JPH03504334A - 生物学的方法 - Google Patents

生物学的方法

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 生物学的方法 本発明は、糸状菌の形質転換における新規なマーカー系の使用に関する。本発明 はとくに、抗生物質生合成 chrysogenumの形質転換における選択マーカーとしての硝酸レダクタ ーゼ遺伝子の使用に関する。
糸状菌類における組換えDNA技術の発展および利用は、一部には、所望のベク ターDNAで形質転換された糸状菌細胞を簡単に選択するのに効率的で工業的に 使用できる系を欠いていたために遅れていI;といえる。菌類の形質転換、すな わち菌類の細胞のDNA配列中への所望のDNAの安定な導入は稀な現象であっ て、所望のDNAを獲得したきわめてわずかな細胞を、多分、数百万もの非形質 転換細胞中から決定するための選択系が必要になる。所望のDNAとともにベク ター中に存在し、形質転換細胞を認識、選択できるマーカー遺伝子を使用する様 々な系がこれまでに提案されてきた。
形質転換に成功した糸状菌細胞の選択には、これまで、たとえば形質転換体に唯 一の窒素源としての酢酸アミドの利用能を付与しくたとえば、Kelly &  Hynes : EMBOJ、、 4 : 475.1985)、それによりこ のような形質転換体の同定方法を与えるアセトアミダーゼ(amd S)遺伝子 の使用が一明らかにされている。糸状菌の形質転換の特徴は、外因性DNAが宿 主ゲノム中に容易にまた安定に挿入されないので、形質転換効率が低いことであ る。このため、非形質転換体によるバックグラウンドのレベルが高く、aid  S選択マーカー系の場合には、これらの非形質転換体が、アセトアミダーゼ遺伝 子の発現を欠くにもかかわらず、唯一の窒素源としての酢酸アミドでも増殖する もののあることが見出された。このため、形質転換を受けた細胞が明瞭に識別さ れないことから、形質転換効率が低い場合にはとくに、amd Sマーカー選択 系の操作は難しい。
この問題は、マーカー法として抗生物質選択が開発されたことにより、ある程度 は解決された。たとえば、マーカーとしてホスホトランスフェラーゼ遺伝子を包 含するベクターによる形質転換は、形質転換体にアミノグリコシド抗生物質G4 18およびハイグロマイシンBに対する抵抗性を付与する(たとえば、Punt ら、Gene、 56: 117゜1987参照)。形質転換された細胞はつい で、これらの抗生物質のいずれかを含有する培地上で増殖する能力によって認識 できる。この系は形質転換体の明瞭な選択方法を提供するが、得られた抗生物質 抵抗性菌株の大きな工業的規模での使用は、工業的利用を困難でかつ経費のがか るものとする高度の封じ込めが要求されるため、望ましくない。さらに、このよ うな株の使用に際しては、挿入された遺伝子が安定に維持されない復帰体の増殖 を防止するために、発酵培地中に抗生物質を存在させることにより選択圧を維持 するのが望ましいと考えられるが、このような発酵培地中での抗生物質の連続的 な使用はもちろん不利である。
糸状菌用の他のマーカー系としては、argB遺伝子を用いるアルギニン要求性 (Buxtonら:  Gene、  37 : 207゜1985)、」C遺 伝子を用いるトリプトファンC要求性(Sanchezら: Gene、 51  : 97.1987)またはPyr−4もしくはPyr C遺伝子を用いるウ ラシル要求性(Cantoralら、Biotechnology、 5: 4 94.1987)の逆突然変異が報告されている。これらの技術はしかしながら 、適当な栄養要求変異体を得るための突然変異および選択を含む複雑な長い操作 が必要になる。また、このような操作は糸状菌の抗生物質産生株に抗生物質生産 性の喪失を招くことが多い。
したがって、マーカー遺伝子の発現を欠く適当な変異体の単離を容易にし、しか も選択操作は抗生物質抵抗性マーカーを使用しないで形質転換細胞の明瞭かつ容 易な同定を可能にする形質転換糸状菌の確認用マーカー系の開発が必要である。
さらに、このような系はマーカー遺伝子として同種遺伝子を(すなわち、形質転 換された種と同一種からの遺伝子)の使用によるものであることが理想である。
マーカー遺伝子が同種遺伝子である場合には、遺伝子コードが形質転換宿主に生 得のものであり、したがって宿主細胞によって容易に認識されるので、発現およ び形質転換を至適化しやすく、より効率的な遺伝子の発現がもたらされる。また 、環境リスクの可能性を低下させるためにも、宿主糸状菌への異種遺伝子の導入 は回避することが好ましい。
本発明者には、抗生物質産生糸状菌、Pen1cilliu■chrysoge numおよびAcremonium chrysogenumの形質転換細胞が 、硝酸レダクターゼを欠く細胞の形質転換において硝酸レダクターゼマーカー遺 伝子を用いることによって、うまく、効率的に選択されることを見出した。この ような系は、形質転換体の明瞭な選択を可能にし、抗生物質抵抗性の挿入による 欠点を回避し、また、所望により、マーカー遺伝子として同種遺伝子を使用する ことができる。
すなわち、本発明はその一態様として、硝酸レダクターゼを発現できるPeni cillium chrysogenumまたはAcremonium chr ysogenua+の細胞を、最初は硝酸レダクターゼ遺伝子の発現を欠いてい た同種の細胞(nia D−細胞)から得る方法を提供する。この方法は、上記 nia D−細胞に選ばれた宿主細胞内での上記遺伝子の発現のための調節配列 と機能性に連結した硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子を包含するベ クターDNAを導入し、ついで形質転換された細胞を、唯一の窒素源として硝酸 塩を含有する適当な培地上での発育能によって選択するものである。
本発明の方法に使用されるPenicjllium chrysogenumお よびAcremonium chrysogenu+r (以前はCepha  1ospor iumacremonlumと呼ばれていた)の株は、その抗生 物質産生株または硝酸レダクターゼ欠損変異株であることが好ましい。P、 c hrysogenumの株はペニシリン系抗生物質たとえばペニシリンGおよび ペニシリンVの工業的製造に広く用いられている。同様に、A、 chryso genumの株はセファロスポリン系抗生物質たとえばセファロスポリンC1デ アセチルセフ70スポリンCおよびデアセトキシセフ70スポリンCの製造に使 用されている。
ペニシリン類およびセファロスポリン類、両者の生合成は、3種類のアミノ酸、 L−a−アミノアジピン酸、L−システィンおよびL−バリンの酵素ACVシン テターゼによる縮合に始まる。生成したトリペプチドは酵素イソペニシリンNシ ンテターゼによって環化されイソペニシリンNを産生ずる。P= chryso genumにおいては、イソペニシリンNは多数の6−アミツベニシラン酸誘導 体、たとえばそのフェニル酢r!IWII導体、ペニシリンG、およびそのフェ ノキシ酢酸誘導体、ペニシリンVに変換される。A、 chryso enu+ nにおいては、インペニシリンNは、ペナム構造のチアゾリジン環をセフェム構 造のジヒドロチアジン環に変換してデアセトキシセファロスポリンCを与える酵 素デアセトキシセファロスポリンCシンテターゼ(エキスパンダーゼとも呼ばれ る)によって修飾を受ける。これは、酵゛素デアセチルセファ0スポリンCシン テターゼ(ヒドロキシラーゼとしても知られている)によって、デアセチルセフ ァロスポリンCに変換される(A、 chrysogenumでは、エキスパン ダーゼとヒドロキシラーゼの酵素活性は同−蛋白分子上に存在する)。デアセチ ルセファロスポリンCはついで酵素DACアセチルトランスフェラーゼによって 、セファロスポリンCにアセチル化される。
本発明の方法によって菌のゲノムに挿入されるベクター DNAは、硝酸レダク ターゼをコードするマーカー遺伝子と同時に、形質転換後に改良された株を生じ る少なくとも1種の工業的に重要な遺伝子を包含することが好ましい。すなわち 、導入される遺伝子はたとえば、抗生物質発酵の生産性または費用効率を改善す る遺伝子、したがってたとえば、ペニシリン類もしくはセファロスポリン類の生 合成経路に関与する遺伝子、生物体の発育の産生相に関与する調節遺伝子、生物 体の新規な基質での生育を可能にする遺伝子、または産生ずる代謝物を変える遺 伝子である。挿入される遺伝子は、酵素ACVシンテターゼ、イソペニシリンN シンテターゼ、デアセトキシセファロスポリンCシンテターゼまたはDACアセ チルトランスフェラーゼである。上述の理由により、これらの遺伝子は形質転換 される種と同一の種から単離されることが好ましい。
本発明の方法の別の操作においては、菌のゲノムへの挿入が所望される遺伝子と 硝酸レダクターゼマーカー遺伝子が別のベクター上に配置される。選択マーカー を含有するベクターによって形質転換された宿主株がまた所望の遺伝子により、 それらが別個のベクター上に配置されていたとしても、形質転換される可能性は かなり高いからである。
本発明の操作によって調製されI;形質転換株は、その現存する遺伝子のひとつ たとえば生合成経路遺伝子の新しい遺伝子または多重コピーのいずれかを有し、 したがって親株に比べてペニシリン類またはセファロスポリン類の産生に操作上 の利点を有する。このような利点の例としては、発育速度またはペニシリンもし くはセファロスボリン力価の改善、安定性の改善、様々な培地上での発育特性の 改善、および産生物の抽出の難易度の改善がある。
本発明の方法によって菌ゲノムjご挿入される所望の遺伝子は、本技術分野でよ く知られている慣用技術により、または本明細書l二硝酸レダクターゼ遺伝子に ついて記載される方法と類似の方法を用いて調製できる。
本発明の方法によって形質転換されるP、 chrysogenumおよびA、  chrysogenumの適当な宿主細胞は、硝酸レダクターゼ構造遺伝子( nia D)の発現を欠く株である。したがって、それらは唯一の窒素源として 硝酸塩を利用できず、そのため硝酸塩が唯一の窒素源である最小培地上では発育 できない。このような欠損株はしたがって、本発明の方法によって形質転換され 、選択マーカーとして硝酸塩レダクターゼ遺伝子を有する株から容易に識別され る。
硝酸レダクターゼ欠損株は低頻度ではあるが偶然突然変異によって生じる。また 、突然変異は標準的な突然変異誘発技術によっても誘発できる。このような技術 には、DNAベルに作用する化学的変異誘発物質たとえば5−ブロモウラシルお よび2−アミノプリンがあり、これらはDNA複時にそれぞれチミジンおよびア デニンの代わりにDNA配列に取り込まれ、誤複写を生じる。ヌクレオチドの化 学修飾はDNAの対合を変化させ、l−とえば亜硝酸はアデニン、シトシンおよ びグアニンを脱アミン化し、ヒドロキシルアミンは特異的にシトシンを攻撃しく N−6−ヒドロキシシチジンを形成する)、これがグアニンでなくアデニンと対 合するようになる。アルキル化剤、たとえばイオウもしくは窒素マスタード、エ チレンオキサイド、エチレンメタンスルホン酸およびN−メチル−N′−二トロ ーN−ニトロングアニジン(NTG)はグアニン残基に作用して塩基対欠失を起 こさせる。染色体異常は電離性放射線!二とえばa、βおよσγ線もしくはX線 、または非電離性放射線たとえば紫外線によっても起こる。
他の様々な化学的変異誘発物質、たとえばジエボキシド類、エトキシカフェイン およびマレイキドラジンも使用できる。
硝酸レダクターゼ欠損変異株は、塩素酸塩(たとえば400+IIM塩素酸ナト リウム)と硝酸レダクターゼ非抑圧窒素源(たとえばグルタミン酸)を含をする 培地上で容易に確認できる。硝酸レダクターゼ酵素を産生できる株は塩素酸塩を 有毒な亜塩素酸塩に還元して細胞を死滅させるからである。ついで様々な窒素源 上での単純な発育試験を使用して、硝酸レダクターゼ欠損変異株は、他の塩素塩 抵抗性変異株から容易に識別できる(たとえばBirkett& Rowlan ds、 J、 Gen、 Microbiol、、 123:281.1981 参照)。塩素酸塩培地上での選択ののち、単離された変異株は、突然変異の復帰 または抗生物質力価の喪失について、たとえばフラスコ振盪分析によって試験す ることも一ゼ欠損株の、硝酸レダクターゼマーカー遺伝子による形質転換は、そ の株に硝酸塩を唯一の窒素源として利用する能力を回復させる。
形質転換マーカーとして用いられる硝酸レダクターゼ遺伝子は、糸状菌の株のゲ ノムDNAライブラリーから単離することができる。この株は、宿主として考慮 される株と同一種まl;は近縁種の株であることが好ましい。すなわち、P、   chrysogenumおよびA、  chrysogenumのほかに、A spergillus n1dulans、 Aspergillus nig erおよびAs ergillus oryzaeのようなアスペルギルス種の 株を使用できる。ゲノムライブラリーは、総染色体DNAを制限酵素たとえばS au 3Alを用いて部分消化することによって構築される(たとえば、Gar ber & ’Ioder、  Anal。
Biochem、、  135:416. 1983参照) 、 15〜25k bpの範囲内の消化フラグメントを、たとえばスクロース勾配上サイズ分画によ って回収するのが便利である。消化7ラグメントはλEMBL3またはλEMB L4のようなファージベクターに連結することができる。これらをついでファー ジ粒子1: in viLroパッケージングを行ったのち、たとえば大腸菌の ような原核生物宿主内で増殖させて7アージライブラリーを作製する。このライ ブラリーは、他の糸状菌たとえばアスペルギルスの種から単離されたnia D の全遺伝子またはフラグメントを用いてバクテリアローン上77−ジ粒子のブレ ーティング後にスクリーニングされる。
また、ライブラリーは、本技術分野で公知の発現系または本明細書に記載する方 法と類似の系を用いて硝酸レダクターゼの発現についてスクリーニングしてもよ い。
この方法で選択されるDNA配列はそれ自体、硝酸レダクターゼ酵素をコードす る他のDNA配列を選択するプローブとして使用できる。それらのマーカー遺伝 子としての有効性は、P、 chrysogenymまたはA、 chryso genymいずれかの硝酸レダクターゼ欠損株の形質転換に、それらを適当な組 換えDNA分子中で使用することによって明らかにされる。硝酸レダクターゼ酵 素をコードする単離DNA配列は、形質転換される種と同一の種に由来すること が好ましい。
本発明の方法においては、硝酸レダクターゼ欠損宿主は、発現ベクター中に連結 された硝酸レダクターゼマーカー遺伝子および所望の遺伝子によって形質転換さ れる。
発現ベクターはその宿主株で高い形質転換頻度を示すことが好ましく、ゲノムへ 挿入される所望の遺伝子および硝酸レダクターゼマーカー遺伝子のコード要素が 宿主にトランスホームされたならば効果的に発現するように構築されなければな らない。
発現ベクターは、その後の遺伝子操作を容易にするため、原核生物宿主、好まし くは大腸菌内で複製可能でなければならない。大腸菌の増殖後、0」Dを含有す るベクターは、ハイブリダイゼーション選択を用い、他の近菌のゲノムへ導入さ れる所望の遺伝子がマーカー遺伝子と同じ発現ベクターに導入されるされる場合 には、所望の遺伝子は両遺伝子が発現されるようにベクター中に連結されなけれ ばならない。すなわち、その連結が硝酸レダクターゼ遺伝子またはその原核生物 宿主の複製および選択に必要な遺伝子の機能的活性を破壊しないようにしなけれ ばならない。これは、ベクターが所望の遺伝子が挿入される唯一の制限部位をも つことを保証することによって達成される。
硝酸レダクターゼ欠損宿主の形質転換に適当な発現ベクターは、染色体、非染色 体および合成りNA配列の部分から構成され、たとえば既知の細菌プラスミドの 誘導体、たとえばCot  Elのような「天然」プラスミドまたはpBR32 2もしくはPM89のような「人工」プラスミド、あるいは酵母プラスミドたと えば2μである。他の適当なベクターとしては、7アージDNAたとえばM13 の誘導体もしくはバクテリオファージラムダ、または酵母ベクターたとえばYl p、 YEpもしくはYRpの誘導体を挙げることができる。
このような発現ベクターはまた、硝酸レダクターゼマーカー遺伝子および所望の 遺伝子に有効に連結した少なくとも1個の発現調節配列によっても特徴づけられ る。
有用な発現調節配列の例には、酵母の解糖プロモーター(たとえば3−ホスホグ リセリン酸キナーゼ、PGKに対するプロモーター)、酵母の酸性ホスファター ゼ(Pho 5)もしくはアルコールデヒドロゲナーゼ−2(ILQcA)のプ ロモーター、またはグルコアミラーゼプロモーターが包含される。調節配列はマ ーカー遺伝子または所望の遺伝子と分離していることが好ましく、これによって 異種調節配列を用いて発現ベクターを構築する必要が回避される。
発現ベクターはまた所望により、好ましくは形質転換される種と同一種からのミ トコンドリアまたは染色体DNAのフラグメントに由来する自己複製配列(ar S)によって特徴づけることもできる。
本発明の方法による硝酸レダクターゼ欠損宿主、宿主細胞の形質転換のためには 、細胞をまずプロトプラストに変換するか、または、たとえばDnawaleら 、CurrentGenetics、 8 : 77(1984)に記載されて いるように金属塩たとえば酢酸リチウムで処理する。本技術分野でよく知られて いる他の形質転換法には、プロトプラストのエレクトロポレーションまたはりボ ゾーム内包DNA処理、マイクロインジェクション、およびDNAを菌細胞内に 導入する他の物理的手段がある。
好ましい方法はプロトプラストを使用する。その形成の前に、宿主株は常法によ り、たとえば振盪フラスコ中で適当な集団サイズまで培養する。培養培地の性質 はプロトプラスト収率に影響するが、一般的にはP、 chrysogenu+ oまたは^、ChrySOgenumの生育に慣用されるものでよく、もちろん 硝酸塩に代わる別の窒素源たとえばグルタミン酸を添加する。ついで菌糸体を濾 過または遠心分離によって回収し、洗浄して培養培地を除去する。回収された菌 糸体は所望によりチオール類を還元状態に維持するための試薬(たとえばジチオ スレイトール、0.005M〜0.1M、 pH5〜pH8,5)で処理しても よく、これはプロトプラストの生成を補助し、したがって収率を改曽てきる。
次に、菌糸体を、培地のpHおよび浸透圧を維持するための適当な緩衝液の存在 下に、1種または2種以上の酵素プレバレージョンで処理する。適当な酵素プレ バレーシコンは市販品があって、たとえばNovozya+ 234またはNo vozym 249である(Novo、  Industri、 A/S DK  2880Bagsvaerd、 Denmark) a これらのプレバレー ジョンは数種の酵素たとえばセルロース、プロテアーゼ、シチナーゼおよびペク チナーゼを含有する不確定の混合物である。
菌糸体は酵素プレバレージョンと、満足できる収率のプロトプラストが得られる までインキュベートする。インキュベーション培地のpHおよび温度は使用した 酵素についての指示に従って選択され、たとえばNovozym 234の場合 、pH約5.8、約26℃で約3時間である。通常の酵素濃度は0.05〜20 tag/ Qの範囲で、Novozymの場合5mg/+*ffである。
適当な緩衝液は、たとえば20mMリン酸緩衝液、pas、sである。インキュ ベーション培地の浸透圧は、プロトゲラストの安定性を保証できる、たとえば0 .5M −1,0M当量の範囲である。浸透圧は無機塩たとえば塩化カリウムも しくは硫酸マグネシウムを用い、または糖もしくは糖アルコールで調整される。
プロトプラストは菌糸屑から、焼結ガラスフィルターもしくはコドンウールを通 して濾過して、および/または遠心分離たとえば3.000〜4 、000rp ■、10〜20分により分離される。プロトプラストはペレットとして回収され 、浸透圧安定溶液(たとえば0.7M塩化カリウム)中で洗浄したのち、浸透圧 安定溶液中に10’〜108プラスト7mmの濃度で再懸濁する。
単離プロトプラストの形質転換は、上述のベクターを、10’個のプロトゲラス トあたりベクターDNA約lθ〜20μ9の割合で用いて行われる。形質転換の 確率を最大にするため、ポリエチレングリコール(PEG)を加える。PEGは 1.000〜s、oooの範囲たとえば約4,000の分子量のものが好ましい 。PEGは、水性緩衝液中好ましくは濃度20〜60%たとえば約50%の溶液 として使用される。puは5〜IOの範囲が適当であり、好ましくは5.8〜7 .5である。この過程は濃度範囲0.002M −1,0Mのカルシウムイオン によって好ましく支持され、I;とえば0.05Mの塩化カルシウムが使用され る。形質転換は0〜25°Cの温度範囲、好ましくは室温で、1時間まで行うの が有利である。
インキュベーションは、さらにPEGを添加して反復してもよい。形質転換頻度 は最初のインキュベーションを中で加温しても形質転換頻度は改善される。プロ トプラストは緩和な遠心分離(たとえば2 、000rpm、5〜IO分)で収 穫し、少量の適当な浸透圧安定緩衝液(たとえば1.0Mソルビトール数11Q )中に再懸濁する。
形質転換体の選択は、形質転換操作を受けた菌細胞を形質転換選択培地上でブレ ーティングすることによって容易に達成される。この場合の培地は唯一の窒素源 を硝酸塩、たとえば硝酸ナトリウムのような硝酸金属塩とした最小培地でなけれ ばならない。必要に応じて、t;とえばプロトプラスト形質転換が起こった場合 には、培地は、形質転換コロニーが、非硝酸塩利用自然増殖から旺盛番こ生育す るためには10〜30℃で5〜20日のインキュベーションを要する。
本発明の方法によるP、 chrysogenumまたはA、、 chryso −genumの硝酸レダクターゼ欠損宿主株の形質転換の好ましい方法は以下の 工程からなる。
(i)  意図された宿主と同一種または近縁種の菌の細胞から単離される全D NAの1種または2種以上の制限酵素たとえば酵素熟且3Alによる消化(i) 選ばれl;原核生物、好ましくは大腸菌の感染およびその生物での複製が可能な ことが既知のバクテリオファージベクターの(i)で得られt;制限7ラグメン トとの融合体の調製 (ij)  (ii)で調製された組換えバクテリオファージベクターのin  vitroパッケージング、選ばれた原核生物細胞の感染および細菌ローン上プ ラークとしてクローン7アージ粒子の回収 (iv)  (ii)で得られた組換えクローンファージ粒子の、硝酸レダクタ ーゼ遺伝子についての、様々な種からの他の既知硝酸レダクターゼ遺伝子とのホ モロジーによる、または機能活性による選択 (V)  組換えファージの適当な制限フラグメントの、選ばれた厚核生物好ま しくは大腸菌で形質転換および複製可能なことが既知のベクターへのサブクロー ニングによる硝酸レゼクターゼ遺伝子の回収(vI)所望の工業的に重要な1種 または2種以上の遺伝子、とくにセファロスポリンまI;はペニシリン生合成に 関与する生合成または調節遺伝子の(v)で得られたベクターとのDNAフラグ メントの好ましくは融合による挿入(これは両遺伝子が発現されるように、すな わち融合が硝酸レゼクターゼ遺伝子の機能活性または原核生物宿主内での複製お よび選択に必要な機能を破壊しないように行われる) (vii)  付加的な、ただし必須ではない工程として、他の構成りNAフラ グメント、たとえば酵母または他の糸状菌で自己複製能を有するDNAフラグメ ントを(v)および(vi)に記載したベクターに融合させることもできる。
(vii)  上記工程(iv −v社)で製造された原核生物トランスホーマ ント中に得られ、工業的に重要な遺伝子および(ii)と(iv )の手段で確 認された硝酸レゼクターゼ遺伝子を含有するベクターを用いる、Lchryso genumまたはA、  chrysogenumの硝酸レダクターゼ欠損宿主 株の形質転換。この形質転換は、高い浸透圧強度の培地中細胞壁成分の酵素消化 による菌ル処理によるプロトプラストへのベクターの導入によって行われるのが 好ましい。
(ix)  新たに導入されI;硝酸レダクターゼ遺伝子を選択マーカーとして 発現する菌トランスホーマントの、唯一の窒素源として硝酸塩を含有する培地上 での選択。好ましい形質転換系(vi)では、この培地はプロトプラスト再生を 可能にする高い浸透圧強度を有す工程(ii)および(iii)は、制限フラグ メントの(V)に記載したベクターへの直接融合および(iv )におけるni a Dについてのスクリーニングに置換できることは明らかである。また、工業 的に重要な1種または2種以上の遺伝子は別個のベクター残基または制限フラグ メントに配置し、工程(vii )は別個のベクターDNA残基の共形質転換、 nia  D遺伝子の存在の選択および工業的に重要な遺伝子の取り込みのハイ ブリダイゼーションまたは機能活性によるスクリーニングとして実施できること も理解されよ本発明の方法によって製造された形質転換細胞はついで、醗酵によ るペニシリン類まI;はセファロスポリン類の生産に使用できる。したがって、 本発明は他の態様として、上述の本発明の方法によって製造されたP、 chr ysogenumまたはA、 chrysogenumの形質転換株を培養し、 培養培地から所望のペニシリンまl;はセファロスポリンを単離することからな るペニシリンまたはセファロスポリンの製造方法を提供する。
本発明はさらに他の態様として、硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子 を包含するベクターDNAを提供する。この場合、マーカー遺伝子はその遺伝子 の発現に対する調節配列と作動性に連結され、硝酸レダクターゼをコードする遺 伝子および調節遺伝子はいずれも、形質転換が意図される宿主、P、  chr ysogenumまたはA、 chrysogenumと同一種の細胞に由来す るものであることが好ましい。とくに好ましいベクターDNAは、硝酸レダクタ ーゼをコードするマーカー遺伝子に加えて、上述のように、P、 chryso genumまたはA、 chrysogenumの形質転換によって、改良株を 与える少なくとも1種の遺伝子を含有する。
本発明は他の態様として、硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子がその 遺伝子の形質転換宿主細胞内での発現の調節配列と作動性に連結されて包含され るベクターDNAを含むP、  chrysogenumまにはA、  chr ysogenumの形質転換細胞を提供する。
以下の実施例は本発明はを例示するものであって、本発明を限定するものではな い。実施例中には以下の略号が使用される: EDTA−スチレンジアミン四酢 酸、EGTA−エチレングリコール−ビス(β−アミノエチルエーテル)N、N ’−四酢酸、 5DS−ドデシル硫酸ナトリウム; Tris−HCQ−1−リ ス(ヒドロキシメチル)アミノメタン塩酸塩;DTT−DL−ジチオスレイトー ル、 ATP−アデノシリン三リン酸、 5SC−食塩クエン酸ナトリウム;  PEG−ポリエチレングリコール、 5SPE−食塩リン酸ナトリウム/EDT A ; kb−DNAのキロ塩基対。
実施例 l プラスミドpN II AはargB遺伝子ベースのクローニングベクターpl LJ 16(Johnstoneら、EMBOJ、 4: 1307〜1311 ゜1985)中にそのnii A4 (硝酸レダクターゼ遺伝子)、シ」。
伝子(硝酸レダクターゼ遺伝子)中に及んだ多数の遺伝的に同定された欠失につ いてざらに相補実験を行い、の制限酵素地図と相対させて第1図に例示する。こ の地図は単なる例示であって限られた数の制限部位が示されていて、特定の制限 酵素についてはすべての位置が地図化されていない場合もある。
pNI[AのDNAをEcoRIで消化し、再すゲーションによりプラスミドp STAtを構築した。この処理はEcoR1部位の一方の側まですべてのDNA を欠失させる手段を提供しく第1図に例示)、シたがってすべての虹11および 1上1遺伝子コ一ド配列が除去された。psTAI DNA内からの2.4kb かって、さらに単離されたクローンを完全なnia D遺伝子の存在についてス クリーニングする手段を与える。プラスミドpSTA 1は、特許手続の目的で の微生物の寄託の国際的認識に関するブダペスト協定に基づいて、Nat 1o −nal Ca1lection of IndusLrial and Ma rine Bacteria。
135 Abbey Road、 Aberdeen、 AB98DGl: 1 989年1月23日、受入番号NCl340102として寄託された。
psTAI  DNAの一部10μgを1XXba±緩衝液条件(101Tri s−HCQ、pH7,5,7,5mM MgCQ、、100+++M NaCQ 、 7 mm2−メルカグトエタノール)に置き、100単位のXbaI酵素( Ao+ersham、 International Plc、 White  Lion Road。
Amersham、 Bucks、 HF29LL)で消化した。制限生成物を 1%低融点アガロースゲル(Sigma Che+m1cal Co、、Fan cyRd、 Poole、 Darset、 BH177NH)上、標準条件の 電気泳動によって分割した。2.4kb XbaI 7ラグメントを含むDNA バンドを切り出し、40℃で再融解し、DNAをフェノール抽出およびエタノー ル沈澱で回収した。この物質はnia D特異的プローブとして完全な機能性岨 11遺伝子を単離するために使用した。
硝酸塩を旺盛に利用する^、n idu Ians株をアスペルギルス完全培地 、ACM (C1utterbuck、 Handbook or Genet ics(King編)、447〜510頁、Plenum Press、 19 74)中28℃で生育させた。適当な株は、様々な培養菌体コレクション、たと えば、American Type Cu1ture Co11ection  (ATCC)12301  Parklawn  Drive、Rockvil le、MD  20852.USA:Commonwealth  Mycol ogical  In5titute、  Ferry  Lane。
Key、5urrey、TWA  3AF ; Fungal  Geneti cs  5tock Centre。
Ca1ifornia  5tate  University、Hua+bo ldt、Arcata、CA95521、 USAから広く入手できる。
−夜生育させたのち濾過して菌糸体を収穫し、液体窒素中で凍結し、−夜凍結乾 燥した。この物質はRaader &Brodaの方法(Lett、 Appl ied Microbiol、 l : 17〜2L1985)の改良法を用い て高分子量DNAを単離するために使用した。凍結乾燥した菌糸体(2,59) を0.1容の砂とともに粉砕し、200mM Tris−HCg、 pH8,5 中25+sM EDTA、 0.5%SDSおよび250mM NaCQからな る抽出緩衝液5mdで水和した。フェノール(抽出緩衝液で平衡化) 3.5m 12を加え、混合し、ついで1.5slのクロロホルム/イソアミルアルコール (24:l)を加え、次にこの溶液を渦動させた。分解物を室温、120009 で1時間遠心分離し、ついで核酸を水相から0.6容のプロパン−2−オールで 沈澱させた。放置して得られた歌いペレットを70%エタノール1藁a中で洗浄 し、TE緩衝液(10+aM Tris−HCff、 pH8,0、l mM  EDTA)1+wa中ですすいだ。7.5M酢酸アンモニウムを2.5になるよ うに加えてRNAを沈澱させ、4℃で15分間インキュベートした。上述のよう に短時間遠心分離したのち、DNAを水相から2容のエタノールで沈澱させた。
ペレットを70%エタノール中で洗浄し、乾燥し、l mj2TE緩衝液中です すいだ。収量は約1 rrryであった。
上述のようにして得られたDNAを酵素5au3A I (Amers−ham  International Plc)で部分制限した。200μsの部分を 500uff容量中I X 5au3A I緩衝液条件(lomM Trjs− HCLpH7,5,7mM MgCQ2.20mM NaCQ)に調整し、つい で1.5単位の酵素により37℃で1時間消化した。EDTAをlomMまで加 えて反応を終結させ、ついで反応生成物を、予め形成させた38mQスクロース 勾配(IM NaCQ、  5 mM EDTA、 20mMTris−HCQ pH8,0中to〜40%スクロース)を通してサイズ分画し、5W280−タ ー(Beck+nan Instruments(UK)Ltd。
Progress Rd、 High Wycome、 Bucks、 HP1 24JL)を用い、900h、21℃で20時間遠心分離した。勾配を0 、5 mff部分に分画し、サイズ範囲15kb〜25kb (アガロースゲル電気泳 動によって測定)のDNAをプールし、酢酸ナトリウム0.3Mに調整し、2容 の水冷エタノールを加えてエタノール中に沈澱させ、氷上で30分間インキュベ ートした。遠心分離で回収されたDNAベレットをTE緩衝液25μα中ですず いラムダクローニングベクターλEMBL3(Frischaufら、J。
Mo1.Biol、170: 827〜842.1983)はBam旧消化腕部 としてStratagene Inc (11099North Torrey  Pines Rd、La Jo−11a、 CA92037. USA)から 入手した。A、 n1dulans DNAの5au3A Iフラグメント(l μg)およびλEMBL3腕部(2μg)を20μQのリゲーション緩衝液(2 0mM Tris−H(4%pH7,6,10mM MgG(1,,10mM  DTT、 0.6mM ATP)中に混合し、5単位特表千3−504334  (53) のT4 DNAリガーゼ(Amersham)とともに14°Cで18時間イン キュベートした。
リゲーション生戊物を市販のGigapack Wit (Stratag−e ne Inc)を用いて7ア一ジ粒子中にin vitroパッケージングを行 った。パッケージングされたファージを大腸菌0358株中で増殖させ、1.5 X 10’ブラ゛−り形成単位(pfu)の組換え7アージライブラリーを作製 した。
約3 X IQ’pfuのし1鰭u Jans組換え7フージライブラリーを帆 5mαのlomM Mg5O,中、IX 10’個の大腸菌0358M胞と混合 した。37℃で15分間インキュベートしたのち、混合物を25i+ffの熔I I&(42℃)軟質アガール(LB+ lomM Mg5Oa+0.6%アガー ル)に加え、LB培地+10mM Mg5O*含有20X20craベトリブレ ートを覆うのに使用した(LB(Lur 1a−Bertani)培地は1%バ タトートリプトン、0.5%酵母エキス、0,5%NaCQf pH7,oで含 有する。大腸菌操作の標準技術はManiatisら(Gene Clonin g、 A Laboratory Manual。
Co1d Spring Harbor Lab New York、 198 2)によって記載されている〕。−夜インキユベートしたのち、プレートに二重 に押しつけた濾紙をHybond−N膜を用いて標準技術によって採取した。濾 紙をそれぞれブレインキュベーション緩衝液(6XSSC,5Xデンハルト溶液 、0.5%ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)および変性サケ精子DNA)25 I++Q中、65℃で6時間インキュベートした。 SSCは0.15MNaC Q、 0.015Mクエン酸ナトリウム;デンハルト溶液はポリビニルピロリド ン、ウシ血清アルブミン、フィコール(Sigma Chemical Co、 )各0.02%である。
工程lで製造された、psTAlの2.4kb Xbal 7ラグメント(ni a  D特異的DNAフラグメント)を、市販のキット(Amersham)を 用い、ニックトランスレージ3ン法によって32pで標識した。放射性標識7ラ グメントは5ephadexG−50ニツクカラム(Pharmacia LK B、  Biotechnology。
Midsummer Baulevara、 Milton Keynes、  Buck Mg93HP)から溶出して導入されなかった標識を除いて回収し、 新鮮なハイブリダイゼーション緩衝液(ブレI・イブリダイゼーション緩衝液と 同様に調製) 25m<2に加えた。ノ\イブリダイゼーションは65℃で一夜 行った。ついで濾紙を標準条件を用いて洗浄して過剰のプローブを除去し、最後 に帆lX5sc、 0.1%SDSにより65℃で洗浄し、乾燥したが紙を一2 0℃で4時間X線フィルム(Hyperfilo+ B−max。
Amersham)に露出した。
陽性プラークの候補を採取し、もつと低いブレーティング密度で(9cm径のプ レートあたり約100プラーク)再精査した。この方法で単離された1(iの陽 性クローン(λAN8a)を以後の使用に保有した。このクローンは第1図に例 示したようなA、n1dulansの全nia D遺伝子をコードし、本発明の 形質転換プロトコールの外米性DNAのソースとする。
工程4:機能性Asperg4目us niger nia D遺伝子クローン の単離 硝酸塩利用のA、niger株を工程2に記載したのとほぼ同じ完全培地中で生 育させた。適当な株はATCC,CMI、FGSCまたは他の培養体コレクショ ンから広く入手できる。
工程2に記載した方法により、菌糸体を収穫し、DNAを単離した。
nia D特異的プローブとしてpsTAlの2.4kb Xba Iフラグメ ントを用いたA、nigerゲノムDNAのサザンブロツテイングにより、Ec oRIで消化しt;場合、A、niger硝酸レダクターゼ(nia D)遺伝 子は約2.88よび2 、 OkbのDNAフラグメント上に存在することが明 らかにされた。ハイブリダイゼーションおよび32P標識プローブの製造の実験 条件は工程3の記載とほぼ同じであった。バックグランド、非ハイブリダイゼー ション放射能は、最終塩濃度2Xssc、 56℃まで洗浄しで除去した。
^、nigerゲノムDNA(50pg)をl X 5au3A I緩衝条件に 置き、200μQ容量中の2単位の5au3A Iにより37℃で30分間消化 した。6〜12kbの範囲の7ラグメントを1%アガロースゲルからニトロセル ロースを介して単離した(Zhuら、Biotechnol、 3: 1014 〜1016.1985)。
広く利用できるプラスミドベクターpUC8(Vieira &Messing 、 Gene 19; 259=268.1982)をlXBamHI緩衝液条 件(IOmM Tris−H(4,pH8,0,701M MgCQ、、100 mM NaCQ。
2mM 2−メルカプトエタノール)に調整し、10μQ容量中10単位のBa mHIにより37℃で2時間消化した。酢酸アンモニウムを2Mまでおよび2容 の冷エタノールを添加してDNAを沈澱させた。遠心分離で回収されたDNAペ レットを20uQの50mM Tris−HC(2pH8,0、O,1mM E DTAに取り、0.5単位のアルカリホスファターゼCBoehringer  MannhaimGmbH,、P、O,Box 310120 D−6800、 Mannheim 31 FRG)とともに37℃で1時間インキュベートした 。EGTAを10mMまで加え、65℃に45分間加熱して、ホスファターゼを 不活化した。酢酸ナトリウムを0.3Mまでおよび2容の冷エタノールを加えて DNAを沈澱させた。
A、niger Sau 3AIフラグメント約250ngを含むサンプルおよ び脱リン酸化BamHI切断pUC3ベクター1100nを混合し、工程2の記 載とほぼ同様にしてリゲーションさせた。
リゲーション生成物を使用して、広く入手できる大腸菌DH5株を形質転換して 、硝酸レダクターゼ構造遺伝子をもつことが期待されるフラグメントに富んだ約 2XlO’個のA、niger  DNAライブラリーを作製した。このライブ ラリーを各1500〜3000個のクローンを含む9個のプールに分けた。プー ルされた単離体を100μg/laQのアンピシリンを補充したLB培地中Iこ 生育させ、DNAをBirnbois &Dolyのアルカリ性SDS法の改良 法(Maniatisら、前出)でDNAを単離した。単離されたDNAを、工 程lの記載と同様にして、EcoRIおよびBamHIで消化し、電気泳動によ って分別し、プロッティングし 32p標識nia D特異的なpSTA Iの 2.4kb Xba rフラグメントをプローブとして精査し、単離しt;。プ ールのひとつがこのプローブに高いホモロジーを示すフラグメントを含んでいた 。このプールを用い、再びプローブとしてpsTAI  DNA7ラグメントを 使用してManiatisら(前出)の記載に従い、標準コロニーハイブリダイ ゼーション1こよってn i a  D 特j% 的クローンを単離しt;。こ の方法で2個のクローンが単離された。
このひとつを以後能の試験に使用し、psTAloと命名した。
psTAloの制限地図(第2図)は、psTAlo中に存在するしniger  DNA7ラグメントに対するn1aD遺伝子の概略の配置を例示する。この地 図は単に例示したものであって、限られた数の制@部位のみが示され、特定の制 限酵素の部位はすべてが地図化されていない場合がある。
程2の記載と同様にしてλEMB 3ベクター中に作製した。
最初のファージライブラリーは約I X 10’pfuを含有した。
約4 XIO’pfuを、広く入手できる大腸菌株NM259中で増殖させ、工 程3の記載と同様にして、nia D遺伝子配列の存在をハイブリダイゼーショ ンによってスクリーニングした。A、n1dulans nia D遺伝子の部 分を含有するpSTAlの2.4kb Xbalフラグメントを工程lの記載と 同様にして単離し、ハイブリダイゼーショングローブとして使用した。この方法 で2種のクローンがnia D遺伝子配列を含むものとして確認された。λ5T A62と命名されたこのひとつを以後のサブクローニング実験に使用した。
λ5TA62から単離されたDNA約5μ9をlxシリ」−緩衝液条件(10m M Tris−HCl2. pH8,0,150mM NaCQ、 10mM  MgCQx、1mM2−メルカグトエタノール)に調整し、50μQの反応容量 中50単位の5alIにより37°Cで2時間消化した。消化されたフラグメン トを0.8%アガロースゲル上で分割し、8−2kbフラグメントを工程4の記 載と同様にして単離した。このフラグメントは、A、n1dulans nia  D遺伝子プローブとのホモロジーによりA、oryzae nia D遺伝子 をもつことがわかった。
広く入手できるプラスミドベクターpUc1g (Yanisch−Perro nら、Gene、 33= 103〜l19.1185)1μ9を同様にしてl O単位の5alIで消化した。単離された8、2kb A、0ryZ−aeSa l17ラグメント約1100n量と5alI消化pUC18を、工程2の記載と 同様に、1単位のT4 DNAリガーゼを用いてリゲーシミンさせた。リゲーシ ジン生成物を用いて、広く入手できる大腸菌DH5株を形質転換した。アンピシ リン抵抗性コロニーを、Maniatisら(前出)によって記載されたBir n & Dolyの改良アルカリSDS法により、所望のインサートDNAを含 むプラスミドの存在についてスクリーニングした。λ5TA62からの8.2k b Sal I 7ラグメントをもつプラスミド単離体が同定され、pSTA  14と命名された。psTAI4中に存在するA、oryzae DNAの制限 地図を第3図に示す。この地図は単に例示したものであって、限られた数の制限 部位のみが示され、特定の制限酵素の部位はすべてが地図化されていない場合が ある。
工程6 二Penicillium chrysogenum nia D−変 異体の充したアスペルギルス完全培地(CIuLterbuck、前出)上で生 育させ、165%アガールで固化した。0.01%Tveen80中に懸濁して 分生子を収穫した。約101個の分生子を、Birkett & Rowlan ds (J、Gen、Microbiol 123 : 281〜285゜19 81)の記載に従い、6mML−アルギニンおよび94mMNaCQO,を補充 したアスペルギルス最小培地、AMM(C1utt−erbucL前出)をベー スとした亜塩素酸選択培地に分散させブレーティングを行った。硝酸塩を唯一の 窒素源として利用できない変異体のこの亜塩素酸選択の根拠についてはよく知ら れていて、Coveの総説があるCBiol、Rev。
54 : 291〜327.1979)。
旺盛に生育したコロニーを採取し、自然発生亜塩素酸抵抗変異体の例として精製 した。単離体について、分生体を20mM硝酸ナトリウム含有AMM上でブレー ティングし、生育を評価して硝酸塩利用への復帰を試験した。硝酸塩グロフィシ エント単離体/添加分生子の復帰率が101未満のものについて、各種窒素源上 での生育をさらに試験した(Birkett & Rowlands、前出)。
亜硝酸塩(1,5mM)またはアデニン(0,6mMアデニン塩酸塩)上では生 育したが、硝酸塩では生育できなかったものを硝酸レダクターゼ遺伝子変異体と みなし、nia D−と命名した( A、1idulansの基準と同様)。
これらの単離体の硝酸レダクターゼ活性を、Coveの生化学的方法(Bioc him、 Biophys、Acta 113: 51〜56.1966)を用 いてさらに試験した。これらの検定では20mM NaN0゜補充AMM培地中 、26℃、29Orpmにおいて26時間、菌糸体を生育させた。nia D型 の単離体は最低の硝酸レダクターゼ活性を示したが、一方Q176は正常レベル の酵素を含有していた。
Sl 900と命名した株は、このような自然発生nia D’″変異体の例で あり、ブダペスト協定の条件によりCommon−wealth Mycolo gy In5titute Co1ture Co11ectionに、198 9年1月23日、受入番号CMICC330177として寄託し51900変異 株の分生予約10”個を100tQのACM中振盪しながら(220rpm)2 6℃で42時間生育させた。菌糸体をWhat−+nan No、 l濾紙上に 濾過して回収し、Novozym 234(Nov。
1ndustri、 A/S DK2880 Bagsvaerd、 Denm ark)をlQi*g/ wrQ含有する9、7M KC(1,10mMリン酸 緩衝液pH8,5に再懸濁した。この緩衝液は細胞湿重量1gあたりLO*Q割 合で加えた。細胞懸濁液を穏やかに振盪しながら26℃で2時間インキュベート し、ついでプロトプラストを焼結ガラスフィルター(孔度2)を通して濾過して 大量の菌糸屑から分離した。プロトプラストはペンチトップ遠沈管中、4000 rpmで10分間遠心分離して回収した。プロトプラストのベレットを0.7M  KCQ、 50mM CaCQ、緩衝液Smff中で2)  回洗浄し、回収 し、最終的にはKCl2/ CaCff、緩衝液1mrl中約5XIO’個の濃 度にプラトプラストを再懸濁した。
工程8 : 51900プロトプラストの形質転換工程7で作製した51900 プラトプラストの一部500μaを1.5mffのポリプロピレン管中、λAN 8a、 psTAlOまたはpsTA14のDNAl0〜30μg(TE緩衝液 中)と混合した。70M KCQ。
50+oM CaCQx、10mM Tris−HCQ、 p97.5中50% ポリエチレングリコール(PEG−4000、Sigma Chemical  Co、)の等容を加え、混合物を氷上に30分間装いた。ついで混合物をKCQ /CaCQ2緩衝液1.5+m12に希釈し、その一部を、唯一の窒素源として 20m1J NaN0aおよび浸透圧安定剤として0.7M KCQを補充した AMMアガールに分散させた。
プレートを26℃で7〜10日間インキュベートし、硝酸利用トランスホーマン トを硝酸非利用体のバックグランドから生育させた。形質転換積度は、A、n1 dulans nia D遺伝子クローンλAN8aまたはA、niger遺伝 子クローンりSTAIOを用いた場合は外来DNA 1μ9あたり約10個のト ランスホーマントであったが、L!u土柱遺伝子クロりンpsTA14のDNA  1μ9あたりではわずか約2個であった。
51900 )ランスホーマント単離体は一般に胞子形成能が改善され、コロニ ーの形態は明らかに変化した。
51900の形質転換はまた、Maniatisら(前出)の記載した標準的方 法を用いたサザンブロツテイングおよび形質転換工程体のゲノムDNAの、λA N8a1psTAlOまたはpsTAt4DNAの3ap標識7ラグメントとの ハイブリダイゼーションを用いて確認した。プローブフラグメントの標識は工程 3の記載とほぼ同様にして行った。ハイブリダイゼーション条件は、5XSSC ,5Xデンハルト溶液、59mMリン酸緩衝液pi(6,5,20uy/1tr (tの超音波処理ニシン精子DNAとした。プロットは65℃において、0.1 %SDSの存在下5XSSCから最終塩濃度0.1XSSCまで数段階で洗浄し た。
これらの方法でのトランスホーマントの分析により、λAN8a、psTAlO またはpsTA14の外来性DNAはP、chrysogen−um 5190 0受容株ゲノムに挿入されていることが明らかにされた。制限分析では、各トラ ンスホーマントにより挿入部位が異なること、また挿入事象の数は各トランスホ ーマントにより変動することが示された。
実施例 2 天然硝酸レダクターゼ遺伝子に基づ< Acrea+oniu+s chry− sogenumの同種形質転換系 A、chrysogenum M8650株(ATCC14553)をQuee njrら(Mi−crobiology、 Leive、 L編、Americ an 5ociety for Mic−robiology、 Washin gton DC,468〜472頁、 1985)に記載されているように、D elaainの特定液体培地中で生育させた。菌糸を収穫し、高分子量DNAを 例1の工程2の記載と同様にして単離した。
M8650ゲノムライブラリーは、例1の工程2の記載と同様に標準的技術(M aniatisら、前出)を用い、部分5au3Al消化7ラグメント(15〜 20kb)をλEMBL3のBa+nHlクローニング部位にリゲーシ遍ンさせ ることによって構築した。
in  vitroパッケージングを行った組換えファージ粒子(約1.3x  lO’pfu)を広く入手できる大腸菌N1259株中で増殖させ、薬I X  10”pfu/a(lの増幅ライブラリーを得た。
スクリーニングには、標準的方法(Maniatfsら、前出)を用い、それぞ れ約2 X 10’pfuを含有する12個のグレート(径9 cm)を準備し た。各プレートの二重濾紙インプレッションをニトリルセルロース上に置いた。
濾紙は、以下のグレハイブリダイゼーシコン緩衝液: 5 X5SPE (0, 9MNa(,12,50mM NaH,PO,,5mM EDTA)、6%PE G6000.0.5%ドライミルク粉末、1%SDS、 0.125%NaPO イ250j’g/l1j2超音波処理ニシン精子DNAをか紙缶に約I+12用 いて、56℃で約4時間プレハイプリダイゼーシ黛ンを行った。
ライブラリーはA、n1adulans硝酸レダクターゼ遺伝子内からの2.4 kb Xba I 7ラグメントでスクリーニングした。この7ラグメントは実 施例1の工程1の記載と同様にして単離した。単離された7ラグメント(25n g)は、混合ヘキサマーオリゴヌクレオチド(Multiprima Kite A園ershaw)から製造業者の指針に従いランダムプライミングでタレノウ ポリメラーゼを用いてjjp放射性標識した。ライブラリーフィルターは放射性 プローブを含む新鮮なプレハイブリダイゼーシaン緩衝液中56℃で−夜ハイブ リダイズした。ハイブリダイズしなかったプローブからのバックグランド放射能 は、5 X5SC,0,1%SDS。
Q 、 l %5SPE(約10mQ/?紙)を含をする緩衝液中56°c−r 20分ノ洗浄を2回、3 X SSC,0,1%SDS、 0.1%5SPE中 56°Cで20分の洗浄を2回行って除去した。洗浄したが紙は、増感スクリー ンを用いてX線写真フィルムに一70’Cで3日間露出しt;。
多数の陽性グラーク候補が同定された。これらをプラーク精製し、さらに2ラウ ンドのハイブリダイゼーションスクリーニングの間に再試験した。2個の強力な 陽性クローンがこの方法で確認された。このひとつをλ5TA6と命名し、以下 の実験に使用しl;。λ5TA6内に存在するλ5TA6の7ア一ジ株を作製し 、標準方法(Maniatisら、前出)を用いてDNAを単離した。約5μg のλ5TA6 DNAを、100mM Tris−HCQpH7,5,7mM  MgCff2.50+nM Na(4,7n+M2−メルカグトエタノールを含 む50μgの反応液中、25単位のEcoRIにより、37℃で2時間消化した 。消化生成物ヲ0.8%アガローススラブゲル上電気泳動によって分別した。ヨ ウ化ナトリウム−ガラス法(Vogelstein & Gi−+1espie 、 Proc、Narl、Acad、Sci、USA 76: 615−619 .1979)により、市販のキッド(Geneclean ; Bio I吋r nc、Po Box2284、 La Jolla、 CA 92038. U SA)を用いて8.8kbフラグメントを回収した。
様にして2.5単位のT4 DNAリガーゼを用いてリゲーションさせた。リゲ ーション生成物を用いて大腸菌DH5株を形質転換した。アンピリジン抵抗性コ ロニーヲ、Mania−tisら(前出)によって記載されたアルカリSOS分 解法により、プラスミドDNAの存在についてスクリーニングした。λ5TA6 からの8.8kb EcoRIフラグメントをもつプラスミド単離体を同定し、 pSTA 700と命名した。pSTA 700のA、chrysogenum  DNA部分の制限酵素地図を第3図に示す。この地図は例示の目的だけのもの で、限られた数の制限酵素を使用し、また特定の制限酵素の部位はすべてが示さ れていない場合もある。地図は考察の補助として示しt;ものである。プラスミ ドpSTA 700はブタベスト協定の規定によりNational Co11 ection of Industrialand Marine Bacte riaに1989年1月23日、受入番号NClB4O103として寄託された 。
pSTA 700内にnia D遺伝子が存在することは上述のようにして実施 したサザンブロッティングによって確認された。pSTA 700プラスミドは EcoRI 、 Bg上りまたはBamHlで消化されたA、chrysoge numゲノムDNAのプローブとして使用した。このプローブは、これらの消化 物中に、pSTA lの2.4kb Xba Iフラグメントをプローブとして 用いた場合Iこ得られたのと同一のバンドパターンを与えた。
すなわち8.8kbのEcoRIフラグメント、8.0および3.8kb内にn ia D遺伝子を伴うA、chrysogenum DNAが存在する3七を確 証するものであり、またクローンの過程で大きな再配列は起こらなかったことを 示している。
nia D遺伝子のpSTA 700内での位置はサザンブロッティングによっ てさらに限局させた。この場合に使用したプローブはA、n1dulans n ia D遺伝子の124bp Pst I −AccI7ラグメントであった。
この7ラグメントは、菌および植物硝酸レダクターゼ間で高度に保存されている nia D遺伝子の領域を含んでいる。この7ラグメントの位置は第1図に示す 。5μ9のpSTA I DNAを、lOnMTris−HCQ pH7,5, 7mM Mgc12..60mM NaCQ、  7 mM2−メルカプ消化生 成物は2%アガロースゲル上電気泳動によって分割し% Genecleanを 用いて124bp7ラグメントを回収した。
このフラグメントはランダムブライミング法を用いてsipで放射標識した。プ レバイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションおよび濾紙洗浄は上述のよ うに行った。サザンハイプリダイゼーション実験によりpSTA700の1.3 kb Bgl IIフラグメントはnia D特異的プローブフラグメントと相 同性であった。
なから(220rpm)、28℃で5〜8日間生育させた。分生胞子はプフナー 漏斗上滅菌したWhatman No、 1濾紙を通して真空濾過することによ って得た。炉液を滅菌フラスコに集め、分生子を遠心分離で回収した。M865 0の培養液100m<2から、この方法では約2X10”個の分生子が得られた 。分生子は少量ずつ分けて、凍結保存剤として10%メタノールを用い液体窒素 上に保存した。
約lO畠個の非変異分生子を、lO+nMグルタミン酸および470mM亜塩素 酸ナトリウムを補充したアスペルギルス最小培地、AMM (C1utterb uck、前出、実施例1の工程6に記載上、約107測 グを行った。28℃で12〜14日間インキュベーションしたのち、自然誘発亜 塩素酸抵抗性変異体を単離した。変異体の最初の特性づけはBirkett &  Rowlands(前出)の報告した単一窒素生育試験を用いて行った。ni r A, crn Aおよびare A型変異体はnia Dおよびcnx変異 体と識別できた(A.n1dulans遺伝子の名称は標準として用いられる) 。
この生育試験は、A 、 chrysogenumがヒボキサンチン(A。
n1dulansと異なる)まt;はアデニン(P.chrysogenumと 異なる)上では生育しなかったので、nia Dと凹工型変異体は直ちに識別で きなかった。旦1±と上型変異体の識別には、唯一の窒素源としてプリンを代替 に用いる単一表現型検定を開発した。AMMをベースとした培地中、炭素源とし てキナ酸(1%)、窒素源としてイノシン(2mM)をキシダ〜ゼI酵素活性を 欠くものと思われる。この酵素はモリブデン含有補因子を要求し、これは硝酸レ ダクターゼ活性にも共通して要求されるからである。プリンヒドロキシダーゼI はヒポキサンチンを、キサンチン、尿酸へと異化する(Lewisら、Euro 、J、BiocheII+、 91 : 311〜316、1978)。プリン ヒドロキシダーゼ!の検定はMende l& Muller (Bioche m、 Physiol、PIantzen 170 : 538”541゜19 76)の記載にほぼ従って実施した。簡単に説明すると、A、chrysoge num M8650hよびnia Dまたは生変異体候補を液体アスペルギルス 完全培地(C1utterbuck、 1974前出)中、28°c1200r pmで24時間生育させ、遠心分離で収穫し、500mM尿酸を補充した液体A MM中に再懸濁し、28℃、290rprDでさらに3,5時間インキュベート した。菌糸体を収穫し、液体窒素中で微粉末に粉砕し、l mM EDTA%l 0mM 2−メルカプトエタノーノ呟1 %Triton X−100を含有す る0、1Mリン酸カリウム緩衝液pH7,5中に、菌糸体湿重量1gあたり緩衝 液2IIII2テ抽出した。5W270−ター(6X 14mI2チューブ、B eckrnan Instruments)を用いて2000Orpm、  4 ℃で20分間遠心分離したのち、抽出液(100μQ部分)を標準法(たとえば Hames & Rickwood、 Gel Electrophoresi sof Proteins、 A Practical Approach、  IRL Press。
London、 1981参照)で調製しl;非変性7%ポリアクリルアミドチ ューブゲル上に負荷した。ブロモフェノールブルー追跡染料がゲルの底部に達す るまで5mMで電気泳動しt;のち、ゲルを、2mMヒポキサンチン、1111 Mニトロテトラゾリウムブルー(Sigma Chemical Co、)およ びO,1mM7エナジンメトキサル7エート(Sigma)を含有する0、1M ピロリジン酸ナナトリウム緩衝液pH80中暗所でプリンヒドロキシダーゼI活 性を染色した。試験した一部の単離体はこの試験でプリンヒドロキシラーゼ活性 を欠くことが明らかにされcnx変異体に帰属された。1土工変異体をさらに特 性づけるため、単離体はまた、Cove & Coddin−gton (Bi ochim、 Biophys、 Acta 110 : 312〜31L 1 965)およびWray & Filner(J、Biochim、 119:  715〜725.1970)によって記載された方法を用いて、NADPH一 連結シトクロムCレダクタ活性の硝酸レダクターゼ酵素属性についても試験した 。プリンヒトミキシラーゼIの活性は保持したいたがNAPPH−4結シトクロ ムCレダクターゼ活性のレベルは著しく低下していI;単離体がnia D変異 体に帰属された。プリンヒドロキシラーゼ活性は低下しているが、NADPH一 連結シトクロムCレダクターゼ活性は野生型のレベルを示す単離体しCnX変異 体と一致した。
従い、硝酸性利用性の復帰率をスクリーニングした。安定な変異体の復帰頻度、 復帰体7卉生胞子は10−”未満と同定された。これらの単離体のひとつをA、 chrysogenumM1160株と命名し、完全なn1aD遺伝子を含有す るベクターによる形質転換の適当な受容株として使用した。この株は、ブダペス ト協定の規定により、Commonwea ] thMycological   In5titute CuHure Co11ectionに、1989年1 月23日付で受入番号CMICC330178として寄託された。
11160株を、100iffのDemains培地(Queenerら、前出 )中分生子の接種(約108個)から、290rpa+で振盪しながら28℃で 約40時間生育させた。菌糸体を滅菌モスリン中に収穫し、蒸留水で洗浄し、0 .1Mクエン酸−リン酸緩衝液pH7,1,10mMジチオスレイトール中に、 菌糸体湿重量19あたり緩衝液50ri(lで再懸濁した。これを28℃で穏や かに振盪したのち、菌糸体を回収し、0.7M KCQ、 5IIg/rx(I Novozyme 234(Novo Industri)含有0.1Mクエン 酸リン酸緩衝液pH8,5中に501Q/g菌糸体で再懸濁した。これを穏やか に振盪しながら、28℃でさらに60分間インキュベートした。
得られたプロトプラストは、わずかに減圧にして焼結ガラスフィルター(孔度l )に通して収穫し、3000rpmでlO0分間ペレットして集めた。ペレット を17M KCl中で3回洗浄しlXl0’プロトプラスト/mQの濃度に再懸 濁し !二 。
プロトプラスト懸濁液の一部100μQを1.5m12のポリプロピレンチュー ブに移し、CaCQzを最終濃度50mMになるように加えた。20uQ未満の TE緩衝液中λ5TA6またはλ5TA700ノイずレカノDNA ioμを量 、10uQ PEG溶液〔50%PEG4000(Sigma Chemica l Co、)、50mM CaCQx、10mM Tris−HCl2. pH 7,5)を加えて手で混合した。外来性DNAを含まない対照サンプルも設けた 。混合物を室温で20分間インキュベートしたのち、900μaのPEG溶液を 加えた。20分間インキュベートしたのち、プロトプラスト混合物の0.1m1 2部分を最小培地プレート(AMM、窒素源として10+l1M NaN0.、 浸透圧安定剤として11%スクロース補充)上に分散させt二。プレートを28 ℃で21日までインキュベートした。トランスホーマントのコロニーは通常、1 0日以内にわずかなバックグランド生育を抜は出して旺盛に生育した。
上述した基本的操作では定常的にDNA 199から約2〜4個のトランスホー マントが得られるがpSTA 700 DNAはλ5TA6よりわずかに高い形 質転換頻度を示す。形質転換プロトコロールを改変すると頻度が改善される。す なわち、 (i)  冷ショック:プロトプラスト、DNAおよびPEG溶液の最初の20 分間のインキュベーションは氷上で行う。
(ム)熱ショック:最初の20分間のインキュページコン後、900μQのPE G溶液の添加前J+、混合物を35℃の水浴に2分間移す。
実施例1の工程8におけるように、トランスホーマントコロニーは硝酸塩を補充 した最小培地上で継代培養して精製した。外来性DNAの取り込みは、ハイブリ ダイゼーションプローブとしてインプットベクターDNAλEMBL3マf:は pUc18を用いてトランスホーマントのゲノムDNAまサザンブロッティング を行って証明した。ハイブリダイゼーション条件およびプローブの製造は実施例 1の工程38よび8に記載した通りとした。
参考に以下の図面を添付した。
の方向は矢印で示す。横線は本文中に述べた組換え構築体中に存在するこの領域 の部分を表している。本印を付したXba I 、  Pst IおよびACC I部位はハイブリダイゼーションプローブとして使用した(本文参照)フラグメ ントの範囲を示すものである。
地図はプラスミドpsTAlOがもつA、niger DNAのフラグメントを 示す。nia D構造遺伝子はその位置に斜線を施して示す。転写の方向はA、 n1dulans nia D遺伝子からの5′および3′末端特異的グローブ のハイブリダイゼーションによって推定した。
第3図: Aspergillus oryzae nia D遺伝子座の制限 酵素のlli、8kb EcoRIフラグメントである。nia Da成遺伝子 の位置は斜線領域である。転写の方向(矢印)はDNA配列分析およびA、n1 duIans n4a D遺伝子との比較によって推定した。
FIG、1 国際調査報告 に+wmms1MN’ffl””” PCT/EP 901003722国際調 査報告 ユニバーシティオブセントアンドル−ズ

Claims (19)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)最初は硝酸レダクターゼの発見を欠いていた同一種の細胞(niaD−細 胞)から硝酸レダクターゼを発現でさるPenicillium chryso genumまたはAcremoniumchrysogenumの細胞を得る方 法において、上記niaD−細胞に、硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺 伝子がその選ばれた宿主細胞でのその遺伝子の発現の調節配列に作動性に連結さ れて包含されているベクターDNAを導入し、このようにして形質転換された細 胞を唯一の窒素源として硝酸塩を含有する適当な培地上でその生育能によって選 択する方法。
  2. (2)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子は、選ばれた形質転換宿主 と同一種から単離する請求項(1)記載の方法。
  3. (3)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子はAspergillus  niger、Aspergillus oryzae、Aspergil−l us nidulans、Penicillium chrysogenumお よびAcre−monium chrysogenumから選ばれる株から単離 される請求項(1)および(2)のいずれかに記載の方法。
  4. (4)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子はpSTAl(NCIMB  40102)、pSTA10、pSTA14およびpSTA 700(NCI MB 40103)から選ばれるプラスミド中に含有される請求項(1)〜(3 )のいずれかに記載の方法。
  5. (5)niaD−細胞はP.chrysogenumもしくはA.chryso ge−numの抗生物質産生株またはそれらの硝酸レダクターゼ欠損変異株であ る請求項(1)〜(4)のいずれかに記載の方法。
  6. (6)niaD−細胞はP.chrysogenum S1900株(CMIC C330177)およびA.chrysogenum M1160株(CMIC C 330178)から選ばれる請求項(5)記載の方法。
  7. (7)niaD−細胞に工業的に重要な遺伝子を、その遺伝子および硝酸レダク ターゼ遺伝子の両者が発現されるようにさらに導入する請求項(1)〜(6)の いずれかに記載の方法。
  8. (8)工業的に重要な遺伝子は、抗生物質生合成に関与する遺伝子、細胞の生育 の改善をもたらす遺伝子、細胞の新規な基質上での生育を可能にする遺伝子およ び生成する代謝物を変化させる遺伝子から選ばれる請求項(7)記載の方法。
  9. (9)遺伝子は酸素ACVシンテターゼ、イソペニシリンNシンテターゼ、デア セトキシセファロスポリンCシンテターゼまたはDACアセチルトランスフェラ ーゼをコードする遺伝子から選ばれる請求項(7)記載の方法。
  10. (10)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子と工業的に重要な遺伝子 は同一のベクター上に存在する請求項(1)〜(9)のいずれかに記載の方法。
  11. (11)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子と工業的に重要な遺伝子 は異なるベクター上に存在する請求項(7)〜(9)のいずれかに記載の方法。
  12. (12)P.chrysogenumまたはA.chrysogenumの形質 転換株を培養し、培養培地から所望のペニシリンまたはセファロスポリンを単離 するペニシリンまたはセファロスポリン抗生物質の製造方法において、P.ch rysogenumまたはA.chrysogenumの形質転換株は請求項( 1)〜(11)のいずれかに記載の方法によって作製する方法。
  13. (13)硝酸レダクターゼの発現が欠損しているP.chrys−ogenum またはA.chrysogenumの細胞の形質転換用ベクターDNAであって 、硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子はその遺伝子の発現の調節配列 と作動性に連結しているベクターDNA。
  14. (14)そらに工業的に重要な遺伝子がマーカー遺伝子に読み取り枠が一致して 連結している請求項(13)記載のベクターDNA。
  15. (15)工業的に重要な遺伝子は、抗生物質生合成に関与する遺伝子、細胞の生 育の改善をもたらす遺伝子、細胞の新規な基質上での生育を可能にする遺伝子お よび生成する代謝物を変化させる遺伝子から選ばれる請求項(14)記載のベク ターDNA。
  16. (16)硝酸レダクターゼをコードするマーカー遺伝子は意図された形質転換宿 主と同一種の由来する請求項(13)〜(15)のいずれかに記載のベクターD NA。
  17. (17)プラスミドpSTAl(NCIMB 40102)またはプラスミドp STA 700(NCIMB 40103)である請求項(13)記載のベクタ ーDNA。
  18. (18)請求項(13)〜(17)のいずれかに記載のベクターDNAを含有す るP.chrysogenumまたはA.chrysogenumの形質転換株 。
  19. (19)Penicillium chrysogenum S1900株(C MICC 330177)または(Acremonium chrysogen um M1160株(CMICC330178)。
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