KR101764629B1 - 케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법 - Google Patents

케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 방사선육종을 통한 돌연변이 케나프(Kenaf) 품종에서 분리한 EST-SSR(Expressed Sequence Tags-Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법에 관한 것으로써, 보다 상세하게는 서열번호 1 내지 서열번호 140으로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 갖는 EST-SSR 프라이머 세트 및 이를 이용하여 케나프 품종을 판별하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따른 프라이머 세트는 새롭게 개발되는 마커로써 케나프 품종의 DNA 다형성을 효과적으로 검출할 수 있으며, 케나프 품종의 DNA 프로파일을 작성하는데 유용하게 이용될 수 있다. 또한, 이를 통해 케나프 품종의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써, 신규 유전자원 도입 시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있는 효과를 가진다.

Description

케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법{Primer sets for discriminating Kenaf, and method for discriminating Kenaf}
본 발명은 방사선육종을 통한 돌연변이 케나프(Kenaf) 품종에서 분리한 EST-SSR(Expressed Sequence Tags-Simple Sequence Repeat) 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법에 관한 것으로써, 보다 상세하게는 서열번호 1 내지 서열번호 140으로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 갖는 EST-SSR 프라이머 세트 및 이를 이용하여 케나프 품종을 판별하는 방법에 관한 것이다.
육종에 이용되고 있는 대부분의 주요 작물 및 소 재배 작물에서 해마다 많은 양의 유전자원이 수집 및 육성되고 있으며, 기존 돌연변이 육종 방법보다는 방사선을 이용한 첨단 방사선 육종 기술이 현재 국내외로 널리 수행되고 있는 실정이다. 그러나 육종기술의 발전에 반해 수집 및 육성된 식물 유전자원에 대한 평가는 충분히 이루어지지 않고 있다. 하지만 품종의 판별과 함께 유전자원의 유용 형질 탐색과 분류, 그리고 유연관계의 규명은 유전자원의 보존이나 신품종의 창출 및 작물의 개량에 있어서 매우 중요하다.
최근 분자생물학의 급속한 발전으로 핵산(DNA) 수준에서 유전자원의 다양성(bio-diversity) 연구를 가능하게 하는 핵산 지문 분석 방법 및 다양한 DNA 마커들이 개발되었다. 이를 통해 유용 형질 탐색, 생물의 종판별, 품종 분류/동정 및 집단 개체군의 유연관계 분석을 외부환경 등에 대하여 거의 영향을 받지 않고 간단하고 신속하게 수행할 수 있게 되었다. 구체적인 예로 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 이용한 핵산지문법(fingerprinting) 에는 RAPD(randomly amplified polymorphic DNAs) 방법, AFLP(amplified fragment length polymorphic DNA) 방법, SSR(simple sequence repeat) 방법 등이 현재까지 개발되었다. 이러한 방법 중 RAPD 방법은 비특이적 PCR 산물이 증폭되므로 재현성이 떨어지는 단점이 있고, AFLP 방법은 높은 DNA 다형성 검출로 각광받고 있지만 재현성이 떨어지는 밴드의 출현과 분석이 복잡하다는 단점이 있다. 이에 반해, SSR 또는 초위성체(Microsatellite)는 유전자좌에서 보이는 다형성으로, 단순 반복 염기서열의 반복 횟수 차이로 관찰된다. 생물의 유전체에 존재하는 많은 수의 SSR을 초위성체라고 하는데, 초위성체는 2~6개의 뉴클레오티드가 단순 반복되어 있는 경우가 많고 이는 DNA 복제시 불균형 교차 등으로 인해 생성되는 것으로 알려져 있으며, 단순반복서열의 반복수는 식물의 종간 혹은 종 내에도 다양한 차이를 보이기 때문에 다형성의 수준이 높은 다중대립인자이며, 공우성 마커이고 재현성도 뛰어나다. EST-SSR은 cDNA에서 추출한 SSR로서 게놈 DNA(Genomic DNA)의 SSR이 가지는 인트론(intron) 및 비번역(untranslation) 영역이 제외된 실제 단백질로 코딩되는 유전자 부위만을 이용하여 개발하였기 때문에 실제 유전자의 차이 및 동정에 더욱 정확하게 사용이 가능하다. 통상적으로 초위성체는 그 주위의 DNA 염기서열로부터 고안된 프라이머를 이용하여 PCR을 통해 증폭시킬 수 있으며, 증폭된 산물은 단순 염기서열 반복수의 차이로부터 다형성을 보인다. 현재 인간, 생쥐에서 고밀도로 포화된 SSR 유전자지도가 작성되어있고, 벼와 콩 등의 작물에서도 포화 유전자지도가 작성되어 있으며, 식물에서 가장 많이 발견된 반복염기서열은 AT, AG와 AC의 순으로 그 빈도가 높은 것으로 알려져 있다 (Mogante et al., 2002, Nature Genetics 30:194-200). 특히, 초위성체는 분석이 용이하고 높은 재현성을 가지는 장점으로 인하여 생물종의 동정에 자주 사용되고 있으며, 외부 환경의 영향을 전혀 받지 않는다는 장점이 있다. 이와 같은 SSR 방법의 우수성으로 인해 여러 주요작물 및 소재배 작물에서 SSR 마커를 개발하려는 연구가 한창 진행 중에 있다. SSR 마커에 대한 연구는 1980년대 인간 게놈 연구에서부터 비롯되었다. 인간의 게놈에는 10만개 이상의 초위성체가 존재하는 것으로 알려져 있으며, 높은 다형성을 나타내므로 혈액형, 동위효소(isozyme) 및 단백질 다형에 비해 비교할 수 없을 만큼 높은 식별력과 정보력(informativity)을 갖는다. 따라서 초위성체 마커들은 개인 식별이나 친자 확인 등 법의학적 활용은 물론, 염색체 지도 작성 및 질병 관련 유전자들의 탐색에 매우 유용하게 활용되고 있다. 그 후, 마우스의 질병 관련 유전자의 지도 작성 등 다른 동물의 연구에 활용되기 시작하였으며, 현재 소, 돼지, 닭, 양, 사슴, 개, 고양이 등과 같은 주요 가축들에 대한 상당한 초위성체 마커들이 개발되어 있다. 최근에는 SSR 마커가 식물의 유전 육종이나 질병 및 분자생물학적 연구에 매우 유용한 것으로 확인되었다. 일부 국가에서는 자국의 주요 농작물에 대한 초위성체 연구가 상당히 진행되어 있는바, 예를 들면, 미국에서는 옥수수, 독일에서는 보리나 감자, 이탈리아에는 포도에 대한 연구가 이루어져 이에 대한 데이터베이스가 구축되어 있다. 최근 2~3년간 식물에서 초위성체를 염색체 지도 작성과 새로운 유용 유전자 동정, 및 유전 육종에 활용하는 연구가 매우 활발히 진행되고 있으며, 세계적인 식량자원으로 중요한 벼와 옥수수 등에 대한 연구가 특히 활발히 수행되고 있다. 특히 SSR 방법은 외부 환경의 영향을 전혀 받지 않는다는 장점이 있다. 이와 같은 SSR 방법의 우수성으로 인해 여러 주요작물 및 소재배 작물에서 SSR 마커를 개발하려는 연구가 한창 진행 중에 있다.
한국등록특허공보 제10-1516190호 한국등록특허공보 제10-1403494호 한국등록특허공보 제10-1271822호
본 발명은 케나프 품종을 판별을 위하여, 신규 EST-SSR 프라이머 세트를 개발하여 케나프 품종의 유전적 다형성, 유연관계를 분석하고, 돌연변이 케나프 품종과 자연 유전자원 케나프 품종과의 구분성, 케나프 품종에 대한 유전자형을 분석하고자 하였다.
이에, 본 발명은 케나프 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트의 제공을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 케나프 품종 판별방법의 제공을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 케나프 품종 판별 키트의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 상기의 목적을 달성하기 위하여, 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 29 및 30로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 31 및 32로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 33 및 34로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 35 및 36로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 39 및 40로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 45 및 46로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 49 및 50로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 61 및 62로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70로 표시되는 프라이머 세트;서열번호 71 및 72로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 81 및 82로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 83 및 84로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 91 및 92로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 95 및 96로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 97 및 98로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 101 및 102로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 103 및 104로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 105 및 106로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 109 및 110로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 111 및 112로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 117 및 118로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 119 및 120로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 121 및 122로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 123및 124로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 125및 126로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 127및 128로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 129및 130로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 131및 132로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 133및 134로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 135및 136로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 137및 138로 표시되는 프라이머 세트; 서열번호 139및 140로 표시되는 프라이머 세트;를 포함하는, 케나프 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은(a) 판별하고자 하는 케나프 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭시키는 단계; 및
(b) PCR 증폭산물의 발현패턴을 분석하는 패턴분석 단계;를 포함하는 케나프 품종 판별방법을 제공한다.
또한, 본 발명의 일 실시예에서, 상기 (b) 단계는, 상기 (a) 단계의 프라이머 세트에 의한 케나프 품종별 기준 패턴과의 상동성 동정을 통해 발현패턴을 분석하는 것을 특징으로 할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 케나프 품종 판별용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명의 일 실시예에서, 케나프 품종 판별용 키트는 추가적으로 제한효소, 및 증폭반응수행시약을 포함할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에서, 상기 증폭반응수행시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 및 버퍼를 포함할 수 있다.
본 발명에 따른 프라이머 세트는 새롭게 개발되는 마커로써 케나프 품종의 DNA 다형성을 효과적으로 검출할 수 있으며, 케나프 품종의 DNA 프로파일을 작성하는데 유용하게 이용될 수 있다. 또한, 이를 통해 케나프 품종의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써, 신규 유전자원 도입 시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있는 효과를 가진다.
도 1 내지 도 3은 PCR 증폭산물의 발현패턴 및 다양성을 나타낸 것이다.
도 4는 UPGMA tree로 70개의 EST-SSR 마커에 기초한 공유 대립인자의 거리를 사용하여 케나프 품종간의 유전적 관계를 나타낸 것이다.
이하, 본 발명의 일 실시예에 따른 케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법을 상세하게 설명한다.
이하, 본 발명에서 사용된 용어를 정의한다.
본 명세서에서 사용된 용어는 실시예들을 설명하기 위한 것이며 본 발명을 제한하고자 하는 것은 아니다. 본 명세서에서, 단수형은 문구에서 특별히 언급하지 않는 한 복수형도 포함한다. 본 명세서에서 사용된 “및/또는”은 언급된 구성요소의 각각 및 하나 이상의 모든 조합을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 용어 “포함한다(comprises)” 및/또는 “포함하는(comprising)”은 언급된 구성요소, 단계, 동작 및/또는 소자는 하나 이상의 다른 구성요소, 단계, 동작 및/또는 소자의 존재 또는 추가를 배제하지 않는다.
또한, 본 명세서에서 사용된 용어 “판별”은 케나프 품종 시료로부터, 본 발명의 프라이머 세트에 의해 케나프 품종의 다양성을 판단하여 구별하는 것을 의미한다.
또한, 본 명세서에서 사용된 용어 “프라이머”는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로 작용한다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 하며, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
또한, 본 명세서에서 사용된 용어 “프라이머 세트”는 복수의 프라이머를 의미한다. 또한, 프라이머 세트는 프라이머를 수용하기 위한 컨테이너를 더 포함할 수 있다. 프라이머는 짧은 자유 3 말단 수산화기(free 3’ hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 염기 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약과 4가지 뉴클레오사이트 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 프라이머는 올리고뉴클레오티드일 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들어, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 헥산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 삽입물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다. 프라이머는 포스포르아미다이트법, 포스포디 에스테르법, 디에틸포스모르아미다이트법 등을 이용하는 화학 합성법을 통하여 제조될 수 있다. 또한, 프라이머 염기서열은 당해 분야에 공지된 수단에 의해 변형될 수 있음은 물론이다.
본 발명의 일 실시예에 따른 케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 케나프 품종 판별방법을 제공한다.
구체적으로 본 발명은 (a) 판별하고자 하는 케나프 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭시키는 단계; 및 (b) PCR 증폭산물의 발현패턴을 분석하는 패턴분석 단계;를 포함하는 케나프 품종 판별방법을 제공한다.
상기 (a)단계는 케나프 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함하며, 상기 시료에서 게놈 DNA의 추출은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법 (Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter,8: 297-303, 1990), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 실시예에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 PCR, 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification)을 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용 가능한 키트를 이용할 수도 있다.
PCR은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 케나프에서 추출된 게놈 DNA와 본 발명에서 제공되는 SSR 프라이머 세트 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물(dH2O)을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 포함한다. 또한 PCR은 94-95℃에서 주형 DNA를 전 변성시킨 후, 변성(denaturation); 결합(annealing); 및 증폭(extension)의 사이클을 거친 후, 최종적으로 72℃에서 연장(elongation)시키는 일반적인 PCR 반응 조건에서 수행될 수 있다. 상기에서 변성 및 증폭은 94~95℃ 및 72℃에서 각각 수행될 수 있으며, 결합시의 온도는 프라이머의 종류에 따라 달라질 수 있다. 바람직하게는 52~57℃이며, 보다 바람직하게는 55℃이다. 각 단계의 시간과 사이클 수는 당업계에 일반적으로 행해지는 조건에 따라 정해질 수 있다.
이하 본 발명을 하기 실시예를 참조하여 구체적으로 설명한다. 다만, 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 하기 실시예에 한정되지는 않는다.
[ 실시예 1] 재료 및 방법
1. 식물 재료와 DNA 추출
실험에 사용된 케나프는 전라북도 정읍시 한국원자력연구원 첨단방사선연구소 포장에서 증식, 돌연변이 방사선육종 기술을 이용하여 개발된 품종과 수집한 개체 총 45종의 품종명(accession)을 사용하였다(표 1 참조).
번호 품종명(Accession) 번호 품종명(Accession)
1 장대 24 C15B
2 진주 25 C16
3 홍마300 26 C17
4 C14 27 C18
5 백마 28 C19
6 적봉 29 C20
7 ACC3748 30 C22
8 ACC4111 31 C9
9 ACC4135 32 J25
10 ACC4139 33 WFM1-2
11 ACC4443 34 WFM1-3
12 ACC4751 35 WFM1-5
13 ACC4985 36 WFM1-6
14 ACC5014 37 WFM2-1
15 ACC5072 38 WFM2-2
16 ACC5074 39 WFM2-3
17 C10 40 WFM2-4
18 C11 41 WFM2-5
19 C12 42 WFM4-1
20 C13 43 미국
21 C14 RS1 44 장풍
22 C14 RS2 45 홍마74-3
23 C15A
45종의 케나프 품종에 대하여 식물체의 DNA 추출(Genomic extraction)은 어린잎을 채취하여 마쇄 후 CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980)을 이용하여 추출하였다.
2. EST-SSR 마커의 개발 및 프라이머 디자인
6종의 케나프 품종(장대, 진주, 백마, 적봉-방사선돌연변이 품종, 홍마300, C14-국외수집유전자원)의 RNA-sequencing을 통해 상호 비교 서열 전체 5,619개의 케나프 EST 서열 중 반복 모티프를 가지는 EST-서열을 선별하였다. 선별된 반복 모티프를 가진 EST-서열로부터 총 204개의 프라이머를 제작하였다.
3. SSR 분석
PCR 반응에는 정량분석된 DNA 주형(template) 2㎕에, 1.5U Taq DNA 폴리머라제(Takara), 2㎕ 10X PCR 반응버퍼, 0.4㎕ dNTP, 각 프라이머 세트 2㎕에 증류수 13.3㎕을 첨가하여 총 부피 20㎕에서 반응하였다. PCR 조건은 94℃에서 3분 동안 초기변성 과정을 거친 후, 94℃에서 1분, 55℃에서 1분, 72℃에서 1분 30초의 합성반응을 40회 시킨 후, 72℃에서 5분 동안 마지막으로 안정적인 합성을 유도하였다. 증폭 산물은 자동 전기영동 분석 장치 Caliper Labchip GX II를 이용하여 결과를 확인하였다.
4. 데이터 및 통계
총 대립인자의 수, 주 대립인자의 빈도(Major allele frequency), 유전자의 다양성(Gene Diversity), 및 다형성 정보(Polymorphic Information Content, PIC)를 측정하기 위해 Powermarker version 3.25(Liu and Muse 2005)를 사용하였다. UPGMA tree 알고리즘은 MEGA6 software(Tamura et al., 2007)를 사용하였다.
5. EST-SSR 마커의 정보값 측정
케나프에서 다형성이 확인된 염기서열에 기초한 EST-SSR 마커는 각 마커의 다형성 정도를 확인하기 위해 45종의 품종에서 분석되었다. 케나프 품종에 대한 마커의 대립유전자의 구성을 평가하였고, 마커의 다형성 정도를 확인하기 위해 PIC 분석을 수행하였다.
Figure 112016009805575-pat00001
상기 수학식 1에서 pi는 i번째 대립유전자의 빈도를 나타내고, n은 마커의 대립유전자의 전체 수를 나타낸다.
품종 간 유전적인 유사성은 Powermarker version 3.25(Liu and Muse 2005) 프로그램을 사용하여 분석하였다.
[ 실시예 2] EST-SSR 분석
총 5,619개의 케나프 EST 서열에서 SSR의 길이가 차이가 나는 것 515개 중 SSR 모티프를 가지고 있는 것으로부터 전체 102개의 프라이머 세트를 디자인 하였다. 102개의 EST-SSR 프라이머 세트 중 45종의 케나프 식물에서 DNA 다형성을 검출하고 유전적 다양성을 분석하는데 유용하게 사용될 수 있는 마커로써의 유용한지에 대해 PCR 증폭을 실시하여 자동 전기영동 분석 장치를 통해 확인하였다.
그 결과 102개의 EST-SSR 프라이머 세트 중 70개의 프라이머에서 적어도 하나 이상의 종에서 증폭된 산물의 다양성을 확인하였다(도 1 내지 도 3 및 표 2 참조).
프라이머 서열 서열 번호 반복모티프 PCR 산물의 예상크기
(bp) 		대립인자의 수
RBRC_Hc_ES_1 CCGAAGCTCCTGCTTTTATC 1 (AG)6 151 3
GTCTCAGATGAAGCCACCAC 2
RBRC_Hc_ES_4 GAAGAAACGGGTCATTCCTC 3 (GA)9 161 3
GTAGTCGTAGTCATCCTCTGCTC 4
RBRC_Hc_ES_5 GTGATATCCGAGCACCTTTG 5 (GA)8 121 2
GCGATGATATCAGAACCTCGTC 6
RBRC_Hc_ES_6 GGTTTTCGGCTCTTGGTT 7 (GA)8 128 3
CTGGACAATTGCGAGAAGAG 8
RBRC_Hc_ES_7 GCTGAGCAGAGGAGTAGAAGAA 9 (TA)6 168 2
TTCAGCTCAAGCAGTATCCC 10
RBRC_Hc_ES_8 ATCCTAGTGGATCCCTGAACTC 11 (TA)6 165 2
GACGATGAGGAGCAGAAAGA 12
RBRC_Hc_ES_9 GCTGCCATGCTCATGATT 13 (TC)9 170 2
AGCTCACCCTCCACTTCTCTAT 14
RBRC_Hc_ES_10 ACAGCTTTGACTGTCGTCACTG 15 (TG)9 150 2
AAGTATCTTGTGGGCTGTGG 16
RBRC_Hc_ES_11 GCCTTCGGAGTAAATGGGT 17 (AAG)5 170 7
CACCCAAACATTCTCTCTGG 18
RBRC_Hc_ES_12 GTTGGTCGTAAAAGCCGAG 19 (ACG)4 169 2
AACCCCGTCTTTAACCTCAG 20
RBRC_Hc_ES_13 GAAACGAAGGGTAGAGTACGGT 21 (AGC)7 126 3
GCAGTGTAAACAAACAGCCC 22
RBRC_Hc_ES_14 AGATTGATCTCGTCACCCCT 23 (ATA)5 119 2
CCAAACTGGATCGTAATCCG 24
RBRC_Hc_ES_15 CAGAAAAGTAGCGGGATGAG 25 (ATA)6 157 2
CCACTCGACATTAAACCCAC 26
RBRC_Hc_ES_19 TACTGGATGAAGGAGTAGCAGC 27 (ATG)5 163 2
CTTGATAGGCATCCCTTACCC 28
RBRC_Hc_ES_21 CCATATAGTTTGGGGGAAGG 29 (ATT)4 167 2
CAGTGAGAAGTGAGTGGCTACA 30
RBRC_Hc_ES_23 AGCCTGTGCTGAAAGCTAGA 31 (CAC)4 167 3
GGAGGGAGCATAAGTGAGTTTG 32
RBRC_Hc_ES_24 CCGACAAGAACAAGTCCA 33 (CAC)6 170 3
CAACCCGTGTGCATTGAG 34
RBRC_Hc_ES_28 GATGGTTTCTCCCAACAACC 35 (CCG)4 155 2
CAACGACATCGTCGTCTTC 36
RBRC_Hc_ES_29 GTCGTCATCATCGTCCAATC 37 (CCT)4 156 4
AGATCTCTCTTCACAGTGTCCC 38
RBRC_Hc_ES_30 CAGTCTGCATCGTCCAATC 39 (CCT)4 155 3
AGATCTCTCTTCACAGTGTCCC 40
RBRC_Hc_ES_31 GCCTTCAGAGAATAGATGTGGG 41 (CCT)4 167 3
CAGTTCATCGACTTGGCTTG 42
RBRC_Hc_ES_32 CTAACACGTCCGGCAACA 43 (CGC)4 154 3
GGAGTTCAAGAGGACGTAGTTG 44
RBRC_Hc_ES_33 CCTCAAGCTCCTCGTAATACAC 45 (CGG)4 149 2
GGGTACCAGTGAAGAGAACAAG 46
RBRC_Hc_ES_34 GTACTTGACGTAGGAAAGGCAG 47 (CGT)6 170 3
TTATACGACTCCCCACGGA 48
RBRC_Hc_ES_35 GTTCCTATGAAGAATCCGGC 49 (CTC)8 152 2
ACTTTGAGAGGTTGCAAGGG 50
RBRC_Hc_ES_36 GTAATCGTTGTTGGCGTTGG 51 (CTC)8 156 7
GTCAAACACAAGCTCCAGTCC 52
RBRC_Hc_ES_41 CCCTCTACCTCTAGGATGATTCTC 53 (CTT)5 170 2
ACTAGGTTTCTCTTCAGCGGC 54
RBRC_Hc_ES_42 GTTCCTTGAGAGAAAGGAGAGG 55 (CTT)9 168 3
GTGTTAGTGAGGAGAAGCAAGG 56
RBRC_Hc_ES_43 GGTAAACTGTTGAAGCGGGT 57 (GAA)10 159 2
GCAGAGCATTTCAACCAG 58
RBRC_Hc_ES_44 CCCCTTTTGATCTCTTGC 59 (GAA)8 164 2
AGGAGGGAGAGAGAGCTTCA 60
RBRC_Hc_ES_46 GGCTGCCCTTGCTAATAAGT 61 (GAA)4 127 2
ACTCGCTTCTTCATGCTCC 62
RBRC_Hc_ES_47 GGTGGTTTAAACGAGCACC 63 (GAC)5 151 3
GTCTCCCCATTGTTCCTGA 64
RBRC_Hc_ES_48 CATCCCGTCTAACACTACATCC 65 (GAC)5 126 2
GCACCGAGTATATCCTTCCAC 66
RBRC_Hc_ES_50 GGAGTCGTATAATGGGGTGA 67 (GAG)4 139 3
CTCCCTCTCGAAAATACGTAGC 68
RBRC_Hc_ES_51 GGTATGGCAGACGAGATGTT 69 (GAG)4 170 2
GTGTTAGTAGGCACTGGTGAAG 70
RBRC_Hc_ES_52 GCTCCTGCACTGTTTGTTGT 71 (GAT)6 168 2
CTAGGCTTATGTGTGGACCG 72
RBRC_Hc_ES_53 GGAGTGTCTTGTAATAGCCCAC 73 (GAT)5 159 4
CTCCAACCTCCCATTGTTC 74
RBRC_Hc_ES_54 GATCCGAAGGTAAATGGGTC 75 (GAT)6 158 2
CAGACACCTTTAGCCCCAC 76
RBRC_Hc_ES_55 AATCCAGGGAAGCAGCTC 77 (GAT)9 149 4
GCATATCTCTGAAGTGTCTCCG 78
RBRC_Hc_ES_58 CACTAAGAGCCCAGAAAGAAGC 79 (GCA)6 168 2
GAGACTCTTGTGGAGTTTCTGC 80
RBRC_Hc_ES_59 GTAGTCACCGCCGTCACAATAG 81 (GCG)5 163 2
CTATTCTGGCTCTCCCAACA 82
RBRC_Hc_ES_60 CGGCTGTTACTCCATCAAAG 83 (GCG)6 158 3
GGTCGTCTTACAATGGTTCC 84
RBRC_Hc_ES_62 ATTCAGAAACCGATGCCC 85 (GCT)6 146 3
GGAATGTCACTGGTCCGAG 86
RBRC_Hc_ES_63 AGCTCCGGGGATAAGTTAAG 87 (GGC)4 152 3
GCCTTCTCTCCTTGACCAGTA 88
RBRC_Hc_ES_64 GGCACAATAGAAGAGGCAGACT 89 (GGC)4 147 3
CTTCGAATTTCAGCGTCG 90
RBRC_Hc_ES_65 GAGATGTTTGATGCTCCAGG 91 (GGC)6 168 2
TCACGAAACCAAAGCAGC 92
RBRC_Hc_ES_66 CACAGTTTCACGAGGCTAACTC 93 (GGT)5 165 8
GAGAAGAGCTTCCAACCAGG 94
RBRC_Hc_ES_67 GTACACAAAGTGCAACCTCTCC 95 (GGT)6 166 2
TTCTCCCCTAATTCCTCACC 96
RBRC_Hc_ES_68 CGTTCAACATCTCCAGAACC 97 (GTG)5 139 2
GAGTACGAGTTCAGCTGTAGCA 98
RBRC_Hc_ES_69 AACGTCGGCTGCAACTTT 99 (TAT)4 168 2
GGGCTTGAAAGTGTCGAGAA 100
RBRC_Hc_ES_71 GGTGATCAGCTCGAGTCC 101 (TCT)5 165 3
AAATCCACCTCATCTCCAGC 102
RBRC_Hc_ES_73 CTCCTCAATCTAAGCCGTCC 103 (TCT)5 133 3
ACGATCACGACTTGCTCTTC 104
RBRC_Hc_ES_76 TTCACTTCAGCAGACTTCCC 105 (TCT)7 167 3
GATGCTCCTGGGTTGTTAGA 106
RBRC_Hc_ES_78 GCTTGGCTTCAACTCATCTC 107 (TGA)14 170 4
CGGCGGCTTTTATAAGGA 108
RBRC_Hc_ES_79 GGAGTGTCTTGTAATAGCCCAC 109 (TGC)5 159 6
CTCCAACCTCCCATTGTTC 110
RBRC_Hc_ES_80 GAAACCGTGTTGGTCTTGTC 111 (TGC)4 156 3
AAAGGCCCGATCCAAATC 112
RBRC_Hc_ES_81 GACCACCTCGAGAATAAGCA 113 (TGC)4 169 2
CTCCCAGGTAACGTCGAAT 114
RBRC_Hc_ES_82 CTCTGGAGAAGCTAAGGAGTGA 115 (TGG)6 158 2
CCATGTTCTCAAACCCTTCC 116
RBRC_Hc_ES_83 ACAGCGTGTGGAGGTTCATA 117 (TGG)6 167 2
AGCAGCCACCGTCTAAAAG 118
RBRC_Hc_ES_85 GGCAGGATATTCGACGGT 119 (TGT)6 122 3
GGAGATGGTTCTCCTGTTAAGG 120
RBRC_Hc_ES_86 CAAGGCTTAGGTCGTAGGTATC 121 (TGT)5 124 4
AAGAGAAGCCAAGATCAGCC 122
RBRC_Hc_ES_87 CCATGGTCATATTGCTCTCC 123 (TTA)4 121 7
TGTACTACTCTCTCTCTGCTCTCC 124
RBRC_Hc_ES_88 CCAGGAATCTATTGTCGGG 125 (TTC)6 138 2
CAATAATTCAGCCCTCCCTC 126
RBRC_Hc_ES_90 GCTGTTTCTTAACAGGAGCAGG 127 (TTC)6 130 4
GGTGTAGCTCAGGCTGTTGTA 128
RBRC_Hc_ES_92 CGGGTCTTACGTTCCCTAGTA 129 (TTG)4 158 3
CCAGCTCCATTGATCTTTCC 130
RBRC_Hc_ES_95 GGATCGAAACAACCCAGTC 131 (AATA)4 170 3
TCAACCAAACCCAACTCC 132
RBRC_Hc_ES_97 ATCGCAGGATCTCTCCAAG 133 (GTGA)4 166 2
GATGGATTACTTCCCCTAGGAC 134
RBRC_Hc_ES_100 CTCTCTTCTCCTCAAACACCC 135 (CTTTT)4 163 4
GGGTAAGAAAAGGGCAGACA 136
RBRC_Hc_ES_101 CTCATCCTCTGCACTTCCAT 137 (TCGTG)4 147 2
GGCAATTGCATCGTCAAG 138
RBRC_Hc_ES_102 GTCTTGGGAGTGGCTTTTGT 139 (TGGTT)4 155 2
CTCATCATTTACCTCCGACG 140
[ 실시예 3] 케나프 품종 내에서 유전적 다양성 평가 및 개체 구조
새롭게 개발된 EST-SSR 프라이머의 유용성에 대한 평가 및 45종 품종간의 유전적 다양성을 연구하기 위해서 Powermarker version 3.25(Liu and Muse 2005) 와 MEGA6 software(Tamura et al., 2007)를 사용하여 UPGMA tree를 작성하였다.
45종 품종에 대해 70개의 EST-SSR를 분석한 결과, 총 190개 대립유전자가 탐색되었는데 각 각의 SSR에서 2∼8개의 범위였고, 평균 대립유전자 수는 2.87개였다. 마커 별 유전적 다양성은 0.08에서 0.82의 범위로 나타났고, 평균 0.43 수준 이였다. 이형접합 기대치 및 각 마커의 유용성을 나타내는 다형성 정보(polymorphism information content. PIC)의 값은 각각 0∼0.62 및 0.08∼0.79 (Primer 58과 Primer 87) 범위로 조사되었고, 평균은 각 각 0.06 및 0.36 이였다(표 3 참조). 70개의 EST-SSR 프라이머를 이용하여 45종 품종 간의 유전적 유사도를 확인한 결과를 도 4에 나타내었다.
프라이머
(주요대립인자빈도)Major.Allele.Frquency 		(유전자형 수)Genotype No (관측치)No. of obs. 대립유전자 수
(Allele No) 		유용성
(Availability) 		유전적 다양성
(GeneDiversity) 		이형접합 기대치
(Heterozygosity) 		다형성 정보
(PIC)
RBRC_Hc_ES_1 0.51 4.00 45.00 3.00 1.00 0.52 0.40 0.41
RBRC_Hc_ES_4 0.58 3.00 45.00 2.00 1.00 0.49 0.09 0.37
RBRC_Hc_ES_5 0.81 3.00 45.00 2.00 1.00 0.31 0.07 0.26
RBRC_Hc_ES_6 0.60 3.00 45.00 3.00 1.00 0.52 0.00 0.44
RBRC_Hc_ES_7 0.73 2.00 45.00 2.00 1.00 0.39 0.00 0.31
RBRC_Hc_ES_8 0.64 3.00 45.00 2.00 1.00 0.46 0.09 0.35
RBRC_Hc_ES_9 0.71 2.00 45.00 2.00 1.00 0.41 0.00 0.33
RBRC_Hc_ES_10 0.70 2.00 20.00 2.00 0.44 0.42 0.00 0.33
RBRC_Hc_ES_11 0.40 8.00 45.00 7.00 1.00 0.76 0.07 0.73
RBRC_Hc_ES_12 0.84 2.00 45.00 2.00 1.00 0.26 0.00 0.23
RBRC_Hc_ES_13 0.62 4.00 45.00 3.00 1.00 0.48 0.62 0.37
RBRC_Hc_ES_14 0.75 2.00 44.00 2.00 0.98 0.38 0.00 0.30
RBRC_Hc_ES_15 0.75 2.00 44.00 2.00 0.98 0.38 0.00 0.30
RBRC_Hc_ES_19 0.91 3.00 45.00 2.00 1.00 0.16 0.04 0.15
RBRC_Hc_ES_21 0.73 2.00 44.00 2.00 0.98 0.40 0.00 0.32
RBRC_Hc_ES_23 0.67 3.00 45.00 3.00 1.00 0.50 0.00 0.44
RBRC_Hc_ES_24 0.54 3.00 45.00 3.00 1.00 0.52 0.87 0.40
RBRC_Hc_ES_28 0.67 3.00 44.00 2.00 0.98 0.44 0.02 0.34
RBRC_Hc_ES_29 0.40 4.00 45.00 4.00 1.00 0.67 0.00 0.61
RBRC_Hc_ES_30 0.68 3.00 44.00 3.00 0.98 0.48 0.00 0.44
RBRC_Hc_ES_31 0.89 3.00 45.00 3.00 1.00 0.20 0.00 0.19
RBRC_Hc_ES_32 0.70 3.00 45.00 3.00 1.00 0.43 0.02 0.34
RBRC_Hc_ES_33 0.91 2.00 45.00 2.00 1.00 0.16 0.00 0.15
RBRC_Hc_ES_34 0.58 3.00 45.00 3.00 1.00 0.54 0.00 0.45
RBRC_Hc_ES_35 0.73 2.00 45.00 2.00 1.00 0.39 0.00 0.31
RBRC_Hc_ES_36 0.37 12.00 41.00 7.00 0.91 0.78 0.34 0.75
RBRC_Hc_ES_41 0.89 2.00 38.00 2.00 0.84 0.19 0.00 0.17
RBRC_Hc_ES_42 0.42 5.00 45.00 3.00 1.00 0.65 0.18 0.57
RBRC_Hc_ES_43 0.88 3.00 45.00 2.00 1.00 0.21 0.07 0.19
RBRC_Hc_ES_44 0.76 3.00 45.00 2.00 1.00 0.37 0.04 0.30
RBRC_Hc_ES_46 0.76 2.00 45.00 2.00 1.00 0.37 0.00 0.30
RBRC_Hc_ES_47 0.91 3.00 45.00 3.00 1.00 0.17 0.00 0.16
RBRC_Hc_ES_48 0.63 3.00 45.00 2.00 1.00 0.46 0.02 0.36
RBRC_Hc_ES_50 0.76 5.00 45.00 3.00 1.00 0.40 0.09 0.36
RBRC_Hc_ES_51 0.84 2.00 45.00 2.00 1.00 0.26 0.00 0.23
RBRC_Hc_ES_52 0.80 2.00 45.00 2.00 1.00 0.32 0.00 0.27
RBRC_Hc_ES_53 0.44 5.00 45.00 4.00 1.00 0.69 0.04 0.63
RBRC_Hc_ES_54 0.91 2.00 44.00 2.00 0.98 0.17 0.00 0.15
RBRC_Hc_ES_55 0.56 6.00 45.00 4.00 1.00 0.60 0.31 0.54
RBRC_Hc_ES_58 0.96 2.00 45.00 2.00 1.00 0.08 0.00 0.08
RBRC_Hc_ES_59 0.84 2.00 45.00 2.00 1.00 0.26 0.00 0.23
RBRC_Hc_ES_60 0.73 3.00 45.00 3.00 1.00 0.41 0.00 0.36
RBRC_Hc_ES_62 0.46 4.00 45.00 3.00 1.00 0.63 0.47 0.55
RBRC_Hc_ES_63 0.72 4.00 45.00 3.00 1.00 0.41 0.02 0.34
RBRC_Hc_ES_64 0.71 3.00 45.00 3.00 1.00 0.45 0.00 0.41
RBRC_Hc_ES_65 0.78 3.00 45.00 2.00 1.00 0.35 0.36 0.29
RBRC_Hc_ES_66 0.44 8.00 45.00 8.00 1.00 0.71 0.00 0.67
RBRC_Hc_ES_67 0.62 2.00 45.00 2.00 1.00 0.47 0.00 0.36
RBRC_Hc_ES_68 0.69 2.00 39.00 2.00 0.87 0.43 0.00 0.34
RBRC_Hc_ES_69 0.52 3.00 45.00 2.00 1.00 0.50 0.87 0.37
RBRC_Hc_ES_71 0.58 3.00 45.00 3.00 1.00 0.52 0.00 0.42
RBRC_Hc_ES_73 0.64 3.00 45.00 3.00 1.00 0.49 0.00 0.40
RBRC_Hc_ES_76 0.89 3.00 44.00 3.00 0.98 0.21 0.00 0.19
RBRC_Hc_ES_78 0.67 6.00 45.00 4.00 1.00 0.50 0.04 0.46
RBRC_Hc_ES_79 0.49 7.00 45.00 6.00 1.00 0.69 0.04 0.66
RBRC_Hc_ES_80 0.58 3.00 45.00 3.00 1.00 0.51 0.00 0.40
RBRC_Hc_ES_81 0.76 2.00 45.00 2.00 1.00 0.37 0.00 0.30
RBRC_Hc_ES_82 0.76 2.00 45.00 2.00 1.00 0.37 0.00 0.30
RBRC_Hc_ES_83 0.82 3.00 45.00 2.00 1.00 0.29 0.04 0.25
RBRC_Hc_ES_85 0.44 3.00 45.00 3.00 1.00 0.65 0.00 0.57
RBRC_Hc_ES_86 0.58 4.00 45.00 4.00 1.00 0.52 0.00 0.43
RBRC_Hc_ES_87 0.31 8.00 45.00 7.00 1.00 0.82 0.02 0.79
RBRC_Hc_ES_88 0.74 3.00 45.00 2.00 1.00 0.38 0.07 0.31
RBRC_Hc_ES_90 0.87 4.00 45.00 4.00 1.00 0.24 0.00 0.23
RBRC_Hc_ES_92 0.62 3.00 45.00 3.00 1.00 0.54 0.00 0.48
RBRC_Hc_ES_95 0.61 4.00 45.00 3.00 1.00 0.48 0.04 0.38
RBRC_Hc_ES_97 0.71 3.00 45.00 2.00 1.00 0.41 0.04 0.33
RBRC_Hc_ES_100 0.82 5.00 45.00 4.00 1.00 0.30 0.09 0.27
RBRC_Hc_ES_101 0.84 3.00 45.00 2.00 1.00 0.26 0.04 0.23
RBRC_Hc_ES_102 0.70 3.00 44.00 2.00 0.98 0.42 0.05 0.33
평균 0.68 3.43 44.29 2.89 0.98 0.43 0.08 0.37
상기 결과로부터, 본 발명의 케나프 품종 판별용 프라이머 세트 및 케나프 품종 판별방법에 의해 케나프 품종의 DNA 다형성을 효과적으로 판별할 수 있음을 확인하였다.
<110> Korea Atomic Energy Research Institute <120> Primer sets for discriminating Kenaf, and method for discriminating Kenaf <130> PN1509-262 <160> 140 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_1_F <400> 1 ccgaagctcc tgcttttatc 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_1_R <400> 2 gtctcagatg aagccaccac 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_4_F <400> 3 gaagaaacgg gtcattcctc 20 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_4_R <400> 4 gtagtcgtag tcatcctctg ctc 23 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_5_F <400> 5 gtgatatccg agcacctttg 20 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_5_R <400> 6 gcgatgatat cagaacctcg tc 22 <210> 7 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_6_F <400> 7 ggttttcggc tcttggtt 18 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_6_R <400> 8 ctggacaatt gcgagaagag 20 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_7_F <400> 9 gctgagcaga ggagtagaag aa 22 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_7_R <400> 10 ttcagctcaa gcagtatccc 20 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_8_F <400> 11 atcctagtgg atccctgaac tc 22 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_8_R <400> 12 gacgatgagg agcagaaaga 20 <210> 13 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_9_F <400> 13 gctgccatgc tcatgatt 18 <210> 14 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_9_R <400> 14 agctcaccct ccacttctct at 22 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_10_F <400> 15 acagctttga ctgtcgtcac tg 22 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_10_R <400> 16 aagtatcttg tgggctgtgg 20 <210> 17 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_11_F <400> 17 gccttcggag taaatgggt 19 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_11_R <400> 18 cacccaaaca ttctctctgg 20 <210> 19 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_12_F <400> 19 gttggtcgta aaagccgag 19 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_12_R <400> 20 aaccccgtct ttaacctcag 20 <210> 21 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_13_F <400> 21 gaaacgaagg gtagagtacg gt 22 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_13_R <400> 22 gcagtgtaaa caaacagccc 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_14_F <400> 23 agattgatct cgtcacccct 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_14_R <400> 24 ccaaactgga tcgtaatccg 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_15_F <400> 25 cagaaaagta gcgggatgag 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_15_R <400> 26 ccactcgaca ttaaacccac 20 <210> 27 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_19_F <400> 27 tactggatga aggagtagca gc 22 <210> 28 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_19_R <400> 28 cttgataggc atcccttacc c 21 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_21_F <400> 29 ccatatagtt tgggggaagg 20 <210> 30 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_21_R <400> 30 cagtgagaag tgagtggcta ca 22 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_23_F <400> 31 agcctgtgct gaaagctaga 20 <210> 32 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_23_R <400> 32 ggagggagca taagtgagtt tg 22 <210> 33 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_24_F <400> 33 ccgacaagaa caagtcca 18 <210> 34 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_24_R <400> 34 caacccgtgt gcattgag 18 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_28_F <400> 35 gatggtttct cccaacaacc 20 <210> 36 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_28_R <400> 36 caacgacatc gtcgtcttc 19 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_29_F <400> 37 gtcgtcatca tcgtccaatc 20 <210> 38 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_29_R <400> 38 agatctctct tcacagtgtc cc 22 <210> 39 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_30_F <400> 39 cagtctgcat cgtccaatc 19 <210> 40 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_30_R <400> 40 agatctctct tcacagtgtc cc 22 <210> 41 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_31_F <400> 41 gccttcagag aatagatgtg gg 22 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_31_R <400> 42 cagttcatcg acttggcttg 20 <210> 43 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_32_F <400> 43 ctaacacgtc cggcaaca 18 <210> 44 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_32_R <400> 44 ggagttcaag aggacgtagt tg 22 <210> 45 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_33_F <400> 45 cctcaagctc ctcgtaatac ac 22 <210> 46 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_33_R <400> 46 gggtaccagt gaagagaaca ag 22 <210> 47 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_34_F <400> 47 gtacttgacg taggaaaggc ag 22 <210> 48 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_34_R <400> 48 ttatacgact ccccacgga 19 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_35_F <400> 49 gttcctatga agaatccggc 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_35_R <400> 50 actttgagag gttgcaaggg 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_36_F <400> 51 gtaatcgttg ttggcgttgg 20 <210> 52 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_36_R <400> 52 gtcaaacaca agctccagtc c 21 <210> 53 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_41_F <400> 53 ccctctacct ctaggatgat tctc 24 <210> 54 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_41_R <400> 54 actaggtttc tcttcagcgg c 21 <210> 55 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_42_F <400> 55 gttccttgag agaaaggaga gg 22 <210> 56 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_42_R <400> 56 gtgttagtga ggagaagcaa gg 22 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_43_F <400> 57 ggtaaactgt tgaagcgggt 20 <210> 58 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_43_R <400> 58 gcagagcatt tcaaccag 18 <210> 59 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_44_F <400> 59 ccccttttga tctcttgc 18 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_44_R <400> 60 aggagggaga gagagcttca 20 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_46_F <400> 61 ggctgccctt gctaataagt 20 <210> 62 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_46_R <400> 62 actcgcttct tcatgctcc 19 <210> 63 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_47_F <400> 63 ggtggtttaa acgagcacc 19 <210> 64 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_47_R <400> 64 gtctccccat tgttcctga 19 <210> 65 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_48_F <400> 65 catcccgtct aacactacat cc 22 <210> 66 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_48_R <400> 66 gcaccgagta tatccttcca c 21 <210> 67 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_50_F <400> 67 ggagtcgtat aatggggtga 20 <210> 68 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_50_R <400> 68 ctccctctcg aaaatacgta gc 22 <210> 69 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_51_F <400> 69 ggtatggcag acgagatgtt 20 <210> 70 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_51_R <400> 70 gtgttagtag gcactggtga ag 22 <210> 71 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_52_F <400> 71 gctcctgcac tgtttgttgt 20 <210> 72 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_52_R <400> 72 ctaggcttat gtgtggaccg 20 <210> 73 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_53_F <400> 73 ggagtgtctt gtaatagccc ac 22 <210> 74 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_53_R <400> 74 ctccaacctc ccattgttc 19 <210> 75 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_54_F <400> 75 gatccgaagg taaatgggtc 20 <210> 76 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_54_R <400> 76 cagacacctt tagccccac 19 <210> 77 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_55_F <400> 77 aatccaggga agcagctc 18 <210> 78 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_55_R <400> 78 gcatatctct gaagtgtctc cg 22 <210> 79 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_58_F <400> 79 cactaagagc ccagaaagaa gc 22 <210> 80 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_58_R <400> 80 gagactcttg tggagtttct gc 22 <210> 81 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_59_F <400> 81 gtagtcaccg ccgtcacaat ag 22 <210> 82 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_59_R <400> 82 ctattctggc tctcccaaca 20 <210> 83 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_60_F <400> 83 cggctgttac tccatcaaag 20 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_60_R <400> 84 ggtcgtctta caatggttcc 20 <210> 85 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_62_F <400> 85 attcagaaac cgatgccc 18 <210> 86 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_62_R <400> 86 ggaatgtcac tggtccgag 19 <210> 87 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_63_F <400> 87 agctccgggg ataagttaag 20 <210> 88 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_63_R <400> 88 gccttctctc cttgaccagt a 21 <210> 89 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_64_F <400> 89 ggcacaatag aagaggcaga ct 22 <210> 90 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_64_R <400> 90 cttcgaattt cagcgtcg 18 <210> 91 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_65_F <400> 91 gagatgtttg atgctccagg 20 <210> 92 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_65_R <400> 92 tcacgaaacc aaagcagc 18 <210> 93 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_66_F <400> 93 cacagtttca cgaggctaac tc 22 <210> 94 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_66_R <400> 94 gagaagagct tccaaccagg 20 <210> 95 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_67_F <400> 95 gtacacaaag tgcaacctct cc 22 <210> 96 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_67_R <400> 96 ttctccccta attcctcacc 20 <210> 97 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_68_F <400> 97 cgttcaacat ctccagaacc 20 <210> 98 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_68_R <400> 98 gagtacgagt tcagctgtag ca 22 <210> 99 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_69_F <400> 99 aacgtcggct gcaacttt 18 <210> 100 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_69_R <400> 100 gggcttgaaa gtgtcgagaa 20 <210> 101 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_71_F <400> 101 ggtgatcagc tcgagtcc 18 <210> 102 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_71_R <400> 102 aaatccacct catctccagc 20 <210> 103 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_73_F <400> 103 ctcctcaatc taagccgtcc 20 <210> 104 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_73_R <400> 104 acgatcacga cttgctcttc 20 <210> 105 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_76_F <400> 105 ttcacttcag cagacttccc 20 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_76_R <400> 106 gatgctcctg ggttgttaga 20 <210> 107 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_78_F <400> 107 gcttggcttc aactcatctc 20 <210> 108 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_78_R <400> 108 cggcggcttt tataagga 18 <210> 109 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_79_F <400> 109 ggagtgtctt gtaatagccc ac 22 <210> 110 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_79_R <400> 110 ctccaacctc ccattgttc 19 <210> 111 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_80_F <400> 111 gaaaccgtgt tggtcttgtc 20 <210> 112 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_80_R <400> 112 aaaggcccga tccaaatc 18 <210> 113 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_81_F <400> 113 gaccacctcg agaataagca 20 <210> 114 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_81_R <400> 114 ctcccaggta acgtcgaat 19 <210> 115 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_82_F <400> 115 ctctggagaa gctaaggagt ga 22 <210> 116 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_82_R <400> 116 ccatgttctc aaacccttcc 20 <210> 117 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_83_F <400> 117 acagcgtgtg gaggttcata 20 <210> 118 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_83_R <400> 118 agcagccacc gtctaaaag 19 <210> 119 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_85_F <400> 119 ggcaggatat tcgacggt 18 <210> 120 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_85_R <400> 120 ggagatggtt ctcctgttaa gg 22 <210> 121 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_86_F <400> 121 caaggcttag gtcgtaggta tc 22 <210> 122 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_86_R <400> 122 aagagaagcc aagatcagcc 20 <210> 123 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_87_F <400> 123 ccatggtcat attgctctcc 20 <210> 124 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_87_R <400> 124 tgtactactc tctctctgct ctcc 24 <210> 125 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_88_F <400> 125 ccaggaatct attgtcggg 19 <210> 126 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_88_R <400> 126 caataattca gccctccctc 20 <210> 127 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_90_F <400> 127 gctgtttctt aacaggagca gg 22 <210> 128 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_90_R <400> 128 ggtgtagctc aggctgttgt a 21 <210> 129 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_92_F <400> 129 cgggtcttac gttccctagt a 21 <210> 130 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_92_R <400> 130 ccagctccat tgatctttcc 20 <210> 131 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_95_F <400> 131 ggatcgaaac aacccagtc 19 <210> 132 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_95_R <400> 132 tcaaccaaac ccaactcc 18 <210> 133 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_97_F <400> 133 atcgcaggat ctctccaag 19 <210> 134 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_97_R <400> 134 gatggattac ttcccctagg ac 22 <210> 135 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_100_F <400> 135 ctctcttctc ctcaaacacc c 21 <210> 136 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_100_R <400> 136 gggtaagaaa agggcagaca 20 <210> 137 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_101_F <400> 137 ctcatcctct gcacttccat 20 <210> 138 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_101_R <400> 138 ggcaattgca tcgtcaag 18 <210> 139 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_102_F <400> 139 gtcttgggag tggcttttgt 20 <210> 140 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RBRC_Hc_ES_102_R <400> 140 ctcatcattt acctccgacg 20

Claims (6)

  1. 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 16로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 20로 표시되는 프라이머 세트. 서열번호 21 및 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 26로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 30로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 34로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 35 및 36로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 37 및 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 39 및 40로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 41 및 42로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 43 및 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 45 및 46로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 47 및 48로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 49 및 50로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 51 및 52로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 53 및 54로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 55 및 56로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 57 및 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 60로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 61 및 62로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 63 및 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 66로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 67 및 68로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 69 및 70로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 72로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 73 및 74로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 75 및 76로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 77 및 78로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 79 및 80로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 81 및 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 84로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 85 및 86로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 87 및 88로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 89 및 90로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 91 및 92로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 93 및 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 96로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 97 및 98로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 99 및 100로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 101 및 102로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 103 및 104로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 105 및 106로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 107 및 108로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 109 및 110로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 111 및 112로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 113 및 114로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 115 및 116로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 117 및 118로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 119 및 120로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 121 및 122로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 123 및 124로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 125 및 126로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 127 및 128로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 130로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 131 및 132로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 133 및 134로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 135 및 136로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 137 및 138로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 139 및 140로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는, 케나프 품종 판별용 EST-SSR 프라이머 세트.
  2. (a) 판별하고자 하는 케나프 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 프라이머 세트를 이용하여 PCR 증폭시키는 단계; 및
    (b) PCR 증폭산물의 발현패턴을 분석하는 패턴분석 단계;를 포함하는 케나프 품종 판별방법.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 (b) 단계는, 상기 (a) 단계의 프라이머 세트에 의한 케나프 품종별 기준 패턴과의 상동성 동정을 통해 발현패턴을 분석하는 것을 특징으로 하는, 케나프 품종 판별방법.
  4. 제1항의 프라이머 세트를 포함하는 케나프 품종 판별용 키트.
  5. 제4항에 있어서, 추가적으로 제한효소, 및 증폭반응수행시약을 포함하는 것을 특징으로 하는, 케나프 품종 판별용 키트.
  6. 제5항에 있어서, 상기 증폭반응수행시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는, 케나프 품종 판별용 키트.
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Zhang et al. Mol Breeding (2015) 35:192

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