JPWO2021099499A5

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Publication number: JPWO2021099499A5
Application number: JP2022529374A
Authority: JP
Publication date: 2023-11-09

Claims

少なくとも１つの濃度の少なくとも１つの抗菌剤または抗菌剤クラスの存在下で、レポーターとして単一の定量的リアルタイムＰＣＲアッセイを実施して、少なくとも１つの抗菌剤または１つの抗菌剤クラスに対して類似または同一の臨床的ブレイクポイントを有する細菌または真菌の標的群の抗菌剤感受性を同時に同定および判定することを含み、
前記細菌または真菌の標的群の前記同定が、前記細菌または真菌の標的群に特異的なシグナルを検出することによるものであり、
前記細菌または真菌の標的群が、分類学上の目、分類学上の科、分類学上の属または分類学上の種を含む、方法。
前記特異的なシグナルが、前記細菌または真菌の標的群に由来しない標的遺伝子と比較して、前記細菌または真菌の標的群に由来する標的遺伝子に対してより選択的にハイブリダイズするプライマーオリゴヌクレオチドおよびプローブオリゴヌクレオチドを使用することによって検出される、請求項１に記載の方法。
前記標的遺伝子が、ｒｐｌＰ、ｏｍｐＡ、ｔｕｆ、ｒｐｏＢ、ｄｄｌ、ｄｄｌＡ、ｆｄｎＧ、ｓｏｄＡ、ｇｙｒＢ、Ｏ抗原アセチル化酵素、ｅｃｆＸ、ｔｕｓＡ、ＣＰＥ、ｓｉｐ、およびｎｕｃから選択される、請求項２に記載の方法。
－前記細菌または真菌の標的群に由来しない第２の標的遺伝子と比較して、標的細菌または真菌の標的群に由来する第２の標的遺伝子に対してより選択的にハイブリダイズする追加のプライマーオリゴヌクレオチドおよびプローブオリゴヌクレオチドを用いて、前記細菌または真菌の標的群の同定を検証する工程；または
－抗菌剤感受性表現型または毒素表現型もしくは病原性表現型の機序を決定する工程；または
検証する工程、および決定する工程の両方
から選択される工程を更に含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
細菌または真菌の２つ以上の標的群の抗菌剤感受性を同時に同定および判定することを更に含み、細菌または真菌の各標的群が、少なくとも１つの抗菌剤または１つの抗菌剤クラスに対して類似または同一の臨床的ブレイクポイントを有する、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
前記細菌または真菌の標的群が、血流感染症（ＢＳＩ）、胃腸感染症、呼吸器感染症、尿路感染症、鼻感染症、直腸感染症または創傷感染症に存在する、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
少なくとも１つの濃度の少なくとも１つの抗菌剤または抗菌剤クラスの存在下で、レポーターとして単一の多重化定量的リアルタイムＰＣＲアッセイを実施して、生物学的サンプルから複数の細菌株または真菌株の抗菌剤感受性を同時に同定および判定することを含む、方法。
前記生物学的サンプルが、全血、血漿、血清、赤血球画分、唾液、脳脊髄液、精液、尿、便、直腸スワブ、鼻腔スワブ、創傷スワブ、皮膚スワブ、胆汁、リンパ液、痰、洗浄液、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項７に記載の方法。
前記生物学的サンプルが、前記ＰＣＲアッセイを実施する前に培養される、請求項８に記載の方法。
前記複数の細菌株または真菌株が、少なくとも一つの抗菌剤または抗菌剤クラスに対して類似または同一の臨床的ブレイクポイントを有する細菌または真菌の少なくとも一つの群にグループ化される、請求項７～９のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の細菌株または真菌株が、細菌または真菌の２つ以上の群にグループ化され、細菌または真菌の各群が、少なくとも一つの抗菌剤または一つの抗菌剤クラスに対して類似または同一の臨床的ブレイクポイントを有する、請求項１０に記載の方法。
前記複数の細菌株または真菌株の前記同定が、複数の菌株特異的５’ヌクレアーゼ（ＴａｑＭａｎ）オリゴヌクレオチドプローブを利用し、各プローブが蛍光色素で標識され、各蛍光色素が別の蛍光色素とは異なる発光波長を有する、請求項７～１１のいずれか一項に記載の方法。
少なくとも１つの濃度の少なくとも１つの抗菌剤または抗菌剤のクラスの存在下で、単一の定量的リアルタイムＰＣＲアッセイを実行して、前記抗菌剤もしくは抗菌剤のクラスに対する標的細菌株もしくは真菌株または細菌もしくは真菌の標的群の感受性、中間および耐性（ＳＩＲ）情報を同時に同定および決定することを含み、前記標的株または標的群の前記同定およびＳＩＲ情報の前記決定が、ＰＣＲデータに関連する１つ以上の数学的関係から導出される、方法。
前記数学的関係が、異なる抗菌剤濃度または異なる抗菌剤間の相対的表現であり、ΔＣｔ、２＾（ΔＣｔ）、Δ変曲、ΔＡＦＩ、もしくはΔＥＲＩ、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項１３に記載の方法。
－前記標的細菌株もしくは真菌株または細菌もしくは真菌の標的群の前記同定を検証する工程；または
－抗菌剤感受性表現型または毒素表現型もしくは病原性表現型の機序を決定する工程；または
検証する工程、および決定する工程の両方
から選択される工程を更に含む、請求項１３または１４に記載の方法。
２つ以上の標的細菌株もしくは真菌株または細菌もしくは真菌の２つ以上の標的群の抗菌剤感受性を同定および判定することを更に含み、各標的株または標的群は、少なくとも一つの抗菌剤または一つの抗菌剤クラスに対して類似または同一の臨床的ブレイクポイントを有する、請求項１３～１５のいずれか一項に記載の方法。