KR101135713B1 - 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 - Google Patents
딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 Download PDFInfo
- Publication number
- KR101135713B1 KR101135713B1 KR1020080112234A KR20080112234A KR101135713B1 KR 101135713 B1 KR101135713 B1 KR 101135713B1 KR 1020080112234 A KR1020080112234 A KR 1020080112234A KR 20080112234 A KR20080112234 A KR 20080112234A KR 101135713 B1 KR101135713 B1 KR 101135713B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- seq
- strawberry
- nos
- varieties
- oligonucleotides
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도에 관한 것이다. 20개의 딸기 품종을 구별할 수 있는 SCAR 마커를 이용한 딸기 게놈 DNA의 증폭을 통해 딸기 품종별 특이 밴드의 유무로 품종을 효율적으로 구별할 수 있다. 본 발명의 분자 마커를 이용한 딸기의 품종 구별은 딸기의 품종 보호 및 품종 혼입 방지에 기여할 수 있다.
딸기, 품종 구별, 분자 마커, SCAR
Description
본 발명은 딸기 품종의 구별을 위해 이용될 수 있는 분자 마커 및 그의 용도에 관한 것이다.
딸기(Fragaria × ananassa Duch.)는 장미과 딸기속의 영년생 작물로 북아메리카 동부지역 원산의 프라가리아 비르기아나(F. virginiana)와 남아메리카 칠레에서 도입된 프라가리아 킬로엔시스(F. chiloensis)가 우연히 교잡되면서 만들어지게 되었다. 전세계적으로 딸기는 기본 염색체수가 7개(2n=14)인 야생종이 17종 있으며, 이들 중 2배체가 9종, 4배체가 3종, 6배체가 1종이고 8배체가 4종이다. 현재 재배되고 있는 딸기는 8배체에 속한다.
최근 국제식물신품종보호동맹(UPOV) 가입에 따라 딸기가 품종보호 작물로 지정되면서 국내에서 육종된 딸기 품종에 대한 보호조치가 필요하게 되었다. 딸기 품종의 보호를 위해서는 국내에서 육종되는 딸기 품종에 대한 구별이 우선되어야 한다.
현재 품종 구별은 전통적인 멘델의 법칙을 적용한 표현형 위주의 형태학적 형질 및 효소나 단백질 변이와 같은 생화학적 특성에 의해 이루어지고 있다. 그러나, 이와 같은 방식은 변이의 빈도가 낮고 전 작물에 대한 적용에 한계가 있으며, 생산자의 재배 조건에 따라 다른 결과를 초래할 수 있어서 정확한 품종 판별이 곤란하기 때문에 분자 수준에서의 품종 구별 방법이 활발하게 연구되고 있다. 예를 들면, 네덜란드에서는 장미 및 토마토에 대해 각 품종별 DNA 프로파일을 데이터베이스화하였고, 일본은 벼 등의 작물에 대한 품종 식별용 분자 마커를 개발하여 품종 보호에 활용하고 있다.
분자 마커들은 작물의 재배 환경이나 성장 시기에 영향을 받지 않고 신속하게 품종을 구별할 수 있으므로 유용하게 사용될 수 있다. 주로 반복 단순 염기서열로 이루어진 마이크로새털라이트(microsatellite)나 유전자 염기 서열을 이용한 마커 또는 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) 프로브나 SCAR(Sequence Characterised Amplified Region) 마커가 이용되고 있다. SCAR 마커는 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)나 AFLP(Amplification Fragment Length Polymorphism) 마커 밴드의 염기서열을 분석하여 제작한 것으로 ASAP(Allele-Specific Associated Primer) 방식으로 밴드의 유무를 확인하는 방식으로 이용된다. SCAR 마커는 다른 분자 마커에 의해 증폭 환경에 비교적 둔감하고 용이하게 결과를 판독할 수 있기 때문에, 재현성, 보편성 및 간편성을 갖춘 효율적인 품종구별용 분자 마커로 인식되고 있다.
특히, 딸기는 다른 작물과는 달리 묘 증식이 런너에 의한 영양번식에 의해 이루어진다. 따라서 돌연변이가 일어나지 않는 한, 자묘는 모주와 똑같은 DNA를 가 지므로, DNA에 기반한 분자마커가 품종 구별을 위해 더 효과적으로 이용될 수 있다. 분자마커에 의한 딸기의 품종 구별은 일부 품종에 대해 RAPD에 의한 방법으로 연구가 진행되어 왔으며, 최근에는 CAPS(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence)에 의한 방법도 연구되고 있다. 그러나, 보다 정확하고 용이하게 딸기 품종을 구별할 수 있는 분자 마커에 대한 요구는 여전히 존재한다.
이에, 본 발명자들은 딸기의 품종 구별을 위해 효율적으로 이용될 수 있는 분자 마커를 개발하기 위한 연구를 수행하여 간편하고 정확하고 재현성 있게 이용될 수 있는 SCAR 마커를 개발하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 20개의 딸기 품종을 구별하기 위해 이용될 수 있는 SCAR 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 SCAR 마커를 이용한 DNA 증폭을 통해 딸기 품종을 구별하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위해, 본 발명은 20개의 주요한 딸기 품종을 구별하기 위해 이용될 수 있는 서열번호 1 내지 42의 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 세트의 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 SCAR 마커를 제공한다.
본 발명에 따른 SCAR 마커에 의해 구별될 수 있는 딸기 품종은 하기 표 1에 표시된 20개의 품종이다.
표 1. SCAR 마커에 의해 구별되는 딸기 품종 및 육종 국가
| 품종 명 | 육종 국가 | 품종 명 | 육종 국가 |
| 논산 1호(Nonsan No.1) | 한국 | 수홍(Soohong) | 한국 |
| 매향(Maehyang) | 한국 | 조홍(Johong) | 한국 |
| 설향(Sulhyang) | 한국 | 선홍(Sunhong) | 한국 |
| 금향(Kumhyang) | 한국 | 사가호노카(Sagahonoka) | 일본 |
| 만향(Manhyang) | 한국 | 보교조생(Hokowase) | 일본 |
| 레드펄(Red Pearl) | 일본 | 도요노까(Toyonoka) | 일본 |
| 아끼히메(Akihime) | 일본 | 아마오우(Amaou) | 일본 |
| 도치오도메(Tochiotome) | 일본 | 도치노미네(Tochinomine) | 일본 |
| 사치노까(Sachinoka) | 일본 | 스위트 찰리(Sweet Charlie) | 미국 |
| 여봉(Nyoho) | 일본 | 단미(Danmi) | 한국 |
상기 표 1의 딸기 품종을 구별할 수 있는 SCAR 마커를 개발하기 위해, RAPD를 수행하여 품종을 구별할 수 있는 특이 밴드를 검출하고, 검출된 밴드의 염기서열을 분석하여 서열번호 1 내지 42의 SCAR 마커를 수득하였다.
본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 SCAR 마커는 DNA 증폭을 위한 프라이머 세트로 이용되며, 바람직하게는 하기 표 2에 표시된 세트로 이용될 수 있다. 또한, 하나 이상의 SCAR 마커, 즉, 하나 이상의 프라이머 세트를 조합하여 이용하면 보다 정확하게 딸기의 품종을 구별할 수 있다.
표 2. 딸기 품종 구별을 위한 SCAR 마커 세트의 염기서열
| 마커 명칭 | 정방향 프라이머(5' → 3') | 역방향 프라이머(5' → 3') |
| A080302-010 | GTGACGTAGGCCAGGGTTTT (서열번호 1) |
GTGACGTAGGGGAGAAACCA (서열번호 2) |
| A110506-015 | CAATCGCCGTCAATCCCGTCATCGG (서열번호 3) |
CAATCGCCGTGGTTGGAGGCAGGGA (서열번호 4) |
| A201111-A15 | GTTGCGATCCAAATGGTGTTGAAAA (서열번호 5) |
GTTGCGATCCCCTTTATATAGTGGC (서열번호 6) |
| B051209-B15 | TGCGCCCTTCACGAGATGACAAAGG (서열번호 7) |
TGCGCCCTTCAATCCCCGGTTAAGA (서열번호 8) |
| B100707-125 | CTGCTGGGACAATGCATAAATTGAC (서열번호 9) |
CTGCTGGGACGAAGACTGTTGACGC (서열번호 10) |
| B191614-015 | ACCCCCGAAGCATCACTGACTGCGT (서열번호 11) |
ACCCCCGAAGTTGCAATCAGTTACA (서열번호 12) |
| B192018-115 | ACCCCCGAAGCTATAGACATCCGAC (서열번호 13) |
ACCCCCGAAGCACAGCAAAGTCTTT (서열번호 14) |
| C151704-045 | GACGGATCAGGGGGATTTGTTTGTT (서열번호 15) |
GACGGATCAGCACCATCGGCATATC (서열번호 16) |
| C190505-110 | GTTGCCAGCCCTACATAAAG (서열번호 17) |
GTTGCCAGCCACATCCATAT (서열번호 18) |
| D010505-015 | ACCGCGAAGGTGTTGGTCGGAGAGG (서열번호 19) |
ACCGCGAAGGCAAAGTGATTTTTAG (서열번호 20) |
| D020707-085 | GGACCCAACCTCTTATGCCACAAAA (서열번호 21) |
GGACCCAACCGCTATTGATGGATCA (서열번호 22) |
| D020808-025 | GGACCCAACCAGACTGAAGATCTCT (서열번호 23) |
GGACCCAACCCAAACAACAGCGGCT (서열번호 24) |
| D020807-055 | GGACCCAACCGTAGCATCAAATCAG (서열번호 25) |
GGACCCAACCAGACGGAGGAGTACA (서열번호 26) |
| D030808-125 | GTCGCCGTCACTCGTTGTCTCCTAC (서열번호 27) |
GTCGCCGTCATGGCCGTGATGTTGA (서열번호 28) |
| D070404-015 | TTGGCACGGGTGAGTGGACGGTGAG (서열번호 29) |
TTGGCACGGGCTATAAGTTTCCATC (서열번호 30) |
| D200706-025 | ACCCGGTCACCAGTGGCTCTGATAC (서열번호 31) |
ACCCGGTCACAAGCTAATAGACAAG (서열번호 32) |
| E051312-025 | TCAGGGAGGTAGCTGGAATACCATT (서열번호 33) |
TCAGGGAGGTCGATCGGGGTGCGGG (서열번호 34) |
| E060606-015 | AAGACCCCTCCCCATAAGATGTTTT (서열번호 35) |
AAGACCCCTCTGGATTTTACTACAC (서열번호 36) |
| E061615-015 | AAGACCCCTCCAAAACTTCTACAGA (서열번호 37) |
AAGACCCCTCACTTGTATTTCCTGG (서열번호 38) |
| E120404-110 | TTATCGCCCCCTAACACCAC (서열번호 39) |
TTATCGCCCCACCTGAAGAT (서열번호 40) |
| F110707-125 | TTGGTACCCCCGAGCCAGCGTCGAA (서열번호 41) |
TTGGTACCCCCTGAAAAGAACCATG (서열번호 42) |
본 발명은 또한 분자 마커를 이용하여 딸기 품종을 구별하는 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별방법은 품종을 구별할 딸기로부터 게놈 DNA 를 추출하는 단계; 상기 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 딸기 품종 구별용 분자 마커를 프라이머로 이용하여 게놈 DNA를 증폭하는 단계; 및 상기 증폭된 산물을 전기영동에 의해 분석하는 단계를 포함한다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법에서 딸기로부터 게놈 DNA를 추출하는 단계는 당업계에 공지된 통상적인 방법에 의해 수행할 수 있다. 예를 들면, 페놀 추출물, 페놀/클로로포름 추출법 및 SDS 추출법 등을 이용하거나 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 사용할 수 있다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법에서 딸기 품종 구별용 분자 마커는 상기 표 1에 표시된 20개의 딸기 품종을 구별할 수 있는, 서열번호 1 내지 42의 올리고뉴클레오티드로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 SCAR 마커이다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법에서, 딸기 품종 구별용 SCAR 마커인 프라이머는 1 세트 이상이 사용될 수 있고, 다수의 분자 마커가 동시에 사용되면 보다 정확하게 품종을 구별할 수 있다. 바람직하게는, 상기 딸기 품종 구별용 분자 마커는 상기 표 2에 표시된 서열번호 1과 2, 서열번호 3과 4, 서열번호 5와 6, 서열번호 7과 8, 서열번호 9와 10, 서열번호 11과 12, 서열번호 13과 14, 서열번호 15와 16, 서열번호 17과 18, 서열번호 19와 20, 서열번호 21과 22, 서열번호 23과 24, 서열번호 25와 26, 서열번호 27과 28, 서열번호 29와 30, 서열번호 31과 32, 서열번호 33과 34, 서열번호 35와 36, 서열번호 37과 38, 서열번호 39와 40 및 서열번호 41과 42의 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세 트이다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법에서 게놈 DNA의 증폭은 PCR(Polymerase Chain Reaction)에 의해 수행될 수 있다. 구체적으로, PCR은 당업계에서 PCR 반응에 필요한 것으로 공지된 성분들을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합액은 딸기에서 추출된 게놈 DNA와 본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 SCAR 마커, 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물을 포함하고, 상기 PCR 완충용액은 Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 포함할 수 있다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법은 증폭된 DNA 산물을 전기 영동에 의해 분석하는 단계를 포함한다. 상기 전기영동에 의한 분석 단계에서 증폭된 DNA 산물을 아가로오스 겔 또는 폴리아크릴아미드 겔 상에서 전기영동하고, 실버 염색(silver staining) 등에 의해 밴드를 확인할 수 있다. 증폭된 DNA 산물을 확인하기 위한 전기영동 및 밴드의 확인은 당업계에서 공지된 통상적인 방법에 의해 수행될 수 있다.
본 발명에 따른 딸기 품종의 구별 방법은 전기영동에 의해 분석된 증폭 산물을 딸기 품종 표준의 증폭 산물과 비교하여 품종을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 본 발명에 따른 분자 마커에 의해 구별될 수 있는 20개의 딸기 품종은 각각 사용되는 SCAR 분자 마커에 의한 증폭 여부가 상이하고, 각 분자 마커에 의한 증폭 여부는 하기 표 3에 표시된 바와 같다. 품종을 구별하고자 하는 딸기의 게놈 DNA로 부터의 증폭 결과를 하기 표 3에 표시된 결과와 비교하여 품종을 구별할 수 있다.
표 3. SCAR 마커에 의한 딸기 품종 구별의 분석결과
표 3에서 A 내지 T는 딸기의 품종명을 나타내며, "+"는 SCAR 마커를 이용한 PCR에서 밴드가 존재했고, "-"는 SCAR 마커를 이용한 PCR에서 밴드가 존재하지 않았다는 것을 나타낸다. A는 논산 1호, B는 매향, C는 설향, D는 금향, E는 매향, F는 레드펄, G는 아끼히메, H는 도치오도메, I는 사치노카, J는 여봉, K는 수홍, L은 조홍, M은 선홍, N은 사가호노까, O는 보교조생, P는 도요노카, Q는 아마오우, R은 도치노미네, S는 스위트 찰리, 및 T는 단미를 나타낸다.
본 발명은 또한, 본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 분자 마커, DNA 중합효소 및 PCR 반응용 완충용액을 포함하는 딸기 품종 구별용 키트를 제공한다.
본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 키트에서 딸기 품종 구별용 분자 마커는 서열번호 1 내지 42로 구성된 군으로부터 선택되는 서열을 갖는 하나 이상의 프라이머 세트일 수 있다.
본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 키트에서 PCR 반응용 완충용액은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상적으로 공지된 조성을 가지며, 예를 들면, Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 포함한다.
본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 키트는 PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동에 필요한 성분들을 더 포함할 수 있다.
본 발명의 분자 마커를 통한 딸기의 품종 구별은 품종 육성권자에 대한 보호 조치 강화와 딸기 육묘 및 재배시 제기되는 품종 혼입 문제를 해결하는데 기여할 수 있다. 또한 딸기 품종의 분자 유전학적 연구 및 주요 형태적 특성 분석에도 이용될 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것이며, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 딸기 품종 구별용 SCAR 마커의 설계
(1) DNA 추출
시험 품종은 표 1에 표시된 국내에서 육성된 일부 품종과 재배되는 주요 품 종 20종을 대상으로 하였으며, 국내에서 육성된 품종이 9종, 일본 및 미국에서 육성된 품종이 11종 이었다. 국내에서 육성된 딸기 품종 중 논산 1호, 매향, 설향, 금향 및 만향은 충남농업기술원 논산딸기시험장에서, 수홍, 조홍 및 선홍은 농촌진흥청 부산시설원예시험장에서, 단미는 제일농산에서 육종해 재배되는 품종이다.
딸기의 DNA는 추출과정에서 다량의 탄수화물의 함유로 순수 정제가 어려워 추출키트를 사용하였다. 추출 방법은 각 품종의 잎을 채취하여 Genomic DNA extraction kit(인트론)의 메뉴얼에 따라 수행하였고, 추출된 DNA는 -20℃에 보관하여 필요시 이용하였다.
(2) RAPD에 의한 품종별 특이 밴드의 검출
딸기 품종 구분이 가능한 특이밴드를 검출하기 위해 총 164개의 랜덤 프라이머(Random 10-mer primers, Operon Technologies, USA))를 이용한 PCR 결과 66개의 프라이머에서 품종별 특이 밴드가 검출되었다. 또한 관찰된 특이 밴드 중 품종 구별에 이용 가능한 다형성 밴드는 100개로 확인되었다. 확인된 특이 밴드의 DNA를 아가로스 겔에 로딩 후 분리 추출하여 벡터(pGEM-T, Promega)에 클로닝하고, 특이 밴드 DNA의 삽입여부는 벡터 DNA를 주형으로 하고 서열번호 43 및 44의 프라이머 T7 및 SP6를 사용한 PCR을 통해 확인하였다.
특이 밴드로부터 수득된 DNA가 삽입된 것으로 확인된 374개의 벡터를 선별하고, 이에 대한 염기서열 분석을 전문 분석 회사에 의뢰해 수행하였다. 염기 서열은 T7과 SP6 프라이머를 이용하여 양방향으로 분석해 중복 확인 하였다.
(3) SCAR 마커 설계
염기서열 분석에 의해 클로닝이 확인된 벡터 374개 중 염기서열이 중복되는 것을 제외하고 99개의 새로운 프라이머를 설계하였다. 새롭게 설계된 프라이머 및 딸기로부터 추출된 게놈 DNA를 이용한 PCR를 수행하여 품종 구별에 적합한지 여부를 확인하였다. PCR 조건은 95℃에서의 40초간 변성, 65℃에서의 1분간 어닐링 및 72℃에서의 1분간 신장으로 구성된 사이클을 35회 수행했을 때 가장 좋은 결과가 나타났다. RAPD로부터 수득된 밴드에 기반하여 설계된 99개의 프라이머를 이용한 PCR 결과 품종 구별이 가능한 SCR 마커는 서열번호 1 내지 42의 올리고뉴클레오티드로 구성된 21 세트의 프라이머로 확인하였다(표 2 및 3). 상기 21 세트의 프라이머로부터 선택된 하나 이상을 조합하여 이용하면 보다 정확하게 딸기의 품종을 구별할 수 있다.
실시예 2. SCR 마커를 이용한 딸기 품종의 구별
상기 실시예 1에서 수득된 20개의 딸기 품종을 구별할 수 있는 SCAR 마커를 이용하여 딸기의 품종을 구별하였다.
(1) 게놈 DNA 추출
표 1에 표시된 20개의 딸기 품종으로부터 잎을 채취하고 Genomic DNA extraction kit(인트론)의 매뉴얼에 따라 게놈 DNA를 추출하였다. 추출된 DNA는 -20℃에 보관하여 필요시 이용하였다.
(2) PCR(중합효소연쇄반응)
상기 (1)에서 추출된 게놈 DNA를 증폭하기 위해 서열번호 1 내지 42로 표시된 올리고뉴클레오티드로 구성된 21개의 프라이머 세트 중에서 선택된 A201111-A15(A), B051209-B15(B), C190505-110(C) 및 D151704-045(D)를 사용하였다. PCR은 주형 DNA 2㎕, 10pM의 프라이머 세트 각각 1㎕, 멸균수 16㎕를 포함해 총 20㎕의 반응액을 만들어 반응 완충액 및 DNA 중합효소가 섞인 프리믹스에 혼합하고, 95℃에서 40초간 변성, 60 내지 65℃에서 1분간 어닐링, 72℃에서 1분의 신장으로 구성된 사이클을 총 35회 수행하였다. 증폭된 산물을 1% 아가로스 겔에서 전기영동하여 밴드를 확인하였다. 도 1은 1% 아가로스 겔 상에서의 전기영동으로 확인된 증폭 산물의 밴드를 보여준다.
(3) 결과 분석
시료 별로 상기 (2)에서 확인된 DNA 밴드의 유무 결과를 표 3과 비교하여 일치하는 품종이 존재하는 경우, 그 품종으로 확인하였다.
(4) 딸기 품종 간 유연 관계
20개의 품종을 대상으로 하여 SACR 분석에 사용된 21 세트의 프라이머에 의해 얻은 밴드를 하나의 형질로 취급하여 통계 프로그램 NTSYSpc ver. 2.1(Rohlf, 2000, Numerical Taxonomy and Multivariate Anaylsis System-Version 2.10b, Applied Biostatistics Inc., New York)을 이용하여 유연관계를 분석한 결과 전체 유사도 지수는 0.54 내지 1.00 범위에 속하였으며, 4개의 그룹으로 구분되었다. 도 2는 본 발명에 따른 SCAR 마커로 구별될 수 있는 20개의 딸기 품종의 유연 관계를 보여준다. A군에는 논산 1호 등 3종이, B군에는 매향 등 8종이, C군에는 설향 등 7종이, D군에는 만향 및 수홍이 분류되었다. A군의 논산 1호, 보교조생 및 스위트 찰리와 D군의 만향 및 수홍은 휴면이 깊은 품종이며, B와 C군은 휴면이 얕은 품종으로 구분되었다.
국내 육성 딸기 품종의 경우에는 교배조합의 모본, 부본이 대부분 일본 품종에서 유래되어 유전자원의 다양성이 낮아 육성 국가별 품종간의 유연관계를 찾는다는 것은 의미가 없다고 볼 수 있다. 따라서 국내육성 품종과 일본 육성 품종간의 구분은 어렵지만, 각 품종의 모본 부본과는 가까운 유연관계를 보이는 것으로 확인되었다.
도 1은 본 발명에 따른 딸기 품종 구별용 SCAR 마커를 이용한 PCR 결과를 1% 아가로스겔에 전기영동 하여 확인한 결과를 보여준다. 도면의 숫자는 각각 딸기의 품종을 나타내고(1: 논산 1호, 2: 매향, 3: 설향, 4: 금향, 5: 매향, 6: 레드펄, 7: 아끼히메, 8: 도치오도메, 9: 사치노까, 10: 여봉, 11: 수홍, 12: 조홍, 13: 선홍, 14: 사가호노까, 15: 보교조생, 16: 도요노까, 17: 아마오우, 18: 도치노미네, 19: 스위트 찰리, 20: 단미, A는 A201111-A15, B는 B051209-B15, C는 C190505-110, D는 C151704-045의 프라이머 세트를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 분자 마커에 의해 구별될 수 있는 20개의 딸기 품종간 유연관계 분석 결과를 보여준다.
<110> Chungcheong Nam-Do Agricultural Research & Extension Services
<120> Molecular marker for cultivar discrimination in strawberry and
use thereof
<160> 44
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for A080302-010
<400> 1
gtgacgtagg ccagggtttt 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for A080302-010
<400> 2
gtgacgtagg ggagaaacca 20
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for A110506-015
<400> 3
caatcgccgt caatcccgtc atcgg 25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for A110506-015
<400> 4
caatcgccgt ggttggaggc aggga 25
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for A201111-A15
<400> 5
gttgcgatcc aaatggtgtt gaaaa 25
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for A201111-A15
<400> 6
gttgcgatcc cctttatata gtggc 25
<210> 7
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for B051209-B15
<400> 7
tgcgcccttc acgagatgac aaagg 25
<210> 8
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for B051209-B15
<400> 8
tgcgcccttc aatccccggt taaga 25
<210> 9
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for B100707-125
<400> 9
ctgctgggac aatgcataaa ttgac 25
<210> 10
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for B100707-125
<400> 10
ctgctgggac gaagactgtt gacgc 25
<210> 11
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for B191614-015
<400> 11
acccccgaag catcactgac tgcgt 25
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for B191614-015
<400> 12
acccccgaag ttgcaatcag ttaca 25
<210> 13
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for B192018-115
<400> 13
acccccgaag ctatagacat ccgac 25
<210> 14
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for B192018-115
<400> 14
acccccgaag cacagcaaag tcttt 25
<210> 15
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for C151704-045
<400> 15
gacggatcag ggggatttgt ttgtt 25
<210> 16
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for C151704-045
<400> 16
gacggatcag caccatcggc atatc 25
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for C190505-110
<400> 17
gttgccagcc ctacataaag 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for C190505-110
<400> 18
gttgccagcc acatccatat 20
<210> 19
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D010505-015
<400> 19
accgcgaagg tgttggtcgg agagg 25
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D010505-015
<400> 20
accgcgaagg caaagtgatt tttag 25
<210> 21
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D020707-085
<400> 21
ggacccaacc tcttatgcca caaaa 25
<210> 22
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D020707-085
<400> 22
ggacccaacc gctattgatg gatca 25
<210> 23
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D020808-025
<400> 23
ggacccaacc agactgaaga tctct 25
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D020808-025
<400> 24
ggacccaacc caaacaacag cggct 25
<210> 25
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D020807-055
<400> 25
ggacccaacc gtagcatcaa atcag 25
<210> 26
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D020807-055
<400> 26
ggacccaacc agacggagga gtaca 25
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D030808-125
<400> 27
gtcgccgtca ctcgttgtct cctac 25
<210> 28
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D030808-125
<400> 28
gtcgccgtca tggccgtgat gttga 25
<210> 29
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D070404-015
<400> 29
ttggcacggg tgagtggacg gtgag 25
<210> 30
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D070404-015
<400> 30
ttggcacggg ctataagttt ccatc 25
<210> 31
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for D200706-025
<400> 31
acccggtcac cagtggctct gatac 25
<210> 32
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for D200706-025
<400> 32
acccggtcac aagctaatag acaag 25
<210> 33
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for E051312-025
<400> 33
tcagggaggt agctggaata ccatt 25
<210> 34
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for E051312-025
<400> 34
tcagggaggt cgatcggggt gcggg 25
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for E060606-015
<400> 35
aagacccctc cccataagat gtttt 25
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for E060606-015
<400> 36
aagacccctc tggattttac tacac 25
<210> 37
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for E061615-015
<400> 37
aagacccctc caaaacttct acaga 25
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for E061615-015
<400> 38
aagacccctc acttgtattt cctgg 25
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for E120404-110
<400> 39
ttatcgcccc ctaacaccac 20
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for E120404-110
<400> 40
ttatcgcccc acctgaagat 20
<210> 41
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F110707-125
<400> 41
ttggtacccc cgagccagcg tcgaa 25
<210> 42
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F110707-125
<400> 42
ttggtacccc ctgaaaagaa ccatg 25
<210> 43
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> T7 primer
<400> 43
taatacgact cactatagg 19
<210> 44
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SP6 primer
<400> 44
tatttaggtg acactatag 19
Claims (5)
- 서열번호 1과 2의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 A080302-010 프라이머 세트;서열번호 3과 4의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 A110506-015 프라이머 세트;서열번호 5와 6의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 A201111-A15 프라이머 세트;서열번호 7과 8의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 B051209-B15 프라이머 세트;서열번호 9와 10의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 B100707-125 프라이머 세트;서열번호 11과 12의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 B191614-015 프라이머 세트;서열번호 13과 14의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 B192018-115 프라이머 세트;서열번호 15와 16의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 C151704-045 프라이머 세트;서열번호 17과 18의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 C190505-110 프라이머 세트;서열번호 19와 20의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D010505-015 프라이머 세트;서열번호 21과 22의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D020707-085 프라이머 세트;서열번호 23과 24의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D020808-025 프라이머 세트;서열번호 25와 26의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D020807-055 프라이머 세트;서열번호 27과 28의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D030808-125 프라이머 세트;서열번호 29와 30의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D070404-015 프라이머 세트;서열번호 31과 32의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 D200706-025 프라이머 세트;서열번호 33과 34의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 E051312-025 프라이머 세트;서열번호 35와 36의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 E060606-015 프라이머 세트;서열번호 37과 38의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 E061615-015 프라이머 세트;서열번호 39와 40의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 E120404-110 프라이머 세트; 및서열번호 41과 42의 올리고뉴클레오티드로 구성되는 F110707-125 프라이머 세트로 이루어진 딸기 품종 구별용 프라이머 세트.
- 품종을 구별할 딸기로부터 게놈 DNA를 추출하는 단계;상기 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 게놈 DNA를 증폭하는 단계; 및상기 증폭된 산물을 전기영동에 의해 분석하는 단계를 포함하는, 딸기의 품종 구별 방법.
- 삭제
- 제2항에 있어서, 상기 방법은 전기영동에 의해 분석된 증폭된 산물을 딸기 품종 표준의 증폭된 산물과 비교하여 품종을 결정하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
- 제1항의 딸기 품종 구별용 프라이머 세트, DNA 중합효소 및 PCR 반응용 완충용액을 포함하는 딸기 품종 구별용 키트.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020080112234A KR101135713B1 (ko) | 2008-11-12 | 2008-11-12 | 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020080112234A KR101135713B1 (ko) | 2008-11-12 | 2008-11-12 | 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20100053214A KR20100053214A (ko) | 2010-05-20 |
| KR101135713B1 true KR101135713B1 (ko) | 2012-04-13 |
Family
ID=42278363
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020080112234A KR101135713B1 (ko) | 2008-11-12 | 2008-11-12 | 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101135713B1 (ko) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101796260B1 (ko) | 2016-06-01 | 2017-11-13 | 순천대학교 산학협력단 | 딸기 품종 식별용 snp 마커 세트 및 이를 이용한 딸기 품종 식별 방법 |
| KR102268679B1 (ko) * | 2019-12-23 | 2021-06-24 | 대한민국 | 산딸기속 식물의 종 구별용 조성물 |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102461765B1 (ko) * | 2020-12-16 | 2022-11-01 | 대한민국 | 딸기 순도검정 및 품종 판별용 마커 세트 및 이의 용도 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006254710A (ja) | 2005-03-15 | 2006-09-28 | Tochigi Prefecture | いちご品種識別用プライマーセット及びこれを用いたいちご品種識別方法 |
-
2008
- 2008-11-12 KR KR1020080112234A patent/KR101135713B1/ko not_active IP Right Cessation
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006254710A (ja) | 2005-03-15 | 2006-09-28 | Tochigi Prefecture | いちご品種識別用プライマーセット及びこれを用いたいちご品種識別方法 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| Euphytica, Vol. 117, pp.1-12 (2001) * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101796260B1 (ko) | 2016-06-01 | 2017-11-13 | 순천대학교 산학협력단 | 딸기 품종 식별용 snp 마커 세트 및 이를 이용한 딸기 품종 식별 방법 |
| KR102268679B1 (ko) * | 2019-12-23 | 2021-06-24 | 대한민국 | 산딸기속 식물의 종 구별용 조성물 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR20100053214A (ko) | 2010-05-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Williams et al. | Restriction fragment length polymorphism analysis of polymerase chain reaction products amplified from mapped loci of rice (Oryza sativa L.) genomic DNA | |
| Peace et al. | Endopolygalacturonase: a candidate gene for freestone and melting flesh in peach | |
| CN101432442B (zh) | 虾和对虾的性别特异性标记 | |
| KR100823692B1 (ko) | 국내 수박 품종의 유연관계 분석과 품종구별을 위한 ｄｎａ마커 | |
| KR102198566B1 (ko) | 고구마 품종 판별을 위한 테트라 프라이머 arms-pcr용 분자마커 및 이의 용도 | |
| CN108220408A (zh) | 一种节粮型青胫隐性白羽肉鸡新品系的选育方法 | |
| KR101382409B1 (ko) | 포도의 품종 판별용 스카 마커 및 이의 용도 | |
| KR101135713B1 (ko) | 딸기 품종 구별용 분자 마커 및 그의 용도 | |
| KR100781205B1 (ko) | 들깨 속 식물에서 분리된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| Muzher et al. | Genetic identification of some Syrian local apple (Malus sp.) cultivars using molecular markers | |
| KR100996968B1 (ko) | 버섯에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| KR102461756B1 (ko) | 동양계 호박의 여교배 세대단축 육종을 위한 단일염기 다형성 마커세트 및 이의 용도 | |
| CN113881801A (zh) | 一种美洲南瓜深绿茎性状紧密连锁的分子标记组合物及应用 | |
| KR100781206B1 (ko) | 참깨 속 식물에서 분리한 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| CN108796107B (zh) | 与黄瓜果刺硬度基因Hard共分离的SNP分子标记及其应用 | |
| CN113528620A (zh) | 用于玉米自交系shl03品种保护的分子标记引物组、试剂盒及其应用 | |
| KR101010446B1 (ko) | 고추 탄저병 균주(Colletotrichum capsici)에 대한 저항성주동유전자 연관 분자표지 개발 및 이의 이용 | |
| KR20190053351A (ko) | 붉바리 개체 식별 및 친자 확인 위한 미세위성 마커 | |
| KR20130102032A (ko) | 포도 품종 판별용 scar 프라이머 세트 및 이를 이용한 포도 품종 판별 방법 | |
| KR101907825B1 (ko) | 흰가루병 저항성 토마토 개체 선발용 분자마커 | |
| KR102458440B1 (ko) | 고추 역병 저항성 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 고추 역병 저항성 판별 방법 | |
| Dettori et al. | Characterization and evaluation of genetic diversity in peach germplasm using RAPD and RFLP markers | |
| Cho et al. | DNA fingerprinting of rice cultivars using AFLP and RAPD markers | |
| CN107354203B (zh) | 用于鉴定烤烟毕纳1号的引物组合及试剂盒、应用及检测方法 | |
| KR100707832B1 (ko) | 콩의 종피색에 대한 분자표지 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A201 | Request for examination | ||
| E902 | Notification of reason for refusal | ||
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant | ||
| LAPS | Lapse due to unpaid annual fee |