JPWO2018052005A1 - 改変型ザルコシンオキシダーゼ並びにその遺伝子及び製造法 - Google Patents

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Abstract

ザルコシンオキシダーゼの反応におけるL-プロリンの影響を低下させること。L-プロリンに対する反応性の低下した改変ザルコシンオキシダーゼを提供する。

Description

本発明は、L-プロリンに対する反応性が改変前の酵素と比べて低下した改変型ザルコシンオキシダーゼ、改変型ザルコシンオキシダーゼ遺伝子及び改変型ザルコシンオキシダーゼの製造法に関する。
ザルコシンオキシダーゼは、ザルコシンを加水分解してグリシン及びホルムアルデヒドを生成する触媒作用を有する酵素であり、ヒトの血清中又は尿中のクレアチニン量の測定に用いることができ、腎臓病をはじめとする各種の疾患の診断薬として利用することができる。
従来、ザルコシンオキシダーゼは、例えば、コリネバクテリウム属(例えば、非特許文献1参照。)、バチルス属(例えば、特許文献1参照。)、シリンドロカーボン属(例えば、特許文献2参照。)、シュードモナス属(例えば、特許文献3参照。)、アースロバクター属(例えば、特許文献4参照。)等の菌株により生産されることが知られている。
また、本出願人等は、バチルス属よりザルコシンオキシダーゼ遺伝子を単離し、遺伝子工学的手法により本酵素を大量に発現させることに成功した(例えば、特許文献5参照。)。
しかしながら、ザルコシンオキシダーゼは、輸液成分であるL-プロリンに対しても僅かながら反応することが知られている。したがってクレアチニン又はクレアチンを正確に測定するために、L-プロリンの影響を受けにくいザルコシンオキシダーゼが求められていた。また、L-プロリンへの反応が低下したザルコシンオキシダーゼに関しては、Arthrobacter sp. TE1826由来の改変ザルコシンオキシダーゼ(特許文献6)や、遺伝子工学的手法を用いた七重変異体の改変型サルコシンオキシダーゼ(特許文献7等参照)が知られているが、依然としてL-プロリンへの反応が低下したサルコシンオキシダーゼが求められていた。
特開昭54-52789号公報 特開昭56-92790号公報 特開昭60-43379号公報 特開平2-265478号公報 特開平5-115281号公報 特開平10-248572号公報(特許第3904098号公報) 特開2004-159566号公報(特許第4419044号公報)
J.Biochem.,89,1981,p.599
本発明は、L-プロリンに対する反応性の低下したザルコシンオキシダーゼを提供することを目的とする。
本発明者等は、上記課題に鑑み、バチルス由来のザルコシンオキシダーゼ遺伝子(特公平6-65303号公報記載)の遺伝子改変を行なった結果、L-プロリンに対する反応性の低下したザルコシンオキシダーゼを取得することに成功し、本発明を完成した。
即ち、本発明は、以下を包含する。
[1] 下記の性質を有する改変型ザルコシンオキシダーゼ、
(a)作用:1モルのザルコシンを加水分解し、1モルのグリシン及び1モルのホルムアルデヒドを生成する、並びに
(b)基質特異性:ザルコシンに対する活性を100%として、L-プロリンに対する相対活性が、0.23%以下である。
[2] 以下から選択される改変型ザルコシンオキシダーゼ、
(a)ザルコシンオキシダーゼのアミノ酸配列を配列番号1のアミノ酸配列とアライメントした際に、以下の(i)〜(vi)の少なくとも1か所の部位が下記のアミノ酸に置換され、L-プロリンに対する相対活性が低下したザルコシンオキシダーゼ、すなわち、配列番号1の
(i)320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、
(ii)324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンであり、
(iii)348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンであり、
(iv)222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン若しくはヒスチジンであり、
(v)260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンであり、かつ/又は
(vi)314位に相当する位置のアミノ酸がセリンであり、
L-プロリンに対して相対活性が野生型よりも低下したザルコシンオキシダーゼ、
(b−1)前記(a)におけるアミノ酸置換を1以上有し、配列番号1のアミノ酸配列と80%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質、
(b−2)前記(a)におけるアミノ酸置換を1以上有し、配列番号1のアミノ酸配列と75%以上の全長アミノ酸配列同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であって、さらに、配列番号1の6〜86位、88〜92位、94〜97位、101〜102位、104〜109位、112〜114位、118位、120〜121位、127〜128位、130〜131位、133〜134位、136〜137位、139〜142位、144〜154位、156〜166位、168〜178位、181〜182位、184位、186位、188〜189位、191〜192位、194〜195位、197〜213位、216〜233位、235〜238位、242〜249位、252〜262位、264〜270位、272〜274位、276〜286位、288〜292位、294位、296〜300位、302〜306位、308〜311位、313〜332位、335〜358位、360〜362位、364〜375位、377〜378位、及び380〜382位からなる相同性領域と、当該改変型ザルコシンオキシダーゼのそれぞれ対応する位置からなる相同性領域とが95%以上のアミノ酸配列同一性を有する、改変型ザルコシンオキシダーゼ、
(c−1)配列番号2、3、又は4のアミノ酸配列と80%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質、
(c−2)配列番号2、3、又は4のアミノ酸配列と75%以上の全長アミノ酸配列同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であって、さらに、配列番号1の6〜86位、88〜92位、94〜97位、101〜102位、104〜109位、112〜114位、118位、120〜121位、127〜128位、130〜131位、133〜134位、136〜137位、139〜142位、144〜154位、156〜166位、168〜178位、181〜182位、184位、186位、188〜189位、191〜192位、194〜195位、197〜213位、216〜233位、235〜238位、242〜249位、252〜262位、264〜270位、272〜274位、276〜286位、288〜292位、294位、296〜300位、302〜306位、308〜311位、313〜332位、335〜358位、360〜362位、364〜375位、377〜378位、及び380〜382位からなる相同性領域と、当該改変型ザルコシンオキシダーゼのそれぞれ対応する位置からなる相同性領域とが95%以上のアミノ酸配列同一性を有する、改変型ザルコシンオキシダーゼ、
(d)配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列を含むタンパク質、或いは
(e)配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列において、配列番号1の222位、260位、314位、320位、324位、343位及び348位に相当する位置以外の位置において、1もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質。
[3] 配列番号1のアミノ酸配列の320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンである、1又は2に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[4] さらに、配列番号1の348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンである、3に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[5] さらに、配列番号1の222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン又はヒスチジンである、3又は4に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[6] さらに、配列番号1の260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンである、3〜5のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[7] さらに、配列番号1の314位に相当する位置のアミノ酸がセリンである、3〜6のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[8] さらに、配列番号1の343位に相当する位置のアミノ酸がグリシンである、3〜7のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
[9] 2〜8のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼをコードするザルコシンオキシダーゼ遺伝子を含むベクターを含む、組み換え体DNA。
[10] 9記載の組み換え体DNAを含む、形質転換体又は形質導入体。
[11] 10記載の形質転換体又は形質導入体を培地に培養し、培養物からザルコシンオキシダーゼを採取する工程を含む、改変型ザルコシンオキシダーゼの製造法。
[12] 1〜8のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼを含む、クレアチニン測定試薬。
[13] 1〜8のいずれかに記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ、又は12に記載の測定試薬を用いたクレアチニン測定方法。
本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2016-180796号の開示内容を包含する。
本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、クレアチニン又はクレアチンの測定試薬として使用できる。本改変型ザルコシンオキシダーゼを使用した試薬は、L-プロリンの影響を受けにくいことから、より正確な測定が可能となる。
改変ザルコシンオキシダーゼ及び改変前のザルコシンオキシダーゼに対するプロリンの影響を示す。 改変ザルコシンオキシダーゼ又は改変前のザルコシンオキシダーゼを添加したクレアチニン測定試薬の反応性を示す。 改変ザルコシンオキシダーゼ及び改変前のザルコシンオキシダーゼに対するプロリンの影響を示す(血清:PreciControlClinChemMulti1)。 改変ザルコシンオキシダーゼ及び改変前のザルコシンオキシダーゼに対するプロリンの影響を示す(血清:EXA Liquid 3 normal)。 改変ザルコシンオキシダーゼ及び改変前のザルコシンオキシダーゼに対するプロリンの影響を示す(血清:SeikenLiquidNormal V)。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明のザルコシンオキシダーゼは、ザルコシンオキシダーゼをコードする遺伝子を改変することにより得ることができる。改変に用いるザルコシンオキシダーゼをコードする遺伝子は、特に限定されず、例えば、バチルス属由来ザルコシンオキシダーゼ遺伝子(特公平6-65303号記載)等を挙げることができる。別の例として、ザルコシンオキシダーゼ遺伝子はアースロバクター・エスピーTE1826(Arthrobacter sp. TE1826)由来のものであり得る(Journal of Fermentation and Bioengineering,1993年, 75巻4号,p.239-244)。尚、本発明において用いることのできるベクターDNAは限定される事は無い。ある実施形態において、ベクターはpUTE300K’(特開2005-65583号公報記載)でありうる。
上記遺伝子を改変する手法としては、既知の如何なる方法でもよく、ザルコシンオキシダーゼ遺伝子、例えば、前記バチルス属由来ザルコシンオキシダーゼ遺伝子を含むザルコシンオキシダーゼ発現プラスミドに、ハイドロキシルアミン、亜硝酸等の化学変異剤を接触させる方法又はPCR法を用いてランダムに変換する方法等の点変異、市販のキットを利用する部位特異的な置換又は欠失変異を生じさせるための周知技術である部位特定変異誘導法;この組み換え体プラスミドDNAを選択的に開裂し、次いで、選択されたオリゴヌクレオチドを除去又は付加し、連結する方法;オリゴヌクレオチド変異誘導法等が挙げられる。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、次の性質を有する。すなわち、
(a)作用:1モルのザルコシンを加水分解し、1モルのグリシン及び1モルのホルムアルデヒドを生成する、並びに
(b−1)基質特異性:ザルコシンに対する活性を100%として、L-プロリンに対する相対活性が、0.23%以下、0.22%以下、0.21%以下、例えば0.20%以下である、かつ/又は
(b−2)基質特異性:L-プロリンに対する相対活性が、改変前のタンパク質と比較して、75%以下、74%以下、例えば73%以下である。
ここで、ザルコシンに対する活性を100%としたときのL-プロリンに対する相対活性は、基質としてザルコシンを特定の濃度(例えば95mM)にて用いたときの発色剤の吸光度変化を100%とし、ザルコシンの代わりに基質としてL-プロリンを同濃度(例えば95mM)にて用いたときの吸光度から決定することができる。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、配列番号1の
(i)320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、
(ii)324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンであり、
(iii)348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンであり、
(iv)222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン若しくはヒスチジンであり、
(v)260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンであり、かつ/又は
(vi)314位に相当する位置のアミノ酸がセリンであり、
L-プロリンに対して相対活性が野生型よりも低下したザルコシンオキシダーゼであり得る。場合により、さらに
(vii)343位に相当する位置のアミノ酸はグリシンであってもよい。この場合、配列番号1の348位に相当する位置はチロシンであってもよく、またチロシンでなくともよい。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、配列番号1のアミノ酸配列の320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、かつ、324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンである。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、配列番号1の348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンである。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、配列番号1の222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン又はヒスチジンである。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、配列番号1の260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンである。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、配列番号1の314位に相当する位置のアミノ酸がセリンである。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、配列番号1の343位に相当する位置がグリシンであってもよく、この場合において、配列番号1の348位に相当する位置はチロシンでもよいが、フェニルアラニンでもよい。
アミノ酸配列における「相当する位置」を特定する方法としては、例えばリップマン−パーソン法等の公知のアルゴリズムを用いてアミノ酸配列を比較し、各タンパク質のアミノ酸配列中に存在する保存アミノ酸残基に最大の同一性を与えることにより行うことができる。アミノ酸配列をこのような方法で整列させることにより、アミノ酸配列中にある挿入、欠失にかかわらず、相同アミノ酸残基の全長配列における位置を決めることができる。相当する位置(対応する位置)は、三次元構造中で同位置に存在すると考えられ、対象となるザルコシンオキシダーゼにおいて類似した機能を有すると推定される。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、上記(i)〜(vii)のアミノ酸置換を1以上有し、さらに配列番号1のアミノ酸配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有する。
アミノ酸配列の同一性は、GENETYX(GENETYX社製)のマキシマムマッチングやサーチホモロジー等のプログラム、またはDNASIS Pro(日立ソリューションズ社製)のマキシマムマッチングやマルチプルアライメント、またはCLUSTAL Wのマルチプルアライメント等のプログラムにより計算することができる。アミノ酸配列同一性を計算するために、2以上のザルコシンオキシダーゼをアライメントしたときに、該2以上のザルコシンオキシダーゼにおいて同一であるアミノ酸の位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の同一領域を決定できる。ここで2以上のアミノ酸配列について、同一性%とは、Blosum62等のアルゴリズムを利用して2以上のアミノ酸配列のアラインメントを行った際に、アラインメント可能であった領域の総アミノ酸数を分母とし、そのうち同一のアミノ酸によって占められる位置の数を分子としたときのパーセンテージをいう。故に、通常、2以上のアミノ酸配列に同一性が全く見られない領域がある場合、当該領域はアラインメント不可能であるため、同一性%の算出には利用されない。
本明細書において、配列番号1のアミノ酸配列における、6〜86位、88〜92位、94〜97位、101〜102位、104〜109位、112〜114位、118位、120〜121位、127〜128位、130〜131位、133〜134位、136〜137位、139〜142位、144〜154位、156〜166位、168〜178位、181〜182位、184位、186位、188〜189位、191〜192位、194〜195位、197〜213位、216〜233位、235〜238位、242〜249位、252〜262位、264〜270位、272〜274位、276〜286位、288〜292位、294位、296〜300位、302〜306位、308〜311位、313〜332位、335〜358位、360〜362位、364〜375位、377〜378位、及び380〜382位からなる領域を、ザルコシンオキシダーゼの「相同性領域」とよぶ。相同性領域に関し、対応する位置が存在しない場合は、当該位置は同一性%の計算から除外する。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、上記(i)〜(vii)のアミノ酸置換を1以上有し、さらに配列番号1のアミノ酸配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%以上の全長アミノ酸配列同一性を示すアミノ酸配列を含み、かつ、配列番号1のアミノ酸配列における上記位置からなる相同性領域と、当該改変型ザルコシンオキシダーゼのそれぞれ対応する位置からなる相同性領域とは、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%以上のアミノ酸配列同一性を示し、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有する。
ザルコシンオキシダーゼは特定のアミノ酸配列モチーフを介して補酵素と結合することが知られている。FAD結合型ザルコシンオキシダーゼでは、補酵素FADと結合するモチーフ配列は、Gly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)であり、これは各種のFAD結合型ザルコシンオキシダーゼにおいて保存性が高い。同モチーフ配列は、配列番号1の11〜16位に対応する位置のアミノ酸配列に見られる。したがって、ある実施形態において、ザルコシンオキシダーゼは、配列番号1の11〜16位に対応する位置のアミノ酸配列がGly-Xaa-Gly-Xaa-Xaa-Gly(ここでXaaは任意のアミノ酸を示す)である。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有する。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列を含む。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列において、配列番号1の222位、260位、314位、320位、324位、343位、及び348位に相当する位置以外の位置において、1もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有する。ここで、数個のアミノ酸とは、例えば10個、例えば5個、4個、例えば3個のアミノ酸をいう。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼは、さらに、追加の変異を有し得る。例えば、配列番号1の61位に相当する位置のアミノ酸がリシンであってもよく、配列番号1の241位に相当する位置のアミノ酸がグリシンであってもよく、及び/又は配列番号1の269に相当する位置のアミノ酸がヒスチジンであってもよい。また、配列番号1の343位に相当する位置のアミノ酸がグリシンであってもよい。
用いられるベクターDNAは、如何なるものでもよく、例えば、プラスミドDNA又はバクテリオファージDNA等でもよい。ある実施形態において、ベクターは、pUTE300K’(特開2005-65583号公報記載)でありうる。
次いで、上記処理後の組み換え体DNAを、例えば、GenElute Plasmid Miniprep Kit(SIGMA社)等を用いて精製し、種々の組み換え体DNAを得る。
このようにして得られた種々の組み換え体DNAを用いて、例えば、大腸菌K12、好ましくは大腸菌DH5α、大腸菌JM109(東洋紡績社製)、XL1-Blue(STRATAGENE社製)等を形質転換又は形質導入し、種々の変異の導入されたザルコシンオキシダーゼ遺伝子を保有する組み換え体DNAを含む形質転換体又は形質導入体をコロニーとして得ることができる。そして、種々の変異を保有する形質転換体又は形質導入体をコロニー毎に培養後、超音波、界面活性剤等で破砕し、種々の変異を保有するザルコシンオキシダーゼ粗酵素液を得る。
次いで、各コロニー毎のザルコシンオキシダーゼ粗酵素液のL-プロリンに対する反応性を確認する。具体的には、各コロニーから調製した各粗酵素液のL-プロリンとザルコシンに対する反応比(L-プロリン活性/ザルコシン活性)を、改変前の野生型ザルコシンオキシダーゼのL-プロリン活性/ザルコシン活性と比較することにより、L-プロリンに対する反応性が低下した形質転換体又は形質導入体を選択する。併せて、各コロニーから調製した各粗酵素液を希薄なザルコシンと反応させることにより、ザルコシンへの親和性の変化も確認する。
このようにして得られた優良な改変体を、栄養培地で培養することにより大量の改変型ザルコシンオキシダーゼを生産させることができる。培養する培地としては、例えば、酵母エキス、ペプトン、肉エキス、コーンステイープリカー、大豆もしくは小麦麹の浸出液等の1種以上の窒素源に、リン酸二水素カリウム、リン酸水素二カリウム、硫酸マグネシウム、塩化第2鉄、硫酸第2鉄もしくは硫酸マンガン等の無機塩類の1種以上を添加し、更に必要により糖質原料、ビタミン等を適宜添加したものが用いられる。
なお、培地の初発pHは、7〜9に調整するのが適当である。また培養は、30〜42℃、好ましくは37℃前後で6〜24時間、通気撹拌深部培養、振とう培養、静置培養等により実施するのが好ましい。培養終了後、該培養物よりザルコシンオキシダーゼを採取するには、通常の酵素採取手段を用いることができる。
培養物から、例えば、濾過、遠心分離等の操作により菌体を分離し、洗菌する。この菌体からザルコシンオキシダーゼを採取することが好ましい。この場合、菌体をそのまま用いることもできるが、超音波破砕機、フレンチプレス、ダイナミル等の種々の破壊手段を用いて菌体を破壊する方法、リゾチームの如き細胞壁溶解酵素を用いて菌体細胞壁を溶解する方法、トリトンX-100等の界面活性剤を用いて菌体から酵素を抽出する方法等により、菌体からザルコシンオキシダーゼを採取するのが好ましい。
このようにして得られた粗酵素液からザルコシンオキシダーゼを単離するには、通常の酵素精製に用いられる方法が使用できる。例えば、硫安塩析法、有機溶媒沈澱法、イオン交換クロマトグラフ法、ゲル濾過クロマトグラフ法、吸着クロマトグラフ法、電気泳動法等を適宜組み合わせて行なうのが好ましい。
ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼを含む、クレアチニン測定試薬を提供する。クレアチニン測定試薬は、緩衝剤や安定化剤、クレアチニナーゼ、クレアチナーゼ、ペルオキシダーゼ、発色剤等、他の適当な成分又は試薬を含み得る。各成分は同一又は別個の試薬であり得る。ある実施形態において、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼ、又は上記測定試薬を用いたクレアチニン測定方法を提供する。このクレアチニン測定方法は、本発明の改変型ザルコシンオキシダーゼと、ザルコシンを含み得るサンプル又は酵素の作用等によりザルコシンが生成されうるサンプルを接触させる工程を含む。
(酵素活性)
本酵素のザルコシン、L-プロリンに対する活性の測定は、下記条件下で行なうことができる。尚、ザルコシンに関し、1分間に1マイクロモルの尿素を生成する酵素活性を1単位(U)とする。
(試薬調製)
反応用試薬として、以下の溶液を調製する。
1) 0.01M又は0.2M ザルコシン,100mM Tris-HCl,2mM KCl,0.1% Triton-X100(pH7.7)又は0.2M L-プロリン,100mM Tris-HCl,2mM KCl,0.1% Triton-X100(pH7.7)
2) 80U/ml POD溶液
3) 0.1% TOOS(N-エチル-N-(2-ヒドロキシ-3-スルホプロピル)-3-メチルアニリン)溶液又は0.1%フェノール溶液
4) 0.2% 4-aminoantipyrine溶液
5) 超純水
6) 0.3% SDS 溶液
7) 20mM Tris-HCl,1mM KCl,0.2% BSA(pH7.7)(酵素希釈液)
次いで、上記各溶液を以下の数量混合し、活性測定液を調製する。
1) 5 ml
2) 1 ml
3) 2 ml
4) 1 ml
5) 1 ml
測定は以下のようにして行うことができる。
1) 活性測定液0.95mLを37℃、5分間、プレインキュベートする。
2) それぞれの基質に対し、適宜希釈した酵素液0.05mlを添加混合する。
3) 37℃において、ザルコシンの場合10分間反応、L-プロリンの場合60分間反応させる。
4) 10分間(4.8mM,95mMザルコシン)、60分間(95mM L-プロリン)の反応後、上記0.3% SDS溶液を混合し、反応を停止させる。
5) 25℃にて555nmの吸光度を測定する(ODsample)。
ブランク値は、酵素液の混合前に0.3% SDS溶液を混合することによって測定する(ODblank)。
6) 終濃度95mMザルコシン、95mM L-プロリンとの反応によって測定されたΔOD555nm(ODsample-ODblank)の比をまず確認し、続いて、野生型との相対活性比を計算する(95mM L-プロリン活性/95mMザルコシン活性)。
また、4.8mMザルコシン活性も併せて測定することにより、親和性(4.8mMザルコシン活性/95mMザルコシン活性)を確認し、野生型との相対活性比を計算する。
ある実施形態において、本発明はK320N/E324G変異を有する変異型ザルコシンオキシダーゼを提供する。これを本明細書においてM0変異体と呼ぶ。別の実施形態において、本発明は変異型ザルコシンオキシダーゼM1(配列番号2)を提供する。M1変異体は、K320N/E324G/Y222H/F348Y/A314S変異を有する。別の実施形態において、本発明は変異型ザルコシンオキシダーゼM2(配列番号3)を提供する。M2変異体は、K320N/E324G/F260I変異を有する。別の実施形態において、本発明は変異型ザルコシンオキシダーゼM3(配列番号4)を提供する。M3変異体はK320N/E324G/F260I/Y222A変異を有する。別の実施形態において、本発明は変異型ザルコシンオキシダーゼM4(配列番号22)を提供する。M4変異体はK320N/E324G/Y222H/A314S/F343G変異を有する。これらの変異体タンパク質は、例えば野生型ザルコシンオキシダーゼ遺伝子について、当該変異を導入するプライマーを適宜設計し、突然変異を導入し、改変遺伝子を発現させることで取得しうる。
変異型ザルコシンオキシダーゼM0、M1、M2、M3、およびM4は、適宜精製し、クレアチニン測定試薬に処方しうる。また、L-プロリンを人為的に混入した血清を用いて、試薬中でのL-プロリンに対する反応性を評価しうる。また、前記変異型ザルコシンオキシダーゼを構成する変異(すなわちK320N、E324G、Y222H、Y222A、F348Y、A314S、及びF260I、さらにはF343G)に関しては、単変異毎の効果に関し、粗酵素液又は精製酵素にて確認することができる。また必要に応じて多重変異体を作製しその効果を確認し得る。
以下、本発明を実施例により更に具体的に説明する。
[実施例1]
組み換え体プラスミドDNA(ベクターpUTE300K’に配列番号1のSON遺伝子を組み入れたもの、以下、pSONと記載する)の含まれる大腸菌E.coli DH5α(pSON)を、LB培地(DIFCO社製)にて培養し、菌体を集菌した後、そこからGenElute Plasmid Miniprep Kit(SIGMA社)を使用して組み換え体プラスミドDNA pSON を抽出、精製した。得られた組み換え体プラスミドは、約100μgであった。
得られた組み換え体プラスミドをもとにN末端、C末端用プライマー(配列番号5及び6)を用いてエラープローンPCRを行なった。エラープローンPCRについては、GeneMorphII EZClone Domain Mutagenesis Kit(Agilent Technologies社製)を用いて行った。反応終了後、種々な変異の導入されたザルコシンオキシダーゼ遺伝子ライブラリを用いてE.coli DH5α(日本ジーン社製)を形質転換し、変異型ザルコシンオキシダーゼを生産し、形質転換体ライブラリを得た。
次いで、得られたコロニーを、2ml TY培地(25μg/ml カナマイシン、1mM IPTGを含む)にて培養した。37℃で18〜24時間の培養の後、遠心分離にて菌体を集菌して20mM Tris-HCl(pH8.0)、1mM KCl(pH7.7)に置換して超音波破砕を行ない、遠心分離(12000r.p.m.、3分間)を行なった。
得られた破砕上清の活性を、ザルコシン及びL-プロリンを基質として測定した。変異前の酵素と比較して、プロリンの相対活性(95mM L-プロリン活性/95mMザルコシン活性)が低下し、ザルコシンへの親和性(4.8mMザルコシン/95mMザルコシン)が維持、もしくは向上した酵素をスクリーニングした。エラープローンPCR及びスクリーニングに関しては、1サイクル1500株程度スクリーニングを行い、結果の良好だった変異体のプラスミドを用いて次のエラープローンPCRを行った。エラープローンPCR→スクリーニングのサイクルを3サイクル行った。
スクリーニングによって得られた優良変異体に関しては、DNAシーケンスを行い、変異部位を特定した。また、単変異によるザルコシン反応、L-プロリン反応に関する効果も併せて確認した。本スクリーニングを行うことにより、5か所の変異部位により構成された変異体M1をまず取得した。また、更に2か所の有効な変異を確認した。次に、それぞれの有効な変異について、単変異体を作製し、その効果を確認した。単変異体作製に用いたプライマーは以下のとおりである(フォワード、リバースの順にそれぞれ記載)。
Y222A:配列番号7、8
Y222H:配列番号9、10
E324G:配列番号11、12
F348Y:配列番号13、14
F260I:配列番号15、16
A314S:配列番号17、18
K320N:配列番号19、20
K320N/E324G:フォワードのみ配列番号21(リバースは配列番号20)
結果を下記に示す。結果は粗酵素液でのものである。尚、反応はTOOSを発色剤として用いた。
Figure 2018052005
改変前ザルコシンオキシダーゼの各基質での相対活性を100%とした時の各単変異体の相対活性比は、表の通りとなり、各変異の効果がそれぞれ確認された。
また、確認された変異をザルコシン、L-プロリンへの反応結果を基にし、任意で組み合わせることにより、優良な変異体、M0、M2、M3を得た。これらも上記プライマーを使用して作製した。M1及び、M0、M2、M3変異体の粗酵素液の野生型に対する相対活性比を以下の表に示す。尚、本反応には、発色剤としてTOOSを用いて行った。
Figure 2018052005
いずれの変異体もザルコシンに対する反応性は維持されている一方で、プロリンに対する反応性は野生型と比較して有意に低下していた。
[実施例2]
上記のようにして得られた変異体のうち、M1,M2,M3の改変ザルコシンオキシダーゼ遺伝子を含む大腸菌(E.coli)DH5αを、25μg/ml カナマイシンを含むTY培地(1% バクト−トリプトン、0.5% バクト−イーストエクストラクト、0.5%% NaCl、pH7.5)100mlにて37℃で16時間振とう培養した後、同様に調製した7LのTY培地(但し、1mM IPTGを含む)に10ml接種した。接種後、回転数120r.p.m.、37℃にて約20時間培養した。
ステップ1(粗酵素液の調整)
培養終了後、培養液7LをUF膜(MW50000)に供し、培地成分を除去し、10mM リン酸バッファー,1mM EDTAに置換した。そこへ、終濃度50mMとなるようにEDTA(pH8.0)を添加、圧力式ホモジナイザーにて処理し、菌体を破砕した。破砕した菌体液に関しては遠心分離を行ってデブリを沈殿させ、粗酵素液を得た。
ステップ2(硫安沈澱処理)
このようにして得られた粗酵素500mlに対して20%の硫酸アンモニウムを加えて硫安沈殿を行なった。硫安沈殿後、100mM KCl、10mMリン酸カリウム緩衝液1mM EDTAからなる緩衝液に沈殿を溶解、合わせて、同バッファーにて透析することにより硫安を除去した。更に、透析を施した処理液に対し、遠心分離(10,000g、30分間)を行い、粗酵素液の清澄化を行った。
ステップ3(QセファロースFF イオン交換クロマト、バッチ式)
Qセファロースファストフロー(商標、GEヘルスケア社製)担体500mlを充填したカラムに上記粗酵素液を吸着させ、1500mlの100mM KCl、10mM リン酸カリウム緩衝液1mM EDTA(pH8.0)で洗浄した後、300mM KCl 10mM リン酸カリウム緩衝液1mM EDTA(pH8.0)で溶出を行なった。溶出終了後、精製度の高い画分を回収し、濃縮、150mM KCl、1mM EDTAを含む10mMリン酸緩衝液pH8.0にて透析を行なった。
ステップ4(QセファロースFF イオン交換クロマト、グラジエント)
150mM KCl、1mM EDTAを含む10mM リン酸カリウム緩衝液でバッファライズしたQセファロースFF(商標、GEヘルスケア社製)担体500mlを充填したカラムに、ステップ3で処理した酵素液500mlをチャージし、200mM KCl、1mM EDTAを含む10mM リン酸緩衝液1500mlにて洗浄の後、200mM−300mM KClのグラジエント(総液量7500ml)緩衝液は、10mMリン酸カリウム、1mM EDTAにて溶出を行い、フラクションを回収した。回収したフラクションを分析し、比活性(U/OD280nm)の高い画分を混合し、10mM リン酸カリウム緩衝液pH8.0にて透析を行い、酵素標品とした。
[実施例3]
上記の方法で精製した改変型ザルコシンオキシダーゼM1,M2,M3及び改変前のザルコシンオキシダーゼのL-プロリンに対する反応性をザルコシン活性を約33.0U/mlに統一した酵素液を用いて比較した。尚、本反応においては、発色剤としてフェノールを用いた。
結果を下記に示す。改変前ザルコシンオキシダーゼの各基質での相対活性を100%としたとき、改変型ザルコシンオキシダーゼM1のL-プロリンに対する相対活性比は51.5%、M2は73.0%、M3は68.7%となった。
Figure 2018052005
[実施例4]
上記の方法で精製した改変型ザルコシンオキシダーゼM1,M2,M3及び改変前のザルコシンオキシダーゼについて、ザルコシンに対する活性を100%としたときの、L-プロリンに対する相対活性(%)を調べた。実験条件としては、実施例1と同じ点順で、基質としてザルコシン95mMを用いたときの吸光度を100%とし、基質としてプロリン95mMを用いたときの吸光度を評価した。発色剤はフェノールを用いた。結果を以下に示す。
Figure 2018052005
[実施例5]
上記で取得した各種ザルコシンオキシダーゼを、クレアチニン測定試薬に適用した際のプロリンの影響度を評価した。クレアチニン測定試薬は下記の通りである。
下記の第1試薬と第2試薬とを準備し、試料として市販のコントロール血清(PreciControlClinChemMulti1、EXA Liquid 3 normal、又はSeikenLiquidNormal V)を使用してクレアチニンの測定を行った。
(第1試薬)
アスコルビン酸オキシダーゼ 10 U/mL
カタラーゼ 300U/mL
クレアチナーゼ 35U/mL
ザルコシンオキシダーゼ 11U/mL
TES(2-[[1,3-ジヒドロキシ-2-(ヒドロキシメチル)プロパン-2-イル]アミノ]エタンスルホン酸)バッファー 20mM、pH 8.2
N−エチル−N−(2−ヒドロキシ−3−スルホプロピル−m−トルイジン)(TOOS) 1.0 mM
トリトンX−100 0.1 %
塩化カリウム 70mM
(第2試薬)
4−アミノアンチピリン 4.0 mM
クレアチニナーゼ 370U/mL
ペルオキシダーゼ 15U/mL
TESバッファー 20mM、pH 8.0
トリトンX−100 0.1 %
塩化カリウム 70mM
アジ化ナトリウム 0.09%
尚、各酵素に関し、1分間に1マイクロモルの生成物を生成する酵素活性を、それぞれの酵素についての1単位(U)とする。
測定試料としてコントロール血清にL−プロリンを 0、10、20、30、40、50mg/dLとなるように添加した。 試料7μLに、第1試薬を125μL添加して測定を開始した。測定開始から5分後に第2試薬を63.0μL添加した。測定は、日本電子社製のBM−1650自動分析装置を用い、測定波長は、主波長=545nm、副波長=658nmとした。試薬ブランクは、試料として生理食塩水を使用した。あらかじめ、試薬ブランクとクレアチニン濃度既知水溶液を測定し、検量線を作成し、ここから試料測定時のクレアチニンとして、測定される値を求めた。
図1に示す通り、改変ザルコシンオキシダーゼは、改変前のザルコシンオキシダーゼに比べ、プロリンの影響が下がっていた。
クレアチニン5.0mg/dLの反応性を改変ザルコシンオキシダーゼ、改変前のザルコシンオキシダーゼを用いた試薬で比較した。
図2に示す通り、改変ザルコシンオキシダーゼを用いた試薬は、改変前のザルコシンオキシダーゼを用いた試薬と反応性は変わらないことが分かった。
よって、改変ザルコシンオキシダーゼは改変前のザルコシンオキシダーゼと比べ、反応が変わらず、プロリンの影響が抑えられていることが分かった。
[実施例6]
M4の作製方法
簡単に説明すると、SOD-M1のプラスミドを鋳型として、下記のプライマー(配列番号23、24)を用いて、PCR法により、変異K320N/E324G/Y222H/A314S/F343Gを有する改変型ザルコシンオキシダーゼM4(配列番号22)を作製した。
gcagctggtggttctggacatggatttaaa(配列番号23)
atgtccagaaccaccagctgcaattgcaac(配列番号24)
プラスミドの取得手順やPCR条件は、実施例1と同様であった。得られたプラスミドDNAを配列決定し、変異の導入を確認した。
M4の評価方法
作製したM4の改変ザルコシンオキシダーゼ遺伝子を含む大腸菌(E.coli)DH5αを、実施例2と同じ手順で培養し、精製酵素液を調整した。次いで、改変型ザルコシンオキシダーゼM4について、実施例5と同じ手順で、クレアチニン測定試薬に適用した際のプロリンの影響度を評価した。クレアチニン測定試薬は実施例5と同様であった。また血清は以下のものを用いた:
PreciControlClinChemMulti1 Lot.168 332-02
EXA Liquid 3 normal Lot.NL052G
SeikenLiquidNormal V Lot.VNO10103。
その結果、M4は、改変前のザルコシンオキシダーゼよりもプロリンに対する反応性が低いのみならず、M1よりもさらに、プロリンに対する反応性が低減されていた(図3−5)。
なお、クレアチニン5.0mg/dLの反応性を改変ザルコシンオキシダーゼM4と改変前のザルコシンオキシダーゼ(配列番号1)と用いた試薬で比較したところ、改変の前後で反応性は変わらなかった。よって、改変ザルコシンオキシダーゼM4は改変前のザルコシンオキシダーゼと比べ、反応が変わらず、プロリンの影響が抑えられていることが分かった。
配列の簡単な説明
配列番号1:Bacillus NS-129由来の野生型ザルコシンオキシダーゼ
配列番号2:改変型ザルコシンオキシダーゼM1(K320N/E324G/Y222H/F348Y/A314S)
配列番号3:改変型ザルコシンオキシダーゼM2(K320N/E324G/F260I)
配列番号4:改変型ザルコシンオキシダーゼM3(K320N/E324G/F260I/Y222A)
配列番号5:エラープローンPCR用N末端側配列atgagcacgcattttgacgta
配列番号6:エラープローンPCR用C末端側配列ttattttactgcttctttttttaatgcatc
配列番号7−21:変異導入用プライマー
配列番号22:改変型ザルコシンオキシダーゼM4(K320N/E324G/Y222H/A314S/F343G)
配列番号23−24:変異導入用プライマー
本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願はそのまま引用により本明細書に組み入れられるものとする。

Claims (13)

  1. 下記の性質を有する改変型ザルコシンオキシダーゼ、
    (a)作用:1モルのザルコシンを加水分解し、1モルのグリシン及び1モルのホルムアルデヒドを生成する、並びに
    (b)基質特異性:ザルコシンに対する活性を100%として、L-プロリンに対する相対活性が、0.23%以下である。
  2. 以下から選択される改変型ザルコシンオキシダーゼ、
    (a)ザルコシンオキシダーゼのアミノ酸配列を配列番号1のアミノ酸配列とアライメントした際に、以下の(i)〜(vi)の少なくとも1か所の部位が下記のアミノ酸に置換され、L-プロリンに対する相対活性が低下したザルコシンオキシダーゼ、すなわち、配列番号1の
    (i)320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、
    (ii)324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンであり、
    (iii)348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンであり、
    (iv)222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン若しくはヒスチジンであり、
    (v)260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンであり、かつ/又は
    (vi)314位に相当する位置のアミノ酸がセリンであり、
    L-プロリンに対して相対活性が野生型よりも低下したザルコシンオキシダーゼ、
    (b−1)前記(a)におけるアミノ酸置換を1以上有し、配列番号1のアミノ酸配列と80%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質、
    (b−2)前記(a)におけるアミノ酸置換を1以上有し、配列番号1のアミノ酸配列と75%以上の全長アミノ酸配列同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であって、さらに、配列番号1の6〜86位、88〜92位、94〜97位、101〜102位、104〜109位、112〜114位、118位、120〜121位、127〜128位、130〜131位、133〜134位、136〜137位、139〜142位、144〜154位、156〜166位、168〜178位、181〜182位、184位、186位、188〜189位、191〜192位、194〜195位、197〜213位、216〜233位、235〜238位、242〜249位、252〜262位、264〜270位、272〜274位、276〜286位、288〜292位、294位、296〜300位、302〜306位、308〜311位、313〜332位、335〜358位、360〜362位、364〜375位、377〜378位、及び380〜382位からなる相同性領域と、当該改変型ザルコシンオキシダーゼのそれぞれ対応する位置からなる相同性領域とが95%以上のアミノ酸配列同一性を有する、改変型ザルコシンオキシダーゼ、
    (c−1)配列番号2、3、又は4のアミノ酸配列と80%以上の同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質、
    (c−2)配列番号2、3、又は4のアミノ酸配列と75%以上の全長アミノ酸配列同一性を示すアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質であって、さらに、配列番号1の6〜86位、88〜92位、94〜97位、101〜102位、104〜109位、112〜114位、118位、120〜121位、127〜128位、130〜131位、133〜134位、136〜137位、139〜142位、144〜154位、156〜166位、168〜178位、181〜182位、184位、186位、188〜189位、191〜192位、194〜195位、197〜213位、216〜233位、235〜238位、242〜249位、252〜262位、264〜270位、272〜274位、276〜286位、288〜292位、294位、296〜300位、302〜306位、308〜311位、313〜332位、335〜358位、360〜362位、364〜375位、377〜378位、及び380〜382位からなる相同性領域と、当該改変型ザルコシンオキシダーゼのそれぞれ対応する位置からなる相同性領域とが95%以上のアミノ酸配列同一性を有する、改変型ザルコシンオキシダーゼ、
    (d)配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列を含むタンパク質、或いは
    (e)配列番号2、3、4又は22のアミノ酸配列において、配列番号1の222位、260位、314位、320位、324位、343位及び348位に相当する位置以外の位置において、1もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含み、L-プロリンに対する反応性が改変前のタンパク質と比べて低下したザルコシンオキシダーゼ活性を有するタンパク質。
  3. 配列番号1のアミノ酸配列の320位に相当する位置のアミノ酸がアスパラギンであり、324位に相当する位置のアミノ酸がグリシンである、請求項1又は2に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  4. さらに、配列番号1の348位に相当する位置のアミノ酸がチロシンである、請求項3に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  5. さらに、配列番号1の222位に相当する位置のアミノ酸がアラニン又はヒスチジンである、請求項3又は4に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  6. さらに、配列番号1の260位に相当する位置のアミノ酸がイソロイシンである、請求項3〜5のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  7. さらに、配列番号1の314位に相当する位置のアミノ酸がセリンである、請求項3〜6のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  8. さらに、配列番号1の343位に相当する位置のアミノ酸がグリシンである、請求項3〜7のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ。
  9. 請求項2〜8のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼをコードするザルコシンオキシダーゼ遺伝子を含むベクターを含む、組み換え体DNA。
  10. 請求項9記載の組み換え体DNAを含む、形質転換体又は形質導入体。
  11. 請求項10記載の形質転換体又は形質導入体を培地に培養し、培養物からザルコシンオキシダーゼを採取する工程を含む、改変型ザルコシンオキシダーゼの製造法。
  12. 請求項1〜8のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼを含む、クレアチニン測定試薬。
  13. 請求項1〜8のいずれか1項に記載の改変型ザルコシンオキシダーゼ、又は請求項12に記載の測定試薬を用いたクレアチニン測定方法。
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