CN110546279A - 使用ilv3基因的微生物的检测和划分 - Google Patents

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Abstract

公开了用于检测样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：执行核酸扩增反应以扩增真菌/酵母的ILV3基因；以及检测扩增产物以确定所述样品是否含有真菌/酵母感染。还提供了相应的引物、探针和试剂盒。

Description

使用ILV3基因的微生物的检测和划分
技术领域
本发明提供了在检测样品中是否存在真菌或酵母的情况下的新靶标。该靶标ILV3编码二羟酸脱水酶，并且由于缺乏与人类基因组的任何序列同一性而尤其可用于临床诊断应用中。提供了引物和探针，所述引物和探针允许确定样品中是否存在Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans。一旦确定了真菌或酵母的存在，就有用地获得了该物种的身份，例如以引导疗法。除了使用单一引物/探针组来进行泛Candida和泛Aspergillus检测外，还提供了物种特异性引物对，所述物种特异性引物对使得能够确定样品中的Candida或Aspergillus物种。解链曲线分析可用作确定样品中存在哪种物种的方法。所述方法可以与确定样品中是否存在细菌并且可以将那些细菌分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性的方法组合。
背景技术
美国疾病控制中心估计，至少30％的患者被不必要地开具了抗生素处方(Journalof the American Medical Association，2016年5月)。抗生素抗性是紧迫的公共卫生威胁。在英国，每年有超过150,000例败血症，导致44,000人死亡。这些死亡中有许多是由于抗生素抗性微生物感染。对微生物感染的基于培养物的鉴定耗费平均约5天，在该时间期间要施用抗生素。如果可以开发出更快速的测试来检测样品中的微生物感染，则将是非常有益的。
一些用于鉴定微生物DNA或RNA的分子测试是已知的。例如，US7291724和US7169555描述了可用于PCR反应中的与核糖体DNA结合的寡核苷酸。其他基于扩增的检测真菌/酵母的方法是已知的。例如，参见WO2002/27021、CN105018575、US6872523和VanBurik等人，1998。
发明内容
血液的真菌感染(真菌血症)是非常危险的。本发明人已经研究了可以经探测以快速(同一天结果)鉴定真菌感染的分子靶标。因此，本发明提供ILV3作为在检测样品中是否存在真菌或酵母的情况下的新靶标。ILV3编码二羟酸脱水酶，所述二羟酸脱水酶催化导致支链氨基酸生物合成的共同途径中的第三步骤。本发明人已发现该基因存在于临床上最相关的真菌物种中，并且可以被特异性地靶向以允许检测和鉴定真菌感染。此外，由于缺乏任何与人类基因组的序列同一性，该靶标尤其可用于临床诊断应用中。更详细地，Liu等人，2006列出了许多候选基因作为抗真菌药物研发的潜在靶标。在列出的所有候选物中，只有ILV3在蛋白质水平上与人的同一性为0％。在进行进一步分析之后，本发明人已发现ILV3在遗传水平上也与人或(革兰氏阳性状态或革兰氏阴性状态的)细菌没有同源性。这与在Liu等人中公开的其他候选基因形成对比，在其他候选基因中发明人发现了与人的遗传同源性。例如，ILV5(在蛋白质水平上与人的同一性为2％)导致与人类基因组的两个阳性核苷酸比对(82％的同一性)。因此，除ILV3以外的候选基因(包括核糖体候选物，例如18S、28S或5.8S)可导致对包含人类遗传物质的样品中的真菌感染的假阳性检测和鉴定。因此，本发明在其最广泛的方面提供了ILV3在鉴定样品中的真菌感染方面的用途。
应当注意的是，在整个说明书中，术语“包括”“包含”旨在表示开放式(即，包括)语言。然而，为了避免疑义，无论在何处使用术语“包括”“包含”都可以设想相应的特征可以根据需要限于指定的特征(即，由……组成)。
表A中提供了感兴趣的物种中ILV3基因序列的登录号和相关信息：
通过广泛的表征和测试，本发明人已经鉴定出了可被靶向的ILV3基因的特定区域。第一，本发明人已经在8种临床上流行的Candida物种中鉴定出了通常可以使用单个引物和/或探针组靶向的ILV3基因的区域。单个引物和/或探针组与来自这8个物种的ILV3特异性杂交，但不与来自非Candida物种的ILV3基因交叉反应。此类引物/探针可以称为“泛Candida”。
第二，本发明人已经在3种临床上流行的Aspergillus物种中鉴定出了通常可以使用单个引物和/或探针组靶向的ILV3基因的区域。单个引物和/或探针组与这3个物种特异性杂交，但不与来自非Aspergillus物种的ILV3基因交叉反应。此类引物/探针可以被称为“泛Aspergillus”。
第三，本发明人已经鉴定出了Cryptococcus neoformans中可以使用引物和/或探针组靶向的ILV3基因的区域。引物和/或探针组与该物种特异性杂交，但不与来自非Cryptococcus物种的ILV3基因交叉反应。
共同地，可以探测第一类别、第二类别和第三类别靶区域以确定样品中是否存在真菌感染。通过适当区分扩增产物，可以确定存在哪种类别的真菌感染。
第四，本发明人已经鉴定出了这样的ILV3基因的区域，所述ILV3基因的区域在8种临床上流行的Candida物种之间不同，因此可以使用适当设计的引物和/或探针组来分别靶向。每个引物和/或探针组与一种Candida物种特异性杂交，但不与来自其他Candida物种(或非Candida物种)的ILV3基因交叉反应。
第五，本发明人已经鉴定出了在3种临床上流行的Aspergillus物种中的ILV3基因的不同区域，因此可以各自使用适当设计的引物和/或探针组来分别靶向。每个引物和/或探针组与一种Aspergillus物种特异性杂交，但不与来自其他Aspergillus物种(或非Aspergillus物种)的ILV3基因交叉反应。
可以探测第四类别和第五类别的靶标区域，以更特异性地鉴定样品中真菌感染的性质。通过适当地检测扩增产物，可以鉴定出引起感染的物种。这可以促进治疗。
提供了这样的特异性引物和探针序列，所述特异性引物和探针序列靶向相应区域并且还构成本发明的一个方面。
下表B标识了参照表A中提供的序列鉴定出的多种ILV3靶区域。表B还提供了靶向相应区域的本发明的特异性引物和探针序列，以及在序列表中使用的每个序列的SEQ IDNO：
(i)所有序列均以5'至3'方向示出
(ii)引物/探针的位置基于基因的方向(c＝互补物)
在GB1705932.0的表B中，Aspergillus niger(ILV3)和Aspergillus flavus(ILV3)的正向引物和反向引物序列和位置被不正确地互换，因此如下所述：
术语“正向”和“反向”引物的命名是相对于ILV3基因的方向的，所述方向对于核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)和NW_002477240.1(Aspergillusflavus)中的每一者都是固定的。因此，当试图理解本发明时咨询核苷酸序列登录号NT_166533.1和NW_002477240.1的技术人员将立即且毫无疑义地认识到，GB1705932.0的表B中所述的“正向”引物序列和位置事实上是Aspergillus niger(ILV3)和Aspergillus flavus(ILV3)的反向引物序列和位置，反之亦然。在整个本申请中已经应用了该校正。
因此，本发明提供了可用于真菌检测的引物和探针。如技术人员将容易理解的，引物和探针与感兴趣的基因(ILV3)内的特定亚区域杂交。尽管在本文中单独指定了引物，但是会立即理解到的是，特别是基于表B中提供的信息，哪些引物是优选地根据本发明配对的，包括当参照其靶区域限定时。使用本文提供的信息，特别是新靶标和特定靶序列，引物和探针可以由本领域技术人员设计。通常，引物的长度在15与40个核苷酸之间，诸如在18与35个核苷酸之间。探针的长度通常在15与100个核苷酸之间，诸如在20与40个核苷酸之间。只要实现特异性杂交，就可以容许与靶序列的一些错配。特异性杂交是技术人员熟知的技术术语，用以排除与非靶序列的杂交。技术人员还知道用于执行核酸扩增的合适的反应条件，在所述反应条件下必须发生特异性杂交。此外，对于与多个靶序列杂交的引物和/或探针，在特定位置中可存在一些简并性。例如，引物可以在给定位置处包含任何嘧啶核苷酸(t/u或c)，或者可以采用含有这些核苷酸中的至少两种的引物混合物。还考虑了本文所述的特异性引物和探针的变体(例如，通过SEQ ID NO)。它们可以含有核苷酸添加、缺失和/或替换，前提条件是仍然实现特异性杂交。在一些情况下可以容忍1个、2个、3个、4个、5个、6个或7个添加、缺失和/或替换。如本文进一步解释的，可以根据所采用的检测方法来标记引物和/或探针。典型的标记是荧光分子，所述荧光分子在一些方面可以布置为荧光团和猝灭剂。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种引物对，其包含与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自这8个物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在(来自那8个物种的)Candida物种时，才会生成扩增产物。
根据一些实施方式，引物对的正向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置c1169825-1169806
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置c393798-393779
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置c405996-405978
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置c1218036-1218017
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置c909809-909790
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置c24006-23987
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置61666-61685
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置c32324-32305。
根据一些实施方式，引物对的反向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169707-1169729
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393680-393702
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405878-405900
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217918-1217940
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909691-909713
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23888-23910
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61784-61762
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32206-32228。
因此，可以从这些特定靶区域生成引物对以允许泛Candida检测。在一些实施方式中，这可以用单个引物对实现。
在一些具体的实施方式中，与Candida物种
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列组成。这是泛Candida引物对。
本发明还提供了与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自这3个物种的ILV3杂交，但不与来自非Aspergillus物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在(来自那3个物种的)Aspergillus物种时，才会生成扩增产物。
根据一些实施方式，引物对的正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721583-3721597
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c541018-541004
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382612-382598
或其中正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721797-3721816
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540804-540785
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382398-382379
根据一些实施方式，引物对的反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721887-3721872
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540714-540729
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382308-382323
或其中反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721875-3721894
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540707-540726
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382301-382320
因此，可以从这些特定靶区域生成引物对以允许泛Aspergillus检测。在一些实施方式中，这可以用单个引物对实现。
在一些具体实施方式中，与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
分别包含SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71形成优选的引物对。SEQ ID NO:73和SEQ IDNO:74形成第二引物对。这些是泛Aspergillus引物对。
本发明还提供了与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与非Candidaalbicans物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candida albicans时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170234-1170217
ii.位置c1171213-1171192
根据一些实施方式，与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1170119-1170140
ii.位置1171120-1171138
在一些具体的实施方式中，与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5形成第一引物对。SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7形成第二引物对。
本发明还提供了与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida dubliniensis物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candidadubliniensis时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1219181-1219161
ii.位置c1218505-1218486
iii.位置c1218553-1218534
根据一些实施方式，与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219103-1219124
ii.位置1218409-1218429
iii.位置1218419-1218440
在一些具体的实施方式中，与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成，或由SEQ IDNO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9形成第一引物对。SEQ ID NO:10和SEQ IDNO:11形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida tropicalis物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candidatropicalis时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406146-406127
ii.位置c406142-406120
根据一些实施方式，与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置406047-406068
ii.位置406048-406069
在一些具体的实施方式中，与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15形成第一引物对。SEQ ID NO:16和SEQID NO:17形成第二引物对。
本发明还提供了与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida parapsilosis物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candidaparapsilosis时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种中的一种(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24951-24931
ii.位置c24881-24863
根据一些实施方式，与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置24843-24865
ii.位置24774-24795
在一些具体的实施方式中，与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19形成第一引物对。SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21形成第二引物对。
本发明还提供了与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida glabrata物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candidaglabrata时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394191-394169
ii.位置c393535-393516
iii.位置c395076-395055
iv.位置c394884-394863
根据一些实施方式，与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置394080-394101
ii.位置393445-393464
iii.位置394987-395006
iv.位置394783-394803
在一些具体的实施方式中，与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23形成第一引物对。SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida krusei物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candidakrusei时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61723-61744
ii.位置60940-60961
iii.位置60420-60440
iv.位置61778-61797
v.位置61940-61961
根据一些实施方式，与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c61817-61796
ii.位置c61030-61011
iii.位置c60535-60513
iv.位置c61923-61902
v.位置c62015-61996
在一些具体的实施方式中，与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，基本上SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ IDNO:39的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31形成第一引物对。SEQ IDNO:32和SEQ ID NO:33形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida guilliermondii物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candida guilliermondii时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909629-909608
ii.位置c911117-911098
iii.位置c911111-911090
iv.位置c910941-910920
根据一些实施方式，与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置909529-909550
ii.位置911002-911023
iii.位置910994-911013
iv.位置910799-910819
在一些具体的实施方式中，与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ IDNO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:40和SEQ IDNO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41形成第一引物对。SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Candida auris物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Candida auris时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他7种Candida物种之一(或者如果存在非Candida物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32790-32768
ii.位置c32451-32430
iii.位置c32654-32633
iv.位置c33278-33259
v.位置c32603-32580
vi.位置c32399-32376
vii.位置c33648-33628
viii.位置c32240-32219
ix.位置c32930-32909
x.位置c33228-33206
xi.位置c32106-32085
根据一些实施方式，与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置32682-32703
ii.位置32368-32389
iii.位置32567-32588
iv.位置33202-33223
v.位置32512-32533
vi.位置32328-32349
vii.位置33566-33587
viii.位置32175-32195
ix.位置32826-32848
x.位置33130-33151
xi.位置32011-32033
在一些具体的实施方式中，与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ IDNO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ IDNO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ IDNO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:48和SEQ IDNO:49形成第一引物对。SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Aspergillus fumigatus物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Aspergillus fumigatus时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他2种Aspergillus物种之一(或者如果存在非Aspergillus物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置3721531-3721552
ii.位置3721618-3721638
iii.位置3721616-3721638
iv.位置3721798-3721818
根据一些实施方式，与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721653-3721675
ii.位置c3721706-3721681
iii.位置c3721898-3721878
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ IDNO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:76和SEQ IDNO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77形成第一引物对。SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80形成第二引物对，依此类推。
本发明还提供了与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Aspergillus niger物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Aspergillus niger时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他2种Aspergillus物种之一(或者如果存在非Aspergillus物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540219-540199
根据一些实施方式，与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
ii.位置540084-540103
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成。
本发明还提供了与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Aspergillus flavus物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Aspergillus flavus时才会生成扩增产物，而如果样品中存在其他2种Aspergillus物种中的一种(或者如果存在非Aspergillus物种)，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382604-382586
根据一些实施方式，与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置382519-382541
ii.位置382520-382541
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89形成第一引物对。SEQ ID NO:90和SEQID NO:92形成第二引物对。
本发明还提供了与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
“特异性杂交”或等同语言是指引物与来自该物种的ILV3杂交，但不与来自非Cryptococcus neoformans物种的ILV3基因杂交(或交叉反应)。因此，仅当样品中存在Cryptococcus neoformans时才会生成扩增产物，而如果存在非Cryptococcus neoformans物种，则不会生成扩增产物。
根据一些实施方式，与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702696-702717
ii.位置702499-702520
iii.位置702736-702757
iv.位置702384-702403
v.位置701384-701406
根据一些实施方式，与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c702796-702777
ii.位置c702602-702582
iii.位置c702850-702831
iv.位置c702521-702500
v.位置c701499-701479
在一些具体的实施方式中，与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ IDNO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ IDNO:96和SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列组成。因此，SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94形成第一引物对。SEQ ID NO:95和SEQ ID NO:97形成第二引物对，依此类推。
如本文所说明的，所述引物对优选例如在多重反应中组合使用。多个引物对可以包含在单个反应混合物(主混合物(mastermix))中。因此，在一些实施方式中，每种引物对中的至少一个引物被与其他引物对相比差异地标记。这是可以区分扩增产物的一种手段。可用于本发明中的标记引物的示例包括AMPLIFLUOR引物和LUX引物。因此，引物可以包括修饰、标签和序列延伸以结合相关的检测技术。本发明涵盖此类序列修饰、标签和延伸。
许多核酸扩增方案涉及探针的使用。PCR的变型允许使用此类探针来进行实时检测或终点检测。示例包括水解探针(例如TAQMAN探针)和发夹探针(例如分子信标(MOLECULAR BEACON))。在一些实施方式中，探针也可以附接至引物(例如SCORPION探针)。因此，本发明的探针可以包括修饰、标签和序列延伸以结合相关的检测技术。本发明涵盖此类序列修饰、标签和延伸。优选地，本发明的探针还以属或物种特异性方式靶向ILV3基因，以对引物的作用进行补充。关于本发明的探针，“特异性杂交”被以与为相应引物所提供的定义类似的方式定义。此外，表B标识了本发明的探针与本发明的引物对的优选组合，包括当参考它们的靶序列进行定义时。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
根据一些实施方式，所述至少一种探针与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169779-1169804
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393752-393777
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405950-405975
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217990-1218015
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909763-909788
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23960-23985
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61712-61687
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32278-32303。
在一些具体实施方式中，与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:3的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:3的核苷酸序列组成。
本发明还提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
根据一些实施方式，所述至少一种探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721790-3721814
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540811-540788
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382405-382381
或者所述至少一种探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721848-3721870
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540753-540731
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382347-382325。
在一些具体实施方式中，与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
包含SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:72或SEQID NO:75的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列组成。
本发明还提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170174-1170151
ii.位置1171165-1171192
在一些具体的实施方式中，与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219148-1219171
ii.位置c1218439-1218416
iii.位置c1218505-1218480
在一些具体的实施方式中，与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:118、SEQ IDNO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列杂交：
i.位置c406111-406082
在一些具体的实施方式中，与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:121的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成，或由SEQID NO:121的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24907-24883
ii.位置c24862-24839
在一些具体的实施方式中，与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:122或SEQ IDNO:123的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394151-394128
ii.位置c393478-393453
iii.位置c395030-395007
iv.位置c394836-394807
在一些具体的实施方式中，与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61770-61793
ii.位置c60990-60967
iii.位置60462-60485
iv位置61815-61838
v.位置c61970-61945
在一些具体的实施方式中，与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQID NO:132的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909577-909552
ii.位置c911088-911065
iii.位置910878-910904
在一些具体的实施方式中，与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:133、SEQ IDNO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32744-32721
ii.位置c32421-32398
iii.位置c32629-32605
iv.位置33233-33257
v.位置32542-32563
vi.位置32350-32373
vii.位置c33627-33606
viii.位置c32218-32196
ix.位置c32890-32864
x.位置c33259-33236
xi.位置c32061-32038
在一些具体的实施方式中，与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的探针包含选自SEQ ID NO:136至SEQ ID NO:146的核苷酸序列，基本上由选自SEQ ID NO:136至SEQID NO:146的核苷酸序列组成，或由选自SEQ ID NO:136至SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成。
因此，本发明提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721651-3721628
ii.位置3721658-3721681
iii.位置3721848-3721870
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成。
本发明还提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540161-540138。
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:88的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成，或由SEQ IDNO:88的核苷酸序列组成。
本发明还提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382572-382549
在一些具体的实施方式中，与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:91的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成，或由SEQ IDNO:91的核苷酸序列组成。
本发明还提供了用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包含与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针。
根据一些实施方式，与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702724-702747
ii.位置702526-702549
iii.位置702805-702829
iv.位置702423-702446
v.位置701435-701458
在一些具体的实施方式中，与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列组成。
如本文所说明的，所述探针优选例如在多重反应中组合使用。本发明提供了探针组，所述探针组包括至少两种本发明的探针并且旨在一起使用(例如在多重反应和/或主混合物中)。因此，在一些实施方式中，每个探针被与(用于扩增中的)其他探针相比差异地标记。如已经讨论的，许多核酸扩增方案涉及探针的使用。示例包括水解探针(例如TAQMAN探针)和发夹探针(例如分子信标(MOLECULAR BEACON))。在一些实施方式中，探针也可以附接至引物(例如SCORPION探针)。如本领域技术人员容易理解的，此类探针可以被差异地标记。这可涉及包含不同的荧光团和/或不同的猝灭剂。
在一些实施方式中，本发明的引物和探针(可以称为“检测组分”)有利地组合在一起以促进基于核酸扩增的真菌检测，以及表征。引物对和探针的优选组合列于表B中。因此，本发明还提供了一种用于检测样品中的酵母/真菌感染的试剂盒，其包含本发明的至少一种引物对和/或本发明的至少一种探针。
含有泛Candida和泛Aspergillus检测组分的试剂盒可以组合。它们可以进一步与检测组分组合以检测Cryptococcus neoformans。因此，试剂盒可包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的引物对的组合。所述引物对可以以主混合物组合(即，含有适当浓度的引物对的单个主混合物)的形式提供。此类试剂盒还可包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的相关探针。探针也可以包含在主混合物组合中(同样以合适的浓度)。根据本发明可用的一种具体试剂盒包含引物，所述引物包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2(用于泛Candida检测)、SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71(用于泛Aspergillus检测)以及SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94(用于Cryptococcusneoformans检测)的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2(用于泛Candida检测)、SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71(用于泛Aspergillus检测)以及SEQ ID NO:93和SEQ IDNO:94(用于Cryptococcus neoformans检测)的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:1和SEQID NO:2(用于泛Candida检测)、SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71(用于泛Aspergillus检测)以及SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94(用于Cryptococcus neoformans检测)的核苷酸序列组成。此类试剂盒还可包含分别为SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:72和SEQ ID NO:95的探针。
可以与上述试剂盒组合的本发明的另一些试剂盒可用于鉴定样品中引起Candida感染的物种。它们含有本发明的合适的Candida物种特异性引物。所述引物对可以以主混合物组合(即，含有适当浓度的引物对的单个主混合物)的形式提供。根据本发明可用的一种具体试剂盒包含引物，所述引物分别包含SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17以及SEQ IDNO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17以及SEQID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ IDNO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQID NO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17以及SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成。
可以与上述试剂盒组合的本发明的另一些试剂盒可用于鉴定样品中引起Aspergillus感染的物种。它们含有本发明的合适的Aspergillus物种特异性引物。所述引物对可以以主混合物组合(即，含有适当浓度的引物对的单个主混合物)的形式提供。根据本发明可用的一种具体试剂盒包含引物，所述引物包含SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:82、SEQID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:80和SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ IDNO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成。
本发明的试剂盒可以含有多种附加组分。例如，它们可含有扩增所需的试剂。它们可含有聚合酶、dNTP、MgCl2、缓冲液等中的一种或多种。在一些实施方式中，试剂盒可包含DNA提取试剂。更特别地，试剂盒可包含用于从血液样品中提取DNA的试剂。所述试剂盒可以掺入合适的载体，扩增反应在所述合适的载体中发生。有利地，此类载体可以包含多孔板，诸如例如48孔板或96孔板。此类载体允许以相对小的体积进行检测方法—由此有助于扩大规模并最小化所需的样品体积。
试剂盒通常将包含适当的说明(instruction)。这些说明允许使用本发明的试剂盒来可靠地进行本发明的方法。
尽管特定的引物和探针已被详细描述并且可有用地应用于本发明的方法中，但是其他引物和探针可以被设计并应用于靶向ILV3。因此，本发明提供了一种检测样品中的真菌/酵母菌感染的通用方法，其包括：
a.执行核酸扩增反应以扩增真菌/酵母的ILV3基因，
b.检测扩增产物以确定样品是否含有真菌/酵母感染。
根据本发明的所有方面，ILV3可用于鉴定任何感兴趣的真菌/酵母。然而，“扩增ILV3基因”并非意味着必须扩增整个ILV3基因。如技术人员将容易意识到，仅需要扩增ILV3基因的一部分来指示所述ILV3基因的存在。扩增产物的最小大小通常由引物长度(以及探针(如果包括的话))控制。典型的扩增产物的长度可以在50与500个核苷酸之间，诸如在50与250个核苷酸之间。“感染”简单地指在通常不会含有真菌或酵母的样品中存在此类真菌/酵母。因此，本发明的方法也是灵敏和特异的，以使得能够甚至确定样品中低水平的真菌细胞。因此，在本发明的上下文中，“样品”被定义为包括期望测试携带ILV3基因的真菌(例如酵母)的存在的任何样品。之前可并非已知所述样品含有真菌。样品可从人类受试者获得。因此，样品可含有人类遗传物质(尤其是人类DNA)。因此，样品可以包含临床样品(诸如血液样品)，基本上由临床样品(诸如血液样品)组成，或由临床样品(诸如血液样品)组成。血液样品是指包含血液或其衍生物的任何样品。因此，血清和血浆与血液培养基(blood broth)(即添加到培养基中的血液)一起被包括在内。本发明的方法特别适用于快速检测和鉴定真菌感染的来源。因此，样品可以包含来自怀疑患有血流感染或正在进行血流感染筛选的患者的血液培养样品。样品可以是任何合适的体积，诸如1至10ml，优选1ml的血液培养样品。
替代地，样品可以是或包含例如体外测定系统。样品可以包含饮料样品或食物样品或其制备物、或药品或化妆品诸如个人护理产品，包括洗发剂、护发素、保湿霜等，基本上由上述组成或由上述组成，所有这些均按常规进行微生物污染测试。例如，样品可以包含组织或细胞，基本上由组织或细胞组成，或由组织或细胞组成，以及可以包含唾液或血液样品或血小板样品，基本上由唾液或血液样品或血小板样品组成，或由唾液或血液样品或血小板样品组成。另外，本发明的方法和试剂盒可用于监测表面的污染，诸如在准备食物的位置。污染可来自任何相关的真菌源。此外，本发明还可用于监测环境条件，诸如供水、废水、海洋环境等。
尽管本发明可适用于潜在地任何真菌或酵母，但是特定的真菌对于临床诊断很重要。因此，已经开发了本发明以靶向以相对高频率引起血源性感染的真菌属和物种。因此，本发明可以聚焦于Candida物种的检测和任选地区分。本发明可以允许检测以下物种中的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种或所有8种：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
如本文进一步详细解释的，这可以经由泛Candida靶向或通过物种特异性靶向ILV3基因来实现。本发明可以另外地或替代地聚焦于Aspergillus物种的检测和任选地区分。本发明可以允许检测以下物种中的至少1种、至少2种或所有3种：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
如本文进一步详细解释的，这可以经由泛Aspergillus靶向或通过物种特异性靶向ILV3基因来实现。本发明可以另外地或替代地聚焦于Cryptococcus neoformans的检测。
因此，本发明提供了一种检测样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；以及
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测扩增产物以确定样品是否含有真菌/酵母感染。
本发明的方法可以涉及这样的核酸扩增反应，所述核酸扩增反应能够以特异性方式扩增以下物种中的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种或所有12种的ILV3基因：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
ix.Aspergillus fumigatus
x.Aspergillus niger
xi.Aspergillus flavus
xii.Cryptococcus neoformans。
在本发明的方法中使用的扩增可涉及使用与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。另外地或替代地，所述方法可涉及使用与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针。在一些实施方式中，共用的正向引物和反向引物和/或共用的探针与以下Candida物种中的至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
因此，在一些实施方式中，使用泛Candida扩增。本文描述了用于泛Candida扩增的本发明的合适引物和探针，包括ILV3内的特异性靶向区域，并且可以利用所有此类引物和探针。在一个实施方式中，本发明的方法包括使用包含SEQ ID NO:1的序列的正向引物、包含SEQ ID NO:2的序列的反向引物和/或包含SEQ ID NO:3的序列的探针。
在另一些实施方式中，包括用于区分感染源的方法，采用Candida物种特异性扩增。在此类实施方式中，单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Candida物种中的至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有的每一者的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
因此，对于每种待检测的Candida物种，都有单独的引物对和/或探针。本文描述了用于物种特异性Candida扩增的本发明的合适引物和探针，包括ILV3内的特异性靶向区域，并且可以利用所有此类引物和探针。
在本发明的方法中使用的扩增可另外地或替代地涉及使用与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。另外地或替代地，所述方法可涉及使用与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针。在一些实施方式中，共用的正向引物和反向引物和/或共用的探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，优选所有3种的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
因此，在一些实施方式中，使用泛Aspergillus扩增。本文描述了用于泛Aspergillus扩增的本发明的合适引物和探针，包括ILV3内的特异性靶向区域，并且可以利用所有此类引物和探针。在一个实施方式中，本发明的方法包括使用包含SEQ ID NO:70或SEQ ID NO:73的序列的正向引物、包含SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:74的序列的反向引物和/或包含SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的序列的探针。
在另一些实施方式中，包括用于区分感染源的方法，采用Aspergillus物种特异性扩增。在此类实施方式中，单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，优选所有3种的每一者的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus。
因此，对于每种待检测的Aspergillus物种，都有单独的引物对和/或探针。本文描述了用于物种特异性Aspergillus扩增的本发明的合适引物和探针，包括ILV3内的特异性靶向区域，并且可以利用所有此类引物和探针。
在本发明的方法中使用的扩增可另外地或替代地涉及使用与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。另外地或替代地，所述方法可涉及使用与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针。本文描述了用于Cryptococcus neoformans扩增的本发明的合适引物和探针，包括ILV3内的特异性靶向区域，并且可以利用所有此类引物和探针。
根据本发明的方法，可以简单地检测扩增产物以指示样品中存在真菌物种。如本领域技术人员会容易理解的，扩增产物可以通过任何已知手段来检测。然而，在一些实施方式中，使用扩增产物的区分来鉴定样品中存在的真菌的属和/或物种。因此，本发明的方法可以涉及检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染。所述方法可以包括执行核酸扩增，以及检测和区别扩增产物以鉴定真菌/酵母感染。
因此，本发明提供了一种检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；以及
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以鉴定真菌/酵母感染。
允许鉴定样品中真菌的身份的本发明方法尤其可用于以特异于所应对的感染的方式来指导治疗。因此，所述方法可与通用真菌检测方法分开使用。因此，本发明还涉及鉴定样品中引起Candida感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少3组、至少4组、至少5组、至少6组、至少7组或所有来执行核酸扩增反应：
i.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iv.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
v.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vi.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vii.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
viii.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Candida感染的物种。
这些方法可以采用本文详细描述的本发明的任何合适引物(以及探针)。
类似地，本发明还提供了一种鉴定样品中引起Aspergillus感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少两组或所有三组来执行核酸扩增反应：
i.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Aspergillus感染的物种。
这些方法可以采用本文详细描述的本发明的任何合适引物(以及探针)。在一些实施方式中，这些方法可以与Candida鉴定方法并行采用。
本发明提供了这样的方法，所述方法可以被认为是用于确定是否存在真菌感染的通用筛选方法。本发明还提供了更特异的方法，所述方法允许鉴定引起感染的物种。这些方法可以有利地组合。因此，本发明还提供了一种检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染的方法，所述方法包括：
a.执行本发明的方法以确定样品中是否存在Candida、Aspergillus和/或Cryptococcus neoformans
b.在样品中存在Candida或Aspergillus物种的情况下，执行本发明的方法以确定存在哪种物种
从而检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染。
在步骤a中，检测到Cryptococcus neoformans可以消除执行步骤b的需要。或者，步骤a的结果可以简单地是样品中存在真菌。在此类方法中，步骤b可以另外包括执行本发明的方法以确定样品中是否特别地存在Cryptococcus neoformans。
如本文所讨论的，本发明的方法通常涉及ILV3基因的核酸扩增。尽管聚合酶链式反应(PCR)是优选的，但是可以使用任何形式的核酸扩增。此类方法可以采用任何合适形式的检测技术。在一些实施方式中，可以使用对扩增的实时监测。在另一些实施方式中，可以采用终点检测方法。在一些实施方式中，核酸扩增是作为多重核酸扩增反应执行的。在另一些实施方式中，将靶向来自不同属或物种的ILV3的每一核酸扩增包含在单独的反应区域中。反应区域是发生扩增的限定位置。例如，反应区域可以是多孔板中的孔或试管。测序特别是下一代测序(NGS)可以用于检测以及任选地还用于区分。NGS平台的示例包括Illumina测序(诸如Hi-Seq和Mi-Seq)、SMRT测序(Pacific Biosciences)、纳米孔测序、SoLID测序、焦磷酸测序(例如Roche 454)、单分子测序(SeqLL/Helicos)和Ion-Torrent(ThermoFisher)，这些是技术人员所熟知的并且可商购获得。如本文所述，来自不同真菌的ILV3基因具有不同的核苷酸序列，所述不同的核苷酸序列可以使用测序来探测以鉴定真菌感染的来源。测序可以提供快速和定量的结果。
对于简单检测，存在扩增产物就指示样品中存在真菌。如本文所讨论的，该真菌通常是选自Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的真菌。然而，在需要有关真菌性质的更详细信息的情况下，可以对扩增产物进行区别。在一些实施方式中，区别涉及解链曲线分析。本文所述的多种引物对已被设计为具有不重叠的解链曲线。因此，当包括在多重扩增中时，产生的解链曲线允许鉴定样品中的Candida或Aspergillus的物种。这可以是与用于Aspergillus区分的多重分开的用于Candida的多重。在此显示，基于解链曲线分析的本发明方法允许分别区分8种不同Candida物种和3种不同的Aspergillus物种。根据本发明的解链曲线分析可以依赖于或可以不依赖于序列特异性探针的使用。在一些优选的实施方式中，所述方法不需要使用ILV3特异性探针。替代地，可以使用序列非依赖性试剂(诸如嵌合剂，所述嵌合剂的一个示例为SYBR GREEN)来监测扩增。
在另一些实施方式中，可以通过使用差异标记的引物和/或探针来区分扩增产物。在一些实施方式中，至少一种引物和/或探针被根据属而差异地标记，以允许鉴定样品中的真菌/酵母的属。在一些实施方式中，将至少一种引物和/或探针根据Candida和/或Aspergillus的物种而差异地标记，以允许鉴定样品中Candida和/或Aspergillus的物种。
在另一些实施方式中，可以通过确定扩增产物的大小来区别扩增产物。如果需要的话，引物对可以经设计以扩增不同属和物种的ILV3基因内的不同大小的扩增产物。
在另一些实施方式中，可以根据序列来区分扩增产物。
可以有利地实施本发明以便还检测样品中的细菌。更特别地，所述方法还可允许确定样品中是否存在细菌或真菌。在一些实施方式中，所述方法可以允许区别细菌是革兰氏阳性的还是革兰氏阴性的。在Klaschik等人(J.Clin.Microbiol.2002,40(11):4304)和Wu等人(JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY，2008年8月，第2613至2619页)中公开了用于此类检测细菌的方法的合适试剂，所述参考文献中的每一者据此以引用方式并入。此类方法可依赖于使用探针来区别革兰氏阴性细菌与革兰氏阳性细菌。在一些实施方式中，引物扩增细菌DNA的16S区域的特定部分。引物PLK1(5-TACGGGAGGCAGCAGT-3-SEQ ID NO:108)和PLK2(5-TATTACCGC GGCTGCT-3-SEQ ID NO:109)在不同的真细菌组中是高度保守的。通过这些引物合成187bp的片段。PLK2可以用荧光素内部地标记。荧光染料标记的杂交探针ISN2(5-CCGCAGAATAAG CACCGGCTAACTCCGT-3-SEQ ID NO:110)和ISP2(5-CCT AAC CAG AAA GCCACG GCT AAC TAC GTG-3-SEQ ID NO:111)在不同的波长(640nm和705nm)处发光，并且可用于通过荧光信号来对细菌DNA进行检测和革兰氏染色区分。另一些合适的引物可包含核苷酸序列CAACGCGAAGAACCTTACC(SEQ ID NO:112)和ACGTCATCCCCACCTTCC(SEQ ID NO:113)。合适的革兰氏阳性探针包含核苷酸序列5'-FAM-ACGACAACCATGCACCACCTG-TAMRA-3'(SEQID NO:114)。合适的革兰氏阴性探针包含核苷酸序列5'-HEX-ACGACAGCCATGCAGCACCT-TAMRA'3(SEQ ID NO:115)。尽管这些探针被差异地标记以允许差异性检测，但是技术人员应理解，可以采用如本文所述的替代方法来促进检测。
因此，本发明还提供了一种检测和鉴定样品中的微生物感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
ii.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
iii.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染。
优选地，将扩增作为多重扩增执行，尽管如本文所说明，这不是必需的。可以根据本发明的任何方法或使用本发明的任何相关引物和/或探针来执行ILV3扩增。
还提供了相应的试剂盒。因此，本发明提供了一种用于区分样品中的微生物感染的试剂盒，所述试剂盒包含用于执行多重核酸扩增反应的组分，所述组分包括：
a.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
b.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
c.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针；
其中组分a、b和c各自产生可区别的扩增产物，从而使得能够确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染。
可以将根据本发明的任何合适的引物和探针与用于16S rRNA扩增引物和探针的引物和探针一起并入此类试剂盒中。本文讨论的本发明的所有实施方式在细节上作必要修改后均适用于本发明的这些方面。在需要的情况下，这些方法之后可以进行真菌物种鉴定。如本文所述，试剂盒可含有用于此目的的合适组分。
本发明有效地提供用于治疗的患者选择，并且关键地，避免了用诸如杀真菌剂(fungicide)的抗真菌剂(antifungal agent)(或者抗生素，如果还检测细菌的话)进行不必要的治疗。抗真菌剂和抗生素的不正确使用增强耐药性。
因此，本发明还涉及一种选择用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)进行治疗的受试者的方法，所述方法包括执行本文所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定到感染的情况下选择受试者以进行治疗。
在一个相关方面，本发明提供了一种预测受试者对用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)治疗的反应性的方法，所述方法包括执行本文所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定到感染的情况下预测受试者对治疗的反应性。
在另一方面，本发明提供了一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有该感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中所述受试者已经通过执行本文所述的方法被选择来进行治疗。
本发明还涉及一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有该感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中所述受试者在样品中展示出可检测的ILV3基因。
在另一方面，本发明提供了一种在治疗感染的方法中使用的抗真菌剂，诸如杀真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中已经通过执行本文所述的方法选择所述受试者来进行治疗。
根据本发明的另一方面，提供了一种用于治疗感染的方法中的抗真菌剂，诸如杀真菌剂，其中所述受试者在样品中展示出可检测的ILV3基因。
如本文更详细解释的，感染可以是真菌或酵母感染，特别是Candida、Aspergillus或Cryptococcus neoformans感染。这可以指导所提供治疗的细节。例如，C.auris已显示出对三大类抗真菌药物(包括吡咯类(例如氟康唑))有抗性。类似地，相对于其他Candida物种，诸如C.glabrata和C.krusei的物种可具有降低的对抗真菌剂例如氟康唑的易感性(Trick等人，2002)。
在某些实施方式中，诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)是广谱药剂。如果检测到感染但尚未表征引起感染的物种，则这是特别有用的。一旦已经检测到感染，就可以表征感染的性质，以便允许更有靶向性的治疗(例如引起感染的Candida物种)。因此，可以将诸如杀真菌剂的广谱抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)和更有针对性的疗法的组合用作本文所述方法的一部分。
本发明还可以通过以下编号的条款中的一个或多个来描述：
1.一种检测样品中真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行核酸扩增反应以扩增真菌/酵母的ILV3基因
b.检测扩增产物以确定所述样品是否含有真菌/酵母感染。
2.一种检测样品中真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；以及
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测扩增产物以确定样品是否含有真菌/酵母感染。
3.根据条款1或2所述的方法，其中所述核酸扩增反应扩增以下物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种或所有12种的ILV3基因：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
ix.Aspergillus fumigatus
x.Aspergillus niger
xi.Aspergillus flavus
xii.Cryptococcus neoformans。
4.根据条款1至3中任一项所述的方法，其中步骤a包括：
i.使用与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
ii.使用与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针。
5.根据条款1至4中任一项所述的方法，其中共用的正向引物和反向引物和/或共用的探针与以下Candida物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
6.根据条款5所述的方法，其中所述共用的正向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置c1169825-1169806
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置c393798-393779
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置c405996-405978
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置c1218036-1218017
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置c909809-909790
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置c24006-23987
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置61666-61685
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置c32324-32305。
7.根据条款5或6所述的方法，其中所述共用的反向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169707-1169729
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393680-393702
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405878-405900
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217918-1217940
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909691-909713
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23888-23910
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61784-61762
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32206-32228。
8.根据条款5至7中任一项所述的方法，其中所述共用探针与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169779-1169804
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393752-393777
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405950-405975
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217990-1218015
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909763-909788
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23960-23985
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61712-61687
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32278-32303。
9.根据条款1至8中任一项所述的方法，所述方法使用包含SEQ ID NO:1的序列的正向引物、包含SEQ ID NO:2的序列的反向引物和/或包含SEQ ID NO:3的序列的探针。
10.根据条款1至3中任一项所述的方法，其中单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Candida物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有的每一者的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris。
11.根据条款10所述的方法，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170234-1170217
ii.位置c1171213-1171192
12.根据条款10或11所述的方法，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1170119-1170140
ii.位置1171120-1171138
13.根据条款10至12中任一项所述的方法，其中与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1219181-1219161
ii.位置c1218505-1218486
iii.位置c1218553-1218534
14.根据条款10至13中任一项所述的方法，其中与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219103-1219124
ii.位置1218409-1218429
iii.位置1218419-1218440
15.根据条款10至14中任一项所述的方法，其中与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406146-406127
ii.位置c406142-406120
16.根据条款10至15中任一项所述的方法，其中与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置406047-406068
ii.位置406048-406069
17.根据条款10至16中任一项所述的方法，其中与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24951-24931
ii.位置c24881-24863
18.根据条款10至17中任一项所述的方法，其中与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置24843-24865
ii.位置24774-24795
19.根据条款10至18中任一项所述的方法，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394191-394169
ii.位置c393535-393516
iii.位置c395076-395055
iv.位置c394884-394863
20.根据条款10至19中任一项所述的方法，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置394080-394101
ii.位置393445-393464
iii.位置394987-395006
iv.位置394783-394803
21.根据条款10至20中任一项所述的方法，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61723-61744
ii.位置60940-60961
iii.位置60420-60440
iv.位置61778-61797
v.位置61940-61961
22.根据条款10至21中任一项所述的方法，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c61817-61796
ii.位置c61030-61011
iii.位置c60535-60513
iv.位置c61923-61902
v.位置c62015-61996
23.根据条款10至22中任一项所述的方法，其中与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909629-909608
ii.位置c911117-911098
iii.位置c911111-911090
iv.位置c910941-910920
24.根据条款10至23中任一项所述的方法，其中与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置909529-909550
ii.位置911002-911023
iii.位置910994-911013
iv.位置910799-910819
25.根据条款10至24中任一项所述的方法，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32790-32768
ii.位置c32451-32430
iii.位置c32654-32633
iv.位置c33278-33259
v.位置c32603-32580
vi.位置c32399-32376
vii.位置c33648-33628
viii.位置c32240-32219
ix.位置c32930-32909
x.位置c33228-33206
xi.位置c32106-32085
26.根据条款10至25中任一项所述的方法，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置32682-32703
ii.位置32368-32389
iii.位置32567-32588
iv.位置33202-33223
v.位置32512-32533
vi.位置32328-32349
vii位置33566-33587
viii.位置32175-32195
ix.位置32826-32848
x.位置33130-33151
xi.位置32011-32033
27.根据条款10至26中任一项所述的方法，其中：
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170174-1170151
ii.位置1171165-1171192
b.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219148-1219171
ii.位置c1218439-1218416
iii.位置c1218505-1218480；
c.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406111-406082；
d.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24907-24883
ii.位置c24862-24839
e.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394151-394128
ii.位置c393478-393453
iii.位置c395030-395007
iv.位置c394836-394807
f.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61770-61793
ii.位置c60990-60967
iii.位置60462-60485
iv.位置61815-61838
v.位置c61970-61945
g.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909577-909552
ii.位置c911088-911065
iii.位置910878-910904；和/或
h.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32744-32721
ii.位置c32421-32398
iii.位置c32629-32605
iv.位置33233-33257
v.位置32542-32563
vi.位置32350-32373
vii.位置c33627-33606
viii.位置c32218-32196
ix.位置c32890-32864
x.位置c33259-33236
xi.位置c32061-32038
28.根据条款10至27中任一项所述的方法，其中：
i.所述正向引物包含SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:6的序列，所述反向引物包含SEQID NO:5或SEQ ID NO:7的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的序列以特异性检测Candida albicans
ii.所述正向引物包含SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10或SEQ ID NO:12的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:13的序列和/或所述探针包含SEQID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的序列以特异性检测Candida dubliniensis
iii.所述正向引物包含SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:16的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:121的序列以特异性检测Candida tropicalis
iv.所述正向引物包含SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:20的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:21的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的序列以特异性检测Candida parapsilosis
v.所述正向引物包含SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:26或SEQ ID NO:28的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:29的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的序列以特异性检测Candida glabrata
vi.所述正向引物包含SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:36或SEQ ID NO:38的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:39的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的序列以特异性检测Candidakrusei
vii.所述正向引物包含SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:44或SEQ IDNO:46的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45或SEQ IDNO:47的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的序列以特异性检测Candida guilliermondii
viii.所述正向引物包含SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:52、SEQ IDNO:54、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:64、SEQ IDNO:66或SEQ ID NO:68的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ IDNO:65、SEQ ID NO:67或SEQ ID NO:69的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:136、SEQ IDNO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的序列以特异性检测Candida auris。
29.根据条款1至28中任一项所述的方法，其中步骤a包括：
i.使用与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
ii.使用与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针。
30.根据条款29所述的方法，其中共用的正向引物和反向引物和/或探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，优选所有3种的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
31.根据条款30所述的方法，其中所述共用的正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721583-3721597
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c541018-541004
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382612-382598
或其中所述共用的正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721797-3721816
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540804-540785
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382398-382379
32.根据条款30或31所述的方法，其中所述共用的反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721887-3721872
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540714-540729
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382308-382323
或其中所述共用的反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721875-3721894
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540707-540726
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382301-382320
33.根据条款30至32中任一项所述的方法，其中所述共用的探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721790-3721814
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540811-540788
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382405-382381
或其中所述共用的探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
iv.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721848-3721870
v.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540753-540731
vi.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382347-382325。
34.根据条款1至33中任一项所述的方法，所述方法使用包含SEQ ID NO:70或SEQID NO:73的序列的正向引物，所述反向引物包含SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:74的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的序列。
35.根据条款1至34中任一项所述的方法，其中单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，优选所有3种的每一者的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus。
36.根据条款35所述的方法，其中与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置3721531-3721552
ii.位置3721618-3721638
iii.位置3721616-3721638
iv.位置3721798-3721818
37根据条款35或36所述的方法，其中与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721653-3721675
ii.位置c3721706-3721681
iii.位置c3721898-3721878
38.根据条款35至37中任一项所述的方法，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540219-540199
39.根据条款35至38中任一项所述的方法，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置540084-540103
40.根据条款35至39中任一项所述的方法，其中与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382604-382586
41.根据条款35至40中任一项所述的方法，其中与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置382519-382541
ii.位置382520-382541
42.根据条款35至41中任一项所述的方法，其中：
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721651-3721628
ii.位置3721658-3721681
iii.位置3721848-3721870
b.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540161-540138；和/或
c.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382572-382549
43.根据条款35至42中任一项所述的方法，其中：
i.所述正向引物包含SEQ ID NO:76、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:82或SEQ ID NO:83的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:84的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的序列以特异性检测Aspergillus fumigatus
ii.所述正向引物包含SEQ ID NO:87的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:86的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:88的序列以特异性检测Aspergillus niger
iii.所述正向引物包含SEQ ID NO:90的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:92的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:91的序列以特异性检测Aspergillusflavus。
44.根据条款1至43中任一项所述的方法，其中步骤a包括：
i.使用与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
ii.使用与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针。
45.根据条款44所述的方法，其中与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702696-702717
ii.位置702499-702520
iii.位置702736-702757
iv.位置702384-702403
v.位置701384-701406
46.根据条款44或45所述的方法，其中与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c702796-702777
ii.位置c702602-702582
iii.位置c702850-702831
iv.位置c702521-702500
v.位置c701499-701479
47.根据条款44至46中任一项所述的方法，其中在所述引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702724-702747
ii.位置702526-702549
iii.位置702805-702829
iv.位置702423-702446
v.位置701435-701458
48.根据条款44至47中任一项所述的方法，其中所述正向引物包含SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:102或SEQ ID NO:105的序列，所述反向引物包含SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:106的序列和/或所述探针包含SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ IDNO:107的序列。
49.根据任何前述条款所述的方法，其中步骤b包括区别扩增产物以鉴定引起所述感染的属和/或物种。
50.一种检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括执行根据任何前述条款所述的方法，以及在步骤b中，检测和区别扩增产物以鉴定所述真菌/酵母感染。
51.一种检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；以及
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以鉴定真菌/酵母感染。
52.根据任何前述条款所述的方法，所述方法是作为多重核酸扩增反应执行的。
53.根据条款49至52中任一项所述的方法，其中区别包括：
i.解链曲线分析
ii.使用差异标记的引物和/或探针；或者
iii.确定扩增产物的大小。
54.根据条款53所述的方法，其中将至少一种引物和/或探针根据属而差异地标记，以允许鉴定所述样品中的真菌/酵母的属。
55.根据条款54所述的方法，其中将至少一种引物和/或探针根据Candida和/或Aspergillus的物种而差异地标记，以允许鉴定所述样品中Candida和/或Aspergillus的物种。
56.根据任何前述条款所述的方法，其中所述样品包括来自人的测试样品，任选地血液样品。
57.用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种引物对，其包括：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物。
58.根据条款57所述的至少一种引物对，其中引物对的所述正向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置c1169825-1169806
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置c393798-393779
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置c405996-405978
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置c1218036-1218017
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置c909809-909790
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置c24006-23987
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置61666-61685
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置c32324-32305。
59.根据条款57或58所述的至少一种引物对，其中引物对的所述反向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169707-1169729
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393680-393702
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405878-405900
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217918-1217940
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909691-909713
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23888-23910
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61784-61762
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32206-32228。
60.根据条款57至59中任一项所述的至少一种引物对，其中引物对的所述正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721583-3721597
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c541018-541004
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382612-382598
或其中正向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
iv.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721797-3721816
v.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540804-540785
vi.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382398-382379
61.根据条款57至60中任一项所述的至少一种引物对，其中引物对的所述反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721887-3721872
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540714-540729
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382308-382323
或其中反向引物与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
iv.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721875-3721894
v.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540707-540726
vi.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382301-382320
62.根据条款57至61中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170234-1170217
ii.位置c1171213-1171192
63.根据条款57至62中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1170119-1170140
ii.位置1171120-1171138
64.根据条款57至63中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidadubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1219181-1219161
ii.位置c1218505-1218486
iii.位置c1218553-1218534
65.根据条款57至64中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidadubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219103-1219124
ii.位置1218409-1218429
iii.位置1218419-1218440
66.根据条款57至65中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidatropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406146-406127
ii.位置c406142-406120
67.根据条款57至66中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidatropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置406047-406068
ii.位置406048-406069
68.根据条款57至67中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaparapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24951-24931
ii.位置c24881-24863
69.根据条款57至68中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaparapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置24843-24865
ii.位置24774-24795
70.根据条款57至69中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394191-394169
ii.位置c393535-393516
iii.位置c395076-395055
iv.位置c394884-394863
71.根据条款57至70中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置394080-394101
ii.位置393445-393464
iii.位置394987-395006
iv.位置394783-394803
72.根据条款57至71中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61723-61744
ii.位置60940-60961
iii.位置60420-60440
iv.位置61778-61797
v.位置61940-61961
73.根据条款57至72中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c61817-61796
ii.位置c61030-61011
iii.位置c60535-60513
iv.位置c61923-61902
v.位置c62015-61996
74.根据条款57至73中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaguilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909629-909608
ii.位置c911117-911098
iii.位置c911111-911090
iv.位置c910941-910920
75.根据条款57至74中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaguilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置909529-909550
ii.位置911002-911023
iii.位置910994-911013
iv.位置910799-910819
76.根据条款57至75中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32790-32768
ii.位置c32451-32430
iii.位置c32654-32633
iv.位置c33278-33259
v.位置c32603-32580
vi.位置c32399-32376
vii.位置c33648-33628
viii.位置c32240-32219
ix.位置c32930-32909
x.位置c33228-33206
xi.位置c32106-32085
77.根据条款57至76中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置32682-32703
ii.位置32368-32389
iii.位置32567-32588
iv.位置33202-33223
v.位置32512-32533
vi.位置32328-32349
vii.位置33566-33587
viii.位置32175-32195
ix.位置32826-32848
x.位置33130-33151
xi.位置32011-32033
78.根据条款57至77中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusfumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置3721531-3721552
ii.位置3721618-3721638
iii.位置3721616-3721638
iv.位置3721798-3721818
79.根据条款57至78中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusfumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721653-3721675
ii.位置c3721706-3721681
iii.位置c3721898-3721878
80.根据条款57至79中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540219-540199
81.根据条款57至80中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置540084-540103
82.根据条款57至81中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusflavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382604-382586
83.根据条款57至82中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusflavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置382519-382541
ii.位置382520-382541
84.根据条款57至83中任一项所述的至少一种引物对，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702696-702717
ii.位置702499-702520
iii.位置702736-702757
iv.位置702384-702403
v.位置701384-701406
85.根据条款57至84中任一项所述的至少一种引物对，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c702796-702777
ii.位置c702602-702582
iii.位置c702850-702831
iv.位置c702521-702500
v.位置c701499-701479
86.根据条款57至85中任一项所述的至少一种引物对，其中：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
分别包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:1和SEQID NO:2的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列组成；
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
分别包含SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成；
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成，或由SEQ IDNO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成；
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:8和SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成；
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成；
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成；
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:22和SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成；
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成；
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ IDNO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成；
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ IDNO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ IDNO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成；
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ IDNO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成；
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物包含SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成；
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:97、SEQID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ IDNO:106的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列组成。
87.根据条款57至86中任一项所述的至少一种引物对，所述至少一种引物对包括至少两种引物对，其中每种引物对中的至少一个引物被与其他引物对相比差异地标记。
88.用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包括：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的探针
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的探针
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的探针
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的探针
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的探针
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的探针
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的探针
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的探针
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的探针
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针。
89.根据条款88所述的至少一种探针，所述至少一种探针与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，优选所有杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169779-1169804
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393752-393777
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405950-405975
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217990-1218015
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909763-909788
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23960-23985
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61712-61687
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32278-32303。
90.根据条款88或89中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170174-1170151
ii.位置1171165-1171192
b.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219148-1219171
ii.位置c1218439-1218416
iii.位置c1218505-1218480；
c.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406111-406082；
d.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24907-24883
ii.位置c24862-24839
e.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394151-394128
ii.位置c393478-393453
iii.位置c395030-395007
iv.位置c394836-394807
f.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61770-61793
ii.位置c60990-60967
iii.位置60462-60485
iv.位置61815-61838
v.位置c61970-61945
g.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909577-909552
ii.位置c911088-911065
iii.位置910878-910904；和/或
h.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32744-32721
ii.位置c32421-32398
iii.位置c32629-32605
iv.位置33233-33257
v.位置32542-32563
vi.位置32350-32373
vii.位置c33627-33606
viii.位置c32218-32196
ix.位置c32890-32864
x.位置c33259-33236
xi.位置c32061-32038
91.根据条款88至90中任一项所述的至少一种探针，其中至少1种探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721790-3721814
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540811-540788
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382405-382381
或其中共用的探针与以下靶序列中的至少2种，优选所有3种杂交：
iv.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721848-3721870
v.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540753-540731
vi.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382347-382325。
92.根据条款88至91中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721651-3721628
ii.位置3721658-3721681
iii.位置3721848-3721870
i.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540161-540138；和/或
j.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382572-382549
93.根据条款88至92中任一项所述的至少一种探针，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置702724-702747
ii.位置702526-702549
iii.位置702805-702829
iv.位置702423-702446
v.位置701435-701458
94.根据条款88至93中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的所述探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:3的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:3的核苷酸序列组成
b.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成
c.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ IDNO:120的核苷酸序列组成
d.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:121的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成
e.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成
f.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成
g.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:128、SEQID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列，基本上由SEQID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ IDNO:132的核苷酸序列组成
h.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针包含SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ IDNO:135的核苷酸序列组成
i.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:136、SEQID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成
j.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的所述探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
包含SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:72或SEQID NO:75的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列组成
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:88的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:91的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ IDNO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQID NO:107的核苷酸序列组成。
95.根据条款88至94中任一项所述的至少一种探针，其包含至少两种探针，其中每种探针被差异地标记。
96.一种用于检测样品中的酵母/真菌感染的试剂盒，所述试剂盒包含根据条款57至87中任一项的至少一种引物对和/或根据条款88至95中任一项的至少一种探针。
97.根据条款96所述的试剂盒，所述试剂盒包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的引物对组合。
98.根据条款97所述的试剂盒，所述试剂盒还包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的探针。
99.一种试剂盒，所述试剂盒包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71以及SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94的引物。
100.根据条款99所述的试剂盒，所述试剂盒还包含SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:72和SEQ ID NO:95的探针。
101.一种用于鉴定样品中引起Candida感染的物种的试剂盒，所述试剂盒包含根据条款57c至57j或条款62至77中任一项所述的引物对。
102.根据条款101所述的试剂盒，其中所述引物分别包含SEQ ID NO:48和SEQ IDNO:49、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQID NO:41、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQID NO:17以及SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:48和SEQID NO:49、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17以及SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17以及SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成。
103.一种用于鉴定样品中引起Aspergillus感染的物种的试剂盒，所述试剂盒包含根据条款57k至57m或条款78至83中任一项所述的引物对。
104.根据条款103所述的试剂盒，其中所述引物包含SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:90和SEQ IDNO:92的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:86和SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成。
105.根据条款96至104中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒还包含用于从血液样品中提取DNA的试剂。
106.一种检测和鉴定样品中的微生物感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
ii.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
iii.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染。
107.根据条款106所述的方法，其中ILV3基因的扩增是根据条款1至56中的任一项中所定义的方法和/或使用条款57至87中的任一项中所定义的至少一种引物对和/或根据条款88至95中任一项所述的至少一种探针和/或使用条款96或105中的任一项中所定义的试剂盒执行的。
108.一种用于区分样品中的微生物感染的试剂盒，所述试剂盒包含用于执行多重核酸扩增反应的组分，所述组分包括：
a.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
b.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
c.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针；
其中组分a、b和c各自产生可区别的扩增产物，从而使得能够确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染。
109.根据条款108所述的试剂盒，所述试剂盒包含条款57至87中的任一项中所定义的至少一种引物对和/或根据条款88至95中任一项的至少一种探针和/或条款96或105中的任一项中所定义的试剂盒。
110.一种鉴定样品中引起Candida感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少3组、至少4组、至少5组、至少6组、至少7组或所有组来执行核酸扩增反应：
i.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iv.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
v.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vi.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vii.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
viii.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Candida感染的物种。
111.根据条款110所述的方法，其中所述引物对在多重反应中使用。
112.根据条款110或111所述的方法，其中检测和区别所述扩增产物根据解链曲线分析进行。
113.根据条款110至112中任一项所述的方法，其中每种引物对在单独的反应容器中使用。
114.根据条款110至113中任一项所述的方法，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170234-1170217
ii.位置c1171213-1171192
115.根据条款110至114中任一项所述的方法，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1170119-1170140
ii.位置1171120-1171138
116.根据条款110至115中任一项所述的方法，其中与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1219181-1219161
ii.位置c1218505-1218486
iii.位置c1218553-1218534
117.根据条款110至116中任一项所述的方法，其中与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219103-1219124
ii.位置1218409-1218429
iii.位置1218419-1218440
118.根据条款110至117中任一项所述的方法，其中与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406146-406127
ii.位置c406142-406120
119.根据条款110至118中任一项所述的方法，其中与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置406047-406068
ii.位置406048-406069
120.根据条款110至119中任一项所述的方法，其中与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24951-24931
ii.位置c24881-24863
121.根据条款110至120中任一项所述的方法，其中与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置24843-24865
ii.位置24774-24795
122.根据条款110至121中任一项所述的方法，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394191-394169
ii.位置c393535-393516
iii.位置c395076-395055
iv.位置c394884-394863
123.根据条款110至122中任一项所述的方法，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置394080-394101
ii.位置393445-393464
iii.位置394987-395006
iv.位置394783-394803
124.根据条款110至123中任一项所述的方法，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61723-61744
ii.位置60940-60961
iii.位置60420-60440
iv.位置61778-61797
v.位置61940-61961
125.根据条款110至124中任一项所述的方法，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c61817-61796
ii.位置c61030-61011
iii.位置c60535-60513
iv.位置c61923-61902
v.位置c62015-61996
126.根据条款110至125中任一项所述的方法，其中与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909629-909608
ii.位置c911117-911098
iii.位置c911111-911090
iv.位置c910941-910920
127.根据条款110至126中任一项所述的方法，其中与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置909529-909550
ii.位置911002-911023
iii.位置910994-911013
iv.位置910799-910819
128.根据条款110至127中任一项所述的方法，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32790-32768
ii.位置c32451-32430
iii.位置c32654-32633
iv.位置c33278-33259
v.位置c32603-32580
vi.位置c32399-32376
vii.位置c33648-33628
viii.位置c32240-32219
ix.位置c32930-32909
x.位置c33228-33206
xi.位置c32106-32085
129.根据条款110至128中任一项所述的方法，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置32682-32703
ii.位置32368-32389
iii.位置32567-32588
iv.位置33202-33223
v.位置32512-32533
vi.位置32328-32349
vii.位置33566-33587
viii.位置32175-32195
ix.位置32826-32848
x.位置33130-33151
xi.位置32011-32033
130.根据条款110至129中任一项所述的方法，其中
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成，或由SEQ IDNO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成；
b.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:8和SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成；
c.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成；
d.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成；
e.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:22和SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成；
f.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成；
g.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ IDNO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成；
h.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ IDNO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ IDNO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ IDNO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成；
131.一种鉴定样品中引起Aspergillus感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少两组或所有三组来执行核酸扩增反应：
i.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Aspergillus感染的物种。
132.根据条款131所述的方法，其中检测和区别所述扩增产物根据解链曲线分析进行。
133.根据条款131或132所述的方法，其中所述引物对在多重反应中使用。
134.根据条款131至133中任一项所述的方法，其中每种引物对在单独的反应容器中使用。
135.根据条款131至134中任一项所述的方法，其中与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置3721531-3721552
ii.位置3721618-3721638
iii.位置3721616-3721638
iv.位置3721798-3721818
136.根据条款131至135中任一项所述的方法，其中与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721653-3721675
ii.位置c3721706-3721681
iii.位置c3721898-3721878
137.根据条款131至136中任一项所述的方法，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540219-540199
138.根据条款131至137中任一项所述的方法，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置540084-540103
139.根据条款131至138中任一项所述的方法，其中与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382604-382586
140.根据条款131至139中任一项所述的方法，其中与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置382519-382541
ii.位置382520-382541
141.根据条款131至140中任一项所述的方法，其中
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ IDNO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成；
b.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物包含SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成；
c.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成。
142.根据条款110至141中任一项所述的方法，所述方法包括使用物种特异性探针来检测和区别所述扩增产物，从而鉴定引起感染的物种。
143.根据条款142所述的方法，其中每个探针被差异地标记。
144.根据条款142或143所述的方法，其中：
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170174-1170151
ii.位置1171165-1171192
b.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219148-1219171
ii.位置c1218439-1218416
ii.位置c1218505-1218480；
c.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406111-406082；
d.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24907-24883
ii.位置c24862-24839
e.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394151-394128
ii.位置c393478-393453
iii.位置c395030-395007
iv.位置c394836-394807
f.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61770-61793
ii.位置c60990-60967
iii.位置60462-60485
iv.位置61815-61838
v.位置c61970-61945
g.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909577-909552
ii.位置c911088-911065
iii.位置910878-910904；和/或
h.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32744-32721
ii.位置c32421-32398
iii.位置c32629-32605
iv.位置33233-33257
v.位置32542-32563
vi.位置32350-32373
vii.位置c33627-33606
viii.位置c32218-32196
ix.位置c32890-32864
x.位置c33259-33236
xi.位置c32061-32038
145.根据条款142至144中任一项所述的方法，其中
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成
b.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ IDNO:120的核苷酸序列组成
c.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:121的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成
d.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成
e.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:124、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成
f.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:128、SEQID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列，基本上由SEQID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ IDNO:132的核苷酸序列组成
g.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ IDNO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:133、SEQ IDNO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ IDNO:135的核苷酸序列组成；和/或
h.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:136、SEQID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成。
146.根据条款142至145中任一项所述的方法，其中
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721651-3721628
ii.位置3721658-3721681
ii.位置3721848-3721870
d.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540161-540138；和/或
e.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382572-382549
147.根据条款142至146中任一项所述的方法，其中
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成；
b.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:88的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成；
c.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:91的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成。
148.一种检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染的方法，所述方法包括：
a.执行根据条款1至56中任一项所述的方法以确定所述样品中是否存在Candida、Aspergillus和/或Cryptococcus neoformans
b.在样品中存在Candida或Aspergillus物种的情况下，执行根据条款110至147中任一项所述的方法以确定存在哪种物种
从而检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染。
149.一种选择用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)来进行治疗的受试者的方法，所述方法包括执行根据条款1至56和/或106至148中任一项所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定出感染的情况下选择受试者进行治疗。
150.一种预测受试者对用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)治疗的反应性的方法，所述方法包括执行根据条款1至56和/或106至149中任一项所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定到感染的情况下预测受试者对治疗的反应性。
151.一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有所述感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中受试者已经通过执行根据条款1至56和/或106至150中任一项所述的方法被选择进行治疗。
152.一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有所述感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中所述受试者在样品中展示出可检测的ILV3基因。
153.一种在治疗感染的方法中使用的抗真菌剂，诸如杀真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中受试者已经通过执行根据条款1至56和/或106至150中任一项所述的方法被选择进行治疗。
154.一种用于治疗感染的方法中的抗真菌剂，诸如杀真菌剂，其中所述受试者在样品中展示出可检测的ILV3基因。
附图说明
图1示出了扩增曲线，其中通过使用含有简并碱基的单个引物-探针组(泛Candida组)实现了对8种不同Candida物种的鉴定。
图2是使用针对每种物种的最佳单一引物-探针组从多个Candida物种得到的解链曲线的叠加图。
图3A(组1)和图3B(组2)示出了扩增曲线，其中对于所测试的三种Aspergillus物种，两种泛Aspergillus引物-探针组产生了扩增。
图4A和图4B示出了来自用于确定哪种引物-探针组在扩增方案结束时(高)荧光水平和(低)Ct检测值的方面给出了最大性能的实验的扩增曲线。
发明详述(实验实施例)
ILV3基因代表一种用于检测Candida和其他真菌生物体(包括Aspergillus属和Cryptococcus neoformans)的新基因。ILV3基因编码二羟酸脱水酶，二羟酸脱水酶是一种催化导致支链氨基酸生物合成的共同途径中的第三步骤的酶，所述ILV3基因是与任何人类DNA都具有0％(零)同源性的酵母/真菌特异性基因(Liu等人，2006)。当前的真菌检测方法聚焦于核糖体DNA(18S、内部转录间隔区(5.8S)或28S rRNA)，所述核糖体DNA有大区域的与人类中发现的等同基因的同源性(参考文献：Khot等人，2009；和Kan，1992)。这种高水平的同源性使得特异性引物和检测探针的产生既具有挑战性又耗时，因为需要检查引物-探针组与人类DNA的交叉反应性。另外，考虑到本发明的产品和方法将通常使用源自人血液样品的测试样品裂解物，任何残留的人类DNA将被随机剪切，这可增大人类DNA序列与基于核糖体rRNA的真菌引物组具有互补性以及因此导致的交叉反应性的可能性。相比之下，通过使用基于ILV3的引物-探针组，则不需要该筛选过程，并且消除了与人类DNA交叉反应的风险。在靶向ILV3的同时，还决定采用水解(“TAQMAN”)探针来进行样品检测。TAQMAN探针使得能够达到卓越的灵敏度、特异性和qPCR性能。然而，在另一些实施方式中，可以使用替代的探针类型。例如，分子信标(MOLECULAR BEACON)或SCORPION可用于靶向ILV3以检测酵母和真菌。
除了靶向ILV3以检测Candida外，该基因还可以被靶向以用于但不限于检测其他真菌病原体，包括几种Aspergillus物种以及Cryptococcus neoformans。
为了鉴定Candida，ILV3基因的生物信息学分析(通过将该基因与多种Candida物种进行序列比对)鉴定出了两种可用于检测Candida物种的区域。实验表明，通过使用含有简并碱基的单个引物-探针组(‘泛Candida’引物-探针组；引物-探针组2—参见表1和图1，能够实现对多种(8种)物种的鉴定。
表1
为了进一步提高Candida检测的性能(以增强灵敏度和特异性)，通过取代引物和探针的序列中的碱基而设计和测试了原始引物-探针组的许多变体。对反向引物序列和探针序列的修饰没有任何有益效应(数据未显示)。但是，经重新设计的正向引物中的一种提高了对先前可检测的Candida物种的检测灵敏度(即相对于原始正向引物而言更低的Ct(Cp)值—ΔCt增加)，并提高了检测Candida guilliermondii的性能特异性，所述Candidaguilliermondii在先前使用原始引物-探针设计时具有不佳的检测—参见表2。现在已经采用了该新的经更新的组(SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:3)(表B中所示的序列)。
表2
最近的一份英国公共卫生部门报告列出了与念珠菌血症相关的各个Candida物种(“Surveillance of candidaemia in England,Wales and Northern Ireland,2014”)。根据该报告中，我们决定靶向以下Candida物种(其基因组已测序并公开)：C.albicans、C.glabrata、C.parapsilosis、C.tropicalis、C.krusei、C.dubliniensis，以及C.guilliermondii。除了这些物种外，第八种物种Candida auris也被添加到上述要被靶向以进行物种特异性鉴定的生物体列表中。其原因是因为该物种已被英国公共卫生部门鉴定(“Candida auris identified in England”)为重要的新兴真菌病原体，在整个英国和世界上的其他国家都已经鉴定出了C.auris的散发性病例。此外，已证明C.auris具有在医院患者之间传播的倾向，并显示出对三大类抗真菌药物(包括吡咯类(例如氟康唑))的抗性。附加的纵向流行病学数据已显示出在由Candida的非albicans物种引起的血流感染的发病率方面的最近偏移(Wisplinghoff等人，2014)。相对于其他Candida物种，这些物种例如C.glabrata和C.krusei具有降低的对诸如氟康唑的抗真菌剂的易感性(Trick等人，2002)。因此，存在能够区分和区别这八种最流行的Candida物种，尤其是C auris的临床需要。
为了实现该区别水平，再次对ILV3基因进行了生物信息学询问。单独设计了针对每个物种的多种引物组，执行对每种引物组的生物信息学分析以确定这些引物组对感兴趣的物种的特异性，并确保没有观察到与其他Candida物种的同源性(交叉反应性)。使用SYBRGreen化学物，通过解链曲线分析来测试所得的引物组。每种引物组都会产生具有精确解链温度(Tm)的DNA扩增区域(‘扩增子’)。使用所有引物组进行实验，以确定针对每个Candida物种的每种引物组的Tm谱—参见表3。
表3
一旦完成，就选择出每个物种的最佳单一引物-探针组，以优化每个物种的Tm值之间的扩散和分离—参见表4。当再次对这些引物组进行实验测试，并且叠加每个物种的解链曲线轨迹时，八个轨迹之间存在非常好的分辨率，表明该方法是区分单独Candida物种的有效方法—参见图2。这些引物组比来自T2 Biosystems的当前测试提供对更多Candida物种的划分(delineation)。
表4
除了检测Candida物种外，ILV3还可以用作用于检测其他真菌生物体的靶标，所述其他真菌生物体诸如Aspergillus物种(尤其聚焦于Aspergillus fumigatus、Asp.niger和Asp.flavus)和Cryptococcus neoformans。以如先前针对Candida所述的相同方法，(在适用的情况下)使用生物信息学分析和序列比对来鉴定ILV3基因内的合适区域，所述合适区域用于设计“泛Aspergillus”引物-探针组以及用于物种特异性鉴定所述三个Aspergillus物种以及C.neoformans的几种引物-探针组。实验表明，对于所测试的三个Aspergillus物种，两种泛Aspergillus引物-探针组产生了扩增，但是V1设计(SEQ ID No 70至SEQ ID No72；图3A)由于在这些物种中具有更好的荧光而为优选的—参见图3A和图3B。为了产生物种特异性引物-探针组，对每个物种的多种设计迭代均进行生物信息学测试，以证明物种特异性(对于检测不同的Aspergillus物种而言尤其重要)并确保与其他真菌生物体或人类基因没有同源性。然后，对通过该验证方法的引物-探针组进行体外测试，以确定在扩增方案结束时(高)荧光水平和(低)Ct检测值方面哪组给出了最大性能—参见表5至表6。图4A示出了选定的针对三种Aspergillus物种的物种特异性引物-探针组(Asp.fumigatus：SEQ ID NO:79至SEQ ID NO:81；Asp.niger：SEQ ID NO:86至SEQ ID NO:88；和Asp.flavus：SEQ ID NO:89至SEQ ID NO:91。关于序列，参见表B)的扩增轨迹。图4B示出了选定的用于检测Cryptococcus neoformans的引物-探针组(SEQ ID NO:93至SEQ ID NO:95)的扩增轨迹。
表5
表6
除此之外，测试了用于解链曲线分析的引物组，以区分上述三个Aspergillus物种。同样，使用用于鉴定Candida解链引物的相同生物信息学方法，以找到合适的Aspergillus解链引物。当在体外测试这些Aspergillus解链引物时，在所述三个Aspergillus物种中的每一个的Tm值之间实现了良好的分辨率-参见表7至表8。
Aspergillus物种 SEQ IDs 实际Tm(℃) 标准差(℃)
Asp.fumigatus 80，82 82.95 0.01
Asp.niger 86，87 79.54 0.01
Asp.flavus 90，92 81.82 0.01
表7
表8
在本文中描述并且在附表B中显示的每种单独的引物-探针组都已经进行了实验测试和验证，各种ILV3引物-探针组与非靶标生物体没有任何交叉反应性。
在处于但不限于确认怀疑患有血流感染的患者的血液样品中存在酵母和真菌生物体的情况下，ILV3代表一种用于鉴定所述酵母和真菌生物体的新基因。
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本发明的范围不受本文所述的具体实施方式的限制。实际上，根据先前的描述和附图，本发明的多种修改以及本文所述的那些修改对于本领域技术人员来说将变得显而易见。此类修改旨在落入所附权利要求的范围内。此外，本文所述的所有实施方式都被认为是广泛适用的，并且可以视情况与任何和所有其他一致的实施方式组合。
本文引用了多种出版物，所述多种出版物的公开内容以引用整体并入本文。
序列表
<110> 动力生物科学有限公司
<120> 使用ILV3基因的微生物的检测和划分
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<151> 2017-07-25
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<223> Probe or primer sequence
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<212> DNA
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<400> 99
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<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe or primer sequence
<400> 107
cggagaggtg ctcgacattg tgtc 24
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<213> Artificial Sequence
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<223> Probe or primer sequence
<400> 108
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<211> 16
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<213> Artificial Sequence
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<223> Probe or primer sequence
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<223> Probe or primer sequence
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cctctcttat atttcaactc tggcct 26
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<223> Probe or primer sequence
<400> 146
aagaaagaag tggctgcctc ctga 24

Claims (64)

1.一种检测样品中真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行核酸扩增反应以扩增真菌/酵母的ILV3基因
b.检测扩增产物以确定所述样品是否含有真菌/酵母感染。
2.一种检测样品中真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测扩增产物以确定所述样品是否含有真菌/酵母感染。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述核酸扩增反应扩增以下物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种或所有12种物种的ILV3基因：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
ix.Aspergillus fumigatus
x.Aspergillus niger
xi.Aspergillus flavus
xiiCryptococcus neoformans。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤a包括：
i.使用与Candida物种、Aspergillus物种和/或Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
ii.使用与Candida物种、Aspergillus物种和/或Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中共用的正向引物和反向引物和/或共用的探针与以下Candida物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，以及优选所有物种的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris；
和/或其中共用的正向引物和反向引物和/或探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，以及优选所有3种物种的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus。
6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Candida物种中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，以及优选所有物种的每一者的ILV3基因杂交：
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris；
和/或其中单独的正向引物和反向引物和/或探针与以下Aspergillus物种中的至少2种，以及优选所有3种物种的每一者的ILV3基因杂交：
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus。
7.根据任何前述权利要求所述的方法，其中步骤b包括区别扩增产物以鉴定引起所述感染的属和/或物种。
8.一种检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括执行根据任何前述权利要求所述的方法，以及在步骤b中，检测和区别扩增产物以鉴定所述真菌/酵母感染。
9.一种检测和鉴定样品中的真菌/酵母感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和
ii.与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
iii.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以鉴定所述真菌/酵母感染。
10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，其中区别包括：
i.解链曲线分析
ii.使用差异标记的引物和/或探针；或者
iii.确定扩增产物的大小。
11.根据权利要求10所述的方法，其中将至少一种引物和/或探针根据属差异地标记，以允许鉴定所述样品中的真菌/酵母的属；任选地其中将至少一种引物和/或探针根据Candida和/或Aspergillus的物种差异地标记，以允许鉴定所述样品中Candida和/或Aspergillus的物种。
12.根据任何前述权利要求所述的方法，其中所述样品包括来自人的测试样品，任选地血液样品。
13.用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种引物对，其包括：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物；
任选地其中所述至少一种引物对包括至少两种引物对，其中，每种引物对中的至少一种引物被与其他引物对相比差异地标记。
14.根据权利要求13所述的至少一种引物对，其中引物对的所述正向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，以及优选所有靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置c1169825-1169806
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置c393798-393779
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置c405996-405978
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置c1218036-1218017
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置c909809-909790
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置c24006-23987
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置61666-61685
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置c32324-32305。
15.根据权利要求13或14所述的至少一种引物对，其中引物对的所述反向引物与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，以及优选所有靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169707-1169729
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393680-393702
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405878-405900
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217918-1217940
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909691-909713
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23888-23910
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61784-61762
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32206-32228。
16.根据权利要求13至15中任一项所述的至少一种引物对，其中引物对的所述正向引物与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721583-3721597
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c541018-541004
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382612-382598
或其中所述正向引物与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
vii.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721797-3721816
viii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540804-540785
ix.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382398-382379。
17.根据权利要求13至16中任一项所述的至少一种引物对，其中引物对的所述反向引物与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721887-3721872
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540714-540729
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382308-382323
或其中所述反向引物与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
vii.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置c3721875-3721894
viii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置540707-540726
ix.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置382301-382320。
18.根据权利要求13至17中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170234-1170217
ii.位置c1171213-1171192。
19.根据权利要求13至18中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1170119-1170140
ii.位置1171120-1171138。
20.根据权利要求13至19中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidadubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1219181-1219161
ii.位置c1218505-1218486
iii.位置c1218553-1218534。
21.根据权利要求13至20中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidadubliniensis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219103-1219124
ii.位置1218409-1218429
iii.位置1218419-1218440。
22.根据权利要求13至21中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidatropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406146-406127
ii.位置c406142-406120。
23.根据权利要求13至22中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidatropicalis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置406047-406068
ii.位置406048-406069。
24.根据权利要求13至23中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaparapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24951-24931
ii.位置c24881-24863。
25.根据权利要求13至24中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaparapsilosis的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置24843-24865
ii.位置24774-24795。
26.根据权利要求13至25中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394191-394169
ii.位置c393535-393516
iii.位置c395076-395055
iv.位置c394884-394863。
27.根据权利要求13至26中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置394080-394101
ii.位置393445-393464
iii.位置394987-395006
iv.位置394783-394803。
28.根据权利要求13至27中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61723-61744
ii.位置60940-60961
iii.位置60420-60440
iv.位置61778-61797
v.位置61940-61961。
29.根据权利要求13至28中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c61817-61796
ii.位置c61030-61011
iii.位置c60535-60513
iv.位置c61923-61902
v.位置c62015-61996。
30.根据权利要求13至29中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaguilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909629-909608
ii.位置c911117-911098
iii.位置c911111-911090
iv.位置c910941-910920。
31.根据权利要求13至30中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candidaguilliermondii的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置909529-909550
ii.位置911002-911023
iii.位置910994-911013
iv.位置910799-910819。
32.根据权利要求13至31中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32790-32768
ii.位置c32451-32430
iii.位置c32654-32633
iv.位置c33278-33259
v.位置c32603-32580
vi.位置c32399-32376
vii.位置c33648-33628
viii.位置c32240-32219
ix.位置c32930-32909
x.位置c33228-33206
xi.位置c32106-32085。
33.根据权利要求13至32中任一项所述的至少一种引物对，其中与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置32682-32703
ii..位置32368-32389
iii.位置32567-32588
iv.位置33202-33223
v.位置32512-32533
vi.位置32328-32349
vii.位置33566-33587
viii.位置32175-32195
ix.位置32826-32848
x.位置33130-33151
xi.位置32011-32033。
34.根据权利要求13至33中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusfumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置3721531-3721552
ii.位置3721618-3721638
iii.位置3721616-3721638
iv.位置3721798-3721818。
35.根据权利要求13至34中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusfumigatus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721653-3721675
ii.位置c3721706-3721681
iii.位置c3721898-3721878。
36.根据权利要求13至35中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540219-540199。
37.根据权利要求13至36中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置540084-540103。
38.根据权利要求13至37中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusflavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382604-382586。
39.根据权利要求13至38中任一项所述的至少一种引物对，其中与Aspergillusflavus的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置382519-382541
ii.位置382520-382541。
40.根据权利要求13至39中任一项所述的至少一种引物对，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的正向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
vi.位置702696-702717
vii.位置702499-702520
viii.位置702736-702757
ix.位置702384-702403
x.位置701384-701406。
41.根据权利要求13至40中任一项所述的至少一种引物对，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的引物对的反向引物与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
vi.位置c702796-702777
vii.位置c702602-702582
viii.位置c702850-702831
ix.位置c702521-702500
x.位置c701499-701479。
42.根据权利要求13至41中任一项所述的至少一种引物对，其中：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
分别包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:1和SEQID NO:2的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的核苷酸序列组成；
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
分别包含SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:70和SEQ ID NO:71或SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74的核苷酸序列组成；
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7的核苷酸序列组成；
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ IDNO:13的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ IDNO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:8和SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11或SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13的核苷酸序列组成；
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17的核苷酸序列组成；
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21的核苷酸序列组成；
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ IDNO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:22和SEQID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26和SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29的核苷酸序列组成；
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36和SEQ ID NO:37或SEQ ID NO:38和SEQ ID NO:39的核苷酸序列组成；
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ IDNO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:42和SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:44和SEQ ID NO:45或SEQ ID NO:46和SEQ ID NO:47的核苷酸序列组成；
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQ IDNO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57、SEQ IDNO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:50和SEQ IDNO:51、SEQ ID NO:52和SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:54和SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:56和SEQID NO:57、SEQ ID NO:58和SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62和SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66和SEQ ID NO:67、或SEQ IDNO:68和SEQ ID NO:69的核苷酸序列组成；
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ IDNO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:76和SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:79和SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:80或SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84的核苷酸序列组成；
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物包含SEQID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:86的核苷酸序列组成；
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:89或SEQ ID NO:90和SEQ ID NO:92的核苷酸序列组成；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述正向引物和反向引物分别包含SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99和SEQID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列，分别基本上由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:97、SEQ IDNO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列组成，或分别由SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94、SEQ ID NO:96和SEQ IDNO:97、SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100、SEQ ID NO:102和SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106的核苷酸序列组成。
43.用于检测样品中的酵母/真菌感染的至少一种探针，其包括：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
b.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
c.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的探针
d.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的探针
e.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的探针
f.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的探针
g.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的探针
h.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的探针
i.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的探针
j.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的探针
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的探针
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的探针
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的探针；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的探针；
任选地其中所述至少一种探针包括至少两种探针，其中每种探针被差异地标记。
44.根据权利要求43所述的至少一种探针，其与以下靶序列中的至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种，以及优选所有靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_032093.1(Candida albicans)的位置1169779-1169804
ii.核苷酸序列登录号NC_005968.1(Candida glabrata)的位置393752-393777
iii.核苷酸序列登录号NW_003020040.1(Candida tropicalis)的位置405950-405975
iv.核苷酸序列登录号NC_012864.1(Candida dubliniensis)的位置1217990-1218015
v.核苷酸序列登录号NW_001809800.1(Candida guilliermondii)的位置909763-909788
vi.核苷酸序列登录号HE605203.1(Candida parapsilosis)的位置23960-23985
vii.核苷酸序列登录号JQFK01000016.1(Candida krusei)的位置c61712-61687
viii.核苷酸序列登录号NW_017263971.1(Candida auris)的位置32278-32303。
45.根据权利要求43或44中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_032093.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c1170174-1170151
ii.位置1171165-1171192
k.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_012864.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置1219148-1219171
ii.位置c1218439-1218416
iii.位置c1218505-1218480；
l.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_003020040.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c406111-406082；
m.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号HE605203.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c24907-24883
ii.位置c24862-24839
n.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_005968.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c394151-394128
ii.位置c393478-393453
iii.位置c395030-395007
iv.位置c394836-394807
o.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号JQFK01000016.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置61770-61793
ii.位置c60990-60967
iii.位置60462-60485
iv.位置61815-61838
v.位置c61970-61945
p.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_001809800.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c909577-909552
ii.位置c911088-911065
iii.位置910878-910904；和/或
q.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_017263971.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c32744-32721
ii.位置c32421-32398
iii.位置c32629-32605
iv.位置33233-33257
v.位置32542-32563
vi.位置32350-32373
vii.位置c33627-33606
viii.位置c32218-32196
ix.位置c32890-32864
x.位置c33259-33236
xi.位置c32061-32038。
46.根据权利要求43至45中任一项所述的至少一种探针，其中至少1种探针与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
i.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721790-3721814
ii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540811-540788
iii.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382405-382381
或其中共用的探针与以下靶序列中的至少2种，以及优选所有3种靶序列杂交：
vii.核苷酸序列登录号NC_007195.1(Aspergillus fumigatus)的位置3721848-3721870
viii.核苷酸序列登录号NT_166533.1(Aspergillus niger)的位置c540753-540731
ix.核苷酸序列登录号NW_002477240.1(Aspergillus flavus)的位置c382347-382325。
47.根据权利要求43至46中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_007195.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c3721651-3721628
ii.位置3721658-3721681
iii.位置3721848-3721870
r.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NT_166533.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c540161-540138；和/或
s.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NW_002477240.1的以下靶序列中的一种杂交：
i.位置c382572-382549。
48.根据权利要求43至47中任一项所述的至少一种探针，其中与Cryptococcusneoformans的ILV3基因特异性杂交的所述探针与来自核苷酸序列登录号NC_006693.1的以下靶序列中的一种杂交：
vi.位置702724-702747
vii.位置702526-702549
viii.位置702805-702829
ix.位置702423-702446
x.位置701435-701458。
49.根据权利要求43至48中任一项所述的至少一种探针，其中：
a.与以下Candida物种的ILV3基因特异性杂交的所述探针
i.Candida albicans
ii.Candida dubliniensis
iii.Candida tropicalis
iv.Candida parapsilosis
v.Candida glabrata
vi.Candida krusei
vii.Candida guilliermondii
viii.Candida auris
包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:3的核苷酸序列组成，或由SEQID NO:3的核苷酸序列组成
b.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:116或SEQID NO:117的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:116或SEQ ID NO:117的核苷酸序列组成
c.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:118、SEQ ID NO:119或SEQ ID NO:120的核苷酸序列组成
d.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:121的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:121的核苷酸序列组成
e.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:122或SEQ ID NO:123的核苷酸序列组成
f.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:124、SEQID NO:125、SEQ ID NO:126或SEQ ID NO:127的核苷酸序列组成
g.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:128、SEQ IDNO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列，基本上由SEQ IDNO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:128、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:131或SEQ ID NO:132的核苷酸序列组成
h.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:134或SEQ IDNO:135的核苷酸序列组成
i.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:136、SEQ IDNO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ IDNO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ ID NO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:136、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:138、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:142、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:144、SEQ IDNO:145或SEQ ID NO:146的核苷酸序列组成
j.与以下Aspergillus物种的ILV3基因特异性杂交的探针
i.Aspergillus fumigatus
ii.Aspergillus niger
iii.Aspergillus flavus
包含SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:72或SEQ IDNO:75的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:75的核苷酸序列组成
k.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQID NO:85的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:81或SEQ ID NO:85的核苷酸序列组成
l.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:88的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:88的核苷酸序列组成
m.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:91的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:91的核苷酸序列组成；和/或
n.与Cryptococcus neoformans的ILV3基因特异性杂交的所述探针包含SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列，基本上由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ ID NO:107的核苷酸序列组成，或由SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:98、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:104或SEQ IDNO:107的核苷酸序列组成。
50.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中使用权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对和/或权利要求43至49中的任一项中所定义的至少一种探针来执行所述方法。
51.一种用于检测样品中的酵母/真菌感染的试剂盒，所述试剂盒包含根据权利要求13至42中任一项所述的至少一种引物对和/或根据权利要求43至59中任一项所述的至少一种探针；任选地其中所述试剂盒包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcusneoformans的引物对组合；任选地其中所述试剂盒还包含允许检测Candida、Aspergillus和Cryptococcus neoformans的探针；任选地其中所述试剂盒还包含用于从血液样品中提取DNA的试剂。
52.一种检测和鉴定样品中的微生物感染的方法，所述方法包括：
a.执行包含以下组分的核酸扩增反应：
i.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
ii.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
iii.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针
b.检测和区别扩增产物以确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染；
任选地其中根据权利要求1至12中的任一项中所定义的方法来执行ILV3基因的扩增，和/或其中使用权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对来执行所述方法，和/或其中使用权利要求43至49中的任一项中所定义的至少一种探针来执行所述方法。
53.一种用于区分样品中的微生物感染的试剂盒，所述试剂盒包含用于执行多重核酸扩增反应的组分，所述组分包括：
a.与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阳性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
b.与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的正向引物和反向引物；任选地以及在引物结合位点之间与革兰氏阴性细菌的16S rRNA基因特异性杂交的探针
c.与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物，任选地以及在引物结合位点之间与至少一种真菌/酵母物种的ILV3基因特异性杂交的探针；
其中组分a、b和c各自产生可区别的扩增产物，从而使得能够确定样品是否包含革兰氏阴性细菌感染、革兰氏阳性细菌感染和/或真菌/酵母感染。
54.根据权利要求53所述的试剂盒，所述试剂盒包含权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对和/或根据权利要求43至49中任一项所述的至少一种探针和/或权利要求51中所定义的试剂盒。
55.一种鉴定样品中引起Candida感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少3组、至少4组、至少5组、至少6组、至少7组或所有组来执行核酸扩增反应：
i.与Candida albicans的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Candida dubliniensis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Candida tropicalis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iv.与Candida parapsilosis的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
v.与Candida glabrata的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vi.与Candida krusei的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
vii.与Candida guilliermondii的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
viii.与Candida auris的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Candida感染的物种；任选地其中检测和区别所述扩增产物根据解链曲线分析进行；任选地其中每种引物对在单独的反应容器中使用；任选地其中根据权利要求1至12中的任一项中所定义的方法来执行所述ILV3基因的扩增，和/或其中使用权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对来执行所述方法，和/或其中使用权利要求43至49中的任一项中所定义的至少一种探针来执行所述方法。
56.一种鉴定样品中引起Aspergillus感染的物种的方法，所述方法包括：
a.使用以下组分组中的至少两组或所有三组来执行核酸扩增反应：
i.与Aspergillus fumigatus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
ii.与Aspergillus niger的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
iii.与Aspergillus flavus的ILV3基因特异性杂交的正向引物和反向引物
b.检测和区别扩增产物以鉴定引起Aspergillus感染的物种；任选地其中检测和区别所述扩增产物根据解链曲线分析进行；任选地其中每种引物对在单独的反应容器中使用；任选地其中根据权利要求1至12中的任一项中所定义的方法来执行所述ILV3基因的扩增，和/或其中使用权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对来执行所述方法，和/或其中使用权利要求43至49中的任一项中所定义的至少一种探针来执行所述方法。
57.根据权利要求56所述的方法，所述方法包括使用物种特异性探针来检测和区别所述扩增产物，从而鉴定引起所述感染的物种，任选地其中每个探针被差异地标记。
58.一种检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染的方法，所述方法包括：
a.执行根据权利要求1至12中任一项所述的方法以确定所述样品中是否存在Candida、Aspergillus和/或Cryptococcus neoformans
b.在样品中存在Candida或Aspergillus物种的情况下，执行根据权利要求55所述的方法以确定存在哪种物种
从而检测和鉴定样品中的酵母/真菌感染。
59.根据权利要求55至58中任一项所述的方法，其中根据权利要求1至12中的任一项中所定义的方法来执行所述方法，和/或其中使用权利要求13至42中的任一项中所定义的至少一种引物对来执行所述方法，和/或其中使用权利要求43至49中的任一项中所定义的至少一种探针来执行所述方法，和/或其中使用权利要求51、53或54中的任一项中所定义的试剂盒来执行所述方法。
60.根据权利要求1至12或权利要求55至59中任一项所述的方法，所述方法是作为多重核酸扩增反应执行的。
61.一种选择用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)来进行治疗的受试者的方法，所述方法包括执行根据权利要求1至12和/或52至59中任一项所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定出感染的情况下选择受试者进行治疗。
62.一种预测受试者对用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)治疗的反应性的方法，所述方法包括执行根据权利要求1至12和/或52至59中任一项所述的方法，以及在检测到以及任选地还鉴定到感染的情况下预测受试者对治疗的反应性。
63.一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有所述感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中所述受试者已经通过执行根据权利要求1至12和/或52至59中任一项所述的方法被选择进行治疗。
64.一种治疗感染的方法，所述方法包括向患有所述感染的受试者施用诸如杀真菌剂的抗真菌剂(或抗生素，如果检测细菌的话)，其中所述受试者在样品中展示出可检测的ILV3基因。
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