KR100976072B1 - 에스세리키아속 세균을 사용하는 l-트레오닌의 제조방법 - Google Patents

에스세리키아속 세균을 사용하는 l-트레오닌의 제조방법 Download PDF

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Abstract

아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강되도록 변형시킨, L-트레오닌을 생산하는 에스세리키아속에 속하는 세균을 사용하여 L-트레오닌을 생산한다.
L-트레오닌, 에스세리키아·콜라이, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제, 벡터, 변이

Description

에스세리키아속 세균을 사용하는 L-트레오닌의 제조방법{Process for producing L-threonine with the use of bacterium belonging to the genus Escherichia}
본 발명은 생물공학, 구체적으로는 발효법에 의한 L-아미노산의 제조방법에 관한 것이며, 보다 구체적으로는 세균 에스세리키아·콜라이(Escherichia coli) 유래의 유전자에 관한 것이다. 당해 유전자는 L-아미노산, 예를 들면, L-트레오닌의 생산성의 향상에 유용하다.
종래부터, L-아미노산은 자연계로부터 수득되는 미생물의 균주 또는 본 미생물을 L-아미노산 생산능을 증강시키기 위해 특히 변형시킨 변이주를 사용하는 발효법에 의해 공업적으로 생산되고 있다.
L-아미노산 생산능을 증강시키기 위해 예를 들면, 재조합 DNA에 의한 형질전환에 의해 미생물의 생합성 유전자를 증폭시키는 방법이 사용되어 왔다[참조: 미국 특허 제4,278,765호]. 이들 기법은 아미노산 생합성계 효소의 활성 상승 및/또는 생성된 L-아미노산 또는 이의 부산물에 의한 피드백 억제에 대한 표적 효소의 탈감 작(感作)에 근거하고 있다[참조: 예를 들면, 일본 공개특허공보 제(소)56-18596호(1981), 국제공개 WO 제95/16042호 또는 미국 특허 제5,661,012호 및 제6,040,160호].
발효법에 의한 L-트레오닌의 생산에 사용되는 각종 균주가 공지되어 있다. 즉, L-트레오닌 생합성에 관여하는 효소의 활성을 증가시킨 균주(미국 특허 제5,175,107호, 제5,661,012호, 제5,705,371호, 제5,939,307호, 유럽 특허 제0219027호), L-트레오닌 및 이의 유사체 등의 화학물질에 내성인 균주(국제공개 제WO 0114525 A1호, 유럽 특허 제 301572 A2호, 미국 특허 제5,376,538호), 생성된 L-아미노산 또는 이의 부산물에 의한 피드백 억제에 대하여 탈감작된 표적 효소를 갖는 균주(미국 특허 제5,175,107호, 제5,661,012호), 불활성화한 트레오닌 분해효소를 갖는 균주(미국 특허 제5,939,307호, 제6,297,031호)가 공지되어 있다.
공지된 트레오닌 생산주인 VKPM B-3996주(미국 특허 제5,175,107호 및 제5,705,371호)는 현 시점에서 최선의 트레오닌 생산주이다. VKPM B-3996주의 작제를 위해, 친주인 에스세리키아·콜라이 K-12(VKPM B-7)에 각종 변이 및 하기의 플라스미드를 도입하였다. 변이형 thrA 유전자(변이형 thrA442)는 트레오닌에 의한 피드백 억제에 내성인 아스파르토키나제 호모세린 데하이드로게나제 I을 암호화한다. 변이형 ilvA 유전자(변이 ilvA442)는 이소루이신 생합성을 저하시키며, 이소루이신 기아(飢餓)라고 하는 누출성 표현형을 나타내는 저활성의 트레오닌 데아미나제를 암호화한다. ilvA442 변이를 가지는 세균에서는 thrABC 오페론의 전사는 이소루이신에 의해 억제되지 않으므로 트레오닌 생산에 매우 효과적이다. tdh 유전자의 불활성화는 트레오닌 분해를 억제한다. 수크로스 동화의 결정자인 유전자(scrKYABR 유전자)를 상기 균주에 도입하였다. 또한 트레오닌 생합성을 제어하는 유전자 그룹의 발현을 증가시키기 위해, 변이 트레오닌 오페론 thrA442BC를 가지는 플라스미드 pVIC40를 중간체 균주인 TDH6에 도입하였다. 동 균주의 발효중에 축적된 L-트레오닌의 양은 85g/L에 달한다.
본 발명자들은 에스세리키아·콜라이 K-12에 관해 최소 배지중에서 고농도의 트레오닌 또는 호모세린에 대한 내성에 관여하는 변이인 thrR(여기서는 rhtA23이라고 호칭한다)을 갖는 변이주를 취득한 바 있다[참조: Astaurova, 0.B. et al., Appl. Bioch. And Microbiol., 21, 611-616(1985)]. 이러한 변이에 의해 VKPM-3996주와 같은 L-트레오닌(구소련 특허 제974817호), 호모세린 및 글루탐산(Astaurova, 0.B. et al., Appl. Bioch. And Microbiol., 27, 556-561, 1991, EP 1013765 A)을 생산하는 에스세리키아·콜라이의 각각의 아미노산 생산능이 향상되었다.
또한, 본 발명자 등은 rhtA 유전자가 글루타민 수송계의 구성 성분을 암호화하는 glnHPQ 오페론에 근접하는 에스세리키아·콜라이 염색체 위 18분에 존재하며 rhtA 유전자가 perB와 ompX 유전자 사이에 위치하는 ORF1(ybiF 유전자, GenBank 수탁 번호 Ber AAA218541, gi: 440181의 764 내지 1651번)과 동일한 것을 명백하게 하고 있다. ORF1에 의해 암호화되는 단백질을 발현하는 단위는 rhtA[rht: resistance to homoserine and threonine(호모세린 및 트레오닌에 대한 내성)]로 호칭되고 있다. 또한, 본 발명자들은 rhtA23 변이가 ATG 개시 코돈으로부터 마이 너스 1위치에서 G에서 A로의 치환인 것을 밝혀냈다(ABSTRACTS of 17th International Congress of Biochemistry and Molecular Biology in conjugation with 1997 Annual Meeting of the American Society for Biochemistry and Molecular Biology, San Francisco, California August 24-29, 1997, abstract No. 457, EP 1013765 A).
트레오닌 생합성의 주경로가 연구되어, 대폭적으로 최적화된 상태에서는 아스파라긴산과 같은 트레오닌의 원위(遠位) 전구체를 세균에 가하는 양을 증가시키는 것으로 트레오닌 생산주의 새로운 개량을 실시할 수 있다.
아스파라긴산이, 아스파라긴산계에 속하는 아미노산(트레오닌, 메티오닌, 라이신) 또는 세균의 세포벽의 구성 성분인 디아미노피멜산의 합성을 위한 탄소 공급원인 것은 이미 공지되어 있다. 이들의 합성은 몇개의 분기점을 가지며 매우 예민한 조절기구를 갖는 복잡한 경로에 의해 수행된다. 아스파라긴산, 아스파라긴산 세미알데히드, 호모세린의 분기점에는 이러한 생합성 단계로부터 유래하는 아미노산만큼 많은 동종효소가 존재한다. thrABC 오페론의 일부에 의해 암호화되는 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I은 트레오닌 생합성 경로의 제1 및 제3의 반응을 수행한다. 트레오닌 및 이소루이신은 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I의 발현을 제어하며, 트레오닌은 상기 반응을 촉매하는 활성의 둘 다를 억제한다[참조: Escherichia coli and Salmonella, Second Edition, Editor in Chief: F.C. Neidhardt, ASM Press, Washington D.C., 1996].
아스파라긴산의 합성에는 두개의 유전자가 관여한다. 즉, aspC 유전자에 의해 암호화되는 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제(아스파라긴산 트란스아미나제) 및 aspA 유전자의 산물인 아스파르타제이다. 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제는 옥살로아세트산을 아스파라긴산으로 변환한다. 아스파르타제는 푸마르산을 아스파라긴산으로 변환한다.
아스파라긴산계의 아미노산의 하나인 L-라이신의 생성에 대한 aspC 유전자 증폭의 효과가 개시되어 있다. aspC 유전자의 증폭은 에스세리키아·콜라이에 의한 L-라이신 생산에 사용되어 왔다(미국 특허 제6,040,160호). 아스파르토키나제를 보유하며, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 포함하는 수종의 효소를 암호화하는 DNA의 발현이 증강된 코리네형 세균이 L-라이신 생산에 사용되어 왔다(미국 특허 제6,004,773호).
또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제가 코리네형 세균에 의한 L-트레오닌 및 L-라이신의 생산에 유용한 것이 공지되어 있다(미국 특허 제4,980,285호).
그러나 오늘까지 L-트레오닌 생산에서 아스파르긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강된 에스세리키아속 세균을 사용한다는 것은 보고되어 있지 않다.
발명의 개시
본 발명은 L-트레오닌 생산균주의 생산성을 증강시키며 이들 균주를 사용하는 L-트레오닌의 제조방법을 제공하는 것을 과제로 한다.
상기 과제는 낮은 카피수(copy number)의 벡터로 클로닝된 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 aspC 유전자가 L-트레오닌 생산능을 증강시킬 수 있는 것을 밝혀냄으로써 달성된다.
즉, 본 발명은 하기와 같다.
(1) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강되도록 변형시킨, L-트레오닌을 생산하는 에스세리키아속에 속하는 세균.
(2) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 발현량이 상승됨으로써 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강된 (1)에 기재된 세균.
(3) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 카피수를 상승시키거나 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 발현이 증강되도록 동 유전자의 발현 조절서열이 변형됨으로써 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강된, (1)에 기재된 세균.
(4) 상기 유전자를 함유하는 낮은 카피수 벡터에 의한 세균의 형질전환에 의해 카피수가 상승된, (3)에 기재된 세균.
(5) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자가 에스세리키아속 세균 유래인, (2) 내지 (4)의 어느 하나에 기재된 세균.
(6) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자가 하기의 (A) 또는 (B)의 단백질을 암호화하는, (5)에 기재된 세균:
(A) 서열표의 서열2에 기재된 아미노산 서열을 갖는 단백질;
(B) 서열표의 서열2에 기재된 아미노산 서열에서 1 또는 수개의 아미노산의 결실, 치환, 삽입 또는 부가를 포함하는 아미노산 서열을 가지며 또한 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성을 갖는 단백질.
(7) 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자가 하기의 (a) 또는 (b)의 DNA를 함유하는, (5)에 기재된 세균:
(a) 서열번호 1의 염기번호 1 내지 1191의 염기서열을 갖는 DNA;
(b) 서열번호 1의 염기번호 1 내지 1191의 염기서열 또는 본 염기서열로부터 제조될 수 있는 프로브와 엄격한 조건(stringent condition)하에 하이브리드화할 수 있으며 또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성을 갖는 단백질을 암호화하는 DNA.
(8) 엄격한 조건이 1×SSC 및 0.1% SDS에 상당하는 염 농도 및 60℃에서 세정을 실시하는 조건인, (7)에 기재된 세균.
(9) 트레오닌에 의한 피드백 억제에 내성인 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I을 암호화하는 변이형 thrA 유전자, 호모세린 키나제를 암호화하는 thrB 유전자, 트레오닌 신타제를 암호화하는 thrC 유전자, 및 막 관통 단백질이라고 예상되는 단백질을 암호화하는 rhtA 유전자로 이루어진 그룹에서 선택되는 1 또는 2개 이상의 유전자의 발현이 증강되도록 추가로 변형된, (1) 내지 (8) 중 어느 하나에 기재된 세균.
(10) 변이형 thrA 유전자, thrB 유전자, thrC 유전자 및 rhtA 유전자의 발현량이 상승되도록 변형시킨, (9)에 기재된 세균.
(11) (1) 내지 (10) 중 어느 하나에 기재된 세균을 배지중에서 배양하여, 배지중에 L-트레오닌을 생성 및 축적시켜 본 배지로부터 L-트레오닌을 채취하는 것을 특징으로 하는 L-트레오닌의 제조방법.
이하, 본 발명을 상세하게 설명한다.
본 발명의 세균은 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강되도록 변형시킨, L-트레오닌을 생산하는 에스세리키아속에 속하는 세균이다.
본 발명에 사용할 수 있는 에스세리키아속 세균은 특별히 제한되지 않지만, 예를 들면, Neidhardt, F.C. 등에 의해 기재되어 있는 세균[참조: Escherichia coli and Salmonella typhimurium, American Society for Microbiology, Washington D.C., 1208, 표 1]을 들 수 있다.
본 명세서에서 「L-트레오닌을 생산하는 세균」이란 본 발명의 세균을 배지에서 배양할 시, 본 배지중에 L-트레오닌을 축적하는 능력을 갖는 세균을 의미한다. L-트레오닌 생산능은 육종에 의해 부여 또는 증강될 수 있다.
「아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성」이라는 용어는 피리독살 5'-인산을 사용하여, 옥살로아세트산 및 L-글루탐산으로부터 L-아스파라긴산을 생성하며, α-케토글루타르산을 유리하는 반응을 촉매하는 활성을 의미한다.
「아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강되도록 변형한다」라는 용어는 세포당 활성이 비변형주, 예를 들면, 야생주의 활성보다 높아지는 것을 의미한다. 예를 들면, 세포당 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 분자의 수가 상승하는 경우, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 분자당 비(比)활성이 상승하는 경우 등을 들 수 있다. 또한, 비교 대조로서의 야생주로서는 예를 들면, 에스세리키아·콜라이 K-12를 들 수 있다. 세포내의 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증강된 결과, 배지에 축적되는 L-트레오닌의 양이 상승한다는 효과가 얻어진다.
세균 세포내의 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성의 증강은 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 유전자의 발현을 증강함으로써 달성할 수 있다. 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자로서는 에스세리키아속 세균 유래의 유전자 및 코리네형 세균 등과 같은 다른 세균에 유래하는 유전자 중 어느 것이나 사용할 수 있다. 이들 유전자 중에서는 에스세리키아속 세균 유래의 유전자가 바람직하다.
에스세리키아·콜라이의 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 유전자인 aspC는 이미 규명되어 있다(GenBank 수탁번호 NC O00913.1, gi: 16128895의 서열의 983742 내지 984932번). 따라서, aspC 유전자는 본 유전자의 서열에 근거하여 제조한 프라이머를 사용하는 PCR(폴리머라제 연쇄반응: [참조: White, T.J. et al., Trends Genet., 5, 185(1989)])에 의해 취득할 수 있다. 동일하게 하여, 다른 미생물의 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 유전자를 취득할 수 있다.
에스세리키아·콜라이를 기원으로 하는 aspC 유전자는 하기의 (A) 또는 (B)의 단백질을 암호화하는 DNA를 들 수 있다.
(A) 서열표의 서열번호 2에 기재된 아미노산 서열을 갖는 단백질;
(B) 서열표의 서열번호 2에 기재된 아미노산 서열에서 1 또는 수개의 아미노산의 결실, 치환, 삽입 또는 부가를 포함하는 아미노산 서열을 가지며 또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성을 갖는 단백질.
여기서, 「수개」의 아미노산의 수는 단백질의 삼차원 구조에서의 아미노산 잔기의 위치 또는 종류에 따라 상이하다. 이러한 수는 단백질(A)에서는 2 내지 30, 바람직하게는 2 내지 15, 보다 바람직하게는 2 내지 5일 수 있다. 이것은 하기의 이유에 기인한다. 몇개의 아미노산은 서로 높은 상동성을 가지며 이러한 아미노산의 차이는 단백질의 삼차원 구조 및 이의 활성에 큰 영향을 미치지 않는다. 따라서 단백질(B)은 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 구성하는 전체 아미노산 잔기에 대해 30 내지 50% 이상, 바람직하게는 50 내지 70% 이상의 상동성을 가지며 또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성을 갖는 것일 수 있다.
상기한 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제와 실질적으로 동일한 단백질을 암호화하는 DNA는 예를 들면, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제(서열번호 2)를 암호화하는 DNA의 염기서열을 예를 들면, 부위 특이적 변이법에 의해 1 또는 2이상의 특정 부위의 아미노산 잔기가 결실, 치환, 삽입 또는 부가를 포함하도록 변형함으로써 취득할 수 있다. 상기와 같은 변형된 DNA는 일반적으로 공지된 변이처리법에 의해서도 취득할 수 있다. 이러한 처리로서는 본 발명의 단백질을 암호화하는 DNA를 하이드록실아민으로 처리하는 방법 또는 본 DNA를 보유하는 세균을 자외선 조사 또는 N-메틸-N'-니트로-N-니트로소구아니딘 또는 아질산 등의 변이제에 의해 처리하는 방법을 들 수 있다.
아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제와 실질적으로 동일한 단백질을 암호화하는 DNA는 상기와 같은 변이를 갖는 DNA를 적당한 세포에서 발현시켜 발현 산물의 활성을 조사함으로써 취득할 수 있다. 또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제와 실질 적으로 동일한 단백질을 암호화하는 DNA는 변이를 갖는 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 DNA 또는 이것을 보유하는 세포로부터, 예를 들면, 엄격한 조건하에 서열표에 서열번호 1로서 기재되는 염기서열을 갖는 프로브와 하이브리드화하며 또한, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성을 갖는 단백질을 암호화하는 DNA를 단리함으로써 취득할 수 있다. 여기서 「엄격한 조건」이란 소위 특이적 하이브리드가 형성되며, 비특이적 하이브리드가 형성되지 않는 조건이다. 이러한 조건을 수치로 명확하게 나타내는 것은 곤란하지만, 예를 들면, 엄격한 조건으로서는 높은 상동성을 갖는 DNA, 예를 들면, 서로 50% 이상, 바람직하게는 70% 이상, 보다 바람직하게는 90% 이상의 상동성을 갖는 DNA끼리 하이브리드화하며, 이보다 낮은 상동성을 갖는 DNA끼리 하이브리드화하지 않는 조건을 들 수 있다. 또는 엄격한 조건으로서는 서던 하이브리드화에서 세정의 통상적인 조건, 즉 60℃에서 1×SSC, 0.1% SDS, 바람직하게는 0.1×SSC, 0.1% SDS에 상당하는 염 농도에서 DNA가 서로 하이브리드화하는 조건이 예시된다.
프로브로서는 서열번호 1의 염기서열의 부분서열도 또한 사용할 수 있다. 이러한 프로브는 프라이머로서 서열번호 1의 염기서열에 근거하여 제조되는 올리고뉴클레오타이드 및 주형으로서 서열번호 1의 염기서열을 갖는 DNA 단편을 사용하는 PCR에 의해 제조될 수 있다. 약 300bp 길이의 DNA 단편을 프로브로서 사용하는 경우, 하이브리드화의 세정조건은 예를 들면, 50℃, 2×SSC 및 0.1% SDS를 포함한다.
상기와 같은 뉴클레오타이드의 치환, 결실, 삽입 또는 부가에는 예를 들면, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 갖는 세균의 개체에서의 차이 또는 종 또는 속 에서의 차이에 의해 자연적으로 생기는 변이(돌연변이체 또는 변형체)도 포함된다.
단백질을 암호화하는 DNA에 의한 세균의 형질전환이란 예를 들면, 통상적인 방법에 따라 본 발명의 단백질을 암호화하는 유전자의 발현을 증강시키며, 세균 세포내의 본 단백질의 활성을 증강시키기 위해 상기 DNA를 세균 세포로 도입하는 것을 의미한다.
유전자 발현을 증강시키는 방법에는 유전자 카피수를 증가시키는 방법이 포함된다. 에스세리키아속 세균중에서 기능하는 벡터에 유전자를 도입함으로써 유전자의 카피수가 증가된다. 이러한 목적을 위해 낮은 카피수의 벡터가 바람직하게 사용될 수 있다. 낮은 카피수의 벡터의 예로서는 pSC101, pMW118, pMW119 등을 들 수 있다.
또한, 유전자 발현의 증강은 예를 들면, 상동 재조합 등의 방법에 따라 세균 염색체에 유전자를 다중 카피로 도입함으로써 달성할 수 있다. 형질전환의 방법으로서는 지금까지 보고되어 있는 공지된 모든 방법을 채용할 수 있다. 예를 들면, 에스세리키아·콜라이 K-12로 보고되어 있는 수용균 세포를 염화칼슘으로 처리하여, DNA의 투과성을 상승시키는 방법[참조: Mandel, M. and Higa, A., J. Mol. Biol., 53, 159(1970)]을 채용할 수 있다.
한편, 유전자 발현의 증강은 본 발명의 DNA를 강력한 프로모터의 제어하에 놓이게 함으로써 달성할 수 있다. 예를 들면, lac 프로모터, trp 프로모터, trc 프로모터, 람다 파지의 PR, PL 프로모터는 강력한 프로모터로서 공지되어 있다. 강력한 프로모터의 사용은 유전자 카피수의 증폭과 조합할 수 있다.
또한, 예를 들면, 프로모터의 하류에 위치하는 유전자의 전사 수준이 증가되도록 프로모터에 변이를 도입함으로써 프로모터를 증강시킬 수 있다. 또한, 리보솜 결합부위(RBS)와 개시 코돈 사이의 스페이서(spacer) 영역의 몇개의 염기, 특히 개시 코돈의 바로 상류의 염기의 치환이 mRNA 해독능에 큰 영향을 미치는 것이 공지되어 있다. 예를 들면, 개시 코돈 전의 3개의 뉴클레오타이드의 성질에 따라 발현 수준이 20배의 범위로 변화되는 것이 밝혀졌다[참조: Gold et al., Annu. Rev. Mocrobiol., 35, 365-403, 1981; Hui et al., EMBO J., 3, 623-629, 1984]. 이전에, 본 발명자등은 rhtA 23변이는 ATG 개시 코돈으로부터 마이너스 1위치에서의 G에서 A로의 치환인 것을 기재하였다[참조: ABSTRACTS of 17th International Congress of Biochemistry and Molecular Biology in conjugation with 1997 Annual Meeting of the American Society for Biochemistry and Molecular biology, San Francisco, California August 24-29, 1997, abstract No.457]. 이에 따라 rhtA 23변이는 rhtA 유전자의 발현을 증강시키며 그 결과, 트레오닌, 호모세린 및 세포외로 수송되는 다른 몇개의 물질에 대한 내성을 증강시키는 것이 시사된다.
또한, 세균의 염색체 위의 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 프로모터 영역에 강력한 프로모터로 변형되도록 하는 변이를 도입할 수 있다. 발현 조절서열의 변형은 예를 들면, 국제공개 WO 제00/18935호 및 일본 특허공보 제(평)1-215280호에 개시되어 있는 바와 같은 온도 감수성 플라스미드를 사용하는 유전자 치환과 동일하게 하여, 실시할 수 있다. 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 카피수는 세균의 염색체 DNA에 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자를 다중 카피로 도입함으로써 달성할 수 있다. 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자를 다중 카피로 세균 염색체에 도입하기 위해서는, 표적인 염색체 DNA 위에 존재하는 다중 카피의 서열을 사용하여 상동 재조합을 한다. 염색체에서 상부에 다중 카피로 존재하는 서열로서는 전위인자의 말단에 존재하는 역반복을 사용할 수 있다. 또한, 일본 공개특허공보 제(평)2-109985호에 개시되어 있는 바와 같이 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자를 트랜스포존에 편입하고 이것을 전이시켜 염색체 DNA에 본 유전자를 다중 카피로 도입할 수 있다.
플라스미드 DNA의 제조, DNA의 소화와 라이게이션, 형질전환, 프라이머로서의 올리고뉴클레오타이드의 선택 등의 방법은 당업자에 잘 알려진 통상적인 방법으로 실시할 수 있다. 이들 방법은 예를 들면, 문헌[참조: SamBrook, J., Fritsch, E.F., and Maniatis, T., "Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second Edition", Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)]에 기재되어 있다.
본 발명의 세균은 L-트레오닌 생산능을 원래 갖는 세균에 상기한 DNA를 도입함으로써 취득될 수 있다. 또는 본 발명의 세균은 이미 상기 DNA를 가지는 세균에 L-트레오닌 생산능을 부여함으로써 취득될 수 있다.
aspC 유전자에 의해 암호화되는 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제의 활성이 증강되는 친주로서는 에스세리키아·콜라이 VKPM B-3996주(미국 특허 제5,175,107호, 제5,705,371호), 에스세리키아·콜라이 NRRL-21593주(미국 특허 제5,939,307 호), 에스세리키아·콜라이 FERM BP-3756주(미국 특허 제5,474,918호), 에스세리키아·콜라이 FERM BP-3519주 및 FERM BP-3520주(미국 특허 제5,376,538호), 에스세리키아·콜라이 MG442주[참조: Gusyatiner et al., Genetika(in Russian), 14, 947-956(1978)], 에스세리키아·콜라이 VL643주 및 VL2055주(EP 1149911 A) 등의 트레오닌 생산성 에스세리키아속 세균을 사용할 수 있다.
B-3996주는 thrC 유전자가 결손되었으며 수크로스 자화성이고, ilvA 유전자에 누출성 변이를 갖고 있다. 본 주는 트레오닌 및 호모세린에 대한 고도한 내성에 관여하는 rht 유전자에 변이를 갖고 있다. B-3996주는 트레오닌에 의한 피드백 내성이 실질적으로 해제된 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I을 암호화하는 변이형 thrA 유전자를 함유하는 thrA*BC 오페론을 RSF1010 유래의 벡터에 삽입함으로써 취득되는 플라스미드 pVIC40을 보유하고 있다. B-3996주는 1987년 4월 7일에 Russian National Collection of Industrial Microorganisms(VKPM)(주소: Dorozhny proezd. 1, Moscow 113545, Russian Federation)에 B-3996의 수탁번호로 기탁되어 있다.
본 발명의 세균은 aspC 유전자에 추가하여, 하기의 그룹에서 선택되는 1 또는 2개 이상의 유전자의 발현이 증강되도록 다시 변형되는 것이 바람직하다.
·트레오닌에 의한 피드백 억제에 내성인 아스파르트키나제-호모세린데하이드로게나제 I를 암호화하는 변이형 thrA 유전자
·호모세린 키나제를 암호화하는 thrB 유전자
·트레오닌 신타제를 암호화하는 thrC 유전자
·막 관통 단백질이라고 예상되는 단백질을 암호화하는 rhtA 유전자
상기 세균의 가장 바람직한 양태는 aspC 유전자, 변이형 thrA 유전자, thrB 유전자, thrC 유전자 및 rhtA 유전자의 발현량이 상승되도록 변형한 세균이다.
본 발명의 방법은 본 발명의 세균을 배지에서 배양하여, 배지중에 L-트레오닌을 생성 및 축적시켜 본 배지로부터 L-트레오닌을 채취하는 L-트레오닌의 제조법을 포함한다.
본 발명에서는 배양, L-아미노산의 배지로부터의 채취 및 정제 등을 미생물을 사용하여 아미노산을 생산하는 통상적인 발효법과 동일한 방식으로 실시할 수 있다. 배양에 사용되는 배지는 탄소원, 질소원, 무기질 및 필요에 따라 미생물이 육성되기 위해 필요한 적량의 영양분을 함유하는 것이면, 합성배지 또는 천연배지의 어떤 것이라도 양호하다. 탄소원으로서는 글루코스 및 수크로스와 같은 각종 탄수화물 및 각종 유기산을 들 수 있다. 사용되는 미생물의 동화의 형태에 따라 에탄올 및 글리세롤과 같은 알콜도 사용할 수 있다. 질소원으로서는 암모니아 및 황산암모늄과 같은 각종 암모늄염, 아민과 같은 다른 질소 화합물, 펩톤, 대두 가수분해물 및 발효성 미생물의 소화물과 같은 천연의 질소원이 사용된다. 무기물로서는 인산1칼륨, 황산마그네슘, 염화나트륨, 황산제일철, 황산망간, 염화칼슘 등이 사용된다. 비타민으로서는 티아민, 효모 추출물 등이 사용된다.
배양은 진탕배양 및 통기(通氣) 교반배양과 같은 호기적인 조건하에, 온도는 20 내지 40℃, 바람직하게는 30 내지 38℃ 사이에서 실시하는 것이 바람직하다. 배양중의 pH는 통상적으로 5 내지 9, 바람직하게는 6.5 내지 7.2 사이이다. 배양 의 pH는 암모니아, 탄산칼슘, 각종 산, 각종 염기 및 완충액으로 조정할 수 있다. 통상적으로 1 내지 5일 동안의 배양으로 배양액 중에 L-트레오닌이 축적된다.
배양 후에 원심분리나 막 여과에 의해 세포와 같은 고형물을 배양액으로부터 제거하며, 계속해서 이온교환, 농축 및 결정법에 의해 채취 및 정제할 수 있다.
본 발명을 실시하기 위한 최선의 형태
이하, 본 발명을 실시예에 의해 보다 구체적으로 설명한다.
실시예 1 에스세리키아·콜라이의 aspC 유전자의 pMW119 벡터로의 클로닝
aspC 유전자는 서열번호 3 및 4에 기재된 프라이머를 사용하는 PCR에 의해 에스세리키아·콜라이 K-12주의 염색체 DNA에서 취득한다. 수득된 DNA 단편을 제한효소 PvuII 및 StuI로 처리하며, Plac 프로모터의 제어하에 있도록, 미리 제한효소 HincII 및 EcoRI로 처리한 안정적인 낮은 카피 플라스미드 pMW119(pSC101 레플리콘)에 연결한다. 이와 같이 하여 플라스미드 pM-Plac-aspC를 구축한다. 또한, aspC 유전자를 Plac 프로모터 대신에 강력한 람다 파지의 Pr 프로모터의 제어하에 놓는다. Pr 프로모터를 함유하는 2본쇄 DNA는 서열표의 서열번호 5 및 6에 기재되는 화학합성된 5'-인산화올리고뉴클레오타이드를 사용하여 작제한다. 계속해서, 이러한 2본쇄 DNA를 미리 PvuII 및 HindIII로 처리한 pMW-Plac-aspC 플라스미드에 연결한다. 이와 같이 하여 pM-PR-aspC 플라스미드를 구축한다.
이들 플라스미드를 사용함으로써 aspC 유전자를 비제어된 고 수준으로 발현시킬 수 있다. 플라스미드 pMW-Plac-aspC 및 플라스미드 pM-PR-aspC는 플라스미드 pVIC40(pRSF1010 레플리콘)과 화합성이므로 이들 2개의 플라스미드, pVIC40 및 pMW-Plac-aspC 또는 pVIC40 및 pM-PR-aspC는 세균속에서 동시에 유지될 수 있다.
플라스미드 pMW-Plac-aspC 및 pM-PR-aspC는 각각 스트렙토마이신 내성의 트레오닌 생산성 에스세리키아·콜라이 B-3996주(미국 특허 제5,175,107호)에 도입된다. 이와 같이 하여 B-3996(pMW-Plac-aspC) 및 B-3996(pM-PR-aspC)이 수득된다.
실시예 2 트레오닌 생산에 대한 aspC 유전자 증폭의 효과
에스세리키아·콜라이 B-3996(pMW-Plac-aspC) 및 B-3996(pM-PR-aspC)을 스트렙토마이신(100μg/ml)을 함유하는 L-한천 플레이트 위에서 37℃에서 18 내지 24시간 동안 배양한다. 이어서, 1개 백금이(耳) 분량의 세포를 하기 조성의 L-배지 50ml로 옮긴다: 트립톤 10g/l, 효모 추출물 5g/l, NaCl 5g/l. 진탕기(240rpm)를 사용하여, 37℃에서 5시간 이내로 배양한 세포(50ml, OD540: 2o.u.)를 450ml의 발효 배지에 접종한다. 1.0L 용량의 연구용 발효기를 사용하여, 37℃에서 1200rpm로 교반하며, 통기(1/1 vvm)하에 회분 발효를 실시한다. pH는 8% 암모니아 수용액을 사용하여, 자동적으로 6.6으로 유지한다. 결과를 표1에 기재한다.
[발효 배지의 구성 (g/L)]
수크로스 100.0
NH4Cl 1.75
KH2PO4 1.0
MgSO4·7H2O 0.8
FeSO4·7H2O O.O1
MnSO4·5H2O 0.01
두유 농축물(TN) 0.15
베타인 1.0
L-이소루이신 0.2
수크로스 및 황산마그네슘은 별개로 멸균한다. pH는 6.6으로 조정한다.
균주 부가적
aspC 유전자
시간,
OD540 트레오닌,
g/l
B-3996 - 19.1
18.4
34.6
33.8
45.0
43.8
B-3996
(pMW-Plac-aspC)
+ 17.5
18.5
18.5
18.3
29.8
30.6
30.8
30.0
45.2
45.8
45.9
46.2
18.2±0.5 30.3±0.5 45.9±0.4
B-3996
(pMW-Pr-aspC)
+ 16.0
18.0
17.8
18.3
32.0
30.8
29.4
30.0
45.4
46.5
45.8
45.2
17.9±1.0 30.4±1.1 45.6±0.6

본 발명에 따라, L-트레오닌을 효율적으로 제조할 수 있다.
<110> Ajinomoto Co., Inc. <120> Process for producing L-threonine with the use of bacterium belonging to the genus Escherichia <130> C042AYOP1313 <150> RU 2002104983 <151> 2002-02-27 <160> 6 <170> KopatentIn 1.7 <210> 1 <211> 1191 <212> DNA <213> Escherichia coli <220> <221> CDS <222> (1)..(1191) <400> 1 atg ttt gag aac att acc gcc gct cct gcc gac ccg att ctg ggc ctg 48 Met Phe Glu Asn Ile Thr Ala Ala Pro Ala Asp Pro Ile Leu Gly Leu 1 5 10 15 gcc gat ctg ttt cgt gcc gat gaa cgt ccc ggc aaa att aac ctc ggg 96 Ala Asp Leu Phe Arg Ala Asp Glu Arg Pro Gly Lys Ile Asn Leu Gly 20 25 30 att ggt gtc tat aaa gat gag acg ggc aaa acc ccg gta ctg acc agc 144 Ile Gly Val Tyr Lys Asp Glu Thr Gly Lys Thr Pro Val Leu Thr Ser 35 40 45 gtg aaa aag gct gaa cag tat ctg ctc gaa aat gaa acc acc aaa aat 192 Val Lys Lys Ala Glu Gln Tyr Leu Leu Glu Asn Glu Thr Thr Lys Asn 50 55 60 tac ctc ggc att gac ggc atc cct gaa ttt ggt cgc tgc act cag gaa 240 Tyr Leu Gly Ile Asp Gly Ile Pro Glu Phe Gly Arg Cys Thr Gln Glu 65 70 75 80 ctg ctg ttt ggt aaa ggt agc gcc ctg atc aat gac aaa cgt gct cgc 288 Leu Leu Phe Gly Lys Gly Ser Ala Leu Ile Asn Asp Lys Arg Ala Arg 85 90 95 acg gca cag act ccg ggg ggc act ggc gca cta cgc gtg gct gcc gat 336 Thr Ala Gln Thr Pro Gly Gly Thr Gly Ala Leu Arg Val Ala Ala Asp 100 105 110 ttc ctg gca aaa aat acc agc gtt aag cgt gtg tgg gtg agc aac cca 384 Phe Leu Ala Lys Asn Thr Ser Val Lys Arg Val Trp Val Ser Asn Pro 115 120 125 agc tgg ccg aac cat aag agc gtc ttt aac tct gca ggt ctg gaa gtt 432 Ser Trp Pro Asn His Lys Ser Val Phe Asn Ser Ala Gly Leu Glu Val 130 135 140 cgt gaa tac gct tat tat gat gcg gaa aat cac act ctt gac ttc gat 480 Arg Glu Tyr Ala Tyr Tyr Asp Ala Glu Asn His Thr Leu Asp Phe Asp 145 150 155 160 gca ctg att aac agc ctg aat gaa gct cag gct ggc gac gta gtg ctg 528 Ala Leu Ile Asn Ser Leu Asn Glu Ala Gln Ala Gly Asp Val Val Leu 165 170 175 ttc cat ggc tgc tgc cat aac cca acc ggt atc gac cct acg ctg gaa 576 Phe His Gly Cys Cys His Asn Pro Thr Gly Ile Asp Pro Thr Leu Glu 180 185 190 caa tgg caa aca ctg gca caa ctc tcc gtt gag aaa ggc tgg tta ccg 624 Gln Trp Gln Thr Leu Ala Gln Leu Ser Val Glu Lys Gly Trp Leu Pro 195 200 205 ctg ttt gac ttc gct tac cag ggt ttt gcc cgt ggt ctg gaa gaa gat 672 Leu Phe Asp Phe Ala Tyr Gln Gly Phe Ala Arg Gly Leu Glu Glu Asp 210 215 220 gct gaa gga ctg cgc gct ttc gcg gct atg cat aaa gag ctg att gtt 720 Ala Glu Gly Leu Arg Ala Phe Ala Ala Met His Lys Glu Leu Ile Val 225 230 235 240 gcc agt tcc tac tct aaa aac ttt ggc ctg tac aac gag cgt gtt ggc 768 Ala Ser Ser Tyr Ser Lys Asn Phe Gly Leu Tyr Asn Glu Arg Val Gly 245 250 255 gct tgt act ctg gtt gct gcc gac agt gaa acc gtt gat cgc gca ttc 816 Ala Cys Thr Leu Val Ala Ala Asp Ser Glu Thr Val Asp Arg Ala Phe 260 265 270 agc caa atg aaa gcg gcg att cgc gct aac tac tct aac cca cca gca 864 Ser Gln Met Lys Ala Ala Ile Arg Ala Asn Tyr Ser Asn Pro Pro Ala 275 280 285 cac ggc gct tct gtt gtt gcc acc atc ctg agc aac gat gcg tta cgt 912 His Gly Ala Ser Val Val Ala Thr Ile Leu Ser Asn Asp Ala Leu Arg 290 295 300 gcg att tgg gaa caa gag ctg act gat atg cgc cag cgt att cag cgt 960 Ala Ile Trp Glu Gln Glu Leu Thr Asp Met Arg Gln Arg Ile Gln Arg 305 310 315 320 atg cgt cag ttg ttc gtc aat acg ctg cag gaa aaa ggc gca aac cgc 1008 Met Arg Gln Leu Phe Val Asn Thr Leu Gln Glu Lys Gly Ala Asn Arg 325 330 335 gac ttc agc ttt atc atc aaa cag aac ggc atg ttc tcc ttc agt ggc 1056 Asp Phe Ser Phe Ile Ile Lys Gln Asn Gly Met Phe Ser Phe Ser Gly 340 345 350 ctg aca aaa gaa caa gtg ctg cgt ctg cgc gaa gag ttt ggc gta tat 1104 Leu Thr Lys Glu Gln Val Leu Arg Leu Arg Glu Glu Phe Gly Val Tyr 355 360 365 gcg gtt gct tct ggt cgc gta aat gtg gcc ggg atg aca cca gat aac 1152 Ala Val Ala Ser Gly Arg Val Asn Val Ala Gly Met Thr Pro Asp Asn 370 375 380 atg gct ccg ctg tgc gaa gcg att gtg gca gtg ctg taa 1191 Met Ala Pro Leu Cys Glu Ala Ile Val Ala Val Leu 385 390 395 <210> 2 <211> 396 <212> PRT <213> Escherichia coli <400> 2 Met Phe Glu Asn Ile Thr Ala Ala Pro Ala Asp Pro Ile Leu Gly Leu 1 5 10 15 Ala Asp Leu Phe Arg Ala Asp Glu Arg Pro Gly Lys Ile Asn Leu Gly 20 25 30 Ile Gly Val Tyr Lys Asp Glu Thr Gly Lys Thr Pro Val Leu Thr Ser 35 40 45 Val Lys Lys Ala Glu Gln Tyr Leu Leu Glu Asn Glu Thr Thr Lys Asn 50 55 60 Tyr Leu Gly Ile Asp Gly Ile Pro Glu Phe Gly Arg Cys Thr Gln Glu 65 70 75 80 Leu Leu Phe Gly Lys Gly Ser Ala Leu Ile Asn Asp Lys Arg Ala Arg 85 90 95 Thr Ala Gln Thr Pro Gly Gly Thr Gly Ala Leu Arg Val Ala Ala Asp 100 105 110 Phe Leu Ala Lys Asn Thr Ser Val Lys Arg Val Trp Val Ser Asn Pro 115 120 125 Ser Trp Pro Asn His Lys Ser Val Phe Asn Ser Ala Gly Leu Glu Val 130 135 140 Arg Glu Tyr Ala Tyr Tyr Asp Ala Glu Asn His Thr Leu Asp Phe Asp 145 150 155 160 Ala Leu Ile Asn Ser Leu Asn Glu Ala Gln Ala Gly Asp Val Val Leu 165 170 175 Phe His Gly Cys Cys His Asn Pro Thr Gly Ile Asp Pro Thr Leu Glu 180 185 190 Gln Trp Gln Thr Leu Ala Gln Leu Ser Val Glu Lys Gly Trp Leu Pro 195 200 205 Leu Phe Asp Phe Ala Tyr Gln Gly Phe Ala Arg Gly Leu Glu Glu Asp 210 215 220 Ala Glu Gly Leu Arg Ala Phe Ala Ala Met His Lys Glu Leu Ile Val 225 230 235 240 Ala Ser Ser Tyr Ser Lys Asn Phe Gly Leu Tyr Asn Glu Arg Val Gly 245 250 255 Ala Cys Thr Leu Val Ala Ala Asp Ser Glu Thr Val Asp Arg Ala Phe 260 265 270 Ser Gln Met Lys Ala Ala Ile Arg Ala Asn Tyr Ser Asn Pro Pro Ala 275 280 285 His Gly Ala Ser Val Val Ala Thr Ile Leu Ser Asn Asp Ala Leu Arg 290 295 300 Ala Ile Trp Glu Gln Glu Leu Thr Asp Met Arg Gln Arg Ile Gln Arg 305 310 315 320 Met Arg Gln Leu Phe Val Asn Thr Leu Gln Glu Lys Gly Ala Asn Arg 325 330 335 Asp Phe Ser Phe Ile Ile Lys Gln Asn Gly Met Phe Ser Phe Ser Gly 340 345 350 Leu Thr Lys Glu Gln Val Leu Arg Leu Arg Glu Glu Phe Gly Val Tyr 355 360 365 Ala Val Ala Ser Gly Arg Val Asn Val Ala Gly Met Thr Pro Asp Asn 370 375 380 Met Ala Pro Leu Cys Glu Ala Ile Val Ala Val Leu 385 390 395 <210> 3 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:primer <400> 3 gctacttacg aattccgttt gtcatcagtc tcagcc 36 <210> 4 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence:primer <400> 4 cctagatcac agctgatgtt tgagaacatt accgcc 36 <210> 5 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 5 ttgactattt tacctctggc ggtgataatg gtccca 36 <210> 6 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 6 agcttgggac cattatcacc gccagaggta aaatagtcaa 40

Claims (13)

  1. 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자의 카피수(copy number)를 증가시키거나, 당해 유전자의 다중 카피를 세균성 염색체 내로 도입하거나, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제를 암호화하는 DNA를 강력한 프로모터의 조절하에 놓음으로써 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 활성이 증가되도록 변형시킨 세균으로서, 이때 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자가 서열번호 2의 아미노산 서열을 암호화하는 유전자인, L-트레오닌을 생산하는 에스세리키아 속(Escherichia)에 속하는 세균.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 삭제
  5. 제1항에 있어서, 에스세리키아 속에 속하는 세균이 에스세리키아 콜라이(Escherichia coli)인 세균.
  6. 삭제
  7. 제1항 또는 제5항에 있어서, 아스파라긴산 아미노트랜스퍼라제 유전자가 서열번호 1의 염기번호 1 내지 1191의 염기서열을 갖는 DNA를 함유하는 세균.
  8. 삭제
  9. 제1항 또는 제5항에 있어서, 트레오닌에 의한 피드백 억제에 내성인 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I을 암호화하는 변이형 thrA 유전자, 호모세린키나제를 암호화하는 thrB 유전자, 트레오닌신타제를 암호화하는 thrC 유전자, 및 막 관통 단백질이라고 예상되는 단백질을 암호화하는 rhtA 유전자로 이루어진 그룹에서 선택되는 1 또는 그 이상의 유전자의 발현이 증강되도록 추가로 변형시킨 세균으로서, 이때 유전자의 발현이 유전자의 카피수를 증가시키거나, 유전자의 다중 카피를 세균성 염색체 내로 도입하거나, 유전자의 DNA를 강력한 프로모터의 조절하에 놓음으로써 증강되는, 세균.
  10. 제7항에 있어서, 트레오닌에 의한 피드백 억제에 내성인 아스파르토키나제-호모세린 데하이드로게나제 I을 암호화하는 변이형 thrA 유전자, 호모세린키나제를 암호화하는 thrB 유전자, 트레오닌신타제를 암호화하는 thrC 유전자, 및 막 관통 단백질이라고 예상되는 단백질을 암호화하는 rhtA 유전자로 이루어진 그룹에서 선택되는 1 또는 그 이상의 유전자의 발현이 증강되도록 추가로 변형된 세균으로서, 이때 유전자의 발현이 유전자의 카피수를 증가시키거나, 유전자의 다중 카피를 세균성 염색체 내로 도입하거나, 유전자의 DNA를 강력한 프로모터의 조절하에 놓음으로써 증강되는, 세균.
  11. 제1항 또는 제5항에 따른 세균을 배양 배지중에서 배양하여, 배양 배지중에 L-트레오닌을 생성 및 축적시키고, 당해 배양 배지로부터 L-트레오닌을 채취하는 것을 특징으로 하는 L-트레오닌의 제조방법.
  12. 제7항에 따른 세균을 배양 배지중에서 배양하여, 배양 배지중에 L-트레오닌을 생성 및 축적시키고, 당해 배양 배지로부터 L-트레오닌을 채취하는 것을 특징으로 하는 L-트레오닌의 제조방법.
  13. 삭제
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