JP7475499B2 - ケトレダクターゼ突然変異体及びその適用 - Google Patents

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Description

本発明は酵素生産の分野に関し、具体的には、ケトレダクターゼ突然変異体及びその適用に関する。
キラルアルコールは、重要な中間体として、キラル薬物やその他のキラルファインケミカルの合成に広く使用されており、関連する合成報告が国内外で数多く報告されている。多くのキラル薬物には1つ又は複数のキラル中心が含まれており、様々なキラル薬物の薬理活性、代謝プロセス、代謝速度、及び毒性が顕著に異なり、通常、一方のエナンチオマーが有効であり、もう一方のエナンチオマーが非効率的又は無効で、さらには毒性がある。
したがって、キラル中心を含む化合物を効率的且つ立体選択的に構築する方法は、医薬品の研究開発において重要な意味を有する。
キラルアルコールの生産は様々であり、例えば速度論的光学分割によってラセミ体アルコールを出発原料として単一構成のアルコールを取得することができるが、当該方法の理論収率は50%であり、コストが比較的高い。キラルオキサザボロリジンのヒドロホウ素化、キラル遷移金属ロジウム、ルビジウム等を利用して不斉接触水素化によりキラルアルコールを合成することができるが、反応条件が比較的激しく、例えば高温高圧等であり、また遷移金属等の有毒試薬の残留問題に関わる。
ケトレダクターゼは、従来の化学触媒に代わる触媒として使用され、反応が穏やかで環境汚染が少ない等の利点を有し、製薬分野で大きな注目を集めている。
生物触媒は持続可能な発展観念及びグリーン化学に合致し、生物触媒は再生可能な材料に由来し、温和な条件で触媒作用を発揮し、異なる生物触媒は類似の条件で触媒反応し、より経済的なカスケード触媒反応に設計しやすい。そのため、ケトレダクターゼを利用してキラルアルコールを触媒合成することは極めて有望な触媒方式であるが、一定の困難が存在し、特に異なる基質に対して、例えば酵素の触媒活性が低く、酵素触媒後の生成物選択性が低い等の問題があり、そのため、キラル特異性の高い高活性のケトレダクターゼを開発することは重要な意味を有する。
本発明の主な目的は、従来技術におけるケトレダクターゼ又はその突然変異体が触媒できる基質の選択性が低いという問題を解決するために、ケトレダクターゼ突然変異体及びその適用を提供することである。
上記目的を実現するために、本発明の一態様によれば、ケトレダクターゼ突然変異体を提供し、配列番号1に示されるアミノ酸配列に比べ、当該ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、L198P、S96W/I/L/V、M194L又はL152Gのうちの少なくとも1つの変異部位を含み、ここで、「/」は「あるいは」を表す。
さらに、ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、Q24L、V34M、I35V、A72V、L80R、T94S、Y95F、V99T、S101N、L104S、I143V、I147V、A153T、Y178C、V185I、Y189F/W、I190T、P193H、V195I、T199I、E201G/D/H、D202A、A203G/S、R206Q、D234V、K237E及びT240I等の突然変異部位の1つを含み、又はケトレダクターゼ突然変異体は突然変異が生じたアミノ酸配列における突然変異部位を有し、且つ突然変異が生じたアミノ酸配列とは、80%以上、好ましくは85%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の同一性を有するアミノ酸配列である。
さらに、ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、S96W+L198P、S96L+L198P、S96W+M194L+L198P、S96W+Y189F+L198P、S96W+L198P+E201D、S96W+I143V+M194L+L198P+R206Q、S96W+I143V+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201G、T94S+S96I+M194L+L198P、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、S96W+I147V+M194L+L198P、S96W+A153T+M194L+L198P、Q24L+A72V+S101N+S96W+M194L+L198P、S96W+I190T+M194L+L198P+D234V、S96W+M194L+L198P+K237E、S96W+P193H+M194L+L198P、V34M+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201H、L80R+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+D234V、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+T199I+E201D+R206Q、S96W+V99T+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+L104S+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、I35V+T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+V185I+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q+T240I、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、S96W+M194L+I143V+R206Q+I190T+L198P+E201D+T94S+Y95F+V195I+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+M194L+L198P+I143V+R206Q+I190T+E201D+D201G+V195I+Y189W、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+R206Q+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Qのいずれかの組み合わせの突然変異部位を有する。
上記目的を実現するために、本発明の第2の態様によれば、DNA分子を提供し、DNA分子は上記いずれかのケトレダクターゼ突然変異体をコードする。
本発明の第3の態様によれば、組換えプラスミドを提供し、組換えプラスミドは上記記載のDNA分子が接続されている。
本発明の第4の態様によれば、宿主細胞を提供し、宿主細胞は上記いずれか1つの組換えプラスミドを含有する。
さらに、宿主細胞は原核細胞又は真核細胞を含み、好ましくは、原核細胞は大腸菌である。
本発明の第5の態様によれば、キラルアルコールの生産方法を提供し、方法は、上記いずれか1つのケトレダクターゼ突然変異体を用いて式(I)に示すキラルケトン系化合物の還元反応を触媒してキラルアルコールを生産するステップを含み、
Figure 0007475499000001
ここで、nは0、1、2又は3であり、R1は、H、OH、置換又は非置換のC1-10のアルキル、置換又は非置換のC3-6のシクロアルキル、置換又は非置換のC6-12のアリール、置換又は非置換のC3-6のヘテロシクリルから選択され、あるいは、R1はベンゼン環であり、且つ結合した複素環と共に縮合環系を形成する。
さらに、式(I)に示すキラルケトン系化合物は
Figure 0007475499000002
さらに、ケトレダクターゼ突然変異体とキラルケトン系化合物との質量比は0.1~10:1であり、好ましくは、還元反応系におけるケトン系化合物の濃度は1g/L~100g/Lであり、好ましくは、20~45℃で還元反応を行う。
本発明の技術案を適用し、本願は合理的設計とランダム突然変異を結合する方法によって既存のケトレダクターゼ突然変異体のタンパク質を合理的に改変し、且つ得られた突然変異体に対して本願の基質ケトンを用いて触媒活性及び立体選択性選別を行い、最終的に高選択性及び高活性の突然変異体の菌株を得て、これらの突然変異体を含む菌株を本願のケトン系基質の触媒還元反応に適用し、その対応するキラルアルコール系化合物の生産効率を向上させることができる。
なお、本願の実施例及び実施例における特徴は、矛盾がない場合、互いに組み合わせることができる。以下、実施例を参照して本発明を詳細に説明する。
「ケトレダクターゼ」及び「KRED」は、本願において相互に交換して使用されることができ、ケトン基をその対応するアルコールに還元できるポリペプチドを意味する。具体的には、本願のケトレダクターゼはケトン化合物を対応するアルコール生成物に立体選択的に還元することができる。このようなケトレダクターゼは、通常、還元剤として、補因子還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NADH)又は還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸を利用する。
本願では、ケトレダクターゼとは、天然に存在する(野生型)ケトレダクターゼ及び人為的な処理によって産生される非天然に存在するケトレダクターゼ突然変異体に関する。
「天然に存在する」又は「野生型」は、「突然変異体」に対して、自然界で発見された形態を指す。例えば、天然に存在する又は野生型のポリペプチド又はポリヌクレオチド配列は、生物に存在する配列であって、自然界の由来から単離することができ、人為的に意図的に修飾又は改変されていないものである。
本出願において、例えば、細胞、核酸又はポリペプチドの「組換え」が記載された場合、既に、自然界には存在しない方式に修飾されたもの、又は自然界に存在する形態と同一であるが、合成材料、及び/又は組換え技術を用いた処理により調製又は誘導されて獲得されたもの、又は天然又は固有の形態に対応する細胞、核酸又はポリペプチドを指す。ここで、非限定的な例としては、細胞内で固有の(非組換え)形態以外の遺伝子を発現している、又は固有の遺伝子を異なるレベルで発現している組換え細胞が含まれる。
「配列相同性の百分率」とは、ポリヌクレオチド配列又はアミノ酸配列間のアラインメントを指し、比較窓を跨いで2つの最適なアラインメントの配列を比較することにより決定され、ここで、比較窓におけるポリヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の部分は、基準配列に比べて、2つの配列の最適なアラインメントに用いるために、付加又は欠失(即ちギャップ)を含むことができる。
この百分率は、2つの配列において同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が出現する位置の数を決定して整合する位置の数を生成し、整合する位置の数を比較窓内の位置の総数で除し、その結果に100を乗じて配列相同性の百分率を得ることにより算出することができる。任意に、百分率は、2つの配列において同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が出現し、若しくは核酸塩基又はアミノ酸残基がギャップとアラインメントする位置の数を決定して整合する位置の数を生成し、整合する位置の数を比較窓内の位置の総数で除し、その結果に100を乗じて配列相同性の百分率を得ることにより算出することができる。
ここで、「基準配列」とは配列比較の基礎となる指定配列を指す。基準配列は、より大きな配列のサブセット、例えば、全長遺伝子又はポリペプチド配列のセグメントであってもよい。
部位特異的突然変異:ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)などの方法を通じて目的DNA断片(ゲノムでもプラスミドでもよい)に必要な変化(通常は有利な方向を特徴付ける変化)を導入することを指し、塩基の追加、削除、点突然変異などを含む。部位特異的突然変異は、DNAが発現する目的タンパク質の性状及び特徴を迅速且つ効率的に高めることができ、遺伝子研究における非常に有用な手段である。
より多くのケトン系化合物基質を、それに対応するキラルアルコール生成物に変換することを獲得するために、より多くのケトレダクターゼを開発する必要がある。酵素の合理的改造は酵素の三次元分子構造に基づいて酵素の基質結合部位、補酵素結合部位、表面及び他の部位を改変し、酵素の触媒特性を変更し、酵素活性、選択性等の特性を向上させる。
酵素の定方向進化は、タンパク質に対する不合理的設計であり、特別な進化条件を人為的に作成し、自然の進化メカニズムを模倣し、インビトロで遺伝子を改変し、エラープローンPCR、DNAシャッフリング(DNA shuffling)等の技術を適用し、高効率のスクリーニングシステムと組み合わせて、所望の特性を有する新しい酵素を取得する。
本願は結合酵素に対する合理的改造及び定方向進化により、下記構造式(I)のケトン系化合物基質に対してそれを触媒してそれに対応するキラルアルコールに変換するケトレダクターゼを開発し、
Figure 0007475499000003
上記構造式では、nは0、1、2又は3であり、R1は、H、OH、置換又は非置換のC1-10のアルキル、置換又は非置換のC3-6のシクロアルキル、置換又は非置換のC6-12のアリール、置換又は非置換のC3-6のヘテロシクリルから選択され、あるいは、R1はベンゼン環であり、且つ結合した複素環と共に縮合環系を形成する。
本発明者らは、下記式(II)で示されるケトン系化合物を基質とし、当該種類の基質に対して、170個の異種由来の野生型のケトレダクターゼ及びその一部のケトレダクターゼの突然変異体を用いて触媒反応を行うことにより、異なる由来のケトレダクターゼの触媒活性及び選択性を検出した。検出により、野生型のケトレダクターゼ及びその一部の突然変異体は上記基質ケトンに対する選択性がいずれも低く、大量の光学異性体を生成し、且つ活性が一般的に低い。具体的には表1に示す。
Figure 0007475499000004
Figure 0007475499000005
Figure 0007475499000006
活性上:**は、5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が80%~90%であることを示し、*は、5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が30%~80%であることを示し、-は、5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が5%~30%であることを示し、NDは、5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が5%未満又は製品が検出されないことを示す。
選択性上:-は選択性が5%未満であることを示し、*は選択性が5%~30%であることを示し、**は選択性が30%~60%であることを示し、***は選択性が60%~90%であることを示し、****は選択性が90%~95%であることを示し、*****は選択性が95%~100%であることを示す。
上記表において、各異種由来のケトレダクターゼはいずれも野生型の酵素を意味し、その具体的な遺伝子ID番号はNCBIから検索することができる。また、各バリアントは、それぞれ、同じ種由来の野生型のケトレダクターゼが異なる部位で突然変異した突然変異体である。上記Acetobacter sp由来のバリアント1からバリアント14とAcetobacter sp由来の野生ケトレダクターゼ変異部位との区別は具体的に以下の表に示す。
Figure 0007475499000007
上記したように、Acetobacter pasteurianus由来のケトレダクターゼAcCRは、キラルアルコールを触媒合成することができるが、野生型のケトレダクターゼAcCRであってもその突然変異体であっても、上記類別の基質ケトンに対する選択性が低く、また活性が低く、大量の酵素を用いて触媒する必要があり、得られた製品はキラル純度が極めて低く、後処理の難度を増加し、収率が低く、ステップが複雑である。
本発明はケトレダクターゼAcCRの以上の不足に対し、さらに触媒活性及び/又は選択性がより高いケトレダクターゼを得るために、本願は上記Acetobacter pasteurianus由来のケトレダクターゼAcCRバリアント1を進化することにより、合理的設計によりAcCRタンパク質を改変し、ランダム突然変異により突然変異体タンパク質を得て、ハイスループットスクリーニング方法により有益突然変異体を定方向スクリーニングする。
本願はAcetobacter pasteurianus由来のケトレダクターゼバリアント1(本願において出発酵素又は開始酵素と呼ばれ、その具体的なアミノ酸配列は配列番号1である)を突然変異改造の基礎とし、合理的設計とランダム突然変異を結合する方法を採用してAcCR出発酵素に対して合理的改造を行い、その選択性及び活性特性を改善する。前述した構造式(II)に示される基質ケトンを利用し、得られた突然変異体に対して触媒活性検証を行い、最終的に高選択性及び高活性の突然変異の菌株を得て、それを工業生産条件に適用させ、高キラル純度のキラルアルコールを生産する。
配列番号1:
MARVAGKVAIVSGAANGIGKATAQLLAKEGAKVVIGDLKEEDGQKAVAEIKAAGGEAAFVKLNVTDEAAWKAAIGQTLKLYGRLDIAVNNAGITYSGSVESTSLEDWRRVQSINLDGVFLGTQVAIEAMKKSGGGSIVNLSSIEGLIGDPMLAAYNASKGGVRLFTKSAALHCAKSGYKIRVNSVHPGYIWTPMVAGLTKEDAAARQKLVDLHPIGHLGEPNDIAYGILYLASDESKFVTGSELVIDGGYTAQ。
本発明の技術案は合理的設計とランダム突然変異を結合する技術によってAcCR出発酵素タンパク質を改造し、突然変異体の触媒活性を顕著に向上させ(表3を参照)、また突然変異体の選択性を顕著に向上させ(表4を参照)、それを高純度のキラルアルコールの拡大生産に適するようにした。
Figure 0007475499000008
Figure 0007475499000009
上記表において、*は、0.5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が20%未満であることを示し、**は、0.5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が30%~50%であることを示し、***は、0.5質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が50%より大きいことを示し、****は、0.2質量比の酵素を使用し、20反応体積で16時間触媒した後、転化率が0%~50%であることを示し、*****は、0.2質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が50%~90%であることを示し、******は、0.2質量比の酵素を使用し、50反応体積で16時間触媒した後、転化率が90%~100%であることを示す。
Figure 0007475499000010
Figure 0007475499000011
上記表において、-は選択性が5%未満であることを示し、*は選択性が5%~40%であることを示し、***は選択性が40%~90%であることを示し、****は選択性が90%~95%であることを示し、*****は選択性が95%~100%であることを示す。
そのため、上記研究結果の上で、出願者は本願の技術案を提供する。本願の典型的な実施形態では、ケトレダクターゼ突然変異体を提供し、配列番号1に示されるアミノ酸配列に比べ、当該ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、L198P、S96W/I/L/V、M194L、L152Gのうちの少なくとも1つの突然変異部位を含み、ここで、「/」は「あるいは」を表す。本発明の突然変異体は、構造式(I)に示すケトン系化合物を基質とし、立体選択的還元作用により、対応するキラルアルコール系化合物を効率的に生産することができ、且つ触媒活性が大幅に向上し、このようなキラルアルコールの工業生産に普及することに適する。
好ましい一実施例では、ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、Q24L、V34M、I35V、A72V、L80R、T94S、Y95F、V99T、S101N、L104S、I143V、I147V、A153T、Y178C、V185I、Y189F/W、I190T、P193H、V195I、T199I、E201G/D/H、D202A、A203G/S、R206Q、D234V、K237E及びT240Iの突然変異部位の1つをさらに含み、又はケトレダクターゼ突然変異体は突然変異が生じたアミノ酸配列における突然変異部位を有し、且つ突然変異が生じたアミノ酸配列とは、80%以上、好ましくは85%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の同一性を有するアミノ酸配列である。上記ケトレダクターゼ突然変異体は酵素の触媒活性及び基質に対する立体選択性をさらに向上させることができる。
より好ましい一実施例では、ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、S96W+L198P、S96L+L198P、S96W+M194L+L198P、S96W+Y189F+L198P、S96W+L198P+E201D、S96W+I143V+M194L+L198P+R206Q、S96W+I143V+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201G、T94S+S96I+M194L+L198P、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、S96W+I147V+M194L+L198P、S96W+A153T+M194L+L198P、Q24L+A72V+S101N+S96W+M194L+L198P、S96W+I190T+M194L+L198P+D234V、S96W+M194L+L198P+K237E、S96W+P193H+M194L+L198P、V34M+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201H、L80R+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+D234V、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+T199I+E201D+R206Q、S96W+V99T+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+L104S+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、I35V+T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+V185I+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q+T240I、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、S96W+M194L+I143V+R206Q+I190T+E201D+T94S+Y95F+V195I+L198P+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+M194L+L198P+I143V+R206Q+I190T+E201D+D201G+V195I+Y189W、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+R206Q+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Qのいずれかの組み合わせの突然変異部位を有する。
本願の第2の典型的な実施形態では、DNA分子を提供し、当該DNA分子は上記いずれかのケトレダクターゼ突然変異体をコードする。当該DNA分子によりコードされた上記ケトレダクターゼは構造式(I)に示すケトン類基質に対して良好な触媒活性及び立体選択性を有する。
本発明の上記DNA分子は、さらに、「発現カセット」の形態で存在してもよい。「発現カセット」とは、特定のヌクレオチド配列の適切な宿主細胞における発現を指示できるDNA及びRNA配列を包含する線状又は環状の核酸分子を言う。一般的に言えば、目標ヌクレオチドに有効に連結されたプロモーターを含み、それは、任意選択で、終止信号及び/又は他の調節エレメントに有効に連結されたものである。発現カセットは、さらに、ヌクレオチド配列の正確な翻訳に必要な配列を含んでもよい。
コード領域は、通常、目標タンパク質をコードするが、センス又はアンチセンス方向において、例えばアンチセンスRNA又は非翻訳RNA等の目標機能RNAもコードする。目標ポリヌクレオチド配列を含む発現カセットは、キメラであってもよく、その成分の少なくとも1つが、少なくとも1つの他の成分と異種であることを意味する。発現カセットは、さらに、天然に存在するものであってもよいが、異種発現のための有効な組換えで形成して得られる。
本願の第3の典型的な実施形態では、上記いずれか1つのDNA分子を含有する組換えプラスミドを提供する。上記組換えプラスミドにおけるDNA分子を、組換えプラスミドの適切な位置に置くことにより、上記DNA分子を正確且つスムーズに複製、転写又は発現することができる。
本発明が上記DNA分子を限定するときに、限定用語として「含有」を使用したが、DNA配列の両端にその機能と関連のない他の配列を任意に追加できることを意味するのではない。当業者であれば、組換え操作の要件を満たすために、DNA配列の両端に、適切な制限酵素の切断部位を添加するか、又は開始コドン、終止コドン等を追加する必要があり、そのため、クローズド式記述で限定する場合、これらの状況を真にカバーすることはできないことを知っている。
本発明に使用される用語「プラスミド」には、二本鎖又は一本鎖の線状又は環状形態の任意のプラスミド、コスミド、バクテリオファージ又はアグロバクテリウム二元核酸分子が含まれ、組換え発現プラスミドが好ましく、原核発現プラスミドであっても、真核発現プラスミドであってもよいが、原核発現プラスミドが好ましく、一部の実施形態において、組換えプラスミドは、pET-22a(+)、pET-22b(+)、pET-3a(+)、pET-3d(+)、pET-11a(+)、pET-12a(+)、pET-14b(+)、pET-15b(+)、pET-16b(+)、pET-17b(+)、pET-19b(+)、pET-20b(+)、pET-21a(+)、pET-23a(+)、pET-23b(+)、pET-24a(+)、pET-25b(+)、pET-26b(+)、pET-27b(+)、pET-28a(+)、pET-29a(+)、pET-30a(+)、pET-31b(+)、pET-32a(+)、pET-35b(+)、pET-38b(+)、pET-39b(+)、pET-40b(+)、pET-41a(+)、pET-41b(+)、pET-42a(+)、pET-43a(+)、pET-43b(+)、pET-44a(+)、pET-49b(+)、pQE2、pQE9、pQE30、pQE31、pQE32、pQE40、pQE70、pQE80、pRSET-A、pRSET-B、pRSET-C、pGEX-5X-1、pGEX-6p-1、pGEX-6p-2、pBV220、pBV221、pBV222、pTrc99A、pTwin1、pEZZ18、pKK232-18、pUC-18あるいはpUC-19から選択される。より好ましくは、上記組換えプラスミドはpET-22b(+)である。
本願の第4の典型的な実施形態では、上記いずれか1つの組換えプラスミドを含有する宿主細胞を提供する。本発明に適用する宿主細胞には、原核細胞、酵母又は真核細胞が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、原核細胞は、グラム陰性細菌又はグラム陽性細菌等の真正細菌である。より好ましくは、原核細胞は、大腸菌BL21細胞又は大腸菌DH5αコンピテント細胞である。
本願の第5の典型的な実施形態では、キラルアルコールの生産方法を提供する。当該方法は、上記いずれか1つのケトレダクターゼ突然変異体を用いて前述した構造式(I)に示すキラルケトン系化合物の還元反応を触媒してキラルアルコールを生産するステップを含む。本発明の上記ケトレダクターゼ突然変異体は、構造式(I)に示すキラルケトン系化合物に対して良好な触媒活性及び立体選択性を有するため、本発明のケトレダクターゼ突然変異体を用いて調製されたキラルアルコールは、反応速度を向上させ、基質濃度を向上させ、酵素使用量を減らし、後処理の難度を低下させることができる。
Figure 0007475499000012
ここで、nは0、1、2又は3であり、R1は、H、OH、置換又は非置換のC1-10のアルキル、置換又は非置換のC3-6のシクロアルキル、置換又は非置換のC6-12のアリール、置換又は非置換のC3-6のヘテロシクリルから選択され、あるいは、R1はベンゼン環であり、且つ結合した複素環と共に縮合環系を形成する。
いくつかの好ましい実施例では、式(I)に示すキラルケトン系化合物は
Figure 0007475499000013
本願の上記ケトレダクターゼ突然変異体は上記キラルケトン系化合物に対する触媒活性及び立体選択性がより高い。
いくつかの好ましい実施例では、ケトレダクターゼ突然変異体とキラルケトン系化合物との質量比は0.1~10:1である。当該質量比でキラルアルコール系化合物の生産を行うと、酵素の触媒活性及び立体選択性が高いため、酵素使用量が少なく、基質転化率が高く且つ後続生成物の分離が容易であり、そのため、生産効率が高い。
いくつかの好ましい実施例では、還元反応系におけるケトン系化合物の濃度は1g/L~100g/Lである。当該基質濃度でキラルアルコール系化合物の生産を行うと、酵素の触媒活性及び立体選択性が高いため、単位質量の酵素は濃度が相対的に高い基質をキラルアルコール生成物に変換するように触媒することができ、そのため、生産効率が高い。
いくつかの好ましい実施例では、20~45℃で還元反応を行う。本願の還元酵素突然変異体は、相対的な室温の条件下で基質の触媒還元反応を行うことができるため、生産条件を緩和させ、生産効率を向上させることにより役立つ。
上記述べた還元反応は一般的に補因子を必要とし、それは通常NADH又はNADPHであり、且つ当該還元反応は当該補因子を再生するためのシステムを含むことができ、例えばD-グルコース、補酵素NAD+及びグルコースデヒドロゲナーゼGDHや、ギ酸根化合物、補酵素NAD+及びギ酸根デヒドロゲナーゼFDHや、イソプロピルアルコール、補酵素NAD+及びアルコールデヒドロゲナーゼADHが挙げられる。
精製されたケトレダクターゼを用いるいくつかの実施形態では、このような補因子及び任意選択的な補因子再生系は、通常、基質及びケトレダクターゼと共に反応媒体に添加される。補因子再生系を含む任意の酵素は、ケトレダクターゼと類似する様に、この類の細胞の抽出物又は溶解物の形態であってもよく、精製された酵素として反応混合物に添加されてもよい。
細胞抽出物又は細胞溶解物を用いる実施形態では、抽出物又は溶解物を生成するための細胞は、補因子再生系のみを含む酵素又は補因子再生系及びケトレダクターゼを含む酵素を発現するものであってもよい。全細胞を用いる実施形態では、当該細胞は、補因子再生系及びケトレダクターゼを含む酵素を発現させることができる。
全細胞、細胞抽出物、又は精製されたケトレダクターゼのいずれを使用する場合でも、単一のケトレダクターゼを使用してもよく、又は選択可能に、2つ以上のケトレダクターゼの混合物を使用してもよい。
ケトレダクターゼを使用してキラルケトン系化合物に対して還元反応を行ってキラルアルコールを生産する反応系は、補酵素、補酵素再生系及び緩衝液をさらに含む。ここで、緩衝液は、通常、リン酸塩緩衝液であり、実際に応じて、Tris-塩酸緩衝液、バルビタールナトリウム-塩酸緩衝液あるいはクエン酸-クエン酸ナトリウム緩衝液であってもよい。
以下では具体的な実施例を参照して本願の有益な効果についてさらに説明する。
なお、以下の実施例におけるPBはリン酸緩衝液を表す。
(実施例1)
Figure 0007475499000014
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、16.75mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR出発酵素の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を加えて0.1MのPB7.0に再懸濁し、総体積が12.5mLであり、超音波破砕によって質量体積含有量が20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
その結果、40%の基質が製品に変換するが、製品のキラル純度が低く、選択性が39%のみである。AcCR出発酵素は一定の触媒能力を有するが、選択性が悪く、キラル目標製品の含有量が低いことが分かる。光学異性体は従来の方法では分離できないため、AcCR出発酵素は、目標キラルアルコールの生産には適用できない。
(実施例2)
Figure 0007475499000015
100mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、6.7mLのイソプロピルアルコールを加え、0.5mLのAcCR出発酵素の粗酵素液(0.1gのウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を10mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品の転化率及びee値を検出した。
100mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、6.7mLのイソプロピルアルコールを加え、0.5mLのAcCR突然変異体の粗酵素液(0.1gの突然変異体ウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を10mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品の転化率及びee値を検出した。
結果は表5に示すように、酵素量(即ち0.1gの菌体ウェット細胞)をさらに基質質量(500mg)の五分の一まで低下させ、反応の体積をさらに10mLまで縮小させ、AcCR出発酵素及び一部の突然変異体(突然変異体の数が多いため、一部のみを選択する)を選択して検証し、その結果、AcCR出発酵素はほとんど活性がなく、また選択性が高くなく、目標キラルアルコールは37%のみを占め、改造後の突然変異体は選択性に極めて高い優位性を示すだけでなく、最適菌の選択性は99%に達し、また活性が極めて大幅に向上し、基本的に転化が完全である。そのため、改造後の突然変異体は極めて大きな触媒特性の変化を発生し、極めて高い活性及び選択性を得た。
Figure 0007475499000016
Figure 0007475499000017
上記表において、選択性:*は選択性が5%~40%であることを示し、***は選択性が40%~90%であることを示し、****は選択性が90%~95%であることを示し、*****は選択性が95%~100%であることを示す。
活性:*は転化率が10%未満であることを示し、****は転化率が10%~70%であることを示し、*****は転化率が80%~90%であることを示し、******は転化率が90%~100%であることを示す。
(実施例3)
Figure 0007475499000018
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、5mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR出発酵素の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、5mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR突然変異体の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった。)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
結果は表6に示すように、AcCR出発酵素に比べて、改造後の突然変異体の選択性が極めて大幅に向上しており、予想外の効果が得られることが分かる。
Figure 0007475499000019
上表において、*は選択性が50%~80%であることを示し、**は選択性が80~90%であることを示し、***は選択性が90%~100%であることを示す。
(実施例4)
Figure 0007475499000020
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、5mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR出発酵素の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった。)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、5mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR突然変異体の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を超音波破砕して20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった。)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
結果は表7に示すように、AcCR出発酵素に比べて、改造後の突然変異体の選択性が極めて大幅に向上しており、予想外の効果が得られることが分かる。
Figure 0007475499000021
上表において、*は選択性が40%~60%であることを示し、**は選択性が60~90%であることを示し、***は選択性が90%~100%であることを示す。
(実施例5)
Figure 0007475499000022
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、16.75mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLのAcCR出発酵素の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を加えて0.1MのPB7.0に再懸濁し、総体積が12.5mLであり、超音波破砕によって20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった。)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
250mLの反応フラスコにおいて、原材料500mgを秤量し、16.75mLのイソプロピルアルコールを加え、12.5mLの突然変異体酵素の粗酵素液(2.5gの突然変異体ウェット細胞を加えて0.1MのPB7.0に再懸濁し、総体積が12.5mLであり、超音波破砕によって20%の粗酵素液を調製し、pH=7.0であった。)、100mMのPB7.0を加えて体系の最終体積を25mLにし、30℃で16h恒温撹拌し、体系を12000rpmで5min遠心した後、200uLサンプリングして2mLのアセトニトリルを加えて溶解し、12000rpmで5min遠心した後、HPLCに送って製品のキラル値を検出した。
その結果、突然変異を同一部位で行うと、異なる種類のアミノ酸を使用する場合、突然変異体は大きく異なる選択性と活性を示す。
Figure 0007475499000023
上表において、*は選択性が30%~50%であることを示し、**は選択性が50~60%であることを示し、***は選択性が60~80%であることを示す。
+は転化率が0~30%であることを示し、++は転化率が30~60%であることを示し、+++は転化率が60~80%であることを示し、++++は転化率が80~100%であることを示し、NDは活性が検出されなかったことを示す。
以上の説明から分かるように、本発明の上記の実施例によれば、次のような技術的効果を実現する。本願では、合理的設計とランダム突然変異とを組み合わせる方法によって、既存の還元酵素突然変異体のタンパク質を合理的に改造し、取得した突然変異体に本願の基質ケトンを使用して、触媒活性及び立体選択性スクリーニングを行い、最終的に、高い選択性及び高い活性の突然変異体の菌株を取得し、これらの突然変異体を含有する菌株を、本願に記載のケトン基質の触媒還元反応に使用すると、それに対応するキラルアルコール化合物の生産効率を向上させることができる。
上記の説明は、本発明の好ましい実施例にすぎず、本発明を限定することを意図するものではなく、当業者にとって、本発明は様々な修正及び変更が可能である。本発明の精神及び原則の範囲内で行われたいかなる修正、同価置換、改善等は、いずれも本発明の保護範囲に含まれるべきである。

Claims (10)

  1. ケトレダクターゼ突然変異体であって、前記ケトレダクターゼ突然変異体のアミノ酸配列は、配列番号1に示すアミノ酸配列を基に、L198P、S96W、L152G、S96W+L198P、S96L+L198P、S96W+M194L+L198P、S96W+Y189F+L198P、S96W+L198P+E201D、S96W+I143V+M194L+L198P+R206Q、S96W+I143V+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201G、T94S+S96I+M194L+L198P、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、S96W+I147V+M194L+L198P、S96W+A153T+M194L+L198P、Q24L+A72V+S101N+S96W+M194L+L198P、S96W+I190T+M194L+L198P+D234V、S96W+M194L+L198P+K237E、S96W+P193H+M194L+L198P、V34M+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+E201H、L80R+S96W+M194L+L198P、S96W+M194L+L198P+D234V、S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+T199I+E201D+R206Q、S96W+V99T+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、S96W+L104S+I143V+I190T+M194L+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、I35V+T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+V185I+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q+T240I、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、S96W+M194L+I143V+R206Q+I190T+L198P+E201D+T94S+Y95F+V195I+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+L198P+E201G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+M194L+L198P+I143V+R206Q+I190T+E201D+D201G+V195I+Y189W、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203G+R206Q、T94S+Y95F+S96W+I143V+R206Q+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+A203S、T94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Q、あるいはT94S+Y95F+S96W+I143V+Y178C+Y189W+I190T+M194L+V195I+L198P+E201D+D202A+A203G+R206Qという突然変異が発生して得られた、ことを特徴とするケトレダクターゼ突然変異体。
  2. 請求項1に記載のケトレダクターゼ突然変異体をコードする、ことを特徴とするDNA分子。
  3. 請求項2に記載のDNA分子が接続されている、ことを特徴とする組換えプラスミド。
  4. 請求項3に記載の組換えプラスミドを含有する、ことを特徴とする宿主細胞。
  5. 前記宿主細胞は原核細胞又は真核細胞を含む、ことを特徴とする請求項4に記載の宿主細胞。
  6. 前記原核細胞は大腸菌である、ことを特徴とする請求項5に記載の宿主細胞。
  7. キラルアルコールの生産方法であって、請求項1に記載のケトレダクターゼ突然変異体を用いてキラルケトン系化合物の還元反応を触媒してキラルアルコールを生産するステップを含み、
    前記キラルケトン系化合物は、
    Figure 0007475499000024
    ことを特徴とするキラルアルコールの生産方法。
  8. 前記ケトレダクターゼ突然変異体と前記キラルケトン系化合物との質量比は0.1~10:1である、ことを特徴とする請求項7に記載の方法。
  9. 前記還元反応の系における前記ケトン系化合物の濃度は1g/L~100g/Lである、ことを特徴とする請求項7に記載の方法。
  10. 20℃~45℃で前記還元反応を行う、ことを特徴とする請求項7に記載の方法。
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