CN107849041B

CN107849041B - 与对crth2受体拮抗剂的反应有关的遗传标记

Info

Publication number: CN107849041B
Application number: CN201680042875.5A
Authority: CN
Inventors: G.J.奥皮特克; P.H.黄; J.麦克尔威; D.V.梅罗特拉; S.格林伯格; Z.郭
Original assignee: MERCK
Current assignee: MERCK
Priority date: 2015-07-23
Filing date: 2016-07-21
Publication date: 2021-07-23
Anticipated expiration: 2036-07-21
Also published as: RU2018106032A; US20210348235A1; WO2017015418A1; JP2018520199A; CA2992987A1; JP6703090B2; US11091806B2; BR112018001267A2; EP3337803A4; RU2018106032A3; CN107849041A; EP3337803B1; MX2018000947A; US20180237856A1; EP3337803A1; AU2016297005A1; KR20180033235A

Abstract

本发明提供了与对CRTH2受体拮抗剂的有益反应有关的人染色体1上的遗传标记。这些CRTH2受体拮抗剂反应标记尤其可用于鉴定最可能受益于用CRTH2受体拮抗剂组合物和药物产品治疗的患者、治疗患有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的患者的方法以及在为这种患者选择最合适的疗法的方法。

Description

与对CRTH2受体拮抗剂的反应有关的遗传标记

技术领域

本发明涉及预测对利用CRTH2受体拮抗剂的疗法的有益反应的人染色体1上的遗传标记。

背景技术

本部分或本申请的任何部分中的任何出版物的确定不是承认这种出版物是本发明的现有技术。

哮喘是一种伴随显著的发病率和死亡率的非常普遍的疾病，并且是造成直接和间接的高卫生保健支出的原因。世界卫生组织（WHO）目前的数据估计全世界哮喘流行程度为3亿个体，预计截止2025年这一数字将增至4亿。据估计，大约有1500万伤残调整生命年是哮喘丧失的，且250例死亡中有一例是由于哮喘。Masoli M等，关于全球哮喘防治创议（GINA）计划，Allergy 2004；59：469-78。这种高疾病负担部分是由于标准疗法未良好控制的患者所致。Bateman ED等，Am J Respir Crit Care Med 2004；170：836-44。此外，对标准的吸入器疗法的顺应性相对较低。据估计，开始联合和同时吸入疗法的患者中，分别有44.2％和51.5％的患者在第一年没有更新其初始处方。Marceau C等，J. Allergy Clin Immunol2006；118：574-81。吸入器的备择选择包括口服剂，如孟鲁司特和弃白通，以及甲基黄嘌呤类如氨茶碱；然而，这些试剂被认为比吸入剂较不有效。因此，需要新的、良好耐受的口服疗法，其单独或与可用疗法组合，可有效治疗哮喘。

Th2细胞上的化学引诱物受体同源分子（CRTH2）是在嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞和Th2细胞上表达的前列腺素D2（PGD2）的G蛋白偶联受体。在体外，PGD 2和一些它的CRTH 2选择性代谢物可通过1）刺激表面蛋白CD11b的表达，所述表面蛋白有利于细胞黏附到血管壁以及细胞从血液循环向发炎组织移行和2）刺激细胞移动到炎症部位（趋化性）来募集和激活这些白细胞。CRTH2活化还导致Th2细胞因子释放的刺激，例如来自TH2细胞的IL-13，以及嗜碱性粒细胞和嗜酸性粒细胞脱粒的刺激。

现有的临床前和临床数据提示，PGD2/CRTH2途径对于成为哮喘的原因之一的关键促炎白细胞的募集和活化是十分重要的。Shichijo M，Arimura A，Hirano Y等，Clin Exp Allergy 2009年9月；39（9）：1404-14；Lukacs NW，Berlin AA，Franz-Bacon K等，Am J Physiol Lunch Cell Mol Physiol 2008：295：L767-79；Uller L，Mathiesen JM，AlenmyrL等，Respir Res 2007；8：16I。在人类中，导致增加的CRTH2 mRNA稳定性的CRTH2遗传多态性与两个独立群体中的哮喘显著有关。Huang J-L, Gao P-S, Mathias RA, Yao T-C,Chen L-C, Kuo M-L等，Hum Mol Genet 2004；13（21）：2691-7。据报道，双重TP/CRTH2拮抗剂雷马曲班（Ramatroban）在变应性鼻炎中表现出一定程度的功效，并在日本被商品化。Ishizuka T，Matsui T，Okamoto Y等，Cardiovasc Drug Rev 2004；22:71-90。此外，最近在患有嗜酸性粒细胞性重症哮喘的患者群体中进行的IIa期临床研究显示在用CRTH2拮抗剂fevipiprant治疗的患者中痰嗜酸性粒细胞的减少。European Medical Journal Respir.2014；2:50-57。总之，这些发现与CRTH2抑制在治疗哮喘中潜在的重要作用是一致的。

CRTH2受体拮抗剂的治疗效果在患有哮喘的患者中可以广泛变化。为了更好地靶向可能对CRTH2受体反应更好的患者，并由此提供更好且更具成本效益的哮喘治疗，需要一种鉴定最可能通过用CRTH2受体拮抗剂治疗获益的患者的方式。本发明设法了解并解决了这种需要。

发明内容

本发明基于以下发现：诸如人类染色体1上的单核苷酸多态性（SNP）的遗传多态性与患有与CRTH2受体功能有关病症的患者中对用CRTH2受体拮抗剂治疗的反应显著有关。与对CRTH2受体拮抗剂疗法的反应有关的遗传多态性在本文中被称为“CRTH2拮抗剂反应标记”。

这些遗传多态性之一是SNP，其是C/T多态性，在NCBI SNP数据库中被鉴定为rs12748961。C等位基因的存在与较好的治疗反应有关，其中C/C或C/T基因型与哮喘患者一秒内的用力呼气量（FEV₁）中4.5-倍的较好改善有关。尽管C等位基因是高加索人中的次要等位基因，但由于其在亚洲血统人口中以比总体人口高得多的频率存在，所以rs12748961多态性可指导医疗专业人员、卫生当局和医疗保险提供者选择可能受益于CRTH2受体拮抗剂疗法的合适哮喘患者群体。

本发明人还鉴定了染色体1上的其它遗传多态性与对CRTH2受体拮抗剂的有益反应（例如，哮喘患者中FEV₁得分改善）的关联。与对CRTH2受体拮抗剂疗法的有益反应有关的遗传多态性描述于下表1中，其中PS指根据SNP NCBI数据库的多态性位点，而第二列中的“-”表明该变体代表缺失或插入变体。

表1. CRTH2拮抗剂反应标记

*NCBI数据库表明rs3747972和rs1891091是反向链的RefSNP等位基因。

在表1中，作为列2中的条目的“-”的标示表明变体是缺失或插入变体。例如，在rs67625805中，备择等位基因代表相应位置上的T核苷酸的缺失。作为另一个实例，在rs71970505中，在一个等位基因中不存在11个残基的核苷酸区段，而在备择等位基因中，核苷酸区段ATGCAGACTGT存在于核苷酸序列的对应位置。

本文的发明人预期就表1中至少一种或多种CRTH2拮抗剂反应标记的存在测试个体将可用于多种药物遗传学产品和方法，其涉及对容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的病症鉴定最有可能对CRTH2受体拮抗剂疗法反应的受试者，以及用于帮助医生决定是否向患有哮喘的患者开CRTH2受体拮抗剂处方。例如，发明人预期就rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝的存在测试受试者将可用于这样的产品和方法以及帮助这样的医生。

因此，在实施方案1中，本发明提供了治疗患有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的病症的患者的方法，包括：

向患者施用治疗有效量的CRTH2受体拮抗剂，

其中所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对选自选自上表1的CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第一方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs12748961SNP的C等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第二方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs12118655SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第三方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs6679073SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第四方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs12564209SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第五方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第六方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs71633561SNP的C等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第七方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs71970505SNP的缺失等位基因（在表1的较好反应等位基因列中表示为“-”）的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第八方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs12132270SNP的T等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第九方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs67625805SNP的缺失等位基因（在表1的较好反应等位基因列中表示为“-”）的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs3747972SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十一方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十二方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十三方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs34848415 SNP的缺失等位基因（在表1的较好反应等位基因列中表示为“-”）的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十四方面，所述患者在施用CRTH2受体拮抗剂之前已对rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。

在实施方案1的第十五方面（包括第一至第十四方面中的任何一个），所述方法还包括向患者施用白三烯拮抗剂，例如孟鲁司特、扎鲁司特或普仑司特。在实施方案1的第十六方面（包括第一至第十五方面中的任何一个），所述方法进一步包括向患者施用孟鲁司特。

在实施方案2中，本发明提供了包含药物组合物和处方信息的药物产品，

其中所述药物组合物包含CRTH2受体拮抗剂，并且所述处方信息包括药物遗传学适应症，

其中所述药物遗传学适应症包括对选自如上表1中陈述的CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第一方面，药物遗传学适应症包括对rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第二方面，药物遗传学适应症包括对rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第三方面，药物遗传学适应症包括对rs6679073 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第四方面，药物遗传学适应症包括对rs12564209 SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第五方面，药物遗传学适应症包括对rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第六方面，药物遗传学适应症包括对rs71633561 SNP的C等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第七方面，药物遗传学适应症包括对rs71970505 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第八方面，药物遗传学适应症包括对rs12132270 SNP的T等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第九方面，药物遗传学适应症包括对rs67625805 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第十方面，药物遗传学适应症包括对rs3747972 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第十一方面，药物遗传学适应症包括对rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第十二方面，药物遗传学适应症包括对rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第十三方面，药物遗传学适应症包括对rs34848415 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2的第十四方面，药物遗传学适应症包括对rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个拷贝测试为阳性的患者中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的治疗。

在实施方案2中陈述的药物产品的第十五方面（包括第一至第十四方面中的任何一个），药物产品还包含白三烯拮抗剂，例如孟鲁司特、扎鲁司特或普仑司特。在实施方案2的第十六方面（包括第一至第十四方面中的任何一个），药物产品还包含孟鲁司特。

在实施方案3中，本发明提供了CRTH2受体拮抗剂在制备用于治疗患有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病且对选自如上表1所陈述的CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试的患者的药物中的用途。

在实施方案3的第一方面，患者对rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第二方面，患者对rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第三方面，患者对rs6679073 SNP的A等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第四方面，患者对rs12564209 SNP的G等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第五方面，患者对rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第六方面，患者对rs71633561 SNP的C等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第七方面，患者对rs71970505 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第八方面，患者对rs12132270 SNP的T等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第九方面，患者对rs67625805 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第十方面，患者对rs3747972 SNP的A等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第十一方面，患者对rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第十二方面，患者对rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第十三方面，患者对rs34848415 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案3的第十四方面，患者对rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。

在实施方案4中，本发明提供了一种选择用于治疗具有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的患者的疗法的方法，其中确定并报告在选自表1中陈述的那些的多态性位点处的患者基因型，所述方法包括：

查阅该报告以确定患者具有CRTH2拮抗剂反应标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝；和

基于该查阅，用CRTH2受体拮抗剂治疗患者。

在实施方案4的第一方面，查阅该报告以确定患者具有rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第二方面，查阅该报告以确定患者具有rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第三方面，查阅该报告以确定患者具有rs6679073 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第四方面，查阅该报告以确定患者具有rs12564209 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第五方面，查阅该报告以确定患者具有rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第六方面，查阅该报告以确定患者具有rs71633561 SNP的C等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第七方面，查阅该报告以确定患者具有rs71970505 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第八方面，查阅该报告以确定患者具有rs12132270 SNP的T等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第九方面，查阅该报告以确定患者具有rs67625805 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第十方面，查阅该报告以确定患者具有rs3747972 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第十一方面，查阅该报告以确定患者具有rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第十二方面，查阅该报告以确定患者具有rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第十三方面，查阅该报告以确定患者具有rs34848415 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案4的第十四方面，查阅该报告以确定患者具有rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个。

在实施方案5中，本发明提供筛选方法，用于从一组具有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的病症的患者中选择用于用CRTH2受体拮抗剂治疗的患者，包括就选自上表1中所陈述的那些的CRTH2拮抗剂反应标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝的存在测试该组的每个成员，其中阳性测试是存在CRTH2拮抗剂反应标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第一方面，就rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs12748961 的C等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第二方面，就rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第三方面，就rs6679073 SNP的A等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs6679073 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第四方面，就rs12564209 SNP的G等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs12564209 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第五方面，就rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs3805 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第六方面，就rs71633561 SNP的C等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs71633561 SNP的C等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第七方面，就rs71970505 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs71970505 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第八方面，就rs12132270 SNP的T等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs12132270 SNP的T等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第九方面，就rs67625805 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs67625805 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第十方面，就rs3747972 SNP的A等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs3747972 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第十一方面，就rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs11557080 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第十二方面，就rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs71633563 SNP的T等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第十三方面，就rs34848415 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs34848415 SNP的缺失等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案5的第十四方面，就rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个拷贝的存在测试组的每个成员，其中阳性测试是存在rs1891091 SNP的A等位基因的至少一个拷贝。

在实施方案6中，本发明提供了用于就选自上表1中所陈述的CRTH2拮抗剂反应标记之一的较好反应等位基因的至少一个拷贝的存在或不存在测试具有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病的患者的试剂盒，其包含一组寡核苷酸，其设计为对至少一种CRTH2拮抗剂反应标记进行基因型分型。

在实施方案6的第一方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs12748961 SNP。

在实施方案6的第二方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs12118655 SNP。

在实施方案6的第三方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs6679073 SNP。

在实施方案6的第四方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs12564209 SNP。

在实施方案6的第五方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs3805 SNP。

在实施方案6的第六方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs71633561 SNP。

在实施方案6的第七方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs71970505 SNP。

在实施方案6的第八方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs12132270 SNP。

在实施方案6的第九方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs67625805 SNP。

在实施方案6的第十方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs3747972 SNP。

在实施方案6的第十一方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs11557080 SNP。

在实施方案6的第十二方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs71633563 SNP。

在实施方案6的第十三方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs34848415 SNP。

在实施方案6的第十四方面，至少一种CRTH2拮抗剂反应标记是rs1891091 SNP。

在实施方案6的试剂盒的第十五方面（包括第一至第十四方面中的任一个），寡核苷酸是等位基因特异性寡核苷酸（ASO）探针。在具体方面，寡核苷酸被固定在固体表面上。

在实施方案7中，本发明提供了一种诊断容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的患者并治疗哮喘的方法，所述方法包含：

（a）从人类患者获得生物样品（例如血液样品，如血浆样品）；

（b）检测血液样品中是否存在上表1中至少一种CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因；

（c）当检测到血液样品中存在较好反应等位基因时，诊断患者为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的；和

（d）向诊断的患者施用治疗有效量的CRTH2受体拮抗剂。

在实施方案7的一个方面，其中步骤（d）还包括向患者施用白三烯受体拮抗剂。例如，白三烯受体拮抗剂可以是孟鲁司特或其药学上可接受的盐。

在实施方案7的一个方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12748961 SNP的C等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs12748961 SNP的C等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12118655 SNP的G等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs12118655 SNP的G等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs6679073 SNP的A等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs6679073 SNP的A等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12564209 SNP的G等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs12564209 SNP的G等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs3805SNP的G等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs3805 SNP的G等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs71633561 SNP的C等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs71633561 SNP的C等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs71970505 SNP的缺失等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs71970505 SNP的缺失等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12132270 SNP的T等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs12132270 SNP的T等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs67625805 SNP的缺失等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs67625805 SNP的缺失等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs3747972 SNP的A等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs3747972 SNP的A等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs11557080 SNP的A等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs11557080 SNP的A等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs71633563 SNP的T等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs71633563 SNP的T等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs34848415 SNP的缺失等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs34848415 SNP的缺失等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的另一方面，在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs1891091 SNP的A等位基因，且

在步骤（c）中，当检测到rs1891091 SNP的A等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗。

在实施方案7的一个方面，在步骤（d）中，对所诊断的患者施用有效量的CRTH2受体拮抗剂{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸和白三烯受体拮抗剂孟鲁司特。

在实施方案7的一个特定方面，

在步骤（b）中，寻求检测的较好反应等位基因是CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12748961 SNP的C等位基因；

在步骤（c）中，当检测到rs12748961 SNP的C等位基因时，将患者诊断为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗；和

在步骤（d）中，向所诊断的患者施用有效量的CRTH2受体拮抗剂{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸和白三烯受体拮抗剂孟鲁司特。

在实施方案8中，本发明提供了（i）实施方案1的方法，（ii）实施方案2的药物产品，（iii）实施方案3的用途，（iv）实施方案4的方法，（v）实施方案5的方法，（vi）实施方案6的试剂盒，或者实施方案7的方法；其中容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的所述患者对上表1中至少两种CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因的至少一个拷贝具有阳性测试。例如，在该实施方案中，鉴定了容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的患者，其中患者同时具有rs12748961SNP的C等位基因的至少一个拷贝和rs12118655 SNP的G等位基因的至少一个拷贝。

在上述实施方案中描述的方法、用途、药物产品或试剂盒的某些实施方案中，CRTH2受体拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸或2-(2-甲基-1-(4-(甲磺酰基)-2-(三氟甲基)苄基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酸（fevipiprant）或任何一种化合物的药学上可接受的盐。

在上述实施方案中描述的方法、用途、药物产品或试剂盒的某些实施方案中，容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的病症是哮喘。

附图说明

图1显示了2015年6月7日的NCBI SNP数据库中CRTH2拮抗剂反应标记的参考核苷酸序列，变体位置以粗体字体表示。

图2是用于测量用CRTH2受体拮抗剂和孟鲁司特治疗的患者的功效的研究设计的图示。

图3图解说明了来自图2中总结的临床研究的在不携带rs12748961的C等位基因拷贝的个体（C=0）以及携带rs12748961的C等位基因的一个或两个拷贝（C=1+2）的个体中，化合物A和孟鲁司特组合与安慰剂和孟鲁司特组合之间在第4周FEV₁得分改善（mL）中患者内差异的估计平均值。

图4显示了基于1000个基因组数据集的全体和跨不同群体的rs12749861的次要等位基因（C）频率。

具体实施方式

I. 定义

为了可使本发明更容易理解，下面具体定义了一些技术和科学术语。除非在本文件中的其他地方具体定义，否则本文使用的所有其他技术和科学术语都具有当用于与本文所使用的类似背景中时本发明所属领域的普通技术人员将通常理解的含义。

如本文所使用的，包括所附权利要求，单数形式的词语如“一（a）”、“一个（an）”和“该（the）”包括它们的相应复数引用，除非上下文另外明确指出。

当用于修饰数字定义的参数时，如本文讨论的治疗剂的剂量或治疗时间的长度，“约”指参数可以在该参数的所标出的数值之上或之下变化多达10％。

“等位基因”是基因或其它遗传基因座的特定形式，其通过其特定的核苷酸序列与其他形式不同，术语等位基因还包括在多态性位点发现的一种备择多态性（例如SNP）。

“有益结果”意指用CRTH2受体拮抗剂治疗的所期望的临床结果，包括但不限于：一种或多种疾病症状的减轻、疾病程度的减少（例如，在治疗哮喘的背景中FEV₁的改善）、稳定化的（即不恶化）疾病状态、疾病进展的减缓、疾病状态的改善或缓和、延长存活（与未治疗的预期存活相比）、无复发存活、缓解（不论部分还是全部）和治愈（即消除疾病）。

“较好反应等位基因”是基因或其他遗传基因座的特定形式，其中如果存在于患者中，则与不存在这种形式的基因或其他遗传基因座的患者中的测量相比，导致改善的临床测量（例如改善的FEV₁测量）。

如在整个说明书和权利要求书中自始至终使用的“基本上由……组成（consistsessentially of）”以及诸如“基本上由……组成（consist essentially of）”或“基本上由……组成（consisting essentially of）”的变体表示包括任何所述要素或要素组，并且任选包含具有与所述要素类似或不同特性的其他要素，其不会显著改变具体说明的给药方案、方法或组合物的基本或新性质。

“个体”或“动物”或“患者”或“哺乳动物”意指任何人类受试者，特别是哺乳动物受试者，其中任何所请求保护的组合物和方法都是需要或可能是有益的。在优选的实施方案中，个体是成年人，即，至少18岁。

“分离的”一般用于反映生物分子如RNA、DNA、寡核苷酸或蛋白质的纯化状态，并且在这种背景中指分子基本上不含其他生物分子，如核酸、蛋白质、脂质、碳水化合物或其他材料，如细胞碎片和生长培养基。一般来说，术语“分离的”并非意欲指完全不存在其他生物分子或材料，或指不存在水、缓冲液或盐，除非它们以显著干扰本发明的方法的量存在。

“基因座”指对应于基因的染色体或DNA分子上的位置、诸如多态性位点的物理特征或与表型特征有关的位置。

“核苷酸对”是在个体染色体的两个拷贝上的多态性位点处发现的两个核苷酸（其可以相同或不同）的集合。

“寡核苷酸”指通常长度为5-100个邻接碱基的核酸，且最频繁的是长度为10-50、10-40、10-30、10-25、10-20、15-50、15-40、15-30、15-25、15-20、20-50、20-40、20-30或20-25个邻接碱基。寡核苷酸的序列可以设计为与基因座的任何等位基因形式特异性杂交；这样的寡核苷酸被称为等位基因特异性探针。如果基因座是包含SNP的PS，则该SNP的互补等位基因可以发生在等位基因特异性探针内的任何位置。可用于实施本发明的其它寡核苷酸与PS邻近的靶区域特异性杂交，其3'末端位于距PS 1个至小于或等于约10个核苷酸处，优选约5个核苷酸。邻近PS杂交的这种寡核苷酸可用于聚合酶介导的引物延伸方法，并且在本文中被称为“引物延伸寡核苷酸”。在优选的实施方案中，引物延伸寡核苷酸的3'-末端是与位置紧邻PS的核苷酸互补的脱氧核苷酸。

“药学上可接受的”指“一般认为安全”的分子实体和组合物——例如，在生理上可耐受的，并且当施用给人时一般不产生过敏或类似的不适当反应，例如胃不适等。在另一个实施方案中，该术语指由联邦或州政府的管理机构批准或在美国药典或另一公认的药典中列出的用于动物且更特别用于人的分子实体和组合物。

“多态性位点”或“PS”指在其中发现多态性的遗传基因座或基因中的位置，所述多态性如单核苷酸多态性（SNP）、限制性片段长度多态性（RFLP）、可变数目串联重复（VNTR）、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、简单序列重复、插入元件如Alu以及一个或多个核苷酸的缺失或插入。PS通常在所考虑的群体中高度保守的序列之后和之前，且因此PS一般根据把PS括在一起的30-60个核苷酸的共有核酸序列进行定位，其在SNP的情况中通常被称为“SNP上下文序列”。PS的位置也可以通过其在共有或参考序列中的位置来确定。本领域技术人员理解，由于与共有或参考序列相比在每个个体中存在一个或多个插入或缺失，所以在所考虑的群体的每个个体中，特定PS的位置可能不会精确出现在参考或上下文序列中的相同位置。此外，当给本领域技术人员提供了待检测的PS处的备择等位基因的特性以及其中出现PS的参考序列或上下文序列中的一个或两个时，本领域技术人员设计稳健的、特异的和精确的测定以用于检测任何给定个体中的多态性位点处的备择等位基因就是常规的。因此，本领域技术人员将理解，通过参照参考或上下文序列中的特定位置来具体说明本文所述的任何PS的位置仅仅是为了方便，且任何具体列举的核苷酸位置字面上包括相同PS在任何个体中的相同基因组中所实际上位于的任何一种核苷酸位置，所述个体使用本文所述的任何基因型分型方法或本领域公知的其它基因型分型方法就本发明遗传标记的存在或不存在进行测试。

“参考SNP”或“rs”号指国家生物技术信息中心（NCBI）分配给个别SNP的登记号。

“治疗（treat）”或“治疗（treating）”意指向需要治疗剂的个体内部或外部施用治疗剂，例如含有本文所述的CRTH2受体拮抗剂的组合物。需要该试剂的个体包括已经被诊断为患有容许用该试剂治疗的状况或病症或有发展所述状况或病症风险的个体，以及具有易被第二治疗剂减轻的第一治疗剂治疗的一种或多种不利效果或有发展所述不利效果风险的个体。一般，治疗剂以治疗有效量施用，这意味着有效产生一个或多个有益结果的量。特定试剂的治疗有效量可根据诸如所治疗的患者的疾病状态、年龄和体重以及患者对治疗剂的敏感性例如反应的能力的因素而变化。通过医生或其他熟练的卫生保健提供者一般使用的用于评估靶向的疾病、症状或不利效果的存在、严重性或进展状态的任何临床测量可评估是否已达到有益或临床结果。一般地，治疗有效量的试剂将导致比起基线状态或者如果不治疗所预期的状态来在相关临床测量中至少5％的改善，通常至少10％，更通常至少20％，最通常至少30％，优选至少40％，更优选至少50％，最优选至少60％，理想地至少70％，更理想地至少80％，并且最理想地在至少90％。例如，在其中所述状况或病症是哮喘的一个实施方案中，改善的临床测量是FEV₁测量的改善。尽管本发明的一个实施方案（例如，治疗方法或制造品）可能不会在每一个患者中达到所需的临床益处或结果，但其应该在统计学显著数目的患者中这样，如通过本领域已知的任何统计学检验所确定的，如斯氏t检验、卡方检验、根据Mann和Whitney的U-检验、Kruskal-Wallis检验（H-检验）、Jonckheere-Terpstra-检验和Wilcoxon-检验。

II. 本发明的CRTH2拮抗剂反应标记的实用性

本文所述的反应标记的表型效应支持这种标记在多种商业应用中的使用，包括但不限于调查研究的或先前批准的CRTH2受体拮抗剂药物在基于存在或不存在该反应标记选择的的患者中的临床试验，用于治疗具有这种反应标记的患者的包含CRTH2受体拮抗剂的药物组合物和药物产品，诊断方法和药物遗传学治疗方法，其涉及基于患者是否具有该标记来调整患者的药物疗法。

本文请求保护的任何商业应用的实用性不要求本发明的反应标记的存在与对CRTH2受体拮抗剂的所期望反应的出现之间的相关性在100％接受CRTH2受体拮抗剂的个体中观察到；也不要求诊断方法或试剂盒在确定每个个体中存在或不存在反应标记中具有特定程度的特异性或灵敏性，也不要求本文请求保护的诊断方法在对每个个体预测所述个体是否可能对CRTH2受体拮抗剂具有有益的反应中100％准确。因此，发明人在此意图是术语“确定（determine）”、“确定（determining）”和“预测”不应被解释为要求明确或肯定的结果；相反，这些术语应该被解释为意指请求保护的方法为大多数个体提供准确的结果，或者对于任何给定的个体的结果或预测更可能是正确的而不是不正确的。

优选地，由本发明的诊断方法提供的结果的准确性是本领域技术人员或管理当局将认为适合于使用该方法的特定应用的。类似地，请求保护的药物产品和治疗方法的实用性并不要求它们在每个个体中产生所声称的或期望的效果；全部所要求的是临床专业人员在应用其与所有适用规范相一致的专业判断时，断定根据所请求保护的方法或所请求保护的药物产品治疗给定个体实现所声称的效果的机会足够高以保证开出治疗或药物产品处方。

A. 测试本发明的CRTH2拮抗剂反应标记

CRTH2拮抗剂反应标记的存在或不存在可以通过本领域常用的多种基因型分型技术中的任一种来检测。一般地，这种基因型分型技术使用一个或多个与含有所考虑的PS或与其邻近的区域互补的寡核苷酸。一般基于PS的上下文序列来设计用于对所考虑的特定PS进行基因型分型的寡核苷酸的序列。

特定个体中上文鉴定的多态性位点的位置在围绕所考虑的PS的参考编码或基因组DNA序列中，或在下表2中描述的上下文序列之一或其互补序列中。

表2：与CRTH2受体拮抗剂反应有关的SNP的上下文序列

¹2016年6月23日在NCBI SNP数据库中报告的上下文序列；Y¹表示C或T；Y²表示A或G；Y³表示A或C；Y⁴表示C或G；Y⁵表示A/G/T；Y⁶表示C或G；Y⁷表示不存在（-）或存在ATGCAGACTGT；Y⁸表示C或T；Y⁹表示不存在（-）或存在T；Y¹⁰表示A或G；Y¹¹表示A或G；Y¹²表示C或T；Y¹³表示不存在（-）或存在A，并且Y¹⁵表示A或G。

如本领域技术人员所认识到的，含有特定PS的核酸样品可以是互补的双链分子并因此提及有义链上的特定位点也指互补反义链上的相应位点。类似地，在染色体的一条链的两个拷贝上提及PS获得的特定基因型与另一条链的两个拷贝上相同PS获得的互补基因型相当。举例来说，基因编码链上的rs12748961 PS的C/C基因型与非编码链上该PS的G/G基因型相当。

本文所述的上下文序列及其互补序列可用于设计探针和引物，用于使用本领域众所周知的多种方法中的任何一种对从所考虑的人类受试者获得的核酸样品中的CRTH2拮抗剂反应标记进行基因型分型，该方法允许确定个体是否具有至少一个较好反应等位基因的拷贝。在这种方法中使用的核酸分子通常包括RNA、基因组DNA或从RNA衍生的cDNA。

一般，基因型分型方法涉及测定从个体获得的生物样品制备的核酸样品，以确定存在于一个或多个所考虑的多态性位点处的核苷酸或核苷酸对的特性。实际上可以从任何生物样品制备核酸样品。例如，方便的样品包括全血血清、精液、唾液、眼泪、粪便、尿液、汗液、口腔物质、皮肤和毛发。体细胞是优选的，这是因为它们允许确定存在于所考虑的PS的两个等位基因的特性。

可以使用本领域技术人员已知的任何技术制备核酸样品用于分析。优选地，这种技术导致分离足够纯的基因组DNA以确定核酸分子中所期望的多态性位点的基因型。为了提高该测定的灵敏性和特异性，经常希望从核酸样品扩增含有待基因型分型的PS的靶区域。核酸分离和扩增技术可以在例如Sambrook等，Molecular Cloning：A LaboratoryManual（Cold Spring Harbor Laboratory，New York）（2001）中找到。

本领域技术人员已知的任何扩增技术都可用于实施本发明，包括但不限于聚合酶链反应（PCR）技术。可以使用本领域技术人员已知的材料和方法执行PCR（通常参见PCRTechnology: Principals and Applications for DNA Amplification（ed. H. A.Erlich，Freeman Press，NY，N.Y.，1992）；PCR Protocols: A Guide to Methods andApplications（eds. Innis等，Academic Press，San Diego，Calif.，1990）；Matilla等，Nucleic Acids Res. 19:4967（1991）；Eckert等人，PCR Methods and Applications 1：17（1991）；PCR（eds. McPherson等，IRL Press，Oxford）；和美国专利No. 4,683,202。其它合适的扩增方法包括连接酶链反应（LCR）（参见Wu和Wallace，Genomics 4：560（1989）和Landegren等，Science 241：1077（1988））、转录扩增（Kwoh等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86：1173（1989））、自动维持序列扩增（Guatelli等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87：1874（1990））、等温方法（Walker等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89：392-6（1992））和基于核酸的序列扩增（NASBA）。

测定扩增的靶区域以确定存在于靶区域中PS处的至少一个等位基因的特性。如果在扩增的靶中显示基因座的两个等位基因，那么本领域技术人员将容易理解，在该PS处纯合的个体的PS中只有一个等位基因将被检测到，而如果个体对于该PS是杂合的，则两个不同的等位基因将被检测到。

可直接鉴定等位基因的特性，称为正面类型鉴定，或通过推断，称为反面类型鉴定。例如，在已知参考群体中的SNP是鸟嘌呤或胞嘧啶的情况下，对于在该位点纯合的个体可以正面确定PS是鸟嘌呤或胞嘧啶，或如果个体在该位点是杂合的，则正面确定PS是鸟嘌呤和胞嘧啶两者。或者，PS可能被反面确定为不是鸟嘌呤（并因此是胞嘧啶/胞嘧啶）或不是胞嘧啶（并因此是鸟嘌呤/鸟嘌呤）。在任一情况下，在确定存在如表1中所陈述的较好反应等位基因的至少一个拷贝的情况下，该确定被认为是在本文所述的方法、用途、药物产品或试剂盒中的更好反应等位基因的正面测试结果。

在获自个体的核酸样品中的PS处鉴定等位基因或等位基因对（例如，在SNP的情况下的两个核苷酸）可以使用本领域技术人员已知的任何技术来完成。优选的技术允许以最低限度的样品处理快速、准确地测定多个PS。合适的技术的一些例子包括但不限于扩增的靶区域的直接DNA测序、毛细管电泳、等位基因特异性探针的杂交、单链构象多态性分析、变性梯度凝胶电泳、温度梯度电泳、错配检测、核酸阵列、引物特异性延伸、蛋白质检测和本领域众所周知的其它技术。参见，例如，Sambrook等，Molecular Cloning: A LaboratoryManual（Cold Spring Harbor Laboratory，New York）（2001）；Ausubel等，CurrentProtocols in Molecular Biology（John Wiley and Sons，New York）（1997）；Orita等，Proc. Nat. Acad. Sci.USA 86,2766-2770（1989）；Humphries等，MOLECULAR DIAGNOSISOF GENETIC DISEASES，Elles，ed.，pp. 321-340，1996；Wartell等，Nucl. Acids Res. 18：2699-706（1990）；Hsu等（1994）Carcinogenesis 15：1657-1662；Sheffield等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86：232-6（1989）；Winter等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82：7575（1985）；Myers等（1985）Nature 313：495；Rosenbaum和Reissner（1987）Biophys Chem.265:12753；Modrich, Ann. Rev. Genet. 25：229-53（1991）；美国专利No. 6,300,063；美国专利No. 5,837,832；美国专利No. 5,459,039；和HuSNP Mapping Assay，试剂盒和用户手册，Affymetrix Part No. 90094（Affymetrix，Santa Clara，CA）。

在优选的实施方案中，使用聚合酶介导的引物延伸方法测定PS处等位基因的特性。在专利和科学文献中已经描述了几种这样的方法，且其包括“遗传位分析（Genetic BitAnalysis）”方法（WO 92/15712）和连接酶/聚合酶介导的遗传位分析（美国专利No. 5,679,524）。WO 91/02087、WO 90/09455、WO 95/17676和美国专利No. 5,302,509和5,945,283中公开了相关的方法。含有多态性的互补序列（complement）的延伸的引物可以如美国专利No. 5,605,798所述通过质谱分析法检测。

另一种引物延伸方法采用等位基因特异性PCR（Ruano, G.等，Nucl. Acids Res.17：8392（1989）；Ruano, G.等人，Nucl. Acids Res. 19：6877-82（1991）；WO 93/22456；Turki等人，J. Gun. Invest. 95: 1635-41 (1995)）。

另一种用于鉴定和分析多态性的引物延伸方法利用荧光标记的引物的单碱基延伸（SBE）结合加入的碱基的标记和引物的标记之间的荧光共振能量转移（FRET）。一般地，如Chen等，Proc. Nat. Acad. Sci. 94: 10756-61（1997）所述的方法使用在5'末端用5-羧基荧光素（FAM）标记的基因座特异性寡核苷酸引物。该标记的引物被设计为使得3'末端紧邻所考虑的多态性位点。标记的引物与基因座杂交，且标记的引物的单碱基延伸用荧光标记的双脱氧核糖核苷酸（ddNTPs）以染料-终止子测序方式进行，只是不存在脱氧核糖核苷酸。所加入的ddNTP的荧光响应在标记的引物的波长处的激发的增加用于推断添加的核苷酸的特性。

优选的基因型分型测定是来自Thermo Fisher Scientific, Waltham,Massachusetts, USA的TaqMan® SNP Genotyping Assay，或具有大致相同可靠性、准确性和特异性的测定。在这种测定的某些实施方案中，使用两个等位基因特异性探针来靶向特定的PS，每个探针具有与其结合的不同的荧光标记以及猝灭剂分子。另外，使用两个等位基因特异性引物。当DNA链延伸时，Taq DNA聚合酶切割荧光标记，其裂解导致可被检测到的荧光发射。

在所有上述方法中，设计用于检测任何PS处的等位基因的特性的测定的准确性和特异性一般通过对DNA样品执行测定来证实，在该DNA样品中在该PS处的等位基因的特性是已知的。优选地，显示每个可能的等位基因的样品被包括在证实方法中。对于诸如常染色体上的那些的二倍体基因座，证实样品一般将包括对于该PS处的主要等位基因是纯合的样品、对于该PS处的次要等位基因是纯合的样品以及在该PS处是杂合的样品。当对测试样品（即，其中在PS处等位基因的特性未知的样品）执行测定时，一般也包括这些证实样品作为对照。测定的特异性还可以通过将测试样品的测定结果与使用不同类型的测定对相同样品获得的结果进行比较来证实，例如通过测定被认为含有所考虑的PS的扩增的靶区域的序列并将所测定的序列与本领域所接受的上下文序列进行比较，例如本文提供的上下文序列。

确定正在测定正确基因组位置所必需的上下文序列的长度将根据靶区域中序列的唯一性而变化（例如，可能存在位于其他基因组区域中的一个或多个高度同源的序列）。本领域技术人员可以使用已知技术容易地为任何PS确定上下文序列的适当长度，例如将上下文序列针对公众可用的序列数据库进行BLAST。对于提供第一水平特异性的扩增的靶区域，检查已知样品中PS每一侧上约30至60个碱基的上下文序列一般足以确保该测定设计对于所考虑的PS是特异性的。偶尔，一个证实的测定可能不能为测试样品提供明确的结果。这通常是样品DNA纯度或量不足的结果，且通常通过再纯化或再分离DNA样品或通过使用不同类型的测定来测定样品获得明确的结果。

为了检测以插入/缺失变异为特征的PS，可以采用许多测定技术。插入/缺失变体可以通过采用双脱氧核苷三磷酸的Sanger测序方法检测。在一些实施方案中，商业上可获得的软件包如可从SoftGenetics LLC, State College, Pennsylvania, USA获得的Mutation Surveyor®软件，其可以检测纯合的和杂合的插入/缺失变体。此外，Hjelm等在The Journal of Molecular Diagnostics 12(5), pp 607-610 (2010)中公开的片段分析方法可以用来表征插入和缺失变体。

诸如Scientific Reports, 3, 2161（2013）和http://emu.src.riken.jp/VCMM/中公开的Variant Caller with Multinomial Probabilistic Mode的程序可用于以高准确性检测插入/缺失变体。另一种检测插入/缺失变体的方法在Z. Yhang等，Nucleic Acids Research 43（9）349（2015）中公开，其依赖于扩增子标记和自动化毛细管电泳。

此外，在执行本文所述的任何需要测定存在或不存在CRTH2拮抗剂反应标记的方法时，可以通过查阅含有关于患者遗传组成的足够信息的数据储存库（data repository）以确定患者是否具有标记来进行这种测定。优选地，数据储存库列出CRTH2拮抗剂反应标记在个体中是存在还是不存在。数据储存库可以包括个人的患者记录、医疗数据卡、可由计算机访问的文件（例如，平面ASCII文件）或其他可以保存适当信息或遗传数据的电子或非电子介质。如本文所使用的，医疗数据卡是便携存储设备，例如磁性数据卡、智能卡（其具有机载处理部件并且由诸如德国慕尼黑的西门子（Siemens）供应商销售）或闪存卡（flash-memory card）。如果数据储存库是计算机可访问的文件；这些文件可以位于各种介质上，包括：服务器、客户端、硬盘、CD、DVD、诸如智能手机的个人数字助理（personal digitalassistant）、磁带（tape）、压缩盘（zip disk）、计算机的内部ROM（只读存储器）或因特网或环球网。用于存储计算机可访问的文件的其他介质对于本领域技术人员将是显而易见的。

本发明还预期，可以通过研究个体是否在与rs12748961 SNP或上表1中鉴定的其他CRTH2拮抗剂反应标记之一的较好反应等位基因处于高度连锁不平衡（LD）的不同基因座处具有等位基因（例如，特定的核苷酸序列）来确定CRTH2拮抗剂反应标记的测试。如果一个基因座上的一个等位基因的存在倾向于预测另一个基因座处的另一个等位基因的存在，则说在相同染色体上的不同基因座处的两个特定等位基因处于LD中。这种在本文中被称为连锁变体或代理变体（proxy variants）的变体可以是与所考虑的较好反应等位基因处于高度LD的任何类型的变体（例如，SNP、插入或缺失变体）。

通过测定例如rs12748961 SNP的较好反应等位基因与候选连锁等位基因之间的连锁不平衡（LD）程度，可以容易地鉴定连锁变体。候选连接变体可以是当前已知的多态性的等位基因。本领域技术人员可以使用本领域公知的用于发现多态性的任何技术容易地鉴定其他候选连锁变体。

一个CRTH2拮抗剂反应标记如rs12748961 SNP中的较好反应等位基因和候选连锁变体之间的LD程度可以使用本领域已知的任何LD测量来确定。基因组区域中的LD模式易于凭经验在适当选择的样品中使用本领域已知的用于确定任何两个等位基因（例如，在不同PS处的核苷酸之间）是否处于连锁不平衡中的各种技术来确定（参见，例如GENETIC DATAANALYSIS II, Weir, Sineuer Associates，Inc. Publishers, Sunderland, MA 1996）。本领域技术人员可以容易地选择确定LD的哪种方法将最适合于特定的群体样本大小和基因组区域。连锁不平衡最经常使用的量度之一是r²，其使用Devlin等（Genomics，29（2）：311-22（1995））描述的公式计算。r²是第一基因座处的等位基因X如何好地预测在相同染色体上的第二基因座处的等位基因Y的出现的量度。仅当预测是完美的（例如，X当且仅当出现Y时出现）时，度量达到1.0。

在一个实施方案中，连锁变体的基因座位于跨越rs12748961 SNP的任何PS的约100千碱基，更优选约10 kb的基因组区域中。其他连锁变体是，如在合适的参照群体中测量的，其中与较好反应等位基因的LD具有至少0.75、更优选至少0.80、甚至更优选至少0.85或至少0.90、还更优选至少0.95且最优选1.0的r²值的那些。用于该r²测量的参考群体可以是普通群体、使用CRTH2受体拮抗剂的群体、诊断为具有CRTH2受体拮抗剂显示功效的特定状况的群体或其成员被自我识别为属于相同种族的群体（如高加索人、非洲裔美国人、拉美裔美国籍的（Hispanic）、美籍拉美移民、北美土著居民等）或者这些类别的任何组合。优选地，参考群体反映待用CRTH2受体拮抗剂治疗的患者群体的遗传多样性。

在一些实施方案中，例如实施例2中的表6中报道的r2，r2是Pearson相关系数的平方，其中Pearson相关系数是从每个变体和rs12748961之间的基因型数据计算的（数字编码为0、1、2是每个受试者每个变体的次要等位基因数目）。r2范围为0-1，其中1代表两个完全相关的变体，且0代表两个独立的变体（基于分析数据集）。

在一些实施方案中，医生通过安排诊断测试来确定患者是否具有本文所述的CRTH2受体拮抗剂反应标记，所述诊断测试被设计成确定患者是否具有表1中的CRTH2拮抗剂反应标记之一的较好反应等位基因的至少一个拷贝，例如，rs12748961 SNP。优选地，该测试在该PS处确定两个等位基因的特性，即基因型。在一些实施方案中，测试实验室将从获自患者的生物样品（例如血液样品或口腔拭子）制备核酸样品。在一些实施方案中，来自患者的血液样品由医生或医生的全体工作人员（physician’s staff）的成员或者由诊断实验室的技术人员抽取。在一些实施方案中，向患者提供用于从她的脸颊内侧取出口腔拭子的试剂盒，然后患者将其提供给医生的全体工作人员成员或者直接送到诊断实验室。

在一些实施方案中，测试实验室不知道其样品正在进行测试的个体的身份；即由实验室接收的样品在送到实验室之前以某种方式匿名。例如，样品可以仅由一个数字或别的代码（“样品ID”）标识，并且诊断方法的结果可以使用样品ID向安排测试的一方报告。

在一些实施方案中，在已获得测试结果之后，测试实验室产生测试报告，其表明在基因型分型的多态性位点处是否存在较好反应等位基因，并且优选地表明患者对于较好反应等位基因是杂合的还是纯合的。在一些实施方案中，测试报告是由测试实验室制备的书面文件，并作为硬拷贝或通过电子邮件送给患者或患者的医生。在其他实施方案中，测试报告由计算机程序生成并显示在医生办公室的视频监视器上。测试报告还可以包含测试结果直接向患者或患者的医生或医生办公室的授权雇员的口头传递。类似地，测试报告可以包含医生在患者档案中做出的测试结果的记录。

在一个实施方案中，如果患者对较好反应等位基因的至少一个拷贝测试为阳性，那么测试报告进一步表明患者对与用CRTH2拮抗剂治疗的可能反应有关的遗传标记测试为阳性，而如果个体对较好反应等位基因测试为阴性，那么测试报告进一步表明患者对与用CRTH2拮抗剂治疗的可能反应有关的遗传标记测试为阴性。

一般地，在CRTH2受体拮抗剂疗法开始之前，将就CRTH2受体拮抗剂反应标记的存在测试个体，但是可以设想这样的测试可以在向个体施用第一剂的CRTH2受体拮抗剂后的任何时间执行。例如，治疗医生可能担心患者没有充分反应，并期望测试个体以确定继续用CRTH2受体拮抗剂治疗是否是必要的。在一些实施方案中，医生可以确定是否应该就CRTH2受体拮抗剂反应标记测试个体。例如，医生可能正在考虑是否为患者开出指示用于对CRTH2受体拮抗剂反应标记测试为阳性的患者的药物产品。

在治疗任何个体患者中决定如何使用CRTH2受体拮抗剂反应标记测试结果时，医生还可以考虑其它相关情况，例如待治疗的疾病或状况，患者的年龄、体重、性别、遗传背景和种族，包括将这些因素和遗传标记测试结果的组合输入到帮助指导医生选择疗法和/或利用该疗法的治疗方案的模型中。

检测任何CRTH2受体拮抗剂反应标记的存在或不存在可以使用专门为此设计的试剂盒执行。在一个实施方案中，本发明的试剂盒包含一组设计用于鉴定PS处每个等位基因的寡核苷酸，如在rs12748961中。

在一些实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸是等位基因特异性探针或等位基因特异性引物。在其他实施方案中，试剂盒包含引物延伸寡核苷酸。在更进一步的实施方案中，寡核苷酸组是等位基因特异性探针、等位基因特异性引物和引物延伸寡核苷酸的组合。试剂盒可以包含设计用于检测与对CRTH2受体拮抗剂疗法的反应有关的其他遗传标记的存在的寡核苷酸。

本发明试剂盒中的寡核苷酸必须能够与多核苷酸的靶区域特异性杂交。如本文所用的，特异性杂交意指寡核苷酸在某些杂交条件下与靶区域形成反平行双链结构，而在相同杂交条件下与多核苷酸一起温育时，与非靶区域不能形成这种结构。在一些实施方案中，靶区域包含所考虑的PS，而在其他实施方案中，靶区域位于与PS相邻的1至10个核苷酸处。

试剂盒中每种寡核苷酸的组成和长度将取决于含有PS的基因组区域的特性以及用寡核苷酸执行的测定类型，并且容易由本领域技术人员确定。

例如，测定中使用的多核苷酸可构成扩增产物，并因此寡核苷酸所需的特异性是就与扩增产物中而不是从个体分离的基因组或cDNA中的靶区域杂交而论的。作为另一个实例，如果试剂盒被设计为同时对两个或更多个多态性位点进行基因型分型，那么试剂盒中对于每个PS的寡核苷酸的解链温度一般将在窄范围内，优选小于约5℃，且更优选小于约2℃。

在一些实施方案中，试剂盒中的每种寡核苷酸都是其靶区域的完美互补序列。如果一个分子的每个核苷酸都与另一个分子的相应位置上的核苷酸互补，则称该寡核苷酸为另一个核酸分子的“完美”或“完全”互补序列。虽然完美互补的寡核苷酸对于检测多态性是优选的，但是预期相对于完全互补性的偏离，其中这种偏离不阻止分子如上文定义地与靶区域特异性杂交。例如，寡核苷酸引物可以在其5'末端具有非互补片段，引物的剩余部分与靶区域完全互补。或者，只要所得探针或引物仍能够与靶区域特异性杂交，则非互补核苷酸可散布于探针或引物中。

在一些优选的实施方案中，试剂盒中的各寡核苷酸在严格杂交条件下与其靶区特异性杂交。严格杂交条件是序列依赖性的并且依赖于情况而变化。通常，严格条件选择为比在限定离子强度和pH对特定序列的热解链温度（Tm）低约5℃。Tm是与靶序列互补的探针的50％在平衡时与靶序列杂交的温度（在限定的离子强度、pH和核酸浓度）。由于靶序列通常过量存在，所以在Tm时，在平衡时50％的探针被占用。

一般地，严格条件包括在pH 7.0-8.3至少约0.01-1.0 M钠离子浓度（或其它盐）的盐浓度，且对于短寡核苷酸探针（例如10-50个核苷酸）的温度为至少约25℃。严格条件也可以通过加入去稳定剂如甲酰胺来实现。例如，5xSSPE（750 mM NaCl，50 mM磷酸钠，5mMEDTA，pH 7.4）和25-30℃温度的条件适合于等位基因特异性探针杂交。在MolecularCloning: A Laboratory Manual，Sambrook等，Cold Spring Harbor Press, Cold SpringHarbor, NY（1989）第7、9和11章中以及在NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION, A PRACTICALAPPROACH，Haymes等，IRL Press, Washington, D.C., 1985中可发现额外的严格条件。

严格杂交条件的一个非限制性实例包括在约65-70℃在4X氯化钠/柠檬酸钠（SSC）中进行杂交（或者要不然在4XSSC加50％甲酰胺在约42-50℃杂交），随后为在1XSSC中在约65-70℃的一次或多次洗涤。高度严格杂交条件的非限制性实例包括在1XSSC中在约65-70℃杂交（或者要不然在1XSSC加50％甲酰胺在约42-50℃杂交），随后为在0.3XSSC中在约65-70℃的一次或多次洗涤。降低的严格杂交条件的非限制性实例包括在约50-60℃在4XSSC中杂交（或者要不然在6XSSC加50％甲酰胺在约40-45℃杂交），随后为在2XSSC中在约50-60℃的一次或多次洗涤。具有上述数值的中间范围（例如在65-70℃或在42-50℃）的严格条件也意图被包括在本发明中。在杂交和洗涤缓冲液中，SSPE（1xSSPE是0.15M NaCl，10mM NaH₂PO₄和1.25mM EDTA，pH7.4）可以代替SSC（1XSSC是0.15M NaCl和15mM柠檬酸钠）；杂交完成后，洗涤各执行15分钟。

预计长度小于50个碱基对的杂交体的杂交温度应该比杂交体的解链温度（T_m）低5-10℃，其中Tm根据以下等式确定。对于长度小于18个碱基对的杂交体，T_m（℃）= 2（A + T碱基＃）+4（G + C碱基＃）。对于长度为18-49个碱基对的杂交体，T_m（℃）= 81.5 + 16.6（log₁₀ [Na+]）+ 0.41（％G + C） - （600/N），其中N为杂交体中碱基的数目，且[Na+]是杂交缓冲液中钠离子的浓度（对于1XSSC的[Na+] = 0.165 M）。

本发明的试剂盒中的寡核苷酸可以包含核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸和无环核苷酸衍生物以及其他功能等同的衍生物的任何磷酸化状态。或者，寡核苷酸可以具有不含磷酸的主链，其可以包含诸如羧甲基、乙酰胺（acetamidate）、氨基甲酸酯、聚酰胺（肽核酸（PNA））等的键（Varma，MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, A COMPREHENSIVE DESKREFERENCE, Meyers, ed., 617-20, VCH Publishers, Inc., 1995）。寡核苷酸可以使用本领域已知的任何合适的方法通过化学合成来制备，或者可以例如通过限制酶切消化来源自生物样品。根据本领域已知的任何技术，寡核苷酸可包含可检测标记，包括放射性标记、荧光标记、酶标记、蛋白质、半抗原、抗体、序列标签等的使用。试剂盒中的寡核苷酸可作为分析物特异性试剂（ASR）制造和销售，或可构成批准的诊断设备的组分。

在一些实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸组具有不同的标记以允许同时测定两个或更多个多态性位点处的等位基因的特性。寡核苷酸还可以包含固定在固体表面如微芯片、二氧化硅珠（例如来自Illumina, San Diego, CA的BeadArray技术）或载玻片（参见，例如WO 98/20020和WO 98/20019）的有序寡核苷酸阵列。包含这种固定的寡核苷酸的试剂盒可被设计成执行多种多态性检测测定，包括但不限于探针杂交和聚合酶延伸测定。

本发明的试剂盒还可以含有其它试剂，例如杂交缓冲液（例如，在寡核苷酸将用作等位基因特异性探针的情况下）或双脱氧核苷酸三磷酸（ddNTPs；例如，在多态性位点处的等位基因将通过引物延伸检测的情况下）。设计用于聚合酶介导的基因型分型测定的试剂盒也可以含有聚合酶和最优化用于执行聚合酶介导的测定的反应缓冲液。

本发明的试剂盒还可以包括用于检测何时已发生特异性杂交或已发生特异性聚合酶介导的延伸的试剂。这样的检测试剂可以包括生物素或荧光标记的寡核苷酸或ddNTPs和/或酶标记的抗体以及一种或多种在被酶作用时产生可检测信号的底物。

本领域技术人员将理解，如果合适的话，用于执行测定的寡核苷酸和试剂组将被提供在放置在试剂盒容器中的分开的容器中，以保持生物或化学活性并且使得能够在测定中正确使用。

在其他实施方案中，试剂盒中的每种寡核苷酸和所有其它试剂已经就在设计用于确定上表1中至少一种或多种PS处的基因型的测定的中最佳性能进行了质量测试，例如，对于rs12748961 SNP。在一些实施方案中，试剂盒包括描述如何使用确定的基因型规定测试的核酸样品存在或不存在反应标记的说明手册。

在一些优选的实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸组是等位基因特异性寡核苷酸。如本文所用的，术语等位基因特异性寡核苷酸（ASO）指在足够严格条件下能够在包含PS的靶区域特异性与PS的一个等位基因杂交而不与含有不同等位基因的相同区域杂交的寡核苷酸。如本领域技术人员所理解的，等位基因特异性将取决于多种易于最优化的严格条件，包括盐和甲酰胺浓度以及杂交和洗涤步骤的温度。

一般用于ASO探针和引物的杂交和洗涤条件的实例可见于Kogan等人，"GeneticPrediction of Hemophilia A", PCR PROTOCOLS, A GUIDE TO METHODS ANDAPPLICATIONS, Academic Press, 1990和Ruaflo等，Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87：6296-300（1990）。

一般，ASO将与一个等位基因完美互补，而对另一个等位基因含有单个错配。在ASO探针中，单个错配优选位于寡核苷酸探针的中心位置，这是因为其与靶区域中的多态性位点（例如，大致15聚体中的第7或第8位、16聚体中的第8或第9位、20聚体中的第10或第11位）对齐。ASO引物中的单个错配位于3'末端核苷酸处，或优选位于3'倒数第二个核苷酸处。与编码或非编码链杂交的ASO探针和引物是本发明预期的。

在一些实施方案中，试剂盒包含待测定的每个PS的一对等位基因特异性寡核苷酸，其中所述对的一个成员对一个等位基因（例如，较好反应等位基因）是特异的，而另一个成员对另一个等位基因是特异的。在这样的实施方案中，所述对中的寡核苷酸可以具有不同的长度或具有不同的可检测标记，以允许试剂盒的使用者确定测定的PS的基因型。

在其他优选的实施方案中，试剂盒中的寡核苷酸是引物延伸寡核苷酸。依赖于在PS处存在的备择核苷酸，选择来自任何这些寡核苷酸的聚合酶介导的延伸的终止混合物以终止寡核苷酸在所考虑的PS处或其后一个碱基处的延伸。

在另一个实施方案中，试剂盒包含一对等位基因特异性寡核苷酸探针，用于对表1中至少一个多态性位点进行基因型分型。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与表2中所示的上下文序列的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与表2中所示的上下文序列的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs12748961 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs12748961SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs12748961 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs12118655 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs12118655SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs12118655 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs6679073 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs6679073SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs6679073 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs12564209 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs12564209SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs12564209 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs3805 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs3805 SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs3805 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs71633561 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs71633561SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs71633561 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs71970505 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs71970505SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs71970505 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs12132270 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs12132270SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs12132270 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs67625805 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs67625805SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs67625805 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs3747972 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs3747972SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs3747972 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs11557080 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs11557080SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs11557080 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs71633563 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs71633563SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs71633563 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs34848415 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs34848415SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs34848415 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

在另一个实施方案中，试剂盒包含用于基因型分型rs1891091 SNP的一对等位基因特异性寡核苷酸探针。在一个实施方案中，所述对中的一个ASO探针包含与rs1891091SNP的较好反应等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列，并且该对中的另一个ASO探针包含与rs1891091 SNP中的另一个等位基因相同或完美互补的至少15个核苷酸的核苷酸序列。

B. 药物组合物、药物产品和治疗方案

要在本文所述的任何方法和产品中进行测试或由其进行治疗的个体是需要用CRTH2受体拮抗剂治疗的人类受试者。在一些实施方案中，所述个体已被诊断为患有容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病或表现出所述疾病的症状。在其他实施方案中，待使用的CRTH2受体拮抗剂药物已被批准用于治疗个体已被诊断的适应症。

在一些实施方案中，用于本发明的药物组合物、药物产品、试剂盒方法和用途中的CRTH2受体拮抗剂可以是任何已知的CRTH2受体拮抗剂。

在一个实施方案中，CRTH2受体拮抗剂是美国专利No. 8,394,819中公开的式I化合物，其公开内容由此引入作为参考，如同在本文中充分陈述的一样。该专利公开了式I化合物

或其药学上可接受的盐，其中：

代表

或

；

Y₁选自任选取代的芳基和-C(R₂)(R₃)(R₄)；

Y₂选自H和-C_1-6烷基；

Z选自H和-C_1-6烷基；

R_1a和R_1b独立地选自H、卤素、-OC_1-6烷基、-O-卤代C_1-6烷基、-C_1-6烷基、卤代C_1-6烷基、任选取代的芳基和-(C_1-3亚烷基)-任选取代的芳基；

R₂选自H；任选被卤素、-OH或-NHSO₂CH₃取代的-C_1-6烷基；-OH；-OC_1-6烷基；-S(O)_nC_1-6烷基；-CN；任选取代的芳基；任选取代的-O-芳基和任选取代的杂芳基，其中n是0、1或2；

R₃选自H、-C_1-6烷基、C_1-6卤代烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基；和

R₄选自H、-C_1-6烷基、C_1-6卤代烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基；或

R₃、R₄和它们所附着的碳原子一起形成具有选自-N(R^a)-、-O-和-S-的环杂原子的-C_3-6环烷基、芴基或-C_3-6杂环基；或

R₃、R₄一起代表C_1-6亚烷基；

R^a是H、C_1-6烷基或-C(O)C_1-6烷基；和

芳基和杂芳基的任选取代基是独立地选自卤素、-C_1-3烷氧基、-C_1-3卤代烷基、羟基-C_1-3烷基、-S(O)n-C_1-3烷基、氨基和单-和二-(C_1-3烷基)氨基的1-4个基团。

在具体的实施方案中，CRTH2受体拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸或其药学上可接受的盐。

在其他实施方案中，CRTH2受体拮抗剂是美国专利No. 8,592,383中公开的拮抗剂，其公开内容由此引入作为参考，如同在本文中充分陈述的一样。在具体的实施方案中，CRTH2受体拮抗剂选自：

4-{环丙基[顺,顺-4-{[4-(三氟甲氧基)苯基]羰基}-2,3,3a,4,9,9a-六氢-1H-环戊并[b]喹啉-9-基]氨基}-4-氧代丁酸，

4-[环丙基[顺,顺-7-氟-2,3,3a,4,9,9a-六氢-4-[4-(三氟甲氧基)苯甲酰基]-1H-环戊并[b]喹啉-9-基]氨基]-4-氧代丁酸，

4-(环丙基((3aS,9R,9aR)-7-氟-4-(4-(三氟甲氧基)苯甲酰基)-2,3,3a,4,9,9a-六氢-1H-环戊并[b]喹啉-9-基)氨基)-4-氧代丁酸，

4-[环丙基[顺,顺-1,2,2a,3,8,8a-六氢-3-[4-(三氟甲氧基)苯甲酰基]环丁并[b]喹啉-8-基]氨基]-4-氧代丁酸，

(R)-1-((顺,顺-3-(苄氧羰基)-5,6-二氟-1,2,2a,3,8,8a-六氢环丁并[b]喹啉-8-基)(环丙基)氨基甲酰基)氮杂环丁烷-2-羧酸或其药学上可接受的盐。

在另一个实施方案中，所述化合物是2-(2-甲基-1-(4-(甲磺酰基)-2-(三氟甲基)苄基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酸（fevipiprant）或其药学上可接受的盐，如美国专利No. 7,666,878中所公开的。

在另一个实施方案中，化合物是3-((3R)-3-{[(4-氟苯基)磺酰基]氨基}-1,2,3,4-四氢-9H-咔唑-9-基)丙酸（雷马曲班（ramatroban））或其药学上可接受的盐。

在一些实施方案中，CRTH2受体拮抗剂与白三烯受体拮抗剂例如孟鲁司特、扎鲁司特或普仑司特联合施用。在具体的实施方案中，白三烯受体拮抗剂是孟鲁司特。CRTH2受体拮抗剂和白三烯受体拮抗剂可以以相同或不同的剂型施用。

在联合疗法的具体实施方案中，CRTH2拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸或其药学上可接受的盐，而白三烯受体拮抗剂是孟鲁司特。在其他具体的实施方案中，CRTH2受体拮抗剂是fevipiprant或其药学上可接受的盐，而白三烯受体拮抗剂是孟鲁司特。

根据本发明可用本发明的药物组合物、药物产品、试剂盒、方法和用途治疗的病症通常是那些容许用CRTH2受体拮抗剂疗法治疗的，即，CRTH2受体拮抗剂在一组患有疾病的患者中实现了临床上可测量的有益效果。容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的示例性疾病和状况在人和其他哺乳动物中包括但不限于哮喘、充血、变应性鼻炎、特应性皮炎、慢性阻塞性肺病（“COPD”）、皮炎、炎性肠病、类风湿性关节炎、变应性肾炎、结膜炎、支气管哮喘、食物变态反应、系统性肥大细胞病症、过敏性休克、荨麻疹、湿疹、搔痒、炎症、缺血-再灌注损伤、脑血管障碍、胸膜炎、溃疡性结肠炎、嗜酸性粒细胞相关疾病如Churg-Strauss综合征和鼻窦炎和嗜碱性粒细胞相关疾病如嗜碱细胞性白血病和嗜碱性白细胞增多。脑血管障碍的例子包括中风。

在某些实施方案中，本发明提供用于治疗哮喘、充血、变应性鼻炎或COPD的药物组合物、药物产品、试剂盒、方法或用途，其包括向需要这种治疗的患者施用治疗有效剂量的CRTH2受体拮抗剂的说明书。在具体的实施方案中，所治疗的疾病或状况是哮喘。在另一个实施方案中，所治疗的疾病或状况是COPD。

此外，CRTH₂受体拮抗剂可通过拮抗收缩性前列腺素类激素或模拟松弛前列腺素类激素来抑制前列腺素类激素诱导的平滑肌收缩，并因此可用于本发明的治疗痛经、早产和嗜酸性粒细胞相关病症的方法中。

在优选的实施方案中，本发明的CRTH2受体拮抗剂反应标记与任何包含CRTH2受体拮抗剂和白三烯受体拮抗剂如孟鲁司特的CRTH2受体拮抗剂单一疗法或联合疗法治疗方案一起使用，用于治疗哮喘，包括变应性哮喘。

在用于治疗容许用CRTH2拮抗剂治疗的病症的本发明的联合疗法中使用的其它试剂的剂量和给药方案可以由主治临床医生考虑药品说明书（package insert）中规定的剂量和给药方案以及患者的年龄、性别和一般健康来确定。可以同时施用（即，在相同的组合物中或在分开的组合物中一个刚好在另一个之后）或顺序施用联合疗法中施用的试剂。当组合的组分在不同的给药方案中给予时，例如，每天一次施用一种组分且每六小时施用另一种组分，或者当优选的药物组合物不同时，例如一种是片剂，而一种是胶囊，这是特别有用的。包含单独剂型的试剂盒因此是有利的。

当施用基于患者中CRTH2受体拮抗剂反应标记的存在或不存在选择用于治疗患者的联合疗法时，组合中的治疗剂或包含治疗剂的药物组合物或组合物可以以任何顺序施用，例如顺序地、并行地、一起、同时地等。这种联合疗法中的各种治疗剂的量可以是不同的量（不同的剂量总数）或相同的量（相同的剂量总数）。在一些实施方案中，组合中的试剂以当这种试剂作为单一疗法用于治疗患者的疾病或状况时通常采用的剂量施用，而在其它实施方案中，所述试剂以比当这种试剂作为单一疗法用于治疗所述疾病或状况时通常采用的剂量低的剂量施用。

在一些实施方案中，联合疗法中使用的治疗剂存在于可适用于口服施用、静脉内施用、皮下施用或肠胃外施用的相同药物组合物中。

在具体的实施方案中，联合疗法中使用的治疗剂存在于相同的药物组合物中，其是适于口服施用的片剂。

本文的发明人还预期本文所述的CRTH2受体拮抗剂反应标记可用于寻求管理机构批准，以销售用于药物遗传学适应症的新的CRTH2受体拮抗剂药物产品，即包括疾病成分和CRTH2受体拮抗剂标记成分的适应症。疾病成分是容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的疾病，并且遗传标记成分是对如表1所陈述的较好反应等位基因之一的至少一个拷贝测试为阳性的患者（例如，对于rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝。类似地，本文的发明人预期CRTH2受体拮抗剂反应标记可用于寻求对目前批准的CRTH2受体拮抗剂药物的这种药物遗传学适应症的批准，医生基于一般群体中这种疾病的药物边际利益/风险比不愿意为某些疾病开出所述药物的处方。

寻求药物遗传适应症的批准一般涉及在用该药物治疗的两个分开的患者组中测量对药物的期望反应的发生率。一个组内的每个个体都具有将所述个体置于所提出的药物遗传学适应症之内的疾病和遗传概貌（profiles）。另一组中的个体可以随机选择，不考虑他们是否具有所提出的药物遗传学适应症的遗传标记组分。或者，将个体以产生“对照”组的方式分配给另一组，其中满足和不满足遗传标记组分的个体的百分比类似于一般群体中或者具有所提出的药物遗传学适应症的疾病成分的患者群体中观察到的百分比。寻求批准的药物产品可以在前瞻性试验（prospective trial）中施用给两组。或者，可以进行之前用药物治疗的患者的回顾药物遗传学分析。

可以使用其他治疗活性剂，例如具有治疗所提出的药物遗传学适应症中的疾病或状况的功效的另一种药物或意图为减少药物引起的反效果发生率的试剂，来评价正在寻求药物遗传学适应症的药物产品。在一些实施方案中，寻求管理机构批准的药物遗传学适应症可以包括对药物反应的其他标记（遗传标记或生物标记）或预测因子（predictor）。

药物遗传学研究可以经与管理局或政府实体的代表商议进行设计，在在特定的国家销售药物遗传学药物产品前需要来自所述管理局或政府实体的批准。优选地，管理局由诸如澳大利亚、加拿大、中国、欧盟成员、日本、韩国、中国台湾等的主要工业化地区的政府授权。最优选地，管理局由美国政府授权，并且提交的供批准的申请类型将依赖于适用于药物产品的《食品、药物和化妆品法案（Food, Drug and Cosmetic Act）》的最新颁布版本中所陈述的法律要求，且还可能包括其他考虑的事项，如提出管理申请的成本和药物产品的销售策略。例如，如果药物产品中的药物制剂先前已被批准用于所提出的药物遗传学适应症的疾病成分，那么该申请可能是纸质NDA、补充NDA或简化NDA，但是如果药物制剂以前从未获得批准，则该申请可能需要是完整NDA；这些术语具有药学领域技术人员应用于其的含义，或者如1984年《药品价格竞争和专利期补偿法案（Drug Price Competition andPatent Term Restoration Act）》所定义的。

使用本发明的CRTH2受体反应标记的药物遗传学临床试验的一个期望结果是批准销售药物产品，其包含（1）CRTH2受体拮抗剂药物组合物和（2）处方信息，其包括药物遗传学适应症，对所述药物遗传学适应症推荐所述药物组合物。处方信息一般在药物的产品说明书（product insert）中找到，所述产品说明书经常也称为药品说明书或标签。

如上文所讨论的，药物遗传学适应症具有两个成分：疾病成分和CRTH2受体反应标记成分。因此，处方信息将描述遗传上限定的一组患者，对于所述患者已证明药物对一种或多种疾病、症状或医疗状况有效。在一些实施方案中，处方信息将讨论如何鉴定处于遗传上限定的组中的个体。例如，在一些实施方案中，处方信息规定所述药物的适应症是对本文所述的CRTH2受体拮抗剂反应标记的较好反应等位基因测试为阳性的个体。或者，处方信息可以规定所述药物的禁忌征是对本文所述的CRTH2受体拮抗剂反应标记的较好反应等位基因测试为阴性的个体。在一些优选的实施方案中，处方信息包括用于检测药物遗传学适应症的所需遗传标记成分的存在或不存在的至少一个批准的诊断测试的名称。如上所述，本发明的药物遗传学药物产品中的药物遗传学适应症可以包括对CRTH2受体拮抗剂药物组合物的反应的额外标记或预测因子和/或与一种或多种其他治疗活性剂（如孟鲁司特）联合使用药物的要求。处方信息可以包括关于推荐的剂量和治疗方案的信息。

在本发明优选的药物遗传学药物产品中，药物组合物包含选自{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸和fevipiprant的CRTH2受体拮抗剂。更优选地，药物组合物包含CRTH2受体拮抗剂，其是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸和白三烯受体拮抗剂如孟鲁司特。本发明药物产品的优选药物遗传学适应症包括使用药物组合物治疗患有哮喘及具有表1中陈述的CRTH2反应拮抗剂标记的较好反应等位基因之一的至少一个拷贝的患者。在优选的实施方案中，患者对rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝测试为阳性。在一些实施方案中，处方信息规定CRTH2受体拮抗剂药物组合物的适应症为与白三烯受体拮抗剂（例如孟鲁司特）组合用于治疗患有哮喘的患者。

与执行本文所述的方法和用途或使用本文所述的试剂盒、组合物和药物产品有关的任何或全部分析和数学操作都可以通过计算机来实现。例如，计算机可以执行计算机程序，其基于由测试实验室的雇员或治疗医生输入的基因型数据向个体分配CRTH2受体拮抗剂反应标记的较好反应等位基因的存在或不存在。此外，相同计算机或不同计算机可基于该反应标记分配输出对CRTH2受体拮抗剂疗法的预测的反应。个体中CRTH2受体拮抗剂反应标记的较好反应等位基因的存在或不存在相关的数据可以作为含有个体的其他临床和/或遗传学数据的关系数据库（例如，Oracle数据库或一组ASCII平面文件的实例）的一部分被保存。这些数据可以保存在计算机的硬盘驱动器上，或者可以例如保存在CD-ROM上或计算机可访问的一个或多个其他存储设备上。例如，数据可以被保存在通过网络与计算机通信的一个或多个数据库中。

实施例

提供以下实施例是为了更清楚地描述本发明，而不应被解释为限制本发明的范围。

实施例1. 与用CRTH2受体拮抗剂/孟鲁司特联合疗法治疗的FEV₁反应有关的单核苷酸多态性（SNP）的鉴定。

为了鉴定对治疗反应的遗传贡献，本发明人对已经进行用CRTH2受体拮抗剂的临床试验的哮喘研究受试者进行了药物遗传学（PGx）分析，以评估平均治疗差异是否在由几个预先说明的（pre-specified）单核苷酸多态性（SNPs）限定的患者亚群之间变化。

临床研究设计总结

图2是研究设计的图示。该研究是内部隐蔽（in-house blinding）的17周随机化、双盲、安慰剂对照的交叉研究，以评价{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸（下文中称为“化合物A”）在接受孟鲁司特（ML）的同时具有持续症状的哮喘受试者中给药4周时对FEV₁的影响。总的说来，104名患者完成了研究。I期是一个研究前（pre-study）期。分开或作为固定剂量组合的一部分接受长效β-激动剂（LABAs）和吸入的皮质类固醇（ICS）的受试者被要求停止LABA组分，而仍然接受ICS。II期是2-到4-周的磨合运转（run-in）期，在此期间，受试者接受开放标签的孟鲁司特（ML）和单盲安慰剂（PBO）。接受ICS的受试者或其他对照实验者在接受孟鲁司特时被要求逐渐停止这些药物；III期是4-周的双盲随机化治疗期，在此期间，受试者在继续接受孟鲁司特10 mg QD时接受化合物A 150 mg或匹配图像（matching-image）安慰剂；IV期是4-周的清洗（wash out）期，在此期间，受试者在继续接受孟鲁司特10 mg QD时以单盲方式接受安慰剂；V期是4-周的双盲期，在此期间，受试者被改变为在III期期间没有接受的相反的治疗。

研究的主要疗效终点是在给药4周后一秒内的用力呼气量（FEV₁），并且该研究具有85％的能力来检测110 mL的真正总平均治疗差异。

还执行了药物遗传学分析以评估平均治疗差异是否在由几个预先说明的SNPs限定的患者亚群之间变化。

基因型和临床数据

基于与CRTH2基因有关的单核苷酸多态性（SNPs）的预先说明的列表、外周血嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞计数、血清IgE水平和成骨细胞特异性因子2（periostin）肺表达数量性状基因座（eQTL），使用下一代测序平台生成了5,092个SNPs的遗传数据。除去没有观察到的基因型变异的SNPs后，剩下85个。随后除去次要等位基因频率（MAF）<1％的SNPs产生了70个被包括在药物遗传学统计学分析中的SNPs。

药物遗传学分析的功效数据集基于103名患者，这是因为完成研究的一名研究受试者由于没有收集到该患者的基因型分型数据而被排除。

统计学方法

评价FEV ₁ 的总平均治疗差异（忽略遗传学）

每个期中用于具有纵向测量结果的交叉设计的常见分析使用线性混合效应“方格平均值（cell means）”模型，以临床测量（这里为FEV₁）作为因变量，且以顺序（S = M→P，P→M）、治疗（T = M，P）、就诊（V = 0、2、4周）和涉及S、T和V的所有可能相互作用作为自变量；M=化合物A+孟鲁司特，P=安慰剂+孟鲁司特。此外，为了使假定最小化，将没有强加任何结构（例如复合对称性）的协方差矩阵用来计算出在每个顺序内随着时间的过去和跨越两种治疗的FEV₁反应中的患者内相关性。

如果在任一交叉顺序中遇到以下两种情况，则这种常见的分析可能是使人误解的：（i）两种治疗的基线平均值的观察到的平均差异“远”离零，以及（ii）基线和基线后反应是非常强相关的（相关性≈0.9或更高）。在准备药物遗传学分析中，在FEV₁数据中观察到这两种情况。因此，我们使用Mehrotra DV, Pharmaceutical Statistics 13，376-387（2014）中描述的分析方法的扩展来分析FEV₁数据。该第二种分析方法是专门为具有基线测量结果的交叉分析而设计的。为了这样做，我们在前面提到的常见分析交叉模型中增加了“xdiff（治疗M和P之间的基线差异）以及xdiff和所有其他涉及S、T和V的固定效应项（fixed-effect terms）之间的相互作用；第4周的平均治疗差异通过下面的SAS代码估计为xdiff=0。

在上面的SAS代码中，缺少xdiff值的患者自动从分析中去除。为了产生在分析中保留全部103名患者的结果，缺少2期基线FEV₁值（导致缺少的xdiff值，这是由于退出引起的〜20％患者的情况）在每个顺序中通过简单线性回归模型分开估算（impute），所述简单线性回归模型以2期基线作为因变量，且以相应的1期基线作为自变量。如前面所指出的，在两个顺序中观察到的1期和2期FEV₁基线之间的相关性为≈0.9，这为缺少的2期基线的估算值具有良好的可靠性提供了再保证。

标准交叉分析和上述第二种分析之间的关键区别可以通过它们各自的被估量（estimand）（即，靶参数）来解释。前者的被估量是E[(Y_M-X_M)-(Y_P-X_P)]=E[(Y_M-Y_P)-(X_M-X_P)]，其中E(z)表示z的总体平均值，而对于后者的被估量是E[(Y_M-Y_P)|(X_M-X_P)=0]，其中X_M是治疗M之前的基线FEV₁，Y_M是治疗M之后的第4周FEV₁，依此类推。请注意，当通过强加条件X_M-X_P =0（或等同地，X_M = X_P）比较治疗之间的基线后FEV₁值时，新分析在基线不平衡方面进行了“校准（adjust）”；这种调整确保了M和P的公平比较，同时也减少了相对于标准分析的靶参数的估计值的可变性。

PGx分析：评估FEV ₁ 中的平均治疗差异是否与SNP(s)有关

对于药物遗传学分析，在上文刚刚描述的模型中，添加了基因型（依赖于给定SNP的次要等位基因数目编码为G=0、1或2）和依据基因型相互作用的治疗的固定效应项，后者具有主要的意义。为了避免估计的模型参数的不稳定性，对于任何给定的SNP，如果后一亚群的患者数小于5，则将G = 1和G = 2遗传亚群合并。每个SNP都分开进行分析。以下SAS代码用于PGx分析：

在Bonferroni调整之后，通过上述SAS代码导出的70个p值（对于每个SNP一个值）被就统计学显著性进行了评价。因此，如果有关的p-值小于0.05/70=0.00071，则认为SNP具有统计学显著性。

灵敏性分析：为了评估上述主要药物遗传学分析的稳健性（robustness），进行了灵敏性分析，其中种族-组（race-group）和依据种族-组相互作用的治疗的项被包括在药物遗传学分析模型中，其中将种族-组表示为对于自我报告的“白”/其他或“多”/其他种族的二元指标变量（binary indicator variable）。

结果

在第4周评价总平均治疗差异（忽略遗传学）

表3显示了第0周（基线）、第4周按顺序和治疗的FEV ₁（mL）汇总统计数字以及在第4周从基线的改变。最后两列显示派生的患者内变量Xdiff（M和P之前的基线值的差异）和ΔΔ（M和P之后的从基线的改变中的差异）的汇总统计数字，两者均基于仅仅完成者。

表3中的两个观察结果值得注意。首先，尽管基于所有具有可用数据的患者，M和P施用前的基线平均值在M→P顺序中相似（2270对2297 mL），但它们在P→M顺序中显著不同（2452对2226 mL）；当集中在仅仅基于153 mL的Xdiff平均值的完成者时，关于P→M顺序的基线不平衡的相同担忧暴露出来。其次，两个顺序之间的平均ΔΔ值也显著不同；在第一个顺序中，133 mL的平均ΔΔ大于试验设计要检测的110 mL效应，但第二个顺序中相应的观察到的差异在相反的方向（-78 mL）。

表3

观察到的数据和相关派生变量的FEV₁（mL）概略

SE =标准误差；ΔΔ=在第4周从基线的改变（W4-W0）中的治疗差异[M-P]

基于统计学方法部分中描述的第二种分析方法的结果在表4中给出，其中xdiff用作协变量，并且在强加条件xdiff = 0之后获得平均治疗差异的估计。

表4

使用新的分析方法的第4周FEV₁（mL）中估计的平均治疗差异

表4中的结果提示，相对于安慰剂，在继续服用孟鲁司特作为背景疗法的患者中治疗四周后，化合物A平均来说似乎在改善FEV ₁水平中显著更有效。

下面描述的药物遗传学分析结果报告了~120 mL的表观平均净利益是均匀分布在整个试验群体中还是主要由基于遗传学的亚群引起。

PGx分析：评估FEV ₁ 中的平均治疗差异是否与SNP(s)有关

在分析中评估了总计70个SNPs。在所分析的70个SNPs中，只有一个（rs12748961）的p-值小于0.00071的Bonferroni阈值。

表5显示由SNP rs12748961基因型亚群在第4周的估计平均治疗差异，以及依据基因型相互作用的治疗的统计学显著的p-值。对于这个SNP，C=0、1和2个遗传亚群中的患者数目分别是74、27和2；后两个亚群由于统计学方法部分中提到的原因在PGx分析之前合并。

表5

FEV ₁（mL）：由rs12748961基因型亚群在第4周的估计平均治疗差异

*低于.05/70=.00071的Bonferroni-调整的P-值阈值，以计及70个统计学检验。

C是C等位基因的拷贝数。

图3中提供了表5中的结果的图形表示。显然有益的总药物效应看来很大程度上由具有rs12748961 SNP的C等位基因的至少一个拷贝（C≥1）的试验群体的〜30％的平均值引起；在剩余的70％患者中化合物A的估计利益看来相对较小。

在药物遗传学分析模型中添加了种族-组和依据种族-组相互作用的治疗的项的灵敏性分析提供了非常类似于上述对所有SNP报道的那些的结果。

如图4所示的，据报道，在全世界人口的基础上，rs12748961的次要等位基因频率为~20％，如1000基因组计划（1000 Genomes Project）所确定的。Paul Julian Kersey等，“Ensembl Genomes 2013: scaling up access to genome-wide data,”Nucleic Acids Research 2014, 42（D1）：D546-D552。然而，同样如图4所示的，亚洲与非洲人口之间的频率有引人注意的差异，这可能为用CRTH2受体拮抗剂如化合物A治疗C等位基因频率较高的群体提供独特的医疗和/或商业机会。

实施例2. 与对用CRTH2受体拮抗剂/孟鲁司特联合疗法治疗的FEV₁反应有关的其他遗传变体的鉴定。

执行第二次研究以鉴定除了rs12748961之外的其它遗传标记，其预测对CRTH2受体拮抗剂/孟鲁司特组合的有益反应。

使用Merck Custom Axiom Array进一步对来自上述研究的患者的血液样品进行基因型分型。Merck Custom Axiom Array使用UK Biobank Axiom Genotyping Array作为主要成分进行设计，包括定制内容以包括不同种族群体中常见SNPs的更大多样性和药物代谢酶的附加内容在内。该研究包括与上述实施例1中所述相同的患者群体，只是排除了一位患者的数据，这是因为用于进一步基因型分型的可用DNA太少。本次研究包括来自共计102名受试者的数据。

基于Merck Custom Axiom Array上的测定的变体（在遗传质量控制之后），使用IMPUTE2软件执行遗传估算，所述IMPUTE2软件是基于B.N. Howie等, “A flexible andaccurate genotype imputation method for the next generation of genome-wideassociation studies,”PLoS Genetics (2009) 5(6): e1000529中的公开内容的基因型估算和单元型分型（haplotype phasing）程序。如Howie等所解释的，估算方法通过使用群体遗传模型以外推参考小组中测量的等位基因相关性来预测在研究样品中未观察到的基因型。在这种情况下，来自1000基因组计划的序列数据被用作估算参考数据集。具有低估算确定性的估算变体（信息量度<0.3）从分析中排除。

这项研究包括在具有rs12748961的200kB的区域内对于测定的和估算的PS两者使用次要等位基因频率（MAF）>0.05测试了所有PS。分析了总计1054个PSs（包括111个测定的变体）。在该分析中应用与实施例1中所述相同的统计学方法。

表6列出了p值<0.001的通过基因型相互作用显示或预测具有治疗效果的PSs。基于分析数据集的次要等位基因频率（MAF）在第二列报告。第三列显示特定的PS是否通过Axiom Merck Custom Array进行测定。第五列显示就存在rs12748961 SNP的C等位基因而论的Pearson相关性的平方。

表6

。

本发明的范围不受在此描述的具体实施方案的限制。事实上，除了本文所述的那些之外，本发明的各种修改对于本领域技术人员而言从前面的描述中将变得显而易见。这样的修改旨在落入所附权利要求的范围内。

本申请自始至终引用了专利、专利申请、出版物、产品说明和规程，其公开内容就各方面而言将整体引入本文作为参考。

序列表

<110> Merck Sharp & Dohme Corp.

Opiteck, Gregory J.

Wong, Peggy H.

McElwee, Joshua

Mehrotra, Devan V.

Greenberg, Steven

Guo, Zifang

<120> 与对CRTH2受体拮抗剂的反应有关的遗传标记

<130> 24169

<150> 62/196128

<151> 2015-07-23

<160> 15

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 51

<212> DNA

<213> 智人（Homo sapiens）

<220>

<221> misc_feature

<222> (26)..(26)

<223> 可以为C或T

<400> 1

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<220>

<221> misc_feature

<222> (26)..(26)

<223> 可以为A或G

<400> 11

cgcaatggtg tgatctcagc tcactncaac ctctaactcc caggttcaag c 51

<210> 12

<211> 51

<212> DNA

<213> 智人（Homo sapiens）

<220>

<221> misc_feature

<222> (26)..(26)

<223> 可以为C或T

<400> 12

ctgcctacaa aagtatcagg caaganaggc ctcacgttag atgagatagt a 51

<210> 13

<211> 51

<212> DNA

<213> 智人（Homo sapiens）

<220>

<221> misc_feature

<222> (26)..(26)

<223> 可以为不存在或A

<400> 13

ggcaataaga gtgaaactcc atctcnaaaa aaaaaaaaaa aaaatctatt t 51

<210> 14

<211> 50

<212> DNA

<213> 智人（Homo sapiens）

<400> 14

agtttgcaaa gtaacccatt tggccaagtc atacaactct agagggacaa 50

<210> 15

<211> 51

<212> DNA

<213> 智人（Homo sapiens）

<220>

<221> misc_feature

<222> (26)..(26)

<223> n 可以为A或G

<400> 15

acctcctccc ataaattgca gaatcnattc ccttcctgcc cactctcagt g 51

Claims

1.设计为对下表中至少一种CRTH2受体拮抗剂标记进行基因型分型的一组寡核苷酸在制备用于诊断容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的哮喘患者的试剂盒中的用途，

所述诊断包括：

（a）从人类哮喘患者获得生物样品；

（b）检测所述生物样品中是否存在所述至少一种CRTH2受体拮抗剂标记的较好反应等位基因；和

（c）当检测到所述生物样品中存在较好反应等位基因时，诊断哮喘患者为容许用CRTH2受体拮抗剂治疗的。

2.权利要求1的用途，其中

在步骤（b）中，检测CRTH2受体拮抗剂反应标记rs12748961 SNP的C等位基因，并且

3.权利要求1或2的用途，其中所述CRTH2受体拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸或2-(2-甲基-1-(4-(甲磺酰基)-2-(三氟甲基)苄基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酸（fevipiprant）或其药学上可接受的盐。

4.权利要求3的用途，其中所述CRTH2受体拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸或其药学上可接受的盐。

5.权利要求4的用途，其中所述CRTH2受体拮抗剂是{(7R)-4-氟-7-[5-(4-氟苄基)-1H-[1,2,3]三唑-1-基]-6,7,8,9-四氢吡啶并[1,2-a]吲哚-10-基}-乙酸。