KR101555972B1 - A method for identifying pumpkin varieties using microsatellites markers - Google Patents
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Abstract
본 발명은 국내에서 유통되고 있는 호박 품종에 대하여 다형성을 나타내는 호박 품종 식별용 초위성체 마커를 이용한 호박 품종의 식별 방법 및 상기 초위성체 마커를 포함하는 키트에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명은 국내외서 유통되고 있는 호박 160개 품종에 대해 높은 다형성을 갖는 초위성체 마커의 조합을 선별하고 이를 이용하여 국내 종자시장에서 유통되고 있는 호박 품종을 식별할 수 있게 할 수 있다. 본 발명의 방법에서 사용된 호박 품종 식별용 분자 표지는 국내에서 유통되고 있는 호박 160개 품종을 식별할 수 있을 뿐만 아니라 모든 품종에 대하여 양친을 식별하는 이형접합성을 나타내는 마커가 있기 때문에 F1 종자의 순도 검정에 유용하게 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명은 농가와 종자 회사 또는 종자 회사와 종자 회사 간에 발생하는 종자 분쟁 발생시 이를 해결할 수 있는 중재 수단의 제공, 시중에서 유통되고 있는 호박 품종의 진위성 규명, 품종 보호 출원시 대조 품종의 선정, 권리침해 여부의 사전 모니터링 및 F1 종자의 순도확인 등과 같은 여러 분야에 매우 유용하게 사용될 수 있다.The present invention relates to a method for identifying an amber cultivar using a supersaturate marker for identification of an amber varietal, which exhibits polymorphism in an amber cultivar distributed in Korea, and a kit including the supersmal marker. Specifically, the present invention can identify the combination of supersatellite markers having a high polymorphism for 160 varieties of pumpkin distributed in the country, and can identify the pumpkin varieties distributed in the domestic seed market. The molecular markers for identification of the amber varieties used in the method of the present invention not only can identify 160 varieties of amber which are distributed in the domestic market but also have a marker showing the heterozygosity which identifies the parents of all varieties, Can be usefully used for assay. Accordingly, the present invention provides an arbitration means for solving the occurrence of a seed dispute occurring between a farmer and a seed company or a seed company and a seed company, identifying the genuineness of the amber varieties distributed in the market, selecting a control varietal at the time of breeding protection application, It can be very useful for various fields such as proactive monitoring of the infringement of rights and purity verification of F1 seeds.
Description
본 발명은 국내 종자 회사에 육성된 호박 품종에 대해 다형성을 나타내는 초위성체 마커, 상기 마커를 이용한 호박 품종의 식별 방법 및 호박 F1 종자 순도 확인 방법, 및 상기 마커를 포함하는 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a supersatellite marker showing polymorphism in an amber variety cultivated in a domestic seed company, a method of identifying an amber varietal using the marker, a method of identifying an amber F1 seed purity, and a kit containing the marker.
국제 식물 신품종 보호 동맹(UPOV)에서는 품종보호제도 및 품종식별에 분자 마커의 활용시 신뢰도 높은 결과 도출 및 이를 활용한 데이터베이스를 구축하기 위하여, 유전자 분석 방법의 선정, DNA 마커의 선정 기준, DNA 분리 방법 및 데이터베이스 구축 등에 대한 가이드라인을 제시하고 있다. 이 가이드라인에서는 분자 마커의 활용시 실험실 및 연구자 간에 반복 재현성이 높을 뿐만 아니라 공우성을 나타내며, 이용된 분자 마커가 염색체상에 고르게 분포되어 있을 뿐만 아니라 여러 가지 분석 장비를 활용하더라도 동일한 결과를 나타내어야 한다는 기준을 제시하고 있다. 이러한 기준에 가장 적합한 유전자 분석 방법이 염색체상에 존재하는 단순 반복 염기서열의 차이를 활용하여 분석 재료 및 품종 간에 다형성을 확인하는 SSR(simple sequence repeat) 분석 방법이라고 할 수 있다. In order to establish reliable databases and to obtain reliable results when using molecular markers for breed protection system and breed identification, UPOV has selected the method of genetic analysis, selection criteria of DNA markers, DNA separation method And database construction. In this guideline, the use of molecular markers is not only highly reproducible between laboratories and researchers, but also exhibits a bare property. The molecular markers used are evenly distributed on the chromosome, . SSR (Simple Sequence Repeat) analysis method which confirms the polymorphism between analysis material and breed using the difference of simple repetitive nucleotide sequence existing on the chromosome is the most suitable gene analysis method to this standard.
유럽연합품종보호사무소(CPVO)에서는 밀, 감자, 장미, 토마토, 유채 등과 같은 작물을 대상으로 하여 여러 국가의 실험실이 공동으로 참여하는 DNA 검정 컨소시엄을 구성하여 분석 마커와 재료 및 실험실간에 오차를 비교 분석하고 각 작물별 100 내지 500 품종 이상에 대한 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하여 그 연구 결과를 발표하고 있다. 일본에서는 밥, 통조림, 돗자리 등과 같은 품종보호 등록품종의 수확물 및 가공품과 복숭아, 사과, 밤, 감귤 등과 같은 과수에 대하여 유전자 분석 체계를 구축하여 농업 생산물의 가공품에 대한 품종 확인 및 자국 농산물의 보호 등과 같은 분야에 적극 활용하고 있다. 최근에는 영양번식 작물의 권리분쟁 발생시 신속한 유전자 분석 및 향후 DNA 검정 신기술 개발시 분석 재료로 활용하기 위한 목적으로 203 작물 2500여 품종에 대한 DNA를 보관하고 있다. In the CPVO of the European Union, a DNA testing consortium consisting of wheat, potatoes, roses, tomatoes, oilseed rape, and other crops is organized by a group of laboratories in several countries to compare errors between analysis markers and materials and laboratories. And the DNA profile database for more than 100 to 500 varieties of each crop has been constructed and the results of the research have been published. In Japan, a genetic analysis system has been established for fruits and processed products of cultivar registered varieties such as rice, canned food, matting, and fruits such as peaches, apples, chestnuts and citrus fruits to identify varieties of processed products of agricultural products and to protect agricultural products We are actively utilizing it in the same field. In recent years, DNA of more than 2500 varieties of 203 crops has been stored for the purpose of rapid genetic analysis in the case of rights disputes of nutrition breeding crops and utilization as analytical material in future development of DNA assay technology.
한편, 우리나라의 경우 국립종자원에서 종자시장에서 중요도가 높거나 분쟁의 발생 가능성이 높은 채소작물인 고추, 수박, 무, 배추, 멜론, 오이 등과 같은 작물에 대하여 다형성이 높은 SSR 마커를 활용하여 작물당 200~600 품종 이상에 대한 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하였거나 구축 중에 있다. 실제로 이 결과를 품종보호출원 품종의 대조품종 선정 및 품종보호 재배심사시 구별성, 균일성 및 안정성을 확인하는데 이용되고 있다. 최근에는 품종보호등록 당시의 종자와 육종가가 제출한 기본식물의 종자를 유전자 분석을 수행한 다음 분석 결과가 상이하게 나타난 품종을 재배시험에 의한 특성조사를 실시하여 품종보호등록 품종의 진위 여부를 확인하는 등 그 활용 범위를 점차 확대하고 있다. 또한 품종식별 분자 마커는 농가와 종자 회사, 농가와 육묘장 및 종자회사 간에 발생하는 품종 진위성과 관련된 종자분쟁 발생시 이를 중재하기 위한 하나의 수단으로 적극 활용되고 있는 실정이다.On the other hand, in Korea, the use of SSR markers that are highly polymorphic for crops such as red pepper, watermelon, radish, Chinese cabbage, melon, and cucumber which are highly important in the seed market or are likely to cause conflict in the seed market, A database of DNA profiles for more than 200 to 600 varieties per plant has been constructed or is under construction. In fact, these results have been used to select varieties of varieties protected varieties and to confirm the discriminability, uniformity and stability of varieties protected cultivation. In recent years, genetic analysis of seeds of basic plants submitted by seeds and breeder at the time of registration of breed protection has been carried out, and then characteristics of cultivated varieties showing different results of analysis have been investigated to confirm the authenticity of breed protection registered varieties And its application range is gradually expanding. In addition, breed identification molecular markers are being actively used as a means to mediate breeding grounds related to the breeding genotypes between farmers, seed companies, farmers, nurseries and seed companies.
호박은 박과에 속하는 1년생 덩굴성 초본식물로 서양계(Cucurbita maxima), 동양계(Cucurbita . moshata), 페포계(Cucurbita pepo), 종간잡종(C. moshata/C. pepo, C. moshata/C. moshata), 흑종(Cucurbita ficifolia) 호박으로 크게 나눌 수 있으며, 다양한 형태의 품종들이 육성되어 생산 수입판매 신고된 855 품종과 품종보호 출원 및 등록된 49품종이 국내시장에서 유통되고 있다. 우리나라 호박 재배 면적은 2013년 기준 단호박 소비의 대중화 등으로 인해 수요가 지속적으로 늘어나면서 전년보다 재배면적이 1% 증가한 1만 518ha로 예상된다. 또한 생산량은 34만 2000톤으로 2012년보다 소폭 증가할 것으로 추정되며 특히 단호박의 꾸준한 수입으로 인해 2013년 수입량은 2만4000톤에 이를 정도로 경제적 중요성이 높아지고 있는 작물중의 하나이다. Amber is a one-year-old vine herbaceous plant belonging to the genus Bacillus, maxima), Asian (Cucurbita. moshata), page pogye (Cucurbita pepo ), interspecific hybrids ( C. moshata / C. pepo , C. moshata / C. moshata ), Cucurbita ficifolia ) amber. Various kinds of varieties are cultivated, and 855 varieties, varieties, and registered 49 varieties, which are notified of production import and sale, are distributed in the domestic market. The area of pumpkin cultivation in Korea is expected to increase by 1% to 15,188 hectares due to the continuous increase in demand due to popularization of pumpkin consumption in 2013. In addition, production is estimated to be 342,000 tons, which is slightly higher than in 2012. In particular, the steady imports of pumpkins are one of the crops whose economic import is growing to reach 24,000 tons in 2013.
호박에 대한 분자유전학적 연구 동향을 살펴보면, 2002년에 페포계와 동양계 호박이 교배된 종간잡종 집단을 활용하여 RAPD, AFLP, SSR 마커를 활용하여 유전자 지도 작성하였으나(Brown RN and Myers JR. 2002. J Am Soc Hortic Sci 127:568-575) 유전자 지도상에 위치한 SSR 마커가 27개에 불과할 정도로 연구가 미진한 실정이었다. 따라서 이러한 문제점을 보완하기 위하여 오스트리아에서는 500개의 SSR 마커를 개발하여 이중 페포계와 동양계 호박에 다형성을 보이는 405개의 분자 마커를 활용하여 고밀도 유전자 지도를 작성하였고(Gong L, Stift G, Kofler R, Pachner M and Lelley T. 2008. Theoretical Applied Genetics. 117, 37-48), 이 마커를 활용하여 페포계 호박의 유전자원의 특성 평가(Gong L, Paris HS, Nee MH, Stift G, Pachner M, Vollmann J and Lelley T. 2012. Theoretical Applied Genetics. 124, 875-891) 등에 대한 여러 가지 연구결과가 발표된 바 있다. 최근, 수박, 멜론, 호박, 오이 등과 같은 박과 작물의 유전체 연구 프로젝트(http://www.icugi.org/)가 시작되면서 호박의 경우도 페포계 호박의 EST를 기반으로하여 SSR 및 SNP 마커를 개발하여 유전자 지도 작성 및 양적형질과 연관된 유전자좌의 맵핑 등에 대한 연구성과도 보고되고 있다(Esteras C, Gomez P, Monforte AJ, Blanca J, Vicente-Dolera N, Roig C, Nuez F and Pico B. 2012. BMC Genomics13:8). 이러한 국외 연구결과를 종합해 볼 때 국내 호박 품종을 UPOV가 제안한 유전자 분석 기법의 하나인 SSR 마커에 의해 식별할 수 있는 방법은 미확립된 상태일 뿐만 아니라 이를 자동염기서열분석기를 활용하는, 정확한 품종 구별 DNA 프로파일은 구축되어 있지 않은 실정이다.Molecular genetic research on pumpkin has been carried out in 2002 by using RAPD, AFLP, and SSR markers to generate genetic map (Brown RN and Myers JR 2002). J Am Soc Hortic Sci 127: 568-575) There were only about twenty-seven SSR markers on the genetic map. In order to overcome this problem, we developed 500 SSR markers and constructed a high-density genetic map using 405 molecular markers that show polymorphism in the dual-phenotype and oriental amber (Gong L, Stift G, Kofler R, Pachner M and Lelley T. 2008. Theoretical Applied Genetics, 117, 37-48), using these markers to characterize the genetic resources of pepper-based amber (Gong L, Paris HS, Nee MH, Stift G, Pachner M, Vollmann J and Lelley T. 2012. Theoretical Applied Genetics, 124, 875-891). Recently, a genome research project (http://www.icugi.org/) of foams and crops such as watermelons, melons, amber, and cucumbers has begun, and pumpkins also have SSR and SNP markers (Esteras C, Gomez P, Monforte AJ, Blanca J, Vicente-Dolera N, Roig C, Nuez F and Pico B. 2012), and the results of research on gene mapping and mapping of loci associated with quantitative traits have been reported BMC Genomics 13: 8). As a result of this study, the method that can identify the Korean pumpkin varieties by the SSR marker, which is one of the genetic analysis techniques proposed by UPOV, is not yet established, There is no established DNA profile.
이에 본 발명자는 국내에서 육성된 호박 160개 품종에 대해 다형성을 나타내는 초위성체 마커를 선별하고, 이들 초위성체 마커 세트를 이용하여 호박 게놈 DNA를 증폭시킨 후 생성된 증폭 산물을 확인함으로써, 대립유전자 패턴 및 PIC(Polymorphic Information Content) 값을 살펴 보았을 때 상기 초위성체 마커가 호박 품종 식별 방법에 적합함을 확인하였다. 또한, 공시된 모든 호박 품종의 양친을 식별할 수 있는 이형접합성을 가진 분자표지가 존재하는 것을 확인하여 이 마커 세트는 호박 종자의 순도검정에도 매우 유용하게 이용될 수 있는 것으로 판단하였다. 이러한 결과는 품종 보호 출원시 대조 품종 선정, 종자 분쟁 발생시 품종 진위성에 대한 과학적 검증, 종자 유통 관리 및 F1 종자의 품질관리 등 다양한 방면에 실용적으로 활용될 수 있을 것이다.Therefore, the present inventors selected a supersatellite marker showing polymorphism for 160 cultivars of domestic amber, and confirmed the amplification product after amplifying the amber genomic DNA using the supersatellite marker set, And PIC (Polymorphic Information Content) values, it was confirmed that the supersampling markers were suitable for the amber type identification method. In addition, it was confirmed that there is a heterozygous molecular marker which can identify the parents of all the amber varieties disclosed, and it was judged that this marker set can be very usefully used for the purity determination of the amber seeds. These results can be applied to various aspects such as selection of control varieties at the time of application for breed protection, scientific verification of breed authenticity at seed occurrence, seed distribution control and quality control of F1 seed.
본 발명의 목적은 우리나라에서 유통되고 있는 호박 160개 품종에 대해 높은 다형성을 나타내는 초위성체 마커를 제공하는 것이다.It is an object of the present invention to provide a supersatellite marker that exhibits high polymorphism for 160 varieties of pumpkins distributed in Korea.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 초위성체 마커를 이용하는 호박 품종 식별 방법을 제공하는 것이다.It is still another object of the present invention to provide a method of identifying an amber variety using the supersamma marker.
본 발명의 또 다른 목적은 종자 회사에서 육종된 호박 품종에 대한 유전적 유사도를 DNA 수준에서 예측 가능하게 함으로써 이를 품종 보호 출원시 대조품종 선정에 직접 활용할 수 있게 하는 호박 품종 식별 방법을 제공하는 것이다.It is another object of the present invention to provide a method for identifying an amber varieties which makes it possible to predict the genetic similarity of the amber varieties breeded by a seed company at the DNA level, thereby directly utilizing the varietal varieties in selection of a control varietal.
본 발명의 또 다른 목적은 호박 품종에 대한 진위성 검정에 분자생물학적 기술을 접목하여 종자 시장에서 판매되는 호박 품종의 진위성 여부를 실험실 수준에서 판단함으로써, 불량 종자의 유통을 근절하는데 크게 기여할 수 있고, 농가와 종자 회사, 육묘업체와 농가 또는 종자 회사와 종자 회사간에 발생하는 품종 진위성과 관련된 종자 분쟁 해결에 매우 유용하게 이용될 수 있는, 호박 품종 식별 방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to apply the molecular biology technology to the authenticity testing of the pumpkin cultivars and judge the authenticity of the pumpkin cultivars sold in the seed market at the level of the laboratory to contribute to eradicating the distribution of the bad seeds, And to provide a method of identifying the amber varieties which can be very useful for solving seed conflicts related to the genetic authenticity occurring between a seed company, a seedling maker, a farmer or a seed company and a seed company.
본 발명의 또 다른 목적은 호박 품종 식별에 활용된 분자 표지 중에서 품종에 따라 2개의 대립유전자를 나타내는 것은 이 품종 육성시 교배된 양친의 유전자형을 나타내기 때문에, F1 품종에 대해 양친의 교배 여부를 DNA 수준에서 확인할 수 있는 방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to identify the two alleles according to the varieties among the molecular markers used for the identification of the amber varieties because it shows the genotype of the parents crossed at the breeding time, Level of information.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 국내외에서 유통되고 있는 호박 품종에 대하여 다형성을 나타내는, 서열번호 1 및 서열번호 2의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp137 프라이머 세트; 서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp245 프라이머 세트; 서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp252 프라이머 세트; 서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp254 프라이머 세트; 서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp257 프라이머 세트; 서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm7 프라이머 세트; 서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm18 프라이머 세트; 서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm19 프라이머 세트; 서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm20 프라이머 세트; 서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm34 프라이머 세트; 서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm35 프라이머 세트; 서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm37 프라이머 세트; 서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm48 프라이머 세트; 서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm52 프라이머 세트; 서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm54 프라이머 세트; 서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm60 프라이머 세트; 서열번호 33 및 서열번호 34의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm61 프라이머 세트; 서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm63 프라이머 세트; 서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm80 프라이머 세트; 서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm87 프라이머 세트; 서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm88 프라이머 세트; 서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm91 프라이머 세트; 서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm111 프라이머 세트; 서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm119 프라이머 세트; 서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm128 프라이머 세트; 서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm135 프라이머 세트; 서열번호 53 및 서열번호 54의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm137 프라이머 세트; 서열번호 55 및 서열번호 56의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm162 프라이머 세트; 및 서열번호 57 및 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm164 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트(이하 '서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트'라고도 함)를 포함하는, 호박 품종을 식별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.In order to accomplish the above object, the present invention provides a CMTp137 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, which exhibits polymorphism for an amber variety distributed at home and abroad; A CMTp245 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; A CMTp252 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6; A CMTp254 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8; A CMTp257 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10; A CMTm7 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12; A CMTm18 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14; A CMTm19 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16; A CMTm20 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18; A CMTm34 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 20; A CMTm35 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 21 and SEQ ID NO: 22; A CMTm37 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24; A CMTm48 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26; A CMTm52 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28; A CMTm54 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30; A CMTm60 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 31 and SEQ ID NO: 32; A CMTm61 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 34; A CMTm63 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 35 and SEQ ID NO: 36; A CMTm80 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 37 and SEQ ID NO: 38; A CMTm87 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 39 and SEQ ID NO: 40; A CMTm88 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 41 and SEQ ID NO: 42; A CMTm91 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 43 and SEQ ID NO: 44; A CMTm111 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 45 and SEQ ID NO: 46; A CMTm119 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 47 and SEQ ID NO: 48; A CMTm128 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 49 and SEQ ID NO: 50; A CMTm135 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 51 and SEQ ID NO: 52; A CMTm137 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 53 and SEQ ID NO: 54; A CMTm162 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 55 and SEQ ID NO: 56; And a set of CMTm164 primers consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 57 and SEQ ID NO: 58 (hereinafter referred to as " a set of 29 pairs of oligonucleotides comprising oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 58 & One or more primer sets "). ≪ / RTI >
상기 프라이머 세트는 국내에서 유통되고 있는 호박 160개 품종에 대해 높은 다형성을 나타내는 초위성체 마커를 위한 프라이머 세트로서, 국내에서 유통되고 있는 호박 품종을 특이적으로 식별할 수 있다. 본 발명의 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트를 통해 얻어진 증폭 산물(들)을 의미할 수 있다. 본 발명의 마커는 하기 표 2에 기재된 호박 160개 품종에 대하여 높은 다형성을 나타낸다. 바람직하게는, 본 발명의 마커는 상기 29쌍의 프라이머 세트 모두를 이용하여 얻어진 증폭 산물을 포함할 수 있다. 본 발명의 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트를 하기 표 1에 나타내었다. The primer set is a primer set for supersatellite markers exhibiting high polymorphism for 160 varieties of amber which are distributed in Korea, and can specifically identify the amber varieties distributed in Korea. The marker of the present invention may refer to the amplification product (s) obtained through at least one primer set among 29 pairs of primer sets comprising oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: The markers of the present invention show high polymorphism for 160 varieties of amber listed in Table 2 below. Preferably, the marker of the present invention may comprise an amplification product obtained using all of the 29 pairs of primer sets. 29 pairs of oligonucleotides comprising the oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 58 of the present invention are shown in Table 1 below.
번호order
number
표지인자Super satellites
Marking factor
CMTp137
CMTp245
CMTp252
CMTp254
CMTp257
CMTm7
CMTm18
CMTm19
CMTm20
CMTm34
CMTm35
CMTm37
CMTm48
CMTm52
CMTm54
CMTm60
CMTm61
CMTm63
CMTm80
CMTm87
CMTm88
CMTm91
CMTm111
CMTm119
CMTm128
CMTm135
CMTm137
CMTm162
CMTm164
또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 호박 품종을 식별하기 위한 키트를 제공한다. 바람직하게는, 상기 키트는 상기 29쌍의 프라이머 세트를 모두 포함할 수 있다. 본 발명의 키트는 또한, DNA 중합 효소 및 PCR 완충 용액(buffer)을 포함할 수 있다. 이외에 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성 성분들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.The invention also provides a kit for identifying an amber variety comprising at least one primer set of 29 pairs of primer sets comprising oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: Preferably, the kit may include all of the 29 pairs of primer sets. The kit of the present invention may further comprise a DNA polymerase and a PCR buffer. In addition, components necessary for conducting electrophoresis to confirm whether the PCR product is amplified can be further included in the kit of the present invention.
또한, 본 발명은 호박으로부터 유래된 게놈 DNA를 주형으로 하고 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 및 얻어진 증폭 산물로부터 상기 호박의 품종을 결정하는 단계를 포함하는, 호박 품종을 식별하는 방법을 제공한다. 바람직하게는, 상기 증폭 단계는 상기 29쌍의 프라이머 세트를 모두 사용하여 핵산을 증폭하는 것일 수 있다. Further, the present invention provides a method for amplifying nucleic acid, comprising amplifying a nucleic acid using genomic DNA derived from amber as a template and using at least one primer set among 29 pairs of primer sets comprising oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 58 as primers; And determining the varieties of amber from the resulting amplification products. Preferably, the amplifying step may be to amplify the nucleic acid using all of the 29 pairs of primer sets.
상기 게놈 DNA는 호박의 종자, 호박의 식물 전체로부터 DNA를 채취하는 통상적인 방법을 사용함으로써 얻을 수 있다. 예를 들면, 상기 게놈 DNA는 호박의 종자 또는 호박의 잎, 줄기, 과육 또는 뿌리로부터 유래될 수 있고, 특히 종자를 파종하고 출아한 후의 호박의 어린 식물체의 잎으로부터 채취될 수 있다.The genomic DNA can be obtained by using a conventional method of collecting DNA from the whole plant of amber, seed of amber. For example, the genomic DNA may be derived from the leaves, stems, flesh or roots of pumpkin seeds or pumpkins, and may be obtained from the leaves of young plants of pumpkins, particularly after seeding and emergence.
상기 방법에서 게놈 DNA의 증폭은 PCR(polymerase chain reaction)을 사용하는 것이 바람직하다. 일반적인 PCR 수행 방법에 대해서는 당업계에 잘 알려져 있다. 구체적으로, PCR 반응은 당업계에서 PCR 반응에 필요하다고 알려진 여러 성분을 포함하는 PCR 반응액을 이용하여 수행될 수 있다. 예를 들면, 상기 PCR 반응액은 분석하고자 하는 호박으로부터 유래된 게놈 DNA, 본 발명의 프라이머 세트, 적당량의 DNA 중합 효소(예를 들면, Taq polymerase), dNTP 혼합물, PCR 완충 용액(buffer) 및 물을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 KCl, Tris-HCl 및 MgCl2를 함유할 수 있다.In the above method, it is preferable to use PCR (polymerase chain reaction) for amplification of genomic DNA. Methods for performing general PCR are well known in the art. Specifically, the PCR reaction can be carried out using a PCR reaction solution containing various components known to be necessary for the PCR reaction in the art. For example, the PCR reaction solution may be prepared by mixing a genomic DNA derived from amber to be analyzed, a primer set of the present invention, an appropriate amount of a DNA polymerase (for example, Taq polymerase), a dNTP mixture, a PCR buffer solution, . The PCR buffer may contain KCl, Tris-HCl and MgCl 2.
상기 방법에서 얻어진 증폭 산물로부터 상기 호박의 품종을 결정하는 단계는, 증폭된 산물에 대한 검출 결과를, 상기 29쌍의 호박 품종 식별용 프라이머 세트에 의해 공지된 호박 품종의 핵산을 증폭한 결과와 비교함으로써 수행되는 것일 수 있다. 구체적으로, 상기 증폭된 산물로부터 호박 품종을 결정하는 단계는 자동 염기 서열 분석기를 이용하여 증폭 산물(밴드)의 크기를 컴퓨터 프로그램에 의해 확인함으로써 수행되는 것일 수 있다. 예를 들면, 공지된 호박 품종에 대하여 본 발명의 프라이머 세트를 통해 증폭된 산물(각 대립 유전자에 해당함)의 유무를 미리 하나의 표로 정리한다. 구체적으로, 대립 유전자가 존재할 때에는 "1"로 나타내고 대립 유전자가 존재하지 않을 때에는 "0"으로 나타낸다. 품종을 식별하고자 하는 호박으로부터 게놈 DNA를 분리한 후, 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 증폭하고 증폭된 산물의 크기를 분석한 다음, 이 분석 결과를 상기 공지된 호박 품종의 핵산을 증폭한 결과와 통계 프로그램을 통하여 비교함으로써 호박의 품종을 결정할 수 있다.The step of determining the cultivar of the amber from the amplification product obtained in the above method comprises comparing the detection result of the amplified product with the result of amplifying the nucleic acid of the amber varietal known by the 29 pairs of the primer set for identifying the amber varieties ≪ / RTI > Specifically, the step of determining the amber variety from the amplified product may be performed by confirming the size of the amplified product (band) using an automatic nucleotide sequencer by a computer program. For example, the presence or absence of the amplified product (corresponding to each allele) through the primer set of the present invention for a known amber cultivar is summarized in advance in one table. Specifically, "1" is indicated when an allele is present, and "0" is indicated when an allele is not present. Genomic DNA was isolated from an amber to identify the breed, amplified using the primer set of the present invention, analyzed for the size of amplified product, and the result of this analysis was obtained by amplifying the nucleic acid of the known amber varieties The varieties of amber can be determined by comparison through a statistical program.
또한, 본 발명은 호박 F1 품종의 순도를 검정하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 호박으로부터 유래된 게놈 DNA를 주형으로 하고 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 품종 특이적인 대립유전자를 가지면서 대립유전자의 개수가 2개인 증폭 산물을 갖는 프라이머 세트를 선별하는 단계; 순도를 검정하고자 하는 호박의 F1 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고 선별된 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 및 증폭 결과 품종 특이적인 대립유전자를 가지면서 대립유전자의 개수가 2개인 것으로 나타난 경우, 순도 검정 대상인 호박의 F1 품종은 순종인 것으로 판별하는 단계를 포함할 수 있다.The present invention also provides a method for testing the purity of the Amber F1 varieties. Amplifying the nucleic acid using genomic DNA derived from amber as a template and using at least one primer set among 29 pairs of primer sets comprising the oligonucleotides of SEQ ID NOS: 1 to 58 as primers; Selecting a primer set having an amplification product having an allele specific to alleles and having a gene-specific allele; Amplifying the nucleic acid using the genomic DNA of the F1 breed of pumpkin to be tested for purity as a template and using the selected primer set as a primer; And if the amplification result shows that the number of alleles is 2 with allele specific alleles, the F1 breed of pumpkin, which is the object of purity test, may be discriminated to be pure.
상기 게놈 DNA는 호박의 종자 및 호박의 식물 전체로부터 DNA를 채취하는 통상적인 방법을 사용함으로써 얻을 수 있다. 얻어진 게놈 DNA를 주형으로 하고 상기 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트를 사용하여 증폭한 후, 증폭 산물의 유무를 표로 작성한다. 예를 들면, 하기 표 2에서 기재된 국내에서 유통되고 있는 호박 160개 품종으로부터 DNA를 채취하고, 호박 품종 식별용 프라이머 세트를 사용하여 증폭함으로써, 도 2a 내지 2t에 나타낸 바와 같이 증폭 산물의 유무를 표로 작성한다. The genomic DNA can be obtained by using a conventional method of collecting DNA from zucchini seeds and zucchini plants. Using the obtained genomic DNA as a template, amplification is carried out using at least one primer set among the 29 pairs of primer sets, and the presence or absence of amplification products is tabulated. For example, DNA was collected from 160 varieties of pumpkin distributed in domestic market described in the following Table 2 and amplified by using a primer set for identifying an amber variety, and the presence or absence of the amplification product as shown in Figs. Create.
상기 표에서 각각의 호박 품종에 대하여 특이적인 대립유전자를 가지면서 그 개수가 2개로 나타나는 프라이머 세트, 즉 공우성(co-dominance)인 프라이머 세트를 선별한다. 예를 들어, '농협애호박' 품종(5번 품종)에 대해 CMTp137 프라이머 세트는 대립유전자를 나타내는 밴드가 1개만 나타나서 양친을 구별할 수 없으므로, '농협애호박' 품종의 순도를 검정할 수 있는 마커로 사용할 수 없다. 그러나, 상기 품종에 대해 CMTm18(213bp/234bp), CMTm35(142bp/149bp), CMTm54(139bp/141bp), CMTm80(77bp/81bp), CMTm119(163bp/165bp), 및 CMTm128(87bp/101bp), CMTm164(183bp/200bp) 프라이머 세트를 이용한 증폭 결과는 2개의 특이적인 대립유전자를 나타내었다. 따라서, 이들 마커는 '농협애호박' 품종의 양친을 식별할 수 있으므로 상기 품종의 순도를 검정할 수 있는 마커로 사용될 수 있다.In the above table, a primer set having a specific allele gene for each of the amber varieties, the number of which is 2, that is, a co-dominance primer set is selected. For example, in CMTp137 primer set for 'Nonghyup's Zucchini' (5th breed), since there is only one band indicating an allele, it can not discriminate between the parents. Therefore, a marker for testing the purity of 'Nonghyup's Zucchini' Can not use it. However, CMTm18 (213 bp / 234 bp), CMTm35 (142 bp / 149 bp), CMTm54 (139 bp / 141 bp), CMTm80 (77 bp / 81 bp), CMTm119 (163 bp / 165 bp), and CMTm128 (183 bp / 200 bp) primer set revealed two specific alleles. Therefore, these markers can be used as markers for testing the purity of the cultivars because they can identify the parents of the 'Nonghyup Zucchini' variety.
순도를 검정하고자 하는 호박의 F1 품종의 게놈 DNA를 추출한다. 상기 게놈 DNA를 추출하는 방법은 상기 호박으로부터 게놈 DNA를 추출하는 방법과 동일한 방법으로 실시한다. Genomic DNA of the F1 varieties of pumpkin to be tested for purity is extracted. The method of extracting the genomic DNA is carried out in the same manner as the method of extracting genomic DNA from the amber.
순도를 검정하고자 하는 호박의 F1 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고 상기 선별된 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭한다.The nucleic acid is amplified using the genomic DNA of the F1 breed of pumpkin to be tested for purity as a template and the selected primer set as a primer.
상기 증폭 산물에서 대립 유전자의 크기가 품종 특이적이고 그 개수가 2개로 나타나면, 상기 호박의 F1 품종은 양친 간의 정상적인 교배가 이루어진 순종인 것으로 판별한다. 상기 증폭 산물에서 대립 유전자의 수가 1개로 나타나면, 상기 호박의 F1 품종은 양친 간의 교배가 되지 않은 것으로 판별한다.If the size of the allele in the amplification product is specific to the variety and the number of the allele is two, the F1 cultivar of the pumpkin is determined to be a purebred normal cross between the parents. If the number of alleles in the amplification product is one, the F1 breed of the amber is determined as not crossing between the parents.
또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 29쌍의 프라이머 세트 중 하나 이상의 프라이머 세트, DNA 중합 효소 및 PCR 완충 용액을 포함하는 호박 일대 잡종 품종의 순도 검정용 키트를 제공한다. 본 발명의 키트는 본 발명의 프라이머 세트 중 하나 이상, DNA 중합 효소 및 PCR 완충 용액을 포함한다. 이외에 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기 영동 수행에 필요한 구성 성분들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.Further, the present invention provides a kit for purity assay of amber-mutant hybrid varieties comprising at least one primer set, DNA polymerase and PCR buffer solution among 29 pairs of primer sets comprising oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 58 do. The kit of the present invention comprises at least one of the primer sets of the present invention, a DNA polymerase and a PCR buffer solution. In addition, components necessary for conducting electrophoresis to confirm whether the PCR product is amplified can be further included in the kit of the present invention.
본 발명의 호박 품종 식별용 마커 만을 사용하여 국내외 종자 시장에서 판매되고 있는 주요 호박 품종 160개를 식별할 수 있다. 따라서, 호박 품종의 진위성 규명을 통한 품종 보호 침해 여부의 사전 모니터링 및 침해 여부 확인, 품종 보호 출원시 대조 품종의 선정, F1 종자 생산시 순도확인 등과 같은 다양한 분야에 유용하게 사용될 수 있다.Using only the markers for identification of the amber varieties of the present invention, it is possible to identify 160 main varieties of amber which are sold in domestic and overseas seed markets. Therefore, it can be useful in various fields such as preliminary monitoring of infringement of breed protection through identification of authenticity of pumpkin varieties, confirmation of infringement, selection of control varieties at the time of application for breed protection, and confirmation of purity when producing F1 seeds.
도 1a 내지 1d는 본 발명에 따른 마커에 의해 분석된 각 호박 품종을 코드화하고 NTSYSPC 컴퓨터 프로그램을 활용하여 호박 품종 식별 및 품종별 유전적 유사도를 나타낸 것이다.
도 2a 내지 2t는 국내에서 육성되는 160개 호박 품종을 대상으로 본 발명의 29개의 프라이머 세트를 이용하여 증폭하였을 때 대립 유전자의 크기(bp)에 따라 밴드의 유무를 코드화한 것으로, 밴드가 존재할 때에는 “1”로 나타내었고, 밴드가 존재하지 않을 때에는 “0”으로 나타낸 것이다.FIGS. 1A to 1D are graphs showing the genetic similarity of the amber varieties according to the present invention by coding each of the amber varieties analyzed by the marker according to the present invention and using the NTSYSPC computer program.
FIGS. 2A to 2T show the presence of bands according to the size (bp) of an allele gene when amplified using 29 primer sets of the present invention on 160 squash cultivars cultivated in Korea. When a band exists Quot; 1 ", and when there is no band, it is represented by " 0 ".
이하, 본 발명을 실시예에 의해 보다 상세히 설명한다. 그러나 본 발명이 하기 실시예에 의해 제한되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail by way of examples. However, the present invention is not limited by the following examples.
실시예Example 1: 호박 품종 식별을 위한 1: For the identification of pumpkin varieties 마커의Marker 평가 evaluation
(1) 호박 시료(1) Amber samples
본 발명에서는 하기 표 2에 기재된 호박 160개 품종을 호박 품종 식별용 프라이머 세트의 선별 및 호박 품종 식별 가능성 검정을 위해 사용하였다.In the present invention, the 160 kinds of amber listed in Table 2 were used for screening primer sets for identifying the amber variety and for testing the discrimination possibility of the amber variety.
(2) 게놈 DNA의 추출(2) Extraction of genomic DNA
상기 표 2에 기재된 공시된 호박 종자를 50공 플러그 육묘판에 파종하고 3주일 경과 후, 연한 부위의 유엽을 채취하여 게놈 DNA의 분리 재료로 이용하였다. 채취한 호박의 유엽이 보관되어 있는 2 mL 튜브에 텅스텐 구슬 2개를 넣고 액체 질소(-196℃)를 이용하여 급속 동결시킨 다음, 볼텍싱(vortexing) 과정을 반복하면서 조직을 고르게 마쇄하였다. 충분히 마쇄된 조직으로부터 NucleoSpin® PlantⅡ(Macherey-Nagel Cat. 740 770.250) 키트를 이용하여 게놈 DNA를 분리하였다. 추출된 게놈 DNA를 1.0% 아가로스 겔에서 전기영동하여 DNA의 농도를 정량한 후, 각 DNA를 ㎕당 10 ng의 농도로 희석하여 PCR 분석에 이용하였다.
The disclosed pumpkin seeds listed in Table 2 above were sown on a 50-well plug seedling plate, and after 3 weeks, the leaves of the soft portion were collected and used as a genomic DNA separation material. Two tungsten beads were placed in a 2-mL tube containing collected pumpkin leaves, rapidly frozen in liquid nitrogen (-196 ° C), and vortexing was repeated to polish the tissue evenly. Genomic DNA was isolated from well-ground tissues using the NucleoSpin ® Plant II (Macherey-Nagel Cat. 740 770.250) kit. The extracted genomic DNA was electrophoresed on 1.0% agarose gel to quantify the DNA concentration, and each DNA was diluted to a concentration of 10 ng per μl and used for PCR analysis.
(3) 품종식별용 SSR 마커 선발(3) SSR marker selection for breed identification
호박 품종식별에 효율적인 마커를 선발하기 위하여, 호박 22품종('경원쥬키니', '진성쥬키니', '부시자동애', '투게더', '에스알에스05518', '비엔224', '제일부시단', '미도지망', '하이로지망', '데까지망', '부시귤단', '자부심토좌', '멋진', '깔나원', '신토좌', '부시단', '구리비스', '구리지망', '귤단', '슈퍼매직토좌', '신선애', '좋은애')의 게놈 DNA를 기 보고된 300개 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭하였다. 증폭 산물에 대하여 모세관 전기영동 장치(HDA-GT12TM System, eGEnE, Inc.)와 컴퓨터 프로그램 (Biocalculator 2.0)을 활용하여 각 시료별 대립유전자의 차이를 분석하였다. 분석 결과, 밴드의 패턴이 깨끗하며 다형성 정도가 높은 마커 29개를 선정하였다. 이들 29개 마커에 대해 자동 염기 서열 분석기를 통한 정밀 분석을 수행하기 위하여, 정방향 프라이머가 형광 발생 물질 FAM, VIC, NED 및 PET 중 하나로 형광 표지된 올리고뉴클레오타이드를 제작하였다.
In order to select the markers that are effective for the identification of pumpkin varieties, 22 varieties of pumpkin ('Kyungwon Jujini', 'Jinju Jujini', 'Busy Auto', 'Together', 'ESP S 05518', 'Bien 224''Bushido','Chinchilla','Good','Chinnaeon','Shintoism','Bushidan',' Genomic DNAs of 'Copper Aspen', 'Tangerine', 'Super Magic Tongue', 'Fresh Cucumber' and 'Good Cucumber' were amplified using 300 SSR primer sets reported. The amplification product was analyzed by using capillary electrophoresis system (HDA-GT12TM System, eGEnE, Inc.) and computer program (Biocalculator 2.0). As a result of analysis, 29 markers with high pattern polymorphism were selected. In order to perform a precise analysis with these automated markers on an automatic sequencer, fluorescently labeled oligonucleotides were prepared with forward primers as one of the fluorogenic materials FAM, VIC, NED and PET.
(4) PCR 증폭 및 전기 영동(4) PCR amplification and electrophoresis
상기 게놈 DNA 및 마커를 재료로 하여 PCR을 실시하였다. PCR 반응액의 조성은 게놈 DNA 20 ng, 0.1 μM의 상기 마커, 2.0 ㎕ dNTP 혼합물(2.5 mM), Taq 중합효소 1U(Takara CAT. RR011A), 및 2.5 ㎕의 10X PCR 완충용액(50 mM KCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 2.0 mM MgCl2)을 증류수에 첨가하여 전체 부피를 30 ㎕로 조절하였다. PCR(C1000, BioRad, 미국) 증폭은 94℃에서 5분 동안 게놈 DNA를 충분히 변성시킨 다음, 변성은 94℃에서 30초, 어닐링은 50℃에서 30초, 그리고 신장을 72℃에서 45초간 40회 반복 수행하였다. PCR 산물의 최종 신장을 위하여 72℃에서 10분 동안 반응시켰다. 각각의 프라이머 세트에 대한 어닐링 온도를 하기 표 3에 나타내었다. PCR이 완료된 후, 2.8% 아가로스 겔에서 전기영동하여 증폭 여부를 확인하였다. 증폭된 시료들은 다음 실험을 위해 -20℃에서 보관하였다. PCR에 증폭된 시료들은 초순수 150 ㎕에 적정 농도로 희석한 다음, 희석된 1.5 ㎕의 PCR 산물을 탈이온된 포름아마이드(deionized formamide) 10 ㎕, 대립유전자 크기를 측정하는 사이즈 마커(size marker)(LIZ500 size standard) 0.25 ㎕와 잘 혼합하여 섞은 다음, 94℃에서 2분간 변성시켰다. 변성시킨 유전자 증폭 산물을 자동 염기 서열 분석장치(Genetic Analyzer 3730XL, Applied Biosystem)를 활용하여 전기영동 하였다. 각 품종별 초위성체 분자 표지에 대한 대립유전자 크기는 GeneMapper4.0 컴퓨터 프로그램(Applied Biosystem)을 이용하여 정확하게 측정하였다.
PCR was performed using the genomic DNA and the marker as a material. The composition of the PCR reaction solution was 20 ng of genomic DNA, 0.1 μM of the above marker, 2.0 μl of dNTP mixture (2.5 mM), 1 μl of Taq polymerase (Takara CAT.RR011A) and 2.5 μl of 10 × PCR buffer (50 mM KCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 2.0 mM MgCl 2 ) was added to distilled water to adjust the total volume to 30 μl. PCR (C1000, BioRad, USA) Amplification was performed by denaturing genomic DNA at 94 ° C for 5 minutes, denaturation at 94 ° C for 30 seconds, annealing at 50 ° C for 30 seconds, and elongation at 72 ° C for 45 seconds for 40 times Lt; / RTI > The PCR product was reacted at 72 ° C for 10 minutes for final elongation. The annealing temperatures for each primer set are shown in Table 3 below. After completion of the PCR, amplification was confirmed by electrophoresis on 2.8% agarose gel. The amplified samples were stored at -20 ° C for the next experiment. The PCR amplified samples were diluted to 150 μl of ultrapure water at a proper concentration, and then 1.5 μl of the diluted PCR product was diluted with 10 μl of deionized formamide, a size marker to measure the allele size ( LIZ500 size standard), and then denatured at 94 DEG C for 2 minutes. The denatured gene amplification product was electrophoresed using an automatic base sequence analyzer (Genetic Analyzer 3730XL, Applied Biosystem). The allele size of the supersatellite molecule for each breed was measured accurately using the GeneMapper4.0 computer program (Applied Biosystem).
(5) 본 발명에 따른 마커의 호박 품종 식별 가능성 검정(5) Identification of the amber variety of the marker according to the present invention
상기에서 자동염기서열분석기로 확인한 대립유전자 크기를 이용하여 본 발명에 따른 마커의 호박 품종 식별 가능성을 조사하였다. 하기 식 1을 사용하여 PIC(polymorphism information content)값을 산출하였다. 하기 식에서 Pij는 마커 i의 밴드들 중에서 j번째 공통 밴드 패턴의 빈도수이다(Anderson et al., 1993, Genome 36: 181-186).Using the allele size confirmed by the automatic nucleotide sequencer, identification of the marker according to the present invention was investigated. Polymorphism information content (PIC) values were calculated using the following equation (1). In the following equation, Pij is the frequency of the jth common band pattern among the bands of the marker i (Anderson et al., 1993, Genome 36: 181-186).
그 결과, 각 마커에 따른 어닐링 온도(℃), 증폭 산물의 크기(bp), 대립유전자의 수 및 PIC 값을 하기 표 3에 나타내었다.As a result, annealing temperature (° C), amplification product size (bp), number of alleles and PIC value according to each marker are shown in Table 3 below.
<식 1> <
상기 표 3에서 살핀 바와 같이, 본 발명에서 활용된 마커 중 2개(CMTp245, CMTm88)는 0.50보다 낮은 PIC 값을 나타내었고, 나머지 27개는 0.500 내지 0.894로 높은 PIC 값을 나타내었다. 따라서, 본 발명의 마커를 이용하면 호박 품종을 충분히 식별할 수 있다.As shown in Table 3, two of the markers used in the present invention (CMTp245, CMTm88) showed a PIC value lower than 0.50, and the remaining 27 were 0.500 to 0.894, indicating a high PIC value. Therefore, the use of the marker of the present invention can sufficiently discriminate the amber variety.
또한, 각 마커에 대하여 각각의 대립유전자의 증폭 산물 유무를 NTSYS pc(version 2.10b)(Rohlf, 2000, Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System-Version 2.10b. Applied Biostatistics Inc., New York.) 컴퓨터 프로그램에 입력하고 Jaccard's 방법(Sneath and Sokal 1973, Numerical taxonomy : The Principles and Practice of Numerical Classification, W. H. Freeman, San Francisco.)에 준하여 유전적 유사도 값을 계산하였다. 유전적 유사도를 이용하여 UPGMA(Unweighted Pair-group Method with Arithmetical Average)(Sneath and Sokal, 1973)에 의해 집괴 분석하여 계통도(dendrogram)를 작성하였고 그 결과를 도 1a 내지 1d에 나타내었다. 도 1a 내지 1d에 따르면, 본 발명의 프라이머 세트는 국내에서 유통되고 있는 160개 호박 품종의 식별을 가능하게 함을 알 수 있다.
For each marker, the presence or absence of amplification product of each allele was analyzed using a computer program of NTSYS pc (version 2.10b) (Rohlf, 2000, Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System-Version 2.10b. Applied Biostatistics Inc., New York) And genetic similarity values were calculated according to Jaccard's method (Sneath and Sokal 1973, Numerical taxonomy: The Principles and Practice of Numerical Classification, WH Freeman, San Francisco.). Using a genetic similarity measure, an unweighted pair-group method with an arithmetical average (Sneath and Sokal, 1973) was used to analyze the cluster and a dendrogram was created. The results are shown in FIGS. 1A to 1D, it can be seen that the primer set of the present invention enables identification of 160 amber varieties distributed in Korea.
실시예Example 2: 호박 품종 식별 2: Identification of varieties of pumpkin
(1) 본 발명의 마커를 이용한 품종 식별표 작성(1) Using the marker of the present invention to prepare a variety identification list
국내에서 육성되는 160개 호박 품종 각각으로부터 게놈 DNA를 실시예 1의 (2)의 방법에 따라 추출하였다. 본 발명의 29개 마커를 프라이머 세트로 이용하여 실시에 1의 (4)의 방법에 따라 PCR을 실시하였다. PCR 결과로부터 본 발명의 마커에 대한 밴드의 유무를 판별하여 밴드가 존재할 경우에는 점수 1로 코드화하고 밴드가 존재하지 않을 경우에는 0으로 코드화함으로써, 160개 호박 품종 각각에 대한 품종 식별표를 작성하였다. 그 결과를 도 2a 내지 2t에 나타내었다. 도 2a 내지 2t에 나타낸 바와 같이, 각 마커에 따라 각 호박 품종은 서로 다른 형태의 밴드 패턴을 나타내었다. 예를 들어, 표 2에서 호박의 품종연번 5번인 '농협애호박' 품종은 분자 표지 CMTp137로 증폭할 경우 147 bp에서 1개의 대립유전자가, CMTm35로 증폭할 경우 142 bp와 149 bp 크기의 2개 대립유전자가 존재한다.
Genomic DNA was extracted from each of the 160 pumpkin cultivars cultivated in Korea according to the method (2) of Example 1. PCR was carried out according to the method of (1) in (1) using 29 markers of the present invention as a primer set. From the PCR results, the presence or absence of the bands for the marker of the present invention was determined. When the bands existed, they were coded to score 1, and when there were no bands, they were coded as 0, The results are shown in Figs. As shown in FIGS. 2A to 2T, each of the amber cultivars exhibited different band patterns according to the respective markers. For example, in Table 2, 'Nonghyup's Zucchini', the
(2) 호박 품종 식별(2) Identification of varieties of pumpkin
품종을 식별하고자 하는 호박의 종자를 50공 플러그 육묘판에 파종하고 3주일 경과 후, 연한 부위의 유엽을 채취하여 게놈 DNA의 분리 재료로 이용하였다. 채취한 호박의 유엽이 보관되어 있는 2 mL 튜브에 텅스텐 구슬 3개를 넣고 액체 질소(-196℃)를 이용하여 급속 동결시킨 다음 볼텍싱 과정을 반복하면서 조직을 고르게 마쇄하였다. 충분히 마쇄된 조직으로부터 NucleoSpin® PlantⅡ 키트를 이용하여 게놈 DNA를 분리하였다. 추출된 게놈 DNA를 1.0% 아가로스 겔에서 전기영동하여 DNA의 농도를 정량한 후, 각 DNA를 ㎕당 10 ng의 농도로 희석하였다.Pumpkin seeds were sown on a 50 - well plug seedling plate and after 3 weeks, seedlings were extracted from the leaves and used as genomic DNA isolation material. Three pieces of tungsten beads were placed in a 2 mL tube containing collected pumpkin leaves and rapidly frozen using liquid nitrogen (-196 ° C). The vortexing procedure was repeated to polish the tissue evenly. Genomic DNA was isolated from well-ground tissues using the NucleoSpin ® Plant II kit. The extracted genomic DNA was electrophoresed on a 1.0% agarose gel to quantitate the DNA concentration, and each DNA was diluted to a concentration of 10 ng per μl.
본 발명의 29개 마커를 이용하여 상기 추출한 게놈 DNA를 주형으로 PCR 증폭 후 전기영동 하였다. PCR 증폭 및 전기영동은 실시예 1에 기술된 방법과 동일한 방법을 사용하였다. 전기영동 결과를 도 2a 내지 2t의 결과와 비교하였다. 비교 결과, 품종을 식별하고자 했던 호박은 '농협애호박' 품종(품종연번 5)에 대한 증폭 산물과 밴드의 유무 및 크기 면에서 동일한 형태를 나타내었으므로, '농협애호박' 품종임을 확인할 수 있었다.
Using the 29 markers of the present invention, the extracted genomic DNA was subjected to PCR amplification with a template and electrophoresed. PCR amplification and electrophoresis were carried out in the same manner as described in Example 1. The results of the electrophoresis were compared with those of FIGS. 2A to 2T. As a result of comparison, it was confirmed that the amber which was intended to discriminate the cultivar was the 'Nonghyup zucchini' because it showed the same shape in terms of the presence and size of the amplified product and the band of 'Nonghyup zucchini'.
실시예Example 3: 호박 F1 종자 순도 검정용 3: Pumpkin F1 seed purity test 마커의Marker 선별 Selection
도 2a 내지 2t에 의하면, '농협애호박' 품종의 경우 CMTp137(147bp), CMTp245(124bp), CMTp252(161bp), CMTp254(134bp), CMTp257(119bp), CMTm7(167bp), CMTm19(100bp), CMTm20(124bp), CMTm34(110bp), CMTm37(136bp), CMTm48(96bp), CMTm52(245bp), CMTm60(104bp), CMTm61(102bp), CMTm63(108bp), CMTm87(168bp), CMTm88(125bp), CMTm91(126bp), CMTm111(107bp), CMTm135(122bp), CMTm137(101bp), 및 CMTm162(96bp) 마커를 이용한 PCR 증폭은 1개의 대립유전자에 해당하는 밴드만을 나타내어 양친을 구분하지 못하므로 F1 종자의 순도 검정에는 사용할 수 없다. 그러나, 마커 CMTm18(213bp/234bp), CMTm35(142bp/149bp), CMTm54(139bp/141bp), CMTm80(77bp/81bp), CMTm119(163bp/165bp), 및 CMTm128(87bp/101bp), CMTm164(183bp/200bp)를 이용한 PCR 증폭은 F1 품종의 양친 특이적인 2개의 대립유전자에 해당하는 밴드를 나타내었다. 따라서, 이들 마커는 호박 '농협애호박' 품종이 양친의 정상적인 교배로 생성되었음을 판단하기 위한 마커로 사용될 수 있다.
2 (a) to 2 (t), CMTp137 (147 bp), CMTp245 (124 bp), CMTp252 (161 bp), CMTp254 (134 bp), CMTp257 (119 bp), CMTm7 (167 bp), CMTm19 (124bp), CMTm34 (110bp), CMTm37 (136bp), CMTm48 (96bp), CMTm52 (245bp), CMTm60 (104bp), CMTm61 (102bp), CMTm63 (108bp), CMTm87 The PCR amplification using the marker (126 bp), CMTm111 (107 bp), CMTm135 (122 bp), CMTm137 (101 bp) and CMTm162 (96 bp) showed only bands corresponding to one allele, It can not be used for testing. However, the marker CMTm18 (213 bp / 234 bp), CMTm35 (142 bp / 149 bp), CMTm54 (139 bp / 141 bp), CMTm80 (77 bp / 81 bp), CMTm119 (163 bp / 165 bp), and CMTm128 200bp) showed a band corresponding to two parent - specific alleles of F1 breed. Therefore, these markers can be used as a marker for judging that the 'Nonghyup Zucchini' variety of pumpkin was produced by the normal mating of the parents.
실시예Example 4: 호박 F1 종자의 순도 검정 4: Purity of pumpkin F1 seed
순도를 검정하고자 하는 '농협애호박' 품종의 종자에 대해 상기 실시예 2의 (2)에서 기재된 바에 따라 DNA를 분리하였다. 분리한 DNA에 대해서 마커 CMTm18, CMTm35, CMTm54, CMTm80, CMTm119, CMTm128, 및 CMTm164를 사용하여 PCR 증폭하였다. 증폭 조건은 상기 실시예 1의 (4)에서 기재된 바와 동일한 방법을 사용하였다.The seeds of the 'Nonghyup Choo' variety to be tested for purity were isolated according to the procedure described in (2) of Example 2 above. The separated DNA was subjected to PCR amplification using the markers CMTm18, CMTm35, CMTm54, CMTm80, CMTm119, CMTm128, and CMTm164. Amplification conditions were the same as described in (4) of Example 1 above.
상기 PCR 증폭을 통해 마커별로 각 대립유전자에 상응하는 2개의 증폭 산물을 얻었다. 이를 도 2a 내지 2t의 품종 식별표와 대조한 결과, 각 마커별 증폭 산물의 유무 및 크기는 농협애호박 품종의 것과 일치하였다. 따라서, 실험한 '농협애호박' F1 품종의 종자는 양친의 정상적인 교배로부터 생성된 순종임을 알 수 있었다.
Two amplification products corresponding to each allele were obtained for each marker by PCR amplification. As a result of comparing with the breed identification table of Figs. 2a to 2t, the presence and size of the amplified products of each marker were in agreement with those of the Nonghyup zucchini varieties. Therefore, it was found that the seeds of the tested 'Nonghyup Zucchini' F1 breed were purebreds produced from the normal mating of the parents.
<110> Korea Seed and Variety Service <120> A method for identifying pumpkin varieties using microsatellites markers <130> PN103102 <160> 58 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp137_F <400> 1 tgaaatctct gcgagacaaa ag 22 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp137_R <400> 2 aattcagatt gagagggagg tg 22 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp245_F <400> 3 aggtaactgc accccagcta 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp245_R <400> 4 cccatctctc aagctcatcc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp252_F <400> 5 tctcactcat ccaccacacc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp252_R <400> 6 cgtttcgagt catttgttcg 20 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp254_F <400> 7 ccccacatcc atatatccac a 21 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp254_R <400> 8 ctccaatgca caaccttgc 19 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp257_F <400> 9 cacgaagatt tgatggcctt a 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp257_R <400> 10 ggattgggat ggtgaagatg 20 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm7_F <400> 11 aaccaaactc cggcaaga 18 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm7_R <400> 12 gttctctccg ttcaggatgg 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm18_F <400> 13 atgggtttca ccaaaagctg 20 <210> 14 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm18_R <400> 14 aagcggacga ctgacgac 18 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm19_F <400> 15 gcatgggaga tgaaggttag 20 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm19_R <400> 16 atttcctggt ggtatgagat tc 22 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm20_F <400> 17 gtgggccata tcgattcact 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm20_R <400> 18 cgaaagtcgc agagaacaca 20 <210> 19 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm34_F <400> 19 tgaaactaca ctacatgacc ttgg 24 <210> 20 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm34_R <400> 20 tgggttggta gacttgtagt tga 23 <210> 21 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm35_F <400> 21 catcaggtta ttgagtttta ctcagac 27 <210> 22 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm35_R <400> 22 tcgtctgccc caataattc 19 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm37_F <400> 23 cgtgtttgtg ttggaaaagc 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm37_R <400> 24 aagcaaaccc acagaaggag 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm48_F <400> 25 aagcctttgg ggacctttac 20 <210> 26 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm48_R <400> 26 ttgaaacctt caaacaagaa attg 24 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm52_F <400> 27 gctctccatt ttccagcttc 20 <210> 28 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm52_R <400> 28 gacgcagagg gagattaatg a 21 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm54_F <400> 29 gtgtggatgc aaatggtgag 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm54_R <400> 30 gggaatcgag ggttttgaat 20 <210> 31 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm60_F <400> 31 tcctccaaag cataccaact gt 22 <210> 32 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm60_R <400> 32 gcgccatttt attgattgga t 21 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm61_F <400> 33 gccattattc cactccatgc 20 <210> 34 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm61_R <400> 34 tgcctgcacc tgttttagc 19 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm63_F <400> 35 gcagaagata ccgtcggagt 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm63_R <400> 36 aaggtgaacg ggaatgtgag 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm80_F <400> 37 ggcctaatgg gttgtgaaga 20 <210> 38 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm80_R <400> 38 agtggaatcc atttgttcgt g 21 <210> 39 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm87_F <400> 39 aatctgcaaa cggacttcaa t 21 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm87_R <400> 40 tcacagtgat ccccaaactc 20 <210> 41 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm88_F <400> 41 catcgacatt cgcctcatc 19 <210> 42 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm88_R <400> 42 aggcagcttc caaatcagc 19 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm91_F <400> 43 ccctagaatt agtgggcaat 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm91_R <400> 44 taggcctaaa aagacccaat 20 <210> 45 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm111_F <400> 45 ctccattccc atggcttc 18 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm111_R <400> 46 ccatgagctt gagagaggtg 20 <210> 47 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm119_F <400> 47 gaagctgccg gaagttagc 19 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm119_R <400> 48 gggaccaccc tcttctcttc 20 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm128_F <400> 49 accaattttt gattttcagt ttgc 24 <210> 50 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm128_R <400> 50 agggggaaga aaagcgaag 19 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm135_F <400> 51 gtggccgtag gtttgtcagt 20 <210> 52 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm135_R <400> 52 tcagagaatc ggagcagaga g 21 <210> 53 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm137_F <400> 53 acgttctttc tgcctccat 19 <210> 54 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm137_R <400> 54 atgcccatta tgcaattctc 20 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm162_F <400> 55 tggatgggga aattattgga 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm162_R <400> 56 attcagggga gattgggact 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm164_F <400> 57 agcctttcag aagaaccaag 20 <210> 58 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm164_R <400> 58 ggcttcaaac aaatactaac ca 22 <110> Korea Seed and Variety Service <120> A method for identifying pumpkin varieties using microsatellites markers <130> PN103102 <160> 58 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp137_F <400> 1 tgaaatctct gcgagacaaa ag 22 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp137_R <400> 2 aattcagatt gagagggagg tg 22 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp245_F <400> 3 aggtaactgc accccagcta 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp245_R <400> 4 cccatctctc aagctcatcc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp252_F <400> 5 tctcactcat ccaccacacc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp252_R <400> 6 cgtttcgagt catttgttcg 20 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp254_F <400> 7 ccccacatcc atatatccac a 21 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp254_R <400> 8 ctccaatgca caaccttgc 19 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp257_F <400> 9 cacgaagatt tgatggcctt a 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTp257_R <400> 10 ggattgggat ggtgaagatg 20 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm7_F <400> 11 aaccaaactc cggcaaga 18 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm7_R <400> 12 gttctctccg ttcaggatgg 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm18_F <400> 13 atgggtttca ccaaaagctg 20 <210> 14 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm18_R <400> 14 aagcggacga ctgacgac 18 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm19_F <400> 15 gcatgggaga tgaaggttag 20 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm19_R <400> 16 atttcctggt ggtatgagat tc 22 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm20_F <400> 17 gtgggccata tcgattcact 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm20_R <400> 18 cgaaagtcgc agagaacaca 20 <210> 19 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm34_F <400> 19 tgaaactaca ctacatgacc ttgg 24 <210> 20 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm34_R <400> 20 tgggttggta gacttgtagt tga 23 <210> 21 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm35_F <400> 21 catcaggtta ttgagtttta ctcagac 27 <210> 22 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm35_R <400> 22 tcgtctgccc caataattc 19 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm37_F <400> 23 cgtgtttgtg ttggaaaagc 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm37_R <400> 24 aagcaaaccc acagaaggag 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm48_F <400> 25 aagcctttgg ggacctttac 20 <210> 26 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm48_R <400> 26 ttgaaacctt caaacaagaa attg 24 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm52_F <400> 27 gctctccatt ttccagcttc 20 <210> 28 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm52_R <400> 28 gacgcagagg gagattaatg a 21 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm54_F <400> 29 gtgtggatgc aaatggtgag 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm54_R <400> 30 gggaatcgag ggttttgaat 20 <210> 31 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm60_F <400> 31 tcctccaaag cataccaact gt 22 <210> 32 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm60_R <400> 32 gcgccatttt attgattgga t 21 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm61_F <400> 33 gccattattc cactccatgc 20 <210> 34 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm61_R <400> 34 tgcctgcacc tgttttagc 19 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm63_F <400> 35 gcagaagata ccgtcggagt 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm63_R <400> 36 aaggtgaacg ggaatgtgag 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm80_F <400> 37 ggcctaatgg gttgtgaaga 20 <210> 38 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm80_R <400> 38 agtggaatcc atttgttcgt g 21 <210> 39 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm87_F <400> 39 aatctgcaaa cggacttcaa t 21 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm87_R <400> 40 tcacagtgat ccccaaactc 20 <210> 41 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm88_F <400> 41 catcgacatt cgcctcatc 19 <210> 42 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm88_R <400> 42 aggcagcttc caaatcagc 19 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm91_F <400> 43 ccctagaatt agtgggcaat 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm91_R <400> 44 taggcctaaa aagacccaat 20 <210> 45 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm111_F <400> 45 ctccattccc atggcttc 18 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm111_R <400> 46 ccatgagctt gagagaggtg 20 <210> 47 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm119_F <400> 47 gaagctgccg gaagttagc 19 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm119_R <400> 48 gggaccaccc tcttctcttc 20 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm128_F <400> 49 accaattttt gattttcagt ttgc 24 <210> 50 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm128_R <400> 50 agggggaaga aaagcgaag 19 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm135_F <400> 51 gtggccgtag gtttgtcagt 20 <210> 52 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm135_R <400> 52 tcagagaatc ggagcagaga g 21 <210> 53 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm137_F <400> 53 acgttctttc tgcctccat 19 <210> 54 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm137_R <400> 54 atgcccatta tgcaattctc 20 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm162_F <400> 55 tggatgggga aattattgga 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm162_R <400> 56 attcagggga gattgggact 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm164_F <400> 57 agcctttcag aagaaccaag 20 <210> 58 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTm164_R <400> 58 ggcttcaaac aaatactaac ca 22
Claims (8)
서열번호 3 및 서열번호 4의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp245 프라이머 세트;
서열번호 5 및 서열번호 6의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp252 프라이머 세트;
서열번호 7 및 서열번호 8의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp254 프라이머 세트;
서열번호 9 및 서열번호 10의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTp257 프라이머 세트;
서열번호 11 및 서열번호 12의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm7 프라이머 세트;
서열번호 13 및 서열번호 14의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm18 프라이머 세트;
서열번호 15 및 서열번호 16의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm19 프라이머 세트;
서열번호 17 및 서열번호 18의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm20 프라이머 세트;
서열번호 19 및 서열번호 20의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm34 프라이머 세트;
서열번호 21 및 서열번호 22의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm35 프라이머 세트;
서열번호 23 및 서열번호 24의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm37 프라이머 세트;
서열번호 25 및 서열번호 26의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm48 프라이머 세트;
서열번호 27 및 서열번호 28의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm52 프라이머 세트;
서열번호 29 및 서열번호 30의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm54 프라이머 세트;
서열번호 31 및 서열번호 32의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm60 프라이머 세트;
서열번호 33 및 서열번호 34의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm61 프라이머 세트;
서열번호 35 및 서열번호 36의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm63 프라이머 세트;
서열번호 37 및 서열번호 38의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm80 프라이머 세트;
서열번호 39 및 서열번호 40의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm87 프라이머 세트;
서열번호 41 및 서열번호 42의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm88 프라이머 세트;
서열번호 43 및 서열번호 44의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm91 프라이머 세트;
서열번호 45 및 서열번호 46의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm111 프라이머 세트;
서열번호 47 및 서열번호 48의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm119 프라이머 세트;
서열번호 49 및 서열번호 50의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm128 프라이머 세트;
서열번호 51 및 서열번호 52의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm135 프라이머 세트;
서열번호 53 및 서열번호 54의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm137 프라이머 세트;
서열번호 55 및 서열번호 56의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm162 프라이머 세트; 및
서열번호 57 및 서열번호 58의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 CMTm164 프라이머 세트를 포함하는, 호박 품종 식별용 프라이머 세트.A CMTp137 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2;
A CMTp245 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4;
A CMTp252 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6;
A CMTp254 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8;
A CMTp257 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10;
A CMTm7 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12;
A CMTm18 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14;
A CMTm19 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16;
A CMTm20 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18;
A CMTm34 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 20;
A CMTm35 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 21 and SEQ ID NO: 22;
A CMTm37 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24;
A CMTm48 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26;
A CMTm52 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28;
A CMTm54 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30;
A CMTm60 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 31 and SEQ ID NO: 32;
A CMTm61 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 34;
A CMTm63 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 35 and SEQ ID NO: 36;
A CMTm80 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 37 and SEQ ID NO: 38;
A CMTm87 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 39 and SEQ ID NO: 40;
A CMTm88 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 41 and SEQ ID NO: 42;
A CMTm91 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 43 and SEQ ID NO: 44;
A CMTm111 primer set consisting of the oligonucleotides of SEQ ID NO: 45 and SEQ ID NO: 46;
A CMTm119 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 47 and SEQ ID NO: 48;
A CMTm128 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 49 and SEQ ID NO: 50;
A CMTm135 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 51 and SEQ ID NO: 52;
A CMTm137 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 53 and SEQ ID NO: 54;
A CMTm162 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 55 and SEQ ID NO: 56; And
A primer set for identification of a variety of squash cultivars comprising a CMTm164 primer set consisting of oligonucleotides of SEQ ID NO: 57 and SEQ ID NO:
얻어진 증폭 산물로부터 상기 호박의 품종을 결정하는 단계를 포함하는, 호박 품종을 식별하는 방법.Amplifying the nucleic acid using genomic DNA derived from amber as a template and using a primer set for identifying an amber variety in claim 1 as a primer; And
And determining the varieties of amber from the resulting amplification products.
품종 특이적인 대립유전자를 가지면서 대립유전자의 개수가 2개인 증폭 산물을 갖는 프라이머 세트를 선별하는 단계;
순도를 검정하고자 하는 호박의 F1 품종의 게놈 DNA를 주형으로 하고 선별된 프라이머 세트를 프라이머로 사용하여 핵산을 증폭하는 단계; 및
증폭 결과 품종 특이적인 대립유전자를 가지면서 대립유전자의 개수가 2개인 것으로 나타난 경우, 순도 검정 대상인 호박의 F1 품종은 순종인 것으로 판별하는 단계를 포함하는, 호박 일대 잡종(F1) 품종의 순도를 검정하는 방법.Amplifying the nucleic acid using the genome DNA derived from amber as a template and the primer set of claim 1 as a primer;
Selecting a primer set having an amplification product having an allele specific to alleles and having a gene-specific allele;
Amplifying the nucleic acid using the genomic DNA of the F1 breed of pumpkin to be tested for purity as a template and using the selected primer set as a primer; And
The purity of amber hybrid (F1) cultivars, including the step of discriminating the F1 breed as an object of purity, to be pure, when the amplification result shows that the number of alleles is 2 with the breed-specific allele How to.
A kit for assaying purity of an amber mixed variety comprising the primer set for identifying the amber varieties of claim 1, a DNA polymerase and a PCR buffer solution.
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Songklanakarin J. Sci. Technol., 2007, Vol. 29, No. 5, pp1217-1223. |
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