al., Am J Respir Crit Care Med 2004;170:836-44]. 또한, 표준 흡입기 요법에의 순응도가 비교적 낮다. 각각 조합 및 공동 흡입 요법을 시작한 환자의 44.2% 및 51.5%가 처음 1년 동안 그의 처음 처방을 갱신하지 않는 것으로 추정된다. 문헌 [Marceau C, et al., J. Allergy Clin Immunol 2006;118:574-81]. 흡입기에 대한 대안적 옵션은 경구 작용제, 예컨대 몬테루카스트 및 질류톤뿐만 아니라 메틸크산틴 예컨대 아미노필린을 포함하지만; 그러나, 이들 작용제는 흡입된 작용제보다 덜 강력한 것으로 인식된다. 따라서, 단독으로 또는 이용가능한 요법과 조합하여 천식을 효과적으로 치료하는 새로운, 내약성이 양호한 경구 요법에 대한 필요가 존재한다.
Th2 세포 상의 화학유인물질 수용체-상동 분자 (CRTH2)는 호산구, 호염기구 및 Th2 세포 상에서 발현되는, 프로스타글란딘 D2 (PGD2)에 대한 G 단백질-커플링된 수용체이다. 시험관내에서, PGD2 및 그의 CRTH2-선택적 대사물 중 일부는 1) 혈관 벽에 대한 세포 부착 및 혈액 순환으로부터 염증발생 조직으로의 세포의 이행을 선호하는 표면 단백질 CD11b의 발현을 자극하고 2) 염증 부위로의 세포 이동 (화학주성)을 자극함으로써 이들 백혈구를 동원하고 활성화시킬 수 있다. CRTH2 활성화는 또한 TH2 세포로부터의 IL-13과 같은 Th2 시토카인 방출의 자극 및 호염기구 및 호산구 탈과립화의 자극으로 이어진다.
기존 전-임상 및 임상 데이터는 PGD2/CRTH2 경로가 천식의 원인이 되는 주요 염증유발 백혈구의 동원 및 활성화에 필수적임을 시사한다. 문헌 [Shichijo M, Arimura A, Hirano Y, et al. Clin Exp Allergy 2009 Sep;39(9):1404-14; Lukacs NW, Berlin AA, Franz-Bacon K, et al. Am J Physiol Lunch Cell Mol Physiol 2008:295:L767-79; Uller L, Mathiesen JM, Alenmyr L, et al. Respir Res 2007;8:16I]. 인간에서, 증가된 CRTH2 mRNA 안정성으로 이어지는 CRTH2 유전자 다형성은 2개의 독립적인 집단에서 천식과 유의하게 연관된다. 문헌 [Huang J-L, Gao P-S, Mathias RA, Yao T-C, Chen L-C, Kuo M-L, et al. Hum Mol Genet 2004;13(21):2691-7]. 이중 TP/CRTH2 길항제인 라마트로반은 알레르기성 비염에서 소정의 효능을 나타내는 것으로 보고되고 일본에서 상업화된다. 문헌 [Ishizuka T, Matsui T, Okamoto Y, et al., Cardiovasc Drug Rev 2004;22:71-90]. 또한 호산구성 중증 천식을 앓고 있는 환자 집단에서 수행된 최근 IIa상 임상 연구는 CRTH2 길항제인 페비피프란트로 치료된 환자에서의 객담 호산구의 감소를 입증하였다. 문헌 [European Medical Journal Respir. 2014;2:50-57]. 종합하면, 이들 발견은 천식의 치료에서의 CRTH2 억제에 대한 잠재적으로 중요한 역할과 일치한다.
CRTH2 수용체 길항제의 치료 효과는 천식을 앓고 있는 환자 사이에서 광범위하게 달라질 수 있다. CRTH2 수용체에 보다 우수하게 반응할 수 있는 환자를 보다 우수하게 표적화하여 천식을 위한 보다 우수하고 보다 비용-효과적인 치료를 제공하기 위해, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료를 통해 이익을 얻을 가능성이 가장 큰 환자를 확인하는 방식에 대한 필요가 존재한다. 본 발명은 이러한 필요를 다룬다.
본 발명은 유전자 다형성 예컨대 인간 염색체 1 상의 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)이 CRTH2 수용체 기능과 연관된 장애를 앓고 있는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 대한 반응과 유의하게 연관된다는 발견에 기초한다. CRTH2 수용체 길항제 요법에 대한 반응과 연관된 유전자 다형성은 본원에서 "CRTH2 길항제 반응 마커"로 지칭된다.
이들 유전자 다형성 중 하나는 NCBI SNP 데이터베이스에서 rs12748961로서 확인된 C/T 다형성인 SNP이다. C 대립유전자의 존재는 보다 우수한 치료 반응과 연관되며, C/C 또는 C/T 유전자형은 천식 환자에서의 1초간 강제 호기량 (FEV1)의 4.5-배 더 우수한 개선과 연관된다. C 대립유전자가 백인에서 부차 대립유전자인 반면에, 이는 전체 인구에서 보다 아시아 혈통의 인구에서 실질적으로 더 높은 빈도로 존재하기 때문에, rs12748961 다형성은 CRTH2 수용체 길항제 요법으로부터 이익을 얻을 수 있는 천식 환자의 적합한 집단을 선택하는 데 있어서 의료 진료의, 보건 기관, 및 의료 보험 제공자를 안내할 수 있다.
본 발명자들은 또한 염색체 1 상의 다른 유전자 다형성과 CRTH2 수용체 길항제에 대한 유익한 반응, 예를 들어, 천식 환자에서의 FEV1 점수의 개선 사이의 연관을 확인하였다. CRTH2 수용체 길항제 요법에 대한 유익한 반응과 연관된 유전자 다형성이 하기 표 1에 기재되어 있고, 여기서 PS는 SNP NCBI 데이터베이스에 따른 다형성 부위를 의미하고 제2 칼럼에서의 "-"는 변이체가 결실 또는 삽입 변이체를 나타낸다는 것을 나타낸다.
표 1. CRTH2 길항제 반응 마커
Figure pct00001
* NCBI 데이터베이스는 rs3747972 및 rs1891091이 역방향 가닥에 대한 RefSNP 대립유전자라는 것을 나타낸다.
표 1에서, 칼럼 2에서의 엔트리로서 "-"의 지정은 변이체가 결실 또는 삽입 변이체라는 것을 나타낸다. 예를 들어, rs67625805에서, 대안적 대립유전자는 상응하는 위치에서의 T 뉴클레오티드의 결실을 나타낸다. 또 다른 예로서, rs71970505에서, 11-잔기 뉴클레오티드 절편은 대립유전자 중 하나에 부재하는 반면에, 대안적 대립유전자에서와 같이, 뉴클레오티드 절편 ATGCAGACTGT는 뉴클레오티드 서열의 상응하는 위치에 존재한다.
본 발명자들은 본원에서 개체를 표 1의 CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나 이상의 존재에 대해 시험하는 것이 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애를 위한 CRTH2 수용체 길항제 요법에 반응할 가능성이 가장 큰 대상체를 확인하는 것을 수반하는 다양한 약리유전학적 제품 및 방법에, 및 의사가 천식을 앓고 있는 환자에게 CRTH2 수용체 길항제를 처방할지 여부를 결정하는 것을 돕는 데 유용할 것이라는 것을 고려한다. 예를 들어, 본 발명자들은 대상체를 rs12748961 SNP에 대한 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험하는 것이 이러한 제품 및 방법에, 및 이러한 의사를 돕는 데 유용할 것이라는 것을 고려한다.
따라서, 제1 실시양태에서, 본 발명은 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하며:
이는 환자에게 치료 유효량의 CRTH2 수용체 길항제를 투여하는 것을 포함하고,
여기서 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, 상기 표 1로부터 선택된 CRTH2 수용체 길항제 마커로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제1 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제2 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제3 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제4 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제5 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제6 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제7 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs71970505 SNP의 결실 대립유전자 (표 1의 보다 우수한 반응 대립유전자 칼럼에서 "-"로 표시됨)의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제8 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제9 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs67625805 SNP의 결실 대립유전자 (표 1의 보다 우수한 반응 대립유전자 칼럼에서 "-"로 표시됨)의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제10 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제11 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제12 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제13 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs34848415 SNP의 결실 대립유전자 (표 1의 보다 우수한 반응 대립유전자 칼럼에서 "-"로 표시됨)의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제14 측면에서, 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제1 실시양태의 제15 측면 (제1 측면 내지 제14 측면 중 어느 한 측면을 포함함)에서, 방법은 환자에게 류코트리엔 길항제 예컨대 몬테루카스트, 자피르루카스트, 또는 프란루카스트를 투여하는 것을 추가로 포함한다. 제1 실시양태의 제16 측면 (제1 측면 내지 제15 측면 중 어느 한 측면을 포함함)에서, 방법은 환자에게 몬테루카스트를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
제2 실시양태에서, 본 발명은 제약 조성물 및 처방 정보를 포함하는 약물 제품을 제공하며,
여기서 제약 조성물은 CRTH2 수용체 길항제를 포함하고 처방 정보는 약리유전학적 지침을 포함하고,
여기서 약리유전학적 지침은 상기 표 1에 제시된 바와 같은 CRTH2 수용체 길항제 마커로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제1 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제2 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제3 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제4 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제5 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제6 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제7 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs71970505 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제8 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제9 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs67625805 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제10 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제11 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제12 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제13 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs34848415 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태의 제14 측면에서, 약리유전학적 지침은 rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함한다.
제2 실시양태에 제시된 약물 제품의 제15 측면 (제1 측면 내지 제14 측면 중 어느 한 측면을 포함함)에서, 약물 제품은 류코트리엔 길항제 예컨대 몬테루카스트, 자피르루카스트, 또는 프란루카스트를 추가로 포함한다. 제2 실시양태의 제16 측면 (제1 측면 내지 제14 측면 중 어느 한 측면을 포함함)에서 약물 제품은 몬테루카스트를 추가로 포함한다.
제3 실시양태에서, 본 발명은 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환을 갖고 상기 표 1에 제시된 바와 같은 CRTH2 수용체 길항제 마커로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자를 치료하기 위한 의약의 제조에 있어서 CRTH2 수용체 길항제의 용도를 제공한다.
제3 실시양태의 제1 측면에서, 환자는 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제2 측면에서, 환자는 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제3 측면에서, 환자는 rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제4 측면에서, 환자는 rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제5 측면에서, 환자는 rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제6 측면에서, 환자는 rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제7 측면에서, 환자는 rs71970505 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제8 측면에서, 환자는 rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제9 측면에서, 환자는 rs67625805 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제10 측면에서, 환자는 rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제11 측면에서, 환자는 rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제12 측면에서, 환자는 rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제13 측면에서, 환자는 rs34848415 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제3 실시양태의 제14 측면에서, 환자는 rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다.
제4 실시양태에서, 본 발명은 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환을 갖는 환자를 치료하기 위한 요법을 선택하는 방법을 제공하며, 여기서 표 1에 제시된 것으로부터 선택된 다형성 부위에서 환자의 유전자형이 결정 및 보고되고, 방법은:
환자가 CRTH2 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서를 참조하고;
이 참고에 기초하여, 환자를 CRTH2 수용체 길항제로 치료하는 것을 포함한다.
제4 실시양태의 제1 측면에서, 환자가 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제2 측면에서, 환자가 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제3 측면에서, 환자가 rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제4 측면에서, 환자가 rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제5 측면에서, 환자가 rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제6 측면에서, 환자가 rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제7 측면에서, 환자가 rs71970505 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제8 측면에서, 환자가 rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제9 측면에서, 환자가 rs67625805 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제10 측면에서, 환자가 rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제11 측면에서, 환자가 rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제12 측면에서, 환자가 rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제13 측면에서, 환자가 rs34848415 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제4 실시양태의 제14 측면에서, 환자가 rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나를 갖는다는 것을 확인하기 위해 보고서가 참조된다.
제5 실시양태에서, 본 발명은 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애를 갖는 환자군으로부터 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료를 위한 환자를 선택하는 스크리닝 방법을 제공하며, 이는 상기 군의 각각의 구성원을 상기 표 1에 제시된 것으로부터 선택된 CRTH2 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험하는 것을 포함하고, 여기서 양성 반응은 CRTH2 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제1 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제2 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제3 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs6679073 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제4 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs12564209 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제5 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs3805 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제6 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs71633561 SNP의 C 대립유전자의 적어도 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제7 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs71970505 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs71970505 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제8 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs12132270 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제9 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs67625805 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs67625805 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제10 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs3747972 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제11 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs11557080 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제12 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs71633563 SNP의 T 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제13 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs34848415 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs34848415 SNP의 결실 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제5 실시양태의 제14 측면에서, 상기 군의 각각의 구성원은 rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재에 대해 시험되며, 여기서 양성 반응은 rs1891091 SNP의 A 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재이다.
제6 실시양태에서, 본 발명은 CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나의 유전자형결정을 위해 설계된 올리고뉴클레오티드 세트를 포함하는, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환을 갖는 환자를 상기 표 1에 제시된 바와 같은 CRTH2 길항제 반응 마커 중 하나로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재 또는 부재에 대해 시험하는 키트를 제공한다.
제6 실시양태의 제1 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs12748961 SNP이다.
제6 실시양태의 제2 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs12118655 SNP이다.
제6 실시양태의 제3 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs6679073 SNP이다.
제6 실시양태의 제4 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs12564209 SNP이다.
제6 실시양태의 제5 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs3805 SNP이다.
제6 실시양태의 제6 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs71633561 SNP이다.
제6 실시양태의 제7 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs71970505 SNP이다.
제6 실시양태의 제8 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs12132270 SNP이다.
제6 실시양태의 제9 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs67625805 SNP이다.
제6 실시양태의 제10 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs3747972 SNP이다.
제6 실시양태의 제11 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs11557080 SNP이다.
제6 실시양태의 제12 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs71633563 SNP이다.
제6 실시양태의 제13 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs34848415 SNP이다.
제6 실시양태의 제14 측면에서, CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나는 rs1891091 SNP이다.
제6 실시양태의 키트의 제15 측면 (제1 측면 내지 제14 측면 중 어느 한 측면을 포함함)에서, 올리고뉴클레오티드는 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO) 프로브이다. 구체적 측면에서, 올리고뉴클레오티드는 고체 표면 상에 고정된다.
제7 실시양태에서, 본 발명은:
(a) 인간 환자로부터 생물학적 샘플 (예를 들어, 혈액 샘플 예컨대 혈장 샘플)을 수득하고;
(b) 상기 표 1의 CRTH2 수용체 길항제 마커 중 적어도 하나의 보다 우수한 반응 대립유전자가 혈액 샘플에 존재하는지 여부를 검출하고;
(c) 혈액 샘플에서 보다 우수한 반응 대립유전자의 존재가 검출된 경우에 환자를 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단하고;
(d) 진단된 환자에게 치료 유효량의 CRTH2 수용체 길항제를 투여하는 것
을 포함하는, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 환자를 진단하고 천식을 치료하는 방법을 제공한다.
제7 실시양태의 한 측면에서, 단계 (d)는 환자에게 류코트리엔 수용체 길항제를 투여하는 것을 추가로 포함한다. 예를 들어, 류코트리엔 수용체 길항제는 몬테루카스트 또는 그의 제약상 허용되는 염일 수 있다.
제7 실시양태의 한 측면에서, 단계 (b)에서, rs12748961 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 C 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs12748961 SNP의 C 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs12118655 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 G 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs12118655 SNP의 G 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs6679073 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 A 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs6679073 SNP의 A 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs12564209 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 G 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs12564209 SNP의 G 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs3805 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 G 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs3805 SNP의 G 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs71633561 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 C 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs71633561 SNP의 C 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs71970505 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 결실 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs71970505 SNP의 결실 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs12132270 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 T 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs12132270 SNP의 T 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs67625805 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 결실 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs67625805 SNP의 결실 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs3747972 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 A 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs3747972 SNP의 A 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs11557080 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 A 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs11557080 SNP의 A 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs71633563 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 T 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs71633563 SNP의 T 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs34848415 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 결실 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs34848415 SNP의 결실 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 또 다른 측면에서, 단계 (b)에서, rs1891091 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 A 대립유전자가 검출되고,
단계 (c)에서, rs34848415 SNP의 A 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단된다.
제7 실시양태의 한 측면에서, 단계 (d)에서 진단된 환자에게 유효량의 CRTH2 수용체 길항제 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 및 류코트리엔 수용체 길항제 몬테루카스트가 투여된다.
제7 실시양태의 하나의 특정한 측면에서,
단계 (b)에서, 검출되도록 추구되는 보다 우수한 반응 대립유전자는 rs12748961 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 C 대립유전자이고;
단계 (c)에서, rs12748961 SNP의 C 대립유전자가 검출된 경우에 환자는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단되고;
단계 (d)에서, 진단된 환자에게 유효량의 CRTH2 수용체 길항제 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 및 류코트리엔 수용체 길항제 몬테루카스트가 투여된다.
제8 실시양태에서, 본 발명은 (i) 제1 실시양태의 방법, (ii) 제2 실시양태의 약물 제품, (iii) 제3 실시양태의 용도, (iv) 제4 실시양태의 방법, (v) 제5 실시양태의 방법, (vi) 제6 실시양태의 키트, 또는 제7 실시양태의 방법을 제공하며; 여기서 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 환자는 상기 표 1의 CRTH2 수용체 길항제 마커 중 적어도 2개에 대한 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다. 예를 들어, 이러한 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 환자는 환자가 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피 및 rs12118655 SNP의 G 대립유전자의 적어도 하나의 카피 둘 다를 갖는 것으로 확인된다.
상기 실시양태에 기재된 방법, 용도, 약물 제품, 또는 키트의 특정 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 또는 2-(2-메틸-1-(4-(메틸술포닐)-2-(트리플루오로메틸)벤질)-1H-피롤로[2,3-b]피리딘-3-일)아세트산 (페비피프란트), 또는 어느 한 화합물의 제약상 허용되는 염이다.
상기 실시양태에 기재된 방법, 용도, 약물 제품, 또는 키트의 특정 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애는 천식이다.
도 1은 CRTH2 길항제 반응 마커에 대한 참조 뉴클레오티드 서열을 나타내며 변이체 위치는 2015년 6월 7일의 NCBI SNP 데이터베이스에서 볼드체로 나타내어진다.
도 2는 CRTH2 수용체 길항제 및 몬테루카스트로 치료된 환자의 효능을 측정하는 데 사용된 연구 설계의 그래프 묘사이다.
도 3은 도 2에 요약된 임상 연구로부터의 rs12748961에서 C 대립유전자의 카피를 보유하지 않는 개체 (C=0) 및 C 대립유전자의 1 또는 2개의 카피를 보유하는 개체 (C=1+2)에서 화합물 A 및 몬테루카스트의 조합 대 위약 및 몬테루카스트의 조합 사이의 제4주에서의 FEV1 점수 개선의 환자내 차이 (mL)의 추정 평균을 설명한다.
도 4는 1000 게놈 데이터 세트에 기초한 전체 및 다양한 집단에 걸친 rs12749861에 대한 부차 대립유전자 (C) 빈도를 나타낸다.
I. 정의
본 발명이 보다 용이하게 이해될 수 있도록, 특정 기술 과학 용어가 하기에 구체적으로 정의되어 있다. 본 명세서에서 달리 구체적으로 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 모든 다른 기술 과학 용어는 본원에 사용된 바와 같이 유사한 맥락으로 사용되는 경우에 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 갖는다.
첨부된 청구범위를 포함하여, 본원에 사용된 바와 같이, 단수 형태의 단어는, 문맥상 달리 명백하게 지시되지 않는 한, 그의 상응하는 복수 지시대상을 포함한다.
수치로 정의되는 파라미터, 예를 들어, 본원에서 논의된 치료제의 투여량, 또는 치료 기간을 수식하는 데 사용된 경우에 "약"은 파라미터가 이러한 파라미터에 대해 언급된 수치의 10% 초과 또는 그 미만만큼 달라질 수 있다는 것을 의미한다.
"대립유전자"는 그의 특정한 뉴클레오티드 서열에 의해 다른 형태로부터 구별되는 유전자 또는 다른 유전자좌의 특정한 형태이고, 용어 대립유전자는 또한 다형성 부위에서 발견되는 대안적 다형성 (예를 들어, SNP)을 포함한다.
"유익한 결과"는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료의 목적하는 임상 결과를 의미하며, 이는 1종 이상의 질환 증상의 완화, 질환 정도의 감소 (예를 들어, 천식의 치료의 맥락에서의 FEV1의 개선), 질환의 안정화된 (즉, 악화되지 않는) 상태, 질환 진행의 저속화, 질환 상태의 호전 또는 완화, 생존 연장 (치료되지 않은 경우에 예상되는 생존 대비), 무재발 생존, 완화 (부분적이든지 또는 전체적이든지) 및 치유 (즉, 질환의 제거)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
"보다 우수한 반응 대립유전자"는 유전자 또는 다른 유전자좌의 특정한 형태이며, 이는 환자에 존재하는 경우에, 유전자 또는 다른 유전자좌의 이러한 형태가 부재하는 환자에서의 측정에 비해 개선된 임상 측정 (예를 들어, 개선된 FEV1 측정)을 일으킨다.
명세서 및 청구범위의 전반에 걸쳐 사용된 바와 같은 "로 본질적으로 이루어지다" 및 변형 예컨대 "로 본질적으로 이루어진다" 또는 "로 본질적으로 이루어진"은 임의의 열거된 요소 또는 요소 군의 포함, 및 명시된 투여 요법, 방법, 또는 조성물의 기본 또는 신규 특성을 실질적으로 변화시키지 않는, 열거된 요소와 유사한 또는 상이한 성질의 다른 요소의 임의적인 포함을 나타낸다.
"개체" 또는 "동물" 또는 "환자" 또는 "포유동물"은 청구된 조성물 및 방법 중 임의의 것이 필요하거나 또는 유익할 수 있는 임의의 인간 대상체, 특히 포유동물 대상체를 의미한다. 바람직한 실시양태에서, 개체는 성인, 즉, 적어도 18세이다.
"단리된"은 전형적으로 생물학적 분자 예컨대 RNA, DNA, 올리고뉴클레오티드, 또는 단백질의 정제 상태를 반영하는 데 사용되고, 이러한 맥락에서 분자에 다른 생물학적 분자 예컨대 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 또는 다른 물질 예컨대 세포 파편 및 성장 배지가 실질적으로 존재하지 않는다는 것을 의미한다. 일반적으로, 용어 "단리된"은 그들이 본 발명의 방법을 실질적으로 방해하는 양으로 존재하지 않는 한, 다른 생물학적 분자 또는 물질의 완전한 부재 또는 물, 완충제, 또는 염의 부재를 지칭하는 것으로 의도되지 않는다.
"유전자좌"는 유전자에 상응하는 염색체 또는 DNA 분자 상의 위치, 물리적 특색 예컨대 다형성 부위, 또는 표현형 특색과 연관된 위치를 지칭한다.
"뉴클레오티드 쌍"은 개체로부터의 2개의 카피의 염색체 상의 다형성 부위에서 발견되는 2개의 뉴클레오티드 (동일하거나 또는 상이할 수 있음) 세트이다.
"올리고뉴클레오티드"는 통상적으로 5 내지 100개의 인접 염기 길이이고, 가장 빈번하게는 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 15-50, 15-40, 15-30, 15-25, 15-20, 20-50, 20-40, 20-30 또는 20-25개의 인접 염기 길이인 핵산을 지칭한다. 올리고뉴클레오티드의 서열은 유전자좌의 대립유전자 형태 중 임의의 것에 특이적으로 혼성화하도록 설계될 수 있고; 이러한 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적 프로브로 지칭된다. 유전자좌가 SNP를 포함하는 PS인 경우에, 이러한 SNP에 대한 상보적 대립유전자는 대립유전자-특이적 프로브 내의 임의의 위치에서 발생할 수 있다. 본 발명을 실시하는 데 유용한 다른 올리고뉴클레오티드는 PS에 인접한 표적 영역에 특이적으로 혼성화하며, 그의 3' 말단은 PS로부터의 1 내지 약 10개 이하의 뉴클레오티드, 바람직하게는 약 5개의 뉴클레오티드에 위치한다. PS에 인접하여 혼성화하는 이러한 올리고뉴클레오티드는 폴리머라제-매개 프라이머 연장 방법에 유용하고 본원에서 "프라이머-연장 올리고뉴클레오티드"로 지칭된다. 바람직한 실시양태에서, 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드의 3'-말단은 PS에 바로 인접하여 위치하는 뉴클레오티드에 상보적인 데옥시뉴클레오티드이다.
"제약상 허용되는"은 "일반적으로 안전한 것으로 간주되는" - 예를 들어, 생리학상 허용되고 인간에게 투여될 경우에 전형적으로 알레르기성 또는 유사한 불리한 반응, 예컨대 급성위연동이상항진 등을 생성하지 않는 분자 개체 및 조성물을 지칭한다. 또 다른 실시양태에서, 이 용어는 연방 또는 주 정부의 규제 기관에 의해 승인되거나 또는 미국 약전 또는 동물, 및 보다 특히 인간에 사용하기 위한 일반적으로 인식된 또 다른 약전에 열거된 분자 개체 및 조성물을 지칭한다.
"다형성 부위" 또는 "PS"는 다형성, 예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP), 제한 단편 길이 다형성 (RFLP), 가변 개수의 탠덤 반복부 (VNTR), 디뉴클레오티드 반복부, 트리뉴클레오티드 반복부, 테트라뉴클레오티드 반복부, 단순 서열 반복부, 삽입 요소, 예컨대 Alu, 및 1개 이상의 뉴클레오티드의 결실 또는 삽입이 발견되는 유전자좌 또는 유전자 내의 위치를 지칭한다. PS는 통상적으로 관심 집단에서 고도로 보존된 서열 전후에 존재하고, 따라서 PS의 위치는 전형적으로 SNP의 경우에 통상적으로 "SNP 콘텍스트 서열"로 지칭되는, PS를 포괄하는 30 내지 60개의 뉴클레오티드의 컨센서스 핵산 서열을 참조하여 만들어진다. PS의 위치는 또한 컨센서스 또는 참조 서열 내의 그의 위치에 의해 확인될 수 있다. 통상의 기술자는 컨센서스 또는 참조 서열에 비해 관심 집단의 각각의 개체에서의 하나 이상의 삽입 또는 결실의 존재로 인해 특정한 PS의 위치가 이러한 개체의 참조 또는 콘텍스트 서열 내의 정확하게 동일한 위치에서 발생하지 않을 수 있다는 것을 이해한다. 더욱이, 통상의 기술자에게 검출되는 PS에서의 대안적 대립유전자의 정체성 및 PS가 발생하는 참조 서열 또는 콘텍스트 서열의 하나 또는 둘 다가 제공된 경우에, 임의의 주어진 개체의 다형성 부위에서의 대안적 대립유전자를 검출하기 위한 강건하고, 특이적이고 정확한 검정을 설계하는 것은 통상의 기술자에게 상용적이다. 따라서, 통상의 기술자는 참조 또는 콘텍스트 서열 내의 특정한 위치를 참조하여 본원에 기재된 임의의 PS의 위치를 특정하는 것은 단지 편의를 위한 것이고 임의의 구체적으로 열거된 뉴클레오티드 위치는 문자 그대로 동일한 PS가 본원에 기재된 유전자형결정 방법 중 임의의 것 또는 관련 기술분야에 널리 공지된 다른 유전자형결정 방법을 사용하여 본 발명의 유전자 마커의 존재 또는 부재에 대해 시험되는 임의의 개체의 동일한 유전자좌 내에 실제로 위치하는 모든 뉴클레오티드 위치를 포함한다는 것을 이해할 것이다.
"참조 SNP" 또는 "rs" 번호는 국립 생물 정보 센터 (NCBI)에 의해 개별 SNP에 할당된 수탁 번호를 지칭한다.
"치료하다" 또는 "치료하는"은 치료제를 필요로 하는 개체에게 치료제, 예컨대 본원에 기재된 CRTH2 수용체 길항제를 함유하는 조성물을 내부에서 또는 외부에서 투여하는 것을 의미한다. 작용제를 필요로 하는 개체는 작용제를 사용하는 치료에 감수성인 상태 또는 장애를 갖거나, 또는 발병 위험이 있는 것으로 진단된 개체뿐만 아니라 제2 치료제를 사용하는 완화에 감수성인 제1 치료제를 사용하는 치료의 하나 이상의 유해 효과를 갖거나, 또는 발병 위험이 있는 개체를 포함한다. 전형적으로, 치료제는 하나 이상의 유익한 결과를 생성하는 데 효과적인 양을 의미하는 치료 유효량으로 투여된다. 치료 유효량의 특정한 작용제는 인자 예컨대 치료되는 환자의 질환 상태, 연령, 및 체중, 및 환자의 감수성, 예를 들어, 치료제에 반응하는 능력에 따라 달라질 수 있다. 유익한 또는 임상 결과가 달성되는지 여부는 전형적으로 의사 또는 다른 숙련된 건강관리 제공자에 의해 표적 질환, 증상 또는 유해 효과의 존재, 중증도 또는 진행 상태를 평가하는 데 사용되는 임의의 임상 측정에 의해 평가될 수 있다. 전형적으로, 치료 유효량의 작용제는 기준선 상태에 비해, 또는 치료되지 않은 경우에 예상되는 상태에 비해 관련 임상 측정(들)의 적어도 5%, 통상적으로 적어도 10%, 보다 통상적으로 적어도 20%, 가장 통상적으로 적어도 30%, 바람직하게는 적어도 40%, 보다 바람직하게는 적어도 50%, 가장 바람직하게는 적어도 60%, 이상적으로 적어도 70%, 보다 이상적으로 적어도 80%, 및 가장 이상적으로 적어도 90%의 개선을 일으킬 것이다. 예를 들어, 상태 또는 장애가 천식인 한 실시양태에서, 개선의 임상 측정은 FEV1 측정의 개선이다. 본 발명의 실시양태 (예를 들어, 치료 방법 또는 제조 물품)가 모든 환자에서 목적하는 임상 이익 또는 결과를 달성할 수 없는 반면에, 관련 기술분야에 공지된 임의의 통계적 시험 예컨대 스튜던트(Student) t-검정, chi2-검정, 만(Mann) 및 휘트니(Whitney)에 따른 U-검정, 크루스칼-왈리스(Kruskal-Wallis) 검정 (H-검정), 존키어-터프스트라(Jonckheere-Terpstra) 검정 및 윌콕슨(Wilcoxon)-검정에 의해 결정 시 통계적으로 유의한 수의 환자에서 달성해야 한다.
II. 본 발명의 CRTH2 길항제 반응 마커의 유용성
본원에 기재된 반응 마커의 표현형 효과는 이러한 반응 마커의 존재 또는 부재에 기초하여 선택된 환자에서의 임상시험용 또는 사전에 승인된 CRTH2 수용체 길항제 약물의 임상 시험, 이러한 반응 마커를 갖는 환자를 치료하기 위한 CRTH2 수용체 길항제를 포함하는 제약 조성물 및 약물 제품, 환자가 이러한 마커를 갖는지 여부에 기초하여 환자의 약물 요법을 조정하는 것을 수반하는 진단 방법, 및 약리유전학적 치료 방법을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 상업적인 적용에서의 이러한 마커의 용도를 지지한다.
본원에 청구된 상업적인 적용 중 임의의 것의 유용성은 본 발명의 반응 마커의 존재와 CRTH2 수용체 길항제를 받는 개체의 100%에서 관찰되는 CRTH2 수용체 길항제에 대한 목적하는 반응의 발생 사이의 상관관계를 필요로 하지 않고; 반응 마커의 존재 또는 부재를 결정하는 데 있어서 모든 개체에서 특이적인 정도의 특이성 또는 감수성을 갖는 진단 방법 또는 키트를 필요로 하지도 않고, 모든 개체에 대해 개체가 CRTH2 수용체 길항제에 대한 유익한 반응을 가질 가능성이 있는지 여부를 예측하는 데 있어서 본원에 청구된 진단 방법이 100% 정확할 것을 필요로 하지도 않는다. 따라서, 본 발명자들은 본원에서 용어 "결정하다", "결정하는" 및 "예측하는"이 명확한 또는 특정 결과를 필요로 하는 것으로 해석되지 않아야 하고; 그 대신에 이들 용어는 청구된 방법이 대부분의 개체에 대해 정확한 결과를 제공하거나, 또는 임의의 주어진 개체에 대한 결과 또는 예측이 부정확하기보다 정확할 가능성이 더 크다는 것을 의미하는 것으로 해석되어야 한다는 것을 의도한다.
바람직하게는, 본 발명의 진단 방법에 의해 제공되는 결과의 정확도는 통상의 기술자 또는 규제 기관이 방법이 사용되는 특정한 적용에 적합한 것으로 간주한 것이다. 유사하게, 청구된 약물 제품 및 치료 방법의 유용성은 이들이 모든 개체에서 청구된 또는 목적하는 효과를 생성할 것을 필요로 하지 않고; 필요한 모든 것은 임상 진료의의 전문적인 판단을 모든 적용가능한 규준과 일치하도록 적용하는 경우에, 주어진 개체를 청구된 방법에 따라 또는 청구된 약물 제품으로 치료하는 청구된 효과를 달성할 가능성이 치료 또는 약물 제품의 처방을 보장하기에 충분히 높은 것으로 임상 진료의가 결정하는 것이다.
A. 본 발명의 CRTH2 길항제 반응 마커에 대한 시험
CRTH2 길항제 반응 마커의 존재 또는 부재는 관련 기술분야에 통상적으로 사용되는 다양한 유전자형결정 기술 중 임의의 것에 의해 검출될 수 있다. 전형적으로, 이러한 유전자형결정 기술은 관심 PS를 함유하거나, 또는 이에 인접한 영역에 상보적인 1개 이상의 올리고뉴클레오티드를 사용한다. 특정한 관심 PS의 유전자형결정에 사용되는 올리고뉴클레오티드의 서열은 전형적으로 PS에 대한 콘텍스트 서열에 기초하여 설계된다.
특정한 개체에서, 상기 확인된 다형성 부위의 위치는 관심 PS를 둘러싸는 참조 코딩 또는 게놈 DNA 서열 내에 또는 하기 표 2에 기재된 콘텍스트 서열 중 하나, 또는 그의 상보적 서열 내에 있다.
표 2: CRTH2 수용체 길항제 반응과 연관된 SNP에 대한 콘텍스트 서열
Figure pct00002
1 콘텍스트 서열은 2016년 6월 23일에 NCBI SNP 데이터베이스에 보고되었고; Y1은 C 또는 T를 나타내고 Y2는 A 또는 G를 나타내고; Y3은 A 또는 C를 나타내고; Y4는 C 또는 G를 나타내고; Y5는 A/G/T를 나타내고; Y6은 C 또는 G를 나타내고; Y7은 ATGCAGACTGT의 부재 (-) 또는 존재를 나타내고; Y8은 C 또는 T를 나타내고; Y9는 T의 부재 (-) 또는 존재를 나타내고; Y10은 A 또는 G를 나타내고; Y11은 A 또는 G를 나타내고; Y12는 C 또는 T를 나타내고; Y13은 A의 부재 (-) 또는 존재를 나타내고, Y15는 A 또는 G를 나타낸다.
통상의 기술자에 의해 인식된 바와 같이, 특정한 PS를 함유하는 핵산 샘플은 상보적 이중 가닥 분자일 수 있고 따라서 센스 가닥 상의 특정한 부위에 대한 언급은 상보적 안티센스 가닥 상의 상응하는 부위를 또한 지칭한다. 유사하게, 염색체의 한 가닥의 두 카피 상의 PS에 대해 수득된 특정한 유전자형에 대한 언급은 다른 가닥의 두 카피 상의 동일한 PS에 대해 수득된 상보적 유전자형과 동등한 것이다. 예로서, 유전자에 대한 코딩 가닥 상의 rs12748961 PS에 대한 C/C 유전자형은 비코딩 가닥 상의 이러한 PS에 대한 G/G 유전자형과 동등한 것이다.
본원에 열거된 콘텍스트 서열뿐만 아니라 그의 상보적 서열은 개체가 보다 우수한 반응 대립유전자에 대한 적어도 하나의 카피를 갖는지 여부의 결정을 허용하는 관련 기술분야에 널리 공지된 다양한 방법 중 임의의 것을 사용하여 관심 인간 대상체로부터 수득된 핵산 샘플에서의 CRTH2 길항제 반응 마커의 유전자형결정을 위한 프로브 및 프라이머를 설계하는 데 사용될 수 있다. 이러한 방법에 이용되는 핵산 분자는 일반적으로 RNA, 게놈 DNA, 또는 RNA로부터 유래된 cDNA를 포함한다.
전형적으로, 유전자형결정 방법은 개체로부터 수득된 생물학적 샘플로부터 제조된 핵산 샘플을 검정하여 하나 이상의 관심 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 쌍의 정체성을 결정하는 것을 수반한다. 핵산 샘플은 실질적으로 임의의 생물학적 샘플로부터 제조될 수 있다. 예를 들어, 편리한 샘플은 전혈 혈청, 정액, 타액, 눈물, 분변물, 소변, 땀, 협측물, 피부 및 모발을 포함한다. 체세포는 관심 PS에 존재하는 대립유전자 둘 다의 정체성의 결정을 허용하기 때문에 바람직하다.
핵산 샘플은 분석을 위해 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 임의의 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 바람직하게는, 이러한 기술은 핵산 분자 내의 목적하는 다형성 부위(들)에 대한 유전자형을 결정하기에 충분히 순수한 게놈 DNA의 단리를 일으킨다. 이러한 결정의 감수성 및 특이성을 증진시키기 위해, 유전자형결정되는 PS를 함유하는 표적 영역을 핵산 샘플로부터 증폭시키는 것이 종종 바람직하다. 핵산 단리 및 증폭 기술은, 예를 들어, 문헌 [Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001)]에서 찾아볼 수 있다.
폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 기술을 포함하나, 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 임의의 증폭 기술이 본 발명을 실시하는 데 사용될 수 있다. PCR은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 물질 및 방법을 사용하여 수행될 수 있다 (일반적으로 문헌 [PCR Technology: Principals and Applications for DNA Amplification (ed. H. A. Erlich, Freeman Press, NY, N.Y., 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (eds. Innis, et al., Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Matilla et al., Nucleic Acids Res. 19: 4967 (1991); Eckert et al., PCR Methods and Applications 1: 17 (1991); PCR (eds. McPherson et al., IRL Press, Oxford)]; 및 미국 특허 번호 4,683,202 참조). 다른 적합한 증폭 방법은 리가제 연쇄 반응 (LCR) (문헌 [Wu and Wallace, Genomics 4: 560 (1989) 및 Landegren et al., Science 241: 1077 (1988))] 참조), 전사 증폭 (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173 (1989)), 자기-지속 서열 복제 (Guatelli et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87: 1874 (1990)); 등온 방법 (Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-6 (1992)); 및 핵산-기반 서열 증폭 (NASBA)을 포함한다.
증폭된 표적 영역을 검정하여 표적 영역 내의 PS에 존재하는 대립유전자 중 적어도 하나의 정체성을 결정한다. 유전자좌의 대립유전자 둘 다가 증폭된 표적에 제시될 경우, PS에서 동형접합인 개체에서 단지 1개의 대립유전자가 PS에서 검출될 것이지만, 개체가 PS에 대해 이형접합인 경우에 2개의 상이한 대립유전자가 검출될 것이라는 것이 통상의 기술자에 의해 용이하게 인지될 것이다.
대립유전자의 정체성은 직접적으로 (양성형 확인으로 공지됨), 또는 추론에 의해 (음성형 확인으로 지칭됨) 확인될 수 있다. 예를 들어, SNP가 참조 집단에서 구아닌 또는 시토신인 것으로 공지된 경우에, PS는 그 부위에서 동형접합인 개체의 경우 구아닌 또는 시토신인 것으로, 또는 개체가 그 부위에서 이형접합인 경우에 구아닌 및 시토신 둘 다인 것으로 양성적으로 결정될 수 있다. 대안적으로, PS는 구아닌이 아닌 (따라서 시토신/시토신인) 또는 시토신이 아닌 (따라서 구아닌/구아닌인) 것으로 음성적으로 결정될 수 있다. 각각의 경우에, 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피가 표 1에 제시된 바와 같이 존재하는 것으로 결정된 경우에, 이러한 결정은 본원에 기재된 방법, 용도, 약물 제품, 또는 키트에서 보다 우수한 반응 대립유전자에 대해 양성 반응 결과인 것으로 간주된다.
개체로부터 수득된 핵산 샘플 내의 PS에서 대립유전자 또는 대립유전자의 쌍 (예를 들어, SNP의 경우에 2개의 뉴클레오티드)을 확인하는 것은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 임의의 기술을 사용하여 달성될 수 있다. 바람직한 기술은 샘플 취급을 최소로 하면서 다중 PS의 신속하고 정확한 검정을 허용한다. 적합한 기술의 일부 예는 증폭된 표적 영역의 직접 DNA 서열분석, 모세관 전기영동, 대립유전자-특이적 프로브의 혼성화, 단일-가닥 입체형태 다형성 분석, 변성 구배 겔 전기영동, 온도 구배 전기영동, 미스매치 검출; 핵산 어레이, 프라이머 특이적 연장, 단백질 검출, 및 관련 기술분야에 널리 공지된 다른 기술을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 예를 들어, 문헌 [Sambrook, et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory, New York) (2001); Ausubel, et al., Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, New York) (1997); Orita et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 86, 2766-2770 (1989); Humphries et al., in MOLECULAR DIAGNOSIS OF GENETIC DISEASES, Elles, ed., pp. 32 1-340, 1996; Wartell et al., Nucl. Acids Res. 18:2699-706 (1990); Hsu et al. (1994) Carcinogenesis 15:1657-1662; Sheffield et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:232-6 (1989); Winter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:7575 (1985); Myers et al. (1985) Nature 313:495; Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys Chem. 265:12753; Modrich, Ann. Rev. Genet. 25:229-53 (1991)]; 미국 특허 번호 6,300,063; 미국 특허 번호 5, 837,832; 미국 특허 번호 5,459,039; 및 문헌 [HuSNP Mapping Assay, reagent kit and user manual, Affymetrix Part No. 90094 (Affymetrix, Santa Clara, CA)]을 참조한다.
바람직한 실시양태에서, PS에서의 대립유전자(들)의 정체성은 폴리머라제-매개 프라이머 연장 방법을 사용하여 결정된다. 몇몇의 이러한 방법은 특허 및 과학 문헌에 기재되었고 "유전자 비트 분석" 방법 (WO 92/15712) 및 리가제/폴리머라제 매개 유전자 비트 분석 (미국 특허 번호 5,679,524)을 포함한다. 관련 방법이 WO 91/02087, WO 90/09455, WO 95/17676, 및 미국 특허 번호 5,302,509 및 5,945,283에 개시되어 있다. 다형성의 상보체를 함유하는 연장된 프라이머는 미국 특허 번호 5,605,798에 기재된 바와 같이 질량 분광측정법에 의해 검출될 수 있다.
또 다른 프라이머 연장 방법은 대립유전자 특이적 PCR을 사용한다 (Ruano, G. et al., Nucl. Acids Res. 17:8392 (1989); Ruano, G. et al., Nucl. Acids Res. 19:6877-82 (1991); WO 93/22456; Turki et al., J. Gun. Invest. 95:1635-41 (1995)).
다형성을 확인하고 분석하는 또 다른 프라이머 연장 방법은 첨가된 염기의 표지와 프라이머의 표지 사이에서의 형광 공명 에너지 전달 (FRET)과 커플링된 형광-표지된 프라이머의 단일-염기 연장 (SBE)을 이용한다. 전형적으로, 방법, 예컨대 문헌 [Chen et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 94:10756-61 (1997)]에 의해 기재된 것은 5' 말단 상에서 5-카르복시플루오레세인 (FAM)으로 표지된 유전자좌-특이적 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용한다. 이 표지된 프라이머는 3' 말단이 관심 다형성 부위에 바로 인접하도록 설계된다. 표지된 프라이머는 유전자좌에 혼성화되고, 표지된 프라이머의 단일 염기 연장은 데옥시리보뉴클레오티드가 존재하지 않는 것을 제외하고는 염료-종결인자 서열분석 방식으로 형광 표지된 디데옥시리보뉴클레오티드 (ddNTP)를 사용하여 수행된다. 표지된 프라이머의 파장에서의 여기에 반응하여 첨가된 ddNTP의 형광의 증가는 첨가된 뉴클레오티드의 정체성을 추론하는 데 사용된다.
바람직한 유전자형결정 검정은 미국 매사추세츠주 월섬의 써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific)으로부터의 택맨(TaqMan)® SNP 유전자형결정 검정, 또는 거의 동일한 신뢰도, 정확도 및 특이성을 갖는 검정이다. 이러한 검정의 특정 실시양태에서, 2개의 대립유전자-특이적 프로브는 특정한 PS를 표적화하는데 사용되며, 각각의 프로브는 그에 결합된 별개의 형광 표지뿐만 아니라 켄처 분자를 갖는다. 또한, 2개의 대립유전자-특이적 프라이머가 사용된다. DNA 가닥의 연장 시, Taq DNA 폴리머라제는 형광 표지를 절단하고, 절단은 검출될 수 있는 형광 방출을 일으킨다.
상기 모든 방법에서, 임의의 PS에서 대립유전자(들)의 정체성을 검출하도록 설계된 검정의 정확도 및 특이성은 전형적으로 이러한 PS에서의 대립유전자(들)의 정체성이 공지된 DNA 샘플에 대한 검정을 수행함으로써 검증된다. 바람직하게는, 각각의 가능한 대립유전자를 나타내는 샘플이 검증 과정에 포함된다. 이배체 유전자좌 예컨대 상염색체 상의 것에 대해, 검증 샘플은 전형적으로 PS에서 주요 대립유전자에 동형접합인 샘플, PS에서 부차 대립유전자에 동형접합인 샘플, 및 이러한 PS에서 이형접합인 샘플을 포함한다. 이들 검증 샘플은 전형적으로 시험 샘플 (즉, PS에서의 대립유전자(들)의 정체성이 공지되지 않은 샘플)에 대한 검정을 수행하는 경우에 대조군으로서 또한 포함된다. 검정의 특이성은 또한 시험 샘플에 대한 검정 결과를 상이한 유형의 검정을 사용하여 동일한 샘플에 대해 수득된 결과와 비교함으로써, 예컨대 관심 PS를 함유하는 것으로 여겨지는 증폭된 표적 영역의 서열을 결정하고 결정된 서열을 관련 기술분야에 허용된 콘텍스트 서열, 예컨대 본원에 제공된 콘텍스트 서열과 비교함으로써 확인될 수 있다.
정확한 게놈 위치가 검정되는 것을 확립하는 데 필요한 콘텍스트 서열의 길이는 표적 영역 내의 서열의 고유성에 기초하여 달라질 것이다 (예를 들어, 다른 게놈 영역 내에 위치하는 하나 이상의 고도의 상동 서열이 있을 수 있음). 통상의 기술자는 공지된 기술 예컨대 공중 이용가능한 서열 데이터베이스에 대한 콘텍스트 서열의 블라스팅을 사용하여 임의의 PS에 대한 콘텍스트 서열의 적절한 길이를 용이하게 결정할 수 있다. 제1 수준의 특이성을 제공하는 증폭된 표적 영역에 대해, 공지된 샘플에서의 PS의 각각의 측면 상의 약 30 내지 60개의 염기의 콘텍스트 서열을 검사하는 것이 전형적으로 검정 설계가 관심 PS에 특이적이라는 것을 보장하기에 충분하다. 때때로, 검증된 검정은 시험 샘플에 대한 명확한 결과를 제공하는 데 실패할 수 있다. 이는 통상적으로 불충분한 순도 또는 양의 DNA를 갖는 샘플의 결과이고, 명확한 결과는 통상적으로 DNA 샘플을 재정제하거나 또는 재단리함으로써 또는 상이한 유형의 검정을 사용하여 샘플을 검정함으로써 수득된다.
삽입/결실 변이를 특징으로 하는 PS를 검출하기 위해, 다수의 검정 기술이 사용될 수 있다. 삽입/결실 변이체는 디-데옥시뉴클레오시드트리포스페이트를 사용하는 생어(Sanger) 서열분석 방법에 의해 검출될 수 있다. 일부 실시양태에서, 상업적으로 입수가능한 소프트웨어는 예컨대 동형접합 및 이형접합 삽입/결실 변이체를 검출할 수 있는, 미국 펜실베니아 주립 대학의 소프트제네틱스 LLC(SoftGenetics LLC)로부터 입수가능한 돌연변이 서베이어(Surveyor)® 소프트웨어를 패키징한다. 또한, 문헌 [Hjelm et al. in The Journal of Molecular Diagnostics 12(5), pp 607-610 (2010)]에 개시되어 있는 단편 분석 방법은 삽입 및 결실 변이체를 특징화하는 데 사용될 수 있다.
프로그램 예컨대 문헌 [Scientific Reports, 3, 2161 (2013)] 및 http://emu.src.riken.jp/VCMM/에 개시된 바와 같은 다항 확률론 방식을 사용하는 변이체 호출이 삽입/결실 변이체를 높은 정확도로 검출하는 데 사용될 수 있다. 삽입/결실 변이체의 검출을 위한 또 다른 방법은 문헌 [Z. Yhang et al., Nucleic Acids Research 43(9) 349 (2015)]에 개시되어 있고, 이는 앰플리콘 표지 및 자동화 모세관 전기영동에 의존한다.
추가로, 특정 CRTH2 길항제 반응 마커의 존재 또는 부재를 결정하는 것을 필요로 하는 본원에 기재된 방법 중 임의의 것을 수행하는 데 있어서, 이러한 결정은 환자의 유전자 조성에 대한 충분한 정보를 함유하는 데이터 저장소를 참조하여 환자가 관심 마커를 갖는지 여부를 결정함으로써 이루어질 수 있다. 바람직하게는, 데이터 저장소는 어떠한 CRTH2 길항제 반응 마커(들)가 개체 내에 존재하는지 부재하는지 열거한다. 데이터 저장소는 개체의 환자 기록, 의료 데이터 카드, 컴퓨터에 의해 접근가능한 파일 (예를 들어, 플랫 ASCII 파일) 또는 적절한 정보 또는 유전자 데이터가 저장될 수 있는 다른 전자 또는 비-전자 매체를 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이 의료 데이터 카드는 휴대용 저장 장치 예컨대 자기 데이터 카드, 탑재된 처리 단위를 갖고 판매업체 예컨대 독일 뮌헨의 지멘스(Siemens)에 의해 판매되는 스마트 카드, 또는 플래시-메모리 카드이다. 데이터 저장소가 컴퓨터에 의해 접근가능한 파일인 경우에; 이러한 파일은 서버, 클라이언트, 하드 디스크, CD, DVD, 개인 정보 단말기 예컨대 스마트폰, 테이프, zip 디스크, 컴퓨터의 내부 ROM (읽기 전용 메모리) 또는 인터넷 또는 월드와이드 웹을 포함하는 다양한 매체에 위치할 수 있다. 컴퓨터에 의해 접근가능한 파일의 저장을 위한 다른 매체는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백할 것이다.
본 발명은 또한 CRTH2 길항제 반응 마커에 대해 시험하는 것이 개체가 rs12748961 SNP 또는 상기 표 1에서 확인된 다른 CRTH2 길항제 반응 마커 중 하나에 대한 보다 우수한 반응 대립유전자와 높은 연관 불평형 (LD)인 상이한 유전자좌에서 대립유전자, 예를 들어, 뉴클레오티드 서열을 갖는지 여부를 조사함으로써 결정될 수 있다는 것을 고려한다. 동일한 염색체 상의 상이한 유전자좌에서의 2개의 특정한 대립유전자는 하나의 유전자좌에서의 대립유전자 중 하나의 존재가 다른 유전자좌에서 다른 대립유전자의 존재를 예측하는 경향이 있을 경우에 LD인 것으로 언급된다. 본원에서 연관 변이체로 지칭되는 이러한 변이체, 또는 프록시 변이체는 보다 우수한 관심 반응 대립유전자와 높은 LD인 임의의 유형의 변이체 (예를 들어, SNP, 삽입 또는 결실 변이체)일 수 있다.
연관 변이체는 rs12748961 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와, 예를 들어, 후보 연관 대립유전자 사이에서 연관 불평형 (LD)의 정도를 결정함으로써 용이하게 확인된다. 후보 연관 변이체는 현재 공지된 다형성의 대립유전자일 수 있다. 다른 후보 연관 변이체는 다형성을 발견하기 위한 관련 기술분야에 널리 공지된 임의의 기술을 사용하여 통상의 기술자에 의해 용이하게 확인될 수 있다.
CRTH2 길항제 반응 마커 중 하나, 예를 들어, rs12748961 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와, 후보 연관 변이체 사이의 LD의 정도는 관련 기술분야에 공지된 임의의 LD 측정을 사용하여 결정될 수 있다. 게놈 영역에서의 LD 패턴은 임의의 2개의 대립유전자 (예를 들어, 상이한 PS에서의 뉴클레오티드 사이)가 연관 불평형에 있는지 여부를 결정하기 위한 관련 기술분야에 공지된 다양한 기술을 사용하여 적절하게 선택된 샘플에서 실험적으로 용이하게 결정된다 (예를 들어, 문헌 [GENETIC DATA ANALYSIS II, Weir, Sineuer Associates, Inc. Publishers, Sunderland, MA 1996] 참조). 통상의 기술자는 어떤 LD를 결정하는 방법이 특정한 집단 샘플 크기 및 게놈 영역에 가장 적합할 것인지를 용이하게 선택할 수 있다. 가장 빈번하게 사용되는 연관 불평형의 측정 중 하나는 r2이고, 이는 문헌 [Devlin et al. (Genomics, 29(2):311-22 (1995))]에 의해 기재된 식을 사용하여 계산된다. r2는 제1 유전자좌에서의 대립유전자 X가 동일한 염색체 상의 제2 유전자좌에서의 대립유전자 Y의 발생을 얼마나 잘 예측하는지의 측정이다. 측정은 단지 예측이 완벽한 경우에 (예를 들어, 단지 Y일 경우에만 X인 경우) 1.0에 도달한다.
한 실시양태에서, 연관 변이체의 유전자좌는 rs12748961 SNP의 PS 중 임의의 것에 걸친 약 100 킬로염기, 보다 바람직하게는 약 10 kb의 게놈 영역 내에 있다. 다른 연관 변이체는, 보다 우수한 반응 대립유전자와의 LD가 적합한 참조 집단에서 측정 시에 적어도 0.75, 보다 바람직하게는 적어도 0.80, 보다 더 바람직하게는 적어도 0.85 또는 적어도 0.90, 보다 더욱 바람직하게는 적어도 0.95, 및 가장 바람직하게는 1.0의 r2 값을 갖는 것이다. 이 r2 측정에 사용된 참조 집단은 일반 집단, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 집단, CRTH2 수용체 길항제가 효능을 나타내는 특정한 상태로 진단된 집단 또는 그의 구성원이 동일한 민족 군, 예컨대 백인, 아프리카계 미국인, 히스패닉, 라티노, 북미 원주민 등에 속하는 것으로 자기-확인된 집단, 또는 이들 카테고리의 임의의 조합일 수 있다. 바람직하게는 참조 집단은 CRTH2 수용체 길항제로 치료되는 환자 집단의 유전자 다양성을 반영한다.
일부 실시양태 예컨대 실시예 2의 표 6에서 보고된 r2에서, r2는 피어슨 상관 계수 제곱이며, 여기서 피어슨 상관 계수는 각각의 변이체 및 rs12748961 사이의 유전자형 데이터 (각각의 대상체에 대한 각각의 변이체의 부차 대립유전자의 수인 0, 1, 2로서 수치로 코딩됨)로부터 계산된다. r2는 0 내지 1의 범위이며, 1은 2개의 완벽하게 상관된 변이체를 나타내고 0은 2개의 독립적인 변이체를 나타낸다 (분석 데이터세트에 기초함).
일부 실시양태에서, 의사는 환자가 본원에 기재된 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커를 갖는지 여부를 진단 시험을 지시함으로써 결정하고, 이는 환자가 표 1의 CRTH2 길항제 반응 마커 중 하나, 예를 들어, rs12748961 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피를 갖는지 여부를 결정하도록 설계된다. 바람직하게는, 시험은 이러한 PS에서의 두 대립유전자의 정체성, 즉, 유전자형을 결정한다. 일부 실시양태에서, 시험 실험실은 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 (예컨대, 혈액 샘플 또는 협측 스왑)로부터 핵산 샘플을 제조할 것이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터 혈액 샘플은 의사 또는 의사의 스태프 멤버, 또는 진단 실험실의 기술자에 의해 채취된다. 일부 실시양태에서, 환자에게 그의 협부 내부로부터 협측 스왑을 얻기 위한 키트가 제공되고, 이어서 환자는 의사의 스태프 멤버에게 제공하거나 또는 진단 실험실에 직접 제출한다.
일부 실시양태에서, 시험 실험실은 그의 샘플이 시험되는 개체의 정체성을 모른고; 즉, 실험실에 의해 받은 샘플은 실험실로 제출되기 전에 일부 방식으로 익명으로 처리된다. 예를 들어, 샘플은 단지 숫자 또는 일부 다른 코드 ("샘플 ID")에 의해 확인될 수 있고 진단 방법의 결과는 샘플 ID를 사용하여 시험을 지시한 사람에게 보고될 수 있다.
일부 실시양태에서, 시험 결과가 수득된 후, 시험 실험실은 보다 우수한 반응 대립유전자가 유전자형결정된 다형성 부위에 존재하는지 또는 부재하는지를 나타내고, 바람직하게는 환자가 보다 우수한 반응 대립유전자에 이형접합인지 또는 동형접합인지를 나타내는 시험 보고서를 생성한다. 일부 실시양태에서, 시험 보고서는 시험 실험실에 의해 작성된 문서로 기재되고 환자 또는 환자의 의사에게 하드 카피로서 또는 전자 우편을 통해 전송된다. 다른 실시양태에서, 시험 보고서는 컴퓨터 프로그램에 의해 생성되고 의사의 진료실의 비디오 모니터 상에 디스플레이된다. 시험 보고서는 또한 시험 결과를 의사의 진료실에서 환자 또는 환자의 의사 또는 허가된 고용인에게 직접 구두 전달하는 것을 포함할 수 있다. 유사하게, 시험 보고서는 의사가 환자의 파일에 작성하는 시험 결과의 기록을 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 환자가 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 경우에, 시험 보고서는 환자가 CRTH2 길항제를 사용하는 치료에 대한 가능성이 있는 반응과 연관된 유전자 마커에 대해 양성 반응을 나타낸다는 것을 추가로 나타내는 한편, 개체가 보다 우수한 반응 대립유전자에 대해 음성 반응을 나타내는 경우에, 시험 보고서는 환자가 CRTH2 길항제를 사용하는 치료에 대한 가능성이 있는 반응과 연관된 유전자 마커에 대해 음성 반응을 나타낸다는 것을 추가로 나타낸다.
전형적으로, 개체는 CRTH2 수용체 길항제 요법의 개시 전에 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 존재에 대해 시험될 것이지만, 이러한 시험은 개체에게 CRTH2 수용체 길항제의 제1 용량이 투여된 후 임의의 시점에 수행될 수 있다는 것이 고려된다. 예를 들어, 치료 의사는 환자가 적절하게 반응하지 않은 것을 염려할 수 있고 개체를 시험하여 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 지속적인 치료가 보장되는지 여부를 결정하고자 한다. 일부 실시양태에서, 의사는 개체가 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커에 대해 시험되어야 하는지 아닌지 결정할 수 있다. 예를 들어, 의사는 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에게 지시되는 제약 제품을 환자에게 처방할지 여부를 고려할 수 있다.
CRTH2 수용체 길항제 반응 마커 시험 결과를 임의의 개체 환자를 치료하는 데 사용하는 방법하는 데 있어서, 의사는 또한 다른 관련 상황, 예컨대 환자의 치료되는 질환 또는 상태, 연령, 체중, 성별, 유전적 배경 및 인종을 고려할 수 있고, 이는 이들 인자 및 유전자 마커 시험 결과의 조합을 요법 및/또는 이러한 요법을 사용하는 치료 요법을 선택하는 데 의사를 안내하는 것을 돕는 모델에 입력하는 것을 포함한다.
CRTH2 수용체 길항제 반응 마커 중 임의의 것의 존재 또는 부재를 검출하는 것은 이러한 목적을 위해 특수하게 설계된 키트를 사용하여 수행될 수 있다. 한 실시양태에서, 본 발명의 키트는 PS, 예를 들어, rs12748961에서의 각각의 대립유전자를 확인하도록 설계된 올리고뉴클레오티드 세트를 포함한다.
일부 실시양태에서, 키트의 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적 프로브 또는 대립유전자-특이적 프라이머이다. 다른 실시양태에서, 키트는 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 또 다른 추가의 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 세트는 대립유전자-특이적 프로브, 대립유전자-특이적 프라이머 및 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드의 조합이다. 키트는 CRTH2 수용체 길항제 요법에 대한 반응과 연관된 다른 유전자 마커의 존재를 검출하도록 설계된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 발명의 키트의 올리고뉴클레오티드는 폴리뉴클레오티드의 표적 영역에 특이적으로 혼성화할 수 있어야 한다. 본원에 사용된 바와 같이, 특이적 혼성화는 올리고뉴클레오티드가 특정 혼성화 조건 하에 표적 영역과 역평행 이중-가닥 구조를 형성하는 한편, 동일한 혼성화 조건 하에 폴리뉴클레오티드와 함께 인큐베이션된 경우에 비-표적 영역과 이러한 구조를 형성하는 데 실패한 것을 의미한다. 일부 실시양태에서, 표적 영역은 관심 PS를 함유하는 한편, 다른 실시양태에서, 표적 영역은 PS에 인접한 1 내지 10개의 뉴클레오티드에 위치한다.
키트의 각각의 올리고뉴클레오티드의 조성 및 길이는 PS를 함유하는 게놈 영역의 성질뿐만 아니라 올리고뉴클레오티드로 수행될 검정의 유형에 따라 달리질 것이고 통상의 기술자에 의해 용이하게 결정된다.
예를 들어, 검정에 사용되는 폴리뉴클레오티드는 증폭 생성물을 구성할 수 있고, 따라서 올리고뉴클레오티드의 요구되는 특이성은 개체로부터 단리된 게놈 또는 cDNA라기보다 증폭 생성물 내의 표적 영역에 대한 혼성화와 관련된다. 또 다른 예로서, 키트가 동시에 2개 이상의 다형성 부위의 유전자형결정을 위해 설계된 경우에, 키트의 각각의 PS에 대한 올리고뉴클레오티드에 대한 용융 온도는 전형적으로 좁은 범위 내, 바람직하게는 약 5℃ 미만 및 보다 바람직하게는 약 2℃ 미만일 것이다.
일부 실시양태에서, 키트의 각각의 올리고뉴클레오티드는 그의 표적 영역의 완벽한 상보체이다. 분자 중 하나의 모든 뉴클레오티드가 다른 분자의 상응하는 위치에서의 뉴클레오티드에 대해 상보적인 경우에, 올리고뉴클레오티드는 또 다른 핵산 분자의 "완벽한" 또는 "완전한" 상보체인 것으로 언급된다. 완벽하게 상보적인 올리고뉴클레오티드가 다형성을 검출하는 데 바람직한 반면에, 완벽한 상보성으로부터의 변형은 이러한 변형이 분자가 상기 정의된 바와 같은 표적 영역에 특이적으로 혼성화하는 것을 방지하지 않는 경우에 고려된다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 프라이머는 그의 5' 말단에서 비-상보적 단편을 가질 수 있으며, 프라이머의 나머지는 표적 영역에 완전히 상보적이다. 대안적으로, 비-상보적 뉴클레오티드는 생성된 프로브 또는 프라이머가 표적 영역에 여전히 특이적으로 혼성화할 수 있는 한 프로브 또는 프라이머 내에 점재될 수 있다.
일부 바람직한 실시양태에서, 키트의 각각의 올리고뉴클레오티드는 엄격한 혼성화 조건 하에 그의 표적 영역에 특이적으로 혼성화한다. 엄격한 혼성화 조건은 서열-의존적이고 상황에 따라 달라진다. 일반적으로, 엄격한 조건은 규정된 이온 강도 및 pH에서의 특이적 서열에 대한 열 융점 (Tm)보다 약 5℃ 더 낮도록 선택된다. Tm은 표적 서열에 상보적인 프로브의 50%가 평형에서 표적 서열에 혼성화한 온도 (규정된 이온 강도, pH, 및 핵산 농도 하)이다. 일반적으로 표적 서열이 과량으로 존재하기 때문에, Tm에서, 프로브의 50%가 평형에서 점유된다.
전형적으로, 엄격한 조건은 pH 7.0 내지 8.3에서의 적어도 약 0.01 내지 1.0 M 나트륨 이온 농도 (또는 다른 염)의 염 농도를 포함하고 온도는 짧은 올리고뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 10 내지 50개의 뉴클레오티드)에 대해 적어도 약 25℃이다. 엄격한 조건은 또한 탈안정화제 예컨대 포름아미드의 첨가로 달성될 수 있다. 예를 들어, 5xSSPE (750 mM NaCl, 50 mM Na 포스페이트, 5 mM EDTA, pH 7.4)의 조건 및 25-30℃의 온도가 대립유전자-특이적 프로브 혼성화에 적합하다. 추가의 엄격한 조건은 문헌 [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Sambrook et al., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1989), chapters 7, 9, and 11, 및 NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION, A PRACTICAL APPROACH, Haymes et al., IRL Press, Washington, D.C., 1985]에서 찾아볼 수 있다.
엄격한 혼성화 조건의 한 비제한적 예는 4X 염화나트륨/시트르산나트륨 (SSC), 약 65-70℃에서의 혼성화 (또는 대안적으로 4X SSC + 50% 포름아미드, 약 42-50℃에서의 혼성화)에 이어 1X SSC, 약 65-70℃ 1회 이상의 세척을 포함한다. 고도로 엄격한 혼성화 조건의 비제한적 예는 1X SSC, 약 65-70℃에서의 혼성화 (또는 대안적으로 1X SSC + 50% 포름아미드, 약 42-50℃에서의 혼성화)에 이어 0.3X SSC, 약 65-70℃에서의 1회 이상의 세척을 포함한다. 감소된 엄격도 혼성화 조건의 비제한적 예는 4X SSC, 약 50-60℃에서의 혼성화 (또는 대안적으로 6X SSC + 50% 포름아미드, 약 40-45℃에서의 혼성화)에 이어 2X SSC, 약 50-60℃에서의 1회 이상의 세척을 포함한다. 상기 열거된 값에 대한 중간 범위의 엄격도 조건, 예를 들어, 65-70℃ 또는 42-50℃에서가 또한 본 발명에 의해 포괄되는 것으로 의도된다. 혼성화 및 세척 완충제에서 SSPE (1xSSPE는 0.15M NaC1, 10mM NaH2PO4, 및 1.25mM EDTA, pH 7.4임)로 SSC (1X SSC는 0.15M NaCl 및 15mM 시트르산나트륨임)가 치환될 수 있고; 세척은 각각 혼성화가 완료된 후 15분 동안 수행된다.
50개의 염기 쌍 길이 미만으로 예상되는 하이브리드를 위한 혼성화 온도는 하이브리드의 용융 온도 (Tm)보다 5-10℃ 더 낮아야 하며, 여기서 Tm은 하기 식에 따라 결정된다. 18개의 염기 쌍 길이 미만의 하이브리드의 경우, Tm (℃) = 2(A + T 염기의 #) + 4(G + C 염기의 #)이다. 18 내지 49개의 염기 쌍 길이의 하이브리드의 경우, Tm (℃) = 81.5 + 16.6(log10[Na+]) + 0.41(%G+C)-(600/N)이며, 여기서 N은 하이브리드 내의 염기의 수이고, [Na+]는 혼성화 완충제 중 나트륨 이온의 농도이다 (1 X SSC의 경우 [Na+] = 0.165 M).
본 발명의 키트의 올리고뉴클레오티드는 임의의 인산화 상태의 리보뉴클레오티드, 데옥시리보뉴클레오티드, 및 비-시클릭 뉴클레오티드 유도체, 및 기능적으로 등가인 다른 유도체로 구성될 수 있다. 대안적으로, 올리고뉴클레오티드는 포스페이트가 없는 백본을 가질 수 있고, 이는 연결 예컨대 카르복시메틸, 아세트아미데이트, 카르바메이트, 폴리아미드 (펩티드 핵산 (PNA)) 등으로 구성될 수 있다 (Varma, in MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, A COMPREHENSIVE DESK REFERENCE, Meyers, ed., pp. 6 17-20, VCH Publishers, Inc., 1995). 올리고뉴클레오티드는 관련 기술분야에 공지된 임의의 적합한 방법론을 사용하여 화학적 합성에 의해 제조될 수 있거나, 또는, 예를 들어, 제한 소화에 의해, 생물학적 샘플로부터 유래될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 방사성표지, 형광 표지, 효소적 표지, 단백질, 합텐, 항체, 서열 태그 등의 사용을 포함하는, 관련 기술분야에 공지된 임의의 기술에 따른 검출가능한 표지를 함유할 수 있다. 키트의 올리고뉴클레오티드는 분석물 특이적 시약 (ASR)으로서 제조되고 시판될 수 있거나 또는 승인된 진단 장치의 구성요소를 구성할 수 있다.
일부 실시양태에서, 키트의 올리고뉴클레오티드 세트는 2개 이상의 다형성 부위에서 대립유전자의 정체성을 동시에 결정하도록 하는 상이한 표지를 갖는다. 올리고뉴클레오티드는 또한 고체 표면, 예를 들어 마이크로칩, 실리카 비드 (예를 들어, 미국 캘리포니아주 샌디에고 일루미나(Illumina)의 비드어레이(BeadArray) 기술), 또는 유리 슬라이드 (예를 들어, WO 98/20020 및 WO 98/20019 참조) 상에 고정된 올리고뉴클레오티드의 규칙적인 어레이를 포함할 수 있다. 이러한 고정된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키트는 프로브 혼성화 및 폴리머라제 연장 검정을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 다형성 검출 검정을 수행하도록 설계될 수 있다.
본 발명의 키트는 또한 다른 시약 예컨대 혼성화 완충제 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드가 대립유전자-특이적 프로브로서 사용되어야 하는 경우) 또는 디데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트 (ddNTP; 예를 들어, 다형성 부위에서의 대립유전자가 프라이머 연장에 의해 검출되어야 하는 경우)를 함유할 수 있다. 폴리머라제-매개 유전자형결정 검정에 사용하도록 설계된 키트는 또한 수행되는 폴리머라제-매개 검정을 위해 최적화된 폴리머라제 및 반응 완충제를 함유할 수 있다.
본 발명의 키트는 또한 특이적 혼성화가 발생하거나 또는 특이적 폴리머라제-매개 연장이 발생한 경우를 검출하는 시약을 포함할 수 있다. 이러한 검출 시약은 비오틴- 또는 형광-태그된 올리고뉴클레오티드 또는 ddNTP 및/또는 효소-표지된 항체 및 효소에 의해 작용하는 경우에 검출가능한 신호를 생성하는 하나 이상의 기질을 포함할 수 있다.
생물학적 또는 화학적 활성을 보존하고 검정에서의 적절한 사용을 가능하게 하는 데 적절한 경우에 검정을 수행하기 위한 올리고뉴클레오티드 세트 및 시약이 키트 용기 내에 놓인 개별 리셉터클로 제공될 것이라는 것이 통상의 기술자에 의해 이해할 것이다.
다른 실시양태에서, 키트의 각각의 올리고뉴클레오티드 및 모든 다른 시약이 상기 표 1의 적어도 하나 이상의 PS, 예를 들어, rs12748961 SNP에 대해 유전자형을 결정하도록 설계된 검정에서의 최적의 수행을 위해 품질 시험되었다. 일부 실시양태에서, 키트는 시험된 핵산 샘플에 대해 반응 마커의 존재 또는 부재를 할당하기 위해 결정된 유전자형을 사용하는 방법을 기재하는 지시 매뉴얼을 포함한다.
일부 바람직한 실시양태에서, 키트의 올리고뉴클레오티드 세트는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드이다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO)는 충분히 엄격한 조건 하에 상이한 대립유전자를 함유하는 동일한 영역에 혼성화하지 않으면서 PS를 함유하는 표적 영역에서 PS의 하나의 대립유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 통상의 기술자에 의해 이해된 바와 같이, 대립유전자-특이성은 염 및 포름아미드 농도뿐만 아니라 혼성화 및 세척 단계 둘 다에 대한 온도를 포함하는 용이하게 최적화된 다양한 엄격도 조건에 따라 달라질 것이다.
전형적으로 ASO 프로브 및 프라이머에 사용되는 혼성화 및 세척 조건의 예는 문헌 [Kogan et al., "Genetic Prediction of Hemophilia A" in PCR PROTOCOLS, A GUIDE TO METHODS AND APPLICATIONS, Academic Press, 1990, 및 Ruaflo et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87:6296-300 (1990)]에서 발견된다.
전형적으로, ASO는 하나의 대립유전자에 완벽하게 상보적이지만 다른 대립유전자에 대한 단일 미스매치를 함유할 것이다. ASO 프로브에서, 단일 미스매치는 바람직하게는 표적 영역 내의 다형성 부위와 함께 정렬될 때 올리고뉴클레오티드 프로브의 중앙 위치 내에 있다 (예를 들어, 대략 15mer의 7 또는 8번째 위치, 16mer의 8 또는 9번째 위치, 및 20mer의 10 또는 11번째 위치). ASO 프라이머 내의 단일 미스매치는 3' 말단 뉴클레오티드에, 또는 바람직하게는 3' 끝에서 두 번째 뉴클레오티드에 위치한다. 코딩 또는 비코딩 가닥에 혼성화하는 ASO 프로브 및 프라이머가 본 발명에 의해 고려된다.
일부 실시양태에서, 키트는 검정되는 각각의 PS에 대한 한 쌍의 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 쌍의 하나의 구성원은 하나의 대립유전자 (예를 들어, 보다 우수한 반응 대립유전자)에 대해 특이적이고 다른 구성원은 다른 대립유전자에 대해 특이적이다. 이러한 실시양태에서, 쌍 내의 올리고뉴클레오티드는 상이한 길이를 가질 수 있거나 또는 키트 사용자가 검정되는 PS에 대한 유전자형을 결정하도록 하는 상이한 검출가능한 표지를 가질 수 있다.
또 다른 바람직한 실시양태에서, 키트의 올리고뉴클레오티드는 프라이머-연장 올리고뉴클레오티드이다. 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것으로부터의 폴리머라제-매개 연장에 대한 종결 혼합은 PS에 존재하는 대안적 뉴클레오티드에 따라 관심 PS에서, 또는 한 개의 염기 이후에서 올리고뉴클레오티드의 연장을 종결하도록 선택된다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 표 1의 다형성 부위 중 적어도 하나의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 표 2에 제시된 콘텍스트 서열의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 표 2에 제시된 콘텍스트 서열의 다른 대립유전자에 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs12748961 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs12748961 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs12748961 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs12118655 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs12118655 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs12118655 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs6679073 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs6679073 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs6679073 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs12564209 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs12564209 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs12564209 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs3805 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs3805 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs3805 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs71633561 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs71633561 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs71633561 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs71970505 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs71970505 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs71970505 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs12132270 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs12132270 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs12132270 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs67625805 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs67625805 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs67625805 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs3747972 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs3747972 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs3747972 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs11557080 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs11557080 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs11557080 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs71633563 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs71633563 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs71633563 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs34848415 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs34848415 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs34848415 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 키트는 rs1891091 SNP의 유전자형결정을 위한 한 쌍의 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함한다. 한 실시양태에서, 쌍 내의 하나의 ASO 프로브는 rs1891091 SNP의 보다 우수한 반응 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함하고 쌍 내의 다른 ASO 프로브는 rs1891091 SNP의 다른 대립유전자와 동일하거나 또는 이에 완벽하게 상보적인 적어도 15개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
B. 제약 조성물, 약물 제품 및 치료 요법
본원에 기재된 방법 및 제품 중 임의의 것으로 시험되거나, 또는 그에 의해 치료되는 개체는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료를 필요로 하는 인간 대상체이다. 일부 실시양태에서, 개체는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환으로 진단되었거나, 또는 그의 증상을 나타낸다. 다른 실시양태에서, 사용되는 CRTH2 수용체 길항제 약물은 개체가 진단된 적응증을 치료하는 데 사용되도록 승인되었다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 제약 조성물, 약물 제품, 키트, 방법, 및 용도에 사용되는 CRTH2 수용체 길항제는 임의의 공지된 CRTH2 수용체 길항제일 수 있다.
한 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 그의 개시내용이 본원에 완전히 제시되는 바와 같이 본원에 참조로 포함된 미국 특허 번호 8,394,819에 개시된 바와 같은 화학식 I의 화합물이다. 이 특허는 화학식 I의 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염을 개시한다
Figure pct00003
여기서:
Figure pct00004
는
Figure pct00005
를 나타내고;
Y1은 임의로 치환된 아릴 및 -C(R2)(R3)(R4)로부터 선택되고;
Y2는 H 및 -C1-6알킬로부터 선택되고;
Z는 H 및 -C1-6알킬로부터 선택되고;
R1a 및 R1b는 독립적으로 H, 할로겐, -OC1- 6알킬, -O-할로C1 - 6알킬, -C1- 6알킬, 할로C1-6알킬, 임의로 치환된 아릴 및 -(C1- 3알킬렌)-임의로 치환된 아릴로부터 선택되고;
R2는 H; 할로겐, -OH 또는 -NHSO2CH3으로 임의로 치환된 -C1- 6알킬; -OH; -OC1-6알킬; -S(O)nC1 - 6알킬; -CN; 임의로 치환된 아릴; 임의로 치환된 -O-아릴 및 임의로 치환된 헤테로아릴로부터 선택되고, 여기서 n은 0, 1 또는 2이고;
R3은 H, -C1- 6알킬, C1- 6할로알킬, 임의로 치환된 아릴 및 임의로 치환된 헤테로아릴로부터 선택되고;
R4는 H, -C1- 6알킬, C1- 6할로알킬, 임의로 치환된 아릴 및 임의로 치환된 헤테로아릴로부터 선택되거나; 또는
R3, R4 및 그들이 함께 부착되어 있는 탄소 원자는 -C3- 6시클로알킬, 플루오레닐, 또는 -N(Ra)-, -O- 및 -S-로부터 선택된 고리 헤테로원자를 갖는 -C3- 6헤테로시클릴을 형성하거나; 또는
R3, R4는 함께 C1-6알킬리덴을 나타내고;
Ra는 H, C1-6알킬 또는 -C(O)C1-6알킬이고;
아릴 및 헤테로아릴에 대한 임의의 치환기는 할로겐, -C1- 3알콕시, -C1- 3할로알킬, 히드록시-C1- 3알킬, -S(O)n-C1- 3알킬, 아미노, 및 모노- 및 디-(C1-3알킬)아미노로부터 독립적으로 선택된 1 내지 4개의 기이다.
구체적 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 또는 그의 제약상 허용되는 염이다.
다른 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 그의 개시내용이 본원에 완전히 제시되는 바와 같이 본원에 참조로 포함된 미국 특허 번호 8,592,383에 개시된 길항제이다. 구체적 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 하기로부터 선택된다:
4-{시클로프로필[시스,시스-4-{[4-(트리플루오로메톡시)페닐]카르보닐}-2,3,3a,4,9,9a-헥사히드로-1H-시클로펜타[b]퀴놀린-9-일]아미노}-4-옥소부탄산,
4-[시클로프로필[시스,시스-7-플루오로-2,3,3a,4,9,9a-헥사히드로-4-[4-(트리플루오로메톡시)벤조일]-1H-시클로펜타[b]퀴놀린-9-일]아미노]-4-옥소부탄산,
4-(시클로프로필((3aS,9R,9aR)-7-플루오로-4-(4-(트리플루오로메톡시)벤조일)-2,3,3a,4,9,9a-헥사히드로-1H-시클로펜타[b]퀴놀린-9-일)아미노)-4-옥소부탄산,
4-[시클로프로필[시스,시스-1,2,2a,3,8,8a-헥사히드로-3-[4-(트리플루오로메톡시)벤조일]시클로부타[b]퀴놀린-8-일]아미노]-4-옥소부탄산,
(R)-1-((시스,시스-3-(벤질옥시카르보닐)-5,6-디플루오로-1,2,2a,3,8,8a-헥사히드로시클로부타[b]퀴놀린-8-일)(시클로프로필)카르바모일)아제티딘-2-카르복실산, 또는
그의 제약상 허용되는 염.
또 다른 실시양태에서, 화합물은 미국 특허 번호 7,666,878에 개시된 바와 같은 2-(2-메틸-1-(4-(메틸술포닐)-2-(트리플루오로메틸)벤질)-1H-피롤로[2,3-b]피리딘-3-일)아세트산 (페비피프란트), 또는 그의 제약상 허용되는 염이다.
또 다른 실시양태에서, 화합물은 3-((3R)-3-{[(4-플루오로페닐)술포닐]아미노}-1,2,3,4-테트라히드로-9H-카르바졸-9-일)프로판산 (라마트로반) 또는 그의 제약상 허용되는 염이다.
일부 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 류코트리엔 수용체 길항제, 예컨대 몬테루카스트, 자피르루카스트, 또는 프란루카스트와 조합되어 투여된다. 구체적 실시양태에서, 류코트리엔 수용체 길항제는 몬테루카스트이다. CRTH2 수용체 길항제 및 류코트리엔 수용체 길항제는 동일한 또는 개별 투여 형태로 투여될 수 있다.
조합 요법의 구체적 실시양태에서, CRTH2 길항제는 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 또는 그의 제약상 허용되는 염이고, 류코트리엔 수용체 길항제는 몬테루카스트이다. 다른 구체적 실시양태에서, CRTH2 수용체 길항제는 페비피프란트 또는 그의 제약상 허용되는 염이고 류코트리엔 수용체 길항제는 몬테루카스트이다.
본 발명에 따라 본 발명의 제약 조성물, 약물 제품, 키트, 방법, 및 용도로 치료될 수 있는 장애는 일반적으로 CRTH2 수용체 길항제 요법을 사용하는 치료에 감수성인, 즉, CRTH2 수용체 길항제가 질환을 갖는 환자군에서 임상적으로 측정가능한 유익한 결과를 달성하는 것이다. CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 예시적인 질환 및 상태는 인간 및 다른 포유동물에서의 천식, 울혈, 알레르기성 비염, 아토피성 피부염, 만성 폐쇄성 폐질환 ("COPD"), 피부염, 염증성 장 질환, 류마티스 관절염, 알레르기성 신염, 결막염, 기관지 천식, 식품 알레르기, 전신 비만 세포 장애, 아나필락시스성 쇼크, 두드러기, 습진, 가려움증, 염증, 허혈-재관류 손상, 뇌혈관 장애, 흉막염, 궤양성 결장염, 호산구-관련 질환, 예컨대 처그-스트라우스 증후군 및 부비동염, 및 호염기구-관련 질환, 예컨대 호염기구성 백혈병 및 호염기구성 백혈구증가증을 포함하는 질환을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 뇌혈관 장애의 예는 졸중을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 천식, 울혈, 알레르기성 비염 또는 COPD의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효 용량의 CRTH2 수용체 길항제를 투여하는 지침서를 포함하는, 천식, 울혈, 알레르기성 비염 또는 COPD를 치료하기 위한 제약 조성물, 약물 제품, 키트, 방법, 또는 용도를 제공한다. 구체적 실시양태에서, 치료되는 질환 또는 상태는 천식이다. 또 다른 실시양태에서, 치료되는 질환 또는 상태는 COPD이다.
또한, CRTH2 수용체 길항제는 수축 프로스타노이드에 대해 길항작용하거나 또는 이완 프로스타노이드를 모방함으로써 프로스타노이드-유발 평활근 수축을 억제할 수 있고 따라서 월경곤란증, 조숙산통 및 호산구-관련 장애를 위한 본 발명의 치료 방법에 사용될 수 있다.
바람직한 실시양태에서, 본 발명의 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커는 알레르기성 천식을 포함하는 천식을 치료하기 위해, 임의의 CRTH2 수용체 길항제 단독요법 또는 CRTH2 수용체 길항제 및 류코트리엔 수용체 길항제, 예를 들어, 몬테루카스트를 포함하는 조합 요법 치료 요법과 함께 사용된다.
CRTH2 길항제에 의한 치료에 감수성인 장애의 치료를 위해 본 발명의 조합 요법에 사용되는 다른 작용제의 용량 및 투여 요법은 패키지 삽입물의 승인된 용량 및 투여 요법; 및 환자의 연령, 성별 및 전반적 건강을 고려하여 담당 임상의에 의해 결정될 수 있다. 조합 요법에 투여되는 작용제는 동시에 (즉, 동일한 조성물로 또는 개별 조성물로 하나의 투여 직후에 다른 하나를 투여함) 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 이는 조합 성분이 상이한 투여 스케줄로 주어진 경우에, 예를 들어, 하나의 성분이 1일 1회 투여되고 또 다른 성분이 6시간마다 투여되는 경우에, 또는 바람직한 제약 조성물이 상이한 경우에, 예를 들어, 하나가 정제이고 하나가 캡슐인 경우에 특히 유용하다. 따라서 개별 투여 형태를 포함하는 키트가 유리하다.
환자에서 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 존재 또는 부재에 기초하여 환자를 치료하기 위해 선택된 조합 요법을 투여하는 경우에, 조합물 내의 치료제, 또는 치료제를 포함하는 제약 조성물 또는 조성물들은 임의의 순서로 예컨대, 예를 들어, 순차적으로, 공동으로, 함께, 동시에 등으로 투여될 수 있다. 이러한 조합 요법에서의 다양한 치료제의 양은 상이한 양 (상이한 투여량) 또는 동일한 양 (동일한 투여량)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합물 내의 작용제는 환자의 질환 또는 상태를 치료하기 위한 단일요법으로서 사용되는 경우에 통상적으로 사용되는 용량으로 투여되는 한편, 다른 실시양태에서, 치료제는 질환 또는 상태를 치료하기 위한 단일요법으로서 사용되는 경우에 통상적으로 사용되는 용량보다 적은 용량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 조합 요법에 사용되는 치료제는 동일한 제약 조성물 내에 존재하고, 이는 경구 투여, 정맥내 투여, 피하 투여 또는 비경구 투여에 적합할 수 있다.
구체적 실시양태에서, 조합 요법에 사용되는 치료제는 동일한 제약 조성물에 존재하고, 이는 경구 투여에 적합한 정제이다.
본 발명자들은 또한 본원에서 본원에 기재된 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커가 약리유전학적 지침, 즉, 질환 구성요소 및 CRTH2 수용체 길항제 마커 구성요소를 포함하는 지침에 대하여 새로운 CRTH2 수용체 길항제 약물 제품을 시판하기 위한 규제 승인을 얻는 데 사용될 수 있다는 것을 고려한다. 질환 구성요소는 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환이고 유전자 마커 구성요소는 표 1에 제시된 바와 같은 보다 우수한 반응 대립유전자 중 하나의 적어도 하나의 카피 (예를 들어, rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 하나의 카피 중 적어도 하나)에 대해 양성 반응을 나타내는 환자이다. 유사하게, 본 발명자들은 본원에서 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커가 일반적인 집단에서의 이러한 질환을 위한 약물의 미미한 이익/위험 비에 기초하여 의사가 특정 질환에 대해 처방하는 것을 꺼리는, 현재 승인된 CRTH2 수용체 길항제 약물에 대한 이러한 약리유전학적 지침의 승인을 얻는 데 유용하다는 것을 고려한다.
약리유전학적 지침에 대한 승인을 얻는 것은 전형적으로 약물로 치료되는 2개의 개별 환자군에서 약물에 대한 목적하는 반응의 발생률을 측정하는 것을 수반한다. 군들 중 하나의 각각의 개체는 개체를 제안된 약리유전학적 지침 내에 분류하는 질환 및 유전자 프로파일을 갖는다. 다른 군의 개체는 제안된 약리유전학적 지침의 유전자 마커 구성요소를 갖는지 여부와 관계없이 무작위적으로 선택될 수 있다. 대안적으로, 개체는 유전자 마커 구성요소를 충족하고 충족하지 않는 개체의 백분율이 일반적인 집단에서, 또는 제안된 약리유전학적 지침의 질환 구성요소를 갖는 환자의 집단에서 관찰되는 것과 유사한 "대조군"을 생성하는 방식으로 다른 군에 할당된다. 승인을 얻기 위한 약물 제품은 전향적 시험에서 2개의 군에게 투여될 수 있다. 대안적으로, 이전에 약물로 치료된 환자의 후향적 약리유전학적 분석이 수행될 수 있다.
그에 대해 약리유전학적 지침이 추구되는 약물 제품은 다른 치료 활성제, 예를 들어 제안된 약리유전학적 지침에서의 질환 또는 상태를 치료하기 위한 효능을 갖는 또 다른 약물 또는 약물에 의해 유발된 유해 효과의 발생률을 감소시키는 것으로 의도되는 작용제로 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 규제 승인이 추구되는 약리유전학적 지침은 약물에 대한 반응의 다른 마커 (유전자 마커 또는 바이오마커) 또는 예측인자를 포함할 수 있다.
약리유전학적 연구는 특정한 국가에서 약리유전학적 약물 제품이 시판되기 전에 그로부터 승인이 요구되는 규제 기관 또는 정부 기관의 대표자의 상담 하에 설계될 수 있다. 바람직하게는, 규제 기관은 주요 산업화 국가, 예컨대 호주, 캐나다, 중국, 유럽 연합의 회원국, 일본, 한국, 대만 등의 정부에 의해 허가된다. 가장 바람직하게는, 규제 기관은 미국의 정부에 의해 허가되고 승인을 위해 제출되는 신청의 유형은 약물 제품에 적용가능한 최근에 제정된 버전의 [Food, Drug and Cosmetic Act]에 제시된 법적 요건에 따라 달라질 것이고 또한 다른 고려사항 예컨대 약물 제품에 대한 규제 서류 작성 및 시판 전략의 비용을 포함할 수 있다. 예를 들어, 약물 제품의 제약 제제가 제안된 약리유전학적 지침의 질환 구성요소에 대해 이전에 승인된 경우에, 신청은 페이퍼 NDA, 보충 NDA 또는 간이 NDA일 수 있지만, 신청은 제약 제제가 이전에 승인된 적이 없는 경우에 전체 NDA일 필요가 있을 수 있고; 이들 용어는 제약 기술분야의 통상의 기술자에 의해 그에 적용되거나 또는 1984년의 [Drug Price Competition and Patent Term Restoration Act]에 규정된 바와 같은 의미를 갖는다.
본 발명의 CRTH2 수용체 반응 마커를 사용하는 약리유전학적 임상 시험의 하나의 목적하는 결과는 (1) CRTH2 수용체 길항제 제약 조성물 및 (2) 그에 대해 제약 조성물이 권장되는 약리유전학적 지침을 포함하는 처방 정보를 포함하는 약물 제품을 시판하기 위한 승인이다. 처방 정보는 전형적으로 또한 빈번하게 패키지 삽입물 또는 라벨로 지칭되는, 약물에 대한 제품 삽입물에서 발견된다.
상기 논의된 바와 같이, 약리유전학적 지침은 2개의 구성요소를 갖는다: 질환 구성요소 및 CRTH2 수용체 반응 마커 구성요소. 따라서, 처방 정보는 약물이 1종 이상의 질환, 증상 또는 의학적 상태에 대한 입증된 효능을 갖는 유전학적으로 규정된 환자군을 기재할 것이다. 일부 실시양태에서, 처방 정보는 유전학적으로 규정된 군에 있는 개체를 확인하는 방법을 논의할 것이다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 처방 정보는 약물이 본원에 기재된 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자에 대해 양성 반응을 나타내는 개체에 대해 지시된다는 것을 언급한다. 대안적으로, 처방 정보는 약물이 본원에 기재된 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자에 대해 음성 반응을 나타내는 개체에게 금기된다는 것을 언급할 수 있다. 일부 바람직한 실시양태에서, 처방 정보는 약리유전학적 지침의 요구되는 유전자 마커 구성요소의 존재 또는 부재를 검출하는 데 사용되는 적어도 하나의 승인된 진단 시험의 명칭을 포함한다. 상기 기재된 바와 같이, 본 발명의 약리유전학 약물 제품에서의 약리유전학적 지침은 CRTH2 수용체 길항제 제약 조성물에 대한 추가의 마커 또는 반응의 예측인자 및/또는 1종 이상의 다른 치료 활성제 (예를 들어, 몬테루카스트)와 조합하여 약물을 사용하기 위한 요건을 포함할 수 있다. 처방 정보는 권장 투여량 및 치료 요법에 대한 정보를 포함할 수 있다.
본 발명의 바람직한 약리유전학적 약물 제품에서, 제약 조성물은 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 및 페비피프란트로부터 선택된 CRTH2 수용체 길항제를 포함한다. 보다 바람직하게는, 제약 조성물은 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산인 CRTH2 수용체 길항제 및 류코트리엔 수용체 길항제 예컨대 몬테루카스트를 포함한다. 본 발명의 약물 제품에 대한 바람직한 약리유전학적 지침은 천식을 앓고 있는 환자의 치료를 위한 제약 조성물 및 표 1에 제시된 CRTH2 반응 길항제 마커에 대한 보다 우수한 반응 대립유전자 중 하나의 적어도 하나의 카피의 용도를 포함한다. 바람직한 실시양태에서, 환자는 rs12748961 SNP에 대한 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 처방 정보는 CRTH2 수용체 길항제 제약 조성물이 천식을 앓고 있는 환자를 치료하기 위해 류코트리엔 수용체 길항제 (예를 들어, 몬테루카스트)와 조합되어 지시된다는 것을 언급한다.
본원에 기재된 방법 및 용도를 수행하는 데 또는 본원에 기재된 키트, 조성물 및 약물 제품을 사용하는 데 수반되는 임의의 또는 모든 분석 및 수학적 작업은 컴퓨터에 의해 실행할 수 있다. 예를 들어, 컴퓨터는 시험 실험실의 고용인 또는 치료 의사에 의해 입력된 유전자형 데이터를 기초하여 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자의 존재 또는 부재를 개체에 할당하는 컴퓨터 프로그램을 실행할 수 있다. 또한, 동일한 컴퓨터 또는 상이한 컴퓨터는 이러한 반응 마커 할당에 기초하여 CRTH2 수용체 길항제 요법에 대한 예측된 반응을 출력할 수 있다. 개체에서의 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 보다 우수한 반응 대립유전자의 존재 또는 부재와 관련한 데이터는 개체에 대한 다른 임상 및/또는 유전자 데이터를 함유하는 관련된 데이터베이스 (예를 들어, 오라클 (Oracle) 데이터베이스 또는 ASCII 플랫 파일 세트의 경우)의 일부로서 저장될 수 있다. 이들 데이터는 컴퓨터의 하드 드라이브 상에 저장될 수 있거나 또는, 예를 들어 CD ROM 또는 컴퓨터에 의해 접근가능한 하나 이상의 다른 저장 장치 상에 저장될 수 있다. 예를 들어, 데이터는 네트워크를 통해 컴퓨터와 소통하는 하나 이상의 데이터베이스 상에 저장될 수 있다.
실시예
하기 실시예는 본 발명을 보다 명백하게 기재하도록 제공되고 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다.
실시예 1. CRTH2 수용체 길항제/몬테루카스트 조합 요법을 사용하는 치료에 대한 FEV1 반응과 연관된 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 확인.
치료 반응에 대한 유전적 기여를 확인하기 위해, 본 발명자들은 CRTH2 수용체 길항제를 사용한 임상 시험을 받은 천식 연구 대상체에 대한 약리유전학적 (PGx) 분석을 수행하여 평균 치료 차이가 몇몇의 사전-명시된 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)에 의해 정의된 환자 하위군에 걸쳐 달라지는지 여부를 평가하였다.
임상 연구 설계의 개요
도 2는 연구 설계의 그래프 묘사이다. 연구는 지속성 증상을 갖는 천식 대상체에게 몬테루카스트 (ML)를 받도록 하면서 4주 동안 투여하였을 때 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 (이하 "화합물 A")의 FEV1에 대한 효과를 평가하기 위한, 사내 맹검을 사용한 17-주 무작위화, 이중 맹검, 위약-대조, 교차 연구였다. 전체적으로, 104명의 환자가 연구를 완료하였다. 기간 I는 연구전 기간이었다. 개별적으로 또는 고정-용량 조합의 일부로서, 흡입용 코르티코스테로이드 (ICS)와 함께 장기 작용 베타-효능제 (LABA)를 받은 대상체는 여전히 ICS를 받으면서 LABA 성분을 중단하도록 요청받았다. 기간 II는 2- 내지 4-주 준비 기간이며, 그 동안 대상체는 개방-표지 몬테루카스트 (ML) 및 단일 맹검 위약 (PBO)을 받았다. ICS 또는 다른 제어제를 받은 대상체는 몬테루카스트를 받으면서 이들 의약을 점감하도록 요구되었고; 기간 III는 4-주, 이중 맹검, 무작위화 치료 기간이며, 그 동안 대상체는 몬테루카스트 10 mg QD를 계속해서 받으면서 화합물 A 150 mg 또는 매칭-이미지 위약을 받았고; 기간 IV는 4-주 휴약 기간이며, 그 동안 대상체는 몬테루카스트 10 mg QD를 계속해서 받으면서 단일 맹검 방식으로 위약을 받았고; 기간 V는 4-주 이중 맹검 기간이며, 그 동안 대상체는 기간 III 동안 받지 않은 반대 치료로 교차되었다.
연구의 1차 효능 종점은 투여의 4주 후 1초간 강제 호기량 (FEV1)이었고, 연구는 110 mL의 참 전체 평균 치료 차이를 검출하는 85% 능력을 가졌다.
약리유전학적 분석을 또한 수행하여 평균 치료 차이가 몇몇의 사전-명시된 SNP에 의해 정의된 환자 하위군에 걸쳐 달라지는지 여부를 평가하였다.
유전자형 및 임상 데이터
CRTH2 유전자와 연관된 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 사전-명시된 목록, 말초 혈액 호산구 및 호염기구 수, 혈청 IgE 수준 및 페리오스틴 폐 발현 양적 형질 유전자좌 (eQTL)에 기초하여, 5,092개의 SNP에 대한 유전자 데이터를 차세대 서열분석 플랫폼을 사용하여 생성하였다. 관찰된 유전자형 변이가 없는 SNP의 제거 후, 85개가 남아있었다. 부차 대립유전자 빈도 (MAF) < 1%를 갖는 SNP의 후속 중도탈락은 70개의 SNP가 약리유전학 통계적 분석에 포함되도록 하였다.
연구를 완료한 연구 대상체 중 1명이 이 환자에 대한 유전자형결정 데이터가 수집되지 않아 배제되었기 때문에 약리유전학 분석에 대한 효능 데이터 세트는 103명의 환자에 기초하였다.
통계적 방법
FEV1에서의 전체 평균 치료 차이의 평가 (유전학 무시)
각각의 기간에 종적 측정을 사용한 교차 설계에 대한 통상의 분석은 종속 변수로서의 임상 측정 (여기서, FEV1), 및 독립 변수로서의 순서 (S = M→P, P→M), 치료 (T = M,P), 방문 (V = 제0주,제2주,제4주), 및 S, T, 및 V를 수반하는 가능한 모든 상호작용을 사용하는 선형 혼합 효과 "세포 평균" 모델을 사용한다; M=화합물 A+몬테루카스트, P=위약+몬테루카스트. 또한, 가정을 최소화하기 위해, 임의의 구조의 부담 (예컨대 화합물 대칭)이 없는 공분산 행렬이 시간 경과 및 각각의 순서 내의 2개의 치료에 걸친 FEV1 반응 사이의 환자 내 상관관계를 설명하는 데 사용된다.
이 통상의 분석은 하기 조건 둘 다가 교차 순서 중 어느 하나에서 직면될 경우에 잘못 이어질 수 있다: (i) 2개의 치료에 대한 기준선 평균에서의 관찰된 평균 차이가 0으로부터 "멀고", (ii) 기준선 및 기준선 이후 반응이 매우 강하게 상관된다 (상관관계
Figure pct00006
0.9 이상). 약리유전학적 분석 준비에서, 이들 조건 둘 다가 FEV1 데이터에서 관찰된다. 따라서, 본 발명자들은 문헌 [Mehrotra DV, Pharmaceutical Statistics 13, 376-387 (2014)]에 기재된 분석 방법의 연장을 사용하여 FEV1 데이터를 분석하였다. 이 제2 분석 방법은 기준선 측정을 사용한 교차 분석을 위해 구체적으로 설계된다. 그렇게 하기 위해, 본 발명자들은 상기 언급된 통상의 분석 교차 모델에 대해 "xdiff" (치료 M과 P 사이의 기준선 차이) 및 xdiff와 S, T, 및 V를 수반하는 모든 다른 고정 효과 항목 사이의 상호작용을 추가하였고; 제4주에서의 평균 치료 차이는 하기 SAS 코드를 통해 xdiff=0으로 추정되었다.
Figure pct00007
상기 SAS 코드에서, 누락 xdiff 값을 갖는 환자는 분석으로부터 자동으로 제거된다. 분석에 남은 103명의 모든 환자에서 결과를 생성하기 위해, 누락 기간 2 기준선 FEV1 값 (누락 xdiff 값을 생성하고, 이는 중도탈락으로 인한 환자의 ~20%에 대한 경우임)을 종속 변수로서 기간 2 기준선 및 독립 변수로서 상응하는 기간 1 기준선을 사용한 단순 선형 회귀 모델을 통해 각각의 순서에 개별적으로 귀속시켰다. 앞서 언급된 바와 같이, 기간 1 및 기간 2 FEV1 기준선 사이의 관찰된 상관관계는 순서 둘 다에서
Figure pct00008
0.9였고, 이는 누락 기간 2 기준선에 대한 귀속된 값이 우수한 신뢰도를 갖는다는 것을 재보증하였다.
표준 교차 분석과 상기 기재된 제2 분석 사이의 주요 차이는 그의 각각의 추정치 (즉, 표적 파라미터)를 통해 설명될 수 있다. 전자에 대한 추정치는 E[(YM-XM)-(YP-XP)] = E[(YM-YP)-(XM-XP)]이며, 여기서 E(z)는 z의 집단 평균을 나타내는 한편, 후자에 대한 추정치는 E[(YM-YP)|(XM-XP)=0]이며, 여기서 XM은 치료 M 전의 기준선 FEV1이고, YM은 치료 M 후의 제4주 FEV1 등이다. 새로운 분석은 치료 사이의 기준선 이후 FEV1 값을 비교할 때 조건 XM-XP=0 (또는 동등하게, XM=XP)을 도입함으로써 기준선 불균형에 대해 "조정"한다는 점을 주목하고; 이 조건화는 또한 표준 분석에 비해 표적 파라미터의 추정치의 가변성을 감소시키면서 M 및 P의 공정한 비교를 보장한다.
PGx 분석: FEV1의 평균 치료 차이가 SNP(들)과 연관되는지 여부를 평가함
약리유전학 분석의 경우, 바로 상기 기재된 모델에서, 유전자형 (주어진 SNP에 대한 부차 대립유전자의 수에 따라 G=0, 1, 또는 2로 코딩됨) 및 유전자형 상호작용에 의한 치료에 대한 고정 효과 항목이 추가되었으며, 후자가 주요 관심사이다. 추정 모델 파라미터에서 불안정성을 회피하기 위해, 임의의 주어진 SNP에 대해, G=1 및 G=2 유전자 하위군을 후자 하위군에서의 환자가 5명 미만인 경우에 합하였다. 각각의 SNP를 개별적으로 분석하였다. 하기 SAS 코드를 PGx 분석에 사용하였다:
Figure pct00009
상기 SAS 코드를 통해 유래된 70개의 p-값 (각각의 SNP에 대한 것)을 본페로니 조정 후 통계적 유의성에 대해 평가하였다. 따라서, SNP는 연관된 p-값이 0.05/70 = .00071 미만인 경우에 통계적으로 유의한 것으로 간주되었다.
감수성 분석: 상기 기재된 주요 약리유전학적 분석의 강건성을 평가하기 위해, 인종군 및 인종군 상호작용에 의한 치료에 대한 항목이 약리유전학 분석 모델에 포함된 감수성 분석을 수행하였으며, 인종군을 "백인"/기타 또는 "다중"/기타의 자기-보고 인종에 대한 2원 지시 변수로서 나타냈다.
결과
제4주에서의 전체 평균 치료 차이의 평가 (유전학 무시함)
표 3은 순서 및 제0주 (기준선), 제4주에 대한 치료, 및 제4주에서의 기준선으로부터의 변화에 의한 FEV1 (mL) 요약 통계를 나타낸다. 마지막 2개의 칼럼은 둘 다 콤플리터 단독에 기초한 유도 환자내 변수 Xdiff (M 및 P 전의 기준선 값의 차이) 및 ΔΔ (M 및 P 후 기준선으로부터의 변화의 차이)에 대한 요약 통계를 보여준다.
표 3에서의 2개의 관찰이 주목할 만하다. 먼저, 이용가능한 데이터를 갖는 모든 환자에 기초하여 M 및 P의 투여 전 기준선 평균이 M→P 순서에서 유사한 (2270 vs. 2297 mL) 반면에, 이들은 P→M 순서에서 명백하게 상이하고 (2452 vs. 2226 mL); P→M 순서에서의 기준선 불균형에 대한 동일한 우려는 153 mL의 Xdiff 평균에 기초하여 콤플리터 단독에 집중할 경우에 나타난다. 둘째로, 평균 ΔΔ 값은 또한 2개의 순서 사이에서 현저하게 상이하고; 제1 순서에서의 133 mL의 평균 ΔΔ는 시험이 검출하도록 설계된 110 mL 효과보다 크지만, 제2 순서에서의 상응하는 관찰된 차이는 반대 방향 (-78 mL)에 있다.
표 3
FEV1 (mL)은 관찰된 데이터 및 관련 유도 변수를 요약한다.
Figure pct00010
SE = 표준 오차; ΔΔ = 제4주에서의 기준선으로부터의 변화 (W4-W0)의 치료 차이 [M-P]
xdiff가 공변량으로 사용되고 평균 치료 차이의 추정이 조건 xdiff=0을 도입한 후 수득되는, 통계적 방법 섹션에 기재된 제2 분석 방법에 기초한 결과가 표 4에 주어진다.
표 4
분석의 새로운 방법을 사용한 제4주에서의 FEV1의 추정 평균 치료 차이 (mL)
Figure pct00011
표 4에서의 결과는, 위약에 비해, 화합물 A가 배경 요법으로서 몬테루카스트를 계속해서 받은 환자에서의 4주의 치료 후, 평균적으로 FEV1 수준을 개선시키는 데 명백하게 보다 더 효과적인 것으로 보인다는 것을 제안한다.
하기 기재된 약리유전학적 분석 결과는 ~ 120 mL의 겉보기 평균 순 이익이 시험 집단에 걸쳐 균일하게 분포되는지 또는 유전학-기반 하위군에 의해 주로 유도되는지에 대해 알려준다.
PGx 분석: FEV1의 평균 치료 차이가 SNP(들)과 연관되는지 여부를 평가함
총 70개의 SNP를 분석에서 평가하였다. 분석된 70개의 SNP 중에서, 단지 1개 (rs12748961)만이 0.00071의 본페로니 역치보다 작은 p-값을 갖는다.
표 5는 SNP rs12748961에 대한 유전자형 하위군에 의한 제4주에서의 추정 평균 치료 차이를, 유전자형 상호작용에 의한 치료에 대한 통계적으로 유의한 p-값과 함께 나타낸다. 이 SNP의 경우, C=0, 1 및 2 유전자 하위군에서의 환자의 수는 각각 74명, 27명 및 2명이고; 후자 2개의 하위군은 통계적 방법 섹션에 언급된 이유로 인해 PGx 분석 전에 합하였다.
표 5
rs12748961에 대한 유전자형 하위군에 의한 제4주에서의 FEV1 (mL): 추정 평균 치료 차이
Figure pct00012
* 70개의 통계적 시험에 대한 .05/70 = .00071의 본페로니-조정된 p-값 역치 미만.
C는 C 대립유전자의 카피의 수이다.
표 5에서의 결과의 그래프 표현이 도 3에 제공된다. 명백하게 유익한 전체 약물 효과는 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피 (C ≥ 1)를 보유하는 시험 집단의 ~30%의 평균에 의해 크게 유도된 것으로 보이고; 환자의 나머지 70%에서의 화합물 A의 추정 이익은 상대적으로 작은 것으로 보인다.
인종군 및 인종군 상호작용에 의한 치료에 대한 항목이 약리유전학 분석 모델에 추가된 감수성 분석은 모든 SNP에 대해 상기 보고된 것과 매우 유사한 결과를 제공하였다.
rs12748961에 대한 부차 대립유전자 빈도는 도 4에 제시된 바와 같이, 전세계 인구에 기초한 1000 게놈 프로젝트에 의해 확립된 바와 같이 ~20%인 것으로 보고된다. 문헌 [Paul Julian Kersey et al., "Ensembl Genomes 2013: scaling up access to genome-wide data," Nucleic Acids Research 2014, 42 (D1): D546-D552]. 그러나, 도 4에 또한 제시된 바와 같이 아시아 대 아프리카 집단 사이의 그의 빈도에서 극적인 차이가 있고, 이는 보다 높은 빈도의 C 대립유전자를 갖는 집단을 CRTH2 수용체 길항제, 예컨대 화합물 A로 치료하는 데 있어서 특별한 의학적 및/또는 상업적 기회를 제공할 수 있다.
실시예 2. CRTH2 수용체 길항제/몬테루카스트 조합 요법을 사용하는 치료에 대한 FEV1 반응과 연관된 추가의 유전자 변이체의 확인.
제2 조사를 수행하여 CRTH2 수용체 길항제/몬테루카스트 조합에 대한 유익한 반응을 예측하는, rs12748961 이외의 추가의 유전자 마커를 확인하였다.
상기 기재된 연구로부터의 환자로부터의 혈액 샘플을 머크 커스텀 악시옴 어레이(Merck Custom Axiom Array)를 사용하여 추가로 유전자형결정하였다. 머크 커스텀 악시옴 어레이를 백본으로서 영국 바이오뱅크 악시옴 게놈타이핑 어레이(UK Biobank Axiom Genotyping Array)를 여러 인종 집단 공통의 SNP에 대한 보다 큰 다양성을 포함하는 맞춤 콘텐츠 및 효소를 대사하는 약물에 대한 추가의 콘텐츠와 함께 사용하여 설계하였다. 이 조사는 1명의 환자의 데이터가 추가의 유전자형결정에 이용가능한 DNA가 너무 적기 때문에 배제된 것을 제외하고는 실시예 1에 상기 기재된 바와 같은 동일한 환자 집단을 포함하였다. 총 102명의 대상체로부터의 데이터가 이 조사에 포함되었다.
유전자 귀속을 문헌 [B.N. Howie, et al., "A flexible and accurate genotype imputation method for the next generation of genome-wide association studies," PLoS Genetics (2009) 5(6): e1000529]에서의 개시내용에 기초한 유전자형 귀속 및 반수체형 상 프로그램인 IMPUTE2 소프트웨어를 사용하여 머크 커스텀 악시옴 어레이 상에서 검정된 변이체에 기초하여 (유전자 품질 관리 후) 수행하였다. 문헌 [Howie et al.]에 설명된 바와 같이, 귀속 방법은 집단 유전자 모델을 사용하여 참조 패널에서 측정된 대립유전자 상관관계를 추정함으로써 연구 샘플에서 관찰되지 않은 유전자형을 예측한다. 이러한 경우에, 1000 게놈 프로젝트로부터의 서열 데이터를 귀속 참조 데이터세트로서 사용하였다. 낮은 귀속 확실성을 갖는 귀속된 변이체 (정보 계측치 < 0.3)를 분석으로부터 배제하였다.
이 조사는 rs12748961을 포함하는 200kB의 영역 내의 부차 대립유전자 빈도 (MAF) >0.05를 갖는 모든 PS를 검정된 및 귀속된 PS 둘 다에 대해 시험하는 것을 포함한다. 총 1054개의 PS (111개의 검정된 변이체를 포함함)를 분석하였다. 실시예 1에 기재된 바와 같은 동일한 통계적 방법을 이 분석에 적용하였다.
표 6은 <0.001의 p-값을 갖는 유전자형 상호작용에 의한 치료 효과를 나타내거나 이를 갖는 것으로 예측되는 PS를 열거한다. 분석 데이터세트에 기초한 부차 대립유전자 빈도 (MAF)가 제2 칼럼에 보고된다. 제3 칼럼은 특정한 PS가 악시옴 머크 커스텀 어레이를 통해 검정되었는지 여부를 나타낸다. 제5 칼럼은 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 존재에 대한 피어슨 보정 제곱을 나타낸다.
표 6
Figure pct00013
***************************
본 발명은 본원에 기재된 구체적인 실시양태에 의해 범주가 제한되지 않는다. 사실상, 본원에 기재된 것에 더하여 본 발명의 다양한 변형이 상기 기재로부터 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백하게 될 것이다. 이러한 변형은 첨부된 청구범위의 범주 내에 속하도록 의도된다.
개시내용이 모든 목적을 위해 그 전문이 본원에 포함된, 본원 전체에 걸쳐 인용된 특허, 특허 출원, 공개, 제품 설명, 및 프로토콜이 본 출원 전반에 걸쳐 인용되어 있다.
SEQUENCE LISTING <110> Merck Sharp & Dohme Corp. Opiteck, Gregory J. Wong, Peggy H. McElwee, Joshua Mehrotra, Devan V. Greenberg, Steven Guo, Zifang <120> GENETIC MARKERS ASSOCIATED WITH RESPONSE TO CRTH2 RECEPTOR ANTAGOONISTS <130> 24169 <150> 62/196128 <151> 2015-07-23 <160> 15 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be C or T <400> 1 ctcttcacta tgttgaaatt gggtcnttct tccccaaaga ttgaagagaa t 51 <210> 2 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be A or G <400> 2 tcagatggga aatattgcag gggctntatg gtctccatcg caactactca c 51 <210> 3 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be A or C <400> 3 ttttgagact ggcaaatgtt ctgcanccag tatctgctca atacttttgt g 51 <210> 4 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be C or G <400> 4 caaaagtctt taggatagtc tctggntcac agtaagtgct acgtaagtgt t 51 <210> 5 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be A, G or T <400> 5 tttttataca tgttatttta gggcanaagc tgagtactat acccccacac c 51 <210> 6 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be C or G <400> 6 gaggtaggag aatcacttga acccangggt cagaggttgt ggtgagccga g 51 <210> 7 <211> 61 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 agtttgcaaa gtaacccatt tggccatgca gactgtaagt catacaactc tagagggaca 60 a 61 <210> 8 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be C or T <400> 8 ctcctatctc cattttactc ttatgnctac ccccagaata ggttttctgg a 51 <210> 9 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be absent or T <400> 9 ggtggtaatg tatatttatc ttaaantttt tttttttttt tgagacggag t 51 <210> 10 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be A or G <400> 10 gcggatcgcc tgagatcagg agttcnagac cagcctggcc aacatggtga a 51 <210> 11 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be A or G <400> 11 cgcaatggtg tgatctcagc tcactncaac ctctaactcc caggttcaag c 51 <210> 12 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be C or T <400> 12 ctgcctacaa aagtatcagg caaganaggc ctcacgttag atgagatagt a 51 <210> 13 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> can be absent or A <400> 13 ggcaataaga gtgaaactcc atctcnaaaa aaaaaaaaaa aaaatctatt t 51 <210> 14 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 14 agtttgcaaa gtaacccatt tggccaagtc atacaactct agagggacaa 50 <210> 15 <211> 51 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> n can be A or G <400> 15 acctcctccc ataaattgca gaatcnattc ccttcctgcc cactctcagt g 51

Claims (17)

  1. CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애를 갖는 환자에게 치료 유효량의 CRTH2 수용체 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 환자를 치료하는 방법이며,
    여기서 상기 환자는, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, 하기 표의 CRTH2 수용체 길항제 마커로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 것인 방법.
    Figure pct00014
  2. 제1항에 있어서, CRTH2 수용체 길항제 반응 마커가 rs12748961 SNP이고,
    상기 환자가, CRTH2 수용체 길항제의 투여 전에, rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 것인 방법.
  3. (a) 인간 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하고;
    (b) 하기 표의 CRTH2 수용체 길항제 마커 중 적어도 하나의 보다 우수한 반응 대립유전자가 생물학적 샘플에 존재하는지 여부를 검출하고;
    Figure pct00015

    (c) 생물학적 샘플에서 보다 우수한 반응 대립유전자의 존재가 검출된 경우에 환자를 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단하고;
    (d) 진단된 환자에게 치료 유효량의 CRTH2 수용체 길항제를 투여하는 것
    을 포함하는, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 환자를 진단하고 천식을 치료하는 방법.
  4. 제3항에 있어서, 단계 (d)가 환자에게 류코트리엔 수용체 길항제를 투여하는 것을 추가로 포함하는 것인 방법.
  5. 제3항에 있어서,
    단계 (b)에서, rs12748961 SNP인 CRTH2 수용체 길항제 반응 마커의 C 대립유전자가 검출되고,
    단계 (c)에서, rs12748961 SNP의 C 대립유전자가 검출된 경우에 환자가 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 것으로 진단되는 것인 방법.
  6. 제3항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 (d)에서 진단된 환자에게 유효량의 CRTH2 수용체 길항제 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산이 투여되고 류코트리엔 수용체 길항제가 몬테루카스트인 방법.
  7. 제약 조성물 및 처방 정보를 포함하는 약물 제품이며,
    여기서 제약 조성물은 CRTH2 수용체 길항제를 포함하고 처방 정보는 약리유전학적 지침을 포함하고,
    여기서 약리유전학적 지침은 하기 표의 CRTH2 수용체 길항제 마커로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함하는 것인 약물 제품.
    Figure pct00016
  8. 제7항에 있어서, 처방 정보가 rs12748961 SNP의 C 대립유전자의 적어도 하나의 카피에 대해 양성 반응을 나타내는 환자에서의 CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환의 치료를 포함하는 약리유전학적 정보를 포함하는 것인 약물 제품.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 제약 조성물이 류코트리엔 수용체 길항제를 추가로 포함하는 것인 약물 제품.
  10. CRTH2 길항제 반응 마커 중 적어도 하나의 유전자형결정을 위해 설계된 올리고뉴클레오티드 세트를 포함하는, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 질환을 갖는 환자를 하기 표로부터 선택된 CRTH2 길항제 반응 마커 중 하나로부터 선택된 보다 우수한 반응 대립유전자의 적어도 하나의 카피의 존재 또는 부재에 대해 시험하는 키트.
    Figure pct00017
  11. 제11항에 있어서, CRTH2 길항제 반응 마커가 rs12748961 SNP인 키트.
  12. 제11항 또는 제12항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO) 프로브인 키트.
  13. 제1항, 제2항, 및 제7항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, CRTH2 수용체 길항제를 사용하는 치료에 감수성인 장애가 천식인 방법, 약물 제품, 또는 키트.
  14. 제1항 내지 제5항 및 제7항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, CRTH2 수용체 길항제가 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 또는 2-(2-메틸-1-(4-(메틸술포닐)-2-(트리플루오로메틸)벤질)-1H-피롤로[2,3-b]피리딘-3-일)아세트산 (페비피프란트) 또는 그의 제약상 허용되는 염인 방법, 약물 제품, 또는 키트.
  15. 제14항에 있어서, CRTH2 수용체 길항제가 {(7R)-4-플루오로-7-[5-(4-플루오로벤질)-1H-[1,2,3]트리아졸-1-일]-6,7,8,9-테트라히드로피리도[1,2-a]인돌-10-일}-아세트산 또는 그의 제약상 허용되는 염인 방법, 약물 제품, 또는 키트.
  16. 제1항 또는 제2항에 있어서, 류코트리엔 수용체 길항제를 환자에게 CRTH2 수용체 길항제에 더하여 투여하는 것인 방법.
  17. 제16항에 있어서, 류코트리엔 수용체 길항제가 몬테루카스트인 방법.
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