KR101656543B1

KR101656543B1 - 이리노테칸의 감수성 판정 방법 및 그 이용

Info

Publication number: KR101656543B1
Application number: KR1020117021033A
Authority: KR
Inventors: 마사히코 니시야마; 게이코 히야마; 게이지 다니모토
Original assignee: 가부시키가이샤 야쿠르트 혼샤
Priority date: 2009-03-13
Filing date: 2010-03-12
Publication date: 2016-09-09
Also published as: CN102325905B; EP2407556A1; AU2010222334B2; CA2755260A1; WO2010103851A1; AU2010222334A1; CN102325905A; JPWO2010103851A1; CA2755260C; BRPI1009855A2; EP2407556A4; JP5774473B2; US9107918B2; EP2407556B1; AU2010222334A2; US20120129880A1; KR20110137305A

Abstract

개개의 환자의 치료 반응성을 판별할 수 있는 이리노테칸, SN－38 및/또는 그 염에 대한 감수성 판정 방법 및 그것을 이용하는 새로운 암 치료 수단을 제공한다.
검체 중의 AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량을 측정하고, 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하는 것을 특징으로 하는 이리노테칸, SN－38 및/또는 그 염의 감수성 판정 방법.

Description

이리노테칸의 감수성 판정 방법 및 그 이용{METHOD FOR DETERMINING SENSITIVITY TO IRINOTECAN AND USE THEREOF}

본 발명은 암이 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 치료 반응성을 갖는지의 여부를 판정하기 위해 사용하는 감수성 판정 방법 및 그 이용에 관한 것이다.

항암제에는, 알킬화제, 백금 제제, 대사 길항제, 항암성 항생 물질, 항암성 식물 알카로이드 등의 종류가 있다. 그리고 이들 항암제에는 암의 종류에 따라 효과를 나타내는 경우와 효과를 나타내지 않는 경우가 있다. 또한, 유효하다고 인정된 종류의 암이어도, 개개의 환자에 따라 효과를 나타내는 경우와 효과를 나타내지 않는 경우가 있는 것이 알려져 있다. 이와 같은 개개의 환자의 암에 대하여 항암제가 효과를 나타내는지의 여부를 항암제 감수성이라고 한다.

염산 이리노테칸 (CPT-11) 은 일본에서 개발된 topoisomerase I 저해라는 작용 기전을 갖는 항암제이다. 일본에서 CPT-11 은 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 자궁경암, 난소암에 유효한 약제로서 1994년 1월에 인가되고, 또한 1995년 7월에 위암, 결장·직장암, 유방암, 유극세포암, 악성 림프종에 대한 적용이 인정되었다. CPT-11 은 특히 대장암의 영역에서 다제병용 요법의 first line drug 혹은 second line drug 로서 세계적인 표준 치료약의 위치를 차지하고, 그 유용성이 인정되고 있다.

진행성·전이 대장암에 대한 화학 요법은 1990년대에 등장한 CPT-11, 옥살리플라틴 등의 key drug 와, 그때까지 대장암 치료의 중심적 약제였던 플루오로우라실 (5-FU) 을 중심으로 하는 불화피리미딘 제제를 병용함으로써, 생존율을 비롯한 임상 성적이 극적으로 개선되었다. 그러나 그래도 여전히 주효율 (奏效率) 은 대략 50 ％ 정도이며, 심한 부작용이라는 리스크를 무릅쓰고 항암제가 투여된 환자의 절반에게서는 효과가 얻어지지 않은 것이 현 상황이어서, 개개의 치료 반응성 (리스폰더·논리스폰더) 을 판별하는 항암제 감수성 예측 방법의 확립은 급선무이다.

일반적으로, 암 화학 요법의 치료 스케줄은 장기에 걸쳐 부작용의 발현을 보면서 몇 달간 반복 치료를 실시한 후, 효과가 얻어졌는지, 그대로 투여를 계속해야 하는지를 판단하는데, 그때까지는 긴 시간과 고액의 의료비가 들고, 부작용의 발현도 일어나고 있는 것이 사실이다. 따라서, 개개의 환자에 대하여, 효과가 얻어지는지의 여부를 치료 전 혹은 치료 조기에 예측할 수 있는 수단이 있으면, 환자의 부담이나 부작용의 발현을 경감시키고, 의료비를 삭감할 수 있다.

CPT-11 은 그 자체 항종양 활성을 갖는 것이지만, 체내에서 Carboxyl esterase 에 의해 활성화되어, CPT-11 에 비해 대략 100 ∼ 수천 배 강한 항종양 활성을 갖는 7-ethyl-10-hydroxycamptothecin (SN-38) 으로 변환된다. CPT-11 과 SN-38 이 동시에 체내에 존재함으로써 항종양 효과를 나타내는 것으로 생각되고 있다. SN-38 은 간세포 내에서 UDP-글루크론산 전이 효소 (UGT : UDP-glucronosyltransferase) 에 의해 글루크론산 포합을 받아, 세포 독성이 없는 SN-38 글루크론산 포합체 (SN-38G) 가 되고, 주로 담즙 중에 배설되어 장관 (腸管) 으로 이행되고, 그 이후에는 변 중에 배설된다. 장관에 배설된 SN-38G 의 일부는, 장내 세균이 갖는 β-글루쿠로니다아제에 의해 탈포합되어 다시 활성형의 SN-38 이 되고, 장관 상피의 트랜스포터를 통하여 재흡수되어 장간 (腸肝) 순환, 장상피 세포 내에서의 UGT 에 의한 글루크론산 포합화 등의 단계를 거치면서 대사·배설을 받는다 (비특허문헌 1). 이 때, SN-38 이 장관 점막을 장해하여 설사를 유발하는 것으로 생각되고 있다. 또, 세포 분열이 활발한 골수에도 영향을 미쳐, 적혈구 감소·백혈구 감소·혈소판 감소를 일으키는 것이 확인되었다.

심한 설사나 호중구 감소증 등의 부작용은 UGT1A1 유전자 다형이 가져오는 SN-38 체내 노출량의 변화가 한 요인인 것이 나타났다. 그러나 치료 효과에 관해서는, 프로드러그인 CPT-11 에서 활성 대사물 SN-38 로의 변환과 그 해독, 또한 장관 순환 과정에 있어서의 SN-38 의 재생성이나, CPT-11 자체의 대사와 대사물로부터의 SN-38 의 생성과 같은 체내 동태의 복잡성에 의해, 약물 동태에 의해 치료 효과를 예측할 수 있다는 보고는 여전히 이루어지지 않고 있다. 말초혈 단핵구 세포의 카르복실에스테라아제 mRNA 발현량이 SN-38 과 SN-38G 의 AUC 비와는 상관하지만 종양 축소 효과와는 상관이 없다는 보고도 이루어져 있다 (비특허문헌 2).

또 한편으로, CPT-11 감수성 혹은 내성에 관여하는 인자로서, SN-38 의 표적인 topoisomerase I 의 변이 유무나 발현량, CPT-11 에서 SN-38 로의 변환에 관여하는 카르복실에스테라아제 활성, CPT-11 이나 SN-38 의 세포 내 축적량에 영향을 주는 ABC 트랜스포터계 유전자 (multidrug resistance protein (MRP)-1, MRP-2, Breast cancer resistant protein (BCRP)/ABCG2), BCL2 패밀리 유전자 (특허문헌 1) 의 관여가 보고되어 있고, 그 밖에 세포 증식 항원 Ki-67, 암 억제 유전자 TP53 등도 CPT-11 을 사용한 치료에 대한 반응성과의 관련이 검토되고 있다. 임상 연구에 있어서는, 항아포토시스 작용을 갖는 Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 의 혈장 중 레벨이, 전이 결장·직장암에 대한 CPT-11 ＋ 5-FU 병용 요법의 임상 예후와 유의하게 상관하는 것이 최근 보고되었다 (비특허문헌 3). 이와 같이 CPT-11 감수성 예측 바이오 마커나 감수성 판정 방법의 필요성이 인식되어 많은 연구가 이루어지고 있지만, 표적인 topoisomerase I 에 대해서도, 5-FU 감수성 예측 인자로 여겨지는 티미딜산 합성 효소와 함께 5-FU ＋ CPT-11 병용 요법의 치료 반응성과의 사이에 명확한 관련성을 알아낼 수 없었다는 보고도 있는 등 (비특허문헌 4), 치료 반응성을 예측할 수 있는 명확한 바이오 마커나 감수성 판정 방법은 여전히 확립되지 않았다.

국제공개 WO2005/78100호 팜플렛

Cancer Res 1991 ; 51 : 4187-4191. Clin Cancer Res 2005 ; 11 : 6901-6907. Clin Cancer Res 2007 ; 13 : 4117-4122. Int J Cancer 2004 ; 111 : 252-258.

본 발명의 과제는 개개의 환자의 치료 반응성을 판별할 수 있는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 판정 방법 및 그것을 이용하는 새로운 암 치료 수단을 제공하는 것에 있다.

그래서 본 발명자들은, 인간 배양 암세포를 사용하여, SN-38 첨가시의 유전자 발현과 SN-38 에 대한 감수성을 망라적으로 해석함으로써, 감수성에 상관하고 있는 것으로 생각되는 유전자를 특정하고, CPT-11 의 단독 투여에 의한 인간 임상 시험을 실시하여, 그 유전자를 사용한 감수성의 판정 방법을 예의 검토하였다. 그 결과, 7 개의 그 유전자의 발현량을 특정 산출식에 대입함으로써, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성, 구체적으로는 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 을 산출할 수 있는 것을 알아냈다. 이러한 지견에 기초하여 더욱 검토한 결과, 암 환자 유래의 생체 시료 중의 당해 유전자의 발현량을 측정하고, 산출식에 대입하면, 당해 암 환자의 암이 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 감수성인지의 여부를 판정할 수 있는 것, 또 산출식으로부터 얻어지는 수치의 증가를 지표로 하면 감수성 항진제의 스크리닝이 가능해지는 것, 또한 당해 감수성 항진제와 감수성 항진의 대상이 되는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염을 병용하면, 당해 항암제의 치료 효과가 비약적으로 향상되는 것을 알아내어, 본 발명을 완성하였다.

즉, 본 발명은, 검체 중의 AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량을 측정하고, 하기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하는 것을 특징으로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 판정 방법을 제공하는 것이다.

[수학식 1]

최량 종양 축소 효과 (％) ＝ 139.49 － 12.089 × A － 84.477 × B － 12.737 × C ＋ 85.900 × D － 29.119 × E － 6.8630 × F ＋ 20.303 × G …… (1)

[수학식 2]

전체 생존 기간 (일) ＝ 512.78 － 192.11 × A － 120.78 × B ＋ 134.53 × C － 11.883 × D ＋ 157.24 × E ＋ 31.962 × F － 386.55 × G …… (2)

[수학식 3]

무증악 생존 기간 (일) ＝ 68.076 ＋ 78.277 × A － 57.358 × B － 15.011 × C ＋ 8.9798 × D ＋ 73.077 × E － 38.961 × F － 43.313 × G …… (3)

(식 중, A 는 AMD1 유전자의 발현량, B 는 CTSC 유전자의 발현량, C 는 EIF1AX 유전자의 발현량, D 는 C12orf30 유전자의 발현량, E 는 DDX54 유전자의 발현량, F 는 PTPN2 유전자의 발현량, G 는 TBX3 유전자의 발현량을 나타낸다)

또, 본 발명은 (A) 상기 7 유전자의 발현량 측정 시약과, (B) 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하기 위한 프로토콜을 함유하는 것을 특징으로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 판정용 키트를 제공하는 것이다.

또한 본 발명은 검체 중의 AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량을 측정하고, 식 (1) ∼ (3) 을 사용하여 산출한 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 중 어느 하나의 수치 증가를 지표로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 항진제의 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.

추가로 또 본 발명은 상기 스크리닝 방법에 의해 얻어진 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 항진제를 제공하는 것이다.

또한 본 발명은 상기 감수성 항진제와 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염을 함유하는 암 치료용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 판정 방법을 사용하면, 개개의 환자의 항암제 치료 반응성이 항암제 투여 전, 혹은 항암제 투여 개시 후 조기에 확실하게 판정할 수 있는 결과, 보다 치료 효과가 높은 항암제의 선택이 가능해지고, 그 결과적으로 치료 효과를 기대할 수 없는 항암제의 계속 투여에 수반하는 암의 진행, 부작용의 증대를 방지할 수 있고, 나아가서는 환자의 부담 경감, 의료비의 삭감도 기대할 수 있다. 또, 이 판정 방법을 사용하면, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성을 항진시키는 약제를 스크리닝할 수 있고, 그 대상이 되는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염과 감수성 항진제를 병용하면, 암 치료 효과가 비약적으로 향상된다.

도 1 은 공지 5 유전자와 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 in vitro SN-38 효과의 예측식을 나타내는 그래프이다.
도 2 는 공지 5 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 최량 종양 축소 효과 (％) 의 예측식과 그 예측성의 한계를 나타내는 그래프이다.
도 3 은 공지 5 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 무증악 생존 기간 (일) 의 예측식과 그 예측성의 한계를 나타내는 그래프이다.
도 4 는 공지 5 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 전체 생존 기간 (일) 의 예측식과 그 예측성의 한계를 나타내는 그래프이다.
도 5 는 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 최량 종양 축소 효과 (％) 의 예측식과 그 예측성의 유용성을 나타내는 그래프이다.
도 6 은 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 무증악 생존 기간 (일) 의 예측식과 그 예측성의 유용성을 나타내는 그래프이다.
도 7 은 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 이리노테칸 단독 투여에 의한 전체 생존 기간 (일) 의 예측식과 그 예측성의 유용성을 나타내는 그래프이다.

본 발명에 있어서의 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 판정 방법은, 검체 중의 상기 7 유전자의 발현량을 측정하고, 그 발현량을 사용하여 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출함으로써 실시할 수 있다. 본 발명에 사용하는 7 개의 유전자는, 인간 배양 암세포를 사용한 계에서는, SN-38 의 감수성에 상관하고 있는 것으로 생각되는 유전자였지만, 실제 인간 임상 시험에 있어서의 CPT-11 의 감수성의 검토에서는, 단독으로 CPT-11 의 감수성을 반영하는 것은 아니었다. 그래서, 임상 시험에서 얻어진 검체의 각 유전자의 발현량과, 각 환자의 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 을 중회귀 분석 (문헌명 Shimokuni T 외 "Chemosensitivity prediction in esophageal squamous cell carcinoma : novel marker genes and efficacy-prediction formulae using their expression data." Int J Oncol 2006. 5.) 에 의해 해석한 결과, 상기 7 개의 유전자의 발현량을 대입한 식 (1) ∼ (3) 이, 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 과 매우 높은 상관성을 갖는 것이 밝혀졌다. 따라서, 검체 중의 상기 7 개의 유전자의 발현량을 측정하고, 하기 식 (1) ∼ (3) 에 대입함으로써, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성을 판정할 수 있고, 구체적으로 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 을 예측할 수 있게 된다.

[수학식 4]

[수학식 5]

[수학식 6]

여기서, AMD1 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_001634 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

CTSC 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_148170 및 NM_001814 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

EIF1AX 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_001412 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

C12orf30 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_024953 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

DDX54 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_024072 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

PTPN2 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_002828 및 NM_080422 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말하고,

TBX3 유전자란 GenBank 액세션 번호 NM_005996 및 NM_016569 에 나타내는 염기 배열의 mRNA 를 발현시키는 유전자 및 그 호모로그를 말한다.

또, 유전자란, 2 개 사슬 DNA 뿐만 아니라, 그것을 구성하는 센스 사슬 및 안티센스 사슬과 같은 각 1 개 사슬 DNA 를 포함하는 취지이며, 또 그 길이에 전혀 제한되는 것은 아니다. 또, 핵산 (폴리뉴클레오티드) 으로는, RNA, DNA 를 예시할 수 있고, DNA 는 cDNA, 게놈 DNA, 합성 DNA, RNA 는 mRNA, rRNA, siRNA 를 들 수 있다. 여기서 폴리뉴클레오티드에는, 복수 개의 염기 배열로 이루어지는 올리고뉴클레오티드도 포함된다.

본 발명의 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 판정 방법을 사용하여 감수성을 판정하려면, 검체 중의 상기 7 개의 유전자의 발현량을 측정하고, 식 (1) ∼ (3) 에 대입하면 된다. 여기서, 검체로는, 암을 갖는 피험자 (암 환자) 유래의 생체 시료, 예를 들어 혈액, 혈청, 혈장, 뇨, 종양 조직·세포, 복수, 흉수, 뇌척수액, 변, 객담 등을 들 수 있는데, 종양 조직이 특히 바람직하다. 검체는 적절히 공지된 방법에 의해 처리하고, 조직 추출액, 조직 표본 등으로서 사용할 수도 있다.

또, 본 발명의 대상이 되는 암으로는, 인두암을 대표로 하는 입술, 구강 및 인두암, 식도암, 위암, 결장·직장암 등을 대표로 하는 소화기암, 폐암을 대표로 하는 호흡기 및 흉강 내장기암, 뼈 및 관절 연골암, 피부의 악성 흑색종, 유극세포암 및 그 밖의 피부의 암, 중피종을 대표로 하는 중피 및 연부 조직암, 유방암, 자궁암, 난소암을 대표로 하는 여성 성기암, 전립선암을 대표로 하는 남성 성기암, 방광암을 대표로 하는 요로암, 뇌종양을 대표로 하는 눈, 뇌 및 중추 신경계 암, 갑상선 및 그 밖의 내분비선암, 비(非)호지킨림프종이나 림프성 백혈병을 대표로 하는 림프 조직, 조혈 조직 및 관련 조직암, 및 이들을 원발소로 하는 전이 조직의 암 등을 들 수 있는데, 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 자궁경암, 난소암, 위암, 결장·직장암, 유극세포암, 악성 림프종에 대하여 바람직하게 이용할 수 있고, 특히 결장·직장암 (대장암) 에 대하여 바람직하게 이용할 수 있는데, 화학 요법 미치료암이 특히 바람직하다.

유전자의 발현량 측정은, 본 발명의 유전자나 유전자 유래의 mRNA 를 검출할 수 있는 프로브나 프라이머를 사용하고, 표적으로 하는 유전자의 카피 수나 발현량을 서던 하이브리다이제이션법, DNA 마이크로 어레이, 리얼 타임 PCR 법, RT-PCR 법 등에 의해 실시할 수 있다. 또, 당해 유전자에 의해 코드되는 폴리펩티드도 측정 대상으로서 들 수 있으며, 유전자의 발현량을 반영하는 것이면 특별히 한정되지 않지만, 당해 유전자 유래의 mRNA 를 측정 대상으로 하는 것이 바람직하다. 여기서, 유전자의 발현량 측정이란, 유전자의 발현 유무를 확인하는 것도 포함한다.

여기서, PCR 법에 대해 설명한다. 측정 대상으로서 mRNA 를 사용하는 경우, 필요에 따라, 여과, 원심 분리, 크로마토그래피 등의 공지된 방법에 의한 전처리를 검체에 실시한 후, 예를 들어, 구아니딘-염화세슘 초원심법, 산성 구아니딘-페놀클로로포름법 (AGPC 법), 자기 (磁氣) 비즈법, 실리카 칼럼법 등의 범용법을 사용하여, 검체로부터 RNA 를 추출할 수 있다. 또, 시판되는 키트 (QIAGEN RNeasy KIt, TRIZOL 등) 를 사용하여 RNA 를 추출할 수도 있다.

mRNA 의 측정은, 예를 들어, (1) 목적 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편 및 검체 유래 RNA 를 사용하여 PCR 법에 의한 증폭 산물량을 구하는 것, (2) 목적 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편과 검체 유래 RNA 의 하이브리다이즈 효율을 구하는 것, 또는 (3) 그 밖의 공지된 방법을 사용한 정량 방법에 의해 구할 수 있다.

여기서, PCR 법을 사용하는 경우에 있어서, 「목적 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편」의 설계는, 목적 유전자가 갖는 염기 배열과 다른 유전자가 갖는 염기 배열을 비교하여, 목적 유전자의 mRNA 에 특이적인 배열을 선택함으로써 실시할 수 있다. 여기서, 목적 유전자의 mRNA 의 염기 배열은, 예를 들어, 데이터베이스 (GenBank 등) 를 참작함으로써 얻을 수 있다. 또, 염기 배열을 소프트웨어 (Clustal X 등) 를 사용하여 정렬시키고, 육안 관찰 등의 수단에 의해 특이적 배열을 알아낼 수 있다. 당해 핵산 단편의 길이는 특별히 제한은 없지만, 5 ∼ 50 염기로 이루어지는 핵산 단편이 바람직하고, 18 ∼ 25 개가 연속된 염기로 이루어지는 핵산 단편이 보다 바람직하다.

목적 유전자의 mRNA 에 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편으로는, 이렇게 하여 설계되는 배열뿐만 아니라, 공지된 기술 상식에 준하면 적절히 상정할 수 있고, 당해 염기 배열과 상보적인 염기 배열이나 목적 유전자의 mRNA 의 측정에 동일하게 사용할 수 있는 상동의 염기 배열, 예를 들어, a) 당해 염기 배열 중 1 내지 10 개, 바람직하게는 1 또는 수 개의 염기가 치환, 부가 또는 결실된 염기 배열, b) 당해 염기 배열과 90 ％ 이상, 바람직하게는 95 ％ 이상, 보다 바람직하게는 99 ％ 이상의 동일성을 갖는 염기 배열, c) 당해 염기 배열과 상보적인 염기 배열로 이루어지는 DNA 와 스트린젠트한 조건하에서 하이브리다이즈하는 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편 등을 사용할 수도 있다.

또, 이러한 핵산 단편은 그 양단 또는 일단, 바람직하게는 5' 단 (端) 에 임의의 수, 바람직하게는 100 개, 보다 바람직하게는 20 개, 더욱 바람직하게는 10 개 이하의 염기가 부가된 핵산 단편이어도 된다.

이렇게 하여 설계되는 핵산 단편은, 예를 들어, 그 염기 배열에 따라, DNA 합성기에 의해 인공적으로 합성할 수 있다. 당해 단편으로는, 합성 후에 그 특이성이 확인된 단편이 바람직하고, 여기서 특이성의 확인으로는, 예를 들어, 목적 mRNA 를 주형 (鑄型) 으로 하는 경우에는, 적당한 대조와 비교하여 특이적인 PCR 증폭 산물이 얻어지는 것을 확인함으로써 실시할 수 있다.

이와 같은 핵산 단편으로는, 예를 들어 AMD1 유전자이면, GenBank 액세션 번호 NM_001634 의 염기 배열의 일부 혹은 그것과 상보적인 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편, 또는 그것들과 상동인 염기 배열로 이루어지고 또한 기능적으로 등가인 핵산 단편을 들 수 있다. 여기서, 그것들과 상동인 염기 배열로 이루어지고 또한 기능적으로 등가인 핵산 단편으로는, 예를 들어, 이하에 나타내는 (a) ∼ (c) 에 나타내는 핵산 단편으로서, 목적 유전자의 mRNA 의 측정에 사용할 수 있는 것을 들 수 있다. AMD1 유전자 이외의 경우에도 동일하다.

(a) NM_001634 로 나타내는 염기 배열의 일부 혹은 그것과 상보적인 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편에 있어서, 1 또는 수 개의 염기가 결실, 치환 혹은 부가된 핵산 단편. (b) NM_001634 로 나타내는 염기 배열의 일부 혹은 그것과 상보적인 염기 배열과 90 ％ 이상, 바람직하게는 95 ％ 이상, 보다 바람직하게는 99 ％ 이상의 동일성을 갖는 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편. (c) NM_001634 로 나타내는 염기 배열의 일부 혹은 그것과 상보적인 염기 배열로 이루어지는 DNA 와 스트린젠트한 조건하에서 하이브리다이즈하는 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편.

또한, 여기서, 염기 배열의 동일성은 GENETYX^TM 의 호몰로지 해석 프로그램을 사용함으로써 산출된다.

또, 「스트린젠트한 조건」이란, 2 개의 DNA 단편이 Sambrook J 들에 의해 기재된 바와 같은 표준적인 하이브리다이제이션 조건하에서 상호 하이브리다이즈하는 것을 의미한다 (Expression of cloned genes in E.coli (Molecular Cloning : A laboratory manual (1989)) Cold Spring harbor Laboratory Press, New York, USA, 9.47-9.62 및 11.45-11.61).

이렇게 하여 제조되는 핵산 단편 및 검체 유래 RNA 를 사용하고 PCR 법, 바람직하게는 mRNA 로부터의 cDNA 를 제조하는 공정을 포함하는 리얼 타임 RT-PCR 법을 실시함으로써, 검체의 mRNA 를 측정할 수 있다. 여기서, RT-PCR 법은 Two-Step RT-PCR 이나 One-Step RT-PCR 등의 공지된 방법을 사용하여 실시할 수 있는데, 특히 간편하고 또한 크로스 컨태미네이션을 방지한다는 면에서는, One-Step RT-PCR 이 바람직하다. 이러한 One-Step RT-PCR 법은, 예를 들어, 시판되는 키트를 사용하여 실시할 수 있다 (QIAGEN One-Step RT-PCR kit 등). RT 반응에 사용하는 역전사 활성을 갖는 효소로는 M-MHV reverse transcriptase 등의 다양한 역전사 효소를 사용할 수 있다. 또, DNA 를 증폭시키는 PCR 반응에 사용하는 DNA 폴리메라아제는 90 ℃ 이상의 온도에 내열성이 있는 것이 바람직하다.

이와 같은 PCR 반응은, 예를 들어, 2 개 사슬 DNA 를 1 개 사슬로 하는 열변성 반응을 90 ∼ 98 ℃, 프라이머를 주형 cDNA 에 하이브리다이즈시키는 어닐링 반응을 37 ∼ 72 ℃, DNA 폴리메라아제를 작용시키는 신장 반응을 50 ∼ 75 ℃ 라는 온도 조건으로, 이것을 1 사이클로 한 것을 1 ∼ 수십 사이클 실시함으로써 실시할 수 있다. 또한, 바람직한 반응 조건의 일례는 열변성 95 ℃·30 초, 어닐링 60 ℃· 30 초, 신장 반응 72 ℃· 40 초이다. 또, PCR 반응시에는 2 종류의 프라이머를 1 세트로서 사용하는 것이 바람직하고, 이 경우에는 양자가 센스 사슬과 안티센스 사슬의 조합이 되도록 할 필요가 있다. 본 발명의 핵산 단편은 프로브로서도 사용할 수 있고, 다른 공지된 유니버설 프라이머, 올리고뉴클레오티드 등과 조합하여 사용할 수도 있다.

또, 이 RT-PCR 반응의 주형이 되는 mRNA 를 함유하는 검체 시료로는, RNA 전체량으로서 1 pg ∼ 1 ㎍ 의 RNA 를 함유하는 것이 바람직하고, 2 ng ∼ 50 ng 함유하는 것이 보다 바람직하다.

적절한 PCR 반응이 실시된 경우에는 통상적으로 「PCR 증폭 산물량」, 「PCR 사이클수」와「PCR 의 주형량」의 사이에는 상관 관계가 있다. 따라서, 이렇게 하여 실시된 PCR 반응에 의해 증폭된 증폭 산물량과 PCR 사이클수를 참작하여 적절히 계산하면, 목적 유전자의 mRNA 량, 즉 목적 유전자의 발현량을 구할 수 있다.

PCR 증폭 산물량과 PCR 사이클수의 결정은 특별히 한정되지 않고, 모든 방법에 의해 실시할 수 있는데, 예를 들어, 임의로 설정된 일정량의 DNA 량에 도달하였을 때의 PCR 사이클수를 특정함으로써 실시할 수 있다. 이러한 특정은, 예를 들어, 「PCR 산물을 표지하는 PCR 법에 아울러, 표지의 시간 경과적인 계측을 실시하는 PCR 법」을 사용하여, 설정된 일정한 형광 강도에 도달할 때의 PCR 사이클수를 특정함으로써 실시할 수 있다. 여기서, 표지로는, 예를 들어, 형광 색소에 의한 표지를 들 수 있고, 표지의 계측으로는 형광 강도의 계측을 들 수 있다. 또 여기서, 형광 색소에 의한 표지로는, 예를 들어, 인터칼레이터성 형광 색소에 의한 표지를 들 수 있고, 인터칼레이터성 형광 색소로는 SYBR(R) Green I 을 들 수 있다. 인터칼레이터성 색소는 2 개 사슬 핵산에 인터칼레이션함으로써 형광 강도가 증강되는 성질을 가지므로, 증폭된 PCR 산물을 반영한 강도의 형광이 발해지게 된다. 또, 형광 색소에 의한 표지는, 형광 색소에 의해 표지한 TaqMan 프로브나 Moleculer Beacon 등의 사용에 의해 실시할 수도 있다. TaqMan 프로브나 Moleculer Beacon 은, PCR 에 의해 증폭되는 영역의 내부 배열과 상동성을 갖는 올리고뉴클레오티드에 형광 색소와 퀀처를 결합시킨 프로브이며, PCR 반응에 공존시켜 사용한다. 프로브에 결합된 형광 색소와 퀀처의 상호 작용으로 PCR 증폭 반응에 따른 형광을 발하기 때문에, 각 PCR 단계에서의 형광 강도를 측정함으로써 증폭되는 PCR 산물의 시간 경과적인 관찰을 실시할 수 있다.

또, 전술한 바와 같이, 검체 중에 있어서의 목적 유전자의 mRNA 량은, 예를 들어, 목적 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편과 검체 유래 RNA 의 하이브리다이즈 효율의 지득 (知得) 에 의해서도 구할 수 있다.

여기서, 목적 유전자의 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편은, 예를 들어, 전술한 바와 같이 설계 및 제조된 것을 사용할 수 있다. 또, 이러한 핵산 단편으로는, 표지가 이루어져 있는 핵산 단편이 바람직하다. 여기서, 표지로는, 효소, 상자성 (常磁性) 이온, 비오틴, 형광 색소, 발색단, 중금속, 혹은 라디오아이소토프를 들 수 있고, 보다 바람직한 마커로는 효소를 들 수 있으며, 여기서 효소로는, 호스래디시 퍼옥시다아제 또는 알칼리 포스파타아제를 들 수 있다. 이러한 표지는 공지된 방법에 의해 실시할 수 있다. 검체 유래의 RNA 를 함유하는 시료와 이와 같은 핵산 단편과의 하이브리다이즈 정도를 측정하면, 공지된 환산 방법에 의해, 검체 중에 있어서의 목적 유전자의 mRNA 량을 지득할 수 있다. 이러한 하이브리다이즈 정도의 계측은 특별히 한정되지 않고, 공지된 방법에 준하여 실시할 수 있는데, 예를 들어 핵산 단편에 부가된 표지의 계측에 의해 실시할 수 있다. 즉, 예를 들어, 형광 색소에 의해 표지된 핵산 단편을 사용한 경우에는, 형광 강도를 계측함으로써 실시할 수 있다.

또, 목적 유전자의 발현량 측정은 목적 유전자나 그 mRNA 의 염기 배열에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편을 프로브로서 사용하여 실시할 수도 있다. 예를 들어 AMD1 유전자이면, 상기 GenBank 액세션 번호 NM_001634 에 기재된 염기 배열의 일부 (예를 들어 GCATGTGAGTGTTCCGACTTCATCTGTTCC) 혹은 그것과 상보적인 염기 배열로 이루어지는 핵산 단편, 또는 그것들과 상동인 염기 배열로 이루어지고 또한 기능적으로 등가인 핵산 단편도 프로브로서 사용할 수 있다. 이들 프로브는 임의의 고상에 고정화시켜, DNA 칩, 유전자 칩, cDNA 마이크로 어레이, 올리고 DNA 어레이 등으로서 이용할 수 있다.

또, 프로브로는, 상기에 예시하는 것 이외에 목적 유전자나 그 mRNA 의 염기 배열을 특이적으로 검출할 수 있도록, 목적 유전자나 그 mRNA 의 염기 배열로부터 적절한 지점을 복수 지점 선택하고, 당해 영역에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편을 복수 개 병용하도록 설계된 것을 사용해도 된다.

프로브의 고정화에 사용되는 고상은 폴리뉴클레오티드를 고정화시킬 수 있는 것이면 특별히 제한은 없고, 예를 들어 유리판, 나일론 멤브레인, 마이크로 비즈, 실리콘 칩, 캐필러리 등을 들 수 있다. 또, 고상을 표지해도 된다. 표지에는 특별히 제한은 없고, 예를 들어 형광 색소, 라디오아이소토프 등을 들 수 있다. 고상에 대한 폴리뉴클레오티드의 고정은 미리 합성한 폴리뉴클레오티드를 고상 상에 얹는 방법이어도 되고, 또 목적으로 하는 폴리뉴클레오티드를 고상 상에서 합성하는 방법이어도 된다. 고정 방법은 예를 들어 DNA 마이크로 어레이이면, 시판되는 스포터를 이용하는 등, 고정화 프로브의 종류에 따라 적절히 공지된 방법 (잉크젯법에 의한 폴리뉴클레오티드의 프린트, in situ 합성, 포토 리소그래피법) 을 사용하면 된다.

상기 방법에 의해 제조된 DNA 칩 등과 배양 세포, 조직, 조직 절편 혹은 혈액의 라이세이트 등의 검체로부터 조제된 RNA 를 기초로 조제된 표지 DNA 혹은 RNA, 혹은 이들 검체로부터 직접 조제된 표지 DNA 혹은 RNA 를 하이브리다이즈시키고, 형성된 프로브와 표지 DNA 혹은 RNA 의 2 개 사슬의 양을 당해 프로브의 표지물에서 유래하는 시그널로서 측정함으로써, 목적 유전자의 발현량을 측정할 수 있다. 여기서, 시그널의 검출은 통상적인 방법에 의해, 예를 들어, 방사선 검출기나 형광 검출기 등으로 측정하여 실시할 수 있다.

상기 방법에 추가하여, 마이크로 비즈법에 의해서도 목적 유전자의 발현량을 측정할 수 있다. 예를 들어 각각 상이한 형광 표지를 실시한 마이크로 비즈에 각각의 목적 유전자 유래의 mRNA 에 대한 프로브를 고정시키고, 배양 세포, 조직, 조직 절편 혹은 혈액의 라이세이트 등의 검체로부터 조제된 목적 유전자의 mRNA 와 하이브리다이즈시키고, 그 형광을 검출함으로써 각각의 목적 유전자를 식별하고, 동시에 마이크로 비즈에 고정된 프로브와 하이브리다이즈한 목적 유전자 유래의 mRNA 에 대하여 표지 프로브를 하이브리다이즈시키고, 그 프로브의 표지를 검출하는 것으로 mRNA 량을 측정함으로써, 복수의 목적 유전자의 발현량을 동시에 측정할 수도 있다.

또한, 상기 프로브를 사용하고, 서던 하이브리다이제이션법, 노던 하이브리다이제이션법, FISH 법, CGH 법 등의 공지된 방법을 사용하여, 목적 유전자의 카피 수·발현량을 측정할 수 있다. 또, 목적 유전자에 의해 코드되는 폴리펩티드를 측정 대상으로 하는 경우에는, 당해 폴리펩티드에 대한 특이적 항체를 사용한 공지된 면역 염색법 (ELISA 법, 웨스턴 블롯법, EIA 법, RIA 법, IHC 법 등) 에 의해, 목적 유전자의 발현량을 측정하면 된다.

이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성을 판정하려면, 항암제 투여 전 및 투여 중의 암 환자 유래의 생체 시료 중의 목적 유전자의 발현량을 측정하고, 상기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하여, 소정 기준값 이상의 수치인 경우에는 그 암은 항암제 감수성이고, 소정 기준값 미만의 수치인 경우에는 그 암은 항암제 감수성은 아닌 것으로 판정할 수 있다. 여기서, 소정 기준값은 대상이 되는 암 환자의 상태나 암의 종류, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염과 조합하여 사용하는 약제의 종류 등에 따라, 후술하는 실시예에 따라 적절히 설정할 수 있는데, 예를 들어, 이리노테칸 단독 투여의 경우에는, 최량 종양 축소 효과 (％) 에 대해서는 50 ％, 전체 생존 기간 (일) 에 대해서는 400 일, 무증악 생존 기간 (일) 에 대해서는 100 일로 하는 것이 바람직하다.

항암제 투여 전에 상기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 얻어지는 수치가 소정 기준값 미만인 경우에는, 그 암은 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대하여 감수성은 아닌 것으로 판정할 수 있어, 그 약효를 기대할 수 없으며, 이와 같은 약효를 기대할 수 없는 항암제의 투여가 계속된 경우, 암의 진행, 부작용의 증대가 위구된다. 이와 같이, 본 발명에 있어서의 감수성 판정 방법은 항암제 치료 반응성의 판정뿐만 아니라, 약효를 기대할 수 없는 항암제의 계속 투여에 수반하는 부작용의 증대를 방지하는 것에도 크게 공헌하므로, 특히 항암제 투여 전의 암 환자에게 바람직하게 이용할 수 있다. 또, 치료 효과를 기대할 수 있는 환자를 적극적으로 선출하기 위한 판정 방법으로서도 사용할 수 있다.

또, 항암제 투여 중의 암 환자 유래의 생체 시료 중의 목적 유전자의 발현량을 측정하고, 상기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 얻어지는 수치를 치료 사이클마다 측정하여 모니터링해 감으로써, 그 암에 있어서의 감수성을 시간 경과적으로 평가할 수 있기 때문에, 치료를 계속해야 하는지 여부의 판정 방법이 되기도 한다. 항암제에 대하여 감수성을 갖지 않는 경우에는, 그 약효를 기대할 수 없고, 항암제에 의한 부작용만이 발현되는 것으로 생각되기 때문에, 본 발명에 있어서의 감수성 판정 방법은, 불필요한 부작용의 발현 혹은 무효한 치료 계속에 수반하는 암의 진행이나 부작용의 증대를 회피하기 위한 판정 방법으로서도 사용할 수 있다.

감수성을 판정하는 파라미터로는, 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 외에, 유효성을 나타내는 파라미터인 전체 주효 기간 (일), 안정 기간 (일), 치료 성공 기간 (일), 부작용을 나타내는 파라미터인 이리노테칸, SN-38 및 그 대사물의 혈중 농도 및 소실 반감기, 생체 내 이용률, 농도 시간 곡선하 면적, 클리어런스, 분포 용적 등을 사용할 수도 있다.

본 발명의 방법은 이러한 방법을 실시하기 위한 키트, 즉 감수성 판정용 키트를 사용하여 실시할 수도 있다. 여기서, 이러한 감수성 판정용 키트로는, (A) 상기 7 유전자의 발현량 측정 시약과, (B) 상기 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하기 위한 프로토콜을 함유한다. 여기서 (A) 상기 7 유전자의 발현량 측정 시약에는, 예를 들어, (A1) 목적 유전자의 발현량 측정을 위한 방법을 기재한 프로토콜, (A2) 목적 유전자의 발현량 측정을 위한 방법에 사용하는 시약, (A3) 목적 유전자의 mRNA 에 특이적으로 하이브리다이즈할 수 있는 핵산 단편을 고정화시킨 DNA 칩이 포함된다. 한편, (B) 의 프로토콜에는, (B1) 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하기 위한 프로토콜에 추가하여, (B2) 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 유무를 판정하기 위한 기준값 등을 들 수 있다. 당해 기준에는, 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 무증악 생존 기간 (일) 의 기준값, 기준값에 영향을 주는 요인과 그 영향의 정도 등이 포함되며, 이들 기준값은 대상이 되는 암 환자의 상태나 암의 종류, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염과 조합하여 사용하는 약제의 종류 등에 따라 적절히 설정할 수 있다. 당해 기준값을 사용하여 상기와 같이 판정할 수 있다.

본 발명의 키트는 이들에 한정되지 않고, 이러한 방법의 전부 또는 일부의 공정을 실시하는데 필요한 것 중 전부 또는 일부를 모은 것을 말한다. 여기서, 「공정을 실시하는데 필요한 것」에는, 예를 들어 완충액 등을 들 수 있다.

또, 상기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 얻어지는 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일), 또는 무증악 생존 기간 (일) 중 어느 하나의 수치 증가를 지표로 하면, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 항진제를 스크리닝할 수 있다. 즉, in vitro 또는 in vivo 에 있어서, 이들 수치를 증가시키는 물질은 항암제 감수성을 항진시킨다. 예를 들어, 담암 (擔癌) 동물에게 있어서의 항암제 투여 전후에 있어서, 이들 수치의 증가를 항진시키는 물질은 항암제의 감수성을 항진시키는 물질 (항암제 감수성 항진제) 이다. 또, in vitro 에서는, 각종 암 세포주에 있어서, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 존재하에서 이들 수치의 증가를 항진시키는 물질은, 항암제의 감수성을 항진시키는 물질 (항암제 감수성 항진제) 이다. 항암제 감수성 항진제이면, 이들 수치의 증가는 종양의 축소 혹은 살세포 효과보다 빨리 나타나기 때문에, 보다 단시간의 검토로 당해 물질이 항암제 감수성 항진제로서 유용한지의 여부를 판정할 수 있어, 스크리닝에 수반되는 노력이나 비용의 삭감이라는 면에서도 큰 효과를 기대할 수 있다.

이렇게 하여 얻어진 항암제 감수성 항진제와 감수성 항진의 대상이 되는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염을 병용하면, 당해 항암제의 치료 효과가 비약적으로 향상된다. 본 발명의 조성물은 경구 투여 또는 비경구 투여 모두 사용할 수 있지만, 비경구 투여가 바람직하다. 투여시에는, 항암제 감수성 항진제와 감수성 항진의 대상이 되는 항암제를 함유하는 조성물을 경구 투여, 직장 내 투여, 주사 등의 투여 방법에 적합한 고체 또는 액체의 의약용 무독성 담체와 혼합하여, 관용의 의약품 제제의 형태로 투여할 수 있다. 여기서, 항암제 감수성 항진제와 감수성 항진의 대상이 되는 항암제를 함유하는 조성물은 그들 성분의 양방을 함유하는 하나의 조성물이어도 되고, 각각 별개의 제제의 조합이어도 된다. 또, 그들 성분은 각각 다른 투여 경로이어도 된다.

이와 같은 제제로는, 예를 들어, 정제, 과립제, 산제, 캡슐제 등의 고형제, 용액제, 현탁제, 유제 등의 액제, 동결 건조제 등을 들 수 있다. 이들 제제는 제제 상의 상투 수단에 의해 조제할 수 있다. 상기 의약용 무독성 담체로는, 예를 들어, 전분, 덱스트린, 지방산 글리세리드, 폴리에틸렌글리콜, 하이드록시에틸 전분, 에틸렌글리콜, 폴리옥시에틸렌소르비탄 지방산 에스테르, 아미노산, 젤라틴, 알부민, 물, 생리 식염수 등을 들 수 있다. 또, 필요에 따라, 안정화제, 습윤제, 유화제, 결합제, 등장화제, 부형제 등의 관용의 첨가제를 적절히 첨가할 수도 있다.

또한, 상기 식 (1) ∼ (3) 에 있어서의 제 1 항의 수치나 각 유전자의 계수는, 리얼 타임 RT-PCR 법에 의한 각 유전자의 발현량을 기초로 하여 결정되고 있지만, 리얼 타임 RT-PCR 법에 의한 유전자 발현량과 리얼 타임 RT-PCR 법 이외의 다른 방법에 의한 유전자 발현량의 측정값이 일정한 상관을 갖는 것이면, 상기 식 (1) ∼ (3) 의 제 1 항의 수치나 각 유전자의 계수에 리얼 타임 RT-PCR 법과 그 이외의 다른 방법에 의한 측정값을 조정하는 계수를 추가하여 사용할 수도 있으며, 당해 식에 리얼 타임 RT-PCR 법 이외의 다른 방법에 의한 유전자 발현량을 대입하면 된다.

실시예

이하, 실시예를 들어 본 발명의 내용을 더욱 상세하게 설명하는데, 본 발명은 이들에 의해 조금도 제약되는 것은 아니다.

실시예 1 (암 세포주를 사용한 SN-38 의 감수성에 상관하는 유전자의 특정)

1. 인간 암 세포주, 인간 비종양성 배양 세포로부터의 total RNA 의 조제

2 종의 인간 백혈병 세포주 (골수성 백혈병 세포주 K562 및 그 획득성 다제내성 세포주 K562/DOX), 9 종의 폐암 세포주 (소세포 폐암 세포주 PC-6, 그 SN-38 획득 내성 세포주 PC-6/SN2-5 및 그 CPT-11 획득 내성 세포주 PC-6/DQ2-2, 폐선암 세포주 PC-9 및 그 CDDP (시스플라틴) 획득 내성 세포주 PC-9/CDDP, 폐선암 세포주 PC-14 및 그 CDDP 획득 내성 세포주 PC-14/CDDP, 폐편평상피 세포암주 LC-S, 그리고 폐선암 세포주 A549), 7 종의 소화기암 (대장암 4 주 HCC-48, HCC-50, COLO201, COLO320DM, 위암 2 주 HSC-42, MKN45, 식도암 1 주 HEC-46), 1 종의 구강 상피류 표피암 세포주 (KB) 로부터 RNeasy^TM Mini kit (Qiagen 사 제조) 를 사용하여 첨부 프로토콜에 따라 total RNA 를 추출하고, －80 ℃ 에서 보존하였다.

total RNA 는 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies 사 제조) 및 RNA LabChip (Agilent Technologies 사 제조) 을 사용하여, 18S 및 28S rRNA 의 피크가 선명하고 고품질인 것을 확인하고 나서 마이크로 어레이 해석에 제공하였다.

2. 마이크로 어레이를 사용한 망라적 유전자 발현 해석 및 real-time RT-PCR 법에 의한 정량적 유전자 발현 해석

20,784 클론과 포지티브 컨트롤 및 네거티브 컨트롤을 포함하는 RIKEN human 21K 어레이 및 19,881 클론과 포지티브 컨트롤 및 네거티브 컨트롤을 포함하는 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이 CodeLink^TM Uniset Human 20K I Bioarray (GE Healthcare 사 제조) 를 사용하여, 상기 19 종의 인간 배양 종양 세포주의 유전자 발현 프로파일을 분석하였다. RIKEN human 21K 어레이를 구축하기 위해 사용한 표적 DNA 는, ResGen (Invitrogen Corp., Carlsbad, CA) 으로부터 구입한 cDNA 클론의 글리세롤 스톡이었다. cDNA 마이크로 어레이에서는, COLO201 세포를 참조 샘플로 하여, 샘플 세포주의 폴리 (A) RNA 를 각각 Cy5-dCTP 및 Cy3-dCTP 를 사용하는 랜덤 프라이밍에 의한 역전사에 의해 표지하고, 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이에서는, 모든 검체를 Cy5 로 표지하여 1 색법으로 평가하였다. RIKEN human 21K 어레이를 사용한 해석에서는, 각 스폿의 log₂ (Cy3/Cy5) 를 구하고, 이것으로부터 어레이의 전체 스폿 시그널 log₂ (Cy3/Cy5) 의 중앙값을 빼, 각각의 유전자의 표준화된 상대적 발현량으로 하였다. 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이를 사용한 해석에서는, 상기에서 얻어진 시그널 강도 데이터를 GeneSpring^TM GX (Agilent 사 제조) 마이크로 어레이 유전자 발현 해석 소프트를 사용하여 Normalization 을 실시하여 해석하였다. 즉, 스폿 시그널로부터 배경 시그널을 빼고, 그 값이 0.01 미만은 0.01 로 하고, 어레이의 전체 스폿 시그널의 중앙값으로 나눈 값을 각각의 유전자의 표준화된 상대적 발현량으로 하였다. 또, TaqMan^TM Gene Expression Assays (Applied Biosystems), ABI Prism 7900HT sequence detection system (Applied Biosystems) 을 사용하여 정량적으로 유전자 발현량을 평가하였다.

3. 이리노테칸, SN-38 에 대한 감수성 평가

망라적 유전자 발현 해석을 실시한 19 종의 인간 배양 종양 세포주에 대해, MTT (methylthiazol tetrazolium bromide) 법을 사용하여 이리노테칸 및 SN-38 에 대한 감수성 평가를 실시하였다. 즉, 96 웰 마이크로 플레이트 (Nunclon ; Nunc, Roskilde, Denmark) 의 각 웰에 80 ㎕ 의 배양액 (10 ％ 태자 혈청 첨가 RPMI1640 배양액) 과 함께 4 × 10³ 개의 세포를 파종하여, 24 시간, 37 ℃, 5 ％ CO₂ 의 조건하, 인큐베이터 내에서 배양하고, 그 후 배양액 (10 ％ 태자 혈청 첨가 RPMI1640 배양액) 을 교체하고, 다양한 농도의 SN-38 또는 이리노테칸과 함께 37 ℃, 5 ％ CO₂ 의 조건하, 인큐베이터 내에서 배양하였다. 72 시간 배양 후에 배양액을 꺼내어 각 웰에 100 ㎕ 의 PBS (인산 완충액) 를 첨가하고, 5 분간 1500 rpm 으로 원심하고, 상청을 흡인 제거하였다. 각 웰에 10 ㎕ 의 0.4 ％ MTT 시약과 10 ㎕ 의 0.1 M 의 숙신산나트륨을 첨가하여, 37 ℃, 5 ％ CO₂ 의 조건하에서 2 시간 배양하고, 그 후 150 ㎕ 의 DMSO 를 첨가하여 충분히 피펫팅한 후, 마이크로 플레이트 리더 (Maxline Microplate Reader, Molecular Devices, Sunnyvale, CA) 에 의해 570 ∼ 650 ㎚ 에서의 흡광도를 측정하였다. 약제 처리군의 각 웰의 흡광도에서 배양액만의 흡광도의 평균값을 뺀 값의 평균값을 구하고, 대조군 (약제 미처리군) 의 각 웰의 흡광도에서 배양액만의 흡광도의 평균값을 뺀 값의 평균값으로 나누고, 이것에 100 을 곱하여 증식 저지율 (％) 을 구하고, 싱글 로그 그래프에 농도별로 플롯하여 증식 저지 곡선을 작성하고, 이것으로부터 50 ％ 세포 증식 저지 농도 (IC₅₀) 를 구하여, 감수성 비교의 지표로 하였다 (표 1).

4. SN-38 의 감수성에 상관하는 유전자의 특정

상기 19 세포주에 대해, cDNA 및 올리고뉴클레오티드 양 마이크로 어레이에 있어서, 이리노테칸 또는 SN-38 항암제 감수성과의 순위 상관 해석에 의해 상관된 발현 레벨을 나타내는 유전자를 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성에 상관하는 유전자 후보로서 추출하였다. 즉 양 마이크로 어레이 해석에 의해 얻어진 해석 대상 전체 유전자의 상대적 발현량과, MTT 법에 의해 구한 이리노테칸, SN-38 에 의한 50 ％ 세포 증식 저지 농도 (IC₅₀) 에 순위를 매기고, 양자 어느 것인가에 정부 (正負) 어느 것인가의 상관성이 확인되는 유전자를 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성에 상관하는 유전자 후보로서 추출하였다. 이 때, RIKEN human 21K array (20,784 프로브) 에 의해 구해진 상대적 발현량과 IC₅₀ 값의 순위에 어떠한 상관성이 시사된 유전자 (P ＜ 0.1) 중, 이미 종양 세포의 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성에 상관하는 것이, National Library of Medicine's Pubmed (1996 ∼ 2005년) 에 수재된 897 논문에 상이한 2 시설 이상으로부터의 보고로서 개시되어 있고, 게다가 그 감수성에 대한 관여가 유전자 도입 실험이나 녹다운 실험 등에 의해 기능적으로 증명된 유전자를 공지 감수성 관련 유전자 후보로서, 또 과거의 보고 여부에 상관없이, RIKEN human 21K array 및 CodeLink^TM UniSet Human 20K I Bioarray 에 의해 구해진 상대적 발현량과, 이리노테칸, SN-38 에 의한 IC₅₀ 값의 순위 상관 해석에 의해 양자 모두 높은 관련성 (P ＜ 0.01) 이 시사된 유전자를 신규 감수성 관련 유전자 후보로서 추출하였다. 이들 각 유전자에 대하여, 19 세포주에 있어서의 정량적 유전자 발현 해석을 TaqMan^TM Gene Expression Assays (Applied Biosystems) 를 사용한 real-time RT-PCR 법에 의해 실시하고, 그 발현량과 IC₅₀ 값의 관련성 (직선 회귀 분석) 에 재현성 (P ＜ 0.05) 이 확인된 유전자를 최종적으로 공지 5 그리고 신규 7 의 합계 12 의 이리노테칸, SN-38 감수성 관련 유전자로서 특정하였다 (표 2, 표 3). 특정된 신규 7 유전자는 모두 이리노테칸, SN-38 에 대한 종양 세포의 감수성에 대한 관련에 관하여 아직 보고가 없는 유전자였다.

이리노테칸, SN-38 의 감수성과 순위 상관하는 (P ＜ 0.1) 발현 레벨을 cDNA 마이크로 어레이 해석으로 나타내고, 그 상관성이 Real-time RT-PCR 에 의한 정량적 발현량으로도 재현된 유전자

	이리노테칸		SN-38
	R		R
	cDNA 마이크로 어레이 해석	Real-time RT-PCR 해석	cDNA 마이크로 어레이 해석	Real-time RT-PCR 해석
ABCG2			0.639^**	0.845^***
CYP3A4		0.819^***	0.437^*	0.716^***
MGMT	0.579^**	0.753^***	0.461^*	0.619^***
POR	0.441^*	0.893^***		0.785^***
TOP2A			0.426^*	0.775^***

^*, 0.05 ＜＝P ＜ 0.1 ; ^**, 0.01 ＜＝P ＜ 0.05 ; ^***, P ＜ 0.01

이리노테칸, SN-38 의 감수성과 순위 상관하는 (P ＜ 0.01) 발현 레벨을 cDNA 마이크로 어레이, 올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이 양 해석 모두 나타낸 유전자

	R
	cDNA 마이크로 어레이 해석	올리고뉴클레오티드 마이크로 어레이 해석
AMD1	-0.659^***	-0.586^***
CTSC	-0.754^***	-0.698^***
EIF1AX	-0.626^***	-0.626^***
C12orf30	-0.624^***	-0.589^***
DDX54	-0.652^***	-0.621^***
PTPN2	-0.628^***	-0.696^***
TBX3	-0.623^***	-0.619^***

^*, 0.05 ＜＝P ＜ 0.1 ; ^**, 0.01 ＜＝P ＜ 0.05 ; ^***, P ＜ 0.01

5. 추출된 공지 그리고 신규 SN-38 감수성 관련 유전자를 사용한 in vitro 효과 예측식의 작성

상기에서 구해진 유전자는 모두 그 정량적 발현량과 IC₅₀ 값 사이에 높은 상관성이 확인된 유전자이기는 하지만, 세포의 약제 감수성 기구는 다인자가 관여하는 복합계인 것이 알려져 있다. 그래서, 중회귀 분석의 수법을 사용하여 특정된 유전자군의 정량적 발현량을 대입함으로써 효과를 예측하는 식을 구하고, 그 예측성을 확인하였다. 결과, 공지 5 유전자의 발현량 ([ABCG2], [CYP3A4], [MGMT], [POR], [TOP2A]) 을 사용한 예측식으로서,

[수학식 7]

ln[IC₅₀] ＝ 8.5945 ＋ 0.0627 ln[ABCG2] ＋ 0.0219 ln[CYP3A4] ＋ 0.0299 ln[MGMT] － 0.5849 ln[POR] ＋ 0.8099 ln[TOP2A] …… (4)

신규 7 유전자의 발현량 ([AMD1], [CTSC], [EIF1AX], [C12orf30], [DDX54], [PTPN2], [TBX3]) 을 사용한 예측식으로서,

[수학식 8]

ln[IC₅₀] ＝ 6.2118 ＋ 0.4942 ln[AMD1] － 0.3801 ln[CTSC] ＋ 0.3782 ln[EIF1AX] － 0.4903 ln[C12orf30] ＋ 1.1019 ln[DDX54] － 1.2042 ln[PTPN2] － 0.1967 ln[TBX3] …… (5)

이 얻어졌다.

전자에서는 R ＝ 0.7677, AICPS (Akaike's information criterion per sample) ＝－1.086, 후자에서는 R ＝ 0.8442, AICPS ＝－1.523 으로 모두 높은 예측성이 시사되었다 (도 1).

실시예 2 (CPT-11 단독 투여에 의한 인간 임상 시험에 의한 검토)

1. CPT-11 단독 투여에 의한 인간 임상 시험

인간 배양 종양 세포주에서 특정된 공지, 신규 유전자에 의한, 및 그것들의 전체 발현량을 사용한 효과 예측식에 의한 SN-38 의 효과 예측 가능성이 시사되었으므로, 이들 유전자를 사용한 임상 효과 예측 가능성을 밝히기 위한 적극적인 게놈 약리학적 임상 연구를 실시하였다. 대상은 근치 절제 불능 스테이지 Ⅳ 대장암 약물 요법 미치료예로, 고식적 수술시에 종양 검체를 채취할 수 있는 증례로 하였다. 구체적인 선택 기준은, (1) 조직학적으로 대장암의 확정 진단이 얻어진 증례, (2) 근치 절제 불능 스테이지 Ⅳ 대장암 수술 후 증례, (3) 측정 가능 병변 (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, RECIST) 을 갖는 증례, (4) 생리 기능 (골수, 간, 신장, 심장 등) 이 충분히 유지되고 있는 증례로, 가등록 및 본 등록 전 1 주일 이내의 검사값이 이하의 기준을 만족시킬 것. 백혈구수 4,000/㎕ 이상 12,000/㎕ 이하, 호중구수 2,000/㎕ 이상, 혈소판수 100,000/㎕ 이상, 헤모글로빈량 9.0 g/㎗ 이상, 혈청 AST·ALT 시설 정상값 상한의 2 배 이하 (단, 간 전이 증례는 3 배 이하), 혈청 총 빌리루빈 1.5 ㎎/㎗ 이하, 혈청 크레아티닌 1.5 ㎎/㎗ 이하, 크레아티닌·클리어런스 50 ㎖/min 이상, BUN 25 ㎎/㎗ 이하, CRP 1 ㎎/㎗ 이하, Performance Status (Eastern Cooperative Oncology Group : ECOG) 의 분류가 0 ∼ 2 인 증례, 수술 이외에 전 (前) 치료가 없는 증례, 수술에서 본 등록까지 21 일 이상 경과한 증례, 예상 생존 기간이 3 개월 이상 기대되는 증례, 심한 병존 질환, 활동성의 중복 암이 없는 증례, 연령 20 세 이상 75 세 미만의 증례, 유전자 해석을 위한 조직이 수술시에 얻어진 증례, 시료 제공을 포함하는 연구에 대한 참가에 대해, 환자 본인으로부터 문서에 의한 동의가 수술 전에 얻어진 증례로 하고, 제외 기준을, (1) 심한 합병증을 갖는 증례, (2) 감염증을 합병한 증례, (3) 설사 (수양변) 가 있는 증례, (4) 장관 마비, 장폐색, 아 (亞) 장폐색이 있는 증례 (본 등록 전만), (5) 간질성 폐렴 또는 폐선유증이 있는 증례, (6) 다량의 복수, 흉수가 있는 증례, (7) 황달이 있는 증례, (8) 치료를 필요로 하는 정도의 허혈성 심질환, 부정맥 등의 심질환을 갖는 증례 (고혈압에 수반되는 좌실 비대나 경도의 좌실 부하, 경도의 우각 블록 등은 등록 가능), (9) 6 개월 이내에 발증한 심근경색의 기왕을 갖는 증례, (10) 간경변을 합병한 증례, (11) 반복 수혈을 필요로 하는 소화관 신선 출혈을 확인하는 증례, (12) 향정신약으로 치료 중 또는 치료를 필요로 하는 것으로 생각되는 정신 장해를 갖는 증례, (13) 컨트롤 곤란한 당뇨병을 합병한 증례, (14) 그 밖에, 심한 수술 후 합병증을 갖고 있는 증례, (15) 다른 약제에 대하여 심한 과민증의 기왕력이 있는 증례, (16) 임신 중 혹은 수유 중의 여성, 및 수자 (授子) 를 희망하는 남녀, (17) 간염 바이러스, HIV 바이러스, 매독의 양성예로 하였다. CPT-11 은 단독 투여로 하고, 수술 후 21 일 이상을 경과한 후에 투여를 개시하고, 투여 개시일을 day 1 로 하며, CPT-11 주 1 회 3 주 투여 1 주 휴약을 1 코스로 하여 투여를 실시하였다. CPT-11 의 투여량은 60 ∼ 100 ㎎/㎡ 였다. 합계 44 예가 연구에 참가하였으며, 전체 예에서 최량 종양 축소 효과 (％), 무증악 생존 기간 (일), 전체 생존 기간 (일) 의 평가가 가능하였다. 특정한 공지 5, 신규 7 의 이리노테칸, SN-38 감수성 관련 유전자의 정량적 발현량 해석은 TaqMan^TM Gene Expression Assays 를 사용한 Real-time RT-PCR 법으로 실시하여, RNA 의 추출이 불량인 1 예를 제외한 43 예에서 정량적 발현량을 확정하였다.

2. 효과 예측식의 작성과 타당성

확정된 43 예에 있어서의 공지 5, 신규 7 의 유전자 발현량을 사용하여, 효과 예측식의 작성과 그 타당성 평가를 실시하였다 (도 2, 도 3, 도 4, 도 5, 도 6, 도 7). 최량 종양 축소 효과 (％) 에 대해서는, 새로운 병변의 출현에 의해 진행 (progressive disease ; PD) 으로 판정된 7 예를 제외한 36 예를 효과 예측 대상으로 하였으며, 효과 예측식의 작성에 20 예, 작성된 예측식의 타당성 평가에 16 예로 대상을 무작위로 이분하여 검토하였다. 동일하게, 무증악 생존 기간 (일) 에 대해서는, 독성에 의한 치료 중지 8 예, 환자 거부에 의한 치료 변경 4 예, 근치적 절제술 시행 4 예, 완전 주효 1 예를 제외한 26 예를 대상으로 하였으며, 효과 예측식의 작성 16 예, 작성된 예측식의 타당성 평가 10 예로 하여 검토하였다. 전체 생존 기간 (일) 에 대해서는, 생존자 15 예를 제외한 생존 기간 확정 28 예를 대상으로 하였으며, 효과 예측식의 작성 15 예, 작성된 예측식의 타당성 평가 13 예로 하여 검토하였다. 예측식의 작성은 in vitro 와 동일한 수법을 사용하였다. 결과, 공지 5 유전자의 발현량 ([ABCG2], [CYP3A4], [MGMT], [POR], [TOP2A]) 을 사용한 예측식으로서,

[수학식 9]

최량 종양 축소 효과 (종양 직경 베이스 라인비, ％) ＝ 91.287 ＋ 10.472 [ABCG2] ＋ 0.65518 [CYP3A4] － 3.8065 [MGMT] － 2.1487 [POR] ＋ 17.354 [TOP2A] …… (6)

R ＝ 0.7393, AICPS ＝ 5.188021

[수학식 10]

무증악 생존 기간 (일) ＝ 69.568 － 51.615 [ABCG2] － 3.1043 [CYP3A4] ＋ 15.985 [MGMT] ＋ 107.90 [POR] － 187.63 [TOP2A] …… (7)

R ＝ 0.8382, AICPS ＝ 8.073506

[수학식 11]

전체 생존 기간 (일) ＝ 425.67 ＋ 363.52 [ABCG2] － 2.8749 [CYP3A4] ＋ 20.765 [MGMT] － 481.61 [POR] ＋ 321.70 [TOP2A] …… (8)

R ＝ 0.9267, AICPS ＝ 9.155001

[수학식 12]

최량 종양 축소 효과 (종양 직경 베이스 라인비, ％) ＝ 139.49 － 12.089 [AMD1] － 84.477 [CTSC] － 12.737 [EIF1AX] ＋ 85.900 [C12orf30] － 29.119 [DDX54] － 6.8630 [PTPN2] ＋ 20.303 [TBX3] …… (1)

R ＝ 0.9420, AICPS ＝ 5.460938

[수학식 13]

무증악 생존 기간 (일) ＝ 68.076 ＋ 78.277 [AMD1] － 57.358 [CTSC] － 15.011 [EIF1AX] ＋ 8.9798 [C12orf30] ＋ 73.077 [DDX54] － 38.961 [PTPN2] － 43.313 [TBX3] …… (2)

R ＝ 0.7103, AICPS ＝ 8.411958

[수학식 14]

전체 생존 기간 (일) ＝ 512.78 － 192.11 [AMD1] － 120.78 [CTSC] ＋ 134.53 [EIF1AX] － 11.883 [C12orf30] ＋ 157.24 [DDX54] ＋ 31.962 [PTPN2] － 386.55 [TBX3] …… (3)

R ＝ 0.8426, AICPS ＝ 10.20386

을 얻었다.

상기 예측식에 대해 타당성 검증을 실시한 결과, 공지 5 유전자의 발현량을 사용한 예측식에서는 어느 유효성 (효과) 의 파라미터도 예측할 수 없음이 밝혀졌다 [종양 축소 효과 (종양 직경 베이스 라인비, ％), P ＝ 0.2079, R ＝－0.3450 ; 무증악 생존 기간 (일), P ＝ 0.4802, R ＝ 0.2712, 전체 생존 기간 (일), P ＝ 0.4639, R ＝－0.2316]. 한편, 이것과 달리, 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 예측식에서는, 어느 유효성 (효과) 의 파라미터에 관해서도, 특히 종양 축소 효과 (종양 직경 베이스 라인비, ％), 전체 생존 기간 (일) 에서, 높은 예측성을 가짐이 밝혀졌다 [종양 축소 효과 (종양 직경 베이스 라인비, ％), P ＝ 0.007, R ＝ 0.6491 ; 무증악 생존 기간 (일), P ＝ 0.1124, R ＝ 0.5333 ; 전체 생존 기간 (일), P ＝ 0.0114, R ＝ 0.6749].

4. 특정 유전자 단독에 의한 유효성 (효과) 의 예측

특정된 신규 7 유전자의 발현량에 의한 효과 예측식의 유용성이 나타난 점에서, 특정된 유전자 단독의 발현량만으로도 효과가 예측 가능한지의 여부에 대해서도 검토하였다. 해석에는 직선 회귀 분석을 사용하였다. 결과, 공지 5 유전자, 신규 7 유전자 모두, 각각 단독의 발현량은 어느 유효성 (효과) 의 파라미터와도 관련성이 없어, 그 예측은 곤란함이 밝혀졌다. 공지 5 유전자 ABCG2, CYP3A4, MGMT, POR, TOP2A 의 발현량과 최량 종양 축소 효과 (％), 무증악 생존 기간 (일), 전체 생존 기간 (일) 의 관계는 표 4 와 같았다.

또, 신규 7 유전자 AMD1, CTSC, EIF1AX, C12orf30, DDX54, PTPN2, TBX3 의 발현량과 최량 종양 축소 효과 (％), 무증악 생존 기간 (일), 전체 생존 기간 (일) 의 관계는 표 5 와 같았다.

이상으로부터, 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 치료 유효성 (효과) 의 파라미터인 최량 종양 축소 효과 (％), 무증악 생존 기간 (일), 전체 생존 기간 (일) 의 예측에는, 여기서 특정된 신규 7 유전자의 발현량을 사용한 상기 식 (1) ∼ (3) 의 예측식만이 유용함이 나타났다.

Claims

검체 중의 AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량을 측정하고, 하기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하는 것을 특징으로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 판정 방법.
(수학식 1)
최량 종양 축소 효과 (％) ＝ 139.49 － 12.089 × A － 84.477 × B － 12.737 × C ＋ 85.900 × D － 29.119 × E － 6.8630 × F ＋ 20.303 × G …… (1)
(수학식 2)
전체 생존 기간 (일) ＝ 512.78 － 192.11 × A － 120.78 × B ＋ 134.53 × C － 11.883 × D ＋ 157.24 × E ＋ 31.962 × F － 386.55 × G …… (2)
(수학식 3)
무증악 생존 기간 (일) ＝ 68.076 ＋ 78.277 × A － 57.358 × B － 15.011 × C ＋ 8.9798 × D ＋ 73.077 × E － 38.961 × F － 43.313 × G …… (3)
(식 (1), (2) 및 (3) 중, A 는 AMD1 유전자의 발현량, B 는 CTSC 유전자의 발현량, C 는 EIF1AX 유전자의 발현량, D 는 C12orf30 유전자의 발현량, E 는 DDX54 유전자의 발현량, F 는 PTPN2 유전자의 발현량, G 는 TBX3 유전자의 발현량을 나타낸다)
제 1 항에 있어서,
검체가 암을 갖는 피험자 유래의 생체 시료인 판정 방법.
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
검체가 대장암을 갖는 피험자 유래의 생체 시료인 판정 방법.
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
유전자의 발현량이 그 유전자 유래의 mRNA 량인 판정 방법.
(A) AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량 측정 시약과, (B) 하기 식 (1) ∼ (3) 에 의해 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 을 산출하기 위한 프로토콜을 함유하는 것을 특징으로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염의 감수성 판정용 키트.
(수학식 4)
최량 종양 축소 효과 (％) ＝ 139.49 － 12.089 × A － 84.477 × B － 12.737 × C ＋ 85.900 × D － 29.119 × E － 6.8630 × F ＋ 20.303 × G …… (1)
(수학식 5)
전체 생존 기간 (일) ＝ 512.78 － 192.11 × A － 120.78 × B ＋ 134.53 × C － 11.883 × D ＋ 157.24 × E ＋ 31.962 × F － 386.55 × G …… (2)
(수학식 6)
무증악 생존 기간 (일) ＝ 68.076 ＋ 78.277 × A － 57.358 × B － 15.011 × C ＋ 8.9798 × D ＋ 73.077 × E － 38.961 × F － 43.313 × G …… (3)
(식 (1), (2) 및 (3) 중, A 는 AMD1 유전자의 발현량, B 는 CTSC 유전자의 발현량, C 는 EIF1AX 유전자의 발현량, D 는 C12orf30 유전자의 발현량, E 는 DDX54 유전자의 발현량, F 는 PTPN2 유전자의 발현량, G 는 TBX3 유전자의 발현량을 나타낸다)
제 5 항에 있어서,
검체가 암을 갖는 피험자 유래의 생체 시료인 키트.
제 5 항 또는 제 6 항에 있어서,
검체가 대장암을 갖는 피험자 유래의 생체 시료인 키트.
검체 중의 AMD1 유전자, CTSC 유전자, EIF1AX 유전자, C12orf30 유전자, DDX54 유전자, PTPN2 유전자 및 TBX3 유전자의 발현량을 측정하고, 하기 식 (1) ∼ (3) 을 사용하여 산출한 최량 종양 축소 효과 (％), 전체 생존 기간 (일) 또는 무증악 생존 기간 (일) 중 어느 하나의 수치 증가를 지표로 하는 이리노테칸, SN-38 및/또는 그 염에 대한 감수성 항진제의 스크리닝 방법.
(수학식 7)
최량 종양 축소 효과 (％) ＝ 139.49 － 12.089 × A － 84.477 × B － 12.737 × C ＋ 85.900 × D － 29.119 × E － 6.8630 × F ＋ 20.303 × G …… (1)
(수학식 8)
전체 생존 기간 (일) ＝ 512.78 － 192.11 × A － 120.78 × B ＋ 134.53 × C － 11.883 × D ＋ 157.24 × E ＋ 31.962 × F － 386.55 × G …… (2)
(수학식 9)
무증악 생존 기간 (일) ＝ 68.076 ＋ 78.277 × A － 57.358 × B － 15.011 × C ＋ 8.9798 × D ＋ 73.077 × E － 38.961 × F － 43.313 × G …… (3)
(식 (1), (2) 및 (3) 중, A 는 AMD1 유전자의 발현량, B 는 CTSC 유전자의 발현량, C 는 EIF1AX 유전자의 발현량, D 는 C12orf30 유전자의 발현량, E 는 DDX54 유전자의 발현량, F 는 PTPN2 유전자의 발현량, G 는 TBX3 유전자의 발현량을 나타낸다)
제 3 항에 있어서,
유전자의 발현량이 그 유전자 유래의 mRNA 량인 판정 방법.
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