KR102127825B1 - 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도 - Google Patents

단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR102127825B1
KR102127825B1 KR1020180150971A KR20180150971A KR102127825B1 KR 102127825 B1 KR102127825 B1 KR 102127825B1 KR 1020180150971 A KR1020180150971 A KR 1020180150971A KR 20180150971 A KR20180150971 A KR 20180150971A KR 102127825 B1 KR102127825 B1 KR 102127825B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
seq
nucleotide
genotype
snp
holstein
Prior art date
Application number
KR1020180150971A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20200064641A (ko
Inventor
김종주
이윤미
Original Assignee
영남대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 영남대학교 산학협력단 filed Critical 영남대학교 산학협력단
Priority to KR1020180150971A priority Critical patent/KR102127825B1/ko
Publication of KR20200064641A publication Critical patent/KR20200064641A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102127825B1 publication Critical patent/KR102127825B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이를 이용하여 소 품종을 식별하는 방법에 관한 것으로, 본 발명의 일 구체예에 따른 단일염기다형성 마커를 포함하는 조성물을 이용하면 코리안 홀스타인, 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 품종을 정확하게 식별할 수 있다.

Description

단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도{Composition comprising SNP genetic marker for discriminating cow breed and uses thereof}
본 발명은 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이를 이용하여 소 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다. 구체적으로 코리안 홀스타인, 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 중 1종 이상을 식별할 수 있는 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이를 이용하여 소 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다.
종래의 소 품종은 뿔, 골격 등 외관적인 차이에 의해 구분되었으나, 쇠고기 및 유제품은 품종에 따른 외관상의 차이가 없기 때문에 소 품종의 식별은 거의 불가능하다. 그러나, 소의 품종 구별은 쇠고기 및 유제품 시장의 유통질서의 확립과 국내 사육농가의 보호를 위해 필요한 과제이다.
최근에는 축산물의 품질을 제고하기 위하여, 한우 유전자(DNA) 검사를 확대하고 있으며, 한우 젖소고기 감별검사(MC1R법), 한우·비한우 감별검사(MS법) 및 쇠고기 DNA 동일성 검사 등이 시행되고 있다. 한우 젖소고기 감별검사(MC1R법, Melanocortin 1 receptor)는 소의 모색 관련 유전자를 이용하여 PCR-RFLP법 또는 SNP-PCR법으로 판별하는 시험법으로 한우형(TT)과 젖소형(CT, CC)을 판별하는 방법이다. 그러나, 수입종 중 일부는 국내 젖소와 유사한 모색 유전자형이 존재하므로 국내 젖소와 일부 수입우의 경우 판별이 불가능한 단점이 있다.
한편, 동물의 게놈 DNA는 동일 종의 개체간에도 차이가 날 정도로 DNA 변이가 다양할 뿐 아니라, 개체의 모든 부위가 동일하다는 특성이 있으므로 DNA 변이 차이를 이용한다면 동일 축종 내에 있어서 품종 간의 구별이 가능하다. 따라서, 개체의 외관, 모질, 모색 등 외형상의 주관적인 기준이 아니라 정확하고 신속한 품종 확인 방법이 필요하며, 이를 위하여 대용량의 단일염기다형성(SNP) 정보를 이용할 수 있다.
이에 본 출원의 발명자들은 국내에서 사육되고 있는 젖소인 코리안 홀스타인 종과 수입우인 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 종을 구별할 수 있는 단일염기다형성 마커를 선별하고, 이를 이용하여 높은 정확도로 소 품종을 식별할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하였다.
대한민국 공개특허 제10-2016-0000975호
본 발명의 목적은 국내 젖소 및 수입우를 식별하기 위하여 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 소의 품종 식별용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 단일염기다형성 마커를 이용한 소의 품종 식별 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 양상은 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 그 길이가 10 내지 100bp인 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 소의 품종 식별용 조성물을 제공한다.
본 발명에서, "뉴클레오티드(nucleotide)"는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드이며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오티드의 유사체를 포함한다(Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York(1980); Uhlman 및 Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584(1990)).
본 발명에서, "단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)"은 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우인 다형성(polymorphism) 부위 중에서 개체에 따라 단일 염기만이 다른 것을 의미한다. 예를 들어, 서로 다른 개체의 세 개의 DNA 단편들(예:AAGT[A/A]AG, AAGT[A/G]AG, AAGT[G/G]AG)처럼 단일염기에서 차이를 포함하는 경우, 차이가 나는 단일염기를 두 개의 대립 유전자(A 또는 G)라고 부르며, 일반적으로 거의 모든 SNP는 두 개의 대립 유전자를 갖는다. 한 집단(population) 내에서, SNP는 소수 대립인자 빈도(minor allele frequency, MAF; 특정 집단에서 발견되는 유전자위치(locus)에서 가장 낮은 대립인자 빈도)로 할당될 수 있다. 단일염기는 폴리뉴클레오티드 서열에 치환, 결실 또는 삽입될 수 있으며, SNP는 번역 프레임의 변화를 유발할 수 있다.
본 발명에서, 서열번호 1 내지 23은 단일염기다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 각각의 SNP 위치(SNP 부위)는 서열번호 1 내지 23에서 36번째 뉴클레오티드이다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 단일염기다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 그 길이가 5 내지 500bp, 10 내지 300bp, 10 내지 200bp, 10 내지 100bp, 10 내지 90bp, 10 내지 80bp, 10 내지 70bp, 10 내지 60bp, 10 내지 50bp 또는 20내지 100bp일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 단일염기다형성 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1 내지 23의 각 서열일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 모두 포함하고, 그 길이가 10 내지 100bp인 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 소의 품종 식별용 조성물을 제공할 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별용 조성물은 코리안 홀스타인, 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 중 1종 이상을 식별할 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별용 조성물은 서열번호 1 내지 5의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 코리안 홀스타인과 앵거스를 식별할 수 있는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별용 조성물은 서열번호 6 내지 9의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 코리안 홀스타인과 브라만을 식별할 수 있는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별용 조성물은 서열번호 10 내지 14의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 코리안 홀스타인과 헤리퍼드를 식별할 수 있는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별용 조성물은 서열번호 15 내 지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 코리안 홀스타인과 넬로르를 식별할 수 있는 것일 수 있다.
본 발명에서, "홀스타인(Holstein)"종은 세계 각국에 분포하여 주요 낙농국의 주력이 되고 있는 품종을 의미하며, 국내 젖소의 대부분을 차지한다. 따라서 본 발명에서, "코리안 홀스타인(Korean Holstein)"은 국내에서 사육되고 있는 홀스타인 종의 젖소를 의미한다. 코리안 홀스타인 종은 흑백의 얼룩무늬가 특징이고, 젖소 중에서 우유 생산량이 가장 많고, 유용종 중 비유량이 가장 높다.
본 발명에서 "앵거스(Angus)"종은 역시 털빛이 검정색이며 뿔이 없는 것이 특징이고 스코틀랜드에서 유래된 것으로, 전세계적으로 많이 사육되고 있는 육우의 품종 중의 하나를 의미한다. 앵거스 종은 도체지방이 많은 대신 지방교잡이 잘 되어있는 특성으로 인해 특별히 고급음식점을 위한 특등쇠고기 공급용으로 특별히 사육되는 경우도 있으며, 조악한 사료조건에 견디는 힘이 강하다.
본 발명에서, "브라만(Brahman)"종은 Bos indicus에 속하는 소로서, 대표적으로 흰 빛이 도는 회색 털을 가졌지만 적색, 흑색 반점이 있는 것도 있다. 브라만 종은 높은 온도와 습기에 견디는 힘이 강할 뿐 아니라, 특수한 질병, 예를 들어 유행성 각막결막염(Pinkeye), 안암종(Cancer eye), 바베지아병(Babesiosis), 아나프라스마병(Anaplasmosis) 등에 대한 저항력 및 외부 기생충에 대한 저항력이 강하다. 브라만 종은 여러 다른 품종과의 교잡종으로 많이 사용되고, 특히 아열대 지방이나 건조한 지역에 적합한 신품종의 작출에 많이 이용된다.
본 발명에서, "해리퍼드(Hereford)" 종은 기후와 풍토가 좋아 초지가 많은 영국 헤리퍼드 지방의 소에서 유래된 것을 의미하며, 세계 3대 고기소 품종 중 하나이다. 헤리퍼드 종은 대체로 붉은 갈색 털을 가졌으며 육질(肉質)은 약간 떨어지나 조숙성(早熟性)이며, 기후와 풍토에 대한 적응력이 강해 방목에도 알맞은 품종이다.
본 발명에서,"넬로르(Nellore)"종은 브라만 종과 같은 인도혹소(Bos indicus)로, 흰색 털을 가졌으며, 고온에 매우 강하며 다양한 기생충과 질병에 저향력이 강하다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G 또는 T이고, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 G이고, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 G이고, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G인 것일 수 있다.
본 발명의 다른 양상은,
(a) 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 핵산을 수득하는 단계; 및
(b) 상기 수득한 핵산으로부터 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 단계; 및
(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 SNP 위치의 유전자형 정보를 바탕으로 소의 품종을 판별하는 단계를 포함하는 소의 품종 식별방법을 제공한다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (a) 단계에서 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 핵산을 수득하는 방법은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법(Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303, 1990), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행될 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 핵산을 수득할 수 있는 시료는 특별히 한정된 것은 아니며 품종을 확인하고자 하는 개체의 털, 뇨, 혈액, 정액, 조직, 세포, 타액, 근육, 또는 표피 등을 이용하여 핵산을 추출할 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (b) 단계에서 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 방법은 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 것은 시퀀싱 분석, 자동 염기서열 분석기를 사용한 시퀀싱 분석, 파이로시퀀싱(pyrosequencing), 마이크로어레이에 의한 혼성화, PCR-RELP법(restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP법(single strand conformation polymorphism), PCR-SSO법(specific sequence oligonucleotide), PCR-SSO법과 도트 하이브리드화법을 조합한 ASO(allele specific oligonucleotide) 하이브리드화법, TaqMan-PCR법, MALDI-TOF/MS법, RCA법(rolling circle amplification), HRM(high resolution melting)법, 프라이머 신장법, 서던 블롯 하이브리드화법, 도트 하이브리드화법 등의 공지의 방법에 의하여 수행될 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (b) 단계에서 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 단계는, 개체에서 분리한 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머(primer)를 이용하여 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction)을 수행한 후 증폭 산물에서 SNP의 유전자형을 결정하는 방법을 이용하여 수행될 수 있다.
본 명세서에서, '프라이머(primer)'는 적합한 온도 및 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고 뉴클레오티드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예를 들어, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있지만 전형적으로 15 내지 30개의 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다. 프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 예를 들면, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드의 일부 서열에 완벽하게 상보적인 서열뿐만 아니라, 이 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 상보성을 갖는 서열일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (b) 단계에서 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 단계는 디데옥시법에 의한 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나, SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 명세서에서, '프로브(probe)'란 특정 표적 서열에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 단일가닥 형태일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 상기 (b) 단계에서 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 단계는, 서열번호 1 내 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 상보적인 DNA 단편으로 이루어진 DNA 마이크로어레이 칩(DNA microarray chip)을 이용하여 수행될 수 있다.
본 명세서에서, '마이크로어레이(microarray)' 기판 표면의 구분된 영역에 DNA 단편이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것을 의미한다. 상기 마이크로어레이는, 상기 영역이 예를 들면 400/㎠ 이상, 103/㎠, 또는 104/㎠의 밀도로 기판 상에 배열되어 있는 것일 수 있다. 마이크로어레이 칩을 이용하면 마이크로 어레이를 스캐닝하여 이미지로 형상화한 후 이미지 분석프로그램으로 형광물질에 따른 발색강도를 측정하여 SNP 부위의 유전자형을 확인할 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, 소의 품종 식별 방법은 코리안 홀스타인, 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 중 1종 이상을 식별할 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이,
서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C인 경우이거나
서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 및 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G인 경우이거나
서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A인 경우이거나
서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A에 해당하는 경우,
코리안 홀스타인으로 판별하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 및 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 에 해당하는 경우 앵거스로 판별하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 및 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 에 해당하는 경우 브라만으로 판별하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 및 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G 에 해당하는 경우 헤리퍼드로 판별하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구체예에 따르면, (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G에 해당하는 경우 넬로르로 판별하는 것일 수 있다.
본 발명의 단일염기다형성 마커를 포함하는소 품종 식별용 조성물을 이용하면, 국내 젖소의 대부분을 차지하고 있는 코리한 홀스타인, 앵거스, 브라만, 헤리퍼드 및 넬로르 품종을 정확하게 식별할 수 있다.
도 1은 본 발명의 일 구체예에 따른 SNP 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 앵거스 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 2는 본 발명의 일 구체예에 따른 SNP 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 브라만 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 3은 본 발명의 일 구체예에 따른 SNP 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 헤리퍼드 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다.
도 4는 본 발명의 일 구체예에 따른 SNP 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 넬로르 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 시료 수집 및 SNP 선별
1-1. 시료 수집
국내 젖소로서 코리안 홀스타인 75두, 앵거스 27두, 브라만 15두, 헤리퍼드 24두, 및 넬로르 26두의 시료를 수집하여 제조사의 지시에 따라 QIAamp® genomic DNA kits(Qiagen, 미국)를 이용하여 genomic DNA를 추출하였다.
1-2. 유전자형 분석 및 SNP 선별.
실시예 1-1에서 추출한 genomic DNA 및 고밀도 Affymetrix Bovine 640K SNP 어레이(Affymetrix, 미국) 를 이용하여 제조사의 지시에 따라 SNP 분석을 실시하여, 대립인자(allele) 고정/빈도의 차이 정도를 품종별로 비교 분석하였다.
그 결과 코리안 홀스타인-앵거스, 코리안 홀스타인-브라만, 코리안 홀스타인-헤리퍼드 및 코리안 홀스타인-넬로르 품종 간의 대립인자의 빈도 차이가 있는 것을 확인하여 각 품종을 나타낼 수 있는 SNP를 선별하였다.
표 1 내지 4는 각각 선별된 SNP에 대한 코리안 홀스타인-앵거스 품종, 코리안 홀스타인-브라만 품종, 코리안 홀스타인-헤리퍼드 품종 및 코리안 홀스타인-넬로르 품종 간의 대립인자 빈도 차이를 나타낸다. 표 1 내지 표 4에서 minor allele는 소수 대립 유전자형을 의미하고 CHR은 염색체 번호를 의미하며, POS는 염색체 상의 위치를 의미하고, 빈도차는 비교 대상 품종간의 대립 유전자형의 빈도차를 의미한다.
SNP CHR POS minor allele 앵거스 코리안
홀스타인		 빈도차
AX-169478094 17 50895244 A 0.000 1.000 1.000
AX-169459010 9 93667286 C 0.000 0.993 0.993
AX-117120799 22 60922825 A 0.000 0.877 0.877
AX-169465962 17 25054558 C 0.000 0.828 0.828
AX-106744620 9 86376201 A 0.712 0.000 0.712
SNP CHR POS minor allele 브라만 코리안
홀스타인		 빈도차
AX-169374943 4 46513677 A 1.000 0.000 1.000
AX-124385018 4 80545103 A 1.000 0.000 1.000
AX-169370123 5 49528541 G 1.000 0.000 1.000
AX-115099927 19 41103771 A 1.000 0.000 1.000
SNP CHR POS minor allele 헤리퍼드 코리안
홀스타인		 빈도차
AX-169416723 4 77541213 A 0.917 0.000 0.917
AX-115112771 4 77555681 G 0.958 0.000 0.958
AX-106760896 21 15563937 T 0.000 0.917 0.917
AX-106737405 22 12971019 T 1.000 0.053 0.947
AX-169365858 24 31854265 G 0.958 0.000 0.958
SNP CHR POS minor allele 넬로르 코리안
홀스타인		 빈도차
AX-169480975 14 28141438 T 0.000 1.000 1.000
AX-169472036 26 41899309 G 0.000 1.000 1.000
AX-169400146 3 56178175 T 0.000 1.000 1.000
AX-115108135 12 26075020 A 0.000 1.000 1.000
AX-169476569 12 26858218 G 0.000 1.000 1.000
AX-169470843 15 52603632 G 0.000 1.000 1.000
AX-169368055 18 39498932 T 0.000 1.000 1.000
AX-169382801 1 101002348 C 0.000 1.000 1.000
AX-169403488 21 68544186 A 0.000 1.000 1.000
상기에서 선별한 소 품종 선별용 SNP 마커를 하기 표 5에 나타내었으며, 각 서열의 36번째 뉴클레오티드가 SNP를 나타내며, 서열에서 [A/B]란 염기 A가 염기 B로 돌연변이된 것을 의미한다.
SNP rs번호 서열(5'->3') 서열번호
AX-169478094 rs445128959 AAATATGTGCCATCTCAGAGAAAGTCTTTCTTCAG[A/G]TATTTTTCTCATTTGTCTGATTTTACACACTGCAA 1
AX-169459010 rs382473437 TCTGGATGGTATGAGGCTTTTGTATGAAAGGCACA[C/T]GTAAACTTGTGGAGGCTGAAAATGCACTCTCTCTA 2
AX-117120799 --- GCCGATATGATTCCTTGACCTAAAACAGATTATGA[A/C]CCACCCTCAAGTTTCTGTTATGATCAGCGACCAAG 3
AX-169465962 rs210674342 GAAAAAACGGTGGAGGAGCAGGGCTGGGAGAGGCC[C/T]GGAGGCCCGAGTGAGCTTCCAGCGCTAGATGAGCT 4
AX-106744620 rs29009799 GAGTGTAGGGAAGGGCAAGGATGTGCAAAAATGAA[A/C]GTAATAACAGAAAGAGGGACAGTTTACATTTTTAA 5
AX-169374943 rs473853405 AACAGTTATCCCCACCAGTTATATACCAGCAGCTC[A/G]CATCATTCACACAGTTACATTGGTTTGCCCTATGC 6
AX-124385018 rs42803014 AATGGTTCAGATGTACAGGAAATTTCTGTAAAGCA[A/G]TATCTTAGTGCAAAAAACCAGGTTCAACTCTTGGC 7
AX-169370123 rs209914623 GTTACCCCAATGCTCCAAAGATCCACAGTTGCTCC[A/G]TATTTCTTCTGATGATCTTTTCTTAGCACTGCTCT 8
AX-115099927 rs110805114 TAAAACTAATTTTCATGCTTACTAGCTCAACAATC[A/G]CCTAATTAATGCTCTTAAGTTGTAATCATGGGATA 9
AX-169416723 rs210973978 CAGGTGGTGCTCTCCCGGCAGTACGGCTCAGAGGG[A/C]CGCTTCACCTTCACTTCCCACACTCCTGGTGACCA 10
AX-115112771 rs41255147 GGGAACGACTTTTTGCCTCCTGGAAAGATGGGCCT[A/G]CCTGATGACACCTCTTTCTCCATGGCACGTTGTAA 11
AX-106760896 rs109431787 TGTTGTTTCTGTTGATGCTTTCTGTGGCCGGAAGA[C/T]ACCAAGCAGCCAGGGTGGGCTGAGCTATAGCAGGT 12
AX-106737405 rs41640278 CCCTCTGCAGGGTGAGAGGAGTCTTGCATAATTCT[C/T]CTGTCCTCTCTGGCACCTGGTATAGCAGGTTGTAA 13
AX-169365858 rs109330524 TGGACACGACTTAGCTACTGGACAACAACAATAAT[A/G]TATATGTGTAGACTTATGCCAATTAGCATAAACTG 14
AX-169480975 rs378304871 CAGGCAGCTATCGACAGGTTCTCCAAGCCTGACTC[C/T]GATAGGTTTGTGTTCCTCCTGTGTACGAGGGCAGG 15
AX-169472036 rs469498737 GCTGGTGTCATTCGAGAGCTAATTACGAAGAACCC[G/T]GGTTGCAAGGTGAGGGCACGGCGATTCATTCAACG 16
AX-169400146 rs208437351 CTTGATGGTTTGCCCTTCTGGCAATGGTTGCAGAA[C/T]GACACCGGAACCACGTCCTTCTCTAGCCCAAGCTG 17
AX-115108135 rs110036747 AAGATAAAAAAATACATCTACTTTGAGCTCTAACA[A/G]TATTGATTTTTATAGAAAAGATATTAGCACAGAAT 18
AX-169476569 rs446564828 AGTGGCCTGACTAACTATTGGAGAAAAAAAGCATA[C/G]AGTCAAGTATTGACAATAACAGTTTTTAGTTTTAC 19
AX-169470843 rs109655200 GAGAAGATGAAGGCAGGATGGGGTGCAGTTGATGT[A/G]ATTTCAGAGGTGGCCTGCTCAGAATAGGATCCCAT 20
AX-169368055 rs384918463 TTTTTCTTAACTTTTTTTTAGAGAAATATGAAGCG[C/T]AATGGGAGCAGAAATTGTTTGAATAGGAGAAGTAG 21
AX-169382801 rs482704501 TCAGACTACCCTGGATTTCCTTAAGACCTCATGTG[C/G]GAGGGGTCTCTGTGGATTTGAGGAACAGAGGTAGG 22
AX-169403488 rs525301333 ATAATGTTTGAGGTACAGGACTTGAAGTACGCCAC[A/G]CTGGCCACCGTGTCACGCTGCGGCATGGTCTGGTT 23
실시예 2. 소 품종 식별
실시예 1-2에서 선별된 23개의 SNP 마커(표 5)를 이용하였을 때 코리안 홀스타인과 앵거스, 브라만, 헤리퍼드, 넬로르를 유전적으로 얼마나 잘 분리시키는지 확인하기 위하여 ADMIXTURE 1.2.3 소프트웨어(UCLA human genetics, 미국)를 이용하여 각 개체간의 유전적 관계 및 집단 간의 유전적 유사성(genetic relationships and genetic similarities)을 확인하였다.
코리안 홀스타인과 수입우(앵거스, 브라만, 헤리퍼드, 또는 넬로르)를 구별하는 비율을 확인하기 위하여 2가지 클러스터(cluster) 집단에 속하는 코리안 홀스타인과 수입우의 비율의 조사하였다.
도 1은 서열번호 1 내지 5의 서열을 사용하여 코리안 홀스타인 및 앵거스 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다. 도 1에서 적색은 코리안 홀스타인의 유전적 조성을 의미하고 연한 파랑색은 앵거스의 유전적 조성을 의미한다.
표 6 은 서열번호 1 내지 5의 서열을 사용하여 2가지 클러스터 집단에 속하는 코리안 홀스타인 및 앵거스 집단의 비율을 계산한 결과를 나타낸다. 표 6 및 도 1에 나타난 바와 같이, 서열번호 1 내지 5의 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 사용하였을 때, 코리안 홀스타인 품종을 약 97% 이상 구별할 수 있었다.
품종 추정된 클러스터 개체 수
0 1
앵거스 0 1 27
코리안 홀스타인 0.97 0.03 75
도 2는 서열번호 6 내지 9의 서열을 사용하여, 코리안 홀스타인 및 브라만 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다. 도 2에서 적색은 코리안 홀스타인의 유전적 조성을 의미하고, 연한 파랑색은 브라만의 유전적 조성을 의미한다.
표 7 은 서열번호 6 내지 9의 서열을 사용하여, 2가지 클러스터 집단에 속하는 코리안 홀스타인 및 브라만 집단의 비율을 계산한 결과를 나타낸다. 표 7 및 도 2에 나타난 바와 같이, 서열번호 6 내지 9의 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 사용하였을 때, 코리안 홀스타인 품종을 약 99.99% 이상 구별할 수 있었다.
품종 추정된 클러스터 개체 수
0 1
브라만 0.17 0.83 15
코리안 홀스타인 1 0 75
도 3은 서열번호 10 내지 14의 서열을 사용하여, 코리안 홀스타인 및 헤리퍼드 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다. 도 3에서 적색은 헤리퍼드의 유전적 조성을 의미하고, 연한 파랑색은 코리안 홀스타인의 유전적 조성을 의미한다.
표 8은 서열번호 10 내지 14의 서열을 사용하여, 2가지 클러스터 집단에 속하는 코리안 홀스타인 및 헤리포드 집단의 비율을 계산한 결과를 나타낸다. 표 8 및 도 3에 나타난 바와 같이, 서열번호 10 내지 14의 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 사용하였을 때, 코리안 홀스타인 품종을 약 97% 이상 구별할 수 있었다.
품종 추정된 클러스터 개체 수
0 1
헤리퍼드 0.97 0.03 24
코리안 홀스타인 0.03 0.97 75
도 4는 서열번호 15 내지 23의 서열을 사용하여, 코리안 홀스타인 및 넬로르 품종을 클러스터링한 결과를 나타낸 그래프이다. 도 4에서 적색은 코리안 홀스타인의 유전적 조성을 의미하고, 연한 파랑색은 넬로르의 유전적 조성을 의미한다.
표 9 는 서열번호 15 내지 23의 서열을 사용하여, 2가지 클러스터 집단에 속하는 코리안 홀스타인 및 넬로르 집단의 비율을 계산한 결과를 나타낸다. 표 9 및 도 4에 나타난 바와 같이, 서열번호 15 내지 23의 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 사용하였을 때, 코리안 홀스타인 품종을 약 99.99% 이상 구별할 수 있었다.
품종 추정된 클러스터 개체 수
0 1
코리안 홀스타인 1 0 75
넬로르 0.04 0.96 26
<110> Research Cooperation Foundation of Yeungnam University <120> Composition comprising SNP genetic marker for discriminating cow breed and uses thereof <130> PN180371 <160> 23 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 1 aaatatgtgc catctcagag aaagtctttc ttcagntatt tttctcattt gtctgatttt 60 acacactgca a 71 <210> 2 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 2 tctggatggt atgaggcttt tgtatgaaag gcacangtaa acttgtggag gctgaaaatg 60 cactctctct a 71 <210> 3 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or C <400> 3 gccgatatga ttccttgacc taaaacagat tatganccac cctcaagttt ctgttatgat 60 cagcgaccaa g 71 <210> 4 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 4 gaaaaaacgg tggaggagca gggctgggag aggccnggag gcccgagtga gcttccagcg 60 ctagatgagc t 71 <210> 5 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or C <400> 5 gagtgtaggg aagggcaagg atgtgcaaaa atgaangtaa taacagaaag agggacagtt 60 tacattttta a 71 <210> 6 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 6 aacagttatc cccaccagtt atataccagc agctcncatc attcacacag ttacattggt 60 ttgccctatg c 71 <210> 7 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 7 aatggttcag atgtacagga aatttctgta aagcantatc ttagtgcaaa aaaccaggtt 60 caactcttgg c 71 <210> 8 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 8 gttaccccaa tgctccaaag atccacagtt gctccntatt tcttctgatg atcttttctt 60 agcactgctc t 71 <210> 9 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 9 taaaactaat tttcatgctt actagctcaa caatcnccta attaatgctc ttaagttgta 60 atcatgggat a 71 <210> 10 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or C <400> 10 caggtggtgc tctcccggca gtacggctca gagggncgct tcaccttcac ttcccacact 60 cctggtgacc a 71 <210> 11 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 11 gggaacgact ttttgcctcc tggaaagatg ggcctncctg atgacacctc tttctccatg 60 gcacgttgta a 71 <210> 12 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 12 tgttgtttct gttgatgctt tctgtggccg gaaganacca agcagccagg gtgggctgag 60 ctatagcagg t 71 <210> 13 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 13 ccctctgcag ggtgagagga gtcttgcata attctnctgt cctctctggc acctggtata 60 gcaggttgta a 71 <210> 14 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 14 tggacacgac ttagctactg gacaacaaca ataatntata tgtgtagact tatgccaatt 60 agcataaact g 71 <210> 15 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 15 caggcagcta tcgacaggtt ctccaagcct gactcngata ggtttgtgtt cctcctgtgt 60 acgagggcag g 71 <210> 16 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> G or T <400> 16 gctggtgtca ttcgagagct aattacgaag aacccnggtt gcaaggtgag ggcacggcga 60 ttcattcaac g 71 <210> 17 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 17 cttgatggtt tgcccttctg gcaatggttg cagaangaca ccggaaccac gtccttctct 60 agcccaagct g 71 <210> 18 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 18 aagataaaaa aatacatcta ctttgagctc taacantatt gatttttata gaaaagatat 60 tagcacagaa t 71 <210> 19 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or G <400> 19 agtggcctga ctaactattg gagaaaaaaa gcatanagtc aagtattgac aataacagtt 60 tttagtttta c 71 <210> 20 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 20 gagaagatga aggcaggatg gggtgcagtt gatgtnattt cagaggtggc ctgctcagaa 60 taggatccca t 71 <210> 21 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or T <400> 21 tttttcttaa ctttttttta gagaaatatg aagcgnaatg ggagcagaaa ttgtttgaat 60 aggagaagta g 71 <210> 22 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> C or G <400> 22 tcagactacc ctggatttcc ttaagacctc atgtgngagg ggtctctgtg gatttgagga 60 acagaggtag g 71 <210> 23 <211> 71 <212> DNA <213> Bos taurus <220> <221> allele <222> (36) <223> A or G <400> 23 ataatgtttg aggtacagga cttgaagtac gccacnctgg ccaccgtgtc acgctgcggc 60 atggtctggt t 71

Claims (14)

  1. 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하고, 그 길이가 10 내지 100bp인 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서,
    상기 조성물은 서열번호 1 내지 5의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하며, 코리안 홀스타인과 앵거스를 식별하고; 서열번호 6 내지 9의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하며, 코리안 홀스타인과 브라만을 식별하고; 서열번호 10 내지 14의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하며, 코리안 홀스타인과 헤리퍼드를 식별하고; 서열번호 15 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하며, 코리안 홀스타인과 넬로르를 식별하는 것인, 소의 품종 식별용 조성물.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 삭제
  5. 삭제
  6. 삭제
  7. 제1항에 있어서, 서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 C이고, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G 또는 T이고, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 G이고, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G이고, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 T이고, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C 또는 G이고, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 또는 G인 것인 소의 품종 식별용 조성물.
  8. (a) 품종을 확인하고자 하는 개체로부터 핵산을 수득하는 단계; 및
    (b) 상기 수득한 핵산으로부터 서열번호 1 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 위치의 유전자형을 결정하는 단계; 및
    (c) 상기 (b) 단계에서 결정된 SNP 위치의 유전자형 정보를 바탕으로 소의 품종을 판별하는 단계를 포함하며,
    상기 (c) 단계에서 소의 품종 판별시 서열번호 1 내지 5의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 앵거스를 식별하고, 서열번호 6 내지 9의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 브라만을 식별하고, 서열번호 10 내지 14의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 헤리퍼드를 식별하고, 서열번호 15 내지 23의 36번째 뉴클레오티드로 이루어진 군의 단일염기다형성(SNP) 마커를 이용하여 코리안 홀스타인과 넬로르를 식별하는 것인, 소의 품종 식별방법.
  9. 삭제
  10. 제 8항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이,
    서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C인 경우이거나
    서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 및 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G인 경우이거나
    서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A인 경우이거나
    서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A에 해당하는 경우,
    코리안 홀스타인으로 판별하는 것인 소 품종 식별 방법.
  11. 제 8항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 1의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 2의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 3의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 4의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 및 서열번호 5의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 에 해당하는 경우 앵거스로 판별하는 것인 소 품종 식별 방법.
  12. 제 8항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 6의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 7의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 8의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 및 서열번호 9의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A 에 해당하는 경우 브라만으로 판별하는 것인 소 품종 식별 방법.
  13. 제 8항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 10의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 11의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 12의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 13의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 및 서열번호 14의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G 에 해당하는 경우 헤리퍼드로 판별하는 것인 소 품종 식별 방법.
  14. 제 8항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 소의 품종을 판별하는 것은 SNP 위치의 유전자형이 서열번호 15의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 16의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 T, 서열번호 17의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 18의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 서열번호 19의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 20의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 A, 서열번호 21의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 C, 서열번호 22의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G, 및 서열번호 23의 36번째 뉴클레오티드의 유전자형이 G에 해당하는 경우 넬로르로 판별하는 것인 소 품종 식별 방법.

KR1020180150971A 2018-11-29 2018-11-29 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도 KR102127825B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020180150971A KR102127825B1 (ko) 2018-11-29 2018-11-29 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020180150971A KR102127825B1 (ko) 2018-11-29 2018-11-29 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20200064641A KR20200064641A (ko) 2020-06-08
KR102127825B1 true KR102127825B1 (ko) 2020-06-29

Family

ID=71089372

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020180150971A KR102127825B1 (ko) 2018-11-29 2018-11-29 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR102127825B1 (ko)

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060084095A1 (en) 2004-09-08 2006-04-20 Mmi Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for determining bovine parentage and identity
US20120090040A1 (en) 2002-12-31 2012-04-12 Denise Sue K Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed
JP2012239429A (ja) 2011-05-19 2012-12-10 Chikusan Gijutsu Kyokai ウシの品種判別方法
KR101843432B1 (ko) 2016-11-11 2018-04-02 대한민국 소 미토콘드리아 dna의 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 개체 및 품종 식별용 조성물, 및 이를 이용하는 소의 식별 방법

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101355914B1 (ko) * 2011-12-08 2014-01-29 솔젠트 (주) 한우 및 수입우 판별에 유용한 단일염기다형성마커 및 이의 용도
KR20160000975A (ko) 2014-06-25 2016-01-06 단국대학교 천안캠퍼스 산학협력단 한우 판별을 위한 프라이머 세트 및 이를 이용하여 한우를 판별하는 방법

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20120090040A1 (en) 2002-12-31 2012-04-12 Denise Sue K Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed
US20060084095A1 (en) 2004-09-08 2006-04-20 Mmi Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for determining bovine parentage and identity
JP2012239429A (ja) 2011-05-19 2012-12-10 Chikusan Gijutsu Kyokai ウシの品種判別方法
KR101843432B1 (ko) 2016-11-11 2018-04-02 대한민국 소 미토콘드리아 dna의 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 개체 및 품종 식별용 조성물, 및 이를 이용하는 소의 식별 방법

Also Published As

Publication number Publication date
KR20200064641A (ko) 2020-06-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR101213217B1 (ko) 한우의 육량 또는 육질의 조기 선발에 유용한 단일염기다형성 마커
KR101929391B1 (ko) 돼지의 유두수 증대 예측용 유전자 마커 및 이의 용도
US20060035227A1 (en) Methods for distinguishing rice varities
KR101595011B1 (ko) 돼지의 유두 수 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
EP1609876A1 (en) Identification of the gene and mutation for progressive rod-cone degeneration in dog and method for testing same
KR102124652B1 (ko) 개의 불안장애 조기 예측 또는 진단용 조성물
KR101450792B1 (ko) 돼지의 흑모색 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR102127825B1 (ko) 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 품종 식별용 조성물 및 이의 용도
KR101823372B1 (ko) 우리흑돈 품종 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 우리흑돈 품종 식별 방법
KR101823374B1 (ko) 축진 듀록 식별용 snp 마커 및 이를 이용한 축진 듀록 식별 방법
KR101784163B1 (ko) 돼지의 등지방두께 저감 판단용 snp 마커 및 이의 용도
KR101355914B1 (ko) 한우 및 수입우 판별에 유용한 단일염기다형성마커 및 이의 용도
KR101928887B1 (ko) 제주 흑우 품종 판별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR101985659B1 (ko) 단일염기다형성 마커를 이용한 백우 품종 식별 방법
Knorr et al. Characterization of two SNPs (single nucleotide polymorphisms) in the porcine INSL3 gene and their exclusion as a common genetic basis of hernia inguinalis in pigs
KR101854896B1 (ko) 토종견 품종 확인용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR101854898B1 (ko) 토종견 및 외래견 구별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR101696692B1 (ko) 돼지의 근육 내 근섬유타입 ⅰ의 수준 판단용 snp 마커 및 이의 용도
KR101787260B1 (ko) 종우 판별을 위한 키트 및 종우 판별 방법
KR101740634B1 (ko) 와규의 친자 감별을 위한 유전자 조성물
KR100805626B1 (ko) 성장율이 높은 한우 조기 선발을 위한 체중 증가 관련 분자표지인자 개발
KR102572418B1 (ko) 양파 잿빛곰팡이 저항성 형질을 예측 또는 진단하기 위한 단일염기다형성(snp) 마커 조성물 및 이를 이용한 예측 또는 진단 방법
KR101557408B1 (ko) 한우의 개체식별방법 및 키트
KR102083675B1 (ko) 단일염기다형성 마커를 이용한 칡소 품종 식별 방법
KR101929385B1 (ko) 돼지의 수분함량 및 보수력 판별용 유전자 마커 및 이의 이용

Legal Events

Date Code Title Description
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant