KR20130102775A - 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트 및 이의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트, 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용하여 복숭아 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다.
Description
본 발명은 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 서열번호 1 내지 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트, 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용하여 복숭아 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다.
분자 표지는 농작물의 내병성 또는 기능성과 관련된 유전자의 지도 작성 (mapping) 및 형질 연관 마커의 개발, 형질과 관련된 양적 유전자의 염색체상 위치의 확인 (QTL, Quantitative Trait Locus), 분자표지를 이용한 F1 순도검정 등과 같은 여러 가지 분자 육종 분야에 활용되고 있다. 또한 분자표지 연구는 식물 품종 보호분야에서도 활용되고 있다. 국제 신품종보호연맹(UPOV)은 DNA 마커를 신품종의 특성조사와 식물 신품종보호권 부여에 활용하기 위한 논의를 진행 중이며 아직까지 유전자 수준에서 단순한 염기서열 차이를 품종의 구별성으로 인정하고 있지는 않으나, 품종식별을 위한 분자표지의 활용 가능성을 제안하고 있다. 구체적으로는 육종가의 권리보호를 위해 분자 표지를 활용함에 있어 과거에 주로 사용하였던 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)나 RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) 분석 기술에 의한 결과는 인정하지 않고 품종간 다형성 정도, 분석의 재현성, 염색체상의 분포 정도를 고려할 때 SSR (Simple Sequence Repeat), 초위성체 (Microsatellite), SNP (Single Nucleotide Polymorphism) 및 CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) 방법을 활용하는 것을 제안하고 있다는 점이다.
일반적으로 식물 품종을 식별하는 방법은 크게 재배시험을 통한 형태적 특성검정과 품종간 동위효소의 차이를 통한 검정, DNA 분석 방법으로 나뉜다. 이 중 DNA 분석 방법은 표현형에 근거한 식별방법에 비해 재배환경 및 작물의 생장단계에 영향을 받지 않아 객관적이며 재현성 또한 높다는 장점이 있다.
실제로 국내외 품종 식별에 대한 DNA 분석 개발 및 활용 현황을 살펴보면, 우리나라에서는 농촌진흥청에서 벼, 콩 등에 대한 SSR 분자표지를, 딸기에 대한 CAPS 분자표지를 이용한 품종 식별 기술을 보고한 바 있다. 또한, 국립종자원은 SSR 분자표지를 이용하여 고추, 배추, 수박, 토마토, 복숭아, 장미, 양파, 상추 등에 대한 작물의 DNA 프로파일을 데이터베이스화하였으며, 종자 분쟁 발생 시 이를 중재하기 위한 수단으로서 몇몇 작물의 분자 표지를 직접 이용하고 있으며 최근에는 품종보호 출원 작물에 대한 대조품종 선정에 유전자 분석 결과를 보조 자료로 활용하고 있다. 한편, 품종식별용 SSR 분자표지 중 순도검정용 마커에 대해서는 육종가 지원을 위한 박과 작물 F1 순도검정에 활용한바 있다.
국외 국가의 사례를 살펴보면, 스페인에서는 포도 등의 작물에 SSR 분석 기술을 이용하여 각 품종별 DNA 프로파일을 데이터베이스화하여 기본 유래 품종의 식별, 기존 품종의 관리 등에 활용하고 있다. 중국의 경우 옥수수 약 4000 품종에 대하여 SSR, SNP 분자표지를 이용한 DNA 프로파일을 데이터베이스화하고 있으며 법원에서도 품종보호 침해사례 판단에 유전자분석 결과를 적극 활용하고 있다. 일본은 복숭아, 배, 사과 등에 SSR 분자표지와, 딸기, 차에 CAPS 분자표지를 활용한 품종 식별 방법을 개발하여 육종가의 권리 보호에 활용하고 있다.
한편, 장미과 작물인 복숭아는 생과로 직접 이용되거나 잼, 주스, 통조림 등 가공식품의 재료로 이용되고 있고, 과수 작물 중 국내 육성 품종 및 생산판매 신고 품종수가 668품종(2011년 11월 기준)으로 가장 많아 과수 시장에서 차지하는 비중이 높다고 할 수 있다. 복숭아는 계통에 따라 백도, 황도, 천도로 크게 분류할 수 있으며 교배에 의한 실생묘 선발, 변이지 선발 등에 의해 육종되고 있다.
복숭아에 대한 분자 유전학적 연구 동향을 살펴보면, 외국의 경우 국제 장미과 작물 게놈 프로젝트 (Rosaceae Genomics Projects)가 수행되어 복숭아의 유전자 지도 작성, EST (Expressed Sequence Tag) 정보, 분자 표지 정보 등을 데이터베이스화하여 이를 공개하고 있다(http://www.rosaceae.org/). 일본에서는 60개의 SSR 마커를 개발하여 이를 복숭아 품종의 유연관계를 분석하는데 활용할 수 있는 가능성을 제시하였다 (Toshiya Y et al., 2003. J. Japan. Soc. Hort. Sci. 72(2): 116-121). 이탈리아에서는 17개의 SSR 마커를 개발한 다음 이를 벚나무 (Prunus) 종에 활용하였다 (Cipriani G et al., 1999. Theor. Appl. Genet. 99, 65-72). 미국에서는 28품종에서 다형성을 보이는 10개의 SSR 마커를 활용하여 복숭아 유전자 지도 작성에 활용하였다 (Sosinski B et al., Theor. Appl. Genet 101, 421-428). 국내에서는 SCAR 마커를 이용하여 복숭아 품종 식별에 활용한 사례가 있다 (한상은 등, 한국육종학회 제 42권 제5호, 2010년). 그러나, 초위성체 마커 세트를 이용하여 복숭아 품종을 식별할 수 있는 적절한 마커의 조합 및 자동염기서열분석기를 이용한 정밀한 유전자형분석 (genotyping) 기술은 아직까지 국내적으로 확립되지 못한 상태이다.
한편, 한국공개특허 제2011-0111069호에는 '초위성체 마커를 이용한 오이 품종 식별 방법'이 개시되어 있고, 한국등록특허 제1011694호에는 '분자 표지를 이용한 배추 품종 식별 방법'이 개시되어 있다. 그러나 본 발명에서와 같이, 국내에서 유통되는 96개의 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트에 대해서는 개시된 바가 전혀 없다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명자들은 복숭아 게놈에서 직접 게놈 라이브러리 (genomic library)를 제작하여 SSR 마커를 개발하는 방법에 비해 시간 및 비용을 크게 절약할 수 있는 복숭아 품종식별 방법에 대한 연구를 지속해오던 중, 복숭아 EST 유래 SSR 마커 및 체리의 SSR 마커로부터 국내에서 최초로 복숭아 96개의 유통품종에 대해 다형성을 나타내는 초위성체 마커를 선별하였다. 이들 초위성체 마커를 프라이머로 이용하여 국내 복숭아 품종의 게놈 DNA를 증폭시킨 후 생성된 증폭 산물을 확인하였고, 복숭아 품종 진위성에 대한 과학적 검증에 실용적으로 활용할 수 있음을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용하여 복숭아 품종을 식별하는 방법을 제공한다.
본 발명에 따르면, 본 발명의 복숭아 품종 식별용 마커만을 사용하여 국내에서 유통되고 있는 복숭아 품종 96개를 식별할 수 있다. 따라서, 복숭아 품종의 진위성 규명 및 품종 보호 출원시 대조 품종의 선정 등과 같은 다양한 분야에 유용하게 사용될 수 있다.
도 1은 본 발명에 따른 마커에 의해 분석된 각 복숭아 품종을 코드화하고 NTSYSPC 컴퓨터 프로그램을 활용하여 복숭아 품종 식별 및 품종별 유전적 유사도를 나타낸 것이다.
도 2는 국내외에서 육성된 96개 복숭아 품종을 대상으로 본 발명의 14개의 프라이머 세트를 이용하여 증폭하였을 때 대립 유전자의 크기에 따라 밴드의 유무를 코드화한 것으로, 밴드가 존재할 때에는 "1"로 나타내었고, 밴드가 존재하지 않을 때에는 "0"으로 나타낸 것이다.
도 2는 국내외에서 육성된 96개 복숭아 품종을 대상으로 본 발명의 14개의 프라이머 세트를 이용하여 증폭하였을 때 대립 유전자의 크기에 따라 밴드의 유무를 코드화한 것으로, 밴드가 존재할 때에는 "1"로 나타내었고, 밴드가 존재하지 않을 때에는 "0"으로 나타낸 것이다.
본 발명은 국내에서 유통되고 있는 복숭아 품종에 대하여 다형성을 나타내는 프라이머 세트(서열번호 1 내지 28)를 포함하는, 복숭아 품종을 식별하기 위한 마커를 제공한다.
상기 마커는 국내외에서 유통되고 있는 복숭아 96개 품종에 대해 높은 다형성을 나타내는 초위성체 마커로서, 국내에서 유통되고 있는 복숭아 품종을 특이적으로 식별할 수 있다. 본 발명의 마커는 국내외 육종기관 및 개인육종가에 의해 육성되어 판매되고 있는 복숭아 96개 품종에 대해 높은 다형성을 나타내는 초위성체 마커이다. 구체적으로, 본 발명의 마커는 하기 표 1에 기재된 복숭아 96개 품종에 대하여 높은 다형성을 나타내었다.
본 발명의 마커는 예를 들면, 하기 표 2에 기재된 염기 서열(서열번호 1 내지 28)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커를 포함할 수 있다.
본 명세서에서, 마커는 프라이머 세트와 상호교환하여 사용할 수 있다.
본 발명의 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트는 구체적으로
서열번호 1의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 3의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 4의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 5의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 6의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 7의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 8의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 9의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 10의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 11의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 12의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 13의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 14의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 15의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 16의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 17의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 18의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 19의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 20의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 21의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 22의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 23의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 24의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 25의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 26의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및
서열번호 27의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 28의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함할 수 있다.
본 발명의 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트는 바람직하게는
서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함할 수 있으며,
가장 바람직하게는
서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 모두 포함할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 바람직하게는 증가하는 순서대로 선호되는 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 11개 이상, 12개 이상, 13개 이상의 프라이머 세트일 수 있으며, 가장 바람직하게는 14개의 프라이머 세트이다. 14개의 SSR 프라이머 세트를 동시에 이용하면 96개 복숭아 품종을 가장 정확하게 판별할 수 있다.
상기 SSR 프라이머는 각 SSR 프라이머의 서열 길이에 따라, 서열번호 1 내지 서열번호 28의 서열 내의 15개 이상, 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1의 SSR 프라이머(20개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 1의 서열 내의 15개 이상, 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 서열번호 2의 SSR 프라이머(18개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 2의 서열 내의 15개 이상, 16개 이상, 17개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 SSR 프라이머는 서열번호 1 내지 서열번호 28의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
본 발명의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
복숭아로부터 유래된 게놈 DNA를 주형으로 하고 본 발명의 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물로부터 상기 복숭아의 품종을 식별하는 단계를 포함하는, 복숭아 품종을 식별하는 방법을 제공한다.
본 발명의 복숭아 품종 식별 방법에서, 복숭아로부터 유래된 게놈 DNA는 복숭아의 식물 전체로부터 DNA를 채취하는 통상적인 방법을 사용함으로써 얻을 수 있는데, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 복숭아로부터 유래된 게놈 DNA는 복숭아의 잎, 줄기 또는 과실로부터 유래될 수 있고, 특히 복숭아의 어린 식물체의 잎으로부터 채취될 수 있다.
본 발명의 복숭아 품종 식별 방법에서, 게놈 DNA의 증폭은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR(polymerase chain reaction)을 사용하는 것이 바람직하다. 구체적으로, PCR 반응은 일반적으로 여러 성분을 포함하는 PCR 반응액을 이용하여 수행될 수 있다. 예를 들면, 상기 PCR 반응액은 분석하고자 하는 복숭아로부터 유래된 게놈 DNA, 본 발명의 프라이머 세트, 적당량의 DNA 중합 효소(예를 들면, Taq polymerase), dNTP 혼합물, PCR 완충 용액(buffer) 및 물을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 KCl, Tris-HCl 및 MgCl2를 함유할 수 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 핵산 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다.
본 발명에서 상기 증폭된 산물로부터 복숭아 품종을 식별하는 단계는 자동 염기 서열 분석기를 이용하여 대립 유전자(밴드)의 크기를 컴퓨터 프로그램에 의해 확인한 다음 각각의 품종을 식별할 수 있다. 구체적으로는, 각각의 복숭아 품종에 대하여 본 발명의 마커에 의한 증폭 산물의 유무를 표로 작성하고 상기 증폭된 산물과의 비교 분석을 통해 복숭아 품종을 식별할 수 있다. 예를 들면, 본 발명의 마커를 이용하여 각각의 복숭아 품종으로부터 나온 대립 유전자의 크기를 미리 하나의 표로 정리한 다음 대립 유전자의 존재 유무를 밝혀 대립 유전자가 존재할 때에는 "1"로 나타내고 대립 유전자가 존재하지 않을 때에는 "0"으로 나타낸다. 따라서, 품종을 식별하고자 하는 복숭아로부터 게놈 DNA를 분리한 후, 본 발명의 마커를 이용하여 증폭하고, 증폭된 산물의 크기를 분석한 다음 통계 프로그램을 통하여 복숭아 품종의 식별 여부를 확인할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1: 복숭아 품종 식별을 위한
마커의
평가
(1) 복숭아 시료
본 발명에서는 하기 표 1에 기재된 복숭아 96개 품종을 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트의 선별을 위해 사용하였다.
| 연번 | 품종명 | 연번 | 품종명 | 연번 | 품종명 |
| 1 | 미스리카 | 33 | 주조생황도 | 65 | 메이그랜드 |
| 2 | 평총레드 | 34 | 사자조생 | 66 | 명성 |
| 3 | 플레이버탑 | 35 | 대화조생 | 67 | 미드골드 |
| 4 | 감조백도 | 36 | 기도백도 | 68 | 미청백도 |
| 5 | 애지백도 | 37 | 백미조생 | 69 | 백약도 |
| 6 | 도백봉 | 38 | 아마토2호 | 70 | 백천 |
| 7 | 도산백봉 | 39 | 이즈미백도 | 71 | 백향 |
| 8 | 무정조생백봉 | 40 | 용궁백도 | 72 | 복조생백도 |
| 9 | 사오또메 | 41 | 월봉조생 | 73 | 선골드 |
| 10 | 산리백봉 | 42 | 월하조생 | 74 | 선프레 |
| 11 | 송삼조생 | 43 | 창방조생 | 75 | 수봉 |
| 12 | 오도로끼 (경봉) | 44 | 형보조생 | 76 | 스위트광황 |
| 13 | 일천백봉 | 45 | 미향 | 77 | 아마토1호 |
| 14 | 장택백봉 | 46 | 엘버타 | 78 | 애천중도 |
| 15 | 팔번백봉 | 47 | 미황 | 79 | 얼리스칼릿 |
| 16 | 진미 | 48 | 서미골드 | 80 | 용성황도 |
| 17 | 뇌호내백도 | 49 | 수황 | 81 | 용황백도 |
| 18 | 대구보 | 50 | 조황 | 82 | 일월도 |
| 19 | 서야백도 | 51 | 찌요마루 | 83 | 임흥백도 |
| 20 | 아부백도 | 52 | 관성황도 | 84 | 장호원황도 |
| 21 | 포목조생 | 53 | 금 | 85 | 저시랜드 |
| 22 | 청수백도 | 54 | 금수황도 | 86 | 점보아까쯔끼 |
| 23 | 스타킹딜리셔스 | 55 | 뉴요커 | 87 | 중진백도 |
| 24 | 스프링타임 | 56 | 대박황도 | 88 | 지하백도 |
| 25 | 암킹 | 57 | 대통령 | 89 | 카나디안하모니 |
| 26 | 천홍 | 58 | 더비 | 90 | 콜린스 |
| 27 | 하홍 | 59 | 라리탄로즈 | 91 | 키라라노키와미 |
| 28 | 관성백도 | 60 | 레드골드 | 92 | 플로다글로 |
| 29 | 대명 | 61 | 로얄황도 | 93 | 피셔 |
| 30 | 백설 | 62 | 로즈프린스 | 94 | 하모니 |
| 31 | 월미복숭아 | 63 | 롱택골드 | 95 | 한일백도 |
| 32 | 인황백도 | 64 | 리치헤이번 | 96 | 황귀비 |
(2) 게놈 DNA의 추출
상기 표 1에 기재된 공시된 복숭아 품종의 유엽을 채취하여 게놈 DNA의 분리 재료로 이용하였다. 채취한 복숭아의 유엽이 보관되어 있는 2 ml 튜브에 텅스텐 구슬 2개를 넣고 액체 질소(-196℃)를 이용하여 급속 동결시킨 다음 볼텍싱 (Vortexing) 과정을 반복하면서 조직을 고르게 마쇄하였다. 충분히 마쇄된 조직은 NucleoSpin® PlantII (Macherey-Nagel Cat. 740 770.250) 키트를 이용하여 게놈 DNA를 분리하였다. 세포 용해 버퍼 (lysis buffer)는 PL2를 사용하였다. 추출된 게놈 DNA는 1.2% 아가로스 젤에서 전기영동하여 DNA의 농도를 확인하였고, 정량한 후 ㎕당 20 ng의 농도로 희석한 다음, 이를 PCR 분석에 이용하였다.
(3) 프라이머 세트의 제작
본 발명의 프라이머 세트를 위한 후보 물질로 185개 마커를 이용하였다. 이용된 마커는 복숭아뿐만 아니라 장미과 벚나무 (Prunus) 속내 다른 종인 사과, 체리, 배의 마커도 포함하였다. 이들 마커는 일본에서 Yamamoto 등이 개발한 복숭아 8개 (Toshiya Y et al., 2003. J. Japan. Soc. Hort. Sci. 72(2):116-121), 배 13개 (Yamamoto T et al., 2002. Molecular Ecology Notes. 2:14-16), 미국에서 개발된 복숭아 15개 마커, 체리 5개 마커 (Sosinski B et al., 2000. Theor. Appl. Genet 101, 421-428), 이탈리아에서 개발된 복숭아 17개 (Cipriani G et al., 1999. Theor. Appl. Genet. 99: 65-72), 스위스에서 개발된 사과 17개 (Gianfranceschi L et al., 1998. Theor. Appl. Genet. 96: 1069-1076), 뉴질랜드에서 개발된 사과 14개 (Guilford P et al., 1997. Theor. Appl. Genet. 94:249-254), 미국에서 개발된 복숭아 17개 마커 (Ying Wang et al., 2002. Genome 45:319-32), 중국에서 개발된 복숭아 14개 마커 (Xiaoying Li et al., 2010. BMC Genetics, 11:66), 터키에서 개발된 체리 13개 마커 (Yildiz Aka Kacar et al., 2005. Journal of Biological Sciences. 5(5): 616-619) 및 국제 장미과 작물 게놈 프로젝트의 데이터베이스 (Genome Database for Rosaceae)에서 복숭아 61개 EST-SSR 마커 (http://www.rosaceae.org/)를 이용하였다. 국내에서 유통되는 복숭아 품종에 대해 높은 다형성을 가진 마커를 선발하기 위해서 찌요마루, 암킹, 월봉조생, 창방조생, 천홍, 도백봉, 엘버타, 장호원황도 품종으로부터 나온 게놈 DNA를 185개의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 반응을 시킨 다음, 증폭된 DNA 단편을 6% 폴리아크릴아마이드 시퀀싱 젤 (polyacrylamide sequencing gel)에서 2시간 동안 전기 영동하고 Silver sequenceTM 염색 시약 (Promega, USA)으로 염색하였다. 염색 후 밴드를 확인하여 각 시료별 대립 유전자의 차이를 분석한 다음, 반복 재현성이 높고 밴드의 패턴이 깨끗하며 다형성 정도가 높은 30개의 마커를 1차적으로 선정하였다. 이들 30개 마커의 분자 표지에 대해 자동 염기 서열 분석기를 통한 정밀 분석을 수행하기 위하여, 정방향 프라이머가 형광 발생 물질 FAM, VIC, NED 또는 PET 중 하나로 형광 표지된 올리고뉴클레오티드를 제작하였다. 그리고 이 30개 마커를 이용한 유전자 분석 결과 품종 식별 능력이 높으며, 96품종을 식별할 수 있는 최소 마커 14개를 최종 선정하였다 (표 2).
| 서열번호 | 초위성체 표지인자 |
프라이머의 염기서열 (5'→3') | 형광염색 |
| 1 | PEM1 | 정방향 : AAGTTCTTCGCCCATCTCAA (서열번호 1) | FAM |
| 2 | 역방향 : AGCAGCCGGGCTAATGAT (서열번호 2) | ||
| 3 | PEM2 | 정방향 : GACAGACAGACGGACAGACG (서열번호 3) | VIC |
| 4 | 역방향 : ACCCTCTCCCTGACTTCCTC (서열번호 4) | ||
| 5 | PEM3 | 정방향 : AGACAGAGGGGACAGAGCAA (서열번호 5) | NED |
| 6 | 역방향 : CGCGCGGAGAGATAATAGAC (서열번호 6) | ||
| 7 | PEM4 | 정방향 : TCGACTACGTCTCCGTCTCC (서열번호 7) | FAM |
| 8 | 역방향 : AGCCGAATGCTGTCCTTAGA (서열번호 8) | ||
| 9 | PEM5 | 정방향 : GCAATGGCTTTGGCTAGGTA (서열번호 9) | VIC |
| 10 | 역방향 : CATGCAACTAATTAACACAATGA (서열번호 10) | ||
| 11 | PEM6 | 정방향 : ATATAAAGCCCCGTGACCAG (서열번호 11) | NED |
| 12 | 역방향 : TACTTTGTCGGAGCGCGTAT (서열번호 12) | ||
| 13 | PEM7 | 정방향 : CTCCGTCCCACCCTAAAAAT (서열번호 13) | PET |
| 14 | 역방향 : ACAATGACGAAACCGAGGAG (서열번호 14) | ||
| 15 | PEM8 | 정방향 : CGAAGCTGAATCGAGATTATGA (서열번호 15) | VIC |
| 16 | 역방향 : CCGAAACACAATACTCTTGCAT (서열번호 16) | ||
| 17 | PEM9 | 정방향 : CCACTTTTGCCAGACCCTAC (서열번호 17) | PET |
| 18 | 역방향 : CAACCCCAATCATACAACCT (서열번호 18) | ||
| 19 | PEM10 | 정방향 : AAATCTCCCAATCCCTCACC (서열번호 19) | VIC |
| 20 | 역방향 : TCGATTTTCCCCTTTTTGTG (서열번호 20) | ||
| 21 | PEM11 | 정방향 : ACGTGGCCACTTACCTCTTT (서열번호 21) | VIC |
| 22 | 역방향 : TCCAGACTGCCTCGACCTTC (서열번호 22) | ||
| 23 | PEM12 | 정방향 : CCTTACCACTGGCATCATCA (서열번호 23) | NED |
| 24 | 역방향 : CAGCTGAGCAGGCAACAAAA (서열번호 24) | ||
| 25 | PEM13 | 정방향 : GAACATGTGGTGTGCTGGTT (서열번호 25) | PET |
| 26 | 역방향 : TCCACTAGGAGGTGCAAATG (서열번호 26) | ||
| 27 | PEM14 | 정방향 : GCCACCAATGGTTCTTCC (서열번호 27) | FAM |
| 28 | 역방향 : AGCACCAGATGCACCTGA (서열번호 28) |
(4) PCR 증폭 및 전기 영동
상기 준비된 게놈 DNA와 상기 제작된 마커를 재료로 사용하여 PCR을 실시하였다. PCR 반응액의 조성은 상기 제조된 복숭아 게놈 DNA 20 ng, 0.1 μM의 상기 마커, 2.0 ㎕ dNTP 혼합물 (2.5 mM), Taq 폴리머라아제 1U (Takara CAT. RR011A), 2.5 ㎕의 10 x PCR 버퍼 (50 mM KCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 2.0 mM MgCl2)를 증류수에 첨가하여 전체 부피를 25 ㎕로 조절하였다. PCR (UNO II Thermocycler, Biometra, 독일) 증폭은 94℃에서 5분 동안 게놈 DNA를 충분히 변성시킨 후, 94℃에서 30초, 55℃에서 30초, 72℃에서 45초 동안 반응시키는 과정을 40회 반복 수행하고, PCR 산물의 최종 신장을 위하여 72℃에서 5분 동안 반응시켰다. PCR이 완료된 후, 2% 아가로스 젤에서 전기영동하여 증폭 여부를 확인하였다. 증폭된 시료들은 다음 실험을 위해 -20℃에서 보관하였다. PCR 산물은 초순수 150 ㎕에 적정 농도로 희석한 다음, 희석된 PCR 산물 5 ㎕에 탈이온화 포름아마이드 (deionized formamide) 10 ㎕, 대립유전자 크기를 측정하는 사이즈 마커 (LIZ500 size standard) 0.25 ㎕를 잘 혼합하여 94℃에서 2분간 변성시켰다. 변성시킨 PCR 산물은 자동 염기 서열 분석장치 (Genetic Analyzer 3130XL, Applied Biosystem)를 활용하여 전기영동한 다음 GeneMapper 컴퓨터 프로그램(Applied Biosystem)을 이용하여 SSR 분자 표지별 대립 유전자들의 정확한 크기를 결정하였다.
(5) 본 발명에 따른 마커의 복숭아 품종 식별 가능성 검정
상기에서 자동 염기 서열 분석기로 확인한 대립유전자 크기를 이용하여 본 발명에 따른 마커의 복숭아 품종 식별 가능성을 조사하였다. 하기 식 1을 사용하여 PIC (polymorphism information content) 값을 산출하였다. 하기 식에서 Pij는 마커 i의 밴드들 중에서 j번째 공통 밴드 패턴의 빈도수이다 (Anderson et al., 1993, Genome 36: 181-186).
그 결과, 각 마커에 따른 어닐링 온도(℃), 증폭 산물의 크기(bp), 대립 유전자의 수 및 PIC 값을 하기 표 3에 나타내었다.
| 연번 | SSR 마커명 |
어닐링 온도(℃) |
대립유전자 크기(bp) |
대립 유전자의 수 |
PIC값 |
| 1 | PEM1 | 55 | 162~166 | 3 | 0.479 |
| 2 | PEM2 | 55 | 153~163 | 4 | 0.673 |
| 3 | PEM3 | 55 | 188~192 | 3 | 0.625 |
| 4 | PEM4 | 55 | 130~145 | 4 | 0.358 |
| 5 | PEM5 | 55 | 113~119 | 4 | 0.494 |
| 6 | PEM6 | 55 | 218~222 | 3 | 0.592 |
| 7 | PEM7 | 55 | 194~200 | 3 | 0.547 |
| 8 | PEM8 | 55 | 198~212 | 7 | 0.518 |
| 9 | PEM9 | 55 | 137~165 | 3 | 0.502 |
| 10 | PEM10 | 55 | 154~156 | 2 | 0.500 |
| 11 | PEM11 | 55 | 200~202 | 2 | 0.500 |
| 12 | PEM12 | 55 | 152~154 | 2 | 0.494 |
| 13 | PEM13 | 55 | 144~148 | 2 | 0.494 |
| 14 | PEM14 | 55 | 163~181 | 7 | 0.453 |
| 계 | 49 | 7.75 | |||
| 평균 | 3.500 | 0.517 |
상기 표 3에서 살펴본 바와 같이, 본 발명에서 활용된 마커의 대립유전자수는 2~7개의 범위로 분포하였고, 각 분자 표지별 다형성 정도를 나타내는 지수인 PIC 값은 평균 0.517로 높은 값을 나타내었다. 따라서, 본 발명의 마커가 복숭아 품종을 충분히 식별할 수 있다는 것을 확인할 수 있었다.
또한 마커에 대해 대립 유전자의 크기에 따른 품종 밴드의 유무를 NTSYS pc (version 2.10b)(Rohlf, 2000, Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System-Version 2.10b. Applied Biostatistics Inc., New York.) 컴퓨터 프로그램에 입력하고 Jaccard's 방법 (Sneath and Sokal 1973, Numerical taxonomy : The Principles and Practice of Numerical Classification, W. H. Freeman, San Francisco.)에 준하여 유전적 유사도 값을 계산하였다. 유전적 유사도를 이용하여 UPGMA (Unweighted Pair-group Method with Arithmetical Average)(Sneath and Sokal, 1973)에 의해 집괴 분석하여 계통도(dendrogram)를 작성하였고, 그 결과를 도 1에 나타내었다. 도 1에 따르면 본 발명의 프라이머 세트는 국내외에서 유통되고 있는 96개 복숭아 품종에 대해 계통도 작성을 가능하게 함을 알 수 있다. 따라서, 본 발명의 프라이머 세트는 국내에서 유통되고 있는 96개 복숭아 품종의 식별을 가능하게 함을 알 수 있다.
실시예
2: 복숭아 품종 식별
(1) 본 발명의 마커를 이용한 품종 식별표 작성
국내외에서 육성되는 96개 복숭아 품종 각각으로부터 게놈 DNA를 상기 실시예의 방법에 따라 추출하였다. 본 발명의 14개 마커를 프라이머 세트로 이용하여 상기 실시예의 방법으로 PCR을 실시하였다. PCR 결과물로부터 본 발명에 따른 마커에 대해 밴드의 유무를 판별하여 밴드가 존재할 경우에는 점수 1로 코드화하고 밴드가 존재하지 않을 경우에는 0으로 코드화함으로써, 본 발명의 마커를 이용한 96개 복숭아 품종 각각에 대한 복숭아 품종 식별표를 작성하였고 그 결과를 도 2에 나타내었다. 도 2에서 나타난 바와 같이 본 발명의 마커에 따른 대립 유전자수에 따라 복숭아 품종 각각은 서로 다른 형태의 밴드를 나타내었다.
(2) 복숭아 품종 식별
품종을 식별하고자 하는 복숭아의 유엽에서 분리한 DNA는 본 발명의 14개 마커 각각을 프라이머 세트로 이용하여 PCR로 증폭하고 전기영동하였다. PCR 증폭 및 전기 영동은 상기 실시예 1에서 기술된 방법과 동일한 방법을 사용하였다. 각각의 전기영동 결과물에서 나타난 밴드의 유무를 도 2의 결과와 비교하여 96개 복숭아 품종의 식별에 활용하였다.
<110> THE REPUBLIC OF KOREA(KOREA SEED AND VARIETY SERVICE)
<120> Microsatellite primer sets for discriminating cultivars of peach
and uses thereof
<130> PN12033
<160> 28
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 1
aagttcttcg cccatctcaa 20
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<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 2
agcagccggg ctaatgat 18
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 3
gacagacaga cggacagacg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 4
accctctccc tgacttcctc 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 5
agacagaggg gacagagcaa 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 6
cgcgcggaga gataatagac 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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tcgactacgt ctccgtctcc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 8
agccgaatgc tgtccttaga 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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gcaatggctt tggctaggta 20
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 10
catgcaacta attaacacaa tga 23
<210> 11
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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atataaagcc ccgtgaccag 20
<210> 12
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<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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tactttgtcg gagcgcgtat 20
<210> 13
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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ctccgtccca ccctaaaaat 20
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<213> Artificial Sequence
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acaatgacga aaccgaggag 20
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<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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cgaagctgaa tcgagattat ga 22
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<213> Artificial Sequence
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ccgaaacaca atactcttgc at 22
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<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
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caaccccaat catacaacct 20
<210> 19
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<213> Artificial Sequence
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aaatctccca atccctcacc 20
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<213> Artificial Sequence
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tcgattttcc cctttttgtg 20
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Primer
<400> 28
agcaccagat gcacctga 18
Claims (8)
- 서열번호 1의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 2의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 3의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 4의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 5의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 6의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 7의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 8의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 9의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 10의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 11의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 12의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 13의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 14의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 15의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 16의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 17의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 18의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 19의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 20의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 21의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 22의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 23의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 24의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
서열번호 25의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 26의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및
서열번호 27의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 및 서열번호 28의 서열 내의 15개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트;
로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트. - 제1항에 있어서, 서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트.
- 제1항에 있어서, 서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 27 및 28의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트.
- 제4항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는, 복숭아 품종을 식별하기 위한 키트.
- 복숭아로부터 유래된 게놈 DNA를 주형으로 하고 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물로부터 상기 복숭아의 품종을 식별하는 단계를 포함하는, 복숭아 품종을 식별하는 방법. - 제6항에 있어서, 상기 게놈 DNA는 복숭아의 잎, 줄기 또는 과실로부터 유래된 것을 특징으로 하는 복숭아 품종을 식별하는 방법.
- 제6항에 있어서, 상기 증폭 산물로부터 복숭아 품종을 식별하는 단계는 각각의 복숭아 품종에 대해 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 복숭아 품종 식별용 프라이머 세트에 의한 증폭 산물의 유무를 표로 작성하고 상기 증폭된 산물과의 비교 분석에 의해 복숭아 품종을 식별하는 것을 특징으로 하는 복숭아 품종을 식별하는 방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020120023877A KR101359542B1 (ko) | 2012-03-08 | 2012-03-08 | 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트 및 이의 용도 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020120023877A KR101359542B1 (ko) | 2012-03-08 | 2012-03-08 | 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트 및 이의 용도 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
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| KR101359542B1 KR101359542B1 (ko) | 2014-02-24 |
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ID=49452315
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020120023877A KR101359542B1 (ko) | 2012-03-08 | 2012-03-08 | 복숭아 품종 식별용 초위성체 프라이머 세트 및 이의 용도 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101359542B1 (ko) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20160060384A (ko) * | 2014-11-20 | 2016-05-30 | 대한민국(국립종자원장) | 초위성체 마커를 이용한 배 품종식별 방법 |
| KR20220167954A (ko) * | 2021-06-15 | 2022-12-22 | 대한민국(농촌진흥청장) | 복숭아 숙기 구분용 프라이머 세트 및 이를 이용한 구분방법 |
-
2012
- 2012-03-08 KR KR1020120023877A patent/KR101359542B1/ko active IP Right Grant
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20160060384A (ko) * | 2014-11-20 | 2016-05-30 | 대한민국(국립종자원장) | 초위성체 마커를 이용한 배 품종식별 방법 |
| KR20220167954A (ko) * | 2021-06-15 | 2022-12-22 | 대한민국(농촌진흥청장) | 복숭아 숙기 구분용 프라이머 세트 및 이를 이용한 구분방법 |
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| Publication number | Publication date |
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| KR101359542B1 (ko) | 2014-02-24 |
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