JP2002508171A

JP2002508171A - 新規ａｂｃトランスポーター

Info

Publication number: JP2002508171A
Application number: JP2000539056A
Authority: JP
Inventors: リチャード・エル・ウォーレン; クリストファー・エム・トレイニ
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1997-12-18
Filing date: 1998-12-08
Publication date: 2002-03-19
Also published as: US6300094B1; EP1040124A1; WO1999031133A1

Abstract

(57)【要約】新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドおよび新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、および組み換え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに抗細菌化合物のスクリーニングのための新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドの使用方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】

本発明は、新たに同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびに
それらの製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、そしてそれらの使用に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、ＡＢＣトランスポーターファミリーの新規ポリヌクレオチドおよ
びポリペプチド（以下、新規ＡＢＣトランスポーターという）に関する。

【０００２】発明の背景スタフィロコッカス属（Staphylococci）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用いることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的に重要な
微生物属を形成している。それらは２つのタイプの疾病、すなわち、侵入的およ
び毒素生成的疾病を引き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染は
皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成により特徴づけられる。エス
・アウレウス（S. aureus）は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細菌性心内膜炎も比較
的よく見られる。スタフィロコッカス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨
床的症状がある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および菌血症に対立
するものとしてのエンドトキシンの作用により生じる。これらの症状は、スタフ
ィロコッカス食中毒、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を包含する
。

【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻度は過去２０年間に劇的に上昇して
いる。これは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団の増
加に起因している。いくつかのまたは全ての標準的な抗生物質に対して耐性を有
するスタフィロコッカス・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、ワクチンおよび診断試験
についての必要性を形成した。

【０００４】明らかに、抗生物質活性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規ＡＢＣトランスポーター具体例のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不全および疾病の発生にお
けるそれらの役割を調べるのにも有用である。感染、機能不全または疾病の予防
、改善または修正において役割を果たしうる、かかる因子ならびにそれらのアン
タゴニストおよびアゴニストに対する必要性もある。

【０００５】本発明のある種のポリペプチドは、既知のArchaeoglobus fulgidusのＡＢＣト
ランスポーター（AE001033）蛋白（Higgins et al. 1990. J. Bioenerg. Biome
mbr 22:571-592; Aguilar_Bryan et al 1995 Science 268:423-426. Rosteck
et al 1991 Gene 102:27-32; Accession numbers AE001023, C64488）に対する
アミノ酸配列相同性を有する。

【０００６】発明の概要表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列および既知アミノ酸配列とArchaeog
lobus fulgidus のＡＢＣトランスポーター（ＡＥ００１０３３）蛋白のごとき他の蛋白の配列との間の相同性により、新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチ
ドであると同定されたポリペプチド提供することが本発明の目的である。新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド
、詳細には本明細書で新規ＡＢＣトランスポーターと命名されたポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目的である
。本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、表１（配列番号
：１）に示す配列を含む新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコードする
領域を含み、全長遺伝子またはその変種が包含される。本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、表１（配列番号：２）のア
ミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウス由来の新規新規ＡＢＣトラン
スポーター蛋白、またはその変種がある。

【０００７】本発明のさらなる態様は、新規ＡＢＣトランスポーター、詳細にはスタフィロ
コッカス・アウレウスの新規ＡＢＣトランスポーターをコードしている単離核酸
分子が提供され、それにはｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治
療的に有用なその変種、およびそれらを含む組成物を包含する。

【０００８】本発明のもう１つの態様によれば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学
的免疫を目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。本発明の特
に好ましい具体例には、新規ＡＢＣトランスポーターの天然に存在する対立遺伝
子変種およびそれによりコードされるポリペプチドがある。

【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細書において新規ＡＢＣトランスポー
ターと称されるスタフィロコッカス・アウレウスの新規ポリペプチド、ならびに
生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその変種および誘
導体、およびおよびそれらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体例には、新規ＡＢＣトランスポーター遺伝子の天然
に存在する対立遺伝子によりコードされる新規ＡＢＣトランスポーターポリペプ
チドの変種がある。本発明の好ましい具体例において、上記新規ＡＢＣトランスポーターポリペプ
チドの製造方法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用
なかかるポリペプチドの阻害剤が提供される。

【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、新規ＡＢＣトランスポーター発現の
評価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならびに細菌、特にスタフィロコ
ッカス・アウレウス細菌に対する免疫学的応答を生起するための生物への新規Ａ
ＢＣトランスポーターポリペプチドまたはポリヌクレオチドの投与のための、製
品、組成物および方法が提供される。

【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ましい具体例によれば、特に、厳密な
条件下で新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼー
ションするポリヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具体例において、新規ＡＢＣトランスポーターポリペ
プチドに対する抗体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの
結合、あるいは相互作用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の同
定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドと
の間の結合あるいは他の相互作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドま
たはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触させて、化合物との
結合あるいは他の相互作用を評価し（かかる結合または相互作用は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応答して検出可
能なシグナルを提供することのできる第２の化合物に関連している）、次いで、
化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用から生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドま
たはポリヌクレオチドに結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。

【００１２】本発明のさらにもう１つの態様によれば、新規ＡＢＣトランスポーターアゴニ
ストおよびアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性アゴニストおよ
びアンタゴニストが提供される。

【００１３】本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投与するための、
新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチドまたは新規ＡＢＣトランスポータ
ーポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、以下の記載
を読むこと、および本明細書のその他の部分を読むことにより、当業者に容易に
明らかとなろう。

【００１４】発明の説明本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に説明する、新規新規ＡＢＣトランス
ポーターポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、
Archaeoglobus fulgidusのＡＢＣトランスポーター（AE001033）ポリペプチドに
対するアミノ酸配列相同性により関連付けられる、スタフィロコッカス・アウレ
ウスの新規ＡＢＣトランスポーターのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関
する。特に本発明は、それぞれ配列番号：１および配列番号：２として表１に示
すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有する新規ＡＢＣトランスポーターに
関する。

【００１５】表１新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）スタフィロコッカス・アウレウス新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1] 5'-CATTTATATATTGTTGTCTTAATGTTTTATCAGAAGTTTGTTGTAACTCG CTTAATAAATGATGAATATGTGTTAATGGTGTTTTGATTTCATGAGATAC ATTTTGTACAAAATGCTGCCTCATTTGATCAACTTGTCCCAATGACTCTC TCATCTTATTAAAGTGATACTGTAATGTTCCAATTTCATCTTTGCGTGTT TGTTTGATAGGTGTTTCAAAATCACCATCAATTAAGCGTTCGGTCGCTAG CTTTAACTTTTTTACTGGACGAATGATTGAATAGGTTGATGCGATAACTA ATGAAATCGAGATAAATAATAACAACATTAACAAGACGGCTAAGAATGTT CTAAACTCGCTAAATGTTTCTCCAATATCTGGACGCATGAATACTGCTAT TGAACCGTCTTTTGTCTTAAAGTTAATACCAACAGTATTATCTGTTACAT TGTCGAAAAATCCAGTTACGAATAATGCGAATGTTTATCTTTAATACCAT GGTAATCTTTATTATTTAATACGTTTGTAATAGCATTTTGTGAAAAAGTA TCTTCTCTAAATGGCTCCCCAAAAATGTCTTATGACCCTTTTGATCAACG GTCATAATTTGGTAATTCATTTGCCCTAAATGTTTGAAATATTGTTGAAT GTGCGTTGGTTTAACTGATTGTTCATATTGTCTTGCTTCTTTAAGTGTCT TCATGATTTTCGCGTCATTAGATGCTTTTAAATTATAATGATAGTAAACA TTTGTTAATACAAAACTTATTAATGCACTAAATAAAATAACCGTAATGGA ATAAATCGCAATTCTAGCATAGAGTGTTTTAAACATGATTCTCCACCTTA TAGCCTTGTCCTCTTACTGTTTCAATTGTAAGTGTGGCATTTAATTTTTT TAATCTTTGGCGTAGTCGCTTAATATGAACGTCAACTGTTCGTTCATCTC CTTCATAATCATAGCCCCAAATTTTTTCTATTATTTGTTCACGAGTAAAG ATTTGCTTAGGACGTGCTGCAAGCATAAATAATAATTGAAATTCCTTGTT CGGTAACGTCATCGTTTATTAGATACTTGGAGTTCCAAATAGGATTGGTT TAGCGTTAAGTTGCCAATAGTCATTTCTGAATTTGAATTGATATTATATC GACGTAATACCGCACGAATTCTAAAAATAAGTTCCTTAACCTCAAAGGGT TTGGTTACATAATCGTCAGTACCACTTATAAACGCACGCTCTTTGTCACT AAGTGCATCCCGCGCTGTTAACATAATAACTGGTATATCATAATCATTTT TTAATGTATTACATAATTGAAAGCCGTCCATACCATCCATCATAATATCT ACCACTGCAATATCGACACGCTGTTTTTCTAAAAGTTTTAATGCAGCTTC ACCACTTGGTTGTGTGTATGCATCAATGTGCTCTGTTTGTAAATGGCTAG CTATATAATTTAGGATTCGAGGATCGTCATCGACAACAAGACATTGCACC ATAGCTATAAACTCCCTTATCTTTTTCATTTATTATACATGTAAAATATT TTTGCGTAAAAAAACAATTGTTCATATTGAGTTCATATTTCAACCTTATA CTGACGCTAAAGAAGAAATAGGGAGAAGTGAATCGATATGAAATTAGCGA TAAAAGAGATTATGTTTTACAAATTTCGTTATATTTTAATCACATTAATC ATTCTTTTATTAAGTATTATGGGGTTATTTATTAGTGGTTTAACTCAAGG GCTTGGTAGGGAGAATATTTCGTTATTTGAACACTTTGATAATGAATAAT ATGTTGTTCAAAAAATGAAAGAGCCGCAAATTGAGAAATCGCAACTTAGT GATACGCAACAGAATCAATTAAAAAAGTAATTCATCAAGAACCATATAAA ATGAATATTCAAACATTGAAATTATCTAATAAAGAACAAGATGTGATTAC ATGAATGACGTTAAACAACAACGCCTACAACTTAAAAAAGGTGAATATCC TAAAAATGCTCATGAGGTCGCTATTAATGATAAGTTAGCTGCAGACAACA TTAGAGTCGGGGATAGATTACATTTTAAAAATAATTCAACTAGTTATAGA GTTTCTGGTATTTTAAACGACACAATGTATGCGCATAGTTCCATTGTGCT ATTGAACGATAACGGATTTAATGCATTGAATAAGGTTAATACGGCATTTT ATCCAGTGAAAAATTTAACACAACAACAACGTGATGAGCTTAATAAAATA AATGACGTTCAAGTTGTGAGTGAAAAAGATTTAACAGGTAATATTGCGAG TTATCAAGCAGAGCAAGCACCGTTAAATATGATGATTGTTAGTTTGTTTG CTATTACAGCAATCGTTCTAAGTGCATTTTTCTATGTTATGACGATTCAA AAAATATCACAAATTGGCATTTTGAAAGCAATTGGTATTAAGACAAGACA TTTATTGAGTGCGTTAGTTTTACAAATTTTAACACTAACAATAATTGGGG TAGGTATTGCTGTGATCATCATAGTAGGACTATCATTTATGATGCCGGTA ACGATGCCTTTTTACTTAACAACGCAAAATATTTTATTAATGGTGGGGAT ATTTATATTAGTAGCGATTTTAGGTGCCTCACTATCATTTATCAAATTAT TTAAAGTGGATCCTATCGAAGCAATTGGAGGTGCAGAATAATGGCATTAG TCGTTAAAGATATCGTCAAAAATTTCGGAGAAGGTTTGTCTGAAACAAAA GTTTTAAAAGGTATTAATTTTGAAGTGGAACAAGGGGAATTTGTCATTTT AAATGGTGCCTCTGGTTCTGGGAAAACAACATTGCTAACGATATTAGGCG GATTGTTAAGTCAAACGAGTGGTACAGTGCTTTACAATGATGCACCATTG TTTGATAAACAGCATCGTCCTAGTGATTTGCGATTGGAAGATATTGGTTT TATTTTTCAATCTTCACATTTAGTTCCTTATTTAAAAGTGATAGAGCAAT TGACACTCGTAGGCCAAGAAGCGGGAATGACCAAACAACAAAGTTCAACA AGAGCAATACAACTTTTGAAAAATATTGGGTTAGAAGATCGCTTGAATGT ATATCCGCATCAGTTATCTGGCGGTGAAAAGCAACGTGTTGCGATTATGA GAGCATTTATGAATAATCCGAAAATCATTTTAGCAGATGAGCCCACAGCA AGTTTAGATGCCGATAGAGCAACAAAAGTTGTTGAGATGATACGTCAACA AATTAAAGAACAACAAATGATTGGTATTATGATTACACACGATCGAAGAT TATTTGAATATGCAGATCGAGTGATTGAATTAGAAGATGGCAAAATAACT GATTAGTGGCTTGTAAAGACGCTAAATGTTAATGATTTAAGACATAGTAG TATAAAAGTTAGATAACAGAATACGATTTGGGTTTACAAAAAAGCGCGTC ACTATTATATAAAATGATGACGTGCTTTAGTTTATTTATTTTCAATATAA CAATTGTCTAATCAAGGATTAACGAATATTTAAAGATAGTTTGACGCAAT ATTAGAAACAACCTATAATAATAGTTTGTTTGTGGATTAACTATTATAAA TAAAAGCGGCGTAAAGACATATAAACCAACTACTTGAACAATATAACGTT AATAACAATCTATACTGATACATTACGCCTAGATAATCTTTAATGAGCAC ATGTAAGAAAAAGTGATATGGTGTATGACTTCCGACACCATCGATAGATA AACCTAATTTTTGGGCTAGTCGTAAGGCGCGCAATACATGAAACTGACTT GTTACACAAACAATTTTAACTGCTTCATGATACAAATTGTTGATGATTTG TTTAGAATATAAAAAGTTTGTGTATGTATTTATAGAGTGAGATTCCATTA GTATATCTGTTTTATCAACACCATGTGCAATCAAATAACGTTGCATAGCT AAAGCTTCAGAAATTGGTTCGTCTGGTCCTTGTCCGCCAGATACAATAAT CTTTGTTGCTGATGCTTGTTGTTGATAGATATCAAGTGCACGGTCTAAAC GCGCTGCAAGCATTGGTGTGACAAATTCGGTAAAAATACCAGCACCTAAC ACAATTATGATATCAACTTCTTTGTTGTATGATCTATGTCTATATGATAC TGTCCAAACGAGATAACAAATAAAGGTTAGTAACAGGGAAAGACATAATA TAGCTAACCACATAGACAAACCTTTCACAATAGGTGACTGAATCGTACTT ATAAATAGAAGTGCTGATGTGTAGAGTAC-3'

【００１６】（Ｂ）この表中のポリヌクレオチド配列から推定される新規ＡＢＣトランスポー
ターポリペプチド配列 [配列番号：2] NH₂-SGSYRSNWRCRIMALVVKDIVKNFGEGLSETKVLKGINFEVEQGEFVILNGASGSGKTTLLTILGGLL
SQTSGTVLYNDAPLFDKQHRPSDLRLEDIGFIFQSSHLVPYLKVIEQLTLVGQEAGMTKQQSSTRAIQLLKN
IGLEDRLNVYPHQLSGGEKQRVAIMRAFMNNPKIILADEPTASLDADRATKVVEMIRQQIKEQQMIGIMITH
DRRLFEYADRVIELEDGKITD-COOH

【００１７】寄託物質スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含有する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル・アンド・マリン・バクテリア
・リミテッド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカードライブ、アベ
ルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに１９９５年９月１１日に寄託し、Ｎ
ＣＩＭＢ受託番号４０７７１が付与された。寄託したことにより、寄託株をスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株という。スタフィロコッカス・アウレウス株寄託物を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という
。寄託株は全長の新規ＡＢＣトランスポーター遺伝子を含んでいる。寄託株中に
含まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドの
アミノ酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事象において支
配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条
約の条件下でなされている。特許が発行されると何らの制限または条件もなく、
最終的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ. Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承
認するものではない。寄託物を製造、使用または販売するためにはライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここでは賦与されていない。

【００１８】１の態様において、寄託株中に含まれるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が
提供される。さらに寄託株中のＤＮＡの新規ＡＢＣトランスポーターヌクレオチ
ド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列が本発明により提供される。
また寄託株から単離された新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチド配列および
それに由来するアミノ酸配列も本発明により提供される。

【００１９】ポリペプチド本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプチド（詳細には、成熟
ポリペプチド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には新規ＡＢＣ
トランスポーターの生物学的活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番号
：２］のポリペプチドまたはその重要部分に対して少なくとも７０％、好ましく
は表１［配列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有
するポリペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１［配列番号：２］の
ポリペプチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し（より好ましくは、少な
くとも９０％の同一性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番号：２］の
ポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性を有する（さらにより好ましく
は少なくとも９５％の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、さら
に通常には少なくとも３０個、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸を含
むかかるポリペプチドの部分を包含する。

【００２０】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるポリペプチドを包含する。式中、アミノ末端においてＸは水素であり
、カルボキシル末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃はアミノ
酸残基、ｍは１ないし１０００の間の整数またはゼロ、ｎは１ないし１０００の
間の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明アミノ酸配列、詳細には表１から選択されるアミノ酸配列である。上式中、Ｒ₂は、そのアミノ末端残基が左にあってＲ₁に結
合し、そのカルボキシル末端残基が右にあってＲ₃に結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれのＲ基により示されるアミノ
酸残基鎖も、ヘテロポリマーまたはホモポリマーであってよく、ヘテロポリマー
が好ましい。

【００２１】フラグメントは、前述のポリペプチドのアミノ酸配列のすべてではなく一部に
対して全く同一であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。新規ＡＢ
Ｃトランスポーターポリペプチドについては、フラグメントは「独立して存在（
free standing）」しているか、または一部分もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続し
た領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含まれる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２］のアミノ酸配列の一部分を有
する末端切断されたポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、その例と
してはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボキシル末端を含む一連
の残基を切断したものがある。宿主、とりわけスタフィロコッカス・アウレウス
における、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好ましい。また、構造的また
は機能的属性により特徴づけられたフラグメント、例えばアルファーヘリックス
およびアルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシート形成領
域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、
疎水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表面形
成領域、基質結合領域、および高抗原性指標領域を含むフラグメントなども好ま
しい。新規ＡＢＣトランスポーター活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましく
ない活性を減じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフラグメントも
好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原的または免疫原的なフラグメントも
また含まれる。個体、特にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウレウスの生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能力を付与する酵素の受容
体またはドメインを含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応全
長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変種を全長のポリ
ペプチド製造のための中間体として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフ
ラグメントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成してもよ
い。

【００２２】アミノ酸を示す標準的な１文字および３文字法のほかに、本発明の特定のポリ
ペプチドを説明する際にＸまたはＸａａを用いる。ＸおよびＸａａは、天然に存
在する２０種のアミノ酸のいずれかが、ポリペプチド配列中のそのように記載さ
れた位置にあることを意味する。

【００２３】ポリヌクレオチド本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するものであり、それには表１
［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を有する新規ＡＢＣトランスポーターポリ
ペプチドをコードする全長遺伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチド
およびそれらの変種が包含される。本明細書に提供される情報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に示すポリ
ヌクレオチド配列を用い、出発物質スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９細胞からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配列決定するた
めに用いるような標準的なクローニングおよびスクリーニングを用いて、新規Ａ
ＢＣトランスポーターポリペプチドをコードしている本発明ポリヌクレオチドを
得て、次いで、全長のクローンを得てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド
配列、例えば表１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー・コリ（E.co
li）またはいくつかの他の適切な宿主におけるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴ
ヌクレオチドにてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持す
るクローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列決定プ
ライマーを用いてこのように同定した個々のクローンを配列決定することにより
、両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定できる。このよう
な配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用い
て実施する。適切な技法については、Maniatis, T.、Fitsch, F. F.およびSambr
ookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybridization 1.90およびSequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。本発明
の典型例において、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドが、スタフィ
ロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９由来のＤＮＡライブラリー中に見いだされた。

【００２４】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列は、表１［配列番号：２］に示すアミ
ノ酸残基数とほぼ同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を含んで
おり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知られたアミノ酸の分子量を用いて
算出できる。ヌクレオチド番号２６５５からヌクレオチド番号３３５４で始まる
ストップコドンまでの間の配列番号：１のポリヌクレオチドは配列番号：２のポ
リペプチドをコードする。本発明新規ＡＢＣトランスポーターは、新規ＡＢＣトランスポーターファミリ
ーの他の蛋白に構造的に関連している。

【００２５】本発明は、表１［配列番号：１］のコーディング配列に対して全長にわたり同
一であるポリヌクレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディング配
列またはそれらのフラグメント、ならびにその他のコーディング配列を有する読
み枠中の成熟ポリペプチドのコーディング配列またはそのフラグメント、例えば
リーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列をコードする配列も本
発明により提供される。ポリヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、
終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、
ポリアデニル化シグナル等の転写非翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする
付加コーディング配列等の非コーディング５’および３’配列等の非コーディン
グ配列をも含有しうるが、これらに限定するのではない。例えば、融合ポリペプ
チドの精製を促すマーカー配列をコードすることもできる。本発明のある好まし
い態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen, Inc.）中に提供さ
れるようなヘキサ−ヒスチジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., U
SA， 86: 821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37
: 767（1984））である。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するものではない。

【００２６】本発明の好ましい具体例は、新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコー
ドいしている、表１の配列番号：１に示すヌクレオチド２６５５からヌクレオチ
ド３３５４のすぐ上流までを含むポリヌクレオチドあるいはヌクレオチド３３５
４までを含むポリヌクレオチドである。

【００２７】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるポリヌクレオチドを包含する。式中、分子の５’末端においてＸは水
素であり、分子の３’末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃は
核酸残基、ｍは１ないし３０００の間の整数またはゼロ、ｎは１ないし３０００
の間の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明の核酸配列、詳細には表１から選択される核酸配列である。上のポリヌクレオチドの式中、Ｒ₂は、５’末端残基が左にあってＲ₁に結合し、３’末端残基が右にあってＲ₃に結合するように方向づけられ
る。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかのＲ基により示される核酸鎖
はヘテロポリマーまたはホモポリマーであってよく、ヘテロポリマーが好ましい
。好ましい具体例において、ＸおよびＹが一緒になって共有結合である場合、上
式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオチドであり、２本鎖ポリヌクレ
オチドであってもよいが、その場合において式は第１鎖を示し、第２鎖はそれに
対して相補的である。もう１つの好ましい具体例においてｍおよび／またはｎは
１ないし１０００の間の整数である。

【００２８】本発明ポリヌクレオチドがスタフィロコッカス・アウレウス由来であるのが最
も好ましいが、例えば、同じ分類学上の属の生物であっても好ましい。例えば、
それらを同じ分類学上の科または目の生物から得てもよい。

【００２９】上記した本明細書の用語「ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド」
は、本発明ポリペプチド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含し
、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：２］に示すア
ミノ酸配列を有するスタフィロコッカス・アウレウスの新規ＡＢＣトランスポー
ターのポリペプチドを包含する。該用語は、コーディング配列および／または非
コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポリペプチドをコ
ードしている単一の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージ
または配列の挿入または配列の編集により分断されたもの）を含むポリヌクレオ
チドを包含する。さらに本発明は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプ
チドの変種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種にも関する。本発明ポリヌ
クレオチドのフラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを
合成してもよい。

【００３０】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列番号：２］の新規ＡＢＣトランスポ
ーターポリペプチドのアミノ酸配列を有する新規ＡＢＣトランスポーターポリペ
プチド変種をコードするポリヌクレオチドであり、その中には、いくつか、少し
の、５ないし１０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残基
を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配列を有する。中
でもとりわけ好ましいものは、新規ＡＢＣトランスポーターの特性および活性を
変化させないサイレント置換、付加および欠失である。

【００３１】本発明のさらに好ましい具体例は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸配列
を有する新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコードしているポリヌクレ
オチドに対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性があるポリヌクレ
オチド、およびかかるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチドであ
る。あるいはまた、寄託株の新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％同一であ
る領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチド
が最も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であるポ
リヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を有する
ものが特に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少
なくとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくとも９８％および少なく
とも９９％であるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好
ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコードされる成熟ポリペ
プチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドである。

【００３２】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドに
関する。この点に関して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「厳
密な条件」および「厳密なハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の
同一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％である場合のみに起こ
るハイブリダイゼーションを意味する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例
としては、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮａＣｌ、１５ｍＭ
クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／ｍｌの変性
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２℃で一晩インキュベーシ
ョンし、続いて約６５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Sambrookら、Molecula
r Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、
ニューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示されている。

【００３３】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーション条件で、配列番号：１に示すポ
リヌクレオチド配列に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列番号
：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントの配列を有するプ
ローブでスクリーニングし、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチドをも提供する。かかるポ
リヌクレオチドを得るために有用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇
所において説明するプローブおよびプライマー等がある。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関してここでさらに論じるが、例えば上
述の本発明のポリヌクレオチドを、新規ＡＢＣトランスポーターをコードするｃ
ＤＮＡ全長およびゲノムクローンを単離するための、および新規ＡＢＣトランス
ポーター遺伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲ
ノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイ
ブリダイゼーションプローブとして使用することができる。このようなプローブ
は通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこのようなプローブは少なくとも
３０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそれ以下である。例えば、新規ＡＢＣトランスポーター遺伝子のコーディング領域は、配列番号
：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成してスクリー
ニングすることにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配
列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ
のライブラリーのスクリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれのメ
ンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定する。

【００３５】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、例えば、疾病とりわけヒト
の疾病の治療法および診断法の発見のための研究試薬および材料として使用でき
、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本明細書でさらに論じる。表１［配列番号：１または２］の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明
ポリヌクレオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好ましくはＰＣＲ
に使用して、本明細書で同定したポリヌクレオチドの全体または一部が感染した
組織に転写されるかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成した感染段
階および感染型の診断にも有用であることが理解される。

【００３６】また本発明は、さらなるアミノもしくはカルボキシル末端アミノ酸、または成
熟ポリペプチドに内在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドをコー
ドできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟形態が一つ以上のポリペプチ
ド鎖を有する場合）。このような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセ
ッシングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半減期を延長もしくは短
縮し、またはとりわけアッセイもしくは製造のための蛋白の操作を容易にするこ
とができる。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性酵素によりプロ
セッシングされ、成熟蛋白から取り除かれる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態のポリペプチドを有する前駆
蛋白は、ポリペプチドの不活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常
にはこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列のいくつかまたはすべて
を活性化の前に除去できる。通常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００３７】核酸塩基を示す標準的なＡ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕのほかに、本発明のある種のポリ
ヌクレオチドを説明する場合にＮを用いる。Ｎは、隣接するヌクレオチド位置と
一緒になって作用する場合において、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成する効果を有する塩基でな
いことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかが
ＤＮＡまたはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味する。

【００３８】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配列を加えた成熟
蛋白（プレ蛋白と称することができる）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１ま
たはそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列および
１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコ
ードしていてもよく、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態を生成
するプロセッシング段階で除去される。

【００３９】ベクター、宿主細胞、発現本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌクレオチドを含むベク
ター、本発明ベクターで遺伝子操作される宿主細胞および組換え技法による本発
明のポリペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用
い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞を遺伝子操作して、発現系もしくはそれ
らの一部、または本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。ポリヌク
レオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davisら、Basic Methods in Molecula
r Biology（1986）；Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・
スプリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マ
ニュアルに記載される方法により行うことができ、例えばリン酸カルシウムトラ
ンスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トラン
スベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクシ
ョン、エレクトロポレーション、トランスダクション、スクレープ負荷、バリス
ティック導入および感染等がある。

【００４０】適当な宿主の代表的なものには、細菌細胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、スタフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッカス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、ストレプトミセス（Streptomyce
s）およびバチルス・ズブチリス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ
、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細胞；ならびに植物細胞等がある。

【００４１】本発明のポリペプチドを製造するために非常に多くの発現系を使用できる。こ
のようなベクターには、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクター、例
えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母
エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワクシニアウイルス、アデノ
ウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイル
ス由来のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来するベクター、例
えばプラスミドおよびバクテリオファージの遺伝学的エレメント由来のベクター
、例えばコスミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発現を制御お
よび引き起こす調節領域を含有していてもよい。この点に関して、一般的には、
宿主中にポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに、および／またはポ
リペプチドを発現するのに適した任意の系またはベクターを発現に使用できる。
周知のおよび通常的な種々の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿
入してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual（
上述）に記載されている。

【００４２】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミックスペースまたは細胞外環境へ分泌
させるために、適当な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むことがで
きる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的なものであってもく、あるいは
異種性のシグナルでもよい。

【００４３】本発明のポリペプチドは周知の方法により、組換え細胞培養物から回収および
精製でき、その方法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽
出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマ
トグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー
、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィ
ー等がある。高速液体クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポ
リペプチドが単離および／または精製中に変性した場合、再び活性なコンホーメ
ーションにするために、蛋白再生のための周知の技法を用いることができる。

【００４４】診断アッセイ本発明はまた診断試薬として使用するための本発明の新規ＡＢＣトランスポー
ターポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒト
における新規ＡＢＣトランスポーターの検出は、疾患の診断のための診断法を提
供する。新規ＡＢＣトランスポーター遺伝子を含む生物に感染した真核生物（本
明細書において「個体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法
によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟
骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用してもよく
、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的
に増幅できる。ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡもまた同じ方法で用いるこ
とができる。増幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトに存在す
る原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすることがで
きる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産物の大きさの変化により、欠
失および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化新規ＡＢＣトラ
ンスポーターポリヌクレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定でき
る。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、
誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグ
メントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、または直接的なＤＮＡ
の配列決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えばMeyersら、Scienc
e， 230: 1242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断法によっ
て明らかにしてもよい。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA， 85:
4397-4401 （1985）参照。

【００４５】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を担持する細胞を、種々の技術により
、ＤＮＡレベルで、例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。例え
ば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲは自
動検出系、例えばGeneScan等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮ
Ａ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用い
てもよい。例を挙げると、新規ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸に相補
的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定および分析するのに用いることができ
る。典型的なプライマーの例を下表２に示す。

【００４６】表２新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチドの増幅のためのプライマー配列番号：プライマー配列 3 5'-TGCCTCTGGTTCTGGGAAAA-3' 4 5'-ACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATA-3'

【００４７】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるプライマーを包含する。式中、分子の５’末端においてＸは水素であ
り、分子の３’末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃は核酸残
基、ｍは１ないし２０の間の整数またはゼロ、ｎは１ないし２０の間の整数また
はゼロ、Ｒ₂は本発明のプライマー配列、詳細には表２から選択されるプライ− 配列である。上のポリヌクレオチドの式中、Ｒ₂は、５’末端残基が左にあってＲ₁に結合し、３’末端残基が右にあってＲ₃に結合するように方向づけられる。
ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかのＲ基により示される核酸鎖はヘ
テロポリマーまたはホモポリマーであってよく、表１のポリヌクレオチドの領域
に相捕的なヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例においてｍおよび／また
はｎは１ないし１０の間の整数である。

【００４８】本発明はまた、５’および／または３’末端から１、２、３または４個のヌク
レオチド除去したプライマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体か
ら単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べる
ための種々の技法に供してもよい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を
検出し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよび／または分類に使
用することができる。

【００４９】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感染、より好ましくはスタフィロコッカ
ス・アウレウスによる感染の診断方法を提供し、該方法は、表１［配列番号：１
］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を個体由来の試料から検
出することを特徴とする。新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチドの発現
の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野でよく知られた
いずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザ
ンブロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定できる
。

【００５０】さらに、正常対照組織サンプルと比較して、新規ＡＢＣトランスポーター蛋白
の過剰発現を検出するための本発明診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を
検出してもよい。宿主由来のサンプル中の新規ＡＢＣトランスポーター蛋白のレ
ベルを決定するために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周知である
。かかるアッセイ法には、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタ
ンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。

【００５１】抗体本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそれらを発現する細胞を
免疫源として用いて、かかるポリペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができ
る。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリクローナル抗体
、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメント
が包含され、さらに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂフラグメ
ントも包含される。本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープ
が付いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動物に
通常の実験法を用いて投与することにより得ることができる。連続的細胞系培養
により産生される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル
抗体を調製することができる。例としては、Kohler， G.およびMilstein, C.， Nature， 256: 495-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4: 72 （19
83）； Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R Liss, In
c.、77-96頁（1985）に記載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生のために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を
適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を得ることができる。また、
トランスジェニックマウスまたはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用い
てヒト化抗体等の抗体を発現させてもよい。

【００５２】別法として、ファージディスプレイ技法を用いて、抗−ポリペプチドを有する
ことにつきスクリーニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝子の
レパートリーから、抗−新規ＡＢＣトランスポーターを有することについてスク
リーニングされたヒトから、あるいは無処理のライブラリーから、ポリペプチド
に対する結合活性を有する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty, J.
ら、Nature 348: 552-554 （1990）； Marks, J.ら、Biotechnology 10: 779-78
3 （1992））。これらの抗体の親和性はチェインシャフリング（chain shufflin
g）により改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 352: 624-628 （199
1））。

【００５３】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、各ドメインは「二特異性」抗体と称
する異なるエピトープに対して指向される。

【００５４】上記抗体を用いてポリペプチドを発現するクローンを単離または同定してもよ
く、上記抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することができる。従って、とりわけ新規ＡＢＣトランスポーターに対する抗体を、感染、とりわ
け細菌感染の治療に用いてもよい。

【００５５】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ的または免疫学的に等価な変種等が
あり、本発明の特定の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体」
なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチドに対して生成した場合、病原
および哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により
特異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含する。本明細書で用い
る「免疫学的に等価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を産生させる
のに適した処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間での即時的な物
理的相互作用を妨害するように作用するペプチドまたはその等価物を包含する。

【００５６】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に等価な誘導体、またはそれらの融合
蛋白は、マウスまたはその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫するた
めの抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチドに安定性を付与できる。抗
原は、例えば抱合することにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アル
ブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合することができる。あるいはまた、蛋白も
しくはポリペプチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプ
チドの多重コピーを含む多重抗原ペプチドは、免疫原性を改良するための十分な
抗原性を有しているので、キャリヤーを使用しなくてすむ。

【００５７】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、個体における免疫原性を減じるため
に修飾する。例えば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は「ヒト化
」されており；この場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相補性決定領域がヒト・
モノクローナル抗体に移植されており、例えばJones, P.ら、Nature 321: 522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9: 266-273（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチドを遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラ
スミドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum. Mol. Genet. 1: 363 （1992 ）；Manthorpeら、Hum. Gene Ther. 4: 419 （1963））、特異的蛋白キャリヤー
とＤＮＡとの複合体の送達（Wuら、J. Biol. Chem. 264: 16985 （1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNAS 83: 9551 （1986 ））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243: 375 （1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356: 152 （1992）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol. 12: 791 （1993））およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたインビボ感染（Seegerら、PNAS 81: 5849 （1984））等の適切な送達
方法を用いるのが好ましい。

【００５８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセイおよび分子本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標品、化学ライブラリー
、および天然産物混合物中における小型分子基質およびリガンドの結合を評価し
てもよい。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガンドであってもよ
く、構造上または機能上の模倣物であってもよい。例えば、Coligan et al.,Cur
rent Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991)参照。

【００５９】また本発明は、新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドの作用を増強（アゴニスト）または阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳
細には、静菌性および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物のスクリ
ーニング方法をも提供する。該スクリーニング方法は高処理量の方法である。例
えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、新規ＡＢ
Ｃトランスポーターポリペプチド、このようなポリペプチドの標識基質またはリ
ガンドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面膜もしくは細胞壁のごとき細胞コ
ンパートメント、またはそれらのいずれかの調製物を、新規ＡＢＣトランスポー
ターアゴニストまたはアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下または不在下
でインキュベーションする。候補分子が新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチ
ドにアゴナイズまたはアンタゴナイズする能力は、標識化リガンドの結合の低下
またはこのような基質からの生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響
を及ぼさない分子、すなわち新規ＡＢＣトランスポーターの効果を誘導しない分
子は、最も良好なアンタゴニストである可能性がある。結合性が良好で、基質か
らの生成物の生成速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生
成速度またはレベルはリポーターシステムを用いることにより強調できる。この
点に関して有用なリポーターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識
化基質、新規ＡＢＣトランスポーターポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性
の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で周知の結合アッセイ等が
あるが、これらに限定するものではない。

【００６０】新規ＡＢＣトランスポーターアンタゴニストのアッセイのもう１つの例は競争
アッセイであり、競争阻害アッセイに適した条件下で、新規ＡＢＣトランスポー
ターおよび潜在的アンタゴニストを、新規ＡＢＣトランスポーター結合分子、組
換え新規ＡＢＣトランスポーター結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合
物により新規ＡＢＣトランスポーターを標識し、結合分子に結合した、または生
成物に変換された新規ＡＢＣトランスポーター分子の数を正確に決定して、潜在
的なアンタゴニストの効果を評価できる。

【００６１】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペプチドに結合し、そのことによりそ
の活性を阻害し消失させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体な
どがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に関連した蛋白または抗体のご
とき小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子
の同じ部位に結合するが、新規ＡＢＣトランスポーターにより誘導される活性を
誘導せず、それゆえ新規ＡＢＣトランスポーターを結合から排除することにより
新規ＡＢＣトランスポーターの作用を妨害する。潜在的アンタゴニストには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれを
占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害して、正常の生物学的活性を
妨害する小型分子等がある。小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、
ペプチド様分子等があるが、これらに限定するものではない。その他の潜在的ア
ンタゴニストにはアンチセンス分子等がある（これらの分子についての記載に関
してはOkano, J.， Neurochem. 56: 560 （1991）；Oligodeoxy-nucleotides as
Antisense Inhibitors of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、
フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、新規ＡＢＣト
ランスポーター関連化合物および新規ＡＢＣトランスポーター変種等がある。

【００６２】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化合物の発見および開発に使用しても
よい。コードされている蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニングのた
めの標的として使用されうる。さらに、コードされている蛋白のアミノ末端領域
または各ｍＲＮＡのシャイン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコード
しているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、目的コーディング配列
の発現を制御することもできる。

【００６３】本発明は、感染の続発症に関与する病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的
相互作用を妨害するための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻害物
質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在デバイス上の哺乳動物細胞外
マトリックス蛋白または傷における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳
細にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チロシンキナーゼのホス
ホリレーションを開始することによる、新規ＡＢＣトランスポーター蛋白により
媒介される哺乳動物細胞への侵入のブロック（Rosenshine et al., Infect. Imm
unol. 60: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と細菌新規ＡＢＣトランスポーター蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌付着のブロック；
内在デバイスの移植または他の外科的方法以外により開始される、感染における
通常の病状の進行のブロックに使用することができる。

【００６４】本発明アンタゴニストおよびアゴニストを、例えば、疾病の抑制および治療に
用いてもよい。

【００６５】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）（本明細書中、エッチ・ピ
ロリともいう）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１
以上の胃に感染している（国際癌研究機関（International Agency for Researc
h on Cancer）（1994） Schistomoses， Liver Flukes and Helicobacter Pylo
ri（International Agency for Research on Cancer，Lyon，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最
近になって、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その細
菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発明により提供されるスクリ
ーニング法を用いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（新規ＡＢＣトラン
スポーターポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニストおよびア
ンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染
の治療に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性癌、例え
ば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【００６６】ワクチン本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免疫学的反応を誘導する
方法に関し、該方法は、感染、詳細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッ
カス・アウレウス感染から個体を防御するための抗体および／またはＴ細胞応答
を生じさせるに十分な新規ＡＢＣトランスポーターまたはそのフラグメントもし
くは変種を個体に接種することを特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製
を遅らせる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、個体における
免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法は、疾病が個体においてすでに確立され
ているか否かにかかわらず、インビボで新規ＡＢＣトランスポーター、またはそ
のフラグメントもしくは変種を発現させるために新規ＡＢＣトランスポーターま
たはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターをかかる個体
に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイ
ン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導して、該
個体を疾病から防御する抗体を産生させることを特徴とする。迅速に遺伝子を所
望細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーディングすること等がある。かか
る核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッ
ドを含んでいてもよい。

【００６７】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を宿主内に誘導できる、または誘導さ
れたた宿主に導入した場合、新規ＡＢＣトランスポーターまたはそれによりコー
ドされている蛋白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組成物に関
し、その組成物は組換え新規ＡＢＣトランスポーターまたはそれによりコードさ
れている蛋白を含み、新規ＡＢＣトランスポーターまたはそれによりコードされ
ている蛋白に対する抗原をコードし発現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療
的または予防的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ４⁺Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免疫の形態であってもよい。

【００６８】新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドまたはそれらのフラグメントを、そ
れ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を安定化し、免疫原的および保護特性
を有する融合蛋白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合させても
よい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗原補蛋白、例えばヘモフィルス
・インフルエンザエ（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼのごと
き共存蛋白、蛋白を可溶化してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな
共存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普遍的な刺激を提供する
という意味で、アジュバントとして作用することができる。共存蛋白は第１の蛋
白のアミノまたはカルボキシル末端のどちらに結合してもよい。

【００６９】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよびSato Y.ら、S
cience 273: 352 (1966)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む組成
物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供する。

【００７０】また、本発明は、スタフィロコッカス・アウレウスに感染した動物モデルにお
いて、かかる遺伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋白の
不変領域をコードすることが示されている、説明したポリヌクレオチドまたはと
りわけそれらのフラグメントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的ま
たは治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトープを同定するのに有用
である。この研究は、哺乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフ
ィロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発のために、感染
に抵抗しこれを一掃するのに成功した動物の必須器官から特に価値あるモノクロ
ーナル抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。

【００７１】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用いて、例えば損傷組織への細菌の付着
を阻害することにより細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよい。組
織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もしくは熱的ダメージにより、また
は内在デバイスの埋め込みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等がある。

【００７２】また本発明は、適切な担体と一緒になった免疫原性組換え蛋白を含有するワク
チン処方を包含する。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば皮下、
筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好ましい。非経口投与に適した処
方には、抗酸化剤、緩衝液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または非水性無菌注射液、およ
び懸濁化剤または増粘剤を含有していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等が
ある。処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールしたアンプルおよび
バイアルに入れてよく、使用直前に無菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾
燥状態として保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高めるアジュバ
ント系を含有していてもよく、例えば水中油系または当該分野で周知のその他の
系等がある。投与量はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により容易
に決定できる。本発明を特定の新規ＡＢＣトランスポーター蛋白に関して説明したが、本発明
は天然に存在する蛋白および、実質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付
加、欠失または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含することが理解さ
れよう。

【００７３】組成物、キットおよび投与本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそれらの
アゴニストもしくはアンタゴニストを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチ
ドを、細胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌済み担体と混合
して、例えば対象への投与に適した医薬的担体と混合して用いることができる。
このような組成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポリペプチ
ド、および医薬的に許容できる担体または賦形剤を含む。このような担体には生
理食塩水、緩衝化生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール
およびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定するものではない。処方は
投与法に適したものにすべきである。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記
本発明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む診断用および医薬用
パックおよびキットにも関する。

【００７４】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物を、単独で、あるいは治療用化合物
等のその他の化合物と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の経路で医薬組成物を投与
してもよい。治療において、または予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例えば
好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼液、点耳液、洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾー
ル等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加物、例えば保存剤、薬物の浸
透を補助する溶媒、ならびに軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例えばクリームまたは軟膏基
剤、およびローションにはエタノールまたはオレイルアルコールを含有していて
もよい。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％であってよく、より
通常には重量で処方の約８０％までとする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性物質の１日あたりの投与量は、
０.０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与量を決定し、年齢、体重
および特に個体の反応性に応じて変化させる。上述の投与量は、平均的なケース
の典型例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合する個々の例もあ
り、かかる例は本発明の範囲内である。

【００７５】内在デバイスには外科的インプラント、補てつデバイスおよびカテーテル等が
あり、即ち個体の体に導入し、長時間その位置に存在するものである。このよう
なデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管
カテーテル、脳脊髄液シャント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（cont
inuous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌
に対する全身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存在する期間中
、処置を続けてもよい。さらに、外科的手技中に広げるカバーに用いて、細菌性
創傷感染、とりわけスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御すること
もできる。

【００７６】多くの整形外科医は、補てつ関節を有するヒトについては、菌血症を生じうる
歯科的処置の前に抗生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性の重
篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合併症であり、有意性のある罹
病率および死亡率を伴う。それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代
わるものとして、活性物質の使用を拡張することが可能である。

【００７７】上述の治療に加え、一般的には本発明組成物を創傷の治療薬として使用して、
創傷組織に曝露したマトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、歯科
治療においては抗生物質による予防法に代えて、またはそれと組み合わせて予防
的に使用してもよい。

【００７８】別法として、本発明の組成物を用いて挿入直前の内在デバイスを浸してもよい
。創傷または内在デバイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１０ｍ
ｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバントを用
いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するのが
好ましい。本発明化合物については、指示した投与量範囲では、適切な個体への
投与を妨げるような不利な毒性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、参照によりその全体が本明細書に記載されてい
るものとみなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願も、参照により
その全体が本明細書に記載されているものとみなす。

【００７９】用語以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用される特定の用語の理解を容易にするために示すものである。「疾病」は、細菌による感染により引き起こされる疾病または細菌による感染
に関連した疾病、例えば、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽
頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例え
ば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍
）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜
炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例
えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに
骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を意味する。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列により形質転換もしくはトランス
フェクションされた、または形質転換またはトランスフェクションすることので
きる細胞である。

【００８０】当該分野にて周知であるように「同一性」または「類似性」は、場合によって
は、配列を比較して測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列
間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該分野
において、「同一性」とはまた、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致によ
り決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の関連性
の程度をも意味する。「同一性」および「類似性」は共に下記のものを包含する
既知方法（これらに限らない）により容易に算出できる（Computational Molecu
lar Biology， Lesk, A. M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988年； Biocomputing：Informatics and Genome Projects，
Smith, D. W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年； Computer An
alysis of Sequence Data，パートＩ，Griffin, A. M.およびGriffin, H. G.編、ヒューマナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Analysis in Mol
ecular Biology，von Heinje, G.、アカデミック・プレス、1987年； Sequence
Analysis Primer， Gribskov, M.およびDevereux, J.編、Ｍストックトン・プレ
ス、ニューヨーク、1991年；およびCarillo, H.,およびLipman, D., SIAM J., A
pplied Math., 48: 1073(1988)）。同一性を決定するための好ましい方法は、試
験する２つの配列間で最も良く適合するように設計される。同一性および類似性
を測定する方法は、公に利用できるコンピュータープログラムに集成されている
。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ましいコンピュータープログ
ラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux, J.ら、Nucleic Acids Rese
arch 12(1): 387（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul, S. F.ら、J.
Molec. Biol. 215：403-410（1990）））を包含するが、これらに限定されるも
のではない。BLAST XプログラムはＮＣＢＩおよび他のソースから公に利用できる（BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, MD 20894;
Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990)）。よく知られた
Smith Watermanアルゴリズムを用いて同一性を決定してもよい。一例として、配
列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性
を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌク
レオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド１００個
ごとに５個までのヌクレオチドの変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオ
チドのヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換えると、対照酸配列に
対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチド配列を有するポリペプチドを得
るためには、対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレオチ
ドと置換されていてもよく、あるいは対照配列中の全ヌクレオチドのうち５％ま
での数のヌクレオチドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配列の
これらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’末端位置に存在してい
てもよく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく
、対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるいは対照配列内の１個ま
たはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミ
ノ酸配列に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有す
るポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプチド配列が配列番号：２の対照ア
ミノ酸配列のアミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうること
を除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列と同一である。言い換える
と、対照アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有す
るポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５％までが欠失または
他のアミノ酸と置換していてもよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５
％までの数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであってもよい。対照配列
におけるこれらの変化は、対照アミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置
に存在してもよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存在してもよく
、対照配列中に散在していてもよく、あるいは対照配列内で１個またはそれ以上
の一連の群をなしていてもよい。

【００８１】「単離」とは、「人の手によって」天然の状態から変化させられた、すなわち
、天然物の場合、その本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行われ
たことを意味する。例えば、天然において生体に存在するポリヌクレオチドまた
はポリペプチドは、「単離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用いる用語
としての「単離」がなされている。そのうえ、形質転換、遺伝子操作または他の
組換え法により生物に導入されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、その
生物中に存在する場合であっても「単離」されたものである（生物は生きていて
も、死んでいてもよい）。

【００８２】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、修飾されていないＲＮＡも
しくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリリボ
ヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドをも意味する。従って、「ポ
リヌクレオチド」は、とりわけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖
領域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一
本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮ
Ａ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、または一本鎖および
二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子
を包含するがこれらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌクレオチド
」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意
味する。かかる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよい
。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全てを含んでいてもよいが、
より典型的にはいくつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一
つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。本明細書で用いる場合
、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有
する、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安定性または他の
理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、本明細書が意図するろと
ころの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない塩基、ま
たはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つの例だけを示
す）も、本明細書での用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な目
的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修飾がなされていることは、
明らかであろう。「ポリヌクレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポ
リヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾した形態、なら
びにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤ
ＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、しばしば
、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含す
る。

【００８３】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペプチド結合により直鎖で互いに結合
している２個またはそれ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうのに用
いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプチドお
よびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に
蛋白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺伝子によりコードされ
る２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程により、ならびに化学
修飾によるものを包含する。かかる修飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な
論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当業者に周知
である。同じタイプの修飾がポリペプチド中にいくつかの部位に同程度または種
々の程度で存在してもよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨格、
アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末端を包含するポリペプチドの
いずれの場所にあってもよい。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、
ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌ
クレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有
結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結
合形成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形
成、ホルミル化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、
ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白加水分解プ
ロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アル
ギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸付加、およびユビキチネーシ
ョンがある。例えば、Proteins-Structure and Molecular Properties、第2版、
T. E. Creighton、W. H. Freeman and Company、ニューヨーク（1993）に記載さ
れている。例えば、Posttranslational Covalent Modification of Proteins、B
. C. Johnson編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWold, F., P
osttranslational Protein Modifications：Perspective and Prospects、1〜12
頁； Seifterら、Meth. Enzymol. 182: 626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and Aging，Ann. N. Y. Acad
. Sci. 663: 48-62（1992）参照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなしの環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状かつ環状のポリペプ
チドは、翻訳後の天然プロセスから生じるものであってもよく、同様に全く合成
的な方法により製造されるものであってもよい。

【００８４】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドとは各々異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的な特
性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変種は、別の対照ポリヌクレオ
チドとはヌクレオチド配列が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポ
リヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変化させるも
のであってもよく、変化させないものであってもよい。以下に論じるように、ヌ
クレオチドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリペプチドにおけ
るアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断を招く。典型的なポリペプチ
ドの変種は、別の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的には、差
異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に非常に類似しており、多
くの領域で同一なものに限られる。変種および対照ポリペプチドは、１またはそ
れ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こることにより、アミノ酸配
列が変化し得る。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードにより
コードされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、例えば対立遺伝子変種のような自然発生的なものでもよく、または
自然発生することが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドの非自然発生変種は、突然変異技術または直接的合成、および当業者に
知られた他の組み換え法により製造できる。

【００８５】

【実施例】

以下の実施例は、詳細に説明したこと以外は、当業者に周知で通常的な標準的
な技法を用いて実施する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を限定
するものではない。実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列決定表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドを、イー・
コリ（E. coli）中のスタフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスのＤＮＡ
を含有する２個またはそれ以上のクローンからの配列決定データを用いて配列番
号：１の隣接ＤＮＡ配列を構築した場合もある。通常の方法、例えば以下の方法
１および２によりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮＡは、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９から、標準法に準じて単離し、二つの方法のどちらかによりサイズ分画する。

【００８６】方法１標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡを注射針に通して機械
的に剪断する。１１ｋｂｐまでの大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼ
およびＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化し、ＥｃｏＲＩリ
ンカーを加える。フラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断されているベクターラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、次いでパ
ッケージングしたライブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーは標準法に
より増幅する。

【００８７】方法２全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、Ａｌ
ｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクローニングするための一連のフラグメントを適切
に生じる１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水分解し、かかる
フラグメントを標準法に準じてサイズ分画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡ
およびフラグメントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベクターラム
ダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、次いで
パッケージングしたライブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準法
により増幅する。

【００８８】実施例２新規ＡＢＣトランスポーターの特徴づけ関連ＡＴＰ結合蛋白のファミリーの蛋白は、真核細胞および原核細胞において
掛け離れた生物学的機能を果たす。このファミリーの大部分の蛋白は、小型分子
を原形質膜を越えて輸送する。これらの蛋白のすべてのものはコンセンサスＡＴ
Ｐ結合モチーフ［ＡＧ］−ｘ（４）−Ｇ−Ｋ−［ＳＴ］を有する。蛋白のこのフ
ァミリーはＡＢＣトランスポーターとして知られている。

【００８９】

【配列表】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｃ１２Ｑ 1/68 ＡＣ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/53 ＤＣ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:445）Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ 5/00 ＡＣ１２Ｒ 1:445） (72)発明者クリストファー・エム・トレイニアメリカ合衆国19063ペンシルベニア州メディア、ポッター・コート50番Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA13 BA50 BA80 CA04 CA09 CA11 DA05 EA04 GA03 GA11 HA01 HA03 HA12 4B063 QQ01 QQ06 QQ42 QQ52 QR08 QR42 QR56 QR62 QS25 QS36 QX02 4B064 AG01 4B065 AA01X AA53Y AA57X AA87X AB01 AB04 BA02 BA08 CA24 CA25 CA44 CA46 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10 CA11 DA76 EA29 EA52 FA72 FA74

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドコードしてい
るポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ドを含む単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含まれる新規
ＡＢＣトランスポーター遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリ
ヌクレオチドを含む単離ポリヌクレオチド。
【請求項３】配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％同一
であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを含
む単離ポリヌクレオチド。
【請求項４】請求項１のポリヌクレオチドに相捕的な単離ポリヌクレオチ
ド。
【請求項５】ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項１のポ
リヌクレオチド。
【請求項６】配列番号：１に示す核酸配列を含む請求項１のポリヌクレオ
チド。
【請求項７】配列番号１に示すヌクレオチド２６５５からヌクレオチド番
号３３５４で始まるストップコドンまでを含む請求項１のポリヌクレオチド。
【請求項８】配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし
ている請求項１のポリヌクレオチド。
【請求項９】請求項１のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１０】請求項９のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１１】請求項１０の宿主細胞から上記ＤＮＡによりコードされて
いるポリペプチドを発現させることを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項１２】新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドまたはフラグメ
ントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグメントの生成に十分な条
件下で請求項１０の宿主を培養することを含む方法。
【請求項１３】配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％同
一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項１４】配列番号：２に示すアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項１５】請求項１４のポリペプチドに対する抗体。
【請求項１６】請求項１４のポリペプチドの活性または発現を阻害するア
ンタゴニスト。
【請求項１７】治療上有効量の請求項１４のポリペプチドを個体に投与す
ることを含む、新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドを必要とする個体の治
療方法。
【請求項１８】治療上有効量の請求項１６のアンタゴニストを個体に投与
することを含む、新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドの阻害を必要とする
個体の治療方法。
【請求項１９】個体における請求項１４のポリペプチドの発現または活性
に関連した疾病の診断方法であって、（ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定すること、および／ま
たは（ｂ）個体由来の試料中の該ポリペプチドの存在または量について分析するこ
とを含む方法。
【請求項２０】請求項１４のポリペプチドと相互作用して、その活性を阻
害または活性化する化合物の同定方法であって、化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下で、ポリペプチド
とスクリーニングすべき化合物とを接触させて化合物の相互作用を評価し（かか
る相互作用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出可能シグナルを
提供しうる第２の成分に関連したものである）、次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じるシグナルの存在また
は不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドと相互作用して、その活
性を活性化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。
【請求項２１】哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、
抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせて動物を疾病から防御するに十分
な請求項１４の新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドまたはそのフラグメン
トもしくは変種を哺乳動物に接種することを含む方法。
【請求項２２】哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法であって、
新規ＡＢＣトランスポーターポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種
をインビボで発現させて、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫
学的応答を誘導して該動物を疾病から防御するするために、請求項１４の新規Ａ
ＢＣトランスポーターポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種の発現
を指令する核酸ベクターを送達することを含む方法。