KR101356305B1 - 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 시스템 및 방법 - Google Patents
질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 시스템 및 방법 Download PDFInfo
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Abstract
특정 질병, 특히 암 상태에 대한 개별적인 의료 개입을 결정하기 위한 시스템 및 방법에 제공되며, 상기 시스템 및 방법은 환자로부터의 생체 시료를 분자 프로파일링하는 것과, 임의의 분자 발견물이 하나 이상의 유전자, 하나 이상의 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및/또는 이들의 조합이 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가의 여부를 판단하는 것과, 발현에서 변화를 나타내는 이러한 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘, 또는 이들의 조합과 상호작용할 수 있는 비-특정적 질병 치료요법, 또는 약품을 식별하는 것을 포함한다.
Description
본 발명은 특정 질병 상태에 대한 의료 개입(medical intervention)을 판단하기 위한 시스템 및 방법을 제공하기 위한 분자 프로파일링(molecular profiling)의 응용에 관한 것이다. 상기 시스템 및 방법은 질병의 임의의 단계에서 수행될 수 있다. 특히, 본 발명은 심한 질병에 걸린 환자, 예를 들면, 두 가지 이상의 화학요법이나 호르몬 요법 중인 진행된 암을 갖는 환자를 위한 의료 개입을 결정하기 위한 시스템 및 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 시료를 분자 프로파일링하는 단계와, 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및/또는 이러한 분자 발견물의 조합 등의 임의의 분자 발견물이 표준 기준에 비교할 때 표현의 변화를 나타내는가의 여부를 판단하는 단계와, 표현의 변화를 나타내는 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘, 또는 이러한 분자 발견물의 조합과 상호작용할 수 있는 약물요법을 식별하는 단계를 포함한다.
환자의 질병 상태는 임상 기반의 기준을 기초로 선택된 치료 계획이나 요법을 이용하여 다뤄지는 것이 일반적이다. 즉, 치료 요법이나 계획은 환자가 특정 질병으로 진단받았다는 판단(상기 진단은 정통 진단 분석으로부터 도출된 것)을 기초로 환자에 대하여 선택된다. 다양한 질병 상태에 숨겨진 분자 메커니즘이 수년 동안 연구의 대상이었고, 치료 계획과 요법을 결정함에 있어 질병을 갖는 개인의 분자 프로필을 이 개인에게 특정하게 적용하는 것은 질병 특정적이었지 광범위하게 추구되지 않았다.
어떤 치료 계획은, 분자 프로파일링과, 환자의 임상적 특성, 가령 의사에 의해 만들어진 관찰치(가령, 국제 질병 분류의 코드와 이러한 코드가 판단된 데이터), 실험실 테스트 결과, x-레이, 생검 결과, 환자 진술서 및 특정 질병에 대한 진단을 내리기 위해 통상적으로 의사에 의존되는 그 밖의 다른 임의의 의학적 정보를 조합하여 결정되었다. 그러나 치료 계획이나 요법을 결정하기 위해, 분자 프로파일링과 임상적 특성(예를 들어, 특정 종류의 암에 대한 진단)을 기초로 하는 선택 재료의 조합을 이용하는 것은, 일부 치료 계획은 특정 타입의 질병 상태를 치료하는 것에 관련되어 있을지라도, 다른 질병 상태에 대하여 효과가 있을 수 있기 때문에, 환자 개인에게 효과적인 치료 계획이 간과될 수 있다는 위험을 초래한다.
전이암을 갖는 환자는 치료 의사에게 특별 관심의 대상이다. 전이암을 갖는 환자의 대다수는 그들의 종양에 대한 치료 옵션이 결국은 남아있지 않게 된다. 이 들 환자들은 그들의 종양이 표준 프론트 라인(front line) 및 세컨드 라인(second line) 요법까지(종종 써드 라인 이상까지) 진행된 후 매우 제한된 옵션을 갖는다. 이러한 환자들이 새로운 항암제에 대한 단계Ⅰ 및 단계Ⅱ 임상 시험에 참가할 수 있을지라도, 보통은 참가하기 위해서는 매우 엄격한 적격성 기준을 충족해야만 한다. 연구에 따르면, 환자가 이러한 타입의 시험에 참가할 때, 새로운 항암제는 단계 Ⅰ 설정에서 평균적으로 5% 내지 10%의 반응율을 나타내고, 단계 Ⅱ 설정에서 12%까지의 반응율을 나타낸다. 또한 이들 환자는 자신의 증상을 치료하기 위해 가장 최적으로 지원되는 간호를 받는 것을 선택할 옵션을 갖는다.
최근, 세포 표면 수용기, 또는 상향 조정된(즉, 증폭된) 유전자 산물에 대하여 표적 치료를 더 잘하는 새로운 항암제를 개발하는 것에 대하여 관심이 폭발적이다. 이러한 접근법은 일부 성공적이다(가령, 유방암의 HER2/neu에 대한 헤르셉틴(Herceptin), 림프종 세포의 CD20에 대한 리툭시맙(Rituximab), VEGF에 대한 베바시주맙(Bevacizumab), EGFR에 대한 세툭시맙(Cetuximab) 등). 그러나 결국 환자의 종양은 이러한 요법 후에 여전히 진행한다. 다수의 표적, 또는 분자 발견물, 가령, 분자 메커니즘, 유전자, 유전자 발현 단백질 및/또는 이들의 조합이 환자의 종양에서 관측되었다면, 특정 치료제를 이용함으로써, 사용될 수 있는 추가적인 표적, 또는 분자 발견물을 찾을 수 있다. 다수의 표적을 치료할 수 있는 다수의 치료제, 또는 기저 매커니즘을 식별하는 것이 전이암 환자에게 현재 진행 중인 치료 계획에 대한 실용적인 치료 대안을 제공할 것이다.
따라서 질병 계보 진단에 독립적인 특정 약이나 에이전트를 이용하여 특정 유전자 및/또는 유전자 발현 단백질을 표적 치료하기 위해 사용되는 분자 프로파일링을 기초로 하여 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 시스템과 방법이 요구된다.
본 발명은 특정 질병 상태(disease state)에 대한 의료 개입(medical intervention)을 결정하기 위한 방법 및 시스템에 관한 것이다. 질병 상태에 대한 의료 개입을 결정하기 위한 본 발명의 하나의 바람직한 방법은, 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 유전자에 대한 테스트와 유전자 발현 단백질에 대한 테스트 중 하나 이상을 수행하는 단계와, 어느 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두가, 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가를 판단하는 단계와, 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두 중 발현에서 변화를 나타낸 하나 이상과 상호작용하기 위해 사용되며, 단일 질병으로 제한되지 않는 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하는 단계를 포함한다. 본 발명의 이 바람직한 실시예의 하나의 양태에서, 상기 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두 중 발현에서 변화를 나타낸 하나 이상과 상호작용하기 위해 사용되는 약제 치료요법을 식별하는 단계는 광범위한 논문 데이터베이스의 자동화된 검토와 임상 시험으로부터 도출된 데이터 중 하나 이상으로부터 약제 치료요법을 식별하는 단계를 포함한다.
본 발명의 앞서 언급된 바람직한 실시예의 또 다른 양태에서, 유전자에 대한 테스트와 유전자 발현 단백질에 대한 테스트 중 하나 이상을 수행하는 단계는 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석과 마이크로 어레이 분석 중 하나 이상을 수행하는 단계를 포함한다. 덧붙이자면, 마이크로 어레이 분석을 수행하는 단계는 발현 마이크로 어레이(expression micro array), 비교 유전체 보합법(CGH: comparative genomic hybridization) 마이크로 어레이, 단일 염기 다형성(SNP: single nucleotide polymorphism) 마이크로 어레이, 형광 동소 보합법(FISH: fluorescent in-situ hybridization), 동소 보합법(ISH: in-situ hybridization) 및 프로테오믹 어레이(proteomic array) 중 하나 이상을 이용하는 분석을 수행하는 단계를 포함할 수 있다. 덧붙여, 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석을 수행하는 단계는, Her2/Neu, ER, PR, c-키트(c-kit), EGFR, MLH1, MSH2, CD20, p53, 사이클린(Cyclin) D1, bcl2, COX-2, 안드로젠 수용체, CD52, PDGFR, AR, CD25 및 VEGF 중 하나 이상을 포함하는 유전자 발현 단백질에 대한 IHC 분석을 수행하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 양태에서, 마이크로 어레이 분석을 수행하는 단계는, BCL2, HIFlA, AR, ESRl, PDGFRA, KIT, PDGFRB, CDW52, ZAP70, PGR, SPARC, GART, GSTPl, NFKBIA, MSH2, TXNRDl, HDACl, PDGFC, PTEN, CD33, TYMS, RXRB, ADA, TNF, ERCC3, RAFl, VEGF, TOPl, TOP2A, BRCA2, TKl, FOLR2, TOP2B, MLHl, IL2RA, DNMTl, HSPCA, ERBR2, ERBB2, SSTRl, VHL, VDR, PTGS2, POLA, CES2, EGFR, OGFR, ASNS, NFKB2, RARA, MS4A1, DCK, DNMT3A, EREG, 에피레귤린(Epiregulin), FOLRl, GNRHl, GNRHRl, FSHB, FSHR, FSHPRHl, 엽산 수용체(folate receptor), HGF, HIGl, ILl3RAl, LTB, ODCl, PPARG, PPARGCl, VHL, 림포톡신 베타 수용체(Lymphotoxin Beta Receptor), Myc, T0P2B 토포이소메라제 Ⅱ, T0P02B, TXN, VEGFC, ACE2, ADHlC, ADH4, AGT, AREG, CA2, CDK2, 카베올린(caveolin) 및 NFKBl 중 하나 이상을 포함하는 유전자에 대하여 마이크로 어레이 분석을 수행하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 앞서 언급된 바람직한 방법의 또 다른 양태에서, 상기 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 유전자에 대한 테스트와 유전자 발현 단백질에 대한 테스트 중 하나 이상을 수행하는 단계는 종양에 대해 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석을 수행하는 단계를 포함하고, 상기 어느 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두가, 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가를 판단하는 단계가 종양 세포의 30%, 또는 그 이상이 특정 유전자 발현 단백질에 대하여 +2, 또는 그 이상으로 염색되었는가의 여부를 판단하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 앞서 언급된 바람직한 방법의 또 다른 양태에서, 상기 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 유전자에 대한 테스트와 유전자 발현 단백질에 대한 테스트 중 하나 이상을 수행하는 단계는 종양에 대해 마이크로 어레이 분석을 수행하는 단계를 포함하고, 상기 어느 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두가, 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가를 판단하는 단계는, p-값<0.001에서, 원 기준의 보통의 조직에 비교되는, 특정 유전자에 대한 발현에서의 배수 변화(fold change)가 주목할 만한가를 판단함으로써, 어느 유전자가 상향-조정(up-regulated), 또는 하향-조정(down-regulated)되는가를 식별하는 단계를 포함할 수 있다. 덧붙이자면, 질병 상태에 대하여 의료 개입을 결정하기 위한 본 발명의 바람직한 방법은 또한 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두에 대한 발현 변화를, 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두 중 발현 변화를 나타내는 각각과 상호작용하기 위한 가능한 약제 치료요법과 함께 식별하는 환자 프로파일 보고서를 제공하는 단계를 더 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 바람직한 실시예는 분자 표적(molecular target)과 상호작용할 수 있는 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하는 방법이며, 상기 방법은 다수의 질병에 걸린 개인들에게서, 표준 기준과 비교할 때, 발현에서의 변화를 나타내는 분자 표적을 식별하는 단계와, 분자 표적의 발현에서 변화를 나타내는 질병에 걸린 개인들에게 약제 치료요법을 시행하는 단계와, 상기 약제 치료요법 후에, 질병에 걸린 개인들의 분자 표적에서의 임의의 변화를 판단하는 단계를 포함한다. 덧붙여, 분자 표적과 상호작용할 수 있는 약제 치료요법을 식별하는 방법의 이 바람직한 실시예의 하나의 양태에서, 상기 다수의 질병에 걸린 개인들에게서, 표준 기준과 비교할 때, 발현에서의 변화를 나타내는 분자 표적을 식별하는 단계는, 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 유전자에 대한 테스트와 유전자 발현 단백질에 대한 테스트 중 하나 이상을 수행하는 단계를 포함하며, 이때, 상기 테스트는 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석과 마이크로 어레이 분석 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 바람직한 실시예에서, 질병 상태(disease state)에 대한 개별화된 의료 개입(medical intervention)을 결정하기 위한 시스템이 제공되며, 상기 시스템은 호스트 서버와, 데이터를 액세스하고 입력하기 위해 상기 호스트 서버를 액세스하기 위한 사용자 인터페이스와, 입력된 데이터를 프로세싱하기 위한 프로세서와, 상기 프로세서로 연결되는 메모리와, 발현에서의 변화를 나타내는 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물을 디스플레이하고, 이들과 상호작용하는 제약 치료요법을 디스플레이하기 위한 디스플레이 수단을 포함하며, 이때, 상기 메모리는 a) 환자의 생체 표본으로부터 취해진 분자 프로파일(molecular profile)을 액세스하기 위한 인스트럭션과, b) 상기 분자 프로파일로부터 도출된 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물 중 하나 이상이, 표준 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가의 여부를 판단하기 위한 인스트럭션과, c) 발현에서 변화를 나타낸 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물과 상호작용하는 하나 이상의 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하기 위해, 약제 치료요법 데이터베이스를 액세스하기 위한 인스트럭션과, 상기 프로세싱된 데이터를 저장한다. 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 시스템에 관한 본 발명의 바람직한 실시예에 관련하여, 생체 표본으로부터 취해진 상기 분자 프로파일은 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석 및 마이크로 어레이 분석 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 덧붙이자면, 이들 분석법의 여러 다른 타입과 이들 분석법을 이용하여 분석되는 유전자는 본 발명의 첫 번째 바람직한 실시예, 즉, 질병 상태에 대한 의료 개입을 결정하기 위한 방법을 참조하여 앞서 언급된 것과 동일할 수 있다.
본 발명의 또 다른 바람직한 실시예는 질병 상태(disease state)에 대한 의료 개입(medical intervention)을 결정하기 위한 방법에 관련되며, 상기 방법은 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 하나 이상의 표적에 대한 하나 이상의 분자 테스트를 수행하는 단계와, 상기 하나 이상의 표적이, 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가의 여부를 판단하는 단계와, 발현에서 변화를 나타내는 상기 하나 이상의 표적과 상호작용하는 하나 이상의 비-질병 특정적 약품(non-disease specific agent)을 식별하는 단계를 포함한다. 상기 하나 이상의 표적과 상호작용하는 하나 이상의 비-질병 특정적 약품을 식별하는 단계는, 광범위한 논문 데이터베이스의 자동화된 검토와 임상 시험으로부터 획득된 데이터 중 하나 이상으로부터 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하는 단계를 포함할 수 있다. 덧붙이자면, 질병 상태에 대한 의료 개입을 결정하기 위한 방법에 관련된 본 발명의 바람직한 실시예는 다양한 표적에 대한 환자의 테스트 결과와 상기 결과를 기초로 하는 임의의 제안되는 치료요법을 포함하는 환자 프로파일 보고서를 제공하는 단계를 더 포함할 수 있다.
질병 상태에 대한 의료 개입을 결정하기 위한 방법에 관련된 본 발명의 바람직한 실시예에서 질병에 걸린 개인의 생체 시료로부터 하나 이상의 표적에 대한 하나 이상의 분자 테스트를 수행하는 단계는 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석 및 마이크로 어레이 분석에 관련하여 앞서 언급된 분석법 모두와, 상기 분석법을 이용하여 분석되는 유전자 모두를 포함할 수 있다.
도 1은 비-질병 특정적인 환자의 생체 표본의 분자 프로파일링을 이용하는, 특정 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 시스템의 블록 다이어 그램을 도시한다.
도 2는 비-질병 특정적인 환자의 생체 표본의 분자 프로파일링을 이용하는, 특정 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 방법의 바람직한 실시예의 흐름도를 도시한다.
도 3A-3D는 도 2의 단계(80)에 따르는 바람직한 환자 프로파일 보고서를 도시한다.
도 4는 표적과 상호작용할 수 있는 약제 치료요법/약품을 식별하기 위한 방법의 바람직한 실시예의 흐름도를 도시한다.
도 5-14는 본 발명에 따르는 정보-기반의 개인화된 의료 약제 발견 시스템 및 방법의 다양한 부분을 도시한 흐름도 및 다이어그램이다.
도 15-25는 도 5-14에서 도시된 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 다양한 부분과 연계되는 컴퓨터 스크린 인쇄물이다.
본원의 바람직한 실시예에 대한 상세한 설명은, 예시로서 바람직한 실시예와 가장 최적의 모드를 보여주는 첨부된 도면과 그림을 참조한다.
간결함을 위해, 종래의 데이터 네트워킹, 애플리케이션 개발 및 시스템의 그 밖의 다른 기능적 양태(그리고 시스템의 개별적인 운영 구성요소의 구성요소)는 자세히 설명되지 않을 수 있다. 덧붙이자면, 본원에 포함된 다양한 도면에서 나타난 연결 선은 다양한 요소들 간의 바람직한 기능적 관계 및/또는 물리적 결합을 나타 내기 위함이다. 다수의 대안적, 또는 추가적 기능적 관계, 또는 물리적 결합이 실제 시스템에서 제공될 수 있음을 알아야 한다.
본원에서 논의되는 다양한 시스템 구성요소는, 디지털 데이터를 프로세싱하기 위한 프로세서를 포함하는 호스트 서버, 또는 그 밖의 다른 컴퓨팅 시스템과, 디지털 데이터를 저장하기 위해 프로세서로 연결되는 메모리와, 상기 프로세서로 연결되며, 디지털 데이터를 입력하기 위한 입력 디지타이저(input digitizer)와, 메모리에 저장되고 프로세서에 의해 액세스될 수 있으며, 상기 프로세서에 의한 디지털 데이터의 프로세싱을 지시하기 위한 애플리케이션 프로그램과, 상기 프로세서와 메모리로 연결되며, 상기 프로세서에 의해 프로세싱된 디지털 데이터로부터 추출된 정보를 디스플레이하기 위한 디스플레이 장치와, 다수의 데이터베이스 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 다양한 데이터베이스는, 가족 병력, 인구통계적 및 환경적 데이터, 생체 시료 데이터, 이전 치료 및 프로토콜 데이터, 환자 임상 데이터, 생체 시료의 분자 프로파일링 데이터, 치료약제( 및/또는 임상실험용 약제)에 따른 데이터, 유전자 라이브러리(gene library), 질병 라이브러리, 약 라이브러리, 환자 추적 데이터(patient tracking data), 파일 관리 데이터, 재정 관리 데이터, 청구 데이터 및/또는 시스템의 운영에 유용한 이와 유사한 데이터 등의 환자 데이터를 포함할 수 있다. 당해업계 종사자라면, 사용자 컴퓨터가 운영 체제(가령, Windows NT, 95/98/2000, OS2, UNIX, Linux, Solaris, MacOS 등)뿐 아니라, 컴퓨터와 연계되는 다양한 종래의 지원 소프트웨어 및 드라이버를 포함할 수 있음을 인지할 것이다. 상기 컴퓨터는 임의의 적합한 개인용 컴퓨터, 네트워크 컴 퓨터, 워크스테이션, 미니컴퓨터, 메인프레임 등을 포함할 수 있다. 사용자 컴퓨터는 네트워크로의 액세스를 갖는 가정, 또는 의료/사업 환경에 위치할 수 있다. 바람직한 실시예에서, 액세스는 상업적으로 이용가능한 웹-브라우저 소프트웨어 패키지를 통한 네트워크, 또는 인터넷을 통해 이뤄진다.
본원에서 사용될 때, 용어 “네트워크(network)”는 하드웨어와 소프트웨어 구성요소를 모두 포함하는 임의의 전자 통신 수단을 포함한다. 다자간의 통신은 임의의 적합한 통신 채널을 통해 이뤄질 수 있는데, 상기 임의의 적합한 통신 채널로는 예를 들어, 전화망, 익스트라넷(extranet), 인트라넷, 인터넷, 상호작용 장치 포인트(PDA(가령, Palm Pilot, Blackberry), 셀룰러 폰, 키오스크(kiosk) 등), 온라인 통신, 위성 통신, 오프-라인 통신, 무선 통신, 트랜스폰더 통신, LAN(local area network), WAN(wide area network), 네트워크(링크)된 장치, 키보드, 마우스 및/또는 그 밖의 다른 임의의 적합한 통신, 또는 데이터 입력 양식이 있다. 덧붙이자면, 본원에서 상기 시스템이 종종 TCP/IP 통신 프로토콜로 구현되는 것으로 설명될지라도, 상기 시스템은 IPX, Appletalk, IP-6, NetBIOS, OSI, 또는 임의의 개수의 기존(미래) 프로토콜을 이용하여 구현될 수 있다. 네트워크가 공중 망(public network), 인터넷의 속성을 갖는 경우, 상기 네트워크는 안전하지 않으며, 도청자(eavesdropper)에게 개방되어 있다고 가정하는 것이 바람직할 수 있다. 인터넷과 관련되어 사용되는 프로토콜, 표준 및 애플리케이션 소프트웨어에 관련된 특정 정보는 당해업계 종사자에게 일반적으로 알려져 있으며, 따라서 본원에서 상세히 설명될 필요가 없다. 예를 들어, DILIP NAIK, INTERNET STANDARDS AND PROTOCOLS(1998); JAVA 2 COMPLETE, various authors, (Sybex 1999); DEBORAH RAY AND ERIC RAY, MASTERING HTML 4.0 (1997); LOSHIN, TCP/IP CLEARLY EXPLAONED (1997) 및 DAVID GOURLEY AND BRIAN TOTTY, HTTP, THE DEFINITIVE GUIDE(2002)를 참조하라. 이 내용들은 본원에서 참조로서 인용된다.
다양한 시스템 구성요소들은, 예를 들어, 표준 모뎀 연결, 케이블 모뎀, 디쉬 네트워크, ISDN, DSL(digital subscriber line) 또는 다양한 무선 통신 법에서 통상적으로 사용되는 것 같은 로컬 루프(가령, GILBERT HELD, UNDERSTANDING DATA COMMUNICATIONS (1996)을 참조하라. 이 문헌은 본원에서 참조로서 인용된다)를 통한 ISP(Internet Service Provider)로의 연결을 포함하는 데이터 링크를 통해 네트워크로 독립적으로, 또는 개별적으로, 또는 총체적으로 적합하게 연결될 수 있다. 네트워크는 그 밖의 다른 타입의 네트워크, 예를 들어, 양방향 텔레비전(ITV: interactive television) 네트워크로서 구현될 수 있다. 덧붙이자면, 상기 시스템은 본원에서 설명되는 유사한 기능을 갖는 임의의 네트워크를 통한 임의의 물품, 서비스, 또는 정보의 이용, 판매, 배포를 고려한다.
본원에서 사용될 때, “송신하다(transmit)”는 전자 데이터를 하나의 시스템 구성요소에 네트워크 연결을 통해 또 하나의 시스템 구성요소로 보내는 것을 포함한다. 덧붙이자면, 본원에서 사용될 때, “데이터(data)”는 커맨드, 질의(query), 파일, 저장을 위한 데이터 및 디지털이나 그 밖의 다른 임의의 형태로 된 유사한 것 등의 포괄적인 정보를 포함할 수 있다.
상기 시스템은 웹 서비스, 유틸리티 컴퓨팅, 편재형 및 개인화 컴퓨팅, 보안 및 신원 솔루션, 자동화 컴퓨팅, 코모디티 컴퓨팅(commodity computing), 이동 및 무선 솔루션, 오픈 소스, 생체측정, 그리드 컴퓨팅(grid computing), 메쉬 컴퓨팅 중 하나 이상과 연계되는 사용을 고려한다.
본원에서 설명되는 임의의 데이터베이스는 관계형, 계층형, 그래픽형, 또는 객체 지향형 구조 및 임의의 그 밖의 다른 데이터 구조 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 데이터베이스를 구현하기 위해 사용될 수 있는 통상적인 데이터베이스 제품으로는 IBM(뉴욕, 화이트 플레인즈 소재)의 DB2, Oracle사(캘리포니아, 레드우드 쇼어즈 소재)의 다양한 데이터베이스 제품들, Microsoft사(워싱턴, 레드몬드 소재)의 Microsoft Access, 또는 Microsoft SQL, 또는 그 밖의 다른 임의의 적합한 데이터베이스 제품이 있다. 덧붙이자면, 데이터베이스는 임의의 적합한 방식으로, 가령 데이터 테이블이나 룩업 테이블(lookup table)로서 조직될 수 있다. 각각의 레코드는 하나의 단일 파일, 또는 일련의 파일, 또는 링크된 일련의 데이터 필드, 또는 그 밖의 다른 임의의 데이터 구조일 수 있다. 특정 데이터의 연계는 임의의 요망 데이터 연계 기법, 예를 들면, 당해업계에서 알려지거나 실시되는 기법을 통해 이뤄질 수 있다. 예를 들어, 이러한 연계는 수동으로, 또는 자동으로 이뤄질 수 있다. 자동 연계 기법은, 예를 들어, 검색, 모든 테이블과 파일에 대한 순차 검색(sequential search), 룩업을 단순화시키기 위해 알려진 순서에 따라 파일의 레코드를 정렬하는 것 등 중 하나 이상의 속도를 빠르게 하기 위해 테이블의 키 필드(key field)를 이용하는, 데이터베이스 검색, 데이터베이스 통합, GREP, AGREP, SQL을 포함할 수 있다. 연계 단계는 데이터베이스 통합 기능, 가령 미리 선택된 데 이터베디스, 또는 데이터 섹터에서의 “키 필드(key field)”를 이용함으로써 이뤄질 수 있다.
더 자세히, “키 필드(key field)”은 상기 키 필드에 의해 정의되는 객체의 상위 클래스에 따라서 데이터베이스의 파티션을 나눈다. 예를 들어, 특정 타입의 데이터가 다수의 관련 데이터 테이블에서 키 필드로서 지정될 수 있고, 그 후, 데이터 테이블은 상기 키 필드의 데이터의 타입을 토대로 링크될 수 있다. 각각의 링크된 데이터 테이블에서의 키 필드에 대응하는 데이터는 동일하거나, 동일한 타입을 갖는 것이 바람직하다. 그러나 키 필드에서 유사하지만 동일하지는 않는 데이터를 갖는 데이터 테이블은 가령, AGREP를 이용하여 링크될 수 있다. 하나의 실시예에 따라서, 표준 포맷을 갖지 않는 데이터를 저장하기 위해, 임의의 적합한 데이터 저장 기법이 사용될 수 있다. 예를 들어, ISO/IEC 7816-4 파일 구조를 이용하여 개별적인 파일을 저장하기, 도메인을 구현하고, 이로써 하나 이상의 데이터 세트를 내포하는 하나 이상의 기본 파일을 나타내는 전용 파일이 선택되기, 계층 파일링 시스템을 이용하여 개별 파일에 저장된 데이터 세트를 이용하기, (가령, 압축 파일, 또는 첫 번째 튜플에 의한 하나 이상의 키, 숫자, 알파벳을 통해 SQL 액세스되거나, 해쉬되는) 단일 파일에 레코드로서 저장된 데이터 세트, BLOB(Binary Large Object), ISO/IEC 7816-6 데이터 요소를 이용하여 인코딩된 비-그룹핑된 데이터 요소(ungrouped data element)로서 저장되기, ISO/IEC 8824 및 8825에서와 같은 ISO/IEC ASN.1(Abstract Syntax Notation)을 이용하여 인코딩된 비-그룹핑된 데이터 요소로서 저장되기 및 부분 압축법, 이미지 압축법 등을 포함할 수 있는 그 밖 의 다른 사설 기법 중 하나 이상의 임의의 적합한 기법을 이용하여, 데이터 세트가 저장될 수 있다.
하나의 바람직한 실시예에서, 광범위한 정보를 여러 다른 형식으로 저장하기 위한 기능이, 정보를 BLOB로서 저장함으로써, 촉진된다. 따라서 임의의 2진 정보는 데이터 세트와 연계되는 저장 공간에 저장될 수 있다. BLOB법은 데이터 세트를, 고정된 저장위치 할당, 또는 원형 큐 기법, 또는 메모리 관리에 관련하여 가장 적합한 방법(가령, 페이징된 메모리, 최근 최소 사용 등) 중 하나를 이용하는 고정된 메모리 오프셋을 통해 2진수의 블록으로서 포맷팅된 비-그룹핑된 데이터 요소로서 저장할 수 있다. BLOB 방법을 이용함으로써, 서로 다른 포맷을 갖는 다양한 데이터 세트를 저장하기 위한 기능이 데이터 세트의 다수의 서로 관련되지 않은 소유자에 의한 데이터의 저장을 촉진시킨다. 예를 들어, 저장될 수 있는 제 1 데이터 세트가 제 1 파티에 의해 제공될 수 있고, 저장될 수 있는 제 2 데이터 세트가, 관련없는 제 2 파티에 의해 제공될 수 있고, 또한 저장될 수 있는 제 3 데이터 세트가 상기 제 1 파티 및 제 2 파티와 관련 없는 제 3 파티에 의해 제공될 수 있다. 각각의 이러한 3개의 기본 데이터 세트는 서로 다른 데이터 저장 포맷, 또는 기법을 이용하여 저장되는 서로 다른 정보를 내포할 수 있다. 덧붙이자면, 각각의 데이터 세트는 그 밖의 다른 서브셋과 구별될 수 있는 데이터의 서브셋을 내포할 수 있다.
앞서 언급한 바와 같이, 다양한 실시예에서, 공통적인 포맷인가에 관계없이, 데이터가 저장될 수 있다. 그러나 하나의 바람직한 실시예에서, 데이터를 조작하기위해 제공될 때 데이터 세트(가령, BLOB)에 표준 방식으로 주석이 달릴 수 있다. 상기 주석 달기(annotation)는 각각의 데이터 세트와 관련되며, 다양한 데이터 세트를 관리하기에 유용한 정보를 포함하도록 구성되는 짧은 헤더, 트레일러, 또는 그 밖의 다른 적정한 인디케이터를 포함할 수 있다. 예를 들어, 주석 달기는 조건 “컨디션 헤더”, "헤더“, ”트레일러“, 또는 ”상태(status)“라고 일컬어질 수 있으며, 데이터 세트의 상태에 대한 지시를 포함하거나, 데이터의 특정 발행인이나 소유자와 상관되는 식별자를 포함할 수 있다. 데이터의 그 다음 바이트는, 예를 들어, 데이터의 발행인이나 소유자, 사용자, 거래/멤버쉽 계정 식별자 등의 식별을 나타내기 위해 사용될 수 있다. 각각의 이러한 컨디션 주석달기는 본원에서 더 상세히 설명된다.
또한 데이터 세트 주석달기는 그 밖의 다른 타입의 상태 정보뿐 아니라 다양한 그 밖의 다른 목적을 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 데이터 세트 주석달기는 액세스 레벨을 확립하는 보안 정보를 포함할 수 있다. 예를 들어, 액세스 레벨은 특정 개인, 또는 고용인의 특정 레벨, 또는 특정 회사, 또는 그 밖의 다른 특정 객체만 데이터 세트에 액세스하는 것을 허용하도록, 또는 거래, 데이터의 발행인이나 소유자, 사용자 등을 기반으로 하여 특정 데이터 세트로의 액세스를 허용하도록 구성될 수 있다. 덧붙이자면, 보안 정보는 가령 데이터 세트의 액세스, 수정, 삭제 중 하나 이상 등의 특징 동작만을 제한/허용할 수 있다. 하나의 예에서, 데이터 세트 주석달기는 데이터 세트 소유자, 또는 사용자만이 상기 데이터 세트를 삭제하도록 허용되었고, 다양한 식별된 사용자는 판독을 위해 데이터 세트를 액세스하도록 허용될 수 있으며, 나머지는 데이터 세트를 액세스하는 것으로부터 제외되었다는 것을 나타낸다. 그러나 다양한 객체가 다양한 적정한 허용 레벨을 갖고 데이터 세트를 액세스하도록 하기 위해, 그 밖의 다른 액세스 제한 매개변수가 사용될 수 있다. 헤더, 또는 트레일러를 포함하는 데이터가, 상기 헤더, 또는 트레일러에 따라 데이터를 추가하거나, 삭제하거나, 수정하거나, 보강하도록 구성된 스탠드 얼론(stand alone)형 상호대화 장치에 의해 수신될 수 있다.
당해업계 종사자라면, 보안상의 이유로, 임의의 데이터베이스, 시스템, 장치, 서버, 또는 시스템의 그 밖의 다른 구성요소가 하나의 단일 위치에서, 또는 다수의 위치에서 임의의 조합을 구성할 수 있으며, 여기서 각각의 데이터베이스, 또는 시스템은 다양한 적합한 보안 특징, 가령, 방화벽, 액세스 코드, 암호화, 복호화, 압축, 압축-해제 등 중 하나 이상을 포함한다는 것을 인지할 것이다.
웹 클라이언트의 컴퓨팅 유닛은, 표준 다이얼-업(dial-up), 케이블, DSL, 또는 그 밖의 다른 당해 기술에서 알려진 임의의 인터넷 프로토콜을 이용하여 인터넷이나 인트라넷으로 연결되는 인터넷 브라우저를 추가로 구비할 수 있다. 다른 네트워크의 사용자로부터의 인증되지 않은 액세스를 방지하기 위해, 웹 클라이언트에서 시작되는 거래는 방화벽을 거칠 수 있다. 덧붙이자면, 보안성을 추가로 강화하기 위해 CMS의 다양한 구성요소들 사이에 추가적인 방화벽이 전개될 수 있다.
방화벽은 다른 네트워크의 사용자로부터 CMS 구성요소, 또는 엔터프라이즈 컴퓨팅 자원 중 하나 이상을 보호하도록 적합하게 구성된 임의의 하드웨어, 또는 소프트웨어, 또는 둘 모두일 수 있다. 덧붙이자면, 방화벽은 웹 서버를 통해 연결되어 있는 웹 클라이언트가 방화벽 너머의 다양한 시스템 및 구성요소로 액세스하 는 것을 제약, 또는 제한하도록 구성될 수 있다. 방화벽은 다양한 구성으로 위치할 수 있는데, 가령, 상태기반 감시(stateful inspection), 프록시 기반 및 패킷 필터링 구성이 있다. 방화벽은 하나의 웹 서버, 또는 그 밖의 다른 임의의 CMS 구성요소 내에서 일체 구성되거나, 개별 객체로서 추가로 존재할 수 있다.
본원에서 설명되는 컴퓨터는 사용자에 의해 액세스 가능한 적합한 웹사이트, 또는 그 밖의 다른 인터넷 기반의 그래픽 사용자 인터페이스를 제공할 수 있다. 하나의 실시예에서, Microsoft Internet Information Server(IIS), Microsoft Transaction Server(MTS) 및 Microsoft SQL 서버가 Microsoft 운영 체제, Microsoft NT 웹 서버 소프트웨어, Microsoft SQL 서버 데이터베이스 시스템 및 Microsoft Commerce Server와 조합되어 사용된다. 덧붙이자면, Access, 또는 Microsoft SQL 서버, Oracle, Sybase, Informix MySQL, Interbase 등의 구성요소가 ADO(Active Data Object) 호환성의 데이터베이스 관리 시스템을 제공하기 위해 사용될 수 있다.
본원에서 설명되는 통신, 입력, 저장, 데이터베이스, 또는 디스플레이 중 임의의 것은 웹 페이지를 갖는 웹사이트를 통해 촉진될 수 있다. 용어 “웹 페이지”가 본원에서 사용될 때, 사용자와 상호작용하기 위해 사용될 수 있는 문서와 애플리케이션의 타입을 제한하는 것을 의미하지 않는다. 예를 들어, 통상의 웹사이트는 표준 HTML 문서에 추가로, 다양한 형식, 가령, Java 애플릿, JavaScript, ASP(active server page), CGI(common gateway interface) script, XML(extensible markup language), 동적 HTML, CSS(cascading style sheet), 응용 소프트웨 어(helper application), 플러그-인 등을 포함할 수 있다. 서버는 웹 서버로부터의 요청을 수신하는 웹 서비스를 포함할 수 있으며, 상기 요청은 URL(http://yahoo.com/stockquotes/ge)과 IP 어드레스(123.56.789.234)를 포함할 수 있다. 상기 웹 서버는 적정한 웹 페이지를 불러와서 상기 웹 페이지에 대한 데이터, 또는 애플리케이션을 IP 어드레스로 전송한다. 웹 서비스는 통신 수단, 가령 인터넷을 통해 다른 애플리케이션과 상호대화할 수 있는 애플리케이션이다. 웹 서비스는 통상적으로, XML, XSLT, SOAP, WSDL 및 USSI 등의 표준이나 프로토콜을 기반으로 한다. 웹 서비스 방법은 당해업계에서 잘 알려져 있으며, 많은 표준 문서에서 커버된다. 예를 들어, ALEX NGHIEM, IT WEB SERVICE: A ROADMAP FOR THE ENTERPRISE (2003)를 참조하라. 상기 문서는 본원에서 참조로서 인용된다.
본 발명의 시스템 및 방법을 위한 웹 기반의 임상 데이터베이스(clinical database)가 임상 데이터 파일을 원시 포맷(native format)으로 업로드하고 저장하는 기능을 가지며, 임의의 임상 매개변수(clinical parameter)에 따라서 검색 가능한 것이 바람직하다. 또한 상기 데이터베이스는 확장가능(scalable)하고, 임의의 연구로부터 임상 주석(clinical annotation)을 입력하여, 다른 연구들과 손쉽게 통합하기 위해, EAV 데이터 모델(메타데이터)을 이용할 수 있다. 덧붙이자면, 웹-기반의 임상 데이터베이스는 유연(flexible)하며, 사용자 맞춤 질문을 동적으로 추가시킬 수 있게 하는 XML 및 XSLT일 수 있다. 덧붙이자면, 데이터베이스는 CDISC ODM으로의 이식성(exportability)을 포함한다.
당해업계 종사자라면, 하나의 브라우저 기반의 문서 내에 데이터를 디스플레 이하기 위한 다수의 방법이 존재함을 인지할 것이다. 데이터는 표준 텍스트로서, 또는 고정된 리스트, 스크롤 가능한 리스트(scrollable list), 드롭-다운 리스트(drop-down list), 편집가능한 텍스트 필드, 고정된 텍스트 필드, 팝-업 창 등으로 표현될 수 있다. 마찬가지로, 웹 페이지의 데이터를 수정하기 위해 이용 가능한 다수의 방법, 예를 들어, 키보드를 이용한 자유 텍스트 입력(free text entry), 메뉴 아이템의 선택, 체크 박스, 옵션 박스(option box) 등이 존재한다.
본원에서 상기 시스템 및 방법은 기능 블록 구성요소, 스크린 샷, 선택적 사항, 다양한 프로세싱 단계로서 설명될 수 있다. 이러한 기능 블록은 특정된 기능을 수행하도록 구성된 임의의 개수의 하드웨어, 또는 소프트웨어, 또는 둘 모두에 의해 구현될 수 있다. 예를 들어, 시스템은 하나 이상의 마이크로프로세서, 또는 그 밖의 다른 제어 장치의 제어 항에서, 다양한 기능을 수행할 수 있는, 다양한 집적 회로 구성요소, 가령, 메모리 요소, 프로세싱 요소, 로직 요소, 룩-업 테이블 등을 이용할 수 있다. 마찬가지로, 시스템의 소프트웨어 요소는, 임의의 프로그래밍, 또는 스크립트 언어, 가령, C, C++, Macromedia Cold Fusion, Microsoft Active Server Pages, Java, COBOL, 어셈블러, PERL, Visual Basic, SQL 저장 프로시저, XML(extensible markup language)를 이용하여 구현될 수 있으며, 이때, 데이터 구조, 객체, 프로세스, 루틴, 또는 그 밖의 다른 프로그래밍 요소의 임의의 조합을 이용하여 다양한 알고리즘이 구현된다. 덧붙이자면, 상기 시스템은 데이터 송신, 시그널링, 데이터 프로세싱, 네트워크 제어 등을 위한 임의의 개수의 종래 기법을 이용할 수 있다. 덧붙이자면, 상기 시스템은 JavaScript, VBScript 등의 클라이언 트 측의 스크립트 언어의 보안 문제를 검출, 또는 방지하기 위해 사용될 수 있다. 암호학과 네트워크 보안의 기본 개념에 대해서는, 참조문헌 (1) “Applied Cryptography: Protocols, Algorithms, And Source Code In C" (저자 Bruce Schneier, 출판 Jone Wiley & Sons(제2쇄, 1995)), (2) ”Java Cryptography" (저자 Jonathan Knudson, 출판 O'Reilly & Associates (1998)), (3) "Cryptography & Network Security: Principles & Practice" (저자 William Stallings, 출판 Prentice Hall) 중 임의의 것을 참고하라. 상기 참조문헌들은 본원에서 참조로서 인용된다.
본원에서 사용될 때, 용어 “종단 사용자(end user)”, "소비자(consumer)", "고객(customer)", "클라이언트(client)“, "치료 의사(treating physician)”, "병원(hospital)“, 또는 ”사업체(business)“는 서로 대체 가능하게 사용될 수 있으며, 각각은 임의의 사람, 객체, 기계, 하드웨어, 소프트웨어, 또는 사업체를 의미할 것이다. 시스템과 상호대화하고 온라인 데이터 액세스 및 데이터 입력을 촉진하기 위해, 각각의 참여자는 컴퓨팅 장치를 구비한다. 고객은 개인용 컴퓨터의 형태로 컴퓨팅 유닛을 갖지만, 랩탑, 노트북, 핸드 헬드 컴퓨터, 셋-톱 박스(set-top box), 셀룰러 전화기, 터치-톤 전화기(touch-tone telephone) 등의 그 밖의 다른 타입의 컴퓨팅 유닛이 사용될 수 있다. 본 발명의 시스템 및 방법의 소유주/조작자는 컴퓨터-서버의 형태로 구현되는 컴퓨팅 유닛을 갖지만, 시스템에 의해 그 밖의 다른 구현예가 고려되는데, 가령, 메인 프레임 컴퓨터로서 나타내어 지는 컴퓨팅 센터, 미니-컴퓨터, PC 서버, 여러 다른 지리적 위치에 위치하는 컴퓨터들의 네트 워크 등이 가능하다. 덧붙이자면, 시스템은 본원에서 설명된 것과 유사한 기능을 갖는 임의의 네트워크를 통한 임의의 상품, 서비스, 또는 정보의 사용, 판매, 또는 배포를 고려한다.
하나의 예시적 실시예에서, 각각의 클라이언트 고객은 “계정”, 또는 “계정 번호”를 발행받을 수 있다. 본원에서 사용될 때, 계정, 또는 계정 번호는 임의의 장치, 코드, 숫자, 문자, 기호, 디지털 증명서(digital certificate), 스마트 칩, 디지털 신호, 아날로그 신호, 생체측정치, 또는 고객이 시스템을 액세스, 또는 상기 시스템과 상호대화, 또는 통신할 수 있도록 적합하게 구성된 그 밖의 다른 신원/표지(indicia)(가령, 인증/액세스 코드, PIN(personal identification number), 인터넷 코드, 그 밖의 다른 식별 코드 중 하나 이상)를 포함할 수 있다. 계정 번호는 신용 카드(charge card), 신용 카드(credit card), 직불 카드, 선불 카드, 요철 카드(embossed card), 스마트 카드, 자기띠 카드, 바코드 카드, 트랜스폰더, 무선 주파수 카드, 또는 하나의 연계 계정과 연계될 수 있다. 상기 시스템은 앞서 언급된 카드, 또는 장치 중 임의의 것, 또는 팝(fob)과 RF 통신하는 트랜스폰더 및 RFID 판독기를 갖는 팝(fob)을 포함하거나, 인터페이싱할 수 있다. 상기 시스템이 팝(fob) 실시예를 포함하지만, 본 발명은 이에 제한받지 않는다. 실제로, 상기 시스템은 RF 통신을 통해 RFID 판독기와 통신하도록 구성된 트랜스폰더를 갖는 임의의 장치를 포함할 수 있다. 통상의 장치는, 예를 들어, 열쇠 고리, 태그, 카드, 셀룰러 폰, 손목시계, 또는 신원확인을 위해 제공될 수 있는 임의의 형태일 수 있다. 덧붙이자면, 본원에서 언급되는 시스템, 컴퓨팅 유닛, 또는 장치는 컴퓨팅 유닛과 함께 내장되는 전통적인 비-컴퓨팅 장치를 포함할 수 있는 “편재형 컴퓨팅 장치(pervasive computing device)”를 포함할 수 있다. 계정 번호는, 자신으로부터 데이터를 또 다른 장치로 송신하거나 다운로딩할 수 있는 플라스틱, 전자, 자기, 무선 주파수, 무선, 오디오 및/또는 광학 장치의 임의의 형태로 분포되고 저장될 수 있다.
당해업계 종사자라면 인지할 바와 같이, 상기 시스템은 데이터 프로세싱을 위한 기존의 시스템, 애드-온 프로덕트, 업그레이드된 소프트웨어, 스탠드 얼론형 시스템, 분산 시스템, 방법, 데이터 프로세싱 시스템, 장치 및/또는 컴퓨터 프로그램 프로덕트의 맞춤 생산(customization)으로서 구현될 수 있다. 따라서 상기 시스템은 전체적으로 소프트웨어 실시예, 또는 전체적으로 하드웨어 실시예, 또는 소프트웨어와 하드웨어 모두의 양태를 조합하는 실시예의 형태를 취할 수 있다. 덧붙이자면, 상기 시스템은 내장되는 컴퓨터-판독형 프로그램 코드 수단을 갖는 컴퓨터-판독형 저장 매체 상의 컴퓨터 프로그램 프로덕트의 형태를 취할 수 있다. 임의의 적합한 컴퓨터-판독가능형 저장 매체가 사용될 수 있으며, 예를 들어, 하드 디스크, CD-ROM, 광학 저장 장치, 자기 저장 장치 등 중 하나 이상이 있다.
본원에서 시스템 및 방법이 다양한 실시예에 따르는 방법, 장치(가령, 시스템) 및 컴퓨터 프로그램 프로덕트에 대한 스크린 샷, 블록 다이어그램 및 흐름도를 참조하여 서술된다. 블록 다이어그램 및 흐름도의 각각의 기능적 블록 및 기능적 블록들의 조합은 컴퓨터 프로그램 인스트럭션에 의해 구현될 수 있다.
도 2 내지 25을 참조하여, 프로세스가 진행되며, 도시된 스크린샷은 단지 실 시예에 불과하며, 본 발명의 범위를 제한하기 위해 의도되지 않는다. 예를 들어, 방법, 또는 프로세스 설명에서 언급된 단계들은 임의의 순서로 실행될 수 있으며, 제공되는 순서로 제한되지 않는다. 다음의 기재는 도 2-25에서 나타나는 단계와 사용자 인터페이스 요소뿐 아니라, 도 1을 참조하여 앞서 언급된 다양한 시스템 구성요소를 참조한다.
이들 컴퓨터 프로그램 인스트럭션은 범용 컴퓨터, 특수 용도 컴퓨터, 또는 그 밖의 다른 프로그램 가능한 데이터 프로세싱 장치 상으로 로딩되어, 컴퓨터 및 그 밖의 다른 프로그램 가능한 데이터 프로세싱 상치 상에서 실행되는 인스트럭션은 하나 이상의 흐름도 블록에서 특정된 기능을 구현하기 위한 수단을 생성할 수 있다. 이들 컴퓨터 프로그램 인스트럭션은 또한, 컴퓨터, 또는 그 밖의 다른 프로그램 가능한 데이터 프로세싱 장치가 특정한 방식으로 기능할 것을 지시할 수 있는 컴퓨터-판독형 메모리에 저장되어, 상기 컴퓨터 판독형 메모리에 저장된 인스트럭션이 하나 이상의 흐름도 블록에서 특정된 기능을 구현하는 인스트럭션 수단을 포함하는 제조 물품을 생산할 수 있다. 상기 컴퓨터 프로그램 인스트럭션은 또한 컴퓨터, 또는 그 밖의 다른 프로그램 가능한 데이터 프로세싱 장치로 로딩되어, 컴퓨터에 의해 구현되는 프로세스를 발생시키도록, 일련의 동작 단계가 컴퓨터, 또는 그 밖의 다른 프로그램 가능한 장치 상에서 수행되어, 컴퓨터, 또는 그 밖의 다른 프로그램 가능한 장치 상에서 실행되는 인스트럭션이 하나 이상의 흐름도 블록에서 특정된 기능을 구현하기 위한 단계들이 제공될 수 있다.
따라서 블록 다이어그램 및 흐름도의 기능적 블록이 특정된 기능을 수행하기 위한 수단들의 조합과, 특정된 기능을 수행하기 위한 단계들의 조합과, 특정된 기능을 수행하기 위한 프로그램 인스트럭션 수단을 지원한다. 블록 다이어그램 및 흐름도의 각각의 기능적 블록과, 블록 다이어그램 및 흐름도의 기능적 블록의 조합이 특정된 기능이나 단계를 수행하는 특수 목적의 하드웨어 기반의 컴퓨터 시스템, 또는 특수 목적 하드웨어 및 컴퓨터 인스트럭션의 적합한 조합에 의해 구현될 수 있다. 덧붙이자면, 프로세스 흐름의 도시 및 이에 대한 설명은 사용자 윈도우, 웹페이지, 웹사이트, 웹 폼, 프롬프트 등을 참조할 수 있다. 당해업계 종사자라면 본원에서 설명되는 단계들은 윈도우, 웹페이지, 웹 폼, 팝업 윈도우, 프롬프트 등을 포함하는 구성 중 임의의 개수를 포함할 수 있다. 도시되고 설명되는 다수의 단계들은 단일 웹페이지, 또는 윈도우로 조합될 수 있지만, 단순성의 측면에서 확장되었다. 또 다른 경우, 단일 프로세스 단계로서 설명되고 도시되는 단계가 다수의 웹페이지, 또는 윈도우로 분리될 수 있지만, 단순성의 측면에서 조합되었다.
도 1은 환자의 생체 표본의 분자 프로파일링(molecular profiling)을 이용하는, 특정 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입(medical intervention)을 결정하기 위한 시스템(10)의 바람직한 하나의 실시예의 블록 다이어그램이다. 시스템(10)은 사용자 인터페이스(12)와, 데이터를 프로세싱하기 위한 프로세서(16)를 포함하는 호스트 서버(14)와, 상기 프로세서로 연결되는 메모리(18)와, 상기 메모리(18)에 저장되며 상기 프로세서(16)에 의해 액세스가능하고 상기 프로세서(16)에 의한 데이터 프로세싱을 지시하기 위한 애플리케이션 프로그램(20)과, 다수의 내부 데이터베이스(22) 및 외부 데이터베이스(24)와, 유선(또는 무선) 통신 네트워크(26)(가 령, 인터넷)와의 인터페이스를 포함한다. 또한 시스템(10)은 사용자 인터페이스(12)로부터 수신된 데이터로부터의 디지털 데이터를 입력하기 위해 프로세서(16)로 연결되는 입력 디지타이저(input digitizer, 28)를 포함할 수 있다.
사용자 인터페이스(12)는 데이터를 시스템(10)으로 입력하고 상기 프로세서(16)에 의해 프로세싱된 데이터로부터 추출된 정보를 디스플레이하기 위한 입력 장치(30)와 디스플레이(32)를 포함한다. 또한 사용자 인터페이스(12)는 상기 프로세서(16)에 의해 프로세싱된 데이터로부터 추출된 정보, 가령, 표적에 대한 테스트 결과와 상기 테스트 결과를 기초로 하여 제안된 약 처방을 포함할 수 있는 환자 보고서를 인쇄하기 위한 프린터(34)를 포함할 수 있다.
내부 데이터베이스(22)는 환자의 생체 시료/표본 정보, 추적, 임상 데이터, 환자 데이터, 환자 추적, 파일 관리, 연구 프로토콜, 분자 프로파일링에서의 환자 테스트 결과 및 청구 정보 및 추적을 포함할 수 있다(그러나 이에 제한받지 않음). 외부 데이터베이스(24)는 예를 들어, 약 라이브러리(drug library), 유전자 라이브러리, 질병 라이브러리, 공공 및 사설 데이터베이스(가령, UniGene, OMIM, GO, TIGR, GenBank, KEGG 및 Biocarta)를 포함할 수 있다(그러나 이에 제한받지 않음).
다양한 방법이 시스템(10)에 따라서 사용될 수 있다. 도 2는 질병 특정적이지 않는 환자의 생체 표본의 분자 프로파일링을 이용하는, 특정 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 방법(50)의 하나의 바람직한 실시예에 대한 흐름도를 나타낸다. 질병 계보 진단에 독립적인(즉, 단일 질병으로 제한되지 않는) 분자 프로파일링을 이용하여 특정 질병 상태에 대한 의료 개입을 결정하기 위해, 단계(52)에서, 질병에 걸린 환자의 생체 시료 내의 하나 이상의 표적에 대하여 한 번 이상의 테스트가 수행된다. 표적은 분자 테스팅으로부터 획득될 수 있는 임의의 분자 발견물(molecular finding)로서 정의된다. 예를 들어, 표적은 하나 이상의 유전자, 하나 이상의 유전자 발현 단백질, 하나 이상의 분자 메커니즘 및 이들의 조합 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 이러한 표적을 발견하기 위한 테스트는, 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석, 마이크로 어레이 분석(가령, 비교 유전체 보합법(CGH: comparative genomic hybridization) 마이크로 어레이, 단일 염기 다형성(SNP: single nucleotide polymorphism) 마이크로 어레이, 형광 동소 보합법(FISH: fluorescent in-situ hybridization) 분석, 동소 보합법(ISH: in-situ hybridization) 및 프로테오믹스 어레이(proteomics array)) 및 당해 업계에서 알려져 있는 그 밖의 다른 분자 테스트를 포함할 수 있다(그러나 이에 제한받지 않음). 따라서 단계(54)에서의 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석과, 단계(56)에서의 마이크로분석과, 단계(58)에서 당해 업계에서 알려진 그 밖의 다른 분자 테스트 중 하나 이상이 수행될 수 있다.
질병에 걸린 환자로부터의 생체 시료는, 종양의 생검을 수행함으로써, 또는 새로운 종양이 이용가능하지 않는 경우에는 미세침습수술(Minimally invasive surgery)을 실시함으로써, 또는 환자의 혈액의 시료, 또는 그 밖의 다른 임의의 생체 유체 시료(제한하지 않는 예를 들자면, 세포 추출물, 핵 추출물, 세포 융해체, 또는 배설물, 혈액, 혈청, 혈장, 뇨, 담, 눈물, 변, 타액, 막 추출물 등의 생체 산물)를 획득함으로써 얻어진다.
단계(60)에서, 단계(52)에서 테스트되었던 표적 중 하나 이상이, 특정 표적에 대한 보통의 기준에 비교할 때 발현의 변화를 나타내는가의 여부에 대한 판단이 이뤄진다. 본 발명의 하나의 바람직한 방법에서, 단계(54)에서 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석이 수행될 수 있고, 상기 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석으로부터 임의의 표적이 발현의 변화를 나타내는가의 여부에 대한 판단은 단계(64)에서, 생체 시료 세포 중 30% 이상이 특정 표적에 대하여 +2, 또는 그 이상으로 염색되었나의 여부를 판단함으로써, 이뤄진다. 당해업계 종사자라면 +1, 또는 그 이상의 염색이 발현의 변화를 나타내는 경우가 존재함을 인지할 것이다. 염색 결과는 테스트를 수행하는 기술자와 테스트되는 표적의 타입에 따라 달라질 수 있다. 본 발명의 또 다른 바람직한 실시예에서, 마이크로 어레이 분석이 단계(56)에서 수행될 수 있고, 단계(66)에서 상기 마이크로 어레이 분석에서 임의의 표적이 발현의 변화를 나타내는가의 여부에 대한 판단이, p-값<0.001에서 특정 표적에 대하여 원본 기준의 보통의 조직에 비해 발현에서의 배수 변화(fold change)가 주목할 만한가의 여부를 판단함으로써, 어느 표적이 상향-조정(up-regulate), 또는 하향-조정(down-regulate)되었는가를 식별함으로써, 이뤄질 수 있다. 또한 하나 이상의 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 분자 메커니즘, 또는 그 밖의 다른 분자 발견물의 부재(不在)에 의한 발현의 변화도 명백할 수 있다.
단계(60)에서 어느 표적이 발현의 변화를 나타내는가를 판단한 후, 단계(70)에서 변화된 발현을 갖는 각각의 표적과 상호작용하는 하나 이상의 비-질병 특정적 약품이 식별된다. 약품은 임의의 치료 효과를 갖는 약제, 또는 화합물일 수 있다. 비-질병 특정적 약품은, 발현의 변화를 나타낸 적이 있는 환자의 생체 시료에서의 표적과 상호작용할 수 있으며, 환자의 진단된 질병의 치료와 전에 관련된 적 없는 치료 약제, 또는 화합물이다. 여러 다른 암 환자들에게서 발견된 특정 표적과 상호작용한다고 발견된 적이 있는 비-질병 특정적 약품 중 일부가 아래의 표 1에서 나타난다.
환자 | 발견된 표적 | 치료제 |
진행된 췌장암 | HER 2/neu (IHC/Array) | Herceptin(헤르셉틴)™ |
진행된 췌장암 | EGFR (IHC), HIF 1α | Erbitux(얼비툭스)™, Rapamycin(라파마이신)™ |
진행된 난소암 | ERCC3 (Array) | Irofulvene(이로풀벤) |
진행된 누선암 | 비타민D 수용체, 안드로젠 수용체 | Calcitriol(칼시트리올)™, Flutamide(플루타미드)™ |
마지막으로, 단계(80)에서, 다양한 표적에 대한 환자의 테스트 결과 및 상기 테스트 결과를 기초로 하는 임의의 제안된 치료 요법을 포함하는 환자 프로필 보고서가 제공될 수 있다. 바람직한 환자 프로필 보고서(100)가 도 3A-3D에서 나타난다. 도 3A에 도시된 환자 프로필 보고서(100)가 테스트되는 표적(102)과, 발현에서의 주목할 만한 변화를 나타내는 테스트되는 표적(104)과, 표적과 상호작용하기 위한 제안되는 비-질병 특정적 약품(106)을 식별한다. 도 3B에서 나타나는 환자 프로필 보고서(100)는 특정 유전자 발현 단백질(110)에 대한 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석의 결과(108)를 식별하고, 종양 세포 중 30% 이상이 +2, 또는 그 이상으로 염색되었는가의 여부를 판단함으로써 유전자 발현 단백질이 분자 표적인가의 여부(112)를 식별한다. 또한 보고서(100)는 수행되지 않은 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 테스트(114)를 식별한다. 도 3C에서 나타나는 환자 프로파일 보고서(100)는 마이크로 어레이 분석을 이용하여 분석된 유전자(116)를 식별하고, 기준에 비교할 때 유전자가 낮게 발현되었는지, 또는 높게 발현되었는지를 식별한다. 마지막으로, 도 3D에서 나타난 환자 프로파일 보고서(100)는 환자의 임상력(clinical history, 120)과, 상기 환자로부터 제출된 표본(122)을 식별한다.
도 4는 표적과 상호작용할 수 있는 약제 치료요법/약품을 식별하기 위한 방법(200)의 바람직한 실시예의 흐름도를 도시한다. 단계(202)에서, 다수의 질병에 걸린 개인에게서 발현의 변화를 나타내는 분자 표적이 식별된다. 그 후, 단계(204)에서, 상기 질병에 걸린 개인들에게 약제 치료요법/약품이 시행된다. 약제 치료요법/약품 시행 후, 단계(202)에서 식별된 분자 표적의 임의의 변화가 단계(206)에서 식별되어, 단계(204)에서 시행된 약제 치료요법/약품이 단계(202)에서 식별된 상기 분자 표적과 상호작용하는가의 여부를 판단할 수 있다. 단계(204)에서 시행된 약제 치료요법/약품이 단계(202)에서 식별된 분자 표적과 상호작용한다고 판단된 경우, 상기 약제 치료요법/약품이 특정 질병에 대하여 승인되는 것 대신, 상기 약제 치료요법/약품은 상기 식별된 분자 표적의 발현의 변화를 나타내는 환자를 치료하도록 승인될 수 있다.
도 5-14는 본 발명에 따라서, 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 다양한 부분을 나타내는 흐름도 및 다이어그램이다. 도 5는 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 바람직한 임상적 결정 지원 시스템을 나타내는 다이어그램이다. 임상 연구 및 임상 간호를 통해 얻어지는 데이터, 예를 들면, 임상 시험 데이터(clinical trial data), 생체/분자 이미징 데이터, 게노믹스(genomics)/프로테오믹스(proteomics)/화학물군(chemical library)/논문/전문가 큐레이션(curation), 생물표본 추적/LIMS, 가족력/환경 기록 및 임상 데이터가 수집되고 데이터베이스 및 데이터 웨어하우스 내의 데이터마트(datamart)로서 저장된다. 도 6은 웹 서비스를 이용하는 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 임상적 결정 지원 시스템을 통한 정보의 흐름을 나타내는 다이어그램이다. 사용자는 폼(form)-기반의 데이터 세트 엔트리/업로드를 통해 데이터를 시스템으로 입력하고, 질의를 공식화(formulating)하며, 데이터 분석 작업을 실행하며, 출력 데이터의 표현(representation)을 획득하고 평가함으로써, 시스템과 상호작용한다. 웹 기반의 시스템에서의 데이터 웨어하우스는 데이터가 추출되고, 전송되며, 다양한 데이터베이스 시스템으로부터 로딩되는 곳이다. 상기 데이터 웨어하우스는 또한 일반적인 포맷, 매핑(mapping) 및 변환(transformation)이 발생하는 곳이다. 상기 웹 기반의 시스템은 또한, 관심 데이터 뷰(data view)를 기초로 하여 생성되는 데이터마트(data mart)를 포함할 수 있다.
본 발명의 정보 기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 바람직한 임상적 결정 지원 시스템의 흐름도가 도 7에서 도시된다. 상기 임상적 정보 관리 시스템은 연구실 정보 관리 시스템 및 데이터 웨어하우스에 내포되는 의료 정보를 포함하고, 데이터베이스는, 논문 텍스트 발굴에 덧붙여, 약제 라이브러리, 유전자 라이브러리 및 질병 라이브러리 등의 의료용 정보 라이브러리를 포함한다. 특정 환자에 관련된 정보 관리 시스템과 의료 정보 데이터베이스 및 데이터 웨어하우스 모두는 데이터 교차 센터(data junction center)로 모아지고, 여기서 진단 정보 및 치료요법 옵션이 획득되어 질 수 있다. 또한 재정 관리 시스템이 본 발명의 정보 기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 임상적 결정 지원 시스템의 일부로 구성될 수 있다.
도 8은 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 일부분으로서 사용될 수 있는 생체표본 추적 및 관리 시스템을 보여주는 다이어그램이다. 도 8은 표본을 조직/혈액은행으로 발송하는 2개의 호스트 의료용 센터(host medical center)를 나타낸다. 상기 표본은 발송 전에 연구실 분석을 거칠 수 있다. 또한 마이크로 어레이, 제노타이핑(genotyping) 및 프로테오믹 분석을 통해, 시료에 대한 연구가 실시될 수 있다. 이 정보는 조직/혈액은행으로 재분배될 수 있다. 도 9는 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 사용될 수 있는 바람직한 생체표본 추적 및 관리 시스템의 흐름도를 도시한다. 호스트 의료 센터는 환자로부터 시료를 획득하고, 그 후 상기 환자 시료를 RNA 및 DNA 분리 및 분석을 수행할 수 있는 분자 프로파일링 연구실로 발송한다.
본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법과 함께 사용되기 위한 표준화된 임상 단어를 유지하기 위한 방법을 보여주는 다이어그램이 도 10에서 도시된다. 도 10은 한명의 의사의 환자와 연계되는 의사의 진찰 정보 및 환자 정보가 또 다른 의사에 의해 접근가능하게 되는 방법을 도시하며, 이로 인해 상기 또 다른 의사가 자신의 환자에 대한 진단 및 치료요법을 결정할 때 데이터를 이용할 수 있다.
도 11은 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 일부분으로서 사용될 수 있는 바람직한 마이크로 어레이 유전자 발현형 데이터베이스의 개념을 도시한다. 상기 마이크로 어레이 유전자 발현형 데이터베이스는 웹-기반의 시스템을 통해 액세스될 수 있는 외부 데이터베이스와 내부 데이터베이스를 모두 포함한다. 외부 데이터베이스는 UniGene, GO, TIGR, GenBank, KEGG를 포함할 수 있다(그러나 이에 제한받지 않음). 내부 데이터베이스로는 조직 추적, LIMS, 임상 데이터 및 환자 추적이 있다(그러나 이에 제한받지 않음). 도 12는 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 일부분으로서 사용될 수 있는 바람직한 마이크로 어레이 유전자 발현 데이터베이스 데이터 웨어하우스의 다이어그램을 도시한다. 연구실 데이터, 임상 데이터 및 환자 데이터는 모두 마이크로 어레이 유전 발현 데이터베이스 데이터 웨어하우스에 저장될 수 있으며, 공공/사설 배포에 의해, 데이터는 차례로 액세스될 수 있고, 데이터 분석 툴에 의해 사용될 수 있다.
본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법을 통한 정보의 흐름을 나타내는 또 다른 개념도가 도 13에서 도시된다. 도 7과 마찬가지로, 개념은 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 임상 정보 관리와, 의료용 및 논문용 정보 관리와, 재정 관리를 포함한다. 도 14는 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 바람직한 네트워크를 도시하는 개념도이다. 환자, 의료 종사자, 호스트 의료 센터 및 연구실 모두 다양한 정보를 공유하고 교환하여, 다양한 식별된 표적을 기반으로 하는 제안되는 치료요법, 또는 약품을 환자에게 제공할 수 있다.
도 15-25는 도 5-14에서 도시된 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법의 다양한 부분에 관련된 컴퓨터 스크린의 인쇄물이다. 도 15 및 16은 의사 정보 및 보험 회사 정보가 고객을 대신하여 입력되는 컴퓨터 스크린을 도시한다. 도 17-19는 환자의 시료에 대한 분석과 테스트를 지시하기 위해 정보가 입력될 수 있는 컴퓨터 스크린을 도시한다.
도 20은 환자 시료를 갖고 테스트된 특정 유전자의 마이크로 어레이 분석 결과를 나타내는 컴퓨터 스크린이다. 이 정보와 컴퓨터 스크린은 도 3C에서 나타난 환자 프로파일 보고서에서 상세히 나타난 정보와 유사하다. 도 22는 다양한 유전자에 대하여 시행된 특정 환자에 대한 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 테스트 결과를 보여주는 컴퓨터 스크린이다. 이 정보는 도 3B에서 나타난 환자 프로파일 보고서에 내포된 정보와 유사하다.
도 21은 특정 환자 찾기, 테스트(또는 결과) 지시하기, 환자 보고서 발행하기, 현재 케이스/환자 추적하기에 대한 선택 옵션(selection option)을 보여주는 컴퓨터 스크린이다.
도 23은 도 3A 내지 3D에서 나타난 것과 같은 환자 프로파일 보고서를 생성하기 위한 단계들 중 일부 단계를 요약한 컴퓨터 스크린이다. 도 24는 환자 시료에 대한 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 테스트를 지시하기 위한 컴퓨터 스크린을 보여주며, 도 25는 마이크로 어레이 분석을 위한 원발성 종양 부분에 관련된 정보를 입력하기 위한 컴퓨터 스크린을 보여준다. 당해업계 종사자라면, 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법을 이용하기에 필요한 정보를 입력하기 위해, 그리고 상기 본 발명의 정보-기반의 개인화된 의료용 약제 발견 시스템 및 방법을 이용함에 따라 도출되는 정보를 획득하기 위해, 임의의 개수의 다양한 컴퓨터 스크린이 사용될 수 있음을 이해할 것이다.
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- 암의 질병 상태(disease state)에 대한 개별화된 의료 개입(medical intervention)을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템에 있어서, 상기 시스템은- 호스트 서버,- 데이터를 액세스하고 입력하기 위해 상기 호스트 서버를 액세스하기 위한 사용자 인터페이스,- 입력된 데이터를 프로세싱하기 위한 프로세서,- 상기 프로세서로 연결되는 메모리, 상기 메모리에,ⅰ) 진단된 암을 갖는 환자의 생체 표본으로부터 취해진 분자 프로파일(molecular profile)을 액세스하기 위한 인스트럭션,ⅱ) 상기 분자 프로파일로부터 도출된 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물 중 하나 이상이, 표준 기준에 비교할 때, 발현 변화를 나타내는지 여부를 판단하기 위한 인스트럭션,ⅲ) 발현 변화를 나타낸 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물과 상호작용(interact)하는 하나 이상의 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하기 위해, 약제 치료요법 데이터베이스를 액세스하기 위한 인스트럭션 - 상기 하나 이상의 약제 치료요법은 환자의 진단된 암의 치료와 이전에 관련된 적이 없고, 상기 암은 표준 프론트 라인 치료요법(front line therapy) 중에 진행됐거나, 둘 이상의 화학요법 또는 호르몬 요법 중에 진행됐음 - , 및프로세싱된 데이터가 저장됨,- 발현 변화를 나타내는 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물을 디스플레이하고, 상기 발현 변화를 나타내는 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘, 및 그 밖의 다른 분자 발견물과 상호작용하며 환자의 상기 진단된 암의 치료와 이전에 관련된 적 없는 약제 치료요법을 디스플레이하기 위한 디스플레이 수단을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 12 항에 있어서, 상기 분자 프로파일은 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석 및 마이크로 어레이 분석 중 하나 이상을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 13 항에 있어서, 상기 마이크로 어레이는 발현 마이크로 어레이(expression micro array), 비교 유전체 보합법(CGH: comparative genomic hybridization) 마이크로 어레이, 단일 염기 다형성(SNP: single nucleotide polymorphism) 마이크로 어레이, 형광 동소 보합법(FISH: fluorescent in-situ hybridization), 동소 보합법(ISH: in-situ hybridization) 및 프로테오믹 어레이(proteomic array) 중 하나 이상을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 13 항에 있어서, 상기 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석은 Her2/Neu, ER, PR, c-키트(c-kit), EGFR, MLH1, MSH2, CD20, p53, 사이클린(Cyclin) D1, bcl2, COX-2, 안드로젠 수용체, CD52, PDGFR, AR, CD25 및 VEGF 중 하나 이상을 포함하는 유전자 발현 단백질에 대한 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 13 항에 있어서, 상기 마이크로 어레이 분석은 BCL2, HIFlA, AR, ESRl, PDGFRA, KIT, PDGFRB, CDW52, ZAP70, PGR, SPARC, GART, GSTPl, NFKBIA, MSH2, TXNRDl, HDACl, PDGFC, PTEN, CD33, TYMS, RXRB, ADA, TNF, ERCC3, RAFl, VEGF, TOPl, TOP2A, BRCA2, TKl, FOLR2, TOP2B, MLHl, IL2RA, DNMTl, HSPCA, ERBR2, ERBB2, SSTRl, VHL, VDR, PTGS2, POLA, CES2, EGFR, OGFR, ASNS, NFKB2, RARA, MS4A1, DCK, DNMT3A, EREG, 에피레귤린(Epiregulin), FOLRl, GNRHl, GNRHRl, FSHB, FSHR, FSHPRHl, 엽산 수용체(folate receptor), HGF, HIGl, ILl3RAl, LTB, ODCl, PPARG, PPARGCl, VHL, 림포톡신 베타 수용체(Lymphotoxin Beta Receptor), Myc, T0P2B 토포이소메라제 Ⅱ, T0P02B, TXN, VEGFC, ACE2, ADHlC, ADH4, AGT, AREG, CA2, CDK2, 카베올린(caveolin) 및 NFKBl 중 하나 이상을 포함하는 유전자에 대한 마이크로 어레이 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 13 항에 있어서, 상기 분자 프로파일은 종양에 대한 면역조직화학(IHC:immunohistochemical) 분석을 포함하며, 상기 분자 프로파일로부터 도출된 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물 중 하나 이상이, 표준 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가의 여부를 판단하기 위한 인스트럭션은, 종양 세포의 30% 이상이 특정 유전자 발현 단백질에 대하여 +2, 또는 그 이상으로 염색되었는가의 여부를 판단하기 위한 인스트럭션을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 13 항에 있어서, 상기 분자 프로파일은 종양에 대한 마이크로 어레이 분석을 포함하며, 상기 분자 프로파일로부터 도출된 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물 중 하나 이상이, 표준 기준에 비교할 때, 발현에서 변화를 나타내는가의 여부를 판단하기 위한 인스트럭션은, p-값<0.001에서, 원 기준의 보통의 조직에 비교되는, 특정 유전자에 대한 발현에서의 배수 변화(fold change)가 주목할 만한가를 판단함으로써, 어느 유전자가 상향-조정(up-regulated), 또는 하향-조정(down-regulated)되는가를 식별하기 위한 인스트럭션을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 12 항에 있어서, 상기 디스플레이 수단은 인쇄된 환자 프로파일 보고서를 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
- 제 12 항에 있어서, 상기 발현에서 변화를 나타낸 하나 이상의 유전자, 유전자 발현 단백질, 분자 메커니즘 및 그 밖의 다른 분자 발견물과 상호작용하는 하나 이상의 약제 치료요법(drug therapy)을 식별하기 위해, 약제 치료요법 데이터베이스를 액세스하기 위한 인스트럭션은, 유전자, 또는 유전자 발현 단백질, 또는 둘 모두와 약제 치료요법의 상호작용에 관련된 논문을 포함하는 광범위한 논문 데이터베이스의 자동화된 검토를 실시하기 위한 인스트럭션을 포함하는 것을 특징으로 하는 암의 질병 상태에 대한 개별화된 의료 개입을 결정하기 위한 컴퓨터 구현 시스템.
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