JPH11192091A - ＳｅｃＡ - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 ＳｅｃＡポリペプチドおよびＳｅｃＡポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチド、ならびに組
み換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を提供す
る。また、抗細菌化合物のスクリーニングのためのＳｅ
ｃＡポリペプチドの使用方法も提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チド、ならびに配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペ
プチドコードしているポリヌクレオチドに対して少なく
とも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド。
プチドをコードしているポリヌクレオチド、ならびに組
み換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を提供す
る。また、抗細菌化合物のスクリーニングのためのＳｅ
ｃＡポリペプチドの使用方法も提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チド、ならびに配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペ
プチドコードしているポリヌクレオチドに対して少なく
とも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれら
の製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニスト
およびアンタゴニスト、そしてそれらの使用に関する。
詳細には、これらの点および他の点に関して、本発明
は、ＳｅｃＡファミリーの新規ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチド（以下、「ＳｅｃＡ」という）に関する。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれら
の製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニスト
およびアンタゴニスト、そしてそれらの使用に関する。
詳細には、これらの点および他の点に関して、本発明
は、ＳｅｃＡファミリーの新規ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチド（以下、「ＳｅｃＡ」という）に関する。
【０００２】
【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトにおい
て、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静
脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊
髄液の感染のごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の
疾患を引き起こすことが知られている。ストレプトコッ
カス属の単離から１００年以上も経過しているため、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pn
eumoniae）は、より詳細な研究がなされた微生物の一つ
である。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという
初期の見解の大部分は、この微生物を用いたGriffithな
らびに、Avery、MacleodおよびMcCartyの研究において
述べられた。ストレプトコッカス・ニューモニアエに関
する研究は膨大であるにも関わらず、この微生物の毒性
に関しては多くの疑問が残されている。抗生物質の開発
のための標的としてストレプトコッカス属の遺伝子およ
び遺伝子産物を用いるのはとりわけ好ましいことであ
る。
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトにおい
て、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静
脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊
髄液の感染のごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の
疾患を引き起こすことが知られている。ストレプトコッ
カス属の単離から１００年以上も経過しているため、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pn
eumoniae）は、より詳細な研究がなされた微生物の一つ
である。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという
初期の見解の大部分は、この微生物を用いたGriffithな
らびに、Avery、MacleodおよびMcCartyの研究において
述べられた。ストレプトコッカス・ニューモニアエに関
する研究は膨大であるにも関わらず、この微生物の毒性
に関しては多くの疑問が残されている。抗生物質の開発
のための標的としてストレプトコッカス属の遺伝子およ
び遺伝子産物を用いるのはとりわけ好ましいことであ
る。
【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多
重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の
集団の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標
準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめずらし
いことではない。この現象がこの生物に対する新しい抗
菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成
した。
の頻度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多
重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の
集団の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標
準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめずらし
いことではない。この現象がこの生物に対する新しい抗
菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成
した。
【０００４】明らかに、抗生物質活性に関して化合物を
スクリーニングするのに有用であるという目下の利益を
有する、本発明新規化合物のごとき因子に対する必要性
がある。かかる因子は、感染、機能不全および疾病の発
生におけるそれらの役割を調べるのにも有用である。感
染、機能不全または疾病の予防、改善または修正におい
て役割を果たしうる、かかる因子ならびにそれらのアン
タゴニストおよびアゴニストに対する必要性もある。
スクリーニングするのに有用であるという目下の利益を
有する、本発明新規化合物のごとき因子に対する必要性
がある。かかる因子は、感染、機能不全および疾病の発
生におけるそれらの役割を調べるのにも有用である。感
染、機能不全または疾病の予防、改善または修正におい
て役割を果たしうる、かかる因子ならびにそれらのアン
タゴニストおよびアゴニストに対する必要性もある。
【０００５】本発明のある種のポリペプチドは既知ｓｅ
ｃＡ蛋白に対するアミノ酸相同性を有する。公に利用で
きるｓｅｃＡ遺伝子配列は、リステリア・モノシトゲネ
ス（Listeria monocytogenes）、Gen Bank受託番号L320
90 スタフィロコッカス・カルノスス（Staphylococcus
carnosus）、Gen Bank受託番号X79725 Klein, M., Meen
s, J. and Freudl, R. (1995)を包含する。エシェリシ
ア・コリ（Escherichia coli）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtilis）のｓｅｃＡ変異株中のスタ
フィロコッカス・カルノススのｓｅｃＡ蛋白の機能上の
特徴付け。FEMSMicrobiol. Lett. 131(3), 271-277 。
バチルス・ズブチリスGen Bank受託番号D10279; Sadai
e, Y., Takamatsu, H., Nakamura, K. and Yamane, K.
(1991)。配列決定により、エシェリシア・コリのｓｅｃ
Ａ遺伝子に対するバチルス・ズブチリスの野生型div+遺
伝子の類似性が明らかである。Gene 98(1), 101-105；
スタフィロコッカス・アウレウスGene Bank受託番号U97
062。
ｃＡ蛋白に対するアミノ酸相同性を有する。公に利用で
きるｓｅｃＡ遺伝子配列は、リステリア・モノシトゲネ
ス（Listeria monocytogenes）、Gen Bank受託番号L320
90 スタフィロコッカス・カルノスス（Staphylococcus
carnosus）、Gen Bank受託番号X79725 Klein, M., Meen
s, J. and Freudl, R. (1995)を包含する。エシェリシ
ア・コリ（Escherichia coli）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtilis）のｓｅｃＡ変異株中のスタ
フィロコッカス・カルノススのｓｅｃＡ蛋白の機能上の
特徴付け。FEMSMicrobiol. Lett. 131(3), 271-277 。
バチルス・ズブチリスGen Bank受託番号D10279; Sadai
e, Y., Takamatsu, H., Nakamura, K. and Yamane, K.
(1991)。配列決定により、エシェリシア・コリのｓｅｃ
Ａ遺伝子に対するバチルス・ズブチリスの野生型div+遺
伝子の類似性が明らかである。Gene 98(1), 101-105；
スタフィロコッカス・アウレウスGene Bank受託番号U97
062。
【０００６】
【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２または４）に示すアミノ酸配列およ
び既知アミノ酸配列またはｓｅｃＡ蛋白のごとき他の蛋
白の配列の間の相同性により、新規ｓｅｃＡポリペプチ
ドであると同定されたポリペプチド提供することが本発
明の目的である。ｓｅｃＡポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチド、詳細には本明細書でｓｅｃＡと命
名されたポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ドを提供することが本発明のさらなる目的である。
表１（配列番号：２または４）に示すアミノ酸配列およ
び既知アミノ酸配列またはｓｅｃＡ蛋白のごとき他の蛋
白の配列の間の相同性により、新規ｓｅｃＡポリペプチ
ドであると同定されたポリペプチド提供することが本発
明の目的である。ｓｅｃＡポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチド、詳細には本明細書でｓｅｃＡと命
名されたポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ドを提供することが本発明のさらなる目的である。
【０００７】本発明の特に好ましい具体例において、ポ
リヌクレオチドは、表１（配列番号：１または３）に示
す配列を含むｓｅｃＡポリペプチドをコードする領域を
含み、全長遺伝子またはその変種が包含される。本発明
のもう１つの特に好ましい具体例において、表１（配列
番号：２または４）のアミノ酸配列を含むストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来の新規ｓｅｃＡ蛋白、また
はその変種がある。
リヌクレオチドは、表１（配列番号：１または３）に示
す配列を含むｓｅｃＡポリペプチドをコードする領域を
含み、全長遺伝子またはその変種が包含される。本発明
のもう１つの特に好ましい具体例において、表１（配列
番号：２または４）のアミノ酸配列を含むストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来の新規ｓｅｃＡ蛋白、また
はその変種がある。
【０００８】本発明のさらなる態様は、ｓｅｃＡ、詳細
にはストレプトコッカス・ニューモニアエのｓｅｃＡを
コードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含
む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｓｅｃＡの天然
に存在する対立遺伝子変種およびそれによりコードされ
るポリペプチドがある。
にはストレプトコッカス・ニューモニアエのｓｅｃＡを
コードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含
む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ｓｅｃＡの天然
に存在する対立遺伝子変種およびそれによりコードされ
るポリペプチドがある。
【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてｓｅｃＡと称されるストレプトコッカス・ニ
ューモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその
フラグメント、変種および誘導体、および前記したフラ
グメントおよびアナログの変種および誘導体、およびそ
れらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい
具体例には、ｓｅｃＡ遺伝子の天然に存在する対立遺伝
子によりコードされるｓｅｃＡポリペプチドの変種があ
る。本発明の好ましい具体例において、上記ｓｅｃＡポ
リペプチドの製造方法がある。本発明のさらに別の態様
によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用な
かかるポリペプチドの阻害剤が提供される。
書においてｓｅｃＡと称されるストレプトコッカス・ニ
ューモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその
フラグメント、変種および誘導体、および前記したフラ
グメントおよびアナログの変種および誘導体、およびそ
れらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい
具体例には、ｓｅｃＡ遺伝子の天然に存在する対立遺伝
子によりコードされるｓｅｃＡポリペプチドの変種があ
る。本発明の好ましい具体例において、上記ｓｅｃＡポ
リペプチドの製造方法がある。本発明のさらに別の態様
によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用な
かかるポリペプチドの阻害剤が提供される。
【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ｓｅｃＡ発現の評価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッ
セイ、ならびに細菌、特にストレプトコッカス・ニュー
モニアエ細菌に対する免疫学的応答を生起するための生
物へのｓｅｃＡポリペプチドまたはポリヌクレオチドの
投与のための、製品、組成物および方法が提供される。
ｓｅｃＡ発現の評価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッ
セイ、ならびに細菌、特にストレプトコッカス・ニュー
モニアエ細菌に対する免疫学的応答を生起するための生
物へのｓｅｃＡポリペプチドまたはポリヌクレオチドの
投与のための、製品、組成物および方法が提供される。
【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｓｅｃＡポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、ｓｅｃＡポリペプチドに対する抗体が提
供される。
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｓｅｃＡポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、ｓｅｃＡポリペプチドに対する抗体が提
供される。
【００１２】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドに結合、あるいは相互
作用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物
の同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相
互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまた
はポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接
触させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価
し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に
応答して検出可能なシグナルを提供することのできる第
２の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用
から生じるシグナルの存在または不存在を検出すること
により、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化ま
たは阻害するかどうかを決定することを含む。本発明の
さらにもう１つの態様によれば、ｓｅｃＡのアゴニスト
およびアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細
菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本
発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物
に投与するための、ｓｅｃＡポリヌクレオチドまたはｓ
ｅｃＡポリペプチドを含む組成物が提供される。
ペプチドまたはポリヌクレオチドに結合、あるいは相互
作用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物
の同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相
互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまた
はポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接
触させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価
し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に
応答して検出可能なシグナルを提供することのできる第
２の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用
から生じるシグナルの存在または不存在を検出すること
により、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化ま
たは阻害するかどうかを決定することを含む。本発明の
さらにもう１つの態様によれば、ｓｅｃＡのアゴニスト
およびアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細
菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本
発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物
に投与するための、ｓｅｃＡポリヌクレオチドまたはｓ
ｅｃＡポリペプチドを含む組成物が提供される。
【００１３】本発明のもう１つの具体例において、下記
のものからなる群より選択されるメンバーを保存したコ
ンピューター読み込み可能媒体が提供される：メンバー
は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド；
少なくとも１つの配列が配列番号：１または３の配列を
含むものであるポリヌクレオチド配列のセット；少なく
とも１つの配列が配列番号：２または４の配列を含むも
のであるポリペプチド配列のセット；配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド
配列をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデー
タセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；少なくと
も１つの配列が配列番号：１の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
配列番号：２の配列を含むものであるポリペプチド配列
のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド
配列を表すデータセット；配列番号：２の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセットである。さらなる本発明の具体例
は、相同性の同定を行うためのコンピューターによる方
法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列を含むポリ
ヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中
に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくと
も１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を比
較して相同性を同定する工程を含む。
のものからなる群より選択されるメンバーを保存したコ
ンピューター読み込み可能媒体が提供される：メンバー
は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド；
少なくとも１つの配列が配列番号：１または３の配列を
含むものであるポリヌクレオチド配列のセット；少なく
とも１つの配列が配列番号：２または４の配列を含むも
のであるポリペプチド配列のセット；配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド
配列をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデー
タセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；少なくと
も１つの配列が配列番号：１の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
配列番号：２の配列を含むものであるポリペプチド配列
のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド
配列を表すデータセット；配列番号：２の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセットである。さらなる本発明の具体例
は、相同性の同定を行うためのコンピューターによる方
法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列を含むポリ
ヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中
に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくと
も１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を比
較して相同性を同定する工程を含む。
【００１４】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２の配列を含むポリペプチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポ
リペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドま
たはポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程
を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリヌク
レオチドアッセンブリーのためのコンピューターによる
方法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列を含む第
１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチド
配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも
１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２の配列を含むポリペプチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポ
リペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドま
たはポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程
を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリヌク
レオチドアッセンブリーのためのコンピューターによる
方法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列を含む第
１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチド
配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも
１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
【００１５】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を
同定する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例
は、相同性の同定を行うためのコンピューターによる方
法を提供し、配列番号：２の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、
ポリヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピュータ
ーによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列
を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読
み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌク
レオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少
なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程を含
む。
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を
同定する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例
は、相同性の同定を行うためのコンピューターによる方
法を提供し、配列番号：２の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、
ポリヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピュータ
ーによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列
を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読
み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌク
レオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少
なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程を含
む。
【００１６】開示した本発明の精神および範囲内での種
々の変更および修飾は、以下の記載を読むこと、および
本明細書のその他の部分を読むことにより、当業者に容
易に明らかとなろう。
々の変更および修飾は、以下の記載を読むこと、および
本明細書のその他の部分を読むことにより、当業者に容
易に明らかとなろう。
【００１７】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規ｓｅｃＡポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、ｓｅｃＡポリペ
プチドに対するアミノ酸配列相同性により関連付けられ
る、ストレプトコッカス・ニューモニアエの新規ｓｅｃ
Ａのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に本発明は、それぞれ表１（配列番号：１および配列番
号：２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を
有するｓｅｃＡに関する。
説明する、新規ｓｅｃＡポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、ｓｅｃＡポリペ
プチドに対するアミノ酸配列相同性により関連付けられ
る、ストレプトコッカス・ニューモニアエの新規ｓｅｃ
Ａのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に本発明は、それぞれ表１（配列番号：１および配列番
号：２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を
有するｓｅｃＡに関する。
【００１８】表１ ｓｅｃＡおよびその同種のポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチド配列 (A) ストレプトコッカス・ニューモニアエのｓｅ
ｃＡポリヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1]. 5'-ATGGCTAATATTTTAAAAACAATTATCGAAAATGATAAAGGAGAAAT
CCGTCGTCTGGAAAAGATGGCTGACAAGGTTTTCAAATACGAAGACCAAA
TGGCTGCTTTGACTGACGACCAACTAAAAGCAAAAACAGTTGAATTTAAG
GAACGTTATCAAAATGGAGAATCACTGGATTCATTGCTTTACGAAGCATT
TGCGGTTGTCCGTGAAGGTGCCAAACGTGTCCTAGGTCTCTTCCCTTATA
AGGTTCAGGTCATGGGGGGGATTGTTCTTCACCATGGTGACGTGCCAGAG
ATGCGTACAGGGGAAGGGAAAACCTTGACTGCGACCATGCCGGTATACCT
CAATGCCCTTTCAGGTAAAGGGGTTCACGTAGTTACGGTTAATGAATACC
TGTCAGAACGTGACGCGACTGAGATGGGTGAATTGTACTCTTGGCTTGGT
TTGTCAGTAGGGATTAACTTGGCTACCAAATCTCCAATGGAGAAAAAAGA
AGCCTATGAGTGTGATATTACTTACTCAACTAACTCAGAAATCGGATTTG
ACTACCTTCGTGACAATATGGTCGTTCGCGCTGAAAACATGGTACAACGT
CCGCTTAACTATGCCTTGGTCGATGAGGTTGACTCTATCTTGATTGACGA
GGCTCGTACACCTTTGATTGTATCAGGTGCCAATGCGGTTGAAACCAGTC
AGTTGTATCACATGGCAGACCACTATGTAAAATCTTTGAACAAAGATGAC
TACATCATCGATGTGCAGTCTAAGACTATTGGTTTGTCTGATTCAGGGAT
TGACAGGGCTGAAAGCTACTTCAAACTTGAAAACCTCTATGACATCGAAA
ACGTGGCTTTGACCCACTTTATCGATAACGCCCTTCGTGCCAACTACATC
ATGCTTCTCGATATTGACTATGTGGTGAGCGAAGAGCAAGAAATCTTGAT
TGTCGACCAATTTACAGGTCGTACCATGGAAGGTCGTCGTTATTCTGATG
GATTGCACCAAGCTATTGAAGCCAAAGAAGGTGTGCCAATCCAGGATGAA
ACCAAGACATCTGCCTCAATCACGTACCAAAACCTTTTCCGTATGTACAA
AAAATTGTCTGGTATGACGGGTACAGGTAAGACTGAGGAAGAAGAATTTC
GTGAAATCTACAACATTCGTGTTATTCCAATCCCAACAAACCGTCCTGTT
CAACGTATTGACCACTCAGACCTTCTTTATGCAAGTATCGAATCTAAGTT
TAAAGCGGTTGTCGAAGACGTTAAGGCTCGTTACCAAAAGGGTCAACCTG
TCTTGGTTGGTACAGTAGCGGTTGAAACTAGTGACTACATTTCTAAGAAA
TTGGTTGCAGCTGGTGTTCCTCACGAAGTCTTGAATGCCAAAAACCACTA
TAGAGAAGCCCAAATCATCATGAATGCTGGTCAACGTGGTGCCGTTACCA
TCGCAACCAACATGGCGGGTCGTGGTACCGACATCAAGCTTGGTGAAGGT
GTTCGTGAACTTGGAGGACTTTGTGTTATTGGTACAGAACGTCATGAAAG
TCGTCGTATCGATAACCAGCTTCGTGGACGTTCAGGTCGTCAAGGAGATC
CAGGTGAGTCACAATTCTACCTATCTCTTGAAGATGATTTGATGAAACGT
TTTGGTTCTGAACGCTTGAAGGGAATCTTTGAACGCTTGAACATGTCTGA
AGAGGCCATTGAGTCTCGCATGTTGACGCGTCAGGTTGAAGCAGCTCAGA
AACGTGTCGAAGGAAATAACTACGATACCCGTAAACAAGTCCTTCAATAC
GATGATGTCATGCGTGAACAACGTGAGATTATCTATGCTCAACGTTACGA
TGTCATCACTGCAGATCGTGACTTGGCACCTGAAATTCAGTCTATGATTA
AGCGCACGATTGAACGTGTCGTTGATGGTCATGCGCGTGCCAAACAAGAT
GAAAAACTAGAGGCAATTTTGAACTTTGCTAAGTACAACTTGCTTCCTGA
AGATTCTATTACGATGGAAGACTTGTCAGGCTTGTCTGATAAGGCCATCA
AGGAAGAGCTTTTCCAACGTGCCTTGAAGGTTTACGATAGTCAGGTTTCA
AAACTACGCGATGAAGAAGCAGTTAAAGAATTCCAAAAAGTTTTGATTCT
ACGAGTGGTGGATAACAAGTGGACAGATCATATCGATGCCCTTGATCAAT
TGCGTAACGCGGTTGGACTTCGTGGCTATGCTCAGAACAACCCTGTTGTT
GAGTATCAGGCAGAAGGTTTCCGTATGTTTAATGATATGATTGGTTCGAT
TGAGTTTGATGTGACACGCTTGATGATGAAAGCACAAATTCATGAACAAG
AAAGACCACAGGCAGAACGTCATATCAGTACAACAGCGACTCGCAATATC
GCTGCTCACCAAGCAAGTATGCTAGAAGATTTGGATTTGAGCCAGATTGG
ACGCAATGAACTTTGCCCATGTGGTTCTGGTAAGAAATTTAAAAACTGTC
ACGGTAAAAGACAA-3'
ペプチド配列 (A) ストレプトコッカス・ニューモニアエのｓｅ
ｃＡポリヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1]. 5'-ATGGCTAATATTTTAAAAACAATTATCGAAAATGATAAAGGAGAAAT
CCGTCGTCTGGAAAAGATGGCTGACAAGGTTTTCAAATACGAAGACCAAA
TGGCTGCTTTGACTGACGACCAACTAAAAGCAAAAACAGTTGAATTTAAG
GAACGTTATCAAAATGGAGAATCACTGGATTCATTGCTTTACGAAGCATT
TGCGGTTGTCCGTGAAGGTGCCAAACGTGTCCTAGGTCTCTTCCCTTATA
AGGTTCAGGTCATGGGGGGGATTGTTCTTCACCATGGTGACGTGCCAGAG
ATGCGTACAGGGGAAGGGAAAACCTTGACTGCGACCATGCCGGTATACCT
CAATGCCCTTTCAGGTAAAGGGGTTCACGTAGTTACGGTTAATGAATACC
TGTCAGAACGTGACGCGACTGAGATGGGTGAATTGTACTCTTGGCTTGGT
TTGTCAGTAGGGATTAACTTGGCTACCAAATCTCCAATGGAGAAAAAAGA
AGCCTATGAGTGTGATATTACTTACTCAACTAACTCAGAAATCGGATTTG
ACTACCTTCGTGACAATATGGTCGTTCGCGCTGAAAACATGGTACAACGT
CCGCTTAACTATGCCTTGGTCGATGAGGTTGACTCTATCTTGATTGACGA
GGCTCGTACACCTTTGATTGTATCAGGTGCCAATGCGGTTGAAACCAGTC
AGTTGTATCACATGGCAGACCACTATGTAAAATCTTTGAACAAAGATGAC
TACATCATCGATGTGCAGTCTAAGACTATTGGTTTGTCTGATTCAGGGAT
TGACAGGGCTGAAAGCTACTTCAAACTTGAAAACCTCTATGACATCGAAA
ACGTGGCTTTGACCCACTTTATCGATAACGCCCTTCGTGCCAACTACATC
ATGCTTCTCGATATTGACTATGTGGTGAGCGAAGAGCAAGAAATCTTGAT
TGTCGACCAATTTACAGGTCGTACCATGGAAGGTCGTCGTTATTCTGATG
GATTGCACCAAGCTATTGAAGCCAAAGAAGGTGTGCCAATCCAGGATGAA
ACCAAGACATCTGCCTCAATCACGTACCAAAACCTTTTCCGTATGTACAA
AAAATTGTCTGGTATGACGGGTACAGGTAAGACTGAGGAAGAAGAATTTC
GTGAAATCTACAACATTCGTGTTATTCCAATCCCAACAAACCGTCCTGTT
CAACGTATTGACCACTCAGACCTTCTTTATGCAAGTATCGAATCTAAGTT
TAAAGCGGTTGTCGAAGACGTTAAGGCTCGTTACCAAAAGGGTCAACCTG
TCTTGGTTGGTACAGTAGCGGTTGAAACTAGTGACTACATTTCTAAGAAA
TTGGTTGCAGCTGGTGTTCCTCACGAAGTCTTGAATGCCAAAAACCACTA
TAGAGAAGCCCAAATCATCATGAATGCTGGTCAACGTGGTGCCGTTACCA
TCGCAACCAACATGGCGGGTCGTGGTACCGACATCAAGCTTGGTGAAGGT
GTTCGTGAACTTGGAGGACTTTGTGTTATTGGTACAGAACGTCATGAAAG
TCGTCGTATCGATAACCAGCTTCGTGGACGTTCAGGTCGTCAAGGAGATC
CAGGTGAGTCACAATTCTACCTATCTCTTGAAGATGATTTGATGAAACGT
TTTGGTTCTGAACGCTTGAAGGGAATCTTTGAACGCTTGAACATGTCTGA
AGAGGCCATTGAGTCTCGCATGTTGACGCGTCAGGTTGAAGCAGCTCAGA
AACGTGTCGAAGGAAATAACTACGATACCCGTAAACAAGTCCTTCAATAC
GATGATGTCATGCGTGAACAACGTGAGATTATCTATGCTCAACGTTACGA
TGTCATCACTGCAGATCGTGACTTGGCACCTGAAATTCAGTCTATGATTA
AGCGCACGATTGAACGTGTCGTTGATGGTCATGCGCGTGCCAAACAAGAT
GAAAAACTAGAGGCAATTTTGAACTTTGCTAAGTACAACTTGCTTCCTGA
AGATTCTATTACGATGGAAGACTTGTCAGGCTTGTCTGATAAGGCCATCA
AGGAAGAGCTTTTCCAACGTGCCTTGAAGGTTTACGATAGTCAGGTTTCA
AAACTACGCGATGAAGAAGCAGTTAAAGAATTCCAAAAAGTTTTGATTCT
ACGAGTGGTGGATAACAAGTGGACAGATCATATCGATGCCCTTGATCAAT
TGCGTAACGCGGTTGGACTTCGTGGCTATGCTCAGAACAACCCTGTTGTT
GAGTATCAGGCAGAAGGTTTCCGTATGTTTAATGATATGATTGGTTCGAT
TGAGTTTGATGTGACACGCTTGATGATGAAAGCACAAATTCATGAACAAG
AAAGACCACAGGCAGAACGTCATATCAGTACAACAGCGACTCGCAATATC
GCTGCTCACCAAGCAAGTATGCTAGAAGATTTGGATTTGAGCCAGATTGG
ACGCAATGAACTTTGCCCATGTGGTTCTGGTAAGAAATTTAAAAACTGTC
ACGGTAAAAGACAA-3'
【００１９】(B) この表中のポリヌクレオチド配列
から推定されるｓｅｃＡポリペプチド配列 [配列番号：
2]. NH2-MANILKTIIENDKGEIRRLEKMADKVFKYEDQMAALTDDQLKAKTV
EFKERYQNGESLDSLLYEAFAVVREGAKRVLGLFPYKVQVMGGIVLHHGD
VPEMRTGEGKTLTATMPVYLNALSGKGVHVVTVNEYLSERDATEMGELYS
WLGLSVGINLATKSPMEKKEAYECDITYSTNSEIGFDYLRDNMVVRAENM
VQRPLNYALVDEVDSILIDEARTPLIVSGANAVETSQLYHMADHYVKSLN
KDDYIIDVQSKTIGLSDSGIDRAESYFKLENLYDIENVALTHFIDNALRA
NYIMLLDIDYVVSEEQEILIVDQFTGRTMEGRRYSDGLHQAIEAKEGVPI
QDETKTSASITYQNLFRMYKKLSGMTGTGKTEEEEFREIYNIRVIPIPTN
RPVQRIDHSDLLYASIESKFKAVVEDVKARYQKGQPVLVGTVAVETSDYI
SKKLVAAGVPHEVLNAKNHYREAQIIMNAGQRGAVTIATNMAGRGTDIKL
GEGVRELGGLCVIGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGESQFYLSLEDDL
MKRFGSERLKGIFERLNMSEEAIESRMLTRQVEAAQKRVEGNNYDTRKQV
LQYDDVMREQREIIYAQRYDVITADRDLAPEIQSMIKRTIERVVDGHARA
KQDEKLEAILNFAKYNLLPEDSITMEDLSGLSDKAIKEELFQRALKVYDS
QVSKLRDEEAVKEFQKVLILRVVDNKWTDHIDALDQLRNAVGLRGYAQNN
PVVEYQAEGFRMFNDMIGSIEFDVTRLMMKAQIHEQERPQAERHISTTAT
RNIAAHQASMLEDLDLSQIGRNELCPCGSGKKFKNCHGKRQ-COOH
から推定されるｓｅｃＡポリペプチド配列 [配列番号：
2]. NH2-MANILKTIIENDKGEIRRLEKMADKVFKYEDQMAALTDDQLKAKTV
EFKERYQNGESLDSLLYEAFAVVREGAKRVLGLFPYKVQVMGGIVLHHGD
VPEMRTGEGKTLTATMPVYLNALSGKGVHVVTVNEYLSERDATEMGELYS
WLGLSVGINLATKSPMEKKEAYECDITYSTNSEIGFDYLRDNMVVRAENM
VQRPLNYALVDEVDSILIDEARTPLIVSGANAVETSQLYHMADHYVKSLN
KDDYIIDVQSKTIGLSDSGIDRAESYFKLENLYDIENVALTHFIDNALRA
NYIMLLDIDYVVSEEQEILIVDQFTGRTMEGRRYSDGLHQAIEAKEGVPI
QDETKTSASITYQNLFRMYKKLSGMTGTGKTEEEEFREIYNIRVIPIPTN
RPVQRIDHSDLLYASIESKFKAVVEDVKARYQKGQPVLVGTVAVETSDYI
SKKLVAAGVPHEVLNAKNHYREAQIIMNAGQRGAVTIATNMAGRGTDIKL
GEGVRELGGLCVIGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGESQFYLSLEDDL
MKRFGSERLKGIFERLNMSEEAIESRMLTRQVEAAQKRVEGNNYDTRKQV
LQYDDVMREQREIIYAQRYDVITADRDLAPEIQSMIKRTIERVVDGHARA
KQDEKLEAILNFAKYNLLPEDSITMEDLSGLSDKAIKEELFQRALKVYDS
QVSKLRDEEAVKEFQKVLILRVVDNKWTDHIDALDQLRNAVGLRGYAQNN
PVVEYQAEGFRMFNDMIGSIEFDVTRLMMKAQIHEQERPQAERHISTTAT
RNIAAHQASMLEDLDLSQIGRNELCPCGSGKKFKNCHGKRQ-COOH
【００２０】(C) ストレプトコッカス・ニューモニ
アエＳｅｃＡ ＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチド配列
［配列番号：３］ 5'-TACTCTTGGCTTGGTTTGTCAGTAGGGATTAACTTGGCTACCAAATC
TCCAATGGAGAAAAAAGAAGCCTATGAGTGTGATATTACTTACTCAACTA
ACTCAGAAATCGGATTTGACTACCTTCGTGACAATATGGTCGTTCGCGCT
GAAAACATGGTACAACGTCCGCTTAACTATGCCTTGGTCGATGAGGTTGA
CTCTATCTTGATTGACGAGGCTCGTACACCTTTGATTGTATCAGGTGCCA
ATGCGGTTGAAACCAGTCAGTTGTATCACATGGCAGACCACTATGTAAAA
TCTTTGAACAAAGATGACTACATCATCGATGTGCAGTCTAAGACTATTGG
TTTGTCTGATTCAGGGATTGACAGGGCTGAAAGCTACTTCAAACTTGAAA
ACCTCTATGACATCGAAAACGTGGCTTTGACCCACTTTATCGATAACGCC
CTTCGTGCCAACTACATCATGCTTCTCGATATTGACTATGTGGTGAGCGA
AGAGCAAGAAATCTTGATTGTCGACCAATTTACAGGTCGTACCATGGAAG
GTCGTCGTTATTCTGATGGATTGCACCAAGCTATTGAAGCCAAAGAAGGT
GTGCCAATCCAGGATGAAACCAAGACATCTGCCTCAATCACGTACCAAAA
CCTTTTCCGTATGTACAAAAAATTGTCTGGTATGACGGGTACAGGTAAGA
CTGAGGAAGAAGAATTTCGTGAAATCTACAACATTCGTGTTATTCCAATC
CCAACAAACCGTCCTGTTCAACGTATTGACCACTCAGACCTTCTTTATGC
AAGTATCGAATCTAAGTTTAAAGCGGTTGTCGAAGACGTTAAGGCTCGTT
ACCAAAAGGGTCAACCTGTCTTGGTTGGTACAGTAGCGGTTGAAACTAGT
GACTACATTTCTAAGAAATTGGTTGCAGCTGGTGTTCCTCACGAAGTCTT
GAATGCCAAAAACCACTATAGAGAAGCCCAAATCATCATGAATGCTGGTC
AACGTGGTGCCGTTACCATCGCAACCAACATGGCGGGTCGTGGTACCGAC
ATCAAGCTTGGTGAAGGTGTTCGTGAACTTGGAGGACTTTGTGTTATTGG
TACAGAACGTCATGAAAGTCGTCGTATCGATAACCAGCTTCGTGGACGTT
CAGGTCGTCAAGGAGATCCAGGTGAGTCACAATTCTACCTATCTCTTGAA
GATGATTTGATGAAACGTTTTGGTTCTGAACGCTTGAAGGGAATCTTTGA
ACGCTTGAACATGTCTGAAGAGGCCATTGAGTCTCGCATGTTGACGCGTC
AGGTTGAAGCAGCTCAGAAACGTGTCGAAGGAAATAACTACGATACCCGT
AAACAAGTCCTTCAATACGATGATGTCATGCGTGAACAACGTGAGATTAT
CTATGCTCAACGTTACGATGTCATCACTGCAGATCGTGACTTGGCACCTG
AAATTCAGTCTATGATTAAGCGCACGATTGAACGTGTCGTTGATGGTCAT
GCGCGTGCCAAACAAGATGAAAAACTAGAGGCAATTTTGAACTTTGCTAA
GTACAACTTGCTTCCTGAAGATTCTATTACGATGGAAGACTTGTCAGGCT
TGTCTGATAAGGCCATCAAGGAAGAGCTTTTCCAACGTGCCTTGAAGGTT
TACGATAGTCAGGTTTCAAAACTACGCGATGAAGAAGCAGTTAAAGAATT
CCAAAAAGTTTTGATTCTACGAGTGGTGGATAACAAGTGGACAGATCATA
TCGATGCCCTTGATCAATTGCGTAACGCGGTTGGACTTCGTGGCTATGCT
CAGAACAACCCTGTTGTTGAGTATCAGGCAGAAGGTTTCCGTATGTTTAA
TGATATGATTGGTTCGATTGAGTTTGATGTGACACGCTTGATGATGAAAG
CACAAATTCATGAACAAGAAAGACCACAGGCAGAACGTCATATCAGTACA
ACAGCGACTCGCAATATCGCTGCTCACCAAGCAAGTATGCTAGAAGATTT
GGATTTGAGCCAGATTGGACGCAATGAACTTTGCCCATGTGGTTCTGGTA
AGAAATTTAAAAACTGTCACGGTAAAAGACAA-3'
アエＳｅｃＡ ＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチド配列
［配列番号：３］ 5'-TACTCTTGGCTTGGTTTGTCAGTAGGGATTAACTTGGCTACCAAATC
TCCAATGGAGAAAAAAGAAGCCTATGAGTGTGATATTACTTACTCAACTA
ACTCAGAAATCGGATTTGACTACCTTCGTGACAATATGGTCGTTCGCGCT
GAAAACATGGTACAACGTCCGCTTAACTATGCCTTGGTCGATGAGGTTGA
CTCTATCTTGATTGACGAGGCTCGTACACCTTTGATTGTATCAGGTGCCA
ATGCGGTTGAAACCAGTCAGTTGTATCACATGGCAGACCACTATGTAAAA
TCTTTGAACAAAGATGACTACATCATCGATGTGCAGTCTAAGACTATTGG
TTTGTCTGATTCAGGGATTGACAGGGCTGAAAGCTACTTCAAACTTGAAA
ACCTCTATGACATCGAAAACGTGGCTTTGACCCACTTTATCGATAACGCC
CTTCGTGCCAACTACATCATGCTTCTCGATATTGACTATGTGGTGAGCGA
AGAGCAAGAAATCTTGATTGTCGACCAATTTACAGGTCGTACCATGGAAG
GTCGTCGTTATTCTGATGGATTGCACCAAGCTATTGAAGCCAAAGAAGGT
GTGCCAATCCAGGATGAAACCAAGACATCTGCCTCAATCACGTACCAAAA
CCTTTTCCGTATGTACAAAAAATTGTCTGGTATGACGGGTACAGGTAAGA
CTGAGGAAGAAGAATTTCGTGAAATCTACAACATTCGTGTTATTCCAATC
CCAACAAACCGTCCTGTTCAACGTATTGACCACTCAGACCTTCTTTATGC
AAGTATCGAATCTAAGTTTAAAGCGGTTGTCGAAGACGTTAAGGCTCGTT
ACCAAAAGGGTCAACCTGTCTTGGTTGGTACAGTAGCGGTTGAAACTAGT
GACTACATTTCTAAGAAATTGGTTGCAGCTGGTGTTCCTCACGAAGTCTT
GAATGCCAAAAACCACTATAGAGAAGCCCAAATCATCATGAATGCTGGTC
AACGTGGTGCCGTTACCATCGCAACCAACATGGCGGGTCGTGGTACCGAC
ATCAAGCTTGGTGAAGGTGTTCGTGAACTTGGAGGACTTTGTGTTATTGG
TACAGAACGTCATGAAAGTCGTCGTATCGATAACCAGCTTCGTGGACGTT
CAGGTCGTCAAGGAGATCCAGGTGAGTCACAATTCTACCTATCTCTTGAA
GATGATTTGATGAAACGTTTTGGTTCTGAACGCTTGAAGGGAATCTTTGA
ACGCTTGAACATGTCTGAAGAGGCCATTGAGTCTCGCATGTTGACGCGTC
AGGTTGAAGCAGCTCAGAAACGTGTCGAAGGAAATAACTACGATACCCGT
AAACAAGTCCTTCAATACGATGATGTCATGCGTGAACAACGTGAGATTAT
CTATGCTCAACGTTACGATGTCATCACTGCAGATCGTGACTTGGCACCTG
AAATTCAGTCTATGATTAAGCGCACGATTGAACGTGTCGTTGATGGTCAT
GCGCGTGCCAAACAAGATGAAAAACTAGAGGCAATTTTGAACTTTGCTAA
GTACAACTTGCTTCCTGAAGATTCTATTACGATGGAAGACTTGTCAGGCT
TGTCTGATAAGGCCATCAAGGAAGAGCTTTTCCAACGTGCCTTGAAGGTT
TACGATAGTCAGGTTTCAAAACTACGCGATGAAGAAGCAGTTAAAGAATT
CCAAAAAGTTTTGATTCTACGAGTGGTGGATAACAAGTGGACAGATCATA
TCGATGCCCTTGATCAATTGCGTAACGCGGTTGGACTTCGTGGCTATGCT
CAGAACAACCCTGTTGTTGAGTATCAGGCAGAAGGTTTCCGTATGTTTAA
TGATATGATTGGTTCGATTGAGTTTGATGTGACACGCTTGATGATGAAAG
CACAAATTCATGAACAAGAAAGACCACAGGCAGAACGTCATATCAGTACA
ACAGCGACTCGCAATATCGCTGCTCACCAAGCAAGTATGCTAGAAGATTT
GGATTTGAGCCAGATTGGACGCAATGAACTTTGCCCATGTGGTTCTGGTA
AGAAATTTAAAAACTGTCACGGTAAAAGACAA-3'
【００２１】(D) この表中のポリヌクレオチドＯＲ
Ｆ配列から推定されるストレプトコッカス・ニューモニ
アエのＳｅｃＡポリペプチド［配列番号：４］ NH2-YSWLGLSVGINLATKSPMEKKEAYECDITYSTNSEIGFDYLRDNMV
VRAENMVQRPLNYALVDEVDSILIDEARTPLIVSGANAVETSQLYHMADH
YVKSLNKDDYIIDVQSKTIGLSDSGIDRAESYFKLENLYDIENVALTHFI
DNALRANYIMLLDIDYVVSEEQEILIVDQFTGRTMEGRRYSDGLHQAIEA
KEGVPIQDETKTSASITYQNLFRMYKKLSGMTGTGKTEEEEFREIYNIRV
IPIPTNRPVQRIDHSDLLYASIESKFKAVVEDVKARYQKGQPVLVGTVAV
ETSDYISKKLVAAGVPHEVLNAKNHYREAQIIMNAGQRGAVTIATNMAGR
GTDIKLGEGVRELGGLCVIGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGESQFYL
SLEDDLMKRFGSERLKGIFERLNMSEEAIESRMLTRQVEAAQKRVEGNNY
DTRKQVLQYDDVMREQREIIYAQRYDVITADRDLAPEIQSMIKRTIERVV
DGHARAKQDEKLEAILNFAKYNLLPEDSITMEDLSGLSDKAIKEELFQRA
LKVYDSQVSKLRDEEAVKEFQKVLILRVVDNKWTDHIDALDQLRNAVGLR
GYAQNNPVVEYQAEGFRMFNDMIGSIEFDVTRLMMKAQIHEQERPQAERH
ISTTATRNIAAHQASMLEDLDLSQIGRNELCPCGSGKKFKNCHGKRQ-CO
OH
Ｆ配列から推定されるストレプトコッカス・ニューモニ
アエのＳｅｃＡポリペプチド［配列番号：４］ NH2-YSWLGLSVGINLATKSPMEKKEAYECDITYSTNSEIGFDYLRDNMV
VRAENMVQRPLNYALVDEVDSILIDEARTPLIVSGANAVETSQLYHMADH
YVKSLNKDDYIIDVQSKTIGLSDSGIDRAESYFKLENLYDIENVALTHFI
DNALRANYIMLLDIDYVVSEEQEILIVDQFTGRTMEGRRYSDGLHQAIEA
KEGVPIQDETKTSASITYQNLFRMYKKLSGMTGTGKTEEEEFREIYNIRV
IPIPTNRPVQRIDHSDLLYASIESKFKAVVEDVKARYQKGQPVLVGTVAV
ETSDYISKKLVAAGVPHEVLNAKNHYREAQIIMNAGQRGAVTIATNMAGR
GTDIKLGEGVRELGGLCVIGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGESQFYL
SLEDDLMKRFGSERLKGIFERLNMSEEAIESRMLTRQVEAAQKRVEGNNY
DTRKQVLQYDDVMREQREIIYAQRYDVITADRDLAPEIQSMIKRTIERVV
DGHARAKQDEKLEAILNFAKYNLLPEDSITMEDLSGLSDKAIKEELFQRA
LKVYDSQVSKLRDEEAVKEFQKVLILRVVDNKWTDHIDALDQLRNAVGLR
GYAQNNPVVEYQAEGFRMFNDMIGSIEFDVTRLMMKAQIHEQERPQAERH
ISTTATRNIAAHQASMLEDLDLSQIGRNELCPCGSGKKFKNCHGKRQ-CO
OH
【００２２】寄託物質 ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株を含有
する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッ
ド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカード
ライブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランド
に１９９６年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４
０７９４が付与された。寄託したことにより、寄託株を
ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株とい
う。１９９６年４月１７日に、イー・コリ（E. coli）
中のストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993ＤＮ
ＡライブラリーをＮＣＩＭＢに同様に寄託し、受託番号
４０８００を付与された。ストレプトコッカス・ニュー
モニアエ株寄託物を、本明細書では「寄託株」または
「寄託株のＤＮＡ」という。寄託株は全長のｓｅｃＡ遺
伝子を含んでいる。寄託株中に含まれるポリヌクレオチ
ド配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドの
アミノ酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記載に
矛盾する事象において支配的である。寄託株の寄託は、
特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペス
ト条約の条件下でなされている。特許が発行されると何
らの制限または条件もなく、最終的に株は分譲される。
寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.
Ｃ.１１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可
能要件であることを承認するものではない。
する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッ
ド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカード
ライブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランド
に１９９６年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４
０７９４が付与された。寄託したことにより、寄託株を
ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株とい
う。１９９６年４月１７日に、イー・コリ（E. coli）
中のストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993ＤＮ
ＡライブラリーをＮＣＩＭＢに同様に寄託し、受託番号
４０８００を付与された。ストレプトコッカス・ニュー
モニアエ株寄託物を、本明細書では「寄託株」または
「寄託株のＤＮＡ」という。寄託株は全長のｓｅｃＡ遺
伝子を含んでいる。寄託株中に含まれるポリヌクレオチ
ド配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドの
アミノ酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記載に
矛盾する事象において支配的である。寄託株の寄託は、
特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペス
ト条約の条件下でなされている。特許が発行されると何
らの制限または条件もなく、最終的に株は分譲される。
寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.
Ｃ.１１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可
能要件であることを承認するものではない。
【００２３】本発明の１の態様において、寄託株中に含
まれるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９
９３株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードして
いる単離核酸分子が提供される。さらに、寄託株中のＤ
ＮＡのＳｅｃＡヌクレオチド配列ならびにそれによりコ
ードされるアミノ酸配列も提供される。また、寄託株か
ら単離されたＳｅｃＡポリペプチド配列ならびにそれに
由来するアミノ酸配列も提供される。寄託物を製造、使
用または販売するためにはライセンスが必要であるが、
そのようなライセンスはここでは賦与されていない。
まれるストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９
９３株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードして
いる単離核酸分子が提供される。さらに、寄託株中のＤ
ＮＡのＳｅｃＡヌクレオチド配列ならびにそれによりコ
ードされるアミノ酸配列も提供される。また、寄託株か
ら単離されたＳｅｃＡポリペプチド配列ならびにそれに
由来するアミノ酸配列も提供される。寄託物を製造、使
用または販売するためにはライセンスが必要であるが、
そのようなライセンスはここでは賦与されていない。
【００２４】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２または４］の
ポリペプチド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびに
ポリペプチドおよびフラグメント、詳細にはｓｅｃＡの
生物学的活性を有するものを包含し、さらに表１［配列
番号：２または４］のポリペプチドまたはその重要部分
に対して少なくとも７０％、好ましくは表１［配列番
号：２または４］のポリペプチドに対して少なくとも８
０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグメン
ト、より好ましくは表１［配列番号：２または４］のポ
リペプチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し
（より好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有
し）、さらにより好ましくは表１［配列番号：２または
４］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性
を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％の同
一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、さら
に通常には少なくとも３０個、より好ましくは少なくと
も５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部分を
包含する。
ポリペプチド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびに
ポリペプチドおよびフラグメント、詳細にはｓｅｃＡの
生物学的活性を有するものを包含し、さらに表１［配列
番号：２または４］のポリペプチドまたはその重要部分
に対して少なくとも７０％、好ましくは表１［配列番
号：２または４］のポリペプチドに対して少なくとも８
０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグメン
ト、より好ましくは表１［配列番号：２または４］のポ
リペプチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し
（より好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有
し）、さらにより好ましくは表１［配列番号：２または
４］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性
を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％の同
一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、さら
に通常には少なくとも３０個、より好ましくは少なくと
も５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部分を
包含する。
【００２５】本発明はまた、 Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ
【００２６】［式中、アミノ末端のＸは水素または金属
であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属であ
り、R1およびR3はいずれかのアミノ酸残基または修飾ア
ミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００の整数または０で
あり、ｎは１〜１０００の整数または０であり、R2は本
発明のアミノ酸配列、特に表１のアミノ酸配列またはそ
れらの修飾形態を意味する］で示されるポリペプチドを
包含する。上記の式中、R2はアミノ末端残基がその左側
でR1に結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側でR3
に結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎ
が１より大きい場合、Ｒ1またはＲ3のいずれかでで表さ
れるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ま
しい。
であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属であ
り、R1およびR3はいずれかのアミノ酸残基または修飾ア
ミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００の整数または０で
あり、ｎは１〜１０００の整数または０であり、R2は本
発明のアミノ酸配列、特に表１のアミノ酸配列またはそ
れらの修飾形態を意味する］で示されるポリペプチドを
包含する。上記の式中、R2はアミノ末端残基がその左側
でR1に結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側でR3
に結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎ
が１より大きい場合、Ｒ1またはＲ3のいずれかでで表さ
れるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ま
しい。
【００２７】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｓｅ
ｃＡポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２ま
たは４］のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断され
たポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、そ
の例としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、また
はカルボキシル末端を含む一連の残基を切断したものが
ある。宿主、とりわけストレプトコッカス・ニューモニ
アエにおける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた
好ましい。また、構造的または機能的属性により特徴づ
けられたフラグメント、例えばアルファーヘリックスお
よびアルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよ
びベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性
領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
可変領域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原
性指標領域を含むフラグメントなども好ましい。ｓｅｃ
Ａ活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない
活性を減じられたフラグメントである生物学的に活性の
あるフラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにお
いて抗原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれ
る。個体、特にヒトにおけるストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始
または維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメ
インを含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペ
プチドのフラグメントである変種を、ペプチド合成によ
る対応全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それ
ゆえ、これらの変種を全長のポリペプチド製造のための
中間体として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドの
フラグメントである変種を用いて本発明の全長のポリヌ
クレオチドを合成してもよい。アミノ酸に関する標準的
１文字および３文字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａ
ａ」なる語もまた、本発明のあるポリペプチドを記載す
るのに用いられる。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種
の天然に存在するいずれかのアミノ酸がポリペプチド配
列のそのように指定される位置にあってもよいことを意
味する。
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｓｅ
ｃＡポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２ま
たは４］のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断され
たポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、そ
の例としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、また
はカルボキシル末端を含む一連の残基を切断したものが
ある。宿主、とりわけストレプトコッカス・ニューモニ
アエにおける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた
好ましい。また、構造的または機能的属性により特徴づ
けられたフラグメント、例えばアルファーヘリックスお
よびアルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよ
びベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性
領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
可変領域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原
性指標領域を含むフラグメントなども好ましい。ｓｅｃ
Ａ活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない
活性を減じられたフラグメントである生物学的に活性の
あるフラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにお
いて抗原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれ
る。個体、特にヒトにおけるストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始
または維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメ
インを含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペ
プチドのフラグメントである変種を、ペプチド合成によ
る対応全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それ
ゆえ、これらの変種を全長のポリペプチド製造のための
中間体として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドの
フラグメントである変種を用いて本発明の全長のポリヌ
クレオチドを合成してもよい。アミノ酸に関する標準的
１文字および３文字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａ
ａ」なる語もまた、本発明のあるポリペプチドを記載す
るのに用いられる。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種
の天然に存在するいずれかのアミノ酸がポリペプチド配
列のそのように指定される位置にあってもよいことを意
味する。
【００２８】ポリヌクレオチド本発明の別の態様は単離
ポリヌクレオチドに関するものであり、それには表１
［配列番号：２または４］の推定アミノ酸配列を有する
ｓｅｃＡポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそ
れに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変
種が包含される。本明細書に提供される情報を用いて、
例えば表１［配列番号：１または３］に示すポリヌクレ
オチド配列を用い、出発物質ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ 0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグメン
トをクローニングおよび配列決定するために用いるよう
な標準的なクローニングおよびスクリーニングを用い
て、ｓｅｃＡポリペプチドをコードしている本発明ポリ
ヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得ても
よい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば表
１［配列番号：１または３］に示す配列を得るために、
イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主
におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993
の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、
部分的配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ
以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプロ
ーブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持
するクローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配
列から設計した配列決定プライマーを用いてこのように
同定した個々のクローンを配列決定することにより、両
方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決
定できる。このような配列決定は便宜的にプラスミドク
ローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施す
る。適切な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.
およびSambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラ
ボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバ
ー、ニューヨーク（1989）に記載されている（Screenin
g By Hybridization 1.90およびSequencing Denatured
Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。本発明
の典型例において、表１［配列番号：１または３］に示
すポリヌクレオチドが、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエ 0100993由来のＤＮＡライブラリー中に見いださ
れた。
ポリヌクレオチドに関するものであり、それには表１
［配列番号：２または４］の推定アミノ酸配列を有する
ｓｅｃＡポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそ
れに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変
種が包含される。本明細書に提供される情報を用いて、
例えば表１［配列番号：１または３］に示すポリヌクレ
オチド配列を用い、出発物質ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ 0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグメン
トをクローニングおよび配列決定するために用いるよう
な標準的なクローニングおよびスクリーニングを用い
て、ｓｅｃＡポリペプチドをコードしている本発明ポリ
ヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得ても
よい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば表
１［配列番号：１または３］に示す配列を得るために、
イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主
におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ0100993
の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、
部分的配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ
以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプロ
ーブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持
するクローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配
列から設計した配列決定プライマーを用いてこのように
同定した個々のクローンを配列決定することにより、両
方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決
定できる。このような配列決定は便宜的にプラスミドク
ローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施す
る。適切な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.
およびSambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラ
ボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバ
ー、ニューヨーク（1989）に記載されている（Screenin
g By Hybridization 1.90およびSequencing Denatured
Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。本発明
の典型例において、表１［配列番号：１または３］に示
すポリヌクレオチドが、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエ 0100993由来のＤＮＡライブラリー中に見いださ
れた。
【００２９】表１［配列番号：１または３］に示すＤＮ
Ａ配列は、表１［配列番号：２または４］に示すアミノ
酸残基数とほぼ同数のアミノ酸からなる蛋白をコードし
ている読み枠を含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該
分野でよく知られたアミノ酸の分子量を用いて算出でき
る。ヌクレオチド番号１から２５１２の間の配列番号：
１のポリヌクレオチドは配列番号：２のポリペプチドを
コードする。本発明ＳｅｃＡは、ＳｅｃＡファミリーの
他の蛋白に構造的に関連している。
Ａ配列は、表１［配列番号：２または４］に示すアミノ
酸残基数とほぼ同数のアミノ酸からなる蛋白をコードし
ている読み枠を含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該
分野でよく知られたアミノ酸の分子量を用いて算出でき
る。ヌクレオチド番号１から２５１２の間の配列番号：
１のポリヌクレオチドは配列番号：２のポリペプチドを
コードする。本発明ＳｅｃＡは、ＳｅｃＡファミリーの
他の蛋白に構造的に関連している。
【００３０】本発明は、表１［配列番号：１または３］
のコーディング配列に対して全長にわたり同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコ
ーディング配列またはそれらのフラグメント、ならびに
その他のコーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリ
ペプチドのコーディング配列またはそのフラグメント、
例えばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ
蛋白配列をコードする配列も本発明により提供される。
ポリヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、
終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化
する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転
写非翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コ
ーディング配列等の非コーディング５'および３'配列等
の非コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定
するのではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促
すマーカー配列をコードすることもできる。本発明のあ
る好ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベク
ター（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒ
スチジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci.,
USA， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡ
タグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発
明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子
発現を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定す
るものではない。
のコーディング配列に対して全長にわたり同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコ
ーディング配列またはそれらのフラグメント、ならびに
その他のコーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリ
ペプチドのコーディング配列またはそのフラグメント、
例えばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ
蛋白配列をコードする配列も本発明により提供される。
ポリヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、
終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化
する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転
写非翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コ
ーディング配列等の非コーディング５'および３'配列等
の非コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定
するのではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促
すマーカー配列をコードすることもできる。本発明のあ
る好ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベク
ター（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒ
スチジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci.,
USA， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡ
タグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発
明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子
発現を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定す
るものではない。
【００３１】本発明の好ましい具体例は、ｓｅｃＡポリ
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド１から２５１２までを含むポリヌクレオ
チドである。
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド１から２５１２までを含むポリヌクレオ
チドである。
【００３２】本発明はまた、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R2は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ1および／ま
たはＲ2のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R2は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ1および／ま
たはＲ2のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。
【００３３】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
【００３４】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：２
または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッ
カス・ニューモニアエのｓｅｃＡのポリペプチドを包含
する。該用語は、コーディング配列および／または非コ
ーディング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴っ
た、ポリペプチドをコードしている単一の連続領域また
は不連続領域（例えば、組み込まれたファージまたは配
列の挿入または配列の編集により分断されたもの）を含
むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明は、表１
［配列番号：２または４］の推定アミノ酸配列を有する
ポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチド
の変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメ
ントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチド
を合成してもよい。
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：２
または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッ
カス・ニューモニアエのｓｅｃＡのポリペプチドを包含
する。該用語は、コーディング配列および／または非コ
ーディング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴っ
た、ポリペプチドをコードしている単一の連続領域また
は不連続領域（例えば、組み込まれたファージまたは配
列の挿入または配列の編集により分断されたもの）を含
むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明は、表１
［配列番号：２または４］の推定アミノ酸配列を有する
ポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチド
の変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメ
ントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチド
を合成してもよい。
【００３５】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２または４］のｓｅｃＡポリペプチドのアミノ酸
配列を有するｓｅｃＡ変種をコードするポリヌクレオチ
ドであり、その中には、いくつか、少しの、５ないし１
０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミ
ノ酸残基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで
施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましい
ものは、ｓｅｃＡの特性および活性を変化させないサイ
レント置換、付加および欠失である。
番号：２または４］のｓｅｃＡポリペプチドのアミノ酸
配列を有するｓｅｃＡ変種をコードするポリヌクレオチ
ドであり、その中には、いくつか、少しの、５ないし１
０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミ
ノ酸残基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで
施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましい
ものは、ｓｅｃＡの特性および活性を変化させないサイ
レント置換、付加および欠失である。
【００３６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有する
ｓｅｃＡポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ドに対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同一
性があるポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオ
チドに対して相補的なポリヌクレオチドである。あるい
はまた、寄託株のｓｅｃＡポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少なくと
も８０％同一である領域を含むポリヌクレオチド、およ
びそれに対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に
好ましい。この点に関して、全長で少なくとも９０％同
一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも
少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
く、さらに少なくとも９５％の同一性を有するものの中
でも少なくとも９７％であるのがより好ましく、中でも
少なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特
に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好
ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１ま
たは３］のＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチド
と実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドである。
［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有する
ｓｅｃＡポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ドに対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同一
性があるポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオ
チドに対して相補的なポリヌクレオチドである。あるい
はまた、寄託株のｓｅｃＡポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少なくと
も８０％同一である領域を含むポリヌクレオチド、およ
びそれに対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に
好ましい。この点に関して、全長で少なくとも９０％同
一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも
少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
く、さらに少なくとも９５％の同一性を有するものの中
でも少なくとも９７％であるのがより好ましく、中でも
少なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特
に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好
ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１ま
たは３］のＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチド
と実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドである。
【００３７】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
【００３８】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
【００３９】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドを、ｓｅｃＡをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびｓｅｃＡ遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、ｓｅｃＡ遺伝子のコーディング
領域は、表１［配列番号：１または３］に示すＤＮＡ配
列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成してスク
リーニングすることにより単離できる。次いで、本発明
の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識オリゴヌク
レオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡの
ライブラリーのスクリーニングに用い、プローブがライ
ブラリーのいずれのメンバーにハイブリダイゼーション
するのかを決定する。
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドを、ｓｅｃＡをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびｓｅｃＡ遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、ｓｅｃＡ遺伝子のコーディング
領域は、表１［配列番号：１または３］に示すＤＮＡ配
列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成してスク
リーニングすることにより単離できる。次いで、本発明
の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識オリゴヌク
レオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡの
ライブラリーのスクリーニングに用い、プローブがライ
ブラリーのいずれのメンバーにハイブリダイゼーション
するのかを決定する。
【００４０】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。表１［配列番号：１または２ま
たは３または４］の配列由来のオリゴヌクレオチドであ
る本発明ポリヌクレオチドを本明細書記載の方法に使用
してもよいが、好ましくはＰＣＲに使用して、本明細書
で同定したポリヌクレオチドの全体または一部が感染し
た組織に転写されるかどうかを決定する。かかる配列
が、病原体が達成した感染段階および感染型の診断にも
有用であることが理解される。
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。表１［配列番号：１または２ま
たは３または４］の配列由来のオリゴヌクレオチドであ
る本発明ポリヌクレオチドを本明細書記載の方法に使用
してもよいが、好ましくはＰＣＲに使用して、本明細書
で同定したポリヌクレオチドの全体または一部が感染し
た組織に転写されるかどうかを決定する。かかる配列
が、病原体が達成した感染段階および感染型の診断にも
有用であることが理解される。
【００４１】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。核酸塩基
に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、また
「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポリヌクレオチドを記
載するのに用いることができる。「Ｎ」は、隣接するヌ
クレオチド位置と一緒になって作用する場合、正確な読
み枠を読中で読まれる場合で、Ｎがそのような読み枠に
おいて未成熟終止コドンを形成する効果を有する塩基で
ないことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基また
はＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮＡ配列のそ
の指定位置にあることを意味する。要するに、本発明の
ポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成
熟蛋白（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白の
リーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有
する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および１ま
たはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であ
るプレプロ蛋白をコードしていてもよく、プロ配列は通
常ポリペプチドの活性および成熟形態を生成するプロセ
ッシング段階で除去される。
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。核酸塩基
に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、また
「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポリヌクレオチドを記
載するのに用いることができる。「Ｎ」は、隣接するヌ
クレオチド位置と一緒になって作用する場合、正確な読
み枠を読中で読まれる場合で、Ｎがそのような読み枠に
おいて未成熟終止コドンを形成する効果を有する塩基で
ないことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基また
はＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮＡ配列のそ
の指定位置にあることを意味する。要するに、本発明の
ポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成
熟蛋白（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白の
リーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有
する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および１ま
たはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であ
るプレプロ蛋白をコードしていてもよく、プロ配列は通
常ポリペプチドの活性および成熟形態を生成するプロセ
ッシング段階で除去される。
【００４２】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
【００４３】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
【００４４】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
【００４５】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
【００４６】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
【００４７】診断、予後、セロタイピングおよび変異の
アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｓ
ｅｃＡポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｓｅｃＡの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。ｓｅｃＡ遺伝子
を含む生物に感染した真核生物（本明細書において「個
体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の
方法によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸
は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、
筋肉、軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤ
ＮＡを直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前に
ＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素
的に増幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法
で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原
核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすること
ができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産
物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化ｓｅｃＡポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定
できる。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、
または融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別
できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメ
ントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、
または直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の
差を検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1
242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化
を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよ
びＳ１保護または化学的切断法によって明らかにしても
よい。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 85:4397-4401 （1985）参照。
アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｓ
ｅｃＡポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｓｅｃＡの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。ｓｅｃＡ遺伝子
を含む生物に感染した真核生物（本明細書において「個
体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の
方法によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸
は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、
筋肉、軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤ
ＮＡを直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前に
ＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素
的に増幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法
で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原
核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすること
ができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産
物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化ｓｅｃＡポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定
できる。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、
または融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別
できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメ
ントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、
または直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の
差を検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1
242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化
を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよ
びＳ１保護または化学的切断法によって明らかにしても
よい。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 85:4397-4401 （1985）参照。
【００４８】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｓｅｃＡをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｓｅｃＡをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。
【００４９】 表２ ｓｅｃＡポリヌクレオチド増幅用プライマー 配列番号： プライマー配列 5 5'-ATGGCTAATATTTTAAAAAC-3' 6 5'-TTATTGTCTTTTACCGTGAC-3'
【００５０】また本発明は、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R2は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R2は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。
【００５１】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたヒ
スチジンキナーゼＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
変異を用いて感染または感染段階もしくは経路を診断お
よび／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプ
および／または分類を行ってもよい。
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたヒ
スチジンキナーゼＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
変異を用いて感染または感染段階もしくは経路を診断お
よび／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプ
および／または分類を行ってもよい。
【００５２】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。ヒスチジンキナーゼポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。ヒスチジンキナーゼポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
【００５３】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ヒスチジンキナーゼポリペプチドの過剰発現を検出する
ための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染
の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中
のヒスチジンキナーゼポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、
抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡ
アッセイを包含する。
ヒスチジンキナーゼポリペプチドの過剰発現を検出する
ための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染
の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中
のヒスチジンキナーゼポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、
抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡ
アッセイを包含する。
【００５４】本発明ポリヌクレオチドは染色体の同定に
も価値がある。配列は、個々の微生物の、特に、ストレ
プトコッカス・ニューモニアエの染色体上の特定位置を
標的とし、それにハイブリダイゼーションできる。本発
明によるい染色体の重要配列のマッピングは、微生物の
病原性および疾病、あるいは増殖、生存および／または
環境学的地位に関連した配列に関連のある重要な第１工
程である。配列を正確な染色体位置にマッピングしたな
らば、配列の染色体上の物理的位置を遺伝学的マップの
データと比較する。かかるデータは、例えば、World Wi
de Webにより利用可能な微生物のゲノム配列中に見いだ
される。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる増
殖、生存および／または環境学的地位について重要であ
る遺伝子および微生物の病原性、疾病またはゲノム領域
の間の関連性を、遺伝子および別の遺伝子もしくは表現
型の間の遺伝学的関係を決定する方法、例えば連関（物
理的に近接した遺伝子の同時遺伝）の分析を用いて同定
する。異なる表現型の微生物間のＲＮＡまたはゲノム配
列の相違を決定することもできる。変異または配列が１
の表現型の微生物のいくつかまたはすべてにおいて観察
されるが、その表現型を欠く微生物においては観察され
ない場合、変異または配列は当該表現型の原因である可
能性がある。このようにして、微生病原性、増殖特性、
生存特性および／または環境学的地位の特性を付与する
染色体領域を同定ししてもよい。
も価値がある。配列は、個々の微生物の、特に、ストレ
プトコッカス・ニューモニアエの染色体上の特定位置を
標的とし、それにハイブリダイゼーションできる。本発
明によるい染色体の重要配列のマッピングは、微生物の
病原性および疾病、あるいは増殖、生存および／または
環境学的地位に関連した配列に関連のある重要な第１工
程である。配列を正確な染色体位置にマッピングしたな
らば、配列の染色体上の物理的位置を遺伝学的マップの
データと比較する。かかるデータは、例えば、World Wi
de Webにより利用可能な微生物のゲノム配列中に見いだ
される。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる増
殖、生存および／または環境学的地位について重要であ
る遺伝子および微生物の病原性、疾病またはゲノム領域
の間の関連性を、遺伝子および別の遺伝子もしくは表現
型の間の遺伝学的関係を決定する方法、例えば連関（物
理的に近接した遺伝子の同時遺伝）の分析を用いて同定
する。異なる表現型の微生物間のＲＮＡまたはゲノム配
列の相違を決定することもできる。変異または配列が１
の表現型の微生物のいくつかまたはすべてにおいて観察
されるが、その表現型を欠く微生物においては観察され
ない場合、変異または配列は当該表現型の原因である可
能性がある。このようにして、微生病原性、増殖特性、
生存特性および／または環境学的地位の特性を付与する
染色体領域を同定ししてもよい。
【００５５】ディファレンシャル発現（differential e
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。
【００５６】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。
【００５７】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。これらの方法のそれぞれは個々の用途
により長所または欠点を有するかもしれない。当業者
は、個々の目的に最もふさわしいアプローチを選択する
であろう。
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。これらの方法のそれぞれは個々の用途
により長所または欠点を有するかもしれない。当業者
は、個々の目的に最もふさわしいアプローチを選択する
であろう。
【００５８】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cance
r Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cance
r Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
【００５９】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｓｅｃＡを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｓｅｃＡを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
【００６０】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
【００６１】上記抗体を用いてポリペプチドを発現する
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。よ
って、とりわけ、ＳｅｃＡポリペプチドに対する抗体を
用いて感染、詳細には細菌感染を治療してもよい。
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。よ
って、とりわけ、ＳｅｃＡポリペプチドに対する抗体を
用いて感染、詳細には細菌感染を治療してもよい。
【００６２】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な身体的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な身体的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
【００６３】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
【００６４】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
【００６５】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
【００６６】また本発明は、ｓｅｃＡポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、合成反
応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごと
き細胞コンパートメント、またはｓｅｃＡポリペプチド
および標識基質もしくはかかるポリペプチドのリガンド
を含むそれらの調合物を、ｓｅｃＡゴニストまたはアン
タゴニストである可能性のある候補化合物の不存在下ま
たは存在下でインキュベーションする。候補分子がｓｅ
ｃＡポリペプチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズす
る能力は、標識化リガンドの結合の低下またはこのよう
な基質からの生成物の産生の低下に反映される。結合し
ても影響を及ぼさない分子、すなわちｓｅｃＡの効果を
誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである可
能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成
速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成
物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用い
ることにより強調できる。この点に関して有用なリポー
ターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識
化基質、ｓｅｃＡポリヌクレオチドまたはポリペプチド
活性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分
野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定する
ものではない。
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、合成反
応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごと
き細胞コンパートメント、またはｓｅｃＡポリペプチド
および標識基質もしくはかかるポリペプチドのリガンド
を含むそれらの調合物を、ｓｅｃＡゴニストまたはアン
タゴニストである可能性のある候補化合物の不存在下ま
たは存在下でインキュベーションする。候補分子がｓｅ
ｃＡポリペプチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズす
る能力は、標識化リガンドの結合の低下またはこのよう
な基質からの生成物の産生の低下に反映される。結合し
ても影響を及ぼさない分子、すなわちｓｅｃＡの効果を
誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである可
能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成
速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成
物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用い
ることにより強調できる。この点に関して有用なリポー
ターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識
化基質、ｓｅｃＡポリヌクレオチドまたはポリペプチド
活性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分
野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定する
ものではない。
【００６７】ｓｅｃＡンタゴニストのアッセイのもう１
つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適し
た条件下で、ｓｅｃＡおよび潜在的アンタゴニストを、
ｓｅｃＡ結合分子、組換えｓｅｃＡ結合分子、天然基質
もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣物
と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物に
よりｓｅｃＡを標識し、結合分子に結合した、または生
成物に変換されたｓｅｃＡ分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適し
た条件下で、ｓｅｃＡおよび潜在的アンタゴニストを、
ｓｅｃＡ結合分子、組換えｓｅｃＡ結合分子、天然基質
もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣物
と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物に
よりｓｅｃＡを標識し、結合分子に結合した、または生
成物に変換されたｓｅｃＡ分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００６８】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｓｅｃＡにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえｓｅｃＡを結合から排除すること
によりｓｅｃＡの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害し
て、正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｓｅ
ｃＡ関連化合物およびｓｅｃＡ変種等がある。
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｓｅｃＡにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえｓｅｃＡを結合から排除すること
によりｓｅｃＡの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害し
て、正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｓｅ
ｃＡ関連化合物およびｓｅｃＡ変種等がある。
【００６９】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
【００７０】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の身体的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｓｅｃＡ蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al., Infect. Immuno
l. 60: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白と細菌ｓｅｃＡ蛋白との間の、組織ダメージを媒介す
る細菌付着のブロック；内在デバイスの移植または他の
外科的方法以外により開始される、感染における通常の
病状の進行のブロックに使用することができる。
よび哺乳動物宿主間の最初の身体的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｓｅｃＡ蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al., Infect. Immuno
l. 60: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白と細菌ｓｅｃＡ蛋白との間の、組織ダメージを媒介す
る細菌付着のブロック；内在デバイスの移植または他の
外科的方法以外により開始される、感染における通常の
病状の進行のブロックに使用することができる。
【００７１】本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができ
る。ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）
（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌は、胃癌、
潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１以上
の胃に感染している（国際癌研究機関（International
Agency for Research on Cancer）（1994）Schistomose
s，Liver Flukes and Helicobacter Pylori（Internati
onal Agency for Research on Cancer，Lyon，France；
http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さ
らに、この国際癌研究機関は、最近になって、ヘリコバ
クター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その
細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発
明により提供されるスクリーニング法を用いて見出され
る本発明の好ましい抗菌化合物（ヒスチジンキナーゼポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニス
トおよびアンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生物
質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用であ
る。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性
癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はま
た胃潰瘍および胃炎も治癒する。
を用いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができ
る。ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）
（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌は、胃癌、
潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１以上
の胃に感染している（国際癌研究機関（International
Agency for Research on Cancer）（1994）Schistomose
s，Liver Flukes and Helicobacter Pylori（Internati
onal Agency for Research on Cancer，Lyon，France；
http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さ
らに、この国際癌研究機関は、最近になって、ヘリコバ
クター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その
細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発
明により提供されるスクリーニング法を用いて見出され
る本発明の好ましい抗菌化合物（ヒスチジンキナーゼポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニス
トおよびアンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生物
質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用であ
る。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性
癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はま
た胃潰瘍および胃炎も治癒する。
【００７２】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染から個体を防御するための抗体および
／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるに十分なｓｅｃＡ
またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種する
ことを特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を
遅らせる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの
態様は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、
該方法は、疾病が個体においてすでに確立されているか
否かにかかわらず、インビボでｓｅｃＡ、またはそのフ
ラグメントもしくは変種を発現させるためにｓｅｃＡま
たはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核
酸ベクターをかかる個体に送達して、例えば、抗体およ
び／またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生
Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応
答を誘導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生さ
せることを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投
与する方法としては、粒子上にコーディングすること等
がある。かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核
酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいても
よい。
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染から個体を防御するための抗体および
／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるに十分なｓｅｃＡ
またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種する
ことを特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を
遅らせる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの
態様は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、
該方法は、疾病が個体においてすでに確立されているか
否かにかかわらず、インビボでｓｅｃＡ、またはそのフ
ラグメントもしくは変種を発現させるためにｓｅｃＡま
たはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核
酸ベクターをかかる個体に送達して、例えば、抗体およ
び／またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生
Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応
答を誘導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生さ
せることを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投
与する方法としては、粒子上にコーディングすること等
がある。かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核
酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいても
よい。
【００７３】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｓｅｃＡまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えｓｅｃＡまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、ｓｅｃＡまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４＋Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｓｅｃＡまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えｓｅｃＡまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、ｓｅｃＡまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４＋Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
【００７４】ｓｅｃＡポリペプチドまたはそれらのフラ
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシいずれの末端に結合していてもよ
い。
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシいずれの末端に結合していてもよ
い。
【００７５】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
【００７６】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエに感染した動物モデルにおいて、かかる遺
伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表
面蛋白の不変領域をコードすることが示されている、説
明したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグ
メントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的
または治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピ
トープを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動
物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけストレプト
コッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療的処
置の開発のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成
功した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル
抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。
ューモニアエに感染した動物モデルにおいて、かかる遺
伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表
面蛋白の不変領域をコードすることが示されている、説
明したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグ
メントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的
または治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピ
トープを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動
物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけストレプト
コッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療的処
置の開発のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成
功した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル
抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。
【００７７】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
【００７８】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性滅菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に滅
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｓｅｃＡ蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性滅菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に滅
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｓｅｃＡ蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
【００７９】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
【００８０】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の滅菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の滅菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
【００８１】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けストレプトコッカス・ニューモニアエの創傷感染を防
御することもできる。
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けストレプトコッカス・ニューモニアエの創傷感染を防
御することもできる。
【００８２】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
【００８３】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織において曝
露されたマトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いで
もよく、歯科治療においては抗生物質による予防法に代
えて、またはそれと組み合わせて予防的に使用してもよ
い。
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織において曝
露されたマトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いで
もよく、歯科治療においては抗生物質による予防法に代
えて、またはそれと組み合わせて予防的に使用してもよ
い。
【００８４】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。
【００８５】配列データベースおよびアルゴリズム 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析
に有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中
の成分として特に有用である。見出しのこのセクション
ならびにこのセクションに関連した請求項の用語「本発
明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレオチド
配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な化学的
または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元または
保存されていてもよいものである。例えば、クロマトグ
ラフィーのスキャンデータまたはピークのデータ、写真
のデータまたはそこから得られたスキャンデータ、コー
ルドベース、および質量スペクトル分析データが挙げら
れる。データベースおよびアルゴリズムという見出しの
このセクションならびにそれに関連した請求項で用いる
用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポリペプチ
ド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な化学的ま
たは物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元または保
存されていてもよいものである。例えば、クロマトグラ
フィーのスキャンデータまたはピークのデータ、写真の
データまたはそこから得られたスキャンデータ、コール
ドベース、および質量スペクトル分析データが挙げられ
る。
に有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中
の成分として特に有用である。見出しのこのセクション
ならびにこのセクションに関連した請求項の用語「本発
明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレオチド
配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な化学的
または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元または
保存されていてもよいものである。例えば、クロマトグ
ラフィーのスキャンデータまたはピークのデータ、写真
のデータまたはそこから得られたスキャンデータ、コー
ルドベース、および質量スペクトル分析データが挙げら
れる。データベースおよびアルゴリズムという見出しの
このセクションならびにそれに関連した請求項で用いる
用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポリペプチ
ド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な化学的ま
たは物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元または保
存されていてもよいものである。例えば、クロマトグラ
フィーのスキャンデータまたはピークのデータ、写真の
データまたはそこから得られたスキャンデータ、コール
ドベース、および質量スペクトル分析データが挙げられ
る。
【００８６】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、ハードドライ
ブ、コンパクトディスク、およびビデオディスクを包含
する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配列または
コードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明により提
供される。配列分析のための好ましい方法は、例えば、
同一性および類似性の分析のごとき配列相同性分析、Ｒ
ＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディスティッ
ク（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読み枠決
定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基トリミ
ング、および配列決定クロマトグラムピーク分析の方法
を包含する。
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、ハードドライ
ブ、コンパクトディスク、およびビデオディスクを包含
する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配列または
コードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明により提
供される。配列分析のための好ましい方法は、例えば、
同一性および類似性の分析のごとき配列相同性分析、Ｒ
ＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディスティッ
ク（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読み枠決
定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基トリミ
ング、および配列決定クロマトグラムピーク分析の方法
を包含する。
【００８７】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュー
ター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまた
はポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を
含む。
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュー
ター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまた
はポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を
含む。
【００８８】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込
み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を
少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド
配列と比較して相同性を同定する工程を含む。
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込
み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を
少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド
配列と比較して相同性を同定する工程を含む。
【００８９】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列との間の少なく
とも１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
本発明のさらなる具体例はコンピューターによる相同性
同定方法を提供する。該方法は、本発明ポリヌクレオチ
ド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読
み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチ
ド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を含む。
本発明のさらなる具体例はコンピューターによる相同性
同定方法を提供する。該方法は、本発明ポリペプチド配
列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を少な
くとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列
と比較して相同性を同定する工程を含む。
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列との間の少なく
とも１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
本発明のさらなる具体例はコンピューターによる相同性
同定方法を提供する。該方法は、本発明ポリヌクレオチ
ド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読
み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチ
ド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を含む。
本発明のさらなる具体例はコンピューターによる相同性
同定方法を提供する。該方法は、本発明ポリペプチド配
列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を少な
くとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列
と比較して相同性を同定する工程を含む。
【００９０】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリヌクレオチド配列を含む
第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配
列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも１
つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリヌクレオチド配列を含む
第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配
列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも１
つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
【００９１】本明細書において引用した各文献（特許お
よび特許出願に限らない）は出典明示によりその内容を
本明細書の一部とする。本願が優先権を主張するいずれ
の特許出願もまた出典明示により本明細書の一部とす
る。
よび特許出願に限らない）は出典明示によりその内容を
本明細書の一部とする。本願が優先権を主張するいずれ
の特許出願もまた出典明示により本明細書の一部とす
る。
【００９２】用語 本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「疾病（複数でも
可）」は、細菌感染により引き起こされる、あるいは細
菌感染に関連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および
心内膜炎、そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄
液の感染を包含する。「宿主細胞（複数でも可）」は外
来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラ
ンスフェクションされた、あるいは形質転換またはトラ
ンスフェクションされうる細胞である。
を容易にするために以下に定義する。「疾病（複数でも
可）」は、細菌感染により引き起こされる、あるいは細
菌感染に関連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および
心内膜炎、そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄
液の感染を包含する。「宿主細胞（複数でも可）」は外
来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラ
ンスフェクションされた、あるいは形質転換またはトラ
ンスフェクションされうる細胞である。
【００９３】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。
【００９４】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。
【００９５】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnは核酸変化の数であり、ｘnは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘnとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差
し引く。
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnは核酸変化の数であり、ｘnは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘnとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差
し引く。
【００９６】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘaから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘaとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘaから差し引く。
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘaから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘaとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘaから差し引く。
【００９７】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。
【００９８】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
【００９９】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。
【０１００】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。
【０１０１】
【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
【０１０２】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。
【０１０３】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１０４】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１０５】
（１）一般的情報： （ｉ）出願人：Wilding, Edwina I. O'Dwyer, Karen M. Shilling, Lisa K. Traini, Lisa K. Jaworski, Deborah D. Wang, Min （ｉｉ）発明の名称：ｓｅｃＡ （ｉｉｉ）配列の数：６ （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：Dechert Price & Phoads （Ｂ）通り名：4000 Bell Atlantic Tower, 1717 Arch
Stre （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：１９１０３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０５４５６８ （Ｂ）出願日：１９９７年８月１日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Falk, Stephen T （Ｂ）登録番号：36795 （Ｃ）代理人等における処理番号：GM10061 （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２４８８ （Ｂ）ファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：
Stre （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：１９１０３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０５４５６８ （Ｂ）出願日：１９９７年８月１日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Falk, Stephen T （Ｂ）登録番号：36795 （Ｃ）代理人等における処理番号：GM10061 （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２４８８ （Ｂ）ファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：
【０１０６】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５１１塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： ATGGCTAATA TTTTAAAAAC AATTATCGAA AATGATAAAG GAGAAATCCG TCGTCTGGAA 60 AAGATGGCTG ACAAGGTTTT CAAATACGAA GACCAAATGG CTGCTTTGAC TGACGACCAA 120 CTAAAAGCAA AAACAGTTGA ATTTAAGGAA CGTTATCAAA ATGGAGAATC ACTGGATTCA 180 TTGCTTTACG AAGCATTTGC GGTTGTCCGT GAAGGTGCCA AACGTGTCCT AGGTCTCTTC 240 CCTTATAAGG TTCAGGTCAT GGGGGGGATT GTTCTTCACC ATGGTGACGT GCCAGAGATG 300 CGTACAGGGG AAGGGAAAAC CTTGACTGCG ACCATGCCGG TATACCTCAA TGCCCTTTCA 360 GGTAAAGGGG TTCACGTAGT TACGGTTAAT GAATACCTGT CAGAACGTGA CGCGACTGAG 420 ATGGGTGAAT TGTACTCTTG GCTTGGTTTG TCAGTAGGGA TTAACTTGGC TACCAAATCT 480 CCAATGGAGA AAAAAGAAGC CTATGAGTGT GATATTACTT ACTCAACTAA CTCAGAAATC 540 GGATTTGACT ACCTTCGTGA CAATATGGTC GTTCGCGCTG AAAACATGGT ACAACGTCCG 600 CTTAACTATG CCTTGGTCGA TGAGGTTGAC TCTATCTTGA TTGACGAGGC TCGTACACCT 660 TTGATTGTAT CAGGTGCCAA TGCGGTTGAA ACCAGTCAGT TGTATCACAT GGCAGACCAC 720 TATGTAAAAT CTTTGAACAA AGATGACTAC ATCATCGATG TGCAGTCTAA GACTATTGGT 780 TTGTCTGATT CAGGGATTGA CAGGGCTGAA AGCTACTTCA AACTTGAAAA CCTCTATGAC 840 ATCGAAAACG TGGCTTTGAC CCACTTTATC GATAACGCCC TTCGTGCCAA CTACATCATG 900 CTTCTCGATA TTGACTATGT GGTGAGCGAA GAGCAAGAAA TCTTGATTGT CGACCAATTT 960 ACAGGTCGTA CCATGGAAGG TCGTCGTTAT TCTGATGGAT TGCACCAAGC TATTGAAGCC 1020 AAAGAAGGTG TGCCAATCCA GGATGAAACC AAGACATCTG CCTCAATCAC GTACCAAAAC 1080 CTTTTCCGTA TGTACAAAAA ATTGTCTGGT ATGACGGGTA CAGGTAAGAC TGAGGAAGAA 1140 GAATTTCGTG AAATCTACAA CATTCGTGTT ATTCCAATCC CAACAAACCG TCCTGTTCAA 1200 CGTATTGACC ACTCAGACCT TCTTTATGCA AGTATCGAAT CTAAGTTTAA AGCGGTTGTC 1260 GAAGACGTTA AGGCTCGTTA CCAAAAGGGT CAACCTGTCT TGGTTGGTAC AGTAGCGGTT 1320 GAAACTAGTG ACTACATTTC TAAGAAATTG GTTGCAGCTG GTGTTCCTCA CGAAGTCTTG 1380 AATGCCAAAA ACCACTATAG AGAAGCCCAA ATCATCATGA ATGCTGGTCA ACGTGGTGCC 1440 GTTACCATCG CAACCAACAT GGCGGGTCGT GGTACCGACA TCAAGCTTGG TGAAGGTGTT 1500 CGTGAACTTG GAGGACTTTG TGTTATTGGT ACAGAACGTC ATGAAAGTCG TCGTATCGAT 1560 AACCAGCTTC GTGGACGTTC AGGTCGTCAA GGAGATCCAG GTGAGTCACA ATTCTACCTA 1620 TCTCTTGAAG ATGATTTGAT GAAACGTTTT GGTTCTGAAC GCTTGAAGGG AATCTTTGAA 1680 CGCTTGAACA TGTCTGAAGA GGCCATTGAG TCTCGCATGT TGACGCGTCA GGTTGAAGCA 1740 GCTCAGAAAC GTGTCGAAGG AAATAACTAC GATACCCGTA AACAAGTCCT TCAATACGAT 1800 GATGTCATGC GTGAACAACG TGAGATTATC TATGCTCAAC GTTACGATGT CATCACTGCA 1860 GATCGTGACT TGGCACCTGA AATTCAGTCT ATGATTAAGC GCACGATTGA ACGTGTCGTT 1920 GATGGTCATG CGCGTGCCAA ACAAGATGAA AAACTAGAGG CAATTTTGAA CTTTGCTAAG 1980 TACAACTTGC TTCCTGAAGA TTCTATTACG ATGGAAGACT TGTCAGGCTT GTCTGATAAG 2040 GCCATCAAGG AAGAGCTTTT CCAACGTGCC TTGAAGGTTT ACGATAGTCA GGTTTCAAAA 2100 CTACGCGATG AAGAAGCAGT TAAAGAATTC CAAAAAGTTT TGATTCTACG AGTGGTGGAT 2160 AACAAGTGGA CAGATCATAT CGATGCCCTT GATCAATTGC GTAACGCGGT TGGACTTCGT 2220 GGCTATGCTC AGAACAACCC TGTTGTTGAG TATCAGGCAG AAGGTTTCCG TATGTTTAAT 2280 GATATGATTG GTTCGATTGA GTTTGATGTG ACACGCTTGA TGATGAAAGC ACAAATTCAT 2340 GAACAAGAAA GACCACAGGC AGAACGTCAT ATCAGTACAA CAGCGACTCG CAATATCGCT 2400 GCTCACCAAG CAAGTATGCT AGAAGATTTG GATTTGAGCC AGATTGGACG CAATGAACTT 2460 TGCCCATGTG GTTCTGGTAA GAAATTTAAA AACTGTCACG GTAAAAGACA A 2511
【０１０７】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：８３７アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Ala Asn Ile Leu Lys Thr Ile Ile Glu Asn Asp Lys Gly Glu Ile 1 5 10 15 Arg Arg Leu Glu Lys Met Ala Asp Lys Val Phe Lys Tyr Glu Asp Gln 20 25 30 Met Ala Ala Leu Thr Asp Asp Gln Leu Lys Ala Lys Thr Val Glu Phe 35 40 45 Lys Glu Arg Tyr Gln Asn Gly Glu Ser Leu Asp Ser Leu Leu Tyr Glu 50 55 60 Ala Phe Ala Val Val Arg Glu Gly Ala Lys Arg Val Leu Gly Leu Phe 65 70 75 80 Pro Tyr Lys Val Gln Val Met Gly Gly Ile Val Leu His His Gly Asp 85 90 95 Val Pro Glu Met Arg Thr Gly Glu Gly Lys Thr Leu Thr Ala Thr Met 100 105 110 Pro Val Tyr Leu Asn Ala Leu Ser Gly Lys Gly Val His Val Val Thr 115 120 125 Val Asn Glu Tyr Leu Ser Glu Arg Asp Ala Thr Glu Met Gly Glu Leu 130 135 140 Tyr Ser Trp Leu Gly Leu Ser Val Gly Ile Asn Leu Ala Thr Lys Ser 145 150 155 160 Pro Met Glu Lys Lys Glu Ala Tyr Glu Cys Asp Ile Thr Tyr Ser Thr 165 170 175 Asn Ser Glu Ile Gly Phe Asp Tyr Leu Arg Asp Asn Met Val Val Arg 180 185 190 Ala Glu Asn Met Val Gln Arg Pro Leu Asn Tyr Ala Leu Val Asp Glu 195 200 205 Val Asp Ser Ile Leu Ile Asp Glu Ala Arg Thr Pro Leu Ile Val Ser 210 215 220 Gly Ala Asn Ala Val Glu Thr Ser Gln Leu Tyr His Met Ala Asp His 225 230 235 240 Tyr Val Lys Ser Leu Asn Lys Asp Asp Tyr Ile Ile Asp Val Gln Ser 245 250 255 Lys Thr Ile Gly Leu Ser Asp Ser Gly Ile Asp Arg Ala Glu Ser Tyr 260 265 270 Phe Lys Leu Glu Asn Leu Tyr Asp Ile Glu Asn Val Ala Leu Thr His 275 280 285 Phe Ile Asp Asn Ala Leu Arg Ala Asn Tyr Ile Met Leu Leu Asp Ile 290 295 300 Asp Tyr Val Val Ser Glu Glu Gln Glu Ile Leu Ile Val Asp Gln Phe 305 310 315 320 Thr Gly Arg Thr Met Glu Gly Arg Arg Tyr Ser Asp Gly Leu His Gln 325 330 335 Ala Ile Glu Ala Lys Glu Gly Val Pro Ile Gln Asp Glu Thr Lys Thr 340 345 350 Ser Ala Ser Ile Thr Tyr Gln Asn Leu Phe Arg Met Tyr Lys Lys Leu 355 360 365 Ser Gly Met Thr Gly Thr Gly Lys Thr Glu Glu Glu Glu Phe Arg Glu 370 375 380 Ile Tyr Asn Ile Arg Val Ile Pro Ile Pro Thr Asn Arg Pro Val Gln 385 390 395 400 Arg Ile Asp His Ser Asp Leu Leu Tyr Ala Ser Ile Glu Ser Lys Phe 405 410 415 Lys Ala Val Val Glu Asp Val Lys Ala Arg Tyr Gln Lys Gly Gln Pro 420 425 430 Val Leu Val Gly Thr Val Ala Val Glu Thr Ser Asp Tyr Ile Ser Lys 435 440 445 Lys Leu Val Ala Ala Gly Val Pro His Glu Val Leu Asn Ala Lys Asn 450 455 460 His Tyr Arg Glu Ala Gln Ile Ile Met Asn Ala Gly Gln Arg Gly Ala 465 470 475 480 Val Thr Ile Ala Thr Asn Met Ala Gly Arg Gly Thr Asp Ile Lys Leu 485 490 495 Gly Glu Gly Val Arg Glu Leu Gly Gly Leu Cys Val Ile Gly Thr Glu 500 505 510 Arg His Glu Ser Arg Arg Ile Asp Asn Gln Leu Arg Gly Arg Ser Gly 515 520 525 Arg Gln Gly Asp Pro Gly Glu Ser Gln Phe Tyr Leu Ser Leu Glu Asp 530 535 540 Asp Leu Met Lys Arg Phe Gly Ser Glu Arg Leu Lys Gly Ile Phe Glu 545 550 555 560 Arg Leu Asn Met Ser Glu Glu Ala Ile Glu Ser Arg Met Leu Thr Arg 565 570 575 Gln Val Glu Ala Ala Gln Lys Arg Val Glu Gly Asn Asn Tyr Asp Thr 580 585 590 Arg Lys Gln Val Leu Gln Tyr Asp Asp Val Met Arg Glu Gln Arg Glu 595 600 605 Ile Ile Tyr Ala Gln Arg Tyr Asp Val Ile Thr Ala Asp Arg Asp Leu 610 615 620 Ala Pro Glu Ile Gln Ser Met Ile Lys Arg Thr Ile Glu Arg Val Val 625 630 635 640 Asp Gly His Ala Arg Ala Lys Gln Asp Glu Lys Leu Glu Ala Ile Leu 645 650 655 Asn Phe Ala Lys Tyr Asn Leu Leu Pro Glu Asp Ser Ile Thr Met Glu 660 665 670 Asp Leu Ser Gly Leu Ser Asp Lys Ala Ile Lys Glu Glu Leu Phe Gln 675 680 685 Arg Ala Leu Lys Val Tyr Asp Ser Gln Val Ser Lys Leu Arg Asp Glu 690 695 700 Glu Ala Val Lys Glu Phe Gln Lys Val Leu Ile Leu Arg Val Val Asp 705 710 715 720 Asn Lys Trp Thr Asp His Ile Asp Ala Leu Asp Gln Leu Arg Asn Ala 725 730 735 Val Gly Leu Arg Gly Tyr Ala Gln Asn Asn Pro Val Val Glu Tyr Gln 740 745 750 Ala Glu Gly Phe Arg Met Phe Asn Asp Met Ile Gly Ser Ile Glu Phe 755 760 765 Asp Val Thr Arg Leu Met Met Lys Ala Gln Ile His Glu Gln Glu Arg 770 775 780 Pro Gln Ala Glu Arg His Ile Ser Thr Thr Ala Thr Arg Asn Ile Ala 785 790 795 800 Ala His Gln Ala Ser Met Leu Glu Asp Leu Asp Leu Ser Gln Ile Gly 805 810 815 Arg Asn Glu Leu Cys Pro Cys Gly Ser Gly Lys Lys Phe Lys Asn Cys 820 825 830 His Gly Lys Arg Gln 835
【０１０８】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０７９塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： TACTCTTGGC TTGGTTTGTC AGTAGGGATT AACTTGGCTA CCAAATCTCC AATGGAGAAA 60 AAAGAAGCCT ATGAGTGTGA TATTACTTAC TCAACTAACT CAGAAATCGG ATTTGACTAC 120 CTTCGTGACA ATATGGTCGT TCGCGCTGAA AACATGGTAC AACGTCCGCT TAACTATGCC 180 TTGGTCGATG AGGTTGACTC TATCTTGATT GACGAGGCTC GTACACCTTT GATTGTATCA 240 GGTGCCAATG CGGTTGAAAC CAGTCAGTTG TATCACATGG CAGACCACTA TGTAAAATCT 300 TTGAACAAAG ATGACTACAT CATCGATGTG CAGTCTAAGA CTATTGGTTT GTCTGATTCA 360 GGGATTGACA GGGCTGAAAG CTACTTCAAA CTTGAAAACC TCTATGACAT CGAAAACGTG 420 GCTTTGACCC ACTTTATCGA TAACGCCCTT CGTGCCAACT ACATCATGCT TCTCGATATT 480 GACTATGTGG TGAGCGAAGA GCAAGAAATC TTGATTGTCG ACCAATTTAC AGGTCGTACC 540 ATGGAAGGTC GTCGTTATTC TGATGGATTG CACCAAGCTA TTGAAGCCAA AGAAGGTGTG 600 CCAATCCAGG ATGAAACCAA GACATCTGCC TCAATCACGT ACCAAAACCT TTTCCGTATG 660 TACAAAAAAT TGTCTGGTAT GACGGGTACA GGTAAGACTG AGGAAGAAGA ATTTCGTGAA 720 ATCTACAACA TTCGTGTTAT TCCAATCCCA ACAAACCGTC CTGTTCAACG TATTGACCAC 780 TCAGACCTTC TTTATGCAAG TATCGAATCT AAGTTTAAAG CGGTTGTCGA AGACGTTAAG 840 GCTCGTTACC AAAAGGGTCA ACCTGTCTTG GTTGGTACAG TAGCGGTTGA AACTAGTGAC 900 TACATTTCTA AGAAATTGGT TGCAGCTGGT GTTCCTCACG AAGTCTTGAA TGCCAAAAAC 960 CACTATAGAG AAGCCCAAAT CATCATGAAT GCTGGTCAAC GTGGTGCCGT TACCATCGCA 1020 ACCAACATGG CGGGTCGTGG TACCGACATC AAGCTTGGTG AAGGTGTTCG TGAACTTGGA 1080 GGACTTTGTG TTATTGGTAC AGAACGTCAT GAAAGTCGTC GTATCGATAA CCAGCTTCGT 1140 GGACGTTCAG GTCGTCAAGG AGATCCAGGT GAGTCACAAT TCTACCTATC TCTTGAAGAT 1200 GATTTGATGA AACGTTTTGG TTCTGAACGC TTGAAGGGAA TCTTTGAACG CTTGAACATG 1260 TCTGAAGAGG CCATTGAGTC TCGCATGTTG ACGCGTCAGG TTGAAGCAGC TCAGAAACGT 1320 GTCGAAGGAA ATAACTACGA TACCCGTAAA CAAGTCCTTC AATACGATGA TGTCATGCGT 1380 GAACAACGTG AGATTATCTA TGCTCAACGT TACGATGTCA TCACTGCAGA TCGTGACTTG 1440 GCACCTGAAA TTCAGTCTAT GATTAAGCGC ACGATTGAAC GTGTCGTTGA TGGTCATGCG 1500 CGTGCCAAAC AAGATGAAAA ACTAGAGGCA ATTTTGAACT TTGCTAAGTA CAACTTGCTT 1560 CCTGAAGATT CTATTACGAT GGAAGACTTG TCAGGCTTGT CTGATAAGGC CATCAAGGAA 1620 GAGCTTTTCC AACGTGCCTT GAAGGTTTAC GATAGTCAGG TTTCAAAACT ACGCGATGAA 1680 GAAGCAGTTA AAGAATTCCA AAAAGTTTTG ATTCTACGAG TGGTGGATAA CAAGTGGACA 1740 GATCATATCG ATGCCCTTGA TCAATTGCGT AACGCGGTTG GACTTCGTGG CTATGCTCAG 1800 AACAACCCTG TTGTTGAGTA TCAGGCAGAA GGTTTCCGTA TGTTTAATGA TATGATTGGT 1860 TCGATTGAGT TTGATGTGAC ACGCTTGATG ATGAAAGCAC AAATTCATGA ACAAGAAAGA 1920 CCACAGGCAG AACGTCATAT CAGTACAACA GCGACTCGCA ATATCGCTGC TCACCAAGCA 1980 AGTATGCTAG AAGATTTGGA TTTGAGCCAG ATTGGACGCA ATGAACTTTG CCCATGTGGT 2040 TCTGGTAAGA AATTTAAAAA CTGTCACGGT AAAAGACAA 2079
【０１０９】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：６９３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Tyr Ser Trp Leu Gly Leu Ser Val Gly Ile Asn Leu Ala Thr Lys Ser 1 5 10 15 Pro Met Glu Lys Lys Glu Ala Tyr Glu Cys Asp Ile Thr Tyr Ser Thr 20 25 30 Asn Ser Glu Ile Gly Phe Asp Tyr Leu Arg Asp Asn Met Val Val Arg 35 40 45 Ala Glu Asn Met Val Gln Arg Pro Leu Asn Tyr Ala Leu Val Asp Glu 50 55 60 Val Asp Ser Ile Leu Ile Asp Glu Ala Arg Thr Pro Leu Ile Val Ser 65 70 75 80 Gly Ala Asn Ala Val Glu Thr Ser Gln Leu Tyr His Met Ala Asp His 85 90 95 Tyr Val Lys Ser Leu Asn Lys Asp Asp Tyr Ile Ile Asp Val Gln Ser 100 105 110 Lys Thr Ile Gly Leu Ser Asp Ser Gly Ile Asp Arg Ala Glu Ser Tyr 115 120 125 Phe Lys Leu Glu Asn Leu Tyr Asp Ile Glu Asn Val Ala Leu Thr His 130 135 140 Phe Ile Asp Asn Ala Leu Arg Ala Asn Tyr Ile Met Leu Leu Asp Ile 145 150 155 160 Asp Tyr Val Val Ser Glu Glu Gln Glu Ile Leu Ile Val Asp Gln Phe 165 170 175 Thr Gly Arg Thr Met Glu Gly Arg Arg Tyr Ser Asp Gly Leu His Gln 180 185 190 Ala Ile Glu Ala Lys Glu Gly Val Pro Ile Gln Asp Glu Thr Lys Thr 195 200 205 Ser Ala Ser Ile Thr Tyr Gln Asn Leu Phe Arg Met Tyr Lys Lys Leu 210 215 220 Ser Gly Met Thr Gly Thr Gly Lys Thr Glu Glu Glu Glu Phe Arg Glu 225 230 235 240 Ile Tyr Asn Ile Arg Val Ile Pro Ile Pro Thr Asn Arg Pro Val Gln 245 250 255 Arg Ile Asp His Ser Asp Leu Leu Tyr Ala Ser Ile Glu Ser Lys Phe 260 265 270 Lys Ala Val Val Glu Asp Val Lys Ala Arg Tyr Gln Lys Gly Gln Pro 275 280 285 Val Leu Val Gly Thr Val Ala Val Glu Thr Ser Asp Tyr Ile Ser Lys 290 295 300 Lys Leu Val Ala Ala Gly Val Pro His Glu Val Leu Asn Ala Lys Asn 305 310 315 320 His Tyr Arg Glu Ala Gln Ile Ile Met Asn Ala Gly Gln Arg Gly Ala 325 330 335 Val Thr Ile Ala Thr Asn Met Ala Gly Arg Gly Thr Asp Ile Lys Leu 340 345 350 Gly Glu Gly Val Arg Glu Leu Gly Gly Leu Cys Val Ile Gly Thr Glu 355 360 365 Arg His Glu Ser Arg Arg Ile Asp Asn Gln Leu Arg Gly Arg Ser Gly 370 375 380 Arg Gln Gly Asp Pro Gly Glu Ser Gln Phe Tyr Leu Ser Leu Glu Asp 385 390 395 400 Asp Leu Met Lys Arg Phe Gly Ser Glu Arg Leu Lys Gly Ile Phe Glu 405 410 415 Arg Leu Asn Met Ser Glu Glu Ala Ile Glu Ser Arg Met Leu Thr Arg 420 425 430 Gln Val Glu Ala Ala Gln Lys Arg Val Glu Gly Asn Asn Tyr Asp Thr 435 440 445 Arg Lys Gln Val Leu Gln Tyr Asp Asp Val Met Arg Glu Gln Arg Glu 450 455 460 Ile Ile Tyr Ala Gln Arg Tyr Asp Val Ile Thr Ala Asp Arg Asp Leu 465 470 475 480 Ala Pro Glu Ile Gln Ser Met Ile Lys Arg Thr Ile Glu Arg Val Val 485 490 495 Asp Gly His Ala Arg Ala Lys Gln Asp Glu Lys Leu Glu Ala Ile Leu 500 505 510 Asn Phe Ala Lys Tyr Asn Leu Leu Pro Glu Asp Ser Ile Thr Met Glu 515 520 525 Asp Leu Ser Gly Leu Ser Asp Lys Ala Ile Lys Glu Glu Leu Phe Gln 530 535 540 Arg Ala Leu Lys Val Tyr Asp Ser Gln Val Ser Lys Leu Arg Asp Glu 545 550 555 560 Glu Ala Val Lys Glu Phe Gln Lys Val Leu Ile Leu Arg Val Val Asp 565 570 575 Asn Lys Trp Thr Asp His Ile Asp Ala Leu Asp Gln Leu Arg Asn Ala 580 585 590 Val Gly Leu Arg Gly Tyr Ala Gln Asn Asn Pro Val Val Glu Tyr Gln 595 600 605 Ala Glu Gly Phe Arg Met Phe Asn Asp Met Ile Gly Ser Ile Glu Phe 610 615 620 Asp Val Thr Arg Leu Met Met Lys Ala Gln Ile His Glu Gln Glu Arg 625 630 635 640 Pro Gln Ala Glu Arg His Ile Ser Thr Thr Ala Thr Arg Asn Ile Ala 645 650 655 Ala His Gln Ala Ser Met Leu Glu Asp Leu Asp Leu Ser Gln Ile Gly 660 665 670 Arg Asn Glu Leu Cys Pro Cys Gly Ser Gly Lys Lys Phe Lys Asn Cys 675 680 685 His Gly Lys Arg Gln 690
【０１１０】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： ATGGCTAATA TTTTAAAAAC 20
【０１１１】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： TTATTGTCTT TTACCGTGAC 20
フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 45/00 Ａ６１Ｋ 48/00 ＡＢＤ 48/00 ＡＢＤ Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｃ１２Ｑ 1/02 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ａ６１Ｋ 37/02 ＡＥＤ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ Ｃ１２Ｒ 1:44） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 エドウィナ・イモジェン・ワイルディング アメリカ合衆国19406ペンシルベニア州キ ング・オブ・プルシア、サウス・ヘンダー ソン・ロード649番、エイ503 (72)発明者 カレン・メアリー・オドワイヤー アメリカ合衆国19460ペンシルベニア州フ ェニックスビル、コロネル・ウィリアム・ デウィーズ・プレイス1311番 (72)発明者 リサ・キャスリーン・シリング アメリカ合衆国18940ペンシルベニア州ニ ュータウン、イースト・パーク・ロード６ 番 (72)発明者 クリストファー・マイケル・トレイニ アメリカ合衆国19063ペンシルベニア州メ ディア、ポッター・コート50番 (72)発明者 デボラ・ディー・ジャワースキー アメリカ合衆国19382ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、スキルズ・ブールバ ード1827番 (72)発明者 ミン・ワン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番
Claims (27)
- 【請求項１】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含
む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ストレプトコッカス・ニューモニアエ中
に含まれるＳｅｃＡ遺伝子により発現されるのと同じ成
熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ドを含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドをコードしているポリヌクレオチドを含む単離ポリ
ヌクレオチド。 - 【請求項４】 請求項1のポリヌクレオチドに対して相
捕的な単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 ＤＮＡまたはＲＮＡである請求項１のポ
リヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：１に示す核酸配列を含む請求
項１のポリヌクレオチド。 - 【請求項７】 配列番号１に示すヌクレオチド番号１か
らヌクレオチド番号２５１２より開始するストップコド
ンまでを含む請求項１のポリヌクレオチド。 - 【請求項８】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしている請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項９】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
ター。 - 【請求項１０】 請求項９のベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項１１】 請求項１０の宿主細胞から上記ＤＮＡ
によりコードされているポリペプチドを発現させること
を含む、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１２】 ＳｅｃＡポリペプチドまたはフラグメ
ントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグ
メントの生成に十分な条件下で請求項１０の宿主を培養
することを含む方法。 - 【請求項１３】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。 - 【請求項１４】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
むポリペプチド。 - 【請求項１５】 請求項１４のポリペプチドに対する抗
体。 - 【請求項１６】 請求項１４のポリペプチドの活性また
は発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１７】 治療上有効量の請求項１４のポリペプ
チドを個体に投与することを含む、ＳｅｃＡポリペプチ
ドを必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１８】 治療上有効量の請求項１６のアンタゴ
ニストを個体に投与することを含む、ＳｅｃＡポリペプ
チドの阻害を必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１９】 個体における請求項１４のポリペプチ
ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
ポリペプチドの存在または量について分析することを含
む方法。 - 【請求項２０】 請求項１４のポリペプチドと相互作用
して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。 - 【請求項２１】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答
を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１
４のＳｅｃＡポリペプチドまたはそのフラグメントもし
くは変種を哺乳動物に接種することを含む方法。 - 【請求項２２】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、ＳｅｃＡポリペプチドまたはそのフ
ラグメントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体
および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的応
答を誘導して該動物を疾病から防御するするために、請
求項１４のＳｅｃＡポリペプチドまたはそのフラグメン
トもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターを送達す
ることを含む方法。 - 【請求項２３】 配列番号：１または３の配列を含むポ
リヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１また
は３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセ
ット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の
配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列
番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を
表すデータセット；配列番号：２または４の配列を含む
ポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：１の配列を含むポリ
ヌクレオチド；配列番号：２の配列を含むポリペプチ
ド；少なくとも１つの配列が配列番号：１の配列を含む
ものであるポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも
１つの配列が配列番号：２の配列を含むものであるポリ
ペプチド配列のセット；配列番号：１の配列を含むポリ
ヌクレオチド配列を表すデータセット；配列番号：２の
配列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌク
レオチド配列を表すデータセットからなる群より選択さ
れるメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
体。 - 【請求項２４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法であって、配列番号：１の配列を含むポ
リヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なく
とも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と
比較して相同性を同定する工程を含む方法。 - 【請求項２５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
のコンピューターによる方法であって、配列番号：１の
配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリ
ヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間
の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程
を含む方法。 - 【請求項２６】 配列番号：４のアミノ酸配列を含むポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを
含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２７】 配列番号：３のポリヌクレオチド配列
に対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレ
オチドを含む単離ポリヌクレオチド。
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US5456897P | 1997-08-01 | 1997-08-01 | |
| US99972098A | 1998-03-13 | 1998-03-13 | |
| US08/999720 | 1998-03-13 | ||
| US60/054568 | 1998-03-13 |
Publications (1)
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|---|---|
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|---|---|
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| JP (1) | JPH11192091A (ja) |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2003518946A (ja) * | 2000-01-04 | 2003-06-17 | エイブイアイ バイオファーマ， インコーポレイテッド | アンチセンス抗細菌性細胞分裂組成物、およびその方法 |
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-
1998
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- 1998-07-31 JP JP10250289A patent/JPH11192091A/ja not_active Withdrawn
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2003518946A (ja) * | 2000-01-04 | 2003-06-17 | エイブイアイ バイオファーマ， インコーポレイテッド | アンチセンス抗細菌性細胞分裂組成物、およびその方法 |
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|---|---|
| EP0894857A3 (en) | 2001-09-26 |
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