JPWO2019161365A5 - - Google Patents

Claims (20)

1. a) AAVクレードFカプシドタンパク質を含むAAVカプシド;並びに
   b) 5’から3’に以下の配列を含む、修正ゲノム:
   (i) 5'AAV逆位末端配列(5'AAV ITR)ヌクレオチド配列;
   (ii) 配列番号27に対して少なくとも99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、2000ヌクレオチド以下の長さの5'相同性アームヌクレオチド配列;
   (iii)任意でポリアデニル化配列に連結している配列番号26にコードされるアミノ酸配列から成るアミノ酸配列をコードする、F8ヌクレオチド配列を含む、F8遺伝子中の標的遺伝子座を編集するための編集エレメント;
   (iv) 配列番号28に対して少なくとも99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、2000ヌクレオチド以下の長さの3'相同性アームヌクレオチド配列;及び
   (v) 3' AAV ITRヌクレオチド配列
   を含む、
   複製欠損アデノ随伴ウイルス(AAV)。
2. 前記F8ヌクレオチド配列がサイレントに変更される、請求項1に記載のAAV。
3. 前記a) 標的遺伝子座は、F8遺伝子のヌクレオチド126,476とヌクレオチド126,477との間のヌクレオチド間結合である、及び/又は、b) 標的遺伝子座は、F8遺伝子のヌクレオチド126,476に対して3'側に隣接したヌクレオチド配列である請求項1または2に記載のAAV。
4. 前記ポリアデニル化配列が、
   a) 外因性ポリアデニル化配列である、
   b) SV40ポリアデニル化配列である、及び/又は
   c) 配列番号23に示されるヌクレオチド配列を有する、
   請求項1から3のいずれか一項に記載のAAV。
5. a) 前記5' AAV ITRヌクレオチド配列が、配列番号18又は46に対して少なくとも95%の配列同一性を有し、及び/又は、前記3' AAV ITRヌクレオチド配列が、配列番号19、61又は63に対して少なくとも95%の配列同一性を有する、
   b) 前記5' AAV ITRヌクレオチド配列が、配列番号20に対して少なくとも95%の配列同一性を有し、前記3' AAV ITRヌクレオチド配列が、配列番号21に対して少なくとも95%の配列同一性を有する、請求項1から4のいずれか一項に記載のAAV。
6. 前記修正ゲノムが、
   a) 配列番号39、41、43及び45からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、又は
   b) 配列番号39、41、43及び45からなる群から選択されるヌクレオチド配列から成る、
   請求項1から5のいずれか一項に記載のAAV。
7. 前記標的遺伝子座中への前記編集エレメントの組込み効率が、前記AAVを、標準的なAAV形質導入条件下で、外因性ヌクレアーゼの非存在下でin vitroでBリンパ芽球様細胞の集団と接触させた場合に、少なくとも2%である、請求項1から6のいずれか一項に記載のAAV。
8. 前記標的遺伝子座中への前記編集エレメントの組込みの対立遺伝子頻度が、前記AAVを、標準的なAAV形質導入条件下で、外因性ヌクレアーゼの非存在下でin vitroでBリンパ芽球様細胞の集団と接触させた場合に、少なくとも1%である、請求項1から7のいずれか一項に記載のAAV。
9. 前記AAVクレードFカプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、6、7、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸203～736のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
   任意で配列番号2のアミノ酸206に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHである;配列番号2のアミノ酸312に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がQである;配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAである;配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNである;配列番号2のアミノ酸468に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がSである;配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIである;配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸590に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がG若しくはYである;配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸690に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がKである;配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;又は配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである、
   任意で、
   (a)配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGであり、配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである;
   (b)配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHであり、配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;
   (c)配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;
   (d)配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;又は
   (e)配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである、
   任意で、前記カプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、6、7、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸203～736のアミノ酸配列を含む、
   請求項1から8のいずれか一項に記載のAAV。
10. 前記AAVクレードFカプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、5、6、7、9、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸138～736のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    任意で、配列番号2のアミノ酸151に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸160に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がDである;配列番号2のアミノ酸206に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHである;配列番号2のアミノ酸312に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がQである;配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAである;配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNである;配列番号2のアミノ酸468に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がSである;配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIである;配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸590に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がG若しくはYである;配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸690に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がKである;配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;又は配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである、
    任意で、
    (a)配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGであり、配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである;
    (b)配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHであり、配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;
    (c)配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;
    (d)配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;又は
    (e)配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである、
    任意で、前記カプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、5、6、7、9、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸138～736のアミノ酸配列を含む、
    請求項1から9のいずれか一項に記載のAAV。
11. AAVクレードFカプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸1～736のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    任意で、配列番号2のアミノ酸2に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がTである;配列番号2のアミノ酸65に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIである;配列番号2のアミノ酸68に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がVである;配列番号2のアミノ酸77に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸119に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がLである;配列番号2のアミノ酸151に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸160に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がDである;配列番号2のアミノ酸206に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHである;配列番号2のアミノ酸312に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がQである;配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAである;配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNである;配列番号2のアミノ酸468に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がSである;配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIである;配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸590に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がG若しくはYである;配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;配列番号2のアミノ酸690に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がKである;配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである;又は配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである、
    任意で、
    (a)配列番号2のアミノ酸2に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がTであり、配列番号2のアミノ酸312に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がQである;
    (b)配列番号2のアミノ酸65に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIであり、配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がYである;
    (c)配列番号2のアミノ酸77に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸690に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がKである;
    (d)配列番号2のアミノ酸119に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がLであり、配列番号2のアミノ酸468に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がSである;
    (e)配列番号2のアミノ酸626に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGであり、配列番号2のアミノ酸718に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がGである;
    (f)配列番号2のアミノ酸296に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がHであり、配列番号2のアミノ酸464に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がNであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸681に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がMである;
    (g)配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸687に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;
    (h)配列番号2のアミノ酸346に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がAであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRである;又は
    (i)配列番号2のアミノ酸501に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がIであり、配列番号2のアミノ酸505に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がRであり、配列番号2のアミノ酸706に対応する前記カプシドタンパク質中のアミノ酸がCである、
    任意で、前記カプシドタンパク質が、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、15、16又は17のアミノ酸1～736のアミノ酸配列を含む、
    請求項1から10のいずれか一項に記載のAAV。
12. 請求項1から11のいずれか一項に記載のAAVを含む医薬組成物。
13. 細胞において、ex vivoでF8遺伝子中の変異を修正するための方法であって、前記細胞に、ex vivoで、請求項1から11のいずれか一項に記載の複製欠損アデノ随伴ウイルス(AAV)で形質導入する工程を含み、前記細胞が、外因性ヌクレアーゼ又は外因性ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列を共形質導入も共投与もすることなしに形質導入される、方法。
14. 前記細胞が肝細胞又は内皮細胞であり、任意で、前記内皮細胞が肝類洞内皮細胞である、請求項13に記載の方法。
15. F8遺伝子変異と関連する疾患又は障害を有する対象を処置するための、請求項1から11のいずれか一項に記載の複製欠損AAVの使用であって、
    外因性ヌクレアーゼも外因性ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列も前記対象に共投与されない、使用。
16. 前記疾患又は障害が血友病Aであり、及び/又は、前記対象がヒト対象である、請求項15に記載の方法。
17. AAVの組換え調製のためのパッケージングシステムであって、
    a)1つ又は複数のAAV Repタンパク質をコードするRepヌクレオチド配列;
    b)請求項9から11のいずれか一項に規定の1つ又は複数のAAVクレードFカプシドタンパク質をコードするCapヌクレオチド配列;及び
    c)請求項1から11のいずれか一項に規定の修正ゲノムであって、前記パッケージングシステムが、前記カプシド中に前記修正ゲノムを封入して前記AAVを形成するための細胞において動作可能である、修正ゲノム
    を含む、パッケージングシステム。
18. 前記Repヌクレオチド配列及び前記Capヌクレオチド配列を含む第1のベクター並びに前記修正ゲノムを含む第2のベクターを含み、
    前記Repヌクレオチド配列が、AAV2 Repタンパク質をコードし、
    任意で、前記AAV2 Repタンパク質が、78/68又はRep 68/52であり、及び/又は、前記AAV2 Repタンパク質が、配列番号22のAAV2 Repアミノ酸配列に対して最小のパーセント配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記最小のパーセント配列同一性が、前記AAV2 Repタンパク質をコードするアミノ酸配列の長さにわたって少なくとも70%である;
    任意で、前記パッケージングシステムが、ヘルパーウイルスベクターである第3のベクターを更に含み、任意で
    前記ヘルパーウイルスベクターが、独立した第3のベクターである、
    前記ヘルパーウイルスベクターが、前記第1のベクターと一体である、
    前記ヘルパーウイルスベクターが、前記第2のベクターと一体である、
    前記第3のベクターが、ヘルパーウイルスタンパク質をコードする遺伝子を含む、及び/又は、
    前記ヘルパーウイルスが、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス及びサイトメガロウイルス(CMV)からなる群から選択され、
    任意で、前記ヘルパーウイルスがアデノウイルスであり、任意で、前記アデノウイルスのゲノムが、E1、E2、E4及びVAからなる群から選択される1つ又は複数のアデノウイルスRNA遺伝子を含み、又は
    前記ヘルパーウイルスが単純ヘルペスウイルス(HSV)であり、任意で、前記HSVのゲノムが、UL5/8/52、ICPO、ICP4、ICP22及びUL30/UL42からなる群から選択されるHSV遺伝子のうち1つ又は複数を含む、
    請求項17に記載のパッケージングシステム。
19. 前記第1のベクター及び前記第3のベクターが、第1のトランスフェクトプラスミド内に含まれる、
    前記第2のベクター及び前記第3のベクターのヌクレオチドが、第2のトランスフェクトプラスミド内に含まれる、
    前記第1のベクター及び前記第3のベクターのヌクレオチドが、組換えヘルパーウイルス中にクローニングされる、又は
    前記第2のベクター及び前記第3のベクターのヌクレオチドが、組換えヘルパーウイルス中にクローニングされる、
    請求項17又は18に記載のパッケージングシステム。
20. AAVの組換え調製のための方法であって、カプシド中に修正ゲノムを封入して前記AAVを形成するのに動作可能な条件下で、請求項17から19のいずれか一項に記載のパッケージングシステムを細胞中に導入する工程を含む、方法。