KR20100082214A - 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트 - Google Patents

표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트 Download PDF

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KR20100082214A KR1020090001597A KR20090001597A KR20100082214A KR 20100082214 A KR20100082214 A KR 20100082214A KR 1020090001597 A KR1020090001597 A KR 1020090001597A KR 20090001597 A KR20090001597 A KR 20090001597A KR 20100082214 A KR20100082214 A KR 20100082214A
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    • C12Q2521/101—DNA polymerase

Abstract

하나이상의 구체예는 가닥치환 중합 반응을 이용한 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트를 제공한다.
단일가닥 특이적 뉴클레아제, 가닥치환 폴리머라제, SNP

Description

표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트{Method for analyzing target nucleic acid sequence and kit for same}
하나이상의 구체예는, 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트에 관한 것이다.
표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 방법으로서, 서열분석법, RFLP (restriction fragment lenght polymorphism), 대립형질 특이적 PCR (allele specific polymerase chain reaction), 서던블롯 (southern blot), 또는 노던블롯 (nothern blot) 등의 방법이 있다. 그러나, 이들 방법은 비용 및 시간이 많이 소모되고, 한번에 많은 표적 서열을 분석하는 데는 어려움이 있다.
한번에 많은 표적 핵산을 분석할 수 있는 방법으로 마이크로어레이를 이용하는 방법이 알려져 있다. 핵산 마이크로어레이는 표적 핵산에 결합할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 복수 개의 구분되는 영역이 고밀도로 배열되어 있는 것을 말한다. 표적핵산을 검출가능한 표지로 표지하고, 상기 기판 상의 프로브와 혼성화하고, 혼성화 결과를 상기 표지로부터의 신호를 측정함으로써 표적 핵산 서열을 분석하는 것이다.
따라서, 종래 기술에 의하더라도, 표적 핵산의 서열을 보다 효율적으로 분석할 수 있는 방법이 여전히 요구되고 있다.
일 구체예는, 효율적인 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 제공한다.
다른 구체예는, 효율적인 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트를 제공한다.
일 구체예는,
제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산이 각각 표면의 구분되는 영역에 고정되어 있는 기판으로서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것인 기판을 제공하는 단계;
상기 기판 상의 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산에 표적 핵산을 혼성화시키는 단계;
상기 혼성화 산물을 단일가닥 특이적 뉴클레아제와 함께 배양하여 단일가닥 부분을 절단하는 단계;
검출가능한 표지로 표지된 dNTP의 존재하에서 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제를 첨가하여 가닥치환 중합반응을 수행하는 단계;
상기 프로브 핵산이 고정된 각 영역에서 가닥치환 중합 산물로부터 신호를 측정하는 단계; 및
상기 신호의 강도로부터 표적 핵산의 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 제공한다.
상기 방법은 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산이 각각 표면의 구분되는 영역에 고정되어 있는 기판으로서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것인 기판을 제공하는 단계를 포함한다.
상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은, 1bp, 2bp, 3bp, 4bp 또는 5bp가 다르고 나머지 서열은 동일한 것일 수 있다. 상기 서열이 다른 부분은 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산의 중앙 부위에 위치하고 연속한 서열 (contiguous sequence)이 다른 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 개체 중의 돌연변이 예를 들면, SNP 또는 2개의 염기 변이가 발생된 부위를 검출하기 위한 완전 매치 (perfect match) 프로브와 미스매치 (mismatch) 프로브일 수 있다. "중앙 부위"란 프로브 핵산이 홀수 개의 뉴클레오티드를 가지고 있는 경우, 중앙 부위의 뉴클레오티드를 갖는 연속 서열을 말하고, 짝수 개의 뉴클레오티드를 가지고 있는 경우, n/2 또는 n/2 +1 (n은 프로브 핵산의 길이)위치의 뉴클레오티드를 갖는 연속 서열을 말한다.
상기 프로브 핵산은 3' 말단을 통하여 기판상에 고정되어 있고, 5' 말단이 노출되어 있는 것일 수 있다. 또한, 상기 프로브 핵산은 5' 말단을 통하여 기판상에 고정되어 있고, 3' 말단이 노출되어 있는 것일 수 있다. 상기 프로브 핵산은 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 프로브 핵산은 길이가 4 내지 200bp, 4 내지 100bp, 4 내지 50bp, 4 내지 30bp, 4 내지 20bp, 4 내지 15bp, 10 내지 30bp, 10 내지 20bp, 15 내지 30bp의 길이를 갖는 것일 수 있다.
"표면의 구분되는 영역"이란 모양 및 크기에 상관없이 서로 구분되는 영역을 말한다. 상기 구분되는 영역은 단면의 차원이 1nm 내지 100㎛의 범위 내인 것일 수 있다. 상기 단편의 차원이란 원의 경우, 직경을 의미하고, 원이 아닌 모양의 경우, 무게 중심을 관통하는 직선의 길이를 의미한다. 상기 기판은 유리, 실리콘, 및 플라스틱으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다. 상기 기판은 상기 영역이 복수 개 배열되어 있는 마이크로어레이 일 수 있다. "마이크로어레이"란 기판상에 프로브 핵산이 3' 말단 또는 5' 말단을 통하여 고정되어 있는 영역이 배열되어 있는 것을 의미하는 것으로 당업자에게 잘 알려져 있다. 상기 영역은 상기 기판에 고밀도로 배열되어 있는 것으로, 예를 들면 400/cm2 이상, 103/cm2, 104/cm2의 밀도로 배열되어 있는 것일 수 있다. 상기 프로브 핵산은 기판상에서 포토리소그래피 법에 의하여 인 시튜로 합성되거나, 액상 또는 고상에서 합성된 후 기판상에 스팟팅에 의하여 고정된 것일 수 있다. 상기 인 시튜 합성이란, 뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드가 연속하여 연장됨으로써 합성되는 것을 의미한다.
상기 방법은 또한, 상기 기판 상의 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산에 표적 핵산을 혼성화시키는 단계를 포함한다.
상기 단계는 알려진 혼성화 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 상기 표적 핵산을 변성시키고, 변성된 표적 핵산을 상기 프로브 핵산과 어닐링시킴으로써 이루어질 수 있다. 상기 변성은 열 변성을 포함한다. 상기 어닐링은 적절한 혼성화 버퍼 (예,PBS) 중에 이루어질 수 있다. 예를 들면, DNA 프로브와 표적 DNA의 혼성화는 형광 표지된 표적 DNA를 혼성화 버퍼와 혼합하고, 가열처리하여 표적 DNA를 열변성시킨 후 이 용액을 마이크로어레이에 첨가한 후 커버를 덮고 건조되지 않는 적절한 온도에서 유지함으로써 하이브리드를 형성한다. 반응 후 반응하지 않은 물질은 염농도 및 온도가 제어된 용액으로 세척하여 제거할 수 있다. 상기 표적 핵산은 검출가능한 표지로 표지되거나 표지되지 않을 수 있다. 표지되는 경우는 하기하는 가닥치환 반응에 의하여 도입되는 표지와는 다른 것일 수 있다. 상기 표적 핵산은 게놈 DNA, 이들의 단편, cDNA, PCR과 같은 핵산 증폭 방법에 의하여 증폭된 증폭산물일 수 있다.
상기 방법은 또한, 상기 혼성화 산물을 단일가닥 특이적 뉴클레아제와 함께 배양하는 단계를 포함한다. 상기 배양에 의하여, 상기 혼성화 산물 중의 단일가닥 부분이 절단된다. 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제는 DNA 단일가닥, RNA 단일가닥, DNA 이중 가닥 중의 단일가닥, 또는 DNA와 RNA의 하이브리드 중의 단일가닥에 특이적인 뉴클레아제를 포함한다. 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제는 S1 뉴클레아제 또는 P1 뉴클레아제인 것일 수 있다. 배양의 조건은 선택되는 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제에 따라 당업자가 적절하게 선택할 수 있다. 이러한 단일가닥 절단 에 의하여, 프로브 핵산과 표적 핵산의 혼성화 산물 중에서 단일가닥으로 존재하는 부분은 절단된다. 따라서, 절단된 표적 핵산은 잘려나가거나 닉 (nick)의 형태로 존재할 수 있다. 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제는 단일가닥 산물 중의 미스매치가 존재하는 부위에서 표적 핵산 및 프로브 핵산 중 어느 하나 또는 모두 절단할 수 있다. 상기 프로브 핵산은 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제의 작용에 대하여 저항성을 갖는 결합을 갖는 것일 수 있다. 예를 들면, 포스포디에스테르 결합 대신에 포스포로티오에이트 결합을 갖는 핵산일 수 있다. 상기 포스포로티오에이트 결합을 갖는 핵산은 포스포디에스테르 결합 중의 연결에 관여하지 않은 산소 (nonbridging oxygen) 중 하나가 황으로 치환된 것이다. 상기 포스포로티오에이트 결합을 갖는 핵산은 S1 및 P1과 같은 단일가닥 특이적 뉴클레아제에 의한 작용에 현저한 저항성을 갖는다. 따라서, 표적 핵산의 미스매치 부위의 단일가닥을 선택적으로 절단할 수 있다. 배양 산물은 적절한 세척 버퍼로 세척될 수 있다. 상기 세척에 의하여, 절단된 표적 핵산 (또는 프로브 핵산) 또는 반응되지 않은 반응물은 제거될 수 있다.
상기 방법은 또한, 검출가능한 표지로 표지된 dNTP의 존재하에서 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제를 첨가하여 가닥치환 중합반응을 수행하는 단계를 포함한다. 상기 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제는 PolIII, Φ29, Bst DNA 폴리머라제, MMLV 역전사효소 및 Klenow 폴리머라제로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다. 상기 검출가능한 표지는 발광 신호를 발생시키는 표지, 방사성 신호를 발생 시키는 표지 또는 전기적 신호를 발생시키는 표지일 수 있다. 예를 들면, 상기 표지는 형광신호를 발생시키는 형광물질일 수 있다. 상기 형광물질에는 플루오레세인 (fluorescein), 로다민 (rhodamine), Cy3 및 Cy5를 포함하는 시아닌 (cyanines), 금속 포르피린 복합체가 포함될 수 있다. 플루오레세인 염료의 예에는, 6-카르복실플루오레세인 (6-FAM) 1, 2',4',1,4,-테트라클로로플루오레세인 (TET) 및 2',4',5',7',1,4-헥사클로로플루오레세인 (HEX), 2',7'-디메톡시-4',5'-디클로로-6-카르복시로다민 (JOE), 2'-클로로-5'-플루오로-7',8'-융합된 페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인, 2'-클로로-7'-페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인이 포함된다. 플루오레세인과 로다민 염료는 1,4-디클로로 치환기를 가질 수 있다. 상기 중합 반응의 조건은 선택되는 가닥 치환 폴리머라제에 따라 적절하게 선택될 수 있다. 중합 반응에 의하여, 검출가능한 표지로 표지된 표적핵산과 프로브 핵산의 하이브리드, 또는 검출가능한 표지로 표지된 프로브 핵산과 표적핵산의 하이브리드가 형성된다. 그러나, 특정한 기작에 한정되는 것은 아니다.
상기 방법은 또한, 상기 프로브 핵산이 고정된 각 영역에서 가닥치환 중합 산물로부터 신호를 측정하는 단계를 포함한다. 상기 신호의 측정은 선택되는 검출가능한 표지에 따라 적절하게 측정될 수 있다. 예를 들면, 형광물질로 표지된 경우, 적절한 여기광으로 여기시키고, 여기된 형광물질로부터 나오는 형광을 측정할 수 있다. 예를 들면, Cy-3인 경우, 약 550nm에서 여기시키고, 약 570nm에서 형광을 측정하는 것일 수 있다.
상기 방법은, 또한, 상기 신호의 강도로부터 표적 핵산의 서열을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 서열분석은, 제1 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 없고, 제2 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 검출되는 경우, 상기 표적 핵산은 제1 프로브 핵산과 상보적인 서열을 가진 것으로 결정하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. SNP 유전자형 분석을 위한 프로브 핵산을 예를 들어 설명하면, 상기 제1 프로브 핵산과 제2 프로브 핵산은 SNP에 대응되는 부위 (이하 타이핑 부위 (typing site)라고도 함)에 대하여만, 뉴클레오티드 서열의 변이가 있는 것일 수 있다. 즉, SNP에 대응되는 부위에 대하여 뉴클레오티드 서열이 A, T, G 또는 C이고 나머지 영역의 서열은 동일한 것인 4개의 프로브 세트일 수 있다. 표적 핵산이 호모형 표적 핵산 (homozyguous target nucleci acid)인 경우, 상기 4개의 프로브 세트 중 하나의 프브로 핵산 (제1 프로브 핵산에 해당함)은 표적 핵산과 완전 상보적이어서 신호가 나오지 않으며, 완전 상보적이지 않은 나머지 3개의 프르브 핵산 (제2 프로브 핵산에 해당함)은 신호가 발생할 것이다. 따라서, 표적 핵산은 신호가 발생하지 않은 영역의 프로브 핵산에 상보적인 서열을 갖는 것으로 결정할 수 있다. 또한, 표적 핵산이 헤테로형 표적 핵산 (heterozyguous target nucleci acid)인 경우, 상기 4개의 프로브 세트 중 두 개의 프브로 핵산 (제1 프로브 핵산에 해당함)은 표적 핵산과 완전 상보적이어서 신호가 나오지 않으며, 완전 상보적이지 않은 나머지 2개의 프르브 핵산 (제2 프로브 핵산에 해당함)은 신호가 발생할 것이 다. 따라서, 표적 핵산은 신호가 발생하지 않은 2개 영역의 프로브 핵산에 상보적인 서열을 갖는 것으로 결정할 수 있다.
또한, 상기 서열분석은, 제2 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 없고, 제1 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 검출되는 경우, 상기 표적 핵산은 제2 프로브 핵산과 상보적인 서열을 가진 것으로 결정하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.
또한, 상기 서열의 분석은 대조군 실험으로부터 얻어진 신호 값과 비교하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 대조군 실험은 서열을 알고 있는 표적 핵산을 사용하는 것을 제외하고는 실험군과 동일하게 수행되는 것일 수 있다. 상기 대조군 실험에 있어서, 상기 표적 핵산은 제1 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것, 제2 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것, 또는 제1 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것 및 제2 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것의 혼합물인 것일 수 있다.
상기한 방법에 의하면, 표적핵산의 크기를 줄이기 위한 단계를 거치지 않을 수 있다. 또한, 표적 핵산을 표지한 후에 혼성화하는 단계를 포함하는 방법에 비하여 높은 민감도 및 특이도를 가질 수 있으며, 전체 반응시간이 짧은 수 있다.
다른 구체예는,
제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산이 각각 표면의 구분되는 영역에 고정되어 있는 기판으로서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것인 기판, 단일가닥 특이적 뉴클레아제, 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제, 표지된 뉴클레오티드 및 상기한 바에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 수행하기 위한 설명이 기재되어 있는 사용설명서를 포함하는, 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트를 제공한다.
기판, 단일가닥 특이적 뉴클레아제, 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제 및 표지된 뉴클레오티드에 대하여는 상기한 바와 같다. 상기 사용설명서는 상기한 바에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 수행하기 위한 설명이 기재된 것일 수 있다.
일 구체예에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법에 의하면, 표적 핵산의 서열을 효율적으로 분석할 수 있다.
일 구체예에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트에 의하면, 표적 핵산의 서열을 효율적으로 분석하는데 사용될 수 있다.
이하 하나이상의 구체예를 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
도 1은 일 구체예에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 도식적으로 나타낸 도면이다. 도 1에 나타낸 바와 같이, 기판 (100)상에 표적 핵산과 완전하게 매치되는 제1 프로브 (200) (완전 매치 프로브라고도 함)와 표적 핵산과 하나의 뉴 클레오티드가 상보적이지 않는 제2 프로브 (300) (미스매치 프로브라고도 함)가 고정화되어 있다. 도 1에는, 제1 프로브 및 제2 프로브가 하나의 뉴클레오티드가 다른, 즉, SNP를 분별하기 위한 프로브가 고정화되어 있으나, 반드시 하나의 뉴클레오티드 차이에 한정되는 것은 아니다. 도 1에서, 상기 프로브는 3' 말단이 기판에 고정되어 있고, 5' 말단이 노출되어 있으나, 그 반대의 경우도 가능하다. 표적핵산 (400)을 상기 프로브 핵산에 혼성화하면, 표적핵산과 제1 프로브 사이에는 완전한 매치된 혼성화 산물이 형성되고, 표적핵산과 제2 프로브 사이에는 불완전한 매치된 혼성화 산물이 형성된다. 다음으로, 단일가닥 특이적 뉴클레아제를 상기 혼성화 산물에 반응시켜, 표적 핵산의 단일가닥 부위가 절단되어 상기 혼성화 산물로부터 제거되거나, 상기 혼성화 산물 중에 닉 (nick)이 형성된다. 따라서, 상기 표적 핵산의 단일가닥 부위가 절단되어 상기 혼성화 산물로부터 제거되기 때문에, 상기 표적 핵산은 반드시 짧은 서열을 갖는 것, 예를 들면, 50bp 내지 500bp, 또는 50bp 내지 200bp인 것일 필요는 없으며, 게놈 서열 그 자체 또는 그의 단편이 그대로 사용될 수 있다.
다음으로, 상기 절단된 혼성화 산물에 가닥 치환 폴리머라제 (strand displacement polymerase)를 반응시켜, 절단된 단일가닥의 3'-OH를 통하여 검출가능한 표지로 표지된 뉴클레오티드를 연장한다. 그 결과, 검출가능한 표지로 표지된 표적핵산과 제1 프로브 핵산 사이의 하브리드가 형성된다. 상기 하이브리드는 검출가능한 표지로부터 나오는 검출 신호를 측정함으로써, 확인할 수 있다. 그 결과, 기판에 고정된 위치 및 프로브 서열 정보로부터 표적 핵산의 서열을 알 수 있다. 도 1에서는, 표적핵산에 닉이 형성되고 가닥 치환 중합 반응에 의하여 연장되는 것만이 기재되어 있으나, 프로브 핵산에 닉이 형성되고 프로브 핵산이 가닥 치환 중합 반응에 의하여 연장되는 것도 가능하다.
도 1은 일 구체예에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 도식적으로 나타낸 도면이다.

Claims (14)

  1. 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산이 각각 표면의 구분되는 영역에 고정되어 있는 기판으로서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것인 기판을 제공하는 단계;
    상기 기판 상의 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산에 표적 핵산을 혼성화시키는 단계;
    상기 혼성화 산물을 단일가닥 특이적 뉴클레아제와 함께 배양하여 단일가닥 부분을 절단하는 단계;
    검출가능한 표지로 표지된 dNTP의 존재하에서 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제를 첨가하여 가닥치환 중합반응을 수행하는 단계;
    상기 프로브 핵산이 고정된 각 영역에서 가닥치환 중합 산물로부터 신호를 측정하는 단계; 및
    상기 신호의 강도로부터 표적 핵산의 서열을 분석하는 단계를 포함하는, 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 2bp의 서열이 다른 것인 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 포스포디에스 테르 결합 대신에 포스포로티오에이트 결합을 갖는 핵산인 것인 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제는 S1 뉴클레아제 또는 P1 뉴클레아제인 것인 방법.
  5. 제1항에 있어서, 상기 표지된 dNTP는 Cy3 또는 Cy5로 표지된 것인 방법.
  6. 제1항에 있어서, 상기 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제는 PolIII, Φ29, Bst DNA 폴리머라제, MMLV 역전사효소 및 Klenow 폴리머라제로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  7. 제1항에 있어서, 제1 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 없고, 제2 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 검출되는 경우, 상기 표적 핵산은 제1 프로브 핵산과 상보적인 서열을 가진 것으로 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  8. 제1항에 있어서, 제2 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 없고, 제1 프로브 핵산이 고정된 영역으로부터는 신호가 검출되는 경우, 상기 표적 핵산은 제2 프로브 핵산과 상보적인 서열을 가진 것으로 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 서열의 분석은 대조군 실험으로부터 얻어진 신호 값과 비교하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  10. 제9항에 있어서, 상기 대조군 실험은 서열을 알고 있는 표적 핵산을 사용하는 것을 제외하고는 실험군과 동일하게 수행되는 것인 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 대조군 실험에 있어서, 상기 표적 핵산은 제1 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것, 제2 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것, 또는 제1 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것 및 제2 프로브 핵산에만 상보적인 서열을 포함하는 것의 혼합물인 것인 방법.
  12. 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산이 각각 표면의 구분되는 영역에 고정되어 있는 기판으로서, 상기 제1 프로브 핵산 및 제2 프로브 핵산은 1bp 내지 5bp의 서열이 다른 것인 기판, 단일가닥 특이적 뉴클레아제, 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제, 표지된 뉴클레오티드 및 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 따른 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법을 수행하기 위한 설명이 기재되어 있는 사용설명서를 포함하는, 표적 핵산의 서열을 분석하는 사용하기 위한 키트.
  13. 제12항에 있어서, 상기 단일가닥 특이적 뉴클레아제는 S1 뉴클레아제 또는 P1 뉴클레아제인 것인 키트.
  14. 제12항에 있어서, 상기 가닥 치환 활성을 갖는 폴리머라제는 PolIII, Φ29, Bst DNA 폴리머라제, MMLV 역전사효소 및 Klenow 폴리머라제로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 키트.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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KR20140006322A (ko) * 2012-07-03 2014-01-16 삼성전자주식회사 핵산의 염기 서열을 결정하는 방법

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