JP2022050488A - 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 - Google Patents
疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022050488A JP2022050488A JP2021212100A JP2021212100A JP2022050488A JP 2022050488 A JP2022050488 A JP 2022050488A JP 2021212100 A JP2021212100 A JP 2021212100A JP 2021212100 A JP2021212100 A JP 2021212100A JP 2022050488 A JP2022050488 A JP 2022050488A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- gene
- molecular
- expression
- analysis
- data
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 163
- 201000010099 disease Diseases 0.000 title claims abstract description 62
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 title claims abstract description 62
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 227
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 76
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract description 58
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims abstract description 57
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 26
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 12
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 92
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 59
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 claims description 48
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 44
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 claims description 43
- -1 KIT Proteins 0.000 claims description 33
- 230000002055 immunohistochemical effect Effects 0.000 claims description 31
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 31
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 27
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 21
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 claims description 21
- 108010046308 Type II DNA Topoisomerases Proteins 0.000 claims description 20
- 102000007537 Type II DNA Topoisomerases Human genes 0.000 claims description 20
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 17
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 17
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 16
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 claims description 15
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 claims description 15
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 claims description 15
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 claims description 15
- 238000002509 fluorescent in situ hybridization Methods 0.000 claims description 15
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 claims description 14
- 102100024217 CAMPATH-1 antigen Human genes 0.000 claims description 14
- 102100034157 DNA mismatch repair protein Msh2 Human genes 0.000 claims description 14
- 101001134036 Homo sapiens DNA mismatch repair protein Msh2 Proteins 0.000 claims description 14
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 14
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims description 14
- 229910015837 MSH2 Inorganic materials 0.000 claims description 14
- 102100026547 Platelet-derived growth factor receptor beta Human genes 0.000 claims description 14
- 238000013388 immunohistochemistry analysis Methods 0.000 claims description 14
- 102100028843 DNA mismatch repair protein Mlh1 Human genes 0.000 claims description 13
- 108010026664 MutL Protein Homolog 1 Proteins 0.000 claims description 13
- 102100025498 Proepiregulin Human genes 0.000 claims description 13
- 102100038280 Prostaglandin G/H synthase 2 Human genes 0.000 claims description 12
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 12
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 11
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 11
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 10
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 8
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 claims description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 8
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 claims description 8
- 102100034042 Alcohol dehydrogenase 1C Human genes 0.000 claims description 7
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 claims description 7
- 108090000975 Angiotensin-converting enzyme 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102000053723 Angiotensin-converting enzyme 2 Human genes 0.000 claims description 7
- 108091012583 BCL2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102000052609 BRCA2 Human genes 0.000 claims description 7
- 108700020462 BRCA2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101150008921 Brca2 gene Proteins 0.000 claims description 7
- 108010065524 CD52 Antigen Proteins 0.000 claims description 7
- 102000009193 Caveolin Human genes 0.000 claims description 7
- 108050000084 Caveolin Proteins 0.000 claims description 7
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100023343 Centromere protein I Human genes 0.000 claims description 7
- 108010024986 Cyclin-Dependent Kinase 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102000015792 Cyclin-Dependent Kinase 2 Human genes 0.000 claims description 7
- 108010009540 DNA (Cytosine-5-)-Methyltransferase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100036279 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100024812 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A Human genes 0.000 claims description 7
- 108010024491 DNA Methyltransferase 3A Proteins 0.000 claims description 7
- 102100024607 DNA topoisomerase 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101100239628 Danio rerio myca gene Proteins 0.000 claims description 7
- 102100029588 Deoxycytidine kinase Human genes 0.000 claims description 7
- 101001046554 Dictyostelium discoideum Thymidine kinase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101150029707 ERBB2 gene Proteins 0.000 claims description 7
- 101800000155 Epiregulin Proteins 0.000 claims description 7
- 102100038595 Estrogen receptor Human genes 0.000 claims description 7
- 102100027627 Follicle-stimulating hormone receptor Human genes 0.000 claims description 7
- 102000019448 GART Human genes 0.000 claims description 7
- 102100031885 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB Human genes 0.000 claims description 7
- 102100030943 Glutathione S-transferase P Human genes 0.000 claims description 7
- 102100032812 HIG1 domain family member 1A, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 7
- 102100034051 Heat shock protein HSP 90-alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 102100021866 Hepatocyte growth factor Human genes 0.000 claims description 7
- 102100039996 Histone deacetylase 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000780463 Homo sapiens Alcohol dehydrogenase 1C Proteins 0.000 claims description 7
- 101000971171 Homo sapiens Apoptosis regulator Bcl-2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000980814 Homo sapiens CAMPATH-1 antigen Proteins 0.000 claims description 7
- 101000721661 Homo sapiens Cellular tumor antigen p53 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000907944 Homo sapiens Centromere protein I Proteins 0.000 claims description 7
- 101000830681 Homo sapiens DNA topoisomerase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000967216 Homo sapiens Eosinophil cationic protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101000882584 Homo sapiens Estrogen receptor Proteins 0.000 claims description 7
- 101000862396 Homo sapiens Follicle-stimulating hormone receptor Proteins 0.000 claims description 7
- 101000920748 Homo sapiens General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB Proteins 0.000 claims description 7
- 101001010139 Homo sapiens Glutathione S-transferase P Proteins 0.000 claims description 7
- 101001066429 Homo sapiens HIG1 domain family member 1A, mitochondrial Proteins 0.000 claims description 7
- 101001016865 Homo sapiens Heat shock protein HSP 90-alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101001078626 Homo sapiens Heat shock protein HSP 90-alpha A2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000898034 Homo sapiens Hepatocyte growth factor Proteins 0.000 claims description 7
- 101001035024 Homo sapiens Histone deacetylase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001046870 Homo sapiens Hypoxia-inducible factor 1-alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101001003135 Homo sapiens Interleukin-13 receptor subunit alpha-1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001076408 Homo sapiens Interleukin-6 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000934338 Homo sapiens Myeloid cell surface antigen CD33 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000961071 Homo sapiens NF-kappa-B inhibitor alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101000979338 Homo sapiens Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit Proteins 0.000 claims description 7
- 101000979342 Homo sapiens Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit Proteins 0.000 claims description 7
- 101000611888 Homo sapiens Platelet-derived growth factor C Proteins 0.000 claims description 7
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101000692455 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor beta Proteins 0.000 claims description 7
- 101000712530 Homo sapiens RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 claims description 7
- 101000640876 Homo sapiens Retinoic acid receptor RXR-beta Proteins 0.000 claims description 7
- 101001112293 Homo sapiens Retinoic acid receptor alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101000868152 Homo sapiens Son of sevenless homolog 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000852559 Homo sapiens Thioredoxin Proteins 0.000 claims description 7
- 101000844686 Homo sapiens Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic Proteins 0.000 claims description 7
- 101000945477 Homo sapiens Thymidine kinase, cytosolic Proteins 0.000 claims description 7
- 101000809797 Homo sapiens Thymidylate synthase Proteins 0.000 claims description 7
- 101000818543 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase ZAP-70 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000742596 Homo sapiens Vascular endothelial growth factor C Proteins 0.000 claims description 7
- 102100022875 Hypoxia-inducible factor 1-alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 102100020791 Interleukin-13 receptor subunit alpha-1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101150039798 MYC gene Proteins 0.000 claims description 7
- 102100025243 Myeloid cell surface antigen CD33 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100039337 NF-kappa-B inhibitor alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 102100023059 Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit Human genes 0.000 claims description 7
- 102100023050 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit Human genes 0.000 claims description 7
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 claims description 7
- 102100032543 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN Human genes 0.000 claims description 7
- 108010064209 Phosphoribosylglycinamide formyltransferase Proteins 0.000 claims description 7
- 108010051742 Platelet-Derived Growth Factor beta Receptor Proteins 0.000 claims description 7
- 102100040681 Platelet-derived growth factor C Human genes 0.000 claims description 7
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 108050003267 Prostaglandin G/H synthase 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102000016971 Proto-Oncogene Proteins c-kit Human genes 0.000 claims description 7
- 108010014608 Proto-Oncogene Proteins c-kit Proteins 0.000 claims description 7
- 102100033479 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 claims description 7
- 102100034253 Retinoic acid receptor RXR-beta Human genes 0.000 claims description 7
- 102100023606 Retinoic acid receptor alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 102100029329 Somatostatin receptor type 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000874827 Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) Dephospho-CoA kinase Proteins 0.000 claims description 7
- 102100036407 Thioredoxin Human genes 0.000 claims description 7
- 102100031208 Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic Human genes 0.000 claims description 7
- 102100034838 Thymidine kinase, cytosolic Human genes 0.000 claims description 7
- 102100038618 Thymidylate synthase Human genes 0.000 claims description 7
- 102100021125 Tyrosine-protein kinase ZAP-70 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100038232 Vascular endothelial growth factor C Human genes 0.000 claims description 7
- 101100459258 Xenopus laevis myc-a gene Proteins 0.000 claims description 7
- 108010080146 androgen receptors Proteins 0.000 claims description 7
- 108010079452 beta Adrenergic Receptors Proteins 0.000 claims description 7
- 102000012740 beta Adrenergic Receptors Human genes 0.000 claims description 7
- 102000006815 folate receptor Human genes 0.000 claims description 7
- 108020005243 folate receptor Proteins 0.000 claims description 7
- 238000002991 immunohistochemical analysis Methods 0.000 claims description 7
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 7
- 102000003998 progesterone receptors Human genes 0.000 claims description 7
- 108090000468 progesterone receptors Proteins 0.000 claims description 7
- 108010082379 somatostatin receptor type 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100031795 All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH4 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100035139 Folate receptor alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 102100035144 Folate receptor beta Human genes 0.000 claims description 6
- 102100040977 Follitropin subunit beta Human genes 0.000 claims description 6
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 claims description 6
- 101000775437 Homo sapiens All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH4 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001023230 Homo sapiens Folate receptor alpha Proteins 0.000 claims description 6
- 101001023204 Homo sapiens Folate receptor beta Proteins 0.000 claims description 6
- 101000893054 Homo sapiens Follitropin subunit beta Proteins 0.000 claims description 6
- 101001056707 Homo sapiens Proepiregulin Proteins 0.000 claims description 6
- 101000904173 Homo sapiens Progonadoliberin-1 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100024028 Progonadoliberin-1 Human genes 0.000 claims description 6
- 238000003491 array Methods 0.000 claims description 6
- 102100023927 Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] Human genes 0.000 claims description 5
- 108010037462 Cyclooxygenase 2 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000975992 Homo sapiens Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] Proteins 0.000 claims description 5
- 101150042165 Ogfr gene Proteins 0.000 claims description 5
- 102100026949 Opioid growth factor receptor Human genes 0.000 claims description 5
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 5
- 101000611183 Homo sapiens Tumor necrosis factor Proteins 0.000 claims description 4
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 claims description 4
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 claims description 4
- 102100021864 Cocaine esterase Human genes 0.000 claims description 3
- 101000898006 Homo sapiens Cocaine esterase Proteins 0.000 claims description 3
- 101000938676 Homo sapiens Liver carboxylesterase 1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000585693 Homo sapiens Mitochondrial 2-oxodicarboxylate carrier Proteins 0.000 claims description 3
- 101001041245 Homo sapiens Ornithine decarboxylase Proteins 0.000 claims description 3
- 101000741790 Homo sapiens Peroxisome proliferator-activated receptor gamma Proteins 0.000 claims description 3
- 102100021079 Ornithine decarboxylase Human genes 0.000 claims description 3
- 102100038825 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma Human genes 0.000 claims description 3
- 102100028960 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha Human genes 0.000 claims description 3
- 108010060054 peroxisome-proliferator-activated receptor-gamma coactivator-1 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100036664 Adenosine deaminase Human genes 0.000 claims description 2
- 101000929495 Homo sapiens Adenosine deaminase Proteins 0.000 claims description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 2
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 claims description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 abstract description 4
- 230000003054 hormonal effect Effects 0.000 abstract description 2
- 230000000973 chemotherapeutic effect Effects 0.000 abstract 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 28
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 17
- 230000008569 process Effects 0.000 description 17
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 15
- 230000006870 function Effects 0.000 description 12
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 8
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 7
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 7
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 6
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 5
- 102100038778 Amphiregulin Human genes 0.000 description 4
- 101000809450 Homo sapiens Amphiregulin Proteins 0.000 description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 4
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 4
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 3
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 3
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 238000013515 script Methods 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 238000013479 data entry Methods 0.000 description 2
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 238000004989 laser desorption mass spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 240000005020 Acaciella glauca Species 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100022307 DNA polymerase alpha catalytic subunit Human genes 0.000 description 1
- 101000902558 Homo sapiens DNA polymerase alpha catalytic subunit Proteins 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 229940034982 antineoplastic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000013475 authorization Methods 0.000 description 1
- 230000002567 autonomic effect Effects 0.000 description 1
- 229960000397 bevacizumab Drugs 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000013499 data model Methods 0.000 description 1
- 230000006837 decompression Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 229940022353 herceptin Drugs 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 238000004452 microanalysis Methods 0.000 description 1
- 238000002324 minimally invasive surgery Methods 0.000 description 1
- 238000005065 mining Methods 0.000 description 1
- 230000006855 networking Effects 0.000 description 1
- 230000000474 nursing effect Effects 0.000 description 1
- 238000009520 phase I clinical trial Methods 0.000 description 1
- 238000009521 phase II clinical trial Methods 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 238000007639 printing Methods 0.000 description 1
- 235000003499 redwood Nutrition 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 229960004641 rituximab Drugs 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 239000000344 soap Substances 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000002636 symptomatic treatment Methods 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 229940126585 therapeutic drug Drugs 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57488—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds identifable in body fluids
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
- G16B50/10—Ontologies; Annotations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
- G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H15/00—ICT specially adapted for medical reports, e.g. generation or transmission thereof
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H20/00—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance
- G16H20/10—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance relating to drugs or medications, e.g. for ensuring correct administration to patients
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H20/00—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance
- G16H20/30—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance relating to physical therapies or activities, e.g. physiotherapy, acupressure or exercising
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H70/00—ICT specially adapted for the handling or processing of medical references
- G16H70/20—ICT specially adapted for the handling or processing of medical references relating to practices or guidelines
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/71—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- G01N2333/91205—Phosphotransferases in general
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/914—Hydrolases (3)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Pathology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Bioethics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
Abstract
Description
本発明は、概して、特定の疾患状態に対する医学的介入を決定するためのシステムおよび方法を提供する分子プロファイリングの適用に関する。そのシステムおよび方法は、疾患の任意のステージにおいて行われ得る。特に、本発明は、重篤な疾患に罹患した患者、例えば、少なくとも2つの化学療法レジメンまたはホルモンレジメンが進行中である、癌を有する患者、に対する医学的介入を決定するためのシステムおよび方法に関し、その方法は、その患者由来の生物学的サンプルを分子プロファイリングする工程、1つ以上の遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび/またはそれらの分子知見の組み合わせをはじめとした任意の分子知見が正常な参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する工程、ならびに、発現の変化を示した、遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムまたはそれらの分子知見の組み合わせと相互作用することができる薬物療法を同定する工程を含む。
患者の疾患状態は、代表的には、基礎となる臨床上の基準に基づいて選択される処置レジメンまたは治療法で処置される;すなわち、処置治療法または処置レジメンは、患者に対して、患者が特定の疾患と診断される決定(その診断は従来の診断アッセイからなされる)に基づいて選択される。様々な疾患状態の背後にある分子メカニズムが、長年にわたる研究の対象であったが、罹患個体に対する処置レジメンおよび治療法を決定する際にその個体の分子プロファイルを特別に適用するのは、疾患特異的なものであり、広く追跡されてこなかった。
本発明は、特定の疾患状態について個体に合わせた医学的介入を決定するためのシステムおよび方法に関する。疾患状態に対する医学的介入を決定するための本発明の1つの例示的な方法は、罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および/または遺伝子発現タンパク質についての試験を行う工程、どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示したかを判定する工程、ならびに、発現の変化を示したその遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質と相互作用するために使用される、単一疾患に限定されない薬物療法を同定する工程を含む。本発明のこの例示的な実施形態の1つの局面において、発現の変化を示した遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質と相互作用するために使用される薬物療法を同定する工程は、大規模な文献データベースおよび/または臨床試験から得られるデータの自動化された精査から薬物療法を同定する工程を含み得る。
従って、本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
疾患状態に対する医学的介入を決定するための方法であって:
罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う工程;
どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する工程;および
発現の変化を示した該遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質のうちの少なくとも1つと相互作用するために使用される、単一疾患に限定されない薬物療法を同定する工程を包含する、方法。
(項目2)
発現の変化を示した上記遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質のうちの少なくとも1つと相互作用するために使用される薬物療法を同定する上記工程が、大規模な文献データベースの自動化された精査および臨床試験から得られるデータのうちの少なくとも1つから薬物療法を同定する工程を含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを行う工程を含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
マイクロアレイ解析を行う上記工程が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)およびプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを使用して解析を行う工程を含む、項目3に記載の方法。
(項目5)
IHC解析を行う上記工程が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を行う工程を含む、項目3に記載の方法。
(項目6)
マイクロアレイ解析を行う上記工程が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を行う工程を含む、項目3に記載の方法。
(項目7)
罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、腫瘍に対して免疫組織化学的解析を行う工程を含み、そして、どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する上記工程が、30%以上の該腫瘍細胞が、特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定する工程を含む、項目3に記載の方法。
(項目8)
罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、腫瘍に対してマイクロアレイ解析を行う工程を含み、そして、どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する上記工程が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定する工程を含む、項目3に記載の方法。
(項目9)
上記遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質についての発現の変化を同定する患者プロファイルレポートを、発現の変化を示す該遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質の各々との相互作用に対して薬物療法となり得るものとともに提供する工程をさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目10)
分子標的と相互作用することができる薬物療法を同定する方法であって、
正常な参照と比べたときに発現の変化を示す分子標的を複数の罹患個体において同定する工程;
該分子標的の発現の変化を示す該罹患個体に薬物療法を施す工程;および
該薬物療法後の該罹患個体の該分子標的の任意の変化を測定する工程
を含む、方法。
(項目11)
正常な参照と比べたときに発現の変化を示す分子標的を複数の罹患個体において同定する上記工程が、該罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う工程を含み、ここで、該試験は、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを含む、項目10に記載の方法。
(項目12)
疾患状態について個体に合わせた医学的介入を決定するためのシステムであって、
ホストサーバと;
該ホストサーバにアクセスして、データにアクセスし、そしてデータを入力するためのユーザインターフェースと;
該入力されたデータを処理するためのプロセッサと;
該処理されたデータ、ならびに
i)患者の生物学的検体から得られた分子プロファイルにアクセスするための命令;
ii)遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が、正常な参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令;および
iii)薬物療法データベースにアクセスして、発現の変化を示した該少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見と相互作用する1つ以上の薬物療法を同定するための命令
を保存するための該プロセッサに連結されたメモリと;
発現の変化を示す該少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見ならびにそれらと相互作用する該薬物療法を表示するための表示手段と
を備える、システム。
(項目13)
上記分子プロファイルが、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを含む、項目12に記載のシステム。
(項目14)
上記マイクロアレイ解析が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)およびプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを含む、項目13に記載のシステム。
(項目15)
上記IHC解析が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を含む、項目13に記載のシステム。
(項目16)
上記マイクロアレイ解析が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を含む、項目13に記載のシステム。
(項目17)
上記分子プロファイルが、腫瘍に対する免疫組織化学的解析を含み、そして、遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令が、30%以上の該腫瘍細胞が特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定するための命令を含む、項目13に記載のシステム。
(項目18)
上記分子プロファイルが、腫瘍に対するマイクロアレイ解析を含み、そして、遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が正常な参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定するための命令を含む、項目13に記載のシステム。
(項目19)
上記表示手段が、印刷された患者プロファイルレポートを含む、項目12に記載のシステム。
(項目20)
薬物療法データベースにアクセスして、発現の変化を示した上記少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見と相互作用する1つ以上の薬物療法を同定するための上記命令が、遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質と薬物療法相互作用とを相関させる文献を含む大規模な文献データベースの自動化された精査を実施するための命令を含む、項目12に記載の方法。
(項目21)
疾患状態に対する医学的介入を決定するための方法であって、
罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う工程;
該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する工程;および
発現の変化を示す該少なくとも1つの標的と相互作用する少なくとも1つの疾患特異的でない薬剤を同定する工程
を含む、方法。
(項目22)
上記少なくとも1つの標的と相互作用する少なくとも1つの疾患特異的でない薬剤を同定する上記工程が、大規模な文献データベースの自動化された精査および臨床試験から得られるデータのうちの少なくとも1つから薬物療法を同定する工程を含む、項目21に記載の方法。
(項目23)
少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを行う工程を含む、項目21に記載の方法。
(項目24)
マイクロアレイ解析を行う上記工程が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)およびインサイチュハイブリダイゼーション(ISH)ならびにプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを使用して解析を行う工程を含む、項目23に記載の方法。
(項目25)
IHC解析の少なくとも1つを行う上記工程が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を行う工程を含む、項目23に記載の方法。
(項目26)
マイクロアレイ解析の少なくとも1つを行う上記工程が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を行う工程を含む、項目23に記載の方法。
(項目27)
罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、腫瘍に対する免疫組織化学的解析を行う工程を含み、そして、該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する上記工程が、30%以上の該腫瘍細胞が特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定するための工程を含む、項目23に記載の方法。
(項目28)
罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、腫瘍に対するマイクロアレイ解析を行う工程を含み、そして、該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する上記工程が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定する工程を含む、項目23に記載の方法。
(項目29)
様々な標的に対する患者の試験結果およびそれらの結果に基づいて提案される任意の治療法を含む患者プロファイルレポートを提供する工程をさらに含む、項目21に記載の方法。
本明細書中の例示的な実施形態の詳細な説明は、添付の図面および画像について言及するものであり、その図面および画像は、図示する目的で例示的な実施形態およびその最良の形態を示している。これらの例示的な実施形態は、当業者が本発明を実施できるのに十分な程度に詳細に記載されているが、他の実施形態が実現化され得ること、ならびに、論理的および機械的な変更が本発明の精神および範囲から逸脱することなくなされ得ることが、理解されるべきである。従って、本明細書中の詳細な説明は、限定するのではなく例示するためだけの目的である。例えば、方法またはプロセスの説明のいずれかにおいて列挙される工程は、任意の順序で実行され得、示される順序に限定されない。さらに、機能または工程のいずれかは、1つ以上の第3機関に外部委託され得るか、または1つ以上の第3機関によって行われ得る。さらに、単数形に対する任意の言及は、複数の実施形態を含み、また、1つより多い構成要素に対する任意の言及は、単一の実施形態を含み得る。
簡潔にするために、従来のデータネットワーキング、アプリケーション開発およびシステムの他の機能的な局面(およびシステムの個別の作動コンポーネントの構成部分)は、本明細書中に詳細に記載されないかもしれない。さらに、本明細書中に含まれる様々な図に示される接続線は、例示的な機能的な関係性および/または様々なエレメント間の物理的な連結を示すと意図される。多くの代替のまたはさらなる機能的な関係性または物理的な連結が、実際のシステム中に存在し得ることに注意されるべきである。
1999);DEBORAH RAY AND ERIC RAY,MASTERING HTML 4.0(1997);およびLOSHIN,TCP/IP CLEARLY EXPLAINED(1997)およびDAVID GOURLEY AND BRIAN TOTTY,HTTP,THE DEFINITIVE GUIDE(2002)(これらの内容は、本明細書中で参考として援用される)を参照のこと。
Stored Procedures、拡張マークアップ言語(XML)を用いて実行され得、様々なアルゴリズムは、データ構造、オブジェクト、プロセス、ルーチンまたは他のプログラミングエレメントの任意の組み合わせを用いて実行される。さらに、上記システムが、データ送信、信号伝達、データ処理、ネットワーク制御などについて、いくつかの従来技術を使用し得ることに注意されるべきである。なおもさらに、上記システムは、クライアント側スクリプト言語(例えば、Java(登録商標)Script、VBScriptなど)を用いて、セキュリティ問題を検出するか、または回避するために使用され得る。暗号法およびネットワークセキュリティの基本的な序論については、以下の参考文献のいずれかを参照のこと:(1)“Applied Cryptography:Protocols,Algorithms,And Source Code In C”Bruce Schneier著,John Wiley & Sonsによる出版(第2版,1995);(2)“Java Cryptography”Jonathan Knudson著,O’Reilly & Associatesによる出版(1998);(3)“Cryptography & Network Security:Principles & Practice”William Stallings著,Prentice Hallによる出版;これらのすべてが本明細書によって参考として援用される。
card)、スマートカード、磁気ストライプカード、バーコードカード、トランスポンダ、高周波(radio frequency)カードまたは関連アカウント上に位置づけられ得るか、またはそれらに結び付けられ得る。本システムは、前述のカードもしくはデバイスまたはトランスポンダを有するフォッブおよびそのフォッブとのRF通信におけるRFIDリーダのいずれかを備え得るか、それらのいずれかとインターフェースで連結し得る。本システムは、フォッブ実施形態を備え得るが、本発明は、そうであると限定されない。実際、システムは、RF通信を介してRFIDリーダと通信するように設定されているトランスポンダを有する任意のデバイスを備え得る。代表的なデバイスとしては、例えば、問い合わせ(interrogation)に対して表示することが可能な、キーリング、タグ、カード、携帯電話、腕時計または任意のそのような形態のものが挙げられ得る。さらに、本明細書中に記述されるシステム、演算器またはデバイスは、「普及型(pervasive)コンピューティングデバイス」を備え得、それは、演算器が取り付けられた、これまでコンピュータ化されていないデバイスを備え得る。アカウント番号は、それ自体から第2のデバイスへのデータの送信またはダウンロードが可能な、プラスチックデバイス、電子的デバイス、磁気的デバイス、無線周波数デバイス、無線デバイス、オーディオデバイスおよび/または光学的デバイスのいずれかの形態で分配され得、保存され得る。
U.S.C.)112条第6パラグラフの規定に従って解釈されるべきでない。本明細書中で使用されるとき、用語「含む(comprises)」、「含む(comprising)」またはそれらの他の任意の変化形は、非排他的な包含を意図し、エレメントのリストを含むプロセス、方法、物品または装置が、それらのエレメントのみを包含するわけではないが、明示的に列挙されていない他のエレメントまたはそのようなプロセス、方法、物品もしくは装置に固有でない他のエレメントを包含し得る。さらに、本明細書中に記載されるエレメントは、「必須の」または「非常に重大な」と明示的に記載されない限り、本発明の実施に必要ではない。
Claims (29)
- 疾患状態に対する医学的介入を決定するための方法であって:
罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う工程;
どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する工程;および
発現の変化を示した該遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質のうちの少なくとも1つと相互作用するために使用される、単一疾患に限定されない薬物療法を同定する工程を包含する、方法。 - 発現の変化を示した上記遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質のうちの少なくとも1つと相互作用するために使用される薬物療法を同定する上記工程が、大規模な文献データベースの自動化された精査および臨床試験から得られるデータのうちの少なくとも1つから薬物療法を同定する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを行う工程を含む、請求項1に記載の方法。
- マイクロアレイ解析を行う上記工程が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)およびプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを使用して解析を行う工程を含む、請求項3に記載の方法。
- IHC解析を行う上記工程が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を行う工程を含む、請求項3に記載の方法。
- マイクロアレイ解析を行う上記工程が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を行う工程を含む、請求項3に記載の方法。
- 罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、腫瘍に対して免疫組織化学的解析を行う工程を含み、そして、どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する上記工程が、30%以上の該腫瘍細胞が、特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定する工程を含む、請求項3に記載の方法。
- 罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う上記工程が、腫瘍に対してマイクロアレイ解析を行う工程を含み、そして、どの遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質が参照と比べて発現の変化を示しているかを判定する上記工程が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定する工程を含む、請求項3に記載の方法。
- 上記遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質についての発現の変化を同定する患者プロファイルレポートを、発現の変化を示す該遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質の各々との相互作用に対して薬物療法となり得るものとともに提供する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 分子標的と相互作用することができる薬物療法を同定する方法であって、
正常な参照と比べたときに発現の変化を示す分子標的を複数の罹患個体において同定する工程;
該分子標的の発現の変化を示す該罹患個体に薬物療法を施す工程;および
該薬物療法後の該罹患個体の該分子標的の任意の変化を測定する工程
を含む、方法。 - 正常な参照と比べたときに発現の変化を示す分子標的を複数の罹患個体において同定する上記工程が、該罹患個体の生物学的サンプル由来の遺伝子についての試験および遺伝子発現タンパク質についての試験のうちの少なくとも1つを行う工程を含み、ここで、該試験は、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを含む、請求項10に記載の方法。
- 疾患状態について個体に合わせた医学的介入を決定するためのシステムであって、
ホストサーバと;
該ホストサーバにアクセスして、データにアクセスし、そしてデータを入力するためのユーザインターフェースと;
該入力されたデータを処理するためのプロセッサと;
該処理されたデータ、ならびに
i)患者の生物学的検体から得られた分子プロファイルにアクセスするための命令;
ii)遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が、正常な参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令;および
iii)薬物療法データベースにアクセスして、発現の変化を示した該少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見と相互作用する1つ以上の薬物療法を同定するための命令
を保存するための該プロセッサに連結されたメモリと;
発現の変化を示す該少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見ならびにそれらと相互作用する該薬物療法を表示するための表示手段と
を備える、システム。 - 上記分子プロファイルが、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを含む、請求項12に記載のシステム。
- 上記マイクロアレイ解析が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)およびプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを含む、請求項13に記載のシステム。
- 上記IHC解析が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を含む、請求項13に記載のシステム。
- 上記マイクロアレイ解析が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を含む、請求項13に記載のシステム。
- 上記分子プロファイルが、腫瘍に対する免疫組織化学的解析を含み、そして、遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令が、30%以上の該腫瘍細胞が特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定するための命令を含む、請求項13に記載のシステム。
- 上記分子プロファイルが、腫瘍に対するマイクロアレイ解析を含み、そして、遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび該分子プロファイルから得られる他の分子知見のうちの少なくとも1つ以上が正常な参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定するための命令が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定するための命令を含む、請求項13に記載のシステム。
- 上記表示手段が、印刷された患者プロファイルレポートを含む、請求項12に記載のシステム。
- 薬物療法データベースにアクセスして、発現の変化を示した上記少なくとも1つの遺伝子、遺伝子発現タンパク質、分子メカニズムおよび他の分子知見と相互作用する1つ以上の薬物療法を同定するための上記命令が、遺伝子および/または遺伝子発現タンパク質と薬物療法相互作用とを相関させる文献を含む大規模な文献データベースの自動化された精査を実施するための命令を含む、請求項12に記載の方法。
- 疾患状態に対する医学的介入を決定するための方法であって、
罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う工程;
該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する工程;および
発現の変化を示す該少なくとも1つの標的と相互作用する少なくとも1つの疾患特異的でない薬剤を同定する工程
を含む、方法。 - 上記少なくとも1つの標的と相互作用する少なくとも1つの疾患特異的でない薬剤を同定する上記工程が、大規模な文献データベースの自動化された精査および臨床試験から得られるデータのうちの少なくとも1つから薬物療法を同定する工程を含む、請求項21に記載の方法。
- 少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、免疫組織化学的(IHC)解析およびマイクロアレイ解析のうちの少なくとも1つを行う工程を含む、請求項21に記載の方法。
- マイクロアレイ解析を行う上記工程が、発現マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)マイクロアレイ、単一ヌクレオチド多型(SNP)マイクロアレイ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)およびインサイチュハイブリダイゼーション(ISH)ならびにプロテオミクスアレイのうちの少なくとも1つを使用して解析を行う工程を含む、請求項23に記載の方法。
- IHC解析の少なくとも1つを行う上記工程が、Her2/Neu、ER、PR、c-kit、EGFR、MLH1、MSH2、CD20、p53、サイクリンD1、bcl2、COX-2、アンドロゲン受容体、CD52、PDGFR、AR、CD25およびVEGFのうちの少なくとも1つを含む遺伝子発現タンパク質についてのIHC解析を行う工程を含む、請求項23に記載の方法。
- マイクロアレイ解析の少なくとも1つを行う上記工程が、BCL2、HIF1A、AR、ESR1、PDGFRA、KIT、PDGFRB、CDW52、ZAP70、PGR、SPARC、GART、GSTP1、NFKBIA、MSH2、TXNRD1、HDAC1、PDGFC、PTEN、CD33、TYMS、RXRB、ADA、TNF、ERCC3、RAF1、VEGF、TOP1、TOP2A、BRCA2、TK1、FOLR2、TOP2B、MLH1、IL2RA、DNMT1、HSPCA、ERBR2、ERBB2、SSTR1、VHL、VDR、PTGS2、POLA、CES2、EGFR、OGFR、ASNS、NFKB2、RARA、MS4A1、DCK、DNMT3A、EREG、エピレギュリン、FOLR1、GNRH1、GNRHR1、FSHB、FSHR、FSHPRH1、葉酸受容体、HGF、HIG1、IL13RA1、LTB、ODC1、PPARG、PPARGC1、VHL、リンフォトキシンβレセプター、Myc、TOP2BトポイソメラーゼII、TOPO2B、TXN、VEGFC、ACE2、ADH1C、ADH4、AGT、AREG、CA2、CDK2、カベオリンおよびNFKB1のうちの少なくとも1つを含む遺伝子についてのマイクロアレイ解析を行う工程を含む、請求項23に記載の方法。
- 罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、腫瘍に対する免疫組織化学的解析を行う工程を含み、そして、該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する上記工程が、30%以上の該腫瘍細胞が特定の遺伝子発現タンパク質について+2以上染色したか否かを判定するための工程を含む、請求項23に記載の方法。
- 罹患個体の生物学的サンプル由来の少なくとも1つの標的について少なくとも1つの分子試験を行う上記工程が、腫瘍に対するマイクロアレイ解析を行う工程を含み、そして、該少なくとも1つの標的が、参照と比べて発現の変化を示すか否かを判定する上記工程が、参照起源の正常な組織と比べて特定の遺伝子について何倍の発現の変化が、p<0.001で有意であるのかを決定することによって、どの遺伝子がアップレギュレートされているかまたはダウンレギュレートされているかを同定する工程を含む、請求項23に記載の方法。
- 様々な標的に対する患者の試験結果およびそれらの結果に基づいて提案される任意の治療法を含む患者プロファイルレポートを提供する工程をさらに含む、請求項21に記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023118742A JP2023139147A (ja) | 2006-05-18 | 2023-07-21 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US74764506P | 2006-05-18 | 2006-05-18 | |
US60/747,645 | 2006-05-18 | ||
JP2019142983A JP2020005641A (ja) | 2006-05-18 | 2019-08-02 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019142983A Division JP2020005641A (ja) | 2006-05-18 | 2019-08-02 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023118742A Division JP2023139147A (ja) | 2006-05-18 | 2023-07-21 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022050488A true JP2022050488A (ja) | 2022-03-30 |
Family
ID=38724046
Family Applications (7)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009511252A Pending JP2009537154A (ja) | 2006-05-18 | 2007-05-18 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2013029661A Withdrawn JP2013127477A (ja) | 2006-05-18 | 2013-02-19 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2015153083A Active JP6129251B2 (ja) | 2006-05-18 | 2015-08-03 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2017078333A Active JP6568551B2 (ja) | 2006-05-18 | 2017-04-11 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2019142983A Pending JP2020005641A (ja) | 2006-05-18 | 2019-08-02 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2021212100A Pending JP2022050488A (ja) | 2006-05-18 | 2021-12-27 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2023118742A Pending JP2023139147A (ja) | 2006-05-18 | 2023-07-21 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Family Applications Before (5)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009511252A Pending JP2009537154A (ja) | 2006-05-18 | 2007-05-18 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2013029661A Withdrawn JP2013127477A (ja) | 2006-05-18 | 2013-02-19 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2015153083A Active JP6129251B2 (ja) | 2006-05-18 | 2015-08-03 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2017078333A Active JP6568551B2 (ja) | 2006-05-18 | 2017-04-11 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
JP2019142983A Pending JP2020005641A (ja) | 2006-05-18 | 2019-08-02 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023118742A Pending JP2023139147A (ja) | 2006-05-18 | 2023-07-21 | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
US (7) | US8700335B2 (ja) |
EP (2) | EP3399450A1 (ja) |
JP (7) | JP2009537154A (ja) |
KR (1) | KR101356305B1 (ja) |
CN (2) | CN101449162B (ja) |
AU (1) | AU2007253740A1 (ja) |
BR (1) | BRPI0711011A2 (ja) |
CA (1) | CA2651995C (ja) |
CO (1) | CO6141496A2 (ja) |
IL (8) | IL301804A (ja) |
MX (1) | MX2008014608A (ja) |
RU (1) | RU2008146868A (ja) |
WO (1) | WO2007137187A2 (ja) |
ZA (1) | ZA200809783B (ja) |
Families Citing this family (69)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
PT1848414E (pt) | 2005-02-03 | 2011-05-25 | Gen Hospital Corp | M?todo para tratamento de cancro resistente a gefitinib |
AR057854A1 (es) | 2005-11-04 | 2007-12-19 | Wyeth Corp | Combinaciones antineoplasicas con inhibidor de mtor, herceptina y/o hki-272 (e)-n-{4-[3-cloro-4-(2-piridinilmetoxi) anilino]-3-ciano-7-etoxi-6-quinolinil}-4-(dimetilamino)-2-butenamida |
CN101449162B (zh) | 2006-05-18 | 2013-07-31 | 分子压型学会股份有限公司 | 确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法 |
US8768629B2 (en) | 2009-02-11 | 2014-07-01 | Caris Mpi, Inc. | Molecular profiling of tumors |
CN101743329A (zh) * | 2007-05-11 | 2010-06-16 | 平移基因组学研究所 | 测定外部刺激对活细胞中生物通路影响的方法 |
US8022216B2 (en) | 2007-10-17 | 2011-09-20 | Wyeth Llc | Maleate salts of (E)-N-{4-[3-chloro-4-(2-pyridinylmethoxy)anilino]-3-cyano-7-ethoxy-6-quinolinyl}-4-(dimethylamino)-2-butenamide and crystalline forms thereof |
ES2453161T3 (es) | 2008-01-25 | 2014-04-04 | Berg Llc | Sistema de ensayo para la evaluación de la oncogenicidad, progresión tumoral y eficacia de un tratamiento |
WO2009138909A1 (en) * | 2008-05-12 | 2009-11-19 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | A medical analysis system |
KR20180128078A (ko) | 2008-06-17 | 2018-11-30 | 와이어쓰 엘엘씨 | Hki-272 및 비노렐빈을 함유하는 항신생물성 조합물 |
KR20140069340A (ko) | 2008-08-04 | 2014-06-09 | 와이어쓰 엘엘씨 | 4-아닐리노-3-사이아노퀴놀린과 카페시타빈의 항신생물성 조합물 |
US8583380B2 (en) | 2008-09-05 | 2013-11-12 | Aueon, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
US20100069298A1 (en) * | 2008-09-16 | 2010-03-18 | Robert Penny | Methods for Detecting Overexpression of SPARC and Therapeutic and Diagnostic Methods Relating to Same |
WO2010045318A2 (en) * | 2008-10-14 | 2010-04-22 | Caris Mpi, Inc. | Gene and gene expressed protein targets depicting biomarker patterns and signature sets by tumor type |
FR2937801B1 (fr) * | 2008-10-23 | 2010-12-03 | Souriau | Ensemble de connexion a verrouillage rapide et procede d'accouplement et de desaccouplement de l'ensemble |
EP3181705A1 (en) * | 2008-11-12 | 2017-06-21 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings GmbH | Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes |
EP3301446B1 (en) | 2009-02-11 | 2020-04-15 | Caris MPI, Inc. | Molecular profiling of tumors |
CN102369010A (zh) | 2009-04-06 | 2012-03-07 | 惠氏有限责任公司 | 用于乳腺癌的利用奈拉替尼的治疗方案 |
WO2010118782A1 (en) * | 2009-04-17 | 2010-10-21 | Universite Libre De Bruxelles | Methods and tools for predicting the efficiency of anthracyclines in cancer |
CN102034016B (zh) * | 2009-09-30 | 2016-08-31 | 帕斯维基因组学公司 | 基于基因组的药物管理系统 |
US8338456B2 (en) | 2010-01-13 | 2012-12-25 | Wyeth Llc | Cut-point in PTEN protein expression that accurately identifies tumors and is predictive of drug response to a pan-ErbB inhibitor |
JP5808349B2 (ja) | 2010-03-01 | 2015-11-10 | カリス ライフ サイエンシズ スウィッツァーランド ホールディングスゲーエムベーハー | セラノーシスのためのバイオマーカー |
FI20105252A0 (fi) | 2010-03-12 | 2010-03-12 | Medisapiens Oy | Menetelmä, järjestely ja tietokoneohjelmatuote biologisen tai lääketieteellisen näytteen analysoimiseen |
US9469876B2 (en) | 2010-04-06 | 2016-10-18 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings Gmbh | Circulating biomarkers for metastatic prostate cancer |
CN101984070B (zh) * | 2010-09-21 | 2013-04-24 | 广州益善生物技术有限公司 | 一种c-KIT基因突变检测液相芯片 |
IN2013MN00522A (ja) | 2010-09-24 | 2015-05-29 | Univ Leland Stanford Junior | |
JP6367557B2 (ja) * | 2011-01-07 | 2018-08-01 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 臨床データ解析モジュールへの統合的なアクセスおよび臨床データ解析モジュールとの相互作用 |
US20130339060A1 (en) * | 2011-02-17 | 2013-12-19 | University Hospitals Of Cleveland | Method and system for extraction and analysis of inpatient and outpatient encounters from one or more healthcare related information systems |
EP2681709A4 (en) * | 2011-03-04 | 2015-05-06 | Kew Group Llc | PERSONALIZED MEDICAL MANAGEMENT SYSTEM, NETWORKS AND ASSOCIATED METHODS |
WO2014019181A1 (zh) * | 2012-08-01 | 2014-02-06 | 华为技术有限公司 | 一种控制信道传输方法及装置 |
CA2883901C (en) | 2012-09-04 | 2023-04-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US20160040229A1 (en) | 2013-08-16 | 2016-02-11 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10876152B2 (en) | 2012-09-04 | 2020-12-29 | Guardant Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US11913065B2 (en) | 2012-09-04 | 2024-02-27 | Guardent Health, Inc. | Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation |
US10942184B2 (en) | 2012-10-23 | 2021-03-09 | Caris Science, Inc. | Aptamers and uses thereof |
CN103784465B (zh) * | 2012-11-02 | 2015-11-11 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 | 乙醛脱氢酶2作为蒽环类化疗药物处理肿瘤细胞时药物靶标的应用 |
KR101449418B1 (ko) * | 2012-12-27 | 2014-10-14 | 한국식품연구원 | 비만에 대한 영양 유전체 정보를 제공하는 방법 및 이를 이용한 장치 |
KR20150113113A (ko) * | 2013-01-29 | 2015-10-07 | 몰레큘러 헬스 게엠베하 | 임상적 판단 지원을 위한 시스템 및 방법 |
CN104630055A (zh) * | 2013-11-08 | 2015-05-20 | 西安科技大学 | 原位杂交系统的主控板 |
EP3524694B1 (en) | 2013-12-28 | 2020-07-15 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for detecting genetic variants |
KR102456088B1 (ko) | 2014-04-04 | 2022-10-19 | 델 마 파마슈티컬스 | 폐의 비소세포 암종 및 난소암을 치료하기 위한 디안하이드로갈락티톨 및 이의 유사체 또는 유도체 |
CN105512508B (zh) * | 2014-09-22 | 2018-05-15 | 深圳华大基因研究院 | 自动生成基因检测报告的方法及装置 |
US9983026B2 (en) * | 2014-09-25 | 2018-05-29 | Texas Instruments Incorporated | Multi-level rotational resolvers using inductive sensors |
AU2016215049B2 (en) | 2015-02-06 | 2021-12-02 | Cell Idx, Inc. | Antigen-coupled immunoreagents |
AU2016287499B2 (en) | 2015-06-29 | 2022-08-04 | Caris Science, Inc. | Therapeutic oligonucleotides |
US10941176B2 (en) | 2015-07-28 | 2021-03-09 | Caris Science, Inc. | Therapeutic oligonucleotides |
EP3347720A1 (en) * | 2015-09-09 | 2018-07-18 | Somalogic, Inc. | Methods for developing personalized drug treatment plans and targeted drug development based on proteomic profiles |
WO2017106768A1 (en) | 2015-12-17 | 2017-06-22 | Guardant Health, Inc. | Methods to determine tumor gene copy number by analysis of cell-free dna |
WO2017125778A1 (en) * | 2016-01-18 | 2017-07-27 | Julian Gough | Determining phenotype from genotype |
WO2017139592A1 (en) | 2016-02-12 | 2017-08-17 | Genosecurity, LLC | Security enhanced portable data store and processor for allowing secure and selective access to genomic data |
EP4339288A3 (en) | 2016-03-18 | 2024-06-05 | Caris Science, Inc. | Oligonucleotide probes and uses thereof |
AU2017271579B2 (en) | 2016-05-25 | 2023-10-19 | Caris Science, Inc. | Oligonucleotide probes and uses thereof |
US9850523B1 (en) | 2016-09-30 | 2017-12-26 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
CA3126055A1 (en) | 2016-09-30 | 2018-04-05 | Guardant Health, Inc. | Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids |
CN106650256B (zh) * | 2016-12-20 | 2020-01-03 | 安徽安龙基因科技有限公司 | 一种分子诊疗精准医学平台 |
AU2018355582A1 (en) * | 2017-10-27 | 2020-05-21 | Frontier Diagnostics, Llc | Mass spectrometry methods for carcinoma assessments |
US11227692B2 (en) * | 2017-12-28 | 2022-01-18 | International Business Machines Corporation | Neuron model simulation |
JP6920251B2 (ja) | 2018-06-29 | 2021-08-18 | シスメックス株式会社 | 解析方法、情報処理装置、プログラム |
EP3856903A4 (en) | 2018-09-27 | 2022-07-27 | Grail, LLC | METHYLATION MARKER AND TARGETED METHYLATION PROBE PANEL |
US10978196B2 (en) | 2018-10-17 | 2021-04-13 | Tempus Labs, Inc. | Data-based mental disorder research and treatment systems and methods |
CN109584958A (zh) * | 2018-11-29 | 2019-04-05 | 江苏医联生物科技有限公司 | 一种基于云计算基因序列数据质控管理方法 |
CA3121170A1 (en) | 2018-11-30 | 2020-06-04 | Caris Mpi, Inc. | Next-generation molecular profiling |
KR102217060B1 (ko) * | 2019-01-30 | 2021-02-18 | (주)메디젠휴먼케어 | 개인별 단일염기 다형성 분석 및 관리 장치 |
EP3918089A1 (en) | 2019-01-31 | 2021-12-08 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for isolating cell-free dna |
WO2021026097A1 (en) * | 2019-08-02 | 2021-02-11 | Tempus Labs | Data-based mental disorder research and treatment systems and methods |
WO2021112918A1 (en) | 2019-12-02 | 2021-06-10 | Caris Mpi, Inc. | Pan-cancer platinum response predictor |
US11211144B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay |
US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
US11211147B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing |
WO2024086238A1 (en) * | 2022-10-19 | 2024-04-25 | Net/Bio, Inc. | Methods and systems for assessing dose-dependent response of a subject to an intervention |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002505431A (ja) * | 1998-02-25 | 2002-02-19 | アメリカ合衆国 | 迅速な分子プロファイリングのための細胞アッセイ法 |
JP2002518003A (ja) * | 1998-06-19 | 2002-06-25 | ロゼッタ・インファーマティクス・インコーポレーテッド | 遺伝子発現プロフィールを利用した疾患状態および治療のモニター方法 |
US20020150966A1 (en) * | 2001-02-09 | 2002-10-17 | Muraca Patrick J. | Specimen-linked database |
WO2005032495A2 (en) * | 2003-10-03 | 2005-04-14 | Bayer Pharmaceuticals Corporation | Gene expression profiles and methods of use |
JP2005532036A (ja) * | 2002-01-09 | 2005-10-27 | 理化学研究所 | 癌プロフィール |
JP2006506979A (ja) * | 2002-09-12 | 2006-03-02 | コンドロジーン・インコーポレイテッド | 変形性関節症のための治療標的の診断および同定に特に有用な配列の同定 |
Family Cites Families (192)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4725550A (en) | 1984-01-19 | 1988-02-16 | Research Foundation Of State University Of New York | Novel mutation of the c-K-ras oncogene activated in a human lung carcinoma |
IL72452A (en) | 1984-07-19 | 1988-04-29 | Channa Shalitin | Method for the preparation of yeast chromatin and separating p20 polypeptide thereof |
US4957859A (en) | 1988-02-16 | 1990-09-18 | Hoffmann-La Roche Inc. | Antibodies for transforming ras protein |
US6013431A (en) | 1990-02-16 | 2000-01-11 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining specific nucleotide variations by primer extension in the presence of mixture of labeled nucleotides and terminators |
US6221620B1 (en) | 1991-04-24 | 2001-04-24 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Monoclonal antibodies specific for human thymidylate synthase |
CA2134552A1 (en) | 1992-04-27 | 1993-11-11 | George D. Sorenson | Detection of gene sequences in biological fluids |
US6498144B1 (en) | 1993-10-18 | 2002-12-24 | North Shore - Long Island Jewish Research Institute | Use of scatter factor to enhance angiogenesis |
US5610281A (en) | 1994-05-03 | 1997-03-11 | Brigham & Women's Hospital, Inc. | Antibodies for modulating heterotypic E-cadherin interactions with human T lymphocytes |
US5693473A (en) | 1994-08-12 | 1997-12-02 | Myriad Genetics, Inc. | Linked breast and ovarian cancer susceptibility gene |
MX9701075A (es) | 1994-08-12 | 1998-03-31 | Myriad Genetics Inc | Mutaciones en vivo y polimorfismos en el gen de susceptibilidad al cancer de pecho y ovario enlazado con 17q. |
US5710001A (en) | 1994-08-12 | 1998-01-20 | Myriad Genetics, Inc. | 17q-linked breast and ovarian cancer susceptibility gene |
WO1996005308A1 (en) | 1994-08-12 | 1996-02-22 | Myriad Genetics, Inc. | Method for diagnosing a predisposition for breast and ovarian cancer |
US5747282A (en) | 1994-08-12 | 1998-05-05 | Myraid Genetics, Inc. | 17Q-linked breast and ovarian cancer susceptibility gene |
US5753441A (en) | 1994-08-12 | 1998-05-19 | Myriad Genetics, Inc. | 170-linked breast and ovarian cancer susceptibility gene |
GB9422814D0 (en) | 1994-11-11 | 1995-01-04 | Medinnova Sf | Chemical method |
US6143737A (en) | 1995-06-23 | 2000-11-07 | Georgetown University | Progesterone analogs to reverse multidrug resistance |
NO954667D0 (no) | 1995-11-17 | 1995-11-17 | Dagfinn Oegreid | Fremgangsmåte til deteksjon av Ki-ras mutasjoner |
US5998151A (en) | 1995-12-01 | 1999-12-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Methods for predicting the efficacy of a chemotherapeutic regimen for gastrointestinal cancers using antibodies specific for thymidylate synthase |
EP0785216B2 (en) | 1995-12-18 | 2006-06-07 | The University of Utah Research Foundation | Chomosome 13-linked breast cancer susceptibility gene BRCA2 |
US5837492A (en) | 1995-12-18 | 1998-11-17 | Myriad Genetics, Inc. | Chromosome 13-linked breast cancer susceptibility gene |
US5942385A (en) | 1996-03-21 | 1999-08-24 | Sugen, Inc. | Method for molecular diagnosis of tumor angiogenesis and metastasis |
US5895748A (en) | 1996-11-27 | 1999-04-20 | Johnson; Keith R. | Panel of antibodies for detecting cadherins and catenins in tissues and method of using the panel of antibodies |
US6482795B1 (en) | 1997-01-30 | 2002-11-19 | Myriad Genetics, Inc. | Tumor suppressor designated TS10q23.3 |
US6262242B1 (en) | 1997-01-30 | 2001-07-17 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Tumor suppressor designated TS10Q23.3 |
US6416987B1 (en) | 1997-02-04 | 2002-07-09 | Sloan Kettering Institute For Cancer Research | Mutants of thymidylate synthase and uses thereof |
US6150514A (en) | 1997-04-09 | 2000-11-21 | University Of Utah Research Foundation | 14 Kilobase deletion in the promoter region of BRCA1 in a breast cancer family |
GB9715034D0 (en) | 1997-07-18 | 1997-09-24 | Zeneca Ltd | Assay |
JP5213202B2 (ja) * | 1998-10-28 | 2013-06-19 | バイシス・インコーポレーテツド | 細胞アレイならびに遺伝障害マーカーの検出および使用方法 |
CN1231761C (zh) | 1998-12-23 | 2005-12-14 | 梅德塞克股份有限公司 | 一种检测装置及鉴定分子的方法 |
US6613510B2 (en) | 1999-04-28 | 2003-09-02 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and probe sets for determining prostate cancer prognosis |
DE19922052A1 (de) | 1999-05-14 | 2000-11-16 | Theragen Molekularmedizinische | Verfahren zum Nachweis der Wirkung von unterschiedlichen Chemotherapeutika und/oder einer Strahlentherapie bei malignen Erkrankungen sowie Verfahren zur Auswahl wirkungsvoller therapeutischer Mittel zu deren Therapie |
KR100543857B1 (ko) | 1999-09-01 | 2006-01-23 | 제넨테크, 인크. | 혈관신생 및 심혈관형성의 촉진 또는 억제 |
US6586177B1 (en) | 1999-09-08 | 2003-07-01 | Exact Sciences Corporation | Methods for disease detection |
US7135303B2 (en) | 2000-02-28 | 2006-11-14 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Regulators of type-1 tumor necrosis factor receptor and other cytokine receptor shedding |
EP1283906A4 (en) | 2000-03-31 | 2005-04-27 | Univ Southern California | EPIGENETIC SEQUENCES FOR DININGENEROKARZINOME |
US6812023B1 (en) | 2000-04-27 | 2004-11-02 | Anosys, Inc. | Methods of producing membrane vesicles |
EP1158055A1 (fr) | 2000-05-26 | 2001-11-28 | Xu Qi University of Teaxs Laboratoire de Leucémie Chen | Méthode pour le diagnostic de cancers |
WO2001092338A1 (en) | 2000-06-01 | 2001-12-06 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Diagnosis of endometrial precancers |
WO2002008262A2 (en) | 2000-07-26 | 2002-01-31 | Stanford University | Bstp-5 proteins and related reagents and methods of use thereof |
CA2420176A1 (en) * | 2000-08-24 | 2002-02-28 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
WO2002016602A2 (en) * | 2000-08-24 | 2002-02-28 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
EP1311674A2 (en) * | 2000-08-24 | 2003-05-21 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
DE10043591A1 (de) | 2000-09-01 | 2002-03-14 | Max Delbrueck Centrum | Verfahren zur Erfassung von Resistenz-Profilen von Geweben und Zellinien |
US7711580B1 (en) * | 2000-10-31 | 2010-05-04 | Emergingmed.Com | System and method for matching patients with clinical trials |
US20020095260A1 (en) | 2000-11-28 | 2002-07-18 | Surromed, Inc. | Methods for efficiently mining broad data sets for biological markers |
US20020142328A1 (en) | 2000-12-01 | 2002-10-03 | Danenberg Kathleen D. | Method of determining a chemotherapeutic regimen by assaying gene expression in primary tumors |
US7049059B2 (en) | 2000-12-01 | 2006-05-23 | Response Genetics, Inc. | Method of determining a chemotherapeutic regimen based on ERCC1 and TS expression |
WO2002061134A2 (en) | 2000-12-21 | 2002-08-08 | Board Of Trustees Of The University Of Illinois | Reagents and methods for identifying and modulating expression of tumor senescence genes |
CA2377213A1 (en) | 2001-03-20 | 2002-09-20 | Ortho-Clinical Diagnostics, Inc. | Method for providing clinical diagnostic services |
ATE455187T1 (de) | 2001-07-05 | 2010-01-15 | Taiho Pharmaceutical Co Ltd | Dna-arrays zur messung der empfindlichkeit gegenüber einem antikrebsmittel |
US20030013120A1 (en) | 2001-07-12 | 2003-01-16 | Patz Edward F. | System and method for differential protein expression and a diagnostic biomarker discovery system and method using same |
CN1408883A (zh) * | 2001-09-30 | 2003-04-09 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种基于基因芯片进行抗肿瘤药物筛选的方法 |
US7504222B2 (en) | 2001-10-31 | 2009-03-17 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of breast cancer |
JP4643909B2 (ja) | 2001-12-21 | 2011-03-02 | ザ ウェルカム トラスト リミテッド | 遺伝子 |
WO2003061564A2 (en) * | 2001-12-21 | 2003-07-31 | Gene Logic, Inc. | Gene expression profiles in liver disease |
JP3481231B2 (ja) | 2002-03-05 | 2003-12-22 | 三洋電機株式会社 | 有機エレクトロルミネッセンス表示装置およびその製造方法 |
ES2616800T3 (es) | 2002-03-13 | 2017-06-14 | Genomic Health, Inc. | Obtención de perfil de expresión génica en tejidos tumorales biopsiados |
AU2003253629A1 (en) | 2002-06-07 | 2003-12-22 | Myriad Genetics, Inc | Large deletions in human brca1 gene and use thereof |
DK1388734T3 (da) | 2002-08-01 | 2004-05-03 | Mtm Lab Ag | Metode til opløsningsbaseret diagnose |
AT500648B1 (de) | 2002-08-12 | 2010-03-15 | Igeneon Krebs Immuntherapie | Set zur behandlung von krebspatienten |
US20060008807A1 (en) | 2002-08-23 | 2006-01-12 | O'hara Shawn M | Multiparameter analysis of comprehensive nucleic acids and morphological features on the same sample |
WO2004060270A2 (en) * | 2002-10-18 | 2004-07-22 | Genentech, Inc. | Compositions and methods for the diagnosis and treatment of tumor |
CN102304570B (zh) | 2002-11-13 | 2015-01-21 | 托马斯杰斐逊大学 | 用于癌症诊断和治疗的组合物和方法 |
US7643943B2 (en) | 2003-02-11 | 2010-01-05 | Wyeth Llc | Methods for monitoring drug activities in vivo |
JP4568716B2 (ja) | 2003-02-20 | 2010-10-27 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を測定するためのイントロンrnaの使用 |
WO2004091657A2 (en) | 2003-04-09 | 2004-10-28 | Genentech, Inc. | Therapy of autoimmune disease in a patient with an inadequate response to a tnf-alpha inhibitor |
US7361460B2 (en) | 2003-04-11 | 2008-04-22 | Digene Corporation | Approach to molecular diagnosis of human papillomavirus-related diseases |
US20050084913A1 (en) | 2003-04-22 | 2005-04-21 | Maxygen, Inc. | Novel tumor-associated antigens |
US8150627B2 (en) | 2003-05-15 | 2012-04-03 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for diagnosing lung cancer with specific DNA methylation patterns |
US20070105105A1 (en) | 2003-05-23 | 2007-05-10 | Mount Sinai School Of Medicine Of New York University | Surrogate cell gene expression signatures for evaluating the physical state of a subject |
EP2226396A1 (en) | 2003-05-30 | 2010-09-08 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for response to EGFR inhibitor drugs |
WO2005005601A2 (en) | 2003-06-09 | 2005-01-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
US7319007B2 (en) | 2003-06-12 | 2008-01-15 | Pomeranian Academy Of Medicine | Determining a predisposition to cancer |
US20050026194A1 (en) | 2003-06-20 | 2005-02-03 | Tularik Inc. | Gene amplification and overexpression in cancer |
JP4680898B2 (ja) | 2003-06-24 | 2011-05-11 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 癌再発の可能性の予測 |
CA2531967C (en) | 2003-07-10 | 2013-07-16 | Genomic Health, Inc. | Expression profile algorithm and test for cancer prognosis |
WO2005021788A1 (en) | 2003-08-28 | 2005-03-10 | Ipsogen | Identification of an erbb2 gene expression signature in breast cancer |
CA2539651A1 (en) | 2003-09-22 | 2005-04-07 | Rosetta Inpharmatics Llc | Synthetic lethal screen using rna interference |
US7981618B2 (en) | 2003-11-05 | 2011-07-19 | Board Of Regents Of The University Of Texas System | Diagnostic and therapeutic methods and compositions involving PTEN and breast cancer |
EP1538219A1 (en) | 2003-12-04 | 2005-06-08 | Erasmus University Medical Center Rotterdam | Method to diagnose or screen for type 1 diabetes mellitus |
AU2004308260A1 (en) | 2003-12-12 | 2005-07-14 | University Of Rochester | Non-androgen dependent roles for androgen receptor and non-androgen related inhibitors of androgen receptor |
US20050221398A1 (en) * | 2004-01-16 | 2005-10-06 | Ipsogen, Sas, A Corporation Of France | Protein expression profiling and breast cancer prognosis |
EP1711632A4 (en) | 2004-01-19 | 2009-03-11 | Technion Res & Dev Foundation | DIAGNOSTIC TEST FOR PARKINSON |
US20050181377A1 (en) * | 2004-02-13 | 2005-08-18 | Markovic Svetomir N. | Targeted cancer therapy |
WO2005092038A2 (en) | 2004-03-22 | 2005-10-06 | The Johns Hopkins University | Methods for the detection of nucleic acid differences |
WO2005094830A1 (en) | 2004-03-30 | 2005-10-13 | Pfizer Products Inc. | Combinations of signal transduction inhibitors |
CN101501211A (zh) | 2004-03-31 | 2009-08-05 | 综合医院公司 | 测定癌症对表皮生长因子受体靶向性治疗反应性的方法 |
JP5813908B2 (ja) | 2004-04-09 | 2015-11-17 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 化学療法剤に対する応答を予測するための遺伝子発現マーカー |
US8135595B2 (en) | 2004-05-14 | 2012-03-13 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | Computer systems and methods for providing health care |
US8420603B2 (en) | 2004-05-14 | 2013-04-16 | Abraxis Bioscience, Llc | SPARC and methods of use thereof |
CA2566519C (en) | 2004-05-14 | 2020-04-21 | Rosetta Genomics Ltd. | Micrornas and uses thereof |
AU2005249492B2 (en) | 2004-05-27 | 2011-09-22 | The Regents Of The University Of Colorado | Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor receptor inhibitors by cancer patients |
US20080268429A1 (en) | 2004-06-02 | 2008-10-30 | Sourcepharm, Inc. | Rna - Containing Microvesicles and Methods Therefor |
BRPI0510645A (pt) | 2004-06-04 | 2007-11-20 | Veridex Llc | diagnóstico ou prognóstico do progresso do cáncer de mama, composição compreendendo conjuntos de iniciador/sonda de ácido nucléico e kit para análise de linfonodo intraoperativo |
WO2006004910A2 (en) | 2004-06-28 | 2006-01-12 | Transtarget Inc. | Improved bispecific antibodies |
EP1794319B1 (en) | 2004-09-30 | 2014-08-13 | Epigenomics AG | Method for providing dna fragments derived from an archived sample |
US7595159B2 (en) | 2004-11-03 | 2009-09-29 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Prediction of Parkinson's disease using gene expression levels of peripheral blood samples |
WO2006054991A1 (en) | 2004-11-17 | 2006-05-26 | Immunivest Corporation | Magnetic enrichment of circulating cells, fragments and debris for enabling hts proteomics and genomics in disease detection |
US7862995B2 (en) | 2004-12-10 | 2011-01-04 | Targeted Molecular Diagnostics | Methods and materials for predicting responsiveness to treatment with dual tyrosine kinase inhibitor |
US7442507B2 (en) | 2005-01-24 | 2008-10-28 | New York University School Of Medicine | Methods for detecting circulating mutant BRAF DNA |
WO2006087233A2 (en) | 2005-02-21 | 2006-08-24 | Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft e.V. | Release of extracellular membrane particles carrying the stem cell marker prominin-1 (cd133) from neural progenitors and other epithelial cells |
CA2599445C (en) | 2005-03-09 | 2022-05-03 | Abbott Laboratories | Diagnostics method for identifying candidate patients for the treatment with trastuzumab |
AU2006234897A1 (en) | 2005-03-16 | 2006-10-19 | Sidney Kimmel Cancer Center | Methods and compositions for predicting death from cancer and prostate cancer survival using gene expression signatures |
US20090061422A1 (en) | 2005-04-19 | 2009-03-05 | Linke Steven P | Diagnostic markers of breast cancer treatment and progression and methods of use thereof |
US20060275844A1 (en) | 2005-04-19 | 2006-12-07 | Linke Steven P | Diagnostic markers of breast cancer treatment and progression and methods of use thereof |
EP1722230A3 (en) | 2005-04-27 | 2009-05-27 | MPB MelTec Patent- und Beteiligungsgesellschaft mbH | Method for detection of a disease-specific combinatorial molecular pattern motif in a tissue sample of a patient's skin |
WO2006121991A2 (en) | 2005-05-06 | 2006-11-16 | Diadexus, Inc. | Compositions and methods for detection, prognosis and treatment of breast cancer |
US20070020657A1 (en) | 2005-05-20 | 2007-01-25 | Grebe Stefan K | Methods for detecting circulating tumor cells |
WO2006135886A2 (en) | 2005-06-13 | 2006-12-21 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
DK1913157T4 (en) | 2005-06-28 | 2017-01-23 | Genentech Inc | EGFR and KRAS mutations for predicting patient response to EGFR inhibitor therapy. |
US20070134687A1 (en) | 2005-09-12 | 2007-06-14 | Aurelium Biopharma Inc. | Focused microarray and methods of diagnosing cancer |
CA2623445A1 (en) | 2005-09-21 | 2007-03-29 | Ccc Diagnostics, Llc | Comprehensive diagnostic testing procedures for personalized anticancer chemotherapy (pac) |
WO2007038792A2 (en) | 2005-09-28 | 2007-04-05 | H. Lee Moffitt Cancer Center | Individualized cancer treatments |
US20090226902A1 (en) | 2005-10-12 | 2009-09-10 | Hemmo Arjan Drexhage | Method to Diagnose or Screen for Inflammatory Diseases |
ES2324435B1 (es) | 2005-10-27 | 2010-05-31 | Fundacion Para El Estudio De La Hematologia Y Hemoterapia De Aragon (Fehha) | Procedimiento y dispositivo de analisis in vitro de mrna de genes implicados en neoplasias hematologicas. |
US7723112B2 (en) | 2005-10-31 | 2010-05-25 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
WO2007067813A2 (en) | 2005-12-09 | 2007-06-14 | Fox Chase Cancer Center | Methods and compositions for assessing alterations in gene expression patterns in clinically normal tissues obtained from heterozygous carriers of mutant genes associated with cancer and methods of use thereof |
JP2007175021A (ja) | 2005-12-28 | 2007-07-12 | Sysmex Corp | 大腸がんのリンパ節転移マーカー |
NZ569788A (en) | 2006-01-11 | 2011-08-26 | Genomic Health Inc | RNA transcript of BGN as a gene expression markers for colorectal cancer prognosis |
US7593913B2 (en) | 2006-01-11 | 2009-09-22 | Siemens Medical Solutions Usa, Inc. | Systems and method for integrative medical decision support |
CA2637446A1 (en) | 2006-01-27 | 2007-08-09 | Tripath Imaging, Inc. | Methods for identifying patients with an increased likelihood of having ovarian cancer and compositions therefor |
JP4896994B2 (ja) | 2006-02-09 | 2012-03-14 | ユニバーシティー オブ サウス フロリダ | Bcl−2レベルの上昇による癌の検出 |
NZ545243A (en) | 2006-02-10 | 2009-07-31 | Pacific Edge Biotechnology Ltd | Urine gene expression ratios for detection of cancer |
ES2300176B1 (es) | 2006-02-15 | 2009-05-01 | Consejo Superior Investig. Cientificas | Metodo para el diagnostico molecular de cancer de prostata, kit para implementar el metodo. |
ES2354181T3 (es) | 2006-02-16 | 2011-03-10 | Ventana Medical Systems, Inc. | Reactivos y métodos para el pronóstico y estadificación patológica del cáncer. |
EP2605018A1 (en) | 2006-03-09 | 2013-06-19 | The Trustees of the Boston University | Diagnostic and prognostic methods for lung disorders using gene expression profiles from nose epithelial cells |
WO2007109571A2 (en) | 2006-03-17 | 2007-09-27 | Prometheus Laboratories, Inc. | Methods of predicting and monitoring tyrosine kinase inhibitor therapy |
MX2008012392A (es) | 2006-03-27 | 2008-12-17 | Globeimmune Inc | Mutacion de ras, y composiciones y metodos relacionados con la misma. |
US7890267B2 (en) | 2006-03-31 | 2011-02-15 | Ordway Research Institute | Prognostic and diagnostic method for cancer therapy |
US20090098538A1 (en) | 2006-03-31 | 2009-04-16 | Glinsky Gennadi V | Prognostic and diagnostic method for disease therapy |
US7901885B2 (en) | 2006-05-09 | 2011-03-08 | Dsm Ip Assets B.V. | Genes and markers in type 2 diabetes and obesity |
US8768629B2 (en) | 2009-02-11 | 2014-07-01 | Caris Mpi, Inc. | Molecular profiling of tumors |
CN101449162B (zh) | 2006-05-18 | 2013-07-31 | 分子压型学会股份有限公司 | 确定针对病状的个性化医疗介入的系统和方法 |
CN101495142A (zh) | 2006-06-05 | 2009-07-29 | 健泰科生物技术公司 | 延长EGF或TGF-α水平升高的癌症患者的存活 |
US8288369B2 (en) | 2006-06-27 | 2012-10-16 | University Of South Florida | Delta-tocotrienol treatment and prevention of pancreatic cancer |
US20080014598A1 (en) | 2006-07-13 | 2008-01-17 | Cell Signaling Technology, Inc. | Phospho-specific antibodies to pi3k regulatory subunit and uses thereof |
WO2008009002A2 (en) | 2006-07-13 | 2008-01-17 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in signaling pathways |
EP2450710B1 (en) | 2006-07-14 | 2020-09-02 | The Regents of The University of California | Cancer biomarkers and methods of use thereof |
CA2660857A1 (en) | 2006-08-17 | 2008-02-21 | Ordway Research Institute, Inc. | Prognostic and diagnostic method for disease therapy |
EP1892303A1 (en) | 2006-08-22 | 2008-02-27 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Methods for identifying therapeutical targets in tumors and for determining and targeting angiogenesis and hemostasis related to adenocarcinomas of the lung |
US20080118576A1 (en) | 2006-08-28 | 2008-05-22 | Dan Theodorescu | Prediction of an agent's or agents' activity across different cells and tissue types |
US20090280493A1 (en) | 2006-09-08 | 2009-11-12 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Methods and Compositions for the Prediction of Response to Trastuzumab Containing Chemotherapy Regimen in Malignant Neoplasia |
AU2007340265B2 (en) | 2006-09-19 | 2012-07-26 | Novartis Ag | Biomarkers of target modulation, efficacy, diagnosis and/or prognosis for Raf inhibitors |
US7521189B2 (en) | 2006-10-12 | 2009-04-21 | Fair Isaac Corporation | Devices for generating detectable polymers |
WO2008057305A2 (en) | 2006-10-27 | 2008-05-15 | George Mason Intellectual Properties, Inc. | Assay for metastatic colorectal cancer |
CA2668831A1 (en) | 2006-11-06 | 2008-06-12 | Source Precision Medicine, Inc. | Gene expression profiling for identification, monitoring and treatment of melanoma |
WO2008063413A2 (en) | 2006-11-13 | 2008-05-29 | Source Precision Medicine, Inc. | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of lung cancer |
US20100196889A1 (en) | 2006-11-13 | 2010-08-05 | Bankaitis-Davis Danute M | Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Colorectal Cancer |
AU2007334343A1 (en) | 2006-12-15 | 2008-06-26 | Ordway Research Institute, Inc. | Treatments of therapy-resistant diseases comprising drug combinations |
EP2094719A4 (en) | 2006-12-19 | 2010-01-06 | Genego Inc | NEW PROCEDURES FOR THE FUNCTIONAL ANALYSIS OF EXPERIMENTAL HIGH-PERFORMANCE DATA AND IDENTIFIED GENDER GROUPS THEREOF |
WO2008086043A2 (en) | 2007-01-10 | 2008-07-17 | Wyeth | Methods and compositions for assessment and treatment of asthma |
JP2010516786A (ja) | 2007-01-26 | 2010-05-20 | ユニバーシティー オブ ルイヴィル リサーチ ファウンデーション,インコーポレーテッド | ワクチンとしての使用のためのエキソソーム成分の改変 |
WO2008092164A2 (en) | 2007-01-26 | 2008-07-31 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Methods of detecting autoantibodies for diagnosing and characterizing disorders |
EP2118663B1 (en) | 2007-02-15 | 2014-04-02 | Universita' Degli Studi di Torino | Regulation of expression of pi3kb protein in tumors |
WO2008106453A2 (en) | 2007-02-26 | 2008-09-04 | John Wayne Cancer Institute | Utility of b-raf dna mutation in diagnosis and treatment of cancer |
JP2010520204A (ja) | 2007-03-02 | 2010-06-10 | アムジェン インコーポレイテッド | 腫瘍疾患を治療するための方法および組成物 |
WO2008112283A2 (en) | 2007-03-12 | 2008-09-18 | Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Microrna profiling of androgen responsiveness for predicting the appropriate prostate cancer treatment |
RS56422B1 (sr) | 2007-03-13 | 2018-01-31 | Amgen Inc | K-ras mutacije i terapija anti-egfr antitelom |
PT2412828E (pt) | 2007-03-13 | 2013-08-02 | Amgen Inc | Mutações k-ras e b-raf e terapia com anticorpos anti-egfr |
US20090258795A1 (en) | 2007-03-15 | 2009-10-15 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy |
US20080242622A1 (en) | 2007-03-19 | 2008-10-02 | Cold Spring Harbor Laboratory | Identification of genetic alterations that modulate drug sensitivity in cancer treatments |
US20100233691A1 (en) | 2007-03-30 | 2010-09-16 | Source Precision Medicine, Inc. D/B/A Source Mdx | Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Prostate Cancer |
CA2682868A1 (en) | 2007-04-05 | 2008-10-16 | Source Precision Medicine, Inc. D/B/A Source Mdx | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of breast cancer |
US20100216137A1 (en) | 2007-04-05 | 2010-08-26 | SOURCE PRECISION MEDICINE, INC d/b/a SOURCE MDX | Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Ovarian Cancer |
CA2682916A1 (en) | 2007-04-06 | 2008-11-27 | Source Precision Medicine, Inc. D/B/A Source Mdx | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of cervical cancer |
EP1983002A3 (en) | 2007-04-19 | 2009-03-11 | Peter Hornbeck | Tyrosine phosphorylation sites and antibodies specific for them |
WO2008138578A2 (en) | 2007-05-11 | 2008-11-20 | Medical Prognosis Institute | Methods, kits, and devices for identifying biomarkers of treatment response and use thereof to predict treatment efficacy |
EP2527472B1 (en) | 2007-05-31 | 2016-09-28 | Yale University | A genetic lesion associated with cancer |
AU2008266048A1 (en) | 2007-06-15 | 2008-12-24 | University Of South Florida | Methods of diagnosing and treating cancer |
EP2190448B1 (en) | 2007-06-22 | 2016-04-20 | Children's Medical Center Corporation | Methods and uses thereof of a fragment of saposin a |
EP2176665B1 (en) | 2007-08-16 | 2016-03-02 | The Royal Institution for the Advancement of Learning / McGill University | Tumor cell-derived microvesicles |
US8076061B2 (en) | 2007-09-07 | 2011-12-13 | Ascentgene, Inc. | Method and composition for cancer diagnosis and treatment |
CA2639416C (en) | 2007-09-11 | 2019-12-31 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Diagnostic test for susceptibility to b-raf kinase inhibitors |
CN104975089A (zh) | 2007-09-14 | 2015-10-14 | 俄亥俄州立大学研究基金会 | 人外周血微泡中的mirna表达和其用途 |
EP2215261B1 (en) | 2007-10-23 | 2018-02-21 | Clinical Genomics Pty Ltd | A method of diagnosing neoplasms |
US20110097717A1 (en) | 2007-11-06 | 2011-04-28 | Danute Bankaitis-Davis | Gene Expression Profiling For Identification of Cancer |
JP5745273B2 (ja) | 2007-11-30 | 2015-07-08 | クラリエント ダイアグノスティック サービシーズ, インコーポレイテッド | 化学療法のためのマーカーとしてのtle3 |
US20090203015A1 (en) | 2008-02-13 | 2009-08-13 | Celera Corporation | Multiplex assays for hormonal and growth factor receptors, and uses thereof |
EP2247756A2 (en) | 2008-02-21 | 2010-11-10 | Université Libre de Bruxelles | Method and kit for the detection of genes associated with pik3ca mutation and involved in pi3k/akt pathway activation in the er-positive and her2-positive subtypes with clinical implications |
GB0803192D0 (en) | 2008-02-22 | 2008-04-02 | Mubio Products Bv | SCLC biomarker panel |
ES2600165T3 (es) | 2008-02-28 | 2017-02-07 | The Ohio State University Research Foundation | Antagonistas de miR-32 para aumentar la respuesta del cáncer de próstata a la apoptosis |
AU2009221808A1 (en) | 2008-03-06 | 2009-09-11 | Genentech, Inc. | Combination therapy with c-met and EGFR antagonists |
EP2105511A1 (en) | 2008-03-28 | 2009-09-30 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der Angewandten Forschung e.V. | Medicament compositions and substances for treatment and identifying adenocarcinoma of the lung |
US20110053804A1 (en) | 2008-04-03 | 2011-03-03 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Gene Signatures for the Prognosis of Cancer |
WO2009126160A1 (en) | 2008-04-10 | 2009-10-15 | University Of Florida Research Foundation | Compositions and methods for the treatment of prostate carcinoma |
WO2009134944A2 (en) | 2008-04-29 | 2009-11-05 | Nodality, Inc. | Methods of determining the health status of an individual |
ES2482692T3 (es) | 2008-05-12 | 2014-08-04 | Genomic Health, Inc. | Pruebas para predecir la receptividad de pacientes con cáncer a opciones de tratamiento con quimioterapia |
US8583380B2 (en) | 2008-09-05 | 2013-11-12 | Aueon, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
US20100069298A1 (en) | 2008-09-16 | 2010-03-18 | Robert Penny | Methods for Detecting Overexpression of SPARC and Therapeutic and Diagnostic Methods Relating to Same |
WO2010045318A2 (en) | 2008-10-14 | 2010-04-22 | Caris Mpi, Inc. | Gene and gene expressed protein targets depicting biomarker patterns and signature sets by tumor type |
EP2499486A4 (en) | 2009-11-13 | 2013-11-27 | Infinity Pharmaceuticals Inc | COMPOSITIONS, KITS, AND METHODS FOR IDENTIFICATION, EVALUATION, PREVENTION, AND THERAPY OF CANCER |
JP5808349B2 (ja) | 2010-03-01 | 2015-11-10 | カリス ライフ サイエンシズ スウィッツァーランド ホールディングスゲーエムベーハー | セラノーシスのためのバイオマーカー |
-
2007
- 2007-05-18 CN CN2007800180159A patent/CN101449162B/zh active Active
- 2007-05-18 CA CA2651995A patent/CA2651995C/en active Active
- 2007-05-18 US US11/750,721 patent/US8700335B2/en active Active
- 2007-05-18 IL IL301804A patent/IL301804A/en unknown
- 2007-05-18 WO PCT/US2007/069286 patent/WO2007137187A2/en active Application Filing
- 2007-05-18 BR BRPI0711011-1A patent/BRPI0711011A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2007-05-18 KR KR1020087028343A patent/KR101356305B1/ko active IP Right Grant
- 2007-05-18 MX MX2008014608A patent/MX2008014608A/es unknown
- 2007-05-18 JP JP2009511252A patent/JP2009537154A/ja active Pending
- 2007-05-18 RU RU2008146868/15A patent/RU2008146868A/ru not_active Application Discontinuation
- 2007-05-18 EP EP17210453.1A patent/EP3399450A1/en not_active Ceased
- 2007-05-18 CN CN201310356643.5A patent/CN103424541B/zh active Active
- 2007-05-18 IL IL282783A patent/IL282783B2/en unknown
- 2007-05-18 EP EP07783950A patent/EP2032980A4/en not_active Withdrawn
- 2007-05-18 AU AU2007253740A patent/AU2007253740A1/en not_active Abandoned
-
2008
- 2008-11-12 IL IL195266A patent/IL195266A/en active IP Right Grant
- 2008-11-17 ZA ZA2008/09783A patent/ZA200809783B/en unknown
- 2008-11-18 CO CO08122494A patent/CO6141496A2/es unknown
-
2013
- 2013-02-19 JP JP2013029661A patent/JP2013127477A/ja not_active Withdrawn
- 2013-10-11 US US14/052,503 patent/US8831890B2/en active Active
- 2013-12-30 US US14/143,959 patent/US8914239B2/en active Active
-
2014
- 2014-01-08 US US14/150,624 patent/US20140121121A1/en not_active Abandoned
- 2014-01-31 US US14/170,466 patent/US8880350B2/en active Active
- 2014-08-29 US US14/473,881 patent/US9372193B2/en active Active
- 2014-08-29 US US14/473,871 patent/US9383365B2/en active Active
-
2015
- 2015-08-03 JP JP2015153083A patent/JP6129251B2/ja active Active
-
2016
- 2016-01-21 IL IL243718A patent/IL243718A/en active IP Right Grant
- 2016-01-21 IL IL243717A patent/IL243717A/en active IP Right Grant
- 2016-01-21 IL IL243719A patent/IL243719A/en active IP Right Grant
-
2017
- 2017-04-09 IL IL251666A patent/IL251666B/en active IP Right Grant
- 2017-04-11 JP JP2017078333A patent/JP6568551B2/ja active Active
-
2019
- 2019-04-21 IL IL266164A patent/IL266164B/en active IP Right Grant
- 2019-08-02 JP JP2019142983A patent/JP2020005641A/ja active Pending
-
2021
- 2021-12-27 JP JP2021212100A patent/JP2022050488A/ja active Pending
-
2023
- 2023-07-21 JP JP2023118742A patent/JP2023139147A/ja active Pending
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002505431A (ja) * | 1998-02-25 | 2002-02-19 | アメリカ合衆国 | 迅速な分子プロファイリングのための細胞アッセイ法 |
JP2002518003A (ja) * | 1998-06-19 | 2002-06-25 | ロゼッタ・インファーマティクス・インコーポレーテッド | 遺伝子発現プロフィールを利用した疾患状態および治療のモニター方法 |
US20020150966A1 (en) * | 2001-02-09 | 2002-10-17 | Muraca Patrick J. | Specimen-linked database |
JP2005532036A (ja) * | 2002-01-09 | 2005-10-27 | 理化学研究所 | 癌プロフィール |
JP2006506979A (ja) * | 2002-09-12 | 2006-03-02 | コンドロジーン・インコーポレイテッド | 変形性関節症のための治療標的の診断および同定に特に有用な配列の同定 |
WO2005032495A2 (en) * | 2003-10-03 | 2005-04-14 | Bayer Pharmaceuticals Corporation | Gene expression profiles and methods of use |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2022050488A (ja) | 疾患状態に対する個別化された医学的介入を決定するためのシステムおよび方法 | |
CA2739675C (en) | Gene and gene expressed protein targets depicting biomarker patterns and signature sets by tumor type | |
AU2017279695B2 (en) | System and method for determining individualized medical intervention for a disease state | |
AU2022203286A1 (en) | System and method for determining individualized medical intervention for a disease state |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220124 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230123 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230420 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20230630 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20230926 |