JPH11507540A - 合成哺乳動物染色体および構築のための方法 - Google Patents
合成哺乳動物染色体および構築のための方法Info
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.セントロメア、テロメアおよびゲノムDNAを本質的に含む人工哺乳動物類染 色体。 2.前記ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグ メントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントである、セントロ メアDNA、テロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む人工哺乳動物染色体。 3.前記ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグ メントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、前記セン トロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして前記テロ メアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、セントロメアDNA、テロメアDNA、 およびゲノムDNAを本質的に含む人工哺乳動物染色体。 4.精製されたDNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセスによ り生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロメア DNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フ ラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブ ゲノムDNAフラグメントである、人工哺乳動物染色体。 5.精製されたDNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセスによ り生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロメア DNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フ ラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブ ゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会 合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む 、人工哺乳動物染色体。 6.精製された裸のDNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントである、人工哺乳動物染色体。 7.精製された裸のDNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-E と会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を 含む、人工哺乳動物染色体。 8.精製された凝縮DNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントである、人工哺乳動物染色体。 9.精製された凝縮DNAを用いて哺乳動物細胞をトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-E と会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を 含む、人工哺乳動物染色体。 10.精製されたコートDNAを哺乳動物細胞中にトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがセントロメアDNA、テロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントである、人工哺乳動物染色体。 11.精製されたコートDNAを哺乳動物細胞中にトランスフェクトするプロセス により生産される人工哺乳動物染色体であって、該DNAがテロメアDNA、セントロ メアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含み、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消 化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択される サブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-E と会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を 含む、人工哺乳動物染色体。 12.前記セントロメアDNA、前記テロメアDNA、および前記ゲノムDNAが互いに 連結されていない、請求項4〜11のいずれかに記載の人工哺乳動物染色体。 13.1つ以上の前記セントロメアDNA、前記テロメアDNA、および前記ゲノムDN Aが別の1つと連結されている、請求項4〜11のいずれかの人工哺乳動物染色 体。 14.請求項1〜11のいずれかに記載の人工哺乳動物染色体を含む組成物。 15.前記セントロメアDNAがアルファサテライトDNAを含む、請求項1〜11の いずれかに記載の人工哺乳動物染色体。 16.請求項1〜11のいずれかに記載の人工哺乳動物染色体を含む哺乳動物細 胞。 17.前記染色体がさらに、該染色体が哺乳動物細胞に導入された場合に、該染 色体から発現されるか、または遺伝子産物の発現を引き起こす異種DNAを含む、 請求項1〜11のいずれかに記載の人工哺乳動物染色体。 18.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れたDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械 的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメン トである、精製されたDNA。 19.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れたDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械 的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメン トであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み 、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、精製されたDNA。 20.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れた裸のDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび 機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグ メントである、精製された裸のDNA。 21.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れた裸のDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび 機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグ メントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を 含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、精製された裸 のDNA。 22.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れた凝縮DNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび 機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグ メントであり、ここで、該DNAがDNA凝縮剤でコートされている、精製された凝縮 DNA。 23.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れた凝縮DNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび 機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグ メントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を 含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含み、ここで、該DNA がDNA凝縮剤で結合されている、精製された凝縮DNA。 24.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れたコートDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよ び機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラ グメントであり、ここで、該DNAが1つ以上のDNA結合タンパク質でコートされて いる、精製されたコートDNA。 25.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAを本質的に含む精製さ れたコートDNAであって、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよ び機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラ グメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列 を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含み、ここで、該D NAが1つ以上のDNA結合タンパク質で結合されている、精製されたコートDNA。 26.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製されたDNAであって、ここで、該ゲノムDNA が制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群よ り選択されるサブゲノムDNAフラグメントである、精製されたDNA。 27.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製されたDNAであって、ここで、該ゲノムDNA が制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群よ り選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂 の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタ ンデム反復を含む、精製されたDNA。 28.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製された裸のDNAであって、ここで、該ゲノ ムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからな る群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントである、精製された裸のDNA。 29.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるするプロセスにより作製される精製された裸のDNAであって、ここで、該 ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントか らなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNA が有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列 TTAGGGのタンデム反復を含む、精製された裸のDNA。 30.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製された凝縮DNAであって、ここで、該ゲノ ムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからな る群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、ここで、該DNAがDNA凝 縮剤で結合されている、精製された凝縮DNA。 31.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製された凝縮DNAであって、ここで、該ゲノ ムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからな る群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有 糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAG GGのタンデム反復を含み、ここで、該DNAがDNA凝縮剤で結合されている、精製さ れた凝縮DNA。 32.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製されたコートDNAであって、ここで、該ゲ ノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントから なる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、ここで、該DNAが1つ 以上のDNA結合タンパク質でコートされている、精製されたコートDNA。 33.テロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合 わせるプロセスにより作製される精製されたコートDNAであって、ここで、該ゲ ムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからな る群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有 糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAG GGのタンデム反復を含み、ここで、該DNAが1つ以上のDNA結合タンパク質でコー トされている、精製されたコートDNA。 34.請求項18〜33のいずれかに記載のDNAを含む組成物。 35.請求項18〜33のいずれかに記載の精製されたDNAを含む哺乳動物細胞 。 36.前記セントロメアDNA、前記テロメアDNA、および前記ゲノムDNAが互いに 連結されていない、請求項18〜33のいずれかに記載の精製されたDNA。 37.1つ以上の前記セントロメアDNA、前記テロメアDNAおよび前記ゲノムDNA が互いに連結されている、請求項18〜33のいずれかに記載の精製されたDNA 。 38.前記セントロメアDNAがアルファサテライトDNAを含む、請求項18〜33 のいずれかに記載の精製されたDNA。 39.前記DNAがさらに、該DNAが哺乳動物細胞に導入された場合に、該染色体か ら発現されるか、または遺伝子産物の発現を引き起こす異種DNAを含む、請求項 18〜33のいずれかに記載の精製されたDNA。 40.請求項18〜33のいずれかに記載のDNAを含むベクター。 41.請求項40のベクターを含む細胞。 42.請求項40のベクターを含む組成物。 43.反復タンデム配列のDNAをクローニングする方法であって、該方法が以下 の工程: (a) 第1のDNA単位を、該DNA単位の反対の末端が相補的ではあるが非アイ ソシゾマー制限部位を含むように調製する工程; (b) 該DNA単位をベクターに連結する工程; (c) 該ベクターを該制限部位の1つで直鎖状化する工程; (d) 工程(a)と同様に調製した第2のDNA単位を、該第1の単位とタンデ ムに連結して、指向的反復配列を形成する工程; (e) 該配列を細菌宿主細胞に形質転換する工程; (f) 該配列を含有する安定なクローンを選択する工程;および、 (g) 工程(c)〜(f)を所望の配列サイズに達するまで繰り返す工程、 を包含する、方法。 44.前記DNAがアルファサテライトDNAである、請求項43に記載の方法。 45.前記アルファサテライトDNAの前記配列が100kbを超える長さである、請求 項44に記載の方法。 46.前記アルファサテライトDNAの前記配列が140kbを超える長さである、請求 項45に記載の方法。 47.前記アルファサテライトDNAがヒトアルファサテライトDNAである、請求項 44に記載の方法。 48.指向的反復DNA配列からなる配列を含むベクターであって、該配列は反復D NA単位を含み、ここで、各DNA単位の両端が相補的ではあるが非アイソシゾマー 制限部位を含有する、ベクター。 49.前記DNAがアルファサテライトDNAである、請求項48に記載のベクター。 50.前記アルファサテライトDNAの前記配列が100kbを超える長さである、請求 項49に記載のベクター。 51.前記アルファサテライトDNAの前記配列が140kbを超える長さである、請求 項50に記載のベクター。 52.前記アルファサテライトDNAがヒトアルファサテライトDNAである、請求項 47に記載のベクター。 53.請求項47〜52のいずれかに記載のベクターで安定に形質転換された宿 主細胞。 54.前記宿主細胞が原核細胞である、請求項53に記載の宿主細胞。 55.前記原核細胞がE.coliである、請求項54に記載の宿主細胞。 56.人工哺乳動物染色体を作製する方法であって、該方法が請求項18〜33 のいずれかに記載の精製されたDNAを哺乳動物細胞に導入する工程を包含する、 方法。 57.人工哺乳動物染色体を作製する方法であって、該方法が請求項34に記載 の組成物Aを哺乳動物細胞に導入する工程を包含する、方法。 58.精製されたDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、精製されたテ ロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合わせる工 程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に 剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントで ある、方法。 59.精製されたDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、精製されたテ ロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合わせる工 程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械的に 剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメントで あり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そ して該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、方法。 60.精製された裸のDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、精製され たテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合わせ る工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械 的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメン トである、方法。 61.精製された裸のDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、精製され たテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAをインビトロで組み合わせ る工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメントおよび機械 的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDNAフラグメン トであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDNA配列を含み 、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、方法。 62.精製された凝縮DNA組成物を作製する方法であって、該方法が、DNA凝縮剤 と精製されたテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAとをインビトロ で組み合わせる工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメン トおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDN Aフラグメントである、方法。 63.精製された凝縮DNA組成物を作製する方法であって、該方法が、DNA凝縮剤 と精製されたテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲノムDNAとをインビトロ で組み合わせる工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制限酵素消化フラグメン トおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選択されるサブゲノムDN Aフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間にCENP-Eと会合するDN A配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデム反復を含む、方法。 64.精製されたコートDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、1つ以 上のDNA結合タンパク質と精製されたテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲ ノムDNAとをインビトロで組み合わせる工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制 限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選 択されるサブゲノムDNAフラグメントである、方法。 65.精製されたコートDNA組成物を作製する方法であって、該方法が、1つ以 上のDNA結合タンパク質と精製されたテロメアDNA、セントロメアDNA、およびゲ ノムDNAとをインビトロで組み合わせる工程を包含し、ここで、該ゲノムDNAが制 限酵素消化フラグメントおよび機械的に剪断したフラグメントからなる群より選 択されるサブゲノムDNAフラグメントであり、該セントロメアDNAが有糸分裂の間 にCENP-Eと会合するDNA配列を含み、そして該テロメアDNAが配列TTAGGGのタンデ ム反復を含む、方法。 66.前記セントロメアDNA、前記テロメアDNA、および前記ゲノムDNAが互いに 連結されていない、請求項56〜65のいずれかに記載の方法。 67.1つ以上の前記セントロメアDNA、前記テロメアDNA、および前記ゲノムDN Aが互いに連結されている、請求項56〜65のいずれかに記載の方法。 68.哺乳動物細胞内で遺伝子を発現させる方法であって、該方法が請求項1〜 11のいずれかに記載の人工染色体を含有する哺乳動物細胞を増殖させる工程を 包含し、ここで、該染色体が該遺伝子を含むかまたは該遺伝子を発現させるDNA 配列を含む、方法。 69.哺乳動物細胞内で異種遺伝子を発現させる方法であって、該方法が請求項 18〜33のいずれかに記載のDNAを含有する哺乳動物細胞を増殖させる工程を 包含し、ここで、該DNAが該遺伝子を含むかまたは該遺伝子を発現させるDNA配列 を含む、方法。 70.前記遺伝子発現が前記細胞を含む哺乳動物に治療上の利益を与える、請求 項68に記載の方法。 71.前記遺伝子発現が前記細胞を含む哺乳動物に治療上の利益を与える、請求 項69に記載の方法。
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