KR20050024321A - 벼의 품종 감별법 - Google Patents

Abstract

일본 내에서 재배 면적이 많은 24품종의 다형성 부위를 탐색하여 품종별로 비교했다. 그리고 이러한 품종을 간단하고도 신속하게 감별하기 위한 다형성 마커를 취득했다. 해당 마커는 품종별로 다른 패턴을 나타내고 조합함으로써 품종의 감별이 가능한 것으로 나타났다. 즉 벼 24품종의 감정이 가능한 분자 마커를 취득하는 데 성공했다. 해당 마커를 이용함으로써 DNA 레벨에서 유사 품종의 식별·특정이 가능해졌다.

Description

벼의 품종 감별법{Method of distinguishing rice varieties}

본 발명은 벼의 품종 감별 방법에 관한 것이다.

벼 혹은 쌀의 품종 감별에는 자란 키, 분얼수, 출수기(出穗期) 등의 재배 특성, 낟알 모양, 낟알 무게, 백도(whiteness) 등의 현미·정미 특성 및 식미 등의 취사 특성이 종래에 이용되어 왔다. 또 최근에는 이에 더해 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism: 제한효소 절편 길이 다형성)이나 CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence) 등의 분자 유전학적 해석에 의한 분별도 가능하다. 그러나 재배 특성에 의한 감별에는 숙련된 육종가의 눈이 필요하며 누구나 감별할 수 있는 것은 아니다. 또 현미·정미 특성은 통계적인 해석이 필수적이고 취사 특성은 어느 정도 분량의 쌀이 필요하며 한알 한알의 쌀을 감별하는 것은 불가능하다. 분자 유전학적 해석은 원리상 이 문제를 해결했지만 실제로는 관계가 먼 품종의 식별에는 유효하지만 유사한 품종간의 분자 마커의 확립이 어렵기 때문에 식별은 곤란하다.

단일염기 다형성(SNPs)이란, 정의상으로는 DNA 염기서열 상에 존재하는 1염기의 차이이지만, 실제로는 SSR(simple sequence repeat)나 삽입·결실(缺失) 변이도 포함하여 나타내는 경우가 많고 RFLP, CAPS 등의 분자 마커에서 검출할 수 있는 유전적 차이나, 형질등으로 반영되는 유전적 차이는 전부 SNPs에서 유래한다고 해도 과언은 아니다. SNPs 연구와 SNPs 판정 시스템은 최근 수년간 현저하게 진보하여 현재는 전기영동을 전혀 필요로 하지 않으며 PCR부터 판정까지 96웰플레이트 상에서 실행할 수 있는 판정 시스템도 개발되어 있고 종래의 분자 마커에 비해 현격히 효율적으로 유전자형을 판정할 수 있도록 되어 있다.

한편 식품 유통과정에서의 품질 표시 신뢰성이 문제가 되고 있는 요즈음, 쌀에 대해서도 예컨대 고시히카리로 판매되고 있는 쌀의 유통량이 전국의 고시히카리 작출량을 상회하는 등 쌀의 유통 과정에서 허위 표시가 이루어질 가능성을 부정할 수 없으며 소비자 혹은 소매업자의 입장에서도 정미의 정확한 품종 감별 및 혼합 비율의 검정이 요구되어 왔다.

도 1은 서열번호: 1로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 2는 서열번호: 2로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 3은 서열번호: 3으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 4는 서열번호: 4로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 5는 서열번호: 5로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 6은 서열번호: 6으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 7은 서열번호: 7로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 8은 서열번호: 8로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 9는 서열번호: 9로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 10은 서열번호: 10으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 11은 서열번호: 11로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 12는 서열번호: 12로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 13은 서열번호: 13으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위를 도시한 도면이고,

도 14는 서열번호: 14로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 15는 서열번호: 15로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 16은 서열번호: 16으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 17은 서열번호: 17로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 18은 서열번호: 18로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 19는 서열번호: 19로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위를 도시한 도면이고,

도 20은 서열번호: 20으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 21은 서열번호: 21로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 22는 서열번호: 22로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 23은 도 22의 연속 도면이고,

도 24는 서열번호: 23으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 25는 서열번호: 24로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 26은 서열번호: 25로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 27은 서열번호: 26으로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위를 도시한 도면이고,

도 28은 서열번호: 27로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 29는 서열번호: 28로 나타내는 염기서열에서의, 벼 24품종 간에 발견된 다형성 부위, 및 해당 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 프라이머 서열을 도시한 도면이고,

도 30은 정미로부터 추출한 DNA를 주형으로 한 PCR의 결과를 도시한 사진이다. 정미 샘플은 2000년산 이바라키현산 아키타코마치라고 표시되어 있는 시판되는 쌀이다. 사용한 PCR 프라이머는 PGC1001(U:5'-accgggtagggaaacaaaac-3'/서열번호:113, L:5'-aataatacttcggcgcatcg-3'/서열번호:114)이다. 이하의 방법으로 추출한 DNA를 주형으로 하여 PCR 반응을 실시하고 반응액을 1.5% 아가로스겔 전기영동에 의해 분리했다.

M: 분자량 마커(φX/HaeIII)

1: 방법 1(CTAB법)

2: 방법 2(알칼리+CTAB법)

3: 방법 3(간이 추출법)

4: 방법 4(간이 추출법+페놀·클로로포름 처리)

5: 방법 5(알칼리+간이 추출법)

6: 방법 6(알칼리+간이 추출법+페놀·클로로포름 처리)

7: 대조(하바타키 녹엽(綠葉)에서 CTAB법으로 추출한 DNA, 40ng)

8:대조(사사니시키 녹엽에서 CTAB법으로 추출한 DNA, 40ng)

본 발명은 이와 같은 상황을 감안하여 이루어진 것으로서, 그 목적은 벼 품종을 신속하고도 간편하게 감별할 수 있는 새로운 방법을 제공하는 데 있다. 보다 상세하게는 다형성(polymorphism) 마커를 이용한 효율적인 벼의 품종 감별 방법의 제공을 목적으로 한다.

본 발명자들은 상기 과제를 해결하기 위해 예의 연구를 실시했다. 우선 벼 게놈 시퀀스를 이용하고, 벼 게놈 염기서열 정보가 공개되어 있는 염색체 영역에 대해서는, 유전자가 예측되어 있지 않은 영역을 중심으로, 그밖의 영역에 대해서는 RFLP 마커 프로브의 시퀀스 등을 이용하여, 게놈 DNA로부터 800bp∼1kbp를 증폭시키는 프라이머를 설계했다. 설계한 프라이머를 사용하여 우선 닛폰바레·고시히카리·카사라스·광루아이(廣陸倭)4호(이하 G4), 기타아케 및 야생벼(Oryza rufipogon, W1943)의 간이 추출 DNA를 주형으로 하여 PCR 증폭시키고 시퀀스 반응 주형이라고 했다. 이 주형에 대해 싸이클 시퀀스를 실시하여 시퀀스용 샘플을 작성했다. 얻어진 시퀀스 데이터를 품종별로 비교하여 단일염기 치환다형성을 검색했다. 동일 품종, 동일 프라이머에 대해 적어도 2회의 시퀀스를 실시하여 확실한 것만 다형성으로 판정했다.

닛폰바레·고시히카리 사이 및 닛폰바레·기타아케 사이에서 다형성을 보인 부위에 대해서 닛폰바레·하츠시모·무츠호마레·유키노세이·키라라397·츠가루로망·고햐쿠만고쿠·모리노쿠마상·유메아카리·하나에치젠·고시히카리·츠키노히카리·아키타코마치·아사노히카리·아이치노카오리·마츠리바레·히노히카리·유메츠쿠시·히토메보레·마나무스메·후사오토메·돈토코이·기누히카리·사사니시키의 간이 추출 게놈 DNA를 주형으로 하여 동일하게 PCR 반응과 시퀀싱을 실시하여 다형성 부위의 염기를 품종별로 비교했다.

이어서 품종 감별에 유용한 SNPs에 대해 SNPs 검출용 프라이머를 설계하고 AcycloPrime-FP키트(Perkin Elmer)를 사용하여 단일 염기 터미네이터 반응을 실시하여 제노타이핑용 샘플을 작성했다. 제노타이핑는 ARVO(Perkin Elmer)로 형광 편광도를 측정하여 실행했다.

그 결과 시퀀스에서 SNPs로 판정한 부분에 대해서 작성한 마커는 각각 다른 패턴을 나타내며 조합에 의해 다양하게 분류할 수 있는 것으로 나타났다. 즉 벼 24품종의 감정이 가능한 다형성 마커를 취득하는 데 성공했다.

상기와 같이 본 발명자들은 일본 국내에서 작물심기 면적이 많은 24품종에서의 SNPs 부위를 탐색하여 이러한 품종을 간단하고도 신속하게 감별할 수 있는 다형성 마커를 작성함으로써 해당 다형성 마커를 이용한 신규의 벼 품종 감별 방법을 완성시켰다. 본 발명의 방법을 이용함으로써 DNA 레벨에서 유사 품종의 식별·특정이 가능해진다.

즉 본 발명은 벼 품종을 신속하고도 간편하게 감별할 수 있는 새로운 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는,

〔1〕이하의 공정 (a) 및 (b)를 포함하는, 벼 품종을 감별하는 방법.

(a) 벼 게놈에서의 이하의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 염기 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 부위의 염기 종류를 판정하는 공정,

(1) 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치

(2) 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치

(3) 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치

(4) 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치

(5) 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치

(6) 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치

(7) 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치

(8) 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치

(9) 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치

(10) 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치

(11) 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치

(12) 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치

(13) 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치

(14) 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치

(15) 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치

(16) 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치

(17) 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치

(18) 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치

(19) 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치

(20) 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치

(21) 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치

(22) 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치

(23) 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치

(24) 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치

(25) 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치

(26) 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치

(27) 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치

(28) 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치

(b) 상기 공정 (a)에 의해 판정된 염기 종류와 품종을 관련짓는 공정

〔2〕벼 게놈에서의 이하의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 염기 변이를 특징으로 하는 다형성 마커를 사용하여 염기 종류의 판정을 하는,〔1〕에 기재된 방법,

(1) 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치의 염기가 T

(2) 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치의 염기가 T

(3) 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치의 염기가 A

(4) 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치의 염기가 C

(5) 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 C

(6) 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치의 염기가 C

(7) 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치의 염기가 C

(8) 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치의 염기가 G

(9) 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치의 염기가 G

(10) 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치의 염기가 A

(11) 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치의 염기가 A

(12) 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치의 염기가 T

(13) 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치의 염기가 T

(14) 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치의 염기가 G

(15) 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치의 염기가 A

(16) 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치의 염기가 A

(17) 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 A

(18) 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치의 염기가 C

(19) 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치의 염기가 G

(20) 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치의 염기가 G

(21) 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치의 염기가 C

(22) 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치의 염기가 C

(23) 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치의 염기가 C

(24) 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치의 염기가 A

(25) 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치의 염기가 T

(26) 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치의 염기가 C

(27) 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치의 염기가 G

(28) 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치의 염기가 T

〔3〕이하의 (a)∼(c)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 조제하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위 또는 해당 부위에서의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 증폭시킨 DNA의 염기서열을 결정하는 공정

〔4〕이하의 (a)∼(d)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b) 제조한 DNA를 제한 효소에 의해 절단하는 공정

(c) DNA 단편을 그 크기에 따라 분리하는 공정

(d) 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교하는 공정

〔5〕이하의 (a)∼(e)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 증폭시킨 DNA를 제한 효소에 의해 절단하는 공정

(d) DNA 단편을 그 크기에 따라 분리하는 공정

(e) 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교하는 공정

〔6〕이하의 (a)∼(e)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 증폭시킨 DNA를 1본쇄(single-stranded)로 해리시키는 공정

(d) 해리시킨 1본쇄 DNA를 비변성 겔 상에서 분리하는 공정

(e) 분리한 1본쇄 DNA의 겔 상에서의 이동도를 대조구와 비교하는 공정

〔7〕이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 근방의 염기서열과 상보적인 올리고뉴클레오티드에, 리포터 형광과 소광자(quencher) 형광 2개를 표지한 프로브를 2종류 합성하는 공정

(c) 공정 (a)에서 제조한 DNA에, 공정(b)에서 합성한 프로브를 하이브리다이제이션시키는 공정

(d)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(e) 리포터 형광의 발광을 검출하는 공정

(f) 공정 (e)에서 검출한 리포터 형광의 발광을 대조구와 비교하는 공정

〔8〕이하의 (a)∼(h)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 3'측 염기서열과 상보적인 서열, 및 전혀 무관한 서열을 합친 프로브를 합성하는 공정

(c)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위로부터 5' 말단측이 상보적인 프로브를 합성하는 공정

(d) 공정 (c)에서 합성한 프로브와 공정 (a)에서 제조한 DNA와 하이브리다이제이션시키는 공정

(e) 공정 (d)에 하이브리다이제이션된 DNA를 1본쇄 DNA 절단 효소로 절단하고, 공정 (b)에서 합성한 프로브의 일부를 유리시키는 공정

(f) 공정 (e)에서 유리된 프로브와, 검출용 프로브를 하이브리다이제이션시키는 공정

(g) 공정 (f)에 하이브리다이제이션된 DNA를 효소적으로 절단하고, 그 때에 발생하는 형광의 강도를 측정하는 공정

(h) 공정 (g)에 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교하는 공정

〔9〕이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 증폭시킨 DNA를 1본쇄로 해리시키는 공정

(d) 해리시킨 1본쇄 DNA 중 한쪽 쇄만을 분리하는 공정

(e)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위 근처에서부터 1염기씩 신장 반응을 행하고, 그 때에 생성되는 피롤린산을 효소적으로 발광시켜 발광 강도를 측정하는 공정

(f) 공정 (e)에서 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교하는 공정

〔10〕이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성하는 공정

(d) 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 행하는 공정

(e) 형광의 편광도를 측정하는 공정

(f) 공정 (e)에서 측정한 형광의 편광도를 대조구와 비교하는 공정

〔11〕이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에의 염기 부위에 인접하는 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성하는 공정

(d) 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서, 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 하는 공정

(e) 시퀀서를 이용하여 공정 (d)에서 반응에 사용된 염기 종류를 판정하는 공정

(f) 공정 (e)에서 판정된 염기 종류를 대조구와 비교하는 공정

〔12〕이하의 (a)∼(d)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 공정 (b)에 증폭시킨 DNA를 질량 분석기에 걸어 분자량을 측정하는 공정

(d) 공정 (c)에 측정한 분자량을 대조구와 비교하는 공정

〔13〕이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는,〔1〕또는〔2〕에 기재된 판정 방법,

(a) 피검 벼에서 DNA를 제조하는 공정

(b)〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

(c) 뉴클레오티드 프로브가 고정된 기판을 제공하는 공정

(d) 공정 (b)의 DNA와 공정(c)의 기판을 접촉시키는 공정

(e) 해당 DNA와 해당 기판에 고정된 뉴클레오티드 프로브와의 하이브리다이제이션 강도를 검출하는 공정

(f) 공정 (e)에서 검출된 강도를 대조구와 비교하는 공정

〔14〕이하의 공정 (a) 및 (b)를 더 포함하는,〔1〕∼〔13〕중 어느 하나에 기재된 방법,

(a) 알칼리성의 수성 용매중에서 벼의 종자를 분쇄하는 공정,및

(b) 상기 공정 (a)에서 분쇄한 종자로부터 벼 게놈 DNA를 추출하는 공정

〔15〕종자가 정미되어 있는〔14〕에 기재된 방법,

〔16〕벼의 품종을 감별하기 위한 프라이머(또는 벼 품종 감별용 시약)로서,

(a) 벼 게놈에서의〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 올리고뉴클레오티드, 또는

(b) 벼 게놈에서의〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 염기서열을 갖는 뉴올리고뉴클레오티드,

〔17〕〔1〕에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역과 하이브리다이제이션되고, 적어도 15뉴클레오티드의 사슬길이를 갖는, 벼의 품종을 감별하기 위한 올리고뉴클레오티드(또는 벼 품종 감별용 시약),

〔18〕〔16〕또는〔17〕에 기재된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 벼 품종 감별용 키트,

〔19〕알칼리성 수성 용매를 더 포함하는,〔18〕에 기재된 벼 품종 감별용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명자들은, 벼 24품종의 시퀀스 서열을 해석함으로써 이들 벼의 품종을 정확하게 감별할 수 있는 다형성 마커를 발견했다. 본 발명자들에 의해 발견된, 벼 게놈에서의 다형성 부위를 포함하는 DNA 영역을 서열번호:1∼28에 기재한다. 또 각 다형성 부위의 위치를 도 1∼29 및 표 8, 9에 기재한다.

본 발명은 벼의 품종을 감별하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 우선,본 발명자들에 의해 발견된 벼 24품종의 게놈 상의 다형성 부위에 대해 염기 종류의 판정을 실시한다. 보다 구체적으로는 벼 게놈의 이하의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 염기 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 부위의 염기 종류를 판정한다(공정 (A)).

(1) 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치

(2) 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치

(3) 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치

(4) 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치

(5) 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치

(6) 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치

(7) 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치

(8) 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치

(9) 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치

(10) 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치

(11) 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치

(12) 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치

(13) 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치

(14) 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치

(15) 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치

(16) 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치

(17) 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치

(18) 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치

(19) 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치

(20) 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치

(21) 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치

(22) 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치

(23) 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치

(24) 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치

(25) 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치

(26) 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치

(27) 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치

(28) 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치

당업자라면 통상 본 명세서에 나타난 염기서열 및 다형성 부위 등에 관한 정보로부터 적절히 해당 다형성 부위에 상당하는 실제 게놈 상의 위치를 용이하게 알 수 있다. 예를 들면 공개되어 있는 게놈 데이터 베이스 등을 조회함으로써 본 발명의 다형성 부위의 게놈 상의 위치를 알 수 있다. 즉 서열표에 게시된 염기서열과 게놈 상의 실제 염기서열과의 사이에서 약간 염기서열이 다른 경우라 해도 서열표에 게시한 염기서열을 토대로 게놈서열과 상동 검색 등을 실시함으로써 본 발명의 다형성 부위에 대해서 실제의 게놈 상의 위치를 정확하게 알 수 있다.

더욱이 게놈에서의 DNA는 통상 서로 상보적인 2본쇄 DNA 구조를 가지고 있다. 따라서 본 명세서에서는 편의를 위해 한쪽 쇄의 DNA서열을 나타낸 경우라 해도 당연히 해당 서열(염기)에 상보적인 서열도 개시한 것으로 해석된다. 당업자라면 한쪽 DNA서열(염기)을 알면 해당 서열(염기)에 상보적인 서열(염기)도 알 수 있다.

본 발명에서의 「다형성」은 단일 염기의 치환, 결실, 삽입 변이로 이루어진 단일 염기 다형성(SNPs)에 한정되지 않으며 연속하는 여러 염기의 치환, 결실, 삽입 변이도 포함된다. 본 발명의 「다형성 마커」란, 다형성 부위에서의 염기 변이(다형성 변이)에 관한 정보를 말한다. 보다 구체적으로는 본 발명의 다형성 마커란, 벼의 품종인 「닛폰바레」의 게놈서열과 다른 품종의 게놈서열을 비교했을 때 발견되는 염기서열 변이에 관한 정보로서, 벼 품종 감별에 이용 가능한 것을 가리킨다. 본 발명에 있어서 염기 종류의 판정에 사용되는 다형성 마커란, 바람직하게는 하기의 (1')∼(28')에서 나타내는 다형성 마커를 가리킨다. 즉 본 발명의 바람직한 태양에서는 하기의 (1')∼(28')에서 나타내는 다형성 마커를 이용함으로써 벼 품종을 감별한다.

(1') 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치의 염기가 T. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치의 염기 부위의 C에서 T로의 변이이다.

(2') 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치의 염기가 T. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치의 염기 부위의 A에서 T로의 변이이다.

(3') 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(4') 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치의 염기 부위의 T에서 C로의 변이이다.

(5') 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치의 염기 부위의 T에서 C로의 변이이다.

(6') 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624∼626위치의 염기 부위의 결실 변이이다.

(7') 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치의 염기 부위의 A에서 C로의 변이이다.

(8') 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치의 염기가 G. 보다 상세하게는,「닛폰바레」게놈에서의 서열번호:8에 기재된 염기서열의 358위와 389위치의간의 염기 부위로의, GT의 삽입 변이이다.

(9') 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치의 염기가 G. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치의 염기 부위의 T에서 G로의 변이이다.

(10') 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(11') 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612 및 613위치의 염기 부위의 CA에서 AG로의 변이이다.

(12') 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치의 염기가 T. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치의 염기 부위의, G에서 T로의 변이이다.

(13') 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치의 염기가 T. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치의 염기 부위의 G에서 T로의 변이이다.

(14') 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치의 염기가 G. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치의 염기 부위의 A에서 G로의 변이이다.

(15') 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(16') 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호:16에 기재된 염기서열의 247위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(17') 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(18') 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치의 염기 부위의 A에서 C로의 변이이다.

(19') 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치의 염기가 G. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치의 염기 부위의 결실 변이이다.

(20') 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치의 염기가 G. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치의 염기 부위의 A에서 G로의 변이이다.

(21') 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치의 염기 부위의 T에서 C로의 변이이다.

(22') 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치의 염기 부위의 T에서 C로의 변이이다.

(23') 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치의 염기 부위의 G에서 C로의 변이이다.

(24') 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치의 염기가 A. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치의 염기 부위의 G에서 A로의 변이이다.

(25') 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치의 염기가 T. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치의 염기 부위의 C에서 T로의 변이이다.

(26') 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치의 염기가 C. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치의 염기 부위의 G에서 C로의 변이이다.

(27') 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치의 염기가 G. 보다 상세하게는「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치의 염기 부위의 A에서 G로의 변이이다.

(28') 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치의 염기가 T. 보다 상세하게는,「닛폰바레」게놈에서의 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치의 염기 부위의 C에서 T로의 변이이다.

본 발명에 있어서「염기 종류를 판정한다」란, 통상 품종을 감별하고 싶은 벼(이하「피검 벼」라고 기재하기도 함)의 게놈 상의 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위에서의 염기의 종류를 결정하는 것을 가리키지만, 반드시 염기의 구체적인 종류까지 결정할 필요는 없다. 피검 벼의 게놈에서의 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위의 염기 종류를 구체적으로 결정할 수 없어도 닛폰바레과 동일한지 여부를 판명하면 벼 품종의 감별이 가능하다.

본 발명의 방법에서는 이제 상기 공정 (a)에 의해 판정된 염기 종류과 품종을 연관시킨다(공정(B)).

본 발명의 방법에 있어서, 감별이 가능한 벼 품종은 다음과 같다(본 명세서에서는 각 품종명을 각각 괄호 내에 나타낸 바와 같이 약칭 기재하기도 함).닛폰바레(nhb), 하츠시모(hts), 무츠호마레(mth), 유키노세이(yki), 키라라397(krr), 츠가루로망(tgr), 고햐쿠만고쿠(ghm), 모리노쿠마상(mnk), 유메아카리(yma), 하나에치젠(hez), 고시히카리(ksh), 츠키노히카리(tkh), 아키타코마치(akk), 아사노히카리(ash), 아이치노카오리(ank), 마츠리바레(mtb), 히노히카리(hnh), 유메츠쿠시(ymt), 히토메보레(hit), 마나무스메(mmm), 후사오토메(fom), 돈토코이(don), 기누히카리(knh), 사사니시키(ssk), 아케보노(akb),고로피카리(grp).

본 발명의 감별 방법은, 통상 품종 불명의 벼에 대해서 상기 품종 중에서 품종명을 특정하거나, 또는 상기 품종인지 여부를 판별하기 위해 이용할 수 있다.

본 발명자들은 상기 벼 품종에 대해서 벼 게놈에서의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류를 결정하여 다형성 마커를 작성했다. 이러한 다형성 마커의 상세(다형성 마커의 명칭 및 각 벼 품종에서의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류)을 표 1에 도시한다.

<표 1>

본 발명에서는 피검 벼의 게놈에서의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류를 결정함으로써 표 1에 도시한 각 벼 품종에서의 염기 종류 데이터에 기초하여 벼 품종을 판정할 수 있다. 본 발명의 바람직한 태양에서는 상기 (1')∼(28')에 기재된 다형성 마커를 이용하여 염기 종류를 판정한다. 본 방법에서는 반드시 상기 (1)∼(28)의 기재된 모든 부위에 대해서 염기 종류를 결정할 필요는 없다. 예를 들면 다형성 마커「S0124」를 이용하여 상기 (10)의 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치의 염기 종류를 판정하고, 판정된 염기가 A(아데닌)인 경우에는 피검 벼의 품종은「키라라397」로 판정된다. 또 다형성 마커「S0126」및「S0015」를 사용해 염기 종류를 판정하고, 상기 (9)의 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치의 염기 종류가 G이고, 또한 상기 (1)의 서열번호:1 에 기재된 염기서열의 593위치의 염기 종류가 C인 경우에는 피검 벼의 품종은「유키노세이」로 판정된다. 이와 같이 결정된 피검 벼 게놈의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류으로부터, 본 발명에 의해 제공되는 표 1에 기초하여 벼 품종을 판정하는 것은 당업자라면 용이하게 실행할 수 있는 것이다.

또 본 발명의 방법으로는 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위에서 반드시 염기 종류를 결정할 필요는 없으며 피검 벼의 게놈에서의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위와 염기 종류가, 닛폰바레에서의 해당 부위의 염기 종류과 동일한지 여부를 조사함으로써 벼 품종을 감별할 수 있다. 본 발명의 바람직한 태양에서는, 상기 (1')∼(28')에 기재된 다형성 마커를 이용하여 피검 벼의 게놈에서의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류가, 닛폰바레에서의 해당 부위의 염기 종류과 동일한지 여부에 기초하여 벼 품종을 판정한다.

본 발명자들은, 벼의 상기 각 품종에 대해서 상기 (1)∼(28)에 기재된 각 부위의 염기 종류가,「닛폰바레」의 해당 부위에서의 염기 종류과 동일한지 여부를 조사하여 상술한 각 품종을 감별할 수 있는 다형성 마커의 조합을 결정했다 (표 2∼7). 표 2∼7의 회색톤 부분이 각 품종을 감별할 수 있는 다형성 마커의 조합예이다. 반드시 표 2∼7에 언급한 다형성 마커의 조합으로 한정되는 것은 아니며, 당업자라면 본 발명에 의해 제공되는 26품종의 벼 게놈의 상기 (1)∼(28)에 기재된 부위의 염기 종류에 관한 정보로부터, 품종 감별에 사용할 수 있는 다형성 마커의 조합을 적절히 선택할 수 있다. 표 중 ○는「닛폰바레」와의 일치를 나타내고 ×는「닛폰바레」와의 불일치를 나타낸다.

<표 2>

<표 3>

<표 4>

<표 5>

<표 6>

<표 7>

예를 들면 피검 벼에 대해, 다형성 마커「S0135」를 이용하여 상기 (12)의 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치의 염기 종류를 판정하여 해당 부위의 염기 종류가「닛폰바레」에서의 해당 부위의 염기 종류과 불일치하고, 또 다형성 마커「S0208」을 사용하여 염기 종류를 판정하여 상기 (19)의 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치의 염기 종류가「닛폰바레」와 일치하는 경우에는, 피검 벼의 품종은「후사오토메」로 판정된다. 상기 (1')∼(28')에 기재된 각 다형성 마커를 사용하여 상기 (1)∼(28)에 기재된 각 염기 부위에서의 염기 종류를 판정하여 해당 부위에서의 염기 종류가「닛폰바레」에서의 해당 부위의 염기 종류과 일치하는지 여부가 판명되면 표 2∼7를 참조하여 피검 벼의 품종을 용이하게 판정할 수 있다.

본 발명의 상기 공정(A)의 염기 종류의 판정은, 당업자라면 주지의 염기서열 결정법 또는 다형성 변이 검출법 등에 의해 실시할 수 있다. 예를 들면 본 발명의 바람직한 태양에서 아래와 같은 방법으로 실행할 수 있다. 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다. 본 발명에서 피검 벼로는 예를 들면 상기 벼의 잎, 뿌리, 종자, 캘러스(callus), 엽초(leaf sheath), 배양 세포 등을 들 수 있지만 이들에 한정되지는 않는다. 또 당업자라면 DNA를 상기 피검벼에서 추출한 염색체 DNA를 토대로 제조할 수 있다. 예를 들면 알칼리성 수성 용매 중에서 벼의 종자를 분쇄한 후 분쇄한 종자로부터 벼 게놈DNA를 추출하는 방법을 바람직하게 개시할 수 있지만 특별히 이 방법으로 제한되지 않는다. 또 상기 종자는 정미되어 있는 것이 바람직하다.

계속해서 본 방법에서는 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다. 본 발명에서 DNA의 증폭 방법으로는 PCR법을 들 수 있지만 DNA를 증폭시킬 수 있는 방법이라면 특별히 제한되지 않는다.

본 방법에서는 계속해서 증폭시킨 DNA의 염기서열을 결정한다. DNA의 염기서열 결정은 당업자의 주지의 방법으로 할 수 있다.

본 방법에서는 계속해서 결정한 DNA의 염기서열을 대조구와 비교한다. 본 방법에서의 대조란, 통상「닛폰바레」이고 서열번호: 1∼28에 기재된 서열이다. 혹은 당업자라면, 각종 유전자 데이터베이스 또는 문헌 등으로부터 야생형 닛폰바레 게놈의 염기서열 정보를 취득할 수도 있다. 본 방법에서는 대조구와 비교함으로써 피검 벼의 게놈에 다형성을 갖는지 여부를 판정한다.

본 발명의 벼 품종 감별 방법은, 상기와 같이 직접 피검벼 유래 DNA의 염기서열을 결정하는 방법 이외에 다형성의 검출이 가능한 여러가지 방법에 따라 실행할 수 있다. 예를 들면 본 발명의 벼 품종 감별 방법은 이하와 같은 방법에 의해 실행할 수도 있다.

우선 피검 벼에서 DNA를 제조한다. 그리고 나서 제조한 DNA를 제한 효소에 의해 절단한다. 이어서 DNA 단편을 그 크기에 따라 분리한다. 이어서 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교한다. 또 다른 일태양에서는 우선 피검 벼에서 DNA를 제조한다. 그리고 나서 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다. 그리고 증폭시킨 DNA를 제한 효소에 의해 절단한다. 이어서 DNA 단편을 그 크기에 따라 분리한다. 이어서 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교한다.

이와 같은 방법으로는, 예를 들면 RFLP를 이용한 방법이나 PCR-RFLP법 등을 들 수 있다. 구체적으로는 제한 효소의 인식 부위에 변이가 존재하는 경우, 혹은 제한 효소 처리에 의해 생기는 DNA 단편 내에 염기 삽입 또는 결실이 있는 경우, 제한 효소 처리 후에 생기는 단편의 크기가 대조구와 비교해 변화된다. 이 변이를 포함하는 부분을 PCR법에 의해 증폭시키고 각각의 제한 효소로 처리함으로써 이러한 변이를 전기영동 후의 밴드 이동도의 차(差)로서 검출할 수 있다. 혹은 염색체 DNA를 이러한 제한 효소에 의해 처리하여 전기영동한 후, 본 발명의 올리고뉴클레오티드를 사용하여 서던 블로팅함으로써 변이 유무를 검출할 수 있다. 사용되는 제한 효소는 각각의 변이에 따라 당업자가 적절히 선택할 수 있다.

또 다른 방법에 있어서는, 우선 피검 벼에서 DNA를 제조한다. 그리고 나서 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다. 또 증폭시킨 DNA를 1본쇄로 해리시킨다. 이어서 해리시킨 1본쇄 DNA를 비변성 겔 상에서 분리한다.분리한 1본쇄 DNA의 겔 상에서의 이동도를 대조구와 비교한다.

상기 방법으로는, 예를 들면 PCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism, 1본쇄 고차 구조 다형성)법(Cloning and polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism analysis of anonymous Alu repeats on chromosome 11. Genomics. 1992 Jan 1;12(1):139-146., Detection of p53 gene mutations in human brain tumors by single-strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products. Oncogene. 1991 Aug 1; 6(8): 1313-1318., Multiple fluorescence-based PCR-SSCP analysis with postlabeling., PCR Methods Appl.1995 Apr1; 4(5): 275-282.)을 들 수 있다. 이 방법은 조작이 비교적 간편하고 또 피검 시료의 분량도 적게 드는 등의 이점이 있기 때문에 특히 다수의 DNA 시료를 스크리닝하기에 적합하다. 그 원리는 다음과 같다. 2본쇄 DNA 단편을 1본쇄로 해리하면 각 쇄는 그 염기서열에 따라서 독자적인 고차 구조(conformation)를 형성한다. 이 해리한 DNA 사슬을 변성제를 포함하지 않는 폴리아크릴아미드겔 중에서 전기영동하면, 각각의 고차 구조의 차에 따라 상보적인 동일 사슬 길이의 1본쇄 DNA가 다른 위치로 이동한다. 1염기의 치환에 의해서도 이 1본쇄 DNA의 고차 구조는 변화되어 폴리아크릴아미드겔 전기영동에 있어서 다른 이동도를 나타낸다. 따라서 이 이동도의 변화를 검출함으로써 DNA 단편에 점돌연변이나 결실 또는 삽입 등에 의한 변이가 존재하는 것을 검출할 수 있다.

구체적으로는 우선 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 PCR법 등에 의해 증폭시킨다. 증폭되는 범위로는 통상 200∼400bp 정도의 길이가 바람직하다. PCR은 당업자라면 반응 조건 등을 적절히 선택하여 실행할 수 있다. PCR 시, ³²P 등의 동위원소, 형광 색소 또는 비오틴 등에 의해 표지한 프라이머를 사용함으로써 증폭DNA 산물을 표지할 수 있다. 혹은 PCR 반응액에 ³²P 등의 동위원소,형광 색소, 또는 비오틴등에 의해 표지된 기질염기를 더해 PCR을 실행함으로써 증폭DNA 산물을 표지하는 것도 가능하다. 또 PCR 반응 후에 클레노우(klenow) 효소 등을 사용하여 ³²P 등의 동위원소, 형광 색소 또는 비오틴 등에 의해 표지된 기질염기를 증폭 DNA 단편에 부가함으로써 역시 표지을 실행할 수 있다. 이렇게 해서 얻어진 표지 DNA 단편을, 열을 가함으로써 변성시키고 요소 등의 변성제를 포함하지 않는 폴리아크릴아미드겔에 의해 전기영동을 실행한다. 이 때 폴리아크릴아미드겔에 적당량(5∼10% 정도)의 글리세롤을 첨가함으로써 DNA 단편의 분리 조건을 개선할 수 있다. 또 영동조건은 각 DNA 단편의 성질에 의해 변동되지만 통상 실온(20∼25℃)에서 실행하고, 바람직한 분리를 얻을 수 없을 때에는 4∼30℃의 온도에서 최적의 이동도를 부여하는 온도를 검토한다. 전기영동 후 DNA 단편의 이동도를, X선 필름을 사용한 오토라디오그래피나 형광을 검출하는 스캐너 등으로 검출하여 해석한다. 이동도에 차가 있는 밴드가 검출된 경우, 이 밴드를 직접 겔에서 잘라내어 PCR에 의해 다시 한번 증폭하고 그것을 직접 시퀀싱함으로써 변이 존재를 확인할 수 있다. 또 표지한 DNA를 사용하지 않는 경우에도 전기영동 후의 겔을 에티듐 브로마이드나 은 염색법 등에 의해 염색함으로써 밴드를 검출할 수 있다.

또 다른 방법에서는 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다(공정(a)). 이어서 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 근방의 염기서열과 상보적인 올리고뉴클레오티드에, 리포터 형광과 소광자 형광의 2개를 표지한 프로브를 2종류 합성한다(공정(b)). 그 다음에 공정 (a)에서 제조한 DNA에, 공정 (b)에서 합성한 프로브를 하이브리다이제이션시킨다(공정(c)). 그리고 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정(d)). 그 다음에 리포터 형광의 발광을 검출한다(공정(e)). 이어서 공정(e)에서 검출한 리포터 형광의 발광을 대조구와 비교한다(공정(f)).

상기 방법으로는 TaqMan PCR법(SNP유전자 다형성의 전략, 마츠바라 겐이치·사카키 요시유키, 나카야마 서점, p94-105, GenetAnal.(1999)14:143-149) 등을 들 수 있다. 구체적으로는 우선 프로브의 5' 말단에 리포터 형광을 표지한다. 본 발명에서 리포터 형광으로는 FAM이나 VIC 등을 예시할 수 있지만 이들에 한정되지는 않는다. 또 상기 프로브의 3' 말단에 소광제 형광을 표지한다. 본 발명에서 소광제 형광으로는 리포터 형광을 소광할 수 있는 물질이라면 특별히 제한되지 않는다. 그 다음에 리포터 형광과 소광제 형광을 표지한 프로브를, 제조한 DNA에 하이브리다이제이션시킨다. 통상 하이브리다이제이션은 엄격한(stringent) 조건하에 실행한다. 엄격한 조건이란, 예를 들면 통상 42℃, 2×SSC, 0.1% SDS의 조건으로서, 바람직하게는 50℃, 2×SSC, 0.1% SDS의 조건이고, 더욱 바람직하게는 65℃, 0.1×SSC 및 0.1% SDS의 조건이지만 이러한 조건으로 특별히 제한되지는 않는다. 하이브리다이제이션의 엄격함(stringency)에 영향을 주는 요소로는 온도나 염농도 등 여러가지 요소를 생각할 수 있으며 당업자라면 이들 요소를 적절히 선택함으로써 최적의 엄격함을 실현할 수 있다.

그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를, 5' 뉴클레아제 활성을 갖는 DNA 폴리메라아제를 사용해 증폭시킨다. 그 결과 리포터 형광과 소광제 형광을 표지한 프로브의 리포터 형광 표지부분이 절단되어 리포터 형광이 유리된다. 본 발명에서 5' 뉴클레아제 활성을 갖는 DNA 폴리메라아제로는 바람직하게는 Taq DNA 폴리머라아제를 예시할 수 있지만 이에 한정되는 것은 아니다. 본 방법에서는 이어서 유리된 리포터 형광을 검출하고 또 그 리포터 형광의 발광을 대조구와 비교한다.

또 다른 방법에서는 우선 피검 벼에서 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 3'측 염기서열과 상보적인 서열, 및 전혀 무관한 서열을 합친 프로브를 합성한다(공정 (b)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위로부터 5' 말단측이 상보적인 프로브를 합성한다(공정 (c)). 그 다음에 공정 (c)에서 합성한 프로브와 공정 (a)에서 제조한 DNA를 하이브리다이제이션시킨다(공정 (d)). 그 다음에 공정 (d)에서 하이브리다이제이션된 DNA를 1본쇄 DNA 절단효소로 절단하고 공정 (b)에서 합성한 프로브의 일부를 유리시킨다(공정 (e)). 본 발명에서 1본쇄 DNA 절단효소로는 특별히 제한은 없으며 예를 들어 하기의 클리베이즈(cleavase)를 예시할 수 있다. 그 다음에 본 발명에서는 공정 (e)에서 유리된 프로브와 검출용 프로브를 하이브리다이제이션시킨다(공정 (f)). 그 다음에 공정 (f)에서 하이브리다이제이션된 DNA를 효소적으로 절단하여 그 때에 발생하는 형광의 강도를 측정한다(공정 (g)). 그 다음에 공정 (g)에서 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교한다(공정 (h)).

상기 방법으로는 예를 들면 인베이더(Invader)법(SNP 유전자 다형성의 전략, 마츠바라 겐이치·사카키 요시유키, 나카야마 서점, p94-105, Genome Research (2000)10:330-343) 등을 들 수 있다. 구체적으로는 우선 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위로부터 3'측이 주형과 상보적인 서열이고, 5'측이 주형 서열과 무관한 서열(플랩)을 갖는 프로브(프로브 A)를 합성한다. 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위로부터 5'측이 주형과 상보적인 서열을 갖는 프로브(프로브 B)를 합성한다. 프로브 B에서는 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 대응하는 염기는 임의로 선택할 수 있다. 그 다음에 이들 프로브를 제조한 주형 DNA에 하이브리다이제이션시킨다. 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 대응하는 프로브 B의 염기가 침입함으로써 5' 말단이 플랩 모양으로 되어 있는 부분을 인식하여 해당 부위에 대응하는 프로브 A의 염기의 3'측을 절단하는 엔도뉴클레아제(cleavase)를 사용해 하이브리다이제이션된 DNA를 절단한다. 이로써 플랩 부분이 유리된다. 그 다음에 유리된 플랩 부분과 검출용 프로브를 하이브리다이제이션시킨다. 해당 검출용 프로브는 일반적으로 FRET(fluorescence resonance energy transfer)프로브라고 불리운다. 해당 프로브에서 5'측은 스스로 상보적으로 결합할 수 있다. 또 3'측은 플랩와 상보적인 서열을 가지고 있다. 또 스스로 상보적으로 결합할 수 있는 5'측에서, 5'말단에는 리포터 형광이 표지되고, 해당 5'말단의 3'측에는 소광제 형광이 표지되어 있다. 유리된 플랩의 3'말단의 염기가 FRET 프로브에 하이브리다이제이션된 결과, 해당 프로브의 리포터 형광이 표지된 상보결합 부위에 침입함으로써 클리베이즈가 인식하는 구조가 생성된다. 본 방법에서는 클리베이즈에 의한 리포터 형광 표지부분의 절단에 의해 유리된 리포터 형광을 검출하고, 또 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교한다.

또 다른 방법에서는, 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정 (b)). 그 다음에 증폭시킨 DNA를 1본쇄로 해리시킨다(공정 (c)). 그 다음에 해리시킨 1본쇄 DNA 중 한쪽 사슬만을 분리한다(공정 (d)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위의 근방으로부터 1염기씩 신장 반응을 실시하고 그 때에 생성되는 피롤린산을 효소적으로 발광시켜 발광 강도를 측정한다(공정 (e)). 그 다음에 공정(e)에서 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교한다(공정 (f)). 이와 같은 방법으로는, 예를 들면Pyrosequencing법(Anal.Biochem. (2000)10: 103-110) 등을 들 수 있다.

또 다른 방법에서는, 우선 피검 벼에서 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정 (b)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 인접하는 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성한다(공정 (c)). 그 다음에 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 한다(공정 (d)). 그 다음에 형광의 편광도를 측정한다(공정 (e)). 그 다음에 공정 (e)에서 측정한 형광의 편광도를 대조구와 비교한다(공정 (f)). 이와 같은 방법으로는, 예를 들면 Acyclo Prime법(Genome Research (1999)9: 492-498) 등을 들 수 있다.

Acyclo Prime법에서는, 게놈 증폭용의 프라이머 1조와, SNPs 검출용의 하나의 프라이머를 사용한다. 우선 게놈의 SNPs를 포함하는 영역을 PCR에 증폭시킨다.이 공정은 통상의 게놈 PCR와 동일하다. 다음으로 얻어진 PCR 산물에 대해 다형성 검출용 프라이머를 어닐링하여 신장 반응을 한다. 다형성 검출용 프라이머는, 검출 대상이 되는 다형성 부위에 인접하는 영역에 어닐링하도록 디자인되어 있다. 이 때 통상 신장 반응을 위한 뉴클레오티드 기질로서, 형광 편광 색소로 표지하고 또한 3'-OH를 블로킹한 뉴클레오티드 유도체(터미네이터)를 사용한다. 그 결과 다형성 부위에 상당하는 위치의 염기에 상보적인 염기가 1염기만 통합되고 신장 반응이 정지된다. 뉴클레오티드 유도체의 프라이머로의 통합은 분자량의 증가에 의한 형광 편광(Fluorescence polarization;FP)의 증가에 의해 검출할 수 있다. 형광 편광 색소에 파장이 다른 2종류의 라벨을 사용하면 특정 다형성이 2종류의 염기 중 어느 것인지를 특정할 수 있다. 형광 편광의 레벨은 정량할 수 있기 때문에 한 번의 해석으로 대립 유전자(allele)가 호모인지 헤테로인지를 판정할 수도 있다. 본 발명의 방법에서의 상기 공정 (A)는 Acyclo Prime법을 이용하여 적절히 실시할 수 있다.

Acyclo Prime법에 사용되는 게놈 증폭용 프라이머 및 다형성 검출용 프라이머는 당업자라면, 게놈서열 및 다형성 부위에 관한 정보를 토대로 적절히 제작할 수 있다. Acyclo Prime법을 이용한 본 발명의 벼 품종 감별 방법에 사용되는 게놈 증폭용 프라이머 및 다형성 검출용 프라이머로서, 예를 들면 표 8 및 표 9에 기재된 프라이머를 들 수 있지만 이러한 프라이머에 한정되는 것은 아니다.

<표 8>

<표 9>

또 다른 방법에서는, 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정 (b)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보 사슬에서의 염기에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성한다(공정 (c)). 그 다음에 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 실시한다(공정 (d)). 그 다음에 시퀀서를 이용하여 공정 (d)에서 반응에 사용된 염기 종류를 판정한다(공정 (e)). 그 다음에 공정 (e)에서 판정된 염기 종류를 대조구와 비교한다(공정 (f)). 이와 같은 방법으로서 예를 들면 SNuPe법(Rapid Commun Mass Spectrom.(2000)14:950-959) 등을 들 수 있다.

또 다른 방법으로는 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정 (b)). 그 다음에 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 질량 분석기에 걸어 분자량을 측정한다(공정 (c)). 그 다음에 공정 (c)에서 측정한 분자량을 대조구와 비교한다(공정 (d)). 이와 같은 방법으로는, 예를 들면 MALDI-TOF MS법(Trends Biotechnol(2000):18:77-84) 등을 들 수 있다.

또 다른 방법으로는 우선 피검 벼로부터 DNA를 제조한다(공정 (a)). 그 다음에 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시킨다(공정 (b)). 그 다음에 뉴클레오티드 프로브가 고정된 기판을 제공한다(공정 (c)).

본 발명에서「기판」이란, 뉴클레오티드를 고정시킬 수 있는 판형의 재료를 의미한다. 본 발명에서 뉴클레오티드에는 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드가 포함된다. 본 발명의 기판은 뉴클레오티드를 고정시킬 수 있다면 특별히 제한은 없지만 일반적으로 DNA 어레이 기술에서 사용되는 기판을 적절히 사용할 수 있다. 일반적으로 DNA 어레이는 고밀도로 기판에 프린트된 몇천개의 뉴클레오티드로 구성되어 있다. 통상 이러한 DNA는 비투과성 기판의 표면층에 프린트된다. 기판의 표면층은 일반적으로는 유리이지만 투과성 막, 예를 들면 니트로셀룰로오스멤브레인를 사용할 수 있다.

본 발명에서 뉴클레오티드의 고정(어레이) 방법으로서, Affymetrix사 개발에 의한 올리고뉴클레오티드를 기본으로 한 어레이를 예시할 수 있다. 올리고뉴클레오티드의 어레이에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 통상 인시츄(in situ)로 합성된다. 예를 들면 포토리소그래피의 기술(Affymetrix사) 및 화학 물질을 고정시키기 위한 잉크젯(Rosetta Inpharmatics사) 기술 등에 의한 올리고뉴클레오티드의 인시츄 합성법이 이미 알려져 있으며 어떠한 기술도 본 발명의 기판의 제작에 이용할 수 있다.

기판에 고정되는 뉴클레오티드 프로브는, 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위의 다형성을 검출할 수 있는 것이라면 특별히 제한되지 않는다. 즉 해당 프로브는 예를 들면 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA와 특이적으로 하이브리다이제이션되는 프로브이다. 특이적인 하이브리다이제이션이 가능하다면 뉴클레오티드 프로브는 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA에 대해 완전히 상보적일 필요는 없다. 본 발명에서 기판에 결합되는 뉴클레오티드 프로브의 길이는, 올리고뉴클레오티드를 고정시키는 경우에는 통상 10∼100베이스이고, 바람직하게는 10∼50베이스이고, 더욱 바람직하게는 15∼25베이스이다.

본 방법에서는 그 다음에 공정 (b)의 DNA와 공정 (c)의 기판을 접촉시켰다(공정 (d)). 본 공정에 의해 상기 뉴클레오티드 프로브에 대해 DNA를 하이브리다이제이션시킨다. 하이브리다이제이션의 반응액 및 반응 조건은 기판에 고정된 뉴클레오티드 프로브의 길이 등 제반 요인에 의해 변동될 수 있지만 일반적으로 당업자라면 주지의 방법에 의해 실행할 수 있다.

본 방법에서는 그 다음에 해당 DNA와 해당 기판에 고정된 뉴클레오티드 프로브와의 하이브리다이제이션 강도를 검출한다(공정 (e)). 이 검출은, 예를 들면 형광 신호를 스캐너 등에 의해 독출함으로써 실행할 수 있다. 더욱이 DNA어레이에서는 일반적으로 슬라이드 유리에 고정시킨 DNA를 프로브라고 하고, 한편 용액 중의 표지된 DNA를 타겟이라고 한다. 따라서 기판에 고정된 상기 뉴클레오티드를, 본 명세서에서 뉴클레오티드 프로브로 기재한다. 본 방법에서는 이제 공정(e)에서 검출된 강도를 대조구와 비교한다(공정 (f)).

이와 같은 방법으로는 예를 들면 DNA 어레이법(SNP 유전자 다형성의 전략, 마츠바라 겐이치·사카키 요시유키, 나카야마 서점, p128-135, Nature Genetics(1999)22:164-167) 등을 들 수 있다.

상기 방법 이외에도 특정 위치의 변이만을 검출하는 목적으로는 대립 유전자 특이적 올리고뉴클레오티드(Allele Specific Oligonucleotide/ASO) 하이브리다이제이션법을 이용할 수 있다. 변이가 존재한다고 생각되는 염기서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제작하고, 이것과 DNA로 하이브리다이제이션을 실행시키면 변이가 존재하는 경우 하이브리드 형성의 효율이 저하된다. 그것을 서던 블로팅법이나 특수한 형광 시약이 하이브리드의 갭에 삽입됨으로써 소광하는 성질을 이용한 방법 등에 의해 검출할 수 있다.

또 본 발명은 벼의 품종을 감별하기 위한 프라이머로서 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 이와 같은 올리고뉴클레오티드로는 상기의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 개재하도록 설계된 올리고뉴클레오티드를 들 수 있다. PCR 프라이머의 설계 및 합성에 관해서는 일반적으로 당업자가 주지의 방법에 의해 실행할 수 있다. 또 PCR 프라이머의 길이는 특별히 제한은 없지만 통상 15bp∼100bp이고, 바람직하게는 17bp∼30bp이다. 또 본 발명은 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위 또는 해당 부위에서의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 염기서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 그 올리고뉴클레오티드는, 예를 들면 Acyclo Prime법을 사용하는 본 발명의 벼 품종 감별 방법을 위한 프라이머로서 유용하다. 이와 같은 올리고뉴클레오티드로서, 예를 들면 표 8 또는 표 9에 도시되는 올리고뉴클레오티드를 들 수 있다.

또 본 발명은 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위 또는 해당 부위에서의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역과 하이브리다이제이션되어 적어도 15뉴클레오티드의 사슬길이를 갖는, 벼 품종 감별 방법을 위한 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 그 올리고뉴클레오티드는, 예를 들면 프로브로서 사용된다.

상기 올리고뉴클레오티드는 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역에 특이적으로 하이브리다이제이션되는 것이다. 여기에서「특이적으로 하이브리다이제이션된다」란, 통상의 하이브리다이제이션 조건하, 바람직하게는 엄격한 하이브리다이제이션 조건 하(예를 들면, 샘부르크(sambrook) 등, Molecular Cloning, Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 제2판 1989에 기재된 조건)에서, 다른 DNA와의 크로스 하이브리다이제이션을 의미 있게 발생시키지 않는 것을 말한다. 특이적인 하이브리다이제이션이 가능하면 상기 올리고뉴클레오티드는 상기 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역에 대해 완전히 상보적일 필요는 없다. 해당 올리고뉴클레오티드의 길이는 15 뉴클레오티드 이상이라면 특별히 제한은 없다. 해당 올리고뉴클레오티드는, 예를 들면 시판되는 올리고뉴클레오티드 합성기에 의해 제작할 수 있다. 또 제한 효소 처리 등에 의해 취득되는 2본쇄 DNA 단편으로서 제작할 수도 있다.

또 해당 올리고뉴클레오티드는 적절히 표지하여 사용하는 것이 바람직하다. 표지하는 방법으로는, 예를 들면 T4폴리뉴클레오티드키나제를 사용하여 올리고뉴클레오티드의 5'말단을 ³²P로 인산화함으로써 표지하는 방법, 클레노우 효소 등의 DNA 폴리머라아제를 사용하여 랜덤헥사머 올리고뉴클레오티드 등을 프라이머로 하여 ³²P 등의 동위원소, 형광 색소 또는 비오틴 등에 의해 표지된 기질염기를 붙이는 방법(랜덤 프라이머법) 등을 들 수 있다. 또 상기의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위에 있어서 상기 (1')∼(28')에 기재된 다형성변이를 동반하는 적어도 15뉴클레오티드의 사슬길이를 갖는 올리고뉴클레오티드도 또한 본 발명에 포함된다.

또한 본 발명은, 본 발명의 상기 올리고뉴클레오티드를 포함하는 벼 품종 감별용 키트를 제공한다. 본 발명의 키트에는 또 알칼리성의 수성 용매를 포함시킬 수 있다. 또 대조가 되는 표준 벼시료, 키트의 사용 방법을 기재한 지시서 등을 패키지화 할 수도 있다.

이하 본 발명을 실시예에 의해 더욱 구체적으로 설명하는데 본 발명은 이들 실시예로 제한되는 것은 아니다.

[실시예 1] 다형성(SNPs)의 검출

Rice Genome Research Program의 홈페이지 (http://rgp.dna.affrc.go.jp/) 상에서 공개되어 있는 벼 게놈 해석 정보, 및 DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)에 등록되어 있는 벼 게놈 시퀀스를 이용하고, 벼 게놈 염기서열 정보가 공개되어 있는 염색체 영역에 관해서는 유전자가 예측되어 있지 않은 영역을 중심으로, 그밖의 영역에 관해서는 RFLP 마커 프로브의 시퀀스 등을 이용하여 게놈 DNA로부터 800bp∼1kbp를 증폭시키는 프라이머를 설계했다. 프라이머 설계에는 프라이머 설계 지원 사이트 primer3(http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi)를 이용했다.

설계한 프라이머를 이용하여 우선 닛폰바레·고시히카리·카사라스·G4, 기타아케 및 야생 벼(Oryza rufipogon, W1943)의 간이 추출 DNA를 주형으로 하여 Ampli Taq Gold(Applied Biosystems)로 PCR 증폭을 실시했다. 반응액의 일부를 사용하여 아가로스겔 전기영동을 실시하여 증폭 단편을 확인한 후, 나머지 반응액을 ExoSAP-IT(Amersham Biosciences) 처리하여 미반응 프라이머와 dNTP를 제거하고 시퀀스 반응 주형으로 했다. 이 주형에 대해, 최초의 증폭에 사용한 프라이머의 한 쪽을 다시 첨가하고, DYEnamic ET Dye TerminatorCycle Sequencing kit for MegaBACE(Amersham Biosciences)를 사용하여 싸이클 시퀀스를 실시하고, 시퀀스용 샘플을 작성했다. 시퀀스는 MegaBACE 1000 DNA Sequencing System(Molecular Dymnamics)을 사용하여 실시했다. 얻어진 시퀀스 데이터를 품종별로 비교하여 1염기 치환 다형성을 검색했다. 동일 품종, 동일 프라이머에 대해 적어도 2회의 시퀀스를 실시하여 확실한 것만 다형성으로 판정했다.

닛폰바레·고시히카리 사이 및 닛폰바레·기타아케 사이에서 다형성을 보인 부위에 대해서 닛폰바레·하츠시모·무츠호마레·유키노세이·키라라397·츠가루로망·고햐쿠만고쿠·모리노쿠마상·유메아카리·하나에치젠·고시히카리·츠키노히카리·아키타코마치·아사노히카리·아이치노카오리·마츠리바레·히노히카리·유메츠쿠시·히토메보레·마나무스메·후사오토메·돈토코이·기누히카리·사사니시키의 간이 추출 게놈 DNA를 주형으로 하여 동일하게 PCR 반응과 시퀀싱를 실시하고 다형성 부위의 염기를 품종별로 비교했다. 상기 벼 24품종 간에 발견된 다형성을 도 1∼28에 도시한다. 다형성 데이터는 이하와 같은 규칙에 따라서 기재했다.

<데이터 기재 양식>

1. 프라이머 부위에 괄호로 표시하고 Upper primer site에는 "p:", Lower primer site에는 "q:"을 덧붙였다.

예: actctactta a[p:gcagagcga tgaacctgca] atattgagaa

aactc [q:aatcacgccc atccttgcct]

2. SNPs 부위에는 괄호와 식별번호를 붙였다.

예: cg[1a]agag[2aa]cttc[3a[4c4]cattt gggg[5c5]acac3]c

※ 기본적으로 식별번호는 시작의 괄호와 끝의 괄호 양쪽에 붙였다.

단, 괄호의 대응을 명백히 아는 경우에는 끝의 괄호의 식별번호는 생략하기도 함.

3. 첨부한 서열하에 해석한 품종 코드를 기입했다.

품종 코드의 단락에는 "/"를 사용했다.

예: nhb/ksh/kal/gla/pw1/kta

<품종 코드> 상술한 각 벼 품종의 알파벳 3문자로 이루어진 약칭으로 기재했다. 예를 들면 닛폰바레는「nhb」, 고시히카리는「ksh」등.

4. 품종 정보하에, SNPs정보를 기입했다.

쓰는 방법은「식별번호 품종 코드:SNPs」

예: 1 ksh:g

<기타예>

5. 결실은 "-"로 표현했다. 결실되어 있는 염기의 길이에 상관없이 "-"은 하나로 했다.

예: g[5agg]ggtcat ctgttacatt atag

5kal:-

6. 결실이 같은 장소에 있지만 품종에 따라 그 길이가 다른 경우

예: gtttg[20a:gtat[20b:t ccattatgta ttatttcatt tgct20b]t20a]ttatg

20akal:-, 20bgla:-

결실 장소가 같기 때문에 동일한 식별번호를 사용했다. 단, 품종에 의한 결실 길이의 차이를 명확하게 하기 위해 "20a:", "20b:"와 같이 알파벳으로 구별했다.

7. 삽입일 경우에는 공개 시퀀스에 "-"를 삽입한다. "-"은 하나로 했다.

예: tacaca[7-]gtca attttattca

7kal:aa

그 다음에 품종 감별에 유용한 SNPs에 대해 SNPs 검출용 프라이머를 설계하고 AcycloPrime-FP키트(Perkin Elmer)를 사용하여 1염기 터미네이터 반응을 실시하고 제노타이핑용 샘플을 작성했다. 제노타이핑은 ARVO(Perkin Elmer)로 형광 편광도를 측정하여 실시했다.

그 결과 시퀀스에서 SNPs로 판정한 부분에 대해 작성한 마커는 각각 다른 패턴을 나타내며 조합에 의해 다양하게 분류할 수 있는 것으로 나타났다(표 2∼7). 작성한 SNP 마커에 대해 프라이머 서열, 이용한 SNP 부위 등의 정보를 표 8 및 표 9에 도시한다.

[실시예 2] 정미, 현미 및 쌀밥으로부터의 DNA 추출법 검토

정미, 현미 및 쌀밥으부터의 DNA 추출법을 검토했다. 우선 2ml 튜브(Eppendorf)에 정미, 현미 및 쌀밥을 한알, 추출 버퍼(1M KCl, 10mM Tris-HCl, 1mM EDTA, 0.1N NaOH) 0.4ml, 3mm 직경의 지르코니아제 볼을 넣어 뚜껑을 덮고 4℃에서 30분 정도 방치한 후 Retch사제 분쇄 장치 믹서밀 MM300을 사용하여 300Hz×2분×2회 분쇄하여 우유 형태의 액체를 얻었다. 이것을 10000rpm×10분 원심분리하여 상징액 0.3ml을 다른 튜브로 옮겼다. 여기에 이소프로판올 0.3ml을 더하여 잘 혼합하고다시 10000rpm×10분 원심분리했다. 상징액을 버리고 침전에 70% 에탄올 1ml을 더하여 10000rpm×3분 원심분리했다. 상징액를 버리고 침전을 건조시켜 30㎕의 멸균수에 용해했다(방법 5).

또 다른 방법으로서, 방법 5에 별도의 튜브에 0.3ml의 상징액을 옮긴 후 페놀·클로로포름(1:1) 0.3ml을 더하여 잘 혼합한 후 10000rpm×10분 원심분리하고, 상징액을 다른 튜브에 옮기고 나서 이소프로판올 침전으로 진행하는 방법도 실행했다(방법 6).

또 다른 방법으로서, 방법 5, 6에 최초로 사용하는 버퍼의 조성을 1M KCl, 10mM Tris-HCl, 1mM EDTA로 하는 방법도 실행했다(각각 방법 3, 방법 4).

또 다른 방법으로서, CTAB법에 의한 추출도 실행했다. 구체적으로는 2ml 튜브에 정미 한알과 0.2ml CTAB버퍼(방법 1) 또는 0.2ml 0.1N NaOH(방법 2), 3mm 직경 지르코니아제 볼을 넣어 뚜껑을 덮고 방법 5와 동일한 조건으로 분쇄한다. 여기에 0.7ml CTAB버퍼를 더하여 56℃에서 20분 열처리한다. 640㎕의 페놀·클로로포름(1:1)을 더하여 혼합하고 10000rpm×10분 원심분리하여 상징액 0.7ml를 다른 튜브로 옮겼다. 1.3ml CTAB침전 버퍼를 더하여 10000rpm×10분 원심분리하고, 침전에 RNase를 포함하는 0.5ml 1N NaCl을 더하여 용해 후 1ml 에탄올을 더하여 혼합하고 10000rpm×10분 원심분리했다. 침전을 1ml의 70% 에탄올로 세정하고 침전을 건조시켜 30㎕의 멸균수에 용해했다.

이상의 방법에 의해 얻어진 DNA를 주형으로 하여 프라이머 PGC1001(서열U:5'-accgggtagggaaacaaaac-3'/서열번호:113, L:5'-aataatacttcggcgcatcg-3'/서열번호:114)를 사용하여 PCR 반응을 실시했다.

그 결과를 도 30에 도시한다. 방법 1,2에서 추출한 정미 DNA에서는 PCR 증폭을 볼 수 없었지만, 방법 3∼6에서는 양호하게 증폭되어 있는 것을 확인할 수 있었다. 이로써 정미로부터의 DNA 추출에 있어서는 페놀·클로로포름 처리가 필요 없다는 것을 알 수 있으며 방법 3 또는 방법 5가 가장 간편한 방법인 것으로 나타났다. 방법 3과 방법 5의 차이는, 방법 5에서는 분쇄시에 더하는 버퍼가 알칼리성이다. 버퍼를 알칼리성으로 함으로써 정미 조직이 급속히 물러져 충분한 분쇄를 용이하게 실행할 수 있는 잇점이 있다. 이상의 결과로부터 방법 5가 가장 간편하고 효율적이라고 판단했다.

현미 및 쌀밥에 있어서는, 방법 1,2에서 추출한 DNA에서는 PCR 증폭을 보이지 않고 방법 3∼6에서 증폭이 인정되었지만, 방법 6에 의해 추출한 DNA가 가장 양호하게 증폭되는 것으로 확인되었다. 이로써 현미 및 쌀밥으로부터의 DNA 추출에 있어서는 알칼리성 버퍼를 사용하고 페놀·클로로포름 처리를 하는 방법이 가장 유효한 것으로 나타났다.

[실시예 3] 정미 품종 감별

「2000년산·이바라키현산「아키타코마치」100%」로 표시되어 시판 중인 정미를 구입하여 32알을 랜덤 선택하고 방법 5를 사용해 1알씩 따로따로 DNA를 추출했다. 아키타코마치를 다른 25품종과 식별하는 데 필요 충분한 3마커(S0115, S0146, S0178)의 프라이머를 사용하고, 추출한 DNA를 주형으로 하여 PCR 반응을 실시했다. 또 PCR 산물을 주형으로 하여 아시클로프라임 반응을 실시하여 다형성(SNP)을 판정했다.

그 결과 27알은 아키타코마치로 판정되었으나 3알은 아키타코마치 이외의 품종이라는 것을 알았다. 2알에 관해서는 3개의 마커 중 하나에서 데이터가 나오지 않아 판정할 수 없었다. 아키타코마치 이외의 품종으로 판정된 3알에 관해서는 그 패턴으로부터 「키라라397」「고시히카리」「유메츠쿠시」「기누히카리」중 하나일 것으로 추정되었다.

이상의 결과로부터 본 발명이 정미 품종 감별에 이용 가능하다는 것이 실증되었다.

[실시예 4] 정미 품종 특정

[실시예 3]에서 아키타코마치 이외의 품종으로 판정된 3알 당「키라라397」「고시히카리」「유메츠쿠시」「기누히카리」중 어느 것인지 판정하기 위해 이들 3품종을 판별하는 데 필요 충분한 2마커(S0015, S0045)의 프라이머를 사용하고 추출했 DNA를 주형으로 하여 PCR 반응을 실시했다. 또 PCR 산물을 주형으로 하여 아시클로프라임반응을 실시하고 다형성(SNP)을 판정했다.

그 결과 아키타코마치 이외의 품종으로 판정된 3알은 전부「고시히카리」와 동일한 같은 패턴을 나타내었다. 이로부터 [실시예 3]에서 사용한 정미에는 아키타코마치 이외에 「고시히카리」가 포함되어 있을 가능성이 높은 것으로 추정되었다.

[실시예 5] 정미 블렌딩율 조사

「키라라397 30%·츠가루로망 40%·히토메보레 30%」로 표시된 정미에 대해서 3품종이 표시대로 블렌딩되어 있는지를 조사했다. 정미로부터 32알을 랜덤 선택하고 방법 5를 사용하여 1알씩 따로따로 DNA를 추출했다. 감별 가능한 26품종 중 「키라라397」「츠가루로망」「히토메보레」를 각각 식별하는 데 필요 충분한 7마커(S0115, S0135, S0161, S0252, S0310, S0336, S0375)의 프라이머를 사용하고, 추출한 DNA를 주형으로 하여 PCR 반응을 실행했다. 또 PCR 산물을 주형으로 하여 아시클로프라임반응을 실행하고 다형성(SNP)을 판정했다.

그 결과 7알은 키라라397, 11알은 츠가루로망, 5알은 히토메보레로 판정되었으나 2알은 3품종 중 어느 것도 아니라는 것을 알았다. 7알에 관해서는 7개의 마커 중 데이터가 나오지 않은 것이 있었기 때문에 판정할 수 없었다. 데이터가 나온 25알의 3품종 배분으로부터, 조사한 정미 블렌딩율은 키라라397이 28%, 츠가루로망이 44%, 히토메보레가 20%, 그 밖의 품종이 4%로 추정되었다.

본 발명에 의해 벼의 품종 감별 방법이 제공되었다. 종래의 재배 특성에 의한 감별은 숙련된 육종가의 눈이 필요하기 때문에 용이하게 감별할 수 없었고 또 한알 한알의 쌀을 감별하는 것은 불가능했으나 본 발명의 방법은, 벼의 게놈 상의 다형성을 조사하기 때문에 미량의 벼 검체로 정확한 품종 감별이 가능하다. 또 본 발명의 방법은 유사 품종 간의 품종 감별도 정확하게 실행할 수 있다.

<110> Plant Genome Center National Agricultural Research Organization <120> Method for discriminating rice cultivars <130> P2-A0202P <150> JP 2002-168875 <151> 2002-06-10 <160> 114 <170> PatentIn Ver. 2.1 <210> 1 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (309) <223> /cultivar="ksh, krr, tgr, mnk, yma, tkh, akk, mtb, hit, mmm, fom, don, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (438) <223> /cultivar="ksh, krr, tgr, mnk, yma, tkh, akk, mtb, hit, mmm, fom, don, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (593) <223> /cultivar="ksh, krr, tgr, mnk, yma, tkh, akk, mtb, hit, mmm, fom, don, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <400> 1 tattcttcac gtgattcagc gaagataaca ctctttaaac actgcaattg ccactggaag 60 aattagcacg aatttgagat gttttttcac cggaagataa gttcataact aaggtgtttc 120 ttcgtttcaa caaacaagat ataaagttca accagatttt acatttttga aaacctttta 180 tctttacata tatcagtggt ggagttgaaa tgggagatac atcaactcta aattagagaa 240 atttttagga tacaactaaa caagtttaac caaatttccc ttgtcctaaa cagcaaatga 300 ttcagtgaca cattgggttg atttagcgac ttcaaaccta ttgtcttctt tttcattttt 360 caaatttcta gctctacaac taattcaatg actactcagt ttaaaacaaa acaaatggaa 420 gattggttgg gagatttaag aagaaacttg ccaggtggtg gcttggtccg tggaggaaag 480 agggctcagg ggctaaccac ctcgcaactt agggctctgg cctccgtctc ccgccttttc 540 gccgagagcc cgcaaggtga cagagtgcgg cgaggtcgac acttcggccg ttcggggtcg 600 ccgcgtcggg cgtccgggcg gcgtcgtggt tcgggggact gagggcagct actcagctag 660 accgctggag cccaaaggaa tctaaggtta catgctgtct tgttgagcct attttatggg 720 cctgcgactt tgcagttagc cgaggcatat tggaataaat ttaatttagg tctctcaatt 780 tgtcgtcgag cctgaaattc atcactggac cgcaaaacta gatacatcgc attccccaac 840 ttagttaagg tagcagtggt ggtgggcagc cagcgaggag ggccgtggtg gtccgtgatg 900 900 <210> 2 <211> 960 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (304) <223> /cultivar="yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "t" " <400> 2 tttaacttta ttgttagtat tagtactagc tctggttgtc tatcactctg ctgcctctgc 60 acatactgat ctagaacaca catgttctct acttctctgc agtcactgct actgacatgt 120 gggccctact ctctttgggc cagcatgtca gtgtcagcag aggatctcat tcctacagtc 180 aatccatgtg tgctactccg ttaaaaaaac gaattccaag ctacaaacct aaacacgttt 240 ttttggacgg aggggtatat ataaacaaag aaaaagcact gtaggtacat aatatagtac 300 tagatcagtc ttattacagc tgttcaaaaa cagttcagta tatagtgaat ctagttggtc 360 tgttgctact gcagttaatt ggctctggtt gcttttgttg atctgttgct actgcagtta 420 attagctccg gttgcttagt tgatcaagtt aattagctct ggctgtgccc taatcaaaat 480 tcatatatag tagcttcaag cacgacatac cacctttcct accttctggt ggatactcct 540 ctcttttata atttctgcag taagcttgaa acataagtag acactgccat taattaaaca 600 agcacagtga attaacccag atatgtgtaa tctgcatact aattaaatta ggttcgtgcc 660 agttcaaggc agccacaacc acatacaggc gatccatata ttgatttata tatctgatcc 720 gtttgttgag gttggtgcat caatcccccc tgaagcagct atgtcgagcc taattgcgat 780 ttgattaatc aatttttctc atccaacgat ttaattatgc gtgattttaa tgattcgatc 840 ggtacagttt tttttctctt tcttcagtgc tagtgcttct actagtattc gtgacaataa 900 cctgtcggat ttggaatata tgattgctga tgtggtgtcg tttttattaa caagcccttg 960 960 <210> 3 <211> 840 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (201) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (356) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (450) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (514) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (515) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (552) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (695) <223> /caltivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <400> 3 tagcattagg ataaaagggg cgctccttca aaactttaaa atatcaaaga acaccctttt 60 gagattgaat tgcttcttct ggtctttgcc tcttctttcg cttttcagca ccagaatcgt 120 acttcctatt tctagctgac ataatgagga ttgaggaaat aagtgtcttc ctatttcata 180 aacaaaagaa aagtaatttg agtcaaacag tcacatcact atttaagttt tgattcaatc 240 gatagtttga ttcatattac atctactatt tgatacgaga ctcaatgtct caactcttaa 300 gtctaaaagt aactttccaa tgctgcacaa aggtagtagt cagggacacg aagataagtg 360 gatgagaggc actgacaaag gtagccggcc aaccgcttgg cattgatggc gcttgcccgt 420 tggtcgctcg ctgcctcgtg ttgggctggg gtcgggactt tgcaggcatc gtcatttcat 480 cgtcgaattt gaaatcgaga ttgactccag tcacacgaca tgactacaca acagtgtgac 540 ttgatctcgt tcgcctctca gcctccaatg cacctgatgg cagatgggcc tctctaatcg 600 attcacaggt agaagcagga ttgtggctcg gctatgcatt aatgtgcgcc tctccgatta 660 acttgggtgc cccaaaaaaa ttgggggaca ctctatcatc gccaatgtcg cacacaacct 720 tcgacaggct tgcccattag tgtgacactc ctgcccacat cactgctcca ttgtcatcca 780 tcaccttgtc gaccattgtg gtgtgccaaa ccgcggctgt cgtctgtttg tgattttgta 840 840 <210> 4 <211> 960 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (377) <223> /cultivar="ksh, ymt, don, or knh" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 4 tccaaaatcc acatgcaatg tgccattcca taggaatttc atgggatttg aaaatcgtca 60 atcctttgaa tcaaatggcc aaataggaaa atttcgtata ggatttgaat cctatgaaaa 120 tcctatataa atcctttgat tcaaagggcc ctaagtttcg tacgtgtgca actgtgcatc 180 cagcacgtac tactacgtac tcctatgtac ttgtagtggt gtagcctata catatgcatg 240 aagcgttcca ggaaaaatag gagtctcagt aatttgtgca ggcatgcggc ccatggagta 300 atagaccatg ctgaataatt tcagttcaaa tttcatactc caactgtaat accatacgca 360 aaccatcaac ttacaatact gatatacttg acatttcaaa ataacatagc ctttggtttt 420 agctgacgta gcgactgagt aagctagcac gaggctcata tgggtcccac atgtcagcgg 480 cccaatcttc ttccacatct ctcctctctt cccaatccta atctctctcc atgcctctag 540 ggtggtgggg gtgggaagaa gctcgacagc ggtggccaac acatacgcaa ggagaagctc 600 gaggactgca agacgacttt cttttcgcct accactggaa ggcaacacct tgtttccctg 660 ccttctagtt gagcgaggac actgaatgca tggaggtgtt gtgacccaaa tctacggcag 720 aatccctcgc cggaagttcg ccggagatct agcagagaag aggcgagaag aacagggtag 780 aaaggggaaa cacgaggaag cagctgggga ggaggatatt tttcatttct ttcatgaatt 840 gttttctcaa tacagctgga gtatatatac tcacgcactc cacccctctt gcccttaggg 900 cccaccttgt catagacact tctatctata aagagtagaa gatgtattca cttctgaaaa 960 960 <210> 5 <211> 840 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (163) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, yma, hez, ank, mmm, fom, or don" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 5 tgctgcatgt ttcagtccaa gctaggcgcc acagaacgga caaaagtaag aaaatcgcta 60 cgtacaactc acgtctgacc agcacttagc tgctaattgc cctagccaca tggagagaag 120 ttggtctgcg tgaagcgtaa cgattggcag ataaagttgg attggatggg aatcggacga 180 gggagtcgaa cgtatagcaa cactccagaa gtaaagcagt aaaccgaaaa agttttgcta 240 tcacttgtat gaccgtctcc acaagtggcg actggcacga catggccact cgacagaacc 300 gcacaacaaa tgctgatcct ttgcccctat tccatgcgaa gttgcgactt gcgagtcttt 360 gggcagggca tgcactactg acaagatgaa agaagaaaat caaccgtaat tcgggcgtgc 420 actgctgcag aatagtcctt gtgatcatgt ccatgtgacc atgttcgtta cgttctgagg 480 cgtcgatagc gagcgatgct ggtaatcgtg accaatctcg ttcacgtcca ccttgttgac 540 gcgcacgtac gtcgctatat atgacaacgt cctgctacat atagccttgc tcactttcgg 600 actttgacgt atgtgaagag agcacgacta ggagccacta atcatatggt ttggtacatg 660 agaggatatg catgtttcac tttgcaccca acatgtactg tactcatcta gtcatcctac 720 tagtattttc catcggtgtc cctttctcct gtgatctctc gctttgcaca caaacctcgc 780 aacaaaacgg tctcgctgtc gcctttcagc gcttcggcaa aggattggtc ggttcatgag 840 840 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gctgtcctta 540 tcctcatcga ctggatactt cagaaacaag cataacagta gcattggagc aaaggacaca 600 gcatggctag aagtagatgc tgctgcctag agatatcatc tcgaattcat ggcatgaaca 660 aacgtcgttc atgcagccat gcaggaataa taagctcaga acaggattca ggacaaattc 720 aagctatcta caagcttgcc agcatcatca tattataata attgctttaa tagtcagcaa 780 actcgtacag aatagccaga tccaaatttc cacaaactat atatcatcat caggaatttt 840 aaaaagagaa ctcggaatcg atttcgcatg atattcgagg acacccaagc caaactgacg 900 900 <210> 7 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (247) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, mnk, hez, ksh, akk, ank, hnh, ymt, hit, mmm, fom, or knh" /note=" "a" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (341)..(342) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, mnk, hez, ksh, akk, ank, hnh, ymt, hit, mmm, fom, or knh" /note=" "tg" replaced with "tgtg" " <220> <221> variation <222> (534) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, mnk, hez, ksh, akk, ank, hnh, ymt, hit, mmm, fom, or knh" /note=" "a" replaced with "c" " <400> 7 taaccacttg cttcagttgc tgcatgctta gtacatcagt actgtcatgc cattggttgg 60 tgtggctgtg agtgaacatt gtgcagcaga gaagcaagca acaatagcat tggaccccca 120 agaaccagta cattatctct atctgtgaca gagaacacaa gaatgcaaat gctgataaag 180 aatcaagaaa gcattgtgca agcagcaagg tgagtagaga gtgatggaag cagagagaag 240 ctgcagacta gtgatgaaaa tgattggtga gtacagtgta acaactaaca acaagtctct 300 atgaagaagc aggtactaag catgcatgtg tgtgtgtgtg tgatggcatg tggtatcaat 360 gcttctgggg ttgttcactt gtccaccaga gcaaccagga caagtcttct cactctacca 420 ttccggtgtc attttctctc tcaacccctc ctcttgttgc tttagcaagc ctgcagctta 480 aactagatta tgttttcttt cctcaataaa gattaatagt attgttaatc atgacatctt 540 tccctcacct gtttctctct caagagagag gaggaggtgc acaggcacag acagctcaca 600 caaacattgt gttgttcatg tctctttctt gcctaccttt gttgaactgg tttgccttgg 660 gagacacaca ggacactcga ggctgcctgg ctggcctctt tgtcagggag aaacctgcta 720 atctgctata atagtgttgc ttataattct atgattctat ccatcacaaa ggacacagta 780 tagctgcatc ctttaactgc agcttgcagg cctttttcat cgtttacttg ttagcttatc 840 agccgcgacc aaaattttta gtactaaaac tcaatattag agttgatgtt agggtttttt 900 900 <210> 8 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (247) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (259) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "t" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (307) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (358)..(359) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "ta" replaced with "tgta" " <220> <221> variation <222> (396) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (444) <223> /cultivar="mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, ksh, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 8 tgtatagtgt caaatttact cataggttgt ttgtttttgc gatggaggga gtattggttt 60 gactggatgg gtcatggaaa actggaaaag caacagcggt atgcatggca aaagagggac 120 aaaagaacaa gacgaaacat aggtaggatt gcaggatgct caagtgagaa cttgtagttg 180 tagatgaagt gaagtgacaa gccgaagtcc cgtgaacgaa gcaacaaaaa attgtgggag 240 ttttccattt gttgtatgtg tattatttgc gatttgaaat ccaggctgtg tttagttcct 300 tccaaagtta gaagtttggg ttgaaattga taccatgtga ctgaaaagtt gtgtgtgtat 360 gacaggttga tgtgatggaa aaagtttgaa gtttgaattc aaagtttgga tctaaacaca 420 gccccaatgt ttaaagagaa ctttaacgat taaatttggc cacgaccggt aagccgataa 480 acaaaagatg agaataaagt actgtatata caacttccag cctcatcttt tcacttatgc 540 ttatgtttat caactaaaat ttaaattttc aaccttaaat ttagagttga ttttagggtt 600 ttttttatcg aagtttattt tttagccttt acttttagat cgtaggaaca cgtatatgaa 660 aaaattattt ttcatttgca attataccgt ttgtcttatt ccctatataa gcgaaacgag 720 ggaccttccc tgtcttgctt gtgatcatca gtcatctcat ctatccgctg gatgtgaagt 780 tacgacagaa atgatccatc gttcaacttg aattacactt gtactactag cggtgtacgc 840 tcgcatgtca gcgtaacgaa acgatgacat cgccatcaca gtaggagtat tggtactaat 900 900 <210> 9 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (475) <223> /cultivar="yki, yma, or ssk" /note=" "t" replaced with "g" " <400> 9 attacaaaaa ttatatgaac atgcttaaac aatttacaag aataattctg gttgatggct 60 tgaggcacgt caaaatgttt cataaagtgt gaagtgagtg taactcaact ggttatgttt 120 ttttatggaa tcagtctacc taagttgaag tcctagactt acgccgatgc ttgtatttat 180 tgttaatttt tttttcgtgc tagacgccta tcatgacttc gttaatctca agatatgctc 240 gcacagtctt tcggaggtgc tcatatgagt aagatgtgcg tgtgtacgtt catatgagtg 300 agtatacgtg tgctacgaga gtctgcgtat acagtgtgct tctaccaaaa aatgtttcag 360 agtaaatttc acaaaactgc aggtactttg atcaaattat tataaaacta cagatttaat 420 gtgatgtatt acaaaactac atatttaacc atgaaattat tacagaacta cagatttaag 480 attaagtatc acaaaactac aaatttaata ataaaattat cacaaagata taggttttgg 540 ggtttaaatt cttagcacta atatgttatg attgagttat aaatatctaa gttttgtaat 600 taaattgatg ctaaacatat agttccacga taattttgtt actaaatctg tagttttata 660 atattctacc ttaaatctat aattttatga gaaattcagt gttaaatctg tagttttgta 720 atatattatc ttaaatatat agttttgtga aatttaatca atgtttcaca ggagacgtgg 780 catatatgta tactccacag agcgtgtaat taaacgtaat taaaatatga ccaacatgaa 840 cgacggaaga ctacgtgtga accagccagc taattggccc tggaatccgt gatgaccaag 900 900 <210> 10 <211> 1020 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (209) <223> /cultivar="krr" /note=" "g" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (323) <223> /cultivar="krr" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (758) <223> /cultivar="krr" /note=" "c" replaced with "t" " <400> 10 aaaagtccca cggaaacagc caaaagttta ttaaacctta ccattgaatg cagcattggt 60 gaccttgctg cccttgaaag cttagttagt tcattggtat caaaaggaga aatttcatcc 120 aacacggtgc actcttgttt cccttcaaag tttgctcata gcaacctttc aaatgctatt 180 ttttacagtt tagttacagt aatgctaagt actcccccca ttccaaaata tagggcacaa 240 cgattttttc ccctaatgtt gcataatacg aggttcgcat gcatgcgtgc atgctattga 300 ctagcacctc cccctcctct aagttctatt tttaaagcct ctaccctcaa gatctctgat 360 ctctaatccc attgggtgca tgcattttat ttattgggat gatccaaatt agaaggtgat 420 aataattttt tcttggtttt tgcgtaagag atagttgctc attatatttt ggaatgtagg 480 ggagtactca tttattctag cacaccaatc tcctgtgcac caaaagtgat tctgcacata 540 gattgagaat gcaaggtagt actaacttgc aattaagtga gtgcattaat tgctgaatat 600 gcataaatta agaacttaag atgcatgcaa agaatattgc tcccagtttc tccactttct 660 gatgtgaact tcccttatct agatcctaca gtgggaactt ttttctgttc atcttgaagt 720 atcttttgtt agctgctcat caaaataatt tatattgcct ataacataac ttataccatt 780 ttgtcgaatg ttatttatct aacttcagtg acacctatta tcttttgttg gggaagttca 840 cacttgttaa atcccattgt cttttgcaga taacagccct gtgggattat ttttgctttc 900 acatcaatgg tgtgaaacca gtgcaaagcc gtggagcttt atcgattctt tgcatggcag 960 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ccaatttaac ctgttaatcg ataccagtcc caggaaatag tgctggtatg 660 acagggagac agaatatcac agcaacagag gtctctttat tatagagtag aggtacagtc 720 atgttgggct gcggacagat cccgagctca caactgcatt acagaaggga aacggaagcc 780 aggacttgga ccaaacaaca caggcgcgac ttgggaacta ggccgaaacc ctaaaactca 840 tcatagccgg cttgctcctg gaagaactcc tcatcagcag gatccgcttc atcttcttca 900 900 <210> 12 <211> 960 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (765) <223> /cultivar="ghm, ksh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "t" " <400> 12 acggaaaatg atgtaatctt ggaccactct ctgtgacctg tgttatgact tatgactgtg 60 ctgcaaaggg gagtatgaat tattgttctc aaaactagag atcactcatg ctccaggaag 120 ccttgaattt gtcttgattt atactgaaag taacctggat tcataaaatt cttgtgttcg 180 aagcgaatgg ttgaggaata ttatcgtttc attgagagag agatttcatc tcagctagaa 240 aagttaatac ataaaaaaat gttgctagat acctcattga agacagttta acaccaatgg 300 aaaaaaaatg ttgcaacata tacctcattt tatttcaaca ttgcagtatt aaaagaaatc 360 ttttatatat gctcctttta aaaaagcatc aagatgtaca agtttttagg ggtttaactt 420 ggtcaggaag aggatgtgca tcattgtcag gaagacaacg gtgtgaaacc tgtcatgaat 480 ggtagcctcc cgagacttga gctagaggac ctagtaacac cgaggcatca actagccagg 540 gatgcaagta ggcaatcaat cgaccatctc tatgagagca cgcgtgctaa tttagtttaa 600 cgagtttcag atactaccta tgtcctaaaa taagttaatt tttcatccat cacacatata 660 ccaatacaaa catcaaaaga ttagaatacc agtcactaga tgaatagaag tcggggtact 720 caaaatcgtt catatgcttg acaagagagt cgagatgatc caaagtaaaa caaatacaag 780 attattcgat tcagattgaa aacattggtt aaaagatagt tcaaagcaaa acatcggtaa 840 taaaagatga tttaaagtga aatttgctca ttattatgat aatagctcgt ttgatttacg 900 aggttggcga ctaattaagg cttatttagt tcccaaaata aaaaatttca cgcagtcata 960 960 <210> 13 <211> 668 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (571) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, ghm, mnk, yma, tkh, akk, mtb, hnh, or don" /note=" "g" replaced with "t" " <400> 13 gaagcatctt aattccagac aagtcaaatt tcatagcaag ggacgatgtt atgattattt 60 attgaattgt acagtactat tcaacctgac aaacattgtg caatcacatg gaaatggagc 120 gttcatttat caaatttgca cgaattcggc gatctcaacc tcaagaggag caactaccgt 180 attcatcctc aatgttaatt tctccccgaa catattatcc tactaccgta ttcatcctca 240 atgttaattt ctccccgaac atattatcct ttcgtgcttg atctaatttt aggcatagct 300 caaaattagt gcaactaatc tacaaactgt gaatggacaa aaatatacag cttcagcttc 360 tcaaaaccac ttcccccatt cgaacctgaa caaaacccaa ctctgatggc acagtaaata 420 actaactagg gcaagaacca tcgcgcgaca cgggcgcggg ctagatcgat cgatcggtcg 480 atcaagcccc tcccccaaga gggaaacacg accagcgaca gcgatccatc caacgccgtc 540 gcatcattca cagctatagc ctagcttgga ggaatcaaac catggatttt ggccttgacg 600 ttgtcgatgt gtcgctgctc tccacctcga gaaacntggc cccgtcaggt cttaaatacg 660 ggtgtctt 668 <210> 14 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (660) <223> /cultivar="hts, mth, tgr, yma, akk, or ank" /note=" "a" replaced with "g" " <400> 14 ttataccaca ggtgctgaca ttaatatgct tttacttcag tttgtgtttt gttctctgtt 60 taatcctgca tatgcctgtt aaatttatta caaagactat attaaactag ttttacctgg 120 cgaaaatatt aaactagctt tgatagttct tgttgcaaca acagaaccgt atttgtttta 180 tttcaaatat tatgttccat tagcggaaag agcttggttg ttttgttacc tctttttttt 240 ggcaaatgaa gaatgctata tacaagctag attgcaatcg tatatcagga aattgactga 300 tcatgtatgt cgacatgtcg tcttttatgg gagatgaagt tttaacttcc cccataactc 360 tgtttaggct aaatgtagtt ttgcagaaat tttctgccta aatctatttt gtactttgtt 420 gatctaacat tccttacact tagtttctcc atttattgat tgattatttt tctctgtttg 480 ttgaggcctt agcatgtttt gcttcctcct tttgctggca ggtgctgcgt gaggttacca 540 gtgatactat tggagcttgt atatgatgtg tcctttggga ccattcttct gcatagctgt 600 gcagaagctg ctactagttt gttggagaac ctgttggaag acagcttctg cttgtttgta 660 taataagatc agcttctagt tagtattact tataagttgc tgcagaattt tgtcgtttgg 720 cagcaccgca gaatttttta ctgtgtagaa gctgtagaac atctatatat cacttttcaa 780 tttgaagaat tgtaaagaga ggcaatggcc gcattctaag caggtgctct atggaaaatc 840 cctagttgcg catgtcatat agttagccat actagtatat agtagtatgt tggtaataaa 900 900 <210> 15 <211> 490 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (223) <223> /cultivar="ksh, hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, hez, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "g" replaced with "a" " <400> 15 ccttgtggtc acacttgcgg cggttgcgag ggcggcccgc ccagaagaaa ccaggccggg 60 cttggcccgc cgcgggtcag catcctcacc gacgactcac ctgcacttct acttccacga 120 caaggtgagc aagccatcac cgacggcagt gcgggtggtg gacccggtgg acccgtcatc 180 gcggtccttc tttgggatga tcaacgtcat ggacgatccg ctgacggagg ggcccgagcc 240 cgagtccaag cccatgggcc gggcccaggg gctgtacatg ggctcagacc aggccaagct 300 gggcttcctc caggcaatga acctggtgtt caccgacggc acctacaacg gcagcgtggt 360 caccgtgctc ggccgcaact gccccttcga cgacgtccgg gagatgccgg tgatcggcgg 420 caccggcgcc ttccgcttcg cccgcggcta cgcccaggcc aggacgcaca ccctggacct 480 caagaccgga 490 <210> 16 <211> 460 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (55) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (59) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (133)..(134) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "tc" replaced with "ttc" " <220> <221> variation <222> (162)..(163) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "tc" replaced with "tgtc" " <220> <221> variation <222> (247) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (319) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "c" " <400> 16 tggcatcttt gcatgttgag ctttaagatg tagtgggctt taactttata gaaatatagg 60 attaattcct atagaatgtc atgatgcagg atgtcattaa taatcctcca agctgttccc 120 ttttaacttt tttccctgtt acttgaaact tgactaagga ttctcttcgt attaatgtgg 180 attgtgtcac tgaccatatg gttgtatctt tctttcagcg cttcgctggg acttggaatg 240 tttgttgttt ttcagtgctt tcatggccat ggaactcaga atgtctccaa cgtgcaaatt 300 cttggttgtg atctagaaga tggttatttg tttgaaacaa tggaagcact tgatgttccc 360 ttagcatata cacttgtgag cttgtgttga tagaattgta aagcttacat atgttttagt 420 tctactatta ttttgaagag ggaaatgtgc agctggatgc 460 <210> 17 <211> 314 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (163) <223> /cultivar="ksh, tgr, mnk, yma, hez, akk, hnh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <400> 17 ttgaatcggt tgcaggagag ggcggtggcg atggcggagt tggttgggcc gcgggtgtac 60 agctgctgct gctgccattg ccggaaccac gtctgcactc cacgacgaca tcatctccaa 120 ggcctttcag gtgaagaaga acttgagttc ttggggattt gtggggctga ttgctcaagt 180 gacaaatact aatcttaggt catgtactga caatctagat tgaattggat ttaatcacta 240 ggcttctgat gtgcgtagtg ccggattgat ttggtatatt atgctaaaga aggtaaaaac 300 atggcatagc cgca 314 <210> 18 <211> 644 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (421) <223> /cultivar="ksh, krr, tgr, mnk, yma, hez, tkh, akk, ash, ank, mtb, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "c" " <400> 18 cgaccccatg aagcttttgc ctctctcacg cttcttgcca cagccaaagt atgatgctag 60 cctaatttat agcttactgt ttccggtgtt aaatttgctt gtagattcgg gttcacgtgc 120 aaacttgaat tgataacacc atgtcatgcc aactgctatc tttctcccaa caagtatttc 180 taaaactcaa ttgaacattg ataattctca agaaagctaa taagtgttac aaatactagc 240 agctctaaga aatatattca aattctaatg tatgcctatt aagcccaaag attccactat 300 tgtagtctgc attgtttgga attaattgat gaatctactg caggttctga ctacagaaat 360 agtgcagctt ctctgtccta tatgactata cgaaatgtta caagcaaagc atgaggaatg 420 aatataaaaa actaaacaaa tagtgaaata tctatctaat taacaccaag gagttgcgta 480 actctgtttg ccttctctgc aggggccaaa gtcaaggagg gggcagaggt ggtggccgtg 540 gtggtggaag aggcggtttc cgtggccgtg gtggtggtgg cttccgtgga agaggtgcgc 600 caaggggccg tggtggacct cctaggggtg gaggtcgtgg attt 644 <210> 19 <211> 549 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> misc_feature <222> (3) <223> n= a, t, g, or c <220> <221> variation <222> (172) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, don, knh, or ssk" /note=" "t" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (178) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, don, knh, or ssk" /note=" "g" deleted" <220> <221> variation <222> (285)..(286) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, don, knh, or ssk" /note=" "ct" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (298) <223> /cultivar="hts, mth, yki, krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ank, mtb, hnh, ymt, hit, mmm, don, knh, or ssk" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 19 atntccccct atcggatcgg tcatggagat gctactgcca ccaccgatga actcctctcc 60 cagtcgcggc gaatcaagcg accccgatga aaaatcgagc tccccggcga cggatcgacc 120 tgccacgatg gcggattgag cggctcacct ctcctcaccg gatccagcca gtgtcgtggc 180 catcttcgag ctcgagctgc atgcctccgt gcgacagcgg cggtggatcg gacaagggtg 240 acgcggatct gtcggcctcc accccagatg agcgattttc cactctaccg gattgagtgt 300 atatttggct ttgtctttta tctgactgga tttctcttct ttttcttctt aattaggatt 360 caattgttct taccataaag atgtttttag gcccgatttg gttaggtttt gggggaattt 420 gggttaaact ctatcggttt tctataggag agacggggat agattcggtc ggtttcttta 480 ggagggacgg acagaggaag tgcggagggc ggaggggatc gtgaacaaag gggacgctcc 540 accaaaata 549 <210> 20 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (141) <223> /cultivar="yki, krr, or ghm" /note=" "a" replaced with "g" " <400> 20 gctagcttgg ccagcagtac gtgagtctga cgatgcatgc atggatgacc ctgctaatta 60 attatacttc ctccatactc atagaaaaag tcctttagaa caatatttaa atcaaacatt 120 taaaatataa atcatgaata actcttaaat tgttgagttt aaaaatgtaa aaattatatg 180 aatagatttg tcttgaaaaa tactttcata aaagtgcaca tatattactt ttcaataaat 240 atttttatag aaaaaagaag tcaaaattgt gttttgtaaa ccgtgtcgct gtccaaaacg 300 acttccttta cgagtatcaa ccaatcgaat tgccctccct ctcaaaagtc aacctcctcc 360 aaattaaagg catgcaagac gccaaaggcg gcagatctgt attcttcccg tggacggtgt 420 gcgcatgcat gcgtacaaac tttttttttt gttggatttg gtacgagcgt agctgataaa 480 gatagctagc tcatcagctt ccttcacaga atcacaagaa ctagtggcat atgaatccta 540 catacttcta tccaattcga tcgatcattc accttgtgcc tatgcaatag gcaatatctg 600 agctagcgaa cacagtaact ctcccctccc ccctcctcac gcgccgatca taaattaata 660 ctccctccgt aatgtatgac gccgttaact ttttaagatg cgtttgatcg ttcatcttat 720 ataaaaaaat atataatttt tattatttat ttaaagtatg atttaactat tatatttgta 780 tttgcacaaa aatttgaata agataaatag tcaaacatcg atcaaaaagt caacggcatc 840 atacattaaa aaataaaggt agtattcaat attttgtaaa atattgatcg gacttgtaaa 900 900 <210> 21 <211> 960 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (480) <223> /cultivar="mth, ghm, hez, or don" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 21 aacagtcctt gtatgcactg aacgtactgg tgcggcttgc ttgggcaatc gtcaacggtc 60 aagacgtact aaagagtgga ttaacaaaat gaatgtttta ctaactgtat agtgaacaca 120 agcgggcacc tatagtcgta acgaccgccg ccaaattgcc cagttgcgta cgcgagaatc 180 gatcgatcga gccgatccga tcagctagaa tattcgaacg gaataaagag aacatctcca 240 tgtcctgata cgtgtgtaca cacacgtacg tacgtgtata cgtatacgcg cgtgtgtatg 300 tgtacatatg tatatatata tatatatata catatacata tgtatgtatg tatatatata 360 tatacatatg tatgtatgta tgtatatata tatacatatg tatgtatgta tgtatatata 420 tatatacata tgtatgtgac ggagctcgtg gctcctcacc gggagaccgc gcaggcccct 480 ctttgccggt tcggccgggg gcttagggtg agatctcaag ctctctctct ctgtgtgtgg 540 aaagatcgtc tgctagcaag aaacgcgaga caccggcgat gtatacaggt tcgggccgct 600 gagaagcgta ataccctact cctgtgtttt ggtggatctg tgtatgaatg agctacaaag 660 tgtgagccca cctctccccc gttctaagct ctgaatctgg caagaatcaa ccaacccctt 720 ctctatgggc aaggtcctcc ttttatactt caaggggata ccacatgcac ccttcccttt 780 ccaaactgga cttttcttct ctttatgaac ggagattggt atggttgccg tccgaatgac 840 acttcgatgg gacagcccac acctacctcc actcccggcg gagacgggcg caacgtggga 900 tcgtggctgc ccgttgctga cgcgaccagt gtcagaccgg tcattcttgt ccaccacgcg 960 960 <210> 22 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (175) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (197) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (231) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (272) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" deleted" <220> <221> variation <222> (285) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (346) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (381) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (384) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (481) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (500) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (585) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (613) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (676) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (688)..(689) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "tg" replaced with "tgg" " <220> <221> variation <222> (722) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (749) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (754) <223> /cultivar="krr, tgr, ghm, mnk, yma, ksh, akk, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" replaced with "c" " <400> 22 gatgacttct actccctccg tcccctaata taagggattt tgacattttg ctttccttgt 60 ttgaccactc gttttatatt ttttgtaaat ataaaaaata aaaagttgtg cttaaagtac 120 tctggataat aaagtaagtc acaaataaaa taaataataa tttcaaaatt ttctgaataa 180 gacgaatggt caaacagtgc aagtaaaatg tcaaaatccc ttatattaag ggacggaggg 240 agtatgtatt acctccaaaa tatagtaact ttaagacgag attagatacc acgaaaatat 300 attcttaact ctatgtatta ggttgttata tttttttaac agagagtagt atcaattcaa 360 agtggattaa ttactctttc cgtcttaaag tataataact tctaagattc aaaatttatc 420 cccaaacaaa caacttttca cctacatttc attctcaatc gactacaatc ttccactcca 480 tatattttat tttctctacc aatcacattc tttttcattt aacttcacac tctctcttaa 540 aacttttata ttttgatacg gaggtagtac aaaatttctg atcggttgat gtgcagtggc 600 aaaagagctc atgagacatt ccactgcaca gacaatctgg gccttcttac atggactggc 660 acaatttaac atattccaag ctgtgcctgg tggatgtagg gatgcaagta ggtcaacccg 720 taaatccact tatatgcaaa ataagtagat atttacgggt ttaccttact aatttggttt 780 ataaatgggt ttatgggtcg acccatttgc atctctaggt gcgataagtc aagccacgac 840 atgaaaatgg gttaccactt atttgacgta taagtagatt ggcgggtccg tttaattgca 900 900 <210> 23 <211> 960 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (131) <223> /cultivar="mth, tgr, mnk, tkh, ash, mtb, hnh, hit, mmm, don, or ssk" /note=" "g" replaced with "c" " <400> 23 aatctgatat ttcttctggt tcaaatgata attgacacaa gtgtgccatt ttgcaaaaac 60 cataccttta atttcatttt atggtacgta tgccaagtaa aacttgtgaa ctacactatt 120 tagttgctta gtcataaaga actcaagtat tctttttttg aggaaaagcc ttagaagagg 180 acagggagag cctgttttca ttaaagaaga agagacttgg cccagttttt gaggggaaac 240 caggcccaaa aacctcagaa ctcaagtatt ctattatatg aaacttaata aactgcgtca 300 aagctgtggt cttcttttct gttgttgcac atcgcaagtt taagcctgaa atatgttatt 360 tttccatgtt gcccatttct caataatgga agctttatta aaactcagtc aaatacaaca 420 agatgataca ttctaattga gcccactccc gacctctgca agaaatgcac acagccacaa 480 aacatgacct atctagaccc ccattgcctt cttcatgctc ttaatttctg taacatactg 540 ttcacctgtc tggctatctg ggatttttca aggtgtacac ctacggtcat tttgatggaa 600 ggtgaagggg aattacctca actgaacaga ggatgctggt tatacagaac tactaacatc 660 gtaagaacat tctatgattc tgatgcagac atacagtaca gttttaatct aatcaaggag 720 gacgccatat gtgggacacc gcagcgaagt gtaaggagtc ctagaacatc taccttagga 780 gttaagaaga atctatgaga ttgtatgtat aaacatcagg tttctgcaaa tactcttatc 840 taaattccta atgcctgtat tgcaaataca tactttcagt tcgcattaaa gtgtgatagt 900 atgtatgtca cctttgttct caggtagctt ggcaaaatgg caggtcagac ggatcaagct 960 960 <210> 24 <211> 723 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (236) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (244) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (318) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "t" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (322) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (396)..(397) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "tc" replaced with "ttc" " <220> <221> variation <222> (425)..(426) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "tc" replaced with "tgtc" " <220> <221> variation <222> (510) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" repalaced with "a" " <220> <221> variation <222> (582) <223> /cultivar="krr, ghm, ksh, tkh, ymt, hit, mmm, fom, don, or knh" /note=" "g" replaced with "c" " <400> 24 gagatatatt gcaatatttt gagaattatg tgaaatgatg atttaacgtg cttggatttt 60 tgtaagctct aaaattttaa gtgaggataa actatataag catataggat attataaaaa 120 gtgaaggaga ggtatattga aatattatgt ggattatgtg ggatgataat ttaattaaca 180 tgcttgcatt ttaaagttct aaaacttaat aaattagcat gcttgcatga gatttaagat 240 gtattaaatg ttagtggatg atgtggcatc tttgcatgtt gagctttaag atgtagtggg 300 ctttaacttt atagaaatat aggattaatt cctatagaat gtcatgatgc aggatgtcat 360 taataatcct ccaagctgtt cccttttaac ttttttccct gttacttgaa acttgactaa 420 ggattctctt cgtattaatg tggattgtgt cactgaccat atggttgtat ctttctttca 480 gcgcttcgct gggacttgga atgtttgttg tttttcagtg ctttcatggc catggaactc 540 agaatgtctc caacgtgcaa attcttggtt gtgatctaga agatggttat ttgtttgaaa 600 caatggaagc acttgatgtt cccttagcat atacacttgt gagcttgtgt tgatagaatt 660 gtaaagctta catatgtttt agttctacta ttattttgaa gagggaaatg tgcagctgga 720 tgc 723 <210> 25 <211> 799 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (134) <223> /cultivar="krr" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (153)..(154) <223> /cultivar="krr" /note=" "gg" replaced with "at" " <220> <221> variation <222> (181) <223> /cultivar="krr" /note=" "t" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (197) <223> /cultivar="krr" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (216) <223> /cultivar="krr" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (248) <223> /cultivar="krr" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (269) <223> /cultivar="krr" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (271) <223> /cultivar="krr" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (310)..(311) <223> /cultivar="krr" /note=" "gc" replaced with "at" " <220> <221> variation <222> (322)..(323) <223> /cultivar="krr" /note=" "cc" replaced with "ctctcc" " <220> <221> variation <222> (402) <223> /cultivar="krr" /note=" "a" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (445)..(446) <223> /cultivar="krr" /note=" "gt" replaced with "ggt" " <220> <221> variation <222> (559) <223> /cultivar="krr" /note=" "a" replaced with "c" " <400> 25 aaattcggaa tggctagctg ttgagagtca ttaactccat ccatgtgatg ggtaacacct 60 actctactct acagtataat actagtgtgg tactgatacg gtgattatat gctgtactat 120 cattatacta ctgcggccct gtttggttct atggactaat gtttagctct cacattttaa 180 ttttaaatta gccctcaaga atccaaacag gtgggctaat tttgagctaa tgtgaattag 240 cccccctcaa aatattagcc cctccaaggg atgctaatag ggttaatttt gtgtggggat 300 catcaaaaag cagctctctc tcctctcttt ctactctctc caacttttag ccttgaatta 360 gcccatggat ccaaatatac caccctaggc taatgtttag catattaatt tatgactaaa 420 cattagctct taaaattagc cctggttaat cttaccaaca gagcctcgtt gtgttacttg 480 tgcacgcgat gcacggacag tttcattctc tgtcttcaaa ggcttgaagc cggcaacata 540 tcgttttcat agacagctat tgtaccacaa cggtagtacc ctacttctcc atttctcact 600 cagcttcgtc tttaacaaca ccgttgtacc atgcttacca tttgcctctc tatgaaaata 660 aaaacatcat ttcgattttc aaaaatatag ctcaactggt ttcaactcaa ctgtctaatt 720 aggcgatgta catatcaaca tcggaacgtc tataataact tcttaaatct caaaatatat 780 tggttgaatc atcggaggt 799 <210> 26 <211> 709 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (92) <223> /cultivar="mth, krr, ghm, yma, hez, ksh, tkh, akk, ank, mtb, ymt, hit, mmm, fom, don, knh, or ssk" /note=" "g" replaced with "c" " <400> 26 attttcagaa cagtcatcat agacatgcca atttactaca agcgaagact ggagaggtta 60 ggattcaaat agttaataat taactttttt tggaatcagt atgctatata tagttaaact 120 ttaggagaaa gaacattgtt gatatgaaga cactattgct ctaaatatga acaacacaca 180 caataaatct aagttcggtg tactgaacta tcaggtatgg acctatattc aaaactaaca 240 taggaggcca gcacgtggtc atatcccttg atcccgaggt gaaccagttc atatttcaac 300 aagaggggaa gttgttccaa tcctggtttc cagaaaccac actaaacatc tttggaaaga 360 agacactcac cacgtataat agaactgctc acaagttgat ccggagcttc gtatgcaagc 420 tctatggccc tgaaaacgtg aaaaaatcac tcctgccaga actagagaac tccatgaggg 480 aaagcttggc gtcatggata ggaaaaccta gtgtcgaggt gaatgatggc gtgtcaaatg 540 taagttaaca tctgcatttc tacataagta ttcacaattg cacagtgctc ataaaatcat 600 catgatgttt tactatgatt aatttctatt gtgcagatga tcttcggcct agctgccaaa 660 cattgattgg cctcgacatc accattcagg agattgaaaa agacttcag 709 <210> 27 <211> 900 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (743) <223> /cultivar="krr" /note=" "a" replaced with "g" " <400> 27 cacacatcaa gcacgatcgg aaacgttgta ctgtatctcc cgcataatga ttatggagtt 60 ggcactcgag atcaagatat cagaatagta tatttttctg ttttcaattc ttcctctcca 120 cagagctctt cctagcctcg gcttgtgaga gtaagcgcgc ctcccagcca actaagaatt 180 tgtcggcctt cgcaatggtt ggttgcaggt ctgctgttct caacttttgg attgacaaag 240 gaagacctaa ttaggacatt agcagggatt cctgtttgca ttgcagagtg tgaatcagct 300 gagactcttc ctccgctccc acatagatgc atatcattgt gctcttacta aagttgattt 360 gcagacttgt tgccctagaa aactcgtcta ggcaatgctt tagtggtgtt acataagcaa 420 tcgaagctcg tcaaataatc aatataacat tggcatactg cagagctgta cgaggtctct 480 gagggtacag atggtgtcca gagcagggtt tgctctaaga aggcattgga gcacatctgc 540 cggatgaaca agtaaggtga cataggatca ccttgacgta gccctctctt acaaccgatc 600 cacctgccca ggacttcatt gagaaggata gttgactttg aagtctgcta catgttgatc 660 acccaatgga tccaagtatc gggaatcctc ttgccctcat aatatctagc agactttccc 720 atcttatggt ttaggaggaa ttatatggtg tttgacaaat ttctaattaa atcttattgg 780 catatatttt tcagggaaat atattggttt tggttctaag cacaactaca aatgtgtgaa 840 aagtacaaga agctaaaaca tactgcatat caaaacttgg agtccacggc cataaatata 900 900 <210> 28 <211> 840 <212> DNA <213> Oryza sativa <220> <221> variation <222> (164) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "t" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (225) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (254) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "g" replaced with "a" " <220> <221> variation <222> (261) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (268) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (296) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" " t" replaced with "c" " <220> <221> variation <222> (326) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "a" replaced with "g" " <220> <221> variation <222> (552) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (667) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "c" replaced with "t" " <220> <221> variation <222> (728) <223> /cultivar="mth, krr, tgr, mnk, yma, hez, ksh, akk, hnh, hit, mmm, fom, or ssk" /note=" "g" replaced with "a" " <400> 28 ttgaataaac catggaaaat tattacacat ataatacatt agcgaccaaa ttgtttcgcc 60 cctaactaga tgatgccccg cgctttgctg cgggatatat gttagatact ggagaaatga 120 acaaatgatt tggattaaaa tattatgaaa atggtttgag aattagtatg tttagttttg 180 gaatgaagta aattgtagat ataattacta tatgcttgca tgttaaactt tgtgtgctta 240 atgggttgat gtggcatgct acatgtaagt tttaggagtg ctaataaata ctatgtttat 300 atgttgagct ttaggtgttt agtggacatt agctttatag aaagaagaga tccctttcct 360 ttttcaggtg attttctgtc cagtccacct cttttcatct ttttttggta taataactct 420 cgtggacgag aatttagagt atttaccatc caattcgtgt gcctcaactt ttttacactc 480 aatccgtatg ccctctataa tactccgtat gacattagga ctgctaacta gtctatttgg 540 taccactttc tcagtttttg atgtatttct catttcttaa ctcaatttgt atttctttta 600 tggcattgtg gacaattttg cccctaggcc cactgtaaga tcaaaggaag attgtcgtag 660 gctctccgga ccttccatta tatttgagag ataaagtgaa taattcaagt catcaaacaa 720 gcataatgaa acatccgacg cctcgagaga gaaatattgg agacattgct ggacctttag 780 cctgccagtc aacttcagcc taaaatgtgc tcgtcaaacc actcgaaggc ggcgaccaga 840 840 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 29 gcaattgcca ctggaagaat 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 30 taagttgggg aatgcgatgt 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 31 tctgctgcct ctgcacatac 20 <210> 32 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 32 aaaaacgaca ccacatcagc a 21 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 33 ggggcgctcc ttcaaaactt 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 34 ggtttggcac accacaatgg 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 35 tgcaatgtgc cattccatag 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 36 tatgacaagg tgggccctaa 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 37 cgccacagaa cggacaaaag 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 38 gaccaatcct ttgccgaagc 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 39 ccgatggcag cacaaatctt 20 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 40 tcagtttggc ttgggtgtcc 20 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 41 ccattggttg gtgtggctgt 20 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 42 tggtcgcggc tgataagcta 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 43 tgcgatggag ggagtattgg 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 44 tgcgagcgta caccgctagt 20 <210> 45 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 45 gcttgaggca cgtcaaaatg 20 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 46 ttccgtcgtt catgttggtc 20 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 47 cccacggaaa cagccaaaag 20 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 48 tgctgccatg caaagaatcg 20 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 49 attcgaacgg gggatccagt 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 50 agcggatcct gctgatgagg 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 51 gtgctgcaaa ggggagtatg 20 <210> 52 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 52 cgccaacctc gtaaatcaaa 20 <210> 53 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 53 gaacctgagg accaagtgaa agagt 25 <210> 54 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 54 ctagagagga gagggagaag gagga 25 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 55 ataccacagg tgctgcgtga 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 56 tgcgcaacta gggattttcc 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 57 ccttgtggtc acacttgcgg 20 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 58 cggtcttgag gtccagggtg 20 <210> 59 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 59 tggcatcttt gcatgttgag c 21 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 60 gcatccagct gcacatttcc 20 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 61 gaatcggttg caggagaggg 20 <210> 62 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 62 gcggctatgc catgttttta cc 22 <210> 63 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 63 cgaccccatg aagcttttgc 20 <210> 64 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 64 aaatccacga cctccacccc t 21 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 65 ctccctccgc tcccagaaat 20 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 66 attttggtgg agcgtcccct 20 <210> 67 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 67 gcatggatga ccctgctaat 20 <210> 68 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 68 tgatgccgtt gactttttga 20 <210> 69 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of 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Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 80 acgtgctggc ctcctatgtt 20 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 81 atcaagcacg atcggaaacg 20 <210> 82 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 82 atggccgtgg actccaagtt 20 <210> 83 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 83 gaccaaattg tttcgcccct a 21 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 84 gccttcgagt ggtttgacga 20 <210> 85 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 85 aggtcgacac ttcggccgtt 20 <210> 86 <211> 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DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 97 cagctatagc ctagcttgga 20 <210> 98 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 98 gaagacagct tctgcttgtt tgt 23 <210> 99 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 99 aacgtcatgg acgatccgct 20 <210> 100 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 100 gccatgaaag cactgaaaaa 20 <210> 101 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 101 ttgagttctt ggggatttgt 20 <210> 102 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 102 tgttacaagc aaagcatgag gaatg 25 <210> 103 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 103 agctcgagct cgaagatggc 20 <210> 104 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 104 caaacattta aaatataaat catgaata 28 <210> 105 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 105 taagcccccg gccgaaccgg caaag 25 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 106 gactacaatc ttccactcca 20 <210> 107 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:an artificially synthesized primer sequence <400> 107 tgtgaactac actatttagt tgctta 26 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Claims (19)

1. 이하의 공정 (a) 및 (b)를 포함하는, 벼 품종의 감별 방법.

   (a) 벼 게놈에 있어서 이하의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 염기 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 부위의 염기 종류를 판정하는 공정,

   (1) 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치

   (2) 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치

   (3) 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치

   (4) 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치

   (5) 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치

   (6) 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치

   (7) 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치

   (8) 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치

   (9) 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치

   (10) 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치

   (11) 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치

   (12) 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치

   (13) 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치

   (14) 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치

   (15) 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치

   (16) 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치

   (17) 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치

   (18) 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치

   (19) 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치

   (20) 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치

   (21) 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치

   (22) 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치

   (23) 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치

   (24) 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치

   (25) 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치

   (26) 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치

   (27) 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치

   (28) 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치

   (b) 상기 공정 (a)에 의해 판정된 염기 종류과 품종을 연관짓는 공정
2. 제1항에 있어서, 벼 게놈에서의 이하의 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 염기 변이를 특징으로 하는 다형성 마커를 사용하여 염기 종류의 판정을 행하는 것을 특징으로 하는 방법.

   (1) 서열번호: 1에 기재된 염기서열의 593위치의 염기가 T

   (2) 서열번호: 2에 기재된 염기서열의 304위치의 염기가 T

   (3) 서열번호: 3에 기재된 염기서열의 450위치의 염기가 A

   (4) 서열번호: 4에 기재된 염기서열의 377위치의 염기가 C

   (5) 서열번호: 5에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 C

   (6) 서열번호: 6에 기재된 염기서열의 624위치의 염기가 C

   (7) 서열번호: 7에 기재된 염기서열의 534위치의 염기가 C

   (8) 서열번호: 8에 기재된 염기서열의 358위치의 염기가 G

   (9) 서열번호: 9에 기재된 염기서열의 475위치의 염기가 G

   (10) 서열번호: 10에 기재된 염기서열의 323위치의 염기가 A

   (11) 서열번호: 11에 기재된 염기서열의 612위치의 염기가 A

   (12) 서열번호: 12에 기재된 염기서열의 765위치의 염기가 T

   (13) 서열번호: 13에 기재된 염기서열의 571위치의 염기가 T

   (14) 서열번호: 14에 기재된 염기서열의 660위치의 염기가 G

   (15) 서열번호: 15에 기재된 염기서열의 223위치의 염기가 A

   (16) 서열번호: 16에 기재된 염기서열의 247위치의 염기가 A

   (17) 서열번호: 17에 기재된 염기서열의 163위치의 염기가 A

   (18) 서열번호: 18에 기재된 염기서열의 421위치의 염기가 C

   (19) 서열번호: 19에 기재된 염기서열의 178위치의 염기가 G

   (20) 서열번호: 20에 기재된 염기서열의 141위치의 염기가 G

   (21) 서열번호: 21에 기재된 염기서열의 480위치의 염기가 C

   (22) 서열번호: 22에 기재된 염기서열의 481위치의 염기가 C

   (23) 서열번호: 23에 기재된 염기서열의 131위치의 염기가 C

   (24) 서열번호: 24에 기재된 염기서열의 510위치의 염기가 A

   (25) 서열번호: 25에 기재된 염기서열의 248위치의 염기가 T

   (26) 서열번호: 26에 기재된 염기서열의 92위치의 염기가 C

   (27) 서열번호: 27에 기재된 염기서열의 743위치의 염기가 G

   (28) 서열번호: 28에 기재된 염기서열의 552위치의 염기가 T
3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(c)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위 또는 해당 부위에서의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

   (c) 증폭시킨 DNA의 염기서열을 결정하는 공정
4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(d)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제조한 DNA를 제한 효소에 의해 절단하는 공정

   (c) DNA 단편을 그 크기에 따라 분리하는 공정

   (d) 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교하는 공정
5. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(e)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

   (c) 증폭시킨 DNA를 제한 효소에 의해 절단하는 공정

   (d) DNA 단편을 그 크기에 따라 분리하는 공정

   (e) 검출된 DNA 단편의 크기를 대조구와 비교하는 공정
6. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(e)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

   (c) 증폭시킨 DNA를 1본쇄로 해리시키는 공정

   (d) 해리시킨 1본쇄 DNA를 비변성 겔 상에서 분리하는 공정

   (e) 분리된 1본쇄 DNA의 겔 상에서의 이동도를 대조구와 비교하는 공정
7. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 근방의 염기서열과 상보적인 올리고뉴클레오티드에, 리포터 형광과 소광자 형광 2개를 표지한 프로브를 2종류 합성하는 공정

   (c) 공정 (a)에서 제조한 DNA에, 공정(b)에서 합성한 프로브를 하이브리다이제이션시키는 공정

   (d) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

   (e) 리포터 형광의 발광을 검출하는 공정

   (f) 공정 (e)에서 검출한 리포터 형광의 발광을 대조구와 비교하는 공정
8. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(h)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 3'측 염기서열과 상보적인 서열, 및 전혀 무관한 서열을 합친 프로브를 합성하는 공정

   (c) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위로부터 5' 말단측이 상보적인 프로브를 합성하는 공정

   (d) 공정 (c)에서 합성한 프로브와 공정 (a)에서 제조한 DNA와 하이브리다이제이션시키는 공정

   (e) 공정 (d)에 하이브리다이제이션된 DNA를 1본쇄 DNA 절단 효소로 절단하고, 공정 (b)에서 합성한 프로브의 일부를 유리시키는 공정

   (f) 공정 (e)에서 유리된 프로브와, 검출용 프로브를 하이브리다이제이션시키는 공정

   (g) 공정 (f)에 하이브리다이제이션된 DNA를 효소적으로 절단하고, 그 때에 발생하는 형광의 강도를 측정하는 공정

   (h) 공정 (g)에 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교하는 공정
9. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

   (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

   (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

   (c) 증폭시킨 DNA를 1본쇄로 해리시키는 공정

   (d) 해리시킨 1본쇄 DNA 중 한쪽 쇄만을 분리하는 공정

   (e) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위의 근방에서부터 1염기씩 신장 반응을 하고, 그 때에 생성되는 피롤린산을 효소적으로 발광시켜 발광 강도를 측정하는 공정

   (f) 공정 (e)에서 측정한 형광의 강도를 대조구와 비교하는 공정
10. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

    (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

    (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

    (c) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성하는 공정

    (d) 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 하는 공정

    (e) 형광의 편광도를 측정하는 공정

    (f) 공정 (e)에서 측정한 형광의 편광도를 대조구와 비교하는 공정
11. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

    (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

    (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

    (c) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에의 염기에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 프라이머를 합성하는 공정

    (d) 형광으로 표지한 뉴클레오티드 존재하에서, 공정 (b)에서 증폭시킨 DNA를 주형으로 하고 공정 (c)에서 합성한 프라이머를 사용하여 1염기 신장 반응을 하는 공정

    (e) 시퀀서를 이용하여 공정 (d)에서 반응에 사용된 염기 종류를 판정하는 공정

    (f) 공정 (e)에서 판정된 염기 종류를 대조구와 비교하는 공정
12. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(d)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

    (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

    (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

    (c) 공정 (b)에 증폭시킨 DNA를 질량 분석기에 걸어 분자량을 측정하는 공정

    (d) 공정 (c)에 측정한 분자량을 대조구와 비교하는 공정
13. 제1항 또는 제2항에 있어서, 이하의 (a)∼(f)의 공정을 포함하는 것을 특징으로 하는 판정 방법.

    (a) 피검 벼로부터 DNA를 제조하는 공정

    (b) 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA를 증폭시키는 공정

    (c) 뉴클레오티드 프로브가 고정된 기판을 제공하는 공정

    (d) 공정 (b)의 DNA와 공정(c)의 기판을 접촉시키는 공정

    (e) 해당 DNA와 해당 기판에 고정된 뉴클레오티드 프로브와의 하이브리다이제이션 강도를 검출하는 공정

    (f) 공정 (e)에서 검출된 강도를 대조구와 비교하는 공정
14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 이하의 공정 (a) 및 (b)를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.

    (a) 알칼리성의 수성 용매중에서 벼의 종자를 분쇄하는 공정,및

    (b) 상기 공정 (a)에서 분쇄한 종자로부터 벼 게놈 DNA를 추출하는 공정
15. 제14항에 있어서, 종자가 정미되어 있는 것을 특징으로 하는 방법.
16. 벼의 품종을 감별하기 위한 프라이머(또는 벼 품종 감별용 시약)로서,

    (a) 벼 게놈에 있어서의 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역을 증폭시키기 위한 올리고뉴클레오티드, 또는

    (b) 벼 게놈에서의 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기에 인접한 1염기 부위까지의 서열에 상보적인 염기서열을 갖는 올리고뉴클레오티드.
17. 제1항에 기재된 (1)∼(28) 중 어느 하나에 기재된 부위, 또는 그 부위의 염기와 염기쌍을 이루는 상보사슬에서의 염기 부위를 포함하는 DNA 영역과 하이브리다이제이션되고, 적어도 15뉴클레오티드의 사슬길이를 갖는, 벼의 품종을 감별하기 위한 올리고뉴클레오티드.
18. 제16항 또는 제17항에 기재된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 벼 품종 감별용 키트.
19. 제18항에 있어서, 알칼리성 수성 용매를 더 포함하는 벼 품종 감별용 키트.