JPH1175877A - 新規化合物 - Google Patents
新規化合物Info
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- JPH1175877A JPH1175877A JP10188020A JP18802098A JPH1175877A JP H1175877 A JPH1175877 A JP H1175877A JP 10188020 A JP10188020 A JP 10188020A JP 18802098 A JP18802098 A JP 18802098A JP H1175877 A JPH1175877 A JP H1175877A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polypeptide
- polynucleotide
- dat
- seq
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1096—Transferases (2.) transferring nitrogenous groups (2.6)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Public Health (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
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- Wood Science & Technology (AREA)
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- Microbiology (AREA)
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- Molecular Biology (AREA)
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- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
ポリペプチドおよびｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドをコードしているＤＮＡ（ＲＮ
Ａ）、および組み換え法によるかかるポリペプチドの製
造方法、ならびに感染、詳細には細菌感染に対する防御
のためのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポ
リペプチドの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チド。
ポリペプチドおよびｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドをコードしているＤＮＡ（ＲＮ
Ａ）、および組み換え法によるかかるポリペプチドの製
造方法、ならびに感染、詳細には細菌感染に対する防御
のためのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポ
リペプチドの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、一つには、新たに
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、ｄ−アラニン代謝／細胞壁生合成ファミ
リーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチド（以
下、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）とい
う）に関する。
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、ｄ−アラニン代謝／細胞壁生合成ファミ
リーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチド（以
下、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）とい
う）に関する。
【０００２】
【従来の技術】スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食品
汚染、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を
包含する。
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食品
汚染、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を
包含する。
【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、
ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成した。
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、
ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成した。
【０００４】細菌の細胞壁は、Ｎ−アセチルグルコサミ
ンとＮ−アセチルムラミン酸が交互になったグリカンポ
リマーから構成されている。これらのポリマーはβ１−
４グリコシド結合により結合されている。グリカンポリ
マーはペンタペプチドブリッジにより架橋されている。
末端ｄ−アラニンはそのカルボキシ基を介して別のグリ
カン鎖上のＤ−グルタミン酸のアミノ基に結合してい
る。エシェリシア・コリ（Escherichia coli）において
ｄ−アラニンラセマーゼはｌ−アラニンをｄ−アラニン
に変換する。しかしながら、別の酵素ｄ−アラニントラ
ンスアミノトランスフェラーゼがバチルス・リシェニフ
ォルミス（Bacillus licheniformis）（受託番号Ｕ２６
９４７），バチルス・スフェリクス（Bacillus sphaeri
cus）（受託番号Ｕ２６７３２）およびスタフィロコッ
カス・ヘモリティクス（Staphylococcus haemolyticu
s）（受託番号Ｕ１２２３８）から単離されている（Tay
lor, Biochim. Biophys. Acta 1350:38-40, 1997参
照）。これらの細菌は、ピルビン酸およびＤ−グルタミ
ン酸を基質として、この経路によりｄ−アラニンを合成
する可能性がある。イー・コリ（E. coli）同様バチル
ス・ズブチリス（Bacillus subtilis）もｄ−アラニン
ラセマーゼを用いてアラニンからｄ−アラニンを生成す
る。この遺伝子における変異は増殖培地におけるｄ−ア
ラニンを絶対的に必要とする。
ンとＮ−アセチルムラミン酸が交互になったグリカンポ
リマーから構成されている。これらのポリマーはβ１−
４グリコシド結合により結合されている。グリカンポリ
マーはペンタペプチドブリッジにより架橋されている。
末端ｄ−アラニンはそのカルボキシ基を介して別のグリ
カン鎖上のＤ−グルタミン酸のアミノ基に結合してい
る。エシェリシア・コリ（Escherichia coli）において
ｄ−アラニンラセマーゼはｌ−アラニンをｄ−アラニン
に変換する。しかしながら、別の酵素ｄ−アラニントラ
ンスアミノトランスフェラーゼがバチルス・リシェニフ
ォルミス（Bacillus licheniformis）（受託番号Ｕ２６
９４７），バチルス・スフェリクス（Bacillus sphaeri
cus）（受託番号Ｕ２６７３２）およびスタフィロコッ
カス・ヘモリティクス（Staphylococcus haemolyticu
s）（受託番号Ｕ１２２３８）から単離されている（Tay
lor, Biochim. Biophys. Acta 1350:38-40, 1997参
照）。これらの細菌は、ピルビン酸およびＤ−グルタミ
ン酸を基質として、この経路によりｄ−アラニンを合成
する可能性がある。イー・コリ（E. coli）同様バチル
ス・ズブチリス（Bacillus subtilis）もｄ−アラニン
ラセマーゼを用いてアラニンからｄ−アラニンを生成す
る。この遺伝子における変異は増殖培地におけるｄ−ア
ラニンを絶対的に必要とする。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
【０００６】本発明ポリペプチドは、既知ｄ−アラニン
トランスアミダーゼ蛋白に対するアミノ酸配列相同性を
有する。
トランスアミダーゼ蛋白に対するアミノ酸配列相同性を
有する。
【０００７】
【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列およびｄ−ア
ラニントランスアミダーゼ蛋白のごとき既知アミノ酸配
列または他の蛋白の配列の間の相同性により、新規ｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドで
あると同定されたポリペプチド提供することが本発明の
目的である。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、
詳細には本明細書でｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）と命名されたポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目
的である。本発明の特に好ましい具体例において、ポリ
ヌクレオチドは、表１（配列番号：１）に示す配列を含
むｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプ
チドをコードする領域を含み、全長遺伝子またはその変
種が包含される。本発明のもう１つの特に好ましい具体
例において、表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含
むStaphylococcus aureus由来の新規ｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白、またはその変種があ
る。本発明のもう１つの態様によれば、寄託株に含まれ
るStaphylococcus aureusWCUH29株により発現可能な成
熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が提供さ
れる。
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列およびｄ−ア
ラニントランスアミダーゼ蛋白のごとき既知アミノ酸配
列または他の蛋白の配列の間の相同性により、新規ｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドで
あると同定されたポリペプチド提供することが本発明の
目的である。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、
詳細には本明細書でｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）と命名されたポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目
的である。本発明の特に好ましい具体例において、ポリ
ヌクレオチドは、表１（配列番号：１）に示す配列を含
むｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプ
チドをコードする領域を含み、全長遺伝子またはその変
種が包含される。本発明のもう１つの特に好ましい具体
例において、表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含
むStaphylococcus aureus由来の新規ｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白、またはその変種があ
る。本発明のもう１つの態様によれば、寄託株に含まれ
るStaphylococcus aureusWCUH29株により発現可能な成
熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が提供さ
れる。
【０００８】本発明のさらなる態様は、ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）、詳細にはStaphylococcus
aureusのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
をコードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明
のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨
床的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを
含む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）の天然の対立遺伝子変種お
よびそれによりコードされるポリペプチドがある。
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）、詳細にはStaphylococcus
aureusのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
をコードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明
のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨
床的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを
含む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）の天然の対立遺伝子変種お
よびそれによりコードされるポリペプチドがある。
【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
と称されるStaphylococcus aureusの新規ポリペプチ
ド、ならびに生物学的、診断学的、予防的、臨床的もし
くは治療的に有用なそのフラグメント、変種および誘導
体、および前記したフラグメントおよびアナログの変種
および誘導体、およびそれらを含む組成物が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子の天然の対立遺伝子
によりコードされるｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドの変種がある。本発明の好まし
い具体例において、上記ｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）ポリペプチドの製造方法がある。本発明の
さらに別の態様によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌
剤として有用なかかるポリペプチドの阻害剤が提供され
る。
書においてｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
と称されるStaphylococcus aureusの新規ポリペプチ
ド、ならびに生物学的、診断学的、予防的、臨床的もし
くは治療的に有用なそのフラグメント、変種および誘導
体、および前記したフラグメントおよびアナログの変種
および誘導体、およびそれらを含む組成物が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子の天然の対立遺伝子
によりコードされるｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドの変種がある。本発明の好まし
い具体例において、上記ｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）ポリペプチドの製造方法がある。本発明の
さらに別の態様によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌
剤として有用なかかるポリペプチドの阻害剤が提供され
る。
【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）発現の評
価、疾病の治療、例えば上気道感染（例えば、中耳炎、
細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染
（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染
性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿
瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、
眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前
中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染
（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシッ
クショック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢
炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、なら
びに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄
炎）のごとき疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、な
らびに細菌、特にStaphylococcus aureus細菌に対する
免疫学的応答を生起するための生物へのｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドの投与のための、製品、組成物および方法が
提供される。
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）発現の評
価、疾病の治療、例えば上気道感染（例えば、中耳炎、
細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染
（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染
性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿
瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、
眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前
中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染
（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシッ
クショック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢
炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、なら
びに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄
炎）のごとき疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、な
らびに細菌、特にStaphylococcus aureus細菌に対する
免疫学的応答を生起するための生物へのｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドの投与のための、製品、組成物および方法が
提供される。
【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチド配列にハ
イブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供され
る。本発明の特定の好ましい具体例において、ｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドに対す
る抗体が提供される。本発明の他の具体例において、本
発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの結合、ある
いは相互作用して、それらの活性を阻害または活性化す
る化合物の同定方法が提供され、該方法は、化合物とポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結合あるい
は他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と接触させて、化合物との結合あるいは他の相互作
用を評価し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相
互作用に応答して検出可能なシグナルを提供することの
できる第２の化合物に関連している）、次いで、化合物
とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または
相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出
することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌク
レオチドに結合あるいは相互作用して、それらの活性を
活性化または阻害するかどうかを決定することを含む。
本発明のさらにもう１つの態様によれば、ｄ−アラニン
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）アゴニストおよびアンタ
ゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性アゴニス
トおよびアンタゴニストが提供される。本発明のさらな
る態様において、単細胞または多細胞生物に投与するた
めの、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリ
ヌクレオチドまたはｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドを含む組成物が提供される。開
示した本発明の精神および範囲内での種々の変更および
修飾は、以下の記載を読むこと、および本明細書のその
他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかとな
ろう。
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチド配列にハ
イブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供され
る。本発明の特定の好ましい具体例において、ｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドに対す
る抗体が提供される。本発明の他の具体例において、本
発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの結合、ある
いは相互作用して、それらの活性を阻害または活性化す
る化合物の同定方法が提供され、該方法は、化合物とポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結合あるい
は他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と接触させて、化合物との結合あるいは他の相互作
用を評価し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相
互作用に応答して検出可能なシグナルを提供することの
できる第２の化合物に関連している）、次いで、化合物
とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または
相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出
することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌク
レオチドに結合あるいは相互作用して、それらの活性を
活性化または阻害するかどうかを決定することを含む。
本発明のさらにもう１つの態様によれば、ｄ−アラニン
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）アゴニストおよびアンタ
ゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性アゴニス
トおよびアンタゴニストが提供される。本発明のさらな
る態様において、単細胞または多細胞生物に投与するた
めの、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリ
ヌクレオチドまたはｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）ポリペプチドを含む組成物が提供される。開
示した本発明の精神および範囲内での種々の変更および
修飾は、以下の記載を読むこと、および本明細書のその
他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかとな
ろう。
【００１２】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
【００１３】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により
決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレ
オチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」
および「類似性」は共に容易に算出できる（Computatio
nal Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォー
ド・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and Genome Project
s，Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨー
ク、1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パ
ートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマ
ナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、アカデ
ミック・プレス、1987年；およびSequence Analysis Pr
imer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックト
ン・プレス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌク
レオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類
似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両
方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysis in
Molecular Biology, von Heinje,G.,Academic Press,1
987; Squence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDev
ereux,J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およ
びCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Mat
h., 48:1073(1988)）。２つの配列間で同一性または類
似性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.
およびLipman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように
設計される。同一性および類似性を測定する方法は、公
に利用できるコンピュータープログラムに集成されてい
る。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ま
しいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラム
パッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 1
2(1):387（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atsch
ul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含
するが、これらに限定されるものではない。一例とし
て、配列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例
えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌク
レオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列
のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチド
の変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドの
ヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換える
と、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌ
クレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、
対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別の
ヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配
列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチ
ドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配
列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’また
は３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれら
の末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、
対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるい
は対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となって
いてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列
に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポ
リペプチド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のア
ミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含み
うることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対
照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列
に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ
酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していて
もよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％ま
での数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっ
てもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミ
ノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在して
もよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存
在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、ある
いは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなし
ていてもよい。
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により
決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレ
オチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」
および「類似性」は共に容易に算出できる（Computatio
nal Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォー
ド・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and Genome Project
s，Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨー
ク、1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パ
ートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマ
ナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、アカデ
ミック・プレス、1987年；およびSequence Analysis Pr
imer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックト
ン・プレス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌク
レオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類
似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両
方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysis in
Molecular Biology, von Heinje,G.,Academic Press,1
987; Squence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDev
ereux,J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およ
びCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Mat
h., 48:1073(1988)）。２つの配列間で同一性または類
似性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.
およびLipman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように
設計される。同一性および類似性を測定する方法は、公
に利用できるコンピュータープログラムに集成されてい
る。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ま
しいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラム
パッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 1
2(1):387（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atsch
ul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含
するが、これらに限定されるものではない。一例とし
て、配列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例
えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌク
レオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列
のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチド
の変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドの
ヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換える
と、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌ
クレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、
対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別の
ヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配
列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチ
ドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配
列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’また
は３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれら
の末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、
対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるい
は対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となって
いてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列
に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポ
リペプチド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のア
ミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含み
うることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対
照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列
に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ
酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していて
もよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％ま
での数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっ
てもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミ
ノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在して
もよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存
在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、ある
いは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなし
ていてもよい。
【００１４】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
【００１６】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
【００１７】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。
【００１８】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。詳
細には、本発明は、ｄ−アラニントランスアミダーゼポ
リペプチドに対するアミノ酸配列相同性により関連付け
られる、Staphylococcus aureusの新規ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）のポリペプチドおよびポリ
ヌクレオチドに関する。特に本発明は、それぞれ表１
（配列番号：１）および表１（配列番号：２）に示すヌ
クレオチド配列およびアミノ酸配列を有するｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）に関し、さらに寄託株
中のＤＮＡのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ヌクレオチド配列およびそれによりコードされるア
ミノ酸配列に関する。
説明する、新規ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。詳
細には、本発明は、ｄ−アラニントランスアミダーゼポ
リペプチドに対するアミノ酸配列相同性により関連付け
られる、Staphylococcus aureusの新規ｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）のポリペプチドおよびポリ
ヌクレオチドに関する。特に本発明は、それぞれ表１
（配列番号：１）および表１（配列番号：２）に示すヌ
クレオチド配列およびアミノ酸配列を有するｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）に関し、さらに寄託株
中のＤＮＡのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ヌクレオチド配列およびそれによりコードされるア
ミノ酸配列に関する。
【００１９】表１ ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレ
オチドおよびポリペプチド配列 (A) Staphylococcus aureusのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリ ヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1] 5'-1 GGCACGAGCT AGAGGTACAC TTGATGACAA AGGTCCAACA ATTGCTGCTT 51 ATTATGCAAT TAAGATATTA GAAGATATGA ATGTGGATTG GAAGAAACGT 101 ATTCATATGA TTATTGGTAC GGATGAAGAA TCTGATTGGA AATGTACGGA 151 TCGCTATTTT AAAACAGAAG AAATGCCAAC ATTAGGTTTT GCACCAGATG 201 CAGAATTTCC ATGTATTCAT GGTGAAAAAG GCATTACAAC ATTTGATTTA 251 GTTCAAAATA AACTTACTGA AGATCAAGAT GAACCTGATT ATGAATTAAT 301 AACTTTTAAA TCTGGTGAAC GTTACAACAT GGTACCTGAT CATGCAGAAG 351 CAAGAGTGCT TGTTAAAGAA AATATGACAG ATGTTATTCA AGACTTTGAG 401 TACTTTTTAG AACAAAATCA TTTACAAGGT GATAGTACTG TTGATAGTGG 451 CATTCTAGTT TTAACAGTTG AAGGTAAAGC GGTTCATGGT ATGGATCCAT 501 CTATCGGTGT GAATGCGGGT CTTTACTTAC TAAAATTCTT AGCATCATTA 551 AATCTTGATA ATAATGCACA AGCGTTTGTA GCATTTAGTA ATCGCTACTT 601 ATTTAATTCA GATTTTGGTG AAAAGATGGG AATGAAATTC CATACAGATG 651 TCATGGGTGA CGTGACAACT AACATTGGTG TTATTACATA TGATAATGAA 701 AACGCAGGTC TTTTCGGTAT CAACTTACGC TACCCAGAAG GATTTGAATT 751 TGAAAAAGCT ATGGATCGTT TTGCAAATGA GATTCAACAA TATGGCTTTG 801 AAGTGAAATT AGGTAAAGTC CAACCACCAC ATTATGTTGA TAAAAATGAT 851 CTTTTGTACA AAAGTTAGTT ACTGCATATA GAAATCAAAC AAATGATATG 901 ACTGAACCTT ATACTATAGG TGGCGGTACT TATGCGAGAA ACTTAGACAA 951 GGGTGTAGCA TTTGGCGCAA TGTTTAGTGA TTCTGAAGAT TTAATGCATC 1001 AGAAAAATGA ATATATCACT AAAAAACAGT TATTTAACGC AACTAGTATT 1051 TACTTAGAAG CAATTTATTC ATTATGCGTG GAGGAATAAT ATATGGAAAA 1101 AATTTTTTTA AATGGTGAGT TTGTAAGTCC AAGTGAAGCA AAGGTTTCAT 1151 ACAACGACAG AGGATACGTA TTTGGCGATG GTATTTATGA ATACATTCGA 1201 GTATATAATG GTAAGTTATT TACAGTAACA GAACATTATG AAAGATTTTT 1251 ACGTAGTGCC AATGAGATTG GTTTAGATTT AAATTATTCT GTAGAAGAAT 1301 TAATTGAACT ATCTCGTAAA TTAGTTGATA TGAATCAAAT TGAAACTGGG 1351 GCAATTTATA TTCAAGCAAC GCGTGGTGTA GCTGAAAGGA ATCATAGCTT 1401 CCCGACACCT GAAGTAGAAC CAGCAATTGT TGCTTATACA AAGAGTTATG 1451 ATCGTCCTTA TGATCATTTA GAAAATGGTG TGAATGGTGT TACCGTTGAA 1501 GATATCCGAT GGTTACGTTG CGACATTAAA AGCTTGAACT TATTAGGAAA 1551 TGTATTAGCA AAAGAATATG CTGTGAAATA TAATGCAGTT GAAGCAATTC 1601 AACATCGAGG TGAAACTGTA ACTGAAGGAT CTTCAAGTAA TGCTTATGCA 1651 ATTAAAGACG GTGTGATTTA TACACATCCG ATTAACAACT ATATTCTTAA 1701 TGGTATTACA CGAATTGTAA TTAAAAAAAT TGCCGAAGAC TATAACATCC 1751 CATTTAAAGA AGAAACGTTT ACTGTAGATT TCTTGAAAAA CGCAGATGAA 1801 GTTATTGTTT CAAGTACTTC AGCTGAGGTT ACACCTGTTA TTAAATTAGA 1851 TGGTGAACCA ATTAATGATG GTAAAGTTGG CCCAATTACA CGTCAACTAC 1901 AAGAAGGATT TGAAAAGTAT ATAGAGTCAC ACAGTATTTA AAATTCTTTC 1951 ATCATATTTT TAGATTAAAT TACTTAAATT TATCAACTTT CGTAAGTGAA 2001 TTATGTTATA ATTTAAAACG AAGCTTAAAA GTGTTGTTTA GAAAACACAT 2051 ATTAGTAAAA AGTGCCATTT TGTTTCTCAT TTTCAGTTGA AATATAATGA 2101 TAAAAATTAT AAAATTTTCT ATGAGTTACA AATATGATGT GCATCATATT 2151 TTACTAAGTA CGTAAATGTT ACAGTTCATA AATTTATGCT AACCATGAAA 2201 ATGGGATAGC AATTATTTTG AAAACTAGAG TTTATCGCCT ACAGAGATTC 2251 AAAAACATGT AGTTTTAGAC ACGGTAACAT TATATGTCAA GTAAGTGACT 2301 ATAGAATGTA TGGTGTCAAT GACAGACATT ACGATTTAAA ATTAGTCGTG 2351 TAATGTAGGC ATTGGTTGAG GATTTACAAT AATTATCTGG ACATAATATT 2401 TGTACCAGTA TGGTGTTATA AATTAGAATA TATGGCTCTT GAAAAACCTA 2451 TTTCTAGAGC CATTTTCTAA TTGAAAGTGA GGTGGACGAG TTGGAGCAGT 2501 TTTATCAATT AGGGTGGACA CTTGATTCAG CAGGTGGTGC ATCTGGTGAA 2551 GCATATATGG CTGAACAAGA TGGACAAAAG TTGTTTTTAA AACGAAATTC 2601 AAATCCATTT ATTGCGGCAT TATCAGCAGA AGGTATTGTG CCCAAATTAG 2651 TATGGACGAA ACGCATAGAA ACAGGCGAGG TTGTTACAGC ACAACATTGG 2701 AAAAATGGGC GTGAACTATC TTCAAACGAA ATGAAGCAAA CAAGAGTTGC 2751 ACATTTATTA AAGAAGATAC ACAATTCTAG ACCTTTATTA AGTATGTTAA 2801 AGCGTATGGA AATGGAACCT ATTACTCCTG AGATTATGCT TAATAAAATT 2851 AATGCCTCTT TATCAAGAGA AGTTTTAACA CATCATATTG TGAGAAAATC 2901 ATTAACCTAT TTAGAAGAGC ATATACCGAG TTTAGATTCG CTCGTGCC -3'
オチドおよびポリペプチド配列 (A) Staphylococcus aureusのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリ ヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1] 5'-1 GGCACGAGCT AGAGGTACAC TTGATGACAA AGGTCCAACA ATTGCTGCTT 51 ATTATGCAAT TAAGATATTA GAAGATATGA ATGTGGATTG GAAGAAACGT 101 ATTCATATGA TTATTGGTAC GGATGAAGAA TCTGATTGGA AATGTACGGA 151 TCGCTATTTT AAAACAGAAG AAATGCCAAC ATTAGGTTTT GCACCAGATG 201 CAGAATTTCC ATGTATTCAT GGTGAAAAAG GCATTACAAC ATTTGATTTA 251 GTTCAAAATA AACTTACTGA AGATCAAGAT GAACCTGATT ATGAATTAAT 301 AACTTTTAAA TCTGGTGAAC GTTACAACAT GGTACCTGAT CATGCAGAAG 351 CAAGAGTGCT TGTTAAAGAA AATATGACAG ATGTTATTCA AGACTTTGAG 401 TACTTTTTAG AACAAAATCA TTTACAAGGT GATAGTACTG TTGATAGTGG 451 CATTCTAGTT TTAACAGTTG AAGGTAAAGC GGTTCATGGT ATGGATCCAT 501 CTATCGGTGT GAATGCGGGT CTTTACTTAC TAAAATTCTT AGCATCATTA 551 AATCTTGATA ATAATGCACA AGCGTTTGTA GCATTTAGTA ATCGCTACTT 601 ATTTAATTCA GATTTTGGTG AAAAGATGGG AATGAAATTC CATACAGATG 651 TCATGGGTGA CGTGACAACT AACATTGGTG TTATTACATA TGATAATGAA 701 AACGCAGGTC TTTTCGGTAT CAACTTACGC TACCCAGAAG GATTTGAATT 751 TGAAAAAGCT ATGGATCGTT TTGCAAATGA GATTCAACAA TATGGCTTTG 801 AAGTGAAATT AGGTAAAGTC CAACCACCAC ATTATGTTGA TAAAAATGAT 851 CTTTTGTACA AAAGTTAGTT ACTGCATATA GAAATCAAAC AAATGATATG 901 ACTGAACCTT ATACTATAGG TGGCGGTACT TATGCGAGAA ACTTAGACAA 951 GGGTGTAGCA TTTGGCGCAA TGTTTAGTGA TTCTGAAGAT TTAATGCATC 1001 AGAAAAATGA ATATATCACT AAAAAACAGT TATTTAACGC AACTAGTATT 1051 TACTTAGAAG CAATTTATTC ATTATGCGTG GAGGAATAAT ATATGGAAAA 1101 AATTTTTTTA AATGGTGAGT TTGTAAGTCC AAGTGAAGCA AAGGTTTCAT 1151 ACAACGACAG AGGATACGTA TTTGGCGATG GTATTTATGA ATACATTCGA 1201 GTATATAATG GTAAGTTATT TACAGTAACA GAACATTATG AAAGATTTTT 1251 ACGTAGTGCC AATGAGATTG GTTTAGATTT AAATTATTCT GTAGAAGAAT 1301 TAATTGAACT ATCTCGTAAA TTAGTTGATA TGAATCAAAT TGAAACTGGG 1351 GCAATTTATA TTCAAGCAAC GCGTGGTGTA GCTGAAAGGA ATCATAGCTT 1401 CCCGACACCT GAAGTAGAAC CAGCAATTGT TGCTTATACA AAGAGTTATG 1451 ATCGTCCTTA TGATCATTTA GAAAATGGTG TGAATGGTGT TACCGTTGAA 1501 GATATCCGAT GGTTACGTTG CGACATTAAA AGCTTGAACT TATTAGGAAA 1551 TGTATTAGCA AAAGAATATG CTGTGAAATA TAATGCAGTT GAAGCAATTC 1601 AACATCGAGG TGAAACTGTA ACTGAAGGAT CTTCAAGTAA TGCTTATGCA 1651 ATTAAAGACG GTGTGATTTA TACACATCCG ATTAACAACT ATATTCTTAA 1701 TGGTATTACA CGAATTGTAA TTAAAAAAAT TGCCGAAGAC TATAACATCC 1751 CATTTAAAGA AGAAACGTTT ACTGTAGATT TCTTGAAAAA CGCAGATGAA 1801 GTTATTGTTT CAAGTACTTC AGCTGAGGTT ACACCTGTTA TTAAATTAGA 1851 TGGTGAACCA ATTAATGATG GTAAAGTTGG CCCAATTACA CGTCAACTAC 1901 AAGAAGGATT TGAAAAGTAT ATAGAGTCAC ACAGTATTTA AAATTCTTTC 1951 ATCATATTTT TAGATTAAAT TACTTAAATT TATCAACTTT CGTAAGTGAA 2001 TTATGTTATA ATTTAAAACG AAGCTTAAAA GTGTTGTTTA GAAAACACAT 2051 ATTAGTAAAA AGTGCCATTT TGTTTCTCAT TTTCAGTTGA AATATAATGA 2101 TAAAAATTAT AAAATTTTCT ATGAGTTACA AATATGATGT GCATCATATT 2151 TTACTAAGTA CGTAAATGTT ACAGTTCATA AATTTATGCT AACCATGAAA 2201 ATGGGATAGC AATTATTTTG AAAACTAGAG TTTATCGCCT ACAGAGATTC 2251 AAAAACATGT AGTTTTAGAC ACGGTAACAT TATATGTCAA GTAAGTGACT 2301 ATAGAATGTA TGGTGTCAAT GACAGACATT ACGATTTAAA ATTAGTCGTG 2351 TAATGTAGGC ATTGGTTGAG GATTTACAAT AATTATCTGG ACATAATATT 2401 TGTACCAGTA TGGTGTTATA AATTAGAATA TATGGCTCTT GAAAAACCTA 2451 TTTCTAGAGC CATTTTCTAA TTGAAAGTGA GGTGGACGAG TTGGAGCAGT 2501 TTTATCAATT AGGGTGGACA CTTGATTCAG CAGGTGGTGC ATCTGGTGAA 2551 GCATATATGG CTGAACAAGA TGGACAAAAG TTGTTTTTAA AACGAAATTC 2601 AAATCCATTT ATTGCGGCAT TATCAGCAGA AGGTATTGTG CCCAAATTAG 2651 TATGGACGAA ACGCATAGAA ACAGGCGAGG TTGTTACAGC ACAACATTGG 2701 AAAAATGGGC GTGAACTATC TTCAAACGAA ATGAAGCAAA CAAGAGTTGC 2751 ACATTTATTA AAGAAGATAC ACAATTCTAG ACCTTTATTA AGTATGTTAA 2801 AGCGTATGGA AATGGAACCT ATTACTCCTG AGATTATGCT TAATAAAATT 2851 AATGCCTCTT TATCAAGAGA AGTTTTAACA CATCATATTG TGAGAAAATC 2901 ATTAACCTAT TTAGAAGAGC ATATACCGAG TTTAGATTCG CTCGTGCC -3'
【００２０】 (B)この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるｄ−アラニントランスフェ ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチド配列 [配列番号：2] NH2- MEKIFLNGEFVSPSEAKVSYNDRGYVFGDGIYEYIRVYNGKLFTVTEHYERFLRSANEIGLDLNYSVEELIE LSRKLVDM NQIETGAIYIQATRGVAERNHSFPTPEVEPAIVAYTKSYDRPYDHLENGVNGVTVEDIRWLRCDIKSLNLLG NVLAKEYA VKYNAVEAIQHRGETVTEGSSSNAYAIKDGVIYTHPINNYILNGITRIVIKKIAEDYNIPFKEETFTVDFLK NADEVIVS STSAEVTPVIKLDGEPINDGKVGPITRQLQEGFEKYIESHSI-COOH
【００２１】 (C)ポリヌクレオチド配列の具体例 [配列番号：1]. X-(R1)n-1 GGCACGAGCT AGAGGTACAC TTGATGACAA AGGTCCAACA ATTGCTGCTT 51 ATTATGCAAT TAAGATATTA GAAGATATGA ATGTGGATTG GAAGAAACGT 101 ATTCATATGA TTATTGGTAC GGATGAAGAA TCTGATTGGA AATGTACGGA 151 TCGCTATTTT AAAACAGAAG AAATGCCAAC ATTAGGTTTT GCACCAGATG 201 CAGAATTTCC ATGTATTCAT GGTGAAAAAG GCATTACAAC ATTTGATTTA 251 GTTCAAAATA AACTTACTGA AGATCAAGAT GAACCTGATT ATGAATTAAT 301 AACTTTTAAA TCTGGTGAAC GTTACAACAT GGTACCTGAT CATGCAGAAG 351 CAAGAGTGCT TGTTAAAGAA AATATGACAG ATGTTATTCA AGACTTTGAG 401 TACTTTTTAG AACAAAATCA TTTACAAGGT GATAGTACTG TTGATAGTGG 451 CATTCTAGTT TTAACAGTTG AAGGTAAAGC GGTTCATGGT ATGGATCCAT 501 CTATCGGTGT GAATGCGGGT CTTTACTTAC TAAAATTCTT AGCATCATTA 551 AATCTTGATA ATAATGCACA AGCGTTTGTA GCATTTAGTA ATCGCTACTT 601 ATTTAATTCA GATTTTGGTG AAAAGATGGG AATGAAATTC CATACAGATG 651 TCATGGGTGA CGTGACAACT AACATTGGTG TTATTACATA TGATAATGAA 701 AACGCAGGTC TTTTCGGTAT CAACTTACGC TACCCAGAAG GATTTGAATT 751 TGAAAAAGCT ATGGATCGTT TTGCAAATGA GATTCAACAA TATGGCTTTG 801 AAGTGAAATT AGGTAAAGTC CAACCACCAC ATTATGTTGA TAAAAATGAT 851 CTTTTGTACA AAAGTTAGTT ACTGCATATA GAAATCAAAC AAATGATATG 901 ACTGAACCTT ATACTATAGG TGGCGGTACT TATGCGAGAA ACTTAGACAA 951 GGGTGTAGCA TTTGGCGCAA TGTTTAGTGA TTCTGAAGAT TTAATGCATC 1001 AGAAAAATGA ATATATCACT AAAAAACAGT TATTTAACGC AACTAGTATT 1051 TACTTAGAAG CAATTTATTC ATTATGCGTG GAGGAATAAT ATATGGAAAA 1101 AATTTTTTTA AATGGTGAGT TTGTAAGTCC AAGTGAAGCA AAGGTTTCAT 1151 ACAACGACAG AGGATACGTA TTTGGCGATG GTATTTATGA ATACATTCGA 1201 GTATATAATG GTAAGTTATT TACAGTAACA GAACATTATG AAAGATTTTT 1251 ACGTAGTGCC AATGAGATTG GTTTAGATTT AAATTATTCT GTAGAAGAAT 1301 TAATTGAACT ATCTCGTAAA TTAGTTGATA TGAATCAAAT TGAAACTGGG 1351 GCAATTTATA TTCAAGCAAC GCGTGGTGTA GCTGAAAGGA ATCATAGCTT 1401 CCCGACACCT GAAGTAGAAC CAGCAATTGT TGCTTATACA AAGAGTTATG 1451 ATCGTCCTTA TGATCATTTA GAAAATGGTG TGAATGGTGT TACCGTTGAA 1501 GATATCCGAT GGTTACGTTG CGACATTAAA AGCTTGAACT TATTAGGAAA 1551 TGTATTAGCA AAAGAATATG CTGTGAAATA TAATGCAGTT GAAGCAATTC 1601 AACATCGAGG TGAAACTGTA ACTGAAGGAT CTTCAAGTAA TGCTTATGCA 1651 ATTAAAGACG GTGTGATTTA TACACATCCG ATTAACAACT ATATTCTTAA 1701 TGGTATTACA CGAATTGTAA TTAAAAAAAT TGCCGAAGAC TATAACATCC 1751 CATTTAAAGA AGAAACGTTT ACTGTAGATT TCTTGAAAAA CGCAGATGAA 1801 GTTATTGTTT CAAGTACTTC AGCTGAGGTT ACACCTGTTA TTAAATTAGA 1851 TGGTGAACCA ATTAATGATG GTAAAGTTGG CCCAATTACA CGTCAACTAC 1901 AAGAAGGATT TGAAAAGTAT ATAGAGTCAC ACAGTATTTA AAATTCTTTC 1951 ATCATATTTT TAGATTAAAT TACTTAAATT TATCAACTTT CGTAAGTGAA 2001 TTATGTTATA ATTTAAAACG AAGCTTAAAA GTGTTGTTTA GAAAACACAT 2051 ATTAGTAAAA AGTGCCATTT TGTTTCTCAT TTTCAGTTGA AATATAATGA 2101 TAAAAATTAT AAAATTTTCT ATGAGTTACA AATATGATGT GCATCATATT 2151 TTACTAAGTA CGTAAATGTT ACAGTTCATA AATTTATGCT AACCATGAAA 2201 ATGGGATAGC AATTATTTTG AAAACTAGAG TTTATCGCCT ACAGAGATTC 2251 AAAAACATGT AGTTTTAGAC ACGGTAACAT TATATGTCAA GTAAGTGACT 2301 ATAGAATGTA TGGTGTCAAT GACAGACATT ACGATTTAAA ATTAGTCGTG 2351 TAATGTAGGC ATTGGTTGAG GATTTACAAT AATTATCTGG ACATAATATT 2401 TGTACCAGTA TGGTGTTATA AATTAGAATA TATGGCTCTT GAAAAACCTA 2451 TTTCTAGAGC CATTTTCTAA TTGAAAGTGA GGTGGACGAG TTGGAGCAGT 2501 TTTATCAATT AGGGTGGACA CTTGATTCAG CAGGTGGTGC ATCTGGTGAA 2551 GCATATATGG CTGAACAAGA TGGACAAAAG TTGTTTTTAA AACGAAATTC 2601 AAATCCATTT ATTGCGGCAT TATCAGCAGA AGGTATTGTG CCCAAATTAG 2651 TATGGACGAA ACGCATAGAA ACAGGCGAGG TTGTTACAGC ACAACATTGG 2701 AAAAATGGGC GTGAACTATC TTCAAACGAA ATGAAGCAAA CAAGAGTTGC 2751 ACATTTATTA AAGAAGATAC ACAATTCTAG ACCTTTATTA AGTATGTTAA 2801 AGCGTATGGA AATGGAACCT ATTACTCCTG AGATTATGCT TAATAAAATT 2851 AATGCCTCTT TATCAAGAGA AGTTTTAACA CATCATATTG TGAGAAAATC 2901 ATTAACCTAT TTAGAAGAGC ATATACCGAG TTTAGATTCG CTCGTGCC -(R2)n-Y
【００２２】 (D)ポリペプチド配列の具体例 [配列番号：2] X-(R1)n- MEKIFLNGEFVSPSEAKVSYNDRGYVFGDGIYEYIRVYNGKLFTVTEHYERFLRSANEIGLDLNYSVEELIE LSRKLVDM NQIETGAIYIQATRGVAERNHSFPTPEVEPAIVAYTKSYDRPYDHLENGVNGVTVEDIRWLRCDIKSLNLLG NVLAKEYA VKYNAVEAIQHRGETVTEGSSSNAYAIKDGVIYTHPINNYILNGITRIVIKKIAEDYNIPFKEETFTVDFLK NADEVIVS STSAEVTPVIKLDGEPINDGKVGPITRQLQEGFEKYIESHSI.-(R2)n-Y
【００２３】寄託物質 Staphylococcus aureus WCUH29株を含有する寄託物は、
ナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル・
アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（ＮＣＩＭＢ
という）、２３ストリート、マッカードライブ、アベル
ディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに１９９５年９
月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０７７１が付与
された。寄託したことにより、寄託株をStaphylococcus
aureusWCUH29株という。本明細書においてStaphylococ
cus aureus株の寄託物を「寄託株」または「寄託株のＤ
ＮＡ」という。寄託株は全長のｄ−アラニントランスフ
ェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子を含んでいる。寄託株中に含
まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコード
されるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列
に関する任意の記載に矛盾する事象において支配的であ
る。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際
承認に関するブダペスト条約の条件下でなされている。
特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終
的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ
提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求される
ような、寄託が実施可能要件であることを承認するもの
ではない。寄託物を製造、使用または販売するためには
ライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはこ
こでは賦与されていない。
ナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル・
アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（ＮＣＩＭＢ
という）、２３ストリート、マッカードライブ、アベル
ディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに１９９５年９
月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０７７１が付与
された。寄託したことにより、寄託株をStaphylococcus
aureusWCUH29株という。本明細書においてStaphylococ
cus aureus株の寄託物を「寄託株」または「寄託株のＤ
ＮＡ」という。寄託株は全長のｄ−アラニントランスフ
ェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子を含んでいる。寄託株中に含
まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコード
されるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列
に関する任意の記載に矛盾する事象において支配的であ
る。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際
承認に関するブダペスト条約の条件下でなされている。
特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終
的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ
提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求される
ような、寄託が実施可能要件であることを承認するもの
ではない。寄託物を製造、使用または販売するためには
ライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはこ
こでは賦与されていない。
【００２４】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプ
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはｄ−アラニントラン
スフェラーゼ（ｄａｔ）の生物学的活性を有するものを
包含し、さらに表１［配列番号：２］のポリペプチドま
たはその重要部分に対して少なくとも７０％、好ましく
は表１［配列番号：２］のポリペプチドに対して少なく
とも８０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグ
メント、より好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し（より
好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有し）、さら
により好ましくは表１［配列番号：２］のポリペプチド
に対して少なくとも９５％の類似性を有する（さらによ
り好ましくは少なくとも９５％の同一性を有する）ポリ
ペプチドおよびフラグメント、さらに通常には少なくと
も３０個、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸
を含むかかるポリペプチドの部分を包含する。
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはｄ−アラニントラン
スフェラーゼ（ｄａｔ）の生物学的活性を有するものを
包含し、さらに表１［配列番号：２］のポリペプチドま
たはその重要部分に対して少なくとも７０％、好ましく
は表１［配列番号：２］のポリペプチドに対して少なく
とも８０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグ
メント、より好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し（より
好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有し）、さら
により好ましくは表１［配列番号：２］のポリペプチド
に対して少なくとも９５％の類似性を有する（さらによ
り好ましくは少なくとも９５％の同一性を有する）ポリ
ペプチドおよびフラグメント、さらに通常には少なくと
も３０個、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸
を含むかかるポリペプチドの部分を包含する。
【００２５】また本発明は表１（Ｄ）に示す式のポリペ
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０
００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多
い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロポ
リマーであってもホモポリマーであってもよく、好まし
くはヘテロポリマーである。
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０
００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多
い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロポ
リマーであってもホモポリマーであってもよく、好まし
くはヘテロポリマーである。
【００２６】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドに
ついては、フラグメントは「独立して存在（free stand
ing）」しているか、または一部分もしくは領域を形成
することにより、大型のポリペプチド内に含まれていて
もよく、最も好ましくは単一の連続した領域、すなわち
大型の単一ポリペプチドとして含まれる。好ましいフラ
グメントは、表１［配列番号：２］のアミノ酸配列の一
部分を有する末端切断されたポリペプチド、またはそれ
らの変種を包含するが、その例としてはアミノ末端を含
む一連の残基を切断、またはカルボキシル末端を含む一
連の残基を切断したものがある。宿主、とりわけStaphy
lococcus aureusにおける、本発明のポリペプチドの分
解形態もまた好ましい。また、構造的または機能的属性
により特徴づけられたフラグメント、例えばアルファー
ヘリックスおよびアルファーヘリックス形成領域、ベー
タシートおよびベータシート形成領域、ターンおよびタ
ーン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領
域、疎水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親
媒性領域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、お
よび高抗原性指標領域を含むフラグメントなども好まし
い。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）活性を
媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減
じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフラ
グメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原
的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個
体、特にヒトにおけるStaphylococcus aureusの生存に
必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能力を
付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグメン
トが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメント
である変種を、ペプチド合成による対応全長ポリペプチ
ドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変種を
全長のポリペプチド製造のための中間体として用いても
よい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変
種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成して
もよい。
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドに
ついては、フラグメントは「独立して存在（free stand
ing）」しているか、または一部分もしくは領域を形成
することにより、大型のポリペプチド内に含まれていて
もよく、最も好ましくは単一の連続した領域、すなわち
大型の単一ポリペプチドとして含まれる。好ましいフラ
グメントは、表１［配列番号：２］のアミノ酸配列の一
部分を有する末端切断されたポリペプチド、またはそれ
らの変種を包含するが、その例としてはアミノ末端を含
む一連の残基を切断、またはカルボキシル末端を含む一
連の残基を切断したものがある。宿主、とりわけStaphy
lococcus aureusにおける、本発明のポリペプチドの分
解形態もまた好ましい。また、構造的または機能的属性
により特徴づけられたフラグメント、例えばアルファー
ヘリックスおよびアルファーヘリックス形成領域、ベー
タシートおよびベータシート形成領域、ターンおよびタ
ーン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領
域、疎水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親
媒性領域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、お
よび高抗原性指標領域を含むフラグメントなども好まし
い。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）活性を
媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減
じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフラ
グメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原
的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個
体、特にヒトにおけるStaphylococcus aureusの生存に
必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能力を
付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグメン
トが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメント
である変種を、ペプチド合成による対応全長ポリペプチ
ドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変種を
全長のポリペプチド製造のための中間体として用いても
よい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変
種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成して
もよい。
【００２７】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそれに
密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種が
包含される。本明細書に提供される情報を用いて、例え
ば表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド配列を
用い、出発物質Staphylococcus aureus WCUH29細胞から
の染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配列
決定するために用いるような標準的なクローニングおよ
びスクリーニングを用いて、ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコードしている本発明
ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得
てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例え
ば表１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー
・コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主にお
けるStaphylococcus aureus WCUH29の染色体ＤＮＡのク
ローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に由来す
る、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性
標識化オリゴヌクレオチドにてプローブする。プローブ
のＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローンは厳密
な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列
決定プライマーを用いてこのように同定した個々のクロ
ーンを配列決定することにより、両方向で配列が伸長で
きるようになり、全遺伝子配列を決定できる。このよう
な配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調製した
変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法につい
ては、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrookら、Mo
lecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コー
ルド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、
コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（198
9）に記載されている（Screening By Hybridization 1.
90およびSequencing DenaturedDouble-Stranded DNA Te
mplates 13.70参照）。本発明の典型例において、表１
［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドが、Staphylo
coccus aureus WCUH29由来のＤＮＡライブラリー中に見
いだされた。
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそれに
密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種が
包含される。本明細書に提供される情報を用いて、例え
ば表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド配列を
用い、出発物質Staphylococcus aureus WCUH29細胞から
の染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配列
決定するために用いるような標準的なクローニングおよ
びスクリーニングを用いて、ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコードしている本発明
ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得
てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例え
ば表１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー
・コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主にお
けるStaphylococcus aureus WCUH29の染色体ＤＮＡのク
ローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に由来す
る、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性
標識化オリゴヌクレオチドにてプローブする。プローブ
のＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローンは厳密
な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列
決定プライマーを用いてこのように同定した個々のクロ
ーンを配列決定することにより、両方向で配列が伸長で
きるようになり、全遺伝子配列を決定できる。このよう
な配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調製した
変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法につい
ては、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrookら、Mo
lecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コー
ルド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、
コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（198
9）に記載されている（Screening By Hybridization 1.
90およびSequencing DenaturedDouble-Stranded DNA Te
mplates 13.70参照）。本発明の典型例において、表１
［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドが、Staphylo
coccus aureus WCUH29由来のＤＮＡライブラリー中に見
いだされた。
【００２８】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１０９３から１９４２の間の配列番号：１のポリ
ヌクレオチドは配列番号：２のポリペプチドをコードす
る。停止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号１９
３９から開始する。本発明ｄ−アラニントランスフェラ
ーゼ（ｄａｔ）蛋白は、寄託株のｄ−アラニントランス
フェラーゼ（ｄａｔ）をコードしているＤＮＡの配列決
定結果により示されるように、ｄ−アラニン代謝／細胞
壁生合成ファミリーの他の蛋白に構造的に関連してい
る。本発明蛋白は、知られた蛋白の中でもｄ−アラニン
トランスアミダーゼ蛋白に対して最大の相同性を示す。
表１［配列番号：２］のｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）蛋白は、ｄ−アラニントランスアミダーゼ
ポリペプチドのアミノ酸配列に対して、その全長にわた
り約２２５／２８１％（８０％）の同一性、そしてその
全長にわたり約２５３／２８１％（９０％）の類似性を
示す。
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１０９３から１９４２の間の配列番号：１のポリ
ヌクレオチドは配列番号：２のポリペプチドをコードす
る。停止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号１９
３９から開始する。本発明ｄ−アラニントランスフェラ
ーゼ（ｄａｔ）蛋白は、寄託株のｄ−アラニントランス
フェラーゼ（ｄａｔ）をコードしているＤＮＡの配列決
定結果により示されるように、ｄ−アラニン代謝／細胞
壁生合成ファミリーの他の蛋白に構造的に関連してい
る。本発明蛋白は、知られた蛋白の中でもｄ−アラニン
トランスアミダーゼ蛋白に対して最大の相同性を示す。
表１［配列番号：２］のｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）蛋白は、ｄ−アラニントランスアミダーゼ
ポリペプチドのアミノ酸配列に対して、その全長にわた
り約２２５／２８１％（８０％）の同一性、そしてその
全長にわたり約２５３／２８１％（９０％）の類似性を
示す。
【００２９】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
【００３０】本発明の好ましい具体例は、ｄ−アラニン
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコードい
している、表１の配列番号：１に示すヌクレオチド１０
９３から１９４２までを含むポリヌクレオチドである。
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコードい
している、表１の配列番号：１に示すヌクレオチド１０
９３から１９４２までを含むポリヌクレオチドである。
【００３１】また本発明は、表１（Ｃ）に示す式のポリ
ヌクレオチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは
水素であり、カルボキシル末端においてＹは水素または
金属であり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ない
し１０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よ
りも多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘ
テロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、
好ましくはヘテロポリマーである。
ヌクレオチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは
水素であり、カルボキシル末端においてＹは水素または
金属であり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ない
し１０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よ
りも多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘ
テロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、
好ましくはヘテロポリマーである。
【００３２】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：
２］に示すアミノ酸配列を有するStaphylococcus aureu
sのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）のポリ
ペプチドを包含する。該用語は、コーディング配列およ
び／または非コーディング配列を含んでいてもよいさら
なる領域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一
の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたフ
ァージまたは配列の挿入または配列の編集により分断さ
れたもの）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに
本発明は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を
有するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレ
オチドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフ
ラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレ
オチドを合成してもよい。
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：
２］に示すアミノ酸配列を有するStaphylococcus aureu
sのｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）のポリ
ペプチドを包含する。該用語は、コーディング配列およ
び／または非コーディング配列を含んでいてもよいさら
なる領域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一
の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたフ
ァージまたは配列の挿入または配列の編集により分断さ
れたもの）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに
本発明は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を
有するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレ
オチドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフ
ラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレ
オチドを合成してもよい。
【００３３】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２］のｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドのアミノ酸配列を有するポリヌクレオ
チドであり、その中には、いくつか、少しの、５ないし
１０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のア
ミノ酸残基を置換、欠損または付加を任意の組み合わせ
で施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好まし
いものは、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
の特性および活性を変化させないサイレント置換、付加
および欠損である。
番号：２］のｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドのアミノ酸配列を有するポリヌクレオ
チドであり、その中には、いくつか、少しの、５ないし
１０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のア
ミノ酸残基を置換、欠損または付加を任意の組み合わせ
で施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好まし
いものは、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
の特性および活性を変化させないサイレント置換、付加
および欠損である。
【００３４】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコー
ドしているポリヌクレオチドに対して、その全長にわた
り少なくとも７０％の同一性があるポリヌクレオチド、
およびかかるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌ
クレオチドである。あるいはまた、寄託株のｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少
なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレオチ
ド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチドが最
も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なくとも
９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好まし
く、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特
に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有する
ものの中でも少なくとも９７％であるのがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％で
あるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％である
のがより好ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：１］によりコードされる成熟ポリペプチドと実質
的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチドである。
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコー
ドしているポリヌクレオチドに対して、その全長にわた
り少なくとも７０％の同一性があるポリヌクレオチド、
およびかかるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌ
クレオチドである。あるいはまた、寄託株のｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少
なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレオチ
ド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチドが最
も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なくとも
９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好まし
く、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特
に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有する
ものの中でも少なくとも９７％であるのがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％で
あるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％である
のがより好ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：１］によりコードされる成熟ポリペプチドと実質
的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチドである。
【００３５】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変性
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイ
ブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Samb
rookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第
２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第１１章に実例が示されてい
る。
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変性
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイ
ブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Samb
rookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第
２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第１１章に実例が示されてい
る。
【００３６】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
【００３７】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）をコードするｃＤＮＡ全長およびゲノムクローンを
単離するための、およびｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）遺伝子に高度な配列類似性を有するその他
の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するた
めの、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブ
リダイゼーションプローブとして使用することができ
る。このようなプローブは通常少なくとも１５塩基を含
む。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３０塩
基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。と
りわけ好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、
５０塩基またはそれ以下である。例えば、ｄ−アラニン
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子のコーディング領
域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌ
クレオチドプローブを合成してスクリーニングすること
により単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に相
補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのスク
リーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれの
メンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）をコードするｃＤＮＡ全長およびゲノムクローンを
単離するための、およびｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）遺伝子に高度な配列類似性を有するその他
の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するた
めの、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブ
リダイゼーションプローブとして使用することができ
る。このようなプローブは通常少なくとも１５塩基を含
む。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３０塩
基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。と
りわけ好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、
５０塩基またはそれ以下である。例えば、ｄ−アラニン
トランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子のコーディング領
域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌ
クレオチドプローブを合成してスクリーニングすること
により単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に相
補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのスク
リーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれの
メンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
【００３９】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
【００４０】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
【００４１】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
【００４２】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
【００４３】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
【００４４】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
【００４５】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレオ
チドの使用にも関する。真核生物とりわけ哺乳動物、特
にヒトにおけるｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）の検出は、疾患の診断のための診断法を提供する。
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子を含
む生物に感染した真核生物（本明細書において「個体」
とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法
によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感
染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、
軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを
直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前にＰＣＲ
もしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増
幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法で用い
ることができる。増幅法を用いると、真核生物とりわけ
哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原核生物
遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすることができ
る。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産物の大
きさの変化により、欠損および挿入を検出できる。点突
然変異は、増幅ＤＮＡを標識化ｄ−アラニントランスフ
ェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズさせることにより同定できる。完全に対合した配列
はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、
誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不
含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変
化を検出することにより、または直接的なＤＮＡの配列
決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えば
Meyersら、Science，230:1242（1985）参照。また、特
異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断
法によって明らかにしてもよい。例えばCottonら、Pro
c. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-4401 （1985）参
照。
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレオ
チドの使用にも関する。真核生物とりわけ哺乳動物、特
にヒトにおけるｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）の検出は、疾患の診断のための診断法を提供する。
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子を含
む生物に感染した真核生物（本明細書において「個体」
とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法
によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感
染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、
軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを
直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前にＰＣＲ
もしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増
幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法で用い
ることができる。増幅法を用いると、真核生物とりわけ
哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原核生物
遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすることができ
る。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産物の大
きさの変化により、欠損および挿入を検出できる。点突
然変異は、増幅ＤＮＡを標識化ｄ−アラニントランスフ
ェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズさせることにより同定できる。完全に対合した配列
はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、
誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不
含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変
化を検出することにより、または直接的なＤＮＡの配列
決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えば
Meyersら、Science，230:1242（1985）参照。また、特
異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断
法によって明らかにしてもよい。例えばCottonら、Pro
c. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-4401 （1985）参
照。
【００４６】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｄ−アラニントランス
フェラーゼ（ｄａｔ）をコードする核酸に相補的なＰＣ
Ｒプライマーは、突然変異を同定および分析するのに用
いることができる。典型的なプライマーの例を下表２に
示す。
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｄ−アラニントランス
フェラーゼ（ｄａｔ）をコードする核酸に相補的なＰＣ
Ｒプライマーは、突然変異を同定および分析するのに用
いることができる。典型的なプライマーの例を下表２に
示す。
【００４７】表２ ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリヌクレ
オチドの増幅のためのプライマー 配列番号 プライマー配列 3 5'-GCA ATT TAT ATT CAAGCA-3' 4 5'-CCTTCAGTTACAGTTTCA-3'
オチドの増幅のためのプライマー 配列番号 プライマー配列 3 5'-GCA ATT TAT ATT CAAGCA-3' 4 5'-CCTTCAGTTACAGTTTCA-3'
【００４８】本発明はまた、５'および／または３'末端
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。
【００４９】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはStaphylococcus aureusによる感
染、および最も好ましくは、上気道感染（例えば、中耳
炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道
感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、
感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾
臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿
瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内
炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管
感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキ
シックショック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、
毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、
ならびに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、
骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供し、該方法は、
表１［配列番号：１］の配列を有するポリヌクレオチド
のの発現レベルの上昇を個体由来の試料から検出するこ
とを特徴とする。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄ
ａｔ）ポリヌクレオチドの発現の増加または低下は、ポ
リヌクレオチドの定量法として当該分野でよく知られた
いずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、
ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよびその他
のハイブリダイゼーション法を用いて測定できる。
染、より好ましくはStaphylococcus aureusによる感
染、および最も好ましくは、上気道感染（例えば、中耳
炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道
感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、
感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾
臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿
瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内
炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管
感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキ
シックショック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、
毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、
ならびに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、
骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供し、該方法は、
表１［配列番号：１］の配列を有するポリヌクレオチド
のの発現レベルの上昇を個体由来の試料から検出するこ
とを特徴とする。ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄ
ａｔ）ポリヌクレオチドの発現の増加または低下は、ポ
リヌクレオチドの定量法として当該分野でよく知られた
いずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、
ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよびその他
のハイブリダイゼーション法を用いて測定できる。
【００５０】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白の
過剰発現を検出するための本発明診断アッセイを用い
て、例えば感染の存在を検出してもよい。宿主由来のサ
ンプル中のｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
蛋白のレベルを決定するために用いることができるアッ
セイ技法は、当業者に周知である。かかるアッセイ法に
は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェス
タンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
て、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白の
過剰発現を検出するための本発明診断アッセイを用い
て、例えば感染の存在を検出してもよい。宿主由来のサ
ンプル中のｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
蛋白のレベルを決定するために用いることができるアッ
セイ技法は、当業者に周知である。かかるアッセイ法に
は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェス
タンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
【００５１】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）； Coleら、Monoclonal Antibodies and Canc
er Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）； Coleら、Monoclonal Antibodies and Canc
er Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
【００５２】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）を有することについてスクリーニング
されたヒトから、あるいは無処理のライブラリーから、
ポリペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選
別することもできる（McCafferty, J.ら、Nature 348:5
52-554 （1990）； Marks, J.ら、Biotechnology 10:77
9-783 （1992））。これらの抗体の親和性はチェインシ
ャフリング（chain shuffling）により改善することも
できる（Clackson, T.ら、Nature 352:624-628 （199
1））。
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）を有することについてスクリーニング
されたヒトから、あるいは無処理のライブラリーから、
ポリペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選
別することもできる（McCafferty, J.ら、Nature 348:5
52-554 （1990）； Marks, J.ら、Biotechnology 10:77
9-783 （1992））。これらの抗体の親和性はチェインシ
ャフリング（chain shuffling）により改善することも
できる（Clackson, T.ら、Nature 352:624-628 （199
1））。
【００５３】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチド
を発現するクローンを単離または同定してもよく、上記
抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することが
できる。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチド
を発現するクローンを単離または同定してもよく、上記
抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することが
できる。
【００５４】従って、とりわけｄ−アラニントランスフ
ェラーゼ（ｄａｔ）に対する抗体を、感染、とりわけ細
菌感染、特に上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管
炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、
蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜
炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜
後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染
（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔お
よび眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例え
ば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショ
ック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮
膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨
および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の
ごとき疾病の治療に用いてもよい。
ェラーゼ（ｄａｔ）に対する抗体を、感染、とりわけ細
菌感染、特に上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管
炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、
蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜
炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜
後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染
（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔お
よび眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例え
ば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショ
ック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮
膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨
および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の
ごとき疾病の治療に用いてもよい。
【００５５】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
【００５６】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
【００５７】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
【００５８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
【００５９】また本発明は、ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の作用を増強（アゴニスト）または阻害（アンタゴニス
ト）する化合物、詳細には、静菌性および／または殺菌
性化合物を同定するための、化合物のスクリーニング方
法をも提供する。該スクリーニング方法は高処理量の方
法である。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストを
スクリーニングするために、ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドを含む、合成反応混合
物、膜、細胞表面膜もしくは細胞壁のごとき細胞コンパ
ートメント、またはそれらのいずれかの調製物、および
このようなポリペプチドの標識基質またはリガンドを、
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）アゴニスト
またはアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下また
は不在下でインキュベーションする。候補分子がｄ−ア
ラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドにア
ゴナイズまたは拮抗する能力は、標識化リガンドの結合
の低下またはこのような基質からの生成物の産生の低下
に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子、すな
わちｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）の効果
を誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである
可能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生
成速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生
成物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用
いることにより強調できる。この点に関して有用なリポ
ーターシステムには、生成物に転換される比色測定用標
識化基質、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
ポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に反応
するリポーター遺伝子、および当該分野で周知の結合ア
ッセイ等があるが、これらに限定するものではない。
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の作用を増強（アゴニスト）または阻害（アンタゴニス
ト）する化合物、詳細には、静菌性および／または殺菌
性化合物を同定するための、化合物のスクリーニング方
法をも提供する。該スクリーニング方法は高処理量の方
法である。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストを
スクリーニングするために、ｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドを含む、合成反応混合
物、膜、細胞表面膜もしくは細胞壁のごとき細胞コンパ
ートメント、またはそれらのいずれかの調製物、および
このようなポリペプチドの標識基質またはリガンドを、
ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）アゴニスト
またはアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下また
は不在下でインキュベーションする。候補分子がｄ−ア
ラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドにア
ゴナイズまたは拮抗する能力は、標識化リガンドの結合
の低下またはこのような基質からの生成物の産生の低下
に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子、すな
わちｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）の効果
を誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである
可能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生
成速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生
成物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用
いることにより強調できる。この点に関して有用なリポ
ーターシステムには、生成物に転換される比色測定用標
識化基質、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）
ポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に反応
するリポーター遺伝子、および当該分野で周知の結合ア
ッセイ等があるが、これらに限定するものではない。
【００６０】ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）アンタゴニストのアッセイのもう１つの例は競争ア
ッセイであり、競争阻害アッセイに適した条件下で、ｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）および潜在的
アンタゴニストを、ｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）結合分子、組換えｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する。例
えば放射活性または比色測定用化合物によりｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）を標識し、結合分子に
結合した、または生成物に変換されたｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
ｔ）アンタゴニストのアッセイのもう１つの例は競争ア
ッセイであり、競争阻害アッセイに適した条件下で、ｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）および潜在的
アンタゴニストを、ｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）結合分子、組換えｄ−アラニントランスフェ
ラーゼ（ｄａｔ）結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する。例
えば放射活性または比色測定用化合物によりｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）を標識し、結合分子に
結合した、または生成物に変換されたｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００６１】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）により誘導される活性を誘導せず、それゆ
えｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）を結合か
ら排除することによりｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）の作用を妨害する。潜在的アンタゴニストに
は、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれを占
領し、それにより細胞性結合分子への結合を防御して、
正常の生物学的活性を防御する小型分子等がある。小型
分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプチド
様分子等があるが、これらに限定するものではない。そ
の他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分子等が
ある（これらの分子についての記載に関してはOkano,
J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotid
es as Antisense Inhibitors of Gene Expression，Ｃ
ＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（1988）参
照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）関連化合物およびｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）変種等がある。
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｄ−アラニントランスフェラー
ゼ（ｄａｔ）により誘導される活性を誘導せず、それゆ
えｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）を結合か
ら排除することによりｄ−アラニントランスフェラーゼ
（ｄａｔ）の作用を妨害する。潜在的アンタゴニストに
は、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれを占
領し、それにより細胞性結合分子への結合を防御して、
正常の生物学的活性を防御する小型分子等がある。小型
分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプチド
様分子等があるが、これらに限定するものではない。そ
の他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分子等が
ある（これらの分子についての記載に関してはOkano,
J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotid
es as Antisense Inhibitors of Gene Expression，Ｃ
ＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（1988）参
照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｄ−アラニ
ントランスフェラーゼ（ｄａｔ）関連化合物およびｄ−
アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）変種等がある。
【００６２】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
【００６３】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白
により媒介される哺乳動物細胞への侵入のブロック（Ro
senshine et al.,Infect.Immunol.60:2211(1992)）；哺
乳動物細胞外マトリックス蛋白と細菌ｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白との間の、組織ダメージ
を媒介する細菌付着のブロック；内在デバイスの移植ま
たは他の外科的方法以外により開始される、感染におけ
る通常の病状の進行のブロックに使用することができ
る。
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白
により媒介される哺乳動物細胞への侵入のブロック（Ro
senshine et al.,Infect.Immunol.60:2211(1992)）；哺
乳動物細胞外マトリックス蛋白と細菌ｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白との間の、組織ダメージ
を媒介する細菌付着のブロック；内在デバイスの移植ま
たは他の外科的方法以外により開始される、感染におけ
る通常の病状の進行のブロックに使用することができ
る。
【００６４】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。
【００６５】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはStaphylococcusaureus感
染から個体を防御するための抗体および／またはＴ細胞
応答を生じさせるに十分なｄ−アラニントランスフェラ
ーゼ（ｄａｔ）またはそのフラグメントもしくは変種を
個体に接種することを特徴とする。かかる免疫学的応答
が細菌の複製を遅らせる方法も提供される。本発明のさ
らにもう１つの態様は、個体における免疫学的応答の誘
導方法に関し、該方法は、疾病が個体においてすでに確
立されているか否かにかかわらず、インビボでｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）、またはそのフラグ
メントもしくは変種を発現させるためにｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）またはそのフラグメントも
しくは変種の発現を指令する核酸ベクターをかかる個体
に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ
細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導して、該個体を
疾病から防御する抗体を産生させることを特徴とする。
迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する方法としては、粒
子上にコーディングすること等がある。かかる核酸ベク
ターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮ
Ａハイブリッドを含んでいてもよい。
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはStaphylococcusaureus感
染から個体を防御するための抗体および／またはＴ細胞
応答を生じさせるに十分なｄ−アラニントランスフェラ
ーゼ（ｄａｔ）またはそのフラグメントもしくは変種を
個体に接種することを特徴とする。かかる免疫学的応答
が細菌の複製を遅らせる方法も提供される。本発明のさ
らにもう１つの態様は、個体における免疫学的応答の誘
導方法に関し、該方法は、疾病が個体においてすでに確
立されているか否かにかかわらず、インビボでｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）、またはそのフラグ
メントもしくは変種を発現させるためにｄ−アラニント
ランスフェラーゼ（ｄａｔ）またはそのフラグメントも
しくは変種の発現を指令する核酸ベクターをかかる個体
に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ
細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導して、該個体を
疾病から防御する抗体を産生させることを特徴とする。
迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する方法としては、粒
子上にコーディングすること等がある。かかる核酸ベク
ターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮ
Ａハイブリッドを含んでいてもよい。
【００６６】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ま
たはそれによりコードされている蛋白に対する免疫学的
反応を該宿主に誘導する免疫学的組成物に関し、その組
成物は組換えｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）またはそれによりコードされている蛋白を含み、ｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）またはそれに
よりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発現
するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防的
に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ
４+Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免疫
の形態であってもよい。
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ま
たはそれによりコードされている蛋白に対する免疫学的
反応を該宿主に誘導する免疫学的組成物に関し、その組
成物は組換えｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）またはそれによりコードされている蛋白を含み、ｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）またはそれに
よりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発現
するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防的
に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ
４+Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免疫
の形態であってもよい。
【００６７】ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドまたはそれらのフラグメントを、それ
自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安定化し、免
疫原的および保護特性を有する融合蛋白を産生する能力
のある共存蛋白（co-protein）と融合させてもよい。好
ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗原補蛋白、例え
ばヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemophilus influ
enzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トラン
スフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダー
ゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化してそれらの産生お
よび精製を促進する比較的大きな共存蛋白等を含む。さ
らに、共存蛋白は免疫系において普遍的な刺激を提供す
るという意味で、アジュバントとして作用することがで
きる。共存蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボキシ
ル末端のどちらかに結合できる。
ｔ）ポリペプチドまたはそれらのフラグメントを、それ
自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安定化し、免
疫原的および保護特性を有する融合蛋白を産生する能力
のある共存蛋白（co-protein）と融合させてもよい。好
ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗原補蛋白、例え
ばヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemophilus influ
enzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トラン
スフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダー
ゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化してそれらの産生お
よび精製を促進する比較的大きな共存蛋白等を含む。さ
らに、共存蛋白は免疫系において普遍的な刺激を提供す
るという意味で、アジュバントとして作用することがで
きる。共存蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボキシ
ル末端のどちらかに結合できる。
【００６８】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
【００６９】また、本発明は、Staphylococcus aureus
に感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的免疫化実
験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋白の不変
領域をコードすることが示されている、説明したポリヌ
クレオチドまたはとりわけそれらのフラグメントを用い
る方法を提供し、これらはとりわけ予防的または治療的
免疫反応を刺激することができる蛋白エピトープを同定
するのに有用である。この研究は、哺乳動物、とりわけ
ヒトにおける細菌感染とりわけStaphylococcusaureus感
染の予防薬または治療的処置の開発のために、感染に抵
抗しこれを一掃するのに成功した動物の必須器官から特
に価値あるモノクローナル抗体をうまく調製することを
可能にすると思われる。
に感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的免疫化実
験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋白の不変
領域をコードすることが示されている、説明したポリヌ
クレオチドまたはとりわけそれらのフラグメントを用い
る方法を提供し、これらはとりわけ予防的または治療的
免疫反応を刺激することができる蛋白エピトープを同定
するのに有用である。この研究は、哺乳動物、とりわけ
ヒトにおける細菌感染とりわけStaphylococcusaureus感
染の予防薬または治療的処置の開発のために、感染に抵
抗しこれを一掃するのに成功した動物の必須器官から特
に価値あるモノクローナル抗体をうまく調製することを
可能にすると思われる。
【００７０】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
【００７１】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｄ−アラニントラン
スフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白に関して説明したが、本発
明は天然に存在する蛋白および、実質的に組換え蛋白の
免疫原特性に影響しない付加、欠失または置換を施した
類似の蛋白のフラグメントを包含することが理解されよ
う。
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｄ−アラニントラン
スフェラーゼ（ｄａｔ）蛋白に関して説明したが、本発
明は天然に存在する蛋白および、実質的に組換え蛋白の
免疫原特性に影響しない付加、欠失または置換を施した
類似の蛋白のフラグメントを包含することが理解されよ
う。
【００７２】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
【００７３】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
【００７４】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けStaphylococcus aureusの創傷感染を防御することも
できる。
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けStaphylococcus aureusの創傷感染を防御することも
できる。
【００７５】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
【００７６】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。
【００７７】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
【００７８】
【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のStaphylococcus aureu
sの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た。
重複するStaphylococcus aureusのＤＮＡを含有する２
個またはそれ以上のクローンからの配列決定データを用
いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を構築した場合もあ
る。通常の方法、例えば以下の方法１および２によりラ
イブラリーを製造できる。全細胞ＤＮＡは、Staphyloco
ccus aureus WCUH29から、標準法に準じて単離し、二つ
の方法のどちらかによりサイズ分画する。
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のStaphylococcus aureu
sの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た。
重複するStaphylococcus aureusのＤＮＡを含有する２
個またはそれ以上のクローンからの配列決定データを用
いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を構築した場合もあ
る。通常の方法、例えば以下の方法１および２によりラ
イブラリーを製造できる。全細胞ＤＮＡは、Staphyloco
ccus aureus WCUH29から、標準法に準じて単離し、二つ
の方法のどちらかによりサイズ分画する。
【００７９】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。 方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。 方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
【００８０】
（１）一般的情報： （ｉ）出願人：Warren, Richard （ｉｉ）発明の名称：新規化合物 （ｉｉｉ）配列の数：４ （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：Dechert Price & Phoads （Ｂ）通り名：997 Lenox Drive, Building 3, Suite 2
10 （Ｃ）都市名：Lawrenceville （Ｄ）州名：ニュージャージー （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：０８５４３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windowsバージョン２．０用FastSEQ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Bloom, Allen （Ｂ）登録番号：２９１３５ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ１０００５ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６０９−５２０−３２１４ （Ｂ）ファックス番号：６０９−５２０−３２５９ （Ｃ）テレックス：
10 （Ｃ）都市名：Lawrenceville （Ｄ）州名：ニュージャージー （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：０８５４３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windowsバージョン２．０用FastSEQ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Bloom, Allen （Ｂ）登録番号：２９１３５ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ１０００５ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６０９−５２０−３２１４ （Ｂ）ファックス番号：６０９−５２０−３２５９ （Ｃ）テレックス：
【００８１】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２９４８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： GGCACGAGCT AGAGGTACAC TTGATGACAA AGGTCCAACA ATTGCTGCTT ATTATGCAAT 60 TAAGATATTA GAAGATATGA ATGTGGATTG GAAGAAACGT ATTCATATGA TTATTGGTAC 120 GGATGAAGAA TCTGATTGGA AATGTACGGA TCGCTATTTT AAAACAGAAG AAATGCCAAC 180 ATTAGGTTTT GCACCAGATG CAGAATTTCC ATGTATTCAT GGTGAAAAAG GCATTACAAC 240 ATTTGATTTA GTTCAAAATA AACTTACTGA AGATCAAGAT GAACCTGATT ATGAATTAAT 300 AACTTTTAAA TCTGGTGAAC GTTACAACAT GGTACCTGAT CATGCAGAAG CAAGAGTGCT 360 TGTTAAAGAA AATATGACAG ATGTTATTCA AGACTTTGAG TACTTTTTAG AACAAAATCA 420 TTTACAAGGT GATAGTACTG TTGATAGTGG CATTCTAGTT TTAACAGTTG AAGGTAAAGC 480 GGTTCATGGT ATGGATCCAT CTATCGGTGT GAATGCGGGT CTTTACTTAC TAAAATTCTT 540 AGCATCATTA AATCTTGATA ATAATGCACA AGCGTTTGTA GCATTTAGTA ATCGCTACTT 600 ATTTAATTCA GATTTTGGTG AAAAGATGGG AATGAAATTC CATACAGATG TCATGGGTGA 660 CGTGACAACT AACATTGGTG TTATTACATA TGATAATGAA AACGCAGGTC TTTTCGGTAT 720 CAACTTACGC TACCCAGAAG GATTTGAATT TGAAAAAGCT ATGGATCGTT TTGCAAATGA 780 GATTCAACAA TATGGCTTTG AAGTGAAATT AGGTAAAGTC CAACCACCAC ATTATGTTGA 840 TAAAAATGAT CTTTTGTACA AAAGTTAGTT ACTGCATATA GAAATCAAAC AAATGATATG 900 ACTGAACCTT ATACTATAGG TGGCGGTACT TATGCGAGAA ACTTAGACAA GGGTGTAGCA 960 TTTGGCGCAA TGTTTAGTGA TTCTGAAGAT TTAATGCATC AGAAAAATGA ATATATCACT 1020 AAAAAACAGT TATTTAACGC AACTAGTATT TACTTAGAAG CAATTTATTC ATTATGCGTG 1080 GAGGAATAAT ATATGGAAAA AATTTTTTTA AATGGTGAGT TTGTAAGTCC AAGTGAAGCA 1140 AAGGTTTCAT ACAACGACAG AGGATACGTA TTTGGCGATG GTATTTATGA ATACATTCGA 1200 GTATATAATG GTAAGTTATT TACAGTAACA GAACATTATG AAAGATTTTT ACGTAGTGCC 1260 AATGAGATTG GTTTAGATTT AAATTATTCT GTAGAAGAAT TAATTGAACT ATCTCGTAAA 1320 TTAGTTGATA TGAATCAAAT TGAAACTGGG GCAATTTATA TTCAAGCAAC GCGTGGTGTA 1380 GCTGAAAGGA ATCATAGCTT CCCGACACCT GAAGTAGAAC CAGCAATTGT TGCTTATACA 1440 AAGAGTTATG ATCGTCCTTA TGATCATTTA GAAAATGGTG TGAATGGTGT TACCGTTGAA 1500 GATATCCGAT GGTTACGTTG CGACATTAAA AGCTTGAACT TATTAGGAAA TGTATTAGCA 1560 AAAGAATATG CTGTGAAATA TAATGCAGTT GAAGCAATTC AACATCGAGG TGAAACTGTA 1620 ACTGAAGGAT CTTCAAGTAA TGCTTATGCA ATTAAAGACG GTGTGATTTA TACACATCCG 1680 ATTAACAACT ATATTCTTAA TGGTATTACA CGAATTGTAA TTAAAAAAAT TGCCGAAGAC 1740 TATAACATCC CATTTAAAGA AGAAACGTTT ACTGTAGATT TCTTGAAAAA CGCAGATGAA 1800 GTTATTGTTT CAAGTACTTC AGCTGAGGTT ACACCTGTTA TTAAATTAGA TGGTGAACCA 1860 ATTAATGATG GTAAAGTTGG CCCAATTACA CGTCAACTAC AAGAAGGATT TGAAAAGTAT 1920 ATAGAGTCAC ACAGTATTTA AAATTCTTTC ATCATATTTT TAGATTAAAT TACTTAAATT 1980 TATCAACTTT CGTAAGTGAA TTATGTTATA ATTTAAAACG AAGCTTAAAA GTGTTGTTTA 2040 GAAAACACAT ATTAGTAAAA AGTGCCATTT TGTTTCTCAT TTTCAGTTGA AATATAATGA 2100 TAAAAATTAT AAAATTTTCT ATGAGTTACA AATATGATGT GCATCATATT TTACTAAGTA 2160 CGTAAATGTT ACAGTTCATA AATTTATGCT AACCATGAAA ATGGGATAGC AATTATTTTG 2220 AAAACTAGAG TTTATCGCCT ACAGAGATTC AAAAACATGT AGTTTTAGAC ACGGTAACAT 2280 TATATGTCAA GTAAGTGACT ATAGAATGTA TGGTGTCAAT GACAGACATT ACGATTTAAA 2340 ATTAGTCGTG TAATGTAGGC ATTGGTTGAG GATTTACAAT AATTATCTGG ACATAATATT 2400 TGTACCAGTA TGGTGTTATA AATTAGAATA TATGGCTCTT GAAAAACCTA TTTCTAGAGC 2460 CATTTTCTAA TTGAAAGTGA GGTGGACGAG TTGGAGCAGT TTTATCAATT AGGGTGGACA 2520 CTTGATTCAG CAGGTGGTGC ATCTGGTGAA GCATATATGG CTGAACAAGA TGGACAAAAG 2580 TTGTTTTTAA AACGAAATTC AAATCCATTT ATTGCGGCAT TATCAGCAGA AGGTATTGTG 2640 CCCAAATTAG TATGGACGAA ACGCATAGAA ACAGGCGAGG TTGTTACAGC ACAACATTGG 2700 AAAAATGGGC GTGAACTATC TTCAAACGAA ATGAAGCAAA CAAGAGTTGC ACATTTATTA 2760 AAGAAGATAC ACAATTCTAG ACCTTTATTA AGTATGTTAA AGCGTATGGA AATGGAACCT 2820 ATTACTCCTG AGATTATGCT TAATAAAATT AATGCCTCTT TATCAAGAGA AGTTTTAACA 2880 CATCATATTG TGAGAAAATC ATTAACCTAT TTAGAAGAGC ATATACCGAG TTTAGATTCG 2940 CTCGTGCC 2948
【００８２】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２８２アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Glu Lys Ile Phe Leu Asn Gly Glu Phe Val Ser Pro Ser Glu Ala 1 5 10 15 Lys Val Ser Tyr Asn Asp Arg Gly Tyr Val Phe Gly Asp Gly Ile Tyr 20 25 30 Glu Tyr Ile Arg Val Tyr Asn Gly Lys Leu Phe Thr Val Thr Glu His 35 40 45 Tyr Glu Arg Phe Leu Arg Ser Ala Asn Glu Ile Gly Leu Asp Leu Asn 50 55 60 Tyr Ser Val Glu Glu Leu Ile Glu Leu Ser Arg Lys Leu Val Asp Met 65 70 75 80 Asn Gln Ile Glu Thr Gly Ala Ile Tyr Ile Gln Ala Thr Arg Gly Val 85 90 95 Ala Glu Arg Asn His Ser Phe Pro Thr Pro Glu Val Glu Pro Ala Ile 100 105 110 Val Ala Tyr Thr Lys Ser Tyr Asp Arg Pro Tyr Asp His Leu Glu Asn 115 120 125 Gly Val Asn Gly Val Thr Val Glu Asp Ile Arg Trp Leu Arg Cys Asp 130 135 140 Ile Lys Ser Leu Asn Leu Leu Gly Asn Val Leu Ala Lys Glu Tyr Ala 145 150 155 160 Val Lys Tyr Asn Ala Val Glu Ala Ile Gln His Arg Gly Glu Thr Val 165 170 175 Thr Glu Gly Ser Ser Ser Asn Ala Tyr Ala Ile Lys Asp Gly Val Ile 180 185 190 Tyr Thr His Pro Ile Asn Asn Tyr Ile Leu Asn Gly Ile Thr Arg Ile 195 200 205 Val Ile Lys Lys Ile Ala Glu Asp Tyr Asn Ile Pro Phe Lys Glu Glu 210 215 220 Thr Phe Thr Val Asp Phe Leu Lys Asn Ala Asp Glu Val Ile Val Ser 225 230 235 240 Ser Thr Ser Ala Glu Val Thr Pro Val Ile Lys Leu Asp Gly Glu Pro 245 250 255 Ile Asn Asp Gly Lys Val Gly Pro Ile Thr Arg Gln Leu Gln Glu Gly 260 265 270 Phe Glu Lys Tyr Ile Glu Ser His Ser Ile 275 280
【００８３】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： GCAATTTATA TTCAAGCA 18
【００８４】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： CCTTCAGTTA CAGTTTCA 18
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 9/10 9/10 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ６１Ｋ 37/02 ＡＤＺ
Claims (20)
- 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポ
リペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のStaphylococcus aureus中に含まれるｄ
−アラニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）遺伝子により
発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチド； （ｃ）配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
に対して相捕的であるポリヌクレオチド；および （ｅ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
の少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオ
チドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を
含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項３】 ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項４】 配列番号１に示す核酸配列を含む請求項
２のポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド１０９３
から１９４２までを含む請求項２のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしている請求項２のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
ター。 - 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
りコードされているポリペプチドを発現させることを含
む、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１０】 ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄ
ａｔ）ポリペプチドまたはフラグメントの製造方法であ
って、該ポリペプチドまたはフラグメントの生成に十分
な条件下で請求項８の宿主を培養することを含む方法。 - 【請求項１１】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。 - 【請求項１２】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
むポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
体。 - 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
は発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
チドを個体に投与することを含む、ｄ−アラニントラン
スフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドを必要とする個体
の治療方法。 - 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
ニストを個体に投与することを含む、ｄ−アラニントラ
ンスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドの阻害を必要と
する個体の治療方法。 - 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
ポリペプチドの存在または量について分析することを含
む方法。 - 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。 - 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を含む
方法であって、抗体および／またはＴ細胞を生じさせて
動物を疾病から防御するに十分な請求項１１のｄ−アラ
ニントランスフェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたは
そのフラグメントもしくは変種を哺乳動物に接種するこ
とを含む方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を含む
方法であって、ｄ−アラニントランスフェラーゼ（ｄａ
ｔ）ポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種
をインビボで発現させて、抗体および／またはＴ細胞を
生じさせる免疫学的応答を誘導して該動物を疾病から防
御するするために、請求項１１のｄ−アラニントランス
フェラーゼ（ｄａｔ）ポリペプチドまたはそのフラグメ
ントもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターを送達
することを含む方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US86523897A | 1997-05-29 | 1997-05-29 | |
| US08/865238 | 1997-05-29 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH1175877A true JPH1175877A (ja) | 1999-03-23 |
Family
ID=25345028
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10188020A Withdrawn JPH1175877A (ja) | 1997-05-29 | 1998-05-29 | 新規化合物 |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP0881285A1 (ja) |
| JP (1) | JPH1175877A (ja) |
| CA (1) | CA2233565A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL2238242T3 (pl) * | 2008-01-03 | 2015-06-30 | Basf Enzymes Llc | Transferazy i oksydoreduktazy, kwasy nukleinowe kodujące je oraz sposoby ich wytwarzania i zastosowania |
| CN113106082B (zh) * | 2021-05-27 | 2022-11-04 | 云南师范大学 | 动物粪便宏基因组来源的丙氨酸消旋酶及其制备和应用 |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6737248B2 (en) * | 1996-01-05 | 2004-05-18 | Human Genome Sciences, Inc. | Staphylococcus aureus polynucleotides and sequences |
-
1998
- 1998-05-26 EP EP98304139A patent/EP0881285A1/en not_active Withdrawn
- 1998-05-27 CA CA002233565A patent/CA2233565A1/en not_active Abandoned
- 1998-05-29 JP JP10188020A patent/JPH1175877A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2233565A1 (en) | 1998-11-29 |
| EP0881285A1 (en) | 1998-12-02 |
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