KR102176815B1 - 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법 - Google Patents

현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법 Download PDF

Info

Publication number
KR102176815B1
KR102176815B1 KR1020187017767A KR20187017767A KR102176815B1 KR 102176815 B1 KR102176815 B1 KR 102176815B1 KR 1020187017767 A KR1020187017767 A KR 1020187017767A KR 20187017767 A KR20187017767 A KR 20187017767A KR 102176815 B1 KR102176815 B1 KR 102176815B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
primary particles
image
particles
sample
detected
Prior art date
Application number
KR1020187017767A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20190039464A (ko
Inventor
아이다-마리아 신톤
마틴 라이너
구스타프 킬베르그
요세피나 닐슨
Original Assignee
인텔리전트 바이러스 이미징 아이엔씨.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 인텔리전트 바이러스 이미징 아이엔씨. filed Critical 인텔리전트 바이러스 이미징 아이엔씨.
Publication of KR20190039464A publication Critical patent/KR20190039464A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102176815B1 publication Critical patent/KR102176815B1/ko

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume, or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N15/14Electro-optical investigation, e.g. flow cytometers
    • G01N15/1468Electro-optical investigation, e.g. flow cytometers with spatial resolution of the texture or inner structure of the particle
    • G01N15/1475Electro-optical investigation, e.g. flow cytometers with spatial resolution of the texture or inner structure of the particle using image analysis for extracting features of the particle
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01BMEASURING LENGTH, THICKNESS OR SIMILAR LINEAR DIMENSIONS; MEASURING ANGLES; MEASURING AREAS; MEASURING IRREGULARITIES OF SURFACES OR CONTOURS
    • G01B21/00Measuring arrangements or details thereof, where the measuring technique is not covered by the other groups of this subclass, unspecified or not relevant
    • G01B21/28Measuring arrangements or details thereof, where the measuring technique is not covered by the other groups of this subclass, unspecified or not relevant for measuring areas
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01BMEASURING LENGTH, THICKNESS OR SIMILAR LINEAR DIMENSIONS; MEASURING ANGLES; MEASURING AREAS; MEASURING IRREGULARITIES OF SURFACES OR CONTOURS
    • G01B15/00Measuring arrangements characterised by the use of electromagnetic waves or particle radiation, e.g. by the use of microwaves, X-rays, gamma rays or electrons
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume, or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N15/1433
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N23/00Investigating or analysing materials by the use of wave or particle radiation, e.g. X-rays or neutrons, not covered by groups G01N3/00 – G01N17/00, G01N21/00 or G01N22/00
    • G01N23/02Investigating or analysing materials by the use of wave or particle radiation, e.g. X-rays or neutrons, not covered by groups G01N3/00 – G01N17/00, G01N21/00 or G01N22/00 by transmitting the radiation through the material
    • G01N23/04Investigating or analysing materials by the use of wave or particle radiation, e.g. X-rays or neutrons, not covered by groups G01N3/00 – G01N17/00, G01N21/00 or G01N22/00 by transmitting the radiation through the material and forming images of the material
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06VIMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
    • G06V10/00Arrangements for image or video recognition or understanding
    • G06V10/40Extraction of image or video features
    • G06V10/44Local feature extraction by analysis of parts of the pattern, e.g. by detecting edges, contours, loops, corners, strokes or intersections; Connectivity analysis, e.g. of connected components
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06VIMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
    • G06V20/00Scenes; Scene-specific elements
    • G06V20/60Type of objects
    • G06V20/69Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06VIMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
    • G06V20/00Scenes; Scene-specific elements
    • G06V20/60Type of objects
    • G06V20/69Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
    • G06V20/698Matching; Classification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/60Detection means characterised by use of a special device
    • C12Q2565/601Detection means characterised by use of a special device being a microscope, e.g. atomic force microscopy [AFM]
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume, or surface-area of porous materials
    • G01N2015/0038Investigating nanoparticles
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume, or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N2015/1006Investigating individual particles for cytology
    • G01N2015/103
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume, or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N2015/1093Particle shape
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2223/00Investigating materials by wave or particle radiation
    • G01N2223/40Imaging
    • G01N2223/401Imaging image processing
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2223/00Investigating materials by wave or particle radiation
    • G01N2223/40Imaging
    • G01N2223/405Imaging mapping of a material property

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Multimedia (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Electromagnetism (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Analysing Materials By The Use Of Radiation (AREA)
  • Sampling And Sample Adjustment (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Image Analysis (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Abstract

본 발명의 방법은 현미경가시성 입자 샘플의 순도를 정량하기 위한 것이다. 분석될 샘플을 전자 현미경에 배치하여 샘플의 전자 현미경검사 이미지 (100)를 얻는다. 이 샘플은 대상물 (114)를 내포한다. 일차 입자들 (120)의 크기 범위와 상이한 크기 및 일차 입자들 (120)의 크기 범위에 속하는 크기를 가지는 대상물 (114)는 강조된다. 대상물 (114)는 일차 입자들 (120) 또는 파편 (106)으로 탐지된다. 탐지된 일차 입자들 (120)은 대상물 (114)로부터 제외되어, 대상물 (114)는 파편 (106)는 내포하지만 일차 입자들 (120)은 전혀 내포하지 않게 된다. 탐지된 파편 (106)의 제 1 총 면적 (T1)을 계산한다. 탐지된 일차 입자들 (120)의 제 2 총 면적 (T2)을 측정한다.

Description

현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법
기술 분야
본 발명은 전자 현미경검사를 사용하여 샘플의 순도가 어느 정도인지를 평가하고 정량적으로 측정하는 방법에 관한 것이다.
발명의 배경 및 요약
생물의약을 개발하고 생산하는 것은 일반적으로 여러 정제 단계들을 수반하며, 이러한 정제 단계에서 최종 생성물이 오직 원하는 일차 입자(primary particle)들만을 내포하도록 세포 파편 (debris), 파손된 입자들, 그 외 오염물질들 및 클러스터 등이 제거되어야 한다. 최종 생성물에서 관심 대상의 일차 입자들 (즉, 클러스터가 되지 않은 일차 입자들)의 순도 및 분산은 그 품질 및 효능에 중요하다. 그러므로 각 정제 단계의 효능 및 효과를 평가함에 있어서 최종 생성물 뿐만 아니라 상위 개발 및 제조공정 중에도 순도를 정량적으로 평가하는 것이 중요하다. 전자 현미경검사는 현미경가시성 입자들을 샘플 내 관심 입자들 (일차 입자들) 뿐만 아니라 바람직하지 않은 파편, 오염물질 및 클러스터들을 식별하기에 충분한 해상도로 이미지화할 수 있는 방법이다. 액체 샘플로부터 현미경가시성 입자들, 가령, 바이러스 입자들, 바이러스-유사 입자들, 무기 비드 및 그 외 나노입자들 및 마이크로-입자들의 샘플의 순도가 어느 정도인지를 정량적으로 측정하는 목적은 많은 공정들에서 중요하다. 예를 들면, 변형된 바이러스 벡터들은 유전자 치료 분야에서 통상적으로 사용되며 변형된 바이러스 입자들은 백신으로서 사용된다. 그러나, 현재 이용가능한 순도의 정량적 평가방법들은 매우 정확하지 않으며 종종 최종 결과를 왜곡시킬 수 있는 수동 단계를 수반한다. 현미경가시성 일차 입자들 및 오염물질들/파편을 내포하는 액체 샘플의 순도를 평가하고 측정하는 보다 효과적이고 믿을 수 있는 방법들에 대한 필요성이 존재한다.
본 발명의 방법은 상기 개략적으로 설명한 문제점들에 대한 해결책을 제공한다. 더욱 특히,
상기 방법은 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량을 위한 것이다. 분석될 샘플을 전자 현미경 위에 놓고 샘플의 전자 현미경검사 이미지를 얻는다. 샘플은 일차 입자 뿐만 아니라 파편 대상물 (object)들을 내포한다. 파편은 일차 입자들, 및/또는 오염물질들의 파손된 부분들 (아단위), 및/또는 일차 입자 또는 파편 클러스터 또는 응집물, 및 또는 제조 단계로부터 남은 재료들 일 수 있다. 이미지에서 대상물들은 강조되고 일차 입자들의 크기 범위와 상이한 크기 및 일차 입자들의 크기 범위에 속하는 크기를 가진다. 이미지에서 일차 입자 또는 파편인 대상물들이 탐지된다. 탐지된 일차 입자들은 남아있는 대상물들로부터 제외되어, 파편으로 탐지된 대상물들은 파편만을 내포하고 일차 입자들은 전혀 내포하지 않게 된다. 탐지된 파편의 제 1 총 면적 (T1)을 측정한다. 탐지된 일차 입자들의 제 2 총 면적 (T2)을 측정한다. 샘플 순도의 정량적 측정치를 결정하기 위해 제 1 총 면적 (T1) 대 제 2 총 면적 (T2)의 비율을 계산한다.
또 다른 구체예에서, 이미지에서 대상물들의 에지(edge)는 강조되고 대상물들은 일차 입자들의 크기 범위와 실질적으로 유사한 크기를 가진다. 일차 입자들을 식별하기 위해 대상물들의 원마도를 분석한다.
또 다른 구체예에서, 일차 입자의 모양과 실질적으로 유사한 모양을 가지는 이미지 내 대상물들은 일차 입자들로 식별된다.
또 다른 구체예에서, 이미지에서 대상물들의 에지는 강조되고, 대상물들은 일차 입자들의 크기 범위와 실질적으로 유사한 크기를 가지며, 일차 입자들을 식별하기 위해 대상물들의 방사상 밀도 프로파일을 분석한다.
또한 또 다른 구체예에서, 이미지에서 대상물들의 에지는 강조되고 대상물들은 일차 입자들의 크기 범위와 실질적으로 유사한 크기를 가지며 대상물 경계에서의 신호-대-잡음비는 대상물 바로 밖의 평균 강도에 대한 대상물 안쪽의 평균 강도를 측정하여 분석된다.
또 다른 구체예에서, 이미지에서 대상물들의 에지는 강조되고 대상물들은 일차 입자들의 크기 범위와 실질적으로 유사한 크기를 가지며 대상물들의 외부 에지의 선명도 (sharpness)를 분석하여 대상물들의 국소 대비도 (local contrast)를 측정한다.
또 다른 구체예에서, 이미지에서 대상물들의 에지는 강조되고 대상물들은 일차 입자들의 크기 범위와 실질적으로 유사한 크기를 가지며 일차 입자들을 식별하기 위하여 텍스쳐 분석함으로써 대상물들의 구조를 측정한다.
또 다른 구체예에서, 일차 입자들을 식별하기 위하여 이미지 내 대상물들의 구조를 텍스쳐 분석하여 측정하고 분석한다.
또 다른 구체예에서, 바이러스 입자 또는 바이러스-유사 입자들을 내포하는 샘플은 전자 현미경에 배치된다.
또한 또 다른 구체예에서, 이미지를 2개의 평활 필터 (smoothing filters)로 필터링하여 제 1 필터링 이미지 및 제 2 필터링 이미지를 생성하고 제 1 필터링 이미지를 제 2 필터링 이미지로부터 뺀다.
도면의 간단한 설명
도 1은 음성 염색된 생물학적 입자 샘플의 용액 중 투과 전자 이미지이고;
도 2는 미세 에지를 강조하기 위해 가우션 차이법을 사용한 후 결과를 보여주는 이미지이고;
도 3은 특이적 탐지법 (Specific detection method)에 의한, 도 2에 도시된 이미지에서 탐지된 일차 대상물들의 이미지이고;
도 4는 원본 이미지에 대해 가우션 차이법을 사용하여 전형적인 파편 크기의 대상물들을 강조시킨 후 결과를 보여주는 이미지이고;
도 5는 강조된 대상물 이미지를 이진화처리(thresholding)한 후 결과를 보여주는 이미지이고;
도 6은 일차 입자에 상응하는 대상물들을 제거한 후 결과를 보여주는 이미지이며; 그리고
도 7은 일차 입자 및 파편 모두를 포함하는 최종 결과를 보여주는 이미지이다.
상세한 설명
본 발명은, 샘플의 전자 현미경검사 이미지의 자동적인 대물렌즈 이미지 분석에 기초한, (예를 들면, 약 100 nm 크기를 가질 수 있는) 현미경가시성 또는 나노-입자들을 용액 중에 내포하는 샘플 순도의 독특한 정량적 측정 방법을 기재한다. 샘플은, 예를 들면, 액체, 용해된 고체 또는 분말 샘플일 수 있다.
음성 염색 투과 전자 현미경검사 이미지가 사용될 수 있다. 일반적으로, 본 발명의 순도 측정치는, 바람직하게는, 일차 입자 대 (작은 파편 뿐만 아니라 큰 파편 클러스터를 비롯한) 비-일차 입자의 면적비이다. 본 발명의 방법의 원칙적인 단계들은 다음과 같다:
1. 분석될 샘플을 전자 현미경 위에 놓고 샘플의 전자 현미경검사 이미지를 얻는 단계;
2. 이미지에서 일차 입자에 전형적인 크기를 가지는 일차 입자들의 에지 (가령, 미세 에지)를 강조하는 단계;
3. 특정 일차 입자들을 식별하도록 개조된 방법을 사용하여 이미지에서 모든 일차 입자들을 구체적으로 탐지하는 단계;
4. 이미지에서 파편 클러스터 및 오염물질들에 전형적인 크기의 대상물들을 강조하는 단계;
5. 단계 4에서 강조된 모든 대상물들을 예컨대, 이진화 처리법을 사용하여 탐지하는 단계.
6. 강조시킨 검출 대상물로부터 일차 입자들을 제외시키는 단계 (빼는 단계);
7. 단계 6에서 탐지된 남아있는 파편 클러스터 및 오염물질들의 총 면적을 측정하는 단계;
8. 단계 3에서 탐지된, 탐지된 일차 입자들의 총 면적을 측정하는 단계; 및
9. 단계 7에서 생성된 면적 대 단계 8에서 생성된 면적의 비율을 계산하는 단계.
전형적인 예시 이미지 (100)이 도 1에 도시되어 있으며, 단계 2-6은 도 2-6에 도시되어 있다. 도 7은 최종 결과 (102), 즉, 일차 입자 (120) 및 파편 대상물 (106)을 보여준다. 일차 입자 및 파편 대상물들 각각의 측정 면적은, 순도 측정값을 유도하기 위해 단계 7-9에서 사용된다.
더욱 특히, 도 1은 용액 중의 음성 염색된 생물학적 입자 샘플의 투과 전자 현미경검사 이미지 (100)이다. 생물학적 입자들은 바이러스 입자 또는 임의의 그 외 유기 입자들일 수 있다. 무기 입자들을 내포하는 샘플 또한 본 발명의 방법을 사용하여 분석될 수 있다. 예를 들면, 분석될 (단계 2) 일차 입자에 전형적인 크기를 가지는, 이미지에서의 대상물 (116)의 미세 에지 (또는 대비도/가는 영역)을 강조하기에 적합한 방법, 가령, 가우션 차이법 (difference of Gaussians) 또는 그 외 임의의 적합한 방법이 사용될 수 있다. 도 2는 식별된 대상물 (116)의 미세 에지를 강조하기 위해 가우션 차이법을 사용한 후 결과 (105)를 보여준다. 식별된 대상물 (116)은 대부분 일차 입자들이지만 일부 바람직하지 않은 파편 및 오염물질들 (106)을 내포할 수도 있다 (하기 더욱 상세히 설명함). 특정 유형의 바이러스 입자들은 100 nm의 예상 크기를 가질 수 있고, 그리하여 실질적으로 상이한 크기를 가지는 입자들은 대부분 일차 입자가 아니라 대신 바람직하지 않은 파편 입자 (106)일 수 있다. 단계 2에서의 분석은 전체 입자들의 크기에 제한되지 않을 수 있음을 유의하여야 한다. 또한 원하는 일차 입자에 특이적인 일차 입자 구조 부분, 가령, 입자 패턴 또는 외부 에지의 두께에 초점을 맞출 수도 있다. 이 때 입자의 특이적 부분, 가령, 입자의 패턴 또는 외부 에지의 두께를 강조하는 것이 가능하다.
이미지에서 (가령, 가우션 차이법을 사용하여) 선택된 입자들 또는 일차 입자들을 강조하는 것은 예상외로 놀라운 우수한 결과를 제공하였다. 예를 들면, 생물학적 샘플 (가령, 바이러스 입자들)의 염색은, 샘플의 상이한 부분들에서 뿐만 아니라 상이한 크기의 대상물/입자들 주변에서 상이한 염색 두께로 인해, 이미지에서 대상물/입자를 둘러싼 염색 양이 상이해지는 결과를 가져온다. 염색양 (두께) 그리고 그에 따라 격자 상에서 순도 측정값을 직접 계산하는 경우, 이는 순도 측정값에 영향을 주며 측정값의 정확성을 떨어뜨릴 수 있다. 상기와 같이, 이미지에서 선택된 크기 범위의 에지 또는 대상물은, 예를 들면, 가우션 차이법을 사용하여 강조된다. 그 외 에지 또는 대상물을 강조하는 접근법들 또한 사용될 수 있음을 이해하여야 한다. 가우션 차이법에서, 이미지를 (상이한 평활 인자 시그마를 가지는) 2개의 가우션 평활 필터로 필터링한다. 그 다음 하나의 필터링된 이미지를 다른 필터링 이미지로부터 빼어, 예를 들면, 특정 크기의 강조된 에지 또는 강조된 대상물을 가지는 이미지를 생성한다. 결과는 일부분 사용되는 평활 인자들의 조합에 따라 달라진다. 이러한 수정된 이미지 상에서 일차 입자, 파편 및 오염물질들이 탐지된다. 상기 나타낸 바와 같이, 에지/대상물 강조 단계는 염색의 상이한 양 및 불균일한 분포의 효과를 감소시킨다. 그러므로 불균일한 염색이 문제되는 사용분야/사례, 가령, 바이러스 입자들 및 그 외 입자들의 생물학적 샘플을 분석하는 경우, 이러한 중요한 그리고 획기적인 단계가 필요하다. 무기 재료/입자만을 내포하는 샘플에서, 에지 강조 단계는 제외될 수 있다. 또한, 단계 4 (하기 기재)에 따른 강조 후 모든 대상물을 탐지하기 이전에 특정한 선택 크기 또는 특성, 가령, 에지 두께 또는 패턴의 대상물 (즉, 단계 2/3에서 일차 입자들)을 강조하는 것은 이미지에서 배경 착색 및 조명이 불균일하게 되는 문제를 감소시키며, 그렇지 않을 경우 대상물 경계를 잘못되게 위치결정하기 쉬울 수 있으며 심지어 대상물을 잘못되거나 부정확하게 소실하거나 탐지하게 된다. 다시 말하면, 단계 2의 강조는 현미경의 다양한 배경색 및 조명을 고려하여 일차 입자들을 더욱 용이하게 식별되도록 한다. 예를 들면, 강조는 이미지의 특정 부분(segment)에서 보다 밝은 색상의 효과 및 강도 기울기 효과를 제거하거나 감소시킨다.
그러나, 바람직하지 않은 파편 및 오염물 입자들 중 일부는 분석될 일차 입자들의 크기와 유사한 크기를 가질 수 있다. 다시 말하면, 단계 2에서의 강조는 일차 입자들과 유사한 크기를 가지거나 일차 입자들과 유사한 그 외 특성들을 가질 수 있으나 일차 입자들은 아닌 입자들을 강조할 수 있다. 이 경우, 예를 들면, 일차 입자들의 크기 범위에 속하는 크기를 가질 수 있는 파편에서 일차 입자(120)를 식별 및 구별하기 위해 대상물 (116)의 모양 또는 원마도를 분석함으로써, 단계 2에서 강조된 대상물을 추가로 분석할 필요가 있다. 이는 탐지방법을 사용함으로써, 가령, 도 2에 도시된 바와 같이 단계 2에서 식별된 입자들/대상물의 방사상 대칭을 분석함으로써 탐지된 일차 입자들 (120)을 (흰색으로) 식별하는 단계 3에서 이루어진다 (그리고 그 결과 (107)는 도 3에 도시됨).
본 발명의 방법 및 정량적 순도 측정치를 객관적이고 (즉, 사용자에 따라 다르지 않고) 믿을수 있도록 하기 위하여, 본 발명의 단계들은 바람직하게는, 오직, 일차 입자들의 대략적인 크기 뿐만 아니라 비-일차 입자들/대상물 (파편 및 클러스터)의 하한 및 상한을 선택하기 위하여만 제공되는 사용자 입력에 따라 자동으로 실시되어야 한다. 본 발명의 중요한 양상은 일차 입자들을 비-일차 입자들/대상물과 자동으로 구별하는 능력이다. 단계 3에서 나타낸 바와 같이, 원형의 일차 입자들 (가령, 바이러스 벡터들)은, 예를 들면, 원형의 대칭 특성들 또는 일차 입자들 (120)을 특이적으로 탐지하는 그 외 방법들에 기초하여 탐지될 수 있다. 예를 들면, 방사상 대칭인 바이러스 입자 구조는 회색 레벨 (grey-level) 프로파일로 변환될 수 있다. 이 프로파일은 바이러스 입자 구조의 중심으로부터 바이러스 입자 구조의 주변부 또는 외층쪽으로 중심으로부터의 각 거리에서 평균 회색 레벨을 계산함으로써 구조를 설명하기 위해 사용될 수 있다. 회색조 (grey scale) 프로파일에 의존하는 대신 바이러스 입자 구조 또는 모양을 설명하기 위한 수학적 알고리즘을 개발하는 것 또한 가능하다.
본 발명 방법의 중요한 특징은 바이러스 입자들을 객관적으로 설명하기 위하여 회색조 프로파일에 기반하여 주형을 생성할 수 있다는 것이다. 주형은 수학적 방법들을 또한 사용하여 생성될 수 있다. 이러한 방식에서, 일정 크기 범위에서 탐지되는 모든 대상물은 전형적인 일차 입자를 나타내는 프로파일 또는 주형과 비교될 수 있으며 탐지된 대상물이 진정한 일차 입자 (120)로 분류되는 프로파일/주형과 충분히 유사한지 여부를 결정하기 위한 프로파일/주형을 사용할 수 있다. 일차 입자 (120)를 식별하기 위하여 단계 3에서 그 외 다른 방법들, 가령, 타원형, 막대형 또는 결정형 모양을 탐지하는 방법들을 사용할 수도 있다.
바이러스 입자들에 대한 상기 기준은 단순히 하나의 예일 뿐이며 본 발명은 바이러스 입자들에 제한되지 않음을 이해하여야 한다. 또한, 입자의 원형도/원마도에 대한 기준은 단순히 하나의 예일 뿐이며, 그 외 특성들, 가령, 특이적 패턴, 특이적 모양 및 대상체 표면 또한 사용될 수 있다.
일차 입자 (120)의 특이적 탐지 (그리고 일차 입자들과 유사한 크기를 가지는 비-일차 입자들의 제거)와 관련된 단계 3과 관련하여, 대상물 (116)의 경계에서의 신호-대-잡음비 또는 국소 대비도를 사용하는 추가 단계가 포함될 수 있다. 이러한 단계는 일차 입자 (120)의 탐지 및 일차 입자인지 아닌지에 관한 자동적 결정을 추가로 개선시키기 위하여 실시된다. 바람직하게는, 신호-대-잡음비는, 입자 바로 밖에서의 평균 강도에 대한, 입자 내부에서의 평균 강도로서 측정된다. 국소 대비도 접근법은 입자의 외부 및/또는 내부 에지가 일차 입자인지 아닌지를 얼마나 예리하게 더 잘 결정할 수 있는지를 분석하기 위하여 사용될수 있다. 또한 단계 3과 관련하여, 비-구형 입자들에 있어서, 일차 입자 (120)의 특이적 모양 또는 그 외 특성들, 가령, 텍스쳐 (입자 표면 상의 패턴)의 탐지를 위해 고안된 그 외 방법들이 사용될 수 있다.
다음 단계는 샘플 내 바람직하지 않은 파편 및 오염물질들을 탐지하는 것이다. 도 4는 원본 이미지에서 대상물을 강조처리한 후 결과 (108)를 보여준다. 한 가지 문제점은 단계 4에서 분석 및 강조는 또한 단계 3에서 식별된 일차 입자 (120) 중 일부 또는 모두를 식별하여 포함한다는 것이다. 단계 4에서, 이미지 내 모든 대상물 (114)는, 예를 들면, 가우션 차이법을 사용하여 강조된다. 파편 및 클러스터는, 예를 들면, (자동) 강도 이진화 처리법, 가령, 오츠 (Otsu) 이진화 처리법에 의해 탐지될 수도 있다. 강도 역치를 수동으로 선택하는 단계 또한 이루어질 수 있으나 이는 의도치 않게 사용자-편향을 쉽게 유입하게 할 수 있다.
바람직하게는, 파편/오염물질들이 임의의 모양 및 색상을 가질 수 있기 때문에, 대상물 (114)는 파편 클러스터 및 오염물질들에 전형적인 특정 크기 범위에 초점을 두고 식별된다. 먼저 파편 및 오염물질들에 전형적인 크기를 가지지만 일차 입자들 보다 작은 대상물에 초점을 둔 다음, 일차 입자들 보다 큰 크기를 가지는 대상물에 초점을 두는 것이 가능하다. 대상물 (114)의 강도는, 바람직하게는, 파편 및 오염물질들을 포함하는 영역 또는 부위를 식별하기 위해 분석된다.
이러한 방식에서, 이미지 내 강조된 모든 대상물 (114)은 단계 5에서 탐지되며 그 결과 (110)을 도 5에 나타낸다. 다시 말하면, 단계 4에서 사용된 식별 방법은 일차 입자 (120)를 제외시키기에 충분히 특이적이지 못하므로, 파편 입자들 그리고 일차 입자들 중 일부 또는 모두가 대상물 (114)로 식별되어 결과 (110)에 도시되는 결과를 가져온다.
단계 6에서, 단계 3에서 식별된, 대상물 (114)에도 또한 포함되는 식별된 일차 입자들 (120)은 도 5에 도시된 대상물 (114)로부터 제외되거나 빼게 되므로, 오직 탐지된 파편 및 오염물질들 (106) 만이 도 6의 결과 (112)에 도시된다. 이는 단계 5에서 사용된 강조 방법의 결과로서 대상물 (114)에 우연히 포함되었던 임의의 일차 입자들이 제거되어, 결과 (112)는 파편 및 오염물질 입자들 (106)만을 보여주게 됨을 의미한다.
단계 7에서, 단계 6 후, 즉, 일차 입자들이 제거된 후, 남아있는 대상물 또는 파편 (106)의 총 면적 T1을 측정한다. 단계 8에서, 도 3에 도시된, 탐지된 일차 입자들 (120)의 총 면적 T2를 측정한다. 단계 9에서, 단계 7 및 단계 8 이후 각각 생성된 면적의 비율 R을 계산한다.
설명한 접근법, 일차 입자들 대 그 외 대상물의 면적비로서 순도를 정량하는 것은 우수하다. 약간의 잘못 탐지되거나 소실된 일차 입자들은 그 측정이 샘플 웰을 나타내는, 바람직하게는 자동화 이미지 인식 (사용자 비편향됨) 또는 수동적으로 얻어진 이미지로부터 생성된 수많은 이미지에 기초한 것이기 때문에, 유효하지 않은 방식으로 결과에 영향을 줄 뿐이다.
비록 본 발명을 바람직한 조성물 및 구체예들에 따라 설명하였으나, 하기 청구범위의 사상 및 범위를 벗어나지 않고 바람직한 조성물 및 구체예들에 특정한 치환 또는 변형이 이루어질 수 있음을 이해하여야 한다.

Claims (7)

  1. 다음 단계를 포함하는, 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량 방법:
    분석될 샘플을 전자 현미경에 배치하여 샘플의 전자 현미경검사 이미지 (100)을 얻는 단계, 이 때 샘플은 대상물 (114)를 내포하고;
    일차 입자들 (120)의 크기 범위와 상이한 크기 및 일차 입자들 (120)의 크기 범위에 속하는 크기를 가지는 이미지 내 대상물 (114)를 강조하는 단계; 이미지 내 대상물 (114)를 일차 입자들 (120) 또는 파편 (106)으로 탐지하는 단계;
    탐지된 일차 입자들 (120)을 대상물 (114)로부터 제외시켜, 대상물 (114)가 파편 (106)는 내포하지만 일차 입자들 (120)은 전혀 내포하지 않게 되는 단계;
    탐지된 파편 (106)의 제 1 총 면적 (T1)을 측정하는 단계;
    탐지된 일차 입자들 (120)의 제 2 총 면적 (T2)을 측정하는 단계; 및
    제 1 총 면적 (T1) 대 제 2 총 면적 (T2)의 비율을 계산하여, 샘플 순도의 정량적 측정치를 결정하는 단계.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 일차 입자들 (120)을 식별하기 위해 이미지 내 대상물 (116)의 에지를 강조하는 단계, 및 대상물 (116)의 원마도를 분석하는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
  3. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 일차 입자들 (120)을 식별하기 위해 이미지 내 대상물 (116)의 에지를 강조하는 단계, 및 대상물 (116)의 방사상 밀도 프로파일을 분석하는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
  4. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 이미지 내 대상물 (116)의 에지를 강조하는 단계, 및 대상물 (116)의 바로 밖에서의 평균 강도와 비교한 대상물 내부의 평균 강도를 측정함으로서 대상물 (116)의 경계에서의 신호-대-잡음비를 분석하는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
  5. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 이미지 내 대상물 (116)의 에지를 강조하는 단계, 및 대상물의 에지의 선명도를 분석함으로서 대상물 (116)의 국소 대비도를 분석하는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
  6. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 바이러스 또는 바이러스-유사 입자들을 내포하는 샘플을 전자 현미경에 배치하는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
  7. 청구항 1에 있어서, 상기 방법은 2개의 평활 필터로 상기 이미지를 필터링하여 제 1 필터링 이미지 및 제 2 필터링 이미지를 생성하는 단계 및 제 2 필터링 이미지로부터 제 1 필터링 이미지를 빼는 단계를 추가로 포함함을 특징으로 하는 방법.
KR1020187017767A 2016-09-30 2017-09-11 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법 KR102176815B1 (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662402003P 2016-09-30 2016-09-30
US62/402,003 2016-09-30
PCT/US2017/050962 WO2018063785A1 (en) 2016-09-30 2017-09-11 Method for quantification of purity of sub-visible particle samples

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20190039464A KR20190039464A (ko) 2019-04-12
KR102176815B1 true KR102176815B1 (ko) 2020-11-10

Family

ID=61762953

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020187017767A KR102176815B1 (ko) 2016-09-30 2017-09-11 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법

Country Status (24)

Country Link
US (2) US10451566B2 (ko)
EP (1) EP3349872B1 (ko)
JP (1) JP6790091B2 (ko)
KR (1) KR102176815B1 (ko)
CN (1) CN109715259B (ko)
AU (1) AU2017335569B2 (ko)
BR (1) BR112018012570A2 (ko)
CA (1) CA2997325C (ko)
CL (1) CL2018002522A1 (ko)
DK (1) DK3349872T3 (ko)
EA (1) EA036586B1 (ko)
ES (1) ES2774533T3 (ko)
HU (1) HUE048000T2 (ko)
IL (1) IL259279B (ko)
MA (1) MA42888B1 (ko)
MX (1) MX2018012349A (ko)
MY (1) MY193420A (ko)
NZ (1) NZ741498A (ko)
PL (1) PL3349872T3 (ko)
PT (1) PT3349872T (ko)
SA (1) SA519401436B1 (ko)
SG (1) SG11201805521XA (ko)
UA (1) UA125437C2 (ko)
WO (1) WO2018063785A1 (ko)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BR112018012570A2 (pt) * 2016-09-30 2018-12-04 Intelligent Virus Imaging Inc. método para quantificação da pureza de amostras de partículas subvisíveis
KR102192033B1 (ko) * 2019-03-05 2020-12-16 서울대학교산학협력단 전자현미경 이미지 분석 방법
CN112697658A (zh) * 2019-10-23 2021-04-23 中国石油化工股份有限公司 存储器、电子显微镜颗粒几何性质测定方法、设备和装置
CN116563249A (zh) * 2023-05-11 2023-08-08 中国食品药品检定研究院 一种眼内注射剂的亚可见颗粒质控方法、系统及设备
CN116817804B (zh) * 2023-08-24 2023-11-03 江苏集创原子团簇科技研究院有限公司 一种多层石墨烯中离子注入深度精确标定方法

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5917927A (en) * 1997-03-21 1999-06-29 Satake Corporation Grain inspection and analysis apparatus and method
WO2003025858A2 (en) * 2001-09-17 2003-03-27 Her Majesty The Queen In Right Of Canada As Represented By The Minister Of Agriculture And Agri-Food Method for identifying and quantifying characteristics of seeds and other small objects
US8805039B2 (en) * 2005-10-12 2014-08-12 Intelligent Virus Imaging Inc Identification and classification of virus particles in textured electron micrographs
US8712141B2 (en) * 2007-05-30 2014-04-29 Intelligent Virus Imagaing Inc. Method for counting and segmenting viral particles in an image
KR101343749B1 (ko) * 2007-05-30 2013-12-19 인텔리전트 바이러스 이미징 아이엔씨. 이미지 내 바이러스 입자를 카운팅하고 분할하기 위한 방법
SE532499C2 (sv) * 2008-01-18 2010-02-09 Hemocue Ab Metod och apparat för analys av partiklar i ett vätskeformigt prov
JP2011095182A (ja) * 2009-10-30 2011-05-12 Sysmex Corp 細胞分析装置及び細胞分析方法
EP2335825A1 (en) * 2009-12-21 2011-06-22 F. Hoffmann-La Roche AG Unit and device for the preparation of cells and/or particles in a liquid and method for microscopic analysis
AU2012242587B2 (en) * 2011-04-15 2015-11-26 Roche Diagnostics Hematology, Inc. Measuring volume and constituents of cells
BR112018012570A2 (pt) * 2016-09-30 2018-12-04 Intelligent Virus Imaging Inc. método para quantificação da pureza de amostras de partículas subvisíveis

Also Published As

Publication number Publication date
NZ741498A (en) 2020-03-27
IL259279B (en) 2021-10-31
MX2018012349A (es) 2018-12-17
JP6790091B2 (ja) 2020-11-25
US10451566B2 (en) 2019-10-22
BR112018012570A2 (pt) 2018-12-04
MY193420A (en) 2022-10-12
CN109715259B (zh) 2021-02-26
CN109715259A (zh) 2019-05-03
CA2997325A1 (en) 2018-03-30
KR20190039464A (ko) 2019-04-12
EP3349872A4 (en) 2019-06-26
EP3349872B1 (en) 2019-12-11
US11002689B2 (en) 2021-05-11
US20190011378A1 (en) 2019-01-10
SG11201805521XA (en) 2018-07-30
JP2019532253A (ja) 2019-11-07
PT3349872T (pt) 2020-03-13
EA201890740A1 (ru) 2019-08-30
AU2017335569B2 (en) 2019-11-21
PL3349872T3 (pl) 2020-06-15
CL2018002522A1 (es) 2018-11-30
AU2017335569A1 (en) 2018-05-10
WO2018063785A1 (en) 2018-04-05
CA2997325C (en) 2023-03-28
MA42888B1 (fr) 2020-03-31
DK3349872T3 (da) 2020-03-16
EA036586B1 (ru) 2020-11-26
ES2774533T3 (es) 2020-07-21
US20190376910A1 (en) 2019-12-12
IL259279A (en) 2018-07-31
EP3349872A1 (en) 2018-07-25
UA125437C2 (uk) 2022-03-09
HUE048000T2 (hu) 2020-05-28
MA42888A1 (fr) 2018-11-30
SA519401436B1 (ar) 2022-01-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102176815B1 (ko) 현미경가시성 입자 샘플의 순도 정량방법
Campbell et al. New methods for automatic quantification of microstructural features using digital image processing
CN114627111B (zh) 一种纺织品缺陷检测识别装置
JP5717647B2 (ja) 多核細胞分類および微小核点数化
JP5920994B2 (ja) マイクロプレートのウェル壁境界を識別するための方法及びシステム
US8831306B2 (en) Flow type particle image analysis method and device
JP2014513292A (ja) 定量的ビデオ顕微鏡を準備する方法及び関連システム
Boby et al. Identification of defects on highly reflective ring components and analysis using machine vision
JP6970112B2 (ja) 概観画像をセグメント化することにより分散オブジェクトを検査するための方法
TWI832931B (zh) 半導體檢測系統與方法及相關的非暫時性電腦可讀儲存媒體
EP2966433B1 (en) Device for setting region of interest for analysis
Moëll et al. Comparison of segmentation methods for digital image analysis of confocal microscope images to measure tracheid cell dimensions
US8712140B2 (en) Method of analyzing cell structures and their components
WO2023058456A1 (ja) 検査装置
Palchikova et al. Analyses of DNA image cytometry uncertainty caused by diffractive blurring
Vargas et al. Foil-hole and data image quality assessment in 3DEM: Towards high-throughput image acquisition in the electron microscope
KR102545148B1 (ko) 형광염색을 이용한 미세플라스틱의 질량추정방법
Holba et al. Image processing in defectoscopy
Lee et al. Counting Platelets: a Novel Image Analysis Algorithm for Detecting and Counting Platelet Adhesion on an Assay Pattern
von der Esch et al. DECLARATION OF SCIENTIFIC CONTRIBUTION AND SUMMARY OF TUM-PARTICLETYPER: A DETECTION AND QUANTIFICATION TOOL FOR AUTOMATED ANALYSIS OF (MICROPLASTIC) PARTICLES AND FIBERS
KR20100066141A (ko) 금속의 미세조직 내 크랙유무 검출장치 및 검출방법
FILTER MATERIALS VIA TUM-PARTICLETYPER

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant