KR101493978B1 - 콩 품종인식을 위한 Indel 마커 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 콩 품종인식을 위한 프라이머 및 이를 이용한 콩 품종의 품종 인식방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 및 콩 품종 인식용 키트와 이를 이용한 콩 품종 인식 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따른 Indel 마커는 PCR 반응으로 증폭하였을 때 다형화 현상이 나타나게 하는 장점을 유지하면서도, 고밀도 유전자지도 제작에는 충분하지 않는 SSR 마커의 단점을 보완할 수 있으며, 나아가 콩 품종의 유전자 정보를 디지털 신호로 전환함으로써 신속하고 객관적으로 콩 품종을 인식할 수 있음은 물론, 충분한 수의 마커를 조합하여 사용함으로써, 여교배 품종 또는 돌연변이 품종과 같이 유전적 유사도가 높은 품종 간에도 인식가능하다.
본 발명에 따른 Indel 마커는 PCR 반응으로 증폭하였을 때 다형화 현상이 나타나게 하는 장점을 유지하면서도, 고밀도 유전자지도 제작에는 충분하지 않는 SSR 마커의 단점을 보완할 수 있으며, 나아가 콩 품종의 유전자 정보를 디지털 신호로 전환함으로써 신속하고 객관적으로 콩 품종을 인식할 수 있음은 물론, 충분한 수의 마커를 조합하여 사용함으로써, 여교배 품종 또는 돌연변이 품종과 같이 유전적 유사도가 높은 품종 간에도 인식가능하다.
Description
본 발명은 콩 품종인식을 위한 프라이머 및 이를 이용한 콩 품종의 품종 인식방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 및 콩 품종 인식용 키트와 이를 이용한 콩 품종 인식 방법에 관한 것이다.
최근 정보통신산업의 발달로 사람을 대상으로 본인을 확인할 수 있는 생체인식기술개발 연구가 활발히 진행되고 있다. 생체인식기술에는 홍채, 지문, DNA 등 신체적 특징을 이용하는 방법과 서명, 음성, 걸음걸이 등 행동학적 특성을 이용하는 방법 등이 있다. 한편, 작물의 경우에도 지식재산권 등의 강화를 통한 개발된 품종의 권리를 확보하는 절차가 중요해지고 있어 사람의 고유 신분증과 같은 품종 인식기술개발이 절실하게 필요하게 되었다.
이에 따라, 분자 육종시스템에서 유용 형질 탐색, 생물의 종 인식, 품종 분류동정 및 집단 개체군의 유연관계 분석 등의 목적으로 분자마커(molecular marker)가 널리 이용되고 있다. 분자마커를 이용한 콩 육종은 환경변이에 영향을 받지 않고 어린 시기에 형질을 탐색할 수 있기 때문에 대량의 자원을 정확하고 빠르게 분석할 수 있는 장점이 있다.
가장 먼저, 염색체 내 제한효소 인식부위의 변이의 의해 발생하는 염기서열 길이 차이를 이용한 RFLPs(Restriction Fragment Length Polymorphisms) 방법이 개발되었으나 이 방법은 방사선 동위원소를 사용해야 하는 번거로움이 있다. 이후 PCR(Polymerase Chain Reaction)을 이용한 핵산지문법(fingerprinting)으로서, RAPD(randomly amplified polymorphic DNA) 방법 등이 개발되었다. PCR 방법은 10~20여 개의 뉴클레오티드로 구성된 작은 올리고뉴클레오타이드(이하 프라이머)을 생물체의 DNA 또는 RNA와 결합(annealing)시킨 후, 내열성 DNA 중합 효소(Taq DNA Polymerase)를 첨가하여 합성반응이 반복적으로 이루어지게 하는 방법이다. 이것은 다른 방법에 비해 소량의 DNA(1-50ng)만을 요구하며, 간편하고 빠르게 결과를 확인할 수 있다는 장점을 갖고 있다. PCR 방법으로 분석하는 상기 방법 중 RAPD 방법은 비특이적 PCR 산물이 증폭되므로 재현성이 떨어지는 단점이 있고, AFLP(Amplified Fragment Length polymorphism) 방법은 높은 DNA 다형성(polymorphism) 검출로 각광을 받고 있지만 재현성이 떨어지는 밴드의 출현과 분석이 복잡하며, SSR(single sequence repeat) 방법은 DNA 반복 배열인 초위성체(microsatellite) 영역의 염기배열 정보를 근거로 PCR 프라이머를 제작하여 개체 내의 초위성체를 분석하는 방법으로 상기 단순염기서열의 반복수는 품종 간 또는 개체 간에 다르게 때문에 이 부분을 PCR 반응으로 증폭하였을 때 다형화 현상이 나타나게 되며 이를 동물과 식물의 유전 연구에 활발히 이용하고 있으나, 콩에서 기 개발된 SSR 마커의 수가 고밀도 유전자지도 제작에는 충분하지 않는 단점이 있다.
이러한 배경 하에, 본 발명자들은 콩의 품종 구별을 위해 효율적으로 이용될 수 있는 분자 마커에 대한 연구를 수행하여, PCR 반응으로 증폭하였을 때 다형화 현상이 나타나게 하는 장점을 유지하며 고밀도 유전자지도 제작에는 충분하지 않다는 SSR 마커의 단점을 보완하면서, 충분한 수의 마커를 확보함으로써 여교배로 육성된 품종까지 인식 가능한 Indel(insertion/deletion) 마커를 개발함으로써 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은, 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은, (a) 콩 시료에서 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 (b) 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 콩 품종 인식 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은, 상기 프라이머 세트를 포함하는, 콩 품종 인식용 키트를 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물을 제공한다.
구체적으로, 본 발명에 따른 프라이머 세트는, 서열번호 1 및 2로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 23 및 24로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 29 및 30으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 31 및 32로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 33 및 34로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 35 및 36으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 39 및 40으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 45 및 46으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 49 및 50으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 61 및 62로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 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및 서열번호 403 및 404로 구성되는 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물이며, 이 중에서 바람직하게는 10개 이상, 보다 바람직하게는 20개 이상, 가장 바람직하게는 27개 이상의 프라이머 세트를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 프라이머 세트는 콩 품종 인식을 위한 Indel 마커를 증폭시키기 위한 프라이머 세트에 해당한다.
본 발명에서 용어, “변이 영역”은 유전자 또는 염색체의 변화가 일어난 곳을 의미하며, 본 발명에서는 DMB(Dense mutation block)로 혼용하기도 한다. 즉, 품종간의 유전자의 차이가 존재하는 영역을 의미할 수 있고, 본 발명에서는 단일염기변이(SNV)가 밀집한 영역을 의미할 수 있다. 보다 구체적으로, 본 발명에서는 표준유전체 유전체 정보와 차이를 보이는 단일염기변이(SNV) 수가 10kb 당 4개 이상일 때 이를 변이 영역이라 규정한다.
본 발명에서 용어, “단일염기변이(Single Nucleotide Variation)”는 "SNP(single nucleotide polymorphism)"라고도 하며, 이는 단일 염기에서의 다형성(polymorphism)을 의미한다. 즉, 어느 집단에 있어 전체 게놈(genomome)에 있는 일부 염기가 염색체마다 다른 경우가 존재하는 것을 말하며, 통상적으로 SNV는 300 내지 1000개의 염기에 하나 정도 존재하는 것으로 알려져 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 용어, “Indel(Insertion/deletion) 마커”는 DNA의 염기배열에서 일부 염기가 중간에 삽입되거나(insertion) 결실된(deletion) 변이를 총칭한다. 상기 Indel 마커는 표준유전체와 실험에 사용된 품종의 유전체 정보를 비교 분석하는 방법을 통해 표준유전체보다 삽입(insertion) 또는 결실(deletion)된 영역을 탐색하고 그 정보를 바탕으로 프라이머를 제작한다. 따라서 그 증폭 결과는 표준유전체와 비교하여 밴드크기가 큰 경우(insertion)와 작은 경우(deletion)의 두 종류 타입을 나타낼 수 있다. 본 발명에서 용어,“마커(marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고점으로 사용되는 염기서열을 의미하며, 상기 용어, “유전자좌”는 분자 마커의 유전자 지도상의 위치를 의미한다.
본 발명에서 용어. “표준유전체”는 본 발명의 품종 인식함에 있어 기준이 되는 작물의 품종의 유전체를 의미한다. 바람직하게는 Williams82의 유전체가 될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 용어, “프라이머(primer)”는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형의 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 하며, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라, 온도 및 이온 강도와 같은 이용 조건에 의존할 것이다. 구체적 예로, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 구아닌 및 시토신의 함량(GC contents), GC배열, annealing 온도 및 이온 강도 등 여러 조건을 고려하여 결정해야 한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트(dNTPs)의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.
본 발명에서 프라이머로 이용된 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 유사체(analogue), 구체적인 예로써 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)을 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent) 등을 포함할 수 있다.
본 발명의 콩 품종 인식용 프라이머 세트는, 표적 서열의 증폭을 위하여 사용될 수 있으며, 바람직하게는 콩 품종 인식을 위한 Indel 마커의 증폭을 위하여 사용될 수 있다. 구체적으로, 하기 표 1에 기재된 세트로 사용될 수 있다.
10개 이상의 프라이머 세트를 조합하여 사용하면 이론상으로 약 1,000개 (210개) 이상의 품종을 인식할 수 있으며, 보다 많은 27개 이상의 프라이머 세트를 조합하여 사용할 경우, 1억 3천만 개(227개) 이상의 품종을 인식할 수 있다. 따라서 본 발명의 일 실시예에서 콩 품종 인식 대상으로 한 147개의 콩 품종(표 2)은 상기 프라이머 세트의 조합으로 충분히 인식가능하다.
바람직하게는 하기 표 4 내지 표 20에 기재된 프라이머 세트의 조합을 사용하여 콩 품종을 인식할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 더욱 바람직하게는, 상기 표 4 내지 표 20에 기재된 프라이머 세트의 조합 이외에 1개 이상의 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다.
구체적으로 본 발명의 일 실시예에서는 표 2에 기재된 147개의 콩 품종을 모두 별개로 인식할 수 있는 프라이머 세트의 조합을 찾고자 통계분석을 실시하였으며, 그 결과 하기 표 4 내지 표 20에서 나타낸 프라이머 세트의 조합으로 표 2에 기재된 147개의 콩 품종을 모두 인식할 수 있음을 확인하였다.
이와 같이, 본 발명은 충분한 수의 변이영역 특이 Indel 마커를 확보함으로써, 유전적 유사도가 높은 품종을 인식할 수 있어 기존의 분자마커의 인식력의 한계점을 보완할 수 있다. 구체적으로, 본 발명의 Indel 마커를 사용함으로써 여교배 품종과 반복친 품종이 인식될 수 있다(도 7).
또한 본 발명의 Indel 마커의 증폭 결과는, 인식하고자 하는 콩 품종의 모본 또는 부본에 상응하는 정보를 계보도로 출력하거나(도 6), 염색체 수준에서의 bin map 작성이 용이하므로(도 5), 재조합 정도, 품종 간 유사도, 집단 구조(population structure) 등의 분석에 효과적으로 사용할 수 있는 바, 기존 육성 품종뿐만 아니라, 나아가 새로 육성되는 품종의 재조합 패턴(reshuffling pattern)을 구명하는 것이 가능하다.
| No. | Name of marker | Location | Forward primer | 서열 번호 |
Reverse primer | 서열 번호 |
| 1 | SIndel_01_01 | 1,702,255 | CCACAAGCCAAAAGTAAAAC | 1 | TGAAAGTACCTGTAAGGGGA | 2 |
| 2 | SIndel_01_02 | 2,948,386 | TCCAATGATGTACGTGTGTC | 3 | TTTGCGTACTTCTTCTTCTTC | 4 |
| 3 | SIndel_01_03 | 32,576,072 | AAGGAACACAAACTCACGAC | 5 | AACTGCTTCATAGGAGGAGA | 6 |
| 4 | SIndel_01_04 | 35,683,694 | AAAAAGAGACGTACGGTTTA | 7 | TGCTCCAAAACAAAATTATTA | 8 |
| 5 | SIndel_01_05 | 39,700,687 | TCCTTTAGGATAATTGAGCTG | 9 | TTCGGTGAAATCTAAAAAGAA | 10 |
| 6 | SIndel_01_18 | 43,275,579 | AATTTCCTCAAACCACAAAA | 11 | ACCCTTGGGATTTGTTATG | 12 |
| 7 | SIndel_01_06 | 46,771,415 | CCACTAAAAGCAAAATAACGA | 13 | CCAATTATTTTAGTCAAGTAGGG | 14 |
| 8 | SIndel_01_07 | 47,971,331 | GACAAGTGTGTTTTGTGTGC | 15 | GACGAAGCAAGTCAAAATTC | 16 |
| 9 | SIndel_01_19 | 49,364,344 | AACTAATTTTTGCACATCCC | 17 | AATGGAAAATGTTGGCTAGA | 18 |
| 10 | SIndel_01_08 | 50,224,810 | GGTAGGAAGGTTGTTTTATTT | 19 | TTCCTCACACCCTTAAAAA | 20 |
| 11 | SIndel_01_20 | 52,944,510 | GTATGCTTATGCTTGGACCT | 21 | AAAGTAAAGCAAGGTGTCCA | 22 |
| 12 | SIndel_01_09 | 54,087,245 | CTTTTACACTGATCATAACTTGAA | 23 | AAAAACACTTACATTTGGTAAAAA | 24 |
| 13 | SIndel_02_11 | 308,983 | AAAAATTCACTTCAAAATCA | 25 | AACACCAATTTTGTTTTACGA | 26 |
| 14 | SIndel_02_01 | 490,029 | ACTCTAAATTTGGGTAATTTTT | 27 | ACAAATTGTGAAACCATCAAC | 28 |
| 15 | SIndel_02_02 | 2,364,538 | ATAATGAATGGGGAACACAC | 29 | GATGATTATTCAATTCGGGA | 30 |
| 16 | SIndel_02_12 | 3,444,071 | TGAGGTGTAAAAGCTTGGTT | 31 | AATAGAACAATTCTCGTGCC | 32 |
| 17 | SIndel_02_03 | 6,599,734 | TTTTTCTCTGGTTTTCTATGTT | 33 | TCCCAGATCTATGAACCTCT | 34 |
| 18 | SIndel_02_04 | 8,053,281 | TGTAAAATGCCCCAAAAA | 35 | GGTCTATTCATAAACTTGACCTTT | 36 |
| 19 | SIndel_02_13 | 9,295,181 | GGTACAAGAATGAGTGGGTG | 37 | TGACACATTGACACTCATTAAA | 38 |
| 20 | SIndel_02_14 | 12,117,568 | CCTCGCTTAGCACTTATGTC | 39 | CGGAAGAAAAATCAAGAAAA | 40 |
| 21 | SIndel_02_05 | 14,487,869 | GCCATGTTAATCCAATTCTC | 41 | TAGCATGCTGATGAATGAAA | 42 |
| 22 | SIndel_02_06 | 15,407,086 | GAACCGAGCCTTTAGAAAA | 43 | TACGACTAGGGGTTGAAATG | 44 |
| 23 | SIndel_02_08 | 43,042,124 | CACAACCCATACCACTTTCT | 45 | ATGAAAGATAACACAACGCA | 46 |
| 24 | SIndel_02_18 | 45,734,279 | ATAACACCACCAGCAAAGTT | 47 | CTTTCCCTTCAAATAGGGTT | 48 |
| 25 | SIndel_03_11 | 1,275,226 | TTGATTCTATCAAGATAACCGA | 49 | AATTATTTTATACTATCCGTACATT | 50 |
| 26 | SIndel_03_02 | 4,561,985 | ACATTGGATGTGAAAATGGT | 51 | TCTAAAAGCCATGAGAGGAA | 52 |
| 27 | SIndel_03_13 | 6,168,100 | AAACATGAATGGTGCTTTTT | 53 | TAAAGCCCCAAAAGTGAATA | 54 |
| 28 | SIndel_03_14 | 7,996,730 | GGTGTGTGTCATTCTCCAAT | 55 | GAAAGAGATGAACGAAGGAA | 56 |
| 29 | SIndel_03_16 | 34,036,345 | TCATTTCTCTTTTTGCTTCC | 57 | ACCGTTTTCGAATTGTCTAA | 58 |
| 30 | SIndel_03_06 | 35,337,708 | TCCCTTTTCAAGACTCTCAA | 59 | GTGTGAAAACGAAGATGGAT | 60 |
| 31 | SIndel_03_17 | 36,445,340 | TGTTTAATGTTTCAGATTGTCC | 61 | TGTGAAATTTTATTTTCATGTTAAG | 62 |
| 32 | SIndel_03_08 | 39,507,043 | TTTAGTTTATAAGCATAAGTTGAGA | 63 | AAAAATATTGACTGAAAAGGT | 64 |
| 33 | SIndel_03_09 | 42,912,101 | CTTCCATGGCTCTGTTAATG | 65 | TGGGATAAAGGAAACAAAAA | 66 |
| 34 | SIndel_03_19 | 45,101,996 | ACTTGCCAGTTTGGTGTAAG | 67 | CCACGAGTACTGAGTGCATA | 68 |
| 35 | SIndel_03_10 | 47,300,806 | TGAATTGCATGGTTTTAGTT | 69 | TTTAAAAACTCTTACAATTATGGAA | 70 |
| 36 | SIndel_03_20 | 47,630,105 | GACTGTATTTGTAAAGTAGGAGTTT | 71 | GCCTTTTACTTTTCATCCTTC | 72 |
| 37 | SIndel_04_01 | 434,538 | GATCGATAAATGCCTGGATA | 73 | GTGTATTTGCTTTTGTTCCC | 74 |
| 38 | SIndel_04_11 | 1,126,964 | TTCAAGTTTAGCTTGCTTGC | 75 | GTACAGCCAAAAGAGAGGTG | 76 |
| 39 | SIndel_04_12 | 3,513,345 | AATTTACGGATGCACTTTTTA | 77 | GAGAGAAAGAGGATCACGAG | 78 |
| 40 | SIndel_04_02 | 5,011,432 | GCCTGAGATATTATGGCATC | 79 | CCCTTCCTATCACTGAGAAA | 80 |
| 41 | SIndel_04_03 | 7,171,619 | AACCAATCCAACAGTCATGT | 81 | GAAATAAAAATGAGCCATGC | 82 |
| 42 | SIndel_04_16 | 39,224,981 | TTCCACCATGAAAGGTTTAG | 83 | GCTGATGCTACCTTTCAAAC | 84 |
| 43 | SIndel_04_17 | 41,555,605 | TCAACGAGGAAAGATACCAC | 85 | AAAAAGTATGTTTTCTGTGGCT | 86 |
| 44 | SIndel_04_18 | 43,043,859 | GCTGAGAACTGACACAGACA | 87 | TGTGTAGATGTCAAGTGAGTGA | 88 |
| 45 | SIndel_04_09 | 44,362,740 | CCACCACTTGTTACAGGTTC | 89 | AATTGACTAAAATACAAAACACTG | 90 |
| 46 | SIndel_04_20 | 46,768,023 | GTAAGTATGGCGGGTGTATG | 91 | TTCCAGAGAGCAATACAATG | 92 |
| 47 | SIndel_04_10 | 48,814,170 | GTAGCAATGGCTGATTCAA | 93 | ATTTTGCCTTTGTCAATCAT | 94 |
| 48 | SIndel_05_01 | 269,251 | TGCTTAGAGTTTGGTTTGGT | 95 | CCGACACATCTTCTCCTCTA | 96 |
| 49 | SIndel_05_11 | 1,086,566 | GGGGTGTTATTGGTGTTTTA | 97 | AGTTTTCCCGTTACCATTCT | 98 |
| 50 | SIndel_05_12 | 2,708,639 | CTGATCAGTAAAGAGTGAGTATTA | 99 | TTGTGTGTTATTGCTCTTCTG | 100 |
| 51 | SIndel_05_13 | 3,581,245 | TAAGCACAAGCCTGTTAAGC | 101 | AGAACCTCCTGAACCACCT | 102 |
| 52 | SIndel_05_02 | 7,822,739 | AAAAAGATGGTAAAGTTGGAA | 103 | TTTGGCTTTAATCCCATAAT | 104 |
| 53 | SIndel_05_14 | 9,098,197 | TCCATTCAAATGCTGTAATTT | 105 | TGTTAAAACAGAAAAGTGTTGC | 106 |
| 54 | SIndel_05_04 | 26,681,415 | CAAATCCAGTTTCTTATATTTTT | 107 | TTGTGCAAGTGAGTACATTT | 108 |
| 55 | SIndel_05_16 | 28,206,814 | TGGACATATGACATACCTAATTG | 109 | ACCAAAACACTGTGGTACTATTC | 110 |
| 56 | SIndel_05_07 | 32,396,758 | GCATTACGTTTTCCCACTAC | 111 | TCATCTTAATGTACAAAACAAAAA | 112 |
| 57 | SIndel_05_17 | 32,957,735 | CCGCTATTATTTTAGGATGAA | 113 | AGGTGCCTTGTGTGTAAAGA | 114 |
| 58 | SIndel_05_09 | 37,275,717 | TTCAATGACTAAAATTTGGC | 115 | ACTTGCCACTAAGGACAGAG | 116 |
| 59 | SIndel_05_19 | 38,761,346 | GTGCACAAGTTTTGTGGTTA | 117 | TGCGAGTTAATGATTTTGTG | 118 |
| 60 | SIndel_06_11 | 898,099 | TGTTTTGTCCAAAGAAAGAAA | 119 | AAACTTTCGGTGCAAACTTA | 120 |
| 61 | SIndel_06_12 | 3,368,239 | CCAATCATCTCAAAATACCC | 121 | AATTGTTTCTAATTATTTGCGA | 122 |
| 62 | SIndel_06_03 | 5,048,307 | AATGCATATGAGTACCTCTTCA | 123 | AGCCTAAATTATCATCTCACA | 124 |
| 63 | SIndel_06_13 | 5,873,702 | CTTGTCAACCACACCAACTA | 125 | TACAACAGGCATCATTTGAC | 126 |
| 64 | SIndel_06_15 | 15,598,898 | CGTGATACGTGTCAATGAAG | 127 | CCCAATGAATTGGCTACTTA | 128 |
| 65 | SIndel_06_05 | 19,570,903 | AGCATTAAGAAAGGGTGTCA | 129 | AGTGTATCGCGACTACTGGT | 130 |
| 66 | SIndel_06_07 | 35,315,554 | AAATTAACGGGTGAATCAGT | 131 | ATCTATTTCGGGTCCACAA | 132 |
| 67 | SIndel_06_08 | 41,467,618 | CCTCTCGTCCTTTTTCTTCT | 133 | GAAGGGTTGAATCAGAGTGA | 134 |
| 68 | SIndel_06_19 | 44,246,923 | AAAACAAACAGGGAGAGAAA | 135 | AAATAAATACTCCATCGGTCC | 136 |
| 69 | SIndel_07_01 | 223,544 | TTGAAACTCAAATCATGGAA | 137 | TTCGTCATTCTCGTCTTCTT | 138 |
| 70 | SIndel_07_11 | 623,236 | CACAGACCAGCTCTACCTTC | 139 | AGGAAATTGTTGGCATTGTA | 140 |
| 71 | SIndel_07_03 | 8,126,904 | CATTGCGACCTACATCACTA | 141 | TCGTAAATGTTTGTGTTTGG | 142 |
| 72 | SIndel_07_14 | 9,532,035 | AAATTACGAGCCTACCTTCA | 143 | TGACAACAATCCTAATTTTCC | 144 |
| 73 | SIndel_07_04 | 15,115,508 | ATGCTAAAAATTGGATTTGC | 145 | CAGAAGAAGAAAGAAAGCACA | 146 |
| 74 | SIndel_07_05 | 16,782,488 | CATGATGACATTGTAGGTGC | 147 | AACTTCAACTTTCCTTCCGT | 148 |
| 75 | SIndel_07_18 | 39,130,876 | CAAATTAATGTTTCGAAAAGC | 149 | AGAATTAGGTCTGTGGGACC | 150 |
| 76 | SIndel_07_20 | 42,930,755 | CAACATGAAACAAATGATGC | 151 | ATTCATTATGGCAGTGGAAG | 152 |
| 77 | SIndel_08_01 | 459,022 | AACTTTTGTGCAAACTCTATTT | 153 | AGATGGTTTTATATGTATTTTAGTG | 154 |
| 78 | SIndel_08_03 | 2,765,869 | ACCAATATCGATCTTTACCAA | 155 | TCACTCTCTTAGCATATTAATCAAA | 156 |
| 79 | SIndel_08_04 | 4,848,477 | GTCATGTCCTAGTTTCCCTG | 157 | AAAACTAAAATTTGAGGATGAAA | 158 |
| 80 | SIndel_08_06 | 10,861,785 | AACATCTGGATGGCATTATC | 159 | TTTGATAGTAGGTAGCACAAGC | 160 |
| 81 | SIndel_08_13 | 12,476,232 | GGGTTAACAAACGTGACAAT | 161 | GCATGAAGAAAGAACAAAGG | 162 |
| 82 | SIndel_08_14 | 19,201,447 | CCTAAGTTTGAATTTTATATCCTTT | 163 | GCAATTTGGTAAAAACAACC | 164 |
| 83 | SIndel_08_08 | 21,945,254 | CCAGCTGGAGTATCAACAAT | 165 | GAAGAAGTTTTGAGTCCCTG | 166 |
| 84 | SIndel_08_18 | 41,832,952 | TTTGGTTTGGATAATTTGGA | 167 | CACCTTTATAGACATGCATCAG | 168 |
| 85 | SIndel_08_09 | 42,713,732 | CTCCTAATTGAGGTGACAATG | 169 | AGTATATCATATTCACCAGAGAGA | 170 |
| 86 | SIndel_08_19 | 43,327,998 | ACAGAGAATTGAGGAGACTGA | 171 | AATCATCAAAACCTAAAAAGTGA | 172 |
| 87 | SIndel_09_11 | 411,086 | GCATCCTAAAATGCGTTTAC | 173 | TGCATTGTTATGTTCGATCT | 174 |
| 88 | SIndel_09_03 | 7,857,254 | AACCGTTGACACAAATGTTA | 175 | TTTCTCCGGACACAATTTAT | 176 |
| 89 | SIndel_09_04 | 12,850,923 | AAAAGGTTTTGGGGTTTTAC | 177 | TTTCATTTCACGCTCAGTCT | 178 |
| 90 | SIndel_09_05 | 17,473,246 | TCCGATCAGTCTCTAACACC | 179 | GCAAGAAAATTGAATTGGAG | 180 |
| 91 | SIndel_09_16 | 26,258,676 | GGTGAAGTCACCTAGAATGG | 181 | TTGATGGTGTCAGTCAACTC | 182 |
| 92 | SIndel_09_07 | 30,892,750 | CAAACAAGTATGAGTGGTGC | 183 | GGAGAATTGTCTAAGGGGAT | 184 |
| 93 | SIndel_09_17 | 34,908,169 | CTACCGTGGGTTCTCTCTAA | 185 | TGAATCACACATCAATGCTT | 186 |
| 94 | SIndel_09_19 | 40,693,727 | ATGCGATGAAAGAAGTGATT | 187 | TCAACTTTGTAATACTTTGATGAAT | 188 |
| 95 | SIndel_09_09 | 42,947,283 | ATGGGATTACATGGACAGTT | 189 | TCATATTTAGGAAAATGAATCCT | 190 |
| 96 | SIndel_09_20 | 44,250,182 | AGGAAGCTTTTAGTTGACACA | 191 | AGACGAAAAATTTGGTGATAA | 192 |
| 97 | SIndel_09_10 | 5,982,933 | ATCCATAACCACGCTTTTT | 193 | ACTTGTCGCTGCATAAAGTT | 194 |
| 98 | SIndel_10_12 | 3,429,325 | AATTTGTTCCAACAAGCATC | 195 | AATTCAAGTGCTCGATCTGT | 196 |
| 99 | SIndel_10_02 | 6,206,326 | ACTGTACGTGGATACGTGTG | 197 | AGACGTTCATAATATTGCCG | 198 |
| 100 | SIndel_10_04 | 11,617,203 | AAAGAAAAGTTGCAACCAAA | 199 | GAACATCACGACGTTTATGA | 200 |
| 101 | SIndel_10_13 | 13,339,511 | CTTTTACAATATTGAGGCCA | 201 | TTTAAATTGAAATTCCCCAA | 202 |
| 102 | SIndel_10_07 | 38,777,235 | TTGTAGTTTCGGATGGATTT | 203 | CACACGATAAAAATTAAACACG | 204 |
| 103 | SIndel_10_08 | 41,458,017 | TAGGAGAAAGGGAGGGATAC | 205 | ATTGTTATGACCGGTAGTGC | 206 |
| 104 | SIndel_10_18 | 44,424,315 | AAAAACATCCAGTGGAAAAT | 207 | TCGAGTTTCCGTAGAATAGC | 208 |
| 105 | SIndel_10_20 | 47,263,582 | ATCCAGAACCAAACAACAAC | 209 | TGATTTCTTTTCGGATTTGT | 210 |
| 106 | SIndel_10_09 | 48,550,614 | ATTAACTGGATAAAAGAAAGATT | 211 | CAGATTAGTTGACTTGATTTCATT | 212 |
| 107 | SIndel_11_12 | 1,318,805 | AATATTGATTGAGCTGGACG | 213 | TACACGTAATCAATCCAACG | 214 |
| 108 | SIndel_11_02 | 4,293,579 | AGCTTGCTTAAATAAAATGAGG | 215 | AACGTGAAATTAGAATTATGGAA | 216 |
| 109 | SIndel_11_04 | 8,086,867 | TTTGCATGTTTTGTATTTGG | 217 | AACAAATTAAAGAGAAGGCG | 218 |
| 110 | SIndel_11_15 | 10,824,785 | TAAAGCTTCTCTTGATCGGT | 219 | TTTTCCCCTTGTTTTTATCTT | 220 |
| 111 | SIndel_11_06 | 17,401,844 | CTCATAAGGGACTAGGTTCG | 221 | TATCTGATACAGGGGGTTTG | 222 |
| 112 | SIndel_11_07 | 26,672,788 | TGATCGATTAATGATTCAAAA | 223 | GAACTCCTTAGCTAAACCGC | 224 |
| 113 | SIndel_11_17 | 33,139,270 | TTGTAAGGTTTAGGAATCAATTT | 225 | TCGTTGAAAGATGAAAACTT | 226 |
| 114 | SIndel_11_09 | 38,153,075 | CCCACACGGTTTTAATATGT | 227 | GACATTTGATTTCGTTTGTCT | 228 |
| 115 | SIndel_11_20 | 38,286,254 | TTCTTGTTGTGCAATTTACG | 229 | TGAGACAGAGCACAATTCAA | 230 |
| 116 | SIndel_11_10 | 39,013,019 | TGGATCGTAGAAAAGAAGAAA | 231 | TTGTCGCTCAATGTCTATCA | 232 |
| 117 | SIndel_12_11 | 613,111 | CCATGTCTCCTACAATGCAA | 233 | TGCACACAAGAAAAGAATCA | 234 |
| 118 | SIndel_12_02 | 1,221,217 | TCAAGGAAGCTAAGATAAATAAA | 235 | TTGATGATAAAAAGTGTGAGTTT | 236 |
| 119 | SIndel_12_03 | 4,124,597 | ACTCCCTCTCCCTCTCATT | 237 | ACTATACCTGGACTCCATCG | 238 |
| 120 | SIndel_12_14 | 7,999,474 | CATCACTGCCTCTTTCTCTC | 239 | TCCAGACTAATTCCTAATCAAAA | 240 |
| 121 | SIndel_12_15 | 11,000,343 | AAGGTGAAAATGAAAGTGGA | 241 | CAAATTTTGATTTTAGTTTCCAT | 242 |
| 122 | SIndel_12_18 | 33,886,457 | TTGAAAATAGGGAAACCTGA | 243 | AACTGATGTTAGACAAGCCC | 244 |
| 123 | SIndel_12_19 | 34,892,066 | CATTGCTGAAATTTCTTGAG | 245 | AGTTTCAGCTCTTCCAAACA | 246 |
| 124 | SIndel_12_20 | 38,191,529 | AAAAATTAGAAGGGCGAAAC | 247 | CCTTCCCTTGGACTTCTAAC | 248 |
| 125 | SIndel_13_01 | 113,762 | TGAAAAATTAACCATTTGAGATT | 249 | AAAACCCCGTCTCCTATAAC | 250 |
| 126 | SIndel_13_11 | 674,683 | GATGGGCTCAGGAGGTG | 251 | CCTTCCTTCTCCTCTCTTTC | 252 |
| 127 | SIndel_13_14 | 8,046,003 | GGAAAACAAAGTAACACCGA | 253 | TCACTATCGGCACTCTCTCT | 254 |
| 128 | SIndel_13_18 | 25,633,692 | ACATGACATTTAAGGGATGC | 255 | TTTCACTCTTTAGGTGCCTT | 256 |
| 129 | SIndel_13_06 | 28,082,831 | CCAACTAAGATTTTGGAGCA | 257 | TTGTTAATTAGAATTTAATACATCG | 258 |
| 130 | SIndel_13_07 | 32,608,878 | TTAGTAGCATTGTAGCAACCC | 259 | TGGGGTGCCAATATAATTT | 260 |
| 131 | SIndel_13_08 | 35,069,247 | AAATCACTTTTAATTTCTTAATGGA | 261 | GCCATGTGCTTCTTAATTCT | 262 |
| 132 | SIndel_13_09 | 38,116,607 | GATCAAATCACTAAAATGTAGTCC | 263 | TCCAGATAAGAAAACAAAAACA | 264 |
| 133 | SIndel_13_19 | 39,049,413 | TTGATACTGCACATATGCCT | 265 | GCCAAACCCATTTACAGTAG | 266 |
| 134 | SIndel_14_11 | 956,099 | TCTCTGGAGTTCAAACTCATC | 267 | TGCCCTAAGACACTAGTTGAA | 268 |
| 135 | SIndel_14_02 | 1,909,661 | GCTCAAACACTTAAAGTCTGC | 269 | GAAATAAATGGAGCGAAAAA | 270 |
| 136 | SIndel_14_12 | 2,922,110 | CCTTTGGTATAATAAAAATGGAA | 271 | TCAAATACTCAAAACTCACCTTT | 272 |
| 137 | SIndel_14_03 | 4,526,891 | AAACTTGGATTTAATGCAGAA | 273 | TGATATGCTATCAAGTTTTACA | 274 |
| 138 | SIndel_14_13 | 5,462,978 | TCTCTCTGCACACTCTTCAA | 275 | TTCATGTAAGTTGATATCTCTCTCT | 276 |
| 139 | SIndel_14_04 | 7,146,867 | TGTCAACCAATCTTTGTATAACAT | 277 | TCCTATACACGACGACTTCC | 278 |
| 140 | SIndel_14_15 | 22,505,689 | TCACATACTATAGCATCCCGT | 279 | CGCTAGAGGTTGAAGATGAT | 280 |
| 141 | SIndel_14_18 | 45,370,312 | AGACCCGCAGTTGTTAAATA | 281 | TTCATTCAAAAAGGAAAAGG | 282 |
| 142 | SIndel_14_19 | 47,519,900 | TGTCTCTCCGGATTTAAGAA | 283 | GATTAATTATTATCAAATGTTTAGG | 284 |
| 143 | SIndel_14_20 | 48,676,383 | GAGAATTCGGGATGTTAGATT | 285 | TCATAATAAAATGGGATGTATGT | 286 |
| 144 | SIndel_14_10 | 49,696,477 | AATAAGGGATGTAATAAAGTAAAAA | 287 | TCACCAACCACCAAATAAAT | 288 |
| 145 | SIndel_15_01 | 196,018 | TATTTAACGGCGCAAGTAAT | 289 | GTTTTGCTTTTACTGCGAAT | 290 |
| 146 | SIndel_15_11 | 1,007,999 | CATGCCCCTAATATGTCATT | 291 | TGAATGTGATAGTAAATTGAAGAC | 292 |
| 147 | SIndel_15_02 | 1,989,624 | AAGGGAATTGATAACAAGAGTT | 293 | CCTCGCTCTCATTTGTTAAA | 294 |
| 148 | SIndel_15_12 | 5,031,193 | TTTGAGGGTGTTTCTCACTT | 295 | TCAAAATTCAGTTATGTCCAA | 296 |
| 149 | SIndel_15_14 | 8,634,943 | CAGCCGTAGCTCTAGTCATT | 297 | AGATGTTTTAAGAATAAGAATGAAA | 298 |
| 150 | SIndel_15_16 | 17,195,046 | CGACCATTTACATAACTCCA | 299 | ATATTATGTAGGGGGCTGGT | 300 |
| 151 | SIndel_15_06 | 22,451,433 | GGATAAAACGGGAAAAGAAA | 301 | CACGGTGTGAGAAGATTTTT | 302 |
| 152 | SIndel_15_18 | 46,635,647 | ATGCTGGCATAGCATTAAGT | 303 | GAATCATTTTAAATTCCTTGAA | 304 |
| 153 | SIndel_15_10 | 50,384,293 | AAACTTAAATACTTTTGTGTCATGT | 305 | ATTAACCGGTATCCCTTGTC | 306 |
| 154 | SIndel_15_20 | 50,896,845 | GGGAACCATCTTATTGGTCT | 307 | GGATGGAAAGGCTACTTGTT | 308 |
| 155 | SIndel_16_01 | 127,475 | GAGAGCGCTGAGGATATTTA | 309 | CCCTTTTTAAAGAGAGGCTA | 310 |
| 156 | SIndel_16_13 | 3,018,798 | GCCTTCCCTAACATATCAAA | 311 | TTGACCAAATAATACACCAAAA | 312 |
| 157 | SIndel_16_02 | 3,148,142 | TTGGAGCTGATAAACACCTT | 313 | GTCATTACCCCCAATGTCTA | 314 |
| 158 | SIndel_16_03 | 5,597,875 | TCGGTCATTGGTATTTGATT | 315 | TGTGTAATTGTGTTATTGAATTAT | 316 |
| 159 | SIndel_16_16 | 11,055,957 | GTCAAGTGCGAGAATGCTA | 317 | AATCCAATTACAATTTAGTCTTT | 318 |
| 160 | SIndel_16_08 | 29,171,372 | ACGTTGATACTGGGCAATAC | 319 | GGAGAAGGAATAATTGGATAAA | 320 |
| 161 | SIndel_16_09 | 30,282,262 | ATCACGACGACAGCTAATCT | 321 | TTTGAAAAGAGAAATTGTTGC | 322 |
| 162 | SIndel_16_10 | 36,861,612 | TTTTTACTTTCTCTTTAACCAAA | 323 | AATTCAGTTCGTTAAGCAAG | 324 |
| 163 | SIndel_17_01 | 2,377,580 | CTTCACGCGCCAGAGAT | 325 | CAAATTCTCCGGTGAGACTA | 326 |
| 164 | SIndel_17_02 | 6,162,864 | AAAAGTCCCAACATTCTTTG | 327 | CGTATTGTTTGTTCAGCAAC | 328 |
| 165 | SIndel_17_04 | 11,402,807 | TCACTTAGTGTCCGAGTTATTCT | 329 | CGTGTTTGCTTGACAATTT | 330 |
| 166 | SIndel_17_13 | 15,080,210 | TGTCTCGTTAGTTTTGGGTT | 331 | TTTGAAGGTATAATTGTGATCTCT | 332 |
| 167 | SIndel_17_05 | 15,720,082 | TCCTCCTTTTGAAATGTGTC | 333 | CAAATCAAATGGAAGAAATACA | 334 |
| 168 | SIndel_17_06 | 18,781,556 | GAGATAATTCTGGACACACA | 335 | ATAATCTCAACAGTCTATTATTTTT | 336 |
| 169 | SIndel_17_15 | 30,814,909 | TTGCAGGAAATTTCTATTCC | 337 | ACCAATGTTAAAAGTCCTTCA | 338 |
| 170 | SIndel_17_17 | 32,517,304 | CCATTCAGCAGAAGAATGTT | 339 | AGGTCATGGGTTAGATTCCT | 340 |
| 171 | SIndel_17_07 | 33,697,472 | GAGTGTGCTTCTAGGCTTTG | 341 | TTGTAGATGTCACTCCCTAGC | 342 |
| 172 | SIndel_17_08 | 37,137,248 | CACCCACTTAACAATCAACA | 343 | TTGGTCTCGTATTAAAAATTGA | 344 |
| 173 | SIndel_17_19 | 37,173,540 | CCGTGCTAAACAGATCTCA | 345 | ATTTGATTTAGGCACTCAGC | 346 |
| 174 | SIndel_17_09 | 40,011,350 | TTCCTTGGGGAAATAGAAGT | 347 | TTAGTCACTTGTTGATTGCCT | 348 |
| 175 | SIndel_18_01 | 339,015 | GCTAGATGTTTCTCTCTTCTTGA | 349 | AAAATTTAAGGACCAAGGACT | 350 |
| 176 | SIndel_18_12 | 2,817,922 | AAAAATACTTTTCTCTCTAAAACTG | 351 | TGCAAATTATAGTTATTTTTGCTAT | 352 |
| 177 | SIndel_18_13 | 10,499,906 | TTAGTTGTGGCAACTCCTTT | 353 | GAGGATTTGATGTTGCAGTC | 354 |
| 178 | SIndel_18_14 | 16,122,233 | TGTCAGGTGTGTGTAGAATTG | 355 | AGACATGTACACGACTTCCC | 356 |
| 179 | SIndel_18_04 | 20,768,762 | AGCACAGGATGACTGAAGAT | 357 | TCAAAAACTGTCAAATGTGC | 358 |
| 180 | SIndel_18_16 | 39,438,923 | TGCATGTGTCTGCATCTTAT | 359 | ACCATAACCCAAAATGACCT | 360 |
| 181 | SIndel_18_08 | 48,892,285 | TCAGGAATGTGTCTTAACAAAA | 361 | TGAAATATACTTTTTGGGGTG | 362 |
| 182 | SIndel_18_18 | 51,687,188 | TGCAAGGAAGTTATTTGGAT | 363 | AATATACATGGCACTTTGGC | 364 |
| 183 | SIndel_18_09 | 56,970,172 | GGTTTAAGTTTTTATGAGTCTTTCT | 365 | CATGTACATCTTATATGTTGGATT | 366 |
| 184 | SIndel_18_19 | 58,772,931 | CTTAATTGAAACTTTTAAACATCA | 367 | TTGAATCAGGTCTTCTTACCA | 368 |
| 185 | SIndel_19_01 | 441,395 | TCTTTCACGATTATGCATTG | 369 | ACGTAATAACACTATCAACTTGT | 370 |
| 186 | SIndel_19_11 | 3,242,771 | GCAACACCCATTTTCATATT | 371 | CCTTAAACGTCTAGGAACCA | 372 |
| 187 | SIndel_19_05 | 16,198,426 | GAGAAATTTTGATAATGAGGGT | 373 | TATCATGCATTGAAATTGGA | 374 |
| 188 | SIndel_19_06 | 29,179,799 | AACAAATGAGTTAAACTTTGAGC | 375 | ACAAAACCCAATCAATCAAT | 376 |
| 189 | SIndel_19_08 | 34,065,177 | AGTCAAAACCTACTGATTTTCAA | 377 | TCCTTAGATCCATCGAACAC | 378 |
| 190 | SIndel_19_16 | 35,292,541 | AGCAACTGCAAAAATCCTTA | 379 | TTTTCTGTATCTGTATGTTGTTC | 380 |
| 191 | SIndel_19_17 | 37,409,060 | TGTCTGTGTGTTGAATGGAG | 381 | ACAACCTGTCAAACAAGTCC | 382 |
| 192 | SIndel_19_18 | 42,097,069 | TGTGACCTGATGTCAAATTA | 383 | CATTTTGGTCTCTATAGCTTTTT | 384 |
| 193 | SIndel_19_19 | 46,278,741 | TGTAGGTCCATCGAGTAATG | 385 | TTCACAAAAGAAATACTACACG | 386 |
| 194 | SIndel_19_20 | 49,208,654 | TTGAGGGCTTGACAAAAA | 387 | CAGGCCATGTTGAGTATAAA | 388 |
| 195 | SIndel_20_06 | 32,702,140 | CCACCAGTGGTTACATCATA | 389 | ACGTGTGTTTCCTTTGCTAT | 390 |
| 196 | SIndel_20_07 | 34,305,586 | GCTAAGCAATTAGCAACTCAA | 391 | TTTATAATGCATGCACATTTTT | 392 |
| 197 | SIndel_20_15 | 37,938,395 | CATTCTTCTCTCCTCCAGTG | 393 | TGAGTTTGAGGATAAGGTCG | 394 |
| 198 | SIndel_20_09 | 39,540,342 | GCTTTGATTTGGTCATGTTT | 395 | GTTTGTCGCAAAAGGTTAAG | 396 |
| 199 | SIndel_20_18 | 44,490,466 | AAGAGGGCTATTTGTGATTG | 397 | TGGACCTATTCCCATACTTG | 398 |
| 200 | SIndel_20_19 | 45,943,729 | AGAGAGAGCCGAAGAGATTT | 399 | TTTCTATCCCAACTTCTGCT | 400 |
| 201 | SIndel_20_10 | 46,502,423 | TAAAGTTTGGGGTCTAGCAA | 401 | GATGCATTTGGATTTCATTT | 402 |
| 202 | SIndel_20_20 | 46,502,826 | TCGATAACATTGTAATTATAAACAG | 403 | AAGATGATACAAGAGAACATAACG | 404 |
본 발명에 따른 프라이머 세트에 의해 인식될 수 있는 콩 품종은 하기 표 2에 나타낸 147개 품종일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
| No | 품종명 | No | 품종명 | No | 품종명 |
| 1 | 녹원 | 51 | 신팔달콩2호 | 101 | 광교 |
| 2 | 다진 | 52 | 알찬콩 | 102 | 다올 |
| 3 | 단미 | 53 | 일미콩 | 103 | 덕유 |
| 4 | 단미2호 | 54 | 장미콩 | 104 | 신팔달콩 |
| 5 | 미랑 | 55 | 장수콩 | 105 | 팔달콩 |
| 6 | 상원 | 56 | 장엽콩 | 106 | 화성풋콩 |
| 7 | 석량풋콩 | 57 | 장원콩 | 107 | 흑청 |
| 8 | 선녹 | 58 | 진미콩 | 108 | 서리태 |
| 9 | 신록 | 59 | 진품콩 | 109 | 서목태 |
| 10 | 새올 | 60 | 진품콩2호 | 110 | 오리알태 |
| 11 | 큰올콩 | 61 | 청두1호 | 111 | 한아가리 |
| 12 | 화엄풋콩 | 62 | 태광콩 | 112 | 장단백목 |
| 13 | 갈채 | 63 | 호장 | 113 | 금강소립 |
| 14 | 검정올콩 | 64 | 황금콩 | 114 | 충북백 |
| 15 | 검정콩1호 | 65 | 광안콩 | 115 | 광두 |
| 16 | 검정콩2호 | 66 | 남해콩 | 116 | 백천 |
| 17 | 검정콩3호 | 67 | 녹채 | 117 | 새단백콩 |
| 18 | 검정콩4호 | 68 | 다기 | 118 | 소원2010 |
| 19 | 대흑 | 69 | 다원콩 | 119 | 일품검정 |
| 20 | 선흑 | 70 | 다채 | 120 | 한올 |
| 21 | 소황 | 71 | 도레미콩 | 121 | 소청2호 |
| 22 | 일품검정2호 | 72 | 명주나물콩 | 122 | 대하 |
| 23 | 진율콩 | 73 | 보석 | 123 | 대하 1호 |
| 24 | 청자콩 | 74 | 부광콩 | 124 | 우람 |
| 25 | 청자 2호 | 75 | 새별콩 | 125 | 황금올 |
| 26 | 흑미 | 76 | 서남콩 | 126 | 검정 5호 |
| 27 | 금강콩 | 77 | 소강콩 | 127 | 천상 |
| 28 | 남풍 | 78 | 소록콩 | 128 | 흑성 |
| 29 | 다장콩 | 79 | 소명나물콩 | 129 | 조양1호 |
| 30 | 단경콩 | 80 | 소백나물콩 | 130 | 청엽1호 |
| 31 | 단백콩 | 81 | 소원콩 | 131 | 참올 |
| 32 | 단원콩 | 82 | 소진 | 132 | 중모3005 |
| 33 | 대망 | 83 | 소호 | 133 | 중모3006 |
| 34 | 대망 2호 | 84 | 신강 | 134 | 중모3007 |
| 35 | 대양 | 85 | 신화 | 135 | 늘찬 |
| 36 | 대원콩 | 86 | 안평 | 136 | 원흑 |
| 37 | 대풍 | 87 | 원광 | 137 | 갈미 |
| 38 | 대황콩 | 88 | 원황 | 138 | 중모3003 |
| 39 | 두유콩 | 89 | 은하콩 | 139 | 중모3004 |
| 40 | 만리콩 | 90 | 익산나물콩 | 140 | 중모3002 |
| 41 | 만수 | 91 | 장기 | 141 | 소청 |
| 42 | 무한콩 | 92 | 조남 | 142 | 호반 |
| 43 | 백운콩 | 93 | 팔도나물콩 | 143 | Enrei |
| 44 | 보광콩 | 94 | 푸른콩 | 144 | PI96983 |
| 45 | 삼남콩 | 95 | 풍산나물콩 | 145 | L29 |
| 46 | 새알콩 | 96 | 풍원 | 146 | V94-5152 |
| 47 | 선유 | 97 | 한남콩 | 147 | L68 |
| 48 | 소담콩 | 98 | 호서 | 총 | 147 품종 |
| 49 | 송학콩 | 99 | 검정새올 | ||
| 50 | 신기 | 100 | 청자 3호 |
본 발명의 일 실시예에서는, 콩 품종의 유전체내 변이영역 탐색을 위해 백운콩, 신팔달콩2호, 신기, 대풍, 황금콩 등 5품종과 표준유전체 품종인 Williams82의 전장유전체를 해독하였고, 상기 해독 유전체 정보를 바탕으로 단일염기변이, 즉 단일염기변이(SNV) 밀집영역 분석을 통해 2,274개의 변이영역(DMB)을 탐색하였으며, 상기 변이영역 특이의 Indel 마커를 디자인한 후, 이 중에서 2가지 밴드타입이 정확히 증폭되는 마커 202개를 선발하였다. 상기 202개의 마커는 콩의 20개의 염색체에 골고루 분포하고 있으며, 변이가 밀집된 영역의 증폭산물을 검출할 수 있으므로 서로 다른 콩 품종의 다양한 차이를 검출하여, 콩 품종을 인식하는 데에 유용한 부위의 마커라고 할 수 있으며, 특히 PIC의 평균값이 0.38로서 그 유용성을 확인할 수 있었다.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 (a) 콩 시료에서 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 (b) 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 콩 품종 인식 방법을 제공한다.
상기 (a) 단계는 인식하고자 하는 콩 시료의 게놈 DNA에 대하여 상기 프라이머 세트를 사용하여 표적 서열을 증폭시키는 단계이다.
콩 시료의 게놈 DNA는 콩 시료로부터 직접 추출하여 수득할 수 있으며, 또는 이미 분리된 게놈 DNA를 사용할 수도 있다.
콩의 게놈 DNA를 추출하는 방법은, 당업계에 공지된 통상적인 방법에 의해 수행할 수 있다. 예컨대, CRAB 방법, 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법 등을 이용하거나 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 사용할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
또한, 상기 (a) 단계에서 프라이머 세트는 표적 서열을 증폭시킴으로써 상기 표 2에 기재된 147개의 콩 품종을 인식할 수 있는, 서열번호 1 내지 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 의미한다. 여기서 “표적 서열”은 변이 영역에 특이적인 Indel 마커를 의미한다.
상기 콩 품종 인식용 프라이머 세트는 이에 제한되는 것은 아니나, 바람직하게는 10개 이상, 보다 바람직하게는 20개 이상, 가장 바람직하게는 27개 이상의 프라이머 세트 이상이 사용될 수 있으며, 다수의 프라이머 세트가 동시에 사용됨으로써 보다 정확하게 품종을 인식할 수 있다. 더욱 바람직하게는 상기 202개의 프라이머 세트를 모두 조합하여 사용될 수 있다.
또한, 상기 (a) 단계에서 게놈 DNA의 증폭은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법을 제한없이 사용할 수 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이며, 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있고, 상업적으로 이용 가능한 키트를 사용할 수도 있다. 상기 PCR 반응 혼합액은 콩 품종에서 분리된 게놈 DNA와 본 발명에 따른 프라이머 세트, 적당량의 DNA 중합효소, dNTPs, PCR 완충용액 및/또는 물을 포함할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다. 또한 상기 PCR 완충용액은 Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 (b) 단계는 상기 증폭 산물을 검출 및/또는 분석하는 단계이다.
바람직하게는, 상기 증폭된 산물의 분석은 DNA 칩, 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정 방법으로 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABI Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행 시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다. 또한, 은염색 키트(Bioneer, Daejeon, Korea)를 사용하여 가시화될 수 있다.
바람직하게는, 상기 증폭된 산물을 표준 콩 품종의 증폭된 산물과 비교하여 품종을 인식하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 Indel 마커는 표준유전체와 실험에 사용된 품종의 유전체 정보를 비교?분석하는 방법을 통해 표준유전체보다 삽입(insertion) 또는 결실(deletion)된 영역을 탐색하고, 그 정보를 바탕으로 프라이머를 제작한 것이다. 따라서 그 증폭 결과는 표준유전체와 비교할 때, 밴드크기가 큰 경우(insertion)와 작은 경우(deletion) 두 종류의 밴드를 나타낸다.
따라서, 본 발명의 Indel 마커를 사용함으로써 인식하고자 하는 콩 품종이 표준유전체 또는 다른 콩 품종과 상이한 고유의 증폭 결과를 나타내므로, 이들 간의 증폭 산물을 비교함으로써 품종을 인식할 수 있다(도 3).
더욱 바람직하게는, 상기 콩 품종을 인식함에 있어, 증폭된 산물을 표준 콩 품종의 증폭된 산물과 비교하여 코드화할 수 있다.
구체적 예로, 증폭된 Indel 마커 정보를 바탕으로 표준유전체, 예컨대 Williams82와 같은 밴드크기를 보이는 결과는 “a”, 다른 결과는 “b”로 나타낼 수 있고, 또는 이와 같은 정보를 다시 “0”과 “1”등의 디지털 신호로 전환하고, “0”은 흰색, “1”은 검정색의 1차원 또는 2차원 형태의 바코드로 표시함으로써, 보다 객관적이고 신속하게 콩 품종을 인식할 수 있다. 상기에서 표준유전체는 특정된 것이 아니라, 원하는 품종으로 설정할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에서는, 콩의 1번 염색체에 존재하는 Indel 마커의 증폭결과를 상기와 같이 바코드화하여 나타내었으며, 품종마다 모두 고유한 패턴이 그려질 수 있음을 확인하였다(도 3).
또한, 이를 2차원 바코드로 표현할 경우, 각 염색체별 고유 패턴을 한눈에 쉽게 알 수 있어, 각 품종을 인식함에 있어 매우 효과적이다(도 4).
또 하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트를 포함하는, 콩 품종 인식용 키트를 제공한다.
본 발명에 따른 키트에서, 상기 콩 품종 인식용 프라이머 세트는 표 1에 기재된 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 프라이머 세트일 수 있다. 이 중에서 바람직하게는 10개 이상, 보다 바람직하게는 20개 이상, 가장 바람직하게는 27개 이상의 프라이머 세트를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
바람직하게는 상기 콩 품종 인식용 키트에는 DNA 중합효소, dNTPs 및/또는 반응완충액을 추가로 포함할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다. 여기서 완충액은 PCR 반응에 필요할 수 있고, 이는 당업계에서 통상적으로 공지된 조성을 가지며, 예를 들면 Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 포함할 수 있다. 본 발명에 따른 콩 품종 인식용 키트는 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동에 필요한 성분들을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명에 따른 Indel 마커는 PCR 반응으로 증폭하였을 때 다형화 현상이 나타나게 하는 장점을 유지하면서도, 고밀도 유전자지도 제작에는 충분하지 않는 SSR 마커의 단점을 보완할 수 있다.
나아가, 콩 품종의 유전자 정보를 디지털 신호로 전환함으로써 신속하고 객관적으로 콩 품종을 인식할 수 있음은 물론, 충분한 수의 마커를 조합하여 사용함으로써, 여교배 품종 또는 돌연변이 품종과 같이 유전적 유사도가 높은 품종 간에도 인식가능하다.
따라서, 궁극적으로는 국내 콩 품종의 지식재산권 보호 및 국산콩 브랜드화 촉진을 통한 국내 콩 산업의 경쟁력을 제고할 수 있는 효과가 있다.
도 1은 본 발명에 따른 콩 품종인식 코드화 시스템의 단계별 개발 과정을 나타낸 도이다.
도 2는 6개 콩 품종의 1번 염색체 해독을 통해 변이영역(DMB) 특이 Indel 마커 3,061개를 개발하고 이의 PCR 증폭 결과를 나타낸 도이다.
도 3은 7개 콩 품종의 1번 염색체의 Indel 마커의 증폭결과를 코드화하는 과정을 나타낸 도이다.
도 4는 콩 품종“대풍”의 1차원 코드화 및 2차원 코드화를 표시한 도이다.
도 5는 147개의 콩 품종의 염색체 수준의 bin map을 나타낸 도이다. Williams82와 같은 PCR 결과는 빨간색, 다른 결과는 파란색으로 표시하였다.
도 6은 본 발명의 변이영역 특이 Indel 마커의 증폭결과를 품종육성 계보도의 형태로 표현하여 비교한 결과를 나타낸 도이다.
도 7은 본 발명의 변이영역 특이 Indel 마커의 증폭결과를 통하여 여교배로 육성된 품종과 반복친 품종을 비교한 도이다. Williams82와 같은 영역은 흰색, 다른 영역은 검은색, 도입 유전자좌 영역은 빨간색 및 반복친 품종과 다른 영역은 노란색으로 표시하였다.
도 2는 6개 콩 품종의 1번 염색체 해독을 통해 변이영역(DMB) 특이 Indel 마커 3,061개를 개발하고 이의 PCR 증폭 결과를 나타낸 도이다.
도 3은 7개 콩 품종의 1번 염색체의 Indel 마커의 증폭결과를 코드화하는 과정을 나타낸 도이다.
도 4는 콩 품종“대풍”의 1차원 코드화 및 2차원 코드화를 표시한 도이다.
도 5는 147개의 콩 품종의 염색체 수준의 bin map을 나타낸 도이다. Williams82와 같은 PCR 결과는 빨간색, 다른 결과는 파란색으로 표시하였다.
도 6은 본 발명의 변이영역 특이 Indel 마커의 증폭결과를 품종육성 계보도의 형태로 표현하여 비교한 결과를 나타낸 도이다.
도 7은 본 발명의 변이영역 특이 Indel 마커의 증폭결과를 통하여 여교배로 육성된 품종과 반복친 품종을 비교한 도이다. Williams82와 같은 영역은 흰색, 다른 영역은 검은색, 도입 유전자좌 영역은 빨간색 및 반복친 품종과 다른 영역은 노란색으로 표시하였다.
이하, 본 발명을 하기 예에서 보다 구체적으로 설명한다. 그러나 이들 예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것일 뿐, 이들에 의해 본 발명이 한정되는 것은 아니다.
실시예
1: 콩 품종의
DNA
추출
염색체 해독을 위한 DNA 추출을 위하여 당업계에 알려진 147개의 콩 품종(표 1)을 파종상자에 파종 후 15일된 어린잎으로부터 조직을 채취하여 Saghai Maroof 등(1984)의 방법으로 DNA 추출을 수행하였다. -70℃에서 동결 보존한 콩 잎을 막자사발에 넣어서 즉시 20 ㎖의 액체질소로 냉각하면서 분말 상태로 분쇄하였다. 이 시료에 5 내지 10 ㎖의 CTAB(cetyl trimethyl ammonium bromide)을 가하여 더욱 곱게 분쇄한 후 15 ㎖ 원심분리 튜브에 넣은 뒤 60℃ 수조에 2시간 이상 진탕하였다. 클로로포름/이소아밀 알코올(Chloroform/isoamyl alcohol, 24:1) 용액 10 ㎖을 각각의 샘플에 첨가한 후, 손으로 뒤집어 주면서 섞은 뒤 3200 rpm, 4℃에서 15분 정도 원심분리 하였다. 상층액을 새 튜브에 옮긴 뒤 10 ㎕(10 ㎎/㎖) RNase A를 넣어 두었다. 30분 후에 아이소프로판올을 2/3 정도 넣고 섞어주어 DNA를 침전시켰다. 침전된 펠럿(pellet)을 꺼내어서 70℃ 에탄올, 10 mM NH4OAc 20 ㎖에 첨가하였으며, 그 상태로 밤샘(overnight)시킨 후, DNA pellet을 말려서 10 mM NH4OAc, 0.25 M EDTA를 1㎖ 첨가하였다. 추출한 DNA는 λDNA(100 ng/㎕)와 함께 1% 아가로스 겔에서 확인하였고, 20 ng/㎕로 정량하여 실험에 사용하였다.
이후 염색체 염기서열 해독을 위해 추출된 각 품종 DNA을 대상으로 DNA 라이브러리를 제작하고 일루미나(Illumina)사의 하이식2000(HiSeq2000) 염기서열해독기(sequencer)에서 표준 프로토콜(protocol)에 따라 각 품종의 염기서열을 해독하였다. 그 결과로 생산된 101-bp 또는 104-bp의 단편서열(read)을 생물정보분석에 사용하였다. 생물정보분석을 위한 레프런스 게놈으로는 콩 품종의 경우 Gmax109 soybean reference genome (Schmutz et al., 2010)을 사용하여 BWA algorithm(Li and Durbin, 2009) ver. 0.5.9.으로 분석하였다.
실시예
2: 변이영역 탐색
변이 영역을 탐색하는 방법은 컴퓨터 프로그램 등을 사용하여, 분석하고자 하는 품종의 염기서열 정보를 10kb 단위로 표준유전체와 비교하면서 단일염기변이(SNV, Single nucleotide variation)를 검출하였다. 이 때 표준유전체 유전체 정보와 차이를 보이는 단일염기변이(SNV) 수가 10kb 당 4개 이상일 때, 본 발명에서는 이를 변이 영역(DMB, Dense mutation block)이라 규정하였다.
구체적으로, 바로 옆에 인접한 변이 영역이 90kb 간격 내에 있을 경우, 이를 합쳐서 하나의 변이 영역으로 표시하였다. 또한 변이 영역 이외의 영역은 변이가 없는 공통 영역으로 표시하며, 이웃한 공통 영역이 30kb 간격 내에 있을 때 동일 영역으로 표시하였다. 상기와 같은 내용은 용이한 시각화를 위하여, 염색체 상 표시를 DMB는 회색박스로, 공통 영역은 하얀색으로 표시하였다(도 1).
콩 품종의 유전체내 변이영역 탐색을 위해 백운콩, 신팔달콩 2호, 신기, 대풍, 황금콩 5품종과 표준유전체 품종인 Williams82의 전장유전체를 해독하였다. 상기 해독 유전체 정보를 바탕으로 단일염기변이(SNV) 밀집영역 분석을 통해 변이영역을 탐색한 결과, 20개 염색체를 대상으로 분석하였을 때 모두 2,274개의 변이영역이 탐색되었고, 염색체별로는 3번 염색체에서 가장 많은 161개의 변이영역이 탐색된 반면, 14번 염색체에서는 65개로 가장 적게 탐색되었다(표 3). 그 중 1번 염색체의 경우, 6개 콩 품종 해독을 통해 112개 변이영역이 탐색됨을 확인하였다(도 4).
실시예
3: 변이영역 특이
Indel
마커
선발
변이영역 특이 Indel 마커를 선발하기 위하여, 상기에서 분석된 염기서열을 바탕으로 변이영역에서 5 bp이상의 Indel을 포함한 부분에서 primer3 프로그램을 이용하여 디자인하였고, 증폭산물의 예상크기는 100 내지 150 bp 정도로 하여 제작하였다.
PCR 반응의 혼합액(maxter mix)은 10 ㎕로 수행을 하였으며, 그 안에는 20 ng의 genomic DNA, 0.4 pmole의 각각의 프라이머 및 5 ㎕의 GoTaq Green Master Mix(Promega, Madison, WI, USA)로 구성하였다. PCR 증폭은 Biometra thermocycler(Biometra, Gottingen, Germany)를 사용하여 초기 변성(denaturation)을 95℃에서 5분간 수행하였고, 95℃에서 30초간 변성한 후, 48℃의 온도에서 30초간 어닐링(annealing)하였고, 72℃에서 30초간 증폭(extension) 과정을 총 34사이클을 반복했으며, 72℃에서 10분간 최종적인 증폭하였고, 4℃에서 PCR 증폭반응을 종결시켰다. 증폭된 PCR 산물은 3% 아가로스 겔에 로딩한 뒤 150V에서 60 내지 80분 가량 진행하였으며, 전기영동이 끝난 뒤 EtBr(Ethidium bromide)로 염색한 후 UV를 이용하여 밴드를 확인하였다.
상기 과정에 의하여 변이영역 특이 Indel 마커 선발을 위해 유전체 해독 정보를 바탕으로 최초 73,327개의 마커를 디자인하였다. 상기 정보를 바탕으로 염색체별 각 20개의 Indel 마커 프라이머를 제작하고, 이 중 Indel 마커의 특징인 2가지 밴드타입(type)이 정확히 증폭되는 202개의 마커를 선발하였다(표 3). 그 결과, 염색체별 선발된 마커 수는 최소 8개에서 최대 12개의 분포를 보였으며, 선발된 마커의 다형성 정도를 나타내는 지수인 PIC(Polymorphism Information Content)의 평균값은 0.38을 나타내었다(표 3).
| 염색체 번호 |
변이영역의 수 | 디자인된 Indel 마커의 수 | 선발된 Indel 마커의 수 | 분석된 Indel 마커의 수 | PIC 값 |
| Gm01 | 112 | 3,061 | 20 | 12 | 0.39 |
| Gm02 | 123 | 3,466 | 20 | 12 | 0.40 |
| Gm03 | 161 | 4,744 | 20 | 12 | 0.42 |
| Gm04 | 113 | 3,336 | 20 | 11 | 0.42 |
| Gm05 | 106 | 2,939 | 20 | 12 | 0.41 |
| Gm06 | 121 | 3,525 | 20 | 9 | 0.41 |
| Gm07 | 144 | 3,444 | 20 | 8 | 0.43 |
| Gm08 | 126 | 3,047 | 20 | 10 | 0.42 |
| Gm09 | 124 | 4,430 | 20 | 11 | 0.36 |
| Gm10 | 136 | 2,979 | 20 | 9 | 0.36 |
| Gm11 | 111 | 2,126 | 20 | 10 | 0.36 |
| Gm12 | 119 | 2,781 | 20 | 8 | 0.38 |
| Gm13 | 111 | 4,102 | 20 | 9 | 0.41 |
| Gm14 | 65 | 4,217 | 20 | 11 | 0.30 |
| Gm15 | 84 | 4,572 | 20 | 10 | 0.39 |
| Gm16 | 73 | 4,281 | 20 | 8 | 0.39 |
| Gm17 | 116 | 3,161 | 20 | 12 | 0.37 |
| Gm18 | 100 | 6,751 | 20 | 10 | 0.36 |
| Gm19 | 118 | 3,894 | 20 | 10 | 0.34 |
| Gm20 | 111 | 2,471 | 20 | 8 | 0.36 |
| 합 계 | 2,274 | 73,327 | 400 | 202 | 0.38 |
실시예
4: 콩 품종 인식 가능한
Indel
마커의
조합 통계분석
콩 품종 인식을 위한 Indel 마커 조합의 통계분석을 위해 국립식량과학원에서 자체 개발한 ‘DNA기반 품종판별 프로그램(프로그램 종류코드 42240)’을 사용하였다. 이 프로그램의 주요 특징 및 기능은 웹(Web)을 통하여 마커 및 DNA분석 정보를 입력하고 관리할 수 있고, 마커별 DNA Value, PIC Value 및 마커 Quality 등을 참조하여 품종을 판별할 수 있는 최소 마커 모형을 선발하는데 있다.
상기 프로그램을 통해서 밝혀낸 프라이머 세트 조합은 하기 표 4 내지 표 20에 기재된 바와 같으며, 하기에서 기재된 프라이머 조합에 제한되는 것은 아니다.
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 9 | Sindel_01_19 | 17/18 | 122 | Sindel_12_18 | 243/244 |
| 19 | Sindel_02_13 | 37/38 | 132 | Sindel_13_09 | 263/264 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 128 | Sindel_13_18 | 255/256 |
| 34 | Sindel_03_19 | 67/68 | 139 | Sindel_14_04 | 277/278 |
| 36 | Sindel_03_20 | 71/72 | 140 | Sindel_14_15 | 279/280 |
| 48 | Sindel_05_01 | 95/96 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 73 | Sindel_07_04 | 145/146 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 75 | Sindel_07_18 | 149/150 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 78 | Sindel_08_03 | 155/156 | 180 | Sindel_18_16 | 359/360 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 190 | Sindel_19_16 | 379/380 |
| 101 | Sindel_10_13 | 201/202 | 191 | Sindel_19_17 | 381/382 |
| 109 | Sindel_11_04 | 217/218 | 196 | Sindel_20_07 | 391/392 |
| 114 | Sindel_11_09 | 227/228 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 117 | Sindel_12_11 | 233/234 | |||
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 17 | Sindel_02_03 | 33/34 | 138 | Sindel_14_13 | 275/276 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 140 | Sindel_14_15 | 279/280 |
| 38 | Sindel_04_11 | 75/76 | 153 | Sindel_15_10 | 305/306 |
| 44 | Sindel_04_18 | 87/88 | 146 | Sindel_15_11 | 291/292 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 60 | Sindel_06_11 | 119/120 | 160 | Sindel_16_08 | 319/320 |
| 64 | Sindel_06_15 | 127/128 | 165 | Sindel_17_04 | 329/330 |
| 73 | Sindel_07_04 | 145/146 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 174 | Sindel_17_09 | 347/348 |
| 91 | Sindel_09_16 | 181/182 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 100 | Sindel_10_04 | 199/200 | 188 | Sindel_19_06 | 375/376 |
| 120 | Sindel_12_14 | 239/240 | 193 | Sindel_19_19 | 385/386 |
| 131 | Sindel_13_08 | 261/262 | 199 | Sindel_20_18 | 397/398 |
| 132 | Sindel_13_09 | 263/264 | 200 | Sindel_20_19 | 399/400 |
| 128 | Sindel_13_18 | 255/256 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 7 | Sindel_01_06 | 13/14 | 99 | Sindel_10_02 | 197/198 |
| 26 | Sindel_03_02 | 51/52 | 113 | Sindel_11_17 | 225/226 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 118 | Sindel_12_02 | 235/236 |
| 36 | Sindel_03_20 | 71/72 | 123 | Sindel_12_19 | 245/246 |
| 37 | Sindel_04_01 | 73/74 | 142 | Sindel_14_19 | 283/284 |
| 44 | Sindel_04_18 | 87/88 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 161 | Sindel_16_09 | 321/322 |
| 64 | Sindel_06_15 | 127/128 | 159 | Sindel_16_16 | 317/318 |
| 75 | Sindel_07_18 | 149/150 | 165 | Sindel_17_04 | 329/330 |
| 83 | Sindel_08_08 | 165/166 | 173 | Sindel_17_19 | 345/346 |
| 92 | Sindel_09_07 | 183/184 | 175 | Sindel_18_01 | 349/350 |
| 95 | Sindel_09_09 | 189/190 | 179 | Sindel_18_04 | 357/358 |
| 97 | Sindel_09_10 | 193/194 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 94 | Sindel_09_19 | 187/188 | 186 | Sindel_19_11 | 371/372 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 11 | Sindel_01_20 | 21/22 | 127 | Sindel_13_14 | 253/254 |
| 14 | Sindel_02_01 | 27/28 | 139 | Sindel_14_04 | 277/278 |
| 32 | Sindel_03_08 | 63/64 | 136 | Sindel_14_12 | 271/272 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 143 | Sindel_14_20 | 285/286 |
| 36 | Sindel_03_20 | 71/72 | 151 | Sindel_15_06 | 301/302 |
| 43 | Sindel_04_17 | 85/86 | 153 | Sindel_15_10 | 305/306 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 150 | Sindel_15_16 | 299/300 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 65 | Sindel_06_05 | 129/130 | 159 | Sindel_16_16 | 317/318 |
| 80 | Sindel_08_06 | 159/160 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 83 | Sindel_08_08 | 165/166 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 94 | Sindel_09_19 | 187/188 | 173 | Sindel_17_19 | 345/346 |
| 96 | Sindel_09_20 | 191/192 | 181 | Sindel_18_08 | 361/362 |
| 99 | Sindel_10_02 | 197/198 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 106 | Sindel_10_09 | 211/212 | 189 | Sindel_19_08 | 377/378 |
| 118 | Sindel_12_02 | 235/236 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 5 | Sindel_01_05 | 9/10 | 109 | Sindel_11_04 | 217/218 |
| 9 | Sindel_01_19 | 17/18 | 111 | Sindel_11_06 | 221/222 |
| 21 | Sindel_02_05 | 41/42 | 116 | Sindel_11_10 | 231/232 |
| 16 | Sindel_02_12 | 31/32 | 120 | Sindel_12_14 | 239/240 |
| 35 | Sindel_03_10 | 69/70 | 129 | Sindel_13_06 | 257/258 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 130 | Sindel_13_07 | 259/260 |
| 42 | Sindel_04_16 | 83/84 | 132 | Sindel_13_09 | 263/264 |
| 44 | Sindel_04_18 | 87/88 | 133 | Sindel_13_19 | 265/266 |
| 52 | Sindel_05_02 | 103/104 | 149 | Sindel_15_14 | 297/298 |
| 58 | Sindel_05_09 | 115/116 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 80 | Sindel_08_06 | 159/160 | 174 | Sindel_17_09 | 347/348 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 173 | Sindel_17_19 | 345/346 |
| 97 | Sindel_09_10 | 193/194 | 195 | Sindel_20_06 | 389/390 |
| 94 | Sindel_09_19 | 187/188 | 200 | Sindel_20_19 | 399/400 |
| 101 | Sindel_10_13 | 201/202 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 3 | Sindel_01_03 | 5/6 | 106 | Sindel_10_09 | 211/212 |
| 5 | Sindel_01_05 | 9/10 | 104 | Sindel_10_18 | 207/208 |
| 21 | Sindel_02_05 | 41/42 | 109 | Sindel_11_04 | 217/218 |
| 13 | Sindel_02_11 | 25/26 | 116 | Sindel_11_10 | 231/232 |
| 35 | Sindel_03_10 | 69/70 | 118 | Sindel_12_02 | 235/236 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 120 | Sindel_12_14 | 239/240 |
| 40 | Sindel_04_02 | 79/80 | 129 | Sindel_13_06 | 257/258 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 144 | Sindel_14_10 | 287/288 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 145 | Sindel_15_01 | 289/290 |
| 71 | Sindel_07_03 | 141/142 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 76 | Sindel_07_20 | 151/152 | 171 | Sindel_17_07 | 341/342 |
| 78 | Sindel_08_03 | 155/156 | 170 | Sindel_17_17 | 339/340 |
| 88 | Sindel_09_03 | 175/176 | 177 | Sindel_18_13 | 353/354 |
| 93 | Sindel_09_17 | 185/186 | 180 | Sindel_18_16 | 359/360 |
| 96 | Sindel_09_20 | 191/192 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 102 | Sindel_10_07 | 203/204 | 197 | Sindel_20_15 | 393/394 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 1 | Sindel_01_01 | 1/2 | 113 | Sindel_11_17 | 225/226 |
| 5 | Sindel_01_05 | 9/10 | 117 | Sindel_12_11 | 233/234 |
| 13 | Sindel_02_11 | 25/26 | 125 | Sindel_13_01 | 249/250 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 131 | Sindel_13_08 | 261/262 |
| 31 | Sindel_03_17 | 61/62 | 134 | Sindel_14_11 | 267/268 |
| 36 | Sindel_03_20 | 71/72 | 142 | Sindel_14_19 | 283/284 |
| 37 | Sindel_04_01 | 73/74 | 151 | Sindel_15_06 | 301/302 |
| 43 | Sindel_04_17 | 85/86 | 152 | Sindel_15_18 | 303/304 |
| 66 | Sindel_06_07 | 131/132 | 162 | Sindel_16_10 | 323/324 |
| 69 | Sindel_07_01 | 137/138 | 156 | Sindel_16_13 | 311/312 |
| 80 | Sindel_08_06 | 159/160 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 174 | Sindel_17_09 | 347/348 |
| 92 | Sindel_09_07 | 183/184 | 169 | Sindel_17_15 | 337/338 |
| 97 | Sindel_09_10 | 193/194 | 175 | Sindel_18_01 | 349/350 |
| 108 | Sindel_11_02 | 215/216 | 177 | Sindel_18_13 | 353/354 |
| 116 | Sindel_11_10 | 231/232 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 6 | Sindel_01_18 | 11/12 | 104 | Sindel_10_18 | 207/208 |
| 11 | Sindel_01_20 | 21/22 | 122 | Sindel_12_18 | 243/244 |
| 19 | Sindel_02_13 | 37/38 | 126 | Sindel_13_11 | 251/252 |
| 20 | Sindel_02_14 | 39/40 | 127 | Sindel_13_14 | 253/254 |
| 30 | Sindel_03_06 | 59/60 | 139 | Sindel_14_04 | 277/278 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 142 | Sindel_14_19 | 283/284 |
| 29 | Sindel_03_16 | 57/58 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 43 | Sindel_04_17 | 85/86 | 150 | Sindel_15_16 | 299/300 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 154 | Sindel_15_20 | 307/308 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 160 | Sindel_16_08 | 319/320 |
| 62 | Sindel_06_03 | 123/124 | 173 | Sindel_17_19 | 345/346 |
| 66 | Sindel_06_07 | 131/132 | 175 | Sindel_18_01 | 349/350 |
| 75 | Sindel_07_18 | 149/150 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 95 | Sindel_09_09 | 189/190 | 185 | Sindel_19_01 | 369/370 |
| 96 | Sindel_09_20 | 191/192 | 187 | Sindel_19_05 | 373/374 |
| 102 | Sindel_10_07 | 203/204 | 197 | Sindel_20_15 | 393/394 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 9 | Sindel_01_19 | 17/18 | 118 | Sindel_12_02 | 235/236 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 137 | Sindel_14_03 | 273/274 |
| 29 | Sindel_03_16 | 57/58 | 136 | Sindel_14_12 | 271/272 |
| 47 | Sindel_04_10 | 93/94 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 48 | Sindel_05_01 | 95/96 | 154 | Sindel_15_20 | 307/308 |
| 49 | Sindel_05_11 | 97/98 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 156 | Sindel_16_13 | 311/312 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 163 | Sindel_17_01 | 325/326 |
| 61 | Sindel_06_12 | 121/122 | 177 | Sindel_18_13 | 353/354 |
| 74 | Sindel_07_05 | 147/148 | 178 | Sindel_18_14 | 355/356 |
| 81 | Sindel_08_13 | 161/162 | 185 | Sindel_19_01 | 369/370 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 188 | Sindel_19_06 | 375/376 |
| 100 | Sindel_10_04 | 199/200 | 186 | Sindel_19_11 | 371/372 |
| 103 | Sindel_10_08 | 205/206 | 192 | Sindel_19_18 | 383/384 |
| 105 | Sindel_10_20 | 209/210 | 200 | Sindel_20_19 | 399/400 |
| 110 | Sindel_11_15 | 219/220 | 202 | Sindel_20_20 | 403/404 |
| 113 | Sindel_11_17 | 225/226 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 7 | Sindel_01_06 | 13/14 | 82 | Sindel_08_14 | 163/164 |
| 17 | Sindel_02_03 | 33/34 | 89 | Sindel_09_04 | 177/178 |
| 23 | Sindel_02_08 | 45/46 | 90 | Sindel_09_05 | 179/180 |
| 24 | Sindel_02_18 | 47/48 | 92 | Sindel_09_07 | 183/184 |
| 32 | Sindel_03_08 | 63/64 | 124 | Sindel_12_20 | 247/248 |
| 35 | Sindel_03_10 | 69/70 | 129 | Sindel_13_06 | 257/258 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 136 | Sindel_14_12 | 271/272 |
| 41 | Sindel_04_03 | 81/82 | 153 | Sindel_15_10 | 305/306 |
| 45 | Sindel_04_09 | 89/90 | 152 | Sindel_15_18 | 303/304 |
| 43 | Sindel_04_17 | 85/86 | 154 | Sindel_15_20 | 307/308 |
| 48 | Sindel_05_01 | 95/96 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 162 | Sindel_16_10 | 323/324 |
| 55 | Sindel_05_16 | 109/110 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 59 | Sindel_05_19 | 117/118 | 194 | Sindel_19_20 | 387/388 |
| 66 | Sindel_06_07 | 131/132 | 196 | Sindel_20_07 | 391/392 |
| 67 | Sindel_06_08 | 133/134 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 76 | Sindel_07_20 | 151/152 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 9 | Sindel_01_19 | 17/18 | 120 | Sindel_12_14 | 239/240 |
| 21 | Sindel_02_05 | 41/42 | 131 | Sindel_13_08 | 261/262 |
| 24 | Sindel_02_18 | 47/48 | 126 | Sindel_13_11 | 251/252 |
| 35 | Sindel_03_10 | 69/70 | 135 | Sindel_14_02 | 269/270 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 139 | Sindel_14_04 | 277/278 |
| 28 | Sindel_03_14 | 55/56 | 144 | Sindel_14_10 | 287/288 |
| 37 | Sindel_04_01 | 73/74 | 147 | Sindel_15_02 | 293/294 |
| 48 | Sindel_05_01 | 95/96 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 56 | Sindel_05_07 | 111/112 | 169 | Sindel_17_15 | 337/338 |
| 51 | Sindel_05_13 | 101/102 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 185 | Sindel_19_01 | 369/370 |
| 77 | Sindel_08_01 | 153/154 | 187 | Sindel_19_05 | 373/374 |
| 81 | Sindel_08_13 | 161/162 | 191 | Sindel_19_17 | 381/382 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 200 | Sindel_20_19 | 399/400 |
| 93 | Sindel_09_17 | 185/186 | 202 | Sindel_20_20 | 403/404 |
| 110 | Sindel_11_15 | 219/220 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 10 | Sindel_01_08 | 19/20 | 95 | Sindel_09_09 | 189/190 |
| 6 | Sindel_01_18 | 11/12 | 102 | Sindel_10_07 | 203/204 |
| 11 | Sindel_01_20 | 21/22 | 112 | Sindel_11_07 | 223/224 |
| 16 | Sindel_02_12 | 31/32 | 118 | Sindel_12_02 | 235/236 |
| 33 | Sindel_03_09 | 65/66 | 117 | Sindel_12_11 | 233/234 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 121 | Sindel_12_15 | 241/242 |
| 38 | Sindel_04_11 | 75/76 | 127 | Sindel_13_14 | 253/254 |
| 43 | Sindel_04_17 | 85/86 | 136 | Sindel_14_12 | 271/272 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 142 | Sindel_14_19 | 283/284 |
| 49 | Sindel_05_11 | 97/98 | 152 | Sindel_15_18 | 303/304 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 157 | Sindel_16_02 | 313/314 |
| 59 | Sindel_05_19 | 117/118 | 164 | Sindel_17_02 | 327/328 |
| 62 | Sindel_06_03 | 123/124 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 67 | Sindel_06_08 | 133/134 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 75 | Sindel_07_18 | 149/150 | 184 | Sindel_18_19 | 367/368 |
| 77 | Sindel_08_01 | 153/154 | 192 | Sindel_19_18 | 383/384 |
| 88 | Sindel_09_03 | 175/176 | 197 | Sindel_20_15 | 393/394 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 4 | Sindel_01_04 | 7/8 | 131 | Sindel_13_08 | 261/262 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 134 | Sindel_14_11 | 267/268 |
| 40 | Sindel_04_02 | 79/80 | 147 | Sindel_15_02 | 293/294 |
| 38 | Sindel_04_11 | 75/76 | 151 | Sindel_15_06 | 301/302 |
| 65 | Sindel_06_05 | 129/130 | 153 | Sindel_15_10 | 305/306 |
| 60 | Sindel_06_11 | 119/120 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 61 | Sindel_06_12 | 121/122 | 161 | Sindel_16_09 | 321/322 |
| 64 | Sindel_06_15 | 127/128 | 164 | Sindel_17_02 | 327/328 |
| 73 | Sindel_07_04 | 145/146 | 171 | Sindel_17_07 | 341/342 |
| 78 | Sindel_08_03 | 155/156 | 173 | Sindel_17_19 | 345/346 |
| 85 | Sindel_08_09 | 169/170 | 181 | Sindel_18_08 | 361/362 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 182 | Sindel_18_18 | 363/364 |
| 95 | Sindel_09_09 | 189/190 | 184 | Sindel_18_19 | 367/368 |
| 93 | Sindel_09_17 | 185/186 | 188 | Sindel_19_06 | 375/376 |
| 99 | Sindel_10_02 | 197/198 | 192 | Sindel_19_18 | 383/384 |
| 101 | Sindel_10_13 | 201/202 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 122 | Sindel_12_18 | 243/244 | 201 | Sindel_20_10 | 401/402 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 10 | Sindel_01_08 | 19/20 | 100 | Sindel_10_04 | 199/200 |
| 9 | Sindel_01_19 | 17/18 | 103 | Sindel_10_08 | 205/206 |
| 15 | Sindel_02_02 | 29/30 | 105 | Sindel_10_20 | 209/210 |
| 26 | Sindel_03_02 | 51/52 | 119 | Sindel_12_03 | 237/238 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 117 | Sindel_12_11 | 233/234 |
| 28 | Sindel_03_14 | 55/56 | 121 | Sindel_12_15 | 241/242 |
| 45 | Sindel_04_09 | 89/90 | 127 | Sindel_13_14 | 253/254 |
| 44 | Sindel_04_18 | 87/88 | 140 | Sindel_14_15 | 279/280 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 142 | Sindel_14_19 | 283/284 |
| 53 | Sindel_05_14 | 105/106 | 148 | Sindel_15_12 | 295/296 |
| 68 | Sindel_06_19 | 135/136 | 150 | Sindel_15_16 | 299/300 |
| 77 | Sindel_08_01 | 153/154 | 162 | Sindel_16_10 | 323/324 |
| 83 | Sindel_08_08 | 165/166 | 159 | Sindel_16_16 | 317/318 |
| 89 | Sindel_09_04 | 177/178 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 171 | Sindel_17_07 | 341/342 |
| 92 | Sindel_09_07 | 183/184 | 170 | Sindel_17_17 | 339/340 |
| 94 | Sindel_09_19 | 187/188 | 200 | Sindel_20_19 | 399/400 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 2 | Sindel_01_02 | 3/4 | 95 | Sindel_09_09 | 189/190 |
| 8 | Sindel_01_07 | 15/16 | 93 | Sindel_09_17 | 185/186 |
| 10 | Sindel_01_08 | 19/20 | 96 | Sindel_09_20 | 191/192 |
| 18 | Sindel_02_04 | 35/36 | 109 | Sindel_11_04 | 217/218 |
| 21 | Sindel_02_05 | 41/42 | 112 | Sindel_11_07 | 223/224 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 121 | Sindel_12_15 | 241/242 |
| 28 | Sindel_03_14 | 55/56 | 144 | Sindel_14_10 | 287/288 |
| 37 | Sindel_04_01 | 73/74 | 140 | Sindel_14_15 | 279/280 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 151 | Sindel_15_06 | 301/302 |
| 51 | Sindel_05_13 | 101/102 | 146 | Sindel_15_11 | 291/292 |
| 53 | Sindel_05_14 | 105/106 | 155 | Sindel_16_01 | 309/310 |
| 59 | Sindel_05_19 | 117/118 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 62 | Sindel_06_03 | 123/124 | 169 | Sindel_17_15 | 337/338 |
| 67 | Sindel_06_08 | 133/134 | 176 | Sindel_18_12 | 351/352 |
| 70 | Sindel_07_11 | 139/140 | 186 | Sindel_19_11 | 371/372 |
| 84 | Sindel_08_18 | 167/168 | 195 | Sindel_20_06 | 389/390 |
| 90 | Sindel_09_05 | 179/180 | 197 | Sindel_20_15 | 393/394 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 14 | Sindel_02_01 | 27/28 | 96 | Sindel_09_20 | 191/192 |
| 35 | Sindel_03_10 | 69/70 | 99 | Sindel_10_02 | 197/198 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 107 | Sindel_11_12 | 213/214 |
| 28 | Sindel_03_14 | 55/56 | 117 | Sindel_12_11 | 233/234 |
| 39 | Sindel_04_12 | 77/78 | 131 | Sindel_13_08 | 261/262 |
| 44 | Sindel_04_18 | 87/88 | 127 | Sindel_13_14 | 253/254 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 133 | Sindel_13_19 | 265/266 |
| 49 | Sindel_05_11 | 97/98 | 139 | Sindel_14_04 | 277/278 |
| 57 | Sindel_05_17 | 113/114 | 146 | Sindel_15_11 | 291/292 |
| 65 | Sindel_06_05 | 129/130 | 158 | Sindel_16_03 | 315/316 |
| 64 | Sindel_06_15 | 127/128 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 73 | Sindel_07_04 | 145/146 | 168 | Sindel_17_06 | 335/336 |
| 74 | Sindel_07_05 | 147/148 | 185 | Sindel_19_01 | 369/370 |
| 78 | Sindel_08_03 | 155/156 | 188 | Sindel_19_06 | 375/376 |
| 84 | Sindel_08_18 | 167/168 | 191 | Sindel_19_17 | 381/382 |
| 97 | Sindel_09_10 | 193/194 | 195 | Sindel_20_06 | 389/390 |
| 93 | Sindel_09_17 | 185/186 | 202 | Sindel_20_20 | 403/404 |
| 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 | 마커번호 | 마커명 | 프라이머 서열번호 |
| 8 | Sindel_01_07 | 15/16 | 111 | Sindel_11_06 | 221/222 |
| 22 | Sindel_02_06 | 43/44 | 114 | Sindel_11_09 | 227/228 |
| 20 | Sindel_02_14 | 39/40 | 117 | Sindel_12_11 | 233/234 |
| 24 | Sindel_02_18 | 47/48 | 121 | Sindel_12_15 | 241/242 |
| 27 | Sindel_03_13 | 53/54 | 122 | Sindel_12_18 | 243/244 |
| 28 | Sindel_03_14 | 55/56 | 130 | Sindel_13_07 | 259/260 |
| 40 | Sindel_04_02 | 79/80 | 134 | Sindel_14_11 | 267/268 |
| 54 | Sindel_05_04 | 107/108 | 153 | Sindel_15_10 | 305/306 |
| 50 | Sindel_05_12 | 99/100 | 149 | Sindel_15_14 | 297/298 |
| 51 | Sindel_05_13 | 101/102 | 150 | Sindel_15_16 | 299/300 |
| 78 | Sindel_08_03 | 155/156 | 157 | Sindel_16_02 | 313/314 |
| 79 | Sindel_08_04 | 157/158 | 167 | Sindel_17_05 | 333/334 |
| 81 | Sindel_08_13 | 161/162 | 181 | Sindel_18_08 | 361/362 |
| 89 | Sindel_09_04 | 177/178 | 185 | Sindel_19_01 | 369/370 |
| 96 | Sindel_09_20 | 191/192 | 186 | Sindel_19_11 | 371/372 |
| 100 | Sindel_10_04 | 199/200 | 198 | Sindel_20_09 | 395/396 |
| 106 | Sindel_10_09 | 211/212 | 202 | Sindel_20_20 | 403/404 |
실시예
5: 증폭된
Indel
마커
산물의 코드화를 통한 품종인식 분석
실시예
5-1: 증폭된
Indel
마커
산물의 코드화
인식하고자 하는 콩 품종의 예로 “대풍”에서의 증폭된 산물을 표준 콩 품종의 증폭된 산물과 비교하여 코드화하였다. 구체적으로, 증폭된 Indel 마커 정보를 바탕으로 표준유전체인 Williams82와 같은 밴드크기를 보이는 결과는 ‘a’, 다른 결과는 ‘b’로 나타내었고, 증폭결과가 ‘a’인 경우를 디지털 신호 ‘0’으로 전환하여 흰색으로 표기하고, 증폭결과가 ‘b’인 경우 디지털 신호 ‘1’로 전환하여 검정색으로 표기하였다. 이러한 흰색과 검정색 표기를 이용하여 1차원 또는 2차원 표현의 바코드를 생성하였다.
1차원 표현의 경우, 염색체 1번부터 n번까지를 선형으로 연결하였고, 2차원 표현의 경우, 염색체별로 표시함으로써 DMB 특이 패턴을 한눈에 쉽게 이해할 수 있다(도 4).
실시예
5-2: 상기 코드화 결과의 계보도 표현에 의한 품종 인식
상기 코드화된 결과를 2차원으로 표현함으로써 모본 또는 부본에 상응하는 정보를 계보도로서 출력함으로써 보다 효과적으로 한눈에 품종을 인식할 수 있었다.
백운콩을 모본으로 하고, 신팔달콩 2호를 부본으로 하여 육성된 대풍과 신기 두 품종에 본 발명의 Indel 마커의 증폭결과를 2차원으로 코드화하였을 때 각 염색체별 변이영역(DMB) 유래가 모본, 또는 부본인지를 정확히 탐색할 수 있음을 확인하였다. 구체적으로, 1번 염색체를 대상으로, 신기의 경우 앞부분은 신팔달콩 2호에서, 뒷부분은 백운에서 고유의 변이영역(DMB)가 유전되었으나, 대풍의 경우 이와 반대의 경향을 보이고 있으며 더 많은 재조합(reshuffling)이 일어난 것을 확인할 수 있었다(도 6).
실시예
5-3: 상기 코드화 결과에 의한
여교배
품종의 인식
여교배로 육성된 품종의 경우, 반복친으로 사용된 품종과 유전적 유사도가 매우 높아 기존의 분자마커로는 두 품종을 구별하는 것이 어려웠다. 이를 해결하고자, SMV 저항성 유전자인 Rsv1을 소원콩에 도입하기 위해 여교배 방법으로 육성된 신화, Rsv3가 도입된 신강, 그리고 반복친으로 사용된 소원콩에 본 발명의 Indel 마커의 증폭결과를 2차원으로 코드화한 결과, 신화와 신강 두 품종은 소원콩과 매우 유전적 유사도가 높게 나타났으나 고유의 변이영역(DMB) 패턴으로 각 품종을 명확히 구별할 수 있었다(도 7).
이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 예들은 모든 면에서 예시적인 것이며, 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허청구범위의 의미 및 범위, 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> Indel marker for discrimination of soybean cultivar
<130> PA130868/KR
<160> 404
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_02_18 reverse primer
<400> 48
ctttcccttc aaatagggtt 20
<210> 49
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_11 forward primer
<400> 49
ttgattctat caagataacc ga 22
<210> 50
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_11 reverse primer
<400> 50
aattatttta tactatccgt acatt 25
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_02 forward primer
<400> 51
acattggatg tgaaaatggt 20
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_02 reverse primer
<400> 52
tctaaaagcc atgagaggaa 20
<210> 53
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_13 forward primer
<400> 53
aaacatgaat ggtgcttttt 20
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_13 reverse primer
<400> 54
taaagcccca aaagtgaata 20
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_14 forward primer
<400> 55
ggtgtgtgtc attctccaat 20
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_14 reverse primer
<400> 56
gaaagagatg aacgaaggaa 20
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_16 forward primer
<400> 57
tcatttctct ttttgcttcc 20
<210> 58
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_16 reverse primer
<400> 58
accgttttcg aattgtctaa 20
<210> 59
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_06 forward primer
<400> 59
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<210> 60
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_06 reverse primer
<400> 60
gtgtgaaaac gaagatggat 20
<210> 61
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_17 forward primer
<400> 61
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<210> 62
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_17 reverse primer
<400> 62
tgtgaaattt tattttcatg ttaag 25
<210> 63
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_08 forward primer
<400> 63
tttagtttat aagcataagt tgaga 25
<210> 64
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_08 reverse primer
<400> 64
aaaaatattg actgaaaagg t 21
<210> 65
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_09 forward primer
<400> 65
cttccatggc tctgttaatg 20
<210> 66
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_09 reverse primer
<400> 66
tgggataaag gaaacaaaaa 20
<210> 67
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_19 forward primer
<400> 67
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<210> 68
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_19 reverse primer
<400> 68
ccacgagtac tgagtgcata 20
<210> 69
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_10 forward primer
<400> 69
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<210> 70
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_10 reverse primer
<400> 70
tttaaaaact cttacaatta tggaa 25
<210> 71
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_20 forward primer
<400> 71
gactgtattt gtaaagtagg agttt 25
<210> 72
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_03_20 reverse primer
<400> 72
gccttttact tttcatcctt c 21
<210> 73
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_01 forward primer
<400> 73
gatcgataaa tgcctggata 20
<210> 74
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_01 reverse primer
<400> 74
gtgtatttgc ttttgttccc 20
<210> 75
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_11 forward primer
<400> 75
ttcaagttta gcttgcttgc 20
<210> 76
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_11 reverse primer
<400> 76
gtacagccaa aagagaggtg 20
<210> 77
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_12 forward primer
<400> 77
aatttacgga tgcacttttt a 21
<210> 78
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_12 reverse primer
<400> 78
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<210> 79
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_02 forward primer
<400> 79
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<210> 80
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_02 reverse primer
<400> 80
cccttcctat cactgagaaa 20
<210> 81
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_03 forward primer
<400> 81
aaccaatcca acagtcatgt 20
<210> 82
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_03 reverse primer
<400> 82
gaaataaaaa tgagccatgc 20
<210> 83
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_16 forward primer
<400> 83
ttccaccatg aaaggtttag 20
<210> 84
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_16 reverse primer
<400> 84
gctgatgcta cctttcaaac 20
<210> 85
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_17 forward primer
<400> 85
tcaacgagga aagataccac 20
<210> 86
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_17 reverse primer
<400> 86
aaaaagtatg ttttctgtgg ct 22
<210> 87
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_18 forward primer
<400> 87
gctgagaact gacacagaca 20
<210> 88
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_18 reverse primer
<400> 88
tgtgtagatg tcaagtgagt ga 22
<210> 89
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_09 forward primer
<400> 89
ccaccacttg ttacaggttc 20
<210> 90
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_09 reverse primer
<400> 90
aattgactaa aatacaaaac actg 24
<210> 91
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_20 forward primer
<400> 91
gtaagtatgg cgggtgtatg 20
<210> 92
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_20 reverse primer
<400> 92
ttccagagag caatacaatg 20
<210> 93
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_10 forward primer
<400> 93
gtagcaatgg ctgattcaa 19
<210> 94
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_04_10 reverse primer
<400> 94
attttgcctt tgtcaatcat 20
<210> 95
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_01 forward primer
<400> 95
tgcttagagt ttggtttggt 20
<210> 96
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_01 reverse primer
<400> 96
ccgacacatc ttctcctcta 20
<210> 97
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_11 forward primer
<400> 97
ggggtgttat tggtgtttta 20
<210> 98
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_11 reverse primer
<400> 98
agttttcccg ttaccattct 20
<210> 99
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_12 forward primer
<400> 99
ctgatcagta aagagtgagt atta 24
<210> 100
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_12 reverse primer
<400> 100
ttgtgtgtta ttgctcttct g 21
<210> 101
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_13 forward primer
<400> 101
taagcacaag cctgttaagc 20
<210> 102
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_13 reverse primer
<400> 102
agaacctcct gaaccacct 19
<210> 103
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_02 forward primer
<400> 103
aaaaagatgg taaagttgga a 21
<210> 104
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_02 reverse primer
<400> 104
tttggcttta atcccataat 20
<210> 105
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_14 forward primer
<400> 105
tccattcaaa tgctgtaatt t 21
<210> 106
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_14 reverse primer
<400> 106
tgttaaaaca gaaaagtgtt gc 22
<210> 107
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_04 forward primer
<400> 107
caaatccagt ttcttatatt ttt 23
<210> 108
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_04 reverse primer
<400> 108
ttgtgcaagt gagtacattt 20
<210> 109
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_16 forward primer
<400> 109
tggacatatg acatacctaa ttg 23
<210> 110
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_16 reverse primer
<400> 110
accaaaacac tgtggtacta ttc 23
<210> 111
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_07 forward primer
<400> 111
gcattacgtt ttcccactac 20
<210> 112
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_07 reverse primer
<400> 112
tcatcttaat gtacaaaaca aaaa 24
<210> 113
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_17 forward primer
<400> 113
ccgctattat tttaggatga a 21
<210> 114
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_17 reverse primer
<400> 114
aggtgccttg tgtgtaaaga 20
<210> 115
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_09 forward primer
<400> 115
ttcaatgact aaaatttggc 20
<210> 116
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_09 reverse primer
<400> 116
acttgccact aaggacagag 20
<210> 117
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_19 forward primer
<400> 117
gtgcacaagt tttgtggtta 20
<210> 118
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_05_19 reverse primer
<400> 118
tgcgagttaa tgattttgtg 20
<210> 119
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_11 forward primer
<400> 119
tgttttgtcc aaagaaagaa a 21
<210> 120
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_11 reverse primer
<400> 120
aaactttcgg tgcaaactta 20
<210> 121
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_12 forward primer
<400> 121
ccaatcatct caaaataccc 20
<210> 122
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_12 reverse primer
<400> 122
aattgtttct aattatttgc ga 22
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_03 forward primer
<400> 123
aatgcatatg agtacctctt ca 22
<210> 124
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_03 reverse primer
<400> 124
agcctaaatt atcatctcac a 21
<210> 125
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_13 forward primer
<400> 125
cttgtcaacc acaccaacta 20
<210> 126
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_13 reverse primer
<400> 126
tacaacaggc atcatttgac 20
<210> 127
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_15 forward primer
<400> 127
cgtgatacgt gtcaatgaag 20
<210> 128
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_15 reverse primer
<400> 128
cccaatgaat tggctactta 20
<210> 129
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_05 forward primer
<400> 129
agcattaaga aagggtgtca 20
<210> 130
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_05 reverse primer
<400> 130
agtgtatcgc gactactggt 20
<210> 131
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_07 forward primer
<400> 131
aaattaacgg gtgaatcagt 20
<210> 132
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_07 reverse primer
<400> 132
atctatttcg ggtccacaa 19
<210> 133
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_08 forward primer
<400> 133
cctctcgtcc tttttcttct 20
<210> 134
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_08 reverse primer
<400> 134
gaagggttga atcagagtga 20
<210> 135
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_19 forward primer
<400> 135
aaaacaaaca gggagagaaa 20
<210> 136
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_06_19 reverse primer
<400> 136
aaataaatac tccatcggtc c 21
<210> 137
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_01 forward primer
<400> 137
ttgaaactca aatcatggaa 20
<210> 138
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_01 reverse primer
<400> 138
ttcgtcattc tcgtcttctt 20
<210> 139
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_11 forward primer
<400> 139
cacagaccag ctctaccttc 20
<210> 140
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_11 reverse primer
<400> 140
aggaaattgt tggcattgta 20
<210> 141
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_03 forward primer
<400> 141
cattgcgacc tacatcacta 20
<210> 142
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_03 reverse primer
<400> 142
tcgtaaatgt ttgtgtttgg 20
<210> 143
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_14 forward primer
<400> 143
aaattacgag cctaccttca 20
<210> 144
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_14 reverse primer
<400> 144
tgacaacaat cctaattttc c 21
<210> 145
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_04 forward primer
<400> 145
atgctaaaaa ttggatttgc 20
<210> 146
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_04 reverse primer
<400> 146
cagaagaaga aagaaagcac a 21
<210> 147
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_05 forward primer
<400> 147
catgatgaca ttgtaggtgc 20
<210> 148
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_05 reverse primer
<400> 148
aacttcaact ttccttccgt 20
<210> 149
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_18 forward primer
<400> 149
caaattaatg tttcgaaaag c 21
<210> 150
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_18 reverse primer
<400> 150
agaattaggt ctgtgggacc 20
<210> 151
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_20 forward primer
<400> 151
caacatgaaa caaatgatgc 20
<210> 152
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_07_20 reverse primer
<400> 152
attcattatg gcagtggaag 20
<210> 153
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_01 forward primer
<400> 153
aacttttgtg caaactctat tt 22
<210> 154
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_01 reverse primer
<400> 154
agatggtttt atatgtattt tagtg 25
<210> 155
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_03 forward primer
<400> 155
accaatatcg atctttacca a 21
<210> 156
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_03 reverse primer
<400> 156
tcactctctt agcatattaa tcaaa 25
<210> 157
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_04 forward primer
<400> 157
gtcatgtcct agtttccctg 20
<210> 158
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_04 reverse primer
<400> 158
aaaactaaaa tttgaggatg aaa 23
<210> 159
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_06 forward primer
<400> 159
aacatctgga tggcattatc 20
<210> 160
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_06 reverse primer
<400> 160
tttgatagta ggtagcacaa gc 22
<210> 161
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_13 forward primer
<400> 161
gggttaacaa acgtgacaat 20
<210> 162
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_13 reverse primer
<400> 162
gcatgaagaa agaacaaagg 20
<210> 163
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_14 forward primer
<400> 163
cctaagtttg aattttatat ccttt 25
<210> 164
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_14 reverse primer
<400> 164
gcaatttggt aaaaacaacc 20
<210> 165
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_08 forward primer
<400> 165
ccagctggag tatcaacaat 20
<210> 166
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_08 reverse primer
<400> 166
gaagaagttt tgagtccctg 20
<210> 167
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_18 forward primer
<400> 167
tttggtttgg ataatttgga 20
<210> 168
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_18 reverse primer
<400> 168
cacctttata gacatgcatc ag 22
<210> 169
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_09 forward primer
<400> 169
ctcctaattg aggtgacaat g 21
<210> 170
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_09 reverse primer
<400> 170
agtatatcat attcaccaga gaga 24
<210> 171
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_19 forward primer
<400> 171
acagagaatt gaggagactg a 21
<210> 172
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_08_19 reverse primer
<400> 172
aatcatcaaa acctaaaaag tga 23
<210> 173
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_11 forward primer
<400> 173
gcatcctaaa atgcgtttac 20
<210> 174
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_11 reverse primer
<400> 174
tgcattgtta tgttcgatct 20
<210> 175
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_03 forward primer
<400> 175
aaccgttgac acaaatgtta 20
<210> 176
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_03 reverse primer
<400> 176
tttctccgga cacaatttat 20
<210> 177
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_04 forward primer
<400> 177
aaaaggtttt ggggttttac 20
<210> 178
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_04 reverse primer
<400> 178
tttcatttca cgctcagtct 20
<210> 179
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_05 forward primer
<400> 179
tccgatcagt ctctaacacc 20
<210> 180
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_05 reverse primer
<400> 180
gcaagaaaat tgaattggag 20
<210> 181
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_16 forward primer
<400> 181
ggtgaagtca cctagaatgg 20
<210> 182
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_16 reverse primer
<400> 182
ttgatggtgt cagtcaactc 20
<210> 183
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_07 forward primer
<400> 183
caaacaagta tgagtggtgc 20
<210> 184
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_07 reverse primer
<400> 184
ggagaattgt ctaaggggat 20
<210> 185
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_17 forward primer
<400> 185
ctaccgtggg ttctctctaa 20
<210> 186
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_17 reverse primer
<400> 186
tgaatcacac atcaatgctt 20
<210> 187
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_19 forward primer
<400> 187
atgcgatgaa agaagtgatt 20
<210> 188
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_19 reverse primer
<400> 188
tcaactttgt aatactttga tgaat 25
<210> 189
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_09 forward primer
<400> 189
atgggattac atggacagtt 20
<210> 190
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_09 reverse primer
<400> 190
tcatatttag gaaaatgaat cct 23
<210> 191
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_20 forward primer
<400> 191
aggaagcttt tagttgacac a 21
<210> 192
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_20 reverse primer
<400> 192
agacgaaaaa tttggtgata a 21
<210> 193
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_10 forward primer
<400> 193
atccataacc acgcttttt 19
<210> 194
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_09_10 reverse primer
<400> 194
acttgtcgct gcataaagtt 20
<210> 195
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_12 forward primer
<400> 195
aatttgttcc aacaagcatc 20
<210> 196
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_12 reverse primer
<400> 196
aattcaagtg ctcgatctgt 20
<210> 197
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_02 forward primer
<400> 197
actgtacgtg gatacgtgtg 20
<210> 198
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_02 reverse primer
<400> 198
agacgttcat aatattgccg 20
<210> 199
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_04 forward primer
<400> 199
aaagaaaagt tgcaaccaaa 20
<210> 200
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_04 reverse primer
<400> 200
gaacatcacg acgtttatga 20
<210> 201
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_13 forward primer
<400> 201
cttttacaat attgaggcca 20
<210> 202
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_13 reverse primer
<400> 202
tttaaattga aattccccaa 20
<210> 203
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_07 forward primer
<400> 203
ttgtagtttc ggatggattt 20
<210> 204
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_07 reverse primer
<400> 204
cacacgataa aaattaaaca cg 22
<210> 205
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_08 forward primer
<400> 205
taggagaaag ggagggatac 20
<210> 206
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_08 reverse primer
<400> 206
attgttatga ccggtagtgc 20
<210> 207
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_18 forward primer
<400> 207
aaaaacatcc agtggaaaat 20
<210> 208
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_18 reverse primer
<400> 208
tcgagtttcc gtagaatagc 20
<210> 209
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_20 forward primer
<400> 209
atccagaacc aaacaacaac 20
<210> 210
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_20 reverse primer
<400> 210
tgatttcttt tcggatttgt 20
<210> 211
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_09 forward primer
<400> 211
attaactgga taaaagaaag att 23
<210> 212
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_10_09 reverse primer
<400> 212
cagattagtt gacttgattt catt 24
<210> 213
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_12 forward primer
<400> 213
aatattgatt gagctggacg 20
<210> 214
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_12 reverse primer
<400> 214
tacacgtaat caatccaacg 20
<210> 215
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_02 forward primer
<400> 215
agcttgctta aataaaatga gg 22
<210> 216
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_02 reverse primer
<400> 216
aacgtgaaat tagaattatg gaa 23
<210> 217
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_04 forward primer
<400> 217
tttgcatgtt ttgtatttgg 20
<210> 218
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_04 reverse primer
<400> 218
aacaaattaa agagaaggcg 20
<210> 219
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_15 forward primer
<400> 219
taaagcttct cttgatcggt 20
<210> 220
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_15 reverse primer
<400> 220
ttttcccctt gtttttatct t 21
<210> 221
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_06 forward primer
<400> 221
ctcataaggg actaggttcg 20
<210> 222
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_06 reverse primer
<400> 222
tatctgatac agggggtttg 20
<210> 223
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_07 forward primer
<400> 223
tgatcgatta atgattcaaa a 21
<210> 224
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_07 reverse primer
<400> 224
gaactcctta gctaaaccgc 20
<210> 225
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_17 forward primer
<400> 225
ttgtaaggtt taggaatcaa ttt 23
<210> 226
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_17 reverse primer
<400> 226
tcgttgaaag atgaaaactt 20
<210> 227
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_09 forward primer
<400> 227
cccacacggt tttaatatgt 20
<210> 228
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_09 reverse primer
<400> 228
gacatttgat ttcgtttgtc t 21
<210> 229
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_20 forward primer
<400> 229
ttcttgttgt gcaatttacg 20
<210> 230
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_20 reverse primer
<400> 230
tgagacagag cacaattcaa 20
<210> 231
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_10 forward primer
<400> 231
tggatcgtag aaaagaagaa a 21
<210> 232
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_11_10 reverse primer
<400> 232
ttgtcgctca atgtctatca 20
<210> 233
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_11 forward primer
<400> 233
ccatgtctcc tacaatgcaa 20
<210> 234
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_11 reverse primer
<400> 234
tgcacacaag aaaagaatca 20
<210> 235
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_02 forward primer
<400> 235
tcaaggaagc taagataaat aaa 23
<210> 236
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_02 reverse primer
<400> 236
ttgatgataa aaagtgtgag ttt 23
<210> 237
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_03 forward primer
<400> 237
actccctctc cctctcatt 19
<210> 238
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_03 reverse primer
<400> 238
actatacctg gactccatcg 20
<210> 239
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_14 forward primer
<400> 239
catcactgcc tctttctctc 20
<210> 240
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_14 reverse primer
<400> 240
tccagactaa ttcctaatca aaa 23
<210> 241
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_15 forward primer
<400> 241
aaggtgaaaa tgaaagtgga 20
<210> 242
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_15 reverse primer
<400> 242
caaattttga ttttagtttc cat 23
<210> 243
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_18 forward primer
<400> 243
ttgaaaatag ggaaacctga 20
<210> 244
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_18 reverse primer
<400> 244
aactgatgtt agacaagccc 20
<210> 245
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_19 forward primer
<400> 245
cattgctgaa atttcttgag 20
<210> 246
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_19 reverse primer
<400> 246
agtttcagct cttccaaaca 20
<210> 247
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_20 forward primer
<400> 247
aaaaattaga agggcgaaac 20
<210> 248
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_12_20 reverse primer
<400> 248
ccttcccttg gacttctaac 20
<210> 249
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_01 forward primer
<400> 249
tgaaaaatta accatttgag att 23
<210> 250
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_01 reverse primer
<400> 250
aaaaccccgt ctcctataac 20
<210> 251
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_11 forward primer
<400> 251
gatgggctca ggaggtg 17
<210> 252
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_11 reverse primer
<400> 252
ccttccttct cctctctttc 20
<210> 253
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_14 forward primer
<400> 253
ggaaaacaaa gtaacaccga 20
<210> 254
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_14 reverse primer
<400> 254
tcactatcgg cactctctct 20
<210> 255
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_18 forward primer
<400> 255
acatgacatt taagggatgc 20
<210> 256
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_18 reverse primer
<400> 256
tttcactctt taggtgcctt 20
<210> 257
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_06 forward primer
<400> 257
ccaactaaga ttttggagca 20
<210> 258
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_06 reverse primer
<400> 258
ttgttaatta gaatttaata catcg 25
<210> 259
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_07 forward primer
<400> 259
ttagtagcat tgtagcaacc c 21
<210> 260
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_07 reverse primer
<400> 260
tggggtgcca atataattt 19
<210> 261
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_08 forward primer
<400> 261
aaatcacttt taatttctta atgga 25
<210> 262
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_08 reverse primer
<400> 262
gccatgtgct tcttaattct 20
<210> 263
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_09 forward primer
<400> 263
gatcaaatca ctaaaatgta gtcc 24
<210> 264
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_09 reverse primer
<400> 264
tccagataag aaaacaaaaa ca 22
<210> 265
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_19 forward primer
<400> 265
ttgatactgc acatatgcct 20
<210> 266
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_13_19 reverse primer
<400> 266
gccaaaccca tttacagtag 20
<210> 267
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_11 forward primer
<400> 267
tctctggagt tcaaactcat c 21
<210> 268
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_11 reverse primer
<400> 268
tgccctaaga cactagttga a 21
<210> 269
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_02 forward primer
<400> 269
gctcaaacac ttaaagtctg c 21
<210> 270
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_02 reverse primer
<400> 270
gaaataaatg gagcgaaaaa 20
<210> 271
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_12 forward primer
<400> 271
cctttggtat aataaaaatg gaa 23
<210> 272
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_12 reverse primer
<400> 272
tcaaatactc aaaactcacc ttt 23
<210> 273
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_03 forward primer
<400> 273
aaacttggat ttaatgcaga a 21
<210> 274
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_03 reverse primer
<400> 274
tgatatgcta tcaagtttta ca 22
<210> 275
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_13 forward primer
<400> 275
tctctctgca cactcttcaa 20
<210> 276
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_13 reverse primer
<400> 276
ttcatgtaag ttgatatctc tctct 25
<210> 277
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_04 forward primer
<400> 277
tgtcaaccaa tctttgtata acat 24
<210> 278
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_04 reverse primer
<400> 278
tcctatacac gacgacttcc 20
<210> 279
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_15 forward primer
<400> 279
tcacatacta tagcatcccg t 21
<210> 280
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_15 reverse primer
<400> 280
cgctagaggt tgaagatgat 20
<210> 281
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_18 forward primer
<400> 281
agacccgcag ttgttaaata 20
<210> 282
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_18 reverse primer
<400> 282
ttcattcaaa aaggaaaagg 20
<210> 283
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_19 forward primer
<400> 283
tgtctctccg gatttaagaa 20
<210> 284
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_19 reverse primer
<400> 284
gattaattat tatcaaatgt ttagg 25
<210> 285
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_20 forward primer
<400> 285
gagaattcgg gatgttagat t 21
<210> 286
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_20 reverse primer
<400> 286
tcataataaa atgggatgta tgt 23
<210> 287
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_10 forward primer
<400> 287
aataagggat gtaataaagt aaaaa 25
<210> 288
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_14_10 reverse primer
<400> 288
tcaccaacca ccaaataaat 20
<210> 289
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_01 forward primer
<400> 289
tatttaacgg cgcaagtaat 20
<210> 290
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_01 reverse primer
<400> 290
gttttgcttt tactgcgaat 20
<210> 291
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_11 forward primer
<400> 291
catgccccta atatgtcatt 20
<210> 292
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_11 reverse primer
<400> 292
tgaatgtgat agtaaattga agac 24
<210> 293
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_02 forward primer
<400> 293
aagggaattg ataacaagag tt 22
<210> 294
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_02 reverse primer
<400> 294
cctcgctctc atttgttaaa 20
<210> 295
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_12 forward primer
<400> 295
tttgagggtg tttctcactt 20
<210> 296
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_12 reverse primer
<400> 296
tcaaaattca gttatgtcca a 21
<210> 297
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_14 forward primer
<400> 297
cagccgtagc tctagtcatt 20
<210> 298
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_14 reverse primer
<400> 298
agatgtttta agaataagaa tgaaa 25
<210> 299
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_16 forward primer
<400> 299
cgaccattta cataactcca 20
<210> 300
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_16 reverse primer
<400> 300
atattatgta gggggctggt 20
<210> 301
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_06 forward primer
<400> 301
ggataaaacg ggaaaagaaa 20
<210> 302
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_06 reverse primer
<400> 302
cacggtgtga gaagattttt 20
<210> 303
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_18 forward primer
<400> 303
atgctggcat agcattaagt 20
<210> 304
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_18 reverse primer
<400> 304
gaatcatttt aaattccttg aa 22
<210> 305
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_10 forward primer
<400> 305
aaacttaaat acttttgtgt catgt 25
<210> 306
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_10 reverse primer
<400> 306
attaaccggt atcccttgtc 20
<210> 307
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_20 forward primer
<400> 307
gggaaccatc ttattggtct 20
<210> 308
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_15_20 reverse primer
<400> 308
ggatggaaag gctacttgtt 20
<210> 309
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_01 forward primer
<400> 309
gagagcgctg aggatattta 20
<210> 310
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_01 reverse primer
<400> 310
ccctttttaa agagaggcta 20
<210> 311
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_13 forward primer
<400> 311
gccttcccta acatatcaaa 20
<210> 312
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_13 reverse primer
<400> 312
ttgaccaaat aatacaccaa aa 22
<210> 313
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_02 forward primer
<400> 313
ttggagctga taaacacctt 20
<210> 314
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_02 reverse primer
<400> 314
gtcattaccc ccaatgtcta 20
<210> 315
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_03 forward primer
<400> 315
tcggtcattg gtatttgatt 20
<210> 316
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_03 reverse primer
<400> 316
tgtgtaattg tgttattgaa ttat 24
<210> 317
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_16 forward primer
<400> 317
gtcaagtgcg agaatgcta 19
<210> 318
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_16 reverse primer
<400> 318
aatccaatta caatttagtc ttt 23
<210> 319
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_08 forward primer
<400> 319
acgttgatac tgggcaatac 20
<210> 320
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_08 reverse primer
<400> 320
ggagaaggaa taattggata aa 22
<210> 321
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_09 forward primer
<400> 321
atcacgacga cagctaatct 20
<210> 322
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_09 reverse primer
<400> 322
tttgaaaaga gaaattgttg c 21
<210> 323
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_10 forward primer
<400> 323
tttttacttt ctctttaacc aaa 23
<210> 324
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_16_10 reverse primer
<400> 324
aattcagttc gttaagcaag 20
<210> 325
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_01 forward primer
<400> 325
cttcacgcgc cagagat 17
<210> 326
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_01 reverse primer
<400> 326
caaattctcc ggtgagacta 20
<210> 327
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_02 forward primer
<400> 327
aaaagtccca acattctttg 20
<210> 328
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_02 reverse primer
<400> 328
cgtattgttt gttcagcaac 20
<210> 329
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_04 forward primer
<400> 329
tcacttagtg tccgagttat tct 23
<210> 330
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_04 reverse primer
<400> 330
cgtgtttgct tgacaattt 19
<210> 331
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_13 forward primer
<400> 331
tgtctcgtta gttttgggtt 20
<210> 332
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_13 reverse primer
<400> 332
tttgaaggta taattgtgat ctct 24
<210> 333
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_05 forward primer
<400> 333
tcctcctttt gaaatgtgtc 20
<210> 334
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_05 reverse primer
<400> 334
caaatcaaat ggaagaaata ca 22
<210> 335
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_06 forward primer
<400> 335
gagataattc tggacacaca 20
<210> 336
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_06 reverse primer
<400> 336
ataatctcaa cagtctatta ttttt 25
<210> 337
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_15 forward primer
<400> 337
ttgcaggaaa tttctattcc 20
<210> 338
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_15 reverse primer
<400> 338
accaatgtta aaagtccttc a 21
<210> 339
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_17 forward primer
<400> 339
ccattcagca gaagaatgtt 20
<210> 340
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_17 reverse primer
<400> 340
aggtcatggg ttagattcct 20
<210> 341
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_07 forward primer
<400> 341
gagtgtgctt ctaggctttg 20
<210> 342
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_07 reverse primer
<400> 342
ttgtagatgt cactccctag c 21
<210> 343
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_08 forward primer
<400> 343
cacccactta acaatcaaca 20
<210> 344
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_08 reverse primer
<400> 344
ttggtctcgt attaaaaatt ga 22
<210> 345
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_19 forward primer
<400> 345
ccgtgctaaa cagatctca 19
<210> 346
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_19 reverse primer
<400> 346
atttgattta ggcactcagc 20
<210> 347
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_09 forward primer
<400> 347
ttccttgggg aaatagaagt 20
<210> 348
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_17_09 reverse primer
<400> 348
ttagtcactt gttgattgcc t 21
<210> 349
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_01 forward primer
<400> 349
gctagatgtt tctctcttct tga 23
<210> 350
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_01 reverse primer
<400> 350
aaaatttaag gaccaaggac t 21
<210> 351
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_12 forward primer
<400> 351
aaaaatactt ttctctctaa aactg 25
<210> 352
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_12 reverse primer
<400> 352
tgcaaattat agttattttt gctat 25
<210> 353
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_13 forward primer
<400> 353
ttagttgtgg caactccttt 20
<210> 354
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_13 reverse primer
<400> 354
gaggatttga tgttgcagtc 20
<210> 355
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_14 forward primer
<400> 355
tgtcaggtgt gtgtagaatt g 21
<210> 356
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_14 reverse primer
<400> 356
agacatgtac acgacttccc 20
<210> 357
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_04 forward primer
<400> 357
agcacaggat gactgaagat 20
<210> 358
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_04 reverse primer
<400> 358
tcaaaaactg tcaaatgtgc 20
<210> 359
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_16 forward primer
<400> 359
tgcatgtgtc tgcatcttat 20
<210> 360
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_16 reverse primer
<400> 360
accataaccc aaaatgacct 20
<210> 361
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_08 forward primer
<400> 361
tcaggaatgt gtcttaacaa aa 22
<210> 362
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_08 reverse primer
<400> 362
tgaaatatac tttttggggt g 21
<210> 363
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_18 forward primer
<400> 363
tgcaaggaag ttatttggat 20
<210> 364
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_18 reverse primer
<400> 364
aatatacatg gcactttggc 20
<210> 365
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_09 forward primer
<400> 365
ggtttaagtt tttatgagtc tttct 25
<210> 366
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_09 reverse primer
<400> 366
catgtacatc ttatatgttg gatt 24
<210> 367
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_19 forward primer
<400> 367
cttaattgaa acttttaaac atca 24
<210> 368
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_18_19 reverse primer
<400> 368
ttgaatcagg tcttcttacc a 21
<210> 369
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_01 forward primer
<400> 369
tctttcacga ttatgcattg 20
<210> 370
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_01 reverse primer
<400> 370
acgtaataac actatcaact tgt 23
<210> 371
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_11 forward primer
<400> 371
gcaacaccca ttttcatatt 20
<210> 372
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_11 reverse primer
<400> 372
ccttaaacgt ctaggaacca 20
<210> 373
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_05 forward primer
<400> 373
gagaaatttt gataatgagg gt 22
<210> 374
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_05 reverse primer
<400> 374
tatcatgcat tgaaattgga 20
<210> 375
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_06 forward primer
<400> 375
aacaaatgag ttaaactttg agc 23
<210> 376
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_06 reverse primer
<400> 376
acaaaaccca atcaatcaat 20
<210> 377
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_08 forward primer
<400> 377
agtcaaaacc tactgatttt caa 23
<210> 378
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_08 reverse primer
<400> 378
tccttagatc catcgaacac 20
<210> 379
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_16 forward primer
<400> 379
agcaactgca aaaatcctta 20
<210> 380
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_16 reverse primer
<400> 380
ttttctgtat ctgtatgttg ttc 23
<210> 381
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_17 forward primer
<400> 381
tgtctgtgtg ttgaatggag 20
<210> 382
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_17 reverse primer
<400> 382
acaacctgtc aaacaagtcc 20
<210> 383
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_18 forward primer
<400> 383
tgtgacctga tgtcaaatta 20
<210> 384
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_18 reverse primer
<400> 384
cattttggtc tctatagctt ttt 23
<210> 385
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_19 forward primer
<400> 385
tgtaggtcca tcgagtaatg 20
<210> 386
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_19 reverse primer
<400> 386
ttcacaaaag aaatactaca cg 22
<210> 387
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_20 forward primer
<400> 387
ttgagggctt gacaaaaa 18
<210> 388
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_19_20 reverse primer
<400> 388
caggccatgt tgagtataaa 20
<210> 389
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_06 forward primer
<400> 389
ccaccagtgg ttacatcata 20
<210> 390
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_06 reverse primer
<400> 390
acgtgtgttt cctttgctat 20
<210> 391
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_07 forward primer
<400> 391
gctaagcaat tagcaactca a 21
<210> 392
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_07 reverse primer
<400> 392
tttataatgc atgcacattt tt 22
<210> 393
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_15 forward primer
<400> 393
cattcttctc tcctccagtg 20
<210> 394
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_15 reverse primer
<400> 394
tgagtttgag gataaggtcg 20
<210> 395
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_09 forward primer
<400> 395
gctttgattt ggtcatgttt 20
<210> 396
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_09 reverse primer
<400> 396
gtttgtcgca aaaggttaag 20
<210> 397
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_18 forward primer
<400> 397
aagagggcta tttgtgattg 20
<210> 398
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_18 reverse primer
<400> 398
tggacctatt cccatacttg 20
<210> 399
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_19 forward primer
<400> 399
agagagagcc gaagagattt 20
<210> 400
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_19 reverse primer
<400> 400
tttctatccc aacttctgct 20
<210> 401
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_10 forward primer
<400> 401
taaagtttgg ggtctagcaa 20
<210> 402
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_10 reverse primer
<400> 402
gatgcatttg gatttcattt 20
<210> 403
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_20 forward primer
<400> 403
tcgataacat tgtaattata aacag 25
<210> 404
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SIndel_20_20 reverse primer
<400> 404
aagatgatac aagagaacat aacg 24
Claims (24)
- 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 27개 이상의 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 95 및 96으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 155 및 156으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 201 및 202로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 217 및 218로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 227 및 228로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 243 및 244로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 263 및 264로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 255 및 256으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 277 및 288로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 279 및 280으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 359 및 360으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 379 및 380으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 381 및 382로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 391 및 392로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 33 및 34로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 119 및 120으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 127 및 128로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 181 및 182로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 199 및 200으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 239 및 240으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 261 및 262로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 263 및 264로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 255 및 256으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 275 및 276으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 279 및 280으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 305 및 306으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 291 및 292로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 329 및 330으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 347 및 348로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 375 및 376으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 385 및 386으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 397 및 398로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 399 및 400으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 13 및 14로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 127 및 128로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 165 및 166으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 183 및 184로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 189 및 190으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 193 및 194로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 187 및 188로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 197 및 198로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 235 및 236으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 245 및 246으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 321 및 322로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 317 및 318로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 329 및 330으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 345 및 346으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 349 및 350으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 357 및 358로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 371 및 372로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 21 및 22로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 129 및 130으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 159 및 160으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 165 및 166으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 187 및 188로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 197 및 198로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 211 및 212로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 235 및 236으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 253 및 254로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 277 및 278로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 285 및 286으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 301 및 302로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 305 및 306으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 299 및 300으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 317 및 318로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 345 및 346으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 361 및 362로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 377 및 378로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 9 및 10으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 31 및 32로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 83 및 84로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 103 및 104로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 115 및 116으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 159 및 160으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 193 및 194로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 187 및 188로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 201 및 202로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 217 및 218로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 221 및 222로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 231 및 232로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 239 및 240으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 263 및 264로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 265 및 266으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 297 및 298로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 347 및 348로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 345 및 346으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 389 및 390으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 399 및 400으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 5 및 6으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 141 및 142로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 151 및 152로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 155 및 156으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 175 및 176으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 185 및 186으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 203 및 204로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 211 및 212로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 207 및 208로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 217 및 218로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 231 및 232으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 235 및 236으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 239 및 240으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 287 및 288로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 289 및 290으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 341 및 342로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 339 및 340으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 353 및 354로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 359 및 360으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 393 및 394로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 1 및 2로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 25 및 26으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 61 및 62로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 71 및 72로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 131 및 132로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 137 및 138로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 159 및 160으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 183 및 184로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 193 및 194로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 215 및 216으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 231 및 232로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 249 및 250으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 261 및 262으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 267 및 268로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 301 및 302로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 303 및 304로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 323 및 324로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 347 및 348로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 349 및 350으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 353 및 354로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 11 및 12로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 39 및 40으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 131 및 132로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 189 및 190으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 203 및 204로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 207 및 208로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 243 및 244로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 251 및 252로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 263 및 254로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 277 및 278로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 299 및 300으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 307 및 308로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 319 및 320으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 345 및 346으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 349 및 350으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 369 및 370으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 373 및 374로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 393 및 394로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 95 및 96으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 97 및 98로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 121 및 122로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 147 및 148로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 161 및 162로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 199 및 200으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 205 및 206으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 209 및 210으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 219 및 220으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 225 및 226으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 235 및 236으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 273 및 274로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 307 및 308로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 311 및 312로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 325 및 326으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 353 및 354로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 355 및 356으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 369 및 370으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 375 및 376으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 371 및 372로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 383 및 384로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 399 및 400으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 403 및 404로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 13 및 14로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 33 및 34로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 45 및 46으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 81 및 82로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 95 및 96으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 109 및 110으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 117 및 118로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 131 및 132로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 133 및 134로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 151 및 152로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 163 및 164로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 177 및 178로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 183 및 184로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 247 및 248로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 257 및 258로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 371 및 372로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 305 및 306으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 303 및 304로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 307 및 308로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 323 및 324로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 387 및 388로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 391 및 392로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 95 및 96으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 111 및 112로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 101 및 102로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 153 및 154로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 161 및 162로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 185 및 186으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 219 및 220으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 239 및 240으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 261 및 262로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 251 및 252로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 269 및 270으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 277 및 278로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 287 및 288로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 293 및 294로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 369 및 370으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 373 및 374로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 381 및 382로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 399 및 400으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 403 및 404로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 19 및 20으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 21 및 22로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 31 및 32로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 85 및 86으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 97 및 98로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 117 및 118로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 133 및 134로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 149 및 150으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 153 및 154로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 175 및 176으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 189 및 190으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 203 및 204로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 223 및 224로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 235 및 236으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 253 및 254로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 271 및 272로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 303 및 304로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 313 및 314로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 327 및 328로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 367 및 368로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 383 및 384로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 393 및 394로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 7 및 8로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 129 및 130으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 119 및 120으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 121 및 122로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 127 및 128로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 155 및 156으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 169 및 170으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 189 및 190으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 185 및 186으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 197 및 198로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 201 및 202로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 243 및 244로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 261 및 262로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 267 및 268로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 293 및 294로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 301 및 302로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 305 및 306으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 321 및 322로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 327 및 328로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 341 및 342로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 345 및 346으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 361 및 362로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 363 및 364로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 367 및 368로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 375 및 376으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 383 및 384로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 401 및 402로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 19 및 20으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 17 및 18로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 29 및 30으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 105 및 106으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 135 및 136으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 153 및 154로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 165 및 166으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 177 및 178로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 183 및 184로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 187 및 188로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 199 및 200으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 205 및 206으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 209 및 210으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 237 및 238로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 253 및 254로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 279 및 280으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 283 및 284로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 295 및 296으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 299 및 300으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 323 및 324로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 317 및 318로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 341 및 342로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 339 및 340으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 399 및 400으로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 3 및 4로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 35 및 36으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 101 및 102로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 105 및 106으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 117 및 118로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 123 및 124로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 133 및 134로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 139 및 140으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 167 및 168로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 179 및 180으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 189 및 190으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 185 및 186으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 217 및 218로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 223 및 224로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 287 및 288로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 279 및 280으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 301 및 302로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 291 및 292로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 309 및 310으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 337 및 338로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 351 및 352로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 371 및 372로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 389 및 390으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 393 및 394로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 27 및 28로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 97 및 98로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 113 및 114로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 129 및 130으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 127 및 128로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 145 및 146으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 147 및 148로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 155 및 156으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 167 및 168로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 193 및 194로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 185 및 186으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 197 및 198로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 213 및 214로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 261 및 262로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 253 및 254로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 265 및 266으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 277 및 278로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 291 및 292로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 315 및 316으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 335 및 336으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 369 및 370으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 375 및 376으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 381 및 382로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 389 및 390으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 403 및 404로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 15 및 16으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 39 및 40으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 53 및 54로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 107 및 108로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 99 및 100으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 101 및 102로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 155 및 156으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 157 및 158로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 161 및 162로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 177 및 178로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 191 및 192로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 199 및 200으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 211 및 212로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 221 및 222로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 227 및 228로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 233 및 234로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 241 및 242로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 243 및 244로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 259 및 260으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 267 및 268로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 305 및 306으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 297 및 298로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 299 및 300으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 313 및 314로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 333 및 334로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 361 및 362로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 369 및 370으로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 371 및 372로 구성되는 프라이머 세트; 서열번호 395 및 396으로 구성되는 프라이머 세트 및 서열번호 403 및 404로 구성되는 프라이머 세트를 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- 제2항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조성물은 1 이상의 프라이머 세트를 추가로 포함하는 콩 품종 인식용 조성물.
- (a) 콩 시료에서 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 27개 이상의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 (b) 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 콩 품종 인식 방법.
- 제20항에 있어서, (c) 상기 증폭된 산물을 표준 콩 품종의 증폭된 산물과 비교하여 품종을 인식하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 콩 품종 인식 방법.
- 제21항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 품종을 인식함에 있어, 증폭된 산물을 표준 콩 품종의 증폭된 산물과 비교하여 코드화 하는 것을 특징으로 하는, 콩 품종 인식 방법.
- 서열번호 1 내지 서열번호 404의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 202개의 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 27개 이상의 프라이머 세트를 포함하는, 콩 품종 인식용 키트.
- 제23항에 있어서, 상기 키트에는 DNA 중합효소, dNTPs 및 반응완충액을 추가로 포함하는, 콩 품종 인식용 키트.
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