JPH07505286A - 新規酵素及びdna配列 - Google Patents

新規酵素及びdna配列

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JPH07505286A JP5516995A JP51699593A JPH07505286A JP H07505286 A JPH07505286 A JP H07505286A JP 5516995 A JP5516995 A JP 5516995A JP 51699593 A JP51699593 A JP 51699593A JP H07505286 A JPH07505286 A JP H07505286A
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    • C12Y301/01086Rhamnogalacturonan acetylesterase (3.1.1.86)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 新規酵素及びDNA配列 本発明はラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ(以降、その略語RGAE を一般に用いる)である新規酵素、対応のDNA配列、ベクター、形質転換宿主 、RGAEの製造方法、酵素調製品、及びRGAEの利用を含んで成る。 本発明は新規の$1GAll、この酵素の部分アミノ酸配列、部分DNA配列、 並びに全アミノ酸配列及び全DNA配列の特性化、検出及び詳細を提供する。  。 RGAEは分類酵素名うムノガラクツロナン酢酸−エステルアセチルヒドロラー ゼを有するヒドロラーゼであり、これは酢酸エステルの対応のアルコール及び酢 酸塩への加水分解を触媒するアセチルエステラーゼ(ECno、3.1.1.6 )の群に属する。 発明の背景 植物由来の多III(例えばペクチン)はアセチル基でよく置換されている(R osbouts+ F、M、、 J、P、Th1bault、 C,Merci er、 roxidativeenzyme−catalyzed cross linking of beet pectins J米国特許第4.672. 034号)、多I!類の用途において、これらの置換はゲル化特性に影響を及ぼ す(Willias+son c、I C,B、 Faulds、 J、^、  Matthe@。 D、B、 Archer+ V、J、Morrjs、 G、J、Bronnse y* M−J、R3dout+ rGelationof sugarbeet  and citrus pectins using enzywges e xtracted fromorange peel J 、 Carbohy drate Polymers 13+ 387−39’L 1990)*植物 材料、例えば果物及び野菜の加工において、内因性酵素が最終産物の収率及び品 質を高めるために加工助剖として用いられている(Pilnik、W、+ A、 G、J、νOrag(In、+ rEffect of eOXym@ 1re aj@jaflL 0nthe quality of processed  fruits and vegetables」、: Jen Jj−trQu ality factors of fruits and vagetabl es+ chemistry andtechnologyJ I AC3Sy mp、Ser、405+ American Chemical 5ociet y+Washington DC,250−269+ 1989) 、 5ch olsらは、リンゴの細胞壁から酸性ポリマーペクチンフラグメントを、ペクト 分解、ヘミセルロース分解及びセルロース分解酵素を含む技術的酵素調製品の利 用によって単離及び特性化している。この酵素耐性多m+*、通称「改良多毛領 域(aodidied hairy region)」(MIIR)は分枝度の 高いラムノガラクツロナン骨格より成り、ガラクツロン酸残基の上にアセチル基 を有している(Schols、 Il、A、、 M、A、Posthumus+ ^、G、J、 Voragen+rstructural features  of hairy regions of pectins 1solated trolI apple juice produced by the 1i quefaction process 」 +Carbohydrate R e5earch、 201+ 117−129+1990) *商業酵素調製品 の多大なスクリーニングはアスペルギルス アキエレアタス(^spergil luaaculeatus)1m製品に到り、これはM)IRを分解することが できる。ラムノガラクツロナーゼ(RG)と呼ばれる新規酵素がこの調製品から 同定及び精製されている。 RGの精製の際、この酵素はサポニン化MHRにの み働くことが明らかとなり、従ってエステラーゼ、特にアセチルエステラーゼが MBRの分解にとって重要な役割を果たしているにちがいない(Schols、  tl、^、、 C,C,M、 C@ra@ds、 M、J、F、 5earl e−van Leuwen+ P、J、M、Kormelink、^、G、J、 Voragen、’Rhamnogalact−uronass: a nav al enzyme that degrades the hairy re gions ofpectins J I Carbohydrate res earch 206+ 105−115+ 1990) * HMRのような分 枝ラムノガラクツロランを脱アセチレートできる酵素が従って必要であり、なぜ なら分枝ラムノガラクツロラン上の高い度合いのアセチル化は、ラムノガラクツ ロナンの脱アセチル化に及ぼす高い活性を有する酵素の作用を防ぐからである。 いくつかの多I’ll(キシラン、マンナン及びペクチン)番よアセチル化され ることで知られ、そしてアセチルエステラーゼ番よその特異的な多糖類基質に対 して非常に特異的であること力(知られてに%る力く、しかしその一部は非多1 1111基質、例えば) IJアセチン及びナフトールアセテートに対する活性 を示す、トリアセチン及びビー゛ンペクチンに対して活性であるアスペルギルス  ニガー(^sperglllus niger)アセチルエステラーゼはMa the−ら(Mathew、 J、A、、 S、J、 Howson+M、Hj 、Keenan、P、S、Dalton、 rlmprovesent of  the gelationproperties of sugarbeet  pectin following treatment with anen zyme preparation derived fro−^spergi llus niger−Comparisonwith a chemical  modificatiorB 、 Carbohydrate Polyme rs 12+295−306.1990)により述べられている。トリアセチン に対して活性の高いペクチンアセチルエステラーゼlよシトラスの外皮力1ら精 製されてしする(Willamson、 Gel ’Purification  and characterisationof pectin acety l esterase from orange Peel J Phytoc hemistry30、445−449.1991) HMRに対する活性番よ ごれら従来技術の多amアセチルエステラーゼのいづれについても実証されてし 1なIll。 従って、IIMHのアセチル基を加水分解するアセチルエステラーゼの能力は従 来技術のアセチルエステラーゼのし1づれにつし1ても実証されておらず、そし て本発明の目的はHMHに対して高11特異性を有するRGAEを提供すること にある。 本発明にかかわるRGAEは、それがアスペルギルススCR3 101.43由 来の精製RGAHに対して発生させた抗体と免疫反応性である事実を特徴とする 。 本明細書における「由来」なる語は、株CB3 101.43により産生された RGAEを示すのみならず、株CB5 101.43から単離したnNA&!J lによりエンコードされ、且つそのDNA配列で形質転換された宿主生物におい て産生されたRGAEも意味する。 本発明にかかわるRGAEの好適なS欅の下記の部分アミノ酸配列(SEQより  No. 1) 又はそれに相同生な部分アミノ酸配列を示し、この部分アミノ酸配列のRGEA 活性を有するポリペプチドの一部である。 本明細書において、「同族体」とは、特定の条件のもとに(例えば5×のscc の中で事前浸漬し、次いで5×のscc,sxのDenhartdt溶液、5Q +@l’lのリン酸ナトリウム、9116.8及び50ugの変性音波処理中胸 腺DNAの溶液中で40°Cで1時間プレハイブリダイズし、続し)て50μC iの32− P−dCTDラベルプローブの補完された同一の溶液の中で40℃ で18時間ハイブリダイゼーションし、次いで2×のSCC 。 0、2%のSDSの中で40℃で30分3回洗う) RGAE酵素をコードする DNAと同じプローブとハイブリダイズするtlNAによりエンコードされるポ リペプチドを意味するつもりである.より詳しくは、この語は本発明のRGAI !をエンコードする上記の配列に対して少なくとも70%相同性である[lNA 配列を称することを意図してに%る.この語番よ上記のDNA配列の改変、例え ばヌクレオチド置換であってRr;AEの5511のアミノ酸配列はもたらさな いが、その[lNA構築体を導入する宿主生物のコドン用法に対応する置換、又 はヌクレオチド置換であって5511のアミノ酸配列はもたらし、それ故可能と しては、天然酵素と番よ異なる性質を有するRGAE突然変異体をもたらしうる 異なるタンXり質構造を事実上もたらす置換を含むことを意図している.可能な 改変のその他の例は、配列へのーもしくは数個のヌクレオチドの挿入、配列のい づれかの末端での1もしくは数個のヌクレオチドの付加、又は配列のいづれかの 末端もくしは配列内での1もしくは数個のヌクレオチドの欠失である。 従って、驚くべきことに、本発明にかかわるRGAI!はMIIRの脱アシル化 に関して特異性が高いが、しかしそれはトリアセチン及びビーンペクチンに対し て何ら活性を示さず、そして更に従来技術のアセチルエステラーゼより高い特異 性を示すことが発見された。 上記の部分アミノ酸配列は、かかる酵素を発現する生物に関するゲノムライブラ リー又はcDNAライブラリーをスクリーンするのに用いることのできるDNA プローブの構築のために利用することができ、これにより、DNA配列であって 、その親DNA分子が由来する微生物種の中に挿入したときのRGAHの大量生 産、又は非形質転換条件ではRGAEに近縁する酵素を全(産生しない宿主微生 物の中に挿入したときの付随の近縁酵素なしのRGAII!の産生のいづれかに 利用できうる配列を獲得できる。このDNA配列は樹立でき、それは以下で明ら かとなる。 従って、本発明の目的は、新規のRGAE、並びに今まで可能であったよりも高 い収量及び高い純度でのRGAEの製造のための手段及び方法、並びに今まで可 能であったよりも効率的な植物細胞壁組織の分解のためのRGAE単独での、又 はその他の有意義な量の酵素との組合せでの利用の提供にある。また、本発明の 目的は、RGAEの比率が本来の産物における比率に対して高い又は低い新規な 産物の提供にある。 本発明により得られる組換DNA配列はRGAE活性を有するポリペプチドをコ ードする[lNA配列、又はかかるRGAEコード配列に対して実質的な配列相 同性を有するDNA配列を含んで成る。 下記において、本発明にかかわる組換DNA配列をどのようにして製造するかを 詳しく説明する。 RGAHの精製のためのアスペルギルス アキュレアタスから産生された粗酵素 調製品は下記のようにして作ることができる0便宜上、この粗アスペルギルス  アキュレアタス調製品を以下でA、a、e。 pと呼ぶ。 遺伝子ドナーとしての株アスペルギルス アキエレアタスCB5101.43を 下記のようにしてパイロットプラントスクールで発酵させた。 下記の組成を有するアガー基質をPernbachフラスコの中で調製した: PeptOne ロ1fco 6g アミノリン オルタナ 4g グルコース 1g 酵母抽出物Dirco 3 g 内袖出物Dirco 1.5 g KHmPOn M、erck 20g モルツ抽出物Evers 20 g イオン交換HzO1000dまで pHを5.30〜5.35に合わせた0次に40gのアガーDircoを加え、 そしてその混合物を120℃で20輪inオートクレーブにかけた(この基質を E−アガーと呼ぶ)。 株CB5101.43をE−アガースラント上で培養した(37℃)、このスラ ントからの胞子を滅菌スキムミルクの中に懸濁し、そしてその懸濁物をバイアル の中で凍結乾燥した。1本の凍結乾燥バイマルの中身をFernbachフラス コに移した。そのフラスコを次に30°Cで13日インキュベートした。 下記の組成を有する基質を500リツトルのシード発酵槽の中に調製した: Rofec(コーンスチープ 3.6kgリカードライ物質) ソイビーンオイル 1.2kg 水道水を約240リツトルの総容量となるまで加えた。 CaCO5の添加前に pHを約5.5にした。この基質をシード発酵槽の中で121″Cで1時間滅菌 した。接種前の最終容量は約300リツトルとした。 Fernbachフラスコ胞子懸濁物をこのシード発酵槽に移した。シー型発酵 槽。 攪拌: 300rpm (2枚のタービン羽)1気: 300ノーマルリツトル のエアー/分温度=30〜31℃ Pluronic (商標)発泡防止剤 150jd=8.0(NazCOsの 添加)で、通気なしで100rp−の攪拌で保った。その後、残りの基質成分を 加え、piをリン酸で約6.0に合わせた。この基質をメイン発酵槽の中で12 3°Cで1/2時間滅菌した。接種前の最終容量は約1080リツトルであった 。 次に150リツトルのシード培養物を加えた。 発酵条件は: 発酵槽タイプ:約2.7の高さ/直径の比を有する慣用の通気攪拌型発酵槽。 攪拌: 2500rpm (2枚のタービン羽)通気71200ノーマルリツト ルのエアー/分温度:30°C 時間:約151時間 24発酵時間から約116発酵時間に至るまで、ペクチン溶液を約8リツトル/ 時間の一定速度でメイン発酵槽に無菌的に加えた。以下の組成を有するペクチン 溶液を500リツトルの投与タンクの中で調製した: Pectin genu ” 22kg濃リン酸 6kg Pluronic (商標)発泡防止剤 50Id” Genuペクチン(Co penhagen pectin factory Ltd、からのシトラスタ イプNF) 約325リツトルの全容量となるまで水道水を加えた。この基質をこの投与タン クの中に121°Cで1時間滅菌した。投与前の最終容量は約360リツトルで あった。この部からなくなったら、別の1g位の部を作った。一台の発酵槽にと ってのペクチン溶液の全容量は約725であった。 約151時間の発酵の後、発酵工程を止めた。約1850リツトルの培地を約5 °Cに冷し、そしてその酵素を下記の方法に従って回収した。 培地を、Hyflo 5uper−Cell珪藻土(フィルター助剤でプレコー トした真空ドラムフィルター(Dorr 01iver)でドラム濾過した。そ の濾液をエバーポレーシッンにより、培地容量の約15%まで濃縮した。 その濃縮物を、フィルター助剤として0.25%のHyflo 5uper−C ellを有する5eitzフイルターシート(タイプスープラ100)で濾過し た(以下の表では濾過Iと呼ぶ)、その濾液を561gの(NH4)lsO4/ 2でpus、sで沈澱させ、そして4%のHyflo 5uper−Cell珪 藻土をフィルター助剤として加えた。この沈殿物及びフィルター助剤をフレーム フィルターでの濾過により分けた。そのフィルターケーキを水に溶かし、そして 不溶性部分をフレームフィルターでの濾過により分けた。その濾液を5eiLz フイルターシート(タイプスーブラ100)上でフィルター助剤として0.25 %のHyflo 5uper−Cellを保ってチェック濾過した(下記の表に おいては濾過■と呼ぶ)、その濾液を限通濾過装置でダイアフィルターに付した 。ダイアフィルター後、その液体を12.7%乾燥物質含有量となるまで濃縮し た(下記の表においては濃縮物中の乾燥物質含有量として称する)。 プロテアーゼ活性の部分除のための任意の塩基処理をこの段階で実施できうる。 塩基処理を用いる場合、それは9.2のpHで1時間実施し、その後pH値を5 .0に合わせる。 ここでその液体をチェック濾過し、そして胚種の削減のために濾過し、そしてそ の濾液を5tokes由来の凍結乾燥装置で凍結乾燥した。 純粋なRGAEが表1に示す通りにA、a、e、p、から獲得できる。 表土 −五ノガークッロナンーアセチルエスーー−ゼのアスペルギルス アキュ レアタス酵素液追加1: 工程2の準備のためのバッファー交換、小粒子及び約50%の色調の除去、最大 15−gのタンパク質/dへの希釈(これをしなければサンプルは工程2におけ るカラムに結合しない)。 追加2: TECはイオン交換クロマトグラフィーである。アセチルエステラーゼ画分は0 .04〜0.08Mのl1aC1よりプールした。 追加3: 工程4の準備のための濃縮及びバッファー交換。 追加4: アフィニティークロマトグラフィー−非保持画分をプールした。 架橋化アルギネートの調製はRombouts p、LI C,C,J、M、  Geraeds。 J、 Visser、 H,Pilnik、rPurification of  various pectic enzymeson crosslinke d Po1yuronides J : Gribnau、T、C,J、+ J 、Visser+Rj、P、 N1vard ([) 、 Affinity  Chromatography and Re1atedTechniques 、Elsevier 5cientific Publishing Cos+ pany、Am5terda+i。 255−260.1982に従って行った。 追加5: 工程6の準備のためのバッファーの適合。 追加6: 旧Cは疎水性相互作用クロマトグラフィーである。アセチルエステラーゼ画分を 1.0M〜0.9Mの(NHa) zsOaからプールした。 追加7: 工程8の準備のための濃縮及びバッファー交換。 追加8: IECはイオン交換クロマトグラフィーである。アセチルエステラーゼ画分を6 5−M〜70mMのNaC1よりプールした。 追加9: 工程10の準備のためのバッファー適合。 追加10: IECはイオン交換クロマトグラフィーである。アセチルエステラーゼ画分を6 5mM〜70mMのNaC1よりプールした。 このようにして精製したRGAI!は抗体の製造のために動物の免疫に利用でき うる。より詳しくは、本発明のRGAEに対する抗血清はN。 Axelsen らのA Manual of Quantitative I *munoelectro horesisBlacki<ell 5cien tific Publications、 1973+第23章、又はA。 Johnstone とR1丁horpeのImmunochemistr i n Practice、BlackwellScientific Publi cations+ 1982 (より詳しくはPP、 27−31)に記載の手 順に従ってウサギ(又はその他のげっ歯動物)を免疫することにより発生させる ことができうる。精製イムノグロブリンはその抗血清から、例えば塩析((NH 4)*5Oa)、続いて透析及び例えばDHAI!−3ephadexでのイオ ン交換クロマトグラフィーにより得られうる。タンパク質の免疫化学特性化はオ フタロニー二重拡散分析(0,0uchterlonyのHandbook o f Ex erimental1m+munolo (D、M、 He1r、d i)、 BlackwellScientific Publications 、 1967+ pp、 655−706) 、交差免疫電気泳動□1.1lx elsenらの前揚、第3及び4章)、又はロケット免疫電気泳動(N、 Ax elsenら第2章)によって行われうる。 ヱ3 /菫星列 先に表示した部分アミノ酸配列は精製RGA[!より、自動配列決定(Appl ied Biosystess 473 Aタンパク質シーケンサ−)を用いて 決定した。配列に基づき、サンプルの純度は90%より大と推定された。 RGAEを下記の通りに更に特性化した。 このRGAEはpH5,5及び40℃の温度でその最適活性を有する。50℃及 びPH5,0で20時間以内では活性損失は認められなかった。30℃ではpH 安定性はpH6〜7で最高であった。 RGAI!はMIIRに対して特異的な活性を有し、そしてMHRの中に存在し ている全てのアセチル基の約70%を最大で放出させる。 RGAEと、シトラス及び菌類の両者の起源の純粋なペクチンメチルエステラー ゼ、アスペルギルス種(アスペルギルスニガー、アスペルギルス アキ工しアタ ス)由来の純粋なエフソー及びコンドーアラビナーゼとの組合せは、ビーツペク チン又はリンゴMHRのいづれからのアセチル放出の上昇を何ら示さなかった。 アラビノース側鎖を除去するためのこれらの基質の予備処理も何ら刺激効果を発 揮しなかった。これらの結果より、新規のRGAEが同定されたことが明らかと なり、これは分枝ペクチン領域のアセチルエステルに対して特異性が高い。 分子量:約31.000〜35.000ダルトン等電点: p)14.2 本発明にかかわるRGAEの好適な態様は、RGA[!が4.0〜7.0好まし くは、4.5〜6.0の最適pH,3,7〜6.7、好ましくは4.0〜4.5 の等電点、30,000〜so、oooの分子量、及び10〜50°C1好まし くは25〜45゛Cの最適温度を示すことを特徴とする。 また、本発明は、本発明にかかわるRGAIiをエンコードすることを特徴とす る組換DNA配列を含んで成る。 本発明にかかわる組換DNA配列の好適な態様は、それが、a)アスペルギルス  アキュレアタスRGAE DNAインサート、b)a)のDNAインサートを 含んで成る成熟RGAE [lN^についてのコード領域にハイブリダイズし、 且つRGAE活性を有するポリペプチドについての構造遺伝子並びに任意的にプ ロモーター、シグナルもしくはリーダーペプチドについてのコード領域及び/又 は転写ターミネータ−を含んで成るDNA配列、c)a)又はb)において定義 したDNA配列の誘導体、あるいは、d)成PRGAE又はそのシグナルペプチ ドもしくはリーダーペプチドをコードし、且つa)又はb)のDNA配列につい て遺伝コードの意義の範囲内で縮重しているDNA配列、より選ばれるDNA配 列を含んで成ることを特徴とする。 本発明にかかわる組換DNA配列の好適な態様は、それが下記の部、分DN^配 列を含んで成ることを特徴とする。 a) ATGAAGACCG CCGCCTCTTG CACCGCTCTT  CTTCCTCCCCTCTGCCCTCGCCACGACNNG (SEQ  より No、2)b) GTCTATCTCG CGGGTGACTCGACC ATGGCCAAGAATGGAG GCGGGTCGGGMCTMCGGC( SEQ よりNo、コ)c) TGGGGCGAGT ACCTGCGAGT  TACCTCTCCG CGACAGTGGT TAACGACGCGGTCG CG (SEQ よりNo、4)d) GACGCAACCT ATGAAGA CCT TGGMTGCCA CCGTCAACTCGTATrCCCC入TC GATCACAC(SEQよりNo、5)e) CCACACCAGT CCT GCGGCGCGAGGTCGTGG CTGAGCGTTCTrGAAGGC GGTGGTATGCAC(SEQ よりNo、6)f) GGGTACGTC G TTGAAGAGTG TGTTGACGACGACGAGCTT (SE Q ID No、7)本発明にかかわる組換[INA配列の好適な態様は、それ が下記のDNA配列を含んで成ることを特徴とする。 CGACAGTGGT TAACGACGCG GTCGCG (SEQ より  No、8)GACGAGC’M’ (SEQ ID No、9)本発明にかか わる組換DNA配列の好適な態様は、それがAGTCTATMG AAGA’M ’GACA GCCAAG入入CA CCACCCACAA TGAAGACC GC又は本発明にかかわるRGAEをエンコードするそれに相同性の配列を含ん で成ることを特徴とする。 また、本発明は、本発明にかかわる組換DNA配列を含んで成ることを特徴とす るベクターを含んで成る。 本発明にかかわるベクターの好適な態様は、そのプロモーターがアスペルギルス  オリザ(Asporgillus orizae)タカアミラーゼプロモータ ーであることを特徴とする。 また、本発明は、本発明にかかわるベクターを含むことを特徴とする形質転換宿 主を含んで成る。 本発明にかかわる形質転換宿主の好適な態様は、その形質転換宿主がアスペルギ ルス株であることを特徴とする。これにより、良好なRGAE生産能力が得られ る。 本発明にかかわる形質転換宿主の好適な態様は、その形質転換宿主が、アスペル ギルス アキュレアタス、アスペルギルス ニガー、アスペルギルス オリザ又 はアスペルギルス アワモリ(Aspergillusawa曽ori)の株に 属することを特徴とする。これにより、良好なRGAE生産能力が得られる。 本発明にかかわる形質転換宿主の好適な態様は、その形質転換宿主が微生物であ ることを特徴とし、それは非形質転換条件においてはRGAII!を産生しない か、又は有意でない量でのみRGAEを産生し、好ましくはバチルス(Baci llus)種、E、コリ(1!、coli)又はS、セレピジア(S、cere visiae)である、これにより、高いRGAE活性及びその他の要望されて いる特異的な酵素活性のスペクトルを有する「テーラ−メート」酵素調製品が得 られる。 また、本発明は、本発明にかかわる形質転換宿主の利用による、 RGAEの製 造方法を含んで成る。この方法により、RGEAは高収量で得られうる。 また、本発明は、本発明にかかわる方法により製造したRGAEを含んで成る。  RGEAは高収量で得られうる。 また、本発明は酵素調製品を含んで成り、これはそれが本発明にかかわるRGE Aで冨む植物細胞壁の分解又は改変にとって有用なペクチナーゼ調製品を含むこ とを特徴とする。これにより、ペクチナーゼ調製品の細胞壁分解能力の増強が得 られうる。 本発明にかかわる酵素調製品の好適な態様は、このペクチナーゼの調製品が、ア スルギルス属に属する衛生物、好ましくはアスペルギルス ニガー、アスペルギ ルス アキレアタス、アスペルギルスアワモリ又はアスペルギルスニガーにより 産生されうることを特徴とする。かかる調製品は非常に良好な植物細胞壁分解を 供することができる。 本発明にかかわる酵素調製品の好適なil欅は、そのRGEAが本発明にかかわ る方法によって製造されたRGAEであることを特徴とする。 この調製品の構造費はかなり安い。 また、本発明は、本発明にかかわるRGAEの、アセチル化うムノガラクッロナ ンの分解又は改変のための製剤としての利用を含んで成る。 本発明にかかわるRGAI!の利用の好適な態様は、植物細胞壁の分解又は改変 のための製剤としての利用である。現状、植物細胞壁の分解が本発明にかかわる RGAEの最も好適な用途であり、その理由はその高い植物細胞壁分解活性にあ る。 本発明にかか、わるRGAHの利用の好適な態様は、l’1ilRを脱アシル化 又は部分脱アシル化するのに特異的な酵素と共にRGAEを利用する利用である 。このような更なる酵素は、アセチル化うムノガラクッロナンを攻撃するよりも 高い特異性で脱アシル化及び部分脱アシル化分枝うムノガラクッロナンを攻撃す る全ての酵素が含まれ、ラムノガラクッロナン骨格をエンドもしくはエクソ攻撃 により攻撃する酵素、又は側鎖を攻撃する酵素が含まれる。 また、本発明は、本発明にかかわる酵素調製品のアセチル化うムノガラクツロナ ンの分解又は改変のための製剤としての利用を含んで成る。 本発明にかかわる酵素調製品の好適な態様は植物細胞壁の分解又は改変のための 製剤としての利用である。現状、植物細胞壁の分解が本発明にかかわる酵素調製 品の最も好適な用途であり、その理由はその高い植物細胞壁分解活性にある。 本発明にかかわる酵素調製品の利用の好適な態様は、MHRを脱アシル化又は部 分脱アシル化するのに特異的な酵素と共にこの酵素調製品を利用する利用である 。このような更なる酵素は、アセチル化うムノガラクツロナンを攻撃するよりも 高い特異性で脱アシル化及び部分脱アシル化分技うムノガラクツロナンを攻撃す る全ての酵素が含まれ、ラムノガラクツロナン骨格をエンドもしくはエクソ攻撃 により攻撃する酵素、又は側鎖を攻撃する酵素が含まれる。 図6はプラスミドpYHD17の地図であり、ここでrTP1プロモーター」は S、セレビジア トリオースホスフェト イソメラーゼプロモーターを、「ター ミネータ−」は転写ターミネータ−を、「^■p」はアンピシリン耐性を媒介す る遺伝子を、「2μOrI」は酵素プラスミドの2μ複製起点を、そしてrtl RA3Jは宿主株におけるウラシル欠陥を補完する選択マーカーをエンコードす る遺伝子を示す。 実施例 林且反版方正 ドナー生物: mRNAを、十分なる通気性を保証する攪拌を伴ってダイズ含有 発酵壇地の中で増殖されたアスペルギルス アキエレアタスCB3101.43 から単離した。3〜5日間の増殖の後菌糸体を回収し、液体窒素の中で急凍結し 、そして−80℃で保存した。 鼠母抹工 使用したサツカロマイセス セレビジア(Saccharosyces cer evisiae)株はyNG231 (MAT alpha+ 1eu2. u ra3−52+ his4−539. pep4−delta 11cir + )又はJG169 (MATcr ; ura3−52; 1eu2−3+ 1 12 i his 3−[1200;pep 4−113; prcl::81 33; prbl::LEII2; cir+)とした。 −スミドの 市販のプラスミドpYEs I[(lnvi trogen)を5eplでセロ リ、フレノウ[INAポリメラーゼ+dNTPで補完し、そしてC1a Iで切 った。そのDNAをアガロースゲルでサイズ分画し、そして約2000bpのフ ラグメントを電気溶離により精製した。同じプラスミドをC1a I/Pvu  IIで切り、そして約3400bpのフラグメントを電気溶離により精製した。 この2本のフラグメントを、酵母TPIプロモーターを含むプラント末端化Sp h I /EcoRIフラグメントをリゲートさせた。このフラグメントは、S 、セレビジア由来のTPIプロモーター(T、^1bersとG。 KawasakiのJ、 Mo1. Appl、 Genet、 1 、198 2. pl)、419−434)が若干改変(内部sph 1部位が、その部位 の中心を構成する4つのbpを欠失させることにより除かれている)されたプラ スミドから単離した。 更に、そのプロモーターの上流の冗長配列を、Bal 1エクソヌクレアーゼ処 理により除去し、続いてSph Tリンカ−を付加した。最後に、EcoRIリ ンカ−を位置−10に付加した。これらの改変を経て、そのプロモーターはSp h I −BcoRIフラグメントを含んだ、もとのプロモーターに比してのそ の効率はその改変により影響されなかつRN^単離に用いた全てのガラスウェア ーを+220’Cで少なくとも12hベークした。エッペンドルフチューブ、ピ ペットチューブ及びプラスチックカラムをE+ORの中の0.1%のジエチルビ ロカーボネ−) (DEPC)において12時間処理し、そしてオートクレーブ にかけた。全てのバッファー及び水(トリス含有バッファーを除く)を0.1% のDHPCで37°Cで12時間処理し、そしてオートクレーブに力A&すた。 全l恍コ列1阻 全RNAを、グアニジニウムチオシアネートによる抽出、それに続< 5.7M のCsClクッションを(Chrigwinら、1979)を介する下記の改良 を伴う超遠心によって調製した。線菌糸体を液体N8の中で乳鉢で細かい粉末に 砕き、続いて予備冷却したコーヒーミルの中に粉砕し、そして直ちに5volの RNA抽出バ・ンファ−(9MのGuSCN。 0.5%のNa−ラウリルサルコシン、25+sMのHa−クエン酸、pH7, 0゜0.1Mのβ−メルカプトエタノール)の中に懸濁した。その混合物をRT で30分攪拌し、そして遠心(30分、5000rpm、 RT、 Herae usMegafuge 1.OR) シて細胞塊をベレット化した。その上清液 を集め、5.7MのCsClクッシッン(5,7MのCsC1,0,1MのED TA、 pH7,5,0,1%のDHPC、使用前にオートクレーブ処理)の上 に、12.0dのCsC1クッション当り26.5mの上清液を用いて慎重に重 ね、そして遠心して全RNAを得た(Beckman、 SW 280−ター、  25.OOOrpm、 RT、 24h) −遠心後、その上清液を慎重に除 き、そしてRNAペレットを含むチューブの底を取出し、そして70%のE+O Hですすいだ、全RNAペレットをエッペンドルフチュープの中に移し、500 μ2のT+!、 pH1,6の中に懸濁しくそれが困難なら、通常65°Cで5 分熱する)、フェノール抽出し、そしてエタノールで−20“Cで12時間かけ て沈殿させる(2.5 volのE+OH,0,1volの3MのNaAc+  pH5,2)s このRNAを遠心により集め、70%のE十〇Hで洗い、そし て最小量のDHPC−[11−の中に再懸濁させた。 RN^濃度を0Dti。 7□。を測定することにより決定した。 ボIA”RNAの ポリ(A) ” RNAをオリゴ(dT)−セルロースアフィニティークロマト グラフィー (Aviv & Leder+ 1972)により単離した。典型 的には、0.2gのオリゴ(dT)セルロース(Boehringer Man nheim)を、10mの1×カラム装填バツフアー(20■−のトリス−HC l、 pH7,6,0,5MのNaCl、1mMのEDTA、0.1%の5O5 )の中で予備膨潤させ、[1EPC処理したプラグ付きプラスチックカラム(D oly Prep ChromatographyColums+、 Bio  Rad)に載せ、そして20mの1×装填バツフアーで平衡にした。全RNAを 65°Cで8分熱し、氷上で5分急冷し、そしてこのRNAサンプルに1vol の2Xカラム装填バツフアーを加えた後、このカラムの上に載せた。その溶離液 を集め、そして2〜3回再装填した。各装填の前にサンプルを上記の通りに加熱 及び氷上で急冷した。このオリゴ(dT)カラムをIovdの1×装填バツフア ー、次いで3vol のメディウス塩バッフy−(20mMのトリス−CI、  p)+7.6.0.1MのNaC1,1mHのEDTA、0.1%のS[lS) で洗い、続いて65℃に予備加熱した3vol の溶離バッフy (10mMの トリス−CI、pH7,6+ 1 mMのEDTA、 O,OS%のS[]S) での500mの画分を集めるポリ(A) ” RNAの溶離を行った。その00 □。を各回収画分について測定し、そして■RNA含有画分をプールし、そして −20゛cで12hがけて沈殿させた。 このポリ(A) ” RNAを遠心により集め、IIEPC−DI−の中に再懸 濁し、そして5〜10μgのアリコートとして80℃で保存した。 ノーザンブロ・・ト 様々な菌糸体由来のポリ(A)RNA (5μg/サンプル)を1.2アガロー ス−2,2Mホルムアルデヒドゲル(Sas+brookら、1989)で電気 泳動し、そしてナイロン膜(Hybond −N 、^細ersha鵬)にトラ ンス7y−バッファーとして10 X SSC(Sambrookら、1989 )を用いてプロットした。3つのランダムプライム(FeinbergをVog elstein+1983) ”tP−ラベルcllNAプローブを個々のパイ プリダイゼーシッンにおいて用いた41)A、アキュレアタス由来のポリガラク ッロナーゼrについての1.3kbのNot I −5pe lフラグメント、 2)A。 アキュレアタス由来のエンドゲルカナーゼrをエンコードする1、3kbのNo t r −5pe lフラグメント及び3)A、アキュレアタス由来のガラクタ ナーゼについての1.2kbのEag lフラグメント、ノーザンハイブリダイ ゼーシロンは5 XSSC(Sambrookら、1989)、5×デンハーツ 溶液(SambrOokら、1989)、0.5%のSO3(w/v)及び10 0μg/atの変性サク精子DNAの中で、約2ng/mのプローブ濃度テロ5 °C’t’16時間、続イテ65°Cテ5 X5SC(2X15分”) 、2X SSC10,5%の5O5(IX30分)、0.2xssC、0,5%の5O3 (I X30分)及び5 xsSc(2xlS分)で洗った。−80″Cで12 時間のオートラジオグラフィーの後、プローブ#1をフィルターからその製造者 の仕様書に従って除き、そしてプローブ#2、そして最後にプローブ#3と再ハ イブリダイズさせた。サイズマーカーとしてBethesda Re5earc hLaboratories由来のRNAラダーを用いた。 cIIIN八合成: 差合成■金虞 二本tXcDNAを5μgのA、アキュレアタスボリ(A) ’ [lNAより 、ヘアーピン改良を利用するRNaseH法(GubleとHoffman、  1983゜5asbrookら、 1989)により合成した。このポリ(A) ′″RNA(5u lのDEPC処理水中で5μg)を70″Cで8分熱し、氷 上で急冷し、そして最終容量50ulで、1mMづつのdNTD (Phorm acia)、40単位のヒト胎盤リボヌクレアーゼインヒビター(RNasin 、 Promega)、10pgのオリゴ(dT)+z−+sプライマー(Ph ormacia)及び100単位の5uperScript II RNase H−逆転写酵素(Bethesda Re5earch Laboratori es)を含む逆転写酵素バッファー(50謡Hのトリス−CI、 pH8,3, 75■hのMCI、 3 mMのMgC1t、 lomMのDTT、 Beth esda Re5earch Laboratories)と組合せた。第−鎖 cDNAはこの反応混合物を45°Cで1時間インキュベートすることにより合 成した。 2二■■金成 合成後、30ttl!の101のトリス−C1,pH7,5,1mMのHDTA を加え、そしてa+RNA : cDNAバイブリドを、40μgのグリコーゲ ンキャリアー(Boehringer Mannhei*) 、0.2vo1の IOMのNHaAc及び2.5volの96%のエタノールの添加により一20 ℃で12時間かけてエタノール沈殿させた。このバイブリドを遠心により回収し 、70%のE+OIlで洗い、風乾し、そして1100uづつのdNTP、 4 4単位のE、コリDNAポリメラーゼI (Amersham) 、6.25単 位のRNaseH(Bethesda Re5earchLaboratori es)と10.5単位のE、コリDNA リガーゼ(New EnglandB iolabs)を含む250ttlの第二鎖バッフy−(20mMのトリス−C I。 pH7,4,90+sMのMCI、 4.6mMのMgCh、 10wMの(N II4) tsOa、 16μMのβNAD ” )の中に再懸濁させた。第二 鎖cDNA合成は、その反応チューブを16°Cで3時間インキュベートし、次 いでその反応をEDTAを20−Hの最終濃度となるまで添加して停止させ、続 いてフェノール抽出することによって行った。 マン ビーン −unbeanヌクレアーゼル二本鎖(ds) cDNAを、2 VO1の96%のE+Otl、 0.1volの3MのNaAc、 pH5,2 の添加により一20’Cで12時間かけてエタノール沈殿させ、遠心により回収 し、70%のE+OHで洗い、乾かしく5peed Vac)、そして36単位 のマングビーンヌクレアーゼ(Bethesda Re5earchLabor atories)を含む30IIffiのマングビーンヌクレアーゼバッファー  (30aMのNaAc、 pH4,6,300mMのNaC1,tanのZn 5Oa+ 0.35mMのDTT、 2%のグリセロール)の中に再懸濁させた 。−末鎖ヘアーピンDN^をその反応物を30°Cで30分インキュベートする ことによりクリップし、続いて70μiの10−Mのトリス−CI、 pH7, 5+ 1蒙りのEDTAを加え、フェノール抽出し、そして2 volの96% のE+OR及び0,1volの3MのNaAc、 pH5,2により一20′C で12時間かけてエタノール沈殿させた。 T4DNAボ1メー−ゼによるプーン ds cCDAを、0.5μMづつのdNTD及び7.5単位の74DNAポリ メラーゼ(lnvj trogan)を含む50ulのT4DNAポリメラーゼ バッファ”−(20mMのトリス−アセテート、 p)17.9.1Oa+Mの MgAc、 5抛−のKAC。 1mMの[1TT)の中で、この反応混合物を+37℃で15分インキュベート することによってT41)NAポリメラーゼでプラント末端化すた。その反応を EDTAの20−Mの最終濃度となる添加により停止させ、続いてフェノール抽 出及びエタノール沈殿を行った。 ア°ブ −1 ゛−ジョン びサイズ1補完(fill−in)反応の後、cD NAを、600μmolのBstXIアダプター及び5単位のT4リガーゼ(I nvitrogen)を含む30tllのリゲーションバッファ−(50s+H のトリス−CI、 pH7゜8.10mMのMgC1g、10■hのDTT、1 +sMのATP、25μg/mlの牛血清アルブミン)の中で、その反応混合物 を16°Cで122時間インキュベートることにより非パリンドロームBstX Iアダプター(177g / iaL lnvitrogen)にリゲートさせ た。この反応を+70’Cで5分熱することにより停止させ、そして適合cDN Aをアガロニスゲル電気泳動(0,8%)ISB−アガロース、FMC)により サイズ分画し、ポリゲートのアダプター及び小さいcDNAを分けた。このcD NAを0.7kbのカットオフでサイズ選別し、そしてそのcDNAを10+* Mのトリス−CI、 pH7,5,1mMのEDTAの中で100ボルトで1時 間アガロースゲルから電気溶離させ、フェノール抽出し、そして上記の通りに一 20″Cで12時間かけてエタノール沈殿させた。 cDNA−イブ−1−の 適合したds cDN’Aを遠心により回収し、70%のE+OHで洗い、そし て25dのDIMの中に再懸濁させた。大スケールライブラリーリゲーションの 前に、4つの試験リゲーションを、それぞれ1μ2のdscDNA (反応チュ ーブ#1〜#3)、2単位のT4リガーゼ(lnvitrogen)及び50n g (チューブ# 1 ) 、10100nチユーブ#2)及び200ng(チ ューブ#3及び#4)のBstXl切断済酵母発現ベクター(pYE52.0ベ クタ一1nvttrogen又はyHfl13のいづれか)を含む1oanのリ ゲーシッンバッファー(上記と同)の中で実施した。ラダーシラン反応は、+1 6℃での12時間のインキュベーションにより行い、70℃で5分間加熱し、そ して1μlの各リゲーションを40〃2のコンビテントE、コI月061細胞( ODas。−lリットルのLB培地の中でo、9;冷0■−で2回、20jdの 10%のグリセロール1回洗浄;2yiの10%のグリセロールに再懸濁)にエ レクトロボレートした。IWlのsocを各形質転換細胞に加えた後、それらの 細胞を37°Cで1時間増殖させ、50μ2をLB+ロンピシリンプレート(l ooug/d)上でプレートし、そして37°Cで12時間増殖させた。 最適条件を利用し、大スケールリゲーシタンを9単位の74リガーゼを含む40 μlのリゲーシヨンバツフア−の中で設定し、そして反応物を16°Cで12時 間インキュベートした。そのリゲーシゴン反応を70℃で5分熱することにより 停止させ、−20”Cで12時間エタノール沈殿させ、遠心により回収し、そし て10tlfiのDIMの中で再懸濁させた。1μlのアリコートをエレクトロ コンピテントE、コリ1061の中に、上記と同じエレクトロポレーション条件 を利用して形質転換させ、そして形質転換細胞を0価検定し、そしてそのライブ ラリーを5000〜7000c、f、u、 /プレートでLB+アンピシリンプ レート上にプレートした。各プレートに3dの培地を加えた。この細菌をかき取 り、14のグリセロールを加え、そしてプールとして一80’Cで保存した。残 りの2dをDNA単離のために用いた。DNAの量が必要な数の酵母形質転換体 を供するのに十分でないとき、大スクールDN^を、−夜増殖させた50ulの 一80’Cの細菌ストックで接種した500iの培地(TB)から調製した。 ボ1メー−ゼ゛ ・によるcDNAプローブの 1A、アキュレアタスRE4由 来のラムノガラクッロナンアセチルエステラーゼのためのcDNAプローブを得 るため、精製酵素のNH,−末端配列の中の領域に相当する縮重オリゴヌクレオ チド(RGEA/Sx図7)を、デオキシイノシンを4つのあいまいな位置に合 わせることによって合成した0図7は、PCHに用いた推定のデオキシイノシン 含有プライマー配列を示し、アスペルギルス アキュレアタス由来の精製ラムノ ガラクッロナンアセチルエステラーゼ■より得た対応のアミノ酸を並べている。 このプライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応技術(Ohara ら、1989)を 利用する、7000クローンを含む増幅cDNAライブラリープールから標的R GA[!ie cDN^を増幅するために、直接(ブライ7−R22,5’ − CTGTAA↑ACGACTCACTA−3’ )及び逆(プライ7−#43.  5 ’ −ATTACATGATGCGGCCCT −3’ ) pYEs  2.0プライマーと組んで用いた。 PCR反応は、550μwolのセンスプ ライマー (RGAE/む)及び800μmolづつのアンチセンスプライマー (上述)、llIgの鋳型11NA (cDNAライブラリーブール#33がら のOiagen精製プラスミドDNA)及び200mMづツ(7)dTPを含む 100 tt l (7)PCRハy 7y (10+mM(7) ト’J ス −HCl、 p)1B、3.50mMノKCI、 1.5mM(7)MgCh、 o、。 %のPerkin−EIa+er+ (etus)の中で、DNA熱サイクラ− 及び2.5単位のTaqポリメラーゼ(Perkin−E1mer+ (etu s)を用いて実施した。 30サイクルのPCRを、94°Cで1分の変性、5 5°Cで2分のアニール及び72°Cで3分の伸長のサイクルプロフィールを利 用して実施した。 20μlのアリコートの増幅生成物を0.7%のアガロースゲルでの電気泳動に より分析し、−のプライマーペアーを有する0、9kbの主要産物を示した(セ ンス、RGAE/S!;アンチセンス、pYEs 2.0逆プライマー443)  、課題の[lN^フラグメントをゲルから単離し、タイプD−0405ふちな し透析チューブ(Sigma)を用いて電気溶離させ(Sambrook ら) 、続いてフェノール抽出及び−20”Cで12時間のエタノール沈殿を行った。 そのPCR産物を501μMづつのdNTP、及び3単位の74DNAポリメラ ーゼ(New England Biolabs)を含む20ulのハラ7y  −(20mM(7))’Jスー7セf )、p!(7,9,10mM (DMg Ac、 501のKAc、 1 mMのDTT)の中で37℃で10分プラント 末端化した。その反応を70°Cで5分のインキュベーションにより停止させ、 氷上で5分冷し、そして50p!のキナーゼバッファー(70mMのトリス−H Cl 、 pH7,6,10mMのMgC1,、5s+MのDTT)の中で希釈 し、続いて37℃で30分でのT4ポリヌクレオチドキナーゼ(IOU、 Ne w England Biolabs)及び1mMのATP pH7,o (P harmacia)によるリン酸化、7エ/ /L/抽出、エタノール沈殿及び 5lla I−切断膜リン酸化pUc18ベクター(リ−ディングり50ng、  Pharmacia) ヘの16°Cで12時間かけてのリゲーシタンを行っ た。 E、コリDH5αを、5μiのリゲーション混合物を用いてアンピシリン耐性に 形質転換させ(Hanahan 1985) 、そして13のクローンをプラス ミドミニプレプの単離によって分析した。 DNA (Sambrookら、1 989) 、及びプラスミドサブクローンのEcoRI / Hind I[I 消化、それに続くユニバーサルpUCプライマーによるーのサブクローン由来の 0.9s+bのインサートの末端の配列決定(Sangerら、1977)を行 った。 pRGA19サブクローンのヌクレオチド配列分析は、固有のオープン リーディングフレームを示し、それは、プライマーエンコードアミノ酸に加えて 、精製酵素由来の有用なNH8末端配列と一致する10個の追加の残基を含み、 それ故そのPCllがラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼIcDNA( 図8)の所望の領域を特異的に増幅させたことを確証せしめた0図8はrgal  cDNAの5′−末端のヌクレオチド配列及びA、アキュレアタス由来のRG AEase Iの推定−次構造を示す。成熟タンパク質を先行するN1h−末端 シグナルペプチドに下線を付した。 サザンプロ・ト 8個の個別のcDNAライブラリープール(R33,90,100,130゜1 36、140.142.148)由来のQiagen精製DNA(3Mg)をE agl(3U/μgのDNA、New England Biolabs)で完 全に消化し、0.7%のアガロースゲルで分画し、変性させ、そして10 X  SSC(Sambrookら、1989)をトランスファーバッフy (Sou thern 1975)として用いてナイロンフィルター(Hybond−N、  Arnersham)にプロットした。精製した0、9kbのRGAEse  I PCRフラグメントをランダム−ブライミング(FeinbergとVog elstein 1983)により31p−ラベルしく> I XIO雫Cps  78g)、そしてサザン分析におけるプローブとして用いた。 ハイブリダイゼーシヨンを2 X5SC(Sambrookら、1989) 、 5 xデンハーツ溶液(Sasbrookら、1989) 、1%(w / v  )のSDS及び100μg/−の変性サク精子DNAの中で、2.5ng 7 yiのプローブ濃度で、65°Cで16時間行い、続いて2 X5SC(2X1 5m1n)、2XSSC。 1%(1)SDS 7!65℃テ30m1n 、次イテ0.2XSSC、1%ノ sDsテロ5°Cで30分、そして最終に2 X5SC(2X15■in)で洗 った。このフィルターを一80°Cで12時間オートラジオグラフィーにがけ、 各cDNAブールにおいて一本の強くハイブリダイズする1、0kbの7ラグメ ントが示された。このことは、各分析プールがA、アキュレアタス由来のRGA Ese Iをエンコードする全長cDNAコピーを含むことを示唆する。 従って、ブール#33を更なる実験のために用いた。 ノーザンプロット R53培地の中での増殖の際のA、アキュレアタスRGAEse I mRNA の定常期レベルを評価するため、ポリ(A)”RNAを上記の培地の中に1〜5 日間増殖させた後に毎日回収した菌糸体がら単離し、そしてノーザン分析にかけ た。このポリ(A) ” RNA(5yg/サンプル)を1.2アガロース−2 ,2Mホルムアルデヒドゲル(Sambrookら、1989)で電気泳動、そ してIOXSSC(Sambrookら、1989)をトランスファーバッファ ーとして用いたナイロン膜(Hybond−N、 Amersha鋤)にプロッ トした。サイズマーカーとしてBethesda Re5earchLabor atories由来のRNAラダーを用い、そしてランダムプライムした(Fe inbergとVogelstein+ 1983) ” Pラベルの0.9k b RGAEse I PCR産物(前記の段落も参照のこと)をプローブとし てノーザン分析に用いた。ハイブリダイゼーションは5 X5SC(Sambr ookら、1989)、5×デンハー′ノ溶液(Sambrookら、1989 ) 、0.5%の505(w / v )及び100μg/dの変性サク精子D NAの中で、約2.5mg/dのプローブ濃度で、65°Cで16時間行い、続 いて5×SSCで65℃(2X15分)、2 xssc 、0.5%の5O5( I X30分)、0.2XSSC、0,5%の5O3(1×30分)、そして5  X5SC(2X15分)洗った。そのフィルターを一80’Cで4日間オート ラジオグラフィーにかけた。 RGAEse I cDNAプローブは、5日目の菌糸体及び若干4日目の菌糸 体において1.Okbの−RNA種を放出したが、3日目の菌糸体では検出せず 1日後の増殖培地の中でのグルコースの低下レベルと一致し、3日後の上清液中 ではグルコースは検出できなかった。 A アキュレア ス の−ムノガークツロ ンアセチルエスー−RGAEse  Iについての全長cDNAクローンを単離するため、cDNAライブラリーブー ル#33由来の30,000のコロニーを、アンピシリン(100μg/−)を 含むLB〜アガー(24X 24c鵬のプレート、Nunc)の上にプレートし 、そしてナイロンフィルター(Nybond −A 、 Amersham)で カバーしたLB+amp−プレート上にレプリケートした。精製した0、9kb のRGAEse I PCRフラグメントを上記の通りにランダムプライムする ことによって3ffip−ラベルし、そしてコロニーハイブリダイゼーシッン( Sambrookら、191119)によるライブラリープールのスクリーニン グにおけるプローブとして用いた。ハイブリダイゼーションは2XSSS、5X デンハーツ溶液(Sambrookら、1989) 1%(W/V)のSO3及 び100μg/dの変性サク精子[INAの中で、2.5mgZdのプローブ濃 度で65°Cで16時間行い、次いで2 X5SG(2X15分)、0.2 X 5SC、0,1%の5OS(2X30分)、そして2 X5SC(2X15分) で洗い、続いて一80℃で12時間かけてオートラジオグラフィーにかけた。ブ ール#33由来の30,000コロニーのスクリーニングは、2ラウンド以上の ハイブリダイゼーションによりコロニー精製された5つの推定RGAEse I  cDNAクローンをもたらした。これらのクローンの一つ(pRGA 1と命 名)を、そのプラスミドをHindll!及びXba Iで消化し、そしてその 1.0kbのcDNAインサートの末端の前進及び後進pYE32.0ポリリン カープライマーを用いる配列決定により特性化した。 pRGA 1の中の1.0kbのインサートは、ヌクレオチド位置40でATG コドンより開始し、そしてTGA停止コドンで終結する0、85kbのオープン リーディングフレーム(0肝)を含む(図8と9)0図9は、rga 1 cD NAの3′末端のヌクレオチド配列及びA、アキエレアタス由来のRGAI!a se Iの推定−次構造を示す、このORFには39bpの5′非コード領域が 先行し、そして132bpの3′非コード領域とポリ(A)テールが続く、推定 タンパク質配列と精製成熟RGAEse 1のNHz−末端配列との比較は、1 8残基のシグナルペプチドを含む前駆体タンパク質をそのcDNAがエンコード することを示す(図8)。 アスペルギルス ベク −の ベクターp!(11414(図10)はプラスミドp?75(HD238.02 3号に記載)の誘導体である。このプラスミドとは異なり、pH0414はプロ モーターとターミネータ−との間に固有制限部位の鎖を有する。このプラスミド は、ターミネータ−の3′末端での約2oobpの長さのフラグメント(所望で ないRE部位を含む)の除去、それに続くプロモーターの5′末端での約250 b、の長さのフラグメント(これも所望でない部位を含む)の除去により構築さ れる。その200bpの領域はNar I (pUcベクターの中にある)及び Xba I (ターミネータ−のすぐ3′)により切断し、続いてそれで作り上 げられた末端をクレノウDN^ポリメラーゼ+dNTDで補完し、そのベクター フラグメントをゲルで精製し、そしてベクターフラグメントに再すゲートするこ とによっそ除去する。このプラスミドをpH0413と呼ぶ、 pH0413を 5tuI (プロモーターの5′末端にある)及びRvu I[(ptlcベク ターの中にある)で切り、ゲルで分画し、そして再すゲートし、pH0414が 得られる0図10はプラスミドpH0414の地図であり、ここで「へMGター ミネータ−」はA、ニガーグルコアミラーゼターミネータ−を示し、そしてr  TAKAプロモーター」はA、オリガTAK^アミラーゼプロモーターを示す、  p+1D464はpH[1414の誘導体であり、その5′非翻訳領域はアス ペルギルスTPi遺伝子由来の5′非翻訳領域に置き換えられている。 RGAEse I カセ・・ の pRGA+ 由来のブラスミドミ=レプDNAをBamHI及びXbo Iで消 化し、0.7%のアガロースゲルで電気泳動し、続いて1.0kbのcDNAイ ンサートをGeneclean IIキットを用い、その製造者の仕様書に従っ て精製しくBio 101 Inc、、 La Jolla)+そしてBamH I /Xho I−切断pHD414ベクターにリゲートした。1μ2のリゲー シッン混合物をE。 コ1月061にエレクトロボレートし、そして2つの形質転換体をプラスミドミ ニブレブI)NAのBaa+HI /Xho I消化によって分析した1両クロ ーン(pRGA1とpRGAtと呼ぶ)とも適正なサイズのインサートを含むた め、pRGA、を更なる実験のために選んだ、 pRGA、発現プラスミドの一 4diil製品(Qiagen Tip 100%段落4参照のこと)を、この 構築体の5′末端の配列決定によりチェックし、アスペルギルスオリザ形質転換 に用いた。 アスペルギルス第1ザのノ − びそのノ − の100 mlのアスペルギル ス最少培地(LMのスクロース、10−Mの尿素、0.52mg/dのMCI、 0.52mg/dのMgSO4,1,52mg/dのKHxPOa。 0.04μg/−のNAJ40?、0.4u g /’のCuSO4,0,8#  g / ’dのFePOa+0.8μg/ad!のMn5Oa、0.811  g / j’のNaJoOs、 8 tl g / MlのZn5OJに、A、 オリザ株1560もしくは1560−710、又はA、ニガー由来の胞子懸濁物 を接種し、30°Cで24時間増殖させた後にその菌糸体を滅菌Mirac1o thを介する濾過により集め、200Jdの0.6MのMg5O,で洗い、25 威の低温の2B7/dのNovozym(商標)(Nova Nordisk  A / S)を含む1.2MのMgSO4,10mMのNaHzPO4,pH5 ,8の中に懸濁し、そして氷上で5分インキュベートした。IWlのBSA(1 2ng/II!、滅菌濾過)をこの菌糸体に加え、そしてその懸濁物を37°C で1.5時間ゆるやかに振盪させるからインキュベートした。プロトプラストを Miraclothを通じる濾過によって未消化菌糸体現から分け、5Idの0 .6Mのソルビトール、100+++Hのトリス−HCl、 pH7,0の上に 載せ、そして2500rpmで15分遠心した。プロトプラストを中間相から集 め、3mの1.2Mのソルビトール、10anHのトリス−HCl、pH7,5 ,10mMのCaC1zで4回洗い、同じバッファーの中で5X10’〜5X1 0”/dの濃度で再懸濁し、そして直ちに用いた。 A、オリザ又はA、ニガーの形質転換を本質的に以下の通りに実施した。8μg のQiagen精製pRG^1プラスミドDIIA(1u g/u l)をlμ gのQiagen精製ToC9Q(1p g / u j! )共プラスミドD NA SA。 ニドゥランス(A、 n1dulans) Amds遺伝子保有プラスミド及び 100dのプロトプラスト懸濁物と混合し、そしてRTで20分インキュベート した。 250J!l!の60%(w/v)のPEG 、 10+*Pのトリス −HCl、 pH7,5,10mMのCaC11を加え、そしてこの混合物をR Tで20分インキュベートした。3dの1.2Mのソルビトールを加えた後、そ の形質転換混合物を250Orpmで10分遠心し、IOMの1.2Mのソルビ トールの中に再懸濁し、^■dS選別プレートの上にまき、そして30℃3〜5 日間インキュベートした。 2OaMのアリコートのYP+マルトデキストリン(2%)培地に、Tocプラ スミド(A、オリザ1560−710の中で4つ、株1560の中で2つ)で共 形質転換したAmdS”形質転換体由来の胞子懸濁物を接種し、続いて30°C で2〜3日増殖させた。その形質転換体をRGAEse I活性について、この 培養培地をラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ及びアセチルエステラー ゼ活性についてアッセイすることによりスクリーンした。様々の形質転換体にお ける培養培地に分泌したタンパク質の量及び純度を、4μ!のアリコートの上清 液画分を10%の5O3−PAGE (Feyら、1984)にかけ、続いてク マジー又は銀深色し、A、アキュレアタス由来の精製RGAEse I酵素調製 品をコントロールとして用いることにより分析した。 M蓄ヱユ土工 AmdS”形質転換体の培養培地中のアセチルエステラーゼ活性を、20dのサ ンプルを40°Cで30分、500altの2mMのP−ニトロフェニル−アセ テート/20mMのNa−クエン酸塩バッファー、pus、oの中でインキュベ ートした液の0口、。、での吸光度の上昇として測定し、陰性コントロールとし てA、オリザ1560−710由来の培養培地、そして陽性コントロールとして 精製RGAEse I U4製品(0,18tag/ d )を用いた。 測定の前に、そのpitをIIiのトリス−HCl、 pH7,0をサンプルに 加えることによって上げた。コントロール株の中の高アセチルエステラーゼ活性 に基づき、全てのサンプルはP−ニトロフェニル−アセテートに対して同等の活 性を示しくデーターは示さない) 、AmdS”形質転換体においては検出可能 な上昇はなかった。 培養培地中のラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ活性(前述)を、リン ゴペクチン(Scholsら、1990)から単離した改変多毛領域(?IHR )からのアセテートの遊離として測定した。サンプル(50dづつの上清液)を IOMの1%(w / v 、 HJ中)の改変多毛領域と、a)2時間及びb )24時間、上記と同じコントロールサンプルを用いて、インキュベートした。 酢酸の決定はBoehringerMannhei+s由来の酢酸キットを用い 、その製造者の仕様書に従って実施した。6つのAmdS”形質転換体のうちの 5つが1%のMHRに対して明確な活性を示し、一方6つの形質転換体はA、オ リザコントロール株1560−710に比して活性を示さなかった(図11)0 図11は、A。 アキュレアタス由来のラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼIを発現する 組換A、オリザ株により産生された1%の改変の多毛領域(MHR)に対する活 性を示す、酵素活性はリンゴペクチンMHRからの酢酸塩の遊離として測定した 。最高の活性は形質転換体RGAI!710−1及びRGAE 710−4にお いて観察され、培養培地に分泌した約35kDaのタンパク質と一致した。この タンパク質は5OS−DAGHによる判定に従い、A、アキュレアタス由来の精 製RGAEse Iに比して若干過剰グリコジル化されていた。 里廼 ypo:togの酵母抽出物、20gのペプトン、I(10を810 dまで。 オートクレーブにかけ、90dの20%のグルコース(滅菌濾過)を加えた。 YPG−アガー:25g/lのBactoagar % 15 g / lのグ ルコース、5 g//!のKgPO4,0,5g / j!のMg5Oa−7H tO,pHを5.0に調整、オートクレーブにかける。 10XBasal塩:66.8gの酵母窒素ベース、100 gのコハク酸、6 0gのMail(、H,Oを1000dまで、滅菌濾過。 5C−URA : 90+j!の1QXBasal塩、22.5dの20%のカ スアミノ酸、9威の1%のトリプトファン、810を806まで、オートクレー ブに付<、3.6mの5%のスレオニン及び90mの20%のグルコースを添加 。 5C−Hアガー:アミノ酸抜きの7.5 g / j!の酵母窒素ベース、11 .3 g / lのコハク酸、6.8g/lのNaOH,ビタミン抜きの5.6 g/lのカスアミノ酸、0.1g/lのトリプトファン及び20 g / Ii のアガー(BacLo)、121°Cで20分のオートクレーブ。オートクレー フ゛後、55dの22%のガラクトース溶液及び1.8ydの5%のスレオニン 溶液を450dのアガー当りに加える。 YNB−1アガー:3.3g/j!のKl!PO4,16,7g / lのアガ ー、pnを7に調整、121”Cで20分オートクレーブ、オートクレーフ゛後 、25dのアミノ酸抜きの13.6%の酵母窒素ベース、25jll!の40% (1)りBtコース溶液、1.鑞の1%のし一ロイシン溶液及び1.5mの1% のヒスチジン溶液を4501dのアガー当り加える。 YNB−1培地: YHB−1アガーと同じ組成だが、アガー抜き。 MHR上層ゲル:1%のアガロース、0.05MのNa−酢酸/s17フアー中 の0.5%のMHR,pH4,5,ゲルを煮沸し、次いでアガープレートの上に この上層を注ぐ前に55°Cまで冷却。 FG−4−アガー:35g/lのアガー、30g/lのソイビーンミール、15 g/lのマルトデキストリン(Glucidex6 ) 、5 g / j!の Bact。 ペプトン、pH7,121°Cで40分オートクレーブ。 FG−4培地:30g/lのソイビーンミール、15.g/j!のマルトデキス トリン(Glucidex 6 ) 、5 g / lのBactoペプトン、 121°Cでg/lのNaC1,2g / I!、のKtsoa、12 g /  ’のK)1.PO4,0,1d/ ffiのPluronic 61 L、0 .5ra/lの微量金属溶液、pos、o、121°Cで20分オートクレーブ 、l5dllの50%の滅菌濾過尿素をオートクレーブ後に加える。 微量金属溶液:13.9g//!のFe5Oa−7Hzo、8.45 g /  lのMnSO4−HtO,6,8g/ lのZnC1g、2.5 g / lの CuSO4−5Mg0,0.24 g / NのNiC1g−6HJ、 3 g  / lのクエン酸。 本発明のよりよい理解のために下記の参考文献を参照されたシ為。 Aviv+ It、 l Leder、 P、 1972. 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Biol、 9 8 ; 503−517 。 配列表 (1)一般情報 (1) 出願人: (A)名称: Novo Nordisk A/5(B)通り: Novo A 11e (C)市: Bagsvasrd (E) 国 : Denmark (F)郵便番号5DK−2880 (G)電話: +4544448888()()テレファックス: +4544 493256(1)テレックス: 37304 (ii)発明の名称:新規酵素及びDNA配列(m)配列の数:10 (iv)コンピューター読取フオーム:(A)媒体タイプ:フロッピーディスク (B)コンピュータF IBN PCコンパチブル(C)作動シス−rム: P C−003/MS−005(D)ソフトウェアー: Patentln Re1 ease Il、O+Version 11.25(EPO)(2)SEΩID N0:1についての情報:(:)配列の特徴: (A)長さ:28アミノ酸 (B)タイプ:アミノ酸 (C)Hの数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii )分子のタイプ:ペプチド (vi)起源 (A)生物:アスペルギルス アキエレアタス(B)株: CBS 101.4 3 (xi)配列の詳細: SEQ 10 No: 1 :Asp Arg Val  Tyr Leu^la Gly Asp Ser Thr Met Thr  Lys Asn Gly Glyl 5 10 15 (2) SHOID No: 2についての情報:(i)配列の特@: (A)長さ:60塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニ一本領 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ: DNA(ゲノム)(xi)配列の詳細: SEQ I [l No: 2 :ATGMGACCG CCGCCTCTTG CACCG CTCTT CTrCCTCCCCTCTGCCCTCG CCACGACNN G@60 (2) S[!010 NOi 3についての情報:(i)配列の特徴: (A)長さ:60塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi)配列の詳細: SEQ 10  No: 3 :GTCTATCTCG CGGGTGACTCGACCATG GCCMGAATGGAG GCGGGTCGGG AACTMCGGC60( 2) SEQ 10 No: 4についての情報:(i)配列の特徴: (A)長さ:56塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ:DNA(ゲノム) ゛(xi)配列の詳細: SEQ  10 NO: 4 :TGGGGCGAGT ACCTGCGAGT TACC TCTCCG CGACAGTGGT TAACGACGCG GTCGCG  5U (2) SEQ 10 No : 5 ニラいての情報:い)配列の特@: (A)長さ=60塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi)配列の詳細: SE[110 No: 5 :GACGCMCCT ATGMGACCT TGGAATGCC A CCGTCAACTCGTATrCCCCA TCGATCACAC(2)  SBQ ID NO: 6ニツいての情報:(1)配列の特@; (A)長さ:60塩基対 (B)タイプ:核酸 (−鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi)配列の詳細: SEQ Il l No: 6 :CCACACCAGT CCTGCGGccc GAGGT cGTGG CTGAGCGTrCTTGAAGGCGG TGGTATGCA b60 (2) SEQ In Na: 7についての情報:(i)配列の特徴: (A)長さ:39塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (11)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi) 配列0)tJtM : S EQ 10 No: 7 :GGGTACGTCG TTGAAGAGTG T GTTGACGACGACGAGCTT 39(2) 51!010 No :  8 ニツィTの情報:(i)配列の特徴: (A)長さ:176塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi) 配列(7)詳細: SEo  10 No: 8 :(2) SEQ TONo: 9についての情報:(i )配列の特IL (A)長さ:159塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎮 (11)分子のタイプ:DNA(ゲノム)(xi)配列ノ詳細: SEQ In  No: 9 :GACGCAACCT ATGAAGACCT TGGMTG CCA CCGTCAACTCGTAnCCCCA TCGATCACAC6O CCACACCAGT CCTGCGGCGCGAGGTCGTCG CTGA GCGTTCTTGAAGGCGG TGGTATGCACP20 GGGTACGTCG TrGAAGAGTG TGTTGACGACGACG AGCTT 159(2) SEQ It) No : 101.:ツぃての情 報:(1)配列の特徴: (A)長さ:935塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖 (ii )分子のタイプ:DNA(ゲノム)(×i)配列ノ詳細: SEQ 1 0 NO:10 :ATCGACAAAA Wμ胱川用航航uMAAAAA 9 35FIG、 4 FIG、 5 FIG、 6 FIG、 7 ACetiCacid (/JCl/m+)FIG、11 フロントページの続き (51) Int、 C1,リ 識別記号 庁内整理番号Cl2R1:66) (72)発明者 シュネル、イベツテ スイス国、ツェーハー−4244口シエンツ、オペルドルフシュトラーセ 10 (72)発明者 ミシュラー、マルツェルスイス国、ツェーハー−4204ヒン メルリート、パルデック 95 I (72)発明者 ダルベーゲ、ヘンリクデンマーク国、デーコー−2830ビル ム。 バルクバイ 28 (72)発明者 ヘルトーハンセン、ハンス ペテルデンマーク国、デーコー− 2830ビルム。 パンゲレデト 53

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.アスペルギルスアキュレアタスCBS101.43由来の精製ラムノガラク ツロナンアセチルエステラーゼに対して発生せしめた抗体に免疫学的に反応性で あるラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ。 2.下記の部分アミノ酸配列 【配列があります】 又はそれに対して少なくとも70%、好ましくは少なくとも80%、より好まし くは少なくとも90%の相同性を有する部分アミノ酸配列を有する請求項1記載 のRGAE。 3.前記RGAEが4.0〜7.0、好ましくは4.5〜6.0の最適pH、3 .7〜4.7、好ましくは4.0〜4.5の等電点、30,000〜50,00 0の分子量、及び10〜50℃、好ましくは25〜45℃の最適温度を示す、請 求項1〜2記載のRGAE。 4.請求項1〜3に記載のRGAEをエンコードすることを特徴とする組換DN A配列。 5.a)アスベルギルスアキュレアタスRGAEDNAインサート、b)a)の DNAインサートを含んで成る成熟RGAEDNAについてのコード領域とハイ プリダイズし、且つRGAE活性を有するポリペプチドについての構造遺伝子、 並びに任意的にプロモーター、シグナルもしくはリーダーペプチドについてのコ ード領域及び/又は転写ターミネーターを含んで成るDHA配列、c)a)又は b)において定義するDNA配列の誘導体、あるいは、e)成熟RGAE又はそ のシグナルペプチドもしくはリーダ−配列についてコードし、且つa)又はb) のDNA配列に関する遺伝コードの意義の範囲内において縮重するDNA配列、 より選ばれるDHA配列を含んで成る、請求項4記載の組換DNA配列。 6.下記の部分DHA配列を含んで成る請求項4又は5記載の組換DNA配列 a)【配列があります】 b)【配列があります】 c)【配列があります】 d)【配列があります】 e)【配列があります】 f)【配列があります】 7下記のDNA配列を含んで成る、請求項6記載の組換DNA配列a)【配列が あります】 b)【配列があります】 8.【配列があります】 又はRGAEをエンコードするそれに相同性な配列を含んで成る、請求項4〜7 に記載の組換DNA配列。 9.請求項4〜8記載の組換DNA配列を含んで成るベクター。 10.前記プロモーターがアスペルギルスオリガタカアミラーゼプロモーターで ある、請求項9に記載のベクター。 11.請求項9又は10記載のベクターを含む形質転換宿主。 12.前記形質転換宿主がアスペルギルス株である、請求項11記載の形質転換 宿主。 13.前記形質転換宿主が、種アスペルギルスアキュレアタス、アスペルギルス ニガー、アスペルギルスオリガ又はアスペルギルスアワモリに属する株である、 請求項11記載の形質転換宿主。 14.前記形質転換宿主が、その非形質転換状態ではRGAEを産生しないか、 又は有意義でない量でしかRGAEを産生せず、好ましくはバチルス種、E.コ リ又はS.セレビジアである微生物である、請求項13記載の形質転換宿主。 15.請求項11〜14に記載の形質転換宿主の利用によるRGAEの製造方法 。 16.請求項15記載の方法により製造したRGAE。 17.請求項1〜3に記載のRGAEに富む、植物細胞壁の分解又は改変にとっ て有用なペクチナーゼ調製品を含むことを特徴とする酵素調製品。 18.前記ペクチナーゼ調製品が、アスペルギルス属に属する微生物、好ましく はアスペルギルスニガー、アスペルギルスアキュレアタス、アスペルギルスアワ モリ又はアスペルギルスオリガにより産生されることのできる請求項17記載の 酵素調製品。 19.前記RGAEが請求項16記載のRGAEである、請求項17又は18記 載の酵素調製品。 20.アセチル化MHRの分解又は改変のための製剤としての、請求項1〜3又 は16記載のRGAEの利用。 21.植物細胞壁の分解又は改変のための製剤としての請求項20記載の利用。 22.RGEAを脱アセチル化又は部分脱アセチル化MHRに特異的な酵素を一 緒に用いる、請求項20〜21記載の利用。 23.アセチル化MHRの分解又は改変のための製剤としての請求項17〜19 記載の酵素調製品の利用。 24.植物細胞壁の分解又は改変のための製剤としての、請求項23記載の利用 。 25.前記酵素調製品を、脱アシル化又は部分脱アシル化MHRに特異的な酵素 と一緒に用いる、請求項23〜24記載の利用。
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